PeakID (cmd=annotatePeaks.pl merged_SE_SSE2_ALL9.GO0043565.bed hg19 -size given -wig ./20171108_112-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./20171108_190-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./20171108_283-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./CORL88_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Calu3_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1436_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1436_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1755_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1819_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1963_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H196_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H196_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2009_K27Ac_S2_MACS14_bam_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2009_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2030_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2081_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2081_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H209_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2106_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2170_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H226_6_7_ab4729_S6_p5_swig_ss100_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2291_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2347_S3_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2887_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3122_K27Ac_bt2_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3122_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3255_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H345_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H358_S4_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H520_5_14_ab4729_S5_p5_swig_ss100_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H841_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H841_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HARA_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC1171_S1_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC15_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC2279_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC2450_K27Ac_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC2450_ab4729_0219_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC2814_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC78_S5_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC95_K27Ac_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./KNS62_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./LC1SQSF_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./LOUNH91_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./PC9_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./SW900_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_COR-L311_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_COR-L311_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H1048-cas9_sgNeg_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H1048-cas9_sgPOU2F3_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H128_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H128_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H146_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H146_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H211_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H211_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H446_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H446_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H510A_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H510A_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H524_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H524_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H526_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H526_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H69_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H69_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H82_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H82_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H889_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H889_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./dms79_ab4729_chip_0825_0828_15c_S13_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1373_ab4729_chip_1124_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1650_ab4729_chip_0525_0714_15c_S23_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1792_ab4729_chip_0113_S13_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1833_ab4729_chip_0610_0714_15c_S25_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h187_ab4729_chip_0825_0828_15c_S15_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2077_2_ab4729_chip_0525_0714_15c_S21_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2228_ab4729_chip_0113_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2228_ab4729_chip_0221_S31_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2286_ab4729_chip_1124_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h460_ab4729_chip_0221_S15_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h69_ab4729_chip_0610_0714_15c_S27_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc33_ab4729_chip_0825_0828_17c_S17_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc366_ab4729_chip_0221_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc44_ab4729_chip_0221_S29_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc44_ab4729_chip_1202_S5_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc827_ab4729_chip_0221_S27_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./lk2_ab4729_chip_1028_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./lk2_ab4729_chip_1202_S7_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./sklu1_ab4729_chip_0221_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_a549__1_k27ac_hg_S31-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1299__1_k27ac_hg_S29-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1395_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1437_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1963_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2009_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2087_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h209_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2122_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2126_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2171_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h23__1_k27ac_hg_S30-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_shp77_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_calu1_ab4729_chip_0414_13c_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_ebc1_ab4729_chip_0414_13c_S10_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h1975_ab4729_chip_0331_12c_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h226_ab4729_chip_0505_12c_S21_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h520_ab4729_chip_0505_12c_S23_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h526_ab4729_chip_0505_12c_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h82_ab4729_chip_0331_12c_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_hcc461_ab4729_chip_0331_12c_S2_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_sq1_ab4729_chip_0505_12c_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0331_12c_S4_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0414_13c_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig) Chr Start End Strand Peak Score Focus Ratio/Region Size Annotation Detailed Annotation Distance to TSS Nearest PromoterID Entrez ID Nearest Unigene Nearest Refseq Nearest Ensembl Gene Name Gene Alias Gene Description Gene Type ./20171108_112-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./20171108_190-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./20171108_283-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./CORL88_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Calu3_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1436_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1436_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1755_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1819_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1963_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H196_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H196_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2009_K27Ac_S2_MACS14_bam_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2009_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2030_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2081_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2081_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H209_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2106_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2170_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H226_6_7_ab4729_S6_p5_swig_ss100_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2291_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2347_S3_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2887_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3122_K27Ac_bt2_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3122_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3255_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H345_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H358_S4_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H520_5_14_ab4729_S5_p5_swig_ss100_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H841_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H841_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HARA_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC1171_S1_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC15_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC2279_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC2450_K27Ac_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC2450_ab4729_0219_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC2814_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC78_S5_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC95_K27Ac_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./KNS62_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./LC1SQSF_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./LOUNH91_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./PC9_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./SW900_ab4729_0906_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_COR-L311_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_COR-L311_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H1048-cas9_sgNeg_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H1048-cas9_sgPOU2F3_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H128_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H128_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H146_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H146_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H211_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H211_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H446_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H446_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H510A_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H510A_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H524_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H524_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H526_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H526_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H69_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H69_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H82_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H82_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H889_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H889_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./dms79_ab4729_chip_0825_0828_15c_S13_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1373_ab4729_chip_1124_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1650_ab4729_chip_0525_0714_15c_S23_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1792_ab4729_chip_0113_S13_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1833_ab4729_chip_0610_0714_15c_S25_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h187_ab4729_chip_0825_0828_15c_S15_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2077_2_ab4729_chip_0525_0714_15c_S21_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2228_ab4729_chip_0113_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2228_ab4729_chip_0221_S31_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2286_ab4729_chip_1124_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h460_ab4729_chip_0221_S15_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h69_ab4729_chip_0610_0714_15c_S27_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc33_ab4729_chip_0825_0828_17c_S17_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc366_ab4729_chip_0221_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc44_ab4729_chip_0221_S29_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc44_ab4729_chip_1202_S5_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc827_ab4729_chip_0221_S27_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./lk2_ab4729_chip_1028_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./lk2_ab4729_chip_1202_S7_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./sklu1_ab4729_chip_0221_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_a549__1_k27ac_hg_S31-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1299__1_k27ac_hg_S29-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1395_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1437_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1963_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2009_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2087_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h209_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2122_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2126_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2171_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h23__1_k27ac_hg_S30-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_shp77_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_calu1_ab4729_chip_0414_13c_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_ebc1_ab4729_chip_0414_13c_S10_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h1975_ab4729_chip_0331_12c_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h226_ab4729_chip_0505_12c_S21_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h520_ab4729_chip_0505_12c_S23_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h526_ab4729_chip_0505_12c_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h82_ab4729_chip_0331_12c_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_hcc461_ab4729_chip_0331_12c_S2_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_sq1_ab4729_chip_0505_12c_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0331_12c_S4_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0414_13c_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp 127 chr1 59235215 59253550 + 0 NA Intergenic Intergenic 5403 NM_002228 3725 Hs.696684 NM_002228 ENSG00000177606 JUN AP-1|AP1|c-Jun Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 3.205 2.581 5.318 2.816 2.110 2.600 1.528 2.340 0.825 1.775 2.281 0.245 0.755 2.218 1.126 2.559 1.081 5.014 1.161 0.909 0.844 2.682 0.930 2.195 nan 1.141 2.616 6.857 1.249 1.085 0.509 0.101 1.445 0.811 0.488 2.093 0.691 2.948 1.218 1.325 0.470 1.527 3.193 1.630 2.546 0.642 1.287 2.193 2.116 3.348 7.256 5.232 4.455 2.484 4.690 4.984 2.915 3.936 5.334 6.902 1.673 2.413 1.193 1.783 2.362 1.753 1.511 nan 2.738 1.487 1.423 1.943 0.811 1.102 1.330 1.344 0.060 1.229 1.463 0.624 0.415 0.584 2.204 2.591 1.453 0.640 2.073 0.787 0.612 2.628 0.678 1.984 0.875 1.147 1.775 4.358 3.533 5.014 0.422 0.970 0.818 2.266 1.545 1.597 1.323 0.737 1.422 0.867 0.276 0.539 1.497 1.731 1.373 1.324 1801 chr21 36162515 36189811 + 0 NA intron (NM_001001890, intron 4 of 5) intron (NM_001001890, intron 4 of 5) 58041 NR_038885 100506385 Hs.120179 NR_038885 ENSG00000234380 LINC01426 lincRNA-uc002yug.2 long intergenic non-protein coding RNA 1426 ncRNA 0.901 0.571 1.077 0.363 0.497 0.479 0.291 1.449 0.255 0.453 0.352 0.059 0.706 1.668 0.588 0.135 0.102 1.686 0.228 0.900 0.671 1.470 0.811 0.641 5.752 3.637 0.589 0.702 0.975 4.235 0.029 0.076 0.977 1.073 0.536 1.058 0.199 0.580 0.751 1.548 0.708 1.551 1.902 0.877 0.932 0.687 0.831 1.637 1.238 2.578 0.989 1.140 0.447 0.211 1.150 1.149 0.149 0.259 1.295 1.345 0.438 0.226 2.398 1.776 0.257 0.461 0.313 0.517 nan 0.620 0.102 1.611 0.852 1.095 0.055 0.420 0.010 1.515 1.169 0.310 0.761 0.017 0.181 0.940 0.594 0.200 0.203 0.827 0.990 2.002 0.641 0.914 1.183 1.946 0.453 1.370 0.404 1.686 2.066 0.463 0.217 0.396 0.275 0.901 0.487 0.596 1.579 4.636 1.133 0.146 1.228 0.499 0.749 0.654 71 chr1 32698663 32709176 + 0 NA intron (NR_026850, intron 3 of 6) AluSz6|SINE|Alu 3392 NR_026850 339483 Hs.471067 NR_026850 MTMR9LP MTMR9L myotubularin related protein 9-like, pseudogene pseudo 3.617 nan 2.083 4.808 1.010 3.016 1.739 1.110 0.029 1.392 0.278 0.253 0.848 1.137 0.960 0.865 0.556 4.091 1.240 0.545 0.342 1.254 0.592 0.676 1.643 0.445 0.490 5.852 0.432 0.285 0.807 0.127 0.534 0.516 0.413 0.737 0.412 1.053 0.817 0.412 0.062 1.257 0.345 1.781 0.572 0.306 2.305 3.497 1.640 2.352 5.739 4.074 nan 1.148 3.276 3.307 0.641 1.113 2.836 4.550 nan 1.064 1.091 1.451 0.753 0.568 0.383 0.847 2.457 nan 5.849 1.093 0.328 1.053 1.335 3.357 0.118 0.883 0.854 0.746 0.209 0.191 1.759 3.067 0.511 0.326 0.453 0.311 0.219 0.540 0.983 1.899 0.782 0.384 1.392 0.636 1.743 4.091 0.302 0.188 0.596 2.107 2.065 0.874 0.558 2.353 0.573 0.207 0.693 0.244 0.607 0.369 0.378 0.401 1648 chr2 200167115 200177852 + 0 NA intron (NM_001172509, intron 10 of 10) intron (NM_001172509, intron 10 of 10) 150336 NR_134967 23314 Hs.516617 NM_015265 ENSG00000119042 SATB2 GLSS SATB homeobox 2 protein-coding 0.900 nan 0.887 1.692 0.061 4.464 2.150 0.215 0.029 1.524 0.136 0.149 0.036 0.129 0.017 0.762 0.545 3.885 0.286 0.248 0.012 0.100 0.030 0.097 0.103 0.070 0.080 1.807 0.055 0.199 0.082 0.230 0.599 0.043 0.832 0.358 0.757 0.104 0.253 0.007 0.099 0.144 0.124 0.062 0.118 1.017 0.900 0.283 0.361 8.228 7.764 1.979 0.455 0.408 0.510 1.149 1.445 4.325 5.052 1.173 1.354 0.451 0.694 0.925 1.256 1.076 2.628 1.889 0.935 0.069 0.252 0.358 0.055 1.795 0.039 0.065 0.020 0.028 0.135 0.265 1.018 0.403 0.162 0.058 0.079 0.044 0.056 2.301 0.061 0.226 0.022 0.031 1.524 0.145 0.155 3.885 0.011 0.038 0.358 0.030 1.716 0.405 0.008 0.140 0.021 0.150 0.425 0.439 0.148 0.096 1.211 1.014 1481 chr19 49519961 49534967 + 0 NA 5' UTR (NM_000737, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_000737, exon 1 of 3) 168 NM_000737 1082 Hs.446683 NM_000737 ENSG00000104827 CGB3 CGB|CGB5|CGB7|CGB8|hCGB chorionic gonadotropin beta subunit 3 protein-coding 0.857 0.711 0.867 0.310 5.580 0.764 0.356 0.795 0.095 0.237 0.174 0.107 0.519 0.793 0.641 0.251 0.083 0.303 0.285 0.797 0.149 0.386 0.390 0.188 nan 0.851 0.395 0.462 1.184 0.184 0.384 0.094 0.419 0.355 0.206 0.217 1.044 2.274 0.375 0.232 0.128 1.574 0.280 1.374 0.199 0.470 0.194 0.223 0.628 0.923 0.645 0.611 1.015 0.326 0.600 0.666 0.189 0.370 0.265 0.298 0.685 0.441 0.281 0.288 0.235 0.340 0.303 0.657 0.601 0.457 0.071 1.400 0.184 1.184 0.167 0.249 0.046 0.133 0.143 0.152 0.090 0.019 0.016 0.380 0.202 0.135 0.285 0.119 0.128 0.410 0.374 0.885 0.615 0.208 0.237 0.762 0.316 0.303 0.351 0.391 0.083 1.838 0.610 0.601 0.281 0.616 0.143 0.092 0.053 0.130 0.353 0.143 0.242 0.157 2266 chr6 21583993 21616701 + 0 NA Intergenic Intergenic 6375 NM_003107 6659 Hs.643910 NM_003107 ENSG00000124766 SOX4 EVI16 SRY-box 4 protein-coding 3.444 2.823 nan 4.276 2.553 3.534 2.036 0.972 1.237 2.964 2.082 0.307 0.436 1.484 2.144 1.811 0.939 5.653 1.058 1.384 0.345 1.644 0.688 2.958 3.918 2.827 3.605 nan 1.037 1.226 3.628 0.147 1.251 0.647 0.752 1.319 0.628 2.991 1.195 0.621 0.492 0.656 1.910 0.796 1.306 1.010 3.116 3.961 4.902 nan 7.221 5.862 nan 1.535 10.732 10.737 2.343 3.126 4.433 5.210 3.881 4.617 2.789 6.312 4.684 3.813 1.925 2.488 1.871 1.093 3.906 0.786 0.508 0.817 1.450 2.994 1.413 1.243 1.698 0.209 0.472 1.359 2.194 0.531 0.409 0.256 1.094 1.002 0.947 0.568 1.180 1.883 0.786 1.316 2.964 2.144 0.689 5.653 0.711 1.104 0.966 1.758 1.553 0.044 0.858 0.738 0.526 1.416 2.940 0.884 1.007 0.963 0.696 0.703 1178 chr17 38170043 38184022 + 0 NA intron (NM_001079518, intron 22 of 24) AluJo|SINE|Alu 5418 NM_000759 1440 Hs.2233 NM_000759 ENSG00000108342 CSF3 C17orf33|CSF3OS|GCSF colony stimulating factor 3 protein-coding nan 0.880 0.743 0.308 1.540 0.543 0.321 1.306 0.847 0.303 0.216 0.128 0.270 0.655 0.745 0.350 0.212 0.489 0.175 0.498 0.204 0.349 0.182 0.300 1.671 0.553 2.648 0.604 0.604 0.191 0.055 0.047 0.417 0.633 0.287 0.615 0.123 0.168 0.385 0.803 0.120 3.435 0.267 0.697 0.255 0.179 0.466 0.529 0.532 0.989 nan 0.867 0.685 0.229 0.827 0.898 0.495 1.018 2.608 3.596 nan 0.423 0.332 0.389 0.314 0.279 0.412 0.794 1.023 0.591 1.192 0.994 0.103 0.140 0.136 0.177 0.109 0.247 0.136 0.216 0.442 0.061 0.085 9.822 3.736 1.350 0.117 0.263 0.313 0.321 0.681 0.204 0.383 0.285 0.303 0.463 0.178 0.489 0.088 0.241 0.119 1.210 1.493 0.425 0.081 0.840 0.365 0.311 0.043 0.167 7.302 0.129 0.678 0.527 1387 chr19 8418519 8436186 + 0 NA Intergenic Intergenic -1659 NR_104213 51129 Hs.9613 NM_016109 ENSG00000167772 ANGPTL4 ARP4|FIAF|HARP|HFARP|NL2|PGAR|TGQTL|UNQ171|pp1158 angiopoietin like 4 protein-coding 0.711 1.110 0.953 0.144 0.285 0.313 0.118 1.688 0.081 0.383 0.249 0.246 0.495 0.883 3.442 0.079 0.107 0.114 0.312 0.470 0.105 0.903 0.809 0.399 2.291 0.679 0.536 1.007 0.347 0.224 0.570 0.093 0.425 0.712 0.198 0.894 0.281 0.335 0.407 0.889 0.090 1.277 0.825 0.095 0.364 0.328 0.279 0.299 0.208 0.350 0.606 0.603 0.550 0.183 0.202 0.260 0.290 0.458 0.526 nan 0.680 0.484 0.276 0.287 0.164 0.314 0.171 0.264 0.572 0.444 0.111 1.497 0.616 1.447 0.059 0.086 0.072 1.105 0.765 0.855 0.945 0.043 0.054 0.960 0.642 0.292 0.418 0.057 0.061 3.489 1.685 3.215 1.372 1.509 0.383 1.612 3.300 0.114 0.338 0.716 0.071 1.968 0.272 0.391 1.034 0.745 0.139 0.067 0.057 0.056 0.550 0.283 0.838 0.715 512 chr11 61531214 61540639 + 0 NA intron (NM_001127392, intron 3 of 26) intron (NM_001127392, intron 3 of 26) -10790 NR_026882 26070 Hs.564254 NR_026882 ENSG00000124915 DKFZP434K028 - uncharacterized LOC26070 ncRNA nan 0.568 0.594 0.270 0.534 0.518 0.238 0.343 0.292 0.080 0.035 0.054 0.181 0.134 0.165 0.114 0.213 0.218 0.213 2.049 0.087 0.179 1.602 0.581 0.104 0.370 0.119 0.170 0.400 0.115 0.246 0.024 0.068 0.109 0.099 0.044 0.178 0.084 0.092 0.244 0.191 0.066 0.304 0.066 0.744 0.891 0.287 0.392 0.945 0.999 0.683 0.309 0.524 0.518 0.229 0.574 0.411 0.688 0.483 0.312 0.562 0.725 0.195 0.300 0.532 0.616 0.637 0.499 0.071 0.631 0.024 0.120 0.508 0.116 0.218 0.186 0.077 0.302 0.225 0.030 0.034 0.580 0.179 0.099 0.184 0.041 0.088 0.138 2.125 0.066 0.026 0.424 0.292 0.204 0.122 0.213 0.117 0.074 0.114 0.315 0.313 0.129 0.062 0.112 4.086 0.046 0.042 0.129 0.089 0.150 0.189 0.085 1932 chr3 114858906 114868323 + 0 NA intron (NM_015642, intron 1 of 9) intron (NM_015642, intron 1 of 9) 2513 NM_015642 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 4.463 nan 2.808 2.201 1.192 4.044 2.095 0.956 1.175 2.067 2.727 0.176 0.281 1.045 1.059 1.895 0.780 3.207 1.416 0.814 0.421 1.920 0.418 1.392 2.269 1.461 0.697 3.465 0.389 1.158 1.687 0.120 2.166 0.414 0.492 1.407 0.212 1.065 0.549 0.661 0.119 0.930 2.407 0.957 0.655 0.453 2.416 3.650 4.177 4.690 5.360 nan 5.160 2.648 4.436 5.047 nan 5.709 2.065 3.585 7.116 7.826 1.166 2.354 2.013 1.688 2.975 4.502 1.758 1.216 2.993 0.883 0.374 1.143 1.006 2.183 1.725 1.201 1.236 1.339 0.777 0.436 1.329 1.963 1.173 0.653 0.382 0.937 0.595 1.138 1.779 1.720 0.872 1.137 2.067 1.424 1.168 3.207 0.299 0.368 0.959 2.167 1.432 1.152 0.420 0.654 0.494 0.561 1.304 2.481 0.710 0.521 0.752 0.442 463 chr11 12843540 12870266 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) (TTGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 154192 NR_038904 100506305 Hs.153408 NR_038904 ENSG00000251381 LINC00958 - long intergenic non-protein coding RNA 958 ncRNA 1.318 nan 1.884 1.996 0.511 2.745 1.440 0.516 0.386 2.538 1.753 0.181 0.198 0.716 0.160 1.678 0.944 3.382 0.585 0.362 0.111 0.242 0.094 0.362 1.455 0.322 0.321 4.524 0.229 0.840 0.248 0.110 0.981 0.155 0.627 0.217 0.065 0.208 0.591 0.229 0.102 1.056 0.215 0.179 0.301 0.192 nan 3.873 2.078 2.459 4.023 4.210 4.736 1.627 1.069 1.159 2.219 nan 2.577 3.552 1.077 1.018 1.499 3.037 4.068 4.579 1.117 3.896 2.814 nan 3.901 0.551 0.082 0.604 0.559 4.138 0.139 0.300 0.171 0.196 0.363 1.538 0.499 0.124 0.098 0.070 0.179 0.220 0.325 0.495 0.807 0.274 0.293 0.228 2.538 0.579 0.148 3.382 0.134 0.164 0.230 0.105 0.381 0.277 0.119 0.381 0.204 0.762 3.159 0.853 0.495 0.067 0.069 0.048 517 chr11 62338375 62343162 + 0 NA intron (NM_001404, intron 1 of 9) intron (NM_001404, intron 1 of 9) 692 NM_001404 1937 Hs.144835 NM_001404 ENSG00000254772 EEF1G EF1G|GIG35 eukaryotic translation elongation factor 1 gamma protein-coding nan 2.610 1.983 3.735 2.727 3.391 1.811 3.612 1.402 2.889 2.215 0.127 1.263 2.980 2.792 1.802 0.929 3.225 1.423 3.467 1.060 2.141 1.660 2.707 6.606 3.251 2.921 8.370 3.026 3.510 4.624 0.182 6.213 1.473 2.638 4.479 1.676 7.386 3.153 2.204 1.383 6.761 5.909 5.626 5.485 2.125 4.593 5.820 4.965 7.234 7.736 7.807 6.391 2.190 6.444 7.008 4.262 5.850 7.278 9.675 5.717 6.282 3.127 6.473 3.051 3.882 3.735 5.242 3.726 1.485 2.872 5.301 1.784 3.530 2.555 1.909 1.772 2.357 2.557 2.159 3.873 0.977 0.924 5.716 7.094 3.439 1.973 1.452 1.365 4.363 2.782 3.264 2.489 1.854 2.889 2.388 4.319 3.225 1.454 2.271 0.997 3.013 2.353 2.371 1.510 4.150 2.024 1.869 1.459 2.123 2.359 1.775 2.033 1.097 458 chr11 12397673 12413892 + 0 NA intron (NM_018222, intron 1 of 12) intron (NM_018222, intron 1 of 12) 6756 NM_018222 55742 Hs.432914 NM_018222 ENSG00000197702 PARVA CH-ILKBP|MXRA2 parvin alpha protein-coding 1.398 nan 0.852 0.458 0.510 0.465 0.266 0.993 0.138 0.456 1.076 0.111 0.141 0.502 0.199 0.251 0.223 4.166 0.444 0.426 0.458 0.649 0.260 0.460 1.410 0.690 0.488 0.732 0.090 0.191 0.412 0.081 0.522 0.197 0.614 0.724 0.318 1.021 0.839 0.329 0.139 0.930 0.148 0.597 0.385 0.362 nan 1.072 1.361 2.044 1.412 1.487 1.854 0.632 2.538 2.369 0.543 nan 1.098 1.516 0.867 0.857 0.745 1.080 1.059 0.873 0.439 0.660 1.862 nan 0.410 0.768 0.176 0.468 0.236 0.300 0.051 0.595 0.570 0.975 0.328 0.316 0.215 0.933 1.446 0.602 0.193 0.269 0.232 0.985 0.909 0.790 0.413 0.531 0.456 0.830 0.639 4.166 0.164 0.364 0.163 0.809 0.006 0.563 0.106 0.463 1.022 0.078 0.220 0.107 0.414 0.129 0.509 0.320 2634 chr8 146244836 146256223 + 0 NA Intergenic HERVK-int|LTR|ERVK -22244 NR_023392 286101 Hs.367856 NR_023392 ZNF252P ZNF252 zinc finger protein 252, pseudogene pseudo 1.073 1.485 nan 1.094 0.162 2.863 1.239 0.171 0.027 0.369 0.118 0.099 0.105 0.157 0.033 1.129 0.414 2.563 0.292 0.267 0.087 0.077 0.065 0.154 0.378 0.207 0.231 1.138 0.116 0.245 0.079 0.112 0.395 0.042 0.090 0.276 0.055 0.211 0.298 0.068 0.047 0.248 0.145 0.130 0.146 0.055 0.259 0.284 0.323 0.610 nan 4.546 nan 0.386 0.671 0.631 0.218 0.441 0.550 0.722 0.641 0.496 0.575 0.526 0.375 0.452 0.361 0.566 3.246 1.352 0.195 0.083 0.067 0.096 0.107 1.174 0.026 0.074 0.038 0.039 0.048 0.050 0.133 0.176 0.069 0.069 0.051 0.034 0.073 0.210 0.114 0.087 0.063 0.029 0.369 0.183 0.024 2.563 0.075 0.065 0.060 0.108 0.375 0.030 0.007 0.035 0.189 0.132 0.111 0.205 0.046 0.083 0.023 0.031 1785 chr21 16372109 16379674 + 0 NA intron (NM_003489, intron 3 of 3) intron (NM_003489, intron 3 of 3) 61235 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 1.487 1.077 nan 0.476 1.173 3.585 2.048 0.170 0.124 0.646 0.019 0.021 0.051 0.434 0.282 1.941 1.051 0.016 1.294 0.187 0.970 0.091 0.358 0.204 0.582 0.169 0.385 0.346 0.077 0.071 0.073 0.076 0.161 0.216 0.041 0.209 0.091 0.673 0.146 0.158 0.022 0.088 0.057 0.459 0.368 0.245 0.936 1.048 0.780 0.906 0.747 0.929 5.607 2.052 0.111 0.137 0.147 0.204 0.346 0.386 3.224 2.882 0.744 1.240 6.187 7.553 0.964 2.626 4.076 1.686 0.014 0.232 0.025 0.027 0.023 0.073 0.152 0.057 0.185 0.137 1.332 0.649 0.098 0.157 0.144 0.562 0.031 0.160 0.132 0.278 0.409 0.135 0.262 0.646 0.142 0.049 0.016 0.048 0.199 0.023 0.090 0.022 0.104 2.341 0.134 0.955 0.776 0.109 0.783 0.013 1250 chr17 69442987 69470881 + 0 NA Intergenic Intergenic -258614 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility candidate 17 (non-protein coding) ncRNA 0.838 nan 0.573 0.141 0.200 8.619 4.157 0.150 0.016 0.426 0.242 0.110 0.172 0.126 0.094 0.314 0.240 0.698 0.150 0.229 0.058 0.117 0.137 0.228 0.417 0.208 0.119 0.679 0.551 0.123 0.032 0.112 0.247 0.055 0.090 0.066 0.104 0.145 0.246 0.148 0.017 0.199 0.211 0.107 0.162 0.045 0.508 0.324 0.489 1.155 0.477 0.562 3.313 1.078 0.243 0.239 0.520 nan 0.592 0.547 0.497 0.196 0.231 0.342 0.543 0.869 0.135 0.231 1.024 0.579 0.035 0.600 0.051 0.225 0.047 0.251 0.010 0.057 0.008 0.008 0.092 0.090 0.076 0.103 0.028 0.017 0.030 0.025 0.043 0.192 0.082 0.077 0.097 0.162 0.426 0.077 0.053 0.698 0.151 0.177 0.045 0.077 0.045 0.036 0.045 0.198 0.123 0.058 0.119 0.040 0.371 0.111 0.033 0.023 1363 chr18 77000316 77023871 + 0 NA intron (NM_198531, intron 11 of 29) MIRb|SINE|MIR -143679 NM_001278669 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T-cells 1 protein-coding nan nan 0.632 0.415 0.064 0.376 0.215 0.161 0.005 0.376 0.108 0.034 0.016 0.094 0.020 0.387 0.203 0.498 0.312 0.201 0.053 0.058 0.045 0.230 0.077 0.061 0.051 0.594 0.075 0.113 0.126 0.075 0.143 0.050 0.064 0.105 0.010 0.073 0.173 0.023 0.031 0.093 0.127 0.059 0.146 0.048 0.403 0.276 0.460 0.914 0.674 nan 10.800 4.757 0.840 0.882 0.192 0.336 0.707 nan 0.351 0.200 0.151 0.259 0.821 1.648 0.204 0.275 1.280 0.680 0.053 0.347 0.024 0.137 0.084 0.114 0.041 0.126 0.150 0.186 0.287 0.142 0.067 0.321 0.063 0.027 0.032 0.080 0.051 0.204 0.169 0.105 0.067 0.111 0.376 0.106 0.200 0.498 0.047 0.064 0.054 0.086 0.182 0.248 0.263 0.193 0.089 0.072 0.027 0.068 0.061 0.044 0.015 0.011 722 chr12 58807079 58822087 + 0 NA Intergenic Intergenic -170901 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 1.262 0.710 0.367 1.959 0.296 0.117 0.500 0.174 0.510 1.121 0.117 0.938 1.302 0.390 0.550 0.464 0.366 0.148 1.269 0.379 1.348 1.899 1.717 3.041 1.826 1.356 0.693 2.619 1.040 0.043 0.078 1.914 1.832 0.703 2.548 0.394 1.964 1.134 1.349 1.615 3.613 1.811 0.635 0.961 0.979 nan 0.583 0.632 1.364 0.444 nan 2.387 0.723 0.371 0.494 0.468 nan 0.521 nan 0.473 0.124 0.253 0.522 0.765 0.967 0.212 0.323 2.450 1.563 0.007 1.487 0.191 1.850 0.073 0.077 0.028 2.814 2.085 0.045 1.418 0.114 0.064 0.184 0.258 0.179 1.813 0.328 0.500 2.645 0.886 0.067 1.116 1.938 0.510 1.211 12.087 0.366 1.205 1.349 0.019 0.089 0.149 1.012 2.388 1.840 1.149 0.674 0.217 0.073 1.419 1.341 0.990 1.295 2507 chr7 155246692 155266245 + 0 NA 3' UTR (NM_001427, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001427, exon 2 of 2) 5644 NM_001427 2020 Hs.134989 NM_001427 ENSG00000164778 EN2 - engrailed homeobox 2 protein-coding 0.462 0.454 nan 0.127 0.199 0.189 0.149 0.080 0.038 1.050 0.077 0.057 0.060 0.058 0.135 0.143 0.122 0.636 0.186 0.006 0.367 0.070 0.290 0.308 0.223 0.152 0.557 0.037 0.164 1.140 0.099 0.382 0.132 0.090 0.170 0.096 0.215 0.422 0.022 0.315 0.489 0.632 0.150 0.059 0.229 4.385 4.525 1.988 1.886 1.187 1.002 0.189 0.061 0.110 0.102 0.141 0.222 0.128 0.155 0.361 0.239 4.090 7.321 0.097 0.131 0.063 0.161 0.452 0.457 1.329 0.058 0.039 0.071 0.026 0.327 0.843 0.249 0.185 0.185 0.113 0.005 0.057 0.287 0.034 0.016 0.063 0.148 0.143 0.449 0.352 0.311 0.178 0.041 1.050 0.047 0.044 0.122 0.057 0.174 0.229 1.703 0.015 0.017 0.009 0.162 0.023 0.047 3.226 0.025 0.046 0.019 0.127 0.128 1109 chr17 2344772 2370040 + 0 NA intron (NM_024086, intron 6 of 9) L1MC4|LINE|L1 -38676 NR_028335 284009 Hs.632244 NM_001025459 LOC284009 - uncharacterized LOC284009 ncRNA 1.339 0.844 0.910 0.175 0.086 0.343 0.262 0.153 0.025 0.209 0.200 0.115 0.075 0.284 0.090 0.087 0.128 0.275 0.119 0.228 0.034 0.158 0.037 0.133 0.528 0.200 0.100 0.768 0.058 0.131 0.086 0.099 0.458 0.032 0.071 0.219 0.025 0.104 0.346 0.039 0.029 0.232 0.495 0.163 0.128 0.148 0.390 0.418 0.227 0.373 0.577 0.790 0.511 0.265 0.377 0.378 0.743 1.110 0.769 0.880 1.972 1.500 0.174 0.193 0.242 0.423 1.021 4.044 0.635 0.355 0.501 0.378 0.030 0.258 0.048 1.033 0.066 0.217 0.167 0.067 0.200 0.079 0.400 0.133 0.043 0.019 0.301 0.081 0.092 0.095 0.478 0.196 0.037 0.206 0.209 0.419 0.209 0.275 0.116 0.079 0.407 0.151 0.064 0.094 0.012 0.309 0.084 0.046 0.051 1.313 0.045 0.070 0.039 0.034 2067 chr4 111943524 111952518 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -384742 NM_001204398 5308 Hs.643588 NM_000325 ENSG00000164093 PITX2 ARP1|Brx1|IDG2|IGDS|IGDS2|IHG2|IRID2|Otlx2|PTX2|RGS|RIEG|RIEG1|RS paired like homeodomain 2 protein-coding 0.647 0.652 0.517 0.079 0.056 0.233 0.090 0.067 0.014 0.102 0.090 0.084 0.045 0.028 0.030 0.062 0.063 0.073 0.234 0.014 0.105 0.036 0.113 0.110 0.081 0.031 0.226 0.032 0.067 0.023 0.126 0.150 0.052 0.026 0.031 0.017 0.076 0.141 0.012 0.009 0.116 0.089 0.047 0.086 0.023 0.762 0.352 9.372 0.908 0.119 0.176 0.079 0.041 0.473 0.501 0.250 0.276 0.238 0.255 0.193 0.043 0.194 0.360 0.032 0.095 0.388 0.751 0.113 0.206 0.006 0.142 0.148 0.009 0.030 0.061 0.008 0.016 0.108 0.008 0.052 0.022 0.009 0.018 0.069 0.089 0.027 0.048 0.016 0.029 0.014 0.031 0.063 0.095 0.055 0.033 0.013 0.038 0.005 0.017 0.087 0.051 0.071 0.072 0.042 0.026 1630 chr2 175618396 175637833 + 0 NA intron (NM_001039523, intron 1 of 9) intron (NM_001039523, intron 1 of 9) 1086 NM_001039523 1134 Hs.434479 NM_000079 ENSG00000138435 CHRNA1 ACHRA|ACHRD|CHRNA|CMS1A|CMS1B|CMS2A|FCCMS|SCCMS cholinergic receptor nicotinic alpha 1 subunit protein-coding 1.565 0.868 2.770 0.140 0.075 0.326 0.144 0.165 0.006 0.164 0.207 0.041 0.069 0.181 0.334 0.082 0.150 0.475 0.504 0.142 0.038 0.067 0.077 0.148 0.438 0.290 0.343 0.505 0.038 0.127 0.050 0.058 0.182 0.078 0.066 0.245 0.083 0.122 0.291 0.050 0.004 0.177 0.177 0.101 0.149 0.306 0.420 0.398 0.226 0.295 1.155 1.235 0.683 0.205 0.290 0.359 0.952 1.208 1.461 1.969 2.760 2.449 0.163 0.233 0.124 0.127 2.254 6.671 0.518 0.422 0.245 0.102 0.015 0.234 0.046 0.174 0.043 0.039 0.022 0.068 0.105 0.020 0.874 0.190 0.082 0.048 0.058 0.077 0.106 0.231 0.141 0.154 0.045 0.086 0.164 0.114 0.048 0.475 0.044 0.055 0.257 0.135 0.152 0.056 0.015 0.065 0.074 0.063 0.045 1.849 0.421 0.034 0.071 0.018 1597 chr2 114325655 114351475 + 0 NA Intergenic Intergenic 2108 NR_031632 100302128 NR_031632 ENSG00000221055 MIR1302-3 MIRN1302-3|hsa-mir-1302-3 microRNA 1302-3 ncRNA 2.011 nan 2.027 1.056 0.761 1.097 0.642 1.143 0.190 1.922 0.473 0.267 0.421 0.837 0.637 0.570 0.393 1.460 0.654 0.909 0.273 0.873 0.391 0.617 1.320 1.108 0.862 nan 0.453 0.959 0.831 0.142 1.545 0.315 0.307 0.839 0.304 0.792 1.286 0.874 0.434 1.298 1.371 0.725 0.930 0.679 1.673 2.130 1.396 2.148 3.088 nan 2.652 1.029 2.282 2.196 1.264 1.761 1.540 1.950 2.393 1.987 1.180 1.778 0.834 0.754 1.902 3.550 1.809 1.057 0.650 0.673 0.402 0.574 0.862 1.314 0.985 0.585 0.583 0.757 0.627 0.274 0.448 0.780 1.171 0.746 0.330 0.502 0.530 0.793 1.098 1.575 0.508 0.789 1.922 0.688 0.649 1.460 0.876 0.724 0.648 1.441 1.457 0.433 0.154 0.367 0.290 0.319 0.482 1.996 0.542 0.387 0.687 0.509 728 chr12 77819647 77834789 + 0 NA Intergenic Intergenic -367858 NM_203394 144455 Hs.416375 NM_203394 ENSG00000165891 E2F7 - E2F transcription factor 7 protein-coding nan 0.732 0.581 0.122 0.071 0.357 0.221 0.088 0.011 0.085 0.612 0.159 0.013 0.063 0.017 0.113 0.119 0.063 0.416 0.175 0.025 0.080 0.009 0.054 0.045 0.043 0.057 0.298 0.029 0.042 0.036 0.070 0.163 0.023 0.045 0.078 0.047 0.104 0.226 0.014 0.016 0.143 0.143 0.050 0.081 0.105 0.347 0.263 0.221 0.223 0.485 0.532 0.183 0.079 0.275 0.279 4.788 5.255 nan 0.380 0.466 0.227 0.157 0.246 0.091 0.174 0.367 0.656 nan 0.633 0.073 0.042 0.055 0.046 0.325 0.009 0.018 0.014 0.010 0.071 0.006 0.062 0.012 0.020 0.016 0.025 0.015 0.032 0.099 0.038 0.041 0.021 0.040 0.085 0.037 0.033 0.063 0.008 0.044 0.025 0.015 0.033 0.022 0.006 0.025 0.074 0.008 0.033 0.132 0.025 0.043 0.024 0.009 1244 chr17 66373406 66382161 + 0 NA intron (NM_001267727, intron 8 of 11) intron (NM_001267727, intron 8 of 11) -31981 NM_001278433 5573 Hs.280342 NM_002734 ENSG00000108946 PRKAR1A ACRDYS1|ADOHR|CAR|CNC|CNC1|PKR1|PPNAD1|PRKAR1|TSE1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit alpha protein-coding 2.061 nan 1.191 0.919 0.103 1.149 0.509 1.131 0.007 0.748 1.212 0.234 0.022 0.107 0.077 0.428 0.235 0.291 0.210 0.402 0.170 0.171 0.048 0.459 2.612 0.386 0.520 1.528 0.083 0.220 0.061 0.117 0.255 0.054 3.778 0.326 0.127 0.375 0.321 0.400 0.055 0.436 0.244 0.555 1.519 0.273 0.527 0.502 0.637 2.997 0.438 0.566 2.141 0.631 0.238 0.402 0.226 nan 1.877 2.879 0.830 0.711 0.419 1.176 0.778 0.665 0.233 0.475 1.342 0.954 0.063 0.271 0.011 0.420 0.080 0.792 0.365 0.979 0.759 0.101 16.084 0.132 0.099 5.709 1.561 0.546 0.360 0.411 0.344 1.615 2.597 0.110 2.300 1.964 0.748 0.199 0.052 0.291 0.641 3.573 0.475 0.164 0.375 0.077 0.092 0.578 0.290 0.231 1.381 0.112 0.666 0.398 4.218 3.320 2154 chr5 69195370 69201131 + 0 NA Intergenic Intergenic -122822 NM_021967 8293 Hs.726820 NM_021967 ENSG00000172058 SERF1A 4F5|FAM2A|H4F5|SERF1|SMAM1 small EDRK-rich factor 1A protein-coding 3.624 8.398 2.891 0.979 0.127 0.518 0.306 0.233 0.032 0.617 0.310 0.306 0.033 0.246 0.011 0.807 0.386 0.410 0.207 0.455 0.021 0.070 0.054 0.229 0.635 0.140 0.200 0.430 0.140 0.554 0.130 0.103 0.192 0.020 0.093 0.177 0.029 0.047 0.482 0.056 0.068 0.163 0.332 0.221 0.200 0.307 0.526 0.784 1.011 1.298 0.949 0.813 4.379 1.474 0.985 0.818 1.290 2.109 1.075 2.108 1.842 1.559 0.291 0.469 4.354 4.412 0.704 1.024 1.530 1.047 0.385 0.599 0.041 0.175 0.142 0.453 1.187 0.270 0.227 0.305 0.217 2.111 0.454 0.177 0.241 0.151 0.155 0.140 0.170 0.086 0.238 0.414 0.081 0.187 0.617 0.286 0.089 0.410 0.071 0.186 0.323 0.282 0.195 0.122 0.022 0.110 0.019 0.117 0.066 0.277 0.067 0.032 0.070 0.035 1638 chr2 178175352 178199782 + 0 NA intron (NR_026966, intron 6 of 8) intron (NR_026966, intron 6 of 8) -8957 NR_106767 102465255 NR_106767 ENSG00000278418 MIR6512 hsa-mir-6512|mir-6512 microRNA 6512 ncRNA 1.052 0.866 0.785 0.247 0.121 0.414 0.170 0.188 0.013 0.403 0.343 0.118 0.039 0.133 0.341 0.191 0.101 0.225 0.322 0.235 0.046 0.117 0.034 0.158 0.404 0.122 0.157 0.421 0.054 0.123 0.128 0.089 0.594 0.077 0.072 0.240 0.061 0.166 1.153 0.067 1.991 0.927 5.750 0.107 0.243 0.123 1.270 1.450 1.741 1.791 0.359 0.472 0.822 0.239 0.318 0.388 0.779 1.103 0.682 0.798 0.549 0.471 0.945 1.513 0.557 0.561 0.318 0.645 0.435 0.494 0.177 0.173 0.055 0.332 0.020 0.105 0.039 0.151 0.050 0.112 0.274 0.081 0.264 0.142 0.057 0.048 0.063 0.141 0.218 0.172 0.538 0.141 0.164 0.098 0.403 0.053 0.116 0.225 0.045 0.061 0.111 0.246 0.071 0.062 0.014 0.130 0.107 0.052 0.683 0.111 0.068 0.100 0.033 0.006 742 chr12 107366692 107373783 + 0 NA TTS (NM_025198) TTS (NM_025198) 10707 NM_025198 80298 Hs.5009 NM_025198 ENSG00000120832 MTERF2 MTERFD3|mTERFL mitochondrial transcription termination factor 2 protein-coding 1.173 0.855 nan 0.535 0.226 0.355 0.277 0.107 0.102 0.322 1.024 0.182 0.075 0.283 0.017 0.312 0.137 0.202 0.184 0.371 0.070 0.087 0.060 0.537 1.163 0.420 0.258 0.599 0.181 0.201 0.123 0.122 0.467 0.033 0.109 0.353 0.023 0.279 0.131 0.062 0.023 0.224 0.171 0.135 0.216 0.251 0.375 0.264 0.422 0.734 0.472 0.683 1.530 0.578 0.446 0.386 1.974 2.919 2.120 2.049 0.512 0.215 0.167 0.321 4.880 7.582 0.397 0.626 1.447 0.896 0.101 0.080 0.148 1.157 0.690 0.122 0.169 0.075 0.132 0.235 1.612 0.101 0.105 0.043 0.033 0.117 0.012 0.068 0.262 0.272 0.122 0.656 0.362 0.322 0.141 0.092 0.202 0.186 0.408 0.054 0.017 1.351 0.068 0.024 0.135 0.071 0.070 0.122 0.122 0.053 0.148 0.016 0.029 29 chr1 8012923 8028532 + 0 NA promoter-TSS (NM_001123377) promoter-TSS (NM_001123377) -987 NM_007262 11315 Hs.419640 NM_007262 ENSG00000116288 PARK7 DJ-1|DJ1|HEL-S-67p Parkinsonism associated deglycase protein-coding 2.079 nan 2.267 4.053 1.383 1.252 0.715 1.284 0.377 0.599 1.574 0.137 0.385 0.898 1.512 0.679 0.486 0.705 1.606 0.745 0.357 0.962 0.339 0.547 nan 1.597 0.827 3.621 0.506 1.374 1.384 0.116 1.672 0.424 0.592 0.605 0.350 1.486 1.017 0.881 0.207 1.314 1.866 0.864 1.562 0.534 1.502 1.802 1.170 1.929 4.830 4.698 1.709 0.808 3.151 3.284 2.672 nan nan 8.671 nan 1.513 1.244 1.815 1.019 1.065 1.918 2.821 2.242 1.338 0.873 0.899 0.423 0.961 0.784 0.933 0.375 0.564 0.398 0.674 1.051 0.225 0.470 0.833 1.094 0.495 0.308 0.422 0.304 0.866 1.014 2.165 0.733 0.648 0.599 1.363 2.341 0.705 0.714 0.662 0.550 2.083 0.850 0.617 0.493 0.876 0.634 0.871 0.784 0.886 0.468 0.387 0.373 0.206 350 chr10 1577524 1618524 + 0 NA intron (NR_033387, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 29199 NR_033387 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168|bA466B20.1 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.497 0.389 0.629 0.776 0.034 0.819 0.356 0.050 0.009 0.270 0.086 0.137 0.009 0.044 0.032 0.689 0.364 3.736 0.059 0.124 0.006 0.045 0.003 0.086 0.056 0.033 0.043 0.832 0.011 0.057 0.043 0.089 0.272 0.009 0.046 0.036 0.006 0.047 0.196 0.008 0.041 0.294 0.092 0.051 0.021 0.035 0.610 0.837 0.123 0.161 1.601 1.466 0.710 0.275 0.219 0.267 0.099 0.194 2.463 3.196 0.193 0.105 0.394 0.712 0.030 0.036 0.082 0.111 0.649 0.444 0.944 0.040 0.002 0.049 0.173 0.871 0.017 0.007 0.021 0.014 0.092 0.009 0.051 0.058 0.031 0.023 0.017 0.012 0.018 0.106 0.062 0.064 0.038 0.175 0.270 0.054 0.018 3.736 0.033 0.053 0.103 0.091 0.332 0.007 0.002 0.042 0.014 0.009 0.280 0.027 0.017 0.079 0.022 0.014 1969 chr3 156330062 156351100 + 0 NA Intergenic HERVL18-int|LTR|ERVL -51624 NM_015508 25976 Hs.744050 NM_015508 ENSG00000163659 TIPARP ARTD14|PARP7|pART14 TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase protein-coding nan 1.235 0.730 0.983 1.464 0.822 0.398 0.163 1.583 0.631 0.280 0.092 0.719 1.303 0.171 0.358 0.295 0.511 0.781 0.268 0.140 2.709 2.359 0.198 0.931 0.550 2.284 0.552 0.362 0.152 0.098 0.084 0.604 0.420 0.043 0.430 0.793 1.349 0.703 2.210 2.110 1.062 1.135 0.119 1.287 0.174 0.321 0.276 0.377 0.985 0.459 0.630 3.718 0.590 0.281 0.284 0.277 nan 1.458 1.449 0.608 0.390 0.150 0.255 0.911 1.705 0.262 0.442 1.166 0.847 0.244 2.562 0.482 0.282 0.086 0.477 0.020 2.406 1.609 0.168 0.114 0.068 0.158 0.339 0.238 0.196 0.976 0.112 0.218 0.538 0.131 0.249 0.180 0.302 0.631 1.495 3.351 0.511 0.188 0.090 0.273 0.193 0.281 1.879 0.180 0.640 0.353 0.126 0.031 0.139 0.079 2.980 0.980 0.637 1810 chr21 40157733 40193129 + 0 NA Intergenic Intergenic -1800 NM_001256295 2114 Hs.644231 NM_005239 ENSG00000157557 ETS2 ETS2IT1 ETS proto-oncogene 2, transcription factor protein-coding nan 0.806 2.363 1.813 3.411 1.067 0.449 0.787 0.789 0.937 0.615 0.106 0.810 1.141 0.098 0.704 0.367 2.195 0.649 1.405 0.371 1.090 0.767 0.664 3.149 1.201 1.562 3.526 1.256 0.378 0.083 0.085 1.593 0.360 0.329 1.559 0.697 1.805 0.810 0.914 0.191 2.376 0.652 0.820 1.269 0.507 1.072 1.251 0.697 1.081 2.251 2.305 nan 0.695 0.311 0.328 0.579 nan 4.665 5.123 1.076 0.948 1.738 2.520 0.801 0.729 0.504 0.640 2.682 1.353 0.327 1.461 0.784 0.742 1.087 1.677 0.090 1.177 0.865 0.345 0.175 0.183 0.185 1.066 0.565 0.335 0.744 0.233 0.206 0.751 1.418 0.333 2.448 3.350 0.937 1.697 1.602 2.195 1.779 3.439 0.388 0.364 1.712 0.819 0.384 1.112 0.601 0.226 1.444 0.153 0.573 0.601 0.441 0.458 2203 chr5 142771873 142786568 + 0 NA intron (NM_001204265, intron 2 of 6) intron (NM_001204265, intron 2 of 6) 4034 NM_000176 2908 Hs.122926 NM_000176 ENSG00000113580 NR3C1 GCCR|GCR|GCRST|GR|GRL nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 protein-coding nan 2.131 2.153 1.839 4.326 1.239 0.733 5.935 1.574 0.999 2.437 0.212 0.697 1.891 3.146 0.668 0.240 1.488 1.183 1.605 1.272 2.499 2.405 3.880 4.813 3.399 3.141 10.881 1.632 1.346 0.760 0.093 14.126 2.891 2.151 2.864 0.707 3.531 1.753 4.466 0.784 3.239 6.944 3.557 1.912 1.331 0.186 0.091 0.485 0.685 3.728 3.345 2.285 1.176 3.255 3.119 4.858 5.819 4.383 5.424 4.703 4.969 1.625 1.749 2.437 2.413 2.031 3.473 1.493 0.808 1.869 3.310 1.659 2.145 0.772 4.182 0.182 3.286 4.671 1.240 3.783 0.802 1.312 4.613 2.110 1.007 1.772 1.240 0.859 4.202 4.478 2.751 2.275 5.196 0.999 2.271 4.953 1.488 2.716 2.673 1.126 2.867 3.836 2.492 1.639 3.548 2.223 1.312 0.683 0.805 3.743 1.396 0.705 0.304 58 chr1 23865641 23927950 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -10510 NM_002167 3399 Hs.76884 NM_002167 ENSG00000117318 ID3 HEIR-1|bHLHb25 inhibitor of DNA binding 3, HLH protein protein-coding 2.406 2.393 nan 2.054 0.637 1.420 0.773 2.270 1.389 1.525 1.645 0.291 0.316 0.504 3.413 1.153 0.518 1.470 2.006 0.780 0.399 0.690 0.454 0.193 2.453 0.465 0.736 6.604 0.516 2.958 2.479 0.160 2.714 0.594 1.266 1.251 0.670 1.220 1.368 0.819 0.412 1.906 0.996 0.873 0.926 0.559 1.153 1.054 4.245 7.292 3.329 2.693 2.843 0.808 2.713 2.648 3.128 4.158 1.621 2.021 3.081 2.748 0.946 1.467 1.904 2.206 2.182 3.531 2.301 1.355 3.722 0.755 1.113 1.695 1.387 1.475 0.305 1.540 1.209 2.134 3.727 0.579 1.619 4.803 0.335 0.228 0.403 0.857 0.814 0.800 4.132 1.657 2.042 2.456 1.525 1.220 1.243 1.470 0.763 3.718 0.971 5.102 1.620 1.020 0.056 0.797 0.786 2.468 0.676 1.097 0.680 0.316 0.053 0.032 153 chr1 94764023 94801601 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -69496 NM_001328664 9411 Hs.483238 NM_004815 ENSG00000137962 ARHGAP29 PARG1 Rho GTPase activating protein 29 protein-coding nan nan 2.298 0.187 3.044 0.197 0.094 0.358 0.562 0.167 2.299 0.210 1.521 2.225 2.105 0.128 0.095 0.115 0.139 0.535 0.247 2.236 1.914 1.662 1.471 0.401 1.112 0.424 1.936 0.051 0.040 0.127 0.217 0.977 0.075 2.937 0.415 1.230 0.215 1.379 0.230 0.578 0.556 0.491 3.873 0.562 0.262 0.144 0.374 1.029 0.387 nan 0.150 0.068 0.234 0.256 0.361 nan 1.216 0.853 nan 0.188 0.171 0.195 0.546 0.760 0.214 0.429 0.862 0.729 0.032 2.727 0.740 1.602 3.784 0.064 0.011 2.446 1.846 0.044 0.940 0.188 0.104 2.658 0.816 0.388 1.348 0.014 0.016 1.133 0.726 0.354 0.446 1.261 0.167 1.948 6.895 0.115 0.215 0.518 0.023 0.860 0.475 3.130 1.283 1.519 0.643 0.037 0.032 0.132 0.841 4.879 3.349 3.397 2754 chrX 128220795 128227912 + 0 NA Intergenic Intergenic 433129 NM_001282874 6594 Hs.152292 NM_003069 ENSG00000102038 SMARCA1 ISWI|NURF140|SNF2L|SNF2L1|SNF2LB|SNF2LT|SWI|SWI2|hSNF2L SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 1 protein-coding 0.619 nan 1.320 0.500 0.066 7.777 3.653 0.077 0.981 0.023 0.026 0.060 0.027 2.952 1.652 0.799 0.111 0.187 0.017 0.037 0.014 0.098 0.041 0.051 0.039 0.196 0.075 0.016 0.061 0.091 0.016 0.010 0.092 0.019 0.158 0.015 0.057 0.013 0.064 0.048 0.013 0.029 0.280 0.211 0.318 0.530 0.160 0.229 4.412 1.903 0.134 0.117 0.202 0.215 0.209 0.195 0.341 0.255 0.023 0.112 4.301 3.514 0.321 0.364 1.574 0.887 0.008 0.010 0.013 0.014 0.010 0.021 0.071 1.136 0.150 0.104 0.008 0.022 0.096 0.044 0.034 0.071 0.023 0.020 0.011 0.074 0.981 0.031 0.009 0.799 0.058 0.125 0.008 0.072 0.012 0.016 0.075 0.087 0.011 0.013 2387 chr7 764946 778245 + 0 NA intron (NM_017802, intron 2 of 12) intron (NM_017802, intron 2 of 12) -4282 NM_001164759 5575 Hs.520851 NM_002735 ENSG00000188191 PRKAR1B PRKAR1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit beta protein-coding 2.093 1.327 3.313 2.370 1.084 0.581 0.444 1.262 0.151 1.220 0.315 0.180 0.370 1.169 0.460 1.193 0.579 2.066 0.664 0.816 0.337 1.805 0.363 0.731 nan 1.062 1.319 nan 0.482 0.625 1.154 0.209 1.035 0.400 0.583 1.803 0.205 0.500 1.174 0.808 0.444 2.825 1.441 0.964 1.326 0.526 2.210 1.645 0.899 nan 4.147 4.509 nan 0.703 3.826 3.914 1.130 1.703 nan 1.656 1.175 1.457 0.705 1.135 1.114 0.932 1.164 1.243 2.925 1.401 1.182 1.215 0.423 1.904 0.747 0.500 0.585 0.850 0.956 0.965 1.282 0.126 0.424 1.828 0.921 0.463 0.562 0.648 0.537 0.721 0.777 1.232 1.086 0.737 1.220 1.171 1.737 2.066 0.873 0.707 0.766 2.804 2.808 0.327 0.386 1.379 0.561 0.328 0.202 0.445 0.319 0.506 0.355 0.256 1546 chr2 33135498 33141975 + 0 NA intron (NR_027099, intron 5 of 5) L2a|LINE|L2 -13458 NR_027097 100271832 Hs.743603 NR_027097 LOC100271832 - uncharacterized LOC100271832 ncRNA 3.074 nan nan 0.082 0.056 0.201 0.198 0.051 0.009 0.338 0.114 0.208 0.029 0.099 0.016 0.048 0.115 0.129 0.100 0.099 0.094 0.016 0.145 nan 0.100 0.097 0.201 0.022 0.050 0.066 0.093 0.112 0.036 0.012 0.099 0.048 0.064 0.216 0.034 0.112 0.160 0.075 0.089 0.090 0.193 4.563 4.471 3.412 3.915 3.614 3.431 2.472 3.299 3.621 nan 2.960 2.954 3.072 2.419 nan 3.146 4.139 3.454 2.560 2.737 3.696 2.927 4.122 3.327 0.026 0.194 0.222 0.099 0.199 0.111 0.726 0.160 0.190 0.361 0.155 0.118 0.025 0.397 0.223 0.192 0.167 0.321 0.403 0.253 0.101 0.066 0.049 0.092 0.338 0.145 0.042 0.129 0.095 0.115 0.029 0.089 0.078 0.094 0.116 0.134 0.119 0.105 0.046 0.094 0.134 0.146 0.089 0.094 101 chr1 45155147 45189197 + 0 NA intron (NM_001145636, intron 6 of 11) intron (NM_001145636, intron 6 of 11) 31778 NM_001145636 339541 Hs.173679 NM_001004307 ENSG00000198520 C1orf228 NCRNA00082|p40 chromosome 1 open reading frame 228 protein-coding nan 0.949 nan 0.511 0.224 0.315 0.170 0.378 0.268 0.303 0.183 0.189 0.524 0.648 0.081 0.363 0.212 0.137 0.177 0.470 0.051 0.521 0.259 0.132 3.458 0.701 0.468 0.607 0.407 0.400 0.343 0.124 0.385 0.174 0.148 0.219 0.179 0.426 0.441 0.331 0.059 0.343 0.380 0.226 0.475 0.245 0.932 0.839 0.551 0.814 0.613 0.757 1.121 0.327 1.122 1.238 0.312 nan nan 1.503 0.849 0.595 1.084 nan 0.128 0.154 0.945 1.334 0.825 0.688 0.672 0.725 0.042 0.243 0.326 0.476 0.086 0.313 0.235 0.132 0.281 0.028 0.098 0.473 0.202 0.085 0.437 0.059 0.048 0.525 0.400 0.389 0.197 0.715 0.303 0.549 0.521 0.137 0.281 0.880 0.055 0.348 0.215 0.283 0.044 0.260 0.113 0.149 0.229 0.301 0.112 0.292 0.237 0.202 340 chr1 246263498 246281071 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 5 of 11) L2c|LINE|L2 308430 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.219 nan 4.350 0.103 0.704 0.330 0.230 0.025 1.188 0.323 0.111 0.064 0.147 0.011 0.484 0.408 1.640 0.323 0.174 0.056 0.061 0.030 0.096 0.209 0.055 0.081 1.441 0.083 0.201 0.110 0.114 0.459 0.047 0.070 0.105 0.080 0.074 0.228 0.099 0.025 0.155 0.318 0.104 0.044 0.202 0.434 0.400 0.521 0.880 0.869 1.038 6.933 2.645 0.605 0.677 0.541 0.717 5.062 5.341 0.372 0.205 0.162 0.295 0.885 1.362 0.558 1.133 1.226 0.835 0.110 0.196 0.016 1.173 0.391 0.162 0.032 0.155 0.033 0.046 1.489 0.109 0.059 0.147 0.052 0.044 0.066 0.062 0.083 0.193 0.144 0.114 0.044 0.609 1.188 0.069 0.026 1.640 0.299 0.104 0.050 0.036 2.567 0.042 0.258 0.095 0.132 0.060 0.266 0.074 0.095 0.029 0.009 311 chr1 224031578 224035164 + 0 NA exon (NM_001031685, exon 1 of 18) exon (NM_001031685, exon 1 of 18) 303 NM_001031685 7159 Hs.523968 NM_005426 ENSG00000143514 TP53BP2 53BP2|ASPP2|BBP|P53BP2|PPP1R13A tumor protein p53 binding protein 2 protein-coding 10.099 7.357 9.405 10.795 6.298 6.487 3.627 6.086 3.927 7.650 5.056 0.615 1.264 4.271 2.241 4.775 1.967 6.276 3.230 4.341 0.898 7.389 2.611 2.726 8.379 6.088 5.143 15.582 2.427 3.912 4.399 0.178 6.991 1.255 1.925 4.254 1.943 6.720 10.223 5.271 2.003 8.050 9.650 4.811 5.770 3.607 11.073 9.256 14.337 21.402 15.570 nan 8.967 4.215 26.259 26.870 5.110 6.435 10.615 18.196 7.230 7.634 2.915 5.477 8.182 7.117 10.787 8.066 4.247 2.893 5.516 4.155 2.260 3.242 1.342 2.647 4.286 4.706 5.656 3.101 4.289 1.070 3.362 7.843 6.325 2.679 2.995 3.079 2.006 5.687 5.722 4.058 4.754 4.325 7.650 7.795 4.213 6.276 2.594 2.891 1.522 6.042 2.872 3.869 1.676 5.261 1.147 2.954 0.913 2.966 2.183 2.563 2.489 1.847 825 chr14 20760298 20774619 + 0 NA exon (NM_138376, exon 4 of 10) exon (NM_138376, exon 4 of 10) 6695 NM_138376 91875 Hs.98553 NM_138376 ENSG00000136319 TTC5 Strap tetratricopeptide repeat domain 5 protein-coding nan 0.641 0.838 0.402 0.358 0.420 0.193 0.243 0.017 0.162 0.350 0.147 0.623 0.847 0.101 0.110 0.164 0.159 0.248 0.852 0.069 0.352 0.384 0.208 2.442 1.252 0.386 0.834 0.928 0.217 0.204 0.112 0.392 0.083 0.075 0.799 0.127 0.544 0.447 0.962 0.050 0.520 0.536 0.236 0.229 0.183 0.270 0.334 0.527 0.724 0.574 0.623 0.679 0.304 0.675 0.710 0.808 0.995 0.602 nan 0.937 0.588 0.293 0.516 0.297 0.198 0.455 0.691 0.627 0.451 0.126 1.210 0.053 0.546 0.041 0.199 0.061 0.305 0.165 0.066 0.542 0.033 0.138 0.133 0.127 0.114 0.530 0.032 0.067 0.267 0.230 0.204 0.088 0.257 0.162 0.362 2.940 0.159 0.119 0.104 0.167 0.183 0.202 0.118 0.070 0.835 0.124 0.089 0.076 0.163 0.127 0.300 0.044 0.021 917 chr14 105788941 105818818 + 0 NA intron (NM_015197, intron 1 of 23) intron (NM_015197, intron 1 of 23) -21965 NM_001242787 2972 Hs.424484 NM_001519 ENSG00000185024 BRF1 BRF|BRF-1|CFDS|GTF3B|HEL-S-76p|TAF3B2|TAF3C|TAFIII90|TF3B90|TFIIIB90|hBRF BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit protein-coding 1.442 0.616 2.212 0.493 0.125 0.322 0.222 0.073 0.025 0.875 0.293 0.097 0.019 0.096 0.098 0.163 0.225 0.257 0.185 0.172 0.021 0.073 0.035 0.192 0.719 0.156 0.215 1.013 0.068 0.241 0.134 0.078 0.273 0.065 0.089 0.078 0.031 0.107 0.237 0.040 0.027 0.175 0.247 0.061 0.087 0.155 2.436 3.500 0.304 0.517 1.466 1.183 1.429 0.467 0.600 0.585 0.743 1.168 0.560 0.794 0.787 0.793 1.613 1.357 0.334 0.399 0.234 0.351 0.145 0.130 0.524 0.119 0.016 0.078 0.057 0.199 0.087 0.263 0.130 0.072 0.113 0.076 0.154 0.118 0.058 0.040 0.100 0.060 0.065 0.163 0.153 0.346 0.024 0.246 0.875 0.121 0.057 0.257 0.037 0.150 0.235 0.138 0.214 0.025 0.032 0.148 0.034 0.184 0.689 0.050 0.125 0.069 0.019 0.014 2425 chr7 20251766 20292072 + 0 NA Intergenic Intergenic 14719 NR_134569 100506098 Hs.59203 NR_134567 ENSG00000233834 LOC100506098 - uncharacterized LOC100506098 ncRNA 0.970 1.372 1.088 0.826 3.787 0.458 0.289 0.622 0.716 0.206 0.111 0.093 0.438 1.124 0.209 0.327 0.225 0.428 0.220 1.326 0.055 2.639 1.527 0.516 4.527 2.133 3.168 0.932 0.942 0.246 0.079 0.181 0.627 0.525 0.051 0.209 0.016 0.110 0.395 1.631 0.346 1.139 0.179 0.150 1.791 0.685 1.428 1.152 2.841 nan 0.419 0.462 2.881 1.626 0.603 0.629 0.489 0.739 3.375 3.857 0.352 0.174 0.798 0.925 1.193 1.380 0.316 nan 0.770 0.654 0.824 0.574 0.310 1.931 1.715 0.095 0.010 0.198 0.104 0.192 3.749 0.229 0.041 0.117 0.144 0.093 1.419 0.060 0.075 2.976 0.087 0.057 0.069 0.463 0.206 0.904 0.244 0.428 0.649 0.625 0.031 0.091 0.343 0.439 1.274 0.200 0.160 0.180 0.341 0.111 1.042 4.617 0.121 0.037 495 chr11 46256912 46275872 + 0 NA Intergenic Intergenic -32797 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 1.903 1.058 2.453 0.645 1.208 0.574 2.491 0.461 1.297 1.105 0.161 0.321 0.520 1.052 0.563 0.273 0.791 0.963 1.035 0.836 0.750 0.993 0.460 4.376 2.140 1.031 3.435 0.493 0.964 1.567 0.148 3.121 1.030 0.599 1.805 2.713 7.472 1.368 0.593 0.318 0.997 1.618 1.211 1.213 0.317 1.704 1.850 0.910 1.615 1.633 1.459 2.700 1.061 2.279 2.429 0.917 1.461 1.193 1.242 0.982 0.812 2.162 2.134 1.022 1.581 1.002 nan 1.084 0.662 0.926 2.756 0.197 1.571 0.694 1.618 1.618 1.346 1.069 0.798 1.184 0.146 0.609 2.684 3.633 1.541 0.354 0.300 0.273 3.878 1.576 2.156 2.710 1.194 1.297 0.450 3.660 0.791 0.258 0.299 0.287 2.178 0.600 2.350 0.222 1.629 1.792 0.240 0.805 0.569 2.157 0.395 1.374 0.991 1703 chr20 678087 714271 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 -39356 NM_033129 85508 Hs.355284 NM_033129 ENSG00000215397 SCRT2 ZNF898B scratch family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.002 1.079 1.063 0.121 0.069 0.298 0.124 0.133 0.017 0.274 0.084 0.077 0.016 0.049 0.040 0.139 0.140 0.064 1.004 0.207 0.017 0.066 0.006 0.059 0.226 0.145 0.060 0.828 0.037 0.086 0.192 0.082 0.191 0.054 0.110 0.028 0.078 0.335 0.015 0.138 0.204 0.253 0.075 0.066 0.072 3.611 5.030 0.229 0.284 0.282 0.275 0.376 0.128 0.267 0.273 0.446 0.703 0.229 0.219 0.920 0.726 0.609 0.724 0.082 0.108 0.422 0.657 0.209 0.234 0.042 0.041 0.024 0.079 0.027 0.076 0.092 0.097 0.058 0.068 0.142 0.027 0.046 0.122 0.087 0.071 0.063 0.087 0.057 0.146 0.612 0.194 0.039 0.092 0.274 0.051 0.033 0.064 0.037 0.123 0.793 0.217 0.108 0.011 0.017 0.058 0.019 0.036 0.292 0.058 0.021 0.057 0.029 0.018 2086 chr4 153268408 153304334 + 0 NA intron (NM_033632, intron 2 of 11) L2c|LINE|L2 -12261 NM_018315 55294 Hs.561245 NM_018315 ENSG00000109670 FBXW7 AGO|CDC4|FBW6|FBW7|FBX30|FBXO30|FBXW6|SEL-10|SEL10|hAgo|hCdc4 F-box and WD repeat domain containing 7 protein-coding nan 1.108 0.791 0.754 0.125 5.732 3.086 0.126 0.041 0.281 0.230 0.049 0.040 0.127 0.032 0.456 0.353 0.737 0.218 0.210 0.179 0.117 0.079 0.191 0.390 0.117 0.055 0.547 0.069 0.065 0.112 0.107 1.185 0.072 0.070 0.209 0.013 0.084 0.206 0.046 0.020 0.254 0.458 0.053 0.115 0.049 0.452 0.590 0.706 1.185 0.763 1.036 1.558 0.610 2.748 2.695 0.421 0.618 2.351 2.513 0.644 0.441 0.450 0.818 0.385 0.366 0.251 0.568 0.960 0.542 0.098 0.111 0.204 0.059 1.197 0.174 0.023 0.081 0.024 0.029 0.317 0.064 0.223 0.046 0.022 0.020 0.036 0.002 0.024 0.128 0.100 0.038 0.059 0.065 0.281 0.131 0.088 0.737 0.051 0.312 0.014 0.008 0.355 0.059 0.015 0.078 0.280 0.051 0.489 0.063 0.047 0.129 0.064 0.050 1322 chr18 42582093 42599929 + 0 NA intron (NM_015559, intron 4 of 5) intron (NM_015559, intron 4 of 5) -40880 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.172 1.253 0.515 0.244 0.765 0.255 0.091 0.014 3.539 0.567 0.063 0.048 0.074 0.624 0.441 1.231 0.342 0.128 0.062 0.015 0.006 0.120 0.041 0.049 0.039 1.758 0.126 0.018 0.065 0.189 0.257 0.043 0.036 0.005 0.035 0.246 0.012 0.031 0.132 0.102 0.052 0.109 0.035 0.513 0.481 0.249 0.630 1.478 1.410 1.792 0.640 0.057 0.068 0.994 1.413 0.472 0.609 0.424 0.232 0.343 0.543 1.593 1.821 0.183 nan 4.105 2.588 2.176 0.068 0.112 0.243 0.100 0.359 0.023 0.008 0.024 0.017 0.135 0.300 0.371 0.057 0.040 0.004 0.031 0.017 0.020 0.101 0.146 0.031 0.292 0.351 3.539 0.028 0.011 1.231 0.123 0.019 0.315 0.117 0.366 0.015 0.012 0.071 0.119 0.058 0.303 0.084 0.115 0.031 0.006 0.006 1816 chr21 45126090 45162734 + 0 NA intron (NM_003681, intron 1 of 10) intron (NM_003681, intron 1 of 10) 5434 NM_003681 8566 Hs.284491 NM_003681 ENSG00000160209 PDXK C21orf124|C21orf97|HEL-S-1a|PKH|PNK|PRED79 pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kinase protein-coding nan 1.287 1.709 0.573 2.372 0.853 0.464 0.995 2.866 0.922 0.755 0.181 0.715 1.896 4.155 0.213 0.203 1.078 0.812 1.856 0.480 1.748 1.049 1.340 3.349 1.586 2.384 2.026 0.914 0.388 0.623 0.073 2.273 0.635 2.175 1.983 0.597 1.941 0.764 1.494 0.156 1.568 0.491 1.984 2.354 0.736 1.377 1.742 1.283 2.413 1.360 1.259 nan 0.412 1.443 1.468 0.523 nan 1.233 1.922 1.712 1.721 0.817 1.086 1.347 1.471 0.877 1.318 1.512 1.019 0.629 4.549 1.071 0.590 0.216 0.898 0.108 1.645 1.620 1.093 0.699 0.264 0.198 1.474 0.743 0.459 0.973 0.504 0.438 1.597 2.313 0.981 0.801 1.581 0.922 3.096 0.584 1.078 1.449 1.450 0.273 0.640 0.590 1.083 0.376 0.832 0.741 0.154 0.238 0.398 0.888 1.073 1.664 0.999 2460 chr7 98862686 98874390 + 0 NA Intergenic Intergenic -2386 NR_002147 84176 Hs.621401 NR_002147 MYH16 MHC20|MYH16P|MYH5 myosin heavy chain 16 pseudogene pseudo nan 0.509 nan 0.068 4.349 0.421 0.178 0.398 0.185 0.102 0.104 0.695 0.688 0.022 0.119 0.129 0.288 0.346 0.774 0.476 0.822 2.453 0.375 1.817 0.488 0.676 0.318 1.739 0.111 0.096 0.190 0.720 1.529 0.098 0.635 0.061 0.112 0.944 2.114 0.255 1.612 1.111 0.945 2.699 0.323 0.489 0.255 0.200 0.337 0.399 0.439 0.494 0.150 0.378 0.412 0.178 0.379 0.205 0.202 0.537 0.660 0.217 0.359 0.079 0.177 0.180 nan 0.635 0.642 0.047 3.229 0.530 1.345 0.026 0.091 0.059 0.436 0.228 0.151 0.147 0.008 0.717 2.999 0.938 0.632 0.868 0.034 0.073 9.675 0.772 3.697 0.368 1.187 0.185 0.481 1.731 0.288 0.971 1.595 0.675 0.199 0.043 0.730 14.584 2.364 0.955 0.059 0.042 0.083 1.738 1.616 1.865 2.376 2510 chr8 9315388 9345080 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -83211 NM_003747 8658 Hs.370267 NM_003747 ENSG00000173273 TNKS ARTD5|PARP-5a|PARP5A|PARPL|TIN1|TINF1|TNKS1|pART5 tankyrase protein-coding 0.647 1.054 0.817 0.209 0.056 0.170 0.103 0.026 0.012 0.263 0.048 0.098 0.050 0.021 0.147 0.096 0.085 0.146 0.136 0.021 0.077 0.011 0.094 0.143 0.036 0.040 0.114 0.020 7.979 0.077 0.123 0.105 0.004 0.049 0.044 0.016 0.035 0.116 0.022 0.021 0.146 0.154 0.068 0.058 0.053 0.688 0.920 0.208 0.268 0.579 0.689 2.199 0.695 0.329 0.341 0.105 0.187 0.303 0.557 nan 0.157 0.152 0.282 0.543 0.811 0.243 0.513 0.795 0.715 0.100 0.060 0.016 0.059 0.058 0.052 0.009 0.044 0.037 0.024 0.062 0.068 0.098 0.084 0.024 0.024 0.026 0.147 0.316 0.119 0.088 0.027 0.005 0.043 0.263 0.075 0.031 0.085 0.058 0.042 0.026 0.033 0.048 0.053 0.008 0.035 0.035 8.999 0.140 0.112 0.015 0.041 0.010 0.003 1172 chr17 37350722 37366819 + 0 NA intron (NM_001330200, intron 3 of 5) intron (NM_001330200, intron 3 of 5) 2194 NM_001330200 6143 Hs.381061 NM_000981 ENSG00000108298 RPL19 L19 ribosomal protein L19 protein-coding nan 2.431 1.422 1.275 6.034 2.925 1.450 2.503 0.505 2.815 1.344 0.219 0.718 1.622 2.286 1.285 0.696 2.000 1.383 1.428 0.631 1.830 1.010 1.251 1.899 1.142 1.288 5.012 0.762 1.573 1.712 0.081 2.832 1.189 0.732 1.755 0.378 1.592 2.401 1.463 0.812 3.002 2.616 1.309 1.548 0.643 3.225 3.394 2.540 3.377 nan 4.405 3.887 2.443 6.756 7.434 1.989 2.722 4.149 5.271 nan 4.389 2.560 3.151 2.708 3.540 3.058 3.534 2.120 1.136 3.821 2.284 0.698 0.906 0.585 1.488 1.327 1.541 1.383 1.145 2.728 0.528 0.832 2.374 1.546 0.748 0.960 1.074 0.895 2.107 2.590 1.377 1.041 1.619 2.815 1.575 1.510 2.000 1.252 0.871 1.324 3.025 1.644 0.927 0.626 1.413 0.840 0.936 0.859 1.076 1.171 0.849 0.977 0.631 2699 chr9 126760787 126781400 + 0 NA intron (NR_135129, intron 1 of 1) CpG 582 NR_135129 100505588 Hs.547168 NR_135129 ENSG00000236668 LOC100505588 - uncharacterized LOC100505588 ncRNA nan nan 0.608 4.106 0.066 1.400 0.692 0.068 0.027 1.784 0.284 0.071 0.083 0.226 0.082 2.200 0.959 4.768 0.512 0.112 0.036 0.092 0.010 0.132 1.033 0.242 0.132 nan 0.014 0.083 0.509 0.057 0.443 0.074 0.211 0.095 0.198 0.507 0.321 0.027 0.156 0.151 0.330 0.140 0.089 0.112 0.360 0.398 0.582 0.673 2.210 1.569 0.986 0.391 0.367 0.507 1.729 nan 1.664 2.462 4.161 4.235 0.643 1.152 0.469 0.421 0.319 0.468 nan 1.345 0.800 0.058 0.247 0.066 0.024 0.118 0.054 0.179 0.098 0.552 0.270 0.106 0.172 0.343 0.291 0.169 0.022 0.433 0.529 0.213 0.569 0.750 0.115 0.156 1.784 0.219 0.297 4.768 0.012 0.181 0.716 1.486 1.522 0.010 0.089 0.115 0.060 0.040 0.241 0.123 0.028 0.023 0.015 2458 chr7 96549590 96553045 + 0 NA Intergenic Intergenic -83973 NM_005222 1750 Hs.249196 NM_005222 ENSG00000006377 DLX6 - distal-less homeobox 6 protein-coding nan 0.584 nan 0.203 0.071 0.341 0.277 0.171 0.054 0.334 0.107 0.046 0.055 0.061 0.229 0.162 0.393 0.175 0.243 0.155 0.154 0.057 0.034 0.186 0.840 1.021 0.032 0.187 5.403 0.045 0.174 0.046 0.019 3.262 2.258 3.667 7.301 0.074 0.083 0.089 0.461 0.135 0.734 0.755 0.239 0.406 0.319 0.121 0.219 0.167 1.295 1.349 0.144 0.231 0.264 0.142 0.137 0.193 0.220 0.554 0.225 nan 0.808 0.660 0.200 0.084 0.220 0.054 0.058 0.075 0.040 0.123 0.056 0.392 0.107 0.023 1.799 4.104 0.086 0.071 0.080 0.038 0.334 0.336 0.081 0.393 2.220 0.096 0.096 0.033 0.042 0.020 0.069 0.032 3.190 0.035 0.054 0.033 1259 chr17 73860823 73875774 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 6358 NM_033452 91107 Hs.293660 NM_033452 ENSG00000132481 TRIM47 GOA|RNF100 tripartite motif containing 47 protein-coding 2.896 3.488 1.168 2.448 3.260 2.047 1.115 3.887 0.056 0.867 1.790 0.442 1.710 5.276 2.294 2.180 0.832 0.705 0.458 3.083 0.779 3.988 1.477 4.624 12.299 4.964 2.473 2.354 4.053 0.953 0.683 0.186 2.219 1.707 0.532 3.357 0.519 0.745 1.982 2.530 1.563 4.908 1.183 2.357 1.689 1.668 1.477 2.437 0.454 0.997 0.672 0.651 1.658 0.668 2.402 2.466 nan 1.697 3.169 4.503 0.955 0.642 0.521 0.538 1.745 1.519 0.561 0.835 nan 1.029 1.587 3.544 1.279 0.829 1.356 0.042 0.157 2.248 2.845 0.645 5.490 0.262 0.075 4.155 1.192 0.581 1.708 0.413 0.342 2.440 4.938 2.319 1.182 2.206 0.867 5.339 2.576 0.705 1.364 2.882 0.402 3.567 2.812 0.568 2.239 1.714 1.078 0.246 0.152 0.117 1.163 1.202 0.378 0.171 834 chr14 23788327 23793427 + 0 NA exon (NM_004643, exon 1 of 7) exon (NM_004643, exon 1 of 7) 1480 NM_004643 8106 Hs.707712 NM_004643 ENSG00000100836 PABPN1 OPMD|PAB2|PABII|PABP-2|PABP2 poly(A) binding protein nuclear 1 protein-coding 9.867 3.686 5.958 6.310 2.938 3.841 2.322 2.393 1.058 4.543 3.243 0.199 0.928 2.658 4.201 1.945 1.147 5.183 2.321 2.771 0.825 3.113 1.078 1.954 11.318 8.197 4.116 7.108 1.581 1.803 3.506 0.127 3.770 1.599 1.581 2.860 0.848 3.608 4.811 1.883 0.805 5.274 5.047 0.891 1.718 1.064 3.813 3.250 5.953 7.843 6.228 6.342 7.176 3.960 11.368 11.091 4.219 5.603 6.433 nan 12.179 10.775 3.304 6.213 6.018 7.156 17.793 16.113 2.807 1.311 4.141 2.592 0.823 1.863 1.455 3.602 3.066 2.360 2.776 1.407 4.012 0.921 2.330 3.235 2.323 0.947 2.145 1.635 1.164 3.790 3.808 3.012 2.701 2.391 4.543 3.054 3.547 5.183 1.988 1.458 1.953 5.367 3.434 2.060 0.791 2.583 1.485 1.803 1.181 8.191 2.463 0.704 1.626 1.072 285 chr1 203095708 203157645 + 0 NA intron (NM_001048230, intron 2 of 2) MSTD-int|LTR|ERVL-MaLR 18266 NM_004997 4608 Hs.927 NM_004997 ENSG00000133055 MYBPH - myosin binding protein H protein-coding 1.357 1.368 1.345 0.220 0.060 1.190 0.593 0.259 0.041 0.608 0.129 0.089 0.834 1.260 0.080 0.422 0.250 1.778 0.319 0.548 0.154 0.558 0.571 0.068 4.124 1.129 1.285 1.125 0.333 0.155 0.100 0.093 0.319 0.417 0.065 0.242 0.186 0.330 0.276 1.192 0.074 0.256 0.151 0.086 1.072 0.289 1.208 1.913 1.352 1.424 1.556 1.974 1.427 0.365 nan nan 0.599 1.009 0.550 0.683 0.479 0.197 0.371 0.477 0.218 0.222 0.902 2.443 0.902 0.653 0.136 1.793 0.119 0.143 0.036 0.305 0.038 3.066 2.611 0.107 0.102 0.029 0.195 1.931 0.054 0.056 0.744 0.048 0.057 0.656 0.184 0.056 0.150 0.900 0.608 0.633 2.252 1.778 0.132 0.349 0.134 1.045 0.136 0.465 0.019 0.882 0.283 0.082 0.190 0.364 0.144 0.064 2.473 2.529 2441 chr7 44185917 44204197 + 0 NA intron (NM_000162, intron 1 of 9) MIRb|SINE|MIR 3830 NM_033507 2645 Hs.1270 NM_000162 ENSG00000106633 GCK FGQTL3|GK|GLK|HHF3|HK4|HKIV|HXKP|LGLK|MODY2 glucokinase protein-coding 3.092 1.248 nan 0.309 0.105 0.182 0.079 0.298 0.347 0.385 0.164 0.088 0.135 0.262 0.028 0.161 0.129 0.170 0.670 0.168 0.054 0.254 0.079 0.197 0.476 0.154 0.789 0.358 0.233 0.123 0.110 0.136 0.126 0.103 0.067 0.121 0.151 0.406 0.317 0.048 0.129 0.260 0.220 0.189 0.329 0.148 0.642 0.577 0.239 0.390 0.542 0.527 0.837 0.234 0.473 0.414 0.346 0.702 0.762 1.096 3.291 4.005 0.377 0.436 0.463 0.326 1.649 3.027 1.194 0.612 0.534 0.436 0.024 0.065 0.066 0.219 0.030 0.314 0.162 0.088 0.089 0.073 1.595 0.146 0.036 0.043 0.130 0.076 0.063 0.425 0.138 0.144 0.035 0.154 0.385 0.272 0.036 0.170 0.087 0.058 0.571 0.137 0.273 0.070 0.029 0.492 0.093 0.019 0.107 1.512 0.168 0.077 0.065 0.011 2414 chr7 14256989 14296127 + 0 NA intron (NM_145695, intron 22 of 23) intron (NM_145695, intron 22 of 23) -245508 NM_001163148 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.038 nan 0.142 0.289 0.524 0.274 0.109 0.013 0.212 0.171 0.095 0.029 0.046 0.034 0.245 0.217 0.337 0.266 0.201 0.070 0.106 0.068 0.164 0.100 0.076 0.150 0.443 0.056 0.068 0.053 0.154 0.199 0.030 0.057 0.132 0.004 0.070 0.209 0.017 0.092 0.150 0.108 0.118 0.138 0.125 nan 0.300 6.138 5.955 0.485 0.664 0.654 0.309 0.339 0.373 0.776 1.001 0.390 0.413 0.433 0.159 0.103 0.165 0.258 0.399 0.224 0.299 0.478 0.402 0.052 0.044 0.178 0.104 0.039 0.096 0.021 0.018 0.013 0.009 0.075 0.061 0.087 0.087 0.014 0.008 0.018 0.016 0.028 0.128 0.035 0.022 0.035 0.032 0.212 0.029 0.048 0.337 0.062 0.021 0.017 0.027 0.073 0.064 0.007 0.032 0.134 0.056 0.023 0.038 0.049 0.091 0.018 0.009 1216 chr17 46120685 46140649 + 0 NA intron (NM_001330261, intron 2 of 5) intron (NM_001330261, intron 2 of 5) 4981 NM_003204 4779 Hs.514284 NM_003204 ENSG00000082641 NFE2L1 LCR-F1|NRF1|TCF11 nuclear factor, erythroid 2 like 1 protein-coding 1.712 1.701 nan 2.018 1.717 3.032 1.513 2.830 1.130 1.959 2.452 0.299 0.618 1.646 1.072 1.604 0.726 1.878 1.839 1.463 0.710 1.405 0.525 1.236 nan 2.654 1.076 4.355 0.673 3.463 1.567 0.140 3.651 1.053 0.741 2.404 0.438 1.734 2.880 1.134 1.648 3.178 4.965 1.505 1.295 0.798 3.165 3.503 2.600 3.903 2.478 nan 2.915 1.334 10.350 10.605 1.689 2.133 6.036 nan 3.350 2.780 4.263 4.484 1.976 2.419 2.286 4.888 1.434 0.796 1.544 1.467 0.543 1.493 0.346 3.406 0.879 1.410 1.290 1.000 1.617 0.506 1.163 1.905 2.235 1.198 0.586 0.945 1.011 1.759 2.095 2.151 0.971 0.911 1.959 1.546 1.107 1.878 0.571 0.970 0.588 1.880 1.267 0.710 0.404 0.869 1.232 0.807 1.523 0.922 0.832 0.373 0.998 0.466 2285 chr6 34189490 34220327 + 0 NA 5' UTR (NM_145902, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_145902, exon 1 of 5) 258 NM_145902 3159 Hs.518805 NM_002131 ENSG00000137309 HMGA1 HMG-R|HMGA1A|HMGIY high mobility group AT-hook 1 protein-coding nan 1.527 nan 1.504 4.971 1.532 0.758 2.387 0.679 2.523 0.863 0.189 1.309 3.920 4.277 1.071 0.484 2.043 0.936 1.384 1.048 2.398 1.949 2.074 3.884 2.652 1.499 2.775 2.076 0.839 2.764 0.136 1.730 1.454 1.186 2.765 0.591 1.504 1.202 1.823 0.787 1.972 4.830 1.419 4.662 1.133 2.109 2.366 1.557 nan nan 2.092 2.440 0.873 2.867 2.973 1.559 2.340 5.612 8.187 2.699 3.007 1.208 1.981 1.971 2.076 2.546 2.901 1.365 0.741 0.615 6.042 0.443 2.231 0.502 0.939 1.030 2.441 2.264 0.648 1.950 0.423 0.846 6.893 3.607 1.506 1.295 0.557 0.453 7.102 2.075 6.325 1.908 1.716 2.523 3.856 4.056 2.043 0.841 1.196 0.518 5.514 0.855 3.162 3.115 1.454 1.975 0.566 0.649 1.172 1.008 2.737 3.250 3.274 2274 chr6 31525275 31530007 + 0 NA Intergenic Intergenic -12235 NM_001159740 4049 Hs.36 NM_000595 ENSG00000226979 LTA LT|TNFB|TNFSF1|TNLG1E lymphotoxin alpha protein-coding nan 0.577 nan 0.207 0.413 0.127 0.273 3.204 0.040 0.213 0.583 0.898 1.068 1.143 0.067 0.176 0.123 0.195 0.203 0.332 0.231 2.095 0.155 0.155 0.118 0.145 0.301 0.217 0.158 0.182 0.120 0.185 1.528 0.286 2.105 0.964 2.060 0.294 0.715 0.102 0.294 0.164 0.464 0.061 0.354 0.358 0.276 0.304 nan nan 0.416 0.312 0.148 0.337 0.367 0.235 0.458 0.464 0.478 0.396 0.208 0.306 0.293 0.112 0.122 0.387 0.951 0.312 0.189 0.059 2.850 0.967 0.022 0.097 0.146 0.336 0.197 0.077 0.338 0.034 6.303 11.549 4.126 0.120 0.053 1.178 0.196 3.438 0.067 0.099 0.213 0.347 0.110 0.123 0.052 0.070 0.083 1.746 3.196 0.097 1.572 0.972 0.048 0.021 0.288 0.483 1.709 0.097 0.065 2194 chr5 137666374 137675773 + 0 NA intron (NM_001318098, intron 1 of 13) intron (NM_001318098, intron 1 of 13) -2151 NM_001135647 51307 Hs.54056 NM_016605 ENSG00000120709 FAM53C C5orf6 family with sequence similarity 53 member C protein-coding 3.446 2.140 nan 1.652 1.856 3.274 1.920 2.460 0.988 1.402 1.801 0.154 0.760 1.774 1.549 1.133 0.550 3.411 0.846 1.250 0.830 1.132 0.808 2.383 4.149 2.221 1.537 6.243 1.068 3.062 2.608 0.123 4.364 0.788 1.403 2.117 0.632 2.560 1.316 1.839 0.865 1.727 3.463 2.096 2.494 0.672 2.242 2.818 3.718 5.195 4.047 4.894 4.235 3.402 8.632 9.227 2.743 3.472 4.079 5.333 4.588 4.228 3.483 4.765 4.448 5.718 3.338 4.506 1.362 0.762 0.756 2.185 0.987 1.815 0.735 2.120 1.399 1.779 1.848 1.514 1.907 0.816 1.090 2.436 2.193 1.182 1.373 1.532 1.362 1.950 2.810 2.935 1.520 1.979 1.402 2.580 2.796 3.411 1.380 1.216 0.871 2.557 1.514 1.671 0.943 1.816 1.120 1.557 1.293 1.319 1.589 1.016 2.096 1.524 1135 chr17 16881037 16887943 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -9088 NM_012452 23495 Hs.158341 NM_012452 ENSG00000240505 TNFRSF13B CD267|CVID|CVID2|IGAD2|RYZN|TACI|TNFRSF14B TNF receptor superfamily member 13B protein-coding 0.820 0.656 2.203 0.241 0.104 0.230 0.116 0.112 0.063 0.287 0.022 0.047 0.137 0.135 0.064 0.070 0.123 0.069 0.113 0.123 0.126 0.077 0.107 0.120 0.296 0.069 0.206 0.392 0.086 0.031 0.047 0.036 0.118 0.055 0.110 0.149 0.693 0.217 0.091 0.123 0.167 0.082 0.139 0.045 0.493 0.456 0.197 nan 1.673 1.199 4.586 0.813 0.135 0.144 0.149 0.301 0.515 0.570 nan 1.319 0.149 0.192 0.959 1.122 0.377 0.606 0.471 0.311 0.024 0.185 0.028 0.106 0.014 0.077 0.041 0.050 0.042 0.075 0.023 0.125 0.226 0.061 0.023 0.166 0.011 0.072 0.113 0.224 0.072 0.011 0.136 0.287 0.134 0.081 0.069 0.024 0.506 0.116 6.466 0.177 0.006 0.206 0.156 0.043 0.108 0.087 0.029 0.047 0.022 2002 chr3 186990746 186995194 + 0 NA intron (NR_033519, intron 1 of 9) intron (NR_033519, intron 1 of 9) -16090 NR_135551 101929130 NR_135551 ENSG00000283175 LOC101929130 - uncharacterized LOC101929130 ncRNA 1.069 0.969 0.611 0.079 0.113 0.439 0.144 0.035 0.485 0.120 0.036 0.042 0.024 0.014 0.129 0.093 0.055 0.110 0.114 0.039 0.139 0.024 0.144 0.336 0.073 0.110 0.554 0.063 0.530 0.048 0.110 nan 0.016 0.093 0.017 0.031 0.355 0.120 0.034 0.192 0.431 0.186 0.022 0.071 8.466 8.491 13.450 11.609 0.344 0.378 0.185 0.096 0.554 0.392 0.052 0.230 0.314 0.233 3.337 3.513 5.983 7.731 0.038 0.044 0.209 0.256 0.105 0.279 0.026 0.060 0.186 0.059 0.114 0.016 0.078 0.101 0.022 0.037 0.021 0.013 0.052 0.140 0.161 0.082 0.110 0.031 0.036 0.090 0.485 0.112 0.009 0.055 0.027 0.021 0.104 0.015 0.009 0.025 0.319 4.895 0.029 0.017 0.150 0.013 1203 chr17 41789342 41806862 + 0 NA Intergenic CpG 38054 NM_025237 50964 Hs.349204 NM_025237 ENSG00000167941 SOST CDD|DAND6|SOST1|VBCH sclerostin protein-coding 0.836 1.126 nan 0.656 0.648 0.898 0.393 2.659 0.120 0.299 0.540 0.204 0.757 1.061 0.349 0.179 0.215 0.363 0.357 0.511 0.311 0.403 0.940 0.508 nan 0.489 0.333 0.655 0.409 0.465 0.572 0.132 0.768 0.664 0.637 1.424 0.144 0.373 1.992 0.649 3.131 0.964 8.882 0.181 1.319 0.303 0.776 0.860 0.325 0.463 1.299 nan 0.625 0.169 0.964 1.110 0.285 0.475 0.611 nan 0.884 0.580 0.500 0.511 0.086 0.158 0.359 0.663 0.261 0.243 0.069 3.928 0.250 2.471 0.193 0.325 0.095 4.506 4.267 0.387 10.077 0.011 0.067 4.084 0.603 0.378 0.244 0.201 0.312 1.734 2.730 0.467 0.270 1.532 0.299 0.690 0.131 0.363 0.503 0.653 0.067 1.472 0.284 0.492 0.127 0.473 0.345 0.343 0.074 0.072 0.495 0.147 0.109 0.055 96 chr1 43854429 43872473 + 0 NA intron (NM_015284, intron 1 of 70) AluSx|SINE|Alu 7895 NM_015284 23334 Hs.643560 NM_015284 ENSG00000198198 SZT2 C1orf84|EIEE18|KIAA0467|SZT2A|SZT2B seizure threshold 2 homolog (mouse) protein-coding nan 1.102 nan 0.789 0.798 0.846 0.470 0.627 0.175 0.639 0.690 0.232 0.116 0.588 0.307 0.706 0.397 1.097 0.608 0.446 0.336 0.579 0.213 0.291 1.301 0.639 0.791 1.711 0.315 1.571 0.919 0.114 0.634 0.177 0.353 0.402 0.211 0.668 0.706 0.409 0.175 0.577 1.485 0.686 0.644 0.318 0.830 0.920 1.247 1.681 2.083 1.833 0.928 0.376 1.346 1.497 1.092 nan nan 4.347 1.097 0.819 1.155 nan 0.366 0.382 0.852 1.780 2.695 1.102 0.703 0.543 0.175 0.384 0.362 0.818 0.304 0.333 0.346 0.404 0.423 0.095 0.402 0.839 0.394 0.204 0.358 0.212 0.202 0.510 0.365 0.805 0.227 0.363 0.639 0.422 0.640 1.097 0.231 0.517 0.162 0.764 0.304 0.361 0.182 0.292 0.394 0.477 0.405 0.273 0.266 0.246 0.389 0.160 2088 chr4 185291073 185325772 + 0 NA TTS (NM_002199) TTS (NM_002199) -4962 NR_125933 102723766 Hs.432281 NR_125933 ENSG00000249096 LOC102723766 - uncharacterized LOC102723766 ncRNA nan 1.048 nan 0.173 0.330 0.315 0.180 0.453 0.025 1.488 1.286 0.097 0.153 0.285 0.339 0.124 0.089 0.634 0.116 0.349 0.282 0.447 0.436 0.532 1.115 0.265 0.306 0.893 0.476 0.678 0.031 0.063 0.765 0.204 0.060 0.608 0.169 0.492 0.294 0.444 0.152 1.004 0.438 0.164 0.305 0.345 0.654 0.562 3.688 5.130 0.995 0.917 0.477 0.095 0.194 0.194 0.075 0.135 0.753 0.895 0.309 0.164 1.087 1.440 0.297 0.446 0.144 0.233 0.574 0.457 0.464 0.684 0.055 0.637 0.035 1.239 0.012 0.964 0.623 0.106 0.573 0.044 0.283 0.360 0.841 0.406 0.181 0.497 0.637 1.234 0.204 0.148 0.224 0.256 1.488 0.168 0.211 0.634 0.183 0.050 0.045 0.107 0.085 0.432 0.186 0.403 0.529 1.702 1.207 0.096 0.238 0.655 0.100 0.075 1068 chr16 57306875 57319392 + 0 NA intron (NM_015993, intron 1 of 3) MIRb|SINE|MIR 5451 NM_015993 51090 Hs.632215 NM_015993 ENSG00000102934 PLLP PMLP|TM4SF11 plasmolipin protein-coding nan nan nan 0.713 0.243 0.507 0.197 0.567 0.104 0.369 0.134 0.055 0.366 0.872 7.932 0.164 0.118 0.579 0.212 1.131 0.386 1.427 0.952 0.483 2.607 1.215 0.634 0.645 0.942 0.290 0.194 0.076 1.424 0.603 1.181 0.460 0.114 0.190 0.707 1.747 0.604 3.227 1.431 0.276 0.587 0.305 0.309 0.386 0.223 0.356 0.595 0.533 0.975 0.296 0.356 0.360 0.199 nan nan nan nan 0.405 0.266 0.365 0.377 0.248 0.217 nan nan 0.643 0.160 3.177 0.069 0.503 0.104 0.949 0.099 1.663 0.819 0.317 0.267 0.061 0.107 1.677 0.751 0.559 1.179 0.221 0.262 0.439 0.995 0.720 0.433 1.850 0.369 2.241 5.862 0.579 0.432 0.196 0.149 0.793 0.127 0.504 1.006 0.788 0.527 0.119 0.087 0.029 0.954 0.222 0.249 0.110 1667 chr2 219145485 219166247 + 0 NA intron (NM_001321436, intron 1 of 12) intron (NM_001321436, intron 1 of 12) -1141 NM_001321430 64114 Hs.591605 NM_022152 ENSG00000135926 TMBIM1 LFG3|MST100|MSTP100|PP1201|RECS1 transmembrane BAX inhibitor motif containing 1 protein-coding nan 0.989 nan 0.250 4.163 0.460 0.269 1.743 1.140 0.340 0.994 0.404 1.550 3.528 1.136 0.129 0.108 0.393 1.139 0.997 0.286 4.438 2.057 0.902 3.313 1.475 3.204 0.849 1.469 0.216 0.981 0.117 1.949 0.924 0.909 1.159 0.438 1.603 1.369 2.475 0.868 3.279 4.474 2.727 4.455 0.938 0.716 1.165 0.683 1.473 0.506 0.522 0.522 0.216 0.647 0.645 0.835 1.179 1.507 nan 0.605 0.336 0.700 0.911 0.129 0.137 0.436 0.785 0.894 0.518 1.177 4.335 1.689 0.851 0.154 0.569 0.180 1.546 1.157 0.585 0.766 0.023 0.042 0.965 1.398 0.688 3.024 0.144 0.176 1.325 1.781 1.583 0.208 1.132 0.340 3.612 0.909 0.393 1.162 1.771 0.347 1.370 0.300 1.779 2.256 1.021 0.600 0.113 0.683 0.161 1.070 3.721 0.641 0.529 2114 chr5 32582518 32588057 + 0 NA promoter-TSS (NM_006713) promoter-TSS (NM_006713) -318 NM_006713 10923 Hs.229641 NM_006713 ENSG00000113387 SUB1 P15|PC4|p14 SUB1 homolog, transcriptional regulator protein-coding 3.377 3.655 nan 5.489 2.799 2.349 1.635 3.010 1.390 2.140 8.354 2.020 2.498 5.421 2.951 3.573 1.927 8.147 0.840 1.809 0.469 2.842 1.252 2.009 7.781 6.072 4.100 7.291 1.295 2.015 2.841 0.107 4.915 1.303 1.017 1.937 0.526 3.572 3.788 3.154 0.667 5.416 2.096 2.421 1.912 1.914 3.340 4.002 3.589 4.940 5.726 4.918 3.576 2.153 7.410 7.105 3.703 4.581 4.098 6.266 5.849 5.928 3.085 4.925 3.083 3.343 2.137 2.120 2.774 1.611 0.804 4.052 2.118 2.390 1.413 2.680 2.625 2.387 2.687 1.406 3.575 0.849 0.991 2.199 4.985 2.858 1.107 1.854 1.247 1.299 2.473 2.929 2.779 1.942 2.140 8.634 1.833 8.147 1.438 1.902 1.243 3.978 3.261 1.236 0.810 2.835 0.986 1.477 2.012 0.513 1.398 1.481 1.601 0.992 486 chr11 34698733 34708255 + 0 NA Intergenic Intergenic 49483 NM_001206616 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.551 1.980 nan 0.408 0.763 0.409 0.182 1.052 0.065 0.337 0.323 0.135 0.915 0.863 0.359 0.277 0.164 0.642 0.166 1.131 0.195 0.530 1.192 0.248 2.248 0.934 0.500 0.825 0.798 0.180 0.034 0.115 0.500 0.509 0.632 1.058 0.720 1.404 0.829 0.527 7.618 0.725 0.652 0.106 1.102 0.142 0.533 0.600 1.272 4.477 0.406 0.433 10.060 4.449 0.307 0.277 0.250 0.425 0.419 0.458 0.276 0.119 0.127 0.261 0.371 0.801 0.142 nan 0.453 0.309 0.267 1.105 0.352 2.120 0.125 0.094 0.029 0.636 0.197 0.008 5.987 0.051 0.075 1.853 0.774 0.688 0.135 0.025 0.065 1.185 1.342 0.022 0.691 0.418 0.337 1.183 0.019 0.642 0.296 0.495 0.060 0.796 0.096 0.708 0.679 0.562 0.280 0.181 0.021 0.090 0.527 0.468 0.248 0.237 2134 chr5 50462248 50501263 + 0 NA Intergenic Intergenic -197203 NM_002202 3670 Hs.505 NM_002202 ENSG00000016082 ISL1 ISLET1|Isl-1 ISL LIM homeobox 1 protein-coding nan nan 0.894 0.138 0.081 0.464 0.214 0.073 0.024 0.445 0.075 0.058 0.005 0.068 0.028 0.415 0.292 0.566 0.110 0.142 0.013 0.049 0.030 0.124 0.042 0.050 0.111 0.533 0.026 0.058 0.067 0.129 0.137 0.012 0.031 0.049 0.002 0.099 0.082 0.025 0.041 0.099 0.117 0.088 0.086 0.048 0.226 0.182 0.432 0.585 1.409 2.069 nan 0.932 0.070 0.051 0.168 0.203 0.344 0.473 nan 2.325 0.052 0.114 6.823 8.202 0.318 0.665 0.322 0.304 0.027 0.024 0.007 0.028 0.023 0.137 0.011 0.009 0.011 0.011 0.041 2.386 0.398 0.028 0.017 0.018 0.016 0.044 0.074 0.105 0.015 0.028 0.010 0.026 0.445 0.036 0.026 0.566 0.038 0.021 0.388 0.021 0.107 0.017 0.010 0.022 0.048 0.041 0.015 0.117 0.020 0.039 0.015 0.012 1354 chr18 60796810 60830902 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 172757 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.830 0.797 1.813 2.213 0.086 1.703 0.796 0.091 0.020 0.431 0.227 0.071 0.006 0.019 0.017 0.606 0.260 1.593 0.806 0.141 0.036 0.062 0.009 0.103 0.186 0.087 0.037 5.463 0.039 0.106 0.045 0.066 0.087 0.041 0.039 0.131 0.062 0.131 0.181 0.023 0.108 0.077 0.112 0.085 0.129 0.037 2.158 2.517 2.415 2.209 2.155 1.994 2.810 0.823 9.049 nan 0.209 nan 5.022 4.505 0.469 0.293 2.574 3.780 1.136 1.849 0.141 0.183 5.175 2.814 1.873 0.065 0.006 0.123 0.496 2.426 0.008 0.053 0.032 0.058 0.118 0.322 0.572 0.109 0.019 0.016 0.029 0.073 0.068 0.141 0.100 0.084 0.116 0.025 0.431 0.030 0.030 1.593 0.021 0.034 0.302 0.110 1.570 0.064 0.017 0.063 0.088 0.067 3.699 0.051 0.029 0.039 0.015 0.011 569 chr11 77807337 77822888 + 0 NA intron (NM_024079, intron 11 of 12) intron (NM_024079, intron 11 of 12) -23847 NM_004549 4718 Hs.407860 NM_004549 ENSG00000151366 NDUFC2 B14.5b|CI-B14.5b|HLC-1|NADHDH2 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C2 protein-coding nan 1.849 2.383 0.453 0.134 0.403 0.288 0.338 0.030 0.584 0.331 0.186 0.037 0.149 0.081 0.760 0.562 0.600 0.147 0.529 0.048 0.091 0.014 0.120 nan 0.140 0.281 4.278 0.066 0.948 0.184 0.110 0.318 0.030 0.126 0.154 0.021 0.142 0.330 0.133 0.048 0.241 0.564 0.136 0.388 0.161 0.462 0.494 0.321 0.493 2.969 3.286 0.925 0.331 0.749 0.818 4.007 4.675 0.614 0.582 1.027 0.883 0.208 0.432 0.943 1.776 0.943 2.195 1.759 1.001 4.160 0.282 0.049 0.280 0.117 2.840 0.036 0.576 0.451 0.057 0.281 0.250 0.666 0.241 0.070 0.066 0.109 0.238 0.327 0.268 0.419 0.142 0.428 0.308 0.584 0.095 0.140 0.600 0.125 0.054 0.967 0.155 0.156 0.052 0.027 0.107 0.060 0.621 0.070 0.762 0.063 0.097 0.037 0.010 8 chr1 2456386 2481270 + 0 NA Intergenic Intergenic -7144 NM_001010926 388585 Hs.57971 NM_001010926 ENSG00000197921 HES5 bHLHb38 hes family bHLH transcription factor 5 protein-coding 1.817 nan 1.756 1.704 1.300 0.988 0.575 0.683 0.157 0.617 0.467 0.169 0.369 0.766 0.783 0.619 0.248 0.525 1.030 0.760 0.348 1.121 0.575 0.574 nan 2.801 1.180 4.393 0.511 0.552 1.046 0.087 0.856 0.451 0.219 0.490 0.114 0.232 1.228 0.755 0.108 1.235 1.120 0.345 0.627 0.381 1.565 2.717 0.782 1.060 2.208 1.745 1.645 0.495 1.276 1.348 0.854 nan nan 5.309 nan 1.011 0.854 1.043 1.172 1.017 1.046 1.626 0.575 0.419 5.634 0.765 0.389 0.292 1.590 1.737 0.323 0.388 0.389 0.679 0.618 0.277 1.718 0.803 1.061 0.587 0.758 0.304 0.263 0.298 0.926 1.512 0.493 1.245 0.617 1.486 1.219 0.525 0.600 0.892 0.687 3.308 0.699 1.271 0.370 0.396 0.381 0.323 0.598 0.412 0.511 0.449 0.120 0.080 2359 chr6 129808589 129829693 + 0 NA intron (NM_000426, intron 58 of 64) intron (NM_000426, intron 58 of 64) 212229 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.890 1.034 0.691 0.141 3.893 0.215 0.099 0.785 0.015 0.875 1.685 0.152 1.196 1.715 1.899 0.067 0.087 0.023 0.194 0.613 0.324 1.803 1.608 0.742 2.310 1.350 1.726 0.271 0.878 0.426 0.062 0.152 0.810 1.668 0.166 2.303 0.265 1.098 0.646 3.317 0.203 1.550 0.260 0.470 0.417 0.751 0.424 0.369 0.412 1.243 0.224 0.255 1.017 0.430 0.442 0.486 0.267 0.421 0.343 0.394 0.869 0.517 0.162 0.241 0.077 0.133 0.266 0.550 0.271 0.255 0.016 2.164 0.255 2.036 0.019 0.109 0.026 2.896 2.476 0.014 1.258 0.014 0.041 2.057 1.842 0.834 2.473 0.037 0.057 1.838 0.220 1.964 0.374 0.398 0.875 1.911 1.312 0.023 0.418 0.130 0.014 1.488 0.058 1.799 1.170 1.690 0.845 0.076 0.056 0.134 1.588 2.798 4.145 5.711 2045 chr4 57588897 57631804 + 0 NA Intergenic MER119|DNA|hAT-Charlie -62478 NM_032495 84525 Hs.619396 NM_032495 ENSG00000171476 HOPX CAMEO|HOD|HOP|LAGY|NECC1|OB1|SMAP31|TOTO HOP homeobox protein-coding nan 0.603 0.885 0.465 0.319 0.172 0.101 0.424 0.067 0.131 0.201 0.128 0.376 0.696 0.022 0.077 0.120 0.137 0.080 0.550 0.043 1.370 0.935 0.529 3.311 0.944 2.121 0.414 0.637 0.105 0.048 0.079 0.138 0.891 0.038 0.757 0.195 0.389 0.338 1.004 0.169 0.375 0.213 0.252 0.538 0.509 0.328 0.171 0.309 0.553 0.196 0.237 0.183 0.081 0.312 0.309 0.184 0.304 1.950 1.919 0.537 0.362 0.114 0.181 0.046 0.048 0.199 0.617 0.941 1.041 0.218 1.095 0.025 0.801 0.104 0.133 0.025 0.933 0.653 0.033 0.078 0.018 0.083 0.200 0.138 0.095 0.670 0.113 0.136 0.551 0.091 0.046 0.103 0.354 0.131 0.799 2.883 0.137 0.157 0.067 0.070 0.131 0.125 0.894 0.252 0.295 0.073 0.111 0.032 0.189 0.223 0.400 0.032 0.018 1396 chr19 13075481 13088920 + 0 NA intron (NM_152654, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 1768 NM_152654 199699 Hs.331981 NM_152654 ENSG00000179284 DAND5 CER2|CERL2|CKTSF1B3|COCO|CRL2|DANTE|GREM3|SP1 DAN domain BMP antagonist family member 5 protein-coding 2.361 0.957 8.372 0.486 0.258 1.085 0.429 0.264 0.250 0.540 0.722 0.622 0.099 0.280 0.435 0.398 0.215 1.000 1.767 0.216 0.065 0.336 0.172 0.344 nan 0.398 0.311 0.692 0.119 0.430 0.630 0.108 0.584 0.115 0.056 0.284 0.117 0.404 0.448 0.227 0.131 0.203 0.858 0.271 0.315 0.077 0.627 1.292 1.061 1.534 2.224 2.062 2.049 0.638 0.523 0.633 3.524 3.868 1.151 1.532 5.260 5.385 0.449 0.554 1.763 1.955 1.120 2.212 2.861 1.349 1.214 0.367 0.263 0.220 0.112 0.362 0.185 0.201 0.199 0.333 0.268 0.478 0.271 0.625 0.292 0.139 0.166 0.146 0.089 0.320 0.539 0.856 0.218 0.404 0.540 0.290 0.297 1.000 0.136 0.261 0.941 0.763 0.574 0.182 0.203 0.809 0.150 0.223 0.060 1.406 0.141 0.085 0.081 0.022 686 chr12 50782339 50796931 + 0 NA intron (NM_001145475, intron 1 of 7) AluSp|SINE|Alu 770 NM_001145475 121006 Hs.133187 NM_001145475 ENSG00000185958 FAM186A - family with sequence similarity 186 member A protein-coding nan 1.163 1.095 1.087 1.635 0.914 0.560 1.354 1.344 0.762 0.891 0.198 0.937 2.149 0.942 0.456 0.504 0.690 0.407 0.840 0.741 1.178 1.636 1.074 2.404 1.290 1.202 0.846 0.652 1.224 0.616 0.118 2.153 0.529 0.910 1.406 0.273 1.079 0.961 1.391 0.308 1.772 1.959 0.744 1.810 0.670 nan 1.637 2.138 3.590 2.214 nan 3.080 1.080 3.110 3.284 1.211 nan 1.624 nan 1.664 1.445 0.889 1.787 1.153 1.483 1.418 2.333 1.693 0.905 0.631 1.725 0.433 0.966 0.302 0.896 0.451 2.082 1.192 0.943 1.314 0.352 0.334 4.286 5.364 2.475 0.835 0.334 0.407 1.329 1.303 1.382 0.929 1.457 0.762 1.316 1.206 0.690 0.477 0.710 0.307 1.299 0.530 1.149 0.372 1.946 1.059 0.667 0.825 0.483 0.501 0.851 0.891 0.593 1760 chr20 51994419 52032237 + 0 NA intron (NM_001193421, intron 2 of 2) AluJb|SINE|Alu -155981 NR_110051 101927770 NR_110051 LOC101927770 - uncharacterized LOC101927770 ncRNA 0.760 1.058 0.678 0.180 0.083 0.276 0.136 0.096 0.016 0.155 0.303 0.149 0.030 0.098 0.047 0.066 0.111 0.171 0.196 0.217 0.020 0.060 0.014 0.141 0.347 0.099 0.135 0.346 0.046 6.892 0.095 0.128 0.188 0.034 0.092 0.096 0.029 0.069 0.214 0.026 0.053 0.178 0.205 0.087 0.069 0.088 0.435 nan 0.267 0.345 0.219 0.276 0.392 0.133 0.303 0.268 0.523 1.045 0.352 0.430 0.502 0.259 0.214 0.277 0.096 0.143 0.363 0.784 0.840 0.624 0.016 0.030 0.020 0.045 0.039 0.114 0.018 0.031 0.026 0.022 0.069 0.025 0.059 0.132 0.052 0.046 0.049 0.200 0.333 0.387 0.069 0.061 0.052 0.038 0.155 0.062 0.027 0.171 0.039 0.053 0.046 0.129 0.086 0.020 0.016 0.045 0.035 5.841 0.073 0.258 0.038 0.045 0.020 0.013 2033 chr4 38309571 38339801 + 0 NA Intergenic Intergenic 200115 NR_110951 101928776 Hs.586147 NR_110951 ENSG00000249534 LINC01258 - long intergenic non-protein coding RNA 1258 ncRNA 0.795 1.220 0.955 1.146 0.787 2.211 1.078 0.161 0.474 0.335 0.364 0.112 1.174 1.729 0.125 0.487 0.293 1.154 0.176 0.924 0.131 0.463 0.435 0.370 4.796 1.131 0.476 0.901 1.501 0.499 0.089 0.097 1.318 0.250 0.187 1.344 0.528 2.022 0.472 1.134 0.356 1.130 0.534 0.311 0.796 0.384 0.449 0.270 0.570 0.731 1.165 1.278 0.368 0.132 0.267 0.244 0.617 0.938 2.668 1.370 0.576 0.267 0.228 0.355 0.395 0.508 0.111 0.168 1.650 1.079 0.200 2.033 0.330 0.457 0.208 1.466 0.037 0.298 0.166 0.117 0.649 0.062 0.186 1.039 0.433 0.279 0.316 0.214 0.327 1.502 0.633 0.219 1.030 0.929 0.335 0.827 0.422 1.154 0.710 0.899 0.106 0.220 0.081 0.525 0.185 0.610 0.305 0.718 0.092 0.058 0.720 0.584 0.021 0.022 391 chr10 63591947 63603869 + 0 NA Intergenic Intergenic -63105 NM_032199 84159 Hs.535297 NM_032199 ENSG00000150347 ARID5B DESRT|MRF-2|MRF2 AT-rich interaction domain 5B protein-coding 0.670 nan 1.308 0.089 0.416 0.352 0.147 0.373 1.019 0.043 2.576 0.121 0.509 0.574 1.120 0.074 0.096 0.622 0.121 1.165 0.384 1.107 0.370 0.231 2.963 0.939 1.627 0.360 0.742 0.233 4.580 0.138 0.420 0.335 0.688 1.574 0.454 1.177 0.382 0.623 0.347 0.644 0.211 0.445 1.290 0.883 0.456 0.284 6.688 10.744 0.469 0.529 0.339 0.117 0.831 0.847 0.560 0.747 0.566 0.455 0.308 0.161 0.159 0.189 0.575 0.760 0.294 nan 0.791 0.508 0.019 0.949 1.139 2.359 0.174 0.044 0.046 1.045 0.507 0.031 1.020 0.119 0.040 0.154 0.101 0.098 0.625 0.266 0.455 0.672 0.355 0.119 1.953 1.023 0.043 0.508 0.792 0.622 0.380 1.243 0.033 0.958 0.068 0.842 0.404 1.449 0.934 0.250 0.034 0.083 0.688 0.612 1.425 1.062 943 chr15 60683041 60719945 + 0 NA Intergenic Intergenic -11308 NM_001136015 302 Hs.511605 NM_004039 ENSG00000182718 ANXA2 ANX2|ANX2L4|CAL1H|HEL-S-270|LIP2|LPC2|LPC2D|P36|PAP-IV annexin A2 protein-coding 1.285 1.870 nan 0.271 3.776 0.982 0.555 2.519 2.747 1.250 1.752 0.212 1.018 2.136 2.529 0.442 0.295 1.256 0.209 1.550 1.306 1.595 1.246 2.482 4.465 2.177 1.706 2.319 2.122 0.974 1.881 0.112 3.776 1.054 1.689 1.858 1.072 4.571 1.221 1.901 0.762 2.889 2.656 1.614 0.564 0.710 0.338 0.268 1.966 4.924 0.497 0.550 nan 0.194 0.441 0.392 1.992 2.972 0.549 1.115 0.955 0.637 0.283 0.473 1.522 1.622 0.911 1.734 0.838 0.510 0.264 1.908 1.335 1.899 0.068 0.206 0.259 2.013 2.371 1.063 2.374 0.401 0.093 2.814 1.122 0.534 1.135 0.745 0.794 5.297 3.420 1.764 0.787 2.221 1.250 2.676 2.908 1.256 1.909 1.496 0.415 1.744 0.341 2.549 2.545 1.759 3.157 0.730 0.130 0.496 1.699 1.467 2.706 2.546 2676 chr9 76590738 76597610 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -392273 NR_121182 101927358 Hs.559523 NR_121182 ENSG00000227809 LOC101927358 - uncharacterized LOC101927358 ncRNA nan nan nan 0.153 0.031 1.191 0.562 0.119 0.027 0.094 0.318 0.093 0.027 0.199 0.018 0.411 0.207 5.792 0.103 0.216 0.018 0.060 0.095 0.036 0.031 0.179 0.022 0.047 0.031 0.095 0.132 0.044 0.041 0.030 0.205 0.016 0.011 0.064 0.117 0.060 0.084 0.106 0.256 0.141 0.162 nan 3.073 nan 0.098 0.105 0.191 0.326 0.066 0.151 3.261 5.073 0.203 0.091 0.057 0.115 0.036 0.103 0.189 0.285 1.029 0.503 0.008 0.020 0.027 0.015 0.064 0.100 0.011 0.021 0.047 0.443 0.017 0.011 0.011 0.018 0.044 0.031 0.208 0.038 0.094 0.062 5.792 0.018 0.043 0.041 0.025 1.330 0.018 0.035 0.032 0.034 0.015 0.019 0.056 0.017 1887 chr3 21516959 21526769 + 0 NA intron (NM_024697, intron 4 of 7) AluSx1|SINE|Alu -62417 NR_046731 100874216 Hs.661720 NR_046731 ENSG00000225542 ZNF385D-AS1 - ZNF385D antisense RNA 1 ncRNA 0.524 0.715 0.573 0.027 0.260 0.113 0.033 0.039 0.025 0.361 0.066 0.065 0.019 0.048 0.065 0.114 0.114 0.025 0.056 0.107 0.015 0.008 0.040 0.161 0.030 0.055 0.074 0.040 0.047 0.039 0.028 0.040 0.127 0.057 0.076 0.060 0.064 0.032 0.227 0.119 5.612 4.950 0.144 0.111 0.101 0.049 0.184 0.176 0.640 0.805 0.254 0.171 nan 0.172 0.121 0.244 0.035 0.062 0.201 0.256 0.230 0.195 0.006 0.022 0.030 0.104 0.010 0.045 0.011 0.015 0.042 0.020 0.032 0.028 0.018 0.024 0.022 0.008 0.025 0.082 0.033 0.087 0.024 0.033 0.025 0.043 0.019 0.019 0.047 0.031 0.021 0.004 0.080 0.023 0.047 0.010 0.051 0.046 0.038 0.006 0.005 1375 chr19 3134810 3143755 + 0 NA intron (NM_002068, intron 1 of 6) intron (NM_002068, intron 1 of 6) 3252 NM_002068 2769 Hs.73797 NM_002068 ENSG00000060558 GNA15 GNA16 G protein subunit alpha 15 protein-coding 0.775 0.655 0.867 0.219 0.352 0.322 0.132 1.239 0.028 0.258 0.250 0.273 1.546 3.145 0.078 0.227 0.092 0.174 0.184 0.349 0.272 0.783 1.088 0.208 2.171 0.737 0.348 0.522 0.468 0.131 0.098 0.089 3.356 1.091 0.649 1.562 0.372 0.555 1.572 3.873 0.184 1.925 1.194 0.241 0.940 0.718 0.387 0.381 0.271 0.377 0.379 0.515 0.495 0.242 0.328 0.288 0.364 0.826 0.187 nan 1.261 0.755 0.446 0.565 0.128 0.196 0.133 0.179 1.004 0.819 0.068 2.824 0.236 0.398 0.087 0.098 0.015 2.318 2.198 0.082 0.460 0.043 0.071 3.156 1.697 0.623 0.659 0.051 0.095 3.544 0.337 0.457 0.060 0.977 0.258 2.109 0.397 0.174 0.643 0.166 0.306 0.859 0.551 2.528 0.178 2.859 0.673 0.052 0.230 0.070 2.235 0.508 0.097 0.125 180 chr1 151479599 151490129 + 0 NA intron (NM_020770, intron 1 of 20) intron (NM_020770, intron 1 of 20) 1002 NM_020770 57530 Hs.591464 NM_020770 ENSG00000143375 CGN - cingulin protein-coding nan nan 3.421 2.663 4.784 0.602 0.330 0.576 6.612 0.981 0.521 0.249 2.393 5.202 0.985 0.345 0.320 1.364 0.948 3.173 0.670 3.982 4.647 0.378 42.355 34.417 4.465 5.720 3.219 0.660 0.962 0.101 0.651 0.436 0.160 0.369 0.098 0.268 0.702 5.458 0.401 2.674 1.721 0.349 2.771 1.460 3.186 3.165 1.873 4.088 2.665 nan 2.769 0.885 4.466 4.640 0.979 1.348 5.627 6.592 1.297 1.385 3.802 5.970 1.194 1.097 1.439 2.078 1.283 0.754 0.924 3.875 1.949 0.306 3.857 0.810 0.433 0.387 0.131 0.555 0.243 0.108 0.510 0.663 0.766 0.452 4.024 1.542 1.139 0.312 1.113 1.120 6.123 8.532 0.981 8.100 0.688 1.364 2.429 4.439 0.333 1.158 0.618 0.470 1.670 0.587 1.347 0.196 5.182 0.539 0.224 4.525 0.339 0.111 1585 chr2 101468016 101525674 + 0 NA intron (NM_002518, intron 1 of 20) L1MB5|LINE|L1 60232 NM_002518 4862 Hs.156832 NM_002518 ENSG00000170485 NPAS2 MOP4|PASD4|bHLHe9 neuronal PAS domain protein 2 protein-coding 0.489 nan 0.580 0.053 0.283 0.190 0.107 0.267 0.029 0.226 0.194 0.083 0.384 0.269 0.714 0.060 0.090 0.064 0.126 0.313 0.069 0.478 0.416 0.585 5.431 2.947 1.049 0.897 0.566 0.794 0.032 0.077 0.282 0.869 1.572 0.764 0.045 0.118 0.261 0.098 0.035 0.681 0.210 0.093 0.862 0.771 0.307 0.209 0.385 0.765 0.675 0.655 0.160 0.088 0.255 0.310 0.109 0.202 0.433 0.497 0.266 0.148 0.481 0.686 0.110 0.145 0.093 0.201 0.169 0.261 0.028 1.832 0.022 1.179 0.266 0.181 0.012 0.584 0.206 0.054 2.812 0.012 0.018 1.979 0.283 0.163 0.361 0.915 1.266 0.816 2.408 0.068 1.198 2.111 0.226 0.540 1.998 0.064 0.815 1.039 0.044 1.124 0.582 0.218 0.217 0.253 0.164 0.480 0.479 0.041 0.579 0.362 0.246 0.269 1877 chr3 12328096 12342823 + 0 NA intron (NM_138711, intron 1 of 7) intron (NM_138711, intron 1 of 7) 5023 NM_138711 5468 Hs.162646 NM_005037 ENSG00000132170 PPARG CIMT1|GLM1|NR1C3|PPARG1|PPARG2|PPARgamma peroxisome proliferator activated receptor gamma protein-coding nan 0.953 0.586 0.131 2.698 0.198 0.120 1.180 0.293 0.131 0.625 0.098 0.374 0.892 0.073 0.096 0.168 0.081 0.189 0.455 0.244 1.486 1.037 1.944 0.784 0.856 0.549 0.562 0.536 0.131 0.052 0.070 1.450 0.375 0.098 1.595 0.064 0.135 0.313 0.747 0.049 1.598 0.482 0.884 2.302 0.643 0.094 0.084 0.175 0.337 0.365 0.307 0.199 0.115 0.173 0.203 0.316 0.381 0.232 0.311 0.532 0.246 0.236 0.323 0.094 0.107 0.189 0.435 0.337 0.317 0.008 0.937 0.905 1.708 0.142 0.024 0.346 0.503 0.070 0.342 0.006 0.081 0.709 0.173 0.186 0.245 0.096 0.138 0.360 2.033 0.472 0.193 0.813 0.131 0.748 0.351 0.081 0.403 0.697 0.020 0.387 0.021 1.465 0.388 1.292 0.301 0.047 0.104 0.096 0.578 3.224 0.384 0.354 246 chr1 165407426 165434821 + 0 NA Intergenic Intergenic -6531 NM_006917 6258 Hs.26550 NM_006917 ENSG00000143171 RXRG NR2B3|RXRC retinoid X receptor gamma protein-coding 1.272 nan 1.189 0.729 0.043 0.551 0.248 0.083 0.020 0.513 0.154 0.071 0.065 0.009 0.149 0.209 0.124 0.292 0.294 0.027 0.092 0.012 0.084 0.228 0.079 0.296 2.001 0.005 0.098 0.032 0.109 0.114 0.013 0.039 0.010 0.006 0.023 0.237 0.033 0.041 0.136 0.188 0.052 0.050 0.110 0.465 0.414 0.404 0.876 0.673 nan 0.207 0.120 0.130 0.127 0.224 0.364 1.415 nan 0.948 0.786 0.393 0.615 1.232 2.889 1.774 4.344 0.408 0.444 0.065 0.083 0.007 0.050 0.080 0.189 0.018 0.027 0.024 0.008 0.085 0.284 0.241 0.101 0.042 0.023 0.098 0.045 0.088 0.113 0.070 0.033 0.153 0.079 0.513 0.068 0.014 0.124 0.072 0.027 0.272 0.035 0.037 0.015 0.008 0.051 0.065 0.088 0.094 2.160 0.008 0.073 0.021 0.011 2705 chr9 128506242 128527260 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 6273 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.547 2.813 0.555 2.813 1.479 1.139 0.881 1.770 0.833 0.154 0.362 1.447 0.285 1.337 1.000 1.887 1.063 0.462 0.371 1.407 0.161 0.323 1.453 0.587 0.585 nan 0.459 0.188 1.002 0.128 2.737 0.299 0.408 0.602 0.387 1.329 0.724 0.296 0.209 0.616 0.459 0.863 0.383 0.383 0.172 0.195 0.568 0.760 3.191 2.805 2.588 1.141 0.862 0.834 1.683 nan 2.561 4.018 5.759 4.564 0.162 0.299 3.019 2.791 3.424 4.684 nan 1.071 1.611 0.643 0.543 0.380 0.457 2.501 0.746 0.501 0.616 0.704 0.428 0.829 1.075 0.994 1.297 0.741 0.220 0.302 0.202 1.270 0.914 2.376 0.346 0.475 1.770 1.208 1.276 1.887 0.128 0.766 0.521 1.031 1.507 0.594 0.174 0.787 0.428 0.065 0.043 1.532 0.724 0.130 2.108 1.938 2227 chr5 172378516 172387224 + 0 NA non-coding (NR_026682, exon 4 of 4) non-coding (NR_026682, exon 4 of 4) -2862 NM_001317981 51121 Hs.546390 NM_016093 ENSG00000037241 RPL26L1 RPL26P1 ribosomal protein L26 like 1 protein-coding 1.250 1.037 1.359 0.576 0.884 0.361 0.312 2.171 2.709 0.472 1.263 0.645 0.768 1.036 1.873 0.343 0.196 0.930 0.382 0.490 2.630 1.944 1.412 1.166 1.379 1.015 0.791 2.511 0.412 1.053 1.390 0.130 1.730 1.243 1.833 1.504 0.962 3.519 1.123 3.565 0.359 0.762 1.060 2.218 0.975 0.809 0.898 0.888 1.859 nan 1.317 1.143 1.775 0.661 1.781 1.873 1.016 nan 1.248 2.050 2.062 1.411 0.790 0.840 0.980 1.573 0.950 1.162 0.852 0.462 0.128 1.603 0.849 0.733 0.172 0.695 0.209 2.690 2.320 3.818 0.878 0.129 0.422 3.448 3.724 1.844 0.840 0.478 0.293 1.549 1.563 1.482 0.726 0.768 0.472 1.328 2.347 0.930 0.706 0.625 0.236 1.519 4.877 8.197 0.216 1.498 6.860 0.470 0.121 0.268 0.281 1.391 3.935 2.430 690 chr12 51631470 51641857 + 0 NA 3' UTR (NM_001136268, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001136268, exon 3 of 3) 4155 NM_001136267 9802 Hs.369761 NM_014764 ENSG00000183283 DAZAP2 PRTB DAZ associated protein 2 protein-coding nan 1.949 1.674 1.683 0.891 1.696 0.849 1.006 1.212 0.852 1.029 0.249 0.561 1.912 1.106 0.856 0.540 1.537 0.638 0.840 0.501 1.799 0.700 0.888 2.916 1.849 1.412 4.851 0.380 1.172 0.962 0.071 1.975 0.695 0.758 0.803 0.100 0.609 1.336 0.903 0.372 1.787 2.148 1.429 1.251 0.890 nan 3.977 2.784 3.713 4.282 nan 4.245 2.162 4.264 4.835 1.167 nan 3.484 nan 1.879 1.907 1.389 2.414 2.403 2.458 1.438 1.595 2.000 1.018 0.671 1.088 0.483 0.419 0.522 2.086 0.775 0.698 0.871 0.781 0.878 0.366 0.527 1.022 1.127 0.519 0.641 0.496 0.453 1.353 1.920 2.316 1.063 1.646 0.852 2.525 5.197 1.537 0.541 1.511 0.319 2.122 1.036 0.725 0.464 1.036 0.600 0.476 0.839 0.279 0.571 0.679 1.308 1.106 1168 chr17 36600535 36622214 + 0 NA intron (NM_001199417, intron 1 of 23) intron (NM_001199417, intron 1 of 23) 26654 NM_001199417 57636 Hs.374446 NM_020876 ENSG00000275832 ARHGAP23 - Rho GTPase activating protein 23 protein-coding nan 1.349 1.081 0.290 7.093 0.980 0.520 3.741 0.126 0.650 1.428 0.336 0.201 0.652 0.175 0.491 0.321 0.343 1.201 0.286 1.761 0.310 0.701 0.620 2.042 0.634 0.399 0.865 0.471 0.252 0.544 0.065 2.060 0.517 2.230 1.124 0.548 1.968 0.656 0.218 1.333 3.244 1.235 1.625 0.511 0.423 0.667 1.057 0.637 1.640 nan 1.026 0.731 0.332 1.348 1.353 0.399 0.802 1.442 1.881 nan 3.823 0.399 0.516 0.350 0.394 1.214 2.237 0.889 0.632 0.798 1.189 1.814 0.528 0.046 0.339 0.077 0.517 0.378 2.828 0.460 0.044 0.092 7.036 4.087 1.428 0.207 0.065 0.168 0.257 0.917 1.267 0.056 0.306 0.650 1.805 1.096 0.343 0.452 0.050 0.371 0.264 1.525 3.718 0.120 0.562 3.653 0.064 0.087 0.393 1.188 1.251 0.493 0.263 61 chr1 24688756 24703249 + 0 NA intron (NM_178122, intron 6 of 7) L2b|LINE|L2 -43975 NM_001322854 57185 Hs.523442 NM_020448 ENSG00000001461 NIPAL3 DJ462O23.2|NPAL3 NIPA like domain containing 3 protein-coding 0.970 0.686 nan 0.193 1.141 0.383 0.233 0.279 0.077 0.747 0.271 0.133 0.849 0.786 0.103 0.113 0.136 0.107 0.279 0.681 0.085 0.322 2.277 0.670 1.246 0.386 0.627 0.906 0.894 0.273 0.101 0.122 0.421 0.222 0.195 0.159 0.022 0.033 1.209 1.401 0.525 0.981 0.962 0.098 0.933 0.475 0.401 0.391 0.441 1.273 0.802 1.090 0.387 0.108 0.398 0.509 0.312 0.506 0.581 0.779 0.610 0.471 0.280 0.379 0.151 0.260 0.495 1.433 0.423 0.334 0.100 2.555 0.139 0.679 0.048 0.161 0.055 0.629 0.280 0.121 0.547 0.007 0.050 0.178 0.113 0.043 0.580 0.297 0.268 0.180 0.884 0.279 0.376 1.231 0.747 1.356 2.554 0.107 0.592 2.406 0.288 0.382 0.042 0.618 0.029 0.337 0.074 0.101 0.082 0.292 0.253 1.503 0.083 0.056 536 chr11 65231607 65280176 + 0 NA Intergenic Intergenic -9318 NR_144567 378938 Hs.621695 NR_002819 MALAT1 HCN|LINC00047|NCRNA00047|NEAT2|PRO2853 metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan 4.767 2.615 4.885 1.911 5.496 2.969 4.968 1.627 4.058 2.846 0.662 1.475 3.142 3.933 2.925 1.307 4.774 3.621 3.012 1.912 3.513 2.251 3.081 11.819 6.873 3.941 9.059 2.318 4.582 7.757 0.281 6.700 2.813 5.253 5.496 2.391 10.987 3.834 4.246 1.772 5.267 5.711 3.637 3.490 2.459 7.177 9.555 2.760 5.358 9.012 7.388 7.009 3.501 7.696 8.012 5.423 6.844 7.549 8.718 6.507 6.468 5.922 11.188 8.592 8.704 3.338 4.652 3.005 1.728 5.101 4.091 2.144 3.673 2.665 7.062 2.925 5.773 6.519 5.417 6.708 1.738 2.186 12.010 3.611 1.678 3.906 0.998 0.995 6.991 5.854 6.295 3.603 7.035 4.058 3.568 7.817 4.774 2.386 9.017 1.194 4.734 3.480 3.321 2.193 6.758 3.789 3.096 4.083 1.349 3.040 3.981 6.432 5.166 1767 chr20 57605877 57617906 + 0 NA intron (NR_037930, intron 1 of 5) intron (NR_037930, intron 1 of 5) -4469 NM_006886 514 Hs.177530 NM_006886 ENSG00000124172 ATP5E ATPE|MC5DN3 ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit protein-coding 2.434 2.490 1.733 2.011 2.835 1.434 0.990 1.885 0.552 0.994 1.166 0.134 0.408 1.540 1.961 1.098 0.647 1.671 1.063 1.803 0.499 1.434 0.518 1.348 3.079 2.746 2.173 3.804 0.855 1.225 3.535 0.179 2.776 0.912 0.522 1.641 0.523 2.536 1.453 1.243 0.564 3.539 3.328 1.776 3.117 0.968 3.415 nan 1.980 3.068 2.542 2.500 3.608 1.355 4.096 4.016 2.333 3.268 2.503 3.603 3.935 3.319 1.690 3.417 1.838 2.097 2.269 3.100 3.417 1.500 0.519 1.394 0.950 1.111 0.842 1.254 1.442 0.707 0.771 1.158 3.324 0.645 0.621 3.175 2.579 1.462 0.830 0.604 0.466 0.961 1.595 2.337 2.032 1.211 0.994 1.584 1.209 1.671 1.148 1.256 0.567 3.867 3.327 1.186 0.639 1.421 0.619 0.606 0.817 0.848 1.222 0.933 0.790 0.489 1653 chr2 205188208 205238506 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -197159 NM_152526 117583 Hs.657382 NM_057177 ENSG00000116117 PARD3B ALS2CR19|PAR3B|PAR3L|PAR3beta par-3 family cell polarity regulator beta protein-coding 1.013 nan 1.105 0.130 0.213 0.287 0.108 0.172 0.198 0.219 0.162 0.084 0.050 0.224 0.377 0.119 0.109 0.299 0.124 0.197 0.037 0.336 0.204 0.128 0.165 0.096 0.140 0.370 0.241 0.106 0.017 0.069 0.125 0.115 0.072 0.682 0.123 0.526 0.148 0.156 0.035 0.122 0.156 0.129 0.100 0.128 0.506 0.304 0.657 0.587 0.339 0.394 0.393 0.108 13.152 13.439 0.415 0.725 0.709 0.580 0.876 0.762 0.175 0.258 0.363 0.282 0.457 0.827 0.474 0.356 0.106 0.765 0.051 0.073 0.064 0.066 0.088 0.202 0.078 0.219 0.095 0.110 0.248 0.125 0.050 0.039 0.029 0.070 0.108 0.155 0.093 0.125 0.036 0.041 0.219 0.244 0.351 0.299 0.078 0.069 0.187 0.143 0.036 0.252 0.008 0.075 0.104 0.055 0.043 0.212 0.092 0.206 0.038 0.018 2237 chr6 1593639 1617020 + 0 NA promoter-TSS (NR_125804) promoter-TSS (NR_125804) -437 NR_125804 101927703 Hs.607964 NR_125804 FOXCUT LINC01379|TCONS_00011636 FOXC1 upstream transcript (non-protein coding) ncRNA 1.218 1.583 3.576 1.592 1.406 1.885 0.941 0.216 0.189 0.991 2.016 0.187 0.162 0.734 0.057 0.270 0.153 0.441 0.397 0.742 0.726 0.474 0.144 0.454 3.467 2.425 3.381 1.006 0.544 0.444 0.537 0.077 3.304 0.126 0.118 0.744 0.396 1.121 0.571 0.215 0.153 1.160 0.322 0.817 1.323 0.258 0.446 0.397 2.611 4.974 0.896 0.636 1.221 0.340 1.049 1.003 0.483 0.921 0.620 1.050 0.521 0.286 0.452 0.491 0.492 0.633 0.219 0.503 0.898 0.513 0.072 0.648 0.331 0.587 0.172 0.155 0.217 0.610 0.553 0.828 1.575 0.036 2.996 0.944 0.917 0.523 0.121 0.697 0.549 0.617 1.189 1.741 1.063 0.578 0.991 1.533 0.423 0.441 0.367 0.853 0.037 4.488 1.938 0.357 0.239 0.880 1.082 0.227 0.101 0.111 0.225 0.222 0.116 0.072 1688 chr2 239191223 239201885 + 0 NA intron (NM_022817, intron 1 of 22) intron (NM_022817, intron 1 of 22) 653 NM_022817 8864 Hs.58756 NM_003894 ENSG00000132326 PER2 FASPS|FASPS1 period circadian clock 2 protein-coding 3.627 nan 5.200 1.322 1.117 1.800 0.890 1.128 0.770 1.259 0.486 0.030 0.571 1.895 0.815 0.971 0.285 4.240 1.208 1.937 0.139 1.263 0.462 1.645 12.525 5.917 3.218 2.490 1.602 0.808 0.530 0.133 1.500 0.546 1.224 1.935 0.240 0.574 1.237 1.025 0.460 3.034 1.962 0.671 2.077 1.225 2.277 3.675 2.434 5.646 1.661 1.366 2.321 1.842 3.103 3.262 1.125 1.692 3.910 nan 1.324 1.730 2.555 3.596 3.780 2.770 1.478 1.310 1.412 0.988 0.564 1.595 0.445 0.313 1.350 1.884 0.375 1.511 1.348 0.097 6.279 0.537 1.470 0.779 0.498 0.359 1.317 0.403 0.293 0.301 6.282 0.722 1.710 3.688 1.259 6.523 0.919 4.240 2.307 4.495 0.295 1.003 2.958 0.229 0.296 0.488 0.230 0.335 1.967 0.429 1.820 0.224 0.140 0.124 2394 chr7 1603157 1612466 + 0 NA intron (NM_001134340, intron 2 of 2) intron (NM_001134340, intron 2 of 2) 1818 NM_032302 84262 Hs.446311 NM_032302 ENSG00000157778 PSMG3 C7orf48|PAC3 proteasome assembly chaperone 3 protein-coding 2.679 3.101 4.506 1.413 4.512 1.733 0.981 3.927 1.566 3.344 1.203 0.442 1.039 3.257 2.303 1.160 0.845 3.109 1.595 4.221 0.811 6.890 1.674 3.126 11.250 5.843 8.762 nan 2.701 1.574 2.741 0.240 2.699 2.607 1.191 7.090 0.594 1.869 3.086 2.813 0.554 7.049 3.953 4.270 2.744 3.088 2.312 2.550 1.828 nan 3.627 3.521 nan 0.919 3.463 3.534 1.840 2.831 nan 5.415 1.642 1.493 1.566 2.176 2.142 2.842 1.861 2.744 1.442 0.876 3.807 3.350 1.173 7.144 0.649 3.674 0.879 4.780 6.115 1.260 10.524 0.500 0.963 2.932 2.181 0.914 2.647 1.125 0.794 2.557 4.230 3.565 1.217 3.318 3.344 6.266 5.477 3.109 3.563 3.871 1.258 4.109 2.903 1.733 0.553 3.837 1.136 1.073 0.423 1.114 3.090 1.137 1.163 0.807 1266 chr17 76870703 76883501 + 0 NA intron (NM_003255, intron 1 of 4) intron (NM_003255, intron 1 of 4) 22197 NM_001243540 100653515 Hs.734636 NM_001243540 ENSG00000178404 CEP295NL DDC8|KIAA1731NL CEP295 N-terminal like protein-coding 2.353 1.812 1.719 0.495 3.764 0.803 0.438 3.472 0.524 2.206 4.759 0.801 1.317 2.575 0.478 0.280 0.304 0.271 0.312 1.009 0.658 1.776 1.644 2.276 3.574 0.937 0.237 1.161 2.694 0.877 0.200 0.082 0.593 2.346 0.973 2.743 0.715 2.260 0.515 1.159 0.197 1.578 0.438 2.120 0.798 1.059 1.646 2.826 0.624 1.181 1.393 1.254 1.388 0.529 0.482 0.534 nan 1.230 0.790 1.058 3.203 2.712 0.622 0.836 0.444 0.890 0.570 1.494 nan 0.742 0.367 4.795 1.249 1.746 0.040 0.926 0.087 2.372 2.314 2.572 1.864 0.109 0.265 3.942 2.116 0.851 1.325 0.170 0.141 6.004 2.455 2.743 0.117 1.677 2.206 4.779 0.260 0.271 1.531 1.278 0.388 0.332 0.911 3.266 1.265 1.567 1.121 0.198 0.189 0.205 0.594 1.132 2.984 2.673 2654 chr9 14421654 14439791 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -31740 NM_001190738 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.052 0.295 0.020 0.387 0.228 0.098 0.410 1.113 0.535 0.044 0.062 0.088 0.036 0.730 0.594 0.566 0.684 0.610 0.287 0.122 0.046 0.121 0.419 0.097 0.344 2.234 0.148 0.159 0.070 0.074 0.172 0.104 0.038 0.030 0.081 0.212 0.144 0.072 0.093 0.130 0.216 0.185 0.075 0.177 0.249 0.304 2.949 6.184 0.826 0.925 1.237 0.382 0.128 0.166 31.837 36.362 0.384 0.401 0.483 0.215 0.290 0.600 0.697 0.663 0.638 2.768 2.443 1.517 1.121 0.181 0.021 0.239 0.016 0.108 0.023 0.045 0.048 0.028 0.041 0.090 0.048 0.025 0.040 0.025 0.115 0.077 0.114 0.623 0.067 0.096 0.082 0.040 1.113 0.076 0.411 0.566 0.027 0.129 0.082 0.065 0.335 0.112 0.005 0.103 0.424 0.064 0.109 0.705 0.154 0.016 0.016 0.014 1458 chr19 45941184 45960584 + 0 NA Intergenic (TCTCTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 10972 NR_106736 102464836 NR_106736 ENSG00000275726 MIR6088 hsa-mir-6088 microRNA 6088 ncRNA 2.496 1.435 1.926 0.594 3.685 1.106 0.521 1.095 0.490 0.675 0.622 0.241 0.558 1.309 1.704 0.374 0.237 0.579 0.603 2.000 0.338 1.349 0.485 0.592 nan 1.599 2.048 1.510 0.609 0.353 3.497 0.172 3.029 0.316 0.358 0.472 0.330 0.725 1.932 0.747 0.870 2.114 5.071 0.918 2.316 0.467 1.182 2.756 1.101 2.275 1.397 1.317 1.531 0.549 1.390 1.572 1.330 2.146 1.809 2.994 1.216 1.088 0.789 1.080 1.391 1.108 1.545 2.343 1.208 1.065 0.261 1.194 0.915 2.918 0.658 0.748 0.959 0.499 0.418 0.465 0.830 0.109 0.207 0.945 1.031 0.535 0.496 0.216 0.136 1.335 2.425 5.102 0.544 0.942 0.675 5.317 0.528 0.579 0.688 1.979 0.452 2.414 0.492 0.332 0.395 0.192 0.517 0.142 0.282 0.435 0.513 0.409 1.514 0.846 444 chr11 701564 711856 + 0 NA intron (NM_022772, intron 1 of 20) intron (NM_022772, intron 1 of 20) 590 NM_022772 64787 Hs.55016 NM_022772 ENSG00000177106 EPS8L2 EPS8R2 EPS8 like 2 protein-coding 1.276 1.448 2.089 0.664 6.230 0.578 0.346 2.572 3.766 0.421 0.219 0.110 1.489 5.089 0.398 0.147 0.087 0.903 0.420 3.925 1.059 4.017 2.133 1.519 10.974 7.133 5.517 0.402 1.749 0.135 0.242 0.065 1.019 1.238 2.321 2.086 0.332 1.059 2.181 2.712 0.259 5.779 1.486 2.750 3.268 1.345 1.462 2.442 2.524 3.874 1.243 1.177 0.729 0.301 0.746 0.998 0.336 0.639 2.199 3.173 0.313 0.190 1.496 1.486 0.198 0.176 0.206 0.266 0.608 0.402 0.099 5.505 1.089 0.137 2.057 0.316 0.148 1.411 1.772 2.398 0.916 0.036 0.395 10.122 2.147 1.037 2.750 0.261 0.187 1.199 5.704 1.688 0.821 1.843 0.421 4.533 4.742 0.903 2.285 3.752 0.141 2.449 0.405 4.021 0.624 0.819 1.720 0.023 0.410 0.024 0.954 1.385 2.373 1.378 508 chr11 57069871 57104245 + 0 NA intron (NM_033396, intron 3 of 11) AluSq2|SINE|Alu 5355 NM_033396 85456 Hs.530730 NM_033396 ENSG00000149115 TNKS1BP1 TAB182 tankyrase 1 binding protein 1 protein-coding 1.335 1.220 1.208 1.355 1.205 1.304 0.846 1.872 0.430 1.307 1.295 0.121 0.568 1.499 1.771 0.625 0.326 1.844 0.463 1.385 0.605 0.991 0.654 0.876 2.365 1.357 2.753 2.765 0.846 1.179 1.507 0.121 1.753 0.439 0.415 1.500 0.430 1.149 1.058 0.952 0.369 2.301 1.161 1.150 1.369 0.859 2.252 2.357 1.705 2.606 3.285 3.367 1.741 0.875 2.437 2.320 1.434 1.999 3.483 4.371 1.407 1.351 1.196 1.985 1.185 1.112 1.028 1.914 1.681 0.728 1.271 1.778 0.743 1.913 1.400 1.259 0.737 0.955 0.929 1.023 0.904 0.304 0.466 2.635 1.279 0.682 0.779 0.461 0.418 2.118 1.795 1.389 1.340 0.804 1.307 1.405 0.931 1.844 0.726 0.648 0.656 1.338 1.234 1.038 0.852 0.943 0.998 0.617 0.602 0.351 1.332 0.390 0.481 0.299 1336 chr18 51771582 51788689 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -15714 NM_007195 11201 Hs.438533 NM_007195 ENSG00000101751 POLI RAD30B|RAD3OB DNA polymerase iota protein-coding nan 1.431 1.446 0.789 0.153 1.275 0.583 0.168 0.083 1.680 0.105 0.095 0.066 0.106 0.076 0.241 0.181 2.574 0.431 0.257 0.203 0.044 0.043 0.121 0.290 0.099 0.879 1.430 0.307 0.688 0.039 0.108 0.424 0.027 0.053 0.027 0.009 0.048 0.924 0.129 0.380 0.739 0.547 0.138 3.581 0.091 0.504 0.540 0.485 1.596 3.274 3.989 4.892 1.957 0.302 0.330 0.253 0.366 1.718 2.048 0.838 0.658 0.422 0.641 3.313 3.712 0.366 0.498 nan 1.900 1.365 0.210 1.131 0.091 0.093 0.488 0.008 0.040 0.004 0.043 1.141 0.924 0.482 0.106 0.025 0.027 0.304 0.278 0.552 0.064 0.309 0.100 0.134 0.776 1.680 0.076 0.044 2.574 0.641 0.233 0.393 0.079 0.172 0.058 0.081 0.061 0.427 1.203 0.536 0.109 0.031 0.166 0.027 0.015 39 chr1 8927744 8979016 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -14229 NM_001428 2023 Hs.517145 NM_001428 ENSG00000074800 ENO1 ENO1L1|HEL-S-17|MPB1|NNE|PPH enolase 1 protein-coding 1.830 nan 1.805 2.616 1.590 1.136 0.647 1.866 1.562 1.105 1.443 0.548 0.820 2.376 1.946 0.517 0.397 0.289 0.674 1.019 0.873 3.072 0.846 0.763 nan 1.992 3.456 1.574 1.954 0.754 0.601 0.121 1.490 1.397 1.304 1.105 0.850 3.522 1.537 2.245 0.360 1.768 1.785 0.893 1.335 0.648 0.925 1.151 1.425 3.438 2.279 2.058 0.787 0.297 2.132 2.192 1.829 nan nan 5.319 nan 2.353 0.760 1.435 0.717 0.731 1.492 1.606 0.872 0.676 0.669 2.843 1.539 1.335 0.567 0.789 0.435 2.885 3.054 0.574 3.946 0.158 0.424 4.058 1.896 0.822 1.548 0.456 0.335 3.217 2.780 2.948 1.478 2.052 1.105 2.304 5.387 0.289 0.671 1.625 0.243 3.309 0.859 2.737 1.045 2.099 1.733 0.572 0.493 0.725 1.951 1.050 0.828 0.665 1089 chr16 84267913 84287380 + 0 NA Intergenic MLT1M|LTR|ERVL-MaLR -4290 NM_172347 93107 Hs.335877 NM_133490 ENSG00000168418 KCNG4 KV6.3|KV6.4 potassium voltage-gated channel modifier subfamily G member 4 protein-coding nan 0.598 0.819 0.179 0.081 0.258 0.148 0.240 0.022 0.317 0.066 0.094 0.166 0.218 0.065 0.057 0.059 0.183 0.146 0.215 0.025 0.178 0.081 0.155 0.169 0.054 0.110 0.232 0.067 0.121 0.095 0.071 0.186 0.053 0.132 0.091 0.057 0.180 0.281 0.056 0.045 0.131 0.176 0.096 1.117 0.075 0.340 0.339 0.173 0.207 0.294 0.356 0.604 0.251 0.239 0.279 0.079 0.191 0.327 0.504 4.459 3.627 0.167 0.204 0.124 0.126 1.270 3.678 0.361 0.462 0.066 0.468 0.015 0.119 0.041 0.082 0.016 0.153 0.070 0.045 0.119 0.015 0.049 0.140 0.073 0.069 0.145 0.041 0.068 0.092 0.168 0.149 0.032 0.153 0.317 0.121 0.663 0.183 0.044 0.038 0.279 0.057 0.033 0.031 0.017 0.065 0.040 0.066 0.030 0.762 0.039 0.077 0.018 0.008 558 chr11 72516436 72546675 + 0 NA intron (NM_033388, intron 3 of 17) intron (NM_033388, intron 3 of 17) 6104 NM_001318766 89849 Hs.653186 NM_033388 ENSG00000168010 ATG16L2 ATG16B|WDR80 autophagy related 16 like 2 protein-coding nan 1.271 1.654 1.325 0.659 0.766 0.318 1.398 0.341 0.905 0.620 0.139 0.305 0.669 0.739 0.390 0.255 1.231 0.446 0.956 0.270 0.584 0.519 0.443 nan 0.942 0.764 2.221 0.477 0.354 0.866 0.130 2.212 0.366 0.403 1.148 0.304 0.824 0.678 0.905 0.240 1.228 0.888 0.847 1.448 0.438 1.828 2.371 1.839 2.446 2.634 2.629 2.717 1.343 3.778 4.186 1.402 1.967 2.366 3.663 1.354 1.329 1.255 1.591 1.095 1.115 1.070 1.306 1.144 0.662 1.323 0.986 0.167 0.613 0.670 1.027 0.325 1.192 1.187 0.679 1.345 0.183 0.719 2.191 0.916 0.463 0.480 0.323 0.286 1.035 1.509 1.179 0.767 2.242 0.905 1.130 1.272 1.231 0.510 0.765 0.276 2.391 1.069 0.558 0.355 0.511 0.320 0.183 0.512 0.408 0.879 0.416 0.390 0.258 12 chr1 3235019 3286010 + 0 NA intron (NM_199454, intron 3 of 16) L1MEf|LINE|L1 -110633 NM_014448 27237 Hs.87435 NM_014448 ENSG00000130762 ARHGEF16 GEF16|NBR Rho guanine nucleotide exchange factor 16 protein-coding 1.311 nan 1.041 0.368 0.143 1.028 0.507 0.035 0.015 0.632 0.076 0.082 0.011 0.062 0.021 0.065 0.047 0.028 0.159 0.099 0.131 0.060 0.010 0.109 nan 0.100 0.066 1.415 0.029 0.082 0.070 0.091 0.166 0.019 0.061 0.047 0.066 0.096 0.221 0.045 0.083 0.124 0.205 0.071 0.036 0.080 0.164 0.098 0.108 0.157 0.360 0.373 0.105 0.043 0.164 0.192 0.141 nan nan 0.163 nan 0.151 0.207 0.145 0.082 0.080 0.108 0.119 0.195 0.265 6.609 0.154 0.041 0.067 0.698 0.517 0.084 0.168 0.076 0.023 0.083 0.017 0.006 0.074 0.033 0.018 0.051 0.026 0.019 0.088 0.148 0.067 0.026 0.065 0.632 0.075 0.066 0.028 0.038 0.096 0.621 0.128 0.267 0.016 0.006 0.037 0.224 0.047 0.015 0.022 0.036 0.033 0.116 0.101 1554 chr2 46389070 46400344 + 0 NA intron (NM_005400, intron 14 of 14) intron (NM_005400, intron 14 of 14) -129834 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 1.565 nan 1.437 0.520 0.413 0.294 0.156 1.503 0.638 0.805 0.729 0.114 0.756 1.559 0.577 0.083 0.095 0.181 0.138 0.507 0.604 0.737 1.233 0.106 5.297 1.225 1.173 1.142 2.270 0.227 0.056 0.096 0.809 1.324 0.088 1.040 0.597 1.387 0.941 1.104 0.707 2.811 0.881 0.606 1.945 0.613 0.299 0.146 0.263 0.576 nan 0.823 0.377 0.200 0.456 0.427 0.846 1.399 0.631 0.880 0.440 0.311 0.224 0.347 0.055 0.041 0.367 nan nan 0.493 0.346 4.172 1.070 0.270 0.027 0.275 0.041 2.784 2.187 0.378 0.186 0.009 0.034 1.790 0.256 0.131 1.509 0.092 0.075 0.345 1.157 0.078 0.186 1.643 0.805 2.251 1.666 0.181 1.201 3.791 0.395 0.848 0.235 1.131 1.002 1.553 0.812 0.071 0.053 0.233 1.888 1.153 0.089 0.075 2168 chr5 88075136 88084518 + 0 NA intron (NM_001193347, intron 4 of 11) intron (NM_001193347, intron 4 of 11) 39917 NM_001193349 4208 Hs.649965 NM_002397 ENSG00000081189 MEF2C C5DELq14.3|DEL5q14.3 myocyte enhancer factor 2C protein-coding 0.687 1.435 0.595 0.169 1.079 0.203 0.240 0.141 0.687 0.327 1.550 0.051 0.263 0.303 0.431 0.200 0.178 0.102 0.283 0.583 0.145 0.696 0.653 0.661 1.691 0.618 0.981 1.040 0.405 0.148 0.569 0.115 0.226 0.263 0.231 0.366 0.134 0.895 0.786 0.733 0.205 1.055 0.318 0.535 0.337 0.443 0.530 0.635 7.076 10.710 0.459 0.339 0.531 0.256 0.266 0.334 1.912 2.059 0.414 0.436 0.310 0.148 1.016 2.092 0.126 0.267 0.243 nan 0.416 0.308 0.077 0.394 0.132 1.181 0.053 0.370 1.169 0.556 0.031 0.703 0.010 0.009 0.716 0.090 0.059 0.538 0.049 0.090 0.541 0.252 1.029 0.201 0.069 0.327 0.771 0.375 0.102 0.118 0.594 0.031 0.291 0.076 0.383 0.926 0.295 0.224 0.135 2.322 0.130 0.163 1.089 0.104 0.206 573 chr11 78492197 78535240 + 0 NA intron (NM_001098816, intron 15 of 33) intron (NM_001098816, intron 15 of 33) -227809 NM_024678 79731 Hs.503389 NM_024678 ENSG00000137513 NARS2 DFNB94|SLM5|asnRS asparaginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) protein-coding nan 1.085 0.757 0.240 0.045 0.402 0.190 0.078 0.108 0.472 0.165 0.072 0.018 0.027 0.040 0.120 0.103 0.242 0.478 0.305 0.060 0.168 0.015 0.171 7.321 1.985 3.462 0.381 0.754 0.233 0.053 0.119 0.097 1.243 0.104 0.993 0.007 0.049 0.157 0.066 0.028 0.224 0.146 0.075 0.130 0.862 0.582 0.433 0.224 0.274 0.616 0.724 0.883 0.216 0.672 0.689 0.381 0.611 1.412 1.236 0.478 0.266 0.238 0.440 0.354 0.425 0.193 0.320 0.541 0.481 0.080 0.889 0.014 1.618 0.749 0.105 0.006 2.835 2.214 0.021 0.055 0.067 0.187 0.197 0.035 0.024 0.142 0.029 0.040 0.193 0.159 0.041 1.859 0.808 0.472 0.028 1.933 0.242 0.065 0.330 0.238 0.043 0.090 0.061 0.103 0.283 0.126 0.146 0.090 0.135 0.071 0.064 0.011 0.013 2710 chr9 130061723 130076208 + 0 NA intron (NM_032293, intron 2 of 27) AluY|SINE|Alu 42209 NM_032293 84253 Hs.29304 NM_032293 ENSG00000136895 GARNL3 bA356B19.1 GTPase activating Rap/RanGAP domain like 3 protein-coding nan 1.058 0.993 0.327 0.136 0.379 0.176 0.150 0.266 0.131 0.342 0.146 0.159 0.247 0.069 0.075 0.098 0.373 0.141 0.357 0.009 0.218 0.066 0.150 1.255 0.229 0.242 0.983 0.322 0.072 0.045 0.074 0.323 0.082 0.106 0.372 0.038 0.120 0.276 0.045 0.005 0.226 0.093 0.060 0.280 0.086 0.251 0.175 0.256 0.472 0.552 0.741 nan 0.195 0.328 0.367 0.727 1.107 1.605 1.707 6.682 5.540 0.154 0.196 0.158 0.181 2.528 4.800 0.744 0.575 0.091 0.241 0.062 0.312 0.276 0.098 0.019 0.584 0.195 0.025 0.241 0.040 0.093 0.083 0.062 0.054 0.155 0.065 0.076 0.118 0.253 0.091 0.076 0.378 0.131 0.300 0.145 0.373 0.092 0.136 0.732 0.077 0.358 0.234 0.096 0.215 0.084 0.058 0.034 1.704 0.063 0.059 0.040 0.017 1084 chr16 75373468 75377993 + 0 NA intron (NM_006324, intron 5 of 6) intron (NM_006324, intron 5 of 6) -73779 NM_001170715 9564 Hs.479747 NM_014567 ENSG00000050820 BCAR1 CAS|CAS1|CASS1|CRKAS|P130Cas BCAR1, Cas family scaffolding protein protein-coding 0.936 0.687 nan 0.116 0.160 0.313 0.178 0.530 0.219 0.481 0.035 0.119 0.211 2.171 0.105 0.126 0.054 0.165 0.238 0.164 0.393 0.047 8.627 0.097 0.031 0.397 0.364 0.419 0.200 0.063 0.123 0.621 0.755 0.067 0.758 0.069 0.140 0.219 0.169 0.072 0.897 0.588 0.332 0.489 0.275 0.334 0.403 0.215 0.314 0.192 0.308 0.386 0.142 0.519 0.382 0.858 1.201 0.218 0.412 0.493 0.221 0.174 0.355 0.056 0.155 0.259 0.580 0.978 0.788 0.049 0.229 0.170 0.826 0.132 0.055 0.030 0.640 0.144 0.100 0.141 0.051 0.144 0.067 0.069 0.086 0.051 0.055 0.193 0.342 0.293 1.356 0.384 0.219 0.069 2.262 0.054 0.053 0.407 0.232 0.068 0.120 0.278 0.329 0.555 0.051 0.065 0.138 0.103 0.124 0.028 0.034 638 chr12 6975152 7001697 + 0 NA intron (NR_135083, intron 2 of 3) intron (NR_135083, intron 2 of 3) -4721 NR_002803 283345 Hs.720698 NR_002803 ENSG00000240370 RPL13P5 RPL13-2|RPL13L|RPL13_4_1199|RRPL13L ribosomal protein L13 pseudogene 5 pseudo 2.125 nan nan 2.903 1.962 1.544 0.821 1.520 0.715 1.370 0.496 0.097 0.693 1.739 1.855 0.748 0.575 1.390 0.902 2.202 0.407 2.880 1.511 0.936 3.472 1.900 2.350 3.761 0.518 1.085 1.753 0.169 1.627 0.810 0.944 3.641 0.215 1.066 2.456 1.528 0.775 2.775 4.074 0.977 1.933 0.883 0.767 1.098 1.948 2.738 nan 3.473 4.726 1.778 2.433 2.666 1.972 2.566 1.929 2.377 1.535 1.715 0.912 1.762 1.484 1.461 2.151 nan 0.921 0.467 1.393 1.693 0.550 1.228 0.731 1.822 0.572 2.812 2.924 0.629 1.829 0.302 1.593 1.371 0.975 0.532 2.924 0.727 0.706 2.977 5.477 3.638 1.925 1.907 1.370 2.084 1.260 1.390 0.873 0.825 2.410 4.681 0.554 1.067 0.686 0.999 0.630 0.576 0.766 1.610 0.667 1.073 0.992 0.632 2350 chr6 113963527 113977279 + 0 NA intron (NR_125844, intron 1 of 2) intron (NR_125844, intron 1 of 2) 874 NR_125844 101927686 Hs.402044 NR_125844 ENSG00000230943 LOC101927686 - uncharacterized LOC101927686 ncRNA nan 0.770 nan 0.433 0.196 1.362 0.805 0.153 1.677 0.383 1.011 0.245 0.167 0.177 0.556 0.382 0.175 0.093 0.173 0.496 0.333 0.183 0.253 0.152 2.225 0.345 0.340 0.652 0.235 0.339 0.103 0.098 0.776 0.069 0.088 0.358 0.203 0.318 1.119 0.661 0.701 3.271 3.424 0.386 0.522 0.121 0.731 0.873 1.414 3.283 0.427 nan nan 1.231 0.761 0.655 0.399 nan 0.479 0.514 0.419 0.186 1.368 1.920 0.409 0.347 0.285 nan 0.472 0.318 0.317 0.340 0.543 0.984 0.747 0.145 0.010 0.437 0.147 0.011 0.054 0.114 0.011 3.356 0.246 0.096 0.776 0.057 0.108 1.300 0.479 0.205 0.068 0.516 0.383 0.139 0.040 0.093 0.205 1.163 0.021 0.342 0.143 0.134 0.104 0.080 0.841 1.060 1.471 0.118 0.292 0.130 0.944 0.548 875 chr14 64965907 64978684 + 0 NA promoter-TSS (NM_001304507) promoter-TSS (NM_001304507) -364 NM_001304508 7597 Hs.654571 NM_006977 ENSG00000089775 ZBTB25 C14orf51|KUP|ZNF46 zinc finger and BTB domain containing 25 protein-coding nan nan 4.562 4.389 3.772 4.335 2.117 2.673 7.385 3.637 3.847 0.492 0.668 2.162 6.792 1.707 0.931 3.877 1.415 1.824 1.105 5.152 1.354 5.010 6.351 3.772 4.098 6.760 1.522 1.966 3.631 0.155 4.726 1.208 1.541 3.077 0.907 3.332 3.701 2.699 0.704 5.429 4.050 1.253 3.816 1.948 2.902 3.533 4.619 6.911 7.499 6.475 3.658 1.607 nan 6.702 3.409 3.922 4.727 nan 4.997 6.485 1.635 3.733 5.749 5.850 2.888 3.312 3.385 1.768 6.327 2.081 1.812 1.902 1.295 5.495 1.628 3.645 4.338 1.312 3.861 1.578 3.343 3.238 3.273 1.544 2.114 1.531 1.163 3.172 4.756 4.338 3.130 3.904 3.637 2.051 4.425 3.877 2.094 2.604 0.891 6.106 1.999 1.960 2.287 5.265 1.822 1.358 1.405 1.773 4.277 2.062 1.361 0.978 2479 chr7 105649199 105677574 + 0 NA intron (NM_152750, intron 14 of 18) intron (NM_152750, intron 14 of 18) 59729 NM_001301161 222256 Hs.150120 NM_152750 ENSG00000128536 CDHR3 CDH28 cadherin related family member 3 protein-coding nan 0.699 1.209 0.090 0.069 0.364 0.224 0.093 0.017 0.860 1.247 0.119 0.020 0.067 0.050 0.299 0.224 0.303 0.995 0.271 0.026 0.112 0.033 0.195 0.130 0.054 0.150 0.641 0.021 0.104 0.065 0.163 0.236 0.024 0.051 0.066 0.072 0.252 0.281 0.004 0.057 0.243 0.195 0.096 0.154 0.099 0.576 0.645 0.307 0.358 0.492 0.549 0.683 0.198 0.164 0.149 3.632 4.356 0.262 0.313 0.506 0.395 0.370 0.679 0.420 0.550 0.533 nan 0.603 0.589 1.251 0.063 0.017 0.105 0.028 0.321 0.029 0.022 0.018 0.062 0.112 0.071 0.120 0.143 0.017 0.016 0.048 0.085 0.051 0.144 0.111 0.083 0.050 0.134 0.860 0.060 0.052 0.303 0.061 0.085 0.464 0.116 0.032 0.022 0.037 0.037 0.041 0.053 0.250 0.192 0.011 0.050 0.026 0.018 1522 chr2 16051461 16188966 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -37842 NM_001329968 10408 Hs.651453 NM_006316 ENSG00000233718 MYCNOS MYCN-AS1|N-CYM|NCYM|NYCM MYCN opposite strand protein-coding 6.517 3.491 7.495 0.369 1.128 0.184 0.104 0.047 0.121 0.114 0.058 0.079 0.016 0.046 0.061 0.096 0.102 0.052 21.706 0.154 0.058 0.066 0.010 0.072 1.762 0.344 0.567 0.772 0.018 0.186 0.048 0.098 0.236 0.022 0.053 0.060 0.014 0.053 0.216 0.021 0.043 0.117 0.618 0.074 0.054 0.092 0.578 0.530 0.463 0.765 0.575 0.507 0.801 0.288 0.584 0.564 0.219 0.352 0.459 nan 0.793 0.548 13.595 15.404 17.716 18.199 0.496 nan 0.166 0.291 0.899 0.058 0.033 0.060 0.112 0.796 0.036 0.011 0.016 0.024 0.072 6.373 0.033 0.143 0.040 0.023 0.047 0.142 0.175 0.127 0.155 0.036 0.087 0.141 0.114 0.038 0.026 0.052 0.136 0.091 0.026 0.203 0.301 0.014 0.006 0.024 0.266 0.144 6.955 0.154 0.049 0.050 0.031 0.016 1 chr1 931445 938358 + 0 NA intron (NM_001142467, intron 2 of 2) CpG 651 NM_001142467 57801 Hs.154029 NM_021170 ENSG00000188290 HES4 bHLHb42 hes family bHLH transcription factor 4 protein-coding 5.964 nan 8.361 2.500 5.377 1.838 1.138 3.086 2.355 1.936 3.916 0.617 0.769 3.377 2.110 0.532 0.071 0.135 3.199 2.473 1.343 4.330 0.717 0.728 nan 3.846 3.524 6.008 1.037 0.460 8.744 0.195 0.797 0.292 0.759 1.714 1.052 3.395 4.020 1.398 0.675 4.987 2.033 2.030 2.357 1.274 3.842 5.237 6.848 11.925 1.497 0.967 2.209 1.437 5.319 5.348 4.408 nan nan 10.730 nan 1.203 2.070 2.106 2.214 1.787 0.432 1.001 0.428 0.288 5.177 1.294 0.720 0.922 1.854 0.784 2.601 1.206 1.650 1.759 1.592 0.347 21.402 3.049 2.460 1.097 1.213 1.827 1.121 0.574 3.046 5.445 3.549 3.280 1.936 9.523 3.286 0.135 1.239 2.825 1.598 10.740 0.220 0.684 0.999 1.299 1.366 0.300 0.498 0.302 1.692 0.680 0.866 0.516 506 chr11 47484522 47496414 + 0 NA 3' UTR (NM_001172640, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_001172640, exon 13 of 13) -19738 NM_005055 5913 Hs.81218 NM_005055 ENSG00000165917 RAPSN CMS11|CMS4C|FADS|RAPSYN|RNF205 receptor associated protein of the synapse protein-coding nan 2.464 2.440 3.497 0.119 1.908 1.084 0.321 0.052 1.000 0.233 0.108 0.063 0.197 0.122 2.336 1.077 4.835 1.444 0.312 0.135 0.109 0.009 0.096 0.292 0.148 0.167 4.447 0.012 3.085 0.101 0.129 0.678 0.138 0.178 0.263 0.052 0.148 0.381 0.064 0.014 0.362 0.203 0.126 0.396 0.024 0.893 1.886 0.519 0.739 9.340 10.019 4.595 1.531 0.495 0.542 1.117 1.747 1.326 2.261 1.476 1.425 0.307 0.506 4.650 5.125 0.411 nan 4.050 1.661 3.937 0.203 0.047 0.488 0.110 3.431 0.060 0.114 0.062 0.183 0.193 1.372 0.280 0.155 0.076 0.085 0.076 0.500 0.513 0.215 0.178 0.272 0.080 0.093 1.000 0.191 0.133 4.835 0.011 0.084 1.127 0.172 0.120 0.080 0.014 0.385 0.199 3.436 0.092 0.136 0.344 0.079 0.058 0.030 136 chr1 68212490 68226797 + 0 NA intron (NM_018841, intron 2 of 3) intron (NM_018841, intron 2 of 3) 68783 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 1.644 1.217 nan 0.141 1.640 0.621 0.304 1.441 1.504 2.630 2.860 0.302 1.046 1.893 1.271 0.404 0.188 0.526 0.300 1.067 0.405 1.814 1.512 0.499 7.601 2.016 2.445 1.928 1.584 0.120 0.574 0.100 1.637 0.743 0.382 1.666 0.590 0.863 0.876 1.994 0.162 1.467 0.751 0.874 2.153 0.772 0.442 0.422 3.975 6.990 0.895 0.932 1.746 0.573 0.589 0.524 nan nan 1.028 nan 0.464 0.247 0.373 0.604 1.337 1.422 0.459 1.069 1.290 0.756 0.959 2.471 1.272 1.918 0.379 2.281 0.020 1.310 1.085 1.024 0.736 0.414 0.729 1.012 0.185 0.142 4.143 0.306 0.475 2.428 1.095 0.513 1.475 1.141 2.630 3.156 0.351 0.526 0.975 1.950 0.549 0.494 0.276 2.444 0.827 0.782 0.749 0.048 0.305 0.235 0.816 2.270 0.149 0.093 116 chr1 54868689 54878153 + 0 NA Intergenic Intergenic -1353 NM_018070 23648 Hs.476706 NM_018070 ENSG00000157216 SSBP3 CSDP|SSDP|SSDP1 single stranded DNA binding protein 3 protein-coding 3.165 1.549 4.765 1.996 0.805 1.448 0.831 2.362 1.425 3.570 0.661 0.238 1.380 3.798 1.229 0.862 0.513 1.633 1.438 0.898 0.196 1.343 0.701 0.625 nan 1.670 1.330 5.634 0.964 0.633 3.566 0.130 1.434 0.635 0.826 1.360 0.508 1.248 0.964 1.189 0.377 1.235 1.840 0.790 1.046 0.541 1.107 1.871 1.371 2.531 4.153 4.356 1.444 0.409 1.486 1.358 1.676 2.565 4.290 4.732 2.854 3.391 1.097 2.530 0.955 0.717 2.771 nan 1.337 0.942 2.080 1.716 0.892 1.453 1.062 2.701 1.975 1.095 0.776 1.968 1.361 0.512 2.030 2.296 0.529 0.348 1.889 1.035 0.860 1.416 2.365 2.368 0.791 1.438 3.570 3.000 0.542 1.633 0.751 1.805 1.277 3.380 1.520 0.587 0.270 0.899 0.739 0.362 1.906 2.246 1.056 1.131 0.438 0.225 1197 chr17 41139686 41152927 + 0 NA TTS (NM_001321381) TTS (NM_001321381) -4140 NM_000988 6155 Hs.514196 NM_000988 ENSG00000131469 RPL27 L27 ribosomal protein L27 protein-coding 2.123 1.726 nan 1.070 1.438 1.753 0.861 1.489 0.174 0.773 0.934 0.207 0.925 2.194 0.909 0.786 0.426 1.008 1.014 1.717 0.449 1.552 1.065 0.908 nan 0.772 1.401 2.028 1.349 1.073 0.739 0.098 1.648 1.123 0.551 1.725 0.179 0.925 1.378 1.710 0.483 2.558 3.090 0.903 1.778 1.013 1.717 1.975 2.028 2.936 2.492 nan 2.440 1.328 5.265 5.362 1.294 1.752 2.398 nan 3.100 3.577 1.312 1.957 2.001 1.640 2.337 3.749 1.475 0.720 0.381 3.003 0.585 0.484 0.386 0.379 0.460 1.634 1.554 0.599 1.850 0.152 0.390 2.587 1.284 0.585 1.782 0.355 0.488 0.777 1.523 0.756 1.425 2.105 0.773 1.847 3.519 1.008 1.041 1.180 0.340 1.658 0.737 1.120 0.823 1.908 0.544 0.529 0.247 0.720 0.948 0.902 0.605 0.489 1580 chr2 95939148 95945452 + 0 NA intron (NM_001165977, intron 4 of 23) intron (NM_001165977, intron 4 of 23) 2104 NM_001321070 150696 Hs.437376 NM_144707 ENSG00000155066 PROM2 PROML2 prominin 2 protein-coding 0.680 1.938 2.329 0.863 0.464 0.160 0.076 0.062 0.081 0.143 0.059 3.127 7.793 0.057 0.060 0.012 0.626 0.236 0.102 0.491 1.616 1.343 0.150 8.023 2.591 2.384 1.106 5.956 0.109 0.052 0.062 0.542 0.056 0.043 0.059 0.652 1.210 0.664 3.113 0.781 3.326 1.647 0.509 11.212 0.648 5.691 8.348 0.442 0.856 0.688 0.710 0.649 0.222 2.400 2.336 0.157 0.287 0.612 0.915 0.341 0.294 2.700 3.692 0.077 0.089 0.282 0.354 0.197 0.211 1.813 6.399 1.240 0.102 0.016 0.156 0.065 0.997 0.659 0.058 0.086 0.015 0.025 0.626 0.220 0.195 1.141 0.061 0.113 1.029 0.116 0.158 0.263 5.951 0.143 3.619 0.043 0.626 2.334 2.073 0.109 0.229 0.097 1.194 2.174 2.660 1.028 0.110 2.027 0.077 0.896 2.991 0.082 0.057 2419 chr7 17393025 17491776 + 0 NA intron (NR_110015, intron 1 of 2) intron (NR_110015, intron 1 of 2) 27859 NR_110015 102659288 Hs.559488 NR_110014 KCCAT333 - renal clear cell carcinoma-associated transcript 333 ncRNA nan 1.000 nan 0.086 0.413 0.206 0.132 0.336 0.014 0.170 0.454 0.105 0.112 0.222 1.330 0.101 0.143 0.075 0.182 0.382 0.127 0.625 0.189 0.428 4.450 1.300 1.448 0.403 0.240 0.104 0.057 0.146 0.355 0.169 0.126 0.538 0.203 0.394 0.308 0.501 0.105 0.681 0.185 0.356 0.370 0.254 nan 0.275 0.289 0.374 0.289 0.351 0.395 0.163 0.233 0.236 0.190 0.299 0.287 0.289 0.235 0.111 0.084 0.158 0.094 0.122 0.210 0.318 0.374 0.474 0.029 0.195 0.397 0.489 0.083 0.090 0.014 0.683 0.377 0.108 1.173 0.015 0.031 0.533 0.082 0.044 0.174 0.038 0.070 0.399 0.445 0.037 0.417 1.398 0.170 0.125 0.308 0.075 0.624 0.602 0.018 0.585 0.374 0.313 0.226 0.495 0.340 0.051 0.030 0.051 0.226 0.355 0.058 0.026 2146 chr5 57071257 57087859 + 0 NA Intergenic Intergenic 115431 NR_109900 101928539 Hs.639385 NR_109900 ENSG00000249584 LOC101928539 - uncharacterized LOC101928539 ncRNA nan nan 0.732 0.049 0.213 0.229 0.174 0.201 0.034 0.184 1.042 0.171 0.137 0.198 0.040 0.057 0.094 0.029 0.096 0.147 0.285 0.187 0.955 0.599 0.297 0.098 0.586 0.392 0.716 0.032 4.338 0.183 0.690 0.209 0.124 0.514 0.861 1.424 0.223 0.269 0.234 0.221 0.168 0.456 0.498 0.182 0.205 0.117 0.606 2.314 0.136 0.210 nan 0.092 0.127 0.169 0.313 0.423 0.170 0.186 nan 0.171 0.060 0.129 0.101 0.145 0.409 1.094 0.310 0.441 0.023 0.730 0.436 1.342 0.786 0.102 0.017 0.713 0.271 0.073 0.214 0.006 0.043 0.327 0.250 0.253 0.083 0.019 0.022 2.246 0.426 0.114 0.174 0.156 0.184 0.103 0.145 0.029 0.221 1.000 0.035 0.080 0.018 1.103 0.041 0.208 0.727 0.027 0.018 0.430 0.204 0.273 0.097 0.049 661 chr12 15079506 15089434 + 0 NA intron (NM_152321, intron 3 of 6) intron (NM_152321, intron 3 of 6) -2411 NM_001300784 121506 Hs.162143 NM_152321 ENSG00000139055 ERP27 C12orf46|PDIA8 endoplasmic reticulum protein 27 protein-coding 1.344 1.023 1.426 0.256 0.840 0.312 0.179 0.175 2.457 0.168 0.675 0.033 0.500 1.299 0.082 0.127 0.134 0.048 0.241 1.789 0.037 2.602 1.980 0.095 4.257 1.631 5.493 1.569 0.756 0.078 0.066 0.119 0.328 0.036 0.023 0.337 0.008 0.028 0.385 0.619 0.168 0.759 0.565 0.070 3.564 0.418 0.277 0.314 2.192 7.557 nan 0.575 0.144 0.090 0.529 0.543 2.325 2.640 0.680 1.299 0.657 0.465 0.310 0.516 0.021 0.040 0.650 2.893 0.562 0.453 0.947 0.890 1.160 0.319 0.112 0.144 0.014 0.028 0.040 0.022 0.071 0.019 0.135 0.047 0.016 1.228 0.032 0.083 0.173 0.057 0.086 0.063 0.817 0.168 0.484 0.009 0.048 0.469 1.899 0.020 0.033 0.021 0.205 1.303 0.071 0.079 0.023 0.319 0.357 0.015 2.643 0.018 0.016 2482 chr7 111800109 111821175 + 0 NA intron (NM_014705, intron 1 of 51) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger 35820 NM_014705 9732 Hs.654652 NM_014705 ENSG00000128512 DOCK4 - dedicator of cytokinesis 4 protein-coding nan 0.882 1.058 0.262 0.088 1.082 0.518 0.509 0.029 0.932 0.128 0.061 0.063 0.076 0.154 0.597 0.551 0.995 0.344 0.268 0.059 0.110 0.030 0.708 0.686 0.305 0.180 0.534 0.187 0.096 0.062 0.104 0.190 0.028 0.135 0.159 0.068 0.195 0.328 0.010 0.038 0.066 0.194 0.185 0.133 0.174 0.407 0.410 0.260 0.390 0.758 0.873 2.601 0.789 0.211 0.264 2.230 2.857 0.484 0.485 1.317 0.937 0.170 0.390 1.567 2.576 0.789 2.585 1.645 1.135 0.226 0.081 0.023 0.676 0.034 0.157 0.026 0.079 0.048 0.016 0.391 0.380 0.064 0.127 0.069 0.058 0.054 0.067 0.126 0.162 0.240 0.073 0.412 0.201 0.932 0.057 0.211 0.995 0.081 0.074 0.124 0.056 0.126 0.084 0.118 0.217 0.095 0.038 0.052 0.585 0.120 0.054 0.014 0.012 2719 chr9 135142234 135148411 + 0 NA intron (NM_015046, intron 24 of 25) intron (NM_015046, intron 24 of 25) 85050 NM_015046 23064 Hs.460317 NM_015046 ENSG00000107290 SETX ALS4|AOA2|SCAR1|bA479K20.2 senataxin protein-coding nan 1.145 1.193 0.617 0.221 0.454 0.363 0.260 0.151 0.645 0.283 0.103 0.153 0.503 1.996 0.231 0.325 0.345 0.610 1.953 0.120 0.363 0.068 0.875 0.745 0.900 0.221 0.776 0.308 0.935 0.246 0.103 0.553 0.076 0.371 0.158 0.064 0.168 1.250 0.105 0.663 0.456 1.724 0.194 0.703 0.278 0.413 0.239 0.934 1.804 0.967 0.919 nan 0.248 1.600 1.591 0.594 0.820 2.271 2.737 1.155 0.720 0.223 0.204 1.317 9.326 0.523 0.947 0.942 0.411 0.449 0.910 0.198 1.423 0.196 0.088 0.179 0.615 0.585 0.546 5.960 0.062 0.063 1.668 0.372 0.329 0.358 0.506 0.570 0.344 1.634 0.343 0.740 0.756 0.645 1.583 0.749 0.345 0.632 1.111 0.330 0.462 0.870 0.022 0.094 0.588 0.484 1.140 0.032 0.179 0.111 0.197 0.214 0.133 1935 chr3 121280263 121294557 + 0 NA intron (NM_001012659, intron 1 of 4) intron (NM_001012659, intron 1 of 4) 632 NM_001012659 503582 Hs.224976 NM_001012659 ENSG00000186103 ARGFX - arginine-fifty homeobox protein-coding 1.491 nan 1.041 0.203 0.104 0.499 0.224 0.068 0.004 0.100 0.173 0.180 0.027 0.106 0.013 0.160 0.235 0.140 0.186 0.186 0.026 0.052 0.013 0.153 0.276 0.083 0.089 0.205 0.092 0.082 0.045 0.106 0.476 0.021 0.103 0.017 0.048 0.098 0.019 0.042 0.176 0.436 0.069 0.074 0.051 0.393 0.188 0.243 0.337 0.373 0.373 1.148 0.266 0.320 0.322 2.245 nan 0.329 0.433 2.571 1.855 0.233 0.309 0.073 0.128 1.922 6.185 0.623 0.493 0.035 0.290 0.034 0.160 0.049 0.137 0.029 0.093 0.040 0.072 0.158 0.047 0.177 0.117 0.022 0.032 0.061 0.071 0.074 0.097 0.227 0.118 0.067 0.185 0.100 0.035 0.050 0.140 0.052 0.069 0.055 0.069 0.029 0.028 0.021 0.072 0.078 0.057 0.070 3.497 0.005 0.068 0.028 0.018 2690 chr9 110497970 110522352 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -258160 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 1.020 0.889 nan 1.074 1.133 0.875 0.490 1.378 0.028 0.416 1.285 0.164 1.711 2.700 0.343 0.489 0.145 0.262 0.192 1.078 0.213 2.934 1.131 0.874 5.525 2.157 1.037 0.964 1.836 0.834 0.031 0.062 1.047 1.005 0.275 1.963 0.390 0.825 0.633 1.910 0.304 0.977 0.811 0.364 1.674 0.380 0.378 0.344 0.455 1.034 0.320 0.378 0.912 0.361 0.607 0.603 0.133 0.256 0.914 nan 0.639 0.301 0.352 0.386 1.328 1.465 0.159 0.251 nan 0.606 0.075 4.285 0.658 2.239 0.057 0.246 0.023 1.652 1.342 0.152 1.269 0.338 0.119 3.427 3.024 1.199 1.598 0.174 0.278 1.305 0.778 1.230 0.847 1.465 0.416 1.999 1.907 0.262 0.968 0.879 0.153 0.448 0.960 2.439 2.539 1.169 0.539 0.602 0.146 0.025 0.417 1.167 0.094 0.069 581 chr11 100689112 100707591 + 0 NA intron (NM_152432, intron 3 of 23) LTR78|LTR|ERV1 -139665 NR_133571 100128386 Hs.635125 NR_133571 ENSG00000248027 LOC100128386 - uncharacterized LOC100128386 ncRNA 0.944 1.018 0.821 0.048 0.082 0.402 0.193 0.218 0.114 0.276 0.945 0.017 0.202 0.686 0.044 0.068 0.144 0.045 0.167 0.710 0.020 0.256 0.286 0.564 0.258 0.117 0.106 0.747 0.332 0.156 0.041 0.105 0.069 0.141 0.123 0.522 0.026 0.130 0.256 0.266 0.375 0.747 0.143 0.117 0.623 0.310 0.767 0.553 0.434 0.738 0.446 0.479 0.147 0.095 0.512 0.551 3.219 4.108 0.177 0.160 0.532 0.249 0.245 0.310 0.444 0.380 0.331 0.966 2.214 1.150 0.015 0.600 0.062 1.255 0.055 0.132 0.007 0.344 0.110 0.032 0.071 0.036 0.254 0.181 0.081 0.042 0.358 0.059 0.086 0.141 0.260 0.016 0.013 0.802 0.276 0.533 0.025 0.045 0.703 0.555 0.331 0.031 0.307 0.055 0.014 0.295 0.048 0.237 0.096 0.224 0.095 0.251 0.006 0.003 2727 chr9 136704545 136709965 + 0 NA intron (NM_001134398, intron 3 of 29) intron (NM_001134398, intron 3 of 29) -102178 NM_007101 1757 Hs.198003 NM_007101 ENSG00000123453 SARDH BPR-2|DMGDHL1|SAR|SARD|SDH sarcosine dehydrogenase protein-coding 2.275 0.841 1.310 2.669 0.066 1.531 0.770 0.636 0.023 2.237 0.124 0.035 0.214 0.083 1.247 0.703 1.695 3.027 0.179 0.114 0.161 0.204 0.578 0.118 0.053 0.896 0.054 0.079 0.020 0.044 0.679 0.043 0.103 0.073 0.177 0.316 0.030 0.181 0.100 0.168 0.088 0.019 0.242 0.357 0.236 0.321 1.928 2.416 nan 0.312 1.067 0.956 0.241 0.307 2.295 3.526 2.173 2.658 1.497 2.163 2.756 3.339 0.483 0.733 2.378 1.222 0.359 0.145 0.035 0.104 0.056 0.593 0.062 0.039 0.081 0.098 1.211 2.804 0.239 0.045 0.014 0.055 0.259 0.410 0.111 0.135 0.056 0.014 0.295 2.237 0.292 0.034 1.695 0.067 0.499 3.729 0.140 1.211 0.013 0.023 0.128 0.082 0.043 2.691 0.276 0.029 0.042 0.009 308 chr1 222128945 222172867 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 -136898 NR_125989 101929771 Hs.557001 NR_125989 ENSG00000227925 LINC01655 - long intergenic non-protein coding RNA 1655 ncRNA 1.040 nan 0.996 0.319 3.349 0.330 0.163 0.309 0.180 0.304 0.146 0.097 1.010 1.892 0.048 0.129 0.164 0.118 0.212 1.390 0.034 0.812 2.858 0.104 2.255 0.433 1.537 0.386 1.555 0.131 0.047 0.101 0.208 0.406 0.141 1.476 1.003 3.788 0.451 5.035 0.110 0.631 0.289 0.932 1.531 0.849 0.395 0.215 0.506 0.936 0.383 nan 0.149 0.087 0.380 0.416 0.639 0.868 0.322 0.350 0.580 0.345 0.107 0.139 0.142 0.370 0.466 1.336 0.561 0.505 0.041 1.454 0.459 1.379 0.039 0.065 0.041 2.578 2.572 0.022 0.630 0.017 0.048 0.164 0.068 0.053 1.970 0.173 0.309 0.373 0.256 0.141 0.196 1.058 0.304 1.773 0.238 0.118 2.385 0.173 0.051 0.058 0.095 1.184 0.132 1.921 0.068 0.101 0.038 0.292 0.087 2.344 0.087 0.049 678 chr12 31158765 31164547 + 0 NA Intergenic Intergenic -65123 NM_004399 1663 Hs.443960 NM_004399 ENSG00000013573 DDX11 CHL1|CHLR1|KRG2|WABS DEAD/H-box helicase 11 protein-coding 2.572 nan 3.563 0.213 0.146 0.211 0.166 3.370 0.021 0.072 0.066 0.056 0.362 0.416 0.045 0.162 0.074 0.097 0.199 0.386 0.155 0.189 0.487 0.528 0.732 0.071 0.116 0.358 0.471 0.037 0.044 0.091 0.490 0.587 0.214 0.480 0.445 0.493 0.895 0.152 0.267 0.410 0.210 0.243 1.640 1.199 0.635 0.969 0.295 0.486 0.854 0.938 0.847 0.325 0.537 0.670 0.533 0.900 0.425 0.886 10.766 13.866 0.285 0.271 2.907 2.678 0.889 1.830 0.547 0.515 0.067 0.323 0.017 0.953 0.051 0.134 0.024 1.524 1.062 0.089 0.042 0.686 0.122 0.439 0.114 0.048 0.441 0.094 0.103 0.761 0.273 0.124 0.023 0.239 0.072 0.408 0.032 0.097 0.174 0.089 1.085 0.182 0.389 2.187 0.270 0.233 0.456 0.035 0.597 0.799 0.373 0.291 0.227 1517 chr2 9893336 9914654 + 0 NA Intergenic Intergenic -79576 NM_001318977 9014 Hs.584833 NM_005680 ENSG00000115750 TAF1B MGC:9349|RAF1B|RAFI63|SL1|TAFI63 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit B protein-coding 1.196 1.149 1.012 0.400 0.534 0.286 0.263 0.398 1.593 0.115 0.084 0.297 0.356 0.047 0.737 0.254 0.624 0.300 0.180 0.159 0.368 0.319 0.169 1.113 0.300 0.132 0.704 0.598 0.173 0.068 0.093 0.823 0.333 0.209 0.501 0.262 0.202 0.995 0.577 0.239 0.906 1.569 0.441 1.031 0.271 0.667 1.019 0.338 0.477 1.255 1.156 1.990 0.566 0.233 0.258 0.214 0.503 2.387 2.414 0.722 0.488 0.418 0.540 0.605 0.463 0.442 0.740 1.708 1.181 1.759 1.133 0.030 0.594 0.085 4.998 0.033 0.554 0.442 0.079 0.207 0.111 0.246 1.168 0.097 0.061 0.103 0.129 0.263 0.848 1.027 0.401 0.108 0.802 1.593 0.339 0.122 0.624 0.454 0.164 0.279 0.291 0.591 0.584 0.310 0.538 0.280 0.052 0.137 0.235 0.799 0.365 0.622 0.573 1975 chr3 160383403 160398802 + 0 NA Intergenic Intergenic -3846 NM_025047 80117 Hs.287702 NM_025047 ENSG00000179674 ARL14 ARF7 ADP ribosylation factor like GTPase 14 protein-coding 1.152 1.078 1.088 0.105 4.308 0.551 0.297 0.479 0.020 0.100 0.550 0.199 1.268 2.030 0.087 0.162 0.186 0.054 0.151 1.882 0.367 1.638 1.182 1.316 0.796 0.607 0.500 0.272 1.900 0.097 0.035 0.112 0.907 0.175 0.115 0.716 0.050 0.188 0.701 1.890 0.177 1.655 0.342 0.267 1.285 0.542 0.242 0.119 0.442 1.148 0.347 0.342 1.261 0.584 0.135 0.165 0.362 0.509 nan 0.306 nan 0.294 0.150 0.209 0.463 0.679 0.384 0.940 0.557 0.568 0.026 4.598 0.701 1.935 0.191 0.081 0.027 1.907 1.386 0.047 0.080 0.168 0.083 4.439 0.646 0.253 1.668 0.047 0.055 1.077 0.555 1.212 1.839 3.540 0.100 0.989 0.128 0.054 0.857 0.404 0.019 4.285 0.026 0.478 2.465 1.167 0.974 0.060 0.064 0.192 0.468 3.043 0.052 0.043 1973 chr3 158434725 158451214 + 0 NA intron (NM_002888, intron 1 of 3) intron (NM_002888, intron 1 of 3) 7306 NM_002888 5918 Hs.131269 NM_002888 ENSG00000118849 RARRES1 LXNL|PERG-1|TIG1 retinoic acid receptor responder 1 protein-coding nan 1.241 0.966 0.224 1.514 0.610 0.224 0.607 0.030 0.154 0.542 0.262 0.215 0.448 3.182 0.315 0.180 0.378 0.255 0.593 0.776 0.235 0.200 1.887 0.781 0.239 0.213 0.627 0.700 0.196 0.066 0.084 0.514 0.309 0.139 1.136 0.717 1.048 0.284 0.265 0.124 0.750 0.252 0.512 2.101 0.530 0.315 0.329 0.685 2.232 0.818 0.791 1.307 0.506 0.444 0.422 1.177 nan 0.720 1.157 0.493 0.427 0.394 0.763 0.126 0.125 0.444 0.650 0.746 0.708 0.147 1.342 0.435 2.242 0.104 0.076 0.042 0.381 0.179 0.415 3.309 0.026 0.122 0.341 0.300 0.176 0.088 0.203 0.119 0.109 3.693 0.367 1.051 4.612 0.154 0.230 0.812 0.378 0.200 3.111 0.070 1.894 0.289 0.557 0.193 0.556 1.354 0.076 0.359 0.150 0.866 0.143 0.028 0.018 1991 chr3 181402806 181486221 + 0 NA intron (NR_004053, intron 4 of 4) CpG 14801 NM_003106 6657 Hs.518438 NM_003106 ENSG00000181449 SOX2 ANOP3|MCOPS3 SRY-box 2 protein-coding 1.310 5.472 2.103 1.938 0.240 2.268 1.156 0.074 0.623 0.693 0.123 0.156 0.204 0.591 0.038 1.275 0.712 0.275 0.349 0.742 0.025 0.313 0.068 0.759 2.321 0.880 0.796 1.633 0.295 4.500 5.177 0.168 nan 0.055 0.067 0.266 0.028 0.109 1.625 0.269 0.759 2.210 5.307 0.080 0.136 0.207 0.345 0.368 0.662 0.940 0.832 0.812 8.705 3.739 0.119 0.127 2.748 3.347 1.151 1.610 0.803 0.387 0.177 0.252 5.169 4.303 0.141 0.214 1.613 0.936 0.078 0.141 0.041 0.029 0.166 0.242 0.399 0.118 0.045 0.026 0.390 1.392 1.732 0.104 0.099 0.064 0.305 1.302 1.489 0.168 0.253 0.190 0.183 0.151 0.693 0.345 0.192 0.275 0.269 0.082 0.076 0.115 0.293 0.013 0.045 0.199 0.068 5.130 0.045 0.043 0.091 0.083 0.043 0.021 927 chr15 31771834 31780932 + 0 NA exon (NM_130901, exon 14 of 14) exon (NM_130901, exon 14 of 14) 157325 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 0.574 nan nan 0.067 0.016 0.238 0.178 0.061 0.150 0.296 0.097 0.070 0.021 0.047 0.049 0.189 0.166 0.184 1.956 0.149 0.016 0.100 0.078 0.179 0.621 0.106 0.054 0.260 0.043 0.122 0.108 0.059 0.822 0.078 0.117 0.093 0.197 0.231 0.366 0.111 0.193 0.683 0.204 0.100 0.042 0.177 0.620 1.143 0.166 0.357 0.549 0.791 0.380 0.133 0.173 0.187 0.367 0.553 0.229 0.305 1.408 1.389 0.297 0.380 0.209 0.260 0.224 0.226 0.149 0.118 0.071 0.276 0.166 0.011 0.048 0.150 0.088 0.008 0.147 0.041 0.070 0.082 0.023 0.026 0.047 0.032 0.070 0.098 0.355 0.031 0.243 0.342 0.296 0.056 0.040 0.184 0.301 0.165 1.340 0.083 0.063 0.090 0.008 0.147 0.024 0.076 0.054 0.076 0.076 0.029 0.006 0.011 301 chr1 213820706 213855044 + 0 NA Intergenic MLT1M|LTR|ERVL-MaLR -260217 NR_046189 100861504 Hs.742586 NR_046189 LINC00538 PROX1UT|Yiya long intergenic non-protein coding RNA 538 ncRNA 1.073 1.282 1.203 3.103 0.046 1.104 0.675 0.059 0.013 0.254 0.100 0.142 0.016 0.034 0.022 0.963 0.554 3.085 0.232 0.243 0.004 0.066 0.006 0.082 0.278 0.097 0.114 nan 0.034 1.227 0.042 0.100 0.155 0.021 0.064 0.049 0.002 0.042 0.299 0.026 0.016 0.134 0.135 0.069 0.114 0.085 0.437 0.336 0.367 0.468 2.110 2.710 nan 0.727 0.788 0.826 0.289 nan 4.979 3.878 0.561 0.367 0.118 0.175 0.379 0.396 0.393 0.926 1.429 0.807 0.076 0.052 0.011 0.071 0.724 0.635 0.004 0.008 0.015 0.017 0.066 0.089 0.081 0.054 0.019 0.020 0.044 0.302 0.457 0.127 0.050 0.021 0.057 0.063 0.254 0.043 0.032 3.085 0.114 0.082 0.051 0.039 0.314 0.008 0.007 0.043 0.023 1.587 0.040 0.227 0.048 0.060 0.022 0.015 2302 chr6 42279661 42291838 + 0 NA intron (NM_033502, intron 3 of 17) AluSx1|SINE|Alu -100116 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.325 0.758 0.811 0.143 1.177 0.323 0.101 0.824 0.010 0.326 0.786 0.147 0.775 1.843 1.367 0.051 0.104 0.281 0.105 0.704 0.214 0.605 2.131 1.501 0.793 0.341 0.260 0.340 1.055 0.079 0.071 0.143 0.558 0.845 1.167 2.310 0.931 2.152 0.236 0.528 0.185 0.743 0.272 0.454 1.255 0.545 0.467 0.436 0.280 0.366 0.388 0.469 0.706 0.286 0.377 0.332 0.519 0.726 0.462 nan 0.505 0.369 0.180 0.258 0.201 0.253 0.422 1.076 0.617 0.489 0.036 5.084 0.392 1.945 0.050 0.095 0.057 2.637 2.121 0.411 0.186 0.048 0.091 0.922 2.252 1.115 1.122 0.025 0.040 4.981 0.976 1.673 1.497 1.308 0.326 2.298 5.176 0.281 0.579 0.688 0.168 0.124 0.050 2.760 1.325 2.434 0.548 0.029 0.033 0.254 1.601 1.460 2.223 1.931 51 chr1 17989012 18015365 + 0 NA intron (NM_001319838, intron 15 of 17) intron (NM_001319838, intron 15 of 17) 57380 NM_001319838 55160 Hs.443460 NM_018125 ENSG00000074964 ARHGEF10L GrinchGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 10 like protein-coding 0.966 0.722 nan 0.037 0.058 0.402 0.214 0.109 0.017 0.439 0.123 0.049 0.021 0.161 0.050 0.117 0.109 0.176 0.830 0.052 0.028 0.049 0.008 0.081 0.322 0.083 0.069 1.158 0.154 0.082 0.100 0.154 0.005 0.057 0.077 0.029 0.047 0.205 0.033 0.098 0.122 0.115 0.122 0.029 0.063 1.746 2.836 0.806 0.517 0.844 0.756 0.427 0.157 0.556 nan 0.927 nan 0.288 0.615 nan 1.739 0.682 1.281 0.071 0.088 0.330 0.560 0.923 0.631 2.580 0.068 0.018 0.052 0.069 0.208 0.026 0.050 0.028 0.113 0.073 0.011 0.142 0.094 0.034 0.015 0.058 0.018 0.014 0.133 0.090 0.057 0.021 0.059 0.439 0.110 0.020 0.176 0.023 0.095 0.360 0.119 0.062 0.026 0.011 0.052 0.051 0.118 1.119 0.070 0.063 0.020 0.010 1758 chr20 50594843 50669148 + 0 NA Intergenic Intergenic 90028 NM_001319146 55734 Hs.473082 NM_018197 ENSG00000020256 ZFP64 ZNF338 ZFP64 zinc finger protein protein-coding 0.916 1.156 0.633 0.118 0.183 0.291 0.119 0.147 0.063 0.410 1.347 0.414 0.151 0.527 0.088 0.127 0.142 0.136 0.177 0.226 0.088 0.173 0.230 0.319 3.751 0.918 1.103 0.452 0.256 0.124 3.150 0.206 1.474 0.056 0.087 0.394 0.125 0.339 0.324 0.229 0.120 0.821 0.339 0.293 0.293 0.370 0.575 nan 0.228 0.482 0.253 0.288 1.332 0.362 0.321 0.344 0.462 0.794 0.288 0.357 1.087 1.009 0.280 0.375 0.321 0.445 0.472 1.116 0.381 0.479 0.033 0.371 0.174 0.400 0.042 0.084 0.871 0.199 0.125 0.094 0.201 0.113 0.235 0.446 0.138 0.106 0.235 0.056 0.114 0.238 0.354 0.088 0.071 0.338 0.410 0.470 0.050 0.136 0.179 0.069 0.176 0.304 0.053 0.134 0.076 0.293 0.164 0.331 0.077 0.143 0.408 0.111 0.042 0.020 1822 chr22 18109748 18129037 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1958 NM_001270735 23786 Hs.631672 NM_015367 ENSG00000099968 BCL2L13 BCL-RAMBO|Bcl2-L-13|MIL1 BCL2 like 13 protein-coding 2.411 nan 1.668 1.063 2.565 1.732 0.964 1.478 3.349 1.326 1.526 0.234 1.228 3.137 1.962 0.893 0.429 1.541 1.462 2.578 0.420 3.661 1.804 1.503 nan 3.058 3.011 2.729 1.127 1.017 1.290 0.095 4.891 0.613 1.580 3.212 0.601 2.341 5.290 1.435 1.668 2.465 6.418 1.630 1.748 0.847 2.001 1.840 2.824 5.493 1.819 1.811 2.515 1.275 7.116 7.570 2.470 3.120 2.273 3.375 3.370 3.026 1.108 1.793 2.332 3.607 1.907 2.182 2.586 1.624 0.566 1.333 1.553 1.569 0.462 0.839 0.574 1.242 1.092 1.184 2.018 0.283 0.563 1.461 1.351 0.555 1.315 0.343 0.333 1.950 1.131 2.525 1.884 2.098 1.326 4.012 2.796 1.541 1.103 1.475 0.598 0.945 1.052 0.833 0.977 2.687 0.755 0.601 0.468 0.641 2.212 0.983 1.421 1.332 456 chr11 11861721 11867664 + 0 NA intron (NM_017944, intron 1 of 26) intron (NM_017944, intron 1 of 26) 1722 NM_001330208 55031 Hs.577256 NM_017944 ENSG00000170242 USP47 TRFP ubiquitin specific peptidase 47 protein-coding 3.368 nan 5.020 5.037 4.113 3.369 2.068 3.017 3.400 2.905 1.128 0.162 1.372 3.330 1.706 2.537 1.298 6.779 2.279 3.588 0.973 2.962 1.261 2.032 8.242 6.495 5.089 10.177 1.329 2.771 2.460 0.063 3.580 1.369 2.283 3.160 1.140 5.209 6.102 1.668 0.695 4.311 3.826 4.780 3.224 1.559 nan 11.109 7.056 9.292 9.386 9.229 7.346 3.550 20.022 21.580 5.719 nan 5.699 8.215 6.279 7.217 6.009 11.331 4.948 5.402 4.717 3.647 2.950 nan 2.729 2.750 0.979 1.721 1.868 3.549 2.075 1.561 2.067 1.932 2.464 0.899 1.961 5.796 3.935 1.549 0.887 1.264 1.320 3.587 3.698 2.711 2.708 2.271 2.905 3.158 3.537 6.779 1.357 2.383 0.296 2.903 1.299 2.339 1.526 2.829 2.210 1.940 3.778 1.035 2.777 1.467 1.919 1.386 2745 chrX 21915345 21935257 + 0 NA Intergenic Intergenic -33390 NM_004595 6611 Hs.724874 NM_004595 ENSG00000102172 SMS MRSR|SPMSY|SRS|SpS spermine synthase protein-coding 0.666 0.719 0.523 0.424 0.040 0.971 0.547 0.071 0.009 0.161 0.172 0.098 0.038 0.120 0.019 0.158 0.128 1.155 0.086 0.176 0.019 0.048 0.021 0.087 0.068 0.040 0.093 0.258 0.044 5.411 0.987 0.067 0.116 0.006 0.064 0.054 0.020 0.017 0.223 0.033 0.032 0.079 0.457 0.066 0.077 0.047 0.250 0.382 0.765 0.628 1.238 1.285 1.653 0.780 0.149 0.152 0.363 0.586 0.158 0.181 0.338 0.150 0.254 0.488 0.071 0.080 0.175 0.251 0.484 0.333 0.022 0.064 0.131 0.005 0.069 0.014 0.055 0.036 0.037 0.059 0.010 0.153 0.153 0.024 0.028 0.054 0.434 0.675 0.046 0.053 0.110 0.024 0.066 0.161 0.087 0.051 1.155 0.006 0.025 0.015 0.046 0.015 0.048 0.013 0.064 0.022 6.532 0.337 0.100 0.008 0.009 0.029 0.015 652 chr12 11896486 11912080 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 101495 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.825 1.044 1.489 2.373 0.724 0.438 0.196 0.713 0.026 0.256 0.172 0.031 0.097 0.138 0.062 0.660 0.375 0.817 0.262 0.281 0.520 0.125 0.155 0.102 0.726 0.092 0.192 1.661 0.029 0.069 0.067 0.112 0.196 0.060 0.137 0.693 0.010 0.044 0.485 0.428 0.457 0.962 0.373 0.125 0.364 0.173 0.251 0.210 0.548 1.451 nan 1.168 4.642 1.671 0.477 0.484 0.430 0.543 2.120 2.188 0.353 0.198 0.264 0.339 0.234 0.344 0.391 0.614 1.264 0.658 1.020 0.104 0.031 1.366 0.069 0.405 0.044 0.343 0.107 0.010 0.023 0.037 0.035 0.624 0.303 0.090 0.108 0.047 0.092 0.250 0.168 0.150 0.050 0.047 0.256 0.045 0.065 0.817 0.103 0.201 0.012 0.196 0.078 0.123 0.030 0.061 1.652 0.022 0.062 0.158 0.390 0.157 0.017 0.007 1033 chr16 18798763 18817521 + 0 NA intron (NM_015161, intron 3 of 5) intron (NM_015161, intron 3 of 5) 4550 NM_001313858 23204 Hs.634882 NM_015161 ENSG00000170540 ARL6IP1 AIP1|ARL6IP|ARMER|SPG61 ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 1 protein-coding 2.326 1.453 nan 2.133 2.504 2.013 1.132 3.820 0.625 1.321 0.798 0.129 0.627 1.884 1.159 0.982 0.582 2.170 1.040 1.193 0.594 1.737 0.417 1.466 3.630 1.991 1.033 4.967 0.950 2.204 1.671 0.127 3.479 0.767 1.506 2.370 0.461 2.307 1.381 1.465 0.331 2.766 3.912 1.442 1.910 0.927 1.798 2.185 1.730 2.280 3.266 3.021 4.200 1.524 3.935 3.772 2.051 2.659 5.937 8.005 nan 3.313 1.590 2.632 1.933 2.697 2.359 3.208 1.874 0.935 1.510 1.825 1.241 1.808 0.449 0.875 0.481 1.526 1.433 1.006 4.001 0.454 1.021 2.781 1.329 0.782 0.829 0.461 0.503 1.599 1.929 1.831 1.613 2.120 1.321 1.786 3.678 2.170 0.702 0.764 0.529 1.535 0.866 1.349 0.934 1.848 0.931 1.227 0.546 1.398 0.681 0.850 1.164 0.943 2736 chr9 139419704 139442081 + 0 NA intron (NM_017617, intron 2 of 33) intron (NM_017617, intron 2 of 33) 9346 NM_017617 4851 Hs.495473 NM_017617 ENSG00000148400 NOTCH1 AOS5|AOVD1|TAN1|hN1 notch 1 protein-coding nan 1.361 3.095 0.825 0.469 0.427 0.218 1.338 0.025 0.721 0.709 0.173 0.475 1.221 0.164 0.035 0.056 0.292 0.373 0.634 0.311 1.352 0.263 1.273 2.421 0.945 0.595 1.069 0.555 1.300 0.500 0.072 1.192 0.206 0.245 0.581 0.321 0.949 0.937 0.302 0.305 1.510 1.211 0.718 0.834 0.218 1.877 3.011 2.002 3.227 1.557 1.309 nan 0.190 1.492 1.654 0.193 0.346 0.558 0.697 2.278 2.094 1.313 2.481 0.347 0.360 0.457 0.647 0.420 0.314 1.351 0.562 0.333 0.505 0.322 0.417 0.173 0.640 0.635 0.724 1.089 0.047 1.044 1.504 0.801 0.508 0.355 0.630 0.456 0.417 1.469 1.246 0.737 1.160 0.721 1.691 0.640 0.292 0.566 0.400 0.718 1.510 0.164 0.490 0.321 1.269 0.279 0.468 0.800 0.182 0.472 0.249 0.275 0.140 2400 chr7 5547745 5554845 + 0 NA intron (NM_001321213, intron 1 of 4) AluY|SINE|Alu 2134 NM_024963 80028 Hs.623974 NM_024963 ENSG00000155034 FBXL18 Fbl18 F-box and leucine rich repeat protein 18 protein-coding 3.027 1.973 2.296 1.302 4.907 1.924 0.951 4.559 1.390 1.244 1.089 0.411 0.863 1.714 2.099 1.032 0.758 2.218 1.557 1.988 1.903 3.097 1.683 1.609 nan 3.269 4.672 nan 1.121 1.657 3.347 0.176 4.818 1.439 1.492 5.910 0.885 2.938 2.591 1.836 1.545 4.180 3.783 3.741 4.637 1.360 2.849 3.023 2.253 nan 3.294 3.030 nan 1.276 4.396 4.594 2.322 3.358 nan 3.870 1.897 2.024 2.252 2.979 1.825 2.032 1.935 3.180 1.442 0.819 1.090 2.719 1.103 1.783 0.522 1.166 0.607 3.613 3.984 1.166 2.672 0.266 0.795 5.769 6.809 2.887 1.581 0.638 0.628 1.915 3.500 4.057 1.074 4.119 1.244 2.797 2.776 2.218 2.276 1.781 0.464 3.359 1.475 3.014 1.452 2.679 4.048 0.804 0.669 0.888 2.882 2.437 0.969 0.521 2258 chr6 15282332 15286544 + 0 NA intron (NM_001267040, intron 1 of 17) intron (NM_001267040, intron 1 of 17) 35352 NM_001267040 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.021 nan 1.047 0.289 0.511 0.211 0.076 0.221 0.249 0.453 0.715 0.537 0.480 1.810 1.118 0.186 0.078 0.144 0.187 0.178 1.093 0.096 0.388 1.575 0.427 0.145 0.225 0.149 0.174 0.305 0.930 0.208 0.138 0.055 0.179 3.260 0.215 0.665 0.244 0.208 0.345 0.112 0.827 0.164 1.815 0.050 0.316 0.306 0.614 1.554 0.324 0.460 0.394 0.173 0.354 0.251 0.532 0.901 0.699 0.720 0.810 0.446 0.339 0.493 0.151 0.255 0.423 1.260 0.380 0.460 0.029 0.320 0.182 0.416 0.048 0.186 0.131 1.055 0.739 0.284 0.057 0.023 0.150 0.232 4.999 1.728 0.949 0.110 0.059 1.971 0.242 1.340 0.076 0.164 0.453 2.580 0.371 0.144 0.029 0.269 0.356 0.049 5.510 1.898 0.472 3.588 0.328 0.023 0.363 0.236 5.457 0.670 0.483 2034 chr4 38598368 38628352 + 0 NA TTS (NR_026804) TTS (NR_026804) -52430 NM_016531 51274 Hs.298658 NM_016531 ENSG00000109787 KLF3 BKLF Kruppel like factor 3 protein-coding 0.655 1.102 0.546 0.528 0.226 1.240 0.646 0.094 0.233 0.406 0.165 0.102 0.297 0.419 0.044 0.114 0.195 0.822 0.088 1.561 0.025 0.314 0.201 0.110 7.517 2.407 1.717 0.561 0.536 0.838 0.054 0.104 0.750 0.098 0.128 0.254 0.051 0.113 0.336 0.398 0.186 0.480 0.411 0.103 0.636 0.254 0.322 0.254 0.233 0.397 0.357 0.438 0.220 0.086 0.152 0.105 0.585 0.852 1.524 1.087 0.371 0.191 0.197 0.293 0.288 0.370 0.113 0.136 0.876 0.781 0.243 0.563 0.019 0.179 0.183 0.709 0.019 0.399 0.190 0.054 0.190 0.061 0.151 0.141 0.052 0.031 0.189 0.384 0.522 0.185 0.593 0.090 0.319 1.014 0.406 0.376 0.327 0.822 0.663 0.538 0.048 0.095 0.071 0.034 0.108 0.140 0.083 1.086 0.069 0.041 0.044 0.055 0.042 0.018 1539 chr2 25620241 25628254 + 0 NA intron (NM_001256308, intron 14 of 17) intron (NM_001256308, intron 14 of 17) -58788 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 2.812 1.312 4.846 0.835 0.063 0.590 0.199 0.165 0.031 2.544 0.102 0.128 0.204 0.016 4.172 2.217 0.852 1.691 0.189 0.062 0.078 0.027 0.120 0.344 0.152 0.069 3.950 0.074 0.120 0.067 0.155 0.236 0.102 0.076 0.174 0.049 0.085 0.299 0.060 0.040 0.118 0.237 0.087 0.121 0.052 0.858 1.798 0.314 0.403 9.449 7.923 11.133 4.531 0.649 0.820 3.017 3.529 2.040 nan 3.760 5.135 0.287 0.333 3.758 3.227 0.931 1.787 4.453 2.291 2.160 0.185 0.036 0.273 0.062 2.582 0.052 0.018 0.009 0.108 1.152 5.620 0.199 0.097 0.010 0.126 0.073 0.250 0.183 0.072 0.050 0.049 2.544 0.135 0.092 0.852 0.058 0.073 2.093 0.131 0.241 0.025 0.021 0.049 0.097 0.131 0.123 0.552 0.038 0.047 0.029 2029 chr4 26218618 26250505 + 0 NA Intergenic Intergenic -86771 NM_203283 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 1.222 0.784 nan 1.330 0.582 1.012 0.456 0.153 0.007 0.763 0.108 0.097 0.767 1.067 0.045 0.851 0.475 2.041 0.268 0.424 0.074 0.314 0.583 0.112 1.521 0.397 0.172 1.919 0.340 0.476 0.037 0.084 0.160 0.200 0.107 0.733 0.306 1.597 0.167 0.493 0.018 0.103 0.095 0.118 0.311 0.346 0.308 0.154 0.234 0.387 1.349 1.379 1.541 0.482 0.277 0.238 0.733 0.994 1.552 1.621 1.866 1.769 0.144 0.276 0.749 0.811 0.581 1.123 nan 1.435 0.284 2.095 0.054 0.171 0.374 1.310 0.013 0.296 0.095 0.030 0.049 0.299 0.119 0.098 0.134 0.086 0.466 0.251 0.387 0.194 0.092 0.155 0.052 0.138 0.763 0.498 0.160 2.041 0.115 0.062 0.158 0.125 1.023 1.205 0.018 0.487 0.182 0.357 0.083 0.128 0.193 1.231 0.029 0.018 796 chr13 73890876 74074266 + 0 NA Intergenic Intergenic -155810 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.313 0.641 0.124 0.797 0.420 0.198 0.107 0.093 0.828 0.097 0.076 0.136 0.181 0.049 0.042 0.036 0.104 0.144 0.812 0.022 0.177 0.348 0.149 4.979 1.426 0.502 0.932 0.338 0.174 0.046 0.088 10.534 0.046 0.049 0.055 0.024 0.115 1.857 0.529 0.367 1.529 1.877 0.083 0.536 0.198 0.490 0.292 0.558 1.435 0.304 0.372 nan 0.184 0.134 0.132 0.060 0.099 0.411 0.346 nan 0.170 0.241 0.444 0.145 0.262 0.322 nan 0.178 0.171 0.095 0.286 0.070 0.291 0.036 0.317 0.015 0.517 0.244 0.033 0.071 0.019 0.253 0.157 0.038 0.032 0.328 0.052 0.073 0.153 0.327 0.042 0.466 0.572 0.828 0.081 0.028 0.104 0.613 0.418 0.024 0.031 0.033 0.111 0.079 0.074 0.069 0.099 0.117 0.067 0.096 0.171 0.010 0.006 2349 chr6 113905496 113921819 + 0 NA Intergenic Arthur1C|DNA|hAT-Tip100 57620 NR_125844 101927686 Hs.402044 NR_125844 ENSG00000230943 LOC101927686 - uncharacterized LOC101927686 ncRNA nan 1.630 nan 1.340 0.080 4.291 2.571 0.067 0.015 1.613 0.899 0.236 0.082 0.148 0.112 0.157 0.110 1.175 0.188 0.195 0.076 0.095 0.059 0.068 2.092 0.339 0.276 1.424 0.233 1.214 0.259 0.127 0.275 0.072 0.047 0.113 0.067 0.080 0.114 0.061 0.100 1.179 0.667 0.105 0.402 0.222 0.480 0.437 0.449 1.285 2.907 nan nan 1.242 0.239 0.246 1.144 nan 0.693 0.586 0.532 0.322 0.191 0.417 0.789 0.662 0.309 nan 0.637 0.509 0.328 0.108 0.035 0.274 0.455 0.229 0.034 0.076 0.022 0.004 0.042 0.181 0.576 0.166 0.037 0.019 0.090 0.109 0.202 0.101 0.130 0.164 0.062 0.081 1.613 0.197 0.062 1.175 0.045 0.905 0.264 0.064 0.224 0.066 0.033 0.093 0.143 1.907 0.428 0.122 0.042 0.023 0.074 0.041 366 chr10 12083592 12085979 + 0 NA promoter-TSS (NM_015542) promoter-TSS (NM_015542) 55 NM_015542 26019 Hs.370689 NM_015542 ENSG00000151461 UPF2 HUPF2|RENT2|smg-3 UPF2 regulator of nonsense transcripts homolog (yeast) protein-coding nan 4.329 5.506 7.490 6.475 7.458 3.331 4.155 1.955 7.274 9.851 0.738 2.859 6.105 9.099 2.977 0.995 7.268 2.450 7.481 2.334 6.198 3.713 4.050 8.573 4.739 4.999 12.435 2.326 5.082 5.730 0.179 11.455 5.078 5.100 3.141 3.115 12.243 7.923 4.553 1.481 11.767 7.049 3.556 3.522 3.922 12.037 11.409 11.499 15.730 9.013 11.306 16.264 12.474 13.112 13.852 6.405 7.356 10.478 17.905 8.117 7.477 8.066 10.208 5.389 6.952 7.906 7.453 3.767 1.634 3.057 5.053 2.799 4.823 2.050 4.488 8.933 4.384 6.462 5.771 5.820 1.446 2.427 4.908 10.431 4.472 1.670 2.437 2.325 8.727 8.374 4.902 4.493 8.096 7.274 6.401 5.023 7.268 5.040 4.270 1.646 9.557 3.274 3.842 2.926 6.517 3.444 3.108 2.949 3.270 6.904 6.526 6.156 4.201 844 chr14 29155589 29161560 + 0 NA Intergenic Intergenic 75951 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.965 1.011 0.996 1.622 0.085 0.200 0.134 0.093 0.021 0.173 0.207 0.080 0.125 0.011 0.433 0.358 0.081 0.098 0.198 0.021 0.030 0.035 0.083 2.324 0.452 0.071 0.343 0.227 0.018 0.071 0.134 0.089 0.002 0.064 0.104 0.073 0.158 0.018 0.062 0.181 0.098 0.064 0.244 0.090 0.170 0.184 0.339 0.426 9.948 7.790 0.292 0.197 0.293 0.576 0.260 0.359 0.536 0.204 0.112 0.188 3.917 4.645 0.190 0.286 1.758 0.866 0.591 0.083 0.016 0.076 0.016 1.771 0.011 0.012 0.098 1.111 0.071 0.015 0.020 0.013 0.061 0.067 0.014 0.024 0.080 0.011 0.173 0.072 0.063 0.081 0.037 0.034 0.029 0.119 0.045 0.052 0.056 0.019 0.034 0.020 0.031 0.010 0.008 1541 chr2 27575767 27583877 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318909) promoter-TSS (NM_001318909) 79 NM_001035521 2976 Hs.75782 NM_001521 ENSG00000115207 GTF3C2 TFIIIC-BETA|TFIIIC110 general transcription factor IIIC subunit 2 protein-coding 4.089 1.781 2.772 2.578 2.120 2.378 1.166 2.136 1.748 2.116 1.055 0.460 1.329 3.786 2.237 1.495 0.713 1.847 1.116 1.876 0.809 3.864 1.090 2.296 7.187 5.007 3.239 5.377 1.548 2.321 3.419 0.201 4.264 2.040 1.443 4.020 0.746 3.097 3.806 2.402 1.352 2.670 5.242 1.717 2.955 1.690 2.991 2.534 3.047 4.783 3.850 3.099 5.099 2.444 10.374 10.790 2.476 3.449 6.122 nan 4.563 5.285 1.706 2.773 2.359 2.429 6.164 9.170 2.451 1.208 1.547 2.824 0.874 2.810 0.984 2.060 1.744 1.086 1.387 1.515 2.706 0.292 1.454 4.996 2.362 1.261 2.002 1.303 0.968 2.134 3.103 3.360 1.890 2.065 2.116 5.560 4.953 1.847 1.840 1.908 1.101 3.468 1.254 1.505 1.962 2.378 1.139 1.586 0.781 3.257 1.587 1.038 1.899 1.454 2723 chr9 135867777 135872754 + 0 NA Intergenic Intergenic 16167 NM_001135031 8328 Hs.553160 NM_004188 ENSG00000165702 GFI1B BDPLT17|ZNF163B growth factor independent 1B transcriptional repressor protein-coding nan 0.393 0.589 0.223 0.115 0.284 0.207 0.030 0.025 0.093 0.046 0.096 0.151 0.126 0.064 0.127 0.067 0.120 0.131 0.214 0.050 0.160 0.076 0.265 0.815 0.144 0.100 0.637 0.147 0.108 0.044 0.157 0.304 0.045 0.038 0.064 0.057 0.318 0.045 0.113 0.472 0.247 0.043 0.058 0.083 2.364 3.982 11.883 7.549 0.566 0.579 nan 0.179 3.422 3.442 0.070 0.145 0.780 0.737 0.455 0.242 2.994 5.918 0.119 0.190 0.057 0.142 0.313 0.394 0.346 0.114 0.044 0.054 0.056 0.073 0.058 0.076 0.051 0.198 0.097 0.030 0.108 0.051 0.120 0.145 0.196 0.057 0.064 0.054 0.093 0.329 0.120 0.005 0.016 0.081 0.061 0.081 0.051 0.086 0.044 0.047 4.410 0.050 0.045 0.019 0.012 0.010 272 chr1 183984672 184009704 + 0 NA intron (NM_001303421, intron 1 of 11) intron (NM_001303421, intron 1 of 11) 9716 NM_001303420 23127 Hs.387995 NM_015101 ENSG00000198756 COLGALT2 C1orf17|GLT25D2 collagen beta(1-O)galactosyltransferase 2 protein-coding nan nan 1.795 0.190 0.256 0.254 0.128 0.088 0.457 0.819 0.782 0.232 0.031 0.133 0.015 0.172 0.228 0.082 0.200 0.218 0.089 0.084 0.029 0.119 0.244 0.144 0.148 0.617 0.059 0.859 1.322 0.136 0.243 0.066 0.098 0.166 0.207 0.611 0.386 0.036 0.648 0.244 0.759 0.126 0.077 0.150 1.270 1.434 0.614 1.016 0.680 nan 0.282 0.115 nan 0.495 6.440 7.929 0.418 0.378 1.281 1.181 0.736 1.259 2.164 1.509 0.668 nan 0.599 0.598 0.060 0.045 0.103 0.228 0.024 0.153 0.006 0.308 0.138 0.219 0.078 0.533 0.204 0.062 0.106 0.118 0.034 0.200 0.276 0.200 0.107 0.465 0.063 0.062 0.819 0.125 0.048 0.082 0.064 0.040 0.121 0.172 0.033 0.081 0.003 0.044 0.138 0.551 0.432 0.188 0.049 0.054 0.232 0.249 2343 chr6 107419021 107459108 + 0 NA Intergenic Intergenic -3428 NM_001080450 57673 Hs.418045 NM_001080450 ENSG00000178409 BEND3 KIAA1553 BEN domain containing 3 protein-coding 2.054 nan nan 1.282 0.366 1.218 0.688 0.353 0.112 1.249 0.162 0.133 0.203 0.572 0.057 0.376 0.197 0.919 0.497 0.401 0.077 0.397 0.055 0.161 1.499 0.508 0.564 1.872 0.080 0.375 0.849 0.134 0.473 0.076 0.201 0.891 0.090 0.331 0.371 0.144 0.098 0.552 0.465 0.420 0.469 0.189 9.049 10.499 0.798 0.930 1.341 nan 1.756 0.612 1.348 1.283 1.098 1.376 1.098 1.369 nan 1.882 0.514 1.157 1.781 1.410 1.385 1.583 0.877 0.534 0.928 0.207 0.112 0.366 0.287 1.031 0.540 0.778 0.607 0.200 0.361 0.526 0.593 0.411 0.378 0.175 0.156 0.576 0.373 0.221 0.521 0.781 0.315 0.361 1.249 0.578 0.244 0.919 0.171 0.228 0.352 0.763 0.751 0.078 0.078 0.176 0.098 0.223 0.409 0.537 0.173 0.129 0.085 0.053 775 chr13 24072409 24087383 + 0 NA Intergenic Intergenic 36245 NR_038995 100506697 Hs.50118 NR_038995 ENSG00000232977 LINC00327 NCRNA00327 long intergenic non-protein coding RNA 327 ncRNA 0.972 0.911 0.787 0.212 0.158 0.129 0.043 0.032 0.017 0.029 1.501 0.237 0.013 0.108 0.047 0.146 0.061 0.098 0.211 0.230 0.289 0.068 0.021 0.107 0.304 0.065 0.099 0.294 0.010 0.055 0.036 0.060 0.149 0.016 0.127 0.086 0.127 0.142 0.118 0.037 0.010 0.150 0.152 0.690 0.058 0.154 0.512 0.319 0.536 nan 0.352 0.470 0.131 0.073 0.152 0.112 0.265 0.309 0.460 0.559 0.854 0.389 0.184 0.270 0.061 0.063 0.442 0.954 1.020 0.695 0.056 0.088 0.013 1.378 0.080 0.189 2.118 0.047 0.021 0.139 0.243 0.019 0.093 0.062 0.073 0.084 0.034 0.074 0.082 0.173 0.097 0.027 0.063 0.071 0.029 0.077 0.099 0.098 0.008 0.142 0.084 0.800 0.114 0.059 0.006 0.523 0.737 0.062 0.073 0.207 0.167 0.035 8.249 10.252 2518 chr8 27720128 27737761 + 0 NA 3' UTR (NM_173833, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_173833, exon 9 of 9) 14689 NR_036249 100422828 NR_036249 ENSG00000265847 MIR4287 - microRNA 4287 ncRNA nan 0.738 nan 0.079 0.162 0.170 0.128 0.054 0.007 1.039 0.140 0.140 0.150 2.370 0.062 0.135 0.108 0.118 0.175 0.176 0.043 0.287 0.169 0.454 0.077 0.031 0.188 0.615 0.103 0.074 0.107 0.474 0.160 1.550 0.160 0.044 0.045 0.190 0.055 0.036 0.477 0.203 0.028 1.213 0.172 0.512 0.407 0.575 1.852 nan 0.539 nan 0.135 0.177 0.160 0.114 0.166 0.212 0.274 0.434 0.250 0.158 0.225 0.448 1.224 0.242 0.433 nan nan 0.165 0.614 0.033 0.583 0.045 0.071 0.016 0.694 0.493 0.033 3.846 0.032 0.023 0.277 0.109 0.080 0.123 0.089 0.111 0.126 5.578 0.053 2.268 1.738 1.039 0.287 0.129 0.108 0.868 0.613 0.022 2.202 0.114 0.019 0.753 0.574 0.512 0.101 0.068 0.091 0.172 0.038 0.020 0.006 2108 chr5 3917965 3922946 + 0 NA Intergenic L1MA3|LINE|L1 324287 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.407 0.844 0.972 0.136 0.044 0.215 0.162 0.093 0.154 0.222 0.130 0.213 0.188 0.269 0.128 0.114 0.201 0.135 0.074 0.139 0.071 0.096 0.543 0.029 0.086 0.073 0.080 0.016 0.111 0.031 0.081 0.188 0.022 0.064 0.207 0.129 0.041 0.212 0.083 4.058 2.759 8.822 nan 0.264 0.404 0.063 0.102 0.037 0.066 0.216 0.312 nan 0.151 nan 0.199 1.811 3.425 0.068 0.061 0.091 0.158 0.247 nan 0.033 0.056 0.038 0.054 0.015 0.044 0.052 0.037 0.036 0.032 0.015 0.015 0.025 0.040 0.016 0.015 0.051 0.044 0.154 0.054 0.128 0.024 0.049 0.023 0.062 0.008 0.064 0.047 1.264 0.024 0.016 0.023 0.010 20 chr1 6496411 6559940 + 0 NA exon (NM_001265592, exon 21 of 22) exon (NM_001265592, exon 21 of 22) -1920 NM_148970 8718 Hs.462529 NM_003790 ENSG00000215788 TNFRSF25 APO-3|DDR3|DR3|LARD|TNFRSF12|TR3|TRAMP|WSL-1|WSL-LR TNF receptor superfamily member 25 protein-coding 1.335 nan 1.426 2.117 0.319 1.272 0.729 0.540 0.108 0.360 0.123 0.121 0.283 0.754 0.257 0.390 0.298 1.270 1.101 0.309 0.222 0.215 0.247 0.238 nan 0.822 0.104 1.324 0.416 0.278 0.370 0.105 1.026 0.260 0.088 0.078 0.109 0.213 1.147 0.413 0.215 1.568 0.952 0.160 0.247 0.207 2.797 4.527 1.299 1.466 3.235 2.935 1.362 0.446 8.005 8.159 0.351 nan nan 3.878 nan 0.551 2.897 4.186 0.480 0.371 0.389 0.676 0.945 0.528 2.207 0.379 0.235 0.222 0.807 1.732 0.118 0.267 0.293 0.364 0.252 0.083 0.285 1.081 0.920 0.396 0.399 0.242 0.134 1.130 0.393 1.020 0.136 0.283 0.360 0.562 0.988 1.270 0.252 0.215 0.446 0.883 0.278 0.274 0.488 0.256 0.322 0.082 2.683 0.066 0.213 0.142 0.208 0.223 2376 chr6 157094432 157113285 + 0 NA intron (NM_020732, intron 1 of 19) intron (NM_020732, intron 1 of 19) -2993 NR_039676 100616154 NR_039676 ENSG00000271899 MIR4466 mir-4466 microRNA 4466 ncRNA nan 1.667 3.201 4.218 1.537 3.011 1.539 1.563 1.144 3.157 1.465 0.111 0.420 1.796 2.040 1.490 0.684 3.955 1.574 1.087 0.959 1.652 0.342 1.094 nan 3.852 1.975 5.657 0.303 2.217 2.732 0.130 2.933 0.607 1.078 2.730 0.437 1.515 1.731 0.897 0.560 3.513 2.312 1.929 1.487 0.880 3.624 5.477 6.879 6.525 7.613 nan 6.228 2.558 6.519 6.384 1.659 2.167 3.383 5.175 7.876 9.234 1.539 3.744 4.315 4.127 5.082 nan 1.160 0.653 4.411 0.951 0.791 0.957 0.711 3.638 1.801 0.971 1.450 0.626 1.323 1.211 2.457 2.095 2.659 1.251 1.176 1.742 1.203 1.133 1.956 3.737 0.577 1.514 3.157 1.830 1.533 3.955 0.551 1.629 0.874 2.154 1.918 1.151 0.608 1.216 1.466 1.429 1.080 1.497 1.255 0.567 1.164 0.758 888 chr14 75915495 75929617 + 0 NA intron (NM_001135049, intron 2 of 3) LTR33|LTR|ERVL 23719 NM_001135049 122953 Hs.196482 NM_130469 ENSG00000140044 JDP2 JUNDM2 Jun dimerization protein 2 protein-coding 1.421 0.861 0.837 0.283 0.949 0.446 0.194 0.265 2.406 0.470 1.038 0.113 0.097 0.170 0.232 0.144 0.321 0.204 0.339 0.210 0.143 0.129 0.216 0.713 0.278 1.409 0.554 0.352 0.121 0.599 0.093 0.350 0.033 0.269 0.059 0.192 0.606 0.250 0.106 0.268 0.267 0.332 0.222 5.819 0.155 0.420 0.350 0.802 1.689 0.432 0.522 0.368 0.090 0.567 0.607 0.202 0.533 0.441 nan 0.543 0.364 0.379 0.415 0.181 0.162 0.225 0.365 1.992 nan 0.191 0.307 1.279 0.132 0.099 0.402 0.108 0.375 0.108 0.339 0.243 0.054 0.096 1.467 0.307 0.172 0.608 0.090 0.111 0.262 1.087 0.137 0.034 0.606 0.470 0.146 0.085 0.321 0.130 1.736 0.062 0.206 0.143 0.197 0.024 0.084 0.512 0.041 0.098 0.071 0.289 0.093 0.069 0.051 1983 chr3 172322516 172326590 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 -83256 NM_001190942 8743 Hs.478275 NM_003810 ENSG00000121858 TNFSF10 APO2L|Apo-2L|CD253|TL2|TNLG6A|TRAIL tumor necrosis factor superfamily member 10 protein-coding 1.482 1.317 1.118 0.154 1.525 0.598 0.274 0.774 0.015 0.864 6.157 0.356 0.951 0.876 0.200 0.411 0.309 0.029 0.128 0.157 2.588 0.685 0.307 0.248 0.336 0.119 0.450 1.938 0.476 0.142 0.051 0.255 0.463 0.019 3.300 1.092 1.549 0.627 4.197 0.780 1.079 0.761 0.272 0.174 0.068 0.257 0.200 0.409 2.507 0.260 0.427 0.583 0.316 0.286 0.274 1.034 1.995 0.330 0.311 1.085 0.975 0.137 0.292 1.038 1.327 0.905 1.451 0.717 0.473 0.068 1.045 0.116 0.361 0.025 0.045 3.298 1.970 0.071 0.079 0.466 0.133 4.630 1.284 0.673 0.094 0.039 0.120 4.804 0.180 0.895 0.125 0.601 0.864 0.141 0.114 0.029 0.095 0.107 0.048 0.071 0.050 1.365 0.289 0.640 9.306 0.852 0.121 0.602 1.142 1.531 0.339 0.188 1011 chr16 3142335 3163974 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -3836 NM_001282415 84891 Hs.334515 NM_032805 ENSG00000130182 ZSCAN10 ZNF206 zinc finger and SCAN domain containing 10 protein-coding 1.170 nan 1.346 1.720 0.939 1.102 0.590 0.716 0.109 0.798 0.310 0.171 0.336 0.566 0.377 0.455 0.303 0.658 0.670 0.616 0.206 0.506 0.144 0.549 2.900 1.231 0.479 2.164 0.256 0.848 0.594 0.064 1.296 0.158 0.337 0.814 0.229 0.426 0.563 0.283 0.301 0.863 1.058 0.504 0.735 0.242 0.747 0.859 0.506 0.776 1.163 1.145 nan 1.379 0.906 0.921 0.780 nan 1.030 1.489 1.168 0.962 0.687 0.794 1.187 1.096 0.835 1.274 1.435 0.973 0.394 0.591 0.168 0.641 0.172 1.090 0.384 0.581 0.414 0.444 0.533 0.185 0.274 0.604 0.382 0.225 0.455 0.501 0.486 0.241 1.013 0.750 0.743 0.587 0.798 0.638 0.641 0.658 0.304 0.846 0.260 1.242 0.586 0.327 0.124 0.373 0.264 0.382 0.347 0.246 0.180 0.311 0.186 0.111 1754 chr20 49274434 49298430 + 0 NA intron (NM_001290268, intron 1 of 21) AluSq2|SINE|Alu 21635 NR_110890 140876 Hs.372578 NM_080829 ENSG00000042062 FAM65C C20orf175|C20orf176 family with sequence similarity 65 member C protein-coding nan nan 1.115 0.169 3.539 0.260 0.087 0.324 0.153 0.182 0.185 0.128 0.283 0.806 0.176 0.079 0.121 0.147 0.223 1.077 0.251 0.555 0.590 0.421 2.094 0.839 0.970 0.428 0.412 0.071 0.088 0.086 0.323 0.110 0.196 0.347 0.197 0.127 0.381 0.655 0.147 0.863 1.196 0.165 3.406 0.217 0.691 0.748 0.262 0.540 0.345 0.449 nan 0.235 0.384 0.451 0.347 0.665 0.583 0.680 nan 0.476 0.420 0.499 0.063 0.093 0.578 1.706 0.499 0.513 0.058 0.623 0.772 0.426 0.078 0.107 0.083 0.421 0.244 0.058 0.166 0.020 0.204 1.291 0.173 0.108 0.615 0.039 0.086 0.392 1.054 0.137 0.687 0.586 0.182 1.332 0.877 0.147 0.505 2.816 0.069 0.376 0.038 0.127 0.308 0.418 0.315 0.014 0.095 0.313 0.067 1.689 0.043 0.019 1627 chr2 173088016 173098804 + 0 NA Intergenic Intergenic 125676 NR_126376 104326193 Hs.600690 NR_126376 ENSG00000236651 DLX2-AS1 TCONS_00003049 DLX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 1.216 0.823 3.795 0.240 0.273 0.407 0.241 0.294 0.012 0.828 0.081 0.075 0.772 0.824 0.117 0.148 0.108 1.170 0.172 0.290 0.356 0.234 0.245 0.111 1.486 0.373 0.369 0.476 0.599 0.295 0.030 0.073 7.961 0.654 0.121 0.598 0.175 0.186 3.035 0.644 1.401 2.715 6.450 0.201 2.737 0.252 0.430 0.217 0.316 0.465 0.454 0.600 1.745 0.583 0.360 0.306 0.352 0.672 1.140 1.366 0.361 0.278 0.249 0.319 0.209 0.473 0.394 0.672 1.093 0.623 0.357 1.550 0.267 0.746 0.056 0.127 0.056 0.938 0.355 0.034 0.256 0.057 0.096 0.809 0.261 0.245 0.392 0.051 0.056 0.278 0.158 0.569 0.185 0.577 0.828 0.480 0.391 1.170 0.330 0.190 0.162 0.279 0.037 0.207 0.233 0.605 0.869 0.159 0.051 0.128 0.211 0.386 0.032 0.024 1161 chr17 35175091 35187668 + 0 NA Intergenic Intergenic 112581 NR_135669 102723471 Hs.567930 NR_135668 ENSG00000277268 LOC102723471 - uncharacterized LOC102723471 ncRNA nan 0.675 0.509 0.049 0.181 0.669 0.447 0.105 0.010 0.296 0.107 0.051 0.143 0.035 0.050 0.116 0.138 0.261 0.236 0.020 0.076 0.025 0.125 0.225 0.064 0.101 0.367 0.035 5.247 0.034 0.124 0.158 0.046 0.133 0.094 0.007 0.028 0.318 0.017 0.076 0.226 0.098 0.122 0.107 0.113 0.401 0.344 0.149 0.181 nan 0.569 0.449 0.205 0.276 0.330 0.235 0.455 0.324 0.449 nan 0.229 0.353 0.308 0.113 0.106 0.127 0.273 0.716 0.485 0.064 0.183 0.008 0.053 0.040 0.124 0.022 0.278 0.052 0.047 0.059 0.015 0.006 0.205 0.024 0.056 0.042 1.792 2.114 0.160 0.149 0.034 0.025 0.047 0.296 0.057 0.051 0.138 0.048 0.039 0.072 0.125 0.032 0.011 0.017 0.094 0.071 4.899 0.066 0.020 0.025 0.154 0.009 0.012 468 chr11 16625963 16629985 + 0 NA Intergenic CpG -130039 NM_033326 55553 Hs.368226 NM_017508 ENSG00000110693 SOX6 HSSOX6|SOXD SRY-box 6 protein-coding 1.313 nan 4.679 7.588 1.875 6.559 3.631 0.208 0.078 0.821 0.260 0.095 0.641 0.110 0.350 0.106 2.822 1.760 1.186 0.369 0.334 0.238 0.415 2.050 1.894 1.156 13.114 0.537 0.346 0.707 0.043 0.595 0.807 0.275 0.208 0.426 0.908 0.027 0.063 0.749 0.335 0.227 3.003 1.006 nan 0.586 12.252 15.944 14.151 10.694 0.680 0.165 1.391 1.089 2.661 3.143 3.232 4.152 1.501 0.906 0.923 2.042 0.803 0.409 0.431 1.398 1.417 nan 4.214 0.307 0.143 0.852 0.423 0.342 0.233 0.164 0.201 1.430 0.118 0.100 0.481 1.334 0.789 0.075 0.391 0.211 1.266 0.749 0.616 1.622 0.220 0.821 0.410 0.093 2.822 0.287 0.495 0.823 2.014 0.044 0.145 0.040 0.531 0.058 0.146 1.291 1.855 0.023 0.372 0.176 2093 chr4 188934037 188944482 + 0 NA Intergenic Intergenic 22334 NM_001304358 132625 Hs.335787 NM_174900 ENSG00000179059 ZFP42 REX-1|REX1|ZNF754|zfp-42 ZFP42 zinc finger protein protein-coding nan 0.566 nan 0.067 0.049 0.183 0.031 0.051 3.266 0.116 0.043 0.047 0.019 0.111 0.036 0.060 0.096 0.263 0.049 0.214 0.012 0.048 0.010 0.130 0.214 0.071 0.068 0.190 0.028 0.051 0.062 0.114 1.257 0.036 0.062 0.181 0.483 0.829 0.083 0.148 0.218 0.094 0.041 0.663 0.166 0.330 0.289 0.573 1.106 0.206 0.235 0.042 0.024 1.521 1.650 0.081 0.157 0.226 0.270 0.295 0.136 0.443 0.888 0.040 0.082 0.053 0.155 0.203 0.128 0.016 0.316 1.648 0.035 0.029 0.009 0.564 0.204 0.177 0.104 0.061 0.074 0.067 0.030 0.022 0.120 0.093 0.221 0.187 0.067 0.023 0.454 0.116 0.218 0.009 0.263 0.799 2.629 0.080 0.068 0.052 0.016 0.066 0.011 0.034 0.653 0.012 0.037 0.098 0.011 0.015 1019 chr16 8956914 8981196 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -6186 NM_001278260 23589 Hs.632184 NM_014316 ENSG00000153048 CARHSP1 CRHSP-24|CRHSP24|CSDC1 calcium regulated heat stable protein 1 protein-coding 1.827 nan 1.656 1.083 1.366 1.102 0.580 1.642 0.097 0.925 0.519 0.193 0.945 1.861 0.864 0.425 0.315 1.308 0.698 0.621 0.683 1.001 0.412 1.161 2.350 0.724 0.503 2.877 0.252 0.868 0.706 0.083 0.642 0.336 0.393 0.789 0.237 0.877 0.646 2.285 0.213 1.166 2.734 1.256 0.869 0.369 1.050 1.288 0.718 1.029 1.739 1.674 nan 0.860 1.123 1.149 0.913 nan 0.868 1.552 1.518 1.598 0.442 0.779 1.449 1.627 0.847 0.928 0.979 0.703 1.018 1.464 1.118 0.633 0.403 0.672 0.192 0.906 0.550 0.655 0.934 0.437 0.525 1.503 0.970 0.540 0.675 0.681 0.534 0.345 1.590 0.906 0.500 1.419 0.925 0.924 1.154 1.308 0.237 0.517 0.401 1.461 0.372 0.391 0.397 1.040 1.107 0.469 0.192 0.282 0.241 0.421 0.261 0.124 700 chr12 54647665 54663691 + 0 NA intron (NM_012117, intron 1 of 4) intron (NM_012117, intron 1 of 4) -2308 NM_001127321 23468 Hs.349283 NM_012117 ENSG00000094916 CBX5 HEL25|HP1|HP1A chromobox 5 protein-coding nan 1.765 1.363 0.128 0.558 1.148 0.504 2.038 0.027 1.950 1.713 0.342 0.225 0.751 1.970 1.229 0.810 1.373 0.314 0.240 1.368 0.809 0.502 0.871 1.088 0.534 0.115 1.888 0.318 0.205 0.426 0.084 0.427 0.063 0.807 0.188 0.206 0.703 0.283 0.967 0.050 0.195 0.314 0.866 0.196 0.319 nan 2.432 0.750 1.668 2.165 nan 3.932 2.119 0.594 0.555 2.323 nan 2.378 nan 4.896 3.878 0.698 1.207 3.228 3.345 3.291 8.668 2.461 1.167 0.356 0.493 0.077 5.365 0.827 1.169 0.009 0.708 0.338 1.529 1.342 1.093 1.177 2.621 1.875 0.904 0.349 0.068 0.075 0.342 1.041 2.063 1.397 0.363 1.950 0.266 0.463 1.373 0.383 0.109 0.545 0.546 1.148 1.282 0.018 1.273 3.714 0.144 0.635 3.415 1.122 0.559 1.049 0.473 1927 chr3 114361925 114371603 + 0 NA intron (NR_121662, intron 3 of 6) intron (NR_121662, intron 3 of 6) -22972 NM_001164346 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.004 nan 0.676 0.139 2.549 0.510 0.199 0.136 0.051 0.225 1.562 0.215 0.549 1.548 0.606 0.130 0.188 0.122 0.133 0.286 0.166 3.145 1.927 0.183 0.517 0.648 0.253 0.160 1.366 0.141 0.112 0.112 0.189 0.208 0.038 0.172 0.024 0.163 0.145 2.066 0.025 0.437 0.161 0.058 0.145 0.151 0.418 0.211 6.156 4.282 0.345 nan 0.471 0.268 0.313 0.273 nan 1.408 0.260 0.232 0.706 0.240 0.074 0.234 0.065 0.084 0.261 0.269 0.465 0.464 0.167 0.422 0.629 0.062 0.056 0.540 0.187 0.008 0.089 0.010 0.099 0.105 0.106 0.177 0.307 0.008 0.176 0.155 0.067 0.022 0.058 0.089 0.225 0.640 0.158 0.122 0.254 0.017 0.020 0.018 0.010 1.016 2.520 0.320 0.449 0.190 0.051 0.089 0.032 6.836 2.796 4.098 78 chr1 36001430 36006091 + 0 NA intron (NM_024874, intron 2 of 20) L2a|LINE|L2 19277 NM_024874 79932 Hs.456507 NM_024874 ENSG00000142687 KIAA0319L AAVR KIAA0319 like protein-coding 1.381 nan 4.671 0.409 0.122 0.492 0.140 0.199 7.086 0.575 4.393 0.484 0.040 0.148 0.067 0.372 0.332 0.977 0.155 0.456 0.266 0.055 0.037 0.318 0.132 0.400 0.602 0.093 0.268 0.140 0.185 0.266 0.148 0.388 0.308 0.750 0.597 0.061 0.540 0.347 0.460 0.353 0.360 0.225 0.673 0.627 0.872 1.568 1.326 1.666 nan 0.233 0.424 0.457 0.917 1.590 0.977 1.255 nan 0.678 0.496 1.007 1.381 2.013 0.693 1.158 0.946 nan 0.711 0.260 1.312 0.831 0.132 0.208 0.093 0.079 0.092 0.195 0.251 0.149 0.013 0.033 0.050 0.151 0.365 0.089 0.122 0.190 0.057 0.575 0.137 0.162 0.977 0.141 0.428 0.075 0.000 0.098 0.015 0.086 0.509 0.270 0.200 0.211 0.082 0.060 0.049 0.011 1380 chr19 4865570 4879057 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -4533 NM_001164189 10226 Hs.140452 NM_005817 ENSG00000105355 PLIN3 M6PRBP1|PP17|TIP47 perilipin 3 protein-coding 1.988 0.949 2.480 0.390 0.768 0.360 0.261 1.383 0.206 0.683 0.305 0.131 1.077 2.180 2.260 0.173 0.152 0.383 0.169 0.459 0.344 1.341 1.253 1.071 1.935 0.763 0.692 0.813 0.719 0.487 0.594 0.092 1.024 0.637 0.622 2.821 0.698 2.484 0.659 2.163 0.155 0.889 1.428 1.190 0.787 0.332 0.279 0.330 0.634 0.805 0.886 0.894 0.683 0.224 0.761 0.800 0.657 1.105 1.143 nan 0.800 0.483 0.288 0.337 0.199 0.278 0.335 0.678 0.854 0.647 0.110 2.846 0.559 1.223 0.029 0.227 0.452 2.436 2.488 0.800 1.501 0.042 0.118 8.308 3.318 1.510 1.231 0.138 0.161 2.217 1.612 3.839 1.523 1.446 0.683 2.513 3.188 0.383 0.570 2.233 0.137 6.756 1.250 3.605 0.352 3.739 0.641 0.159 0.044 0.174 1.305 0.710 2.064 1.588 990 chr15 91190779 91210651 + 0 NA intron (NR_120372, intron 2 of 3) L1M5|LINE|L1 -2750 NR_120371 101929765 Hs.615348 NR_120371 ENSG00000245479 LINC01585 - long intergenic non-protein coding RNA 1585 ncRNA nan nan nan 0.300 0.360 0.956 0.531 0.570 0.128 0.533 0.493 0.106 0.191 0.476 0.942 0.205 0.180 0.956 0.324 0.413 0.243 0.582 0.346 0.468 1.559 0.973 0.438 0.980 0.502 0.282 0.420 0.066 0.956 0.292 0.217 0.550 0.185 0.496 0.925 0.447 0.115 0.999 0.697 0.696 0.685 0.341 2.359 3.168 0.821 1.442 0.667 0.704 nan 0.408 1.335 1.433 0.313 0.455 1.456 2.001 nan 0.534 5.253 5.734 0.307 0.210 0.252 nan 0.934 0.581 0.134 0.558 0.289 0.829 0.291 2.652 0.043 0.565 0.350 0.549 0.539 0.019 0.235 0.458 0.393 0.201 0.105 0.170 0.049 0.496 1.279 0.329 0.544 0.807 0.533 0.575 0.210 0.956 0.338 1.117 0.170 0.995 0.536 0.131 0.038 0.484 0.220 0.081 8.024 0.069 0.729 0.369 0.128 0.054 413 chr10 112284112 112297127 + 0 NA Intergenic Intergenic 32994 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 0.847 nan 0.811 0.121 0.746 0.374 0.136 1.515 0.014 0.249 0.499 0.160 0.915 1.063 0.413 0.102 0.051 0.110 0.098 0.214 0.327 1.582 1.901 0.145 1.661 0.614 0.179 0.667 0.523 0.074 0.042 0.072 0.607 1.049 0.221 0.987 0.240 0.365 0.245 1.092 0.143 0.683 0.300 0.399 0.681 0.511 0.279 0.207 0.259 0.349 0.196 0.149 0.309 0.148 0.172 0.195 0.193 0.359 0.233 0.270 0.382 0.272 0.213 0.212 0.070 0.089 0.250 0.744 0.267 0.345 0.069 4.146 0.286 0.471 0.669 0.069 0.032 0.848 0.541 1.044 0.677 0.014 0.062 3.881 3.247 1.210 0.390 0.096 0.057 1.084 2.096 3.610 0.061 0.468 0.249 0.670 1.591 0.110 0.386 0.108 0.097 0.717 0.099 1.229 0.774 0.819 0.802 0.044 0.053 0.190 0.588 1.729 0.058 0.047 294 chr1 205609163 205620258 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -12710 NM_021795 2005 Hs.497520 NM_001973 ENSG00000158711 ELK4 SAP1 ELK4, ETS transcription factor protein-coding 1.712 1.495 1.122 0.204 0.094 0.850 0.360 0.114 0.111 0.668 0.285 0.158 0.035 0.174 0.034 0.254 0.326 0.977 0.273 0.184 0.045 0.062 0.058 0.048 0.315 0.050 0.135 0.396 0.026 0.048 0.058 0.108 0.437 0.021 0.034 0.058 0.028 0.105 0.284 0.059 0.051 0.227 0.495 0.057 0.187 0.131 0.483 0.450 0.544 0.713 1.957 1.980 0.585 0.305 nan nan 1.034 1.210 1.009 1.261 1.035 0.872 0.352 0.339 0.353 0.275 0.519 1.282 1.249 0.810 2.014 0.146 0.009 0.158 0.027 4.830 0.037 0.088 0.051 0.075 0.137 0.130 0.335 0.066 0.033 0.027 0.041 0.007 0.032 0.152 0.147 0.052 0.071 0.071 0.668 0.109 0.078 0.977 0.055 0.068 0.745 0.100 0.073 0.018 0.015 0.024 0.020 0.015 0.580 0.156 0.021 0.171 0.026 0.013 2316 chr6 45663370 45687540 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 229879 NR_045674 53405 Hs.485489 NM_016929 ENSG00000112782 CLIC5 DFNB102|DFNB103|MST130|MSTP130 chloride intracellular channel 5 protein-coding 1.161 0.810 0.714 0.083 0.154 0.324 0.160 2.242 0.028 0.272 0.757 0.107 0.400 0.458 0.059 0.065 0.085 0.153 0.117 0.200 0.335 0.086 0.873 0.178 1.686 0.390 0.504 0.375 1.221 0.066 0.068 0.106 0.207 0.473 0.098 0.864 2.051 2.923 0.156 0.217 0.187 0.627 0.289 0.425 0.458 0.848 0.640 0.558 2.020 5.993 0.320 0.357 0.145 0.100 0.549 0.616 0.133 0.231 0.384 nan 0.472 0.201 0.662 1.009 0.081 0.067 0.377 0.783 0.574 0.613 0.088 2.034 0.055 2.774 0.027 0.103 0.051 0.272 0.075 0.019 0.555 0.020 0.039 0.106 0.547 0.168 0.232 0.119 0.190 1.419 0.061 0.231 0.485 0.238 0.272 0.319 0.050 0.153 0.254 0.065 0.016 0.132 0.055 0.982 0.078 0.796 0.754 0.098 0.473 0.237 1.586 0.433 0.117 0.118 2218 chr5 170624874 170634540 + 0 NA intron (NM_022897, intron 19 of 27) intron (NM_022897, intron 19 of 27) -106581 NM_021025 30012 Hs.249125 NM_021025 ENSG00000164438 TLX3 HOX11L2|RNX T-cell leukemia homeobox 3 protein-coding 1.837 0.766 1.108 0.064 0.082 0.384 0.149 0.199 0.032 0.318 0.164 0.043 0.019 0.131 0.020 0.251 0.308 0.410 7.589 0.251 0.050 0.126 0.032 0.197 0.071 0.117 0.056 0.438 0.030 0.133 0.101 0.136 0.267 0.024 0.053 0.080 0.024 0.071 0.110 0.037 0.016 0.115 0.141 0.166 0.119 0.054 0.337 0.176 0.220 nan 0.551 0.537 2.858 0.933 0.205 0.124 1.854 nan 0.365 0.314 0.653 0.597 0.137 0.301 2.294 1.272 0.206 0.370 1.784 1.228 0.042 0.029 0.048 0.056 0.010 0.074 0.029 0.028 0.026 0.008 0.121 0.286 0.453 0.016 0.025 0.016 0.024 0.017 0.113 0.017 0.057 0.049 0.020 0.318 0.029 0.115 0.410 0.033 0.100 0.054 0.021 0.009 0.086 0.068 0.060 0.030 0.127 0.016 0.087 0.036 0.011 1614 chr2 145251968 145283091 + 0 NA intron (NM_001171653, intron 2 of 8) intron (NM_001171653, intron 2 of 8) -9652 NR_040248 100303491 Hs.560789 NR_040248 ENSG00000238057 ZEB2-AS1 ZEB2-AS|ZEB2AS|ZEB2NAT ZEB2 antisense RNA 1 ncRNA 1.953 nan 0.901 0.606 0.141 2.371 1.072 0.922 0.014 0.704 2.097 0.181 0.098 0.142 0.038 0.923 0.628 0.566 0.474 0.141 0.207 0.048 0.054 0.184 0.169 0.098 0.089 2.296 0.056 0.199 0.131 0.059 0.249 0.224 0.048 0.739 0.174 0.510 0.102 0.024 0.013 0.123 0.375 0.525 0.092 0.398 0.316 0.255 6.663 9.563 2.090 1.405 0.328 0.107 0.233 0.294 3.078 3.524 0.389 0.484 1.697 1.748 0.216 0.467 0.036 0.047 1.728 2.949 0.470 0.345 0.100 0.094 0.003 1.020 0.016 0.086 2.665 0.101 0.058 0.391 1.305 0.015 0.550 0.367 0.083 0.050 0.037 0.160 0.172 0.613 0.904 1.502 0.038 0.040 0.704 0.115 0.029 0.566 0.016 0.037 0.436 1.062 0.059 0.484 0.004 0.081 0.362 0.252 0.181 1.086 0.058 0.055 0.015 0.002 1442 chr19 40314109 40337877 + 0 NA intron (NM_001436, intron 7 of 8) AluSc|SINE|Alu -1120 NM_004714 9149 Hs.130988 NM_004714 ENSG00000105204 DYRK1B AOMS3|MIRK dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1B protein-coding 2.416 1.190 2.856 4.027 1.054 1.556 1.085 1.248 0.250 0.840 0.429 0.102 0.383 1.275 0.854 1.119 0.655 1.269 0.813 1.076 0.229 0.669 0.215 2.065 nan 0.838 0.582 5.794 0.289 1.277 1.208 0.108 0.809 0.526 0.307 1.026 0.225 1.274 0.752 0.479 0.471 0.944 1.711 0.654 0.443 0.377 2.219 2.470 1.683 2.421 3.022 2.834 4.514 1.795 4.572 4.874 1.630 2.145 2.175 3.701 4.685 4.327 1.544 2.480 1.971 2.437 2.547 2.747 2.581 1.383 0.928 0.464 0.458 1.034 0.588 1.483 0.166 0.645 0.544 1.189 0.383 0.361 0.416 0.883 0.511 0.347 0.186 0.370 0.302 0.432 1.673 2.838 0.521 0.269 0.840 1.363 0.707 1.269 0.537 0.460 0.383 1.014 2.000 0.160 0.242 0.196 0.292 0.560 0.904 0.668 0.378 0.199 0.355 0.201 764 chr12 124863518 124914598 + 0 NA intron (NM_001077261, intron 15 of 47) intron (NM_001077261, intron 15 of 47) -67270 NR_106940 102466204 NR_106940 ENSG00000275967 MIR6880 hsa-mir-6880 microRNA 6880 ncRNA 1.349 0.905 0.993 0.387 1.230 0.811 0.410 1.303 0.052 0.981 0.779 0.170 0.694 1.335 1.221 0.689 0.505 0.619 0.375 0.534 0.725 0.749 0.364 0.350 3.813 1.832 1.229 1.296 1.049 0.354 0.198 0.089 0.790 0.968 0.219 0.894 0.155 0.340 0.328 1.062 0.088 0.678 0.322 0.820 1.219 0.687 0.957 1.507 0.600 1.293 0.630 0.679 nan 0.228 0.842 0.903 0.888 1.454 1.205 2.192 1.605 1.765 0.702 0.829 0.767 0.922 1.272 2.667 0.818 0.506 2.371 2.367 0.674 0.828 0.339 1.025 0.057 0.633 0.581 0.430 1.925 0.272 0.230 2.366 2.587 0.912 0.805 0.253 0.195 0.420 2.356 1.266 0.622 1.304 0.981 1.427 0.489 0.619 0.493 0.481 0.897 1.430 0.707 1.372 0.293 0.525 1.178 0.207 0.355 0.628 2.050 0.642 1.126 0.612 349 chr10 1549549 1568225 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) -9938 NR_033387 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168|bA466B20.1 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.440 0.426 0.558 0.528 0.034 0.420 0.195 0.036 0.013 0.550 0.123 0.121 0.039 0.027 0.804 0.389 2.984 0.095 0.125 0.007 0.054 0.011 0.099 0.045 0.034 0.035 0.312 0.008 0.069 0.062 0.094 0.210 0.013 0.077 0.050 0.030 0.200 0.006 0.022 0.106 0.112 0.037 0.036 0.038 0.546 0.478 0.133 0.136 0.784 0.863 0.492 0.180 0.250 0.226 0.097 0.213 2.229 2.235 0.146 0.064 0.340 0.602 0.032 0.073 0.060 0.118 0.363 0.371 0.056 0.015 0.045 0.028 0.465 0.015 0.023 0.020 0.049 0.005 0.128 0.059 0.030 0.008 0.013 0.012 0.013 0.068 0.052 0.073 0.009 0.162 0.550 0.034 0.005 2.984 0.059 0.058 0.058 0.048 0.252 0.011 0.011 0.017 0.024 0.031 0.233 0.033 0.016 0.081 0.025 0.011 1743 chr20 44043778 44051182 + 0 NA intron (NR_047692, intron 2 of 10) intron (NR_047692, intron 2 of 10) 2773 NR_047695 51604 Hs.437388 NM_015937 ENSG00000124155 PIGT CGI-06|MCAHS3|NDAP|PNH2 phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class T protein-coding nan 4.863 1.847 4.193 1.925 4.013 2.156 1.126 0.168 0.745 0.862 0.109 0.614 0.996 0.836 1.592 0.834 4.638 0.778 1.250 0.452 0.869 0.328 1.294 1.762 0.957 0.992 4.451 1.125 0.780 1.008 0.119 1.454 1.404 0.349 2.049 0.493 1.651 0.954 1.242 0.259 1.987 1.605 2.628 1.148 0.931 6.227 11.353 1.615 2.306 1.943 2.178 nan 3.764 3.389 3.575 1.433 2.252 4.909 6.416 nan 1.416 7.326 9.752 1.933 1.428 0.992 1.572 1.709 1.087 0.285 1.036 0.580 0.588 0.997 0.406 0.544 0.680 0.684 0.507 0.839 0.450 2.170 1.390 0.751 0.337 0.474 0.159 0.326 0.525 0.891 0.884 0.844 0.868 0.745 1.961 2.803 4.638 0.954 0.996 0.496 1.618 2.412 1.696 0.680 1.272 0.509 0.215 7.211 0.466 1.597 0.405 0.420 0.256 2075 chr4 129473341 129498384 + 0 NA Intergenic LTR81C|LTR|Gypsy 136691 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 1.006 2.096 nan 0.806 1.386 0.635 0.295 0.488 0.170 0.342 1.174 0.109 0.257 0.401 2.144 0.379 0.194 0.443 0.381 0.972 0.252 0.685 0.783 0.516 1.220 0.436 0.607 0.971 0.452 0.218 0.065 0.081 0.347 0.698 0.149 0.559 0.895 2.561 0.167 0.609 0.048 0.263 0.115 0.219 0.295 0.208 0.233 0.126 0.513 0.746 0.953 1.020 0.391 0.139 0.165 0.128 0.512 0.756 1.111 1.470 1.038 0.774 0.402 0.439 0.779 0.856 0.554 1.019 0.812 0.568 0.494 1.072 0.201 1.643 0.279 0.475 0.032 0.961 0.597 0.212 1.123 0.137 0.137 0.361 0.298 0.162 0.674 0.027 0.044 3.400 1.918 0.336 2.699 0.759 0.342 0.312 0.899 0.443 0.234 0.263 0.050 0.104 0.449 1.118 0.172 0.575 0.503 0.037 0.149 0.217 0.183 1.043 0.915 0.683 1981 chr3 172253173 172265568 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -18073 NM_001190942 8743 Hs.478275 NM_003810 ENSG00000121858 TNFSF10 APO2L|Apo-2L|CD253|TL2|TNLG6A|TRAIL tumor necrosis factor superfamily member 10 protein-coding 0.972 1.147 0.723 0.276 1.674 0.703 0.393 0.261 0.249 0.138 4.732 0.728 0.275 0.316 1.862 0.125 0.154 0.126 0.132 0.171 0.180 0.376 0.256 0.165 1.734 0.361 4.178 0.242 0.567 0.157 0.035 0.070 0.797 0.107 0.177 0.470 0.538 1.076 1.076 0.641 0.674 1.010 4.136 0.275 1.950 0.159 0.431 0.312 0.625 1.398 0.365 0.331 0.583 0.242 0.214 0.289 0.478 0.721 1.024 0.791 0.517 0.376 0.161 0.321 0.095 0.168 0.251 0.359 0.540 0.554 0.081 0.834 1.288 0.973 0.089 0.043 0.022 1.252 0.640 2.035 0.101 0.054 0.057 0.483 0.209 0.120 0.167 0.069 0.107 0.189 0.223 0.381 0.140 2.096 0.138 0.231 0.253 0.126 0.326 2.224 0.275 0.024 0.345 0.170 0.582 0.423 0.194 0.055 0.099 0.073 0.846 0.033 0.029 2081 chr4 146855567 146862463 + 0 NA intron (NM_001306215, intron 1 of 14) CpG 1097 NM_001306215 152485 Hs.133916 NM_178835 ENSG00000151612 ZNF827 - zinc finger protein 827 protein-coding 4.494 2.099 3.438 3.435 5.253 2.365 1.257 4.997 0.529 2.262 1.922 0.212 0.911 2.576 2.251 2.754 1.099 4.388 0.770 4.108 1.239 5.088 1.712 2.078 4.148 2.530 2.383 7.731 2.719 4.729 4.567 0.119 7.036 2.021 0.706 2.578 0.658 3.677 1.982 1.325 1.009 3.933 3.767 1.511 2.413 1.057 2.963 5.330 3.923 4.405 5.730 5.090 5.162 1.395 3.274 3.148 2.502 3.557 4.779 5.658 6.636 8.283 2.784 6.852 3.905 2.355 5.100 6.056 2.188 0.987 1.193 3.837 2.627 6.079 1.147 3.286 4.878 1.841 2.715 1.517 2.860 1.147 3.196 4.983 2.718 1.311 2.207 3.225 2.763 4.647 2.857 3.198 2.669 1.576 2.262 2.397 0.226 4.388 1.263 2.183 0.794 3.015 3.078 2.247 2.066 2.197 1.933 5.088 2.653 3.174 2.229 1.207 2.054 1.492 1383 chr19 5621622 5628777 + 0 NA intron (NM_002967, intron 1 of 20) intron (NM_002967, intron 1 of 20) 2153 NM_001201338 6294 Hs.728802 NM_002967 ENSG00000160633 SAFB HAP|HET|SAB-B1|SAF-B|SAF-B1|SAFB1 scaffold attachment factor B protein-coding 3.388 2.213 3.233 3.326 2.091 4.181 2.520 2.026 0.840 2.970 1.698 0.113 0.560 2.694 1.979 1.490 0.871 4.540 2.452 1.504 0.835 2.766 1.069 1.707 4.532 3.986 2.412 6.896 0.675 5.360 2.663 0.130 4.695 0.840 1.068 4.002 0.671 2.877 2.966 2.712 0.664 3.770 6.143 2.519 1.958 0.903 3.312 3.380 4.527 6.352 5.537 5.889 3.409 1.614 9.067 9.152 3.982 4.875 5.730 nan 9.686 8.283 1.863 4.048 2.954 4.637 4.101 4.525 2.988 1.666 2.905 2.153 0.850 1.854 1.403 2.264 2.012 1.943 2.062 2.370 2.171 0.825 1.884 3.324 2.881 1.453 0.861 1.336 0.900 2.344 2.641 2.576 2.468 1.656 2.970 2.950 2.296 4.540 1.917 1.723 1.379 4.074 1.979 2.137 0.518 2.678 0.902 2.428 0.946 1.325 1.401 0.504 1.972 1.393 606 chr11 126918742 126952463 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1295 NR_120578 101929473 Hs.737523 NR_120578 ENSG00000255087 LOC101929473 - uncharacterized LOC101929473 ncRNA 0.563 1.691 0.872 0.440 0.047 1.198 0.604 0.042 0.005 1.043 0.033 0.014 0.034 0.034 0.343 0.181 0.430 0.225 0.132 0.007 0.042 0.009 0.101 0.041 0.064 0.040 0.851 0.018 0.076 0.029 0.107 0.203 0.024 0.045 0.047 0.092 0.130 0.184 0.042 0.029 0.135 0.107 0.086 0.083 0.090 0.665 0.497 0.167 0.248 0.671 0.794 4.154 0.986 0.117 0.130 0.219 0.285 1.378 1.173 0.543 0.455 0.723 0.826 1.592 1.711 0.200 nan 2.701 1.565 0.110 0.048 0.008 0.041 0.018 0.363 0.008 0.011 0.068 0.042 0.360 0.091 0.189 0.036 0.016 0.043 0.025 0.015 0.127 0.080 0.032 0.023 0.033 1.043 0.051 0.031 0.430 0.025 0.061 0.044 0.019 0.051 0.034 0.015 0.028 0.079 0.055 0.258 0.098 0.036 0.048 0.007 0.006 137 chr1 71871474 71884253 + 0 NA intron (NM_173808, intron 6 of 6) L2c|LINE|L2 330856 NR_046217 100852410 Hs.535534 NR_046217 ENSG00000229956 ZRANB2-AS2 - ZRANB2 antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan 0.776 0.873 0.411 0.062 0.469 0.188 0.067 0.014 0.118 0.113 0.176 0.029 0.058 0.015 0.294 0.193 0.299 0.188 0.075 0.019 0.037 0.017 0.067 0.034 0.081 0.045 0.344 0.008 0.067 0.060 0.110 0.119 0.030 0.093 0.006 0.049 0.117 0.025 0.007 0.074 0.197 0.039 0.105 0.057 0.523 0.321 0.226 0.206 0.551 nan 6.277 2.509 1.122 1.105 0.618 nan 0.993 0.927 0.422 0.155 0.186 0.263 0.184 0.214 0.350 0.623 0.679 0.452 0.088 0.028 0.035 0.077 0.105 0.011 0.017 0.017 0.042 0.052 0.006 0.072 0.010 0.006 0.006 0.006 0.036 0.040 0.013 0.028 0.031 0.010 0.118 0.073 0.029 0.299 0.039 0.039 0.004 0.016 0.011 0.007 0.013 0.043 0.009 0.031 0.058 0.068 0.009 0.008 1414 chr19 18459431 18505193 + 0 NA Intergenic Intergenic -14458 NM_004864 9518 Hs.616962 NM_004864 ENSG00000130513 GDF15 GDF-15|MIC-1|MIC1|NAG-1|PDF|PLAB|PTGFB growth differentiation factor 15 protein-coding 1.745 2.344 1.134 0.865 0.741 1.546 0.757 0.395 0.228 1.466 1.677 0.373 0.473 0.931 0.417 0.320 0.175 0.461 0.617 1.604 0.606 1.471 0.550 2.522 nan 4.303 3.344 1.951 0.440 0.430 0.258 0.094 1.097 0.260 0.258 2.532 0.631 0.903 0.571 0.845 0.817 1.417 4.003 0.556 2.313 0.383 0.281 0.319 0.605 2.562 0.609 0.675 3.487 0.937 0.412 0.430 0.459 0.922 2.684 2.626 0.950 0.602 0.363 0.348 1.620 2.748 0.577 1.091 1.513 0.834 0.867 0.868 0.767 0.865 0.582 0.261 0.245 1.283 0.769 0.610 1.670 0.325 0.044 1.024 1.237 0.631 0.748 0.065 0.084 0.703 2.795 1.743 4.082 0.856 1.466 1.230 0.706 0.461 1.313 1.170 0.177 2.534 1.056 0.467 1.122 1.530 1.038 0.164 0.068 0.257 0.346 0.419 0.628 0.587 2522 chr8 29256273 29263018 + 0 NA Intergenic Intergenic -51378 NM_001394 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 0.733 nan 0.066 0.129 0.329 0.238 0.182 0.494 0.196 0.090 0.168 0.079 0.084 0.116 0.088 0.191 0.112 0.030 0.295 0.138 0.585 0.072 0.128 0.661 0.022 0.048 0.016 0.156 0.164 0.018 0.402 0.042 0.047 0.117 0.083 0.054 0.086 0.144 0.058 0.170 0.358 0.398 0.269 0.606 nan 0.415 nan 0.129 0.129 0.155 0.091 0.279 0.261 0.210 0.510 0.214 0.094 0.137 0.110 0.221 0.386 0.613 nan nan 0.050 0.156 0.014 0.850 0.150 0.013 0.017 0.838 0.463 0.045 2.327 0.041 0.023 0.137 0.117 0.067 0.022 0.023 0.073 0.133 0.736 0.010 4.129 0.903 0.494 0.042 0.027 0.088 0.275 0.111 0.029 0.180 0.226 0.040 0.001 0.157 0.082 0.045 0.164 0.177 0.056 0.009 0.007 1855 chr22 41486488 41490418 + 0 NA promoter-TSS (NM_001429) promoter-TSS (NM_001429) -64 NR_031694 100302237 NR_031694 ENSG00000100393 MIR1281 MIRN1281|hsa-mir-1281 microRNA 1281 ncRNA 7.903 nan 4.839 4.529 10.305 6.246 4.049 6.620 3.194 7.105 5.000 0.307 1.160 5.189 7.402 2.027 0.758 8.875 3.869 5.732 1.449 10.656 2.837 4.650 14.305 11.956 13.003 10.043 2.234 4.349 8.974 0.206 9.023 1.502 2.034 7.315 1.618 6.769 5.780 2.211 1.615 7.749 8.892 5.371 8.929 2.862 8.691 7.244 9.833 15.178 7.372 7.108 7.695 3.562 13.231 13.026 5.073 nan 7.382 12.030 13.097 11.544 5.523 10.366 7.548 9.374 8.408 6.481 2.528 1.080 3.408 2.658 3.507 2.053 2.321 4.827 5.221 1.880 3.496 2.838 4.800 2.470 3.652 6.960 5.835 2.177 2.996 2.991 1.906 4.252 6.169 2.807 4.334 6.763 7.105 9.090 4.523 8.875 1.680 5.891 1.680 7.946 4.024 2.346 1.944 4.689 1.775 2.951 2.164 2.646 3.489 2.025 2.403 1.505 666 chr12 18293476 18306797 + 0 NA Intergenic Intergenic -57009 NM_024730 79785 Hs.732831 NM_024730 ENSG00000111404 RERGL - RERG like protein-coding 0.802 5.577 0.824 0.401 2.443 0.277 0.205 0.347 0.023 0.459 0.147 0.069 0.071 0.190 0.410 0.130 0.148 0.027 0.216 0.249 0.130 0.024 0.080 0.562 0.103 0.217 0.937 0.110 0.120 0.049 0.118 0.293 0.038 0.046 0.152 0.088 0.321 0.033 0.225 0.204 0.041 0.087 0.110 0.187 0.121 0.333 0.528 nan 0.560 0.715 0.263 0.222 0.252 0.569 0.749 0.410 0.434 0.405 0.126 0.101 0.211 0.308 0.339 0.420 0.900 0.423 0.310 0.197 0.038 0.045 0.451 0.023 0.046 0.399 0.005 0.016 0.005 0.089 0.051 0.246 0.076 0.023 0.018 0.051 0.029 0.064 0.163 0.076 0.072 0.198 0.100 0.459 0.128 0.042 0.027 0.202 0.025 0.078 0.023 0.061 0.022 0.077 0.069 0.082 0.037 0.092 0.023 0.049 0.017 0.019 432 chr10 131748576 131763732 + 0 NA intron (NM_001005463, intron 5 of 15) intron (NM_001005463, intron 5 of 15) 5937 NM_001005463 253738 Hs.591374 NM_001005463 ENSG00000108001 EBF3 COE3|EBF-3|O/E-2|OE-2 early B-cell factor 3 protein-coding 2.425 0.510 2.009 0.041 0.033 7.822 3.771 0.046 1.800 0.069 0.011 0.056 0.012 0.103 0.049 2.185 2.455 0.043 0.008 0.049 0.014 0.236 0.063 0.048 0.089 3.429 0.039 0.085 0.062 0.063 0.376 0.008 0.025 0.062 0.129 0.590 0.147 0.007 0.066 0.500 0.101 0.051 0.019 0.103 1.104 0.962 0.103 0.080 0.593 0.521 0.089 0.040 0.496 0.428 1.294 2.067 0.108 0.148 0.384 0.408 0.163 0.228 1.001 0.713 0.610 0.454 1.014 0.554 0.632 0.055 0.019 0.030 0.033 0.053 0.028 0.010 0.039 0.169 2.756 0.092 0.024 0.016 0.035 0.026 0.016 0.054 0.135 0.060 0.026 0.048 1.800 0.070 0.073 2.185 0.022 0.903 0.434 0.007 0.042 0.015 0.038 0.014 0.123 0.015 0.044 0.015 0.003 1074 chr16 67589168 67598866 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2293 NM_001191022 10664 Hs.368367 NM_006565 ENSG00000102974 CTCF MRD21 CCCTC-binding factor protein-coding nan nan 3.268 4.154 2.904 3.642 1.754 3.839 0.723 3.117 1.731 0.358 1.201 3.829 4.939 1.034 0.507 3.745 2.225 1.834 0.728 2.579 0.555 2.044 3.093 1.370 2.777 3.634 1.360 2.432 2.314 0.102 5.265 1.245 1.609 2.179 0.738 2.622 4.101 0.984 1.158 3.829 5.102 1.653 2.962 1.154 4.053 4.184 2.220 2.987 4.692 4.328 3.246 1.912 8.133 8.461 1.843 nan 3.770 5.984 5.009 5.759 1.930 3.701 2.639 2.413 4.315 3.773 2.141 1.124 1.608 1.883 1.784 1.773 1.994 2.376 2.108 1.880 2.539 2.476 2.975 0.765 1.794 5.604 4.184 2.025 0.916 1.086 0.725 1.720 3.555 2.808 2.062 3.895 3.117 4.422 2.499 3.745 1.225 1.678 1.091 3.119 1.557 1.314 2.328 1.877 1.516 1.515 0.839 1.274 1.656 1.041 1.462 1.113 860 chr14 50405929 50449248 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5529 NR_106724 102464828 NR_106724 ENSG00000278038 MIR6076 hsa-mir-6076 microRNA 6076 ncRNA nan nan 1.168 0.604 2.214 0.896 0.515 0.402 1.426 1.351 0.889 0.212 0.818 2.464 0.651 0.261 0.225 0.839 0.224 2.321 0.109 2.353 2.352 2.153 7.318 2.543 5.543 4.183 2.104 0.082 0.073 0.137 3.783 1.375 0.517 1.235 0.436 0.966 1.307 1.773 0.281 2.158 1.705 0.170 1.923 0.718 0.376 0.318 0.436 0.813 0.769 0.895 1.170 0.323 0.410 0.439 0.362 0.544 2.397 2.120 0.857 0.544 0.293 0.479 2.462 2.416 0.356 0.904 nan 1.416 2.804 2.269 0.962 1.283 0.203 1.855 0.049 3.967 2.628 0.138 0.165 0.826 0.084 0.538 0.131 0.123 2.083 0.048 0.047 1.377 1.978 0.395 0.412 2.026 1.351 2.622 1.729 0.839 0.889 1.027 0.104 0.360 0.296 1.926 0.971 0.840 0.231 0.032 0.397 0.263 1.017 3.902 1.161 0.904 2308 chr6 44267905 44302550 + 0 NA Intergenic MER58D|DNA|hAT-Charlie -4164 NM_020745 57505 Hs.158381 NM_020745 ENSG00000124608 AARS2 AARSL|COXPD8|LKENP|MT-ALARS|MTALARS alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding 1.403 1.121 1.387 0.333 0.216 0.475 0.231 0.167 0.117 0.503 0.231 0.099 0.071 0.245 0.121 0.186 0.160 0.376 0.211 0.261 0.053 0.160 0.079 0.221 0.495 0.186 0.326 0.707 0.101 0.164 0.251 0.106 0.274 0.078 0.119 0.327 0.080 0.257 0.298 0.091 0.088 0.288 0.509 0.245 0.205 0.114 0.705 0.642 0.481 0.663 0.686 0.813 1.247 0.560 0.643 0.691 0.423 0.649 0.751 nan 1.321 1.277 0.332 0.507 0.346 0.347 1.323 3.547 0.616 0.548 0.118 0.495 0.026 0.133 0.086 0.418 0.132 0.247 0.165 0.074 0.182 0.058 0.160 0.167 0.163 0.092 0.146 0.078 0.085 0.367 0.215 0.352 0.159 0.096 0.503 0.496 0.176 0.376 0.060 0.112 0.126 0.325 0.135 0.072 0.042 0.151 0.083 0.053 0.069 1.894 0.085 0.139 0.103 0.044 1567 chr2 68544954 68548262 + 0 NA 5' UTR (NM_001111101, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001111101, exon 1 of 3) 575 NM_001111101 25927 Hs.212885 NM_015463 ENSG00000119865 CNRIP1 C2orf32|CRIP1 cannabinoid receptor interacting protein 1 protein-coding 10.088 2.240 nan 1.981 0.022 2.306 1.684 5.384 0.075 9.262 3.883 0.344 0.290 0.562 0.226 3.181 1.854 3.006 0.457 0.242 0.786 0.112 0.151 0.854 0.998 0.127 6.656 0.044 0.220 0.163 0.113 0.072 2.730 0.045 4.699 0.023 0.253 0.066 0.147 0.427 0.109 2.130 0.549 1.148 0.909 0.194 0.770 10.636 8.312 13.596 4.859 0.235 0.302 7.736 9.422 8.440 16.355 17.646 21.003 2.751 2.483 2.241 1.997 11.375 11.558 4.439 3.514 2.682 0.042 1.688 3.337 1.379 1.468 1.375 0.901 2.566 0.423 1.621 4.190 0.054 0.095 0.046 0.094 0.073 3.075 0.861 4.037 0.492 9.262 0.476 0.057 3.006 0.111 0.025 1.240 1.671 5.703 2.644 0.330 0.024 1.173 0.782 2.656 0.345 0.018 0.017 0.015 1063 chr16 56963517 56975246 + 0 NA exon (NM_001010989, exon 3 of 8) exon (NM_001010989, exon 3 of 8) 3379 NM_001010989 9709 Hs.146393 NM_014685 ENSG00000051108 HERPUD1 HERP|Mif1|SUP homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1 protein-coding nan nan nan 6.489 1.242 5.651 3.003 2.946 0.290 3.222 1.673 0.137 0.275 1.187 1.364 1.447 0.512 4.253 4.482 1.219 0.380 1.208 0.368 1.208 2.013 1.170 1.336 4.415 0.596 4.347 1.401 0.119 3.244 0.544 0.791 0.528 0.455 1.620 1.212 2.167 0.847 1.686 3.570 0.996 0.968 0.481 2.817 3.701 1.228 1.705 8.439 6.114 4.591 1.994 6.627 6.586 1.228 nan nan nan nan 4.208 2.250 3.290 1.788 1.982 2.363 nan nan 1.525 4.062 0.938 0.596 1.156 1.450 4.692 1.581 1.087 1.021 0.788 1.559 0.218 2.721 1.453 1.654 1.010 0.722 0.997 0.886 0.966 1.760 1.432 1.497 1.666 3.222 2.069 1.399 4.253 0.707 1.065 0.538 1.303 1.626 0.439 0.774 0.784 0.588 1.176 0.886 0.956 0.604 0.411 0.687 0.333 1776 chr20 62273171 62291190 + 0 NA intron (NM_015894, intron 1 of 4) intron (NM_015894, intron 1 of 4) 1939 NM_001276310 50861 Hs.639609 NM_015894 ENSG00000197457 STMN3 SCLIP stathmin 3 protein-coding 2.942 2.699 2.115 2.502 1.102 2.256 1.105 2.598 0.145 2.169 0.447 0.251 0.295 0.891 1.778 1.340 0.661 2.971 1.984 0.563 0.302 1.263 0.358 0.899 3.870 2.288 1.494 5.550 0.423 0.368 1.730 0.127 2.406 1.088 0.528 1.662 0.349 0.878 0.537 0.733 0.506 1.513 1.367 1.135 1.086 0.432 3.812 nan 0.994 1.256 4.668 4.443 5.367 1.951 2.457 2.598 2.012 3.167 2.771 3.750 2.880 3.031 1.958 3.195 1.125 0.925 2.080 2.340 2.457 1.413 2.686 0.850 0.377 0.363 0.862 2.889 0.522 0.601 0.481 0.602 0.421 0.381 1.443 1.618 0.841 0.441 0.343 0.316 0.202 0.922 0.909 2.563 0.593 0.436 2.169 0.516 1.260 2.971 0.374 0.610 0.971 3.391 2.978 0.363 0.443 0.750 0.466 0.216 1.093 0.897 1.146 0.171 0.810 0.718 2565 chr8 77577389 77622684 + 0 NA intron (NM_024721, intron 1 of 10) intron (NM_024721, intron 1 of 10) -4526 NR_024360 100192378 Hs.596420 NR_024360 ENSG00000253661 ZFHX4-AS1 - ZFHX4 antisense RNA 1 ncRNA 1.269 0.657 0.976 0.276 0.331 0.322 0.198 0.102 1.549 1.059 1.959 0.234 0.495 1.401 0.120 0.352 0.208 0.064 0.360 0.224 1.039 0.166 0.246 0.097 2.184 0.950 0.145 0.311 0.097 0.221 3.839 0.120 0.724 0.135 0.054 0.307 0.052 0.221 0.104 0.707 0.160 0.125 0.205 0.245 0.053 0.126 1.172 0.945 4.511 4.778 1.764 1.706 0.605 0.187 5.730 5.817 1.033 1.343 0.377 0.437 1.122 0.819 0.609 1.718 3.709 3.529 0.365 0.711 1.033 0.660 0.169 0.171 0.027 1.013 0.042 1.604 1.126 0.172 0.083 0.321 0.146 0.901 0.032 0.177 0.025 0.029 0.112 0.180 0.325 0.298 0.196 1.390 0.063 0.042 1.059 1.003 0.029 0.064 0.052 0.086 0.011 0.170 0.549 0.072 0.013 0.166 2.197 0.165 0.420 0.131 0.018 0.048 0.018 0.011 2158 chr5 71159847 71189040 + 0 NA Intergenic L1MA5A|LINE|L1 159453 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 1.100 nan 1.394 0.096 0.143 1.253 0.510 0.109 0.034 0.406 0.223 0.121 0.110 0.171 0.066 0.101 0.115 0.082 0.232 0.157 0.078 0.121 0.210 0.135 0.648 0.179 0.106 0.796 0.160 0.048 0.067 0.121 0.123 0.044 0.070 0.218 0.062 0.069 0.134 0.128 0.038 0.143 0.234 0.127 0.152 0.203 0.191 0.188 0.229 0.268 0.275 0.334 nan 0.745 0.127 0.136 0.591 nan 0.570 0.579 1.109 0.732 0.114 0.250 3.698 4.439 0.818 2.662 0.902 0.560 0.136 0.417 0.052 0.114 0.052 0.762 0.005 0.458 0.152 0.061 0.096 1.005 0.094 0.069 0.064 0.048 0.074 0.048 0.029 0.079 0.363 0.076 0.360 0.414 0.406 0.132 0.423 0.082 0.105 0.213 0.129 0.068 0.133 0.105 0.012 0.133 0.170 0.039 0.170 1.538 0.031 0.059 0.036 0.017 2576 chr8 93063521 93084477 + 0 NA intron (NM_001198633, intron 1 of 10) intron (NM_001198633, intron 1 of 10) 1192 NM_004349 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 0.955 3.387 0.330 0.065 0.364 0.153 0.039 0.898 1.699 0.122 0.086 0.036 0.150 0.099 0.846 0.535 0.296 0.018 0.104 0.050 0.035 0.372 0.108 1.264 0.695 0.298 0.143 0.018 0.092 0.178 0.062 0.055 0.062 0.008 0.099 0.089 0.052 0.019 0.110 0.203 0.076 0.073 0.117 0.309 0.156 0.218 nan 1.363 1.333 1.154 0.400 0.188 0.198 1.046 1.328 1.316 1.334 3.346 3.028 0.179 0.235 0.451 0.304 1.012 2.808 0.420 0.369 0.218 0.037 0.009 0.079 0.187 0.190 0.112 0.003 0.003 0.031 0.034 0.154 0.501 0.070 0.011 0.019 0.070 0.018 0.102 0.145 0.019 0.061 0.041 0.041 0.898 0.051 0.022 0.846 0.023 0.048 0.237 0.017 0.276 0.151 0.020 0.053 0.037 0.044 0.061 1.409 0.011 0.172 0.016 0.015 2415 chr7 15714413 15732830 + 0 NA intron (NM_005924, intron 1 of 2) intron (NM_005924, intron 1 of 2) 2687 NM_005924 4223 Hs.170355 NM_005924 ENSG00000106511 MEOX2 GAX|MOX2 mesenchyme homeobox 2 protein-coding nan 0.996 nan 0.235 2.120 0.255 0.122 0.064 0.007 3.766 0.214 0.088 0.010 0.046 0.017 1.229 0.734 0.176 0.236 0.287 0.054 0.107 0.011 0.193 0.099 0.123 0.128 0.393 0.016 0.139 0.082 0.182 0.113 0.020 0.045 0.095 0.009 0.075 0.197 0.036 0.013 0.144 0.077 0.114 0.117 0.080 nan 0.229 0.140 0.203 0.468 0.519 0.229 0.147 0.626 0.659 0.535 0.732 0.444 0.491 8.172 9.317 0.085 0.131 0.104 0.101 0.141 0.413 3.843 2.159 0.033 0.019 0.021 0.020 0.048 0.039 4.573 0.004 0.019 0.008 0.067 0.021 0.061 0.065 0.013 0.013 0.029 0.123 0.129 0.082 0.057 0.054 0.021 0.032 3.766 0.027 0.015 0.176 0.020 0.045 0.027 0.072 0.076 0.018 0.002 0.022 0.085 0.069 0.043 0.047 0.033 0.041 0.009 0.022 2362 chr6 130063663 130074519 + 0 NA Intergenic Intergenic -37721 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.820 1.391 0.764 0.862 0.405 0.195 0.030 0.848 0.860 3.881 0.281 0.771 1.301 0.208 0.202 0.191 0.044 2.006 0.637 0.319 1.185 0.319 0.290 9.725 7.278 2.227 0.624 1.078 0.190 0.077 0.133 1.532 1.074 0.165 2.930 0.117 0.254 0.334 1.572 0.102 1.070 0.124 0.666 0.203 0.835 0.319 0.418 0.228 0.462 0.187 0.282 nan 0.597 0.595 0.525 0.638 0.801 1.672 1.392 1.197 0.526 0.173 0.268 0.187 0.470 0.354 nan 1.027 0.520 0.026 1.971 0.422 3.927 0.014 0.336 0.013 1.811 1.065 0.034 0.194 0.044 0.130 0.560 0.144 0.165 1.001 0.042 0.066 0.728 0.142 0.655 0.152 0.232 0.860 0.446 0.878 0.044 0.212 0.038 0.035 0.140 0.980 0.774 0.722 1.130 0.831 0.085 0.053 0.171 1.551 0.469 0.101 0.019 708 chr12 57463291 57495413 + 0 NA Intergenic Intergenic -3325 NM_005967 4665 Hs.159223 NM_005967 ENSG00000166886 NAB2 MADER NGFI-A binding protein 2 protein-coding nan 1.352 1.005 0.616 1.703 1.126 0.675 1.683 2.203 1.267 1.315 0.281 0.402 1.149 1.433 0.343 0.299 0.665 0.350 0.672 0.466 1.692 0.931 0.758 2.664 1.283 1.405 2.056 0.655 0.383 2.561 0.128 2.478 0.638 0.965 0.921 0.149 0.667 1.616 1.125 0.467 2.414 4.228 0.968 0.795 0.655 nan 1.730 2.045 2.819 1.878 nan 1.250 0.581 1.268 1.381 0.816 nan 1.317 nan 1.719 1.785 0.764 1.364 0.643 0.873 1.518 2.040 1.005 0.639 0.567 0.820 0.594 0.458 0.272 0.793 2.265 0.881 1.092 1.767 1.530 0.159 0.467 1.860 1.102 0.530 0.815 0.496 0.342 1.977 2.049 2.250 0.894 1.356 1.267 1.528 1.462 0.665 0.576 0.887 0.501 3.631 0.534 0.827 0.570 1.038 0.669 0.337 0.775 0.639 0.713 0.702 0.918 0.546 2583 chr8 99994045 100013142 + 0 NA Intergenic Intergenic -21901 NM_017890 157680 Hs.191540 NM_015243 ENSG00000132549 VPS13B CHS1|COH1 vacuolar protein sorting 13 homolog B protein-coding nan nan nan 0.196 0.414 0.339 0.156 0.119 3.144 0.120 0.535 0.166 0.030 0.134 0.046 0.074 0.081 0.213 0.153 0.156 0.019 0.178 0.100 0.056 0.311 0.206 0.410 0.556 0.062 0.118 0.222 0.096 0.388 0.024 0.108 0.227 0.053 0.204 0.346 0.034 0.084 0.191 0.397 0.073 0.666 0.197 0.284 0.225 0.219 nan 0.452 0.639 nan 0.147 0.397 0.370 0.347 nan 0.719 nan nan 0.249 0.255 0.417 0.080 0.113 0.346 nan 0.507 0.403 0.026 0.052 0.301 0.078 0.072 0.151 0.022 0.015 0.011 0.073 0.050 0.015 0.055 0.048 0.022 0.028 0.016 0.078 0.131 0.140 0.090 0.093 0.066 0.254 0.120 0.079 0.077 0.213 0.083 0.508 0.045 0.033 0.032 0.043 0.022 0.073 0.076 0.096 0.085 0.219 0.012 0.781 0.081 0.021 2589 chr8 103724116 103772327 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -80091 NM_005655 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 1.624 nan nan 0.495 0.220 0.601 0.330 1.359 0.015 0.306 0.744 0.194 0.621 0.975 0.105 0.121 0.079 0.258 0.240 0.222 0.185 0.379 0.751 0.185 1.839 0.354 0.437 0.938 1.058 0.146 0.090 0.068 0.774 0.370 0.601 0.866 0.937 1.589 0.947 0.559 0.685 1.169 0.689 0.588 0.501 0.169 0.353 0.381 0.248 0.383 0.840 0.960 nan 0.454 0.612 0.648 0.519 nan 2.553 nan nan 0.669 0.361 0.424 0.287 0.382 0.609 nan 1.569 0.891 0.460 2.116 0.351 1.014 0.133 0.186 0.035 1.004 0.607 0.112 0.732 0.058 0.155 0.206 0.192 0.141 0.891 0.042 0.099 0.864 1.059 0.568 0.110 1.055 0.306 0.746 0.210 0.258 0.284 0.386 0.161 0.402 2.103 0.381 0.269 0.483 0.321 0.096 0.091 0.402 0.427 0.100 0.033 0.023 1601 chr2 121667658 121674749 + 0 NA intron (NM_005270, intron 1 of 12) intron (NM_005270, intron 1 of 12) 116336 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.000 nan nan 0.050 2.919 0.231 0.148 3.114 0.392 1.399 0.138 0.187 0.059 0.882 0.022 0.080 0.034 0.060 0.179 1.013 1.951 1.982 0.311 0.963 0.195 0.251 0.406 0.020 0.166 0.031 0.046 0.757 1.641 2.463 2.336 0.939 1.545 0.380 2.603 0.312 0.467 0.771 1.479 0.162 0.438 0.510 0.638 0.277 0.395 0.324 0.310 0.150 0.058 0.538 0.613 0.375 0.585 0.536 0.610 0.291 0.251 0.242 0.301 0.040 0.064 0.321 0.363 0.296 0.385 0.089 3.125 0.136 0.924 0.121 0.060 4.784 4.988 0.498 3.489 0.014 0.034 5.525 2.048 1.178 0.943 0.065 0.035 9.294 5.983 0.179 0.401 2.116 0.392 0.081 0.433 0.034 1.333 0.236 0.180 0.566 4.356 0.644 0.599 1.615 0.082 0.070 0.041 0.431 0.248 5.691 3.694 710 chr12 57908046 57918683 + 0 NA promoter-TSS (NR_030346) promoter-TSS (NR_030346) -322 NR_030346 693201 NR_030346 ENSG00000208028 MIR616 MIRN616|hsa-mir-616 microRNA 616 ncRNA nan 3.331 2.437 3.446 3.363 4.843 2.759 3.164 2.309 3.300 3.931 0.603 0.874 2.647 2.439 2.273 1.139 3.053 2.820 1.847 1.316 2.350 1.544 2.102 8.446 5.949 3.530 10.201 1.223 3.217 3.780 0.157 5.527 1.597 1.697 2.617 0.308 1.808 1.862 1.622 1.174 3.908 6.292 2.009 1.929 1.524 nan 6.219 4.124 6.907 5.807 nan 5.185 3.617 11.649 11.698 2.585 nan 8.199 nan 4.583 4.942 4.153 6.129 4.396 6.277 4.233 7.537 3.126 1.336 1.457 2.186 1.152 7.671 1.697 6.562 7.029 1.763 1.930 2.447 3.726 1.176 2.632 2.495 3.123 1.715 1.210 1.647 1.552 7.342 3.384 5.118 3.585 2.448 3.300 3.386 3.700 3.053 1.463 1.650 1.376 4.736 2.065 1.996 1.163 3.146 2.334 1.462 3.045 2.298 1.478 1.212 4.151 2.871 1656 chr2 208113759 208131765 + 0 NA Intergenic Intergenic -3722 NR_110283 101927865 Hs.574609 NR_110283 LOC101927865 - uncharacterized LOC101927865 ncRNA 1.407 nan 2.288 0.291 0.004 1.961 0.968 0.446 0.038 0.522 0.720 0.151 0.800 1.400 0.728 0.156 0.137 0.385 1.851 0.604 0.520 1.097 0.623 0.181 3.667 1.672 2.166 3.677 1.421 0.209 0.180 0.075 0.190 0.612 0.072 1.028 1.662 6.425 0.529 0.842 0.155 0.354 0.647 0.752 0.175 0.369 2.012 2.398 0.540 0.829 0.251 0.289 0.502 0.187 1.425 1.521 5.656 5.964 0.452 0.430 1.098 1.307 0.639 1.018 3.009 3.738 1.160 3.447 0.357 0.272 1.778 1.772 0.318 0.370 0.045 0.924 0.008 2.129 1.325 0.046 0.174 1.182 0.141 1.859 0.695 0.460 0.990 0.070 0.118 2.588 0.194 0.514 0.202 0.409 0.522 0.934 0.942 0.385 0.108 0.988 0.460 0.359 0.330 1.087 0.043 0.829 1.384 0.082 0.736 0.768 1.625 0.126 0.096 0.034 323 chr1 232054824 232078591 + 0 NA intron (NR_126441, intron 1 of 3) intron (NR_126441, intron 1 of 3) 5127 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.426 1.149 2.514 1.983 0.082 0.892 0.382 0.169 0.003 0.716 0.272 0.197 0.035 0.120 0.040 0.738 0.259 1.143 0.730 0.217 0.016 0.074 0.030 0.084 0.181 0.095 0.139 1.318 0.043 0.246 0.036 0.100 0.362 0.035 0.045 0.136 0.064 0.128 0.489 0.053 0.765 0.414 0.748 0.091 0.130 0.175 0.377 0.512 0.780 2.716 0.890 0.883 nan 3.890 0.259 0.222 0.705 1.091 nan 2.537 0.619 0.374 0.152 0.200 0.642 0.538 0.548 1.154 nan 0.918 1.363 0.096 0.020 0.823 0.075 0.162 0.017 0.038 0.039 0.019 0.111 0.040 1.497 0.132 0.033 0.029 0.080 0.059 0.082 0.152 0.091 0.030 0.070 0.131 0.716 0.042 0.043 1.143 0.197 0.053 0.294 0.044 2.630 0.033 0.007 0.030 0.051 0.102 0.083 0.159 0.053 0.067 0.027 0.011 856 chr14 38008954 38039965 + 0 NA Intergenic SVA_D|Other|Other 39866 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 1.170 4.065 1.081 0.176 0.260 0.188 0.105 0.150 1.084 0.115 0.117 0.181 0.043 0.189 0.029 0.161 0.093 0.116 0.167 2.320 0.004 0.134 0.085 0.184 5.924 2.780 4.328 0.611 0.198 0.055 0.147 0.124 0.528 0.064 0.081 1.464 0.005 0.090 0.210 0.084 0.049 2.484 0.263 0.063 0.652 0.247 0.206 0.145 0.221 0.376 0.319 0.400 0.751 0.248 0.199 0.241 0.773 1.025 0.413 0.476 0.732 0.319 0.135 0.241 1.322 1.432 0.238 0.453 0.585 0.551 0.047 0.132 0.019 0.298 0.084 0.442 0.071 0.248 0.095 0.012 1.272 0.321 0.103 0.041 0.024 0.015 0.173 0.020 0.050 0.078 0.291 0.037 0.516 1.187 0.115 0.231 0.152 0.116 0.213 1.133 0.015 0.039 0.175 0.033 0.164 0.202 0.058 0.029 0.054 0.121 0.032 0.080 0.009 0.008 2142 chr5 56777384 56802032 + 0 NA Intergenic Intergenic -11072 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.700 0.036 1.102 0.467 0.292 0.319 0.216 0.254 0.850 0.058 0.469 0.522 0.062 0.108 0.093 0.015 0.211 0.259 0.271 1.567 2.198 0.348 1.361 0.310 1.382 1.481 1.131 0.087 1.002 0.135 0.491 1.020 0.382 0.996 0.563 1.085 0.269 1.724 0.150 0.653 0.330 0.460 0.700 0.865 0.191 0.192 2.558 7.048 0.148 0.178 nan 0.077 0.152 0.136 1.144 1.343 0.258 0.220 nan 0.218 0.077 0.083 0.122 0.168 0.256 0.551 0.534 0.461 0.533 3.221 0.379 2.856 0.073 0.091 1.863 1.176 0.053 0.122 0.031 0.087 0.295 0.293 0.152 0.704 0.270 0.468 0.934 0.235 0.609 0.113 0.265 0.254 0.570 1.441 0.015 0.447 0.087 0.067 0.325 0.041 0.817 1.088 0.743 0.813 0.056 0.020 0.095 0.652 0.425 1.000 1.221 1834 chr22 29187002 29225782 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu -9832 NM_005080 7494 Hs.437638 NM_005080 ENSG00000100219 XBP1 TREB-5|TREB5|XBP-1|XBP2 X-box binding protein 1 protein-coding nan 1.627 1.409 0.961 0.957 3.614 1.881 0.682 0.722 0.610 0.846 0.191 0.260 1.037 0.744 0.717 0.352 1.657 0.791 2.280 0.153 0.654 0.299 0.724 nan 2.419 1.696 1.574 0.260 0.811 0.660 0.099 1.242 0.152 0.344 0.739 0.133 0.778 1.176 0.473 0.245 0.722 1.906 0.571 1.549 0.530 0.768 0.982 0.900 nan 1.154 0.952 3.043 1.286 3.833 3.966 1.314 nan 3.954 4.299 0.998 0.957 0.833 1.275 2.240 2.865 1.471 nan 3.226 1.512 1.026 0.518 0.264 0.967 1.941 0.743 0.243 0.518 0.510 0.230 0.450 0.414 0.694 0.664 0.504 0.256 0.216 0.386 0.360 0.465 1.683 0.599 2.942 4.376 0.610 1.625 0.530 1.657 0.789 1.761 0.210 0.737 1.708 0.203 0.091 0.735 0.215 0.369 0.303 0.385 0.263 0.161 0.155 0.086 1664 chr2 216916371 216947854 + 0 NA intron (NM_018441, intron 1 of 7) L1MEc|LINE|L1 14427 NM_018441 55825 Hs.281680 NM_018441 ENSG00000115425 PECR DCRRP|HPDHASE|HSA250303|PVIARL|SDR29C1|TERP peroxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase protein-coding nan 1.073 nan 0.381 0.790 0.500 0.254 0.354 0.029 0.307 0.128 0.107 0.078 0.303 5.845 0.301 0.198 0.624 0.271 0.428 0.016 0.309 0.291 0.630 0.474 0.243 0.480 1.443 0.103 0.289 0.341 0.140 0.443 0.120 0.270 0.180 0.073 0.147 0.275 0.616 0.059 0.386 0.480 0.087 0.333 0.237 0.905 1.085 0.503 0.725 0.961 0.858 1.066 0.391 0.466 0.482 0.849 1.219 1.046 nan 0.681 0.706 0.370 0.737 0.325 0.263 0.809 1.436 0.565 0.371 0.308 0.284 0.097 0.159 0.085 0.399 0.101 0.403 0.208 0.140 0.180 0.049 0.272 0.135 0.114 0.092 0.511 0.105 0.114 0.143 1.251 0.353 0.732 0.148 0.307 0.107 0.217 0.624 0.100 0.058 0.172 0.239 0.237 0.069 0.005 0.057 0.039 0.084 0.230 0.365 0.125 0.303 0.203 0.089 112 chr1 54035730 54040224 + 0 NA intron (NM_147193, intron 3 of 9) MIRb|SINE|MIR 112905 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.276 1.003 1.920 0.272 0.080 0.336 0.178 0.050 0.014 1.590 0.376 0.071 0.126 0.306 0.022 0.081 0.130 0.134 0.413 0.156 0.083 0.061 0.196 nan 0.108 0.352 2.817 0.130 0.024 0.049 0.134 0.249 0.027 0.102 0.309 0.155 0.427 1.473 0.049 0.053 0.437 0.454 0.261 0.493 0.050 0.831 1.360 10.801 12.692 1.208 1.124 0.781 0.341 0.879 0.774 3.659 3.678 1.812 2.187 1.446 1.229 1.115 2.109 0.381 0.177 0.374 nan 0.385 0.454 0.719 0.250 0.466 0.219 0.045 0.546 0.138 0.080 0.082 0.060 0.086 0.158 0.122 0.054 0.035 0.006 0.132 0.200 0.077 0.051 0.175 0.431 1.590 0.602 0.041 0.134 0.136 0.351 0.808 0.116 0.127 0.003 0.019 0.171 0.124 1.517 0.136 0.016 0.042 0.022 545 chr11 65773379 65790753 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 2604 NM_001323 1474 Hs.139389 NM_001323 ENSG00000175315 CST6 - cystatin E/M protein-coding nan 0.706 0.675 0.168 4.633 0.296 0.249 2.470 0.918 0.206 0.436 0.147 0.743 1.814 0.174 0.108 0.058 0.230 0.435 0.494 0.663 0.784 1.847 0.177 3.843 1.902 1.214 0.621 1.179 0.164 0.144 0.104 0.279 1.422 0.635 2.346 1.243 2.202 0.327 4.291 0.186 0.378 0.213 0.232 1.648 0.534 0.550 0.609 0.488 0.552 0.994 1.056 1.104 0.340 0.374 0.484 0.632 1.038 0.436 0.588 0.501 0.294 0.625 0.502 0.159 0.180 0.257 0.665 0.649 0.511 0.096 3.928 0.898 0.541 0.155 0.215 0.056 1.960 1.754 0.376 0.117 0.033 0.090 5.894 5.304 2.394 1.107 0.091 0.063 4.453 0.423 1.566 0.068 0.787 0.206 1.802 2.655 0.230 0.317 0.684 0.179 0.422 0.265 3.356 1.055 0.766 1.514 0.014 0.068 0.007 1.270 1.405 1.203 0.847 191 chr1 153929412 153942068 + 0 NA promoter-TSS (NR_106795) promoter-TSS (NR_106795) 104 NM_001271957 27173 Hs.7854 NM_014437 ENSG00000143570 SLC39A1 ZIP1|ZIRTL solute carrier family 39 member 1 protein-coding nan nan 6.312 3.574 3.097 2.996 1.599 3.930 3.373 3.755 2.492 0.437 2.194 5.343 4.218 2.553 1.374 3.187 3.265 3.590 1.047 3.415 2.500 1.362 31.030 24.942 4.313 14.009 2.669 2.325 4.713 0.158 5.087 3.164 1.675 2.367 0.953 3.793 3.397 4.197 0.896 4.663 5.815 4.098 4.029 2.255 5.072 5.176 6.390 9.996 7.865 nan 5.111 1.950 5.759 6.233 4.331 5.428 5.762 8.921 4.179 3.755 5.637 9.587 3.933 4.826 4.538 6.359 3.091 1.252 3.016 3.228 1.787 2.113 2.651 5.984 1.766 2.980 3.218 2.204 4.495 1.093 2.314 7.266 4.828 2.099 2.488 1.689 1.424 1.960 3.369 3.457 11.241 11.042 3.755 5.887 4.205 3.187 2.729 7.136 1.073 11.478 3.841 2.486 0.841 4.300 1.656 1.356 4.269 1.830 2.293 1.903 2.011 1.126 2733 chr9 139079370 139100723 + 0 NA intron (NM_178138, intron 5 of 5) intron (NM_178138, intron 5 of 5) 4973 NM_014564 8022 Hs.148427 NM_014564 ENSG00000107187 LHX3 CPHD3|LIM3|M2-LHX3 LIM homeobox 3 protein-coding nan 0.737 0.746 0.252 0.020 0.464 0.229 0.091 0.003 0.642 0.087 0.075 0.009 0.096 0.102 0.054 0.185 1.164 0.081 0.017 0.065 0.286 0.782 0.216 0.065 0.767 0.014 0.090 0.139 0.053 0.212 0.046 0.056 0.066 0.120 0.239 0.010 0.060 0.253 0.082 0.045 0.092 0.049 0.237 0.290 0.137 0.137 0.555 0.675 nan 0.258 0.051 0.069 0.085 0.225 0.365 0.427 0.940 0.846 0.364 0.309 0.434 0.470 0.733 1.279 0.276 0.253 0.559 0.063 0.026 0.098 0.005 0.264 0.078 0.068 0.049 0.072 0.071 0.099 6.768 0.171 0.051 0.011 0.057 0.080 0.029 0.117 0.108 0.083 0.037 0.053 0.642 0.112 0.022 0.185 0.046 0.063 0.317 0.348 0.033 0.024 0.008 0.073 0.028 0.016 0.065 0.075 0.021 0.040 0.016 0.004 2467 chr7 100484973 100495481 + 0 NA exon (NM_015831, exon 3 of 5) exon (NM_015831, exon 3 of 5) -2888 NM_001015072 402682 Hs.534845 NM_001015072 ENSG00000176125 UFSP1 UFSP UFM1 specific peptidase 1 (inactive) protein-coding nan 1.289 1.571 1.530 1.229 1.146 0.396 1.455 1.013 0.990 0.643 0.137 0.543 1.604 1.842 0.536 0.425 1.012 0.916 3.625 0.483 4.789 0.703 2.469 3.815 2.598 4.712 1.962 0.793 0.855 1.794 0.126 2.290 1.011 0.650 0.760 1.175 3.580 2.460 0.893 1.528 4.535 4.392 2.213 1.455 1.118 2.059 1.853 1.202 1.816 1.510 1.473 2.976 1.063 1.726 1.821 0.739 1.248 2.032 2.850 1.927 1.773 1.495 2.007 1.491 1.371 1.339 nan 1.511 0.885 1.632 2.020 0.919 1.117 0.476 0.517 0.410 0.533 0.638 1.078 2.117 0.218 0.341 2.625 0.607 0.504 2.009 0.987 0.700 1.327 1.982 4.618 1.316 1.361 0.990 1.483 1.745 1.012 1.747 2.027 0.803 5.787 0.966 0.676 2.368 2.320 0.371 0.305 0.564 0.282 0.652 0.616 1.024 0.712 187 chr1 152158317 152165202 + 0 NA Intergenic CpG -30055 NM_001122965 126638 Hs.376144 NM_152364 ENSG00000215853 RPTN - repetin protein-coding nan nan 3.289 0.061 0.286 0.319 0.116 0.218 0.162 0.093 0.554 0.162 0.194 0.558 0.785 0.272 0.085 0.035 0.362 0.293 1.641 0.108 0.246 0.075 9.519 8.706 1.010 0.591 0.052 0.093 0.344 0.070 0.231 0.687 0.165 0.081 0.843 2.552 0.232 0.561 0.168 0.286 0.504 0.477 0.098 0.259 0.304 0.148 0.230 0.305 0.192 nan 0.212 0.090 0.127 0.118 1.754 2.165 0.200 0.240 2.704 2.865 0.298 0.382 0.054 0.140 0.302 0.810 0.259 0.406 0.016 0.619 0.070 0.657 0.043 0.117 0.377 0.113 0.032 0.224 0.012 1.043 0.053 0.045 0.089 0.124 0.191 0.496 0.733 0.101 1.698 0.627 0.093 0.102 0.511 0.035 0.178 0.374 0.268 2.779 0.739 0.891 0.018 1.102 2.762 0.157 0.088 0.036 0.225 0.027 0.276 0.272 588 chr11 111284943 111319737 + 0 NA Intergenic Intergenic -13429 NR_046085 100132078 Hs.672662 NR_046085 ENSG00000255428 LOC100132078 - uncharacterized LOC100132078 ncRNA 1.283 1.933 1.070 0.666 0.058 3.202 1.722 0.081 0.159 1.446 0.197 0.076 0.125 0.095 0.038 1.004 0.668 6.982 0.287 0.635 0.032 0.160 0.091 0.153 2.144 0.188 0.140 5.606 0.148 1.088 0.059 0.106 0.217 0.041 0.067 0.118 0.039 0.073 0.270 0.160 0.118 0.368 0.273 0.089 0.233 0.147 3.039 nan 3.145 5.923 7.793 9.732 4.140 1.035 0.793 0.750 1.711 nan 3.825 2.532 1.256 0.960 1.482 3.020 2.302 2.330 0.270 0.674 1.187 0.852 5.620 0.185 0.030 0.116 0.458 0.213 0.020 0.350 0.108 0.085 0.052 1.037 1.266 0.265 0.066 0.046 0.123 0.713 0.716 0.263 0.179 0.064 0.084 0.098 1.446 0.178 0.066 6.982 0.098 0.207 0.816 0.069 1.462 0.033 0.005 0.063 0.067 1.799 2.172 0.191 0.044 0.046 0.025 0.009 1684 chr2 235400992 235423479 + 0 NA Intergenic Intergenic -6538 NM_001282431 10123 Hs.111554 NM_005737 ENSG00000188042 ARL4C ARL7|LAK ADP ribosylation factor like GTPase 4C protein-coding 2.439 nan 2.245 0.861 0.898 1.520 0.809 0.386 0.130 2.489 0.156 0.072 0.506 0.712 0.101 0.802 0.581 1.658 0.340 0.173 0.138 0.184 0.174 1.003 0.954 0.244 0.757 5.398 1.277 1.534 0.120 0.124 1.633 1.186 1.383 1.278 0.190 0.386 0.392 0.141 0.510 1.187 1.145 0.687 1.542 0.718 0.368 0.271 0.828 1.359 2.783 1.827 3.392 1.076 0.552 0.616 0.859 1.187 1.633 nan 1.179 1.534 0.376 0.536 1.592 1.664 1.165 2.620 1.330 0.749 1.510 1.323 0.280 0.617 0.338 1.026 0.037 0.967 0.696 0.356 0.196 0.574 0.551 0.455 0.260 0.219 0.290 0.755 0.662 1.633 1.219 1.171 0.605 0.121 2.489 0.638 1.231 1.658 0.087 0.297 0.323 1.048 1.223 0.277 0.597 0.843 0.278 1.303 0.101 0.403 0.938 0.215 1.332 1.413 756 chr12 120515057 120525886 + 0 NA intron (NM_207311, intron 7 of 8) AluJb|SINE|Alu 34172 NM_001167606 11021 Hs.524788 NM_006861 ENSG00000111737 RAB35 H-ray|RAB1C|RAY RAB35, member RAS oncogene family protein-coding 1.001 0.807 0.966 0.405 0.431 0.683 0.324 0.460 0.252 0.412 0.278 0.106 0.369 0.226 0.786 0.304 0.295 0.608 0.208 0.351 0.240 0.319 0.152 0.303 0.567 0.192 0.261 1.006 0.178 0.346 0.631 0.118 0.772 0.116 0.331 0.400 0.139 0.291 0.650 0.290 0.164 0.584 1.217 0.273 1.393 0.220 1.127 1.139 0.947 1.356 1.112 1.176 nan 0.486 1.406 1.262 0.723 1.149 1.873 2.723 0.605 0.415 0.630 0.926 0.498 0.907 1.127 1.027 1.052 0.643 0.616 1.179 0.168 0.409 0.127 0.686 0.256 0.606 0.395 0.452 1.702 0.124 0.103 0.425 0.263 0.165 0.086 0.165 0.234 0.361 1.502 0.545 0.559 1.764 0.412 0.467 0.876 0.608 0.930 3.909 0.217 0.809 0.486 0.203 0.292 0.154 0.358 0.266 0.469 0.272 0.084 0.226 0.253 0.101 2326 chr6 51136242 51169389 + 0 NA Intergenic Intergenic -333853 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.773 0.863 nan 0.217 0.044 0.381 0.221 0.076 0.009 0.247 0.077 0.095 0.034 0.147 0.023 0.047 0.075 0.269 0.147 0.126 0.004 0.104 0.003 0.106 0.372 0.087 0.299 0.448 0.172 0.071 0.033 0.108 0.110 0.039 0.046 0.112 0.515 1.862 0.112 0.013 0.012 0.196 0.186 0.065 0.078 0.041 0.605 0.413 6.069 6.192 0.380 0.450 0.135 0.098 0.325 0.302 0.152 0.237 0.196 0.226 0.242 0.080 0.188 0.320 0.158 0.161 0.271 0.456 0.147 0.262 0.022 0.170 0.003 0.039 0.067 0.097 0.023 0.002 0.013 0.009 0.047 0.023 0.118 0.125 0.024 0.012 0.014 0.011 0.047 0.154 0.007 0.049 0.034 0.050 0.247 0.118 0.020 0.269 0.022 0.037 0.015 0.014 0.007 0.016 0.015 0.038 0.047 0.017 0.105 0.075 0.156 0.068 0.047 0.023 1283 chr17 79867772 79877569 + 0 NA intron (NM_016538, intron 5 of 9) intron (NM_016538, intron 5 of 9) -3317 NM_001256434 5833 Hs.569843 NM_002861 ENSG00000185813 PCYT2 ET phosphate cytidylyltransferase 2, ethanolamine protein-coding 1.383 1.585 1.951 1.269 1.399 1.228 0.621 2.582 0.133 1.125 1.033 0.131 1.214 2.708 0.901 0.779 0.338 1.254 0.885 2.069 0.569 1.834 0.602 2.950 5.056 3.417 1.398 3.436 1.491 0.654 0.820 0.111 2.274 0.543 0.611 2.186 0.295 0.969 1.227 0.869 0.595 2.836 1.350 1.919 1.267 1.249 1.668 2.256 1.575 2.816 1.575 1.737 1.974 0.659 1.519 1.353 nan 1.904 2.006 2.456 1.799 1.093 0.848 1.643 0.742 0.984 0.855 1.099 nan 0.549 0.313 2.298 0.324 0.879 0.538 0.893 0.396 1.523 1.529 0.839 1.265 0.175 0.219 1.227 0.703 0.378 0.477 1.001 0.845 1.038 1.579 1.933 0.776 1.873 1.125 4.341 0.859 1.254 0.955 1.971 0.238 1.735 1.285 1.585 1.050 0.313 0.577 0.235 0.281 0.190 1.004 0.649 0.273 0.114 262 chr1 180119276 180128537 + 0 NA promoter-TSS (NM_002826) promoter-TSS (NM_002826) -62 NM_002826 5768 Hs.744925 NM_002826 ENSG00000116260 QSOX1 Q6|QSCN6 quiescin sulfhydryl oxidase 1 protein-coding nan nan 3.069 1.518 5.840 0.777 0.494 2.139 0.023 1.845 1.150 0.216 1.798 3.828 0.305 0.398 0.228 1.644 0.695 1.208 1.444 2.970 3.112 0.431 5.987 2.393 2.294 4.130 1.863 0.762 1.041 0.071 1.067 1.301 0.442 2.768 0.858 1.922 0.940 6.321 0.377 1.734 1.635 2.051 1.342 2.935 2.134 2.699 2.618 3.992 3.811 nan 2.206 0.649 nan 3.815 1.594 2.588 2.844 4.044 1.331 1.361 2.715 5.167 0.835 0.995 1.273 nan 0.486 0.446 0.574 3.281 0.547 1.447 0.356 1.522 0.390 2.004 1.518 0.721 0.916 0.135 0.249 2.277 5.526 2.174 1.357 0.450 0.379 1.277 1.423 1.165 1.410 1.165 1.845 2.326 2.322 1.644 0.965 0.607 0.312 1.244 0.777 4.933 0.583 0.982 2.906 0.125 1.368 0.580 2.387 4.402 0.833 0.379 1944 chr3 127283351 127294901 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 5048 NR_106883 102466199 NR_106883 ENSG00000275067 MIR6825 hsa-mir-6825 microRNA 6825 ncRNA 1.156 nan 0.971 0.330 0.131 0.367 0.263 0.047 0.005 0.772 0.258 0.124 0.033 0.208 0.080 0.224 0.227 0.176 0.393 0.157 0.043 0.101 0.045 0.198 0.233 0.105 0.133 2.216 0.038 0.307 0.065 0.061 0.345 0.060 0.107 0.042 0.054 0.223 0.028 0.035 0.285 0.478 0.136 0.051 0.093 0.332 0.356 0.246 0.269 1.029 0.867 1.763 0.374 0.470 0.441 0.681 nan 0.260 0.339 1.182 0.990 0.458 0.605 0.273 0.465 0.534 0.781 1.001 0.812 5.285 0.122 0.008 0.040 0.052 0.986 0.060 0.089 0.038 0.157 0.102 0.050 0.298 0.201 0.058 0.034 0.025 0.079 0.083 0.171 0.183 0.130 0.048 0.113 0.772 0.099 0.102 0.176 0.128 0.050 0.293 0.191 0.059 0.018 0.015 0.096 0.057 0.118 0.185 0.148 0.050 0.074 0.015 0.004 212 chr1 155928397 155960255 + 0 NA intron (NM_001162384, intron 1 of 21) intron (NM_001162384, intron 1 of 21) 3640 NM_004723 9181 Hs.743352 NM_004723 ENSG00000116584 ARHGEF2 GEF|GEF-H1|GEFH1|LFP40|P40 Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan nan 2.045 1.542 1.085 1.847 0.983 2.650 0.388 2.386 1.952 0.278 0.923 1.472 3.223 1.535 0.680 3.612 1.328 0.818 0.980 1.549 1.243 0.259 5.293 3.209 1.530 14.580 1.527 0.772 0.808 0.110 1.100 3.179 0.425 1.550 0.551 1.014 0.703 1.584 0.316 1.448 1.325 1.103 1.647 1.112 3.089 4.574 2.593 2.573 6.057 nan 1.923 0.755 2.761 2.978 1.673 2.514 2.650 2.596 2.213 1.996 4.106 5.467 1.448 1.690 1.805 5.188 1.504 0.735 1.854 3.268 0.364 2.553 1.046 1.152 0.810 2.884 2.751 0.869 3.394 0.678 0.875 2.468 2.230 0.994 0.605 0.457 0.348 2.392 2.011 3.033 0.295 0.872 2.386 1.584 3.472 3.612 1.451 0.415 0.540 2.624 1.348 2.204 0.507 2.578 1.842 0.476 2.631 1.211 1.783 0.718 1.070 0.744 2436 chr7 30925129 30962040 + 0 NA Intergenic Intergenic -7725 NM_001329872 358 Hs.76152 NM_000385 ENSG00000240583 AQP1 AQP-CHIP|CHIP28|CO aquaporin 1 (Colton blood group) protein-coding 1.656 0.858 2.268 0.224 0.329 0.258 0.161 0.296 0.017 0.370 0.126 0.070 0.214 0.207 0.067 0.103 0.117 0.813 0.533 0.259 0.131 0.421 0.211 0.235 2.082 0.265 0.867 3.544 0.528 0.927 0.080 0.126 0.210 0.536 0.045 0.262 0.118 0.106 0.255 0.064 0.068 0.272 0.128 0.135 0.301 0.147 0.858 1.345 0.603 2.801 0.553 nan 0.538 0.195 0.829 0.910 0.491 nan nan nan 0.538 0.594 0.545 0.679 0.200 0.339 0.541 nan 0.489 0.500 1.249 1.141 0.054 0.654 0.038 0.195 0.026 0.698 0.338 0.088 0.122 0.046 0.106 0.384 0.072 0.042 0.173 0.071 0.046 0.233 0.199 0.122 0.433 1.527 0.370 0.419 0.235 0.813 0.275 0.123 0.289 0.203 0.081 0.096 0.261 0.657 0.250 0.172 0.217 0.357 0.394 0.124 0.048 0.015 1331 chr18 47331875 47341535 + 0 NA intron (NM_006111, intron 1 of 9) L1MEb|LINE|L1 3546 NM_006111 10449 Hs.200136 NM_006111 ENSG00000167315 ACAA2 DSAEC acetyl-CoA acyltransferase 2 protein-coding nan 2.693 2.397 3.110 1.742 2.568 1.278 2.275 0.232 4.352 0.749 0.067 0.234 0.326 1.433 0.959 0.324 2.821 1.272 1.284 0.205 0.174 0.152 1.617 1.144 0.706 0.482 8.438 0.167 2.645 1.755 0.119 0.274 0.436 0.558 0.356 0.278 0.663 0.451 0.487 0.290 0.283 0.272 0.582 1.277 0.314 2.877 3.597 2.665 4.401 6.239 5.589 7.104 2.317 2.010 2.152 2.022 2.424 2.621 4.069 2.870 3.227 1.646 3.189 4.004 3.735 2.077 nan 3.418 2.013 2.360 0.676 0.653 1.655 0.875 1.919 0.965 0.561 0.532 0.662 1.722 0.906 1.508 1.239 1.921 0.928 0.167 1.028 0.612 0.684 1.412 1.626 0.679 1.069 4.352 0.351 0.433 2.821 0.354 0.231 0.996 1.634 1.495 1.102 0.256 0.789 0.242 5.698 1.085 1.751 0.926 0.152 0.775 0.457 2590 chr8 109949709 109977211 + 0 NA Intergenic Intergenic -136193 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding 0.911 nan nan 0.392 0.133 0.275 0.146 0.116 0.054 0.121 0.111 0.138 0.055 0.176 0.060 0.040 0.077 0.125 0.169 0.219 0.059 0.123 0.169 0.085 0.456 0.131 0.394 0.963 0.127 0.210 0.027 0.095 0.121 0.009 0.060 0.184 0.304 2.128 0.258 0.103 0.021 0.199 0.261 0.069 0.112 0.118 0.323 0.217 0.199 0.537 0.435 0.597 nan 2.585 0.611 0.629 0.383 nan 1.248 nan nan 0.161 0.103 0.246 0.377 0.518 0.243 nan 0.239 0.301 0.196 0.233 0.465 0.047 0.049 0.587 0.015 0.013 0.016 0.165 0.042 0.128 0.061 0.100 0.107 0.071 0.042 0.321 0.579 0.138 0.400 0.069 0.040 0.068 0.121 0.073 0.091 0.125 0.423 0.054 0.011 0.038 0.100 0.168 0.017 0.023 0.174 0.613 0.064 0.076 0.036 0.380 0.021 0.007 2383 chr6 162895028 162907179 + 0 NA intron (NM_013987, intron 1 of 10) AluSc|SINE|Alu -247061 NM_001080378 135138 Hs.25791 NM_152410 ENSG00000112530 PACRG GLUP|HAK005771|PARK2CRG PARK2 coregulated protein-coding 0.601 nan 0.656 0.152 0.029 0.190 0.083 0.044 0.021 0.201 0.061 0.066 0.044 0.005 0.065 0.040 0.086 0.099 0.167 0.010 0.036 0.086 0.044 0.048 0.054 0.204 0.118 0.026 0.084 0.078 0.031 0.100 0.011 0.114 0.009 0.007 0.207 0.101 0.052 0.032 0.086 0.483 0.448 0.179 0.301 0.296 0.367 6.444 2.069 0.111 0.091 0.153 0.208 0.365 0.365 nan 0.480 0.124 0.288 0.220 0.398 0.344 0.683 0.426 0.353 0.014 0.047 0.023 0.016 0.043 0.069 0.023 0.030 0.024 0.066 0.008 0.046 0.083 0.020 0.025 0.012 0.031 0.039 0.066 0.047 0.018 0.006 0.036 0.201 0.029 0.015 0.086 0.039 0.027 0.016 0.029 0.050 0.006 0.003 0.007 0.083 0.038 0.074 0.035 0.047 0.043 0.021 542 chr11 65623565 65630364 + 0 NA promoter-TSS (NM_025128) promoter-TSS (NM_025128) -908 NM_025128 80198 Hs.288798 NM_025128 ENSG00000172732 MUS81 SLX3 MUS81 structure-specific endonuclease subunit protein-coding nan 3.930 3.805 8.212 5.563 5.931 3.017 7.787 3.442 5.593 3.312 0.394 1.784 5.230 7.888 3.048 2.016 7.176 4.314 4.445 1.402 4.201 2.090 3.414 8.210 6.847 4.727 18.152 3.628 4.120 9.083 0.158 7.896 2.794 3.798 7.209 1.729 6.039 4.134 5.765 1.751 6.879 6.697 2.631 7.878 3.361 5.644 8.313 5.880 8.006 11.751 9.618 9.463 2.867 14.612 15.680 5.733 8.519 8.491 8.810 6.575 6.749 3.625 8.371 6.511 6.071 2.909 7.508 3.703 1.598 6.782 4.436 2.007 2.956 3.630 7.440 3.529 2.802 3.575 4.016 3.412 2.696 3.837 19.082 7.344 3.497 3.802 2.449 2.570 8.958 6.487 6.572 2.940 5.153 5.593 5.762 9.030 7.176 2.090 3.533 3.048 9.935 3.961 3.881 3.359 4.486 2.205 2.538 2.816 2.780 4.955 2.231 3.430 2.000 1305 chr18 19836077 19856264 + 0 NA Intergenic Intergenic 96772 NM_005257 2627 Hs.514746 NM_005257 ENSG00000141448 GATA6 - GATA binding protein 6 protein-coding 0.530 0.714 0.724 0.161 0.086 0.462 0.295 0.051 0.015 0.273 0.082 0.064 0.028 0.046 0.022 0.078 0.077 0.077 0.155 0.222 0.043 0.057 0.026 0.066 0.395 0.091 0.065 0.275 0.022 0.117 0.022 0.095 0.323 0.017 0.034 0.098 0.050 0.068 0.273 0.044 0.020 0.206 0.170 0.111 0.067 0.046 0.401 0.269 0.247 0.485 0.268 0.312 4.133 1.222 0.281 0.294 0.078 0.177 0.093 0.085 0.375 0.169 0.205 0.196 0.096 0.191 0.208 0.517 0.379 0.421 0.019 0.099 0.014 0.303 0.054 0.044 0.027 0.058 0.004 0.048 0.085 0.019 0.031 0.105 0.069 0.041 0.023 0.035 0.049 0.104 0.165 0.078 0.164 0.221 0.273 0.121 0.120 0.077 0.048 0.156 0.019 0.063 0.025 0.044 0.009 0.055 0.072 0.057 0.054 0.067 0.034 0.066 0.011 0.005 961 chr15 67354259 67474097 + 0 NA intron (NM_005902, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR -3876 NM_001145102 4088 Hs.727986 NM_005902 ENSG00000166949 SMAD3 HSPC193|HsT17436|JV15-2|LDS1C|LDS3|MADH3 SMAD family member 3 protein-coding 0.934 0.971 nan 0.235 1.638 0.387 0.202 2.587 0.672 0.534 1.602 0.227 1.218 2.493 3.351 0.128 0.116 0.251 0.171 1.104 1.673 1.453 1.541 2.091 6.978 4.134 1.115 0.633 1.875 0.492 0.140 0.077 1.328 1.306 0.937 2.532 0.455 0.879 0.565 2.186 0.420 2.538 1.934 0.756 0.971 1.034 0.288 0.207 1.678 3.828 0.327 0.354 nan 0.214 0.373 0.370 0.322 0.584 0.809 0.879 0.476 0.303 0.432 0.569 0.470 0.807 0.174 0.227 0.412 0.371 0.025 2.943 0.829 2.949 0.227 0.105 0.115 2.089 1.872 0.667 2.101 0.106 0.102 3.145 1.387 0.623 1.098 0.189 0.182 1.136 3.870 4.343 0.659 1.646 0.534 2.209 3.183 0.251 1.035 1.283 0.121 4.373 0.090 2.077 2.143 1.165 3.662 0.305 0.327 0.082 1.939 0.757 1.088 0.695 2686 chr9 102580798 102586783 + 0 NA promoter-TSS (NM_173200) promoter-TSS (NM_173200) -347 NM_173199 8013 Hs.279522 NM_006981 ENSG00000119508 NR4A3 CHN|CSMF|MINOR|NOR1|TEC nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 protein-coding 3.598 1.598 4.263 4.287 0.935 2.614 1.342 1.051 0.340 1.739 2.339 0.099 0.506 1.397 2.021 1.257 0.687 2.174 0.874 1.281 0.559 1.358 0.390 0.864 2.896 2.728 0.861 8.646 0.793 0.806 1.704 0.117 2.860 0.428 1.019 1.041 0.973 3.889 1.788 0.758 0.909 1.291 4.702 3.653 0.725 0.464 2.088 2.204 4.321 6.026 4.704 3.629 3.482 1.495 4.240 4.047 2.308 2.732 3.196 nan 4.882 5.450 2.308 4.480 3.107 3.298 3.547 3.943 nan 1.547 0.692 1.208 0.337 1.173 0.512 2.239 0.900 1.790 1.345 3.120 2.944 0.620 1.635 1.645 1.535 0.830 0.270 1.173 0.872 1.134 2.945 4.487 3.007 2.047 1.739 6.463 0.935 2.174 0.735 2.273 1.415 5.350 3.453 0.861 0.662 0.794 0.746 0.096 1.584 1.313 0.908 0.176 0.924 0.656 2099 chr5 1289186 1302213 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193376) promoter-TSS (NM_001193376) -537 NM_001193376 7015 Hs.492203 NM_198253 ENSG00000164362 TERT CMM9|DKCA2|DKCB4|EST2|PFBMFT1|TCS1|TP2|TRT|hEST2|hTRT telomerase reverse transcriptase protein-coding 0.640 1.060 2.753 0.846 0.083 0.767 0.369 0.227 0.043 0.343 0.221 0.137 0.393 1.176 0.019 0.456 0.190 1.652 0.828 0.204 0.010 0.152 0.016 0.145 2.929 0.855 0.234 0.736 0.056 0.131 0.499 0.089 0.317 0.009 0.047 0.348 0.090 0.106 0.428 0.059 0.076 0.348 0.094 0.117 0.061 0.070 5.554 4.557 0.216 nan 8.936 6.922 2.774 0.772 0.276 0.325 0.232 0.528 nan 4.489 nan 0.762 0.530 0.432 0.748 0.645 0.207 0.492 3.186 nan 2.375 0.130 0.072 0.299 0.466 2.755 0.171 0.097 0.083 0.390 0.208 0.108 0.187 0.226 0.199 0.174 0.123 0.303 0.177 0.147 0.481 0.237 0.124 0.633 0.343 1.265 0.156 1.652 0.121 0.174 0.595 0.528 1.249 0.057 0.016 0.097 0.026 0.035 0.168 0.170 0.070 0.043 0.018 0.015 1662 chr2 208391340 208399107 + 0 NA intron (NM_004379, intron 1 of 7) GC_rich|Low_complexity|Low_complexity 607 NM_004379 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 3.423 nan 2.756 2.225 3.410 3.055 1.961 4.200 1.752 1.998 2.902 0.289 1.806 5.251 3.816 0.888 0.610 2.751 1.838 2.060 0.701 4.302 1.610 2.476 6.447 3.658 3.346 6.121 1.928 2.423 2.012 0.152 3.032 2.077 1.773 4.842 0.893 3.796 1.805 3.287 0.784 3.704 4.843 2.314 2.323 2.144 3.207 3.477 4.996 6.433 4.106 3.914 2.627 1.526 11.636 11.490 3.404 3.781 4.325 6.407 3.045 3.668 1.853 4.085 1.958 2.000 4.709 5.364 0.754 0.371 1.645 4.307 1.320 1.488 0.877 1.450 1.000 3.590 3.852 1.824 7.685 0.404 1.064 6.491 5.593 2.288 2.554 1.532 1.389 3.656 3.201 4.150 1.231 1.623 1.998 4.956 5.346 2.751 1.069 1.684 0.622 5.563 1.980 1.845 1.426 2.523 1.233 2.123 0.995 1.304 3.318 1.364 1.779 1.026 2476 chr7 103433522 103439593 + 0 NA intron (NM_173054, intron 3 of 63) intron (NM_173054, intron 3 of 63) 193406 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 0.669 1.474 0.079 0.095 0.248 0.158 0.091 0.020 0.213 0.100 0.131 0.032 0.105 0.028 0.411 0.283 0.236 0.258 0.157 0.090 0.017 0.225 0.016 0.013 0.128 0.315 0.024 0.088 0.054 0.148 0.158 0.058 0.074 0.076 0.057 0.123 0.031 0.186 0.183 0.123 0.048 0.034 2.615 1.158 12.586 6.468 0.313 0.509 0.656 0.419 10.993 11.174 0.633 0.823 0.337 0.297 0.437 0.169 0.734 1.267 0.295 0.392 0.359 nan 0.811 0.905 0.028 0.094 0.031 0.030 0.033 0.154 0.023 0.024 0.012 0.031 0.048 0.106 0.076 0.010 0.032 0.013 0.214 0.054 0.024 0.313 0.022 0.213 0.035 0.015 0.236 0.001 0.068 0.067 0.084 0.022 0.027 0.026 0.036 0.058 0.098 0.101 0.012 0.032 0.023 0.016 574 chr11 78644065 78666335 + 0 NA intron (NM_001098816, intron 6 of 33) MIRc|SINE|MIR -369291 NM_024678 79731 Hs.503389 NM_024678 ENSG00000137513 NARS2 DFNB94|SLM5|asnRS asparaginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) protein-coding nan 1.184 0.758 0.615 0.203 1.756 0.937 0.077 0.042 0.623 0.098 0.084 0.008 0.028 0.026 0.185 0.129 1.455 1.607 0.255 0.011 0.064 0.009 0.097 nan 0.200 0.253 0.567 0.080 0.134 0.069 0.100 0.119 0.011 0.052 0.075 0.004 0.052 0.145 0.034 0.007 0.199 0.076 0.066 0.152 0.100 1.624 1.772 0.191 0.321 3.559 3.959 1.894 0.449 1.274 1.278 0.317 0.538 2.521 2.500 1.021 0.770 1.463 2.761 1.664 1.240 0.301 0.825 1.164 0.994 0.259 0.071 0.022 0.169 0.483 0.308 0.019 0.182 0.085 0.014 0.046 0.545 1.704 0.188 0.037 0.021 0.066 0.035 0.066 0.193 0.097 0.026 0.141 0.114 0.623 0.038 0.168 1.455 0.033 0.059 1.520 0.026 0.060 0.023 0.009 0.049 0.050 0.031 1.895 0.189 0.028 0.089 0.010 0.005 170 chr1 150506875 150511942 + 0 NA Intergenic Intergenic -12437 NM_001288608 54507 Hs.516243 NM_019032 ENSG00000143382 ADAMTSL4 ADAMTSL-4|ECTOL2|TSRC1 ADAMTS like 4 protein-coding nan nan 1.016 0.459 0.268 0.315 0.238 1.113 0.025 0.195 0.331 0.191 0.673 1.276 0.327 0.494 0.276 0.464 0.199 0.252 0.739 0.134 2.169 0.097 2.964 1.023 0.336 0.779 0.116 0.274 0.107 0.111 1.299 0.209 0.685 0.183 1.069 5.464 1.702 0.392 0.656 0.753 1.586 0.391 0.378 0.205 0.538 0.503 0.507 0.877 0.822 nan 0.728 0.271 0.513 0.580 0.464 0.846 0.388 0.383 0.435 0.257 1.250 0.963 0.188 0.148 0.537 0.745 1.181 0.741 0.904 0.566 0.175 0.052 0.299 0.054 0.464 0.157 2.204 0.223 0.076 0.140 1.325 8.814 3.504 0.319 0.231 0.216 0.310 0.774 0.916 0.198 1.042 0.195 0.713 0.253 0.464 0.629 0.263 0.047 1.400 0.274 1.968 0.025 0.716 1.796 0.080 0.135 0.073 3.578 6.177 3.732 1921 chr3 88658245 88678708 + 0 NA Intergenic Intergenic -469460 NM_001195308 8545 Hs.444818 NM_003663 ENSG00000163320 CGGBP1 CGGBP|p20-CGGBP CGG triplet repeat binding protein 1 protein-coding nan 0.634 0.843 0.039 0.071 0.097 0.024 0.069 0.307 0.482 0.025 0.016 0.009 0.082 0.016 0.023 0.117 0.058 0.167 0.109 0.012 0.066 0.046 0.113 0.391 0.145 0.094 0.154 0.028 0.047 0.031 0.061 0.185 0.017 0.030 0.058 0.014 0.070 0.131 0.016 0.012 0.093 0.036 0.079 0.047 0.097 0.141 0.123 0.259 0.453 0.262 0.275 0.156 0.083 0.117 0.112 5.895 5.534 0.125 0.111 0.587 0.388 0.089 0.106 0.029 0.057 0.363 0.649 0.328 0.253 0.003 0.028 0.014 0.028 0.017 0.056 0.013 0.004 0.011 0.021 0.005 0.012 0.054 0.012 0.012 0.023 0.015 0.047 0.098 0.020 0.032 0.070 0.023 0.482 0.056 0.018 0.058 0.024 0.010 0.030 0.029 0.010 0.006 0.031 0.027 0.011 0.005 0.036 0.011 0.065 0.006 0.007 660 chr12 14985932 15008468 + 0 NA promoter-TSS (NM_021071) promoter-TSS (NM_021071) -787 NM_021071 420 Hs.591158 NM_021071 ENSG00000111339 ART4 ARTC4|CD297|DO|DOK1 ADP-ribosyltransferase 4 (Dombrock blood group) protein-coding 1.013 0.663 1.045 0.240 0.223 0.259 0.099 0.311 0.008 0.197 0.449 0.050 0.471 0.579 0.334 0.173 0.157 0.085 0.223 0.686 0.113 0.842 0.678 0.058 1.302 0.448 0.413 0.448 0.448 0.057 0.101 0.114 0.268 0.372 0.071 2.741 0.115 0.142 0.339 0.353 0.029 0.189 0.180 0.259 0.690 0.342 0.168 0.138 2.390 7.406 nan 0.565 0.362 0.159 0.275 0.285 0.742 1.103 0.477 0.440 0.534 0.241 0.162 0.260 0.054 0.052 0.446 1.549 0.459 0.409 0.086 0.529 0.271 3.174 0.342 0.083 0.037 0.741 0.276 0.105 0.122 0.008 0.164 1.492 0.560 0.350 0.232 0.038 0.038 1.165 0.278 0.289 0.150 0.222 0.197 0.168 0.181 0.085 0.065 0.345 0.043 0.592 0.076 0.830 0.816 0.414 0.266 0.031 0.062 0.286 0.109 0.638 0.438 0.363 26 chr1 7425599 7451916 + 0 NA intron (NM_015215, intron 5 of 22) L1MB5|LINE|L1 -392572 NM_004781 9341 Hs.66708 NM_004781 ENSG00000049245 VAMP3 CEB vesicle associated membrane protein 3 protein-coding 1.019 nan 0.944 2.572 0.096 1.130 0.627 0.335 0.019 0.727 0.148 0.067 0.028 0.029 0.426 0.212 0.900 0.328 0.117 0.042 0.053 0.004 0.074 nan 0.071 0.064 5.662 0.033 0.776 0.057 0.096 0.192 0.013 0.081 0.033 0.358 0.636 0.241 0.025 0.034 0.233 0.163 0.147 0.040 0.064 0.580 0.760 0.172 0.329 1.758 1.845 1.486 0.471 0.237 0.212 0.285 nan nan 4.577 nan 0.343 1.484 1.783 0.490 0.594 0.372 0.619 1.241 0.815 5.220 0.171 0.047 0.264 0.422 1.622 0.032 0.155 0.057 0.201 0.253 0.116 0.154 0.168 0.039 0.015 0.050 0.041 0.037 0.204 0.201 0.143 0.048 0.394 0.727 0.073 0.035 0.900 0.149 0.471 0.315 0.387 0.964 0.131 0.014 0.093 0.042 0.313 0.840 0.137 0.064 0.028 0.015 0.012 2116 chr5 33438499 33443892 + 0 NA exon (NM_001258437, exon 2 of 20) exon (NM_001258437, exon 2 of 20) 313 NR_047677 6897 Hs.481860 NM_152295 ENSG00000113407 TARS ThrRS threonyl-tRNA synthetase protein-coding 3.722 3.155 nan 10.357 3.046 2.896 1.519 3.372 1.059 2.854 6.665 0.387 3.399 9.568 3.801 4.532 1.975 4.891 2.185 3.849 0.941 4.902 2.486 2.476 11.827 10.080 6.788 10.235 2.826 7.864 4.639 0.181 10.288 2.103 2.274 2.960 1.546 7.592 3.956 2.525 2.064 6.582 5.068 3.192 5.332 2.331 4.836 5.631 6.720 8.792 6.456 5.661 7.186 2.611 14.184 15.151 6.470 8.587 8.050 11.318 10.758 11.650 4.231 8.528 6.805 6.451 3.401 5.112 4.600 2.508 2.315 5.311 2.464 4.035 2.061 3.426 4.185 2.521 2.338 1.404 5.372 1.075 2.209 3.963 7.907 3.643 3.041 2.921 2.804 2.275 2.987 3.735 3.166 2.060 2.854 8.164 4.846 4.891 2.671 2.377 1.348 4.174 3.252 1.911 1.438 4.582 1.984 4.829 2.660 1.627 2.287 1.072 3.438 2.490 977 chr15 76782507 76813957 + 0 NA intron (NM_001145923, intron 23 of 31) L1MA3|LINE|L1 -80756 NR_037464 100500855 NR_037464 ENSG00000266449 MIR3713 - microRNA 3713 ncRNA 1.160 1.040 1.392 0.173 0.067 0.348 0.179 0.110 0.032 0.193 0.159 0.128 0.018 0.074 0.028 0.144 0.183 0.110 0.356 0.145 0.016 0.095 0.014 0.117 0.189 0.082 0.084 0.318 0.023 0.167 0.042 0.073 0.207 0.019 0.061 0.079 0.028 0.066 0.218 0.031 0.025 0.147 0.125 0.055 0.119 0.106 0.393 0.295 0.233 0.282 0.356 0.372 0.826 0.159 0.148 0.150 0.575 0.851 0.189 0.236 2.705 1.777 0.162 0.257 0.870 1.095 2.112 5.840 0.812 0.497 0.043 0.050 0.009 0.099 0.031 0.062 0.035 0.101 0.030 0.035 0.097 0.364 0.613 0.067 0.002 0.010 0.029 0.039 0.031 0.123 0.095 0.059 0.052 0.142 0.193 0.057 0.027 0.110 0.024 0.074 0.193 0.020 0.023 0.069 0.008 0.054 0.064 0.055 0.057 2.062 0.012 0.057 0.016 0.010 2250 chr6 7106183 7167890 + 0 NA intron (NM_001003700, intron 1 of 11) intron (NM_001003700, intron 1 of 11) 28950 NM_001003699 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.590 1.813 2.214 1.558 0.584 1.173 0.566 0.660 0.513 0.557 0.392 0.172 0.439 1.112 0.407 0.863 0.478 3.287 0.874 0.630 0.149 0.480 0.403 0.370 4.825 1.976 1.606 2.095 0.448 0.551 0.711 0.132 0.902 0.184 0.309 0.535 0.153 0.404 0.617 0.685 0.121 0.565 1.107 0.474 0.731 0.319 2.277 3.085 1.302 1.857 1.746 1.912 1.640 0.513 1.340 1.408 0.817 1.219 3.305 3.804 0.810 0.668 1.095 1.842 2.115 2.289 1.114 2.020 2.305 1.274 1.311 1.023 0.407 0.345 0.258 1.698 0.380 0.888 0.664 0.266 0.299 0.537 0.752 0.518 0.553 0.275 0.378 0.343 0.267 0.577 0.940 1.059 0.362 0.982 0.557 1.564 0.709 3.287 0.597 1.067 0.263 0.764 1.138 0.284 0.216 0.427 0.205 0.466 1.288 0.433 0.321 0.547 0.132 0.066 566 chr11 75033923 75064439 + 0 NA intron (NM_020251, intron 1 of 14) L2b|LINE|L2 -2951 NR_029891 442900 NR_029891 ENSG00000199090 MIR326 MIRN326|hsa-mir-326|mir-326 microRNA 326 ncRNA nan 1.925 1.365 0.571 0.177 0.454 0.327 1.385 0.086 0.535 0.128 0.063 1.106 1.781 0.233 0.246 0.159 0.678 0.337 0.936 0.357 0.222 0.727 1.718 7.660 2.236 2.454 1.615 0.969 0.186 0.389 0.113 0.234 0.638 1.245 2.086 0.227 0.545 0.280 1.016 0.063 0.301 0.278 0.378 1.281 0.535 2.361 3.475 0.523 0.882 0.978 0.985 2.023 0.595 2.125 2.373 1.340 2.211 2.835 2.893 1.249 1.071 3.000 5.675 0.429 0.556 0.744 2.008 0.653 0.528 2.145 2.459 1.188 0.837 2.288 1.031 0.068 1.363 0.875 0.338 0.353 0.134 0.128 3.306 0.472 0.342 0.813 0.117 0.130 0.272 1.714 0.471 1.168 4.531 0.535 1.959 6.420 0.678 0.265 4.458 0.506 2.601 1.411 0.375 0.054 1.734 0.730 0.072 5.703 0.579 0.275 0.369 0.059 0.027 526 chr11 63632690 63647342 + 0 NA intron (NM_004954, intron 1 of 16) intron (NM_004954, intron 1 of 16) -15971 NM_017490 2011 Hs.567261 NM_004954 ENSG00000072518 MARK2 EMK-1|EMK1|PAR-1|Par-1b|Par1b microtubule affinity regulating kinase 2 protein-coding nan 1.122 0.934 0.289 0.300 0.349 0.209 0.516 3.798 0.745 0.283 0.159 0.355 0.864 0.117 0.171 0.169 0.385 0.192 0.318 0.215 0.291 0.238 0.205 4.327 0.939 1.463 2.494 0.214 0.327 0.156 0.143 0.586 0.242 0.191 0.621 0.087 0.348 0.440 0.319 0.146 0.496 0.519 0.398 1.202 0.589 1.165 1.769 0.532 0.877 1.173 1.245 0.726 0.400 0.857 0.922 1.100 1.743 1.349 1.926 0.364 0.363 0.601 0.679 0.320 0.302 0.298 0.649 0.779 0.521 0.933 0.695 0.716 0.180 0.225 0.510 0.095 0.756 0.480 0.234 1.082 0.063 0.103 0.282 0.112 0.075 0.354 0.142 0.083 0.237 1.296 0.287 0.189 0.491 0.745 0.885 0.714 0.385 0.395 0.950 0.055 0.186 0.104 0.173 0.092 0.446 0.361 0.131 0.151 0.150 0.492 0.568 0.016 0.014 1901 chr3 51994210 52004173 + 0 NA intron (NM_020418, intron 1 of 12) L2|LINE|L2 2259 NM_020418 57060 Hs.20930 NM_020418 ENSG00000090097 PCBP4 CBP|LIP4|MCG10 poly(rC) binding protein 4 protein-coding 2.772 1.633 nan 0.641 0.704 0.547 0.284 1.277 0.274 1.221 0.881 0.129 0.190 0.372 0.866 0.689 0.279 1.202 0.574 0.567 0.373 0.839 0.340 0.514 1.687 0.922 0.386 1.042 0.191 1.047 1.639 0.073 1.095 0.191 0.259 0.597 0.302 0.686 0.393 0.141 0.113 1.182 0.583 0.581 0.329 0.323 1.330 2.104 2.064 2.372 2.590 2.381 1.105 0.479 1.422 1.678 1.275 1.737 1.400 2.046 8.993 12.315 1.253 1.828 1.892 1.315 3.834 11.866 1.361 0.723 0.410 0.472 0.567 0.451 0.492 0.427 0.488 0.306 0.224 1.191 0.680 0.681 2.281 0.952 1.050 0.533 0.171 0.402 0.195 0.463 1.081 1.288 0.444 0.728 1.221 0.559 0.732 1.202 0.257 0.351 0.370 2.379 1.183 0.075 0.038 0.310 0.413 0.610 0.606 5.972 0.416 0.151 0.277 0.238 359 chr10 3814367 3835480 + 0 NA intron (NM_001300, intron 1 of 3) intron (NM_001300, intron 1 of 3) 2550 NM_001300 1316 Hs.4055 NM_001300 ENSG00000067082 KLF6 BCD1|CBA1|COPEB|CPBP|GBF|PAC1|ST12|ZF9 Kruppel like factor 6 protein-coding 1.288 2.106 2.075 2.293 3.171 2.837 1.500 1.927 0.685 2.274 4.014 0.405 0.655 1.929 3.629 1.426 0.560 3.058 0.451 1.535 0.587 3.367 1.348 3.884 1.569 1.010 2.366 3.892 0.975 0.405 5.655 0.116 2.075 1.934 1.923 1.321 2.122 6.876 1.615 1.464 0.380 2.075 1.296 2.353 1.163 1.273 2.042 2.559 3.074 5.753 2.917 2.252 6.700 6.628 3.953 3.943 1.324 1.598 2.084 4.393 1.194 1.738 0.646 1.316 2.157 2.302 2.339 2.472 1.524 0.913 0.373 1.933 0.943 2.568 0.294 1.702 1.483 1.723 2.226 1.267 1.398 0.337 0.705 2.875 3.060 1.382 0.567 0.488 0.384 3.710 1.914 2.315 1.560 1.308 2.274 3.097 2.405 3.058 1.018 1.842 0.251 7.173 0.880 1.734 1.667 2.629 1.463 0.354 0.365 0.822 3.489 2.937 4.084 4.188 1229 chr17 55920132 56048574 + 0 NA intron (NM_001271875, intron 1 of 10) AluSq2|SINE|Alu -3603 NM_001292025 404093 Hs.46679 NM_001271875 ENSG00000180891 CUEDC1 - CUE domain containing 1 protein-coding 1.984 2.950 2.950 1.811 1.167 3.863 2.045 1.960 1.137 0.980 1.272 0.364 1.447 2.673 0.835 1.336 0.726 2.979 1.126 0.933 0.371 1.474 1.155 0.945 15.269 6.118 2.156 4.868 1.344 0.496 0.314 0.116 0.628 1.972 0.967 2.162 0.536 1.280 0.507 1.865 0.524 1.579 0.995 1.193 0.759 0.901 1.502 2.523 0.866 1.719 2.495 2.646 2.903 1.140 nan 1.497 1.687 2.260 nan nan 2.513 2.144 1.066 1.884 2.903 2.980 2.046 5.687 2.040 1.081 1.085 3.413 0.381 1.584 1.026 2.281 0.143 2.076 1.791 0.817 1.322 1.482 1.382 2.729 0.496 0.262 1.125 0.157 0.150 1.874 3.429 2.170 0.674 1.063 0.980 2.619 1.296 2.979 0.725 0.728 0.596 0.760 0.924 1.829 0.720 1.505 0.650 0.345 1.333 1.989 0.977 0.938 3.471 2.927 2299 chr6 41883866 41890794 + 0 NA intron (NR_131160, intron 1 of 2) intron (NR_131160, intron 1 of 2) 1351 NM_001305456 9477 Hs.278434 NM_004275 ENSG00000124641 MED20 PRO0213|TRFP mediator complex subunit 20 protein-coding 4.278 2.015 2.388 3.121 3.015 2.608 1.366 2.470 0.766 2.490 2.049 0.231 0.940 2.227 5.010 0.859 0.371 2.615 1.008 1.516 1.001 2.070 1.583 2.201 2.973 2.184 2.257 4.404 1.137 1.318 1.928 0.163 2.295 1.375 2.822 3.311 1.551 6.399 1.863 1.679 1.130 2.397 4.065 1.816 3.291 1.460 4.555 3.381 3.815 6.565 3.908 3.278 7.846 4.151 8.911 9.674 2.785 3.626 6.040 nan 4.982 5.193 1.873 3.331 3.185 4.226 5.318 4.878 2.290 1.722 1.359 7.106 0.774 3.876 0.866 1.217 1.186 4.317 4.338 1.739 5.235 0.455 0.799 3.502 6.908 3.029 1.265 0.839 0.860 6.979 2.350 3.478 1.304 1.380 2.490 4.821 5.327 2.615 1.340 1.204 0.711 2.876 1.156 3.496 0.875 3.482 2.407 0.513 0.574 1.497 1.741 2.194 5.727 4.675 108 chr1 48142262 48157194 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -246739 NR_126355 102724077 Hs.159718 NR_126355 LINC01389 - long intergenic non-protein coding RNA 1389 ncRNA nan 0.729 nan 0.064 0.024 0.384 0.198 0.040 1.092 0.464 0.096 0.141 0.087 0.192 0.059 0.095 0.178 0.064 0.355 0.153 0.033 0.063 0.067 0.694 0.077 0.109 0.413 0.049 0.115 5.680 0.161 0.160 0.008 0.035 0.074 0.028 0.160 0.036 0.021 0.111 0.108 0.037 0.080 0.077 0.328 0.315 0.187 0.306 0.531 0.646 0.116 0.052 0.314 0.292 0.159 nan nan 0.576 0.329 0.169 0.232 nan 0.137 0.132 0.222 0.329 0.632 0.603 0.157 0.209 0.006 0.049 0.072 0.189 0.046 0.088 0.037 0.459 0.031 0.024 0.084 0.117 0.032 0.021 0.138 0.021 0.057 0.145 0.131 0.048 0.032 0.076 0.464 0.101 0.310 0.064 0.024 0.078 0.058 0.140 0.020 0.007 0.011 0.031 0.037 0.017 0.039 0.034 0.044 0.023 0.020 604 chr11 126838910 126865295 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) intron (NM_032531, intron 1 of 16) 6336 NR_036126 100422918 NR_036126 ENSG00000266215 MIR3167 - microRNA 3167 ncRNA 0.553 1.667 0.629 1.449 0.076 0.681 0.346 0.055 0.031 0.530 0.037 0.024 0.044 0.411 0.518 0.296 2.130 0.195 0.166 0.615 0.147 0.330 0.106 0.069 0.077 0.045 1.941 0.028 0.163 0.042 0.101 0.194 0.286 0.060 0.049 0.498 1.458 0.197 0.069 0.040 0.148 0.072 0.227 0.051 0.115 0.447 0.410 0.395 0.415 3.208 4.280 2.296 0.742 0.090 0.102 0.187 0.330 2.226 2.408 0.362 0.211 0.443 0.577 0.554 0.601 0.199 nan 2.228 1.115 1.196 0.059 0.022 0.024 0.008 0.594 0.011 0.022 0.358 0.047 0.148 0.084 0.135 0.018 0.009 0.105 0.018 0.041 0.152 0.093 0.036 0.442 0.063 0.530 0.046 0.024 2.130 0.005 0.081 0.040 0.093 0.019 1.777 0.008 0.083 1.453 0.113 0.082 0.099 0.735 1.281 0.092 0.039 2614 chr8 143412970 143442095 + 0 NA intron (NM_145003, intron 2 of 13) intron (NM_145003, intron 2 of 13) 57078 NM_001291931 203062 Hs.370931 NM_145003 ENSG00000171045 TSNARE1 - t-SNARE domain containing 1 protein-coding 1.332 0.870 nan 0.659 0.101 0.555 0.276 0.086 0.013 0.218 0.057 0.056 0.026 0.139 0.043 0.237 0.151 2.374 0.574 0.135 0.021 0.091 0.018 0.082 0.331 0.093 0.080 1.563 0.050 0.162 0.022 0.056 0.240 0.020 0.052 0.251 0.003 0.057 0.248 0.022 0.025 0.204 0.092 0.067 0.070 0.078 0.744 1.338 0.209 0.260 nan 4.963 nan 0.184 0.517 0.438 0.459 0.712 2.281 2.791 1.020 1.490 0.376 0.478 0.351 0.312 0.200 0.344 1.240 0.747 5.205 0.098 0.026 0.060 0.178 1.024 0.051 0.057 0.051 0.044 0.024 0.075 0.169 0.145 0.031 0.032 0.029 0.174 0.192 0.215 0.204 0.113 0.024 0.076 0.218 0.180 0.022 2.374 0.021 0.087 0.349 0.133 0.665 0.023 0.023 0.054 0.042 0.079 0.047 0.086 0.018 0.036 0.024 0.014 2608 chr8 134216379 134266066 + 0 NA non-coding (NR_037944, exon 3 of 3) non-coding (NR_037944, exon 3 of 3) 37940 NM_001204870 8840 Hs.492974 NM_003882 ENSG00000104415 WISP1 CCN4|WISP1c|WISP1i|WISP1tc WNT1 inducible signaling pathway protein 1 protein-coding nan 1.174 1.998 1.252 0.072 0.399 0.254 0.339 0.269 0.176 0.113 0.091 0.297 0.472 0.145 0.170 0.120 0.455 0.378 0.199 0.050 0.319 0.399 0.127 5.736 0.673 1.231 3.706 0.544 0.189 0.024 0.081 0.367 0.399 0.082 0.406 0.017 0.096 0.461 0.947 0.066 0.730 0.292 0.088 0.580 0.155 0.296 0.232 0.223 0.399 0.749 0.773 1.846 0.612 nan 1.054 0.225 0.398 1.804 1.445 1.103 1.331 0.265 0.446 0.293 0.220 0.534 1.488 0.699 0.571 0.560 0.867 0.514 0.113 0.812 0.508 0.034 0.195 0.112 0.090 0.068 0.034 0.074 0.367 0.151 0.136 0.155 0.021 0.027 0.664 0.299 0.053 0.269 1.433 0.176 1.055 0.572 0.455 0.116 1.915 0.342 0.290 0.815 0.066 0.111 0.092 0.108 0.046 0.223 0.711 0.185 0.229 1.307 1.358 1001 chr16 1115746 1142345 + 0 NA promoter-TSS (NR_027242) promoter-TSS (NR_027242) 264 NM_001053 6755 Hs.449840 NM_001053 ENSG00000162009 SSTR5 SS-5-R somatostatin receptor 5 protein-coding 0.598 nan 1.038 0.077 0.096 0.403 0.131 0.091 0.002 0.145 0.062 0.061 0.057 0.071 0.021 0.084 0.058 1.461 0.183 0.122 0.121 0.049 2.220 4.785 1.023 0.082 0.856 0.197 0.096 0.069 0.063 1.547 0.080 0.059 0.755 0.033 0.089 0.266 0.041 0.333 3.943 0.352 0.137 0.029 0.063 0.191 0.157 0.081 0.101 0.374 0.261 nan 0.111 0.141 0.130 0.095 nan 0.136 0.104 0.365 0.193 0.113 0.100 0.537 0.467 0.058 0.108 1.421 0.613 2.293 0.110 0.007 0.076 1.948 0.100 0.016 0.972 1.022 0.058 0.674 0.075 0.015 0.079 0.116 0.059 0.103 0.009 0.018 0.116 2.320 0.064 0.780 0.164 0.145 0.177 0.077 1.461 0.106 0.060 0.096 0.155 1.413 0.018 0.028 0.161 0.150 0.022 0.022 0.023 0.023 0.043 0.067 0.040 232 chr1 161049777 161071006 + 0 NA Intergenic Intergenic -1006 NM_030916 81607 Hs.492490 NM_030916 ENSG00000143217 NECTIN4 EDSS1|LNIR|PRR4|PVRL4|nectin-4 nectin cell adhesion molecule 4 protein-coding 0.949 nan 1.065 0.335 1.675 0.497 0.310 0.640 0.539 0.410 0.109 0.113 2.303 2.834 0.269 0.348 0.218 0.541 0.325 1.682 0.583 1.409 2.612 0.186 10.168 4.591 3.154 1.552 2.807 0.363 0.312 0.094 0.743 0.831 0.097 0.512 0.254 0.375 2.291 3.407 0.298 1.440 3.408 0.396 1.095 0.582 0.881 0.826 1.125 1.881 1.136 nan 1.207 0.314 0.647 0.677 0.326 0.568 1.125 nan 0.469 0.329 0.934 1.284 0.445 0.406 0.633 1.062 0.620 0.515 0.204 2.619 1.345 0.299 0.254 0.857 0.033 1.154 0.487 0.177 0.222 0.080 0.139 1.435 0.243 0.209 0.857 0.255 0.217 0.348 0.547 0.497 0.521 3.163 0.410 4.171 0.128 0.541 1.744 2.278 0.193 0.404 0.310 0.134 0.450 0.722 1.371 0.135 0.243 0.157 0.143 1.527 0.068 0.052 477 chr11 31828240 31839575 + 0 NA promoter-TSS (NM_001310158) promoter-TSS (NM_001310158) -17 NM_001310158 5080 Hs.270303 NM_000280 ENSG00000007372 PAX6 AN|AN2|D11S812E|FVH1|MGDA|WAGR paired box 6 protein-coding 2.565 0.704 nan 1.084 0.123 0.632 0.383 0.108 0.006 1.416 1.274 0.087 0.017 0.085 0.047 1.044 0.496 0.210 0.446 0.236 0.208 0.048 0.009 0.929 0.061 0.064 0.068 1.044 0.013 0.972 1.196 0.111 0.345 0.041 0.477 0.082 0.209 0.460 0.570 0.019 0.050 0.290 0.660 0.217 2.737 0.091 0.743 0.649 5.223 6.323 0.870 0.719 1.624 0.713 0.415 0.327 5.353 7.537 0.111 0.090 0.761 0.465 0.414 0.637 2.719 2.166 0.202 nan 0.967 0.760 0.580 0.050 0.329 0.783 0.026 0.102 0.379 0.024 0.026 0.245 0.534 0.438 2.059 1.122 1.379 0.693 0.040 0.606 0.816 3.806 0.477 1.161 0.166 0.075 1.416 0.055 0.049 0.210 0.032 0.088 1.345 2.332 0.009 0.024 0.008 0.042 0.217 0.334 0.113 0.032 0.027 0.026 2.708 2.258 1338 chr18 52946803 52961028 + 0 NA intron (NM_001243228, intron 8 of 19) intron (NM_001243228, intron 8 of 19) 15937 NM_001243236 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 1.037 0.863 0.143 0.057 0.438 0.214 0.154 0.004 0.287 0.478 0.057 0.013 0.045 0.031 0.198 0.214 0.461 0.238 0.165 0.035 0.053 0.008 0.099 0.052 0.028 0.078 0.289 0.037 0.220 0.186 0.082 0.095 0.025 0.192 0.033 0.033 0.039 0.137 0.017 0.119 0.122 0.247 0.142 0.056 0.437 0.430 0.321 0.672 1.171 1.365 0.694 0.373 0.573 0.490 1.174 1.344 0.625 0.521 1.577 1.030 0.190 0.330 0.617 0.934 0.404 0.657 nan 1.895 0.087 0.030 0.007 0.188 0.028 0.176 0.133 0.077 0.026 0.090 0.067 0.261 0.026 0.013 0.027 0.088 0.083 0.063 0.040 0.059 0.028 0.287 0.020 0.013 0.461 0.009 0.006 0.230 0.040 0.107 0.033 0.006 0.005 0.031 0.082 0.052 0.155 0.011 0.020 0.008 0.004 2623 chr8 145128182 145139118 + 0 NA exon (NM_019037, exon 1 of 3) exon (NM_019037, exon 1 of 3) 128 NM_019037 54512 Hs.632041 NM_019037 ENSG00000178896 EXOSC4 RRP41|RRP41A|Rrp41p|SKI6|Ski6p|hRrp41p|p12A exosome component 4 protein-coding 4.171 2.082 nan 3.457 3.787 3.445 1.684 3.447 0.486 2.312 1.766 0.385 0.865 2.862 1.987 0.774 0.375 4.446 2.334 1.582 0.453 2.672 1.069 0.950 5.028 3.577 1.722 6.968 1.692 3.329 1.380 0.084 7.223 1.143 1.271 9.058 0.891 3.371 3.214 1.729 1.137 4.174 4.300 1.321 3.859 1.509 3.479 3.736 5.533 5.392 nan 5.275 nan 1.230 7.564 7.598 2.139 2.895 2.322 3.184 2.438 2.910 2.547 4.512 2.057 2.109 2.151 3.267 1.982 1.087 1.627 2.625 1.479 1.499 1.136 2.273 2.385 1.280 1.456 1.518 1.798 0.324 0.807 2.533 3.137 1.833 0.692 1.598 1.184 2.718 2.732 3.665 1.466 1.796 2.312 2.402 1.309 4.446 0.950 1.740 0.827 4.488 3.962 0.769 1.191 1.040 0.593 1.304 1.023 0.793 1.257 0.693 1.490 0.942 1182 chr17 38374519 38402516 + 0 NA intron (NM_133264, intron 1 of 7) AluSz|SINE|Alu 12943 NM_133264 147179 Hs.421622 NM_133264 ENSG00000171475 WIPF2 WICH|WIRE WAS/WASL interacting protein family member 2 protein-coding nan 1.472 1.252 0.323 2.325 0.992 0.461 0.478 0.896 0.625 0.608 0.244 0.288 0.713 0.431 0.387 0.351 0.444 0.343 12.516 0.084 0.540 0.139 0.345 0.560 0.215 0.473 1.615 0.162 0.512 0.391 0.092 1.165 0.239 0.389 0.497 0.087 0.239 0.459 0.313 0.203 0.555 0.978 0.500 0.368 0.208 0.778 0.943 0.727 1.138 nan 0.959 1.508 1.220 1.801 1.936 0.971 1.508 1.143 1.740 nan 0.744 0.459 0.701 0.493 0.577 1.792 3.335 0.718 0.613 0.469 0.493 0.185 0.148 0.128 0.560 0.218 0.560 0.387 0.306 0.561 0.099 0.297 0.534 0.273 0.156 0.292 0.187 0.207 0.337 0.619 0.346 0.254 0.393 0.625 0.770 0.248 0.444 0.165 0.279 0.252 0.585 0.276 0.326 0.081 0.361 0.215 0.320 0.176 0.911 0.212 0.186 0.128 0.103 225 chr1 159194870 159203901 + 0 NA Intergenic Intergenic 24336 NM_001122951 2532 Hs.153381 NM_002036 ENSG00000213088 ACKR1 CCBP1|CD234|DARC|DARC/ACKR1|Dfy|FY|GPD|GpFy|WBCQ1 atypical chemokine receptor 1 (Duffy blood group) protein-coding nan nan 1.975 0.069 0.024 0.259 0.125 0.095 0.040 0.084 0.098 0.073 0.021 0.035 0.049 0.053 0.297 0.071 0.285 0.264 0.178 0.075 0.047 0.093 0.123 0.063 0.117 0.278 0.049 0.136 0.085 0.127 0.123 0.013 0.084 0.040 0.167 0.375 0.330 0.024 0.009 0.177 0.170 0.154 0.043 0.126 1.256 0.998 13.499 9.451 0.242 nan 0.118 0.073 0.112 0.117 0.224 0.414 0.339 0.331 0.397 0.300 3.290 5.372 0.066 0.113 0.187 0.512 0.432 0.456 0.771 0.064 0.011 0.313 0.045 0.135 0.031 0.023 0.032 0.033 0.167 0.011 0.053 0.112 0.046 0.017 0.040 0.034 0.014 0.100 0.037 0.056 0.087 0.065 0.084 0.031 0.066 0.071 0.104 0.055 0.011 0.122 0.022 0.398 0.005 0.079 0.334 0.077 3.394 0.149 0.058 0.083 0.026 0.033 1447 chr19 41767014 41774733 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321211) promoter-TSS (NM_001321211) -82 NM_001301016 11100 Hs.155218 NM_007040 ENSG00000105323 HNRNPUL1 E1B-AP5|E1BAP5|HNRPUL1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 protein-coding 6.803 4.244 5.887 6.255 7.145 7.323 4.192 7.451 1.913 5.928 2.835 0.663 2.436 7.132 6.278 2.726 1.196 6.166 3.826 4.467 1.428 6.467 1.571 3.060 nan 4.929 5.985 8.090 2.653 5.776 6.757 0.234 5.551 3.634 3.941 7.430 1.114 4.788 5.398 3.603 1.374 4.128 7.251 3.706 4.814 3.251 6.195 6.079 6.908 9.105 11.859 11.169 9.247 6.555 19.085 20.779 5.183 6.418 7.421 12.078 12.438 13.489 9.808 13.600 7.695 9.687 9.920 8.210 4.421 2.233 4.881 3.434 3.470 4.031 2.534 7.034 2.856 3.855 5.862 6.327 4.183 2.295 3.671 10.304 6.468 2.116 2.990 2.353 2.247 6.032 11.095 13.851 3.135 3.073 5.928 9.517 2.209 6.166 3.487 3.671 1.575 6.242 2.809 3.294 3.040 1.582 1.811 2.912 3.739 3.015 3.186 2.123 3.840 3.044 330 chr1 235487731 235504732 + 0 NA intron (NR_036605, intron 1 of 2) AluSx1|SINE|Alu 4362 NR_036605 9453 Hs.730768 NM_004837 ENSG00000152904 GGPS1 GGPPS|GGPPS1 geranylgeranyl diphosphate synthase 1 protein-coding 3.571 3.096 2.456 2.793 2.249 2.643 1.488 1.869 0.679 1.645 1.691 0.209 0.498 1.886 0.864 1.910 1.211 2.195 1.452 2.057 0.350 1.799 1.066 0.935 2.857 1.784 1.705 3.791 0.669 2.252 1.792 0.178 5.126 0.459 0.699 1.180 0.381 2.520 1.588 1.650 0.873 2.647 4.377 1.529 2.258 1.310 2.530 2.583 4.750 7.180 5.109 4.587 nan 1.545 7.916 8.165 2.182 2.648 nan 3.457 2.963 3.014 0.912 2.023 0.992 1.206 3.110 4.066 nan 0.814 1.578 1.844 0.678 1.404 0.439 1.291 1.297 1.544 1.447 0.831 2.242 0.174 1.090 2.248 1.815 0.752 0.930 1.026 0.942 2.032 1.540 1.408 1.508 2.697 1.645 1.707 1.375 2.195 0.759 0.790 0.389 1.134 1.057 0.786 0.368 1.879 0.609 1.433 0.402 0.888 0.813 1.631 1.077 0.636 142 chr1 78440890 78451244 + 0 NA intron (NM_001317099, intron 1 of 3) intron (NM_001317099, intron 1 of 3) 199 NM_001317099 11080 Hs.13852 NM_007034 ENSG00000162616 DNAJB4 DNAJW|DjB4|HLJ1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B4 protein-coding nan 2.744 4.559 2.944 2.668 3.296 2.036 3.464 2.813 3.002 1.800 0.389 0.913 2.941 1.968 1.259 0.596 2.505 1.838 1.367 1.024 2.563 0.913 1.167 3.787 2.628 1.814 5.847 1.410 2.338 2.886 0.121 3.304 1.039 1.628 1.739 0.835 4.096 1.539 1.720 0.399 2.313 5.525 2.464 3.007 0.960 5.105 4.447 5.979 7.521 6.857 nan 5.545 3.714 12.098 12.835 4.710 nan 8.147 11.249 5.201 5.546 3.521 5.998 3.162 3.693 9.148 9.736 2.810 1.686 2.049 2.518 0.821 2.018 1.215 1.974 1.326 1.959 2.073 1.039 2.219 0.348 1.723 3.244 1.953 0.880 2.828 0.989 0.946 3.954 2.304 2.268 0.868 1.326 3.002 4.428 2.922 2.505 1.012 1.375 0.789 2.070 0.893 1.742 0.856 1.269 1.764 1.236 1.757 2.950 1.018 0.956 2.537 2.074 207 chr1 155209661 155215849 + 0 NA intron (NM_001005741, intron 1 of 11) MIRb|SINE|MIR -1686 NM_000157 2629 Hs.282997 NM_000157 ENSG00000177628 GBA GBA1|GCB|GLUC glucosylceramidase beta protein-coding 4.711 nan 3.814 3.400 1.903 3.586 1.802 2.857 0.601 3.345 3.579 1.355 1.599 3.093 3.508 0.921 0.559 3.787 3.470 1.644 0.160 2.657 1.564 0.910 3.732 0.859 1.682 15.370 1.501 1.728 3.083 0.259 3.270 2.644 1.070 1.829 0.901 4.473 1.517 1.892 0.218 2.301 4.169 1.953 2.123 2.072 4.372 4.256 4.136 5.812 7.039 nan 7.430 2.978 2.180 2.381 5.355 6.504 5.315 8.161 4.951 4.595 3.521 4.471 4.256 5.000 6.169 8.552 2.691 1.426 3.759 2.587 0.528 2.002 1.848 6.482 2.990 2.453 2.062 1.254 3.886 1.035 2.918 2.530 2.311 1.098 1.154 0.942 0.650 2.244 2.387 3.642 8.726 1.650 3.345 2.588 4.058 3.787 1.045 1.517 1.440 7.062 4.523 1.748 0.352 2.746 0.470 1.019 1.700 2.564 1.432 1.796 1.889 1.227 1510 chr2 2321284 2338416 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329847) promoter-TSS (NM_001329847) 93 NM_001329847 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.736 1.235 0.606 0.258 0.054 6.848 3.606 0.037 0.007 3.911 0.083 0.075 0.044 0.019 4.952 2.703 6.345 2.706 0.122 0.043 0.050 0.040 0.082 0.046 22.148 0.033 0.056 0.038 0.098 0.067 0.007 0.048 0.037 0.028 0.141 0.019 0.009 0.107 0.129 0.041 0.049 0.048 3.735 5.806 0.143 0.120 12.578 11.806 7.053 5.021 0.121 0.107 5.504 6.387 5.916 7.583 7.938 9.625 0.829 1.561 5.496 4.501 2.395 2.660 5.305 2.823 6.881 0.029 0.006 0.021 0.046 0.406 0.021 0.004 0.011 0.035 1.128 1.207 0.086 0.014 0.018 0.049 0.023 0.057 0.099 0.057 0.016 0.023 0.012 3.911 0.044 0.016 6.345 0.038 2.624 0.045 2.835 0.004 0.002 0.041 0.039 0.027 1.028 0.080 0.009 0.067 0.020 0.006 48 chr1 16463473 16518725 + 0 NA Intergenic Intergenic -8495 NM_004431 1969 Hs.171596 NM_004431 ENSG00000142627 EPHA2 ARCC2|CTPA|CTPP1|CTRCT6|ECK EPH receptor A2 protein-coding 1.529 0.824 nan 0.241 4.922 0.273 0.183 3.282 1.693 0.671 0.944 0.259 1.536 3.259 3.964 0.298 0.190 0.125 0.323 2.034 1.524 4.322 2.163 2.392 7.757 4.575 3.811 0.790 2.882 0.350 1.784 0.119 2.826 1.697 2.121 2.759 1.064 2.723 1.051 2.625 0.534 3.281 0.937 1.579 3.033 1.337 0.762 1.143 0.915 3.188 0.964 1.081 1.029 0.280 0.776 nan 0.591 nan 0.793 1.186 nan 0.505 0.479 0.601 0.213 0.303 0.428 0.831 0.846 0.551 0.073 3.867 1.994 1.835 0.174 0.050 0.347 2.352 2.374 2.338 1.588 0.022 0.134 5.970 4.548 1.787 1.394 0.199 0.268 3.934 3.252 5.298 0.829 1.988 0.671 6.125 4.742 0.125 1.969 2.318 0.207 5.361 0.307 4.902 2.357 2.036 2.914 0.245 0.173 0.173 3.280 1.934 2.623 1.929 1857 chr22 42223790 42243818 + 0 NA intron (NM_004599, intron 1 of 18) AluSp|SINE|Alu 4721 NM_004599 6721 Hs.443258 NM_004599 ENSG00000198911 SREBF2 SREBP-2|SREBP2|bHLHd2 sterol regulatory element binding transcription factor 2 protein-coding 2.159 nan 1.538 1.533 2.126 2.810 1.266 0.755 0.738 2.840 1.181 0.249 0.339 1.243 0.660 1.139 0.434 3.486 1.363 0.995 0.291 1.259 0.608 0.544 5.996 1.780 2.945 2.134 0.344 1.525 0.844 0.149 2.604 0.171 0.298 0.429 0.228 1.284 0.747 0.461 0.739 1.768 2.638 0.880 3.041 0.363 1.981 2.195 2.794 4.054 2.332 1.936 2.561 1.880 3.381 3.656 2.140 nan 2.034 3.332 nan 2.728 1.283 2.187 2.279 2.413 2.098 3.335 1.229 0.727 1.389 1.229 0.785 0.812 0.805 1.918 0.731 0.692 0.551 0.401 0.822 0.812 0.836 1.059 0.951 0.490 0.454 1.055 0.770 0.592 1.283 1.360 0.914 2.483 2.840 1.560 1.102 3.486 0.726 1.273 0.516 0.867 1.705 0.406 0.745 0.786 0.432 0.723 0.943 1.263 0.438 0.527 0.311 0.254 360 chr10 3843094 3873725 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -17733 NR_134490 105376365 Hs.460114 NR_134490 ENSG00000230573 LOC105376365 - uncharacterized LOC105376365 ncRNA 0.513 1.811 0.733 0.677 1.625 2.041 1.038 1.074 0.368 0.809 2.686 0.357 1.468 2.234 1.071 1.023 0.252 0.812 0.237 1.563 0.453 1.990 1.700 2.183 1.093 0.427 0.801 1.308 1.032 0.066 4.903 0.160 0.451 1.348 0.882 1.273 2.707 7.263 0.455 2.541 0.174 1.067 0.283 0.562 0.460 0.890 0.394 0.368 1.190 2.461 0.397 0.390 4.530 2.612 0.152 0.182 0.187 0.323 1.419 1.697 0.240 0.126 0.169 0.249 0.428 0.834 0.318 0.670 1.579 0.986 0.020 2.240 0.636 4.272 0.207 0.361 0.109 2.415 1.782 0.219 0.787 0.062 0.047 1.939 1.374 0.687 0.803 0.067 0.110 3.101 0.974 1.574 2.167 1.496 0.809 2.511 2.221 0.812 1.054 1.133 0.027 4.635 0.318 3.059 1.269 2.486 1.035 0.048 0.077 0.117 2.675 2.670 3.550 3.875 2321 chr6 50781507 50818926 + 0 NA intron (NM_003221, intron 3 of 6) intron (NM_003221, intron 3 of 6) 13777 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.760 1.403 nan 0.179 0.055 1.374 0.707 0.056 0.059 0.586 0.124 0.095 0.036 0.093 0.010 0.071 0.076 0.891 0.213 0.176 0.010 0.057 0.026 0.130 0.509 0.180 0.311 1.234 0.070 0.089 0.026 0.102 0.135 0.025 0.039 0.097 0.341 1.051 0.136 0.035 0.022 0.183 0.260 0.054 0.072 0.078 0.797 0.509 11.466 13.870 0.617 0.786 0.112 0.082 1.049 1.070 0.129 0.228 0.342 0.410 0.223 0.075 0.735 1.083 1.770 1.564 0.164 0.303 0.212 0.241 0.033 0.133 0.008 0.037 0.239 0.099 0.093 0.004 0.021 0.008 0.031 0.237 0.623 0.072 0.027 0.010 0.027 0.066 0.055 0.288 0.020 0.100 0.086 0.020 0.586 0.094 0.034 0.891 0.029 0.305 0.013 0.031 0.038 0.016 0.012 0.042 0.033 0.018 0.569 0.036 0.018 0.068 0.014 0.007 1988 chr3 181017577 181037033 + 0 NA intron (NR_075093, intron 2 of 4) intron (NR_075093, intron 2 of 4) 77780 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 0.895 1.093 0.718 0.141 0.105 0.344 0.184 0.071 0.051 0.459 0.123 0.206 0.029 0.071 0.010 0.226 0.283 0.123 0.208 0.127 0.111 0.011 0.141 0.066 0.058 0.044 0.623 0.045 0.104 0.050 0.087 nan 0.018 0.039 0.062 0.004 0.068 0.574 0.039 0.021 0.216 0.283 0.050 0.099 0.075 0.230 0.187 0.080 0.138 0.388 0.470 10.034 5.323 0.110 0.130 0.253 0.271 0.469 0.639 1.082 1.150 0.138 0.144 0.197 0.158 0.229 0.337 0.530 0.451 0.020 0.033 0.015 0.034 0.054 0.119 0.007 0.040 0.015 0.047 0.005 0.061 0.090 0.013 0.008 0.036 0.008 0.013 0.087 0.033 0.037 0.016 0.024 0.459 0.069 0.033 0.123 0.031 0.025 0.025 0.015 0.066 0.004 0.012 0.029 0.065 0.031 0.082 0.093 0.009 0.003 1076 chr16 69372319 69375220 + 0 NA promoter-TSS (NM_032382) promoter-TSS (NM_032382) -243 NM_032382 84342 Hs.130849 NM_032382 ENSG00000213380 COG8 CDG2H|DOR1 component of oligomeric golgi complex 8 protein-coding nan nan 3.467 6.117 4.650 3.597 1.838 6.132 0.471 4.052 2.285 0.332 2.012 4.918 5.119 1.561 0.764 2.889 3.194 3.232 0.982 4.179 1.451 3.265 3.589 3.026 3.453 4.274 3.626 4.874 3.136 0.078 7.934 1.788 2.827 3.649 1.583 5.829 6.518 3.117 2.070 6.144 8.382 2.760 4.430 2.013 5.752 3.993 3.568 5.961 5.124 5.263 5.612 1.917 9.693 9.763 3.614 nan 4.848 7.498 8.515 9.414 2.575 5.516 2.663 2.893 5.098 5.814 4.429 2.481 1.418 2.825 2.186 3.989 3.076 1.293 2.485 3.303 3.638 2.950 3.012 0.264 1.724 5.098 9.022 5.224 2.023 1.076 1.415 2.262 4.734 4.547 3.407 4.404 4.052 5.989 6.117 2.889 2.396 2.510 1.506 5.372 5.087 1.495 1.830 3.457 1.549 2.257 0.766 1.408 1.553 0.949 1.751 0.989 766 chr12 125088223 125189106 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -86654 NM_001206654 9612 Hs.137510 NM_006312 ENSG00000196498 NCOR2 CTG26|N-CoR2|SMAP270|SMRT|SMRTE|SMRTE-tau|TNRC14|TRAC|TRAC-1|TRAC1 nuclear receptor corepressor 2 protein-coding 1.405 1.283 1.709 0.158 0.318 0.496 0.227 0.317 0.604 0.480 0.420 0.183 0.478 0.656 0.104 0.190 0.161 0.579 0.515 0.540 0.196 0.169 0.588 0.363 3.612 0.935 0.613 1.108 0.761 0.183 0.195 0.109 1.158 0.114 0.275 0.187 0.138 0.149 0.306 0.321 0.208 1.093 0.641 0.201 1.332 0.266 0.561 0.862 0.346 0.906 0.793 0.844 nan 0.323 0.298 0.351 1.950 2.367 1.138 1.320 2.582 2.435 0.350 0.352 0.350 0.495 1.067 2.907 1.161 0.804 0.649 1.733 0.532 0.920 0.105 0.500 0.048 0.826 0.547 0.218 1.179 0.079 0.108 0.395 0.143 0.113 0.443 0.225 0.265 0.875 1.637 0.418 0.081 0.652 0.480 1.110 0.181 0.579 1.242 0.695 0.567 0.944 0.443 0.243 0.360 0.252 0.294 0.151 0.089 0.906 0.330 0.088 0.187 0.147 449 chr11 3114643 3118707 + 0 NA intron (NM_145638, intron 13 of 20) L1MC5|LINE|L1 -37994 NM_139273 833 Hs.274873 NM_001751 ENSG00000110619 CARS CARS1|CYSRS|MGC:11246 cysteinyl-tRNA synthetase protein-coding 0.635 0.876 1.032 0.086 0.106 0.274 0.039 1.615 0.015 0.283 0.240 0.119 0.769 0.886 0.077 0.153 0.227 0.327 0.176 0.216 0.030 0.085 0.918 0.382 0.229 0.079 0.120 0.562 0.071 0.053 0.054 0.081 0.097 0.958 0.095 0.735 0.038 0.100 0.390 0.456 0.019 0.257 0.167 0.341 0.190 0.308 0.464 0.740 0.247 0.472 0.494 0.631 0.543 0.085 0.176 0.196 0.297 0.778 0.091 0.151 0.570 0.350 0.291 0.343 0.239 0.300 0.285 0.219 0.597 0.575 0.041 1.824 0.745 0.087 0.103 0.379 0.215 0.074 0.057 0.024 0.020 4.185 9.701 3.397 0.093 0.075 0.019 2.620 0.100 0.245 0.096 0.099 0.283 0.159 0.160 0.327 0.031 0.062 0.156 5.634 0.047 0.801 0.031 0.272 0.060 0.113 0.088 0.049 0.958 0.370 0.099 0.076 1574 chr2 74790247 74796334 + 0 NA intron (NM_001321739, intron 7 of 10) MamGypLTR1b|LTR|Gypsy 12003 NM_001318868 1796 Hs.103854 NM_001381 ENSG00000115325 DOK1 P62DOK|pp62 docking protein 1 protein-coding nan nan 0.658 0.156 0.432 0.226 0.210 0.736 0.127 2.142 0.343 0.063 0.088 0.142 0.105 0.081 0.096 0.132 0.053 2.345 0.365 0.155 0.184 0.401 0.066 0.174 0.356 0.120 0.141 0.143 0.173 0.079 0.134 0.050 0.338 0.321 1.000 0.217 0.108 0.053 0.124 0.061 0.723 0.363 0.226 0.430 0.136 0.167 0.314 0.241 0.527 0.389 0.339 0.395 0.308 0.228 0.451 0.385 0.486 0.388 0.160 0.302 0.319 0.028 0.042 0.269 0.503 nan 0.556 0.027 0.164 0.516 1.088 0.064 0.058 0.045 0.658 0.330 0.194 1.921 0.016 0.168 0.606 0.109 0.025 0.026 0.013 0.019 5.737 0.107 0.139 0.039 0.120 0.127 0.070 0.030 0.096 0.041 0.055 0.155 0.116 1.254 0.007 0.157 7.881 0.030 0.032 0.103 1.925 0.106 0.020 0.033 1579 chr2 85959433 86027026 + 0 NA intron (NM_032827, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 12320 NM_032827 84913 Hs.135569 NM_032827 ENSG00000168874 ATOH8 HATH6|bHLHa21 atonal bHLH transcription factor 8 protein-coding nan 0.712 nan 0.250 0.112 0.470 0.201 1.484 0.059 0.871 0.912 0.149 0.314 0.314 0.120 0.155 0.167 1.029 1.130 0.697 0.145 0.228 0.100 0.258 1.127 0.260 0.362 1.725 0.138 0.329 0.114 0.105 0.328 0.581 0.491 0.980 0.392 0.573 0.281 0.322 0.069 0.782 0.144 0.147 0.139 0.498 0.770 1.306 0.694 2.421 1.953 1.483 0.699 0.188 0.488 0.581 2.941 3.999 1.045 0.773 1.801 1.980 0.329 0.340 0.376 0.466 1.136 2.877 2.016 1.168 2.766 0.603 0.282 1.872 0.383 0.249 0.043 0.760 0.453 0.331 1.788 0.126 0.098 0.279 0.216 0.102 0.067 0.326 0.355 0.330 1.995 0.588 1.038 1.336 0.871 0.226 0.367 1.029 0.354 2.049 1.027 0.659 0.510 0.909 0.022 0.264 0.244 0.220 0.060 0.889 0.320 0.059 0.036 0.023 659 chr12 14946777 14959135 + 0 NA intron (NM_016312, intron 3 of 11) intron (NM_016312, intron 3 of 11) 3445 NM_016312 51729 Hs.655138 NM_016312 ENSG00000084463 WBP11 NPWBP|PPP1R165|SIPP1|WBP-11 WW domain binding protein 11 protein-coding 2.542 1.187 1.820 1.988 1.012 1.462 0.716 0.752 0.170 0.696 0.434 0.052 0.353 0.602 0.373 1.278 0.736 1.017 1.067 1.041 0.180 1.097 0.341 0.340 1.428 1.039 0.751 2.177 0.237 0.530 0.973 0.159 1.060 0.211 0.595 1.560 0.135 0.732 1.092 0.407 0.402 1.134 1.927 0.711 1.083 0.613 1.056 0.886 1.639 2.533 nan 3.028 4.387 1.705 3.299 3.493 1.554 2.006 1.716 2.468 2.644 2.091 1.222 1.885 1.010 1.267 4.631 9.068 1.168 0.694 0.559 0.617 0.210 1.376 0.467 0.625 0.236 0.661 0.471 0.119 0.634 0.111 1.032 0.688 0.506 0.367 0.281 0.383 0.343 1.225 0.777 1.303 0.371 0.380 0.696 1.065 0.783 1.017 0.347 0.335 0.101 1.315 0.524 0.615 0.360 0.347 0.307 0.318 0.511 2.896 0.211 0.375 0.335 0.236 2763 chrX 153283660 153286238 + 0 NA TTS (NR_031757) TTS (NR_031757) 393 NM_001025242 3654 Hs.522819 NM_001569 ENSG00000184216 IRAK1 IRAK|pelle interleukin 1 receptor associated kinase 1 protein-coding 7.309 5.183 6.538 6.117 11.360 9.649 5.878 9.275 1.290 14.425 1.733 0.062 0.765 3.768 8.409 1.848 0.911 7.642 3.879 5.758 4.369 6.401 1.621 2.788 12.898 9.276 4.822 8.954 2.436 6.555 2.205 0.088 10.403 1.544 2.234 7.631 1.373 4.770 6.246 3.456 1.719 5.777 9.250 2.886 5.769 2.501 11.147 11.166 6.202 9.690 10.592 9.685 8.444 4.482 19.175 18.688 5.463 5.721 10.743 16.311 11.993 13.187 7.557 10.759 5.334 5.904 8.053 6.223 3.581 1.845 3.828 5.554 1.954 2.875 4.603 6.792 4.614 2.396 4.622 3.776 8.140 1.411 4.130 10.577 5.175 2.535 4.699 2.747 1.966 4.715 8.736 6.880 1.684 5.676 14.425 4.520 2.800 7.642 2.218 5.720 1.926 13.977 3.019 3.968 3.283 4.310 5.360 3.582 2.560 3.215 4.332 2.394 3.798 3.041 1141 chr17 20942581 20949424 + 0 NA exon (NM_015276, exon 1 of 13) exon (NM_015276, exon 1 of 13) 350 NM_015276 23326 Hs.462492 NM_015276 ENSG00000124422 USP22 USP3L ubiquitin specific peptidase 22 protein-coding nan nan nan 4.170 1.934 7.392 4.078 3.073 3.639 4.545 1.192 0.305 0.555 3.167 4.378 1.370 0.787 5.220 1.385 1.862 1.050 2.853 0.524 1.187 4.301 2.968 3.934 6.018 1.601 2.395 5.169 0.210 25.752 1.241 1.452 3.892 0.879 2.948 3.248 1.734 0.878 3.873 9.272 3.061 2.463 3.308 5.375 5.191 5.284 6.863 7.169 6.648 6.768 3.378 5.006 4.916 3.406 4.366 7.398 10.576 9.518 10.315 2.072 3.484 4.273 4.643 7.729 nan 1.708 0.840 3.022 1.433 1.272 1.547 2.070 2.939 1.543 1.014 1.263 1.358 4.586 0.877 1.911 5.155 4.617 1.869 2.305 1.523 1.274 2.861 5.484 5.567 1.892 1.555 4.545 4.274 5.090 5.220 1.594 1.560 1.261 7.853 4.515 1.595 1.221 3.095 0.961 1.669 1.010 2.942 3.239 0.565 2.163 1.293 682 chr12 32907213 32910138 + 0 NA exon (NM_001040436, exon 1 of 5) exon (NM_001040436, exon 1 of 5) 212 NM_001040436 51067 Hs.505231 NM_015936 ENSG00000139131 YARS2 CGI-04|MLASA2|MT-TYRRS|TYRRS tyrosyl-tRNA synthetase 2 protein-coding 5.084 nan 4.833 12.305 6.196 5.597 3.281 6.533 0.783 4.742 0.688 0.106 2.739 8.557 4.832 2.832 1.718 5.594 3.034 4.760 1.929 5.213 2.566 5.602 5.461 4.997 4.746 10.392 2.997 3.579 6.140 0.304 12.504 2.337 2.607 4.503 0.676 2.986 5.943 3.495 0.624 7.755 10.009 2.997 4.358 8.922 4.797 5.983 4.474 8.125 16.786 13.092 13.979 5.574 15.903 17.413 4.377 5.128 4.790 8.008 10.179 11.634 3.956 5.906 3.495 2.973 6.361 9.585 4.643 2.306 2.613 4.156 1.693 2.967 2.890 2.663 2.459 3.210 3.307 1.596 3.318 0.358 4.052 6.560 7.673 3.247 2.514 2.244 2.099 8.693 6.113 6.778 1.645 1.943 4.742 7.108 40.290 5.594 1.805 1.926 1.450 9.084 3.331 5.775 1.948 2.983 4.323 1.757 2.207 3.151 7.878 2.070 2.944 2.360 353 chr10 2143444 2200343 + 0 NA Intergenic Intergenic -53610 NR_106720 102465944 NR_106720 ENSG00000278069 MIR6072 hsa-mir-6072 microRNA 6072 ncRNA 0.359 0.550 0.587 0.040 0.037 0.275 0.120 0.087 0.058 0.222 0.104 0.129 0.003 0.047 1.121 0.069 0.082 0.170 0.086 0.167 0.039 0.042 0.019 0.178 0.104 0.092 0.064 0.167 0.095 0.064 0.051 0.086 4.826 0.142 0.073 0.021 0.056 0.138 0.182 0.068 0.018 0.253 0.057 0.118 0.024 0.170 0.332 0.178 0.146 0.208 0.243 0.342 0.180 0.094 0.058 0.055 0.112 0.208 0.333 0.359 0.184 0.096 0.100 0.158 0.026 0.045 0.127 0.210 0.326 0.328 0.013 0.509 0.081 0.039 0.009 0.073 0.007 0.001 0.010 0.016 0.356 0.003 0.023 0.818 0.040 0.023 0.052 0.011 0.019 0.074 0.050 0.103 0.414 0.224 0.222 0.038 0.031 0.170 0.022 0.042 0.063 0.583 0.014 0.010 0.007 0.453 0.096 0.016 0.017 0.032 0.414 0.116 0.068 0.076 375 chr10 24982681 24991405 + 0 NA intron (NM_020824, intron 2 of 25) intron (NM_020824, intron 2 of 25) 25554 NM_020824 57584 Hs.524195 NM_020824 ENSG00000107863 ARHGAP21 ARHGAP10 Rho GTPase activating protein 21 protein-coding 0.690 0.745 1.730 0.151 0.182 0.311 0.074 0.208 4.972 0.118 0.707 0.226 0.107 0.272 0.063 0.071 0.038 0.167 0.105 0.245 0.057 0.078 0.207 0.117 0.222 0.074 0.094 0.155 0.034 0.181 0.086 0.108 0.467 0.041 0.044 0.137 0.065 0.262 0.213 0.251 0.037 0.344 0.184 0.080 0.265 0.072 0.604 0.520 0.306 0.494 0.281 0.306 0.618 0.271 0.155 0.161 0.669 1.262 0.212 0.227 0.330 0.305 0.210 0.274 0.054 0.081 0.398 1.079 0.289 0.276 0.032 0.715 0.186 0.368 0.023 0.112 0.064 0.221 0.092 0.174 0.096 0.031 0.432 0.074 0.069 0.081 0.263 0.031 0.049 0.156 0.373 0.137 0.065 0.275 0.118 0.229 0.064 0.167 0.126 0.085 0.088 0.060 0.047 0.093 0.029 0.267 0.244 0.065 0.034 0.311 0.194 0.815 0.040 984 chr15 80840344 80893475 + 0 NA intron (NM_014862, intron 13 of 18) intron (NM_014862, intron 13 of 18) -6535 NR_049837 100847042 NR_049837 ENSG00000172379 MIR5572 - microRNA 5572 ncRNA 0.532 nan 0.611 0.125 0.657 0.423 0.244 0.290 0.072 0.161 0.343 0.091 0.478 0.640 0.178 0.112 0.123 0.196 0.254 0.178 0.594 0.196 1.422 0.154 6.225 0.988 1.413 0.616 1.052 0.165 0.045 0.075 0.993 0.547 0.180 1.069 0.372 1.239 0.688 0.905 0.603 2.262 0.533 0.194 0.668 0.331 0.359 0.447 0.342 0.534 0.279 0.290 0.606 0.239 0.281 0.270 0.730 1.125 0.423 0.412 0.443 0.261 0.287 0.319 0.073 0.086 0.166 0.206 0.444 0.368 1.112 2.172 0.086 0.598 0.147 0.272 0.045 1.262 0.817 0.023 0.064 0.018 0.064 0.583 0.183 0.115 0.356 0.048 0.059 1.141 0.561 0.039 2.172 3.851 0.161 0.415 1.568 0.196 2.011 1.634 0.031 0.125 0.103 0.861 0.096 0.396 1.399 0.065 0.061 0.040 0.559 0.362 0.077 0.040 2409 chr7 13052731 13120219 + 0 NA Intergenic Intergenic 359564 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.049 nan 0.130 0.243 0.304 0.151 0.145 0.039 0.125 0.284 0.120 0.076 0.130 0.044 0.175 0.194 0.225 0.295 0.338 0.072 0.164 0.086 0.222 0.604 0.245 0.872 0.378 0.212 0.668 0.303 0.174 0.377 0.073 0.074 0.295 0.026 0.086 0.287 0.076 0.022 0.390 0.287 0.281 0.158 0.151 nan 0.312 0.248 0.314 0.366 0.452 0.339 0.145 0.407 0.429 0.229 0.362 0.408 0.421 0.261 0.121 0.143 0.218 0.240 0.338 0.354 0.758 0.655 0.558 0.024 0.182 0.048 0.243 0.051 0.085 4.383 0.158 0.040 0.018 0.288 0.032 0.080 0.094 0.016 0.023 0.136 0.129 0.256 0.221 0.315 0.026 0.099 0.263 0.125 0.076 0.073 0.225 0.141 0.189 0.033 0.096 0.125 0.181 0.040 0.192 0.147 0.599 0.036 0.080 0.109 0.105 0.381 0.424 1155 chr17 29287201 29299667 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -4522 NM_032322 84282 Hs.29874 NM_032322 ENSG00000181481 RNF135 L13|MMFD|REUL|Riplet ring finger protein 135 protein-coding nan nan nan 0.303 0.693 0.343 0.168 2.689 0.729 0.584 0.713 0.348 1.715 3.134 1.562 0.051 0.098 0.231 0.337 1.137 0.407 1.406 0.918 1.490 0.809 0.425 1.675 0.327 0.658 0.154 1.588 0.191 3.571 0.796 0.876 1.893 0.524 1.857 2.330 1.463 0.884 2.357 2.650 0.985 1.303 0.667 0.509 0.433 0.804 1.250 0.552 0.480 2.458 0.735 1.174 1.116 0.810 1.014 3.682 5.557 1.661 1.313 0.494 0.481 0.352 0.328 0.955 nan 0.823 0.453 1.176 1.629 0.545 0.916 0.065 0.544 0.601 3.365 3.341 0.741 5.502 0.054 0.121 1.271 0.731 0.407 0.796 0.038 0.119 6.476 3.866 1.202 1.433 1.821 0.584 2.577 0.908 0.231 0.818 1.342 0.467 2.308 0.079 0.537 0.147 1.652 0.455 1.687 0.088 0.738 0.574 0.940 0.453 0.316 1485 chr19 49953829 49958325 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145396) promoter-TSS (NM_001145396) -396 NM_153329 126133 Hs.719998 NM_153329 ENSG00000161618 ALDH16A1 - aldehyde dehydrogenase 16 family member A1 protein-coding 6.778 3.299 6.080 3.986 5.516 10.318 5.950 6.050 0.713 4.562 2.692 0.820 1.826 4.259 6.336 2.652 1.093 4.465 3.093 5.256 0.881 3.850 1.289 2.592 8.159 3.799 4.346 9.241 1.452 2.996 5.531 0.239 3.938 1.260 2.872 2.643 1.114 4.977 5.113 3.028 1.248 3.903 9.037 2.243 7.085 2.459 5.905 5.610 6.309 9.801 10.060 8.706 14.347 6.098 16.217 18.352 7.290 8.570 8.539 12.524 12.889 12.213 3.193 4.427 6.850 10.034 6.987 9.702 5.330 2.419 5.250 3.136 2.200 4.314 2.553 5.574 1.943 1.531 1.530 1.740 4.815 1.592 2.542 7.665 4.294 2.167 1.302 1.327 1.106 3.037 6.871 3.640 3.668 3.414 4.562 5.171 1.973 4.465 3.037 4.233 1.973 5.783 3.099 2.307 3.229 2.964 2.172 1.719 1.696 3.394 2.161 0.942 2.741 1.876 788 chr13 52333341 52346291 + 0 NA Intergenic Intergenic 38482 NM_001031719 79758 Hs.266728 NM_024705 ENSG00000102796 DHRS12 SDR40C1 dehydrogenase/reductase 12 protein-coding 0.802 nan nan 0.433 0.183 0.193 0.086 0.362 0.029 0.115 0.351 0.100 0.282 0.415 0.045 0.085 0.083 0.617 0.267 0.513 0.029 0.156 0.351 0.344 1.312 0.341 0.103 0.728 0.180 0.171 0.041 0.076 0.229 0.146 0.041 0.313 0.012 0.075 0.260 0.329 0.025 0.211 0.135 0.229 0.090 0.338 0.545 0.722 0.200 0.359 0.626 0.680 nan 0.278 0.303 0.252 0.324 0.486 1.021 1.210 0.549 0.407 0.561 0.855 0.168 0.197 0.826 nan 0.341 0.263 0.654 0.290 0.030 0.149 0.504 3.985 0.021 0.129 0.094 0.034 0.112 0.029 0.183 0.229 0.065 0.030 0.386 0.037 0.028 0.133 0.124 0.104 0.012 0.099 0.115 0.254 0.100 0.617 0.123 0.013 0.075 0.130 0.086 0.037 0.032 0.085 0.077 0.063 0.352 0.295 0.052 0.109 0.022 0.011 128 chr1 59267397 59297081 + 0 NA intron (NR_108106, intron 1 of 1) intron (NR_108106, intron 1 of 1) 31416 NR_034015 100131060 Hs.680604 NR_034014 ENSG00000234807 LINC01135 - long intergenic non-protein coding RNA 1135 ncRNA 1.031 1.027 1.047 0.875 1.137 0.662 0.410 1.091 0.714 0.404 0.460 0.147 0.936 1.358 1.332 0.360 0.167 1.195 0.253 0.952 0.217 1.670 0.687 1.019 nan 0.859 1.836 0.878 1.082 0.252 0.271 0.117 0.669 0.568 0.635 0.971 0.733 2.296 0.373 0.876 0.259 0.713 0.643 0.685 2.023 0.511 0.382 0.537 0.421 0.598 1.211 1.104 3.098 0.903 0.951 1.047 0.917 1.416 1.657 1.788 0.511 0.307 0.427 0.545 0.620 0.784 0.252 nan 1.016 0.697 0.149 1.986 0.514 0.774 1.116 0.191 0.028 0.793 0.794 0.329 0.427 0.092 0.307 1.506 0.667 0.277 0.995 0.151 0.205 2.239 0.702 0.985 1.024 1.145 0.404 1.549 1.894 1.195 0.647 0.735 0.108 1.065 0.357 2.076 1.533 0.490 0.397 0.160 0.276 0.108 1.136 1.044 0.371 0.217 501 chr11 47125073 47160584 + 0 NA intron (NM_001003678, intron 3 of 8) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger 55848 NM_001242832 84364 Hs.436204 NM_032389 ENSG00000149182 ARFGAP2 IRZ|NBLA10535|ZFP289|ZNF289 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 2 protein-coding nan 1.925 1.054 1.281 0.095 1.744 0.963 0.130 0.404 0.524 0.139 0.104 0.046 0.107 0.021 0.195 0.224 1.254 0.137 0.321 0.017 0.069 0.015 0.112 0.630 0.078 0.132 0.947 0.029 0.527 0.073 0.125 0.402 0.020 0.123 0.105 0.016 0.171 0.293 0.043 0.025 0.186 0.169 0.122 0.168 0.079 0.666 0.744 0.690 0.687 1.036 1.057 4.060 1.179 0.373 0.416 0.614 0.901 1.272 1.560 0.298 0.190 1.044 1.595 1.069 1.119 0.371 nan 1.682 0.960 1.122 0.136 0.019 0.088 0.228 2.715 0.039 0.068 0.041 0.045 0.060 0.507 0.101 0.129 0.051 0.037 0.073 0.215 0.308 0.166 0.099 0.082 0.040 0.062 0.524 0.078 0.052 1.254 0.028 0.042 0.036 0.062 0.371 0.044 0.010 0.082 0.043 0.427 2.000 0.269 0.045 0.058 0.016 0.013 1313 chr18 35139177 35160043 + 0 NA Intergenic Intergenic -3610 NM_020180 56853 Hs.435976 NM_020180 ENSG00000101489 CELF4 BRUNOL4|CELF-4 CUGBP, Elav-like family member 4 protein-coding nan 2.041 1.089 2.168 0.049 1.983 1.109 0.075 0.012 4.076 0.022 0.023 0.027 0.026 0.030 0.916 0.701 3.626 0.748 0.140 0.030 0.059 0.005 0.158 0.208 0.122 0.007 3.462 0.102 0.089 0.042 0.177 0.034 0.054 0.044 0.042 0.076 0.143 0.031 0.023 0.253 0.124 0.111 0.028 0.179 1.846 2.300 0.246 0.351 6.205 5.707 4.412 1.680 0.128 0.141 1.460 1.825 nan 3.659 1.743 2.043 0.482 0.698 3.867 3.595 0.631 0.923 4.897 2.453 6.328 0.024 0.005 0.080 0.592 1.402 0.067 0.059 0.042 0.068 0.093 1.215 1.024 0.044 0.242 0.134 0.030 0.526 0.439 0.225 0.082 0.064 0.053 0.434 4.076 0.037 0.013 3.626 0.099 0.039 0.650 0.225 1.150 0.023 0.116 0.049 0.032 0.050 0.214 0.302 0.095 0.045 0.028 0.030 278 chr1 200117395 200124179 + 0 NA intron (NM_001276464, intron 6 of 6) intron (NM_001276464, intron 6 of 6) 108834 NM_001276464 2494 Hs.33446 NM_003822 ENSG00000116833 NR5A2 B1F|B1F2|CPF|FTF|FTZ-F1|FTZ-F1beta|LRH-1|LRH1|hB1F-2 nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 protein-coding 1.014 1.642 1.126 0.025 0.126 0.622 0.380 0.172 0.183 0.856 0.165 0.048 0.149 0.187 0.047 0.162 0.139 0.070 7.197 0.384 0.201 0.080 0.315 0.065 1.066 0.262 0.586 0.756 0.669 0.047 0.048 0.078 0.222 0.190 0.034 0.397 0.081 0.193 0.543 0.225 0.025 0.345 0.235 0.129 0.210 0.280 0.363 0.197 0.461 0.689 0.557 0.782 0.117 0.075 nan nan 0.602 0.994 0.478 0.467 0.425 0.116 0.089 0.186 0.544 0.564 0.163 0.300 0.751 0.698 0.033 0.390 0.042 0.311 0.029 0.076 0.041 0.337 0.128 0.006 0.256 0.098 0.289 2.051 0.027 0.035 0.437 0.058 0.018 0.160 0.535 0.137 0.419 0.336 0.856 0.186 0.721 0.070 0.073 0.085 0.015 0.679 0.130 0.025 0.429 0.261 0.084 0.043 0.033 0.096 0.110 0.042 0.008 1617 chr2 159971093 160018525 + 0 NA intron (NM_001145909, intron 5 of 26) intron (NM_001145909, intron 5 of 26) -48537 NR_106948 102465535 NR_106948 ENSG00000275141 MIR6888 hsa-mir-6888 microRNA 6888 ncRNA nan 0.917 nan 0.165 0.323 0.400 0.189 0.584 1.063 0.373 0.995 0.184 0.589 0.846 0.106 0.182 0.151 0.258 0.343 0.373 0.530 0.769 0.789 0.198 2.353 1.033 1.617 0.498 0.608 2.572 0.147 0.064 1.338 0.545 0.461 1.722 0.237 0.449 0.629 0.406 0.211 1.164 1.453 0.170 0.403 0.396 0.365 0.314 0.559 1.090 0.349 0.451 0.527 0.148 0.415 0.475 0.981 1.401 0.405 0.490 1.355 1.301 0.276 0.431 0.155 0.228 0.531 1.149 0.407 0.405 0.133 1.138 0.054 1.268 0.051 0.110 0.035 1.991 1.471 0.111 1.902 0.042 0.107 0.376 0.219 0.113 0.688 0.671 0.825 0.190 0.245 0.345 0.126 0.407 0.373 1.082 1.320 0.258 0.497 0.205 0.281 0.161 0.091 0.305 0.074 0.271 1.283 1.989 0.100 0.426 0.378 0.640 0.037 0.018 490 chr11 44958172 44991541 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -1999 NM_001258324 9537 Hs.554791 NM_006034 ENSG00000175274 TP53I11 PIG11 tumor protein p53 inducible protein 11 protein-coding nan 2.408 2.010 0.564 0.063 3.846 1.968 0.123 0.192 1.255 0.375 0.131 0.023 0.063 0.046 0.513 0.311 1.285 0.482 0.405 0.163 0.198 0.054 0.366 1.706 0.524 1.804 3.081 0.051 0.195 0.461 0.089 1.049 0.088 0.114 0.239 0.056 0.086 0.376 0.259 0.048 0.577 0.270 0.103 0.099 0.140 0.802 1.645 0.552 0.832 2.124 1.704 2.369 0.633 0.135 0.114 1.592 2.232 0.443 0.753 3.815 3.693 0.631 0.771 0.962 0.967 0.976 nan 1.310 0.838 2.395 0.645 0.132 0.080 0.156 1.154 0.062 0.255 0.153 0.126 0.066 0.322 0.575 0.218 0.172 0.152 0.249 0.038 0.040 0.162 1.039 0.097 0.169 0.584 1.255 0.060 0.474 1.285 0.173 0.414 2.299 0.679 0.131 0.004 0.087 0.283 0.191 0.062 0.181 0.552 0.073 0.037 0.074 0.026 2650 chr9 14173191 14187072 + 0 NA intron (NM_001190737, intron 2 of 10) intron (NM_001190737, intron 2 of 10) 670 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.311 0.646 0.616 0.860 0.507 0.134 0.018 0.193 0.383 0.081 0.028 0.152 0.095 0.802 0.605 0.383 0.151 0.385 0.080 0.059 0.007 0.122 0.663 0.244 0.975 1.413 0.337 0.138 0.102 0.115 0.260 0.017 0.028 0.067 0.058 0.174 0.181 0.243 0.240 0.484 1.014 0.086 0.159 0.119 0.245 0.174 3.351 7.654 0.465 0.518 2.316 0.687 0.177 0.163 7.595 9.337 0.753 0.817 0.262 0.116 0.257 0.328 1.864 2.912 0.232 0.534 2.678 1.296 0.534 0.250 0.695 0.217 0.044 0.084 0.010 0.094 0.031 0.000 0.104 0.522 0.097 0.053 0.013 0.034 0.045 0.073 0.166 0.088 0.152 0.046 0.034 0.087 0.193 0.093 0.107 0.383 0.142 0.071 0.034 0.013 0.051 0.044 0.382 0.040 0.177 0.133 0.043 0.035 0.274 0.041 0.050 0.018 1843 chr22 35746323 35784186 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -11806 NM_002133 3162 Hs.517581 NM_002133 ENSG00000100292 HMOX1 HMOX1D|HO-1|HSP32|bK286B10 heme oxygenase 1 protein-coding nan 0.948 0.982 0.204 0.506 0.642 0.367 0.799 0.313 0.736 0.536 0.217 0.973 1.713 2.058 0.168 0.122 0.562 0.539 0.688 0.082 0.971 0.605 0.494 nan 0.621 0.483 0.749 0.534 0.633 0.638 0.090 0.326 0.221 0.228 0.640 0.739 1.397 0.700 0.585 0.323 0.528 2.205 0.765 1.252 0.130 0.890 1.177 0.865 nan 0.727 0.667 2.699 0.330 0.732 0.744 0.757 nan 0.775 1.186 2.572 2.085 0.385 0.413 0.902 3.505 0.971 nan 0.762 0.509 0.290 1.286 0.578 1.563 0.079 0.223 0.352 0.710 0.496 0.587 2.063 0.081 0.122 1.232 1.858 0.929 0.250 0.185 0.245 0.747 1.765 0.984 1.145 2.255 0.736 4.019 1.092 0.562 0.485 0.586 0.249 1.854 0.811 0.330 0.220 1.356 0.174 0.423 0.169 0.444 0.581 0.660 0.246 0.134 155 chr1 109355817 109360161 + 0 NA TTS (NM_152763) TTS (NM_152763) 41737 NM_152763 254268 Hs.729441 NM_152763 ENSG00000162641 AKNAD1 C1orf62 AKNA domain containing 1 protein-coding 5.331 4.525 3.060 1.753 0.410 0.445 0.404 0.215 0.058 2.569 6.317 0.467 0.522 0.630 0.102 0.322 0.147 3.632 0.435 0.298 0.057 1.140 0.431 0.320 0.387 0.087 0.098 0.648 0.724 0.148 0.125 0.073 0.254 0.687 0.280 1.252 0.473 0.666 0.172 0.467 0.073 0.634 0.261 0.939 1.400 0.548 0.752 1.022 0.450 0.998 1.333 nan 9.800 9.842 0.324 0.368 6.109 6.635 nan nan 2.719 2.412 0.272 0.620 7.193 6.850 1.488 3.303 1.417 0.862 1.637 1.342 0.539 1.690 0.679 2.207 1.247 0.942 0.084 0.158 0.792 0.385 0.730 0.142 0.143 0.261 0.018 0.088 7.108 0.091 0.544 0.424 0.656 2.569 1.685 0.507 3.632 0.085 0.095 0.771 0.173 1.054 0.773 0.074 1.759 0.327 0.132 0.361 0.412 1.527 0.347 0.358 0.268 387 chr10 49585098 49610457 + 0 NA intron (NM_139049, intron 3 of 13) L2a|LINE|L2 -11878 NM_001278548 5599 Hs.138211 NM_002750 ENSG00000107643 MAPK8 JNK|JNK-46|JNK1|JNK1A2|JNK21B1/2|PRKM8|SAPK1|SAPK1c mitogen-activated protein kinase 8 protein-coding 0.620 nan 0.650 0.148 0.506 0.229 0.121 0.169 2.961 0.060 0.124 0.063 0.127 0.178 0.045 0.068 0.076 0.078 0.134 0.064 0.107 0.123 0.128 0.110 0.165 0.048 0.078 0.251 0.140 0.059 0.043 0.080 0.201 0.284 0.159 0.110 0.047 0.068 0.153 0.120 0.025 0.390 0.119 0.134 0.183 0.119 0.338 0.320 0.307 0.756 0.185 0.259 0.296 0.154 0.298 0.367 0.301 0.463 0.435 0.455 0.262 0.150 0.075 0.160 0.064 0.084 0.290 0.453 0.288 0.257 0.176 0.350 0.141 0.261 0.047 0.142 0.005 0.053 0.037 0.035 0.071 0.011 0.075 0.113 0.036 0.028 0.049 0.012 0.014 0.116 0.116 0.120 0.028 0.050 0.060 0.076 0.242 0.078 0.126 0.125 0.033 0.043 0.052 0.067 0.209 0.163 0.211 0.018 0.027 0.112 0.219 0.127 0.043 0.048 2626 chr8 145513442 145517484 + 0 NA promoter-TSS (NM_015201) promoter-TSS (NM_015201) 212 NM_005526 3297 Hs.530227 NM_005526 ENSG00000185122 HSF1 HSTF1 heat shock transcription factor 1 protein-coding 5.703 2.472 nan 4.538 5.792 3.396 1.821 4.081 0.597 2.628 1.971 0.440 0.902 5.235 2.548 1.162 0.802 5.185 2.553 1.597 0.735 4.819 1.538 1.541 5.291 5.022 2.968 6.944 1.596 3.871 1.371 0.065 10.940 1.370 1.835 13.248 1.671 5.931 6.643 2.365 1.212 5.832 5.804 1.387 5.807 1.510 3.615 3.204 3.652 6.101 4.950 6.045 5.266 2.210 8.059 7.834 2.360 3.425 3.652 5.339 4.748 5.371 2.727 5.543 4.966 6.154 3.957 5.947 2.666 1.662 1.412 3.746 2.333 1.834 1.484 3.152 2.226 1.959 1.760 2.468 2.514 0.923 1.173 4.989 3.944 2.651 0.802 2.370 1.942 3.423 5.035 5.715 2.519 2.339 2.628 8.469 1.811 5.185 1.182 2.393 0.723 7.313 3.488 0.899 1.777 1.791 0.889 1.195 1.019 1.988 1.065 1.008 1.610 0.717 1913 chr3 69809766 69822564 + 0 NA intron (NM_006722, intron 1 of 9) intron (NM_006722, intron 1 of 9) 3203 NM_006722 4286 Hs.166017 NM_000248 ENSG00000187098 MITF CMM8|MI|WS2|WS2A|bHLHe32 melanogenesis associated transcription factor protein-coding 0.541 nan 0.677 0.090 0.322 0.150 0.062 0.680 0.185 0.051 1.065 0.125 0.548 0.766 4.906 0.012 0.058 0.019 0.117 0.274 0.194 2.328 1.998 2.829 0.707 0.311 0.457 0.224 1.169 0.125 0.212 0.070 0.822 0.349 0.410 1.998 0.364 0.902 0.131 2.992 0.045 0.162 0.095 0.551 0.962 1.036 0.157 0.083 0.613 2.344 0.195 0.238 0.081 0.033 0.123 0.136 0.227 0.439 0.294 0.279 0.322 0.211 0.127 0.203 0.029 0.043 0.179 nan 0.432 0.483 0.031 2.041 1.189 1.077 0.039 0.104 0.011 2.501 2.196 1.101 0.906 0.023 0.046 0.842 0.339 0.229 0.598 0.042 0.161 0.117 0.368 0.013 0.875 0.768 0.051 0.624 3.746 0.019 0.086 0.730 0.115 0.251 0.047 0.758 0.184 3.181 0.617 0.170 0.023 0.087 0.784 3.709 0.072 0.024 1112 chr17 4845492 4857439 + 0 NA intron (NM_005022, intron 1 of 2) CpG 916 NM_005022 5216 Hs.494691 NM_005022 ENSG00000108518 PFN1 ALS18 profilin 1 protein-coding 4.484 1.979 3.464 2.936 2.702 5.857 2.878 3.681 1.940 4.326 1.804 0.256 1.002 3.043 7.455 1.642 0.676 3.838 1.722 2.276 1.797 3.267 0.996 2.994 6.336 4.337 3.708 6.264 1.519 2.193 2.434 0.091 5.051 1.496 2.247 3.027 1.147 3.592 2.968 2.186 1.171 3.947 6.442 2.343 2.657 1.441 3.942 5.821 3.417 4.353 5.052 3.725 4.768 1.497 7.136 7.065 1.704 2.967 6.062 7.446 4.508 4.886 1.353 2.733 2.027 1.898 3.863 6.555 1.590 0.588 4.356 2.656 2.004 3.482 2.931 2.965 1.740 1.033 1.747 2.023 5.260 0.590 1.904 17.413 4.960 1.862 3.029 1.817 1.346 5.343 8.787 4.450 2.243 2.377 4.326 3.946 6.933 3.838 2.535 1.975 1.456 10.644 4.273 2.736 2.075 3.950 3.324 2.020 1.632 3.944 3.363 1.233 4.184 2.641 626 chr12 2984887 2988512 + 0 NA promoter-TSS (NM_001243089) promoter-TSS (NM_001243089) 334 NM_001252500 83695 Hs.198853 NM_001252499 ENSG00000171792 RHNO1 C12orf32|HKMT1188|RHINO RAD9-HUS1-RAD1 interacting nuclear orphan 1 protein-coding 7.363 nan 5.281 13.352 5.831 6.536 3.104 7.925 1.903 5.680 5.187 0.634 1.570 3.410 6.125 4.299 2.085 9.264 2.471 4.385 2.459 7.009 1.982 2.451 11.059 4.278 4.874 16.982 1.558 4.444 7.633 0.329 7.060 2.193 4.009 8.253 0.866 3.409 7.485 3.148 2.097 6.019 11.635 5.173 4.785 4.692 4.221 3.941 9.419 12.086 16.772 13.660 12.199 5.626 13.820 14.146 5.895 7.970 8.721 18.824 6.175 5.662 3.145 5.532 8.407 9.137 6.947 9.046 2.807 1.752 6.753 3.706 2.133 3.744 2.043 6.857 1.777 3.924 5.515 2.505 5.421 1.731 6.015 6.692 6.430 2.407 3.558 2.859 2.340 9.479 7.039 10.231 2.493 2.829 5.680 5.808 5.001 9.264 2.281 1.973 3.030 17.101 1.571 7.220 4.524 2.505 4.104 3.242 1.500 3.275 2.181 2.835 4.336 2.437 1294 chr18 979819 1004872 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 87148 NM_001117 116 Hs.531719 NM_001117 ENSG00000141433 ADCYAP1 PACAP adenylate cyclase activating polypeptide 1 protein-coding 1.104 0.864 1.225 1.960 0.087 0.563 0.342 0.294 0.010 0.113 0.104 0.051 0.397 0.420 0.047 0.225 0.191 1.039 0.289 0.196 0.267 0.076 0.034 0.035 0.108 0.076 0.137 nan 0.076 0.085 0.056 0.136 0.280 0.014 0.039 0.044 0.172 0.283 0.327 0.061 0.054 0.128 0.401 0.177 0.233 0.062 0.278 0.196 0.171 0.333 1.167 1.344 nan 1.361 0.295 0.307 0.662 nan 2.601 2.761 nan 0.735 0.142 0.183 0.793 1.179 0.260 nan nan 1.319 0.686 0.062 0.018 2.446 0.883 0.132 0.011 0.196 0.089 0.074 0.567 0.187 0.270 0.124 0.192 0.150 0.089 0.071 0.102 0.283 0.026 0.102 0.031 0.122 0.113 0.181 0.011 1.039 0.318 0.153 0.275 0.035 1.023 1.502 0.012 0.177 0.917 0.033 0.091 0.094 0.018 0.027 0.011 0.002 461 chr11 12762831 12811957 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) intron (NM_021961, intron 3 of 12) 91425 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.059 nan 1.661 1.249 0.348 0.804 0.425 0.347 0.212 0.961 0.651 0.085 0.212 0.509 0.304 1.003 0.524 2.650 0.754 0.287 0.227 0.216 0.187 0.169 1.059 0.254 0.356 1.243 0.166 0.224 0.066 0.057 0.411 0.101 0.618 0.442 0.154 0.406 0.370 0.307 0.047 0.503 0.184 0.286 0.443 0.230 nan 1.235 0.831 1.200 2.740 2.778 2.047 0.724 0.873 0.918 1.390 nan 2.524 2.451 0.772 0.635 0.466 0.864 1.663 1.833 0.521 1.602 2.491 nan 1.885 0.657 0.132 0.355 0.197 1.967 0.048 0.466 0.224 0.255 0.316 0.366 0.439 0.492 0.206 0.137 0.139 0.198 0.297 0.336 0.573 0.241 0.127 0.303 0.961 0.401 0.247 2.650 0.188 0.174 0.130 0.231 0.260 0.352 0.030 0.394 0.480 0.199 0.377 0.316 0.376 0.168 0.108 0.064 2712 chr9 130417430 130427572 + 0 NA intron (NM_001032221, intron 5 of 18) intron (NM_001032221, intron 5 of 18) 30573 NR_037473 100500872 NR_037473 ENSG00000279571 MIR3911 mir-3911 microRNA 3911 ncRNA nan 0.861 5.427 0.321 0.065 0.538 0.372 0.091 0.012 0.163 0.200 0.162 0.019 0.137 0.037 0.502 0.187 0.474 2.388 0.150 0.024 0.106 0.010 0.109 0.256 0.102 0.081 0.333 0.058 0.116 0.022 0.080 0.236 0.060 0.046 0.016 0.115 0.264 0.075 0.032 0.090 0.134 0.118 0.120 0.085 0.487 1.032 0.271 0.359 2.146 2.265 nan 0.188 0.386 0.346 2.366 2.666 2.760 3.379 8.131 7.424 0.203 0.342 1.213 1.621 2.405 5.118 2.377 1.418 0.098 0.111 0.056 0.074 0.030 0.264 0.048 0.007 0.067 0.064 0.302 1.700 0.147 0.053 0.023 0.083 0.054 0.060 0.118 0.048 0.124 0.032 0.099 0.163 0.071 0.028 0.474 0.048 0.105 2.344 0.053 0.250 0.027 0.016 0.054 0.044 0.054 0.039 1.012 0.037 0.019 0.045 0.015 1562 chr2 61107777 61110544 + 0 NA promoter-TSS (NR_033980) promoter-TSS (NR_033980) 530 NM_001291746 5966 Hs.631886 NM_002908 ENSG00000162924 REL C-Rel REL proto-oncogene, NF-kB subunit protein-coding 4.695 2.081 3.715 2.662 6.631 3.797 2.205 5.171 3.767 2.595 3.096 0.125 2.727 6.703 7.915 3.466 1.649 4.058 2.585 5.162 0.940 4.886 2.157 3.629 13.742 10.391 6.575 10.989 2.718 2.886 5.717 0.201 11.740 2.282 3.173 5.769 4.384 13.375 7.732 5.205 3.239 5.905 14.667 4.279 5.831 2.480 3.707 5.471 10.904 14.897 6.978 6.452 7.194 4.436 20.304 21.000 5.775 6.749 6.889 12.695 7.129 8.956 3.343 7.261 2.285 2.256 7.779 7.809 4.506 2.653 0.331 4.158 2.341 5.984 2.517 5.515 2.724 4.296 4.038 3.395 5.205 0.188 3.584 10.109 5.775 2.367 2.997 2.319 2.225 4.082 9.010 5.165 5.318 6.387 2.595 11.153 3.744 4.058 3.822 5.893 1.158 15.122 5.320 2.040 1.158 3.115 1.229 1.505 2.070 3.008 3.815 3.066 2.406 1.545 1426 chr19 35737639 35744873 + 0 NA exon (NM_001260490, exon 2 of 7) exon (NM_001260490, exon 2 of 7) 1697 NM_205834 51599 Hs.466507 NM_015925 ENSG00000105699 LSR ILDR3|LISCH7 lipolysis stimulated lipoprotein receptor protein-coding 1.253 2.800 3.564 7.756 6.424 3.721 2.302 0.539 5.438 0.493 0.073 0.133 1.528 4.118 3.386 1.102 0.670 3.196 1.095 3.904 0.890 3.173 1.181 2.413 5.685 3.719 3.880 14.933 1.561 2.956 3.806 0.172 2.399 0.115 0.242 1.884 0.042 0.143 2.558 2.326 1.152 3.147 3.376 0.096 2.947 1.317 2.955 4.645 4.104 6.501 6.285 6.859 5.614 3.847 9.600 10.391 0.165 0.249 6.685 7.484 nan 0.115 5.823 8.566 3.428 3.172 0.171 0.201 2.851 1.802 3.158 1.699 1.873 0.013 2.123 3.467 1.841 1.003 0.870 1.533 0.036 1.062 0.819 4.130 4.195 1.834 1.678 1.284 0.739 0.140 0.529 2.935 2.289 1.615 0.493 5.909 0.787 3.196 2.604 3.368 0.479 1.762 0.057 0.037 2.327 0.960 1.277 1.844 1.964 0.048 0.744 2.036 0.024 0.042 257 chr1 172897020 172904258 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 119464 NM_005092 8995 Hs.248197 NM_005092 ENSG00000120337 TNFSF18 AITRL|GITRL|TL6|TNLG2A|hGITRL tumor necrosis factor superfamily member 18 protein-coding nan nan nan 0.416 1.163 0.179 0.066 1.728 1.219 3.816 0.461 0.859 1.008 0.802 0.087 0.220 0.049 0.264 1.242 1.869 0.452 1.209 0.420 1.581 0.468 0.373 0.301 1.075 0.090 0.060 0.084 2.502 0.863 0.431 1.081 0.863 2.260 1.054 0.994 0.919 1.226 1.369 0.615 0.855 0.860 0.559 0.319 1.571 3.480 nan 0.325 0.304 0.117 0.299 0.333 0.424 0.530 0.775 0.360 0.390 0.264 0.295 0.543 0.093 0.236 0.136 nan 0.382 0.450 0.023 2.879 0.492 3.872 0.358 0.061 0.019 1.952 1.397 0.462 7.646 0.013 0.055 2.844 4.325 1.875 0.773 0.106 0.119 2.763 1.549 1.178 1.070 1.257 1.219 0.785 1.393 0.049 0.589 0.457 0.069 1.759 0.592 2.890 0.627 0.795 4.800 0.142 0.123 0.050 1.656 3.259 0.772 0.895 1358 chr18 72599418 72618668 + 0 NA intron (NM_001146189, intron 6 of 6) intron (NM_001146189, intron 6 of 6) 266124 NM_001146189 55628 Hs.536490 NM_017757 ENSG00000215421 ZNF407 - zinc finger protein 407 protein-coding nan nan 0.904 0.264 0.097 1.085 0.583 0.189 0.016 1.058 0.088 0.092 0.029 0.039 0.013 3.213 1.389 1.731 0.161 0.393 0.006 0.056 0.049 0.116 0.318 0.077 0.048 4.680 0.175 0.106 0.056 0.080 0.112 0.119 0.051 0.134 0.012 0.064 0.145 0.062 0.017 0.064 0.066 0.101 0.270 0.054 0.596 0.546 0.838 0.793 0.984 nan 1.307 0.417 0.446 0.439 0.336 0.566 3.491 nan 0.535 0.204 1.620 2.652 2.293 3.371 0.245 0.444 1.362 0.788 0.043 0.188 0.020 0.205 0.100 0.262 0.017 0.112 0.019 0.016 0.134 0.339 0.260 0.086 0.006 0.008 0.036 0.020 0.051 0.042 0.059 0.066 0.016 0.142 1.058 0.030 0.091 1.731 0.044 0.030 0.025 0.034 0.943 0.060 0.571 0.099 0.087 0.028 2.806 0.090 0.417 0.044 0.012 0.008 951 chr15 63738410 63744157 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -55427 NR_046341 9960 Hs.458499 NM_006537 ENSG00000140455 USP3 SIH003|UBP ubiquitin specific peptidase 3 protein-coding 0.944 1.384 nan 1.178 0.054 0.878 0.389 0.367 0.029 0.599 0.180 0.028 0.066 0.054 0.076 1.612 0.844 2.241 0.338 0.296 0.022 0.071 0.019 0.200 0.278 0.057 0.116 0.956 0.051 0.167 0.019 0.041 0.153 0.020 0.045 0.158 0.014 0.092 0.276 0.037 0.069 0.161 0.074 0.062 0.188 0.048 1.523 1.787 7.919 7.130 2.092 1.752 nan 1.408 0.337 0.365 0.766 0.770 1.895 1.624 0.845 0.700 0.443 0.515 1.897 1.175 0.366 1.354 1.887 1.138 0.144 0.061 0.128 0.103 1.029 0.083 0.090 0.051 0.234 0.320 0.194 0.054 0.060 0.041 0.040 0.054 0.065 0.086 2.961 0.062 0.340 2.330 0.599 0.062 0.065 2.241 0.085 0.188 0.169 0.051 0.211 0.024 0.022 0.054 0.079 0.091 0.068 0.193 0.049 0.067 0.030 782 chr13 41234240 41242058 + 0 NA intron (NM_002015, intron 1 of 2) AluSc5|SINE|Alu 2585 NM_002015 2308 Hs.370666 NM_002015 ENSG00000150907 FOXO1 FKH1|FKHR|FOXO1A forkhead box O1 protein-coding 2.188 1.223 2.324 1.181 1.080 0.565 0.416 2.113 1.383 0.577 1.169 0.207 0.559 1.792 0.170 0.100 0.084 1.612 0.157 1.848 0.222 0.382 0.381 1.096 1.576 1.405 0.470 4.852 0.149 0.492 1.591 0.095 1.127 0.527 0.900 2.777 0.182 0.651 1.295 0.684 1.049 5.474 4.494 0.869 1.416 1.122 0.485 0.666 0.796 1.407 2.182 1.777 0.549 0.213 0.392 0.417 3.081 4.622 0.528 0.826 3.499 4.879 0.371 0.538 0.124 0.103 1.289 2.437 0.212 0.221 1.817 0.721 0.427 0.933 0.677 1.002 0.532 0.815 0.775 0.509 1.808 0.025 0.692 2.330 1.460 0.841 0.305 1.567 1.068 0.335 2.285 1.496 2.303 2.051 0.577 1.633 0.367 1.612 1.502 1.814 0.327 1.441 0.391 0.320 0.043 0.675 0.273 0.191 0.105 0.604 1.283 0.109 0.442 0.314 85 chr1 39317101 39330456 + 0 NA intron (NM_022157, intron 1 of 6) intron (NM_022157, intron 1 of 6) 1717 NM_022157 64121 Hs.532461 NM_022157 ENSG00000116954 RRAGC GTR2|RAGC|TIB929 Ras related GTP binding C protein-coding 12.385 nan 1.296 2.312 0.659 1.001 0.419 0.502 0.176 0.614 1.171 0.264 0.228 0.706 0.171 0.460 0.363 1.668 0.606 0.582 0.287 0.496 0.206 0.355 0.582 0.499 0.653 2.395 0.230 1.746 0.820 0.187 0.936 0.140 0.380 0.952 0.190 0.677 0.509 0.317 0.113 0.599 1.312 0.991 0.628 0.405 0.729 1.053 1.436 1.668 1.528 1.702 nan 0.317 1.319 1.463 1.374 1.772 5.967 7.858 nan 0.557 1.264 2.047 0.285 0.421 1.092 2.127 28.669 18.519 0.418 0.767 0.186 0.367 0.194 0.719 0.518 0.335 0.401 0.601 0.243 0.050 0.299 0.625 0.375 0.268 0.138 0.234 0.182 0.727 0.451 0.835 0.408 0.330 0.614 0.813 0.623 1.668 0.162 0.401 0.100 0.605 0.327 0.340 0.211 0.385 0.508 0.646 0.436 0.280 0.227 0.349 0.362 0.267 809 chr13 100461791 100469617 + 0 NA intron (NR_120421, intron 1 of 4) intron (NR_120421, intron 1 of 4) -84449 NR_120383 101927465 Hs.130690 NR_046525 CLYBL-AS1 - CLYBL antisense RNA 1 ncRNA 0.931 1.035 0.741 0.137 0.084 0.194 0.142 0.078 0.016 0.752 0.409 0.143 0.823 0.629 0.100 0.106 0.107 0.143 0.218 0.070 0.120 0.233 0.069 0.247 0.042 0.054 0.456 0.056 0.070 0.027 0.085 0.101 0.404 0.020 0.684 2.562 9.076 0.214 0.489 0.031 0.057 0.054 0.306 0.037 0.066 0.703 0.553 0.375 0.448 0.448 0.645 0.615 0.304 0.136 0.121 0.663 nan 0.267 0.369 0.377 0.366 0.169 0.298 0.336 0.275 0.322 nan 0.169 0.128 0.114 0.149 0.012 0.071 0.026 0.210 0.036 0.453 0.139 0.019 0.061 0.105 0.214 0.318 1.094 0.420 0.059 0.043 0.030 0.486 0.082 0.108 0.020 0.049 0.752 0.527 0.036 0.107 0.015 0.042 0.478 0.052 0.065 1.037 0.027 0.686 0.156 0.059 0.064 0.047 0.049 0.181 0.029 0.007 2200 chr5 142429394 142447959 + 0 NA intron (NM_015071, intron 17 of 22) intron (NM_015071, intron 17 of 22) -133389 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.964 0.743 0.342 0.186 0.892 0.415 0.572 0.030 0.299 1.253 0.208 0.583 0.845 0.078 0.153 0.159 0.667 0.561 0.233 0.160 0.413 0.609 0.217 0.493 0.181 0.325 3.115 0.402 0.184 0.058 0.110 0.798 0.306 0.072 0.409 0.142 0.349 0.325 1.740 0.129 0.391 0.512 0.234 0.176 0.302 0.228 0.211 0.327 0.830 0.452 0.553 0.342 0.162 0.454 0.429 1.213 1.570 2.931 1.891 0.511 0.409 0.280 0.588 0.568 0.432 0.248 0.980 1.015 0.696 0.277 1.174 0.021 0.708 0.048 3.046 0.007 1.200 0.456 0.044 0.206 0.123 0.166 0.193 0.084 0.089 0.291 0.025 0.033 0.178 0.298 0.077 0.073 0.165 0.299 0.119 0.505 0.667 0.099 0.123 0.287 0.066 0.552 0.150 0.061 0.224 0.348 0.069 0.522 0.238 0.443 0.146 0.025 0.027 1156 chr17 30426732 30455397 + 0 NA Intergenic Intergenic -28409 NM_001033568 55288 Hs.655325 NM_018307 ENSG00000126858 RHOT1 ARHT1|MIRO-1|MIRO1 ras homolog family member T1 protein-coding nan 1.068 0.937 0.245 0.158 1.977 1.033 0.320 0.067 0.248 0.753 0.203 0.046 0.269 0.287 1.329 0.768 1.384 0.452 0.264 0.260 0.205 0.126 0.413 0.240 0.120 0.329 1.061 0.112 0.444 0.750 0.248 0.876 0.118 0.160 0.487 0.079 0.499 0.413 0.222 0.208 0.382 0.664 0.235 0.186 0.228 0.608 0.824 0.417 0.672 nan 1.175 3.034 0.923 0.638 0.676 0.675 1.024 0.754 1.083 nan 0.718 0.362 0.628 1.941 1.433 0.903 1.605 3.328 1.551 0.672 0.161 0.153 0.135 0.041 0.243 0.125 0.196 0.169 0.193 0.271 0.353 0.291 0.295 0.124 0.089 0.115 0.152 0.121 0.370 0.848 0.243 0.311 0.163 0.248 0.242 0.220 1.384 0.096 0.167 0.239 0.451 0.190 0.206 0.034 0.154 0.658 0.252 0.201 0.445 0.134 0.144 0.066 0.023 2281 chr6 32152252 32169338 + 0 NA promoter-TSS (NM_001276501).7 promoter-TSS (NM_001276501).7 -103 NM_001276501 63940 Hs.520046 NM_022107 ENSG00000213654 GPSM3 AGS4|C6orf9|G18|G18.1a|G18.1b|G18.2|NG1 G-protein signaling modulator 3 protein-coding nan 1.712 nan 2.026 2.218 2.479 1.256 3.142 0.892 4.680 2.255 0.245 0.534 1.671 3.937 0.615 0.328 3.855 0.863 1.112 0.891 0.913 0.661 1.434 4.035 2.060 2.126 3.756 0.909 1.195 3.482 0.120 1.748 0.953 0.875 2.212 0.651 2.350 1.164 0.829 0.564 2.375 2.584 0.884 1.454 0.791 3.741 4.996 3.521 nan nan 4.080 2.477 1.967 3.556 3.827 1.432 2.027 4.728 5.441 2.781 2.426 2.380 2.889 1.893 1.517 1.975 3.528 1.693 0.916 1.820 2.583 0.583 1.322 1.013 1.184 2.602 1.659 1.753 1.014 1.679 0.402 0.963 2.666 3.052 1.386 0.775 0.489 0.335 3.054 1.623 4.715 1.534 1.146 4.680 2.539 2.390 3.855 0.535 0.815 0.658 3.861 1.728 1.547 0.992 1.527 1.001 0.599 1.121 1.635 2.234 0.917 1.697 1.157 1557 chr2 47706178 47717437 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -42869 NR_120602 644093 Hs.734158 NR_120602 ENSG00000235760 HCG2040054 - uncharacterized LOC644093 ncRNA 1.341 nan 1.079 0.116 0.211 0.393 0.116 0.225 0.016 0.110 0.120 0.085 0.302 0.669 0.146 0.131 0.190 0.096 0.176 0.128 0.098 0.439 0.037 0.076 nan 0.100 0.184 0.691 0.078 0.142 0.183 0.164 0.327 0.188 0.080 0.281 0.021 0.129 0.343 0.272 0.028 0.092 0.576 0.137 0.377 0.164 0.330 0.385 0.359 0.417 nan 0.560 0.469 0.144 0.581 0.550 0.558 0.630 0.615 0.629 1.482 0.946 0.170 0.408 0.098 0.085 3.599 8.343 nan 0.333 0.109 0.763 0.309 0.106 0.080 0.134 0.074 0.195 0.084 0.046 0.121 0.017 0.092 0.155 0.167 0.118 0.027 0.042 0.010 0.161 0.201 0.192 0.049 0.125 0.110 0.229 0.156 0.096 0.076 0.052 0.042 0.521 0.018 0.287 0.011 0.281 0.188 0.093 0.053 3.112 0.293 0.220 0.041 0.036 1486 chr19 49989991 49993930 + 0 NA intron (NM_012423, intron 1 of 7) AluSx1|SINE|Alu 1095 NR_026712 728658 Hs.645344 NR_026712 ENSG00000236552 RPL13AP5 RPL13A_8_1086|bA196N24.2 ribosomal protein L13a pseudogene 5 pseudo 6.568 3.210 4.710 3.743 6.406 8.405 4.548 6.484 0.832 3.859 2.269 0.285 1.463 3.853 4.026 2.580 1.754 5.436 3.810 6.708 1.499 4.382 1.666 2.794 nan 5.378 4.995 7.053 2.186 3.957 7.232 0.328 7.975 2.006 3.509 3.269 1.024 6.014 7.027 5.030 1.639 6.298 10.230 1.644 11.849 3.157 7.035 6.928 8.243 10.418 7.789 8.488 14.133 7.080 18.507 18.764 5.892 9.405 10.187 10.813 14.559 16.635 4.858 9.392 5.060 7.347 20.902 12.401 5.047 3.237 2.630 4.784 3.355 5.869 2.855 3.779 2.161 1.850 1.964 1.816 9.745 0.534 1.912 8.522 6.249 3.241 1.586 1.833 1.948 3.242 6.381 4.273 6.032 3.749 3.859 3.480 3.434 5.436 5.243 5.369 1.304 7.059 2.196 1.859 2.091 3.747 2.065 3.805 2.212 4.216 1.994 1.222 2.869 2.525 425 chr10 124757719 124793806 + 0 NA intron (NM_001330174, intron 1 of 9) MER57A1|LTR|ERV1 7333 NM_001330174 36 Hs.81934 NM_001609 ENSG00000196177 ACADSB 2-MEBCAD|ACAD7|SBCAD acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain protein-coding nan 0.764 0.881 0.284 0.169 0.686 0.351 0.372 0.040 0.192 0.278 0.125 0.079 0.228 0.066 0.183 0.123 0.492 0.204 0.254 0.041 0.282 0.093 0.190 0.318 0.302 0.240 0.725 0.056 0.512 0.211 0.096 0.633 0.059 0.186 0.242 0.057 0.223 0.247 0.233 0.087 0.361 0.500 0.301 0.237 0.184 2.875 2.594 4.559 4.978 0.373 0.392 1.041 0.601 0.754 0.761 0.416 0.642 1.045 1.348 0.462 0.394 2.331 3.765 0.137 0.203 0.763 1.366 0.621 0.502 0.067 0.167 0.045 0.256 0.122 0.219 0.180 0.151 0.102 0.161 0.177 0.026 0.169 0.278 0.191 0.091 0.070 0.113 0.152 0.117 0.316 0.295 0.120 0.308 0.192 0.269 0.546 0.492 0.159 0.085 0.078 0.218 0.233 0.079 0.026 0.181 0.043 0.260 3.086 0.439 0.090 0.065 0.080 0.033 2056 chr4 77701345 77705601 + 0 NA 3' UTR (NM_020859, exon 11 of 11) 3' UTR (NM_020859, exon 11 of 11) 115529 NM_001029870 345079 Hs.257292 NM_001029870 ENSG00000186212 SOWAHB ANKRD56 sosondowah ankyrin repeat domain family member B protein-coding 0.788 1.608 0.683 0.474 0.293 0.672 0.338 0.349 1.427 0.418 1.468 0.037 0.333 0.697 0.149 0.043 0.153 0.306 0.127 0.604 0.407 3.363 5.357 0.276 6.414 1.466 6.475 0.974 1.264 0.146 0.384 0.086 0.545 4.666 0.127 1.171 0.272 0.884 0.623 2.205 0.301 1.315 1.298 0.209 0.068 1.977 0.236 0.339 1.019 4.044 0.245 0.458 1.269 0.481 0.228 0.378 0.220 0.317 5.032 6.978 0.384 0.116 0.184 0.162 0.213 0.764 0.174 0.225 0.505 0.541 0.901 1.171 1.322 0.087 0.160 0.268 0.098 1.208 0.633 1.878 0.315 0.045 0.122 0.604 1.457 0.688 1.155 0.058 0.028 0.603 0.524 0.385 0.111 0.080 0.418 2.606 4.099 0.306 0.896 0.075 0.940 0.426 1.991 0.503 0.147 0.696 0.081 0.023 0.021 1.878 5.777 1.308 1.061 736 chr12 96586736 96594879 + 0 NA intron (NM_005230, intron 1 of 4) intron (NM_005230, intron 1 of 4) 2647 NM_005230 2004 Hs.46523 NM_005230 ENSG00000111145 ELK3 ERP|NET|SAP-2|SAP2 ELK3, ETS transcription factor protein-coding 1.882 1.171 2.127 0.454 6.534 0.887 0.384 3.135 0.107 0.890 3.291 0.256 1.582 4.431 1.858 0.587 0.322 1.250 0.114 0.418 1.597 6.979 3.471 0.855 5.571 2.798 3.142 nan 2.409 0.302 1.389 0.127 4.776 2.811 2.679 2.290 0.578 2.912 1.690 4.524 0.604 2.686 2.236 1.366 4.114 1.396 0.475 0.363 0.891 1.616 2.014 1.987 2.290 0.588 1.129 1.366 1.563 nan 1.168 nan 0.907 0.683 0.293 0.667 1.777 1.753 1.236 2.166 1.039 0.957 0.048 4.191 1.735 2.932 0.532 0.216 0.476 2.511 2.706 1.401 2.269 0.386 0.078 7.621 8.189 3.066 3.885 0.747 0.660 12.057 2.960 5.641 1.046 2.441 0.890 3.401 7.076 1.250 0.974 0.902 0.120 4.716 0.387 5.129 5.703 2.216 3.296 0.071 0.170 0.713 2.816 2.874 9.102 10.222 539 chr11 65404180 65421403 + 0 NA intron (NM_153253, intron 5 of 15) intron (NM_153253, intron 5 of 15) -3872 NR_039709 100616284 NR_039709 ENSG00000265874 MIR4489 mir-4489 microRNA 4489 ncRNA nan 1.337 1.526 1.376 1.180 2.497 1.535 1.781 0.621 0.720 0.532 0.112 1.210 2.842 2.079 0.544 0.227 1.419 0.634 1.028 0.510 0.671 0.536 0.693 3.549 1.906 1.367 2.748 0.763 0.684 2.106 0.134 1.234 0.513 0.914 1.038 0.651 1.573 0.738 1.518 0.448 1.933 1.075 0.850 1.311 0.644 2.045 3.634 1.951 2.861 2.176 2.185 2.213 0.889 1.518 1.851 1.140 1.735 2.059 2.617 0.982 0.549 1.101 1.138 0.837 1.005 0.750 1.417 1.108 0.607 1.266 1.080 0.364 0.586 0.772 1.171 0.250 0.795 0.608 0.911 0.559 0.171 0.218 2.866 0.878 0.503 0.648 0.405 0.301 0.854 1.642 2.031 0.462 1.991 0.720 1.676 1.264 1.419 0.781 1.445 0.315 2.078 0.886 0.639 0.365 0.769 0.851 0.379 0.362 0.393 0.679 0.458 0.344 0.203 781 chr13 34115170 34122344 + 0 NA intron (NM_001243476, intron 3 of 17) intron (NM_001243476, intron 3 of 17) 132215 NM_001243476 90627 Hs.156551 NM_052851 ENSG00000133121 STARD13 ARHGAP37|DLC2|GT650|LINC00464 StAR related lipid transfer domain containing 13 protein-coding 2.814 2.901 2.388 3.191 1.539 3.002 1.632 2.214 1.530 1.495 2.142 0.228 0.714 1.971 1.338 1.938 1.069 5.355 1.470 3.790 0.242 0.985 1.164 1.588 4.659 3.180 1.419 6.154 1.075 1.461 1.492 0.143 2.643 0.837 0.486 2.023 0.399 2.719 1.769 1.094 0.749 3.124 3.405 1.255 2.923 1.176 8.490 8.657 5.124 4.214 9.710 10.755 8.479 6.528 5.423 5.355 5.034 5.224 7.200 10.828 5.081 4.739 4.316 7.629 3.459 4.325 7.165 7.361 2.370 1.129 4.616 1.346 0.614 1.109 1.099 2.494 0.308 0.961 0.915 0.321 2.223 0.712 1.802 1.589 2.279 0.794 1.018 0.502 0.560 2.483 1.284 0.762 0.875 1.114 1.495 1.740 1.551 5.355 0.936 1.815 0.391 1.191 2.293 0.690 1.449 1.024 0.837 1.551 3.931 1.543 1.875 1.038 0.963 0.836 1950 chr3 133088815 133104191 + 0 NA intron (NM_001282865, intron 2 of 3) intron (NM_001282865, intron 2 of 3) -22336 NM_003571 8419 Hs.659862 NM_003571 ENSG00000170819 BFSP2 CP47|CP49|CTRCT12|LIFL-L|PHAKOSIN beaded filament structural protein 2 protein-coding 0.986 nan nan 0.132 0.105 0.635 0.251 0.055 0.019 0.369 0.321 0.137 0.260 0.199 0.008 0.194 0.125 0.327 0.279 0.121 0.032 0.487 0.047 0.163 1.104 0.262 0.308 0.299 0.241 0.245 0.014 0.089 0.175 0.085 0.040 0.066 0.036 0.059 0.168 0.126 0.021 0.210 0.177 0.054 0.050 0.074 1.089 1.059 9.372 5.063 0.809 0.827 1.164 0.447 1.985 2.181 0.645 1.204 0.222 0.377 nan 0.618 0.190 0.426 0.076 0.182 0.596 1.383 1.052 0.720 0.065 0.586 0.031 0.078 0.046 0.126 0.014 0.005 0.072 0.042 0.025 0.093 0.096 0.032 0.010 0.085 0.072 0.133 0.123 0.058 0.055 0.015 0.118 0.369 0.237 0.051 0.327 0.084 0.043 0.089 0.085 0.020 0.009 0.082 0.031 0.029 0.397 0.026 0.546 0.020 0.098 0.026 0.023 1698 chr20 270254 282519 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -1818 NM_033089 85364 Hs.28608 NM_033089 ENSG00000247315 ZCCHC3 C20orf99 zinc finger CCHC-type containing 3 protein-coding 3.219 3.467 2.129 3.341 1.609 2.049 1.174 3.767 0.734 2.352 1.426 0.289 0.433 1.904 1.239 1.290 0.676 2.822 1.665 1.911 0.273 0.847 0.798 0.604 4.454 3.312 2.258 4.858 1.055 0.619 1.933 0.088 2.565 0.480 0.597 2.174 0.676 2.518 1.832 0.939 0.905 3.857 1.525 1.187 1.970 1.077 4.290 4.599 2.193 3.692 3.693 3.796 4.734 2.054 6.147 6.175 2.582 3.416 5.183 7.422 4.377 4.019 2.769 4.630 2.509 2.235 2.606 3.316 1.380 0.669 2.466 0.560 0.816 1.344 1.344 3.707 3.374 1.042 1.274 1.420 2.053 0.612 0.581 1.899 2.363 1.172 1.179 0.849 0.522 1.958 3.832 3.798 1.333 2.072 2.352 2.296 2.114 2.822 1.055 1.870 0.964 2.699 2.664 1.448 0.849 1.653 0.434 0.394 1.270 1.260 1.396 0.864 1.179 0.704 520 chr11 62486397 62500482 + 0 NA intron (NM_001079559, intron 1 of 13) intron (NM_001079559, intron 1 of 13) 1417 NR_037946 100534595 Hs.533709 NR_037946 ENSG00000234857 HNRNPUL2-BSCL2 - HNRNPUL2-BSCL2 readthrough (NMD candidate) ncRNA nan 2.186 1.741 3.425 2.246 3.431 1.569 2.890 1.176 2.164 1.139 0.305 0.737 2.343 2.009 1.395 0.927 3.155 1.416 2.174 0.791 1.935 0.838 1.819 3.831 2.660 2.190 5.917 1.568 3.099 3.012 0.202 5.704 0.911 2.101 2.968 0.786 3.492 2.937 0.936 0.959 3.672 5.977 1.917 4.206 1.958 4.728 4.923 3.633 5.193 6.840 6.569 3.875 2.164 5.709 5.788 2.788 3.893 3.819 5.782 4.097 3.459 3.538 6.659 3.014 3.732 2.588 3.256 2.092 0.874 2.794 2.666 1.200 1.644 1.465 3.974 1.269 1.576 1.632 1.567 1.912 1.067 2.011 3.957 3.323 1.859 1.238 1.392 1.188 3.391 2.580 2.840 1.305 1.470 2.164 1.861 1.826 3.155 0.875 1.287 0.642 2.218 1.268 1.887 1.615 2.029 1.421 1.956 2.192 1.051 2.453 1.583 1.535 0.915 2037 chr4 40303120 40342879 + 0 NA intron (NR_121640, intron 1 of 2) AluSx|SINE|Alu 4497 NR_121640 101060498 Hs.351492 NR_121640 ENSG00000249241 LOC101060498 - uncharacterized LOC101060498 ncRNA 1.098 nan nan 0.778 0.138 1.747 0.917 0.778 0.045 4.786 0.875 0.174 0.585 0.826 0.100 0.595 0.329 0.844 0.261 0.567 0.062 0.379 0.215 0.300 4.799 1.786 0.609 1.364 1.019 0.081 0.403 0.101 2.193 0.249 0.145 0.543 0.028 0.119 0.613 0.255 0.295 0.542 0.560 0.296 0.632 0.542 0.782 1.146 1.282 3.140 0.550 0.669 2.885 1.751 0.672 0.691 0.480 0.786 1.105 1.431 0.679 0.410 0.487 0.849 0.747 1.183 0.372 0.931 2.475 1.649 0.392 0.978 0.373 1.034 0.377 0.395 0.080 1.070 0.730 0.085 2.886 0.108 0.695 1.006 0.103 0.078 0.312 0.054 0.049 0.508 0.725 0.364 0.560 0.688 4.786 1.076 0.100 0.844 0.609 0.747 0.042 1.028 0.214 0.101 0.048 0.405 0.137 0.043 0.388 0.356 0.163 0.151 0.261 0.314 532 chr11 64602025 64647670 + 0 NA intron (NM_006795, intron 3 of 4) AluSx1|SINE|Alu -12806 NM_017525 55561 Hs.293590 NM_017525 ENSG00000171219 CDC42BPG DMPK2|HSMDPKIN|KAPPA-200|MRCKG|MRCKgamma CDC42 binding protein kinase gamma protein-coding nan 1.250 1.401 0.837 2.348 0.714 0.291 1.660 1.403 0.713 0.565 0.162 1.158 2.362 2.165 0.358 0.196 0.585 0.476 1.405 0.988 1.896 1.565 0.856 4.557 2.288 2.193 1.998 1.900 0.424 0.494 0.103 1.461 1.385 0.848 2.098 0.404 0.994 0.808 1.448 0.491 2.700 1.485 1.177 1.751 1.017 2.456 3.354 1.068 1.758 1.748 1.791 1.329 0.525 1.240 1.259 1.389 1.986 1.248 1.857 1.133 1.159 1.652 2.324 0.779 0.918 0.608 0.908 0.847 0.544 0.710 2.801 1.241 0.969 0.528 0.782 0.294 1.982 1.899 1.042 0.893 0.186 0.319 2.516 3.745 1.722 1.302 0.331 0.308 3.652 2.314 2.342 0.301 0.951 0.713 2.642 1.950 0.585 1.022 1.165 0.559 1.286 0.411 2.337 1.542 1.406 1.979 0.197 1.506 0.194 1.887 1.013 0.679 0.424 1193 chr17 40560549 40581980 + 0 NA intron (NM_012232, intron 1 of 1) intron (NM_012232, intron 1 of 1) 4074 NM_012232 284119 Hs.437191 NM_012232 ENSG00000177469 PTRF CAVIN|CAVIN1|CGL4|FKSG13|cavin-1 polymerase I and transcript release factor protein-coding 0.933 0.965 nan 0.222 0.811 0.403 0.268 2.598 0.449 0.396 0.931 0.261 0.757 1.471 2.443 0.197 0.154 0.139 0.220 0.265 0.896 1.391 1.022 0.549 nan 0.141 0.750 0.500 0.238 0.324 1.493 0.105 1.825 1.231 0.514 2.749 0.452 1.810 1.191 1.339 0.793 1.647 0.581 1.533 1.060 0.368 0.398 0.330 0.393 0.664 0.511 nan 0.737 0.265 0.497 0.559 0.486 0.933 0.379 nan 0.669 0.313 0.241 0.290 0.195 0.199 0.282 0.719 0.755 0.520 0.035 1.552 1.150 0.664 0.042 0.078 0.097 1.560 1.189 1.624 0.693 0.031 0.059 4.276 1.573 0.677 0.471 0.147 0.124 2.305 2.493 1.459 0.461 0.470 0.396 1.605 0.979 0.139 0.314 0.864 0.093 3.264 0.067 2.051 0.199 1.540 1.791 0.129 0.023 0.144 0.844 0.640 1.569 1.027 2455 chr7 91259998 91273374 + 0 NA Intergenic Intergenic 243348 NM_001301135 7978 Hs.532216 NM_006980 ENSG00000127989 MTERF1 MTERF mitochondrial transcription termination factor 1 protein-coding nan 0.964 nan 1.267 0.053 1.116 0.736 0.081 0.056 0.468 0.157 0.048 0.015 0.058 0.019 0.385 0.307 2.876 0.235 0.223 0.037 0.092 0.008 0.240 0.949 0.331 0.184 1.582 0.109 0.909 0.071 0.112 0.455 0.009 0.051 0.063 0.006 0.062 0.313 0.032 0.114 0.290 0.255 0.098 0.064 0.070 0.375 0.278 0.262 0.292 1.095 1.004 6.867 3.438 0.242 0.297 0.772 1.044 3.185 2.509 0.418 0.183 0.202 0.494 0.465 0.518 0.249 nan 1.190 1.067 1.366 0.055 0.007 0.097 2.927 0.212 0.010 0.011 0.031 0.073 0.071 0.077 0.085 0.023 0.012 0.029 0.239 0.335 0.141 0.067 0.069 0.030 0.035 0.468 0.074 0.041 2.876 0.097 0.068 0.051 0.047 1.787 0.025 0.019 0.036 0.125 1.257 0.111 0.249 0.033 0.057 0.013 0.012 55 chr1 23303208 23339204 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu 21137 NM_001242521 729059 Hs.236896 NM_001242521 ENSG00000227868 C1orf234 - chromosome 1 open reading frame 234 protein-coding 0.910 0.756 nan 0.203 0.160 0.322 0.165 0.088 0.038 0.187 0.085 0.180 0.167 0.256 0.026 0.083 0.140 0.080 0.174 0.136 0.052 0.072 0.103 0.094 0.388 0.114 0.085 0.357 0.165 0.128 0.086 0.102 0.164 0.021 0.038 0.113 0.040 0.066 0.357 0.030 0.052 0.208 0.112 0.142 3.338 0.118 0.260 0.183 0.164 0.261 0.525 0.633 0.489 0.168 0.317 0.323 0.347 0.697 0.352 0.404 0.489 0.266 0.165 0.196 0.071 0.110 0.342 0.746 0.414 0.436 0.067 0.285 0.024 0.188 0.030 0.082 0.038 0.063 0.038 0.061 0.073 0.037 0.054 0.233 0.099 0.063 0.156 0.425 0.492 0.210 0.145 0.113 0.028 0.078 0.187 0.353 0.104 0.080 0.064 0.097 0.035 0.123 0.051 0.192 0.168 0.142 0.081 0.719 0.036 0.111 0.078 0.144 0.027 0.014 1890 chr3 24275576 24281828 + 0 NA intron (NM_000461, intron 2 of 9) intron (NM_000461, intron 2 of 9) 85887 NR_121667 101927854 Hs.570625 NR_121667 LOC101927854 - uncharacterized LOC101927854 ncRNA 0.697 0.946 0.892 0.110 0.381 0.165 0.103 0.829 0.019 0.286 0.797 0.128 0.151 0.270 0.174 0.101 0.066 0.191 0.209 0.203 0.178 0.484 1.357 2.861 0.779 0.103 0.160 0.340 0.209 0.086 0.051 0.026 0.269 0.037 0.146 0.220 0.224 1.099 0.222 0.035 0.158 0.485 0.325 0.172 0.802 0.633 0.198 0.160 0.625 1.215 0.287 0.368 1.143 0.308 0.145 0.194 0.297 0.557 0.217 0.235 nan 0.236 0.172 0.155 0.081 0.267 0.538 2.084 0.618 0.388 0.035 0.430 0.184 0.594 0.016 0.142 0.022 0.067 0.034 0.200 0.077 0.015 0.280 0.073 0.126 0.111 0.736 0.042 0.058 1.027 0.221 0.034 0.164 0.426 0.286 0.331 0.043 0.191 0.370 0.146 0.015 0.069 1.620 0.161 0.136 0.356 0.129 0.028 0.424 0.369 3.822 0.028 0.008 1681 chr2 234462896 234475893 + 0 NA intron (NM_018218, intron 2 of 30) intron (NM_018218, intron 2 of 30) 4842 NM_018218 55230 Hs.96513 NM_018218 ENSG00000085982 USP40 - ubiquitin specific peptidase 40 protein-coding 1.493 nan 1.591 1.013 0.832 0.974 0.500 1.444 0.315 0.649 0.474 0.062 0.497 1.128 1.085 0.569 0.448 1.029 0.479 1.733 0.489 0.938 0.282 1.719 1.398 1.432 2.796 1.828 0.472 1.035 0.651 0.135 1.969 0.754 0.656 1.357 0.469 0.817 1.370 0.608 0.782 2.770 6.082 0.960 3.793 1.047 0.904 1.024 1.479 2.632 0.795 0.859 0.112 0.052 2.669 2.825 1.024 1.307 2.287 nan 1.418 1.217 0.685 1.020 0.535 0.725 1.445 2.166 0.850 0.491 0.261 1.643 0.210 3.897 0.408 0.186 0.377 3.881 3.883 0.457 5.179 0.138 0.361 0.885 1.073 0.415 0.520 0.470 0.533 0.977 2.918 1.031 0.660 0.663 0.649 0.577 1.238 1.029 0.782 0.751 0.080 0.969 0.541 0.443 0.221 0.835 1.077 0.712 0.181 0.531 0.879 0.572 0.722 0.691 57 chr1 23849870 23859199 + 0 NA non-coding (NR_110799, exon 3 of 3) non-coding (NR_110799, exon 3 of 3) 3178 NM_004091 1870 Hs.194333 NM_004091 ENSG00000007968 E2F2 E2F-2 E2F transcription factor 2 protein-coding 4.742 2.867 nan 6.536 0.819 3.385 1.858 1.641 0.266 2.017 0.769 0.103 0.164 0.485 2.192 3.195 1.135 3.458 2.615 0.824 0.252 0.867 0.384 0.345 4.999 0.777 0.744 11.450 0.595 1.457 2.680 0.123 1.315 0.334 0.969 0.913 0.272 0.626 1.068 0.560 0.411 1.393 2.626 0.428 1.072 0.302 3.416 3.081 1.956 3.623 14.043 12.059 5.081 1.696 4.026 4.600 4.540 5.611 6.626 8.636 5.270 5.201 1.448 2.013 4.548 5.170 3.742 5.392 3.218 1.635 8.036 1.044 0.787 1.403 0.488 5.953 0.862 0.873 0.631 0.940 2.665 1.325 3.121 0.900 0.342 0.225 0.302 1.494 1.303 0.476 2.778 2.164 1.361 1.483 2.017 1.031 2.970 3.458 0.848 0.797 1.560 3.442 1.742 0.451 0.401 0.654 0.252 1.213 0.444 1.368 0.560 0.141 0.074 0.033 2642 chr9 3396258 3414310 + 0 NA intron (NM_001282116, intron 1 of 16) intron (NM_001282116, intron 1 of 16) -9688 NM_002919 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 1.008 1.795 0.870 0.258 0.080 1.853 1.094 0.052 0.010 1.518 0.108 0.062 0.021 0.081 0.024 0.408 0.299 0.562 0.238 0.182 0.034 0.048 0.114 0.033 0.041 0.024 0.314 0.065 1.434 0.179 0.106 0.155 0.020 0.033 0.030 0.009 0.052 0.132 0.024 0.014 0.161 1.488 0.045 0.059 0.144 0.983 0.575 1.899 2.264 0.725 0.678 2.928 0.801 0.769 0.630 4.082 4.681 0.258 0.192 0.561 0.242 1.305 2.058 3.300 7.370 0.247 nan 1.247 0.838 0.084 0.065 0.005 0.033 0.022 0.270 0.008 0.015 0.008 0.054 0.876 1.089 0.018 0.013 0.013 0.025 0.091 0.234 0.084 0.072 0.063 0.013 0.037 1.518 0.052 0.015 0.562 0.041 0.033 0.130 0.046 0.008 0.007 0.009 0.068 1.173 1.261 0.048 0.008 0.012 0.022 0.006 872 chr14 62160360 62185830 + 0 NA intron (NM_001243084, intron 1 of 14) intron (NM_001243084, intron 1 of 14) 8755 NM_001243084 3091 Hs.597216 NM_001530 ENSG00000100644 HIF1A HIF-1-alpha|HIF-1A|HIF-1alpha|HIF1|HIF1-ALPHA|MOP1|PASD8|bHLHe78 hypoxia inducible factor 1 alpha subunit protein-coding nan nan 1.618 1.761 3.453 0.980 0.503 1.738 0.580 1.033 1.549 0.316 0.433 2.417 1.750 0.449 0.238 1.066 0.553 0.768 0.632 1.485 0.921 0.846 1.872 1.325 2.293 2.022 1.053 0.565 0.809 0.142 1.203 1.047 0.343 1.187 0.462 2.367 1.224 1.875 0.308 2.230 2.061 1.214 2.338 0.672 0.920 0.994 1.330 1.846 1.865 1.832 1.281 0.524 nan 2.842 0.945 1.264 1.723 nan 2.890 2.814 0.712 1.693 1.121 1.190 1.313 1.586 0.972 0.688 0.693 0.996 0.373 0.883 0.319 1.278 0.353 2.034 1.729 0.206 0.895 0.269 0.807 0.855 0.868 0.429 0.704 0.408 0.291 1.162 0.958 0.696 1.572 2.756 1.033 1.604 1.660 1.066 1.170 0.350 0.256 0.968 0.439 0.644 1.487 1.825 1.045 0.214 0.544 0.638 2.320 1.171 0.384 0.287 2354 chr6 122271200 122433376 + 0 NA Intergenic Intergenic -368408 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 0.925 0.740 0.648 0.118 0.062 0.175 0.106 0.073 0.025 0.318 0.079 0.066 0.026 0.081 0.045 0.063 0.077 0.045 0.131 0.168 0.044 0.044 0.015 0.069 0.164 0.075 0.105 0.229 0.036 0.102 0.105 0.122 0.157 0.017 0.055 0.092 0.058 0.271 0.137 0.054 0.046 0.182 0.146 0.076 0.203 0.084 0.357 0.209 0.344 0.410 0.200 0.251 0.245 0.162 0.245 0.242 0.109 0.169 0.181 0.200 0.414 0.165 0.093 0.169 0.163 0.193 0.220 0.410 0.295 0.315 0.023 0.047 0.020 0.133 0.030 0.058 6.412 0.015 0.016 0.014 0.048 0.044 0.037 0.053 0.017 0.012 0.024 0.034 0.063 0.073 0.038 0.077 0.010 0.062 0.318 0.043 0.025 0.045 0.030 0.027 0.030 0.024 0.028 0.041 0.005 0.019 0.098 0.054 0.031 0.095 0.021 0.031 0.017 0.008 1146 chr17 26661548 26666912 + 0 NA intron (NM_021137, intron 1 of 6) L2a|LINE|L2 1682 NM_021137 7126 Hs.76090 NM_021137 ENSG00000109079 TNFAIP1 B12|B61|BTBD34|EDP1|hBACURD2 TNF alpha induced protein 1 protein-coding nan nan nan 0.967 2.119 2.906 1.134 3.487 0.275 1.282 1.237 0.185 0.992 2.432 3.232 0.712 0.403 2.097 1.413 0.890 1.293 2.283 1.080 1.678 3.067 2.674 2.085 4.895 0.766 1.385 2.751 0.136 2.773 0.990 0.916 1.955 0.936 3.423 3.973 1.461 1.487 2.353 3.739 1.882 1.734 1.028 1.405 2.066 3.501 6.606 3.695 2.758 4.672 2.269 3.120 3.431 2.301 3.343 3.560 5.803 3.761 4.877 1.317 2.257 2.324 1.991 3.169 nan 1.983 1.353 1.375 1.489 0.678 0.660 0.471 1.260 0.386 1.414 1.402 1.936 1.189 0.353 1.054 8.112 6.713 2.934 0.518 0.976 0.652 1.756 3.684 1.414 1.459 1.587 1.282 5.851 0.777 2.097 0.797 1.331 0.617 3.829 1.170 1.449 0.515 1.431 2.804 0.710 0.464 0.998 1.703 0.771 2.469 1.387 395 chr10 65272214 65284041 + 0 NA intron (NM_001322258, intron 1 of 24) intron (NM_001322258, intron 1 of 24) -2996 NM_001001330 221035 Hs.499833 NM_001001330 ENSG00000165476 REEP3 C10orf74|Yip2b receptor accessory protein 3 protein-coding 2.309 nan 2.537 1.482 2.573 2.142 1.220 2.574 3.018 0.627 1.198 0.122 0.586 1.493 2.615 0.993 0.565 2.336 0.888 0.686 0.963 2.905 1.477 1.032 3.329 2.045 1.134 4.316 0.530 1.627 2.018 0.098 1.831 0.718 1.868 2.139 0.522 1.896 0.911 1.587 0.584 2.174 2.463 1.980 2.756 1.246 2.601 3.068 2.919 4.616 3.487 3.031 3.349 2.088 5.615 5.673 2.853 3.038 3.300 5.506 1.689 1.919 1.133 2.291 1.979 1.790 2.391 nan 1.430 0.824 1.840 2.396 1.530 1.115 0.498 1.228 0.915 1.016 1.243 0.512 0.852 0.435 1.043 4.913 2.439 1.124 0.624 0.668 0.460 1.475 2.189 1.232 0.762 2.017 0.627 2.303 3.844 2.336 1.034 0.968 0.362 1.459 0.679 1.224 0.760 1.414 1.529 1.049 0.757 0.859 1.797 1.951 1.251 0.760 89 chr1 40721977 40725633 + 0 NA promoter-TSS (NM_005857) promoter-TSS (NM_005857) 83 NM_005857 10269 Hs.132642 NM_005857 ENSG00000084073 ZMPSTE24 FACE-1|FACE1|HGPS|PRO1|STE24|Ste24p zinc metallopeptidase STE24 protein-coding 34.669 3.032 nan 20.708 3.832 3.962 1.563 3.706 1.559 89.235 3.915 0.528 0.829 2.688 2.806 2.575 1.350 6.634 2.576 2.778 1.219 3.812 1.287 1.731 5.668 5.226 3.959 6.818 1.870 13.893 5.034 0.194 3.388 1.075 1.853 4.950 1.011 5.813 3.916 2.261 0.813 3.708 6.567 3.411 3.261 1.678 5.497 4.911 6.387 9.409 9.573 9.779 6.499 2.609 12.867 14.153 4.948 nan nan 18.317 8.555 7.472 8.675 nan 2.778 3.059 6.444 6.769 8.109 4.158 2.537 4.767 1.466 2.727 1.480 1.851 1.294 2.072 2.927 2.131 3.322 0.396 22.209 4.229 2.947 1.382 4.033 0.803 0.654 3.026 1.959 3.338 1.381 1.636 89.235 3.178 3.621 6.634 1.435 3.274 1.364 3.636 1.332 2.800 1.545 2.017 2.312 7.131 3.276 1.932 2.371 1.575 2.205 1.351 175 chr1 151159104 151181097 + 0 NA promoter-TSS (NM_001135636) promoter-TSS (NM_001135636) -920 NM_001330689 8394 Hs.655131 NM_003557 ENSG00000143398 PIP5K1A - phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 alpha protein-coding nan nan 2.263 1.011 3.393 1.165 0.505 2.597 2.553 1.558 2.046 0.740 1.034 3.081 3.795 1.030 0.601 1.502 0.983 2.202 1.042 2.157 1.765 0.867 17.548 14.849 1.451 6.084 1.649 1.494 3.291 0.259 4.188 1.346 1.261 1.739 0.737 5.818 2.366 1.929 0.504 2.663 4.508 2.056 2.629 1.433 1.748 1.751 3.015 5.248 3.121 nan 3.205 0.970 4.156 4.362 1.503 2.140 2.128 3.437 2.228 1.657 2.832 4.395 1.719 1.995 1.716 3.476 1.399 0.751 0.615 3.275 1.464 2.153 0.760 1.541 0.812 2.908 3.168 1.361 3.462 0.308 0.722 5.492 4.048 1.490 1.157 1.740 2.072 2.095 2.120 2.401 5.296 6.604 1.558 5.501 2.758 1.502 1.369 3.675 0.364 3.786 1.598 2.812 0.853 3.501 2.570 0.631 1.502 0.849 1.575 1.639 2.318 1.646 584 chr11 110580514 110585087 + 0 NA promoter-TSS (NM_001258415) promoter-TSS (NM_001258415) -27 NM_001258415 57569 Hs.6136 NM_020809 ENSG00000137727 ARHGAP20 RARHOGAP Rho GTPase activating protein 20 protein-coding 1.969 2.063 1.894 0.612 0.810 0.316 0.069 0.444 2.414 1.159 0.035 0.165 0.851 0.410 0.753 1.045 0.382 0.305 0.863 3.397 0.667 0.204 0.724 0.515 1.692 7.440 0.248 0.234 0.071 0.135 0.088 0.670 0.232 1.932 0.017 0.225 0.260 3.135 0.104 0.773 0.457 0.577 0.084 0.641 8.680 nan 1.932 2.096 4.549 4.019 2.054 0.605 9.838 9.804 2.828 nan 1.075 2.186 1.017 1.618 5.548 12.232 4.337 2.776 1.469 2.540 1.202 0.705 8.002 0.449 0.021 0.545 0.044 0.115 0.026 0.150 0.095 0.032 0.073 2.068 0.863 0.485 0.013 0.034 0.050 1.007 0.557 0.240 0.125 0.359 0.051 0.087 2.414 0.637 0.059 1.045 0.188 0.089 0.233 0.345 0.054 1.464 0.017 0.882 0.325 4.896 0.836 0.066 0.063 988 chr15 90559775 90619762 + 0 NA intron (NM_198526, intron 1 of 4) intron (NM_198526, intron 1 of 4) 39781 NR_036135 100422841 NR_036135 ENSG00000265871 MIR3174 - microRNA 3174 ncRNA nan nan nan 0.973 0.340 1.677 0.890 0.292 0.025 0.337 0.276 0.215 0.382 0.829 0.090 0.909 0.518 2.553 0.374 0.290 0.093 0.131 0.172 0.123 5.016 1.633 1.953 2.538 0.342 0.432 0.084 0.078 0.321 0.045 0.125 0.101 0.037 0.111 0.616 0.382 0.079 0.318 0.592 0.150 0.448 0.132 1.659 2.158 0.355 0.663 1.224 1.219 nan 0.439 5.249 5.578 0.403 0.641 3.150 3.181 nan 0.356 1.501 2.263 0.680 0.633 0.331 nan 0.473 0.378 0.998 0.461 0.216 0.163 0.871 1.302 0.111 0.167 0.119 0.157 0.152 0.137 0.174 0.194 0.071 0.058 0.426 0.188 0.247 0.231 0.379 0.131 0.048 1.242 0.337 0.827 0.057 2.553 1.016 0.885 0.224 0.134 0.550 0.037 0.024 0.096 0.185 0.347 1.558 0.136 0.071 0.142 0.023 0.020 35 chr1 8679372 8713615 + 0 NA intron (NM_012102, intron 3 of 23) FRAM|SINE|Alu -141520 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.128 nan 1.728 0.631 0.088 0.744 0.388 0.471 0.358 1.155 0.331 0.117 0.044 0.146 0.701 0.352 0.368 0.353 0.281 0.301 0.181 0.137 0.049 0.146 nan 0.153 0.164 0.689 0.030 0.287 0.329 0.124 0.265 0.040 0.055 0.097 0.134 0.259 0.231 0.055 0.029 0.164 0.165 0.117 0.139 0.106 0.345 0.418 0.868 2.356 1.742 1.974 1.030 0.434 0.785 0.720 1.243 nan nan 4.762 nan 0.579 0.323 0.411 0.466 0.837 0.786 1.730 1.325 0.692 0.335 0.151 0.047 0.547 0.161 0.878 0.061 0.072 0.027 0.118 0.079 0.137 0.886 0.683 0.037 0.032 0.059 0.043 0.071 0.131 0.112 0.151 0.095 0.113 1.155 0.143 0.193 0.353 0.028 0.237 0.167 0.421 0.089 0.096 0.018 0.094 0.575 0.141 0.081 0.383 0.031 0.061 0.025 0.006 2453 chr7 57925778 57929435 + 0 NA Intergenic Intergenic 417723 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 3.574 0.766 0.089 0.098 0.259 0.209 0.021 0.082 0.528 0.160 0.048 0.073 0.033 0.202 5.334 0.274 0.167 0.093 0.224 0.596 0.419 0.228 1.203 0.664 3.736 0.245 0.217 0.033 0.175 0.803 0.045 0.544 0.029 0.188 0.500 0.135 0.079 0.113 11.307 15.416 0.117 0.202 0.302 0.275 0.938 0.362 0.216 0.220 0.183 0.370 0.373 0.379 0.881 0.864 1.432 2.630 0.126 0.227 0.523 0.507 0.214 0.148 0.007 0.077 0.070 0.149 0.110 0.048 0.510 0.057 0.000 0.020 0.087 0.128 0.101 0.017 0.138 0.110 0.018 0.145 0.111 0.097 0.088 0.017 0.528 0.250 0.026 5.334 0.007 0.307 0.052 0.541 0.071 0.032 0.047 0.032 0.410 0.273 0.026 0.078 0.016 0.008 2295 chr6 40978860 41007357 + 0 NA Intergenic Charlie5|DNA|hAT-Charlie -2089 NR_110873 101929555 Hs.552555 NR_110873 LOC101929555 - uncharacterized LOC101929555 ncRNA 1.274 1.369 1.683 0.437 0.114 0.508 0.309 0.229 0.026 0.610 0.120 0.125 0.277 0.451 0.248 0.130 0.156 0.315 0.232 0.382 0.026 0.284 0.227 0.237 1.035 0.391 2.247 0.495 0.281 3.651 0.079 0.114 0.133 0.269 0.061 0.192 0.027 0.119 0.176 0.211 0.170 0.355 0.429 0.182 0.134 0.283 0.601 0.597 0.257 0.460 0.979 1.086 1.783 0.662 1.712 1.872 0.322 0.599 2.352 nan 0.547 0.313 0.423 0.626 0.590 0.755 0.303 0.467 1.020 0.729 0.835 1.087 0.010 0.164 0.375 0.123 0.024 0.747 0.372 0.028 0.370 0.168 0.186 0.139 0.061 0.044 0.223 0.453 0.484 0.253 0.472 0.077 1.587 0.273 0.610 0.543 1.526 0.315 0.087 0.097 0.117 0.344 0.418 0.355 0.022 0.552 0.055 3.051 0.132 0.147 0.262 0.257 0.081 0.030 1882 chr3 18455902 18472899 + 0 NA intron (NM_001322874, intron 1 of 10) intron (NM_001322874, intron 1 of 10) 2429 NM_002971 6304 Hs.517717 NM_002971 ENSG00000182568 SATB1 - SATB homeobox 1 protein-coding nan 1.318 2.029 0.883 0.647 1.520 0.604 0.283 1.629 0.399 0.189 0.047 0.111 0.523 0.026 1.034 0.525 1.180 3.040 0.744 0.160 0.341 0.062 0.421 0.813 0.824 0.054 2.879 0.121 0.164 0.058 0.061 0.307 0.090 0.077 0.245 0.126 0.734 0.297 0.058 0.056 0.116 0.564 0.079 0.604 0.165 2.534 2.567 1.001 1.235 3.129 2.611 1.747 0.544 1.558 1.651 0.104 0.168 1.466 1.562 1.197 1.362 3.103 5.400 1.600 1.554 0.652 1.130 1.424 0.795 0.036 0.133 0.636 0.838 1.074 0.065 0.021 0.009 0.032 0.499 2.716 0.190 0.736 0.380 0.018 0.397 0.350 0.473 0.254 0.973 0.515 0.039 0.399 0.299 0.011 1.180 0.408 0.117 0.399 0.167 1.071 0.555 0.051 0.028 0.131 0.055 3.115 0.524 0.518 0.111 0.027 0.012 1550 chr2 45015155 45072345 + 0 NA Intergenic Intergenic 124896 NR_103785 100506108 Hs.503113 NR_103785 ENSG00000236502 SIX3-AS1 SIX3OS SIX3 antisense RNA 1 ncRNA 1.423 nan 1.552 0.140 0.054 0.814 0.395 0.073 0.012 0.449 0.087 0.051 0.023 0.052 0.033 0.183 0.161 0.544 0.095 0.143 0.028 0.095 0.002 0.078 nan 0.094 0.094 0.326 0.010 0.103 0.055 0.106 0.158 0.008 0.044 0.101 0.011 0.037 0.257 0.048 0.056 0.109 0.238 0.067 0.137 0.071 0.284 0.189 0.205 0.298 nan 0.625 0.856 0.307 0.409 0.399 0.212 0.397 0.370 0.467 0.593 0.391 0.157 0.202 0.501 0.523 1.346 nan nan 0.622 0.063 0.054 0.008 0.026 0.044 0.196 0.032 0.032 0.022 0.020 0.070 0.165 0.055 0.134 0.024 0.016 0.070 0.042 0.058 0.193 0.117 0.045 0.022 0.042 0.449 0.052 0.026 0.544 0.021 0.043 0.036 0.133 0.060 0.017 0.010 0.064 0.059 0.034 0.053 2.025 0.023 0.060 0.019 0.014 1454 chr19 42770547 42791763 + 0 NA intron (NM_001304815, intron 2 of 20) MIR3|SINE|MIR -7662 NM_015125 23152 Hs.388236 NM_015125 ENSG00000079432 CIC - capicua transcriptional repressor protein-coding 4.605 2.370 3.192 2.184 2.724 3.076 1.699 4.687 0.699 3.876 1.348 0.236 1.101 3.295 2.405 1.811 0.946 3.736 4.895 2.028 1.109 1.701 0.589 1.081 nan 2.048 3.022 5.461 1.159 1.191 4.038 0.144 3.095 2.582 1.388 2.755 0.936 3.297 2.286 0.867 1.477 3.948 3.241 1.622 1.021 1.514 2.389 3.455 2.799 4.444 4.740 4.477 3.752 2.202 5.470 5.778 3.881 5.153 2.744 4.225 3.843 3.326 2.453 3.776 5.479 5.717 2.771 3.697 2.775 1.253 3.564 1.407 1.655 3.032 1.092 3.143 0.889 1.385 1.543 3.004 2.443 2.345 1.176 2.484 1.255 0.707 0.528 0.491 0.292 1.809 5.310 8.587 1.600 0.915 3.876 3.338 0.964 3.736 0.907 1.081 1.890 3.135 1.615 0.888 0.773 0.669 1.971 0.534 2.334 1.115 2.245 0.449 1.278 0.822 1421 chr19 30715781 30723809 + 0 NA Intergenic CpG -143505 NM_014717 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 5.493 0.388 0.522 0.065 0.054 3.283 1.887 0.088 0.008 3.153 0.057 0.160 0.013 0.016 0.041 0.052 0.831 2.755 0.214 0.034 0.252 0.030 0.010 0.069 0.444 0.018 0.626 0.498 0.075 0.269 0.625 0.186 0.159 0.295 0.222 0.081 0.078 0.275 0.054 0.024 0.091 0.247 0.267 0.271 0.453 0.198 0.181 0.144 0.082 0.171 0.152 3.921 6.483 0.101 0.160 nan 0.091 0.668 0.658 0.073 0.100 0.334 0.991 0.738 0.503 3.415 0.044 0.012 0.103 0.012 0.055 0.027 0.102 0.061 0.376 0.114 0.135 0.088 0.012 0.175 0.045 0.116 0.487 0.419 0.525 0.008 3.153 0.056 0.023 0.831 0.062 1.862 1.780 0.008 0.010 0.010 0.129 0.161 0.062 0.094 0.082 0.017 0.013 665 chr12 16817006 16825803 + 0 NA Intergenic AmnSINE1|SINE|Deu -60256 NR_045014 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.769 0.692 0.782 0.288 0.098 0.271 0.163 0.045 0.103 0.051 0.044 0.133 0.072 0.190 0.051 0.170 0.248 0.218 0.059 0.053 0.141 0.082 7.821 0.787 0.050 0.024 0.029 0.145 0.090 0.027 0.044 0.159 0.094 0.244 0.051 0.180 0.105 0.104 0.044 0.142 0.208 0.171 0.249 0.292 nan 0.496 0.781 0.381 0.283 0.215 0.191 0.306 0.526 0.556 0.409 0.117 0.136 0.208 0.042 0.085 0.351 0.699 0.317 0.307 0.088 0.080 0.115 0.012 0.133 0.016 0.016 0.008 0.037 0.022 0.090 0.021 0.044 0.009 0.027 0.069 0.037 0.032 0.018 0.023 0.103 0.078 0.127 0.051 0.050 0.028 0.022 0.007 0.116 0.005 0.027 0.013 0.026 0.067 0.111 0.202 0.013 2758 chrX 136435382 136454627 + 0 NA Intergenic Intergenic -203282 NM_001330661 7547 Hs.111227 NM_003413 ENSG00000156925 ZIC3 HTX|HTX1|VACTERLX|ZNF203 Zic family member 3 protein-coding 0.455 0.890 1.122 0.032 0.061 1.027 0.482 0.041 0.013 1.264 0.024 0.033 0.011 0.013 0.238 0.115 0.012 0.146 0.176 0.006 0.032 0.011 0.067 0.028 0.025 0.078 0.229 0.008 0.050 0.011 0.037 0.091 0.018 0.027 0.043 0.025 0.149 0.004 0.020 0.057 0.055 0.080 0.049 0.251 0.114 0.160 0.288 0.119 0.142 5.856 3.035 0.121 0.117 0.117 0.200 0.106 0.095 0.293 0.121 0.073 0.095 0.024 0.058 0.131 0.245 1.361 0.772 0.023 0.015 0.005 0.019 0.031 0.046 0.011 0.004 0.028 0.005 0.016 0.039 0.003 0.004 0.036 0.012 0.006 0.073 0.034 0.015 0.030 1.264 0.015 0.012 0.025 0.029 0.025 0.021 0.047 0.004 0.009 0.016 0.007 0.018 0.032 0.008 0.059 0.003 0.005 1476 chr19 48891695 48905844 + 0 NA intron (NM_000836, intron 1 of 12) intron (NM_000836, intron 1 of 12) 637 NM_000836 2906 Hs.445015 NM_000836 ENSG00000105464 GRIN2D EB11|EIEE46|GluN2D|NMDAR2D|NR2D glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2D protein-coding 2.487 1.455 2.004 1.170 1.525 2.975 1.872 4.273 0.163 1.949 0.645 0.212 0.494 1.907 1.508 0.539 0.260 1.576 1.260 2.414 0.403 1.830 0.490 0.970 nan 1.139 1.809 2.828 0.965 1.143 2.773 0.108 1.536 0.183 1.059 0.947 0.670 1.722 1.704 0.670 0.395 1.921 3.567 1.885 2.203 0.888 1.458 2.177 1.824 2.836 3.175 3.109 9.159 3.609 4.818 5.391 2.822 3.794 2.819 3.983 3.759 2.741 1.704 2.084 1.699 1.986 2.581 4.461 2.440 1.354 0.912 1.096 1.190 2.274 0.563 3.002 0.451 0.836 0.886 0.916 1.234 0.626 0.636 2.238 1.268 0.727 0.690 0.509 0.457 0.841 4.526 4.102 0.984 1.024 1.949 2.461 1.140 1.576 0.546 1.444 1.234 4.230 1.340 0.565 0.439 1.138 0.461 0.693 0.641 1.177 0.651 0.408 0.887 0.595 2533 chr8 48421337 48453868 + 0 NA intron (NR_104581, intron 6 of 16) intron (NR_104581, intron 6 of 16) 213124 NM_005195 1052 Hs.440829 NM_005195 ENSG00000221869 CEBPD C/EBP-delta|CELF|CRP3|NF-IL6-beta CCAAT/enhancer binding protein delta protein-coding 1.156 nan 0.722 0.327 0.216 0.318 0.232 2.035 0.430 0.177 1.419 0.134 0.621 1.363 2.713 0.179 0.141 0.302 0.125 0.327 0.402 0.755 0.585 0.360 1.377 0.399 0.595 0.683 0.522 0.155 0.982 0.116 0.643 0.440 0.719 0.433 0.648 2.859 0.456 2.551 0.165 0.716 0.825 0.353 0.403 0.371 0.527 0.360 3.291 5.564 0.532 0.602 0.459 0.144 0.618 0.669 0.418 0.772 0.467 0.436 0.344 0.160 0.228 0.473 0.437 0.554 0.308 0.644 0.883 0.734 0.055 0.591 0.487 1.089 0.039 0.091 0.017 1.984 1.447 0.528 1.621 0.099 0.095 0.890 1.241 0.669 0.563 0.119 0.280 0.505 1.944 0.471 2.185 1.465 0.177 0.521 0.828 0.302 0.831 0.803 0.018 1.054 0.667 0.233 0.734 1.109 0.828 1.119 0.097 0.170 0.312 0.702 0.056 0.022 1207 chr17 43440784 43463648 + 0 NA Intergenic (TTTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 50796 NM_199282 201176 Hs.205326 NM_174919 ENSG00000159314 ARHGAP27 CAMGAP1|PP905|SH3D20|SH3P20 Rho GTPase activating protein 27 protein-coding 0.911 1.241 nan 0.491 2.822 1.075 0.618 2.099 2.962 0.672 1.028 0.318 0.673 1.067 4.626 0.282 0.195 0.356 0.298 1.040 0.433 0.940 0.814 1.474 nan 0.534 0.869 0.646 0.652 0.101 5.296 0.269 2.764 1.293 1.535 1.628 0.755 2.208 1.241 1.009 1.254 1.709 1.877 0.784 1.431 0.426 0.538 0.589 1.029 3.334 0.952 nan 2.317 0.514 0.656 0.697 0.284 0.541 1.187 nan 0.879 0.527 0.456 0.449 0.298 0.541 0.376 0.699 0.988 0.704 0.051 2.958 0.993 2.675 0.017 0.132 2.293 2.305 1.911 2.590 3.018 0.046 0.076 6.489 2.457 1.055 0.802 0.079 0.079 4.276 5.273 3.270 0.735 0.833 0.672 1.671 2.117 0.356 0.699 1.824 0.098 7.717 0.102 2.178 1.369 1.685 1.040 0.049 0.102 0.130 0.878 0.966 2.103 1.764 2641 chr9 2282645 2304488 + 0 NA Intergenic Intergenic 135110 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 1.109 3.917 2.897 2.800 0.069 1.670 0.756 0.032 0.108 1.996 0.122 0.066 0.018 0.063 0.017 2.900 1.052 5.406 0.366 0.711 0.069 0.044 0.209 0.379 0.103 0.049 8.131 0.107 0.486 0.039 0.089 0.132 0.031 0.055 0.083 0.161 0.306 0.023 0.268 0.903 1.923 0.071 0.407 0.098 0.194 0.128 0.440 0.821 4.537 4.841 8.542 4.350 0.608 0.589 1.002 1.644 6.108 6.824 0.654 0.533 0.197 0.236 3.693 2.937 0.235 nan 6.041 3.619 2.563 0.059 0.087 0.185 0.205 2.656 0.007 0.020 0.023 0.018 0.047 0.579 0.516 0.051 0.017 0.025 0.039 0.246 0.344 0.056 0.086 0.025 0.044 0.244 1.996 0.158 0.017 5.406 0.236 0.124 0.620 0.016 0.912 0.022 0.006 0.018 0.147 0.463 0.149 0.046 0.018 0.026 0.020 0.028 2670 chr9 37455464 37474566 + 0 NA intron (NM_014872, intron 1 of 1) CpG 392 NM_014872 9925 Hs.161276 NM_014872 ENSG00000168795 ZBTB5 - zinc finger and BTB domain containing 5 protein-coding 1.818 nan 1.778 1.461 0.523 1.234 0.595 2.459 1.022 1.422 0.992 0.372 0.675 1.831 1.964 0.629 0.429 1.332 0.553 1.068 0.661 1.484 0.553 1.543 2.365 1.647 2.759 3.247 0.912 1.762 2.715 0.199 3.599 0.890 0.855 1.044 0.698 2.998 2.318 1.277 0.585 1.377 6.019 1.158 1.346 1.096 1.015 1.072 2.162 2.790 2.072 1.527 3.654 1.529 2.694 2.629 1.120 1.510 1.638 2.736 1.751 1.614 0.947 1.659 2.060 2.237 1.442 1.854 1.973 1.205 1.311 2.116 1.053 1.293 0.298 1.053 0.762 2.011 2.173 1.733 2.410 0.449 0.987 4.033 3.592 1.332 1.881 0.700 0.744 2.595 2.842 3.468 1.049 1.461 1.422 2.468 1.383 1.332 0.570 0.835 0.188 6.619 0.552 1.564 1.153 1.996 1.369 1.348 0.736 0.454 1.339 0.991 3.372 2.989 1584 chr2 101435013 101440965 + 0 NA intron (NM_002518, intron 1 of 20) intron (NM_002518, intron 1 of 20) 1376 NM_002518 4862 Hs.156832 NM_002518 ENSG00000170485 NPAS2 MOP4|PASD4|bHLHe9 neuronal PAS domain protein 2 protein-coding 0.380 nan 0.416 0.015 2.437 0.168 0.080 0.980 0.042 1.455 2.264 0.027 0.422 0.750 1.427 0.076 0.072 0.100 0.332 0.407 0.416 1.031 0.343 3.397 6.727 5.242 2.186 2.695 0.948 1.383 0.291 0.060 1.981 1.985 3.487 2.318 0.495 1.205 1.478 0.258 0.229 3.182 0.986 0.093 4.438 2.008 0.208 0.162 1.434 2.618 2.347 1.879 0.208 0.153 1.585 1.349 0.084 0.126 0.543 0.758 0.620 0.678 1.370 2.069 0.054 0.076 0.041 0.151 0.079 0.162 0.018 2.849 0.033 3.125 1.264 0.373 0.047 1.497 0.897 0.568 6.177 0.022 8.272 0.630 0.670 0.511 3.178 2.077 1.161 7.265 0.553 3.290 4.751 1.455 0.498 3.853 0.100 1.351 2.784 0.098 5.671 0.237 0.125 0.560 0.877 0.468 0.289 0.488 2.559 0.385 0.474 0.425 904 chr14 99810908 99825402 + 0 NA Intergenic Intergenic -80105 NM_001282237 64919 Hs.709690 NM_022898 ENSG00000127152 BCL11B ATL1|ATL1-alpha|ATL1-beta|ATL1-delta|ATL1-gamma|CTIP-2|CTIP2|IMD49|RIT1|ZNF856B|hRIT1-alpha B-cell CLL/lymphoma 11B protein-coding 1.244 0.475 0.696 0.074 0.055 0.216 0.207 0.054 0.004 0.341 0.094 0.078 0.013 0.036 0.040 0.043 0.061 0.083 0.355 0.176 0.061 0.014 0.154 0.310 0.066 0.132 0.275 0.020 0.066 0.060 0.078 0.182 0.068 0.045 0.022 0.062 0.264 0.015 0.027 0.118 0.196 0.043 0.036 0.057 0.298 0.258 0.128 0.114 0.518 0.514 0.128 0.067 0.169 0.175 5.145 5.064 0.250 0.336 1.675 1.468 0.186 0.223 0.090 0.188 0.333 0.567 0.340 0.608 0.097 0.098 0.059 0.048 0.110 0.057 0.120 0.081 0.035 0.081 0.046 1.358 0.095 0.059 0.032 0.058 0.053 0.017 0.153 0.143 0.120 0.022 0.129 0.341 0.034 0.045 0.083 0.062 0.068 0.698 0.120 0.021 0.023 0.004 0.082 0.008 0.056 0.034 0.263 0.047 0.059 0.008 0.014 930 chr15 34330029 34350058 + 0 NA intron (NM_012125, intron 2 of 2) AluSz|SINE|Alu -8740 NM_020371 57099 Hs.555966 NM_020371 ENSG00000169857 AVEN PDCD12 apoptosis and caspase activation inhibitor protein-coding 1.267 nan nan 0.454 0.294 0.596 0.305 0.691 0.136 0.854 0.374 0.192 0.294 0.694 0.599 0.509 0.234 0.874 0.409 0.456 0.346 0.481 0.132 0.622 0.983 0.894 0.286 0.815 0.178 0.593 0.395 0.091 0.940 0.179 0.317 1.051 0.956 3.077 0.592 0.171 0.238 0.995 0.900 0.627 0.352 0.425 0.764 0.916 0.638 0.958 1.278 1.113 2.285 0.666 1.232 1.192 0.770 1.116 1.057 1.864 1.894 2.098 0.795 1.322 0.924 0.548 1.293 1.004 0.953 0.838 0.248 0.613 0.197 2.601 0.320 0.427 0.291 0.235 0.281 0.443 0.515 0.176 0.289 0.377 0.629 0.281 0.206 0.657 0.347 3.598 1.214 1.128 0.500 0.597 0.854 0.810 0.866 0.874 0.296 0.396 0.218 0.888 0.569 1.012 0.119 0.767 0.588 0.276 0.245 0.328 1.069 0.089 0.483 0.264 1675 chr2 232161518 232175156 + 0 NA intron (NM_001271466, intron 18 of 24) L1M4|LINE|L1 -59082 NR_039937 100616317 NR_039937 ENSG00000263641 MIR4777 - microRNA 4777 ncRNA 0.941 nan 0.842 0.161 0.089 0.324 0.094 0.144 0.242 0.343 0.033 0.119 0.320 0.689 0.056 0.127 0.118 0.263 0.213 1.152 0.037 0.903 0.333 0.188 6.942 2.153 3.228 0.629 1.951 0.073 0.040 0.130 0.171 0.068 0.083 0.259 0.017 0.076 0.184 1.842 0.024 0.323 0.215 0.099 0.336 0.403 0.492 0.350 1.753 0.685 0.271 0.332 0.360 0.243 0.258 0.276 0.322 0.498 1.008 nan 0.343 0.236 0.209 0.340 0.083 0.108 0.398 1.016 0.442 0.409 0.086 1.226 0.043 0.095 0.028 0.073 0.031 0.658 0.403 0.043 0.109 0.007 0.070 0.101 0.027 0.053 0.903 0.052 0.026 0.111 0.343 0.109 0.279 1.233 0.343 1.115 1.441 0.263 0.147 1.553 0.050 0.112 0.037 0.044 0.025 0.613 0.107 0.051 0.065 0.144 0.090 0.090 0.025 0.015 649 chr12 10363548 10381978 + 0 NA intron (NM_031412, intron 2 of 3) intron (NM_031412, intron 2 of 3) 7274 NM_031412 23710 Hs.524250 NM_031412 ENSG00000139112 GABARAPL1 APG8-LIKE|APG8L|ATG8|ATG8B|ATG8L|GEC1 GABA type A receptor associated protein like 1 protein-coding 1.394 1.059 1.584 2.263 0.526 0.743 0.291 0.960 0.441 0.124 0.479 0.061 0.196 0.671 2.311 0.758 0.293 0.390 0.705 0.915 0.290 0.909 0.183 0.292 0.880 0.826 0.789 2.621 0.143 0.209 0.376 0.126 0.793 0.180 0.458 1.127 0.068 0.238 1.056 0.322 0.601 0.898 4.215 0.886 0.522 0.421 0.220 0.303 2.287 4.107 nan 1.390 4.011 1.871 3.341 3.273 0.338 0.604 1.849 3.095 0.414 0.237 0.310 0.576 0.077 0.139 1.672 3.766 0.754 0.460 0.335 0.321 0.390 1.458 0.457 0.428 0.519 0.506 0.571 0.902 0.731 0.020 0.047 1.804 0.386 0.182 0.167 0.549 0.639 1.677 1.701 1.444 1.068 0.648 0.124 1.324 0.216 0.390 0.446 0.635 0.147 3.747 0.524 0.309 0.401 0.222 0.500 0.150 0.109 0.730 0.135 0.237 0.403 0.287 2150 chr5 59775458 59794620 + 0 NA intron (NR_024617, intron 1 of 3) intron (NR_024617, intron 1 of 3) -1114 NM_001165899 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.857 0.070 0.248 0.163 0.147 0.144 0.003 0.148 0.106 0.092 0.218 0.194 0.063 0.098 0.089 0.169 0.114 0.634 0.006 0.071 0.033 0.131 0.076 0.088 0.067 0.311 0.145 0.100 0.051 0.099 0.237 0.096 0.091 0.049 0.004 0.063 0.610 0.023 0.088 0.439 0.658 0.107 0.407 0.092 0.218 0.151 0.397 0.599 0.295 0.356 nan 0.107 0.162 0.147 3.537 4.117 0.529 0.665 nan 0.117 0.074 0.240 0.088 0.127 0.189 0.338 0.199 0.286 0.655 0.396 0.010 1.960 0.047 0.092 0.007 0.202 0.083 0.023 9.628 0.030 0.141 0.091 0.044 0.037 0.028 0.187 0.241 0.032 1.022 0.048 0.111 0.387 0.148 0.204 0.072 0.169 0.732 0.085 0.005 0.008 0.312 0.053 0.007 0.037 0.105 0.048 0.077 0.078 0.012 0.040 0.028 0.005 1318 chr18 42373212 42386249 + 0 NA intron (NM_001130110, intron 2 of 3) LTR33|LTR|ERVL 118867 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 0.970 1.470 0.223 0.116 0.385 0.268 0.056 0.005 0.893 0.226 0.062 0.016 0.005 0.439 0.222 0.309 2.282 0.196 0.019 0.021 0.008 0.081 0.019 0.074 0.033 0.453 0.022 0.036 0.025 0.099 0.175 0.028 0.023 0.036 0.012 0.065 0.086 0.008 0.031 0.123 0.099 0.059 0.193 0.008 0.610 0.662 0.278 0.565 0.770 0.868 3.105 1.599 0.072 0.064 0.673 0.923 0.528 0.558 1.107 0.757 0.183 0.292 3.302 4.192 0.471 nan 2.031 1.633 0.159 0.033 0.134 0.468 0.164 0.021 0.010 0.006 0.062 1.052 0.369 0.092 0.037 0.012 0.023 0.012 0.018 0.031 0.154 0.016 0.230 0.358 0.893 0.027 0.022 0.309 0.009 0.006 0.200 0.005 0.408 0.042 0.010 0.037 0.025 0.071 0.196 0.350 0.052 0.044 0.004 648 chr12 10305987 10347214 + 0 NA intron (NM_001079815, intron 1 of 5) L1MB3|LINE|L1 -1810 NM_002543 4973 Hs.412484 NM_002543 ENSG00000173391 OLR1 CLEC8A|LOX1|LOXIN|SCARE1|SLOX1 oxidized low density lipoprotein receptor 1 protein-coding 0.670 0.566 0.654 0.256 0.127 0.195 0.116 0.148 1.691 0.075 0.084 0.055 0.064 0.166 0.247 0.128 0.159 0.055 0.147 0.291 0.133 0.172 0.022 0.080 0.300 0.178 0.253 0.421 0.050 0.099 0.132 0.136 0.632 0.020 0.100 0.265 0.023 0.047 0.567 0.026 0.401 0.465 0.523 0.335 0.565 0.096 0.184 0.117 2.036 7.064 nan 0.431 0.422 0.174 0.411 0.379 0.140 0.280 0.336 0.414 0.237 0.074 0.206 0.286 0.057 0.086 0.294 0.492 0.190 0.236 0.027 0.075 0.415 0.165 0.069 0.063 0.073 0.067 0.042 0.853 0.086 0.021 0.021 1.363 0.097 0.060 0.073 0.062 0.059 0.364 0.380 0.207 0.078 0.194 0.075 0.126 0.045 0.055 0.050 0.602 0.024 3.111 0.109 0.031 0.031 0.020 0.234 0.017 0.065 0.097 0.022 0.064 0.078 0.030 642 chr12 7068276 7083091 + 0 NA TTS (NR_003010) TTS (NR_003010) 1086 NR_003010 677777 Hs.689636 NR_003010 ENSG00000238795 SCARNA12 U89 small Cajal body-specific RNA 12 ncRNA 3.219 nan nan 11.413 4.113 5.688 2.999 2.181 1.110 1.986 0.329 0.130 1.615 3.770 2.543 4.280 1.817 4.916 4.037 6.004 0.401 6.058 1.759 0.698 9.176 6.737 5.403 10.184 1.459 5.465 1.848 0.184 3.564 1.302 2.087 3.223 0.429 1.290 6.637 3.402 1.920 8.087 9.643 1.235 5.803 1.761 3.000 3.163 5.529 8.279 nan 8.912 17.019 7.002 13.684 14.440 2.458 3.386 6.012 8.622 3.105 3.313 3.440 5.450 8.434 8.891 3.894 nan 2.340 1.267 5.407 2.701 1.513 2.603 2.899 4.745 0.724 2.112 2.041 0.761 5.009 1.655 4.663 1.628 1.939 0.841 3.383 3.184 2.395 2.646 3.674 2.714 2.444 3.241 1.986 3.788 1.971 4.916 2.710 2.382 12.876 6.106 1.275 1.490 3.659 1.876 0.638 3.932 2.279 1.179 0.245 1.566 1.073 0.720 2006 chr3 189177787 189187981 + 0 NA Intergenic BLACKJACK|DNA|hAT-Blackjack -131651 NM_001329964 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.217 1.180 0.774 0.155 0.092 6.218 3.241 0.135 0.012 0.327 0.262 0.121 0.018 0.120 0.073 0.183 0.146 0.165 0.219 0.195 0.012 0.106 0.082 0.105 0.653 0.201 0.124 0.358 0.027 0.147 0.052 0.080 nan 0.012 0.104 0.162 0.038 0.149 0.734 0.099 0.275 0.456 0.764 0.042 0.295 0.031 0.293 0.112 0.255 0.435 0.280 0.398 1.759 0.730 0.345 0.329 0.353 0.472 0.406 0.433 0.809 0.434 0.102 0.214 0.182 0.196 0.431 0.568 0.602 0.436 0.033 0.267 0.010 0.154 0.020 0.094 0.149 0.057 0.029 0.047 0.046 0.139 0.045 0.024 0.046 0.053 0.058 0.084 0.030 0.184 0.042 0.015 0.196 0.327 0.063 0.121 0.165 0.024 0.032 0.028 0.075 0.040 0.027 0.004 0.077 0.098 0.114 0.049 0.073 0.045 0.130 0.011 0.005 2245 chr6 5604677 5616933 + 0 NA intron (NM_006567, intron 5 of 6) MER2|DNA|TcMar-Tigger 84700 NR_110842 101927950 Hs.571136 NR_110842 ENSG00000270174 LOC101927950 - uncharacterized LOC101927950 ncRNA 1.061 0.743 1.028 0.558 0.064 0.386 0.274 0.075 0.020 0.189 0.157 0.118 0.015 0.140 0.026 0.399 0.287 0.329 0.125 0.137 0.040 0.037 0.011 0.126 0.638 0.117 0.162 0.159 0.060 0.087 0.071 0.080 0.130 0.031 0.050 0.019 0.084 0.183 0.027 0.023 0.126 0.035 0.063 0.059 0.382 0.324 0.203 0.269 0.414 0.467 3.334 0.802 0.269 0.224 0.489 0.661 1.122 0.925 0.478 0.156 0.121 0.210 1.040 1.215 0.335 0.996 1.756 0.993 0.018 0.151 0.015 0.091 0.115 0.094 0.011 0.141 0.029 0.024 0.044 0.156 0.051 0.090 0.064 0.006 0.019 0.032 0.016 0.213 0.045 0.082 0.013 0.060 0.189 0.075 0.340 0.329 0.071 0.048 0.072 0.042 2.988 0.028 0.020 0.071 0.054 0.056 0.024 0.107 0.032 0.092 0.005 1764 chr20 55352104 55372568 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 157978 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 0.680 1.058 1.323 0.077 0.114 0.211 0.094 0.125 0.082 0.119 0.084 0.220 0.139 0.418 8.106 0.038 0.068 0.059 0.155 0.277 0.520 0.898 0.685 1.341 2.818 0.866 0.894 0.742 0.908 0.105 0.123 0.089 0.872 1.032 0.747 1.202 0.161 0.323 0.685 1.019 0.697 1.239 1.659 0.696 1.004 0.300 0.519 nan 0.648 0.892 0.194 0.229 0.122 0.071 0.217 0.171 0.144 0.241 0.145 0.147 0.614 0.356 0.344 0.532 0.041 0.047 0.111 0.144 0.205 0.370 0.049 2.057 1.149 0.046 0.035 0.065 0.054 1.088 0.772 1.343 4.115 0.009 0.027 7.014 2.563 1.017 1.449 0.069 0.124 0.874 4.785 0.236 0.547 2.249 0.119 0.635 2.094 0.059 1.204 3.128 0.010 9.675 0.059 1.610 0.195 1.846 1.294 0.045 0.164 0.055 0.474 0.120 2.603 2.860 2130 chr5 45015338 45061400 + 0 NA Intergenic Intergenic 229342 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.504 0.970 1.104 0.152 0.105 0.168 0.115 0.104 0.011 0.181 0.178 0.161 0.029 0.155 0.039 0.133 0.193 0.169 0.137 0.214 0.022 0.121 0.025 0.133 0.214 0.126 0.112 0.306 0.054 0.142 0.059 0.122 0.166 0.186 0.051 0.068 0.014 0.133 0.350 0.026 0.017 0.157 0.133 0.111 0.111 0.120 0.331 0.197 0.242 0.334 0.208 0.316 0.155 0.086 0.166 0.127 0.701 0.937 0.270 0.307 0.610 0.239 0.170 0.283 0.067 0.072 0.126 0.164 0.195 0.230 0.011 0.094 0.019 0.233 0.039 0.079 3.459 0.050 0.019 0.003 0.070 0.023 0.022 0.038 0.016 0.020 0.025 0.032 0.050 0.139 0.027 0.043 0.040 0.040 0.181 0.113 0.030 0.169 0.011 0.050 0.014 0.033 0.035 0.009 0.010 0.043 0.082 0.053 0.038 0.021 0.028 0.029 0.019 0.022 1908 chr3 57184536 57199636 + 0 NA intron (NM_001318864, intron 2 of 13) intron (NM_001318864, intron 2 of 13) 7341 NM_017563 54756 Hs.150725 NM_017563 ENSG00000144730 IL17RD HH18|IL-17RD|IL17RLM|SEF interleukin 17 receptor D protein-coding 0.844 0.566 nan 0.289 0.106 0.233 0.053 0.111 0.033 0.128 1.566 0.267 0.063 0.264 0.037 0.083 0.072 0.181 0.186 0.143 0.090 0.341 0.266 0.165 0.411 0.181 0.281 0.603 0.160 0.248 0.222 0.054 0.369 0.188 0.417 0.157 0.115 0.156 0.240 0.043 0.048 0.162 0.103 0.263 0.173 0.271 0.209 0.578 0.866 0.397 0.388 1.145 0.408 0.267 0.268 0.244 0.413 0.338 0.461 nan 0.273 0.225 0.368 0.072 0.115 0.086 0.166 0.570 0.373 0.037 0.495 0.026 0.330 0.033 0.129 0.892 0.106 0.057 0.093 0.057 0.006 0.021 0.219 0.218 0.175 0.072 2.892 3.215 0.192 0.163 0.273 0.062 0.071 0.128 0.246 0.117 0.181 0.064 0.066 0.013 0.402 0.087 0.018 0.008 0.112 0.059 0.344 0.053 0.024 0.095 0.068 1.008 1.401 1028 chr16 12038990 12045432 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 -16753 NM_001192 608 Hs.2556 NM_001192 ENSG00000048462 TNFRSF17 BCM|BCMA|CD269|TNFRSF13A TNF receptor superfamily member 17 protein-coding 0.791 0.547 nan 0.273 0.109 0.376 0.173 0.221 8.700 0.212 0.127 0.125 0.128 0.132 0.059 0.227 0.079 0.206 0.221 0.300 0.062 0.062 0.066 0.218 0.378 0.124 0.112 0.298 0.023 0.166 0.117 0.078 0.160 0.036 0.070 0.116 0.085 0.115 0.276 0.034 0.024 0.220 0.618 0.065 0.197 0.124 0.550 0.382 0.117 0.228 0.312 0.348 0.729 0.252 0.502 0.448 0.320 0.610 0.335 0.311 nan 0.201 0.175 0.413 0.103 0.219 0.326 0.595 0.518 0.682 0.034 0.231 0.197 0.119 0.077 0.083 0.015 0.194 0.090 0.125 0.116 0.015 0.123 0.152 0.059 0.048 0.071 0.072 0.133 0.124 0.177 0.077 0.085 0.175 0.212 0.100 0.122 0.206 0.038 0.051 0.058 0.081 0.031 0.053 0.026 0.171 0.104 0.108 0.119 0.057 0.044 0.018 0.008 1589 chr2 105458347 105490167 + 0 NA 3' UTR (NM_006236, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_006236, exon 1 of 1) 3731 NM_006236 5455 Hs.248158 NM_006236 ENSG00000198914 POU3F3 BRN1|OTF8|brain-1|oct-8 POU class 3 homeobox 3 protein-coding 0.407 nan 0.397 0.059 0.046 0.212 0.112 0.069 0.029 1.870 0.066 0.025 0.050 0.960 0.225 0.112 0.064 0.854 0.114 0.012 0.072 0.007 0.111 0.069 0.101 0.083 10.667 0.018 1.070 0.035 0.062 0.527 0.041 0.043 0.088 0.017 0.047 0.201 0.014 0.082 0.092 0.456 0.063 0.042 0.095 0.256 0.240 0.356 0.451 3.417 2.814 0.130 0.071 0.121 0.126 0.148 0.255 0.505 0.745 4.585 6.448 0.210 0.559 0.035 0.067 0.076 0.158 1.201 0.740 0.021 0.064 0.006 0.144 0.039 0.011 0.144 0.070 0.024 0.042 0.095 0.003 2.163 0.153 0.092 0.083 0.036 0.353 0.298 0.116 0.204 0.073 0.074 0.040 1.870 0.078 0.029 0.064 0.015 0.041 0.023 0.939 0.038 0.011 0.010 0.020 0.028 0.769 0.216 0.031 0.014 0.041 0.018 0.008 198 chr1 154939142 154951256 + 0 NA intron (NM_001130041, intron 1 of 12) intron (NM_001130041, intron 1 of 12) 1760 NM_001130041 6464 Hs.433795 NM_003029 ENSG00000160691 SHC1 SHC|SHCA SHC adaptor protein 1 protein-coding nan nan 2.522 2.166 3.454 2.209 1.074 6.613 1.950 3.046 5.785 0.981 2.723 6.430 11.967 1.592 0.769 2.153 4.524 2.423 2.075 4.473 3.214 2.212 8.779 5.746 4.206 10.756 3.982 3.019 4.520 0.177 7.072 5.052 3.443 3.519 1.465 6.346 4.072 4.889 1.606 7.200 11.820 3.729 4.474 3.466 4.258 5.771 5.022 8.404 4.615 nan 3.478 1.737 6.101 6.198 3.205 3.880 6.486 7.923 2.392 1.909 5.023 6.379 2.278 3.043 3.805 6.115 1.765 0.950 2.010 5.095 2.421 5.246 2.837 4.014 2.898 5.856 7.940 3.328 9.992 0.542 3.489 10.417 11.430 3.996 3.387 1.320 1.248 7.201 6.943 5.809 10.942 8.553 3.046 7.109 6.811 2.153 3.100 2.747 0.604 15.179 4.900 5.396 2.012 7.233 4.585 1.735 3.901 1.772 4.452 4.053 6.916 5.511 2550 chr8 61669501 61724337 + 0 NA intron (NM_017780, intron 3 of 37) intron (NM_017780, intron 3 of 37) 43101 NM_001316690 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 1.846 1.327 1.742 1.815 0.051 3.045 1.640 0.133 0.184 1.615 0.078 0.071 0.081 0.299 0.050 1.019 0.603 5.242 1.366 0.226 0.054 0.107 0.043 0.099 0.372 0.114 0.122 1.824 0.117 0.265 0.075 0.077 0.228 0.104 0.084 0.079 0.037 0.169 0.131 0.069 0.018 0.171 0.145 0.101 0.147 0.160 0.352 0.338 0.573 0.513 3.286 4.199 4.038 1.826 0.153 0.122 1.095 nan 2.535 2.555 nan 1.448 0.344 0.569 2.094 4.327 1.124 3.349 2.718 1.372 0.635 0.149 0.019 0.212 0.619 1.978 0.023 0.068 0.034 0.039 0.081 0.610 0.625 0.077 0.042 0.027 0.108 0.073 0.089 0.151 0.098 0.313 0.047 0.121 1.615 0.210 0.088 5.242 0.107 0.026 3.955 0.044 1.388 0.033 0.026 0.101 0.078 0.107 0.233 1.011 0.047 0.071 0.158 0.155 1718 chr20 22460533 22517969 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 70029 NR_001558 140828 Hs.9842 NR_001558 ENSG00000259974 LINC00261 ALIEN|C20orf56|DEANR1|HCCDR1|NCRNA00261|onco-lncRNA-17 long intergenic non-protein coding RNA 261 ncRNA 0.789 1.178 nan 2.429 0.038 1.749 0.847 0.125 0.012 0.261 0.077 0.081 0.020 0.043 0.022 1.771 0.819 1.343 0.195 0.142 0.017 0.078 0.017 0.097 0.660 0.132 0.272 0.925 0.084 0.942 0.037 0.071 0.227 0.072 0.031 0.107 0.012 0.060 0.191 0.049 0.066 0.385 0.216 0.055 0.089 0.116 0.451 0.217 0.122 0.174 2.404 2.199 7.259 2.819 0.089 0.121 0.134 0.241 2.912 2.808 0.344 0.102 0.246 0.299 2.622 2.328 0.405 0.898 2.809 1.489 0.013 0.176 0.013 0.156 1.981 0.186 0.017 0.069 0.028 0.009 0.056 0.667 0.018 0.088 0.029 0.019 0.055 0.309 0.433 0.132 0.508 0.025 0.409 0.044 0.261 0.023 0.019 1.343 0.096 0.052 0.012 0.026 2.480 0.025 0.034 0.078 0.060 1.663 0.148 0.054 0.085 0.060 0.011 0.017 1098 chr16 88715973 88719293 + 0 NA promoter-TSS (NM_000101) promoter-TSS (NM_000101) -141 NM_000101 1535 Hs.513803 NM_000101 ENSG00000051523 CYBA p22-PHOX cytochrome b-245 alpha chain protein-coding nan 1.190 2.394 5.744 5.885 1.249 0.884 1.108 0.002 0.571 0.010 0.144 3.508 9.587 0.220 1.077 0.913 6.204 0.252 1.891 0.559 0.571 0.065 5.071 1.677 0.658 0.554 0.588 1.143 0.602 1.068 0.082 0.941 0.036 0.836 2.907 0.071 0.061 0.225 3.252 0.072 5.908 0.632 1.217 1.801 0.688 2.311 0.925 1.400 1.038 1.143 5.013 1.115 3.152 2.740 0.177 0.255 7.010 6.826 0.491 0.672 0.582 1.008 0.456 0.455 0.254 0.493 0.782 0.483 2.292 2.950 0.662 2.601 5.845 1.694 0.126 2.907 3.157 0.369 3.036 0.058 0.165 12.637 14.620 5.982 2.391 0.893 0.834 0.180 6.262 4.084 0.168 0.100 0.571 9.477 0.316 6.204 2.893 0.049 0.237 4.045 4.328 0.592 0.013 2.655 0.637 0.346 0.151 0.036 0.687 0.889 0.031 1059 chr16 52519432 52534472 + 0 NA intron (NM_001080430, intron 1 of 6) intron (NM_001080430, intron 1 of 6) 53854 NM_001080430 27324 Hs.132574 NM_001080430 ENSG00000103460 TOX3 CAGF9|TNRC9 TOX high mobility group box family member 3 protein-coding nan nan nan 2.664 0.081 2.318 1.251 0.078 0.016 2.095 0.073 0.129 0.013 0.028 0.021 0.188 0.082 3.056 0.275 0.490 0.016 0.078 0.007 1.041 0.535 0.157 0.264 2.701 0.320 3.708 0.021 0.078 0.196 0.021 0.040 0.062 0.042 0.148 0.066 0.026 0.107 0.218 0.060 0.045 0.152 1.346 1.073 1.245 1.191 2.528 2.316 4.257 1.487 1.222 1.358 1.768 nan nan nan nan 0.379 0.327 0.366 0.864 1.383 0.406 nan nan 0.933 1.271 0.038 0.006 0.037 0.384 0.786 0.028 0.009 0.005 0.005 0.060 0.108 0.111 0.073 0.004 0.021 0.113 0.083 0.129 0.100 0.126 0.023 0.263 0.208 2.095 0.037 0.012 3.056 0.106 0.092 0.187 0.019 0.865 0.009 0.006 0.221 0.044 3.101 0.237 0.116 0.010 0.056 0.011 0.003 2683 chr9 100546428 100575002 + 0 NA Intergenic Intergenic -54822 NM_004473 2304 Hs.159234 NM_004473 ENSG00000178919 FOXE1 FKHL15|FOXE2|HFKH4|HFKL5|NMTC4|TITF2|TTF-2|TTF2 forkhead box E1 protein-coding 0.696 1.171 0.913 0.817 0.681 0.458 0.269 0.267 0.319 0.997 0.111 0.079 0.743 1.694 0.201 0.341 0.224 0.130 0.230 0.435 0.218 1.313 1.002 0.152 1.210 0.565 0.608 1.123 0.865 0.105 0.127 0.085 0.637 0.133 0.112 0.392 0.140 0.349 0.598 0.520 1.717 0.426 1.078 0.159 0.529 0.219 0.501 0.545 0.521 1.462 0.887 0.881 1.864 0.920 0.391 0.464 0.203 0.371 0.772 nan 1.057 1.091 0.299 0.311 2.183 2.168 0.215 0.334 nan 0.568 0.120 1.793 0.197 0.091 0.035 0.305 0.053 1.207 0.579 0.160 0.136 0.684 0.136 1.249 0.221 0.139 0.750 0.084 0.089 0.248 0.348 0.252 0.130 0.574 0.997 4.769 0.084 0.130 0.317 0.144 0.268 0.370 0.078 1.241 0.381 0.413 0.525 0.049 0.100 0.083 0.175 0.465 0.246 0.182 913 chr14 103850861 103867131 + 0 NA intron (NM_001128920, intron 1 of 15) intron (NM_001128920, intron 1 of 15) 7295 NM_001128920 4140 Hs.35828 NM_002376 ENSG00000075413 MARK3 CTAK1|KP78|PAR1A|Par-1a microtubule affinity regulating kinase 3 protein-coding 2.467 1.391 1.504 1.241 1.572 0.794 0.458 0.992 0.208 1.131 1.439 0.395 0.173 0.715 0.865 0.720 0.317 0.983 0.535 0.864 0.236 1.091 0.551 1.218 2.333 1.753 1.436 1.990 0.697 0.854 0.992 0.176 2.651 0.373 0.900 1.092 0.425 2.248 1.456 0.478 0.424 2.102 3.465 0.832 3.469 0.669 0.986 1.231 1.330 2.385 2.274 2.203 2.780 1.245 1.636 1.560 1.504 2.098 1.271 1.893 2.324 1.899 1.059 2.292 0.737 0.819 0.849 1.260 1.164 0.801 0.773 0.968 0.499 0.729 0.258 0.770 0.390 1.479 1.056 0.372 0.898 0.147 0.598 1.055 1.202 0.685 0.551 0.354 0.266 0.927 1.272 3.221 0.452 1.624 1.131 0.741 0.922 0.983 0.512 0.660 0.395 0.989 0.498 0.584 0.693 1.226 0.512 0.519 0.493 0.321 2.182 0.472 0.312 0.272 2019 chr4 666625 677720 + 0 NA intron (NM_002477, intron 1 of 6) intron (NM_002477, intron 1 of 6) 461 NM_002477 4636 Hs.410970 NM_002477 ENSG00000215375 MYL5 - myosin light chain 5 protein-coding 1.477 1.032 nan 2.473 1.457 1.633 0.831 2.430 0.570 1.431 0.553 0.116 1.266 3.221 0.884 1.071 0.469 1.779 0.729 1.446 0.460 1.188 0.359 0.648 3.777 2.082 1.188 2.735 1.647 2.481 1.145 0.063 1.787 0.533 0.414 2.780 0.212 0.665 0.951 0.893 0.276 0.973 1.414 1.338 1.482 0.912 1.709 2.259 1.950 2.763 1.792 1.690 nan 1.695 2.861 3.051 0.707 0.901 1.521 2.387 1.346 1.241 1.500 1.997 0.743 0.542 1.088 1.383 nan 1.405 0.530 0.760 0.431 0.881 1.136 4.140 0.605 0.693 0.845 0.968 1.559 0.134 1.645 2.077 1.721 0.994 0.783 1.218 0.775 0.944 1.391 3.192 0.974 0.886 1.431 4.103 1.607 1.779 1.789 1.042 0.350 2.848 0.820 0.801 0.194 0.866 0.522 1.284 0.569 0.731 0.393 0.247 0.582 0.304 2665 chr9 35903035 35926910 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 5492 NR_024283 158376 Hs.302677 NR_024283 ENSG00000235387 LINC00961 SPAR long intergenic non-protein coding RNA 961 ncRNA 1.247 nan 1.132 0.177 0.324 0.252 0.147 2.052 0.241 0.474 1.065 0.265 0.741 0.856 0.599 0.262 0.172 0.167 0.141 0.495 0.213 1.503 0.954 1.537 3.876 0.852 3.540 1.435 1.232 0.636 0.150 0.097 0.312 1.039 0.719 0.721 0.597 1.928 0.984 1.098 1.199 0.363 5.628 0.914 0.893 0.959 0.228 0.153 0.617 0.944 0.587 0.648 0.581 0.189 0.208 0.207 2.859 3.699 0.596 0.558 1.109 0.855 0.296 0.353 0.089 0.121 0.668 1.953 2.175 1.579 1.257 3.071 0.860 2.122 0.072 0.173 0.041 3.840 3.918 0.531 5.279 0.024 0.060 0.562 1.950 0.814 0.930 0.066 0.076 3.583 2.172 1.100 0.277 1.192 0.474 0.519 2.091 0.167 0.348 0.059 0.077 0.621 0.382 1.596 0.188 1.880 0.487 0.306 0.037 0.553 1.295 0.253 2.316 1.788 202 chr1 155094469 155113399 + 0 NA exon (NM_004428, exon 2 of 5) exon (NM_004428, exon 2 of 5) 3585 NM_182685 1942 Hs.516664 NM_004428 ENSG00000169242 EFNA1 B61|ECKLG|EFL1|EPLG1|LERK-1|LERK1|TNFAIP4 ephrin A1 protein-coding nan nan 2.616 1.958 2.774 1.202 0.771 2.313 1.645 2.549 0.903 0.359 1.543 3.544 9.537 0.904 0.538 2.408 1.970 3.468 0.975 3.881 2.002 0.731 7.070 3.988 5.861 8.639 2.559 1.124 2.672 0.153 2.758 1.414 1.179 1.658 0.579 1.770 3.003 2.860 0.774 5.014 6.431 2.651 2.722 1.807 3.865 4.573 5.919 11.891 3.198 nan 2.213 0.760 1.379 1.438 1.831 2.680 3.657 5.787 1.550 1.215 5.932 8.584 1.323 1.404 2.116 3.694 1.404 0.721 1.046 3.095 1.548 1.214 3.307 1.622 0.752 2.085 1.822 2.888 5.834 0.206 1.220 6.475 3.065 1.668 2.232 0.739 0.503 1.062 3.648 2.434 13.553 9.152 2.549 5.982 3.468 2.408 2.410 6.311 0.476 10.164 3.168 0.967 1.245 3.319 1.540 0.463 5.424 0.581 0.896 1.579 0.891 0.435 361 chr10 3891538 4015841 + 0 NA Intergenic Intergenic 77547 NR_134490 105376365 Hs.460114 NR_134490 ENSG00000230573 LOC105376365 - uncharacterized LOC105376365 ncRNA 0.476 0.980 0.631 0.250 0.529 0.591 0.361 0.141 0.046 0.512 0.952 0.217 0.382 0.479 0.610 0.222 0.104 0.374 0.095 0.431 0.116 0.360 0.502 0.457 0.283 0.086 0.338 0.489 0.245 0.059 5.210 0.182 0.207 0.202 0.149 0.347 0.565 0.821 0.268 0.458 0.072 0.371 0.182 0.216 0.229 0.132 0.382 0.302 0.435 0.829 0.307 0.298 1.896 1.168 0.137 0.138 0.138 0.244 0.532 0.711 0.178 0.092 0.190 0.240 0.199 0.360 0.183 0.370 0.593 0.442 0.014 0.600 0.195 0.701 0.069 0.124 0.065 0.531 0.292 0.082 0.156 0.025 0.023 0.213 0.176 0.136 0.121 0.032 0.063 0.250 0.399 0.278 1.003 0.412 0.512 0.488 0.347 0.374 0.218 0.561 0.026 1.472 0.063 0.331 0.141 0.714 0.266 0.043 0.082 0.084 0.209 0.748 1.097 1.156 2468 chr7 100523533 100531581 + 0 NA Intergenic Intergenic -19495 NM_005960 4584 Hs.703577 NM_005960 ENSG00000169894 MUC3A MUC-3A|MUC3 mucin 3A, cell surface associated protein-coding nan 0.538 0.641 0.108 0.170 0.211 0.194 0.069 5.672 0.096 0.134 0.162 0.190 0.104 0.048 0.117 0.131 0.104 0.225 0.132 0.391 0.161 0.130 0.200 0.555 0.090 1.412 0.192 0.018 0.159 0.068 0.113 0.308 0.030 0.331 0.069 0.438 0.644 0.296 0.027 0.193 0.879 0.192 0.150 0.322 0.120 0.346 0.170 0.284 0.696 0.197 0.334 0.073 0.104 0.111 0.178 0.101 0.226 0.134 0.116 0.407 0.098 0.157 0.224 0.114 0.127 0.308 nan 0.378 0.439 0.012 0.256 0.452 0.117 0.024 0.121 0.017 0.093 0.009 0.065 0.087 0.020 0.126 0.030 0.020 0.285 0.022 0.046 0.284 0.142 0.067 0.010 0.209 0.096 0.223 0.046 0.104 0.339 1.036 0.230 0.083 0.051 0.042 0.080 0.117 0.802 0.027 0.049 0.047 0.435 0.129 0.019 184 chr1 151761855 151765251 + 0 NA promoter-TSS (NM_006862) promoter-TSS (NM_006862) -543 NM_006862 11022 Hs.144439 NM_006862 ENSG00000182134 TDRKH TDRD2 tudor and KH domain containing protein-coding nan nan 6.574 2.912 1.878 2.148 1.512 0.545 0.422 2.371 1.072 0.190 0.697 2.868 0.474 1.979 1.015 3.168 1.669 1.470 0.219 2.935 1.276 0.574 18.194 17.546 1.894 10.290 0.843 1.417 1.963 0.142 0.272 0.846 0.497 0.892 0.187 1.907 1.049 1.680 0.315 0.608 2.956 1.878 1.274 1.346 2.412 3.344 2.269 3.076 9.420 nan 6.644 1.908 2.822 3.096 1.970 2.351 3.033 4.108 2.856 2.572 5.253 10.090 2.380 2.144 3.826 4.912 2.326 1.227 1.275 1.721 0.649 0.685 0.931 4.898 0.451 1.046 0.571 1.369 0.305 0.366 0.937 2.002 1.121 0.783 0.498 2.327 1.648 0.670 1.496 2.364 5.143 4.959 2.371 2.493 1.658 3.168 0.723 2.584 0.575 2.900 3.398 0.393 0.346 1.091 0.083 0.339 3.606 1.236 0.405 1.199 0.390 0.194 776 chr13 24141138 24156391 + 0 NA intron (NM_001204459, intron 1 of 7) intron (NM_001204459, intron 1 of 7) 4255 NM_148957 55504 Hs.149168 NM_018647 ENSG00000127863 TNFRSF19 TAJ|TAJ-alpha|TRADE|TROY TNF receptor superfamily member 19 protein-coding 1.762 1.543 1.268 0.652 0.550 0.231 0.085 0.092 0.004 0.050 1.087 0.200 0.113 0.228 0.120 0.337 0.118 0.149 0.297 0.305 0.041 0.071 0.014 0.122 0.750 0.511 0.268 1.472 0.018 1.753 0.148 0.072 0.172 0.085 0.632 0.193 0.026 0.090 0.176 0.057 0.095 0.514 1.040 0.497 0.139 0.113 0.688 1.006 0.655 nan 1.164 0.946 0.631 0.222 0.367 0.312 0.195 0.328 1.151 1.800 1.475 1.148 0.354 0.620 0.685 0.452 2.110 4.394 2.265 1.249 0.087 0.090 0.316 0.100 0.284 2.542 0.042 0.028 0.070 1.124 0.337 0.291 0.078 0.127 0.127 0.086 0.413 0.580 0.203 0.323 0.163 0.091 0.143 0.050 0.307 0.324 0.149 0.071 0.200 0.064 1.321 1.373 0.013 0.014 0.088 0.095 1.624 0.118 1.127 0.149 0.018 5.771 8.744 2183 chr5 133798349 133881385 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2376 NR_105045 101927934 Hs.535775 NR_105045 ENSG00000251169 LINC01843 - long intergenic non-protein coding RNA 1843 ncRNA 1.240 1.026 nan 0.395 1.184 0.962 0.492 1.197 0.237 0.252 0.706 0.206 0.775 1.485 1.371 0.164 0.114 0.405 0.217 0.785 0.376 1.076 0.961 1.989 4.671 2.428 1.773 1.924 1.003 2.945 1.384 0.139 4.913 0.651 1.214 1.101 0.155 0.403 0.437 0.892 1.184 1.184 2.583 0.739 0.994 0.615 0.385 0.571 0.716 1.006 0.720 0.713 1.038 0.298 0.778 0.884 0.602 0.897 2.588 2.504 1.280 1.254 0.614 0.800 0.477 0.493 0.920 2.228 0.666 0.448 0.444 2.187 0.789 1.007 0.492 1.188 0.389 1.152 1.181 0.874 1.053 0.093 0.156 1.733 1.319 0.550 1.198 0.977 0.966 0.924 2.000 4.468 1.137 1.164 0.252 1.811 0.865 0.405 0.888 0.469 0.178 1.161 0.607 1.002 0.955 0.617 0.640 2.154 0.482 0.923 0.990 0.677 1.658 1.006 1819 chr21 45652844 45671570 + 0 NA Intergenic CpG-17318 -1320 NM_015259 23308 Hs.14155 NM_015259 ENSG00000160223 ICOSLG B7-H2|B7H2|B7RP-1|B7RP1|CD275|GL50|ICOS-L|ICOSL|LICOS inducible T-cell costimulator ligand protein-coding nan 0.889 2.892 0.267 0.658 2.982 1.604 0.228 0.050 0.226 0.131 0.026 0.070 0.264 0.020 0.083 0.062 2.061 0.876 0.250 0.651 0.371 0.133 0.572 4.355 1.055 0.603 3.658 0.097 0.080 0.121 0.050 0.357 0.088 0.065 0.310 0.288 0.492 0.392 0.345 0.108 0.366 0.367 0.474 0.926 0.139 0.722 1.272 0.394 0.746 1.113 1.102 nan 0.495 0.730 0.625 0.106 nan 2.642 4.290 0.758 0.620 1.163 1.972 0.156 0.266 0.476 0.780 0.740 0.508 5.933 0.428 0.332 0.059 0.616 2.092 0.052 0.133 0.032 0.143 0.129 0.046 0.047 0.794 0.145 0.117 0.173 0.395 0.252 0.142 0.409 0.718 0.595 0.594 0.226 0.850 0.895 2.061 0.107 1.217 0.419 1.514 0.082 0.007 0.047 0.127 1.154 0.043 1.667 0.229 0.020 0.521 0.101 0.033 1459 chr19 45970014 45974416 + 0 NA intron (NM_006732, intron 1 of 3) CpG 962 NM_006732 2354 Hs.590958 NM_006732 ENSG00000125740 FOSB AP-1|G0S3|GOS3|GOSB FosB proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 3.070 1.989 4.084 1.970 3.678 1.437 0.723 0.946 0.255 0.666 0.866 0.036 0.560 1.857 0.345 0.353 0.390 0.517 1.328 2.617 0.675 1.488 0.430 0.701 nan 2.718 2.421 5.976 0.382 1.020 1.762 0.120 2.620 0.409 0.353 0.632 0.244 1.065 1.728 0.880 0.439 1.181 5.163 1.565 2.275 0.708 1.012 2.048 3.210 5.275 2.800 2.402 3.275 2.526 5.713 5.939 3.046 3.393 2.493 4.353 1.982 1.519 0.721 1.199 1.802 1.752 3.432 5.715 1.302 1.222 0.604 1.039 0.693 2.610 0.588 2.286 0.694 0.362 0.397 0.440 0.234 0.110 0.525 0.973 0.630 0.320 0.229 0.777 0.330 1.601 1.701 7.983 0.786 1.037 0.666 10.606 0.509 0.517 0.747 0.849 0.735 2.273 1.360 0.862 0.480 0.126 0.505 0.339 0.315 0.716 0.415 0.581 1.138 0.498 1570 chr2 70171475 70177096 + 0 NA Intergenic Intergenic 15112 NM_152792 151516 Hs.516253 NM_152792 ENSG00000244617 ASPRV1 MUNO|SASP|SASPase|Taps aspartic peptidase, retroviral-like 1 protein-coding nan nan 0.683 0.084 0.821 0.215 0.114 0.455 0.177 0.223 0.088 3.237 4.420 1.523 0.102 0.071 0.183 0.206 8.787 0.066 0.979 1.989 1.002 11.974 5.363 1.624 0.378 3.412 0.209 0.102 0.324 1.443 0.219 2.078 0.042 0.099 1.444 3.679 0.647 3.629 1.147 0.149 2.287 1.711 0.385 0.555 0.340 0.673 0.679 0.666 0.412 0.159 0.518 0.625 0.293 0.452 0.292 0.383 0.476 0.278 0.461 0.707 0.068 0.098 0.477 0.825 nan 0.382 6.869 0.034 1.535 0.017 0.120 0.008 1.646 1.299 0.156 0.872 0.017 0.372 0.504 0.296 1.091 0.138 0.188 0.766 0.623 0.384 0.323 5.742 0.177 3.102 1.862 0.183 5.245 3.732 0.023 0.279 0.161 1.724 2.015 1.056 0.060 0.082 0.035 0.045 2.263 1.259 0.360 0.280 2673 chr9 42717030 42730764 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 5831 NM_199244 349334 Hs.712520 NM_199244 ENSG00000184659 FOXD4L4 FOXD4L2|FOXD4b|bA460E7.2 forkhead box D4-like 4 protein-coding 1.156 1.813 1.191 0.180 0.115 0.485 0.199 0.119 0.009 0.356 0.094 0.128 0.027 0.070 0.023 0.206 0.357 0.426 0.222 0.350 0.036 0.098 0.008 0.183 0.064 0.147 0.125 0.508 0.064 0.210 0.107 0.193 0.308 0.034 0.057 0.175 0.018 0.095 0.433 0.040 0.024 0.221 0.225 0.143 0.141 0.260 0.609 0.461 0.346 0.302 1.288 1.262 1.043 0.396 0.544 0.394 0.327 0.577 0.312 0.344 0.611 0.204 0.449 0.811 5.297 4.671 0.258 0.369 0.762 0.641 0.045 0.072 0.054 0.047 0.124 0.085 0.860 0.010 0.053 0.022 0.101 2.485 0.059 0.148 0.096 0.057 0.095 0.045 0.141 0.210 0.041 0.067 0.023 0.062 0.356 0.083 0.061 0.426 0.026 0.030 0.035 0.030 0.111 0.030 0.012 0.055 0.091 0.083 0.444 0.054 0.006 0.152 0.046 0.029 1984 chr3 179039089 179044337 + 0 NA intron (NM_016331, intron 1 of 6) intron (NM_016331, intron 1 of 6) 162 NM_016331 51193 Hs.632578 NM_016331 ENSG00000121864 ZNF639 ANC-2H01|ANC_2H01|ZASC1 zinc finger protein 639 protein-coding 6.124 3.669 3.503 4.091 5.150 3.651 1.884 2.766 9.563 2.443 3.941 0.805 0.759 1.904 2.479 4.006 2.602 2.891 1.730 1.034 0.519 4.006 1.301 2.163 2.408 2.048 3.171 6.543 0.698 3.756 2.440 0.179 10.911 0.935 1.224 3.820 1.556 5.630 11.745 1.957 2.423 8.979 12.565 2.512 3.339 1.305 3.377 4.234 4.574 6.586 7.071 5.588 9.243 3.432 7.091 7.539 4.596 6.640 5.702 8.932 11.269 14.387 2.542 6.968 6.793 5.477 7.531 7.273 3.273 1.777 0.802 2.574 1.525 1.991 0.931 3.241 1.607 3.308 4.022 3.191 2.625 1.360 3.400 5.870 4.165 2.259 1.021 1.751 1.562 3.023 2.491 4.805 2.537 2.728 2.443 3.028 3.552 2.891 1.003 1.801 0.954 3.759 1.900 1.847 0.768 2.139 0.584 2.343 1.588 2.914 1.369 1.322 1.328 0.843 1269 chr17 78092633 78104993 + 0 NA Intergenic Intergenic 22169 NM_014740 9775 Hs.389649 NM_014740 ENSG00000141543 EIF4A3 DDX48|MUK34|NMP265|NUK34|RCPS|eIF4AIII eukaryotic translation initiation factor 4A3 protein-coding 1.239 0.945 0.992 0.332 0.119 0.470 0.158 0.137 0.020 0.244 0.205 0.143 0.078 0.120 0.061 0.203 0.080 0.205 0.552 0.309 0.020 0.076 0.034 0.271 0.518 0.138 0.108 0.532 0.047 0.118 0.052 0.091 0.224 0.037 0.044 0.112 0.026 0.123 0.293 0.053 0.059 0.204 0.322 0.096 0.102 0.118 4.700 6.307 0.277 0.334 0.580 0.570 0.966 0.284 1.037 1.141 nan 0.411 0.608 0.798 0.809 0.580 0.372 0.562 0.165 0.160 0.781 1.940 nan 0.611 0.050 0.293 0.062 0.103 0.050 0.174 0.067 0.022 0.053 0.068 0.118 0.078 0.144 0.140 0.024 0.019 0.068 0.100 0.122 0.175 0.144 0.069 0.026 0.255 0.244 0.173 0.053 0.205 0.209 0.134 0.128 0.147 1.397 0.027 0.003 0.076 0.013 0.083 0.145 0.348 0.074 0.131 0.023 0.021 181 chr1 151649520 151655924 + 0 NA intron (NM_030918, intron 7 of 11) AluSx1|SINE|Alu 36070 NM_001172648 11189 Hs.26047 NM_007185 ENSG00000159409 CELF3 BRUNOL1|CAGH4|ERDA4|ETR-1|TNRC4 CUGBP, Elav-like family member 3 protein-coding nan nan 1.173 0.098 1.718 0.281 0.151 0.717 0.078 0.158 0.441 0.250 1.212 2.412 0.396 0.179 0.274 0.131 0.245 0.783 0.290 1.951 1.731 0.122 30.357 26.071 1.365 0.535 2.013 0.083 0.141 0.069 0.300 0.809 0.140 0.131 0.389 0.654 0.841 2.228 0.113 1.773 0.296 0.141 0.604 1.335 0.417 0.470 0.473 0.750 0.656 nan 0.654 0.270 0.365 0.352 0.656 0.921 0.540 0.596 0.824 0.429 0.506 0.805 0.084 0.128 0.588 1.612 0.598 0.386 0.026 3.580 0.241 2.078 0.093 0.207 0.044 2.168 1.587 0.207 0.092 0.059 0.086 1.337 1.083 0.485 1.604 0.061 0.115 0.466 0.140 0.278 1.749 5.729 0.158 1.831 0.580 0.131 1.936 1.884 0.055 0.499 0.075 1.355 1.156 2.167 1.131 0.247 0.207 0.333 2.051 0.117 0.088 412 chr10 112255208 112262416 + 0 NA intron (NM_004419, intron 1 of 3) intron (NM_004419, intron 1 of 3) 1187 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 1.820 nan 5.738 0.340 2.819 0.648 0.319 6.086 0.034 0.920 2.374 0.302 1.229 2.862 2.234 0.130 0.138 0.184 0.638 1.835 1.189 6.012 2.186 2.163 3.284 3.143 1.137 2.095 1.385 0.171 0.826 0.125 3.426 1.818 2.500 3.660 0.450 0.971 0.703 2.635 0.551 5.059 5.448 3.589 3.350 2.090 0.321 0.484 1.320 1.947 0.329 0.242 0.909 0.211 0.535 0.621 0.641 0.971 0.300 0.298 3.134 3.603 0.583 0.907 0.111 0.353 3.087 5.690 0.547 0.437 0.062 5.090 1.270 2.962 1.925 0.258 0.441 2.341 2.686 1.941 3.049 0.013 0.065 7.975 6.719 2.279 1.082 0.304 0.252 2.282 5.557 5.328 2.248 3.361 0.920 4.357 6.998 0.184 1.720 0.709 0.243 2.584 1.064 2.198 1.472 2.143 2.031 0.053 0.302 3.466 2.232 2.941 1.997 1.608 307 chr1 221880247 221926947 + 0 NA intron (NR_111940, intron 1 of 2) intron (NR_111940, intron 1 of 2) 6645 NR_111939 11221 Hs.497822 NM_007207 ENSG00000143507 DUSP10 MKP-5|MKP5 dual specificity phosphatase 10 protein-coding 2.421 nan 2.892 1.416 1.342 2.198 1.115 0.550 0.373 1.159 0.122 0.103 0.273 0.773 0.217 2.271 0.834 2.608 0.471 0.617 0.050 0.696 0.885 0.387 1.266 0.508 0.860 2.286 0.248 0.563 0.051 0.117 0.298 0.144 0.146 0.624 0.369 1.339 0.613 0.581 0.099 0.799 0.558 0.611 0.484 0.533 0.852 0.756 2.242 3.703 2.851 nan 3.342 2.596 2.684 2.922 1.299 1.537 2.865 3.974 1.389 1.474 0.200 0.229 2.922 3.265 2.352 5.218 2.320 1.350 0.333 0.392 0.239 0.538 0.417 0.332 0.009 0.694 0.464 0.164 0.310 0.687 0.752 0.233 0.332 0.209 0.318 0.176 0.159 0.546 0.535 0.349 0.442 0.537 1.159 0.920 0.173 2.608 0.363 0.372 0.141 0.329 1.144 0.273 0.136 0.597 0.074 0.652 0.055 2.113 0.313 0.425 0.091 0.057 1671 chr2 219816417 219833803 + 0 NA exon (NM_003936, exon 1 of 1) exon (NM_003936, exon 1 of 1) 760 NM_003936 8941 Hs.158460 NM_003936 ENSG00000171450 CDK5R2 NCK5AI|P39|p39nck5ai cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 2 protein-coding nan 2.683 nan 2.605 0.199 2.446 1.246 0.678 0.011 2.781 0.056 0.080 0.252 0.182 0.061 1.862 0.837 3.275 2.204 0.238 0.164 0.063 0.116 0.202 0.238 0.135 0.147 6.943 0.210 0.185 0.517 0.101 0.129 0.089 0.071 0.326 0.080 0.150 0.226 0.214 0.266 0.424 0.619 0.943 0.217 0.203 2.796 4.500 0.119 0.282 2.982 2.266 4.466 1.372 0.140 0.142 1.581 2.281 5.324 nan 3.267 3.243 1.138 1.821 2.524 2.575 4.352 6.901 1.414 0.873 2.736 1.088 0.028 0.410 1.899 2.071 0.126 0.240 0.096 0.127 1.404 0.627 1.237 0.175 0.152 0.086 0.242 0.099 0.070 1.263 0.445 0.370 0.018 0.267 2.781 0.102 0.091 3.275 0.257 0.114 1.033 0.681 2.584 0.066 0.190 0.168 0.446 0.126 0.875 1.263 0.830 0.081 0.056 0.012 2041 chr4 48179839 48201282 + 0 NA intron (NM_003215, intron 2 of 17) intron (NM_003215, intron 2 of 17) -54287 NM_003328 7294 Hs.479669 NM_003328 ENSG00000074966 TXK BTKL|PSCTK5|PTK4|RLK|TKL TXK tyrosine kinase protein-coding 0.631 nan nan 2.199 0.086 3.823 2.045 0.223 0.040 0.083 0.214 0.099 0.071 0.236 0.012 1.904 0.774 0.665 0.060 0.430 0.023 0.080 0.163 0.202 0.270 0.072 0.101 0.271 0.068 0.065 0.045 0.084 0.227 0.072 0.071 0.105 0.011 0.074 0.187 0.168 0.106 0.075 0.120 0.132 0.097 0.366 0.243 0.169 0.281 0.519 0.469 3.587 0.942 0.259 0.284 0.284 0.391 2.637 2.830 0.914 0.660 0.162 0.209 1.068 0.931 0.363 0.986 2.766 1.530 0.021 0.375 0.009 0.266 0.056 0.091 0.045 0.294 0.121 0.038 0.068 0.234 0.015 0.123 0.028 0.007 0.182 0.014 0.085 0.169 0.049 0.077 0.081 0.075 0.083 0.160 0.111 0.665 0.095 0.046 0.009 0.052 0.588 0.092 0.008 0.096 0.067 0.011 0.028 0.231 0.050 0.048 0.032 0.007 1467 chr19 47595532 47635808 + 0 NA intron (NM_015168, intron 2 of 14) CpG 1339 NM_015168 23211 Hs.104661 NM_015168 ENSG00000130749 ZC3H4 C19orf7 zinc finger CCCH-type containing 4 protein-coding 3.155 2.372 2.584 1.659 3.716 2.336 1.211 2.381 0.430 2.015 1.430 0.351 0.796 2.051 1.943 1.278 0.581 2.559 0.939 4.715 0.492 2.274 0.898 1.465 nan 3.288 4.147 2.792 1.103 1.374 2.074 0.163 2.488 0.672 1.714 1.584 0.453 1.784 2.727 1.677 0.577 3.225 5.518 1.101 2.258 1.489 2.673 2.466 2.822 3.916 4.204 4.111 4.029 2.497 7.428 8.186 2.461 3.337 3.033 4.727 2.751 2.461 4.130 5.209 2.340 2.821 3.340 4.028 2.115 1.079 2.363 1.836 1.692 2.688 1.380 3.329 1.212 1.099 1.344 1.924 2.118 0.604 0.967 2.424 1.751 0.735 1.424 0.793 0.709 1.443 2.743 1.594 1.458 1.296 2.015 2.844 1.227 2.559 1.620 2.639 0.676 1.706 0.916 1.493 0.678 1.017 0.812 0.839 3.394 1.379 0.994 1.386 1.037 0.747 1463 chr19 46383079 46391224 + 0 NA 3' UTR (NM_015649, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_015649, exon 1 of 1) 2277 NM_015649 26145 Hs.515477 NM_015649 ENSG00000170604 IRF2BP1 - interferon regulatory factor 2 binding protein 1 protein-coding 3.558 2.154 4.513 1.954 3.822 2.634 1.281 2.764 0.471 1.633 0.859 0.215 0.788 2.463 5.680 2.211 0.907 2.431 1.807 1.852 0.420 1.688 0.440 0.914 nan 2.514 3.045 2.941 0.451 0.919 2.313 0.139 1.764 0.886 0.821 1.464 0.256 1.130 1.679 0.939 0.387 1.484 3.215 0.898 2.142 0.982 2.073 2.544 2.883 3.864 3.724 3.123 8.532 2.693 5.647 5.733 2.258 3.425 6.852 8.261 2.212 2.211 1.666 2.439 4.207 3.756 2.673 2.984 3.235 1.839 1.125 0.909 1.291 1.542 5.983 1.944 0.493 0.526 0.603 1.831 1.378 0.747 1.163 3.028 1.125 0.603 0.518 0.688 0.464 0.748 6.482 2.529 5.397 1.856 1.633 2.730 0.624 2.431 2.240 1.803 0.777 5.869 1.810 0.453 0.486 0.835 0.737 0.497 1.080 1.002 1.000 0.543 0.566 0.288 830 chr14 23442904 23455945 + 0 NA intron (NM_001289097, intron 1 of 1) intron (NM_001289097, intron 1 of 1) 2427 NM_001289097 84962 Hs.655832 NM_032876 ENSG00000129474 AJUBA JUB ajuba LIM protein protein-coding nan 0.693 1.226 0.440 3.727 0.514 0.332 5.039 1.748 0.455 2.506 0.470 1.089 3.637 7.918 0.084 0.109 0.339 0.828 5.121 2.317 5.610 3.922 2.426 13.138 9.816 5.867 1.585 4.271 0.415 6.062 0.180 8.087 2.145 1.577 6.670 2.018 8.886 4.573 3.728 1.927 9.153 2.695 1.877 1.871 2.162 1.891 2.446 7.077 7.041 0.641 0.749 1.092 0.251 0.502 0.555 1.811 1.896 0.736 nan 0.957 0.570 0.945 1.540 0.316 0.465 0.447 1.323 0.823 0.551 2.058 4.660 0.888 3.622 0.241 0.164 1.115 4.131 5.360 1.684 2.838 0.065 0.139 7.562 4.970 2.141 4.533 0.324 0.400 4.348 4.445 2.916 1.554 2.602 0.455 3.369 6.419 0.339 2.269 0.583 0.689 5.236 0.545 8.133 1.365 5.016 4.221 0.131 0.760 0.191 5.180 1.890 4.003 2.384 154 chr1 97735880 97745829 + 0 NA intron (NR_046590, intron 2 of 4) L2b|LINE|L2 179375 NR_046590 100873932 Hs.682651 NR_046590 ENSG00000232878 DPYD-AS1 - DPYD antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.695 0.080 1.738 0.506 0.243 0.199 0.062 0.162 0.817 0.112 1.509 3.846 0.063 0.110 0.091 0.067 0.156 1.583 0.149 2.832 1.024 0.290 8.947 4.574 2.437 0.334 2.088 0.075 0.088 0.165 0.263 0.825 0.038 0.682 0.104 0.193 0.132 2.286 1.945 0.178 0.397 1.288 1.370 0.238 0.231 0.224 0.479 0.280 nan 0.146 0.081 0.251 0.221 0.807 nan 0.523 0.437 nan 0.168 0.127 0.247 0.088 0.072 0.285 0.376 0.366 0.455 0.034 1.479 0.185 2.204 0.704 0.063 0.014 1.736 1.045 0.031 0.080 0.010 0.084 0.177 0.145 0.070 2.522 0.015 0.048 0.222 0.218 0.086 0.714 2.260 0.162 0.562 0.295 0.067 0.553 0.100 0.023 0.123 0.831 2.261 1.542 0.458 0.023 0.040 0.115 0.228 1.164 0.029 0.010 2062 chr4 94748555 94758308 + 0 NA Intergenic Intergenic 3353 NM_005172 474 Hs.532680 NM_005172 ENSG00000172238 ATOH1 ATH1|HATH1|MATH-1|bHLHa14 atonal bHLH transcription factor 1 protein-coding 0.343 0.466 0.366 0.268 0.176 0.329 0.149 0.040 0.273 0.062 0.042 0.019 0.142 0.026 0.115 0.065 0.012 3.934 0.140 0.038 0.225 0.124 0.050 0.105 0.086 0.095 0.758 0.089 0.194 0.034 0.054 0.187 0.036 0.026 0.082 0.008 0.029 0.210 0.048 0.042 0.064 0.116 0.074 0.029 0.086 0.495 0.608 0.323 0.588 0.419 0.327 0.121 0.019 0.308 0.392 0.121 0.190 0.343 0.345 0.373 0.216 0.137 0.230 0.085 0.156 0.083 0.155 0.138 0.202 0.247 0.210 0.010 0.056 0.080 0.074 0.014 0.036 0.068 0.067 0.044 7.349 0.125 0.050 0.047 0.063 0.232 0.159 0.248 0.100 0.183 0.065 0.020 0.273 0.131 0.019 0.012 0.025 0.034 0.020 0.131 0.052 0.014 0.004 0.024 0.045 0.106 0.022 0.025 0.008 0.048 1101 chr16 89982777 89993329 + 0 NA promoter-TSS (NM_001197181) promoter-TSS (NM_001197181) -364 NM_001197181 10381 Hs.511743 NM_006086 ENSG00000258947 TUBB3 CDCBM|CDCBM1|CFEOM3|CFEOM3A|FEOM3|TUBB4|beta-4 tubulin beta 3 class III protein-coding nan 2.517 0.820 3.090 1.972 2.986 1.667 4.000 0.047 3.928 0.777 0.270 1.819 4.686 6.502 0.763 0.716 4.178 2.210 1.487 0.739 4.250 0.709 3.075 4.808 2.652 3.049 6.406 1.941 1.196 2.792 0.099 1.370 2.216 2.220 2.362 1.221 5.856 0.937 2.025 1.022 3.797 0.471 1.781 0.512 1.163 3.818 5.412 1.713 2.742 3.795 2.825 4.144 1.345 1.107 1.108 1.191 1.721 1.605 3.264 2.107 2.333 0.856 1.688 2.594 2.325 2.221 2.818 2.075 1.101 2.806 2.340 1.119 2.643 2.985 2.280 1.299 3.534 4.480 1.954 4.932 0.701 1.401 6.293 6.437 2.529 2.904 1.793 1.125 3.029 5.562 10.155 1.418 2.802 3.928 4.882 5.193 4.178 0.828 0.331 1.076 5.752 4.248 1.671 1.268 3.453 1.013 0.525 1.174 0.818 3.151 0.377 3.253 2.344 704 chr12 56543847 56556468 + 0 NA intron (NM_002475, intron 5 of 7) AluSx1|SINE|Alu -1888 NM_021019 4637 Hs.632717 NM_021019 ENSG00000092841 MYL6 ESMLC|LC17|LC17-GI|LC17-NM|LC17A|LC17B|MLC-3|MLC1SM|MLC3NM|MLC3SM myosin light chain 6 protein-coding nan 2.842 1.994 2.840 2.998 4.006 2.226 1.953 1.339 3.659 1.495 0.243 0.714 2.065 3.145 2.368 1.271 3.963 1.461 1.703 0.952 2.798 1.342 1.874 5.788 2.782 2.010 7.942 1.192 1.671 2.291 0.112 2.933 1.559 1.606 1.728 1.251 5.633 1.325 2.111 0.646 3.215 3.132 1.730 1.948 1.238 nan 4.372 3.598 4.741 7.139 nan 7.842 2.975 6.426 6.870 3.128 nan 5.484 nan 4.492 4.400 1.741 2.688 5.302 5.836 2.369 3.721 3.893 1.767 2.228 2.541 0.916 1.218 1.824 3.672 1.361 2.036 2.299 1.815 2.581 1.447 1.354 2.324 2.987 1.245 1.028 1.048 0.925 3.759 2.857 3.254 1.573 1.990 3.659 2.706 2.770 3.963 1.201 1.616 1.577 4.127 2.068 2.358 0.887 2.435 1.183 0.986 1.255 1.586 1.745 1.224 1.834 1.083 326 chr1 234629154 234691376 + 0 NA Intergenic Intergenic 7260 NR_038426 100506795 Hs.448989 NR_038426 ENSG00000231768 LINC01354 - long intergenic non-protein coding RNA 1354 ncRNA 1.742 2.119 1.828 0.745 0.919 1.502 0.769 0.888 0.272 2.196 1.430 0.235 0.257 0.465 0.521 1.044 0.485 1.506 2.614 0.398 0.127 0.898 0.485 0.207 2.082 0.452 1.262 2.396 0.228 0.717 0.137 0.115 1.450 0.175 0.131 0.459 0.500 0.959 1.911 0.980 0.794 1.673 2.875 0.440 1.558 0.297 0.609 0.962 1.163 3.666 1.505 1.531 nan 1.425 0.443 0.476 0.705 1.193 nan 1.856 0.740 0.563 0.364 0.456 0.841 1.381 0.692 1.760 nan 0.797 0.560 0.555 0.724 0.711 0.209 0.972 0.121 1.360 0.715 0.195 1.311 0.237 0.925 0.413 0.111 0.090 0.418 0.132 0.168 1.134 0.712 0.268 1.375 1.168 2.196 0.564 0.341 1.506 0.342 0.689 0.363 0.916 0.791 0.476 0.081 0.862 0.266 0.375 0.274 0.356 0.317 0.478 0.086 0.050 1462 chr19 46267137 46287514 + 0 NA intron (NM_001081560, intron 9 of 14) AluSp|SINE|Alu -4828 NM_175875 147912 Hs.43314 NM_175875 ENSG00000177045 SIX5 BOR2|DMAHP SIX homeobox 5 protein-coding 1.803 0.939 3.903 2.709 0.948 1.968 0.990 3.146 0.153 0.698 1.212 0.198 0.895 2.996 1.776 1.934 0.732 3.138 0.847 1.168 0.559 1.117 0.363 0.892 nan 1.642 2.511 2.400 0.965 0.829 2.373 0.117 0.906 0.931 1.011 1.355 0.380 1.283 1.012 0.568 0.246 1.079 2.262 1.735 2.159 1.414 0.623 1.034 1.009 1.476 4.855 4.972 3.139 0.637 3.457 3.505 1.107 1.754 4.636 4.620 0.834 0.794 0.498 0.838 1.428 1.384 0.918 1.519 2.326 1.207 2.781 0.873 1.831 1.142 1.570 2.422 1.015 0.435 0.571 2.011 0.697 0.308 0.480 6.560 1.103 0.497 0.338 0.395 0.339 0.831 3.144 6.450 1.527 1.608 0.698 2.800 0.624 3.138 0.787 2.281 0.288 3.870 1.591 0.386 0.529 1.359 0.819 0.289 0.317 0.332 0.617 0.613 0.551 0.277 1165 chr17 36056422 36079291 + 0 NA intron (NM_001304286, intron 5 of 6) MamSINE1|SINE|tRNA 37213 NM_001304286 6928 Hs.191144 NM_000458 ENSG00000275410 HNF1B FJHN|HNF-1-beta|HNF-1B|HNF1beta|HNF2|HPC11|LF-B3|LFB3|MODY5|TCF-2|TCF2|VHNF1 HNF1 homeobox B protein-coding nan 1.124 0.613 0.288 5.209 0.582 0.267 0.164 0.052 0.375 0.095 0.063 0.373 0.287 0.486 0.301 0.188 0.099 0.218 0.401 0.108 0.384 1.118 1.399 0.788 0.397 0.844 0.620 0.380 0.220 0.085 0.078 0.217 0.343 0.086 0.437 0.038 0.081 0.356 1.146 0.108 0.459 0.205 0.102 0.181 0.314 0.386 0.347 0.259 0.532 nan 0.447 0.420 0.166 0.921 0.934 0.186 0.243 0.715 1.210 nan 0.177 0.387 0.484 0.088 0.181 0.421 0.691 0.981 0.793 0.563 0.414 0.017 0.119 0.589 0.256 0.042 0.756 0.440 0.058 0.854 0.030 0.052 0.177 0.076 0.058 0.366 0.045 0.118 0.294 2.327 0.044 3.934 0.819 0.375 0.568 0.076 0.099 0.342 0.207 0.054 0.128 0.035 0.308 0.212 0.212 0.143 0.061 0.147 0.146 0.293 2.714 0.161 0.101 2543 chr8 53358330 53387182 + 0 NA Intergenic Intergenic -50317 NM_014682 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.044 nan 1.598 0.213 0.171 0.306 0.089 0.082 0.471 0.169 0.071 0.077 0.785 1.612 0.052 0.065 0.115 0.133 0.158 0.631 0.047 1.066 0.520 0.205 2.364 0.923 1.191 0.602 1.444 0.124 0.053 0.115 0.287 0.298 0.248 0.152 0.107 0.232 0.640 0.491 0.151 0.602 0.364 0.072 0.531 0.445 8.180 7.256 8.635 5.342 0.455 0.615 0.424 0.166 14.733 15.022 0.290 nan 0.515 0.574 0.524 0.162 6.023 7.069 0.177 0.348 0.245 0.464 0.762 0.626 0.012 0.783 0.050 0.329 0.048 0.089 0.414 0.234 0.136 0.013 2.760 0.029 0.080 0.058 0.115 0.057 0.701 0.100 0.190 0.125 0.234 0.100 1.888 0.292 0.169 1.125 0.862 0.133 0.551 0.305 0.050 0.035 0.148 0.018 0.709 0.164 0.104 0.096 5.280 0.069 0.149 0.263 0.110 0.129 681 chr12 32831188 32869582 + 0 NA intron (NM_001330380, intron 1 of 18) intron (NM_001330380, intron 1 of 18) 18251 NM_001278466 10059 Hs.556296 NM_005690 ENSG00000087470 DNM1L DLP1|DRP1|DVLP|DYMPLE|EMPF|EMPF1|HDYNIV dynamin 1 like protein-coding 1.391 nan 1.109 1.158 0.471 0.624 0.288 0.633 0.076 0.421 0.139 0.113 0.189 0.644 0.191 0.384 0.374 0.545 0.420 0.486 0.139 0.276 0.120 0.376 0.408 0.330 0.330 0.902 0.133 0.264 0.336 0.146 2.195 0.144 0.230 0.372 0.041 0.230 0.833 0.135 0.060 0.637 0.793 0.305 0.516 0.496 0.915 0.938 0.774 0.933 1.332 1.360 1.316 0.523 1.493 1.522 0.941 1.222 0.685 0.850 0.689 0.603 0.435 0.751 0.272 0.288 1.664 4.732 0.833 0.527 0.195 0.282 0.085 0.256 0.148 0.411 0.130 0.243 0.214 0.130 0.192 0.047 0.493 0.422 0.333 0.177 0.126 0.173 0.168 0.662 0.470 0.754 0.135 0.208 0.421 0.527 0.387 0.545 0.117 0.142 0.170 0.527 0.299 0.424 0.159 0.241 0.191 0.146 0.201 1.533 0.420 0.142 0.113 0.082 335 chr1 244995671 245007596 + 0 NA intron (NM_001312872, intron 2 of 4) L2a|LINE|L2 2855 NM_001312873 116228 Hs.411490 NM_198076 ENSG00000203667 COX20 FAM36A COX20, cytochrome c oxidase assembly factor protein-coding nan 5.215 nan 6.766 2.605 7.980 4.564 3.060 1.668 4.711 3.141 0.713 0.684 2.075 3.447 3.540 1.775 5.274 2.769 2.816 0.924 3.426 1.565 1.646 4.498 3.186 3.169 8.116 0.993 4.858 3.834 0.201 7.123 0.974 2.369 2.955 0.792 4.651 3.251 2.350 0.756 3.469 6.432 1.624 2.564 2.213 6.453 6.466 8.635 10.821 8.899 7.512 8.403 5.594 17.009 18.532 3.129 3.666 5.577 8.538 5.190 6.321 3.758 4.257 6.997 7.094 6.019 5.103 2.630 1.451 4.300 2.505 1.164 2.243 1.076 2.717 3.011 2.944 3.824 1.648 6.438 1.261 2.353 4.908 4.186 1.539 1.774 1.864 1.665 4.718 3.352 2.591 3.612 4.024 4.711 3.229 2.073 5.274 1.884 2.704 1.015 2.703 2.077 2.521 1.423 3.333 1.961 4.246 1.902 1.951 1.732 1.894 4.231 3.977 1029 chr16 14046722 14055778 + 0 NA Intergenic Intergenic 37236 NM_005236 2072 Hs.567265 NM_005236 ENSG00000175595 ERCC4 ERCC11|FANCQ|RAD1|XFEPS|XPF ERCC excision repair 4, endonuclease catalytic subunit protein-coding 1.592 2.017 nan 0.359 0.587 0.469 0.213 2.642 0.048 2.736 2.849 0.619 1.485 2.683 0.325 0.232 0.175 0.238 0.168 1.705 0.164 2.560 1.247 2.563 11.147 3.486 3.168 1.306 2.290 0.149 0.039 0.081 1.160 1.473 1.548 3.982 0.704 1.790 0.770 4.114 0.160 1.949 0.860 0.524 2.192 1.324 0.287 0.192 0.265 0.914 0.241 0.239 3.638 0.967 2.340 2.201 0.414 1.018 1.795 2.683 nan 0.572 0.340 0.282 1.123 2.109 0.286 0.322 0.702 0.646 0.304 5.140 2.522 3.295 0.230 0.078 4.821 4.431 0.017 5.857 0.274 0.061 3.316 0.306 0.162 5.375 0.146 0.293 0.936 4.270 0.181 1.062 2.712 2.736 1.591 3.547 0.238 0.575 0.615 0.139 2.952 0.583 0.562 1.274 3.452 0.271 0.090 0.298 0.054 2.103 2.186 0.243 0.221 2715 chr9 132359678 132390581 + 0 NA intron (NM_199350, intron 6 of 6) (GGGGA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 3966 NM_001286796 28989 Hs.744027 NM_014064 ENSG00000148335 NTMT1 AD-003|C9orf32|HOMT1A|METTL11A|NRMT|NRMT1|NTM1A N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 protein-coding nan 1.413 1.541 0.666 0.973 1.292 0.680 1.225 0.104 1.285 0.678 0.250 0.737 1.831 0.661 0.380 0.264 1.333 0.619 0.754 0.520 1.579 0.484 0.513 6.533 2.962 0.972 1.835 1.253 0.592 0.879 0.085 2.068 0.349 1.735 0.478 1.007 2.880 1.068 0.486 0.609 1.830 1.058 0.963 1.198 0.346 0.624 0.838 0.810 1.428 1.964 1.903 nan 0.228 0.702 0.763 0.573 0.917 1.639 2.270 2.209 1.883 0.602 0.828 1.146 1.332 0.947 1.494 1.088 0.571 0.665 0.899 0.651 0.976 0.181 0.705 0.495 1.220 1.041 0.854 2.492 0.212 0.175 2.073 0.820 0.516 0.431 0.513 0.467 1.043 3.998 2.423 0.715 1.665 1.285 1.941 0.480 1.333 0.562 1.552 0.595 2.527 0.639 0.384 0.280 1.112 0.745 0.710 0.289 0.346 1.003 0.205 1.564 1.098 5 chr1 1163899 1174885 + 0 NA 3' UTR (NM_080605, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_080605, exon 1 of 1) 1763 NM_080605 126792 Hs.284284 NM_080605 ENSG00000176022 B3GALT6 EDSP2|SEMDJL1|beta3GalT6 beta-1,3-galactosyltransferase 6 protein-coding 2.114 nan 2.179 2.375 2.310 1.115 0.699 1.453 0.372 0.782 0.863 0.191 0.345 1.423 1.013 0.707 0.263 0.731 1.282 0.775 0.383 1.888 0.396 0.641 nan 1.811 0.717 2.037 0.599 1.158 1.372 0.094 1.567 0.334 0.534 0.903 0.583 1.170 1.572 0.518 0.417 1.491 1.657 0.840 2.404 0.417 3.256 4.496 1.644 2.804 3.181 3.133 1.379 0.627 6.189 6.240 1.835 nan nan 12.768 nan 1.409 2.112 3.409 0.921 0.894 1.769 1.442 1.268 0.759 1.165 0.771 0.347 0.864 0.702 1.353 0.488 0.692 0.703 1.449 1.206 0.086 5.197 1.082 1.177 0.510 0.286 0.522 0.371 0.691 1.327 2.089 0.781 0.992 0.782 1.614 1.606 0.731 0.500 0.917 0.419 2.882 0.835 0.395 0.454 0.950 0.447 0.503 0.686 0.573 0.617 0.343 0.388 0.176 2694 chr9 117640845 117694853 + 0 NA intron (NM_001252290, intron 3 of 4) MER102c|DNA|hAT-Charlie 25026 NM_001244 944 Hs.494901 NM_001244 ENSG00000106952 TNFSF8 CD153|CD30L|CD30LG|TNLG3A tumor necrosis factor superfamily member 8 protein-coding 0.664 1.239 nan 0.739 0.112 0.470 0.317 0.136 0.266 0.234 0.236 0.096 0.196 0.402 0.698 0.308 0.194 1.886 0.280 0.541 0.261 0.742 0.469 0.296 nan 1.373 1.661 1.416 0.292 0.083 0.024 0.092 0.196 0.214 0.297 0.139 0.152 0.349 0.282 0.148 0.134 0.124 0.316 0.114 0.086 0.200 1.181 1.513 0.678 1.755 1.858 2.509 0.896 0.342 0.953 1.019 0.150 0.301 3.555 nan 0.608 0.346 1.465 2.280 0.821 1.120 0.122 0.196 nan 0.785 2.289 0.638 0.170 0.458 0.289 0.279 0.008 0.175 0.053 0.030 0.092 0.308 0.177 0.388 1.306 0.640 0.362 0.116 0.191 0.523 0.414 0.243 0.815 0.335 0.234 0.684 0.449 1.886 0.481 0.394 0.292 0.149 0.478 0.358 0.051 0.343 0.704 0.049 1.983 0.039 0.144 0.088 0.035 0.014 2105 chr5 3590740 3599179 + 0 NA Intergenic CpG -1209 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.244 0.459 0.713 0.135 0.034 0.156 0.115 0.044 0.015 1.967 0.116 0.132 0.022 0.088 0.022 0.145 0.127 1.165 0.152 0.150 0.088 0.130 0.117 0.208 0.172 0.109 1.219 0.035 0.902 0.076 0.075 0.113 0.337 0.072 0.580 0.009 0.025 0.397 0.094 0.186 0.152 0.082 0.045 0.185 2.630 2.091 0.416 nan 6.929 5.950 0.051 0.028 0.033 0.048 0.065 0.189 nan 0.109 nan 11.801 1.821 5.188 0.029 0.071 0.067 0.044 0.102 nan 0.006 0.017 0.011 0.060 0.023 0.182 0.673 0.035 0.022 0.051 0.023 0.609 0.102 0.040 0.019 0.073 0.062 0.029 0.083 0.039 0.025 0.028 0.056 1.967 0.082 0.022 1.165 0.068 0.931 0.020 0.049 0.012 0.005 0.037 0.092 0.536 1.499 0.044 0.014 0.046 0.041 0.012 1957 chr3 141045079 141066976 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 1 of 7) intron (NM_001080412, intron 1 of 7) 12972 NM_001080412 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.181 nan nan 0.300 0.178 0.412 0.146 0.356 0.014 0.187 0.225 0.103 1.262 1.622 0.215 0.196 0.195 0.071 0.124 0.271 0.113 2.087 0.901 0.386 3.438 0.552 0.457 0.237 0.695 0.195 0.050 0.096 0.220 0.497 0.146 1.124 0.188 0.210 0.165 0.939 0.058 0.341 0.229 0.349 0.114 0.457 0.300 0.226 0.207 0.244 0.277 0.380 nan 1.887 0.283 0.298 0.318 nan 0.301 nan nan 0.309 0.177 0.221 0.057 0.097 0.363 0.780 0.736 0.692 0.031 2.316 0.013 0.761 0.105 0.096 0.019 1.423 0.617 0.034 0.579 0.022 0.091 0.295 0.085 0.075 0.940 0.065 0.034 1.378 1.350 0.860 2.128 0.853 0.187 0.792 3.461 0.071 0.229 0.034 0.049 0.061 0.070 0.814 0.008 1.355 0.214 0.197 0.032 0.185 0.254 0.462 0.615 0.719 554 chr11 67440404 67452224 + 0 NA intron (NM_001031615, intron 1 of 9) L1PB1|LINE|L1 2371 NM_001031615 222 Hs.87539 NM_000695 ENSG00000132746 ALDH3B2 ALDH8 aldehyde dehydrogenase 3 family member B2 protein-coding nan 1.517 1.149 0.346 0.347 0.296 0.110 0.105 0.610 0.196 0.089 0.096 0.529 1.277 0.010 0.080 0.121 1.360 0.088 1.413 0.021 0.080 0.170 0.112 6.653 1.474 2.175 2.628 0.990 0.163 0.065 0.108 0.337 0.005 0.096 0.086 0.021 0.081 0.587 0.304 0.277 1.626 0.891 0.085 2.087 0.238 3.830 4.455 0.245 0.524 0.498 0.596 0.368 0.220 2.014 2.147 0.200 0.328 3.329 4.714 0.324 0.121 2.547 3.810 0.088 0.077 0.156 0.235 0.318 0.337 0.189 0.707 1.138 0.263 0.068 0.083 0.035 0.042 0.037 0.083 0.032 0.040 0.163 0.061 0.026 0.434 0.222 0.205 0.193 0.096 0.036 0.073 4.159 0.196 0.648 0.047 1.360 1.001 2.345 0.025 0.233 0.077 0.040 0.110 0.133 0.047 0.075 3.453 0.042 0.026 0.176 0.010 0.017 2657 chr9 22369362 22382405 + 0 NA Intergenic Intergenic -70957 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 1.478 nan nan 0.303 0.046 0.207 0.098 0.006 0.788 0.116 0.047 0.073 0.005 0.660 0.271 0.046 0.281 0.188 0.005 0.008 0.126 0.068 0.025 0.331 0.123 0.033 0.085 0.232 0.009 0.064 0.014 0.012 0.083 0.171 0.034 0.006 0.109 0.112 0.066 0.040 0.114 0.107 0.194 0.563 0.355 0.421 3.111 0.972 0.071 0.062 2.737 3.099 0.093 0.109 2.488 2.110 0.130 0.208 4.378 5.402 0.472 0.887 5.893 2.496 0.020 0.067 0.030 0.044 0.008 0.054 0.006 0.022 0.025 1.382 0.581 0.050 0.009 0.006 0.047 0.036 0.008 0.056 0.049 0.012 0.020 0.788 0.033 0.014 0.046 0.141 0.013 0.676 0.031 0.013 0.017 0.035 0.023 0.360 0.012 0.007 0.004 552 chr11 67346564 67361748 + 0 NA TTS (NM_000852) TTS (NM_000852) 3090 NM_000852 2950 Hs.523836 NM_000852 ENSG00000084207 GSTP1 DFN7|FAEES3|GST3|GSTP|HEL-S-22|PI glutathione S-transferase pi 1 protein-coding nan 2.574 0.893 3.035 1.188 1.012 0.581 0.891 1.651 0.195 0.275 0.138 0.261 0.583 0.697 0.062 0.143 2.328 0.165 2.484 0.196 0.737 0.712 0.691 5.819 2.794 1.346 4.776 0.838 0.952 1.057 0.128 2.258 0.311 0.534 0.329 0.047 0.072 1.824 1.038 0.821 3.058 2.986 0.626 1.378 0.776 2.335 2.476 2.047 3.759 3.201 2.830 1.292 0.336 4.064 4.177 0.873 1.376 7.121 8.042 0.484 0.294 2.342 3.270 1.232 1.359 1.570 2.040 0.406 0.423 1.958 1.279 0.076 2.294 0.204 0.656 0.392 0.509 0.419 0.072 0.903 0.182 0.381 0.965 0.999 0.468 0.951 1.219 1.070 0.578 2.033 0.793 1.541 1.781 0.195 0.954 1.372 2.328 1.377 0.839 0.051 3.823 0.742 0.214 0.011 0.760 0.300 0.517 2.375 0.686 0.040 0.498 0.279 0.180 1867 chr22 50462708 50469749 + 0 NA Intergenic Intergenic -15173 NM_001001694 400935 Hs.526712 NM_001001694 ENSG00000188263 IL17REL - interleukin 17 receptor E like protein-coding 0.586 0.815 nan 0.337 0.477 0.522 0.249 0.508 0.026 1.292 0.026 0.045 0.081 0.332 0.027 0.155 0.105 0.574 0.416 0.195 0.520 0.105 0.161 1.001 0.294 0.895 0.483 0.228 0.228 0.046 0.120 0.115 0.100 0.042 1.218 0.157 0.254 0.275 0.093 0.217 0.202 0.394 0.374 0.122 0.118 0.223 0.198 0.233 0.525 1.387 1.332 0.611 0.251 0.256 0.275 0.086 0.202 0.288 0.706 0.531 0.439 0.280 0.171 0.269 0.426 0.043 0.163 1.952 0.886 0.308 0.381 0.054 0.014 0.088 0.061 0.145 0.144 0.094 0.088 0.076 0.432 0.187 0.056 0.124 0.022 0.069 0.091 0.367 0.411 5.209 0.880 1.292 0.639 0.040 0.574 0.035 1.557 0.180 0.460 0.490 0.019 0.137 0.551 0.032 0.032 0.017 0.054 0.106 0.008 0.015 1623 chr2 169890537 169905727 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -10299 NM_003742 8647 Hs.658439 NM_003742 ENSG00000073734 ABCB11 ABC16|BRIC2|BSEP|PFIC-2|PFIC2|PGY4|SPGP ATP binding cassette subfamily B member 11 protein-coding 0.665 0.797 nan 0.080 0.414 0.196 0.053 0.100 0.008 0.190 0.074 0.042 0.647 0.632 0.062 0.083 0.058 0.047 0.132 0.337 0.024 0.683 0.300 0.188 1.833 0.518 0.660 0.267 0.372 0.063 0.007 0.079 0.237 0.111 0.025 0.235 0.010 0.045 0.228 2.487 0.026 0.405 0.149 0.083 0.958 0.389 0.345 0.141 0.233 0.654 0.190 0.175 0.091 0.054 0.239 0.196 0.188 0.276 0.179 0.216 0.364 0.148 0.109 0.103 0.047 0.050 0.156 0.288 0.234 0.238 0.015 0.532 0.188 0.232 0.045 0.047 0.009 0.351 0.080 0.005 0.088 0.013 0.047 0.115 0.036 0.052 0.344 0.031 0.048 0.105 0.204 0.028 0.140 0.969 0.190 0.136 0.178 0.047 0.532 0.219 0.050 0.020 0.106 0.028 0.290 0.081 0.097 0.052 0.399 0.212 0.011 0.003 2505 chr7 150053936 150087547 + 0 NA 3' UTR (NM_001099695, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001099695, exon 3 of 3) 2483 NM_014374 29803 Hs.647086 NM_013400 ENSG00000214022 REPIN1 AP4|RIP60|ZNF464|Zfp464 replication initiator 1 protein-coding 3.208 1.431 nan 2.708 1.399 3.145 1.560 1.627 1.021 2.592 0.961 0.158 0.471 1.704 1.690 2.721 1.340 6.764 1.776 1.647 0.361 2.155 0.313 2.004 1.590 1.144 2.053 3.805 0.496 2.115 2.046 0.134 2.139 0.606 0.737 1.727 0.372 1.279 1.061 0.841 0.734 1.255 1.502 1.833 1.592 1.032 4.730 5.081 2.194 3.083 4.458 4.208 4.156 1.837 3.933 4.100 1.593 2.184 3.899 4.995 3.199 2.956 3.380 5.310 4.020 3.770 3.028 4.708 4.126 1.968 2.296 0.645 0.383 1.276 1.627 2.914 2.191 1.013 1.116 1.492 1.499 1.164 0.745 2.031 0.972 0.459 0.935 0.870 0.628 1.010 1.807 1.182 1.676 1.166 2.592 1.597 1.463 6.764 0.586 1.194 0.779 2.717 3.336 0.503 0.447 1.491 0.493 1.547 3.439 1.425 0.220 0.253 0.816 0.485 74 chr1 33166935 33170856 + 0 NA promoter-TSS (NM_001161708) promoter-TSS (NM_001161708) -534 NM_030786 81493 Hs.712631 NM_030786 ENSG00000162520 SYNC SYNC1|SYNCOILIN syncoilin, intermediate filament protein protein-coding 5.318 nan 2.533 0.805 3.124 0.689 0.368 0.794 0.204 0.589 1.333 0.331 0.050 0.590 0.273 0.359 0.230 1.861 0.778 0.294 3.802 0.606 0.617 0.368 1.711 0.698 0.738 2.563 0.373 0.055 0.919 0.125 0.830 0.182 0.256 0.209 0.530 2.102 1.043 0.365 0.335 0.963 0.418 1.098 0.303 0.320 0.524 0.849 1.521 3.461 2.402 2.205 nan 0.387 1.270 1.357 2.507 3.386 0.619 1.002 nan 4.052 0.633 0.972 0.170 0.129 0.551 0.985 0.580 nan 0.369 0.692 0.392 0.721 0.429 0.035 1.249 0.654 0.844 0.555 0.008 0.262 0.930 0.660 0.372 0.097 0.303 0.214 8.577 3.111 2.907 0.150 0.788 0.589 0.652 0.260 1.861 0.158 0.274 0.875 2.562 0.698 2.819 0.053 0.462 7.683 0.089 0.151 0.062 2.619 0.049 2.600 1.324 890 chr14 76929353 76940673 + 0 NA intron (NM_004452, intron 5 of 10) MIR|SINE|MIR 97323 NM_004452 2103 Hs.435845 NM_004452 ENSG00000119715 ESRRB DFNB35|ERR2|ERRb|ESRL2|NR3B2 estrogen related receptor beta protein-coding 1.153 0.688 0.843 0.966 0.039 0.353 0.085 0.083 0.017 0.988 0.182 0.056 0.019 0.056 0.041 0.103 1.062 0.208 0.225 0.011 0.078 0.019 0.144 0.245 0.066 0.200 0.551 0.026 0.050 0.038 0.097 0.155 0.027 0.025 0.007 0.085 0.274 0.017 0.014 0.150 0.157 0.043 0.105 0.060 0.308 0.289 0.170 0.205 5.387 6.072 0.123 0.064 0.432 0.463 0.611 0.968 1.414 nan 1.053 0.582 0.215 0.309 0.163 0.138 0.587 2.001 0.822 nan 0.400 0.050 0.017 0.032 0.045 0.772 0.012 0.045 0.046 0.051 0.066 0.042 0.225 0.122 0.067 0.027 0.054 0.021 0.032 0.156 0.103 0.101 0.007 0.078 0.988 0.038 0.033 1.062 0.043 0.037 0.173 0.101 0.106 0.022 0.011 0.042 0.030 0.061 0.044 0.340 0.047 0.042 0.036 0.009 440 chr11 504308 508534 + 0 NA intron (NM_203387, intron 1 of 10) CpG 400 NM_203383 6050 Hs.530687 NM_002939 ENSG00000023191 RNH1 RAI|RNH ribonuclease/angiogenin inhibitor 1 protein-coding 3.566 3.804 3.237 1.923 3.674 2.677 1.763 5.136 1.713 3.230 2.757 0.162 0.942 4.681 2.780 2.078 0.780 4.780 2.661 2.713 1.641 3.682 1.569 2.565 7.075 5.565 4.524 7.835 1.212 2.378 3.648 0.181 4.446 1.908 2.923 3.547 0.954 4.594 6.434 1.840 0.722 8.525 6.639 2.183 2.458 1.747 7.543 7.212 5.151 8.056 6.669 5.462 6.057 3.516 13.226 13.950 4.207 5.819 4.053 6.866 4.379 5.240 4.942 5.202 5.544 6.526 4.023 3.628 3.379 2.182 1.489 5.158 0.917 2.443 1.764 5.099 2.928 2.555 4.069 3.864 2.907 0.736 1.126 6.453 7.254 3.106 1.658 1.092 0.764 4.053 3.872 4.308 3.565 2.383 3.230 9.298 6.133 4.780 2.146 2.302 0.566 7.176 1.621 2.839 1.803 3.282 3.110 0.980 1.876 1.457 2.472 0.964 2.875 2.021 1926 chr3 114264017 114308735 + 0 NA intron (NR_121662, intron 3 of 6) intron (NR_121662, intron 3 of 6) 56677 NM_001164347 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.001 nan 0.692 0.102 0.235 0.411 0.218 0.207 0.010 0.115 0.567 0.158 0.195 0.343 0.055 0.108 0.119 0.190 0.139 0.153 0.070 0.473 0.234 0.172 0.155 0.075 0.057 0.221 0.186 0.093 0.039 0.088 0.169 0.077 0.053 0.112 0.025 0.085 0.131 0.242 0.009 0.199 0.157 0.125 0.099 0.053 0.810 0.474 4.705 4.566 0.328 nan 0.633 0.280 0.246 0.292 nan 1.025 0.211 0.230 0.744 0.304 0.242 0.305 0.065 0.097 0.324 0.559 0.508 0.471 0.051 0.282 0.004 0.361 0.039 0.093 0.006 0.279 0.110 0.030 0.041 0.013 0.055 0.082 0.077 0.054 0.094 0.037 0.060 0.121 0.077 0.067 0.014 0.104 0.115 0.100 0.127 0.190 0.052 0.020 0.037 0.023 0.027 0.131 0.310 0.120 0.188 0.077 0.106 0.123 0.040 0.758 0.048 0.052 1289 chr17 80737363 80771635 + 0 NA intron (NM_005993, intron 7 of 38) intron (NM_005993, intron 7 of 38) 43432 NM_024702 79755 Hs.464391 NM_024702 ENSG00000141579 ZNF750 ZFP750 zinc finger protein 750 protein-coding 0.810 0.730 0.846 0.317 0.067 0.562 0.232 0.217 0.016 0.531 0.157 0.127 0.077 0.290 0.026 0.397 0.284 5.393 0.605 0.252 0.018 0.073 0.040 0.241 nan 0.158 0.141 4.718 0.047 0.178 0.133 0.090 0.555 0.034 0.038 0.096 0.053 0.077 0.692 0.032 0.313 0.381 0.379 0.133 0.096 0.109 0.530 nan 0.438 0.707 nan 2.347 0.451 0.180 0.490 0.492 0.395 0.700 3.849 5.524 0.145 0.127 0.376 0.491 0.138 0.198 0.222 0.480 1.212 0.599 1.840 0.204 0.064 0.103 0.067 3.239 0.037 0.091 0.045 0.140 0.106 0.036 0.095 0.215 0.054 0.020 0.072 0.150 0.110 0.259 0.192 0.128 0.021 0.163 0.531 0.263 0.038 5.393 0.067 0.468 0.073 0.173 0.118 0.032 0.012 0.074 0.023 0.063 0.089 0.091 0.060 0.064 0.035 0.022 299 chr1 212869248 212874059 + 0 NA intron (NM_018664, intron 1 of 2) MIRb|SINE|MIR 1674 NM_018664 55509 Hs.62919 NM_018664 ENSG00000123685 BATF3 JDP1|JUNDM1|SNFT basic leucine zipper ATF-like transcription factor 3 protein-coding 1.761 1.543 1.511 0.717 0.526 1.397 0.620 0.650 0.051 0.612 0.948 0.234 0.223 0.549 0.309 0.491 0.911 0.398 0.345 0.511 0.261 0.160 1.173 0.484 0.627 nan 0.183 0.289 0.603 0.083 0.634 0.251 0.170 0.424 0.286 0.402 0.431 0.577 0.352 0.531 1.185 0.604 0.061 0.192 0.355 0.410 9.795 5.039 1.504 1.235 nan 0.263 2.126 2.409 0.913 nan 0.662 1.050 1.232 0.757 0.272 0.253 0.452 0.432 1.414 2.158 0.658 0.543 0.279 0.350 0.059 0.233 0.095 0.284 0.521 0.286 0.179 0.602 0.377 0.060 0.182 0.540 1.025 0.614 0.275 0.918 0.500 0.396 2.485 1.227 0.771 0.181 0.612 0.367 1.236 0.491 0.102 0.207 0.323 3.176 0.064 0.530 0.036 0.180 0.206 0.045 0.057 0.560 0.063 0.059 0.048 0.021 2024 chr4 4760501 4768631 + 0 NA intron (NR_125892, intron 1 of 2) intron (NR_125892, intron 1 of 2) 1079 NR_125892 101928279 Hs.586152 NR_125892 LOC101928279 - uncharacterized LOC101928279 ncRNA 0.727 0.407 nan 0.185 0.348 0.151 0.020 0.118 0.008 1.202 0.055 0.079 0.950 0.248 0.016 0.049 0.101 0.162 0.054 0.125 0.030 0.059 0.026 0.043 0.078 0.049 0.035 0.252 1.481 1.015 0.013 0.079 0.128 2.020 0.075 0.147 0.215 0.588 0.147 0.106 0.059 0.023 0.030 0.051 1.043 0.052 0.306 0.304 0.111 0.361 0.379 0.338 nan 0.083 0.244 0.387 0.123 0.180 0.266 0.303 0.483 0.381 0.411 0.412 0.225 0.666 0.405 0.903 nan 0.446 0.014 1.580 2.460 0.062 0.121 0.017 0.188 0.093 0.010 0.040 0.035 0.175 1.203 0.740 0.409 0.028 2.389 2.493 9.069 0.085 0.052 0.023 0.189 1.202 0.193 0.181 0.162 0.663 0.256 0.071 0.060 0.020 0.025 0.015 0.881 0.055 1.067 0.024 0.276 2.965 0.047 0.581 0.167 2525 chr8 33739892 33754730 + 0 NA Intergenic Intergenic -289687 NM_024025 78986 Hs.8719 NM_024025 ENSG00000133878 DUSP26 DSP-4|DUSP24|LDP-4|MKP-8|MKP8|NATA1|NEAP|SKRP3 dual specificity phosphatase 26 protein-coding 0.517 0.865 nan 0.041 5.686 0.240 0.109 0.074 0.021 0.309 0.086 0.062 0.009 0.013 0.116 0.112 0.040 0.077 0.163 0.008 0.136 0.043 0.090 0.036 0.060 0.128 0.330 0.029 0.086 0.022 0.112 0.166 0.055 0.031 0.119 0.046 0.176 0.007 0.011 0.056 0.061 0.067 0.097 0.105 0.282 0.225 0.416 2.091 0.304 0.421 0.754 0.145 0.137 0.152 0.565 0.691 0.113 0.174 0.600 0.331 0.102 0.138 0.513 0.647 0.297 0.575 0.485 0.407 0.037 0.029 0.007 0.043 0.040 0.012 0.009 0.009 0.005 0.062 0.069 0.016 0.043 0.004 0.011 0.005 0.047 0.040 0.080 0.022 0.024 0.011 0.027 0.309 0.014 0.040 0.008 0.039 0.045 0.041 0.005 0.011 0.064 0.023 0.070 0.013 0.075 0.190 0.045 0.008 0.007 1282 chr17 79847438 79857775 + 0 NA intron (NM_001289419, intron 3 of 3) AluSp|SINE|Alu 2803 NM_001002249 51529 Hs.534456 NM_016476 ENSG00000141552 ANAPC11 APC11|Apc11p|HSPC214 anaphase promoting complex subunit 11 protein-coding 3.409 2.609 3.570 2.210 1.677 3.632 2.097 3.234 0.384 5.001 1.903 0.576 1.210 2.742 3.657 1.305 0.529 2.366 1.481 1.577 0.647 1.800 0.725 2.015 4.952 2.493 1.886 4.089 1.798 1.417 1.532 0.178 3.530 1.357 0.730 2.989 0.449 1.746 2.349 0.944 0.836 2.827 2.584 2.834 1.107 1.812 2.608 2.728 2.639 3.702 3.269 3.263 2.582 1.598 4.038 4.070 nan 3.057 2.757 4.716 3.929 4.065 1.679 3.697 2.494 2.839 2.638 2.803 nan 0.729 0.862 3.770 0.813 1.946 0.577 1.258 1.065 0.974 1.171 1.363 2.834 0.640 2.086 3.040 1.806 0.762 0.958 1.806 1.171 2.937 2.859 3.241 1.159 1.990 5.001 4.513 2.554 2.366 1.329 1.564 0.813 3.595 1.786 2.260 0.561 1.177 1.002 0.667 0.696 0.853 3.258 0.714 1.718 1.102 1694 chr2 242030338 242043310 + 0 NA non-coding (NR_028050, exon 2 of 5) non-coding (NR_028050, exon 2 of 5) 4923 NR_138463 130916 Hs.159556 NM_182501 ENSG00000122085 MTERF4 MTERFD2 mitochondrial transcription termination factor 4 protein-coding 1.570 nan 1.206 2.457 0.742 0.981 0.679 0.737 0.178 1.016 0.307 0.037 0.277 0.955 0.335 0.551 0.438 2.124 0.737 3.224 0.239 0.745 0.350 0.476 2.643 1.433 2.978 5.880 0.445 0.778 0.946 0.133 1.007 0.713 0.517 1.175 0.168 0.500 0.492 0.801 0.165 0.790 1.644 0.686 1.305 2.206 1.972 1.851 1.582 2.431 1.463 1.368 2.555 0.691 2.272 2.069 0.860 1.280 3.229 4.218 1.777 1.643 1.673 3.428 0.666 0.615 1.086 1.467 0.992 0.591 1.054 2.465 0.236 0.510 0.802 0.931 0.235 2.634 2.884 0.483 1.347 0.073 0.287 0.560 0.683 0.461 0.692 0.397 0.421 0.440 2.892 1.095 0.968 3.184 1.016 0.669 1.042 2.124 0.434 2.745 0.299 1.108 1.202 0.319 0.168 0.656 0.334 0.377 1.283 0.433 0.579 0.254 0.295 0.215 841 chr14 24860148 24869660 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -3088 NM_025081 57523 Hs.288348 NM_025081 ENSG00000205978 NYNRIN CGIN1|KIAA1305 NYN domain and retroviral integrase containing protein-coding nan 2.063 1.732 0.563 2.527 1.014 0.720 0.220 1.972 0.864 0.364 0.185 0.378 1.499 0.087 0.182 0.147 0.770 0.204 1.794 0.182 1.941 1.417 0.186 9.978 3.646 5.750 2.252 0.969 0.153 0.458 0.123 0.693 0.025 0.208 0.177 0.041 0.080 1.103 1.066 0.244 3.496 0.345 0.059 2.189 0.262 0.266 0.406 0.508 0.917 3.220 2.319 0.860 0.249 0.565 0.555 0.948 1.401 1.703 nan 1.354 1.091 0.852 1.554 0.821 0.664 0.698 1.118 0.677 0.535 0.634 1.749 0.503 0.724 0.105 0.637 0.023 0.095 0.030 0.171 0.520 0.231 0.209 0.126 0.120 0.066 1.686 0.108 0.102 0.357 1.194 0.315 0.332 2.026 0.864 1.409 0.088 0.770 1.105 1.132 0.346 0.765 0.240 0.052 1.167 0.133 0.342 0.060 0.798 0.547 0.051 1.085 0.030 0.027 1898 chr3 45478760 45485989 + 0 NA intron (NM_015340, intron 6 of 21) intron (NM_015340, intron 6 of 21) 52299 NM_015340 23395 Hs.526975 NM_015340 ENSG00000011376 LARS2 HLASA|LEURS|PRLTS4|mtLeuRS leucyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding 0.748 nan nan 0.060 0.098 0.166 0.075 0.140 0.034 0.124 0.226 0.068 0.104 0.203 0.053 0.022 0.182 0.099 0.150 0.103 0.034 0.108 0.014 0.121 0.167 0.084 0.038 0.187 0.080 4.662 0.075 0.096 0.180 0.049 0.021 0.069 0.105 0.248 0.030 0.055 0.117 0.458 0.125 0.053 0.029 0.289 0.230 0.288 0.391 0.476 0.591 0.275 0.109 0.183 0.153 1.262 1.994 0.296 0.279 0.615 0.512 0.199 0.220 0.186 0.360 0.248 0.387 0.519 0.396 0.013 0.084 0.039 0.165 0.030 0.075 0.039 0.067 0.050 0.064 0.163 0.013 0.103 0.128 0.066 0.054 0.085 3.380 4.522 0.068 0.124 0.139 0.033 0.083 0.124 0.186 0.116 0.099 0.017 0.023 0.039 0.105 0.070 0.009 0.017 0.130 0.015 4.331 0.007 0.103 0.031 0.117 0.016 0.007 1044 chr16 30536571 30548163 + 0 NA 3' UTR (NM_001305018, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001305018, exon 3 of 3) 3924 NM_023931 65988 Hs.592032 NM_023931 ENSG00000169955 ZNF747 - zinc finger protein 747 protein-coding 4.351 2.832 3.872 4.820 4.053 4.391 2.064 3.926 2.129 3.738 1.141 0.168 0.969 2.058 3.803 1.337 0.498 4.076 2.816 2.274 0.651 3.543 0.774 1.867 4.958 3.109 3.721 10.603 1.716 3.347 1.902 0.104 5.708 0.723 1.457 3.478 1.271 3.936 3.182 2.666 1.011 5.722 8.552 2.072 4.662 0.773 4.827 4.537 3.715 6.341 4.421 3.737 7.338 3.094 8.383 8.687 3.146 4.161 8.869 12.694 4.863 5.662 3.400 4.408 5.570 5.169 3.843 3.644 3.016 1.556 2.938 1.246 1.920 1.527 4.976 2.342 1.865 1.796 2.308 2.108 3.050 1.199 2.259 3.591 2.081 0.953 1.856 1.616 0.847 1.293 3.507 5.058 4.164 5.210 3.738 2.352 3.971 4.076 1.321 2.374 1.560 4.494 2.968 1.756 0.699 1.954 1.124 1.802 1.748 1.132 1.463 0.906 1.336 0.929 1350 chr18 56881936 56899650 + 0 NA intron (NM_001012512, intron 1 of 2) intron (NM_001012512, intron 1 of 2) 3393 NM_001012512 2922 Hs.153444 NM_002091 ENSG00000134443 GRP BN|GRP-10|preproGRP|proGRP gastrin releasing peptide protein-coding nan 1.212 0.744 3.502 0.060 0.265 0.136 0.079 0.004 0.312 0.027 0.018 0.011 0.012 0.033 0.273 0.224 4.127 0.138 0.183 0.021 0.031 0.075 0.020 0.036 0.028 6.385 0.008 0.091 0.025 0.060 0.077 0.020 0.017 0.047 0.035 0.142 0.025 0.018 0.032 0.076 0.083 0.082 0.041 0.370 0.191 0.167 0.216 7.474 8.687 2.316 0.612 0.363 0.366 0.124 0.199 5.960 4.539 0.335 0.200 0.133 0.170 1.458 0.798 0.178 0.344 nan 2.022 0.351 0.032 0.041 0.106 0.181 0.019 0.012 0.004 0.055 0.385 0.081 0.129 0.017 0.009 0.029 0.057 0.007 0.064 0.061 0.032 0.013 0.011 0.312 0.028 4.127 0.007 0.010 0.044 0.082 1.021 0.016 0.017 0.031 0.065 0.039 0.022 0.035 0.021 0.037 0.020 0.006 1751 chr20 48748188 48790394 + 0 NA intron (NR_027889, intron 1 of 6) intron (NR_027889, intron 1 of 6) 1044 NM_001162505 387521 Hs.744839 NM_199129 ENSG00000240849 TMEM189 KUA transmembrane protein 189 protein-coding nan nan 1.127 0.968 2.784 0.823 0.487 1.385 0.758 0.977 0.969 0.368 0.611 1.361 2.016 0.335 0.256 1.094 0.489 0.987 0.305 0.928 0.620 0.885 2.246 0.818 1.453 1.445 1.148 0.810 2.314 0.157 1.700 0.481 0.388 0.918 0.547 1.422 0.878 0.533 0.897 3.327 4.415 1.580 0.937 0.592 2.583 3.599 1.121 2.256 1.189 1.075 nan 0.652 1.602 1.642 1.025 1.597 2.235 2.713 nan 0.969 0.980 1.603 0.351 0.632 0.635 1.049 1.164 0.790 0.618 0.880 1.375 1.175 0.391 0.427 0.638 0.815 0.535 0.565 2.189 0.059 0.353 2.231 0.568 0.331 0.552 0.186 0.233 2.307 2.157 1.459 0.728 1.211 0.977 1.823 1.340 1.094 1.030 0.962 0.244 3.047 1.150 1.443 1.149 0.783 0.562 0.427 0.446 0.263 1.515 0.438 0.656 0.451 91 chr1 41090445 41129816 + 0 NA intron (NM_014747, intron 2 of 7) L2b|LINE|L2 21194 NM_014747 9783 Hs.654808 NM_014747 ENSG00000117016 RIMS3 NIM3|RIM3 regulating synaptic membrane exocytosis 3 protein-coding 12.410 0.675 nan 0.129 0.093 0.640 0.286 0.091 0.009 15.194 0.133 0.140 0.275 0.267 0.044 0.263 0.187 0.782 0.307 0.071 0.038 0.089 0.102 0.082 0.818 0.225 0.223 0.675 0.056 0.092 0.113 0.129 0.123 0.042 0.058 0.104 0.030 0.077 0.267 0.064 0.049 0.106 0.189 0.044 0.125 0.058 0.576 0.940 0.196 0.328 1.901 1.578 0.575 0.202 0.369 0.383 0.519 nan nan 1.231 0.552 0.453 0.820 nan 0.287 0.269 0.655 1.538 1.716 1.115 0.755 0.190 0.042 0.079 0.060 0.396 0.088 0.097 0.038 0.097 0.037 0.043 0.496 0.195 0.046 0.037 0.117 0.022 0.047 0.183 0.117 0.100 0.070 0.146 15.194 0.152 0.121 0.782 0.053 0.074 0.138 0.148 0.131 0.016 0.010 0.093 0.074 0.047 0.341 0.387 0.027 0.097 0.357 0.463 2137 chr5 51278649 51314898 + 0 NA Intergenic Intergenic -617607 NR_046243 642366 Hs.544139 NR_046243 LOC642366 - uncharacterized LOC642366 ncRNA nan nan 0.635 1.079 0.073 4.227 2.255 0.075 0.012 1.897 0.072 0.084 0.027 0.064 0.011 1.929 1.142 1.761 0.541 0.076 0.017 0.072 0.018 0.117 0.129 0.048 0.108 1.885 0.012 0.271 0.042 0.113 0.098 0.016 0.050 0.051 0.008 0.063 0.095 0.036 0.009 0.103 0.128 0.082 0.099 0.078 0.239 0.160 4.639 2.545 4.458 5.299 nan 1.337 0.076 0.060 0.692 0.900 0.492 0.518 nan 0.486 0.072 0.104 2.207 3.090 0.376 0.965 1.950 0.805 2.699 0.043 0.011 0.030 0.037 1.136 0.004 0.008 0.018 0.014 0.049 0.704 0.300 0.026 0.015 0.009 0.013 0.102 0.201 0.088 0.034 0.019 0.022 0.027 1.897 0.037 0.033 1.761 0.017 0.032 0.029 0.023 0.039 0.017 0.010 0.020 0.060 0.321 0.024 0.088 0.011 0.042 0.022 0.008 1240 chr17 60931863 60981091 + 0 NA Intergenic Intergenic -65099 NR_030363 693218 NR_030363 ENSG00000207552 MIR633 MIRN633|hsa-mir-633 microRNA 633 ncRNA 1.259 nan 0.951 0.210 0.245 0.587 0.297 0.364 0.030 0.533 0.145 0.108 0.220 0.418 0.061 0.143 0.139 0.358 0.286 0.402 0.043 0.288 0.267 0.275 5.643 1.908 1.392 0.573 0.480 0.102 0.071 0.114 0.339 0.199 0.082 0.278 0.054 0.078 0.282 0.434 0.056 0.350 0.446 0.204 0.874 0.170 0.732 0.689 0.291 0.525 0.690 0.632 0.280 0.127 0.694 0.764 0.299 nan 1.010 1.093 0.839 0.568 0.297 0.501 0.092 0.112 0.345 0.526 0.518 0.551 0.033 1.086 0.170 0.437 0.035 0.182 0.020 0.496 0.266 0.062 0.086 0.029 0.238 0.201 0.067 0.057 0.137 0.068 0.057 0.237 0.192 0.153 0.303 0.841 0.533 0.354 0.414 0.358 0.489 0.555 0.207 0.138 0.068 0.077 0.163 0.264 0.091 0.073 0.213 0.086 0.241 0.333 0.027 0.015 467 chr11 15985346 15993507 + 0 NA 3' UTR (NM_017508, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_017508, exon 15 of 15) 1741 NR_106721 102464826 NR_106721 ENSG00000110693 MIR6073 hsa-mir-6073 microRNA 6073 ncRNA 1.376 nan 2.302 2.589 2.089 2.380 1.419 0.515 0.068 0.485 0.823 0.059 0.162 0.472 0.139 0.077 0.142 0.966 0.644 0.811 0.137 0.374 0.665 0.591 8.241 3.282 6.749 2.161 1.114 0.577 0.013 0.089 0.459 0.361 0.267 0.420 0.166 0.203 2.426 0.761 0.484 2.738 2.582 0.129 1.504 0.294 nan 0.526 8.083 8.975 0.776 0.987 0.719 0.223 1.276 1.484 1.300 nan 2.777 3.903 0.482 0.235 1.142 1.812 1.159 2.183 0.472 1.011 0.789 nan 1.445 1.776 0.372 1.393 0.158 0.279 0.017 1.096 0.656 0.107 5.017 0.083 0.048 0.429 0.103 0.077 1.464 0.249 0.370 1.884 1.097 0.097 0.542 2.923 0.485 1.456 0.308 0.966 1.349 2.583 0.057 1.205 0.208 0.248 0.154 0.246 0.492 0.448 0.563 0.598 0.394 0.014 0.009 2121 chr5 34230873 34266096 + 0 NA Intergenic Intergenic -123851 NR_037951 100534612 Hs.171929 NR_037951 ENSG00000273294 C1QTNF3-AMACR - C1QTNF3-AMACR readthrough (NMD candidate) ncRNA 1.109 2.479 nan 2.986 0.461 1.120 0.548 0.418 0.288 0.941 1.077 0.205 0.420 0.922 0.648 2.256 1.586 2.394 0.624 0.669 0.056 0.658 0.340 0.552 2.859 1.596 1.409 9.067 0.607 0.671 0.395 0.165 1.241 0.443 0.446 0.411 0.115 0.924 0.537 0.409 0.150 0.572 0.827 0.496 0.562 0.725 1.217 1.132 1.351 2.311 3.221 3.076 3.722 1.791 1.837 1.871 5.652 5.693 2.448 3.725 5.148 4.140 0.646 1.419 3.550 4.682 0.668 0.993 2.771 1.315 0.594 0.617 0.308 0.489 1.024 1.205 0.539 0.417 0.392 0.168 0.334 2.127 1.126 0.421 0.429 0.234 0.565 0.311 0.508 0.187 0.312 0.471 0.599 0.255 0.941 0.777 0.972 2.394 0.274 1.156 0.756 0.708 1.243 0.244 0.334 0.672 0.138 0.562 0.912 0.319 0.216 0.180 0.173 0.146 474 chr11 20258700 20273886 + 0 NA Intergenic Intergenic -84423 NM_001029865 120237 Hs.558604 NM_001029865 ENSG00000109851 DBX1 - developing brain homeobox 1 protein-coding 0.869 0.975 0.750 0.095 0.067 0.302 0.085 0.066 0.025 0.285 0.065 0.043 0.025 0.063 0.008 0.094 0.108 0.162 0.230 0.202 0.049 0.014 0.114 0.074 0.047 0.090 0.626 0.038 12.018 0.050 0.073 0.090 0.015 0.054 0.061 0.005 0.041 0.303 0.022 0.011 0.121 0.093 0.119 0.063 0.042 0.636 0.673 0.232 0.315 0.591 0.696 0.766 0.215 0.247 0.170 1.460 2.457 0.370 0.383 1.594 1.290 0.190 0.293 0.229 0.173 0.724 1.340 0.629 0.439 0.088 0.037 0.030 0.060 0.112 0.023 0.019 0.029 0.029 0.057 0.130 0.097 0.020 0.016 0.035 0.016 0.040 0.105 0.070 0.028 0.021 0.040 0.285 0.061 0.066 0.162 0.024 0.022 0.015 0.023 0.038 0.013 0.008 0.036 0.036 11.690 0.052 1.066 0.015 0.031 0.008 0.007 481 chr11 33881691 33900037 + 0 NA intron (NM_001142315, intron 2 of 3) CpG 507 NM_001142316 4005 Hs.34560 NM_005574 ENSG00000135363 LMO2 RBTN2|RBTNL1|RHOM2|TTG2 LIM domain only 2 protein-coding 1.113 1.230 nan 0.354 0.105 1.094 0.620 0.059 0.010 0.708 0.429 0.114 0.031 0.122 0.019 1.408 0.595 0.255 0.340 0.153 0.034 0.060 0.034 0.174 0.289 0.197 0.104 2.559 0.016 0.181 0.094 0.092 0.285 0.032 0.067 0.076 0.034 0.071 0.318 0.030 0.048 0.334 0.203 0.061 0.191 0.085 2.271 3.501 1.707 0.989 0.865 0.978 0.268 0.112 0.441 0.368 1.469 2.131 0.376 0.448 0.580 0.441 4.023 5.411 0.403 0.321 0.275 nan 2.751 1.534 2.728 0.071 0.062 0.405 0.033 0.536 0.015 0.068 0.048 0.145 0.042 0.212 0.514 0.152 0.489 0.259 0.025 0.909 0.790 0.326 0.213 0.106 0.232 0.033 0.708 0.097 0.036 0.255 0.047 0.081 0.656 0.209 0.039 0.018 0.020 0.022 0.042 0.107 2.298 0.087 0.067 0.025 0.038 0.011 867 chr14 61080488 61133626 + 0 NA TTS (NR_126480) TTS (NR_126480) 1123 NR_126480 104548971 NR_126480 SALRNA1 SAL-RNA1|XLOC_023166 senescence associated long non-coding RNA 1 ncRNA nan nan 1.718 2.484 0.382 1.859 1.057 0.256 0.359 2.643 0.825 0.190 0.086 0.313 0.235 0.219 0.195 4.532 0.167 0.897 0.072 0.524 0.376 0.363 3.135 0.935 1.968 2.441 0.405 0.175 0.436 0.132 0.713 0.223 0.176 0.225 0.324 1.407 0.447 1.206 0.128 0.910 0.442 0.115 0.374 0.649 0.744 0.791 0.777 1.092 8.036 6.987 0.858 0.260 nan 1.877 0.377 0.678 3.375 nan 1.471 1.342 1.004 2.000 0.915 0.806 0.245 0.565 0.988 0.715 4.756 0.392 0.133 0.474 0.446 5.948 0.517 1.580 1.392 0.114 0.246 0.133 3.475 0.248 0.431 0.245 0.181 0.218 0.221 1.038 0.509 0.647 0.416 0.286 2.643 0.244 0.186 4.532 0.348 0.469 0.348 0.696 0.444 0.167 0.153 0.238 0.117 0.095 1.030 0.097 0.287 0.132 0.182 0.145 1976 chr3 169480560 169484395 + 0 NA TTS (NR_001566) TTS (NR_001566) 371 NR_001566 7012 Hs.436182 NR_001566 ENSG00000270141 TERC DKCA1|PFBMFT2|SCARNA19|TR|TRC3|hTR telomerase RNA component ncRNA 2.149 2.694 1.571 2.109 3.624 4.179 2.619 1.302 2.001 4.826 2.587 0.251 1.476 2.816 2.525 2.051 1.277 4.153 0.743 1.582 0.807 3.803 1.096 1.896 3.296 1.712 4.762 3.369 1.571 4.285 1.413 0.093 7.658 0.421 0.708 4.072 1.202 3.713 2.648 1.762 1.008 8.013 19.801 2.307 2.537 1.102 2.066 2.771 2.557 3.540 2.755 2.598 7.772 2.517 3.054 3.298 2.510 3.471 nan 4.230 nan 7.000 1.452 3.199 4.261 4.582 1.181 1.500 2.687 1.400 1.537 3.841 0.945 1.881 1.504 2.050 1.156 1.998 2.165 0.748 1.712 1.160 2.034 4.118 5.051 2.093 0.542 1.989 1.718 2.430 2.660 4.325 2.687 2.032 4.826 3.762 2.245 4.153 2.016 1.487 1.314 1.680 1.029 1.361 1.377 3.156 1.228 2.431 0.925 0.331 1.305 1.613 1.306 0.874 817 chr13 111350506 111370724 + 0 NA Intergenic Intergenic -2088 NM_024537 79587 Hs.508725 NM_024537 ENSG00000134905 CARS2 COXPD27|cysRS cysteinyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) protein-coding 3.646 nan 3.042 6.291 0.977 3.821 2.085 2.415 0.724 3.902 1.219 0.265 1.166 4.088 0.711 1.110 0.629 3.918 1.490 2.430 0.704 1.525 0.709 1.255 3.914 2.581 1.435 7.526 0.623 1.514 2.228 0.108 2.661 0.673 0.709 1.855 0.754 4.175 1.865 0.953 0.540 3.229 2.256 1.872 2.835 1.219 6.561 6.928 3.454 5.096 6.338 5.441 7.100 3.537 3.676 3.614 0.739 1.036 5.121 7.052 3.686 4.238 2.555 4.604 6.019 5.839 4.204 3.964 0.972 0.521 5.496 1.243 0.525 0.720 0.643 5.308 1.599 1.257 1.299 0.742 1.477 1.593 3.986 6.035 2.181 1.149 0.631 0.964 0.667 1.770 1.667 1.503 1.659 1.207 3.902 5.692 1.393 3.918 0.665 1.364 0.601 2.412 2.206 1.241 0.638 1.577 0.997 0.849 1.696 1.010 1.564 0.595 1.533 1.097 563 chr11 74405276 74411741 + 0 NA intron (NM_001278473, intron 9 of 10) L2c|LINE|L2 13904 NM_001304417 25884 Hs.432379 NM_015424 ENSG00000054938 CHRDL2 BNF1|CHL2 chordin like 2 protein-coding nan 0.561 1.368 0.083 0.056 0.171 0.074 0.814 0.010 0.278 0.243 0.049 0.058 0.133 0.030 0.219 0.153 0.130 0.198 0.248 0.555 0.072 0.016 0.158 nan 0.075 0.093 0.362 0.112 0.180 0.050 0.089 0.136 0.281 0.150 0.097 0.086 0.277 0.552 0.061 0.201 0.096 0.248 0.403 0.032 0.619 0.595 0.253 0.399 0.628 0.498 0.581 0.364 0.904 0.964 0.621 0.929 0.579 0.822 0.477 0.477 0.499 0.237 0.135 0.148 0.317 0.839 0.960 0.677 0.149 0.457 0.493 0.522 0.030 0.096 0.181 0.090 0.375 0.145 0.029 0.075 0.688 0.084 0.060 0.096 0.084 0.037 0.246 0.667 0.120 6.277 1.236 0.278 0.071 0.047 0.130 0.150 0.065 0.288 0.502 0.063 0.026 1.177 0.729 0.074 0.015 0.155 0.059 0.218 0.009 0.008 2751 chrX 48896049 48901073 + 0 NA intron (NM_006521, intron 1 of 9) AluSc|SINE|Alu 2482 NM_001282142 7030 Hs.730740 NM_006521 ENSG00000068323 TFE3 RCCP2|RCCX1|TFEA|bHLHe33 transcription factor binding to IGHM enhancer 3 protein-coding 2.002 2.284 nan 1.473 1.261 0.793 0.706 4.851 0.971 2.268 1.962 0.544 0.793 2.590 2.393 0.623 0.396 1.064 1.389 2.719 1.578 2.981 1.702 2.350 2.289 1.616 3.312 3.504 1.929 1.107 1.973 0.067 2.479 1.310 2.474 2.175 1.020 3.228 1.963 2.442 0.461 2.235 2.442 2.236 2.154 0.706 0.834 0.704 2.148 3.968 1.991 1.494 2.564 0.879 3.873 4.673 1.287 2.032 3.598 4.373 2.120 2.001 0.965 1.600 1.229 1.882 2.236 4.763 0.777 0.506 1.222 2.487 0.915 3.315 0.355 0.370 1.119 3.272 4.999 2.100 9.003 0.113 1.202 15.523 9.463 3.747 2.055 0.688 0.383 4.495 5.181 3.736 1.249 3.485 2.268 3.001 1.768 1.064 1.791 0.988 0.755 2.707 1.697 3.914 1.037 3.396 3.795 0.710 0.436 0.858 2.310 1.108 3.496 2.469 229 chr1 160369044 160382869 + 0 NA intron (NM_020335, intron 1 of 7) MIRb|SINE|MIR 5592 NM_020335 57216 Hs.99477 NM_020335 ENSG00000162738 VANGL2 LPP1|LTAP|STB1|STBM|STBM1 VANGL planar cell polarity protein 2 protein-coding 1.995 nan 1.025 0.584 0.203 0.945 0.558 0.389 0.045 5.499 0.086 0.092 0.027 0.076 0.087 0.250 0.151 2.751 1.485 0.465 0.187 0.078 0.289 0.072 1.468 0.429 0.210 3.051 0.011 0.230 0.889 0.118 1.983 0.180 0.044 0.041 0.018 0.040 2.174 0.102 0.361 0.937 2.332 0.096 0.205 0.172 1.380 1.974 1.664 2.610 4.854 nan 0.702 0.326 1.009 1.107 0.526 0.844 0.951 nan 1.104 1.085 1.432 2.639 0.374 0.246 1.607 2.593 0.432 0.573 0.544 0.412 0.863 0.074 0.087 1.812 0.090 0.102 0.045 0.202 0.166 0.083 3.129 0.150 0.184 0.108 0.301 0.244 0.230 0.140 0.581 0.053 0.063 0.363 5.499 0.041 0.013 2.751 0.718 0.135 0.345 0.513 0.030 0.020 0.003 0.161 0.209 0.127 0.799 0.924 0.044 0.082 0.021 0.004 673 chr12 27855625 27865235 + 0 NA Intergenic Intergenic -3276 NM_021821 60488 Hs.714076 NM_021821 ENSG00000061794 MRPS35 HDCMD11P|MDS023|MRP-S28|MRPS28 mitochondrial ribosomal protein S35 protein-coding nan nan nan 2.497 1.336 0.729 0.532 1.812 0.264 0.922 0.382 0.101 0.849 2.012 1.020 0.901 0.471 1.313 0.604 1.865 0.296 1.288 0.440 0.977 2.384 1.548 1.574 2.759 0.712 1.102 2.050 0.167 2.871 3.904 0.573 1.949 0.231 1.118 2.340 0.922 0.911 1.675 2.675 0.679 0.997 1.238 1.088 1.167 1.855 2.940 2.380 2.398 3.927 1.278 6.053 6.114 1.513 1.803 1.492 2.462 2.143 1.945 0.997 1.653 0.837 0.788 1.975 2.162 1.604 1.028 0.435 1.376 0.500 1.671 0.396 0.584 0.447 0.933 0.858 0.293 1.001 0.119 0.696 0.815 0.769 0.382 0.703 0.866 0.895 1.914 1.410 2.032 0.673 0.737 0.922 1.793 1.500 1.313 0.660 0.752 3.098 2.482 1.256 1.310 0.455 0.658 0.348 0.465 0.431 0.634 1.729 0.475 0.437 0.305 68 chr1 28925040 28929680 + 0 NA Intergenic FLAM_C|SINE|Alu 8353 NM_001193532 115273 Hs.652321 NM_152304 ENSG00000188060 RAB42 - RAB42, member RAS oncogene family protein-coding 1.049 0.813 nan 0.284 1.733 0.368 0.139 0.640 0.215 0.246 0.886 0.139 0.603 0.707 0.323 0.169 0.161 0.333 0.119 0.185 0.640 1.624 2.637 0.251 0.382 0.206 1.230 0.453 0.190 0.157 0.255 0.071 0.325 0.538 0.100 0.845 0.614 1.485 0.298 2.724 0.034 0.548 0.357 0.773 0.623 0.542 0.516 0.444 0.604 1.122 1.487 2.225 0.486 0.243 0.948 0.991 0.575 1.390 0.831 0.947 0.499 0.326 0.347 0.483 0.053 0.076 0.679 1.406 0.563 0.422 0.043 0.770 0.269 0.598 0.466 0.213 0.089 0.698 0.478 0.208 0.244 0.095 4.983 0.855 0.487 1.207 0.018 0.121 0.174 0.204 1.938 0.101 0.174 0.246 2.463 1.095 0.333 0.081 0.108 0.125 0.751 0.130 0.953 0.370 0.818 1.283 0.124 0.106 0.213 0.575 4.824 0.149 0.086 2059 chr4 86416158 86421187 + 0 NA intron (NM_001025616, intron 1 of 9) intron (NM_001025616, intron 1 of 9) 22388 NM_001025616 83478 Hs.444229 NM_031305 ENSG00000138639 ARHGAP24 FILGAP|RC-GAP72|RCGAP72|p73|p73RhoGAP Rho GTPase activating protein 24 protein-coding 0.664 0.436 0.519 0.266 2.126 0.099 0.274 0.258 0.136 0.278 6.882 0.798 2.676 2.917 5.964 0.092 0.049 0.163 0.203 0.456 0.575 2.689 1.611 0.069 0.806 0.242 0.390 0.204 0.586 0.106 0.691 0.116 0.220 0.353 1.613 1.070 0.164 0.518 3.706 0.017 1.466 0.787 0.431 1.171 0.517 0.244 0.188 0.310 0.445 0.308 0.230 0.040 0.047 0.221 0.204 0.279 nan 0.305 0.368 0.249 0.157 0.047 0.121 0.066 0.098 0.135 nan 0.261 0.294 0.143 2.347 0.076 1.599 0.174 0.056 0.166 0.101 2.028 0.932 0.032 0.329 0.362 0.171 0.949 0.015 0.025 0.543 1.866 1.710 0.031 0.107 0.278 0.313 0.073 0.163 0.194 0.133 0.035 0.474 0.041 2.517 5.625 1.381 1.851 0.045 0.087 0.124 0.335 5.888 0.253 0.333 315 chr1 226611820 226626438 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -23328 NM_001618 142 Hs.177766 NM_001618 ENSG00000143799 PARP1 ADPRT|ADPRT 1|ADPRT1|ARTD1|PARP|PARP-1|PPOL|pADPRT-1 poly(ADP-ribose) polymerase 1 protein-coding 1.435 nan 1.657 0.316 0.059 1.651 0.774 0.106 0.017 0.689 0.109 0.055 0.026 0.044 0.051 0.355 0.230 0.496 0.477 0.250 0.034 0.051 0.014 0.056 0.224 0.060 0.095 1.279 0.010 0.112 0.049 0.108 0.215 0.024 0.083 0.071 0.021 0.057 0.245 0.015 0.055 0.179 0.201 0.033 0.066 0.127 0.467 0.442 0.394 0.561 1.151 nan 1.906 0.431 0.415 0.487 0.460 0.830 0.906 0.956 1.040 0.947 0.136 0.155 1.183 0.916 0.433 0.611 1.243 0.751 1.656 0.085 0.093 0.007 0.367 0.038 0.067 0.035 0.055 0.107 0.485 4.993 0.120 0.046 0.048 0.100 0.096 0.109 0.206 0.110 0.039 0.084 0.083 0.689 0.068 0.050 0.496 0.069 0.028 0.172 0.059 0.093 0.042 0.009 0.091 0.023 0.063 0.020 0.184 0.021 0.052 0.039 0.045 2514 chr8 22921017 22933812 + 0 NA promoter-TSS (NR_027140) promoter-TSS (NR_027140) -714 NR_027140 8795 Hs.521456 NM_003842 ENSG00000120889 TNFRSF10B CD262|DR5|KILLER|KILLER/DR5|TRAIL-R2|TRAILR2|TRICK2|TRICK2A|TRICK2B|TRICKB|ZTNFR9 TNF receptor superfamily member 10b protein-coding nan 1.299 nan 0.048 3.566 0.210 0.188 2.411 0.393 0.309 1.524 0.087 0.785 2.054 1.264 0.085 0.078 0.056 0.146 2.157 1.045 2.157 2.309 2.011 5.502 3.288 0.788 0.233 2.025 1.011 2.194 0.120 2.897 0.820 1.065 1.898 0.671 1.790 0.519 3.010 0.600 3.005 1.562 3.562 1.793 1.239 0.435 0.574 1.913 3.711 nan 0.604 nan 0.337 1.562 1.579 0.081 0.152 0.601 0.519 0.386 0.302 0.667 0.985 0.197 0.271 0.337 0.543 nan nan 0.095 3.239 0.336 2.234 1.128 0.091 0.964 2.906 3.074 0.615 1.534 0.030 0.062 4.504 2.464 1.085 1.578 0.586 0.438 3.487 3.786 2.605 2.163 2.638 0.309 1.856 1.079 0.056 2.021 0.486 0.061 2.239 0.127 0.874 1.946 1.794 1.530 0.527 0.262 0.038 2.024 1.759 1.044 0.817 1827 chr22 19499771 19516079 + 0 NA intron (NM_003504, intron 18 of 18) intron (NM_003504, intron 18 of 18) 4935 NM_001130861 7122 Hs.505337 NM_003277 ENSG00000184113 CLDN5 AWAL|BEC1|CPETRL1|TMVCF claudin 5 protein-coding 1.336 nan 2.889 1.352 0.049 0.323 0.215 0.138 0.065 0.305 0.073 0.063 0.157 0.220 0.027 0.924 0.336 0.250 0.211 0.060 0.006 0.096 0.007 0.121 nan 0.099 0.091 0.957 0.035 0.052 0.053 0.043 0.209 0.066 0.098 0.015 0.068 0.299 0.020 0.015 0.173 0.204 0.052 0.059 0.057 0.387 0.508 0.222 0.329 1.718 1.637 2.817 0.569 0.332 0.362 0.609 0.857 0.735 1.200 1.177 1.141 0.146 0.210 2.382 2.499 0.701 1.043 3.851 1.896 0.284 0.078 0.029 0.048 0.118 0.683 0.025 0.046 0.026 0.110 0.069 0.631 0.111 0.124 0.033 0.048 0.033 0.055 0.060 0.089 0.115 0.189 0.029 0.094 0.305 0.103 0.057 0.250 0.029 0.050 0.579 0.153 1.636 0.024 0.003 0.167 0.048 0.014 0.024 0.249 0.023 0.012 0.007 0.006 2501 chr7 142975697 142988007 + 0 NA promoter-TSS (NM_001242773) promoter-TSS (NM_001242773) -140 NM_001242773 135932 Hs.17558 NM_153345 ENSG00000178826 TMEM139 - transmembrane protein 139 protein-coding 2.009 1.032 2.621 0.988 2.973 1.308 0.693 1.370 0.323 0.767 0.628 0.248 0.516 1.517 0.606 0.744 0.348 1.499 1.179 1.323 0.235 2.768 1.163 2.505 1.389 0.669 1.657 1.791 0.912 0.539 1.849 0.163 2.398 0.633 0.927 0.541 0.321 1.039 1.165 0.711 0.852 1.274 1.367 1.184 4.401 0.693 1.617 1.910 4.244 6.789 2.106 1.976 1.822 0.828 3.619 3.596 1.519 1.977 1.201 2.051 1.807 2.057 1.401 2.416 1.521 1.803 1.470 1.664 2.132 nan 0.945 0.959 0.830 1.037 0.226 0.779 0.450 1.225 0.827 0.772 1.189 0.271 0.305 1.263 0.904 0.386 0.719 0.298 0.444 0.942 1.404 1.033 0.424 1.266 0.767 2.220 1.124 1.499 0.587 4.972 0.537 1.323 0.596 1.459 0.509 0.761 0.317 0.317 0.669 0.240 0.480 0.770 0.603 0.384 2366 chr6 135496932 135527180 + 0 NA intron (NR_134965, intron 5 of 16) AluJr|SINE|Alu 9603 NM_001130172 4602 Hs.606320 NM_005375 ENSG00000118513 MYB Cmyb|c-myb|c-myb_CDS|efg MYB proto-oncogene, transcription factor protein-coding 1.490 1.122 2.161 0.783 0.171 0.829 0.465 0.099 0.096 0.595 0.113 0.101 0.087 0.204 0.025 0.311 0.227 1.171 0.329 0.313 0.033 0.326 0.038 0.135 0.841 0.305 0.334 2.059 0.043 1.455 0.570 0.157 0.235 0.047 0.106 0.166 0.016 0.061 0.307 0.184 0.139 0.301 0.291 0.151 0.224 0.127 2.162 2.351 2.315 2.291 2.152 1.752 nan 0.706 3.339 3.297 0.444 0.676 0.943 1.268 1.332 1.227 13.791 20.603 0.905 0.528 1.144 nan 0.621 0.513 0.556 0.117 0.022 0.118 0.103 0.613 0.087 0.062 0.045 0.056 0.103 0.089 0.532 0.215 0.099 0.082 0.116 0.497 0.397 0.063 0.220 0.512 0.104 0.148 0.595 0.200 0.667 1.171 0.077 0.167 0.202 0.353 0.301 0.029 0.039 0.039 0.191 0.606 10.820 0.316 0.025 0.081 0.044 0.029 1947 chr3 128897175 128917689 + 0 NA Intergenic Intergenic -4622 NM_003418 7555 Hs.518249 NM_003418 ENSG00000169714 CNBP CNBP1|DM2|PROMM|RNF163|ZCCHC22|ZNF9 CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein protein-coding 3.375 nan 2.102 1.389 2.525 2.649 1.665 1.560 0.232 1.443 2.146 0.471 0.402 1.175 0.842 1.498 0.940 1.605 0.880 0.957 0.622 2.058 0.722 1.869 2.770 1.788 1.495 1.722 0.621 1.762 0.868 0.135 3.240 0.611 0.742 2.515 0.331 1.346 2.104 1.080 0.380 2.928 6.779 1.523 1.433 0.771 2.770 2.186 2.609 3.825 3.080 3.173 4.593 2.570 5.098 5.385 1.982 nan 2.054 3.543 6.087 6.385 2.278 3.491 1.581 1.875 4.331 3.498 1.572 0.922 0.918 2.566 0.953 1.512 0.656 0.810 1.000 2.558 2.639 0.846 1.702 0.279 0.863 2.043 1.498 0.706 0.794 0.718 0.637 1.940 1.177 2.457 1.027 2.171 1.443 1.425 3.466 1.605 0.783 0.737 0.529 1.951 0.545 1.482 0.757 1.598 1.005 1.026 0.648 1.154 0.721 0.880 0.733 0.462 1347 chr18 55094377 55115786 + 0 NA intron (NM_004852, intron 1 of 1) CpG 2164 NM_004852 9480 Hs.194725 NM_004852 ENSG00000119547 ONECUT2 OC-2|OC2 one cut homeobox 2 protein-coding nan 0.996 1.628 1.000 6.388 0.991 0.502 0.112 0.026 2.430 0.052 0.054 0.018 0.035 0.041 0.512 0.340 1.238 0.712 0.216 0.023 0.042 0.019 4.962 0.275 0.139 0.053 3.524 0.035 0.105 0.249 0.059 0.103 0.022 0.026 0.091 0.093 0.231 0.134 0.026 0.022 0.035 0.058 0.088 1.086 0.029 1.842 2.360 0.984 0.792 2.358 2.142 2.175 0.619 0.600 0.637 0.959 1.308 1.206 1.555 0.976 1.201 1.186 2.300 3.612 4.284 0.483 0.827 nan 1.797 0.455 0.100 0.045 0.152 4.337 0.731 0.019 0.013 0.020 0.069 0.440 1.036 1.862 0.176 0.042 0.076 0.011 0.080 0.074 0.104 0.763 0.106 2.242 0.848 2.430 0.020 0.052 1.238 0.429 0.090 0.249 0.308 1.128 0.010 0.053 0.107 0.030 0.038 1.258 0.081 0.064 0.031 0.035 0.023 222 chr1 158968100 158992634 + 0 NA intron (NM_001206567, intron 1 of 10) intron (NM_001206567, intron 1 of 10) 685 NM_001206567 3428 Hs.380250 NM_005531 ENSG00000163565 IFI16 IFNGIP1|PYHIN2 interferon gamma inducible protein 16 protein-coding nan nan 0.787 0.050 0.267 0.435 0.235 0.379 0.008 0.057 2.376 0.197 0.521 1.223 0.106 0.249 0.194 0.039 0.210 0.238 0.302 2.345 1.077 0.489 0.328 0.295 2.486 0.262 0.706 0.156 0.027 0.118 2.013 1.777 0.283 0.830 0.370 2.396 0.489 3.373 0.152 2.303 0.826 1.081 0.059 1.077 0.334 0.191 1.849 4.438 0.259 nan 0.109 0.054 0.077 0.078 0.327 0.445 0.392 0.672 0.246 0.104 0.233 0.309 0.068 0.076 0.202 0.413 1.235 0.802 0.028 0.798 0.090 1.555 0.086 0.106 3.945 3.203 0.024 1.127 0.008 0.036 0.750 0.679 0.377 0.798 0.012 0.026 1.351 0.141 0.038 1.173 0.619 0.057 0.296 0.720 0.039 0.384 0.071 0.012 0.100 0.299 0.871 0.204 2.285 0.661 0.172 0.061 0.086 0.628 0.313 0.026 0.035 1504 chr19 59065151 59076044 + 0 NA promoter-TSS (NM_003969) promoter-TSS (NM_003969) 44 NR_027334 100131691 Hs.743767 NR_027334 ENSG00000267858 MZF1-AS1 - MZF1 antisense RNA 1 ncRNA 4.116 3.167 3.807 4.316 3.606 7.002 3.867 5.324 1.337 3.417 1.757 0.136 0.905 2.404 3.719 1.954 0.955 4.627 2.851 3.506 1.392 3.141 1.057 1.989 4.872 3.048 3.454 5.174 0.951 2.241 2.911 0.121 4.391 1.443 1.753 2.188 0.820 2.506 2.852 0.958 0.871 2.900 5.215 1.778 0.331 1.512 8.090 11.105 3.752 5.860 7.323 6.899 9.061 5.075 4.059 4.084 4.129 5.418 6.346 8.739 6.771 6.169 3.184 5.639 4.548 4.015 4.691 5.809 5.010 2.368 3.890 1.578 1.788 2.642 2.535 4.148 1.633 1.093 1.523 2.466 2.555 1.177 2.206 5.165 2.761 1.240 1.608 1.088 0.770 1.701 4.386 2.516 3.016 1.932 3.417 3.082 2.259 4.627 1.771 3.064 0.839 4.008 3.501 1.363 1.182 3.427 1.808 1.223 1.778 2.058 1.719 0.519 1.877 1.103 25 chr1 7392464 7403011 + 0 NA intron (NM_015215, intron 5 of 22) intron (NM_015215, intron 5 of 22) -433592 NM_004781 9341 Hs.66708 NM_004781 ENSG00000049245 VAMP3 CEB vesicle associated membrane protein 3 protein-coding 1.175 nan 1.405 2.419 0.089 1.413 0.638 0.125 0.012 0.480 0.163 0.065 0.040 0.066 0.685 0.328 1.166 0.843 0.254 0.035 0.084 0.085 nan 0.077 0.054 8.591 0.569 0.031 0.079 0.197 0.011 0.213 0.035 0.183 0.118 0.211 0.041 0.033 0.231 0.047 0.158 0.052 0.092 1.079 1.837 0.255 0.631 2.748 2.467 2.157 0.557 0.227 0.254 0.249 nan nan 6.468 nan 0.701 1.822 2.389 1.144 1.389 0.380 0.740 1.533 1.082 2.249 0.047 0.036 0.210 0.190 1.233 0.112 0.062 0.125 0.205 0.190 1.068 0.078 0.028 0.030 0.037 0.052 0.011 0.204 0.463 0.114 1.580 0.226 0.480 0.055 0.058 1.166 0.088 1.028 0.644 1.039 1.465 0.058 0.004 0.059 0.052 0.126 1.768 0.175 0.029 0.054 0.016 2270 chr6 30897399 30903105 + 0 NA promoter-TSS (NM_205854).3 promoter-TSS (NM_205854).3 -300 NM_205854 389376 Hs.211267 NM_205854 ENSG00000196260 SFTA2 GSGL541|SFTPG|SP-G|UNQ541 surfactant associated 2 protein-coding nan 0.644 nan 0.092 4.490 0.333 0.056 0.055 0.011 0.159 0.148 0.029 0.166 0.576 0.067 0.143 0.074 0.084 0.100 0.056 0.043 1.325 5.431 0.214 1.725 0.113 7.069 0.553 0.051 0.237 0.125 0.088 0.318 0.095 0.050 0.082 0.096 0.293 2.705 0.056 0.309 0.325 0.100 0.224 0.018 0.355 0.292 0.188 nan nan 0.261 0.243 0.172 0.389 0.411 0.246 0.319 0.270 0.288 0.256 0.097 0.221 0.266 0.080 0.121 0.151 0.249 0.296 0.336 0.019 2.175 0.034 0.082 0.034 0.095 0.777 0.376 0.038 0.068 0.017 0.162 0.074 0.028 5.448 0.069 0.021 0.203 0.285 0.135 0.110 0.598 0.159 0.202 0.082 0.084 0.257 0.116 0.086 0.102 0.036 0.069 0.015 0.120 0.081 0.061 0.087 0.066 0.039 5.468 0.010 2418 chr7 17336285 17366532 + 0 NA intron (NM_001621, intron 2 of 10) intron (NM_001621, intron 2 of 10) 13132 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.496 nan 0.304 1.976 0.435 0.170 0.874 0.108 0.586 1.040 0.139 0.220 0.576 2.900 0.302 0.266 0.153 0.261 0.871 0.250 1.701 0.265 1.097 3.673 2.906 3.297 1.527 0.459 0.325 0.179 0.199 1.171 0.725 0.265 2.308 0.283 0.878 0.794 1.000 0.282 2.247 1.367 1.166 1.214 0.850 nan 0.499 0.713 1.236 0.785 0.743 1.128 0.425 1.271 1.270 0.195 0.338 0.948 1.225 0.328 0.182 0.118 0.254 0.124 0.137 0.391 0.789 0.871 0.677 0.149 0.427 0.737 0.693 0.561 0.300 0.014 1.404 0.932 0.095 1.101 0.019 0.028 0.749 0.172 0.106 0.629 0.357 0.301 0.446 0.738 0.343 1.526 1.942 0.586 0.624 0.777 0.153 0.602 1.165 0.045 0.751 0.560 0.421 0.542 1.282 0.387 0.190 0.033 0.115 0.848 0.833 0.063 0.024 305 chr1 217249346 217264337 + 0 NA intron (NM_001134285, intron 1 of 8) MIR3|SINE|MIR 6146 NM_206595 2104 Hs.444225 NM_001438 ENSG00000196482 ESRRG ERR3|ERRgamma|NR3B3 estrogen related receptor gamma protein-coding 0.879 2.156 1.555 2.893 0.154 0.931 0.449 0.278 0.029 0.571 0.352 0.195 0.114 0.245 0.025 1.705 0.880 0.824 0.445 0.445 0.008 0.058 0.014 0.116 0.625 0.081 0.076 nan 0.294 0.590 0.050 0.083 0.225 0.094 0.066 0.066 0.005 0.090 0.128 0.041 0.010 0.183 0.142 0.139 0.090 0.466 0.965 1.820 0.728 0.999 1.690 1.864 nan 1.122 0.555 0.559 0.605 nan 2.958 2.384 0.685 0.584 1.151 2.405 2.271 1.656 0.238 0.346 2.756 1.471 0.019 0.189 0.013 0.412 0.080 0.160 0.796 0.037 0.029 0.019 0.155 0.517 0.122 0.098 0.165 0.125 0.036 0.434 0.463 0.384 0.212 0.483 1.255 0.341 0.571 0.241 0.031 0.824 0.066 0.061 0.052 0.182 2.643 0.104 0.020 0.042 0.037 0.146 2.085 0.082 0.229 0.359 0.019 0.010 1253 chr17 70301089 70308463 + 0 NA Intergenic Intergenic -34176 NR_135222 146795 Hs.651743 NR_135222 ENSG00000264026 LINC02003 - long intergenic non-protein coding RNA 2003 ncRNA 1.053 0.865 0.585 0.727 0.134 0.719 0.304 0.087 0.017 0.275 0.132 0.087 0.077 0.130 0.085 0.149 0.112 0.455 0.119 0.159 0.101 0.276 1.737 0.218 0.152 0.559 0.158 0.200 0.059 0.084 0.238 0.064 0.124 0.114 0.069 0.074 0.263 0.044 0.130 0.179 0.159 0.124 0.196 0.091 2.420 3.832 8.652 2.491 0.435 0.430 0.566 0.263 1.280 1.479 nan 1.012 0.698 0.809 0.498 0.318 1.082 1.800 0.156 0.219 0.242 0.189 nan 0.713 0.016 0.250 0.013 0.261 0.054 0.054 0.019 0.050 0.059 0.030 0.102 0.030 0.127 0.277 0.033 0.042 0.042 0.042 0.050 0.163 0.385 0.251 0.046 0.117 0.275 0.086 0.099 0.455 0.097 0.045 0.054 0.196 0.081 0.028 0.011 0.098 0.030 0.108 0.728 0.034 0.072 0.065 0.020 0.007 928 chr15 32903152 32911702 + 0 NA promoter-TSS (NM_014783) promoter-TSS (NM_014783) 82 NM_001286479 9824 Hs.591130 NM_014783 ENSG00000198826 ARHGAP11A GAP (1-12) Rho GTPase activating protein 11A protein-coding 3.378 nan nan 2.146 1.516 3.403 2.117 2.326 0.913 3.411 2.286 0.356 0.975 2.289 4.067 2.396 1.677 4.058 1.836 2.568 0.345 2.205 0.778 2.699 6.071 3.484 1.609 6.448 1.796 4.002 3.259 0.132 8.106 1.393 2.555 2.577 0.787 4.878 2.200 1.928 1.159 3.247 4.717 2.342 1.936 1.983 3.583 3.964 5.197 6.613 5.271 4.628 4.175 1.745 6.033 6.072 3.921 4.664 4.339 6.156 6.781 7.257 2.295 5.269 5.232 6.904 3.639 4.963 2.479 1.332 2.316 3.743 1.523 3.086 1.653 2.429 1.519 2.447 2.527 0.846 4.542 1.884 2.163 2.142 3.193 1.260 1.199 1.305 1.575 4.292 3.375 3.356 2.831 2.760 3.411 1.991 6.092 4.058 1.678 1.126 1.350 2.074 2.305 3.470 4.663 2.420 0.926 2.760 2.928 1.452 5.143 1.673 2.331 1.729 1644 chr2 198360091 198373053 + 0 NA intron (NM_001202485, intron 2 of 8) intron (NM_001202485, intron 2 of 8) -1574 NM_199440 3329 Hs.595053 NM_002156 ENSG00000144381 HSPD1 CPN60|GROEL|HLD4|HSP-60|HSP60|HSP65|HuCHA60|SPG13 heat shock protein family D (Hsp60) member 1 protein-coding 2.799 nan 2.201 2.967 2.047 4.632 2.469 1.926 0.479 1.793 0.864 0.199 0.878 2.668 1.583 1.081 0.894 2.244 1.546 1.985 0.729 1.921 0.627 1.157 2.550 2.108 1.805 7.052 1.272 2.864 1.526 0.123 4.584 0.929 1.584 2.932 0.342 2.093 1.606 1.507 0.587 2.363 5.487 4.080 2.439 1.044 1.792 2.585 2.275 3.606 3.153 3.319 2.899 1.588 7.497 7.236 2.211 2.558 3.914 5.318 5.308 5.887 3.445 8.101 2.092 2.010 5.397 6.375 1.475 0.710 1.458 2.233 0.626 1.210 0.701 1.481 1.091 1.370 1.357 0.892 3.611 0.442 1.615 3.253 2.036 1.104 0.838 1.289 1.023 1.328 2.052 2.273 1.516 1.213 1.793 2.123 2.257 2.244 0.843 0.893 0.772 2.684 1.388 0.826 0.484 1.576 1.279 1.384 1.230 4.128 1.156 0.726 1.472 0.915 1526 chr2 16273850 16279782 + 0 NA Intergenic Intergenic 86267 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.615 0.445 0.654 0.532 0.085 0.129 0.054 0.026 0.018 0.043 0.127 0.137 0.021 0.027 0.055 34.573 0.178 0.083 0.012 0.061 0.270 0.082 0.109 0.294 0.024 0.180 0.056 0.074 0.390 0.064 0.015 0.047 0.376 0.096 0.125 0.352 0.061 0.016 0.069 0.287 0.271 0.175 0.234 0.228 0.284 0.151 0.111 0.218 0.187 0.120 0.171 0.257 nan 0.370 0.215 3.931 6.071 0.050 0.017 0.240 nan 0.134 0.271 0.065 0.048 0.016 0.032 0.134 0.012 0.012 0.063 0.081 0.218 0.020 0.040 0.077 0.156 0.060 0.067 0.137 0.036 0.130 0.056 0.043 0.047 0.047 0.125 0.071 0.059 0.082 0.187 0.233 1.709 0.021 0.064 0.016 0.019 0.008 217 chr1 156456717 156488596 + 0 NA Intergenic Intergenic -2022 NM_005920 4209 Hs.314327 NM_005920 ENSG00000116604 MEF2D - myocyte enhancer factor 2D protein-coding nan nan 3.228 0.917 1.767 1.442 0.685 2.732 1.022 1.541 2.082 0.337 0.791 1.929 5.145 1.398 0.783 1.280 1.275 1.428 0.598 2.034 1.540 0.751 5.004 2.680 2.117 6.063 1.592 0.715 1.642 0.123 1.726 2.350 1.367 1.268 0.694 2.582 1.202 1.951 0.273 1.770 1.630 1.091 1.242 1.110 2.769 3.791 2.791 3.782 2.550 nan 2.232 1.109 1.306 1.276 2.102 2.729 4.548 4.586 2.877 2.483 2.480 4.192 1.300 1.213 2.590 7.041 1.466 0.968 0.472 2.064 0.704 2.422 3.870 2.104 1.573 2.983 3.521 2.208 3.911 0.365 0.705 4.165 3.216 1.162 1.212 0.375 0.300 1.999 2.932 2.456 1.262 2.357 1.541 3.087 2.240 1.280 1.764 1.794 0.699 6.963 3.479 1.787 0.857 2.541 1.208 0.290 2.818 2.025 1.641 1.099 1.344 1.137 2648 chr9 14051507 14067509 + 0 NA Intergenic Intergenic 121293 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 0.934 0.248 0.058 0.532 0.323 0.024 0.027 0.400 0.136 0.080 0.059 0.012 0.177 0.152 1.100 0.130 0.200 0.132 0.021 0.006 0.115 0.339 0.040 0.161 1.592 0.073 0.134 0.034 0.068 0.177 0.042 0.029 0.040 0.069 0.128 0.014 0.257 0.153 0.230 0.070 0.090 0.085 0.249 0.085 0.391 0.732 1.546 1.864 0.463 0.294 0.104 0.090 5.571 6.993 0.730 1.256 0.476 0.336 0.208 0.312 0.248 0.233 0.190 0.428 1.148 0.866 7.513 0.054 0.018 0.130 0.019 0.239 0.017 0.027 0.005 0.044 0.149 0.084 0.040 0.004 0.015 0.029 0.040 0.025 0.111 0.061 0.062 0.030 0.033 0.400 0.049 0.069 1.100 0.023 0.026 0.043 0.029 0.082 0.034 0.005 0.173 0.043 0.104 0.061 0.024 0.018 0.025 0.016 1730 chr20 30840133 30879227 + 0 NA Intergenic Intergenic -5774 NM_004798 9371 Hs.369670 NM_004798 ENSG00000101350 KIF3B FLA8|HH0048|KLP-11 kinesin family member 3B protein-coding 1.206 1.595 1.249 1.090 0.420 0.667 0.394 0.347 0.078 0.245 0.267 0.206 0.127 0.308 0.190 0.386 0.301 0.897 0.327 0.740 0.089 0.181 0.038 0.292 nan 0.435 0.413 1.548 0.086 1.147 0.208 0.147 0.466 0.075 0.161 0.367 0.121 0.263 0.380 0.153 0.135 0.517 0.710 0.404 0.389 0.301 0.783 0.880 0.465 0.701 0.837 nan 5.707 1.387 0.588 0.648 0.798 1.253 1.946 1.905 1.038 0.706 0.447 0.759 1.261 1.432 0.545 nan 0.861 0.509 0.328 0.160 0.083 0.275 0.860 0.412 0.100 0.221 0.129 0.178 0.248 0.356 0.124 0.340 0.185 0.129 0.161 0.242 0.324 0.334 0.636 0.478 0.155 0.428 0.245 0.294 0.555 0.897 0.131 0.459 0.166 0.393 0.337 0.125 0.036 0.309 0.125 0.755 0.263 0.206 0.173 0.106 0.059 0.068 158 chr1 109674726 109683886 + 0 NA intron (NM_001284352, intron 1 of 20) intron (NM_001284352, intron 1 of 20) 22721 NM_001267048 57535 Hs.708190 NM_020775 ENSG00000116299 KIAA1324 EIG121 KIAA1324 protein-coding 1.214 nan nan 1.477 0.181 0.654 0.380 0.108 0.023 0.442 0.442 0.072 0.069 0.050 0.496 0.161 1.589 0.430 0.073 0.014 0.089 0.056 0.349 0.053 0.069 0.568 0.032 0.058 0.144 0.129 0.200 0.043 0.092 0.017 0.068 0.158 0.059 0.070 0.133 0.363 0.053 0.241 0.034 0.463 0.568 0.243 0.355 1.379 nan 8.812 2.772 0.424 0.438 2.094 2.493 nan nan 0.378 0.268 1.021 1.028 0.436 0.496 0.498 nan 1.985 0.939 0.383 0.093 0.021 0.081 1.497 0.668 0.135 0.055 0.057 0.071 0.051 0.078 0.171 0.059 0.017 0.116 0.060 0.064 0.206 0.356 0.125 0.411 1.196 0.442 0.066 0.081 1.589 0.053 0.090 0.185 0.237 0.101 0.030 0.009 0.044 0.072 0.076 1.038 0.175 0.049 0.085 0.034 0.023 281 chr1 201970900 202102915 + 0 NA Intergenic ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL -55122 NM_004767 9283 Hs.132049 NM_004767 ENSG00000170075 GPR37L1 ET(B)R-LP-2|ETBR-LP-2 G protein-coupled receptor 37 like 1 protein-coding 1.668 3.626 1.855 2.220 1.781 3.584 1.853 0.316 0.852 0.865 0.191 0.185 0.431 1.140 0.472 1.974 0.924 2.572 0.930 2.662 0.185 1.663 1.460 0.600 7.713 2.189 2.285 5.402 0.829 1.232 0.077 0.109 0.638 0.116 0.180 0.340 0.126 0.169 0.792 2.264 0.333 1.259 1.607 0.200 2.201 0.570 1.849 2.812 1.542 3.798 2.274 2.449 3.378 0.848 nan nan 0.446 0.784 4.300 5.305 0.735 0.590 0.953 1.712 2.881 2.672 0.489 1.044 1.678 0.901 2.107 1.547 1.005 1.255 0.570 4.140 0.051 1.049 0.661 0.088 0.528 1.037 0.687 0.291 0.138 0.095 1.351 0.524 0.596 0.258 3.205 0.068 0.901 2.737 0.865 2.619 1.038 2.572 1.206 3.313 0.337 0.134 0.622 0.310 0.306 0.497 0.352 1.494 1.598 0.149 0.139 1.243 0.045 0.024 46 chr1 14226471 14233030 + 0 NA Intergenic Intergenic 153874 NM_001007257 7799 Hs.371823 NM_012231 ENSG00000116731 PRDM2 HUMHOXY1|KMT8|KMT8A|MTB-ZF|RIZ|RIZ1|RIZ2 PR/SET domain 2 protein-coding 0.683 0.971 nan 0.290 0.088 0.470 0.198 0.036 0.107 0.045 0.049 0.016 0.039 0.048 0.038 0.075 0.098 0.145 0.038 0.021 0.032 0.109 0.052 0.109 0.066 0.802 0.261 0.036 0.068 0.122 0.003 0.022 0.028 0.011 0.240 0.033 0.025 0.170 0.103 0.131 0.015 0.111 0.459 0.422 7.064 2.350 0.513 0.504 1.212 0.417 0.473 nan 0.163 nan 1.081 1.004 nan 0.173 0.459 0.744 0.054 0.154 0.201 0.228 0.666 0.497 0.874 0.033 0.014 0.042 0.243 0.122 0.033 0.025 0.014 0.060 0.140 0.014 0.011 0.058 0.025 0.037 0.086 0.032 0.042 0.024 0.060 0.107 0.015 0.042 0.075 0.012 0.030 0.046 0.200 0.010 0.013 0.060 0.053 0.121 0.347 0.019 0.012 0.158 0.009 0.015 1851 chr22 38612440 38640645 + 0 NA intron (NM_012264, intron 5 of 8) intron (NM_012264, intron 5 of 8) -5815 NR_132774 106635525 NR_132774 SNORA92 - small nucleolar RNA, H/ACA box 92 snoRNA 1.209 nan 1.383 0.789 2.148 0.839 0.429 2.415 0.539 0.689 1.047 0.125 0.813 1.691 1.524 0.577 0.287 0.741 0.781 0.941 0.465 1.674 1.415 0.444 5.414 2.357 1.134 0.839 0.430 0.637 0.618 0.107 0.817 0.792 0.523 1.982 0.433 1.489 0.667 1.245 0.304 1.778 2.958 1.041 2.372 0.590 0.823 1.418 0.927 2.343 1.484 1.699 0.972 0.316 0.365 0.404 0.770 nan 1.888 2.125 nan 2.323 0.381 0.494 0.873 1.409 0.567 1.025 0.847 0.490 0.642 2.346 0.524 1.469 0.315 0.415 0.096 0.975 0.778 0.568 0.330 0.405 0.511 1.331 1.734 0.631 0.897 0.227 0.292 1.199 1.336 0.845 0.133 2.017 0.689 3.283 1.142 0.741 0.981 3.229 0.595 1.195 0.876 1.428 0.751 1.010 1.051 0.465 0.199 0.369 1.416 1.039 0.469 0.269 1316 chr18 42303982 42314218 + 0 NA intron (NM_001130110, intron 2 of 3) MIR|SINE|MIR 48237 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 0.855 0.878 0.406 0.238 0.334 0.125 0.065 1.723 0.717 0.125 0.021 0.118 0.199 0.136 0.416 0.356 0.220 0.050 0.126 0.113 0.033 0.095 0.041 0.469 0.115 0.042 0.112 0.515 0.589 0.015 0.037 0.038 0.068 0.336 0.032 0.246 0.610 0.261 0.082 1.156 0.020 4.653 5.484 7.356 7.153 0.699 0.881 0.621 0.253 0.060 0.054 0.611 0.992 0.578 0.556 0.558 0.380 2.013 3.658 0.327 0.411 0.295 nan 1.909 1.575 0.202 0.261 0.103 0.804 0.129 0.080 0.027 0.145 0.064 0.092 0.112 0.605 0.027 0.095 0.061 0.007 0.092 0.095 0.174 0.265 0.014 0.431 1.075 1.723 0.014 0.009 0.416 0.166 0.060 0.218 0.051 0.218 0.146 0.094 0.142 0.097 0.099 2.512 0.232 0.491 0.051 0.039 0.039 2630 chr8 145686766 145693230 + 0 NA intron (NM_138496, intron 1 of 4) intron (NM_138496, intron 1 of 4) 420 NM_138496 50626 Hs.459379 NM_032687 ENSG00000187954 CYHR1 CHRP cysteine and histidine rich 1 protein-coding 3.374 1.851 nan 4.337 3.786 2.859 1.766 3.650 0.498 1.912 1.241 0.150 0.824 3.418 1.514 0.871 0.231 5.626 2.943 1.778 0.536 2.722 0.946 0.858 6.155 4.350 1.351 12.305 0.943 1.968 1.559 0.079 6.257 0.887 1.065 7.222 1.264 3.238 3.812 1.263 1.157 3.517 4.993 1.462 3.884 1.161 2.147 2.967 3.237 4.619 nan 5.929 nan 1.099 6.750 6.155 1.679 2.506 2.897 4.062 1.976 1.743 2.465 3.679 1.902 1.859 1.812 2.694 1.429 0.586 2.772 1.747 2.012 1.132 2.545 4.818 1.256 1.011 1.031 2.537 1.208 0.380 1.035 2.958 2.289 1.717 0.591 2.421 1.643 1.144 4.763 5.754 2.320 2.084 1.912 3.359 1.591 5.626 0.756 1.951 0.972 7.186 2.850 0.545 0.510 0.455 0.467 0.480 1.522 0.810 0.703 0.420 0.918 0.386 2373 chr6 151709166 151715970 + 0 NA 5' UTR (NM_020861, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_020861, exon 1 of 3) 267 NM_020861 57621 Hs.520073 NM_020861 ENSG00000181472 ZBTB2 ZNF437 zinc finger and BTB domain containing 2 protein-coding nan 3.171 5.102 5.488 2.417 5.074 2.901 3.411 2.247 6.461 3.162 0.308 0.975 3.485 4.958 1.500 0.711 5.615 2.719 2.727 1.620 3.759 0.890 2.295 nan 5.718 4.333 8.369 0.838 5.374 5.818 0.248 5.551 1.042 2.482 4.795 0.649 3.152 4.253 1.570 0.803 6.477 4.342 3.621 3.120 2.136 6.430 7.076 7.687 8.621 7.806 nan 9.204 4.211 10.682 11.137 2.664 3.426 5.250 7.725 8.133 9.283 3.229 6.536 5.115 4.995 5.997 nan 1.512 0.916 3.909 2.249 2.686 2.177 1.140 4.649 2.891 2.133 2.700 3.477 3.250 1.213 3.455 4.981 5.400 2.305 2.503 3.434 2.198 2.531 3.803 8.220 1.219 2.268 6.461 5.783 3.142 5.615 1.673 2.606 1.394 11.420 2.980 2.871 1.345 2.031 2.026 3.276 2.068 2.561 2.331 1.071 2.996 2.120 1418 chr19 19684320 19692807 + 0 NA intron (NR_038198, intron 2 of 7) AluSc|SINE|Alu 39489 NM_153221 148113 Hs.279574 NM_153221 ENSG00000160161 CILP2 CLIP-2 cartilage intermediate layer protein 2 protein-coding 2.717 0.795 1.332 1.069 0.068 1.456 0.794 0.110 0.007 0.542 0.160 0.152 0.045 0.198 0.029 0.662 0.474 0.225 0.287 0.050 0.081 0.013 0.198 nan 0.048 0.100 0.365 0.052 0.202 0.090 0.095 0.223 0.028 0.018 0.168 0.055 0.170 0.210 0.025 0.038 0.156 0.204 0.089 0.137 0.136 0.656 0.779 0.398 0.403 0.554 0.732 9.129 2.438 0.361 0.328 0.874 1.087 0.327 0.467 3.906 4.352 0.244 0.327 2.722 3.918 1.144 2.916 3.906 1.560 0.072 0.090 0.034 0.109 0.071 0.142 0.016 0.220 0.103 0.152 0.082 0.949 0.101 0.206 0.071 0.055 0.045 0.046 0.028 0.071 0.134 0.218 0.074 0.087 0.542 0.169 0.011 0.225 0.086 0.043 0.308 0.140 0.047 0.080 0.020 0.404 0.079 0.122 0.035 0.814 0.090 0.082 0.027 0.012 36 chr1 8720488 8793576 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 1 of 22) intron (NM_001042681, intron 1 of 22) 120667 NM_012102 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 1.928 nan 1.983 10.302 0.320 1.141 0.552 0.573 0.849 0.623 1.001 0.203 0.140 0.530 1.759 0.784 0.545 0.765 0.573 0.541 0.237 0.418 0.162 0.376 nan 1.398 1.013 2.483 0.334 0.960 1.895 0.184 0.717 0.173 0.202 0.274 0.062 0.270 0.404 0.298 0.080 0.662 0.389 0.235 0.361 0.284 0.924 0.816 0.890 1.999 2.650 2.409 1.818 0.658 1.861 1.833 2.746 nan nan 8.113 nan 1.980 0.772 1.289 0.844 1.295 2.261 4.396 1.592 0.938 1.065 0.341 0.265 0.957 0.979 0.913 0.429 0.223 0.103 0.403 0.136 0.208 0.655 0.698 0.159 0.076 0.241 0.198 0.269 0.338 0.412 0.401 0.720 0.411 0.623 0.493 1.364 0.765 0.217 0.751 0.281 0.482 0.565 0.284 0.156 0.343 0.470 0.581 0.656 1.107 0.197 0.165 0.043 0.032 2263 chr6 21141803 21147122 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) MIRc|SINE|MIR 367661 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.179 0.972 nan 0.263 0.176 1.019 0.482 0.205 0.529 0.171 0.052 0.072 0.101 0.059 0.120 0.216 0.813 0.283 0.080 0.023 0.127 0.019 0.138 0.540 0.107 0.348 nan 0.193 0.080 0.102 0.063 0.291 0.023 0.086 0.036 0.014 0.090 0.332 0.083 0.046 0.071 0.101 0.092 0.255 0.709 0.918 8.260 8.836 0.663 0.796 nan 0.295 1.061 1.159 1.106 1.514 0.477 0.467 0.708 0.382 0.298 0.636 0.299 0.297 0.349 1.015 0.852 0.637 0.433 0.213 0.018 0.120 0.093 0.181 0.052 0.195 0.042 0.040 0.036 0.118 0.189 0.034 0.015 0.059 0.095 0.117 0.065 0.037 0.529 0.080 0.052 0.813 0.138 0.047 0.076 0.033 0.058 0.025 0.008 0.117 0.147 0.021 0.055 0.277 0.043 0.072 0.019 1368 chr19 749779 755591 + 0 NA intron (NR_135168, intron 1 of 3) intron (NR_135168, intron 1 of 3) 1572 NR_135168 126353 Hs.439180 NM_173481 ENSG00000099812 MISP C19orf21|MISP1 mitotic spindle positioning protein-coding 0.681 1.575 1.254 0.120 3.687 1.557 0.883 1.567 8.032 0.736 0.539 0.248 1.251 3.006 10.050 0.869 0.427 2.623 0.806 2.977 1.619 1.890 2.253 4.788 6.740 5.360 2.308 1.327 1.421 0.538 0.151 0.080 4.727 0.811 6.676 2.159 0.428 1.573 0.587 3.714 0.288 4.646 0.297 2.178 3.120 1.500 0.902 1.184 0.520 0.974 2.814 2.833 0.997 0.165 0.383 0.429 0.173 0.429 1.174 nan 0.511 0.245 0.533 0.925 0.825 0.564 0.119 0.278 1.582 0.911 2.412 3.546 1.075 1.145 1.010 1.594 0.192 4.556 6.750 0.370 7.800 0.179 0.190 17.218 2.625 1.107 3.448 0.403 0.418 6.555 8.150 2.512 3.975 4.035 0.736 5.868 5.379 2.623 2.641 2.821 1.078 1.567 0.626 8.947 1.755 3.382 3.705 0.186 0.443 2.700 0.487 8.766 7.082 748 chr12 115061970 115067565 + 0 NA Intergenic Intergenic 57202 NM_016569 6926 Hs.744016 NM_005996 ENSG00000135111 TBX3 TBX3-ISO|UMS|XHL T-box 3 protein-coding nan nan 0.451 0.095 0.052 0.351 0.171 0.056 0.061 0.206 0.108 0.118 0.076 0.033 0.055 0.089 0.128 0.078 0.176 0.065 0.048 0.080 0.079 0.117 0.049 0.290 0.105 0.196 0.098 0.070 0.316 4.269 0.049 0.027 0.037 0.239 0.058 0.068 0.380 0.076 0.276 0.048 0.199 0.120 0.116 0.233 nan nan nan 0.066 0.506 0.723 0.172 0.297 nan nan 0.242 0.097 0.269 0.200 0.132 0.128 0.100 0.258 nan 0.416 0.100 0.031 0.050 0.035 0.212 0.006 0.026 0.013 0.067 0.017 0.013 0.049 0.011 0.019 0.028 0.204 0.179 0.148 0.767 0.025 0.071 0.048 0.206 0.013 0.043 0.128 0.285 0.035 0.062 0.048 0.012 0.007 0.029 0.961 0.007 0.044 0.028 0.018 0.031 472 chr11 19259776 19267219 + 0 NA promoter-TSS (NM_024680) promoter-TSS (NM_024680) -295 NM_001256372 79733 Hs.523526 NM_024680 ENSG00000129173 E2F8 E2F-8 E2F transcription factor 8 protein-coding 1.494 nan 1.561 2.439 2.202 1.130 0.689 1.666 1.160 1.117 1.291 0.107 0.661 2.119 0.755 0.451 0.266 1.388 0.511 1.279 0.366 1.773 1.443 0.617 8.226 2.029 5.522 10.086 0.611 0.939 1.238 0.076 1.307 0.521 0.900 1.215 0.392 1.331 1.833 1.881 0.315 2.079 2.875 0.753 4.090 0.602 nan 2.858 2.839 4.070 1.488 1.412 2.153 1.308 5.305 5.091 1.145 nan 2.004 2.552 1.585 1.253 0.986 1.609 1.598 2.157 0.892 0.795 0.889 nan 0.853 1.549 0.826 0.797 0.294 1.272 0.872 0.515 0.524 0.822 0.600 0.396 0.927 2.176 2.160 1.142 0.929 0.442 0.292 0.660 1.312 1.062 1.453 3.059 1.117 2.398 2.322 1.388 2.754 1.121 0.145 2.109 0.574 1.057 0.767 1.132 0.447 0.557 0.319 0.166 1.152 1.141 0.812 0.438 1655 chr2 207985563 208033501 + 0 NA intron (NM_001270943, intron 1 of 3) intron (NM_001270943, intron 1 of 3) -10671 NM_001270944 8609 Hs.59908 NM_003709 ENSG00000118263 KLF7 UKLF Kruppel like factor 7 protein-coding 2.251 nan 1.559 0.856 1.142 4.609 2.427 1.446 0.324 2.238 1.161 0.141 0.515 1.413 1.199 1.437 0.934 1.566 2.109 0.815 0.248 1.554 0.628 0.441 3.594 2.247 1.846 3.995 0.952 1.302 0.841 0.085 0.660 0.597 0.147 1.113 0.380 1.358 0.740 0.788 0.270 0.848 1.103 1.050 0.492 0.512 1.520 2.006 1.091 1.547 1.393 1.314 1.363 0.892 3.197 3.278 3.464 4.340 1.329 1.654 2.656 2.717 0.661 1.452 3.287 3.484 2.229 3.541 0.725 0.392 2.054 1.127 0.273 0.593 0.221 1.055 0.003 1.117 1.148 0.071 0.465 0.979 0.474 1.244 0.482 0.295 1.181 0.529 0.678 1.089 0.841 1.385 0.202 0.370 2.238 1.250 0.778 1.566 0.274 0.663 1.018 0.783 0.555 0.708 0.245 0.665 0.518 1.017 0.265 1.010 0.890 0.484 0.275 0.197 1943 chr3 127253762 127267271 + 0 NA Intergenic Intergenic -3893 NR_125397 101927149 Hs.407798 NR_125397 ENSG00000239921 LINC01471 - long intergenic non-protein coding RNA 1471 ncRNA 1.772 nan 1.760 1.303 0.175 1.820 1.065 0.131 0.032 1.594 0.178 0.060 0.042 0.171 0.207 3.586 1.220 2.787 0.270 0.160 0.101 0.220 0.082 0.224 1.170 0.317 0.319 3.257 0.076 0.486 0.176 0.053 0.488 0.047 0.023 0.245 0.086 0.076 0.110 0.046 0.083 0.222 0.410 0.175 0.079 0.193 0.451 0.667 0.329 0.387 4.941 5.321 2.407 0.670 0.554 0.597 0.906 nan 1.041 1.936 2.855 3.404 0.892 0.931 0.871 0.545 2.759 4.256 1.697 0.891 1.496 0.215 0.076 0.142 0.089 1.313 0.072 0.132 0.094 0.238 0.116 0.156 0.223 0.356 0.165 0.105 0.108 0.352 0.224 0.202 0.356 0.466 0.301 0.362 1.594 0.083 0.324 2.787 0.162 0.292 0.332 0.983 0.707 0.031 0.015 0.117 0.115 0.208 0.191 1.451 0.034 0.127 0.057 0.023 317 chr1 228268752 228276265 + 0 NA intron (NM_001024227, intron 1 of 4) intron (NM_001024227, intron 1 of 4) 1657 NM_001024228 375 Hs.286221 NM_001658 ENSG00000143761 ARF1 - ADP ribosylation factor 1 protein-coding 4.441 nan 5.172 3.745 3.898 4.771 2.518 5.347 1.100 3.692 2.634 0.363 0.882 3.041 2.256 3.200 1.179 3.299 2.654 2.827 0.811 3.986 1.906 1.494 6.017 4.417 3.839 5.474 1.223 2.937 2.494 0.147 4.766 0.852 1.802 3.062 0.951 2.891 8.656 3.402 1.760 5.767 7.560 3.662 3.893 2.336 3.699 3.793 6.810 10.212 6.080 nan 4.724 2.652 11.582 12.035 2.348 3.120 3.552 6.275 4.377 4.860 1.702 3.480 3.347 4.619 5.547 4.754 1.888 1.205 2.064 2.684 1.299 2.341 1.059 2.584 1.575 2.984 3.236 2.259 4.609 0.530 2.249 5.670 4.383 2.023 1.535 1.896 1.111 2.811 4.094 3.245 2.700 3.269 3.692 5.039 2.042 3.299 2.117 2.065 0.529 4.331 1.707 2.301 0.945 2.944 0.991 1.120 0.565 1.428 1.685 1.365 1.625 1.022 711 chr12 57983927 57987135 + 0 NA intron (NM_024779, intron 1 of 9) intron (NM_024779, intron 1 of 9) 589 NM_001146258 79837 Hs.745011 NM_024779 ENSG00000166908 PIP4K2C PIP5K2C phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 gamma protein-coding nan 2.273 2.148 2.839 3.092 1.923 1.052 1.516 0.607 0.869 0.984 0.102 0.708 2.069 0.767 1.370 0.802 2.600 0.972 1.663 0.617 1.878 1.151 0.994 4.202 3.561 3.147 7.624 0.518 1.985 1.057 0.071 2.263 0.333 0.642 0.864 0.250 0.517 1.758 1.468 0.633 3.614 4.222 1.589 1.612 0.814 nan 3.479 3.815 4.744 3.809 nan 7.378 2.007 4.902 5.028 2.064 nan 5.193 nan 2.537 2.442 1.450 2.669 1.902 3.101 1.886 3.779 3.975 1.768 0.896 1.234 0.925 2.020 1.444 2.992 0.521 1.276 0.899 0.844 0.792 0.265 0.634 0.974 0.891 1.091 12.798 1.143 1.012 0.800 2.430 2.149 1.749 1.331 0.869 2.630 1.731 2.600 1.101 1.985 0.807 3.373 2.090 0.359 0.628 0.790 0.580 0.933 0.432 0.331 0.335 0.737 0.215 0.144 132 chr1 61582202 61614305 + 0 NA intron (NM_001145511, intron 2 of 10) intron (NM_001145511, intron 2 of 10) 50273 NM_001134673 4774 Hs.740757 NM_005595 ENSG00000162599 NFIA CTF|NF-I/A|NF1-A|NFI-A|NFI-L nuclear factor I A protein-coding 1.162 1.461 nan 0.419 0.240 1.369 0.757 0.329 0.069 0.342 1.784 0.166 0.097 0.354 0.053 0.884 0.459 0.186 0.612 0.815 0.073 0.129 0.013 0.156 2.364 1.149 0.509 0.950 0.215 0.105 0.105 0.128 1.115 0.011 0.265 0.342 0.010 0.052 0.363 0.205 0.139 1.072 1.177 0.122 0.578 0.126 0.568 0.975 0.692 1.121 0.507 0.563 0.133 0.077 0.300 0.285 nan nan 3.019 nan 0.703 0.516 0.275 0.438 1.391 2.354 0.206 0.475 2.351 1.222 2.136 0.264 0.103 0.449 0.136 0.643 0.026 0.643 0.449 0.039 0.991 0.330 0.362 0.138 0.034 0.015 0.207 0.019 0.007 0.100 0.557 0.117 0.359 0.385 0.342 0.197 0.112 0.186 0.255 1.397 0.136 0.276 0.958 0.051 0.013 0.202 0.150 0.007 0.145 0.073 0.050 0.092 0.032 0.008 1791 chr21 30384375 30398391 + 0 NA intron (NM_001320724, intron 1 of 5) CpG 302 NM_016940 10069 Hs.713123 NM_016940 ENSG00000156253 RWDD2B C21orf6|GL011 RWD domain containing 2B protein-coding 2.863 1.829 2.811 1.855 1.189 1.780 0.949 1.492 0.990 1.553 1.150 0.371 0.540 1.471 1.468 0.650 0.412 1.758 2.270 0.927 0.415 0.895 0.616 1.161 2.558 1.777 1.438 4.935 0.646 0.981 1.687 0.136 1.808 0.764 0.843 1.985 0.679 3.025 1.406 0.975 0.365 1.333 2.934 1.282 1.670 0.525 2.885 2.964 2.225 3.486 2.475 2.179 2.388 1.089 4.627 5.047 2.562 3.264 3.289 4.410 5.122 5.144 1.667 2.383 2.538 2.929 2.526 3.320 nan 1.587 1.069 1.354 0.511 1.074 0.530 1.646 1.012 0.982 1.073 0.913 1.386 0.381 0.694 1.330 1.396 0.527 0.517 0.715 0.825 2.549 1.182 2.529 0.805 1.104 1.553 2.279 2.477 1.758 0.474 1.007 0.536 1.455 1.144 0.551 0.449 0.815 0.610 0.533 0.728 0.965 0.716 0.298 0.620 0.406 1254 chr17 73054436 73058490 + 0 NA intron (NR_110834, intron 5 of 6) intron (NR_110834, intron 5 of 6) 13184 NR_110834 23510 Hs.514468 NM_015353 ENSG00000180901 KCTD2 - potassium channel tetramerization domain containing 2 protein-coding 1.884 1.153 1.500 0.215 0.108 0.651 0.394 0.441 0.189 0.245 0.277 0.093 0.285 0.094 0.345 0.345 0.138 0.316 0.321 0.031 0.100 0.293 0.452 0.276 0.070 0.505 0.109 0.140 0.144 0.126 0.589 0.117 0.038 0.193 0.039 0.051 0.320 0.081 0.061 0.295 0.551 0.139 0.288 0.129 0.797 0.908 0.387 0.606 0.718 0.866 0.340 0.154 0.495 0.502 nan 0.655 1.380 1.744 15.164 15.405 0.626 0.699 0.104 0.176 4.463 8.031 nan 0.346 0.855 0.333 0.035 0.119 0.116 0.215 0.069 0.129 0.212 0.073 0.348 0.024 0.126 0.158 0.072 0.058 0.066 0.091 0.031 0.221 0.422 0.244 0.115 0.189 0.232 0.023 0.138 0.060 0.102 0.264 0.169 0.673 0.050 0.010 0.114 0.140 0.388 2.931 0.084 0.115 0.014 0.062 1642 chr2 183898684 183904562 + 0 NA intron (NM_205842, intron 1 of 31) intron (NM_205842, intron 1 of 31) 1963 NM_205842 10787 Hs.603732 NM_013436 ENSG00000061676 NCKAP1 HEM2|NAP1|NAP125|p125Nap1 NCK associated protein 1 protein-coding 3.511 2.861 3.606 2.500 3.184 3.203 1.666 3.626 1.648 2.638 2.091 0.218 0.905 4.470 2.810 1.437 0.801 3.057 1.661 2.238 1.243 4.259 1.131 2.216 5.147 4.934 3.570 5.406 0.968 2.510 2.321 0.071 6.622 1.105 1.717 4.387 0.699 2.612 4.452 2.062 0.857 3.024 5.960 2.569 9.362 1.185 2.309 2.834 4.252 5.880 4.082 3.827 2.794 1.435 12.597 12.311 nan 3.734 9.600 14.626 4.320 4.602 2.053 4.780 1.715 1.707 5.592 nan 1.513 0.676 1.402 2.453 1.448 1.653 1.053 1.321 2.214 1.752 2.398 1.975 2.920 0.339 1.556 3.443 2.637 1.372 1.737 1.930 1.522 2.210 3.491 2.793 1.641 3.538 2.638 3.832 2.641 3.057 1.683 1.572 0.996 4.060 1.363 1.557 1.051 1.838 1.969 1.526 0.975 1.292 2.099 1.869 0.999 0.574 892 chr14 81420784 81443808 + 0 NA intron (NM_001018036, intron 1 of 8) intron (NM_001018036, intron 1 of 8) 10427 NM_000369 7253 Hs.160411 NM_000369 ENSG00000165409 TSHR CHNG1|LGR3|hTSHR-I thyroid stimulating hormone receptor protein-coding nan 0.774 1.638 0.142 0.097 1.224 0.655 0.094 0.021 0.290 2.037 0.293 0.025 0.050 0.041 0.265 0.243 0.140 0.207 0.166 0.027 0.104 0.037 0.186 0.127 0.087 0.148 0.675 0.038 0.056 0.099 0.113 0.225 0.021 0.046 0.069 0.023 0.078 0.239 0.033 0.010 0.189 0.183 0.057 0.239 0.063 0.293 0.337 0.240 0.376 1.266 1.220 0.191 0.071 0.586 0.572 0.887 1.457 0.440 0.479 2.822 2.349 0.156 0.259 4.374 6.239 0.715 1.473 2.182 1.336 0.387 0.037 0.062 0.048 0.026 0.298 0.028 0.069 0.028 0.022 0.082 1.824 0.180 0.056 0.026 0.024 0.066 0.054 0.037 0.126 0.106 0.213 0.034 0.055 0.290 0.035 0.061 0.140 0.047 0.047 1.276 0.147 0.096 0.006 0.015 0.085 0.043 0.040 0.047 0.257 0.098 0.036 0.011 0.011 2180 chr5 131778369 131787719 + 0 NA intron (NR_045116, intron 2 of 3) intron (NR_045116, intron 2 of 3) 36579 NR_045116 441108 Hs.658288 NM_001013717 ENSG00000197536 C5orf56 - chromosome 5 open reading frame 56 ncRNA 0.716 1.045 nan 0.114 0.313 0.344 0.188 0.565 7.201 0.028 1.033 0.243 0.299 0.345 0.094 0.153 0.130 0.141 0.440 0.261 0.040 0.088 0.214 0.241 0.430 0.124 0.811 0.639 0.379 0.206 0.058 0.122 0.086 0.038 0.120 1.018 0.093 0.095 0.557 0.582 0.344 0.827 0.263 0.557 1.012 0.089 0.175 0.344 0.460 1.953 0.250 0.351 0.333 0.194 0.391 0.489 0.350 0.581 0.464 0.444 0.359 0.219 0.170 0.177 0.130 0.234 0.243 0.314 0.532 0.457 0.274 0.782 2.487 0.410 0.085 0.157 0.029 0.332 0.107 0.078 0.087 0.021 0.060 0.934 0.091 0.108 0.140 0.034 0.010 0.214 0.205 0.288 0.404 2.977 0.028 0.298 0.118 0.141 0.835 1.927 0.011 0.159 0.054 0.365 0.036 0.364 0.132 0.185 0.021 0.102 0.101 0.519 0.049 0.033 2071 chr4 129258878 129282887 + 0 NA Intergenic Intergenic -60898 NM_006320 10424 Hs.507910 NM_006320 ENSG00000164040 PGRMC2 DG6|PMBP progesterone receptor membrane component 2 protein-coding 0.723 1.437 nan 0.461 0.438 0.270 0.160 1.061 0.258 0.118 0.571 0.120 0.118 0.269 0.619 0.058 0.079 0.100 0.098 0.695 0.230 0.320 0.503 0.457 1.310 0.422 0.434 0.841 0.360 0.137 0.154 0.094 0.306 0.478 0.282 0.577 1.181 5.117 0.187 0.041 0.118 0.185 0.207 0.444 0.386 0.242 0.211 0.148 0.465 1.407 0.212 0.243 0.246 0.065 0.151 0.128 0.352 0.541 0.747 0.615 0.330 0.162 0.174 0.288 0.148 0.247 0.262 0.608 0.419 0.327 0.149 0.733 0.215 1.844 0.096 0.149 0.017 0.567 0.320 0.206 1.402 0.032 0.089 0.314 0.230 0.123 0.122 0.049 0.085 0.367 1.412 0.150 0.215 1.445 0.118 0.375 0.108 0.100 0.399 0.820 0.029 0.204 0.541 2.126 0.046 0.696 0.530 0.091 0.128 0.087 0.179 0.848 0.353 0.280 1428 chr19 36133199 36141099 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1976 NM_001863 1340 Hs.431668 NM_001863 ENSG00000126267 COX6B1 COX6B|COXG|COXVIb1 cytochrome c oxidase subunit 6B1 protein-coding 3.258 2.492 2.862 4.892 2.241 2.143 1.235 2.257 0.775 1.466 1.017 0.199 0.814 2.686 1.541 0.935 0.500 1.447 1.837 2.514 0.549 1.446 0.456 1.683 3.098 1.943 1.420 16.926 0.681 1.761 2.567 0.116 2.191 0.894 1.108 2.758 0.818 2.398 1.600 1.033 0.725 2.123 2.607 1.451 1.615 0.858 1.975 2.484 2.657 3.561 3.368 2.759 3.822 1.635 2.935 3.382 2.215 2.746 3.997 5.073 nan 3.106 2.660 4.000 2.350 2.296 2.109 3.480 2.114 0.988 1.832 1.212 1.308 1.891 0.887 3.822 0.909 0.987 0.807 1.927 2.209 0.398 0.956 3.116 2.342 1.254 0.507 0.712 0.693 1.212 5.691 8.462 2.668 1.111 1.466 2.149 1.586 1.447 1.238 1.322 0.619 3.271 1.866 0.578 0.415 0.748 0.622 0.727 1.948 1.150 1.075 0.526 0.364 0.186 546 chr11 65812808 65821107 + 0 NA promoter-TSS (NM_033036) promoter-TSS (NM_033036) -306 NM_033036 89792 Hs.208343 NM_033036 ENSG00000175229 GAL3ST3 GAL3ST-3|GAL3ST2 galactose-3-O-sulfotransferase 3 protein-coding nan 2.356 2.163 2.883 1.565 3.743 1.624 1.746 1.009 2.488 0.938 0.324 0.540 1.297 1.591 0.937 0.575 3.412 1.648 1.700 0.522 1.039 0.711 0.894 3.582 2.278 1.470 4.147 1.088 1.543 1.646 0.121 2.287 0.796 0.785 1.785 0.508 1.683 1.525 2.087 0.493 2.433 2.804 0.877 2.210 0.961 4.870 4.135 2.810 3.533 8.278 8.192 4.440 1.896 3.656 3.885 2.538 3.521 4.349 5.223 3.749 3.392 2.730 3.956 1.540 2.197 2.202 3.469 1.929 0.951 5.091 1.441 0.585 1.031 1.196 3.259 0.537 1.224 0.873 0.967 1.078 0.253 1.648 4.025 1.648 0.746 0.611 0.680 0.393 1.797 2.021 2.131 0.590 1.923 2.488 1.364 2.076 3.412 1.111 1.533 0.913 1.917 1.469 0.669 0.834 0.901 0.549 0.902 2.313 1.030 1.043 0.693 0.583 0.420 537 chr11 65306913 65345883 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130144) promoter-TSS (NM_001130144) -699 NM_021070 4054 Hs.289019 NM_021070 ENSG00000168056 LTBP3 DASS|LTBP-3|LTBP2|STHAG6|pp6425 latent transforming growth factor beta binding protein 3 protein-coding nan 1.642 1.490 1.345 1.608 1.522 0.783 2.654 0.583 1.390 0.742 0.159 1.174 2.899 1.772 0.925 0.494 2.120 0.830 2.144 0.937 2.032 0.965 1.446 8.316 5.295 3.009 2.752 2.905 0.763 2.090 0.123 1.950 1.305 1.128 1.740 0.740 1.577 1.099 1.691 0.584 3.491 1.470 0.986 2.853 1.679 1.704 3.033 1.606 2.603 3.018 3.111 2.639 0.786 1.879 2.025 1.313 2.160 3.515 3.996 1.265 0.971 1.187 1.922 1.029 1.105 0.694 1.449 1.669 0.821 1.752 2.564 0.746 1.896 2.103 1.740 0.966 1.204 1.036 1.978 1.102 0.234 0.544 8.826 1.569 0.860 1.743 0.613 0.584 1.890 2.719 3.689 0.669 2.314 1.390 2.796 2.933 2.120 0.912 1.945 0.544 3.147 0.883 1.062 0.983 1.040 1.257 0.392 0.692 0.321 2.152 0.746 0.923 0.741 1018 chr16 4394040 4429867 + 0 NA intron (NR_145128, intron 16 of 27) intron (NR_145128, intron 16 of 27) -9896 NM_138440 114990 Hs.372579 NM_138440 ENSG00000168140 VASN SLITL2 vasorin protein-coding 0.937 nan 1.503 0.865 2.405 0.562 0.403 1.892 0.218 0.640 0.642 0.189 0.776 1.988 0.455 0.226 0.170 0.645 0.411 0.583 0.598 1.498 0.442 0.318 5.713 2.868 1.325 1.549 0.779 0.490 0.348 0.089 0.628 0.080 0.269 2.813 0.191 0.644 0.456 0.473 0.164 0.856 0.568 0.951 1.036 0.330 1.125 1.565 0.338 0.532 0.736 0.784 nan 0.629 1.028 1.019 0.505 nan 1.272 1.790 0.739 0.708 0.532 0.768 0.475 0.566 0.613 0.874 0.896 0.450 0.239 1.910 0.839 0.389 0.139 0.309 0.186 0.466 0.329 0.657 1.575 0.082 0.266 1.204 0.362 0.200 1.134 0.274 0.176 0.275 0.942 0.515 0.365 3.585 0.640 2.817 0.499 0.645 0.251 1.504 0.138 0.863 0.413 1.238 0.164 0.471 0.802 0.274 0.263 0.226 0.146 0.538 0.145 0.067 1125 chr17 7727306 7749284 + 0 NA Intergenic CpG -4940 NM_001080424 23135 Hs.223678 NM_001080424 ENSG00000132510 KDM6B JMJD3 lysine demethylase 6B protein-coding 3.941 1.875 2.515 2.038 1.508 4.020 1.877 1.776 2.225 2.295 1.291 0.110 0.776 2.866 2.110 1.136 0.571 2.354 1.519 1.519 0.947 2.031 0.550 1.509 4.650 5.157 4.006 6.205 1.263 1.432 3.953 0.129 2.762 0.598 0.587 1.567 0.922 2.938 1.913 0.733 0.873 2.302 1.812 1.660 1.175 1.498 2.832 4.166 2.835 4.754 5.388 4.300 4.484 2.521 4.945 5.449 2.286 3.008 5.611 8.356 1.772 2.429 1.108 1.770 2.478 2.234 4.594 7.570 1.402 0.789 2.627 1.326 1.335 1.301 1.988 2.960 3.085 0.620 0.808 1.013 2.425 0.465 1.366 4.164 2.387 0.887 2.164 1.056 0.720 1.538 3.145 3.496 1.148 1.073 2.295 5.761 3.316 2.354 1.480 1.614 1.143 5.274 3.203 0.811 1.495 1.776 1.265 0.682 1.080 2.278 1.264 0.591 1.924 1.073 2279 chr6 31780349 31806676 + 0 NA Intergenic Intergenic -2000 NM_005346 3304 Hs.274402 NM_005346 ENSG00000204388 HSPA1B HSP70-1B|HSP70-2|HSP70.2 heat shock protein family A (Hsp70) member 1B protein-coding nan 2.417 nan 3.255 4.280 3.612 1.729 4.101 1.882 4.255 2.428 0.793 1.037 3.771 3.175 1.112 0.880 3.902 1.196 2.942 0.983 1.979 1.858 3.073 4.214 2.335 3.928 6.600 1.653 2.311 3.886 0.203 4.977 1.029 2.350 3.408 1.262 6.127 2.606 1.714 1.217 4.786 8.785 4.735 5.014 1.374 3.594 4.049 2.311 nan nan 3.749 5.011 1.890 3.310 3.472 2.251 2.856 4.934 5.983 3.634 2.949 2.976 7.724 3.059 3.757 3.174 5.300 2.405 1.157 2.020 5.250 1.512 1.987 1.054 2.328 2.171 3.051 2.985 0.715 3.723 0.805 1.755 5.724 3.257 1.848 1.652 0.794 0.892 4.569 2.639 5.934 3.703 3.115 4.255 3.537 4.163 3.902 1.743 4.025 0.786 5.098 1.652 2.094 1.756 2.734 1.539 1.329 1.817 1.731 1.834 3.134 1.768 1.280 1007 chr16 3011215 3021176 + 0 NA exon (NM_001253725, exon 3 of 8) exon (NM_001253725, exon 3 of 8) 1978 NM_001253726 79412 Hs.661128 NM_024507 ENSG00000131650 KREMEN2 KRM2 kringle containing transmembrane protein 2 protein-coding 3.214 nan 2.236 2.776 1.993 2.926 1.898 1.241 0.037 2.016 0.265 0.065 0.409 0.871 0.673 0.897 0.418 1.036 2.740 1.431 0.385 1.351 0.265 0.924 6.134 2.601 1.358 6.231 0.545 1.202 2.996 0.125 2.699 0.364 0.485 2.148 0.301 0.790 1.162 0.285 0.690 3.679 1.761 0.364 1.130 0.388 2.633 3.426 1.880 2.333 2.343 1.976 nan 1.724 2.526 2.335 1.513 nan 2.240 3.494 3.143 3.371 1.412 2.886 2.468 2.557 3.417 4.927 1.374 0.670 1.913 0.877 0.501 0.194 0.661 4.574 0.821 0.359 0.255 1.963 1.920 0.771 0.907 1.897 0.660 0.532 0.319 1.353 0.858 0.352 1.956 2.200 2.230 1.385 2.016 1.349 1.612 1.036 0.432 0.541 1.135 7.057 1.322 0.157 0.523 0.420 0.323 0.854 1.099 1.866 0.345 0.236 0.953 0.581 1443 chr19 41046603 41055365 + 0 NA intron (NM_020971, intron 20 of 35) L1ME4a|LINE|L1 14589 NM_025213 57731 Hs.32706 NM_020971 ENSG00000160460 SPTBN4 QV|SPNB4|SPTBN3 spectrin beta, non-erythrocytic 4 protein-coding 1.517 0.764 2.003 0.186 0.100 0.644 0.292 0.188 0.014 0.126 0.222 0.260 0.065 0.193 0.065 0.110 0.067 0.287 0.486 0.225 0.014 0.069 0.036 0.154 nan 0.112 0.097 0.911 0.051 0.111 0.161 0.099 0.202 0.014 0.200 0.148 0.071 0.094 0.244 0.112 0.046 0.161 0.336 0.176 0.121 0.106 0.365 0.442 0.212 0.315 0.480 0.469 0.394 0.104 0.250 0.343 1.044 1.328 0.293 0.310 7.463 5.465 0.408 0.376 0.263 0.340 1.066 3.636 2.244 0.953 1.637 0.082 0.011 0.166 0.023 0.153 0.111 0.121 0.075 0.184 0.110 0.065 0.574 0.173 0.021 0.027 0.054 0.018 0.042 0.138 0.634 0.692 0.116 0.145 0.126 0.073 0.053 0.287 0.056 0.061 1.779 0.219 0.774 0.039 0.034 0.063 0.063 0.052 0.068 0.972 0.078 0.076 0.007 0.049 741 chr12 107152997 107171229 + 0 NA intron (NR_040246, intron 1 of 3) intron (NR_040246, intron 1 of 3) -6221 NM_001330146 55188 Hs.131306 NM_018157 ENSG00000111785 RIC8B RIC8|hSyn RIC8 guanine nucleotide exchange factor B protein-coding 1.701 1.190 nan 0.952 1.019 1.270 0.791 0.587 0.156 1.085 0.920 0.132 0.218 0.436 0.711 0.461 0.367 0.933 0.370 0.352 0.428 0.430 0.155 0.462 0.790 0.680 0.346 2.569 0.224 0.692 5.393 0.211 1.046 0.311 0.444 0.652 0.256 0.793 0.397 0.223 0.178 0.720 0.700 0.606 0.391 0.501 1.067 0.975 1.727 2.128 1.981 1.877 2.490 1.272 6.280 6.486 1.888 2.280 1.629 2.023 1.504 1.276 0.509 1.024 2.316 2.871 0.976 1.192 1.755 1.075 0.682 0.441 0.097 0.490 0.391 1.086 0.312 0.446 0.477 0.767 2.238 0.432 0.968 0.755 0.793 0.351 0.133 0.264 0.228 1.075 1.583 1.057 1.001 0.389 1.085 0.419 0.925 0.933 0.211 0.227 0.328 1.409 0.746 0.487 0.196 0.395 0.679 0.423 0.439 0.287 0.426 0.171 0.584 0.268 1833 chr22 24176504 24192111 + 0 NA Intergenic Intergenic -3108 NM_001002862 91319 Hs.593679 NM_198440 ENSG00000099958 DERL3 C22orf14|IZP6|LLN2|derlin-3 derlin 3 protein-coding 1.760 nan 1.953 0.514 0.178 0.637 0.250 0.228 0.019 0.600 0.212 0.083 0.117 0.420 0.075 0.362 0.131 0.649 0.672 0.262 0.015 0.226 0.054 0.175 nan 0.158 0.221 2.492 0.103 0.233 0.251 0.054 0.424 0.083 0.072 0.166 0.094 0.283 0.413 0.092 0.481 0.569 0.750 0.205 0.082 0.156 1.460 1.900 0.649 0.949 0.957 0.958 1.641 1.264 0.655 0.720 0.899 1.300 1.194 2.507 1.088 0.921 0.736 0.771 0.741 1.328 0.821 1.781 2.941 1.589 0.230 0.152 0.022 0.844 0.151 0.702 0.080 0.089 0.042 0.470 0.122 0.134 0.168 0.224 0.094 0.065 0.015 0.201 0.211 0.160 0.259 0.671 0.264 0.267 0.600 0.752 0.179 0.649 0.055 0.143 0.337 0.502 1.180 0.013 0.038 0.141 0.029 0.051 0.209 0.499 0.074 0.061 0.026 0.010 1186 chr17 39926843 39958463 + 0 NA intron (NM_021991, intron 1 of 14) CpG 311 NM_002230 3728 Hs.514174 NM_002230 ENSG00000173801 JUP ARVD12|CTNNG|DP3|DPIII|PDGB|PKGB junction plakoglobin protein-coding nan 1.575 1.503 0.586 3.807 0.878 0.408 1.398 0.963 0.523 0.584 0.284 1.660 2.967 5.589 0.492 0.292 1.007 1.589 1.734 0.200 1.952 1.689 2.523 3.893 1.662 1.997 1.490 1.559 0.854 0.489 0.079 3.252 0.915 1.310 0.962 0.125 0.250 3.538 2.421 2.031 3.936 3.246 0.785 1.568 0.734 1.191 1.774 0.787 1.583 nan 1.278 1.835 0.556 1.895 2.004 0.254 0.483 3.355 3.442 nan 0.964 0.783 1.173 0.468 0.582 0.531 1.193 1.017 0.674 0.664 2.423 1.818 1.087 0.883 0.527 0.175 0.901 0.627 0.768 2.484 0.078 0.760 1.370 0.675 0.312 1.710 1.212 0.946 0.237 4.660 0.309 0.607 2.273 0.523 6.463 1.027 1.007 2.099 4.190 0.350 0.871 1.986 0.751 0.754 0.628 0.379 0.651 0.394 0.258 0.097 1.401 0.049 0.024 998 chr16 277875 286550 + 0 NA Intergenic AluYc|SINE|Alu -2333 NM_032039 83986 Hs.513225 NM_032039 ENSG00000167930 FAM234A C16orf9|ITFG3|gs19 family with sequence similarity 234 member A protein-coding 3.349 nan 2.247 4.218 3.178 3.654 1.938 3.186 0.433 3.097 1.508 0.467 0.876 1.899 1.513 1.513 0.679 3.150 2.246 2.579 0.642 2.204 0.573 2.046 4.665 3.871 1.779 7.675 0.723 2.244 2.584 0.069 3.571 0.711 1.291 3.962 0.763 2.479 2.217 1.005 0.574 3.235 3.058 1.231 1.988 0.743 4.250 3.736 1.975 3.315 4.804 4.430 nan 4.850 7.559 8.456 2.912 nan 4.557 7.153 4.380 4.293 1.519 2.540 4.699 4.544 3.900 3.588 2.883 1.669 2.320 1.603 0.779 1.442 0.655 4.692 1.951 1.432 1.605 1.741 2.269 0.691 1.182 2.206 1.569 0.826 0.779 1.470 0.908 0.984 2.806 2.138 2.442 1.726 3.097 3.615 1.446 3.150 0.817 1.448 1.062 1.802 2.167 0.805 0.730 2.085 0.770 1.273 0.647 0.871 0.736 0.720 1.142 0.834 1789 chr21 17101477 17104105 + 0 NA intron (NM_013396, intron 1 of 23) CpG 447 NM_001283041 29761 Hs.743994 NM_013396 ENSG00000155313 USP25 USP21 ubiquitin specific peptidase 25 protein-coding 4.890 1.584 6.939 3.493 4.054 0.226 0.124 2.034 5.627 1.595 0.087 0.798 4.871 2.623 1.124 0.722 3.482 3.596 2.691 1.002 4.037 1.481 1.973 8.959 6.602 5.323 7.905 0.735 2.541 5.958 0.111 3.409 1.486 2.045 3.437 1.163 3.780 2.874 2.184 0.726 1.685 4.383 3.056 4.879 1.772 6.937 6.915 8.459 8.371 5.370 4.596 1.581 0.685 11.841 11.729 2.571 3.361 6.205 10.236 5.627 6.290 3.886 8.332 3.649 3.423 8.706 6.439 2.319 1.471 0.964 2.676 1.914 0.773 2.009 2.070 1.628 1.936 3.274 3.087 0.541 1.847 1.226 10.186 6.035 8.750 2.953 2.185 2.193 4.339 4.829 2.404 3.696 1.595 6.505 6.528 3.482 1.212 2.717 0.665 5.255 2.076 1.728 1.500 1.124 1.141 1.856 1.855 1.205 0.850 0.701 0.616 2240 chr6 1756109 1773054 + 0 NA intron (NM_001500, intron 7 of 10) intron (NM_001500, intron 7 of 10) 153900 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 1.150 1.359 1.213 1.315 1.672 1.759 0.998 0.134 0.043 0.483 0.662 0.095 0.246 0.680 0.029 0.490 0.299 0.401 0.455 0.286 0.029 0.252 0.142 0.109 7.076 3.394 3.122 0.317 1.230 0.169 0.057 0.120 0.585 0.060 0.081 0.072 0.010 0.108 0.196 0.186 0.011 0.006 0.131 0.084 0.486 0.203 0.725 0.692 3.209 6.874 0.497 0.519 1.358 0.306 0.509 0.551 0.486 0.806 2.051 1.818 0.339 0.253 0.460 0.589 0.284 0.470 0.437 1.222 1.313 0.798 0.210 0.517 0.198 0.203 0.480 0.553 0.013 0.135 0.043 0.026 0.075 0.011 0.224 0.143 0.032 0.023 0.208 0.051 0.078 0.143 0.106 0.120 0.214 0.245 0.483 0.716 0.082 0.401 0.174 0.337 0.051 0.138 0.383 0.048 0.675 0.112 0.074 0.068 0.141 0.249 0.117 0.271 0.017 0.003 2076 chr4 129519692 129526389 + 0 NA Intergenic Intergenic 173869 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 1.225 3.187 nan 3.505 0.939 1.089 0.650 0.908 0.028 0.347 0.884 0.057 0.878 1.107 0.086 1.001 0.269 0.517 0.390 0.991 0.166 0.661 1.065 0.501 3.570 1.325 1.315 3.758 1.682 1.219 0.069 0.087 2.561 1.872 0.301 1.084 0.680 2.107 0.401 0.225 0.779 1.309 0.857 0.287 0.172 0.434 0.311 0.168 0.472 0.784 0.412 0.512 0.338 0.039 0.162 0.174 0.490 0.786 3.075 2.675 0.260 0.240 0.209 0.379 1.427 2.099 0.145 0.492 1.390 0.729 2.016 2.459 0.071 2.951 0.583 0.265 1.307 0.758 0.044 6.188 0.287 0.084 0.154 0.143 0.080 0.470 0.231 0.434 3.488 1.912 0.500 5.157 1.735 0.347 0.642 0.992 0.517 0.565 0.054 0.114 0.043 2.599 1.349 0.145 1.105 0.523 0.584 0.119 0.118 0.365 0.821 0.103 0.030 529 chr11 64066466 64074941 + 0 NA intron (NR_133662, intron 8 of 10) MIR|SINE|MIR -2297 NM_001282451 2101 Hs.110849 NM_004451 ENSG00000173153 ESRRA ERR1|ERRa|ERRalpha|ESRL1|NR3B1 estrogen related receptor alpha protein-coding nan 2.389 1.511 2.225 1.308 2.024 0.989 2.672 0.599 1.604 1.411 0.188 0.726 2.018 1.384 0.909 0.552 1.133 1.042 2.529 0.599 1.371 0.649 1.121 4.186 2.586 1.626 8.427 0.875 2.150 2.052 0.137 4.133 0.877 1.042 2.645 0.747 2.170 1.928 0.938 0.996 4.783 3.669 1.588 2.489 1.013 3.506 4.532 3.012 3.872 2.452 2.009 3.600 1.384 5.992 6.266 2.219 3.076 2.796 4.702 2.869 3.518 3.314 3.296 3.589 2.889 1.745 1.981 1.739 0.888 1.385 1.959 1.171 1.617 1.342 3.242 1.902 1.227 1.236 1.734 1.931 0.693 0.881 3.575 2.723 1.240 1.029 1.693 1.216 3.058 3.038 3.001 2.157 1.469 1.604 2.472 2.600 1.133 1.271 0.988 0.731 4.934 2.540 0.904 1.271 1.485 0.699 1.280 1.399 0.814 1.534 0.746 1.053 0.744 1545 chr2 28645014 28677934 + 0 NA Intergenic Intergenic -43935 NR_103831 403150 Hs.562970 NR_103831 ENSG00000229951 FLJ31356 - uncharacterized protein FLJ31356 ncRNA 0.937 1.094 0.946 0.538 0.247 0.247 0.117 0.664 0.041 0.306 0.114 0.039 0.875 0.913 0.264 0.123 0.132 0.105 0.164 0.388 0.256 0.739 0.522 0.334 4.577 0.953 0.940 2.253 0.667 0.172 0.048 0.103 1.145 0.391 0.125 0.454 0.385 0.339 1.116 0.697 1.402 1.244 2.625 0.547 1.266 0.262 0.329 0.298 0.355 1.126 0.391 0.402 0.829 0.227 0.510 0.533 0.257 0.549 0.871 nan 0.490 0.289 0.224 0.278 0.147 0.200 0.204 0.274 0.904 0.714 0.518 1.600 0.640 0.619 0.039 0.195 0.025 0.587 0.303 0.099 0.232 0.020 0.115 0.787 0.124 0.064 1.303 0.148 0.180 1.001 0.586 0.308 0.312 1.034 0.306 0.746 0.481 0.105 0.873 1.370 0.655 0.300 0.745 0.533 0.287 0.471 0.470 0.080 0.084 0.106 0.492 0.258 0.107 0.106 1838 chr22 30671590 30709592 + 0 NA intron (NM_031937, intron 6 of 8) L2c|LINE|L2 -4975 NM_001037666 652968 Hs.444950 NM_001037666 ENSG00000239282 GATSL3 CASTOR1 GATS protein like 3 protein-coding nan 1.005 0.921 0.289 0.927 0.353 0.214 0.910 0.366 0.269 0.437 0.131 0.920 1.577 0.327 0.190 0.082 0.211 0.353 0.824 0.147 0.495 0.280 0.315 nan 1.722 1.282 0.807 0.670 0.138 0.103 0.082 0.692 0.320 0.094 0.693 0.135 0.248 0.938 0.678 0.388 1.283 0.793 0.390 1.592 0.386 0.491 0.699 0.423 nan 0.413 0.487 0.674 0.243 0.628 0.665 0.506 nan 1.061 1.251 0.494 0.432 0.285 0.350 0.162 0.236 0.354 nan 1.037 0.816 0.703 0.802 0.960 0.419 0.140 0.136 0.104 0.310 0.195 0.115 0.413 0.025 0.079 0.493 0.168 0.094 0.258 0.090 0.105 0.193 0.636 0.404 0.105 1.217 0.269 1.619 0.324 0.211 0.399 1.068 0.146 0.812 0.970 0.170 0.159 1.078 0.263 0.039 0.068 0.120 0.444 0.288 0.058 0.044 1773 chr20 61845705 61878797 + 0 NA Intergenic LTR1|LTR|ERV1 -4984 NM_022161 79444 Hs.256126 NM_022161 ENSG00000101197 BIRC7 KIAP|LIVIN|ML-IAP|MLIAP|RNF50 baculoviral IAP repeat containing 7 protein-coding 1.152 1.479 1.227 0.982 1.276 0.660 0.326 0.621 0.260 0.692 0.400 0.098 0.722 0.986 0.890 0.239 0.173 0.802 0.809 0.501 0.228 6.661 1.259 0.758 4.654 1.491 0.770 1.530 0.451 0.294 0.502 0.091 0.636 1.290 0.145 1.192 0.219 0.458 0.599 1.453 0.215 1.410 0.681 0.949 0.857 0.580 1.562 nan 0.646 0.911 1.636 1.495 1.888 0.606 2.265 2.236 0.641 1.025 0.813 1.155 1.203 1.058 0.960 1.277 0.381 0.407 0.558 0.646 1.289 0.858 4.343 1.119 0.515 0.996 0.321 1.041 0.423 1.812 1.657 0.756 2.475 0.066 0.192 2.031 0.708 0.433 1.038 0.180 0.109 0.859 3.784 0.630 0.655 1.347 0.692 0.743 2.002 0.802 0.447 1.081 0.207 2.473 0.847 0.742 0.223 1.287 0.447 0.111 0.179 0.158 0.356 0.204 0.484 0.420 1058 chr16 52287281 52308913 + 0 NA intron (NR_135281, intron 1 of 2) intron (NR_135281, intron 1 of 2) 5621 NR_135281 283854 Hs.266768 NR_135281 ENSG00000260887 CASC22 LINC01373|LincRNA-ENST00000515084|TCONS_00024290 cancer susceptibility candidate 22 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 1.423 0.169 1.019 0.638 0.097 0.178 1.526 0.128 0.150 0.035 0.054 0.017 0.058 0.060 1.645 0.192 0.172 0.011 0.091 0.118 0.090 0.053 0.052 0.707 0.245 0.751 0.035 0.089 0.203 0.033 0.043 0.047 0.045 0.137 0.099 0.022 0.161 0.096 0.072 0.053 0.086 0.291 0.193 0.115 0.121 1.490 1.965 1.360 0.381 0.659 0.740 0.909 nan nan nan nan 0.150 0.096 0.134 0.245 0.378 0.245 nan nan 0.526 2.804 0.036 0.009 0.079 0.059 0.201 0.006 0.003 0.020 0.010 0.072 0.053 0.088 0.119 0.025 0.029 0.114 0.069 0.167 0.078 0.056 0.026 0.062 0.132 1.526 0.042 0.043 1.645 0.059 0.046 0.049 0.035 0.150 0.009 0.015 0.135 0.031 0.586 0.028 0.057 0.014 0.053 0.016 0.002 2573 chr8 81827388 81841302 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -47329 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.417 nan nan 0.182 0.150 0.945 0.466 0.499 0.112 0.336 1.148 0.186 0.027 0.109 0.073 0.281 0.128 0.318 0.131 0.227 0.080 0.312 0.068 0.180 1.408 0.256 0.567 0.490 0.391 0.161 0.016 0.107 0.524 0.050 0.231 0.359 0.034 0.142 0.174 0.369 0.463 2.235 0.305 0.075 0.922 0.344 0.338 0.235 0.242 0.412 0.591 0.617 0.374 0.138 0.224 0.180 1.099 1.599 nan 0.553 0.629 0.298 0.247 0.313 0.114 0.214 0.788 1.882 1.614 1.285 0.045 0.195 0.409 0.641 0.072 0.153 1.594 0.947 0.026 0.093 0.037 0.165 0.106 0.165 0.028 1.534 0.063 0.080 0.185 0.502 0.070 4.800 1.371 0.336 0.118 0.047 0.318 0.219 0.137 0.028 0.025 0.175 0.190 0.018 0.102 0.169 0.063 0.057 0.393 0.186 0.040 0.037 0.018 987 chr15 90538952 90553789 + 0 NA intron (NM_198526, intron 1 of 4) AluSx3|SINE|Alu 1647 NM_198526 374655 Hs.459311 NM_198526 ENSG00000140548 ZNF710 - zinc finger protein 710 protein-coding nan nan nan 0.937 0.681 1.790 0.896 2.794 0.096 1.225 0.874 0.172 0.919 2.255 0.728 0.981 0.562 3.438 0.379 0.768 0.643 1.681 1.062 0.425 9.302 6.321 2.162 3.553 1.221 1.023 1.001 0.099 1.633 0.333 1.017 0.761 0.293 0.716 1.873 2.469 0.549 2.501 1.590 1.193 3.766 1.017 1.970 2.745 1.720 2.117 2.333 1.840 nan 0.416 8.315 8.574 0.771 1.187 3.481 3.912 nan 1.560 1.514 2.670 0.852 0.627 1.104 nan 0.744 0.481 0.916 2.149 1.772 0.915 0.982 1.573 0.917 1.283 1.193 0.957 0.700 0.204 0.532 1.044 0.809 0.537 0.968 1.112 0.822 2.507 2.621 1.226 0.386 6.690 1.225 2.311 0.748 3.438 3.079 3.767 0.489 1.166 0.814 1.330 0.608 0.841 0.994 0.790 0.792 0.300 0.709 0.796 0.982 0.709 1150 chr17 27319761 27348336 + 0 NA promoter-TSS (NM_001098635) promoter-TSS (NM_001098635) -590 NM_001290202 124925 Hs.21837 NM_178860 ENSG00000063015 SEZ6 BSRPC seizure related 6 homolog protein-coding nan nan nan 0.351 0.061 2.191 1.140 0.152 0.007 1.116 0.087 0.067 0.073 0.116 0.020 0.565 0.329 1.438 0.725 0.161 0.026 0.129 0.052 0.142 0.283 0.124 0.137 1.490 0.138 0.704 0.087 0.149 0.129 0.045 0.064 0.094 0.066 0.092 0.263 0.031 0.180 0.164 0.192 0.085 0.094 0.065 1.489 2.053 1.221 0.459 1.247 1.381 4.925 1.173 0.207 0.239 0.768 1.136 1.620 2.082 3.381 3.367 1.960 4.208 2.172 2.222 0.939 nan 2.139 1.157 2.075 0.060 0.039 0.147 0.856 0.024 0.053 0.030 0.034 0.073 0.745 0.272 0.286 0.084 0.031 0.050 0.099 0.103 0.259 0.162 0.035 0.036 0.047 1.116 0.170 0.033 1.438 0.030 0.071 0.290 0.141 0.461 0.017 0.012 0.122 0.074 0.332 2.375 0.632 0.029 0.066 0.036 0.018 1535 chr2 25473938 25476093 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320893) promoter-TSS (NM_001320893) -15 NM_001320893 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 8.113 2.470 9.894 5.937 4.075 6.686 3.251 0.493 3.845 6.281 0.585 0.299 1.721 5.230 3.484 0.203 0.263 5.310 3.821 3.396 1.149 6.052 1.458 1.661 12.945 7.586 4.346 21.567 1.497 3.001 5.244 0.122 0.182 2.216 0.959 1.749 0.446 1.469 0.516 2.634 1.767 4.877 3.162 0.057 3.593 2.981 8.393 8.713 6.483 7.252 12.479 11.378 9.063 3.643 24.081 25.434 0.155 0.549 11.540 19.354 8.112 9.967 5.194 8.503 2.363 2.031 11.845 8.779 1.935 1.186 8.730 2.493 0.660 2.649 2.133 6.101 1.364 1.784 3.481 0.059 0.263 3.524 2.695 0.251 0.177 3.121 3.247 2.833 0.349 4.574 6.247 2.303 0.531 6.281 3.708 2.578 5.310 3.306 1.840 6.161 6.437 1.921 0.031 0.914 0.772 1.186 1.122 2.542 3.733 1.083 0.747 1.362 1.045 2390 chr7 1271218 1279982 + 0 NA exon (NM_001080461, exon 3 of 3) exon (NM_001080461, exon 3 of 3) 2946 NM_001080461 340260 Hs.232272 NM_001080461 ENSG00000164853 UNCX UNCX4.1 UNC homeobox protein-coding 2.475 0.552 0.589 0.050 0.065 0.241 0.074 0.078 0.007 0.132 0.095 0.089 0.044 0.036 0.024 0.053 0.097 0.137 5.163 0.219 0.042 0.108 0.149 nan 0.065 0.121 nan 0.121 0.222 0.080 0.090 0.043 0.148 0.056 0.088 0.369 0.012 0.064 0.195 0.056 0.041 0.070 0.142 0.179 0.098 0.048 nan 0.226 0.353 nan 0.116 0.179 0.170 0.052 0.151 nan 0.198 0.378 0.230 0.109 0.104 0.093 0.120 0.057 0.106 0.143 0.197 0.014 0.033 0.115 0.017 0.030 0.143 0.023 0.008 0.063 0.068 0.004 0.018 0.179 0.021 0.041 0.058 0.022 0.014 0.143 0.102 0.113 0.018 0.015 0.132 0.024 0.013 0.137 0.028 0.028 0.810 2.119 0.012 0.005 0.045 0.013 0.026 0.011 0.014 0.008 0.021 0.013 0.006 1335 chr18 48553783 48559348 + 0 NA promoter-TSS (NM_005359) promoter-TSS (NM_005359) -18 NM_005359 4089 Hs.75862 NM_005359 ENSG00000141646 SMAD4 DPC4|JIP|MADH4|MYHRS SMAD family member 4 protein-coding nan 3.024 4.101 4.050 2.035 3.512 2.013 3.084 1.365 5.554 1.536 0.057 0.273 0.932 0.951 1.327 0.634 6.346 1.578 1.913 0.645 0.875 0.529 1.316 2.073 1.326 1.500 6.216 0.445 1.403 2.018 0.080 1.132 0.505 0.617 0.903 0.366 1.645 1.691 1.056 0.582 1.347 2.033 2.507 2.982 0.354 5.333 5.403 6.686 10.506 9.138 8.641 8.681 4.413 5.983 5.934 3.001 3.369 3.656 6.958 4.970 4.850 2.550 5.552 7.689 9.667 4.904 nan 5.267 2.752 2.389 1.484 0.619 1.209 1.384 2.477 1.794 0.659 0.872 1.780 1.311 1.813 2.411 2.266 0.098 0.756 1.209 0.725 1.110 1.813 2.718 0.992 1.785 5.554 1.613 0.784 6.346 0.881 0.371 0.616 2.599 1.623 1.733 0.385 1.250 1.042 1.515 1.458 2.009 1.051 0.594 0.010 908 chr14 100841120 100908806 + 0 NA intron (NM_024515, intron 2 of 6) intron (NM_024515, intron 2 of 6) 32130 NM_024515 79446 Hs.497600 NM_024515 ENSG00000176473 WDR25 C14orf67 WD repeat domain 25 protein-coding 2.113 1.672 1.322 0.480 0.408 0.807 0.461 0.341 0.093 2.958 0.761 0.176 0.131 0.198 0.323 0.322 0.186 0.316 0.374 0.256 0.113 0.421 0.161 0.541 1.314 0.671 0.734 1.097 0.322 0.221 0.353 0.126 0.981 0.222 0.181 0.539 0.157 0.385 0.497 0.243 0.076 0.693 0.614 0.305 0.170 0.355 0.448 0.411 0.584 1.012 0.907 1.077 0.944 0.323 0.336 0.353 0.954 1.506 1.288 1.532 1.784 1.571 0.489 0.707 0.991 1.523 0.519 1.123 1.727 0.968 1.079 0.756 0.161 0.462 0.319 0.317 0.241 1.595 1.028 0.673 8.413 0.159 0.262 2.919 0.208 0.138 0.410 0.131 0.170 0.481 1.074 0.699 2.680 2.039 2.958 0.218 0.847 0.316 0.532 1.836 0.992 1.495 1.378 0.599 0.203 1.153 0.244 0.120 0.243 0.298 0.346 0.123 0.114 0.070 2580 chr8 97271434 97286060 + 0 NA intron (NM_001290225, intron 1 of 10) intron (NM_001290225, intron 1 of 10) 4633 NM_001290225 9791 Hs.292579 NM_014754 ENSG00000156471 PTDSS1 LMHD|PSS1|PSSA phosphatidylserine synthase 1 protein-coding nan 1.387 2.541 2.018 0.591 2.054 1.041 1.667 0.505 1.094 1.319 0.168 0.456 1.246 0.567 0.383 0.294 1.866 0.811 0.749 0.339 1.045 0.665 0.442 1.126 0.777 0.610 3.988 0.781 1.150 0.662 0.098 3.369 0.502 0.991 1.109 0.476 1.683 1.027 0.995 0.832 2.928 7.545 0.525 1.437 0.582 2.021 1.980 2.028 nan 2.652 2.969 3.379 1.705 4.925 4.887 1.593 1.957 2.589 3.457 2.345 2.530 2.036 3.273 1.635 2.308 1.979 2.402 1.512 0.775 0.906 1.313 0.314 1.658 0.456 1.186 0.360 0.816 0.777 0.604 1.451 0.228 0.538 1.096 1.446 0.736 0.309 0.969 0.794 1.524 1.236 1.576 0.794 1.321 1.094 1.348 1.070 1.866 0.901 1.053 0.247 0.976 1.022 0.426 0.729 0.829 0.398 0.573 0.877 0.513 0.472 0.325 0.662 0.412 284 chr1 203005425 203024700 + 0 NA exon (NM_001304332, exon 8 of 29) exon (NM_001304332, exon 8 of 29) 19413 NM_001304331 8497 Hs.153648 NM_015053 ENSG00000143847 PPFIA4 - PTPRF interacting protein alpha 4 protein-coding 1.367 0.921 1.264 0.133 0.043 0.464 0.249 0.251 0.010 0.475 0.153 0.144 0.158 0.120 0.052 0.237 0.146 0.422 0.475 0.177 0.135 0.156 0.070 0.071 0.287 0.112 0.220 0.827 0.137 0.161 0.090 0.085 0.228 0.141 0.055 0.188 0.127 0.309 0.290 0.095 0.146 0.178 0.159 0.154 0.116 0.108 0.646 0.596 0.449 0.720 3.301 3.554 1.148 0.311 nan nan 0.627 1.233 1.383 1.603 0.619 0.356 0.241 0.261 0.289 0.265 0.797 1.402 1.335 0.831 0.575 0.291 0.005 0.148 0.005 0.318 0.036 0.519 0.252 0.103 0.160 0.040 0.201 0.152 0.060 0.053 0.071 0.062 0.044 0.265 0.140 0.096 0.037 0.097 0.475 0.131 0.115 0.422 0.051 0.041 0.227 0.122 0.727 0.091 0.020 0.074 0.267 0.054 0.026 0.346 0.068 0.069 0.054 0.050 1340 chr18 53013547 53025526 + 0 NA intron (NM_001330604, intron 6 of 19) intron (NM_001330604, intron 6 of 19) -30446 NM_001243234 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.857 0.868 0.096 0.042 0.652 0.227 0.091 0.010 0.182 0.181 0.058 0.035 0.010 0.117 0.199 0.210 0.168 0.195 0.010 0.006 0.018 0.147 0.033 0.033 0.030 0.272 0.002 0.523 0.296 0.062 0.064 0.010 0.065 0.038 0.033 0.016 0.139 0.009 0.021 0.032 0.163 0.313 0.109 0.026 0.476 0.393 5.349 6.396 0.476 0.758 0.768 0.426 0.648 0.569 1.038 1.142 0.263 0.355 0.720 0.560 0.212 0.276 0.378 0.513 0.264 0.545 nan 1.247 0.029 0.030 0.100 0.017 0.142 0.035 0.012 0.006 0.031 0.087 0.080 0.031 0.015 0.007 0.020 0.026 0.181 0.033 0.034 0.042 0.033 0.030 0.182 0.018 0.016 0.210 0.020 0.048 0.005 0.106 0.020 0.003 0.013 0.018 0.349 0.058 0.132 0.052 0.047 0.024 903 chr14 99724390 99741792 + 0 NA intron (NM_138576, intron 1 of 3) intron (NM_138576, intron 1 of 3) 4959 NM_022898 64919 Hs.709690 NM_022898 ENSG00000127152 BCL11B ATL1|ATL1-alpha|ATL1-beta|ATL1-delta|ATL1-gamma|CTIP-2|CTIP2|IMD49|RIT1|ZNF856B|hRIT1-alpha B-cell CLL/lymphoma 11B protein-coding 0.951 0.560 0.636 0.283 0.182 3.372 1.653 0.049 0.153 3.653 0.130 0.074 0.044 0.043 0.069 0.072 0.157 3.779 2.126 0.159 0.014 0.324 0.175 0.388 1.721 1.091 0.298 7.445 0.034 0.430 0.130 0.092 6.385 0.203 0.097 0.543 0.085 0.245 2.098 0.038 0.716 2.009 2.195 0.061 0.031 0.245 1.638 2.191 0.066 0.100 8.566 6.706 0.243 0.107 1.578 1.489 2.206 2.999 3.334 4.310 2.236 2.474 1.556 3.777 0.093 0.134 2.619 3.840 0.257 0.285 2.905 0.537 0.050 0.112 0.064 0.440 0.111 0.398 0.187 0.056 0.112 0.017 3.230 0.095 0.191 0.207 0.079 0.104 0.125 0.151 1.366 0.420 0.023 0.312 3.653 0.024 0.228 3.779 0.176 0.161 1.578 2.052 0.017 0.004 0.082 0.064 0.038 0.152 1.857 1.441 2.054 0.076 0.056 0.028 247 chr1 166939856 166951647 + 0 NA intron (NM_001286378, intron 1 of 12) L2c|LINE|L2 932 NM_001286378 84944 Hs.651245 NM_032858 ENSG00000143194 MAEL CT128|SPATA35 maelstrom spermatogenic transposon silencer protein-coding 0.874 nan 1.262 0.424 0.209 2.414 1.099 0.139 0.011 1.283 0.121 0.190 0.080 0.197 0.011 0.526 0.425 1.277 0.783 0.242 0.042 0.103 0.027 0.090 0.169 0.157 0.071 1.701 0.049 0.218 0.128 0.089 0.272 0.080 0.110 0.164 0.046 0.129 0.249 0.037 0.047 0.236 0.272 0.070 0.106 0.343 0.486 0.492 0.568 0.719 6.713 nan 5.988 1.507 0.198 0.192 0.736 1.253 0.843 nan 0.401 0.248 0.517 0.851 0.348 0.278 0.257 0.619 3.307 1.654 0.085 0.083 0.008 0.242 0.042 2.526 0.023 0.082 0.048 0.081 0.110 0.049 0.082 0.364 0.164 0.113 0.046 0.223 0.221 0.232 0.235 0.120 0.159 0.069 1.283 0.248 0.028 1.277 0.103 0.049 0.066 0.208 0.063 0.058 0.011 0.033 0.075 0.019 0.193 0.096 0.042 0.080 0.259 0.116 165 chr1 145469445 145475328 + 0 NA 5' UTR (NM_001039888, exon 3 of 4) 5' UTR (NM_001039888, exon 3 of 4) 1878 NM_001039888 284615 Hs.620591 NM_001039888 ENSG00000272031 ANKRD34A ANKRD34 ankyrin repeat domain 34A protein-coding 3.447 nan 2.668 1.625 0.806 1.217 0.593 2.579 0.526 2.085 1.983 0.138 0.739 1.042 1.541 1.452 0.791 1.867 1.565 1.843 0.923 0.475 0.697 1.173 14.320 9.013 1.521 15.300 1.110 0.883 3.181 0.113 1.640 2.353 0.723 1.324 0.744 2.417 0.538 0.687 0.304 1.904 1.688 1.388 0.926 1.858 2.452 4.219 1.703 2.546 4.943 4.692 5.750 1.311 0.975 1.195 2.386 3.286 2.879 3.500 2.502 2.077 2.277 3.843 1.344 1.531 3.507 5.644 2.688 1.394 1.729 1.936 0.340 2.921 2.437 7.305 2.018 1.402 0.901 1.423 2.055 0.193 0.743 2.192 2.604 1.384 0.286 0.610 0.562 0.968 2.505 5.245 1.424 2.062 2.085 0.971 6.488 1.867 0.542 1.024 0.954 5.294 4.333 1.106 0.442 1.222 1.700 0.353 1.980 1.271 1.476 0.501 1.459 0.770 289 chr1 203473631 203495328 + 0 NA Intergenic Intergenic 21208 NM_014359 26254 Hs.632468 NM_014359 ENSG00000188770 OPTC OPT opticin protein-coding 2.020 2.469 1.809 0.273 0.212 1.077 0.467 1.431 0.026 7.256 0.689 0.147 0.726 0.830 0.116 0.980 0.485 0.764 3.169 0.269 0.320 1.568 1.311 0.266 0.893 0.256 0.323 1.344 0.546 0.187 0.115 0.093 0.645 0.501 0.091 0.348 1.148 1.970 0.649 1.702 0.540 0.784 0.288 0.584 1.548 0.580 1.257 2.021 0.739 1.140 1.476 1.836 3.666 1.106 nan nan 1.443 2.277 0.464 0.545 1.064 0.922 0.531 0.825 1.629 0.955 0.885 2.076 1.828 1.002 0.077 2.459 0.114 1.628 0.021 0.391 0.051 2.195 1.542 0.440 0.174 0.487 1.725 1.052 0.608 0.385 1.101 0.087 0.123 1.436 0.375 0.352 0.372 1.182 7.256 0.609 1.058 0.764 0.555 0.328 0.382 0.607 0.047 1.984 0.263 0.897 0.629 0.084 0.460 0.456 0.472 0.889 0.802 0.657 2351 chr6 114166714 114183272 + 0 NA Intergenic Intergenic -3521 NM_002356 4082 Hs.519909 NM_002356 ENSG00000277443 MARCKS 80K-L|MACS|PKCSL|PRKCSL myristoylated alanine rich protein kinase C substrate protein-coding nan 2.918 nan 4.772 2.122 5.797 3.057 1.162 1.716 4.354 2.634 0.183 0.709 1.835 2.664 1.350 0.644 2.414 2.044 1.189 0.957 1.243 0.503 1.295 3.794 2.631 2.195 10.355 0.663 2.156 1.774 0.099 1.364 0.439 0.243 1.712 0.307 1.275 1.861 1.285 0.346 4.709 3.543 2.194 4.414 0.681 5.696 7.446 4.919 6.790 11.216 nan nan 2.923 6.875 7.221 3.035 nan 2.215 3.494 7.762 9.009 2.862 5.931 3.382 2.508 6.582 nan 1.457 1.072 4.668 0.892 0.829 2.389 1.161 3.851 0.903 1.573 1.766 0.177 0.085 0.924 1.730 4.935 0.947 0.405 1.977 1.717 1.210 2.120 1.814 3.942 0.157 0.611 4.354 1.994 1.191 2.414 0.570 1.442 1.538 1.093 1.552 1.511 0.273 0.886 1.622 2.028 3.525 2.382 0.046 0.549 2.469 2.041 729 chr12 80971564 80993440 + 0 NA intron (NM_001145026, intron 23 of 41) MamGypLTR1a|LTR|Gypsy -118906 NM_002469 4618 Hs.35937 NM_002469 ENSG00000111046 MYF6 CNM3|MRF4|bHLHc4|myf-6 myogenic factor 6 protein-coding 0.714 0.750 0.588 0.080 0.148 0.196 0.117 0.147 0.023 0.160 2.010 0.233 0.060 0.101 0.011 0.130 0.157 0.087 0.081 0.182 0.069 0.053 0.087 0.054 0.085 0.061 0.075 0.313 0.144 0.015 0.079 0.098 0.216 0.159 0.052 0.119 0.548 3.597 0.182 0.080 0.033 0.196 0.109 0.300 0.106 0.100 0.327 0.212 0.232 0.364 0.467 0.558 0.399 0.229 0.245 0.252 0.288 0.430 0.440 0.455 0.370 0.154 0.109 0.200 0.256 0.231 0.261 0.396 0.618 0.629 0.061 0.055 0.013 1.104 0.024 0.094 0.006 0.054 0.020 0.040 0.059 0.053 0.044 0.076 0.019 0.018 0.039 0.021 0.033 7.403 0.045 0.189 0.032 0.034 0.160 0.039 0.004 0.087 0.028 0.042 0.018 0.027 0.033 1.007 0.010 0.040 0.173 0.047 0.050 0.091 0.292 0.052 0.018 0.007 2119 chr5 33996450 34014271 + 0 NA intron (NM_001167595, intron 2 of 5) intron (NM_001167595, intron 2 of 5) 2860 NM_203382 23600 Hs.508343 NM_014324 ENSG00000242110 AMACR AMACRD|CBAS4|P504S|RACE|RM alpha-methylacyl-CoA racemase protein-coding 1.744 2.794 nan 9.070 0.524 1.574 0.688 0.974 0.230 0.669 2.417 0.482 0.787 1.993 0.697 2.668 1.814 4.819 0.351 0.917 0.222 1.471 0.497 0.991 1.707 1.244 1.858 3.562 0.903 1.080 0.907 0.169 2.089 0.628 0.303 1.172 0.582 2.653 1.055 0.467 0.358 1.869 0.822 0.536 1.350 1.020 1.186 1.517 1.237 1.632 3.910 3.699 6.608 3.722 1.525 1.438 2.406 3.117 4.321 5.193 3.803 3.531 1.166 2.166 2.292 2.054 1.012 1.994 4.243 2.024 0.612 0.803 0.466 0.786 1.488 2.070 0.396 0.843 0.763 0.385 0.889 0.572 0.423 0.604 1.055 0.499 0.719 0.584 0.716 0.449 0.704 0.740 1.161 0.558 0.669 0.948 0.879 4.819 0.639 0.828 0.493 1.094 3.856 0.590 0.289 1.196 0.181 1.328 0.877 0.826 0.503 0.270 0.362 0.200 2 chr1 947649 961732 + 0 NA promoter-TSS (NM_001305275) promoter-TSS (NM_001305275) -813 NM_198576 375790 Hs.273330 NM_198576 ENSG00000188157 AGRN CMS8|CMSPPD agrin protein-coding 2.136 nan 1.743 1.197 4.654 1.107 0.714 3.367 3.332 0.456 3.147 0.565 1.033 3.151 3.563 0.190 0.094 0.065 0.643 1.525 1.526 3.736 1.541 1.626 nan 3.416 2.898 2.667 1.943 0.592 3.271 0.162 3.888 0.745 0.588 1.791 0.496 3.096 1.825 1.647 1.121 4.470 2.050 1.634 2.213 1.795 1.471 2.098 1.584 3.034 1.218 1.029 0.681 0.190 3.697 3.872 0.859 nan nan 5.144 nan 0.353 0.806 0.894 0.202 0.168 0.369 0.442 0.565 0.398 1.518 2.630 1.075 1.023 1.126 1.055 0.582 1.103 1.324 2.531 0.972 0.074 1.823 3.794 3.376 1.545 1.834 0.505 0.233 1.136 2.383 2.681 1.255 1.482 0.456 4.816 3.050 0.065 1.083 2.095 0.325 6.129 1.204 3.492 1.042 1.352 2.856 0.531 0.422 0.105 2.509 1.542 1.767 0.894 808 chr13 99047256 99073345 + 0 NA intron (NM_005766, intron 13 of 26) intron (NM_005766, intron 13 of 26) 114079 NM_003576 8428 Hs.508514 NM_003576 ENSG00000102572 STK24 HEL-S-95|MST3|MST3B|STE20|STK3 serine/threonine kinase 24 protein-coding 0.889 2.571 1.211 0.609 0.052 0.444 0.228 0.099 0.135 0.967 0.076 0.076 0.283 0.576 0.012 0.366 0.228 1.045 0.179 0.328 0.024 0.075 0.061 0.057 3.460 0.781 0.412 1.259 0.125 0.107 0.072 0.062 0.137 0.013 0.020 0.072 0.048 0.119 0.203 0.293 0.035 0.151 0.085 0.078 0.406 0.112 0.568 0.539 0.286 0.453 1.145 1.240 1.796 0.571 0.141 0.167 0.237 nan 2.687 2.541 0.303 0.191 0.370 0.510 0.739 0.737 0.368 nan 0.603 0.235 4.953 0.226 0.026 0.024 0.042 2.910 0.021 0.047 0.029 0.017 0.048 0.171 0.252 0.164 0.028 0.012 0.103 0.195 0.299 0.123 0.070 0.043 0.057 0.284 0.967 0.369 0.043 1.045 0.231 0.786 0.049 0.022 0.566 0.010 0.063 0.051 0.040 0.099 0.114 0.035 0.094 0.026 0.015 845 chr14 29205825 29273466 + 0 NA TTS (NM_005249) TTS (NM_005249) -2265 NR_026732 387978 Hs.633254 NR_026731 ENSG00000186960 LINC01551 C14orf23|c14_5148 long intergenic non-protein coding RNA 1551 ncRNA 1.126 0.995 0.752 0.640 0.082 3.151 1.713 0.630 0.374 2.948 2.551 0.214 0.308 0.855 0.124 0.589 0.434 3.640 0.136 0.592 0.020 0.070 0.045 0.112 5.475 2.903 0.106 5.637 0.101 0.052 0.282 0.116 0.195 0.049 0.040 0.077 0.009 0.063 0.217 0.088 0.013 0.175 0.409 0.057 0.065 0.066 0.312 0.234 0.209 0.244 7.142 6.754 3.570 1.186 0.203 0.189 5.581 7.589 1.464 2.012 3.555 4.048 0.129 0.207 5.265 4.414 2.687 2.433 3.515 1.939 0.563 0.130 0.004 1.295 0.035 3.744 0.010 0.111 0.036 0.010 0.148 1.137 3.881 0.227 0.156 0.097 0.045 0.042 0.025 0.127 0.077 0.607 0.069 0.050 2.948 0.813 0.031 3.640 0.065 0.076 0.276 0.076 0.126 0.200 0.059 0.081 0.036 0.031 0.069 0.820 0.030 0.045 0.014 0.009 2125 chr5 43057072 43074943 + 0 NA non-coding (NR_034127, exon 1 of 1) non-coding (NR_034127, exon 1 of 1) 1066 NR_034127 100132356 Hs.726831 NM_175919 LOC100132356 - uncharacterized LOC100132356 ncRNA 2.742 2.887 3.716 4.734 2.536 1.451 0.797 2.200 1.457 2.145 3.766 0.620 0.911 1.928 4.132 1.179 0.710 2.748 0.489 2.020 0.887 3.488 2.388 3.121 7.357 5.584 5.786 4.742 1.196 1.025 2.680 0.173 4.796 2.356 2.139 3.519 1.297 7.388 2.709 2.284 0.727 3.507 3.665 3.554 3.006 2.275 1.175 1.755 2.287 3.810 5.009 4.349 2.605 0.879 4.901 5.084 2.875 3.562 2.767 3.934 3.469 3.438 2.418 4.379 0.937 0.863 0.561 0.690 1.237 0.872 2.101 4.752 1.130 2.528 1.224 3.695 3.466 5.177 6.104 1.006 3.164 0.187 0.751 2.783 3.141 1.257 4.156 0.852 0.896 1.963 2.690 3.279 2.862 3.215 2.145 3.901 4.649 2.748 1.414 1.745 0.948 4.187 2.171 2.686 0.882 4.277 1.471 0.663 1.748 0.103 2.337 1.657 4.090 3.903 2553 chr8 68254365 68257063 + 0 NA promoter-TSS (NR_136224) promoter-TSS (NR_136224) 198 NM_006421 10565 Hs.656902 NM_006421 ENSG00000066777 ARFGEF1 ARFGEP1|BIG1|P200 ADP ribosylation factor guanine nucleotide exchange factor 1 protein-coding 7.443 4.019 2.831 9.223 4.909 4.120 2.411 4.531 2.122 4.141 4.114 1.042 1.253 4.953 3.258 2.857 1.513 6.034 1.840 5.835 1.939 5.488 1.510 1.892 10.617 8.282 8.546 16.318 2.060 4.023 3.803 0.061 6.093 1.445 1.625 5.358 2.175 8.918 3.061 2.229 1.627 4.858 6.011 3.533 2.854 2.810 3.212 4.164 6.438 8.481 13.389 10.246 8.415 3.481 5.132 4.998 3.327 4.109 4.629 7.711 nan 6.840 3.381 8.137 4.885 4.564 6.703 8.186 4.566 2.703 1.710 4.117 2.743 2.848 2.947 5.285 2.456 3.355 3.975 3.439 1.475 0.772 4.615 4.918 7.037 3.655 11.212 5.168 4.133 5.168 6.091 14.290 3.470 2.529 4.141 8.816 4.289 6.034 2.132 2.264 0.467 4.970 4.318 1.832 1.685 3.359 1.786 1.399 2.396 3.197 2.764 1.620 1.444 0.848 1847 chr22 37952602 37968105 + 0 NA intron (NM_152243, intron 1 of 2) intron (NM_152243, intron 1 of 2) 3882 NM_152243 11135 Hs.225356 NM_152243 ENSG00000128283 CDC42EP1 BORG5|CEP1|MSE55 CDC42 effector protein 1 protein-coding 1.057 nan 0.560 0.125 6.553 0.290 0.238 1.278 0.073 0.645 0.904 0.259 1.197 2.817 1.697 0.100 0.026 0.099 0.276 1.482 0.695 4.421 1.117 1.470 7.846 3.593 3.182 0.595 1.151 0.241 2.648 0.116 0.879 0.562 0.264 3.299 0.270 0.833 1.152 1.244 0.608 2.862 2.506 1.649 3.188 0.592 3.204 4.442 4.505 7.194 0.309 0.365 0.424 0.086 0.664 0.874 0.142 nan 0.167 0.311 nan 0.452 0.694 0.570 0.113 0.223 0.197 0.295 0.448 0.301 0.025 1.881 1.245 1.385 0.768 0.092 0.761 0.445 0.364 0.162 1.216 0.012 0.133 1.507 1.575 0.749 0.474 0.234 0.256 0.553 2.068 1.037 3.285 1.736 0.645 4.602 2.026 0.099 0.796 1.651 0.240 3.119 0.105 1.268 1.210 1.430 1.434 0.060 0.089 0.056 0.849 0.785 0.520 0.322 1231 chr17 56590352 56597869 + 0 NA intron (NM_004687, intron 1 of 18) intron (NM_004687, intron 1 of 18) 1141 NM_004687 9110 Hs.514373 NM_004687 ENSG00000108389 MTMR4 FYVE-DSP2|ZFYVE11 myotubularin related protein 4 protein-coding 4.943 3.719 3.224 5.186 1.540 5.731 3.238 3.277 0.942 3.506 2.105 0.407 1.003 2.332 2.137 2.462 1.445 3.766 3.066 2.220 0.527 1.574 1.121 2.254 8.154 6.777 3.396 11.528 1.041 2.388 2.838 0.080 4.273 1.576 0.795 2.306 0.534 2.068 1.593 1.486 1.062 3.444 6.024 2.649 2.164 0.914 6.206 6.732 4.421 6.859 8.371 5.837 7.447 3.096 nan 12.320 2.416 3.207 nan 14.727 6.351 8.237 2.575 5.207 5.315 4.852 3.682 4.723 2.926 1.366 1.188 2.363 0.559 1.863 0.684 4.700 0.957 1.335 1.599 1.212 1.373 0.544 3.270 1.987 1.361 0.839 0.957 1.327 1.010 2.403 3.124 5.071 2.573 1.885 3.506 3.220 2.047 3.766 1.137 1.797 1.634 4.486 2.173 1.563 0.586 2.014 0.904 1.097 2.273 1.394 1.242 1.370 1.325 0.903 1249 chr17 69418500 69438276 + 0 NA Intergenic Intergenic -230068 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility candidate 17 (non-protein coding) ncRNA 0.909 nan 0.520 0.385 0.906 5.585 3.002 0.640 0.003 0.510 0.253 0.081 1.250 1.631 0.533 0.459 0.374 2.220 0.164 1.055 0.175 1.396 1.678 2.437 2.126 1.055 0.764 3.491 3.594 0.226 0.066 0.124 0.835 0.891 0.116 1.108 0.398 0.808 0.796 1.705 0.101 0.701 0.241 0.404 0.825 0.732 0.523 0.393 0.323 1.010 1.512 1.680 2.323 0.764 0.232 0.220 0.671 nan 0.668 0.689 0.747 0.324 0.191 0.367 0.966 1.961 0.145 0.197 0.932 0.587 0.286 3.302 0.131 1.447 0.051 0.972 0.007 0.364 0.194 0.034 0.122 0.292 0.051 0.503 0.174 0.152 0.804 0.028 0.086 2.863 0.198 0.165 1.590 0.891 0.510 0.971 0.442 2.220 0.478 1.029 0.108 0.236 0.082 0.590 1.650 1.504 0.361 0.121 0.124 0.025 3.177 1.520 1.283 1.340 147 chr1 88418655 88424926 + 0 NA Intergenic Intergenic -584452 NR_038324 100505768 Hs.125247 NR_038324 ENSG00000227290 LINC01364 - long intergenic non-protein coding RNA 1364 ncRNA 1.127 nan nan 0.154 0.860 0.207 0.096 0.103 0.237 0.335 0.131 0.027 0.794 0.518 0.382 0.025 0.078 0.019 0.114 0.108 0.521 0.120 0.067 0.084 0.239 0.013 0.035 0.470 0.281 0.034 0.070 0.191 0.508 0.541 1.059 1.912 6.430 0.111 0.331 0.026 0.091 0.155 0.224 0.076 0.133 0.309 0.266 0.371 0.687 0.365 0.440 0.103 0.115 0.384 0.406 2.281 2.754 0.857 0.854 0.727 0.707 0.222 0.292 0.262 0.240 0.387 1.350 0.619 0.533 0.297 0.270 0.302 1.189 0.063 0.028 0.292 0.098 0.129 0.079 0.076 0.707 0.075 0.038 0.132 0.076 0.116 2.318 0.268 1.113 0.100 0.094 0.335 0.102 0.129 0.019 0.039 0.026 0.719 0.031 1.073 0.592 1.619 0.091 0.126 0.959 0.676 0.028 1.978 1.680 2446 chr7 55954306 55956643 + 0 NA intron (NM_182633, intron 1 of 6) G-rich|Low_complexity|Low_complexity 504 NM_182633 349075 Hs.660834 NM_182633 ENSG00000178665 ZNF713 - zinc finger protein 713 protein-coding nan 5.173 6.835 6.774 4.030 7.361 3.911 3.062 3.177 3.737 2.241 0.443 0.592 2.752 1.626 3.010 2.059 7.182 3.094 2.260 0.477 5.596 0.895 2.188 8.393 6.740 22.265 13.905 0.623 3.624 6.366 0.199 2.589 0.706 1.306 6.283 0.877 2.911 2.195 1.324 1.570 4.756 5.935 3.207 7.480 1.428 10.294 12.756 8.337 10.376 16.064 14.057 9.549 6.804 9.083 9.138 4.138 4.694 14.950 22.984 6.533 7.271 4.912 8.148 8.538 7.042 8.215 5.744 4.835 2.304 5.464 1.220 2.075 1.959 1.484 4.087 2.976 1.743 1.984 2.136 0.568 1.632 2.221 4.492 1.417 0.528 3.220 2.004 1.767 2.270 4.284 2.496 1.559 1.679 3.737 4.126 2.655 7.182 1.459 3.292 1.647 4.457 5.527 0.464 1.055 1.999 0.757 2.958 3.318 2.442 0.781 1.006 1.675 0.984 973 chr15 75741601 75749410 + 0 NA intron (NM_001145357, intron 1 of 20) CpG-8103 -1418 NM_001145358 25942 Hs.513039 NM_015477 ENSG00000169375 SIN3A WITKOS SIN3 transcription regulator family member A protein-coding 4.548 3.663 4.144 4.166 4.484 5.093 2.419 5.156 3.875 3.100 3.646 0.429 1.237 4.140 5.789 2.385 0.876 4.594 2.903 2.625 1.806 4.846 1.817 3.764 9.962 6.942 4.295 16.719 2.219 3.975 5.013 0.098 6.891 1.424 2.688 3.705 0.925 4.433 5.266 2.596 1.700 5.892 4.504 2.047 4.015 2.125 3.817 4.336 5.858 7.334 4.910 3.726 5.354 1.930 7.460 7.411 2.954 3.959 5.319 9.170 6.350 7.534 1.434 3.099 3.004 2.662 4.255 5.646 1.657 0.934 2.301 2.212 1.960 2.576 2.344 3.456 6.567 1.897 2.387 3.185 3.394 0.780 2.468 7.301 3.805 1.620 1.601 3.052 1.890 4.084 7.089 4.671 3.577 4.388 3.100 6.548 3.733 4.594 3.171 2.460 1.851 7.223 3.287 3.534 1.515 2.761 2.668 2.121 2.176 1.600 2.402 1.245 2.446 1.385 2569 chr8 80737769 80743663 + 0 NA intron (NR_110954, intron 2 of 5) intron (NR_110954, intron 2 of 5) 43256 NR_110954 101927040 Hs.350876 NR_110954 ENSG00000249328 LOC101927040 - uncharacterized LOC101927040 ncRNA 1.288 nan nan 0.388 0.012 0.622 0.114 0.104 0.011 0.327 4.335 0.513 0.385 0.686 0.043 0.026 0.071 0.598 0.160 0.122 0.021 0.093 0.036 0.215 1.175 0.233 0.168 0.435 0.150 0.109 1.574 0.110 0.420 0.065 0.052 0.063 0.014 0.061 0.409 0.019 1.219 9.238 3.567 0.070 2.200 0.082 0.295 0.290 0.293 0.479 0.900 0.863 0.432 0.172 0.218 0.414 0.345 0.585 nan 0.602 0.499 0.338 0.216 0.553 0.134 0.184 0.527 0.688 0.933 0.951 0.018 0.249 0.156 0.052 0.097 0.024 0.588 0.169 0.050 0.237 0.015 0.106 0.093 0.043 0.013 0.220 1.636 2.603 0.290 0.221 0.239 0.108 2.375 0.327 0.691 0.126 0.598 0.665 0.313 0.068 0.029 1.797 0.023 0.036 0.108 0.057 0.312 0.023 0.225 0.012 0.081 0.029 1046 chr16 31083301 31086975 + 0 NA promoter-TSS (NM_014699) promoter-TSS (NM_014699) -315 NM_001172668 79759 Hs.102928 NM_024706 ENSG00000167394 ZNF668 - zinc finger protein 668 protein-coding 9.051 4.012 6.546 8.275 6.210 6.044 3.315 9.845 1.436 4.963 3.531 0.393 1.542 3.888 6.524 2.544 0.914 7.765 4.946 3.612 1.783 5.072 1.124 5.359 7.961 5.410 5.285 19.456 2.006 5.762 5.238 0.102 8.525 2.283 3.342 8.113 2.357 7.636 5.910 4.010 1.960 8.602 13.985 3.335 7.366 1.960 5.978 7.515 8.489 11.920 9.946 8.618 16.280 5.215 11.476 11.815 6.210 8.559 14.832 16.880 8.843 10.036 3.628 7.848 9.868 10.963 4.232 5.892 5.509 2.608 4.922 3.430 1.977 3.434 8.435 3.854 2.188 3.997 3.863 3.566 7.348 1.767 3.096 6.888 4.786 2.194 3.422 2.481 1.585 5.478 6.457 6.139 4.956 5.296 4.963 4.905 6.251 7.765 2.604 0.871 2.808 8.646 6.134 4.974 2.644 5.129 1.990 4.355 2.858 1.918 3.224 1.490 3.310 2.312 1142 chr17 20972507 20982442 + 0 NA Intergenic LTR47B|LTR|ERVL -1395 NR_110895 101060544 Hs.585812 NR_110895 ENSG00000236819 LINC01563 HP08942 long intergenic non-protein coding RNA 1563 ncRNA nan nan nan 0.072 0.014 0.375 0.258 0.055 0.019 0.064 0.076 0.080 0.085 0.041 0.127 0.092 0.061 0.156 0.126 0.025 0.034 0.083 0.183 0.017 0.118 0.222 0.108 0.079 0.091 1.041 0.012 0.069 0.048 0.054 0.134 0.086 0.018 0.040 0.133 0.325 0.142 0.121 0.124 0.352 0.288 0.280 0.205 0.668 0.525 0.732 0.248 0.170 0.102 2.108 2.258 0.370 0.453 5.429 4.933 0.096 0.161 0.058 0.056 3.635 9.203 0.363 0.362 0.881 0.089 0.039 0.028 0.029 0.144 0.056 0.049 0.022 0.059 0.106 0.019 0.008 0.104 0.025 0.016 0.038 0.055 0.084 0.121 0.197 0.086 0.024 0.099 0.064 0.073 0.064 0.061 0.099 0.134 0.020 0.181 0.092 0.020 0.013 0.064 0.045 0.058 0.020 4.179 0.038 0.066 0.052 0.005 2095 chr5 261355 275593 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 3165 NR_104613 102467073 Hs.368328 NR_104613 HRAT5 - heart tissue-associated transcript 5 ncRNA 1.207 1.690 2.656 1.863 1.064 1.257 0.509 1.607 0.283 0.970 1.190 0.441 0.801 3.352 1.400 0.929 0.623 1.667 0.710 1.004 0.209 2.594 0.484 0.881 3.560 2.304 2.405 2.756 0.549 0.914 0.964 0.169 1.560 0.598 0.726 4.804 0.542 2.139 1.931 0.606 0.445 2.738 2.113 1.053 2.923 1.116 1.212 1.496 1.222 nan 2.404 2.529 1.915 0.594 0.840 0.883 1.471 2.185 nan 3.522 nan 1.401 0.652 1.204 0.870 1.078 0.435 0.746 1.649 nan 0.735 2.127 1.426 1.426 0.528 1.111 0.961 1.600 1.592 0.946 2.206 0.186 0.329 2.104 2.862 1.529 0.823 0.695 0.507 1.256 1.046 1.391 1.045 4.407 0.970 7.275 1.142 1.667 0.996 1.255 0.375 0.680 0.842 0.956 0.106 1.406 0.437 0.266 0.307 0.204 0.364 0.578 0.570 0.298 1291 chr18 104868 112852 + 0 NA promoter-TSS (NR_033770) promoter-TSS (NR_033770) -205 NR_033770 727758 Hs.585843 NR_033770 ENSG00000263006 ROCK1P1 - Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1 pseudogene 1 pseudo 11.005 10.957 11.797 2.386 1.472 9.695 5.138 1.640 1.145 5.664 2.409 3.844 0.397 0.921 1.724 1.614 2.342 4.331 5.949 4.833 0.280 2.344 0.369 2.857 25.060 24.361 2.508 nan 0.769 22.755 1.424 1.914 4.060 0.352 1.294 2.087 0.140 1.371 4.563 0.491 3.117 3.653 3.786 2.164 1.418 2.366 8.514 5.716 6.676 15.086 7.531 8.660 nan 2.898 7.521 7.416 4.846 nan 3.301 3.873 nan 2.267 2.645 3.357 3.544 5.714 3.283 nan nan 7.378 1.334 0.988 0.552 1.097 1.923 2.161 1.557 0.241 0.608 0.923 2.230 2.278 2.997 4.585 1.859 0.697 2.016 0.861 0.745 2.656 1.735 1.842 1.234 1.238 5.664 1.219 0.766 4.331 1.052 0.881 0.948 2.032 1.578 0.442 0.345 1.399 1.393 2.120 0.841 1.511 0.636 0.937 0.605 0.375 2601 chr8 128012462 128032428 + 0 NA Intergenic Intergenic -2954 NR_045262 100750225 Hs.571530 NR_045262 ENSG00000253438 PCAT1 PCA1|PCAT-1 prostate cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.138 0.125 0.309 0.207 0.087 0.018 0.083 0.183 0.111 0.083 0.035 0.063 0.067 0.126 0.146 7.524 0.012 0.082 0.021 0.226 0.147 0.085 0.094 nan 0.051 0.214 0.038 0.089 0.501 0.071 0.179 0.169 0.004 0.118 0.342 0.028 0.033 0.207 0.433 0.147 0.164 0.194 0.230 0.122 5.745 3.011 0.343 0.415 0.162 0.140 nan nan 3.843 5.986 0.174 0.283 0.245 0.103 0.111 0.176 0.073 0.085 0.216 0.271 0.291 0.395 0.036 0.028 0.014 0.032 0.055 0.048 0.014 0.024 0.007 0.013 0.032 0.019 0.063 0.108 0.049 0.008 0.119 0.046 0.067 0.149 0.121 0.054 0.024 0.225 0.083 0.093 0.061 0.126 0.105 0.121 0.116 0.060 0.015 0.010 0.015 0.075 0.049 0.176 0.039 0.100 0.026 0.042 0.018 0.015 2599 chr8 119906835 119930152 + 0 NA Intergenic Intergenic 45890 NM_002546 4982 Hs.81791 NM_002546 ENSG00000164761 TNFRSF11B OCIF|OPG|PDB5|TR1 TNF receptor superfamily member 11b protein-coding nan nan 2.444 0.280 0.105 0.296 0.136 1.499 0.021 0.033 0.147 0.076 0.658 0.995 0.314 0.148 0.099 0.102 0.147 0.338 0.584 0.760 1.387 0.117 2.894 0.928 2.131 1.134 1.393 0.192 0.032 0.064 0.182 0.375 0.049 0.327 0.074 0.299 0.423 0.693 0.034 0.224 0.270 0.172 0.644 0.286 0.243 0.152 0.221 0.434 0.438 0.551 nan 0.759 0.688 nan 0.551 nan 1.267 1.012 0.496 0.245 0.170 0.275 0.917 1.997 0.281 0.711 0.911 0.683 0.026 0.765 0.077 0.621 4.996 0.103 0.030 0.453 0.127 0.019 0.341 0.294 0.013 0.586 0.738 0.642 0.372 0.050 0.135 1.810 0.230 0.082 0.081 0.098 0.033 0.440 0.107 0.102 0.146 0.245 0.029 0.142 2.536 0.381 0.663 0.693 1.642 0.104 0.042 0.091 0.368 0.326 0.151 0.082 319 chr1 228718087 228785540 + 0 NA TTS (NR_106988).5 TTS (NR_106988).5 1004 NR_106988 102465753 NR_106988 ENSG00000280494 MIR7641-2 B-ATF|hsa-mir-7641-2 microRNA 7641-2 ncRNA 2.773 nan 7.295 3.712 1.267 6.460 3.530 0.680 2.976 3.793 0.414 0.351 0.960 2.118 0.737 0.861 0.660 0.630 3.179 1.272 0.395 1.296 0.680 2.172 3.546 1.628 0.545 5.185 0.987 1.416 6.700 0.406 3.079 0.384 0.603 5.761 1.542 6.121 2.937 0.567 0.904 2.427 1.753 5.834 0.363 0.897 1.455 1.511 1.472 3.426 2.242 nan 2.528 0.645 3.203 3.075 3.282 4.717 1.036 1.146 3.359 3.048 1.363 1.900 0.814 0.886 1.159 2.773 1.238 0.769 0.686 2.669 1.946 1.478 0.779 0.689 4.719 1.468 2.713 1.123 3.031 0.343 0.378 3.340 3.983 2.593 0.296 0.785 0.660 1.081 3.811 4.318 0.891 1.278 3.793 1.720 1.829 0.630 1.054 1.155 0.760 4.387 1.234 0.092 0.160 6.085 0.457 0.320 0.488 1.615 1.278 2.135 0.524 0.413 2571 chr8 81718553 81724499 + 0 NA intron (NM_001033723, intron 2 of 8) AluSz|SINE|Alu 65490 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.244 nan nan 0.896 0.267 0.685 0.242 0.136 5.313 0.279 0.295 0.080 0.033 0.142 0.084 0.212 0.041 0.624 0.217 0.495 0.321 0.071 0.082 0.349 0.095 1.199 1.269 0.466 2.721 0.038 0.040 0.186 0.040 0.275 0.045 0.014 0.222 0.108 0.102 1.144 0.209 0.047 3.627 0.141 0.359 0.316 0.478 1.125 0.781 1.051 0.531 0.081 0.231 0.156 1.673 1.858 nan 1.774 0.385 0.153 0.352 0.480 0.221 0.355 0.246 0.531 1.171 1.009 0.572 0.035 1.210 0.212 0.119 0.119 0.070 0.096 0.039 0.095 0.107 0.093 0.020 0.026 0.257 0.282 0.570 0.137 0.068 0.082 0.106 0.250 0.279 0.158 0.016 0.624 0.123 1.207 0.010 0.084 0.011 0.290 0.067 0.038 3.504 0.148 0.094 0.035 0.031 0.019 0.046 1179 chr17 38218216 38233477 + 0 NA intron (NM_199334, intron 1 of 8) intron (NM_199334, intron 1 of 8) 6778 NM_001190918 7067 Hs.724 NM_003250 ENSG00000126351 THRA AR7|CHNG6|EAR7|ERB-T-1|ERBA|ERBA1|NR1A1|THRA1|THRA2|c-ERBA-1 thyroid hormone receptor, alpha protein-coding nan 3.184 1.372 1.402 5.666 3.163 1.598 3.735 0.342 4.170 2.686 0.366 0.125 0.789 0.664 1.943 1.148 2.849 4.976 1.191 0.227 0.383 0.414 1.431 3.191 1.155 0.829 3.989 0.401 0.642 1.379 0.089 1.009 0.542 1.100 0.548 0.213 0.622 0.579 0.421 0.422 1.294 0.903 1.290 0.261 0.354 3.048 5.039 1.116 1.444 nan 3.158 1.462 0.490 1.772 1.845 2.019 2.601 5.240 4.749 nan 2.667 1.383 2.574 1.622 1.334 1.353 2.690 2.023 1.095 4.056 0.872 0.138 1.170 1.181 2.309 1.126 0.705 0.385 0.962 2.891 0.560 0.255 0.421 0.173 0.169 0.412 0.612 0.602 0.505 5.110 1.067 1.523 1.338 4.170 0.636 0.370 2.849 0.315 0.391 1.468 1.223 1.401 0.351 0.071 0.707 0.529 0.586 2.010 1.294 0.804 0.562 0.377 0.214 1052 chr16 51177752 51187888 + 0 NA intron (NM_002968, intron 1 of 2) intron (NM_002968, intron 1 of 2) 1688 NM_001127892 6299 Hs.135787 NM_002968 ENSG00000103449 SALL1 HEL-S-89|HSAL1|Sal-1|TBS|ZNF794 spalt like transcription factor 1 protein-coding nan nan nan 5.519 0.064 1.505 0.820 0.076 0.135 4.292 0.074 0.063 0.021 0.062 1.234 2.776 1.196 1.721 0.147 0.125 0.024 0.087 0.243 0.283 0.381 0.034 4.409 0.072 1.013 0.097 0.073 0.396 0.874 0.256 0.046 0.008 0.007 0.145 0.095 0.575 1.171 0.021 0.048 0.010 0.317 0.210 0.211 0.277 3.282 2.983 1.398 0.468 2.186 2.165 0.207 nan nan nan nan 0.112 0.226 0.320 0.112 0.056 5.811 8.945 nan 1.362 0.489 0.021 2.193 0.010 0.114 0.055 0.288 0.223 0.029 1.771 0.010 3.268 0.073 0.030 0.031 0.022 0.907 0.824 0.130 0.651 0.014 3.285 0.013 4.292 0.049 1.721 0.061 0.032 0.037 2.358 0.010 0.007 0.033 0.339 0.118 2.154 0.060 0.009 0.017 0.010 1922 chr3 97534293 97558647 + 0 NA intron (NM_153605, intron 1 of 21) intron (NM_153605, intron 1 of 21) 5586 NM_153605 131544 Hs.733378 NM_153605 ENSG00000080200 CRYBG3 DKFZp667G2110|vlAKAP crystallin beta-gamma domain containing 3 protein-coding 1.558 1.085 1.768 0.320 0.324 0.625 0.291 0.265 0.059 0.316 0.323 0.092 0.318 0.628 0.031 0.842 0.496 0.840 0.350 0.419 0.137 1.011 0.383 0.474 0.767 0.515 0.424 0.632 0.378 0.145 0.227 0.101 0.873 0.150 0.093 0.643 0.127 0.496 0.508 0.821 0.073 0.781 0.690 0.377 0.664 0.218 0.358 0.216 0.440 0.610 2.611 2.214 0.764 0.238 0.585 0.557 1.914 2.509 0.963 1.246 8.045 7.652 0.135 0.282 1.172 1.352 1.570 2.198 1.228 0.693 0.199 0.800 0.125 0.170 0.114 0.903 0.119 0.295 0.201 0.127 0.135 0.410 0.428 0.417 0.314 0.202 0.280 0.168 0.178 0.413 0.578 0.423 0.305 0.459 0.316 0.496 0.418 0.840 0.156 0.275 0.690 0.489 1.351 0.250 0.296 0.332 0.147 0.033 0.076 1.686 0.238 0.590 0.073 0.052 735 chr12 96016249 96048384 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -10715 NR_077225 100132594 Hs.676211 NR_077225 ENSG00000257150 PGAM1P5 - phosphoglycerate mutase 1 pseudogene 5 pseudo 0.763 0.900 0.663 0.124 2.828 0.294 0.129 0.179 0.753 0.271 3.189 0.479 0.283 0.590 0.432 0.269 0.247 0.473 0.111 0.197 0.235 0.190 0.329 0.434 0.814 0.325 0.407 nan 0.444 0.195 0.084 0.137 1.477 0.060 0.120 0.303 0.126 0.304 0.842 0.268 0.319 1.566 0.626 0.498 1.502 0.224 0.252 0.227 1.689 5.994 0.636 0.731 0.353 0.125 0.315 0.309 0.389 nan 0.354 nan 0.383 0.176 0.137 0.200 0.131 0.209 0.383 0.690 0.949 0.849 0.059 0.882 1.682 1.059 0.131 0.094 0.021 0.667 0.340 0.131 0.501 0.033 0.035 0.582 0.184 0.117 0.181 0.151 0.241 0.316 1.502 0.237 0.499 1.507 0.271 0.691 0.199 0.473 0.528 2.076 0.021 0.160 0.238 0.181 0.092 0.641 0.471 0.097 0.028 0.211 0.138 0.767 0.306 0.135 1493 chr19 50594190 50643178 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 2413 NR_024228 100169958 Hs.723094 NR_024228 SNAR-A8 - small ILF3/NF90-associated RNA A8 snRNA 1.811 1.573 1.669 0.220 0.393 1.257 0.636 0.157 0.033 0.374 0.183 0.315 0.120 0.302 0.040 0.233 0.292 0.163 0.548 0.929 0.071 0.228 0.039 0.393 0.425 0.222 0.277 0.510 0.278 0.705 12.447 0.939 0.508 0.034 0.205 0.278 0.104 0.436 0.736 0.056 0.371 0.239 0.811 0.352 0.181 0.273 0.488 0.328 0.278 0.341 0.649 0.915 1.659 0.444 0.712 0.677 0.499 0.894 0.665 0.691 1.240 0.421 0.369 0.523 0.226 0.447 0.628 1.335 0.773 0.833 0.089 0.088 0.109 0.298 0.865 0.166 0.096 0.048 0.075 0.127 0.356 0.113 0.087 0.427 0.165 0.164 0.218 0.064 0.096 0.367 0.746 0.438 0.219 0.142 0.374 0.239 0.049 0.163 0.187 0.215 0.152 0.458 0.356 0.033 0.035 0.258 0.166 0.080 0.095 0.270 0.062 0.090 0.060 0.035 2397 chr7 4720949 4725422 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 1 of 8) intron (NM_001037165, intron 1 of 8) 1255 NM_001037165 221937 Hs.487393 NM_001037165 ENSG00000164916 FOXK1 FOXK1L forkhead box K1 protein-coding 4.212 3.681 5.107 2.341 5.815 1.952 1.038 4.639 0.405 3.062 3.176 0.343 0.844 3.727 2.821 1.745 0.735 4.849 2.344 2.494 2.657 8.703 1.383 4.642 10.702 6.535 8.067 nan 1.346 2.797 2.596 0.197 6.791 1.479 1.763 9.024 0.725 2.152 5.470 1.534 2.104 8.310 6.216 6.295 4.048 3.107 3.404 5.042 3.037 nan 4.155 4.919 nan 1.668 6.954 6.149 2.367 3.185 nan 6.364 1.826 2.419 2.377 6.349 2.015 1.678 2.991 3.548 1.728 0.775 0.998 2.756 2.117 3.265 1.383 1.748 1.552 2.914 4.048 2.496 3.173 0.404 1.258 5.376 4.560 2.005 3.030 2.997 1.454 2.718 6.854 6.230 3.515 3.407 3.062 4.288 5.262 4.849 2.874 2.396 0.813 5.658 4.302 3.457 3.803 2.832 4.006 1.540 1.882 1.582 2.725 2.683 1.506 0.948 974 chr15 76601501 76613207 + 0 NA Intergenic Intergenic -3544 NM_001127716 2108 Hs.39925 NM_000126 ENSG00000140374 ETFA EMA|GA2|MADD electron transfer flavoprotein alpha subunit protein-coding 1.435 1.725 3.000 0.557 1.070 0.960 0.446 0.663 3.346 0.961 0.575 0.212 0.178 0.666 2.789 0.562 0.393 1.033 1.320 1.761 0.328 1.802 1.477 0.582 2.567 1.703 2.221 1.937 0.301 0.950 0.484 0.100 1.359 0.503 0.517 0.842 0.221 0.836 1.701 1.218 0.532 2.135 1.230 0.617 3.295 0.797 1.584 1.152 1.406 2.262 1.153 1.302 1.509 0.494 1.743 2.112 0.983 1.495 0.757 1.429 2.671 2.103 0.951 1.928 1.355 1.791 1.895 2.594 1.019 0.619 0.138 1.544 0.521 2.565 0.727 0.227 0.415 0.954 0.753 0.539 4.695 0.200 1.733 0.937 0.423 0.299 0.618 0.440 0.435 0.513 4.015 0.855 3.038 4.804 0.961 0.826 1.412 1.033 1.835 6.000 0.958 0.953 0.556 1.060 1.446 0.737 0.382 0.343 0.475 0.338 0.557 0.992 0.157 0.135 2629 chr8 145638477 145672313 + 0 NA intron (NM_013432, intron 25 of 25) intron (NM_013432, intron 25 of 25) -1449 NM_183057 51160 Hs.418175 NM_016208 ENSG00000160948 VPS28 - VPS28, ESCRT-I subunit protein-coding 2.915 1.558 nan 2.963 3.459 1.841 1.047 1.931 1.782 1.240 0.654 0.334 1.117 2.990 1.906 0.379 0.221 2.293 1.522 0.992 0.399 1.452 1.198 0.663 4.155 2.213 0.954 4.192 2.411 1.090 1.024 0.097 3.133 0.560 0.762 3.417 0.809 2.531 1.731 0.923 0.417 2.435 1.713 0.623 3.750 1.107 1.473 1.758 1.472 2.235 nan 3.689 nan 0.803 3.510 3.716 0.939 1.456 1.897 2.668 1.438 1.464 1.677 2.662 0.962 1.068 1.392 1.831 1.364 0.633 2.386 2.873 1.431 0.645 1.297 1.995 0.716 0.841 0.989 0.937 0.712 0.265 0.731 4.398 1.611 0.844 0.877 0.953 0.641 1.116 1.804 2.481 0.790 0.909 1.240 4.479 0.887 2.293 0.402 1.192 0.343 3.158 1.484 1.012 0.474 1.109 0.563 0.426 1.134 0.670 0.681 0.691 0.883 0.529 1271 chr17 78448190 78476354 + 0 NA Intergenic G-rich|Low_complexity|Low_complexity -11868 NM_002522 4884 Hs.514556 NM_002522 ENSG00000171246 NPTX1 NP1 neuronal pentraxin 1 protein-coding 1.241 0.973 2.425 2.130 0.081 0.793 0.355 0.151 0.011 1.284 0.090 0.080 0.107 0.161 0.073 0.230 0.147 5.060 0.764 0.174 0.040 0.104 0.105 0.293 0.500 0.185 0.105 2.332 0.073 0.122 0.127 0.088 0.542 0.063 0.088 0.109 0.129 0.218 0.247 0.035 0.072 0.170 0.258 0.104 0.096 0.093 0.618 0.667 0.246 0.323 4.438 3.453 2.048 0.544 0.289 0.326 nan 1.358 2.315 3.803 1.211 1.291 0.554 0.668 0.505 0.409 2.202 3.311 nan 0.699 1.187 0.529 0.034 0.060 0.313 2.001 0.064 0.082 0.057 0.771 0.160 0.064 1.079 0.866 0.056 0.053 0.064 0.323 0.215 0.185 0.515 0.288 0.053 0.212 1.284 0.221 0.040 5.060 0.039 1.189 0.341 2.600 0.869 0.026 0.060 0.102 0.020 0.049 0.219 1.549 0.119 0.041 0.041 0.016 1668 chr2 219175581 219194324 + 0 NA intron (NM_015488, intron 2 of 9) intron (NM_015488, intron 2 of 9) -2950 NM_022572 25953 Hs.98475 NM_015488 ENSG00000127838 PNKD BRP17|DYT8|FKSG19|FPD1|KIPP1184|MR-1|MR1|PDC|PKND1|TAHCCP2 paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia protein-coding nan 0.859 nan 0.338 0.242 0.480 0.231 1.328 0.696 0.437 0.649 0.146 0.302 0.971 0.696 0.151 0.134 0.275 0.236 1.671 0.178 0.256 0.202 0.630 1.132 0.411 3.749 1.730 0.218 0.280 0.577 0.100 0.571 0.166 1.038 0.405 0.110 0.313 0.316 0.180 0.236 0.579 0.626 0.798 1.558 0.322 0.512 0.777 0.528 1.617 0.598 0.446 0.618 0.201 0.745 0.703 0.341 0.624 1.496 nan 0.791 0.681 0.320 0.497 0.130 0.126 0.629 0.935 0.367 0.322 0.211 0.296 0.163 0.408 0.032 0.259 0.363 0.818 0.614 0.691 2.224 0.025 0.127 1.558 0.515 0.267 0.606 0.217 0.123 0.181 2.707 0.728 0.214 3.448 0.437 0.553 0.365 0.275 2.027 1.672 0.190 1.481 0.271 0.080 0.014 0.250 0.364 0.196 0.196 0.253 0.463 0.178 0.077 0.046 1715 chr20 21550150 21579456 + 0 NA intron (NR_109880, intron 1 of 3) intron (NR_109880, intron 1 of 3) 14141 NR_109880 101929625 Hs.542413 NR_109880 LINC01727 - long intergenic non-protein coding RNA 1727 ncRNA 0.748 1.031 nan 0.288 0.039 2.287 1.405 0.072 0.014 0.192 0.094 0.083 0.014 0.028 0.824 0.536 1.143 0.210 0.145 0.021 0.067 0.007 0.052 0.056 0.071 0.114 1.085 0.050 0.022 0.044 0.081 0.101 0.032 0.023 0.082 0.013 0.070 0.190 0.048 0.035 0.131 0.185 0.038 0.026 0.050 0.625 0.460 0.134 0.201 2.437 2.562 2.864 1.167 0.154 0.163 0.202 0.306 0.391 1.129 0.574 0.338 0.176 0.258 0.584 0.611 0.111 0.184 3.570 1.600 0.025 0.068 0.003 0.035 0.076 0.109 0.024 0.045 0.037 0.023 0.109 0.177 0.071 0.075 0.031 0.024 0.037 0.016 0.058 0.131 0.061 0.041 0.030 0.051 0.192 0.029 0.016 1.143 0.096 0.060 0.168 0.038 0.881 0.014 0.017 0.032 0.034 0.004 0.047 0.038 0.077 0.075 0.020 0.009 344 chr1 246589938 246601437 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 1 of 11) intron (NM_001167740, intron 1 of 11) -14973 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.519 nan 0.421 0.075 0.314 0.280 0.441 0.049 0.244 0.130 0.138 0.775 0.671 0.485 0.077 0.179 0.240 0.248 0.370 2.800 0.059 1.069 0.070 0.166 0.083 0.068 0.559 0.268 0.137 0.216 0.142 0.320 0.823 0.093 2.145 0.803 2.849 0.473 0.984 0.042 0.176 0.664 0.109 0.117 0.777 0.720 0.298 1.044 0.772 0.414 0.533 0.569 0.220 0.458 0.428 0.285 0.608 0.385 0.503 0.758 0.440 0.089 0.113 0.156 0.183 0.316 0.793 0.470 0.480 0.062 2.409 0.025 1.035 0.018 0.054 0.012 0.137 0.050 0.788 0.782 0.040 0.041 0.137 0.404 0.272 0.499 0.020 0.053 2.544 0.099 0.191 0.028 0.098 0.244 0.241 1.692 0.240 0.090 0.104 0.059 0.050 0.158 2.631 0.004 0.929 7.618 0.071 0.026 0.093 0.341 2.029 0.881 0.338 1613 chr2 145178575 145244780 + 0 NA intron (NM_001171653, intron 2 of 8) intron (NM_001171653, intron 2 of 8) -65504 NR_040248 100303491 Hs.560789 NR_040248 ENSG00000238057 ZEB2-AS1 ZEB2-AS|ZEB2AS|ZEB2NAT ZEB2 antisense RNA 1 ncRNA 1.095 nan 1.066 0.695 0.070 1.411 0.695 0.186 0.046 0.284 0.415 0.076 0.052 0.125 0.030 0.596 0.486 0.499 0.163 0.143 0.030 0.083 0.043 0.136 0.135 0.054 0.140 0.668 0.071 0.195 0.021 0.086 0.157 0.054 0.056 0.165 0.040 0.099 0.117 0.041 0.051 0.092 0.420 0.118 0.100 0.124 0.358 0.234 9.085 11.829 0.788 0.716 0.354 0.175 0.233 0.233 1.128 1.346 0.421 0.489 1.145 0.910 0.171 0.516 0.077 0.053 0.599 1.146 0.525 0.432 0.144 0.066 0.003 0.159 0.018 0.069 0.031 0.028 0.014 0.044 0.199 0.026 0.258 0.061 0.018 0.012 0.036 0.045 0.114 0.100 0.132 0.088 0.007 0.052 0.284 0.101 0.129 0.499 0.039 0.028 0.161 0.032 0.074 0.032 0.004 0.033 0.068 0.244 0.236 0.217 0.040 0.069 0.018 0.005 2103 chr5 2728474 2762778 + 0 NA TTS (NM_001134222) TTS (NM_001134222) 6143 NM_001134222 153572 Hs.282089 NM_033267 ENSG00000170561 IRX2 IRXA2 iroquois homeobox 2 protein-coding 0.355 0.765 0.727 0.095 0.050 1.092 0.636 0.088 0.256 0.811 0.119 0.146 0.028 0.108 0.013 0.097 0.144 9.003 0.384 0.568 0.156 6.488 0.285 0.108 1.081 0.535 0.942 1.648 0.026 1.129 0.389 0.119 0.798 0.738 0.043 1.686 0.308 1.028 0.894 1.883 0.445 1.418 0.978 0.077 0.193 0.164 0.267 0.162 0.219 nan 6.451 5.907 0.071 0.040 0.048 0.040 0.128 0.264 nan 0.133 nan 2.042 0.862 1.713 0.048 0.077 0.178 0.188 0.131 nan 1.088 0.908 0.915 0.062 2.457 1.006 0.327 1.025 0.904 0.009 0.645 0.016 1.581 0.110 0.039 0.026 0.065 0.059 0.071 0.213 0.102 0.035 0.016 0.128 0.811 0.098 0.016 9.003 0.026 1.108 0.232 0.337 0.018 0.465 0.035 0.090 0.182 0.629 0.508 0.022 0.813 0.324 0.015 0.009 636 chr12 6928760 6939805 + 0 NA intron (NM_019858, intron 2 of 4) intron (NM_019858, intron 2 of 4) -3256 NM_014262 10536 Hs.631655 NM_014262 ENSG00000110811 P3H3 GRCB|HSU47926|LEPREL2 prolyl 3-hydroxylase 3 protein-coding 4.142 nan nan 1.942 0.288 1.574 0.945 1.318 0.006 3.115 0.133 0.020 0.155 0.230 0.295 1.108 0.593 1.735 1.825 0.278 0.168 0.111 0.028 0.211 1.624 0.385 0.205 4.208 0.171 0.679 2.208 0.125 0.693 0.231 0.297 0.183 0.343 1.117 1.598 0.029 0.960 0.334 0.244 0.794 0.104 0.320 0.792 1.927 1.163 2.105 nan 5.915 6.436 2.419 1.761 1.812 3.794 5.476 1.757 2.107 3.144 3.164 1.383 2.933 1.924 1.296 3.114 nan 1.177 0.610 2.233 0.160 0.052 1.151 0.633 3.692 0.449 0.122 0.056 0.921 0.988 0.568 0.520 0.245 0.148 0.162 0.064 0.471 0.307 0.777 1.893 3.130 1.071 0.834 3.115 0.156 0.202 1.735 0.112 0.120 5.076 5.673 1.023 0.018 0.011 0.307 0.181 0.208 1.319 2.701 0.373 0.060 0.342 0.130 1710 chr20 18035932 18041097 + 0 NA promoter-TSS (NM_021220) promoter-TSS (NM_021220) 12 NM_021220 58495 Hs.661013 NM_021220 ENSG00000125850 OVOL2 EUROIMAGE566589|PPCD1|ZNF339 ovo like zinc finger 2 protein-coding 1.808 5.681 3.923 6.881 1.448 6.858 3.414 0.178 2.639 1.772 0.058 0.032 0.294 1.493 0.025 2.579 1.744 8.242 1.884 4.242 0.072 1.933 1.258 0.066 2.873 2.600 2.488 11.953 1.863 0.621 0.191 0.122 1.455 0.114 0.072 0.234 0.123 0.176 1.452 1.628 0.957 1.776 2.728 0.069 2.184 0.644 2.404 4.950 3.249 3.798 13.407 10.538 6.996 1.421 7.747 7.234 0.099 0.374 4.498 5.539 1.310 1.520 3.205 7.836 9.158 6.686 0.204 0.557 2.909 1.736 4.214 1.812 1.128 0.054 1.884 4.513 0.375 0.266 0.057 0.073 3.456 2.039 0.089 0.116 0.271 1.704 3.221 2.214 0.155 1.118 0.319 0.214 3.096 1.772 1.785 0.090 8.242 2.561 2.540 0.505 1.431 0.676 0.010 0.609 0.197 0.050 0.312 8.061 0.055 0.089 0.347 0.067 0.030 1406 chr19 15176681 15188631 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -15221 NM_001004713 126370 Hs.631610 NM_001004713 ENSG00000094661 OR1I1 OR19-20|OR1I1P|OR1I1Q olfactory receptor family 1 subfamily I member 1 protein-coding 0.814 0.558 0.650 0.111 0.423 0.159 0.094 0.077 1.176 0.126 0.044 0.122 0.125 0.048 0.091 0.088 0.110 0.101 0.197 0.031 0.119 0.017 0.209 nan 0.065 0.100 0.203 0.024 0.081 0.073 0.104 0.160 0.010 0.039 0.086 0.048 0.096 0.218 0.040 0.134 0.172 0.077 10.598 0.053 0.259 0.169 0.145 0.217 0.221 0.209 0.178 0.111 0.145 0.120 0.226 0.270 0.128 0.230 0.389 0.132 0.066 0.094 0.071 0.100 0.172 0.254 0.312 0.423 0.018 0.084 3.386 0.039 0.017 0.037 0.035 0.006 0.035 0.023 0.036 0.032 0.014 4.355 0.171 0.071 0.038 0.039 0.031 0.068 0.061 0.055 0.506 1.040 0.126 0.048 0.008 0.110 0.031 1.475 0.016 1.854 0.017 0.026 0.028 0.066 0.056 0.040 0.013 0.093 0.272 0.047 0.005 0.013 1104 chr17 1546608 1550594 + 0 NA TTS (NM_031430) TTS (NM_031430) 482 NR_028075 8578 Hs.647430 NM_003693 ENSG00000074660 SCARF1 SREC|SREC-I|SREC1 scavenger receptor class F member 1 protein-coding 0.981 0.850 0.998 0.310 0.579 0.376 0.162 1.285 0.236 0.353 0.062 0.040 1.920 3.210 0.170 0.276 0.228 0.511 0.190 0.615 0.559 2.258 0.505 0.186 2.784 1.319 1.925 0.503 0.695 0.134 0.081 0.094 0.494 1.125 0.076 0.677 0.059 0.361 0.258 2.021 0.368 1.029 0.752 0.299 0.700 2.485 1.031 1.156 0.479 0.819 0.768 1.042 1.476 0.348 0.482 0.608 0.204 0.349 0.338 0.534 0.366 0.258 0.316 0.431 0.198 0.201 0.459 0.644 0.400 0.270 0.056 2.613 0.133 0.371 0.310 0.203 0.139 0.351 0.234 0.097 0.144 0.024 0.079 4.599 0.592 0.392 2.954 0.137 0.306 0.958 0.674 2.838 0.139 0.182 0.353 2.498 11.697 0.511 0.554 0.415 0.148 3.191 0.263 0.495 1.897 0.495 0.390 0.059 0.123 0.061 0.498 0.354 0.708 0.406 2224 chr5 172323516 172340125 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 3 of 9) intron (NM_001031711, intron 3 of 9) -53912 NM_001317981 51121 Hs.546390 NM_016093 ENSG00000037241 RPL26L1 RPL26P1 ribosomal protein L26 like 1 protein-coding 0.816 1.743 1.611 0.407 1.433 0.186 0.106 1.986 3.125 0.191 0.475 0.126 0.708 1.310 3.460 0.687 0.157 0.342 0.838 0.977 2.669 3.561 1.927 0.705 2.839 1.957 1.506 1.291 0.713 0.157 0.293 0.095 0.889 0.596 0.856 1.782 0.166 0.790 0.512 1.938 0.122 0.536 0.273 2.212 0.754 1.211 0.216 0.313 0.536 nan 0.328 0.341 0.982 0.536 0.266 0.249 0.454 nan 0.958 1.258 0.489 0.349 0.182 0.187 0.778 1.451 0.245 0.453 0.670 0.464 0.288 1.605 1.297 0.213 0.571 0.258 0.075 1.404 1.203 1.492 0.766 0.126 0.138 2.777 0.955 0.411 1.407 0.071 0.087 0.427 1.543 0.289 2.905 0.978 0.191 3.610 2.419 0.342 0.527 2.622 0.670 0.291 0.780 4.814 0.293 1.014 6.380 0.089 0.024 0.156 0.478 1.157 4.138 2.899 1133 chr17 12658549 12672296 + 0 NA non-coding (NR_104607, exon 2 of 2) non-coding (NR_104607, exon 2 of 2) -27407 NM_001321166 9912 Hs.499758 NM_014859 ENSG00000006740 ARHGAP44 NPC-A-10|RICH2 Rho GTPase activating protein 44 protein-coding 0.619 0.414 0.458 1.369 0.016 4.547 1.858 0.068 0.027 0.066 0.043 0.058 0.042 0.046 0.018 0.058 0.052 0.095 0.110 0.169 0.009 0.040 0.071 0.085 0.075 0.071 0.257 0.011 0.078 0.025 0.045 0.093 0.017 0.045 0.034 0.028 0.055 0.250 0.055 0.017 0.090 0.085 0.092 0.045 0.106 0.437 0.398 0.187 nan 0.850 0.840 0.101 0.071 0.122 0.084 0.091 0.178 0.165 0.145 nan 0.549 0.074 0.087 0.045 0.036 0.153 0.212 0.100 0.131 0.024 0.031 0.007 0.034 0.022 0.020 0.020 0.005 0.016 0.021 0.054 0.006 0.167 0.040 0.040 0.061 0.006 0.035 0.110 0.113 0.042 0.011 0.068 0.066 0.042 0.060 0.095 0.062 0.062 0.007 0.081 0.030 0.005 0.012 0.035 0.041 0.034 0.021 0.030 0.011 0.034 0.029 0.008 2421 chr7 17636771 17649752 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 -44728 NR_110013 101927630 Hs.583400 NR_110013 ENSG00000236039 LOC101927630 - uncharacterized LOC101927630 ncRNA nan 1.142 nan 0.090 0.631 0.346 0.156 0.677 0.173 0.464 3.170 0.394 0.527 0.705 0.330 0.166 0.178 0.083 0.139 2.286 0.353 1.802 0.809 0.610 11.703 6.935 9.209 0.388 0.930 0.086 0.051 0.156 2.226 0.984 0.099 3.400 0.613 1.376 0.955 0.731 0.285 2.874 0.316 0.697 0.608 1.163 nan 0.198 1.250 4.888 0.247 0.402 1.033 0.149 0.222 0.251 0.177 0.309 0.248 0.250 0.171 0.110 0.131 0.148 0.389 0.891 0.211 0.417 0.371 0.468 0.065 0.625 0.523 0.594 0.073 0.105 0.011 3.733 2.503 0.040 0.283 0.057 0.024 0.633 0.265 0.102 1.635 0.097 0.178 0.879 0.251 0.044 1.572 2.385 0.464 0.982 0.214 0.083 1.347 0.871 0.037 0.116 0.183 1.400 0.408 2.357 1.027 0.125 0.008 0.047 0.492 0.446 0.018 0.008 209 chr1 155655988 155684859 + 0 NA intron (NM_033657, intron 1 of 12) SVA_F|Other|Other 11538 NM_004632 7818 Hs.516746 NM_004632 ENSG00000132676 DAP3 DAP-3|MRP-S29|MRPS29|bMRP-10 death associated protein 3 protein-coding nan nan 2.068 0.938 1.015 1.020 0.444 0.990 0.633 1.225 1.068 0.260 0.627 1.498 1.256 0.838 0.530 1.148 0.838 1.082 0.312 0.803 0.549 0.479 1.999 1.125 1.149 3.691 0.760 1.005 0.996 0.165 1.821 0.852 0.502 0.778 0.266 1.155 1.250 0.935 0.317 1.474 2.252 0.728 0.800 0.836 1.772 1.799 2.085 3.143 2.344 nan 2.043 1.123 2.069 2.120 1.293 1.851 1.569 2.622 1.711 1.750 2.660 3.968 1.093 1.464 4.246 7.617 0.864 0.548 0.757 0.988 0.435 0.747 0.783 1.858 0.800 0.959 1.116 0.735 1.316 0.332 0.621 1.309 1.181 0.538 0.589 0.537 0.463 0.761 1.105 1.225 0.411 0.710 1.225 1.910 1.142 1.148 0.710 0.893 0.361 2.272 1.179 0.714 0.311 1.172 0.489 0.590 1.221 2.599 0.521 0.488 0.632 0.356 1905 chr3 56809766 56822176 + 0 NA intron (NM_001128615, intron 4 of 12) intron (NM_001128615, intron 4 of 12) -6226 NM_001128616 50650 Hs.476402 NM_019555 ENSG00000163947 ARHGEF3 GEF3|STA3|XPLN Rho guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.391 1.379 nan 0.376 0.052 0.387 0.245 0.144 0.185 0.140 0.179 0.090 0.046 0.156 0.041 0.227 0.348 0.722 0.203 0.351 0.090 0.087 0.111 0.149 2.511 0.253 0.285 2.045 0.247 0.078 0.053 0.100 0.302 0.067 0.056 0.319 0.007 0.050 0.165 0.075 0.040 0.316 0.126 0.102 0.178 0.218 0.537 0.543 0.422 0.968 0.641 0.743 1.107 0.380 0.383 0.339 0.594 1.228 3.366 2.876 nan 0.315 0.396 0.767 0.685 0.615 0.174 0.286 1.802 1.044 1.578 0.114 0.023 0.177 0.188 0.570 0.023 0.255 0.051 0.050 0.143 0.129 0.013 0.106 0.029 0.013 0.093 0.026 0.068 0.097 0.590 0.091 0.159 0.151 0.140 0.149 0.045 0.722 0.118 0.080 0.205 0.035 2.950 0.011 0.010 0.113 0.187 0.074 0.312 0.102 0.135 0.046 0.009 0.012 1118 chr17 7151735 7157357 + 0 NA promoter-TSS (NM_203415) promoter-TSS (NM_203415) 449 NM_001143775 23399 Hs.513913 NM_015343 ENSG00000175826 CTDNEP1 DULLARD|HSA011916|NET56 CTD nuclear envelope phosphatase 1 protein-coding 4.924 2.650 3.176 2.890 2.434 4.949 2.820 2.878 1.886 3.732 2.026 0.305 1.448 6.146 4.028 1.846 0.772 4.903 1.677 2.274 1.233 3.161 1.070 2.651 6.507 5.415 5.965 6.415 0.780 2.433 11.592 0.368 6.860 1.177 2.551 3.357 1.418 4.495 3.751 2.060 1.347 4.075 3.502 3.095 3.920 2.946 5.507 6.278 4.941 7.330 8.498 7.064 6.270 3.768 7.646 7.922 3.998 4.957 6.243 7.957 3.798 3.708 2.822 4.172 3.119 3.870 6.761 9.873 2.353 1.087 3.879 2.451 2.115 2.030 2.460 3.287 1.915 1.377 1.908 1.882 4.464 0.591 2.119 6.676 4.221 1.904 3.053 1.633 1.099 2.824 5.965 5.432 2.337 2.015 3.732 9.198 5.767 4.903 2.727 2.387 1.622 7.238 4.366 1.845 1.202 3.920 1.667 1.503 1.414 3.469 1.880 1.019 3.112 1.848 1575 chr2 85472567 85491967 + 0 NA intron (NM_031283, intron 3 of 11) intron (NM_031283, intron 3 of 11) 41492 NR_136323 102724579 Hs.669216 NR_136323 LOC102724579 - uncharacterized LOC102724579 ncRNA nan 0.936 nan 0.240 0.418 0.653 0.257 0.152 2.496 0.297 1.654 0.182 0.087 0.235 0.101 0.137 0.110 0.719 0.222 0.119 0.134 0.105 0.095 0.170 0.915 0.162 1.692 1.064 0.035 0.099 0.117 0.108 0.470 0.139 0.089 0.558 0.070 0.161 0.566 0.225 0.383 0.607 0.266 0.076 1.312 0.075 0.721 0.385 1.061 2.133 0.764 0.861 0.855 0.331 0.263 0.289 0.107 0.231 1.035 0.946 0.698 0.473 0.229 0.302 0.132 0.156 1.795 6.004 1.443 0.950 0.649 0.187 2.058 0.189 0.119 0.105 0.021 0.224 0.150 0.241 0.093 0.050 0.082 0.259 0.087 0.065 0.100 0.037 0.063 0.472 0.315 0.083 0.090 0.123 0.297 0.290 0.049 0.719 0.031 1.595 0.040 0.193 0.084 0.112 0.002 0.085 0.268 0.061 0.049 2.660 0.125 0.083 0.095 0.034 117 chr1 55257981 55268262 + 0 NA intron (NM_017904, intron 1 of 5) AluSq2|SINE|Alu 3820 NM_001114108 55001 Hs.16230 NM_017904 ENSG00000006555 TTC22 - tetratricopeptide repeat domain 22 protein-coding 1.386 1.066 0.917 0.206 0.777 0.411 0.233 0.468 0.079 0.367 0.140 0.047 1.086 1.466 0.061 0.093 0.163 0.093 0.253 2.674 0.060 1.079 0.495 0.213 nan 0.670 0.332 0.806 0.413 0.104 0.117 0.085 0.862 0.126 0.067 0.077 0.039 0.080 1.635 0.823 0.816 2.042 11.426 0.124 1.797 0.126 0.317 0.395 0.169 0.380 0.765 1.009 1.082 0.293 0.496 0.509 0.450 0.768 1.134 1.666 0.409 0.245 0.723 1.525 0.113 0.167 0.379 nan 0.797 0.562 0.248 2.042 0.346 0.162 0.086 0.195 1.267 0.938 0.057 0.090 0.018 0.780 0.128 0.071 0.053 0.888 0.061 0.082 0.148 0.314 0.076 1.074 1.497 0.367 0.891 0.119 0.093 1.592 1.829 0.089 0.232 0.050 0.033 0.914 0.131 0.087 0.066 2.039 0.156 0.030 0.303 0.034 2428 chr7 26104004 26145661 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -67015 NM_004289 9603 Hs.404741 NM_004289 ENSG00000050344 NFE2L3 NRF3 nuclear factor, erythroid 2 like 3 protein-coding 1.564 1.059 1.495 0.141 0.135 0.335 0.185 0.103 0.036 0.852 0.104 0.127 0.031 0.051 0.057 0.136 0.143 0.132 0.476 0.280 0.052 0.171 0.101 0.163 1.476 0.232 0.460 0.450 0.014 0.140 0.104 0.159 0.517 0.133 0.073 0.221 0.025 0.068 0.338 0.060 0.096 0.550 0.283 0.121 0.709 0.239 0.624 0.490 0.245 nan 0.432 0.566 1.131 0.352 0.432 0.481 0.646 0.962 0.475 0.546 1.295 1.025 0.230 0.288 0.151 0.197 1.149 nan 0.394 0.401 0.164 0.128 0.153 0.064 0.075 0.158 0.020 0.202 0.069 0.021 0.131 0.039 0.130 0.144 0.030 0.030 0.265 0.063 0.073 0.189 0.115 0.046 0.087 0.204 0.852 0.048 0.066 0.132 0.088 0.170 0.102 0.119 0.042 0.020 0.021 0.099 0.091 0.055 0.055 1.305 0.051 0.093 0.025 0.015 2207 chr5 148922237 148945013 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2510 NM_001892 1452 Hs.529862 NM_001892 ENSG00000113712 CSNK1A1 CK1|CK1a|CKIa|HEL-S-77p|HLCDGP1|PRO2975 casein kinase 1 alpha 1 protein-coding nan 2.152 1.592 1.485 2.136 2.005 1.058 1.694 1.244 0.997 1.705 0.338 1.084 2.241 1.777 0.747 0.357 1.951 0.762 1.639 0.674 1.894 1.514 1.991 7.373 4.860 2.681 4.796 1.630 3.391 1.927 0.115 4.524 2.367 1.360 1.953 0.592 2.261 2.347 2.301 1.017 2.856 4.089 2.206 2.514 1.018 1.556 1.350 3.382 4.496 2.412 2.480 2.374 1.251 3.026 3.378 1.623 2.262 3.169 5.009 3.210 2.564 1.773 3.036 1.522 2.405 1.490 2.307 1.169 0.572 0.895 3.533 1.475 1.990 0.590 1.531 0.577 3.394 3.362 0.630 2.843 0.409 0.777 1.868 1.735 0.934 1.985 0.873 1.008 3.481 1.550 3.992 1.448 2.220 0.997 2.769 5.037 1.951 1.226 1.719 0.315 1.950 0.764 1.688 1.529 1.710 1.266 2.428 0.972 0.634 1.881 1.301 2.852 2.341 600 chr11 120195443 120216011 + 0 NA Intergenic Intergenic -1891 NM_015313 23365 Hs.24598 NM_015313 ENSG00000196914 ARHGEF12 LARG|PRO2792 Rho guanine nucleotide exchange factor 12 protein-coding 1.292 1.561 1.217 0.724 0.710 1.350 0.662 1.912 0.545 0.971 1.248 0.094 0.405 1.271 2.891 0.931 0.609 1.360 0.716 1.303 0.752 1.370 0.766 1.197 2.761 1.859 0.942 3.674 0.558 1.081 1.066 0.138 2.986 0.999 1.532 2.967 0.635 2.891 1.015 1.753 0.511 2.180 2.340 1.409 1.929 1.014 2.026 2.929 2.081 3.491 2.184 1.852 2.922 1.285 4.714 4.616 2.131 2.928 1.973 2.313 1.967 1.891 2.359 4.796 1.238 1.067 0.843 nan 1.616 0.972 1.206 1.606 0.335 2.027 0.509 1.024 0.471 1.293 0.872 1.338 0.943 0.208 0.713 3.737 2.455 1.125 0.777 0.785 0.788 2.112 1.065 1.913 0.994 2.169 0.971 1.328 5.084 1.360 1.103 1.357 0.206 1.677 1.001 1.966 0.575 1.630 1.339 0.738 1.522 0.391 0.999 0.728 1.319 0.952 80 chr1 36688292 36692649 + 0 NA intron (NM_005119, intron 1 of 11) intron (NM_005119, intron 1 of 11) 453 NM_005119 9967 Hs.744057 NM_005119 ENSG00000054118 THRAP3 TRAP150 thyroid hormone receptor associated protein 3 protein-coding 5.337 nan 4.100 7.940 4.059 3.686 1.905 3.856 1.675 2.507 4.137 0.554 1.088 3.253 3.413 2.586 1.186 5.737 1.868 1.673 1.506 3.334 1.278 2.089 4.798 3.389 3.421 9.171 1.592 2.548 5.371 0.121 3.740 1.029 1.791 2.771 1.224 5.487 2.814 2.408 0.779 3.411 7.132 2.053 2.960 1.677 3.488 2.894 6.728 9.272 9.141 7.939 nan 2.613 11.718 12.902 4.933 5.883 11.099 17.923 nan 4.229 4.118 6.545 2.188 3.096 5.811 5.402 2.779 nan 3.069 3.776 1.464 3.307 1.280 2.169 1.759 2.250 2.317 2.190 3.191 0.418 1.878 6.040 2.856 1.193 1.158 1.074 0.923 8.127 2.917 4.196 2.302 1.271 2.507 4.091 3.103 5.737 1.546 1.520 0.649 4.381 2.139 2.941 1.594 1.950 2.208 1.553 1.885 1.391 1.781 1.063 2.207 1.390 336 chr1 245019029 245034543 + 0 NA intron (NM_004501, intron 1 of 13) CpG 1041 NM_004501 3192 Hs.106212 NM_004501 ENSG00000153187 HNRNPU HNRNPU-AS1|HNRPU|SAF-A|SAFA|U21.1|hnRNP U heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U protein-coding nan 4.910 nan 5.091 2.278 5.122 2.830 2.219 1.184 3.618 2.358 0.275 0.684 2.655 2.190 2.715 1.328 3.821 2.379 1.990 0.766 3.154 1.352 1.196 3.518 2.265 2.818 5.197 0.810 2.461 3.343 0.178 5.126 0.603 1.228 3.723 0.651 2.214 2.442 2.034 0.587 3.227 4.149 1.636 1.843 2.014 3.868 3.682 6.062 8.632 7.203 6.878 5.573 2.689 10.707 11.410 2.930 3.526 3.612 5.358 3.957 4.567 1.381 2.661 4.062 4.333 5.400 5.402 2.219 1.330 2.801 1.778 0.824 2.004 0.743 1.653 2.520 2.904 3.852 1.192 5.050 0.960 1.728 3.438 2.959 1.247 1.679 1.244 0.887 2.963 2.493 2.506 2.029 3.725 3.618 3.241 1.843 3.821 1.224 2.012 0.744 2.041 1.737 1.320 0.584 2.759 0.895 1.542 0.728 1.692 0.981 2.238 1.503 1.035 2472 chr7 101761141 101780776 + 0 NA intron (NM_181500, intron 8 of 22) L1ME4a|LINE|L1 -157395 NM_020979 10603 Hs.489448 NM_020979 ENSG00000160999 SH2B2 APS SH2B adaptor protein 2 protein-coding nan 0.534 0.736 0.219 0.124 0.338 0.152 0.806 0.979 0.193 0.267 0.139 0.485 0.757 3.209 0.223 0.142 0.181 0.337 0.380 0.360 1.019 0.376 0.388 0.636 0.368 0.900 0.399 0.327 0.300 0.244 0.131 1.130 0.450 0.350 0.654 0.256 0.636 0.471 0.730 0.078 0.767 0.785 0.699 0.369 0.271 1.518 1.806 3.294 4.326 0.342 0.431 1.257 0.374 0.207 0.234 0.400 0.730 0.778 0.657 0.348 0.184 1.101 1.468 0.150 0.184 0.325 nan 0.813 0.520 0.108 1.292 0.079 0.613 0.189 0.177 0.057 0.532 0.306 1.170 5.238 0.043 0.157 1.488 0.408 0.221 0.413 0.091 0.087 1.235 4.117 0.395 1.246 1.715 0.193 0.998 0.900 0.181 0.538 0.827 0.054 1.319 0.222 0.504 0.282 0.921 0.726 0.094 0.551 0.138 0.159 0.139 0.366 0.287 457 chr11 12327522 12356284 + 0 NA intron (NM_032867, intron 4 of 8) intron (NM_032867, intron 4 of 8) 33456 NM_032867 84953 Hs.128196 NM_032867 ENSG00000133808 MICALCL Ebitein1 MICAL C-terminal like protein-coding 1.433 nan 1.959 2.746 0.091 2.919 1.566 0.111 0.035 2.498 1.096 0.163 0.033 0.099 0.015 1.321 0.696 10.673 1.548 0.275 0.026 0.064 0.033 0.115 0.180 0.081 0.112 5.768 0.046 0.108 0.034 0.085 0.104 0.016 0.065 0.090 0.058 0.127 0.271 0.015 0.014 0.148 0.096 0.086 0.100 0.054 nan 2.173 3.404 2.944 6.891 7.453 4.092 1.308 10.887 11.768 2.230 nan 2.085 1.245 3.479 3.203 2.028 3.251 3.533 3.754 0.830 1.403 3.699 nan 6.734 0.090 0.029 0.122 0.362 2.170 0.029 0.041 0.020 0.030 0.112 1.200 2.421 0.083 0.033 0.038 0.015 0.052 0.084 0.112 0.060 0.047 0.014 0.060 2.498 0.044 0.029 10.673 0.043 0.043 0.313 0.030 0.897 0.045 0.009 0.030 0.058 0.109 2.476 0.605 0.050 0.029 0.010 0.020 1301 chr18 12391185 12421570 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -1518 NM_001142405 10650 Hs.514718 NM_006553 ENSG00000141391 PRELID3A C18orf43|HFL-EDDG1|SLMO1 PRELI domain containing 3A protein-coding 1.637 1.630 1.591 1.320 0.583 1.139 0.634 0.549 0.092 0.693 0.326 0.196 0.274 0.622 0.285 0.527 0.269 1.901 0.274 0.724 0.220 0.223 0.282 0.140 0.800 0.287 0.356 1.684 0.607 0.233 1.013 0.148 0.949 0.105 0.143 0.297 0.260 0.662 0.761 0.158 0.138 0.732 1.310 0.405 0.539 0.356 2.096 2.160 0.556 0.939 2.869 2.690 5.370 1.907 1.881 1.837 0.880 1.380 0.965 1.677 1.978 2.251 0.683 1.064 1.765 1.721 1.977 1.991 2.560 1.322 0.934 0.825 0.227 0.769 0.145 0.343 0.209 0.374 0.246 0.518 0.746 0.351 0.824 1.249 0.687 0.357 0.207 0.139 0.129 0.712 0.547 0.809 0.400 0.573 0.693 0.898 0.979 1.901 0.217 0.360 0.442 1.123 0.472 0.237 0.036 0.426 0.238 0.046 0.423 1.138 0.213 0.177 0.103 0.064 821 chr13 112560044 112635967 + 0 NA Intergenic Intergenic -28619 NR_120392 100505996 Hs.654853 NR_120392 ENSG00000224243 LINC00403 - long intergenic non-protein coding RNA 403 ncRNA 0.588 nan 0.786 0.762 0.031 1.033 0.510 0.065 0.002 1.324 0.066 0.068 0.002 0.075 0.012 0.273 0.164 3.266 0.098 0.167 0.009 0.030 0.010 0.078 0.501 0.132 0.036 1.902 0.052 0.066 0.033 0.067 0.107 0.006 0.036 0.045 0.009 0.043 0.169 0.013 0.016 0.170 0.048 0.056 0.068 0.040 0.452 0.236 0.119 0.232 6.825 6.286 0.715 0.292 0.049 0.055 0.042 0.069 2.732 2.718 0.292 0.160 0.369 0.443 0.260 0.249 0.115 0.169 0.499 0.305 1.231 0.032 0.023 0.025 1.143 0.005 0.002 0.012 0.008 0.039 0.037 0.190 0.160 0.030 0.017 0.053 0.011 0.009 0.113 0.040 0.018 0.019 0.032 1.324 0.071 0.015 3.266 0.021 0.039 0.013 0.038 0.034 0.008 0.009 0.024 0.034 0.030 0.139 0.036 0.044 0.032 0.017 0.009 696 chr12 53885017 53899551 + 0 NA intron (NM_006301, intron 1 of 14) intron (NM_006301, intron 1 of 14) 1160 NM_006301 7786 Hs.713539 NM_006301 ENSG00000139625 MAP3K12 DLK|MEKK12|MUK|ZPK|ZPKP1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 protein-coding nan 2.235 1.536 1.711 0.891 2.285 1.147 2.754 1.378 2.568 1.350 0.233 0.405 1.128 3.228 1.118 0.547 2.186 1.597 0.888 1.150 1.059 0.603 1.706 3.921 2.020 1.317 6.611 0.723 1.442 2.606 0.090 2.219 1.003 0.829 1.206 0.300 1.128 1.253 0.849 0.574 3.057 2.807 0.974 1.905 0.927 nan 3.708 2.449 3.520 4.414 nan 6.209 2.835 2.900 3.047 1.948 nan 4.173 nan 3.586 3.514 0.916 1.677 3.581 4.170 1.976 3.085 2.916 1.437 0.809 1.247 0.933 3.101 1.084 2.458 1.860 1.677 1.609 2.464 1.901 0.823 0.707 2.382 1.399 0.658 0.738 0.760 0.592 2.465 3.510 3.586 1.563 1.518 2.568 1.369 1.494 2.186 0.841 1.663 0.909 3.256 1.481 0.874 0.501 1.942 2.070 0.498 0.640 0.688 1.144 0.487 1.113 0.707 383 chr10 34916282 34929621 + 0 NA intron (NM_001184785, intron 2 of 24) intron (NM_001184785, intron 2 of 24) 181302 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.742 0.858 0.900 0.086 0.129 2.170 1.125 0.277 0.009 0.362 0.967 0.243 0.057 0.118 0.913 0.498 0.185 0.799 0.142 0.144 0.093 0.097 0.063 0.219 0.195 0.097 0.125 0.412 0.057 0.140 0.164 0.087 0.358 0.273 0.068 0.041 0.060 0.252 0.209 0.049 0.018 0.239 0.257 0.142 0.116 0.173 1.088 0.740 2.623 nan 1.241 1.101 1.983 0.677 9.544 9.525 0.420 0.734 0.578 0.937 0.223 0.114 0.673 1.152 0.246 0.186 0.255 0.567 0.699 0.485 0.034 0.192 0.015 0.496 0.018 0.094 0.248 0.212 0.076 0.271 0.162 0.065 0.113 0.055 0.059 0.018 0.132 0.088 0.083 0.172 0.896 0.085 0.195 0.265 0.362 0.204 6.419 0.799 0.092 0.118 0.102 0.110 0.167 0.010 0.060 0.154 0.178 0.061 0.814 0.171 0.062 0.098 0.026 2532 chr8 42744357 42756160 + 0 NA intron (NR_027669, intron 1 of 5) AluJo|SINE|Alu 1160 NR_039679 100616115 NR_039679 ENSG00000120925 MIR4469 mir-4469 microRNA 4469 ncRNA 2.192 nan 2.103 1.954 2.556 2.328 1.204 1.139 3.721 1.409 1.080 0.156 0.564 1.312 0.605 0.756 0.418 2.283 0.610 1.198 0.472 0.987 1.261 0.698 2.028 1.161 4.924 3.525 0.583 0.861 1.912 0.125 3.705 0.591 0.624 2.266 0.281 1.248 1.687 1.311 1.352 1.679 2.247 1.636 1.804 0.853 2.172 2.786 2.402 3.673 3.810 3.552 2.803 0.820 4.638 4.380 1.562 2.038 1.678 2.619 2.052 2.084 0.786 2.116 3.818 3.396 1.964 2.470 2.502 1.338 0.996 1.088 0.461 1.034 0.679 3.349 1.260 1.305 1.189 2.143 0.790 0.711 0.667 2.288 1.981 1.196 0.482 1.176 0.719 1.686 2.128 1.724 0.768 0.819 1.409 2.153 0.447 2.283 1.062 2.029 0.353 1.912 1.470 0.632 0.277 0.819 0.622 0.329 0.320 0.783 0.772 1.292 2.051 2.467 1873 chr3 11264398 11268801 + 0 NA intron (NM_001098212, intron 1 of 1) intron (NM_001098212, intron 1 of 1) -1070 NM_001098211 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 3.013 0.683 0.427 1.679 0.182 0.183 2.805 0.204 2.367 0.219 1.280 3.011 2.893 0.072 0.078 0.054 0.371 1.502 1.490 6.363 2.566 1.874 4.494 3.613 1.457 0.253 1.491 0.141 0.066 1.380 1.580 0.477 3.765 0.777 2.762 0.337 2.677 0.019 2.953 0.170 2.508 1.788 1.666 0.133 0.073 0.325 0.983 0.329 0.430 0.254 0.070 0.103 0.109 0.089 0.177 0.149 0.273 0.254 0.180 0.126 0.223 0.146 0.411 0.157 0.156 0.363 0.325 0.074 2.481 0.820 3.481 0.969 0.083 0.031 1.650 1.878 0.033 1.728 0.066 5.145 7.809 2.598 1.730 0.124 4.719 1.296 0.964 1.218 2.271 0.204 4.003 3.765 0.054 1.193 0.281 0.181 0.527 0.759 5.140 2.192 3.484 2.789 0.100 0.022 0.058 2.814 1.573 2.576 2.299 1721 chr20 22773727 22778984 + 0 NA Intergenic Intergenic -188200 NR_109883 101929685 Hs.563018 NR_109883 ENSG00000237396 LINC01384 - long intergenic non-protein coding RNA 1384 ncRNA 0.555 1.074 nan 0.200 0.038 0.193 0.062 1.810 0.153 0.326 0.537 0.148 0.101 0.082 0.346 0.197 0.108 0.023 0.239 0.287 0.702 0.954 1.874 0.139 1.340 0.216 1.118 0.432 0.223 0.041 0.041 0.040 0.150 0.336 1.395 1.643 2.256 3.899 0.557 1.132 0.474 0.358 0.188 0.907 0.217 0.496 0.467 0.215 0.401 1.151 0.295 0.255 0.269 0.104 0.070 0.126 0.120 0.403 0.204 0.260 0.464 0.121 0.106 0.088 2.829 3.123 0.129 0.239 1.023 1.052 1.539 0.092 2.117 0.075 0.050 0.028 1.175 0.771 0.072 0.083 0.531 0.015 0.577 1.692 0.918 0.413 0.015 0.134 0.113 0.805 0.026 0.271 0.400 0.326 0.053 0.303 0.023 0.711 0.080 0.019 0.044 0.039 2.450 0.273 1.752 1.630 0.023 0.037 0.070 0.865 0.519 2.020 1.852 2497 chr7 137615174 137653733 + 0 NA intron (NM_194071, intron 1 of 11) intron (NM_194071, intron 1 of 11) -3641 NM_001243523 100130880 Hs.712161 NM_001243523 LOC100130880 - uncharacterized LOC100130880 protein-coding nan nan nan 0.140 0.666 0.374 0.245 0.432 0.789 0.189 0.519 0.172 0.964 1.141 0.078 0.276 0.182 0.099 1.409 2.093 0.181 0.387 0.648 0.308 5.652 1.702 3.081 0.853 0.377 0.087 0.085 0.146 0.326 0.105 0.452 0.335 0.146 0.599 0.345 0.704 0.064 0.326 0.423 0.683 0.739 0.222 0.888 1.241 0.478 0.750 0.308 0.435 nan 0.314 1.029 1.030 0.754 nan 0.574 0.799 nan 0.474 0.254 0.451 0.219 0.231 0.621 1.119 1.071 nan 0.225 0.518 0.293 0.428 0.091 0.417 0.029 0.675 0.362 0.092 0.675 0.032 0.266 0.159 0.115 0.080 0.874 0.039 0.038 0.182 0.435 0.176 1.464 1.706 0.189 1.445 0.179 0.099 0.448 2.013 0.101 0.123 0.082 0.612 0.007 0.359 0.449 0.054 0.120 0.211 0.074 0.386 0.028 0.015 2179 chr5 126110156 126116807 + 0 NA exon (NM_005573, exon 1 of 11) exon (NM_005573, exon 1 of 11) 636 NM_001198557 4001 Hs.89497 NM_005573 ENSG00000113368 LMNB1 ADLD|LMN|LMN2|LMNB lamin B1 protein-coding nan 6.018 4.140 4.904 5.065 9.533 5.224 4.686 2.237 3.387 2.135 0.476 1.535 4.089 4.928 2.526 1.288 4.042 2.369 2.073 0.890 4.174 1.503 5.164 7.333 3.216 3.117 11.693 2.085 6.576 8.821 0.250 4.750 1.542 3.406 4.566 0.876 4.805 1.941 3.673 1.501 1.691 13.574 3.309 2.819 2.206 3.869 4.616 7.108 nan 11.595 10.202 6.634 2.901 14.615 15.232 5.690 6.922 6.871 11.404 10.155 13.067 2.478 5.008 13.276 13.773 6.278 5.978 2.503 1.529 4.845 4.484 1.763 2.191 1.256 8.240 2.239 3.745 4.528 2.352 5.911 4.059 4.761 6.218 5.793 2.452 1.917 1.969 1.607 4.750 5.180 4.921 3.827 3.034 3.387 5.230 6.022 4.042 2.140 1.174 1.312 5.941 4.024 4.271 2.742 3.313 1.524 4.646 2.329 3.244 3.869 2.079 5.033 3.361 2172 chr5 90932525 90941415 + 0 NA Intergenic Intergenic -257780 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 5.093 0.566 0.079 0.065 0.247 0.251 0.062 0.021 0.188 0.160 0.127 0.036 0.095 0.128 0.035 0.047 0.130 0.131 0.042 0.123 0.035 0.189 0.358 0.118 0.105 0.291 0.115 0.108 0.061 0.121 0.106 0.013 0.051 0.109 0.140 0.200 0.009 0.105 0.057 0.142 0.087 0.059 0.235 0.133 1.886 0.437 0.288 0.407 0.333 0.121 0.162 0.180 0.446 0.472 0.303 0.333 0.547 0.140 0.079 0.186 0.148 0.182 0.242 nan 0.564 0.351 0.013 0.055 0.011 0.040 0.033 0.050 0.109 0.047 0.016 0.049 0.073 0.010 0.018 0.045 0.012 0.009 0.017 0.045 0.087 0.040 0.009 0.083 0.188 0.032 0.273 0.027 0.037 0.072 0.332 0.037 0.024 0.071 0.037 0.103 0.044 0.112 0.008 0.095 0.052 0.011 1431 chr19 36388937 36398117 + 0 NA exon (NM_014266, exon 1 of 4) exon (NM_014266, exon 1 of 4) 145 NM_014266 10870 Hs.117339 NM_014266 ENSG00000126264 HCST DAP10|KAP10|PIK3AP hematopoietic cell signal transducer protein-coding 1.944 1.638 1.596 3.532 1.670 1.914 0.893 2.820 1.127 1.783 0.474 0.104 0.639 2.159 1.302 0.512 0.503 1.628 1.248 1.216 0.769 1.826 0.529 2.521 2.676 1.627 1.392 7.411 0.750 0.501 2.762 0.139 1.609 0.663 0.757 1.700 0.590 1.503 1.139 1.226 0.590 1.920 2.550 1.571 1.344 0.880 0.925 1.534 1.514 2.408 2.875 2.513 2.666 0.750 0.218 0.348 1.578 2.074 1.985 2.725 nan 1.807 1.766 2.585 0.775 0.889 1.590 3.137 2.043 1.149 1.142 1.175 1.494 0.985 1.016 1.577 0.724 1.813 1.446 2.612 0.935 0.074 0.370 2.740 2.211 1.097 0.310 0.385 0.197 0.805 3.666 9.277 1.385 1.081 1.783 2.473 1.259 1.628 0.761 0.903 0.475 2.791 1.232 1.078 0.468 0.564 1.177 0.253 0.930 0.975 1.632 0.992 0.634 0.354 92 chr1 41155844 41160158 + 0 NA promoter-TSS (NR_024567) promoter-TSS (NR_024567) -68 NR_024567 100130557 Hs.233458 NR_024567 NFYC-AS1 0808y08y NFYC antisense RNA 1 ncRNA 27.539 3.527 nan 3.499 3.838 4.758 2.417 3.795 2.304 4.158 2.540 0.333 1.010 2.744 3.834 2.531 1.416 7.409 1.431 1.573 1.091 3.191 1.071 1.249 6.053 2.853 2.726 10.069 1.632 7.437 4.285 0.245 4.813 1.614 2.375 4.876 0.815 4.024 3.107 2.553 0.848 3.660 6.305 2.701 3.083 1.593 5.834 5.292 6.923 10.031 9.270 9.306 4.703 3.236 11.652 12.781 6.190 nan 10.707 14.443 8.546 7.988 9.434 nan 3.758 3.876 7.135 6.616 3.300 1.413 4.005 3.634 1.639 2.316 2.009 3.368 2.984 1.739 1.966 2.309 3.588 0.728 3.695 4.609 3.318 1.304 2.394 1.265 0.983 3.315 2.566 3.538 3.366 2.043 4.158 3.607 5.469 7.409 1.492 3.186 1.354 4.200 1.883 1.823 1.400 1.827 1.888 4.512 3.834 2.235 1.734 0.943 2.830 2.127 1489 chr19 50174974 50184276 + 0 NA promoter-TSS (NM_001207042) promoter-TSS (NM_001207042) -784 NM_001207042 3276 Hs.20521 NM_001536 ENSG00000126457 PRMT1 ANM1|HCP1|HRMT1L2|IR1B4 protein arginine methyltransferase 1 protein-coding 3.338 1.723 3.069 2.148 2.882 4.251 2.477 4.397 0.394 2.119 1.341 0.225 1.079 2.538 2.197 1.129 0.615 2.307 1.290 3.389 0.865 1.561 0.605 1.171 4.349 2.687 3.388 3.358 0.990 1.724 3.263 0.145 2.429 0.496 1.523 2.018 0.560 2.067 2.521 1.424 0.555 2.229 3.232 1.797 3.264 1.019 2.588 2.622 2.469 4.036 3.619 4.122 6.281 3.173 7.652 8.248 2.231 3.057 5.767 7.412 7.671 7.046 1.760 2.692 4.926 4.994 4.573 8.174 2.805 1.582 1.488 1.150 1.184 2.507 1.394 4.312 1.103 0.627 1.040 0.946 2.212 0.983 0.882 6.633 1.774 0.677 0.917 0.769 0.561 1.099 4.194 2.664 2.955 1.451 2.119 3.099 0.775 2.307 1.410 1.865 1.031 3.659 1.302 0.838 0.729 1.715 1.474 0.925 0.883 2.157 1.021 0.755 1.622 1.056 1212 chr17 44654430 44669798 + 0 NA Intergenic Intergenic -5026 NM_001113738 51326 Hs.559259 NM_016632 ENSG00000185829 ARL17A ARF1P2|ARL17P1 ADP ribosylation factor like GTPase 17A protein-coding 3.438 2.905 nan 1.638 2.621 4.515 2.323 1.593 1.156 1.124 0.505 0.282 0.505 1.065 0.663 1.779 1.000 3.454 1.146 2.074 0.330 0.773 0.731 0.644 nan 2.297 1.302 4.152 0.819 3.814 1.013 0.112 2.069 0.430 1.177 0.795 0.282 1.593 1.161 1.159 1.335 3.503 6.922 0.978 4.332 1.492 1.888 1.688 2.881 3.501 1.681 nan 3.173 0.933 13.658 13.934 1.997 2.700 2.552 nan 3.965 3.687 1.747 2.893 4.406 6.011 3.591 4.715 3.438 1.775 0.942 2.883 2.208 1.949 0.493 3.213 0.487 1.419 1.603 0.933 2.160 1.404 0.847 2.519 0.772 0.369 0.625 0.864 1.050 1.092 1.605 3.204 1.286 2.641 1.124 1.095 1.313 3.454 2.269 1.604 0.556 2.718 2.409 0.591 0.739 0.590 0.333 1.326 1.171 1.265 0.739 0.350 0.813 0.471 2253 chr6 12006963 12015236 + 0 NA Intergenic Intergenic -1625 NM_002114 3096 Hs.567284 NM_002114 ENSG00000095951 HIVEP1 CIRIP|CRYBP1|GAAP|MBP-1|PRDII-BF1|Schnurri-1|ZAS1|ZNF40|ZNF40A human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 1 protein-coding 6.384 nan 4.514 3.189 3.014 3.042 1.822 4.589 3.187 4.069 6.483 0.404 0.878 2.733 3.735 1.785 0.732 3.267 1.943 2.502 1.154 3.581 2.053 3.337 3.114 3.251 7.088 4.901 1.060 1.628 2.664 0.117 5.871 0.955 2.098 4.865 1.733 7.291 3.679 1.574 2.019 1.847 4.388 3.302 7.071 1.668 3.434 6.160 6.047 9.613 5.279 3.652 5.270 1.969 6.483 6.123 2.514 2.997 4.971 9.051 3.752 5.763 1.715 4.001 3.751 2.683 4.852 5.734 2.064 1.205 1.121 1.906 1.646 2.943 1.598 3.429 1.422 3.101 4.222 1.333 2.353 1.198 3.223 7.329 4.266 1.887 0.978 1.438 1.036 2.812 3.751 5.767 2.669 4.555 4.069 6.841 4.544 3.267 1.284 3.066 0.917 6.193 2.688 2.766 1.515 3.071 2.081 1.947 2.490 1.622 2.587 3.061 1.212 0.542 2433 chr7 27236009 27245455 + 0 NA non-coding (NR_037843, exon 2 of 3) non-coding (NR_037843, exon 2 of 3) 692 NR_037843 100316868 Hs.199486 NR_037843 HOTTIP HOXA-AS6|HOXA13-AS1|NCRNA00213 HOXA distal transcript antisense RNA ncRNA 2.426 1.202 1.073 0.393 0.476 0.446 0.203 0.058 0.112 0.949 0.540 0.119 0.040 0.201 0.020 0.183 0.209 0.319 0.372 0.271 0.184 0.145 0.008 6.847 0.851 0.325 0.387 2.163 0.092 0.306 0.680 0.190 0.643 0.237 0.072 0.747 0.140 0.110 0.422 0.035 0.279 2.065 0.319 0.214 0.152 0.444 1.222 1.348 0.973 nan 1.827 1.380 0.588 0.135 0.389 0.387 0.963 1.672 0.307 0.460 0.631 0.670 0.769 2.259 0.303 0.356 1.346 nan 1.155 0.806 1.271 0.194 0.557 0.468 0.075 0.751 0.353 0.865 0.552 0.165 0.278 0.031 0.439 0.503 0.186 0.237 0.057 0.268 0.139 0.132 1.118 0.626 0.579 0.129 0.949 0.251 0.831 0.319 0.026 0.175 0.205 1.001 0.194 0.014 0.044 0.142 0.106 0.098 0.439 1.296 0.072 0.040 0.896 0.512 1805 chr21 36584164 36613480 + 0 NA Intergenic Intergenic -177227 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 0.774 0.714 1.158 0.482 1.408 1.340 0.509 0.085 1.667 0.415 0.993 0.137 0.982 1.365 0.116 0.272 0.102 2.510 0.309 0.556 0.089 0.868 1.621 0.166 1.447 0.710 0.863 2.158 1.383 1.207 0.037 0.051 0.876 0.445 0.140 1.031 0.793 0.954 0.459 1.413 0.261 0.337 0.092 0.265 1.981 0.377 1.048 1.304 0.924 1.751 2.713 2.320 3.329 0.932 1.019 1.039 0.146 0.277 4.022 3.645 0.608 0.294 0.276 0.450 0.127 0.165 0.156 0.213 nan 0.981 2.321 2.756 0.798 0.532 0.038 2.938 1.056 0.634 0.202 0.103 0.026 0.062 0.565 0.073 0.064 0.971 0.717 0.927 0.501 0.036 0.721 0.362 0.717 0.415 1.866 1.178 2.510 0.525 0.650 0.016 0.084 0.139 0.830 0.621 1.067 0.182 1.739 0.128 0.047 0.106 2.336 0.507 0.496 1727 chr20 30421473 30434476 + 0 NA Intergenic Intergenic 5446 NM_004118 2307 Hs.516971 NM_004118 ENSG00000179772 FOXS1 FKHL18|FREAC10 forkhead box S1 protein-coding 2.202 1.278 0.792 0.243 1.221 0.386 0.112 0.239 0.029 0.374 1.532 0.484 0.363 0.399 0.105 0.144 0.083 0.154 0.275 0.364 1.000 0.182 0.106 0.363 nan 0.272 0.211 0.420 0.569 0.324 0.217 0.093 0.275 0.769 0.353 1.237 0.121 0.481 0.247 0.116 0.174 0.575 0.436 0.322 0.174 0.252 1.137 1.691 0.331 0.558 0.426 nan 1.305 0.573 0.369 0.460 0.555 1.088 0.595 0.588 1.059 0.842 0.698 0.663 0.203 0.339 0.450 nan 0.614 0.368 0.248 0.387 0.396 4.462 0.062 0.136 0.150 1.814 0.857 0.229 0.327 0.059 0.091 0.397 0.304 0.165 0.265 0.077 0.093 1.229 0.713 3.547 0.060 0.180 0.374 0.341 1.087 0.154 0.114 0.065 0.255 0.345 0.405 0.619 0.058 0.498 2.267 0.160 0.106 0.163 0.451 0.145 0.040 0.023 1477 chr19 48988425 49006254 + 0 NA exon (NM_001080434, exon 13 of 16) exon (NM_001080434, exon 13 of 16) 19107 NM_001080434 114783 Hs.207426 NM_001080434 ENSG00000142235 LMTK3 LMR3|PPP1R101|TYKLM3 lemur tyrosine kinase 3 protein-coding 0.836 0.984 1.304 0.374 1.494 1.642 0.794 1.846 0.131 0.306 0.210 0.173 0.996 2.328 0.883 0.167 0.121 0.443 0.450 1.640 0.290 1.201 0.859 0.391 nan 0.768 1.509 1.480 1.054 0.192 0.688 0.123 0.869 0.312 0.457 0.673 0.647 1.666 0.847 1.162 0.283 0.850 1.420 0.758 3.035 0.543 0.238 0.238 0.854 1.496 0.966 0.837 1.484 0.489 0.511 0.636 0.729 1.130 0.539 0.635 0.645 0.320 0.365 0.409 0.396 0.498 0.372 0.725 0.950 0.707 0.219 1.739 1.731 0.543 0.219 1.222 0.039 0.728 0.724 0.157 0.811 0.032 0.067 2.321 1.385 0.702 0.501 0.100 0.122 0.471 2.718 1.302 1.186 1.707 0.306 2.748 0.724 0.443 0.585 2.718 0.261 1.513 0.107 0.730 0.625 1.115 0.345 0.032 0.088 0.103 0.940 1.133 0.352 0.210 1164 chr17 35860339 35881016 + 0 NA intron (NM_007026, intron 1 of 2) intron (NM_007026, intron 1 of 2) 20726 NM_007026 11072 Hs.91448 NM_007026 ENSG00000276023 DUSP14 MKP-L|MKP6 dual specificity phosphatase 14 protein-coding nan 1.043 0.714 0.068 0.400 0.483 0.263 0.211 0.018 0.288 0.178 0.094 0.046 0.316 0.160 0.187 0.174 0.209 0.341 0.255 0.105 0.091 0.030 0.163 0.195 0.098 0.085 0.416 0.042 0.431 0.121 0.100 0.504 0.058 0.111 0.156 0.015 0.060 0.401 0.064 0.239 0.433 0.429 0.187 0.140 0.085 3.835 3.676 1.397 1.274 nan 0.601 0.448 0.154 0.763 0.690 0.525 0.743 0.423 0.544 nan 3.169 1.242 2.067 0.191 0.147 0.781 1.429 0.492 0.529 0.121 0.219 0.075 0.067 0.039 0.169 0.034 0.162 0.066 0.161 0.127 0.042 0.219 0.152 0.058 0.034 0.097 0.037 0.100 0.223 0.252 0.179 0.061 0.080 0.288 0.213 0.126 0.209 0.018 0.116 0.221 0.130 0.063 0.081 0.006 0.143 0.318 0.138 1.804 0.313 0.066 0.433 0.083 0.052 505 chr11 47426569 47431311 + 0 NA non-coding (NR_134854, exon 1 of 11) non-coding (NR_134854, exon 1 of 11) 113 NR_134854 91252 Hs.523664 NM_152264 ENSG00000165915 SLC39A13 LZT-Hs9 solute carrier family 39 member 13 protein-coding nan 2.724 2.496 2.285 2.105 2.500 1.317 2.885 0.981 2.216 1.668 0.250 0.987 2.029 1.649 1.573 1.007 2.662 2.095 2.084 1.078 1.870 1.195 1.349 4.062 2.321 2.758 5.576 0.867 1.939 2.787 0.121 5.167 1.024 2.022 2.711 1.364 3.915 3.861 1.628 0.412 3.505 3.980 2.490 2.407 0.638 6.168 7.634 11.203 9.333 5.478 5.083 5.879 2.257 5.728 6.116 2.669 3.969 1.432 2.381 2.554 2.894 2.600 5.651 2.954 2.588 1.777 nan 2.354 1.205 2.008 2.058 1.214 2.207 0.594 3.080 1.213 1.639 1.575 1.866 1.492 0.436 0.875 5.925 4.529 1.882 0.667 0.712 0.525 6.152 3.488 3.045 2.766 1.477 2.216 2.522 2.592 2.662 0.956 1.267 1.063 3.068 2.368 2.927 0.905 2.111 2.435 0.948 2.248 0.800 2.836 0.354 1.664 1.167 2739 chr9 139791580 139802002 + 0 NA intron (NM_021138, intron 4 of 10) intron (NM_021138, intron 4 of 10) 15606 NR_039697 100616480 NR_039697 ENSG00000266507 MIR4479 - microRNA 4479 ncRNA nan 0.741 1.365 0.268 2.317 0.357 0.185 4.049 0.637 0.258 1.490 0.261 3.035 5.658 0.892 0.150 0.125 0.172 0.176 0.529 0.547 5.923 1.443 3.274 0.695 0.318 0.885 1.347 2.150 0.123 0.236 0.093 0.545 1.192 2.017 3.618 0.790 1.118 1.172 1.457 0.101 1.771 0.159 1.812 1.138 1.092 0.349 0.369 1.017 2.387 0.945 1.022 nan 0.120 0.216 0.187 0.189 0.344 0.503 0.621 0.481 0.420 0.284 0.263 0.178 0.253 0.237 0.446 0.394 0.241 0.105 2.214 0.193 0.569 1.928 0.165 0.026 3.122 3.849 1.243 3.247 0.009 0.124 10.043 2.351 0.940 2.766 0.071 0.057 4.187 5.123 1.608 2.907 3.380 0.258 5.899 0.499 0.172 0.530 6.751 0.288 2.496 4.586 1.854 2.515 0.801 1.258 0.686 0.019 0.101 1.114 1.132 2.177 2.206 670 chr12 26303276 26308451 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -27860 NM_030762 79365 Hs.177841 NM_030762 ENSG00000123095 BHLHE41 BHLHB3|DEC2|SHARP1|hDEC2 basic helix-loop-helix family member e41 protein-coding nan nan nan 0.170 1.607 0.254 0.094 1.109 0.024 0.048 0.800 0.092 0.878 1.863 0.378 0.150 0.129 0.023 0.346 0.995 0.215 1.948 0.918 0.756 1.965 0.793 0.880 0.237 1.449 0.062 0.055 0.151 0.341 6.883 0.101 0.951 0.167 0.363 0.794 0.878 0.169 1.071 0.249 0.464 1.915 1.972 0.203 0.252 0.368 0.498 0.265 0.377 0.233 0.081 0.379 0.507 0.357 0.450 0.287 0.401 0.406 0.132 0.681 0.751 0.039 0.039 0.240 0.469 0.142 0.229 0.011 2.056 6.220 0.135 0.027 1.725 0.671 0.056 0.095 0.037 0.062 0.694 0.174 0.121 0.433 0.030 3.678 0.173 1.102 1.018 0.374 0.048 1.577 3.443 0.023 0.218 0.224 0.461 0.020 4.276 2.314 0.758 0.725 0.067 0.577 0.070 3.089 2.202 0.612 0.379 1094 chr16 86695462 86703310 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu 56179 NR_135181 101928614 Hs.399823 NR_135181 ENSG00000260026 LOC101928614 - uncharacterized LOC101928614 ncRNA nan 0.395 0.363 0.080 2.972 0.126 0.020 2.325 0.016 0.213 0.190 0.020 1.592 1.381 9.325 0.012 0.061 0.117 0.376 0.458 1.581 0.940 4.788 1.309 0.606 0.073 0.174 2.622 0.136 0.027 0.099 0.611 2.532 0.212 2.081 1.208 2.712 1.051 2.259 0.334 2.288 0.655 0.380 1.220 1.045 0.146 0.102 0.076 0.073 0.154 0.292 0.055 0.038 0.094 0.120 0.121 0.225 0.152 0.121 0.256 0.115 0.088 0.042 0.032 0.064 0.087 0.233 0.167 0.244 0.021 4.661 0.108 5.699 0.050 0.022 5.366 5.118 0.009 1.333 0.010 5.773 6.474 2.394 2.498 0.020 0.031 5.970 2.598 2.708 5.186 1.485 0.213 0.515 4.235 0.061 1.699 0.558 0.026 0.243 0.013 4.246 3.196 1.755 0.966 0.072 0.026 0.032 3.265 1.922 3.499 3.299 419 chr10 115467914 115474374 + 0 NA intron (NM_001267058, intron 1 of 5) intron (NM_001267058, intron 1 of 5) 2040 NM_001267058 840 Hs.9216 NM_001227 ENSG00000165806 CASP7 CASP-7|CMH-1|ICE-LAP3|LICE2|MCH3 caspase 7 protein-coding 0.619 nan 0.508 0.359 0.090 0.372 0.276 0.301 0.039 0.514 0.128 0.122 0.059 0.081 0.096 0.227 0.103 0.129 0.099 0.181 0.019 0.126 0.016 0.123 0.224 0.063 0.087 0.937 0.023 0.364 0.067 0.093 0.424 0.055 0.155 0.113 0.093 0.115 0.017 0.038 0.277 0.210 0.185 0.092 0.194 3.354 3.694 11.734 9.387 0.160 0.204 3.549 1.146 2.591 2.567 0.840 1.258 2.190 3.670 0.244 0.100 3.164 4.252 0.129 0.304 0.123 0.127 0.360 0.316 0.060 0.088 0.015 0.199 0.046 0.096 0.063 0.023 0.079 0.150 0.015 0.121 0.157 0.074 0.016 0.035 0.097 0.169 0.095 0.171 0.066 0.061 0.104 0.514 0.089 0.072 0.129 0.037 0.029 0.027 0.063 0.159 0.051 0.198 3.705 0.039 0.117 0.043 0.009 0.015 2178 chr5 118650735 118671771 + 0 NA intron (NM_001286815, intron 2 of 2) AluY|SINE|Alu -7617 NM_001286814 25816 Hs.618488 NM_014350 ENSG00000145779 TNFAIP8 GG2-1|MDC-3.13|NDED|SCC-S2|SCCS2 TNF alpha induced protein 8 protein-coding 1.392 1.486 1.055 0.283 0.289 0.586 0.296 0.590 0.404 0.354 0.644 0.127 0.282 0.716 0.932 0.327 0.273 0.034 0.164 0.806 0.153 0.607 0.505 0.575 2.863 0.826 0.894 1.655 0.383 0.166 0.141 0.098 2.411 0.279 0.557 1.017 0.082 0.118 1.099 0.663 1.022 1.659 6.715 0.127 0.600 0.227 0.242 0.134 0.415 1.358 0.484 0.583 1.322 0.332 0.136 0.154 1.828 nan 0.860 1.044 1.054 0.834 0.117 0.215 2.682 3.936 0.284 1.115 1.621 0.924 0.564 1.145 0.558 2.412 0.034 0.150 0.046 1.601 1.199 0.411 2.626 0.917 0.301 0.840 0.413 0.308 0.381 0.039 0.052 0.939 1.551 0.913 0.510 0.681 0.354 0.309 0.776 0.034 0.621 0.216 0.312 1.078 0.207 0.631 0.617 0.508 0.402 0.117 0.028 0.281 0.796 0.553 0.230 0.238 995 chr15 96804446 96820404 + 0 NA intron (NR_102743, intron 7 of 7) intron (NR_102743, intron 7 of 7) -56732 NM_001145155 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 0.071 3.262 0.107 0.040 0.282 1.100 0.191 0.770 0.090 0.443 0.577 0.517 0.060 0.180 0.112 0.099 0.241 0.767 1.390 2.349 0.349 0.475 0.117 0.688 0.354 0.757 0.087 0.034 0.067 0.579 0.446 0.895 0.232 0.053 0.220 0.236 1.751 0.126 1.061 0.078 0.492 2.600 0.541 0.269 0.205 0.881 2.051 0.182 0.254 nan 0.054 0.257 0.244 0.099 0.182 0.190 0.160 nan 0.220 0.179 0.333 0.036 0.069 0.232 nan 0.260 0.314 0.003 1.727 0.467 2.296 0.050 0.088 0.478 0.190 0.752 0.119 0.012 0.105 1.673 1.108 0.537 0.899 0.024 0.069 4.056 0.593 0.371 3.032 1.026 0.191 0.197 0.023 0.112 0.808 0.590 0.012 0.570 0.026 2.965 0.100 0.902 2.008 0.050 0.212 0.085 1.473 4.034 4.499 4.930 1225 chr17 48607372 48626245 + 0 NA promoter-TSS (NR_135675) promoter-TSS (NR_135675) -693 NR_135675 105371824 Hs.683630 NR_135675 ENSG00000250286 LOC105371824 - uncharacterized LOC105371824 ncRNA 1.387 1.568 nan 0.938 1.880 0.710 0.409 1.601 0.779 0.551 0.457 0.162 1.041 2.224 0.660 0.323 0.194 0.947 0.635 2.920 0.216 0.852 0.916 0.791 nan 2.488 2.193 2.445 0.759 0.657 0.720 0.093 1.893 0.612 0.551 1.481 0.385 0.696 1.332 1.080 1.306 3.812 3.453 0.341 1.453 0.887 1.631 2.408 2.160 2.502 1.236 nan 1.967 0.448 2.525 2.514 0.801 1.255 3.083 nan 0.975 0.660 1.598 2.628 0.992 1.485 0.466 0.841 0.595 0.434 0.456 2.147 0.718 0.993 0.492 0.355 0.132 1.618 1.411 0.573 1.728 0.271 0.168 0.996 0.738 0.421 0.801 0.702 0.687 0.797 2.958 1.395 2.195 2.366 0.551 1.653 0.635 0.947 1.786 2.190 0.323 1.758 1.400 0.316 0.626 0.665 0.254 0.286 1.133 0.131 0.227 0.617 0.247 0.164 837 chr14 24006113 24027274 + 0 NA intron (NM_033400, intron 1 of 9) intron (NM_033400, intron 1 of 9) 4165 NM_033400 85446 Hs.508937 NM_033400 ENSG00000136367 ZFHX2 ZFH-5|ZNF409 zinc finger homeobox 2 protein-coding nan 1.391 1.405 2.212 0.614 2.178 1.230 0.383 0.152 1.501 0.718 0.266 0.161 0.622 1.097 0.884 0.432 2.233 0.871 0.598 0.173 0.437 0.238 0.504 3.105 1.866 0.839 2.977 0.338 0.632 1.159 0.137 0.641 0.445 0.413 0.623 0.171 0.431 0.902 0.490 0.151 0.928 1.952 0.195 0.387 0.250 1.707 2.251 1.363 1.635 3.731 3.674 3.823 1.108 2.289 2.393 2.175 3.169 2.442 nan 2.869 2.635 1.759 2.640 2.071 2.120 0.843 2.236 2.980 1.411 1.093 0.522 0.103 0.523 0.727 1.848 0.733 0.612 0.625 0.333 0.738 0.453 0.906 0.993 0.646 0.362 0.458 0.232 0.241 0.503 1.181 0.825 0.653 0.464 1.501 0.405 1.028 2.233 0.566 0.379 0.715 1.496 2.890 0.348 0.121 0.641 0.245 0.244 1.617 0.538 0.454 0.143 0.288 0.172 2015 chr3 190651516 190661400 + 0 NA Intergenic L1MD2|LINE|L1 60739 NR_024343 100170222 Hs.717310 NR_024343 SNAR-I snaR-3 small ILF3/NF90-associated RNA I snRNA 3.224 1.149 0.990 0.213 0.175 0.302 0.113 0.086 0.018 0.079 0.122 0.116 0.019 0.053 0.026 0.096 0.158 0.048 0.103 0.216 0.050 0.121 0.043 0.124 nan 0.114 0.072 nan 0.050 0.195 0.131 0.111 0.358 0.047 0.212 0.008 0.111 0.377 0.022 0.033 0.284 nan 0.099 0.136 0.085 1.033 1.465 1.359 0.386 0.213 0.378 0.580 0.197 0.472 0.327 0.211 0.327 0.377 0.509 14.369 13.542 0.666 1.055 0.301 0.337 0.973 2.339 0.238 0.349 0.028 0.050 0.019 0.040 0.117 0.022 0.037 0.017 0.022 0.223 0.024 0.074 0.035 0.008 0.008 0.047 0.012 0.032 0.025 0.087 0.016 0.048 0.079 0.064 0.056 0.048 0.050 0.020 0.023 0.051 0.021 0.008 0.048 0.034 0.101 0.459 0.688 0.008 0.086 0.012 0.011 290 chr1 203991995 204001490 + 0 NA Intergenic Intergenic 13650 NR_027902 284573 Hs.406979 NR_027902 ENSG00000176754 LINC00303 C1orf157|NCRNA00303 long intergenic non-protein coding RNA 303 ncRNA 1.006 1.039 1.126 0.278 0.098 0.478 0.219 0.049 0.013 0.394 0.153 0.152 0.119 0.112 0.027 0.133 0.174 0.337 0.197 0.246 0.050 0.033 0.080 0.295 0.059 0.117 0.460 0.013 8.548 0.035 0.115 0.326 0.072 0.097 0.049 0.072 0.294 0.036 0.058 0.128 0.289 0.097 0.172 0.209 0.518 0.509 0.652 0.936 0.703 0.815 1.305 0.397 nan nan 0.220 0.434 1.678 1.929 0.362 0.430 0.218 0.182 0.127 0.121 0.312 0.464 0.656 0.644 0.086 0.117 0.030 0.149 0.016 0.229 0.072 0.102 0.084 0.171 0.116 0.030 0.727 0.068 0.057 0.083 0.105 0.904 1.228 0.251 0.171 0.076 0.033 0.063 0.394 0.090 0.015 0.337 0.065 0.148 0.101 0.196 0.032 0.021 0.004 0.045 0.094 7.787 0.010 0.065 0.024 0.088 0.186 0.055 625 chr11 130180894 130194323 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 -3001 NM_001301098 29068 Hs.721470 NM_014155 ENSG00000196323 ZBTB44 BTBD15|HSPC063|ZNF851 zinc finger and BTB domain containing 44 protein-coding 1.174 nan 1.200 1.437 0.865 1.531 0.823 0.891 2.327 0.754 0.222 0.024 0.183 0.949 0.789 0.778 0.544 1.452 0.922 1.174 0.352 1.154 0.943 0.842 1.118 0.727 0.428 nan 0.414 0.895 1.064 0.130 0.991 0.291 0.539 1.077 0.255 0.846 0.921 1.529 0.377 1.547 1.050 0.640 1.139 0.602 3.679 3.930 1.323 1.695 1.760 1.824 1.961 0.702 2.608 2.707 1.081 1.536 1.837 2.379 2.014 2.230 4.195 6.362 1.461 1.318 1.505 2.247 1.283 0.816 0.940 0.693 0.526 0.440 0.281 1.386 0.392 0.935 0.875 0.617 0.312 0.403 1.021 1.941 0.943 0.517 0.971 0.633 0.414 0.670 0.928 1.066 0.657 1.314 0.754 1.000 1.534 1.452 0.856 0.720 0.101 0.985 0.584 0.439 0.516 0.720 0.557 0.730 3.432 0.581 0.578 1.292 0.309 0.193 149 chr1 94039564 94091134 + 0 NA non-coding (NR_034091, exon 4 of 4) non-coding (NR_034091, exon 4 of 4) 7824 NR_034091 100129046 Hs.729244 NR_034091 LOC100129046 - uncharacterized LOC100129046 ncRNA nan nan 1.424 0.578 0.933 1.366 0.642 0.616 0.776 1.367 2.533 0.300 0.532 0.944 0.595 0.425 0.233 0.560 0.409 0.415 0.204 0.369 0.229 0.304 2.921 0.766 0.519 1.519 0.397 0.120 0.109 0.115 0.409 0.117 0.759 1.314 0.144 0.234 0.231 0.453 0.079 0.823 0.329 0.592 1.086 0.196 1.064 1.502 1.164 1.383 1.282 nan 1.770 0.532 0.810 0.837 1.726 nan 3.530 3.693 nan 0.391 1.125 1.117 0.980 0.697 0.465 0.784 1.413 0.846 1.773 0.885 0.890 0.844 15.737 0.427 0.027 0.734 0.414 0.133 0.916 0.270 0.152 0.711 0.136 0.072 0.903 0.067 0.076 0.438 1.416 0.287 2.135 3.757 1.367 1.197 0.334 0.560 0.437 1.173 0.059 0.254 1.000 0.654 0.033 0.355 0.454 0.058 0.864 0.232 0.231 0.633 1.561 1.295 712 chr12 58118667 58121381 + 0 NA promoter-TSS (NR_027032) promoter-TSS (NR_027032) 1 NR_027032 100130776 Hs.656080 NR_027032 ENSG00000255737 AGAP2-AS1 PUNISHER AGAP2 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.966 3.087 1.587 1.453 2.417 1.064 3.492 0.160 1.560 1.275 0.120 0.208 1.046 1.439 1.923 0.662 2.678 1.117 0.982 1.779 3.080 0.624 1.330 3.926 1.900 0.468 4.290 0.596 0.394 2.394 0.030 1.925 1.167 0.278 1.962 0.144 0.532 1.927 1.432 0.743 4.469 5.273 1.377 0.565 0.765 nan 2.008 3.381 3.516 5.286 nan 5.877 1.482 7.519 7.790 2.517 nan 6.080 nan 2.420 3.393 1.531 2.277 3.240 2.940 1.662 2.535 3.755 1.892 1.814 0.421 1.168 3.716 2.619 2.943 1.876 1.834 2.249 2.084 0.424 0.890 1.215 1.492 0.996 1.476 0.499 0.401 2.432 5.008 2.960 1.685 1.067 1.560 0.636 19.888 2.678 0.046 0.760 2.042 9.348 3.710 1.374 0.680 1.630 1.566 0.125 0.845 0.815 0.196 0.138 0.911 0.597 210 chr1 155879273 155882597 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256821) promoter-TSS (NM_001256821) -229 NM_001256821 6016 Hs.491234 NM_006912 ENSG00000143622 RIT1 NS8|RIBB|RIT|ROC1 Ras like without CAAX 1 protein-coding nan nan 2.356 1.399 2.481 2.469 1.148 3.506 2.148 1.331 2.282 0.388 2.268 5.881 6.686 2.146 0.848 1.994 2.209 4.160 0.670 2.975 1.843 1.296 4.503 3.000 3.762 19.348 1.963 2.734 2.055 0.156 3.288 2.847 1.925 1.700 0.726 2.881 5.217 3.301 1.096 5.557 15.555 1.340 4.508 1.788 1.721 3.493 4.079 5.681 4.805 nan 4.860 1.785 0.256 0.378 2.178 3.128 3.363 3.812 2.135 2.193 1.833 4.080 1.916 2.165 2.421 3.486 1.674 0.871 1.218 4.295 1.341 3.604 1.839 2.567 1.255 5.448 7.157 1.155 10.116 0.315 1.214 2.532 2.560 1.245 1.247 1.484 1.399 3.618 2.913 2.829 1.184 3.135 1.331 6.065 3.542 1.994 4.018 1.827 0.437 4.418 3.330 1.509 0.671 2.961 1.417 1.112 1.183 0.853 0.916 2.118 1.143 0.806 406 chr10 103872116 103894821 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -3238 NM_001321612 8861 Hs.454418 NM_003893 ENSG00000198728 LDB1 CLIM-2|CLIM2|LDB-1|NLI LIM domain binding 1 protein-coding nan nan 2.718 1.377 0.905 3.148 1.483 4.055 0.385 1.365 1.307 0.298 0.431 1.289 1.529 0.872 0.522 2.853 1.299 0.976 0.611 1.541 1.048 0.907 4.240 2.623 1.859 4.192 0.486 1.041 1.673 0.114 2.384 0.723 1.277 1.554 0.636 2.484 1.302 1.112 0.804 3.888 3.462 1.659 0.769 0.993 2.637 3.118 1.817 2.482 3.071 3.040 2.476 0.976 1.819 1.854 1.697 nan 4.215 5.099 2.006 2.353 1.190 1.911 1.504 1.455 2.461 nan 1.093 0.586 1.644 2.082 0.878 1.771 1.174 1.802 1.844 1.043 0.970 1.450 1.667 0.542 0.564 2.500 1.763 0.952 0.824 0.652 0.652 0.802 2.307 2.855 1.037 1.240 1.365 1.846 2.679 2.853 1.099 0.913 0.642 2.583 1.414 1.181 0.435 1.081 1.036 0.568 1.034 2.092 1.158 0.609 1.217 0.761 2560 chr8 73701453 73715169 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 64031 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.814 0.967 1.940 1.750 0.027 0.491 0.233 0.079 0.018 0.233 0.115 0.153 0.085 0.041 1.008 0.478 4.329 0.174 0.204 0.009 0.113 0.053 0.155 0.105 0.090 0.922 0.011 0.159 0.079 0.075 0.100 0.010 0.032 0.101 0.006 0.065 0.136 0.031 0.018 0.123 0.261 0.066 0.066 0.167 0.388 0.343 1.608 1.217 1.551 2.047 2.937 1.384 0.798 0.782 0.472 0.751 2.189 2.745 0.389 0.224 0.408 0.708 3.677 5.289 1.007 2.895 3.969 2.030 0.113 0.067 0.021 0.013 1.479 0.461 0.010 0.010 0.026 0.011 0.024 1.168 0.134 0.047 0.048 0.017 0.039 0.057 0.053 0.109 0.042 0.116 0.017 0.060 0.233 0.026 0.034 4.329 0.054 0.057 0.021 1.922 0.005 0.012 0.040 0.057 0.068 0.221 0.677 0.002 0.034 0.025 0.007 2289 chr6 34854029 34858574 + 0 NA promoter-TSS (NM_005643) promoter-TSS (NM_005643) -453 NM_005643 6882 Hs.112444 NM_005643 ENSG00000064995 TAF11 MGC:15243|PRO2134|TAF2I|TAFII28 TATA-box binding protein associated factor 11 protein-coding 8.097 3.722 4.443 5.575 5.354 3.035 1.793 2.823 0.899 3.373 2.561 0.542 0.840 3.762 1.356 3.039 1.160 4.993 1.888 2.749 0.545 2.103 1.547 2.266 4.318 3.360 4.173 8.713 1.521 1.783 2.290 0.130 4.472 0.674 1.574 3.260 1.142 4.144 1.996 1.326 1.235 3.862 7.629 1.749 4.118 1.511 6.536 6.151 6.176 nan nan 4.877 9.858 3.839 17.200 18.324 3.065 4.126 9.704 16.778 4.518 6.587 2.301 4.675 8.558 7.984 4.200 5.140 3.949 2.834 3.027 4.263 0.670 1.628 1.140 3.055 1.374 1.916 1.397 0.742 1.322 0.925 2.101 2.338 2.157 1.708 0.980 0.918 1.226 1.349 2.078 3.976 2.640 1.863 3.373 9.397 3.529 4.993 0.754 1.607 1.200 4.047 2.727 1.134 1.010 1.655 0.536 1.616 1.341 1.375 1.212 1.750 0.786 0.390 2312 chr6 45386193 45423105 + 0 NA intron (NM_001015051, intron 4 of 7) intron (NM_001015051, intron 4 of 7) 14335 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.321 0.902 0.795 0.175 0.384 0.401 0.219 2.227 0.137 0.483 2.110 0.258 0.339 0.880 1.255 0.097 0.145 0.104 0.142 0.444 0.268 0.377 0.489 0.284 2.456 1.285 1.227 0.811 1.031 0.479 0.089 0.125 0.634 0.864 1.061 2.140 1.305 4.749 0.342 0.313 0.399 1.393 1.669 0.984 0.929 1.093 0.826 0.612 1.214 3.256 0.376 0.416 0.144 0.073 0.621 0.658 0.125 0.259 0.444 nan 0.518 0.259 0.886 2.136 0.085 0.112 0.635 1.546 0.563 0.507 0.438 1.737 0.319 2.226 0.022 0.146 1.088 0.990 0.440 0.068 0.357 0.013 0.091 0.355 0.454 0.290 0.310 1.515 1.754 3.736 0.119 1.646 1.175 0.713 0.483 0.474 0.786 0.104 0.355 0.119 0.024 1.195 0.074 1.262 0.546 1.191 0.495 0.980 0.874 0.543 2.586 0.566 5.815 6.390 19 chr1 6404841 6455166 + 0 NA intron (NM_007274, intron 1 of 8) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -9239 NM_181865 11332 Hs.126137 NM_007274 ENSG00000097021 ACOT7 ACH1|ACT|BACH|CTE-II|LACH|LACH1|hBACH acyl-CoA thioesterase 7 protein-coding 1.427 nan 1.350 1.718 0.417 0.641 0.348 0.768 0.057 0.331 0.952 0.310 0.219 0.642 1.001 0.293 0.208 0.371 0.810 0.255 0.273 0.422 0.176 0.652 nan 0.269 0.236 1.939 0.575 0.400 1.344 0.141 0.632 0.195 0.480 0.589 0.133 0.374 0.622 0.329 0.214 1.362 1.064 0.680 0.318 0.220 0.803 1.015 0.528 0.901 1.512 1.393 0.672 0.294 1.356 1.389 0.892 nan nan 4.593 nan 0.685 0.720 0.998 0.330 0.343 0.938 1.510 0.862 0.590 2.620 0.900 0.552 0.329 0.187 1.020 0.259 0.595 0.514 0.516 0.310 0.068 0.176 2.031 0.511 0.282 0.262 0.158 0.123 0.263 0.774 1.467 0.144 0.426 0.331 1.197 0.637 0.371 0.285 0.360 0.336 0.766 0.361 0.746 0.174 0.666 0.359 0.153 0.456 0.383 0.706 0.442 0.185 0.170 2702 chr9 127410673 127462860 + 0 NA intron (NR_038975, intron 1 of 1) MIR|SINE|MIR 16051 NR_038975 100379345 Hs.660412 NR_038975 ENSG00000224020 MIR181A2HG - MIR181A2 host gene ncRNA nan nan 1.218 1.280 2.116 0.529 0.342 0.110 1.148 0.544 0.911 0.143 0.277 1.036 0.121 0.421 0.334 0.405 0.229 0.500 0.475 2.078 0.622 0.552 1.059 1.095 0.875 nan 0.541 0.562 2.909 0.147 0.738 0.260 0.349 0.734 0.521 1.887 0.692 0.588 0.064 0.656 0.251 0.365 1.299 0.266 1.081 1.132 1.894 2.567 1.175 0.888 1.120 0.351 2.576 2.734 0.579 nan 1.068 1.385 1.606 1.442 1.007 1.282 1.212 1.077 1.082 1.561 nan 0.737 0.303 0.747 0.648 0.634 0.025 0.109 0.207 0.602 0.460 0.496 0.782 0.148 0.189 1.293 1.159 0.470 1.016 0.133 0.299 0.870 0.288 0.574 0.228 0.445 0.544 1.079 0.643 0.405 0.113 0.280 0.052 0.387 0.192 1.117 0.348 0.807 1.185 0.550 0.586 0.485 0.390 1.122 0.350 0.267 1030 chr16 14650206 14667156 + 0 NA intron (NM_002582, intron 18 of 23) intron (NM_002582, intron 18 of 23) 65447 NM_001242992 5073 Hs.253197 NM_002582 ENSG00000140694 PARN DAN|DKCB6|PFBMFT4 poly(A)-specific ribonuclease protein-coding 0.954 1.333 nan 2.649 0.193 0.432 0.265 0.516 0.102 0.394 0.298 0.123 0.045 0.213 0.105 0.407 0.325 0.268 0.283 0.729 0.112 0.097 1.057 2.154 0.514 0.543 0.451 0.164 0.170 0.115 0.083 0.475 0.041 0.140 0.405 0.033 0.145 0.269 0.276 0.029 0.510 0.194 0.132 0.227 0.281 0.927 1.311 0.385 0.441 0.350 0.370 6.754 2.410 0.682 0.610 0.483 0.719 1.522 1.608 nan 0.216 1.397 2.417 0.326 0.738 0.292 0.799 1.277 0.717 0.391 0.462 0.040 0.154 0.231 0.215 0.008 0.392 0.178 0.075 0.407 0.050 0.211 0.152 0.046 0.050 0.150 0.082 0.164 0.211 0.828 0.097 0.135 0.582 0.394 0.093 0.148 0.268 0.245 0.100 0.252 0.082 0.084 0.068 0.345 0.153 0.236 0.081 4.187 0.189 0.071 0.106 0.017 0.021 365 chr10 11362766 11387571 + 0 NA 3' UTR (NM_001083591, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_001083591, exon 15 of 15) 11505 NR_126062 414196 Hs.729598 NM_001012713 CELF2-AS1 C10orf31 CELF2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.512 0.422 0.071 0.044 0.353 0.162 0.041 0.063 0.206 0.130 0.110 0.046 0.125 0.035 0.057 0.060 0.034 0.201 0.170 0.060 0.009 0.093 0.092 0.065 0.063 0.321 0.023 3.940 0.124 0.096 0.158 0.009 0.049 0.034 0.025 0.080 0.209 0.032 0.064 0.137 0.216 0.059 0.058 0.072 0.560 0.611 0.332 0.415 0.669 0.643 0.998 0.394 0.203 0.237 0.301 0.521 0.096 0.099 0.205 0.132 0.159 0.265 0.066 0.055 0.072 0.127 0.191 0.232 0.054 0.034 0.004 0.063 0.004 0.266 0.006 0.012 0.018 0.018 0.029 0.008 0.109 0.045 0.029 0.006 0.012 0.106 0.220 0.104 0.059 0.029 0.019 0.043 0.206 0.069 0.034 0.034 0.005 0.010 0.059 0.017 0.093 0.007 0.032 0.027 2.264 0.023 0.025 0.022 0.111 0.019 0.008 2730 chr9 137295839 137307277 + 0 NA intron (NM_001291921, intron 3 of 8) MIRb|SINE|MIR 3130 NM_001291921 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 2.347 0.900 0.183 0.440 1.073 0.451 2.479 0.049 2.769 1.709 0.466 0.915 1.795 2.366 0.081 0.079 3.101 0.631 3.278 0.509 0.783 0.268 1.916 4.459 1.372 0.469 4.163 1.245 0.409 0.186 0.049 3.778 1.089 2.391 1.056 0.167 0.475 3.219 0.418 1.368 3.795 3.176 0.381 2.224 0.637 0.863 0.796 1.532 3.855 2.311 2.476 nan 0.132 1.362 1.259 0.671 1.058 2.757 4.107 1.168 1.092 0.639 0.708 1.542 2.309 0.331 0.208 1.573 0.786 3.386 2.279 1.194 2.193 0.105 1.411 0.093 3.019 3.564 0.226 9.539 0.310 0.209 0.884 0.776 0.425 0.456 0.852 0.701 0.960 5.170 0.352 0.905 3.078 2.769 3.487 2.320 3.101 2.020 4.386 0.884 0.354 2.667 0.652 0.481 1.463 0.871 0.432 0.250 0.064 0.603 0.149 0.053 0.027 763 chr12 123422160 123437087 + 0 NA intron (NM_001243013, intron 6 of 10) intron (NM_001243013, intron 6 of 10) 21433 NM_203444 23457 Hs.511951 NM_019624 ENSG00000150967 ABCB9 EST122234|TAPL ATP binding cassette subfamily B member 9 protein-coding 1.410 0.790 1.126 0.176 3.269 0.230 0.130 0.416 0.074 0.675 0.458 0.245 1.117 1.587 0.143 0.138 0.154 0.178 0.109 0.497 0.257 1.862 2.216 0.107 5.863 1.530 0.789 0.522 1.886 0.265 0.036 0.124 1.152 1.407 0.097 0.903 0.170 0.295 0.548 1.422 0.216 1.378 1.154 0.613 0.586 0.621 2.089 2.168 0.671 1.905 0.639 0.640 nan 0.277 1.599 1.643 0.912 1.454 0.503 0.816 0.416 0.293 1.746 1.898 0.233 0.818 0.581 1.370 0.567 0.421 0.113 3.673 0.987 1.409 0.040 0.148 0.037 2.140 1.668 0.219 0.569 0.026 0.139 2.408 0.378 0.241 2.431 0.105 0.056 7.697 0.997 1.255 0.779 1.060 0.675 2.787 2.242 0.178 1.063 0.427 0.104 0.466 0.054 0.709 1.344 1.432 0.567 0.046 0.936 0.173 0.615 1.050 0.675 0.633 2593 chr8 116064856 116071734 + 0 NA Intergenic Intergenic 611944 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.710 0.211 0.909 0.278 0.256 0.999 0.054 0.051 2.439 0.234 0.992 1.816 0.027 0.046 0.025 0.035 0.123 0.258 0.198 1.499 1.049 0.084 1.868 0.842 0.214 0.696 5.140 0.249 0.045 0.057 1.013 1.599 0.034 3.791 0.238 0.997 0.498 1.602 0.034 0.725 0.517 0.578 0.070 1.136 0.317 0.211 0.353 1.136 0.392 0.439 nan 0.113 0.572 nan 0.904 nan 0.197 0.185 0.311 0.129 0.168 0.309 0.132 0.114 0.171 0.290 0.476 0.479 0.032 3.081 0.848 2.761 0.103 0.030 1.562 1.426 0.094 0.086 0.028 0.111 0.133 0.157 0.023 0.649 0.222 0.566 5.096 0.047 0.358 0.206 0.134 0.051 1.162 0.094 0.035 0.053 0.156 0.029 0.028 0.088 0.631 0.171 1.297 0.564 0.367 0.086 0.888 0.358 0.276 0.315 2021 chr4 1282203 1285596 + 0 NA intron (NM_005882, intron 1 of 7) CpG 260 NM_001297431 10296 Hs.139896 NM_005882 ENSG00000090316 MAEA EMLP|EMP|GID9|HLC-10|PIG5 macrophage erythroblast attacher protein-coding 4.820 2.395 nan 5.017 4.276 3.371 1.467 4.689 0.834 3.297 1.513 0.047 2.242 7.372 1.471 2.014 1.278 2.879 1.101 3.233 0.839 3.727 1.364 1.129 5.109 2.989 2.252 4.700 2.450 3.993 2.457 0.129 4.117 1.359 0.771 5.639 1.623 7.358 2.360 1.985 0.943 1.951 3.212 2.066 4.552 2.096 6.288 5.124 6.178 9.063 4.694 3.842 7.282 2.635 10.624 10.170 1.709 2.583 3.568 6.421 6.190 6.128 2.831 6.632 2.845 2.645 5.178 3.425 nan 1.622 1.363 2.265 1.591 1.334 1.215 3.130 0.816 1.972 1.726 2.478 2.209 0.421 1.778 7.372 4.812 2.225 1.593 2.551 1.827 2.309 2.807 8.451 4.324 2.544 3.297 13.386 4.594 2.879 2.384 1.881 0.628 5.255 1.344 2.098 0.608 1.675 1.402 2.202 1.094 1.345 1.864 0.813 1.375 1.111 1895 chr3 35710312 35725453 + 0 NA intron (NM_016300, intron 1 of 19) intron (NM_016300, intron 1 of 19) -3231 NM_001267618 10777 Hs.475902 NM_016300 ENSG00000172995 ARPP21 ARPP-21|R3HDM3|RCS|TARPP cAMP regulated phosphoprotein 21 protein-coding 0.894 0.931 0.627 0.087 0.068 0.073 0.053 0.112 0.012 0.110 0.128 0.106 0.062 0.021 0.063 0.125 0.016 0.129 0.127 0.008 0.074 0.007 0.163 0.023 0.075 0.046 0.253 0.019 0.092 0.036 0.110 0.107 0.047 0.034 0.018 0.010 0.063 0.061 0.007 0.005 0.087 0.062 0.045 0.070 0.055 0.441 0.351 0.342 0.181 0.284 0.362 0.059 0.071 0.158 0.127 2.701 nan 0.241 0.236 2.977 2.109 0.178 0.214 0.025 0.040 0.315 0.886 0.347 0.304 0.048 0.024 0.121 0.013 0.076 0.009 0.005 0.064 0.012 0.084 0.055 0.024 0.005 0.020 0.016 0.078 0.055 0.019 0.036 0.036 0.110 0.056 0.006 0.016 0.008 0.017 0.096 0.011 0.174 0.022 0.003 0.011 0.036 0.007 0.045 0.171 0.020 0.044 0.004 0.010 2038 chr4 41744545 41802556 + 0 NA Intergenic Intergenic -22563 NM_003924 8929 Hs.87202 NM_003924 ENSG00000109132 PHOX2B NBLST2|NBPhox|PMX2B paired like homeobox 2b protein-coding 1.372 nan nan 0.120 0.061 0.216 0.097 0.075 0.026 0.071 0.084 0.058 0.042 0.173 0.016 0.101 0.147 0.050 0.153 0.158 0.009 0.099 0.062 0.067 0.194 0.047 0.073 0.237 0.045 0.046 0.040 0.060 0.214 0.067 0.054 0.089 0.008 0.052 0.199 0.083 0.017 0.079 0.066 0.046 0.064 0.131 0.306 0.163 0.161 0.234 0.278 0.233 0.096 0.085 0.118 0.119 0.158 0.259 0.223 0.265 1.712 1.458 0.122 0.189 0.042 0.046 2.518 5.925 0.675 0.762 0.025 0.161 0.002 0.038 0.031 0.283 0.007 0.030 0.009 0.035 0.056 0.005 2.678 0.096 0.030 0.018 0.047 0.033 0.029 0.161 0.055 0.042 0.024 0.054 0.071 0.088 0.021 0.050 0.084 0.125 0.121 0.032 0.049 0.041 0.004 0.042 0.048 0.036 0.026 2.793 0.016 0.062 0.017 0.010 570 chr11 77849396 77862141 + 0 NA intron (NR_102280, intron 2 of 3) AluSq4|SINE|Alu 4929 NR_102280 100289388 Hs.628183 NM_203432 ENSG00000246174 KCTD21-AS1 - KCTD21 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.606 1.120 1.108 0.704 1.230 0.617 1.112 0.147 1.042 0.532 0.126 0.357 0.757 0.724 0.672 0.480 2.633 0.447 1.098 0.154 0.537 0.489 0.471 nan 0.872 0.590 2.850 0.691 1.158 1.368 0.136 0.989 0.455 0.363 1.141 0.275 1.113 0.976 1.144 0.265 1.219 1.708 0.680 1.725 0.475 1.701 1.569 1.335 2.003 3.491 4.217 6.040 1.771 4.436 4.669 2.051 2.638 2.412 2.911 1.414 1.097 0.853 1.320 1.751 1.872 0.948 1.269 1.872 1.069 0.968 1.042 0.301 0.793 0.268 1.467 0.174 0.724 0.523 0.504 0.497 0.285 1.072 1.933 1.003 0.546 0.385 0.327 0.314 1.004 0.926 0.740 1.790 1.115 1.042 0.602 1.664 2.633 0.460 0.729 0.372 1.813 0.709 0.564 0.304 0.556 0.305 0.784 0.248 0.363 0.626 0.514 0.385 0.267 1880 chr3 14177717 14188203 + 0 NA intron (NM_024334, intron 11 of 11) intron (NM_024334, intron 11 of 11) 16520 NM_024334 79188 Hs.517817 NM_024334 ENSG00000170876 TMEM43 ARVC5|ARVD5|EDMD7|LUMA transmembrane protein 43 protein-coding nan 1.858 1.300 0.822 1.026 0.334 0.107 0.999 0.065 1.080 0.723 0.091 0.811 1.346 0.823 0.195 0.122 0.944 0.149 0.254 0.980 3.712 1.057 0.546 1.403 0.322 0.345 1.203 1.249 0.173 0.213 0.070 0.794 1.084 0.397 0.754 0.346 1.803 0.259 1.087 0.054 0.563 0.363 1.104 0.757 0.753 0.278 0.348 0.849 2.005 1.395 1.731 0.388 0.207 0.519 0.450 0.702 1.125 2.292 5.037 1.257 1.530 0.212 0.278 0.064 0.106 0.280 0.430 0.676 0.666 1.457 2.302 0.675 1.300 0.727 0.518 0.079 0.859 0.833 0.358 0.728 0.018 0.114 1.405 0.887 0.416 1.548 0.260 0.267 1.604 0.591 0.759 0.127 0.104 1.080 1.663 1.699 0.944 0.147 0.287 0.102 0.327 0.639 4.087 0.477 2.249 2.264 0.484 0.028 0.071 0.950 1.367 2.603 2.243 252 chr1 167236886 167242857 + 0 NA intron (NM_002697, intron 1 of 15) intron (NM_002697, intron 1 of 15) 49748 NR_037163 5451 Hs.283402 NM_002697 ENSG00000143190 POU2F1 OCT1|OTF1|oct-1B POU class 2 homeobox 1 protein-coding 1.906 nan 2.230 0.172 0.223 0.438 0.107 0.192 0.392 0.251 0.322 0.144 0.445 0.208 0.420 0.341 0.200 0.418 0.318 0.041 0.115 0.053 0.127 0.549 0.214 0.106 0.478 0.098 0.270 0.090 0.096 0.355 0.059 0.190 0.125 0.065 0.253 0.375 0.228 0.056 0.395 0.435 0.129 0.195 0.159 0.743 0.553 0.652 1.158 0.582 nan 1.820 0.291 0.342 0.483 1.831 2.513 0.622 nan 1.056 0.785 1.259 1.518 0.674 0.881 3.481 8.393 0.665 0.558 0.093 0.365 0.047 0.491 0.024 0.266 1.631 0.593 0.158 0.155 0.753 0.112 0.108 0.149 0.068 0.105 0.065 2.031 3.451 0.066 0.504 0.202 0.092 0.296 0.392 0.293 0.300 0.200 0.061 0.097 0.324 0.078 0.119 0.135 0.021 0.314 0.150 0.560 1.248 1.676 0.090 0.315 0.068 0.034 1159 chr17 34897906 34905075 + 0 NA 5' UTR (NM_024835, exon 2 of 14) 5' UTR (NM_024835, exon 2 of 14) 753 NM_024835 79893 Hs.514116 NM_024835 ENSG00000278311 GGNBP2 DIF-3|DIF3|LCRG1|LZK1|ZFP403|ZNF403 gametogenetin binding protein 2 protein-coding nan 4.492 3.577 2.892 11.098 6.761 3.956 4.960 0.788 3.875 3.184 0.416 1.746 5.522 5.639 3.912 1.759 3.706 3.153 3.026 1.192 4.333 1.484 3.673 4.918 3.408 4.177 9.723 1.763 5.613 3.874 0.209 7.192 2.401 2.662 3.400 0.524 3.653 4.431 3.486 1.950 6.043 6.010 3.375 3.375 1.536 4.847 5.316 6.719 8.845 nan 7.731 8.553 3.851 12.424 12.975 3.372 4.426 6.729 10.917 nan 9.069 3.561 6.393 6.416 7.207 6.246 6.792 2.908 1.272 4.057 3.222 1.481 1.099 1.237 4.052 2.416 2.625 3.299 2.605 5.049 1.567 2.689 5.768 2.765 1.266 1.690 1.468 1.061 4.820 5.149 2.659 2.842 2.905 3.875 6.993 2.552 3.706 2.217 2.249 1.630 4.643 2.156 2.998 1.851 2.879 2.175 3.380 1.859 2.238 2.638 3.085 2.747 1.682 883 chr14 75099632 75109559 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -25561 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 2.205 1.155 1.728 0.891 0.128 0.245 0.083 0.236 0.018 0.728 0.165 0.097 0.038 0.084 0.133 0.118 0.135 0.158 0.756 0.138 0.021 0.107 0.085 0.160 0.474 0.114 0.107 0.571 0.178 0.065 0.064 0.096 0.175 0.059 0.039 0.074 0.112 0.144 0.320 0.034 0.330 0.204 0.246 0.053 0.262 0.084 0.401 0.287 0.166 0.279 0.528 0.631 1.154 0.286 0.630 0.682 0.292 0.681 1.901 nan 6.253 6.056 0.217 0.261 0.757 0.627 1.675 6.381 1.681 nan 0.381 0.266 0.020 0.194 0.080 0.407 0.175 0.037 0.007 0.102 0.231 0.086 0.213 0.048 0.015 0.109 0.023 0.037 0.271 0.172 0.202 0.040 0.115 0.728 0.057 0.062 0.158 0.049 0.050 1.134 0.211 0.052 0.184 0.013 0.103 0.044 0.046 0.010 8.638 0.230 0.199 0.023 0.020 2048 chr4 75397233 75413416 + 0 NA Intergenic Intergenic -75267 NM_001657 374 Hs.270833 NM_001657 ENSG00000109321 AREG AR|AREGB|CRDGF|SDGF amphiregulin protein-coding 0.551 0.798 0.468 0.164 3.525 0.143 0.141 0.507 0.131 0.301 0.343 0.039 1.001 2.194 0.397 0.049 0.040 0.022 0.151 0.337 0.069 2.690 2.914 0.202 2.191 1.234 2.198 0.383 2.500 0.145 0.080 0.090 0.201 1.385 0.080 0.246 0.029 0.111 0.386 2.387 0.229 0.564 0.289 0.065 0.202 0.238 0.419 0.313 0.382 0.572 0.216 0.248 0.231 0.160 0.354 0.419 0.459 0.708 0.291 0.364 0.351 0.203 0.207 0.173 0.039 0.094 0.130 0.264 0.203 0.250 0.089 1.619 0.170 0.500 0.086 0.194 0.094 1.372 0.570 0.027 0.340 0.012 0.123 0.744 0.045 0.053 1.808 0.111 0.276 0.706 0.717 0.106 0.785 0.476 0.301 2.100 0.343 0.022 0.432 0.144 0.006 0.136 0.013 0.218 0.091 0.559 0.185 0.078 0.037 0.046 0.198 2.683 0.043 0.025 655 chr12 12027650 12040683 + 0 NA intron (NM_001987, intron 5 of 7) AluJr|SINE|Alu -189712 NM_138723 79370 Hs.210343 NM_030766 ENSG00000121380 BCL2L14 BCLG BCL2 like 14 protein-coding 0.933 1.512 2.300 4.538 2.460 1.094 0.423 0.844 0.233 0.727 0.167 0.061 1.499 2.587 0.117 1.827 0.904 2.605 0.313 1.518 0.086 2.462 1.821 2.418 3.099 0.969 1.866 3.083 1.190 0.459 0.067 0.105 0.380 0.190 0.077 0.551 0.018 0.052 0.878 2.322 0.546 1.006 0.643 0.176 1.860 0.848 0.329 0.577 0.832 3.219 nan 1.883 8.401 2.275 1.044 1.196 0.533 0.888 5.053 4.556 0.390 0.290 0.393 0.672 0.667 0.964 0.439 0.648 1.687 0.791 0.222 1.812 0.299 0.171 3.541 0.252 0.021 0.559 0.338 0.034 0.048 0.200 0.030 1.202 0.041 0.030 2.960 0.198 0.338 0.314 0.756 0.130 0.462 0.706 0.727 2.501 0.107 2.605 0.528 1.170 0.216 0.191 0.591 0.094 4.209 0.800 0.170 0.767 0.152 0.124 0.530 2.547 0.031 0.036 421 chr10 115802153 115813038 + 0 NA TTS (NM_000684) TTS (NM_000684) 3789 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.504 nan 0.525 0.178 0.152 0.473 0.308 0.072 3.583 0.106 0.599 0.193 0.139 0.303 0.035 1.142 0.441 0.066 0.164 0.693 0.080 1.194 0.098 1.286 1.875 1.097 0.662 2.011 0.309 1.166 0.120 0.094 0.425 0.054 0.264 1.202 0.036 0.076 0.205 0.321 0.185 0.977 0.762 1.056 0.097 0.287 0.385 0.363 1.918 1.972 0.172 0.106 3.630 1.548 1.506 1.240 0.163 0.213 1.040 2.053 0.255 0.258 0.704 1.278 0.880 0.783 0.091 0.210 0.812 0.530 0.057 0.602 0.298 0.039 0.599 0.260 0.025 0.598 0.495 0.841 0.228 0.070 0.639 0.263 0.419 0.298 0.098 1.277 0.778 0.138 0.411 0.615 0.044 0.245 0.106 0.405 4.557 0.066 0.155 0.113 0.017 0.637 0.028 0.069 0.028 0.224 0.077 0.669 0.526 0.091 0.021 0.079 0.042 0.018 1998 chr3 184048615 184055289 + 0 NA intron (NM_001194947, intron 32 of 32) L2b|LINE|L2 -1765 NM_001171093 131408 Hs.591307 NM_144635 ENSG00000175182 FAM131A C3orf40|FLAT715|PRO1378 family with sequence similarity 131 member A protein-coding 3.223 2.361 1.574 1.271 6.853 3.220 1.481 1.710 0.495 1.602 0.741 0.240 0.713 1.634 1.713 1.084 0.561 1.124 1.179 0.689 1.336 3.081 1.835 1.091 1.810 1.203 1.255 5.672 1.371 1.353 0.927 0.108 nan 1.049 0.851 2.484 0.522 1.408 2.084 0.819 0.993 3.890 4.479 1.384 0.811 0.873 0.980 1.285 1.949 3.433 2.540 2.324 3.798 2.352 2.219 2.130 2.049 2.736 2.014 3.579 2.123 1.624 0.450 0.624 1.894 1.923 1.896 2.814 1.149 0.546 0.932 3.196 0.431 0.799 0.601 0.694 0.296 1.896 1.600 0.997 0.885 0.386 1.025 4.443 7.811 2.676 0.897 0.606 0.508 2.011 0.998 3.770 0.252 0.738 1.602 4.116 2.315 1.124 0.382 0.409 0.889 1.370 1.101 4.817 3.329 1.691 2.696 0.658 0.178 0.868 2.665 2.941 4.061 3.358 2332 chr6 53042800 53061509 + 0 NA Intergenic Intergenic -38530 NM_003643 8521 Hs.23589 NM_003643 ENSG00000137270 GCM1 GCMA|hGCMa glial cells missing homolog 1 protein-coding 0.932 1.438 nan 1.432 0.110 0.916 0.419 0.105 0.033 0.513 0.164 0.188 0.047 0.192 0.088 0.261 0.214 1.170 0.117 0.131 0.033 0.060 0.152 0.312 0.636 0.173 0.272 1.938 0.055 0.257 0.088 0.143 0.220 0.038 0.041 0.203 0.036 0.100 0.169 0.044 0.052 0.171 0.497 0.105 0.134 0.067 0.427 0.469 0.355 0.491 0.739 0.834 2.930 0.751 0.402 0.355 0.350 0.569 6.401 4.618 0.432 0.162 0.234 0.412 0.791 0.894 0.235 0.341 1.513 0.820 0.238 0.289 0.026 0.128 0.282 0.148 0.460 0.157 0.032 0.056 0.086 0.096 0.142 0.065 0.025 0.272 0.053 0.104 0.197 0.174 0.142 0.034 0.273 0.513 0.155 0.078 1.170 0.026 0.041 0.021 0.173 0.508 0.033 0.018 0.102 0.110 0.067 0.095 0.047 0.105 0.156 0.015 0.011 1367 chr19 676209 681056 + 0 NA intron (NM_005860, intron 2 of 4) AluSz|SINE|Alu 2243 NM_005860 10272 Hs.529038 NM_005860 ENSG00000070404 FSTL3 FLRG|FSRP follistatin like 3 protein-coding 1.650 1.373 2.639 1.218 4.158 1.740 0.975 3.440 1.351 1.135 0.505 0.212 0.618 2.456 4.819 1.547 0.420 1.400 1.397 1.200 2.196 4.110 1.165 1.270 3.618 2.259 2.536 6.012 0.806 1.735 5.682 0.105 2.860 0.897 0.485 3.261 0.577 2.778 1.940 2.329 0.521 3.322 2.827 3.466 3.245 1.403 1.364 2.155 1.737 2.952 3.048 2.290 1.475 0.456 1.324 1.448 1.896 2.718 0.989 nan 1.527 2.117 0.802 1.242 2.168 1.641 0.890 1.761 1.989 0.920 2.000 1.382 0.824 2.204 0.731 3.119 1.594 1.851 2.320 1.837 2.856 0.394 0.770 11.601 2.574 1.263 0.629 0.823 0.449 3.233 4.848 3.630 1.588 1.644 1.135 2.989 2.997 1.400 0.908 0.898 0.678 10.195 1.862 4.766 0.602 2.711 3.521 0.662 0.451 0.579 1.612 0.463 3.761 2.507 271 chr1 183964108 183979315 + 0 NA intron (NM_001303421, intron 1 of 11) intron (NM_001303421, intron 1 of 11) 35193 NM_001303420 23127 Hs.387995 NM_015101 ENSG00000198756 COLGALT2 C1orf17|GLT25D2 collagen beta(1-O)galactosyltransferase 2 protein-coding nan nan 2.287 0.115 0.452 0.234 0.105 0.135 0.171 0.228 0.302 0.083 0.125 0.193 0.025 0.119 0.186 0.032 0.175 0.356 0.171 0.111 0.180 0.109 0.478 0.127 0.250 0.312 0.173 0.584 0.186 0.121 0.454 0.225 0.080 0.525 0.160 0.378 0.281 0.101 0.259 0.328 0.761 0.117 0.173 0.179 0.629 0.523 0.528 0.778 0.353 nan 0.173 0.063 nan 0.343 4.602 5.158 0.409 0.373 0.407 0.221 0.384 0.552 0.214 0.251 0.584 nan 0.511 0.530 0.042 0.145 0.107 0.334 0.007 0.177 0.018 0.351 0.086 0.068 0.163 0.056 0.063 0.085 0.139 0.124 0.026 0.030 0.056 0.418 0.059 0.212 0.124 0.076 0.228 0.146 0.171 0.032 0.177 0.027 0.051 0.027 0.060 0.241 0.123 0.114 0.256 0.531 0.065 0.311 0.074 0.065 0.428 0.597 1070 chr16 67200965 67214135 + 0 NA promoter-TSS (NM_001185057) promoter-TSS (NM_001185057) -206 NM_001185057 8996 Hs.513667 NM_003946 ENSG00000140939 NOL3 ARC|FCM|MYP|NOP|NOP30 nucleolar protein 3 protein-coding nan nan 3.468 2.871 1.004 1.884 0.648 1.847 0.471 1.083 1.140 0.110 1.442 3.513 5.858 0.783 0.667 1.742 1.350 2.068 0.301 1.663 0.392 1.712 2.743 1.335 1.805 2.246 1.389 1.251 1.254 0.072 1.786 1.009 1.275 1.472 0.430 0.824 2.223 1.515 1.257 5.421 3.866 0.764 1.916 0.764 1.826 3.242 0.699 1.205 1.583 1.385 3.093 1.064 2.618 2.807 0.988 nan 2.911 3.901 1.633 1.525 0.716 1.135 0.514 0.440 1.541 2.356 2.292 0.974 2.026 1.646 1.696 2.220 3.532 1.023 0.106 2.411 2.768 1.685 5.408 0.087 0.265 1.773 1.621 0.889 0.759 0.706 0.460 2.290 2.972 1.733 1.942 3.405 1.083 3.208 2.493 1.742 1.272 1.179 0.694 2.431 2.326 0.535 1.310 1.000 0.447 0.629 0.539 0.862 1.405 0.588 0.704 0.302 1024 chr16 11701295 11736995 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -37823 NR_024320 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 1.058 0.889 nan 0.716 1.392 0.413 0.170 0.793 1.048 0.276 0.532 0.185 0.799 1.501 1.389 0.181 0.137 0.754 0.361 0.548 0.611 1.235 1.145 0.183 4.638 1.622 0.846 1.138 0.848 0.144 0.120 0.069 1.834 0.086 0.352 1.570 0.201 0.258 0.712 1.304 0.542 1.297 1.269 0.748 1.728 0.186 0.494 0.623 0.248 0.401 0.702 0.729 3.076 1.037 0.496 0.501 0.571 0.998 1.140 1.297 nan 0.843 0.450 0.415 0.506 0.809 0.214 0.275 0.604 0.549 0.627 1.923 2.882 0.385 0.070 0.272 0.070 1.642 1.218 1.432 2.868 0.107 0.124 0.545 0.148 0.088 0.758 0.108 0.078 0.232 1.826 0.115 1.320 2.615 0.276 2.191 0.322 0.754 0.782 1.569 0.253 0.259 0.233 0.908 0.111 1.435 1.031 0.100 0.072 0.049 0.935 0.590 0.027 0.014 491 chr11 45101559 45114290 + 0 NA Intergenic Intergenic -7640 NR_046338 56981 Hs.178715 NM_020229 ENSG00000019485 PRDM11 PFM8 PR/SET domain 11 protein-coding nan 1.508 0.983 0.451 0.076 1.703 0.882 0.086 0.099 2.148 1.062 0.202 0.044 0.058 0.015 0.665 0.199 0.236 1.564 0.118 0.288 0.022 0.118 0.110 0.349 0.102 0.184 1.008 0.011 0.176 0.076 0.106 0.532 0.037 0.018 0.408 0.105 0.274 0.317 0.111 0.012 0.226 0.200 0.096 0.166 0.041 1.540 2.977 0.190 0.320 0.784 0.666 9.714 2.914 0.143 0.168 1.191 1.577 0.734 0.541 2.658 2.153 0.381 0.483 0.472 0.476 0.362 nan 1.983 1.025 0.168 0.475 0.112 0.051 0.080 1.757 0.011 0.085 0.028 0.063 0.055 0.127 0.013 0.699 0.045 0.055 0.054 0.018 0.269 0.160 0.033 0.062 0.166 2.148 0.062 0.044 0.236 0.087 0.136 1.660 0.069 0.230 0.043 0.069 0.864 0.448 0.108 0.093 0.050 0.024 0.064 0.167 0.076 1863 chr22 45105685 45112697 + 0 NA intron (NM_001017528, intron 2 of 8) intron (NM_001017528, intron 2 of 8) 11113 NM_181333 55615 Hs.102336 NM_015366 ENSG00000186654 PRR5 FLJ20185k|PP610|PROTOR-1|PROTOR1 proline rich 5 protein-coding 1.055 nan 1.187 0.371 0.112 0.329 0.237 0.087 0.036 0.215 0.075 0.115 0.055 0.125 0.062 0.312 0.153 0.443 0.558 0.228 0.067 0.030 0.160 1.260 0.286 0.131 0.847 0.008 1.382 0.263 0.067 0.363 0.017 0.065 0.080 0.033 0.088 0.290 0.031 0.058 0.579 0.311 0.029 0.192 0.045 0.507 0.541 0.352 0.456 0.622 0.569 2.731 0.936 3.196 3.109 0.070 nan 3.027 2.992 nan 0.515 0.365 0.496 0.389 0.334 0.262 0.463 1.336 1.088 0.362 0.132 0.027 0.079 0.028 0.594 0.059 0.089 0.021 0.076 0.139 0.041 0.068 0.144 0.035 0.034 0.122 0.707 0.525 0.124 0.421 0.080 0.022 0.323 0.215 0.266 0.082 0.443 0.243 0.130 0.138 0.144 4.636 0.010 0.012 0.252 0.131 0.808 0.043 0.069 0.043 0.054 0.033 2463 chr7 99002948 99008191 + 0 NA intron (NM_014891, intron 1 of 5) MIR|SINE|MIR 736 NM_014891 11333 Hs.632296 NM_014891 ENSG00000106244 PDAP1 HASPP28|PAP|PAP1 PDGFA associated protein 1 protein-coding nan 2.367 nan 4.784 2.803 5.448 3.271 4.217 1.144 4.891 3.780 0.122 0.959 3.348 2.919 5.016 2.041 4.578 6.046 4.324 1.464 6.859 0.801 3.551 6.233 4.849 7.342 6.922 2.147 4.624 7.328 0.215 7.272 1.846 2.351 1.612 1.180 5.091 4.875 2.483 2.058 7.404 7.631 4.584 3.438 1.962 7.607 7.184 6.333 9.126 7.854 7.825 7.959 5.862 13.579 15.059 4.786 6.006 5.372 7.862 8.281 8.110 7.494 10.358 6.998 7.971 7.508 nan 7.367 3.362 3.077 3.905 1.590 3.123 2.060 4.725 3.273 1.588 1.616 2.927 4.211 0.907 2.768 6.005 3.891 1.874 2.516 2.140 1.951 4.770 3.725 7.079 2.191 2.902 4.891 4.825 3.580 4.578 3.990 3.176 1.367 5.701 1.930 3.191 5.289 3.768 1.917 1.966 2.072 1.622 2.222 1.461 4.097 3.395 13 chr1 3369917 3391619 + 0 NA intron (NM_014448, intron 2 of 14) intron (NM_014448, intron 2 of 14) 9621 NM_014448 27237 Hs.87435 NM_014448 ENSG00000130762 ARHGEF16 GEF16|NBR Rho guanine nucleotide exchange factor 16 protein-coding 1.153 nan 2.166 0.971 1.106 0.734 0.311 0.178 0.211 0.158 0.069 0.096 0.358 1.224 0.368 0.145 0.130 0.303 0.370 0.545 0.289 0.527 0.131 0.158 nan 0.981 0.535 1.293 0.234 0.227 0.371 0.107 0.969 0.060 0.356 0.090 0.150 0.163 0.425 0.196 0.362 4.014 0.950 0.468 0.368 0.096 0.620 0.627 0.477 0.688 1.362 1.230 0.732 0.330 1.249 1.370 0.153 nan nan 1.068 nan 0.266 0.926 0.829 0.215 0.250 0.111 0.133 0.177 0.266 0.809 0.873 0.393 0.459 0.491 0.279 0.757 0.191 0.100 0.186 0.834 0.049 0.019 0.842 0.547 0.272 0.517 0.362 0.223 0.124 0.649 0.209 0.414 1.588 0.158 1.331 0.478 0.303 0.909 1.697 0.214 0.864 0.061 0.012 0.095 0.361 0.385 0.143 0.374 0.039 0.050 0.267 0.021 0.016 2493 chr7 125202493 125211257 + 0 NA Intergenic L1P3|LINE|L1 -302530 NR_110183 101928254 Hs.571236 NR_110182 ENSG00000219445 LOC101928254 - uncharacterized LOC101928254 ncRNA 1.122 0.617 0.789 0.050 0.106 0.195 0.193 0.117 1.342 0.132 0.093 0.137 0.043 0.096 0.015 0.746 0.925 0.155 0.232 0.159 0.014 0.058 0.012 0.180 0.051 0.092 0.073 0.249 0.049 0.050 0.172 2.669 0.053 0.042 0.071 0.127 0.013 0.010 0.118 0.140 0.215 0.078 0.072 0.285 0.245 0.195 0.315 0.256 0.403 0.130 0.081 0.321 0.298 3.860 4.322 0.233 0.268 10.076 12.294 0.210 0.180 1.050 0.635 2.188 3.018 0.416 0.403 0.037 1.128 0.040 0.016 0.016 0.008 0.495 0.171 0.082 0.049 0.014 0.009 0.017 0.035 0.014 0.205 0.076 0.337 0.153 0.132 0.016 0.155 0.074 0.114 0.060 0.118 1.451 0.008 0.019 0.009 0.013 0.030 0.057 1.157 0.009 0.043 0.006 105 chr1 46917061 46933279 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -9794 NR_121680 101929651 Hs.638707 NR_121680 ENSG00000224863 LINC01398 - long intergenic non-protein coding RNA 1398 ncRNA nan 0.859 nan 0.142 0.126 0.712 0.268 0.105 0.046 0.419 0.138 0.089 0.106 0.150 0.026 0.385 0.187 1.410 0.252 0.140 0.015 0.080 0.058 0.095 0.387 0.163 0.081 0.857 0.063 0.112 0.227 0.113 0.189 0.044 0.069 0.125 0.014 0.047 0.273 0.013 0.050 0.210 0.151 0.085 0.095 0.082 0.295 0.454 0.312 0.341 4.206 4.457 0.551 0.186 0.453 0.529 0.207 nan nan 1.156 0.867 0.829 0.352 nan 0.161 0.152 0.489 1.254 0.471 0.502 0.155 0.193 0.006 0.154 0.024 0.197 0.026 0.073 0.058 0.084 0.086 0.046 0.109 0.154 0.093 0.104 0.071 0.039 0.067 0.111 0.195 0.125 0.048 0.102 0.419 0.132 0.043 1.410 0.049 0.075 0.085 0.292 0.113 0.013 0.010 0.069 0.028 0.064 0.066 0.072 0.024 0.023 0.036 0.014 1514 chr2 5453377 5458025 + 0 NA Intergenic Intergenic 375549 NR_110580 102723818 Hs.128107 NR_110580 LINC01248 - long intergenic non-protein coding RNA 1248 ncRNA 2.056 0.841 1.872 0.247 0.045 1.234 0.952 0.085 0.040 0.701 0.096 0.072 0.091 0.014 0.305 0.244 1.122 1.330 0.078 0.086 0.089 0.623 0.120 0.074 1.074 0.031 0.115 0.046 0.110 0.110 0.025 0.033 0.040 0.017 0.030 0.296 0.117 0.061 0.191 0.098 0.075 0.410 0.647 0.343 1.873 7.935 6.283 1.589 0.456 0.020 0.096 0.367 0.571 0.751 0.748 2.271 2.934 0.085 0.144 1.445 1.866 2.805 6.894 0.189 0.132 0.940 0.031 0.020 0.021 0.535 0.047 0.058 0.411 1.346 0.059 0.039 0.017 0.016 0.086 0.069 0.076 0.034 0.027 0.701 0.062 0.020 1.122 0.054 0.018 3.057 0.042 0.043 0.009 0.034 0.047 0.074 0.021 1.839 0.017 0.040 0.025 0.044 840 chr14 24833987 24851473 + 0 NA intron (NM_001198966, intron 4 of 9) intron (NM_001198966, intron 4 of 9) 4371 NM_001288802 4776 Hs.77810 NM_004554 ENSG00000100968 NFATC4 NF-AT3|NF-ATC4|NFAT3 nuclear factor of activated T-cells 4 protein-coding nan 2.367 2.135 2.215 0.844 3.102 1.605 0.267 1.030 2.715 2.362 0.347 0.423 1.272 2.494 0.593 0.435 2.225 0.743 1.108 0.170 1.203 0.703 0.118 9.424 3.763 3.606 3.805 0.587 1.034 0.774 0.108 0.316 0.201 0.459 0.150 0.055 0.197 0.357 0.469 0.097 0.933 0.137 0.056 0.690 0.345 0.541 1.108 1.245 1.665 4.391 4.121 1.225 0.474 2.272 2.485 0.812 1.251 5.103 nan 4.636 4.297 1.192 2.460 1.642 1.259 1.204 2.262 1.229 0.723 2.187 1.284 0.251 0.880 0.748 6.720 0.278 0.225 0.091 0.333 1.562 0.517 2.026 0.126 0.186 0.130 1.051 0.492 0.434 2.337 1.071 1.172 0.623 1.503 2.715 1.105 0.101 2.225 0.481 0.611 1.422 3.097 1.369 0.128 0.277 0.154 0.249 0.401 2.419 0.724 0.182 0.249 0.705 0.501 1647 chr2 199623468 199640599 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -392212 NR_110267 101927619 Hs.632942 NR_110267 LINC01923 - long intergenic non-protein coding RNA 1923 ncRNA 0.646 nan 0.616 0.139 0.050 0.458 0.357 0.050 0.014 0.141 0.066 0.066 0.033 0.124 0.022 0.081 0.090 0.056 0.387 0.193 0.028 0.133 0.186 0.072 0.065 0.402 0.102 7.838 0.013 0.087 0.200 0.083 0.108 0.052 0.099 0.055 0.014 0.045 0.312 0.106 0.047 0.104 0.373 0.260 0.847 0.357 0.262 0.315 0.470 0.312 0.386 0.404 0.140 0.235 0.437 0.312 0.349 0.191 0.179 0.256 0.134 0.371 0.306 0.385 0.431 0.330 0.023 0.055 0.041 0.046 0.047 0.008 0.012 0.004 0.008 0.032 0.045 0.061 0.055 0.004 0.009 0.024 0.391 1.074 0.081 0.019 0.014 0.023 0.008 0.141 0.042 0.038 0.056 0.036 0.011 0.022 0.020 0.071 0.044 0.002 0.022 0.039 8.926 0.073 0.080 0.044 0.116 0.010 0.009 597 chr11 118961843 118980037 + 0 NA intron (NM_001382, intron 4 of 8) intron (NM_001382, intron 4 of 8) 1845 NM_001382 1798 Hs.524081 NM_001382 ENSG00000172269 DPAGT1 ALG7|CDG-Ij|CDG1J|CMS13|CMSTA2|D11S366|DGPT|DPAGT|DPAGT2|G1PT|GPT|UAGT|UGAT dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase 1 protein-coding 2.007 2.546 1.920 2.576 1.611 3.246 1.752 2.993 1.297 2.243 0.635 0.143 0.665 2.193 2.578 1.309 0.999 3.082 1.557 2.405 0.694 2.202 0.975 1.496 3.625 1.726 1.163 6.446 1.629 2.393 3.191 0.159 4.044 1.273 2.497 2.743 0.656 2.792 2.166 2.561 0.752 3.428 2.764 1.581 3.724 1.420 3.817 nan 3.002 4.610 3.723 3.575 6.475 3.070 4.834 4.908 2.994 nan 4.178 5.387 3.801 4.104 4.205 7.379 3.130 3.294 2.590 3.426 2.134 1.268 3.577 2.297 0.883 1.622 0.815 2.954 0.787 1.717 1.718 1.869 2.283 0.771 2.368 6.595 3.647 1.823 1.155 1.350 1.219 3.333 1.898 3.211 1.335 2.943 2.243 2.629 3.993 3.082 1.364 2.271 0.571 3.543 1.641 1.811 1.271 1.856 0.779 1.343 2.235 1.101 2.314 1.188 1.267 0.769 2380 chr6 161854320 161866929 + 0 NA intron (NM_013987, intron 8 of 10) intron (NM_013987, intron 8 of 10) -31385 NR_134593 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.899 nan 0.708 0.125 0.553 2.133 1.311 0.442 0.010 0.488 1.818 0.458 0.195 0.075 0.105 0.297 0.162 0.269 1.171 0.271 0.334 0.043 0.147 0.482 0.133 0.033 0.242 0.023 0.153 0.120 0.082 0.336 0.338 0.078 0.062 0.539 3.447 0.250 0.217 0.129 1.093 0.089 0.459 0.122 0.066 2.172 3.135 7.507 8.842 0.369 0.309 3.589 1.454 0.611 0.643 0.093 0.239 0.202 0.248 nan 0.403 1.327 1.982 1.332 1.428 0.132 0.178 1.312 0.858 0.027 0.348 1.358 0.022 0.285 0.028 0.011 0.154 0.040 0.228 0.158 0.152 0.019 0.482 0.163 0.179 0.036 0.079 0.028 0.150 0.213 0.088 0.044 0.052 0.488 0.057 0.037 0.269 0.127 0.355 0.453 0.088 1.591 0.462 0.053 1.528 0.604 0.047 1.702 0.036 0.146 0.757 0.822 0.610 111 chr1 53994282 54014858 + 0 NA intron (NM_147193, intron 3 of 9) intron (NM_147193, intron 3 of 9) 79498 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.469 0.700 0.996 0.094 0.056 0.248 0.116 0.317 0.018 0.553 0.715 0.155 0.051 0.149 0.046 0.121 0.109 0.087 0.257 0.082 0.108 0.063 0.264 nan 0.082 0.065 0.472 0.007 0.114 0.084 0.092 0.128 0.006 0.030 0.054 0.187 0.185 0.175 0.063 0.020 0.105 0.168 0.133 0.716 0.060 0.497 0.660 0.424 0.836 0.793 0.759 0.726 0.289 0.469 0.488 3.030 3.454 0.275 0.482 1.727 2.337 0.408 0.413 0.276 0.336 0.710 nan 0.469 0.552 0.193 0.234 0.070 1.044 0.029 0.120 0.027 0.912 0.785 0.050 0.252 0.056 0.117 0.641 0.082 0.030 0.108 0.030 0.029 0.136 0.332 0.028 0.038 0.501 0.553 0.077 0.050 0.087 0.047 0.141 1.317 0.111 0.079 0.009 0.017 0.124 0.152 0.033 0.091 0.281 0.074 0.088 0.048 0.017 1411 chr19 18153090 18161380 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 38258 NM_001286826 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 4.587 1.650 2.449 0.464 0.408 0.411 0.251 0.818 0.037 0.298 0.272 0.370 0.320 0.384 0.196 0.209 0.272 0.231 0.138 0.206 0.119 0.337 1.194 0.809 nan 0.328 0.428 0.521 0.510 0.148 0.104 0.106 0.377 0.356 0.190 1.847 0.606 1.125 0.378 1.517 0.107 0.218 0.353 0.304 0.546 0.276 0.264 0.188 0.308 0.772 0.850 0.832 0.674 0.241 0.230 0.198 3.286 4.436 2.987 4.089 8.250 7.998 0.250 0.209 1.011 1.728 4.071 9.341 2.036 1.073 0.448 1.211 0.519 0.833 0.143 0.278 0.050 0.805 0.594 0.117 0.197 0.324 0.095 0.878 0.241 0.151 0.583 0.047 0.043 0.529 0.837 0.347 0.038 0.460 0.298 0.353 0.078 0.231 0.223 0.269 2.035 0.432 1.007 0.204 0.025 0.999 0.308 0.070 0.060 4.688 1.038 0.868 0.049 0.061 408 chr10 104523205 104540328 + 0 NA intron (NM_001083913, intron 1 of 3) AluY|SINE|Alu -4122 NM_017787 54838 Hs.500897 NM_017787 ENSG00000166272 WBP1L C10orf26|OPA1L|OPAL1 WW domain binding protein 1-like protein-coding nan nan 0.920 0.163 0.083 0.207 0.188 0.404 1.805 0.217 1.040 0.338 0.110 0.167 0.033 0.045 0.053 0.216 0.095 0.165 0.123 0.152 0.037 0.139 0.325 0.093 0.149 0.245 0.017 0.331 0.137 0.103 0.586 0.069 2.022 0.145 0.200 0.533 0.316 0.038 0.112 0.625 0.384 0.110 0.112 0.158 0.415 0.577 0.580 0.663 0.311 0.341 0.487 0.260 0.242 0.254 0.249 nan 0.377 0.513 0.190 0.070 0.218 0.256 0.062 0.065 0.396 nan 0.340 0.325 0.058 0.237 0.167 0.129 0.047 0.099 0.057 0.157 0.068 1.543 0.196 0.022 0.055 0.199 0.085 0.046 0.104 0.106 0.156 0.140 0.623 0.137 0.027 0.194 0.217 0.108 0.104 0.216 0.063 1.218 0.035 0.257 0.049 0.028 0.010 0.069 0.286 0.161 0.046 0.188 0.046 0.171 1.278 0.695 1480 chr19 49456925 49474343 + 0 NA TTS (NM_138764) TTS (NM_138764) -2932 NM_000146 2512 Hs.433670 NM_000146 ENSG00000087086 FTL LFTD|NBIA3 ferritin light chain protein-coding 2.680 1.345 1.780 1.960 2.964 2.350 1.022 5.174 0.288 1.404 1.021 0.196 0.710 1.824 3.588 0.451 0.372 1.391 0.982 3.809 0.960 1.672 0.950 2.026 nan 1.976 1.700 2.403 0.748 0.823 1.960 0.107 1.548 0.818 2.415 1.642 0.910 3.083 3.009 1.460 0.432 1.482 5.854 2.699 4.025 0.690 1.773 2.049 1.624 2.519 2.932 2.722 3.727 1.302 7.342 7.831 1.856 2.422 3.027 4.554 2.957 3.094 1.140 1.466 1.780 2.533 1.831 3.164 2.314 1.322 1.453 1.847 0.734 4.191 1.458 2.433 1.105 1.748 2.214 0.618 4.839 0.327 0.665 4.593 2.980 1.154 0.476 0.962 0.866 3.822 6.515 2.243 3.061 2.266 1.404 1.465 1.893 1.391 2.601 2.170 0.778 2.928 2.324 1.592 1.120 1.491 1.817 0.688 0.551 1.063 2.076 1.314 2.579 1.806 242 chr1 164654500 164709535 + 0 NA intron (NM_001204963, intron 2 of 8) intron (NM_001204963, intron 2 of 8) 61861 NR_038072 100505795 Hs.661039 NR_038072 ENSG00000233693 LOC100505795 - uncharacterized LOC100505795 ncRNA 1.350 nan 1.380 0.283 0.088 0.427 0.207 0.679 0.054 0.675 0.467 0.096 0.287 0.305 0.024 0.256 0.247 0.394 1.367 0.239 0.285 0.180 0.034 0.077 0.259 0.087 0.177 0.505 0.037 0.109 0.048 0.108 0.325 0.131 0.698 0.144 0.096 0.207 0.294 0.200 0.189 0.507 0.692 0.106 0.309 0.198 0.619 0.723 0.883 2.507 0.529 nan 1.346 0.489 0.191 0.233 2.779 3.369 0.917 nan 0.492 0.342 0.532 0.589 0.460 0.489 0.602 0.989 1.173 0.814 0.094 0.282 0.024 0.447 0.550 0.374 0.015 0.233 0.133 0.017 3.220 0.078 0.816 0.139 0.094 0.044 0.181 0.065 0.078 0.118 0.856 0.038 0.169 0.632 0.675 0.123 0.030 0.394 0.739 0.271 0.071 0.054 0.189 0.129 0.011 0.491 0.574 0.060 0.126 0.353 0.036 0.132 0.025 0.014 559 chr11 72966011 72986881 + 0 NA 5' UTR (NM_001277206, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001277206, exon 1 of 3) 165 NM_001277206 5031 Hs.16362 NM_004154 ENSG00000171631 P2RY6 P2Y6 pyrimidinergic receptor P2Y6 protein-coding nan 0.758 0.763 0.126 0.167 0.290 0.179 0.227 0.088 0.208 0.463 0.216 1.399 3.048 0.767 0.056 0.147 0.143 0.282 0.245 0.469 0.154 1.411 0.123 nan 1.366 2.682 0.464 0.555 0.154 0.130 0.115 0.233 0.754 0.566 0.944 0.397 0.887 0.292 3.818 0.183 0.281 1.365 0.696 3.620 0.285 0.620 0.557 0.302 0.498 0.667 0.643 1.645 0.253 0.843 0.920 0.512 0.799 1.499 1.752 0.573 0.510 0.345 0.336 0.366 0.675 0.272 0.386 0.762 0.585 0.069 2.946 0.445 0.455 0.081 0.106 0.027 1.407 1.071 0.289 0.333 0.068 0.125 3.748 1.165 0.552 0.858 0.112 0.111 1.712 1.364 0.406 1.878 1.961 0.208 2.247 2.705 0.143 0.200 3.390 0.357 0.920 0.784 1.475 0.122 1.389 0.860 0.088 0.033 0.070 0.172 1.109 1.109 1.074 1588 chr2 102128753 102139003 + 0 NA Intergenic Intergenic -42713 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.757 nan 0.729 0.034 1.881 0.173 0.140 1.859 0.036 0.177 0.181 0.175 1.888 2.891 0.665 0.031 0.063 0.058 0.288 0.885 0.761 2.797 1.914 0.207 4.453 1.550 0.694 0.464 2.587 0.130 0.052 0.079 0.110 5.371 0.065 2.399 0.178 0.340 0.382 3.542 0.188 1.322 0.400 0.241 2.490 1.558 0.253 0.168 0.249 0.367 0.544 0.581 0.127 0.059 0.414 0.383 0.322 0.502 0.591 0.483 0.408 0.208 0.203 0.294 0.053 0.070 0.252 0.461 0.276 0.297 0.016 6.257 0.122 4.372 0.044 0.021 3.251 3.045 0.072 0.129 0.009 0.062 3.035 1.253 0.648 1.830 0.045 0.047 12.071 0.778 1.293 0.233 2.660 0.177 0.765 1.719 0.058 1.275 1.252 0.084 0.170 0.043 1.356 2.746 1.513 1.465 0.100 0.097 0.108 5.661 0.877 0.815 1.201 32 chr1 8491451 8525586 + 0 NA intron (NM_012102, intron 12 of 23) intron (NM_012102, intron 12 of 23) 23813 NR_125999 102724552 Hs.568612 NR_125999 LOC102724552 - uncharacterized LOC102724552 ncRNA 1.147 nan 1.376 0.482 0.181 0.662 0.328 0.243 0.313 0.207 0.487 0.094 0.072 0.211 0.134 0.254 0.231 0.119 0.189 0.243 0.076 0.107 0.043 0.165 nan 0.312 0.432 0.798 0.146 3.395 0.177 0.119 0.222 0.076 0.096 0.068 0.023 0.080 0.288 0.083 0.035 0.328 0.221 0.105 0.108 0.229 0.613 0.897 0.644 0.891 0.916 0.997 0.471 0.307 0.655 0.540 1.127 nan nan 4.271 nan 0.337 0.602 1.273 0.192 0.233 0.467 1.078 0.797 0.572 0.262 0.123 0.067 0.311 0.118 0.324 0.049 0.105 0.030 0.150 0.068 0.058 0.210 0.083 0.037 0.021 0.047 0.301 0.448 0.126 0.148 0.171 0.025 0.103 0.207 0.152 0.155 0.119 0.054 0.187 0.109 0.118 0.063 0.099 0.022 0.093 0.134 3.294 0.696 0.211 0.093 0.075 0.025 0.015 443 chr11 690813 701229 + 0 NA promoter-TSS (NM_021008) promoter-TSS (NM_021008) -267 NM_001293634 10522 Hs.243994 NM_021008 ENSG00000177030 DEAF1 MRD24|NUDR|SPN|ZMYND5 DEAF1, transcription factor protein-coding 2.397 2.617 4.353 2.067 2.767 3.052 1.740 3.115 1.609 2.654 1.400 0.187 0.975 3.231 1.228 1.447 0.829 7.722 2.262 1.487 0.744 2.300 1.509 2.125 6.317 3.265 2.641 4.295 0.880 1.250 1.662 0.070 2.384 0.952 1.980 1.723 0.456 1.728 3.848 1.063 0.772 5.465 3.836 1.819 1.941 0.709 4.269 4.715 3.693 5.387 8.285 8.018 3.817 4.058 8.378 8.605 2.521 3.244 7.410 10.859 3.376 3.634 4.164 5.957 2.757 2.844 3.902 2.267 1.966 1.034 4.515 4.052 0.548 0.856 2.597 5.454 1.612 1.662 1.948 2.205 2.719 0.723 1.347 3.727 3.790 1.466 1.206 1.008 0.670 2.330 2.571 1.983 1.370 1.372 2.654 4.184 4.257 7.722 1.291 1.566 0.469 2.694 1.666 1.797 0.876 1.765 0.801 0.661 1.161 0.867 1.942 0.959 1.310 0.735 2234 chr5 177364927 177386683 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 47438 NM_006261 5626 Hs.158301 NM_006261 ENSG00000175325 PROP1 CPHD2|PROP-1 PROP paired-like homeobox 1 protein-coding 0.994 1.478 0.948 0.150 0.080 0.359 0.198 0.099 0.014 0.737 0.070 0.097 0.018 0.048 0.067 0.216 0.193 1.776 0.254 0.210 0.028 0.106 0.053 0.274 0.373 0.117 0.075 2.372 0.020 2.812 0.141 0.139 0.466 0.108 0.123 0.145 0.032 0.067 0.262 0.040 0.133 0.215 0.722 0.108 0.089 0.316 0.543 0.950 0.638 nan 1.320 1.234 1.164 0.336 0.536 0.534 1.456 nan 1.756 1.575 0.393 0.253 0.428 0.607 0.446 0.349 0.183 0.335 0.656 0.416 2.664 0.125 0.049 0.089 0.547 4.297 0.013 0.229 0.118 0.213 0.283 0.119 0.075 0.152 0.205 0.176 0.088 3.609 3.066 0.280 0.162 0.068 0.086 0.073 0.737 0.099 0.051 1.776 0.078 0.065 0.405 0.208 0.177 0.053 0.025 0.065 0.030 2.342 0.173 0.079 0.049 0.074 0.032 0.019 1795 chr21 33725086 33742073 + 0 NA intron (NM_014825, intron 12 of 38) intron (NM_014825, intron 12 of 38) 16052 NR_002996 677846 Hs.712293 NR_002996 ENSG00000200792 SNORA80A ACA67|SNORA80 small nucleolar RNA, H/ACA box 80A snoRNA 0.850 0.693 1.718 0.227 0.060 0.297 0.181 0.126 0.044 0.180 0.137 0.041 0.143 0.307 0.093 0.114 0.092 0.352 0.138 0.007 0.052 0.013 0.120 0.257 0.123 0.445 0.619 0.035 5.880 0.071 0.092 0.183 0.042 0.432 0.133 0.015 0.068 0.246 0.013 0.014 0.257 0.178 0.115 0.096 0.258 0.409 0.425 1.856 1.061 0.559 0.546 0.575 0.187 0.461 0.415 0.371 0.601 0.781 0.729 0.525 0.427 0.201 0.379 0.141 0.177 0.251 0.466 nan 0.487 0.127 0.095 0.062 0.098 0.006 0.244 0.074 0.218 0.175 0.099 0.236 0.028 0.261 0.103 0.025 0.037 0.077 0.629 0.728 0.185 0.345 0.120 1.901 0.742 0.180 0.094 0.076 0.092 0.397 1.732 0.045 0.130 0.067 0.028 0.005 0.079 0.052 2.614 0.053 0.110 0.045 0.050 0.034 0.024 580 chr11 100618391 100651598 + 0 NA intron (NM_152432, intron 1 of 23) AluJr|SINE|Alu -76308 NR_133571 100128386 Hs.635125 NR_133571 ENSG00000248027 LOC100128386 - uncharacterized LOC100128386 ncRNA 0.813 0.949 0.823 0.050 0.309 0.289 0.190 0.187 1.775 0.263 0.292 0.087 0.384 1.364 0.245 0.151 0.121 0.032 0.133 0.599 0.021 0.563 0.689 0.784 0.549 0.247 0.408 0.498 1.420 0.267 0.075 0.103 0.076 0.075 0.106 0.784 0.033 0.139 0.322 0.764 0.168 0.519 0.104 0.668 1.263 0.408 0.503 0.282 0.426 0.731 0.462 0.526 0.122 0.075 0.612 0.570 2.956 3.463 0.134 0.168 0.483 0.239 0.187 0.274 0.361 0.330 0.701 1.662 0.977 0.663 0.028 1.982 0.300 0.676 0.051 0.056 0.012 0.626 0.543 0.093 0.054 0.060 0.510 3.130 0.118 0.049 1.014 0.054 0.076 0.181 0.515 0.037 0.050 1.157 0.263 2.571 0.034 0.032 0.620 2.035 0.268 0.065 0.308 0.086 0.074 0.991 0.072 0.336 0.051 0.455 0.369 0.710 0.023 0.014 2523 chr8 29367327 29390479 + 0 NA Intergenic Intergenic -170636 NM_001394 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 0.866 nan 0.068 0.246 0.334 0.235 1.701 0.003 0.252 0.147 0.105 0.426 0.601 0.653 0.061 0.075 0.233 0.143 0.532 0.374 0.733 1.395 0.707 3.432 1.045 0.558 0.609 0.954 0.126 0.033 0.104 0.300 0.378 0.149 0.152 0.411 0.972 0.109 0.711 0.060 0.203 0.082 0.229 2.078 0.195 0.485 0.645 1.152 1.115 nan 0.568 nan 0.319 0.125 0.158 0.298 0.430 0.466 0.402 2.585 2.406 0.254 0.297 0.168 0.200 1.239 3.802 nan nan 0.041 1.645 0.214 1.759 0.080 0.046 0.012 2.244 1.651 0.016 1.380 0.012 0.059 1.070 0.445 0.226 0.451 0.077 0.078 0.843 1.576 0.034 3.109 3.638 0.252 0.485 0.188 0.233 0.949 0.445 0.093 0.813 0.175 0.554 0.158 0.616 0.763 0.059 0.086 1.390 1.442 0.202 0.071 0.057 1257 chr17 73142883 73158794 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288609) promoter-TSS (NM_001288609) -60 NM_001288611 51155 Hs.532803 NM_016185 ENSG00000189159 HN1 ARM2|HN1A hematological and neurological expressed 1 protein-coding 3.166 1.806 1.828 1.509 3.040 2.050 1.134 1.378 0.476 1.285 0.870 0.320 0.869 2.564 0.782 1.666 0.796 1.497 1.090 1.494 0.436 1.137 1.968 1.777 3.811 2.299 1.640 4.303 1.718 1.529 1.312 0.157 3.423 0.534 0.675 0.944 0.323 1.106 1.300 1.008 0.632 2.518 3.367 1.017 1.451 0.779 2.819 3.363 1.633 2.314 3.296 2.494 2.801 0.849 2.818 3.042 nan 3.153 2.091 3.870 4.904 5.977 1.311 2.527 2.840 2.403 2.433 2.763 nan 1.211 1.164 4.687 0.260 0.892 0.244 1.387 0.401 1.057 0.838 0.484 1.573 0.451 1.030 1.182 0.800 0.454 0.703 1.104 0.981 0.734 1.908 1.336 0.719 1.234 1.285 3.150 2.230 1.497 0.870 1.091 0.447 1.414 1.385 1.117 0.839 1.191 0.572 0.820 0.693 0.638 0.757 1.841 0.510 0.242 846 chr14 32541920 32559185 + 0 NA intron (NM_001173, intron 1 of 6) intron (NM_001173, intron 1 of 6) 4057 NM_001030055 394 Hs.592313 NM_001173 ENSG00000100852 ARHGAP5 GFI2|RhoGAP5|p190-B|p190BRhoGAP Rho GTPase activating protein 5 protein-coding 4.052 1.604 2.393 2.100 1.802 1.529 0.782 1.226 7.250 0.971 3.586 0.344 0.660 2.362 0.442 0.589 0.339 1.389 1.066 1.718 0.861 3.122 1.209 2.345 10.407 8.748 2.750 3.300 0.958 0.780 1.509 0.137 4.241 0.765 0.976 3.784 0.488 2.105 1.882 1.150 0.645 2.700 3.852 0.522 1.503 0.856 0.882 1.188 1.541 2.731 2.579 2.099 1.802 0.550 2.771 2.770 2.549 3.224 1.946 3.192 3.466 3.818 0.876 2.086 1.647 1.460 1.857 2.592 1.133 0.800 1.053 1.311 0.836 2.374 0.619 1.539 1.365 1.289 1.319 0.512 1.117 0.471 1.925 1.670 1.105 0.631 1.588 0.431 0.429 1.522 1.886 1.021 1.405 1.540 0.971 2.381 3.766 1.389 1.075 0.716 0.389 1.699 1.262 1.207 1.219 2.813 1.887 0.548 0.780 0.817 1.508 0.991 0.704 0.417 31 chr1 8457596 8485294 + 0 NA intron (NM_012102, intron 13 of 23) FLAM_A|SINE|Alu 12302 NM_001042682 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 1.410 nan 1.431 0.607 0.578 0.693 0.308 0.865 0.351 0.445 1.670 0.216 0.158 0.630 0.194 0.300 0.221 0.311 0.321 0.368 0.529 0.568 0.395 1.178 nan 0.658 0.568 1.062 0.436 4.996 0.476 0.126 0.493 0.269 0.313 0.603 0.131 0.413 0.502 0.497 0.050 1.126 1.086 0.778 0.533 0.641 0.797 1.007 1.115 1.575 1.279 1.481 0.557 0.194 0.824 0.866 1.383 nan nan 3.227 nan 0.652 0.825 1.476 0.268 0.264 0.813 1.348 0.921 0.550 0.480 0.665 0.269 1.598 0.102 0.467 0.022 0.415 0.298 0.377 0.146 0.079 0.215 0.264 0.468 0.275 0.158 0.737 0.716 0.547 0.419 0.765 0.298 0.336 0.445 0.613 1.622 0.311 0.137 0.529 0.109 0.230 0.241 0.671 0.110 0.663 0.931 3.668 0.682 0.367 0.295 0.402 0.360 0.305 1689 chr2 240142148 240218875 + 0 NA intron (NM_006037, intron 2 of 26) L1MEg|LINE|L1 -46646 NR_036229 100423043 NR_036229 ENSG00000265215 MIR4269 - microRNA 4269 ncRNA 1.033 nan 1.410 0.577 0.195 1.437 0.811 0.996 0.009 0.447 0.068 0.048 0.359 0.669 1.063 0.437 0.242 1.025 1.172 0.303 0.129 0.218 0.170 0.790 1.761 0.490 0.298 2.331 0.431 3.064 0.107 0.104 0.295 0.626 1.426 0.393 0.089 0.208 0.325 0.268 0.187 0.397 1.956 0.297 0.805 0.227 1.181 1.493 0.549 0.799 1.249 1.070 1.085 0.331 0.792 0.839 0.784 1.101 2.637 2.807 0.439 0.352 0.949 1.116 0.205 0.321 0.183 0.275 0.853 0.579 3.885 1.742 0.011 0.958 0.061 2.303 0.067 1.590 1.373 0.085 2.552 0.031 0.135 0.280 0.136 0.077 0.136 2.087 2.126 0.496 1.043 0.111 0.352 1.047 0.447 0.638 0.656 1.025 0.655 0.189 0.187 0.183 1.722 0.253 0.114 0.558 0.281 2.519 0.387 0.074 0.629 0.107 1.463 1.131 2307 chr6 44224213 44233551 + 0 NA intron (NM_004556, intron 3 of 5) L2a|LINE|L2 -3255 NM_001286511 347734 Hs.182885 NM_178148 ENSG00000157593 SLC35B2 PAPST1|SLL|UGTrel4 solute carrier family 35 member B2 protein-coding 2.938 1.715 2.029 2.078 3.245 1.660 0.738 2.776 0.597 1.976 2.001 0.188 0.827 2.576 1.944 0.884 0.449 2.527 0.932 0.997 0.929 1.045 0.766 1.758 2.492 1.590 1.663 3.931 0.801 0.861 1.970 0.107 1.654 1.003 0.734 4.072 0.894 1.721 0.929 1.374 0.731 1.951 2.452 2.845 1.389 0.882 2.803 2.978 2.382 3.844 3.106 3.000 5.344 1.749 3.316 3.294 1.190 2.106 3.080 nan 3.449 2.906 1.300 2.468 1.524 1.792 1.661 2.570 1.571 0.878 0.791 1.485 0.466 0.677 0.996 1.906 1.060 1.373 1.150 0.963 1.367 0.283 0.577 5.228 3.539 1.895 0.531 0.577 0.507 2.243 1.621 4.597 2.321 0.982 1.976 2.545 1.581 2.527 0.457 1.146 0.322 4.597 1.110 0.749 0.518 0.593 1.044 0.395 0.381 0.809 0.766 1.613 0.866 0.663 1861 chr22 43251878 43265316 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -5189 NM_014570 26286 Hs.685225 NM_014570 ENSG00000242247 ARFGAP3 ARFGAP1 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 3 protein-coding 1.695 nan 2.178 0.729 1.870 0.679 0.432 1.699 0.647 1.021 0.632 0.168 0.533 1.404 0.719 0.617 0.328 0.780 0.684 0.666 0.221 2.766 1.637 0.642 2.628 1.067 1.552 1.465 0.848 0.559 0.698 0.177 0.489 0.408 0.218 1.381 0.450 1.950 0.758 0.745 0.227 1.623 1.333 1.351 1.382 0.369 0.577 0.788 0.897 1.437 1.078 0.932 1.266 0.454 0.912 0.851 1.400 nan 1.637 1.978 nan 0.814 0.428 0.538 0.662 1.128 0.527 0.950 1.943 0.864 1.272 2.002 0.597 0.536 0.232 0.762 0.197 0.385 0.408 0.295 0.291 0.134 0.308 0.825 0.549 0.343 0.561 0.180 0.119 0.588 0.788 0.894 0.632 0.888 1.021 1.774 0.752 0.780 0.220 0.728 0.461 1.064 2.183 0.521 0.552 0.948 0.477 0.239 0.118 0.209 1.153 1.356 0.180 0.131 2706 chr9 128604569 128620130 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 101871 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.429 0.388 0.073 0.375 0.228 0.133 0.004 0.436 0.297 0.079 0.049 0.120 0.008 0.358 0.318 0.169 0.171 0.068 0.072 0.084 0.014 0.086 0.113 0.103 0.068 nan 0.047 0.069 0.182 0.070 0.250 0.023 0.049 0.095 0.015 0.128 0.214 0.028 0.009 0.079 0.170 0.087 0.124 0.082 0.181 0.162 0.206 0.357 0.446 0.547 0.644 0.255 0.227 0.224 1.270 nan 0.528 0.552 6.314 4.242 0.096 0.174 1.508 1.612 1.962 4.317 nan 0.480 0.057 0.055 0.019 0.058 0.051 0.206 0.481 0.130 0.009 0.047 0.055 0.459 0.097 0.035 0.023 0.030 0.039 0.040 0.078 0.070 0.026 0.225 0.031 0.086 0.436 0.036 0.084 0.169 0.016 0.022 0.262 0.034 0.072 0.052 0.006 0.112 0.114 0.023 0.038 1.559 0.034 0.066 0.037 0.033 1296 chr18 3407256 3416179 + 0 NA promoter-TSS (NM_174886) promoter-TSS (NM_174886) -208 NM_174886 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 0.926 1.786 0.951 0.503 1.187 0.442 0.161 0.111 1.724 0.344 0.185 0.145 1.400 2.287 0.173 0.053 0.189 0.595 0.163 2.402 0.139 2.336 0.308 1.165 5.055 2.131 2.326 nan 1.508 0.120 0.219 0.118 0.752 0.686 0.497 0.251 0.139 0.240 0.623 0.806 0.435 0.653 1.823 0.083 6.902 0.491 0.371 0.379 0.477 1.158 0.618 0.755 nan 0.088 0.490 0.400 0.209 nan 1.138 0.934 nan 0.202 0.132 0.148 0.590 0.543 0.266 nan nan 0.528 1.851 1.047 1.220 1.302 0.713 0.089 0.062 0.781 0.512 0.430 3.499 0.032 0.166 0.475 0.209 0.131 0.879 0.052 0.053 0.125 2.385 0.233 0.486 1.278 0.344 3.128 0.073 0.595 0.671 4.354 0.076 1.124 0.283 1.063 0.703 0.293 0.402 0.053 0.055 0.360 0.019 1.838 0.052 0.017 1553 chr2 46292744 46311391 + 0 NA intron (NM_005400, intron 10 of 14) intron (NM_005400, intron 10 of 14) -222474 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 0.878 nan 0.712 0.123 0.497 0.280 0.077 2.557 0.013 0.193 2.167 0.225 0.294 0.692 1.796 0.110 0.143 0.019 0.084 0.293 0.696 0.158 0.261 0.309 nan 0.229 0.116 0.299 0.676 0.192 0.030 0.115 0.274 1.314 0.845 1.781 0.666 1.634 0.324 0.364 0.078 0.704 0.190 0.824 1.389 0.530 0.312 0.302 0.407 0.461 nan 0.376 0.311 0.156 0.530 0.395 0.366 0.544 0.240 0.328 0.431 0.275 0.241 0.353 0.043 0.056 0.280 nan nan 0.481 0.031 1.081 0.734 1.217 0.060 0.133 0.008 1.208 0.726 1.819 0.377 0.047 0.034 1.186 2.599 1.090 0.353 0.059 0.038 4.999 0.847 0.382 1.263 0.917 0.193 0.251 0.377 0.019 0.393 0.759 0.057 2.313 0.093 1.349 0.606 0.758 1.739 0.031 0.101 0.161 2.863 0.618 3.267 2.559 2161 chr5 72659382 72671966 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 78678 NM_004472 2297 Hs.519385 NM_004472 ENSG00000251493 FOXD1 FKHL8|FREAC-4|FREAC4 forkhead box D1 protein-coding 0.784 nan 0.747 0.323 0.730 0.257 0.228 0.472 0.034 0.265 0.358 0.167 0.752 1.322 0.446 0.100 0.074 0.133 0.331 0.269 0.475 2.571 5.055 1.069 4.447 1.926 1.196 0.539 1.403 0.164 0.149 0.124 0.273 1.624 0.691 1.489 0.898 1.585 0.312 1.381 0.103 0.791 0.283 0.781 0.957 1.028 0.698 0.631 0.579 0.359 0.265 0.335 nan 0.593 0.245 0.238 0.344 nan 0.450 0.346 0.597 0.317 1.763 1.510 0.127 0.229 0.252 0.454 0.315 0.300 0.209 4.314 0.069 1.213 0.024 0.218 0.022 3.093 1.896 0.351 0.504 0.045 0.044 3.076 2.961 1.364 0.492 0.013 0.038 3.461 0.189 2.762 0.063 0.100 0.265 1.356 4.550 0.133 0.985 0.046 0.061 1.942 0.016 4.535 2.814 1.472 1.507 0.009 1.187 0.140 1.552 1.240 5.495 4.805 1303 chr18 19597934 19608315 + 0 NA Intergenic Intergenic 145805 NR_102763 100128893 Hs.514745 NR_102763 ENSG00000266010 GATA6-AS1 BM742401|locus5689 GATA6 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.582 0.653 1.068 0.673 0.082 0.145 0.062 0.135 0.012 0.444 0.101 0.078 0.127 0.081 0.066 0.167 0.140 0.073 0.118 1.016 0.024 0.053 0.051 0.059 0.547 0.108 0.075 0.322 0.028 0.124 0.042 0.060 0.276 0.034 0.045 0.146 0.022 0.026 0.262 0.137 0.032 0.165 0.127 0.129 0.029 0.050 0.417 0.215 0.273 0.497 0.280 0.377 9.617 2.350 0.369 0.291 0.087 0.188 0.104 0.116 0.912 0.787 0.183 0.223 0.284 0.164 0.404 0.638 0.548 0.591 0.043 0.199 0.009 0.216 1.646 0.051 0.040 0.100 0.014 0.064 0.077 0.019 0.069 0.115 0.053 0.074 0.111 0.090 0.094 0.243 0.439 0.137 0.074 0.320 0.444 0.142 0.170 0.073 0.106 0.290 0.032 0.069 0.045 0.044 0.091 0.043 0.099 0.029 0.133 0.029 0.083 0.033 0.005 2133 chr5 50328642 50357255 + 0 NA Intergenic Intergenic -76927 NR_104653 100287592 Hs.519298 NR_104653 ENSG00000251573 LINC02106 - long intergenic non-protein coding RNA 2106 ncRNA nan nan 0.659 0.271 0.050 0.287 0.184 0.074 0.015 0.375 0.056 0.061 0.067 0.022 0.093 0.104 0.112 0.103 0.153 0.004 0.050 0.022 0.111 0.256 0.087 0.108 0.609 0.014 0.037 0.057 0.114 0.152 0.012 0.045 0.081 0.063 0.091 0.039 0.023 0.094 0.100 0.078 0.084 0.128 0.175 0.098 0.733 1.987 0.304 0.458 nan 0.467 0.061 0.083 0.747 0.798 0.356 0.302 nan 1.552 0.058 0.141 6.127 7.594 0.108 0.168 0.450 0.370 0.244 0.043 0.005 0.019 0.049 0.115 0.015 0.002 0.008 0.005 0.054 2.138 0.066 0.010 0.004 0.005 0.021 0.003 0.026 0.070 0.009 0.029 0.047 0.030 0.375 0.037 0.019 0.112 0.004 0.026 0.417 0.020 0.092 0.007 0.009 0.017 0.040 0.024 0.024 0.069 0.021 0.033 0.020 0.018 1654 chr2 205407152 205420168 + 0 NA intron (NM_205863, intron 1 of 21) intron (NM_205863, intron 1 of 21) 3144 NM_057177 117583 Hs.657382 NM_057177 ENSG00000116117 PARD3B ALS2CR19|PAR3B|PAR3L|PAR3beta par-3 family cell polarity regulator beta protein-coding 1.199 nan 1.919 0.498 0.873 1.219 0.654 0.522 1.368 0.500 0.526 0.107 0.117 0.721 0.402 0.355 0.140 0.913 0.105 0.550 0.105 0.832 0.259 0.215 0.537 0.481 0.389 1.878 0.202 0.403 0.091 0.094 0.194 0.118 0.363 1.025 0.092 0.402 0.244 0.310 0.136 0.181 0.458 0.534 0.733 0.357 0.852 0.652 1.488 2.299 1.316 1.135 0.842 0.300 17.814 18.140 0.611 0.826 1.216 1.674 0.401 0.234 0.356 0.506 0.255 0.164 0.204 0.269 0.609 0.466 0.621 0.367 0.148 0.170 0.201 0.232 0.160 0.302 0.272 1.163 0.153 0.112 1.348 0.313 0.349 0.221 0.059 0.768 0.467 0.193 0.969 0.824 0.280 0.047 0.500 0.772 0.709 0.913 0.262 0.312 0.142 0.733 0.047 0.262 0.023 0.079 0.086 0.232 0.061 0.057 0.146 0.522 0.150 0.086 968 chr15 71996907 72002654 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 2 of 11) intron (NM_001286429, intron 2 of 11) -15902 NR_120346 101929173 Hs.680593 NR_120346 THSD4-AS2 - THSD4 antisense RNA 2 ncRNA 0.639 0.640 0.585 0.045 0.074 0.206 0.028 0.137 0.086 0.290 0.639 0.057 0.066 0.056 0.134 0.080 0.170 0.105 0.113 0.178 2.197 0.048 0.109 0.177 0.194 0.028 0.087 0.370 0.610 0.037 0.103 0.284 0.020 0.328 0.145 0.096 0.277 0.183 0.038 0.126 0.273 0.108 0.134 0.183 0.036 0.278 0.121 0.708 3.439 0.305 0.191 0.258 0.142 0.122 0.117 0.187 0.310 0.167 0.219 0.431 0.263 0.350 0.191 0.036 0.035 0.129 0.442 0.267 0.486 0.029 0.087 0.033 0.226 0.018 0.140 0.024 0.024 0.013 0.140 0.103 0.017 0.028 0.198 0.063 0.027 0.076 0.041 0.103 0.195 0.158 0.062 0.041 0.198 0.290 0.135 0.048 0.105 0.025 0.292 0.066 0.345 0.036 0.176 0.015 0.373 5.556 0.443 0.035 0.085 0.040 0.032 0.060 0.026 675 chr12 29300233 29308954 + 0 NA intron (NM_001271783, intron 1 of 11) intron (NM_001271783, intron 1 of 11) 2657 NM_001271783 55711 Hs.684482 NM_018099 ENSG00000064763 FAR2 HEL-S-81|MLSTD1|SDR10E2 fatty acyl-CoA reductase 2 protein-coding nan nan nan 4.143 1.970 0.205 0.055 1.368 0.035 2.551 1.187 0.129 0.066 0.165 0.036 0.794 0.559 0.069 0.114 1.730 0.170 0.101 0.517 0.759 2.033 0.970 0.051 2.138 0.034 0.159 0.287 0.111 0.509 4.026 0.044 0.183 0.009 0.055 0.603 0.038 0.092 2.496 0.333 0.144 1.234 0.652 2.319 2.914 0.714 1.148 9.474 7.282 0.140 0.055 12.803 13.390 7.745 8.561 0.970 1.520 2.502 2.728 2.408 3.662 0.399 0.268 0.488 0.817 0.266 0.352 8.159 0.122 0.098 0.595 0.045 6.687 0.008 0.016 0.919 0.235 0.065 0.309 1.362 1.111 0.464 0.386 0.305 0.320 0.125 0.367 2.448 0.045 0.031 2.551 0.065 0.042 0.069 0.099 0.047 0.692 0.918 0.058 0.016 0.019 0.282 0.079 1.682 0.086 0.105 0.022 0.046 15 chr1 6256045 6270425 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 2605 NR_125997 102724450 Hs.669107 NR_125997 ENSG00000226944 LOC102724450 - uncharacterized LOC102724450 ncRNA 2.605 nan 1.834 0.378 2.263 1.733 0.747 1.771 1.216 0.726 0.967 0.180 0.810 2.252 3.512 0.640 0.355 0.827 1.125 1.268 0.934 2.362 0.803 0.921 nan 2.153 1.394 2.979 1.464 1.167 3.914 0.212 2.114 0.762 1.019 1.063 0.741 2.014 1.616 1.532 0.428 3.062 1.629 1.283 1.886 0.917 2.424 2.049 1.648 2.202 2.722 3.570 2.288 0.983 4.372 4.361 1.905 nan nan 9.211 nan 3.378 1.996 2.903 1.061 1.094 3.508 4.859 1.758 0.822 1.380 2.239 1.501 1.914 1.609 0.878 0.937 1.150 1.367 1.818 2.638 0.212 0.408 2.486 2.307 1.170 0.626 0.537 0.336 1.523 2.361 2.302 1.787 1.836 0.726 1.710 3.639 0.827 1.217 2.305 0.472 4.342 1.308 0.811 0.869 1.572 1.226 0.744 0.703 1.765 0.933 0.727 0.905 0.849 431 chr10 131659291 131689009 + 0 NA intron (NM_001005463, intron 7 of 15) intron (NM_001005463, intron 7 of 15) -32512 NR_036179 100422873 NR_036179 ENSG00000266676 MIR4297 - microRNA 4297 ncRNA 1.108 0.669 1.907 0.042 0.043 4.283 2.649 0.047 0.004 0.604 0.066 0.060 0.011 0.054 0.021 0.116 0.061 1.388 1.322 0.101 0.004 0.078 0.007 0.105 0.056 0.054 0.071 0.432 0.025 0.054 0.036 0.088 0.143 0.008 0.057 0.060 0.048 0.107 0.010 0.047 0.145 0.084 0.077 0.032 0.080 1.998 2.734 0.119 0.184 1.096 0.926 0.056 0.036 0.383 0.391 0.584 0.836 0.113 0.127 0.644 0.953 0.663 1.058 0.946 0.710 1.769 2.668 1.567 0.867 0.127 0.055 0.006 0.062 0.017 0.069 0.023 0.009 0.017 0.012 0.045 0.388 2.111 0.102 0.023 0.013 0.026 0.013 0.061 0.069 0.019 0.016 0.036 0.604 0.075 0.043 1.388 0.017 0.017 0.588 0.060 0.038 0.007 0.003 0.024 0.022 0.035 1.034 0.506 0.098 0.026 0.017 0.009 382 chr10 34824946 34842827 + 0 NA intron (NM_001184785, intron 2 of 24) intron (NM_001184785, intron 2 of 24) 270367 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.688 1.043 0.703 0.063 0.072 0.852 0.459 0.264 0.111 1.629 0.382 0.053 0.092 0.275 0.150 0.143 0.261 0.107 0.130 0.042 0.253 0.172 0.351 0.309 0.108 0.230 0.259 0.058 0.109 0.110 0.102 0.312 0.575 0.314 0.156 0.066 0.185 0.200 0.289 0.018 0.185 0.215 0.211 0.151 0.319 0.461 0.291 0.898 nan 0.331 0.355 0.979 0.528 8.350 8.616 0.440 0.630 0.675 0.549 0.192 0.074 0.267 0.554 0.305 0.288 0.267 0.473 0.408 0.361 0.056 0.383 0.331 0.671 0.040 0.048 0.046 0.598 0.364 0.540 0.523 0.107 0.142 0.030 0.051 0.043 0.218 0.026 0.040 0.711 1.231 0.072 0.045 0.218 0.111 0.193 5.381 0.261 0.116 0.074 0.044 0.033 0.051 0.137 0.005 0.511 0.122 0.045 0.232 0.145 0.144 0.345 0.016 0.014 2236 chr6 1310009 1336707 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 10683 NM_033260 94234 Hs.591352 NM_033260 ENSG00000164379 FOXQ1 HFH1 forkhead box Q1 protein-coding 0.829 0.644 1.333 0.126 2.168 0.131 0.072 0.473 0.012 0.134 0.466 0.193 0.088 0.079 0.043 0.047 0.093 0.058 0.492 0.387 0.121 1.254 1.879 1.332 0.875 0.521 2.381 0.148 0.403 1.760 0.073 0.101 1.950 1.068 0.191 1.099 0.206 0.449 0.802 0.273 0.169 1.473 3.129 0.206 3.300 0.518 0.290 0.173 0.640 1.021 0.261 0.267 0.139 0.051 0.259 0.233 0.080 0.197 0.075 0.102 0.348 0.139 0.095 0.145 0.084 0.086 0.152 0.314 0.169 0.156 0.008 3.475 0.232 1.095 0.037 0.026 0.042 2.673 2.453 0.021 2.091 0.040 0.042 0.215 0.221 0.169 0.129 0.957 0.740 0.814 0.854 0.101 2.584 1.288 0.134 0.043 0.274 0.058 1.469 0.155 0.025 0.284 0.045 0.546 2.575 0.743 0.363 2.345 0.018 0.075 2.120 3.052 0.149 0.148 1506 chr2 1773152 1801076 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -38795 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.440 0.461 0.555 0.044 0.085 0.416 0.224 0.048 0.808 0.161 0.243 0.100 0.013 0.038 0.054 0.152 0.125 0.184 0.138 0.144 0.009 0.053 0.008 0.095 0.317 0.086 0.185 0.650 0.021 0.150 0.054 0.111 0.117 0.004 0.071 0.067 1.259 3.818 0.200 0.012 0.009 0.125 0.184 0.090 0.082 0.235 0.240 0.213 0.397 1.252 0.830 0.975 0.263 0.117 0.112 0.128 0.389 0.641 0.471 0.654 0.518 0.351 0.197 0.187 0.073 0.081 0.177 0.228 0.298 0.370 0.219 0.249 0.020 0.043 0.018 1.287 0.005 0.010 0.016 0.008 0.075 0.028 0.071 0.158 0.032 0.028 0.038 0.050 0.049 0.114 0.148 0.051 0.034 0.164 0.161 0.061 0.023 0.184 0.055 0.764 0.353 0.099 0.198 0.040 0.014 0.028 0.032 0.045 0.032 0.035 0.515 0.075 0.019 0.005 139 chr1 72095816 72110356 + 0 NA intron (NM_173808, intron 4 of 6) intron (NM_173808, intron 4 of 6) 199609 NR_046218 100852409 Hs.681780 NR_046218 ENSG00000228853 NEGR1-IT1 - NEGR1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.758 1.229 0.261 0.104 0.282 0.155 0.064 0.013 0.168 0.138 0.099 0.039 0.079 0.013 1.502 0.748 2.064 0.241 0.097 0.034 0.061 0.007 0.050 0.061 0.070 0.097 0.289 0.020 0.037 0.019 0.126 0.151 0.016 0.021 0.070 0.006 0.030 0.096 0.007 0.005 0.103 0.102 0.087 0.059 0.057 0.351 0.236 0.178 0.270 1.568 nan 9.436 3.376 0.425 0.442 2.267 nan 0.710 0.680 0.377 0.219 0.152 0.211 0.815 0.376 0.372 0.768 1.394 0.888 0.065 0.035 0.037 0.042 0.375 0.010 0.005 0.033 0.178 0.323 0.038 0.012 0.048 0.033 0.083 0.022 0.040 0.011 0.004 0.168 0.060 0.051 2.064 0.025 0.006 0.087 0.008 0.112 0.014 0.006 0.022 0.068 0.016 0.041 0.187 0.010 0.059 0.008 0.018 129 chr1 61322879 61341413 + 0 NA Intergenic Intergenic -40890 NR_110628 101926964 Hs.650459 NR_110628 ENSG00000231252 LOC101926964 - uncharacterized LOC101926964 ncRNA 2.993 0.847 7.086 0.110 0.121 0.454 0.224 0.063 0.016 0.483 0.192 0.061 0.031 0.150 0.027 0.160 0.111 0.321 0.210 0.156 0.027 0.067 0.107 0.158 0.065 0.092 0.620 0.047 0.035 0.042 0.125 0.086 0.038 0.061 0.073 0.004 0.054 0.151 0.035 0.004 0.097 0.139 0.079 0.095 0.078 0.386 0.355 0.196 0.462 0.611 0.834 0.141 0.045 0.304 0.274 nan nan 0.497 nan 4.807 5.314 0.239 0.407 0.875 0.447 0.230 0.624 0.787 0.573 0.095 0.043 0.005 0.081 0.027 0.086 0.007 0.026 0.023 0.020 0.070 0.262 0.100 0.065 0.015 0.054 0.039 0.065 0.190 0.048 0.057 0.008 0.039 0.483 0.121 0.025 0.321 0.013 0.094 1.427 0.038 0.093 0.018 0.009 0.017 0.078 0.025 0.137 0.180 0.012 0.087 0.025 0.008 926 chr15 31689166 31696368 + 0 NA intron (NM_001302461, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 73709 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.280 nan nan 0.750 0.054 1.235 0.558 0.269 0.521 0.508 0.045 0.053 0.166 0.138 0.628 0.262 0.759 3.666 0.089 0.086 0.113 0.180 0.221 3.289 0.351 0.167 2.713 0.058 0.624 0.074 0.037 6.679 0.106 0.295 0.277 0.088 0.086 1.693 0.460 2.669 2.996 1.036 0.165 0.093 0.154 0.652 1.561 0.325 0.689 0.619 0.810 2.125 0.487 0.256 0.347 0.385 0.717 0.968 1.077 1.864 1.816 0.652 1.184 2.281 1.767 0.433 0.659 0.656 0.422 0.616 0.822 0.186 0.308 0.014 0.630 0.042 0.538 0.233 0.295 4.307 0.597 0.417 0.090 0.209 0.128 0.116 0.737 0.486 0.124 3.522 0.386 0.497 2.416 0.521 0.248 0.042 0.759 0.473 0.646 3.262 0.745 1.804 0.057 0.006 0.297 0.109 0.993 0.853 0.174 0.108 0.039 0.064 0.043 2145 chr5 57026549 57042545 + 0 NA Intergenic Intergenic 88060 NR_104668 101928505 Hs.119998 NR_104668 LOC101928505 - uncharacterized LOC101928505 ncRNA nan nan 0.737 0.045 0.636 0.190 0.110 0.612 0.016 0.136 0.178 0.120 0.901 1.155 0.337 0.049 0.062 0.015 0.092 0.229 0.650 0.950 1.978 0.401 0.259 0.188 0.199 0.219 1.463 0.067 1.675 0.146 0.179 0.862 0.106 1.503 0.672 0.601 0.198 1.517 0.096 0.329 0.147 0.662 1.511 0.482 0.183 0.128 1.621 0.910 0.157 0.168 nan 0.095 0.112 0.130 0.316 0.358 0.149 0.143 nan 0.145 0.075 0.125 0.105 0.130 0.277 0.747 0.360 0.383 0.024 2.241 0.089 3.762 0.056 0.138 0.630 0.279 0.074 0.117 0.012 0.035 1.208 0.905 0.672 0.559 0.014 0.060 1.481 0.178 0.559 0.054 0.213 0.136 0.267 0.366 0.015 0.315 0.171 0.018 0.129 0.019 0.831 1.088 0.820 1.544 0.028 0.013 0.212 0.122 0.794 0.421 0.534 1246 chr17 69155470 69179810 + 0 NA intron (NR_104152, intron 2 of 3) intron (NR_104152, intron 2 of 3) 30680 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility candidate 17 (non-protein coding) ncRNA 1.116 nan 0.557 0.418 0.136 2.688 1.356 0.230 0.003 0.347 0.309 0.146 0.096 0.156 0.021 1.130 0.781 3.653 0.164 0.530 0.020 0.066 0.056 0.184 0.160 0.094 0.089 2.607 0.414 0.085 0.040 0.138 0.200 0.069 0.026 0.115 0.078 0.121 0.180 0.084 0.016 0.166 0.136 0.074 0.131 0.119 0.637 0.482 0.945 1.485 1.057 1.565 3.706 2.913 0.241 0.203 1.295 nan 0.554 0.696 0.449 0.217 0.682 1.369 1.928 2.588 0.134 0.189 2.276 0.965 0.408 0.455 0.012 0.391 0.085 2.140 0.045 0.017 0.028 0.039 0.430 0.093 0.100 0.018 0.019 0.043 0.006 0.020 0.103 0.031 0.053 0.039 0.036 0.347 0.059 0.027 3.653 0.056 0.039 0.103 0.028 0.138 0.091 0.022 0.173 0.073 0.046 1.834 0.031 0.283 0.120 0.019 0.017 859 chr14 50357351 50383013 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie 10446 NM_001663 382 Hs.525330 NM_001663 ENSG00000165527 ARF6 - ADP ribosylation factor 6 protein-coding nan nan 1.925 1.584 2.950 1.372 0.787 1.228 1.983 1.813 1.190 0.313 0.983 3.110 1.813 0.573 0.318 1.314 0.608 2.121 0.434 3.314 1.356 4.501 4.046 2.347 3.328 3.155 2.513 0.608 0.914 0.172 12.015 1.890 0.959 2.353 0.487 1.952 2.597 1.839 0.461 4.524 4.929 0.515 2.143 1.336 1.300 1.025 1.838 2.659 2.258 2.178 1.806 0.965 2.986 2.979 1.054 1.392 2.252 2.998 3.276 3.010 1.086 1.765 1.801 1.994 1.203 1.671 nan 0.935 1.403 2.717 1.082 2.127 0.351 1.338 0.481 4.861 4.932 0.374 1.358 0.483 0.965 1.517 1.875 0.936 1.777 0.298 0.317 3.147 1.736 1.477 0.801 2.187 1.813 3.546 4.709 1.314 1.040 0.996 0.420 1.573 0.629 1.969 1.265 2.158 0.750 0.425 0.477 0.505 2.751 1.571 1.008 0.987 1083 chr16 75335193 75342197 + 0 NA intron (NM_006324, intron 6 of 6) intron (NM_006324, intron 6 of 6) -36744 NM_001170715 9564 Hs.479747 NM_014567 ENSG00000050820 BCAR1 CAS|CAS1|CASS1|CRKAS|P130Cas BCAR1, Cas family scaffolding protein protein-coding 0.920 1.833 nan 0.475 1.699 0.753 0.318 2.794 0.896 1.894 2.566 0.229 1.973 3.128 5.210 0.540 0.140 0.273 2.256 1.850 0.689 1.719 0.993 3.925 2.028 0.596 2.168 3.264 2.354 0.135 0.078 0.084 4.853 2.641 1.380 2.377 0.906 3.458 3.217 1.902 1.097 6.817 6.557 0.569 1.389 1.149 0.278 0.299 1.291 4.870 0.411 0.608 0.424 0.153 0.449 0.474 1.044 1.284 0.948 0.968 0.821 0.498 0.117 0.247 0.723 1.131 0.325 0.661 1.352 0.933 0.396 2.618 2.899 4.205 0.920 0.306 0.020 3.376 3.345 0.473 2.684 0.014 0.057 5.155 2.842 1.457 2.386 0.034 0.017 6.165 2.227 3.031 2.771 2.374 1.894 3.167 4.925 0.273 0.875 1.680 0.278 2.615 0.464 1.801 2.055 2.245 1.590 0.041 0.028 0.070 1.802 1.701 4.423 4.655 739 chr12 103419093 103426965 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 71577 NM_004316 429 Hs.703025 NM_004316 ENSG00000139352 ASCL1 ASH1|HASH1|MASH1|bHLHa46 achaete-scute family bHLH transcription factor 1 protein-coding 0.903 1.618 nan 1.503 0.046 1.060 0.601 0.040 0.008 1.187 0.096 0.045 0.055 0.016 0.427 0.397 1.401 0.237 0.121 0.031 0.045 0.050 0.105 0.082 0.046 6.640 0.019 0.040 0.070 0.113 0.214 0.015 0.087 0.024 0.027 0.165 0.041 0.209 0.098 0.098 0.147 0.067 0.273 0.089 0.140 0.225 1.889 1.845 1.143 0.391 0.136 0.201 0.180 0.375 1.850 1.926 0.594 0.354 0.046 0.138 0.568 0.307 0.292 0.629 2.846 1.784 6.742 0.054 0.035 0.089 7.609 0.009 0.077 0.121 0.031 0.058 0.008 0.010 0.011 0.031 0.031 0.076 0.072 0.021 0.020 0.076 1.187 0.082 0.035 1.401 0.015 0.010 0.112 0.022 0.467 0.014 0.030 0.042 0.072 0.012 0.109 0.048 0.022 0.007 1293 chr18 922627 937225 + 0 NA Intergenic Intergenic 24729 NM_001117 116 Hs.531719 NM_001117 ENSG00000141433 ADCYAP1 PACAP adenylate cyclase activating polypeptide 1 protein-coding 1.102 1.913 0.838 1.965 0.050 0.213 0.209 0.066 0.004 0.077 0.107 0.076 0.013 0.130 0.030 0.172 0.158 0.433 0.165 0.298 0.025 0.107 0.049 0.098 0.089 0.058 nan 0.020 0.059 0.022 0.105 0.181 0.016 0.021 0.057 0.032 0.080 0.158 0.007 0.011 0.124 0.113 0.114 0.079 0.043 0.336 0.132 0.179 0.228 1.041 0.986 nan 0.972 0.207 0.153 0.250 nan 2.552 2.531 nan 0.247 0.038 0.077 0.405 0.620 0.212 nan nan 1.373 6.869 0.029 0.007 0.158 0.595 0.736 0.033 0.005 0.024 0.063 0.072 0.065 0.144 0.054 0.043 0.016 0.049 0.051 0.103 0.028 0.043 0.033 0.059 0.077 0.124 0.031 0.433 0.017 0.028 0.060 0.051 0.587 0.076 0.017 0.038 0.088 0.031 0.007 0.075 0.005 0.032 0.016 876 chr14 65005636 65019444 + 0 NA Intergenic Intergenic -4080 NM_172365 145376 Hs.144696 NM_172365 ENSG00000165807 PPP1R36 C14orf50 protein phosphatase 1 regulatory subunit 36 protein-coding nan nan 7.864 2.478 1.137 2.424 1.327 0.578 0.801 0.567 0.434 0.260 0.252 0.422 0.767 0.611 0.438 1.890 1.092 0.794 0.126 1.727 0.689 0.858 2.212 0.680 1.118 1.455 0.582 0.333 1.255 0.194 1.343 0.256 0.390 0.820 0.367 1.504 0.808 0.622 0.151 0.961 0.891 0.414 1.118 0.431 1.211 1.170 0.331 0.344 2.886 2.409 2.616 0.669 nan 5.229 0.397 0.695 4.121 nan 2.949 2.497 0.993 1.133 5.039 5.621 0.332 0.788 2.611 1.366 0.745 0.650 0.552 0.798 0.482 1.455 0.041 1.058 1.212 0.462 0.463 1.282 2.706 1.024 0.780 0.447 0.326 0.369 0.323 1.352 1.442 1.071 0.652 1.143 0.567 0.625 0.382 1.890 0.330 0.732 0.971 1.992 1.344 0.613 0.497 1.751 0.252 0.231 0.631 0.195 1.006 0.713 0.362 0.203 1792 chr21 30443810 30451064 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -1319 NM_001282908 10694 Hs.125113 NM_006585 ENSG00000156261 CCT8 C21orf112|Cctq|D21S246|PRED71 chaperonin containing TCP1 subunit 8 protein-coding 3.813 1.959 5.030 3.682 1.981 2.142 1.257 3.203 1.160 2.495 1.382 0.174 1.487 4.511 1.476 1.290 0.886 1.746 4.567 2.380 0.478 1.988 0.951 2.541 6.911 5.271 1.783 6.983 1.208 2.203 1.793 0.120 2.350 0.905 1.235 3.494 1.017 5.375 1.543 2.651 0.399 3.374 1.781 1.137 1.716 1.059 3.799 4.126 3.292 4.254 5.294 4.975 6.148 2.622 9.091 9.488 3.225 4.231 6.998 9.904 9.185 9.456 2.170 4.416 6.287 6.176 4.012 4.144 nan 2.976 3.002 1.926 1.325 1.298 1.644 4.757 1.184 1.814 1.882 1.347 1.698 1.298 1.084 1.712 2.842 1.272 1.574 1.649 1.165 3.820 2.576 5.345 1.559 2.299 2.495 4.056 3.696 1.746 1.214 1.390 1.061 3.157 2.764 1.788 1.031 2.944 0.844 1.665 0.821 1.253 1.281 0.747 0.974 0.777 662 chr12 15096332 15116595 + 0 NA intron (NM_001175, intron 1 of 5) intron (NM_001175, intron 1 of 5) -2378 NM_001321422 397 Hs.504877 NM_001175 ENSG00000111348 ARHGDIB D4|GDIA2|GDID4|LYGDI|Ly-GDI|RAP1GN1|RhoGDI2 Rho GDP dissociation inhibitor beta protein-coding 1.133 0.931 1.161 0.356 0.647 0.347 0.198 0.300 0.015 0.267 0.292 0.048 0.797 2.057 0.037 0.140 0.187 0.060 0.209 0.986 0.251 3.545 1.645 0.104 6.582 2.776 4.493 0.442 1.191 0.074 0.021 0.102 0.391 0.548 0.086 1.659 0.011 0.024 0.559 1.595 0.146 0.834 0.564 0.086 2.435 1.274 0.186 0.127 0.296 1.106 nan 0.627 0.220 0.120 0.257 0.249 0.804 1.172 1.932 0.994 0.405 0.187 0.121 0.199 0.052 0.084 0.503 1.382 0.410 0.439 0.192 2.197 0.606 0.616 0.483 0.081 0.007 0.458 0.325 0.024 0.080 0.078 1.059 0.393 0.210 2.088 0.030 0.031 1.695 0.121 0.172 0.074 1.289 0.267 1.484 0.146 0.060 0.346 1.341 0.049 0.190 0.086 0.786 3.466 0.300 0.542 0.051 0.035 0.262 0.207 1.979 0.026 0.017 168 chr1 150458783 150461466 + 0 NA intron (NM_001271896, intron 1 of 13) intron (NM_001271896, intron 1 of 13) 284 NR_073514 80222 Hs.288974 NM_025150 ENSG00000143374 TARS2 COXPD21|TARSL1|thrRS threonyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) protein-coding nan nan 3.001 2.969 2.380 2.298 0.952 2.418 0.231 2.389 2.769 0.280 1.574 2.373 1.628 2.640 1.030 3.172 2.107 1.858 0.738 2.042 0.786 0.881 25.336 20.940 2.549 9.499 1.451 2.869 3.220 0.167 3.562 1.711 0.902 1.767 0.940 3.575 2.789 2.283 0.612 3.606 6.338 2.517 1.960 1.313 3.483 3.913 5.312 7.208 5.279 nan 5.482 2.211 6.448 6.767 3.170 4.852 5.053 5.292 5.495 4.132 5.401 8.098 3.468 2.970 3.335 5.335 3.496 2.403 1.301 2.747 0.757 2.761 3.633 3.491 0.989 2.553 1.911 1.052 2.260 0.534 0.801 2.302 2.715 1.195 1.205 1.885 2.296 1.356 2.093 3.714 6.264 6.759 2.389 2.163 3.193 3.172 1.865 2.960 1.302 4.025 2.519 1.162 0.264 2.906 1.323 1.631 2.066 1.691 0.877 0.839 1.330 0.871 135 chr1 68173467 68205182 + 0 NA intron (NM_018841, intron 2 of 3) MIR|SINE|MIR 38464 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 1.728 1.102 nan 0.549 0.496 0.684 0.419 0.744 0.032 1.820 1.293 0.248 1.045 1.305 0.149 0.895 0.482 0.612 1.153 0.334 0.269 0.718 0.666 0.469 3.697 0.774 0.257 1.399 0.728 0.110 0.109 0.101 0.456 0.916 0.224 1.412 0.115 0.305 0.282 1.158 0.081 0.794 0.295 0.407 0.328 0.409 0.474 0.560 3.234 2.206 0.822 0.805 3.446 1.346 0.313 0.292 nan nan 2.071 nan 0.449 0.309 0.235 0.458 1.059 1.062 0.674 2.194 2.240 1.270 0.663 1.583 0.153 1.196 1.551 0.877 0.031 0.773 0.419 0.192 0.149 0.352 0.193 0.226 0.118 0.086 0.558 0.225 0.237 0.503 0.703 0.775 1.497 0.624 1.820 1.037 0.373 0.612 0.471 0.288 0.172 0.164 0.871 1.444 0.458 0.366 0.498 0.152 0.157 0.441 0.366 1.141 0.118 0.065 1518 chr2 9935795 9985198 + 0 NA Intergenic (TGGGGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -23075 NM_001318977 9014 Hs.584833 NM_005680 ENSG00000115750 TAF1B MGC:9349|RAF1B|RAFI63|SL1|TAFI63 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit B protein-coding 1.269 0.834 1.285 0.206 0.600 0.406 0.282 0.802 0.282 0.389 0.280 0.170 0.476 0.759 0.273 0.257 0.211 0.516 0.257 0.352 0.193 0.789 0.607 0.165 6.020 1.615 1.214 1.645 0.664 0.265 0.352 0.110 1.066 0.246 0.204 0.620 0.431 0.711 1.008 1.206 0.296 1.057 2.758 0.641 2.186 0.354 0.486 0.558 0.609 1.051 0.814 0.843 1.078 0.417 0.340 0.328 0.503 0.864 1.285 1.580 0.781 0.570 0.424 0.539 0.221 0.250 0.896 2.721 0.720 0.617 0.268 1.781 0.755 0.575 0.125 0.447 0.191 0.312 0.175 0.294 0.321 0.044 0.229 2.021 0.529 0.294 0.885 0.235 0.219 0.526 0.695 0.540 0.246 1.099 0.389 0.995 0.498 0.516 0.527 0.946 0.226 0.692 0.391 0.260 0.205 0.735 0.366 0.116 0.180 0.632 0.601 0.613 0.199 0.109 145 chr1 87858159 87867696 + 0 NA Intergenic Intergenic -25589 NR_038324 100505768 Hs.125247 NR_038324 ENSG00000227290 LINC01364 - long intergenic non-protein coding RNA 1364 ncRNA 1.517 nan nan 3.199 0.734 5.407 2.708 0.129 0.611 0.364 0.119 0.033 1.092 1.598 0.019 0.890 0.303 0.460 0.452 0.186 0.013 0.415 0.056 0.061 0.443 0.161 0.271 3.905 0.208 0.348 0.062 0.142 0.372 0.037 0.024 0.136 0.144 0.223 0.430 0.656 0.067 0.362 0.841 0.182 0.353 0.105 0.288 0.400 0.482 0.838 1.252 1.426 2.182 0.847 0.315 0.327 1.702 2.157 3.290 2.957 0.500 0.336 0.307 0.834 4.122 5.699 0.484 0.861 2.123 1.283 1.033 0.973 0.267 0.282 0.053 1.417 0.014 0.116 0.046 0.023 0.130 0.930 0.074 0.222 0.018 0.014 0.380 0.131 0.191 0.127 0.094 0.096 0.083 0.537 0.364 1.785 0.047 0.460 0.320 0.101 0.046 0.057 0.133 0.022 0.447 0.096 0.085 1.322 0.604 0.048 0.147 0.018 0.001 178 chr1 151368377 151374517 + 0 NA promoter-TSS (NM_002796) promoter-TSS (NM_002796) -594 NM_002796 5692 Hs.89545 NM_002796 ENSG00000159377 PSMB4 HN3|HsN3|PROS-26|PROS26 proteasome subunit beta 4 protein-coding nan nan 2.165 0.915 1.780 2.045 1.155 1.639 0.715 1.391 1.985 0.391 1.172 2.311 2.076 1.194 0.840 1.646 1.061 1.069 0.645 1.498 0.821 0.544 15.815 11.151 1.088 6.858 1.393 1.741 2.241 0.198 2.101 1.478 0.604 1.976 0.658 2.445 2.568 1.987 0.560 2.000 4.037 1.297 1.858 0.828 2.167 2.152 5.387 7.884 3.176 nan 4.128 1.423 4.832 5.131 1.904 2.371 2.888 4.645 2.463 2.071 2.952 4.733 1.780 2.797 3.569 3.786 1.283 0.951 1.018 2.585 0.544 1.952 1.136 1.810 0.731 1.803 1.362 1.397 2.835 0.359 0.431 3.080 2.880 1.341 0.672 2.310 2.034 1.369 1.973 2.345 4.147 3.136 1.391 2.945 1.748 1.646 1.193 1.972 0.792 4.416 2.133 1.049 0.279 2.319 0.617 1.027 0.855 0.802 0.686 0.434 1.641 0.956 2674 chr9 69144948 69156313 + 0 NA Intergenic Intergenic -2776 NR_002836 595135 Hs.571593 NR_002836 ENSG00000277778 PGM5P2 - phosphoglucomutase 5 pseudogene 2 pseudo 0.614 0.963 0.737 0.132 2.359 0.202 0.110 0.179 0.017 0.213 0.074 0.070 0.701 2.278 0.198 0.193 0.116 0.074 0.168 0.606 0.458 2.419 1.353 1.236 0.223 0.496 0.079 0.498 0.657 0.086 0.076 0.048 0.434 0.804 0.034 0.472 0.517 2.845 0.139 4.336 0.091 0.665 0.124 0.926 0.051 1.242 0.167 0.080 0.463 1.069 0.522 0.649 0.229 0.114 0.423 0.375 0.219 0.378 0.148 0.132 0.475 0.263 0.124 0.193 0.080 0.125 0.522 1.019 0.477 0.548 0.005 4.069 0.234 0.186 0.289 0.024 0.073 1.511 1.447 1.024 0.061 0.017 0.021 1.808 0.557 0.371 0.947 0.187 0.212 0.185 0.327 1.451 0.021 0.327 0.213 1.463 0.333 0.074 0.189 0.088 0.076 0.163 0.027 1.889 0.011 0.625 0.655 0.010 0.034 1.041 0.594 3.219 0.020 0.004 1131 chr17 9547153 9554370 + 0 NA intron (NM_153210, intron 1 of 14) MIR|SINE|MIR 1907 NM_001267576 124739 Hs.709621 NM_153210 ENSG00000154914 USP43 - ubiquitin specific peptidase 43 protein-coding 1.051 1.569 1.723 1.427 1.950 1.621 0.887 1.157 8.439 0.143 0.101 0.023 0.712 2.671 4.660 0.480 0.426 0.199 0.598 1.483 1.167 1.928 0.820 2.623 2.709 2.352 3.120 3.885 1.068 0.563 3.319 0.153 1.238 0.523 0.974 0.375 1.118 2.883 0.887 2.018 0.646 2.121 0.866 2.041 1.587 0.911 2.853 3.406 1.635 3.056 0.823 0.637 4.528 1.351 2.651 2.676 0.201 0.208 3.268 4.650 2.874 3.391 0.686 1.807 2.039 1.376 0.215 0.461 0.636 0.379 1.141 2.171 1.905 0.270 0.763 1.558 0.614 1.802 1.513 0.929 1.595 0.423 0.119 5.852 4.443 1.598 3.151 0.767 0.537 1.835 3.769 3.761 1.519 1.438 0.143 4.846 3.210 0.199 1.237 1.695 0.456 2.967 0.028 0.404 1.233 3.121 2.282 0.347 1.756 0.154 1.734 1.127 4.333 2.522 2728 chr9 137206726 137225150 + 0 NA Intergenic Intergenic -2371 NM_002957 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 1.255 1.132 0.137 0.291 0.750 0.391 1.013 0.118 0.876 0.911 0.122 0.700 2.309 0.211 0.060 0.051 0.377 0.604 0.815 0.235 3.204 0.614 2.829 4.626 1.617 0.881 2.070 1.118 0.296 0.968 0.067 4.143 0.340 1.137 1.289 0.978 3.991 1.742 0.389 0.556 2.920 1.898 1.407 1.918 0.555 0.492 0.849 0.686 0.957 0.920 0.927 nan 0.044 0.393 0.459 0.630 0.938 0.294 0.252 1.494 1.397 0.401 0.660 0.296 0.277 0.275 0.370 0.335 0.358 2.571 1.671 0.709 0.524 0.050 0.038 0.369 1.229 1.302 0.681 1.594 0.015 0.090 0.748 0.877 0.569 1.188 0.509 0.367 0.290 1.891 0.705 0.304 1.327 0.876 2.028 1.045 0.377 0.949 1.761 0.470 1.756 0.829 0.666 0.032 1.773 0.296 0.130 0.193 0.107 0.385 0.340 0.263 0.107 1876 chr3 12267757 12273949 + 0 NA Intergenic Intergenic -58496 NM_138712 5468 Hs.162646 NM_005037 ENSG00000132170 PPARG CIMT1|GLM1|NR1C3|PPARG1|PPARG2|PPARgamma peroxisome proliferator activated receptor gamma protein-coding nan 1.889 0.707 1.488 0.372 0.032 0.103 0.513 6.456 0.103 0.425 0.187 0.646 2.031 0.021 0.202 0.094 0.144 0.129 0.964 0.100 3.282 4.155 0.092 4.195 1.392 4.527 1.348 1.132 0.052 0.088 0.081 0.487 0.573 0.025 0.682 0.037 0.167 0.331 1.571 0.134 1.537 0.837 0.044 0.310 1.193 0.244 0.085 0.165 0.423 0.214 0.372 1.784 0.351 0.185 0.107 0.213 0.385 1.419 2.540 0.323 0.127 0.166 0.232 0.198 0.184 0.259 0.407 0.679 0.556 0.018 2.429 0.106 1.162 0.066 0.072 1.483 0.816 0.012 0.052 0.077 0.119 0.010 1.445 0.078 0.159 0.113 0.251 0.127 0.025 0.827 0.103 4.748 0.098 0.144 0.871 0.924 0.016 0.056 1.537 0.927 0.305 0.018 0.047 0.020 0.605 3.828 0.028 0.016 124 chr1 56177363 56201769 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 498252 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.018 0.695 0.901 0.151 0.044 0.254 0.092 1.123 0.172 0.196 0.580 0.141 0.909 1.614 0.225 0.090 0.093 0.083 0.152 0.397 0.128 1.381 1.242 0.102 nan 0.267 2.034 0.398 1.445 0.048 0.027 0.095 0.139 0.711 0.136 1.599 1.383 5.199 0.217 3.619 0.007 0.236 0.134 0.356 0.819 0.653 0.322 0.241 1.595 4.168 0.415 0.489 0.118 0.081 0.443 0.457 0.525 0.832 0.379 0.431 0.397 0.149 0.146 0.226 0.045 0.043 0.404 nan 0.469 0.481 0.064 3.802 0.122 0.437 0.033 0.065 0.023 2.785 2.260 0.030 0.048 0.012 0.069 0.204 0.183 0.112 2.000 0.051 0.055 2.580 0.127 0.063 0.193 0.807 0.196 1.516 0.803 0.083 0.355 0.631 0.104 0.050 0.038 4.389 0.012 0.895 0.278 0.014 0.041 0.136 1.743 0.581 0.031 0.013 772 chr13 23053379 23085750 + 0 NA Intergenic Intergenic 285140 NR_103810 100506622 Hs.255773 NR_103810 ENSG00000276476 LINC00540 - long intergenic non-protein coding RNA 540 ncRNA 0.463 0.639 0.566 0.129 0.083 0.118 0.049 0.060 0.013 0.047 0.102 0.097 0.053 0.107 0.084 0.053 0.058 0.074 0.193 0.174 0.031 0.035 0.010 0.064 0.131 0.055 0.039 0.258 0.023 0.076 7.395 0.202 0.122 0.004 0.331 0.072 0.054 0.212 0.083 0.013 0.010 0.122 0.065 0.058 0.045 0.093 0.413 0.262 0.235 nan 0.397 0.441 0.065 0.045 0.206 0.172 0.159 0.283 0.178 0.217 0.463 0.167 0.223 0.288 0.043 0.053 0.153 0.222 0.683 0.588 0.098 0.061 0.006 0.014 0.025 0.083 1.319 0.004 0.009 0.014 0.051 0.023 0.223 0.040 0.026 0.027 0.029 0.019 0.045 0.090 0.055 0.035 0.002 0.025 0.047 0.110 0.017 0.074 0.071 0.057 0.015 0.023 0.085 0.006 0.013 0.017 0.110 0.057 0.095 0.026 0.021 0.040 0.068 0.053 1759 chr20 51099927 51111714 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie -131557 NR_110038 101927700 Hs.434465 NR_110038 ENSG00000234948 LINC01524 - long intergenic non-protein coding RNA 1524 ncRNA 0.832 1.109 0.543 0.162 0.140 0.202 0.122 0.317 5.519 0.421 0.183 0.054 1.037 1.241 0.145 0.185 0.142 0.389 0.170 1.752 0.200 1.310 0.054 0.148 2.444 1.846 0.424 0.563 0.570 0.062 0.073 0.117 2.273 0.532 0.052 0.197 0.059 0.123 0.884 0.317 0.570 1.689 0.536 0.101 0.252 0.379 0.452 nan 0.516 1.533 0.203 0.243 0.141 0.077 0.315 0.311 0.195 0.364 0.459 0.501 0.752 0.444 0.168 0.182 0.043 0.082 0.501 1.063 0.683 0.668 0.019 0.066 0.231 0.095 0.042 0.165 0.014 0.017 0.012 0.050 0.463 0.024 0.101 0.852 0.046 0.033 0.150 0.065 0.086 0.237 0.062 0.049 0.014 0.085 0.421 3.301 0.038 0.389 0.324 0.049 0.002 0.044 0.112 0.881 0.103 0.127 0.453 0.128 0.033 0.467 0.374 0.016 0.010 0.021 1429 chr19 36234844 36237952 + 0 NA promoter-TSS (NM_144987) promoter-TSS (NM_144987) -55 NR_110173 199746 Hs.351558 NM_144987 ENSG00000161265 U2AF1L4 U2AF1-RS3|U2AF1L3|U2AF1L3V1|U2AF1RS3|U2af26 U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1 like 4 protein-coding 5.939 2.795 5.021 9.883 4.677 4.874 3.024 5.118 2.331 3.768 2.573 0.054 1.813 3.956 3.946 1.653 0.836 3.908 3.250 4.005 1.195 2.851 1.255 3.749 6.104 4.235 3.296 26.110 1.827 3.732 4.633 0.132 2.549 1.557 1.552 4.604 1.089 3.641 3.557 2.079 1.030 3.440 4.918 1.767 3.436 2.304 2.707 3.729 4.071 6.003 5.791 5.344 6.836 3.652 12.948 13.713 4.210 5.142 6.986 10.111 nan 4.458 3.729 5.265 5.319 5.578 4.201 6.419 3.756 1.791 3.092 1.707 2.365 3.179 2.180 4.878 1.549 1.724 2.275 3.429 3.144 0.644 1.662 6.867 4.697 2.358 1.039 1.031 0.750 2.547 7.542 10.054 2.505 2.102 3.768 6.953 2.910 3.908 1.967 2.457 1.250 4.828 2.735 1.810 0.987 1.853 1.213 1.522 2.854 2.220 2.107 1.397 1.074 0.469 1974 chr3 158478390 158495641 + 0 NA Intergenic Intergenic -32700 NR_110328 64747 Hs.58663 NM_022736 ENSG00000118855 MFSD1 SMAP4 major facilitator superfamily domain containing 1 protein-coding nan 0.879 0.809 0.134 3.551 0.375 0.093 0.177 0.018 0.142 0.230 0.158 0.056 0.159 0.464 0.211 0.178 0.132 0.119 0.293 0.544 0.120 0.080 0.376 0.161 0.085 0.127 0.161 0.348 0.211 0.069 0.087 0.283 0.102 0.169 0.512 0.054 0.152 0.355 0.627 0.047 0.277 0.218 0.232 2.432 0.126 0.405 0.541 0.894 5.767 0.397 0.548 0.514 0.254 0.322 0.280 0.504 nan 0.687 0.618 0.595 0.343 0.272 0.447 0.032 0.047 0.326 0.510 0.578 0.511 0.061 0.808 0.338 1.452 0.052 0.070 0.008 0.136 0.063 0.060 0.141 0.010 0.105 0.166 0.377 0.136 0.044 0.320 0.351 0.152 1.123 0.120 0.019 3.101 0.142 0.062 0.088 0.132 0.113 1.780 0.050 0.057 0.035 0.354 0.191 0.143 1.349 0.067 0.109 0.106 0.653 0.225 0.017 0.009 2032 chr4 37640487 37691693 + 0 NA intron (NM_001085400, intron 1 of 6) intron (NM_001085400, intron 1 of 6) 21909 NM_001085399 768211 Hs.283378 NM_001085399 ENSG00000181826 RELL1 - RELT like 1 protein-coding 1.136 0.824 0.875 0.639 0.339 0.406 0.176 0.274 0.118 0.280 0.590 0.138 0.445 0.984 0.103 0.488 0.279 0.051 0.256 0.733 0.160 0.540 0.539 0.126 0.579 0.229 0.212 0.848 0.342 3.479 0.157 0.089 0.351 0.408 0.279 1.033 0.074 0.390 0.340 0.670 0.106 0.674 0.172 0.252 0.220 0.524 0.755 0.670 0.626 1.022 0.514 0.474 0.207 0.110 0.323 0.299 1.057 1.570 0.694 1.220 0.578 0.491 0.309 0.603 0.413 0.734 0.398 0.970 1.261 0.967 0.097 1.592 0.073 0.233 0.212 0.912 0.079 0.360 0.165 0.322 0.146 0.134 0.367 0.467 0.442 0.266 0.370 1.405 1.613 0.487 0.539 0.818 0.469 0.489 0.280 1.110 0.378 0.051 0.373 0.515 0.080 0.290 0.164 0.510 0.050 0.320 0.274 4.205 0.367 0.174 0.178 0.339 0.426 0.363 2536 chr8 49782256 49793545 + 0 NA Intergenic L1MD1|LINE|L1 46099 NM_003068 6591 Hs.360174 NM_003068 ENSG00000019549 SNAI2 SLUG|SLUGH|SLUGH1|SNAIL2|WS2D snail family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.617 nan 1.756 0.039 0.112 0.175 0.063 0.276 0.028 0.251 0.193 0.102 0.017 0.124 0.045 1.102 0.351 0.053 0.151 0.085 0.099 0.077 0.207 0.119 0.303 0.141 0.031 0.564 0.060 0.123 0.039 0.087 1.859 0.105 0.041 0.073 0.322 0.210 0.715 0.059 0.881 0.922 0.891 0.377 0.119 0.127 0.403 0.268 0.232 0.412 0.752 0.634 5.320 2.027 0.201 0.131 0.395 0.726 0.093 0.065 0.464 0.302 0.259 0.407 4.157 4.864 0.223 0.477 2.388 1.167 0.025 0.257 0.430 0.017 0.063 0.013 0.110 0.013 0.248 1.326 0.049 0.106 0.032 0.028 0.028 0.062 0.087 0.134 0.096 0.063 0.042 0.081 0.251 0.134 0.032 0.053 0.149 0.058 0.102 0.221 0.134 0.084 0.048 0.105 0.187 0.020 0.061 0.100 0.041 0.077 0.015 0.004 2483 chr7 113721790 113731014 + 0 NA promoter-TSS (NR_033766) promoter-TSS (NR_033766) 37 NR_033766 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding nan 0.725 4.823 2.113 1.912 1.734 0.749 0.310 0.053 0.887 1.127 0.173 0.186 0.463 0.014 3.148 1.526 4.722 0.505 5.351 0.175 4.542 0.022 1.055 3.965 2.752 2.008 6.517 0.587 0.265 0.471 0.114 3.487 0.398 0.065 0.253 0.058 0.575 0.322 1.170 0.094 0.797 0.239 0.356 0.271 0.621 0.873 0.587 2.086 2.582 0.426 0.512 0.753 0.255 2.996 3.090 3.554 4.667 3.769 8.027 2.888 3.373 0.171 0.515 10.471 9.019 1.842 2.354 1.000 0.591 0.060 0.683 3.444 1.501 6.037 1.427 0.576 0.423 0.390 0.047 2.985 1.670 0.589 0.157 0.119 1.358 0.947 0.827 1.006 0.369 1.640 4.136 2.666 0.887 0.280 0.302 4.722 1.338 3.512 0.760 1.255 1.709 0.382 0.059 0.009 0.218 0.112 0.141 0.657 0.049 0.082 0.012 0.011 1374 chr19 1846823 1865963 + 0 NA intron (NM_031918, intron 1 of 1) intron (NM_031918, intron 1 of 1) 7171 NM_031918 83855 Hs.136280 NM_031918 ENSG00000129911 KLF16 BTEB4|DRRF|NSLP2 Kruppel like factor 16 protein-coding 3.397 1.418 3.594 1.810 2.049 2.465 1.175 2.934 0.408 3.518 0.971 0.185 0.982 3.038 2.419 0.713 0.351 2.487 1.712 1.225 0.731 1.898 0.396 1.689 4.806 2.469 1.610 2.985 0.704 2.148 1.932 0.076 2.782 0.474 2.406 2.585 0.313 1.219 2.077 1.889 0.528 3.389 2.524 0.977 1.238 0.658 3.746 4.383 2.389 3.711 2.544 2.692 2.416 1.375 5.422 5.209 1.835 2.872 2.408 nan 7.066 8.087 1.499 2.250 3.261 3.351 3.484 4.697 1.858 1.072 1.582 1.566 0.473 1.105 1.695 2.219 1.965 1.371 1.910 2.696 2.105 1.044 0.666 3.866 2.397 1.042 0.806 0.859 0.577 2.032 3.629 5.483 1.361 1.379 3.518 3.985 2.732 2.487 1.262 1.170 1.494 7.033 1.321 1.394 1.031 2.590 0.833 1.115 0.881 2.223 0.941 0.405 2.461 1.412 1528 chr2 16429243 16440206 + 0 NA Intergenic Intergenic 244175 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.576 0.368 0.601 0.377 0.131 0.085 0.117 0.089 4.952 0.070 0.082 0.118 0.039 0.023 0.086 0.099 0.022 11.707 0.202 0.023 0.050 0.010 0.059 0.426 0.139 0.175 0.320 0.026 0.102 0.010 0.100 0.284 0.006 0.009 0.014 0.050 0.263 0.030 0.007 0.086 0.210 0.084 0.035 0.105 0.306 0.261 0.156 0.240 0.271 0.257 0.140 0.082 0.164 0.148 0.140 0.233 0.191 nan 0.343 0.173 0.138 0.168 0.049 0.041 0.198 nan 0.117 0.299 0.145 0.032 0.009 0.042 0.037 0.162 0.011 0.029 0.037 0.126 0.005 0.064 0.227 0.230 0.091 0.097 0.017 0.144 0.066 0.070 0.033 0.009 0.022 0.100 0.076 0.053 0.032 0.046 0.006 0.008 0.057 0.072 0.135 0.018 0.045 0.055 0.035 0.037 0.014 2303 chr6 42368285 42377302 + 0 NA intron (NM_033502, intron 2 of 17) intron (NM_033502, intron 2 of 17) 46996 NM_001297573 55809 Hs.485392 NM_018415 ENSG00000124496 TRERF1 BCAR2|HSA277276|RAPA|TREP132|TReP-132|dJ139D8.5 transcriptional regulating factor 1 protein-coding 1.050 0.821 0.747 0.118 0.280 0.310 0.201 0.242 0.028 0.519 0.316 0.088 1.238 2.886 0.099 0.088 0.113 0.302 0.144 0.181 0.096 1.117 1.777 1.882 0.625 0.204 0.111 0.310 0.972 0.142 0.095 0.139 0.513 0.825 2.362 2.530 0.139 0.373 0.257 0.822 0.250 1.882 0.232 0.148 0.949 0.762 0.445 0.435 0.224 0.460 0.407 0.528 0.678 0.315 0.592 0.531 0.494 0.728 0.413 nan 0.482 0.297 0.308 0.391 0.197 0.375 0.387 0.689 0.510 0.424 0.044 7.714 0.212 1.033 0.022 0.119 0.015 3.403 3.164 0.040 0.197 0.063 0.124 0.460 0.482 0.328 0.604 0.053 0.068 3.288 0.398 1.223 0.071 0.401 0.519 2.829 10.853 0.302 0.217 0.320 0.036 0.109 0.095 3.170 0.622 2.739 0.248 0.077 0.078 0.135 1.089 0.607 0.051 0.023 653 chr12 11945137 11977419 + 0 NA intron (NM_001987, intron 2 of 7) intron (NM_001987, intron 2 of 7) 158490 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.938 1.144 1.751 4.335 0.622 2.763 1.529 0.992 0.156 0.360 0.333 0.070 0.266 0.491 0.359 1.730 0.999 3.281 0.280 0.427 0.391 0.318 0.180 0.429 2.297 0.371 0.355 2.776 0.249 0.186 0.102 0.115 0.264 0.446 0.501 1.052 0.117 0.365 0.354 0.370 0.127 0.798 0.278 0.203 0.476 0.426 0.222 0.192 2.344 3.049 nan 2.936 10.427 4.922 1.283 1.449 0.770 1.161 4.353 5.825 0.558 0.443 0.282 0.390 0.494 0.578 0.306 0.557 1.951 1.033 0.343 0.379 0.095 1.816 0.865 0.387 0.021 0.419 0.152 0.025 0.083 0.106 0.042 0.431 0.153 0.132 0.189 0.212 0.218 0.488 0.207 0.333 0.037 0.173 0.360 0.359 0.295 3.281 0.228 0.122 0.057 0.232 0.330 0.378 0.279 0.280 0.967 0.278 0.064 0.118 0.627 0.287 0.048 0.028 1692 chr2 241496390 241510032 + 0 NA 3' UTR (NM_001033575, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001033575, exon 3 of 3) -2684 NM_001308375 51281 Hs.656615 NM_016552 ENSG00000144504 ANKMY1 ZMYND13 ankyrin repeat and MYND domain containing 1 protein-coding 2.290 nan 3.334 2.530 2.722 2.753 1.797 3.669 0.568 1.992 0.480 0.047 1.531 4.408 2.120 0.991 0.730 2.603 2.144 3.245 0.735 4.839 1.176 2.462 10.804 6.762 4.927 6.569 1.360 2.683 2.310 0.149 2.028 1.419 1.767 2.603 0.602 1.652 1.423 2.459 0.830 3.310 5.510 2.150 4.850 2.044 4.108 5.382 2.109 3.739 2.744 2.467 3.147 1.220 4.517 4.371 2.019 2.645 3.779 4.862 2.432 2.730 2.038 3.474 1.418 1.246 2.594 2.552 1.580 0.669 3.989 3.283 1.272 1.863 1.729 2.628 0.786 2.033 2.412 1.691 4.079 0.292 0.814 3.169 1.825 1.021 2.078 1.314 0.792 0.806 5.150 3.608 1.955 4.881 1.992 4.396 4.030 2.603 2.137 4.008 0.241 5.691 2.582 1.297 0.732 1.533 0.988 1.130 1.218 1.073 2.353 1.235 1.395 0.903 2677 chr9 77193657 77200500 + 0 NA intron (NM_006914, intron 1 of 9) intron (NM_006914, intron 1 of 9) -83609 NR_125791 103752585 Hs.635501 NR_125791 RORB-AS1 - RORB antisense RNA 1 ncRNA nan nan nan 0.102 0.074 0.384 0.054 0.069 0.056 0.076 0.024 0.139 0.069 0.085 0.139 0.155 0.172 0.040 0.131 0.116 0.078 0.072 0.283 0.064 0.063 0.096 0.069 0.177 0.018 0.068 0.054 0.060 0.217 0.013 0.012 0.027 0.109 0.061 0.028 0.015 0.287 0.141 6.961 nan 0.223 nan 0.098 0.008 0.701 0.767 0.083 0.188 0.216 0.246 0.239 0.093 0.104 0.194 0.048 0.093 0.188 0.458 0.858 0.838 0.008 0.052 0.014 0.053 0.030 0.091 0.020 0.021 0.011 0.070 0.028 0.081 0.018 0.034 0.011 0.022 0.051 0.204 0.036 0.021 0.023 0.019 0.056 0.031 0.014 0.139 0.035 0.037 0.043 0.029 0.030 0.012 0.127 0.059 0.029 0.111 0.011 0.027 0.025 2259 chr6 15384131 15415971 + 0 NA intron (NM_004973, intron 2 of 17) intron (NM_004973, intron 2 of 17) 150965 NM_001267040 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.397 nan 1.226 0.750 0.088 0.519 0.279 0.432 0.029 0.589 0.551 0.161 0.054 0.237 0.055 0.247 0.195 1.449 0.203 0.203 0.035 0.086 0.118 0.200 0.720 0.229 0.235 0.227 0.114 0.376 0.073 0.078 0.285 0.156 0.161 0.131 0.056 0.182 0.305 0.048 0.249 0.140 0.577 0.087 0.239 0.258 0.631 0.770 0.956 1.556 0.987 0.974 1.024 0.451 0.389 0.383 0.820 1.287 1.080 1.403 1.548 1.174 0.487 0.779 0.464 0.576 1.468 3.800 0.858 0.694 0.158 0.331 0.031 0.312 0.111 0.653 0.070 0.382 0.128 0.060 0.290 0.078 0.879 0.138 0.055 0.041 0.060 0.182 0.228 0.126 0.187 0.124 0.105 0.158 0.589 0.357 0.148 1.449 0.072 0.133 0.373 0.106 0.187 0.060 0.017 0.176 0.054 0.423 0.251 0.903 0.106 0.108 0.009 0.019 509 chr11 57433628 57441990 + 0 NA intron (NM_015457, intron 1 of 11) AluSx|SINE|Alu 2335 NM_015457 25921 Hs.27239 NM_015457 ENSG00000156599 ZDHHC5 DHHC5|ZNF375 zinc finger DHHC-type containing 5 protein-coding 2.546 2.576 1.815 3.516 2.630 3.422 1.570 2.843 2.452 1.822 1.654 0.165 0.795 2.342 2.571 1.360 0.707 2.646 1.062 2.249 0.762 2.443 1.312 2.147 3.756 2.995 4.899 6.696 1.325 2.391 2.994 0.190 3.416 1.000 1.751 3.054 0.889 3.838 3.404 1.687 1.036 4.931 2.731 1.405 4.863 1.646 5.374 5.950 5.483 7.196 5.411 5.859 4.777 3.181 8.927 9.556 3.366 3.784 5.214 7.200 4.395 4.383 4.727 6.717 3.663 4.506 2.939 3.604 2.286 1.331 2.247 2.119 2.018 3.419 1.479 2.231 1.530 1.492 1.782 1.664 1.843 0.683 1.053 3.337 2.998 1.258 1.748 1.094 0.638 2.526 3.057 2.545 1.484 1.491 1.822 2.971 1.837 2.646 0.758 1.535 1.070 2.161 1.093 1.459 1.639 2.319 1.381 1.397 1.430 0.931 1.897 0.745 1.247 0.764 2212 chr5 151062973 151066977 + 0 NA intron (NR_109873, intron 3 of 4) (TC)n|Simple_repeat|Simple_repeat 1640 NM_003118 6678 Hs.111779 NM_003118 ENSG00000113140 SPARC BM-40|OI17|ON secreted protein acidic and cysteine rich protein-coding 2.066 nan 0.593 0.023 0.055 0.290 0.241 4.529 0.889 0.380 2.206 0.121 0.289 0.158 0.026 0.079 0.169 0.060 0.101 0.148 3.340 0.017 0.158 1.620 0.194 0.020 0.229 0.363 0.328 0.323 0.036 0.116 0.378 1.048 0.496 5.936 1.549 7.433 0.891 0.137 0.406 0.378 0.183 1.106 0.528 0.729 0.229 0.467 0.427 0.668 0.961 0.765 1.089 0.224 0.267 0.434 0.731 1.471 0.431 0.486 3.147 3.389 0.455 0.423 0.082 0.167 0.655 1.846 0.455 0.466 0.102 1.609 0.406 3.803 0.101 0.155 0.034 2.766 1.580 0.483 0.176 0.024 0.710 0.851 0.139 0.176 0.327 0.038 0.031 3.069 0.305 0.696 0.532 0.020 0.380 0.295 0.047 0.060 0.123 0.191 0.048 3.648 2.745 5.871 0.144 0.075 0.549 4.391 0.047 6.942 6.115 1015 chr16 4287475 4312272 + 0 NA intron (NR_039999, intron 2 of 2) intron (NR_039999, intron 2 of 2) 3917 NR_039999 100507501 Hs.632979 NR_039999 ENSG00000262468 LINC01569 - long intergenic non-protein coding RNA 1569 ncRNA 1.296 nan 1.179 2.883 0.338 2.090 1.234 0.466 0.040 1.376 0.185 0.092 0.100 0.299 0.198 0.601 0.244 3.086 0.354 0.317 0.115 0.369 0.110 0.282 1.074 0.384 0.289 2.216 0.082 0.351 0.292 0.088 1.237 0.014 0.160 0.574 0.125 0.355 0.375 0.110 0.135 0.311 0.530 0.294 0.279 0.126 2.215 2.195 0.619 0.668 3.081 2.840 nan 2.396 2.944 2.742 0.626 nan 3.050 3.795 3.271 3.268 3.172 4.365 0.495 0.378 1.619 2.880 2.488 1.254 1.356 0.254 0.069 0.185 0.420 1.358 0.101 0.333 0.201 0.203 0.504 0.084 0.253 0.230 0.156 0.063 0.170 0.129 0.133 0.238 0.502 0.247 0.336 1.112 1.376 0.385 0.348 3.086 0.152 0.165 0.291 0.383 0.607 0.142 0.077 0.187 0.206 0.176 3.612 1.043 0.052 0.154 0.086 0.062 367 chr10 13177395 13185231 + 0 NA Intergenic Intergenic -22241 NM_018518 55388 Hs.198363 NM_018518 ENSG00000065328 MCM10 CNA43|DNA43|PRO2249 minichromosome maintenance 10 replication initiation factor protein-coding nan 0.701 0.817 0.323 0.091 0.409 0.164 0.079 0.317 0.297 0.230 0.025 0.054 0.048 0.101 0.083 0.342 0.100 0.206 0.016 0.096 0.013 0.083 0.094 0.063 0.080 0.257 0.053 0.082 0.068 0.085 0.113 0.015 0.030 0.024 0.029 0.079 0.195 0.042 0.030 0.219 0.081 0.056 0.103 0.079 0.457 0.349 0.301 0.408 1.217 1.345 1.640 0.325 0.168 0.288 0.427 0.585 1.505 1.673 0.660 1.093 0.131 0.229 0.503 0.411 0.270 0.497 0.332 0.369 0.044 0.045 0.024 0.059 0.443 0.141 0.089 0.055 0.066 0.048 0.049 4.423 0.047 0.031 0.010 0.022 0.040 0.077 0.166 0.106 0.093 0.010 0.105 0.317 0.063 0.024 0.342 0.063 0.053 0.176 0.074 0.052 0.069 0.016 0.061 0.089 0.031 0.025 0.215 0.038 0.096 0.030 0.006 976 chr15 76725393 76733633 + 0 NA intron (NM_001145923, intron 25 of 31) HAL1|LINE|L1 100448 NM_145805 64843 Hs.444677 NM_145805 ENSG00000159556 ISL2 - ISL LIM homeobox 2 protein-coding 0.625 0.902 0.866 0.046 0.609 0.218 0.136 0.104 3.312 0.156 0.300 0.135 0.064 0.115 0.076 0.049 0.131 0.166 0.132 0.075 0.125 0.128 0.139 0.171 0.071 0.182 0.356 0.071 0.208 0.203 0.098 0.246 0.014 0.082 0.090 0.058 0.350 0.225 0.066 0.010 0.147 0.139 0.076 0.350 0.089 0.241 0.246 0.254 0.526 0.244 0.273 0.316 0.139 0.146 0.162 0.359 0.598 0.215 0.208 0.685 0.322 0.204 0.369 0.142 0.124 0.329 0.767 0.391 0.340 0.041 0.069 0.192 0.034 0.024 0.075 0.034 0.042 0.604 0.077 0.023 0.045 0.101 0.632 0.335 0.055 0.057 0.029 0.157 0.093 0.086 0.029 0.133 0.156 0.111 0.053 0.131 0.147 0.157 0.121 0.012 0.274 0.030 0.039 0.269 0.069 0.048 0.226 0.009 0.342 0.063 0.043 716 chr12 58202652 58213317 + 0 NA exon (NM_006576, exon 2 of 19) exon (NM_006576, exon 2 of 19) 1868 NM_006576 10677 Hs.584854 NM_006576 ENSG00000135407 AVIL ADVIL|DOC6|p92 advillin protein-coding nan 0.718 1.069 1.664 0.122 0.772 0.389 0.137 0.209 0.189 0.107 0.088 0.138 0.029 0.721 0.351 1.738 0.196 0.119 0.046 0.116 0.039 0.105 0.377 0.099 0.115 0.812 0.082 0.169 0.031 0.063 0.293 0.033 0.094 0.142 0.041 0.270 0.103 0.045 0.310 0.203 0.131 0.090 0.068 nan 4.341 1.389 0.682 3.473 nan 1.888 0.489 6.470 6.557 0.520 nan 9.597 nan 0.671 0.683 2.803 3.934 0.220 0.265 0.424 0.675 3.135 1.663 1.137 0.107 0.035 0.311 1.081 0.444 0.021 0.253 0.136 0.092 0.091 0.054 0.110 0.114 0.022 0.028 0.051 0.082 0.161 0.226 0.218 0.143 0.111 0.138 0.209 0.093 0.633 1.738 0.045 0.046 0.064 0.136 0.759 0.051 0.004 0.186 0.105 0.162 2.834 0.173 0.058 0.040 0.038 0.015 1886 chr3 21463340 21469100 + 0 NA intron (NM_024697, intron 6 of 7) intron (NM_024697, intron 6 of 7) 19002 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.561 0.639 0.557 0.061 0.062 0.051 0.028 0.027 0.022 0.156 0.314 0.057 0.036 0.025 0.054 0.262 0.084 0.147 0.102 0.034 0.095 0.017 0.028 0.111 0.050 0.056 0.019 0.076 0.070 0.031 0.028 0.108 0.065 0.109 0.096 0.062 0.033 0.054 0.184 0.144 9.059 6.214 0.207 0.207 0.083 0.054 0.199 0.137 0.413 0.629 0.308 0.397 nan 0.179 0.075 0.205 0.051 0.061 0.174 0.196 0.125 0.256 0.048 0.033 0.047 0.112 0.104 0.012 0.012 0.018 0.041 0.048 0.021 0.027 0.013 0.040 0.021 0.103 0.028 0.025 0.024 0.156 0.063 0.016 0.084 0.014 0.010 0.064 0.012 0.055 0.058 0.059 0.119 0.043 0.040 0.067 0.009 1821 chr21 46540933 46548945 + 0 NA intron (NM_001346688, intron 1 of 11) AluJb|SINE|Alu -27506 NM_001346687 104 Hs.474018 NM_001112 ENSG00000197381 ADARB1 ADAR2|DRABA2|DRADA2|RED1 adenosine deaminase, RNA specific B1 protein-coding nan 0.950 1.734 0.343 0.056 0.345 0.160 0.245 2.295 0.161 0.160 0.004 0.087 0.056 0.019 0.095 0.045 1.382 0.134 0.216 0.093 0.039 0.092 0.280 0.081 0.071 1.943 0.065 0.053 0.028 0.061 0.165 0.071 0.127 0.216 0.134 0.291 0.175 0.077 0.080 0.163 0.161 0.205 0.122 0.090 0.650 0.675 0.313 0.576 0.736 0.977 nan 0.075 0.382 0.391 0.355 nan 0.163 0.155 10.634 8.485 0.399 0.674 3.062 3.909 4.041 8.043 1.112 0.880 0.063 0.359 0.086 0.198 0.061 9.076 0.272 0.135 0.116 0.225 0.712 0.137 0.224 0.118 0.088 0.067 0.029 0.031 0.188 0.117 0.070 0.069 0.078 2.295 0.097 0.058 0.045 0.062 0.010 3.009 0.105 0.431 0.122 0.013 0.091 0.332 0.014 0.177 3.405 0.107 0.070 0.043 0.012 1972 chr3 158426058 158433555 + 0 NA intron (NM_002888, intron 2 of 3) intron (NM_002888, intron 2 of 3) 20469 NM_002888 5918 Hs.131269 NM_002888 ENSG00000118849 RARRES1 LXNL|PERG-1|TIG1 retinoic acid receptor responder 1 protein-coding nan 0.994 0.525 0.140 0.307 0.312 0.192 0.485 0.008 0.171 0.781 0.171 0.681 0.602 0.225 0.212 0.214 0.142 0.091 0.353 0.958 0.115 0.224 0.194 0.122 0.088 0.151 0.164 0.468 0.157 0.064 0.083 0.316 0.876 0.101 2.229 1.771 3.064 0.447 0.407 0.087 0.170 0.166 0.460 0.282 0.305 0.296 0.280 0.507 0.830 0.370 0.492 0.611 0.268 0.467 0.355 0.538 nan 0.278 0.379 0.514 0.285 0.126 0.350 0.090 0.074 0.326 0.870 0.452 0.372 0.022 1.249 0.090 1.431 0.013 0.071 0.018 0.658 0.232 0.218 0.523 0.025 0.106 0.941 1.260 0.707 0.145 0.063 0.115 0.399 1.240 0.684 0.157 1.067 0.171 0.086 0.246 0.142 0.016 0.471 0.052 0.562 0.014 1.579 0.045 0.654 2.636 0.125 0.041 0.179 1.328 0.296 0.054 0.027 940 chr15 59223362 59227689 + 0 NA intron (NM_001013843, intron 1 of 20) CpG 350 NM_024755 79811 Hs.512932 NM_017968 ENSG00000137776 SLTM Met SAFB like transcription modulator protein-coding 4.313 3.848 4.966 4.332 6.318 6.101 3.226 5.607 1.790 4.641 4.712 0.649 1.027 4.974 5.918 2.605 1.622 5.657 3.056 3.676 3.233 5.206 2.076 4.492 9.914 8.343 5.802 10.662 2.795 5.637 4.402 0.130 10.039 1.228 3.118 4.157 1.370 6.900 4.677 4.335 2.333 9.805 8.666 2.641 5.544 2.329 6.231 7.007 6.861 11.959 7.364 7.487 5.010 2.818 10.454 9.631 5.293 5.385 6.670 10.743 12.752 13.177 5.015 11.751 6.873 6.416 6.632 7.558 2.533 1.400 2.738 3.376 2.553 3.707 2.383 3.035 1.857 2.530 3.286 2.639 5.363 1.320 2.960 5.151 3.928 1.404 3.473 2.636 2.403 5.471 6.253 4.567 2.789 5.574 4.641 5.821 5.243 5.657 2.999 4.830 1.318 3.716 2.421 3.645 4.733 3.651 7.113 4.680 2.545 2.552 2.714 2.551 2.678 1.895 685 chr12 50443014 50451841 + 0 NA Intergenic Intergenic -3993 NR_046389 41 Hs.274361 NM_001095 ENSG00000110881 ASIC1 ACCN2|ASIC|BNaC2 acid sensing ion channel subunit 1 protein-coding nan 0.970 1.037 0.361 0.255 0.528 0.292 0.212 0.063 0.994 0.236 0.118 0.096 0.478 0.017 0.175 0.309 1.068 1.262 0.362 0.182 0.245 0.059 0.196 1.335 0.699 0.415 0.416 0.227 0.351 0.274 0.023 0.530 0.124 0.114 0.189 0.151 0.264 0.388 0.149 0.291 0.707 0.456 0.331 0.174 0.217 nan 1.228 0.607 0.964 2.554 nan 2.262 0.726 1.390 1.595 1.011 nan 0.680 nan 6.263 6.165 0.762 1.014 0.824 0.394 1.555 3.000 1.108 0.767 0.134 0.154 0.055 0.323 0.057 0.729 0.016 0.156 0.098 0.270 0.311 0.086 0.161 0.188 0.195 0.281 0.109 0.260 0.302 0.308 0.978 0.982 0.475 0.563 0.994 0.387 0.509 1.068 0.151 0.262 3.513 1.420 0.405 0.046 0.042 0.144 0.212 0.155 0.374 0.738 0.148 0.043 0.099 0.074 743 chr12 107447575 107453578 + 0 NA intron (NM_004075, intron 1 of 12) L1MEg|LINE|L1 37059 NM_004075 1407 Hs.151573 NM_004075 ENSG00000008405 CRY1 PHLL1 cryptochrome circadian clock 1 protein-coding 0.753 0.967 nan 0.058 0.121 0.269 0.187 0.039 8.425 0.128 1.040 0.186 0.096 0.210 0.011 0.129 0.118 0.140 0.143 0.336 0.041 0.057 0.017 0.070 1.339 0.505 0.652 0.499 0.048 0.053 0.492 0.123 1.248 0.019 0.127 0.217 0.013 0.104 0.232 0.036 0.881 0.079 0.151 0.149 0.338 0.208 0.277 0.302 0.737 0.418 0.494 0.348 0.191 0.274 0.284 0.610 0.813 0.276 0.413 0.350 0.139 0.158 0.242 0.107 0.203 0.280 0.516 0.579 0.582 0.062 0.095 0.718 0.194 0.050 0.100 0.023 0.184 0.049 0.218 1.032 0.032 0.013 0.108 0.010 0.064 0.064 0.013 0.039 0.116 0.141 0.118 0.066 0.769 0.128 0.428 0.046 0.140 0.101 2.428 0.019 0.017 0.034 0.056 0.172 0.258 0.039 0.016 0.049 0.025 0.030 0.019 0.009 2265 chr6 21497066 21543209 + 0 NA Intergenic Intergenic -8014 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.158 1.057 nan 1.034 0.113 1.547 0.807 0.084 0.037 0.533 0.230 0.153 0.086 0.165 0.068 0.886 0.766 1.620 0.217 0.170 0.019 0.072 0.087 0.156 0.430 0.095 0.321 nan 0.228 0.072 0.068 0.090 0.161 0.054 0.061 0.078 0.010 0.069 0.257 0.038 0.096 0.069 0.166 0.076 0.107 0.081 1.116 0.732 4.706 nan 3.283 2.995 nan 0.427 10.348 10.772 0.438 0.644 1.748 1.388 0.563 0.312 1.884 3.680 1.508 1.069 0.375 0.974 2.304 1.282 4.304 0.133 0.010 0.075 0.124 0.331 0.021 0.172 0.071 0.019 0.057 0.376 0.126 0.126 0.032 0.027 0.062 0.035 0.077 0.104 0.071 0.119 0.022 0.120 0.533 0.110 0.036 1.620 0.054 0.045 0.175 0.049 0.292 0.004 0.014 0.045 0.044 0.108 2.036 0.188 0.039 0.059 0.012 0.012 21 chr1 6658842 6676134 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4530 NM_014851 9903 Hs.7764 NM_014851 ENSG00000162413 KLHL21 - kelch like family member 21 protein-coding 2.543 nan 3.086 4.490 4.238 1.411 0.760 2.516 1.639 0.784 2.760 0.536 0.723 2.569 0.903 0.798 0.449 1.081 1.266 1.823 0.530 3.124 1.017 1.541 nan 1.425 1.117 3.400 0.836 1.076 3.766 0.175 2.511 0.629 1.214 1.531 0.690 1.901 3.041 1.513 0.611 3.763 3.317 1.990 1.207 0.862 1.691 2.377 3.650 5.967 3.437 3.076 1.586 0.443 3.701 3.678 1.743 nan nan 5.220 nan 1.937 1.967 3.153 0.685 0.704 1.769 2.120 1.311 0.884 1.063 1.732 1.136 2.016 0.685 1.643 2.495 1.851 2.036 1.977 1.490 0.116 0.563 2.248 2.481 1.136 0.449 0.703 0.433 4.089 1.959 4.296 1.342 1.283 0.784 3.613 1.936 1.081 0.951 0.833 0.654 4.110 1.397 2.262 1.291 0.882 0.522 0.341 1.303 0.629 1.522 1.303 0.969 0.724 523 chr11 63320755 63343160 + 0 NA Intergenic Intergenic -1102 NM_017878 54979 Hs.272805 NM_017878 ENSG00000133328 HRASLS2 PLA1/2-2 HRAS like suppressor 2 protein-coding nan 1.416 0.522 0.122 1.010 0.428 0.230 0.686 0.924 0.378 0.519 0.136 0.279 0.322 0.085 0.316 0.135 0.115 0.102 1.403 0.261 0.422 0.784 0.515 1.023 0.294 1.087 0.917 0.654 0.224 0.062 0.100 1.143 0.161 0.297 0.858 0.272 0.460 0.809 0.689 0.429 0.679 1.440 0.217 1.503 0.328 0.511 0.840 0.447 1.009 0.452 0.455 1.144 0.322 0.581 0.617 0.368 0.589 0.467 1.017 0.748 0.601 0.526 0.889 0.071 0.156 0.138 0.233 1.163 0.815 0.699 1.183 0.269 1.211 0.059 0.973 0.019 2.263 1.694 0.149 1.138 0.004 0.050 0.321 0.129 0.118 0.601 0.076 0.213 1.030 2.036 0.096 0.014 1.201 0.378 0.762 0.256 0.115 0.802 2.126 0.508 0.083 0.031 0.660 0.152 0.265 0.550 0.406 0.287 0.049 0.369 0.940 0.019 0.009 2377 chr6 157253311 157265935 + 0 NA intron (NM_020732, intron 5 of 19) intron (NM_020732, intron 5 of 19) -158758 NR_039676 100616154 NR_039676 ENSG00000271899 MIR4466 mir-4466 microRNA 4466 ncRNA nan 1.013 1.533 0.982 0.246 0.771 0.508 0.068 0.160 0.461 0.163 0.114 0.045 0.235 0.015 0.544 0.456 1.040 0.540 0.635 0.039 0.093 0.017 0.064 nan 0.311 0.668 2.779 0.116 0.263 0.098 0.105 0.337 0.056 0.095 0.145 0.019 0.132 0.361 0.112 0.063 0.641 0.364 0.111 0.298 0.140 1.958 2.699 0.918 2.086 1.545 nan 6.135 2.483 0.499 0.656 0.584 0.671 1.528 1.497 1.109 0.956 0.544 1.167 1.469 1.818 0.431 nan 0.746 0.440 1.180 0.228 0.262 0.117 0.040 0.590 0.044 0.049 0.029 0.035 0.056 0.308 0.554 0.103 0.067 0.093 0.080 0.160 0.249 0.048 0.077 0.154 0.250 0.461 0.101 0.061 1.040 0.134 0.228 0.072 0.051 0.066 0.032 0.116 0.063 0.044 0.201 0.704 0.246 0.043 0.090 0.023 0.008 2129 chr5 44930318 44972834 + 0 NA Intergenic Intergenic 142549 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.515 0.969 1.378 0.155 0.112 0.225 0.098 0.135 0.012 0.192 0.177 0.197 0.067 0.242 0.046 0.110 0.211 0.127 0.113 0.219 0.050 0.093 0.067 0.150 0.235 0.142 0.126 0.315 0.182 0.143 0.222 0.126 0.203 0.175 0.076 0.111 0.011 0.107 0.310 0.044 0.130 0.224 0.144 0.165 0.105 0.125 0.290 0.178 0.177 0.270 0.214 0.347 0.150 0.071 0.111 0.127 0.956 1.372 0.281 0.297 0.645 0.243 0.151 0.248 0.071 0.087 0.116 0.182 0.263 0.389 0.015 0.165 0.029 0.222 0.055 0.100 7.378 0.096 0.044 0.005 0.068 0.025 0.021 0.056 0.021 0.029 0.047 0.068 0.102 0.412 0.050 0.127 0.026 0.061 0.192 0.148 0.028 0.127 0.037 0.031 0.041 0.115 0.041 0.018 0.019 0.069 0.079 0.127 0.037 0.032 0.054 0.055 0.027 0.036 1460 chr19 46007196 46020306 + 0 NA intron (NM_003370, intron 1 of 12) AluSq2|SINE|Alu 3063 NM_003370 7408 Hs.515469 NM_003370 ENSG00000125753 VASP - vasodilator-stimulated phosphoprotein protein-coding 2.178 1.494 2.715 1.508 4.609 1.471 0.708 3.648 0.564 0.864 1.647 0.347 0.968 2.805 4.710 0.632 0.352 2.074 0.609 2.087 0.737 1.302 0.707 1.696 nan 2.145 1.747 2.381 0.932 0.644 2.975 0.213 1.766 1.202 1.231 1.114 0.486 1.355 1.362 1.367 0.337 2.375 2.823 1.320 3.425 1.216 1.086 2.079 1.337 2.337 3.102 2.576 2.127 0.810 3.277 3.272 1.175 1.753 3.765 5.001 1.087 0.700 0.545 1.331 1.427 1.210 1.753 3.076 1.586 0.776 0.767 2.754 2.220 2.515 2.204 1.444 1.599 0.790 0.949 1.085 1.692 0.325 0.993 5.614 3.346 1.260 0.865 0.403 0.333 1.463 6.731 9.579 2.431 1.649 0.864 3.942 1.207 2.074 1.512 2.331 0.499 4.457 1.775 1.138 0.866 0.475 1.045 0.319 0.780 0.744 1.448 1.039 1.674 1.129 453 chr11 8247278 8257642 + 0 NA intron (NM_001270428, intron 1 of 3) intron (NM_001270428, intron 1 of 3) 32965 NR_073006 4004 Hs.654426 NM_002315 ENSG00000166407 LMO1 RBTN1|RHOM1|TTG1 LIM domain only 1 protein-coding 1.008 0.991 0.881 0.171 0.084 0.462 0.232 0.165 0.030 0.459 0.338 0.123 0.091 0.255 0.036 0.134 0.107 0.471 1.027 0.096 0.072 0.046 0.051 0.155 0.489 0.233 0.149 0.953 0.029 0.083 0.057 0.072 0.361 0.126 0.045 0.044 0.200 0.525 0.764 0.084 0.313 0.441 0.679 0.451 0.294 0.124 0.810 1.248 0.279 0.432 0.885 1.240 0.580 0.220 0.529 0.484 0.936 1.670 0.369 0.396 1.210 1.124 0.509 0.464 0.595 0.815 1.150 3.061 0.922 0.664 6.333 0.315 0.642 0.420 0.030 0.206 0.027 0.288 0.105 0.236 0.130 0.229 0.061 0.117 0.094 0.053 0.037 0.030 0.011 0.121 0.246 0.061 1.327 1.044 0.459 0.172 0.061 0.471 0.153 0.256 0.225 0.196 0.214 0.025 0.036 0.507 0.150 0.033 0.073 0.727 0.173 0.055 0.039 0.015 723 chr12 65949012 65964901 + 0 NA intron (NR_120434, intron 4 of 4) intron (NR_120434, intron 4 of 4) -5865 NR_135033 105369187 Hs.738044 NR_135033 ENSG00000250748 LOC105369187 - uncharacterized LOC105369187 ncRNA 0.725 0.484 0.595 0.077 0.483 0.177 0.131 1.585 0.121 0.072 0.694 0.080 0.228 0.179 0.204 0.079 0.097 0.030 0.078 0.222 0.125 0.275 1.261 0.096 0.993 0.265 1.784 0.184 1.363 0.087 0.177 0.104 0.808 1.450 0.182 1.002 0.124 0.585 0.262 0.372 0.121 0.779 0.275 0.166 0.091 0.777 0.264 0.149 0.384 1.502 0.361 nan 0.163 0.094 0.154 0.148 0.225 0.341 0.250 0.275 0.459 0.204 0.154 0.178 0.037 0.042 0.449 1.300 0.296 0.501 0.006 1.814 0.018 6.950 0.038 0.050 0.221 0.096 0.028 0.009 0.572 0.018 0.334 0.208 0.122 0.145 0.114 0.167 0.729 0.128 0.680 0.040 0.087 0.072 0.107 0.565 0.030 0.107 0.091 0.024 0.267 0.025 1.923 0.232 0.278 0.532 0.029 0.057 0.294 1.238 0.345 0.098 0.077 2500 chr7 139757839 139764238 + 0 NA intron (NM_022750, intron 1 of 11) MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR 2483 NM_022750 64761 Hs.12646 NM_022750 ENSG00000059378 PARP12 ARTD12|MST109|MSTP109|ZC3H1|ZC3HDC1 poly(ADP-ribose) polymerase family member 12 protein-coding nan nan nan 1.374 3.407 1.520 0.626 1.357 0.720 1.378 2.099 0.299 1.616 2.745 0.640 1.531 0.745 7.062 0.416 0.821 1.722 5.413 1.084 1.643 2.727 1.244 2.302 4.915 1.748 0.646 1.652 0.100 1.948 0.572 0.345 3.009 0.836 3.231 1.489 2.591 0.742 1.693 2.082 7.040 1.042 1.203 1.345 1.239 2.960 5.008 3.189 3.100 nan 1.091 5.614 5.721 0.171 nan 2.012 3.993 nan 1.181 2.598 2.832 1.149 1.302 0.476 0.444 3.038 nan 3.579 2.440 1.570 2.046 0.331 2.431 0.283 1.750 1.246 1.485 0.537 0.134 0.494 1.698 0.979 0.579 2.675 0.787 0.661 0.779 1.724 2.717 0.958 1.215 1.378 2.265 3.249 7.062 0.653 1.105 0.137 3.093 0.398 3.105 1.838 1.745 3.359 0.410 0.496 0.097 2.907 0.858 0.589 0.459 1202 chr17 41735897 41755894 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -6633 NM_001040002 4222 Hs.438 NM_004527 ENSG00000005102 MEOX1 KFS2|MOX1 mesenchyme homeobox 1 protein-coding 1.084 1.100 nan 0.175 0.179 0.498 0.168 0.286 0.393 0.382 1.623 0.278 0.104 0.286 0.058 0.188 0.137 0.144 0.174 0.203 0.093 0.094 0.164 0.276 nan 0.515 0.610 0.814 0.044 0.123 0.162 0.065 0.437 0.088 0.102 0.691 0.117 0.213 0.455 0.038 0.683 0.908 0.875 0.164 0.544 0.152 0.503 0.525 0.567 1.147 0.625 nan 0.550 0.151 0.586 0.687 0.302 0.545 0.219 nan 0.999 0.526 0.365 0.300 0.174 0.207 0.647 1.841 0.357 0.395 0.134 0.314 0.646 0.225 0.085 0.093 0.049 0.370 0.183 0.254 0.202 0.053 0.051 1.614 0.075 0.094 0.102 0.087 0.116 0.510 0.433 0.111 0.063 0.169 0.382 0.289 0.071 0.144 0.139 2.483 0.170 3.617 0.091 0.064 0.010 0.241 0.111 0.069 0.040 0.328 0.119 0.132 0.040 0.030 351 chr10 1757609 1782959 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) 9386 NM_018702 105 Hs.586663 NM_018702 ENSG00000185736 ADARB2 ADAR3|RED2 adenosine deaminase, RNA specific B2 (inactive) protein-coding 0.746 0.493 0.951 0.319 0.042 0.833 0.326 0.046 0.012 0.363 0.106 0.095 0.015 0.046 0.095 1.193 0.751 2.510 0.068 0.131 0.035 0.117 0.035 0.041 0.053 0.887 0.023 0.067 0.030 0.078 6.082 0.005 0.059 0.018 0.016 0.046 0.220 0.026 0.073 0.514 0.226 0.036 0.011 0.066 2.087 2.755 0.137 0.193 1.842 1.965 0.216 0.125 0.354 0.367 0.125 0.194 1.284 2.227 0.180 0.132 2.328 4.914 0.032 0.029 0.223 0.351 0.576 0.473 0.128 0.029 0.011 0.040 0.244 0.389 0.003 0.023 0.003 1.480 0.015 0.263 0.076 0.026 0.009 0.009 0.034 0.010 0.122 0.067 0.269 0.365 0.198 0.363 0.045 0.011 2.510 0.014 0.041 0.223 0.576 0.577 0.008 0.012 0.065 0.009 0.041 2.959 0.032 0.057 0.060 0.016 0.016 1040 chr16 28920624 28937965 + 0 NA intron (NM_024816, intron 3 of 12) MIRb|SINE|MIR 7238 NM_024816 79874 Hs.555978 NM_024816 ENSG00000177548 RABEP2 FRA rabaptin, RAB GTPase binding effector protein 2 protein-coding 1.539 1.158 nan 1.826 1.335 1.537 0.786 1.020 0.516 0.609 0.421 0.110 0.395 1.116 0.928 0.548 0.300 1.088 0.834 0.722 0.343 0.993 0.273 0.715 1.564 0.981 0.928 3.533 0.441 1.067 0.796 0.097 1.684 0.217 0.486 0.950 0.245 0.661 1.096 0.743 0.176 1.601 2.927 0.469 1.287 0.365 1.159 1.496 1.301 1.753 1.689 1.335 nan 1.403 3.135 3.240 0.813 0.985 6.028 6.961 1.331 1.371 0.925 1.489 0.976 0.745 1.514 3.252 1.114 0.702 1.814 1.115 0.657 0.533 2.077 0.788 0.600 0.821 0.975 0.574 0.988 0.147 0.403 0.957 0.570 0.306 0.583 0.436 0.244 0.747 1.033 0.978 0.609 1.366 0.609 1.267 1.033 1.088 0.332 0.667 0.454 0.914 0.800 0.457 0.663 0.751 0.421 0.681 0.799 0.486 0.395 0.443 0.335 0.230 595 chr11 118777266 118811902 + 0 NA Intergenic Intergenic -12971 NM_182557 283149 Hs.414740 NM_182557 ENSG00000186174 BCL9L BCL9-2|DLNB11 B-cell CLL/lymphoma 9-like protein-coding 1.213 1.414 1.575 0.904 3.264 2.338 1.188 6.005 4.792 2.945 1.183 0.172 1.942 4.626 7.717 0.700 0.421 1.800 0.801 4.445 2.064 6.915 3.315 3.042 8.631 7.703 3.611 3.194 4.178 0.525 4.454 0.164 4.413 3.195 4.806 6.078 1.026 3.844 1.849 6.004 1.724 7.755 3.023 3.495 8.122 3.253 3.109 nan 2.872 5.812 1.710 1.533 1.979 0.671 2.991 3.190 1.867 nan 3.113 3.927 0.913 0.873 5.844 8.795 2.393 2.519 0.909 2.202 1.005 0.685 2.976 6.053 3.346 2.944 1.302 1.875 0.984 4.057 5.754 3.356 6.449 0.809 0.343 23.102 8.502 3.131 5.853 0.378 0.313 6.715 5.308 6.175 2.989 5.990 2.945 6.417 9.143 1.800 2.886 6.490 0.574 6.808 0.507 4.628 5.226 4.560 3.672 0.382 7.935 0.360 6.065 3.011 3.378 2.279 1755 chr20 49317415 49389504 + 0 NA intron (NM_032521, intron 1 of 2) AluSg|SINE|Alu 5378 NM_032521 84612 Hs.589848 NM_032521 ENSG00000124171 PARD6B PAR6B par-6 family cell polarity regulator beta protein-coding nan nan 1.090 0.467 5.151 0.416 0.258 0.982 2.259 0.417 0.348 0.261 0.675 1.548 2.723 0.163 0.143 0.328 0.471 1.343 0.397 2.294 1.792 2.301 1.761 0.873 1.797 0.869 0.958 0.198 0.326 0.135 0.729 0.684 0.462 1.778 0.278 0.611 0.558 1.771 0.277 1.318 2.024 0.964 2.516 0.548 1.312 1.629 0.742 1.371 0.681 0.705 nan 0.320 0.782 0.776 0.536 0.943 1.123 1.355 nan 0.827 0.805 1.513 0.141 0.154 1.039 2.735 0.675 0.599 0.221 1.701 1.357 0.859 0.249 0.342 0.115 1.440 1.189 0.411 0.774 0.036 0.339 3.153 0.688 0.374 1.806 0.120 0.099 1.116 2.884 0.480 1.323 1.026 0.417 2.054 1.802 0.328 0.548 1.585 0.113 1.670 0.172 1.255 1.430 1.262 0.881 0.130 0.736 0.775 0.532 2.503 1.174 1.156 1138 chr17 17711951 17766618 + 0 NA intron (NM_001005291, intron 1 of 19) L2b|LINE|L2 1041 NM_001005291 6720 Hs.592123 NM_004176 ENSG00000072310 SREBF1 SREBP-1c|SREBP1|SREBP1a|bHLHd1 sterol regulatory element binding transcription factor 1 protein-coding 2.793 1.468 2.511 1.250 0.872 3.421 1.711 0.667 0.999 1.446 0.741 0.156 0.525 1.845 1.870 0.614 0.341 0.817 1.112 0.979 0.562 1.117 0.438 0.444 6.539 2.972 3.836 1.725 1.161 1.635 1.036 0.044 3.122 0.317 0.662 1.118 0.548 1.381 1.092 0.860 0.644 1.729 3.012 1.635 2.067 1.003 1.275 2.185 1.092 nan 1.368 1.377 1.615 0.897 1.787 1.933 0.921 1.339 3.104 3.635 nan 1.575 0.972 1.682 0.999 0.594 1.735 3.543 0.654 0.348 1.134 1.532 1.132 1.263 0.853 1.950 0.878 0.780 0.824 0.715 2.856 0.316 0.580 1.522 1.319 0.627 1.727 0.621 0.530 0.602 4.376 3.829 1.506 1.366 1.446 2.397 2.700 0.817 1.330 1.104 0.633 3.189 2.155 0.443 0.738 2.303 0.855 0.633 1.055 1.478 0.717 0.566 0.708 0.504 488 chr11 37522223 37528915 + 0 NA Intergenic Intergenic -434582 NR_135110 105376633 Hs.135690 NR_135110 ENSG00000254516 LOC105376633 - uncharacterized LOC105376633 ncRNA 0.410 0.758 nan 0.118 2.198 0.309 0.168 0.736 1.696 0.058 0.090 0.095 1.171 1.365 0.057 0.046 0.037 0.130 0.830 0.629 0.801 3.437 0.846 0.079 0.202 0.089 0.151 0.197 0.144 0.039 0.114 3.759 0.799 0.067 0.992 0.843 3.924 0.885 3.088 0.148 0.495 0.055 0.296 2.956 0.450 0.414 0.200 1.501 5.471 0.250 0.302 0.115 0.106 0.145 0.100 0.188 0.355 0.182 0.199 0.194 0.045 0.203 0.297 0.085 0.105 0.083 nan 0.177 0.224 0.009 1.364 1.830 1.190 0.073 0.054 0.062 0.020 0.011 0.592 0.065 0.014 4.793 0.188 0.201 1.024 0.012 0.688 0.024 0.024 0.055 0.058 0.371 0.028 0.037 0.667 0.045 1.732 1.987 3.325 1.827 0.083 0.044 0.037 2.204 4.053 0.077 0.091 1854 chr22 41089837 41143908 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 41690 NM_005297 2847 Hs.248122 NM_005297 ENSG00000128285 MCHR1 GPR24|MCH-1R|MCH1R|SLC-1|SLC1 melanin concentrating hormone receptor 1 protein-coding 1.084 nan 1.020 0.720 0.122 2.544 1.250 0.155 0.581 0.466 0.184 0.139 0.235 0.443 0.084 0.360 0.285 0.870 0.676 0.293 0.027 0.267 0.191 0.169 1.691 0.358 0.522 1.838 0.321 0.136 0.124 0.121 0.347 0.037 0.173 0.320 0.072 0.166 0.301 0.103 0.196 0.420 0.782 0.108 0.757 0.140 0.286 0.244 0.266 0.776 0.740 0.689 1.895 0.539 0.172 0.205 0.892 nan 1.070 1.441 nan 0.727 0.201 0.236 2.278 3.207 0.492 1.154 0.872 0.461 0.842 1.051 0.270 0.398 0.065 0.749 0.046 0.289 0.120 0.088 0.726 1.127 0.034 0.384 0.057 0.044 0.269 0.646 0.834 0.185 0.811 0.512 0.106 0.758 0.466 0.808 0.355 0.870 0.061 1.620 0.433 0.340 0.111 0.048 0.079 0.401 0.039 0.143 0.057 0.328 0.069 0.137 0.059 0.023 1012 chr16 3173142 3186587 + 0 NA intron (NR_110900, intron 3 of 5) ERVL-B4-int|LTR|ERVL 5019 NR_110900 100507458 Hs.522143 NR_110900 ZNF213-AS1 - ZNF213 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.706 nan 2.149 2.694 1.940 2.383 1.180 2.128 0.092 2.067 0.677 0.324 0.381 1.024 0.918 0.896 0.502 1.124 1.628 1.287 0.424 1.047 0.213 1.310 3.521 2.597 1.175 6.022 0.550 1.441 1.320 0.130 2.209 0.762 0.729 2.670 0.520 2.103 1.330 0.671 0.407 2.142 2.100 1.008 1.557 0.665 2.681 2.432 1.341 2.028 2.639 2.474 nan 2.358 3.961 4.366 1.626 nan 2.427 3.433 2.484 2.258 1.192 1.753 2.450 2.548 1.893 2.123 2.256 1.072 1.130 1.237 0.491 1.074 0.436 2.885 0.382 1.067 0.998 0.713 1.207 0.374 0.872 1.205 0.885 0.441 0.500 0.540 0.309 1.012 1.688 1.373 1.160 1.080 2.067 1.800 1.417 1.124 0.436 0.893 0.797 1.938 0.985 0.719 0.344 1.130 0.479 0.567 0.405 0.494 0.547 0.515 0.518 0.419 1498 chr19 56109576 56118492 + 0 NA exon (NM_153219, exon 2 of 2) exon (NM_153219, exon 2 of 2) 2328 NM_153219 147807 Hs.440291 NM_153219 ENSG00000171443 ZNF524 - zinc finger protein 524 protein-coding 4.631 3.041 5.140 4.653 5.375 9.176 4.659 5.102 2.359 4.989 2.774 0.399 1.013 3.373 3.673 1.982 0.778 5.161 3.398 3.857 1.903 3.769 0.992 2.584 7.085 3.672 5.520 8.254 1.478 2.219 5.586 0.207 5.232 1.948 2.337 2.734 1.820 7.016 3.421 4.065 1.056 3.827 6.036 1.872 3.762 1.719 7.912 7.483 4.684 6.185 8.820 8.337 8.583 6.079 6.462 7.111 3.917 5.150 7.529 11.397 8.648 7.186 4.564 5.160 5.417 5.769 5.313 6.302 4.209 1.892 5.180 2.116 2.087 2.735 2.628 6.168 2.994 1.309 1.711 4.547 3.146 1.364 3.496 7.134 3.498 1.399 2.336 1.526 0.935 2.300 6.413 3.314 3.884 2.160 4.989 3.985 2.842 5.161 2.278 3.717 1.665 5.285 2.457 1.943 2.369 3.766 2.921 1.675 2.793 2.823 2.279 1.011 2.630 1.727 835 chr14 23820866 23836952 + 0 NA exon (NM_005864, exon 4 of 6) exon (NM_005864, exon 4 of 6) 5933 NM_001277174 10278 Hs.24587 NM_005864 ENSG00000100842 EFS CAS3|CASS3|EFS1|EFS2|HEFS|SIN embryonal Fyn-associated substrate protein-coding nan 3.534 4.334 0.270 0.058 1.430 0.729 0.077 0.112 2.390 0.137 0.120 0.040 0.081 0.043 0.148 0.059 1.488 0.145 0.015 0.098 0.171 0.162 1.325 0.264 0.164 0.748 0.018 0.167 0.282 0.092 1.513 0.059 0.071 0.121 0.079 0.389 2.009 0.014 0.691 3.130 2.447 0.065 0.042 0.233 0.158 0.199 2.952 3.914 4.202 3.680 0.579 0.162 0.216 0.251 1.994 2.714 0.174 nan 4.438 4.629 0.573 0.701 0.162 0.188 6.117 8.270 0.445 0.398 4.134 0.124 0.101 0.046 0.033 0.049 0.069 0.090 0.036 0.106 0.073 0.030 3.041 0.069 0.059 0.077 0.081 0.070 0.098 0.186 0.275 0.116 0.132 0.049 2.390 0.070 0.035 0.059 0.038 0.190 0.470 0.582 0.061 0.013 0.003 0.048 0.035 0.108 0.215 5.647 0.014 0.035 0.032 0.006 2182 chr5 132164789 132178240 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -4924 NM_001172700 134549 Hs.519574 NM_133456 ENSG00000164403 SHROOM1 APXL2 shroom family member 1 protein-coding 1.376 1.432 nan 0.508 0.475 0.570 0.322 0.733 0.060 0.333 0.354 0.084 0.239 0.492 0.349 0.313 0.155 0.987 0.218 0.369 0.166 0.602 0.345 0.958 1.871 0.647 1.398 0.873 0.358 0.600 0.646 0.120 0.210 0.158 0.387 0.712 0.197 0.331 0.373 0.754 0.089 0.720 0.599 1.033 2.353 0.178 0.630 0.667 0.840 1.163 1.040 1.087 1.401 0.580 1.755 1.704 0.411 0.854 1.207 1.720 0.838 0.792 0.651 0.856 0.983 1.016 0.622 0.517 0.562 0.411 0.183 0.492 0.424 0.405 0.260 0.386 0.143 3.057 3.033 0.421 0.423 0.099 0.159 0.569 0.488 0.372 0.232 0.243 0.209 0.274 1.230 0.865 0.378 3.712 0.333 0.598 0.694 0.987 1.238 0.297 0.102 0.928 0.474 0.217 0.140 0.398 0.173 0.280 0.132 0.119 0.084 0.177 0.188 0.136 1267 chr17 76960521 77009533 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -8966 NM_005567 3959 Hs.514535 NM_005567 ENSG00000108679 LGALS3BP 90K|BTBD17B|CyCAP|M2BP|MAC-2-BP|TANGO10B|gp90 galectin 3 binding protein protein-coding 1.705 2.003 1.960 1.291 1.111 1.522 0.853 1.473 0.066 1.079 0.909 0.275 0.550 1.580 1.438 0.990 0.567 0.916 0.509 1.389 0.205 0.740 0.422 1.401 6.879 2.389 1.109 2.951 0.726 0.971 0.340 0.114 1.067 0.557 0.263 0.875 0.186 0.527 0.652 0.803 0.276 1.496 2.011 1.099 0.795 0.580 1.517 2.198 0.802 1.228 2.294 2.367 2.696 0.722 0.897 0.924 nan 1.425 2.937 3.399 2.436 2.358 0.858 1.383 1.093 1.362 0.543 0.988 nan 0.702 0.810 2.413 0.342 0.911 0.566 2.056 0.155 0.803 0.649 0.356 1.212 0.281 0.505 0.974 0.552 0.285 0.410 0.391 0.413 0.999 0.935 0.633 0.391 1.864 1.079 1.236 0.505 0.916 1.270 2.280 0.412 0.960 1.051 0.361 0.401 0.444 0.298 0.380 0.468 0.218 0.601 0.692 0.331 0.186 1032 chr16 15236954 15248828 + 0 NA Intergenic Intergenic 5968 NR_037466 100500852 NR_037466 ENSG00000264115 MIR3180-4 mir-3180-4 microRNA 3180-4 ncRNA 1.889 1.575 nan 2.098 0.645 2.213 1.122 2.755 0.037 1.981 0.969 0.354 0.304 1.076 0.254 1.106 0.540 1.425 1.083 0.601 0.188 0.606 0.044 0.647 3.767 1.091 0.365 2.871 0.062 1.837 1.771 0.152 1.422 0.060 0.440 1.174 0.247 0.544 0.512 0.208 0.457 1.327 1.810 0.526 0.583 0.273 1.565 2.400 0.526 0.743 1.437 1.396 2.531 0.928 1.913 1.889 1.096 1.542 5.084 6.535 nan 1.537 1.011 1.920 0.966 0.973 0.995 1.336 1.239 0.811 0.693 1.090 0.623 0.571 0.958 1.302 1.250 1.021 1.033 1.138 0.835 0.363 0.812 1.185 0.618 0.599 0.555 0.582 0.502 0.461 1.902 1.456 0.438 0.772 1.981 1.113 0.671 1.425 0.321 0.481 0.525 1.411 3.124 0.330 0.091 0.613 0.187 0.250 0.871 0.438 0.343 0.126 0.301 0.141 113 chr1 54082862 54098564 + 0 NA intron (NM_147193, intron 1 of 9) intron (NM_147193, intron 1 of 9) 109164 NM_147193 148979 Hs.306691 NM_147193 ENSG00000174332 GLIS1 - GLIS family zinc finger 1 protein-coding 1.324 0.616 0.883 0.100 0.041 0.331 0.265 0.059 0.016 0.171 0.248 0.113 0.054 0.036 0.091 0.102 0.094 0.356 0.143 0.008 0.057 0.013 0.066 nan 0.045 0.068 0.490 0.018 0.061 0.055 0.081 0.106 0.058 0.064 0.020 0.031 0.237 0.028 0.025 0.137 0.118 0.065 0.093 0.046 0.373 0.444 0.309 0.401 0.554 0.648 0.370 0.229 0.357 0.330 3.285 3.310 0.303 0.508 1.545 1.627 0.267 0.348 0.088 0.103 0.369 nan 0.515 0.484 0.068 0.042 0.006 0.117 0.064 0.125 0.009 0.027 0.023 0.058 0.052 0.016 0.110 0.088 0.042 0.010 0.053 0.010 0.023 0.090 0.073 0.053 0.056 0.034 0.171 0.086 0.035 0.094 0.024 0.043 0.507 0.056 0.045 0.009 0.005 0.046 0.042 0.022 0.032 0.172 0.015 0.060 0.032 0.016 901 chr14 96712181 96725362 + 0 NA Intergenic Intergenic -3776 NM_000710 623 Hs.525572 NM_000710 ENSG00000100739 BDKRB1 B1BKR|B1R|BDKRB2|BKB1R|BKR1|BRADYB1 bradykinin receptor B1 protein-coding 1.175 0.709 nan 1.277 0.049 0.290 0.190 0.853 0.012 0.447 1.104 0.195 0.033 0.034 0.084 0.107 0.245 0.163 0.124 1.366 0.051 0.280 0.199 1.010 0.270 0.322 0.843 0.022 0.065 0.050 0.097 1.520 0.421 0.046 0.119 1.876 3.623 1.207 0.702 0.086 0.636 0.205 0.043 0.168 0.128 0.267 0.159 0.154 0.223 1.385 1.205 0.823 0.164 0.392 0.468 0.188 0.459 1.496 1.113 3.558 3.577 0.205 0.174 0.172 0.207 0.206 0.268 nan 0.640 0.148 0.124 0.014 0.049 0.060 0.151 0.010 2.326 1.195 0.011 0.095 0.037 0.110 0.077 0.092 0.129 0.087 3.218 0.469 0.098 0.036 0.972 0.447 0.027 0.041 0.245 0.158 0.327 0.221 0.052 0.793 0.833 0.008 0.557 2.596 0.061 0.007 0.109 1.238 0.072 0.022 0.019 2191 chr5 134811729 134849557 + 0 NA Intergenic Intergenic 40996 NM_006161 4762 Hs.248149 NM_006161 ENSG00000181965 NEUROG1 AKA|Math4C|NEUROD3|bHLHa6|ngn1 neurogenin 1 protein-coding 2.488 1.016 nan 0.123 0.053 0.690 0.331 0.119 0.029 1.754 0.081 0.093 0.045 0.064 0.061 0.096 0.077 2.726 0.236 0.219 0.079 0.106 0.098 0.211 0.388 0.245 0.159 1.320 0.394 0.354 0.057 0.088 0.817 0.287 0.072 0.236 0.033 0.065 0.360 0.222 1.505 0.747 1.458 0.089 0.066 0.160 0.284 0.279 0.351 0.979 3.183 3.419 2.246 0.549 0.176 0.248 1.805 2.283 0.397 0.379 2.772 3.005 0.168 0.359 1.080 0.680 1.162 3.820 0.508 0.368 0.340 0.923 0.122 0.307 0.092 2.597 0.007 0.851 0.571 0.062 0.646 0.282 1.245 0.155 0.059 0.053 0.065 0.335 0.319 0.200 0.170 0.060 0.124 0.580 1.754 0.071 0.186 2.726 0.356 0.040 0.961 0.055 0.043 0.034 0.216 0.262 0.155 0.286 0.136 1.903 0.414 0.088 0.044 0.027 152 chr1 94690365 94738166 + 0 NA promoter-TSS (NM_001328665) promoter-TSS (NM_001328665) -949 NM_001328664 9411 Hs.483238 NM_004815 ENSG00000137962 ARHGAP29 PARG1 Rho GTPase activating protein 29 protein-coding nan nan 1.948 0.330 2.608 0.244 0.107 0.380 0.056 0.192 0.980 0.172 1.138 2.265 0.412 0.097 0.078 0.100 0.228 0.328 0.134 1.877 1.475 1.655 0.847 0.319 0.539 0.815 1.377 0.049 0.059 0.129 0.163 0.423 0.090 2.251 0.210 0.756 0.140 1.214 0.092 0.481 0.363 1.033 5.399 0.255 0.278 0.143 0.220 0.368 0.489 nan 0.137 0.087 0.286 0.328 0.319 nan 1.037 1.029 nan 0.210 0.167 0.252 0.283 0.577 0.254 0.524 0.655 0.567 0.085 2.071 0.690 0.695 1.831 0.165 0.023 1.196 0.878 0.029 0.208 0.050 0.060 0.956 0.194 0.100 0.459 0.036 0.048 0.276 0.231 0.331 0.188 0.642 0.192 1.744 3.674 0.100 0.090 0.213 0.016 0.360 0.305 2.097 0.802 1.244 0.172 0.024 0.039 0.085 0.632 4.598 0.994 0.990 342 chr1 246371336 246385418 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 5 of 11) intron (NM_001167740, intron 5 of 11) 202337 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.357 nan 8.039 0.092 0.783 0.274 0.228 0.013 0.344 0.186 0.159 0.257 0.194 0.013 2.423 1.632 3.310 0.267 0.330 0.053 0.115 0.253 0.054 0.310 0.069 0.099 14.815 0.239 0.486 0.085 0.139 0.264 0.135 0.033 0.109 0.217 0.487 0.229 0.078 0.017 0.100 0.232 0.205 0.078 0.263 0.986 1.266 0.316 0.637 5.679 5.745 10.599 3.101 0.448 0.460 0.513 0.735 3.736 4.409 0.472 0.259 0.506 0.768 1.789 1.647 0.447 0.709 1.799 1.075 4.265 0.715 1.037 1.141 0.069 0.020 0.069 0.031 0.099 0.251 0.256 0.085 0.103 0.013 0.022 0.027 0.122 0.180 0.397 0.127 0.096 0.123 0.204 0.344 0.095 0.059 3.310 0.253 0.059 0.062 0.050 3.277 0.034 0.015 0.699 0.126 0.286 0.317 0.134 0.076 0.295 0.016 0.011 1419 chr19 21290775 21308960 + 0 NA exon (NM_182515, exon 5 of 5) exon (NM_182515, exon 5 of 5) -24946 NM_001319124 170959 Hs.156256 NM_133473 ENSG00000196705 ZNF431 - zinc finger protein 431 protein-coding nan 0.667 0.655 0.256 0.044 0.208 0.106 0.060 0.024 0.070 0.073 0.115 0.083 0.705 0.371 0.087 0.113 0.099 0.141 0.112 0.177 0.445 0.608 0.163 0.201 0.086 0.319 0.182 0.224 0.024 0.154 0.079 0.236 0.019 0.008 0.239 0.533 3.370 0.149 0.041 0.018 0.091 0.102 0.350 0.117 0.033 0.266 0.221 0.301 0.517 0.180 0.264 0.274 0.139 0.255 0.287 0.175 0.280 0.215 0.189 0.391 0.114 0.048 0.084 0.095 0.128 0.109 0.403 0.296 0.222 0.046 0.130 0.021 0.075 0.033 0.025 0.030 0.106 0.051 0.048 0.036 0.016 0.052 0.061 0.133 0.030 0.166 0.009 0.027 0.149 0.009 0.089 0.026 0.022 0.070 1.325 0.041 0.099 0.020 0.018 0.016 0.016 0.028 0.123 0.002 0.167 0.551 0.006 0.022 0.033 0.029 1.577 1.099 0.966 862 chr14 57168918 57178373 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 98736 NM_172337 5015 Hs.288655 NM_021728 ENSG00000165588 OTX2 CPHD6|MCOPS5 orthodenticle homeobox 2 protein-coding nan nan 2.022 0.139 0.046 0.645 0.357 0.066 0.020 0.407 0.109 0.038 0.064 0.116 0.099 0.490 0.214 0.079 0.013 0.093 0.022 0.167 0.147 0.053 0.118 0.385 0.046 0.114 0.057 0.141 0.362 0.032 0.078 0.017 0.036 0.174 0.011 0.033 0.141 0.206 0.038 0.173 0.044 0.236 0.261 14.753 4.594 0.425 0.551 0.836 0.325 0.681 0.918 0.174 0.240 0.369 0.418 0.972 0.461 0.251 0.525 0.173 0.301 1.651 3.645 nan 0.636 0.049 0.037 0.010 0.107 0.073 0.178 0.014 0.030 0.024 0.102 0.081 0.211 0.155 0.022 0.017 0.074 0.061 0.052 0.180 0.052 0.030 0.042 0.077 0.407 0.075 0.039 0.490 0.026 0.044 0.051 0.117 0.032 0.014 0.004 0.073 0.024 0.072 0.120 0.872 0.031 0.040 0.012 0.011 341 chr1 246308987 246331309 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 5 of 11) intron (NM_001167740, intron 5 of 11) 260566 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.267 nan 1.624 0.193 1.042 0.709 0.134 0.019 0.327 0.250 0.068 0.178 0.290 0.020 0.630 0.525 1.311 1.394 0.311 0.078 0.086 0.066 0.070 0.640 0.192 0.215 4.885 0.164 0.105 0.045 0.082 0.470 0.053 0.028 0.083 0.052 0.089 0.462 0.112 0.025 0.441 1.043 0.110 0.065 0.224 0.605 0.783 1.438 1.780 2.781 2.671 1.592 0.453 0.590 0.633 0.750 1.007 2.867 3.060 0.299 0.148 0.397 0.759 1.317 1.333 0.538 1.266 0.882 0.651 2.941 0.184 0.009 1.934 0.316 0.683 0.025 0.221 0.068 0.059 0.272 0.252 0.126 0.102 0.038 0.032 0.052 0.081 0.168 0.232 0.109 0.095 0.096 0.397 0.327 0.131 0.087 1.311 0.532 0.119 0.391 0.058 1.026 0.041 0.002 0.191 0.200 0.094 0.671 0.299 0.027 0.111 0.026 0.021 1056 chr16 51668248 51675661 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -124476 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.210 0.077 0.392 0.151 0.168 0.713 0.090 0.043 0.025 0.043 0.127 0.106 0.054 0.145 0.116 0.324 0.017 0.092 0.302 0.112 0.035 0.047 0.217 0.039 0.073 0.073 0.075 0.657 0.127 0.225 0.036 0.065 0.226 0.089 0.179 0.028 0.129 0.099 0.262 0.151 0.093 0.163 0.262 0.286 0.053 0.050 0.255 0.256 0.086 nan nan nan nan 0.119 0.089 0.188 0.035 0.115 0.633 nan nan 0.496 0.050 0.058 0.038 0.114 0.054 0.060 0.019 0.037 0.029 0.020 0.174 0.013 0.100 4.162 0.024 0.016 0.063 0.074 0.098 0.070 0.822 0.039 5.936 1.162 0.713 0.048 0.050 0.145 0.132 0.078 0.647 0.207 0.009 0.309 0.030 0.109 0.205 0.382 0.039 0.023 2189 chr5 134650914 134668721 + 0 NA intron (NM_001277348, intron 3 of 5) intron (NM_001277348, intron 3 of 5) 75111 NM_138610 9555 Hs.420272 NM_004893 ENSG00000113648 H2AFY H2A.y|H2A/y|H2AF12M|MACROH2A1.1|mH2A1|macroH2A1.2 H2A histone family member Y protein-coding 0.875 0.626 nan 0.084 0.057 0.226 0.108 0.098 0.014 0.173 0.134 0.009 0.064 0.153 0.032 0.088 0.065 0.121 0.136 0.251 0.044 0.080 0.047 0.274 0.372 0.132 0.143 0.317 0.090 2.477 0.122 0.116 0.275 0.120 0.145 0.175 0.023 0.054 0.184 0.085 0.076 0.223 0.304 0.153 0.136 0.109 0.220 0.267 0.293 0.303 0.419 0.347 0.432 0.126 0.413 0.441 0.265 0.453 0.317 0.312 0.686 0.548 0.201 0.204 0.134 0.125 0.439 1.040 0.253 0.239 0.038 0.445 0.250 0.034 0.096 0.008 0.505 0.171 0.079 0.117 0.021 0.071 0.129 0.068 0.070 0.084 0.646 0.843 0.191 0.146 0.110 0.110 0.106 0.173 0.134 0.383 0.121 0.069 0.065 0.055 0.107 0.056 0.112 0.014 0.078 0.075 3.415 0.028 0.373 0.060 0.080 0.045 0.046 2287 chr6 34553025 34572432 + 0 NA intron (NM_024294, intron 4 of 4) AluJr|SINE|Alu -38618 NM_001252294 25803 Hs.485158 NM_012391 ENSG00000124664 SPDEF PDEF|bA375E1.3 SAM pointed domain containing ETS transcription factor protein-coding nan 1.563 nan 1.969 0.175 0.439 0.271 0.261 0.019 0.488 0.292 0.108 0.068 0.283 0.092 0.774 0.383 1.279 1.570 0.170 0.102 0.078 0.040 0.125 0.350 0.092 0.172 2.874 0.083 0.242 0.107 0.117 0.275 0.079 0.059 0.223 0.050 0.123 0.263 0.056 0.058 0.220 0.245 0.130 0.283 0.146 0.544 0.625 0.396 nan nan 1.447 2.382 0.512 0.515 0.565 1.917 2.647 3.717 3.954 1.440 0.990 0.257 0.447 4.138 4.381 0.683 1.344 2.391 1.384 0.083 0.415 0.039 0.129 0.701 0.696 0.035 0.280 0.145 0.065 0.092 1.647 0.462 0.166 0.053 0.036 0.059 0.193 0.306 0.230 0.256 0.171 0.279 0.209 0.488 0.180 0.196 1.279 0.089 0.133 0.819 0.122 0.588 0.063 0.011 0.114 0.136 0.493 0.057 0.326 0.072 0.087 0.027 0.026 2540 chr8 53153225 53169856 + 0 NA intron (NM_014682, intron 2 of 25) intron (NM_014682, intron 2 of 25) 54618 NR_134310 101929341 Hs.147170 NR_134310 ENSG00000253551 LOC101929341 - uncharacterized LOC101929341 ncRNA 4.082 nan 1.991 5.022 0.031 6.322 3.615 0.075 0.014 1.586 0.095 0.087 0.023 0.084 0.019 3.853 1.880 5.430 1.317 0.141 0.007 0.048 0.006 0.049 0.123 0.019 0.042 8.696 0.053 0.125 0.026 0.108 0.091 0.007 0.065 0.045 0.014 0.104 0.749 0.026 0.005 0.107 0.101 0.063 0.035 0.095 0.524 0.988 0.478 0.677 11.490 11.369 6.185 3.962 0.482 0.483 5.642 nan 3.094 4.741 8.235 8.999 1.053 2.000 6.980 6.193 3.409 5.484 5.121 2.808 0.020 0.046 0.017 0.055 2.526 4.737 0.042 0.012 0.004 0.009 0.082 1.598 0.544 0.039 0.007 0.005 0.014 0.018 0.007 0.096 0.015 0.026 0.042 0.024 1.586 0.040 0.061 5.430 0.045 1.261 0.021 2.814 0.020 0.010 0.012 0.027 0.062 1.284 1.015 0.023 0.069 0.017 0.006 2284 chr6 33376819 33396974 + 0 NA promoter-TSS (NM_001014840) promoter-TSS (NM_001014840) -831 NM_001014840 51596 Hs.520070 NM_015921 ENSG00000112514 CUTA ACHAP|C6orf82 cutA divalent cation tolerance homolog protein-coding nan 1.898 nan 2.520 1.719 2.372 1.364 2.620 0.636 4.604 1.750 0.132 0.471 1.552 2.283 1.013 0.354 3.059 1.360 0.900 0.817 0.892 0.761 1.570 2.829 1.500 1.934 4.963 0.857 1.168 2.595 0.142 1.882 0.733 0.998 2.214 0.848 2.816 1.321 0.502 0.934 1.812 3.358 1.547 1.188 0.539 2.203 2.777 2.199 nan nan 4.145 3.637 1.559 4.252 4.472 1.862 2.533 5.170 6.401 3.823 3.077 1.383 2.195 2.167 2.506 2.588 5.016 1.942 0.817 1.800 2.186 0.557 1.122 1.073 2.164 2.002 1.399 1.315 1.002 1.623 0.680 1.440 3.316 1.721 0.975 0.479 0.641 0.470 3.185 1.597 3.972 2.590 1.039 4.604 2.177 2.512 3.059 0.469 0.649 0.722 3.844 1.733 1.786 0.652 1.059 1.320 0.766 1.216 1.934 1.598 0.803 1.613 0.967 64 chr1 26447492 26455281 + 0 NA 3' UTR (NM_001243533, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001243533, exon 4 of 4) 13118 NM_152835 149420 Hs.468801 NM_152835 ENSG00000175087 PDIK1L CLIK1L|STK35L2 PDLIM1 interacting kinase 1 like protein-coding 1.447 2.420 nan 0.519 2.554 2.135 0.995 1.155 1.195 0.380 0.212 0.138 1.564 2.557 0.056 0.201 0.257 0.398 0.446 2.453 0.922 4.997 1.690 0.921 8.001 1.711 4.199 2.164 2.465 0.494 0.100 0.110 0.901 1.004 2.462 3.135 0.352 0.917 1.006 2.174 0.238 1.615 6.660 1.302 2.275 1.454 0.478 0.551 1.358 3.414 3.005 2.926 0.317 0.156 0.558 0.464 0.650 1.182 3.800 4.534 1.266 1.065 0.582 0.878 0.086 0.161 0.957 2.659 0.944 0.516 4.231 3.005 1.694 2.433 0.052 5.112 0.036 2.350 2.234 0.348 3.007 0.122 0.143 0.174 0.130 2.139 0.109 0.318 4.132 0.355 0.162 1.277 2.892 0.380 2.299 4.146 0.398 0.927 2.193 0.199 0.067 0.284 3.538 1.654 2.129 2.142 0.309 0.689 0.479 1.718 3.176 0.083 0.020 2753 chrX 103553765 103588378 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -71472 NM_153448 80712 Hs.223782 NM_153448 ENSG00000123576 ESX1 ESX1L|ESXR1 ESX homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.046 0.289 0.197 0.117 0.411 0.014 0.085 0.050 0.047 0.843 0.926 0.122 0.100 0.149 0.033 0.083 0.233 0.097 1.019 1.467 0.476 0.710 0.211 0.362 0.154 1.211 0.072 0.132 0.194 0.110 1.148 0.061 0.447 0.030 0.028 0.277 0.468 0.014 0.623 0.090 0.099 2.214 0.231 0.259 0.209 0.264 0.296 0.130 0.147 0.082 0.065 0.120 0.162 0.070 0.184 0.126 0.125 0.366 0.209 0.085 0.155 0.031 0.050 0.108 0.230 0.080 0.106 0.023 4.356 0.116 0.902 0.101 0.036 0.016 0.845 0.376 0.011 0.462 0.003 0.018 3.086 1.033 0.647 1.181 0.047 0.080 0.280 0.171 0.029 0.094 0.440 0.085 0.586 0.265 0.033 0.216 0.108 0.067 0.018 0.925 2.429 0.837 0.254 0.049 0.032 0.014 0.504 0.917 0.005 0.004 1473 chr19 48421033 48463194 + 0 NA promoter-TSS (NR_024218) promoter-TSS (NR_024218) -685 NR_024218 100170219 Hs.560634 NR_024218 SNAR-C4 - small ILF3/NF90-associated RNA C4 snRNA 1.582 1.487 1.617 0.277 0.247 0.871 0.533 0.186 0.026 0.503 0.182 0.309 0.049 0.191 0.043 0.150 0.268 0.173 0.545 0.907 0.047 0.195 0.020 0.282 nan 0.184 0.234 0.524 0.231 0.470 12.007 0.790 0.522 0.044 0.211 0.189 0.072 0.264 0.595 0.049 0.254 0.266 0.624 0.266 0.236 0.318 0.551 0.379 0.255 0.254 0.547 0.659 1.118 0.377 0.537 0.496 0.584 0.955 0.573 0.628 1.054 0.365 0.341 0.455 0.193 0.360 0.759 1.589 0.681 0.742 0.074 0.129 0.108 0.257 0.486 0.166 0.076 0.048 0.055 0.132 0.532 0.095 0.109 0.354 0.177 0.146 0.154 0.063 0.063 0.343 0.575 0.310 0.167 0.079 0.503 0.170 0.084 0.173 0.119 0.283 0.124 0.600 0.344 0.029 0.029 0.185 0.113 0.101 0.077 0.280 0.039 0.143 0.078 0.037 881 chr14 75024247 75055138 + 0 NA intron (NM_000428, intron 3 of 35) intron (NM_000428, intron 3 of 35) 39342 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 1.857 0.797 1.325 0.257 1.564 0.259 0.125 1.570 1.225 0.421 2.070 0.362 1.029 1.402 3.474 0.098 0.067 0.073 0.180 0.533 0.569 3.891 3.027 1.989 5.018 2.300 3.161 0.749 2.524 0.069 0.109 0.111 1.222 1.417 0.357 0.918 0.285 0.986 2.213 1.860 0.743 2.565 0.812 0.293 5.719 0.793 0.336 0.421 0.369 0.595 0.506 0.547 0.394 0.152 0.590 0.667 0.319 0.643 0.767 nan 0.944 0.727 0.292 0.308 0.183 0.201 0.479 0.976 0.746 nan 0.292 3.229 0.432 2.034 0.032 0.296 0.022 4.302 3.738 0.145 0.421 0.025 0.062 2.868 1.204 0.610 2.300 0.060 0.094 3.315 0.461 1.674 0.043 1.966 0.421 1.147 1.873 0.073 0.797 0.314 0.046 0.637 0.095 2.580 1.293 2.189 1.278 0.030 0.093 0.225 5.623 0.757 6.634 5.977 2461 chr7 98922449 98929993 + 0 NA intron (NM_006409, intron 1 of 9) MIRb|SINE|MIR 2725 NM_006409 10552 Hs.124126 NM_006409 ENSG00000241685 ARPC1A Arc40|HEL-68|HEL-S-307|SOP2Hs|SOP2L actin related protein 2/3 complex subunit 1A protein-coding nan 1.748 nan 1.929 2.963 2.395 1.097 3.167 0.932 2.377 1.570 0.236 1.407 3.206 0.864 1.521 0.745 2.183 2.145 3.460 1.246 5.269 1.789 1.962 4.631 2.546 3.354 2.870 1.610 2.241 3.139 0.226 4.864 1.498 1.634 1.043 0.688 2.990 2.583 3.075 1.054 5.205 6.571 3.541 3.986 1.324 2.723 2.945 2.674 4.084 3.181 3.438 3.669 1.687 4.861 4.875 2.479 3.069 2.277 3.451 3.475 2.485 2.696 4.657 2.533 3.365 2.327 nan 2.718 1.730 0.959 4.406 0.961 2.928 0.797 1.985 0.846 1.751 1.613 1.255 3.107 0.456 1.015 4.157 2.572 1.130 1.918 0.942 0.866 5.539 2.486 5.106 0.984 2.300 2.377 2.448 4.207 2.183 2.740 4.296 0.502 2.668 0.740 3.247 7.084 2.638 2.377 0.949 0.853 1.051 1.785 1.822 1.206 0.890 45 chr1 14082310 14090245 + 0 NA intron (NM_001135610, intron 6 of 7) intron (NM_001135610, intron 6 of 7) 10401 NM_001007257 7799 Hs.371823 NM_012231 ENSG00000116731 PRDM2 HUMHOXY1|KMT8|KMT8A|MTB-ZF|RIZ|RIZ1|RIZ2 PR/SET domain 2 protein-coding 1.094 0.926 nan 0.167 1.144 0.315 0.241 0.156 4.483 0.146 0.186 0.060 0.604 1.496 0.040 0.079 0.178 0.150 0.141 0.807 0.031 0.774 0.738 0.068 1.608 1.167 1.975 0.942 0.368 0.310 0.159 0.125 0.822 0.088 0.174 0.094 0.010 0.123 0.934 0.401 0.404 0.830 2.363 0.122 1.338 0.235 0.693 0.799 0.653 1.852 0.666 0.768 0.270 0.128 0.495 nan 1.145 nan 1.476 1.880 nan 0.359 0.200 0.385 0.090 0.095 1.030 2.079 0.633 0.364 0.035 1.076 0.771 0.222 0.075 0.290 0.054 0.227 0.046 0.056 0.178 0.024 0.458 0.058 0.038 0.029 0.438 0.363 0.595 0.089 0.092 0.130 0.056 0.971 0.146 1.383 0.094 0.150 0.525 1.328 0.074 0.037 0.052 0.077 0.608 0.100 0.084 0.160 0.199 0.335 0.057 1.559 0.015 0.013 405 chr10 99442785 99451359 + 0 NA promoter-TSS (NM_021732) promoter-TSS (NM_021732) -57 NM_021732 60370 Hs.23918 NM_021732 ENSG00000119986 AVPI1 PP5395|VIP32|VIT32 arginine vasopressin induced 1 protein-coding 1.490 1.117 1.905 0.702 1.318 0.556 0.580 6.094 0.454 0.187 0.973 0.219 0.542 1.074 4.069 0.309 0.266 0.955 0.387 0.833 0.881 3.093 2.996 0.596 2.628 1.180 0.566 1.135 0.624 0.409 1.704 0.051 5.095 0.739 4.023 2.826 0.805 3.243 1.073 2.062 0.599 5.863 5.222 3.851 1.658 1.068 0.993 1.539 0.965 1.897 1.059 0.963 2.358 0.689 0.665 0.599 0.908 1.184 nan 2.761 0.576 0.686 0.694 0.924 0.503 0.394 1.083 1.434 1.094 0.599 0.259 1.913 1.297 2.539 0.281 0.537 1.175 1.788 1.204 3.223 7.555 0.044 0.223 5.429 0.822 0.481 0.610 0.229 0.343 2.294 4.904 1.620 2.075 5.846 0.187 2.158 1.130 0.955 3.538 3.080 0.281 2.763 0.675 1.439 0.495 1.571 1.544 0.201 0.198 0.375 1.402 0.632 0.584 0.587 507 chr11 47524340 47552594 + 0 NA intron (NM_001330272, intron 1 of 15) intron (NM_001330272, intron 1 of 15) 7073 NM_001172639 10658 Hs.595333 NM_006560 ENSG00000149187 CELF1 BRUNOL2|CUG-BP|CUGBP|CUGBP1|EDEN-BP|NAB50|NAPOR|hNab50 CUGBP, Elav-like family member 1 protein-coding nan 1.427 0.931 0.286 0.820 0.531 0.262 0.453 1.029 0.343 0.645 0.233 0.242 0.855 0.205 0.411 0.287 0.309 0.208 0.432 0.785 0.847 0.489 0.247 1.637 0.612 0.687 0.534 0.150 0.878 0.224 0.118 3.011 0.214 0.597 0.676 0.370 2.064 0.642 0.562 0.057 0.594 0.456 1.177 0.894 0.236 0.638 0.859 0.437 0.723 0.921 1.079 0.799 0.329 0.776 0.854 2.755 3.481 0.283 0.506 1.233 0.936 0.379 0.646 0.823 1.427 0.569 nan 0.795 0.526 0.135 1.250 0.092 0.720 0.060 0.272 0.064 0.973 0.583 0.263 0.562 0.282 0.109 0.565 0.607 0.338 0.643 0.075 0.069 0.881 0.549 0.860 0.131 0.301 0.343 0.925 2.035 0.309 0.164 0.085 0.327 0.156 0.064 0.962 0.294 0.878 2.036 0.485 0.156 0.226 0.418 0.645 0.169 0.142 1173 chr17 37599859 37627831 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -3919 NM_016507 51755 Hs.345028 NM_015083 ENSG00000167258 CDK12 CRK7|CRKR|CRKRS cyclin dependent kinase 12 protein-coding nan 1.666 1.455 0.716 3.986 2.115 1.101 1.386 0.379 1.105 0.785 0.372 0.522 1.488 1.409 0.785 0.534 1.208 0.870 0.931 0.248 0.923 0.366 0.861 0.949 0.530 0.847 2.423 0.507 1.325 0.749 0.117 1.825 0.528 0.670 1.211 0.195 1.093 1.538 0.728 0.460 1.481 2.173 0.980 1.268 0.432 2.314 1.986 2.357 3.162 nan 2.587 2.841 1.526 8.047 8.784 1.537 2.121 2.712 4.378 nan 3.203 1.922 2.783 1.371 2.148 2.486 2.778 1.731 0.996 0.678 1.032 0.523 0.556 0.283 0.833 0.693 0.975 0.970 0.653 1.190 0.228 0.651 1.551 0.965 0.513 0.499 0.464 0.544 1.124 1.476 0.962 0.700 0.964 1.105 1.861 0.860 1.208 0.531 0.674 0.315 1.315 0.537 0.497 0.332 1.090 0.450 0.696 0.551 0.696 0.432 0.487 0.519 0.339 1963 chr3 147084803 147143735 + 0 NA intron (NM_001168378, intron 2 of 4) CpG-19034 -4052 NR_040762 84107 Hs.415766 NM_032153 ENSG00000174963 ZIC4 - Zic family member 4 protein-coding 0.554 nan nan 0.092 0.140 0.296 0.158 0.132 0.247 0.161 0.317 0.106 0.093 0.132 0.026 0.176 0.174 0.031 0.172 0.189 0.013 0.096 0.009 0.114 0.111 0.081 0.077 0.180 0.047 0.855 0.436 0.078 0.187 0.006 0.034 0.100 0.015 0.084 0.103 0.039 0.049 0.151 0.222 0.091 0.055 0.069 0.223 0.120 0.828 1.140 0.164 0.192 nan 0.202 1.768 1.791 0.323 nan 1.344 nan nan 2.236 0.170 0.258 0.048 0.046 0.286 0.305 0.319 0.349 0.040 0.051 0.008 0.163 0.027 0.059 5.459 0.007 0.022 0.177 0.035 0.015 0.039 0.453 0.030 0.024 0.046 0.202 0.235 0.143 0.062 0.297 0.034 0.033 0.161 0.117 0.019 0.031 0.021 0.201 0.025 0.426 0.176 0.016 0.008 0.020 0.052 0.527 0.043 0.061 0.014 0.185 0.016 0.004 309 chr1 223058772 223064280 + 0 NA intron (NM_032890, intron 1 of 9) intron (NM_032890, intron 1 of 9) 73095 NM_032890 84976 Hs.528817 NM_032890 ENSG00000154309 DISP1 DISPA dispatched RND transporter family member 1 protein-coding 1.124 nan 1.054 0.017 0.289 0.421 0.217 0.200 8.572 0.186 2.006 0.365 0.034 0.115 0.127 0.261 0.209 0.065 0.289 0.212 0.090 0.099 0.066 0.268 0.058 0.668 0.285 0.133 0.154 0.019 0.134 0.359 0.022 0.068 0.170 0.100 0.467 0.020 0.074 1.011 0.200 0.141 0.263 0.113 0.477 0.270 0.653 1.810 0.514 nan 0.232 0.141 0.395 0.495 0.370 0.589 0.325 0.366 0.529 0.206 0.115 0.208 0.467 0.513 0.301 0.805 0.789 0.491 0.040 0.026 0.105 0.309 0.061 0.064 0.126 0.013 0.027 0.204 0.086 0.072 0.117 0.011 0.042 0.042 0.141 0.441 0.075 0.063 0.039 0.043 0.351 0.186 0.091 0.083 0.065 0.022 0.270 0.018 0.042 0.019 0.049 0.008 0.156 0.082 0.125 0.063 0.138 0.055 0.085 0.021 0.009 1734 chr20 33286327 33299081 + 0 NA intron (NM_001329431, intron 1 of 4) intron (NM_001329431, intron 1 of 4) 158 NM_001329431 58476 Hs.516994 NM_021202 ENSG00000078804 TP53INP2 C20orf110|DOR|PIG-U|PINH|dJ1181N3.1 tumor protein p53 inducible nuclear protein 2 protein-coding 3.649 4.547 2.783 2.074 1.263 2.588 1.444 1.331 0.371 1.104 1.356 0.252 0.579 1.384 2.373 1.298 0.477 2.588 2.055 1.138 0.495 0.597 0.389 1.094 nan 2.098 2.197 7.026 0.753 0.394 1.571 0.133 1.118 0.538 0.568 1.056 0.490 1.262 0.531 0.351 0.572 1.194 1.149 1.440 0.425 0.604 3.192 4.605 3.436 4.815 2.917 nan 4.113 2.083 6.667 7.240 2.194 2.537 3.749 5.336 6.153 5.662 1.055 1.832 2.265 1.864 2.427 nan 1.029 0.678 1.678 0.402 0.658 1.267 1.754 3.743 0.685 0.655 0.354 0.855 0.683 0.345 0.491 1.864 0.652 0.470 0.459 0.550 0.549 0.695 1.551 3.818 2.233 1.890 1.104 4.519 0.994 2.588 0.625 1.977 0.778 3.613 1.789 0.617 0.346 0.531 0.501 0.152 0.604 1.693 1.007 0.231 0.420 0.172 2085 chr4 153197524 153210779 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -54656 NR_104273 102191832 Hs.712524 NR_104273 ENSG00000270751 FBXW7-AS1 DEAR|DEspR FBXW7 antisense RNA 1 pseudo nan 2.376 0.533 1.114 0.125 0.753 0.232 0.094 0.056 0.301 0.118 0.037 0.043 0.104 0.005 0.498 0.224 1.830 0.112 0.240 0.028 0.097 0.112 0.306 1.347 0.061 0.139 0.774 0.044 0.089 0.033 0.095 0.334 0.014 0.051 0.168 0.006 0.068 0.260 0.042 0.056 0.141 0.237 0.069 0.079 0.118 1.141 1.651 7.119 5.214 0.958 0.917 1.166 0.582 1.427 1.626 0.119 0.180 1.236 1.528 0.253 0.185 0.437 1.024 0.145 0.103 0.179 0.215 0.969 0.623 0.050 0.139 0.015 0.049 0.355 0.053 0.160 0.065 0.016 0.065 0.015 0.098 0.069 0.023 0.036 0.212 0.064 0.119 0.086 0.037 0.057 0.666 0.132 0.301 0.112 0.028 1.830 0.028 0.168 0.035 0.092 0.009 0.019 0.069 0.100 0.079 0.366 0.028 0.029 0.065 0.013 0.008 1733 chr20 32306099 32323703 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4665 NM_032819 84905 Hs.516989 NM_032819 ENSG00000131061 ZNF341 - zinc finger protein 341 protein-coding 1.386 2.554 1.867 1.562 2.316 1.096 0.592 1.423 1.415 1.224 0.625 0.348 0.515 1.584 1.729 0.552 0.467 1.741 1.003 1.511 0.183 1.724 0.795 2.168 nan 1.036 1.945 3.233 0.348 0.891 1.197 0.174 1.204 0.376 0.815 1.199 0.546 1.209 0.851 0.810 0.664 1.738 2.349 1.264 3.314 0.556 2.316 3.041 0.997 1.759 1.529 nan 4.178 1.422 1.629 1.661 1.264 1.746 2.287 2.759 2.365 2.317 1.151 1.900 2.360 2.287 1.155 nan 0.951 0.621 0.426 0.660 3.480 0.753 0.373 0.962 0.693 1.160 1.528 0.984 2.467 0.452 0.888 1.234 0.846 0.447 1.359 0.259 0.186 0.968 3.266 1.735 1.131 2.520 1.224 1.757 0.919 1.741 0.924 4.917 0.452 1.504 0.570 0.732 0.558 0.722 0.430 0.502 0.662 0.450 0.518 0.815 0.262 0.138 2113 chr5 17212979 17260412 + 0 NA intron (NM_006317, intron 1 of 1) intron (NM_006317, intron 1 of 1) 19025 NM_006317 10409 Hs.201641 NM_006317 ENSG00000176788 BASP1 CAP-23|CAP23|NAP-22|NAP22 brain abundant membrane attached signal protein 1 protein-coding nan nan nan 0.234 0.255 0.926 0.426 0.880 0.248 0.713 0.308 0.255 1.531 3.089 3.013 1.265 0.869 1.043 0.085 0.296 0.457 0.765 1.002 0.150 2.553 0.814 0.910 nan 0.684 0.178 0.075 0.125 0.695 1.085 0.841 4.156 0.803 3.106 0.808 1.005 0.220 1.443 0.361 0.683 0.246 0.681 0.286 0.129 0.768 1.092 2.555 2.428 1.765 0.592 0.801 0.809 nan 1.703 0.855 1.223 1.096 0.762 0.396 0.925 0.397 0.428 0.360 nan 2.258 1.285 0.499 3.031 0.520 0.973 0.044 0.040 0.149 1.536 0.942 0.509 1.357 0.073 0.025 0.188 0.644 0.479 0.696 0.657 0.599 1.148 1.079 0.426 0.178 0.282 0.713 0.654 0.035 1.043 0.506 1.140 0.135 1.498 0.075 2.235 0.011 1.897 1.112 0.061 0.442 0.120 0.850 0.807 0.594 0.430 2153 chr5 68738363 68751553 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 34019 NM_001038603 153562 Hs.657687 NM_144724 ENSG00000152939 MARVELD2 DFNB49|MARVD2|MRVLDC2|Tric MARVEL domain containing 2 protein-coding 0.658 1.185 0.508 0.106 0.394 0.355 0.180 0.160 0.047 0.218 0.131 0.232 0.187 0.200 0.048 0.097 0.093 0.172 0.178 0.870 0.066 0.492 1.972 0.209 0.964 0.176 1.179 0.282 0.111 0.186 0.050 0.099 0.285 0.098 0.109 0.206 0.084 0.135 0.363 1.102 0.082 0.257 0.459 0.133 0.255 0.268 0.205 0.226 0.266 0.391 0.287 0.273 1.151 0.407 0.237 0.227 0.255 0.398 1.038 1.592 0.371 0.163 0.212 0.232 0.404 0.382 0.168 0.329 0.413 0.418 0.038 0.464 0.036 0.303 0.652 0.235 0.016 1.253 0.618 0.061 0.237 0.029 0.048 0.161 0.151 0.100 1.061 0.268 0.255 0.150 0.598 0.234 0.095 0.565 0.218 0.275 0.217 0.172 0.241 0.215 0.060 0.101 0.116 0.339 0.051 0.449 0.161 0.087 0.286 0.140 0.081 1.102 1.049 0.563 1258 chr17 73835472 73853295 + 0 NA intron (NM_012478, intron 4 of 7) intron (NM_012478, intron 4 of 7) -3585 NM_199242 201294 Hs.41045 NM_199242 ENSG00000092929 UNC13D FHL3|HLH3|HPLH3|Munc13-4 unc-13 homolog D protein-coding 1.863 1.328 2.000 0.972 3.011 1.183 0.647 4.117 1.429 0.848 1.398 0.289 1.588 3.682 0.308 0.688 0.387 0.610 0.733 2.725 0.674 2.630 1.938 1.462 8.727 4.916 2.788 2.413 2.554 0.528 0.840 0.096 2.926 1.910 0.790 1.613 0.439 1.076 1.359 2.575 0.604 3.700 2.536 3.128 1.824 0.865 1.445 2.047 1.042 1.973 1.587 1.384 1.587 0.720 2.211 2.340 nan 1.565 3.107 3.420 2.520 2.496 0.715 1.099 0.851 1.150 1.569 2.167 nan 0.777 0.287 3.382 1.479 0.796 1.229 0.613 0.573 1.837 1.602 0.672 0.861 0.145 0.468 5.235 3.131 1.171 2.038 0.482 0.326 1.109 2.186 1.286 0.427 1.884 0.848 5.145 0.718 0.610 1.641 2.242 0.272 1.458 0.887 2.305 0.991 1.834 1.494 0.143 0.265 0.479 1.289 1.554 0.623 0.376 824 chr13 115044497 115049031 + 0 NA promoter-TSS (NM_080687) promoter-TSS (NM_080687) -295 NM_080687 65110 Hs.533855 NM_023011 ENSG00000169062 UPF3A HUPF3A|RENT3A|UPF3 UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog A (yeast) protein-coding 5.516 6.050 6.940 10.992 1.540 6.284 3.601 4.852 2.692 11.175 2.780 0.678 4.173 8.786 2.836 2.038 1.197 8.520 3.000 5.931 1.147 1.796 1.210 2.597 11.117 9.526 3.164 14.640 2.001 3.891 4.913 0.187 6.232 1.796 2.173 4.075 1.528 9.556 5.015 1.947 1.332 8.762 3.061 2.606 6.471 2.161 13.079 12.789 6.529 9.747 11.045 10.533 11.786 5.459 8.500 8.955 1.511 1.915 9.797 13.428 9.367 9.886 6.252 10.726 10.647 12.057 9.926 7.764 1.629 0.834 11.677 2.625 1.015 1.466 2.154 12.097 4.866 2.726 3.917 1.473 4.216 2.327 6.601 13.313 5.553 2.361 2.037 1.815 1.599 4.693 3.530 3.884 2.987 2.581 11.175 9.050 3.779 8.520 1.458 4.994 2.116 5.201 4.286 2.482 1.346 3.409 1.916 2.589 4.232 2.317 4.541 1.412 2.527 1.821 120 chr1 55840205 55852608 + 0 NA Intergenic Intergenic 155092 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.224 0.720 1.682 0.158 0.064 0.225 0.116 0.192 0.020 0.490 0.248 0.109 0.137 0.216 0.295 0.025 0.101 0.077 0.114 0.154 0.030 0.162 0.581 0.070 nan 0.111 0.273 0.938 0.167 0.069 0.071 0.127 0.141 0.301 0.166 0.254 0.254 0.349 0.150 0.660 0.007 0.114 0.115 0.222 0.163 0.160 0.316 0.202 0.321 1.032 0.651 0.744 0.178 0.108 0.334 0.419 1.129 1.514 0.734 0.593 0.409 0.225 0.155 0.191 0.037 0.073 0.439 nan 0.690 0.467 0.193 3.566 0.023 0.563 0.024 0.044 0.023 0.849 0.205 0.118 0.139 0.090 0.517 0.267 0.320 0.415 0.070 0.039 0.221 0.849 0.280 0.662 0.427 0.490 0.117 0.945 0.077 0.218 0.433 0.210 0.351 0.085 0.497 0.082 0.434 0.126 0.056 0.072 0.380 0.361 0.076 0.037 0.016 2568 chr8 80695003 80715187 + 0 NA intron (NR_125410, intron 3 of 3) L1MA4|LINE|L1 24718 NR_125410 101927067 Hs.144030 NR_125410 ENSG00000272138 LINC01607 - long intergenic non-protein coding RNA 1607 ncRNA 2.000 nan nan 0.795 0.193 0.911 0.486 0.581 0.233 0.699 0.783 0.152 1.344 2.229 0.162 0.217 0.180 1.199 0.342 0.515 0.110 1.480 1.259 0.202 5.641 2.304 0.631 0.920 2.434 0.275 0.384 0.090 0.509 0.906 0.313 0.303 0.070 0.255 0.247 0.756 0.459 2.167 2.307 0.479 1.294 0.505 0.694 0.699 0.806 0.802 1.173 1.148 0.769 0.194 1.066 1.129 0.402 0.687 nan 2.320 1.206 1.058 0.624 0.907 1.024 1.618 0.894 1.688 1.336 1.101 0.369 2.908 0.038 0.983 0.267 0.498 0.028 1.389 0.885 0.222 0.580 0.170 0.453 0.552 0.454 0.342 0.780 0.208 0.245 3.209 0.956 1.968 1.107 4.674 0.699 2.223 2.343 1.199 1.236 2.842 0.101 0.179 0.799 0.239 1.774 0.766 0.303 0.194 0.251 0.461 0.225 0.351 0.060 0.063 1148 chr17 27223412 27230069 + 0 NA intron (NM_144683, intron 4 of 4) AluSx|SINE|Alu -1986 NM_001330170 2319 Hs.514038 NM_004475 ENSG00000132589 FLOT2 ECS-1|ECS1|ESA|ESA1|M17S1 flotillin 2 protein-coding nan nan nan 2.196 2.118 5.311 2.792 3.021 0.306 2.510 1.679 0.284 0.708 2.667 1.099 0.825 0.405 4.635 2.061 1.715 0.726 1.257 0.742 1.068 5.658 3.311 2.159 7.139 0.791 2.907 4.006 0.171 4.546 0.744 0.774 1.040 1.072 2.413 1.662 1.309 1.461 4.847 2.849 1.204 1.707 0.589 4.551 5.535 4.140 6.714 6.011 5.578 5.156 2.001 4.158 3.933 2.726 3.774 7.051 12.085 7.699 8.538 3.831 7.416 1.974 1.477 3.422 nan 2.620 1.416 2.332 1.508 1.396 0.576 0.784 2.549 0.980 1.442 1.149 1.984 1.745 0.315 2.099 4.475 4.128 2.450 0.298 2.404 1.558 0.937 3.391 2.208 2.093 2.261 2.510 2.827 1.760 4.635 1.843 1.513 0.657 3.865 2.691 0.963 0.356 0.922 0.617 0.900 2.941 2.037 0.806 0.388 0.807 0.354 2386 chr6 170856335 170865638 + 0 NA intron (NM_002793, intron 1 of 5) intron (NM_002793, intron 1 of 5) 1431 NM_002793 5689 Hs.352768 NM_002793 ENSG00000008018 PSMB1 HC5|PMSB1|PSC5 proteasome subunit beta 1 protein-coding nan 1.895 nan 3.546 0.919 2.720 1.173 1.176 0.490 2.449 1.396 0.087 0.529 1.491 1.270 0.995 0.433 2.314 0.585 0.989 0.466 0.886 0.315 0.841 2.373 2.476 1.372 4.707 0.927 2.919 1.914 0.103 1.837 0.708 1.383 2.258 0.249 1.268 2.092 1.135 0.391 2.497 1.671 1.119 1.502 0.739 3.453 2.728 4.499 5.930 nan 4.231 9.088 4.380 8.716 8.754 1.585 2.146 nan 4.702 5.968 5.556 1.581 2.860 3.345 5.515 3.923 4.099 1.794 0.682 1.491 1.222 0.595 1.407 0.420 2.615 0.611 1.732 1.866 0.483 1.404 0.378 0.845 1.930 2.457 1.146 0.437 0.543 0.600 0.935 1.199 3.493 0.405 0.876 2.449 2.244 1.490 2.314 0.615 0.835 0.670 1.350 1.059 1.013 0.547 0.962 0.894 1.583 0.752 1.060 0.671 0.478 1.065 0.581 2313 chr6 45515203 45547430 + 0 NA Intergenic Intergenic 141002 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.507 0.869 0.798 0.206 0.116 0.334 0.154 0.311 0.056 0.195 0.615 0.141 0.206 0.383 0.041 0.063 0.107 0.171 0.117 0.194 0.061 0.088 0.333 0.126 0.772 0.128 0.433 0.327 0.572 0.073 0.057 0.111 0.158 0.220 0.095 0.240 0.330 0.548 0.217 0.112 0.105 0.252 0.258 0.096 0.119 0.274 0.987 0.787 1.758 6.396 0.337 0.294 0.114 0.060 0.625 0.649 0.121 0.216 0.862 nan 0.384 0.209 0.354 0.503 0.095 0.106 0.481 1.405 0.541 0.585 0.160 1.159 0.024 0.253 0.028 0.102 0.030 0.291 0.060 0.014 0.077 0.020 0.104 0.078 0.053 0.024 0.300 0.099 0.143 0.258 0.043 0.201 0.059 0.140 0.195 0.374 0.051 0.171 0.072 0.088 0.018 0.088 0.081 0.109 0.018 0.160 0.128 0.100 0.209 0.337 0.104 0.091 0.088 0.095 254 chr1 170630823 170648095 + 0 NA intron (NM_006902, intron 1 of 4) intron (NM_006902, intron 1 of 4) 6146 NM_022716 5396 Hs.283416 NM_006902 ENSG00000116132 PRRX1 AGOTC|PHOX1|PMX1|PRX-1|PRX1 paired related homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.195 0.117 0.231 0.087 0.122 0.011 0.821 5.155 0.476 0.087 0.251 0.022 0.137 0.211 0.076 0.425 0.378 0.029 0.067 0.233 0.353 0.237 0.139 1.449 0.034 0.303 0.056 0.104 0.158 0.143 0.044 0.270 0.023 0.044 0.231 0.012 0.010 0.207 0.148 0.125 0.067 0.228 0.403 0.292 0.942 1.185 nan 0.453 0.089 0.066 0.083 0.100 5.660 7.796 0.319 0.324 1.209 1.213 0.542 0.867 0.073 0.076 0.362 nan 0.263 0.392 0.032 0.123 0.017 1.850 0.029 0.320 5.375 0.348 0.105 0.021 0.102 0.016 0.018 0.058 0.017 0.027 0.044 0.333 0.244 0.291 0.131 0.911 0.137 0.038 0.821 0.155 0.021 0.076 0.071 0.062 0.006 0.661 0.089 0.039 0.002 0.036 0.039 0.252 0.125 0.298 0.031 0.061 0.027 0.009 392 chr10 63626324 63873506 + 0 NA intron (NM_032199, intron 3 of 9) intron (NM_032199, intron 3 of 9) -59055 NM_001244638 84159 Hs.535297 NM_032199 ENSG00000150347 ARID5B DESRT|MRF-2|MRF2 AT-rich interaction domain 5B protein-coding 0.790 nan 0.964 0.109 0.603 0.808 0.410 0.658 0.453 0.102 1.688 0.163 0.185 0.493 0.531 0.176 0.153 0.478 0.134 0.469 0.117 0.378 0.203 0.290 1.339 0.621 0.742 0.664 0.220 0.889 4.780 0.165 0.886 0.091 0.224 0.431 0.166 0.568 0.304 0.326 0.356 1.116 0.994 0.318 0.616 0.291 0.327 0.234 2.848 5.263 0.465 0.477 0.867 0.448 0.822 0.848 0.532 0.722 0.487 0.521 0.243 0.144 0.139 0.201 0.517 0.660 0.176 nan 0.632 0.463 0.013 0.494 0.467 0.684 0.124 0.219 0.057 0.544 0.318 0.019 0.188 0.135 0.175 0.202 0.074 0.056 0.370 0.168 0.294 0.219 0.257 0.158 0.164 0.618 0.102 0.284 0.366 0.478 0.336 0.527 0.051 0.240 0.123 0.303 0.265 0.378 0.257 0.663 0.052 0.114 0.257 0.271 0.074 0.051 1321 chr18 42517272 42535796 + 0 NA intron (NM_015559, intron 3 of 5) intron (NM_015559, intron 3 of 5) 23597 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.317 0.741 1.877 0.100 0.705 0.302 0.054 0.007 3.208 0.135 0.097 0.010 0.017 0.027 0.864 0.545 2.119 0.218 0.186 0.033 0.018 0.006 0.086 0.027 0.082 0.037 2.087 0.024 0.064 0.036 0.085 0.183 0.019 0.024 0.025 0.017 0.018 0.165 0.012 0.022 0.041 0.060 0.015 0.105 0.051 0.467 0.399 0.316 0.682 3.519 3.414 3.074 1.420 0.051 0.050 0.478 0.711 0.816 1.377 0.368 0.277 0.159 0.215 2.976 2.372 0.260 nan 4.781 2.530 2.508 0.035 0.025 0.073 0.124 0.177 0.007 0.011 0.009 0.016 0.044 0.627 0.084 0.055 0.033 0.025 0.017 0.017 0.032 0.086 0.053 0.030 0.017 0.125 3.208 0.019 0.020 2.119 0.039 0.031 0.110 0.035 0.366 0.018 0.002 0.021 0.084 0.125 0.037 0.119 0.029 0.046 0.012 0.005 2242 chr6 2788368 2792507 + 0 NA Intergenic Intergenic -19873 NM_001347872 340156 Hs.127830 NM_001012418 ENSG00000145949 MYLK4 SgK085 myosin light chain kinase family member 4 protein-coding 1.135 0.689 1.155 0.222 2.016 0.221 0.116 0.292 0.015 0.394 1.039 0.535 1.101 1.648 0.268 0.149 0.137 0.086 0.120 0.435 0.120 0.414 2.616 0.272 2.308 0.942 0.183 0.142 0.740 0.123 0.160 0.103 0.173 0.086 0.165 1.261 0.114 0.354 0.246 1.155 0.020 0.229 0.044 1.711 0.256 0.358 0.473 0.752 0.405 0.804 0.409 0.491 0.326 0.145 0.542 0.693 0.512 0.813 0.619 0.678 0.686 0.660 0.453 0.659 0.176 0.137 0.366 0.884 0.375 0.486 0.053 1.247 0.070 0.668 0.094 0.489 0.033 1.055 0.468 0.230 1.238 0.045 0.133 0.283 0.415 0.245 0.428 0.038 0.030 0.227 0.455 0.446 0.076 0.355 0.394 5.330 0.245 0.086 0.187 0.135 0.138 0.254 0.022 0.675 0.187 0.390 0.243 0.083 0.182 0.265 0.246 6.127 2442 chr7 44884890 44896941 + 0 NA Intergenic Intergenic -3190 NM_201516 94239 Hs.488189 NM_012412 ENSG00000105968 H2AFV H2A.Z-2|H2AV H2A histone family member V protein-coding 3.967 3.286 nan 2.381 2.626 2.911 1.393 3.146 0.490 2.257 1.702 0.362 0.800 1.730 1.413 1.686 0.881 2.355 1.782 1.200 0.575 2.886 0.644 1.269 4.575 1.496 2.562 5.962 0.628 1.516 2.631 0.204 1.808 0.925 0.971 2.235 0.826 3.755 1.186 0.771 0.434 1.449 3.674 1.976 1.951 0.993 3.991 4.020 2.580 3.590 5.359 5.136 4.376 2.675 4.029 4.213 2.864 3.393 3.469 5.716 3.757 4.059 2.365 3.511 4.336 4.860 4.112 3.605 1.978 1.232 3.397 1.826 1.231 0.735 0.731 2.289 0.823 1.441 1.264 0.833 1.465 0.771 1.609 2.388 0.938 0.445 0.693 0.743 0.507 1.813 1.396 2.041 1.391 1.961 2.257 2.389 2.325 2.355 0.375 0.991 0.522 2.306 1.551 1.133 0.938 1.341 0.834 0.869 0.819 1.161 1.056 1.147 0.843 0.617 2254 chr6 14728164 14749934 + 0 NA Intergenic Intergenic -453364 NR_108096 102216342 Hs.563409 NR_108096 ENSG00000226673 LINC01108 LncRNA-ES1 long intergenic non-protein coding RNA 1108 ncRNA 1.162 nan 0.967 0.307 1.872 0.330 0.184 1.259 0.011 1.581 0.364 0.066 1.839 2.756 1.349 0.029 0.102 0.637 0.162 0.883 0.228 1.954 2.721 0.635 2.663 1.525 0.627 0.153 2.624 0.336 0.055 0.104 1.023 2.119 1.122 2.039 1.488 2.386 1.217 2.805 0.607 0.715 3.042 0.492 1.429 1.058 0.429 0.256 0.501 1.033 1.189 1.487 1.524 0.543 0.261 0.298 0.654 0.824 0.563 0.659 0.473 0.245 0.149 0.238 1.053 1.412 0.377 1.296 0.730 0.577 0.028 3.893 0.418 3.098 0.045 0.118 0.013 4.109 3.552 0.024 1.330 0.254 0.380 3.989 2.403 1.096 1.671 0.105 0.197 4.227 0.478 0.554 0.642 1.656 1.581 2.068 2.243 0.637 1.014 0.595 0.156 0.170 0.028 3.317 4.521 1.662 0.758 0.186 0.050 0.325 2.491 3.801 0.839 1.405 1987 chr3 179369518 179374442 + 0 NA intron (NM_003940, intron 1 of 20) AluSx1|SINE|Alu 1047 NM_003940 8975 Hs.175322 NM_003940 ENSG00000058056 USP13 ISOT3|IsoT-3 ubiquitin specific peptidase 13 (isopeptidase T-3) protein-coding 5.746 3.237 4.363 3.814 4.546 2.588 1.609 2.105 1.824 3.301 2.986 0.588 0.425 1.118 1.632 2.998 1.860 3.648 1.106 0.820 0.528 2.241 0.619 1.220 3.795 2.388 1.917 10.794 0.979 5.081 1.656 0.083 5.621 0.816 0.723 3.394 1.289 4.593 6.668 0.836 1.954 4.659 7.017 2.150 2.908 1.567 3.545 3.995 4.843 5.963 6.636 5.722 12.893 4.848 4.053 4.076 3.872 5.241 4.051 7.173 6.578 7.613 1.744 4.203 4.582 4.519 7.875 6.618 2.648 1.567 2.025 2.066 0.897 1.949 1.424 3.523 1.463 2.161 1.799 1.956 1.142 1.273 2.083 6.139 4.538 2.065 1.382 2.903 2.331 3.165 3.629 4.530 1.266 1.758 3.301 2.648 3.583 3.648 0.345 1.312 0.791 3.779 1.151 1.330 0.443 1.249 0.680 2.518 0.950 3.381 1.483 0.866 1.286 0.977 813 chr13 107151196 107189209 + 0 NA intron (NM_004093, intron 1 of 4) intron (NM_004093, intron 1 of 4) 17186 NM_004093 1948 Hs.149239 NM_004093 ENSG00000125266 EFNB2 EPLG5|HTKL|Htk-L|LERK5 ephrin B2 protein-coding 1.196 0.946 0.806 0.292 0.726 0.677 0.380 1.122 0.721 1.004 0.101 0.064 1.134 2.579 0.023 0.143 0.121 0.576 0.244 1.317 0.202 0.248 0.349 0.592 2.816 1.473 0.612 1.381 0.591 0.138 0.057 0.093 1.270 0.394 0.162 0.285 0.346 1.041 1.077 0.379 0.646 0.815 2.257 0.338 1.723 0.428 1.972 1.629 2.810 4.315 1.450 1.151 0.369 0.170 3.366 3.397 0.929 nan 0.971 1.035 0.586 0.558 0.644 1.799 1.295 0.871 1.345 nan 0.251 0.215 0.066 0.942 0.008 0.778 0.079 0.355 0.011 1.143 0.843 0.019 0.290 0.177 0.432 0.868 0.091 0.078 0.362 0.532 0.644 0.550 0.111 0.294 0.052 0.082 1.004 1.696 0.168 0.576 0.286 0.203 0.175 0.092 0.250 0.294 0.258 0.562 0.246 0.076 0.551 0.475 1.372 0.410 0.017 0.021 2014 chr3 189897439 189907500 + 0 NA Intergenic Intergenic -62243 NM_001134418 55214 Hs.374191 NM_018192 ENSG00000090530 P3H2 LEPREL1|MCVD|MLAT4 prolyl 3-hydroxylase 2 protein-coding 1.063 1.097 0.639 0.593 0.235 0.355 0.178 0.275 0.025 1.016 1.346 0.406 0.704 1.073 0.410 0.202 0.151 0.095 0.099 0.362 0.197 0.585 0.482 0.163 0.888 0.352 0.437 2.064 0.613 0.181 0.055 0.077 nan 0.327 0.053 1.046 2.782 6.994 1.917 1.790 0.105 0.662 0.660 0.380 0.191 0.238 0.279 0.229 0.341 0.416 0.411 0.583 0.536 0.293 0.349 0.274 0.201 0.323 0.839 1.454 0.699 0.378 0.110 0.240 0.152 0.338 0.352 0.836 0.286 0.291 0.001 1.832 0.103 1.519 0.030 0.071 0.014 1.113 0.596 0.057 1.031 0.038 0.023 1.172 0.531 0.450 0.333 0.047 0.108 0.387 0.845 0.177 0.517 0.915 1.016 0.486 1.108 0.095 0.401 0.239 0.241 0.140 0.061 0.795 0.067 2.583 0.320 0.110 0.029 0.134 0.514 0.366 0.063 0.015 2602 chr8 128037636 128564211 + 0 NA TTS (NR_117100) TTS (NR_117100) 44041 NR_117099 103021164 Hs.571531 NR_117099 CASC21 CARLo-2|LINC01244 cancer susceptibility candidate 21 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.251 0.752 0.859 0.453 0.267 0.043 0.080 0.216 0.098 0.088 0.179 0.311 0.062 0.076 0.092 0.203 4.075 0.064 0.263 0.396 0.386 0.337 0.131 0.215 nan 0.162 0.677 0.564 0.103 3.654 0.148 0.139 0.260 0.040 0.106 0.984 0.521 0.649 1.041 3.131 0.147 0.665 0.157 0.655 0.568 0.699 0.960 0.455 0.550 0.663 0.251 nan nan 8.325 11.981 0.903 0.877 16.781 9.739 0.194 0.298 0.161 0.170 10.860 20.399 0.480 0.450 0.069 0.344 0.139 0.080 0.131 0.184 0.029 0.218 0.105 0.017 0.062 0.071 0.068 0.227 0.218 0.140 0.524 0.079 0.123 0.398 0.424 0.052 0.174 1.632 0.080 0.198 0.117 0.092 0.433 0.272 0.508 0.098 0.088 0.148 0.210 1.203 0.154 0.497 0.097 10.096 0.115 0.415 0.244 0.123 644 chr12 8111559 8143905 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -38840 NM_006931 6515 Hs.419240 NM_006931 ENSG00000059804 SLC2A3 GLUT3 solute carrier family 2 member 3 protein-coding 0.726 nan nan 0.135 0.139 0.777 0.454 0.090 4.481 0.792 0.062 0.079 0.126 0.343 1.503 0.083 0.134 0.047 0.144 0.289 0.084 0.415 0.251 0.207 0.804 0.225 0.646 0.950 0.221 0.185 3.352 0.275 0.354 0.283 1.841 0.449 0.061 0.200 0.541 0.248 0.587 0.378 0.714 0.153 1.520 0.286 0.222 0.280 0.358 0.681 nan 2.043 0.245 0.158 0.461 0.470 0.350 0.500 0.089 0.119 1.058 1.229 0.371 0.431 0.084 0.106 0.531 nan 0.123 0.236 0.393 0.888 0.754 0.212 0.037 0.055 0.566 0.506 0.297 0.431 1.563 0.023 0.101 0.880 0.174 0.147 0.182 0.284 0.290 2.355 1.909 1.136 0.258 0.544 0.792 0.258 0.829 0.047 0.090 0.782 1.136 3.809 0.025 0.201 0.076 0.405 0.226 0.181 0.208 0.728 0.390 0.108 1.839 1.208 2477 chr7 103497046 103511977 + 0 NA intron (NM_173054, intron 2 of 63) MamRep137|DNA|TcMar? 125452 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 1.278 1.154 0.683 0.053 0.885 0.420 0.057 0.004 0.180 0.166 0.050 0.025 0.050 0.018 2.393 1.056 0.836 0.422 0.271 0.008 0.091 0.007 0.198 0.033 0.043 0.148 2.030 0.012 0.059 0.055 0.159 0.118 0.008 0.031 0.087 0.011 0.067 0.198 0.022 0.011 0.144 0.127 0.132 0.084 0.042 0.436 0.337 0.633 1.000 1.150 1.572 1.884 1.244 1.582 1.461 0.484 0.643 2.267 2.728 0.815 0.585 0.484 0.515 1.803 1.745 0.667 nan 2.155 1.279 0.030 0.024 0.174 0.433 0.018 0.005 0.076 0.509 0.138 0.088 0.009 0.005 0.040 0.010 0.016 0.160 0.022 0.035 0.107 0.045 0.180 0.048 0.031 0.836 0.024 0.045 0.301 0.039 0.869 0.018 0.028 0.037 0.037 0.033 0.205 0.213 0.010 0.076 0.027 0.003 851 chr14 37113452 37162463 + 0 NA intron (NM_006194, intron 4 of 4) intron (NM_006194, intron 4 of 4) 11184 NM_006194 5083 Hs.132576 NM_006194 ENSG00000198807 PAX9 STHAG3 paired box 9 protein-coding 1.451 0.878 1.324 1.241 0.288 0.649 0.320 0.054 0.637 0.299 0.152 0.154 0.248 0.688 0.040 0.276 0.204 0.613 0.132 7.108 0.018 0.900 0.291 0.295 5.675 2.446 0.571 14.494 0.646 0.085 0.107 0.102 7.162 0.243 0.064 0.251 0.055 0.185 0.425 0.477 0.111 3.329 0.558 0.050 0.084 0.402 0.315 0.350 0.374 0.498 7.933 7.556 0.861 0.306 0.483 0.464 0.540 0.770 4.457 5.188 0.883 0.652 0.517 0.728 2.051 2.061 0.061 0.163 1.294 0.675 12.228 0.611 0.177 0.361 0.652 4.858 0.220 0.583 0.385 0.136 0.221 0.842 0.154 0.113 0.043 0.038 0.372 0.140 0.161 0.175 0.266 0.113 0.398 0.420 0.299 0.582 0.846 0.613 0.254 0.247 0.089 0.646 0.813 0.098 0.066 0.223 0.045 0.021 0.367 0.076 0.053 0.052 0.022 0.016 1820 chr21 45757814 45774079 + 0 NA Intergenic Intergenic -6661 NM_001271441 755 Hs.517331 NM_004928 ENSG00000160226 C21orf2 LRRC76|YF5/A2 chromosome 21 open reading frame 2 protein-coding nan 1.301 1.862 0.832 0.392 1.167 0.727 0.382 0.277 0.582 0.386 0.100 0.058 0.368 0.421 0.183 0.197 0.648 8.447 0.262 0.198 0.464 0.123 0.489 1.174 0.820 0.688 3.757 0.090 0.329 0.485 0.084 0.647 0.238 0.312 0.686 0.247 0.626 0.605 0.215 0.103 0.515 0.938 0.357 0.620 0.282 1.564 1.267 0.954 1.378 2.873 2.786 nan 0.807 2.109 2.214 0.672 nan 1.863 2.595 2.171 2.420 0.853 0.910 1.330 1.408 0.978 0.867 1.624 1.045 5.177 0.654 0.183 0.316 0.190 2.082 0.472 0.312 0.432 0.426 0.325 0.250 0.395 0.929 0.242 0.144 0.171 0.206 0.171 0.443 0.405 0.692 0.286 0.398 0.582 0.979 0.662 0.648 0.270 0.433 0.730 0.796 0.739 0.213 0.148 0.451 0.294 0.213 0.315 0.289 0.234 0.216 0.244 0.140 399 chr10 74435135 74455408 + 0 NA Intergenic Intergenic -6618 NR_073062 90550 Hs.591366 NM_138357 ENSG00000156026 MCU C10orf42|CCDC109A|HsMCU mitochondrial calcium uniporter protein-coding 0.959 nan 1.032 0.217 2.472 0.507 0.301 1.191 0.997 0.305 0.636 0.149 0.560 1.773 0.183 0.147 0.106 0.744 0.186 1.384 0.226 2.399 1.084 0.894 3.330 1.768 0.866 0.908 0.535 0.248 0.277 0.090 2.657 0.378 1.094 1.610 0.286 0.822 0.643 1.428 0.342 1.634 1.385 0.644 1.606 0.519 0.670 0.702 1.340 2.484 0.837 0.827 1.132 0.380 0.463 0.512 0.492 0.692 0.878 nan 0.540 0.421 0.353 0.722 0.260 0.336 0.454 nan 0.450 0.334 0.115 2.243 0.792 1.455 0.538 0.251 0.207 2.800 2.440 0.272 2.066 0.061 0.210 0.677 0.450 0.387 1.426 0.209 0.181 0.562 4.188 0.564 0.728 2.040 0.305 2.783 3.521 0.744 1.668 1.113 0.129 0.470 0.155 0.595 0.419 1.548 0.269 0.179 0.137 0.146 0.369 0.687 0.176 0.105 2296 chr6 41038070 41043931 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329685) promoter-TSS (NM_001329685) 293 NM_021705 4800 Hs.10441 NM_002505 ENSG00000001167 NFYA CBF-A|CBF-B|HAP2|NF-YA nuclear transcription factor Y subunit alpha protein-coding 6.222 4.438 5.186 7.667 4.326 6.904 3.311 5.510 2.224 6.341 4.080 0.302 1.069 4.195 3.303 3.138 1.539 8.212 2.817 3.405 1.141 3.247 1.833 4.794 5.856 5.236 6.273 11.943 1.825 3.669 5.389 0.185 5.002 1.376 3.073 4.840 1.652 7.666 2.616 1.803 1.382 4.960 9.359 2.774 4.569 2.539 5.664 7.617 5.974 9.456 10.748 9.276 13.777 7.942 16.150 16.807 4.587 5.815 12.844 17.092 7.323 7.872 2.695 5.675 7.057 7.294 7.230 8.634 4.024 1.928 5.815 5.207 1.337 2.845 2.714 5.287 3.924 3.931 4.087 1.343 3.273 1.257 3.530 4.849 5.053 2.266 1.792 1.554 1.287 6.409 3.361 4.598 3.746 3.362 6.341 6.743 5.974 8.212 1.880 2.625 1.638 6.149 3.464 3.954 2.815 3.892 1.715 2.995 2.312 3.120 3.025 3.294 3.350 2.496 2110 chr5 10282475 10319444 + 0 NA intron (NM_138809, intron 1 of 5) T-rich|Low_complexity|Low_complexity 7209 NM_138809 134147 Hs.192586 NM_138809 ENSG00000164237 CMBL JS-1 carboxymethylenebutenolidase homolog protein-coding nan nan nan 3.070 0.147 2.259 1.174 0.231 0.023 0.587 0.245 0.337 1.151 1.948 0.560 1.710 1.289 3.456 0.495 1.858 0.050 0.691 0.482 0.845 2.527 0.537 1.031 nan 0.574 0.150 0.434 0.135 1.196 0.141 0.111 2.652 0.146 0.391 0.608 0.390 0.177 1.653 0.836 0.399 0.966 0.369 0.333 0.221 0.481 0.682 3.955 3.931 2.674 0.683 0.229 0.228 nan 3.262 3.291 3.101 1.269 1.178 0.243 0.304 2.173 2.601 0.292 nan 3.644 1.893 1.874 2.616 0.848 1.127 0.125 1.739 0.116 1.146 0.795 0.147 0.954 0.595 0.277 0.732 0.254 0.209 0.239 0.272 0.325 0.140 0.440 0.629 1.645 1.935 0.587 1.167 0.661 3.456 1.226 2.382 0.381 0.963 0.648 0.042 0.053 0.844 0.121 0.060 0.072 0.147 0.287 0.245 0.125 0.080 1811 chr21 40262485 40304440 + 0 NA intron (NR_120405, intron 2 of 3) L3|LINE|CR1 26891 NR_120405 400867 Hs.689509 NR_120405 LOC400867 - uncharacterized LOC400867 ncRNA nan 0.884 0.925 0.879 0.288 1.321 0.729 0.118 0.073 0.298 0.413 0.135 0.109 0.254 0.038 0.305 0.174 3.190 0.813 1.077 0.062 0.258 0.062 0.127 3.996 1.254 1.876 3.163 0.208 0.171 0.046 0.075 1.454 0.076 0.061 0.272 0.147 0.333 0.587 0.363 0.640 2.004 1.075 0.222 0.396 0.167 0.341 0.278 0.560 0.688 1.217 1.422 nan 0.315 0.309 0.272 0.192 nan 6.422 5.767 0.474 0.191 0.181 0.269 0.306 0.286 0.136 0.207 3.002 1.444 0.571 0.171 0.306 0.195 0.211 1.056 0.010 0.711 0.294 0.051 0.056 0.040 0.077 0.102 0.053 0.024 0.225 0.175 0.330 0.200 0.557 0.051 1.360 1.822 0.298 0.416 0.064 3.190 1.039 0.924 0.039 0.088 2.227 0.128 0.010 0.222 0.114 0.136 0.072 0.048 0.053 0.185 0.022 0.013 436 chr10 134476897 134485181 + 0 NA intron (NM_005539, intron 4 of 15) intron (NM_005539, intron 4 of 15) -13740 NM_001321042 3632 Hs.523360 NM_005539 ENSG00000068383 INPP5A 5PTASE inositol polyphosphate-5-phosphatase A protein-coding 0.316 0.583 0.740 0.010 0.268 0.280 0.116 0.748 0.008 0.171 0.073 0.016 1.212 2.537 0.053 0.094 0.020 0.140 0.069 0.742 0.359 2.681 1.843 1.141 8.577 3.070 0.716 0.260 1.464 0.052 0.079 0.051 1.141 1.436 0.813 2.836 0.170 0.312 0.212 2.112 0.066 5.789 0.088 0.262 0.105 2.172 0.277 0.272 0.194 0.213 0.311 0.363 0.075 0.022 0.111 0.186 0.093 0.218 0.145 0.141 0.087 0.059 0.230 0.216 0.051 0.069 0.075 0.099 0.194 0.107 0.494 5.019 0.011 2.804 0.012 0.318 0.067 3.270 3.625 0.085 0.038 0.012 0.057 1.653 0.729 0.406 0.648 0.030 0.217 0.361 2.175 0.104 1.644 0.171 2.618 7.443 0.140 1.211 0.479 0.069 0.500 0.221 2.234 2.563 1.318 0.765 0.072 2.397 1.620 0.061 0.024 1342 chr18 53113947 53225285 + 0 NA intron (NM_001330604, intron 3 of 19) intron (NM_001330604, intron 3 of 19) 8384 NM_001243231 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.839 0.916 0.246 0.097 0.637 0.365 0.198 0.008 0.345 0.367 0.087 0.012 0.037 0.023 0.474 0.303 0.584 0.203 0.205 0.050 0.024 0.017 0.144 0.026 0.045 0.044 0.465 0.034 3.975 1.559 0.103 0.145 0.044 0.091 0.037 0.069 0.093 0.260 0.031 0.148 0.151 0.788 0.423 0.171 0.051 0.601 0.486 2.665 2.370 0.928 1.022 4.362 2.007 1.108 1.119 1.096 1.277 0.542 0.549 0.483 0.258 0.530 0.764 2.410 2.717 0.308 0.579 nan 1.502 0.067 0.038 0.007 0.800 0.044 0.298 0.021 0.060 0.018 0.022 0.377 0.583 0.162 0.114 0.015 0.019 0.025 0.442 0.790 0.701 0.049 0.160 0.018 0.023 0.345 0.024 0.013 0.584 0.012 0.017 0.051 0.035 0.614 0.181 0.003 0.031 0.096 4.849 0.531 0.174 0.112 0.033 0.013 0.009 2457 chr7 91504268 91526493 + 0 NA Intergenic MSTB1|LTR|ERVL-MaLR -5346 NM_006980 7978 Hs.532216 NM_006980 ENSG00000127989 MTERF1 MTERF mitochondrial transcription termination factor 1 protein-coding nan 0.953 nan 0.356 0.292 0.516 0.320 0.399 0.025 0.519 0.519 0.123 0.212 0.437 0.082 0.352 0.251 0.425 0.448 0.507 0.123 0.925 0.326 0.390 0.916 0.542 1.188 0.750 0.335 1.049 0.423 0.183 0.957 0.301 0.104 0.529 0.131 0.567 0.460 0.338 0.551 1.300 2.195 0.516 0.317 0.192 0.882 0.792 0.491 0.895 0.762 0.801 2.157 0.640 0.980 1.019 0.696 0.986 0.698 0.650 1.737 1.788 0.599 0.895 1.132 0.917 1.998 nan 1.249 0.917 0.200 0.707 0.102 0.535 0.195 0.293 0.068 0.152 0.092 0.148 0.340 0.141 0.161 0.253 0.166 0.077 0.759 0.774 1.261 0.268 0.293 0.448 0.185 0.180 0.519 0.836 0.839 0.425 0.297 0.220 0.150 0.220 0.237 0.165 0.173 0.294 0.205 1.452 0.334 1.278 0.126 0.195 0.073 0.048 1968 chr3 154040705 154044683 + 0 NA promoter-TSS (NM_020865) promoter-TSS (NM_020865) -408 NM_001114397 170506 Hs.446270 NM_020865 ENSG00000174953 DHX36 DDX36|G4R1|MLEL1|RHAU DEAH-box helicase 36 protein-coding nan 3.036 1.823 5.627 3.890 4.410 2.375 1.457 0.998 2.638 2.131 0.212 0.570 1.752 0.440 2.733 1.268 3.039 1.237 1.281 0.685 2.414 1.196 1.276 2.904 1.522 1.789 2.860 0.824 2.198 1.436 0.105 3.695 0.709 0.571 2.162 0.927 3.664 2.674 1.123 1.194 2.417 5.087 1.664 1.961 0.482 7.239 6.621 14.419 11.467 5.425 4.115 10.061 4.614 11.024 10.649 4.001 nan 3.455 6.555 8.857 8.312 6.086 9.889 1.979 2.462 4.770 4.126 3.256 2.412 1.412 2.557 0.456 1.157 0.603 1.647 0.277 1.756 1.465 1.005 1.313 0.215 2.230 1.460 1.653 0.782 0.576 0.801 1.531 1.259 1.555 2.596 0.635 1.215 2.638 2.454 2.233 3.039 0.996 0.871 0.905 2.110 1.124 0.954 0.643 0.895 0.812 1.295 3.559 1.116 0.609 0.876 0.463 0.345 1802 chr21 36232564 36266978 + 0 NA intron (NM_001001890, intron 2 of 5) intron (NM_001001890, intron 2 of 5) 11216 NM_001122607 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.428 0.878 1.721 0.597 2.496 0.914 0.470 1.594 3.112 1.160 1.086 0.163 0.925 2.571 1.602 0.183 0.133 1.665 0.232 1.844 1.029 2.910 2.110 1.611 6.621 4.145 4.321 2.646 1.453 1.909 0.127 0.079 2.848 1.715 0.971 2.499 0.750 3.036 1.097 2.266 0.459 2.711 2.453 1.455 2.509 1.341 1.237 1.460 3.552 6.532 4.655 3.912 1.128 0.392 4.031 4.062 0.141 0.267 1.728 2.491 0.784 0.733 1.172 1.368 0.297 0.284 0.255 0.286 nan 0.505 2.158 3.248 1.446 1.323 0.093 2.657 0.032 2.251 2.418 0.908 1.174 0.019 0.237 3.398 1.345 0.587 1.798 1.692 1.656 2.359 1.069 2.291 0.817 2.101 1.160 3.295 3.460 1.665 1.170 2.156 0.212 1.758 0.401 1.858 0.922 1.398 2.501 1.520 0.315 0.076 2.097 2.350 1.493 1.184 94 chr1 43145876 43159259 + 0 NA intron (NM_004559, intron 2 of 7) MIR|SINE|MIR 3909 NR_132737 4904 Hs.473583 NM_004559 ENSG00000065978 YBX1 BP-8|CBF-A|CSDA2|CSDB|DBPB|EFI-A|MDR-NF1|NSEP-1|NSEP1|YB-1|YB1 Y-box binding protein 1 protein-coding 19.515 1.522 nan 1.392 2.197 1.768 0.841 1.524 0.885 1.652 1.099 0.157 0.313 1.313 0.940 2.029 1.089 3.006 1.336 1.122 0.398 1.362 0.354 0.663 2.065 1.297 1.047 2.735 0.679 4.525 1.549 0.160 2.115 0.538 0.801 0.715 0.414 1.564 1.476 0.799 0.368 2.798 3.500 1.179 1.496 0.538 2.384 2.199 1.939 2.832 3.952 3.724 2.345 0.799 5.264 5.398 2.389 nan nan 3.927 4.846 5.345 3.587 nan 1.469 1.434 3.929 4.509 2.067 1.085 1.251 1.354 0.624 1.081 0.692 1.368 0.954 0.703 0.789 0.997 1.196 0.272 0.775 1.914 1.297 0.530 1.037 0.810 0.515 1.442 1.186 1.792 0.903 0.667 1.652 1.359 2.215 3.006 0.603 1.375 0.652 2.453 0.975 0.731 0.628 0.648 0.507 2.003 2.148 1.471 0.572 0.582 1.016 0.563 213 chr1 156229918 156234888 + 0 NA intron (NM_001323617, intron 14 of 22) intron (NM_001323617, intron 14 of 22) -14495 NM_001272113 79957 Hs.235873 NM_024897 ENSG00000160781 PAQR6 PRdelta progestin and adipoQ receptor family member 6 protein-coding nan nan 1.347 0.193 0.525 0.353 0.193 0.362 0.000 0.327 0.075 0.226 1.681 1.746 0.175 0.125 0.199 0.096 0.260 0.337 0.627 1.559 0.387 0.121 0.268 0.096 0.156 1.054 1.812 0.244 0.130 0.154 0.531 5.081 0.058 1.527 0.142 0.551 0.599 0.659 0.016 0.665 0.302 0.410 0.077 0.773 3.278 5.481 0.674 0.892 0.552 nan 0.605 0.083 0.210 0.198 0.331 0.544 0.578 0.597 0.452 0.073 0.432 0.706 0.042 0.120 0.286 0.911 1.324 0.622 0.012 4.171 0.039 0.621 0.100 0.286 0.098 0.960 0.678 0.164 0.131 0.078 0.093 0.260 0.076 0.104 0.154 0.063 0.047 0.723 0.147 0.973 0.047 0.160 0.327 2.031 5.125 0.096 0.059 0.049 0.005 0.528 0.062 3.015 0.600 4.081 1.768 0.023 0.100 0.081 1.632 0.758 0.614 0.306 1450 chr19 42612634 42627870 + 0 NA intron (NM_001207025, intron 5 of 13) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 16373 NM_001207025 5452 Hs.147381 NM_002698 ENSG00000028277 POU2F2 OCT2|OTF2|Oct-2 POU class 2 homeobox 2 protein-coding 1.457 0.752 1.358 0.126 0.577 1.405 0.787 2.936 0.008 0.437 0.162 0.021 1.412 1.499 0.862 0.145 0.070 0.778 0.932 0.272 2.105 0.220 1.009 0.229 nan 0.155 0.183 0.658 0.403 0.105 0.057 0.105 0.109 1.836 0.141 3.340 0.681 0.944 0.383 1.995 0.068 0.236 0.179 0.435 0.255 0.232 1.211 1.361 0.240 0.259 1.398 1.448 1.924 0.507 0.285 0.285 0.362 0.711 1.591 1.699 1.478 1.131 1.190 1.513 0.236 0.261 1.680 5.141 1.250 0.720 1.356 1.140 0.088 0.342 0.053 3.679 0.027 0.811 0.496 0.461 0.142 0.030 0.395 10.958 6.929 2.396 0.096 0.010 0.039 5.786 0.549 4.345 0.201 0.105 0.437 0.329 0.326 0.778 0.032 0.173 0.151 1.507 0.127 1.949 0.275 0.265 4.930 0.050 0.706 1.772 1.629 0.591 1.134 1.097 2668 chr9 36978897 36987258 + 0 NA intron (NM_001280553, intron 4 of 7) MER20B|DNA|hAT-Charlie 51399 NM_001280549 5079 Hs.654464 NM_016734 ENSG00000196092 PAX5 ALL3|BSAP paired box 5 protein-coding 0.881 nan 1.065 0.647 0.043 0.361 0.144 0.064 0.007 0.430 0.065 0.096 0.181 0.076 0.023 0.707 0.370 0.672 0.137 0.139 0.074 0.076 0.089 0.154 0.508 0.146 0.143 0.755 0.123 0.153 0.065 0.079 0.198 0.028 0.081 0.078 0.019 0.042 0.410 0.130 0.049 0.146 0.248 0.075 0.024 0.113 0.334 0.491 0.135 0.190 0.670 0.697 8.336 2.736 0.268 0.244 0.590 1.028 0.672 0.666 0.773 0.574 0.323 0.470 3.810 3.970 0.400 1.072 1.412 0.941 0.047 1.636 0.055 0.036 0.344 0.033 0.212 0.052 0.088 0.036 1.166 0.237 0.055 0.057 0.038 0.091 0.067 0.058 0.092 0.097 0.099 0.029 0.090 0.430 0.076 0.045 0.672 0.029 0.069 0.199 0.252 0.109 0.024 0.055 0.112 0.052 0.098 0.071 0.134 0.027 0.045 0.048 0.026 568 chr11 77732550 77763869 + 0 NA intron (NM_001203261, intron 2 of 2) intron (NM_001203261, intron 2 of 2) 9028 NM_001282406 65987 Hs.709780 NM_023930 ENSG00000151364 KCTD14 - potassium channel tetramerization domain containing 14 protein-coding nan 1.670 1.153 0.852 0.645 1.052 0.517 0.912 0.046 1.359 0.873 0.283 0.478 1.039 0.085 0.696 0.383 1.705 0.322 0.431 0.436 0.622 0.852 0.249 nan 1.179 2.635 3.014 0.797 0.347 0.229 0.133 0.291 0.493 0.699 1.478 0.638 1.942 0.283 2.414 0.074 0.511 0.271 0.509 1.586 0.535 0.627 1.275 0.455 0.952 3.712 4.035 2.189 0.810 0.865 1.045 2.327 3.108 1.498 1.862 1.023 0.938 0.426 0.495 2.554 2.674 0.515 1.309 2.265 1.310 2.470 2.419 0.945 0.997 0.156 0.363 0.022 1.672 1.254 0.182 0.265 0.426 0.208 2.494 2.995 1.256 1.602 0.107 0.109 1.275 0.554 0.639 1.530 1.284 1.359 0.846 1.922 1.705 0.270 0.262 0.339 0.794 1.209 1.060 0.208 1.225 0.946 0.231 0.070 0.238 1.005 1.238 0.054 0.021 2273 chr6 31506258 31511458 + 0 NA promoter-TSS (NR_003065) promoter-TSS (NR_003065) 97 NR_003065 692199 NR_003065 ENSG00000265236 SNORD84 U84 small nucleolar RNA, C/D box 84 snoRNA nan 4.192 5.137 7.528 4.982 8.044 5.062 3.956 2.265 8.399 3.933 0.589 0.876 3.491 5.117 2.889 1.577 8.779 2.947 2.832 1.167 2.244 2.356 3.105 6.776 4.810 5.309 13.279 2.528 4.019 5.411 0.293 4.535 1.252 2.392 4.940 1.399 6.721 3.464 1.957 2.239 6.129 7.508 2.753 3.953 1.368 10.781 8.748 10.205 nan nan 12.893 9.847 7.982 15.836 17.029 6.208 7.270 13.771 19.154 12.196 11.255 8.368 12.604 8.565 10.508 8.618 9.174 5.137 2.117 4.844 6.109 1.056 2.577 3.062 4.460 3.971 3.349 4.236 0.967 4.004 1.504 3.974 7.531 5.475 2.307 1.723 1.446 1.494 5.677 2.292 4.340 4.745 3.084 8.399 4.915 5.563 8.779 1.833 2.339 1.645 5.334 3.715 2.972 1.653 3.150 1.597 2.481 3.774 3.739 2.758 2.637 1.894 1.160 2411 chr7 13863204 13900185 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 144445 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.006 nan 0.188 0.170 0.856 0.367 0.171 0.020 0.691 1.587 0.158 0.112 0.198 0.087 2.959 1.305 0.643 1.040 0.275 0.050 0.323 0.133 0.219 0.813 0.261 0.571 0.947 0.126 0.110 0.071 0.147 0.233 0.692 0.062 1.185 0.009 0.069 0.249 0.146 0.044 0.257 0.136 0.115 0.091 0.442 nan 0.524 0.871 0.923 0.694 0.797 1.060 0.414 0.312 0.323 1.795 2.143 0.741 0.733 0.295 0.149 0.092 0.158 1.984 2.399 0.211 0.437 1.307 0.756 0.039 0.477 0.108 0.453 0.210 0.209 0.011 0.551 0.162 0.042 1.584 0.459 0.183 0.249 0.078 0.042 0.095 0.021 0.033 0.268 0.044 0.149 0.327 0.053 0.691 0.081 0.315 0.643 0.080 0.043 0.108 0.102 0.487 0.303 0.096 0.269 0.186 0.080 0.036 0.053 0.330 0.146 0.023 0.023 1129 chr17 8073175 8080980 + 0 NA 3' UTR (NM_032354, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_032354, exon 5 of 5) 2637 NM_183065 84314 Hs.513933 NM_032354 ENSG00000179029 TMEM107 GRVS638|PRO1268 transmembrane protein 107 protein-coding 3.075 2.077 2.284 2.175 1.215 3.993 1.957 2.292 1.000 2.231 0.756 0.154 0.698 2.839 1.868 0.833 0.635 2.762 1.141 1.501 0.539 0.801 0.419 1.181 4.459 2.184 1.471 5.961 1.200 0.869 1.110 0.089 4.539 0.740 1.384 1.523 1.058 2.785 2.044 1.248 1.202 2.331 1.466 1.588 1.099 1.282 5.607 6.294 4.566 6.514 5.675 6.408 5.877 4.810 3.779 4.376 2.057 2.625 4.891 6.597 2.891 2.791 3.760 4.683 2.052 2.914 5.790 6.935 0.867 0.416 2.990 1.053 0.866 0.970 1.016 1.763 0.840 0.701 0.815 0.640 4.018 0.327 0.896 2.800 1.158 0.658 1.398 0.690 0.636 1.036 3.157 2.635 1.040 1.267 2.231 2.833 4.698 2.762 1.166 1.271 1.310 3.726 2.986 0.527 0.924 2.146 0.687 0.647 1.597 1.696 1.110 0.400 1.120 0.716 791 chr13 72084907 72102556 + 0 NA intron (NM_004392, intron 3 of 7) intron (NM_004392, intron 3 of 7) 347599 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.110 0.973 0.046 0.017 0.738 0.452 0.048 0.018 0.333 0.071 0.070 0.011 0.041 0.003 0.116 0.150 0.264 2.463 0.272 0.014 0.034 0.006 0.045 0.059 0.050 0.022 0.292 0.025 0.048 0.043 0.091 0.092 0.007 0.038 0.036 0.013 0.113 0.158 0.134 0.048 0.028 0.071 0.040 0.647 0.654 0.211 0.329 1.193 1.348 nan 0.202 0.126 0.140 1.083 1.381 0.376 0.427 nan 6.192 0.193 0.394 1.222 2.471 1.367 nan 0.177 0.111 0.050 0.024 0.005 0.005 0.028 0.174 0.016 0.008 0.004 0.049 0.470 4.513 0.068 0.007 0.013 0.014 0.028 0.014 0.016 0.013 0.053 0.333 0.025 0.016 0.264 0.014 0.028 1.218 0.007 0.730 0.012 0.005 0.009 0.050 0.052 0.118 1.015 0.038 0.032 0.006 1143 chr17 21001413 21004436 + 0 NA Intergenic Intergenic 24055 NR_110896 101060544 Hs.585812 NR_110895 ENSG00000236819 LINC01563 HP08942 long intergenic non-protein coding RNA 1563 ncRNA nan nan nan 3.636 0.712 3.212 1.859 1.333 0.862 1.309 0.438 0.264 0.249 0.869 2.622 0.516 0.219 2.736 0.516 0.763 0.082 0.992 0.068 0.679 2.753 0.400 0.818 3.908 1.403 1.733 2.375 0.144 24.056 0.938 0.371 1.043 0.107 0.524 1.355 0.720 0.528 1.488 6.541 0.205 0.956 1.065 6.237 4.155 5.984 6.144 5.693 4.670 7.772 5.045 3.775 3.734 3.778 4.429 6.648 8.874 9.876 8.547 3.360 3.026 2.925 2.807 8.669 7.527 1.398 0.984 1.159 1.079 0.223 0.658 1.390 1.033 0.588 0.137 0.168 0.170 3.113 0.030 0.688 2.287 1.731 1.063 0.837 0.900 0.925 1.188 1.535 2.895 0.757 0.795 1.309 0.825 3.962 2.736 0.243 0.411 1.081 3.537 2.182 0.135 0.753 1.650 0.184 1.201 0.459 2.355 1.313 0.253 1.108 0.608 1355 chr18 60842707 60885650 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 122435 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.866 1.105 1.727 2.034 0.067 1.475 0.855 0.094 0.007 0.445 0.126 0.068 0.020 0.023 0.541 0.240 0.851 0.612 0.206 0.023 0.058 0.012 0.109 0.265 0.057 0.048 4.893 0.017 0.092 0.063 0.072 0.084 0.006 0.053 0.076 0.019 0.056 0.223 0.013 0.370 0.110 0.254 0.049 0.137 0.044 0.976 1.162 2.122 2.220 1.581 1.720 3.889 1.449 1.629 nan 0.203 nan 5.161 4.826 0.357 0.167 1.750 2.625 1.028 1.885 0.131 0.188 5.050 2.814 3.213 0.028 0.002 0.093 0.872 1.186 0.029 0.036 0.020 0.049 0.134 0.258 0.385 0.077 0.011 0.005 0.030 0.023 0.039 0.071 0.072 0.046 0.057 0.027 0.445 0.025 0.017 0.851 0.008 0.106 0.061 1.159 0.043 0.011 0.041 0.034 0.097 2.252 0.069 0.021 0.031 0.013 0.011 2231 chr5 175814354 175817103 + 0 NA non-coding (NR_134316, exon 1 of 4) non-coding (NR_134316, exon 1 of 4) 200 NM_001317975 51491 Hs.696283 NM_016391 ENSG00000048162 NOP16 HSPC111|HSPC185 NOP16 nucleolar protein protein-coding 5.391 3.499 4.600 3.350 4.466 1.671 1.053 3.873 1.843 2.141 2.374 0.484 1.724 3.238 5.336 3.003 1.264 5.662 3.082 3.562 1.621 5.949 3.146 5.238 8.275 8.050 3.466 12.774 2.982 7.317 6.433 0.136 12.155 3.736 3.176 5.618 0.734 5.293 6.179 6.053 2.444 7.521 17.948 2.790 3.959 5.453 4.606 4.099 7.985 nan 6.286 5.994 7.456 3.160 11.393 12.540 6.676 9.184 7.673 9.704 12.062 14.526 4.435 5.623 8.813 9.439 6.486 7.842 4.123 2.437 1.347 5.785 2.598 4.091 1.998 4.208 2.827 4.987 5.290 3.048 7.431 1.732 1.645 5.163 8.178 4.133 3.011 3.378 2.837 7.827 4.299 5.663 5.241 3.973 2.141 4.517 7.527 5.662 3.796 2.277 1.945 6.292 4.063 2.638 1.994 4.537 1.658 4.545 2.253 2.799 3.609 3.038 5.137 3.656 1961 chr3 141669258 141682109 + 0 NA intron (NM_001178139, intron 11 of 12) AluJo|SINE|Alu 43546 NM_001178140 7029 Hs.379018 NM_006286 ENSG00000114126 TFDP2 DP2 transcription factor Dp-2 protein-coding 1.214 nan nan 0.192 0.202 0.438 0.251 0.237 0.019 0.261 0.831 0.213 0.133 0.179 0.402 0.205 0.211 0.355 0.149 0.222 0.183 0.688 0.155 0.302 0.238 0.099 0.888 0.177 0.102 0.366 0.068 0.097 1.495 0.256 0.089 1.132 0.108 0.229 0.905 0.276 0.886 2.319 9.196 0.212 0.510 0.187 0.383 0.522 0.480 0.872 0.459 0.536 nan 0.465 0.425 0.385 1.113 nan 0.324 nan nan 0.341 0.285 0.394 0.042 0.055 0.669 1.475 0.846 0.578 0.314 0.630 0.690 0.727 0.039 0.062 0.216 0.158 0.314 5.514 0.008 0.143 0.401 0.076 0.097 0.167 0.130 0.392 0.172 0.120 0.183 0.246 0.156 0.261 0.172 3.273 0.355 0.123 0.102 0.128 2.181 0.047 0.501 0.095 1.087 0.501 0.302 0.062 0.281 0.303 0.301 0.019 0.008 386 chr10 35414600 35420618 + 0 NA intron (NM_183060, intron 1 of 5) AluY|SINE|Alu 1224 NM_181571 1390 Hs.200250 NM_001881 ENSG00000095794 CREM CREM-2|ICER|hCREM-2 cAMP responsive element modulator protein-coding 3.003 2.476 3.208 0.897 2.385 3.921 2.022 4.193 0.608 2.209 4.053 1.045 0.597 2.516 7.493 0.967 0.738 2.188 0.978 1.770 0.432 1.905 0.815 1.968 2.489 1.833 2.127 4.290 0.483 2.487 3.288 0.225 5.012 0.824 2.777 1.279 0.896 3.862 3.124 1.231 0.773 3.574 5.354 2.059 1.608 1.251 2.097 3.130 4.085 nan 3.338 2.370 4.772 2.256 10.277 10.603 2.755 3.550 2.634 4.408 1.463 1.859 1.050 2.023 1.885 1.555 3.640 3.554 1.418 0.672 0.814 2.345 0.759 2.787 0.335 1.823 6.154 1.071 1.298 2.586 2.851 0.380 1.911 1.733 4.138 1.646 1.338 1.108 0.638 1.927 4.329 3.078 2.438 2.876 2.209 4.261 10.158 2.188 1.299 1.580 0.565 4.814 1.821 1.296 0.538 1.893 0.887 1.154 0.344 1.208 1.454 1.455 2.306 1.536 916 chr14 105626432 105681819 + 0 NA Intergenic Intergenic -6465 NM_001318380 256281 Hs.526432 NM_177533 ENSG00000183828 NUDT14 UGPP|UGPPase nudix hydrolase 14 protein-coding 1.347 1.178 1.236 2.263 0.304 1.820 0.978 0.239 0.092 0.864 0.195 0.093 0.061 0.206 0.199 0.754 0.533 1.817 0.767 0.400 0.047 0.325 0.138 0.245 1.887 0.466 0.407 1.243 0.240 0.131 0.378 0.077 1.106 0.057 0.166 0.087 0.113 0.161 0.578 0.105 0.302 1.400 0.858 0.184 0.245 0.116 1.208 2.193 0.372 0.617 3.072 3.167 2.932 0.739 1.027 1.031 0.462 0.843 5.289 5.096 0.789 0.617 0.888 1.252 0.664 0.514 0.286 0.505 0.409 0.211 4.240 0.277 0.118 0.238 1.465 1.869 0.173 0.254 0.145 0.220 0.181 0.171 1.086 0.279 0.163 0.121 0.168 0.190 0.150 0.147 0.481 0.688 0.169 0.699 0.864 0.237 0.400 1.817 0.228 0.278 0.356 0.741 0.914 0.031 0.031 0.170 0.058 0.089 0.578 0.111 0.147 0.073 0.051 0.027 2043 chr4 54928440 54934705 + 0 NA promoter-TSS (NM_012110) promoter-TSS (NM_012110) -757 NM_012110 26511 Hs.335393 NM_012110 ENSG00000109220 CHIC2 BTL cysteine rich hydrophobic domain 2 protein-coding nan 1.233 1.585 3.255 2.235 1.588 0.563 2.273 0.946 1.534 2.411 0.230 0.529 1.529 2.088 1.545 0.705 2.006 0.497 1.055 1.370 2.267 1.998 1.570 1.986 1.860 1.683 3.092 1.341 0.973 1.356 0.089 2.157 1.583 0.486 2.864 0.804 3.184 1.716 2.649 0.577 2.345 3.282 1.434 1.864 1.221 2.565 3.469 3.602 6.080 2.552 2.862 6.079 3.745 5.635 5.888 2.158 2.605 4.372 6.917 2.164 2.097 2.033 3.576 1.070 1.273 1.985 2.012 4.936 3.237 0.570 2.202 0.728 3.958 1.426 1.863 0.484 1.727 1.541 1.602 0.740 0.137 0.649 3.181 5.931 2.758 1.324 0.552 0.384 4.925 1.377 1.670 1.284 1.334 1.534 1.546 3.919 2.006 0.684 1.079 0.186 3.037 1.977 4.170 2.249 1.817 1.923 0.201 0.994 0.276 1.706 2.538 0.423 0.355 1457 chr19 45922212 45934859 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1358 NM_001166049 2067 Hs.435981 NM_001983 ENSG00000012061 ERCC1 COFS4|RAD10|UV20 ERCC excision repair 1, endonuclease non-catalytic subunit protein-coding 2.008 1.249 1.841 0.874 3.440 1.110 0.774 2.698 0.364 0.758 1.600 0.354 0.836 2.335 3.437 0.534 0.334 1.095 0.864 2.160 0.548 2.556 1.264 1.206 nan 2.217 2.513 1.836 1.214 0.905 2.870 0.174 2.988 1.855 1.428 1.482 0.465 1.823 1.958 1.429 0.492 2.208 3.660 0.792 2.719 1.139 1.156 1.415 1.068 1.797 1.913 1.863 2.509 0.937 3.442 3.755 1.694 2.459 2.952 3.321 1.735 1.493 0.853 1.081 1.651 1.748 1.341 2.719 1.670 0.989 0.833 3.402 1.322 3.238 0.873 1.534 0.831 1.921 1.937 0.676 1.867 0.210 0.602 5.027 4.866 1.739 0.847 0.192 0.213 4.075 3.110 10.832 2.708 1.737 0.758 2.879 1.303 1.095 1.419 1.469 0.461 3.425 0.689 1.474 2.306 0.546 1.087 0.501 0.547 0.830 1.762 1.508 3.174 3.058 200 chr1 155009543 155026349 + 0 NA non-coding (NR_040773, exon 4 of 4) non-coding (NR_040773, exon 4 of 4) 5695 NR_040772 100505666 Hs.657533 NR_040772 DCST1-AS1 - DCST1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 2.002 1.129 1.145 0.859 0.362 1.379 0.082 0.961 0.500 0.193 0.935 2.345 0.528 0.613 0.255 0.767 0.985 1.192 0.435 1.564 1.132 0.431 4.894 1.234 2.053 4.763 0.920 0.312 0.912 0.101 0.826 0.879 0.577 0.887 0.328 0.752 1.103 1.691 0.432 2.282 2.089 0.817 1.218 1.102 1.660 1.937 2.378 3.387 2.306 nan 2.042 0.713 0.933 0.991 1.053 1.732 2.788 4.014 0.819 0.724 1.943 2.503 1.011 1.083 1.374 2.773 1.281 0.779 0.673 1.182 0.382 0.733 0.768 1.745 0.379 1.596 1.291 0.472 1.791 0.192 0.240 2.243 0.997 0.503 0.741 0.466 0.465 0.575 1.608 0.923 3.707 5.123 0.961 1.830 1.555 0.767 1.086 1.901 0.137 3.605 1.546 0.954 0.581 1.300 0.814 0.158 0.744 0.300 0.282 0.775 0.569 0.357 1261 chr17 74115098 74154826 + 0 NA intron (NM_001454, intron 2 of 2) intron (NM_001454, intron 2 of 2) -1675 NR_040017 100507218 Hs.654866 NR_040017 ENSG00000267128 RNF157-AS1 - RNF157 antisense RNA 1 ncRNA 1.383 1.226 1.546 0.976 0.190 1.223 0.589 0.190 0.098 0.480 0.142 0.209 0.124 0.294 0.041 0.659 0.345 0.860 0.994 0.232 0.037 0.457 0.347 0.291 11.385 1.636 1.065 1.968 0.228 0.195 0.110 0.101 0.475 0.059 0.056 0.134 0.084 0.139 0.320 0.321 0.158 0.567 0.799 0.143 0.283 0.254 0.940 1.387 0.575 0.863 0.951 1.053 2.964 0.754 0.720 0.746 nan 0.950 4.260 3.706 1.093 0.768 0.739 1.202 0.474 0.592 0.726 0.884 nan 0.594 0.859 0.324 0.126 0.188 1.309 0.467 0.082 0.131 0.075 0.156 0.320 0.090 0.809 0.261 0.060 0.037 0.244 0.306 0.301 0.213 0.573 0.237 0.190 0.344 0.480 0.251 0.079 0.860 0.332 0.135 0.189 0.871 0.250 0.043 0.011 0.077 0.084 0.104 0.574 0.318 0.035 0.346 0.032 0.023 1352 chr18 60036346 60045601 + 0 NA intron (NM_003839, intron 9 of 9) intron (NM_003839, intron 9 of 9) 48453 NM_001270949 8792 Hs.204044 NM_003839 ENSG00000141655 TNFRSF11A CD265|FEO|LOH18CR1|ODFR|OFE|OPTB7|OSTS|PDB2|RANK|TRANCER TNF receptor superfamily member 11a protein-coding 0.904 0.778 0.688 0.753 0.136 0.977 0.501 0.145 0.692 0.145 0.070 0.046 0.075 0.473 0.376 0.536 0.218 0.269 0.040 0.074 0.080 0.136 0.116 0.022 0.046 0.577 0.031 0.092 0.058 0.061 0.113 0.029 0.066 0.088 0.045 0.070 0.096 0.018 0.028 0.089 0.076 0.115 0.057 0.421 0.320 0.400 0.474 2.122 2.595 2.039 0.834 0.660 nan 1.385 nan 0.590 0.921 0.731 0.413 0.130 0.318 0.955 0.867 0.277 0.376 7.123 4.176 0.348 0.115 0.021 0.100 0.053 1.018 0.030 0.133 0.055 0.082 0.081 0.143 0.078 0.149 0.006 0.017 0.041 0.018 0.027 0.076 0.113 0.131 0.017 0.065 0.692 0.040 0.020 0.536 0.066 0.027 0.252 0.111 0.154 0.073 0.032 0.057 0.060 0.149 0.214 0.009 0.062 0.019 0.017 329 chr1 235322220 235334448 + 0 NA Intergenic MER103C|DNA|hAT-Charlie -3403 NR_027762 23029 Hs.535224 NM_015014 ENSG00000188739 RBM34 - RNA binding motif protein 34 protein-coding 2.082 2.024 1.799 1.334 0.953 1.216 0.540 0.813 0.263 1.080 0.989 0.153 0.295 0.856 0.546 0.704 0.527 1.117 0.811 0.903 0.091 0.649 0.389 0.396 1.349 0.982 1.142 2.509 0.338 1.163 1.120 0.175 2.288 0.212 0.412 0.769 0.263 0.916 1.002 0.847 0.488 1.349 2.225 0.723 1.304 0.706 1.895 1.963 5.172 10.263 2.113 2.190 nan 0.845 3.014 3.216 1.158 1.732 nan 2.605 1.453 0.965 0.604 0.939 1.055 1.529 1.291 1.822 nan 0.706 0.705 0.832 0.267 0.779 0.278 0.425 0.441 0.792 0.721 0.418 1.069 0.202 0.357 1.069 0.586 0.439 0.373 0.390 0.438 0.654 0.952 0.752 0.632 1.097 1.080 0.687 0.676 1.117 0.549 0.589 0.135 0.635 0.688 0.488 0.276 0.959 0.228 0.532 0.211 0.363 0.465 0.469 0.462 0.278 525 chr11 63604569 63617438 + 0 NA intron (NM_004954, intron 1 of 16) intron (NM_004954, intron 1 of 16) 4603 NM_001039469 2011 Hs.567261 NM_004954 ENSG00000072518 MARK2 EMK-1|EMK1|PAR-1|Par-1b|Par1b microtubule affinity regulating kinase 2 protein-coding nan 2.022 1.642 1.302 1.431 1.027 0.587 1.425 1.203 1.282 0.688 0.199 0.753 2.020 0.978 0.693 0.298 1.447 0.569 1.283 0.587 1.073 0.953 0.597 8.931 3.671 3.272 4.881 0.745 0.931 0.910 0.127 1.869 0.455 0.603 1.252 0.281 1.112 1.281 1.100 0.443 2.105 2.446 1.254 2.618 0.992 2.653 3.417 2.324 3.558 3.228 3.355 2.245 1.143 3.484 3.536 1.495 2.269 3.003 4.141 1.278 1.490 1.438 2.869 0.954 1.090 1.254 1.421 1.173 0.756 1.280 2.157 0.997 0.585 0.848 1.058 0.375 1.178 0.959 1.088 1.054 0.184 0.513 1.567 1.111 0.492 1.191 0.558 0.619 0.763 2.167 1.313 0.547 2.449 1.282 2.140 0.917 1.447 0.427 2.134 0.311 1.256 0.680 0.667 0.558 0.621 0.743 0.350 0.616 0.335 0.647 1.210 0.224 0.155 1621 chr2 166418933 166435318 + 0 NA intron (NM_001172173, intron 3 of 6) intron (NM_001172173, intron 3 of 6) -1721 NM_024969 80034 Hs.470479 NM_024969 ENSG00000178662 CSRNP3 FAM130A2|PPP1R73|TAIP-2|TAIP2 cysteine and serine rich nuclear protein 3 protein-coding 0.995 1.173 nan 1.275 0.150 1.255 0.606 0.142 0.268 1.686 0.344 0.039 0.046 0.186 0.050 1.128 0.702 0.622 1.681 0.184 0.015 0.074 0.144 0.323 0.147 0.048 2.838 0.054 0.104 0.041 0.066 0.676 0.036 0.074 0.118 0.038 0.104 0.066 0.020 0.080 0.222 0.052 0.088 0.089 2.397 2.893 2.017 2.325 1.014 0.995 2.991 1.644 1.682 1.590 4.145 4.306 1.261 1.292 2.963 2.368 1.439 2.602 0.054 0.012 1.375 2.025 1.528 0.717 0.044 0.052 0.006 0.107 0.477 1.688 0.453 0.004 0.004 0.742 0.006 0.341 0.090 0.004 0.019 0.018 0.100 0.274 0.060 0.080 0.056 0.039 0.021 1.686 0.082 0.622 0.045 0.061 0.279 0.046 0.390 0.033 0.003 0.020 0.043 0.063 1.865 0.218 0.018 0.057 0.018 0.006 27 chr1 7528734 7533650 + 0 NA intron (NM_015215, intron 6 of 22) intron (NM_015215, intron 6 of 22) -300137 NM_004781 9341 Hs.66708 NM_004781 ENSG00000049245 VAMP3 CEB vesicle associated membrane protein 3 protein-coding 1.579 nan 0.775 0.634 0.352 0.865 0.394 0.539 1.172 0.332 0.097 0.038 0.034 0.155 0.177 0.141 0.219 2.895 0.027 0.258 0.417 0.022 0.298 4.664 0.787 0.478 4.029 0.328 0.109 0.044 1.358 0.696 0.139 0.451 2.957 8.396 1.082 0.377 0.145 0.691 0.348 1.570 0.040 0.128 0.434 0.639 0.335 0.788 1.141 1.373 0.691 0.327 0.222 0.353 0.429 nan nan 1.718 nan 0.367 0.618 0.760 0.449 0.636 0.529 1.080 0.763 0.530 5.224 0.707 0.859 2.545 0.132 1.001 2.623 1.909 0.330 2.928 0.156 0.111 2.737 0.270 0.222 0.626 0.063 5.803 1.614 0.758 2.085 1.832 1.172 0.029 0.618 0.219 1.048 2.967 0.618 0.935 2.039 2.051 0.257 1.418 0.501 0.070 0.103 0.188 1.094 0.157 0.059 0.041 787 chr13 50224730 50246181 + 0 NA intron (NM_032565, intron 3 of 3) intron (NM_032565, intron 3 of 3) 30168 NR_103803 84650 Hs.433278 NM_032565 ENSG00000123179 EBPL EBRP emopamil binding protein like protein-coding 1.208 nan nan 0.248 0.087 0.145 0.105 0.162 0.017 0.180 0.146 0.099 0.049 0.147 0.021 0.116 0.099 0.242 0.232 0.224 0.069 0.060 0.028 0.073 0.244 0.117 0.049 0.180 0.007 0.130 0.065 0.092 0.178 0.038 0.043 0.177 0.026 0.065 0.290 0.030 0.045 0.267 0.199 0.079 0.143 0.105 0.556 0.594 0.181 0.209 0.480 0.604 nan 0.316 0.295 0.300 0.302 0.476 0.615 0.478 0.851 0.619 0.280 0.429 0.144 0.136 1.599 nan 0.299 0.230 0.081 0.142 0.013 0.056 0.172 0.252 0.026 0.074 0.037 0.049 0.158 0.031 0.109 0.136 0.073 0.043 0.036 0.051 0.034 0.122 0.133 0.079 0.041 0.136 0.180 0.099 0.065 0.242 0.057 0.062 0.045 0.062 0.080 0.016 0.010 0.037 0.135 0.048 0.088 0.951 0.036 0.054 0.030 0.007 2331 chr6 52969303 52996379 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 30783 NM_003643 8521 Hs.23589 NM_003643 ENSG00000137270 GCM1 GCMA|hGCMa glial cells missing homolog 1 protein-coding 1.411 1.633 nan 0.358 0.459 0.333 0.181 0.092 0.032 0.210 0.156 0.060 0.288 0.846 0.042 0.289 0.135 0.428 0.166 0.243 0.041 0.369 0.902 0.396 4.351 0.781 1.032 0.457 1.020 0.103 0.076 0.144 0.306 0.205 0.054 0.124 0.207 0.223 0.141 0.871 0.093 0.847 0.402 0.059 1.026 0.323 0.444 0.408 4.247 3.078 0.337 0.406 3.488 0.977 0.382 0.351 0.182 0.437 2.725 2.570 0.448 0.260 0.207 0.379 2.888 3.184 0.418 0.855 1.344 0.826 0.037 2.154 0.116 0.092 0.226 0.072 0.016 0.330 0.133 0.024 0.065 0.904 0.141 0.136 0.071 0.040 0.639 0.072 0.108 0.228 0.219 0.108 0.276 0.832 0.210 0.802 0.092 0.428 0.231 0.474 0.022 0.077 0.522 0.040 0.693 0.300 0.061 0.059 0.140 0.151 0.454 0.745 0.022 0.017 1902 chr3 52048952 52098063 + 0 NA Intergenic Intergenic 16954 NM_001947 1849 Hs.591664 NM_001947 ENSG00000164086 DUSP7 MKPX|PYST2 dual specificity phosphatase 7 protein-coding 1.194 1.324 nan 0.257 0.479 0.371 0.225 0.927 0.033 0.365 0.290 0.063 0.704 1.133 0.726 0.358 0.201 0.310 0.832 0.246 0.605 2.055 0.968 0.216 1.664 0.501 0.274 0.929 0.471 0.512 0.178 0.057 2.449 0.361 0.099 0.599 0.332 0.578 1.445 0.618 0.446 2.179 1.199 0.454 0.388 0.211 0.846 1.265 0.847 1.185 1.120 1.150 1.316 0.433 0.588 0.633 0.537 0.870 0.688 1.053 nan 3.771 0.645 0.921 0.845 0.786 1.291 3.144 1.314 0.649 0.293 0.976 0.203 0.536 0.228 0.529 0.088 0.513 0.531 0.475 0.429 0.194 0.313 1.886 2.259 1.018 0.481 0.247 0.188 1.202 0.400 1.193 0.219 0.244 0.365 0.911 0.583 0.310 0.339 0.160 0.461 1.416 0.808 0.871 0.211 0.645 1.042 0.239 0.284 1.278 0.525 0.334 0.446 0.351 1561 chr2 60748293 60785299 + 0 NA intron (NM_138559, intron 2 of 4) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 13837 NM_018014 53335 Hs.370549 NM_018014 ENSG00000119866 BCL11A BCL11A-L|BCL11A-S|BCL11A-XL|BCL11a-M|CTIP1|DILOS|EVI9|HBFQTL5|ZNF856 B-cell CLL/lymphoma 11A protein-coding 2.556 0.620 nan 1.090 0.272 1.178 0.558 0.095 0.347 1.564 0.075 0.037 0.194 0.732 0.053 0.964 0.615 0.698 2.840 0.714 0.020 0.081 0.117 0.212 1.788 0.900 0.888 2.784 0.079 0.483 0.138 0.110 1.931 0.451 0.098 0.136 0.157 0.573 1.400 0.365 1.253 1.513 5.770 0.070 0.076 0.188 1.037 1.126 4.756 5.213 4.915 3.977 nan 0.128 1.795 1.819 2.473 3.165 1.690 2.328 3.710 4.352 0.795 1.718 1.449 1.088 2.308 3.153 1.105 0.906 0.900 0.261 0.005 1.538 0.629 4.180 0.030 0.344 0.171 0.024 0.174 0.288 2.726 0.216 0.994 0.490 0.330 1.102 0.923 0.342 0.163 0.619 0.297 0.833 1.564 0.372 0.045 0.698 0.693 0.197 0.957 2.058 0.937 0.225 0.018 0.090 0.042 0.143 0.858 1.397 0.160 0.074 0.037 0.022 161 chr1 114470866 114491689 + 0 NA intron (NM_198268, intron 1 of 15) AluSz|SINE|Alu -9130 NR_110726 101928846 Hs.232534 NR_110725 ENSG00000235527 HIPK1-AS1 - HIPK1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.396 1.617 0.659 0.972 0.790 0.404 0.553 0.170 0.617 0.994 0.201 0.168 0.653 0.281 0.368 0.162 0.648 0.617 0.539 0.214 0.783 0.255 0.892 1.153 0.829 0.638 1.634 0.319 0.682 0.734 0.153 0.672 0.221 0.371 0.796 0.098 0.470 0.480 0.408 0.171 0.697 1.189 0.573 1.283 0.462 0.787 0.957 1.198 1.817 1.328 nan 1.360 0.556 1.919 1.931 1.586 2.218 1.068 1.673 1.562 1.377 0.885 1.796 0.376 0.313 2.408 4.231 0.924 0.708 0.248 0.372 0.212 0.835 0.471 0.855 0.477 0.568 0.379 0.395 0.236 0.054 0.505 0.643 0.428 0.222 0.374 0.339 0.456 0.557 0.514 0.732 0.300 0.894 0.617 0.851 0.811 0.648 0.177 0.235 0.207 1.517 0.341 0.284 0.246 0.265 0.176 0.491 0.490 1.395 0.304 0.286 0.343 0.225 1866 chr22 50322109 50364931 + 0 NA Intergenic Intergenic -10623 NM_001001852 415116 Hs.530381 NM_001001852 ENSG00000198355 PIM3 pim-3 Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase protein-coding 1.137 1.256 nan 0.712 4.385 1.826 0.863 2.980 0.469 2.574 0.986 0.138 0.961 2.744 1.767 0.633 0.299 1.786 1.467 1.803 0.370 4.181 0.934 0.599 13.044 6.838 6.220 1.383 1.050 0.639 1.149 0.111 0.787 0.432 0.280 1.957 0.629 1.108 0.781 1.330 1.582 2.264 4.624 1.474 1.401 2.340 1.472 2.581 1.112 2.132 1.828 1.638 1.138 0.433 1.918 1.871 0.319 0.568 2.582 3.777 1.163 1.091 0.754 1.150 1.074 1.353 1.003 1.214 1.600 0.884 0.707 1.308 1.127 0.529 0.607 0.448 0.166 0.721 0.828 1.014 1.183 0.284 0.592 2.068 1.466 0.660 0.850 0.444 0.285 0.770 2.865 1.512 4.526 5.657 2.574 3.626 0.922 1.786 1.729 5.216 0.491 2.667 3.525 0.822 0.286 0.772 0.529 0.346 0.544 0.414 0.267 0.546 0.605 0.344 2001 chr3 185813149 185828684 + 0 NA intron (NM_004454, intron 5 of 12) intron (NM_004454, intron 5 of 12) 5985 NM_004454 2119 Hs.43697 NM_004454 ENSG00000244405 ETV5 ERM ETS variant 5 protein-coding 3.520 2.005 2.665 0.427 1.189 1.452 0.669 1.116 0.631 1.059 2.376 0.104 0.426 1.459 0.998 0.105 0.142 0.038 1.729 0.870 0.224 1.248 0.520 2.687 2.933 1.843 1.188 4.575 0.576 10.181 1.032 0.084 nan 0.813 0.614 1.538 0.051 0.141 1.344 0.737 1.559 4.642 5.378 0.246 1.318 0.811 0.434 0.403 0.763 1.135 0.650 0.516 1.847 0.510 1.040 0.960 1.497 2.433 1.684 1.719 1.217 0.616 0.206 0.203 0.089 0.199 0.357 0.604 0.951 0.626 0.082 1.631 0.319 1.197 0.451 0.160 0.785 2.768 1.912 0.815 1.014 0.006 0.767 2.609 1.767 0.893 0.351 2.247 2.564 1.996 1.295 1.662 1.334 1.061 1.059 1.524 3.358 0.038 0.612 0.116 0.294 0.665 0.875 1.082 0.657 0.788 0.445 5.278 0.038 0.056 0.526 0.567 0.797 0.475 1310 chr18 34970776 34985376 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 2 of 12) intron (NM_001025087, intron 2 of 12) 68391 NR_132967 106635546 NR_132967 SNORA111 - small nucleolar RNA, H/ACA box 111 snoRNA nan 0.983 0.808 0.646 0.056 0.598 0.308 0.397 0.013 1.016 0.061 0.013 0.035 0.004 0.493 0.357 0.726 3.054 0.154 0.085 0.061 0.050 0.136 0.101 0.050 0.010 1.024 0.166 0.059 0.048 0.175 0.081 0.026 0.098 0.119 0.146 0.103 0.031 0.033 0.155 0.053 0.106 0.013 0.072 1.172 2.344 0.185 0.458 1.369 1.304 2.462 1.172 0.139 0.148 1.296 1.667 nan 1.904 2.479 2.918 0.244 0.371 2.160 1.614 1.017 0.895 3.483 2.383 1.922 0.067 0.013 0.075 0.041 0.328 0.029 0.015 0.091 0.071 0.444 0.390 0.082 0.091 0.027 0.018 0.153 0.166 0.109 0.106 0.024 0.027 0.327 1.016 0.023 0.006 0.726 0.050 0.012 0.485 0.116 0.093 0.816 0.014 0.114 0.107 0.055 0.054 0.239 0.021 0.058 0.036 0.014 109 chr1 53942473 53954579 + 0 NA Intergenic Intergenic 23454 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.048 0.578 1.095 0.072 0.060 0.263 0.107 0.045 0.005 0.220 0.234 0.084 0.031 0.096 0.035 0.051 0.082 0.060 0.173 0.088 0.031 0.050 0.026 0.081 nan 0.086 0.059 0.456 0.012 0.071 0.105 0.076 0.106 0.049 0.043 0.152 0.039 0.051 0.216 0.014 0.026 0.063 0.128 0.075 0.135 0.034 0.543 0.773 0.251 0.362 0.729 0.768 0.698 0.322 0.340 0.315 3.555 3.594 0.724 0.834 0.996 1.189 0.337 0.480 0.180 0.150 0.380 nan 0.398 0.494 0.133 0.050 0.008 0.061 0.034 0.059 0.040 0.054 0.127 0.199 0.023 0.080 0.183 0.019 0.032 0.069 0.013 0.019 0.122 0.114 0.070 0.038 0.045 0.220 0.088 0.038 0.060 0.030 0.027 0.611 0.215 0.300 0.028 0.014 0.052 0.046 0.047 0.164 0.093 0.019 0.039 0.048 0.017 2115 chr5 33309578 33317767 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -127130 NM_001258437 6897 Hs.481860 NM_152295 ENSG00000113407 TARS ThrRS threonyl-tRNA synthetase protein-coding 0.584 1.048 nan 0.226 0.465 0.095 0.177 0.401 0.007 0.046 0.371 0.256 4.201 6.128 0.130 0.153 0.192 0.045 0.113 0.214 1.119 4.613 2.353 0.220 3.646 1.069 1.344 0.294 3.329 0.144 0.027 0.157 0.700 1.383 0.092 0.659 0.682 1.676 0.478 3.093 0.040 0.833 0.145 1.012 0.294 0.531 0.419 0.149 0.305 0.394 0.235 0.312 0.145 0.074 0.148 0.155 0.236 0.456 0.177 0.299 0.468 0.110 0.232 0.251 0.082 0.130 0.105 0.168 0.238 0.421 0.007 2.415 0.122 0.374 0.086 0.058 0.034 0.160 0.044 0.009 0.157 0.035 0.020 0.374 0.096 0.124 0.138 0.133 0.209 0.171 0.109 0.017 0.145 0.390 0.046 3.608 0.437 0.045 0.555 0.375 0.048 0.093 0.247 2.083 0.155 3.461 3.348 0.072 0.059 0.016 0.305 1.810 0.028 0.044 2318 chr6 47272934 47279076 + 0 NA intron (NM_014452, intron 1 of 5) intron (NM_014452, intron 1 of 5) 1678 NM_014452 27242 Hs.443577 NM_014452 ENSG00000146072 TNFRSF21 BM-018|CD358|DR6 TNF receptor superfamily member 21 protein-coding 3.076 1.819 1.668 1.588 4.405 2.050 1.219 1.409 0.041 1.892 0.587 0.237 0.372 2.111 0.246 1.033 0.742 0.560 0.820 0.944 0.383 1.661 1.665 2.783 3.086 2.272 3.263 1.741 1.704 0.853 0.406 0.108 0.924 0.649 1.280 1.602 0.588 1.212 1.037 1.514 0.750 4.928 2.723 0.794 7.195 1.286 3.619 3.765 3.109 4.384 1.492 0.975 3.965 1.567 6.073 5.617 0.351 0.512 1.597 nan 0.986 1.117 1.405 3.943 3.024 2.367 2.760 2.550 2.182 1.163 0.137 2.626 0.577 1.281 0.472 0.657 0.022 1.836 1.709 0.085 0.141 0.390 0.347 1.829 0.414 0.304 1.653 0.612 0.630 2.415 1.829 1.498 1.095 0.934 1.892 2.780 2.354 0.560 0.915 1.865 0.410 2.735 2.975 0.503 1.374 1.048 0.612 0.505 0.699 0.584 0.607 4.428 0.225 0.169 2651 chr9 14236695 14264430 + 0 NA intron (NM_001190737, intron 2 of 10) intron (NM_001190737, intron 2 of 10) 63483 NM_005596 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.079 0.267 0.465 0.448 0.197 0.289 0.369 0.223 0.966 0.133 0.123 0.445 0.917 0.186 0.268 0.275 0.213 0.546 0.304 0.433 0.141 0.302 0.836 0.446 1.232 0.872 0.573 0.123 0.144 0.127 0.278 0.059 0.030 0.030 0.156 0.473 0.168 0.488 0.164 0.461 0.537 0.413 0.625 0.349 0.212 0.165 2.125 5.907 0.467 0.600 0.625 0.277 0.224 0.245 6.091 9.234 0.805 0.916 0.376 0.192 0.354 0.425 0.262 0.397 0.355 0.834 1.167 0.954 0.289 0.803 0.384 0.706 0.015 0.089 0.025 0.276 0.080 0.005 0.166 0.031 0.080 0.180 0.143 0.087 0.338 0.056 0.140 0.341 0.299 0.115 0.529 0.337 0.223 0.416 0.257 0.275 0.115 0.400 0.021 0.149 0.059 0.533 0.228 0.205 0.814 0.058 0.096 0.097 0.457 0.428 0.058 0.060 1239 chr17 60850097 60889078 + 0 NA intron (NM_001288780, intron 3 of 10) intron (NM_001288780, intron 3 of 10) 14427 NM_001100875 162333 Hs.665663 NM_152598 ENSG00000173838 MARCH10 MARCH-X|RNF190 membrane associated ring-CH-type finger 10 protein-coding 1.385 nan 1.010 0.617 0.841 1.693 0.890 2.078 0.131 1.079 0.398 0.112 0.712 1.346 0.174 0.732 0.249 2.279 0.564 1.328 0.140 0.927 0.606 1.498 9.481 4.408 1.261 1.405 1.740 0.132 0.072 0.112 0.643 0.457 0.288 0.150 0.321 1.238 0.458 1.719 0.137 1.086 0.323 0.720 2.204 0.466 1.568 1.922 1.466 1.709 0.989 0.858 1.270 0.374 3.758 4.098 0.357 nan 3.720 4.290 0.954 0.776 0.748 1.097 0.496 0.732 0.282 0.428 0.954 0.719 0.313 2.297 0.235 1.107 0.137 1.885 0.043 0.995 0.697 0.143 0.399 0.058 0.824 0.947 0.145 0.058 0.686 0.064 0.087 1.797 0.631 0.139 1.013 1.890 1.079 2.010 1.531 2.279 0.977 1.981 0.366 0.754 1.028 1.334 0.494 1.346 0.205 0.083 0.459 0.091 1.481 1.003 0.612 0.388 769 chr12 133483561 133486919 + 0 NA Intergenic CpG 20812 NR_110919 101928530 Hs.560003 NR_110919 ENSG00000236617 LOC101928530 - uncharacterized LOC101928530 ncRNA 1.365 2.269 0.586 2.230 0.130 1.025 0.575 0.253 0.981 4.245 0.312 0.122 0.281 1.104 0.018 0.371 0.394 1.782 0.405 0.130 0.062 0.063 0.105 0.029 0.096 0.105 6.120 1.263 1.051 4.065 0.252 1.642 1.056 0.355 1.781 0.473 2.100 0.444 0.472 0.871 1.026 1.146 0.336 0.990 0.573 1.087 0.048 0.133 3.745 3.274 3.762 1.270 1.089 0.939 0.083 0.241 nan 3.760 0.953 1.026 0.803 1.367 0.822 0.542 1.071 1.306 0.332 0.183 2.768 2.290 0.543 0.382 0.029 3.014 0.579 0.785 0.668 0.482 1.061 0.054 14.615 0.165 0.018 0.475 0.023 2.022 0.121 2.638 4.245 2.045 1.163 1.782 0.037 0.049 1.012 2.358 0.303 0.012 0.918 0.369 0.473 0.256 0.182 0.394 0.078 1556 chr2 47560842 47589814 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -3115 NR_110208 101927043 Hs.515976 NR_110207 ENSG00000234690 LOC101927043 - uncharacterized LOC101927043 ncRNA 1.156 nan 1.495 1.824 0.863 1.326 0.754 0.928 0.574 1.158 0.302 0.145 1.717 2.256 1.029 0.854 0.599 1.590 0.503 0.851 0.060 1.555 1.209 0.716 nan 1.618 1.415 5.862 1.674 0.923 0.583 0.145 0.576 1.250 0.215 1.357 0.251 0.569 0.866 1.074 0.646 0.721 1.919 0.151 0.882 0.618 2.257 2.577 0.353 0.568 nan 2.728 2.956 1.214 4.670 5.060 0.361 0.675 5.991 6.462 2.364 2.115 1.508 1.858 0.954 0.903 1.358 nan nan 0.977 4.013 3.816 0.468 0.595 0.323 2.546 0.309 1.540 1.214 0.130 0.627 0.141 0.546 0.459 0.323 0.169 1.646 0.517 0.680 1.949 2.100 0.228 0.547 1.201 1.158 1.919 1.577 1.590 0.545 1.086 0.443 0.617 0.486 0.892 0.418 1.472 0.148 0.895 1.211 0.281 0.221 1.423 0.596 0.532 1181 chr17 38293963 38298373 + 0 NA promoter-TSS (NM_007359) promoter-TSS (NM_007359) -339 NM_007359 22794 Hs.743287 NM_007359 ENSG00000108349 CASC3 BTZ|MLN51 cancer susceptibility candidate 3 protein-coding nan 3.131 2.162 1.540 17.701 4.519 2.774 4.085 7.027 2.153 2.437 0.472 1.029 3.343 3.729 2.596 1.557 3.734 2.800 1.824 1.039 2.201 0.839 2.850 2.911 1.705 2.201 6.299 1.063 3.477 2.405 0.064 5.849 1.831 2.977 3.059 0.337 2.199 2.339 1.800 1.119 3.259 5.192 2.218 1.775 1.180 4.119 4.251 3.836 6.445 nan 5.129 5.293 2.657 14.071 15.628 3.152 4.559 4.523 7.338 nan 5.767 2.880 3.784 2.034 2.262 5.059 5.787 3.046 1.721 2.973 2.422 0.805 1.122 0.998 3.054 1.769 2.116 1.996 1.921 3.699 0.325 2.352 3.527 2.081 0.917 0.838 1.693 1.699 2.422 4.366 2.719 2.487 1.650 2.153 4.557 2.249 3.734 1.582 2.235 0.682 3.834 1.819 1.829 0.644 1.987 1.616 1.905 1.098 1.506 1.646 1.304 1.972 1.701 1809 chr21 40127947 40132424 + 0 NA intron (NR_027065, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu -6004 NR_027067 400866 Hs.278704 NM_001001789 ENSG00000223806 LINC00114 C21orf24|NCRNA00114 long intergenic non-protein coding RNA 114 ncRNA nan 0.592 0.937 0.098 0.505 0.310 0.288 1.034 0.027 0.339 0.264 0.178 0.128 0.343 0.126 0.104 0.148 0.465 0.408 0.194 2.626 1.219 0.725 0.130 0.355 0.143 0.095 0.458 0.098 0.072 0.048 0.081 0.829 0.485 0.069 0.396 1.255 2.866 1.174 0.194 0.214 0.133 0.491 0.732 0.198 0.209 0.727 1.431 0.318 0.508 0.502 0.496 nan 0.311 0.241 0.179 0.192 nan 1.205 1.416 0.949 0.309 0.579 0.889 0.746 0.194 0.237 0.498 0.908 0.761 0.474 0.170 1.018 0.022 0.079 0.031 0.172 0.016 0.233 0.024 0.042 0.017 1.865 0.825 0.385 0.088 0.034 0.054 0.183 0.178 0.016 0.056 0.224 0.339 0.177 0.164 0.465 0.164 0.107 0.265 0.176 0.572 0.028 0.301 7.356 0.087 0.436 0.166 0.105 0.553 0.141 0.113 803 chr13 79167507 79184078 + 0 NA exon (NM_006237, exon 2 of 2) exon (NM_006237, exon 2 of 2) 1903 NM_006237 5457 Hs.654522 NM_006237 ENSG00000152192 POU4F1 BRN3A|Oct-T1|RDC-1|brn-3A POU class 4 homeobox 1 protein-coding nan nan 0.680 0.726 0.074 0.618 0.443 0.091 0.112 1.152 0.111 0.059 0.023 0.152 0.011 0.292 0.156 1.040 0.245 0.375 0.007 0.058 0.108 0.233 0.155 0.030 1.366 0.089 0.219 0.052 0.068 0.164 0.078 0.042 0.033 0.075 0.179 0.276 0.033 0.025 0.444 0.056 0.097 0.064 0.037 3.090 4.335 0.370 0.454 1.899 1.588 0.929 0.283 0.328 0.371 0.703 0.975 0.477 0.544 1.063 1.177 0.698 1.221 0.281 0.214 0.157 0.459 0.885 0.493 0.396 0.107 0.016 0.115 0.858 0.009 0.129 0.029 0.031 0.107 0.017 2.400 0.312 0.069 0.043 0.032 0.090 0.052 0.205 0.172 0.199 0.019 0.015 1.152 0.172 0.073 1.040 0.029 0.145 0.093 0.215 0.690 0.004 0.003 0.009 0.040 0.021 0.256 0.065 0.023 0.029 0.021 0.003 2744 chrX 12988069 13028491 + 0 NA Intergenic MSTC|LTR|ERVL-MaLR 15054 NM_021109 7114 Hs.437277 NM_021109 ENSG00000205542 TMSB4X FX|PTMB4|TB4X|TMSB4 thymosin beta 4, X-linked protein-coding 1.174 nan 1.293 1.259 1.655 1.193 0.563 1.031 0.306 0.357 1.231 0.155 0.789 1.344 0.508 0.206 0.148 0.907 0.211 1.314 0.110 1.144 0.811 1.703 1.154 0.565 2.069 3.074 1.622 2.304 1.720 0.068 0.895 0.389 0.524 1.718 0.439 1.359 1.520 0.740 0.199 0.864 0.555 0.514 1.344 0.531 0.286 0.285 0.814 1.751 1.434 1.132 3.648 1.384 0.663 0.656 0.953 1.264 1.584 1.543 1.278 1.210 0.391 0.626 1.243 1.238 0.671 1.192 1.020 0.680 0.257 1.198 0.406 2.598 0.237 0.165 0.014 1.907 1.605 0.176 1.344 0.212 0.269 0.592 0.470 0.245 1.077 0.210 0.242 1.052 1.267 0.444 0.608 1.611 0.357 1.826 0.632 0.907 0.296 0.530 0.241 0.799 0.733 0.778 0.871 1.155 0.165 1.494 0.213 0.198 0.857 0.566 0.207 0.170 2559 chr8 72739575 72780062 + 0 NA intron (NR_033652, intron 2 of 4) intron (NR_033652, intron 2 of 4) -3087 NM_005098 9242 Hs.442619 NM_005098 ENSG00000178860 MSC ABF-1|ABF1|MYOR|bHLHa22 musculin protein-coding 1.087 0.701 0.521 0.147 0.131 0.427 0.230 1.782 0.029 0.314 3.908 0.283 0.286 0.212 2.364 0.159 0.139 0.100 1.877 0.298 0.095 0.126 0.057 0.068 0.184 0.142 0.084 0.663 0.242 0.195 0.034 0.070 0.295 0.265 0.054 0.235 1.296 1.878 1.172 0.200 0.670 0.321 6.800 0.128 0.166 0.121 0.487 0.314 0.576 0.852 0.907 0.864 1.423 0.533 0.405 0.378 0.204 0.338 0.192 0.205 0.479 0.343 0.231 0.317 0.107 0.136 0.267 0.561 1.196 1.050 0.639 0.669 0.012 3.880 0.031 1.253 0.007 1.299 0.760 0.024 1.308 0.021 2.002 0.342 0.058 0.052 0.025 0.243 0.269 2.538 0.909 0.309 0.074 0.483 0.314 0.082 0.052 0.100 0.483 0.045 0.077 0.091 0.315 0.039 0.118 0.213 0.192 0.071 0.073 0.074 0.354 0.066 0.020 0.015 1766 chr20 56142335 56153279 + 0 NA Intergenic Intergenic 11670 NM_002591 5105 Hs.1872 NM_002591 ENSG00000124253 PCK1 PEPCK-C|PEPCK1|PEPCKC phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 protein-coding 1.672 1.762 0.688 0.088 0.090 0.805 0.397 0.108 0.011 1.391 0.111 0.087 0.067 0.075 0.208 0.165 0.098 0.221 0.196 0.011 0.088 0.171 0.191 0.112 0.154 0.259 0.027 0.215 0.108 0.092 0.168 0.000 0.007 0.034 0.014 0.038 0.128 0.020 0.032 0.206 0.123 0.063 0.071 0.086 1.012 nan 0.581 1.300 0.199 0.286 9.097 2.588 0.257 0.190 0.189 0.299 0.116 0.148 0.382 0.124 1.209 1.563 0.209 0.354 0.228 0.277 0.833 0.643 0.048 0.033 0.018 0.046 0.055 0.098 0.051 0.005 0.020 0.007 0.079 0.044 0.051 0.163 0.044 0.021 0.035 0.186 0.177 0.146 0.123 0.052 0.050 0.183 1.391 0.045 0.008 0.098 0.034 0.098 0.035 0.095 0.065 0.019 0.019 0.058 0.041 0.136 2.389 0.080 0.021 0.047 0.026 0.009 60 chr1 24642998 24652625 + 0 NA intron (NM_001195010, intron 1 of 15) intron (NM_001195010, intron 1 of 15) -1719 NM_021180 57822 Hs.657920 NM_021180 ENSG00000158055 GRHL3 SOM|TFCP2L4|VWS2 grainyhead like transcription factor 3 protein-coding 1.007 1.528 nan 0.955 2.201 0.747 0.267 0.681 2.091 1.118 1.674 0.118 0.494 0.711 0.066 0.036 0.087 0.462 0.305 1.147 0.333 2.166 2.627 0.307 3.205 1.256 3.251 2.495 0.480 0.313 0.045 0.104 1.312 0.378 0.937 0.937 0.163 0.172 1.940 2.302 1.257 1.924 5.736 0.267 1.588 1.059 0.439 0.491 2.330 9.400 1.215 1.239 0.729 0.140 0.705 0.860 0.215 0.429 2.702 3.136 0.308 0.230 0.606 0.704 0.451 0.407 0.299 0.456 0.372 0.395 0.924 1.398 0.357 0.581 0.096 0.939 0.058 0.690 0.567 0.228 0.307 0.040 0.116 1.496 0.196 0.195 1.241 0.696 0.537 0.238 0.866 0.237 0.597 1.239 1.118 3.418 0.411 0.462 1.031 2.267 0.151 1.574 0.049 0.065 0.172 0.488 0.083 0.206 0.064 0.247 1.853 0.072 0.021 1245 chr17 66504204 66512556 + 0 NA promoter-TSS (NM_001276289) promoter-TSS (NM_001276289) -140 NM_001276289 5573 Hs.280342 NM_002734 ENSG00000108946 PRKAR1A ACRDYS1|ADOHR|CAR|CNC|CNC1|PKR1|PPNAD1|PRKAR1|TSE1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit alpha protein-coding 4.628 nan 6.449 6.797 2.502 7.142 3.852 3.781 0.868 3.003 2.224 0.175 0.929 2.170 3.331 3.893 1.784 4.818 2.036 1.987 0.726 1.595 0.717 3.415 8.632 7.503 3.191 11.981 1.242 1.457 2.845 0.107 5.411 1.822 1.148 2.873 0.459 1.569 1.855 1.466 1.174 5.083 3.798 2.403 1.557 1.688 3.828 4.920 3.700 4.684 8.351 7.170 5.064 2.706 4.640 4.910 2.258 nan 12.479 15.812 5.667 5.157 1.849 4.160 5.804 5.351 2.947 3.296 4.700 2.171 1.379 1.938 1.053 1.241 2.692 3.826 1.361 1.603 1.946 1.785 5.019 1.041 2.071 4.735 2.123 0.739 0.655 0.689 0.747 2.812 3.421 3.524 4.125 1.882 3.003 4.577 0.845 4.818 1.349 1.505 1.084 4.371 3.410 1.185 0.885 1.552 0.915 0.689 1.473 0.684 1.565 0.877 1.441 0.670 1400 chr19 13249759 13293790 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 10492 NM_004907 9592 Hs.501629 NM_004907 ENSG00000160888 IER2 ETR101 immediate early response 2 protein-coding 4.110 2.589 2.778 1.469 2.650 2.820 1.339 2.126 1.356 1.460 2.076 0.634 1.709 3.224 4.187 1.018 0.535 2.224 1.363 1.963 0.847 4.173 1.583 3.551 nan 4.197 3.985 1.571 1.630 1.207 2.639 0.122 1.892 1.399 0.833 3.558 0.798 3.063 2.637 2.077 2.344 2.683 2.972 1.300 4.548 1.113 2.601 2.871 1.901 3.625 2.009 1.770 4.626 2.284 2.827 2.980 1.483 1.981 3.865 4.436 3.166 2.927 1.071 2.080 3.175 2.791 2.551 4.613 1.936 1.157 3.124 3.215 2.275 2.254 0.538 1.152 1.983 3.649 4.067 1.446 2.838 0.716 1.005 4.287 2.985 1.205 2.074 0.657 0.465 5.142 3.687 6.396 1.522 2.710 1.460 4.231 3.079 2.224 1.579 3.320 0.746 4.813 1.637 3.617 2.352 6.047 1.352 0.694 1.253 1.368 2.577 0.861 0.806 0.667 1067 chr16 57289109 57301493 + 0 NA intron (NM_015993, intron 2 of 3) intron (NM_015993, intron 2 of 3) 16263 NM_012106 23568 Hs.632873 NM_012106 ENSG00000102931 ARL2BP BART|BART1|RP66 ADP ribosylation factor like GTPase 2 binding protein protein-coding nan nan nan 0.459 0.495 0.416 0.142 0.419 0.020 1.114 0.114 0.168 0.444 0.913 0.656 0.153 0.060 0.387 0.223 1.614 0.209 0.692 0.433 0.320 1.807 1.016 0.375 0.503 0.789 0.278 0.087 0.081 0.818 0.373 0.400 0.420 0.078 0.085 0.820 0.635 1.386 3.404 3.689 0.369 0.313 0.286 0.406 0.479 0.167 0.273 0.400 0.412 0.350 0.152 0.249 0.270 0.222 nan nan nan nan 0.306 0.334 0.357 0.137 0.124 0.220 nan nan 0.609 0.192 2.526 0.062 0.294 0.126 0.487 0.089 0.992 0.595 0.103 0.529 0.031 0.051 0.254 0.195 0.228 0.327 0.145 0.160 0.194 0.359 0.187 0.070 0.915 1.114 0.961 0.485 0.387 0.257 0.067 0.133 0.121 0.230 0.285 0.583 0.754 0.433 0.232 0.149 0.055 0.551 0.262 0.214 0.120 691 chr12 51661183 51667159 + 0 NA promoter-TSS (NM_001033873) promoter-TSS (NM_001033873) 31 NM_001031628 57228 Hs.652389 NM_001031628 ENSG00000170545 SMAGP hSMAGP small cell adhesion glycoprotein protein-coding nan 1.237 1.598 0.970 4.309 0.733 0.242 1.914 2.027 0.570 0.766 0.163 1.522 3.408 0.658 0.422 0.222 0.868 0.220 1.291 0.394 5.355 2.507 2.064 3.733 1.621 2.093 2.685 2.059 0.718 0.762 0.062 1.415 2.337 0.804 1.450 0.143 1.196 2.239 3.176 0.678 4.601 5.393 1.367 3.890 1.145 nan 0.720 1.396 2.755 1.906 nan 1.879 0.587 2.221 2.347 0.387 nan 2.484 nan 0.665 0.686 0.680 1.099 0.485 0.415 0.217 0.432 0.735 0.678 0.102 4.653 1.053 2.175 0.049 0.416 0.833 3.603 4.808 0.978 0.470 0.032 0.173 3.965 3.832 1.864 3.052 1.316 0.998 8.403 3.296 6.638 0.423 2.439 0.570 3.594 13.528 0.868 1.438 1.993 0.032 3.102 0.255 3.211 3.133 2.953 0.852 0.462 0.329 0.062 2.111 0.823 4.250 4.193 2615 chr8 143472146 143495052 + 0 NA intron (NM_001291931, intron 1 of 10) intron (NM_001291931, intron 1 of 10) 1011 NM_001291931 203062 Hs.370931 NM_145003 ENSG00000171045 TSNARE1 - t-SNARE domain containing 1 protein-coding 1.712 0.903 nan 0.941 0.445 0.790 0.468 0.436 0.046 0.571 0.111 0.091 0.099 0.522 0.247 0.240 0.154 1.507 0.723 0.295 0.114 0.435 0.115 0.121 0.934 0.527 0.380 2.738 0.205 0.579 0.304 0.056 0.821 0.159 0.112 1.021 0.146 0.303 0.625 0.086 0.200 0.647 0.407 0.215 0.419 0.281 1.302 1.831 0.488 0.659 nan 3.335 nan 0.421 1.093 0.980 0.562 0.876 1.335 1.998 0.800 0.745 0.902 1.352 0.970 1.048 0.525 0.598 0.920 0.736 4.983 0.247 0.169 0.194 0.419 0.962 0.412 0.239 0.158 0.248 0.155 0.187 0.243 0.438 0.395 0.206 0.104 0.270 0.168 0.350 0.874 0.691 0.310 0.278 0.571 0.628 0.173 1.507 0.069 0.444 0.476 0.872 0.737 0.044 0.212 0.107 0.087 0.164 0.453 0.184 0.053 0.071 0.148 0.065 1676 chr2 232326703 232335772 + 0 NA Intergenic Intergenic -2032 NM_005381 4691 Hs.79110 NM_005381 ENSG00000115053 NCL C23 nucleolin protein-coding 4.325 nan 3.849 3.722 2.391 3.173 1.610 2.408 0.741 2.576 0.777 0.143 0.691 2.500 1.787 1.478 0.519 3.157 2.274 2.400 0.696 2.355 0.803 1.446 4.574 2.840 2.596 5.526 1.369 2.206 3.104 0.134 2.889 1.314 1.568 2.611 0.595 2.015 2.155 1.559 0.901 3.460 3.805 1.183 2.221 1.132 5.406 5.348 3.964 5.314 4.710 4.291 4.241 2.249 8.386 8.131 2.685 3.649 8.474 nan 6.828 9.236 3.488 6.070 2.983 2.733 7.250 6.347 1.840 1.123 2.343 2.195 0.980 1.253 1.218 1.674 1.507 1.395 1.909 1.456 3.246 0.440 1.194 2.385 2.380 1.242 1.226 1.261 1.150 1.711 2.217 2.337 1.209 1.987 2.576 3.534 3.371 3.157 1.197 1.253 0.652 4.426 1.645 0.860 1.634 1.752 0.786 1.392 1.646 1.965 1.379 0.586 1.439 0.810 1388 chr19 10303753 10326161 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -9146 NM_001130823 1786 Hs.202672 NM_001379 ENSG00000130816 DNMT1 ADCADN|AIM|CXXC9|DNMT|HSN1E|MCMT|m.HsaI DNA methyltransferase 1 protein-coding 1.415 2.177 1.330 1.428 1.542 1.363 0.598 0.600 0.454 1.034 0.492 0.243 0.727 1.757 0.970 0.525 0.350 1.356 0.738 0.561 0.299 1.551 0.686 0.437 nan 0.978 2.686 2.299 0.626 0.654 0.524 0.106 1.373 0.534 0.391 1.942 0.187 0.986 0.939 1.054 0.232 0.704 1.343 0.699 1.962 0.576 1.234 1.340 1.380 1.541 2.253 2.352 1.535 0.829 2.038 2.096 1.412 1.884 1.750 2.666 2.797 2.505 1.035 1.328 1.353 1.903 1.171 1.255 1.628 0.999 1.039 0.890 0.728 0.378 0.222 0.608 0.413 1.391 1.105 0.454 0.579 0.340 0.440 1.129 0.956 0.282 2.129 0.278 0.244 1.042 0.403 1.076 0.490 0.441 1.034 3.280 0.892 1.356 0.522 0.387 0.306 1.125 0.586 1.298 0.400 1.659 0.469 0.514 0.446 0.385 0.488 0.733 0.357 0.267 346 chr1 249131468 249134067 + 0 NA intron (NM_024836, intron 1 of 3) CpG 390 NM_024836 79894 Hs.521151 NM_024836 ENSG00000171161 ZNF672 - zinc finger protein 672 protein-coding 10.665 10.807 8.941 12.900 6.334 11.998 5.738 6.459 3.014 4.125 5.037 0.491 1.521 5.300 5.061 5.797 2.872 6.784 5.212 6.089 2.096 5.434 3.037 2.092 11.419 7.049 8.104 17.016 1.576 5.062 5.215 0.144 7.858 1.589 2.663 7.086 1.288 4.300 5.617 4.878 1.201 7.102 7.452 4.116 3.139 3.229 7.566 10.611 15.083 21.591 15.997 13.063 15.660 9.162 23.442 23.302 5.421 5.695 8.179 9.459 6.944 8.289 1.867 3.821 10.760 7.663 7.014 9.821 4.665 2.489 7.611 3.562 1.900 1.921 2.704 5.290 5.060 4.137 5.888 3.879 6.760 1.692 2.986 7.902 5.765 2.804 3.875 2.810 2.357 3.805 7.431 6.810 6.412 7.554 4.125 9.328 3.731 6.784 3.381 6.995 1.459 6.635 4.818 3.156 1.596 3.789 2.523 2.547 1.331 3.811 2.392 2.471 4.044 2.286 911 chr14 103619266 103629696 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 30884 NR_033938 100131366 Hs.147881 NR_033938 ENSG00000251533 LINC00605 - long intergenic non-protein coding RNA 605 ncRNA 0.831 0.541 0.531 0.129 0.208 0.200 0.077 0.498 0.071 0.259 0.830 0.243 0.311 0.475 0.089 0.097 0.047 0.195 0.172 0.496 0.119 0.229 0.222 0.417 3.207 0.413 0.324 0.398 1.902 0.083 0.063 0.103 0.341 0.124 0.285 0.268 0.176 0.357 0.345 0.250 0.602 0.666 0.555 0.408 5.990 0.070 0.308 0.401 0.350 0.505 0.456 0.624 0.164 0.117 0.322 0.277 0.190 0.332 0.304 0.474 0.675 0.423 0.379 0.503 0.093 0.088 0.219 0.319 0.367 0.501 0.062 0.803 1.323 0.096 0.040 0.126 0.053 0.971 0.447 0.049 1.202 0.082 0.045 0.199 0.094 0.048 0.126 0.074 0.069 0.144 1.350 0.262 0.469 2.719 0.259 0.436 0.097 0.195 0.703 1.836 0.018 0.095 0.043 0.114 0.085 0.442 0.258 0.077 0.124 0.024 0.254 0.090 0.017 0.041 427 chr10 126123192 126130581 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 11664 NM_001146340 390010 Hs.712041 NM_001146340 ENSG00000229544 NKX1-2 C10orf121|NKX-1.1|bB238F13.2 NK1 homeobox 2 protein-coding nan 0.754 0.506 0.126 0.504 0.248 0.155 0.118 0.286 0.121 0.100 0.205 1.638 4.081 0.068 0.106 0.100 0.097 0.105 0.294 0.034 4.766 2.108 0.089 8.842 2.885 2.565 0.267 1.970 0.127 0.030 0.084 1.019 0.164 0.071 1.055 0.075 0.176 0.415 4.308 0.505 1.920 0.864 0.047 2.534 0.959 0.256 0.109 0.289 0.631 0.139 0.134 0.410 0.116 0.150 0.156 0.083 0.231 0.375 0.410 0.170 0.079 0.098 0.081 0.086 0.116 0.096 0.202 0.352 0.270 0.037 3.944 0.401 0.074 0.026 0.071 0.037 1.588 1.156 0.079 0.101 0.020 0.096 0.099 0.106 0.081 2.791 0.042 0.048 0.097 0.209 0.078 0.032 2.533 0.121 4.643 0.062 0.097 0.446 1.120 0.026 0.157 0.096 0.221 0.233 0.942 0.045 0.062 0.037 0.493 3.875 0.007 2072 chr4 129304249 129312676 + 0 NA Intergenic Intergenic -40709 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 1.422 2.609 nan 1.713 0.983 0.610 0.381 1.080 0.066 0.836 1.533 0.268 0.316 0.547 0.143 0.868 0.204 0.199 0.234 1.355 0.235 0.816 2.331 0.793 1.336 0.361 0.418 2.855 1.216 0.152 0.065 0.112 2.121 0.672 0.189 0.926 1.921 4.757 0.648 0.414 0.161 0.882 0.161 0.802 0.434 0.457 0.212 0.129 0.880 2.909 0.174 0.329 1.134 0.285 0.109 0.117 1.015 1.551 1.384 3.668 1.531 1.729 0.232 0.436 2.348 2.320 0.418 0.944 1.179 0.791 0.322 1.579 1.605 1.911 0.072 0.115 0.033 0.793 0.539 0.554 1.354 0.540 0.078 0.172 0.079 0.075 0.372 0.046 0.129 3.291 1.070 0.318 2.705 1.203 0.836 0.314 0.055 0.199 0.480 1.519 0.182 0.089 0.397 0.919 0.164 0.859 0.447 0.068 0.308 0.323 0.319 1.872 0.062 0.012 82 chr1 38313482 38329224 + 0 NA intron (NM_005955, intron 2 of 10) AluSq|SINE|Alu 3939 NM_005955 4520 Hs.471991 NM_005955 ENSG00000188786 MTF1 MTF-1|ZRF metal regulatory transcription factor 1 protein-coding 1.896 nan 1.473 2.333 0.923 1.118 0.529 1.410 0.134 0.591 0.607 0.205 0.435 0.773 0.660 0.526 0.479 1.050 0.620 0.810 0.205 0.891 0.262 0.275 1.774 1.075 1.122 2.338 0.707 0.442 0.912 0.162 0.872 0.215 0.295 1.697 0.185 0.840 1.069 0.600 0.129 0.976 1.800 0.584 1.431 0.245 0.787 1.043 0.874 1.482 1.946 1.914 nan 0.578 1.838 1.934 1.750 2.291 7.468 8.438 nan 1.513 1.274 1.997 0.639 0.596 1.764 2.319 1.124 nan 0.466 1.884 0.310 0.594 0.330 0.600 0.352 0.592 0.513 0.520 1.485 0.031 0.349 1.058 0.437 0.278 0.173 0.204 0.201 0.501 0.747 0.634 0.497 0.854 0.591 1.186 1.311 1.050 0.636 0.658 0.265 1.177 0.389 0.383 0.265 0.426 0.226 0.132 0.452 0.515 0.356 0.354 0.413 0.214 2202 chr5 142618387 142634764 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 54510 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.333 1.289 0.432 0.964 0.324 0.235 2.382 0.309 0.969 1.447 0.169 1.542 2.536 1.400 0.287 0.086 0.498 0.098 0.831 0.764 2.348 2.051 3.616 4.059 1.882 0.691 0.378 2.036 0.235 0.052 0.094 3.611 3.292 1.109 2.737 0.983 3.325 0.762 4.288 0.277 1.015 0.754 1.262 1.329 0.980 0.237 0.102 0.321 1.150 0.283 0.340 2.284 0.838 0.329 0.291 1.927 2.585 0.732 0.533 1.049 1.075 0.154 0.181 0.672 1.059 0.248 0.790 0.949 0.604 0.030 5.066 1.325 3.152 0.042 0.204 0.051 5.668 4.967 0.288 2.417 0.192 0.092 5.238 1.329 0.594 2.253 0.033 0.060 4.771 1.601 1.195 1.287 1.413 0.969 1.634 6.159 0.498 0.906 0.699 0.356 0.402 0.594 4.260 2.388 2.523 1.847 0.063 0.042 0.083 3.330 1.980 1.639 1.076 650 chr12 11800587 11823235 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 9123 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 1.852 1.654 2.264 4.578 1.671 2.075 1.041 1.330 0.397 1.009 0.578 0.067 0.484 1.415 1.224 1.663 0.843 3.131 0.786 1.136 0.405 1.974 0.546 1.095 5.007 1.905 1.556 4.936 0.349 0.614 1.265 0.138 0.803 0.603 0.731 1.631 0.168 0.872 1.179 0.934 0.363 1.691 1.156 0.540 1.498 0.999 1.592 1.984 2.705 4.042 nan 4.204 4.080 1.921 4.696 4.721 1.160 1.731 4.678 7.446 1.999 2.033 1.405 2.355 0.869 0.749 1.168 1.285 1.379 0.784 2.010 0.899 0.617 1.708 1.066 1.704 0.831 1.392 1.490 0.412 0.594 0.184 0.305 1.432 0.990 0.409 1.161 1.015 0.952 2.442 1.919 2.136 0.691 0.926 1.009 1.794 1.005 3.131 0.329 0.852 0.116 2.725 0.698 0.874 1.180 0.932 0.825 0.733 1.125 0.515 0.730 0.566 1.320 1.015 1154 chr17 29024379 29041802 + 0 NA Intergenic CpG -3536 NR_144395 440423 Hs.628886 NR_024187 SUZ12P1 SUZ12P SUZ12 polycomb repressive complex 2 subunit pseudogene 1 pseudo nan nan nan 0.930 0.875 2.508 1.501 2.111 0.816 2.179 0.946 0.340 0.560 2.595 0.277 0.813 0.493 2.806 1.030 0.972 0.320 1.063 0.401 0.670 4.670 2.164 1.982 3.826 0.513 1.316 1.922 0.123 1.538 0.495 0.662 0.895 0.144 0.813 0.951 0.734 0.702 1.755 2.478 0.495 0.829 0.347 2.153 2.954 1.370 2.235 3.625 3.370 2.961 1.059 1.945 2.067 1.230 1.735 2.825 4.150 3.963 4.349 2.455 4.678 2.294 2.054 3.694 nan 1.423 0.828 2.135 1.074 0.685 0.337 0.482 2.095 1.464 0.893 0.531 1.082 0.885 0.903 1.779 0.900 0.588 0.315 0.904 1.440 0.956 0.988 2.481 1.292 0.797 0.765 2.179 3.722 0.444 2.806 0.435 0.450 0.653 2.139 0.821 0.136 0.231 0.654 0.288 0.672 1.748 2.498 0.489 0.264 0.364 0.135 2624 chr8 145148306 145154140 + 0 NA intron (NM_001916, intron 3 of 6) intron (NM_001916, intron 3 of 6) 1285 NM_001916 1537 Hs.289271 NM_001916 ENSG00000179091 CYC1 MC3DN6|UQCR4 cytochrome c1 protein-coding 3.830 1.669 nan 3.894 3.267 2.505 1.284 3.427 0.769 1.768 1.470 0.165 0.976 2.557 2.414 0.647 0.266 3.798 2.066 1.378 0.505 3.321 1.082 0.673 4.340 3.264 1.706 7.742 1.580 2.652 1.799 0.071 7.120 1.440 1.195 9.786 0.844 2.667 4.691 1.296 0.782 4.340 2.742 0.928 3.520 1.280 2.249 2.953 2.827 4.240 nan 5.284 nan 1.135 5.378 5.447 1.474 2.132 2.463 3.781 3.310 3.641 2.762 4.833 2.707 2.705 3.306 2.945 1.996 0.919 1.311 2.950 2.118 1.295 1.867 3.331 2.733 1.094 1.357 1.695 1.820 0.492 1.157 3.220 3.408 1.774 0.772 1.643 0.943 2.003 3.128 4.233 2.465 1.951 1.768 2.836 2.005 3.798 1.111 2.235 0.415 4.754 2.881 0.709 1.732 1.026 0.669 1.085 1.089 1.032 0.789 0.451 0.987 0.487 895 chr14 89762720 89773481 + 0 NA intron (NM_001085471, intron 3 of 6) AluSg4|SINE|Alu 115354 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 1.847 2.482 nan 3.215 0.037 0.979 0.439 0.359 0.048 1.107 1.688 0.179 0.089 0.294 0.073 1.730 0.577 2.941 0.285 0.287 0.012 0.635 0.375 0.193 1.711 0.563 1.711 8.259 0.381 0.884 0.090 0.142 0.148 0.531 0.304 0.767 0.190 0.409 0.320 0.143 0.045 0.123 0.538 0.068 0.048 0.571 0.280 0.193 0.704 0.548 5.346 4.193 1.616 1.951 0.421 0.459 1.425 1.994 5.289 11.284 0.766 0.420 0.120 0.198 0.475 0.553 0.295 0.454 nan 2.571 5.191 0.621 0.018 0.367 0.429 2.991 0.013 1.340 1.023 0.048 0.066 0.142 0.148 0.222 0.253 0.153 0.738 0.414 0.451 0.334 0.091 0.316 0.045 0.162 1.107 0.426 1.612 2.941 0.115 0.062 0.022 0.059 0.969 0.433 0.024 0.815 0.037 1.496 0.073 0.093 1.339 0.017 1.434 2.964 1763 chr20 55202874 55217935 + 0 NA intron (NM_003222, intron 5 of 6) intron (NM_003222, intron 5 of 6) 6046 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 2.513 2.594 6.377 0.047 0.565 0.154 0.042 0.105 0.668 0.086 0.054 0.128 0.063 0.373 3.231 0.020 0.060 0.048 0.168 0.928 0.238 1.682 0.343 0.501 2.773 1.470 2.957 2.298 0.698 0.092 0.345 0.112 1.161 0.455 0.520 0.498 0.112 0.146 1.715 0.746 0.500 3.766 3.542 0.640 1.957 0.238 1.259 nan 1.780 2.145 0.163 0.163 0.094 0.081 0.459 0.494 0.138 0.197 0.106 0.139 0.685 0.594 1.399 3.352 0.084 0.060 0.137 0.183 0.164 0.277 0.254 0.725 1.331 0.061 0.042 0.378 0.044 0.473 0.412 0.851 0.463 0.013 0.063 1.182 0.430 0.254 0.693 0.342 0.260 0.171 2.378 0.080 3.227 2.192 0.086 0.575 0.765 0.048 0.365 2.906 0.168 5.126 0.034 0.020 0.234 0.829 0.184 0.024 0.670 0.033 0.752 0.138 0.271 0.256 69 chr1 28968287 28976649 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -2644 NR_004407 26824 Hs.640266 NR_004407 ENSG00000270103 RNU11 RNU11-1|U11 RNA, U11 small nuclear snRNA 4.288 3.051 nan 5.982 3.084 3.843 1.606 3.542 1.682 3.200 2.033 0.617 1.024 2.192 4.091 1.835 1.155 1.735 2.359 2.397 0.652 2.666 1.351 1.376 6.947 3.668 2.761 7.999 1.346 2.002 3.300 0.172 4.381 0.957 1.444 2.393 0.901 4.517 2.745 2.773 0.593 3.296 4.331 1.234 1.888 1.333 7.100 7.043 5.590 7.890 8.897 8.656 5.862 3.979 11.988 13.068 5.675 6.569 5.502 8.111 7.821 7.841 6.235 6.894 3.259 3.545 6.560 8.521 3.802 2.093 4.597 2.517 1.072 2.403 1.699 3.627 1.612 1.911 1.931 1.485 3.120 0.363 1.347 3.721 2.471 0.971 1.154 0.982 0.960 2.847 2.548 2.888 2.214 1.837 3.200 2.380 3.880 1.735 1.064 1.725 1.054 4.233 1.948 1.880 1.069 1.902 1.201 1.611 2.121 2.863 1.775 1.108 0.723 0.483 1910 chr3 62569260 62577276 + 0 NA intron (NM_183394, intron 7 of 27) intron (NM_183394, intron 7 of 27) -214078 NM_018008 55079 Hs.241523 NM_018008 ENSG00000153266 FEZF2 FEZ|FEZL|FKSG36|TOF|ZFP312|ZNF312 FEZ family zinc finger 2 protein-coding 1.062 nan 1.400 0.120 0.197 0.170 0.100 0.301 0.062 0.165 0.131 0.081 0.667 0.650 0.024 0.101 0.073 0.104 0.108 0.181 0.216 0.236 3.785 0.182 0.732 0.184 0.101 0.258 1.433 0.259 0.041 0.044 0.099 0.765 0.048 0.137 0.079 0.128 0.129 0.533 0.010 0.143 0.090 0.071 0.072 0.091 0.170 0.321 0.261 0.236 0.340 0.335 0.252 0.098 0.088 0.107 2.196 2.451 0.168 0.202 0.582 0.452 0.227 0.297 0.069 0.127 0.211 nan 0.373 0.294 0.047 2.487 0.024 0.116 0.013 0.189 0.341 0.126 0.080 0.047 0.118 0.023 0.112 0.156 0.276 0.020 9.073 0.051 0.115 0.041 0.165 0.620 0.276 0.104 0.031 0.457 0.051 0.025 1.616 0.105 0.247 0.430 0.154 0.012 0.124 1.224 0.902 0.366 0.397 1157 chr17 30500376 30527723 + 0 NA intron (NR_110083, intron 8 of 20) AluSz6|SINE|Alu -35459 NR_002222 503640 Hs.631752 NR_002222 ARGFXP2 - arginine-fifty homeobox pseudogene 2 pseudo nan 1.201 1.012 0.144 0.141 0.381 0.153 0.329 0.018 0.079 0.202 0.156 0.230 0.682 0.072 0.091 0.081 0.065 0.229 0.235 0.036 0.565 0.346 0.224 0.182 0.136 0.213 0.358 0.124 0.254 0.166 0.249 0.332 0.074 0.050 0.462 0.034 0.081 0.336 0.458 0.107 0.256 0.516 0.203 0.188 0.111 0.355 0.354 0.222 0.315 nan 0.445 0.434 0.196 0.386 0.364 0.358 0.605 0.444 0.500 nan 0.993 0.169 0.221 0.159 0.214 1.825 6.048 0.500 0.310 0.106 0.455 0.047 0.044 0.139 0.025 0.442 0.277 0.040 0.152 0.038 0.181 0.118 0.031 0.020 0.291 0.068 0.040 0.164 0.301 0.065 0.035 0.107 0.079 0.282 0.071 0.065 0.071 0.086 0.043 0.067 0.041 0.305 0.026 0.176 0.151 0.092 0.058 2.526 0.078 0.127 0.051 0.041 1470 chr19 48315738 48333302 + 0 NA promoter-TSS (NM_000554) promoter-TSS (NM_000554) -577 NM_000554 1406 Hs.617342 NM_000554 ENSG00000105392 CRX CORD2|CRD|LCA7|OTX3 cone-rod homeobox protein-coding 1.139 0.774 1.124 0.076 0.090 0.316 0.238 0.068 0.007 0.079 0.068 0.118 0.011 0.048 0.047 0.055 0.066 0.061 0.123 0.226 0.014 0.046 0.024 0.104 nan 0.068 0.124 0.212 0.025 0.116 0.161 0.112 0.183 0.007 0.082 0.048 0.040 0.074 0.255 0.012 0.037 0.107 0.197 0.075 0.114 0.107 0.165 0.171 0.175 0.271 0.295 0.333 0.290 0.174 0.261 0.327 0.194 0.380 0.142 0.226 1.257 0.791 0.141 0.158 0.084 0.114 3.108 10.542 0.363 0.423 0.025 0.072 0.039 0.094 0.028 0.035 0.024 0.055 0.031 0.021 0.049 0.016 0.032 0.154 0.034 0.027 0.049 0.025 0.032 0.102 0.181 0.085 0.065 0.046 0.079 0.020 0.045 0.061 0.049 0.076 0.022 0.159 0.029 0.019 0.009 0.022 0.052 0.006 0.061 4.030 0.021 0.053 0.013 0.011 2762 chrX 153230983 153241626 + 0 NA TTS (NR_046608) TTS (NR_046608) 515 NM_005334 3054 Hs.83634 NM_005334 ENSG00000172534 HCFC1 CFF|HCF|HCF-1|HCF1|HFC1|MRX3|PPP1R89|VCAF host cell factor C1 protein-coding 5.075 4.125 5.811 3.792 4.667 9.214 4.585 4.855 2.689 6.320 1.379 0.091 0.662 2.124 3.363 1.383 0.559 4.580 2.824 2.175 1.326 3.916 0.802 2.039 6.824 4.568 5.240 8.689 1.525 3.264 1.877 0.043 4.807 0.897 1.433 2.861 0.616 2.775 3.097 1.959 0.995 2.468 4.036 1.905 2.571 2.073 8.162 8.210 4.513 6.273 10.214 9.679 6.886 5.155 15.622 16.585 2.598 3.462 6.692 9.831 9.043 9.738 4.366 6.228 4.756 5.613 7.942 5.863 2.418 1.419 4.007 3.823 0.987 1.385 3.195 9.378 2.604 1.724 2.445 1.493 4.569 1.152 4.110 5.021 4.098 1.719 3.120 1.026 0.912 3.616 3.412 3.419 0.966 2.493 6.320 3.122 1.809 4.580 1.863 2.607 1.207 5.675 1.830 2.268 2.619 2.225 2.033 2.305 2.052 2.610 3.242 1.432 2.019 1.410 224 chr1 159141322 159159133 + 0 NA intron (NM_001346510, intron 1 of 8) intron (NM_001346510, intron 1 of 8) 8678 NM_001346510 57863 Hs.365689 NM_021189 ENSG00000162706 CADM3 BIgR|IGSF4B|NECL1|Necl-1|TSLL1|synCAM3 cell adhesion molecule 3 protein-coding nan nan 1.318 0.039 0.048 0.189 0.144 0.203 0.021 0.079 0.097 0.090 0.011 0.065 0.056 0.124 0.186 0.054 0.321 0.165 0.138 0.056 0.072 0.063 0.049 0.074 0.521 0.024 0.059 0.062 0.091 0.081 0.026 0.059 0.059 0.035 0.112 0.136 0.031 0.013 0.157 0.170 0.114 0.049 0.088 0.571 0.610 0.366 0.454 0.297 nan 0.166 0.095 0.054 0.068 4.012 4.653 0.717 0.951 2.105 2.026 0.790 1.153 0.089 0.090 0.685 1.439 0.669 0.589 0.216 0.052 0.005 0.103 0.080 0.119 0.010 0.124 0.040 0.025 0.125 0.026 0.045 0.110 0.027 0.018 0.017 0.022 0.013 0.151 0.128 0.052 0.035 0.044 0.079 0.064 0.026 0.054 0.056 0.028 0.148 0.102 0.029 0.015 0.010 0.063 0.131 0.032 0.390 0.217 0.013 0.042 0.026 0.011 2711 chr9 130299065 130349879 + 0 NA intron (NM_001035534, intron 1 of 13) intron (NM_001035534, intron 1 of 13) 6924 NM_022833 64855 Hs.522401 NM_022833 ENSG00000136830 FAM129B C9orf88|MEG-3|MINERVA|OC58|bA356B19.6 family with sequence similarity 129 member B protein-coding nan 2.253 3.522 3.608 2.427 2.361 1.055 2.916 1.281 0.723 0.855 0.255 1.791 4.967 1.375 1.047 0.490 3.523 0.335 2.008 0.802 5.545 1.442 1.596 9.262 4.919 3.000 4.565 2.438 0.331 0.289 0.076 2.734 1.727 1.771 1.931 0.483 1.334 1.619 1.859 0.755 2.120 2.319 1.134 1.785 0.865 0.547 0.727 0.738 1.565 5.213 5.736 nan 0.447 1.417 1.572 0.722 1.058 5.233 6.200 1.793 1.710 0.300 0.414 2.111 2.038 0.411 0.504 1.573 0.803 1.201 2.949 1.711 1.287 0.382 0.591 0.052 2.740 2.841 0.486 2.618 0.881 0.300 2.902 2.807 1.190 2.501 0.396 0.350 3.897 2.605 4.675 0.262 2.472 0.723 6.229 2.270 3.523 1.155 3.514 1.021 1.276 0.623 3.181 2.394 2.236 1.542 0.152 0.122 0.151 2.223 0.998 2.635 2.087 2100 chr5 1311038 1359945 + 0 NA intron (NM_030782, intron 5 of 16) intron (NM_030782, intron 5 of 16) 9694 NM_030782 81037 Hs.444673 NM_030782 ENSG00000049656 CLPTM1L CRR9 CLPTM1 like protein-coding 0.846 1.913 6.084 1.849 0.283 1.353 0.652 0.689 1.144 0.476 0.332 0.125 0.380 1.198 0.733 0.618 0.493 2.330 0.967 0.605 0.299 1.100 0.281 0.506 3.389 1.396 2.264 1.672 0.278 0.571 3.278 0.196 1.118 0.275 0.573 2.396 0.319 1.376 0.847 0.261 0.213 1.396 0.560 0.657 0.707 0.589 1.338 1.520 0.615 nan 3.264 2.943 2.129 0.842 0.322 0.317 1.207 1.813 nan 2.381 nan 1.241 0.592 0.833 0.612 0.635 0.285 0.396 1.722 nan 1.369 0.913 0.325 0.643 0.866 1.514 0.635 0.568 0.579 1.229 0.292 0.134 0.395 2.176 3.416 1.412 0.606 0.549 0.541 0.464 0.782 0.356 0.601 2.015 0.476 1.776 0.388 2.330 0.401 0.736 0.368 0.333 0.944 0.790 0.372 0.749 0.722 0.271 0.461 0.195 0.311 0.146 1.244 1.002 1982 chr3 172276917 172283611 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -38967 NM_001190942 8743 Hs.478275 NM_003810 ENSG00000121858 TNFSF10 APO2L|Apo-2L|CD253|TL2|TNLG6A|TRAIL tumor necrosis factor superfamily member 10 protein-coding 1.153 1.134 0.842 0.263 6.181 0.781 0.430 0.621 0.055 0.248 6.060 0.573 0.373 1.075 6.794 0.466 0.197 0.394 0.086 1.128 0.314 1.351 0.754 1.605 1.499 0.447 7.326 0.317 1.420 0.478 0.097 0.057 1.249 0.351 0.534 2.488 0.306 0.532 1.075 1.665 0.685 1.564 4.642 0.314 2.537 0.109 0.196 0.220 0.646 1.297 0.261 0.488 0.910 0.499 0.264 0.208 0.324 0.696 1.237 1.161 0.625 0.291 0.243 0.468 0.284 0.651 0.429 0.417 0.528 0.534 0.084 1.650 1.141 0.761 0.059 0.126 3.437 2.790 2.067 0.743 0.029 0.047 0.797 0.342 0.198 0.386 0.206 0.606 1.379 0.578 0.170 3.140 5.581 0.248 0.438 0.177 0.394 1.045 4.409 0.029 0.283 0.076 0.922 0.841 1.074 0.748 0.804 0.192 0.148 0.479 1.767 0.069 0.076 1006 chr16 2279321 2286869 + 0 NA exon (NM_004424, exon 7 of 14) exon (NM_004424, exon 7 of 14) -3373 NM_001374 1775 Hs.103503 NM_001374 ENSG00000167968 DNASE1L2 DNAS1L2 deoxyribonuclease 1 like 2 protein-coding 0.761 nan 2.625 4.341 0.105 0.405 0.148 0.259 0.207 0.049 0.085 0.182 0.017 0.186 0.139 0.205 0.302 0.292 0.021 0.145 0.014 0.162 0.723 0.203 0.176 0.734 0.040 0.280 0.191 0.082 0.391 0.110 0.114 0.110 0.011 0.073 0.294 0.014 0.127 0.872 0.307 0.055 0.091 0.069 0.306 0.310 0.200 0.351 1.324 1.392 nan 0.266 0.403 0.318 0.210 nan 1.431 1.630 0.351 0.324 0.201 0.211 0.271 0.282 0.256 0.358 0.738 0.567 2.310 0.213 0.064 0.049 0.147 8.193 0.069 0.064 0.038 0.160 0.155 0.063 0.314 0.135 0.087 0.102 0.140 0.168 0.159 0.298 0.282 0.076 0.114 0.207 0.173 0.086 0.205 0.033 0.054 0.064 0.196 0.202 0.027 0.022 0.126 0.015 0.160 0.013 0.050 0.010 0.037 0.023 0.014 2393 chr7 1593364 1603046 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -2139 NM_001097620 202915 Hs.592174 NM_152689 ENSG00000164855 TMEM184A SDMG1 transmembrane protein 184A protein-coding 1.981 1.577 8.459 1.293 3.578 1.907 0.840 1.339 0.058 1.096 0.129 0.060 0.998 1.797 0.962 1.678 1.032 5.027 1.398 2.212 0.601 2.506 0.959 1.822 10.336 4.321 5.986 nan 1.286 0.464 0.421 0.102 0.944 0.801 0.298 1.468 0.421 0.554 1.829 1.181 1.110 7.724 2.624 1.190 2.771 0.870 1.647 2.556 0.249 nan 6.541 6.254 nan 1.492 2.266 2.568 0.305 0.638 nan 6.680 1.982 2.044 1.163 1.249 2.653 2.278 0.786 1.757 2.301 1.265 1.378 1.328 2.562 2.425 1.347 2.079 0.144 1.528 1.662 0.409 1.683 0.649 1.299 2.592 0.405 0.275 1.708 0.314 0.235 0.339 4.230 0.769 1.426 1.856 1.096 4.725 1.311 5.027 2.362 4.416 1.487 2.533 2.664 1.001 1.111 1.267 0.932 0.265 0.672 0.411 0.596 1.019 0.374 0.118 426 chr10 124891741 124916470 + 0 NA Intergenic Intergenic -3533 NM_005519 3167 Hs.444756 NM_005519 ENSG00000188816 HMX2 H6L|Nkx5-2 H6 family homeobox 2 protein-coding nan 0.959 0.777 0.700 0.529 3.178 1.653 0.736 0.159 0.714 0.629 0.137 0.230 0.446 0.467 0.282 0.146 2.029 0.313 0.317 0.160 0.686 0.201 0.418 0.705 0.403 0.276 1.916 0.184 0.637 0.981 0.088 1.066 0.186 0.483 0.509 0.138 0.504 0.413 0.356 0.153 0.844 0.594 0.308 0.367 0.450 10.109 16.917 7.332 9.026 1.446 1.118 2.516 1.065 0.805 0.862 0.730 1.033 1.105 1.399 0.717 0.746 5.543 12.880 0.381 0.541 0.363 0.690 0.587 0.338 0.546 0.627 0.223 0.343 0.243 0.391 0.875 0.354 0.366 0.426 0.692 0.084 0.421 1.036 0.669 0.280 0.141 0.316 0.249 0.536 0.649 0.912 0.322 0.617 0.714 0.487 2.036 2.029 0.284 0.198 0.181 1.362 0.456 0.616 0.187 0.353 0.287 0.261 4.261 0.199 0.380 0.346 0.651 0.402 996 chr15 96855337 96907900 + 0 NA 3' UTR (NM_021005, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_021005, exon 3 of 3) 5049 NM_001145157 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 0.484 7.984 0.682 0.348 1.114 2.751 1.053 0.903 0.113 0.563 1.371 2.675 0.799 0.608 1.969 0.204 1.085 1.089 2.180 1.177 1.479 2.907 1.468 1.319 2.289 0.930 0.313 0.963 0.073 2.892 0.842 1.343 1.206 0.264 1.342 0.339 1.431 0.522 2.729 0.825 1.154 1.569 1.355 1.202 1.324 4.300 5.212 1.857 1.681 nan 0.069 1.313 1.356 1.115 1.531 0.758 0.913 nan 2.356 1.110 2.284 0.434 0.343 1.139 nan 0.911 0.601 0.273 1.949 0.340 2.113 0.605 1.269 1.143 1.446 1.480 1.342 2.003 0.114 0.930 2.097 1.591 0.661 0.709 0.731 0.750 12.158 2.550 1.708 2.386 1.893 1.053 0.936 1.322 1.969 1.110 2.095 0.163 1.505 0.331 1.250 0.127 1.389 1.888 0.109 0.619 0.202 4.735 2.096 4.605 4.360 1435 chr19 38864400 38866705 + 0 NA exon (NM_002812, exon 1 of 7) exon (NM_002812, exon 1 of 7) 362 NM_002812 5714 Hs.78466 NM_002812 ENSG00000099341 PSMD8 HEL-S-91n|HIP6|HYPF|Nin1p|Rpn12|S14|p31 proteasome 26S subunit, non-ATPase 8 protein-coding 6.070 3.159 7.207 9.531 4.937 4.176 2.170 4.233 0.756 3.649 3.599 0.277 1.357 4.068 3.248 2.096 0.895 4.641 4.065 3.732 1.235 3.635 1.455 12.663 6.262 4.087 2.893 21.584 0.956 3.950 6.759 0.258 4.189 2.456 2.586 6.395 1.275 4.774 8.051 3.042 2.915 4.495 8.284 3.072 3.358 2.167 4.694 4.538 6.282 10.395 8.419 7.293 9.743 5.019 15.925 16.153 7.203 8.264 8.220 10.004 9.141 9.279 5.643 8.173 5.287 6.538 7.228 8.795 5.879 2.843 2.576 2.803 3.062 4.582 1.609 4.909 1.983 2.655 3.161 4.467 3.557 0.988 1.137 6.380 8.992 4.964 1.323 1.671 0.794 2.523 7.840 12.056 3.921 1.909 3.649 5.916 3.828 4.641 2.234 3.959 2.028 5.433 4.213 1.600 1.364 2.658 1.838 2.379 2.182 2.850 1.971 0.927 1.174 0.743 1840 chr22 33955403 33974150 + 0 NA intron (NM_004737, intron 6 of 15) intron (NM_004737, intron 6 of 15) -132121 NR_039921 100616295 NR_039921 ENSG00000266012 MIR4764 - microRNA 4764 ncRNA nan 0.529 0.722 0.225 0.038 0.356 0.205 0.066 0.007 3.180 0.080 0.052 0.010 0.056 0.010 0.083 0.062 0.239 0.155 0.108 0.013 0.068 0.130 nan 0.094 0.041 4.231 0.024 0.050 0.023 0.071 0.120 0.019 0.041 0.095 0.017 0.064 0.237 0.017 0.126 0.119 0.074 0.096 0.056 0.304 0.306 0.179 nan 0.292 0.336 2.340 1.100 0.088 0.109 0.139 nan 2.390 4.104 0.331 0.256 0.185 0.176 0.047 0.081 0.413 nan 0.558 0.494 0.032 0.032 0.005 0.054 0.545 1.924 0.008 0.004 0.011 0.004 0.041 0.021 0.119 0.084 0.019 0.021 0.020 0.008 0.039 0.059 0.702 0.023 0.122 0.384 3.180 0.027 0.025 0.239 0.007 0.057 0.010 0.029 0.054 0.004 0.004 0.038 0.036 0.062 0.068 0.379 0.008 0.015 0.009 0.011 279 chr1 200320741 200365197 + 0 NA promoter-TSS (NR_040064) promoter-TSS (NR_040064) -49 NR_040064 554279 Hs.434694 NR_040064 ENSG00000203721 LINC00862 C1orf98|SMIM16 long intergenic non-protein coding RNA 862 ncRNA 1.001 1.227 1.108 0.200 0.159 0.622 0.300 0.692 0.008 0.267 0.564 0.258 0.124 0.265 2.091 0.156 0.156 0.151 0.240 0.902 0.148 0.232 0.342 0.227 1.649 0.400 1.444 0.400 0.398 0.247 0.056 0.121 0.374 0.125 0.175 1.145 0.340 0.487 0.434 0.441 0.141 0.476 0.626 0.213 0.726 0.252 0.425 0.373 1.697 1.187 0.661 0.733 0.343 0.137 nan nan 0.343 0.620 1.239 1.093 0.291 0.152 0.251 0.554 0.206 0.285 0.378 1.066 0.601 0.608 0.038 0.743 0.331 1.670 0.032 0.073 0.024 1.379 0.567 0.086 1.608 0.036 0.059 0.925 0.382 0.242 0.214 0.128 0.263 0.742 1.476 0.151 0.599 1.589 0.267 0.111 0.262 0.151 0.358 0.367 0.050 0.256 0.096 0.329 0.129 0.442 0.322 0.216 0.398 0.205 0.372 0.347 0.052 0.051 2408 chr7 12806614 12813060 + 0 NA Intergenic Intergenic 82926 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.395 nan 0.314 0.501 0.391 0.275 0.264 10.176 0.535 1.754 0.251 0.029 0.147 0.040 0.339 0.225 0.779 0.575 0.625 0.231 0.632 0.196 0.168 1.240 0.252 2.106 1.609 0.539 0.116 2.404 0.220 0.519 0.054 0.047 1.638 0.062 0.119 0.353 0.034 0.038 0.528 0.210 0.206 0.210 0.171 nan 0.486 0.311 1.709 0.874 0.948 0.680 0.274 0.510 0.488 0.381 0.672 0.655 0.619 0.255 0.105 0.372 0.810 0.413 0.445 0.189 0.375 0.378 0.404 0.009 0.549 0.281 1.806 0.030 0.112 0.302 0.508 0.168 0.023 0.133 0.030 2.442 0.028 0.023 0.024 0.118 0.048 0.186 0.116 0.316 0.076 0.171 0.440 0.535 0.132 0.072 0.779 0.095 0.180 0.015 0.063 0.552 0.158 0.039 0.111 0.172 0.154 0.537 0.056 0.214 1.759 0.009 2069 chr4 114893714 114904591 + 0 NA intron (NM_024590, intron 1 of 1) intron (NM_024590, intron 1 of 1) 1726 NM_024590 79642 Hs.22895 NM_024590 ENSG00000180801 ARSJ - arylsulfatase family member J protein-coding 0.729 0.992 1.132 0.267 3.089 3.482 1.851 1.907 1.707 0.166 2.316 0.177 0.621 1.520 1.916 0.629 0.265 0.585 0.138 1.810 0.742 1.348 0.705 4.643 3.384 1.845 1.422 0.455 1.830 5.819 0.140 0.099 5.368 1.799 0.243 2.358 0.291 1.270 0.180 2.218 0.287 2.871 0.130 0.852 0.053 1.640 0.233 0.117 0.495 0.894 0.121 0.147 0.970 0.239 0.211 0.223 2.463 2.931 0.636 0.595 0.585 0.438 0.196 0.341 3.881 2.950 0.079 0.154 0.534 0.460 0.051 2.589 0.193 1.781 0.935 0.024 1.823 2.063 0.469 0.581 0.853 0.385 0.635 0.561 0.359 0.564 0.996 1.547 0.837 0.813 1.375 0.893 1.404 0.166 0.972 3.539 0.585 0.471 0.431 0.009 0.644 0.979 1.388 0.668 1.551 1.477 3.490 0.027 0.023 2.585 2.283 0.222 0.132 956 chr15 67122537 67147751 + 0 NA Intergenic CpG 113709 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LOC102723481 - uncharacterized LOC102723481 ncRNA 0.770 0.790 nan 0.101 0.579 0.318 0.155 0.879 1.659 0.418 1.204 0.159 0.365 0.552 0.512 0.092 0.124 0.252 0.194 0.378 0.321 0.582 0.802 0.892 1.120 0.386 0.538 0.617 0.344 0.212 0.167 0.075 1.535 0.325 0.337 1.061 0.888 2.222 0.413 0.395 0.164 0.735 0.133 0.356 0.989 0.327 0.292 0.224 1.629 7.561 0.320 0.349 nan 0.143 0.302 0.260 0.336 0.657 0.249 0.316 0.584 0.353 0.318 0.352 0.183 0.274 0.203 0.287 0.364 0.321 0.044 1.877 0.915 1.043 0.059 0.077 0.055 1.023 0.682 1.051 1.394 0.045 0.063 0.489 0.355 0.196 0.292 0.168 0.134 1.070 1.252 0.907 0.923 1.353 0.418 1.260 0.569 0.252 0.582 1.732 0.050 0.621 0.093 1.430 0.465 0.515 0.625 0.073 0.049 0.049 0.148 0.471 0.235 0.228 483 chr11 34521146 34526016 + 0 NA intron (NM_198381, intron 2 of 6) intron (NM_198381, intron 2 of 6) 9765 NM_001243081 2001 Hs.11713 NM_001422 ENSG00000135374 ELF5 ESE2 E74 like ETS transcription factor 5 protein-coding 0.595 1.547 nan 0.156 0.252 0.245 0.164 0.581 0.051 0.232 4.802 0.329 0.077 0.085 0.039 0.063 0.085 0.213 0.252 0.276 0.508 0.567 0.173 0.273 0.615 0.294 0.771 1.120 0.053 0.109 0.090 0.110 0.164 0.074 0.188 0.607 0.885 1.134 0.362 0.558 0.844 0.277 0.177 0.130 4.490 0.085 0.454 0.383 0.515 0.883 0.296 0.507 0.473 0.243 0.524 0.428 0.664 0.962 0.229 0.412 0.321 0.111 0.180 0.248 0.199 0.228 0.228 nan 0.801 0.820 0.626 0.595 2.136 0.400 0.020 0.108 1.048 0.802 0.106 0.501 0.038 0.033 1.401 0.339 0.368 0.031 0.025 14.908 0.580 0.175 0.130 0.555 0.232 0.102 0.075 0.213 0.176 0.153 0.099 0.190 0.063 0.153 0.009 0.274 1.096 0.047 0.081 0.076 0.137 0.059 5.301 5.265 498 chr11 46347317 46391741 + 0 NA intron (NM_003646, intron 1 of 30) CpG 573 NM_001199266 8525 Hs.502461 NM_003646 ENSG00000149091 DGKZ DAGK5|DAGK6|DGK-ZETA|hDGKzeta diacylglycerol kinase zeta protein-coding nan 1.442 3.073 1.600 0.281 0.817 0.440 0.981 0.028 1.503 0.227 0.091 0.252 0.489 0.066 0.722 0.486 0.687 0.898 0.336 0.223 0.207 0.238 0.413 1.723 0.601 0.465 4.700 0.277 0.243 0.317 0.126 0.956 0.212 0.178 0.419 0.320 0.506 0.623 0.190 0.167 1.517 0.538 0.500 1.145 0.117 3.288 4.733 0.633 0.936 1.888 1.797 1.994 0.786 1.533 1.491 0.564 1.010 0.587 0.798 1.139 0.940 2.793 4.557 2.118 2.229 0.368 nan 1.293 0.738 1.793 0.706 0.163 0.237 0.126 0.836 0.103 0.320 0.234 0.356 0.171 0.908 0.836 0.406 0.469 0.352 0.173 0.112 0.088 0.232 0.495 0.326 0.586 0.384 1.503 0.660 0.263 0.687 0.168 0.172 0.801 0.401 0.558 0.209 0.174 0.528 0.355 0.076 3.505 0.120 0.224 0.128 0.097 0.054 629 chr12 6419018 6456173 + 0 NA TTS (NM_001144857) TTS (NM_001144857) 13688 NR_144351 7132 Hs.279594 NM_001065 ENSG00000067182 TNFRSF1A CD120a|FPF|TBP1|TNF-R|TNF-R-I|TNF-R55|TNFAR|TNFR1|TNFR55|TNFR60|p55|p55-R|p60 TNF receptor superfamily member 1A protein-coding 0.989 nan nan 0.546 2.392 0.590 0.246 2.027 0.480 1.031 0.580 0.100 1.300 2.929 1.827 0.174 0.116 0.464 0.295 3.314 1.007 4.106 1.805 0.962 7.428 3.908 3.950 0.802 0.936 1.046 0.161 0.112 2.229 1.236 1.678 2.484 0.391 1.604 2.534 1.920 1.374 3.837 4.383 1.516 2.666 1.524 0.355 0.485 1.494 2.791 nan 1.246 1.315 0.563 2.574 2.814 0.554 0.938 1.688 2.344 0.783 0.627 0.872 1.063 0.544 0.793 1.280 nan 0.616 0.490 0.234 2.549 1.262 2.231 0.685 0.491 0.254 2.382 2.590 0.805 4.550 0.098 0.307 3.269 2.588 0.951 2.698 0.254 0.232 5.423 6.260 4.714 1.236 2.340 1.031 2.625 2.990 0.464 1.339 2.309 0.692 4.931 0.536 2.942 1.646 1.593 1.997 0.516 0.602 0.632 0.908 1.175 2.469 1.743 2055 chr4 77635865 77660019 + 0 NA intron (NM_020859, intron 3 of 10) intron (NM_020859, intron 3 of 10) 151238 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 0.696 0.608 0.782 0.283 0.905 0.443 0.259 0.106 0.129 0.279 0.450 0.093 0.089 0.254 0.071 0.162 0.113 0.288 0.083 0.706 0.046 0.345 0.217 0.117 1.234 0.373 0.389 0.481 0.217 0.261 0.333 0.073 0.128 0.108 0.060 0.127 0.029 0.159 0.235 0.211 0.047 0.206 0.211 0.107 0.210 0.099 0.436 0.474 1.363 4.650 0.578 0.680 1.227 0.387 0.332 0.371 0.219 0.346 0.929 0.873 0.350 0.169 0.224 0.323 0.171 0.158 0.165 0.310 0.684 0.493 0.037 0.432 0.266 0.062 0.054 0.177 0.017 0.241 0.042 0.170 0.055 0.012 0.065 0.127 0.022 0.019 0.231 0.052 0.044 0.255 0.182 0.056 0.023 0.259 0.279 0.226 0.193 0.288 0.112 0.330 0.004 0.070 0.059 0.072 0.180 0.151 0.093 0.139 0.090 0.093 0.069 0.242 0.019 0.011 1487 chr19 49997928 50001763 + 0 NA intron (NM_001015, intron 1 of 4) intron (NM_001015, intron 1 of 4) 223 NM_001015 6205 Hs.433529 NM_001015 ENSG00000142534 RPS11 S11 ribosomal protein S11 protein-coding 5.869 3.360 5.490 4.398 4.620 9.887 4.984 6.941 1.628 3.958 2.136 0.696 1.541 3.535 3.481 2.248 1.216 5.111 3.357 5.576 0.904 3.773 1.814 2.264 nan 4.396 4.642 7.508 2.684 3.173 5.347 0.270 4.690 1.698 2.217 3.437 1.374 9.133 6.201 3.842 0.994 4.511 8.198 2.177 6.866 2.139 5.909 5.192 6.279 9.320 9.804 10.282 13.450 8.665 23.443 25.912 5.815 7.703 10.926 15.061 11.868 12.120 4.323 7.016 6.142 8.484 6.913 9.693 5.370 2.531 3.925 3.088 2.559 4.802 2.715 4.114 1.822 1.936 1.756 1.528 4.447 1.072 2.357 6.208 4.734 2.088 1.727 1.536 1.433 2.656 5.982 4.147 4.096 2.601 3.958 5.338 1.929 5.111 4.174 4.865 1.903 4.424 2.824 1.803 2.308 2.553 1.771 2.076 2.058 3.949 2.212 0.943 2.312 1.581 372 chr10 18969844 18974061 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 23639 NM_178815 221079 Hs.25362 NM_178815 ENSG00000165997 ARL5B ARL8 ADP ribosylation factor like GTPase 5B protein-coding nan 0.700 0.667 0.096 1.224 0.309 0.038 0.804 2.714 0.061 0.553 0.344 0.404 0.703 0.584 0.113 0.096 0.141 0.102 0.409 2.377 1.441 1.023 0.183 0.160 0.305 0.182 0.230 0.209 0.025 0.206 0.082 0.950 0.389 0.108 0.260 0.301 0.634 0.298 1.007 0.515 0.175 0.476 0.045 0.317 0.453 0.402 1.133 2.706 0.326 0.329 1.009 0.382 0.219 0.195 0.292 0.453 0.350 0.330 0.115 0.059 0.187 0.270 0.100 0.203 0.132 0.270 0.205 0.263 0.041 1.414 0.429 1.507 0.023 0.085 0.837 0.498 0.228 0.077 0.151 0.109 1.303 0.921 0.599 0.036 0.083 0.070 0.135 0.084 0.056 0.190 0.061 1.462 0.527 0.141 0.210 0.069 0.248 0.053 2.545 0.129 1.435 7.188 0.127 0.138 0.057 1.264 2.202 0.574 0.072 2028 chr4 26192372 26203273 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -123510 NM_203283 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 0.664 0.578 nan 0.146 0.284 0.341 0.108 0.159 0.011 0.181 0.144 0.088 0.918 0.978 0.398 0.130 0.240 0.486 0.129 0.156 0.102 0.357 0.636 0.249 1.341 0.560 0.298 0.280 1.047 0.059 0.051 0.065 0.146 2.566 0.126 0.962 0.150 0.386 0.161 0.646 0.023 0.224 0.045 0.049 0.266 1.290 0.293 0.158 0.174 0.260 0.240 0.329 0.326 0.144 0.191 0.202 0.235 0.475 0.424 0.379 0.367 0.208 0.087 0.213 0.074 0.097 0.200 0.214 nan 1.023 0.005 4.119 0.052 0.868 0.046 0.162 0.013 1.129 0.659 0.028 0.049 0.035 0.065 0.613 0.454 0.223 0.749 0.043 0.044 2.844 0.068 0.790 0.088 0.134 0.181 0.281 2.488 0.486 0.112 0.045 0.036 0.995 0.130 1.445 0.197 0.428 0.286 0.021 0.041 0.047 0.454 0.652 0.951 0.921 1540 chr2 25695742 25706457 + 0 NA intron (NM_001256308, intron 9 of 17) MLT1J-int|LTR|ERVL-MaLR -135640 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 0.892 0.709 0.959 0.116 0.078 0.404 0.105 0.255 3.541 0.372 0.147 0.083 0.038 0.130 0.029 0.233 0.131 0.116 0.127 0.902 0.069 0.102 0.010 0.079 0.815 0.180 0.398 0.739 0.156 0.072 0.084 0.116 0.307 0.044 0.107 0.260 0.044 0.203 0.362 0.030 0.131 0.299 0.079 0.133 0.098 0.375 0.299 0.531 2.049 0.644 0.669 0.472 0.251 0.489 0.446 0.837 1.019 0.461 nan 0.617 0.308 0.164 0.322 0.080 0.078 0.474 1.154 0.841 0.396 0.552 0.051 0.712 0.430 0.019 0.209 0.013 0.163 0.111 0.034 0.120 0.017 0.138 0.199 0.017 0.106 0.036 0.069 0.158 0.137 0.052 0.051 0.119 0.372 0.194 0.069 0.116 0.069 0.284 0.219 0.060 0.019 0.051 0.016 0.051 0.175 0.011 0.066 0.109 0.057 0.070 0.086 0.009 1661 chr2 208367522 208381543 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -20084 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 1.056 nan 0.992 0.118 0.319 0.274 0.297 2.037 0.013 0.146 1.821 0.207 1.510 2.881 0.922 0.077 0.087 0.230 0.681 0.165 0.177 0.692 1.607 0.331 0.305 0.161 0.291 0.312 0.634 0.282 0.084 0.118 0.175 1.008 0.184 1.809 1.170 5.507 0.385 2.593 0.209 1.622 0.319 0.298 0.480 0.467 0.261 0.234 0.213 0.409 0.228 0.268 0.142 0.070 0.411 0.451 0.902 1.303 0.368 0.399 0.435 0.219 0.194 0.235 0.080 0.102 0.707 2.649 0.202 0.223 0.012 3.058 0.287 1.309 0.020 0.096 0.010 0.896 0.423 0.063 4.057 0.020 0.040 2.206 0.972 0.696 0.449 0.061 0.085 0.975 0.075 1.008 0.084 0.193 0.146 0.518 0.931 0.230 0.399 0.060 0.021 0.323 0.426 2.321 1.690 1.760 0.642 0.612 0.057 0.397 3.018 2.346 0.185 0.101 1330 chr18 45788264 45884740 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 2 of 4) AluY|SINE|Alu 99291 NM_001318841 201501 Hs.515388 NM_001039360 ENSG00000184828 ZBTB7C APM-1|APM1|ZBTB36|ZNF857C zinc finger and BTB domain containing 7C protein-coding nan 1.653 0.990 2.157 0.056 0.582 0.292 0.146 0.014 1.882 0.060 0.048 0.008 0.024 0.048 0.291 0.197 1.126 0.234 0.293 0.098 0.040 0.009 0.092 0.502 0.076 0.088 4.569 0.011 0.083 0.038 0.072 0.073 0.024 0.043 0.063 0.029 0.071 0.186 0.025 0.078 0.130 0.097 0.179 0.304 0.062 0.497 0.631 0.744 1.325 2.198 2.589 3.247 0.995 0.183 0.203 0.247 0.401 3.210 2.346 0.756 0.656 0.284 0.385 1.903 2.127 0.210 nan 5.365 2.603 3.396 0.052 0.019 0.051 1.770 1.128 0.026 0.034 0.017 0.039 0.071 0.487 0.281 0.105 0.051 0.031 0.033 0.069 0.073 0.104 0.113 0.038 0.126 0.446 1.882 0.025 0.017 1.126 0.080 0.049 0.144 0.063 2.107 0.032 0.004 0.281 0.234 0.056 0.160 0.069 0.083 0.029 0.039 0.033 1284 chr17 79878824 79887378 + 0 NA intron (NM_002359, intron 1 of 2) intron (NM_002359, intron 1 of 2) -1657 NM_032711 4097 Hs.252229 NM_002359 ENSG00000197063 MAFG hMAF MAF bZIP transcription factor G protein-coding 2.564 2.617 2.037 2.199 2.157 2.611 1.494 9.677 0.421 4.130 1.532 0.207 1.392 4.391 10.723 1.575 0.631 2.239 1.600 4.843 1.013 1.476 0.900 5.821 5.159 3.507 1.709 4.537 1.002 5.951 2.059 0.107 3.396 1.643 2.138 3.953 1.227 3.858 3.503 2.276 3.090 5.317 7.503 2.123 2.984 1.424 3.188 4.310 2.358 3.690 2.845 2.540 3.640 1.284 9.292 9.217 nan 2.616 4.195 5.987 3.000 2.450 1.257 2.287 2.725 2.953 2.846 2.812 nan 0.780 0.856 3.694 1.078 3.469 1.365 1.618 1.506 3.612 5.017 2.609 8.694 0.690 1.241 7.892 3.593 1.500 0.997 5.386 3.065 8.086 8.808 4.620 2.448 4.787 4.130 5.476 2.618 2.239 4.389 2.978 0.707 5.813 2.684 2.093 1.689 1.359 1.563 3.358 0.382 0.676 3.281 1.271 1.845 0.931 1606 chr2 122390856 122414232 + 0 NA intron (NM_001142274, intron 1 of 37) AluJb|SINE|Alu 4508 NM_015282 23332 Hs.469840 NM_015282 ENSG00000074054 CLASP1 MAST1 cytoplasmic linker associated protein 1 protein-coding 2.009 nan nan 1.336 1.037 1.300 0.747 1.400 0.120 0.919 0.818 0.161 0.406 1.100 1.612 0.564 0.453 1.054 0.526 0.733 0.339 1.602 0.356 1.278 2.172 1.583 1.031 2.739 1.221 1.023 0.788 0.105 2.198 1.231 0.998 1.503 0.283 1.677 1.659 0.629 0.519 1.136 3.551 0.831 1.482 1.605 1.482 1.692 1.665 2.322 1.740 1.568 2.884 0.984 4.367 4.915 1.554 2.097 2.088 3.009 2.979 2.446 0.913 1.691 0.770 0.796 2.018 2.854 0.931 0.627 0.766 1.591 0.405 1.004 0.529 0.719 0.842 2.023 1.974 0.843 1.686 0.199 0.902 1.579 1.369 0.578 0.713 0.668 0.676 1.111 1.442 1.463 0.576 0.792 0.919 1.215 2.348 1.054 0.374 0.435 0.464 1.269 0.846 0.618 0.569 1.068 0.614 0.605 0.747 0.878 1.288 0.464 0.696 0.402 2064 chr4 106551303 106560075 + 0 NA intron (NM_001242729, intron 4 of 13) intron (NM_001242729, intron 4 of 13) 72941 NR_046840 100874374 Hs.668908 NR_046840 ENSG00000249885 ARHGEF38-IT1 - ARHGEF38 intronic transcript 1 ncRNA 0.624 nan nan 0.650 0.164 0.378 0.276 0.089 0.165 0.233 0.265 0.091 0.195 0.330 0.022 0.180 0.131 0.233 0.187 0.264 0.028 0.100 0.048 0.084 1.722 0.275 1.269 0.907 0.604 0.061 0.025 0.078 0.182 0.074 0.017 0.085 0.009 0.063 0.180 0.126 0.018 0.291 0.106 0.071 0.262 0.067 1.061 1.347 6.977 11.721 0.270 0.261 0.140 0.048 0.211 0.196 0.656 nan 0.568 0.512 0.368 0.190 0.612 2.470 0.186 0.225 0.381 nan 0.486 0.333 0.019 0.170 1.273 0.601 0.042 0.072 0.338 0.135 0.025 0.017 0.062 0.033 0.054 0.073 0.014 0.061 0.072 0.056 0.102 0.093 0.073 0.795 1.636 0.233 0.096 0.063 0.233 0.444 2.071 0.011 0.007 0.209 0.031 0.044 0.180 0.063 0.026 2.160 0.098 0.042 0.045 0.033 0.012 1160 chr17 34979836 34987683 + 0 NA Intergenic Intergenic 25734 NM_024864 79922 Hs.194864 NM_024864 ENSG00000278619 MRM1 - mitochondrial rRNA methyltransferase 1 protein-coding nan 1.758 1.264 0.358 0.183 8.402 4.411 0.188 0.621 0.077 0.061 0.107 0.055 1.964 1.097 4.247 0.135 0.312 0.047 0.061 0.014 0.160 0.385 0.086 0.070 1.030 0.075 0.155 0.069 0.086 0.111 0.045 0.057 0.084 0.031 0.035 0.274 0.042 0.070 0.227 0.134 0.105 0.024 0.191 0.490 0.573 0.171 0.333 nan 5.357 3.132 2.256 0.354 0.531 0.259 0.542 2.852 4.310 nan 0.694 0.531 0.697 2.332 1.091 0.331 0.605 2.531 1.779 2.217 0.098 0.059 0.435 2.798 0.088 0.068 0.028 0.093 0.062 0.839 0.040 0.186 0.031 0.019 0.078 0.044 0.108 0.078 0.166 0.040 0.100 0.058 0.621 0.164 0.059 4.247 0.074 0.714 0.126 3.259 0.017 0.131 0.042 0.102 0.263 0.144 0.019 0.241 0.044 0.036 99 chr1 44394034 44422114 + 0 NA Intergenic LTR41|LTR|ERVL -4404 NM_014652 9670 Hs.158497 NM_014652 ENSG00000117408 IPO13 IMP13|KAP13|LGL2|RANBP13 importin 13 protein-coding nan 2.041 nan 0.705 0.752 2.210 1.434 1.095 0.198 1.871 0.947 0.150 0.568 1.237 0.672 0.492 0.341 2.048 1.429 0.653 0.284 0.506 0.298 0.299 1.907 0.811 0.479 1.754 0.705 10.541 0.575 0.105 1.099 0.239 0.344 0.598 0.681 2.055 1.699 0.505 0.548 2.419 3.858 0.725 1.035 0.308 1.380 1.941 1.197 1.909 3.226 3.081 1.510 0.802 1.508 1.628 1.322 nan nan 8.912 2.703 2.751 2.086 nan 0.746 0.985 1.700 3.068 1.414 0.802 2.448 1.379 0.423 0.827 0.531 2.244 0.346 0.391 0.404 0.521 1.048 0.179 0.572 3.010 0.690 0.326 0.469 0.494 0.474 0.794 0.574 1.465 0.473 1.500 1.871 1.036 0.818 2.048 0.405 0.785 0.860 3.290 0.733 0.493 0.214 1.199 0.362 4.772 1.438 0.990 1.021 0.229 2.217 1.696 869 chr14 61222442 61235863 + 0 NA intron (NM_002431, intron 1 of 7) AluSx1|SINE|Alu 27693 NM_002431 4331 Hs.509523 NM_002431 ENSG00000020426 MNAT1 CAP35|MAT1|RNF66|TFB3 MNAT1, CDK activating kinase assembly factor protein-coding nan nan 0.988 3.459 0.852 5.843 2.856 0.151 0.026 1.256 0.749 0.132 0.099 0.434 0.075 0.433 0.233 3.714 0.214 0.252 0.046 0.297 0.071 0.150 0.383 0.167 0.425 0.645 0.207 0.183 0.089 0.134 0.313 0.018 0.084 0.131 0.036 0.105 0.367 0.138 0.305 0.540 0.370 0.031 0.646 0.211 0.324 0.252 0.549 0.804 3.523 4.488 4.283 2.514 nan 0.675 0.461 0.729 2.752 nan 0.765 0.332 0.239 0.414 1.622 1.605 0.195 0.444 0.501 0.368 0.955 0.087 0.142 0.210 0.059 1.039 0.010 0.118 0.043 0.011 0.121 0.135 2.047 0.089 0.031 0.012 0.119 0.047 0.153 0.173 0.073 0.106 0.059 0.322 1.256 0.229 0.126 3.714 0.101 0.229 0.088 0.117 0.015 0.116 0.112 0.271 0.083 0.154 0.077 0.119 0.079 0.175 0.009 0.004 1592 chr2 113955675 113979235 + 0 NA Intergenic Intergenic -25649 NR_047570 654433 Hs.656660 NR_015377 ENSG00000189223 PAX8-AS1 - PAX8 antisense RNA 1 ncRNA 1.177 nan 1.267 0.335 0.430 0.269 0.204 0.677 0.016 0.402 0.195 0.068 0.387 0.426 0.339 0.166 0.231 0.285 0.179 1.252 0.310 0.606 0.251 0.628 0.705 0.272 0.429 nan 0.502 0.290 0.120 0.069 0.946 0.115 0.092 0.953 0.676 1.329 0.588 0.348 0.261 0.699 0.689 0.326 0.480 0.169 0.440 0.696 0.884 1.614 1.200 nan 0.904 0.322 1.104 1.212 0.628 0.963 0.894 1.314 0.505 0.525 0.554 0.687 0.318 0.218 0.739 1.077 0.534 0.410 0.188 0.576 0.194 0.542 0.093 0.300 0.059 1.816 1.224 0.328 0.469 0.057 0.030 0.458 0.303 0.221 0.251 0.155 0.114 0.557 3.484 0.439 1.461 1.046 0.402 0.287 0.432 0.285 0.218 0.133 0.164 0.638 0.082 0.973 0.180 0.969 0.599 0.116 0.218 0.346 0.174 0.931 0.090 0.039 1933 chr3 114979383 114992093 + 0 NA Intergenic Intergenic -119611 NM_015642 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 0.996 nan 0.661 0.132 0.057 0.512 0.152 0.050 0.026 1.526 0.152 0.090 0.045 0.044 0.030 0.273 0.214 0.113 0.136 0.136 0.019 0.059 0.075 0.070 0.038 0.033 0.421 0.104 0.076 0.051 0.104 0.188 0.019 0.042 0.073 0.049 0.073 0.025 0.020 0.161 0.195 0.098 0.077 0.033 0.376 0.244 0.213 0.258 0.352 nan 8.591 6.275 0.282 0.269 nan 0.947 0.255 0.252 0.631 0.269 0.106 0.098 0.099 0.188 0.404 0.825 0.772 0.731 0.113 0.067 0.279 0.055 0.161 0.011 0.109 0.017 0.012 0.089 0.022 0.056 0.095 0.019 0.012 0.036 0.030 0.057 0.127 0.047 0.150 0.006 0.053 1.526 0.079 0.044 0.113 0.019 0.019 0.023 0.105 0.810 0.021 0.023 0.050 0.035 0.046 0.023 0.187 0.010 0.090 0.004 2022 chr4 4188322 4207738 + 0 NA intron (NM_177998, intron 5 of 5) AluSq2|SINE|Alu 30591 NM_177998 133060 Hs.534544 NM_177998 ENSG00000163982 OTOP1 - otopetrin 1 protein-coding 0.735 0.744 nan 1.773 0.052 0.139 0.050 0.088 0.029 0.162 0.108 0.092 0.098 0.131 0.030 0.142 0.175 0.068 0.111 0.214 0.051 0.076 0.038 0.102 0.743 0.214 0.083 0.441 0.072 3.158 0.084 0.140 0.157 0.030 0.055 0.083 0.025 0.121 0.229 0.090 0.020 0.102 0.113 0.061 0.079 0.215 0.475 0.368 0.144 0.206 0.398 0.453 nan 0.304 0.233 0.279 0.141 0.247 0.437 0.438 0.399 0.167 0.252 0.339 0.248 0.342 0.162 0.277 nan 0.741 0.020 0.120 0.071 0.134 0.060 0.037 0.074 0.035 0.056 0.067 0.065 0.045 0.104 0.044 0.032 0.056 2.798 3.176 0.308 0.088 0.090 0.045 0.069 0.162 0.064 0.047 0.068 0.075 0.043 0.015 0.080 0.073 0.031 0.011 0.061 0.080 3.379 0.051 0.032 0.358 0.034 0.030 0.010 790 chr13 53224806 53228356 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130912) promoter-TSS (NM_001130912) -245 NM_001130912 10910 Hs.281902 NM_006704 ENSG00000165416 SUGT1 SGT1 SGT1 homolog, MIS12 kinetochore complex assembly cochaperone protein-coding 5.763 6.435 5.151 4.978 4.802 5.166 2.518 4.951 1.535 2.611 3.710 0.137 2.502 4.572 2.191 1.981 1.455 7.188 4.321 6.382 2.023 1.757 1.841 2.661 8.663 7.988 2.307 10.767 2.144 3.807 4.875 0.136 7.329 1.899 1.825 3.785 2.081 13.013 4.448 2.755 1.238 8.128 7.248 2.729 4.841 2.651 14.787 14.263 6.694 9.857 13.994 13.738 13.547 10.118 13.377 14.211 5.776 6.960 10.122 15.456 13.135 13.684 11.065 16.335 6.227 7.287 12.678 13.034 1.809 1.064 4.668 2.957 0.999 1.637 2.213 5.154 1.892 0.857 1.487 1.228 4.419 1.065 4.954 10.381 5.095 2.406 1.730 1.165 1.560 4.167 3.159 3.685 2.927 2.907 2.611 3.741 3.829 7.188 1.878 3.966 3.040 3.492 1.666 1.108 1.480 2.508 3.111 3.282 4.894 3.302 3.779 1.413 3.422 2.726 533 chr11 64772053 64783054 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -4032 NM_001667 402 Hs.502836 NM_001667 ENSG00000213465 ARL2 ARFL2 ADP ribosylation factor like GTPase 2 protein-coding nan 1.466 1.276 1.536 2.403 1.792 0.948 2.879 0.283 1.872 0.828 0.219 1.050 1.776 2.550 0.524 0.188 1.162 0.853 0.977 0.968 2.445 2.497 0.968 2.613 1.721 1.195 2.816 1.859 1.356 1.878 0.127 1.686 1.542 0.672 2.277 1.019 2.787 1.466 2.122 0.419 2.632 2.283 1.193 1.777 0.918 1.865 2.462 1.294 1.918 3.171 2.583 2.424 1.088 2.895 2.908 1.961 2.597 2.206 2.926 2.487 2.612 1.531 2.105 1.916 1.486 1.660 2.140 1.044 0.759 0.943 3.872 0.735 0.764 0.781 1.479 0.861 2.073 2.323 1.714 1.019 0.294 0.827 5.873 5.992 2.607 1.648 0.856 0.407 6.021 2.637 3.189 0.656 0.981 1.872 2.344 2.993 1.162 1.160 0.836 0.640 2.872 0.751 3.347 1.203 1.562 1.969 0.572 0.756 0.539 1.332 1.192 1.344 1.149 2080 chr4 146738246 146747014 + 0 NA intron (NM_001306215, intron 8 of 14) intron (NM_001306215, intron 8 of 14) 117482 NM_001306215 152485 Hs.133916 NM_178835 ENSG00000151612 ZNF827 - zinc finger protein 827 protein-coding 1.653 0.787 2.423 0.258 0.155 0.290 0.290 0.107 0.162 0.321 0.074 0.021 0.122 0.057 0.411 0.246 0.437 0.238 0.159 0.028 0.060 0.047 0.135 0.061 0.117 0.057 0.225 0.050 0.195 0.098 0.050 0.293 0.078 0.053 0.061 0.143 0.170 0.025 0.055 0.097 0.092 0.113 0.087 0.084 0.319 0.831 0.309 0.538 0.955 0.841 0.344 0.159 0.131 0.211 0.720 1.167 0.601 0.590 2.519 2.421 0.172 0.335 0.179 0.189 0.465 0.957 0.782 0.647 0.019 0.317 0.175 0.045 0.152 0.016 0.102 0.033 0.034 0.054 0.021 3.913 0.222 0.062 0.053 0.044 0.026 0.041 0.216 0.139 0.080 0.009 0.053 0.162 0.016 0.042 0.437 0.042 0.103 0.444 0.080 0.150 0.093 0.029 0.063 0.079 0.106 0.034 0.480 0.051 0.204 0.033 0.012 1122 chr17 7475201 7478087 + 0 NA intron (NM_001204510, intron 1 of 10) CpG 620 NM_001204510 1973 Hs.129673 NM_001416 ENSG00000161960 EIF4A1 DDX2A|EIF-4A|EIF4A|eIF-4A-I|eIF4A-I eukaryotic translation initiation factor 4A1 protein-coding 8.413 3.521 4.877 5.232 4.132 8.503 4.372 4.874 3.504 6.909 3.444 0.166 1.969 6.219 5.678 2.739 0.962 9.035 2.540 3.235 1.941 3.773 1.234 4.435 8.977 8.716 8.073 12.269 2.302 3.776 16.275 0.481 8.419 2.720 3.739 5.350 2.003 8.108 8.690 2.680 2.027 9.451 4.160 2.832 4.230 5.327 12.559 11.449 10.221 13.351 12.808 10.633 13.098 6.393 12.450 11.768 5.664 8.143 12.306 15.674 5.971 9.412 3.882 7.223 6.960 5.987 15.119 11.818 3.678 1.836 4.718 3.811 3.050 2.751 3.115 4.221 3.706 1.927 3.077 2.717 7.559 1.144 2.440 11.878 5.702 2.384 5.766 3.314 1.666 5.753 9.455 6.578 2.734 3.559 6.909 11.840 10.164 9.035 4.740 3.499 2.735 10.833 6.668 2.850 3.692 7.243 2.991 2.780 1.298 4.425 3.791 1.792 5.627 3.916 2416 chr7 17123835 17144419 + 0 NA Intergenic Intergenic -204149 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.139 nan 0.150 0.225 0.255 0.116 0.233 0.033 0.176 0.142 0.105 0.056 0.128 6.320 0.115 0.124 0.066 0.193 0.219 0.108 0.211 0.107 0.148 1.236 0.171 0.906 0.405 0.141 0.286 0.052 0.141 0.213 0.017 0.151 0.186 0.073 0.134 0.622 0.296 0.089 0.667 0.853 0.455 0.322 0.204 nan 0.274 0.231 0.393 0.372 0.404 0.590 0.223 0.331 0.325 0.149 0.293 0.333 0.275 0.252 0.102 0.108 0.250 0.117 0.164 0.255 0.413 0.456 0.492 0.322 0.145 1.318 0.175 0.252 0.078 0.007 0.432 0.211 0.011 0.146 0.037 0.027 1.079 0.038 0.053 0.146 0.068 0.117 0.107 0.694 0.055 0.877 1.484 0.176 0.073 0.117 0.066 0.864 1.106 0.005 1.078 0.069 0.066 0.029 0.817 0.197 0.161 0.033 0.054 0.328 0.170 0.017 0.005 1697 chr2 242354495 242361637 + 0 NA intron (NM_014808, intron 8 of 26) MER112|DNA|hAT-Charlie -59254 NR_036083 100422942 NR_036083 ENSG00000263752 MIR3133 - microRNA 3133 ncRNA 1.035 nan 1.316 1.256 0.170 0.743 0.473 0.100 0.124 0.043 0.181 0.080 0.116 0.027 0.308 0.270 7.233 0.208 0.280 0.052 0.029 0.111 0.269 0.113 0.070 0.523 0.049 0.195 0.091 0.112 0.160 0.087 0.128 0.012 0.038 0.169 0.030 0.023 0.131 0.155 0.100 0.221 0.161 0.934 1.578 0.360 0.485 1.269 2.038 2.388 0.560 0.708 0.619 0.405 0.651 3.054 3.554 0.346 0.164 1.078 1.755 0.247 0.435 0.234 0.548 0.568 0.513 0.612 0.168 0.013 0.118 0.265 0.161 0.031 0.068 0.041 0.103 0.081 0.080 0.011 0.202 0.017 0.044 0.042 0.086 0.075 0.083 0.148 0.220 0.011 0.103 0.124 0.099 0.103 7.233 0.017 0.081 0.068 0.098 0.528 0.038 0.006 0.108 0.047 0.143 0.501 0.086 0.032 0.039 0.041 0.010 1053 chr16 51456004 51500636 + 0 NA Intergenic Intergenic -293137 NM_002968 6299 Hs.135787 NM_002968 ENSG00000103449 SALL1 HEL-S-89|HSAL1|Sal-1|TBS|ZNF794 spalt like transcription factor 1 protein-coding nan nan nan 0.190 0.187 0.262 0.144 0.118 0.011 0.656 0.065 0.065 0.036 0.030 0.098 0.095 0.123 0.159 0.169 0.006 0.075 0.009 0.165 0.065 0.044 0.057 0.251 0.016 0.103 0.029 0.076 0.427 0.087 0.079 0.036 0.004 0.056 0.150 0.039 0.025 0.215 0.150 0.075 0.046 0.101 0.336 0.223 0.166 0.238 0.255 0.289 0.080 0.049 0.342 0.377 0.103 nan nan nan nan 0.150 0.135 0.169 0.038 0.059 1.089 nan nan 0.544 0.026 0.037 0.011 0.320 0.036 0.056 0.019 0.085 0.037 0.016 0.095 0.013 0.211 0.124 0.032 0.017 0.057 0.023 0.024 0.109 0.164 0.030 0.346 0.149 0.656 0.032 0.019 0.123 0.038 0.052 0.024 0.073 0.043 0.006 0.023 0.060 0.042 0.044 0.073 0.816 0.066 0.044 0.027 0.007 414 chr10 114707999 114725250 + 0 NA intron (NM_001198530, intron 3 of 10) intron (NM_001198530, intron 3 of 10) 6615 NM_001146286 6934 Hs.593995 NM_030756 ENSG00000148737 TCF7L2 TCF-4|TCF4 transcription factor 7 like 2 protein-coding 1.572 nan 2.143 0.462 2.357 1.427 0.826 4.829 2.770 0.491 2.215 0.271 0.824 2.226 3.194 0.183 0.090 0.367 0.161 1.841 0.538 2.395 1.297 4.809 1.952 0.823 1.659 0.876 0.390 3.725 1.915 0.077 5.897 1.141 1.704 2.635 0.201 0.879 1.058 1.756 0.426 5.433 2.915 1.532 1.226 2.101 0.314 0.326 3.163 5.200 0.452 0.351 0.888 0.225 0.368 0.456 0.693 1.147 1.733 2.120 0.471 0.420 0.285 0.537 0.075 0.061 1.585 2.952 0.372 0.320 0.046 3.070 1.671 2.861 0.986 0.308 1.930 1.340 1.498 1.598 2.251 0.027 0.206 2.844 2.394 1.088 1.949 1.126 1.018 1.352 3.918 2.164 1.046 1.695 0.491 1.857 3.266 0.367 1.818 0.680 0.113 1.618 0.089 1.680 0.904 2.079 1.162 2.850 0.170 0.745 1.808 1.759 0.929 0.635 462 chr11 12819156 12838323 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) intron (NM_021961, intron 3 of 12) 132770 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.223 nan 2.449 1.984 1.000 2.620 1.280 0.665 1.239 2.360 0.973 0.082 0.514 1.164 1.134 1.340 0.674 5.535 0.975 0.338 0.521 0.533 0.484 0.728 2.641 0.738 1.485 3.409 0.570 0.195 0.176 0.066 1.062 0.338 1.813 0.592 0.127 0.326 0.673 0.687 0.140 1.002 0.262 0.466 1.101 0.338 nan 1.164 1.653 4.050 3.318 3.466 3.540 1.740 0.921 0.863 1.218 nan 2.799 4.020 0.934 0.894 0.911 2.075 2.779 2.507 1.515 4.439 2.722 nan 3.496 1.929 0.623 1.082 0.357 2.883 0.079 0.846 0.407 0.231 0.193 0.764 0.972 1.419 0.234 0.147 0.568 0.128 0.240 0.247 1.170 0.219 1.074 0.362 2.360 0.992 0.217 5.535 0.428 0.796 0.217 0.452 0.244 0.362 0.441 1.363 1.344 0.156 1.814 1.249 0.617 0.716 1.851 1.600 1770 chr20 60807138 60832536 + 0 NA intron (NM_014835, intron 1 of 13) intron (NM_014835, intron 1 of 13) 6296 NM_001278649 9885 Hs.473254 NM_014835 ENSG00000130703 OSBPL2 DFNA67|DNFA67|ORP-2|ORP2 oxysterol binding protein like 2 protein-coding 1.051 1.974 1.270 0.643 0.619 0.489 0.356 0.359 0.069 0.821 0.217 0.121 0.104 0.593 0.274 0.321 0.260 0.425 0.508 0.369 0.078 0.466 0.078 0.285 1.277 0.522 0.504 11.313 0.121 0.211 0.227 0.130 0.589 0.056 0.072 0.332 0.084 0.248 0.523 0.165 0.178 1.251 1.236 0.412 0.733 0.223 1.323 nan 0.452 0.592 0.963 0.961 1.197 0.514 1.643 1.521 0.708 0.986 1.219 1.613 0.683 0.520 0.652 0.991 0.185 0.255 0.452 0.683 1.258 0.797 0.656 0.328 0.277 0.170 0.337 3.670 0.168 0.413 0.194 0.230 0.184 0.042 0.314 0.643 0.438 0.208 0.181 0.116 0.101 0.191 0.506 0.474 8.210 0.579 0.821 0.730 0.120 0.425 0.306 0.467 0.073 0.970 0.962 0.110 0.132 0.254 0.074 0.086 0.258 0.160 0.149 0.145 0.132 0.102 2735 chr9 139218582 139224365 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145638) promoter-TSS (NM_001145638) 306 NR_026964 26102 Hs.561893 NR_026964 ENSG00000262075 DKFZP434A062 - uncharacterized LOC26102 ncRNA nan 1.890 6.866 0.770 0.239 1.511 0.661 1.386 2.369 0.724 0.149 0.328 1.048 0.816 0.682 0.352 2.087 1.460 0.240 0.635 0.893 0.414 1.656 2.937 1.302 0.690 3.660 0.327 0.407 2.116 0.069 0.805 0.407 0.263 0.702 0.384 1.490 0.660 0.304 0.193 0.514 0.891 0.669 0.382 0.396 1.188 2.023 1.785 2.947 5.791 4.970 nan 0.828 1.060 1.298 2.284 3.233 1.552 2.807 8.935 11.100 1.210 2.202 1.890 1.473 2.527 2.833 1.671 1.160 1.784 0.518 0.497 0.446 0.175 1.305 0.838 0.754 0.587 2.243 0.970 0.442 0.440 1.598 1.326 0.891 0.438 0.688 0.462 0.228 1.646 2.545 0.464 0.423 2.369 2.054 1.484 2.087 0.127 0.344 2.937 3.015 0.643 0.070 0.059 0.518 0.541 0.240 0.735 0.814 0.146 0.131 0.458 0.254 1209 chr17 43535272 43548450 + 0 NA intron (NR_027782, intron 4 of 10) intron (NR_027782, intron 4 of 10) 10940 NR_036199 100423004 NR_036199 ENSG00000225190 MIR4315-1 - microRNA 4315-1 ncRNA 1.022 1.792 nan 0.419 3.591 1.593 0.822 0.739 0.950 0.271 0.229 0.158 0.663 1.089 0.096 0.239 0.346 0.469 0.163 1.169 0.066 0.662 0.560 0.373 nan 1.633 2.927 1.037 1.157 0.146 0.083 0.121 0.826 1.019 0.179 0.800 0.035 0.052 1.171 0.844 0.813 2.305 7.311 0.252 3.503 0.808 0.959 0.770 1.961 3.293 0.629 nan 0.603 0.257 0.683 0.655 0.275 0.644 1.108 nan 0.615 0.528 0.416 0.609 0.224 0.284 0.409 0.868 0.762 0.561 0.244 1.946 1.945 0.594 0.374 0.385 0.084 1.226 0.878 0.112 0.392 0.086 0.135 0.454 0.425 0.176 1.013 0.308 0.343 0.348 1.322 0.656 0.395 2.319 0.271 3.640 1.857 0.469 1.194 4.304 0.104 0.211 0.578 0.931 0.918 0.443 0.127 0.061 0.123 0.169 0.438 1.103 0.083 0.081 263 chr1 180133998 180141877 + 0 NA intron (NM_001004128, intron 2 of 12) intron (NM_001004128, intron 2 of 12) 13969 NM_001004128 5768 Hs.744925 NM_002826 ENSG00000116260 QSOX1 Q6|QSCN6 quiescin sulfhydryl oxidase 1 protein-coding nan nan 4.279 0.936 1.353 0.151 0.102 0.574 0.031 0.681 0.487 0.136 1.976 4.732 0.043 0.198 0.135 0.152 0.515 0.742 0.357 0.514 1.536 0.073 5.034 1.172 0.993 0.632 1.277 0.149 0.091 0.120 1.505 0.268 0.096 0.164 0.066 0.143 0.871 2.955 0.092 1.991 1.169 0.785 1.077 0.684 0.719 0.866 1.041 2.982 0.907 nan 0.634 0.225 nan 1.968 0.753 1.501 5.130 5.420 0.432 0.280 0.675 1.153 0.538 0.593 0.857 nan 0.399 0.375 0.064 1.601 1.756 0.272 0.127 0.662 0.053 0.506 0.418 0.152 0.173 0.060 0.202 0.117 0.185 0.216 1.041 0.287 0.227 0.241 0.465 0.135 0.745 1.125 0.681 2.706 0.457 0.152 1.071 1.390 0.754 0.218 0.053 0.492 0.295 0.437 0.820 0.103 0.113 0.455 0.753 2.515 0.058 0.084 991 chr15 91352393 91363718 + 0 NA intron (NM_001287248, intron 21 of 21) intron (NM_001287248, intron 21 of 21) -53767 NM_002569 5045 Hs.513153 NM_002569 ENSG00000140564 FURIN FUR|PACE|PCSK3|SPC1 furin, paired basic amino acid cleaving enzyme protein-coding nan nan nan 0.202 0.108 0.461 0.283 0.142 0.033 0.520 0.133 0.099 0.033 0.095 0.044 0.502 0.338 1.080 1.099 0.157 0.044 0.066 0.009 0.094 0.418 0.151 0.068 1.502 0.077 0.292 0.067 0.073 0.246 0.031 0.060 0.082 0.014 0.086 0.484 0.010 0.043 0.134 0.166 0.057 0.197 0.055 5.012 6.178 1.310 1.008 3.037 3.093 nan 0.174 2.061 2.060 0.470 0.757 0.486 0.719 nan 3.186 4.184 5.497 0.273 0.236 0.734 nan 1.819 0.989 0.269 0.114 0.051 0.238 0.035 0.874 0.049 0.068 0.058 0.156 0.095 0.051 0.313 0.089 0.016 0.041 0.047 0.057 0.053 0.158 0.211 0.108 0.028 0.306 0.520 0.069 0.041 1.080 0.141 0.124 0.537 0.092 0.167 0.046 0.129 0.039 0.071 2.719 0.381 0.034 0.041 0.005 0.014 2348 chr6 113710618 113715026 + 0 NA Intergenic Intergenic 258455 NR_125844 101927686 Hs.402044 NR_125844 ENSG00000230943 LOC101927686 - uncharacterized LOC101927686 ncRNA nan 0.842 nan 0.198 0.050 0.228 0.402 0.065 0.307 0.303 0.173 0.110 0.096 0.042 0.070 0.076 0.072 0.324 0.167 0.028 0.062 0.029 0.410 0.073 0.174 0.473 0.067 1.827 0.060 0.105 0.176 0.052 0.086 0.083 0.070 0.047 0.144 0.136 0.084 0.130 0.352 0.095 0.462 0.254 0.111 0.279 0.378 nan nan 0.228 0.201 0.224 0.401 nan 0.105 0.129 0.469 0.178 0.228 0.196 0.041 0.127 0.348 nan 0.327 0.347 0.082 0.208 0.293 0.055 0.243 0.189 0.141 0.024 0.022 0.188 0.042 0.014 0.018 0.087 1.497 3.168 0.113 0.129 0.130 0.059 0.307 0.062 0.072 0.043 0.019 0.013 0.065 0.138 0.018 0.093 5.654 0.112 0.140 0.137 0.044 0.013 931 chr15 37166608 37206795 + 0 NA intron (NM_001220482, intron 12 of 12) intron (NM_001220482, intron 12 of 12) -7967 NR_024264 145845 Hs.302693 NM_001101327 LOC145845 - uncharacterized LOC145845 ncRNA 0.964 nan nan 0.063 0.177 0.309 0.159 0.070 0.015 0.303 0.316 0.056 0.058 0.134 0.032 0.321 0.302 0.069 0.290 0.214 0.169 0.063 0.010 0.141 0.437 0.146 0.109 0.274 0.058 0.112 2.077 0.100 1.780 0.017 0.062 0.059 0.015 0.077 0.169 0.022 0.157 0.420 0.257 0.068 0.153 0.112 0.483 0.994 0.536 0.535 0.251 0.290 0.386 0.162 0.210 0.216 0.788 0.986 0.206 0.242 0.689 0.346 0.533 0.875 2.362 1.983 1.157 2.075 0.654 0.517 0.025 0.101 0.078 0.199 0.040 0.073 0.748 0.041 0.011 0.028 0.106 0.812 0.142 0.028 0.024 0.018 0.027 0.068 0.063 0.110 0.205 0.124 0.940 0.066 0.303 0.080 0.032 0.069 0.067 0.077 0.017 0.055 0.030 0.044 0.007 0.079 0.350 0.043 0.550 0.866 0.036 0.040 0.014 0.011 2246 chr6 5748311 5754668 + 0 NA intron (NM_006567, intron 6 of 6) intron (NM_006567, intron 6 of 6) -55984 NR_110842 101927950 Hs.571136 NR_110842 ENSG00000270174 LOC101927950 - uncharacterized LOC101927950 ncRNA 1.570 0.750 1.212 0.684 0.043 0.882 0.253 1.295 0.010 1.169 1.546 0.128 0.535 0.651 0.010 0.125 0.141 0.847 0.580 1.910 0.019 0.087 0.121 2.114 0.522 0.202 0.142 0.436 0.141 0.105 0.080 0.263 0.389 0.180 0.044 0.026 0.086 0.582 0.051 0.114 0.370 1.030 0.077 0.106 0.097 0.444 0.436 0.192 0.528 0.496 0.300 2.166 0.254 0.544 0.364 1.350 1.302 1.996 2.192 1.463 1.083 0.251 0.324 0.147 0.487 2.550 5.597 0.707 0.728 0.244 1.013 0.030 1.853 0.079 0.098 3.387 3.379 3.109 0.106 0.588 0.262 0.277 0.123 0.036 0.446 0.931 1.735 0.128 0.057 0.098 1.070 1.169 0.393 0.144 0.847 0.652 0.117 0.320 0.146 5.386 0.011 0.034 0.136 0.073 0.310 0.062 1.843 0.165 0.089 0.009 615 chr11 128581245 128588405 + 0 NA intron (NM_002017, intron 1 of 8) AluSc|SINE|Alu -18907 NR_038908 100507392 Hs.657715 NR_038908 ENSG00000254703 SENCR FLI1-AS1|lncRNA9 smooth muscle and endothelial cell enriched migration/differentiation-associated long non-coding RNA ncRNA 0.421 0.651 0.424 0.075 2.449 1.024 0.426 0.763 0.234 0.312 0.628 0.225 0.053 0.029 0.045 0.240 0.252 0.457 0.149 0.269 1.334 0.112 0.029 0.140 0.179 0.011 0.089 1.212 0.149 0.151 0.141 0.136 0.132 0.543 0.323 1.983 4.863 0.234 0.062 0.081 0.266 0.039 0.118 0.094 0.189 0.557 1.066 0.269 0.545 0.508 0.592 0.662 0.207 0.128 0.122 0.173 0.291 0.693 0.564 0.254 0.165 0.414 0.687 0.102 0.135 0.074 nan 0.651 0.889 0.085 0.109 0.039 2.318 0.043 0.013 0.971 0.637 0.087 0.113 0.013 0.090 0.783 0.414 0.354 0.086 0.138 0.101 0.694 0.052 0.244 0.022 0.056 0.312 0.060 0.052 0.457 0.017 0.071 0.013 0.089 0.029 2.715 0.012 0.199 3.144 0.123 0.153 0.035 0.339 0.387 0.080 0.035 476 chr11 31775459 31792952 + 0 NA intron (NM_001288726, intron 10 of 11) intron (NM_001288726, intron 10 of 11) 41580 NM_001310161 5080 Hs.270303 NM_000280 ENSG00000007372 PAX6 AN|AN2|D11S812E|FVH1|MGDA|WAGR paired box 6 protein-coding 0.878 0.953 nan 0.101 0.066 0.248 0.110 0.088 0.028 0.388 0.138 0.074 0.043 0.043 0.045 0.161 0.123 0.062 0.168 0.222 0.039 0.006 0.108 0.083 0.092 0.089 0.300 0.033 0.073 0.068 0.121 0.169 0.007 0.099 0.073 0.051 0.291 0.025 0.114 0.138 0.079 0.176 0.042 0.490 0.387 0.202 0.243 0.261 0.388 0.294 0.183 0.290 0.263 5.942 6.420 0.140 0.182 0.509 0.220 0.200 0.357 0.299 0.258 0.290 nan 1.022 0.667 0.120 0.053 0.022 0.078 0.017 0.112 0.024 0.020 0.013 0.042 0.055 0.158 0.037 0.007 0.027 0.018 0.027 0.127 0.037 0.029 0.027 0.015 0.388 0.020 0.026 0.062 0.014 0.010 0.079 0.030 0.035 0.029 0.007 0.041 0.051 0.034 0.051 0.114 0.043 0.027 0.020 0.009 1198 chr17 41430453 41450133 + 0 NA Intergenic Intergenic 25973 NR_027412 100130581 Hs.546897 NR_027412 ENSG00000188825 LINC00910 - long intergenic non-protein coding RNA 910 ncRNA 2.655 3.343 nan 3.197 3.134 5.620 3.047 4.550 1.218 2.389 2.217 0.696 1.606 3.229 2.069 2.080 1.097 2.366 1.447 2.844 0.862 2.336 1.638 2.391 nan 4.593 1.815 6.056 1.433 1.456 2.071 0.160 3.740 2.109 1.750 2.701 0.722 3.857 2.433 2.100 1.170 3.622 7.544 0.665 2.401 1.083 1.805 2.364 2.807 3.817 9.116 nan 4.017 3.271 10.448 11.612 1.021 1.405 3.195 nan 6.479 6.484 5.199 5.502 2.786 2.902 3.329 4.510 1.944 1.146 3.785 3.649 0.819 1.688 0.742 4.314 0.731 1.846 2.232 0.765 3.056 0.348 1.260 4.417 2.193 0.980 1.807 0.926 0.830 4.077 3.839 1.136 1.219 1.767 2.389 4.589 4.057 2.366 1.396 1.092 1.149 2.590 1.613 1.923 0.871 2.571 1.641 0.872 1.945 1.140 1.899 1.007 1.607 1.149 1626 chr2 172914181 172972082 + 0 NA intron (NM_199227, intron 7 of 9) intron (NM_199227, intron 7 of 9) -7077 NM_178120 1745 Hs.407015 NM_178120 ENSG00000144355 DLX1 - distal-less homeobox 1 protein-coding 1.357 0.911 1.086 1.014 0.165 12.061 6.227 0.850 0.168 2.185 0.953 0.178 0.223 0.316 0.432 0.509 0.375 0.971 0.326 0.363 0.280 0.229 0.084 0.162 0.588 0.462 0.276 1.705 0.177 1.143 1.542 0.099 3.488 0.369 0.303 0.480 0.195 0.593 1.560 0.109 0.269 0.650 0.263 0.745 0.793 0.421 0.310 0.260 0.797 1.503 0.889 0.817 4.846 1.768 0.515 0.545 1.040 1.500 0.953 1.258 1.090 1.053 0.540 0.703 2.055 0.901 0.303 0.594 2.737 1.444 0.188 0.455 0.615 0.953 0.173 0.137 2.097 0.415 0.304 0.458 1.207 0.140 0.038 2.543 0.520 0.299 0.111 0.210 0.233 1.062 0.645 1.520 0.255 0.357 2.185 0.309 0.405 0.971 0.062 0.198 0.287 2.225 0.235 0.345 0.040 0.223 0.526 0.690 0.241 0.097 0.259 0.078 0.597 0.342 1409 chr19 18106092 18115881 + 0 NA promoter-TSS (NM_001025604) promoter-TSS (NM_001025604) -955 NM_001025604 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 2.198 1.500 1.674 1.112 0.929 0.940 0.525 2.204 0.203 0.526 0.223 0.148 0.599 0.888 4.827 0.303 0.260 0.208 0.170 1.292 0.354 2.073 0.789 3.528 nan 1.240 0.587 1.204 0.343 0.516 0.997 0.061 1.269 0.676 1.885 3.937 0.887 1.416 0.883 1.048 0.549 1.307 3.157 1.030 1.996 0.529 0.148 0.181 0.717 1.578 0.769 0.762 0.920 0.269 0.233 0.313 1.275 2.064 2.238 3.194 1.114 1.003 0.235 0.164 1.057 0.837 2.011 4.136 1.114 0.678 0.371 1.736 0.441 1.075 0.429 0.276 0.375 2.417 3.072 1.940 5.405 0.184 0.082 1.909 1.398 0.794 1.268 0.260 0.261 0.900 7.194 3.163 2.329 2.453 0.526 1.470 2.428 0.208 1.836 1.590 0.623 4.363 1.474 0.720 0.249 1.674 0.318 0.200 0.021 1.333 0.539 0.289 0.371 0.305 2219 chr5 172134207 172145629 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -42588 NM_001287812 101928093 Hs.646902 NM_001287812 LOC101928093 - uncharacterized LOC101928093 protein-coding 0.670 0.717 0.708 0.111 0.301 0.230 0.126 0.300 0.049 0.136 0.164 0.126 0.183 0.176 3.390 0.178 0.088 0.230 0.165 0.262 0.791 0.210 0.378 0.522 1.127 0.348 0.217 0.689 0.115 0.169 0.161 0.119 0.325 0.207 0.740 0.340 0.380 0.496 0.285 0.468 0.072 0.182 0.140 0.457 0.210 0.127 0.313 0.250 0.401 nan 0.545 0.487 0.738 0.323 0.288 0.322 0.323 nan 0.434 0.487 0.695 0.538 0.210 0.294 0.147 0.285 0.200 0.316 0.409 0.419 0.029 0.385 0.269 0.236 0.226 0.157 0.049 0.448 0.151 0.710 0.788 0.025 0.042 1.214 0.283 0.164 0.084 0.072 0.053 0.490 1.319 0.503 3.563 1.449 0.136 0.405 1.025 0.230 0.746 1.878 0.101 0.781 1.566 0.487 0.022 0.097 1.608 0.030 0.056 0.054 0.085 0.116 0.172 0.114 2141 chr5 56746262 56755503 + 0 NA Intergenic Intergenic 27754 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.753 0.044 0.226 2.203 1.185 0.109 0.007 0.207 1.596 0.070 0.041 0.161 0.034 0.035 0.097 0.013 0.178 0.128 0.080 0.089 0.137 0.243 0.227 0.123 0.124 1.294 0.111 0.069 0.092 0.103 0.174 0.039 0.132 0.225 0.119 0.104 0.078 0.259 0.052 0.218 0.181 0.114 0.242 0.145 0.121 0.076 3.024 10.622 0.152 0.174 nan 0.076 0.129 0.177 1.217 1.496 0.129 0.149 nan 0.301 0.043 0.104 0.450 1.040 0.194 0.563 0.608 0.615 0.137 0.513 0.020 1.234 0.022 0.097 0.405 0.032 0.056 0.058 0.144 0.095 0.149 0.033 0.025 0.058 0.025 0.090 0.159 0.141 0.101 0.060 0.117 0.207 0.054 0.322 0.013 0.013 0.117 0.062 0.182 0.037 0.027 0.112 0.362 0.037 0.011 0.146 0.057 0.051 0.062 0.005 2464 chr7 99677408 99689026 + 0 NA Intergenic Intergenic -3046 NM_001278287 7551 Hs.435302 NM_017715 ENSG00000166526 ZNF3 A8-51|HF.12|KOX25|PP838|Zfp113 zinc finger protein 3 protein-coding nan 1.759 nan 2.776 1.393 3.333 1.783 2.349 0.231 1.737 1.243 0.209 0.865 1.688 1.330 2.615 1.356 2.720 2.014 2.322 1.151 3.241 1.205 1.487 3.262 1.980 3.412 2.975 1.130 2.653 2.745 0.240 2.426 1.326 1.064 0.832 1.222 4.720 1.752 1.569 1.334 3.093 3.508 2.530 1.877 1.255 4.444 4.538 3.901 5.625 4.444 4.456 6.054 3.762 5.898 6.671 2.399 3.748 3.017 4.449 4.625 4.702 3.595 5.133 4.533 5.137 2.736 nan 4.547 2.479 1.352 2.789 0.511 2.160 1.830 2.437 1.027 0.639 0.512 1.137 2.322 0.814 0.743 5.798 5.013 1.996 1.218 1.043 1.025 2.784 1.594 4.989 1.522 1.377 1.737 2.222 1.983 2.720 1.368 1.533 0.871 2.911 1.178 2.358 1.635 1.440 2.568 2.321 1.297 0.521 0.823 0.730 4.355 3.287 1077 chr16 69425267 69460826 + 0 NA Intergenic Intergenic -15452 NM_030579 80777 Hs.461131 NM_030579 ENSG00000103018 CYB5B CYB5-M|CYPB5M|OMB5 cytochrome b5 type B protein-coding nan nan 0.797 0.440 0.433 0.603 0.229 0.721 0.046 0.489 0.683 0.160 0.194 0.595 5.299 0.155 0.120 0.285 0.427 0.502 0.143 0.388 0.163 2.831 0.389 0.168 0.470 0.584 0.206 0.580 1.383 0.122 1.992 0.179 1.124 0.415 0.177 0.470 1.012 0.153 0.588 1.654 3.949 0.276 1.466 0.216 0.413 0.442 0.500 0.821 0.634 0.690 0.774 0.321 0.836 0.938 0.605 nan 0.785 0.935 1.157 0.779 0.282 0.449 0.260 0.306 0.541 1.037 1.091 0.629 0.139 0.315 0.255 1.660 0.735 0.195 0.242 0.517 0.301 0.379 0.898 0.062 0.120 0.574 0.424 0.286 0.232 0.248 0.307 0.366 4.964 0.606 3.293 1.276 0.489 0.542 0.572 0.285 0.716 0.181 0.115 0.755 0.553 0.221 0.450 0.463 0.238 0.404 0.184 0.216 0.218 0.395 1.653 2.598 1716 chr20 21583255 21604345 + 0 NA intron (NR_109880, intron 2 of 3) L1ME3C|LINE|L1 43138 NR_109880 101929625 Hs.542413 NR_109880 LINC01727 - long intergenic non-protein coding RNA 1727 ncRNA 0.825 1.102 nan 0.557 0.069 1.327 0.692 0.087 0.006 0.121 0.100 0.085 0.009 0.010 0.006 0.663 0.468 1.368 0.210 0.171 0.006 0.058 0.005 0.072 0.095 0.119 0.131 1.934 0.041 0.030 0.026 0.064 0.152 0.061 0.033 0.087 0.004 0.098 0.240 0.093 0.038 0.179 0.130 0.057 0.077 0.089 0.546 0.537 0.177 0.242 1.917 1.957 3.613 0.923 0.199 0.214 0.203 0.405 0.374 0.704 0.504 0.233 0.216 0.309 0.751 0.653 0.188 0.230 3.274 1.495 0.037 0.084 0.009 0.022 0.035 0.046 0.013 0.036 0.020 0.011 0.095 0.131 0.004 0.066 0.028 0.019 0.033 0.033 0.069 0.130 0.108 0.027 0.060 0.038 0.121 0.023 0.024 1.368 0.122 0.189 0.176 0.022 1.489 0.016 0.040 0.023 0.032 0.011 0.047 0.041 0.022 0.045 0.036 0.017 293 chr1 205598947 205607048 + 0 NA promoter-TSS (NM_021795) promoter-TSS (NM_021795) -997 NM_021795 2005 Hs.497520 NM_001973 ENSG00000158711 ELK4 SAP1 ELK4, ETS transcription factor protein-coding 5.144 4.839 6.827 2.485 2.857 3.659 1.905 2.242 1.171 2.905 2.182 0.238 0.517 1.630 1.656 1.825 0.980 3.156 2.801 1.667 0.413 2.046 0.643 1.099 3.574 2.230 2.734 4.818 0.566 2.093 2.488 0.182 4.349 0.351 0.964 1.461 0.526 1.685 1.902 1.601 0.581 4.213 4.492 1.124 2.474 0.982 3.110 3.480 5.231 8.219 6.126 5.373 3.694 2.282 nan nan 2.586 3.556 4.936 7.741 3.336 4.066 1.404 2.106 8.551 8.585 3.700 3.926 2.480 1.609 2.304 1.228 0.629 1.699 0.595 4.650 1.833 1.765 2.103 1.456 2.548 2.427 1.199 1.868 2.512 1.059 1.018 1.082 0.828 2.012 2.222 1.824 1.294 1.527 2.905 3.074 2.350 3.156 0.907 1.305 0.936 2.151 1.681 0.962 0.804 1.218 1.089 1.647 0.756 1.183 0.859 1.014 0.892 0.737 1272 chr17 78489653 78527574 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -10012 NM_020761 57521 Hs.133044 NM_020761 ENSG00000141564 RPTOR KOG1|Mip1 regulatory associated protein of MTOR complex 1 protein-coding 1.713 1.320 1.590 0.639 0.285 0.607 0.322 0.370 0.054 0.521 0.235 0.171 0.195 0.406 0.463 0.305 0.243 0.615 0.330 0.459 0.091 0.240 0.158 0.471 0.904 0.385 0.277 1.005 0.189 0.285 0.326 0.144 0.838 0.168 0.138 0.398 0.382 1.060 0.569 0.244 0.164 0.529 0.953 0.322 0.265 0.307 0.987 0.849 0.632 0.874 1.051 1.078 1.744 0.675 0.866 0.940 nan 1.354 1.531 2.169 1.651 1.218 0.729 1.036 0.404 0.602 2.345 5.619 nan 0.688 0.122 0.558 0.146 0.343 0.179 0.434 0.172 0.300 0.269 0.386 0.504 0.075 0.688 0.422 0.189 0.148 0.263 0.189 0.226 0.353 0.432 0.412 0.276 0.365 0.521 0.595 0.282 0.615 0.210 0.743 0.363 0.637 0.735 0.147 0.044 0.234 0.123 0.143 0.094 2.992 0.205 0.120 0.114 0.062 1781 chr20 62723205 62734923 + 0 NA intron (NM_001318855, intron 1 of 2) intron (NM_001318855, intron 1 of 2) 5023 NM_001318855 4987 Hs.2859 NM_000913 ENSG00000125510 OPRL1 KOR-3|NOCIR|NOP|NOPr|OOR|ORL1 opioid related nociceptin receptor 1 protein-coding 1.574 1.105 2.024 0.262 0.054 4.254 1.949 0.133 0.026 0.427 0.096 0.041 0.016 0.081 0.043 0.442 0.315 2.099 0.852 0.117 0.042 0.156 0.034 0.190 1.704 0.514 0.108 1.422 0.104 0.064 0.692 0.065 0.201 0.030 0.051 0.119 0.034 0.111 0.230 0.009 0.107 0.185 0.198 0.047 0.123 0.089 1.947 nan 0.283 0.334 3.220 2.550 1.134 0.402 0.568 0.735 0.561 1.020 0.290 0.440 0.774 0.842 0.703 0.766 0.602 0.304 0.739 0.872 2.978 1.946 1.820 0.035 0.041 0.040 0.055 0.754 0.142 0.036 0.049 0.196 0.046 0.074 0.263 0.244 0.046 0.019 0.033 0.066 0.051 0.068 0.438 0.450 0.060 0.107 0.427 0.066 0.261 2.099 0.096 0.566 1.435 3.574 0.012 0.004 0.074 0.096 0.029 0.237 0.314 0.007 0.028 0.023 1299 chr18 6621541 6634439 + 0 NA Intergenic Intergenic 101871 NR_134645 101927168 Hs.242240 NR_134645 LOC101927168 - uncharacterized LOC101927168 ncRNA 1.049 0.852 0.924 0.064 0.022 0.189 0.062 0.825 1.127 0.138 1.010 0.211 0.049 0.035 0.061 0.115 0.056 0.178 0.195 0.682 0.079 0.054 0.121 0.161 0.254 nan 0.011 0.038 0.066 0.121 0.218 0.009 0.023 0.316 1.584 7.221 0.223 0.069 0.107 0.095 0.214 0.498 0.052 0.089 0.329 0.204 0.274 0.356 0.497 0.492 nan 0.083 0.253 0.211 0.093 nan 0.803 0.779 nan 0.194 0.095 0.133 0.243 0.251 0.364 nan nan 0.357 0.098 0.017 0.507 0.046 0.055 2.255 0.006 0.080 0.047 0.082 0.044 0.136 0.028 0.018 0.018 0.024 0.057 0.093 0.025 0.025 0.018 0.026 0.138 0.044 0.073 0.056 0.009 0.090 0.015 0.058 0.016 0.086 0.006 0.294 2.083 0.055 0.030 0.173 0.118 0.103 0.013 0.016 1663 chr2 215481334 215496596 + 0 NA Intergenic Intergenic 114059 NR_047698 100885780 Hs.665982 NR_047698 ENSG00000224257 VWC2L-IT1 - VWC2L intronic transcript 1 ncRNA nan 1.141 nan 0.121 0.080 0.214 0.068 0.112 0.008 0.147 0.098 0.021 0.012 0.131 0.033 0.093 0.109 0.141 0.144 0.155 0.024 0.067 0.007 0.099 0.109 0.042 0.083 0.274 0.048 0.070 0.064 0.118 0.229 0.024 0.059 0.053 0.021 0.040 0.134 0.021 0.005 0.088 0.089 0.107 0.124 0.123 0.408 0.150 0.254 0.187 0.246 0.263 0.157 0.102 0.201 0.197 2.385 2.980 0.404 nan 0.920 0.690 0.134 0.249 0.053 0.060 2.002 5.992 0.257 0.322 0.025 0.102 0.019 0.067 0.026 0.047 0.019 0.037 0.009 0.014 0.081 0.018 0.046 0.065 0.047 0.005 0.050 0.011 0.008 0.111 0.064 0.042 0.035 0.039 0.147 0.046 0.141 0.032 0.022 0.070 0.035 0.027 0.027 0.003 0.036 0.029 0.058 0.037 1.857 0.015 0.062 0.030 0.010 967 chr15 71919376 71986136 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 1 of 11) L2a|LINE|L2 31122 NR_120346 101929173 Hs.680593 NR_120346 THSD4-AS2 - THSD4 antisense RNA 2 ncRNA 0.786 0.747 1.088 0.105 0.073 0.294 0.154 0.091 0.100 0.228 0.264 0.077 0.034 0.122 0.082 0.154 0.134 0.323 0.152 0.180 0.794 0.098 0.074 0.197 0.485 0.103 0.123 1.123 0.118 6.524 0.048 0.076 0.243 0.043 0.113 0.083 0.021 0.082 0.201 0.061 0.098 0.283 0.465 0.115 0.247 0.138 0.294 0.167 0.683 1.576 0.272 0.328 0.516 0.202 0.150 0.164 0.255 0.488 0.257 0.278 0.951 0.666 0.183 0.262 0.089 0.137 0.297 1.127 0.482 0.434 0.017 0.099 0.030 0.172 0.036 0.141 0.044 0.085 0.038 0.068 0.095 0.022 0.054 0.097 0.026 0.018 0.052 0.386 0.612 0.139 0.243 0.070 0.078 0.254 0.228 0.142 0.045 0.323 0.134 0.361 0.177 0.097 0.131 0.152 0.010 0.096 2.288 6.777 0.041 0.176 0.045 0.109 0.068 0.032 2157 chr5 71101715 71110924 + 0 NA Intergenic Intergenic 91329 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 0.939 nan 0.773 0.104 0.129 2.712 1.152 0.134 0.034 0.279 0.146 0.105 0.110 0.162 0.007 0.258 0.253 0.078 0.069 0.174 0.054 0.059 0.057 0.137 0.196 0.061 0.061 0.532 0.032 0.106 0.078 0.186 0.059 0.025 0.074 0.081 0.017 0.068 0.171 0.114 0.148 0.260 0.388 0.130 0.083 0.135 0.226 0.184 0.189 0.332 0.271 0.307 nan 2.111 0.109 0.095 0.583 nan 0.313 0.285 0.505 0.264 0.130 0.208 2.472 2.608 0.260 0.890 1.167 0.699 0.079 0.175 0.456 0.011 0.117 0.226 0.060 0.016 0.079 0.423 0.042 0.117 0.052 0.034 0.050 0.366 0.406 0.079 0.085 0.069 0.043 0.088 0.279 0.062 0.401 0.078 0.013 0.054 0.011 0.035 0.210 0.022 0.014 0.034 0.061 0.076 0.032 0.223 0.034 0.061 0.076 0.031 1611 chr2 144183708 144200373 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 305141 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.883 nan 1.366 0.095 0.069 0.246 0.114 0.080 0.015 0.191 1.061 0.122 0.034 0.171 0.023 0.064 0.151 0.108 0.121 0.203 0.030 0.065 0.060 0.116 0.088 0.106 0.081 0.317 0.080 0.051 0.026 0.076 0.120 0.029 0.068 0.112 0.042 0.095 0.139 0.027 0.010 0.074 0.145 0.118 0.069 0.242 0.340 0.161 0.297 0.822 0.224 0.278 0.215 0.068 0.232 0.215 3.591 3.853 0.310 0.271 0.385 0.168 0.078 0.170 0.040 0.061 0.356 0.683 0.318 0.352 0.029 0.102 0.006 0.334 0.038 0.016 0.009 0.030 0.008 0.017 0.148 0.017 0.137 0.050 0.026 0.014 0.014 0.005 0.036 0.078 0.024 0.022 0.019 0.036 0.191 0.032 0.017 0.108 0.052 0.029 0.024 0.122 0.018 0.205 0.008 0.047 0.067 0.041 0.065 0.106 0.100 0.040 0.007 322 chr1 231813275 231836453 + 0 NA intron (NM_001164556, intron 1 of 4) intron (NM_001164556, intron 1 of 4) 62303 NM_001164541 27185 Hs.13318 NM_018662 ENSG00000162946 DISC1 C1orf136|SCZD9 disrupted in schizophrenia 1 protein-coding 1.755 3.230 3.496 2.976 0.068 1.530 0.834 0.131 0.003 1.644 0.220 0.083 0.033 0.096 0.019 0.392 0.224 0.294 1.589 0.240 0.011 0.112 0.023 0.076 0.765 0.110 0.110 6.613 0.025 1.320 0.046 0.091 0.184 0.010 0.071 0.067 0.041 0.101 0.245 0.090 0.354 0.146 0.209 0.094 0.104 0.159 0.420 0.213 2.062 2.642 1.680 1.546 nan 3.095 0.222 0.278 0.664 0.979 nan 1.201 1.458 1.825 0.112 0.137 0.563 0.821 0.493 1.061 nan 0.735 0.283 0.089 0.021 0.135 0.188 0.158 0.042 0.041 0.031 0.019 0.107 0.119 2.354 0.107 0.047 0.013 0.070 0.231 0.329 0.165 0.074 0.056 0.020 0.114 1.644 0.062 0.052 0.294 0.026 0.040 0.826 0.033 0.729 0.022 0.004 0.058 0.019 1.041 0.017 0.165 0.056 0.082 0.020 0.013 469 chr11 17859456 17871599 + 0 NA intron (NM_012139, intron 10 of 10) MER5A|DNA|hAT-Charlie 108032 NM_004976 3746 Hs.552896 NM_004976 ENSG00000129159 KCNC1 EPM7|KV3.1|KV4|NGK2 potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 protein-coding 0.767 nan 2.849 0.450 0.331 0.330 0.100 0.098 0.469 0.148 0.093 0.094 0.121 0.010 0.310 0.144 0.171 0.736 0.193 0.031 0.112 0.463 0.081 0.141 0.066 0.098 0.539 0.072 0.173 0.018 0.091 0.132 0.039 0.085 0.100 0.006 0.086 0.361 0.620 0.042 0.251 0.086 0.069 0.198 0.086 nan 6.083 0.212 0.296 1.106 1.157 0.771 0.233 0.475 0.435 0.897 nan 0.348 0.592 0.779 0.895 0.341 0.342 0.860 1.203 0.274 0.477 0.651 nan 0.069 0.246 0.008 0.401 0.020 0.170 0.131 0.038 0.054 0.044 0.102 0.713 0.136 0.028 0.012 0.146 0.020 0.235 0.060 0.024 0.065 0.050 0.469 0.082 0.082 0.171 0.041 0.014 0.073 0.029 0.079 0.088 0.010 0.182 0.111 0.057 0.040 0.174 0.514 0.473 0.019 0.013 635 chr12 6872025 6889245 + 0 NA TTS (NM_002824) TTS (NM_002824) -1035 NM_002286 3902 Hs.409523 NM_002286 ENSG00000089692 LAG3 CD223 lymphocyte activating 3 protein-coding 2.766 nan nan 3.992 0.653 2.880 1.383 1.310 0.079 3.097 0.560 0.103 0.225 0.592 2.062 1.496 0.921 3.101 1.317 0.561 0.539 1.056 0.427 0.485 3.884 1.252 0.562 6.027 0.509 2.074 3.548 0.125 1.672 0.606 0.653 1.629 0.466 1.774 1.024 0.388 0.876 1.925 2.495 1.115 0.756 0.613 1.294 1.903 1.388 2.059 nan 5.280 7.005 2.692 3.751 4.092 3.122 4.209 3.220 3.252 4.707 4.037 1.724 3.192 2.792 2.385 3.517 nan 1.193 0.482 3.796 0.955 0.511 1.360 1.499 3.282 0.708 1.080 1.078 1.169 1.631 1.422 1.956 2.428 0.783 0.416 0.232 1.148 0.838 3.354 3.116 4.345 0.954 0.785 3.097 0.701 1.531 3.101 0.157 0.597 6.538 6.794 0.904 0.957 0.085 0.988 0.803 1.164 1.322 2.985 0.580 0.231 1.622 1.011 1088 chr16 84165604 84179151 + 0 NA intron (NM_031463, intron 1 of 5) intron (NM_031463, intron 1 of 5) 6423 NM_031463 83693 Hs.555992 NM_031463 ENSG00000103160 HSDL1 SDR12C3 hydroxysteroid dehydrogenase like 1 protein-coding nan 0.895 0.863 1.457 0.466 0.972 0.459 0.570 0.027 2.483 0.509 0.145 0.207 0.871 0.214 0.206 0.124 1.004 0.741 0.660 0.175 0.661 0.116 0.494 0.924 0.292 0.488 1.426 0.426 6.886 0.346 0.057 0.913 0.296 0.876 0.944 0.116 0.504 0.732 0.156 0.251 0.848 0.880 0.442 0.499 0.316 0.731 0.920 0.642 0.954 0.907 1.047 0.799 0.359 0.945 0.960 0.405 0.627 2.876 4.254 2.357 1.843 0.408 0.763 0.181 0.274 0.965 2.442 1.045 0.565 0.261 0.620 0.086 1.043 0.126 0.831 0.314 1.579 0.900 0.337 0.503 0.042 0.351 0.389 0.468 0.418 0.372 1.373 1.429 0.231 0.455 0.722 0.215 0.430 2.483 1.108 1.898 1.004 0.235 0.170 0.178 0.489 0.703 0.210 0.195 0.682 0.132 3.758 0.211 0.290 0.101 0.202 0.349 0.283 575 chr11 85950243 85958168 + 0 NA Intergenic Intergenic -1221 NM_001308007 8726 Hs.503510 NM_003797 ENSG00000074266 EED HEED|WAIT1 embryonic ectoderm development protein-coding 1.837 2.057 1.574 2.944 1.439 2.875 1.864 1.845 1.685 1.384 0.830 0.060 0.573 1.602 1.470 1.426 0.711 1.934 2.257 2.468 0.703 1.469 1.032 1.329 3.606 1.906 2.085 5.524 1.114 1.764 2.396 0.087 1.144 1.055 1.926 2.492 0.553 2.988 2.153 2.628 0.581 3.171 1.932 1.225 3.782 1.375 6.737 5.885 7.426 6.005 5.847 6.541 4.205 3.198 11.327 12.426 3.423 3.660 4.752 6.093 4.605 3.888 3.212 5.500 4.082 4.761 2.982 3.058 2.289 1.270 2.390 1.782 0.889 1.069 1.140 2.184 0.646 1.431 1.473 0.688 1.458 0.864 1.781 5.575 2.601 1.102 1.307 0.700 0.680 3.034 2.178 1.393 0.897 2.245 1.384 1.764 2.906 1.934 1.144 1.804 4.023 1.527 1.118 1.292 0.774 1.775 1.262 1.071 1.386 0.966 1.077 1.193 0.843 0.544 1835 chr22 29412140 29437753 + 0 NA intron (NR_046851, intron 2 of 2) intron (NR_046851, intron 2 of 2) 2518 NR_046851 100874123 Hs.674708 NR_046851 ENSG00000177993 ZNRF3-AS1 - ZNRF3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.879 0.704 0.128 1.742 0.353 0.163 0.555 0.019 0.440 0.231 0.094 0.541 1.082 0.251 0.024 0.132 0.307 0.299 0.341 0.134 1.339 0.608 0.652 nan 0.754 0.472 0.305 0.570 2.115 0.089 0.085 0.268 0.428 0.561 1.384 0.189 0.561 0.305 0.334 0.075 0.159 0.225 0.713 0.597 0.602 0.486 0.648 0.646 nan 0.281 0.350 0.439 0.155 0.469 0.477 0.735 nan 1.040 1.118 0.698 0.379 0.350 0.378 0.400 0.738 0.275 nan 1.053 0.768 0.358 0.840 0.148 1.275 0.139 0.271 0.048 0.603 0.544 0.046 0.151 0.107 0.175 0.319 0.495 0.182 0.311 1.005 1.041 1.183 2.114 0.249 2.340 0.982 0.440 1.727 0.481 0.307 0.438 0.330 0.114 0.054 0.535 0.672 0.397 1.274 0.317 2.432 0.166 0.135 0.791 0.482 0.917 0.685 1566 chr2 66908646 66930234 + 0 NA intron (NR_110156, intron 5 of 5) intron (NR_110156, intron 5 of 5) 10919 NR_110264 101927577 Hs.380543 NR_110264 ENSG00000237179 LINC01797 - long intergenic non-protein coding RNA 1797 ncRNA 1.220 0.723 nan 0.130 0.103 0.792 0.371 0.069 0.072 0.131 0.125 0.052 0.018 0.092 0.026 0.255 0.175 0.277 0.224 0.250 0.017 0.070 0.083 1.352 0.213 0.305 0.576 0.075 0.213 0.066 0.107 0.148 0.033 0.053 0.094 0.038 0.241 0.022 0.179 0.300 0.363 0.058 0.054 0.051 1.030 0.937 4.953 4.687 0.437 0.543 nan 0.278 0.557 0.528 0.436 0.612 0.646 0.505 0.906 0.488 0.846 2.724 0.647 0.522 1.036 2.598 0.333 0.325 0.064 0.039 0.031 0.061 0.019 0.127 0.128 0.023 0.003 0.050 0.185 0.184 0.068 0.014 0.011 0.018 0.141 0.313 0.070 0.030 0.030 0.015 0.046 0.131 0.070 0.017 0.277 0.460 0.264 0.032 0.038 0.047 0.013 0.008 0.015 0.085 0.063 0.870 1.642 0.014 0.048 0.016 0.009 979 chr15 80210125 80218114 + 0 NA promoter-TSS (NR_028330) promoter-TSS (NR_028330) -994 NR_028330 283687 Hs.722219 NM_175898 ST20-AS1 C15orf37 ST20 antisense RNA 1 ncRNA 2.298 nan 2.433 1.732 1.699 2.210 1.002 1.665 1.080 1.264 0.845 0.163 1.682 4.897 1.953 1.133 0.835 2.322 1.319 0.814 0.604 1.576 0.724 1.794 2.919 2.255 1.346 5.267 2.826 2.021 1.588 0.103 1.882 0.489 0.846 2.003 0.395 1.852 1.951 1.188 0.586 1.959 1.504 1.313 1.363 0.830 2.387 2.424 1.700 2.488 2.575 1.880 2.963 1.157 3.012 2.907 1.250 1.652 2.477 3.884 3.102 3.324 1.218 2.312 1.117 0.863 1.607 1.739 1.104 0.727 0.855 1.504 0.647 0.832 0.875 1.071 0.935 0.667 0.898 1.233 1.018 0.167 1.126 1.730 1.282 0.624 0.652 1.287 0.742 1.052 2.660 1.816 1.155 1.339 1.264 5.255 1.169 2.322 0.950 0.859 0.648 1.873 1.080 0.747 0.552 1.423 0.851 1.171 0.890 0.681 0.987 0.448 0.441 0.265 709 chr12 57844315 57856796 + 0 NA exon (NM_031479, exon 2 of 2) exon (NM_031479, exon 2 of 2) 1481 NM_031479 83729 Hs.632713 NM_031479 ENSG00000139269 INHBE - inhibin beta E subunit protein-coding nan 1.839 2.412 1.959 0.935 1.499 0.912 0.969 0.229 1.520 1.236 0.130 0.199 0.371 1.271 1.546 0.264 0.580 1.673 1.237 0.387 0.331 0.245 1.016 5.588 3.174 0.521 1.559 0.269 1.440 2.547 0.130 1.154 0.235 0.106 0.637 0.127 0.412 1.163 0.500 1.109 1.854 3.382 0.537 0.375 0.332 nan 1.972 0.899 1.335 1.274 nan 3.319 1.128 6.259 6.814 0.950 nan 5.402 nan 3.930 5.003 2.115 2.025 2.646 4.421 2.947 9.114 1.746 0.998 1.521 0.518 0.207 3.089 0.512 2.583 3.523 0.610 0.433 1.129 0.933 0.434 1.865 0.484 0.351 0.262 0.222 0.311 0.425 1.491 4.438 1.686 0.669 0.502 1.520 0.411 0.858 0.580 0.293 0.168 1.045 2.363 0.934 0.190 0.204 0.349 0.632 0.120 0.905 2.564 0.837 0.122 0.102 0.032 40 chr1 9870707 9936068 + 0 NA Intergenic Intergenic -18803 NM_014944 22883 Hs.29665 NM_014944 ENSG00000171603 CLSTN1 ALC-ALPHA|CDHR12|CST-1|CSTN1|PIK3CD|XB31alpha|alcalpha1|alcalpha2 calsyntenin 1 protein-coding 1.937 nan 1.683 2.184 0.451 0.683 0.324 0.226 0.048 0.777 0.253 0.187 0.325 0.666 0.086 0.461 0.230 0.521 0.774 0.308 0.127 0.602 0.361 0.196 nan 0.491 0.359 3.757 0.408 0.297 0.271 0.115 1.232 0.047 0.109 0.194 0.090 0.176 0.832 0.433 0.374 1.076 0.691 0.427 0.342 0.137 0.835 1.200 0.521 0.791 1.533 1.532 0.498 0.161 0.621 0.629 2.401 nan nan 3.922 nan 2.106 0.403 0.562 0.460 0.424 1.726 3.882 1.607 0.876 2.189 0.947 0.120 0.171 0.282 0.447 0.117 0.188 0.102 0.237 0.106 0.125 0.190 0.277 0.338 0.191 0.188 0.112 0.111 0.195 0.409 0.466 0.282 0.489 0.777 0.630 0.529 0.521 0.143 0.485 0.715 0.408 0.451 0.188 0.433 0.126 0.159 0.109 0.134 0.901 0.086 0.474 0.034 0.030 310 chr1 223165985 223170732 + 0 NA intron (NM_032890, intron 9 of 9) intron (NM_032890, intron 9 of 9) 148266 NM_003268 7100 Hs.604542 NM_003268 ENSG00000187554 TLR5 MELIOS|SLE1|SLEB1|TIL3 toll like receptor 5 protein-coding 1.084 nan 1.157 0.157 0.197 0.251 0.148 0.413 0.026 0.245 0.788 0.034 0.040 0.156 0.646 0.263 0.315 0.126 0.294 0.314 0.104 0.217 0.022 0.113 1.028 0.231 0.489 0.322 0.308 0.608 0.102 0.138 0.305 0.173 0.109 0.386 0.066 0.185 0.449 0.163 0.428 1.398 0.364 0.175 0.152 0.240 4.070 3.270 0.909 1.501 0.374 nan 0.281 0.217 1.548 1.743 0.443 0.752 0.350 0.533 0.391 0.130 1.622 1.754 0.220 0.305 0.369 0.637 0.948 0.539 0.179 0.090 0.019 1.164 0.042 0.019 0.497 0.091 0.048 0.974 0.108 0.067 0.477 0.127 0.032 0.064 1.897 3.330 0.490 0.084 0.044 0.283 1.092 0.245 0.075 0.039 0.126 0.749 0.087 0.020 0.074 0.043 0.200 0.090 0.945 0.095 1.751 1.038 0.193 0.256 0.100 0.194 0.140 192 chr1 153945838 153952209 + 0 NA intron (NM_006694, intron 3 of 4) intron (NM_006694, intron 3 of 4) 1428 NM_006694 10899 Hs.6396 NM_006694 ENSG00000143543 JTB HJTB|HSPC222|PAR|hJT jumping translocation breakpoint protein-coding nan nan 2.868 2.319 2.004 1.823 0.982 1.976 0.399 2.969 1.407 0.452 0.716 1.838 1.137 2.168 1.320 2.772 2.221 2.567 0.350 1.296 0.780 0.564 20.672 22.693 2.707 8.990 1.493 2.131 2.124 0.137 2.972 0.997 0.935 1.281 0.485 1.792 1.896 1.954 0.341 3.007 4.261 2.081 1.686 1.602 3.380 3.552 3.416 4.992 5.301 nan 4.277 1.821 4.461 4.591 3.272 4.383 3.410 5.108 3.880 4.061 3.600 6.235 3.079 2.830 4.730 4.973 2.275 1.163 1.540 1.214 0.465 2.080 1.869 4.617 1.045 1.068 1.130 1.062 3.199 0.583 1.573 2.143 1.665 1.344 0.475 1.127 1.079 0.481 2.186 2.418 7.509 5.029 2.969 1.749 2.125 2.772 2.037 3.107 0.946 5.495 3.030 0.628 0.198 1.685 0.312 0.993 1.705 1.156 0.606 0.474 0.578 0.401 699 chr12 54467431 54482608 + 0 NA intron (NR_026658, intron 1 of 2) intron (NR_026658, intron 1 of 2) 588 NR_026658 100240735 Hs.635297 NR_026658 ENSG00000250654 LOC100240735 - uncharacterized LOC100240735 ncRNA nan 0.811 0.707 0.046 0.090 0.335 0.138 0.107 0.020 0.202 0.085 0.138 0.035 0.033 0.074 0.158 0.095 0.284 0.240 0.016 0.063 0.007 0.243 0.236 0.092 0.089 0.303 0.010 0.134 0.120 0.062 0.196 0.008 0.065 0.030 0.005 0.036 0.189 0.036 0.069 0.100 0.213 0.106 0.101 0.164 nan 9.994 2.911 3.246 0.266 nan 0.170 0.130 1.771 1.704 0.379 nan 0.492 nan 0.367 0.160 5.716 9.477 0.785 0.445 1.104 3.199 0.287 0.419 0.241 0.117 0.012 0.211 0.053 0.774 0.931 0.079 0.039 0.078 0.100 0.399 0.031 0.102 0.047 0.041 0.240 0.119 0.316 0.337 0.181 0.079 0.087 0.146 0.202 0.099 0.048 0.095 0.107 0.087 0.136 0.142 0.027 0.026 0.017 0.068 0.114 0.053 6.956 0.654 0.025 0.088 0.034 0.020 1115 chr17 6914292 6919480 + 0 NA intron (NR_037715, intron 2 of 3) intron (NR_037715, intron 2 of 3) 1150 NR_037715 440400 Hs.632232 NM_001004333 ENSG00000219200 RNASEK - ribonuclease K protein-coding 5.030 2.993 2.925 2.824 2.814 4.566 2.475 3.299 2.927 3.544 3.796 0.340 2.503 7.004 4.867 1.639 0.523 5.415 1.787 2.176 1.695 3.540 1.323 3.950 6.664 4.855 5.297 8.412 1.200 2.548 11.607 0.579 7.713 1.962 2.321 4.536 1.494 5.217 4.910 3.612 1.002 5.037 3.637 4.876 5.215 4.536 6.122 6.583 7.512 11.326 8.209 8.687 5.986 4.087 8.449 8.704 4.003 4.805 7.040 10.662 3.285 3.040 3.782 5.380 2.525 3.338 6.033 7.479 2.264 1.231 3.798 3.183 1.693 3.007 3.050 3.710 2.797 2.239 2.901 1.864 5.706 0.753 1.333 11.670 4.931 2.058 4.721 1.245 0.903 5.576 7.058 6.643 3.295 2.597 3.544 10.593 8.276 5.415 3.229 2.475 1.585 8.596 5.570 1.647 2.698 5.760 2.867 2.101 0.991 2.712 3.366 1.619 4.013 2.979 960 chr15 67325552 67345920 + 0 NA intron (NR_135686, intron 2 of 5) AluJb|SINE|Alu 20784 NR_135686 102723493 Hs.419760 NR_135686 LOC102723493 - uncharacterized LOC102723493 ncRNA 0.636 0.685 nan 0.155 0.843 0.258 0.141 1.730 0.403 0.233 1.561 0.284 0.765 0.892 2.060 0.100 0.141 0.128 0.224 0.893 1.392 0.815 1.937 0.756 2.349 0.761 0.839 0.544 1.061 0.229 0.045 0.078 1.475 0.466 0.434 1.800 0.446 1.067 0.637 1.494 0.504 1.735 0.952 0.744 1.166 0.579 0.257 0.190 0.615 1.851 0.200 0.339 nan 0.247 0.195 0.178 0.219 0.400 0.325 0.354 0.518 0.245 0.389 0.412 0.295 0.526 0.143 0.204 0.495 0.354 0.020 1.871 1.247 1.870 0.241 0.083 0.021 1.314 0.833 0.757 3.195 0.052 0.074 3.695 0.704 0.398 0.769 0.057 0.018 0.767 3.410 1.555 2.472 1.799 0.233 1.184 1.413 0.128 1.556 0.789 0.076 4.520 0.040 2.791 0.843 0.736 3.258 0.102 0.165 0.031 0.921 1.160 0.393 0.145 818 chr13 111765779 111776279 + 0 NA intron (NM_001113512, intron 1 of 17) intron (NM_001113512, intron 1 of 17) -3004 NR_046667 100874238 Hs.569218 NR_046667 ENSG00000235875 ARHGEF7-AS2 - ARHGEF7 antisense RNA 2 ncRNA 2.136 nan 3.346 1.851 0.035 1.312 0.823 0.044 0.017 3.015 0.203 0.061 0.072 0.148 0.012 0.446 0.303 5.649 0.531 0.152 0.035 0.052 0.050 0.093 0.200 0.116 0.028 2.670 0.143 0.145 0.088 0.110 0.023 0.021 0.116 0.022 0.099 0.177 0.031 0.158 0.111 0.100 0.103 0.128 0.600 0.392 2.095 1.486 5.933 5.100 1.103 0.409 0.205 0.284 0.048 0.067 4.708 6.312 0.398 0.247 0.930 1.566 0.471 0.584 0.148 0.212 0.659 0.400 1.288 0.068 0.009 0.053 0.038 1.839 0.145 0.020 0.007 0.026 0.173 1.978 0.218 0.126 0.141 0.037 0.052 0.046 0.194 0.132 0.115 0.037 0.013 3.015 0.176 0.035 5.649 0.035 0.039 0.351 0.130 1.639 0.026 0.004 0.030 0.021 0.370 0.065 0.015 0.046 0.027 0.010 2363 chr6 133003835 133011669 + 0 NA intron (NM_004666, intron 5 of 6) HAL1|LINE|L1 27442 NM_004666 8876 Hs.12114 NM_004666 ENSG00000112299 VNN1 HDLCQ8|Tiff66 vanin 1 protein-coding 0.583 0.698 0.672 0.033 0.325 0.323 0.082 0.050 0.008 0.148 0.067 0.437 0.629 0.025 0.140 0.054 0.034 0.155 0.273 0.775 0.216 0.511 0.150 0.326 0.081 0.036 0.173 0.038 0.068 0.103 0.127 0.071 0.089 0.077 2.044 0.011 0.202 5.768 0.143 0.078 0.098 0.241 0.080 0.342 0.226 0.311 0.993 0.190 0.222 nan 0.203 0.254 0.322 0.036 0.167 0.101 0.077 0.521 0.212 0.071 0.143 0.124 0.141 0.228 nan 0.406 0.289 0.020 0.301 0.012 0.094 0.063 0.035 0.382 0.162 0.049 0.030 0.873 0.346 0.386 0.217 0.029 0.079 0.152 0.187 0.172 0.333 0.148 0.091 0.036 0.034 0.732 0.063 0.110 0.026 0.094 0.011 2.186 0.058 0.013 0.043 0.010 1.363 0.007 0.013 1038 chr16 24985623 25011822 + 0 NA intron (NM_018054, intron 1 of 18) intron (NM_018054, intron 1 of 18) 27977 NM_001006634 55114 Hs.373793 NM_018054 ENSG00000140750 ARHGAP17 MST066|MST110|MSTP038|MSTP066|MSTP110|NADRIN|PP367|PP4534|RICH-1|RICH1|WBP15 Rho GTPase activating protein 17 protein-coding 0.883 0.591 nan 0.194 2.150 0.229 0.166 1.521 0.620 0.176 0.561 0.141 0.304 0.682 2.657 0.138 0.170 0.203 0.261 0.412 1.201 0.391 0.338 0.741 0.524 0.204 0.245 0.394 0.397 0.176 0.104 0.087 0.285 0.302 0.556 1.748 0.370 1.025 0.314 1.014 0.033 0.346 0.318 0.567 0.415 0.239 0.309 0.287 0.260 0.441 0.283 0.315 nan 0.183 0.372 0.367 0.700 1.118 0.721 0.818 0.589 0.321 0.257 0.376 0.150 0.164 0.783 1.752 0.622 0.561 0.050 1.621 0.601 1.577 0.138 0.068 0.011 1.027 0.529 0.742 1.667 0.036 0.237 1.434 0.924 0.480 0.495 0.015 0.028 1.023 0.781 0.284 0.267 0.558 0.176 0.575 3.664 0.203 0.178 0.183 0.055 0.543 0.047 3.158 0.708 1.687 3.268 0.096 0.121 0.592 0.651 1.845 0.232 0.148 2293 chr6 36275727 36318268 + 0 NA intron (NM_001010903, intron 2 of 11) intron (NM_001010903, intron 2 of 11) 7665 NM_001010903 389384 Hs.162104 NM_001010903 ENSG00000189325 C6orf222 - chromosome 6 open reading frame 222 protein-coding nan 0.932 nan 0.586 0.105 0.439 0.196 0.121 0.038 0.821 0.087 0.068 0.151 0.188 0.064 0.327 0.166 0.648 0.346 0.279 0.076 0.137 0.114 0.456 0.908 0.223 0.369 0.888 0.086 0.158 0.100 0.107 0.169 0.020 0.045 0.267 0.261 0.243 0.191 0.049 0.063 0.183 0.264 0.143 0.328 0.186 3.488 4.403 3.452 nan nan 0.702 1.632 0.535 1.732 1.812 0.225 0.445 2.871 2.876 0.546 0.386 1.404 2.126 0.579 0.804 0.357 0.561 1.685 1.105 0.756 0.241 0.069 0.513 0.090 0.809 0.055 0.188 0.074 0.048 0.076 0.117 0.569 0.113 0.043 0.030 0.076 0.171 0.264 0.229 0.132 0.154 0.073 0.243 0.821 0.228 0.047 0.648 0.150 0.106 0.129 0.270 0.831 0.032 0.018 0.144 0.128 0.196 1.352 0.098 0.024 0.267 0.020 0.019 1707 chr20 3774978 3802804 + 0 NA promoter-TSS (NR_109859) promoter-TSS (NR_109859) -250 NR_109859 101929125 Hs.744106 NR_109859 ENSG00000275491 LINC01730 - long intergenic non-protein coding RNA 1730 ncRNA 3.018 5.325 4.868 3.044 1.709 5.223 2.609 4.592 0.368 2.580 2.588 0.506 1.001 2.430 2.949 1.423 0.738 3.111 2.898 1.914 0.570 1.068 1.840 1.100 10.160 3.904 4.731 9.390 1.584 0.876 0.884 0.080 4.891 1.901 1.448 4.429 1.485 5.190 1.871 2.456 1.062 4.767 3.407 1.544 1.431 1.633 3.986 6.560 2.301 5.919 5.101 4.760 4.753 1.510 3.778 4.176 2.653 3.412 6.939 7.520 2.521 2.318 1.980 3.557 3.856 4.126 1.995 2.535 3.032 1.440 3.675 2.709 1.488 2.810 2.224 4.360 0.598 3.886 4.279 2.147 5.786 0.870 1.544 4.724 2.941 1.398 1.568 0.320 0.305 5.658 8.818 3.401 2.140 3.101 2.580 2.836 3.214 3.111 1.422 2.603 1.067 3.217 3.007 5.055 1.426 5.426 1.169 0.501 1.965 0.914 2.696 1.180 1.795 1.416 267 chr1 183482299 183489901 + 0 NA intron (NM_001331007, intron 4 of 23) intron (NM_001331007, intron 4 of 23) 44594 NM_173156 9887 Hs.591463 NM_014837 ENSG00000116698 SMG7 C1orf16|EST1C|SGA56M SMG7, nonsense mediated mRNA decay factor protein-coding nan nan 1.218 0.103 0.264 0.508 0.359 0.259 0.033 0.294 0.400 0.275 0.274 0.625 0.049 0.535 0.342 0.206 0.214 0.302 0.081 0.143 0.082 0.254 0.502 0.231 0.178 0.372 0.180 0.211 0.115 0.117 0.688 0.076 0.124 0.146 0.021 0.082 0.453 0.296 0.055 0.620 0.360 0.231 0.356 0.708 0.507 0.604 3.580 2.548 0.492 nan 1.080 0.340 nan 0.661 0.794 1.214 0.648 0.417 0.405 0.217 1.963 3.491 3.645 7.633 0.433 nan 0.779 0.623 0.066 0.236 0.013 0.305 0.080 0.129 0.036 0.299 0.067 0.029 0.452 1.226 0.084 0.072 0.024 0.031 0.041 0.279 0.319 0.105 0.246 0.067 0.696 0.647 0.294 0.169 0.483 0.206 0.305 0.076 0.069 0.254 0.134 0.071 0.052 0.163 0.210 4.561 0.081 0.182 0.112 0.045 0.013 543 chr11 65654259 65689175 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -3720 NM_005438 8061 Hs.283565 NM_005438 ENSG00000175592 FOSL1 FRA|FRA1|fra-1 FOS like 1, AP-1 transcription factor subunit protein-coding nan 1.334 1.466 1.204 5.957 1.004 0.537 5.692 0.152 1.294 1.485 0.296 1.985 4.310 4.444 0.545 0.336 1.353 0.562 1.562 2.072 3.217 3.122 2.889 2.985 1.757 1.163 2.534 3.288 0.772 1.484 0.125 2.655 4.862 2.843 6.911 2.137 6.474 1.955 5.094 0.828 4.038 2.493 1.787 3.504 3.380 1.713 2.054 1.429 2.247 2.576 2.405 2.581 0.728 1.931 1.986 1.613 2.525 2.184 2.870 1.683 1.765 1.094 1.648 0.910 0.883 0.914 1.515 1.409 0.893 0.717 8.218 0.971 3.563 0.933 0.847 0.648 4.908 6.328 2.314 2.567 0.151 0.370 20.121 11.928 4.466 3.872 0.675 0.423 16.130 3.059 7.777 0.671 2.156 1.294 5.516 15.712 1.353 1.196 1.599 0.451 4.757 1.024 7.838 6.159 4.238 3.977 0.240 0.472 0.518 6.678 7.014 6.204 4.785 1892 chr3 25333059 25351544 + 0 NA intron (NM_001290216, intron 4 of 10) AluSx1|SINE|Alu -39992 NM_001290300 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.686 1.260 0.664 0.062 0.074 0.258 0.095 0.075 0.037 0.347 0.130 0.070 0.010 0.069 0.027 0.009 0.072 0.077 0.313 0.183 0.013 0.059 0.111 0.055 0.035 0.053 0.142 0.071 0.307 0.135 0.051 0.156 0.033 0.056 0.043 0.209 0.705 0.012 0.458 0.477 0.268 0.073 0.036 0.045 0.187 0.105 3.569 8.893 0.271 0.365 0.092 0.052 0.094 0.137 0.343 0.564 0.131 0.140 nan 0.155 0.146 0.275 1.024 1.122 0.087 0.153 0.316 0.347 0.191 0.054 0.041 0.136 0.005 0.053 0.008 0.015 0.004 0.020 0.064 0.320 0.136 0.095 0.016 0.021 0.025 0.441 0.805 0.152 0.220 0.019 0.047 0.152 0.347 0.062 0.020 0.077 0.040 0.039 0.018 0.032 0.038 0.031 0.017 0.060 0.889 0.037 0.033 0.029 0.080 0.031 0.022 1777 chr20 62309269 62324504 + 0 NA exon (NM_001283009, exon 15 of 35) exon (NM_001283009, exon 15 of 35) -11118 NM_003823 8771 Hs.434878 NM_003823 ENSG00000243509 TNFRSF6B DCR3|DJ583P15.1.1|M68|M68E|TR6 TNF receptor superfamily member 6b protein-coding 0.980 1.052 0.976 0.185 1.516 0.251 0.115 4.058 0.158 0.303 0.424 0.106 1.719 3.626 4.787 0.092 0.069 0.087 0.360 0.686 0.959 4.787 2.552 1.226 11.819 3.476 2.903 0.558 2.564 0.126 0.110 0.080 0.886 3.549 1.345 2.492 1.211 1.946 0.323 3.161 0.241 2.127 0.365 1.293 1.581 1.087 0.813 nan 0.212 0.368 0.539 0.613 0.484 0.166 0.895 1.006 0.344 0.880 0.400 0.482 0.405 0.343 0.430 0.436 0.085 0.089 0.303 0.424 0.894 0.556 0.257 4.014 1.071 1.170 0.104 0.123 0.064 3.135 3.573 1.188 1.916 0.013 0.136 12.533 4.579 1.903 2.546 0.061 0.056 7.723 2.176 3.798 1.082 1.861 0.303 3.652 6.620 0.087 1.944 1.396 0.084 3.732 0.133 4.273 1.535 2.407 1.703 0.099 0.058 0.178 3.324 1.042 4.495 3.984 2044 chr4 56410829 56418291 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -1484 NM_004898 9575 Hs.436975 NM_004898 ENSG00000134852 CLOCK KAT13D|bHLHe8 clock circadian regulator protein-coding nan 1.681 2.071 4.045 3.360 4.232 2.820 4.012 3.276 3.181 2.068 0.346 1.363 3.880 2.518 2.003 1.327 3.980 0.776 2.324 1.040 4.149 3.040 1.975 3.900 3.074 3.268 6.588 2.675 2.088 2.686 0.095 3.363 1.861 1.076 3.200 1.202 6.631 2.785 2.940 0.924 3.714 2.946 2.235 1.421 2.792 2.710 3.895 2.573 3.623 5.114 4.415 4.704 1.954 7.330 7.270 4.503 5.047 5.773 7.038 5.467 7.167 2.030 4.890 3.006 2.473 3.356 3.728 5.575 3.279 3.014 2.443 1.022 2.838 0.913 4.969 3.141 1.436 1.821 2.355 2.665 0.797 1.884 5.900 3.817 1.653 1.932 1.709 1.113 5.329 2.575 2.229 1.967 1.450 3.181 5.371 3.619 3.980 1.249 1.789 0.649 7.075 3.184 2.353 7.742 2.253 2.307 1.250 2.135 1.827 3.103 2.650 2.659 2.012 354 chr10 2229553 2270770 + 0 NA Intergenic MER50B|LTR|ERV1 107107 NR_038884 399708 Hs.521270 NR_038884 LINC00701 - long intergenic non-protein coding RNA 701 ncRNA 0.364 0.517 0.570 0.053 0.052 0.329 0.156 0.100 0.014 0.271 0.157 0.094 0.061 0.069 0.053 0.075 0.200 0.070 0.196 0.006 0.041 0.008 0.131 0.066 0.067 0.050 0.204 0.103 0.039 0.032 0.089 9.104 0.175 0.053 0.027 0.042 0.092 0.153 0.051 0.017 0.500 0.079 0.059 0.037 0.075 0.311 0.129 0.116 0.136 0.284 0.418 0.161 0.112 0.054 0.075 0.144 0.207 0.204 0.254 0.191 0.081 0.106 0.146 0.025 0.020 0.085 0.130 0.316 0.270 0.007 0.486 0.005 0.069 0.012 0.075 0.010 0.007 0.009 0.005 1.660 0.016 0.033 0.441 0.047 0.025 0.018 0.015 0.006 0.063 0.034 0.100 0.046 0.133 0.271 0.028 0.038 0.200 0.003 0.048 0.012 0.550 0.020 0.020 0.008 0.228 0.054 0.011 0.024 0.024 0.228 0.128 0.008 0.020 1437 chr19 39119773 39211706 + 0 NA intron (NM_001322033, intron 1 of 20) intron (NM_001322033, intron 1 of 20) 27483 NM_004924 81 Hs.270291 NM_004924 ENSG00000130402 ACTN4 ACTININ-4|FSGS|FSGS1 actinin alpha 4 protein-coding 1.575 1.308 1.940 1.641 4.662 0.628 0.328 2.658 1.335 0.437 1.318 0.390 1.221 3.064 1.082 0.346 0.203 0.533 0.487 1.727 0.773 1.435 0.826 7.083 2.491 1.342 1.685 2.725 1.032 1.814 0.311 0.119 1.849 2.115 1.929 2.729 0.760 2.698 1.473 1.140 0.738 1.342 1.962 1.061 1.875 1.099 0.532 0.741 1.242 3.333 0.721 0.955 1.149 0.354 1.260 1.300 0.926 1.477 1.162 1.459 nan 0.977 0.670 1.004 0.799 1.316 0.872 1.932 0.976 0.666 0.306 2.668 1.579 2.868 0.461 0.244 0.066 1.939 1.758 1.275 1.605 0.236 0.229 5.027 2.831 1.354 0.775 0.295 0.264 2.225 5.091 3.497 1.145 0.695 0.437 4.497 1.150 0.533 1.462 2.161 0.296 0.487 0.947 1.789 0.804 1.271 1.585 1.618 0.316 0.718 2.049 2.146 3.923 3.991 1064 chr16 57017052 57026198 + 0 NA Intergenic Intergenic -1772 NM_001330552 84166 Hs.528836 NM_032206 ENSG00000140853 NLRC5 CLR16.1|NOD27|NOD4 NLR family CARD domain containing 5 protein-coding nan nan nan 0.653 0.441 1.678 0.879 2.984 0.567 1.885 0.212 2.233 3.919 0.489 0.138 0.089 0.302 1.108 0.322 0.627 6.857 1.139 0.893 2.037 0.501 0.687 0.814 1.958 0.362 0.248 0.041 0.999 1.343 0.358 0.916 0.997 1.876 0.640 10.257 0.447 1.874 0.603 0.765 1.274 1.074 2.824 3.213 1.015 1.449 0.812 0.981 1.210 0.293 0.967 1.002 0.219 nan nan nan nan 1.362 1.144 0.985 0.112 0.268 0.149 nan nan 0.792 0.181 3.227 0.660 1.495 1.239 0.306 0.060 4.825 4.320 0.984 1.616 0.032 0.150 1.280 0.805 0.647 3.712 0.130 0.174 1.736 1.521 0.912 4.447 2.091 0.567 4.044 3.616 0.302 0.362 0.263 0.548 0.517 0.624 1.030 3.577 2.616 1.261 0.214 0.508 0.029 0.342 2.777 0.643 0.272 2724 chr9 135933138 135945367 + 0 NA intron (NM_001807, intron 1 of 10) intron (NM_001807, intron 1 of 10) 1887 NM_001807 1056 Hs.533258 NM_001807 ENSG00000170835 CEL BAL|BSDL|BSSL|CELL|CEase|FAP|FAPP|LIPA|MODY8 carboxyl ester lipase protein-coding nan 0.557 1.407 2.096 0.083 0.400 0.126 0.164 0.025 0.314 0.195 0.159 0.017 0.162 0.020 0.495 0.298 0.283 1.355 0.113 0.071 0.161 0.251 1.047 0.316 0.172 2.204 0.325 0.081 0.027 0.075 0.521 0.009 0.056 0.098 0.057 0.063 0.509 0.027 0.532 3.678 1.738 0.063 0.086 0.126 0.573 1.215 0.301 0.406 0.627 0.953 nan 0.302 0.577 0.654 0.173 0.391 4.854 5.128 0.533 0.536 0.466 0.783 0.731 0.602 0.182 0.318 0.533 0.426 1.654 0.082 0.197 0.069 0.057 1.513 0.034 0.105 0.090 0.128 0.163 0.062 0.058 0.411 0.059 0.063 0.151 0.097 0.100 0.139 0.276 0.166 0.019 0.098 0.314 0.202 0.037 0.283 0.150 0.075 0.594 0.177 0.149 0.029 0.017 0.103 0.127 0.019 0.631 0.151 0.038 0.062 0.052 0.033 2517 chr8 27471429 27511161 + 0 NA promoter-TSS (NM_016240) promoter-TSS (NM_016240) -282 NM_182826 51435 Hs.128856 NM_016240 ENSG00000168077 SCARA3 APC7|CSR|CSR1|MSLR1|MSRL1 scavenger receptor class A member 3 protein-coding nan 0.977 nan 0.112 0.334 0.194 0.089 0.268 0.794 0.522 0.087 0.077 0.014 0.032 0.321 0.039 0.090 0.069 0.144 0.204 0.241 0.082 0.026 0.581 0.375 0.116 0.075 0.217 0.163 0.105 0.415 0.103 0.407 0.086 0.295 0.214 0.089 0.141 0.145 0.093 0.218 0.376 0.382 0.339 0.177 0.131 0.396 0.402 0.223 0.341 nan 0.527 nan 0.397 0.172 0.195 0.289 0.477 0.224 0.261 1.155 0.686 0.231 0.279 0.200 0.521 1.321 3.925 nan nan 0.035 0.350 0.154 0.882 0.090 0.059 0.038 0.917 0.690 0.296 0.804 0.032 0.024 0.282 0.102 0.096 0.052 0.069 0.067 0.331 1.889 0.297 0.138 0.315 0.522 0.135 0.278 0.069 0.164 0.725 0.073 0.509 0.125 0.200 0.057 0.201 0.293 0.035 0.039 2.771 0.159 0.034 0.335 0.252 757 chr12 122005772 122021335 + 0 NA intron (NM_032590, intron 3 of 22) intron (NM_032590, intron 3 of 22) 4811 NM_001005366 84678 Hs.524800 NM_032590 ENSG00000089094 KDM2B CXXC2|FBXL10|Fbl10|JHDM1B|PCCX2 lysine demethylase 2B protein-coding 1.750 1.371 1.456 0.926 0.332 2.774 1.351 0.670 0.157 1.278 0.785 0.105 0.377 1.135 0.145 0.671 0.455 1.275 0.386 0.506 0.191 0.808 0.818 0.238 1.965 0.517 0.559 2.322 0.333 0.366 1.713 0.108 1.183 0.388 0.626 0.649 0.168 0.504 0.611 0.967 0.140 0.683 0.998 0.517 0.725 0.729 0.915 1.610 2.353 2.625 4.221 3.422 nan 0.638 1.604 1.796 1.752 2.369 2.085 3.537 1.560 1.410 1.475 2.255 1.144 0.970 1.029 1.821 2.432 1.409 3.971 1.563 0.160 0.556 0.157 9.140 0.989 0.814 0.687 0.804 0.350 0.296 0.561 0.453 0.609 0.500 0.647 0.371 0.495 0.728 1.214 1.162 0.654 1.153 1.278 0.679 0.737 1.275 0.204 0.421 0.571 1.520 0.996 0.607 0.086 0.259 0.393 0.199 1.108 0.542 0.764 0.369 0.320 0.138 2577 chr8 93098855 93122866 + 0 NA intron (NM_175634, intron 1 of 11) intron (NM_175634, intron 1 of 11) 1056 NM_001198628 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 1.423 4.489 3.711 0.056 1.338 0.761 0.059 0.013 2.659 1.589 0.173 0.075 0.034 0.764 0.618 3.170 1.657 0.203 0.041 0.071 0.013 0.081 0.262 0.158 0.589 12.039 0.092 0.113 0.052 0.071 0.150 0.162 0.089 0.108 0.013 0.080 0.096 0.018 0.050 0.107 0.195 0.070 0.061 0.273 0.218 0.159 0.311 nan 5.506 4.879 2.624 0.828 0.280 0.247 1.297 1.619 3.453 4.504 5.804 8.062 0.164 0.212 1.219 0.593 2.968 4.676 0.952 0.594 5.119 0.039 0.012 0.061 1.468 2.989 0.139 0.029 0.024 0.021 0.033 0.480 2.931 0.050 0.015 0.010 0.029 0.165 0.106 0.204 0.044 0.232 0.048 0.053 2.659 0.048 0.034 3.170 0.025 0.042 0.685 0.095 2.325 0.308 0.010 0.033 0.065 0.053 0.066 1.006 0.009 0.047 0.014 0.006 9 chr1 2984263 3005056 + 0 NA intron (NM_199454, intron 1 of 16) intron (NM_199454, intron 1 of 16) 8917 NM_199454 63976 Hs.99500 NM_022114 ENSG00000142611 PRDM16 CMD1LL|KMT8F|LVNC8|MEL1|PFM13 PR/SET domain 16 protein-coding 0.714 nan 0.450 0.068 0.052 0.679 0.424 0.041 0.018 0.203 0.043 0.069 0.009 0.030 0.012 0.023 0.042 0.029 0.105 0.097 0.292 0.131 0.010 0.101 nan 0.152 0.061 0.285 0.014 0.087 0.532 0.099 0.210 0.136 0.044 0.610 0.155 0.304 0.205 0.210 0.069 0.181 0.279 0.384 0.028 0.055 0.156 0.088 0.196 0.288 0.234 0.323 0.051 0.053 0.148 0.092 0.092 nan nan 0.112 nan 0.055 0.123 0.133 0.049 0.070 0.063 0.075 0.128 0.178 7.022 0.116 0.078 0.043 0.848 0.030 0.087 1.793 2.439 0.071 0.046 0.019 0.015 0.098 0.153 0.173 0.022 0.038 0.023 0.134 0.154 0.055 0.019 0.026 0.203 0.048 0.049 0.029 0.024 0.052 0.140 0.839 0.010 0.023 0.016 0.065 0.128 0.066 0.018 0.026 0.077 0.366 0.198 2734 chr9 139117543 139142959 + 0 NA intron (NM_181701, intron 1 of 11) intron (NM_181701, intron 1 of 11) 7436 NM_181701 169714 Hs.144073 NM_181701 ENSG00000165661 QSOX2 QSCN6L1|SOXN quiescin sulfhydryl oxidase 2 protein-coding nan 0.942 5.425 1.111 0.323 0.551 0.262 0.501 0.002 0.680 0.236 0.089 0.373 0.909 0.052 0.702 0.355 3.025 0.785 0.440 0.063 0.522 0.120 0.910 0.956 0.464 0.095 1.642 0.413 1.452 0.248 0.075 0.607 0.126 0.249 0.574 0.143 0.378 0.556 0.233 0.133 0.953 0.545 0.333 0.452 0.208 1.250 1.865 0.446 0.729 4.486 4.355 nan 0.554 0.357 0.314 0.902 1.286 1.464 1.958 1.829 1.786 0.609 0.944 1.316 1.561 0.687 0.669 1.307 0.743 1.638 0.589 0.109 0.374 0.067 1.083 0.131 0.818 0.703 0.287 0.404 0.490 1.359 0.409 0.494 0.313 0.347 0.437 0.347 0.357 0.442 0.513 0.359 0.533 0.680 1.241 0.682 3.025 0.284 0.335 0.692 0.415 0.497 0.416 0.499 0.581 0.062 0.787 0.315 0.136 0.243 0.172 0.308 0.305 1217 chr17 46167478 46186814 + 0 NA intron (NM_001127228, intron 1 of 4) intron (NM_001127228, intron 1 of 4) 1414 NM_006807 10951 Hs.77254 NM_006807 ENSG00000108468 CBX1 CBX|HP1-BETA|HP1Hs-beta|HP1Hsbeta|M31|MOD1|p25beta chromobox 1 protein-coding 1.911 1.887 nan 1.670 1.759 2.314 1.401 1.565 1.374 0.816 0.666 0.321 0.541 1.791 0.940 0.875 0.596 1.448 1.047 0.989 0.448 1.412 0.589 0.936 nan 1.647 1.087 3.778 0.477 1.316 1.474 0.173 2.612 0.759 0.709 1.317 0.321 1.219 2.076 0.992 1.320 1.632 6.148 0.944 1.732 0.651 1.578 1.721 1.449 2.432 2.769 nan 2.996 0.878 4.098 4.225 1.217 1.725 4.142 nan 2.534 2.389 0.993 1.872 1.417 1.587 1.656 2.894 1.286 0.705 1.334 1.461 0.471 0.704 0.264 1.544 0.689 0.860 0.736 0.780 0.821 0.316 0.906 1.863 1.869 1.052 0.544 0.696 0.537 1.455 1.544 2.310 0.682 0.877 0.816 1.552 0.774 1.448 0.582 0.641 0.589 1.973 0.962 0.866 0.497 0.848 0.833 0.762 0.667 0.694 0.692 0.785 0.732 0.424 1740 chr20 43311794 43335673 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -19752 NM_001323370 8839 Hs.592145 NM_003881 ENSG00000064205 WISP2 CCN5|CT58|CTGF-L WNT1 inducible signaling pathway protein 2 protein-coding nan nan 0.825 0.434 0.838 0.375 0.188 0.430 0.024 0.266 0.596 0.156 0.175 0.334 2.722 0.086 0.110 0.226 0.432 0.172 0.150 0.703 0.301 0.556 0.406 0.158 0.138 0.633 0.238 0.130 0.085 0.114 0.271 0.203 0.153 0.482 0.482 0.556 0.373 0.320 0.064 0.362 0.380 1.375 0.326 0.180 0.692 0.708 0.210 0.332 0.367 0.428 nan 0.223 0.530 0.524 0.628 0.972 0.485 0.625 nan 2.805 0.437 0.530 0.141 0.161 1.217 3.008 0.398 0.391 0.103 0.287 1.035 0.786 0.058 0.108 0.040 0.876 0.447 2.482 0.907 0.012 0.111 4.563 0.184 0.176 0.295 0.036 0.058 0.235 1.115 0.256 0.321 0.726 0.266 0.262 1.764 0.226 0.169 1.865 0.111 4.908 0.094 1.337 0.135 1.037 0.261 0.024 0.192 0.956 0.175 0.100 0.219 0.173 1600 chr2 121624193 121659449 + 0 NA intron (NM_005270, intron 1 of 12) intron (NM_005270, intron 1 of 12) 86954 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.353 nan nan 0.063 0.095 0.179 0.100 0.284 0.012 2.175 0.172 0.064 0.016 0.051 0.050 0.058 0.085 0.085 0.224 0.094 0.091 0.108 0.042 0.128 0.391 0.071 0.090 1.081 0.029 0.146 0.037 0.075 0.250 0.113 0.146 0.137 0.135 0.238 0.408 0.041 0.273 0.216 0.806 0.125 0.104 0.136 0.548 0.562 0.313 0.354 1.229 1.403 0.152 0.102 0.606 0.625 0.510 0.732 2.720 2.277 0.901 0.935 0.270 0.365 0.149 0.121 0.364 0.658 0.591 0.397 2.601 0.143 0.016 0.063 0.023 0.452 0.020 0.518 0.284 0.104 0.144 0.054 0.066 0.147 0.036 0.045 0.070 0.063 0.083 0.255 0.399 0.038 0.047 0.113 2.175 0.057 0.026 0.085 0.118 0.046 0.643 0.106 0.023 0.073 0.005 0.127 0.164 0.049 0.112 0.179 0.080 0.040 0.038 0.027 603 chr11 126666607 126702110 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) L1PA11|LINE|L1 -126284 NR_046986 100874251 Hs.319053 NR_046986 ENSG00000254960 KIRREL3-AS2 - KIRREL3 antisense RNA 2 ncRNA 0.644 1.226 0.740 1.433 0.043 0.679 0.253 0.033 0.023 0.617 0.040 0.058 0.053 0.037 0.548 0.281 1.652 0.117 0.150 0.045 0.083 0.015 0.110 0.064 0.055 0.044 2.081 0.021 0.160 0.051 0.092 0.212 0.377 0.039 0.052 0.071 0.107 0.197 0.025 0.016 0.080 0.067 0.103 0.052 0.089 0.635 0.595 0.181 0.273 1.938 2.368 2.036 0.524 0.126 0.128 0.195 0.372 2.209 2.083 0.458 0.283 0.645 1.024 0.319 0.388 0.351 nan 2.463 1.416 0.781 0.036 0.011 0.044 0.022 0.685 0.008 0.010 0.031 0.068 0.047 0.051 0.152 0.173 0.032 0.018 0.050 0.039 0.082 0.160 0.062 0.040 1.378 0.039 0.617 0.024 0.023 1.652 0.017 0.063 0.136 0.017 0.042 0.225 0.007 0.016 0.082 0.042 0.466 0.195 0.256 0.142 0.010 0.010 2750 chrX 44731075 44734809 + 0 NA exon (NM_021140, exon 1 of 29) exon (NM_021140, exon 1 of 29) 521 NM_021140 7403 Hs.522616 NM_021140 ENSG00000147050 KDM6A KABUK2|UTX|bA386N14.2 lysine demethylase 6A protein-coding 7.119 7.047 nan 5.839 2.711 4.062 1.839 4.951 1.781 3.164 3.970 0.299 2.003 6.240 1.839 4.396 1.852 4.228 2.758 3.149 0.869 4.549 2.047 3.480 3.365 2.889 5.147 11.793 2.313 2.396 3.098 0.046 5.947 1.017 2.371 3.208 1.253 4.385 3.592 2.026 0.537 4.676 2.715 6.926 2.081 1.398 2.123 2.443 11.608 15.884 9.802 8.691 7.053 3.885 25.446 25.391 4.392 5.551 6.315 12.144 12.911 12.938 2.895 7.916 5.868 5.228 9.431 6.790 2.504 1.412 2.488 2.172 1.754 1.951 1.083 4.178 3.386 2.220 3.507 2.076 3.871 1.454 5.122 10.444 6.767 3.116 4.268 1.824 1.296 3.330 4.730 4.566 1.123 4.287 3.164 9.182 2.582 4.228 3.079 2.603 1.248 3.668 2.218 3.016 1.629 3.391 1.879 1.638 1.401 2.418 1.563 1.110 1.856 1.005 2527 chr8 37671209 37684334 + 0 NA intron (NM_032777, intron 2 of 18) MLT2C1|LTR|ERVL 23370 NM_032777 25960 Hs.274136 NM_032777 ENSG00000020181 ADGRA2 GPR124|TEM5 adhesion G protein-coupled receptor A2 protein-coding 1.158 0.574 nan 0.769 0.151 0.346 0.127 0.240 0.019 0.233 2.103 0.531 0.045 0.069 0.029 0.036 0.113 0.237 0.222 0.218 0.028 0.072 0.032 0.102 0.183 0.091 0.136 0.352 0.045 0.305 0.090 0.088 0.498 0.009 0.058 0.113 0.037 0.126 0.321 0.058 0.111 0.107 0.157 0.182 0.037 0.096 4.185 4.866 4.138 3.611 0.574 0.659 1.130 0.330 2.367 2.668 0.192 0.445 0.427 0.560 0.540 0.516 1.664 2.625 0.272 0.268 0.961 1.865 0.587 0.697 0.034 0.168 0.014 0.123 0.022 0.205 0.246 0.132 0.081 0.059 0.087 0.051 0.072 0.254 0.153 0.124 0.064 0.172 0.194 0.206 0.344 0.086 0.024 0.067 0.233 0.083 0.061 0.237 0.021 0.062 0.134 0.194 0.200 0.021 0.003 0.054 0.076 0.133 2.118 0.512 0.041 0.021 0.041 0.012 90 chr1 40767952 40774540 + 0 NA intron (NM_001852, intron 21 of 31) MIR3|SINE|MIR 11693 NM_001852 1298 Hs.418012 NM_001852 ENSG00000049089 COL9A2 DJ39G22.4|EDM2|MED|STL5 collagen type IX alpha 2 chain protein-coding 10.792 0.680 nan 1.618 0.044 0.790 0.319 0.083 0.029 0.481 0.230 0.074 0.172 0.370 0.125 0.260 0.251 0.255 0.866 0.361 0.056 0.092 0.145 0.055 0.637 0.112 0.345 0.568 0.066 0.491 0.166 0.070 0.195 0.148 0.155 0.096 0.094 0.226 0.033 0.142 0.271 0.424 2.086 0.032 0.404 0.494 0.284 0.427 1.797 1.361 0.370 0.205 0.600 0.531 0.515 nan nan 1.702 0.880 1.108 0.367 nan 0.395 0.519 0.369 0.728 2.046 1.362 0.194 1.409 0.029 0.212 0.016 0.108 0.021 0.052 0.066 0.188 0.337 0.029 15.656 0.166 0.073 0.059 0.805 0.072 0.101 0.149 0.100 0.119 0.656 0.481 1.009 0.082 0.255 0.111 1.512 0.220 0.186 0.097 0.031 0.019 0.157 0.107 0.208 0.076 0.121 0.046 1.232 0.009 0.008 1850 chr22 38558466 38600236 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1515 NM_001199562 8398 Hs.170479 NM_003560 ENSG00000184381 PLA2G6 CaI-PLA2|GVI|INAD1|IPLA2-VIA|NBIA2|NBIA2A|NBIA2B|PARK14|PLA2|PNPLA9|iPLA2|iPLA2beta phospholipase A2 group VI protein-coding 1.619 nan 1.428 1.145 1.684 1.666 0.853 0.913 0.720 0.912 0.840 0.204 0.339 0.837 0.873 0.509 0.269 1.766 1.024 0.782 0.177 0.873 0.459 0.357 3.882 1.173 0.946 1.584 0.256 0.405 0.981 0.122 1.012 0.324 0.240 0.956 0.224 0.439 0.721 0.402 0.418 0.827 4.331 0.796 1.858 0.367 3.096 3.575 2.046 2.590 1.585 1.495 1.500 0.670 1.910 2.058 0.863 nan 2.839 3.339 nan 0.953 0.717 0.779 1.385 2.093 0.856 1.525 1.670 0.906 1.254 0.653 0.571 0.756 0.376 0.777 0.236 0.424 0.295 0.495 0.371 0.301 0.235 2.071 1.129 0.489 0.452 0.338 0.228 0.680 1.318 1.093 0.520 0.999 0.912 1.725 0.899 1.766 0.316 1.123 0.438 1.413 1.941 0.703 0.177 0.738 0.326 0.216 0.370 0.515 0.341 0.417 0.341 0.238 565 chr11 74985846 74992149 + 0 NA intron (NM_020251, intron 8 of 14) Plat_L3|LINE|CR1 37047 NM_001195528 100507050 Hs.577323 NM_001195528 ENSG00000261594 TPBGL - trophoblast glycoprotein-like protein-coding nan 2.657 0.908 2.794 0.081 1.035 0.434 0.185 0.059 0.528 0.107 0.037 0.030 0.362 0.040 0.274 0.102 5.237 0.192 0.135 0.082 0.240 nan 0.165 0.091 2.539 0.093 0.105 0.121 0.108 0.149 0.037 0.049 0.153 0.130 0.221 0.052 0.026 0.183 0.145 0.048 0.137 0.123 0.780 0.871 0.230 0.455 8.299 9.205 2.888 0.723 0.983 1.108 0.527 1.037 9.012 7.999 2.752 2.703 0.454 0.756 0.930 0.506 0.559 1.571 1.558 1.173 8.830 0.198 0.061 0.114 0.476 4.956 0.023 0.071 0.051 0.124 0.076 0.198 0.612 0.402 0.038 0.050 0.144 0.052 0.019 0.211 0.210 0.084 0.037 0.221 0.528 0.128 0.671 5.237 0.077 0.224 1.045 0.605 0.129 0.048 0.007 0.153 0.123 0.018 0.134 0.969 0.036 0.060 0.042 0.032 1346 chr18 53559589 53563281 + 0 NA intron (NR_110755, intron 3 of 3) L2c|LINE|L2 25995 NR_110755 101927273 Hs.434335 NR_110755 ENSG00000260930 LINC01416 - long intergenic non-protein coding RNA 1416 ncRNA nan 0.939 1.248 2.271 0.129 1.606 0.780 1.021 0.219 0.316 1.080 0.198 0.102 0.144 0.033 0.042 0.131 6.648 0.039 0.508 0.037 0.123 0.278 0.130 0.231 0.501 0.041 1.240 0.347 0.119 1.812 0.864 0.021 0.160 0.062 0.112 0.226 0.058 0.747 1.249 2.496 0.059 2.257 0.113 0.732 0.523 0.158 0.362 0.275 0.724 7.782 5.042 22.999 25.483 0.353 0.511 7.610 10.431 0.468 0.309 5.545 7.773 5.139 4.343 2.362 2.043 nan 1.184 0.061 0.118 1.074 0.137 0.240 0.029 0.075 0.098 0.062 0.043 0.860 0.121 0.120 0.028 0.021 0.103 0.731 1.003 0.323 0.110 0.829 0.193 0.054 0.316 0.252 0.038 6.648 0.109 0.022 0.106 1.216 2.006 0.037 0.034 0.041 0.091 0.875 2.718 1.246 0.042 0.047 1964 chr3 151018499 151039408 + 0 NA intron (NM_023915, intron 1 of 2) intron (NM_023915, intron 1 of 2) 5683 NM_023915 53836 Hs.591292 NM_023915 ENSG00000138271 GPR87 FKSG78|GPR95|KPG_002 G protein-coupled receptor 87 protein-coding nan 0.856 0.602 0.176 3.083 0.388 0.215 0.247 0.782 0.263 1.821 0.312 1.043 1.839 0.045 0.164 0.196 0.089 0.129 0.416 0.278 3.843 2.653 0.686 0.987 0.549 1.312 0.222 1.222 0.128 0.072 0.071 4.543 0.384 0.040 0.693 0.069 0.305 1.042 1.822 2.663 3.603 3.525 1.046 1.434 0.558 0.472 0.449 0.714 2.480 0.343 0.401 0.737 0.268 0.324 0.280 0.499 nan 0.418 0.483 0.604 0.339 0.295 0.419 0.124 0.101 0.160 0.314 0.621 0.614 0.042 4.254 1.106 0.978 0.053 0.089 0.013 1.605 1.107 0.060 0.079 0.027 0.111 1.741 0.158 0.060 1.271 0.042 0.069 0.848 0.126 0.212 0.027 0.660 0.263 1.603 0.035 0.089 0.684 0.664 0.037 0.464 0.019 0.658 2.584 2.392 0.553 0.044 0.111 0.079 0.278 4.687 0.049 0.022 850 chr14 36957387 37000240 + 0 NA intron (NR_138596, intron 1 of 4) intron (NR_138596, intron 1 of 4) 4177 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H surfactant associated 3 protein-coding 2.027 6.842 0.519 6.396 0.107 2.352 1.282 0.045 8.451 2.064 0.152 0.104 2.830 7.426 0.022 0.483 0.293 7.634 0.135 1.532 0.017 8.960 3.652 0.121 16.524 9.117 11.164 13.468 2.289 0.125 0.069 0.102 0.666 2.633 0.060 5.714 0.020 0.069 0.349 7.904 0.055 0.334 0.195 0.082 0.051 2.129 0.175 0.084 0.737 0.819 21.599 20.239 0.125 0.072 0.274 0.301 1.352 1.664 6.796 6.812 18.276 18.754 0.134 0.151 0.430 0.331 0.093 0.151 3.047 1.652 17.649 7.691 0.007 0.041 6.607 11.888 0.026 3.367 4.829 0.024 0.061 0.155 0.123 0.058 0.054 0.058 8.379 0.194 0.168 0.118 0.101 0.090 0.057 0.059 2.064 5.165 10.597 7.634 0.038 0.095 0.215 0.535 2.633 4.668 0.017 2.725 0.034 0.062 0.021 0.026 0.021 3.680 0.023 0.006 2424 chr7 19408165 19422927 + 0 NA Intergenic Intergenic -230502 NM_152898 222894 Hs.592168 NM_152898 ENSG00000146618 FERD3L N-TWIST|NATO3|NTWIST|PTFB|bHLHa31 Fer3 like bHLH transcription factor protein-coding nan 0.977 nan 0.191 0.136 0.182 0.044 0.172 0.017 0.223 0.289 0.131 0.064 0.050 0.056 0.826 0.655 0.073 0.180 0.230 0.066 0.110 0.014 0.230 0.072 0.075 0.161 0.669 0.040 0.109 0.103 0.150 0.139 0.008 0.062 0.678 0.138 0.327 0.155 0.022 0.016 0.180 0.132 0.143 0.112 0.101 nan 0.204 0.189 0.263 0.377 0.442 3.741 1.251 0.295 0.269 2.733 3.339 0.604 0.792 1.132 0.855 0.091 0.118 4.827 3.860 0.286 0.621 0.998 0.720 0.015 0.058 0.007 1.750 0.027 0.097 0.047 0.159 0.059 0.025 0.081 1.074 0.016 0.118 0.011 0.052 0.053 0.090 0.138 0.028 0.087 0.011 0.022 0.223 0.053 0.303 0.073 0.059 0.039 0.302 0.084 0.550 0.299 0.011 0.147 0.249 0.071 0.027 0.058 0.091 0.065 0.016 0.004 891 chr14 81386928 81409539 + 0 NA intron (NM_152446, intron 1 of 23) Charlie3|DNA|hAT-Charlie 7651 NM_152446 145508 Hs.162889 NM_152446 ENSG00000100629 CEP128 C14orf145|C14orf61|LEDP/132 centrosomal protein 128 protein-coding nan 0.873 1.022 0.368 0.497 0.548 0.369 0.405 0.088 0.395 0.374 0.093 0.033 0.157 0.148 0.152 0.163 0.261 0.364 0.373 0.055 0.361 0.136 0.349 0.711 0.294 0.238 1.034 0.187 0.175 0.383 0.112 0.562 0.104 0.144 0.127 0.092 0.365 0.339 0.174 0.086 0.388 0.501 0.133 0.371 0.271 0.401 0.494 0.454 0.747 1.060 1.204 0.502 0.200 1.467 1.357 0.757 1.004 0.629 0.666 2.038 1.818 0.296 0.566 0.901 0.904 1.658 6.174 1.340 0.966 0.291 0.337 0.075 0.536 0.057 0.420 0.104 0.259 0.182 0.092 0.236 0.240 0.885 0.269 0.254 0.107 0.116 0.116 0.097 0.366 0.264 0.553 0.077 0.387 0.395 0.132 0.277 0.261 0.102 0.117 0.132 0.262 0.157 0.174 0.091 0.411 0.084 0.081 0.163 1.476 0.635 0.109 0.127 0.067 1004 chr16 1819897 1825026 + 0 NA promoter-TSS (NM_002513) promoter-TSS (NM_002513) 679 NM_023936 65993 Hs.720388 NM_023936 ENSG00000074071 MRPS34 MRP-S12|MRP-S34|MRPS12 mitochondrial ribosomal protein S34 protein-coding 3.141 nan 3.005 5.158 5.754 2.577 1.659 7.271 0.480 4.472 0.880 0.157 1.275 4.348 5.839 2.374 1.227 6.088 3.268 2.662 1.328 3.910 0.859 2.692 5.865 4.094 3.986 5.762 1.848 3.315 3.421 0.048 5.746 1.836 3.150 6.438 0.996 2.843 3.492 2.243 1.477 8.198 6.297 2.813 4.972 2.280 3.720 4.710 2.287 3.516 3.154 2.757 nan 2.709 6.237 6.441 2.163 nan 4.115 6.285 3.185 3.974 2.004 4.013 3.893 3.593 3.123 2.887 3.131 1.761 2.737 2.886 2.021 1.912 2.207 9.338 1.512 1.890 2.898 2.928 5.523 0.666 1.593 4.294 2.516 1.262 1.736 2.770 1.349 1.151 5.234 5.730 3.674 3.741 4.472 4.381 4.421 6.088 2.248 2.202 2.476 8.664 2.091 1.745 1.572 2.819 1.604 1.252 0.885 0.663 2.257 0.642 1.884 0.893 2106 chr5 3738427 3743693 + 0 NA Intergenic Intergenic 144892 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.442 0.734 0.719 0.167 0.042 0.171 0.062 0.044 0.442 0.125 0.123 0.077 0.098 0.037 0.097 0.172 0.159 0.124 0.082 0.374 0.159 4.669 2.010 0.185 0.390 0.083 0.061 0.020 0.043 0.615 0.103 0.157 0.092 0.529 0.003 0.435 1.933 0.146 0.027 0.182 0.258 0.648 0.523 8.818 7.265 0.538 0.541 0.062 0.067 0.074 0.091 0.204 0.281 nan 0.146 nan 0.392 0.295 0.305 0.008 0.066 0.093 0.070 0.326 nan 0.011 0.217 0.017 0.037 0.114 0.053 0.013 0.027 0.101 0.044 0.099 0.045 0.044 0.058 0.046 0.114 0.046 0.026 1.292 0.442 0.123 0.053 0.159 0.023 0.181 0.011 0.013 1.501 0.015 0.065 0.108 0.094 0.093 0.160 0.134 0.022 0.019 2696 chr9 123677507 123700430 + 0 NA 5' UTR (NM_005658, exon 1 of 8) 5' UTR (NM_005658, exon 1 of 8) 205 NM_005658 7185 Hs.531251 NM_005658 ENSG00000056558 TRAF1 EBI6|MGC:10353 TNF receptor associated factor 1 protein-coding nan nan 1.318 0.732 0.305 0.710 0.384 0.969 0.019 0.290 0.779 0.127 1.241 1.200 0.164 0.367 0.198 0.601 0.544 0.408 0.335 1.284 0.349 0.429 1.580 0.570 0.619 nan 0.670 0.294 0.378 0.083 0.941 0.628 0.290 2.812 0.860 1.576 0.632 0.860 0.375 0.890 1.599 1.043 0.373 0.431 0.366 0.563 0.342 0.758 1.052 1.353 0.717 0.279 0.637 0.727 1.141 nan 1.311 1.488 1.421 1.209 0.354 0.506 0.583 0.516 1.752 5.638 nan 0.795 0.996 1.220 0.075 1.435 0.240 0.240 0.025 1.263 1.000 0.405 0.509 0.100 0.135 2.553 0.647 0.404 0.275 0.135 0.223 0.868 0.877 3.203 0.414 0.934 0.290 0.769 1.742 0.601 0.219 0.297 0.243 1.414 0.864 0.920 0.260 0.788 0.492 0.055 0.069 2.255 0.318 0.281 0.038 0.044 1360 chr18 74161704 74168285 + 0 NA intron (NM_014643, intron 2 of 7) intron (NM_014643, intron 2 of 7) -38614 NR_136504 101927989 Hs.665186 NR_136504 ENSG00000265778 LOC101927989 - uncharacterized LOC101927989 ncRNA nan nan 0.988 0.574 0.731 0.931 0.388 0.294 0.051 1.894 0.046 0.110 0.231 0.420 0.029 2.215 0.871 3.633 0.096 0.376 0.038 0.055 0.145 1.170 0.160 0.060 0.109 0.347 0.067 0.374 0.197 0.124 0.215 0.411 0.058 0.086 0.023 0.116 0.188 0.732 0.012 0.564 0.129 0.052 0.146 0.286 3.042 2.941 6.617 7.543 1.190 nan 11.139 8.840 1.326 1.420 0.062 0.160 5.065 9.599 2.974 2.348 1.660 2.947 3.749 3.975 4.706 5.140 2.481 1.587 0.030 0.470 0.043 3.034 0.445 1.428 0.096 0.714 0.473 0.279 0.534 0.318 0.361 0.028 0.024 0.048 0.048 0.073 0.525 0.124 0.078 0.061 1.894 0.301 0.042 3.633 0.055 0.050 0.030 0.116 2.318 0.641 0.051 0.903 0.084 0.193 1.509 0.808 0.578 0.129 0.219 0.131 233 chr1 161085464 161089548 + 0 NA promoter-TSS (NM_001185094) promoter-TSS (NM_001185094) -356 NM_001185092 4817 Hs.146406 NM_005600 ENSG00000158793 NIT1 - nitrilase 1 protein-coding 3.992 nan 3.512 3.219 4.120 2.926 1.377 3.609 1.000 3.011 2.916 0.277 2.795 5.793 6.528 2.550 1.360 2.605 3.298 3.598 1.122 3.307 2.353 2.610 9.059 7.322 3.581 8.193 3.411 3.416 3.136 0.187 5.578 5.231 1.338 2.909 0.768 3.194 5.216 4.818 0.743 5.385 8.634 2.822 2.979 2.379 3.300 3.110 5.290 8.051 6.103 nan 6.090 1.867 5.549 5.591 4.073 5.585 5.235 8.316 3.065 3.404 3.535 7.025 3.803 4.673 4.554 5.986 2.650 1.502 1.666 4.685 1.565 3.466 2.887 4.072 2.304 3.227 2.531 1.850 4.825 0.441 1.164 6.408 4.822 2.251 1.788 0.878 1.150 4.388 3.426 4.157 2.367 2.800 3.011 7.455 5.938 2.605 3.063 1.375 0.423 11.363 2.544 2.524 1.387 5.856 2.708 1.322 2.028 1.771 2.145 2.013 2.508 1.583 1013 chr16 3193491 3246115 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 25511 NR_132322 197350 Hs.434132 NR_132322 ENSG00000228146 CASP16P CASP16 caspase 16, pseudogene pseudo 0.898 nan 0.893 0.681 0.828 0.612 0.354 1.016 0.081 0.264 0.220 0.110 0.303 0.745 0.592 0.236 0.183 0.227 0.542 0.798 0.275 0.539 0.128 0.884 2.273 1.592 0.555 2.421 0.292 0.758 0.545 0.090 0.914 0.211 0.406 1.147 0.263 0.845 0.728 0.226 0.231 0.859 1.020 0.882 0.858 0.195 0.375 0.393 0.237 0.372 0.485 0.449 nan 0.734 0.648 0.742 0.336 nan 0.537 0.613 1.362 1.265 0.282 0.404 0.899 0.821 0.488 1.158 0.699 0.427 0.235 0.392 0.457 0.497 0.107 0.558 0.158 0.386 0.349 0.621 0.869 0.113 0.089 0.858 0.362 0.220 0.255 0.262 0.272 0.418 1.717 1.163 0.688 0.880 0.264 1.034 0.661 0.227 0.193 0.880 0.192 2.032 0.377 0.164 0.198 0.644 0.296 0.311 0.111 0.196 0.225 0.241 0.204 0.114 1490 chr19 50378297 50382737 + 0 NA promoter-TSS (NM_024682) promoter-TSS (NM_024682) 127 NM_001098632 84335 Hs.515542 NM_032375 ENSG00000204673 AKT1S1 Lobe|PRAS40 AKT1 substrate 1 protein-coding 7.369 4.427 5.594 6.500 8.125 13.338 6.798 8.802 1.568 4.787 4.894 0.328 2.370 4.975 6.697 2.590 1.128 6.903 4.728 6.349 1.813 5.227 1.848 3.579 8.717 6.925 7.652 13.186 3.156 4.641 8.024 0.215 7.342 2.864 3.591 4.576 1.385 6.396 6.672 4.436 2.091 5.740 10.244 4.413 7.237 2.491 8.731 7.337 8.065 13.276 10.112 10.605 11.289 11.066 26.536 29.012 8.132 9.542 11.343 14.508 15.276 14.162 4.145 5.447 7.113 10.081 11.062 10.296 5.435 2.711 4.935 3.339 4.076 6.293 4.685 9.060 3.240 2.132 2.989 6.285 5.230 1.721 3.468 10.701 5.151 2.184 2.515 2.090 2.154 4.651 9.237 5.004 4.829 3.231 4.787 6.970 2.373 6.903 3.837 7.366 2.371 6.799 4.045 3.069 3.175 3.775 2.828 2.571 3.237 4.400 4.002 1.488 3.621 2.565 2198 chr5 141092253 141097269 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -32961 NM_022481 64411 Hs.726187 NM_022481 ENSG00000120318 ARAP3 CENTD3|DRAG1 ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 3 protein-coding nan 1.401 0.492 0.035 0.100 0.753 0.509 0.746 0.124 0.793 0.173 0.030 0.296 0.488 0.130 0.061 0.033 0.095 0.484 1.167 0.938 0.287 1.660 0.633 0.569 0.225 0.215 1.312 0.305 0.107 0.217 0.118 0.609 0.040 4.164 1.054 0.015 0.015 0.209 0.106 0.357 3.881 0.406 0.582 7.482 0.636 0.324 0.525 0.225 0.322 0.579 0.549 0.547 0.265 0.229 0.199 0.363 0.742 1.199 0.884 0.435 0.226 0.525 0.834 0.219 0.252 0.120 0.208 0.595 0.427 3.347 1.655 3.222 0.490 0.040 3.544 0.045 2.808 2.648 0.279 0.740 0.115 8.474 2.853 1.375 0.838 0.029 0.073 1.985 1.092 0.023 0.071 2.013 0.793 0.103 0.037 0.095 2.211 0.199 0.060 0.707 0.101 0.149 0.017 0.767 2.091 0.046 0.315 0.024 0.045 0.319 0.252 0.487 1693 chr2 241517252 241527317 + 0 NA non-coding (NR_103792, exon 1 of 1) non-coding (NR_103792, exon 1 of 1) 3449 NR_103792 101752400 Hs.585987 NR_103792 ENSG00000260942 CAPN10-AS1 locus959 CAPN10 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.344 nan 4.532 1.567 1.367 1.734 1.009 2.437 0.357 1.159 0.432 0.016 0.870 2.763 0.855 0.840 0.287 1.484 1.015 1.618 0.595 2.055 0.865 0.943 3.205 2.236 1.949 3.466 0.740 1.387 1.246 0.128 1.235 0.952 1.101 1.874 0.281 0.891 0.779 1.628 0.353 1.540 2.781 1.485 2.729 1.151 2.513 2.682 1.730 2.777 2.026 2.081 1.707 0.594 2.491 2.719 1.307 2.072 2.174 3.025 5.973 7.705 1.155 2.186 1.073 1.041 2.573 4.165 0.893 0.493 1.197 2.435 0.519 1.028 0.907 0.966 0.523 1.657 1.455 0.923 1.332 0.207 0.461 1.779 1.203 0.689 1.127 0.817 0.609 0.676 1.585 1.781 0.699 1.712 1.159 4.620 1.619 1.484 0.786 1.094 0.445 2.307 1.033 1.369 0.511 1.369 0.867 0.466 0.507 1.423 0.843 1.034 2.832 1.901 316 chr1 227050264 227055608 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -5337 NM_012486 5664 Hs.25363 NM_000447 ENSG00000143801 PSEN2 AD3L|AD4|CMD1V|PS2|STM2 presenilin 2 protein-coding 0.996 nan 1.141 0.149 0.095 0.347 0.090 0.092 0.096 0.544 0.107 0.151 0.437 0.532 0.209 0.299 0.270 0.115 0.212 0.193 0.093 0.669 1.174 0.121 0.295 0.060 0.089 0.380 0.246 2.043 0.081 0.123 0.322 0.178 0.141 1.646 0.388 0.344 0.293 0.341 0.044 0.106 0.184 0.455 0.981 0.192 0.226 0.279 0.416 0.576 0.346 nan 0.404 0.212 0.527 0.533 0.592 0.953 0.444 0.244 0.517 0.208 0.121 0.184 0.166 0.267 0.278 0.902 0.553 0.618 0.104 1.163 0.156 0.018 0.089 0.026 0.647 0.453 0.236 0.110 0.022 0.015 0.311 0.180 0.161 0.100 3.046 3.475 0.611 0.363 0.320 0.220 0.680 0.544 0.371 0.659 0.115 0.045 0.063 0.148 0.284 0.106 1.034 0.094 0.959 0.021 2.990 0.056 0.149 0.434 0.919 0.409 0.435 1806 chr21 36624609 36631440 + 0 NA Intergenic Intergenic -206429 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.395 1.074 1.845 1.384 3.243 1.368 0.667 0.281 4.791 0.749 3.477 0.282 1.860 2.873 0.573 0.416 0.216 3.034 0.230 1.350 0.477 1.710 1.646 0.988 2.389 2.197 3.072 4.811 1.717 0.058 0.031 0.067 1.726 1.775 0.389 3.617 1.143 3.450 1.534 2.133 0.428 1.647 0.477 0.706 1.909 0.627 0.423 0.417 0.879 2.795 3.122 2.613 3.018 0.845 0.338 0.502 0.145 0.231 6.776 5.570 1.038 0.792 0.116 0.265 0.356 0.258 0.201 0.277 nan 1.312 2.447 2.593 2.389 1.663 0.063 8.169 1.607 0.877 0.075 2.074 0.041 0.046 1.106 0.301 0.172 1.547 0.067 0.124 1.520 0.155 1.251 1.573 2.421 0.749 1.602 3.398 3.034 1.395 2.690 0.674 1.176 1.221 1.707 1.491 1.108 0.017 0.087 0.036 1.068 3.584 0.540 0.430 2288 chr6 34752494 34761073 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3011 NM_017754 54887 Hs.700656 NM_017754 ENSG00000065060 UHRF1BP1 C6orf107|ICBP90|dJ349A12.1 UHRF1 binding protein 1 protein-coding nan 2.331 nan 3.085 1.440 2.085 1.051 1.585 0.389 2.286 1.836 0.394 0.898 2.540 0.811 0.975 0.581 3.524 0.875 2.426 0.274 1.068 0.810 1.148 4.179 2.930 1.851 4.195 0.659 1.653 1.811 0.140 2.005 0.393 1.015 1.784 0.661 1.765 1.464 0.671 1.103 1.177 2.815 1.014 1.401 0.733 3.375 4.159 2.407 nan nan 3.304 3.731 1.392 6.066 6.215 1.489 2.000 5.400 6.963 2.918 3.503 2.249 4.140 3.114 3.012 3.124 4.381 1.675 1.000 1.576 2.997 0.212 1.486 0.735 1.801 1.176 1.087 1.078 0.647 0.766 0.653 2.109 1.224 1.181 0.634 1.081 0.733 0.624 2.158 1.428 2.897 2.542 1.265 2.286 4.399 1.569 3.524 0.749 1.162 0.816 1.744 1.374 0.609 0.287 1.167 0.319 0.628 1.068 1.161 0.229 0.937 0.481 0.214 1738 chr20 42565122 42594211 + 0 NA intron (NM_001098798, intron 1 of 7) intron (NM_001098798, intron 1 of 7) 5130 NM_001098798 84969 Hs.26608 NM_032883 ENSG00000124191 TOX2 C20orf100|GCX-1|GCX1|dJ1108D11.2|dJ495O3.1 TOX high mobility group box family member 2 protein-coding nan nan 0.454 1.666 0.295 3.251 1.792 1.394 0.030 0.330 1.344 0.199 0.645 0.878 1.582 0.087 0.089 0.855 0.941 0.894 0.324 0.736 0.311 0.536 1.916 0.753 0.732 2.221 1.100 0.109 0.075 0.096 1.312 2.928 0.680 1.892 0.088 0.152 0.314 0.462 0.442 2.245 1.563 0.437 3.028 0.906 1.392 2.013 0.336 0.615 0.881 0.898 nan 0.095 0.896 1.033 0.185 0.345 2.269 2.331 nan 0.248 0.704 0.871 0.085 0.070 0.119 0.160 0.254 0.255 1.224 2.298 0.394 3.167 0.326 1.031 0.048 1.500 1.113 0.036 1.280 0.010 0.044 1.845 0.315 0.183 0.295 0.019 0.012 4.676 0.718 0.353 0.633 1.616 0.330 0.762 7.190 0.855 1.166 0.993 0.153 1.408 0.685 1.786 1.801 2.012 0.577 0.047 0.289 0.034 5.206 0.164 0.883 0.859 2025 chr4 13545054 13551469 + 0 NA non-coding (NR_015450, exon 1 of 1) non-coding (NR_015450, exon 1 of 1) 1187 NR_015450 285548 Hs.529284 NR_015450 LINC01096 - long intergenic non-protein coding RNA 1096 ncRNA nan nan nan 1.280 0.505 0.158 0.102 0.627 0.481 1.108 0.146 0.075 0.451 1.484 0.019 1.275 0.699 0.448 0.126 0.376 0.235 0.085 0.213 0.436 0.672 0.513 0.103 9.884 0.460 0.333 0.424 0.095 0.690 1.014 0.094 2.013 0.556 2.110 0.477 0.152 0.289 0.666 0.356 0.381 0.245 0.749 0.394 0.460 2.287 3.604 1.965 1.344 2.231 0.442 0.460 0.572 0.905 1.036 1.652 2.371 1.429 1.593 0.470 1.193 1.717 1.096 0.154 0.804 nan 0.626 0.969 0.574 0.044 0.073 0.123 0.817 0.172 0.294 0.125 0.597 0.145 0.371 1.524 0.546 0.328 0.184 0.030 0.813 0.979 2.518 0.820 7.234 2.011 0.156 1.108 1.339 0.808 0.448 0.328 0.194 0.953 0.476 0.116 0.052 0.062 0.249 0.090 0.558 0.271 0.084 0.029 0.350 0.142 1370 chr19 952135 958209 + 0 NA intron (NM_005224, intron 3 of 8) intron (NM_005224, intron 3 of 8) 29135 NM_005224 1820 Hs.501296 NM_005224 ENSG00000116017 ARID3A BRIGHT|DRIL1|DRIL3|E2FBP1 AT-rich interaction domain 3A protein-coding 0.666 0.639 0.787 0.130 0.607 0.468 0.133 0.292 6.439 0.568 0.136 0.042 0.565 1.479 0.160 0.053 0.065 0.787 0.180 0.519 0.326 0.067 0.573 0.125 3.368 1.003 1.183 0.835 0.266 0.053 0.630 0.070 0.358 0.194 0.087 0.084 0.064 0.078 0.458 0.101 0.141 0.552 0.734 0.184 3.051 0.103 0.670 0.800 0.792 2.482 0.442 0.415 0.285 0.110 1.024 1.306 0.189 0.602 0.649 nan 0.412 0.361 2.623 3.685 0.288 0.297 0.186 0.268 0.490 0.378 0.068 2.092 3.306 0.224 0.098 0.216 0.182 0.046 0.036 0.853 0.193 0.094 0.117 0.227 0.596 0.377 0.581 0.154 0.160 0.196 0.512 0.440 0.064 0.493 0.568 3.847 0.174 0.787 0.499 1.599 0.255 0.880 0.067 0.257 0.007 0.210 0.438 0.114 3.003 0.143 0.226 0.061 0.351 0.100 11 chr1 3131713 3140351 + 0 NA intron (NM_199454, intron 2 of 16) intron (NM_199454, intron 2 of 16) 91493 NR_036215 100422968 NR_036215 ENSG00000283572 MIR4251 - microRNA 4251 ncRNA 0.664 nan 0.672 0.041 0.062 0.610 0.223 0.045 0.036 0.090 0.088 0.055 0.070 0.007 0.030 0.014 0.116 0.123 0.025 0.078 nan 0.070 0.073 0.411 0.017 0.099 0.025 0.073 0.074 0.013 0.062 0.032 0.072 0.047 0.198 0.012 0.110 0.050 0.038 0.068 0.084 0.205 0.147 0.098 0.096 0.298 0.346 0.041 0.078 0.115 0.083 0.207 nan nan 0.076 nan 0.097 0.071 0.122 0.102 0.041 0.079 0.090 0.098 0.262 8.330 0.067 0.011 0.032 0.439 0.052 0.088 0.026 0.026 0.045 0.055 0.018 0.055 0.071 0.009 0.053 0.009 0.119 0.035 0.017 0.028 0.023 0.090 0.037 0.014 0.019 0.171 0.087 0.035 0.024 0.045 0.026 0.040 0.023 0.009 0.043 0.013 2649 chr9 14073980 14113259 + 0 NA intron (NM_001190738, intron 8 of 8) intron (NM_001190738, intron 8 of 8) 87182 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.335 0.566 0.191 0.563 0.323 0.092 0.016 0.467 0.488 0.102 0.010 0.070 0.034 0.454 0.446 0.512 0.164 0.690 0.028 0.045 0.003 0.102 0.762 0.497 0.754 1.668 0.176 0.191 0.069 0.114 0.328 0.024 0.060 0.033 0.063 0.163 0.178 0.047 0.172 0.128 0.329 0.081 0.091 0.120 0.209 0.120 2.374 4.086 0.705 0.854 0.929 0.365 0.221 0.157 6.068 7.679 1.417 1.834 0.370 0.181 0.232 0.350 1.209 1.136 0.306 0.799 1.374 0.885 3.903 0.094 0.015 0.528 0.046 0.161 0.025 0.074 0.028 0.007 0.167 0.252 0.156 0.030 0.012 0.010 0.039 0.028 0.077 0.196 0.143 0.056 0.358 0.056 0.467 0.045 0.075 0.512 0.066 0.027 0.015 0.015 0.131 0.029 0.002 0.030 0.107 0.091 0.091 0.063 0.200 0.010 0.035 0.018 511 chr11 61519407 61530629 + 0 NA non-coding (NR_026882, exon 1 of 4) non-coding (NR_026882, exon 1 of 4) 118 NR_026882 26070 Hs.564254 NR_026882 ENSG00000124915 DKFZP434K028 - uncharacterized LOC26070 ncRNA nan 0.758 0.734 0.144 3.342 5.898 2.828 1.097 0.006 0.264 0.213 0.087 0.355 0.641 0.078 0.085 0.111 0.203 0.199 0.418 2.105 0.348 0.758 1.029 4.832 1.396 0.217 0.581 0.679 0.267 0.426 0.154 0.296 0.190 0.191 0.209 0.488 0.748 0.257 0.368 0.145 0.291 0.393 0.172 0.516 0.231 0.720 0.918 0.742 1.337 1.151 1.069 0.963 0.356 0.689 0.711 0.520 0.789 0.459 0.787 0.489 0.349 2.410 4.211 0.366 0.653 0.487 0.739 0.427 0.396 0.055 1.167 0.017 2.399 2.633 0.158 0.025 0.915 0.588 0.244 0.226 0.039 0.050 0.690 0.806 0.313 0.959 0.141 0.064 0.274 6.337 0.661 0.725 0.319 0.264 0.332 0.160 0.203 0.555 0.081 0.111 0.724 0.130 0.090 0.268 0.323 3.732 0.083 3.276 0.121 0.149 0.665 0.036 0.040 842 chr14 29037183 29050999 + 0 NA Intergenic Intergenic 190434 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.867 0.691 0.656 0.115 1.102 0.186 0.081 0.542 0.027 0.122 0.224 0.126 0.178 0.788 2.111 0.056 0.088 0.113 0.115 0.147 0.018 0.496 0.624 0.370 8.711 8.096 1.061 0.247 2.306 0.085 0.039 0.113 0.180 1.146 0.099 1.566 0.006 0.045 0.276 0.585 0.024 2.235 0.076 0.078 0.063 0.782 0.163 0.165 0.264 0.263 0.260 0.402 0.727 0.241 0.297 0.258 0.729 1.233 0.232 0.298 0.585 0.223 0.097 0.170 0.197 0.273 0.181 0.209 0.742 0.343 0.069 0.989 0.022 1.578 0.007 0.064 0.020 1.201 0.901 0.011 0.663 0.048 0.121 0.393 0.423 0.305 0.100 0.057 0.148 1.751 0.059 0.036 0.006 0.124 0.122 0.274 0.034 0.113 0.132 0.054 0.160 0.022 1.453 0.686 0.957 0.040 0.039 0.087 0.074 3.327 0.198 2.989 3.935 2367 chr6 135544571 135582319 + 0 NA Intergenic Intergenic 3147 NR_030317 693126 NR_030317 ENSG00000207689 MIR548A2 MIRN548A2 microRNA 548a-2 ncRNA 0.916 0.877 1.065 0.365 0.058 0.607 0.340 0.058 0.018 0.156 0.087 0.055 0.055 0.110 0.034 0.137 0.072 0.311 0.156 0.179 0.033 0.068 0.065 0.118 0.836 0.163 0.257 0.427 0.035 4.122 0.047 0.112 0.143 0.100 0.071 0.086 0.018 0.041 0.143 0.096 0.014 0.144 0.096 0.093 0.143 0.127 1.791 1.625 2.208 2.264 0.440 0.521 nan 0.708 1.765 1.855 0.222 0.337 0.518 0.542 0.590 0.418 12.519 16.141 0.185 0.251 0.436 nan 0.484 0.415 0.088 0.075 0.003 0.095 0.056 0.101 0.026 0.031 0.014 0.025 0.052 0.025 0.063 0.075 0.045 0.033 0.089 0.174 0.295 0.101 0.058 0.105 0.008 0.068 0.156 0.123 0.887 0.311 0.045 0.132 0.074 0.027 0.075 0.018 0.006 0.063 0.156 2.416 10.501 0.191 0.022 0.031 0.029 0.008 899 chr14 95998145 96004405 + 0 NA promoter-TSS (NR_001459) promoter-TSS (NR_001459) -48 NM_016417 51218 Hs.744943 NM_016417 ENSG00000182512 GLRX5 C14orf87|FLB4739|GRX5|PR01238|PRO1238|PRSA|SIDBA3|SPAHGC glutaredoxin 5 protein-coding 6.973 2.184 nan 6.139 4.397 4.120 2.203 1.931 0.622 4.438 2.524 0.283 0.182 1.305 2.751 2.033 1.279 5.261 2.320 2.294 0.435 2.361 0.900 5.177 4.183 2.904 3.139 7.403 1.160 1.554 2.443 0.221 4.028 1.062 1.679 2.278 0.806 3.310 2.736 1.372 0.812 3.383 5.836 0.903 2.127 1.244 3.946 4.233 3.141 4.613 8.309 7.555 5.710 1.640 10.138 10.912 5.107 6.596 4.596 7.426 9.955 12.670 3.778 6.408 5.536 5.059 3.970 4.679 nan 1.820 3.289 1.517 1.324 1.979 0.875 3.563 0.572 2.759 2.463 0.881 2.244 0.945 3.312 2.591 2.867 1.369 1.416 1.070 0.932 2.702 2.396 4.647 1.500 2.447 4.438 1.411 3.101 5.261 1.491 1.545 1.207 2.631 1.692 1.858 1.198 2.374 0.533 1.429 2.677 1.083 2.991 0.756 1.612 1.180 2000 chr3 185755612 185791839 + 0 NA intron (NM_004454, intron 11 of 12) intron (NM_004454, intron 11 of 12) 53176 NM_004454 2119 Hs.43697 NM_004454 ENSG00000244405 ETV5 ERM ETS variant 5 protein-coding 1.420 1.216 0.989 0.092 0.139 0.513 0.354 0.165 0.014 0.130 0.255 0.156 0.021 0.125 0.045 0.078 0.140 0.040 0.216 0.236 0.021 0.136 0.011 0.164 0.140 0.076 0.113 0.449 0.044 6.872 0.054 0.095 nan 0.013 0.084 0.146 0.020 0.080 0.303 0.021 0.078 0.266 0.682 0.112 0.175 0.214 0.435 0.639 0.245 0.297 0.347 0.382 0.263 0.178 0.249 0.279 0.511 0.825 0.363 0.384 0.899 0.750 0.171 0.211 0.064 0.082 0.198 0.282 1.003 0.726 0.032 0.117 0.019 0.092 0.039 0.103 0.038 0.128 0.066 0.041 0.114 0.019 0.390 0.234 0.040 0.030 0.046 0.710 0.945 0.152 0.076 0.089 0.042 0.108 0.130 0.061 0.070 0.040 0.027 0.039 0.156 0.037 0.045 0.037 0.014 0.077 0.044 4.464 0.041 0.061 0.034 0.094 0.016 0.010 2437 chr7 36935932 36956607 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 16 of 21) FRAM|SINE|Alu 12768 NR_031604 100302113 NR_031604 ENSG00000221325 MIR1200 MIRN1200|hsa-mir-1200 microRNA 1200 ncRNA 1.416 1.046 1.687 0.181 0.102 0.313 0.132 0.087 0.009 0.329 0.104 0.062 0.064 0.025 0.297 0.252 0.614 0.238 0.246 0.024 0.128 0.035 0.186 0.070 0.108 0.137 0.333 0.078 0.152 0.037 0.129 0.095 0.028 0.069 0.085 0.069 0.067 0.255 0.026 0.113 0.196 0.117 0.087 0.056 0.115 0.531 0.474 0.563 0.546 0.508 nan 0.965 0.319 0.565 0.551 0.529 nan nan nan 0.393 0.235 0.215 0.311 2.032 2.746 0.429 nan 1.398 0.854 0.011 0.034 0.014 0.076 0.798 0.107 0.027 0.034 0.017 0.014 0.117 0.666 0.108 0.111 0.009 0.024 0.063 0.050 0.052 0.190 0.087 0.059 2.364 0.081 0.329 0.048 0.049 0.614 0.491 0.052 0.047 0.090 1.104 0.007 0.006 0.042 0.064 0.028 0.123 0.685 0.015 0.075 0.014 0.015 2531 chr8 42574223 42601728 + 0 NA intron (NM_000749, intron 5 of 5) intron (NM_000749, intron 5 of 5) 35413 NM_000749 1142 Hs.654576 NM_000749 ENSG00000147432 CHRNB3 - cholinergic receptor nicotinic beta 3 subunit protein-coding 0.703 nan 0.669 0.130 0.313 0.324 0.140 0.116 0.059 0.343 0.098 0.147 0.041 0.124 0.089 0.125 0.122 0.800 0.164 0.160 0.036 0.116 0.137 0.914 0.141 0.074 0.155 0.385 0.092 0.105 0.067 0.117 0.286 0.064 0.050 0.343 0.031 0.104 0.249 0.032 0.193 0.137 0.208 0.086 0.088 0.110 0.403 0.405 0.384 0.855 1.379 1.534 1.453 0.498 0.287 0.315 0.178 0.265 0.271 0.287 1.315 1.128 0.163 0.211 0.145 0.141 0.718 2.106 0.798 0.725 0.061 0.181 0.004 0.213 0.033 2.781 0.076 0.258 0.155 0.254 0.072 0.052 0.058 0.486 0.127 0.096 0.089 0.051 0.049 0.204 0.184 0.066 0.037 0.118 0.343 0.148 0.078 0.800 0.071 0.435 0.081 0.185 0.100 0.160 0.029 0.135 0.129 0.046 0.050 0.530 0.047 0.079 0.124 0.079 2689 chr9 110242339 110253605 + 0 NA 3' UTR (NM_001314052, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001314052, exon 4 of 4) 4029 NM_001314052 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 2.070 1.594 nan 3.440 0.942 4.602 2.760 0.892 0.465 0.918 0.920 0.142 1.265 3.330 0.486 1.187 0.579 2.915 0.526 0.838 0.330 2.781 0.542 3.679 nan 1.432 0.935 3.283 1.324 3.816 0.107 0.050 1.338 0.708 1.408 1.576 0.259 1.046 2.471 0.936 0.715 2.120 2.715 0.483 2.424 0.418 0.807 0.981 2.943 3.900 1.559 1.095 2.292 1.202 10.829 10.948 0.096 0.238 1.594 nan 0.976 0.714 1.951 4.058 3.162 2.670 0.334 0.337 nan 0.954 0.064 1.460 0.406 1.233 0.348 0.558 0.013 1.402 1.198 0.394 3.987 0.618 1.153 0.574 1.867 1.038 0.661 3.137 2.662 0.921 2.395 1.204 1.617 2.149 0.918 4.136 2.202 2.915 1.499 2.962 0.414 1.268 1.044 0.898 0.680 0.718 0.453 3.643 1.368 0.023 0.140 0.713 0.271 0.180 199 chr1 154965477 154999792 + 0 NA intron (NR_049765, intron 2 of 3) intron (NR_049765, intron 2 of 3) 7528 NM_001252406 51043 Hs.729279 NM_001252406 ENSG00000160685 ZBTB7B CKROX|THPOK|ZBTB15|ZFP-67|ZFP67|ZNF857B|c-KROX|hcKROX zinc finger and BTB domain containing 7B protein-coding nan nan 3.656 2.156 2.194 2.216 1.172 2.462 1.597 3.131 2.033 0.312 1.223 2.943 5.951 1.464 0.621 1.748 3.028 2.670 0.509 2.564 1.203 0.691 6.240 3.508 2.963 6.034 1.497 1.644 2.275 0.122 2.152 1.382 1.017 1.553 0.325 0.869 1.465 1.941 0.544 2.732 4.239 1.228 1.443 1.477 2.819 3.482 1.953 2.813 2.689 nan 2.319 0.737 3.074 3.272 1.707 2.380 3.771 4.362 2.158 1.777 3.120 4.804 1.744 1.730 2.123 4.227 1.224 0.678 1.416 2.118 1.028 1.714 1.785 3.015 2.895 2.038 2.005 1.189 5.151 0.539 1.407 2.440 1.157 0.568 1.436 1.096 0.885 0.700 4.562 2.149 4.764 6.298 3.131 2.461 1.897 1.748 2.432 2.895 1.009 6.506 2.186 1.128 0.629 2.258 0.855 0.967 2.514 1.464 0.606 1.430 0.751 0.354 2410 chr7 13755643 13768193 + 0 NA Intergenic MER103C|DNA|hAT-Charlie 264221 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.055 nan 0.126 0.163 0.249 0.178 0.099 0.015 0.246 0.264 0.166 0.031 0.110 0.037 0.592 0.530 0.388 3.842 0.203 0.162 0.008 0.206 0.148 0.096 0.433 0.328 0.055 0.128 0.043 0.112 0.238 0.065 0.036 0.237 0.045 0.237 0.061 0.013 0.247 0.113 0.181 0.047 0.216 nan 0.291 0.356 0.352 0.342 0.551 0.755 0.212 0.342 0.425 4.432 4.978 0.426 0.377 1.101 0.613 0.126 0.078 1.511 1.301 0.132 0.240 0.654 0.593 0.040 0.115 0.045 0.162 0.144 0.128 0.066 0.196 0.047 0.018 0.111 0.290 0.451 0.088 0.019 0.024 0.024 0.025 0.126 0.079 0.084 0.039 0.025 0.036 0.246 0.051 0.037 0.388 0.029 0.079 0.117 0.032 0.108 0.089 0.017 0.101 0.087 0.090 0.039 0.051 0.098 0.091 0.005 0.012 1979 chr3 170071831 170083324 + 0 NA 5' UTR (NM_005414, exon 2 of 7) 5' UTR (NM_005414, exon 2 of 7) 166 NM_001248008 6498 Hs.536655 NM_005414 ENSG00000136603 SKIL SNO|SnoA|SnoI|SnoN SKI like proto-oncogene protein-coding 5.054 2.839 2.804 2.484 6.959 2.522 1.119 1.829 4.478 1.964 1.651 0.169 0.592 1.916 4.435 1.911 1.076 2.646 0.634 1.611 0.496 2.825 1.106 3.246 3.169 2.303 6.275 2.556 0.674 2.187 3.536 0.139 2.714 0.546 0.969 2.074 0.857 2.174 2.357 0.841 1.302 3.846 4.986 1.088 3.292 0.907 1.563 2.614 2.125 3.090 3.299 3.094 4.894 1.519 4.412 4.491 2.594 3.685 3.988 4.877 6.120 6.483 1.293 2.702 2.815 2.322 3.911 5.720 1.391 0.771 2.455 2.345 1.258 1.846 1.104 0.997 2.110 1.665 1.731 1.872 1.231 0.903 1.934 3.484 3.898 1.490 0.868 2.052 1.549 2.617 4.941 3.645 2.079 2.750 1.964 2.664 1.630 2.646 0.862 3.574 0.660 1.476 1.396 1.057 0.605 0.789 0.721 1.628 1.197 2.189 1.097 0.718 1.153 0.846 1899 chr3 47843011 47845896 + 0 NA promoter-TSS (NR_075079) promoter-TSS (NR_075079) 54 NM_001330990 22907 Hs.517948 NM_014966 ENSG00000132153 DHX30 DDX30|RETCOR DExH-box helicase 30 protein-coding 5.954 nan nan 4.014 4.342 4.064 1.941 7.885 3.864 3.460 3.775 0.212 1.351 5.373 5.903 1.140 0.372 4.317 3.236 2.877 2.809 8.623 3.102 5.138 4.538 4.257 2.958 9.620 2.403 1.800 6.254 0.216 8.247 1.382 1.857 6.168 2.094 7.765 3.586 2.060 1.432 5.539 4.879 3.621 5.196 2.423 4.073 3.856 7.135 12.861 10.991 9.725 8.586 4.468 7.365 7.073 4.263 5.123 7.726 13.394 8.021 8.478 3.593 5.567 3.443 2.706 5.158 4.700 2.555 1.259 2.786 4.668 1.790 3.689 1.762 2.276 2.887 2.487 4.091 2.853 5.098 0.704 1.885 9.903 12.349 4.567 2.610 1.543 1.193 5.632 4.726 5.312 2.354 2.540 3.460 6.880 4.780 4.317 1.326 1.576 1.582 7.985 6.370 4.989 1.712 6.465 5.918 0.599 0.891 1.504 3.123 2.140 5.609 4.362 1929 chr3 114563223 114602014 + 0 NA intron (NR_121662, intron 2 of 6) intron (NR_121662, intron 2 of 6) -9262 NR_126422 104413890 Hs.612732 NR_126422 ENSG00000239946 ZBTB20-AS3 - ZBTB20 antisense RNA 3 ncRNA 1.279 nan 1.114 0.156 0.069 5.009 2.686 0.110 0.014 0.281 0.283 0.104 0.039 0.126 0.023 1.063 0.608 1.363 0.178 0.134 0.019 0.160 0.131 0.135 0.212 0.087 0.051 0.358 0.121 0.072 0.039 0.071 0.224 0.055 0.028 0.086 0.002 0.058 0.117 0.115 0.006 0.153 0.125 0.073 0.067 0.059 0.921 0.573 1.000 0.874 0.833 nan 5.519 2.813 0.832 0.815 nan 4.419 0.474 0.434 1.120 0.705 0.241 0.299 1.263 1.442 0.450 1.414 1.498 0.954 1.499 0.126 0.014 0.157 0.083 0.255 0.021 0.066 0.032 0.053 0.042 0.302 0.076 0.065 0.019 0.022 0.063 0.032 0.083 0.132 0.099 0.117 0.029 0.088 0.281 0.050 0.041 1.363 0.075 0.039 0.257 0.069 0.358 0.066 0.016 0.046 0.037 0.050 0.074 0.360 0.028 0.124 0.025 0.014 2485 chr7 114169048 114174938 + 0 NA intron (NM_148898, intron 2 of 17) intron (NM_148898, intron 2 of 17) 105436 NM_001172767 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding 2.072 1.008 2.514 0.208 0.111 1.796 0.766 0.120 0.778 0.435 1.726 0.219 0.066 0.032 0.374 0.364 3.152 0.230 1.240 0.021 0.069 0.017 0.133 0.463 0.151 0.235 0.899 0.174 0.075 0.095 0.173 1.343 0.039 0.065 0.158 0.148 0.018 0.014 0.032 0.166 0.094 0.159 0.228 0.575 0.339 0.363 1.631 0.399 0.561 5.129 8.641 0.262 0.383 2.588 3.306 2.409 6.321 1.010 0.696 0.148 0.402 3.752 4.315 1.357 2.485 0.907 0.721 0.142 0.012 0.419 0.136 2.330 0.023 0.212 0.183 0.861 0.656 0.031 0.011 0.013 0.061 0.017 0.193 0.012 0.120 0.068 0.435 0.049 0.032 3.152 0.182 3.536 0.247 0.059 0.275 0.058 0.014 0.013 0.056 0.039 0.118 1.102 0.013 0.032 0.010 1737 chr20 39628739 39659897 + 0 NA intron (NM_001318196, intron 2 of 2) AluSx|SINE|Alu -13140 NM_003286 7150 Hs.472737 NM_003286 ENSG00000198900 TOP1 TOPI topoisomerase (DNA) I protein-coding 1.560 2.386 1.336 0.944 2.511 0.801 0.472 1.775 0.410 0.852 1.847 0.240 1.376 2.875 0.893 0.395 0.224 0.727 0.499 1.268 0.453 1.609 2.449 1.462 nan 3.614 2.443 1.632 1.723 0.477 0.619 0.120 1.607 2.634 0.569 1.677 0.573 1.534 1.407 2.415 0.414 3.150 2.754 0.801 1.846 1.005 1.761 1.660 1.186 1.740 1.009 nan 2.357 0.814 2.100 2.157 1.098 1.683 1.682 2.498 2.965 2.751 1.043 1.628 0.541 0.759 1.496 nan 0.656 0.448 0.189 2.590 1.155 1.845 0.505 0.603 0.479 1.022 0.967 0.456 1.638 0.140 0.388 3.974 1.769 0.915 1.737 0.229 0.263 2.814 1.202 2.937 1.557 2.125 0.852 3.468 3.742 0.727 1.349 1.774 0.337 1.389 0.457 2.577 1.387 1.721 0.821 0.366 0.317 0.764 2.419 1.388 0.566 0.523 1948 chr3 128940340 128969550 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -13508 NM_016128 22820 Hs.518250 NM_016128 ENSG00000181789 COPG1 COPG coatomer protein complex subunit gamma 1 protein-coding 1.459 nan 1.151 0.578 0.797 0.954 0.406 1.612 0.070 0.593 1.233 0.376 0.838 1.039 0.326 0.386 0.438 0.436 0.387 0.676 0.228 1.676 1.041 0.821 1.790 0.694 1.107 0.845 0.737 0.750 0.309 0.086 1.125 0.752 0.531 1.930 0.259 0.760 0.939 0.792 0.185 1.111 3.169 1.091 1.146 0.499 0.836 1.174 0.731 1.067 1.034 1.128 2.233 0.923 1.416 1.538 0.724 nan 0.784 1.074 1.399 1.066 0.690 0.980 0.318 0.531 0.794 1.071 1.050 0.742 0.486 3.735 1.014 1.311 0.333 0.575 0.203 3.457 3.264 0.434 1.226 0.052 0.400 1.283 0.475 0.310 0.418 0.193 0.162 1.401 1.438 1.973 1.819 3.015 0.593 0.937 4.311 0.436 0.633 0.743 0.131 1.607 0.500 1.142 0.371 1.575 0.426 0.327 0.213 0.263 0.748 0.697 0.177 0.114 795 chr13 73628143 73884880 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL 123581 NM_001730 688 Hs.508234 NM_001730 ENSG00000102554 KLF5 BTEB2|CKLF|IKLF Kruppel like factor 5 protein-coding nan 1.558 0.730 0.260 0.858 0.565 0.299 0.324 0.530 0.644 0.278 0.105 0.081 0.187 0.348 0.054 0.051 0.458 0.155 1.195 0.089 0.150 0.254 0.177 3.623 1.331 0.561 1.773 0.280 0.179 0.277 0.088 4.642 0.050 0.175 0.079 0.069 0.326 1.096 0.352 0.256 1.025 1.161 0.118 0.790 0.194 0.537 0.411 0.501 1.062 0.478 0.511 nan 0.571 0.169 0.171 0.073 0.119 0.799 0.931 nan 0.188 0.308 0.602 0.137 0.181 0.295 nan 0.206 0.193 0.208 0.386 0.180 0.233 0.095 0.682 0.019 0.424 0.233 0.092 0.151 0.021 0.447 0.309 0.107 0.082 0.264 0.162 0.212 0.205 0.442 0.105 0.269 0.613 0.644 0.190 0.030 0.458 0.812 0.338 0.032 0.110 0.058 0.153 0.090 0.113 0.179 0.174 0.168 0.068 0.190 0.217 0.052 0.035 1609 chr2 144100461 144126736 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 226699 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.906 nan 1.052 0.109 0.058 0.342 0.256 0.101 0.014 0.390 0.126 0.091 0.014 0.048 0.020 0.203 0.195 0.583 0.516 0.169 0.009 0.051 0.012 0.081 0.098 0.063 0.067 0.327 0.033 0.077 0.033 0.080 0.161 0.069 0.085 0.006 0.047 0.103 0.008 0.108 0.131 0.069 0.103 0.127 0.370 0.257 0.155 0.252 0.357 0.451 1.004 0.370 0.210 0.204 5.218 5.016 0.301 0.303 0.906 0.663 0.083 0.228 0.051 0.041 0.607 1.367 0.296 0.290 0.070 0.030 0.011 0.063 0.008 0.031 0.011 0.008 0.011 0.053 0.007 0.289 0.056 0.018 0.012 0.015 0.024 0.023 0.087 0.031 0.054 0.018 0.036 0.390 0.038 0.014 0.583 0.023 0.031 0.026 0.040 0.027 0.012 0.018 0.046 0.027 0.051 0.226 0.041 0.064 0.020 0.008 794 chr13 72425118 72454466 + 0 NA intron (NM_080760, intron 2 of 8) CpG 1538 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.135 1.405 0.370 0.056 2.034 1.114 0.053 0.070 3.677 0.063 0.049 0.013 0.047 0.009 0.321 0.212 0.375 3.497 0.408 0.034 0.035 0.021 0.080 0.317 0.187 0.041 2.999 0.060 0.175 0.122 0.078 0.234 0.065 0.016 0.057 0.056 0.286 0.157 0.026 0.022 0.144 0.155 0.038 0.059 0.085 0.900 1.296 0.458 0.826 4.728 4.470 nan 0.733 0.179 0.221 1.224 1.480 0.561 0.627 nan 7.642 0.314 0.548 3.120 2.508 3.824 nan 0.566 0.261 0.136 0.044 0.006 0.056 0.552 0.167 1.152 0.042 0.015 0.028 0.053 0.896 7.000 0.172 0.080 0.091 0.003 0.525 0.491 0.299 0.022 0.308 0.352 0.015 3.677 0.047 0.019 0.375 0.025 0.034 1.012 0.198 0.654 0.107 0.001 0.011 0.060 0.098 0.114 1.610 0.068 0.018 0.018 0.009 944 chr15 60766910 60772108 + 0 NA intron (NM_001276385, intron 2 of 8) intron (NM_001276385, intron 2 of 8) 1850 NM_001276385 79664 Hs.200943 NM_024611 ENSG00000128915 ICE2 BRCC1|NARG2 interactor of little elongation complex ELL subunit 2 protein-coding 3.947 2.837 nan 2.442 2.679 3.607 1.354 2.471 0.905 2.892 1.364 0.172 0.547 1.578 2.580 2.148 0.872 4.262 1.691 1.560 1.072 1.309 0.731 1.753 4.114 2.829 1.784 6.423 1.378 2.310 2.163 0.082 4.914 1.034 1.596 1.397 0.555 2.412 1.781 1.716 0.853 3.255 3.148 1.735 1.452 0.798 4.052 3.758 10.318 11.204 3.784 3.595 nan 2.033 6.243 6.594 4.536 5.279 4.431 7.046 7.566 7.088 3.086 4.610 5.404 5.317 4.078 4.238 2.563 1.652 1.373 1.302 0.958 2.225 1.036 1.472 1.813 1.401 1.113 1.230 3.085 0.750 0.766 2.171 1.841 0.602 0.812 1.197 1.304 1.951 3.885 2.346 1.288 2.020 2.892 2.486 3.021 4.262 1.973 1.936 1.109 1.992 1.997 1.265 1.398 1.093 1.811 1.514 1.137 1.091 1.008 0.544 1.674 1.284 1780 chr20 62666605 62700070 + 0 NA Intergenic Intergenic -2358 NM_018419 54345 Hs.8619 NM_018419 ENSG00000203883 SOX18 HLTRS|HLTS SRY-box 18 protein-coding 1.719 1.738 2.722 0.459 0.808 0.830 0.321 1.537 0.122 0.462 0.323 0.140 0.313 0.604 1.278 0.274 0.148 0.910 1.156 0.497 0.344 0.583 0.402 0.644 4.151 1.855 0.816 1.323 0.852 0.229 0.854 0.090 0.820 0.434 0.406 1.178 0.384 0.689 0.474 0.377 0.316 1.063 1.192 0.380 0.899 0.485 1.143 nan 0.661 0.911 1.263 1.222 1.446 0.475 1.453 1.581 2.094 3.108 0.752 0.915 0.848 0.615 0.691 0.803 0.292 0.267 0.358 0.646 0.986 0.637 0.770 1.006 0.367 0.566 0.611 0.441 0.440 0.706 0.696 0.599 1.065 0.033 0.148 2.205 0.856 0.571 0.165 0.231 0.134 0.454 1.166 1.335 0.592 1.410 0.462 1.338 1.035 0.910 0.705 0.474 0.647 4.915 1.137 0.328 0.228 1.160 0.336 0.076 0.160 0.129 0.483 0.172 0.255 0.140 1113 chr17 4868829 4874161 + 0 NA promoter-TSS (NM_004890) promoter-TSS (NM_004890) -363 NM_004890 9552 Hs.90436 NM_004890 ENSG00000091640 SPAG7 ACRP|FSA-1 sperm associated antigen 7 protein-coding 3.754 2.057 3.131 2.387 2.024 3.798 2.468 4.575 1.427 4.843 1.474 0.150 2.978 5.309 5.526 1.035 0.602 3.831 1.197 3.458 1.440 6.110 1.741 2.550 11.996 8.511 4.459 6.682 2.057 2.487 4.208 0.128 5.062 2.676 2.546 5.068 2.614 10.209 3.305 3.495 0.952 5.664 6.546 3.018 4.640 2.425 6.390 8.744 4.524 7.652 5.394 5.139 5.908 1.961 7.609 8.877 2.874 3.760 7.835 8.724 3.750 3.025 2.544 4.388 2.188 2.081 3.692 7.493 1.804 0.787 7.631 4.706 1.396 5.865 1.937 2.957 2.829 1.935 2.681 1.992 6.754 0.556 1.458 11.392 2.519 1.237 6.239 1.817 1.457 3.501 5.214 4.824 3.368 2.984 4.843 5.551 8.406 3.831 2.592 2.033 0.946 8.919 6.138 1.772 1.980 6.068 2.237 1.254 2.056 2.793 4.354 1.750 4.676 3.073 2122 chr5 38527974 38559302 + 0 NA intron (NM_002310, intron 1 of 19) MIR|SINE|MIR 13110 NM_001127671 3977 Hs.133421 NM_002310 ENSG00000113594 LIFR CD118|LIF-R|SJS2|STWS|SWS leukemia inhibitory factor receptor alpha protein-coding 1.222 2.519 nan 6.526 0.214 2.923 1.400 0.458 0.074 1.232 0.424 0.212 0.702 1.732 0.226 0.927 0.477 2.641 0.115 0.540 0.186 0.615 0.188 0.363 2.005 0.951 1.527 7.539 0.493 0.431 0.464 0.126 0.619 0.408 0.229 0.476 0.261 1.008 0.681 0.231 0.101 0.801 0.627 0.426 0.250 0.582 0.532 0.476 0.440 0.623 2.725 2.924 0.188 0.094 1.351 1.311 0.286 0.510 6.053 7.476 3.378 2.923 0.226 0.418 0.157 0.161 0.273 0.474 3.846 1.909 2.639 0.813 0.069 1.500 0.523 3.450 0.137 0.483 0.330 0.199 0.585 0.044 0.448 0.238 0.267 0.196 0.384 0.320 0.249 0.167 0.557 0.580 0.713 0.373 1.232 1.366 1.955 2.641 0.215 0.167 0.625 1.059 1.763 0.199 0.075 0.769 0.308 0.158 0.066 0.082 0.254 0.061 0.230 0.148 674 chr12 27891151 27935863 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu 10702 NM_001146221 100287284 Hs.202178 NM_001146221 ENSG00000205693 MANSC4 - MANSC domain containing 4 protein-coding nan nan nan 1.003 0.397 0.796 0.470 1.447 0.087 1.009 0.215 0.075 0.237 0.691 0.328 0.364 0.330 0.774 0.340 0.593 0.150 0.378 0.224 0.290 0.752 0.384 0.482 0.988 0.138 2.484 0.577 0.129 1.131 0.766 0.218 0.479 0.100 0.222 0.819 0.173 0.377 0.850 2.128 0.418 0.689 0.380 0.586 0.443 0.836 1.483 1.737 1.743 2.198 0.750 1.387 1.472 0.871 1.172 1.239 1.672 1.078 1.033 0.544 1.065 0.830 1.090 0.717 0.906 0.834 0.645 0.386 0.770 0.316 0.531 0.335 0.319 0.155 0.252 0.265 0.182 0.350 0.136 0.802 0.389 0.413 0.163 0.187 0.740 0.872 0.771 1.040 0.921 0.212 0.455 1.009 0.794 0.381 0.774 0.339 0.289 3.122 0.879 0.660 0.432 0.284 0.169 0.221 0.938 0.227 0.255 0.679 0.197 0.167 0.117 2280 chr6 32142810 32147459 + 0 NA intron (NM_032741, intron 1 of 6).3 intron (NM_032741, intron 1 of 6).3 754 NM_032741 10554 Hs.409230 NM_006411 ENSG00000204310 AGPAT1 1-AGPAT1|G15|LPAAT-alpha|LPAATA 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 1 protein-coding nan 3.715 nan 8.840 6.065 4.645 2.820 5.561 2.386 9.355 4.599 0.314 1.451 4.252 5.870 2.721 1.224 9.001 3.495 3.127 1.598 2.384 1.564 4.247 7.128 5.237 4.901 17.423 2.107 3.588 6.106 0.254 4.516 1.892 2.757 5.709 1.586 8.661 2.434 1.291 1.978 5.307 9.079 2.520 3.893 2.102 6.489 8.679 6.202 nan 13.758 11.786 11.926 4.924 14.151 14.378 6.112 6.708 13.785 17.962 10.025 7.315 3.180 5.381 8.682 8.159 6.672 12.843 4.750 2.131 7.156 5.293 1.130 3.691 3.906 5.448 2.700 3.968 3.562 1.471 4.246 1.521 3.813 6.683 4.183 2.370 1.448 1.405 1.667 8.135 3.918 6.980 4.991 2.189 9.355 4.207 4.013 9.001 1.290 1.982 2.567 6.815 4.146 4.470 1.624 3.370 2.750 2.301 3.685 3.547 4.128 2.608 2.980 1.909 1317 chr18 42318831 42326613 + 0 NA intron (NM_001130110, intron 2 of 3) intron (NM_001130110, intron 2 of 3) 61859 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 1.968 4.685 1.095 0.037 0.945 0.442 0.010 0.016 6.626 0.503 0.020 0.020 0.041 0.074 1.328 0.807 2.031 3.752 0.204 0.048 0.052 0.131 0.012 0.031 0.036 2.461 0.272 0.014 0.063 0.225 0.015 0.036 0.020 0.017 0.166 0.014 0.031 0.048 0.080 0.071 0.297 0.013 4.769 6.212 0.538 1.099 8.467 8.142 2.969 0.999 0.049 0.069 2.062 2.713 0.648 0.765 8.930 10.640 1.211 2.021 7.189 7.883 2.621 nan 6.465 3.575 1.522 0.100 0.074 0.390 0.879 0.207 0.018 0.019 0.075 3.424 5.321 0.107 0.023 0.020 0.040 0.042 0.031 0.140 0.209 0.009 0.476 0.383 6.626 0.046 0.012 2.031 0.031 0.022 1.931 0.007 0.770 0.026 0.016 0.040 0.072 0.383 0.610 2.052 0.038 0.072 0.015 280 chr1 200369525 200389239 + 0 NA promoter-TSS (NM_001281293) promoter-TSS (NM_001281293) -196 NM_012482 23528 Hs.59757 NM_012482 ENSG00000162702 ZNF281 ZBP-99|ZNP-99 zinc finger protein 281 protein-coding 1.499 1.765 1.713 0.800 0.787 1.319 0.765 1.291 0.041 0.675 2.387 0.304 0.348 0.936 3.296 0.829 0.486 0.656 0.726 1.459 0.296 1.450 1.304 0.369 3.196 2.741 2.771 2.234 0.870 0.580 0.518 0.113 1.294 0.353 0.382 1.099 0.727 2.756 0.786 1.478 0.256 1.251 1.029 1.033 1.658 0.831 0.941 1.236 1.791 2.292 1.908 1.793 1.207 0.335 nan nan 0.869 1.263 1.629 1.759 1.049 0.791 0.418 0.813 0.914 1.082 1.067 1.611 1.015 0.669 0.571 1.445 0.397 1.940 0.153 0.550 0.204 1.836 1.531 0.500 0.607 0.188 0.616 1.786 1.390 0.721 1.028 0.306 0.300 1.942 1.656 0.948 0.632 1.597 0.675 0.646 1.597 0.656 0.694 0.489 0.212 1.306 0.364 1.028 0.890 0.923 0.351 0.234 0.467 0.397 0.426 2.982 0.161 0.070 957 chr15 67170240 67181411 + 0 NA Intergenic Intergenic 73028 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LOC102723481 - uncharacterized LOC102723481 ncRNA 0.832 0.746 nan 0.072 0.302 0.302 0.145 1.927 1.818 1.543 1.098 0.202 0.703 0.669 2.395 0.099 0.136 0.149 0.134 0.323 1.818 0.517 1.006 1.147 0.295 0.101 0.126 0.424 1.004 0.163 0.078 0.098 0.743 0.792 0.703 1.069 2.104 6.392 0.292 0.541 0.391 0.355 0.276 0.283 0.683 0.252 0.252 0.182 1.068 4.975 0.277 0.319 nan 0.288 0.195 0.183 0.304 0.540 0.354 0.375 0.494 0.363 0.191 0.205 0.317 0.296 0.219 0.251 0.644 0.473 0.015 2.261 1.181 1.612 0.009 0.205 0.025 1.570 1.294 2.583 0.675 0.059 0.085 2.598 2.076 1.143 0.314 0.078 0.044 3.685 1.019 2.055 0.504 0.489 1.543 0.957 2.208 0.149 0.230 0.505 0.147 1.022 0.095 5.878 0.974 1.700 3.863 0.103 0.053 0.042 1.020 0.634 1.706 1.184 273 chr1 184019360 184034444 + 0 NA intron (NM_001127394, intron 3 of 3) intron (NM_001127394, intron 3 of 3) 6117 NR_125335 116461 Hs.548197 NM_052965 ENSG00000198860 TSEN15 C1orf19|PCH2F|sen15 tRNA splicing endonuclease subunit 15 protein-coding nan nan 2.403 1.332 1.882 0.877 0.384 0.938 2.229 0.953 3.013 0.267 0.301 0.905 1.007 0.880 0.423 0.873 0.545 1.108 0.493 1.291 0.703 0.356 1.846 1.129 1.008 1.853 0.358 1.439 6.286 0.191 1.517 0.392 0.390 1.195 0.765 2.887 0.736 0.580 0.628 0.928 2.747 0.775 0.907 0.993 1.842 2.062 2.453 3.287 2.395 nan 1.332 0.464 nan 3.778 2.645 3.072 1.915 1.762 1.536 1.378 2.089 3.341 1.526 1.305 1.551 nan 1.066 0.675 0.772 0.777 0.400 1.092 0.162 0.842 0.651 1.130 0.870 0.634 0.611 0.341 0.611 0.623 1.088 0.558 0.290 0.494 0.524 1.203 0.653 0.668 0.485 0.459 0.953 0.669 1.666 0.873 0.763 0.432 0.303 0.581 0.444 2.194 0.172 0.419 1.300 0.686 0.676 0.695 0.444 0.722 1.695 1.528 2430 chr7 26233137 26246345 + 0 NA intron (NM_031243, intron 1 of 11) CpG 672 NM_031243 3181 Hs.487774 NM_002137 ENSG00000122566 HNRNPA2B1 HNRNPA2|HNRNPB1|HNRPA2|HNRPA2B1|HNRPB1|IBMPFD2|RNPA2|SNRPB1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 protein-coding 7.886 4.027 7.392 5.165 7.569 5.969 3.658 3.563 2.035 3.933 2.891 0.234 0.618 2.855 4.344 3.712 1.837 7.095 4.212 3.154 2.222 6.063 1.262 3.570 7.016 5.946 6.458 10.354 1.270 4.595 7.284 0.272 6.017 1.935 2.699 4.658 1.101 5.771 3.974 2.101 1.263 6.849 5.113 5.095 6.197 2.255 7.172 6.825 6.206 nan 10.737 9.090 6.954 3.845 11.805 12.117 5.104 6.303 6.977 9.559 7.591 9.300 2.974 7.569 9.074 8.256 8.824 7.953 3.010 1.519 4.332 1.771 2.902 1.764 2.192 4.446 4.459 2.627 3.539 2.078 4.330 1.959 3.720 6.655 3.267 1.359 2.680 2.146 1.859 5.078 4.080 2.604 2.588 2.886 3.933 3.191 4.785 7.095 1.930 2.184 1.260 4.978 3.115 3.149 2.215 3.594 3.269 3.028 2.653 3.398 2.737 2.667 3.163 2.373 471 chr11 18081403 18095710 + 0 NA Intergenic Arthur1A|DNA|hAT-Tip100 -26221 NM_004179 7166 Hs.591999 NM_004179 ENSG00000129167 TPH1 TPRH|TRPH tryptophan hydroxylase 1 protein-coding 1.227 nan 2.872 3.596 0.060 1.226 0.506 0.110 0.004 0.135 0.100 0.067 0.118 0.018 2.139 0.750 0.536 0.126 0.274 0.063 0.081 0.069 0.379 0.084 0.145 0.987 0.010 0.079 0.030 0.110 0.124 0.008 0.032 0.078 0.017 0.052 0.235 0.016 0.126 0.091 0.068 0.135 0.043 nan 0.383 0.282 0.309 0.975 1.051 4.565 1.799 0.263 0.267 0.443 nan 2.345 3.575 1.945 1.777 0.216 0.335 7.997 9.203 1.393 5.056 5.130 nan 0.436 0.089 0.027 0.086 2.410 1.098 0.010 0.010 0.036 0.026 0.038 2.480 0.033 0.072 0.042 0.022 0.054 0.016 0.033 0.120 0.102 0.035 0.033 0.079 0.135 0.047 0.039 0.536 0.044 0.041 0.025 2.747 0.014 0.012 0.035 0.039 0.040 0.076 1.560 0.026 0.093 0.034 0.007 2596 chr8 116488850 116503715 + 0 NA intron (NM_001330599, intron 4 of 5) intron (NM_001330599, intron 4 of 5) 183957 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.953 0.106 0.049 0.232 0.147 0.136 0.037 0.094 0.250 0.043 0.140 0.172 0.039 0.053 0.073 0.080 0.157 0.266 0.017 0.069 0.037 0.052 0.170 0.076 0.077 0.370 0.118 1.460 0.029 0.095 0.300 0.039 0.083 0.177 0.010 0.111 0.250 0.081 0.234 0.243 0.089 0.184 0.077 0.275 0.194 0.153 0.236 0.331 0.497 nan 0.119 0.654 nan 0.682 nan 0.222 0.248 0.389 0.139 0.117 0.272 0.235 0.347 0.280 0.457 0.439 0.532 0.037 0.096 0.065 0.217 0.034 0.065 0.149 0.023 0.010 0.047 0.053 0.065 0.043 0.010 0.021 0.010 0.718 1.448 0.146 0.038 0.033 0.043 0.162 0.094 0.042 0.006 0.080 0.025 0.117 0.020 0.031 0.055 0.023 0.027 0.062 0.037 3.608 0.053 0.100 0.025 0.057 0.015 0.010 1503 chr19 59048406 59058200 + 0 NA promoter-TSS (NM_001316980) promoter-TSS (NM_001316980) -224 NM_001316980 84878 Hs.515662 NM_032792 ENSG00000119574 ZBTB45 ZNF499 zinc finger and BTB domain containing 45 protein-coding 2.904 1.770 2.444 2.447 3.501 5.194 2.620 2.528 0.628 2.992 0.930 0.330 0.426 1.942 1.325 0.980 0.471 4.277 1.319 2.513 0.712 2.223 0.668 1.134 3.876 1.655 2.244 4.119 0.774 1.393 1.897 0.115 3.351 0.503 1.081 1.238 0.485 1.503 1.689 0.501 0.561 1.823 2.946 1.043 1.261 0.883 4.586 6.196 2.197 3.127 5.095 4.723 7.689 3.496 2.502 2.684 1.771 2.571 2.571 4.195 4.230 3.969 2.545 3.860 3.533 3.005 3.585 4.120 2.623 1.389 1.933 1.498 1.080 1.825 0.847 2.426 0.778 0.642 0.442 1.408 1.281 0.743 1.988 3.183 1.190 0.744 0.846 1.001 0.950 1.149 3.200 1.807 1.537 1.103 2.992 2.553 1.078 4.277 0.793 1.683 1.152 3.380 0.858 0.637 0.512 1.774 0.893 0.471 1.220 1.466 0.930 0.375 0.653 0.383 2262 chr6 21100891 21118284 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) intron (NM_017774, intron 13 of 15) 402536 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.254 1.447 nan 1.491 0.273 1.781 0.866 0.239 0.046 0.548 0.534 0.120 0.219 1.079 0.271 0.675 0.607 1.984 0.188 0.729 0.071 0.566 0.263 0.463 5.587 3.318 3.712 nan 1.310 0.148 0.169 0.085 0.307 0.351 0.729 0.485 0.094 0.476 0.273 0.484 0.047 0.243 0.208 0.129 0.278 0.288 0.481 0.359 0.623 nan 0.741 1.203 nan 0.428 0.682 0.734 1.031 1.349 1.587 1.230 0.616 0.346 0.175 0.356 1.482 2.234 0.379 0.972 2.427 0.995 1.135 0.851 0.038 0.862 0.052 0.646 0.430 0.912 0.281 0.047 0.056 0.490 0.087 0.159 0.136 0.112 0.230 0.103 0.188 0.213 0.075 0.201 0.059 0.158 0.548 0.427 0.114 1.984 0.351 0.315 0.039 0.125 0.192 0.156 1.860 0.711 0.083 0.225 0.102 0.235 0.425 0.576 0.772 0.997 1509 chr2 2287972 2303123 + 0 NA intron (NM_001329851, intron 1 of 23) intron (NM_001329851, intron 1 of 23) -27457 NR_024468 730811 Hs.629472 NR_024468 ENSG00000225619 MYT1L-AS1 - MYT1L antisense RNA 1 ncRNA 0.596 0.738 0.601 0.147 0.028 0.493 0.295 0.038 0.004 0.430 0.069 0.054 0.025 0.042 0.016 0.433 0.321 0.649 0.241 0.112 0.033 0.049 0.049 0.149 0.085 0.014 1.995 0.010 0.123 0.050 0.107 0.131 0.016 0.092 0.061 0.010 0.068 0.190 0.029 0.113 0.156 0.091 0.038 0.119 0.391 0.546 0.343 0.367 0.731 0.869 0.995 0.380 0.237 0.174 0.778 1.045 1.086 1.113 0.693 0.465 0.320 0.360 0.390 0.447 0.572 1.060 1.353 0.798 4.227 0.050 0.025 0.067 0.047 0.404 0.018 0.005 0.014 0.015 0.081 0.070 0.134 0.147 0.024 0.010 0.041 0.041 0.032 0.112 0.081 0.023 0.026 0.044 0.430 0.042 0.024 0.649 0.008 0.071 0.258 0.038 0.323 0.054 0.052 0.008 0.031 0.084 0.017 0.015 0.086 0.053 0.017 1936 chr3 122083199 122086853 + 0 NA intron (NM_001308326, intron 3 of 4) AluSx3|SINE|Alu 17052 NM_001308326 131076 Hs.220594 NM_001017928 ENSG00000160124 CCDC58 - coiled-coil domain containing 58 protein-coding 0.837 nan 0.593 0.239 1.045 0.517 0.437 0.611 0.068 0.212 0.280 0.133 1.391 2.941 0.070 0.264 0.298 1.277 3.719 1.948 1.769 4.708 1.476 1.045 0.156 2.082 0.145 0.130 0.525 0.772 0.155 2.398 0.021 0.075 0.530 2.642 0.021 3.863 5.309 0.151 1.341 1.118 0.306 0.344 0.263 0.535 0.443 0.488 0.560 0.131 0.264 0.351 0.404 nan 0.268 0.288 0.899 0.491 0.242 0.717 0.057 0.055 0.144 0.685 0.383 0.415 0.037 6.506 0.307 1.818 0.140 0.129 0.075 2.710 2.436 0.021 0.497 0.053 0.106 0.050 0.395 0.086 4.954 0.064 0.102 0.079 1.615 0.152 1.577 6.101 0.212 2.015 2.845 2.616 1.832 0.053 0.095 0.028 0.849 5.329 2.179 0.030 0.126 0.036 0.167 0.242 6.604 0.032 0.042 1325 chr18 45452839 45461447 + 0 NA promoter-TSS (NM_005901) promoter-TSS (NM_005901) -173 NM_005901 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 2.598 3.642 3.787 2.740 3.022 1.659 2.938 1.125 5.782 1.143 0.131 0.330 0.873 5.801 0.828 0.461 4.051 1.463 1.576 0.719 1.149 0.504 1.650 2.191 1.658 1.565 6.150 0.343 1.246 2.145 0.094 1.160 0.438 2.048 0.918 0.294 1.287 1.959 0.911 0.833 1.316 2.822 1.390 3.117 0.411 3.944 4.340 4.310 5.602 7.143 5.651 7.130 4.210 5.739 5.496 1.806 2.610 3.369 5.366 3.274 3.308 2.125 3.888 4.675 4.475 3.612 nan 3.112 1.932 2.875 0.890 0.777 1.144 1.830 2.444 2.626 0.682 0.897 1.943 3.979 1.263 1.721 4.036 2.889 1.365 0.813 1.157 0.945 1.691 3.126 1.908 1.808 5.733 5.782 1.396 0.688 4.051 2.494 1.492 0.779 2.727 1.854 1.552 0.509 1.350 1.113 1.387 0.868 2.760 0.957 0.374 0.870 0.537 2512 chr8 9446029 9513707 + 0 NA intron (NM_003747, intron 3 of 26) intron (NM_003747, intron 3 of 26) 66423 NM_003747 8658 Hs.370267 NM_003747 ENSG00000173273 TNKS ARTD5|PARP-5a|PARP5A|PARPL|TIN1|TINF1|TNKS1|pART5 tankyrase protein-coding 0.754 0.788 0.879 0.101 0.089 0.257 0.144 0.054 0.009 0.128 0.108 0.097 0.020 0.083 0.016 0.109 0.132 0.177 0.146 0.198 0.066 0.071 0.017 0.070 0.164 0.072 0.044 0.116 0.022 5.479 0.098 0.126 0.153 0.005 0.043 0.039 0.011 0.085 0.095 0.045 0.019 0.124 0.077 0.089 0.104 0.086 0.462 0.425 0.393 0.446 0.448 0.575 0.285 0.127 0.455 0.429 0.304 0.412 0.352 0.409 nan 0.233 0.353 0.619 0.308 0.347 0.323 0.669 0.465 0.427 0.061 0.065 0.010 0.120 0.044 0.064 0.020 0.029 0.013 0.012 0.064 0.076 0.066 0.077 0.022 0.022 0.016 0.028 0.055 0.084 0.075 0.037 0.034 0.040 0.128 0.031 0.023 0.177 0.062 0.038 0.049 0.033 0.078 0.020 0.011 0.040 0.148 4.984 0.510 0.108 0.035 0.044 0.016 0.008 1643 chr2 183987969 183991523 + 0 NA intron (NR_109856, intron 1 of 7) intron (NR_109856, intron 1 of 7) 663 NM_001287585 129401 Hs.180591 NM_138285 ENSG00000163002 NUP35 MP-44|MP44|NP44|NUP53 nucleoporin 35 protein-coding 5.541 3.622 3.637 6.060 4.350 4.022 2.302 3.154 1.065 3.888 2.048 0.090 1.568 3.076 3.273 2.277 1.417 4.162 3.090 2.962 0.795 4.668 2.241 3.623 4.896 4.233 2.691 10.469 1.689 4.137 3.207 0.113 6.464 1.996 1.897 5.431 0.559 3.685 3.997 3.351 0.977 3.471 7.702 1.531 6.741 1.458 5.935 6.828 5.184 8.330 7.934 6.206 8.953 4.446 16.962 18.924 nan 7.778 16.584 22.569 9.028 10.201 5.113 7.450 5.007 5.097 7.849 7.789 3.405 1.944 3.470 3.169 0.913 2.384 0.908 1.983 1.446 1.972 1.743 1.312 4.056 0.622 2.014 4.141 3.102 1.795 1.986 1.704 2.380 2.049 3.115 2.209 1.823 2.809 3.888 2.629 4.301 4.162 1.270 1.457 0.979 3.646 2.705 1.507 0.617 2.004 1.123 2.720 2.233 1.570 1.700 2.219 1.689 0.827 131 chr1 61541519 61559863 + 0 NA intron (NM_001134673, intron 1 of 10) intron (NM_001134673, intron 1 of 10) 2711 NM_001134673 4774 Hs.740757 NM_005595 ENSG00000162599 NFIA CTF|NF-I/A|NF1-A|NFI-A|NFI-L nuclear factor I A protein-coding 3.680 2.990 nan 0.922 1.639 1.698 0.844 1.337 0.854 0.662 2.614 0.281 0.434 1.433 2.227 1.483 0.825 0.862 1.717 1.564 0.716 1.347 0.110 0.702 3.787 1.891 2.439 5.360 0.651 0.344 1.699 0.172 3.810 0.379 1.120 2.146 0.053 0.570 0.948 1.095 0.202 2.251 2.869 0.821 2.108 0.704 0.935 1.631 2.228 3.234 2.070 1.860 0.206 0.142 0.860 0.908 nan nan 2.619 nan 2.420 2.635 0.321 0.945 2.409 2.293 0.879 1.689 3.397 1.787 2.296 1.570 0.464 1.248 0.773 1.543 2.298 1.002 0.993 0.681 3.108 0.541 1.511 0.827 0.526 0.310 0.813 0.212 0.172 1.133 1.664 1.799 1.562 0.935 0.662 1.466 3.313 0.862 0.640 1.848 0.752 2.160 1.668 1.126 0.439 0.601 1.359 0.158 0.602 0.466 0.606 1.106 0.279 0.225 1565 chr2 66758934 66789978 + 0 NA intron (NM_002398, intron 8 of 12) intron (NM_002398, intron 8 of 12) -26706 NR_110156 100507073 Hs.667940 NR_110156 ENSG00000232046 LINC01798 - long intergenic non-protein coding RNA 1798 ncRNA 1.065 0.755 nan 0.150 0.062 3.422 1.668 0.097 0.168 1.196 0.216 0.103 0.031 0.174 0.018 0.448 0.308 0.570 0.169 0.317 0.038 0.063 0.003 0.131 1.175 0.566 1.005 0.895 0.353 0.152 0.063 0.118 0.491 0.015 0.044 0.192 0.017 0.036 0.360 0.025 0.077 0.802 0.108 0.077 0.158 0.138 0.412 0.330 0.518 0.625 0.440 0.596 nan 0.965 0.350 0.344 0.433 0.626 0.538 0.620 0.500 0.218 0.228 0.443 0.914 1.086 0.524 1.326 0.982 0.498 0.066 0.054 0.009 0.371 0.071 0.138 0.031 0.065 0.030 0.012 0.067 0.260 0.079 0.083 0.026 0.025 0.060 0.058 0.098 0.090 0.074 0.053 0.403 0.282 1.196 0.073 0.075 0.570 0.047 0.077 0.032 0.041 0.592 0.026 0.005 0.041 0.086 0.111 0.143 0.323 0.084 0.055 0.020 0.010 502 chr11 47205714 47217172 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -3433 NM_001184974 29763 Hs.334639 NM_016223 ENSG00000165912 PACSIN3 SDPIII protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 3 protein-coding nan 1.275 1.864 0.710 0.934 0.500 0.294 1.135 1.893 0.440 0.281 0.056 0.165 0.842 2.044 0.358 0.132 0.464 0.301 1.134 0.421 1.312 0.919 0.580 3.246 1.358 4.375 0.981 0.610 0.560 2.143 0.149 3.165 0.303 0.910 0.677 0.245 0.667 2.520 1.099 0.512 3.718 2.563 1.306 5.936 0.534 0.444 0.550 1.521 2.495 1.587 1.099 1.406 0.397 0.802 0.803 1.041 1.608 0.323 0.600 0.770 0.683 0.620 0.890 0.333 0.335 1.122 nan 0.628 0.551 0.346 1.490 1.650 0.587 0.070 0.413 1.274 0.652 0.503 1.475 1.527 0.058 0.362 1.131 0.944 0.701 0.502 0.736 0.474 0.417 3.180 1.823 1.589 2.047 0.440 1.378 4.611 0.464 1.399 3.079 0.129 3.574 0.442 1.009 0.036 0.690 0.465 0.289 0.285 0.616 0.781 0.334 0.437 0.385 1286 chr17 79934185 79942558 + 0 NA intron (NM_001251888, intron 2 of 16) intron (NM_001251888, intron 2 of 16) 2945 NM_001251888 79058 Hs.298351 NM_024083 ENSG00000169696 ASPSCR1 ASPCR1|ASPL|ASPS|RCC17|TUG|UBXD9|UBXN9 ASPSCR1, UBX domain containing tether for SLC2A4 protein-coding 2.973 2.265 2.843 3.034 1.570 2.423 1.225 2.036 1.890 3.297 1.984 0.483 0.452 2.247 4.349 1.292 0.739 2.115 1.560 1.682 0.458 2.507 0.974 1.850 4.372 2.758 4.007 5.090 0.611 1.839 1.465 0.186 3.152 0.621 0.770 2.312 0.806 1.716 2.468 1.333 0.962 3.150 2.501 2.182 1.223 0.583 5.098 3.924 2.684 4.601 3.602 3.064 4.509 2.103 6.110 6.468 nan 3.196 5.008 7.809 4.665 4.439 1.511 2.493 2.434 3.313 3.014 2.559 nan 1.487 1.138 1.754 0.603 1.015 1.153 2.217 1.261 1.066 0.997 1.497 1.537 0.432 1.026 12.187 1.125 0.569 1.413 2.775 1.707 1.730 3.109 2.696 1.153 2.344 3.297 3.178 1.515 2.115 0.950 9.622 0.755 3.496 2.902 0.769 0.435 0.714 0.847 1.739 0.473 0.840 0.773 0.260 0.757 0.563 314 chr1 226287756 226321836 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 54368 NR_002315 440926 Hs.533624 NR_002315 H3F3AP4 p13 H3 histone, family 3A, pseudogene 4 pseudo 2.783 nan 5.696 1.786 2.031 2.623 1.306 0.920 0.736 1.850 0.437 0.180 0.495 1.210 0.234 1.602 0.752 1.574 0.835 1.841 0.065 1.549 1.079 0.404 4.890 1.828 1.068 2.310 0.586 0.567 0.849 0.113 1.708 0.285 0.238 0.558 0.214 0.436 1.216 2.075 0.892 3.794 2.079 0.510 1.099 0.830 1.348 1.769 2.291 3.465 3.326 nan 3.046 0.945 2.793 2.661 1.134 1.580 3.271 4.538 1.561 1.658 0.615 1.054 1.928 1.551 1.558 2.372 1.255 0.808 1.648 1.727 0.325 0.605 0.976 0.632 0.569 1.467 1.481 0.528 1.773 0.498 0.310 1.053 0.633 0.325 1.451 0.756 0.490 0.591 1.831 0.675 1.384 1.099 1.850 1.068 0.489 1.574 0.969 0.683 0.265 1.312 1.247 0.263 0.264 0.408 0.078 0.363 0.374 0.562 0.176 1.229 0.154 0.084 1796 chr21 33782580 33817437 + 0 NA intron (NM_001320744, intron 1 of 5) AluSc|SINE|Alu 15263 NR_104472 59271 Hs.208358 NM_058187 ENSG00000166979 EVA1C B18|B19|C21orf63|C21orf64|FAM176C|PRED34|SUE21 eva-1 homolog C protein-coding 1.138 0.942 1.448 0.374 0.113 0.839 0.388 1.122 0.023 0.625 0.234 0.194 0.006 0.028 2.118 0.344 0.178 0.295 0.845 0.213 0.441 0.094 0.036 0.371 0.733 0.184 0.327 1.601 0.420 0.441 0.103 0.076 0.276 0.502 1.821 0.433 0.018 0.075 0.892 1.212 0.695 2.069 5.803 0.559 0.117 0.142 0.637 0.888 1.048 1.472 1.052 1.030 1.188 0.654 0.702 0.666 0.536 0.852 0.351 0.552 1.281 1.294 0.408 0.522 0.573 0.492 0.155 0.274 nan 0.875 0.212 0.644 0.014 0.656 0.032 0.072 0.012 0.216 0.085 0.091 1.280 0.076 0.167 2.323 0.087 0.067 0.082 0.262 0.221 0.244 2.267 0.105 1.213 0.841 0.625 0.064 0.040 0.295 0.473 1.690 0.226 0.293 0.038 0.638 0.046 0.136 0.908 0.128 0.131 0.075 0.643 0.081 1.338 1.356 1502 chr19 59024584 59034478 + 0 NA intron (NM_001316980, intron 1 of 2) intron (NM_001316980, intron 1 of 2) 1395 NM_001316978 84878 Hs.515662 NM_032792 ENSG00000119574 ZBTB45 ZNF499 zinc finger and BTB domain containing 45 protein-coding 2.794 1.942 2.855 2.686 2.546 5.564 2.618 3.704 0.657 3.303 0.618 0.104 0.903 2.548 3.579 1.127 0.628 3.557 2.181 2.437 0.864 2.503 1.007 1.677 4.565 2.453 3.266 4.127 1.174 1.470 2.901 0.132 3.759 0.930 1.049 1.247 0.381 1.224 1.660 0.742 0.587 1.315 5.325 1.501 0.944 0.904 5.921 7.018 3.080 4.278 4.889 4.899 7.803 3.154 3.082 3.119 2.634 4.189 4.285 6.472 4.545 5.165 2.229 3.635 4.180 3.785 2.781 3.210 3.094 1.591 3.034 2.163 0.879 2.825 1.738 2.534 0.630 0.925 1.118 1.186 3.024 0.779 1.012 3.219 1.354 0.665 1.512 0.647 0.688 1.029 2.949 2.108 2.791 1.421 3.303 2.261 2.963 3.557 1.841 2.065 1.121 4.183 2.029 0.773 1.739 3.613 1.414 0.929 1.521 0.664 1.358 0.848 1.211 0.757 2638 chr9 2155057 2164426 + 0 NA intron (NM_001289400, intron 1 of 7) intron (NM_001289400, intron 1 of 7) 1285 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.706 1.638 0.805 0.150 0.366 1.416 0.804 0.684 0.013 0.327 1.129 0.174 0.041 0.283 0.161 3.175 1.581 1.818 0.137 1.896 0.053 0.216 0.034 2.507 0.050 0.085 0.037 0.466 0.016 0.377 0.173 0.065 3.600 0.453 0.383 0.060 0.008 0.103 1.371 0.639 0.817 8.477 5.577 0.045 0.844 0.646 0.668 0.498 2.499 6.027 0.660 0.798 6.988 2.795 0.392 0.448 0.899 1.480 0.503 0.658 1.853 1.354 0.669 1.036 2.397 2.771 0.217 nan 6.352 3.913 0.645 0.914 0.650 0.021 1.463 0.015 0.686 0.571 0.353 2.836 0.223 0.118 0.059 1.061 0.415 0.041 0.033 0.077 1.619 0.695 0.266 1.029 0.227 0.327 0.084 0.039 1.818 0.639 0.035 0.128 0.138 0.411 0.397 0.016 0.153 0.179 0.439 0.582 0.066 1.034 0.081 0.762 0.401 1872 chr3 11236679 11244813 + 0 NA intron (NM_001098212, intron 1 of 1) AluSg|SINE|Alu -26923 NM_001098211 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 1.092 1.518 0.086 0.141 0.172 0.059 1.146 0.008 0.268 0.191 0.098 0.885 1.458 0.121 0.038 0.032 0.015 0.199 0.187 0.776 0.962 1.810 0.280 0.824 0.236 0.107 0.631 0.293 0.092 0.066 0.092 0.283 0.331 0.180 0.239 0.176 0.481 0.414 0.873 0.297 1.365 0.462 0.583 0.106 0.218 0.150 0.053 0.119 0.233 0.445 0.390 0.234 0.083 0.147 0.130 0.104 0.222 0.194 0.222 0.525 0.784 0.185 0.209 3.059 3.219 0.083 0.195 0.232 0.283 0.007 1.843 0.421 0.333 0.013 0.066 0.034 0.674 0.471 0.071 0.125 0.684 4.980 5.708 2.604 0.650 0.028 0.015 0.453 0.540 0.357 0.019 0.352 0.268 0.726 0.917 0.015 0.573 0.091 0.319 1.068 0.174 4.704 0.057 0.793 1.552 0.014 0.036 0.016 0.331 0.162 0.007 0.019 355 chr10 3505334 3551109 + 0 NA intron (NR_131187, intron 1 of 1) intron (NR_131187, intron 1 of 1) 167334 NR_131187 105376360 Hs.212226 NR_131187 LOC105376360 - uncharacterized LOC105376360 ncRNA 0.375 1.014 0.599 0.156 0.669 0.505 0.270 0.415 0.310 0.870 2.684 0.347 0.706 0.988 1.085 0.134 0.072 0.298 0.068 0.931 0.097 0.803 0.428 0.493 0.965 0.288 1.072 0.420 0.398 0.105 6.356 0.198 0.521 0.770 0.624 0.309 1.037 2.514 0.432 1.048 0.191 0.528 0.714 0.555 0.443 0.434 0.764 0.861 1.660 4.843 0.246 0.366 2.260 1.461 0.155 0.181 0.113 0.193 0.413 0.666 0.124 0.056 0.168 0.237 0.227 0.462 0.135 0.198 0.460 0.408 0.012 0.979 0.308 0.609 0.026 0.107 0.042 1.145 0.870 0.640 0.677 0.048 0.031 0.755 0.108 0.080 0.273 0.230 0.328 0.815 0.768 0.267 0.460 1.224 0.870 2.521 0.144 0.298 0.423 0.716 0.030 1.828 0.031 0.804 0.401 0.761 0.215 0.231 0.041 0.038 1.013 1.628 0.786 0.640 553 chr11 67387176 67400966 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 3337 NM_001243750 254552 Hs.433329 NM_181843 ENSG00000167799 NUDT8 - nudix hydrolase 8 protein-coding nan 1.072 1.018 0.814 0.373 0.481 0.339 0.934 0.194 0.455 0.167 0.177 0.138 0.862 0.508 0.210 0.063 0.313 0.306 0.895 0.150 0.582 0.177 0.499 2.443 0.812 1.209 2.384 0.191 0.589 0.465 0.112 0.879 0.121 0.228 0.518 0.251 0.644 1.009 0.263 0.304 1.134 0.955 0.342 0.721 0.480 1.166 1.479 1.421 2.050 1.640 1.308 1.605 0.515 1.478 1.586 0.386 0.771 2.060 2.751 0.592 0.545 1.179 1.771 0.289 0.280 0.557 0.773 0.499 0.375 0.320 0.418 0.180 1.039 0.317 0.663 0.242 0.249 0.163 0.484 0.374 0.056 0.092 1.619 0.525 0.306 0.334 0.468 0.387 0.435 1.080 1.387 1.351 0.633 0.455 1.183 1.575 0.313 0.383 0.564 0.120 10.724 3.069 0.152 0.159 0.897 0.161 0.459 0.828 0.107 0.259 0.187 0.188 0.103 2058 chr4 83315163 83329519 + 0 NA Intergenic Intergenic -27192 NM_002138 3184 Hs.480073 NM_002138 ENSG00000138668 HNRNPD AUF1|AUF1A|HNRPD|P37|hnRNPD0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D protein-coding 0.629 0.601 0.530 0.068 0.386 0.293 0.151 0.211 0.008 0.115 0.094 0.145 0.951 2.125 0.035 0.055 0.093 0.137 0.103 0.480 0.009 1.270 1.557 0.054 4.277 2.462 1.034 0.208 0.615 0.119 0.066 0.084 0.236 0.148 0.037 0.103 0.066 0.250 0.208 1.217 0.040 0.352 0.167 0.059 0.625 0.131 0.253 0.206 0.216 0.350 0.175 0.286 0.883 0.301 0.306 0.268 0.196 nan 0.756 1.191 0.244 0.135 0.091 0.115 0.071 0.141 0.190 nan 0.300 0.281 0.391 2.849 0.092 0.465 0.056 0.352 0.023 0.300 0.160 0.047 0.041 0.027 0.072 0.772 0.092 0.038 1.419 0.011 0.068 0.480 0.062 0.850 0.547 0.480 0.115 2.506 0.033 0.137 0.230 0.259 0.035 0.414 0.057 0.049 0.781 0.128 0.016 0.032 0.007 0.111 0.037 1.653 0.008 1252 chr17 70109236 70182430 + 0 NA Intergenic Intergenic 28672 NM_000346 6662 Hs.647409 NM_000346 ENSG00000125398 SOX9 CMD1|CMPD1|SRA1|SRXX2|SRXY10 SRY-box 9 protein-coding 1.361 0.818 0.907 0.393 0.771 0.839 0.406 0.146 0.007 0.298 0.357 0.161 0.259 0.468 0.154 0.201 0.156 0.538 0.141 0.248 0.074 0.303 0.170 0.822 0.889 0.394 0.229 1.041 0.454 0.894 0.039 0.105 0.305 0.384 0.187 0.737 0.155 0.333 0.294 0.217 0.114 0.381 0.494 0.478 0.515 0.324 4.649 5.414 9.815 7.793 0.522 0.575 1.575 0.473 3.399 3.605 nan 1.408 0.907 0.866 1.227 1.125 2.232 3.788 0.406 0.467 0.120 0.226 nan 0.572 0.084 0.784 0.170 0.951 0.196 0.119 0.032 0.198 0.067 0.019 0.667 0.090 0.081 0.329 0.108 0.085 0.051 0.123 0.109 0.389 1.014 0.502 0.286 0.499 0.298 0.553 0.391 0.538 0.244 0.329 0.172 0.269 0.073 0.149 0.234 0.355 0.117 0.460 2.121 0.074 0.336 0.341 0.704 0.681 2643 chr9 3464182 3482210 + 0 NA intron (NM_001282116, intron 1 of 16) intron (NM_001282116, intron 1 of 16) 16291 NM_001282117 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 0.942 1.806 1.520 0.165 0.191 0.808 0.291 0.073 0.024 0.405 0.348 0.125 0.074 0.322 1.286 0.733 0.661 0.222 0.200 0.112 0.076 0.114 0.018 0.192 0.119 0.039 0.090 0.434 0.423 0.148 0.216 0.082 0.561 0.046 0.105 0.067 0.022 0.126 0.151 0.072 0.117 1.063 0.388 0.215 0.085 0.104 0.393 0.340 1.325 2.163 0.475 0.566 1.722 0.531 0.331 0.298 3.462 4.240 0.389 0.386 0.466 0.198 0.225 0.451 2.422 3.627 0.382 nan 1.380 0.856 0.064 0.132 0.021 0.072 0.027 0.140 0.007 0.099 0.024 0.016 0.268 0.628 0.086 0.092 0.047 0.017 0.043 0.026 0.040 0.106 0.131 0.084 0.376 0.218 0.405 0.229 0.046 0.222 0.217 0.078 0.048 0.048 0.191 0.064 0.012 0.329 0.136 0.082 0.155 0.062 0.138 0.089 0.054 0.025 555 chr11 71931489 71944279 + 0 NA intron (NM_001567, intron 1 of 27) intron (NM_001567, intron 1 of 27) 2002 NM_001567 3636 Hs.523875 NM_001567 ENSG00000165458 INPPL1 OPSMD|SHIP2 inositol polyphosphate phosphatase like 1 protein-coding nan 2.876 3.490 5.455 1.930 6.600 3.330 2.205 0.601 0.862 0.916 0.176 0.399 1.091 1.803 3.859 2.028 4.962 1.529 1.850 0.620 1.205 0.570 1.202 nan 2.404 1.984 7.871 0.619 2.926 2.667 0.151 5.066 0.636 0.697 1.502 0.682 2.344 1.476 1.195 0.560 2.950 2.295 1.174 1.839 0.921 2.685 4.489 1.957 2.498 5.962 6.358 7.112 2.166 4.220 4.191 1.340 1.953 5.174 6.086 0.985 0.875 1.055 2.333 4.349 3.595 0.744 1.375 2.602 1.279 4.508 1.040 0.772 1.139 1.318 4.840 1.941 1.270 1.303 1.800 1.282 2.130 2.123 3.091 2.463 1.348 1.037 1.389 1.021 2.502 2.597 2.133 2.617 2.370 0.862 1.015 1.541 4.962 0.842 0.997 0.343 4.796 3.474 0.936 0.394 0.959 0.740 1.268 1.500 0.316 1.164 0.620 0.441 0.219 1037 chr16 23152008 23165012 + 0 NA intron (NM_020718, intron 1 of 15) AluSp|SINE|Alu 2081 NM_020718 57478 Hs.183817 NM_020718 ENSG00000103404 USP31 - ubiquitin specific peptidase 31 protein-coding 1.368 1.122 nan 0.720 0.839 0.668 0.358 0.709 0.048 0.654 0.447 0.136 0.204 0.503 0.305 0.423 0.196 1.316 0.711 0.469 0.571 0.506 0.073 0.371 1.022 0.677 0.321 1.882 0.124 0.617 0.332 0.089 1.957 0.138 0.315 1.443 0.199 0.423 1.168 0.417 0.766 3.568 2.000 0.732 0.476 0.240 0.769 0.834 0.595 1.226 0.740 0.669 nan 0.770 0.902 0.826 1.193 1.722 1.870 2.505 1.387 1.398 0.609 0.959 1.012 0.790 0.796 0.896 0.834 0.659 0.833 0.377 0.352 0.488 0.310 0.533 0.170 0.463 0.422 0.563 0.587 0.140 0.317 4.075 0.840 0.419 0.282 0.221 0.166 0.332 0.958 0.700 1.241 0.619 0.654 0.390 0.883 1.316 0.235 0.404 0.268 1.642 0.354 0.250 0.104 0.382 0.820 0.248 0.136 0.206 0.163 0.141 0.257 0.141 2513 chr8 21958565 21967762 + 0 NA Intergenic Intergenic 3769 NM_024815 79873 Hs.527101 NM_024815 ENSG00000275074 NUDT18 MTH3 nudix hydrolase 18 protein-coding nan 1.610 nan 0.473 0.920 1.011 0.688 1.013 0.373 1.019 0.402 0.106 0.145 0.590 0.447 0.921 0.402 0.950 0.404 0.542 0.202 0.658 0.228 0.442 1.037 0.572 0.454 0.784 0.363 0.348 0.888 0.110 2.734 0.188 0.148 0.413 0.277 0.836 1.382 0.638 0.420 5.153 2.016 0.696 0.763 0.430 1.946 2.480 1.255 2.130 nan 3.172 nan 1.418 1.651 1.784 1.031 1.344 1.224 2.205 1.010 2.030 0.405 0.812 2.024 1.899 1.476 2.258 nan nan 1.244 0.593 0.191 0.566 0.379 1.066 0.075 0.857 0.792 0.352 0.542 0.393 0.307 1.109 0.408 0.196 0.298 0.341 0.182 0.589 2.525 0.636 0.494 0.738 1.019 0.839 0.514 0.950 0.703 0.672 0.485 1.618 1.567 0.177 0.201 0.413 0.363 0.230 0.189 0.518 0.528 0.215 0.200 0.072 37 chr1 8848302 8851917 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 1 of 22) intron (NM_001042681, intron 1 of 22) 27590 NM_012102 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 1.155 nan 2.347 2.862 0.338 0.382 0.132 0.048 9.242 0.134 0.309 0.090 0.205 0.082 0.043 0.295 0.264 0.198 0.266 0.037 0.028 0.078 nan 0.845 2.191 0.622 0.446 0.118 0.160 0.169 0.418 0.064 0.051 0.018 0.367 0.061 0.244 0.517 0.151 0.064 0.187 0.255 0.395 0.361 0.398 0.936 0.644 1.067 0.322 0.145 0.548 0.576 0.689 nan nan 3.284 nan 0.409 0.272 0.456 0.142 0.167 0.715 1.364 0.724 0.690 0.091 0.257 1.448 0.205 0.137 0.198 0.038 0.038 0.039 0.034 0.105 0.027 0.197 0.153 0.043 0.127 0.303 0.196 0.158 0.100 0.141 0.134 1.756 0.177 0.264 0.068 2.312 0.026 0.080 0.085 0.038 0.012 0.131 0.123 0.064 0.057 0.171 0.066 0.182 855 chr14 37889763 37907433 + 0 NA intron (NM_138731, intron 12 of 13) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 165727 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 1.235 1.478 0.871 0.195 1.225 0.359 0.163 0.072 0.926 0.098 0.174 0.146 0.021 0.145 0.032 0.194 0.162 0.122 0.163 1.230 0.116 0.077 0.277 2.631 0.926 4.621 0.377 0.091 0.091 0.030 0.131 1.436 0.056 0.074 0.242 0.009 0.086 0.247 0.074 0.104 2.411 0.316 0.075 0.612 0.206 0.175 0.146 0.414 0.874 0.459 0.466 0.828 0.322 0.338 0.313 1.225 1.296 0.576 0.704 0.837 0.384 0.197 0.266 0.863 1.490 0.259 0.542 0.708 0.474 0.066 0.092 0.102 0.104 0.050 0.196 0.016 0.114 0.025 0.012 0.110 0.192 0.115 0.052 0.027 0.013 0.091 0.009 0.021 0.085 0.165 0.014 0.196 1.001 0.098 0.210 0.125 0.122 0.312 1.194 0.132 0.026 0.261 0.061 0.050 0.035 0.050 0.026 0.089 0.099 0.021 0.154 0.010 0.006 195 chr1 154578976 154582765 + 0 NA promoter-TSS (NM_015841) promoter-TSS (NM_015841) -146 NM_001111 103 Hs.12341 NM_001111 ENSG00000160710 ADAR ADAR1|AGS6|DRADA|DSH|DSRAD|G1P1|IFI-4|IFI4|K88DSRBP|P136 adenosine deaminase, RNA specific protein-coding nan 5.013 5.167 3.717 3.293 4.857 2.333 3.220 2.499 5.203 7.660 1.246 2.151 5.904 6.098 4.179 2.340 5.105 1.128 2.057 1.536 3.295 1.250 2.663 7.091 3.774 5.949 15.702 2.201 2.817 6.998 0.351 5.332 3.176 1.783 3.181 1.437 7.617 3.409 2.867 0.856 4.779 6.547 4.171 2.943 5.935 3.670 4.331 8.270 13.118 10.982 nan 7.736 2.466 4.213 4.671 2.550 4.182 9.607 15.292 5.925 5.561 10.661 12.753 5.658 6.323 0.667 0.882 3.590 1.749 4.254 3.580 3.436 3.489 1.876 10.167 3.837 3.303 3.887 3.086 6.277 0.832 2.426 10.599 5.116 2.180 4.225 1.352 1.604 3.303 4.082 3.945 9.399 7.533 5.203 6.761 6.540 5.105 3.427 3.507 0.696 8.741 2.862 3.238 1.663 5.507 2.464 2.645 6.370 0.195 2.207 1.997 2.797 1.839 2005 chr3 189116068 189123056 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -161179 NR_046722 100874027 Hs.616080 NR_046722 ENSG00000230115 TPRG1-AS2 - TPRG1 antisense RNA 2 ncRNA 1.321 1.285 0.972 0.138 0.134 1.048 0.389 0.143 0.222 0.305 0.107 0.137 0.518 0.961 0.101 0.046 0.235 0.285 1.605 0.991 0.018 1.892 0.671 0.213 4.428 1.757 2.229 0.543 1.137 0.092 0.051 nan 0.099 0.182 0.114 0.099 5.584 0.628 6.259 3.883 24.227 0.161 0.493 0.344 0.299 0.215 0.235 0.332 0.320 0.331 1.308 0.450 0.231 0.312 0.367 0.620 0.479 0.554 1.659 1.376 0.098 0.218 0.727 0.578 0.427 0.626 0.610 0.540 0.040 0.782 0.069 0.155 0.029 0.089 0.020 0.654 0.156 0.010 0.048 0.097 0.642 0.056 0.034 0.034 0.672 0.089 0.330 0.130 0.196 0.087 0.022 0.506 0.305 0.826 0.079 0.285 0.318 0.047 0.028 0.067 0.044 0.055 0.042 0.112 0.065 0.145 0.029 0.089 0.022 0.197 0.008 0.015 1706 chr20 3215744 3221383 + 0 NA promoter-TSS (NM_032034) promoter-TSS (NM_032034) -190 NM_032034 83959 Hs.105607 NM_032034 ENSG00000088836 SLC4A11 BTR1|CDPD1|CHED|CHED2|NABC1|dJ794I6.2 solute carrier family 4 member 11 protein-coding 0.902 2.280 1.257 0.673 0.924 0.334 0.146 1.106 0.099 0.453 0.145 0.171 0.310 0.625 0.067 0.303 0.186 1.653 0.430 2.584 0.088 0.306 0.388 0.249 8.063 3.490 1.740 4.403 0.586 0.190 0.537 0.070 1.906 0.147 0.110 1.100 0.325 0.391 2.257 1.914 1.286 7.382 0.887 0.198 0.766 1.073 1.412 1.906 1.133 1.932 1.227 0.922 3.573 0.725 0.643 0.443 0.463 0.813 2.580 2.576 0.622 0.364 0.425 0.590 0.493 0.438 0.142 0.482 1.341 0.715 0.407 0.754 0.169 0.599 1.148 2.017 0.074 0.612 0.265 0.731 0.658 0.017 0.140 0.723 0.580 0.614 0.666 0.535 0.473 0.426 2.582 1.553 0.489 0.910 0.453 0.481 0.949 1.653 0.609 0.660 0.085 1.850 1.230 0.685 0.419 0.687 0.176 0.081 0.017 0.087 0.268 0.622 0.235 0.110 1839 chr22 31736305 31744823 + 0 NA exon (NM_032050, exon 1 of 4) exon (NM_032050, exon 1 of 4) 1685 NM_032050 23598 Hs.731398 NM_014323 ENSG00000100105 PATZ1 MAZR|PATZ|RIAZ|ZBTB19|ZNF278|ZSG|dJ400N23 POZ/BTB and AT hook containing zinc finger 1 protein-coding nan 3.139 6.332 4.586 6.446 5.327 2.185 1.956 1.323 3.732 0.949 0.232 1.050 3.586 2.320 1.756 1.096 9.737 1.774 4.576 0.276 5.780 1.401 1.650 nan 5.613 6.700 9.783 1.840 1.306 2.481 0.120 1.827 0.652 0.756 1.774 0.443 1.897 2.242 1.667 0.591 3.706 4.932 1.238 5.585 1.527 6.572 7.201 4.823 nan 8.921 7.700 3.458 1.256 5.767 5.467 2.887 nan 7.568 11.143 5.384 5.204 3.876 8.755 2.881 2.409 2.354 nan 1.905 0.861 3.567 2.057 1.044 0.873 1.034 2.031 1.660 0.820 0.760 1.123 1.710 0.846 4.650 3.404 2.028 0.888 2.652 2.175 1.680 1.777 2.475 2.349 1.846 4.339 3.732 3.096 1.791 9.737 2.341 3.806 1.197 3.640 2.119 0.573 1.260 2.749 0.404 0.782 3.261 1.143 1.454 1.627 0.919 0.660 1788 chr21 16812393 16818033 + 0 NA Intergenic Intergenic -287131 NM_013396 29761 Hs.743994 NM_013396 ENSG00000155313 USP25 USP21 ubiquitin specific peptidase 25 protein-coding 0.785 0.650 nan 0.124 0.051 0.164 0.114 0.110 0.159 0.072 0.112 3.938 0.112 0.029 0.042 0.391 0.133 0.022 0.072 0.018 0.096 0.225 0.100 0.145 0.369 0.129 0.057 0.195 0.050 0.098 3.642 0.100 0.015 0.104 0.198 0.019 0.015 0.066 0.221 0.037 0.102 0.149 0.406 0.350 0.338 0.346 0.436 0.313 0.103 0.044 0.197 0.136 0.193 0.403 0.368 0.193 0.613 0.212 0.142 0.259 0.170 0.330 0.263 0.513 0.586 0.501 0.019 0.113 0.085 0.017 0.171 0.052 0.027 6.016 0.034 0.028 0.049 0.096 0.069 0.055 0.112 0.367 0.089 2.433 0.050 3.195 5.052 0.159 0.050 0.049 0.042 0.369 1.022 0.031 0.007 0.043 0.100 0.120 0.053 0.021 0.014 0.033 0.020 0.018 2186 chr5 134359533 134376125 + 0 NA intron (NM_002653, intron 1 of 2) intron (NM_002653, intron 1 of 2) -1141 NM_001277348 100996485 NM_001277348 C5orf66 - chromosome 5 open reading frame 66 protein-coding 1.571 1.484 nan 0.514 0.217 1.049 0.551 0.779 0.013 0.610 0.135 0.019 0.410 0.969 0.061 0.246 0.096 2.205 0.762 0.988 0.455 0.927 0.470 2.188 2.482 1.271 0.282 2.896 0.470 2.620 0.628 0.097 5.133 0.418 1.607 1.216 0.396 1.325 1.326 2.857 1.229 4.363 1.620 1.096 1.516 0.220 1.576 2.452 1.216 2.120 1.364 1.046 1.183 0.436 1.087 1.162 0.557 1.004 1.349 1.561 1.563 1.917 0.463 0.878 0.380 0.309 1.841 2.093 0.181 0.156 1.092 1.677 0.401 0.862 0.852 0.280 0.217 2.883 3.484 1.365 2.158 0.092 0.333 0.182 1.410 0.734 0.369 0.994 0.727 2.565 1.606 0.382 1.103 2.344 0.610 0.404 1.634 2.205 1.612 0.604 0.191 0.540 1.033 0.384 0.792 0.775 0.563 2.379 0.173 1.022 0.565 0.051 0.878 0.603 679 chr12 31223578 31235333 + 0 NA intron (NM_152438, intron 1 of 26) MIRb|SINE|MIR -2674 NR_038927 100506660 Hs.586774 NR_038927 ENSG00000245614 DDX11-AS1 CONCR DDX11 antisense RNA 1 ncRNA 2.581 nan 3.339 4.245 2.074 2.245 1.025 2.601 1.828 2.007 0.797 0.028 2.311 4.905 0.874 1.546 1.006 2.289 1.442 2.112 0.316 3.254 1.719 1.665 4.573 2.389 3.409 4.619 1.752 1.046 1.404 0.117 3.505 2.328 1.168 2.176 0.215 0.997 1.766 1.410 0.825 2.913 2.531 1.254 2.159 3.878 2.778 2.662 2.598 3.751 6.752 6.271 4.773 2.763 5.485 6.169 2.183 2.798 3.374 5.358 2.674 2.876 1.497 2.769 8.157 10.087 2.149 2.804 2.107 1.172 2.922 2.706 0.818 1.818 0.676 2.280 1.310 2.299 2.647 0.480 1.294 3.212 1.396 3.267 2.673 1.199 2.425 0.730 0.824 3.759 1.475 3.719 1.471 2.287 2.007 6.556 3.463 2.289 0.997 0.719 0.552 2.392 2.352 2.094 3.043 1.471 0.793 0.569 1.145 0.962 7.247 1.003 1.607 1.311 680 chr12 31252322 31274294 + 0 NA Intergenic Intergenic -36527 NR_038927 100506660 Hs.586774 NR_038927 ENSG00000245614 DDX11-AS1 CONCR DDX11 antisense RNA 1 ncRNA 1.895 nan 1.994 4.041 0.354 0.835 0.328 0.605 0.023 0.877 0.168 0.052 0.630 1.406 0.032 1.671 0.663 3.414 0.558 1.337 0.034 0.593 0.268 0.285 2.257 1.072 0.882 2.442 0.534 0.351 0.133 0.108 1.151 0.366 0.125 0.177 0.028 0.037 0.474 0.175 0.260 1.306 0.649 0.117 0.326 0.912 0.511 0.757 1.054 1.555 8.430 7.069 2.746 0.968 2.064 2.196 0.316 0.432 4.753 5.000 2.828 3.217 0.729 1.259 7.686 5.866 0.588 1.145 3.279 1.725 3.396 0.751 0.022 0.193 0.155 3.181 0.031 0.485 0.457 0.047 0.083 2.852 1.232 0.139 0.181 0.153 0.537 0.384 0.303 0.305 0.830 1.547 0.391 1.005 0.877 1.188 0.438 3.414 0.445 0.154 0.411 0.908 2.366 0.139 0.395 0.101 0.071 0.261 0.495 0.485 1.260 0.185 0.110 0.046 831 chr14 23621222 23655420 + 0 NA intron (NM_012244, intron 1 of 10) AluJb|SINE|Alu -13654 NM_001267036 23428 Hs.596643 NM_012244 ENSG00000092068 SLC7A8 LAT2|LPI-PC1 solute carrier family 7 member 8 protein-coding nan 1.039 1.323 0.144 0.067 0.168 0.080 0.130 0.033 0.154 0.193 0.160 0.011 0.077 0.049 0.041 0.075 0.021 0.306 0.153 0.098 0.107 0.071 0.121 1.246 0.359 0.296 0.515 0.022 0.357 0.077 0.104 2.918 0.038 0.108 0.195 0.075 0.165 1.448 0.079 0.744 2.644 5.964 0.054 0.198 0.083 0.163 0.113 0.391 0.753 0.305 0.310 0.180 0.096 0.185 0.208 1.317 1.941 0.352 nan 0.865 0.463 0.313 0.331 0.075 0.123 0.881 1.809 0.724 0.664 0.466 0.128 0.006 0.159 0.088 0.173 0.029 0.537 0.254 0.032 0.399 0.024 0.044 0.135 0.049 0.041 0.074 0.139 0.199 0.306 0.192 0.048 1.097 0.362 0.154 0.065 0.049 0.021 0.081 0.058 0.082 0.143 0.106 0.024 0.006 0.310 0.173 0.157 0.093 0.509 0.061 0.036 0.300 0.229 1147 chr17 26821587 26841914 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -19209 NM_003593 8456 Hs.58611 NM_003593 ENSG00000109101 FOXN1 FKHL20|RONU|WHN forkhead box N1 protein-coding nan nan nan 0.151 0.084 0.348 0.213 0.133 0.003 0.176 0.095 0.040 0.037 0.132 0.056 0.077 0.066 0.153 0.468 0.268 0.024 0.102 0.057 0.194 1.481 0.233 0.153 2.319 0.047 0.175 0.069 0.094 1.279 0.017 0.055 0.146 0.074 0.081 1.359 0.032 0.865 1.246 0.689 0.117 0.161 0.103 0.743 0.771 0.283 0.511 0.517 0.484 1.055 0.295 0.437 0.428 0.314 0.562 1.390 1.246 7.131 7.448 0.822 0.918 0.412 0.294 1.357 nan 1.481 0.889 0.117 0.126 0.028 0.046 0.029 0.357 0.055 0.124 0.032 0.077 0.105 0.042 0.063 0.171 0.073 0.042 0.045 0.157 0.084 0.159 0.282 0.019 0.031 0.264 0.176 0.151 0.022 0.153 0.054 0.222 1.959 0.172 0.059 0.034 0.008 0.060 0.044 0.073 0.183 1.872 0.022 0.056 0.014 0.017 1960 chr3 141654599 141661463 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 61198 NM_001178140 7029 Hs.379018 NM_006286 ENSG00000114126 TFDP2 DP2 transcription factor Dp-2 protein-coding 1.529 nan nan 0.076 0.346 0.354 0.236 0.346 0.425 0.362 0.242 0.186 0.693 1.063 0.690 0.192 0.218 0.182 0.521 0.131 0.325 2.359 1.782 1.039 0.774 0.323 2.124 0.517 0.447 0.187 0.127 0.072 5.133 0.809 0.254 2.705 0.068 0.150 1.249 1.174 2.199 4.720 9.999 0.297 1.314 0.514 0.367 0.437 0.423 1.446 0.315 0.456 nan 1.302 0.332 0.365 2.434 nan 0.206 nan nan 0.954 0.222 0.396 0.148 0.087 0.456 0.545 1.071 0.743 0.990 2.269 0.727 1.050 0.059 0.066 0.060 0.996 0.673 0.277 2.175 0.028 0.149 1.748 0.441 0.295 1.370 0.057 0.018 0.438 0.179 0.425 1.045 0.302 0.362 1.493 6.362 0.182 0.260 0.269 1.270 6.554 0.088 0.849 0.932 1.830 0.679 0.050 0.057 0.144 0.909 1.711 1.317 1.121 2355 chr6 122709356 122723129 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -4454 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 2.354 1.342 1.948 1.310 0.622 1.592 0.872 0.509 0.073 1.188 0.374 0.105 0.123 0.502 0.243 0.853 0.430 1.447 1.313 0.644 0.189 0.475 0.138 0.220 0.963 0.774 0.586 2.010 0.171 0.753 0.505 0.097 0.737 0.171 0.407 1.011 0.052 0.430 0.419 0.454 0.099 0.684 0.715 0.526 1.091 0.310 1.952 3.184 2.029 2.756 2.083 2.141 6.821 6.679 2.446 2.345 0.748 0.965 1.249 2.846 1.874 1.867 0.744 1.573 1.236 1.120 1.595 1.702 1.118 0.983 0.317 0.298 0.166 0.550 0.284 0.903 0.573 0.211 0.216 0.198 0.338 0.151 0.391 0.615 0.377 0.322 0.172 0.650 1.103 0.353 0.355 0.844 0.098 0.290 1.188 0.830 0.464 1.447 0.160 0.300 0.155 0.451 0.605 0.468 0.131 0.282 0.323 0.543 0.283 0.638 0.238 0.111 0.309 0.166 1241 chr17 61914761 61928952 + 0 NA Intergenic Intergenic -1505 NM_001098426 6603 Hs.250581 NM_003077 ENSG00000108604 SMARCD2 BAF60B|CRACD2|PRO2451|Rsc6p SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2 protein-coding 2.731 nan 4.520 2.300 1.166 4.620 2.265 2.201 0.550 0.777 0.811 0.224 0.736 2.574 0.759 1.945 0.974 2.871 1.584 1.290 0.462 2.038 0.915 1.468 5.866 2.480 2.638 3.571 1.798 1.866 1.482 0.123 3.361 0.563 0.829 1.895 0.678 2.801 1.842 1.053 0.870 2.521 5.279 1.875 2.178 0.774 3.995 5.369 1.302 2.034 3.110 3.016 3.238 1.130 8.435 9.047 1.324 nan 4.963 5.471 3.309 3.344 0.825 2.236 1.897 1.953 1.945 3.903 1.538 0.837 0.791 1.552 1.246 0.877 0.932 1.411 0.567 1.137 1.011 1.050 1.869 0.506 1.284 0.753 0.972 0.543 0.389 0.768 0.567 1.781 2.686 2.798 0.994 2.015 0.777 2.102 0.850 2.871 0.656 1.668 0.478 2.342 0.754 0.592 0.420 1.811 0.494 0.817 0.627 1.065 0.921 0.467 0.556 0.345 1441 chr19 39460905 39469763 + 0 NA intron (NR_104026, intron 1 of 5) HAL1|LINE|L1 1119 NM_024907 115290 Hs.531770 NM_024907 ENSG00000269190 FBXO17 FBG4|FBX26|FBXO26|Fbx17 F-box protein 17 protein-coding 1.218 0.900 1.132 0.139 3.555 0.216 0.072 2.689 0.293 0.123 0.051 0.236 0.967 1.240 0.084 0.141 0.113 0.054 0.115 0.457 0.056 0.714 0.648 2.796 0.667 0.363 0.214 0.564 0.646 1.026 3.727 0.185 1.308 0.974 1.274 2.199 0.575 1.576 0.470 0.037 0.297 0.628 0.453 0.071 0.163 0.543 0.886 1.025 0.257 0.336 0.286 0.227 1.090 0.344 0.330 0.241 0.754 1.395 1.559 2.493 nan 0.457 1.281 2.418 0.066 0.145 2.763 4.644 0.295 0.355 0.029 0.612 1.534 1.632 0.024 0.049 1.454 0.171 0.097 2.258 1.088 0.011 0.033 3.104 3.994 2.010 0.206 0.044 0.054 1.049 6.369 7.868 0.863 0.565 0.123 1.226 2.056 0.054 0.028 0.329 0.142 3.034 0.046 0.061 0.029 0.621 0.126 0.442 1.418 1.670 0.025 0.491 1.125 0.557 647 chr12 9797551 9804844 + 0 NA non-coding (NR_002814, exon 1 of 4) non-coding (NR_002814, exon 1 of 4) 554 NR_046446 374443 Hs.569124 NR_002814 ENSG00000256594 LOC374443 - C-type lectin domain family 2 member D pseudogene pseudo 2.259 nan nan 2.941 2.659 0.872 0.527 0.726 0.958 0.985 0.812 0.109 1.558 3.447 0.337 0.600 0.285 1.639 0.685 5.557 0.594 5.765 2.475 1.127 7.322 3.458 7.128 4.522 1.541 0.293 1.709 0.176 3.819 1.560 1.441 5.950 0.237 0.884 3.699 2.824 2.175 4.881 6.992 3.461 6.110 2.469 0.745 0.697 2.422 3.581 nan 3.087 5.149 2.268 3.230 3.389 1.324 1.811 2.943 3.933 1.908 1.516 1.112 2.133 1.483 1.263 1.045 nan 0.952 0.539 0.876 2.806 1.613 4.297 0.302 0.329 0.514 1.995 1.790 0.507 0.710 0.078 0.475 3.486 1.993 0.951 2.658 0.870 1.065 12.927 2.076 3.721 0.529 3.124 0.985 2.282 2.615 1.639 1.513 1.725 0.187 2.706 0.540 2.715 5.140 0.944 1.483 0.303 0.460 0.577 1.278 1.711 0.758 0.294 1206 chr17 42287532 42301942 + 0 NA intron (NR_045058, intron 2 of 20) intron (NR_045058, intron 2 of 20) 2304 NM_001076684 7343 Hs.89781 NM_014233 ENSG00000108312 UBTF NOR-90|UBF|UBF-1|UBF1|UBF2 upstream binding transcription factor, RNA polymerase I protein-coding 4.772 3.483 nan 3.896 4.178 4.904 2.463 4.284 1.112 3.938 1.774 0.376 0.709 2.900 2.518 2.757 1.476 4.466 2.992 2.063 1.067 2.491 0.528 1.944 nan 4.371 2.822 6.774 0.579 2.300 2.743 0.093 3.271 1.159 1.375 3.615 0.466 2.302 2.536 1.636 1.083 5.043 5.578 1.709 2.201 1.242 4.347 5.050 2.698 4.020 6.556 nan 4.167 1.354 6.487 6.661 1.868 2.600 5.586 nan 5.571 6.782 3.022 5.746 3.479 2.796 4.138 5.467 1.788 0.986 3.208 2.105 1.340 1.683 1.146 3.832 2.871 1.770 2.610 2.399 4.092 1.353 2.963 5.660 2.536 1.288 1.340 2.318 1.354 3.486 5.507 2.929 2.362 2.713 3.938 3.286 2.158 4.466 1.293 2.418 1.053 6.040 3.285 1.875 1.025 2.333 1.285 1.296 2.118 2.452 1.906 0.833 1.539 1.067 334 chr1 240008169 240062476 + 0 NA intron (NM_001347716, intron 7 of 7) intron (NM_001347716, intron 7 of 7) 27850 NR_046582 100873984 Hs.199475 NR_046582 ENSG00000234601 CHRM3-AS1 - CHRM3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.251 nan 0.383 0.037 0.476 0.236 0.116 0.014 0.463 0.093 0.117 0.010 0.060 0.028 0.147 0.149 0.068 0.150 0.263 0.016 0.050 0.010 0.086 0.094 0.063 0.073 0.244 0.051 5.807 0.046 0.092 0.343 0.015 0.081 0.039 0.026 0.105 0.310 0.046 0.065 0.217 0.738 0.078 0.149 0.123 0.408 0.251 0.625 1.301 0.246 0.317 nan 0.192 0.320 0.342 0.654 0.853 nan 0.446 0.233 0.098 0.080 0.145 0.099 0.251 0.173 0.291 nan 0.497 0.023 0.068 0.009 0.058 0.024 0.034 0.018 0.009 0.023 0.016 0.491 0.011 0.057 0.144 0.026 0.017 0.037 1.043 1.773 0.164 0.250 0.029 0.195 0.132 0.463 0.039 0.015 0.068 0.059 0.055 0.014 0.041 0.047 0.010 0.005 0.038 0.037 7.485 0.040 0.134 0.041 0.049 0.022 0.013 2292 chr6 35498425 35516276 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -26635 NM_003322 7287 Hs.485208 NM_003322 ENSG00000112041 TULP1 LCA15|RP14|TUBL1 tubby like protein 1 protein-coding nan 0.955 nan 0.183 0.073 0.203 0.143 0.078 0.007 0.231 0.139 0.186 0.064 0.190 0.032 0.061 0.112 0.160 0.136 0.097 0.021 0.068 0.160 0.101 0.268 0.090 0.136 0.312 0.082 0.108 0.091 0.144 0.175 0.007 0.051 0.082 0.031 0.063 0.204 0.043 0.104 0.114 0.503 0.092 0.114 0.093 0.452 0.469 0.245 nan nan 0.376 1.036 0.380 0.385 0.396 0.639 1.062 0.640 0.972 1.044 0.711 0.257 0.310 0.089 0.105 2.106 7.112 0.336 0.406 0.301 0.151 0.021 0.072 0.063 0.133 0.023 0.078 0.049 0.021 0.051 0.027 0.223 0.095 0.024 0.022 0.047 0.052 0.027 0.241 0.043 0.082 0.017 0.104 0.231 0.284 0.042 0.160 0.056 0.093 0.218 0.118 0.034 0.034 0.012 0.088 0.074 0.013 0.055 3.215 0.025 0.111 0.026 0.014 1997 chr3 181952917 181979259 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 238062 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.251 1.365 0.942 1.421 0.225 0.369 0.226 0.085 0.039 0.214 0.128 0.146 0.043 0.089 0.021 0.215 0.196 0.246 0.249 0.211 0.019 0.110 0.019 0.141 0.636 0.159 0.105 0.519 0.128 0.301 2.830 0.102 nan 0.022 0.046 0.082 0.061 0.227 0.779 0.042 0.286 0.330 1.462 0.072 0.131 0.090 0.271 0.227 0.261 0.268 0.420 0.532 1.255 0.456 0.113 0.137 0.765 1.227 1.011 1.056 0.938 0.573 0.123 0.249 0.302 0.309 0.177 0.230 1.073 0.721 0.064 0.109 0.011 0.063 0.123 0.145 0.026 0.032 0.019 0.012 0.064 0.047 1.139 0.081 0.030 0.021 0.064 0.122 0.296 0.129 0.090 0.074 0.069 0.120 0.214 0.079 0.035 0.246 0.033 0.031 0.044 0.029 0.188 0.013 0.019 0.024 0.030 0.304 0.068 0.089 0.041 0.071 0.020 0.004 1027 chr16 12006506 12012015 + 0 NA exon (NM_001130006, exon 1 of 15) exon (NM_001130006, exon 1 of 15) 565 NM_001130006 2935 Hs.528780 NM_002094 ENSG00000103342 GSPT1 551G9.2|ETF3A|GST1|eRF3a G1 to S phase transition 1 protein-coding 3.400 2.881 nan 5.056 6.605 2.186 0.901 4.736 6.159 2.334 1.739 0.150 1.274 4.221 3.136 2.306 0.931 4.955 1.455 3.062 1.146 4.673 1.178 4.192 9.331 6.223 4.000 3.490 1.323 2.916 1.319 0.071 4.963 1.077 1.996 5.442 1.008 3.754 3.290 3.180 0.601 5.883 4.692 1.799 5.058 1.771 2.412 2.389 1.699 2.809 3.062 2.303 8.488 3.303 6.260 6.920 2.510 3.287 3.161 4.968 nan 5.637 2.909 6.276 3.924 4.575 3.144 3.213 3.170 1.857 0.643 3.718 3.062 1.772 2.909 1.828 0.762 3.043 3.515 2.022 2.333 0.726 1.340 4.413 2.184 1.333 2.383 2.136 1.452 2.232 3.455 2.410 5.454 4.708 2.334 4.812 3.914 4.955 1.435 2.244 0.789 2.961 1.650 3.077 3.925 4.433 1.153 1.229 2.176 1.159 1.873 1.948 1.484 1.130 1680 chr2 234381841 234405119 + 0 NA intron (NM_018218, intron 29 of 30) L1M5|LINE|L1 80756 NM_018218 55230 Hs.96513 NM_018218 ENSG00000085982 USP40 - ubiquitin specific peptidase 40 protein-coding 0.795 nan 1.344 0.225 0.767 0.489 0.221 0.795 0.637 0.170 0.305 0.097 0.400 0.887 0.950 0.183 0.171 0.219 0.224 2.805 0.585 1.846 1.029 1.031 1.871 1.380 5.682 0.414 0.350 0.211 0.079 0.111 0.868 0.745 0.079 2.336 0.561 0.594 0.858 2.179 0.418 2.554 4.069 0.884 1.437 1.337 0.361 0.378 0.764 3.072 0.375 0.297 0.544 0.179 0.381 0.319 0.338 0.567 1.421 nan 0.315 0.179 0.209 0.338 0.188 0.137 0.326 0.694 0.175 0.128 0.156 1.884 0.029 3.236 0.164 0.061 0.012 4.365 4.832 0.174 1.070 0.041 0.126 1.453 0.215 0.117 0.692 0.203 0.339 0.198 2.225 0.094 0.129 1.666 0.170 0.315 0.314 0.219 0.116 0.960 0.012 0.373 0.098 1.232 0.038 1.002 1.704 0.113 0.056 0.165 1.514 0.788 1.185 0.565 423 chr10 115837677 115843646 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 36855 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.467 nan 0.548 0.125 0.707 0.385 0.321 0.119 0.010 0.086 0.145 0.215 0.157 0.122 0.042 0.130 0.081 0.040 0.107 0.871 0.114 0.052 0.409 0.505 0.094 0.248 0.227 0.193 0.143 0.023 0.062 0.480 0.039 0.038 0.124 0.023 0.156 0.165 0.054 0.411 0.136 0.127 0.063 0.070 0.371 0.382 9.851 3.626 0.120 0.117 5.996 2.292 1.242 1.259 0.219 0.355 0.527 0.578 0.211 0.075 0.186 0.188 0.119 0.201 0.164 0.220 0.303 0.346 0.009 0.690 0.169 0.033 0.057 0.026 0.394 0.133 0.084 0.145 0.032 0.025 0.078 0.050 0.039 0.077 0.079 0.160 0.126 0.245 0.097 0.052 0.697 0.086 0.108 0.188 0.040 0.184 0.027 0.033 0.108 0.068 0.023 0.007 0.224 0.057 0.049 0.046 0.063 0.144 0.019 1953 chr3 137483058 137487523 + 0 NA TTS (NM_004189) TTS (NM_004189) 2156 NM_004189 8403 Hs.248184 NM_004189 ENSG00000168875 SOX14 SOX28 SRY-box 14 protein-coding 0.517 nan nan 0.127 0.097 0.293 0.215 0.053 0.028 0.287 0.100 0.073 0.095 0.232 0.147 0.076 0.098 0.193 0.032 0.093 0.137 0.213 0.241 0.152 1.287 0.004 3.055 0.073 0.047 0.234 0.048 0.052 0.103 0.016 0.105 0.024 0.076 0.228 0.161 0.077 0.043 0.070 0.192 0.192 0.605 0.647 1.598 1.990 0.281 0.067 0.169 0.294 0.051 0.228 0.266 0.250 nan 0.700 0.266 0.362 0.019 0.046 0.111 0.316 0.126 0.378 2.818 0.048 0.082 0.202 0.020 0.015 0.071 0.016 0.073 0.124 0.177 0.031 0.043 0.040 4.383 3.340 0.068 0.040 0.032 0.035 0.045 0.287 0.032 0.041 0.076 0.018 0.173 0.046 0.015 0.026 1.858 0.048 0.031 0.017 0.085 1139 chr17 17776334 17796507 + 0 NA intron (NM_001288787, intron 4 of 13) intron (NM_001288787, intron 4 of 13) -46095 NM_004176 6720 Hs.592123 NM_004176 ENSG00000072310 SREBF1 SREBP-1c|SREBP1|SREBP1a|bHLHd1 sterol regulatory element binding transcription factor 1 protein-coding 1.481 1.335 1.670 0.261 0.100 0.518 0.288 0.108 0.067 0.452 0.430 0.096 0.047 0.189 0.141 0.217 0.134 0.192 0.961 0.209 0.043 0.051 0.010 0.087 0.383 0.115 0.130 1.091 0.072 0.196 0.060 0.040 0.268 0.020 0.060 0.184 0.137 0.169 0.324 0.044 0.065 0.177 0.309 0.172 0.148 0.146 0.741 1.748 0.315 nan 0.626 0.759 0.949 0.390 0.266 0.267 0.448 0.845 1.356 1.704 nan 1.398 0.282 0.421 0.297 0.315 0.718 1.359 0.516 0.362 2.826 0.161 0.066 0.219 0.059 0.881 0.034 0.093 0.029 0.055 0.140 0.114 0.780 0.397 0.053 0.042 0.068 0.147 0.216 0.197 0.250 0.164 0.055 0.142 0.452 0.146 0.545 0.192 0.036 0.038 0.240 0.265 0.399 0.083 0.025 0.251 0.066 0.096 0.089 0.683 0.068 0.047 0.037 0.016 2757 chrX 135960750 135968630 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1751 NM_001164803 27316 Hs.380118 NM_002139 ENSG00000147274 RBMX HNRNPG|HNRPG|MRXS11|RBMXP1|RBMXRT|RNMX|hnRNP-G RNA binding motif protein, X-linked protein-coding 3.468 1.991 2.927 2.229 1.819 3.969 1.728 1.593 0.191 2.162 0.846 0.121 0.236 0.766 1.540 0.973 0.262 1.744 1.067 1.338 0.471 1.151 0.511 1.051 2.990 1.820 1.148 5.391 0.576 2.081 1.398 0.047 3.351 0.443 1.065 1.589 0.227 1.533 1.574 1.053 0.409 1.197 2.559 0.688 1.829 0.463 3.402 3.387 2.854 4.064 4.904 4.841 3.772 1.508 5.827 5.794 3.079 4.233 3.615 5.830 9.095 9.385 2.581 4.295 2.951 2.974 6.152 8.252 1.839 1.151 1.227 1.415 0.385 0.857 0.763 1.728 0.802 1.038 1.054 0.467 2.332 0.581 1.416 2.106 0.747 0.358 1.021 0.425 0.521 2.158 1.415 1.083 0.630 1.212 2.162 0.825 1.251 1.744 0.546 1.112 0.526 1.817 0.854 1.262 0.390 1.509 0.766 1.547 1.334 2.860 0.852 1.090 0.504 0.373 1319 chr18 42414587 42439458 + 0 NA intron (NM_001130110, intron 2 of 3) intron (NM_001130110, intron 2 of 3) 123109 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 0.990 1.428 0.468 0.072 0.613 0.445 0.073 0.008 0.986 0.215 0.039 0.012 0.025 0.540 0.444 0.699 0.458 0.290 0.025 0.039 0.012 0.088 0.027 0.048 0.031 2.825 0.024 0.215 0.031 0.063 0.234 0.052 0.034 0.018 0.035 0.063 0.232 0.048 0.185 0.265 0.192 0.073 0.298 0.029 0.688 0.696 0.607 0.592 1.573 1.376 1.519 0.476 0.054 0.078 0.912 1.420 0.569 0.546 1.261 1.139 0.208 0.328 2.048 2.710 0.475 nan 4.251 2.270 3.868 0.088 0.015 0.404 0.271 0.190 0.017 0.058 0.017 0.015 0.395 0.691 0.172 0.048 0.022 0.013 0.040 0.038 0.044 0.065 0.249 0.020 0.098 0.305 0.986 0.011 0.018 0.699 0.096 0.040 0.232 0.042 0.411 0.014 0.014 0.051 0.072 0.351 0.079 0.480 0.129 0.019 0.014 1826 chr22 19465004 19468836 + 0 NA promoter-TSS (NM_001178010) promoter-TSS (NM_001178010) -182 NM_005659 7353 Hs.474213 NM_005659 ENSG00000070010 UFD1L UFD1 ubiquitin fusion degradation 1 like (yeast) protein-coding 5.102 nan 3.972 4.037 5.700 5.666 3.196 4.151 8.101 3.373 4.890 0.380 1.534 4.861 4.053 2.859 0.972 4.599 2.667 4.936 0.701 5.783 2.558 3.266 nan 6.232 4.773 8.020 2.332 2.610 3.941 0.090 7.722 1.511 3.186 6.693 1.561 6.456 7.860 2.591 1.506 4.913 6.536 1.910 2.659 1.220 8.730 7.006 8.115 11.295 7.397 8.687 7.404 7.266 16.447 17.457 5.570 7.083 8.183 12.089 9.929 9.837 5.932 7.801 8.172 11.845 7.649 4.915 6.493 3.990 1.861 1.791 1.761 2.644 1.568 2.530 2.356 1.518 2.256 2.223 4.141 1.689 1.754 4.999 4.259 1.727 2.303 0.854 1.312 3.352 2.310 3.906 2.771 3.673 3.373 6.192 3.469 4.599 2.272 3.412 1.427 3.827 2.812 2.088 2.236 3.703 1.200 1.981 1.239 1.388 2.507 1.257 1.412 0.886 2454 chr7 72236710 72258351 + 0 NA intron (NM_001145440, intron 6 of 14) intron (NM_001145440, intron 6 of 14) 51283 NM_001145440 441250 Hs.488614 NM_001145440 ENSG00000277149 TYW1B LINC00069|NCRNA00069|RSAFD2 tRNA-yW synthesizing protein 1 homolog B protein-coding nan 0.681 1.247 0.197 0.073 0.521 0.276 0.118 0.014 0.291 0.411 0.240 0.026 0.152 0.158 0.484 0.280 0.260 0.411 0.272 0.052 0.150 0.025 0.172 0.226 0.096 0.278 0.436 0.040 0.114 0.085 0.198 0.454 0.061 0.084 0.106 0.052 0.108 0.381 0.061 0.075 0.420 0.728 0.241 0.143 0.092 0.457 0.406 0.419 nan 0.413 0.540 1.338 0.391 0.237 0.223 1.441 nan 0.320 nan 0.635 0.409 0.179 0.302 0.283 0.528 0.628 1.328 3.175 1.358 0.110 0.253 0.058 0.414 0.504 0.234 0.032 0.111 0.080 0.092 0.217 0.044 0.510 0.119 0.038 0.047 0.078 0.033 0.061 0.184 0.143 0.228 0.047 0.101 0.291 0.079 1.015 0.260 0.073 0.088 0.219 0.121 2.108 0.103 0.023 0.146 0.139 0.104 0.062 0.416 0.035 0.079 0.050 0.026 2077 chr4 129553380 129560073 + 0 NA Intergenic Intergenic -174052 NM_199320 79960 Hs.12420 NM_024900 ENSG00000077684 JADE1 PHF17 jade family PHD finger 1 protein-coding 1.023 4.043 nan 2.795 0.200 1.412 0.813 0.535 0.005 0.250 0.342 0.071 0.196 0.019 0.796 0.271 0.279 0.303 0.447 0.167 0.132 0.144 0.202 0.338 0.072 0.170 4.035 0.088 0.236 0.016 0.080 0.240 0.052 0.183 0.014 0.144 0.144 0.245 0.112 0.013 0.119 0.064 0.021 0.060 0.285 0.262 0.136 0.273 0.249 0.585 0.587 0.373 0.176 0.140 0.115 0.662 0.699 3.151 2.209 0.337 0.116 0.321 0.424 1.785 1.999 0.225 0.479 1.886 1.478 0.794 0.201 0.028 0.629 0.495 0.965 0.320 0.086 3.997 0.285 0.101 0.042 0.100 0.105 0.069 0.036 0.211 2.413 0.053 5.748 1.363 0.250 0.053 0.097 0.279 0.291 0.112 0.072 0.023 2.628 0.117 0.012 0.153 0.149 0.052 0.089 0.093 0.103 0.099 0.026 0.016 1222 chr17 48045453 48055385 + 0 NA exon (NM_001934, exon 1 of 2) exon (NM_001934, exon 1 of 2) 289 NM_001934 1748 Hs.591167 NM_001934 ENSG00000108813 DLX4 BP1|DLX7|DLX8|DLX9|OFC15 distal-less homeobox 4 protein-coding 1.235 0.915 nan 0.151 0.528 0.882 0.367 0.212 0.763 0.430 0.167 0.049 0.101 0.600 0.175 0.143 0.109 0.204 6.153 0.180 0.075 0.549 0.160 0.306 nan 0.735 0.722 1.553 0.132 0.536 0.874 0.089 0.776 0.331 0.200 0.523 0.104 0.224 0.654 0.087 0.861 0.612 1.586 0.198 0.486 0.272 0.838 1.572 0.724 1.860 0.766 nan 0.424 0.103 0.424 0.448 0.294 0.517 0.585 nan 1.413 1.156 0.416 0.719 0.879 0.690 0.929 1.809 0.820 0.606 0.380 0.375 0.192 0.158 0.011 0.321 0.028 0.250 0.095 0.559 0.153 0.305 0.080 0.351 0.453 0.288 0.149 0.601 0.535 0.393 1.606 0.826 0.318 0.660 0.430 1.538 0.241 0.204 0.219 1.103 0.562 1.914 0.031 0.109 0.064 0.261 0.300 0.278 0.159 0.637 0.107 0.077 0.261 0.133 2036 chr4 39306835 39315720 + 0 NA intron (NM_002913, intron 12 of 24) L1MB7|LINE|L1 56724 NM_001204747 5981 Hs.507475 NM_002913 ENSG00000035928 RFC1 A1|MHCBFB|PO-GA|RECC1|RFC|RFC140 replication factor C subunit 1 protein-coding 0.866 0.540 1.065 0.105 0.138 0.416 0.268 0.499 0.186 0.691 0.055 0.044 0.252 0.014 0.458 0.245 0.268 0.095 0.241 0.084 0.091 0.012 0.162 0.116 0.046 0.064 0.176 0.181 0.307 0.074 0.105 0.262 0.067 0.138 0.254 0.009 0.095 0.276 0.047 0.036 0.201 0.165 0.130 0.184 0.178 0.536 0.510 1.086 0.926 0.714 0.930 0.360 0.201 0.165 0.180 0.816 1.353 1.098 0.760 2.785 1.899 0.421 0.491 0.068 0.085 0.351 0.892 4.908 2.145 0.019 0.334 0.879 0.034 0.296 0.197 0.070 0.050 1.220 0.207 0.096 0.095 0.044 0.060 0.268 0.324 0.252 0.153 0.238 0.008 0.045 0.186 0.129 0.186 0.268 0.241 0.041 0.177 0.046 0.242 0.142 0.009 0.125 0.037 0.238 0.090 0.208 0.068 0.085 0.100 0.033 1747 chr20 45311395 45344221 + 0 NA Intergenic Intergenic -9532 NM_033550 112858 Hs.440263 NM_033550 ENSG00000172315 TP53RK BUD32|C20orf64|Nori-2|Nori-2p|PRPK|dJ101A2 TP53 regulating kinase protein-coding nan nan 1.155 0.483 1.200 0.857 0.361 0.566 0.292 0.794 0.677 0.113 0.244 0.892 0.537 0.230 0.128 0.870 0.613 1.345 0.113 0.625 0.121 0.831 1.209 0.558 0.875 1.877 0.400 0.880 0.614 0.119 0.988 0.425 0.175 1.033 0.262 1.175 0.510 0.332 0.143 1.317 1.689 0.819 0.862 0.358 2.282 2.840 0.856 1.693 1.038 0.993 nan 1.371 0.936 1.044 0.700 0.979 1.509 2.502 nan 1.346 2.767 2.390 0.182 0.160 1.807 2.622 0.506 0.446 0.274 0.337 0.378 0.252 0.114 0.991 0.317 0.477 0.382 0.311 0.405 0.034 0.519 0.515 0.423 0.220 0.207 0.210 0.225 0.450 0.581 0.676 0.450 1.021 0.794 0.835 0.827 0.870 0.294 1.628 0.229 1.205 0.364 0.197 0.179 0.724 0.192 0.236 0.945 0.561 0.438 0.222 0.263 0.154 174 chr1 151135204 151140432 + 0 NA promoter-TSS (NM_001204856) promoter-TSS (NM_001204856) 552 NM_212551 388695 Hs.591482 NM_212551 ENSG00000163155 LYSMD1 SB145 LysM domain containing 1 protein-coding nan 2.853 2.766 1.300 1.771 1.981 1.012 2.008 0.317 2.645 1.474 0.184 1.160 1.663 1.311 1.910 1.136 2.382 2.239 1.526 0.820 1.355 1.067 0.566 18.440 13.049 1.561 10.073 1.424 2.025 2.547 0.190 3.107 1.302 1.097 1.063 0.484 2.169 2.309 1.712 0.418 2.360 4.939 1.117 1.974 1.457 2.297 2.855 4.977 6.653 5.458 nan 4.413 1.619 4.225 4.670 2.758 3.510 3.371 3.824 3.792 3.203 3.408 5.387 2.434 2.495 3.588 6.402 2.320 0.942 1.343 2.687 0.733 2.022 1.478 2.365 1.006 2.514 1.819 0.850 2.814 0.380 1.029 1.734 1.685 1.136 0.587 2.491 3.552 1.051 1.923 1.928 3.745 4.477 2.645 1.955 1.335 2.382 1.450 1.915 0.912 3.015 2.561 1.050 0.186 2.232 0.765 0.816 1.583 2.160 0.537 0.465 0.831 0.497 820 chr13 112503940 112527467 + 0 NA Intergenic Intergenic -31989 NR_046992 101928616 Hs.528450 NR_046992 LINC00354 - long intergenic non-protein coding RNA 354 ncRNA 0.600 nan 0.584 2.762 0.027 3.887 2.005 0.049 0.008 5.573 0.054 0.068 0.024 0.082 0.008 0.693 0.296 5.997 0.090 0.158 0.005 0.037 0.004 0.080 0.297 0.110 0.054 2.937 0.006 0.056 0.032 0.063 0.130 0.020 0.039 0.051 0.003 0.041 0.180 0.014 0.024 0.132 0.050 0.048 0.049 0.044 0.444 0.256 0.136 0.173 5.710 6.279 1.919 0.771 0.049 0.060 0.022 0.060 4.858 6.113 0.187 0.067 0.385 0.389 1.055 0.725 0.103 0.164 0.673 0.407 3.076 0.027 0.004 0.016 0.017 2.982 0.006 0.031 0.013 0.039 0.218 0.334 0.180 0.034 0.023 0.029 0.007 0.015 0.092 0.045 0.006 0.013 0.014 5.573 0.094 0.024 5.997 0.010 0.031 0.004 0.045 0.082 0.006 0.005 0.017 0.040 0.044 0.100 0.015 0.013 0.040 0.022 0.015 1799 chr21 35014797 35019376 + 0 NA intron (NM_001001132, intron 1 of 29) intron (NM_001001132, intron 1 of 29) 2302 NM_003024 6453 Hs.90221 NM_003024 ENSG00000205726 ITSN1 ITSN|SH3D1A|SH3P17 intersectin 1 protein-coding 2.822 1.399 3.478 1.407 2.117 1.403 0.937 1.899 1.493 1.580 1.098 0.106 0.223 1.882 1.258 0.411 0.214 1.509 1.000 0.953 2.784 1.179 0.480 1.438 1.877 1.292 1.351 5.832 0.394 1.808 1.514 0.121 3.154 0.607 1.169 2.792 0.900 4.953 1.191 0.432 0.534 2.386 1.591 1.889 1.976 0.526 1.851 2.051 1.842 2.945 2.378 2.630 2.203 0.581 1.676 1.645 1.942 2.358 2.168 2.753 2.450 2.502 0.867 2.428 2.035 1.760 2.890 2.743 nan 1.022 0.563 1.280 1.863 1.406 0.377 1.763 1.450 1.343 1.399 2.131 0.671 0.744 0.753 2.448 1.656 0.959 0.486 1.676 0.956 2.002 1.888 2.823 1.229 1.275 1.580 3.360 3.397 1.509 0.534 0.719 0.183 2.437 1.122 0.806 0.515 1.019 4.956 0.789 0.475 0.695 0.793 0.703 0.802 0.338 1571 chr2 70307507 70324296 + 0 NA exon (NM_006196, exon 1 of 1) exon (NM_006196, exon 1 of 1) 1316 NM_006196 5093 Hs.2853 NM_006196 ENSG00000169564 PCBP1 HEL-S-85|HNRPE1|HNRPX|hnRNP-E1|hnRNP-X poly(rC) binding protein 1 protein-coding nan nan 4.842 6.232 2.340 8.229 4.914 3.178 2.270 5.052 1.592 0.235 1.582 3.629 5.210 2.956 1.301 5.949 3.119 3.063 0.811 5.151 1.928 2.995 10.363 5.936 4.158 7.611 2.377 4.134 2.820 0.184 3.006 1.860 1.387 3.392 0.694 3.306 4.994 2.929 1.192 3.279 4.898 1.852 2.783 2.236 6.910 5.642 5.650 7.811 9.476 10.511 7.182 6.376 10.110 10.947 4.635 5.370 8.696 10.940 6.326 5.573 5.829 7.596 3.732 4.369 7.127 5.884 nan 1.074 5.160 3.779 1.754 2.322 2.802 5.441 3.359 3.400 3.940 1.795 4.496 0.877 2.284 4.122 2.342 1.100 2.980 1.972 1.965 3.833 5.008 3.355 2.755 3.689 5.052 4.931 3.487 5.949 2.524 2.595 1.678 5.263 2.764 2.383 1.359 1.999 1.710 3.399 2.964 2.394 2.571 1.947 2.391 2.489 422 chr10 115825407 115835862 + 0 NA Intergenic Intergenic 26828 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.485 nan 0.557 0.068 0.103 0.432 0.284 0.155 0.022 0.086 0.476 0.199 0.018 0.130 0.030 0.230 0.117 0.080 0.095 0.224 0.012 0.090 0.081 0.216 0.447 0.054 0.183 0.290 0.007 0.332 0.002 0.088 0.470 0.078 0.043 0.045 0.023 0.073 0.195 0.105 0.171 0.748 0.804 0.121 0.065 0.110 0.623 0.469 7.788 2.719 0.115 0.089 0.912 0.232 0.224 0.227 0.199 0.318 0.520 0.533 0.167 0.112 0.174 0.257 0.109 0.086 0.131 0.116 0.608 0.415 0.043 0.221 0.101 0.113 0.039 0.233 0.027 0.185 0.035 0.171 0.088 0.028 0.058 0.150 0.029 0.037 0.146 0.046 0.188 0.151 0.095 0.116 0.030 0.161 0.086 0.092 0.222 0.080 0.105 0.091 0.155 0.231 0.065 0.004 0.073 0.022 0.077 0.114 0.082 0.055 0.036 0.006 0.005 905 chr14 100695117 100714264 + 0 NA promoter-TSS (NM_003403) promoter-TSS (NM_003403) -412 NM_003403 7528 Hs.388927 NM_003403 ENSG00000100811 YY1 DELTA|INO80S|NF-E1|UCRBP|YIN-YANG-1 YY1 transcription factor protein-coding 3.662 1.736 2.010 2.465 1.754 2.011 1.184 1.160 0.881 2.084 1.575 0.317 0.110 0.912 1.766 1.252 0.568 2.287 0.941 1.026 0.278 1.396 0.375 1.717 2.918 2.229 2.622 3.279 0.416 0.966 1.671 0.135 2.944 0.469 0.939 1.294 0.385 1.601 1.533 0.459 0.413 2.051 2.835 0.608 0.820 0.912 1.757 2.035 2.495 3.546 4.247 4.246 1.783 0.966 2.825 2.923 1.627 2.307 2.536 3.954 3.908 4.121 2.653 4.494 1.885 2.375 1.964 1.926 1.100 0.707 1.944 0.704 0.613 0.627 0.703 2.060 1.131 1.321 1.483 0.643 1.286 0.558 1.788 1.678 1.669 0.873 0.778 0.675 0.329 1.541 1.935 3.429 0.751 2.134 2.084 0.991 1.466 2.287 0.513 1.043 0.325 1.975 0.628 0.973 0.865 1.215 0.470 0.600 2.486 0.575 1.888 0.483 0.705 0.351 1552 chr2 46200203 46211012 + 0 NA intron (NM_005400, intron 3 of 14) intron (NM_005400, intron 3 of 14) -318934 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 0.751 nan 0.764 0.578 0.106 0.410 0.133 0.208 0.001 0.283 0.214 0.035 0.184 0.116 0.115 0.129 0.188 0.149 0.169 0.107 0.019 0.091 nan 0.172 0.130 1.051 0.027 8.365 0.054 0.104 0.165 0.033 0.077 0.162 0.044 0.039 0.247 0.075 0.022 0.139 0.148 0.085 0.197 0.039 0.347 0.199 0.215 0.280 nan 0.991 4.199 0.861 0.401 0.518 0.303 0.569 0.986 0.730 0.368 0.223 0.161 0.241 0.066 0.074 0.150 nan nan 0.471 1.796 0.471 0.054 0.101 0.037 1.168 0.025 0.173 0.054 0.042 0.099 0.009 0.060 0.262 0.073 0.028 0.028 0.267 0.291 0.150 0.207 0.074 0.070 0.171 0.283 0.153 0.196 0.188 0.023 0.071 0.028 0.188 0.047 0.113 0.004 0.184 0.021 4.082 0.036 0.056 0.043 0.070 0.064 0.042 1194 chr17 40667138 40700858 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3953 NM_000263 4669 Hs.50727 NM_000263 ENSG00000108784 NAGLU CMT2V|MPS-IIIB|MPS3B|NAG|UFHSD N-acetyl-alpha-glucosaminidase protein-coding 2.101 1.483 nan 1.201 1.401 1.144 0.558 2.603 0.265 0.770 1.721 0.325 1.644 2.880 3.744 0.560 0.354 0.929 0.824 0.687 0.646 2.104 1.415 1.345 nan 0.751 1.411 1.554 0.807 0.449 0.411 0.111 0.930 2.023 1.161 2.567 0.659 2.586 0.789 2.480 0.530 1.914 0.898 1.102 1.374 0.446 1.118 1.275 0.774 1.309 1.280 nan 1.621 0.576 1.745 1.764 0.964 1.534 1.767 nan 2.685 2.618 0.594 0.850 1.382 1.273 1.337 2.098 1.079 0.618 0.619 2.555 1.267 0.939 0.413 0.771 0.370 2.949 3.232 1.487 0.778 0.354 0.445 4.646 1.228 0.476 1.343 0.308 0.232 3.950 1.861 2.114 3.191 1.504 0.770 2.901 2.642 0.929 0.736 0.965 0.246 3.643 0.891 2.757 1.116 2.458 1.238 0.219 0.310 0.727 1.115 1.177 1.790 1.119 41 chr1 10993769 11051174 + 0 NA intron (NM_001170754, intron 5 of 12) AluSz|SINE|Alu 19623 NM_001170754 148345 Hs.127026 NM_173507 ENSG00000175262 C1orf127 - chromosome 1 open reading frame 127 protein-coding 1.175 1.073 nan 5.525 0.184 0.616 0.301 0.099 0.014 0.514 0.213 0.188 0.056 0.118 0.033 0.478 0.256 0.894 0.448 0.164 0.063 0.198 0.061 0.092 0.639 0.116 0.130 2.480 0.049 2.541 0.102 0.091 0.230 0.037 0.147 0.141 0.086 0.136 0.275 0.108 0.048 0.166 0.284 0.094 0.098 0.073 0.507 0.712 0.374 0.558 2.796 3.205 1.626 0.442 1.601 nan 0.310 nan 10.181 9.022 nan 0.498 0.539 0.605 0.499 0.437 0.500 1.298 1.890 0.917 1.022 0.208 0.056 0.124 0.302 1.228 0.063 0.264 0.145 0.090 0.073 0.147 0.039 0.108 0.055 0.023 0.068 0.843 0.787 0.299 0.113 0.112 0.047 0.135 0.514 0.194 0.095 0.894 0.064 0.075 0.139 0.230 0.743 0.045 0.023 0.101 0.056 2.249 0.222 0.179 0.036 0.060 0.320 0.228 52 chr1 19032360 19059398 + 0 NA intron (NM_002584, intron 7 of 7) intron (NM_002584, intron 7 of 7) 88379 NM_002584 5081 Hs.113253 NM_002584 ENSG00000009709 PAX7 HUP1|PAX7B|RMS2 paired box 7 protein-coding 0.847 0.740 nan 0.072 0.075 0.241 0.106 0.057 0.016 0.081 0.086 0.060 0.007 0.059 0.012 0.058 0.076 0.053 0.169 0.083 0.009 0.063 0.008 0.070 1.745 0.152 0.124 0.343 0.035 0.071 0.098 0.084 0.135 0.096 0.041 0.089 0.023 0.031 0.253 0.028 0.030 0.110 0.171 0.039 0.066 0.081 0.205 0.181 0.110 0.123 0.338 0.423 0.080 0.048 0.244 nan 0.151 nan 0.147 0.168 nan 0.424 0.183 0.239 0.037 0.063 1.477 5.463 0.272 0.310 0.039 0.094 0.007 0.082 0.056 0.141 0.011 0.166 0.045 0.043 0.115 0.007 0.041 0.092 0.033 0.006 0.037 0.026 0.027 0.178 0.105 0.044 0.020 0.064 0.081 0.069 0.226 0.053 0.014 0.040 0.266 0.145 0.034 0.018 0.002 0.044 0.037 0.025 0.022 2.117 0.033 0.056 0.023 0.004 1451 chr19 42652711 42665240 + 0 NA Intergenic Intergenic -21310 NR_036208 100422980 NR_036208 ENSG00000266226 MIR4323 - microRNA 4323 ncRNA 1.669 1.398 1.284 1.601 0.081 2.150 1.123 0.123 0.005 5.847 0.049 0.038 0.076 0.127 0.050 0.220 0.129 2.295 0.985 0.221 0.030 0.070 0.016 0.119 nan 0.090 0.090 1.532 0.023 0.186 0.078 0.067 0.140 0.024 0.052 0.016 0.028 0.178 0.061 0.052 0.053 0.133 0.072 0.085 0.075 0.293 0.577 0.126 0.156 2.567 3.367 3.881 1.428 0.218 0.250 0.402 0.888 2.222 2.591 0.822 0.545 0.403 0.427 0.190 0.158 0.912 1.862 3.759 1.938 0.503 0.106 0.015 0.110 0.048 0.447 0.011 0.060 0.023 0.082 0.078 0.038 0.556 0.147 0.038 0.019 0.018 0.025 0.067 0.134 0.319 0.132 0.037 0.037 5.847 0.113 0.007 2.295 0.010 0.059 0.133 0.134 1.315 0.016 0.017 0.012 0.018 0.031 0.056 0.137 0.037 0.038 0.014 0.012 302 chr1 214150343 214196901 + 0 NA intron (NM_001270616, intron 2 of 4) intron (NM_001270616, intron 2 of 4) 11778 NM_002763 5629 Hs.741808 NM_002763 ENSG00000117707 PROX1 - prospero homeobox 1 protein-coding 1.841 2.253 3.283 4.769 0.093 1.920 0.992 0.089 0.020 0.619 0.124 0.072 0.020 0.045 0.015 3.027 1.627 4.896 1.353 0.309 0.008 0.135 0.014 0.130 0.738 0.335 0.094 nan 0.016 1.245 0.074 0.114 0.145 0.071 0.039 0.135 0.011 0.049 0.324 0.061 0.035 0.223 0.325 0.097 0.083 0.266 2.152 2.582 2.735 2.088 8.472 8.395 nan 1.885 4.645 4.919 2.891 nan 4.852 4.667 0.992 0.908 1.115 2.091 2.911 2.729 1.043 2.412 3.725 1.891 0.048 0.073 0.004 0.054 0.821 1.239 0.009 0.138 0.085 0.025 0.088 0.672 1.812 0.132 0.040 0.033 0.038 0.354 0.481 0.311 0.105 0.055 0.370 0.039 0.619 0.043 0.022 4.896 0.097 0.047 0.284 0.097 1.566 0.017 0.028 0.042 0.012 1.198 1.215 0.407 0.114 0.065 0.022 0.012 1453 chr19 42745390 42763670 + 0 NA exon (NM_006494, exon 2 of 4) exon (NM_006494, exon 2 of 4) 3521 NM_001308402 2077 Hs.655969 NM_006494 ENSG00000105722 ERF CHYTS|CRS4|PE-2|PE2 ETS2 repressor factor protein-coding 3.630 2.137 2.436 1.839 4.426 2.486 1.408 5.993 1.051 2.873 1.643 0.386 0.863 3.249 3.739 1.115 0.667 2.563 3.979 2.932 1.138 2.097 0.612 1.534 nan 2.342 3.627 4.309 0.945 1.924 5.549 0.157 4.027 1.991 1.741 3.634 0.697 2.256 3.022 1.627 0.737 4.148 3.986 2.114 2.194 1.630 2.234 2.986 2.500 3.696 3.129 3.147 4.155 1.612 5.729 5.878 2.989 4.482 3.360 4.679 2.478 2.314 1.590 2.644 2.786 2.868 2.576 3.859 2.400 1.353 1.319 1.384 1.969 3.778 1.720 2.266 2.466 1.767 1.857 4.524 2.762 0.844 1.489 4.831 2.527 1.185 0.806 0.940 0.652 2.571 7.390 10.155 2.385 1.819 2.873 3.046 0.962 2.563 1.653 2.126 1.195 5.646 1.544 1.156 0.882 0.761 1.312 1.069 1.467 1.287 2.292 0.998 1.528 0.939 866 chr14 60617800 60633173 + 0 NA intron (NM_001322280, intron 1 of 6) L3|LINE|CR1 6725 NM_001322282 51635 Hs.59719 NM_016029 ENSG00000100612 DHRS7 CGI-86|SDR34C1|retDSR4|retSDR4 dehydrogenase/reductase 7 protein-coding nan nan 2.200 2.339 0.459 1.583 0.922 0.489 0.198 2.089 0.818 0.105 0.332 0.953 0.827 0.531 0.451 1.222 0.775 0.637 0.242 0.656 0.241 0.770 0.857 0.737 1.317 3.057 0.372 0.320 0.409 0.131 0.721 0.298 0.257 0.338 0.168 0.643 0.495 0.751 0.141 1.231 1.367 0.381 0.758 0.374 1.235 1.672 0.867 1.451 2.658 2.488 2.353 0.877 nan 3.168 1.268 1.874 3.692 nan 3.951 3.057 1.111 2.025 3.540 4.304 1.054 2.369 1.698 0.978 0.582 0.443 0.156 0.504 0.307 1.958 0.027 0.678 0.526 0.168 0.467 0.905 3.105 0.623 0.500 0.269 0.289 0.273 0.275 0.515 0.624 0.784 0.428 1.091 2.089 0.720 0.617 1.222 0.498 0.297 0.528 0.837 0.592 0.373 0.548 0.685 0.308 0.255 0.781 0.972 0.416 0.345 0.093 0.059 2452 chr7 57883564 57887781 + 0 NA Intergenic Intergenic 375789 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 1.212 1.611 0.083 0.154 0.459 0.105 0.276 0.139 0.144 0.161 0.038 0.143 0.105 0.113 0.140 0.142 0.423 0.506 0.029 0.279 0.410 0.174 0.399 0.419 0.491 0.034 0.228 0.091 0.278 0.514 0.182 0.244 0.018 0.181 0.460 0.194 0.291 0.206 0.203 0.250 0.074 2.326 5.209 11.652 2.252 0.366 0.493 0.260 0.160 0.541 0.665 0.376 0.801 0.132 0.221 0.753 0.360 0.623 1.109 0.080 0.119 0.220 0.429 0.397 0.363 0.027 0.083 0.110 0.070 0.042 0.095 0.024 0.066 0.086 0.053 0.091 0.113 0.289 0.043 0.056 0.200 0.018 0.113 0.357 0.178 0.053 0.161 0.262 0.144 0.087 0.142 0.039 0.045 0.087 0.024 0.032 0.040 0.111 0.157 0.191 0.175 0.118 0.071 0.124 0.055 0.024 2223 chr5 172312688 172316224 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 1 of 9) MIR|SINE|MIR 53233 NM_001031711 57222 Hs.509163 NM_020462 ENSG00000113719 ERGIC1 ERGIC-32|ERGIC32|NET24 endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment 1 protein-coding 0.662 0.472 0.726 0.149 0.162 0.291 0.090 3.527 0.035 0.144 0.469 0.052 0.055 0.219 0.570 0.133 0.067 0.069 0.263 0.163 3.745 2.222 0.207 0.275 0.743 0.174 1.505 0.472 0.181 0.257 0.134 0.490 0.337 0.081 0.313 0.091 0.256 0.292 1.253 0.022 0.264 0.256 1.764 0.786 0.856 0.222 0.242 0.541 nan 0.246 0.359 0.258 0.099 0.141 0.292 0.411 nan 0.332 0.453 0.307 0.229 0.267 0.338 0.141 0.110 0.286 0.457 0.313 0.224 0.016 0.381 0.377 0.129 0.059 0.124 0.039 2.609 1.371 0.237 0.151 0.068 10.133 0.371 0.351 0.121 0.065 0.068 0.262 0.275 0.150 0.270 0.997 0.144 0.123 0.278 0.069 0.591 0.390 0.109 0.362 1.634 0.058 0.120 8.261 0.130 0.105 1.186 0.188 0.131 0.072 593 chr11 114090161 114116473 + 0 NA intron (NM_001018011, intron 4 of 6) (GGCTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -63218 NM_006169 4837 Hs.503911 NM_006169 ENSG00000166741 NNMT - nicotinamide N-methyltransferase protein-coding 0.947 0.839 0.716 0.207 0.030 0.301 0.128 0.056 0.021 0.289 0.045 0.049 0.007 0.032 0.026 0.149 0.135 0.141 0.108 0.090 0.052 0.004 0.095 0.093 0.074 0.032 0.300 0.011 0.187 0.021 0.108 0.109 0.069 0.042 0.015 0.052 0.158 0.025 0.012 0.136 0.073 0.061 0.055 0.060 0.733 nan 0.111 0.131 0.619 0.656 0.683 0.179 0.147 0.148 0.400 nan 0.429 0.471 1.040 1.062 0.575 0.844 0.758 0.694 1.071 3.568 0.867 0.669 0.042 0.038 0.011 0.056 0.038 0.139 0.016 0.029 0.017 0.067 0.050 0.221 0.161 0.192 0.037 0.024 0.061 0.033 0.009 0.205 0.084 0.040 0.012 0.053 0.289 0.049 0.050 0.141 0.033 0.088 0.059 0.065 0.073 0.008 0.006 0.033 0.038 0.055 0.200 0.697 0.012 0.083 0.018 0.022 770 chr12 133531026 133534110 + 0 NA intron (NM_183238, intron 1 of 4) C-rich|Low_complexity|Low_complexity 300 NM_183238 100289635 Hs.29698 NM_183238 ENSG00000196458 ZNF605 - zinc finger protein 605 protein-coding 2.238 1.244 1.489 1.568 2.441 1.880 0.677 1.385 0.620 1.842 0.707 0.103 0.431 2.159 0.607 1.473 0.670 2.469 0.435 0.177 1.341 0.475 0.982 2.460 1.615 0.660 3.849 0.239 0.693 3.769 0.147 2.041 0.459 0.150 2.194 0.695 3.650 1.177 0.773 0.224 1.623 1.203 1.960 0.963 0.373 0.315 0.661 0.348 0.372 3.186 2.594 3.651 1.300 4.959 4.873 0.796 1.367 nan 3.969 1.917 2.414 1.247 1.817 1.367 0.862 1.747 2.376 0.143 0.174 2.421 1.938 0.684 0.363 0.420 0.551 3.862 1.080 1.746 0.936 1.477 0.217 12.570 0.988 1.691 1.140 0.501 0.126 0.040 0.813 1.663 2.416 0.616 1.028 1.842 2.032 1.891 2.469 0.276 0.376 0.712 3.144 1.976 0.418 0.544 0.955 0.145 0.376 0.805 1.248 0.515 0.762 1.662 1.000 188 chr1 153852218 153855840 + 0 NA intron (NM_020699, intron 1 of 10) intron (NM_020699, intron 1 of 10) 41422 NM_020699 57459 Hs.4779 NM_020699 ENSG00000143614 GATAD2B MRD18|P66beta|p68 GATA zinc finger domain containing 2B protein-coding nan nan 2.392 2.845 0.148 5.720 3.542 0.778 0.068 4.789 1.426 0.358 0.369 1.310 0.051 2.388 1.434 3.971 0.839 0.524 0.137 0.076 0.058 0.092 7.201 2.997 0.297 20.195 0.364 1.243 0.120 0.189 0.314 0.186 0.185 0.102 0.037 0.415 0.089 0.043 0.757 0.858 0.307 0.079 0.643 6.706 5.624 6.352 7.447 16.240 nan 9.118 2.372 0.808 0.811 4.989 5.382 6.710 8.954 6.140 6.505 3.397 5.633 4.433 7.111 2.845 3.544 3.506 2.069 5.192 0.399 0.079 0.229 0.303 5.831 0.131 0.454 0.079 0.062 0.174 0.373 1.647 0.128 0.017 0.022 0.107 0.130 0.169 0.112 0.202 0.123 0.263 0.557 4.789 1.542 0.229 3.971 0.151 0.068 1.204 0.156 3.534 0.019 0.012 0.331 0.123 0.826 3.441 0.375 0.020 0.031 0.005 0.028 402 chr10 92961371 92982388 + 0 NA intron (NM_001257101, intron 1 of 9) MIR|SINE|MIR -8029 NM_001256549 84333 Hs.500512 NM_032373 ENSG00000180628 PCGF5 RNF159 polycomb group ring finger 5 protein-coding 0.704 1.569 0.988 2.473 0.172 3.946 2.041 0.437 0.083 0.079 0.306 0.139 0.063 0.283 0.095 1.193 0.617 4.379 0.225 0.329 0.147 0.325 0.110 0.216 0.358 0.199 0.160 3.063 0.014 0.310 0.140 0.094 0.439 0.068 0.317 0.212 0.064 0.181 0.209 0.141 0.107 0.374 0.334 0.195 0.202 0.263 0.436 0.612 0.749 1.025 4.007 3.918 4.454 1.616 0.814 0.792 0.549 0.822 nan 6.622 0.316 0.246 0.308 0.632 1.024 0.790 0.535 0.938 2.201 1.164 2.087 0.131 0.045 0.302 0.533 2.540 0.053 0.169 0.199 0.303 0.115 0.205 0.121 0.272 0.264 0.185 0.069 0.097 0.164 0.153 0.581 0.304 0.304 0.314 0.079 0.404 0.199 4.379 0.147 0.172 0.116 0.175 0.397 0.139 0.086 0.105 0.137 0.212 0.292 0.212 0.080 0.153 0.076 0.044 1940 chr3 124702539 124707257 + 0 NA intron (NM_020733, intron 14 of 16) AluSz|SINE|Alu -51303 NM_033049 56667 Hs.5940 NM_033049 ENSG00000173702 MUC13 DRCC1|MUC-13 mucin 13, cell surface associated protein-coding 1.209 nan 0.608 0.108 0.093 0.518 0.183 1.619 0.052 0.356 0.967 0.522 0.799 1.525 0.132 0.165 0.190 0.101 0.090 0.259 1.548 1.383 1.925 0.249 0.419 0.160 0.149 0.271 0.308 0.607 0.045 0.092 0.358 0.527 0.048 1.634 0.569 2.029 0.530 2.314 0.051 0.400 0.342 0.707 0.492 0.285 0.429 0.251 0.531 1.401 0.386 0.436 2.199 0.443 0.254 0.409 1.407 nan 0.395 0.474 0.787 0.410 0.356 0.536 0.125 0.106 0.384 0.860 1.039 0.691 0.036 3.505 0.122 1.347 0.041 0.526 1.453 1.162 0.125 2.043 0.173 6.730 9.750 3.270 1.089 0.034 0.051 5.420 0.535 1.355 0.033 0.627 0.356 0.658 0.262 0.101 0.548 0.298 0.020 0.653 0.534 6.739 0.035 1.575 4.235 0.498 0.049 0.136 1.096 1.486 4.791 4.622 1097 chr16 86956584 86966723 + 0 NA Intergenic Intergenic -129737 NR_126008 440390 Hs.513789 NR_126008 ENSG00000232190 LOC440390 - uncharacterized LOC440390 ncRNA nan 0.312 0.314 0.018 0.076 0.149 0.084 0.483 0.012 0.164 0.178 0.016 0.037 0.062 0.056 0.032 0.056 0.047 0.125 0.215 0.831 0.101 0.010 0.153 0.062 0.088 0.071 0.210 0.137 0.043 0.066 0.551 0.849 0.049 0.431 2.397 5.434 0.567 0.033 0.086 0.140 0.169 0.249 0.048 0.176 0.259 0.101 0.106 0.100 0.136 0.205 0.055 0.060 0.128 0.157 0.050 0.125 0.074 0.086 0.269 0.205 0.063 0.064 0.033 0.040 0.086 0.153 0.203 0.280 0.022 0.365 7.185 0.030 0.027 0.041 1.245 0.563 0.007 0.074 0.010 0.015 2.177 0.510 0.207 0.045 0.016 0.012 6.470 0.096 0.073 0.055 0.052 0.164 0.071 0.229 0.047 0.061 0.133 0.049 0.069 0.040 3.977 0.025 0.186 1.864 0.022 0.019 0.012 2.166 0.018 0.023 0.005 641 chr12 7044915 7057225 + 0 NA 3' UTR (NM_001940, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_001940, exon 10 of 10) -1531 NM_001301836 113246 Hs.405913 NM_138425 ENSG00000111678 C12orf57 C10|GRCC10 chromosome 12 open reading frame 57 protein-coding 3.278 nan nan 9.118 2.861 5.260 2.758 1.983 0.953 2.766 0.572 0.052 0.585 2.062 3.117 2.993 1.343 3.492 3.540 3.121 0.553 2.284 0.744 0.728 7.078 3.942 2.243 9.426 0.687 3.490 2.675 0.129 1.918 0.567 1.334 2.334 0.238 1.110 2.425 1.563 0.981 3.280 5.297 1.222 2.682 1.270 3.239 4.529 4.380 5.676 nan 10.289 12.320 7.099 8.060 8.590 3.631 4.196 4.957 7.116 4.779 5.369 4.253 5.512 4.805 4.524 5.078 nan 1.855 1.029 4.167 1.077 0.669 0.985 1.947 3.323 0.957 1.396 1.202 0.652 1.367 0.868 3.909 1.870 1.035 0.438 1.161 1.358 1.147 2.369 4.016 3.532 0.980 1.505 2.766 2.204 1.745 3.492 1.164 1.329 7.934 5.807 1.156 0.958 1.116 1.115 0.560 1.743 1.857 1.780 0.522 0.697 1.001 0.708 1641 chr2 182643069 182651831 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -102058 NM_002500 4760 Hs.574626 NM_002500 ENSG00000162992 NEUROD1 BETA2|BHF-1|MODY6|NEUROD|bHLHa3 neuronal differentiation 1 protein-coding 0.989 1.066 1.104 0.263 0.715 0.686 0.402 0.249 0.021 0.951 0.266 0.074 0.541 0.542 0.246 0.343 0.110 0.150 0.204 0.122 0.226 0.226 0.365 5.379 0.651 0.107 0.160 0.330 0.429 0.531 0.087 0.061 1.733 0.428 1.466 0.457 0.126 0.266 0.898 0.515 0.576 1.110 2.185 0.296 2.616 0.166 0.357 0.226 0.389 2.154 0.520 0.417 2.882 0.858 0.492 0.497 nan 1.176 1.170 1.000 0.324 0.208 0.136 0.244 1.587 2.105 0.315 nan 0.598 0.426 0.355 1.100 0.468 1.835 0.114 0.041 0.291 0.050 0.041 1.065 0.217 0.055 0.494 0.076 0.115 0.114 0.053 0.239 0.882 1.199 0.773 2.046 1.032 0.951 0.245 0.164 0.150 1.488 0.579 0.034 0.716 0.214 0.578 0.493 0.580 0.394 0.406 0.068 0.113 0.383 0.268 0.039 0.043 838 chr14 24454041 24463522 + 0 NA intron (NM_198083, intron 1 of 7) intron (NM_198083, intron 1 of 7) 754 NM_198083 317749 Hs.743442 NM_198083 ENSG00000187630 DHRS4L2 SDR25C3 dehydrogenase/reductase 4 like 2 protein-coding nan 1.359 3.107 1.044 0.236 0.647 0.203 0.459 0.091 0.419 0.278 0.208 0.080 0.234 0.558 0.134 0.097 0.833 0.828 0.518 0.011 0.295 0.206 0.334 0.936 0.127 0.272 0.796 0.309 0.571 0.137 0.120 0.981 0.237 0.369 0.685 0.328 1.203 2.704 0.287 0.554 1.334 4.724 0.105 0.209 0.154 0.303 0.359 0.448 0.632 0.497 0.554 0.633 0.267 1.150 1.229 6.481 7.615 2.252 nan 1.545 1.758 0.352 0.556 0.538 0.502 0.410 0.824 1.138 0.681 0.477 0.252 0.417 0.631 0.148 0.882 0.058 0.337 0.221 0.077 0.440 0.252 0.387 0.311 0.190 0.115 0.114 0.547 0.636 0.558 1.060 0.091 0.401 0.700 0.419 0.188 0.615 0.833 0.624 0.018 0.350 0.418 1.872 0.286 0.018 0.292 0.097 0.241 0.344 0.169 0.099 0.040 0.176 0.080 2664 chr9 35769774 35779847 + 0 NA Intergenic Intergenic -17596 NM_003995 4882 Hs.78518 NM_000907 ENSG00000159899 NPR2 AMDM|ANPRB|ANPb|ECDM|GUC2B|GUCY2B|NPRB|NPRBi|SNSK natriuretic peptide receptor 2 protein-coding 1.060 nan 1.279 2.847 0.189 2.952 1.344 0.178 0.031 1.458 0.334 0.143 0.037 0.178 0.357 1.824 1.198 4.041 0.304 0.486 0.061 0.068 0.126 0.246 0.391 0.088 0.637 4.825 0.058 0.308 0.074 0.122 0.165 0.036 0.123 0.100 0.016 0.090 0.219 0.304 0.025 0.076 0.908 0.092 0.173 0.227 0.459 0.509 0.410 0.531 2.985 3.800 5.891 2.108 0.477 0.406 1.311 1.672 4.993 4.507 1.292 1.032 0.514 0.721 2.773 3.199 0.517 1.994 6.228 2.803 2.121 0.181 0.010 0.174 0.408 2.191 0.028 0.248 0.098 0.081 0.114 0.976 1.761 0.057 0.293 0.224 0.038 0.040 0.058 0.199 0.210 0.113 1.655 0.224 1.458 0.078 0.065 4.041 0.145 0.082 0.278 0.164 2.882 0.155 0.187 0.047 0.209 0.136 0.424 0.316 0.151 0.123 0.023 0.020 616 chr11 128631779 128661172 + 0 NA intron (NM_001167681, intron 5 of 9) AluSx1|SINE|Alu 65954 NM_000220 3758 Hs.527830 NM_000220 ENSG00000151704 KCNJ1 KIR1.1|ROMK|ROMK1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 1 protein-coding 0.574 0.834 0.713 1.156 0.115 5.625 2.849 0.121 0.017 0.517 0.107 0.054 0.007 0.054 0.017 0.973 0.597 2.882 0.247 0.242 0.034 0.066 0.011 0.142 0.251 0.065 0.052 1.025 0.011 0.118 0.081 0.082 0.060 0.020 0.054 0.063 0.110 0.082 0.170 0.044 0.022 0.128 0.067 0.092 0.065 0.089 1.896 2.813 0.753 0.655 4.313 4.048 3.391 1.056 0.138 0.150 0.174 0.269 3.556 2.543 0.416 0.348 0.699 0.986 0.548 0.359 0.094 nan 2.530 1.395 0.659 0.044 0.020 0.110 0.041 0.216 0.009 0.061 0.044 0.057 0.048 0.071 0.125 0.210 0.066 0.034 0.062 0.093 0.186 0.439 0.030 0.075 0.027 0.049 0.517 0.048 0.047 2.882 0.054 0.065 0.020 0.073 0.076 0.028 0.018 0.027 0.088 0.054 0.202 0.033 0.039 0.049 0.008 0.012 640 chr12 7032606 7041199 + 0 NA promoter-TSS (NM_001940) promoter-TSS (NM_001940) -578 NM_001940 1822 Hs.143766 NM_001940 ENSG00000111676 ATN1 B37|D12S755E|DRPLA|HRS|NOD atrophin 1 protein-coding 3.977 nan nan 3.123 2.732 3.562 1.963 3.884 0.433 5.565 1.072 0.151 1.214 3.132 5.778 1.720 1.064 3.774 1.511 3.066 1.210 3.759 1.471 0.937 9.621 3.962 3.474 5.731 0.918 2.476 5.448 0.209 3.346 1.401 2.612 5.346 0.616 2.011 3.891 2.060 1.636 5.588 6.707 2.941 4.049 1.441 2.019 3.603 3.202 4.078 nan 10.885 5.042 1.954 5.704 5.739 4.382 5.874 2.227 2.837 2.631 2.423 2.258 4.290 2.586 2.158 2.261 nan 1.472 0.720 4.314 2.826 1.946 3.416 1.259 1.968 2.208 3.581 4.466 1.914 5.236 0.842 4.440 4.483 4.086 1.676 2.375 1.405 1.200 6.948 5.921 8.231 1.632 3.170 5.565 1.872 3.035 3.774 1.354 1.487 6.295 9.640 1.084 3.406 1.169 2.637 2.020 1.299 1.661 1.805 1.670 1.676 2.942 2.003 1121 chr17 7460460 7466498 + 0 NA exon (NM_001198622, exon 3 of 5) exon (NM_001198622, exon 3 of 5) -1830 NM_015670 26168 Hs.513926 NM_015670 ENSG00000161956 SENP3 SMT3IP1|SSP3|Ulp1 SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3 protein-coding 3.396 2.292 2.220 2.258 2.462 2.689 1.726 1.680 0.909 2.988 1.313 0.106 1.244 3.499 3.666 1.427 0.757 3.984 1.147 2.188 0.835 2.402 0.719 1.538 7.207 4.127 6.947 4.396 1.010 1.101 6.321 0.372 3.382 0.916 1.193 1.993 0.962 2.620 2.188 2.222 0.955 4.404 1.858 1.510 1.990 3.932 4.043 4.817 2.937 4.505 4.251 3.902 5.876 2.176 4.618 4.588 2.126 3.082 6.971 8.219 1.588 1.835 1.674 2.142 1.979 2.079 2.555 3.897 2.094 0.890 4.755 3.360 1.534 1.450 2.704 1.161 0.688 0.916 0.926 0.763 3.647 0.368 0.534 5.951 2.157 1.235 3.290 1.000 0.783 1.282 3.620 3.141 3.081 2.901 2.988 4.219 5.184 3.984 2.563 1.288 0.996 5.137 4.999 0.808 1.350 3.030 1.443 0.970 0.558 1.598 1.530 0.950 1.197 0.649 870 chr14 61976425 62088409 + 0 NA intron (NR_110417, intron 1 of 3) AluSz6|SINE|Alu 4495 NR_110417 101927780 Hs.254789 NR_110416 ENSG00000250548 LOC101927780 - uncharacterized LOC101927780 ncRNA nan nan 1.120 0.383 1.914 0.445 0.265 2.001 0.653 0.722 2.242 0.311 0.922 2.165 0.853 0.140 0.102 0.435 0.180 0.897 0.398 1.724 2.019 0.560 3.946 2.098 2.935 0.537 2.060 0.476 0.070 0.123 0.548 1.596 0.326 1.363 1.056 2.133 0.852 2.977 0.484 2.253 0.802 0.458 1.894 0.646 0.449 0.406 0.825 1.769 0.606 0.703 0.946 0.274 nan 0.684 0.376 0.636 1.181 nan 0.944 0.591 0.526 1.013 0.361 0.607 0.294 0.532 0.656 0.572 0.694 2.637 0.554 2.755 0.158 0.391 0.012 4.465 3.699 0.041 2.335 0.075 0.235 1.417 1.003 0.466 1.511 0.127 0.223 1.528 1.395 0.415 1.930 3.755 0.722 1.929 1.938 0.435 1.746 0.320 0.079 0.248 0.458 1.829 3.018 2.439 0.877 0.115 0.676 0.124 3.068 1.671 0.834 0.644 1384 chr19 6048034 6076000 + 0 NA intron (NM_134433, intron 1 of 16) AluJb|SINE|Alu 48647 NM_000635 5990 Hs.465709 NM_000635 ENSG00000087903 RFX2 - regulatory factor X2 protein-coding 2.252 2.283 0.897 1.571 0.113 3.387 1.802 0.493 0.020 1.038 0.453 0.104 0.108 0.212 0.061 1.629 0.801 3.885 0.334 0.222 0.508 0.362 0.140 0.218 1.325 0.245 0.245 3.995 0.376 0.280 0.058 0.079 1.090 0.085 0.199 0.525 0.347 0.821 0.269 0.210 0.037 0.559 0.508 0.158 0.250 0.215 0.262 0.185 0.256 0.609 2.451 3.045 1.042 1.562 0.231 0.267 2.036 2.960 3.043 nan 1.062 0.757 0.123 0.212 1.685 0.997 0.190 0.207 3.667 2.277 0.515 0.851 0.106 2.186 0.761 0.551 0.030 0.732 0.428 0.121 0.166 0.224 0.023 0.144 0.084 0.060 0.451 0.017 0.013 0.167 0.576 0.081 0.882 0.107 1.038 1.278 0.204 3.885 0.048 0.615 0.446 0.242 1.437 1.044 0.024 0.733 1.044 0.045 0.014 0.088 0.280 0.182 0.350 0.224 896 chr14 89790738 89809730 + 0 NA intron (NM_001085471, intron 3 of 6) L1MA9|LINE|L1 83220 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 1.325 0.811 nan 0.227 0.065 0.318 0.110 0.118 0.013 0.345 0.231 0.136 0.030 0.062 0.023 0.140 0.157 0.342 0.120 0.236 0.020 0.071 0.028 0.161 0.188 0.109 0.213 0.490 0.054 1.971 0.086 0.107 0.253 0.031 0.199 0.049 0.025 0.097 0.274 0.023 0.119 0.258 1.186 0.070 0.045 0.120 0.278 0.219 0.269 0.436 0.727 0.691 0.378 0.203 0.456 0.445 0.811 1.300 0.759 1.131 0.664 0.311 0.181 0.279 0.140 0.191 0.247 0.482 nan 0.805 0.420 0.097 0.025 0.068 0.084 0.171 0.029 0.247 0.091 0.035 0.083 0.040 0.188 0.063 0.032 0.033 0.105 0.914 1.218 0.121 0.180 0.102 0.025 0.084 0.345 0.056 0.093 0.342 0.065 0.057 0.020 0.037 0.049 0.063 0.004 0.124 0.012 4.460 0.052 0.125 0.060 0.035 0.049 0.043 1468 chr19 48268977 48283961 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4372 NR_132382 106144593 Hs.421907 NR_132382 ENSG00000269656 GLTSCR2-AS1 - GLTSCR2 antisense RNA 1 ncRNA 1.536 2.586 1.477 2.498 1.605 5.580 3.050 1.147 0.256 1.236 0.452 0.237 0.456 0.998 0.829 1.398 0.747 3.959 0.710 1.050 0.272 1.419 0.359 0.939 nan 1.048 1.406 3.840 0.810 0.649 1.955 0.150 1.311 0.290 0.607 0.685 0.340 0.839 1.460 1.005 0.383 1.642 1.514 1.003 1.536 0.564 1.145 1.567 1.317 1.981 3.095 3.867 5.545 3.467 2.204 2.313 0.822 1.325 4.759 6.892 1.913 1.610 1.368 1.896 1.918 1.615 1.365 2.440 3.167 1.771 1.780 0.750 0.675 0.765 2.194 1.761 0.730 0.502 0.559 0.572 0.579 0.310 0.217 1.687 0.825 0.482 0.714 0.402 0.259 0.563 1.577 0.870 0.779 0.692 1.236 1.096 0.526 3.959 0.734 1.107 0.355 1.381 0.834 0.308 0.309 0.576 0.401 0.221 0.399 0.926 0.539 0.673 0.492 0.285 2068 chr4 114876438 114882946 + 0 NA intron (NM_024590, intron 1 of 1) intron (NM_024590, intron 1 of 1) 21186 NM_024590 79642 Hs.22895 NM_024590 ENSG00000180801 ARSJ - arylsulfatase family member J protein-coding 1.075 1.160 1.330 0.231 4.504 2.977 1.572 1.523 2.174 0.398 1.976 0.222 0.774 2.274 4.248 2.014 0.609 1.143 0.066 2.738 0.935 3.153 1.939 3.148 4.294 3.934 2.311 0.573 2.096 1.160 0.101 0.041 1.694 2.007 0.468 2.692 0.531 3.021 0.187 2.392 0.210 1.238 0.211 0.259 0.209 1.608 0.262 0.095 1.087 3.663 0.104 0.204 2.334 0.859 0.234 0.194 2.543 2.802 2.721 3.161 0.409 0.235 0.169 0.239 3.043 3.653 0.113 0.244 1.222 0.848 0.026 2.610 0.446 2.135 0.954 0.084 0.022 1.987 1.199 0.124 0.560 1.003 0.842 1.527 0.648 0.506 1.463 0.182 0.491 1.556 0.175 0.284 0.509 1.433 0.398 0.961 7.048 1.143 0.658 1.552 0.031 0.428 0.966 2.233 1.384 1.573 2.360 0.285 0.061 0.074 2.399 4.470 1.314 1.264 1726 chr20 30247311 30337773 + 0 NA intron (NR_134257, intron 1 of 2) intron (NR_134257, intron 1 of 2) -16768 NR_131907 103021294 NR_131907 ENSG00000281376 ABALON INXS apoptotic BCL2L1-antisense long non-coding RNA ncRNA 1.839 3.289 1.507 2.742 4.078 2.068 1.157 1.963 1.709 23.276 1.674 0.406 0.955 2.488 3.736 1.191 0.697 2.469 1.716 1.783 0.728 3.052 1.782 3.649 nan 3.259 3.455 4.966 1.370 1.861 0.947 0.134 2.251 1.432 2.913 2.531 0.661 2.067 1.039 1.581 0.860 2.447 1.981 1.390 1.705 1.093 1.598 2.086 1.300 2.777 2.646 nan 4.424 1.723 2.731 2.895 1.838 2.359 3.700 4.447 2.328 1.890 0.972 1.665 1.785 2.253 1.152 nan 1.206 0.645 3.456 2.094 1.534 12.326 0.752 2.502 0.456 4.511 4.398 0.910 0.643 0.778 1.301 2.052 2.209 0.937 1.613 0.421 0.381 12.393 3.167 1.865 2.369 0.916 23.276 3.916 2.843 2.469 1.274 1.761 0.903 0.808 0.673 3.761 2.089 1.886 1.696 1.283 1.058 1.034 2.506 1.931 3.917 3.896 1464 chr19 47273220 47306109 + 0 NA intron (NM_005628, intron 1 of 7) intron (NM_005628, intron 1 of 7) 881 NM_001145144 6510 Hs.631582 NM_005628 ENSG00000105281 SLC1A5 AAAT|ASCT2|ATBO|M7V1|M7VS1|R16|RDRC solute carrier family 1 member 5 protein-coding 2.172 1.833 1.426 2.996 1.736 0.814 0.472 2.055 0.300 1.200 1.172 0.304 0.311 1.116 0.504 0.616 0.202 1.452 1.105 1.977 0.324 1.144 0.440 0.639 nan 1.932 2.995 2.766 0.448 1.353 2.014 0.160 1.807 0.872 1.516 1.001 0.379 1.185 1.068 0.773 0.568 1.428 2.524 0.510 1.906 0.623 1.110 1.349 0.559 0.883 1.288 1.348 1.400 0.512 3.450 3.681 1.499 1.998 3.446 3.748 1.320 1.518 1.064 1.803 0.274 0.442 1.475 3.439 1.276 0.757 2.333 1.081 1.140 1.797 0.583 2.393 0.470 0.452 0.449 0.754 0.911 0.062 0.511 2.085 1.059 0.502 0.364 0.524 0.430 0.975 2.074 0.824 1.045 0.805 1.200 1.043 1.010 1.452 1.026 1.086 0.414 1.028 0.691 0.435 0.253 0.521 0.566 0.434 0.623 0.777 0.666 0.388 1.488 1.291 2165 chr5 81138094 81155955 + 0 NA Intergenic Intergenic -99952 NM_001345886 23635 Hs.102735 NM_012446 ENSG00000145687 SSBP2 HSPC116|SOSS-B2 single stranded DNA binding protein 2 protein-coding 1.507 2.532 1.146 1.440 0.282 0.990 0.440 0.739 0.258 1.992 1.151 0.128 0.208 0.363 0.049 0.806 0.437 1.010 0.623 0.586 0.097 0.635 0.592 0.444 1.781 0.504 0.989 4.399 0.755 0.407 1.141 0.159 0.741 0.478 0.229 0.769 0.330 0.754 0.515 0.366 0.185 0.614 0.696 0.369 1.032 0.380 0.523 0.760 0.963 1.822 0.946 1.137 1.864 0.643 1.310 1.374 3.936 4.975 2.909 4.735 2.627 2.542 0.590 1.120 1.652 1.169 0.614 nan 1.016 0.621 1.073 1.003 0.597 0.855 0.117 1.985 0.630 0.900 0.665 0.450 1.033 0.502 0.855 0.186 0.212 0.166 0.190 0.187 0.149 0.676 0.675 0.522 1.522 0.841 1.992 0.502 0.057 1.010 0.349 0.477 0.207 0.372 0.926 0.452 0.241 0.605 0.137 0.168 1.270 0.278 0.746 0.111 0.193 0.096 2347 chr6 113667916 113690560 + 0 NA Intergenic Intergenic 292039 NR_125844 101927686 Hs.402044 NR_125844 ENSG00000230943 LOC101927686 - uncharacterized LOC101927686 ncRNA nan 0.769 nan 0.132 0.641 0.319 0.269 0.470 0.036 0.384 0.550 0.106 1.115 1.388 0.172 0.110 0.084 0.090 0.332 1.338 0.306 1.701 1.195 0.201 6.283 2.144 1.680 0.353 1.311 0.098 0.071 0.141 0.312 1.233 0.365 2.174 0.379 0.696 0.246 0.988 0.096 1.673 0.173 0.367 1.793 0.880 0.430 0.418 0.393 1.127 0.408 nan nan 0.205 0.231 0.253 0.353 nan 0.199 0.234 0.409 0.229 0.232 0.274 0.228 0.230 0.351 nan 0.363 0.365 0.101 2.073 0.157 3.985 0.036 0.196 0.031 1.531 0.939 0.045 0.045 0.059 0.028 1.354 1.255 0.568 1.819 0.045 0.112 3.465 0.280 0.806 0.025 0.165 0.384 0.773 0.176 0.090 0.448 0.120 0.056 0.079 0.126 3.896 1.286 0.847 0.715 0.117 0.152 0.109 1.698 0.401 1.846 1.685 1494 chr19 50864298 50875438 + 0 NA promoter-TSS (NM_004851) promoter-TSS (NM_004851) -781 NM_004851 9476 Hs.512843 NM_004851 ENSG00000131400 NAPSA KAP|Kdap|NAP1|NAPA|SNAPA napsin A aspartic peptidase protein-coding 0.707 0.891 1.138 0.351 0.480 0.493 0.203 0.203 0.056 0.172 0.147 0.187 1.096 2.487 0.386 0.247 0.142 0.504 0.205 0.597 0.133 4.951 1.747 0.349 4.747 1.742 8.162 0.268 0.631 0.106 0.648 0.135 0.271 0.719 0.259 0.466 0.162 0.539 0.730 2.716 0.137 0.557 0.355 0.250 0.629 0.496 0.428 0.613 0.469 0.726 0.476 0.699 1.542 0.446 0.352 0.404 0.428 0.797 0.311 0.437 0.658 0.315 0.597 0.581 0.695 0.529 0.182 0.436 0.984 0.670 0.406 3.120 0.240 0.529 0.379 0.714 0.125 2.028 2.291 0.158 0.313 0.068 0.115 0.796 0.315 0.172 3.208 0.078 0.077 0.224 1.077 0.536 0.485 0.379 0.172 1.838 2.313 0.504 0.416 0.415 0.146 0.728 0.201 0.164 0.121 1.838 0.130 0.031 0.158 0.144 0.183 0.348 0.450 0.238 777 chr13 27535683 27547049 + 0 NA Intergenic Intergenic -158304 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 1.279 0.610 3.440 1.825 0.109 0.408 0.218 0.166 0.562 0.225 0.086 0.057 0.099 0.102 0.028 0.248 0.131 1.628 2.030 0.187 0.022 0.084 0.261 0.373 0.710 0.107 0.055 0.678 0.039 0.103 0.048 0.068 0.147 0.886 0.086 2.657 0.257 0.277 0.165 0.632 0.035 0.206 0.140 0.088 0.072 0.567 0.890 1.663 0.362 nan 4.777 4.622 2.165 0.423 0.219 0.295 0.830 1.143 1.954 2.301 8.056 10.061 1.059 1.205 0.128 0.128 0.239 0.435 1.914 0.933 0.147 0.174 0.847 2.651 0.552 0.310 0.152 0.214 0.639 0.803 0.118 0.127 0.090 0.143 0.041 0.042 0.369 1.402 0.075 0.300 0.206 0.225 0.120 0.465 1.628 0.150 0.335 0.662 0.323 2.619 0.048 0.004 0.112 0.010 0.051 0.898 0.087 0.087 0.091 0.015 0.022 2018 chr4 47301 60710 + 0 NA intron (NM_001286053, intron 1 of 7) MER21C|LTR|ERVL 812 NM_001039127 255403 Hs.636638 NM_001039127 ENSG00000250312 ZNF718 - zinc finger protein 718 protein-coding 2.745 1.869 nan 0.869 0.392 1.243 0.624 2.627 0.909 0.758 1.050 0.384 1.122 4.123 0.095 1.508 0.914 1.794 1.010 1.273 0.212 0.743 0.244 0.905 1.469 0.779 0.401 0.943 1.003 2.317 0.931 0.329 2.055 0.236 0.406 0.981 0.184 0.893 1.867 0.478 0.167 0.661 0.690 0.635 0.360 0.551 2.264 1.944 4.631 6.710 1.112 1.350 nan 0.707 1.407 1.378 2.294 3.332 0.961 1.464 1.646 0.711 0.848 1.132 0.303 0.424 0.628 1.001 nan 1.446 0.266 0.880 0.149 0.467 0.382 0.731 0.547 0.289 0.302 0.058 0.443 0.092 0.267 0.976 0.696 0.356 0.338 4.189 5.259 0.738 0.996 1.591 1.217 0.352 0.758 2.784 0.596 1.794 0.219 0.656 0.246 0.238 1.382 0.293 0.085 0.438 0.216 1.580 0.266 0.194 0.423 0.138 0.111 0.041 1906 chr3 57093099 57104427 + 0 NA intron (NM_181727, intron 1 of 1) L1MB2|LINE|L1 4294 NM_181727 353324 Hs.129794 NM_181727 ENSG00000186451 SPATA12 SRG5 spermatogenesis associated 12 protein-coding 0.611 0.930 nan 0.210 1.038 0.168 0.058 1.033 0.306 0.554 0.563 0.412 1.506 2.361 0.050 0.041 0.058 0.097 0.158 0.855 0.153 3.356 2.160 0.788 2.450 0.573 0.479 0.697 1.252 0.227 0.067 0.088 1.048 0.450 0.397 1.740 0.473 1.221 0.708 1.380 0.192 1.033 0.011 0.881 2.083 0.349 0.197 0.199 0.366 0.966 0.304 0.362 0.387 0.164 0.264 0.278 0.802 1.092 0.554 0.583 nan 0.621 0.300 0.450 0.138 0.115 0.192 0.399 0.513 0.348 0.338 3.228 1.474 1.684 0.063 0.400 0.073 1.051 0.809 0.066 0.574 0.026 0.071 1.236 0.673 0.385 1.514 0.129 0.169 2.006 1.107 1.164 0.791 1.559 0.554 3.214 1.109 0.097 1.230 0.291 0.051 0.144 0.214 0.958 1.192 2.744 0.295 0.183 0.104 0.110 0.539 2.700 1.815 1.669 464 chr11 13180093 13192486 + 0 NA Intergenic Intergenic -112985 NM_001030273 406 Hs.65734 NM_001178 ENSG00000133794 ARNTL BMAL1|BMAL1c|JAP3|MOP3|PASD3|TIC|bHLHe5 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like protein-coding 0.745 nan 0.769 0.177 0.157 0.283 0.219 0.161 0.015 1.770 0.195 0.078 0.016 0.094 0.062 0.077 0.100 0.363 0.798 0.124 0.020 0.065 0.085 0.111 1.035 0.137 0.714 0.493 0.190 0.107 0.069 0.079 1.938 0.085 0.068 0.118 0.125 0.266 1.513 0.291 0.376 4.321 0.593 0.034 0.148 0.084 nan 0.814 0.422 0.514 0.753 0.845 0.266 0.105 0.410 0.358 0.437 nan 0.241 0.210 0.413 0.214 0.292 0.379 1.280 0.904 0.270 0.425 0.662 nan 0.935 0.224 0.062 0.193 0.065 0.287 0.011 0.269 0.086 0.068 0.056 0.285 0.203 0.143 0.044 0.038 0.019 0.012 0.020 0.161 0.144 0.108 0.127 1.135 1.770 0.063 0.150 0.363 0.406 0.316 0.102 0.084 0.008 0.033 0.000 0.122 0.087 0.046 0.151 0.081 0.043 0.091 0.084 0.090 1672 chr2 219844386 219850284 + 0 NA intron (NM_017521, intron 2 of 2) MER91A|DNA|hAT-Tip100 3044 NM_017521 54738 Hs.234759 NM_017521 ENSG00000163497 FEV HSRNAFEV|PET-1 FEV, ETS transcription factor protein-coding nan 2.167 nan 0.773 0.089 1.687 0.722 0.185 0.032 3.971 0.052 0.044 0.033 0.231 0.075 0.375 0.152 1.089 0.391 0.252 0.084 0.081 0.034 0.177 0.339 0.489 0.071 2.471 0.050 0.215 0.767 0.076 0.178 0.140 0.088 0.185 0.064 0.115 0.199 0.055 0.027 0.171 0.192 0.345 0.049 0.088 1.064 1.241 0.152 0.167 1.872 1.228 1.939 0.352 0.165 0.193 1.052 1.220 0.958 nan 2.702 2.289 0.941 2.124 0.192 0.289 0.414 1.563 0.440 0.217 9.809 0.158 0.033 0.092 2.559 0.136 0.047 0.094 0.072 0.037 0.110 0.130 0.253 0.156 0.082 0.053 0.053 0.065 0.020 0.101 0.175 0.368 0.041 0.056 3.971 0.109 0.047 1.089 0.084 0.029 0.408 3.461 1.249 0.011 0.036 0.093 0.077 0.019 1.693 0.413 0.887 0.033 0.049 0.018 2325 chr6 51082588 51087552 + 0 NA Intergenic Intergenic 298631 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.848 0.849 nan 0.175 0.057 0.387 0.227 0.032 0.077 0.091 0.096 0.085 0.006 0.062 0.113 0.749 0.230 0.130 0.054 0.139 0.254 0.065 0.128 0.497 0.177 0.086 0.033 0.090 0.063 0.045 0.094 0.474 0.745 0.151 0.064 0.157 0.402 0.042 0.019 0.084 2.180 1.970 9.790 8.384 0.320 0.426 0.127 0.108 2.363 2.414 0.138 0.323 0.216 0.257 0.109 0.048 0.367 0.913 0.344 0.445 0.348 0.405 0.183 0.292 0.044 0.159 0.037 0.085 0.035 0.043 0.073 0.076 0.109 0.092 0.029 0.063 0.047 0.025 0.242 0.016 0.100 0.095 0.027 0.077 0.086 0.749 0.144 0.259 0.038 0.035 0.020 0.014 0.193 0.022 0.024 0.371 0.150 0.062 0.038 0.012 1685 chr2 235577634 235604438 + 0 NA promoter-TSS (NR_132376) promoter-TSS (NR_132376) -276 NR_132376 106144537 Hs.580616 NR_132376 ENSG00000280744 LINC01173 - long intergenic non-protein coding RNA 1173 ncRNA 1.112 nan 1.389 5.056 0.088 6.894 3.838 0.982 0.508 1.724 0.584 0.072 0.077 0.170 0.813 1.979 1.341 9.460 2.771 0.381 0.296 0.089 0.231 0.648 1.058 0.198 0.617 6.432 1.027 3.577 0.064 0.087 0.449 0.873 0.599 1.052 0.309 0.274 0.534 0.464 1.702 1.411 0.478 0.367 2.049 0.640 1.138 1.500 0.705 1.801 2.113 2.226 5.886 3.249 0.361 0.283 1.059 1.355 4.235 nan 0.591 0.365 0.868 1.851 1.661 1.552 0.392 0.658 2.733 1.073 3.732 2.213 0.143 1.721 1.105 0.861 0.005 0.679 0.287 0.022 0.836 0.531 1.493 1.135 0.706 0.509 0.342 1.285 1.837 2.901 0.453 0.364 0.438 0.702 1.724 0.098 1.355 9.460 0.238 0.398 0.137 0.106 0.734 0.964 0.044 0.740 0.570 4.638 2.545 0.055 1.116 0.366 1.549 1.288 2011 chr3 189496601 189638410 + 0 NA intron (NM_001329964, intron 4 of 13) L2b|LINE|L2 19794 NR_030642 100126340 NR_030642 ENSG00000216058 MIR944 MIRN944|hsa-mir-944|mir-944 microRNA 944 ncRNA 1.121 1.102 0.854 0.153 0.336 0.455 0.221 0.132 0.228 0.167 0.257 0.125 0.348 0.484 0.112 0.110 0.169 0.078 0.174 0.329 0.080 0.669 0.469 0.199 2.548 1.245 0.781 0.475 0.481 0.166 0.037 0.071 nan 0.043 0.062 0.252 0.178 0.242 3.896 0.855 1.666 2.412 10.292 0.097 0.446 0.154 0.269 0.148 0.265 0.520 0.308 0.361 1.309 0.473 0.305 0.318 0.181 0.292 0.434 0.426 0.637 0.283 0.104 0.153 0.538 0.530 0.376 0.782 0.525 0.488 0.036 0.668 0.339 0.240 0.032 0.097 0.006 0.764 0.308 0.016 0.185 0.078 0.114 0.635 0.160 0.094 0.584 0.056 0.107 0.206 0.221 0.137 0.028 0.784 0.167 0.267 0.151 0.078 0.481 0.117 0.072 0.166 0.037 0.134 0.259 0.388 0.154 0.104 0.029 0.139 0.081 0.584 0.016 0.013 1891 chr3 25077097 25091691 + 0 NA intron (NM_001290216, intron 2 of 10) L1MA9|LINE|L1 213580 NM_001290216 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.783 1.270 0.581 0.024 0.065 0.302 0.132 0.070 0.030 0.547 1.512 0.066 0.026 0.043 0.022 0.151 0.108 0.016 0.236 0.138 0.008 0.098 0.007 0.076 0.063 0.027 0.043 0.218 0.080 2.352 0.075 0.074 0.169 0.016 0.036 0.064 0.065 0.295 0.122 0.146 0.355 0.180 0.082 0.026 0.071 0.210 0.125 3.636 7.050 0.739 0.702 0.111 0.028 0.207 0.174 0.708 0.844 0.240 0.212 nan 0.299 0.233 0.429 0.739 1.121 0.165 0.215 0.384 0.349 0.259 0.015 0.013 0.247 0.027 0.066 0.009 0.009 0.005 0.045 0.055 0.092 0.243 0.051 0.026 0.005 0.016 0.411 0.536 0.158 0.113 0.044 0.027 0.143 0.547 0.046 0.012 0.016 0.019 0.114 0.099 0.028 0.051 0.009 0.009 0.043 0.046 1.323 0.245 0.060 0.011 0.039 0.012 0.010 6 chr1 1180610 1210576 + 0 NA intron (NM_194457, intron 2 of 5) intron (NM_194457, intron 2 of 5) -13491 NM_001014980 388581 Hs.197613 NM_001014980 ENSG00000184163 FAM132A C1QDC2|C1QTNF12|CTRP12 family with sequence similarity 132 member A protein-coding 1.278 nan 1.743 1.614 0.730 0.700 0.379 0.911 0.138 0.403 0.460 0.193 0.145 0.554 0.472 0.382 0.280 0.408 0.573 0.344 0.343 0.690 0.184 0.360 nan 0.670 0.365 1.551 0.220 0.534 0.659 0.117 0.641 0.114 0.302 0.717 0.316 0.717 0.740 0.250 0.134 0.614 0.718 0.671 0.437 0.304 0.868 1.143 0.876 1.468 2.400 2.515 0.948 0.292 3.065 2.992 0.935 nan nan 6.867 nan 0.767 0.761 1.148 0.299 0.424 0.839 1.107 0.713 0.513 0.436 0.517 0.108 0.447 0.561 0.749 0.292 0.310 0.312 1.180 0.462 0.067 0.783 0.851 1.051 0.489 0.188 0.204 0.186 0.467 0.685 1.275 0.261 0.289 0.403 0.913 0.538 0.408 0.228 0.301 0.313 1.536 0.403 0.998 0.252 0.388 0.472 0.206 0.235 0.297 0.310 0.545 0.333 0.204 562 chr11 73086653 73104911 + 0 NA intron (NM_032871, intron 1 of 10) intron (NM_032871, intron 1 of 10) 8069 NM_032871 84957 Hs.533720 NM_032871 ENSG00000054967 RELT TNFRSF19L|TRLT RELT tumor necrosis factor receptor protein-coding nan 1.129 1.656 0.265 0.552 1.023 0.473 0.897 0.121 0.650 0.425 0.035 0.206 0.742 0.440 0.293 0.178 0.584 0.676 0.572 0.610 0.351 0.195 0.267 nan 0.870 0.415 1.823 0.201 0.530 0.689 0.094 1.145 0.178 0.266 0.903 0.240 0.431 0.598 0.413 0.208 1.141 0.664 0.537 0.607 0.326 2.605 4.614 1.500 2.054 1.718 1.784 1.205 0.462 3.937 4.052 1.591 2.239 1.733 2.712 0.888 0.940 1.686 2.569 0.726 0.738 0.697 1.073 0.760 0.638 1.478 0.707 0.147 0.419 0.272 0.642 0.123 0.576 0.541 0.780 0.347 0.146 0.388 2.814 2.305 1.148 0.173 0.312 0.258 0.569 1.576 1.045 1.054 0.790 0.650 0.996 0.862 0.584 0.283 0.408 0.243 2.026 0.501 0.502 0.165 0.435 0.856 0.251 0.769 0.183 0.179 0.268 0.230 0.113 1304 chr18 19744429 19774735 + 0 NA intron (NM_005257, intron 3 of 6) intron (NM_005257, intron 3 of 6) 10184 NM_005257 2627 Hs.514746 NM_005257 ENSG00000141448 GATA6 - GATA binding protein 6 protein-coding 0.598 0.839 1.380 0.646 4.290 0.501 0.206 0.492 1.352 0.344 0.110 0.080 0.219 0.446 0.064 0.432 0.171 0.087 0.354 0.488 2.168 0.607 0.288 0.263 0.360 0.335 0.331 0.538 0.208 0.339 0.195 0.077 0.855 0.178 0.035 0.656 0.303 0.586 0.391 0.216 0.077 1.452 0.506 0.671 0.792 0.293 0.323 0.231 1.608 2.655 0.577 0.566 3.913 1.502 0.391 0.423 0.089 0.127 0.116 0.120 0.589 0.535 0.415 0.945 0.223 0.217 0.245 0.632 0.326 0.426 0.027 0.305 0.072 2.176 0.334 0.099 0.023 0.230 0.189 0.090 0.123 0.040 0.018 0.353 0.204 0.178 0.145 0.187 0.184 0.486 0.508 1.174 0.505 0.331 0.344 0.432 0.553 0.087 0.198 0.527 0.029 0.353 0.035 0.801 0.215 0.285 4.207 0.243 0.144 0.103 0.382 0.767 0.091 0.060 2327 chr6 51212102 51218411 + 0 NA Intergenic Intergenic -271412 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.770 1.293 nan 0.172 0.035 0.348 0.255 0.074 0.049 0.306 0.082 0.205 0.185 0.050 0.117 0.580 0.272 0.338 0.044 0.137 4.634 1.657 1.985 0.509 0.223 0.169 0.035 0.089 0.128 0.024 0.058 0.372 1.052 0.162 0.017 0.025 0.389 0.490 0.098 0.061 0.132 0.983 0.716 9.041 7.499 0.379 0.561 0.107 0.161 0.728 0.643 0.188 0.307 0.529 0.390 0.270 0.092 0.390 0.652 0.217 0.386 0.245 0.624 0.219 0.478 0.009 0.270 0.087 0.226 0.126 0.022 0.012 0.051 0.060 0.351 0.160 0.029 0.012 0.060 0.112 0.135 0.182 0.039 0.100 0.025 0.116 0.306 0.272 0.089 0.580 0.202 1.033 0.037 0.016 0.007 0.037 0.035 0.081 0.095 0.077 0.024 0.105 0.018 0.008 2269 chr6 30874900 30895799 + 0 NA intron (NM_001167734, intron 9 of 29) intron (NM_001167734, intron 9 of 29) 3241 NM_001167734 57176 Hs.597526 NM_020442 ENSG00000137411 VARS2 COXPD20|VALRS|VARS2L|VARSL valyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding nan 0.901 nan 0.526 1.451 0.871 0.529 0.979 0.347 0.987 0.683 0.141 0.599 1.214 1.185 0.294 0.174 1.261 0.428 0.585 0.231 0.686 1.961 0.801 1.076 0.558 1.206 1.553 0.571 0.507 0.857 0.094 1.768 0.230 0.368 0.945 0.312 1.010 0.666 0.671 0.417 2.685 2.111 0.552 0.742 0.301 1.046 1.329 1.828 nan nan 1.544 1.587 0.417 1.389 1.623 1.019 1.499 1.288 1.588 1.062 0.737 0.706 1.061 0.501 0.592 0.686 1.336 1.038 0.506 0.365 3.012 0.271 0.560 0.417 0.408 0.443 0.950 0.746 0.351 0.782 0.114 0.385 0.896 1.032 0.637 0.854 0.206 0.215 0.748 0.910 1.360 0.920 0.619 0.987 0.904 0.803 1.261 0.333 0.495 0.246 1.378 0.543 0.500 0.147 0.597 0.325 0.228 0.370 0.319 0.343 1.241 0.251 0.150 1102 chr16 90054259 90067899 + 0 NA intron (NR_003228, intron 10 of 12) intron (NR_003228, intron 10 of 12) 15450 NM_024043 79007 Hs.301394 NM_024043 ENSG00000003249 DBNDD1 - dysbindin domain containing 1 protein-coding nan nan nan 0.595 0.247 0.780 0.306 1.179 0.091 1.433 0.325 0.070 0.125 0.575 2.582 0.173 0.118 0.492 1.044 1.731 0.145 0.224 0.023 0.672 0.395 0.223 0.186 0.580 0.171 2.608 0.795 0.090 0.968 0.070 0.574 0.363 0.140 0.907 1.747 0.056 1.324 0.766 2.944 0.251 1.156 0.214 nan 0.756 1.593 2.506 0.716 0.691 5.578 0.780 nan 6.791 0.464 nan 0.618 1.306 nan 0.637 0.426 0.378 1.414 6.179 2.185 1.090 nan 0.765 0.257 0.681 0.587 2.135 0.299 0.305 1.746 1.152 1.580 1.159 3.109 0.091 0.476 3.108 0.468 0.256 0.180 0.826 0.816 0.539 2.535 0.855 1.084 1.605 1.433 2.421 0.645 0.492 0.960 0.534 0.532 1.581 0.957 0.104 0.080 0.839 0.243 2.803 0.102 0.164 0.155 0.095 0.334 0.164 183 chr1 151728081 151749369 + 0 NA promoter-TSS (NM_016178) promoter-TSS (NM_016178) -406 NM_016178 51686 Hs.713789 NM_016178 ENSG00000143450 OAZ3 AZ3|OAZ-t|TISP15 ornithine decarboxylase antizyme 3 protein-coding nan nan 1.927 0.589 0.826 0.665 0.338 0.483 0.358 0.765 0.414 0.212 0.985 1.419 0.354 0.347 0.355 0.704 0.560 0.803 0.116 1.243 1.081 0.196 14.524 9.236 1.494 2.761 1.204 0.526 0.454 0.146 0.735 0.493 0.279 0.492 0.141 0.606 0.770 1.719 0.102 1.002 1.197 0.633 0.659 0.600 1.000 1.059 1.229 1.881 1.596 nan 1.190 0.482 1.474 1.509 0.901 1.152 1.297 1.677 1.126 1.111 1.281 1.944 0.696 0.602 1.355 1.971 0.843 0.510 0.297 3.041 0.279 0.412 0.338 0.710 0.192 0.569 0.531 0.285 0.714 0.102 0.302 0.523 0.363 0.143 1.095 0.682 0.709 0.428 0.562 0.687 1.781 2.995 0.765 1.951 0.615 0.704 0.488 1.146 0.229 0.797 0.744 0.274 0.189 0.707 0.278 0.228 0.401 0.460 0.390 0.621 0.218 0.132 2544 chr8 59504787 59511084 + 0 NA intron (NM_003580, intron 22 of 30) intron (NM_003580, intron 22 of 30) 42207 NM_005625 6386 Hs.200804 NM_005625 ENSG00000137575 SDCBP MDA-9|MDA9|ST1|SYCL|TACIP18 syndecan binding protein protein-coding 1.257 nan 0.838 0.056 0.307 0.402 0.200 1.938 0.039 0.369 4.273 0.462 1.746 2.419 0.271 0.147 0.119 0.059 0.513 0.384 0.492 0.900 0.922 0.692 0.307 0.129 0.569 0.411 1.092 1.019 0.086 0.081 0.492 1.478 0.170 3.043 0.103 0.403 0.398 1.611 0.064 1.111 1.348 1.140 0.981 1.470 0.507 0.293 0.522 1.942 0.530 0.501 0.465 0.145 0.136 0.164 0.385 nan 0.154 0.223 0.416 0.251 0.143 0.321 0.146 0.979 1.468 4.462 0.635 0.683 0.026 1.612 0.015 1.635 0.064 0.226 0.087 3.370 3.668 0.083 9.895 0.030 0.110 0.279 0.511 0.215 1.240 0.517 0.599 6.614 0.293 0.521 5.293 0.541 0.369 0.336 0.249 0.059 0.719 0.062 0.031 0.064 0.063 1.238 1.320 1.462 1.817 2.819 0.031 1.401 1.427 0.781 0.462 0.474 1478 chr19 49117102 49128663 + 0 NA promoter-TSS (NM_000979) promoter-TSS (NM_000979) 92 NM_001204159 56848 Hs.528006 NM_020126 ENSG00000063176 SPHK2 SK 2|SK-2|SPK 2|SPK-2 sphingosine kinase 2 protein-coding 3.704 1.630 2.535 2.513 1.903 5.884 3.209 3.005 0.220 2.393 1.118 0.209 0.574 1.547 1.672 1.083 0.442 3.205 1.809 3.580 0.538 1.834 0.835 0.727 nan 2.773 3.889 3.670 0.860 1.813 2.522 0.116 2.389 0.572 1.211 0.817 0.397 1.474 2.125 1.691 0.662 2.730 4.169 1.723 3.465 0.757 2.965 2.741 3.101 4.442 5.156 4.697 5.539 2.420 7.784 8.077 3.320 4.425 6.264 8.233 6.045 6.062 2.311 3.428 2.627 2.554 3.947 5.153 3.066 1.512 1.294 1.716 1.061 2.314 2.992 3.384 0.656 0.862 0.738 0.708 1.992 0.495 1.166 2.276 1.776 0.830 0.662 0.864 0.827 0.970 2.923 2.116 1.309 1.302 2.393 1.891 1.729 3.205 2.024 1.133 1.370 2.212 1.003 0.792 0.560 1.136 0.615 0.984 1.271 1.880 0.732 0.924 1.149 0.840 2541 chr8 53240382 53267403 + 0 NA intron (NM_014682, intron 2 of 25) intron (NM_014682, intron 2 of 25) 68547 NM_014682 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.757 nan 0.780 3.253 0.045 3.213 1.597 0.070 0.021 0.493 0.103 0.035 0.253 0.398 0.061 1.454 0.576 2.993 0.183 0.900 0.027 0.408 0.027 0.658 2.111 0.447 0.314 2.011 0.566 0.181 0.028 0.118 0.154 0.236 0.070 0.027 0.003 0.081 0.611 0.315 0.018 0.105 0.204 0.062 0.093 0.300 0.576 0.717 0.455 0.747 2.672 2.861 4.669 2.418 0.823 0.884 1.360 nan 3.054 3.435 0.847 0.687 0.479 0.904 2.269 2.913 0.197 0.484 4.493 2.181 0.041 0.205 0.007 0.058 1.954 1.651 0.210 0.036 0.029 0.005 0.412 0.397 0.064 0.085 0.054 0.015 0.289 0.092 0.158 0.108 0.377 0.053 0.791 0.229 0.493 0.323 2.359 2.993 0.231 0.058 0.179 0.026 2.549 0.018 0.039 0.117 0.017 0.089 0.802 0.078 0.017 0.055 0.013 0.002 439 chr11 205947 211363 + 0 NA promoter-TSS (NR_106801) promoter-TSS (NR_106801) -681 NR_106801 102465445 NR_106801 ENSG00000177963 MIR6743 hsa-mir-6743 microRNA 6743 ncRNA 3.922 4.205 4.422 2.595 4.410 5.377 2.942 6.159 1.624 4.153 3.352 0.208 1.570 4.779 3.942 2.375 1.075 6.836 2.578 3.546 2.195 4.488 2.547 3.494 8.250 6.548 6.828 10.849 1.701 2.823 2.807 0.109 4.379 1.631 2.492 4.626 1.243 7.054 5.782 2.965 1.225 7.743 5.832 3.447 3.857 2.468 6.127 6.783 6.274 9.200 7.640 6.746 7.300 2.577 12.309 12.221 3.725 4.917 2.261 3.523 3.096 3.597 3.494 6.775 4.111 4.579 3.120 4.340 2.633 1.049 1.552 5.741 1.252 2.469 2.169 6.330 2.788 2.562 3.580 3.734 3.593 0.811 1.356 8.273 7.373 3.471 2.422 1.322 0.961 4.078 5.591 3.980 3.688 2.807 4.153 8.047 5.632 6.836 2.262 2.472 0.884 6.475 1.665 4.649 1.384 2.770 2.545 1.570 2.528 1.463 3.690 1.183 2.729 1.473 362 chr10 8066608 8104277 + 0 NA Intergenic Intergenic 9012 NR_104329 399717 Hs.158992 NM_207423 ENSG00000197308 GATA3-AS1 - GATA3 antisense RNA 1 ncRNA 0.338 0.437 0.429 0.098 0.435 0.179 0.115 0.245 0.005 0.102 0.137 0.072 0.086 0.202 0.140 0.129 0.099 0.061 0.085 0.506 0.076 0.035 0.036 0.638 0.194 0.100 0.043 0.221 0.012 0.148 0.084 0.071 0.223 0.069 0.109 0.072 0.214 0.432 0.229 0.078 0.023 0.736 0.256 0.074 0.934 0.188 0.257 0.186 0.459 0.738 0.152 0.221 2.303 0.800 0.076 0.071 0.112 0.230 0.094 0.114 0.203 0.100 0.142 0.129 0.060 0.064 0.064 0.164 0.197 0.248 0.021 0.074 0.498 0.390 0.024 0.019 0.022 0.140 0.054 0.118 0.053 0.010 0.017 0.192 0.075 0.050 0.037 0.291 0.331 0.133 0.625 0.254 0.227 0.155 0.102 0.127 0.032 0.061 0.029 0.963 0.003 3.783 0.046 0.036 0.012 0.065 0.127 0.070 0.036 0.043 0.153 0.408 0.102 0.071 1379 chr19 4122436 4147853 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -11018 NM_030662 5605 Hs.465627 NM_030662 ENSG00000126934 MAP2K2 CFC4|MAPKK2|MEK2|MKK2|PRKMK2 mitogen-activated protein kinase kinase 2 protein-coding 0.935 0.867 1.129 0.435 0.871 0.738 0.429 1.024 0.745 0.705 0.886 0.311 0.611 1.082 0.568 0.339 0.213 0.719 0.346 0.437 0.239 1.501 0.836 0.445 1.056 0.431 0.442 1.264 0.304 0.717 0.498 0.079 0.983 0.414 0.538 2.870 0.776 2.844 0.926 0.550 0.234 1.074 0.935 1.222 1.070 0.309 0.657 0.674 0.871 1.266 1.294 1.328 0.958 0.315 1.285 1.320 0.920 1.451 1.521 nan 1.372 1.080 0.581 0.729 0.456 0.558 0.719 0.890 1.072 0.700 0.165 1.897 0.323 1.095 0.165 0.459 0.251 2.570 2.498 0.966 2.704 0.107 0.116 2.897 1.788 0.859 0.521 0.264 0.209 0.962 2.304 1.176 0.879 0.705 0.705 0.976 2.243 0.719 0.490 0.433 0.152 1.702 0.376 2.727 0.613 2.932 0.299 0.319 0.117 0.184 0.472 0.914 1.478 1.684 2607 chr8 129085809 129093257 + 0 NA intron (NR_003367, intron 6 of 8) intron (NR_003367, intron 6 of 8) 28135 NR_031612 100302175 NR_031612 ENSG00000221176 MIR1207 MIRN1207|hsa-mir-1207 microRNA 1207 ncRNA nan nan nan 0.123 1.163 0.287 0.311 0.850 0.017 0.051 0.392 0.173 1.188 2.347 0.633 0.066 0.028 0.084 17.947 0.216 2.128 2.382 0.078 1.704 1.041 0.228 nan 0.824 0.469 0.074 0.109 0.499 0.891 0.431 2.158 0.253 0.811 0.348 1.952 0.032 0.254 0.478 0.545 1.568 0.461 0.477 0.346 0.409 1.019 0.278 0.414 0.627 0.338 nan nan 0.885 0.950 1.264 1.218 0.339 0.178 0.270 0.654 0.105 0.080 0.224 0.644 0.226 0.345 0.116 2.687 0.426 32.131 0.040 0.073 0.038 1.466 0.708 0.141 0.830 0.050 0.158 5.743 0.210 0.188 0.880 0.031 0.209 0.746 0.378 0.966 0.107 0.302 0.051 3.034 5.424 0.028 0.033 0.588 0.027 1.649 0.142 1.044 0.528 14.099 0.551 0.251 0.187 0.218 0.512 1.566 0.432 0.254 1593 chr2 113992029 114008940 + 0 NA intron (NM_013992, intron 4 of 8) L2b|LINE|L2 6638 NR_015377 654433 Hs.656660 NR_015377 ENSG00000189223 PAX8-AS1 - PAX8 antisense RNA 1 ncRNA 1.498 nan 1.464 0.598 3.294 0.622 0.349 2.121 1.248 0.573 0.137 0.908 1.046 1.874 0.075 0.140 1.310 0.122 0.709 0.956 2.722 1.189 2.961 0.601 0.181 0.874 nan 1.742 0.544 0.045 0.048 2.117 1.051 0.164 1.386 1.505 5.432 0.612 1.850 0.268 0.595 0.574 2.767 2.119 0.350 0.318 0.292 0.478 1.067 0.562 nan 1.551 0.498 2.204 2.223 0.676 0.954 1.133 1.755 0.378 0.315 0.915 1.599 0.146 0.197 0.380 0.556 0.698 0.509 0.118 2.789 0.524 1.885 0.041 0.079 0.295 2.706 1.790 0.371 1.172 0.039 0.010 8.828 2.512 1.034 1.467 0.079 0.064 5.937 1.667 1.235 0.959 0.913 1.248 0.851 1.647 1.310 0.456 0.127 0.034 2.345 0.623 2.105 1.250 2.227 2.114 0.231 0.340 0.095 3.545 1.746 3.525 3.187 705 chr12 56587326 56599532 + 0 NA Intergenic Intergenic -10071 NM_001330288 6601 Hs.236030 NM_003075 ENSG00000139613 SMARCC2 BAF170|CRACC2|Rsc8 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2 protein-coding nan 0.687 0.540 0.146 0.176 0.351 0.225 0.168 0.183 0.250 0.259 0.184 0.063 0.278 0.073 0.112 0.159 0.160 0.163 0.174 0.264 1.219 0.636 0.159 0.424 0.116 0.469 0.476 0.046 0.201 0.133 0.073 0.273 0.355 0.191 0.782 0.404 0.878 0.199 0.376 0.014 0.162 0.252 0.134 0.253 0.187 nan 0.470 0.353 0.531 0.426 nan 0.915 0.332 0.523 0.499 0.320 nan 0.439 nan 0.514 0.246 0.385 0.367 0.112 0.209 0.296 0.594 0.854 0.677 0.018 5.316 0.054 0.133 0.065 0.095 0.045 1.681 0.938 1.083 0.091 0.055 0.065 0.099 0.095 0.069 0.402 0.044 0.101 0.298 0.218 0.198 0.071 0.111 0.250 0.304 0.266 0.160 0.020 0.055 0.047 0.314 0.083 1.663 0.024 0.389 0.647 0.037 0.125 0.090 0.018 0.392 0.071 0.029 1720 chr20 22740991 22747100 + 0 NA Intergenic Intergenic -155890 NR_109883 101929685 Hs.563018 NR_109883 ENSG00000237396 LINC01384 - long intergenic non-protein coding RNA 1384 ncRNA 0.546 0.745 nan 0.067 0.483 0.186 0.026 3.358 0.548 0.210 0.709 0.131 0.053 0.382 0.102 0.069 0.020 0.117 0.214 1.257 0.436 1.441 0.135 4.100 1.240 2.592 0.563 0.240 0.070 0.035 0.067 0.376 0.619 1.664 3.103 2.288 3.577 1.628 1.595 2.469 3.482 0.354 1.223 1.008 0.240 0.399 0.255 0.422 0.821 0.207 0.408 0.243 0.148 0.105 0.088 0.175 0.194 0.289 0.330 0.239 0.105 0.098 0.344 0.262 0.385 0.111 0.128 0.662 0.394 0.037 0.515 1.675 0.320 0.067 0.056 0.045 3.383 2.979 0.255 0.043 0.094 0.013 1.859 2.457 0.993 0.688 0.125 0.146 1.618 0.023 0.013 0.359 0.210 0.116 0.258 0.020 2.047 0.438 0.080 0.067 0.099 5.194 0.055 0.387 3.085 0.019 0.060 0.608 0.922 1.182 0.873 2206 chr5 145786308 145794528 + 0 NA Intergenic Intergenic -36455 NM_001040006 10915 Hs.443465 NM_006706 ENSG00000113649 TCERG1 CA150|TAF2S|Urn1 transcription elongation regulator 1 protein-coding nan 0.720 0.634 0.086 0.035 0.207 0.194 0.097 0.047 0.073 0.019 0.069 0.078 0.047 0.037 0.113 0.029 5.386 0.153 0.015 0.041 0.013 0.171 0.089 0.059 0.060 0.273 0.005 0.239 0.066 0.089 0.255 0.029 0.043 0.070 0.016 0.222 0.026 0.019 0.089 0.101 0.156 0.105 0.139 0.397 0.657 0.194 0.256 0.153 0.274 0.125 0.074 0.047 0.107 0.306 0.508 0.185 0.220 0.395 0.172 0.205 0.276 0.655 0.159 0.158 0.194 0.401 0.365 0.021 0.086 0.023 0.034 0.038 0.033 0.058 0.018 0.028 0.069 0.023 4.339 0.089 0.037 0.032 0.116 0.202 0.084 0.040 0.042 0.067 0.065 0.047 0.045 0.045 0.029 0.030 0.041 0.024 0.035 0.024 0.008 0.005 0.057 0.081 0.141 0.072 0.046 0.044 0.068 0.042 0.049 2496 chr7 135741953 135761113 + 0 NA Intergenic Intergenic -89329 NM_001128619 767558 Hs.602015 NM_001128619 ENSG00000267697 LUZP6 MPD6|MTPNUT leucine zipper protein 6 protein-coding nan nan nan 0.264 0.064 0.777 0.403 0.074 0.023 0.174 0.414 0.092 0.010 0.122 0.017 0.236 0.136 0.068 0.295 0.263 0.026 0.093 0.006 0.160 0.242 0.076 0.171 0.331 0.015 0.079 0.085 0.183 0.200 0.012 0.052 0.097 0.008 0.036 0.344 0.017 0.017 0.086 0.176 0.109 0.104 0.146 0.544 0.603 0.403 0.245 0.373 0.426 nan 2.765 0.230 0.224 0.155 nan 0.773 0.932 nan 0.182 0.261 0.340 2.062 1.791 0.731 2.034 2.687 nan 0.247 0.026 0.005 0.081 0.026 0.163 0.007 0.036 0.011 0.015 0.136 0.451 0.095 0.096 0.019 0.020 0.042 0.040 0.102 0.137 0.047 0.037 0.029 0.062 0.174 0.078 0.030 0.068 0.026 0.112 0.045 0.070 0.584 0.011 0.029 0.086 0.065 0.042 0.303 0.032 0.015 0.030 0.016 2177 chr5 110841509 110849954 + 0 NA intron (NR_131754, intron 1 of 4) intron (NR_131754, intron 1 of 4) -2193 NR_040093 100505678 Hs.745061 NR_040093 ENSG00000246859 STARD4-AS1 - STARD4 antisense RNA 1 ncRNA 1.550 1.805 1.701 1.260 1.661 1.271 0.570 0.764 1.410 1.161 2.768 0.189 0.492 1.606 2.065 0.369 0.423 0.433 0.895 1.135 0.909 0.960 1.068 1.035 1.699 0.535 2.445 2.256 0.664 1.806 1.039 0.139 3.210 0.300 4.075 0.437 0.260 2.065 0.303 1.008 0.645 0.903 0.674 1.468 0.080 0.378 0.490 0.775 1.738 3.050 2.077 1.653 1.649 1.185 2.203 2.150 2.473 nan 1.393 2.685 1.468 1.376 0.414 0.820 1.827 1.748 1.258 2.333 0.845 0.527 1.531 1.421 0.653 1.861 0.403 1.317 0.879 1.181 1.103 1.047 2.175 0.854 1.446 1.330 1.885 0.766 0.604 0.663 0.429 1.622 1.104 1.306 1.253 0.810 1.161 1.445 1.548 0.433 0.527 0.264 0.197 0.953 0.940 0.915 1.438 0.595 1.250 1.075 0.447 0.700 1.079 1.421 0.811 0.422 407 chr10 104152424 104183017 + 0 NA intron (NM_002779, intron 10 of 16) intron (NM_002779, intron 10 of 16) 1321 NR_073110 5662 Hs.154658 NM_002779 ENSG00000059915 PSD EFA6|EFA6A|PSD1|TYL pleckstrin and Sec7 domain containing protein-coding nan nan 1.289 1.221 0.596 2.106 1.052 1.825 0.476 0.923 0.775 0.111 0.304 0.867 1.912 0.774 0.395 2.103 0.733 0.704 0.413 0.968 0.389 0.554 1.257 1.138 0.654 2.874 0.166 0.461 0.927 0.077 1.345 0.313 0.485 1.106 0.199 0.517 0.553 0.946 0.327 1.503 1.578 0.994 0.531 0.482 1.829 2.441 1.377 2.242 4.096 3.305 3.435 1.478 0.837 0.747 0.971 nan 3.606 5.099 1.113 1.251 0.691 1.071 1.243 1.059 1.652 nan 1.134 0.658 0.983 0.680 0.492 0.640 1.162 1.450 0.471 0.446 0.468 0.783 0.838 0.346 0.726 2.332 1.412 0.697 0.319 0.263 0.263 0.344 1.352 1.522 0.547 0.856 0.923 1.329 1.168 2.103 0.649 0.668 0.505 3.770 1.257 0.243 0.310 0.458 0.505 0.313 0.564 1.016 0.433 0.281 0.472 0.233 18 chr1 6319302 6349902 + 0 NA intron (NM_181866, intron 8 of 8) intron (NM_181866, intron 8 of 8) -13567 NM_207370 387509 Hs.531581 NM_207370 ENSG00000158292 GPR153 PGR1 G protein-coupled receptor 153 protein-coding 2.365 nan 2.385 1.652 0.182 0.809 0.403 0.301 0.025 0.807 0.195 0.063 0.049 0.166 0.041 0.154 0.167 0.638 2.385 0.187 0.040 0.102 0.017 0.138 nan 0.205 0.207 1.111 0.062 0.280 0.301 0.109 0.329 0.039 0.075 0.069 0.044 0.090 0.310 0.053 0.055 0.649 0.214 0.121 0.069 0.085 1.716 2.590 0.461 0.678 1.712 1.532 0.707 0.391 0.909 1.001 0.781 nan nan 9.310 nan 0.575 1.191 1.929 0.317 0.357 1.084 2.008 0.427 0.415 0.500 0.340 0.022 0.088 0.104 1.479 0.163 0.090 0.047 0.196 0.114 0.031 0.495 0.171 0.118 0.084 0.063 0.117 0.106 0.140 0.238 0.236 0.035 0.382 0.807 0.149 0.088 0.638 0.120 0.965 1.207 0.482 1.299 0.055 0.026 0.036 0.058 0.071 1.423 0.897 0.109 0.080 0.017 0.020 376 chr10 25000604 25014658 + 0 NA intron (NM_020824, intron 2 of 25) intron (NM_020824, intron 2 of 25) 4966 NM_020824 57584 Hs.524195 NM_020824 ENSG00000107863 ARHGAP21 ARHGAP10 Rho GTPase activating protein 21 protein-coding 1.817 1.967 2.860 0.901 2.199 1.844 0.939 3.429 1.156 0.700 4.286 0.549 0.593 2.106 1.534 0.637 0.341 2.183 0.692 1.627 1.278 2.919 0.837 1.681 1.181 0.814 0.910 3.601 0.345 1.455 1.514 0.093 4.578 0.929 0.694 1.483 0.667 3.100 1.365 1.190 0.515 3.324 3.459 2.211 1.530 0.795 2.835 4.500 1.848 2.573 2.121 1.849 3.909 2.055 1.920 1.752 2.763 3.224 1.117 1.815 1.927 2.053 1.448 3.783 0.965 0.928 3.506 5.407 0.962 0.580 1.000 1.453 0.952 1.878 0.172 1.294 1.067 1.287 1.662 1.343 1.374 0.128 3.832 1.048 1.808 0.920 1.215 1.260 0.822 1.321 3.376 1.884 2.783 3.475 0.700 1.939 1.396 2.183 1.675 1.166 0.318 2.079 0.886 1.505 1.093 1.469 2.133 0.948 1.482 3.150 1.302 2.922 1.401 0.747 912 chr14 103795796 103803456 + 0 NA promoter-TSS (NM_001969) promoter-TSS (NM_001969) -713 NM_001969 1983 Hs.433702 NM_001969 ENSG00000100664 EIF5 EIF-5|EIF-5A eukaryotic translation initiation factor 5 protein-coding 6.950 2.972 4.077 6.631 3.475 4.049 1.992 2.999 3.124 6.064 3.142 0.420 0.174 1.497 5.730 2.067 1.142 5.114 1.653 3.058 0.579 3.533 1.567 3.938 6.689 5.619 5.258 7.611 1.662 2.876 4.376 0.105 5.767 1.286 3.040 2.948 0.953 4.023 4.406 1.611 0.928 6.151 7.090 1.757 9.758 2.081 4.209 4.614 6.418 8.269 9.118 9.251 8.947 5.852 9.477 9.709 3.119 4.170 7.592 11.217 8.370 8.350 5.321 10.025 4.239 4.693 4.275 3.420 3.590 1.853 4.090 1.783 1.515 2.009 1.768 4.811 3.731 3.968 5.363 1.139 6.598 0.971 3.026 3.045 4.092 2.251 2.594 2.051 1.319 3.450 4.786 8.289 1.493 5.670 6.064 2.294 3.728 5.114 2.175 2.804 1.274 3.664 1.521 2.000 1.718 2.880 0.744 2.325 3.662 1.167 4.602 1.039 1.594 1.288 1432 chr19 37301399 37385402 + 0 NA intron (NR_038362, intron 2 of 2) AluSc|SINE|Alu 847 NM_001242475 25850 Hs.362324 NM_003419 ENSG00000251247 ZNF345 HZF10 zinc finger protein 345 protein-coding 1.024 0.716 0.740 0.685 0.268 0.350 0.168 0.241 0.209 0.234 0.253 0.133 0.187 0.556 0.147 0.197 0.126 0.260 0.340 0.237 0.032 0.313 0.078 0.912 0.353 0.304 0.194 1.477 0.190 0.057 0.491 0.136 0.297 0.022 0.142 0.424 0.092 0.412 0.268 0.086 0.062 0.085 0.223 0.267 0.194 0.145 0.279 0.267 0.179 0.274 0.704 0.705 0.778 0.210 0.971 1.006 0.277 0.439 0.496 0.517 nan 0.633 0.347 0.587 0.332 0.326 0.340 0.535 0.444 0.291 0.204 0.200 0.085 0.132 0.093 0.281 0.063 0.198 0.194 0.028 0.214 0.056 0.085 0.297 0.423 0.231 0.137 0.017 0.023 0.227 0.062 0.819 0.129 0.067 0.234 0.527 0.150 0.260 0.019 0.031 0.084 0.162 0.150 0.104 0.041 0.159 0.077 0.019 0.201 0.136 0.073 0.199 3.067 2.765 785 chr13 43181058 43195435 + 0 NA Intergenic MLT2B1|LTR|ERVL 39955 NM_003701 8600 Hs.333791 NM_003701 ENSG00000120659 TNFSF11 CD254|ODF|OPGL|OPTB2|RANKL|TNLG6B|TRANCE|hRANKL2|sOdf tumor necrosis factor superfamily member 11 protein-coding 0.724 0.653 0.600 0.221 0.021 0.346 0.193 0.091 0.009 0.135 0.073 0.124 0.052 0.095 0.013 0.426 0.288 0.208 0.075 0.214 0.026 0.056 0.007 0.069 0.312 0.115 0.029 0.394 0.031 0.087 0.045 0.066 0.112 0.021 0.071 0.011 0.034 0.193 0.053 0.171 0.203 0.278 0.083 0.031 0.080 0.633 0.469 0.089 0.133 2.620 2.506 5.315 1.646 0.170 0.134 0.237 0.403 0.311 0.362 0.469 0.254 0.265 0.474 0.116 0.116 0.273 0.422 1.921 1.087 0.748 0.044 0.013 0.064 0.035 0.989 0.010 0.005 0.010 0.010 0.101 0.027 0.059 0.056 0.013 0.022 0.027 0.017 0.051 0.117 0.017 0.010 0.016 0.070 0.135 0.059 0.032 0.208 0.076 0.035 0.054 0.085 0.021 0.009 0.006 0.011 0.015 0.024 0.104 0.060 0.048 0.040 0.020 0.007 1930 chr3 114606181 114623208 + 0 NA intron (NM_001164343, intron 3 of 11) MIRb|SINE|MIR 4775 NR_121662 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.385 nan 1.866 0.273 0.114 2.482 1.264 0.099 0.031 0.192 0.356 0.121 0.056 0.096 0.041 1.134 0.700 1.800 0.241 0.156 0.029 0.263 0.099 0.627 0.226 0.076 0.042 0.372 0.060 0.220 0.038 0.111 0.215 0.028 0.049 0.233 0.093 0.122 0.096 0.014 0.127 0.156 0.091 0.057 0.067 0.425 0.410 0.370 0.454 1.491 nan 4.835 2.486 1.124 1.056 nan 4.816 0.924 1.590 2.346 2.071 0.140 0.229 0.640 0.403 0.390 0.888 1.550 1.092 2.251 0.151 0.005 0.173 0.284 0.265 0.016 0.195 0.098 0.091 0.017 0.056 0.099 0.086 0.014 0.014 0.054 0.041 0.050 0.099 0.411 0.100 0.623 0.077 0.192 0.046 0.055 1.800 0.050 0.029 0.473 0.041 0.486 0.096 0.002 0.042 0.033 0.114 0.076 0.236 0.009 0.240 0.028 0.003 599 chr11 120104111 120188472 + 0 NA intron (NM_014352, intron 3 of 12) intron (NM_014352, intron 3 of 12) -9650 NR_038829 649133 Hs.568902 NR_038829 ENSG00000259541 LOC649133 - uncharacterized LOC649133 ncRNA 0.495 0.670 0.477 0.076 0.109 0.266 0.138 0.072 0.049 0.380 0.037 0.046 0.157 0.192 0.034 0.076 0.131 0.088 0.164 0.196 0.112 0.270 0.193 0.124 0.854 0.197 0.159 1.070 0.033 0.132 0.062 0.095 0.212 0.092 0.084 0.111 0.041 0.060 0.280 0.570 0.111 0.365 0.193 0.090 0.536 0.099 3.779 5.130 4.918 4.114 0.355 0.455 0.294 0.150 5.204 5.202 0.194 0.423 0.200 0.209 0.393 0.241 4.032 7.728 0.115 0.134 0.159 nan 0.584 0.570 0.095 0.351 0.070 0.096 0.031 0.113 0.025 0.244 0.102 0.053 0.050 0.026 0.039 0.295 0.088 0.064 0.295 0.052 0.086 0.245 0.086 0.092 0.019 0.695 0.380 0.180 0.066 0.088 0.247 0.872 0.043 0.103 0.031 0.223 0.057 0.335 0.219 0.070 5.561 0.058 0.059 0.122 0.055 0.039 1393 chr19 13017884 13031491 + 0 NA intron (NM_001105578, intron 2 of 5) intron (NM_001105578, intron 2 of 5) 5399 NM_001105578 256126 Hs.655173 NM_001105578 ENSG00000161860 SYCE2 CESC1 synaptonemal complex central element protein 2 protein-coding 3.189 2.585 5.624 5.268 0.221 3.141 1.436 0.224 0.471 0.862 0.271 0.261 0.139 0.318 0.230 1.834 1.130 10.108 0.901 0.252 0.082 0.349 0.124 0.375 nan 0.171 0.422 3.480 0.129 0.306 0.247 0.103 0.560 0.044 0.091 0.198 0.166 0.758 0.402 0.072 0.078 0.187 0.598 0.184 0.287 0.191 0.891 1.979 0.604 0.824 11.023 12.422 8.347 3.152 0.830 0.744 1.700 2.411 8.639 10.014 3.088 2.797 0.410 0.481 2.370 2.160 2.156 6.249 3.863 1.952 8.217 0.243 0.164 0.109 0.568 3.477 0.161 0.188 0.155 0.245 0.255 0.883 1.945 0.286 0.128 0.036 0.108 0.115 0.125 0.367 0.287 0.664 0.168 0.259 0.862 0.492 0.236 10.108 0.071 0.158 0.664 0.424 1.063 0.120 0.114 0.598 0.100 0.092 0.181 1.431 0.110 0.138 0.034 0.030 1167 chr17 36566978 36587267 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -7598 NM_001199417 57636 Hs.374446 NM_020876 ENSG00000275832 ARHGAP23 - Rho GTPase activating protein 23 protein-coding nan 2.218 0.926 1.119 1.294 4.766 2.696 0.476 0.015 1.767 0.600 0.190 0.178 0.543 0.270 1.693 0.831 3.389 2.206 0.778 0.903 0.315 0.103 0.884 2.471 1.225 1.113 4.230 0.115 1.194 1.203 0.093 0.533 0.589 0.392 0.568 0.266 0.698 0.385 0.382 0.667 0.302 0.499 0.584 0.417 0.347 4.162 4.595 0.541 0.823 nan 4.651 4.501 2.127 5.907 6.620 1.023 1.265 5.593 5.830 nan 2.755 2.501 2.638 1.528 1.479 1.884 3.648 2.073 1.012 3.363 0.610 0.433 0.328 0.778 3.116 1.069 0.418 0.337 0.638 0.236 0.272 0.881 1.962 0.551 0.365 0.215 0.388 0.383 0.552 0.778 0.856 0.217 0.248 1.767 0.554 0.488 3.389 0.163 0.118 0.740 1.479 1.406 0.732 0.066 0.256 1.824 0.176 0.816 0.952 0.049 0.196 0.397 0.144 587 chr11 111241658 111277757 + 0 NA Intergenic Intergenic -9550 NM_006235 5450 Hs.654525 NM_006235 ENSG00000110777 POU2AF1 BOB1|OBF-1|OBF1|OCAB POU class 2 associating factor 1 protein-coding 0.737 1.174 0.857 0.265 0.038 2.662 1.462 0.077 0.017 0.206 0.112 0.041 0.042 0.092 0.028 0.186 0.207 0.729 0.211 0.230 0.031 0.070 0.009 0.097 0.627 0.076 0.092 1.335 0.121 0.148 0.043 0.108 0.146 0.019 0.038 0.148 0.020 0.071 0.224 0.079 0.264 0.489 0.649 0.105 0.494 0.072 2.129 nan 1.498 3.328 0.584 0.774 0.769 0.250 0.335 0.317 2.484 nan 0.722 0.523 0.437 0.243 0.947 1.574 0.855 1.028 0.192 0.419 0.857 0.512 1.434 0.077 0.016 0.067 0.045 0.136 0.019 0.407 0.150 0.033 0.044 0.249 0.157 0.219 0.053 0.020 0.075 0.039 0.060 0.249 0.090 0.048 0.033 0.157 0.206 0.055 0.054 0.729 0.074 0.085 0.531 0.034 0.222 0.017 0.010 0.076 0.063 0.074 0.896 0.051 0.045 0.063 0.021 609 chr11 127905375 127925523 + 0 NA Intergenic Intergenic 476756 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.476 0.741 0.576 0.162 0.841 0.464 0.230 0.647 0.037 0.222 1.311 0.087 0.038 0.189 0.040 0.124 0.185 0.250 0.134 0.233 0.135 0.250 0.016 0.085 1.349 0.384 0.059 0.339 0.225 0.080 0.080 0.127 0.047 0.447 0.068 0.065 0.348 0.693 0.179 0.938 0.015 1.112 0.052 0.125 0.071 0.358 0.433 0.487 0.248 0.360 0.398 0.436 0.440 0.194 0.141 0.170 0.207 0.304 1.437 0.916 0.276 0.126 0.373 0.521 0.129 0.152 0.098 nan 0.605 0.458 0.039 0.202 0.417 1.486 0.010 0.054 0.014 0.074 0.050 0.118 0.062 0.047 0.070 1.408 0.308 0.234 0.039 0.023 0.054 5.235 0.032 0.213 0.008 0.456 0.222 0.050 0.184 0.250 0.431 0.199 0.005 0.091 0.030 0.458 0.226 0.218 0.242 0.057 0.112 0.061 2.178 0.090 0.026 0.010 1235 chr17 59473220 59495073 + 0 NA intron (NM_005994, intron 6 of 6) intron (NM_005994, intron 6 of 6) -4966 NM_203425 388407 Hs.434459 NM_203425 C17orf82 - chromosome 17 open reading frame 82 protein-coding 1.892 1.210 0.974 0.334 0.214 1.462 0.630 0.326 0.281 1.179 1.637 0.184 0.278 1.164 1.567 0.236 0.144 0.516 0.331 0.571 0.153 1.359 0.651 3.080 4.984 2.772 0.581 1.343 0.864 6.748 1.098 0.103 2.524 0.589 0.220 0.476 0.363 0.929 0.937 0.299 0.386 1.366 0.431 1.033 0.455 0.593 0.491 0.506 1.788 2.536 0.931 0.856 1.868 0.614 nan 2.739 0.947 1.304 nan nan 1.700 1.671 0.711 0.682 2.539 2.391 0.489 0.820 0.507 0.390 0.813 0.834 0.461 1.555 0.115 0.180 1.807 0.630 0.528 0.998 1.855 0.575 0.635 0.337 1.284 0.600 0.204 4.637 2.924 0.425 3.485 3.258 1.613 1.166 1.179 1.251 0.504 0.516 0.822 1.733 0.158 2.401 0.336 0.354 0.192 1.121 0.199 3.256 0.090 0.181 0.171 0.170 0.361 0.148 298 chr1 212808034 212813990 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 13223 NM_153606 149647 Hs.129293 NM_153606 ENSG00000162771 FAM71A GARI-L4 family with sequence similarity 71 member A protein-coding 1.942 1.786 2.123 0.987 0.097 0.916 0.513 0.405 0.041 0.962 1.865 0.161 0.217 0.331 0.073 1.108 0.559 0.894 0.498 0.176 0.104 0.147 0.209 0.186 0.320 0.108 0.119 nan 0.074 0.072 0.073 0.113 0.322 0.357 0.060 0.642 0.198 0.429 0.169 1.359 0.013 0.219 0.104 0.094 0.098 0.349 0.469 0.324 13.725 3.953 2.282 1.629 nan 0.407 3.219 3.349 1.207 nan 5.020 2.870 0.896 1.070 0.133 0.267 1.056 1.327 0.869 2.553 2.267 1.517 0.483 0.250 0.065 0.699 0.350 0.135 0.046 0.128 0.151 0.012 0.117 0.193 0.013 0.124 0.148 0.122 0.473 0.026 0.179 0.399 0.128 0.141 0.053 0.135 0.962 0.107 0.047 0.894 0.082 0.056 0.359 0.079 2.219 0.171 0.007 0.294 0.113 0.020 0.114 0.627 0.344 0.095 0.029 0.008 95 chr1 43810993 43841869 + 0 NA exon (NM_001255, exon 8 of 11) exon (NM_001255, exon 8 of 11) 1805 NM_001255 991 Hs.524947 NM_001255 ENSG00000117399 CDC20 CDC20A|bA276H19.3|p55CDC cell division cycle 20 protein-coding nan 1.619 nan 1.449 2.510 1.507 0.820 1.956 0.618 1.167 0.906 0.266 0.778 1.730 1.851 1.109 0.655 2.586 0.673 1.081 0.762 2.607 1.154 0.744 2.697 1.119 1.124 3.588 1.291 2.524 1.627 0.116 1.898 0.694 0.891 0.701 0.510 1.424 1.809 1.369 0.401 1.978 3.235 1.204 1.972 0.691 1.581 2.185 1.924 2.592 3.890 3.588 2.220 0.813 2.573 2.713 1.539 nan nan 9.788 1.436 1.237 1.708 nan 0.860 0.785 1.492 2.770 1.530 0.795 1.663 2.729 0.768 1.686 0.962 1.239 0.525 1.409 1.235 1.377 1.305 0.216 0.580 3.365 3.837 1.428 1.616 0.558 0.411 2.294 1.544 2.905 0.681 1.054 1.167 1.806 2.898 2.586 0.694 1.393 0.440 3.221 0.949 2.122 1.288 1.421 1.272 1.196 1.136 0.826 1.295 1.460 2.007 1.758 923 chr15 31584199 31604666 + 0 NA Intergenic Intergenic -24626 NM_001302461 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.521 nan nan 1.374 0.038 3.368 1.689 0.100 0.006 1.709 0.139 0.047 0.009 0.072 0.042 2.369 1.311 3.785 1.818 0.132 0.012 0.059 0.005 0.254 0.884 0.161 0.117 3.516 0.007 1.839 0.048 0.053 0.523 0.017 0.059 0.074 0.027 0.037 0.245 0.011 0.161 0.275 0.271 0.071 0.043 0.052 4.659 6.700 0.386 0.545 4.691 4.818 4.026 1.304 0.703 0.665 0.450 0.682 0.694 1.430 6.160 7.245 2.117 2.647 4.697 2.984 0.959 1.942 0.535 0.311 0.889 0.156 0.113 0.034 1.034 0.013 0.210 0.092 0.021 0.076 1.769 1.913 0.059 0.029 0.015 0.045 0.466 0.449 0.171 2.410 0.073 0.100 0.595 1.709 0.056 0.013 3.785 0.317 0.121 1.370 0.111 0.392 0.010 0.043 0.115 0.016 0.964 1.723 0.744 0.037 0.045 0.017 0.013 243 chr1 164713558 164763527 + 0 NA non-coding (NR_038072, exon 4 of 4) non-coding (NR_038072, exon 4 of 4) 5336 NR_038072 100505795 Hs.661039 NR_038072 ENSG00000233693 LOC100505795 - uncharacterized LOC100505795 ncRNA 1.392 nan 1.092 0.657 0.308 1.607 0.841 2.026 1.366 1.402 2.008 0.308 0.437 0.591 0.048 0.386 0.257 0.977 0.468 0.422 1.247 0.844 0.114 0.124 0.626 0.293 0.519 1.040 0.057 0.109 0.041 0.101 0.917 0.373 1.250 0.558 0.398 1.383 0.793 0.253 0.241 1.429 1.196 0.455 1.278 0.397 0.540 0.436 1.404 5.829 1.150 nan 2.059 1.123 0.165 0.162 3.676 4.222 1.519 nan 0.405 0.215 0.415 0.558 0.677 0.798 0.352 0.724 1.323 0.830 0.417 0.478 0.273 1.706 1.781 1.512 0.017 0.760 0.470 0.031 6.888 0.115 0.239 0.149 0.137 0.092 0.629 0.120 0.224 0.540 2.457 0.044 1.100 1.020 1.402 0.501 0.105 0.977 1.404 0.540 0.052 0.281 0.219 1.213 0.113 1.394 3.283 0.062 0.132 0.241 0.123 0.714 0.029 0.013 2051 chr4 77405290 77547928 + 0 NA intron (NM_020859, intron 1 of 10) intron (NM_020859, intron 1 of 10) -18112 NR_039654 100616299 NR_039654 ENSG00000263445 MIR4450 mir-4450 microRNA 4450 ncRNA 0.679 0.656 0.564 0.315 1.058 0.692 0.412 0.236 0.951 0.189 0.440 0.123 0.157 0.373 0.053 0.155 0.134 0.477 0.101 0.744 0.075 0.511 0.384 0.132 1.330 0.396 0.745 0.435 0.496 0.552 3.711 0.151 0.136 0.262 0.156 0.546 0.343 0.981 0.226 0.390 0.030 0.213 0.158 0.333 0.221 0.158 0.314 0.184 0.536 1.969 0.328 0.411 1.119 0.405 0.303 0.307 0.157 0.255 1.040 1.096 0.380 0.225 0.144 0.194 0.184 0.167 0.122 0.245 0.662 0.498 0.058 0.678 0.380 0.094 0.064 0.169 0.016 0.547 0.239 0.662 0.049 0.025 0.082 0.153 0.100 0.066 0.276 0.090 0.143 0.621 0.115 0.073 0.056 0.257 0.189 0.483 0.291 0.477 0.089 0.763 0.014 0.055 0.132 0.489 0.186 0.330 0.186 0.410 0.060 0.055 0.117 0.504 0.097 0.055 2682 chr9 95086554 95089018 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330722) promoter-TSS (NM_001330722) 36 NM_001012267 401541 Hs.713775 NM_001012267 ENSG00000188312 CENPP CENP-P centromere protein P protein-coding 5.248 4.368 6.423 11.181 2.908 6.990 3.114 4.591 2.419 5.525 4.021 0.132 2.367 5.701 2.002 3.287 1.448 5.760 3.326 4.349 1.557 7.145 1.676 3.656 10.291 7.738 4.048 8.125 3.601 2.603 3.904 0.177 8.588 1.562 3.807 4.460 1.919 8.618 8.079 3.397 3.472 6.555 11.627 3.073 5.502 2.486 8.166 6.813 9.926 14.159 10.463 12.533 7.616 5.485 13.883 16.143 3.796 4.739 11.044 18.850 21.002 19.101 7.300 9.361 12.113 15.847 8.982 6.974 6.850 3.523 1.667 7.094 2.243 3.573 1.413 4.298 3.212 5.012 6.585 3.026 5.733 1.902 2.143 7.022 5.647 2.816 3.896 2.172 2.174 6.520 4.492 6.040 2.365 4.365 5.525 6.622 3.903 5.760 2.100 4.003 2.286 4.284 2.507 3.463 3.775 5.618 2.299 2.009 2.119 2.414 2.710 0.984 5.218 3.654 148 chr1 93543376 93547737 + 0 NA intron (NM_001164393, intron 1 of 12) intron (NM_001164393, intron 1 of 12) 764 NM_001164392 22823 Hs.31016 NM_007358 ENSG00000143033 MTF2 M96|PCL2|TDRD19A|dJ976O13.2 metal response element binding transcription factor 2 protein-coding nan nan 3.594 3.961 4.123 5.440 2.331 2.000 1.743 2.582 4.611 0.452 1.177 3.583 2.144 1.621 0.801 4.541 2.428 2.354 1.399 3.178 1.170 1.615 6.348 3.402 3.022 10.586 1.543 3.040 5.089 0.219 3.488 0.922 1.463 4.567 0.649 4.569 1.200 1.716 0.552 2.988 7.939 1.865 5.151 1.484 6.621 5.537 7.188 9.650 9.781 nan 7.857 3.716 14.645 15.543 6.936 nan 11.562 17.170 nan 9.117 4.476 7.374 2.912 2.826 9.513 8.896 3.713 1.661 3.814 1.735 1.237 2.252 1.897 3.346 1.845 1.854 1.543 1.363 2.011 0.388 2.781 4.006 2.795 1.326 3.081 0.572 0.829 3.301 1.654 3.233 1.319 3.131 2.582 3.528 7.138 4.541 1.127 0.873 0.891 2.800 1.510 2.484 1.215 1.760 2.216 1.560 2.154 2.395 1.004 1.533 2.440 1.556 753 chr12 116795139 116824870 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 56119 NR_039683 100616309 NR_039683 ENSG00000264037 MIR4472-2 - microRNA 4472-2 ncRNA nan nan 0.634 0.623 0.094 0.416 0.135 0.235 0.025 0.828 0.899 0.265 0.019 0.046 0.047 0.142 0.097 1.530 0.094 0.135 0.250 0.062 0.134 0.102 0.948 0.176 0.236 0.800 0.103 0.219 0.102 0.115 0.674 0.118 0.143 0.238 0.463 1.430 0.247 0.201 0.162 0.205 0.436 0.155 0.243 0.102 0.396 0.438 1.255 1.636 nan nan nan 0.073 0.862 0.855 1.917 2.460 nan nan 0.546 0.323 0.262 0.256 0.226 0.384 0.312 0.603 nan 0.462 0.084 0.295 0.104 0.735 0.259 0.465 0.056 0.318 0.209 0.197 0.264 0.035 0.040 0.669 0.357 0.205 0.084 0.130 0.126 1.209 6.046 0.145 3.228 1.699 0.828 0.110 0.075 1.530 0.189 0.162 0.065 1.297 0.266 0.981 0.024 0.393 0.536 0.128 0.070 0.087 0.195 0.023 0.277 0.085 1343 chr18 53242862 53258564 + 0 NA intron (NM_001330604, intron 3 of 19) intron (NM_001330604, intron 3 of 19) 2637 NM_001306207 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.876 0.898 1.226 0.046 2.333 1.317 0.980 0.142 3.119 1.303 0.042 0.073 0.263 0.076 1.170 0.848 2.726 1.120 0.713 0.055 0.031 0.167 0.343 0.084 0.072 0.090 3.197 0.195 6.315 3.654 0.116 0.830 0.045 0.225 0.042 0.105 0.202 0.652 0.146 0.388 0.574 1.839 0.367 1.182 0.246 2.166 2.949 4.013 3.801 7.462 5.890 9.718 4.249 5.701 5.742 2.266 2.861 1.797 2.553 2.645 3.153 2.028 3.131 5.625 5.060 1.724 1.831 nan 2.572 0.618 0.181 0.153 1.160 0.058 1.767 0.353 0.339 0.302 0.099 0.431 1.444 2.054 0.075 0.004 0.010 0.034 1.164 2.191 0.400 0.561 1.064 0.166 0.004 3.119 0.204 0.006 2.726 0.016 0.052 0.574 0.835 3.608 0.596 0.027 0.020 0.057 7.942 1.671 0.796 0.403 0.082 0.004 0.003 2489 chr7 115337269 115374997 + 0 NA Intergenic Intergenic 252234 NM_001244583 22797 Hs.125962 NM_012252 ENSG00000105967 TFEC TCFEC|TFE-C|TFEC-L|TFECL|bHLHe34|hTFEC-L transcription factor EC protein-coding nan 0.720 0.885 0.484 0.121 0.529 0.242 0.103 0.028 0.906 0.197 0.123 0.020 0.115 0.021 0.433 0.441 0.638 1.337 0.405 0.020 0.103 0.025 0.179 0.373 0.171 0.289 0.947 0.019 0.077 0.095 0.171 0.231 0.022 0.038 0.056 0.011 0.116 0.251 0.029 0.015 0.062 0.141 0.156 0.094 0.091 0.436 0.316 0.517 0.622 0.301 0.413 0.186 0.113 0.301 0.265 0.641 0.754 0.907 1.469 0.453 0.213 0.263 0.556 6.987 9.532 0.514 1.250 1.033 0.598 0.050 0.040 0.015 0.110 0.034 0.532 0.022 0.009 0.002 0.002 0.057 2.815 0.238 0.044 0.011 0.006 0.016 0.024 0.052 0.095 0.041 0.052 0.031 0.073 0.906 0.058 0.052 0.638 0.029 0.090 0.057 0.025 0.430 0.016 0.032 0.028 0.035 0.043 0.168 0.140 0.022 0.057 0.008 0.016 2655 chr9 14514151 14548023 + 0 NA Intergenic Intergenic -132105 NM_001190738 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.121 0.362 0.038 0.373 0.215 0.030 0.027 0.536 0.095 0.085 0.034 0.072 0.012 2.754 1.881 0.184 0.158 0.167 0.037 0.054 0.012 0.117 0.085 0.033 0.073 1.221 0.017 0.126 0.048 0.067 0.121 0.004 0.029 0.044 0.007 0.043 0.099 0.123 0.012 0.092 0.109 0.066 0.037 0.092 0.237 0.174 0.224 0.316 0.582 0.797 10.001 3.264 0.111 0.107 46.103 44.762 0.258 0.288 0.478 0.305 0.917 2.124 0.801 0.576 1.080 3.090 1.675 1.220 1.694 0.046 0.038 0.009 1.835 0.029 0.023 0.013 0.007 0.056 0.096 0.052 0.047 0.023 0.016 0.041 0.054 0.083 0.097 0.096 0.030 0.033 0.037 0.536 0.050 0.016 0.184 0.014 0.020 0.132 0.030 1.054 0.092 0.002 0.049 0.062 1.434 1.737 0.020 0.017 0.020 0.007 2404 chr7 11012679 11025313 + 0 NA intron (NR_033436, intron 2 of 16) intron (NR_033436, intron 2 of 16) 5497 NR_033435 9678 Hs.655688 NM_014660 ENSG00000106443 PHF14 - PHD finger protein 14 protein-coding nan 2.035 nan 1.887 1.588 2.628 1.581 1.337 0.284 1.934 0.812 0.155 0.200 1.050 0.255 0.470 0.230 2.884 1.566 1.304 0.323 1.781 0.373 1.088 2.789 1.981 1.917 3.602 0.578 1.545 1.371 0.208 2.118 0.463 0.520 1.506 0.216 1.262 1.315 0.923 0.446 2.119 1.593 1.199 1.351 0.589 nan 3.233 1.949 2.434 3.204 2.663 2.610 1.372 12.989 12.812 2.140 2.712 3.575 5.373 2.411 2.353 0.994 1.833 3.116 3.313 2.875 3.319 1.509 0.943 1.704 0.620 0.405 1.268 0.980 1.318 0.395 0.969 0.954 0.484 1.487 0.657 1.138 1.642 0.631 0.261 0.901 0.719 0.583 1.424 1.304 1.174 0.689 0.968 1.934 1.316 1.260 2.884 0.551 0.799 0.658 1.013 1.555 0.488 1.002 1.370 0.493 1.166 0.853 0.946 0.746 0.358 0.246 0.182 726 chr12 66111338 66138473 + 0 NA Intergenic Intergenic -88753 NR_120431 100507065 Hs.591038 NR_120431 LOC100507065 - uncharacterized LOC100507065 ncRNA 0.723 0.580 0.632 0.069 0.485 0.161 0.065 0.954 0.062 0.081 0.150 0.047 0.126 0.292 0.220 0.058 0.107 0.053 0.108 0.208 0.064 0.075 0.198 0.205 0.876 0.408 0.407 0.228 0.324 0.071 6.094 0.166 1.716 0.142 0.290 0.062 0.030 0.133 0.328 0.105 0.170 1.913 0.352 0.101 0.156 0.290 0.231 0.126 0.252 0.443 0.331 nan 0.116 0.060 0.136 0.129 0.156 0.237 0.405 0.504 0.775 0.624 0.196 0.316 0.035 0.056 0.752 1.304 0.185 0.332 0.008 0.211 0.011 1.725 0.039 0.049 2.050 0.132 0.061 0.042 0.141 0.007 0.041 0.158 0.209 0.160 0.168 0.210 0.187 0.737 0.411 2.993 0.070 0.058 0.081 0.376 0.356 0.053 0.059 0.098 0.018 0.905 0.019 0.184 0.204 0.055 0.094 0.042 0.070 0.475 0.239 0.157 0.240 0.183 2509 chr8 1770887 1817308 + 0 NA intron (NM_001308153, intron 3 of 29) intron (NM_001308153, intron 3 of 29) 21955 NM_014629 9639 Hs.98594 NM_014629 ENSG00000104728 ARHGEF10 GEF10|SNCV Rho guanine nucleotide exchange factor 10 protein-coding 0.699 0.760 0.572 0.862 0.203 0.735 0.407 0.190 0.013 0.399 0.272 0.062 0.008 0.002 0.128 0.417 0.346 7.502 0.058 0.277 0.192 0.391 0.144 0.143 0.329 0.128 0.136 0.149 0.079 0.127 0.486 0.124 0.393 0.043 0.084 0.136 0.083 0.311 0.188 0.163 0.057 0.385 0.141 0.227 0.099 0.148 0.536 0.801 0.634 0.834 3.356 3.233 2.668 1.062 0.587 0.602 0.198 0.324 0.338 0.473 nan 0.423 0.312 0.442 0.638 0.568 0.315 0.511 0.819 0.622 0.336 0.348 0.060 0.199 0.059 0.437 0.113 0.161 0.175 0.166 0.178 0.102 0.015 0.088 0.208 0.114 0.131 0.027 0.026 0.229 0.407 0.271 0.149 0.105 0.399 0.005 0.241 7.502 0.142 0.123 0.065 0.440 0.201 0.207 0.029 0.193 0.244 0.057 0.121 0.162 0.205 0.069 0.135 0.054 2703 chr9 127619485 127636432 + 0 NA intron (NM_030978, intron 2 of 5) AluSx1|SINE|Alu 3561 NM_030978 81873 Hs.132499 NM_030978 ENSG00000136950 ARPC5L ARC16-2 actin related protein 2/3 complex subunit 5 like protein-coding nan nan 2.666 3.023 1.704 2.303 1.067 2.069 0.597 2.125 1.328 0.350 1.512 4.487 1.548 1.211 0.597 2.586 1.571 1.729 0.899 5.518 1.113 1.078 4.545 2.959 1.883 nan 1.645 1.538 2.067 0.161 4.493 0.961 2.036 2.371 0.782 3.347 3.833 2.095 0.996 3.250 4.125 1.600 2.761 1.208 1.990 1.905 3.470 5.313 3.999 3.798 2.869 1.265 6.327 6.371 1.534 nan 4.061 6.476 5.142 5.562 1.640 2.685 2.758 3.103 3.143 3.367 nan 1.070 2.094 2.307 1.203 1.840 0.673 1.268 0.925 2.296 2.589 1.687 3.979 0.393 0.668 2.299 3.521 1.719 1.789 1.074 0.988 1.684 2.212 3.681 1.143 2.770 2.125 4.418 2.245 2.586 1.467 1.020 0.660 3.359 2.144 2.177 0.942 2.336 1.307 0.722 0.426 1.086 1.231 0.791 1.658 1.080 2171 chr5 90666124 90682794 + 0 NA intron (NR_138072, intron 2 of 7) intron (NR_138072, intron 2 of 7) 1655 NM_001329670 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 6.006 2.870 2.929 2.140 6.827 3.515 4.431 2.637 2.422 1.493 0.193 0.886 2.042 2.303 1.356 0.762 1.686 2.227 0.728 3.303 1.790 3.402 4.055 4.104 3.382 9.602 1.184 4.016 2.895 0.133 4.169 1.277 1.881 3.443 0.360 2.864 1.232 2.483 0.540 3.443 2.328 3.334 3.647 1.330 3.674 4.624 5.540 7.368 8.223 5.099 4.823 2.295 6.049 6.096 4.644 5.115 4.588 9.232 9.159 12.105 2.020 3.736 8.867 7.577 6.182 nan 1.904 1.046 2.149 1.723 1.944 1.377 0.743 3.816 0.607 1.973 1.801 0.334 3.201 1.367 1.723 1.864 1.707 0.876 1.603 0.516 0.713 1.067 1.275 1.675 2.267 2.087 2.422 1.907 3.808 1.360 1.075 0.455 1.173 1.697 2.087 1.973 1.749 1.866 3.630 1.984 1.586 1.744 1.727 1.855 1.547 2611 chr8 143252570 143307803 + 0 NA intron (NR_024378, intron 1 of 2) intron (NR_024378, intron 1 of 2) 469 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.501 0.815 nan 0.138 0.125 1.654 0.864 0.120 0.005 0.514 0.050 0.076 0.021 0.069 0.058 0.198 0.102 2.111 1.013 0.137 0.025 0.079 0.023 0.125 0.856 0.135 0.117 2.008 0.040 0.248 0.047 0.065 0.328 0.066 0.043 0.252 0.013 0.048 0.307 0.034 0.242 0.549 0.174 0.081 0.261 0.085 0.753 1.371 0.087 0.130 nan 4.827 nan 0.100 0.196 0.209 0.589 0.817 1.361 1.516 1.462 1.177 0.741 1.038 0.575 0.569 0.847 1.856 0.793 0.577 2.730 0.131 0.019 0.275 0.128 1.161 0.060 0.069 0.050 0.046 0.043 0.105 0.265 0.117 0.097 0.062 0.033 0.041 0.031 0.181 0.183 0.322 0.041 0.067 0.514 0.102 0.049 2.111 0.020 0.043 0.359 0.190 0.201 0.014 0.260 0.133 0.047 0.075 0.479 0.734 0.041 0.048 0.215 0.171 106 chr1 47644441 47659502 + 0 NA intron (NM_005764, intron 2 of 3) AluSq2|SINE|Alu 3800 NM_005764 10158 Hs.431099 NM_005764 ENSG00000162366 PDZK1IP1 DD96|MAP17|SPAP PDZK1 interacting protein 1 protein-coding nan 0.798 nan 0.082 1.057 0.325 0.120 0.171 0.074 0.222 0.765 0.074 1.317 1.275 0.354 0.209 0.132 0.088 0.269 0.154 0.600 0.658 1.041 0.382 3.601 0.764 0.182 0.758 0.086 0.156 0.223 0.103 0.316 0.166 0.081 1.479 0.114 0.166 0.236 4.459 0.085 0.497 0.263 0.207 0.147 0.111 0.294 0.260 0.411 0.789 0.894 0.985 0.307 0.104 0.559 0.605 0.402 nan nan 0.791 0.721 0.802 0.544 nan 0.050 0.060 0.307 0.411 1.228 0.865 0.301 1.177 0.143 0.264 2.059 0.098 0.230 1.030 0.688 0.210 0.127 0.019 0.099 0.208 0.236 0.161 1.619 0.133 0.121 0.295 0.766 0.124 1.127 2.477 0.222 0.288 0.260 0.088 0.527 0.219 0.219 0.410 0.195 0.122 0.019 0.338 0.956 0.069 0.113 0.082 0.104 0.771 0.164 0.037 157 chr1 109631013 109644809 + 0 NA non-coding (NR_136242, exon 4 of 4) non-coding (NR_136242, exon 4 of 4) 4508 NM_020141 56900 Hs.82933 NM_020141 ENSG00000215717 TMEM167B AD-020|C1orf119 transmembrane protein 167B protein-coding 2.943 nan nan 1.942 1.930 2.308 1.082 1.408 0.525 1.694 1.571 0.386 0.603 1.673 3.744 0.698 0.410 1.745 1.168 1.340 0.466 1.682 0.391 0.964 2.770 2.183 1.430 4.677 0.839 1.480 2.132 0.191 2.859 0.492 0.715 2.191 0.507 2.125 1.401 1.254 0.412 2.137 6.800 1.832 3.914 0.719 2.267 2.802 2.478 3.490 2.833 nan 4.009 1.444 6.468 6.889 3.123 3.978 nan nan 3.157 3.391 1.888 3.194 1.175 1.154 3.782 nan 1.564 0.842 1.350 1.247 0.637 1.786 0.953 2.148 2.694 1.044 1.246 0.900 1.918 0.276 1.216 4.024 1.574 0.748 0.961 0.591 0.520 1.533 1.536 2.347 0.999 2.542 1.694 1.760 4.485 1.745 0.760 0.852 0.594 5.011 1.010 1.179 0.464 1.144 0.753 0.791 1.286 1.327 0.738 0.772 5.506 6.388 964 chr15 71787595 71809735 + 0 NA intron (NM_024817, intron 6 of 16) intron (NM_024817, intron 6 of 16) -40876 NM_001286429 79875 Hs.387057 NM_024817 ENSG00000187720 THSD4 ADAMTSL-6|ADAMTSL6|FVSY9334|PRO34005 thrombospondin type 1 domain containing 4 protein-coding 0.711 0.776 1.019 0.071 0.069 0.348 0.162 0.057 0.042 0.364 0.130 0.051 0.026 0.103 0.083 0.120 0.122 0.131 0.136 0.202 0.095 0.082 0.057 0.198 0.265 0.075 0.182 0.599 0.086 1.232 0.042 0.089 0.813 0.043 0.089 0.067 0.018 0.087 0.264 0.045 0.040 0.684 0.167 0.115 0.089 0.098 0.358 0.218 0.440 1.228 0.226 0.298 0.202 0.125 0.113 0.147 0.125 0.226 0.210 0.209 0.548 0.180 0.191 0.361 0.028 0.048 0.227 0.437 0.343 0.352 0.008 0.064 0.004 0.083 0.027 0.068 0.013 0.039 0.010 0.027 0.099 0.017 0.019 0.063 0.021 0.011 0.045 0.202 0.492 0.271 0.261 0.123 0.043 0.132 0.364 0.042 0.059 0.131 0.044 0.132 0.074 0.090 0.028 0.046 0.011 0.025 0.223 2.402 0.272 0.100 0.021 0.043 0.010 0.007 2009 chr3 189427199 189443463 + 0 NA intron (NM_001114978, intron 1 of 12) intron (NM_001114978, intron 1 of 12) -72118 NM_001114980 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.482 1.342 1.017 0.286 0.352 0.809 0.266 0.297 0.069 0.166 3.763 0.248 0.487 0.620 0.232 0.237 0.217 0.125 0.162 0.643 0.176 0.491 0.446 0.225 4.338 1.960 0.934 1.134 0.637 0.095 0.033 0.086 nan 0.253 0.071 2.055 1.036 1.123 1.041 1.384 0.446 0.539 0.817 0.117 0.287 0.222 0.382 0.172 0.312 1.040 0.373 0.463 6.518 2.000 0.335 0.338 0.237 0.350 0.971 1.620 0.784 0.464 0.107 0.180 1.088 1.178 1.086 3.034 1.403 0.636 0.051 0.634 0.033 0.322 0.073 0.090 1.376 0.498 0.004 0.438 0.211 0.114 1.158 0.119 0.119 0.368 0.044 0.044 1.187 0.357 0.218 0.044 0.585 0.166 0.192 0.176 0.125 0.214 0.142 0.067 0.363 0.118 0.340 0.270 0.486 0.366 0.184 0.018 0.880 0.160 0.392 0.011 0.016 65 chr1 27012315 27034937 + 0 NA exon (NM_006015, exon 1 of 20) exon (NM_006015, exon 1 of 20) 1104 NM_139135 8289 Hs.468972 NM_006015 ENSG00000117713 ARID1A B120|BAF250|BAF250a|BM029|C1orf4|CSS2|ELD|MRD14|OSA1|P270|SMARCF1|hELD|hOSA1 AT-rich interaction domain 1A protein-coding 4.693 2.826 nan 4.864 3.474 3.219 1.756 3.303 3.632 2.808 1.809 0.178 0.688 2.622 3.952 1.266 0.592 1.719 1.500 1.766 0.870 3.517 1.184 1.294 6.786 3.899 3.175 5.919 1.294 1.457 5.322 0.183 3.180 0.927 1.484 2.260 0.888 4.079 1.779 2.311 0.836 3.571 3.352 1.412 2.358 1.277 3.417 3.498 3.742 5.205 7.187 6.347 3.524 1.351 9.075 9.346 4.080 5.308 4.082 5.985 4.370 4.923 2.925 5.214 2.658 2.571 4.633 5.707 1.970 1.132 3.037 2.450 1.756 2.358 1.613 3.536 3.584 1.697 1.863 2.353 2.661 0.577 1.978 5.444 2.307 1.108 1.382 1.031 0.747 2.594 2.653 3.683 1.493 2.054 2.808 3.088 6.914 1.719 1.196 2.627 1.104 4.984 1.297 2.608 1.912 1.661 1.127 0.874 2.682 2.049 2.140 1.839 1.250 0.814 1909 chr3 57580500 57585406 + 0 NA promoter-TSS (NR_132369) promoter-TSS (NR_132369) 262 NM_001660 378 Hs.652183 NM_001660 ENSG00000168374 ARF4 ARF2 ADP ribosylation factor 4 protein-coding 2.983 2.587 nan 2.290 4.064 1.764 0.685 4.885 1.720 1.824 4.330 0.489 1.351 3.410 3.380 1.153 0.860 1.661 2.796 3.044 2.232 7.496 3.664 4.454 4.881 4.410 3.308 4.746 1.785 3.443 3.599 0.141 4.780 1.344 1.663 4.521 1.436 8.039 3.229 2.830 0.839 4.697 6.379 2.684 5.289 1.815 2.443 2.447 6.092 9.728 3.626 3.267 4.890 2.382 8.153 8.262 2.562 3.083 4.199 6.190 nan 4.541 1.601 2.780 2.328 3.450 3.399 5.104 1.804 0.977 1.653 2.808 1.451 3.738 1.361 1.650 1.288 2.054 2.264 2.069 3.510 0.274 2.560 4.450 5.740 2.795 1.893 0.889 0.819 5.807 2.207 3.955 2.657 1.871 1.824 6.668 3.850 1.661 1.551 1.283 0.557 3.423 2.743 2.736 1.608 4.599 4.202 1.832 0.869 1.287 2.713 2.244 3.675 3.264 935 chr15 51349484 51362381 + 0 NA intron (NM_207381, intron 2 of 2) intron (NM_207381, intron 2 of 2) 30970 NM_001311175 388121 Hs.306343 NM_207381 ENSG00000183578 TNFAIP8L3 TIPE3 TNF alpha induced protein 8 like 3 protein-coding 0.692 0.738 0.885 0.020 0.078 0.206 0.050 0.108 0.009 0.148 0.199 0.198 0.030 0.074 0.015 0.038 0.218 0.102 0.149 0.117 0.058 0.053 0.109 0.186 0.043 0.066 0.222 0.056 4.825 0.084 0.112 0.229 0.123 0.109 0.026 0.021 0.141 0.026 0.038 0.198 0.124 0.066 0.030 0.143 0.321 0.233 0.207 0.296 0.266 0.210 0.265 0.112 0.164 0.128 0.806 1.085 0.173 0.262 0.502 0.198 0.201 0.220 0.270 0.370 0.215 0.501 0.614 0.600 0.018 0.110 0.037 0.135 0.077 0.075 0.011 0.043 0.011 0.069 0.087 0.045 0.043 0.107 0.009 0.018 0.024 1.017 1.148 0.171 0.120 0.033 0.037 0.083 0.148 0.105 0.100 0.102 0.095 0.019 0.076 0.023 0.071 0.026 0.019 0.175 5.935 0.054 0.066 0.053 0.014 0.036 0.036 203 chr1 155138644 155150690 + 0 NA intron (NM_173852, intron 3 of 4) intron (NM_173852, intron 3 of 4) 1137 NM_173852 200185 Hs.516671 NM_173852 ENSG00000163463 KRTCAP2 KCP2 keratinocyte associated protein 2 protein-coding nan nan 2.113 1.298 1.040 1.637 0.898 1.214 0.387 3.441 0.928 0.188 0.550 1.314 4.140 1.165 0.718 1.970 2.314 1.113 0.278 0.967 0.654 0.382 2.555 1.204 1.814 6.766 1.105 0.662 2.161 0.173 0.859 0.976 0.386 0.431 0.622 2.102 0.966 0.773 0.188 1.889 1.721 1.114 0.831 0.741 2.095 2.754 1.986 2.668 5.177 nan 2.958 1.075 1.279 1.460 1.623 2.437 2.267 3.222 2.200 1.523 2.558 3.919 2.487 2.001 1.367 2.962 1.539 0.723 2.046 0.771 0.841 1.208 4.299 2.140 0.425 0.761 0.646 1.413 1.196 0.827 1.307 1.863 0.731 0.392 0.305 0.502 0.382 0.570 1.223 1.635 3.325 2.004 3.441 1.094 1.212 1.970 0.607 1.159 1.250 5.003 2.377 0.330 0.195 1.016 0.342 0.354 2.458 0.667 0.885 0.346 0.387 0.221 2627 chr8 145548947 145562876 + 0 NA 3' UTR (NM_031309, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_031309, exon 2 of 2) 4032 NM_031309 83482 Hs.31746 NM_031309 ENSG00000261678 SCRT1 SCRT|ZNF898 scratch family transcriptional repressor 1 protein-coding 3.188 1.509 nan 2.491 0.970 2.111 1.251 0.913 0.125 1.784 0.362 0.116 0.218 0.969 0.425 0.394 0.191 2.558 1.713 0.413 0.151 0.904 0.371 0.312 1.736 1.018 0.485 7.498 0.311 0.569 0.870 0.047 1.818 0.202 0.299 2.452 0.407 0.895 0.631 0.346 0.360 0.851 1.013 0.335 0.865 0.223 1.757 3.001 0.876 1.281 nan 4.283 nan 0.893 1.351 1.262 1.268 1.883 1.062 1.930 2.778 2.851 1.568 3.079 1.309 1.070 1.915 2.622 0.832 0.490 2.972 0.368 0.292 0.425 1.050 3.283 0.513 0.362 0.254 0.529 0.317 0.240 0.763 0.832 0.645 0.437 0.084 0.574 0.429 0.429 1.255 1.421 0.561 0.676 1.784 0.814 0.422 2.558 0.228 0.587 0.871 2.190 2.203 0.082 0.072 0.185 0.127 0.122 1.132 0.831 0.166 0.161 0.236 0.157 1213 chr17 45951933 45975303 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu 9564 NR_135480 102724532 Hs.729067 NR_135480 ENSG00000264920 LOC102724532 - uncharacterized LOC102724532 ncRNA 1.412 1.485 nan 1.363 1.134 1.874 0.895 1.118 1.197 0.845 0.763 0.207 0.381 1.003 0.454 0.606 0.344 1.146 1.091 0.742 0.318 0.794 0.398 0.655 nan 1.203 0.962 2.482 0.231 0.686 0.853 0.117 1.393 0.508 0.360 0.870 0.282 0.998 1.259 0.638 0.382 1.342 1.979 0.520 3.674 0.539 1.366 1.505 1.564 2.115 1.914 nan 2.033 1.061 2.881 3.182 0.763 1.233 2.695 nan 2.382 2.078 1.083 1.613 1.297 1.621 1.445 1.856 1.839 0.834 2.901 1.098 1.069 0.632 0.223 0.820 0.592 0.648 0.755 0.521 0.581 0.306 0.557 1.152 1.306 0.827 0.534 0.508 0.393 1.215 1.087 1.354 0.462 0.671 0.845 1.004 0.435 1.146 0.665 1.105 0.493 1.208 0.708 0.547 0.284 0.676 0.457 0.410 0.398 0.525 0.525 0.465 0.439 0.253 1093 chr16 86661889 86670804 + 0 NA Intergenic Intergenic 54231 NM_005250 2300 Hs.533830 NM_005250 ENSG00000176678 FOXL1 FKH6|FKHL11|FREAC7 forkhead box L1 protein-coding nan 0.367 0.417 0.068 0.660 0.258 0.073 0.095 0.101 0.108 0.055 0.042 0.095 0.191 0.053 0.026 0.054 0.088 0.333 0.028 0.080 0.614 3.537 0.149 0.066 0.065 0.182 0.082 0.180 0.062 0.085 0.299 0.106 0.069 0.498 0.144 0.155 0.222 0.516 0.044 0.357 0.155 0.093 0.691 0.113 0.147 0.151 0.067 0.077 0.183 0.247 0.036 0.026 0.098 0.131 0.051 0.121 0.089 0.082 0.291 0.072 0.105 0.104 0.052 0.085 0.097 0.124 0.124 0.259 0.013 0.519 0.011 0.764 0.022 0.040 0.409 0.137 0.115 0.021 0.036 0.129 0.217 0.123 0.026 0.009 0.027 8.031 0.187 0.260 2.586 0.411 0.101 0.024 0.309 0.054 0.468 0.121 0.033 0.072 0.046 2.206 0.019 0.062 0.088 0.068 0.011 0.014 1.013 0.053 0.032 0.006 81 chr1 38267359 38278644 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142726) promoter-TSS (NM_001142726) -472 NM_198446 127687 Hs.532749 NM_198446 ENSG00000197982 C1orf122 ALAESM chromosome 1 open reading frame 122 protein-coding 2.455 nan 2.367 4.156 1.314 1.317 0.686 1.537 0.282 1.402 1.090 0.155 0.302 1.002 1.333 1.196 0.601 2.717 1.147 0.788 0.538 1.157 0.167 0.542 1.838 1.627 1.130 3.337 0.377 0.673 1.949 0.205 1.096 0.315 0.596 1.911 0.336 1.119 1.437 0.669 0.277 1.579 2.222 0.931 1.095 0.536 1.324 1.615 1.263 2.165 2.759 2.678 nan 0.640 2.112 2.163 1.658 2.485 10.664 10.175 nan 2.070 1.883 3.570 0.639 0.624 1.495 2.066 1.417 nan 0.990 1.428 0.456 0.882 1.051 1.081 0.811 0.505 0.667 0.995 0.791 0.143 0.683 1.913 1.044 0.523 0.327 0.407 0.235 1.135 1.273 1.932 0.517 0.621 1.402 1.736 1.261 2.717 2.535 1.209 0.431 2.955 1.035 0.709 0.402 0.484 0.692 0.336 1.018 0.692 0.647 0.386 0.888 0.537 1023 chr16 11686919 11692903 + 0 NA Intergenic Intergenic -8589 NR_024320 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 0.927 1.107 nan 0.561 1.410 0.318 0.267 0.624 6.500 0.645 0.228 0.108 1.231 2.513 0.202 0.158 0.097 1.283 0.207 0.230 0.041 1.274 0.963 0.205 6.836 2.389 0.663 0.901 0.832 0.214 0.090 0.102 0.610 0.059 0.101 0.511 0.108 0.080 0.431 1.178 0.108 0.465 0.733 0.196 0.992 0.200 1.036 1.652 0.204 0.383 0.935 1.037 0.992 0.401 0.618 0.511 0.378 0.693 2.426 1.921 nan 0.340 0.690 0.676 0.284 0.403 0.083 0.153 0.583 0.417 0.158 1.574 1.633 0.133 0.129 0.089 0.046 0.968 0.381 0.545 1.143 0.047 0.093 0.184 0.091 0.038 0.729 0.271 0.345 0.094 1.182 0.126 0.514 2.590 0.645 4.151 0.110 1.283 0.409 0.938 0.064 0.203 0.051 0.113 0.155 0.647 0.042 0.152 0.263 0.228 0.354 0.019 0.030 2742 chr9 140499041 140514961 + 0 NA intron (NM_152285, intron 1 of 7) intron (NM_152285, intron 1 of 7) 5980 NR_122036 85026 Hs.522520 NM_032937 ENSG00000203993 ARRDC1-AS1 C9orf37 ARRDC1 antisense RNA 1 ncRNA 1.302 1.958 1.673 4.087 2.821 1.928 0.992 2.459 2.025 1.505 0.688 0.213 2.348 6.435 0.593 1.232 0.528 2.027 1.116 2.498 0.786 6.554 1.538 5.195 8.790 5.192 3.122 4.156 2.032 0.928 1.102 0.091 3.403 0.711 1.636 1.715 0.672 1.722 2.823 2.193 0.869 3.590 2.085 1.177 3.796 1.352 1.464 1.806 1.975 nan 2.680 nan 3.233 0.915 2.969 2.731 0.685 0.994 3.889 5.814 2.197 1.772 1.156 2.121 1.843 2.419 1.108 1.251 1.443 0.871 1.271 3.236 2.788 0.581 0.548 1.215 0.357 2.625 3.187 1.435 1.373 0.306 0.508 4.947 3.405 1.691 2.922 0.948 0.738 0.959 2.503 3.259 1.174 3.228 1.505 7.781 1.918 2.027 1.573 7.799 0.729 1.953 1.286 2.240 2.365 1.953 1.363 0.428 0.612 0.268 1.308 0.942 1.210 0.805 2473 chr7 102064020 102075985 + 0 NA Intergenic Intergenic -3975 NM_001126340 80228 Hs.363308 NM_032831 ENSG00000160991 ORAI2 C7orf19|CBCIP2|MEM142B|TMEM142B ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 protein-coding nan 0.941 2.162 0.690 0.391 0.816 0.217 0.730 0.676 1.407 0.499 0.149 0.189 0.530 0.194 0.445 0.305 0.704 1.902 0.739 0.373 0.546 0.168 0.957 1.553 0.604 1.196 1.633 0.146 0.349 1.327 0.155 1.094 0.414 0.204 0.395 0.296 0.606 0.528 0.200 0.343 2.197 2.407 0.968 0.339 0.428 3.369 5.561 0.760 1.242 1.319 1.347 1.703 0.643 0.571 0.663 0.664 1.053 0.934 1.356 1.431 1.477 2.416 3.502 1.444 1.280 1.275 nan 1.697 0.974 0.506 0.569 0.528 0.425 0.235 1.867 0.625 0.192 0.121 0.915 0.325 0.300 1.686 0.871 0.374 0.229 0.264 0.410 0.214 0.666 1.031 2.068 0.606 0.441 1.407 0.886 0.495 0.704 0.203 0.341 0.202 1.351 0.541 0.249 0.249 0.429 0.251 0.154 3.221 0.218 0.143 0.149 0.472 0.190 2084 chr4 149706939 149719240 + 0 NA Intergenic Intergenic 150441 NR_134681 105377480 Hs.148699 NR_134681 ENSG00000249317 LOC105377480 - uncharacterized LOC105377480 ncRNA 0.474 0.684 0.419 0.086 0.352 0.172 0.091 0.914 0.111 0.032 1.474 0.026 0.195 0.251 0.021 0.076 0.021 0.060 0.065 0.307 0.302 1.884 1.860 0.098 0.337 0.105 0.810 0.162 0.427 0.061 0.009 0.073 0.150 0.157 0.031 1.254 0.380 1.139 0.136 2.233 0.013 0.103 0.060 0.154 0.109 0.135 0.270 0.244 1.674 4.929 0.140 0.102 0.054 0.058 0.485 0.579 0.095 0.134 0.278 0.442 0.162 0.056 0.128 0.215 0.051 0.052 0.282 0.559 0.101 0.189 0.009 0.144 5.035 0.033 0.131 0.011 0.835 0.401 0.067 0.051 0.052 0.024 0.025 0.006 0.013 0.129 0.138 0.066 0.047 0.025 0.054 0.032 0.216 0.007 0.060 0.049 0.389 0.005 0.067 0.551 0.034 0.225 0.435 0.018 0.065 0.121 0.407 1.221 0.004 1300 chr18 6715842 6721388 + 0 NA Intergenic Intergenic 11246 NR_134645 101927168 Hs.242240 NR_134645 LOC101927168 - uncharacterized LOC101927168 ncRNA 0.947 0.778 0.761 0.063 0.052 0.308 0.173 0.149 5.118 0.068 0.337 0.088 0.068 0.075 0.067 0.094 0.062 0.022 0.095 1.530 0.514 0.507 0.019 0.171 0.849 0.392 1.557 nan 0.076 0.059 0.123 0.187 0.022 0.014 0.169 0.568 0.823 0.268 0.390 0.171 0.155 0.291 0.209 0.017 0.244 0.269 0.244 0.193 0.617 0.307 0.460 nan 0.140 0.340 0.294 0.082 nan 0.487 0.438 nan 0.201 0.099 0.133 0.153 0.425 0.360 nan nan 0.392 0.221 0.017 0.277 0.018 0.064 0.093 0.049 0.013 0.893 0.039 0.014 0.101 0.032 0.014 0.030 0.043 0.142 0.044 0.102 0.043 0.047 0.068 0.048 0.419 0.022 0.066 1.493 0.052 0.115 0.074 0.024 0.069 0.158 0.960 0.062 0.053 0.199 0.014 0.103 0.009 1199 chr17 41462790 41498111 + 0 NA Intergenic Intergenic 4097 NM_001661 379 Hs.183153 NM_001661 ENSG00000175906 ARL4D ARF4L|ARL6 ADP ribosylation factor like GTPase 4D protein-coding 2.791 2.801 nan 2.224 1.263 2.743 1.529 2.964 0.302 1.088 0.970 0.283 1.123 1.795 0.647 1.139 0.633 0.925 1.392 1.213 0.572 1.394 0.774 0.957 nan 1.964 1.022 3.638 1.576 0.657 0.980 0.126 2.012 1.453 1.336 2.217 0.570 1.866 1.543 1.622 1.929 2.972 5.260 1.197 1.674 0.602 2.153 2.476 1.576 2.359 2.518 nan 1.699 0.756 3.622 3.867 1.648 2.251 0.701 nan 3.212 2.580 1.176 1.507 2.339 2.496 2.723 8.352 2.177 1.303 1.276 2.657 0.848 1.620 0.209 1.838 0.251 2.187 1.916 0.716 3.048 0.772 0.719 1.645 0.654 0.385 0.747 0.485 0.473 1.854 3.471 1.305 1.066 1.600 1.088 2.124 1.837 0.925 1.198 0.892 1.151 2.209 0.984 0.856 0.326 1.221 0.750 0.264 0.609 2.441 0.993 0.607 1.016 0.723 86 chr1 40279464 40370392 + 0 NA intron (NM_001312691, intron 1 of 9) AluSx3|SINE|Alu 24255 NM_001312691 54802 Hs.356554 NM_017646 ENSG00000043514 TRIT1 GRO1|IPPT|IPT|IPTase|MOD5|hGRO1 tRNA isopentenyltransferase 1 protein-coding 13.685 1.241 nan 17.084 0.249 3.226 1.655 0.222 0.650 6.698 0.291 0.132 0.085 0.262 0.080 0.361 0.289 7.942 0.260 0.449 0.165 0.205 0.132 0.111 0.811 0.280 0.352 2.311 0.153 1.773 0.338 0.132 0.376 0.057 0.129 0.271 0.111 0.258 0.493 0.170 0.122 0.278 0.618 0.244 0.267 0.186 0.531 0.674 0.443 0.801 3.872 5.135 0.804 0.363 0.865 0.902 0.914 nan 40.269 34.804 0.812 0.658 0.799 nan 0.124 0.178 1.074 2.574 30.849 21.336 0.791 0.283 0.163 0.171 0.567 0.678 0.105 0.160 0.085 0.180 0.119 0.029 12.310 0.279 0.094 0.065 0.227 0.171 0.164 0.195 0.262 0.247 0.097 0.226 6.698 0.361 0.243 7.942 0.109 0.395 0.142 0.326 0.113 0.080 0.037 0.131 0.246 1.598 0.390 0.692 0.070 0.079 0.195 0.111 624 chr11 129866069 129879000 + 0 NA promoter-TSS (NR_024233) promoter-TSS (NR_024233) 15 NR_024233 440072 Hs.630600 NM_001007543 LINC00167 C11orf37|NCRNA00167 long intergenic non-protein coding RNA 167 ncRNA 2.667 2.907 2.426 3.448 1.476 3.371 1.725 2.883 2.301 4.151 1.019 0.188 0.763 2.144 3.418 1.700 0.798 4.046 1.486 2.084 1.044 3.318 1.418 2.399 4.451 3.215 1.852 5.245 1.516 2.940 2.859 0.132 1.423 1.697 1.456 3.674 0.835 3.473 2.610 2.224 0.856 4.242 2.326 1.617 3.551 1.761 5.344 5.678 4.051 6.103 6.011 5.647 4.746 3.374 9.203 9.424 3.042 3.813 5.629 8.475 5.436 6.580 7.845 10.991 5.192 5.219 3.905 nan 2.382 1.450 3.631 3.275 1.421 1.898 1.285 3.038 1.299 2.023 2.762 1.832 2.564 1.149 2.300 8.605 4.762 1.895 2.818 1.521 1.035 4.453 2.069 3.820 1.384 3.549 4.151 3.248 5.092 4.046 2.053 3.000 0.582 2.936 1.639 2.648 4.136 2.532 1.333 1.929 3.841 1.233 3.005 1.628 2.384 2.123 2598 chr8 119848842 119864085 + 0 NA Intergenic Intergenic 107920 NM_002546 4982 Hs.81791 NM_002546 ENSG00000164761 TNFRSF11B OCIF|OPG|PDB5|TR1 TNF receptor superfamily member 11b protein-coding nan nan 0.877 0.138 0.345 0.230 0.116 1.414 0.024 0.076 0.177 0.123 0.449 0.849 0.243 0.062 0.102 0.047 0.136 0.677 0.171 0.815 1.910 0.127 2.850 0.587 0.720 0.612 1.754 0.154 0.050 0.093 0.199 0.139 0.050 0.188 0.125 0.329 0.452 0.815 0.036 0.284 0.332 0.249 1.014 0.430 0.257 0.206 0.313 0.581 0.393 0.408 nan 0.231 0.710 nan 0.249 nan 0.273 0.220 0.351 0.135 0.181 0.253 0.132 0.160 0.235 0.384 0.453 0.544 0.008 1.293 0.150 0.484 0.146 0.047 0.598 0.185 0.005 0.117 0.031 0.025 0.200 0.265 0.250 0.337 0.072 0.159 0.558 0.198 0.047 0.037 0.293 0.076 0.597 0.097 0.047 1.519 0.602 0.013 0.118 0.132 0.444 0.531 0.632 0.446 0.226 0.070 0.073 0.545 0.302 0.042 0.013 1158 chr17 34100388 34123245 + 0 NA intron (NM_024302, intron 1 of 7) intron (NM_024302, intron 1 of 7) 10895 NM_024302 79148 Hs.380710 NM_024302 ENSG00000271447 MMP28 EPILYSIN|MM28|MMP-25|MMP-28|MMP25 matrix metallopeptidase 28 protein-coding nan 0.833 0.830 0.058 0.084 0.513 0.239 0.093 0.201 0.169 1.075 0.288 0.108 0.167 0.056 0.157 0.177 0.120 0.165 0.258 0.217 0.386 0.555 0.187 1.201 0.374 0.628 0.546 0.231 0.229 0.123 0.120 1.183 0.486 0.096 1.114 0.100 0.243 0.672 0.821 0.269 2.128 0.219 0.106 0.302 0.119 0.370 0.345 0.177 0.399 nan 0.414 0.522 0.113 0.300 0.342 0.214 0.481 0.203 0.219 nan 0.188 0.257 0.326 0.104 0.139 0.244 0.456 0.391 0.419 0.134 0.908 0.037 0.262 0.044 0.099 0.017 2.570 2.147 0.391 0.085 0.033 0.038 0.213 0.084 0.071 0.434 0.059 0.021 0.228 1.175 0.103 0.055 0.290 0.169 0.148 0.905 0.120 0.343 0.163 0.077 0.269 0.031 0.202 0.051 1.207 0.278 0.055 0.044 0.060 0.163 0.191 0.010 0.020 2170 chr5 90597072 90630661 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -3647 NR_103549 100505994 Hs.628363 NR_103548 ENSG00000248323 LUCAT1 SCAL1 lung cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan 1.387 0.641 0.448 0.312 0.579 0.282 1.810 0.064 0.755 0.832 0.187 0.644 1.320 2.585 0.140 0.081 0.007 0.189 0.845 0.125 1.518 1.118 0.995 3.622 1.470 1.173 0.509 0.757 1.334 0.088 0.141 0.302 0.886 0.783 1.832 0.299 0.505 0.398 1.501 0.417 0.377 1.007 0.297 1.469 0.453 0.246 0.169 0.318 0.670 0.382 0.366 1.291 0.237 0.758 0.779 0.548 0.728 1.037 1.196 0.637 0.382 0.101 0.156 0.450 1.023 0.338 nan 0.445 0.408 0.071 2.015 0.638 1.695 0.060 0.111 0.111 1.895 1.311 0.198 2.700 0.076 0.253 1.509 1.140 0.558 0.784 0.426 0.476 0.459 1.551 1.532 0.940 1.439 0.755 0.902 2.930 0.007 1.007 0.483 0.091 1.596 0.853 0.966 0.563 0.803 0.245 1.240 0.065 0.079 0.637 0.345 1.795 1.736 371 chr10 18937889 18951010 + 0 NA Intergenic Intergenic -3864 NM_178815 221079 Hs.25362 NM_178815 ENSG00000165997 ARL5B ARL8 ADP ribosylation factor like GTPase 5B protein-coding nan 1.889 1.788 2.500 1.647 2.504 1.225 3.211 0.987 0.795 3.716 0.293 0.449 1.326 1.558 0.993 0.592 2.784 0.910 1.418 0.632 1.412 0.669 1.143 1.368 1.405 1.098 2.883 0.451 1.777 1.768 0.103 3.026 0.865 0.989 0.796 0.851 3.457 1.417 1.304 0.294 2.384 2.945 1.312 1.238 0.964 3.820 3.674 3.393 5.017 3.341 2.815 8.731 4.641 5.346 5.370 2.613 3.191 2.915 4.744 1.992 2.074 1.345 2.522 1.817 2.050 2.772 3.572 1.587 0.815 0.747 1.276 0.553 1.971 0.427 0.692 0.761 1.266 0.990 0.894 0.933 0.181 1.271 0.557 1.979 1.217 1.059 0.553 0.669 0.874 1.619 1.296 1.428 1.892 0.795 2.542 1.756 2.784 0.858 0.781 0.312 1.645 1.315 0.870 0.627 1.394 1.054 1.665 1.019 1.018 0.491 1.449 0.676 0.412 656 chr12 12096563 12110286 + 0 NA Intergenic Intergenic -120454 NM_138723 79370 Hs.210343 NM_030766 ENSG00000121380 BCL2L14 BCLG BCL2 like 14 protein-coding 1.034 0.943 1.580 2.231 0.207 0.531 0.176 0.068 0.013 0.128 0.049 0.059 0.091 0.190 0.018 0.782 0.268 0.244 1.323 0.210 0.036 0.070 0.157 0.066 0.501 0.082 0.129 1.608 0.111 0.101 0.024 0.117 0.113 0.100 0.034 0.112 0.023 0.021 0.331 0.099 0.052 0.151 0.140 0.072 0.169 0.106 1.502 2.182 0.421 0.593 nan 1.044 4.383 0.964 0.447 0.594 0.367 0.628 6.565 6.658 0.930 0.766 1.180 1.728 0.198 0.201 0.225 0.412 2.076 0.934 1.621 0.376 0.014 0.247 0.234 0.105 0.010 0.296 0.084 0.032 0.032 0.021 0.018 0.081 0.063 0.023 0.116 0.048 0.075 0.301 0.178 0.094 0.006 0.064 0.128 0.089 0.201 0.244 0.170 0.096 0.028 0.102 0.451 0.060 0.077 0.047 0.056 0.110 0.962 0.080 0.110 0.082 0.017 0.004 204 chr1 155156374 155166739 + 0 NA intron (NM_001204285, intron 2 of 8) G-rich|Low_complexity|Low_complexity 1150 NM_001204289 4582 Hs.89603 NM_002456 ENSG00000185499 MUC1 ADMCKD|ADMCKD1|CA 15-3|CD227|EMA|H23AG|KL-6|MAM6|MCD|MCKD|MCKD1|MUC-1|MUC-1/SEC|MUC-1/X|MUC1/ZD|PEM|PEMT|PUM mucin 1, cell surface associated protein-coding 4.055 nan 2.185 2.849 1.113 4.664 2.527 2.321 4.014 5.095 1.756 0.527 1.171 3.716 6.411 1.467 0.722 5.235 5.580 0.980 0.693 5.788 1.951 0.463 7.823 2.733 5.177 11.502 1.341 0.760 4.873 0.216 0.960 1.105 0.765 0.759 1.006 4.193 0.660 3.587 0.366 3.550 0.586 1.204 1.143 2.434 3.048 4.778 2.121 3.760 6.779 nan 3.807 1.450 1.985 2.237 2.183 3.073 6.247 10.328 1.607 1.674 4.774 7.829 4.885 3.324 2.768 2.531 2.318 1.364 5.398 2.512 1.419 1.954 11.333 6.925 1.766 5.302 9.165 2.245 3.888 1.317 1.966 4.295 1.585 0.922 1.420 1.106 1.010 1.537 2.325 2.256 4.838 3.805 5.095 4.889 5.025 5.235 2.715 1.473 1.826 9.480 3.199 1.969 0.328 4.485 1.030 0.470 8.660 0.572 1.826 0.354 0.667 0.265 2335 chr6 90924973 90930635 + 0 NA intron (NM_001170794, intron 1 of 6) intron (NM_001170794, intron 1 of 6) 78823 NM_021813 60468 Hs.269764 NM_021813 ENSG00000112182 BACH2 BTBD25 BTB domain and CNC homolog 2 protein-coding nan 1.902 nan 0.577 1.360 0.650 0.424 0.703 8.708 2.505 2.082 0.311 1.339 2.677 0.034 0.616 0.331 1.218 0.812 3.132 0.394 1.838 0.706 0.472 6.592 3.978 1.910 3.847 1.810 1.058 0.039 0.135 0.968 0.807 0.218 2.069 0.392 1.853 2.067 2.387 0.775 2.816 1.624 0.510 0.646 0.604 2.214 3.022 5.420 10.948 2.680 1.999 nan 0.071 0.421 0.507 1.114 nan 1.184 1.045 nan 2.587 0.333 0.818 0.563 0.876 1.035 2.226 1.015 0.766 0.889 1.576 0.676 2.494 0.166 0.771 0.024 0.997 0.902 0.014 1.322 0.034 1.204 0.787 0.203 0.164 2.994 0.373 0.548 1.891 1.071 1.745 0.868 0.629 2.505 4.816 0.424 1.218 0.576 0.912 0.876 0.088 0.867 0.649 0.734 1.331 0.883 1.317 0.404 0.548 0.443 0.752 0.651 0.726 1041 chr16 29814712 29841700 + 0 NA exon (NM_024516, exon 1 of 3) exon (NM_024516, exon 1 of 3) 678 NM_024516 79447 Hs.702841 NM_024516 ENSG00000280789 PAGR1 C16orf53|GAS|PA1 PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 protein-coding 3.730 1.962 nan 3.253 3.789 3.176 1.623 5.425 0.876 3.338 1.078 0.191 1.133 3.038 3.689 0.830 0.541 3.239 2.600 1.593 1.120 4.415 0.982 3.042 5.961 2.831 3.395 8.417 1.712 2.596 2.816 0.112 2.826 1.665 1.736 5.132 1.336 4.026 1.792 3.864 0.912 4.631 5.216 2.454 3.006 1.713 2.585 3.400 1.933 2.913 3.731 3.377 nan 2.510 4.384 4.497 3.354 4.235 5.150 7.025 5.506 5.219 2.360 4.248 3.532 4.298 3.424 6.083 1.923 0.869 3.366 2.867 1.055 2.560 4.200 2.455 1.336 2.944 3.641 2.166 3.602 1.489 2.213 5.251 2.531 1.176 2.595 1.197 0.896 2.582 5.058 5.190 2.754 3.519 3.338 2.585 6.247 3.239 1.781 1.081 1.894 5.341 2.216 4.186 1.811 3.559 2.018 1.684 2.360 2.086 2.274 1.917 2.367 1.536 1990 chr3 181324158 181369386 + 0 NA intron (NR_075090, intron 2 of 2) MIRb|SINE|MIR 18650 NR_004053 347689 Hs.654932 NR_004053 SOX2-OT NCRNA00043|SOX2OT SOX2 overlapping transcript ncRNA 0.828 1.159 0.657 0.210 0.251 0.607 0.259 0.092 0.168 0.195 0.114 0.175 0.105 0.113 0.028 0.388 0.323 0.166 0.159 0.278 0.049 0.252 0.144 0.163 0.354 0.124 0.100 0.468 0.184 0.357 3.340 0.128 nan 0.039 0.042 0.123 0.004 0.073 0.795 0.379 0.212 0.538 0.578 0.068 0.145 0.129 0.262 0.193 0.152 0.296 0.521 0.632 3.298 1.543 0.169 0.132 0.198 0.378 0.526 0.577 0.778 0.336 0.100 0.152 0.196 0.222 0.146 0.249 0.656 0.575 0.027 0.347 0.013 0.037 0.022 0.102 0.015 0.162 0.066 0.013 0.068 0.033 0.244 0.108 0.206 0.181 0.098 0.050 0.122 0.239 0.034 0.084 0.019 0.050 0.195 0.107 0.037 0.166 0.149 0.026 0.013 0.012 0.016 0.151 0.120 0.034 0.096 0.341 0.044 0.070 0.136 0.077 0.027 0.017 435 chr10 133021984 133038350 + 0 NA intron (NM_174937, intron 4 of 11) intron (NM_174937, intron 4 of 11) 79817 NM_174937 256536 Hs.126575 NM_174937 ENSG00000176769 TCERG1L - transcription elongation regulator 1 like protein-coding 0.523 0.646 0.630 0.102 0.022 3.779 1.803 0.053 0.027 0.187 0.037 0.019 0.078 0.042 0.172 0.186 1.405 0.145 0.091 0.065 0.007 0.106 0.091 0.051 0.062 0.324 0.027 0.096 0.007 0.067 0.141 0.014 0.033 0.045 0.013 0.132 0.013 0.015 0.057 0.056 0.068 0.023 0.083 0.210 0.091 0.054 0.086 0.484 0.571 1.596 0.658 0.048 0.067 0.065 0.118 0.471 0.526 0.139 0.105 0.174 0.243 0.732 0.622 0.090 0.087 1.259 0.721 0.292 0.026 0.039 0.025 0.163 0.034 0.009 0.032 0.063 0.228 0.010 0.085 0.022 0.019 0.031 0.009 0.008 0.036 0.075 0.035 0.005 0.020 0.187 0.052 0.011 1.405 0.030 0.076 0.218 0.025 0.013 0.005 0.005 0.019 0.007 0.211 0.054 0.053 0.005 0.041 0.011 814 chr13 107509587 107514975 + 0 NA Intergenic Intergenic 206053 NR_047026 100874173 Hs.569297 NR_047026 ENSG00000230156 LINC00443 - long intergenic non-protein coding RNA 443 ncRNA 0.624 0.885 0.557 0.100 0.222 0.120 0.072 8.759 0.534 0.028 0.059 0.148 0.425 0.030 0.032 0.104 0.107 7.390 0.052 0.043 3.453 1.056 0.898 0.668 0.108 0.020 0.041 0.076 0.606 0.029 0.044 0.030 0.103 0.225 0.016 1.818 0.124 0.092 4.176 0.270 0.478 0.210 1.448 2.047 0.406 0.530 0.140 0.159 0.136 0.128 0.098 nan 0.705 0.815 0.368 0.123 0.168 0.232 0.138 0.098 0.176 nan 0.027 0.122 0.052 0.104 0.018 0.035 0.570 0.180 0.027 0.040 0.018 0.190 0.114 0.023 0.043 0.026 0.023 0.205 0.015 0.078 0.003 0.035 0.534 0.615 0.035 0.104 0.046 0.338 0.044 0.038 0.023 0.059 0.061 0.070 0.014 0.035 0.017 0.010 2492 chr7 122016498 122028658 + 0 NA intron (NM_001167940, intron 24 of 29) intron (NM_001167940, intron 24 of 29) -78013 NM_001024613 389549 Hs.553970 NM_001024613 ENSG00000128610 FEZF1 FEZ|HH22|ZNF312B FEZ family zinc finger 1 protein-coding 1.228 0.713 1.014 0.283 0.053 1.062 0.553 0.096 0.020 0.624 0.101 0.053 0.031 0.112 0.021 0.172 0.299 0.554 1.206 0.346 0.010 0.101 0.009 0.165 0.086 0.073 0.159 0.360 0.220 0.053 0.124 0.214 0.068 0.033 0.057 0.185 0.036 0.040 0.075 0.131 0.082 0.063 0.069 6.191 4.826 5.719 2.306 0.842 0.840 1.857 0.307 0.335 0.351 0.157 0.197 0.407 0.408 0.826 0.528 0.336 0.609 1.200 1.780 1.136 2.492 0.654 0.654 0.009 0.058 0.008 0.140 0.016 0.227 0.028 0.018 0.133 0.140 0.830 0.068 0.015 0.011 0.031 0.039 0.200 0.132 0.007 0.047 0.020 0.061 0.624 0.080 0.069 0.554 0.030 0.055 1.018 0.014 0.066 0.022 0.003 0.038 0.035 0.105 0.162 0.264 0.025 0.084 0.014 0.009 1482 chr19 49540451 49547946 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2904 NM_033043 93659 Hs.172944 NM_033043 ENSG00000189052 CGB5 CGB|HCG|hCGB chorionic gonadotropin beta subunit 5 protein-coding 0.843 0.730 0.880 0.117 11.102 0.470 0.410 0.918 0.041 0.116 0.090 0.056 1.069 0.732 0.042 0.105 0.122 0.090 0.188 0.536 0.149 0.262 1.376 0.297 nan 0.247 0.173 0.284 2.652 0.143 0.131 0.109 0.320 0.407 0.101 0.468 1.621 3.295 0.708 1.003 0.160 0.729 0.229 1.218 0.462 0.291 0.316 0.195 0.284 0.355 0.401 0.462 0.919 0.365 0.384 0.508 0.135 0.413 0.217 0.265 0.623 0.404 0.339 0.248 0.125 0.232 0.363 0.546 0.667 0.621 0.052 3.528 0.419 2.151 0.081 0.143 0.009 0.038 0.286 0.086 0.036 0.043 1.474 0.371 0.195 0.444 0.033 0.033 1.091 0.350 0.391 0.053 0.178 0.116 1.068 0.140 0.090 0.245 0.147 0.104 0.247 0.051 2.743 1.814 0.967 0.355 0.031 0.052 0.053 0.749 0.441 0.269 0.162 2109 chr5 4242407 4246965 + 0 NA Intergenic Intergenic -528908 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.334 0.793 0.817 0.173 0.043 0.293 0.107 0.155 0.086 0.099 0.320 0.230 0.138 0.122 0.117 0.126 0.159 0.027 0.059 0.079 0.100 0.123 0.185 0.320 0.164 0.040 0.124 0.159 0.026 0.066 0.147 0.068 0.283 0.024 0.034 0.227 0.207 0.138 0.065 0.023 8.054 8.898 14.434 nan 0.327 0.534 0.074 0.079 0.078 0.083 0.161 0.369 nan 0.349 nan 0.338 3.306 5.753 0.051 0.071 0.121 0.252 0.152 nan 0.062 0.040 0.021 0.098 0.015 0.131 0.041 0.035 0.113 0.013 0.017 0.050 0.017 0.026 0.154 0.018 0.031 0.018 0.057 0.086 0.109 0.117 0.027 0.036 0.021 0.013 0.021 0.015 0.018 0.018 0.024 0.051 1.676 0.028 0.042 0.022 885 chr14 75642290 75652666 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -4129 NM_006827 10972 Hs.74137 NM_006827 ENSG00000170348 TMED10 P24(DELTA)|S31I125|S31III125|TMP21|Tmp-21-I|p23|p24d1 transmembrane p24 trafficking protein 10 protein-coding 3.304 1.597 1.741 2.305 1.033 1.878 0.875 0.676 4.089 1.651 1.796 0.380 0.169 0.397 1.642 0.547 0.319 1.267 0.951 0.983 0.155 1.027 0.459 0.940 2.464 2.130 3.109 3.576 0.765 0.735 1.387 0.168 1.474 0.512 0.438 0.834 0.410 1.534 1.479 0.611 0.208 1.576 2.168 0.296 3.249 0.582 1.732 1.567 2.016 2.951 2.093 2.275 1.896 1.771 6.075 7.115 1.459 1.979 2.708 nan 3.241 2.703 1.765 2.127 2.298 3.208 1.956 1.811 2.587 nan 1.155 0.652 0.633 0.827 0.688 0.995 0.567 1.491 1.408 0.523 1.121 0.249 0.603 1.167 0.747 0.395 0.602 0.210 0.245 1.093 1.721 1.351 0.772 1.726 1.651 0.513 0.846 1.267 0.717 1.476 0.449 1.367 0.881 0.579 0.470 0.974 0.398 0.605 0.683 0.484 1.554 0.426 0.492 0.263 1412 chr19 18383672 18417356 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 7627 NR_036155 100422833 NR_036155 ENSG00000267959 MIR3188 mir-3188 microRNA 3188 ncRNA 3.159 1.892 3.100 1.705 1.447 3.237 1.556 2.207 0.927 2.225 1.296 0.401 0.997 2.471 3.048 1.155 0.522 2.217 1.333 0.993 1.007 2.888 1.096 2.876 nan 1.436 1.144 2.462 0.742 1.150 2.179 0.144 1.762 0.830 0.938 1.888 0.914 2.296 0.790 1.218 0.565 1.340 2.053 1.320 2.071 0.921 1.400 2.292 1.613 2.491 3.676 3.306 3.361 1.845 4.243 4.314 1.683 2.300 4.040 4.839 3.263 3.569 0.767 1.156 2.544 2.009 3.673 4.927 1.679 1.110 1.551 1.821 1.698 1.396 0.701 1.169 1.531 2.048 2.006 2.868 3.367 0.540 0.796 3.537 1.207 0.730 0.951 0.408 0.335 0.964 3.794 3.623 1.781 1.984 2.225 4.054 1.837 2.217 0.742 1.905 0.513 4.152 1.989 2.613 0.986 2.930 1.540 0.672 0.470 1.639 0.817 0.572 0.497 0.337 884 chr14 75529348 75546622 + 0 NA exon (NM_024643, exon 2 of 3) exon (NM_024643, exon 2 of 3) 1705 NM_001042430 79696 Hs.48642 NM_024643 ENSG00000119703 ZC2HC1C C14orf140|FAM164C zinc finger C2HC-type containing 1C protein-coding 3.320 1.844 1.328 2.696 1.158 2.016 1.023 0.928 0.435 2.040 1.191 0.336 0.319 0.405 2.055 0.662 0.508 2.303 1.056 1.014 0.143 1.374 0.688 1.464 1.895 0.823 1.358 4.487 0.601 0.706 1.230 0.128 1.468 0.426 0.447 0.951 0.324 1.132 0.764 0.638 0.391 1.303 2.729 0.377 2.117 0.530 2.192 2.715 1.689 2.553 3.684 3.569 2.264 1.142 6.876 7.552 1.178 1.760 3.928 nan 2.949 2.411 1.446 1.921 2.117 2.052 0.594 0.738 3.615 nan 2.360 0.865 0.232 1.245 0.396 4.037 0.561 1.242 1.105 0.289 1.635 0.364 1.225 1.151 0.898 0.398 0.502 0.215 0.183 0.979 1.078 1.522 0.939 1.153 2.040 0.405 1.834 2.303 0.631 0.699 0.663 1.461 0.969 0.777 0.716 0.842 0.178 0.664 1.008 0.271 1.174 0.720 0.776 0.448 1709 chr20 17535552 17554187 + 0 NA intron (NM_001278608, intron 1 of 9) AluJb|SINE|Alu 4996 NM_001278608 631 Hs.129702 NM_001195 ENSG00000125864 BFSP1 CP115|CP94|CTRCT33|LIFL-H beaded filament structural protein 1 protein-coding 2.113 nan 3.084 2.120 1.176 1.016 0.714 4.739 0.782 1.410 3.923 0.720 0.610 1.558 1.621 0.792 0.384 1.890 1.362 4.237 0.665 1.019 2.427 1.327 6.434 3.216 5.580 3.925 3.366 0.195 0.576 0.119 2.287 1.107 0.643 4.623 1.529 3.610 2.558 2.026 1.735 3.240 3.518 1.092 3.600 2.304 2.991 3.414 2.262 4.603 2.236 1.886 2.714 0.855 1.955 1.921 1.649 2.711 4.704 5.828 1.390 1.354 0.767 1.985 1.614 1.383 0.778 1.164 1.243 0.902 1.416 3.624 1.603 2.050 1.319 0.757 1.316 4.606 4.227 1.089 4.301 0.414 0.331 3.476 2.194 1.086 2.439 0.537 0.495 4.116 3.303 1.888 1.440 2.571 1.410 1.868 5.986 1.890 1.214 6.477 1.183 1.594 2.079 2.889 3.731 2.791 1.370 0.151 0.810 0.227 2.515 1.816 1.669 1.327 339 chr1 246148835 246173322 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 5 of 11) intron (NM_001167740, intron 5 of 11) 419636 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.248 nan 0.475 0.139 0.484 0.268 0.254 0.040 0.551 0.553 0.210 0.080 0.148 0.028 0.224 0.242 1.036 0.244 0.218 0.339 0.086 0.047 0.112 0.150 0.069 0.154 0.773 0.030 0.201 0.053 0.085 1.045 0.029 0.040 0.200 0.441 1.307 0.238 0.161 0.033 0.204 0.264 0.191 0.059 0.132 0.853 0.899 2.624 4.301 1.004 1.143 1.071 0.426 1.764 1.807 0.641 0.923 0.527 0.881 0.345 0.210 0.619 0.778 0.157 0.269 0.325 0.708 0.582 0.507 0.102 0.152 0.015 1.120 0.033 0.203 0.034 0.204 0.065 0.066 0.472 0.047 0.065 0.146 0.226 0.179 0.056 0.118 0.160 0.253 0.070 0.104 0.380 0.188 0.551 0.088 0.027 1.036 0.185 0.177 0.028 0.578 0.523 0.066 0.004 0.350 0.682 0.114 0.675 0.174 0.276 0.073 0.578 0.435 228 chr1 160323612 160346889 + 0 NA Intergenic Intergenic -1611 NM_005598 4807 Hs.30956 NM_005598 ENSG00000171786 NHLH1 HEN1|NSCL|NSCL1|bHLHa35 nescient helix-loop-helix 1 protein-coding 3.956 nan 8.914 0.106 0.103 0.528 0.173 0.139 0.005 0.655 0.171 0.091 0.025 0.117 0.076 0.108 0.156 0.405 6.632 0.229 0.032 0.058 0.032 0.091 0.505 0.122 0.122 0.380 0.006 0.253 0.168 0.098 0.310 0.036 0.035 0.071 0.042 0.071 0.439 0.052 0.059 0.127 0.255 0.067 0.116 0.130 1.706 3.984 0.620 0.717 1.565 nan 0.638 0.264 0.241 0.258 2.821 3.708 0.413 nan 6.234 7.185 0.916 1.348 2.149 1.929 4.557 12.770 0.683 0.497 0.601 0.139 0.045 0.139 0.147 0.410 0.226 0.077 0.069 0.063 0.156 0.682 3.977 0.147 0.062 0.037 0.040 0.054 0.042 0.107 0.178 0.112 0.080 0.078 0.655 0.067 0.072 0.405 0.106 0.082 1.422 0.252 0.039 0.047 0.009 0.160 0.043 0.084 0.542 4.137 0.029 0.057 0.027 0.013 749 chr12 115092491 115144330 + 0 NA intron (NM_016569, intron 2 of 7) intron (NM_016569, intron 2 of 7) 3559 NM_016569 6926 Hs.744016 NM_005996 ENSG00000135111 TBX3 TBX3-ISO|UMS|XHL T-box 3 protein-coding nan nan 0.419 0.587 0.080 0.767 0.421 0.296 0.243 0.817 0.074 0.068 0.027 0.302 0.036 0.104 0.763 0.087 0.223 0.098 0.059 0.004 0.198 0.310 0.197 0.063 2.415 0.020 2.436 0.335 0.104 0.993 0.027 2.369 0.300 0.066 0.073 0.505 0.025 0.161 0.476 1.269 0.242 0.094 0.290 0.746 0.994 0.234 0.322 nan nan nan 0.057 18.384 18.686 0.119 0.209 nan nan 0.240 0.086 3.427 6.975 0.520 0.380 0.839 1.054 nan 0.335 6.459 0.165 0.091 0.103 0.096 0.974 0.059 0.353 0.241 0.179 0.473 0.116 0.239 0.063 0.287 0.185 0.151 1.543 1.677 0.456 1.128 0.159 0.323 0.131 0.817 0.029 0.185 0.763 0.243 0.251 0.009 0.696 0.528 0.014 0.034 0.078 0.187 3.387 2.812 0.403 0.056 0.059 0.184 0.134 268 chr1 183498035 183506156 + 0 NA intron (NM_001331007, intron 9 of 23) intron (NM_001331007, intron 9 of 23) 57644 NM_001190794 4688 Hs.587558 NM_000433 ENSG00000116701 NCF2 NCF-2|NOXA2|P67-PHOX|P67PHOX neutrophil cytosolic factor 2 protein-coding nan nan 1.230 0.172 0.142 0.300 0.177 0.229 0.046 0.137 0.423 0.158 0.313 0.015 0.210 0.203 0.088 0.221 0.287 0.015 0.122 0.013 0.075 0.127 0.130 0.158 0.316 0.036 0.066 0.143 0.171 0.397 0.016 0.086 0.058 0.118 0.289 0.093 0.019 0.413 0.234 0.085 0.189 0.249 0.661 0.701 10.427 2.495 0.466 nan 0.443 0.252 nan 0.663 0.862 1.254 0.425 0.378 0.534 0.270 0.997 1.844 0.177 0.293 0.466 nan 0.556 0.530 0.041 0.061 0.024 0.091 0.025 0.151 0.017 0.093 0.041 0.009 0.151 0.116 0.077 0.034 0.007 0.009 0.061 0.060 0.033 0.058 0.112 0.137 0.043 0.126 0.088 0.015 0.113 0.072 0.007 0.025 0.077 0.005 0.087 0.069 0.156 0.444 0.168 0.074 0.104 0.007 0.006 829 chr14 23387142 23389412 + 0 NA promoter-TSS (NR_120599) promoter-TSS (NR_120599) 119 NM_001308044 55147 Hs.4997 NM_018107 ENSG00000100461 RBM23 CAPERbeta|PP239|RNPC4 RNA binding motif protein 23 protein-coding 10.766 4.464 4.051 11.231 4.951 8.055 4.606 3.823 1.713 3.624 4.024 1.529 2.329 3.255 4.784 2.544 1.304 5.121 3.059 3.758 2.563 4.475 1.557 1.976 15.869 13.486 7.414 16.961 2.361 3.485 4.597 0.236 5.169 2.171 1.279 4.709 1.706 6.547 4.627 3.976 1.299 6.590 9.351 2.687 2.847 1.055 3.293 3.397 8.959 13.888 11.059 8.502 10.979 8.534 0.343 0.276 7.705 7.745 7.869 11.460 12.594 11.648 5.543 7.610 10.749 11.344 6.855 6.084 4.160 2.586 6.725 4.495 0.884 3.150 1.892 5.915 0.061 3.536 4.050 0.850 4.368 1.457 4.241 5.321 4.156 1.380 3.735 1.519 1.997 4.230 5.988 4.988 3.067 4.116 3.624 6.616 3.967 5.121 2.969 2.121 6.272 5.033 5.439 2.562 1.047 3.079 2.297 2.119 1.653 2.237 3.871 0.961 2.870 1.899 345 chr1 249106825 249121813 + 0 NA intron (NM_030645, intron 2 of 6) intron (NM_030645, intron 2 of 6) 5246 NM_001322462 80851 Hs.298573 NM_030645 ENSG00000175137 SH3BP5L - SH3 binding domain protein 5 like protein-coding nan 1.791 nan 2.048 0.991 1.968 1.303 1.111 0.331 0.539 0.974 0.097 0.329 0.707 0.689 0.941 0.393 0.910 1.097 0.994 0.735 0.789 0.366 0.388 1.733 1.104 1.034 2.788 0.361 0.904 0.969 0.130 1.714 0.302 0.372 0.960 0.608 1.842 1.439 0.922 0.237 1.053 1.947 0.655 0.630 0.527 2.176 2.391 3.304 4.546 2.947 2.991 3.129 1.420 4.151 4.824 1.472 1.756 1.729 2.199 1.961 1.849 0.643 1.118 1.415 1.370 1.789 2.699 1.310 0.730 0.571 0.796 0.352 0.701 0.274 0.525 0.946 0.946 0.856 0.669 1.552 0.261 0.499 1.528 4.721 1.826 0.613 0.335 0.333 1.555 1.174 1.001 0.630 1.311 0.539 0.853 0.605 0.910 0.474 0.701 0.400 0.782 0.562 2.455 0.278 1.550 1.555 0.507 0.331 0.704 1.151 0.528 8.961 8.720 596 chr11 118867529 118870586 + 0 NA intron (NR_104051, intron 1 of 10) CpG 214 NR_104049 338657 Hs.534613 NM_198489 ENSG00000186166 CCDC84 DLNB14 coiled-coil domain containing 84 protein-coding 2.953 3.493 1.807 4.141 2.400 4.056 1.655 3.861 7.286 3.515 0.662 0.091 1.498 3.604 4.377 1.675 1.119 4.488 2.806 3.356 1.480 5.132 4.002 1.829 4.032 1.697 1.617 10.953 2.258 3.668 3.937 0.271 7.002 2.213 6.633 5.487 1.338 5.780 2.307 5.244 1.894 4.567 3.708 5.654 4.627 2.604 5.020 nan 4.756 7.970 6.612 5.214 7.482 2.078 3.373 3.682 5.495 6.688 5.175 7.349 3.811 3.683 5.441 9.658 4.660 4.511 2.813 4.516 3.436 1.698 4.869 5.587 1.525 1.255 0.553 2.784 0.530 4.431 5.248 3.277 3.221 0.938 2.695 9.356 4.985 2.006 4.034 1.782 1.244 2.600 2.385 5.297 0.907 2.723 3.515 7.477 9.061 4.488 1.686 1.660 0.539 3.659 2.590 5.743 1.644 4.346 3.446 1.919 4.212 1.745 2.274 3.399 6.160 4.746 1297 chr18 3440825 3467311 + 0 NA intron (NM_173211, intron 1 of 2) intron (NM_173211, intron 1 of 2) 296 NM_173211 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 2.740 3.035 3.481 1.330 3.615 0.842 0.472 3.965 1.829 0.472 2.332 0.255 1.330 3.232 4.570 0.886 0.515 2.629 0.126 2.653 1.183 4.162 1.183 1.403 4.977 4.013 3.744 nan 1.634 3.649 6.981 0.245 6.915 1.179 1.601 3.194 0.848 4.013 3.313 1.773 1.862 3.035 8.388 2.009 3.430 1.477 0.840 1.150 4.006 7.208 5.157 4.177 nan 0.184 2.947 2.945 0.901 nan 3.926 5.444 nan 0.861 0.867 2.098 4.104 4.698 1.637 nan nan 1.451 3.561 1.643 2.209 1.664 4.046 1.949 2.564 1.492 1.914 1.365 2.818 0.777 1.649 6.748 2.588 1.201 1.749 2.066 1.875 5.056 4.000 3.828 3.599 4.579 0.472 3.955 2.210 2.629 1.963 5.244 0.418 7.226 1.185 4.205 1.411 2.297 2.434 2.879 1.090 1.196 1.811 2.090 1.748 1.360 2090 chr4 185481825 185486293 + 0 NA Intergenic Intergenic 61967 NR_131967 105377586 Hs.338354 NR_131965 ENSG00000254233 LVCAT8 - liver cancer-associated transcript 8 ncRNA nan 0.613 nan 0.059 0.049 0.238 0.143 0.052 0.087 0.099 0.071 0.067 0.143 0.029 0.090 0.139 0.162 0.216 0.031 0.195 0.182 0.073 0.078 0.309 0.032 0.048 0.024 0.063 0.213 0.052 0.046 0.118 0.026 0.127 0.111 0.077 0.014 0.047 2.504 2.426 10.199 11.771 0.231 0.340 0.124 0.041 1.206 1.227 0.030 0.136 0.114 0.289 0.360 0.077 0.499 0.756 0.037 0.069 0.082 0.211 0.228 0.191 0.127 0.042 0.020 0.071 0.093 0.032 0.033 0.047 0.061 0.081 0.018 0.105 0.035 0.028 0.200 0.055 0.096 0.036 0.029 0.087 0.045 0.021 0.139 0.082 0.037 0.046 0.030 0.009 0.018 0.075 0.026 0.221 0.016 0.021 0.039 0.023 1521 chr2 16023140 16038093 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie -29905 NR_125783 103752554 Hs.269571 NR_125783 ENSG00000223850 MYCNUT MYCNUN|lncUSMycN MYCN upstream transcript (non-protein coding) ncRNA 0.625 0.529 0.875 0.298 0.073 0.146 0.107 0.067 0.041 0.086 0.076 0.065 0.013 0.028 0.089 0.084 0.105 0.072 13.663 0.157 0.091 0.032 0.007 0.061 0.163 0.080 0.057 0.487 0.010 0.122 0.044 0.117 0.227 0.008 0.061 0.055 0.048 0.064 0.248 0.014 0.193 0.222 1.193 0.066 0.058 0.110 0.405 0.510 0.447 1.751 0.280 0.327 0.152 0.092 0.158 0.201 0.179 0.291 0.267 nan 0.646 0.610 23.261 31.859 0.023 0.060 0.462 nan 0.146 0.236 0.072 0.062 0.006 0.042 0.033 0.149 0.009 0.005 0.010 0.020 0.065 0.013 0.027 0.117 0.008 0.021 0.041 0.073 0.097 0.101 0.234 0.024 0.005 0.067 0.086 0.024 0.019 0.072 0.050 0.049 0.078 0.509 0.055 0.014 0.003 0.027 0.321 0.209 18.912 0.057 0.097 0.052 0.031 0.021 1862 chr22 44565697 44577246 + 0 NA intron (NM_001137605, intron 1 of 13) intron (NM_001137605, intron 1 of 13) 2635 NM_001137605 64098 Hs.658995 NM_022141 ENSG00000138964 PARVG - parvin gamma protein-coding 0.778 nan 0.490 1.006 0.072 0.322 0.180 0.067 0.016 0.556 0.123 0.055 0.033 0.055 0.044 0.690 0.166 5.410 0.271 0.090 0.022 0.042 0.154 0.283 0.064 0.073 1.658 0.026 0.509 0.084 0.065 0.089 0.046 0.020 0.128 0.040 0.074 0.181 0.063 0.046 0.164 0.213 0.049 0.092 0.035 0.310 0.374 0.355 0.660 1.751 1.326 2.735 1.244 0.414 0.500 0.146 nan 2.577 2.855 nan 0.195 0.142 0.258 0.296 0.276 0.225 0.382 0.545 0.477 0.131 0.066 0.025 0.080 0.042 0.935 0.024 0.098 0.012 0.016 0.033 0.042 0.109 0.115 0.016 0.019 0.053 0.294 0.302 0.079 0.050 0.023 0.034 0.065 0.556 0.019 0.109 5.410 0.042 0.065 0.084 0.067 0.175 0.017 0.082 0.059 0.417 0.017 0.063 0.006 0.058 0.045 0.019 2352 chr6 114336626 114340607 + 0 NA intron (NR_125845, intron 4 of 9) HERVH-int|LTR|ERV1 45425 NM_153612 222537 Hs.645477 NM_153612 ENSG00000249853 HS3ST5 3-OST-5|3OST5|HS3OST5|NBLA04021 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 5 protein-coding nan 0.599 nan 0.133 0.395 0.125 0.040 0.387 0.094 0.204 0.189 0.552 1.581 0.894 0.039 0.043 0.150 0.107 0.272 0.311 0.204 2.322 0.083 0.428 0.240 0.210 0.276 0.615 0.155 0.055 0.146 0.229 0.325 0.487 0.750 2.329 0.094 2.496 0.078 0.277 0.061 0.218 0.146 0.105 0.359 0.169 0.161 0.712 0.223 nan nan 0.063 0.233 0.165 0.269 nan 0.130 0.223 0.309 0.213 0.020 0.217 0.021 0.026 0.276 nan 0.126 0.250 0.028 0.249 1.040 0.025 0.045 1.826 1.361 0.146 0.120 0.078 1.341 9.186 3.299 0.771 0.175 0.337 0.140 0.061 0.231 0.079 0.339 0.204 1.679 0.211 0.150 0.152 0.418 0.050 0.161 6.698 0.592 0.893 0.725 0.026 0.061 0.019 3.186 0.853 0.368 613 chr11 128159245 128173442 + 0 NA Intergenic Intergenic 225862 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 1.058 1.516 0.940 1.438 0.147 3.897 1.986 0.164 0.013 0.340 0.571 0.022 0.165 0.186 0.116 3.835 1.814 2.253 0.094 0.203 0.096 0.261 0.652 0.238 1.282 0.163 0.111 0.786 0.299 0.105 0.128 0.131 0.061 0.185 0.059 0.110 0.514 0.335 0.174 0.405 0.057 0.227 0.060 0.163 0.119 0.232 1.745 3.239 2.994 0.699 3.133 3.192 4.786 3.042 0.227 0.295 0.225 0.303 5.740 9.412 0.471 0.401 1.281 1.791 2.014 1.681 0.236 nan 3.265 1.822 1.557 0.416 0.073 0.405 0.085 0.044 0.010 0.231 0.103 0.082 0.050 0.689 0.094 0.427 0.084 0.082 0.261 0.049 0.043 0.176 0.084 0.254 0.034 0.085 0.340 0.060 0.993 2.253 0.026 0.081 0.014 0.156 0.301 0.082 0.065 0.109 0.079 0.049 0.686 0.373 0.127 0.100 0.032 0.021 1082 chr16 75267098 75307552 + 0 NA intron (NM_001170720, intron 1 of 7) intron (NM_001170720, intron 1 of 7) -1799 NM_014567 9564 Hs.479747 NM_014567 ENSG00000050820 BCAR1 CAS|CAS1|CASS1|CRKAS|P130Cas BCAR1, Cas family scaffolding protein protein-coding 1.704 0.993 nan 0.675 1.209 0.766 0.277 3.785 0.172 1.301 1.314 0.255 1.031 3.074 3.794 0.287 0.144 0.965 1.903 0.897 1.307 1.486 0.427 2.539 1.621 0.961 1.191 1.670 1.364 0.730 0.433 0.072 1.216 1.110 1.748 1.736 0.696 1.837 1.116 0.755 0.313 2.792 1.506 1.186 1.077 0.804 1.247 1.942 0.784 1.391 1.355 1.302 0.868 0.374 1.675 1.619 1.610 2.195 1.137 1.823 2.309 2.329 0.587 0.802 0.398 0.416 0.732 1.036 1.295 0.650 0.776 1.468 1.480 2.095 0.848 0.474 0.250 1.940 1.993 1.356 0.702 0.104 0.394 3.254 3.770 1.800 1.080 0.226 0.122 2.529 2.107 4.056 1.114 1.168 1.301 3.692 2.354 0.965 0.506 0.744 0.948 2.143 0.763 1.009 1.246 1.428 1.964 0.162 0.180 0.158 1.299 0.612 1.490 0.903 1066 chr16 57218206 57235393 + 0 NA intron (NM_001305163, intron 1 of 14) AluJb|SINE|Alu 6603 NM_001305163 89970 Hs.460885 NM_133368 ENSG00000159579 RSPRY1 SEMDFA ring finger and SPRY domain containing 1 protein-coding nan nan nan 2.360 1.724 1.387 0.823 2.962 0.481 2.168 1.087 0.182 0.507 1.576 5.821 0.813 0.421 1.621 1.178 2.228 1.052 2.209 0.799 1.452 2.090 1.277 1.486 2.113 1.634 1.226 1.295 0.119 2.885 1.049 0.998 1.102 0.730 3.009 1.359 2.767 0.543 2.488 2.970 1.282 1.434 0.964 2.375 2.079 1.338 1.707 2.353 2.313 2.442 1.183 2.574 2.535 1.559 nan nan nan nan 3.399 1.522 2.682 0.779 1.448 1.412 nan nan 0.977 0.601 3.349 0.886 1.431 1.253 0.937 0.582 2.125 1.764 1.485 2.377 0.282 0.546 2.829 5.511 2.385 1.719 0.432 0.494 1.982 1.533 2.037 1.014 1.407 2.168 2.772 5.689 1.621 0.343 0.598 0.568 1.225 1.117 1.641 2.377 2.564 2.624 0.863 1.190 0.417 1.403 0.702 1.545 1.262 121 chr1 55881589 55900802 + 0 NA Intergenic Intergenic 199881 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.389 0.903 1.236 0.116 0.218 0.224 0.150 1.270 0.155 0.273 0.363 0.141 1.254 1.342 2.555 0.092 0.046 0.100 0.156 0.381 0.226 0.930 1.954 0.166 nan 0.267 0.639 0.400 1.279 0.092 0.039 0.116 0.363 0.909 0.635 1.270 0.628 1.341 0.264 2.161 0.075 0.328 0.200 0.439 0.393 0.644 0.318 0.192 0.306 0.830 0.471 0.577 0.119 0.078 0.283 0.293 0.748 1.168 0.461 1.075 0.496 0.338 0.108 0.197 0.026 0.054 1.004 nan 0.594 0.551 0.047 5.859 0.104 1.409 0.052 0.060 0.007 2.067 1.498 0.686 0.728 0.054 2.949 1.689 0.819 2.449 0.033 0.038 1.718 1.839 0.637 0.447 0.993 0.273 1.239 3.481 0.100 0.891 1.382 0.090 1.380 0.069 3.312 1.966 1.423 0.418 0.024 0.041 2.646 1.437 0.402 1.145 0.921 952 chr15 63755848 63811441 + 0 NA Intergenic Intergenic -13066 NR_046341 9960 Hs.458499 NM_006537 ENSG00000140455 USP3 SIH003|UBP ubiquitin specific peptidase 3 protein-coding 1.448 1.514 nan 0.720 0.714 0.599 0.346 1.045 0.890 0.310 0.800 0.162 0.506 0.824 0.897 0.775 0.497 0.824 0.370 0.894 0.368 0.669 0.613 0.739 4.185 2.194 1.304 1.448 0.846 0.494 0.373 0.101 0.986 0.361 0.429 0.819 0.147 0.568 0.552 0.819 0.206 1.081 0.856 0.439 0.672 0.446 1.593 2.117 1.153 1.959 0.900 0.912 nan 0.642 0.870 0.883 1.262 1.700 2.077 2.810 2.362 1.973 0.673 0.956 2.433 2.716 1.599 3.514 1.186 0.679 0.150 1.209 0.144 1.054 0.452 0.428 0.633 0.721 0.549 0.278 1.309 0.817 0.178 1.069 0.637 0.299 0.462 0.365 0.388 0.848 3.022 0.420 1.158 2.670 0.310 0.912 0.786 0.824 0.814 1.221 0.213 0.388 0.569 0.595 0.967 0.658 0.574 0.306 0.246 0.871 0.349 0.529 0.248 0.204 2691 chr9 110801782 110876548 + 0 NA Intergenic Intergenic -587164 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 0.589 0.668 nan 0.364 0.186 0.561 0.273 0.188 0.013 0.427 0.315 0.078 0.578 0.666 0.072 0.130 0.104 0.534 0.165 0.311 0.129 0.570 0.250 0.356 nan 0.341 0.151 0.354 0.331 2.597 0.035 0.081 0.389 0.137 0.628 0.331 0.195 0.518 0.485 0.646 0.166 0.233 0.587 0.182 0.241 0.125 0.256 0.232 0.456 0.551 0.414 0.456 0.451 0.184 0.506 0.566 0.097 0.175 0.622 nan 0.510 0.245 0.244 0.402 0.139 0.169 0.139 0.204 nan 0.484 0.016 0.899 0.149 0.346 0.048 0.059 0.006 0.410 0.193 0.039 0.354 0.037 0.121 0.603 0.219 0.151 0.277 0.738 0.952 0.642 0.207 0.159 0.240 0.441 0.427 0.435 0.108 0.534 0.588 0.349 0.085 0.144 0.090 0.511 0.380 0.298 0.331 4.632 0.171 0.041 0.098 0.210 0.068 0.064 1071 chr16 67239947 67248716 + 0 NA intron (NM_001004055, intron 2 of 6) intron (NM_001004055, intron 2 of 6) -8033 NR_029887 442901 NR_029887 ENSG00000207948 MIR328 MIRN328|hsa-mir-328|mir-328 microRNA 328 ncRNA nan nan 2.825 0.528 0.083 0.353 0.090 0.349 0.007 0.228 0.125 0.055 2.136 2.117 0.500 0.090 0.038 0.122 0.578 0.260 0.169 0.798 0.566 0.193 1.403 0.422 0.738 0.191 0.433 0.219 0.122 0.082 0.373 0.299 0.225 0.392 0.128 0.173 0.862 0.410 0.127 0.388 0.358 0.368 1.867 0.177 0.459 0.490 0.163 0.131 0.417 0.486 0.604 0.219 0.611 0.591 0.194 nan 0.386 0.604 0.432 0.290 0.335 0.283 0.115 0.134 0.291 0.475 0.794 0.447 0.176 1.974 0.339 0.475 0.058 0.151 0.031 2.834 1.895 0.254 0.931 0.021 0.019 0.599 0.427 0.294 0.140 0.017 0.042 0.091 0.539 0.291 0.202 1.143 0.228 1.879 0.380 0.122 0.070 0.153 0.068 0.334 0.694 0.139 0.426 2.729 0.114 0.054 0.022 0.015 0.078 0.407 0.039 0.023 494 chr11 45937731 45957264 + 0 NA intron (NM_152312, intron 6 of 13) intron (NM_152312, intron 6 of 13) 3270 NM_001300721 120071 Hs.86543 NM_152312 ENSG00000165905 LARGE2 GYLTL1B|PP5656 LARGE xylosyl- and glucuronyltransferase 2 protein-coding nan 2.000 1.631 2.417 0.909 1.446 0.648 0.662 1.037 0.964 0.325 0.082 0.340 0.814 0.204 1.569 1.028 1.859 0.863 0.995 0.158 0.510 0.298 0.468 1.794 1.444 1.547 2.897 0.151 1.319 0.631 0.096 2.587 0.145 0.344 0.507 0.271 0.946 1.887 0.285 0.455 3.500 1.151 0.411 0.799 0.195 3.599 4.019 1.604 2.235 4.455 3.875 5.135 1.403 2.055 2.040 0.992 1.294 1.624 1.924 1.366 1.216 1.632 2.527 1.179 1.154 1.257 nan 2.115 1.181 1.472 0.592 0.161 0.396 1.626 2.363 0.317 0.372 0.241 0.626 0.377 0.209 0.583 1.005 0.605 0.368 0.244 0.546 0.448 0.519 0.966 0.970 0.357 0.283 0.964 0.906 0.489 1.859 0.157 0.317 0.423 1.071 1.406 0.330 0.379 0.429 0.240 0.647 0.930 0.353 0.447 0.122 0.233 0.177 487 chr11 36578376 36580970 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 -9890 NM_000448 5896 Hs.73958 NM_000448 ENSG00000166349 RAG1 RAG-1|RNF74 recombination activating 1 protein-coding 0.821 0.841 nan 0.172 0.082 0.615 0.185 0.302 0.097 0.346 0.191 0.293 0.552 0.023 0.364 0.416 0.971 0.303 0.902 0.095 0.132 0.217 0.459 0.251 0.136 0.472 0.687 0.824 0.251 0.144 22.741 0.044 0.010 0.295 0.030 0.188 1.041 2.698 0.580 3.506 0.174 0.704 0.267 0.732 0.712 0.282 0.540 0.377 0.293 1.312 0.478 7.274 7.630 0.305 0.501 1.992 3.048 0.387 0.284 0.829 0.910 0.289 0.324 0.213 nan 1.004 0.533 0.086 0.072 0.310 0.212 1.113 0.081 0.110 0.045 0.062 0.186 0.060 0.035 0.164 0.149 0.387 0.601 0.586 0.114 0.076 0.164 0.077 0.346 0.538 0.091 0.971 0.217 0.226 0.324 0.066 0.673 0.030 0.062 0.300 0.453 0.578 0.097 0.058 0.069 1956 chr3 138632062 138642915 + 0 NA Intergenic Intergenic 25374 NR_121649 103344930 Hs.195033 NR_121649 ENSG00000244578 LINC01391 - long intergenic non-protein coding RNA 1391 ncRNA 1.461 nan nan 0.536 0.983 0.901 0.473 0.659 0.075 0.284 0.755 0.177 0.715 1.080 0.920 0.326 0.244 0.309 0.177 0.470 0.468 1.711 0.904 2.368 1.960 1.184 2.161 1.176 1.099 0.436 0.471 0.107 0.965 1.025 0.453 2.811 0.359 1.030 0.252 1.146 0.171 1.753 0.718 0.742 1.100 0.693 0.305 0.480 0.793 1.363 0.997 0.988 1.358 0.416 0.780 0.874 0.904 1.373 0.473 0.795 nan 1.192 0.564 0.837 0.338 0.276 0.448 0.801 0.401 0.491 0.399 3.767 1.401 1.348 0.315 0.124 0.217 2.272 1.829 0.409 0.679 0.106 0.229 1.628 0.754 0.515 1.435 0.251 0.246 1.872 0.906 1.746 0.378 2.119 0.284 1.269 4.845 0.309 0.441 0.841 0.239 1.514 0.159 1.443 1.282 2.262 0.841 0.244 0.333 0.126 1.157 1.386 0.488 0.441 2235 chr6 291205 347081 + 0 NA intron (NR_104473, intron 3 of 5) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 27086 NM_001286555 56940 Hs.29106 NM_020185 ENSG00000112679 DUSP22 JKAP|JSP-1|JSP1|LMW-DSP2|LMWDSP2|MKP-x|MKPX|VHX dual specificity phosphatase 22 protein-coding 1.287 0.984 1.317 1.572 0.185 1.166 0.566 0.471 0.149 0.425 0.282 0.156 0.095 0.436 0.249 1.354 0.705 2.138 0.395 0.254 0.073 0.248 0.077 0.633 0.887 0.702 0.619 1.367 0.084 0.222 0.488 0.104 0.660 0.076 0.214 0.465 0.118 0.368 0.579 0.129 0.055 0.279 1.046 0.261 0.254 0.233 1.072 1.242 0.683 1.087 0.983 1.002 2.770 1.019 1.306 1.289 0.438 0.780 1.149 1.455 0.784 0.505 0.469 0.683 1.054 0.775 0.396 0.491 1.965 1.222 1.139 0.225 0.067 0.262 0.136 2.624 0.291 0.346 0.309 0.161 4.563 0.186 0.164 0.602 0.379 0.182 0.128 0.195 0.152 0.508 0.307 0.585 0.248 0.505 0.425 0.405 0.326 2.138 0.183 0.256 0.111 0.595 0.339 0.170 0.108 0.306 0.144 0.105 0.166 0.135 0.284 0.224 0.098 0.061 238 chr1 161733846 161737101 + 0 NA promoter-TSS (NM_007348) promoter-TSS (NM_007348) -561 NM_007348 22926 Hs.492740 NM_007348 ENSG00000118217 ATF6 ACHM7|ATF6A activating transcription factor 6 protein-coding 5.738 4.163 4.546 4.353 3.385 3.243 1.226 3.378 1.148 1.214 5.387 0.348 1.101 2.348 1.577 3.079 1.668 3.173 5.360 2.999 0.837 1.895 1.209 0.726 4.973 4.187 2.668 6.825 1.812 4.835 6.143 0.341 4.483 2.544 1.118 3.194 0.795 3.724 2.616 2.273 0.711 2.394 12.048 1.756 4.355 1.760 4.548 6.243 9.153 12.338 4.910 nan 4.348 1.652 13.177 13.715 5.181 5.803 8.413 nan 7.328 6.467 18.086 12.219 5.669 8.756 6.108 8.892 3.991 2.297 0.956 1.672 1.176 3.537 2.775 6.236 1.682 2.111 1.308 0.886 2.682 0.873 2.690 2.590 2.310 0.614 0.761 0.717 0.811 1.816 3.138 2.325 1.577 2.557 1.214 3.722 4.667 3.173 2.063 1.172 1.010 4.975 3.534 1.167 0.442 3.447 0.967 1.913 6.697 1.936 0.802 1.960 1.557 0.811 873 chr14 62211175 62233229 + 0 NA Intergenic Intergenic -4387 NR_144368 105370526 Hs.661638 NR_144368 LOC105370526 - uncharacterized LOC105370526 ncRNA nan nan 0.875 1.039 4.820 0.572 0.335 1.079 2.400 0.665 0.731 0.204 0.249 1.099 3.567 0.434 0.424 0.499 0.425 0.905 0.713 1.017 0.791 0.745 1.259 0.745 0.724 1.322 1.001 0.252 1.422 0.148 1.264 0.378 0.170 1.653 0.984 5.193 0.603 1.583 0.383 1.807 2.029 0.743 2.696 0.505 0.425 0.489 0.503 0.892 1.397 1.357 0.896 0.338 nan 1.829 0.855 1.136 1.299 nan 1.619 1.555 0.444 1.001 1.425 2.023 0.624 1.300 0.946 0.623 0.411 0.992 0.321 0.763 0.173 0.544 0.201 1.608 1.053 0.193 0.548 0.341 1.766 2.066 1.416 0.703 0.690 0.141 0.160 0.909 0.768 1.329 0.542 1.013 0.665 0.860 2.783 0.499 0.428 0.297 0.164 1.095 0.276 0.756 0.504 1.287 1.347 0.078 0.292 0.479 1.942 1.848 1.612 1.110 253 chr1 168194428 168201049 + 0 NA intron (NM_199344, intron 1 of 7) intron (NM_199344, intron 1 of 7) 2483 NM_199344 375035 Hs.645435 NM_199344 ENSG00000213064 SFT2D2 UNQ512|dJ747L4.C1.2 SFT2 domain containing 2 protein-coding 4.040 nan 4.486 2.611 2.769 2.275 1.211 1.796 0.385 3.291 1.354 0.108 0.458 1.812 0.853 2.031 0.782 3.621 1.275 1.451 0.486 2.796 1.149 1.315 3.399 2.059 3.330 5.814 0.863 1.276 1.712 0.195 2.205 0.284 0.748 1.996 0.542 1.709 2.050 1.403 0.389 3.124 3.913 1.558 1.645 1.361 4.121 3.754 5.983 8.219 6.288 nan 4.416 1.888 3.226 3.421 3.257 4.070 4.163 nan 2.342 2.332 8.218 13.927 3.117 3.058 2.728 3.114 2.494 1.587 1.746 1.156 1.573 2.471 0.904 3.707 0.648 1.806 1.764 1.040 1.652 0.505 0.996 1.668 1.176 0.670 1.629 1.151 0.860 0.560 2.653 2.094 0.657 1.554 3.291 2.552 1.572 3.621 1.535 1.162 0.455 1.680 1.652 0.600 0.216 0.764 0.497 0.701 11.526 0.670 0.589 0.920 0.717 0.516 448 chr11 3009185 3024670 + 0 NA Intergenic Intergenic -3320 NM_005969 4676 Hs.731784 NM_005969 ENSG00000205531 NAP1L4 NAP1L4b|NAP2|NAP2L|hNAP2 nucleosome assembly protein 1 like 4 protein-coding 2.635 2.701 4.252 1.462 1.629 1.295 0.725 1.420 0.496 1.263 0.638 0.099 0.336 1.103 0.811 1.218 0.743 1.736 0.826 1.281 0.464 1.113 0.490 0.954 2.573 1.443 1.909 8.191 0.454 1.538 0.944 0.106 2.290 0.481 1.064 1.117 0.312 1.130 2.841 0.701 0.593 4.130 3.258 1.089 1.145 0.692 4.401 6.076 2.778 3.731 2.244 2.368 3.709 1.227 5.747 5.888 2.234 3.073 1.358 2.862 2.814 3.027 2.905 5.303 4.510 4.984 1.849 1.585 2.171 1.274 1.377 2.188 0.733 0.826 0.375 1.138 0.755 0.750 0.839 0.814 1.107 1.204 0.433 2.277 1.664 0.845 0.450 0.797 0.581 1.362 1.548 1.019 1.017 0.903 1.263 1.730 1.545 1.736 0.666 0.653 0.664 1.573 0.458 0.715 0.457 0.824 0.678 1.122 2.742 0.493 0.988 0.395 0.513 0.296 2631 chr8 145702676 145716350 + 0 NA intron (NM_032902, intron 2 of 12) intron (NM_032902, intron 2 of 12) 5779 NM_001329445 84988 Hs.521937 NM_032902 ENSG00000160972 PPP1R16A MYPT3 protein phosphatase 1 regulatory subunit 16A protein-coding 1.744 0.943 nan 1.405 1.186 1.588 0.489 1.238 0.245 1.188 0.350 0.211 0.376 1.477 0.777 0.252 0.109 1.212 1.153 0.704 0.290 1.097 0.463 0.355 1.758 1.324 0.760 3.411 0.667 1.170 0.601 0.097 1.716 0.379 0.386 3.239 0.373 1.281 1.017 0.786 0.243 1.658 1.508 0.300 2.094 0.473 1.133 1.471 1.370 1.944 nan 2.506 nan 0.488 1.649 1.591 0.885 1.396 1.006 1.280 0.915 1.078 5.373 3.819 0.615 0.637 0.793 1.430 1.254 0.536 0.522 0.666 0.710 0.630 0.574 1.234 0.919 0.411 0.484 0.872 0.540 0.105 0.915 1.550 1.063 0.673 0.265 0.388 0.420 0.678 1.156 1.736 0.552 0.817 1.188 1.024 0.827 1.212 0.403 0.709 0.240 2.463 0.954 0.139 0.298 0.394 0.270 0.235 0.800 0.226 0.256 0.366 0.404 0.232 2278 chr6 31758755 31765596 + 0 NA intron (NM_006295, intron 2 of 29).5 intron (NM_006295, intron 2 of 29).5 1537 NM_006295 7407 Hs.520026 NM_006295 ENSG00000204394 VARS G7A|VARS1|VARS2 valyl-tRNA synthetase protein-coding nan 1.855 nan 2.741 5.076 2.503 1.596 3.504 1.150 7.502 2.394 0.394 1.497 5.429 4.439 1.839 0.772 5.149 1.564 2.534 0.977 2.236 1.897 2.271 5.083 4.443 3.088 2.977 1.905 1.819 3.691 0.193 3.538 1.175 2.270 4.437 0.896 3.365 2.933 2.635 1.268 7.265 4.631 2.671 3.812 1.564 5.513 4.755 3.547 nan nan 5.377 4.792 2.789 10.115 10.584 2.935 4.360 7.075 8.838 5.278 4.778 3.124 4.936 4.614 5.045 3.979 5.417 3.199 1.512 1.387 6.849 1.143 2.469 1.821 2.592 3.518 2.660 3.200 1.270 3.546 1.067 1.287 7.392 5.124 2.307 2.467 1.366 0.863 3.866 2.603 6.972 2.873 2.886 7.502 6.464 6.595 5.149 1.773 2.016 1.808 7.514 2.091 2.329 2.341 4.119 1.512 1.262 0.790 2.260 2.301 2.904 2.896 2.079 2427 chr7 21400358 21411626 + 0 NA Intergenic Intergenic -61660 NM_001326543 6671 Hs.88013 NM_003112 ENSG00000105866 SP4 HF1B|SPR-1 Sp4 transcription factor protein-coding 0.920 1.317 1.161 1.999 0.356 1.333 0.725 0.100 0.588 0.092 0.109 0.128 0.407 0.582 0.078 0.975 0.495 0.870 0.242 0.905 0.055 0.358 0.320 0.237 4.256 2.649 4.082 2.629 1.050 0.066 0.204 0.121 0.283 0.063 0.054 0.198 0.021 0.086 0.232 0.251 0.100 0.454 0.109 0.206 0.307 0.333 0.633 0.400 0.882 nan 0.453 0.549 7.561 3.693 0.273 0.213 0.181 0.375 2.445 3.751 0.332 0.139 0.259 0.439 1.111 2.071 0.203 nan 1.627 0.922 0.149 0.282 0.009 0.057 0.803 0.125 0.037 0.111 0.064 0.013 0.198 0.085 0.028 0.186 0.016 0.042 0.650 0.034 0.075 0.160 0.173 0.025 0.051 0.101 0.092 1.559 0.921 0.870 0.301 0.338 0.017 0.056 0.907 0.102 0.138 0.505 0.256 0.041 0.068 0.033 0.450 0.345 0.010 0.013 63 chr1 25321052 25434284 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 27674 NR_039623 100616365 NR_039623 ENSG00000264371 MIR4425 - microRNA 4425 ncRNA 0.645 0.805 nan 0.160 0.281 0.307 0.151 0.155 0.010 0.310 0.228 0.104 0.025 0.095 0.026 0.139 0.123 0.048 0.171 0.114 0.077 0.066 0.056 0.133 6.019 1.522 0.294 1.347 0.157 0.099 0.132 0.103 0.125 0.101 0.057 0.061 0.092 0.119 0.290 0.069 0.053 0.137 0.393 0.136 0.054 0.135 0.360 0.372 0.242 0.367 0.699 0.751 0.731 0.212 0.314 0.329 0.220 0.448 0.726 0.775 0.399 0.283 0.296 0.329 0.062 0.075 0.192 0.248 0.426 0.436 0.504 0.359 0.011 0.240 0.181 0.209 0.038 0.342 0.155 0.065 1.342 0.012 0.042 0.575 0.118 0.061 0.096 0.042 0.070 0.155 0.173 0.357 0.034 0.109 0.310 0.095 0.040 0.048 0.043 0.072 0.134 0.148 0.414 0.085 0.035 0.134 0.107 0.033 0.049 0.050 0.402 0.062 0.400 0.346 1637 chr2 178102182 178161874 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -2169 NM_001313903 4780 Hs.744006 NM_006164 ENSG00000116044 NFE2L2 HEBP1|NRF2 nuclear factor, erythroid 2 like 2 protein-coding 1.874 1.628 1.644 0.999 1.254 1.159 0.685 1.332 1.012 0.905 1.447 0.221 0.705 1.930 1.825 0.614 0.314 0.965 0.811 1.031 0.483 1.527 0.374 1.252 3.649 2.910 1.690 1.963 0.560 0.819 0.981 0.098 2.653 0.736 0.830 1.665 0.264 1.272 1.999 0.920 2.948 1.506 8.501 0.711 2.199 0.764 1.019 1.200 2.274 4.654 1.205 1.087 1.327 0.499 1.805 1.843 1.386 1.964 2.455 3.712 1.533 1.625 0.970 1.795 0.823 1.020 1.028 1.545 0.804 0.575 0.937 1.211 0.701 1.156 0.362 0.594 0.613 1.263 1.253 0.511 1.791 0.195 0.589 1.427 0.895 0.383 0.932 0.512 0.400 0.972 2.091 1.078 1.211 1.221 0.905 1.464 2.261 0.965 0.606 0.640 0.359 1.471 0.263 0.746 0.334 1.052 1.128 0.540 0.964 0.374 0.898 0.542 0.786 0.566 179 chr1 151428068 151442222 + 0 NA Intergenic Intergenic -3204 NM_001194938 23126 Hs.489873 NM_015100 ENSG00000143442 POGZ MRD37|WHSUS|ZNF280E|ZNF635|ZNF635m pogo transposable element with ZNF domain protein-coding nan nan 2.374 1.169 1.151 1.345 0.769 1.340 0.621 1.902 1.511 0.409 0.482 1.109 2.054 0.798 0.500 1.581 2.185 0.990 0.402 0.990 0.521 0.526 9.793 4.411 0.828 4.940 0.434 1.073 2.181 0.147 1.882 0.828 0.466 0.868 0.305 1.261 1.247 0.663 0.255 1.146 2.174 0.605 0.756 0.826 1.103 1.198 2.621 3.230 2.620 nan 2.000 0.923 2.588 2.303 1.597 2.286 1.834 3.009 2.854 2.205 1.870 3.003 1.237 1.469 2.460 2.474 1.092 0.707 1.121 1.290 0.796 0.918 0.747 1.773 1.029 1.147 1.197 1.104 1.882 0.318 0.710 2.171 1.210 0.606 0.352 1.167 1.062 1.421 1.692 1.517 2.758 2.185 1.902 1.784 1.030 1.581 0.588 1.101 0.533 2.576 1.102 0.913 0.222 1.213 0.715 0.714 1.147 0.589 0.736 0.441 0.831 0.500 1532 chr2 24297613 24308593 + 0 NA intron (NM_147184, intron 4 of 5) AluSx|SINE|Alu 3359 NR_111929 375190 Hs.710370 NM_198553 ENSG00000219626 FAM228B - family with sequence similarity 228 member B protein-coding 2.381 1.458 2.290 2.121 1.599 1.442 0.703 2.278 0.604 1.141 1.340 0.220 1.209 2.500 2.718 1.133 0.556 2.245 0.816 1.516 0.338 3.637 1.000 1.823 7.954 6.297 2.164 4.883 1.316 1.557 3.631 0.167 3.097 1.284 0.748 2.790 0.577 1.956 2.371 2.088 0.476 2.834 3.200 0.917 1.873 1.195 2.665 2.905 3.207 4.391 5.010 4.099 5.439 1.900 11.228 12.262 1.288 1.996 8.322 nan 2.863 3.067 1.656 2.647 0.690 0.562 1.999 2.937 2.285 1.227 4.544 1.932 0.778 1.348 1.227 1.505 0.806 1.228 1.305 1.162 1.673 0.065 0.725 2.920 1.490 0.758 1.059 0.696 0.585 1.692 3.416 1.868 1.322 1.767 1.141 2.378 1.867 2.245 1.359 1.303 0.594 2.947 1.627 1.221 0.993 1.184 0.518 0.975 0.839 0.902 1.703 1.202 0.986 0.689 1105 chr17 1586852 1589290 + 0 NA intron (NM_006445, intron 1 of 42) CpG 105 NM_006445 10594 Hs.181368 NM_006445 ENSG00000174231 PRPF8 HPRP8|PRP8|PRPC8|RP13|SNRNP220 pre-mRNA processing factor 8 protein-coding 3.736 2.453 2.570 4.266 1.959 7.750 3.885 3.083 1.457 8.809 1.543 0.794 1.165 2.453 3.412 1.835 1.055 5.958 3.163 2.044 1.122 2.063 0.952 1.968 5.663 4.599 5.114 8.721 0.984 2.010 2.659 0.082 4.915 1.061 2.410 3.605 0.809 3.891 3.637 1.963 1.135 3.467 7.351 2.212 4.874 2.564 10.702 9.933 5.989 7.903 8.776 10.069 6.381 4.088 11.218 11.502 3.376 4.352 5.279 7.272 7.592 9.481 5.005 8.085 2.207 2.602 4.802 6.720 2.337 1.187 2.609 2.477 1.249 2.768 1.316 3.700 1.818 2.154 2.437 1.275 4.059 0.707 2.827 6.356 3.363 1.431 2.817 1.088 0.836 3.033 5.948 4.136 1.517 2.040 8.809 3.161 4.175 5.958 2.109 1.701 5.657 5.419 3.917 1.608 1.260 3.243 1.575 1.475 2.236 2.872 2.008 0.617 3.326 2.602 713 chr12 58137897 58139896 + 0 NA 5' UTR (NM_005981, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_005981, exon 1 of 6) 124 NM_001330169 6302 Hs.632708 NM_005981 ENSG00000135452 TSPAN31 SAS tetraspanin 31 protein-coding 4.771 3.652 4.128 3.625 5.128 5.391 3.207 5.743 3.573 2.356 0.080 1.872 3.178 0.568 2.740 0.991 3.234 2.164 1.969 2.105 2.937 0.730 3.373 7.916 5.770 4.322 12.687 1.909 2.192 4.150 0.082 7.945 1.166 1.296 3.032 0.405 2.283 3.487 2.087 1.616 5.746 8.640 1.893 4.031 1.549 nan 6.223 5.621 8.365 4.417 4.867 10.181 4.484 12.452 13.522 3.938 nan 10.979 11.649 6.131 6.943 3.429 4.333 5.627 7.312 2.979 7.501 6.051 1.850 1.681 1.805 1.526 7.007 2.514 1.559 0.138 2.320 2.418 2.108 3.151 1.483 1.267 0.092 4.798 1.999 15.143 1.760 1.389 4.331 5.580 5.733 3.123 4.078 3.573 5.655 1.917 3.234 1.347 1.858 1.217 5.495 4.002 2.204 0.941 3.905 3.399 0.923 1.858 2.510 1.717 1.033 1.284 0.864 1334 chr18 47806263 47815512 + 0 NA exon (NM_014593, exon 9 of 15) exon (NM_014593, exon 9 of 15) -2743 NM_001204141 4152 Hs.405610 NM_002384 ENSG00000141644 MBD1 CXXC3|PCM1|RFT methyl-CpG binding domain protein 1 protein-coding nan 2.008 2.900 3.395 1.882 2.710 1.698 1.899 0.456 4.064 0.909 0.139 0.530 0.973 4.317 1.053 0.489 3.288 1.461 1.838 0.529 0.645 0.848 1.362 2.259 1.408 1.236 5.941 0.630 1.410 1.220 0.097 1.077 0.587 0.841 0.642 0.325 1.146 0.992 1.169 0.447 1.113 1.565 2.413 2.284 0.429 3.340 3.874 3.651 5.038 6.633 5.962 8.312 3.438 3.965 4.150 1.394 1.832 3.294 3.515 2.827 2.476 2.165 3.414 4.389 6.062 1.822 nan 5.146 2.453 1.986 2.007 0.475 0.898 1.856 2.125 0.625 0.931 0.738 1.379 1.132 0.843 1.889 1.856 2.958 1.577 0.541 0.852 0.353 1.071 1.417 2.040 0.935 2.128 4.064 1.171 0.590 3.288 1.111 0.474 0.589 2.092 1.628 1.769 0.194 0.882 0.784 0.918 1.520 1.029 1.152 0.563 0.529 0.434 2499 chr7 139702198 139720453 + 0 NA intron (NM_001130966, intron 14 of 16) ALINE|LINE|RTE 52196 NM_022750 64761 Hs.12646 NM_022750 ENSG00000059378 PARP12 ARTD12|MST109|MSTP109|ZC3H1|ZC3HDC1 poly(ADP-ribose) polymerase family member 12 protein-coding nan nan nan 0.221 0.072 0.353 0.167 0.115 0.003 0.168 0.150 0.098 0.032 0.151 0.028 0.311 0.202 7.999 0.170 0.309 0.032 0.140 0.023 0.185 0.491 0.075 0.155 0.288 0.060 0.105 0.095 0.130 0.199 0.039 0.054 0.058 0.069 0.095 0.332 0.088 0.135 0.165 0.445 0.131 0.167 0.131 0.460 0.396 0.276 0.327 0.826 0.770 nan 0.277 0.571 0.585 0.148 nan 0.383 0.738 nan 0.240 0.375 0.355 0.151 0.208 0.322 0.674 1.696 nan 0.110 0.132 0.005 0.156 0.127 0.224 0.023 0.131 0.048 0.074 0.217 0.021 0.061 0.188 0.031 0.021 0.092 0.189 0.278 0.178 0.143 0.084 0.053 0.157 0.168 0.130 0.197 7.999 0.027 0.086 0.069 0.159 0.078 0.037 0.018 0.087 0.061 0.038 0.033 0.089 0.049 0.015 0.016 0.022 2096 chr5 294501 323843 + 0 NA intron (NM_001267558, intron 5 of 6) intron (NM_001267558, intron 5 of 6) 4881 NM_001242412 57491 Hs.50823 NM_020731 ENSG00000063438 AHRR AHH|AHHR|bHLHe77 aryl-hydrocarbon receptor repressor protein-coding 0.555 1.806 1.810 1.200 0.231 2.501 1.177 0.632 0.118 1.695 0.407 0.195 0.620 1.793 0.164 0.970 0.796 7.967 0.393 0.191 0.118 0.169 0.036 0.278 1.011 0.334 0.260 3.283 0.179 0.337 0.206 0.110 0.441 0.089 0.272 0.773 0.651 0.916 0.506 0.045 0.078 0.469 0.380 0.396 0.209 0.341 0.973 1.535 0.511 nan 8.160 7.159 2.638 0.822 0.778 0.888 0.434 0.856 nan 8.199 nan 0.502 0.720 1.158 0.258 0.227 0.147 0.218 1.946 nan 3.784 1.056 0.130 0.387 1.140 2.630 0.157 0.356 0.191 0.836 0.391 0.042 0.079 2.201 0.429 0.305 0.117 0.451 0.373 0.298 0.595 0.735 0.092 0.346 1.695 2.911 0.205 7.967 0.139 0.124 0.292 0.240 0.490 0.132 0.010 0.411 0.216 0.153 0.638 0.071 0.091 0.048 0.281 0.198 1784 chr21 16236173 16261677 + 0 NA Intergenic Intergenic 188201 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 1.064 0.662 nan 0.178 0.456 0.444 0.188 0.075 0.081 0.144 0.008 0.025 1.596 2.750 1.582 0.087 0.069 0.023 0.383 0.890 0.701 1.235 1.489 0.450 3.016 1.530 1.421 0.322 1.428 0.257 0.055 0.071 0.092 0.399 0.332 0.502 0.003 0.068 0.046 1.944 0.014 0.170 0.129 0.176 1.274 0.326 0.340 0.250 0.446 1.248 0.302 0.340 0.628 0.182 0.113 0.119 0.180 0.308 0.213 0.194 0.614 0.329 0.149 0.205 0.549 0.589 0.219 0.478 0.717 0.604 0.013 2.064 0.379 0.059 0.037 0.033 0.282 0.102 0.120 0.075 0.149 0.098 2.398 0.430 0.316 1.723 0.169 0.449 0.202 0.723 0.194 0.287 1.682 0.144 0.363 0.104 0.023 0.532 1.660 0.063 0.016 0.467 0.484 2.025 0.959 0.077 0.045 0.165 0.371 0.023 0.032 938 chr15 57486126 57574386 + 0 NA intron (NM_001306220, intron 4 of 11) intron (NM_001306220, intron 4 of 11) 18601 NM_207040 6938 Hs.511504 NM_003205 ENSG00000140262 TCF12 CRS3|HEB|HTF4|HsT17266|TCF-12|bHLHb20 transcription factor 12 protein-coding 0.940 1.049 1.311 1.369 0.125 3.325 1.663 0.120 0.019 0.615 0.743 0.125 0.022 0.130 0.059 1.070 0.778 3.334 0.359 0.173 0.049 0.069 0.024 0.117 0.247 0.103 0.129 5.061 0.058 1.097 0.066 0.090 0.285 0.015 0.062 0.091 0.020 0.132 0.177 0.040 0.026 0.213 0.161 0.124 0.103 0.081 0.581 0.597 0.670 0.774 2.308 2.848 2.116 0.789 0.803 0.779 0.787 1.142 4.745 5.410 2.392 1.777 0.804 1.522 2.008 2.534 0.831 1.602 1.535 0.705 0.604 0.031 0.023 0.159 0.196 1.013 0.145 0.045 0.021 0.033 0.111 0.471 0.386 0.066 0.016 0.013 0.032 0.173 0.364 0.144 0.108 0.116 0.027 0.100 0.615 0.059 0.081 3.334 0.047 0.059 0.103 0.029 0.555 0.042 0.017 0.086 0.107 0.894 1.497 0.321 0.040 0.049 0.015 0.014 2149 chr5 59730014 59749596 + 0 NA intron (NM_001165899, intron 1 of 16) intron (NM_001165899, intron 1 of 16) -43735 NR_024617 25859 Hs.146312 NM_001039499 ENSG00000152931 PART1 NCRNA00206 prostate androgen-regulated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan 0.684 0.041 0.055 0.244 0.074 0.089 0.003 0.125 0.118 0.058 0.039 0.123 0.022 0.048 0.085 0.024 0.080 0.200 0.056 0.011 0.122 0.099 0.066 0.062 0.324 0.015 0.104 0.055 0.145 0.101 0.073 0.048 0.035 0.132 0.006 0.021 0.034 0.110 0.096 0.062 0.043 0.225 0.096 0.232 0.242 0.192 0.247 nan 0.101 0.126 0.103 4.844 5.280 0.285 0.301 nan 0.265 0.077 0.142 0.073 0.104 0.165 0.395 0.133 0.259 1.312 0.047 0.005 0.486 0.061 0.081 0.007 0.035 0.012 0.011 3.141 0.005 0.307 0.070 0.009 0.016 0.016 0.016 0.050 0.062 0.582 0.036 0.012 0.064 0.125 0.048 0.043 0.024 0.119 0.034 0.020 0.009 0.476 0.007 0.009 0.012 0.045 0.059 0.025 0.101 0.015 0.054 0.032 0.010 1679 chr2 234144379 234163573 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -6241 NM_001190266 55054 Hs.529322 NM_017974 ENSG00000085978 ATG16L1 APG16L|ATG16A|ATG16L|IBD10|WDR30 autophagy related 16 like 1 protein-coding 0.833 nan 1.008 0.348 1.166 0.485 0.264 0.851 0.049 0.908 0.137 0.075 1.497 2.109 0.593 0.204 0.201 0.405 0.378 0.867 0.174 2.243 1.690 0.440 3.034 1.066 1.088 1.238 2.319 0.329 0.287 0.119 1.026 1.452 0.199 0.487 0.222 0.500 0.447 1.585 0.218 0.974 1.010 0.566 3.322 0.586 0.903 0.827 0.850 1.372 0.640 0.533 0.505 0.193 1.008 1.077 0.580 0.805 1.031 nan 0.708 0.527 0.581 0.690 0.235 0.253 0.598 0.732 0.275 0.212 0.153 7.157 0.425 0.309 0.058 0.148 0.151 2.458 1.836 0.256 0.490 0.045 0.108 1.559 0.367 0.231 1.687 0.147 0.135 0.395 1.041 0.445 0.205 1.165 0.908 1.906 1.747 0.405 0.345 0.696 0.076 0.892 0.228 0.660 5.327 1.324 0.185 0.096 0.118 0.161 2.196 0.749 0.192 0.152 1830 chr22 20918663 20926116 + 0 NA intron (NM_001003891, intron 7 of 17) AluJb|SINE|Alu 60054 NM_001293237 51586 Hs.517421 NM_015889 ENSG00000099917 MED15 ARC105|CAG7A|CTG7A|PCQAP|TIG-1|TIG1|TNRC7 mediator complex subunit 15 protein-coding 0.662 nan 0.552 0.130 2.925 0.135 0.087 2.138 14.812 0.104 0.943 0.541 1.183 2.538 1.719 0.084 0.034 0.161 0.105 1.213 0.465 3.257 3.681 0.199 nan 0.372 4.208 0.272 1.748 0.201 0.117 0.083 0.487 0.333 0.937 2.078 0.700 2.074 0.653 0.658 0.022 0.939 0.154 0.605 2.033 0.794 0.453 0.622 0.548 1.100 0.316 0.386 0.256 0.117 0.393 0.392 0.490 0.782 0.193 0.346 0.407 0.283 0.184 0.169 0.069 0.061 0.151 0.413 0.820 0.477 0.164 2.097 3.428 0.408 0.041 0.175 0.037 0.912 0.831 2.182 0.087 0.025 0.042 1.347 0.391 0.147 1.187 0.178 0.111 1.932 0.360 0.292 0.078 0.842 0.104 7.793 0.082 0.161 0.738 3.466 0.084 0.176 0.069 2.811 0.581 1.470 0.971 0.015 0.027 0.018 1.122 0.658 1.091 0.787 1620 chr2 166317030 166333739 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172173) promoter-TSS (NM_001172173) -773 NM_001172173 80034 Hs.470479 NM_024969 ENSG00000178662 CSRNP3 FAM130A2|PPP1R73|TAIP-2|TAIP2 cysteine and serine rich nuclear protein 3 protein-coding 1.694 1.070 nan 0.359 0.122 0.563 0.347 0.199 0.007 2.029 0.377 0.116 0.114 0.260 0.030 0.612 0.553 0.303 0.975 0.216 0.037 0.061 0.173 0.113 0.064 0.056 0.402 0.044 0.077 0.059 0.093 0.894 0.028 0.059 0.150 0.054 0.144 0.001 0.029 0.152 0.519 0.070 0.075 0.100 2.019 1.471 2.256 1.500 1.102 1.346 3.231 1.138 0.387 0.412 4.437 5.035 0.646 0.748 6.889 6.743 0.309 0.475 0.010 0.009 4.017 6.769 0.788 0.522 0.030 0.067 0.012 0.122 0.023 0.208 1.926 0.012 0.013 0.004 0.431 0.006 0.281 0.048 0.018 0.009 0.018 0.037 0.101 0.096 0.034 0.081 0.137 0.049 2.029 0.051 0.033 0.303 0.059 0.078 0.296 0.032 0.364 0.101 0.005 0.029 0.040 0.096 0.139 1.786 0.046 0.074 0.021 0.012 2241 chr6 2763283 2767132 + 0 NA promoter-TSS (NM_130395) promoter-TSS (NM_130395) -459 NM_020135 56897 Hs.236828 NM_020135 ENSG00000124535 WRNIP1 WHIP|bA420G6.2 Werner helicase interacting protein 1 protein-coding 7.140 4.398 5.440 6.015 2.793 6.045 3.753 4.907 2.071 6.296 3.156 0.418 1.383 6.988 3.468 2.221 1.375 7.937 2.364 2.572 0.740 2.664 1.739 4.041 7.546 5.222 2.653 3.193 1.398 2.590 3.311 0.045 5.122 0.886 2.547 6.086 1.201 5.373 2.931 1.080 0.707 2.644 4.321 3.821 2.465 1.647 6.444 6.644 4.924 6.977 10.365 9.178 8.179 3.548 12.209 12.561 3.180 4.519 5.424 9.639 7.207 9.489 2.327 6.269 5.509 3.667 8.122 5.525 3.572 1.873 1.522 2.572 1.458 3.128 2.588 5.031 1.298 3.125 4.418 1.553 2.792 0.573 3.405 6.422 3.836 1.903 0.609 1.429 0.760 6.101 4.021 7.910 2.758 2.334 6.296 10.834 4.032 7.937 0.999 2.281 1.213 7.946 3.883 2.335 1.209 5.296 0.838 1.956 1.435 1.932 2.428 2.345 1.331 0.906 1262 chr17 75032272 75051536 + 0 NA Intergenic MER66C|LTR|ERV1 -42821 NM_001204408 6397 Hs.464184 NM_003003 ENSG00000129657 SEC14L1 PRELID4A|SEC14L SEC14 like lipid binding 1 protein-coding 1.148 1.123 1.529 0.213 0.080 1.527 0.886 0.118 0.019 1.050 0.140 0.101 0.069 0.133 0.047 0.771 0.518 1.056 0.429 0.099 0.064 0.143 0.038 0.301 0.441 0.100 0.117 1.060 0.076 0.094 0.066 0.104 0.284 0.049 0.073 0.245 0.032 0.071 0.313 0.034 0.117 0.229 0.260 0.145 0.078 0.152 2.469 2.366 0.391 0.475 1.887 1.621 2.320 0.688 0.616 0.670 nan 0.925 1.345 1.938 1.465 1.186 0.702 0.848 0.720 0.654 0.417 0.652 nan 1.403 1.232 0.140 0.288 0.049 0.031 0.621 0.036 0.148 0.067 0.050 0.098 0.157 0.160 0.197 0.031 0.037 0.068 0.082 0.083 0.250 0.545 0.088 0.081 0.114 1.050 0.163 0.033 1.056 0.019 0.086 0.264 0.136 0.301 0.021 0.013 0.066 0.035 0.026 0.343 0.177 0.079 0.035 0.030 0.010 1290 chr17 80784644 80852436 + 0 NA intron (NM_005993, intron 13 of 38) intron (NM_005993, intron 13 of 38) -20609 NM_024702 79755 Hs.464391 NM_024702 ENSG00000141579 ZNF750 ZFP750 zinc finger protein 750 protein-coding 1.015 1.115 1.278 0.592 0.425 0.556 0.248 0.473 0.312 0.819 0.205 0.136 0.699 1.733 0.021 0.533 0.271 2.151 0.493 1.191 0.027 0.793 0.625 0.338 nan 2.638 2.481 6.255 0.991 0.170 0.113 0.104 1.525 0.307 0.074 0.300 0.084 0.184 1.272 0.451 0.396 1.474 1.103 0.259 1.123 0.393 0.962 nan 0.604 1.274 nan 1.422 1.521 0.377 0.565 0.558 0.488 0.789 3.267 4.039 0.231 0.246 0.684 1.041 0.769 0.786 0.367 0.553 1.374 0.831 1.971 1.475 0.428 0.205 0.054 8.277 0.047 0.374 0.238 0.125 0.153 0.138 0.587 0.171 0.078 0.051 0.553 0.153 0.175 0.251 0.227 0.186 0.064 1.592 0.819 3.017 0.056 2.151 0.972 2.008 0.279 0.155 0.691 0.075 0.229 0.170 0.039 0.044 0.433 0.130 0.194 0.661 0.092 0.056 1527 chr2 16340937 16351780 + 0 NA Intergenic Intergenic 155809 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.641 0.340 0.664 0.518 0.083 0.112 0.084 0.035 0.012 0.062 0.047 0.196 0.035 0.059 0.034 0.057 0.162 0.044 12.960 0.079 0.044 0.010 0.067 0.218 0.126 0.088 0.447 0.027 0.108 0.061 0.113 0.163 0.011 0.049 0.025 0.013 0.013 0.145 0.030 0.172 0.161 0.026 0.035 0.041 0.495 0.411 0.380 0.208 0.226 0.219 0.337 0.105 0.403 0.578 0.178 0.253 0.193 nan 0.393 0.194 20.533 22.123 0.027 0.040 0.207 nan 0.128 0.252 0.052 0.053 0.009 0.051 0.019 0.147 0.013 0.013 0.006 0.025 0.055 0.017 0.050 0.180 0.045 0.012 0.041 0.029 0.033 0.091 0.116 0.029 0.022 0.037 0.062 0.026 0.009 0.044 0.049 0.054 0.027 0.037 0.028 0.019 0.008 0.007 0.246 0.068 15.331 0.012 0.035 0.070 0.012 0.024 2162 chr5 72699433 72750511 + 0 NA Intergenic Intergenic 19380 NM_004472 2297 Hs.519385 NM_004472 ENSG00000251493 FOXD1 FKHL8|FREAC-4|FREAC4 forkhead box D1 protein-coding 1.327 nan 1.366 1.451 0.703 0.734 0.315 0.370 0.463 0.696 0.307 0.092 0.327 0.596 0.250 0.215 0.131 0.734 0.346 0.341 0.259 0.196 0.504 0.504 3.299 0.760 0.695 1.254 0.253 0.555 0.718 0.140 0.394 0.115 0.496 0.165 0.395 1.352 0.327 0.103 0.099 0.759 0.539 1.006 0.368 0.291 0.673 0.784 0.547 0.666 0.896 0.761 nan 1.201 0.236 0.278 0.497 nan 0.781 0.901 1.028 0.958 0.648 1.036 0.372 0.279 0.411 0.741 0.474 0.399 0.534 0.636 0.123 0.475 0.084 0.748 0.176 0.700 0.337 0.203 0.138 0.050 0.340 1.377 0.583 0.308 0.082 0.299 0.265 0.970 0.554 1.320 0.173 0.041 0.696 0.812 0.371 0.734 0.179 0.110 0.074 1.095 0.121 0.240 0.031 0.113 0.454 0.215 0.322 0.149 0.041 0.146 1.334 1.194 1132 chr17 9715134 9750315 + 0 NA intron (NM_004246, intron 1 of 12) L1ME4a|LINE|L1 3856 NM_004246 9340 Hs.248202 NM_004246 ENSG00000065325 GLP2R - glucagon like peptide 2 receptor protein-coding 0.531 0.553 0.452 0.047 0.352 0.185 0.118 0.573 0.005 0.073 0.045 0.087 0.016 0.057 0.440 0.022 0.051 0.034 0.069 0.149 0.239 0.054 0.399 0.109 0.460 0.213 0.142 0.159 0.017 0.054 0.040 0.107 0.121 0.017 0.152 0.126 0.240 0.330 0.300 0.512 0.041 0.088 0.064 0.210 0.360 0.098 0.326 0.188 0.243 0.589 0.182 0.225 0.123 0.064 0.054 0.084 0.104 0.224 0.162 0.166 1.616 1.432 0.136 0.174 0.045 0.033 0.356 0.695 0.093 0.083 0.014 0.696 0.165 0.484 0.046 0.018 0.016 0.693 0.482 0.058 9.683 0.014 0.014 0.882 0.245 0.164 0.207 0.013 0.014 0.185 1.029 0.091 0.020 2.141 0.073 0.061 0.024 0.034 0.334 0.151 0.179 0.100 0.057 0.131 0.024 1.412 0.544 0.026 0.033 0.052 0.231 0.097 0.249 0.143 2370 chr6 138128038 138135343 + 0 NA Intergenic Intergenic -56635 NM_001270508 7128 Hs.211600 NM_006290 ENSG00000118503 TNFAIP3 A20|AISBL|OTUD7C|TNFA1P2 TNF alpha induced protein 3 protein-coding 0.863 1.021 0.772 0.122 0.483 0.424 0.303 1.191 0.009 0.805 1.349 0.154 1.856 2.342 0.967 0.042 0.034 0.147 0.193 0.392 0.136 3.145 2.699 0.162 2.037 0.478 0.456 1.082 0.800 0.193 0.074 0.092 0.467 1.102 0.106 3.763 0.292 0.151 0.730 6.125 0.253 1.753 0.209 0.343 0.898 0.695 0.302 0.220 0.573 1.936 0.443 0.474 nan 0.402 0.298 0.119 0.123 0.195 0.503 0.426 0.496 0.218 0.119 0.215 0.408 0.544 0.189 nan 0.505 0.370 0.054 2.259 0.145 1.023 0.095 0.159 0.019 2.686 2.362 0.138 6.610 0.037 0.043 3.656 2.236 1.303 3.751 0.011 0.033 1.259 0.401 0.819 0.486 0.901 0.805 0.712 0.217 0.147 0.604 0.374 0.066 0.864 0.487 4.192 0.327 0.616 0.506 0.157 0.027 0.033 1.297 4.601 0.039 0.015 929 chr15 32951834 32987493 + 0 NA intron (NM_001144757, intron 2 of 5) MamRep605|Unknown|Unknown -4397 NR_135505 105370757 Hs.738329 NR_135505 ENSG00000241818 LOC105370757 - uncharacterized LOC105370757 ncRNA 0.771 nan nan 0.266 0.063 0.542 0.274 0.233 0.003 0.353 1.567 0.175 0.173 0.163 0.101 0.302 0.227 0.195 0.443 0.443 0.035 0.221 0.314 0.116 1.296 0.412 0.254 0.559 0.169 0.119 0.067 0.069 0.238 0.267 0.105 0.370 0.310 0.547 0.271 0.431 0.016 0.249 0.119 0.219 0.119 0.196 0.373 0.302 3.851 6.877 0.340 0.358 0.219 0.083 0.148 0.140 0.363 0.564 0.543 0.621 0.514 0.219 0.737 0.723 0.940 1.513 0.218 0.282 1.028 0.615 1.026 0.898 0.032 0.443 0.150 0.190 0.392 0.161 0.041 0.137 0.302 0.027 0.257 0.071 0.064 0.177 0.042 0.062 0.315 0.315 0.112 0.830 0.614 0.353 0.091 0.625 0.195 0.076 0.074 0.051 0.055 0.179 0.776 0.053 0.241 0.053 0.052 0.423 0.073 0.632 0.175 0.024 0.011 2554 chr8 68371902 68376240 + 0 NA intron (NR_136224, intron 2 of 4) intron (NR_136224, intron 2 of 4) 118002 NR_136223 102724708 Hs.636330 NR_136223 LOC102724708 - uncharacterized LOC102724708 ncRNA 1.229 1.327 0.813 0.423 3.382 0.209 0.149 0.150 1.882 0.544 0.129 0.110 0.174 1.341 0.103 0.037 0.097 0.305 0.157 4.698 0.313 0.218 0.113 4.617 4.952 2.483 1.604 2.360 0.074 0.040 0.027 0.238 0.105 0.276 0.120 0.213 0.327 0.019 0.557 0.297 0.131 0.318 0.457 0.317 0.099 1.333 0.824 0.359 0.532 0.119 0.070 0.104 0.083 0.170 nan 0.191 0.250 nan 0.845 0.130 0.382 0.078 0.163 1.525 4.003 0.640 0.573 0.038 1.005 0.951 0.064 0.045 0.904 0.095 0.064 0.108 0.152 0.150 0.044 0.162 0.148 0.028 6.414 0.200 0.057 0.229 0.094 0.131 0.145 0.812 0.544 3.402 1.613 0.305 0.142 0.970 0.044 0.174 0.046 0.094 0.010 1.088 0.051 0.080 0.090 2.246 0.036 0.132 0.027 1925 chr3 114153425 114178066 + 0 NA intron (NM_001164343, intron 8 of 11) intron (NM_001164343, intron 8 of 11) -6695 NR_121661 101929754 Hs.614195 NR_121661 ENSG00000242290 ZBTB20-AS5 - ZBTB20 antisense RNA 5 ncRNA 1.111 nan 0.713 0.302 0.176 1.552 0.678 0.142 0.013 1.302 1.299 0.175 0.023 0.126 0.031 0.838 0.493 4.300 0.196 0.134 0.045 0.106 0.026 0.167 0.105 0.049 0.058 3.918 0.035 0.091 0.092 0.068 0.283 0.029 0.043 0.053 0.029 0.067 0.154 0.044 0.017 0.825 0.158 0.079 0.071 0.068 6.998 8.245 10.474 12.929 6.588 nan 1.993 0.613 0.269 0.328 nan 2.694 0.346 0.382 2.329 1.601 2.895 4.690 0.274 0.232 0.299 0.416 2.721 1.816 3.111 0.158 0.016 0.426 0.040 0.749 0.007 0.148 0.070 0.035 0.064 0.050 0.187 0.090 0.007 0.013 0.044 0.031 0.089 0.106 0.119 0.061 0.042 0.081 1.302 0.040 0.078 4.300 0.045 0.017 0.401 0.029 0.132 0.066 0.019 0.071 0.072 0.074 2.445 0.095 0.015 0.144 0.025 0.006 2574 chr8 86088091 86091861 + 0 NA promoter-TSS (NR_134311) promoter-TSS (NR_134311) 357 NM_001951 1875 Hs.445758 NM_001951 ENSG00000133740 E2F5 E2F-5 E2F transcription factor 5 protein-coding 8.951 nan nan 6.382 2.552 4.640 2.334 2.888 1.722 5.629 0.416 0.173 1.104 3.784 4.168 1.486 0.672 5.561 1.441 1.556 0.427 3.068 1.062 2.880 2.569 2.941 2.240 7.467 1.654 3.186 4.237 0.147 3.200 1.347 0.849 3.283 1.232 4.518 1.067 1.731 0.637 5.020 4.659 1.930 3.418 1.153 2.825 3.313 4.105 7.110 10.040 8.084 7.236 4.482 11.032 10.854 2.944 3.759 10.650 15.733 4.867 5.814 1.547 4.917 7.890 4.493 6.480 4.354 3.990 2.216 0.812 3.239 0.636 2.167 1.780 2.575 4.825 1.820 2.187 3.601 2.995 1.240 2.389 4.715 5.446 2.240 0.822 3.455 1.768 1.984 4.990 11.874 2.372 1.818 5.629 6.024 4.789 5.561 1.420 2.145 0.490 2.438 4.385 0.521 0.836 1.838 0.326 1.738 1.413 1.681 0.962 0.698 1.497 0.890 547 chr11 66137404 66140842 + 0 NA non-coding (NR_125343, exon 1 of 12) non-coding (NR_125343, exon 1 of 12) 168 NM_001532 3177 Hs.569017 NM_001532 ENSG00000174669 SLC29A2 DER12|ENT2|HNP36 solute carrier family 29 member 2 protein-coding nan 5.868 2.875 7.642 5.230 4.258 2.544 2.654 6.800 4.059 1.773 1.071 1.117 3.852 6.271 3.150 1.752 6.195 2.820 5.463 0.072 4.371 2.534 0.958 7.732 4.724 6.265 9.322 4.076 4.608 2.940 0.090 5.285 0.892 2.076 0.464 0.679 3.109 2.383 4.682 2.194 6.614 6.882 1.308 7.711 1.733 8.309 8.713 3.301 4.852 9.522 6.879 9.336 3.675 5.421 5.811 4.789 6.058 9.402 13.080 6.127 8.162 2.506 7.469 11.120 8.286 5.171 7.356 4.248 2.300 5.254 3.999 1.639 4.164 2.948 5.933 4.353 1.882 1.742 2.347 3.902 2.084 4.616 6.764 4.733 2.562 3.042 3.970 2.564 0.691 3.735 3.787 8.906 6.131 4.059 4.574 8.122 6.195 3.419 5.636 1.511 8.142 4.751 0.256 3.279 2.448 0.098 4.228 4.953 3.713 1.787 4.665 0.201 0.133 631 chr12 6601640 6604442 + 0 NA promoter-TSS (NM_016497) promoter-TSS (NM_016497) -257 NM_014865 9918 Hs.5719 NM_014865 ENSG00000010292 NCAPD2 CAP-D2|CNAP1|hCAP-D2 non-SMC condensin I complex subunit D2 protein-coding 7.386 nan 5.447 14.779 6.831 5.623 3.178 3.427 2.193 4.750 2.322 0.171 1.860 4.388 4.954 3.661 2.352 8.755 3.840 5.178 1.615 6.578 2.883 2.363 12.702 6.124 5.876 16.540 1.980 6.890 8.145 0.182 7.397 2.028 4.430 8.076 0.843 6.723 8.246 3.358 2.342 7.082 14.326 2.389 6.404 4.286 4.847 3.919 10.038 14.385 18.770 15.419 18.767 10.492 21.020 21.498 8.442 10.982 7.135 10.612 10.880 10.702 4.114 5.795 10.770 15.284 9.132 11.178 3.152 1.340 6.922 4.129 2.656 3.877 2.717 6.667 1.809 3.991 3.704 1.785 5.446 2.368 6.064 6.352 5.752 2.455 3.224 1.981 2.667 12.223 6.065 7.083 2.695 3.702 4.750 4.729 5.932 8.755 1.679 2.812 7.484 12.262 1.982 7.023 5.254 3.971 2.654 5.571 2.807 3.910 2.219 2.624 5.540 4.199 1616 chr2 157185329 157209168 + 0 NA Intergenic Intergenic -7961 NM_006186 4929 Hs.563344 NM_006186 ENSG00000153234 NR4A2 HZF-3|NOT|NURR1|RNR1|TINUR nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 protein-coding nan 2.431 nan 2.703 2.253 3.791 2.176 2.175 0.455 2.095 1.647 0.235 0.685 1.653 4.943 1.460 0.788 2.085 0.740 1.932 0.203 2.487 0.784 1.846 5.273 3.189 2.723 8.567 0.982 0.624 1.285 0.094 6.531 0.584 1.410 1.989 0.287 1.163 0.922 1.752 0.294 1.534 2.722 1.043 0.658 1.056 1.952 2.593 4.090 4.956 2.263 1.766 2.790 1.297 5.154 5.683 3.583 3.721 2.634 3.557 1.102 1.111 0.674 1.263 2.862 2.286 2.382 4.212 0.865 0.685 1.930 1.328 0.463 1.332 1.775 1.134 1.343 1.165 1.359 1.074 3.838 0.485 1.182 1.836 1.374 0.564 1.241 1.043 0.883 0.919 2.872 2.940 2.078 3.817 2.095 3.095 2.328 2.085 1.822 2.085 0.661 3.908 2.027 0.805 0.608 0.791 0.247 0.503 0.445 1.713 1.041 1.452 0.486 0.301 1583 chr2 96867878 96875533 + 0 NA intron (NM_020151, intron 1 of 7) intron (NM_020151, intron 1 of 7) -2449 NR_046322 285033 Hs.58648 NM_001037228 STARD7-AS1 - STARD7 antisense RNA 1 ncRNA 3.189 1.447 3.100 2.385 1.833 2.442 1.136 3.178 2.136 1.811 2.178 0.210 0.492 1.723 2.513 1.409 0.665 2.515 1.089 1.793 0.890 2.267 0.574 1.933 3.754 2.680 2.467 4.520 0.839 2.974 1.516 0.081 3.883 1.069 1.848 2.595 0.387 2.682 5.472 1.516 2.253 2.700 8.519 2.215 3.732 1.547 4.118 4.467 2.801 5.103 3.882 3.801 3.732 1.536 5.724 5.503 2.385 2.672 3.791 4.889 4.301 4.830 2.117 3.552 1.559 1.864 3.955 5.708 1.134 0.737 2.067 1.648 0.734 3.278 0.746 2.167 1.432 2.063 1.914 1.096 3.188 0.477 1.168 2.605 1.683 0.994 0.852 1.114 1.297 1.982 2.567 2.469 1.126 1.658 1.811 1.842 2.279 2.515 1.174 1.471 0.769 5.174 1.445 0.957 0.857 1.162 1.042 1.394 1.053 2.328 1.093 0.801 0.797 0.496 1544 chr2 28597147 28636649 + 0 NA intron (NM_005253, intron 1 of 3) intron (NM_005253, intron 1 of 3) 641 NR_103831 403150 Hs.562970 NR_103831 ENSG00000229951 FLJ31356 - uncharacterized protein FLJ31356 ncRNA 1.373 1.012 1.422 1.328 1.547 1.377 0.718 3.785 0.656 1.261 1.290 0.130 1.183 2.570 2.274 0.599 0.278 0.630 0.840 0.937 0.909 3.453 1.239 1.396 5.380 2.316 1.488 4.895 1.314 0.560 2.096 0.125 3.034 1.623 1.866 4.859 0.830 2.914 2.597 1.568 1.694 3.227 3.732 2.223 2.310 1.355 0.624 0.938 1.067 2.631 1.212 1.127 1.831 0.646 2.333 2.408 0.894 1.334 1.443 nan 1.510 1.759 0.400 0.676 0.830 0.672 0.227 0.371 1.049 0.756 1.604 2.266 0.955 2.327 0.328 0.676 0.575 1.123 1.415 0.976 1.192 0.177 1.719 4.131 1.350 0.615 0.922 0.683 0.528 3.467 2.769 1.781 2.834 3.349 1.261 3.262 2.245 0.630 2.217 1.303 0.822 2.737 1.090 2.209 1.630 1.636 1.734 0.295 0.136 0.178 3.025 0.977 4.050 3.844 1538 chr2 25585157 25601821 + 0 NA Intergenic MER4E1|LTR|ERV1 -28030 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 1.278 1.279 1.560 1.169 0.165 0.606 0.269 0.293 0.077 0.546 0.156 0.097 0.201 0.323 0.107 1.747 0.799 0.442 0.847 0.523 0.064 0.328 0.066 0.180 1.498 0.374 0.298 2.792 0.162 0.429 0.199 0.144 0.600 0.113 0.111 0.260 0.109 0.312 1.194 0.145 0.497 0.350 0.624 0.336 0.144 0.178 0.643 0.988 0.808 1.217 1.303 1.350 2.310 0.770 1.214 1.256 0.752 1.289 1.993 nan 0.710 0.433 0.505 0.644 0.704 0.632 0.638 1.095 2.676 1.141 4.812 0.143 0.051 0.553 0.297 1.003 0.067 0.224 0.143 0.188 0.235 0.212 0.578 0.860 0.143 0.107 0.101 0.512 0.639 0.303 0.676 0.339 0.300 0.236 0.546 0.294 0.318 0.442 0.197 0.148 0.423 0.497 1.543 0.065 0.042 0.276 0.073 0.349 0.230 0.269 0.152 0.120 0.033 0.021 396 chr10 71326829 71340701 + 0 NA promoter-TSS (NM_020999) promoter-TSS (NM_020999) -555 NM_020999 50674 Hs.532682 NM_020999 ENSG00000122859 NEUROG3 Atoh5|Math4B|NGN-3|bHLHa7|ngn3 neurogenin 3 protein-coding 0.334 nan 11.071 0.102 0.042 0.153 0.092 0.056 0.139 0.064 0.023 0.014 0.025 0.018 0.057 0.047 0.439 0.087 0.099 0.072 0.008 0.094 0.068 0.055 0.051 0.573 0.031 0.100 0.031 0.072 0.098 0.025 0.055 0.033 0.017 0.020 0.107 0.008 0.012 0.075 0.133 0.052 0.042 0.075 0.226 0.244 0.074 0.096 5.604 5.167 0.170 0.074 0.049 0.032 0.061 0.109 0.230 nan 0.158 0.077 0.091 0.087 0.054 0.080 0.089 nan 0.188 0.197 0.032 0.115 0.040 0.051 0.013 0.050 0.010 0.010 0.026 0.023 0.021 0.023 0.165 0.043 0.011 0.033 0.017 0.009 0.158 0.048 0.042 0.022 0.039 0.139 0.053 0.013 0.439 0.044 0.036 0.028 0.155 0.014 0.005 0.009 0.046 0.032 0.033 0.021 0.000 0.069 0.033 0.011 258 chr1 173223308 173249936 + 0 NA intron (NR_037845, intron 2 of 2) Charlie25|DNA|hAT-Charlie -60170 NM_003326 7292 Hs.181097 NM_003326 ENSG00000117586 TNFSF4 CD134L|CD252|GP34|OX-40L|OX4OL|TNLG2B|TXGP1 tumor necrosis factor superfamily member 4 protein-coding nan nan nan 0.122 0.218 0.166 0.111 0.389 0.021 0.222 0.520 0.133 0.093 0.133 0.026 0.099 0.146 0.032 0.178 0.221 0.126 0.083 0.080 0.074 0.179 0.063 0.075 0.310 0.039 0.108 0.064 0.115 0.246 0.036 0.188 0.077 0.392 0.522 0.227 0.025 0.024 0.113 0.164 0.123 0.148 0.110 0.586 0.572 6.653 5.089 nan 0.376 0.146 0.083 0.238 0.266 0.209 0.374 0.248 0.280 0.349 0.141 0.440 0.833 0.065 0.095 0.170 nan 0.220 0.347 0.017 0.104 0.079 1.257 0.019 0.056 0.021 0.060 0.016 0.080 1.010 0.018 0.033 0.143 0.161 0.103 0.040 0.032 0.046 0.143 0.127 0.059 0.036 0.047 0.222 0.068 0.033 0.032 0.203 0.050 0.019 0.046 0.231 0.017 0.127 0.266 0.057 0.327 0.079 0.026 0.092 0.015 0.012 1422 chr19 31138839 31162605 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR 287422 NM_014717 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 1.241 0.907 2.082 0.166 0.066 2.843 1.462 0.085 0.050 0.372 0.152 0.150 0.016 0.085 0.021 0.066 0.102 0.375 1.608 0.206 0.016 0.094 0.009 0.226 0.092 0.128 0.104 0.386 0.018 1.503 0.064 0.111 0.114 0.005 0.058 0.094 0.053 0.239 0.204 0.023 0.040 0.159 0.166 0.065 0.049 0.104 0.411 0.402 0.368 0.554 0.251 0.234 0.221 0.084 0.132 0.110 0.433 0.841 0.164 0.123 nan 0.105 0.794 0.740 0.037 0.082 0.514 1.808 0.582 0.461 3.194 0.027 0.012 0.050 0.034 0.146 0.006 0.009 0.006 0.025 0.036 0.020 0.066 0.074 0.054 0.033 0.023 0.046 0.077 0.117 0.130 0.069 0.040 0.014 0.372 0.072 0.004 0.375 0.021 0.080 0.313 0.081 0.047 0.009 0.012 0.020 0.056 0.280 0.126 0.270 0.109 0.071 0.010 0.004 482 chr11 33911452 33921026 + 0 NA Intergenic Intergenic -2403 NM_005574 4005 Hs.34560 NM_005574 ENSG00000135363 LMO2 RBTN2|RBTNL1|RHOM2|TTG2 LIM domain only 2 protein-coding 1.542 2.769 nan 1.489 0.053 4.275 2.096 0.144 0.020 2.738 0.340 0.083 0.066 0.032 1.884 0.536 0.625 2.954 0.222 0.026 0.126 0.011 0.121 0.316 0.110 0.082 5.196 0.031 0.112 0.120 0.078 0.449 0.012 0.056 0.048 0.025 0.021 0.375 0.025 0.245 0.290 0.058 0.091 0.054 0.593 0.721 0.252 0.393 1.756 1.829 0.416 0.185 0.343 0.261 2.387 3.308 2.153 2.390 1.453 1.126 1.293 1.965 1.986 1.382 0.983 nan 3.055 1.672 7.033 0.029 0.019 1.454 0.041 2.798 0.029 0.137 0.034 0.079 0.354 0.366 1.799 0.171 0.046 0.065 0.025 0.083 0.128 0.182 0.403 0.038 0.082 0.091 2.738 0.051 0.029 0.625 0.077 0.079 1.980 0.058 0.275 0.035 0.009 0.038 0.060 0.060 0.972 0.506 0.056 0.029 0.024 0.016 2620 chr8 145039183 145052052 + 0 NA intron (NM_000445, intron 2 of 32) intron (NM_000445, intron 2 of 32) 2080 NM_201378 5339 Hs.434248 NM_000445 ENSG00000178209 PLEC EBS1|EBSMD|EBSND|EBSO|EBSOG|EBSPA|HD1|LGMD2Q|PCN|PLEC1|PLEC1b|PLTN plectin protein-coding 1.988 1.002 nan 1.418 4.027 1.255 0.632 3.402 0.216 0.945 0.746 0.113 0.560 1.864 0.907 0.218 0.114 1.340 0.921 0.757 0.452 1.787 0.779 0.759 3.547 2.065 1.068 3.466 1.168 0.623 0.869 0.081 5.773 0.819 0.661 8.289 0.568 1.355 1.210 1.171 0.517 2.650 2.024 0.907 1.854 0.777 0.999 1.536 1.251 1.665 nan 2.668 nan 0.455 1.400 1.478 0.744 1.198 0.933 1.426 0.749 0.713 0.821 1.300 0.430 0.375 0.795 1.507 0.969 0.498 0.854 1.644 1.768 1.061 0.725 1.468 0.453 1.354 1.153 0.948 0.564 0.044 0.117 1.811 1.208 0.894 0.191 0.580 0.373 1.709 2.526 3.076 0.920 0.973 0.945 1.830 0.851 1.340 0.447 1.975 0.258 2.416 1.017 0.479 1.118 0.264 0.424 0.188 0.339 0.325 0.817 0.426 0.470 0.218 949 chr15 63378887 63407203 + 0 NA Intergenic Charlie1a|DNA|hAT-Charlie -20954 NM_032857 114294 Hs.410388 NM_032857 ENSG00000103642 LACTB G24|MRPL56 lactamase beta protein-coding 0.973 0.807 nan 0.100 0.305 0.257 0.158 0.928 0.162 0.200 0.619 0.308 0.082 0.161 1.732 0.082 0.169 0.130 0.196 0.162 0.919 0.084 0.643 0.283 0.367 0.126 0.687 0.627 0.412 0.121 0.096 0.069 0.301 0.525 0.210 2.175 0.942 2.436 0.272 0.246 0.157 0.184 0.178 0.403 0.173 0.338 0.230 0.188 0.474 0.706 0.221 0.260 nan 0.168 0.196 0.204 0.315 0.587 0.315 0.387 0.974 0.845 0.228 0.302 0.173 0.308 0.371 1.077 0.402 0.340 0.904 0.277 0.051 2.330 0.074 0.161 0.059 1.977 1.281 0.232 0.097 0.037 0.101 0.559 0.141 0.119 0.086 0.069 0.060 5.771 1.929 0.315 0.017 0.210 0.200 0.393 0.078 0.130 0.100 0.126 0.329 0.086 0.298 1.793 0.039 0.419 2.298 0.053 0.080 0.202 0.456 0.196 1.070 1.003 499 chr11 46400825 46405563 + 0 NA promoter-TSS (NM_002391) promoter-TSS (NM_002391) -11 NM_002391 4192 Hs.82045 NM_002391 ENSG00000110492 MDK ARAP|MK|NEGF2 midkine (neurite growth-promoting factor 2) protein-coding nan 4.445 9.320 5.701 0.580 8.716 4.151 3.709 0.419 3.028 0.975 0.309 0.478 1.669 0.252 0.462 0.297 5.129 0.851 2.521 1.124 2.125 1.020 0.499 9.044 6.402 5.041 11.656 1.084 1.309 4.821 0.139 3.482 0.399 0.404 0.329 0.761 1.789 1.134 0.691 0.456 9.209 3.167 2.324 1.748 0.658 7.234 11.212 7.513 8.593 7.153 5.010 1.824 0.418 6.122 5.974 0.596 1.107 3.937 6.435 2.003 2.337 4.555 8.313 1.890 1.790 1.969 nan 1.045 0.517 6.277 2.177 0.926 1.204 0.818 3.262 0.233 1.028 0.950 1.264 0.966 0.644 3.172 1.213 1.621 1.216 2.444 2.110 1.482 0.378 3.038 4.128 0.424 0.338 3.028 2.384 2.184 5.129 0.358 0.053 1.393 3.425 1.995 0.486 0.345 0.482 1.055 1.152 3.050 0.828 0.589 0.259 0.049 0.011 1047 chr16 31137368 31160255 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1728 NM_002773 5652 Hs.75799 NM_002773 ENSG00000052344 PRSS8 CAP1|PROSTASIN protease, serine 8 protein-coding 0.948 1.417 1.845 1.034 3.752 0.530 0.286 0.995 1.247 0.432 0.278 0.147 0.695 1.507 0.224 0.144 0.072 0.472 0.534 1.270 0.211 1.644 0.643 0.382 5.825 2.402 4.756 1.730 0.543 0.360 0.184 0.071 0.886 0.144 0.291 1.684 0.313 0.604 0.812 1.949 0.579 2.137 1.521 0.673 2.333 0.416 0.485 0.737 0.697 1.326 0.603 0.678 1.555 0.547 0.383 0.498 0.634 0.880 2.064 2.464 0.624 0.450 0.519 0.682 0.388 0.363 0.339 0.768 0.869 0.526 0.408 0.868 0.886 0.343 0.268 0.183 0.115 0.515 0.405 0.358 0.478 0.083 0.156 0.692 0.625 0.300 1.450 0.160 0.090 0.298 0.726 0.570 0.457 3.202 0.432 2.656 0.323 0.472 0.642 2.429 0.246 0.722 0.308 0.619 0.574 0.322 0.263 0.138 0.155 0.114 0.183 0.760 0.171 0.098 2138 chr5 51323074 51344310 + 0 NA Intergenic Intergenic -654526 NR_046243 642366 Hs.544139 NR_046243 LOC642366 - uncharacterized LOC642366 ncRNA nan nan 0.760 1.473 0.063 5.632 2.933 0.066 0.006 5.926 0.094 0.053 0.055 0.012 1.968 1.510 2.871 0.132 0.060 0.029 0.074 0.025 0.120 0.062 0.071 0.100 2.524 0.028 0.297 0.086 0.123 0.117 0.042 0.070 0.008 0.058 0.096 0.021 0.053 0.110 0.086 0.074 0.078 0.172 0.091 0.291 0.282 6.049 7.783 nan 1.696 0.076 0.065 0.615 0.745 0.755 0.943 nan 0.230 0.066 0.060 1.985 2.199 0.231 0.392 4.354 1.534 6.844 0.010 0.030 0.033 3.136 0.013 0.003 0.003 0.007 0.033 0.714 0.205 0.039 0.006 0.007 0.011 0.033 0.113 0.056 0.012 0.023 0.011 0.022 5.926 0.031 0.026 2.871 0.034 0.016 0.005 0.008 0.036 0.019 0.006 0.018 0.040 0.232 0.042 0.053 0.004 0.026 0.014 0.014 1055 chr16 51583292 51593416 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -208076 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.229 0.103 0.376 0.142 0.329 0.019 1.623 0.059 0.095 0.032 0.125 0.077 0.064 0.376 0.160 0.193 0.012 0.048 0.011 0.394 0.618 0.112 0.056 0.245 0.072 0.110 0.075 0.061 0.659 0.116 0.450 0.028 0.008 0.027 0.101 0.022 0.032 0.549 0.209 0.083 0.028 0.215 0.342 0.279 0.407 0.573 0.436 0.377 0.073 0.047 0.183 0.256 0.063 nan nan nan nan 0.102 0.080 0.148 0.306 0.626 0.317 nan nan 0.556 0.033 0.146 0.009 0.617 0.079 0.050 0.014 0.280 0.085 0.014 1.514 0.057 0.023 0.762 0.018 0.039 0.060 0.046 0.072 0.100 1.457 0.036 4.296 1.430 1.623 0.042 0.018 0.376 0.255 0.154 0.011 0.372 0.343 0.013 0.009 0.243 0.056 0.102 0.019 0.074 0.196 0.074 0.028 0.015 2447 chr7 56126666 56133628 + 0 NA intron (NM_001762, intron 12 of 13) intron (NM_001762, intron 12 of 13) -1770 NM_001146333 25870 Hs.279696 NM_015411 ENSG00000129103 SUMF2 pFGE sulfatase modifying factor 2 protein-coding nan 2.161 2.846 1.737 3.839 1.681 1.050 1.813 1.157 1.568 1.452 0.932 0.407 1.580 1.678 1.459 0.934 2.040 1.368 1.439 0.833 2.809 0.955 2.089 2.768 2.557 10.778 4.222 0.400 2.020 2.927 0.295 1.976 1.120 2.168 3.895 0.588 2.996 1.845 0.958 0.637 3.644 3.959 2.584 4.661 1.402 2.277 3.534 2.678 4.373 3.370 3.116 2.890 0.796 2.696 3.211 2.394 3.123 5.031 5.911 2.459 2.951 1.230 2.829 2.046 2.047 1.763 3.099 1.926 0.758 1.582 2.234 1.416 3.657 1.137 1.146 1.252 1.701 1.780 1.256 0.811 0.480 1.372 2.869 1.660 0.864 2.092 0.948 0.618 3.191 1.880 3.297 1.052 1.344 1.568 1.088 4.358 2.040 1.503 0.734 0.463 2.588 1.649 2.440 1.926 4.290 1.519 1.182 1.081 1.246 2.624 2.116 6.026 5.952 1276 chr17 78799236 78814996 + 0 NA intron (NM_001163034, intron 9 of 29) intron (NM_001163034, intron 9 of 29) -27684 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 2.670 1.734 2.920 1.098 0.399 1.172 0.484 1.675 0.020 3.987 0.930 0.256 1.237 1.257 0.508 1.171 0.508 1.595 1.528 0.310 0.424 0.586 0.388 1.408 1.129 0.339 0.325 4.007 1.521 0.427 0.089 0.126 0.914 1.462 0.217 2.335 0.480 0.938 0.617 1.208 0.327 1.405 1.399 1.300 0.178 0.542 1.715 1.798 1.219 1.781 3.374 2.399 2.872 0.892 0.977 1.048 nan 4.670 2.628 4.137 2.976 2.891 0.966 1.370 1.821 2.623 1.848 2.286 nan 1.262 0.704 2.336 0.054 1.269 0.323 1.805 0.044 1.489 1.470 0.067 1.201 0.241 0.663 6.034 0.593 0.258 0.443 0.313 0.277 2.356 0.752 1.643 0.271 1.437 3.987 1.610 1.321 1.595 0.361 0.495 0.985 0.644 4.872 1.325 0.631 0.817 0.799 0.547 0.572 0.801 1.649 0.371 0.453 0.354 141 chr1 72741796 72757716 + 0 NA Intergenic Intergenic -1479 NM_173808 257194 Hs.146542 NM_173808 ENSG00000172260 NEGR1 DMML2433|IGLON4|KILON|Ntra neuronal growth regulator 1 protein-coding nan 0.953 1.139 1.124 2.855 1.391 0.756 0.996 0.027 1.128 0.459 0.152 0.119 0.323 3.812 1.104 0.807 2.361 0.862 0.288 0.661 0.556 0.682 0.775 0.144 0.193 0.124 4.599 0.359 0.208 0.368 0.111 1.654 0.268 0.392 1.436 0.206 1.065 0.099 0.653 0.015 0.166 0.423 1.028 0.533 0.229 1.307 1.887 0.641 1.112 5.872 nan 5.447 1.866 2.488 2.536 4.153 nan 2.225 3.504 1.693 2.302 0.234 0.785 0.956 0.459 1.313 2.023 1.816 1.081 2.948 0.598 0.037 1.454 0.698 1.195 0.272 0.135 0.077 0.587 0.479 0.287 0.709 1.131 0.690 0.352 0.029 0.187 0.145 1.478 0.128 1.123 0.257 0.028 1.128 0.287 0.052 2.361 0.123 0.072 0.062 0.358 0.490 2.624 0.068 0.222 1.311 0.087 0.379 0.574 0.446 1.047 2.362 1.986 909 chr14 103521962 103543003 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -8740 NM_006035 9578 Hs.654634 NM_006035 ENSG00000198752 CDC42BPB MRCKB CDC42 binding protein kinase beta protein-coding 1.773 0.899 1.492 0.466 3.736 0.563 0.225 1.007 0.510 0.910 0.644 0.322 0.359 0.668 0.914 0.252 0.249 1.159 0.228 0.943 0.171 1.649 0.619 4.468 2.972 1.487 1.491 1.406 1.085 0.325 0.835 0.132 2.219 0.246 0.903 1.919 0.284 0.851 1.370 1.443 0.317 1.655 2.287 0.899 3.566 0.372 0.410 0.525 0.614 1.004 1.969 1.992 1.691 0.452 0.519 0.519 0.594 0.977 0.726 1.317 1.338 1.058 0.484 0.744 0.419 0.413 0.481 0.795 0.873 0.583 0.284 1.289 0.894 0.316 0.180 0.728 0.296 3.194 2.878 0.427 2.590 0.078 0.113 0.579 0.916 0.508 1.819 0.368 0.247 0.656 4.042 2.007 2.018 6.232 0.910 0.769 0.833 1.159 1.163 3.175 0.198 0.991 0.333 1.055 0.237 1.310 0.163 0.164 0.118 0.222 0.798 0.684 0.212 0.114 2618 chr8 144342347 144374838 + 0 NA exon (NM_138465, exon 4 of 4) exon (NM_138465, exon 4 of 4) 5278 NR_120682 100507316 Hs.446671 NR_120682 ENSG00000253716 MINCR LINC01604 MYC-induced long noncoding RNA ncRNA 2.034 1.198 nan 1.365 1.044 1.285 0.711 2.010 0.462 1.314 0.535 0.138 0.729 1.499 0.910 0.318 0.198 1.810 1.155 0.957 0.282 1.009 0.645 0.568 4.478 3.757 1.040 3.971 0.817 0.903 0.884 0.071 3.950 0.458 0.454 3.811 0.532 1.588 2.156 0.569 0.532 2.345 2.356 0.659 1.344 0.852 1.820 1.743 1.368 2.108 nan 2.692 nan 0.639 1.800 1.901 0.936 1.511 0.884 1.009 1.171 1.158 1.433 2.255 0.916 0.969 0.971 1.403 1.248 0.760 0.880 1.161 0.492 0.795 0.741 1.647 0.953 0.704 0.514 1.020 0.509 0.114 0.257 1.394 1.263 0.634 0.450 0.616 0.466 0.758 1.882 2.766 1.099 0.858 1.314 2.422 0.738 1.810 0.381 1.457 0.379 3.394 2.428 0.200 0.280 0.502 0.247 0.286 0.599 0.410 0.334 0.242 0.456 0.308 1124 chr17 7587022 7593658 + 0 NA promoter-TSS (NM_001143991) promoter-TSS (NM_001143991) -418 NM_001143991 55135 Hs.408312 NM_018081 ENSG00000141499 WRAP53 DKCB3|TCAB1|WDR79 WD repeat containing antisense to TP53 protein-coding 6.587 3.574 3.872 4.696 2.669 10.117 4.710 3.493 2.810 6.553 2.171 0.169 1.712 4.179 3.563 2.536 1.119 6.905 2.954 2.563 1.455 3.140 1.158 2.698 6.453 4.661 5.103 12.900 3.155 3.559 14.652 0.575 6.236 1.810 2.596 3.482 1.120 5.939 3.344 1.744 1.181 4.020 3.203 3.647 3.454 4.111 15.388 15.202 9.771 12.589 15.030 13.149 10.447 7.664 11.470 11.813 5.185 6.909 10.791 14.448 5.957 8.342 10.095 12.461 6.291 5.860 11.195 13.159 2.918 1.546 7.967 2.768 1.408 2.242 2.525 4.910 2.547 1.462 1.621 1.091 4.327 0.789 4.391 8.158 3.096 1.539 4.307 1.480 1.472 3.570 5.919 4.582 1.748 2.475 6.553 5.863 7.592 6.905 2.106 2.499 2.707 6.028 4.271 2.197 3.105 4.841 2.807 2.288 3.500 3.566 2.468 1.268 4.001 3.273 1230 chr17 56060511 56086739 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -8000 NM_001330393 7716 Hs.463569 NM_007146 ENSG00000136451 VEZF1 DB1|ZNF161 vascular endothelial zinc finger 1 protein-coding 3.611 3.408 3.941 3.689 1.891 4.851 2.558 3.257 1.838 2.235 2.303 0.235 1.140 2.939 1.579 2.480 1.156 3.835 1.806 1.672 0.529 2.376 1.040 2.281 8.174 5.359 2.336 7.037 1.155 1.933 2.134 0.142 2.947 2.087 1.491 2.581 0.541 2.427 1.669 1.839 0.755 2.755 3.865 2.048 1.647 1.759 4.254 4.443 3.093 4.303 6.128 5.953 4.599 2.293 nan 7.686 3.072 3.755 nan nan 6.402 5.864 2.448 4.717 4.696 5.698 5.057 6.301 2.335 1.149 1.438 2.582 0.845 1.648 1.037 2.756 1.233 1.675 2.129 1.203 2.053 1.578 2.273 3.964 1.768 0.743 1.425 0.852 0.657 3.136 3.005 3.891 1.506 1.356 2.235 2.794 1.780 3.835 1.092 1.128 1.123 2.787 1.770 2.073 0.976 2.282 0.876 1.417 1.731 2.587 1.469 1.147 2.516 2.067 75 chr1 33218528 33236036 + 0 NA intron (NM_020888, intron 1 of 6) MIRc|SINE|MIR -3953 NM_001198973 57648 Hs.591502 NM_020888 ENSG00000162522 KIAA1522 - KIAA1522 protein-coding 1.951 nan 1.955 0.709 5.674 0.540 0.320 1.543 3.344 0.390 0.377 0.110 1.370 3.337 3.034 0.176 0.215 1.709 1.537 2.261 1.089 2.369 1.390 0.778 8.965 4.869 3.454 3.026 2.232 0.183 1.939 0.141 3.932 0.128 0.664 0.724 0.144 0.343 1.859 2.121 0.866 3.205 3.294 1.084 4.283 0.669 1.164 1.414 1.047 1.645 1.322 1.453 nan 0.248 0.833 0.856 1.557 2.009 0.891 1.295 nan 0.734 0.579 0.977 0.161 0.184 0.617 1.184 0.627 nan 0.552 2.851 2.915 1.356 0.102 0.233 0.055 1.730 1.595 0.337 0.204 0.038 1.065 2.389 0.522 0.324 1.955 0.186 0.154 0.273 2.055 0.517 1.268 2.367 0.390 3.333 0.824 1.709 1.725 2.931 0.726 0.641 0.156 1.964 3.091 1.808 2.444 0.111 0.339 0.178 1.077 2.663 0.099 0.067 2588 chr8 103657981 103675655 + 0 NA promoter-TSS (NR_103760) promoter-TSS (NR_103760) -626 NM_001032282 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 4.281 nan nan 3.447 1.367 3.339 1.844 3.679 1.374 1.860 1.935 0.201 0.774 2.336 1.528 0.692 0.505 2.668 1.139 1.341 0.315 2.630 0.923 1.922 2.901 1.880 2.168 10.225 1.551 0.751 2.144 0.102 2.710 1.349 1.076 3.740 0.569 1.777 2.431 1.050 1.078 3.733 3.731 1.578 1.838 1.240 1.416 2.339 2.035 2.675 7.375 5.811 nan 1.384 4.574 4.293 1.481 nan 6.961 nan nan 3.275 1.422 2.947 2.285 1.818 2.139 nan 1.776 1.004 2.853 2.062 1.355 1.375 1.008 2.605 0.775 1.392 1.559 1.185 1.562 0.913 1.719 1.899 2.729 1.208 2.174 0.957 0.618 2.253 2.919 3.763 0.887 1.579 1.860 3.104 1.860 2.668 0.478 1.541 0.318 2.662 3.254 1.063 1.553 0.586 0.528 0.718 1.550 0.825 1.385 0.400 1.049 0.577 1917 chr3 71347623 71360206 + 0 NA promoter-TSS (NM_001244812) promoter-TSS (NM_001244812) -3 NM_001244812 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 1.669 0.756 1.901 0.294 0.338 0.649 0.448 0.192 0.010 0.264 0.077 0.039 0.010 0.137 0.043 0.474 0.204 0.983 0.147 0.093 0.030 0.043 0.034 0.132 0.471 0.090 0.102 0.500 0.060 0.211 0.060 0.075 0.235 0.167 0.037 0.088 0.050 0.121 0.123 0.009 0.058 0.454 0.207 0.157 0.084 0.067 1.274 0.940 3.845 nan 0.784 0.876 0.805 0.451 1.314 1.282 0.087 0.154 0.953 1.453 11.655 10.938 0.362 0.855 0.273 0.277 0.283 nan 0.677 0.449 0.036 0.073 0.038 0.125 0.055 0.213 0.033 0.168 0.052 0.031 0.068 1.313 0.089 0.044 0.025 0.024 0.662 1.163 0.159 0.065 0.011 0.031 0.119 0.264 0.040 0.144 0.983 0.019 0.065 0.285 0.039 0.113 0.016 0.010 0.095 0.035 0.304 0.226 0.255 0.055 0.069 0.009 0.012 1163 chr17 35832517 35856452 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -5467 NM_007026 11072 Hs.91448 NM_007026 ENSG00000276023 DUSP14 MKP-L|MKP6 dual specificity phosphatase 14 protein-coding nan 1.641 1.064 0.283 3.884 1.187 0.629 1.602 0.952 0.901 1.319 0.215 0.516 2.096 2.121 0.650 0.358 0.760 0.846 0.961 0.709 1.565 1.512 0.681 1.076 0.705 1.109 1.365 0.876 2.513 0.431 0.082 2.183 0.772 0.623 1.327 0.187 0.999 1.998 1.743 1.053 1.714 2.942 0.442 1.595 0.534 1.792 2.263 1.278 3.170 nan 1.126 1.782 0.586 1.392 1.336 1.132 1.546 1.195 2.115 nan 3.092 0.740 1.540 0.905 0.837 1.064 2.359 0.893 0.636 0.480 1.592 1.227 0.595 0.126 1.228 0.324 0.865 0.809 0.701 1.978 0.288 1.014 2.090 0.764 0.394 1.218 0.528 0.542 1.047 1.463 0.691 0.676 0.617 0.901 4.963 1.521 0.760 0.628 2.478 0.309 1.423 0.551 1.821 0.629 0.962 1.479 1.111 0.898 0.453 0.600 7.032 1.461 0.811 450 chr11 6338625 6355774 + 0 NA Intergenic Intergenic -5459 NM_145040 112464 Hs.434044 NM_145040 ENSG00000170955 PRKCDBP CAVIN3|HSRBC|SRBC|cavin-3 protein kinase C delta binding protein protein-coding 0.503 1.373 0.641 0.433 1.523 0.239 0.140 1.216 0.105 0.164 1.224 0.235 0.765 1.196 0.045 0.728 0.418 0.800 0.160 0.125 0.570 1.312 0.668 1.534 0.159 0.104 0.083 0.397 0.774 0.075 0.011 0.085 0.530 0.441 0.208 1.629 0.780 2.811 0.409 0.936 0.019 1.991 0.154 0.924 0.094 0.753 0.545 0.248 0.226 0.457 0.291 0.425 6.715 2.315 0.315 0.327 0.163 0.284 1.290 1.413 0.407 0.241 0.204 0.297 1.910 1.802 0.104 0.190 1.722 0.933 0.082 2.298 0.200 0.633 0.180 0.180 0.018 1.617 2.168 0.039 0.321 0.348 0.028 4.722 0.441 0.210 0.442 0.041 0.043 5.138 0.396 0.075 1.170 0.620 0.164 1.314 2.316 0.800 0.292 0.126 0.057 0.379 0.086 2.637 1.333 2.162 0.766 0.047 0.045 0.048 3.068 0.072 0.903 0.697 1702 chr20 649925 658457 + 0 NA intron (NM_033129, intron 1 of 1) intron (NM_033129, intron 1 of 1) 2632 NM_033129 85508 Hs.355284 NM_033129 ENSG00000215397 SCRT2 ZNF898B scratch family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.994 2.182 0.494 0.297 0.095 0.731 0.247 0.109 0.001 1.618 0.088 0.033 0.012 0.029 1.103 0.601 0.070 2.489 0.084 0.015 0.032 0.013 0.069 0.233 0.104 0.057 2.393 0.050 0.088 0.059 0.085 0.028 0.045 0.098 0.009 0.048 0.241 0.132 0.180 0.230 0.065 0.079 0.147 10.622 12.765 0.164 0.157 0.641 0.509 0.700 0.200 0.224 0.167 3.126 3.540 0.285 0.302 5.359 5.991 3.409 5.421 0.161 0.192 2.629 2.437 0.231 0.192 0.962 0.008 0.022 0.054 0.047 0.094 0.114 0.034 0.043 0.199 0.033 0.046 0.147 0.035 0.055 0.018 0.032 0.014 0.175 0.851 0.049 0.019 0.101 1.618 0.097 0.032 0.070 0.043 0.071 2.120 0.130 0.155 0.040 0.005 0.055 0.027 2.530 0.201 0.018 0.055 0.034 1405 chr19 14132303 14144148 + 0 NA promoter-TSS (NM_001311197) promoter-TSS (NM_001311197) -735 NM_001311197 117579 Hs.352155 NM_080864 ENSG00000171136 RLN3 H3|RXN3|ZINS4|insl7 relaxin 3 protein-coding 1.337 1.216 1.180 0.458 0.427 0.473 0.207 0.440 0.016 0.326 0.196 0.163 1.073 1.496 0.470 0.239 0.150 0.435 0.417 0.417 0.209 3.328 1.342 0.601 nan 0.822 0.976 0.645 0.468 0.451 0.980 0.094 0.760 0.446 0.169 2.954 0.464 0.993 0.849 1.667 0.409 0.532 0.743 0.491 1.332 0.254 0.440 0.759 0.698 1.242 0.752 0.840 1.968 0.645 0.663 0.817 0.516 0.863 0.858 1.479 0.995 0.644 0.534 0.520 0.831 0.583 0.777 1.338 0.825 0.727 0.280 2.368 0.485 0.652 0.175 0.105 0.339 3.981 4.130 0.509 0.605 0.096 0.087 0.670 0.815 0.349 0.750 0.118 0.134 1.164 1.105 1.158 0.414 0.915 0.326 2.092 0.515 0.435 0.260 0.846 0.197 1.575 0.241 1.505 0.167 1.448 0.289 0.223 0.176 0.340 0.567 0.812 0.170 0.038 1713 chr20 20410750 20490662 + 0 NA intron (NM_020343, intron 37 of 39) intron (NM_020343, intron 37 of 39) 101941 NM_002196 3642 Hs.89584 NM_002196 ENSG00000173404 INSM1 IA-1|IA1 INSM transcriptional repressor 1 protein-coding 1.967 1.713 nan 0.494 0.043 3.273 1.678 0.117 0.012 1.218 0.174 0.110 0.012 0.048 0.018 0.908 0.567 1.243 3.790 0.220 0.015 0.071 0.034 0.067 0.105 0.105 0.139 0.766 0.079 0.070 0.037 0.086 0.231 0.012 0.045 0.100 0.093 0.216 0.243 0.085 0.021 0.193 0.168 0.052 0.127 0.046 1.423 1.775 0.614 0.617 0.921 1.017 3.778 1.278 0.308 0.320 3.149 4.293 1.548 1.462 3.920 3.435 0.950 1.535 3.789 4.690 0.641 1.419 1.815 0.924 0.361 0.115 0.011 0.058 0.327 0.729 0.031 0.083 0.033 0.021 0.102 1.705 0.686 0.066 0.023 0.014 0.036 0.038 0.044 0.216 0.120 0.048 0.027 0.047 1.218 0.034 0.036 1.243 0.074 0.098 1.530 0.035 1.155 0.059 0.016 0.085 0.061 0.029 0.947 0.492 0.052 0.061 0.022 0.012 1060 chr16 52572332 52614581 + 0 NA intron (NR_033920, intron 3 of 3) intron (NR_033920, intron 3 of 3) -11742 NM_001146188 27324 Hs.132574 NM_001080430 ENSG00000103460 TOX3 CAGF9|TNRC9 TOX high mobility group box family member 3 protein-coding nan nan nan 3.836 0.585 2.073 0.960 0.091 0.010 1.846 0.076 0.077 0.004 0.023 0.028 0.160 0.112 3.377 0.336 1.641 0.009 0.235 0.010 0.623 1.943 0.367 0.658 4.377 0.357 1.967 0.036 0.084 0.187 0.011 0.054 0.059 0.009 0.045 0.156 1.054 0.014 0.158 0.144 0.078 0.050 0.158 0.480 0.413 0.217 0.229 3.809 3.471 2.900 0.632 3.040 3.047 1.115 nan 8.466 nan nan 0.468 0.198 0.290 0.662 0.558 0.412 nan nan 0.655 1.604 0.042 0.009 0.033 2.934 1.793 0.007 0.038 0.020 0.005 0.077 0.097 0.294 0.082 0.029 0.028 1.198 0.211 0.264 0.113 1.114 0.029 1.727 3.262 1.846 0.035 0.037 3.377 0.339 0.232 0.189 0.036 1.054 0.013 0.016 0.110 0.048 1.345 0.061 0.094 0.009 0.168 0.010 0.007 2420 chr7 17502815 17606051 + 0 NA intron (NR_110013, intron 1 of 3) L1MC|LINE|L1 44100 NR_110013 101927630 Hs.583400 NR_110013 ENSG00000236039 LOC101927630 - uncharacterized LOC101927630 ncRNA nan 1.065 nan 0.106 0.307 0.223 0.121 0.223 0.056 0.195 0.633 0.120 0.156 0.198 1.419 0.122 0.152 0.049 0.191 0.581 0.054 0.454 0.179 0.222 6.412 2.044 3.266 0.698 0.235 0.113 0.061 0.150 0.404 0.283 0.086 0.754 0.090 0.170 0.376 0.584 0.216 0.995 0.242 0.168 0.268 0.347 nan 0.235 0.226 0.459 0.314 0.376 0.486 0.188 0.230 0.240 0.176 0.330 0.480 0.493 0.231 0.093 0.087 0.161 0.106 0.178 0.239 0.409 0.468 0.484 0.044 0.148 0.100 0.273 0.107 0.087 0.012 0.884 0.483 0.046 0.326 0.025 0.029 0.140 0.046 0.038 0.375 0.040 0.055 0.195 0.262 0.046 0.376 1.180 0.195 0.103 0.153 0.049 0.613 0.313 0.005 0.220 0.242 0.104 0.042 0.241 0.147 0.039 0.029 0.044 0.097 0.151 0.040 0.039 2104 chr5 2794218 2803155 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 46441 NR_122125 153571 Hs.148486 NM_178569 ENSG00000186493 C5orf38 CEI|IRX2NB chromosome 5 open reading frame 38 protein-coding 0.420 0.804 0.852 0.158 0.081 1.739 0.884 0.068 0.026 0.338 0.172 0.127 0.043 0.147 0.043 0.080 0.145 6.146 0.329 0.229 0.014 0.449 0.072 0.153 0.400 0.208 0.264 0.649 0.016 0.098 0.018 0.115 0.193 0.027 0.035 0.197 0.009 0.085 0.358 0.228 0.018 0.202 0.097 0.031 0.108 0.152 0.321 0.209 0.222 nan 5.778 7.305 0.111 0.095 0.082 0.030 0.202 0.287 nan 0.168 nan 2.185 0.181 0.229 0.076 0.124 0.125 0.163 0.219 nan 0.742 0.112 0.043 0.093 0.582 0.478 0.016 0.008 0.326 0.398 0.072 0.021 0.035 0.034 0.034 0.054 0.210 0.018 0.008 0.017 0.111 0.338 0.127 0.031 6.146 0.027 0.166 0.229 0.006 0.034 0.121 0.014 0.053 0.006 0.025 0.089 0.009 0.106 0.019 0.017 2126 chr5 43120139 43123266 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330714) promoter-TSS (NM_001330714) 4 NM_001330713 7690 Hs.535804 NM_003432 ENSG00000172262 ZNF131 ZBTB35|pHZ-10 zinc finger protein 131 protein-coding 5.927 5.706 10.392 14.645 5.050 4.935 2.863 5.099 2.419 5.771 7.195 1.282 3.956 12.499 5.007 5.432 2.978 6.437 2.604 4.952 1.230 9.276 2.703 3.788 16.533 12.789 9.792 15.419 2.386 6.656 6.359 0.108 11.614 2.672 3.479 4.361 2.248 13.042 9.856 2.975 2.573 8.397 10.579 6.286 7.893 3.131 7.892 7.690 6.817 9.293 11.600 8.328 10.578 5.721 16.420 17.262 8.777 10.330 11.211 15.917 11.693 12.849 6.206 10.203 7.945 6.482 5.619 5.712 5.672 2.913 3.063 6.064 3.950 4.289 3.208 9.155 5.643 5.415 6.771 3.624 5.598 0.917 2.525 5.503 7.624 4.091 3.950 4.492 3.034 2.683 5.987 7.937 6.521 5.247 5.771 21.382 6.798 6.437 3.740 4.820 3.223 14.879 6.126 3.544 1.731 6.728 2.102 4.556 3.808 2.824 2.369 1.024 4.463 3.194 900 chr14 96667668 96693622 + 0 NA intron (NM_000623, intron 1 of 2) intron (NM_000623, intron 1 of 2) 9510 NM_000623 624 Hs.654542 NM_000623 ENSG00000168398 BDKRB2 B2R|BK-2|BK2|BKR2|BRB2 bradykinin receptor B2 protein-coding 1.934 0.952 nan 0.550 0.167 0.445 0.242 0.236 0.046 0.389 0.801 0.150 0.015 0.049 0.030 0.298 0.102 0.349 0.167 0.115 0.057 0.098 0.245 0.618 2.103 0.869 0.651 1.445 0.057 0.109 0.063 0.080 1.323 0.132 0.079 0.089 0.259 0.546 1.059 0.573 0.229 1.484 0.365 0.043 0.397 0.080 0.247 0.254 0.167 0.358 1.087 0.926 0.926 0.318 0.769 0.773 0.407 0.709 1.141 1.322 3.631 4.583 0.338 0.408 0.976 1.181 0.131 0.279 nan 0.664 0.178 0.123 0.022 0.097 0.234 0.354 0.027 0.612 0.343 0.026 0.060 0.158 0.100 0.057 0.098 0.081 0.104 0.042 0.032 0.272 0.912 0.088 0.559 0.868 0.389 0.030 0.032 0.349 0.528 3.412 0.223 0.076 1.005 0.089 0.014 0.258 0.167 0.058 0.108 0.038 0.560 0.091 0.009 0.010 318 chr1 228317152 228321245 + 0 NA Intergenic MSTC|LTR|ERVL-MaLR -8587 NM_001242839 2987 Hs.376933 NM_000858 ENSG00000143774 GUK1 GMK guanylate kinase 1 protein-coding 0.902 nan 1.584 0.379 1.329 0.504 0.422 0.172 7.694 0.344 0.153 0.314 0.416 0.853 0.149 0.232 0.363 0.234 0.307 1.401 0.121 0.932 0.639 0.125 1.186 0.471 2.328 1.371 0.250 0.157 0.262 0.091 0.571 0.029 0.101 0.122 0.041 0.134 1.675 0.773 0.247 0.990 1.130 0.368 2.034 0.506 0.530 0.695 2.136 5.571 1.244 nan 0.985 0.240 0.633 0.758 0.350 0.547 0.882 0.769 0.917 0.359 0.324 0.391 0.210 0.292 0.509 1.195 1.290 0.601 0.193 0.618 0.491 0.159 0.073 0.171 0.068 0.182 0.036 0.072 0.200 0.024 0.072 0.225 0.132 0.038 0.642 0.133 0.237 0.138 0.410 0.297 0.901 0.607 0.344 1.623 0.091 0.234 0.924 0.937 0.097 0.528 0.266 0.017 0.051 0.116 0.108 0.117 0.050 0.210 0.038 0.780 0.070 0.038 1729 chr20 30790840 30797504 + 0 NA intron (NM_002657, intron 1 of 2) intron (NM_002657, intron 1 of 2) 1374 NM_002657 5326 Hs.154104 NM_002657 ENSG00000126003 PLAGL2 ZNF900 PLAG1 like zinc finger 2 protein-coding 3.995 3.275 3.025 3.675 4.010 4.260 2.311 2.498 1.546 1.465 2.340 0.225 0.992 2.678 2.022 2.143 1.217 4.353 2.369 2.935 0.892 1.698 0.698 1.414 nan 3.514 6.845 5.995 0.742 8.538 2.752 0.139 3.910 0.900 1.373 2.200 0.877 2.341 3.920 1.405 1.719 6.703 10.527 2.737 2.537 1.271 6.771 6.748 4.064 6.038 4.114 nan 7.593 3.879 5.594 6.067 3.893 5.043 6.500 9.108 5.440 5.922 4.057 7.316 2.910 3.365 4.509 6.522 2.231 1.148 1.948 1.370 1.666 1.857 1.645 2.616 1.968 1.779 1.495 1.965 2.755 0.626 1.117 2.917 2.440 1.432 1.752 2.125 2.585 2.087 3.031 3.121 1.410 2.273 1.465 3.879 3.299 4.353 1.781 2.468 0.622 3.255 1.518 2.069 0.637 1.781 0.856 5.630 1.217 1.674 1.893 0.382 1.037 0.696 2526 chr8 37653787 37662876 + 0 NA intron (NM_032777, intron 1 of 18) intron (NM_032777, intron 1 of 18) 3930 NM_032777 25960 Hs.274136 NM_032777 ENSG00000020181 ADGRA2 GPR124|TEM5 adhesion G protein-coupled receptor A2 protein-coding 1.290 0.942 nan 0.889 0.564 0.519 0.141 0.334 0.021 0.770 3.304 0.507 0.047 0.062 0.311 0.182 0.481 0.182 0.377 0.177 0.101 0.066 0.164 0.349 0.234 0.152 1.086 0.097 0.600 0.466 0.092 0.400 0.053 0.074 0.213 0.185 0.259 0.229 0.048 0.318 0.114 0.190 0.410 0.084 0.171 6.364 8.174 3.536 3.297 1.893 1.835 0.976 0.307 0.762 0.697 0.742 1.083 0.353 0.401 0.529 0.593 1.392 2.959 0.389 0.323 0.770 1.430 0.757 0.773 0.128 0.091 0.043 0.406 0.276 0.264 0.474 0.403 0.098 0.105 0.155 0.106 0.061 0.353 0.192 0.115 0.059 0.164 0.121 0.271 0.706 0.344 0.135 0.102 0.770 0.142 0.072 0.481 0.068 0.127 0.969 0.695 0.037 0.042 0.159 0.200 1.348 0.256 0.186 0.010 0.044 0.034 972 chr15 74809567 74836402 + 0 NA Intergenic Intergenic -10534 NM_001307939 10620 Hs.647642 NM_006465 ENSG00000179361 ARID3B BDP|DRIL2 AT-rich interaction domain 3B protein-coding 0.920 0.949 1.754 0.317 1.467 0.796 0.502 0.357 2.283 0.699 0.356 0.222 0.866 1.630 1.847 0.357 0.208 0.698 0.360 0.708 0.410 0.902 1.693 0.437 1.027 0.488 0.454 1.072 2.142 0.422 0.475 0.109 0.769 0.544 0.204 0.705 0.168 0.498 0.762 1.464 0.235 1.334 0.529 0.337 0.683 0.959 0.807 0.760 0.883 1.102 0.936 0.789 1.200 0.456 0.767 0.822 0.541 0.847 0.748 0.989 1.416 1.279 0.524 0.820 0.329 0.401 0.619 1.265 0.500 0.369 0.222 3.587 0.203 0.980 0.164 0.445 0.545 1.237 0.893 0.346 0.398 0.068 0.307 1.093 0.379 0.270 1.573 0.214 0.221 0.489 0.325 0.759 0.196 0.743 0.699 2.211 1.736 0.698 0.259 1.519 0.170 0.611 0.216 2.395 1.021 1.178 0.840 0.243 0.246 0.364 0.896 1.318 0.350 0.147 473 chr11 20177583 20189681 + 0 NA Intergenic Intergenic -1762 NM_001029865 120237 Hs.558604 NM_001029865 ENSG00000109851 DBX1 - developing brain homeobox 1 protein-coding 0.598 0.697 0.441 0.409 0.078 1.418 0.527 0.058 0.015 0.232 0.057 0.068 0.016 0.088 0.005 0.130 0.089 0.171 0.233 0.078 0.000 0.068 0.104 0.138 0.073 0.081 0.326 0.024 0.922 0.018 0.069 0.058 0.010 0.085 0.054 0.006 0.022 0.317 0.018 0.007 0.141 0.101 0.111 0.025 0.052 0.422 0.300 0.114 0.176 0.591 0.597 1.691 0.362 0.156 0.178 0.499 0.742 0.998 1.498 0.708 0.535 0.180 0.272 0.236 0.206 0.174 0.506 0.631 0.560 0.115 0.024 0.008 0.076 0.016 0.055 0.011 0.051 0.006 0.037 0.065 0.047 6.137 0.137 0.055 0.013 0.031 0.045 0.031 0.162 0.081 0.019 0.013 0.017 0.232 0.071 0.054 0.171 0.020 0.020 0.049 0.259 0.017 0.017 0.003 0.026 0.046 0.757 0.041 0.255 0.006 0.032 0.014 0.008 2572 chr8 81809793 81814018 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -24889 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.302 nan nan 0.186 0.561 0.505 0.256 3.025 6.574 0.201 0.845 0.168 0.268 0.643 1.086 0.130 0.134 0.313 0.240 0.216 0.293 1.272 0.473 0.088 0.556 0.155 0.415 0.811 1.422 0.202 0.078 0.099 0.210 0.028 0.901 1.137 0.706 4.345 0.089 0.541 0.696 5.566 0.592 0.216 5.583 0.147 0.292 0.254 0.252 0.332 0.474 0.598 0.265 0.117 0.206 0.343 0.690 1.336 nan 0.682 0.580 0.270 0.337 0.374 0.168 0.269 0.348 0.772 1.008 0.832 0.026 1.746 3.350 0.699 0.179 0.169 0.163 4.447 3.953 0.052 2.331 0.111 0.038 0.087 0.613 0.389 1.344 0.076 0.140 0.639 1.830 0.100 0.489 4.442 0.201 0.405 0.130 0.313 1.333 1.365 0.161 0.027 0.023 1.827 0.655 0.259 0.552 0.110 0.071 0.175 0.323 0.022 0.027 0.049 1774 chr20 61982641 61999642 + 0 NA promoter-TSS (NR_110634) promoter-TSS (NR_110634) -199 NR_110634 100130587 Hs.640129 NR_110634 ENSG00000203900 LOC100130587 - uncharacterized LOC100130587 ncRNA 0.692 0.922 1.214 0.082 0.126 0.823 0.435 0.083 0.025 0.513 0.091 0.094 0.069 0.033 0.056 0.066 0.592 0.652 0.124 0.007 0.052 0.133 0.628 0.179 0.097 0.729 0.026 0.036 0.274 0.072 0.150 0.035 0.016 0.104 0.046 0.020 0.148 0.013 0.014 0.150 0.099 0.046 0.040 0.080 0.612 nan 0.068 0.139 0.692 0.515 0.541 0.201 0.389 0.360 0.198 0.367 0.132 0.206 0.634 0.414 0.472 0.710 0.095 0.100 0.120 0.158 0.676 0.451 3.571 0.067 0.017 0.022 0.029 0.318 0.073 0.041 0.029 0.075 0.079 0.056 0.069 0.206 0.028 0.014 0.050 0.031 0.007 0.130 0.148 0.088 0.019 0.075 0.513 0.060 0.027 0.592 0.015 0.087 0.417 0.439 0.137 0.020 0.008 0.070 0.020 0.350 0.036 0.013 0.011 0.017 0.012 3 chr1 1092222 1108141 + 0 NA Intergenic CpG -2303 NR_029639 406984 NR_029639 ENSG00000207730 MIR200B MIRN200B|mir-200b microRNA 200b ncRNA 1.503 nan 3.575 5.521 5.273 5.196 2.443 0.680 1.292 0.178 0.122 0.102 0.797 2.327 0.064 1.680 0.813 2.887 0.494 1.625 0.181 2.974 0.808 1.155 nan 3.163 1.758 4.149 1.484 3.278 0.087 0.065 3.313 0.490 0.095 0.504 0.373 0.425 2.163 1.945 0.876 3.371 0.572 1.200 3.262 0.530 4.986 5.762 2.867 4.578 10.897 9.445 2.974 1.148 16.390 16.368 0.168 nan nan 8.027 nan 0.175 3.410 5.783 1.332 1.146 0.138 0.250 0.856 0.652 3.349 1.263 0.157 0.299 2.608 7.749 0.017 0.305 0.205 0.120 0.466 0.275 11.284 0.414 0.482 0.278 0.801 1.799 1.166 0.358 0.699 0.399 0.707 1.750 0.178 2.589 0.038 2.887 1.195 0.692 0.825 0.376 0.070 0.196 1.659 0.459 0.270 2.464 2.510 0.015 0.086 1.174 0.709 0.451 248 chr1 167050181 167055432 + 0 NA intron (NM_005814, intron 1 of 6) L2b|LINE|L2 7062 NM_005814 10223 Hs.651244 NM_005814 ENSG00000143167 GPA33 A33 glycoprotein A33 protein-coding 1.658 nan 6.123 0.118 0.674 0.533 0.336 0.296 0.012 0.560 0.213 0.062 0.684 0.739 0.024 0.357 0.188 0.057 1.755 0.352 0.024 0.102 0.701 0.187 2.837 0.267 0.109 0.760 0.224 0.163 0.062 0.097 0.234 0.023 0.058 0.317 0.059 0.053 0.307 0.480 0.030 0.416 0.151 0.069 1.819 0.080 0.697 0.992 0.491 1.200 0.847 nan 5.292 0.809 0.225 0.205 0.600 0.977 0.986 nan 1.017 1.566 4.663 5.435 8.340 9.433 0.804 1.808 0.703 0.727 0.064 0.975 0.455 1.091 0.490 1.573 1.048 0.070 0.093 2.959 0.275 0.106 0.057 0.090 1.576 0.059 0.129 0.117 0.527 0.054 1.020 0.842 0.560 0.189 0.052 0.057 0.940 0.143 0.999 0.055 0.192 0.194 0.675 0.021 0.043 8.161 0.870 0.014 1.360 0.033 0.010 146 chr1 88169707 88185568 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -340299 NR_038324 100505768 Hs.125247 NR_038324 ENSG00000227290 LINC01364 - long intergenic non-protein coding RNA 1364 ncRNA 1.070 nan nan 0.135 0.152 0.321 0.116 0.063 4.918 0.339 0.094 0.091 0.036 0.114 0.040 0.041 0.093 0.090 0.163 0.194 0.214 0.051 0.020 0.054 0.056 0.050 0.067 0.628 0.018 0.074 0.069 0.098 1.402 0.008 0.048 0.293 0.139 0.125 0.143 0.041 0.020 0.131 0.213 0.133 0.103 0.105 0.376 0.179 0.396 1.604 0.471 0.520 0.123 0.095 0.352 0.303 0.579 0.812 0.549 0.650 0.375 0.173 0.159 0.275 0.203 0.212 0.294 0.800 0.623 0.575 0.091 0.031 0.169 0.109 0.044 0.118 0.009 0.075 0.045 0.024 0.034 0.036 0.050 0.094 0.011 0.005 0.044 0.052 0.076 0.107 0.123 0.045 0.035 0.077 0.339 0.049 0.041 0.090 0.047 0.026 0.006 0.026 0.032 0.026 0.005 0.027 0.482 0.029 0.031 0.243 0.019 0.049 0.029 0.010 1351 chr18 59992537 60000448 + 0 NA intron (NM_003839, intron 1 of 9) intron (NM_003839, intron 1 of 9) 3972 NM_001270949 8792 Hs.204044 NM_003839 ENSG00000141655 TNFRSF11A CD265|FEO|LOH18CR1|ODFR|OFE|OPTB7|OSTS|PDB2|RANK|TRANCER TNF receptor superfamily member 11a protein-coding nan 1.094 1.082 1.553 1.832 0.728 0.547 0.320 0.024 0.776 0.153 0.060 0.240 0.253 0.032 1.069 0.358 0.781 0.367 0.592 0.203 0.684 0.639 0.322 1.624 0.549 0.374 1.769 0.426 0.135 0.181 0.086 0.301 0.435 0.268 1.917 0.188 0.366 0.232 2.638 0.261 0.125 0.217 0.078 0.615 0.369 0.777 0.685 1.044 1.787 2.617 2.373 7.707 1.821 2.210 2.205 1.163 1.506 1.542 2.169 0.931 1.300 0.351 0.548 1.937 2.090 0.437 0.805 nan 3.662 0.171 1.192 0.122 0.801 0.878 0.596 1.471 0.853 0.083 0.115 0.383 0.221 0.286 0.220 0.227 0.552 0.371 0.156 0.164 0.697 0.683 0.359 0.766 0.776 0.331 1.973 0.781 0.327 0.089 0.283 0.590 0.320 1.784 2.182 1.013 0.085 0.014 0.012 0.248 0.675 0.094 0.044 0.019 2396 chr7 2986853 3003755 + 0 NA intron (NM_032415, intron 2 of 24) L1ME3E|LINE|L1 88275 NM_001324281 84433 Hs.648101 NM_032415 ENSG00000198286 CARD11 BENTA|BIMP3|CARMA1|IMD11|PPBL caspase recruitment domain family member 11 protein-coding 0.946 0.804 1.297 0.140 0.422 0.244 0.086 0.146 0.007 0.106 0.112 0.105 0.134 0.403 0.091 0.056 0.108 0.156 0.214 0.363 0.147 0.225 0.037 0.232 nan 0.158 0.271 nan 0.026 0.102 0.070 0.159 0.379 0.096 0.170 0.453 0.019 0.053 1.721 0.381 2.187 1.622 4.730 0.246 1.003 0.180 0.439 0.195 0.280 nan 0.384 0.492 nan 0.145 0.178 0.176 0.245 0.346 nan 0.356 0.194 0.098 0.174 0.225 0.072 0.153 0.115 0.182 0.300 0.322 0.253 0.408 0.638 0.927 0.061 0.832 0.042 1.301 0.899 0.031 1.641 0.022 0.028 0.475 0.053 0.028 0.174 0.032 0.079 0.272 0.471 0.055 0.126 0.905 0.106 0.205 0.071 0.156 1.091 0.472 0.144 0.178 0.042 0.028 0.017 0.255 0.311 0.082 0.064 0.053 0.045 0.095 0.082 0.063 356 chr10 3565355 3585707 + 0 NA intron (NR_131187, intron 1 of 1) intron (NR_131187, intron 1 of 1) 214644 NR_131187 105376360 Hs.212226 NR_131187 LOC105376360 - uncharacterized LOC105376360 ncRNA 0.359 1.043 0.600 0.283 0.121 0.437 0.236 0.103 0.015 0.611 1.616 0.244 1.036 0.961 0.121 0.162 0.098 0.306 0.049 1.182 0.116 0.365 0.368 0.180 0.693 0.199 0.515 0.341 0.410 0.084 1.857 0.120 0.247 0.388 0.290 0.223 2.244 5.130 0.275 0.709 0.040 0.538 0.174 0.866 0.316 0.354 0.414 0.408 0.631 1.654 0.362 0.427 2.914 0.905 0.107 0.139 0.106 0.172 0.567 0.702 0.122 0.029 0.144 0.152 0.230 0.528 0.116 0.146 0.406 0.364 0.006 1.022 0.038 1.724 0.070 0.152 0.021 1.280 0.669 0.184 0.222 0.033 0.020 0.063 0.083 0.062 0.151 0.043 0.072 0.324 0.360 0.209 0.345 0.751 0.611 1.220 0.267 0.306 0.290 0.491 0.014 0.437 0.105 0.232 0.309 0.848 0.241 0.124 0.043 0.048 0.676 0.494 0.059 0.020 802 chr13 77899162 77905305 + 0 NA Intergenic Intergenic -1056 NM_015057 23077 Hs.591221 NM_015057 ENSG00000005810 MYCBP2 Myc-bp2|PAM|Phr MYC binding protein 2, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 2.475 4.535 3.887 1.493 5.256 2.949 2.787 0.626 4.939 2.443 0.183 0.277 1.149 1.251 1.416 0.696 3.662 2.428 3.610 0.464 0.820 0.874 1.355 7.876 6.436 1.706 11.471 1.682 1.236 1.657 0.129 3.507 1.268 1.069 2.550 1.713 6.561 2.252 1.614 0.758 5.424 1.438 1.165 1.606 1.372 6.643 10.030 3.438 4.492 7.034 4.961 6.880 1.893 3.693 3.628 1.565 2.015 4.148 4.632 nan 7.392 5.430 10.830 1.869 1.164 5.100 6.387 0.820 0.554 1.747 1.702 0.623 1.564 0.714 6.223 1.127 1.266 1.293 1.027 2.812 0.464 4.727 4.777 2.358 1.129 0.751 0.989 0.973 2.888 1.908 2.471 2.968 1.412 4.939 1.186 3.408 3.662 0.737 1.194 1.668 2.583 1.386 1.302 0.717 1.967 0.419 0.615 5.538 1.819 2.196 0.230 0.487 0.264 2720 chr9 135416524 135425440 + 0 NA intron (NM_207417, intron 6 of 6) intron (NM_207417, intron 6 of 6) -37011 NM_020064 56751 Hs.283809 NM_020064 ENSG00000125492 BARHL1 - BarH like homeobox 1 protein-coding nan 0.690 1.286 0.806 0.516 0.598 0.215 0.062 1.484 0.093 0.054 0.063 0.130 0.007 0.352 0.283 0.831 0.980 0.096 0.042 0.061 0.012 0.593 0.609 0.278 0.023 1.001 0.168 0.049 0.083 0.097 0.030 0.095 0.082 0.063 0.053 0.220 0.135 0.073 0.128 0.104 0.058 0.086 0.133 1.227 1.882 0.371 0.557 1.743 1.596 nan 0.095 0.281 0.338 0.790 0.896 0.687 1.235 1.562 1.513 0.910 0.919 6.455 6.060 0.903 1.625 1.428 0.836 0.275 0.221 0.011 0.021 0.012 0.109 0.014 0.177 0.089 0.098 0.066 1.880 1.477 0.197 0.736 0.310 0.095 0.051 0.040 0.110 0.139 0.182 0.018 0.038 1.484 0.185 0.030 0.831 0.027 0.111 0.980 0.117 0.172 0.160 0.005 0.107 0.057 0.026 0.999 0.264 0.068 0.063 0.019 0.040 2063 chr4 106463395 106492910 + 0 NA intron (NM_001242729, intron 1 of 13) intron (NM_001242729, intron 1 of 13) 4375 NM_001242729 54848 Hs.585224 NM_017700 ENSG00000236699 ARHGEF38 - Rho guanine nucleotide exchange factor 38 protein-coding 0.714 nan nan 1.033 0.632 1.768 0.911 0.116 0.034 0.394 0.151 0.082 0.109 0.313 0.030 0.543 0.370 1.451 0.146 0.875 0.021 0.428 0.061 0.126 1.287 0.302 1.438 0.550 0.827 0.120 0.040 0.064 0.213 0.120 0.026 0.214 0.008 0.035 0.138 0.721 0.005 0.177 0.102 0.066 0.120 0.145 1.067 1.222 4.007 nan 0.534 0.497 0.230 0.128 1.357 1.363 0.461 nan 0.679 0.790 0.404 0.162 0.539 0.739 1.388 1.515 0.262 nan 0.829 0.570 0.013 0.183 0.032 0.131 0.047 0.139 0.014 0.282 0.110 0.012 0.038 0.250 0.132 0.056 0.022 0.013 0.204 0.205 0.403 0.098 0.165 0.051 1.305 0.985 0.394 0.198 0.047 1.451 0.252 1.466 0.003 0.018 0.085 0.011 0.081 0.069 0.047 0.098 0.306 0.131 0.023 0.211 0.012 0.014 528 chr11 64029932 64045916 + 0 NA TTS (NM_001316314) TTS (NM_001316314) -13887 NM_001170726 56834 Hs.523763 NM_020155 ENSG00000173264 GPR137 C11orf4|GPR137A|TM7SF1L1 G protein-coupled receptor 137 protein-coding nan 1.358 1.954 1.500 1.206 1.419 0.682 2.644 0.834 1.249 0.726 0.253 0.479 1.183 2.691 0.668 0.404 1.088 1.343 1.871 0.917 0.956 0.344 1.199 4.822 2.903 1.662 5.166 1.041 1.479 2.445 0.156 3.465 0.835 1.029 2.443 0.414 1.315 1.320 0.706 0.657 3.500 2.844 1.215 2.244 1.093 2.615 4.151 1.633 2.535 2.477 2.402 2.969 0.973 3.063 3.104 1.983 3.077 2.470 3.153 1.755 1.875 2.467 4.538 1.553 1.714 1.412 2.282 1.589 0.774 2.001 1.344 0.892 0.984 1.348 1.571 1.388 1.362 1.287 1.091 1.900 0.404 0.873 4.097 3.231 1.344 0.768 0.771 0.615 1.568 2.435 1.953 1.161 0.873 1.249 1.439 1.113 1.088 0.803 1.048 0.826 2.696 1.230 1.519 0.807 1.768 1.943 0.618 3.224 0.728 2.243 0.807 0.724 0.391 164 chr1 119674127 119686480 + 0 NA intron (NM_201263, intron 1 of 5) intron (NM_201263, intron 1 of 5) -2716 NR_125975 101929147 Hs.697821 NR_125974 ENSG00000231365 LOC101929147 - uncharacterized LOC101929147 ncRNA nan 2.021 2.412 2.173 1.171 1.601 1.141 0.773 0.212 1.407 0.989 0.224 0.384 0.848 0.450 0.749 0.426 1.737 1.462 0.831 0.281 1.471 0.777 0.436 1.537 0.900 0.785 4.275 0.569 1.926 1.458 0.138 1.475 0.786 0.401 1.156 0.851 2.462 0.533 0.612 0.220 0.931 3.687 0.776 1.648 0.346 1.735 2.010 2.284 3.119 3.984 nan 4.271 3.131 5.486 5.754 5.968 6.757 3.856 5.712 3.542 3.579 1.760 2.131 2.475 2.107 4.037 5.312 2.635 1.704 1.410 0.659 0.257 0.913 0.913 1.429 0.427 0.584 0.455 0.431 0.705 0.276 1.368 1.810 0.640 0.302 0.561 0.409 0.563 0.744 0.426 0.618 0.403 0.720 1.407 0.926 1.808 1.737 0.298 0.471 0.490 1.498 1.070 3.231 0.435 0.744 0.639 1.338 0.784 1.377 0.418 1.036 0.847 0.629 807 chr13 98923778 98950590 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 76406 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.492 1.691 1.497 1.299 0.057 2.446 1.364 0.090 0.093 3.059 0.097 0.109 0.044 0.255 0.021 0.721 0.406 2.404 0.158 0.639 0.042 0.038 0.012 0.084 1.351 0.362 0.068 0.772 0.033 0.439 0.061 0.083 0.272 0.040 0.063 0.076 0.029 0.095 0.194 0.022 0.030 0.116 0.127 0.112 0.199 0.048 1.539 1.768 0.397 0.799 2.566 2.207 5.514 1.973 0.170 0.164 0.470 0.535 2.344 2.669 1.088 0.772 1.311 1.766 2.876 3.450 1.455 3.113 0.718 0.417 1.135 0.100 0.014 0.014 0.045 2.433 0.026 0.049 0.038 0.027 0.064 0.632 1.374 0.193 0.058 0.014 0.026 0.090 0.170 0.119 0.142 0.074 0.056 0.061 3.059 0.173 0.049 2.404 0.059 0.065 0.670 0.051 1.326 0.010 0.009 0.075 0.322 0.791 0.808 0.031 0.049 0.855 0.771 2040 chr4 47074098 47093017 + 0 NA intron (NM_000812, intron 3 of 8) intron (NM_000812, intron 3 of 8) 50262 NM_000812 2560 Hs.27283 NM_000812 ENSG00000163288 GABRB1 EIEE45 gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit protein-coding 0.934 nan nan 0.112 0.336 0.180 0.094 0.068 0.019 0.087 0.075 0.047 0.438 0.642 0.045 0.239 0.190 0.070 0.131 0.186 0.020 0.159 0.065 0.131 1.092 0.755 0.083 0.153 0.717 0.069 0.023 0.092 0.358 0.119 0.048 0.093 0.012 0.084 0.211 0.194 0.004 0.354 0.068 0.092 0.077 0.296 0.438 0.346 0.171 0.249 0.137 0.179 0.132 0.093 0.236 0.239 1.382 1.529 0.179 0.208 2.310 2.749 0.125 0.227 0.035 0.083 1.971 5.595 0.385 0.383 0.015 0.135 0.015 0.438 0.032 0.047 0.007 0.004 0.015 0.012 0.034 0.010 0.084 0.070 0.019 0.008 0.016 0.013 0.046 0.248 0.030 0.049 0.137 0.014 0.087 0.084 0.034 0.070 0.226 0.018 0.257 0.046 0.054 0.280 0.026 0.188 0.105 0.025 0.031 1.959 0.068 0.080 0.018 0.016 2678 chr9 79622818 79634906 + 0 NA Intergenic Intergenic -5709 NM_001013735 442425 Hs.553843 NM_001013735 ENSG00000204612 FOXB2 bA159H20.4 forkhead box B2 protein-coding nan nan nan 1.154 0.012 0.482 0.293 0.091 0.004 1.724 0.060 0.041 0.016 0.044 0.016 0.156 0.152 6.533 0.210 0.211 0.010 0.057 0.097 0.315 0.207 0.074 1.740 0.024 0.088 0.046 0.079 0.145 0.010 0.051 0.083 0.013 0.051 0.275 0.018 0.134 0.039 0.152 0.052 0.056 0.017 0.162 0.067 0.588 nan 1.073 nan 1.327 0.303 0.233 0.225 0.115 0.189 0.567 0.743 0.169 0.086 0.072 0.146 0.732 0.558 0.057 0.168 1.677 0.986 0.220 0.047 0.024 0.053 0.025 0.100 0.011 0.103 0.018 0.024 0.057 0.071 0.098 0.145 0.045 0.032 0.051 0.064 0.060 0.114 0.061 0.101 0.013 0.033 1.724 0.058 0.023 6.533 0.042 0.032 0.423 0.369 0.022 0.040 0.046 0.057 0.035 0.051 0.006 0.023 0.024 2632 chr8 145732223 145736537 + 0 NA promoter-TSS (NM_138431) promoter-TSS (NM_138431) -39 NR_130120 113655 Hs.7678 NM_138431 ENSG00000167700 MFSD3 - major facilitator superfamily domain containing 3 protein-coding 6.362 3.050 nan 8.273 9.287 7.219 3.866 5.769 2.504 3.166 1.252 0.153 2.509 7.023 5.640 1.481 0.843 8.510 4.920 4.508 1.177 7.670 2.763 1.684 12.648 9.398 4.909 7.940 4.679 5.653 1.927 0.059 11.388 1.887 2.488 14.199 2.349 6.887 7.499 3.550 2.230 11.113 8.438 1.559 9.323 2.254 6.193 6.976 4.009 6.149 nan 9.892 nan 2.458 10.899 11.843 2.332 2.963 5.977 7.861 5.127 6.603 9.144 11.571 6.212 5.015 5.642 5.991 4.104 1.877 5.992 4.458 2.682 1.820 5.505 6.878 3.759 2.149 3.045 2.925 4.282 1.316 3.076 7.056 3.089 1.792 2.148 4.878 3.206 3.001 6.170 8.536 4.530 5.153 3.166 6.536 3.377 8.510 3.573 5.853 1.513 4.284 4.436 0.974 3.221 2.407 1.031 2.293 3.663 2.000 2.122 1.054 1.988 1.277 1049 chr16 31461075 31472629 + 0 NA Intergenic Intergenic -2742 NM_001288767 79798 Hs.732945 NM_024742 ENSG00000140691 ARMC5 AIMAH2 armadillo repeat containing 5 protein-coding 2.408 1.285 1.956 2.540 2.652 2.228 1.256 4.156 0.545 1.690 1.968 0.350 0.623 1.607 2.702 0.638 0.216 1.885 2.151 1.589 0.997 1.715 0.490 1.569 2.412 1.746 1.793 5.206 0.675 2.073 1.642 0.085 6.000 0.642 1.417 3.930 0.650 2.355 3.036 1.863 1.541 4.229 14.844 1.540 2.043 0.686 1.965 2.051 1.787 2.805 2.163 2.000 4.838 2.223 4.307 4.692 2.032 2.606 4.474 6.014 2.861 2.942 1.629 2.293 2.224 2.353 1.629 2.878 1.720 0.811 1.545 1.760 0.677 2.287 1.481 1.193 1.080 1.712 1.890 1.125 5.952 0.437 1.507 2.348 1.633 0.593 1.108 0.898 0.512 1.495 3.259 3.034 1.713 2.275 1.690 1.877 2.739 1.885 0.945 1.067 0.566 3.019 1.636 1.890 0.852 2.529 2.030 0.929 0.634 0.598 1.217 0.728 1.697 0.803 882 chr14 75076851 75089046 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -3914 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 1.968 1.330 1.877 0.507 2.765 0.249 0.106 1.963 0.161 0.646 1.094 0.313 1.399 1.407 2.461 0.153 0.083 0.151 0.166 0.311 0.751 2.740 3.277 2.019 3.860 1.323 1.298 1.099 2.566 0.079 0.472 0.106 1.006 3.712 0.256 1.218 1.236 3.103 0.716 1.310 0.244 2.118 0.635 0.366 6.169 0.297 0.314 0.299 0.479 0.939 0.678 0.654 0.889 0.320 0.817 1.100 0.398 0.657 0.621 nan 1.371 1.108 0.358 0.566 0.465 0.487 1.438 2.349 0.734 nan 0.878 3.580 0.562 3.068 0.025 0.354 0.023 3.862 3.010 0.170 0.722 0.078 0.179 6.294 1.562 0.780 0.710 0.175 0.166 11.511 1.580 7.612 0.136 1.349 0.646 0.670 1.598 0.151 0.511 0.312 0.150 2.674 0.100 2.504 2.909 1.755 1.460 0.057 0.082 1.682 5.211 0.610 7.575 5.743 1050 chr16 32685592 32701406 + 0 NA Intergenic Intergenic -6049 NR_110886 24150 Hs.592038 NM_015369 ENSG00000183632 TP53TG3 P53TG3|TP53TG3A|TP53TG3E|TP53TG3F TP53 target 3 protein-coding 0.630 0.751 0.687 0.083 0.050 2.693 1.204 0.282 0.082 0.220 0.075 0.098 0.040 0.036 0.167 0.089 0.667 0.188 0.209 0.076 0.148 0.044 0.047 0.066 2.648 0.018 0.454 0.625 0.100 0.766 0.015 0.072 0.053 0.010 0.066 0.408 0.007 0.239 0.072 0.963 0.079 0.079 0.092 0.303 0.174 0.191 0.158 1.140 0.813 1.271 0.506 0.447 0.309 0.546 0.693 5.659 7.443 0.506 0.198 0.161 0.232 0.099 0.176 0.121 0.139 0.280 0.321 4.270 0.018 0.048 0.047 0.163 0.034 0.785 0.066 0.101 0.033 0.127 0.042 0.050 0.489 0.053 0.065 0.072 0.005 0.023 0.695 0.299 0.658 0.055 0.017 0.220 0.053 0.035 0.667 0.015 0.140 0.105 0.037 1.538 0.013 0.008 0.003 0.021 0.116 0.056 0.054 0.014 0.024 0.277 0.289 1488 chr19 50140719 50146685 + 0 NA promoter-TSS (NM_006270) promoter-TSS (NM_006270) -302 NM_006270 6237 Hs.515536 NM_006270 ENSG00000126458 RRAS - related RAS viral (r-ras) oncogene homolog protein-coding 4.998 2.781 3.973 2.352 7.921 5.584 3.824 9.421 2.609 3.871 4.655 0.697 2.185 5.547 8.360 1.668 0.676 2.709 2.654 6.255 2.578 7.236 2.858 4.679 8.737 6.698 6.467 6.393 3.335 1.421 9.099 0.226 5.179 2.327 3.668 4.956 1.352 6.547 5.261 3.931 1.212 6.525 6.424 3.606 6.824 3.417 2.405 3.366 5.049 7.922 4.953 4.798 7.341 4.959 12.511 13.280 4.537 6.099 6.738 10.162 6.905 5.491 2.185 3.302 4.075 5.283 4.611 7.223 2.774 1.504 2.402 4.057 4.816 5.729 2.296 2.992 2.509 2.594 4.208 2.056 5.735 1.103 1.416 14.573 6.987 2.484 3.176 0.852 0.553 5.262 9.622 5.532 4.133 3.150 3.871 6.988 2.232 2.709 4.423 6.392 1.106 8.265 2.874 4.585 2.359 4.058 4.162 1.022 0.977 2.344 5.451 1.510 5.048 4.026 560 chr11 73017727 73021492 + 0 NA promoter-TSS (NM_014786) promoter-TSS (NM_014786) -54 NM_014786 9828 Hs.533719 NM_014786 ENSG00000110237 ARHGEF17 P164RHOGEF|RHOGEF17|TEM4|p164-RhoGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 17 protein-coding nan 2.564 2.930 1.626 4.171 1.268 0.595 7.900 3.856 0.886 4.691 0.387 1.344 4.499 4.887 0.577 0.157 1.206 1.694 2.990 2.613 4.244 2.122 3.589 5.070 5.561 5.613 6.649 2.323 1.448 6.910 0.199 2.854 2.533 3.851 6.421 2.538 8.788 1.036 4.735 0.530 6.988 1.626 4.594 5.094 3.012 2.027 3.791 4.161 8.822 5.833 3.392 3.935 1.006 6.227 6.326 2.777 3.827 8.382 13.690 2.593 3.376 1.477 3.203 2.258 1.735 2.687 3.382 1.308 1.012 3.802 3.664 2.646 2.283 0.026 2.864 0.517 3.284 4.833 5.834 1.874 0.323 3.414 16.368 5.467 2.029 2.663 1.720 1.192 6.666 5.119 7.482 1.352 4.521 0.886 9.260 6.705 1.206 2.277 4.705 1.005 14.266 1.017 5.148 1.069 3.687 3.141 0.312 1.193 0.948 4.478 2.425 3.627 2.697 798 chr13 74145177 74198273 + 0 NA Intergenic Intergenic 33344 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.504 0.675 0.126 0.205 0.553 0.308 0.099 0.023 0.676 0.080 0.109 0.047 0.103 0.030 0.080 0.087 0.070 0.133 0.431 0.014 0.077 0.076 0.121 5.103 1.443 0.511 1.506 0.129 0.348 0.062 0.092 1.870 0.035 0.034 0.081 0.016 0.075 0.848 0.246 0.130 0.513 3.423 0.078 0.175 0.127 0.468 0.228 0.297 0.391 0.381 0.388 nan 0.444 0.105 0.149 0.062 0.111 0.174 0.190 nan 0.155 0.215 0.375 0.345 0.334 0.445 nan 0.233 0.202 0.297 0.165 0.043 0.075 0.055 0.907 0.020 0.195 0.085 0.028 0.063 0.127 0.156 0.159 0.033 0.024 0.092 0.132 0.204 0.143 0.349 0.048 0.128 0.474 0.676 0.087 0.076 0.070 0.320 0.396 0.026 0.026 0.116 0.028 0.028 0.061 0.061 0.485 0.086 0.130 0.056 0.020 0.007 0.009 898 chr14 95973290 95992817 + 0 NA Intergenic CpG 16913 NR_003002 677768 Hs.448753 NR_003002 ENSG00000252481 SCARNA13 U93 small Cajal body-specific RNA 13 ncRNA 1.325 1.142 nan 2.743 0.552 1.952 1.135 0.422 0.019 1.265 1.574 0.096 0.156 0.169 0.165 0.237 0.205 2.724 0.550 0.246 0.120 0.213 0.715 0.455 1.526 1.037 1.129 5.900 0.060 0.252 0.229 0.093 0.400 0.901 0.205 0.410 0.126 0.274 0.294 0.207 0.098 0.441 0.510 0.122 0.511 0.261 1.657 2.159 0.249 0.307 2.617 2.857 1.360 0.383 0.814 0.710 0.355 0.890 1.589 1.562 0.705 0.453 2.684 3.312 0.364 0.436 0.284 0.515 nan 0.574 3.785 0.808 0.441 0.883 0.216 1.478 0.050 1.535 0.964 0.063 0.133 0.087 0.256 0.542 0.325 0.282 0.181 0.555 0.657 2.045 0.363 1.255 0.199 1.321 1.265 0.090 0.365 2.724 0.095 0.060 0.234 0.371 0.031 1.214 0.579 0.608 0.108 0.148 2.609 0.032 1.680 0.347 1.682 0.777 2725 chr9 136496528 136533494 + 0 NA intron (NM_000787, intron 6 of 11) intron (NM_000787, intron 6 of 11) 7519 NR_102735 138948 Hs.223858 NR_002783 ENSG00000225756 DBH-AS1 NCRNA00118 DBH antisense RNA 1 ncRNA nan 0.744 3.241 2.222 0.044 0.475 0.256 0.063 0.020 0.600 0.074 0.040 0.010 0.106 0.013 0.745 0.431 1.124 0.498 0.119 0.017 0.072 0.003 0.410 0.212 0.082 0.038 1.479 0.020 0.405 0.038 0.057 0.187 0.010 0.045 0.068 0.170 0.237 0.299 0.012 0.031 0.081 0.067 0.071 0.049 0.057 0.265 0.504 0.140 0.164 4.640 4.710 nan 0.503 0.091 0.093 0.068 0.151 2.801 2.734 1.302 1.160 0.255 0.218 0.449 0.332 0.258 0.461 2.374 1.161 3.697 0.042 0.005 0.035 0.057 0.867 0.011 0.052 0.027 0.022 0.052 0.060 0.030 0.150 0.036 0.036 0.054 0.118 0.121 0.111 0.152 0.077 0.011 0.038 0.600 0.071 0.022 1.124 0.020 0.070 0.190 0.132 0.365 0.022 0.010 0.107 0.027 0.409 0.051 0.037 0.029 0.041 0.026 0.016 1031 chr16 14722421 14735784 + 0 NA intron (NM_001330500, intron 1 of 5) AluSx1|SINE|Alu 2434 NM_016561 51283 Hs.435556 NM_016561 ENSG00000103429 BFAR BAR|RNF47 bifunctional apoptosis regulator protein-coding 3.037 1.962 nan 2.640 2.799 2.189 0.839 2.634 1.292 1.684 1.279 0.326 0.806 2.039 1.609 1.574 0.629 1.753 1.040 1.313 0.593 2.018 0.926 1.544 4.530 2.954 1.277 4.579 1.017 1.689 1.640 0.110 2.955 0.700 1.054 3.033 0.618 2.523 1.574 2.274 0.332 2.535 2.818 1.300 1.836 0.746 2.310 1.960 1.791 2.827 1.873 1.869 5.726 2.227 6.821 6.652 1.921 2.632 3.588 5.177 nan 1.969 1.413 2.099 1.961 2.619 3.333 4.469 1.814 0.922 0.928 2.345 1.408 1.493 0.846 1.999 0.715 1.445 1.439 1.611 2.104 0.335 0.915 3.077 1.578 0.719 1.152 0.765 0.692 2.011 2.738 1.930 1.229 1.886 1.684 4.153 2.372 1.753 0.742 1.014 1.005 2.756 0.896 1.030 0.569 1.679 0.642 0.982 0.688 2.309 0.898 0.986 1.026 0.681 1273 chr17 78537794 78630349 + 0 NA intron (NM_001163034, intron 1 of 29) intron (NM_001163034, intron 1 of 29) 65446 NM_001163034 57521 Hs.133044 NM_020761 ENSG00000141564 RPTOR KOG1|Mip1 regulatory associated protein of MTOR complex 1 protein-coding 1.181 1.069 1.232 3.309 0.175 0.473 0.268 0.347 0.159 0.679 0.158 0.136 0.197 0.422 0.175 0.325 0.225 0.657 0.427 0.239 0.103 0.220 0.133 0.289 1.064 0.210 0.127 1.020 0.279 0.144 0.112 0.122 0.423 0.114 0.116 0.134 0.046 0.130 0.312 0.265 0.047 0.247 0.375 0.163 0.151 0.127 0.583 0.740 0.345 0.431 1.287 1.381 0.623 0.210 0.382 0.384 nan 1.031 3.734 3.902 1.083 0.764 0.578 0.673 0.479 0.532 1.352 3.141 nan 0.940 0.220 0.518 0.092 0.163 0.507 0.751 0.051 0.235 0.116 0.105 0.133 0.077 0.172 0.222 0.085 0.069 0.180 0.166 0.211 0.229 0.340 0.174 0.042 0.224 0.679 0.344 0.111 0.657 0.105 0.228 0.085 0.147 1.350 0.180 0.028 0.169 0.153 0.065 0.177 1.311 0.162 0.177 0.121 0.067 2516 chr8 23620057 23642924 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -67379 NM_001136271 137814 Hs.532654 NM_001136271 ENSG00000180053 NKX2-6 CSX2|CTHM|NKX2F|NKX4-2 NK2 homeobox 6 protein-coding nan 0.884 nan 0.046 0.136 0.172 0.098 0.147 0.008 0.280 0.056 0.085 0.054 0.060 0.061 0.068 0.075 0.047 0.093 0.176 0.039 0.051 0.054 0.081 0.173 0.045 0.053 0.085 0.045 0.059 0.067 0.106 0.133 0.029 0.039 0.074 0.047 0.055 0.082 0.172 0.014 0.076 0.038 0.074 0.080 0.037 0.357 0.246 0.166 0.248 nan 0.473 nan 0.098 0.053 0.056 0.099 0.159 0.266 0.258 4.257 3.932 0.163 0.166 0.098 0.147 1.287 4.642 nan nan 0.012 0.170 0.008 0.169 0.066 0.062 0.012 0.194 0.037 0.014 0.051 0.007 0.055 0.284 0.107 0.127 0.030 0.014 0.016 0.189 0.080 0.183 0.028 0.120 0.280 0.028 0.056 0.047 0.043 0.051 0.004 0.235 2.050 0.062 0.011 0.080 0.049 0.030 0.038 1.979 0.093 0.054 0.017 0.024 451 chr11 6460102 6481933 + 0 NA intron (NM_006458, intron 11 of 12) L2b|LINE|L2 -8763 NM_000613 3263 Hs.426485 NM_000613 ENSG00000110169 HPX HX hemopexin protein-coding 0.591 0.741 0.860 0.998 0.094 0.495 0.312 0.103 0.278 0.221 0.127 0.118 0.026 0.110 0.052 0.165 0.132 4.873 0.112 0.214 0.011 0.083 0.048 0.136 0.190 0.126 0.440 0.411 0.020 0.093 0.049 0.056 0.123 0.011 0.061 0.034 0.036 0.056 0.322 0.054 0.026 0.174 0.090 0.074 0.101 0.052 0.572 0.536 0.368 0.409 4.983 6.367 1.163 0.261 0.522 0.568 0.330 0.537 1.862 1.477 0.363 0.168 0.373 0.368 0.163 0.168 0.275 0.714 0.941 0.589 1.149 0.157 0.013 0.051 0.042 2.131 0.019 0.060 0.032 0.081 0.061 0.030 0.127 0.173 0.058 0.025 0.091 0.018 0.045 0.168 0.175 0.066 0.047 0.093 0.221 0.175 0.042 4.873 0.050 0.101 0.013 0.069 0.037 0.047 0.014 0.047 0.052 0.026 0.077 0.160 0.045 0.049 0.008 0.009 2616 chr8 143520312 143541624 + 0 NA Intergenic Intergenic -14409 NM_001702 575 Hs.194654 NM_001702 ENSG00000181790 ADGRB1 BAI1|GDAIF adhesion G protein-coupled receptor B1 protein-coding 1.064 0.619 nan 0.141 0.118 0.478 0.257 0.181 0.012 0.760 0.060 0.052 0.035 0.110 0.126 0.066 0.075 1.739 0.428 0.150 0.058 0.107 0.039 0.087 0.598 0.294 0.124 1.918 0.103 0.265 0.346 0.049 0.530 0.128 0.054 0.598 0.088 0.252 0.306 0.057 0.117 0.351 0.213 0.082 0.055 0.122 1.032 1.575 0.139 0.185 nan 3.019 nan 0.158 0.254 0.297 0.671 1.077 0.445 0.824 0.855 0.886 0.648 0.742 0.188 0.206 0.244 0.287 0.569 0.367 1.754 0.127 0.062 0.091 0.150 0.437 0.117 0.078 0.094 0.177 0.076 0.013 0.107 0.151 0.255 0.153 0.040 0.095 0.040 0.160 0.378 0.674 0.108 0.081 0.760 0.137 0.112 1.739 0.058 0.117 0.264 2.446 0.241 0.019 0.054 0.107 0.058 0.048 0.241 0.040 0.018 0.062 0.100 0.050 454 chr11 8277855 8313798 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -5644 NM_001270428 4004 Hs.654426 NM_002315 ENSG00000166407 LMO1 RBTN1|RHOM1|TTG1 LIM domain only 1 protein-coding 2.173 1.230 0.898 0.345 0.052 1.452 0.706 0.113 0.015 0.599 0.143 0.049 0.021 0.088 0.032 0.292 0.169 1.233 1.947 0.133 0.014 0.063 0.009 0.097 0.351 0.147 0.115 0.731 0.012 0.107 0.057 0.069 0.150 0.040 0.078 0.059 0.065 0.251 0.396 0.042 0.076 0.159 0.194 0.085 0.091 0.066 1.660 2.539 0.281 0.329 1.641 1.488 0.972 0.409 0.339 0.373 1.287 1.609 0.985 1.422 4.633 5.245 0.422 0.723 1.434 1.331 1.227 3.447 0.932 0.633 2.724 0.162 0.013 0.235 0.031 0.459 0.011 0.062 0.043 0.078 0.137 0.630 0.823 0.132 0.059 0.069 0.030 0.068 0.052 0.111 0.148 0.049 0.103 0.101 0.599 0.078 0.031 1.233 0.031 0.060 0.349 0.207 0.150 0.011 0.040 0.083 0.048 0.038 0.182 1.763 0.068 0.026 0.018 0.016 2538 chr8 49819643 49844073 + 0 NA intron (NM_003068, intron 2 of 2) intron (NM_003068, intron 2 of 2) 2141 NM_003068 6591 Hs.360174 NM_003068 ENSG00000019549 SNAI2 SLUG|SLUGH|SLUGH1|SNAIL2|WS2D snail family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.519 nan 1.764 0.076 0.130 0.182 0.098 0.485 0.015 0.350 0.661 0.118 0.263 0.383 0.044 0.688 0.313 0.039 0.428 0.128 0.137 0.125 0.450 0.384 0.288 0.270 0.046 1.119 0.702 0.114 0.043 0.125 3.398 0.449 0.066 0.205 1.091 3.697 1.028 0.184 0.447 1.525 2.040 0.743 0.350 0.252 0.394 0.311 0.628 1.350 1.279 1.020 1.925 0.404 0.355 0.370 0.459 0.634 0.102 0.114 0.722 0.510 0.137 0.184 2.023 2.959 0.338 0.558 1.953 1.342 0.007 0.573 0.023 0.709 0.045 0.114 0.764 0.575 0.809 0.406 0.094 0.287 0.094 0.089 0.089 0.128 0.200 2.744 0.105 0.085 0.248 0.139 0.350 0.406 0.038 0.039 0.321 0.135 0.183 0.202 2.085 0.602 0.355 0.317 0.338 0.076 0.029 0.214 0.854 0.069 0.226 0.197 1364 chr18 77152333 77166742 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278675) promoter-TSS (NM_001278675) -737 NM_001278672 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T-cells 1 protein-coding nan nan 0.728 0.116 0.419 1.916 1.035 0.145 0.132 1.953 0.037 0.033 0.039 0.080 0.482 0.556 0.229 2.039 0.583 0.301 0.309 0.618 0.213 0.736 1.404 0.671 0.216 3.605 0.074 0.141 0.526 0.046 0.654 0.106 0.042 0.487 0.212 0.484 0.652 0.393 0.207 0.674 0.706 0.106 0.227 0.138 5.390 7.115 7.088 8.588 2.853 nan 4.482 3.210 1.215 1.273 0.145 0.148 0.265 nan 0.349 0.224 2.385 4.259 0.545 0.696 0.103 0.111 0.310 0.343 2.064 0.543 0.313 0.229 0.897 0.062 0.376 0.387 0.367 1.373 0.334 0.046 0.850 0.448 0.209 0.260 0.053 0.330 0.193 0.309 1.271 1.891 0.219 0.037 1.953 0.125 0.242 2.039 0.076 0.345 0.180 3.789 0.141 0.014 0.171 0.154 0.242 0.055 2.242 0.017 0.189 0.059 0.104 0.071 1408 chr19 18051964 18064110 + 0 NA Intergenic Intergenic -4074 NM_002248 3780 Hs.158173 NM_002248 ENSG00000105642 KCNN1 KCa2.1|SK1|SKCA1|hSK1 potassium calcium-activated channel subfamily N member 1 protein-coding 2.553 1.375 1.675 0.730 0.290 3.637 1.850 0.375 0.127 1.694 0.202 0.080 0.165 0.415 0.270 0.323 0.252 2.795 0.726 0.269 0.102 0.258 0.074 0.362 nan 0.555 0.298 2.226 0.097 0.311 0.502 0.094 0.534 0.057 0.121 0.457 0.257 0.442 0.443 0.216 0.187 0.399 1.761 0.454 0.339 0.146 0.974 1.086 0.456 0.656 7.382 5.903 1.983 0.680 0.479 0.460 1.305 1.687 1.943 3.887 4.035 3.697 0.319 0.399 2.747 2.131 4.072 6.061 1.341 0.767 4.197 0.321 0.267 0.216 0.109 2.158 0.117 0.296 0.166 0.643 0.413 0.558 1.058 0.621 0.384 0.199 0.083 0.141 0.209 0.177 1.076 1.542 0.493 0.252 1.694 0.468 0.343 2.795 0.142 0.281 2.204 1.783 0.223 0.179 0.065 0.254 0.200 0.113 0.138 2.796 0.126 0.078 0.123 0.046 2448 chr7 56145083 56152195 + 0 NA TTS (NM_001130069) TTS (NM_001130069) 12050 NM_001258459 5260 Hs.730821 NM_006213 ENSG00000164776 PHKG1 PHKG phosphorylase kinase catalytic subunit gamma 1 protein-coding nan 2.501 1.873 2.902 0.231 1.442 0.835 0.221 0.546 0.236 0.394 0.247 0.057 0.196 0.090 1.281 1.073 3.704 0.391 0.347 0.052 0.180 0.015 0.106 0.956 0.335 1.749 4.694 0.016 2.000 0.108 0.137 0.184 0.074 0.886 0.077 0.116 0.280 0.016 0.035 0.360 0.400 0.205 0.621 0.132 0.552 0.679 0.557 1.017 4.723 4.256 0.882 0.461 0.657 0.567 0.554 0.895 4.004 3.376 0.229 0.216 0.239 0.233 0.589 0.431 0.387 0.758 1.128 0.620 1.486 0.236 0.040 0.168 0.644 0.391 0.117 0.196 0.113 0.135 0.090 0.228 0.308 0.091 0.034 0.128 0.120 0.017 0.149 0.217 0.135 0.165 0.196 0.236 0.169 0.074 3.704 0.103 0.036 0.361 0.152 7.690 0.048 0.041 0.401 0.063 0.695 0.042 0.156 0.064 0.103 0.049 0.028 634 chr12 6711332 6728256 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -3195 NM_001273 1108 Hs.162233 NM_001273 ENSG00000111642 CHD4 CHD-4|Mi-2b|Mi2-BETA|SIHIWES chromodomain helicase DNA binding protein 4 protein-coding 3.019 nan nan 5.592 1.506 3.417 1.784 1.816 0.191 3.618 0.944 0.142 0.224 0.987 0.518 1.676 0.969 4.111 3.529 1.663 0.498 0.580 0.391 0.908 6.330 2.155 1.501 5.823 0.752 2.404 1.139 0.119 2.063 0.460 0.900 0.719 0.386 1.360 1.182 0.445 0.451 1.433 2.909 1.104 1.657 0.501 2.409 3.086 1.497 1.945 nan 6.627 6.820 2.314 3.873 3.893 2.568 3.385 4.946 5.034 5.323 4.589 2.012 3.299 2.306 2.041 2.675 nan 1.773 0.774 2.964 1.268 0.339 1.213 1.456 4.004 0.810 0.776 0.447 0.670 1.199 0.717 3.105 0.819 0.645 0.445 0.320 0.713 0.743 0.881 1.809 2.618 0.899 1.509 3.618 1.007 0.533 4.111 0.572 0.546 2.350 2.826 1.168 1.246 0.107 0.589 0.716 1.369 2.483 2.464 0.547 0.487 0.316 0.162 2721 chr9 135497130 135521439 + 0 NA intron (NR_136309, intron 14 of 18) L1MC4a|LINE|L1 29429 NM_001322343 64794 Hs.660767 NM_022779 ENSG00000125485 DDX31 PPP1R25 DEAD-box helicase 31 protein-coding nan 0.766 1.138 0.582 0.118 0.695 0.456 0.151 0.033 0.318 0.119 0.099 0.086 0.275 0.036 0.684 0.394 0.793 0.152 0.319 0.015 0.122 0.017 0.270 0.315 0.173 0.065 1.778 0.300 0.238 0.068 0.082 0.272 0.068 0.038 0.119 0.045 0.110 0.323 0.108 0.036 0.383 0.106 0.113 0.120 0.253 0.903 1.002 1.779 2.437 1.416 1.189 nan 0.125 0.475 0.480 2.028 1.836 0.486 0.644 2.055 1.468 0.915 1.537 1.789 2.497 0.557 0.934 3.104 1.603 0.160 0.320 0.016 0.125 0.041 0.058 0.057 0.125 0.045 0.085 0.126 0.553 0.075 0.146 0.072 0.042 0.132 0.078 0.114 0.174 0.175 0.141 0.032 0.081 0.318 0.205 0.103 0.793 0.070 0.046 0.463 0.090 0.644 0.017 0.019 0.322 0.041 0.100 0.615 0.244 0.104 0.039 0.218 0.130 578 chr11 100501477 100516005 + 0 NA Intergenic Intergenic -49666 NM_152432 143872 Hs.741465 NM_152432 ENSG00000165895 ARHGAP42 GRAF3 Rho GTPase activating protein 42 protein-coding 1.115 1.080 1.034 0.060 0.070 0.330 0.088 0.134 0.039 0.417 0.274 0.088 0.091 0.240 0.061 0.142 0.092 0.066 0.166 0.399 0.004 0.164 0.176 0.099 0.427 0.132 0.896 0.749 0.386 0.125 0.067 0.104 0.071 0.057 0.133 0.121 0.011 0.062 0.307 0.143 0.085 0.428 0.136 0.076 0.233 0.199 0.562 0.318 0.249 0.398 0.362 0.447 0.144 0.096 0.594 0.613 4.500 5.003 0.146 0.162 1.404 0.788 0.202 0.360 0.436 0.278 1.009 2.554 0.750 0.691 0.031 0.184 0.007 0.629 0.034 0.037 0.163 0.045 0.031 0.215 0.068 0.425 0.135 0.058 0.037 0.095 0.054 0.126 0.253 0.179 0.024 0.054 0.488 0.417 0.264 0.038 0.066 0.371 0.545 0.142 0.044 0.154 0.040 0.006 0.049 0.069 0.079 0.061 0.844 0.073 0.275 0.012 0.010 2551 chr8 67516736 67527009 + 0 NA intron (NM_001294282, intron 1 of 14) intron (NM_001294282, intron 1 of 14) 3612 NM_001080416 4603 Hs.445898 NM_001080416 ENSG00000185697 MYBL1 A-MYB|AMYB MYB proto-oncogene like 1 protein-coding 2.616 1.332 1.080 1.239 0.913 0.720 0.297 1.509 0.097 0.476 1.676 0.125 0.793 2.147 1.686 0.321 0.301 0.748 0.462 0.551 0.448 2.207 0.749 1.484 1.022 0.486 0.548 2.736 1.088 0.448 0.556 0.116 1.232 1.108 1.136 2.166 1.085 7.325 0.414 1.192 0.187 0.506 0.904 1.421 0.434 0.923 0.552 0.808 0.900 1.421 2.218 2.119 1.616 0.487 0.672 0.609 1.958 nan 0.679 0.843 nan 1.323 0.425 0.925 2.258 2.620 0.680 1.214 1.902 1.238 0.396 1.663 0.289 0.936 0.223 1.071 0.216 1.292 0.880 0.819 0.490 0.621 0.609 1.526 1.406 0.687 0.769 0.416 0.223 1.664 0.692 3.162 1.460 0.480 0.476 1.480 4.465 0.748 0.403 0.128 0.171 1.569 1.025 1.136 0.617 1.794 0.698 0.236 0.212 0.259 1.347 0.515 1.090 0.945 695 chr12 53757097 53784907 + 0 NA Intergenic Intergenic -2977 NM_138473 6667 Hs.620754 NM_003109 ENSG00000185591 SP1 - Sp1 transcription factor protein-coding nan 1.516 1.104 1.238 1.178 1.333 0.674 1.816 2.865 1.322 0.655 0.386 0.981 2.232 1.786 0.835 0.452 1.512 0.483 1.367 0.481 1.735 1.259 1.658 4.419 1.886 1.889 2.243 0.746 1.285 1.412 0.117 4.000 0.692 1.393 1.516 0.206 0.880 1.273 1.278 0.561 2.600 4.404 1.175 3.269 0.913 nan 1.679 1.506 2.238 2.091 nan 2.448 1.207 2.976 3.049 1.142 nan 2.361 nan 1.659 1.432 1.145 1.539 1.003 1.191 1.259 2.268 1.794 0.948 0.516 2.699 0.753 3.079 0.676 1.131 1.052 2.459 2.328 1.137 3.280 0.314 0.428 1.925 1.677 0.767 1.802 0.472 0.331 2.350 4.299 3.509 1.380 2.651 1.322 1.999 1.646 1.512 1.309 2.327 0.134 2.447 0.801 0.809 0.900 2.378 0.999 0.838 0.930 0.827 1.033 1.827 0.628 0.496 978 chr15 78498313 78509238 + 0 NA intron (NM_015162, intron 1 of 13) intron (NM_015162, intron 1 of 13) 23274 NM_001199377 23205 Hs.655760 NM_015162 ENSG00000103740 ACSBG1 BG|BG1|BGM|GR-LACS|LPD acyl-CoA synthetase bubblegum family member 1 protein-coding 1.451 5.882 1.030 0.581 0.341 0.360 0.160 0.301 0.063 0.478 0.455 0.103 0.605 1.447 0.022 0.271 0.155 0.120 0.637 0.302 0.068 0.144 0.154 0.269 8.175 1.804 0.182 3.968 1.835 0.165 0.090 0.076 0.330 0.254 0.153 0.202 0.273 0.346 0.395 0.066 0.052 0.593 0.341 0.098 1.014 0.210 0.455 0.329 0.435 0.586 0.380 0.322 4.006 1.300 0.239 0.246 0.434 0.716 0.620 0.651 0.885 0.748 0.341 0.431 1.227 1.600 0.393 0.375 0.514 0.407 0.014 0.613 2.273 1.157 0.045 0.252 0.038 0.623 0.172 0.131 0.059 0.236 0.332 0.151 0.188 0.157 0.177 0.036 0.077 0.255 0.477 0.234 0.231 0.958 0.478 2.792 0.406 0.120 0.547 1.012 0.341 0.223 0.399 0.273 0.115 0.406 0.092 0.010 0.018 0.211 0.056 0.096 0.069 0.032 2144 chr5 56985511 56997924 + 0 NA Intergenic MamRep1527|LTR|LTR 45230 NR_104668 101928505 Hs.119998 NR_104668 LOC101928505 - uncharacterized LOC101928505 ncRNA nan nan 0.750 0.014 1.826 0.154 0.130 0.290 0.050 0.268 0.433 0.103 0.734 0.947 0.353 0.051 0.053 0.019 0.087 0.253 0.399 1.086 1.836 0.719 0.781 0.327 0.490 0.350 2.004 0.026 6.592 0.204 1.006 1.111 0.282 1.345 0.579 0.502 0.520 2.019 1.057 1.137 1.779 0.469 0.700 0.417 0.247 0.195 1.449 2.274 0.141 0.135 nan 0.043 0.125 0.128 0.331 0.541 0.155 0.182 nan 0.122 0.064 0.106 0.096 0.147 0.224 0.484 0.335 0.312 0.049 3.425 0.792 3.016 0.080 0.086 1.802 0.607 0.118 1.501 0.031 0.044 0.957 1.281 0.911 0.804 0.032 0.029 2.826 0.800 1.682 0.196 0.384 0.268 0.420 2.843 0.019 0.287 0.228 0.031 0.346 0.082 0.836 0.751 1.012 0.959 0.047 0.024 0.071 0.269 0.626 3.048 3.484 325 chr1 232145608 232152620 + 0 NA intron (NM_001164537, intron 12 of 13) intron (NM_001164537, intron 12 of 13) 87534 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.237 2.014 1.849 1.317 0.162 1.002 0.646 0.081 0.009 0.725 0.182 0.088 0.027 0.090 0.036 1.653 0.539 0.409 4.482 0.230 0.096 0.032 0.077 0.314 0.106 0.091 1.354 0.041 0.076 0.062 0.111 0.140 0.034 0.033 0.085 0.011 0.113 0.239 0.094 0.045 0.094 0.183 0.091 0.104 0.134 0.314 0.323 1.142 1.192 1.432 1.187 10.065 2.429 0.306 0.329 0.596 0.847 nan 1.557 0.466 0.228 0.196 0.144 1.235 1.329 0.488 1.065 nan 1.504 1.732 0.071 0.014 0.165 0.015 0.482 0.020 0.188 0.062 0.031 0.045 0.327 0.225 0.131 0.035 0.045 0.055 0.089 0.055 0.187 0.104 0.166 0.725 0.122 0.013 0.409 0.052 0.076 0.097 0.034 1.951 0.087 0.018 0.091 0.030 0.083 0.056 0.265 0.021 0.027 0.041 0.014 378 chr10 32214687 32237646 + 0 NA Intergenic MER101-int|LTR|ERV1 -8362 NM_001270698 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 1.083 1.943 1.642 0.364 2.197 1.094 0.537 2.457 0.705 0.390 2.650 0.555 0.932 2.599 4.769 0.356 0.160 0.825 0.255 1.312 0.486 2.376 1.371 1.845 3.367 1.827 1.897 1.973 1.029 0.876 0.676 0.112 1.832 1.734 1.181 2.427 0.732 2.162 0.991 1.362 0.155 2.191 1.455 0.939 2.140 0.866 1.701 2.117 2.379 nan 1.266 1.127 2.275 0.666 1.482 1.493 1.755 2.358 1.212 1.678 0.605 0.529 0.742 1.148 0.504 0.630 0.671 1.049 0.636 0.424 0.453 2.687 1.400 2.323 0.100 0.649 1.336 2.085 1.649 1.078 3.995 0.091 0.280 2.213 1.865 0.908 3.012 0.386 0.522 2.417 3.951 1.944 1.817 2.935 0.390 3.007 3.189 0.825 1.653 2.083 0.104 2.068 0.524 1.481 1.040 1.438 1.002 0.809 0.245 0.268 1.300 3.828 4.007 4.103 889 chr14 75985870 75991205 + 0 NA promoter-TSS (NM_006399) promoter-TSS (NM_006399) -247 NM_006399 10538 Hs.509964 NM_006399 ENSG00000156127 BATF B-ATF|BATF1|SFA-2|SFA2 basic leucine zipper ATF-like transcription factor protein-coding 1.076 0.886 0.695 0.165 0.413 0.152 0.209 0.118 1.606 0.216 0.166 0.209 0.035 0.159 0.024 0.025 0.185 0.225 0.159 2.852 0.508 1.524 1.012 5.490 1.853 3.579 1.193 0.544 0.009 0.061 0.124 0.271 0.244 0.299 1.542 0.077 0.294 1.146 0.029 0.334 0.357 8.053 1.213 0.233 0.251 0.389 1.228 0.783 0.682 0.169 0.080 0.545 0.484 0.203 0.300 0.558 nan 0.450 0.278 0.164 0.349 0.056 0.141 0.094 0.172 0.652 nan 0.041 0.589 0.611 0.489 0.149 0.121 2.639 1.601 0.014 0.061 0.054 0.042 0.105 0.135 0.190 0.259 0.264 0.458 0.054 0.945 5.454 0.216 0.429 0.262 0.225 0.755 8.723 0.034 0.100 0.135 0.089 0.250 0.148 0.126 0.043 0.037 0.063 0.143 1.419 0.043 1233 chr17 59311436 59345373 + 0 NA intron (NM_001330413, intron 23 of 25) intron (NM_001330413, intron 23 of 25) 116661 NR_136397 101927855 Hs.662123 NR_136397 ENSG00000267131 LOC101927855 - uncharacterized LOC101927855 ncRNA 1.243 0.985 1.005 0.120 0.087 0.404 0.236 0.245 0.336 0.295 1.964 0.489 0.034 0.143 0.032 0.138 0.115 0.169 0.231 0.228 0.062 0.112 0.065 0.300 0.401 0.149 0.121 0.475 0.095 0.186 0.093 0.112 0.201 0.115 0.101 0.165 0.012 0.087 0.202 0.058 0.047 0.235 0.499 0.116 0.087 0.089 0.559 0.487 0.651 1.357 0.362 0.375 0.295 0.175 nan 0.511 0.423 0.664 nan nan 1.017 0.619 0.258 0.430 0.472 0.372 0.581 1.401 0.601 0.587 0.162 0.182 0.028 3.287 0.020 0.147 0.754 0.102 0.055 0.102 4.449 0.068 0.056 0.101 0.107 0.083 0.075 0.071 0.083 0.258 0.408 0.159 0.112 0.244 0.295 0.109 0.055 0.169 0.123 0.334 0.023 0.068 0.152 0.088 0.021 0.121 0.078 0.111 0.097 0.611 0.042 0.061 0.032 0.019 540 chr11 65473679 65488465 + 0 NA exon (NM_006388, exon 6 of 14) exon (NM_006388, exon 6 of 14) 1599 NM_182710 10524 Hs.397010 NM_006388 ENSG00000172977 KAT5 ESA1|HTATIP|HTATIP1|PLIP|TIP|TIP60|ZC2HC5|cPLA2 lysine acetyltransferase 5 protein-coding nan 1.819 1.428 2.592 1.153 1.999 0.963 1.535 0.889 1.353 0.994 0.228 0.589 1.265 1.777 0.636 0.506 2.198 0.858 1.179 0.645 1.390 1.046 0.950 3.605 2.152 1.427 4.052 1.019 1.034 1.534 0.152 1.961 0.854 1.096 2.530 0.586 1.938 1.301 1.400 0.461 2.061 1.284 1.159 1.620 1.144 2.682 2.987 2.361 3.250 4.313 4.384 3.303 1.635 3.211 3.610 2.195 2.822 3.205 3.621 2.765 2.598 1.914 3.156 2.097 2.415 1.427 1.565 1.700 0.972 1.717 1.812 0.555 1.013 1.321 1.685 0.918 1.767 2.112 1.042 1.054 0.465 0.993 4.435 2.302 1.055 1.389 0.821 0.605 4.152 1.666 1.892 0.810 1.660 1.353 1.649 2.117 2.198 0.949 1.258 0.811 2.136 1.265 1.724 0.948 1.715 0.868 0.553 0.622 0.537 1.399 0.932 0.810 0.576 1162 chr17 35274280 35286343 + 0 NA intron (NR_135670, intron 1 of 1) intron (NR_135670, intron 1 of 1) 13649 NR_135669 102723471 Hs.567930 NR_135668 ENSG00000277268 LOC102723471 - uncharacterized LOC102723471 ncRNA nan 0.858 0.828 0.094 5.130 0.863 0.514 1.751 1.279 0.072 0.066 2.845 4.455 0.079 0.104 0.110 0.228 0.148 0.254 1.386 2.893 2.070 0.151 3.582 2.022 1.086 0.477 3.090 0.443 0.179 0.078 1.065 2.526 0.288 3.700 0.221 0.269 1.269 2.999 0.139 3.234 0.434 0.803 5.712 0.738 0.484 0.414 0.173 0.328 nan 0.649 0.889 0.297 0.342 0.388 0.466 0.812 0.393 0.491 nan 0.674 0.337 0.443 0.133 0.117 1.039 3.891 0.485 0.517 0.101 5.712 2.249 1.879 0.059 0.125 0.252 3.792 4.145 0.105 0.321 0.021 0.047 9.106 1.126 0.422 3.023 0.040 0.070 1.619 1.371 0.634 0.045 1.393 1.279 3.251 3.016 0.228 0.385 0.457 0.089 0.863 0.163 1.040 3.272 3.385 2.772 0.504 0.043 0.959 1.630 6.053 0.019 0.034 1615 chr2 153572492 153576817 + 0 NA promoter-TSS (NM_017892) promoter-TSS (NM_017892) 247 NR_024526 151188 Hs.643580 NM_152522 ENSG00000177917 ARL6IP6 AIP-6|AIP6|PFAAP1 ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 protein-coding 8.676 3.621 6.614 7.899 4.710 7.214 3.370 5.661 2.534 5.020 3.414 0.260 1.880 5.640 5.905 3.170 1.412 6.872 2.370 3.877 1.746 5.099 1.674 4.104 8.704 6.864 5.857 18.949 2.405 3.807 4.735 0.147 7.667 2.963 3.744 5.597 1.146 5.715 3.021 3.172 1.689 4.942 9.531 3.994 4.546 3.442 9.331 9.627 10.528 13.418 10.278 8.461 9.950 4.505 21.592 22.815 6.369 7.902 9.077 11.296 12.935 16.447 5.801 10.351 6.601 5.867 11.840 11.454 3.461 1.785 6.370 3.974 2.007 2.681 2.286 4.758 2.950 3.059 4.343 3.653 5.815 1.414 3.315 6.816 5.101 2.181 2.904 3.179 1.970 4.614 5.910 7.812 2.165 3.394 5.020 6.770 6.664 6.872 2.091 2.467 2.178 6.869 1.619 3.008 2.096 4.508 2.280 2.854 2.781 3.256 4.796 1.926 3.435 2.101 211 chr1 155900097 155917091 + 0 NA Intergenic Intergenic -2886 NM_181885 339403 Hs.449914 NM_181885 ENSG00000173080 RXFP4 GPCR142|GPR100|RLN3R2|RXFPR4 relaxin/insulin like family peptide receptor 4 protein-coding nan nan 2.448 1.760 1.586 2.183 1.198 1.637 0.569 1.840 1.542 0.257 0.735 1.731 3.232 1.584 0.867 1.556 1.556 1.589 0.458 0.979 0.972 0.813 4.435 2.558 2.996 10.474 1.415 1.057 1.586 0.093 2.696 1.978 0.802 1.386 0.392 1.291 1.622 1.643 0.374 2.764 3.729 0.658 1.521 1.188 2.589 2.852 2.973 4.900 3.474 nan 3.084 1.281 1.850 1.813 2.135 2.944 4.765 4.363 2.539 2.098 3.201 4.399 1.740 2.282 2.428 3.355 1.745 1.055 0.919 2.336 0.629 2.191 3.801 1.884 0.897 2.170 1.920 0.651 4.164 0.388 0.624 2.487 1.621 0.852 0.615 0.592 0.512 0.935 2.216 1.876 0.793 1.246 1.840 1.849 3.477 1.556 1.811 0.540 0.438 3.568 2.935 1.133 0.417 2.159 0.731 1.386 1.361 0.784 1.135 1.006 0.718 0.485 684 chr12 48289417 48299882 + 0 NA intron (NM_001017535, intron 1 of 10) intron (NM_001017535, intron 1 of 10) 4165 NM_001017536 7421 Hs.524368 NM_000376 ENSG00000111424 VDR NR1I1|PPP1R163 vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor protein-coding 1.069 nan 1.245 0.479 1.165 0.424 0.231 0.511 0.113 0.415 0.099 0.077 1.418 3.957 2.903 0.271 0.308 0.080 0.263 0.627 0.485 2.770 0.705 0.427 3.808 1.838 3.280 0.330 0.758 0.477 0.135 0.060 1.576 0.328 0.337 1.435 0.081 0.429 0.592 1.362 0.170 2.843 1.021 0.355 1.511 0.629 1.055 1.268 1.006 2.040 0.823 0.744 4.221 1.154 1.168 1.250 0.308 0.404 0.936 1.112 0.639 0.559 0.519 0.814 0.833 1.512 0.189 0.350 1.318 1.086 0.967 1.692 0.450 0.576 0.316 0.505 0.040 1.212 0.750 0.071 0.313 0.059 0.053 2.598 0.382 0.283 1.020 0.345 0.267 2.646 0.648 3.603 1.615 1.724 0.415 2.222 0.903 0.080 0.768 0.547 0.097 1.026 0.019 0.246 1.186 0.700 0.819 0.269 0.179 0.071 0.427 0.552 0.281 0.184 2073 chr4 129379901 129390711 + 0 NA intron (NR_125882, intron 1 of 8) intron (NR_125882, intron 1 of 8) 36135 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 0.748 1.628 nan 0.250 0.194 0.221 0.134 0.279 0.006 0.059 0.948 0.148 0.124 0.137 0.408 0.102 0.091 0.100 0.169 0.266 0.058 0.045 0.078 0.270 0.366 0.060 0.125 0.394 0.146 0.138 0.075 0.081 0.255 0.197 0.043 0.412 0.310 0.414 0.137 0.096 0.105 0.108 0.270 0.133 0.076 0.200 0.184 0.215 0.284 0.233 0.231 0.139 0.055 0.070 0.176 0.389 0.643 0.408 0.289 0.348 0.176 0.132 0.342 0.095 0.142 0.887 2.557 0.477 0.379 0.164 0.542 0.018 1.152 0.028 0.041 0.038 0.488 0.193 0.049 0.315 0.066 0.112 0.056 0.064 0.050 0.036 0.022 0.998 0.485 0.066 3.008 0.272 0.059 0.060 0.042 0.100 0.171 0.178 0.026 0.027 0.207 0.383 0.027 0.195 0.068 0.063 0.044 0.528 0.028 0.114 0.011 0.014 1732 chr20 32250332 32263644 + 0 NA TTS (NM_001024675) TTS (NM_001024675) 2684 NM_001024675 170487 Hs.592151 NM_001024675 ENSG00000182584 ACTL10 C20orf134|dJ63M2.2 actin like 10 protein-coding 2.486 4.982 3.214 5.303 2.923 3.075 1.588 5.085 0.279 1.703 1.640 0.229 0.953 2.384 4.282 1.486 0.774 4.587 1.406 2.818 0.530 1.703 0.556 1.996 nan 3.090 2.595 7.608 0.954 1.655 2.206 0.095 1.799 1.579 0.840 2.553 0.828 2.119 1.296 0.837 0.813 5.076 3.255 1.944 2.813 1.177 4.514 6.371 1.739 2.796 3.499 nan 6.675 1.962 3.521 3.841 2.240 3.205 5.931 6.306 2.987 2.886 1.819 3.282 1.388 1.410 1.950 nan 0.995 0.502 2.257 1.161 1.413 2.348 1.745 2.987 0.843 1.404 1.585 1.767 2.339 0.400 0.647 1.524 1.508 0.870 0.954 0.757 0.565 1.247 1.975 3.088 1.826 2.342 1.703 2.494 1.906 4.587 1.225 2.092 0.488 5.063 1.917 0.744 0.379 2.076 0.561 0.855 0.922 1.183 1.692 0.480 0.511 0.256 861 chr14 55912823 55928712 + 0 NA Intergenic Intergenic -13504 NM_199047 387332 Hs.528278 NM_199047 ENSG00000182521 TBPL2 TBP2|TRF3 TATA-box binding protein like 2 protein-coding nan nan 1.004 0.696 0.231 0.647 0.380 0.309 0.036 2.487 0.415 0.172 0.716 1.096 0.805 0.159 0.160 0.347 0.433 0.926 0.553 0.783 0.332 1.364 3.418 0.689 0.752 2.815 0.919 0.054 0.096 0.107 3.196 0.804 0.536 1.125 0.054 0.229 0.812 0.465 0.831 1.167 2.257 0.216 1.292 0.912 0.428 0.332 0.623 2.575 0.784 0.773 1.391 0.350 0.810 0.826 0.468 0.866 1.191 1.231 1.301 0.836 0.269 0.491 0.576 0.953 1.715 3.999 nan 0.764 1.818 1.718 0.224 1.736 0.064 1.900 0.070 3.777 2.802 0.105 2.235 0.101 0.160 1.487 0.469 0.225 1.763 0.109 0.130 2.625 0.744 0.931 0.432 2.070 2.487 0.875 1.730 0.347 0.523 0.417 0.215 4.052 0.445 0.912 0.306 2.737 1.207 0.072 0.125 2.584 0.495 0.202 0.758 0.863 337 chr1 245910699 245916209 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 11 of 11) L2|LINE|L2 595167 NM_018012 55083 Hs.143134 NM_018012 ENSG00000162849 KIF26B - kinesin family member 26B protein-coding nan 1.125 nan 0.187 0.053 0.390 0.331 0.153 0.011 0.418 0.455 0.174 0.034 0.058 0.177 0.164 0.180 0.248 0.145 0.022 0.037 0.039 0.073 0.115 0.060 0.128 0.376 0.026 0.105 0.100 0.097 0.299 0.042 0.071 0.065 0.201 0.252 0.060 0.015 0.121 0.245 0.114 0.104 0.114 1.218 0.674 12.028 2.219 0.731 0.693 0.569 0.255 3.643 3.078 0.351 0.573 0.408 0.443 0.367 0.236 0.304 0.455 0.073 0.182 0.438 0.765 0.467 0.351 0.082 0.104 0.085 0.038 0.226 0.025 0.173 0.101 0.041 0.065 0.018 0.048 0.133 0.087 0.050 0.071 0.057 0.309 0.186 0.074 0.026 0.043 0.108 0.418 0.052 0.030 0.180 0.127 0.030 0.052 0.095 0.037 0.037 0.008 0.044 0.061 0.104 0.252 0.223 0.274 0.052 0.021 0.019 2406 chr7 12678464 12702422 + 0 NA intron (NM_033128, intron 12 of 13) intron (NM_033128, intron 12 of 13) -36009 NM_001037164 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.029 nan 0.136 1.242 0.200 0.164 0.815 0.021 0.177 0.409 0.210 0.229 0.398 0.461 0.130 0.175 0.175 0.254 0.467 0.227 0.363 0.715 0.190 0.318 0.151 0.233 0.291 0.726 0.312 0.124 0.153 0.516 0.668 0.224 2.109 1.480 2.667 0.570 0.428 0.252 0.528 0.525 0.596 0.284 0.361 nan 0.282 0.305 0.874 0.322 0.444 0.422 0.174 0.370 0.382 0.343 0.463 0.496 0.443 0.261 0.116 0.142 0.212 0.084 0.134 0.341 0.657 0.514 0.421 0.015 1.129 0.667 3.251 0.077 0.104 0.804 0.870 0.400 0.284 0.427 0.034 0.073 1.494 0.405 0.264 0.160 0.279 0.512 1.654 0.245 0.214 0.254 0.523 0.177 0.699 0.239 0.175 0.362 0.486 0.048 0.160 0.066 1.166 0.191 0.833 0.414 0.274 0.045 0.109 0.428 0.617 0.257 0.174 76 chr1 33279072 33285712 + 0 NA promoter-TSS (NM_022753) promoter-TSS (NM_022753) -651 NM_001256121 64766 Hs.440880 NM_022753 ENSG00000116497 S100PBP S100PBPR S100P binding protein protein-coding 6.788 nan 6.470 12.292 5.656 5.238 3.029 4.496 1.718 5.345 3.564 0.193 1.463 4.449 3.847 4.787 2.249 10.724 3.523 3.217 1.154 4.682 1.574 1.531 10.995 6.648 4.095 10.826 2.624 4.042 6.413 0.234 5.470 1.658 2.334 3.843 0.981 4.496 3.527 2.541 1.152 3.607 5.306 3.009 3.507 2.275 5.247 5.753 5.873 8.440 11.674 11.129 nan 2.722 13.461 14.238 5.507 7.048 4.765 6.418 nan 6.405 4.468 6.899 4.108 4.231 5.239 9.255 3.231 nan 7.484 3.241 2.004 3.808 2.099 5.999 5.113 2.170 2.578 2.519 3.663 1.078 4.499 6.296 3.662 1.894 1.803 1.758 1.316 4.546 2.909 5.247 2.137 2.112 5.345 4.144 7.329 10.724 1.679 1.272 1.342 5.577 2.673 3.104 1.933 2.510 1.707 2.078 3.190 3.721 2.200 1.750 3.304 2.022 1924 chr3 114111722 114141429 + 0 NA intron (NM_001164343, intron 8 of 11) intron (NM_001164343, intron 8 of 11) -24086 NM_001164342 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.113 nan 1.006 0.176 0.508 0.780 0.497 0.103 0.006 0.456 1.170 0.132 0.032 0.110 0.036 0.360 0.316 3.191 0.185 0.103 0.021 0.106 0.050 0.133 0.071 0.060 0.074 1.070 0.128 0.203 0.019 0.083 0.161 0.045 0.059 0.094 0.008 0.049 0.094 0.059 0.005 0.167 0.160 0.106 0.078 0.045 1.840 2.549 3.160 4.324 2.514 nan 2.565 0.999 0.287 0.298 nan 2.735 0.297 0.339 0.678 0.335 1.536 2.134 0.146 0.205 0.508 1.056 1.488 1.114 0.325 0.136 0.013 0.250 0.047 1.104 0.028 0.109 0.027 0.022 0.067 0.026 0.107 0.102 0.012 0.016 0.049 0.071 0.090 0.228 0.107 0.221 0.037 0.045 0.456 0.060 0.065 3.191 0.045 0.033 0.094 0.053 0.178 0.052 0.014 0.069 0.071 0.144 1.662 0.391 0.010 0.134 0.033 0.048 2718 chr9 133604330 133609592 + 0 NA intron (NM_007313, intron 1 of 10) L1ME3A|LINE|L1 17693 NM_007313 25 Hs.431048 NM_005157 ENSG00000097007 ABL1 ABL|JTK7|bcr/abl|c-ABL|c-ABL1|p150|v-abl ABL proto-oncogene 1, non-receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.978 4.913 7.048 0.437 7.377 3.688 0.435 0.024 0.258 0.250 0.183 0.477 0.603 0.097 3.577 1.779 4.153 0.178 0.216 0.959 0.303 0.161 4.194 1.793 0.983 0.690 0.583 0.284 0.041 0.109 0.312 0.089 0.342 0.372 0.168 0.390 0.276 0.207 0.048 0.414 0.212 0.417 0.248 0.119 0.307 0.555 0.512 0.793 1.580 1.843 8.391 3.329 0.173 0.274 0.535 0.724 4.757 6.003 1.181 0.958 0.182 0.304 7.131 10.251 0.437 0.907 4.175 1.484 0.074 1.310 0.036 0.214 2.084 0.288 0.026 1.094 0.713 0.028 0.266 2.706 0.660 0.178 0.116 0.045 0.364 0.253 0.484 0.133 1.290 0.332 0.582 3.298 0.258 1.081 0.363 4.153 0.135 1.111 0.239 0.077 2.965 0.693 0.028 0.800 0.127 0.330 0.089 0.258 0.279 0.183 0.011 0.039 982 chr15 80768645 80792166 + 0 NA intron (NM_014862, intron 5 of 18) intron (NM_014862, intron 5 of 18) 74880 NR_120363 101929586 Hs.569426 NR_120363 ENSG00000259175 LOC101929586 - uncharacterized LOC101929586 ncRNA 0.544 nan 0.663 0.089 0.360 0.316 0.166 0.224 0.026 0.216 0.953 0.170 0.065 0.073 0.193 0.080 0.097 0.107 0.173 0.140 1.558 0.055 0.851 0.102 0.981 0.120 0.222 0.390 0.118 0.182 0.047 0.070 0.173 0.298 0.042 2.388 1.880 5.384 0.268 0.218 0.277 0.244 0.331 0.576 0.123 0.115 0.349 0.363 0.545 0.843 0.280 0.305 1.948 0.493 0.367 0.395 0.416 0.613 0.582 0.637 0.498 0.289 0.222 0.243 0.266 0.417 0.254 0.385 0.656 0.444 0.530 0.110 0.008 1.241 0.047 0.309 0.035 0.109 0.092 0.019 0.065 0.057 0.078 0.410 0.123 0.113 0.065 0.051 0.082 5.418 0.408 0.030 0.138 0.112 0.216 0.037 0.099 0.107 0.099 0.066 0.054 0.067 0.123 1.376 0.211 3.795 0.054 0.063 0.127 0.517 0.150 0.497 0.290 571 chr11 77953339 77958347 + 0 NA intron (NM_012296, intron 3 of 9) L1M2a|LINE|L1 55985 NM_020798 57558 Hs.531249 NM_020798 ENSG00000118369 USP35 - ubiquitin specific peptidase 35 protein-coding nan 0.873 0.530 0.157 0.071 0.421 0.096 0.138 0.013 0.128 2.142 0.839 0.038 0.105 0.012 0.243 0.192 0.150 0.158 0.324 0.074 0.027 0.083 0.167 nan 0.110 0.122 0.381 0.029 0.099 0.152 0.111 0.295 0.044 0.073 0.032 0.083 0.242 0.067 0.039 0.113 0.148 0.046 0.217 0.105 8.638 5.869 10.133 4.528 0.573 0.700 0.983 0.389 0.921 1.172 0.806 1.258 0.328 0.355 0.186 0.143 4.825 7.072 0.191 0.170 0.223 0.524 0.546 0.421 0.089 0.115 0.018 0.211 0.098 0.123 0.066 0.055 0.026 0.031 0.058 0.115 0.240 0.048 0.045 0.015 0.070 0.179 0.111 0.042 0.078 0.129 0.128 0.129 0.019 0.150 0.065 0.059 0.139 0.089 0.054 0.008 0.048 0.066 0.092 11.376 0.097 0.031 0.076 0.034 0.021 1214 chr17 46011942 46039572 + 0 NA 3' UTR (NM_018129, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_018129, exon 7 of 7) 6868 NM_018129 55163 Hs.631742 NM_018129 ENSG00000108439 PNPO HEL-S-302|PDXPO pyridoxamine 5'-phosphate oxidase protein-coding 1.245 2.340 nan 1.630 2.465 2.700 1.384 0.805 0.929 0.710 0.298 0.136 0.831 0.998 0.389 1.703 1.073 2.979 0.734 0.957 0.242 0.619 0.820 0.323 nan 0.629 0.966 4.391 0.529 0.601 0.279 0.105 0.810 0.537 0.251 0.782 0.294 0.907 0.682 1.466 0.277 0.914 1.597 0.479 2.587 0.557 1.358 2.013 0.764 1.240 2.578 nan 3.696 1.100 2.799 3.063 0.862 1.362 6.574 nan 1.065 0.766 1.473 2.700 4.032 3.880 0.727 1.367 2.539 1.267 2.882 2.896 0.208 0.798 0.449 3.346 0.160 0.679 0.538 0.374 0.438 1.712 2.021 0.502 0.782 0.542 0.509 0.370 0.352 1.183 0.968 1.310 1.956 1.270 0.710 1.554 0.900 2.979 0.824 2.262 0.496 0.692 0.474 1.026 0.255 0.790 0.351 0.278 2.005 0.352 0.431 1.412 0.689 0.744 1190 chr17 40471646 40491365 + 0 NA intron (NM_003150, intron 13 of 23) intron (NM_003150, intron 13 of 23) 41431 NM_001288720 6776 Hs.437058 NM_003152 ENSG00000126561 STAT5A MGF|STAT5 signal transducer and activator of transcription 5A protein-coding 1.064 1.231 nan 0.157 0.259 0.551 0.288 0.672 0.296 0.713 0.479 0.107 1.269 2.232 7.843 0.173 0.188 0.176 0.263 0.253 0.652 0.554 0.957 1.074 nan 0.078 0.247 0.366 0.101 0.618 0.793 0.122 0.458 1.241 0.119 2.674 0.267 0.835 0.632 1.522 0.131 0.772 0.204 0.745 1.372 0.263 0.325 0.359 0.563 1.070 0.626 nan 0.421 0.224 0.681 0.620 0.588 0.899 0.400 nan 0.803 0.594 0.211 0.237 0.264 0.236 0.290 0.784 0.507 0.423 0.090 1.816 0.623 0.127 0.044 0.166 0.098 1.587 1.480 0.653 0.394 0.131 1.171 6.949 0.828 0.422 0.385 0.051 0.099 0.906 1.305 0.650 0.140 0.249 0.713 1.086 0.950 0.176 0.087 2.672 0.295 3.393 0.047 2.435 0.644 1.219 1.695 0.834 0.060 0.177 0.568 1.610 2.500 2.039 2592 chr8 110141765 110149386 + 0 NA Intergenic Intergenic 45922 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding nan nan 1.114 0.239 0.066 0.344 0.105 0.092 0.032 0.297 0.152 0.064 0.049 0.042 0.033 0.041 0.140 0.063 0.159 0.177 0.016 0.098 0.027 0.075 0.120 0.111 0.085 0.576 0.038 0.126 0.015 0.114 0.103 0.030 0.140 0.184 0.021 0.170 0.291 0.015 0.022 0.122 0.282 0.019 0.114 0.096 0.679 0.279 1.720 0.781 0.650 0.492 nan 0.452 19.097 nan 3.798 5.594 0.986 1.006 0.458 0.186 0.272 0.437 0.175 0.145 0.171 0.367 0.493 0.497 0.036 0.047 0.017 0.085 0.066 0.326 0.019 0.120 0.037 0.092 0.090 0.008 0.021 0.030 0.043 0.089 0.131 0.075 0.065 0.093 0.086 0.297 0.075 0.024 0.063 0.032 0.032 0.008 0.053 0.010 0.014 0.105 0.219 0.049 0.040 0.025 0.015 0.006 389 chr10 50757659 50762077 + 0 NA Intergenic AluSg4|SINE|Alu -12284 NM_001277059 2074 Hs.49063 NM_000124 ENSG00000225830 ERCC6 ARMD5|CKN2|COFS|COFS1|CSB|POF11|RAD26|UVSS1 ERCC excision repair 6, chromatin remodeling factor protein-coding 0.559 nan 0.473 0.095 0.464 0.228 0.108 0.213 4.585 0.057 0.085 0.022 0.384 0.933 6.220 0.105 0.076 0.027 0.132 0.099 2.494 0.918 1.754 0.428 0.200 0.110 1.338 0.262 0.528 0.048 0.084 0.256 0.187 0.927 1.343 0.375 1.366 0.667 0.616 0.275 0.367 1.011 0.286 6.231 0.261 0.249 0.193 0.214 0.543 0.148 0.195 0.170 0.096 0.263 0.180 0.151 0.274 0.235 0.279 0.136 0.058 0.089 0.210 0.047 0.058 0.127 0.257 0.315 0.347 0.012 2.073 1.744 0.043 0.022 0.020 0.031 0.599 0.198 1.319 0.922 0.022 0.034 23.063 8.994 3.289 0.452 0.004 0.083 0.274 0.111 0.224 0.105 0.450 0.057 1.273 0.832 0.027 0.247 0.616 0.022 6.071 0.476 0.849 5.314 7.630 0.016 0.090 0.084 0.726 1.431 0.026 0.035 1660 chr2 208327532 208340732 + 0 NA Intergenic Intergenic -60484 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 0.985 nan 1.634 0.523 0.139 1.143 0.559 0.469 0.024 1.074 0.255 0.185 0.358 0.426 0.178 0.426 0.313 0.707 1.543 0.232 0.084 0.210 0.475 0.146 1.831 0.364 0.458 3.137 0.970 0.089 0.197 0.070 0.167 0.616 0.054 0.328 0.617 0.911 0.195 0.708 0.109 0.373 0.403 0.227 0.124 0.198 0.433 0.471 0.432 0.604 0.389 0.388 0.290 0.105 0.596 0.740 4.758 5.236 0.528 0.529 0.683 0.633 0.277 0.347 1.425 1.491 0.503 1.160 0.747 0.320 1.793 0.782 0.039 0.252 0.351 0.366 0.063 0.705 0.208 0.047 0.865 0.528 0.232 0.416 0.099 0.134 0.384 0.071 0.045 0.265 0.308 0.687 0.179 0.116 1.074 0.184 0.540 0.707 0.073 0.142 0.162 0.602 0.622 0.148 0.105 0.235 0.143 0.064 0.046 0.131 0.815 0.050 0.031 0.020 1171 chr17 37018039 37063663 + 0 NA intron (NM_001271608, intron 2 of 5) AluSq|SINE|Alu 14739 NM_006148 3927 Hs.741156 NM_006148 ENSG00000002834 LASP1 Lasp-1|MLN50 LIM and SH3 protein 1 protein-coding nan 1.260 1.196 0.428 4.019 1.323 0.702 4.296 0.799 0.864 0.829 0.230 0.801 1.815 4.046 0.412 0.267 0.556 0.379 0.944 0.633 1.102 0.865 1.011 0.838 0.516 0.905 2.488 0.695 0.790 1.246 0.093 1.339 1.075 1.208 1.926 0.345 1.676 0.800 1.235 0.395 1.448 1.041 0.935 1.838 0.509 1.391 1.979 0.828 1.262 nan 1.058 1.417 0.432 2.026 2.232 0.634 0.949 1.303 1.690 nan 0.997 0.658 1.207 0.726 0.877 0.941 2.333 0.714 0.471 0.432 2.621 1.096 0.583 0.449 0.687 0.493 1.303 1.070 1.894 1.381 0.153 0.307 5.055 2.139 0.863 0.845 0.608 0.459 3.237 2.488 1.097 0.339 0.816 0.864 1.460 0.961 0.556 0.542 0.713 0.206 2.095 0.459 2.047 1.215 1.155 1.315 0.544 0.501 0.787 2.032 1.353 1.791 0.952 1345 chr18 53487220 53536209 + 0 NA Intergenic Intergenic 75716 NR_110755 101927273 Hs.434335 NR_110755 ENSG00000260930 LINC01416 - long intergenic non-protein coding RNA 1416 ncRNA nan 0.740 0.769 0.103 0.070 0.256 0.152 0.257 0.047 0.313 0.193 0.069 0.097 0.109 0.320 0.067 0.074 0.188 0.168 0.265 0.091 0.118 0.190 0.131 0.029 0.040 0.055 0.277 0.328 0.087 2.439 0.115 0.130 0.132 0.048 0.032 0.578 1.045 0.277 0.248 0.135 0.081 0.083 0.264 0.343 0.070 0.376 0.253 0.403 0.544 0.468 0.558 0.395 0.207 0.531 0.509 0.464 0.682 0.314 0.354 0.530 0.359 0.150 0.246 0.151 0.188 0.179 0.276 nan 1.114 0.034 0.346 0.048 0.612 0.068 0.057 0.006 0.238 0.090 0.032 0.187 0.031 0.067 0.434 0.059 0.040 0.144 0.006 0.029 0.267 0.040 0.098 0.026 0.058 0.313 0.058 0.021 0.188 0.032 0.005 0.032 0.080 0.045 0.264 0.093 0.438 0.285 0.052 0.034 0.076 0.213 0.048 0.089 0.095 2290 chr6 35325940 35371768 + 0 NA intron (NM_001171819, intron 2 of 6) intron (NM_001171819, intron 2 of 6) 38519 NM_177435 5467 Hs.696032 NM_006238 ENSG00000112033 PPARD FAAR|NR1C2|NUC1|NUCI|NUCII|PPARB peroxisome proliferator activated receptor delta protein-coding nan 1.036 nan 0.167 0.893 0.658 0.308 0.445 0.151 0.415 2.185 0.316 0.849 1.222 0.144 0.065 0.136 0.259 0.383 0.272 0.278 1.194 1.694 0.164 2.908 0.772 1.636 0.383 0.754 0.209 0.112 0.123 1.199 0.199 0.678 1.385 0.343 0.639 0.369 1.370 0.200 0.400 0.435 0.575 0.679 0.397 0.451 0.450 0.333 nan nan 0.513 0.446 0.191 0.380 0.434 0.485 0.747 0.568 0.735 0.537 0.376 0.282 0.371 0.286 0.216 0.551 1.325 0.393 0.388 0.267 2.687 0.087 0.551 0.055 0.420 0.064 0.791 0.347 0.057 0.095 0.077 0.151 0.294 0.304 0.211 0.790 0.063 0.071 1.154 0.177 0.334 0.151 0.714 0.415 2.306 0.347 0.259 0.395 0.302 0.241 0.263 0.053 1.361 0.217 0.566 0.511 0.309 0.198 0.394 0.588 1.459 3.270 3.774 966 chr15 71900822 71908857 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 1 of 11) intron (NM_001286429, intron 1 of 11) 65298 NM_001286429 79875 Hs.387057 NM_024817 ENSG00000187720 THSD4 ADAMTSL-6|ADAMTSL6|FVSY9334|PRO34005 thrombospondin type 1 domain containing 4 protein-coding 0.978 1.041 1.292 0.298 0.045 0.435 0.200 0.088 0.062 0.176 0.233 0.172 0.023 0.132 0.039 0.412 0.183 0.612 0.197 0.237 0.021 0.069 0.013 0.086 0.903 0.114 0.906 5.959 0.115 4.693 0.013 0.101 0.330 0.044 0.123 0.012 0.030 0.029 0.214 0.071 0.149 1.022 0.311 0.103 0.098 0.206 0.404 0.286 0.217 0.380 0.475 0.599 1.892 0.518 0.166 0.090 1.513 1.965 0.897 0.798 0.631 0.292 0.198 0.247 0.160 0.118 0.303 1.200 1.704 0.800 0.014 0.018 0.024 0.045 0.050 0.122 0.018 0.026 0.019 0.124 0.012 0.012 0.126 0.037 0.010 0.123 0.058 0.107 0.169 0.537 0.027 0.039 0.550 0.176 0.089 0.043 0.612 0.075 0.216 0.386 0.123 1.407 0.008 0.005 0.080 0.086 6.144 0.062 0.168 0.048 0.023 0.006 0.008 1123 chr17 7482145 7494703 + 0 NA intron (NM_001330073, intron 1 of 5) intron (NM_001330073, intron 1 of 5) -1027 NR_136401 100996842 Hs.720681 NM_001322800 ENSG00000233223 LOC100996842 - uncharacterized LOC100996842 protein-coding 2.683 1.510 2.765 1.248 1.219 2.871 1.783 2.326 1.843 1.454 0.508 0.064 1.176 2.779 5.116 0.559 0.361 2.207 0.588 1.153 0.811 2.668 0.967 1.380 3.425 1.551 1.729 2.273 0.607 1.801 2.663 0.262 4.736 0.713 0.853 1.406 1.413 5.195 3.480 0.935 1.979 5.046 4.621 1.320 2.385 1.111 5.346 5.405 5.054 6.793 3.654 3.591 4.408 2.588 2.942 3.335 3.008 4.039 5.437 6.538 1.796 1.625 1.895 2.261 1.673 2.230 4.023 5.119 1.170 0.713 1.999 2.120 1.025 1.173 1.865 1.013 0.552 0.830 0.616 0.545 3.011 0.276 1.308 3.634 2.194 0.862 1.702 0.741 0.615 1.102 3.060 3.323 1.741 1.313 1.454 2.561 4.047 2.207 1.416 1.237 0.704 3.786 2.994 2.080 0.523 2.841 1.823 1.240 0.679 2.418 1.850 0.829 1.362 0.969 2314 chr6 45572239 45600802 + 0 NA Intergenic Intergenic 196206 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.680 0.979 0.862 0.153 0.274 0.676 0.275 1.637 0.028 0.286 1.276 0.214 0.186 0.303 0.047 0.120 0.128 0.223 0.121 0.182 0.247 0.105 0.159 0.167 1.316 0.228 0.419 0.454 1.051 0.109 0.042 0.134 0.249 0.219 0.070 0.686 1.080 2.303 0.243 0.091 0.240 0.595 1.107 0.305 0.529 0.416 1.903 1.246 3.218 7.945 0.302 0.311 0.120 0.073 1.331 1.325 0.139 0.248 0.561 nan 0.535 0.304 2.210 2.902 0.091 0.116 0.455 1.237 0.737 0.641 0.086 0.907 0.161 1.674 0.048 0.062 0.024 0.266 0.086 0.013 0.138 0.010 0.074 0.193 0.188 0.103 0.137 0.182 0.280 2.075 0.051 0.205 0.061 0.334 0.286 0.203 0.042 0.223 0.148 0.139 0.007 0.082 0.057 0.266 0.313 0.579 0.495 0.177 1.624 0.450 1.577 0.209 2.035 2.282 2216 chr5 169573066 169592841 + 0 NA Intergenic Intergenic 43192 NR_108022 100507267 Hs.634846 NR_108022 LINC01187 CTB-27N1.1|KIDR long intergenic non-protein coding RNA 1187 ncRNA nan 0.702 0.566 0.044 0.354 0.127 0.065 0.202 1.355 0.071 0.163 0.033 0.019 0.071 1.839 0.008 0.074 0.054 0.124 0.108 0.307 1.362 0.016 0.567 0.092 0.114 0.273 0.401 0.175 0.121 0.088 0.570 0.351 0.077 0.860 0.655 0.883 0.319 1.789 1.060 0.414 0.280 0.298 2.248 0.347 0.403 0.339 12.986 10.383 0.199 0.268 0.110 0.054 0.952 0.949 0.126 0.227 0.285 0.437 0.634 0.539 0.186 0.637 0.108 0.152 0.131 0.188 0.508 0.368 0.026 1.041 0.770 0.568 0.046 0.094 0.014 1.246 0.842 0.675 0.203 0.009 0.016 4.147 1.131 0.641 0.436 0.047 0.056 0.506 0.424 0.720 0.252 0.065 0.071 0.036 1.633 0.054 0.192 0.541 0.078 1.321 0.030 0.716 0.072 0.827 0.529 0.069 0.140 0.122 0.080 0.397 0.970 0.856 992 chr15 93420505 93434653 + 0 NA intron (NR_037601, intron 2 of 5) intron (NR_037601, intron 2 of 5) 1053 NR_037602 100507217 Hs.622504 NR_037600 LINC01578 - long intergenic non-protein coding RNA 1578 ncRNA nan nan nan 2.826 2.028 4.121 2.264 3.193 0.894 2.258 2.409 0.289 0.509 2.438 2.316 2.075 1.161 4.471 2.220 1.396 1.190 4.340 1.941 2.109 3.295 2.934 3.383 7.579 1.003 3.202 2.538 0.112 6.196 1.096 1.494 1.803 0.613 2.824 2.947 2.837 0.720 3.663 3.200 1.438 3.295 1.384 2.628 3.361 3.892 5.792 5.388 5.449 nan 1.855 9.096 9.156 3.216 3.905 5.089 6.849 nan 9.943 2.753 5.836 2.655 2.256 4.893 nan 2.284 1.110 1.802 1.855 1.352 1.281 1.204 6.818 2.595 2.142 2.572 1.394 2.701 0.452 1.981 1.550 1.165 0.524 1.060 1.085 0.908 3.194 3.371 1.632 2.335 3.187 2.258 2.113 2.711 4.471 1.845 3.565 0.551 1.854 2.032 1.681 0.528 2.237 1.877 2.741 1.784 1.312 2.691 0.818 0.704 0.586 236 chr1 161166457 161173883 + 0 NA intron (NM_004550, intron 1 of 14) intron (NM_004550, intron 1 of 14) 1065 NM_004550 4720 Hs.173611 NM_004550 ENSG00000158864 NDUFS2 CI-49 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2 protein-coding 6.396 nan 3.369 1.613 1.264 1.701 0.956 1.407 0.367 4.524 4.480 0.453 0.510 1.154 2.997 1.413 0.945 2.305 5.668 1.289 0.700 0.976 0.554 0.417 3.519 1.505 1.104 4.153 1.288 2.448 1.620 0.134 2.411 1.572 0.557 0.895 0.539 1.455 2.786 1.735 0.416 2.099 3.894 0.950 1.296 0.818 2.968 2.729 4.612 6.622 4.852 nan 8.025 3.823 3.155 3.318 7.615 8.809 3.302 nan 2.761 2.483 5.231 9.240 3.474 4.901 4.791 7.789 2.833 1.576 1.698 1.852 0.468 1.451 2.209 2.540 0.690 1.527 1.363 1.123 2.574 0.795 1.323 2.610 1.631 0.692 0.499 1.269 0.963 0.928 1.761 1.367 1.666 1.535 4.524 1.375 2.000 2.305 1.546 0.825 1.055 4.961 1.887 0.776 0.276 2.108 1.187 1.242 6.991 2.612 0.733 0.556 0.605 0.446 758 chr12 122062035 122074664 + 0 NA intron (NM_032790, intron 1 of 1) AluSq|SINE|Alu 3894 NM_032790 84876 Hs.55148 NM_032790 ORAI1 CRACM1|IMD9|ORAT1|TAM2|TMEM142A ORAI calcium release-activated calcium modulator 1 protein-coding 1.854 3.022 1.833 3.627 1.555 0.782 0.363 1.368 0.558 1.502 0.567 0.242 0.782 1.786 1.250 0.685 0.476 0.809 0.391 0.938 0.294 1.197 0.667 0.533 3.949 1.678 1.161 6.816 1.578 0.696 1.267 0.128 2.044 0.617 1.030 1.984 0.351 1.215 0.816 1.002 0.272 1.903 1.655 0.835 1.022 0.857 1.209 1.353 1.538 2.456 1.376 1.349 nan 1.575 1.668 1.674 1.112 1.692 5.428 8.130 1.821 1.434 0.916 1.166 2.852 3.414 1.908 4.507 3.900 1.760 2.814 3.724 0.641 1.695 0.408 6.516 0.593 1.474 1.092 0.969 1.354 0.898 0.419 3.684 3.471 1.589 1.149 0.420 0.374 1.424 2.209 3.297 1.855 1.483 1.502 2.711 2.839 0.809 0.530 0.438 0.455 3.517 1.640 0.907 0.661 1.684 0.336 0.187 0.455 1.104 1.324 0.488 0.743 0.494 1954 chr3 137892152 137915685 + 0 NA Intergenic Intergenic -2172 NM_001282342 25852 Hs.744868 NM_014154 ENSG00000114098 ARMC8 GID5|HSPC056|S863-2|VID28 armadillo repeat containing 8 protein-coding 2.447 nan nan 1.558 1.308 1.432 0.807 0.581 0.350 0.824 0.839 0.246 0.442 0.715 0.250 0.978 0.676 1.075 0.554 0.583 0.374 0.989 0.413 0.644 1.409 1.074 0.834 1.615 0.467 0.957 0.627 0.086 1.589 0.255 0.319 1.208 0.234 0.705 0.574 0.566 0.437 1.336 1.536 0.573 0.540 0.420 1.887 1.972 1.811 2.559 2.643 2.496 4.934 1.849 3.090 3.370 2.144 2.778 1.572 2.122 nan 3.194 1.397 2.351 0.848 0.850 1.616 2.092 1.472 0.857 0.953 0.819 0.297 0.420 0.330 0.865 0.259 0.689 0.616 0.422 0.563 0.177 0.782 0.997 0.848 0.428 0.381 0.457 0.468 0.585 0.564 1.172 0.539 0.791 0.824 0.830 1.021 1.075 0.346 0.383 0.322 1.034 0.587 0.435 0.465 0.655 0.500 0.626 0.528 0.522 0.314 0.535 0.308 0.203 218 chr1 156864000 156871190 + 0 NA intron (NM_001080471, intron 1 of 22) intron (NM_001080471, intron 1 of 22) 4072 NM_001080471 375033 Hs.142003 NM_207369 ENSG00000187800 PEAR1 JEDI|MEGF12 platelet endothelial aggregation receptor 1 protein-coding nan nan 0.791 0.124 0.329 0.221 0.136 1.257 0.427 0.322 0.254 0.633 0.573 1.333 0.101 0.091 0.168 0.536 0.082 2.971 0.492 1.461 0.207 0.231 0.056 0.078 0.304 0.526 0.162 0.182 0.081 0.378 2.087 0.243 0.620 0.366 0.431 1.289 0.850 0.515 1.239 0.854 1.650 1.260 0.391 0.578 0.715 0.711 0.635 0.633 nan 0.535 0.217 0.186 0.165 0.272 0.687 0.288 0.569 0.347 0.245 0.795 0.621 0.126 0.159 0.348 0.564 0.533 0.410 0.286 2.996 0.332 1.987 0.129 0.308 0.019 2.451 1.925 0.705 0.619 0.013 0.022 5.998 13.183 5.344 0.453 0.032 0.100 4.828 0.770 2.204 0.032 0.385 0.427 0.271 1.416 0.168 0.205 0.217 0.107 1.131 0.112 8.986 1.092 1.754 6.267 0.021 0.109 0.017 0.158 0.210 10.629 8.959 706 chr12 57021546 57032342 + 0 NA intron (NM_013449, intron 1 of 28) intron (NM_013449, intron 1 of 28) -2829 NM_001300905 11176 Hs.314263 NM_013449 ENSG00000076108 BAZ2A TIP5|WALp3 bromodomain adjacent to zinc finger domain 2A protein-coding nan 2.606 2.737 2.770 3.381 2.800 1.782 2.249 2.287 2.079 2.784 0.343 0.737 2.573 2.618 2.371 1.070 2.802 1.167 1.788 1.835 2.357 1.289 2.429 6.377 4.917 3.655 6.997 1.326 2.027 1.839 0.080 4.550 1.418 1.897 2.496 0.809 3.544 2.282 1.817 0.873 4.214 6.380 3.864 3.112 1.572 nan 3.892 3.135 4.870 5.323 nan 5.476 1.944 5.590 6.089 2.208 nan 5.492 nan 4.660 4.092 1.434 3.327 2.345 2.534 4.018 8.714 2.770 1.291 0.938 2.027 1.837 1.670 1.910 4.798 2.066 1.775 1.822 1.757 3.687 0.804 1.240 3.373 3.155 1.400 1.266 1.465 1.053 4.865 4.276 5.709 2.561 2.591 2.079 2.529 3.220 2.802 1.896 2.232 0.929 4.414 2.077 1.972 1.339 2.088 2.868 1.013 1.530 3.319 2.254 2.117 1.995 0.939 14 chr1 3563865 3649254 + 0 NA promoter-TSS (NM_001126241) promoter-TSS (NM_001126241) -677 NM_001204190 7161 Hs.192132 NM_005427 ENSG00000078900 TP73 P73 tumor protein p73 protein-coding 1.247 nan 2.918 1.406 0.150 1.257 0.687 0.092 0.033 0.418 0.145 0.102 0.109 0.186 0.032 0.602 0.397 0.654 1.189 0.123 0.036 0.160 0.042 0.096 nan 0.182 0.182 5.807 0.079 0.165 0.271 0.095 1.651 0.027 0.067 0.066 0.039 0.070 0.555 0.087 0.335 0.696 0.299 0.097 0.103 0.109 0.367 0.429 0.477 0.708 7.024 6.555 1.002 0.364 0.439 0.526 0.913 nan nan 2.549 nan 1.425 0.928 1.518 0.640 0.665 0.251 0.312 1.613 0.830 4.274 0.149 0.061 0.079 0.143 1.786 0.098 0.067 0.043 0.209 0.061 0.210 0.149 0.157 0.146 0.102 0.049 0.079 0.081 0.136 0.141 0.281 0.044 0.095 0.418 0.173 0.103 0.654 0.074 0.100 0.653 0.432 0.964 0.026 0.018 0.071 0.043 0.050 1.109 0.103 0.047 0.114 0.016 0.011 2345 chr6 109264001 109272138 + 0 NA intron (NM_032131, intron 12 of 17) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger -22763 NR_104137 101929716 NR_104137 ARMC2-AS1 - ARMC2 antisense RNA 1 ncRNA 3.419 nan nan 0.166 0.044 0.269 0.137 0.077 0.008 0.218 0.111 0.079 0.078 0.015 0.269 0.131 0.599 0.121 0.340 0.015 0.029 0.097 1.284 0.247 3.104 0.469 0.071 0.092 0.040 0.103 0.266 0.015 0.058 0.089 0.030 0.050 0.091 0.027 0.019 0.302 0.113 0.088 1.137 0.076 0.524 0.468 0.413 1.615 0.357 nan 1.232 0.632 0.248 0.308 5.629 5.784 2.194 3.855 nan 0.511 1.045 1.801 5.728 6.314 0.517 0.851 0.446 0.467 0.469 0.033 0.137 0.012 0.469 0.027 0.025 0.063 0.093 2.000 0.080 0.057 0.063 0.077 0.128 0.019 0.074 0.086 0.050 0.141 0.010 0.919 0.218 0.114 0.599 0.309 0.237 0.314 0.072 4.078 0.017 0.011 0.018 0.014 0.029 3.721 0.124 0.075 0.047 0.014 0.020 2587 chr8 103627597 103630900 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie 36944 NR_103760 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 1.180 nan nan 1.043 0.022 0.731 0.147 0.266 8.627 0.534 0.671 0.290 0.114 0.544 0.096 0.142 0.189 0.580 0.217 1.629 0.147 0.063 0.130 0.749 2.755 0.654 1.413 1.572 0.388 0.356 0.132 0.107 0.648 0.035 0.294 1.774 0.262 0.727 0.765 0.295 0.188 1.518 0.433 0.323 3.228 0.158 0.318 0.287 0.596 1.445 1.033 1.223 nan 0.504 1.072 1.053 0.255 nan 1.508 nan nan 0.133 0.266 0.460 0.848 0.939 0.395 nan 1.274 0.931 0.519 0.094 0.288 0.942 0.118 0.128 1.523 1.051 0.046 0.383 0.201 0.024 0.057 0.091 0.048 0.602 0.394 0.438 0.241 2.953 0.133 0.308 3.564 0.534 1.496 0.027 0.580 0.223 1.577 0.035 1.122 0.021 0.064 0.471 0.168 0.693 0.030 0.114 0.091 0.085 0.031 0.015 1608 chr2 144066125 144084620 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 188473 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.848 nan 0.844 0.085 0.055 0.238 0.110 0.083 0.016 0.138 0.154 0.121 0.020 0.102 0.024 0.103 0.107 0.159 0.140 0.156 0.020 0.074 0.028 0.095 0.138 0.087 0.070 0.348 0.016 0.081 0.059 0.054 0.172 0.066 0.090 0.021 0.067 0.111 0.012 0.009 0.097 0.134 0.079 0.120 0.120 0.295 0.177 0.167 0.288 0.185 0.270 0.159 0.079 0.207 0.216 3.800 3.603 0.283 0.325 0.426 0.181 0.124 0.180 0.041 0.030 0.371 0.565 0.251 0.312 0.048 0.031 0.113 0.016 0.024 0.015 0.004 0.020 0.024 0.078 0.015 0.078 0.060 0.016 0.034 0.019 0.030 0.020 0.064 0.062 0.041 0.004 0.033 0.138 0.032 0.025 0.159 0.020 0.040 0.087 0.044 0.027 0.004 0.002 0.030 0.049 0.031 0.037 0.054 0.045 0.046 0.021 0.008 2328 chr6 51242981 51265171 + 0 NA Intergenic Intergenic -232592 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.773 0.905 nan 0.318 0.046 0.425 0.303 0.056 0.011 0.335 0.114 0.094 0.186 0.299 0.034 0.078 0.080 0.750 0.161 0.100 0.006 0.079 0.005 0.125 1.223 0.319 0.397 0.637 0.276 0.062 0.020 0.115 0.093 0.442 0.048 0.149 0.201 0.652 0.096 0.094 0.004 0.162 0.151 0.074 0.065 0.103 0.693 0.319 5.772 5.990 0.649 0.731 0.126 0.065 0.611 0.696 0.165 0.286 0.394 0.413 0.233 0.071 0.325 0.436 0.459 0.456 0.212 0.363 0.137 0.283 0.032 0.405 0.009 0.050 0.741 0.143 0.019 0.006 0.010 0.003 0.022 0.086 0.107 0.229 0.022 0.007 0.024 0.022 0.033 0.199 0.015 0.047 0.035 0.063 0.335 0.186 0.301 0.750 0.061 0.068 0.005 0.050 0.082 0.024 0.023 0.036 0.015 0.042 0.062 0.066 0.051 0.072 0.029 0.028 2567 chr8 77751691 77758768 + 0 NA intron (NM_024721, intron 6 of 10) intron (NM_024721, intron 6 of 10) 123857 NR_130460 100422921 NR_130460 ENSG00000266712 MIR3149 - microRNA 3149 ncRNA 1.331 0.736 1.003 0.172 0.031 0.520 0.296 0.119 0.044 0.218 0.403 0.045 0.076 0.036 0.378 0.388 0.084 0.261 0.171 0.052 0.067 0.030 0.050 0.083 0.057 0.100 0.244 0.021 0.136 0.185 0.058 0.202 0.033 0.039 0.033 0.106 0.104 0.047 0.172 0.236 0.118 0.027 0.177 1.871 1.339 10.494 4.010 0.551 0.680 1.144 0.317 16.994 17.418 0.832 1.050 0.421 0.530 0.494 0.243 1.114 2.476 3.839 3.767 0.289 0.645 1.265 0.901 0.072 0.040 0.014 0.130 0.070 0.189 0.117 0.055 0.010 0.073 0.131 1.145 0.067 0.066 0.017 0.011 0.011 0.339 0.567 0.071 0.102 0.022 0.037 0.218 0.100 0.013 0.084 0.035 0.023 0.032 0.850 0.038 0.018 0.044 0.174 0.358 0.611 0.122 0.010 0.040 0.033 0.022 2474 chr7 102131216 102159276 + 0 NA intron (NM_001277335, intron 5 of 19) AluSx|SINE|Alu 12978 NM_001277335 100271927 Hs.530089 NM_001277335 ENSG00000170667 RASA4B - RAS p21 protein activator 4B protein-coding nan 1.477 3.239 0.739 0.330 1.505 0.791 1.524 0.082 2.800 0.425 0.228 0.853 1.247 0.117 0.865 0.614 0.979 1.290 1.371 0.185 0.735 0.834 0.332 4.177 1.515 0.817 2.197 0.500 0.191 0.765 0.192 0.957 1.166 0.230 0.298 0.256 0.373 1.264 0.291 0.384 2.475 3.220 0.763 0.409 0.608 1.363 2.422 0.982 1.421 2.435 2.142 1.906 0.566 1.809 2.089 0.498 0.940 2.758 3.286 1.925 1.853 0.701 0.852 1.069 0.923 1.793 nan 1.670 0.962 0.646 1.952 0.144 1.113 0.482 3.098 0.336 0.605 0.462 0.827 0.940 0.489 0.390 4.961 0.344 0.286 0.466 0.269 0.469 0.232 1.274 1.852 0.998 0.996 2.800 1.719 0.791 0.979 1.824 0.664 0.970 1.930 1.409 0.540 0.295 0.540 0.334 0.082 0.538 0.714 0.486 0.168 0.107 0.042 234 chr1 161101652 161104543 + 0 NA promoter-TSS (NM_032998) promoter-TSS (NM_032998) -619 NM_001039711 9191 Hs.744092 NM_004216 ENSG00000158796 DEDD CASP8IP1|DEDD1|DEFT|FLDED1|KE05 death effector domain containing protein-coding 7.225 6.163 5.559 4.231 5.319 6.593 3.485 5.410 2.841 7.716 5.186 0.677 2.294 6.674 11.081 3.929 2.065 6.429 4.242 5.729 2.092 5.993 3.463 2.384 13.219 6.051 6.369 12.595 3.042 5.753 6.685 0.220 7.147 6.244 2.591 4.404 1.479 5.306 8.679 5.427 1.368 7.082 11.231 4.617 4.716 4.810 7.021 8.019 10.553 15.713 13.885 12.541 9.626 4.502 10.214 11.780 7.954 8.991 8.887 13.232 9.859 9.541 9.991 16.348 8.398 7.927 10.758 12.626 3.389 1.550 4.474 6.454 2.819 5.426 7.184 8.324 4.738 5.786 6.621 4.762 9.011 1.580 5.267 10.503 9.695 3.494 4.443 2.544 2.474 6.549 5.161 5.699 3.907 4.324 7.716 7.454 5.915 6.429 4.441 3.003 1.648 13.918 4.246 5.414 1.426 7.677 3.330 3.166 5.210 4.148 4.347 3.293 4.080 2.940 594 chr11 118488038 118514488 + 0 NA intron (NM_001144758, intron 6 of 22) intron (NM_001144758, intron 6 of 22) -13455 NR_106773 102466719 NR_106773 ENSG00000019144 MIR6716 hsa-mir-6716 microRNA 6716 ncRNA 1.123 1.771 1.476 1.486 0.698 0.868 0.365 1.519 0.056 0.923 0.407 0.073 0.324 0.858 0.753 0.848 0.508 1.457 0.738 0.518 0.810 1.448 0.787 0.709 1.886 0.624 0.668 3.246 1.063 0.421 0.554 0.081 0.928 0.528 0.640 1.231 0.243 0.756 0.466 0.890 0.404 1.601 0.598 1.268 1.529 0.615 1.661 nan 1.204 2.204 2.638 2.765 2.504 0.656 1.274 1.340 1.839 nan 5.664 4.321 0.679 0.466 2.420 4.329 1.837 1.430 0.470 1.013 1.716 0.847 5.846 1.367 0.477 1.240 0.231 1.412 0.047 0.701 0.530 0.554 0.357 0.779 0.193 2.670 0.517 0.309 0.857 0.324 0.369 0.431 0.154 0.707 0.129 0.686 0.923 1.115 0.830 1.457 0.341 0.198 0.396 0.439 0.983 1.236 0.741 0.862 1.492 0.278 3.212 0.234 1.135 0.555 0.749 0.499 1438 chr19 39351234 39383285 + 0 NA intron (NM_001195833, intron 2 of 11) intron (NM_001195833, intron 2 of 11) 1660 NM_198445 126432 Hs.446933 NM_198445 ENSG00000187994 RINL - Ras and Rab interactor like protein-coding 1.543 2.093 2.874 2.730 0.343 1.919 0.986 0.347 0.143 0.336 0.218 0.232 0.319 0.797 0.074 1.813 0.887 1.378 0.722 0.932 0.077 0.753 0.257 1.115 2.802 0.744 0.665 1.710 0.138 0.173 0.200 0.138 0.425 0.055 0.151 0.276 0.074 0.137 0.495 0.216 0.187 0.324 1.433 0.127 0.833 0.169 0.681 1.091 0.290 0.480 1.363 1.507 5.836 2.254 0.766 0.749 0.461 0.796 3.173 2.510 nan 0.653 0.621 0.750 1.247 1.060 0.556 1.184 2.662 1.175 0.529 0.576 0.706 0.407 2.123 0.346 0.073 0.579 0.339 0.348 1.376 0.407 0.280 0.195 0.199 0.114 0.128 0.044 0.030 0.162 1.607 0.865 0.729 0.801 0.336 0.690 0.084 1.378 0.589 1.118 0.261 0.227 0.993 0.032 0.309 0.151 0.080 0.069 0.169 0.220 0.034 0.294 0.038 0.016 1903 chr3 52249125 52253796 + 0 NA Intergenic Intergenic 8719 NM_017442 54106 Hs.87968 NM_017442 ENSG00000239732 TLR9 CD289 toll like receptor 9 protein-coding 0.702 1.607 nan 0.149 2.039 0.122 0.072 0.634 0.259 0.147 0.291 0.138 1.055 1.166 0.156 0.983 0.175 0.096 0.263 0.413 0.557 1.498 1.674 1.515 3.498 0.960 1.385 0.750 0.758 0.137 0.092 0.051 1.121 1.342 0.358 0.479 0.085 0.171 0.378 0.723 0.104 1.930 1.034 0.376 4.063 0.332 0.505 0.808 0.466 0.761 0.495 0.507 0.492 0.283 0.352 0.451 0.282 0.581 1.107 0.813 nan 0.272 0.401 0.295 0.321 0.320 0.190 0.489 1.245 0.960 0.543 2.248 2.537 1.504 0.489 0.076 0.037 0.934 0.737 0.097 0.084 0.021 0.153 1.470 8.938 3.482 0.197 0.018 0.158 0.172 0.331 1.727 0.186 0.485 0.147 1.046 1.857 0.096 0.968 1.804 0.288 0.389 0.969 2.715 1.583 0.787 0.050 0.032 0.079 1.274 2.116 1.353 1.410 2188 chr5 134572981 134586765 + 0 NA intron (NR_037895, intron 2 of 3) intron (NR_037895, intron 2 of 3) 3994 NR_037895 340073 Hs.434422 NR_037895 ENSG00000249647 C5orf66-AS2 - C5orf66 antisense RNA 2 ncRNA 0.939 0.741 nan 0.108 0.162 0.401 0.206 1.254 0.014 1.115 0.363 0.035 1.398 0.944 0.027 0.081 0.049 0.095 0.069 0.222 0.557 0.843 1.604 0.490 0.921 0.221 0.534 0.375 0.551 0.256 0.071 0.109 0.678 2.565 1.201 2.402 0.516 0.717 0.468 2.821 0.140 0.718 0.563 0.864 0.453 0.492 0.282 0.238 0.284 0.546 0.312 0.321 0.442 0.228 0.323 0.301 0.322 0.785 0.291 0.341 0.584 0.403 0.206 0.151 0.112 0.117 0.406 1.148 0.222 0.258 0.073 4.894 0.118 2.220 0.029 0.156 0.010 4.277 3.355 0.098 1.436 0.014 0.035 3.506 1.824 1.134 0.686 0.064 0.061 4.861 0.623 0.951 3.004 0.741 1.115 0.589 5.478 0.095 0.641 0.059 0.028 0.492 0.037 3.331 0.369 1.520 1.081 0.199 0.063 0.229 2.633 0.589 0.787 0.879 1778 chr20 62326408 62340520 + 0 NA intron (NM_001134758, intron 5 of 6) intron (NM_001134758, intron 5 of 6) -5330 NM_001083113 84619 Hs.590868 NM_032527 ENSG00000197114 ZGPAT GPATC6|GPATCH6|KIAA1847|ZC3H9|ZC3HDC9|ZIP zinc finger CCCH-type and G-patch domain containing protein-coding 1.712 1.870 1.719 1.136 3.751 1.136 0.702 6.026 0.166 1.089 0.933 0.124 1.218 3.470 4.348 0.635 0.264 1.194 1.194 1.059 0.980 1.839 1.208 1.769 8.073 4.678 2.602 2.034 2.077 0.467 1.190 0.087 1.837 3.597 0.697 3.277 0.963 2.010 1.187 2.844 0.508 3.688 1.710 2.255 2.149 2.158 1.894 nan 0.889 1.715 1.601 1.573 2.022 0.609 3.470 3.621 0.919 1.712 1.430 1.886 1.569 1.755 1.198 2.010 0.462 0.528 0.676 1.272 1.166 0.647 0.705 2.534 0.780 1.221 0.574 1.084 0.885 2.215 2.688 1.033 1.364 0.088 0.507 13.862 6.862 2.941 1.641 0.410 0.259 5.642 2.250 5.855 0.944 1.097 1.089 2.265 5.563 1.194 1.253 0.797 0.281 6.290 1.406 2.354 2.017 2.616 1.547 0.269 0.335 0.383 3.762 0.682 3.026 2.474 2339 chr6 100619555 100636719 + 0 NA Intergenic Intergenic -186023 NM_032503 84539 Hs.591342 NM_032503 ENSG00000152034 MCHR2 GPR145|GPRv17|MCH-2R|MCH-R2|MCH2|MCH2R|MCHR-2|SLT melanin concentrating hormone receptor 2 protein-coding 0.925 nan nan 0.133 0.234 0.260 0.140 0.239 0.007 0.171 0.921 0.145 0.033 0.130 0.103 0.055 0.054 0.105 0.092 0.227 0.115 0.363 0.089 0.128 1.340 0.504 1.712 0.270 0.269 0.187 0.044 0.122 0.312 0.295 0.107 0.856 0.806 3.606 0.103 0.241 0.014 0.571 0.107 0.337 0.332 0.610 0.481 0.300 0.378 0.757 0.368 nan 0.406 0.166 0.478 0.469 0.239 0.453 0.252 0.276 nan 0.154 0.152 0.253 0.266 0.220 0.304 0.436 0.619 0.432 0.032 0.431 0.061 1.796 0.017 0.093 0.005 1.180 0.759 0.021 0.216 0.033 0.051 0.075 0.102 0.063 0.125 0.023 0.065 0.187 0.164 0.153 0.156 0.263 0.171 0.084 0.077 0.105 0.107 0.059 0.013 0.140 0.071 0.197 0.159 0.458 0.162 0.040 0.081 0.130 0.658 0.094 0.020 0.015 1859 chr22 42993909 43012822 + 0 NA intron (NR_103820, intron 1 of 8) SVA_B|Other|Other 7603 NR_103820 84271 Hs.505802 NM_032311 ENSG00000100227 POLDIP3 PDIP46|SKAR DNA polymerase delta interacting protein 3 protein-coding 1.803 nan 1.163 0.768 1.705 1.486 0.857 1.721 0.529 2.476 0.661 0.173 0.422 1.210 1.394 0.522 0.243 1.410 0.926 1.065 0.183 1.116 0.447 0.774 2.229 1.413 0.974 1.898 0.424 0.904 1.665 0.158 1.384 0.556 0.464 1.298 0.264 1.540 1.004 0.652 0.276 1.941 4.528 0.753 1.472 0.614 2.111 2.325 2.245 3.507 2.635 2.749 3.791 2.762 2.889 3.117 1.593 nan 2.146 2.965 nan 2.869 1.540 1.997 1.805 2.209 2.005 1.630 0.899 0.635 0.622 0.749 0.805 0.624 0.420 0.699 0.615 0.800 0.781 0.486 0.798 0.367 0.635 1.312 0.903 0.418 0.527 0.434 0.327 0.982 0.977 1.324 0.736 1.199 2.476 1.382 0.942 1.410 0.401 0.758 0.361 1.067 0.722 0.566 0.686 1.451 0.335 0.606 0.424 0.417 0.683 0.393 0.491 0.384 160 chr1 110648388 110681956 + 0 NA Intergenic LTR67B|LTR|ERVL 10110 NM_203412 164153 Hs.374027 NM_203412 ENSG00000186150 UBL4B - ubiquitin like 4B protein-coding nan 1.248 1.384 1.994 0.060 1.233 0.607 0.054 0.020 1.276 0.107 0.091 0.011 0.056 0.030 0.440 0.255 0.722 0.597 0.124 0.018 0.057 0.006 0.074 0.142 0.060 0.074 2.615 0.048 0.099 0.081 0.105 0.124 0.014 0.052 0.050 0.021 0.035 0.144 0.023 0.014 0.118 0.167 0.090 0.896 0.087 1.093 1.185 0.241 0.263 1.527 nan 5.036 2.450 0.385 0.407 0.339 0.669 4.486 5.092 0.532 0.383 0.760 0.808 0.835 1.207 0.200 0.276 1.492 0.991 0.923 0.064 0.071 0.080 1.856 1.145 0.025 0.027 0.020 0.053 0.074 0.176 0.171 0.150 0.032 0.016 0.058 0.044 0.029 0.171 0.068 0.055 0.186 0.218 1.276 0.053 0.062 0.722 0.025 0.101 0.160 0.259 1.887 0.014 0.004 0.068 0.058 0.055 0.463 0.029 0.018 0.072 0.036 0.010 98 chr1 44297381 44337183 + 0 NA intron (NM_001270466, intron 4 of 4) intron (NM_001270466, intron 4 of 4) 12988 NR_106727 102464830 NR_106727 ENSG00000283477 MIR6079 hsa-mir-6079 microRNA 6079 ncRNA nan 0.903 nan 0.183 0.411 0.430 0.206 1.008 0.196 0.355 1.677 0.274 0.399 0.537 0.067 0.284 0.194 0.594 0.279 0.467 0.112 0.137 0.132 0.105 0.910 0.182 0.338 0.545 0.956 1.541 0.076 0.123 0.267 0.363 0.267 0.514 0.617 1.949 1.052 0.158 0.861 1.235 4.832 0.327 0.576 0.299 0.434 0.493 0.463 0.883 0.778 0.891 0.444 0.178 0.455 0.439 0.762 nan nan 2.147 0.454 0.309 0.664 nan 0.138 0.297 0.442 0.871 0.858 0.622 0.205 1.818 0.137 1.391 0.060 0.140 0.028 0.301 0.100 0.082 1.291 0.028 0.117 1.243 0.162 0.065 0.152 0.055 0.064 1.516 0.102 0.660 0.037 2.890 0.355 0.703 0.362 0.594 0.324 0.186 0.163 0.152 0.306 1.109 0.052 0.943 0.209 0.686 0.418 0.253 0.995 0.301 0.605 0.506 1048 chr16 31190218 31193741 + 0 NA intron (NM_001170634, intron 1 of 14) CpG 548 NM_001170937 2521 Hs.46894 NM_004960 ENSG00000089280 FUS ALS6|ETM4|FUS1|HNRNPP2|POMP75|TLS FUS RNA binding protein protein-coding 7.857 4.279 6.799 9.547 8.470 8.912 4.528 8.553 2.401 5.095 3.972 0.500 1.080 3.062 5.650 2.714 0.913 7.547 5.106 3.325 1.724 4.051 0.933 5.652 5.763 4.220 4.739 22.466 1.994 6.196 5.913 0.090 9.508 2.085 3.801 8.447 2.129 8.199 5.151 3.308 1.941 7.569 15.726 5.519 7.046 2.593 7.864 8.735 7.689 10.854 10.124 10.087 14.490 10.816 16.940 18.001 6.024 7.366 13.497 20.496 13.094 15.367 8.516 12.865 10.791 11.431 8.438 7.537 5.287 2.467 6.027 2.614 1.947 3.391 4.873 4.559 3.446 2.153 3.531 3.586 6.363 1.875 4.214 7.285 3.688 1.982 1.787 1.583 1.585 5.923 6.922 7.850 4.681 5.266 5.095 5.566 6.228 7.547 2.180 2.839 1.765 7.883 3.942 5.311 2.192 3.367 2.648 4.102 3.139 2.419 3.369 1.802 3.917 2.665 1278 chr17 78861852 78869144 + 0 NA intron (NM_020761, intron 17 of 33) intron (NM_020761, intron 17 of 33) -86066 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 0.982 1.981 1.033 1.353 0.541 0.342 0.221 4.200 5.164 0.617 0.086 1.848 3.954 0.971 0.343 0.137 0.162 0.273 0.787 0.645 2.729 2.072 1.458 1.838 0.836 0.511 0.660 4.551 0.088 0.133 0.051 4.078 3.281 0.726 4.917 0.779 3.120 1.375 3.700 0.539 2.588 1.555 2.295 0.438 2.071 0.662 0.999 0.379 0.732 0.875 0.804 3.143 1.042 0.323 0.396 nan 1.467 2.909 3.302 2.028 3.841 0.488 0.494 1.625 2.156 0.247 0.387 nan 0.859 0.173 6.435 0.563 2.311 0.028 1.299 0.076 1.577 1.664 0.116 2.014 0.183 0.123 9.646 1.281 0.471 1.995 0.149 0.084 10.084 0.442 0.350 0.075 1.250 5.164 3.932 4.137 0.162 0.706 0.113 0.753 0.569 0.856 3.942 3.011 3.445 1.575 0.031 0.108 0.102 6.805 0.632 3.949 3.032 2434 chr7 30588324 30604880 + 0 NA intron (NR_038889, intron 5 of 6) L2b|LINE|L2 20793 NR_038889 401320 Hs.561708 NR_038889 LOC401320 - uncharacterized LOC401320 ncRNA 1.868 3.875 2.315 0.396 0.541 0.967 0.522 0.296 0.071 6.098 0.450 0.078 0.367 0.556 0.057 0.965 0.570 1.806 0.665 0.550 0.162 0.339 0.453 0.375 4.921 1.598 1.363 6.650 0.966 0.213 0.132 0.197 0.364 0.276 0.173 1.180 0.067 0.292 0.820 0.350 0.131 1.523 0.748 0.278 0.839 0.236 0.803 0.833 1.379 1.938 1.242 nan 6.271 3.894 0.696 0.772 0.957 nan nan nan 0.608 0.453 0.439 0.812 2.901 3.565 0.410 nan 2.260 1.504 0.582 0.665 0.427 0.222 0.134 0.632 0.042 0.582 0.320 0.062 0.461 0.735 1.048 0.999 0.121 0.076 0.462 0.047 0.089 0.628 0.226 0.156 1.629 0.929 6.098 0.612 0.187 1.806 0.392 0.115 0.319 0.122 0.289 0.115 0.300 0.879 0.400 0.203 0.387 0.199 0.851 0.498 0.504 0.342 1000 chr16 754359 761631 + 0 NA Intergenic Intergenic -2170 NM_153350 146330 Hs.513244 NM_153350 ENSG00000127585 FBXL16 C16orf22|Fbl16|c380A1.1 F-box and leucine rich repeat protein 16 protein-coding 4.046 nan 1.329 1.470 0.060 1.727 0.761 1.461 6.767 0.048 0.086 0.099 0.612 0.241 2.626 2.462 0.234 0.051 0.102 0.015 0.274 0.674 0.518 0.057 5.175 0.081 0.114 0.840 0.033 0.214 0.035 0.031 1.523 0.184 0.589 0.317 0.032 0.215 0.236 0.989 0.207 0.321 0.213 2.620 4.237 0.091 0.149 4.000 3.503 6.792 2.791 0.265 0.241 1.302 nan 0.656 1.126 3.228 3.791 0.735 1.678 4.368 3.799 1.409 1.726 0.961 0.613 3.028 0.517 0.110 0.079 0.726 5.798 0.076 0.144 0.067 0.439 0.098 1.522 0.677 0.101 0.316 0.193 0.064 0.130 0.084 0.055 0.320 0.859 0.731 0.344 6.767 0.275 0.219 2.626 0.033 0.854 2.009 0.782 1.333 0.037 0.101 0.306 0.061 0.032 0.790 0.239 0.013 0.556 0.247 1381 chr19 4908204 4916844 + 0 NA intron (NM_001048201, intron 2 of 17) L1ME2z|LINE|L1 2145 NM_001290052 29128 Hs.108106 NM_013282 ENSG00000276043 UHRF1 ICBP90|Np95|RNF106|TDRD22|hNP95|hUHRF1|huNp95 ubiquitin like with PHD and ring finger domains 1 protein-coding 2.729 1.812 3.230 1.775 2.969 1.764 1.279 2.316 0.266 2.075 0.793 0.355 1.582 4.316 4.347 1.363 0.529 2.297 0.681 1.081 0.803 4.271 1.384 2.228 3.945 1.562 2.100 4.492 1.334 1.678 1.819 0.045 2.347 1.474 0.906 3.978 1.123 5.058 1.294 2.508 0.447 2.435 3.549 2.586 2.490 1.477 1.871 1.651 2.575 4.097 4.940 3.925 1.613 0.808 3.403 3.242 1.809 2.454 5.876 nan 3.760 4.181 0.874 1.848 1.983 2.037 2.028 2.109 1.528 0.776 2.115 3.219 1.548 2.856 0.496 1.907 1.313 2.864 2.868 2.100 1.513 0.453 0.728 10.710 3.938 1.524 1.949 1.102 0.825 6.879 2.360 4.304 0.839 1.618 2.075 4.903 3.173 2.297 1.373 4.190 0.426 9.135 0.891 5.832 1.267 4.419 1.535 1.161 0.474 0.721 3.039 1.388 5.517 3.976 43 chr1 11104821 11134911 + 0 NA exon (NM_003132, exon 1 of 8) exon (NM_003132, exon 1 of 8) 225 NM_003132 6723 Hs.76244 NM_003132 ENSG00000116649 SRM PAPT|SPDSY|SPS1|SRML1 spermidine synthase protein-coding 1.330 1.341 nan 5.853 0.472 0.903 0.486 0.487 0.064 1.558 0.347 0.101 0.126 0.322 0.243 0.537 0.242 0.457 0.525 0.311 0.136 0.403 0.105 0.214 0.757 0.410 0.387 2.938 0.180 0.602 0.498 0.131 0.546 0.157 0.284 0.510 0.145 0.449 0.731 0.362 0.080 0.686 0.497 0.420 0.284 0.188 0.811 0.954 0.562 0.833 5.209 5.046 2.297 0.621 0.955 nan 0.913 nan 6.085 6.489 nan 1.194 0.448 0.627 1.184 1.528 1.131 1.876 1.696 0.933 1.503 0.341 0.177 0.389 0.290 1.110 0.304 0.248 0.230 0.370 0.461 0.494 0.075 0.403 0.391 0.207 0.161 0.257 0.144 0.395 0.371 0.604 0.280 0.248 1.558 0.283 0.517 0.457 0.199 0.227 0.188 0.793 0.574 0.201 0.103 0.307 0.155 0.252 0.124 0.571 0.134 0.100 0.122 0.057 1061 chr16 54314552 54326587 + 0 NA promoter-TSS (NM_024336) promoter-TSS (NM_024336) -191 NM_024336 79191 Hs.499205 NM_024336 ENSG00000177508 IRX3 IRX-1|IRXB1 iroquois homeobox 3 protein-coding nan nan nan 0.505 0.125 1.143 0.494 6.166 0.124 2.851 0.830 0.121 0.016 0.035 0.251 0.080 0.087 2.553 0.773 0.750 0.473 0.663 0.140 0.676 1.947 0.973 2.354 2.775 1.103 1.111 0.207 0.056 3.251 1.042 0.126 1.235 0.469 1.315 0.978 0.951 0.457 2.408 1.680 0.681 4.169 1.202 0.229 0.183 0.546 0.829 2.181 1.851 1.232 0.553 1.132 1.152 0.593 nan nan nan nan 1.103 0.099 0.131 0.440 0.281 0.031 nan nan 0.441 1.778 0.201 1.589 1.459 0.872 0.072 0.460 2.620 3.354 0.271 0.703 0.063 0.943 1.664 1.333 0.966 0.064 0.600 0.385 0.332 1.066 1.347 2.958 5.412 2.851 0.083 0.101 2.553 0.325 1.328 0.415 3.964 0.093 0.175 0.401 2.072 0.509 0.289 0.008 0.031 3.134 0.064 1.321 1.021 2582 chr8 99951275 99961860 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142462) promoter-TSS (NM_001142462) -64 NM_001286841 116039 Hs.253247 NM_053001 ENSG00000164920 OSR2 - odd-skipped related transciption factor 2 protein-coding nan 1.885 5.350 1.831 3.243 0.912 0.500 0.994 3.877 0.505 2.172 0.245 0.724 1.879 0.640 0.174 0.131 1.085 0.306 1.578 0.234 5.494 1.193 0.522 2.438 0.888 1.177 5.148 0.345 0.626 2.129 0.048 2.210 1.426 1.469 2.596 0.929 4.183 1.760 0.826 0.839 0.844 2.437 0.447 3.148 0.856 0.534 0.485 4.670 nan 3.037 2.179 0.703 0.204 3.884 4.093 1.740 2.474 5.089 7.599 1.070 0.937 2.008 3.456 0.194 0.166 0.809 1.331 1.268 0.979 1.202 4.030 1.328 2.006 0.368 0.446 2.683 0.621 0.356 0.834 0.620 0.009 0.630 2.541 1.100 0.767 0.174 1.076 0.925 0.838 1.795 3.047 1.108 2.176 0.505 1.362 1.696 1.085 0.382 1.536 0.121 2.321 1.302 0.141 0.335 0.269 0.222 0.163 0.897 0.260 0.231 1.988 0.435 0.135 2054 chr4 77608449 77627448 + 0 NA intron (NM_020859, intron 2 of 10) intron (NM_020859, intron 2 of 10) 121244 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 1.397 1.009 1.343 1.395 2.795 1.274 0.692 0.763 1.020 0.693 0.447 0.136 0.518 1.769 0.261 0.805 0.397 1.761 0.182 1.951 0.215 1.934 1.186 0.382 4.221 1.975 1.496 2.634 1.633 0.439 0.880 0.075 0.577 0.491 0.578 1.064 0.278 0.724 0.457 2.108 0.236 1.017 0.652 0.843 1.499 0.527 1.227 1.246 1.930 5.027 2.102 1.962 3.109 1.658 0.656 0.608 0.241 0.331 2.191 4.531 0.485 0.300 0.329 0.684 0.560 0.535 0.267 0.599 1.148 0.759 0.191 2.425 0.942 0.118 0.436 1.774 0.015 1.129 0.732 0.575 0.068 0.075 0.410 0.720 0.324 0.189 1.378 0.290 0.215 0.509 1.765 0.357 0.391 2.647 0.693 1.683 2.120 1.761 0.815 3.013 0.036 0.390 1.041 1.006 1.454 0.979 0.333 0.354 0.142 0.111 0.349 1.914 0.052 0.021 1728 chr20 30742093 30746669 + 0 NA intron (NM_014742, intron 13 of 17) MER2|DNA|TcMar-Tigger 33782 NR_002781 128854 Hs.647447 NR_002781 ENSG00000235217 TSPY26P TSPYL3|bA392M18.1 testis specific protein, Y-linked 26, pseudogene pseudo 1.620 1.131 0.906 0.310 0.534 0.192 0.105 0.616 0.085 1.280 0.352 0.256 0.494 0.269 0.474 0.272 0.211 0.304 0.286 0.487 0.284 0.275 0.152 nan 0.176 0.140 0.607 0.136 0.210 0.141 0.058 0.312 0.285 0.083 0.492 0.364 0.460 0.273 0.627 0.018 0.412 0.309 0.583 0.136 0.160 0.585 1.368 0.351 0.563 1.573 nan 0.986 0.426 0.351 0.349 0.457 0.854 1.768 1.321 0.694 0.528 0.421 0.475 0.128 0.173 0.351 nan 1.113 0.648 2.393 0.477 0.063 0.174 0.173 0.155 0.060 0.328 0.275 0.144 0.260 0.042 0.018 2.712 0.329 0.239 0.112 0.017 0.282 0.150 0.668 6.469 0.172 0.085 0.351 0.273 0.211 0.133 0.061 0.384 0.140 0.340 0.267 0.424 0.435 0.534 0.304 0.191 0.136 0.228 0.076 0.033 193 chr1 153956522 153966616 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -1670 NM_001030 6232 Hs.546291 NM_001030 ENSG00000177954 RPS27 MPS-1|MPS1|S27 ribosomal protein S27 protein-coding nan nan 2.192 1.905 1.709 1.622 0.859 2.302 0.456 2.056 1.621 0.351 0.960 1.918 1.851 1.425 0.944 2.123 1.161 1.439 0.603 1.289 1.344 0.589 16.751 13.338 1.586 6.598 1.885 1.762 2.248 0.169 2.922 2.402 0.936 1.313 0.824 2.519 1.899 2.146 0.372 2.356 4.870 1.426 1.834 1.028 2.277 2.329 3.782 5.338 3.883 nan 4.677 1.966 4.191 4.379 3.694 4.844 4.291 4.758 2.990 2.515 3.168 4.783 2.609 2.801 2.449 3.631 2.086 1.069 1.258 2.298 0.758 2.261 1.801 1.828 1.207 2.139 1.929 0.843 4.036 0.489 0.768 4.458 2.571 1.332 0.906 0.936 0.843 1.792 2.422 2.362 4.493 5.301 2.056 1.918 2.796 2.123 1.405 2.194 0.566 6.597 3.324 1.437 0.354 2.498 0.804 1.506 1.878 1.126 1.687 0.818 1.250 0.953 288 chr1 203456280 203469117 + 0 NA promoter-TSS (NM_014359) promoter-TSS (NM_014359) -573 NM_014359 26254 Hs.632468 NM_014359 ENSG00000188770 OPTC OPT opticin protein-coding 2.309 1.082 7.237 0.131 0.164 0.680 0.243 0.250 0.872 0.221 0.135 0.134 0.135 0.069 0.466 0.230 0.816 2.293 0.263 0.125 0.402 0.098 0.123 0.795 0.475 0.172 0.863 0.091 0.312 0.126 0.076 0.527 0.156 0.030 0.165 0.206 0.339 0.407 0.212 0.229 0.294 0.273 0.120 0.166 0.285 0.824 1.413 0.717 0.938 1.344 1.562 2.363 0.821 nan nan 2.739 3.435 0.331 0.583 2.681 2.739 0.357 0.550 1.313 0.842 0.670 1.919 1.902 1.110 0.030 0.250 0.045 0.196 0.064 0.618 0.039 0.232 0.102 0.271 0.114 0.553 0.180 0.416 0.261 0.145 0.090 0.144 0.147 0.241 0.328 0.215 0.274 0.204 0.872 0.155 0.228 0.816 0.161 0.116 1.022 0.500 0.040 0.127 0.023 0.147 0.142 0.125 0.177 0.433 0.220 0.052 0.099 0.045 119 chr1 55676658 55682790 + 0 NA intron (NM_015306, intron 1 of 67) intron (NM_015306, intron 1 of 67) 1315 NM_015306 23358 Hs.477009 NM_015306 ENSG00000162402 USP24 - ubiquitin specific peptidase 24 protein-coding 5.551 2.759 5.522 2.526 3.792 4.437 2.612 3.706 0.567 3.783 2.172 0.426 1.728 5.036 1.909 1.914 0.997 5.081 1.270 1.596 0.828 2.421 0.654 1.510 nan 2.321 2.617 6.269 1.520 1.622 3.486 0.092 4.193 1.115 2.168 2.896 1.026 1.889 2.604 1.285 0.657 3.775 4.989 2.530 5.092 1.240 4.085 4.991 3.362 6.077 11.396 10.606 4.141 2.065 10.637 11.444 3.434 5.134 5.965 10.125 5.091 5.133 4.578 9.568 2.591 2.447 5.298 nan 2.559 1.438 3.403 3.874 1.317 2.471 1.565 3.391 2.350 1.749 2.371 2.531 1.844 0.436 1.538 3.875 3.649 1.691 2.249 1.990 1.258 2.105 3.215 4.328 1.670 2.826 3.783 4.569 3.316 5.081 1.155 3.208 0.974 5.415 2.058 1.637 0.439 2.008 0.653 0.789 4.667 1.576 1.216 0.863 1.221 0.664 1555 chr2 46523225 46566220 + 0 NA intron (NM_001430, intron 1 of 15) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 20181 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 1.001 nan 1.075 1.172 0.378 0.998 0.547 2.041 0.107 0.319 1.870 0.194 0.547 1.233 1.179 0.361 0.211 0.242 0.127 1.106 0.565 0.838 0.310 0.307 7.575 4.184 1.838 1.060 0.629 0.296 0.066 0.095 0.323 0.689 0.328 2.441 0.297 0.614 0.584 0.950 0.138 1.341 0.556 1.280 1.570 0.378 0.312 0.256 0.693 1.268 nan 0.465 0.812 0.521 0.493 0.496 0.212 0.433 1.471 2.001 0.506 0.419 0.182 0.330 0.054 0.044 0.418 nan nan 0.660 0.051 1.425 0.946 0.148 0.685 0.222 0.019 1.665 1.136 0.899 1.801 0.011 0.040 2.021 0.263 0.182 0.593 0.214 0.205 0.791 2.390 0.135 2.475 2.127 0.319 0.678 0.390 0.242 0.973 1.425 0.114 1.336 1.134 0.472 0.427 1.051 0.926 0.170 0.062 0.158 1.094 0.558 0.110 0.068 586 chr11 111225998 111240794 + 0 NA intron (NM_006235, intron 1 of 4) intron (NM_006235, intron 1 of 4) 14914 NR_039712 100616330 NR_039712 ENSG00000264032 MIR4491 mir-4491 microRNA 4491 ncRNA 0.674 0.902 0.845 0.188 0.098 1.347 0.658 0.058 0.004 0.165 0.076 0.055 0.051 0.107 0.026 0.128 0.222 0.991 0.159 0.209 0.042 0.073 0.036 0.097 1.287 0.130 0.076 0.731 0.069 0.145 0.052 0.103 0.136 0.008 0.026 0.088 0.005 0.037 0.289 0.309 0.206 0.444 1.290 0.079 1.003 0.099 3.413 nan 1.052 1.284 0.636 0.788 1.265 0.271 0.375 0.349 1.044 nan 0.668 0.469 0.434 0.305 1.277 2.125 0.778 1.098 0.251 0.405 0.817 0.651 0.456 0.120 0.006 0.110 1.099 0.111 0.021 0.389 0.088 0.054 0.069 0.168 0.097 0.218 0.077 0.021 0.099 0.063 0.040 0.265 0.264 0.058 0.097 0.183 0.165 0.087 0.041 0.991 0.207 0.184 0.597 0.039 0.103 0.037 0.014 0.054 0.068 0.062 1.375 0.093 0.031 0.051 0.012 0.003 410 chr10 112151828 112194524 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR -84449 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 0.871 nan 1.159 0.076 0.829 0.487 0.245 1.977 0.051 0.423 0.721 0.113 0.920 1.278 0.902 0.070 0.068 0.070 0.179 1.656 0.363 2.341 1.549 0.337 4.376 2.558 0.832 0.388 0.538 0.108 0.040 0.080 1.133 0.819 0.644 0.921 0.214 0.388 0.347 2.106 0.470 1.812 3.057 0.541 1.787 0.678 0.387 0.418 0.382 0.704 0.106 0.119 0.172 0.071 0.196 0.232 0.265 0.509 0.231 0.227 0.398 0.258 0.300 0.443 0.083 0.207 0.430 0.797 0.340 0.326 0.026 4.018 0.467 2.796 0.457 0.066 0.039 2.366 1.523 0.490 2.947 0.016 0.108 2.773 2.651 1.258 0.581 0.081 0.109 0.945 3.585 1.618 1.878 3.618 0.423 2.447 3.111 0.070 1.849 1.171 0.109 0.484 0.401 2.493 0.771 0.718 0.706 0.070 0.209 0.189 0.569 1.639 0.502 0.482 999 chr16 375239 381862 + 0 NA intron (NM_003502, intron 2 of 10) AluSp|SINE|Alu 24126 NM_003502 8312 Hs.592082 NM_003502 ENSG00000103126 AXIN1 AXIN|PPP1R49 axin 1 protein-coding 0.949 nan 1.153 2.524 1.300 0.302 0.122 0.816 0.009 0.318 0.572 0.365 0.517 1.598 1.332 0.461 0.188 0.156 0.144 1.209 0.585 3.278 0.634 3.177 6.911 3.318 2.447 0.961 0.507 0.823 0.217 0.074 0.603 0.766 1.004 3.359 0.120 0.352 0.366 0.831 0.069 1.015 0.212 0.901 1.094 0.487 0.308 0.402 0.289 0.333 0.297 0.370 nan 1.504 0.550 0.447 0.268 nan 0.950 1.400 0.423 0.256 0.257 0.207 1.420 1.500 0.327 0.471 2.071 1.139 0.168 2.741 0.275 0.724 0.695 0.221 0.073 1.868 1.512 0.339 1.173 0.133 0.083 1.092 0.416 0.219 2.224 0.273 0.258 0.347 3.782 0.885 4.814 3.485 0.318 3.120 2.613 0.156 0.495 2.164 0.014 0.149 1.425 1.393 0.504 1.318 0.602 0.610 0.085 0.080 0.133 0.545 0.356 0.239 1180 chr17 38247445 38282003 + 0 NA Intergenic Intergenic -7746 NM_021724 9572 Hs.724 NM_021724 ENSG00000126368 NR1D1 EAR1|THRA1|THRAL|ear-1|hRev nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 protein-coding nan 2.331 1.818 1.131 11.135 3.262 1.861 3.735 4.094 1.910 3.371 0.625 0.822 2.253 3.143 1.271 0.687 2.271 1.367 2.071 0.491 1.910 1.136 1.373 3.922 2.012 2.277 3.544 1.239 1.374 1.297 0.108 3.043 1.483 1.489 2.264 0.374 1.706 1.665 1.745 0.614 3.399 2.373 1.817 1.487 0.778 1.799 2.050 1.604 2.570 nan 2.700 2.721 0.900 4.854 4.999 1.768 2.496 3.694 4.759 nan 2.727 1.353 1.970 0.889 1.030 1.876 3.799 1.662 0.976 1.486 1.951 0.912 1.274 0.897 2.550 1.561 1.747 1.664 1.511 3.018 0.283 1.065 2.557 1.348 0.598 1.021 0.993 0.760 3.155 3.317 1.502 2.673 2.549 1.910 2.806 1.862 2.271 1.216 1.391 0.632 3.137 1.515 1.113 1.011 1.372 0.635 1.058 0.852 1.326 2.041 0.967 0.977 0.718 2169 chr5 88165204 88180613 + 0 NA intron (NM_001193347, intron 2 of 11) UCON20|Unknown|Unknown -6239 NR_136218 101929423 Hs.130138 NR_104031 ENSG00000248309 MEF2C-AS1 - MEF2C antisense RNA 1 ncRNA 0.618 1.022 0.468 0.289 0.476 0.333 0.269 0.267 0.028 0.049 0.981 0.084 0.117 0.329 0.374 0.529 0.396 0.124 0.121 0.863 0.016 0.182 0.204 0.380 0.548 0.260 0.671 2.426 0.330 0.194 0.278 0.113 0.180 0.282 0.980 0.690 0.015 0.414 0.163 0.310 0.021 0.598 0.100 0.683 0.193 0.703 0.301 0.231 0.529 0.891 0.691 0.474 0.958 0.322 2.283 2.442 3.028 3.604 0.455 0.516 0.789 0.688 0.532 1.246 0.345 0.245 0.257 nan 0.819 0.463 0.021 0.406 0.006 1.287 0.052 0.276 0.045 0.312 0.136 0.014 2.316 0.031 0.295 0.290 0.172 0.089 0.082 0.118 0.415 0.048 0.667 0.457 0.018 0.049 0.404 1.153 0.124 0.048 0.095 0.268 1.105 0.639 0.268 0.409 0.075 0.030 1.227 0.129 0.558 0.201 0.030 0.047 430 chr10 126824264 126852263 + 0 NA intron (NM_001290214, intron 1 of 10) intron (NM_001290214, intron 1 of 10) 9424 NM_001290215 1488 Hs.501345 NM_001329 ENSG00000175029 CTBP2 - C-terminal binding protein 2 protein-coding nan 2.401 1.695 2.066 1.702 1.608 0.805 2.469 0.643 0.634 0.134 0.052 0.603 2.539 1.066 0.874 0.336 1.698 0.385 1.304 0.274 2.872 0.934 1.460 6.801 4.425 2.142 7.197 0.418 1.810 0.900 0.076 2.278 0.598 1.725 1.383 0.290 1.201 0.844 1.956 0.469 4.300 1.399 1.437 1.267 1.466 1.969 2.550 1.560 3.143 1.203 1.043 1.932 0.640 1.907 1.881 0.746 1.225 4.572 6.107 1.024 1.034 1.230 2.881 1.108 1.360 1.734 1.684 1.682 0.867 1.764 3.224 0.830 1.136 2.081 2.030 1.289 1.474 1.665 0.984 1.927 0.282 0.733 2.645 1.307 0.612 1.046 1.447 0.908 1.028 2.680 1.224 1.601 2.332 0.634 4.348 3.005 1.698 1.863 0.798 0.315 1.600 1.582 0.701 0.542 1.280 0.389 1.308 1.674 0.671 0.979 1.812 0.298 0.173 1185 chr17 38801129 38806144 + 0 NA intron (NM_003079, intron 1 of 10) MIRb|SINE|MIR 467 NM_003079 6605 Hs.743978 NM_003079 ENSG00000073584 SMARCE1 BAF57|CSS5 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 protein-coding nan 4.899 4.433 2.684 18.761 9.727 5.218 4.454 1.001 4.179 3.331 0.097 1.400 4.291 2.859 3.292 1.956 7.231 3.019 3.201 1.407 3.859 1.682 2.613 4.082 3.056 4.517 10.621 1.926 3.706 2.820 0.107 6.201 2.474 3.951 4.731 0.824 3.639 5.590 3.702 1.457 4.852 6.091 3.572 4.054 1.509 11.700 10.853 10.949 13.817 nan 13.799 9.731 7.716 25.049 26.858 4.744 5.662 11.302 17.536 nan 11.364 8.915 12.134 7.348 7.522 10.288 4.730 4.000 2.481 4.519 2.556 1.357 1.116 0.899 3.891 2.786 3.108 4.719 2.292 4.032 0.908 2.152 4.634 6.808 3.279 2.393 2.153 2.019 5.147 5.613 2.505 2.407 4.059 4.179 4.843 2.459 7.231 2.458 3.448 1.666 4.390 2.595 1.947 1.534 2.726 1.378 2.243 1.916 2.027 1.654 1.169 1.780 1.357 447 chr11 2268381 2294721 + 0 NA Intergenic Intergenic 10631 NM_005170 430 Hs.152475 NM_005170 ENSG00000183734 ASCL2 ASH2|HASH2|MASH2|bHLHa45 achaete-scute family bHLH transcription factor 2 protein-coding 0.406 1.288 0.877 0.073 0.120 0.252 0.122 0.041 0.499 0.131 0.065 0.098 0.014 0.107 0.017 0.082 0.107 0.118 0.093 0.176 0.075 0.052 0.044 0.155 1.480 0.321 0.888 0.792 0.111 0.097 0.054 0.053 0.506 0.005 0.044 0.046 0.018 0.050 0.937 0.016 0.092 1.506 0.597 0.053 0.368 0.075 6.525 9.576 4.480 3.016 0.265 0.330 0.506 0.142 8.919 8.986 0.154 0.192 0.204 0.300 0.223 0.102 4.529 8.155 0.243 0.159 0.073 0.093 0.304 0.288 0.541 0.275 0.323 0.052 0.441 0.054 0.032 0.048 0.030 0.095 0.065 0.022 0.015 0.177 0.170 0.087 0.064 0.039 0.055 0.098 0.100 0.022 0.021 0.528 0.131 0.358 0.007 0.118 0.191 1.050 0.015 0.214 0.008 0.030 0.024 0.051 0.106 0.040 5.394 0.028 0.040 0.025 0.020 0.013 1446 chr19 41722111 41740508 + 0 NA intron (NM_021913, intron 4 of 19) intron (NM_021913, intron 4 of 19) -1351 NM_001278599 558 Hs.590970 NM_001699 ENSG00000167601 AXL ARK|JTK11|Tyro7|UFO AXL receptor tyrosine kinase protein-coding 0.622 0.580 0.529 0.067 5.558 0.220 0.122 4.735 0.077 0.146 1.054 0.335 1.333 3.299 4.480 0.052 0.077 0.052 0.213 0.924 1.262 3.468 1.883 1.706 nan 0.548 0.686 0.235 1.209 0.081 2.247 0.134 0.826 2.849 1.959 6.648 1.643 5.777 0.435 1.750 0.374 0.860 0.255 1.279 1.283 1.688 0.185 0.195 0.192 0.433 0.220 0.306 0.229 0.082 0.309 0.290 0.184 0.304 0.182 0.197 0.411 0.113 0.143 0.252 0.082 0.096 0.175 0.283 0.357 0.454 0.045 4.255 0.784 3.856 0.065 0.058 0.128 3.379 4.057 3.041 0.927 0.010 0.026 9.304 6.427 2.164 1.345 0.051 0.079 6.269 4.541 11.853 0.317 0.458 0.146 4.769 1.781 0.052 0.606 0.239 0.026 3.348 0.011 4.526 2.297 1.290 2.433 0.037 0.032 0.020 3.062 2.473 5.698 4.004 1741 chr20 43342254 43377341 + 0 NA intron (NR_132377, intron 3 of 4) MIR|SINE|MIR -14691 NM_022358 60598 Hs.528664 NM_022358 ENSG00000124249 KCNK15 K2p15.1|KCNK11|KCNK14|KT3.3|TASK-5|TASK5|dJ781B1.1 potassium two pore domain channel subfamily K member 15 protein-coding nan nan 1.150 0.351 1.724 0.595 0.311 0.929 0.074 0.784 0.745 0.158 0.273 0.648 3.736 0.151 0.100 0.321 0.743 0.613 0.452 1.250 0.613 0.773 1.242 0.393 0.392 0.995 0.267 0.146 0.291 0.100 0.410 0.491 0.240 0.908 0.834 1.268 0.389 0.545 0.135 0.607 1.235 2.260 0.532 0.226 0.578 0.615 0.348 0.610 0.530 0.491 nan 0.232 0.395 0.410 0.972 1.368 0.657 0.703 nan 0.898 0.583 0.553 0.312 0.340 0.631 1.503 0.333 0.287 0.111 0.489 2.550 0.905 0.054 0.142 0.110 1.112 0.700 3.001 2.768 0.076 0.858 6.069 0.530 0.261 0.493 0.054 0.079 0.208 2.083 0.453 0.874 1.527 0.784 0.418 2.509 0.321 0.346 3.147 0.182 9.747 0.130 2.704 0.198 1.576 0.945 0.073 0.144 0.563 0.434 0.177 0.197 0.095 2118 chr5 33635829 33655773 + 0 NA intron (NM_030955, intron 9 of 23) L1MC4a|LINE|L1 204919 NR_047677 6897 Hs.481860 NM_152295 ENSG00000113407 TARS ThrRS threonyl-tRNA synthetase protein-coding 0.588 1.049 nan 0.215 0.419 0.231 0.105 0.168 0.087 0.116 0.172 0.145 0.038 0.143 0.177 0.143 0.184 0.096 0.088 0.193 0.043 0.110 0.336 0.136 0.100 0.089 0.186 0.435 0.059 3.168 0.022 0.111 0.231 0.036 0.187 0.074 0.189 0.576 0.284 0.016 0.017 0.230 0.111 0.078 0.275 0.091 0.417 0.406 0.323 0.484 0.252 0.395 0.101 0.055 0.167 0.191 0.338 0.455 0.207 0.238 0.568 0.245 0.275 0.409 0.084 0.100 0.082 0.150 0.450 0.497 0.034 0.186 0.024 0.200 0.010 0.056 0.037 0.007 0.018 0.011 0.064 0.005 0.020 0.044 0.063 0.055 0.040 1.275 1.739 0.050 0.065 0.040 0.155 0.020 0.116 0.200 0.005 0.096 0.052 0.161 0.038 0.025 0.020 0.008 0.064 0.054 4.613 0.074 0.043 0.283 0.095 0.020 0.020 415 chr10 114759476 114780415 + 0 NA intron (NM_001198531, intron 4 of 12) intron (NM_001198531, intron 4 of 12) -35169 NR_132769 106635520 NR_132769 SNORA87 - small nucleolar RNA, H/ACA box 87 snoRNA 0.720 nan 1.162 0.788 0.059 0.783 0.437 0.290 0.273 0.081 0.306 0.084 0.018 0.233 0.161 0.147 0.082 0.240 0.125 0.219 0.024 0.093 0.030 0.158 0.520 0.100 0.126 0.536 0.014 2.293 0.099 0.088 0.355 0.028 0.113 0.160 0.016 0.050 0.213 0.166 0.031 0.251 0.261 0.121 0.074 0.080 0.378 0.377 0.753 0.952 0.260 0.241 1.806 0.613 0.130 0.143 0.272 0.491 2.474 2.923 0.223 0.164 0.202 0.430 0.032 0.050 0.376 0.752 0.500 0.408 0.042 0.258 0.155 0.192 0.458 0.346 0.064 0.214 0.071 0.176 0.095 0.023 0.034 0.193 0.043 0.011 0.066 0.516 0.626 0.091 0.420 0.179 0.037 0.167 0.081 0.158 0.101 0.240 0.029 0.138 0.047 0.044 0.079 0.036 0.012 0.125 0.026 2.871 0.104 0.199 0.051 0.085 0.218 0.148 1130 chr17 8088365 8105120 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3178 NM_017622 54785 Hs.129563 NM_017622 ENSG00000196544 BORCS6 C17orf59|PRO2472 BLOC-1 related complex subunit 6 protein-coding 2.401 1.329 1.911 1.049 0.944 1.838 1.012 1.485 3.859 1.537 0.721 0.212 0.649 1.890 1.714 0.588 0.401 0.831 0.700 0.925 0.473 0.934 0.235 1.064 2.218 1.376 1.308 3.387 0.918 1.206 0.867 0.078 3.282 0.472 0.769 1.135 0.803 2.748 0.988 0.645 0.735 1.096 1.532 2.107 0.737 0.632 1.762 2.431 1.699 2.668 2.034 1.866 5.154 1.732 1.221 1.415 1.587 2.167 2.697 3.886 1.850 1.513 0.738 1.139 1.220 1.252 2.844 5.663 0.521 0.270 1.067 0.906 0.444 0.981 0.728 1.618 0.406 0.461 0.472 0.463 1.301 0.176 0.642 2.604 0.627 0.422 0.543 0.392 0.390 1.060 3.561 3.349 0.811 0.907 1.537 2.305 2.926 0.831 0.367 0.670 0.595 3.360 1.561 0.518 0.359 1.771 0.560 0.612 0.496 1.330 0.682 0.394 0.596 0.425 1315 chr18 42255320 42264278 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130110) promoter-TSS (NM_001130110) -339 NM_001130110 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 2.544 0.842 3.367 1.171 3.183 1.571 0.162 0.278 9.074 1.480 0.109 0.024 0.225 1.486 0.889 4.615 1.168 0.333 0.519 0.075 0.035 0.139 0.131 0.152 0.047 8.180 0.016 0.406 0.072 0.057 0.478 0.331 0.043 0.135 0.026 0.061 1.145 0.294 1.262 0.736 0.031 1.216 0.023 3.740 4.937 3.429 4.451 9.687 7.684 3.310 1.537 0.103 0.074 1.892 2.595 1.986 3.535 4.722 5.698 1.524 3.794 5.330 4.665 0.697 nan 4.659 2.312 4.332 0.080 0.586 0.594 2.269 1.340 0.015 0.023 0.032 0.025 0.583 2.287 3.590 0.041 0.202 0.217 0.034 0.347 0.285 0.134 1.345 0.048 1.354 1.376 9.074 0.023 0.010 4.615 0.259 0.248 1.560 0.512 1.700 0.030 0.136 0.054 0.458 0.692 1.907 0.551 1.265 0.021 0.019 0.011 189 chr1 153889304 153904671 + 0 NA Intergenic Intergenic -1536 NM_020699 57459 Hs.4779 NM_020699 ENSG00000143614 GATAD2B MRD18|P66beta|p68 GATA zinc finger domain containing 2B protein-coding nan nan 1.894 1.183 1.032 1.429 0.617 1.310 0.423 1.957 1.152 0.268 0.395 1.310 0.973 1.307 0.636 1.443 1.203 1.036 0.338 0.970 0.561 0.554 10.396 7.012 0.926 4.054 0.722 1.294 1.427 0.114 1.409 0.791 0.391 0.944 0.237 1.105 1.135 0.926 0.382 1.541 1.995 0.673 1.078 0.983 1.875 2.134 2.350 2.931 3.254 nan 1.986 0.885 3.129 3.330 1.678 2.264 2.007 3.317 2.489 1.978 1.977 3.734 1.564 1.672 2.121 3.097 1.353 0.705 0.895 1.095 0.499 1.302 0.880 1.569 0.822 0.847 0.760 0.673 1.207 0.414 0.628 1.638 1.076 0.609 0.501 0.670 0.614 0.991 1.017 1.330 2.777 2.864 1.957 1.168 1.014 1.443 0.552 0.841 0.385 3.220 1.173 0.794 0.322 1.319 0.581 0.832 1.264 0.961 0.912 0.436 0.558 0.311 2597 chr8 116653821 116685371 + 0 NA intron (NM_001282903, intron 1 of 6) intron (NM_001282903, intron 1 of 6) 10643 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 1.627 0.139 1.344 0.254 0.102 0.309 0.112 0.069 0.425 0.112 0.244 0.925 0.401 0.159 0.118 0.075 0.264 0.351 0.067 0.471 0.110 0.200 1.281 0.402 0.190 0.562 0.776 4.616 0.090 0.085 1.641 0.316 0.090 0.569 0.027 0.168 0.605 0.257 0.120 5.117 0.427 0.113 0.604 0.367 0.452 0.368 0.546 0.569 0.937 0.923 nan 0.126 2.047 nan 3.077 nan 0.474 0.619 2.384 2.021 0.118 0.225 1.094 0.917 0.642 1.057 0.876 0.731 0.028 0.545 1.376 0.833 0.066 0.090 1.998 0.574 0.490 0.348 0.094 0.242 0.134 0.131 0.352 0.238 0.153 1.055 1.523 1.207 0.153 0.846 0.561 1.109 0.069 0.970 0.021 0.075 0.171 1.117 0.053 0.381 0.409 0.067 0.061 0.245 0.113 4.933 0.063 0.289 0.252 0.060 0.057 0.035 1292 chr18 901429 912097 + 0 NA intron (NM_001099733, intron 2 of 4) CpG 1566 NM_001117 116 Hs.531719 NM_001117 ENSG00000141433 ADCYAP1 PACAP adenylate cyclase activating polypeptide 1 protein-coding 3.912 1.734 1.001 7.570 0.054 0.687 0.330 0.085 0.023 0.477 0.096 0.046 0.018 0.150 0.018 1.438 0.622 1.102 0.630 0.099 0.604 0.059 0.020 0.063 0.083 0.082 0.094 20.744 0.014 0.060 0.133 0.129 0.155 0.022 0.007 0.095 0.016 0.108 0.210 0.069 0.089 0.139 0.150 0.054 0.039 0.239 0.126 0.079 0.067 3.942 3.246 nan 2.102 0.248 0.232 1.946 nan 4.425 4.000 nan 0.752 0.082 0.104 2.168 1.954 0.157 nan nan 3.094 9.888 0.036 0.017 0.325 2.974 1.963 0.039 0.026 0.034 0.039 0.411 0.650 0.095 0.046 0.022 0.007 0.058 0.012 0.140 0.076 0.199 0.073 0.020 0.477 0.103 0.018 1.102 0.124 0.172 0.168 4.997 0.057 0.008 0.037 0.576 0.032 0.059 0.044 0.011 0.005 2330 chr6 51352851 51362558 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -128964 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.757 1.560 nan 0.366 0.060 0.413 0.215 0.064 0.025 0.339 0.083 0.132 0.117 0.228 0.019 0.016 0.117 0.287 0.117 0.177 0.013 0.105 0.011 0.122 4.035 0.670 1.226 1.090 0.090 0.066 0.056 0.097 0.076 0.012 0.063 0.092 0.139 0.249 0.122 0.191 0.059 0.307 0.219 0.073 0.070 0.096 0.424 0.313 1.003 3.936 0.390 0.403 0.126 0.025 0.325 0.317 0.180 0.242 0.378 0.466 0.231 0.050 0.123 0.281 0.333 0.395 0.173 0.317 0.172 0.187 0.017 0.125 0.010 0.067 4.510 0.110 0.013 0.007 0.055 0.079 0.098 0.223 0.031 0.048 0.016 0.038 0.099 0.025 0.068 0.048 0.610 0.339 0.199 0.019 0.287 0.693 0.010 0.018 0.094 0.021 0.009 0.025 0.023 0.082 0.091 0.114 0.024 0.088 0.012 0.011 1356 chr18 60920322 60941323 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 55791 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.897 1.239 3.338 2.290 0.071 2.453 1.347 0.214 0.015 0.432 0.183 0.092 0.026 0.012 0.812 0.294 3.017 0.533 0.168 0.018 0.043 0.030 0.121 0.140 0.077 0.041 4.188 0.014 0.081 0.036 0.124 0.072 0.017 0.069 0.096 0.030 0.122 0.226 0.048 0.200 0.107 0.284 0.087 0.114 0.040 1.770 2.679 3.394 3.340 7.484 7.084 4.091 1.748 1.072 nan 0.305 nan 4.020 4.085 0.830 0.584 1.997 2.539 4.913 6.400 0.150 0.188 6.121 3.470 3.730 0.013 0.009 0.144 0.143 0.754 0.007 0.056 0.036 0.050 0.159 1.106 0.665 0.088 0.016 0.004 0.026 0.049 0.029 0.192 0.070 0.067 0.023 0.029 0.432 0.020 0.009 3.017 0.018 0.008 0.264 0.070 0.430 0.062 0.014 0.064 0.032 0.088 2.140 0.036 0.103 0.023 0.014 0.007 480 chr11 33179201 33184991 + 0 NA intron (NM_001033506, intron 1 of 1) intron (NM_001033506, intron 1 of 1) 941 NM_001033505 1479 Hs.44402 NM_001326 ENSG00000176102 CSTF3 CSTF-77 cleavage stimulation factor subunit 3 protein-coding 3.570 3.391 nan 3.443 2.856 4.090 1.992 2.190 1.273 2.546 1.375 0.247 1.145 2.772 1.329 2.435 1.328 2.771 1.534 1.993 0.663 1.503 1.364 1.447 4.258 2.373 1.904 7.356 1.111 4.521 4.863 0.299 3.129 0.876 1.768 1.575 0.529 3.032 3.660 1.804 0.596 3.683 5.158 1.457 3.234 0.645 6.941 5.950 6.298 8.425 6.681 5.565 7.994 4.245 12.984 12.922 7.712 8.619 4.584 8.562 6.712 5.848 5.476 7.838 5.990 7.878 4.889 nan 3.781 2.004 3.586 3.126 1.285 1.975 0.678 2.337 1.219 1.461 1.301 1.124 1.994 0.803 1.522 3.834 3.417 1.738 0.742 0.830 0.998 1.936 1.586 2.200 1.390 1.085 2.546 3.617 3.459 2.771 1.014 0.861 1.716 2.213 1.647 1.850 0.783 1.983 1.159 4.047 3.849 1.962 1.653 0.720 1.213 0.982 107 chr1 48010481 48045809 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -125156 NR_126355 102724077 Hs.159718 NR_126355 LINC01389 - long intergenic non-protein coding RNA 1389 ncRNA nan 1.097 nan 0.060 0.317 0.525 0.292 0.071 0.044 0.218 0.084 0.032 0.376 0.315 0.011 0.154 0.136 0.109 1.081 0.161 0.098 0.770 0.329 0.071 5.556 1.224 0.685 0.733 0.558 0.070 0.123 0.086 0.157 0.074 0.038 0.149 0.024 0.025 0.284 0.781 0.054 0.179 0.171 0.077 0.535 0.127 0.515 0.767 0.193 0.279 0.859 0.908 0.113 0.052 0.248 0.248 0.151 nan nan 0.978 0.352 0.194 0.243 nan 0.266 0.244 0.131 0.223 0.814 0.711 0.206 1.252 0.027 0.049 0.326 0.141 0.012 0.318 0.118 0.054 0.062 0.065 0.705 0.120 0.051 0.053 1.322 0.022 0.022 0.200 0.377 0.042 1.122 0.450 0.218 0.253 0.987 0.109 0.433 0.424 0.050 0.107 0.115 0.136 0.008 0.076 0.151 0.029 0.076 0.061 0.141 0.059 0.054 0.041 438 chr10 135088016 135094461 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164489) promoter-TSS (NM_001164489) -831 NM_001164489 101 Hs.501574 NM_001109 ENSG00000151651 ADAM8 CD156|CD156a|MS2 ADAM metallopeptidase domain 8 protein-coding 0.455 0.434 0.888 0.327 2.453 0.519 0.177 1.450 0.953 0.080 0.130 0.025 2.580 4.378 1.820 0.049 0.037 0.214 0.067 0.412 0.269 0.908 1.619 0.989 4.922 2.196 3.395 0.317 1.679 0.066 0.069 0.052 0.378 1.887 0.851 3.455 0.025 0.086 0.249 2.134 0.049 3.257 0.057 0.378 1.758 2.954 0.281 0.341 0.244 0.658 0.402 0.323 0.613 0.184 0.174 0.085 0.052 0.136 0.321 0.614 0.094 0.061 0.102 0.162 0.092 0.093 0.152 0.128 0.215 0.133 0.139 5.188 0.134 1.254 0.124 0.342 0.085 1.508 1.323 0.150 0.425 0.015 0.048 5.977 0.392 0.156 0.457 0.095 0.475 0.213 0.774 0.024 2.697 0.080 6.307 0.517 0.214 1.064 0.986 0.372 0.095 0.799 1.385 0.977 0.885 0.036 0.015 0.057 4.248 2.395 0.259 0.102 1153 chr17 28663764 28707712 + 0 NA Intergenic Charlie7|DNA|hAT-Charlie -20204 NM_001304 1362 Hs.446079 NM_001304 ENSG00000108582 CPD GP180 carboxypeptidase D protein-coding nan nan nan 1.135 0.283 0.840 0.466 0.757 0.117 0.396 0.299 0.132 1.573 2.168 0.046 0.664 0.228 1.186 0.321 1.448 0.062 1.582 1.244 0.825 7.238 2.015 2.218 1.171 0.697 2.838 0.218 0.181 0.560 0.243 0.246 1.326 0.077 0.178 0.489 2.579 0.170 0.712 0.489 0.214 1.269 0.295 0.677 0.897 0.488 0.897 0.557 0.670 3.548 0.921 0.400 0.474 0.517 0.738 2.567 2.688 1.113 0.709 0.670 1.064 1.233 1.223 0.704 nan 1.672 0.971 0.064 2.161 0.131 0.164 0.180 0.100 0.176 2.156 1.373 0.154 0.190 0.285 0.141 0.252 0.295 0.147 0.389 0.208 0.228 0.266 1.341 0.208 1.741 2.923 0.396 0.681 0.390 1.186 0.607 0.365 0.098 0.335 0.640 0.089 0.637 0.875 0.106 0.778 0.522 0.563 0.383 0.632 0.054 0.034 1871 chr3 11176577 11198206 + 0 NA intron (NM_001098213, intron 1 of 1) L1ME3|LINE|L1 8612 NM_001098213 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 0.721 0.659 0.068 0.293 0.189 0.118 0.535 0.014 0.130 0.228 0.104 0.593 1.361 0.215 0.037 0.027 0.044 0.145 0.301 0.578 1.754 1.643 0.753 2.210 0.627 0.296 0.609 1.002 0.133 0.080 0.066 0.480 0.408 0.264 0.508 0.436 1.310 0.436 1.568 0.180 1.077 0.310 0.742 0.694 0.746 0.178 0.084 0.146 0.256 0.419 0.338 0.130 0.067 0.103 0.117 0.091 0.194 0.127 0.157 0.382 0.205 0.149 0.202 0.260 0.268 0.089 0.198 0.208 0.293 0.026 2.489 0.168 0.659 0.028 0.102 0.006 0.992 0.710 0.062 0.054 0.071 0.018 0.862 1.208 0.571 1.818 0.061 0.028 1.300 0.839 1.338 0.015 0.492 0.130 1.051 3.982 0.044 0.374 0.127 0.049 1.304 0.080 2.223 0.276 1.112 1.175 0.021 0.019 0.051 0.845 0.381 0.881 0.684 2385 chr6 170097261 170103944 + 0 NA intron (NM_182552, intron 1 of 25) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 1557 NM_182552 253769 Hs.131903 NM_182552 ENSG00000184465 WDR27 - WD repeat domain 27 protein-coding nan 1.717 nan 3.877 1.625 2.530 0.914 1.768 0.522 2.681 0.964 0.048 0.963 2.006 1.129 0.862 0.287 2.552 0.360 1.448 0.611 1.422 0.339 1.011 3.348 3.284 1.296 4.862 1.028 2.647 1.721 0.158 2.492 0.749 1.417 3.050 0.586 2.249 2.618 1.891 0.487 6.269 1.698 2.370 1.469 1.371 3.188 3.380 2.655 4.415 nan 4.573 nan 3.572 4.581 4.808 1.408 2.078 nan 4.643 4.543 5.647 1.756 4.348 3.231 3.393 3.109 2.964 1.619 0.817 1.079 1.522 0.734 1.082 0.676 2.072 1.016 3.351 3.411 0.816 1.301 0.383 1.273 2.310 3.336 1.553 1.031 0.961 0.767 0.969 1.620 4.543 0.771 1.150 2.681 2.871 1.733 2.552 1.059 1.104 0.584 2.566 1.517 0.974 0.358 1.246 0.872 0.882 0.595 0.702 0.876 0.338 2.409 1.949 87 chr1 40404541 40430028 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -3500 NM_001136493 84879 Hs.655177 NM_032793 ENSG00000168389 MFSD2A MCPH15|MFSD2|NLS1 major facilitator superfamily domain containing 2A protein-coding 12.221 1.380 nan 5.473 0.274 0.978 0.572 0.408 0.019 9.449 0.250 0.158 0.164 0.334 0.058 0.343 0.279 2.175 0.570 0.405 0.360 0.321 0.133 0.103 2.631 0.531 1.363 1.735 0.217 1.586 0.183 0.121 0.889 0.047 0.151 0.164 0.105 0.258 1.135 0.189 0.262 0.976 1.351 0.275 0.310 0.229 0.648 0.885 0.676 1.293 3.435 2.422 1.077 0.263 0.626 0.684 0.843 nan nan 4.693 0.547 0.518 0.754 nan 0.227 0.179 0.658 1.040 1.612 1.136 1.557 0.679 0.068 0.253 0.467 0.882 0.076 0.297 0.183 0.179 0.187 0.038 8.110 0.314 0.073 0.055 0.171 0.273 0.338 0.208 0.294 0.277 0.056 0.392 9.449 0.366 0.192 2.175 0.245 0.185 0.247 0.397 0.266 0.106 0.023 0.093 0.667 1.179 0.237 0.243 0.069 0.047 0.173 0.074 1022 chr16 11675048 11682348 + 0 NA intron (NR_024320, intron 1 of 3) intron (NR_024320, intron 1 of 3) 1531 NM_004862 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 2.444 2.506 nan 2.461 4.234 1.862 0.657 2.773 10.772 1.773 1.433 0.220 0.468 2.247 3.113 1.328 0.490 4.214 0.678 1.360 1.035 1.961 0.536 0.914 6.776 4.205 2.543 5.721 0.541 0.834 1.855 0.111 3.013 0.305 1.157 2.371 0.406 0.717 1.275 1.198 0.597 4.251 2.375 1.198 2.496 0.620 1.716 2.920 0.948 1.816 3.887 3.804 5.476 2.358 1.951 2.169 1.872 2.689 2.272 3.216 nan 2.419 1.575 2.731 1.272 1.479 0.204 0.118 1.093 0.637 1.595 1.238 3.040 0.719 0.070 0.682 0.589 1.460 1.373 2.488 3.120 0.356 0.644 1.842 1.113 0.695 0.612 0.520 0.463 0.248 6.115 1.576 8.897 4.705 1.773 2.614 0.227 4.214 1.087 3.248 0.574 1.773 0.873 0.567 0.109 1.000 1.272 0.676 0.638 0.051 1.709 0.416 0.418 0.218 1832 chr22 24127574 24133479 + 0 NA intron (NM_001317946, intron 1 of 8) Tigger8|DNA|TcMar-Tigger 1408 NM_001007468 6598 Hs.534350 NM_003073 ENSG00000099956 SMARCB1 BAF47|CSS3|INI1|MRD15|PPP1R144|RDT|RTPS1|SNF5|SNF5L1|SWNTS1|Sfh1p|Snr1|hSNFS SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1 protein-coding 2.610 nan 3.319 1.926 2.173 2.986 1.709 1.387 0.691 2.015 1.584 0.166 0.450 2.054 1.526 1.227 0.329 3.922 1.671 1.315 0.356 1.901 0.572 1.111 nan 2.140 2.174 6.900 0.496 1.195 1.897 0.123 2.574 0.441 0.654 2.010 0.493 1.592 2.386 0.535 0.506 1.945 2.440 1.063 1.580 0.649 3.407 3.465 3.498 5.336 5.029 5.735 3.211 1.536 7.185 7.642 3.082 4.423 3.810 5.561 4.320 3.749 2.121 3.254 2.448 3.205 2.797 2.914 5.998 3.228 1.391 0.985 0.532 0.763 0.825 3.144 0.848 0.433 0.771 2.719 0.962 0.694 1.775 1.970 1.183 0.661 0.742 0.777 0.493 1.163 1.709 2.953 0.963 1.445 2.015 2.699 1.085 3.922 0.433 1.051 1.255 1.976 1.992 0.735 0.380 1.618 0.301 0.586 1.195 0.887 1.255 0.417 0.536 0.336 2704 chr9 128461352 128470872 + 0 NA intron (NM_001006617, intron 1 of 11) intron (NM_001006617, intron 1 of 11) 3401 NM_001006617 79109 Hs.495138 NM_024117 ENSG00000119487 MAPKAP1 JC310|MIP1|SIN1|SIN1b|SIN1g mitogen-activated protein kinase associated protein 1 protein-coding nan nan 1.268 1.440 0.648 1.222 0.589 1.026 0.092 0.712 0.522 0.084 1.514 2.082 0.304 0.577 0.356 1.197 0.482 0.651 0.845 2.746 0.366 0.333 1.641 0.945 0.592 nan 0.505 0.517 0.569 0.131 1.344 0.833 0.496 1.002 0.297 1.213 1.515 1.936 0.294 0.847 1.121 1.119 0.842 0.362 0.705 0.611 1.114 1.701 1.638 1.763 1.419 0.429 1.928 1.854 1.006 nan 1.514 2.164 2.432 1.856 0.741 0.931 1.099 1.392 1.015 1.832 nan 0.875 0.501 1.038 0.363 0.543 0.166 0.541 0.277 1.693 1.132 0.763 0.816 0.209 0.492 0.927 1.791 1.049 0.457 0.370 0.370 0.936 1.300 5.392 0.321 0.690 0.712 1.691 6.058 1.197 0.281 0.600 0.267 1.070 0.566 1.389 0.320 1.019 1.390 0.216 0.119 0.428 0.622 0.399 1.307 1.355 953 chr15 65595902 65597562 + 0 NA Intergenic Intergenic -17551 NM_001316944 54956 Hs.30634 NM_017851 ENSG00000138617 PARP16 ARTD15|C15orf30|pART15 poly(ADP-ribose) polymerase family member 16 protein-coding 4.099 4.752 nan 3.533 4.926 3.757 1.404 7.048 8.905 4.776 4.473 0.288 2.452 3.898 7.074 2.505 1.728 3.055 2.779 2.677 1.599 2.745 3.468 4.656 11.946 7.806 3.271 13.039 2.779 2.122 6.512 0.208 9.335 2.617 3.178 3.292 1.565 10.890 4.553 4.473 1.858 7.095 7.412 2.821 3.106 2.259 14.746 12.838 9.084 14.462 8.608 7.968 8.113 12.480 16.472 18.204 7.554 8.392 7.690 14.876 15.407 13.232 12.853 12.978 11.529 11.856 12.594 7.732 4.273 2.507 2.351 2.476 1.757 4.689 1.412 3.083 4.054 2.398 3.159 1.519 7.034 0.889 2.249 4.488 3.097 1.489 1.714 1.098 1.855 6.149 6.983 4.123 5.448 5.894 4.776 3.197 8.587 3.055 5.239 4.449 1.023 3.533 4.163 2.580 4.307 3.908 5.874 1.207 4.274 0.894 3.065 2.273 3.188 2.644 221 chr1 157961746 158052563 + 0 NA intron (NM_001286349, intron 1 of 12) AluSg|SINE|Alu 44091 NM_018240 55243 Hs.272234 NM_018240 ENSG00000183853 KIRREL NEPH1 kin of IRRE like (Drosophila) protein-coding nan nan 2.283 0.053 0.331 0.181 0.074 1.632 0.051 0.115 1.655 0.215 0.522 1.008 1.811 0.095 0.140 0.050 0.199 0.165 0.479 0.752 0.615 0.252 0.147 0.123 0.223 0.319 0.249 0.148 0.186 0.098 0.619 1.807 0.450 0.831 0.528 1.898 0.856 0.846 0.340 1.367 0.321 0.786 0.320 0.552 1.049 1.681 0.845 2.496 0.263 nan 0.124 0.069 0.256 0.268 0.971 1.428 0.498 0.707 0.643 0.440 0.713 0.897 0.543 0.442 1.360 3.387 0.801 0.638 0.025 1.409 0.440 1.426 0.088 0.187 0.030 1.816 1.499 0.894 1.028 0.136 0.043 3.538 1.346 0.582 0.392 0.030 0.046 1.709 0.528 0.871 0.264 0.438 0.115 0.690 1.144 0.050 0.483 0.127 0.048 2.021 0.022 1.154 0.238 1.777 1.048 0.086 0.157 0.862 0.950 0.455 0.874 0.857 1424 chr19 33781087 33794821 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu 5516 NM_001287424 1050 Hs.76171 NM_004364 ENSG00000245848 CEBPA C/EBP-alpha|CEBP CCAAT/enhancer binding protein alpha protein-coding 0.805 1.177 0.896 0.499 0.147 0.380 0.194 2.526 0.127 0.228 0.119 0.069 0.621 0.655 0.198 0.108 0.084 0.133 1.144 0.803 0.103 0.213 0.249 0.502 3.362 1.051 1.640 8.926 0.043 0.379 0.908 0.099 0.691 0.162 0.145 0.473 0.155 0.395 1.856 0.120 1.746 2.544 6.508 0.169 1.514 0.311 1.072 1.405 4.069 5.551 0.429 0.362 0.762 0.126 0.428 0.404 0.316 0.787 0.145 0.225 nan 0.911 1.955 2.492 0.218 0.333 0.253 0.302 0.363 0.418 0.714 0.577 0.488 1.244 0.043 0.447 0.353 1.179 0.785 0.444 1.103 0.021 0.052 0.665 0.754 0.578 0.227 0.273 0.160 0.266 3.290 1.369 0.590 0.699 0.228 0.570 0.074 0.133 1.280 0.428 0.346 1.355 0.274 0.044 0.024 0.480 0.041 0.142 1.118 0.073 0.088 0.148 0.214 0.085 1560 chr2 60726145 60747982 + 0 NA intron (NM_138559, intron 2 of 4) L2a|LINE|L2 43570 NM_018014 53335 Hs.370549 NM_018014 ENSG00000119866 BCL11A BCL11A-L|BCL11A-S|BCL11A-XL|BCL11a-M|CTIP1|DILOS|EVI9|HBFQTL5|ZNF856 B-cell CLL/lymphoma 11A protein-coding 0.952 0.449 nan 0.135 0.074 0.271 0.184 0.078 0.011 0.818 0.068 0.015 0.269 0.436 0.055 0.460 0.359 0.175 0.898 0.203 0.028 0.113 0.024 0.156 1.338 0.290 0.235 0.745 0.097 0.108 0.060 0.098 0.507 0.260 0.045 0.055 0.307 0.784 0.700 0.082 1.046 0.509 3.893 0.060 0.018 0.130 0.327 0.425 1.588 1.332 0.797 0.997 nan 0.104 0.339 0.400 0.923 1.152 0.686 0.913 0.935 1.035 0.213 0.310 0.230 0.250 0.509 0.947 0.800 0.844 0.255 0.314 0.004 0.407 0.105 0.498 0.007 0.111 0.063 0.013 0.052 0.065 1.056 0.145 0.313 0.182 0.259 0.134 0.190 0.096 0.097 0.111 0.029 0.285 0.818 0.236 0.034 0.175 0.078 0.080 0.301 0.205 0.644 0.127 0.006 0.040 0.041 0.085 0.081 0.365 0.038 0.048 0.016 0.019 417 chr10 114882432 114893795 + 0 NA intron (NM_001146283, intron 5 of 12) intron (NM_001146283, intron 5 of 12) 82999 NR_132769 106635520 NR_132769 SNORA87 - small nucleolar RNA, H/ACA box 87 snoRNA 0.686 nan 1.036 0.155 0.064 0.584 0.362 1.600 0.039 0.135 1.023 0.100 0.119 0.218 0.358 0.055 0.064 0.160 0.120 0.183 0.174 0.084 0.101 4.780 0.298 0.077 0.187 0.229 0.013 0.762 0.048 0.115 0.432 0.198 0.125 0.132 0.035 0.116 0.211 0.084 0.063 0.531 0.350 0.154 0.221 0.128 0.395 0.415 0.542 0.684 0.169 0.192 0.362 0.107 0.257 0.202 0.431 0.589 0.793 0.751 0.172 0.124 0.281 0.359 0.048 0.058 0.386 0.628 0.246 0.241 0.024 0.520 0.093 0.565 0.105 0.071 0.074 0.701 0.300 0.201 2.565 0.028 0.146 0.087 0.048 0.054 0.184 0.354 0.219 0.912 0.218 0.132 0.246 0.135 0.200 0.370 0.160 0.357 0.299 0.025 0.137 0.054 0.036 0.052 0.202 0.216 0.589 0.082 0.108 0.087 0.069 0.025 0.013 784 chr13 41624840 41637553 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4501 NM_007187 11193 Hs.411300 NM_007187 ENSG00000120688 WBP4 FBP21 WW domain binding protein 4 protein-coding 2.869 2.157 2.951 2.085 2.690 1.722 0.795 2.930 2.013 0.614 1.688 0.279 0.659 2.249 1.423 0.974 0.593 2.887 0.888 4.618 0.984 1.031 1.089 1.449 7.265 5.153 1.954 5.174 1.102 1.446 2.570 0.124 2.932 0.911 1.190 2.555 0.379 2.238 1.408 1.506 0.793 4.146 4.381 2.129 1.674 1.402 4.680 5.696 2.131 3.314 5.133 4.269 4.486 2.016 3.320 3.616 2.883 3.553 1.932 2.951 3.555 3.797 2.580 5.017 1.954 1.845 4.200 4.628 1.383 0.907 1.675 2.285 0.669 1.002 0.836 2.275 1.198 1.518 1.486 0.929 3.038 0.336 1.410 2.761 2.357 1.094 1.147 0.972 0.917 2.411 2.108 1.867 0.969 2.451 0.614 2.400 2.141 2.887 1.377 2.632 0.252 2.293 0.639 0.822 0.951 1.085 2.026 0.842 1.855 1.383 1.634 0.915 1.674 1.279 1762 chr20 55175987 55184680 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -24025 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 0.679 0.938 0.514 0.041 0.677 0.174 0.073 0.072 4.189 0.118 0.120 0.206 0.108 0.351 2.214 0.018 0.106 0.172 1.464 0.014 1.322 0.787 0.202 2.230 0.770 1.297 0.356 0.867 0.049 0.037 0.129 0.554 0.014 0.008 0.086 0.054 0.071 0.381 0.871 0.177 0.968 0.215 0.080 3.110 0.240 0.573 nan 0.330 0.619 0.185 0.206 0.172 0.068 0.239 0.217 0.189 0.264 0.139 0.156 0.312 0.139 0.285 0.404 0.039 0.039 0.121 0.297 0.205 0.407 0.032 1.041 1.298 0.075 0.037 0.101 0.016 0.257 0.076 0.061 0.092 0.022 0.036 0.488 0.069 0.063 2.056 0.252 0.295 0.148 0.500 0.032 2.639 2.370 0.118 1.091 0.106 0.986 3.137 0.357 0.047 0.023 0.705 0.443 0.025 0.014 0.045 0.056 0.114 0.424 0.020 0.012 260 chr1 173833237 173840280 + 0 NA promoter-TSS (NR_003942) promoter-TSS (NR_003942) 125 NR_002579 619498 NR_002579 SNORD74 SNORD74A|U74|Z18 small nucleolar RNA, C/D box 74 snoRNA nan nan nan 2.536 3.260 2.787 1.259 2.437 1.176 1.836 2.437 0.388 1.487 3.564 1.257 2.450 1.179 2.535 2.670 3.634 1.108 2.706 2.322 0.983 4.011 3.864 3.496 5.764 2.176 2.619 4.483 0.200 5.378 0.974 1.332 1.722 0.696 4.194 3.818 4.251 0.826 5.447 9.427 1.702 4.065 2.082 3.543 3.825 5.850 9.227 nan 3.876 5.363 2.371 6.797 6.772 3.258 4.413 6.085 6.278 4.634 5.167 3.398 5.884 2.837 2.812 10.012 nan 2.986 1.458 1.492 3.087 1.515 2.391 0.681 3.587 2.047 2.705 2.751 1.925 6.283 0.567 1.053 3.469 3.875 1.620 1.730 1.310 1.339 1.877 2.378 2.625 2.328 3.011 1.836 3.360 4.357 2.535 1.421 2.125 0.982 2.505 1.651 1.839 0.781 2.081 1.728 1.616 1.756 2.150 1.101 2.441 1.742 1.237 2061 chr4 88432648 88455477 + 0 NA intron (NM_001128310, intron 1 of 11) Kanga2_a|DNA|TcMar-Tc2 6593 NM_001128310 8404 Hs.62886 NM_004684 ENSG00000152583 SPARCL1 MAST 9|MAST9|PIG33|SC1 SPARC like 1 protein-coding 0.828 0.816 0.710 0.198 0.092 0.475 0.268 0.109 0.008 0.851 1.406 0.182 0.042 0.119 0.033 0.075 0.107 0.871 0.885 0.372 0.060 0.092 0.018 0.042 0.163 0.069 0.167 0.273 0.077 0.112 0.062 0.082 0.260 0.016 0.017 0.118 0.020 0.075 0.668 0.058 0.573 0.723 11.850 0.043 0.303 0.050 0.362 0.359 0.257 0.449 1.080 0.928 0.108 0.040 0.382 0.371 0.591 nan 0.447 0.399 0.621 0.309 0.198 0.367 0.150 0.282 0.476 nan 0.971 0.616 0.136 0.198 0.021 1.452 0.017 0.436 0.018 0.494 0.200 0.026 0.118 0.021 1.704 0.084 0.016 0.024 0.040 0.023 0.047 0.337 0.068 0.067 0.159 0.110 0.851 0.094 0.048 0.871 0.112 0.094 0.072 0.025 0.120 0.039 0.077 0.049 0.052 0.050 0.195 0.258 0.030 0.087 0.005 0.004 1844 chr22 37579839 37597326 + 0 NA Intergenic MER41-int|LTR|ERV1 -4252 NM_031910 114904 Hs.22011 NM_031910 ENSG00000133466 C1QTNF6 CTFP6|CTRP6|ZACRP6 C1q and tumor necrosis factor related protein 6 protein-coding 1.193 nan 0.923 0.115 1.864 1.244 0.705 1.217 2.063 1.083 0.339 0.093 1.368 3.604 5.440 0.223 0.176 0.971 0.717 0.596 0.489 1.411 1.486 1.603 4.925 3.404 3.607 1.416 2.133 0.400 0.854 0.152 0.671 0.837 1.276 2.922 0.572 1.319 0.851 0.812 0.175 2.495 1.459 1.395 7.427 1.052 0.890 1.264 0.748 0.928 1.473 1.378 0.357 0.177 0.733 0.680 0.442 nan 0.366 0.529 nan 1.144 0.602 0.839 0.373 0.247 0.492 0.599 0.569 0.415 0.323 2.821 2.682 0.458 0.342 0.408 0.186 0.813 0.840 0.237 1.956 0.022 0.126 2.128 2.668 1.099 1.643 0.161 0.159 0.895 3.311 1.588 2.364 5.448 1.083 3.321 2.464 0.971 2.450 9.322 0.303 4.291 0.997 0.562 2.364 3.593 1.053 0.191 0.356 0.128 1.684 1.509 0.893 0.743 1530 chr2 19318845 19331438 + 0 NA Intergenic Intergenic -98415 NR_135287 400945 Hs.502854 NR_135287 ENSG00000236204 LINC01376 - long intergenic non-protein coding RNA 1376 ncRNA 0.735 0.431 0.643 0.062 0.355 0.296 0.076 0.169 0.034 0.132 0.171 0.047 0.152 0.248 0.184 0.087 0.170 0.118 0.177 0.326 0.069 0.178 0.867 0.133 1.671 0.362 0.278 0.459 0.662 0.034 0.053 0.129 0.203 2.312 0.092 0.353 0.081 0.098 0.326 0.354 0.044 0.408 0.267 0.090 0.558 0.298 0.291 0.165 0.306 0.695 0.253 0.291 0.106 0.068 0.285 0.284 0.147 0.251 0.530 nan 0.383 0.146 0.172 0.236 0.036 0.032 0.232 nan 0.692 0.565 0.016 2.215 0.122 1.717 0.075 0.106 0.011 0.163 0.143 0.012 0.213 0.101 0.574 0.086 0.074 0.164 0.037 0.087 1.488 0.213 0.114 0.243 0.578 0.132 0.286 0.854 0.118 0.490 0.305 0.077 0.112 0.065 2.113 0.515 0.263 0.089 0.138 0.031 0.108 0.840 0.569 0.155 0.145 2504 chr7 149995952 150024143 + 0 NA intron (NM_001164458, intron 1 of 7) LTR7C|LTR|ERV1 -9978 NM_001164459 653857 Hs.664579 NM_001164458 ENSG00000106526 ACTR3C ARP11 ARP3 actin-related protein 3 homolog C protein-coding 1.610 0.885 nan 0.864 1.494 0.958 0.392 0.645 0.191 0.809 0.263 0.125 0.816 1.434 0.235 0.769 0.478 1.227 0.670 1.300 0.268 1.204 0.553 0.591 0.876 0.467 0.840 1.359 0.681 0.374 0.100 0.182 0.552 0.217 0.542 1.274 0.748 2.011 0.628 1.616 0.066 1.329 0.196 2.385 4.830 0.365 1.486 1.579 1.016 1.030 1.631 1.600 1.910 0.784 1.649 1.672 0.906 1.394 1.512 2.249 1.463 1.204 1.115 1.835 1.101 1.450 0.960 1.593 1.658 nan 0.443 0.969 0.352 4.307 0.656 0.714 0.035 2.522 2.379 0.457 0.166 0.227 0.332 0.326 0.456 0.216 0.382 0.150 0.181 0.623 0.202 0.073 0.514 0.786 0.809 0.792 0.069 1.227 0.746 0.601 0.217 0.753 0.812 0.130 0.149 1.144 0.387 0.265 0.484 0.645 0.087 0.979 0.110 0.056 762 chr12 123180452 123216647 + 0 NA TTS (NM_006018) TTS (NM_006018) 2890 NM_006018 8843 Hs.458425 NM_006018 ENSG00000255398 HCAR3 GPR109B|HCA3|HM74|PUMAG|Puma-g hydroxycarboxylic acid receptor 3 protein-coding 0.960 0.990 0.615 0.227 0.730 0.265 0.121 0.153 0.702 0.180 0.110 0.083 0.513 0.917 0.052 0.447 0.324 0.192 0.104 1.335 0.123 1.478 1.425 0.119 2.271 0.969 1.546 1.000 0.931 0.086 0.081 0.108 1.332 0.121 0.103 0.328 0.048 0.114 0.728 0.570 0.877 2.574 1.052 0.190 2.685 0.532 0.374 0.316 0.339 0.567 0.647 0.645 nan 0.265 0.319 0.376 1.212 1.786 0.581 0.848 1.278 1.363 0.655 1.072 0.178 0.146 0.334 0.607 0.531 0.682 0.350 2.688 1.906 0.525 0.041 0.416 0.035 1.039 0.481 0.058 0.130 0.032 0.039 0.384 0.111 0.077 2.811 0.045 0.049 0.282 0.294 0.110 0.187 0.411 0.180 1.248 0.130 0.192 0.389 0.256 0.210 0.215 0.368 0.248 0.552 0.588 0.210 0.029 0.398 0.131 0.145 1.287 0.030 0.011 1144 chr17 21029060 21031924 + 0 NA intron (NM_015510, intron 1 of 6) CpG 251 NM_015510 25979 Hs.386989 NM_015510 ENSG00000109016 DHRS7B CGI-93|SDR32C1 dehydrogenase/reductase 7B protein-coding nan nan nan 2.588 1.354 2.611 1.188 1.411 1.510 1.254 0.704 0.099 0.738 2.085 1.135 1.155 0.537 1.709 0.672 1.628 0.475 1.281 0.405 1.216 3.634 2.485 2.507 3.499 1.274 1.493 2.117 0.111 26.644 1.223 0.641 3.117 1.111 2.573 2.558 1.657 0.873 2.995 8.292 1.149 2.828 3.057 2.983 3.515 5.074 7.576 2.487 2.400 4.836 1.645 1.800 2.302 1.731 2.158 4.540 6.640 4.165 4.456 1.253 2.873 1.399 1.602 2.739 nan 1.036 0.611 0.521 1.316 0.601 0.863 0.731 0.586 0.418 0.799 0.503 0.857 1.719 0.135 0.557 3.062 3.575 1.792 1.204 0.928 0.801 1.259 2.231 3.342 1.686 1.350 1.254 2.506 4.253 1.709 1.359 1.059 0.947 3.548 2.404 0.748 1.136 1.433 0.352 1.334 0.520 1.117 2.025 0.669 0.804 0.391 734 chr12 95976121 95989936 + 0 NA Intergenic Intergenic -37762 NM_032147 84101 Hs.646421 NM_032147 ENSG00000136014 USP44 - ubiquitin specific peptidase 44 protein-coding 0.736 0.758 0.884 0.140 0.447 0.307 0.127 0.094 0.028 0.152 0.264 0.220 0.032 0.118 0.165 0.512 0.389 0.562 0.155 0.269 0.036 0.132 0.046 0.097 0.270 0.089 0.140 nan 0.074 0.124 0.054 0.142 0.308 0.077 0.083 0.179 0.034 0.056 0.167 0.040 0.047 0.219 0.138 0.141 0.244 0.104 0.313 0.194 0.285 0.829 0.543 0.585 0.769 0.180 0.279 0.281 0.690 nan 0.489 nan 0.388 0.171 0.172 0.282 0.182 0.213 0.341 0.671 3.351 1.594 0.032 0.485 0.096 0.182 0.065 0.085 0.105 0.027 0.038 0.108 0.028 0.057 0.106 0.088 0.046 0.055 0.040 0.044 0.224 0.395 0.114 0.057 0.174 0.152 0.133 0.360 0.562 0.075 0.336 0.028 0.099 0.632 0.054 0.024 0.114 0.032 0.033 0.044 0.099 0.022 0.110 0.038 0.022 1723 chr20 24940620 24954992 + 0 NA intron (NM_020531, intron 8 of 8) AluSx3|SINE|Alu 17940 NM_003650 8530 Hs.143212 NM_003650 ENSG00000077984 CST7 CMAP cystatin F protein-coding 1.666 1.440 nan 0.146 0.035 0.176 0.111 0.136 0.035 0.170 0.157 0.100 0.132 0.054 0.190 0.120 0.283 0.278 0.200 0.034 0.081 0.007 0.057 0.620 0.230 1.342 0.442 0.051 0.060 0.062 0.080 0.280 0.008 0.016 0.177 0.032 0.101 0.299 0.030 0.022 0.177 0.251 0.073 0.260 0.119 0.633 0.722 0.354 0.367 0.885 0.788 0.551 0.192 0.433 0.427 0.557 0.839 1.370 1.691 5.654 5.266 0.328 0.502 0.309 0.361 1.701 3.889 1.040 0.751 0.116 0.153 0.037 0.052 0.042 0.154 0.068 0.082 0.041 0.056 0.114 0.073 0.050 0.096 0.044 0.022 0.064 0.049 0.034 0.159 0.125 0.110 0.016 0.060 0.170 0.144 0.058 0.283 0.017 0.057 1.014 0.081 0.105 0.033 0.018 0.082 0.029 0.024 0.048 2.125 0.047 0.054 0.016 0.024 2621 chr8 145059022 145066155 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1638 NM_000837 2907 Hs.594634 NM_000837 ENSG00000178719 GRINA HNRGW|LFG1|NMDARA1|TMBIM3 glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit associated protein 1 protein-coding 3.697 2.209 nan 2.824 2.401 3.353 1.730 4.296 0.218 1.204 3.061 0.430 0.770 2.046 1.529 0.437 0.266 2.128 1.246 0.871 0.885 2.207 0.741 1.315 4.304 2.609 1.994 5.609 1.576 1.680 1.056 0.051 7.284 1.329 0.831 12.040 1.367 4.818 1.678 1.968 1.054 3.744 2.855 1.524 1.661 1.907 1.119 1.480 2.352 3.324 nan 3.568 nan 0.521 2.954 3.017 0.655 1.054 1.998 2.748 1.159 1.208 1.804 2.167 0.532 0.504 1.496 2.099 2.091 1.170 3.069 2.033 3.416 1.436 1.600 3.501 1.427 1.778 1.994 2.323 1.186 0.081 0.187 2.904 2.932 1.688 1.236 0.625 0.562 2.905 2.511 3.032 1.109 1.463 1.204 1.355 1.596 2.128 0.475 0.952 0.240 3.533 3.110 0.798 0.997 0.819 1.110 0.742 1.025 0.799 1.014 0.434 1.143 0.669 2047 chr4 68264106 68266873 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 22229 NR_110747 101927237 Hs.435644 NR_110747 ENSG00000250075 LOC101927237 - uncharacterized LOC101927237 ncRNA nan nan 30.268 12.314 4.319 17.695 9.479 5.896 3.611 10.433 8.828 29.759 6.040 6.995 10.711 8.728 16.310 6.928 12.217 19.263 1.902 7.775 7.074 12.007 10.401 13.042 8.540 16.888 7.391 6.104 5.809 12.791 21.436 12.573 5.814 7.355 2.763 7.376 15.372 6.147 1.274 11.705 12.968 6.869 18.072 10.786 25.352 15.486 21.996 29.736 21.977 24.556 13.686 11.316 19.017 20.190 15.383 18.288 18.079 15.220 26.777 12.395 15.112 21.197 5.963 9.240 14.705 16.316 10.556 13.232 2.315 7.534 1.890 7.574 7.177 4.942 5.475 6.389 4.561 1.995 9.358 2.478 3.969 8.239 3.751 2.456 6.279 2.587 5.242 17.903 5.530 5.914 4.336 8.614 10.433 5.578 7.759 6.928 6.466 8.361 1.682 7.878 3.805 3.307 0.968 5.381 7.200 4.487 3.672 3.354 3.420 6.720 2.976 2.093 144 chr1 87791685 87805113 + 0 NA intron (NM_006769, intron 2 of 4) intron (NM_006769, intron 2 of 4) 4248 NM_006769 8543 Hs.436792 NM_006769 ENSG00000143013 LMO4 - LIM domain only 4 protein-coding 4.119 nan nan 3.914 4.592 4.796 2.751 2.071 3.759 1.995 1.785 0.215 0.930 2.534 0.098 1.563 0.724 2.764 0.895 1.692 1.227 1.800 0.575 1.256 4.736 2.701 1.630 8.790 0.915 1.370 0.863 0.144 3.271 0.552 0.736 3.438 0.643 2.974 0.835 0.927 0.331 2.039 4.320 2.018 2.626 0.738 2.835 2.620 3.704 4.582 3.721 2.690 2.143 0.749 6.611 6.482 5.073 6.502 7.039 8.678 1.618 1.590 2.170 3.942 4.362 3.798 2.560 3.491 2.535 1.385 2.229 2.395 1.202 1.649 0.911 1.087 1.599 1.541 1.298 0.882 1.075 1.268 3.755 2.305 1.510 0.906 1.803 2.182 1.928 3.050 1.463 2.805 1.065 1.962 1.995 3.280 1.656 2.764 0.869 0.637 0.333 2.531 1.258 1.520 0.786 1.093 2.091 1.374 1.578 2.105 1.167 1.403 0.905 0.607 1440 chr19 39419391 39423086 + 0 NA promoter-TSS (NM_021107) promoter-TSS (NM_021107) -110 NM_033362 6183 Hs.411125 NM_021107 ENSG00000128626 MRPS12 MPR-S12|MT-RPS12|RPMS12|RPS12|RPSM12 mitochondrial ribosomal protein S12 protein-coding 4.118 2.675 3.666 5.703 4.183 3.426 2.040 4.177 0.842 2.253 1.096 0.175 1.589 3.726 3.283 1.190 0.815 1.784 2.226 3.089 0.838 2.589 0.821 9.779 4.355 3.004 2.552 15.334 1.296 3.501 4.218 0.166 3.592 2.137 2.462 4.587 0.813 3.663 3.707 2.448 1.611 3.405 5.630 1.459 3.263 1.097 4.543 4.275 4.252 6.431 4.184 4.205 7.018 3.415 10.877 11.981 4.257 4.795 6.110 7.865 nan 6.490 4.656 6.033 4.605 5.504 4.293 5.886 3.257 1.857 1.537 2.042 2.231 3.190 1.242 3.435 0.973 2.495 2.405 3.547 3.310 0.845 1.156 5.437 11.666 6.332 1.078 0.675 0.788 2.306 6.400 7.727 3.724 2.018 2.253 4.389 2.595 1.784 2.204 3.235 1.030 3.849 2.828 1.027 1.312 1.772 1.451 1.655 1.386 2.087 1.147 0.788 1.934 1.390 2524 chr8 33453458 33458824 + 0 NA promoter-TSS (NM_001305116) promoter-TSS (NM_001305116) -826 NM_001305116 78986 Hs.8719 NM_024025 ENSG00000133878 DUSP26 DSP-4|DUSP24|LDP-4|MKP-8|MKP8|NATA1|NEAP|SKRP3 dual specificity phosphatase 26 protein-coding 1.846 3.076 nan 2.951 0.589 2.119 0.721 0.098 0.012 5.555 0.097 0.061 0.044 0.046 2.983 1.405 3.991 3.540 0.121 0.069 0.101 0.038 0.119 0.309 0.242 0.106 5.364 0.027 0.438 0.042 0.132 0.858 0.044 0.215 0.067 0.014 0.064 0.341 0.269 0.197 0.115 0.051 0.055 0.134 1.035 2.123 1.537 1.837 13.777 12.677 8.229 2.976 0.300 0.451 1.644 2.103 3.580 4.049 6.977 10.248 1.522 2.157 4.809 2.410 0.842 1.711 7.754 4.741 4.274 0.132 0.018 0.085 0.057 4.142 0.077 0.067 0.014 0.072 0.745 1.064 0.104 0.079 0.132 0.044 0.685 0.475 0.196 0.519 0.066 0.058 0.074 5.555 0.041 3.991 0.057 0.015 2.043 0.303 1.693 0.051 0.074 0.062 0.236 1.144 0.563 0.042 0.035 381 chr10 34806423 34819449 + 0 NA intron (NM_001184785, intron 2 of 24) intron (NM_001184785, intron 2 of 24) 291317 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.763 1.322 0.781 0.048 0.637 2.840 1.709 1.160 0.052 0.265 4.721 0.250 0.175 0.729 3.838 0.507 0.337 0.477 0.122 0.366 0.704 0.941 0.479 0.782 0.467 0.133 0.203 0.274 0.348 0.124 0.208 0.078 0.741 1.105 0.348 0.493 0.405 1.225 0.448 0.434 0.091 0.502 0.703 0.229 0.260 0.336 0.428 0.332 1.949 nan 0.415 0.473 4.562 1.282 2.595 2.468 0.461 0.914 0.692 0.959 0.204 0.120 0.256 0.478 0.582 1.077 0.304 0.601 0.536 0.356 0.085 0.994 1.418 2.183 0.053 0.080 0.070 1.282 0.785 1.141 2.269 0.109 0.104 0.898 0.403 0.281 0.650 0.041 0.065 2.636 2.344 0.328 0.255 0.778 0.265 1.242 17.576 0.477 0.732 0.209 0.446 0.296 1.452 0.457 1.325 2.376 0.097 0.235 0.124 0.735 0.848 1.636 0.748 1471 chr19 48342395 48372481 + 0 NA Intergenic MER90a|LTR|ERV1 32216 NM_003167 6822 Hs.515835 NM_003167 ENSG00000105398 SULT2A1 DHEA-ST|DHEAS|HST|ST2|ST2A1|ST2A3|STD|hSTa sulfotransferase family 2A member 1 protein-coding 1.029 0.757 0.997 0.070 0.098 0.339 0.186 0.070 0.014 0.146 0.083 0.187 0.019 0.074 0.034 0.053 0.088 0.112 0.131 0.180 0.016 0.097 0.011 0.110 nan 0.107 0.079 0.193 0.054 0.306 0.189 0.113 0.181 0.008 0.054 0.069 0.053 0.089 0.226 0.040 0.027 0.103 0.192 0.110 0.135 0.104 0.169 0.171 0.149 0.183 0.276 0.305 0.304 0.145 0.247 0.225 0.176 0.329 0.164 0.203 1.304 0.775 0.142 0.169 0.080 0.117 1.480 6.205 0.330 0.450 0.020 0.207 0.022 0.108 0.044 0.091 0.047 0.095 0.063 0.024 0.124 0.029 0.013 0.171 0.042 0.039 0.096 0.026 0.027 0.127 0.290 0.162 0.083 0.113 0.146 0.085 0.068 0.112 0.077 0.109 0.026 0.205 0.030 0.027 0.006 0.134 0.056 0.057 0.026 2.468 0.022 0.069 0.036 0.028 1814 chr21 44435823 44458102 + 0 NA intron (NM_004571, intron 9 of 10) intron (NM_004571, intron 9 of 10) 41552 NM_001321072 875 Hs.533013 NM_000071 ENSG00000160200 CBS HIP4 cystathionine-beta-synthase protein-coding nan 0.674 1.036 0.122 0.103 0.322 0.170 0.107 0.056 0.184 0.122 0.079 0.043 0.189 0.028 0.090 0.090 0.107 0.450 0.139 0.058 0.055 0.009 0.099 0.198 0.063 0.129 0.463 0.039 0.096 0.087 0.081 0.194 0.011 0.051 0.088 0.037 0.063 0.176 0.024 0.029 0.156 0.152 0.068 0.286 0.084 0.916 1.221 4.522 7.535 0.452 0.501 nan 0.111 0.397 0.451 0.489 nan 0.368 0.483 0.510 0.316 0.344 0.482 0.109 0.124 0.384 0.741 0.617 0.466 0.175 0.065 0.021 0.062 0.067 0.158 0.031 0.062 0.036 0.100 0.070 0.022 0.079 0.125 0.041 0.021 0.069 0.057 0.060 0.233 0.077 0.087 0.007 0.098 0.184 0.115 0.037 0.107 0.055 0.056 0.031 0.073 0.046 0.040 0.010 0.054 0.057 0.031 0.084 0.105 0.014 0.059 0.018 0.016 906 chr14 100737749 100754986 + 0 NA TTS (NM_003403) TTS (NM_003403) 2673 NR_106822 102466730 NR_106822 ENSG00000100811 MIR6764 hsa-mir-6764 microRNA 6764 ncRNA 1.990 1.068 1.152 0.627 0.702 0.821 0.419 0.495 0.947 0.936 0.842 0.288 0.077 0.404 1.125 0.467 0.345 0.798 0.382 0.620 0.172 0.571 0.282 0.508 3.023 1.331 7.064 1.463 0.594 0.421 0.811 0.119 1.121 0.207 0.317 0.478 0.169 0.453 0.751 0.203 0.124 1.582 1.152 0.312 0.301 0.311 0.885 1.008 0.812 1.297 1.696 1.873 0.848 0.380 1.048 1.175 1.251 1.620 1.277 1.709 1.562 1.251 0.623 0.909 0.836 0.909 0.706 1.066 0.945 0.658 0.982 0.724 0.255 0.274 0.202 0.743 0.274 0.836 0.691 0.350 0.574 0.094 0.510 0.466 0.374 0.232 0.971 0.222 0.106 0.393 0.884 1.723 0.226 0.946 0.936 0.380 0.643 0.798 0.311 0.464 0.223 0.538 0.170 0.175 0.175 0.561 0.135 0.186 0.189 0.322 0.508 0.186 0.217 0.151 2205 chr5 145704633 145726014 + 0 NA Intergenic Intergenic -3264 NM_002700 5459 Hs.553499 NM_002700 ENSG00000091010 POU4F3 BRN3C|DFNA15|DFNA42|DFNA52 POU class 4 homeobox 3 protein-coding nan 0.729 0.460 0.115 0.064 0.269 0.157 0.074 0.020 0.114 0.073 0.143 0.026 0.056 0.020 0.088 0.077 0.101 5.471 0.174 0.025 0.067 0.010 0.203 0.092 0.109 0.053 0.801 0.010 0.110 0.052 0.095 0.171 0.022 0.064 0.065 0.022 0.061 0.116 0.051 0.012 0.076 0.095 0.062 0.063 0.043 0.184 0.138 0.115 0.110 0.404 0.411 0.331 0.077 0.063 0.069 0.189 0.315 0.222 0.305 0.414 0.259 0.175 0.220 1.146 0.540 0.122 0.189 0.712 0.531 0.039 0.092 0.013 0.066 0.019 0.046 0.013 0.042 0.033 0.048 0.056 0.081 6.411 0.094 0.025 0.018 0.054 0.054 0.012 0.137 0.065 0.095 0.022 0.043 0.114 0.056 0.022 0.101 0.051 0.043 0.068 0.046 0.043 0.006 0.002 0.026 0.024 0.021 0.060 0.052 0.011 0.057 0.038 0.007 1349 chr18 55364656 55387501 + 0 NA intron (NM_005603, intron 2 of 27) intron (NM_005603, intron 2 of 27) 78544 NM_001242804 100505549 Hs.660645 NM_001242804 LOC100505549 - uncharacterized LOC100505549 protein-coding nan 1.026 1.075 0.290 0.185 0.808 0.445 0.133 0.240 0.658 0.245 0.085 0.025 0.145 0.080 0.324 0.207 2.382 0.168 0.400 0.065 0.104 0.078 0.204 0.813 0.238 0.425 0.487 0.128 2.519 0.066 0.082 0.400 0.050 0.063 0.162 0.031 0.153 0.359 0.141 0.099 0.447 0.591 0.335 1.190 0.099 0.505 0.472 0.516 1.621 0.674 0.898 8.494 4.500 3.711 4.055 0.265 0.403 1.289 1.364 0.574 0.768 1.049 1.495 1.314 1.887 0.296 0.522 nan 1.973 0.188 0.240 0.440 0.225 0.227 0.308 0.018 0.112 0.104 0.199 0.064 0.359 0.289 0.111 0.029 0.014 0.263 0.297 0.505 0.142 0.566 0.130 0.685 0.455 0.658 0.136 0.033 2.382 0.136 0.479 0.064 0.057 0.357 0.124 0.044 0.277 0.218 2.102 0.618 0.251 0.036 0.082 0.018 0.009 177 chr1 151318112 151326063 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2318 NM_000449 5993 Hs.632472 NM_000449 ENSG00000143390 RFX5 - regulatory factor X5 protein-coding nan nan 2.182 0.907 1.042 1.858 0.785 1.254 0.617 1.433 1.738 0.318 1.550 1.979 1.724 1.144 0.540 0.994 0.688 0.936 0.249 0.716 1.127 0.301 9.898 4.289 0.648 5.425 1.393 1.560 1.677 0.148 1.757 1.136 0.334 1.083 0.782 2.690 0.663 1.097 0.398 0.893 1.387 0.520 0.669 0.918 1.757 1.580 2.604 4.108 3.406 nan 2.430 1.118 4.428 5.496 2.194 2.641 1.968 3.795 3.647 3.027 2.723 3.587 3.012 2.779 5.059 3.710 1.797 1.009 1.091 2.442 0.419 1.563 0.808 1.453 0.488 1.538 1.155 0.952 1.546 0.490 0.689 1.536 1.143 0.540 0.299 1.391 1.139 0.970 1.270 1.528 1.777 2.291 1.433 4.647 1.861 0.994 0.703 0.945 0.231 2.728 1.546 0.819 0.153 2.291 0.517 0.995 2.501 0.944 0.844 0.391 0.572 0.396 2213 chr5 154127118 154139705 + 0 NA intron (NM_015315, intron 1 of 18) intron (NM_015315, intron 1 of 18) 40949 NM_015315 23367 Hs.292078 NM_015315 ENSG00000155506 LARP1 LARP La ribonucleoprotein domain family member 1 protein-coding 2.995 nan 2.390 1.265 2.962 2.488 1.274 2.605 1.602 1.646 1.963 0.214 0.631 2.135 2.576 1.234 0.625 2.614 1.574 1.567 0.915 2.293 0.997 2.693 4.239 3.480 2.230 4.196 0.777 3.252 2.893 0.139 5.469 1.395 1.492 3.050 0.639 2.173 2.757 2.156 1.034 3.801 3.453 2.769 2.333 0.782 1.949 1.949 2.579 3.775 2.233 2.213 2.692 1.067 3.979 3.607 2.325 3.011 2.109 2.849 6.563 7.850 2.467 4.620 3.974 3.412 3.497 3.308 1.161 0.650 0.949 2.629 1.221 1.435 0.645 2.664 1.498 2.085 2.970 2.224 3.168 1.091 1.855 3.257 2.932 1.233 1.365 2.029 1.664 2.827 3.079 3.950 2.180 2.644 1.646 2.667 2.967 2.614 1.896 1.485 0.856 3.553 1.644 1.810 1.225 1.925 1.116 1.792 1.445 1.836 1.487 0.886 1.963 1.161 373 chr10 19039663 19044889 + 0 NA Intergenic LTR9|LTR|ERV1 93963 NM_178815 221079 Hs.25362 NM_178815 ENSG00000165997 ARL5B ARL8 ADP ribosylation factor like GTPase 5B protein-coding nan 0.592 0.507 1.421 0.027 0.338 0.183 0.087 0.073 0.188 0.124 0.050 0.081 0.334 0.141 0.184 0.125 0.184 0.025 0.060 0.178 0.047 0.053 0.154 0.056 1.146 0.010 0.085 0.213 0.023 0.014 0.018 0.064 0.092 0.143 0.062 0.015 0.145 0.036 0.122 0.056 0.060 2.350 3.091 0.350 0.293 0.237 0.361 17.305 12.264 0.316 0.253 0.097 0.308 2.405 1.833 0.230 0.074 0.303 0.653 1.263 1.031 0.141 0.211 0.525 0.584 0.022 0.040 0.053 0.077 0.034 0.013 0.030 0.073 0.015 0.076 0.023 0.030 0.014 0.378 0.810 0.154 0.109 0.055 0.060 0.546 0.073 0.054 0.184 0.800 0.047 0.036 0.045 0.173 0.008 0.046 0.022 0.931 0.209 0.046 0.015 0.108 0.022 0.020 2078 chr4 129729489 129735152 + 0 NA promoter-TSS (NM_001287441) promoter-TSS (NM_001287441) -105 NM_001287441 79960 Hs.12420 NM_024900 ENSG00000077684 JADE1 PHF17 jade family PHD finger 1 protein-coding 6.685 7.344 nan 8.577 5.699 6.266 3.274 5.575 1.630 3.769 4.049 0.635 0.624 2.933 5.343 2.270 0.921 6.865 1.926 2.927 1.509 5.854 1.999 4.393 4.264 2.444 2.214 10.214 2.032 3.795 4.916 0.111 6.073 2.049 1.823 3.255 1.787 8.587 0.952 1.671 0.531 1.738 4.326 1.439 2.012 2.406 3.060 3.203 5.192 8.158 8.226 5.282 4.445 1.852 7.511 7.581 3.137 3.874 5.685 10.339 8.143 11.578 1.017 3.632 5.126 3.782 7.686 6.405 1.777 1.153 4.613 3.589 1.706 3.456 1.530 4.158 4.429 3.014 4.348 2.250 5.765 1.212 6.156 6.082 4.191 1.819 1.421 2.265 1.331 8.011 5.601 4.325 8.165 2.661 3.769 5.029 5.394 6.865 1.175 1.524 0.774 3.538 2.761 4.774 1.155 4.113 2.810 2.215 1.602 2.936 3.301 3.057 3.031 2.064 773 chr13 23361243 23370041 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 106678 NR_033774 646201 Hs.729338 NR_033774 BASP1P1 - brain abundant, membrane attached signal protein 1 pseudogene 1 pseudo 0.469 0.635 0.584 0.159 0.033 0.068 0.054 0.079 0.606 0.015 0.150 0.069 0.165 0.431 0.021 0.107 0.036 0.173 0.172 0.253 0.028 0.078 0.212 0.064 0.828 0.182 0.097 0.264 0.500 0.462 5.672 0.189 0.098 0.093 3.533 0.117 0.063 0.126 0.110 0.043 0.320 0.075 0.063 0.088 0.226 0.493 0.305 0.336 nan 0.457 0.370 0.065 0.055 0.115 0.107 0.157 0.321 0.354 0.344 0.552 0.187 0.245 0.328 0.067 0.075 0.176 0.248 0.760 0.713 0.021 0.080 0.011 0.032 0.044 0.023 2.459 0.094 0.090 0.017 0.041 0.063 0.052 0.034 0.026 0.638 0.829 0.115 0.111 0.008 0.018 0.046 0.015 0.703 0.021 0.173 0.323 0.028 0.033 0.058 0.003 0.014 0.027 0.013 0.752 0.067 0.014 0.017 0.023 3.131 3.242 1247 chr17 69182587 69189819 + 0 NA intron (NR_104152, intron 1 of 3) intron (NR_104152, intron 1 of 3) 12117 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility candidate 17 (non-protein coding) ncRNA 0.772 nan 0.539 0.133 0.801 0.650 0.235 2.604 0.068 0.082 0.943 0.111 2.327 2.956 0.113 0.195 0.192 0.546 0.136 1.205 0.308 3.335 3.221 0.527 0.601 0.380 0.933 0.511 4.770 0.118 0.021 0.123 0.321 1.974 0.094 1.938 1.078 5.719 1.106 3.917 0.317 0.298 0.179 0.532 0.839 1.063 0.552 0.311 0.307 1.066 0.249 0.433 0.414 0.152 0.197 0.158 0.916 nan 0.423 0.453 0.451 0.293 0.143 0.274 0.243 0.278 0.079 0.209 0.686 0.606 0.155 4.498 0.278 2.738 0.027 0.147 0.690 0.542 0.050 0.038 0.072 0.294 0.100 0.021 1.174 0.050 3.127 0.056 0.040 0.054 0.037 0.082 2.059 0.097 0.546 0.185 0.081 0.080 0.072 0.028 2.203 1.489 3.612 1.151 0.028 0.082 0.053 4.675 3.051 1.250 0.987 22 chr1 7005386 7026286 + 0 NA intron (NM_015215, intron 3 of 22) intron (NM_015215, intron 3 of 22) 170452 NR_038934 23261 Hs.397705 NM_015215 ENSG00000171735 CAMTA1 CANPMR calmodulin binding transcription activator 1 protein-coding 1.144 nan 0.794 0.639 0.059 0.507 0.213 0.236 0.080 0.294 0.133 0.085 0.039 0.021 0.121 0.095 0.224 0.429 0.193 0.059 0.042 0.020 0.092 nan 0.081 0.061 2.471 0.070 0.205 0.161 0.112 0.229 0.017 0.312 0.076 0.098 0.112 0.216 0.026 0.062 0.149 0.241 0.160 0.034 0.040 0.229 0.190 0.270 0.351 0.972 0.883 0.264 0.072 0.289 0.272 0.267 nan nan 3.447 nan 0.401 0.918 1.017 0.073 0.089 2.021 6.319 0.839 0.589 1.759 0.044 0.014 0.084 0.034 2.328 0.053 0.060 0.021 0.268 0.460 0.018 0.174 0.222 0.026 0.023 0.033 0.027 0.023 0.152 0.568 0.248 0.694 0.375 0.294 0.031 0.035 0.224 0.082 0.285 0.149 0.441 0.286 0.009 0.010 0.238 0.080 0.049 0.352 0.533 0.223 0.040 0.006 0.012 205 chr1 155176097 155180635 + 0 NA promoter-TSS (NM_002455) promoter-TSS (NM_002455) -124 NM_198883 4580 Hs.490874 NM_002455 ENSG00000173171 MTX1 MTX|MTXN metaxin 1 protein-coding nan nan 5.258 4.526 2.120 5.022 2.863 4.916 0.794 6.495 2.079 0.641 1.421 3.642 7.280 3.361 1.438 6.693 5.569 2.114 1.364 2.239 0.793 1.086 5.609 2.924 3.069 22.040 2.744 2.272 7.750 0.243 2.837 2.579 1.222 2.323 1.471 3.899 2.316 2.774 0.517 4.081 5.694 2.382 2.886 2.004 6.863 9.707 5.131 7.564 10.829 nan 8.368 5.401 6.410 7.018 6.736 8.205 6.335 12.966 8.190 9.448 6.372 10.347 7.054 4.296 11.216 10.623 3.593 1.705 4.319 1.939 1.819 3.241 2.813 5.742 4.417 2.795 2.883 3.232 5.853 1.412 2.572 4.157 2.246 1.385 0.734 1.110 0.913 1.211 3.587 5.969 10.462 2.872 6.495 5.797 4.550 6.693 2.112 2.568 3.128 14.195 6.385 1.847 0.212 4.602 2.151 1.039 2.991 2.452 1.023 0.689 1.358 0.782 1309 chr18 34829177 34850639 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 10 of 12) intron (NM_001025087, intron 10 of 12) -14515 NR_134588 105372068 Hs.569903 NR_134588 ENSG00000267202 LOC105372068 - uncharacterized LOC105372068 ncRNA nan 0.746 1.525 0.244 0.251 0.285 0.149 0.120 0.061 0.558 0.042 0.045 0.009 0.098 0.006 0.069 0.081 0.681 0.376 0.224 0.012 0.107 0.074 0.112 0.431 0.312 0.013 1.692 0.075 0.080 0.116 0.061 0.126 0.022 0.029 0.056 0.015 0.070 0.159 0.020 0.068 0.163 0.069 0.252 0.072 0.088 3.958 4.207 0.300 0.243 0.850 0.829 2.074 0.741 0.429 0.413 0.338 0.523 nan 2.311 0.677 0.725 0.890 1.101 0.488 0.464 0.288 0.377 1.611 1.372 0.108 0.056 0.036 0.034 0.081 0.237 0.039 0.094 0.068 0.042 0.035 0.114 0.248 0.091 0.017 0.018 0.043 0.156 0.068 0.074 0.182 0.212 0.059 0.328 0.558 0.123 0.026 0.681 0.063 0.058 0.223 0.265 0.033 0.013 0.010 0.026 0.036 0.032 0.208 0.086 0.011 0.009 0.013 0.007 1752 chr20 48802421 48817674 + 0 NA TTS (NM_001285879) TTS (NM_001285879) -1441 NR_125739 101927559 Hs.442486 NR_125739 ENSG00000277449 CEBPB-AS1 - CEBPB antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.986 3.144 3.984 2.369 1.239 3.287 0.510 1.587 3.115 0.210 0.355 1.675 2.641 1.371 0.345 1.896 2.849 1.574 1.112 1.594 0.545 1.158 4.359 3.226 3.516 6.932 0.661 2.040 3.422 0.130 4.130 0.814 0.478 2.402 0.885 2.323 1.694 0.664 1.038 3.682 5.589 2.625 6.887 0.794 2.593 4.928 1.325 2.554 1.402 1.313 nan 1.766 6.320 6.147 1.527 2.071 3.551 3.929 nan 3.062 5.005 5.372 0.923 1.223 1.811 3.509 1.220 0.830 1.509 0.988 1.659 1.251 0.673 3.305 3.273 0.802 1.020 0.959 5.145 0.170 2.043 4.987 1.594 0.895 0.722 0.760 0.483 3.498 4.275 2.129 1.960 3.015 1.587 1.797 1.295 1.896 1.095 1.836 0.628 7.751 1.545 1.262 0.955 1.088 1.635 0.497 1.284 0.631 1.863 0.533 1.325 0.940 1576 chr2 85810668 85823993 + 0 NA intron (NM_006634, intron 1 of 2) intron (NM_006634, intron 1 of 2) -5507 NM_016494 51255 Hs.356187 NM_016494 ENSG00000168894 RNF181 HSPC238 ring finger protein 181 protein-coding nan 1.056 nan 0.863 0.779 0.866 0.438 2.352 0.185 0.718 1.483 0.147 1.087 2.344 0.753 0.484 0.272 0.816 0.489 1.449 0.455 1.205 1.359 1.660 10.335 3.677 5.060 2.255 0.971 0.899 0.741 0.132 1.005 1.829 0.604 2.554 0.641 1.642 0.934 2.145 0.389 1.604 1.544 0.971 1.091 1.618 0.972 0.955 1.340 1.961 2.106 1.813 2.067 0.854 1.807 1.939 0.823 1.273 1.993 2.496 1.494 1.346 0.694 1.034 0.479 0.617 1.058 1.515 1.667 0.932 1.763 3.513 0.465 3.800 0.383 0.757 0.281 1.427 1.215 0.569 0.532 0.121 0.197 1.596 1.918 0.925 2.141 0.253 0.335 2.132 1.336 1.144 1.245 1.323 0.718 3.209 3.710 0.816 0.674 0.853 0.210 1.471 0.655 1.423 0.293 1.668 0.535 0.293 0.282 0.342 0.942 0.608 0.514 0.317 2681 chr9 94244758 94264106 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -67524 NM_001290000 4783 Hs.79334 NM_005384 ENSG00000165030 NFIL3 E4BP4|IL3BP1|NF-IL3A|NFIL3A nuclear factor, interleukin 3 regulated protein-coding 0.587 nan 0.609 0.141 0.141 0.170 0.124 0.146 0.096 0.125 0.140 0.025 0.195 0.326 0.029 0.051 0.051 0.065 0.134 0.143 0.090 0.572 0.235 0.123 0.201 0.116 0.105 0.164 0.128 0.072 0.029 0.087 0.219 0.246 0.057 0.341 2.151 5.585 0.409 0.278 0.100 0.205 0.158 0.159 0.134 0.049 0.206 0.161 0.929 nan 0.308 0.336 0.145 0.057 0.135 0.140 0.089 0.152 0.280 0.343 0.521 0.277 0.119 0.133 0.080 0.137 0.109 0.179 0.286 0.340 0.017 0.451 0.010 1.079 0.031 0.086 0.129 0.094 0.160 0.087 0.020 0.037 0.159 0.040 0.040 0.119 0.040 0.025 0.584 0.101 0.033 0.106 0.117 0.125 0.407 0.077 0.065 0.070 0.047 0.065 0.031 0.063 2.198 0.054 0.356 0.178 0.019 0.020 0.026 0.064 0.102 0.024 0.029 1622 chr2 169866309 169873416 + 0 NA exon (NM_003742, exon 5 of 28) exon (NM_003742, exon 5 of 28) 17971 NM_003742 8647 Hs.658439 NM_003742 ENSG00000073734 ABCB11 ABC16|BRIC2|BSEP|PFIC-2|PFIC2|PGY4|SPGP ATP binding cassette subfamily B member 11 protein-coding 0.673 0.724 nan 0.098 2.721 0.298 0.113 0.138 0.017 0.078 0.260 0.091 1.786 2.604 0.054 0.145 0.115 0.017 0.151 2.099 0.139 1.780 0.967 0.121 4.376 1.882 2.367 0.424 2.072 0.120 0.076 0.058 0.429 0.350 0.073 0.968 0.023 0.069 0.380 5.680 0.090 1.430 0.233 0.121 0.444 0.930 0.214 0.174 0.248 0.704 0.240 0.277 0.133 0.045 0.244 0.351 0.152 0.265 0.216 0.264 0.332 0.202 0.154 0.206 0.025 0.111 0.278 0.364 0.322 0.347 0.011 1.487 0.027 1.141 0.015 0.038 0.592 0.193 0.042 0.241 0.013 0.023 0.090 0.152 0.066 1.166 0.032 0.114 0.281 0.263 0.080 0.367 1.116 0.078 0.293 1.921 0.017 2.465 0.269 0.057 0.042 0.747 0.430 0.403 0.266 0.143 0.069 0.070 0.932 0.521 0.008 1260 chr17 73891543 73911888 + 0 NA promoter-TSS (NM_032478) promoter-TSS (NM_032478) -534 NM_032478 64978 Hs.442609 NM_032478 ENSG00000204316 MRPL38 HSPC262|L38MT|MRP-L3|MRP-L38|RPML3 mitochondrial ribosomal protein L38 protein-coding 2.178 1.712 1.812 1.528 0.890 2.160 1.185 1.632 0.648 1.195 0.633 0.374 0.949 2.086 1.111 1.961 1.368 2.370 1.439 1.400 0.286 2.548 1.148 1.458 5.482 2.789 1.937 4.400 1.244 0.830 1.276 0.141 1.878 0.679 0.384 1.216 0.299 1.123 1.432 1.786 0.396 1.681 2.327 1.056 0.844 0.845 2.173 2.948 1.277 2.120 3.644 2.998 3.553 1.240 2.466 2.463 nan 2.152 4.345 5.227 2.620 2.680 0.978 1.653 2.911 2.244 2.250 2.770 nan 0.934 0.843 2.088 0.636 0.895 0.551 2.798 0.682 1.379 1.412 0.868 1.640 0.631 0.505 1.606 0.871 0.448 1.047 1.163 0.999 0.950 2.053 1.828 0.799 1.038 1.195 5.046 1.219 2.370 0.651 1.615 0.369 2.333 2.321 0.917 0.281 1.182 0.415 0.406 0.471 0.806 0.410 0.483 0.603 0.374 874 chr14 64853403 64856890 + 0 NA exon (NM_005956, exon 1 of 28) exon (NM_005956, exon 1 of 28) 387 NM_005956 4522 Hs.652308 NM_005956 ENSG00000100714 MTHFD1 MTHFC|MTHFD methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, cyclohydrolase and formyltetrahydrofolate synthetase 1 protein-coding 12.625 nan 6.224 7.800 3.610 4.659 2.320 3.312 1.228 6.717 5.702 0.985 0.870 1.879 7.417 1.566 1.254 6.254 3.315 3.425 1.917 6.448 2.726 4.375 8.351 2.365 4.447 10.472 3.392 2.757 5.151 0.183 6.092 2.511 2.220 2.848 1.392 7.180 3.895 4.015 0.902 7.237 6.410 1.043 4.481 2.453 6.959 6.149 7.996 9.991 12.304 10.515 9.038 4.396 19.641 20.839 6.090 8.395 9.913 17.579 16.610 19.427 6.864 7.811 11.240 13.153 9.311 7.989 7.639 3.876 5.522 3.535 1.068 3.524 0.920 4.684 1.270 5.075 4.633 1.262 5.529 1.958 4.008 4.456 4.724 2.472 2.530 1.239 0.878 3.825 4.203 4.623 3.445 3.631 6.717 2.180 6.177 6.254 2.369 1.539 1.787 7.234 3.090 3.052 3.100 7.555 1.760 2.347 1.527 2.576 5.791 1.419 2.894 1.775 975 chr15 76618838 76635029 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2132 NM_145805 64843 Hs.444677 NM_145805 ENSG00000159556 ISL2 - ISL LIM homeobox 2 protein-coding 1.386 1.066 1.261 0.126 0.493 0.412 0.247 0.497 0.176 0.809 0.659 0.100 0.105 0.276 0.501 0.137 0.134 0.333 0.850 0.578 0.092 1.277 0.541 0.145 1.308 0.522 0.145 1.248 0.045 1.565 1.000 0.060 0.934 0.124 0.296 0.108 0.117 0.494 0.634 0.081 0.489 0.403 1.112 0.458 0.172 0.298 1.865 1.681 1.440 1.816 0.951 0.670 1.378 0.375 1.876 2.027 0.811 1.104 0.166 0.220 2.891 2.687 1.667 2.804 1.551 1.033 4.105 5.757 0.742 0.490 0.152 0.586 0.178 1.939 0.112 0.094 0.787 0.197 0.084 0.937 2.064 0.441 0.622 0.603 0.209 0.082 0.099 0.504 0.488 0.546 1.539 0.606 0.657 0.868 0.809 0.390 0.522 0.333 0.238 1.139 0.408 0.957 0.038 0.075 0.023 0.102 0.096 0.463 0.981 2.162 0.042 0.203 0.153 0.173 493 chr11 45906524 45923146 + 0 NA intron (NM_005456, intron 1 of 11) intron (NM_005456, intron 1 of 11) 7788 NM_005456 9479 Hs.234249 NM_005456 ENSG00000121653 MAPK8IP1 IB1|JIP-1|JIP1|PRKM8IP mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 1 protein-coding nan 2.599 0.891 1.570 0.161 1.698 0.801 0.380 0.246 3.274 0.139 0.005 0.128 0.323 0.136 1.594 0.772 2.835 0.875 0.334 0.021 0.225 0.057 0.299 1.480 0.795 0.213 2.921 0.132 0.392 0.668 0.083 0.806 0.135 0.093 0.274 0.188 0.341 0.455 0.046 0.087 0.686 0.297 0.224 0.255 0.118 2.158 3.601 0.593 0.839 4.760 4.938 3.458 1.713 0.436 0.432 2.100 2.755 1.160 1.767 1.675 1.990 1.043 1.713 2.092 1.427 1.301 nan 2.023 1.131 1.172 0.116 0.092 0.193 0.743 3.513 0.316 0.142 0.096 0.563 0.118 0.541 0.688 0.388 0.167 0.188 0.122 0.112 0.123 0.175 0.359 0.646 0.119 0.044 3.274 0.708 0.273 2.835 0.015 0.124 0.819 0.451 1.930 0.037 0.083 0.132 0.067 0.118 0.464 0.273 0.242 0.046 0.052 0.061 1708 chr20 13502793 13507806 + 0 NA intron (NR_136628, intron 9 of 12) intron (NR_136628, intron 9 of 12) 114284 NM_001323602 55617 Hs.348297 NM_017714 ENSG00000089123 TASP1 C20orf13|dJ585I14.2 taspase 1 protein-coding 0.892 nan 0.687 0.156 0.172 0.238 0.127 0.217 0.052 0.181 0.018 0.113 0.148 0.095 0.164 0.115 0.227 0.171 0.123 0.088 0.021 0.033 0.095 0.063 0.146 0.337 0.205 0.192 0.027 0.065 0.237 0.076 0.167 0.015 0.125 0.232 0.076 0.016 0.239 0.135 0.153 0.145 0.084 0.543 0.390 0.200 0.356 0.292 0.419 0.291 0.122 0.298 0.323 0.305 0.861 0.383 0.312 0.496 0.250 0.268 0.217 0.126 0.100 0.306 0.608 0.422 0.463 0.011 0.070 0.095 0.110 0.040 0.106 0.083 0.029 0.116 0.486 0.029 0.141 0.147 0.055 0.047 0.061 0.029 0.048 0.199 0.472 0.104 8.943 0.292 0.052 0.056 0.019 0.115 0.146 0.180 0.057 0.037 0.031 0.081 0.017 0.349 0.199 0.092 0.080 0.171 0.092 0.094 0.046 2220 chr5 172157981 172169231 + 0 NA Intergenic Intergenic -18900 NM_001287812 101928093 Hs.646902 NM_001287812 LOC101928093 - uncharacterized LOC101928093 protein-coding 0.779 0.570 0.771 0.125 1.037 0.152 0.072 0.249 0.453 0.161 1.618 0.204 0.904 1.211 0.129 0.069 0.118 0.194 0.126 0.264 1.805 0.459 1.582 1.068 1.193 0.172 0.176 0.363 0.207 0.181 0.184 0.074 1.383 0.303 0.420 2.153 1.231 4.523 0.923 1.606 0.264 1.167 0.259 1.550 0.778 0.313 0.222 0.272 0.392 nan 0.359 0.367 0.448 0.152 0.231 0.213 0.281 nan 0.259 0.350 0.579 0.439 0.193 0.125 0.078 0.203 0.186 0.258 0.368 0.354 0.030 1.554 1.392 0.212 0.152 0.125 0.086 1.728 1.471 0.237 0.139 0.025 0.029 0.974 0.298 0.207 0.264 0.055 0.043 7.600 0.452 1.107 0.529 0.540 0.161 1.793 0.365 0.194 0.774 0.550 0.077 0.224 0.421 2.176 0.376 0.346 4.033 0.052 0.035 0.032 0.476 0.834 2.078 1.302 1436 chr19 39108866 39111006 + 0 NA exon (NM_001300992, exon 1 of 7) exon (NM_001300992, exon 1 of 7) 222 NM_001300992 27335 Hs.314359 NM_013234 ENSG00000178982 EIF3K ARG134|EIF3-p28|EIF3S12|HSPC029|M9|MSTP001|PLAC-24|PLAC24|PRO1474|PTD001 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K protein-coding 4.440 4.222 4.146 9.606 5.446 4.411 2.169 4.403 0.784 4.831 3.186 0.149 1.854 3.716 2.002 1.969 1.191 4.024 5.451 5.625 0.752 4.705 1.822 13.355 8.329 5.061 4.634 18.904 1.574 5.145 4.572 0.198 6.385 2.956 2.277 6.894 0.703 4.223 4.274 2.422 2.181 4.555 9.223 1.830 4.120 2.618 6.016 5.794 7.681 10.649 5.597 6.492 8.232 3.728 12.934 11.873 5.724 6.849 6.356 8.161 nan 9.669 4.838 7.900 6.119 6.691 5.932 8.827 4.957 2.491 3.285 3.673 2.950 4.950 1.679 5.331 1.456 3.371 3.187 4.093 3.182 1.028 2.145 4.910 9.506 4.681 1.885 1.346 1.409 2.575 9.716 9.406 5.462 2.397 4.831 7.602 3.142 4.024 3.583 4.067 1.801 4.916 4.839 0.970 1.320 2.345 1.872 2.089 3.506 3.492 1.775 0.917 1.587 1.131 1911 chr3 62583948 62598796 + 0 NA intron (NM_183394, intron 6 of 27) MIR|SINE|MIR -232182 NM_018008 55079 Hs.241523 NM_018008 ENSG00000153266 FEZF2 FEZ|FEZL|FKSG36|TOF|ZFP312|ZNF312 FEZ family zinc finger 2 protein-coding 0.915 nan 0.688 0.053 0.944 0.237 0.086 0.624 0.130 0.378 0.471 0.044 0.697 1.638 0.330 0.021 0.100 0.137 0.120 0.100 0.500 3.470 5.187 0.401 2.409 1.336 1.416 0.271 1.457 0.252 0.036 0.058 0.187 1.059 0.057 1.013 0.121 0.356 0.176 2.437 0.022 0.596 0.127 0.159 0.216 0.574 0.392 0.723 0.223 0.529 0.424 0.386 0.315 0.195 0.140 0.074 1.064 1.637 0.231 0.391 1.668 1.495 0.918 1.183 0.121 0.161 1.686 nan 0.391 0.432 0.030 4.440 0.032 0.180 0.040 0.055 0.019 1.848 1.324 0.025 0.113 0.071 0.490 0.093 1.265 0.724 1.911 0.110 0.137 7.971 0.038 0.209 0.016 0.166 0.378 2.271 0.835 0.137 0.425 0.022 0.339 0.032 0.069 2.794 1.261 1.206 1.093 0.272 1.567 0.924 1.122 3.855 0.334 0.242 2528 chr8 37698115 37708374 + 0 NA intron (NM_018310, intron 3 of 3) FRAM|SINE|Alu 4187 NM_018310 55290 Hs.709301 NM_018310 ENSG00000104221 BRF2 BRFU|TFIIIB50 BRF2, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit protein-coding 1.707 2.406 nan 7.353 3.564 1.582 0.864 0.932 0.708 1.746 1.041 0.202 0.185 0.578 0.731 1.168 0.728 3.722 1.168 1.064 0.196 1.182 0.576 0.616 1.619 1.241 1.663 2.847 0.776 2.479 1.171 0.095 2.712 0.426 0.282 0.589 0.294 1.138 1.476 0.858 0.864 1.886 1.454 0.824 0.942 0.648 2.326 2.967 2.345 3.721 4.413 4.762 3.381 1.106 3.795 3.888 0.919 1.257 2.414 3.477 1.767 1.671 1.327 2.314 1.885 1.726 1.482 1.561 2.071 1.136 1.308 0.988 0.158 0.922 0.771 1.687 0.928 1.396 1.158 0.342 1.006 0.268 0.372 1.563 1.110 0.643 0.450 0.696 0.614 0.804 1.021 0.929 0.531 0.590 1.746 0.691 0.364 3.722 1.211 0.520 0.282 0.793 1.100 0.433 0.216 0.711 0.324 1.254 0.907 0.607 0.446 0.184 0.122 0.124 1591 chr2 113031846 113037059 + 0 NA intron (NM_198581, intron 1 of 11) intron (NM_198581, intron 1 of 11) 1274 NM_198581 376940 Hs.190477 NM_198581 ENSG00000188177 ZC3H6 ZC3HDC6 zinc finger CCCH-type containing 6 protein-coding 4.926 nan 4.443 4.801 2.476 5.599 3.072 3.465 0.726 4.957 3.050 0.422 0.653 1.828 4.060 2.072 1.025 6.154 1.282 1.921 1.211 4.320 0.671 2.298 4.281 3.228 2.807 nan 1.346 2.993 3.197 0.159 5.519 1.717 2.041 3.370 0.971 5.397 3.138 1.728 1.021 2.721 5.168 1.675 2.389 2.243 6.524 5.056 5.932 7.825 10.811 nan 7.933 6.128 16.056 16.126 4.257 5.100 7.350 12.142 8.184 8.435 4.643 6.329 3.576 3.292 9.478 6.992 2.236 1.263 4.718 1.439 1.026 2.488 1.660 2.397 4.166 1.822 2.882 2.189 3.750 0.584 1.935 4.613 3.170 1.317 1.363 1.664 1.374 3.389 3.685 4.748 1.648 2.142 4.957 3.637 4.219 6.154 0.796 1.627 1.606 4.624 2.767 2.016 1.362 2.213 2.141 1.842 1.862 2.873 2.418 0.997 2.542 1.664 1677 chr2 233350649 233358146 + 0 NA Intergenic Intergenic -1828 NM_001290787 9427 Hs.26880 NM_004826 ENSG00000171551 ECEL1 DA5D|DINE|ECEX|XCE endothelin converting enzyme like 1 protein-coding 1.265 nan 1.130 0.199 0.038 0.524 0.273 0.115 0.033 0.664 0.066 0.065 0.018 0.053 0.034 0.130 0.054 0.047 0.188 0.128 0.017 0.083 0.143 0.514 0.301 0.085 0.703 0.338 0.280 0.064 0.093 0.009 0.062 0.124 0.032 0.009 0.087 0.015 0.040 0.076 0.083 0.036 0.013 0.028 0.364 0.286 0.684 0.894 0.749 0.514 0.427 0.153 0.496 0.634 0.067 0.183 0.843 nan 0.339 0.257 0.212 0.194 0.165 0.181 0.866 2.510 0.232 0.279 0.496 0.047 0.026 0.050 0.027 0.036 0.018 0.092 0.039 0.246 0.130 0.013 0.021 0.097 0.048 0.031 0.071 0.446 0.265 0.026 0.217 0.028 0.136 0.116 0.664 0.086 0.037 0.047 0.017 0.167 0.089 0.941 6.033 0.018 0.012 0.025 0.015 0.137 0.027 0.428 0.030 0.100 0.015 0.014 2199 chr5 142189710 142226311 + 0 NA intron (NM_015071, intron 1 of 22) intron (NM_015071, intron 1 of 22) 40465 NR_046680 100874239 Hs.570896 NR_046680 ENSG00000226272 ARHGAP26-AS1 - ARHGAP26 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.901 0.717 0.072 1.129 0.319 0.135 0.749 0.152 0.287 0.509 0.066 0.833 1.193 0.594 0.077 0.064 0.383 0.157 1.499 0.118 0.350 0.873 1.691 2.109 0.446 0.282 0.533 1.007 0.207 0.077 0.119 0.282 1.086 0.485 1.270 0.134 0.260 0.249 1.787 0.058 0.551 1.562 0.268 0.944 0.339 0.204 0.122 0.311 0.487 0.334 0.375 0.305 0.079 0.304 0.320 0.268 0.422 0.284 0.284 0.341 0.206 0.218 0.263 0.434 0.790 0.210 0.437 0.529 0.502 0.021 2.640 0.559 2.151 0.049 0.096 0.015 1.429 0.743 0.136 0.105 0.073 0.046 2.250 0.371 0.202 0.528 0.107 0.161 0.388 1.803 0.245 0.850 1.497 0.287 0.685 1.569 0.383 0.663 0.310 0.072 0.177 0.271 1.235 0.703 1.084 0.338 0.161 0.067 0.123 1.172 1.117 0.768 0.607 2174 chr5 91438908 91454017 + 0 NA Intergenic Intergenic -767272 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 7.922 0.544 0.397 0.048 0.248 0.095 0.113 0.012 0.736 0.139 0.084 0.050 0.101 0.055 0.072 0.093 0.098 0.192 0.057 0.045 0.007 0.107 0.100 0.064 0.079 0.241 0.058 0.159 0.079 0.111 0.084 0.074 0.093 0.011 0.036 0.149 0.014 0.010 0.056 0.093 0.103 0.095 0.069 0.203 0.146 0.813 0.636 0.253 0.408 0.272 0.165 0.124 0.152 0.245 0.452 0.216 0.222 0.447 0.133 0.110 0.190 1.468 1.220 0.234 nan 0.268 0.185 0.058 0.038 0.006 0.055 0.039 0.064 0.005 0.024 0.020 0.057 0.592 0.037 0.006 0.016 0.010 0.010 0.016 0.023 0.020 0.070 0.014 0.031 0.040 0.736 0.038 0.055 0.056 0.027 0.007 0.027 0.047 0.036 0.006 0.037 0.037 0.068 0.071 0.083 0.015 0.043 0.023 0.007 1320 chr18 42471331 42486429 + 0 NA intron (NM_015559, intron 3 of 5) intron (NM_015559, intron 3 of 5) 71251 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.128 2.232 2.242 0.130 0.911 0.436 0.067 0.004 0.862 0.125 0.074 0.021 0.025 0.954 0.651 2.677 0.143 0.184 0.025 0.049 0.007 0.123 0.026 0.048 0.014 2.274 0.020 0.198 0.014 0.075 0.229 0.047 0.031 0.031 0.016 0.055 0.111 0.007 0.026 0.082 0.123 0.060 0.189 0.042 0.382 0.410 0.244 0.473 3.901 4.161 4.265 1.747 0.065 0.065 0.693 0.891 2.229 3.043 0.927 0.833 0.100 0.321 2.338 2.477 0.190 nan 5.168 2.797 1.096 0.019 0.013 0.080 1.037 0.259 0.009 0.019 0.024 0.064 0.777 0.100 0.067 0.012 0.010 0.040 0.010 0.048 0.053 0.081 0.042 0.037 0.264 0.862 0.032 2.677 0.040 0.033 0.309 0.043 1.116 0.018 0.006 0.031 0.074 0.129 0.026 0.155 0.051 0.037 0.008 0.007 1026 chr16 11920047 11935415 + 0 NA TTS (NM_015659) TTS (NM_015659) -5042 NR_024050 400500 Hs.24611 NR_024049 ENSG00000262117 BCAR4 - breast cancer anti-estrogen resistance 4 (non-protein coding) ncRNA 0.931 0.676 nan 0.142 0.122 0.305 0.122 0.218 5.153 0.113 0.266 0.196 0.025 0.186 0.354 0.133 0.151 0.080 0.195 0.207 0.185 0.083 0.007 0.153 0.340 0.126 0.107 0.378 0.038 0.181 0.028 0.094 0.327 0.053 0.080 0.127 0.247 0.400 0.372 0.029 0.016 0.272 0.278 0.164 0.192 0.108 0.199 0.203 0.217 0.423 0.303 0.369 0.613 0.192 0.398 0.445 0.367 0.621 0.309 0.368 nan 0.580 0.141 0.233 0.323 0.669 1.156 2.516 0.380 0.364 0.069 0.245 0.256 0.456 0.039 0.132 0.027 0.169 0.071 0.101 0.153 0.056 0.092 0.251 0.067 0.041 0.035 0.091 0.079 0.097 0.185 0.148 0.072 0.152 0.113 0.175 0.114 0.080 0.095 0.043 0.063 0.178 0.040 0.146 0.008 0.113 0.297 0.052 0.051 1.421 0.095 0.128 0.022 0.017 2752 chrX 53109558 53124709 + 0 NA 3' UTR (NM_022117, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_022117, exon 7 of 7) 5591 NM_022117 64061 Hs.136164 NM_022117 ENSG00000184205 TSPYL2 CDA1|CINAP|CTCL|DENTT|HRIHFB2216|NP79|SE204|TSPX TSPY like 2 protein-coding 1.733 1.732 0.823 1.361 0.362 2.685 1.398 0.546 0.171 0.825 0.677 0.109 0.187 0.434 0.359 0.808 0.498 0.999 0.848 0.514 0.278 0.656 0.312 0.653 0.642 0.303 0.471 2.837 0.358 0.664 1.774 0.067 0.824 0.163 0.345 0.355 0.254 0.703 0.411 0.324 0.106 0.435 1.033 0.510 0.217 0.296 0.750 0.974 1.505 2.161 3.233 2.474 2.597 0.798 1.937 1.955 0.810 1.210 2.345 3.256 2.134 2.042 0.828 1.551 1.598 1.655 1.457 2.707 1.065 0.528 0.831 0.370 0.227 0.564 0.396 0.617 0.339 0.432 0.287 0.455 0.756 0.339 0.707 0.687 0.625 0.391 0.289 0.181 0.211 0.475 0.918 0.985 0.360 0.539 0.825 0.865 0.501 0.999 0.209 0.433 0.337 0.709 2.645 0.345 0.142 0.480 0.307 0.237 0.653 0.459 0.351 0.305 0.249 0.130 1390 chr19 10980794 11010991 + 0 NA intron (NM_199141, intron 1 of 15) intron (NM_199141, intron 1 of 15) 13639 NM_199141 10498 Hs.323213 NM_199141 ENSG00000142453 CARM1 PRMT4 coactivator associated arginine methyltransferase 1 protein-coding 2.152 2.097 1.707 0.909 0.421 0.819 0.562 0.438 1.269 2.202 0.403 0.172 0.232 1.007 0.421 0.366 0.337 2.599 1.555 0.954 0.148 0.661 0.101 0.236 nan 0.603 0.561 1.456 0.194 2.628 0.631 0.097 1.226 0.102 0.128 0.598 0.168 0.585 0.870 0.246 0.165 1.168 2.920 0.451 0.791 0.128 3.426 4.354 2.791 2.818 2.272 2.370 2.448 0.858 1.945 1.908 0.945 1.590 3.404 5.197 3.073 3.174 0.871 1.730 2.724 2.569 1.576 2.897 1.033 0.663 0.458 0.613 0.586 0.339 0.255 0.668 0.639 0.431 0.273 0.638 0.352 0.774 0.993 0.308 0.403 0.331 0.557 0.888 0.641 0.384 0.536 1.155 0.372 0.523 2.202 1.250 0.298 2.599 0.348 0.488 0.897 0.750 0.372 0.355 0.057 1.471 0.137 1.724 0.883 0.860 0.193 0.257 0.107 0.076 1993 chr3 181522458 181527683 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 95358 NM_003106 6657 Hs.518438 NM_003106 ENSG00000181449 SOX2 ANOP3|MCOPS3 SRY-box 2 protein-coding 0.815 0.984 0.593 0.273 0.139 0.489 0.222 0.066 0.059 0.245 0.058 0.280 0.144 0.012 0.240 0.243 0.160 0.151 0.185 0.104 0.041 0.103 0.471 0.165 0.135 0.418 0.506 0.315 0.104 nan 0.059 0.071 0.080 1.188 0.021 0.240 0.234 0.746 0.026 0.074 0.119 0.250 0.267 0.203 0.248 0.451 0.493 12.726 3.356 0.134 0.105 0.534 0.775 0.719 0.806 0.667 0.259 0.184 0.297 0.174 0.219 0.109 0.259 0.458 0.584 0.021 0.054 0.037 0.035 0.059 0.153 0.076 0.015 0.043 0.113 0.037 0.091 0.131 0.081 0.030 0.059 0.088 0.153 0.151 0.093 0.081 0.114 0.245 0.027 0.017 0.160 0.093 0.159 0.037 0.034 0.039 0.046 0.177 0.039 0.117 0.102 0.009 1893 chr3 25462523 25517300 + 0 NA intron (NR_110893, intron 1 of 6) intron (NR_110893, intron 1 of 6) -9890 NM_001290217 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.839 0.921 0.613 0.052 1.320 0.220 0.123 0.112 0.389 0.152 0.615 0.138 0.142 0.391 1.548 0.122 0.176 0.033 0.172 0.475 0.041 0.398 0.378 0.183 0.130 0.098 0.425 0.215 0.515 0.605 1.298 0.086 0.425 0.030 0.064 0.250 0.170 1.104 0.577 0.046 0.595 0.598 0.415 0.113 0.136 0.104 0.170 0.137 1.354 4.919 0.311 0.342 0.080 0.060 0.158 0.176 0.719 0.958 0.179 0.201 nan 0.392 0.156 0.235 1.383 1.668 0.120 0.214 0.353 0.367 0.038 0.244 0.107 1.775 0.026 0.039 0.570 0.088 0.020 0.097 1.132 0.364 0.134 0.137 0.072 0.066 0.074 0.383 0.659 0.710 1.295 0.290 0.172 0.751 0.152 0.306 0.307 0.033 0.468 0.585 0.035 0.144 0.103 0.067 0.012 0.069 0.066 0.712 0.034 0.057 0.130 0.104 1.087 1.425 1469 chr19 48298577 48306282 + 0 NA Intergenic Intergenic 4432 NM_198479 284355 Hs.629812 NM_198479 ENSG00000178928 TPRX1 TPRX tetrapeptide repeat homeobox 1 protein-coding 1.091 0.771 1.144 0.113 0.150 0.344 0.265 0.112 0.024 0.100 0.078 0.126 0.024 0.111 0.028 0.142 0.031 0.062 0.064 0.196 0.016 0.052 0.041 0.125 nan 0.104 0.116 0.218 0.057 0.069 0.107 0.146 0.223 0.016 0.059 0.045 0.027 0.360 0.028 0.062 0.148 0.314 0.107 0.113 0.068 0.229 0.160 0.222 0.308 0.334 0.460 0.355 0.165 0.274 0.229 0.242 0.459 0.212 0.229 0.881 0.456 0.215 0.203 0.114 0.052 2.809 10.668 0.367 0.482 0.032 0.065 0.013 0.120 0.026 0.035 0.050 0.027 0.038 0.009 0.070 0.038 0.042 0.197 0.039 0.029 0.060 0.019 0.063 0.130 0.148 0.046 0.041 0.052 0.100 0.065 0.048 0.062 0.032 0.032 0.103 0.034 0.018 0.011 0.072 0.043 0.064 5.119 0.030 0.012 0.007 1499 chr19 56145556 56156426 + 0 NA Intergenic MER3|DNA|hAT-Charlie -1401 NM_207115 51157 Hs.631551 NM_016202 ENSG00000213015 ZNF580 - zinc finger protein 580 protein-coding 4.610 2.115 4.237 2.870 3.658 3.695 2.228 5.196 1.248 3.183 1.416 0.235 0.891 2.648 3.809 1.353 0.932 2.712 2.212 3.994 1.515 3.858 0.990 1.819 6.208 4.291 4.047 4.529 1.186 1.633 4.453 0.186 4.072 2.044 1.729 1.843 2.205 10.711 3.471 3.965 0.825 3.191 4.685 2.522 4.466 2.110 4.353 6.070 3.189 4.507 4.223 3.825 8.274 2.205 2.371 2.218 3.421 5.141 5.146 5.941 4.883 5.612 2.744 5.396 3.380 2.891 3.513 5.058 3.397 1.721 2.240 1.877 1.590 3.097 2.290 2.029 1.182 1.172 1.143 3.605 2.771 0.791 1.516 4.409 2.887 1.347 1.376 1.175 0.864 1.419 4.602 3.825 3.111 1.712 3.183 2.131 2.622 2.712 2.107 2.107 1.773 5.315 2.032 0.852 0.687 3.552 1.568 0.797 1.674 2.022 1.974 0.495 1.351 0.779 1646 chr2 199555751 199578259 + 0 NA Intergenic Intergenic -327184 NR_110267 101927619 Hs.632942 NR_110267 LINC01923 - long intergenic non-protein coding RNA 1923 ncRNA 0.605 nan 0.656 1.134 0.061 0.451 0.143 0.074 0.017 0.898 0.070 0.072 0.026 0.149 0.011 0.210 0.180 0.361 0.131 0.180 0.094 0.018 0.099 0.074 0.046 0.081 2.976 0.045 6.095 0.034 0.065 0.162 0.054 0.087 0.003 0.055 0.112 0.024 0.007 0.134 0.128 0.103 0.094 0.083 0.702 0.552 0.350 0.320 0.797 1.082 1.818 0.613 0.523 0.425 0.167 0.255 0.637 0.549 0.357 0.172 0.276 0.455 0.563 0.629 0.271 0.339 0.449 0.393 0.030 0.028 0.017 0.045 0.027 0.195 0.012 0.009 0.007 0.010 0.080 0.093 0.081 0.102 0.024 0.014 0.020 0.091 0.178 0.107 0.022 0.025 0.011 0.027 0.898 0.051 0.012 0.361 0.011 0.030 0.008 0.021 0.041 0.024 0.006 0.028 0.030 5.600 0.132 0.093 0.017 0.059 0.010 0.014 400 chr10 75333070 75353341 + 0 NA intron (NM_001320441, intron 1 of 14) AluSq2|SINE|Alu -7772 NM_152586 159195 Hs.657355 NM_152586 ENSG00000166348 USP54 C10orf29|bA137L10.3|bA137L10.4 ubiquitin specific peptidase 54 protein-coding 0.629 nan 0.709 0.078 0.419 0.383 0.198 0.498 3.486 0.101 1.069 0.215 0.272 0.671 0.050 0.119 0.101 0.258 0.159 0.646 0.938 1.070 0.372 0.628 1.088 0.650 1.563 0.376 0.130 0.278 0.059 0.113 0.452 0.157 0.250 0.747 0.132 0.650 0.293 0.338 0.100 0.749 0.365 0.194 0.885 0.473 0.405 0.368 0.338 0.798 0.297 0.324 0.698 0.291 0.182 0.211 0.276 0.414 0.871 nan 0.224 0.121 0.201 0.303 0.103 0.124 0.325 nan 0.549 0.360 0.177 0.614 0.629 1.169 0.089 0.097 0.068 0.520 0.212 0.058 0.117 0.019 0.098 0.182 0.157 0.042 0.364 0.042 0.130 0.178 0.253 0.355 0.375 0.338 0.101 1.267 0.508 0.258 0.289 0.362 0.039 0.095 0.050 0.455 0.626 0.512 2.473 0.250 0.167 0.128 0.142 0.946 0.170 0.115 534 chr11 65055098 65086369 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -11556 NM_006779 10435 Hs.343380 NM_006779 ENSG00000149798 CDC42EP2 BORG1|CEP2 CDC42 effector protein 2 protein-coding nan 0.895 3.085 0.355 0.435 0.405 0.182 2.008 0.109 0.433 0.756 0.226 0.352 0.842 0.379 0.136 0.133 0.176 0.272 0.638 0.998 0.217 0.486 0.819 2.086 0.917 0.750 0.934 0.691 0.392 0.393 0.132 0.587 0.471 1.621 0.474 0.408 1.053 0.456 0.837 0.103 0.987 1.163 1.165 1.182 0.319 0.639 0.808 0.451 0.757 0.958 1.023 0.993 0.324 0.721 0.725 0.681 1.074 0.778 1.000 1.267 1.084 0.462 0.608 1.096 1.008 0.696 1.872 0.484 0.369 0.396 1.240 0.211 0.487 0.262 0.185 0.238 1.309 1.144 1.260 0.967 0.436 0.480 1.540 2.405 0.995 0.253 0.212 0.181 0.328 0.987 0.753 0.139 0.903 0.433 0.699 0.728 0.176 1.002 0.175 0.426 0.696 0.198 1.521 0.697 0.564 1.922 0.177 0.131 0.615 0.624 0.380 0.160 0.096 746 chr12 109740283 109750577 + 0 NA intron (NM_213596, intron 2 of 9) intron (NM_213596, intron 2 of 9) 1595 NM_213596 121643 Hs.528316 NM_213596 ENSG00000139445 FOXN4 - forkhead box N4 protein-coding 2.335 1.586 nan 1.238 0.182 2.450 1.503 0.044 0.084 0.799 0.180 0.108 0.018 0.042 0.043 0.599 0.302 2.290 0.714 0.241 0.060 0.183 0.010 0.079 0.304 0.134 0.082 2.207 0.014 0.312 0.704 0.094 0.589 0.046 0.156 0.135 0.047 0.054 0.281 0.211 0.256 0.336 0.048 0.584 0.094 1.657 2.357 0.648 2.097 2.561 2.418 4.057 1.542 0.497 0.647 1.353 1.965 1.624 2.223 1.846 2.309 1.403 3.672 3.812 3.248 1.234 1.620 2.148 1.032 0.726 0.082 0.027 0.018 0.047 6.859 0.793 0.054 0.063 0.315 0.134 1.322 2.878 0.132 0.153 0.152 0.031 0.344 0.341 0.198 0.918 0.145 0.344 0.128 0.799 0.070 0.045 2.290 0.190 0.768 0.537 1.148 0.020 0.037 0.016 0.075 0.079 2.963 0.831 0.008 0.073 0.090 0.020 919 chr14 105928927 105969235 + 0 NA Intergenic Intergenic -4176 NM_001311 1396 Hs.70327 NM_001311 ENSG00000213145 CRIP1 CRHP|CRIP|CRP-1|CRP1 cysteine rich protein 1 protein-coding 4.330 2.221 5.691 1.758 1.555 1.784 0.955 1.342 0.724 2.680 0.485 0.175 0.301 0.899 2.942 1.363 0.639 3.768 0.900 2.778 0.332 0.987 0.262 0.635 12.493 7.693 8.393 5.811 3.137 0.257 2.363 0.100 3.248 0.859 1.128 0.707 0.378 0.944 0.638 0.433 0.239 3.942 1.186 0.302 0.782 1.073 2.270 4.315 1.048 1.866 4.467 4.144 3.307 2.554 0.681 0.651 1.993 3.038 2.481 5.078 1.581 1.627 0.840 1.480 2.791 1.563 0.700 0.632 0.468 0.283 6.947 1.450 1.371 0.409 0.787 1.400 0.711 0.919 0.876 0.866 1.523 0.738 0.818 1.065 0.543 0.329 1.279 0.279 0.172 0.652 3.069 4.315 0.320 2.104 2.680 1.944 0.892 3.768 0.837 5.467 0.720 2.444 1.188 0.631 0.395 0.492 0.404 0.148 0.511 0.114 1.117 0.197 0.503 0.247 744 chr12 107519235 107528003 + 0 NA Intergenic Intergenic -35984 NM_004075 1407 Hs.151573 NM_004075 ENSG00000008405 CRY1 PHLL1 cryptochrome circadian clock 1 protein-coding 1.200 1.346 nan 0.341 0.058 4.076 1.882 0.079 0.134 2.272 0.166 0.276 0.022 0.110 0.044 2.456 1.385 5.754 0.124 0.110 0.014 0.058 0.098 0.121 0.118 0.082 6.888 0.033 0.146 0.037 0.164 0.309 0.053 0.052 0.085 0.018 0.102 0.324 0.012 0.055 0.332 0.154 0.106 0.176 0.097 0.385 0.399 0.306 0.329 7.329 8.446 1.993 0.704 0.476 0.487 0.389 0.769 1.062 2.503 1.623 1.552 0.192 0.180 2.127 1.885 0.451 1.194 2.516 1.556 4.271 0.133 0.011 0.064 0.035 3.993 0.087 0.008 0.056 0.116 0.471 0.027 0.073 0.027 0.027 0.079 0.118 0.145 0.170 0.186 0.049 0.049 0.123 2.272 0.063 0.021 5.754 0.028 0.122 0.298 0.034 0.174 0.015 0.014 0.045 0.088 0.066 0.046 0.197 0.043 0.086 0.046 0.023 1268 chr17 77015647 77038846 + 0 NA intron (NR_049769, intron 1 of 3) AluY|SINE|Alu -3135 NM_198593 114897 Hs.201398 NM_030968 ENSG00000173918 C1QTNF1 CTRP1|GIP|ZSIG37 C1q and tumor necrosis factor related protein 1 protein-coding 1.285 2.352 1.444 0.278 0.222 0.841 0.401 3.053 0.019 0.815 2.255 0.403 0.580 0.568 0.844 0.495 0.208 0.134 0.489 0.331 0.518 0.451 0.245 1.927 4.171 1.153 0.190 1.750 0.164 0.180 0.121 0.098 0.396 0.326 0.078 1.383 0.423 0.268 0.311 1.989 0.294 0.515 0.354 0.780 0.448 0.244 0.644 0.762 0.369 1.034 0.832 0.790 2.525 0.714 0.299 0.268 nan 0.814 0.456 0.669 1.619 1.389 0.275 0.376 0.872 0.913 0.230 0.437 nan 0.793 0.685 0.716 0.107 1.348 0.835 2.997 0.018 0.915 0.559 0.063 0.328 0.177 0.047 7.393 0.892 0.398 0.501 0.303 0.392 1.000 1.757 0.180 0.228 1.698 0.815 0.446 0.008 0.134 0.301 0.709 0.167 4.708 0.670 0.196 0.058 0.606 0.917 0.172 0.093 0.087 0.648 0.138 0.265 0.129 633 chr12 6676363 6678418 + 0 NA 5' UTR (NM_001258309, exon 1 of 17) 5' UTR (NM_001258309, exon 1 of 17) 108 NM_001033714 4839 Hs.534334 NM_006170 ENSG00000111641 NOP2 NOL1|NOP120|NSUN1|p120 NOP2 nucleolar protein protein-coding 3.439 nan 3.411 8.637 4.846 3.365 2.484 3.343 1.260 3.680 0.913 0.233 0.736 3.559 3.992 2.802 1.603 3.198 2.484 6.307 1.747 6.567 1.560 1.771 8.572 7.519 5.185 9.618 1.394 4.751 6.066 0.260 5.131 1.350 3.469 7.168 0.563 3.235 8.775 3.515 2.965 8.497 10.565 3.063 5.852 2.334 3.129 3.234 5.027 7.854 7.173 6.787 11.517 4.181 7.387 8.026 5.864 7.479 5.288 6.442 5.652 5.950 3.027 5.390 4.744 5.764 5.995 7.827 2.247 0.970 3.185 2.804 1.969 4.098 2.630 3.484 1.342 3.406 3.876 2.441 4.673 1.116 2.571 4.974 3.684 1.766 2.082 1.780 1.910 6.043 6.308 8.801 2.777 1.863 3.680 4.597 4.514 3.198 1.547 2.773 6.798 14.095 0.905 2.915 2.310 2.877 1.794 2.360 1.251 2.419 1.114 1.651 2.203 1.558 1372 chr19 1587322 1593565 + 0 NA intron (NM_001281454, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 2317 NM_001281454 53615 Hs.178728 NM_003926 ENSG00000071655 MBD3 - methyl-CpG binding domain protein 3 protein-coding 4.961 2.497 7.139 4.272 2.608 4.937 2.410 2.549 1.054 3.844 1.798 0.231 1.068 3.363 3.019 3.036 1.265 6.063 3.330 1.911 0.833 3.237 0.793 1.825 6.434 3.439 3.151 5.940 1.026 5.000 2.799 0.121 5.773 0.834 2.068 4.033 0.465 2.624 3.378 2.798 0.915 4.524 3.847 1.181 2.388 1.362 5.868 5.371 5.168 7.075 8.992 9.076 4.320 1.898 9.794 9.822 4.336 5.820 5.025 nan 10.220 10.892 2.487 4.378 6.406 5.296 4.881 5.383 3.721 1.949 4.739 2.216 0.566 1.555 1.530 4.029 2.741 2.771 3.027 3.020 3.226 1.186 1.994 4.248 2.843 1.294 1.269 2.061 1.335 2.671 2.497 4.692 2.475 2.131 3.844 4.250 3.145 6.063 1.500 4.066 1.616 6.928 2.772 2.278 1.425 3.970 0.981 2.573 0.934 2.040 1.452 0.616 2.428 1.522 151 chr1 94200090 94206402 + 0 NA intron (NM_001261408, intron 2 of 13) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -55852 NM_003567 8412 Hs.36958 NM_003567 ENSG00000137936 BCAR3 NSP2|SH2D3B breast cancer anti-estrogen resistance 3 protein-coding nan nan 0.755 0.070 0.514 0.224 0.333 1.838 0.030 0.333 0.458 0.126 1.231 1.926 1.288 0.067 0.102 0.180 0.230 0.170 2.040 2.274 3.491 0.115 0.719 0.103 0.171 0.305 1.354 0.107 0.020 0.084 0.158 0.460 0.843 1.220 1.880 3.259 0.204 2.386 0.110 0.080 0.235 0.989 1.890 0.365 0.422 0.466 0.255 0.483 0.316 nan 0.224 0.115 0.241 0.360 0.465 nan 0.473 0.621 nan 0.371 0.202 0.293 0.094 0.041 0.304 0.663 0.803 0.570 0.079 4.683 0.632 0.503 0.415 0.163 1.774 1.544 0.631 0.237 0.046 0.100 4.509 1.512 0.778 1.971 0.024 0.075 9.060 0.186 0.839 0.308 0.333 1.149 1.288 0.180 0.257 0.364 0.034 0.645 0.065 6.182 0.074 1.366 5.896 0.018 0.095 0.234 1.222 3.594 7.627 6.630 1977 chr3 169489244 169494323 + 0 NA promoter-TSS (NM_001185119) promoter-TSS (NM_001185119) -270 NM_001185119 55892 Hs.507025 NM_018657 ENSG00000085274 MYNN OSZF|SBBIZ1|ZBTB31|ZNF902 myoneurin protein-coding 6.915 4.645 4.283 7.259 7.616 6.936 3.820 2.218 2.158 3.630 3.930 0.490 0.802 3.105 2.243 4.409 2.162 4.074 3.463 2.387 1.511 3.662 1.390 3.189 4.238 4.886 8.534 8.345 1.632 5.099 2.466 0.140 9.544 1.279 1.131 3.779 1.270 7.378 6.114 1.840 2.195 7.756 23.798 3.021 4.120 1.539 3.490 5.874 6.219 8.378 9.084 7.629 13.327 9.204 13.711 14.634 5.991 6.427 nan 11.286 nan 14.513 3.300 6.045 8.717 10.492 6.973 6.667 4.610 2.336 3.815 3.568 1.167 2.102 1.949 4.183 2.244 2.417 2.851 1.349 2.788 1.073 2.758 3.648 4.854 2.349 1.369 2.209 1.871 3.188 3.382 4.634 3.223 2.608 3.630 4.880 4.089 4.074 1.521 2.896 1.071 1.592 2.059 2.256 2.219 2.603 1.664 4.051 2.395 2.580 2.036 2.153 1.867 1.085 2023 chr4 4239248 4263532 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1421 NM_001297552 85013 Hs.12845 NM_032927 ENSG00000132406 TMEM128 - transmembrane protein 128 protein-coding 1.171 0.765 nan 1.526 0.389 0.376 0.139 0.491 0.122 0.584 0.306 0.099 0.226 0.375 0.221 0.265 0.293 0.583 0.265 0.513 0.133 0.423 0.168 0.313 0.588 0.490 0.285 0.778 0.228 3.526 0.451 0.100 0.514 0.302 0.139 0.712 0.155 0.698 0.436 0.273 0.134 0.263 0.441 0.245 0.461 0.372 1.210 0.922 0.943 1.320 1.246 1.312 nan 0.600 1.703 1.771 0.342 0.549 0.980 1.357 1.066 0.865 0.562 0.908 0.425 0.491 0.603 1.048 nan 0.624 0.455 0.356 0.126 0.293 0.169 0.472 0.178 0.290 0.355 0.307 0.220 0.023 0.257 0.546 0.538 0.261 0.193 0.732 0.944 0.630 0.341 0.732 0.359 0.266 0.584 0.559 0.550 0.583 0.287 0.304 0.101 0.492 0.210 0.346 0.119 0.284 0.229 3.593 0.118 0.386 0.269 0.157 0.202 0.149 1669 chr2 219248028 219273440 + 0 NA 3' UTR (NM_000578, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_000578, exon 15 of 15) -2327 NM_001206878 58190 Hs.444468 NM_021198 ENSG00000144579 CTDSP1 NIF3|NLI-IF|NLIIF|SCP1 CTD small phosphatase 1 protein-coding nan 1.692 nan 2.408 1.724 2.840 1.304 3.186 1.859 1.027 1.216 0.290 1.164 2.753 5.070 0.685 0.522 2.101 0.902 1.673 0.239 2.902 0.851 2.009 7.724 4.729 2.824 5.649 1.641 0.851 4.400 0.167 3.529 1.714 2.877 2.050 0.513 1.542 1.236 1.920 0.779 3.382 3.485 1.677 2.181 1.106 0.941 2.103 1.428 2.044 1.543 1.329 2.112 0.569 1.990 2.073 1.011 1.427 4.733 nan 1.656 1.709 0.780 1.350 0.620 0.656 1.261 1.935 1.085 0.595 2.264 2.443 1.481 1.195 1.736 1.011 3.198 1.776 2.373 2.398 3.397 0.086 0.505 3.525 1.643 0.709 1.166 0.857 0.655 1.536 4.951 3.753 1.594 2.251 1.027 2.000 3.252 2.101 1.214 2.083 0.716 7.767 2.443 1.508 0.832 1.220 0.298 0.361 0.826 0.845 3.607 0.816 0.777 0.441 1825 chr22 19158114 19167325 + 0 NA TTS (NM_001256534) TTS (NM_001256534) 3299 NM_001287387 6576 Hs.111024 NM_005984 ENSG00000100075 SLC25A1 CTP|D2L2AD|SEA|SLC20A3 solute carrier family 25 member 1 protein-coding 3.187 nan 2.543 1.736 3.305 2.605 1.185 3.285 0.652 2.372 1.219 0.190 0.925 3.331 2.905 1.088 0.454 3.008 1.565 2.235 0.560 3.204 0.896 1.502 nan 4.121 2.895 3.895 1.022 1.537 1.963 0.080 4.925 0.700 1.454 2.548 0.847 3.048 4.120 1.339 0.959 3.499 4.341 2.162 2.506 1.015 3.067 3.312 3.247 5.479 2.631 2.369 3.104 0.971 5.181 5.114 2.452 4.022 2.913 4.066 3.083 3.538 1.361 2.766 2.097 1.968 1.599 2.316 3.274 1.768 0.695 0.838 1.285 1.851 0.706 2.227 0.874 0.948 0.869 2.347 2.834 0.463 0.870 2.891 2.226 1.258 0.806 1.351 0.960 1.443 2.435 4.913 1.997 2.465 2.372 3.617 2.097 3.008 1.504 1.462 0.928 4.881 1.854 1.069 0.598 2.286 0.482 0.438 0.634 0.792 1.526 0.616 0.694 0.513 1285 chr17 79913763 79921370 + 0 NA exon (NM_178493, exon 2 of 11) exon (NM_178493, exon 2 of 11) 1491 NM_178493 147111 Hs.106137 NM_178493 ENSG00000185269 NOTUM hNOTUM NOTUM, palmitoleoyl-protein carboxylesterase protein-coding 1.103 1.556 1.196 0.944 0.162 0.645 0.336 0.471 0.025 2.180 0.108 0.043 0.025 0.387 0.191 0.298 0.180 0.392 0.633 0.280 0.293 0.282 0.041 0.399 1.648 0.391 0.280 1.010 0.172 3.205 0.394 0.036 0.343 0.048 0.648 0.243 0.174 0.428 0.354 0.029 0.211 0.185 0.421 0.413 0.076 0.206 1.078 1.526 0.315 0.494 0.974 0.912 1.143 0.310 0.339 0.491 nan 0.642 0.791 1.037 2.121 1.730 0.447 0.687 1.604 1.077 0.529 1.324 nan 0.398 0.226 0.175 0.101 0.280 0.252 0.187 0.141 0.108 0.075 0.516 0.150 0.277 0.125 2.216 0.186 0.235 0.055 8.989 4.899 0.238 1.263 1.337 0.871 0.490 2.180 0.400 0.121 0.392 0.048 2.815 0.499 2.146 0.774 0.036 0.045 0.063 0.177 2.707 0.117 0.325 0.081 0.159 0.108 1952 chr3 133190412 133198255 + 0 NA TTS (NM_003571) TTS (NM_003571) 15657 NR_135276 85003 Hs.659202 NR_135276 ENSG00000249993 BFSP2-AS1 - BFSP2 antisense RNA 1 ncRNA 1.698 nan nan 1.433 0.240 10.000 4.807 0.157 0.207 0.718 0.359 0.164 0.105 0.129 0.066 0.944 0.537 0.497 0.720 0.122 0.016 0.464 0.224 0.688 2.257 0.266 0.224 4.838 0.167 1.200 0.042 0.056 0.594 0.075 0.020 0.143 0.059 0.053 0.236 0.369 0.083 0.212 0.304 0.106 0.136 0.080 0.367 0.181 0.647 2.588 0.692 0.956 5.122 1.192 0.696 0.727 1.598 1.795 6.407 5.198 nan 1.751 0.192 0.272 0.720 1.409 0.984 3.165 1.821 1.053 6.813 0.555 0.459 0.082 0.166 5.258 0.018 0.158 0.092 0.142 0.177 0.255 0.140 0.199 0.038 0.019 0.460 0.379 0.803 0.068 0.114 0.081 2.840 0.248 0.718 0.989 0.092 0.497 0.047 1.312 1.857 0.089 3.172 0.095 0.160 0.252 0.057 1.543 0.051 0.962 0.010 0.194 0.007 0.020 287 chr1 203442378 203451477 + 0 NA intron (NM_002725, intron 1 of 2) intron (NM_002725, intron 1 of 2) 2044 NM_201348 5549 Hs.632481 NM_002725 ENSG00000188783 PRELP MST161|MSTP161|SLRR2A proline and arginine rich end leucine rich repeat protein protein-coding 2.012 1.283 3.987 0.242 0.124 0.663 0.390 0.434 0.034 1.195 0.157 0.230 0.074 0.197 0.047 0.433 0.283 1.001 1.798 0.081 0.490 0.334 0.164 0.070 0.312 0.123 0.132 0.963 0.096 0.242 0.118 0.187 0.364 0.091 0.070 0.112 0.648 0.997 0.306 0.725 0.397 0.330 0.347 0.138 0.205 0.160 0.732 1.121 0.450 0.881 1.294 1.388 1.921 0.658 nan nan 5.135 5.787 1.218 1.379 0.523 0.309 0.322 0.488 1.855 1.087 0.510 1.596 1.450 0.876 0.028 0.241 0.083 0.132 0.045 0.528 0.016 0.237 0.077 0.145 0.084 0.845 0.141 0.646 1.174 0.668 0.051 0.093 0.213 0.460 0.268 0.101 0.079 0.196 1.195 0.078 0.081 1.001 0.147 0.037 0.457 0.275 0.034 1.264 0.047 0.078 0.951 0.226 0.088 0.235 0.641 0.094 0.120 0.073 475 chr11 26606043 26622849 + 0 NA intron (NM_031418, intron 14 of 26) HERV17-int|LTR|ERV1 -20631 NM_001135091 143662 Hs.407152 NM_145650 ENSG00000169550 MUC15 MUC-15|PAS3|PASIII mucin 15, cell surface associated protein-coding 0.609 1.100 0.709 0.163 0.038 0.170 0.095 0.056 0.199 0.062 0.106 0.045 0.156 0.022 0.196 0.086 0.385 0.183 0.175 0.044 0.086 0.063 0.107 0.629 0.182 0.312 0.469 0.140 0.121 0.052 0.067 0.143 0.007 0.036 0.033 0.356 2.129 0.255 0.052 0.029 0.168 0.178 0.046 0.057 0.056 0.563 0.377 0.212 0.411 0.246 0.300 7.906 5.669 0.264 0.272 0.295 0.446 2.986 4.410 0.400 0.225 0.114 0.193 0.434 0.606 0.253 0.404 3.330 2.105 0.038 0.135 0.063 0.033 0.070 0.148 0.338 0.037 0.004 0.026 0.149 0.078 0.033 0.067 0.054 0.014 0.045 0.056 0.137 0.101 0.127 0.864 0.014 0.119 0.199 0.083 0.017 0.385 0.167 0.115 0.487 0.021 0.024 0.012 0.018 0.014 0.027 0.069 0.047 0.119 0.014 0.034 0.014 0.006 2595 chr8 116421023 116482476 + 0 NA intron (NM_001330599, intron 4 of 5) intron (NM_001330599, intron 4 of 5) 228490 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.983 0.090 0.082 0.219 0.144 0.196 0.036 0.052 0.766 0.105 0.139 0.281 0.032 0.061 0.076 0.078 0.170 0.195 0.050 0.070 0.026 0.121 0.335 0.084 0.084 0.394 0.219 2.222 0.035 0.073 0.311 0.173 0.059 0.804 0.006 0.121 0.292 0.096 0.021 0.315 0.268 0.092 0.151 0.160 0.281 0.176 0.212 0.312 0.376 0.474 nan 0.099 0.806 nan 1.479 nan 0.344 0.328 0.489 0.245 0.102 0.189 1.283 1.479 0.347 0.760 0.526 0.486 0.032 0.168 0.515 0.753 0.034 0.071 3.317 0.101 0.022 0.022 0.066 0.248 0.046 0.078 0.045 0.038 0.018 0.344 0.779 0.579 0.052 0.382 0.028 0.148 0.052 0.126 0.033 0.078 0.038 0.090 0.014 0.045 0.142 0.075 0.021 0.241 0.116 2.526 0.032 0.205 0.162 0.051 0.012 0.008 932 chr15 37379022 37406845 + 0 NA promoter-TSS (NM_170674) promoter-TSS (NM_170674) 567 NM_002399 4212 Hs.510989 NM_002399 ENSG00000134138 MEIS2 HsT18361|MRG1 Meis homeobox 2 protein-coding 2.533 nan nan 0.704 0.596 1.039 0.560 0.674 0.232 1.515 1.818 0.266 0.385 1.017 0.076 1.187 0.922 0.392 0.551 0.774 2.290 0.716 0.140 0.506 2.376 1.353 0.754 2.348 0.452 0.177 3.699 0.120 12.595 0.298 0.548 0.464 0.288 1.370 0.747 0.537 0.421 2.093 1.010 0.594 0.841 0.557 1.122 1.827 0.571 0.859 2.355 2.158 1.190 0.467 1.287 1.341 2.058 2.733 1.057 1.733 1.792 1.848 1.313 2.883 7.061 5.826 3.505 3.664 1.041 0.696 0.528 1.165 0.739 1.262 0.271 0.990 2.960 0.524 0.528 0.278 1.142 2.340 1.470 0.659 1.058 0.546 0.372 0.373 0.356 1.686 0.916 1.704 0.868 0.807 1.515 0.679 1.137 0.392 0.848 0.683 0.266 1.238 0.164 0.746 0.228 0.872 5.344 0.083 1.178 1.430 1.239 0.288 0.354 0.194 1549 chr2 44993358 45006785 + 0 NA TTS (NM_024766) TTS (NM_024766) 168575 NR_103785 100506108 Hs.503113 NR_103785 ENSG00000236502 SIX3-AS1 SIX3OS SIX3 antisense RNA 1 ncRNA 2.134 nan 1.667 1.959 0.096 4.529 2.446 0.098 0.018 0.981 0.102 0.060 0.042 0.134 0.019 1.094 0.485 3.607 0.244 0.126 0.037 0.116 0.039 0.085 nan 0.139 0.093 1.369 0.044 0.119 0.072 0.105 0.178 0.009 0.050 0.139 0.006 0.046 0.256 0.008 0.017 0.099 0.228 0.094 0.140 0.070 0.322 0.416 0.407 0.631 nan 4.332 3.382 1.205 0.539 0.418 0.484 0.725 2.404 2.842 2.214 1.845 0.297 0.504 4.613 5.165 2.481 8.652 nan 1.630 0.674 0.051 0.014 0.055 0.098 1.548 0.051 0.042 0.027 0.022 0.083 1.793 0.231 0.077 0.032 0.006 0.017 0.082 0.064 0.158 0.109 0.042 0.018 0.095 0.981 0.064 0.027 3.607 0.027 0.041 0.100 0.108 0.349 0.040 0.019 0.105 0.083 0.034 0.140 3.386 0.039 0.105 0.030 0.011 1959 chr3 141090775 141147094 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 6 of 7) intron (NM_001080412, intron 6 of 7) 75879 NM_001080412 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.743 nan nan 0.548 0.478 1.709 0.917 1.398 0.092 0.949 1.812 0.192 0.091 0.298 1.958 1.553 0.983 1.287 0.887 0.510 0.435 0.376 0.087 0.220 2.117 0.927 0.871 0.483 0.109 0.459 0.192 0.083 0.644 0.173 0.286 0.555 0.090 0.203 0.508 0.324 0.270 0.969 4.380 1.105 0.143 0.227 2.274 3.181 1.593 2.235 0.546 0.591 nan 2.311 0.561 0.505 0.952 nan 0.649 nan nan 1.053 1.724 2.229 1.330 1.406 1.183 3.067 2.083 1.277 0.170 0.693 0.073 0.388 0.181 1.203 0.089 0.489 0.311 0.170 4.577 0.310 0.776 0.600 0.300 0.148 0.389 0.155 0.164 0.271 2.641 0.824 0.898 3.488 0.949 0.178 0.850 1.287 1.014 1.317 0.078 0.447 0.793 0.720 0.101 0.296 0.875 0.662 1.514 0.678 0.358 0.279 0.198 0.184 515 chr11 61591931 61604416 + 0 NA intron (NM_004265, intron 1 of 11) intron (NM_004265, intron 1 of 11) 2668 NM_004265 9415 Hs.502745 NM_004265 ENSG00000134824 FADS2 D6D|DES6|FADSD6|LLCDL2|SLL0262|TU13 fatty acid desaturase 2 protein-coding nan 2.539 2.130 3.826 0.179 9.409 5.253 1.373 0.753 3.254 2.436 0.338 0.593 2.069 2.479 2.394 1.498 4.223 4.593 0.955 0.337 1.367 0.878 0.789 2.542 0.647 1.926 5.362 0.093 1.686 2.757 0.158 0.713 0.227 0.667 0.150 0.299 1.265 0.245 0.114 0.534 0.234 0.162 0.317 0.147 0.677 6.242 8.211 2.895 4.050 12.748 10.928 4.691 1.934 3.423 3.721 2.994 3.653 5.122 6.446 4.067 4.722 4.124 8.678 3.110 2.645 2.329 3.509 2.401 1.465 6.291 0.153 0.497 1.432 1.151 3.667 0.067 1.008 1.271 0.821 1.676 1.217 1.704 0.339 0.068 0.031 0.106 1.763 1.386 2.606 2.554 0.160 0.186 1.193 3.254 1.754 1.847 4.223 0.098 0.079 1.363 0.326 1.713 0.424 0.265 0.349 1.159 1.038 3.927 1.640 0.598 0.555 0.567 0.382 1525 chr2 16251357 16271846 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR 71052 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.687 0.429 0.784 0.443 0.190 0.132 0.133 0.057 0.003 0.100 0.074 0.039 0.009 0.046 0.038 0.053 0.108 0.051 54.655 0.156 0.036 0.038 0.054 0.234 0.078 0.087 0.360 0.036 0.102 0.032 0.077 0.291 0.006 0.040 0.041 0.023 0.024 0.218 0.021 0.008 0.105 0.245 0.085 0.090 0.092 0.331 0.341 0.246 0.264 0.301 0.304 0.245 0.107 0.200 0.161 0.120 0.210 0.240 nan 0.490 0.218 10.112 13.848 0.033 0.047 0.368 nan 0.167 0.297 0.095 0.062 0.014 0.054 0.022 0.213 0.007 0.004 0.014 0.010 0.047 0.005 0.028 0.151 0.038 0.008 0.041 0.034 0.042 0.126 0.286 0.033 0.077 0.065 0.100 0.043 0.018 0.051 0.070 0.060 0.009 0.039 0.049 0.010 0.006 0.031 0.159 0.050 12.531 0.103 0.064 0.052 0.020 0.017 2545 chr8 59569540 59576794 + 0 NA promoter-TSS (NM_003580) promoter-TSS (NM_003580) -763 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 6.522 nan 3.390 1.875 1.274 3.224 1.792 2.910 4.437 3.967 1.555 0.133 0.678 1.939 3.823 1.770 1.092 4.087 1.718 1.871 0.819 1.717 1.033 1.536 4.772 3.352 1.451 5.578 0.808 4.211 2.973 0.133 5.455 1.352 1.722 2.676 0.728 2.835 2.271 2.014 1.432 3.341 4.093 2.265 1.966 1.765 5.302 6.510 5.093 7.794 10.609 10.370 5.769 3.303 4.762 4.578 3.355 nan 3.532 5.437 6.168 6.602 3.440 6.177 5.926 4.280 6.495 4.320 3.693 2.530 2.304 1.091 0.751 1.666 1.528 2.567 2.068 2.075 3.285 0.967 3.100 0.800 2.985 3.566 4.900 1.775 2.257 2.672 2.087 2.166 4.085 5.768 1.505 1.394 3.967 2.732 3.312 4.087 2.143 0.796 0.533 2.375 2.884 1.112 1.279 1.634 0.936 3.587 1.273 3.007 1.004 1.838 2.350 2.424 1242 chr17 62499092 62505028 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320597) promoter-TSS (NM_001320597) 14 NM_001320597 1655 Hs.279806 NM_004396 ENSG00000108654 DDX5 G17P1|HLR1|HUMP68|p68 DEAD-box helicase 5 protein-coding 7.494 nan 5.106 6.987 3.020 8.212 4.819 5.294 1.483 4.431 4.608 0.517 1.492 4.815 2.673 3.971 1.722 5.670 2.994 3.447 1.398 3.201 1.879 5.845 11.170 7.740 4.860 14.023 2.785 4.248 5.956 0.167 8.180 3.042 3.783 4.110 1.035 5.915 4.756 3.326 1.561 5.550 8.292 4.162 3.905 2.047 9.537 10.470 8.160 10.955 12.071 10.897 8.452 5.154 24.737 25.025 4.246 nan 9.935 14.405 11.833 13.731 4.470 8.124 7.483 7.191 7.221 7.312 3.611 2.031 2.035 3.564 1.723 2.550 1.682 4.407 3.545 3.090 3.783 1.923 4.464 1.522 3.169 3.802 3.029 1.341 1.924 2.004 1.180 4.405 5.292 4.356 2.686 3.190 4.431 9.050 2.267 5.670 2.763 3.087 1.213 5.270 3.046 3.105 2.127 3.702 1.975 2.191 2.391 2.212 4.352 1.785 2.881 1.844 2761 chrX 153188456 153200560 + 0 NA TTS (NM_003491) TTS (NM_003491) -2794 NM_001666 393 Hs.701324 NM_001666 ENSG00000089820 ARHGAP4 C1|RGC1|RhoGAP4|SrGAP4|p115 Rho GTPase activating protein 4 protein-coding 2.530 2.783 2.500 1.726 2.191 5.765 2.965 2.149 0.981 3.284 0.554 0.132 0.188 0.952 1.976 0.908 0.583 2.857 1.549 1.141 0.631 2.226 0.747 1.552 2.895 1.831 0.785 5.816 0.446 1.151 1.560 0.050 1.483 0.432 0.423 1.337 0.422 1.745 1.206 0.594 0.283 1.044 1.790 0.652 1.477 0.850 4.494 6.984 2.609 2.909 5.026 4.607 3.756 1.313 3.944 4.166 1.174 1.667 4.473 4.487 3.145 3.500 1.817 4.135 1.593 1.840 1.608 2.927 1.467 0.679 2.639 1.552 0.407 0.722 3.181 3.761 1.190 0.703 0.708 0.830 2.974 0.534 1.905 2.383 1.408 0.607 0.943 0.231 0.211 1.193 1.701 2.843 0.536 0.918 3.284 0.759 0.539 2.857 0.414 1.225 0.695 5.024 1.807 0.840 0.729 1.123 0.864 0.371 2.830 0.905 2.490 1.229 1.241 0.803 138 chr1 71889470 71896241 + 0 NA intron (NM_173808, intron 6 of 6) intron (NM_173808, intron 6 of 6) 345848 NR_046217 100852410 Hs.535534 NR_046217 ENSG00000229956 ZRANB2-AS2 - ZRANB2 antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan 0.729 0.978 0.455 0.053 0.544 0.283 0.091 0.272 0.065 0.047 0.028 0.109 0.009 1.203 0.571 0.713 0.280 0.111 0.050 0.015 0.075 0.044 0.072 0.109 0.326 0.043 0.095 0.064 0.169 0.127 0.035 0.053 0.055 0.111 0.137 0.070 0.153 0.072 0.100 0.060 0.555 0.515 0.291 0.273 0.852 nan 10.706 4.673 1.008 0.989 1.009 nan 0.389 0.362 0.529 0.188 0.246 0.414 1.116 0.846 0.615 1.052 1.059 0.606 0.196 0.069 0.027 0.183 0.091 0.062 0.022 0.111 0.036 0.081 0.009 0.022 0.068 0.054 0.134 0.021 0.024 0.272 0.053 0.713 0.049 0.014 0.017 0.030 0.030 0.011 0.012 0.082 0.034 0.130 0.109 0.011 0.112 0.026 1107 chr17 2074137 2086956 + 0 NA intron (NM_017575, intron 12 of 18) intron (NM_017575, intron 12 of 18) -55426 NR_110888 101927839 Hs.665648 NR_110888 ENSG00000225084 LOC101927839 - uncharacterized LOC101927839 ncRNA 1.026 0.786 1.083 0.501 0.062 0.654 0.375 0.888 0.024 0.228 1.167 0.068 0.414 0.460 0.024 0.746 0.240 0.690 0.134 0.237 0.667 0.461 0.024 0.114 0.244 0.171 1.106 0.283 0.285 0.092 0.085 0.123 0.241 0.747 0.053 2.228 0.092 0.494 0.219 0.343 0.063 0.719 0.332 0.157 0.158 0.584 0.408 1.045 0.588 0.904 0.585 0.679 1.936 0.564 0.408 0.464 0.343 0.599 2.662 2.961 0.404 0.252 0.154 0.206 0.252 0.357 0.569 1.205 1.198 0.736 0.191 0.923 0.008 6.657 1.442 0.097 0.032 0.298 0.197 0.040 0.100 0.104 0.074 0.172 0.203 0.080 0.090 0.043 0.038 0.832 0.343 0.143 0.025 0.105 0.228 0.256 0.210 0.690 0.038 0.038 0.023 0.114 0.994 0.389 0.023 0.801 1.087 0.054 0.045 0.561 0.931 0.066 0.036 0.012 1208 chr17 43501050 43526698 + 0 NA non-coding (NR_027774, exon 11 of 11) non-coding (NR_027774, exon 11 of 11) -3592 NM_174919 201176 Hs.205326 NM_174919 ENSG00000159314 ARHGAP27 CAMGAP1|PP905|SH3D20|SH3P20 Rho GTPase activating protein 27 protein-coding 1.194 1.170 nan 0.567 2.836 0.776 0.438 0.527 0.578 0.260 0.158 0.100 0.755 1.691 0.578 0.240 0.264 0.511 0.481 0.862 0.415 0.711 0.884 1.229 nan 1.934 1.532 1.618 0.873 0.446 0.567 0.135 0.866 0.836 0.291 1.912 0.049 0.166 1.153 1.723 0.351 2.205 1.714 1.071 1.795 0.524 1.049 1.698 0.660 1.179 0.831 nan 1.111 0.360 1.662 1.781 0.375 0.708 1.243 nan 1.044 0.876 0.737 0.835 0.269 0.308 0.416 0.983 0.497 0.375 0.230 2.017 0.945 0.392 0.117 0.436 0.071 1.748 1.904 0.606 0.383 0.033 0.156 1.506 0.736 0.378 0.590 0.362 0.368 0.956 1.708 1.483 0.610 2.341 0.260 2.892 0.750 0.511 0.753 2.102 0.237 1.731 0.428 1.280 0.758 0.509 0.681 0.171 0.243 0.198 0.804 1.071 0.294 0.256 1874 chr3 11278522 11282720 + 0 NA intron (NM_001098211, intron 1 of 1) L1MB7|LINE|L1 12952 NM_001098211 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 0.798 1.073 0.605 0.306 0.119 0.076 2.108 0.005 0.030 0.287 0.308 2.245 3.713 0.076 0.152 0.117 0.078 0.136 0.130 2.992 4.350 3.930 0.347 0.544 0.223 0.187 0.445 3.333 0.153 0.129 0.067 0.152 2.015 0.546 3.956 1.097 5.237 0.573 2.570 0.039 0.977 0.072 2.399 3.182 1.229 0.186 0.128 0.116 0.301 1.049 0.835 0.859 0.275 0.138 0.195 0.185 0.275 1.220 1.622 0.388 0.153 0.189 0.268 0.255 0.277 0.058 0.162 0.350 0.442 4.001 0.864 2.811 0.088 0.170 0.423 0.253 0.088 0.551 0.045 7.065 6.580 2.781 2.384 0.038 0.057 7.779 0.174 0.560 0.925 0.030 2.405 0.952 0.078 0.200 0.097 0.047 2.429 0.072 9.849 1.663 6.493 10.114 0.108 0.047 0.042 2.546 3.919 5.415 4.685 1803 chr21 36417805 36426316 + 0 NA promoter-TSS (NM_001754) promoter-TSS (NM_001754) -465 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.044 0.826 1.576 0.164 4.042 0.421 0.374 0.684 0.366 0.690 1.992 0.095 1.985 4.234 0.067 0.056 0.038 0.500 0.282 0.928 0.364 3.953 3.302 1.669 5.324 2.132 4.075 0.905 3.335 3.407 0.025 0.069 2.188 2.597 0.214 4.718 1.499 4.023 1.870 3.691 0.683 1.806 0.158 0.903 5.267 1.350 4.206 5.763 1.636 2.819 0.843 0.961 0.633 0.284 2.145 2.475 0.146 0.298 1.335 1.217 0.987 0.915 0.885 0.732 0.092 0.145 0.212 0.449 nan 0.623 3.075 4.811 1.409 2.600 0.059 0.982 0.017 3.016 3.224 0.356 0.842 0.033 0.196 4.772 0.368 0.175 2.823 1.599 1.950 2.101 0.569 3.470 0.676 2.185 0.690 3.701 6.371 0.500 1.383 0.790 1.042 0.139 3.049 2.654 2.507 0.871 2.398 0.232 0.160 2.064 4.200 1.522 0.998 724 chr12 65990048 66009358 + 0 NA intron (NR_120434, intron 2 of 4) MIR|SINE|MIR 36449 NR_120433 100507065 Hs.591038 NR_120431 LOC100507065 - uncharacterized LOC100507065 ncRNA 0.761 0.581 0.652 0.054 1.963 0.199 0.066 1.076 0.623 0.132 0.811 0.072 0.490 0.643 2.462 0.066 0.078 0.043 0.100 0.249 0.224 1.268 3.109 0.600 3.163 1.692 1.794 0.226 1.526 0.039 3.099 0.104 2.905 2.355 0.443 0.611 0.054 0.261 0.815 1.683 0.225 3.267 0.753 0.160 1.209 1.031 0.255 0.106 0.645 2.285 0.405 nan 0.143 0.076 0.126 0.129 0.214 0.379 0.311 0.402 0.430 0.150 0.099 0.179 0.032 0.063 0.513 1.176 0.225 0.393 0.006 2.480 0.040 5.266 0.036 0.046 0.771 0.373 0.169 0.019 0.433 0.005 0.025 2.145 1.044 0.484 0.740 0.062 0.089 4.005 0.118 1.461 0.051 0.681 0.132 0.386 2.706 0.043 0.242 0.626 0.005 0.819 0.021 3.759 1.801 0.489 0.775 0.053 0.025 0.309 1.405 1.979 0.867 0.748 1201 chr17 41605229 41637788 + 0 NA intron (NM_001322219, intron 23 of 23) intron (NM_001322219, intron 23 of 23) 1797 NM_001986 2118 Hs.434059 NM_001986 ENSG00000175832 ETV4 E1A-F|E1AF|PEA3|PEAS3 ETS variant 4 protein-coding 1.375 1.393 nan 0.278 0.523 0.582 0.411 0.776 0.051 0.798 0.848 0.158 0.221 0.556 0.215 0.154 0.178 0.088 0.233 0.690 0.190 0.532 0.569 0.787 nan 1.601 1.008 0.987 0.337 0.266 0.692 0.091 0.973 0.306 0.672 0.228 0.046 0.093 0.968 0.185 0.768 1.926 3.580 0.149 1.094 0.378 1.466 1.620 2.563 1.983 0.384 nan 1.173 0.391 0.789 0.747 0.277 0.630 0.581 nan 0.622 0.271 0.323 0.269 0.404 0.924 0.272 0.378 0.333 0.401 0.034 0.583 0.088 1.341 0.476 0.063 0.442 0.681 0.484 0.430 4.021 0.053 0.022 1.265 0.427 0.230 0.286 0.709 0.626 0.819 3.118 0.430 0.351 0.873 0.798 0.875 0.327 0.088 0.549 0.413 0.072 1.505 0.694 0.641 0.304 0.269 0.274 0.379 0.027 0.076 0.261 0.185 0.467 0.240 519 chr11 62471831 62482339 + 0 NA promoter-TSS (NR_037948) promoter-TSS (NR_037948) 6 NR_037948 26580 Hs.533709 NM_032667 ENSG00000168000 BSCL2 GNG3LG|HMN5|PELD|SPG17 BSCL2, seipin lipid droplet biogenesis associated protein-coding nan 2.516 1.834 3.808 0.885 2.412 1.556 2.049 0.272 3.334 0.654 0.095 0.486 1.248 2.249 1.374 0.765 3.189 0.750 2.119 0.247 0.505 0.190 1.050 3.743 1.784 1.721 7.048 0.376 2.330 1.956 0.171 2.075 0.395 0.300 1.286 0.195 0.577 0.815 0.811 0.156 2.627 2.393 1.343 1.672 0.883 6.402 5.757 3.225 4.542 7.066 6.930 7.287 3.313 1.030 0.982 1.482 1.881 5.122 7.311 2.265 1.896 3.441 4.210 4.257 5.123 2.419 2.682 3.218 1.648 4.549 0.922 0.260 1.530 1.727 3.145 0.765 0.984 0.750 0.568 1.131 0.946 1.902 0.804 0.496 0.281 0.547 0.203 0.128 2.237 1.397 0.824 2.221 0.542 3.334 1.352 0.327 3.189 0.571 0.265 0.984 0.564 2.434 0.785 0.731 1.353 0.434 1.685 2.365 0.324 0.660 1.209 0.235 0.111 1195 chr17 40713093 40721023 + 0 NA exon (NM_001042529, exon 6 of 10) exon (NM_001042529, exon 6 of 10) -2020 NM_198205 6945 Hs.383019 NM_170607 ENSG00000108788 MLX MAD7|MXD7|TCFL4|TF4|bHLHd13 MLX, MAX dimerization protein protein-coding 3.280 3.154 nan 3.400 3.676 4.289 2.019 3.930 0.585 3.248 1.694 0.199 1.851 4.774 8.859 2.091 0.911 2.423 2.301 2.364 0.656 3.980 1.556 3.020 nan 1.953 2.995 5.010 1.457 2.041 1.640 0.083 3.809 2.236 1.796 3.592 0.657 2.052 3.199 3.125 1.200 5.341 4.614 1.815 3.717 1.063 3.203 3.570 3.614 5.992 4.720 nan 5.231 1.822 6.450 6.755 2.272 2.892 4.469 nan 5.561 3.982 1.991 3.381 2.583 3.838 2.623 3.415 2.788 1.286 3.180 3.711 1.315 1.342 1.200 2.265 1.656 2.452 2.561 2.138 3.259 0.638 1.327 4.848 2.467 0.940 2.024 1.326 1.069 3.067 3.942 2.543 4.652 2.631 3.248 4.012 3.194 2.423 2.070 2.013 1.400 5.132 1.778 1.958 1.574 3.586 0.924 0.845 0.736 1.080 1.908 1.303 2.150 1.271 17 chr1 6293412 6310299 + 0 NA Intergenic CpG -2397 NM_001024598 390992 Hs.532677 NM_001024598 ENSG00000173673 HES3 bHLHb43 hes family bHLH transcription factor 3 protein-coding 2.375 nan 1.457 0.202 0.612 1.306 0.719 0.897 0.693 0.984 0.615 0.153 0.168 1.039 0.553 0.632 0.361 0.784 0.840 0.373 0.110 0.814 0.181 0.271 nan 0.665 0.393 4.320 0.294 1.520 1.104 0.101 0.687 0.161 0.350 0.344 0.195 0.415 0.760 0.399 0.098 1.201 0.885 0.366 0.462 0.259 1.140 1.601 1.147 1.522 2.762 2.584 1.917 0.734 1.760 1.712 1.400 nan nan 9.270 nan 1.688 1.299 1.807 0.938 1.206 1.821 2.273 1.036 0.605 2.374 0.706 0.385 0.333 0.374 0.939 0.227 0.431 0.322 0.641 0.519 0.181 0.420 0.646 0.561 0.361 0.232 0.405 0.345 0.513 0.622 1.259 0.416 0.572 0.984 1.039 0.834 0.784 0.211 0.983 0.534 1.825 0.661 0.349 0.348 0.377 0.138 0.775 0.381 0.553 0.397 0.232 0.196 0.127 2451 chr7 57697300 57701845 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 189689 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 0.986 1.231 0.181 0.173 0.549 0.463 0.215 0.096 0.141 0.165 0.324 0.070 0.083 0.136 0.183 0.106 0.361 0.301 0.054 0.279 0.280 0.154 0.372 0.389 0.582 0.098 0.400 0.163 0.271 0.286 0.051 0.180 0.260 0.035 0.119 0.462 0.047 0.053 0.379 0.406 0.276 0.166 0.179 2.489 5.459 8.705 1.851 0.349 0.421 0.208 0.135 0.449 0.565 0.334 0.447 0.104 0.219 0.559 0.172 0.595 0.846 0.036 0.132 0.236 0.280 0.363 0.504 0.036 0.062 0.082 0.152 0.136 0.093 0.045 0.118 0.033 0.139 0.084 0.159 0.263 0.013 0.069 0.237 0.050 0.135 0.419 0.125 0.094 0.069 0.212 0.141 0.124 0.040 0.106 0.054 0.054 0.022 0.025 0.056 0.015 0.018 0.208 0.049 0.179 0.152 0.080 0.034 0.104 0.038 0.022 1327 chr18 45541733 45548085 + 0 NA Intergenic Intergenic -87392 NM_001003652 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 0.721 0.618 0.220 0.057 0.301 0.151 0.252 0.011 0.493 0.024 0.075 2.678 0.122 0.051 0.133 0.168 0.400 0.039 0.033 0.033 0.057 0.140 0.037 0.066 0.621 0.023 0.101 0.018 0.090 0.060 0.019 3.293 0.059 0.024 0.043 0.133 0.034 0.191 0.133 0.558 0.211 0.107 0.371 0.394 0.273 0.401 0.570 0.850 4.327 0.954 0.137 0.151 0.289 0.523 0.277 0.372 0.319 0.138 0.187 0.229 0.895 0.955 0.165 nan 1.339 1.295 0.131 0.055 0.030 0.071 0.063 0.168 0.043 0.044 0.044 0.082 0.782 0.103 0.025 2.637 0.057 0.073 0.024 0.089 0.077 0.062 1.508 0.068 0.421 2.324 0.493 0.012 0.015 0.133 0.522 0.454 0.046 0.687 0.250 0.043 0.119 0.105 0.506 0.032 0.039 0.072 0.015 0.018 2192 chr5 134868635 134883280 + 0 NA Intergenic Intergenic -4318 NM_006161 4762 Hs.248149 NM_006161 ENSG00000181965 NEUROG1 AKA|Math4C|NEUROD3|bHLHa6|ngn1 neurogenin 1 protein-coding 1.617 0.961 nan 0.132 0.044 0.341 0.131 0.079 0.013 0.378 0.055 0.011 0.065 0.029 0.043 0.062 0.606 0.123 0.161 0.017 0.045 0.291 0.168 0.164 0.077 0.746 0.031 0.256 0.081 0.104 0.417 0.040 0.062 0.127 0.023 0.210 0.023 0.248 0.501 0.194 0.071 0.072 0.143 0.371 0.308 0.406 0.558 0.734 0.974 0.788 0.285 0.203 0.297 0.523 0.846 0.156 0.174 3.609 3.132 0.272 0.252 0.248 0.143 3.457 7.025 0.248 0.321 0.129 0.101 0.013 0.151 0.014 1.264 0.009 0.260 0.154 0.042 0.096 0.020 0.302 0.092 0.057 0.027 0.052 0.365 0.368 0.164 0.100 0.073 0.048 0.128 0.378 0.047 0.031 0.606 0.025 0.038 0.153 0.429 0.028 0.019 0.014 0.038 0.038 0.795 0.048 3.897 0.016 0.051 0.037 0.007 1274 chr17 78636352 78682835 + 0 NA intron (NM_001163034, intron 3 of 29) intron (NM_001163034, intron 3 of 29) 119839 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 1.254 1.037 1.721 0.967 0.096 0.518 0.313 0.338 0.024 0.719 0.218 0.135 0.175 0.359 0.135 0.199 0.199 0.619 0.654 0.223 0.045 0.127 0.032 0.218 1.475 0.296 0.212 1.489 0.326 0.185 0.073 0.118 0.384 0.127 0.353 0.148 0.029 0.084 0.347 0.099 0.050 0.248 0.511 0.152 0.100 0.320 0.541 0.793 0.284 0.453 1.171 1.239 1.496 0.342 0.433 0.449 nan 1.327 3.854 4.212 1.240 1.057 0.723 0.909 0.912 1.039 0.481 0.977 nan 0.686 1.773 0.584 0.033 0.336 0.198 1.844 0.045 0.467 0.255 0.095 0.324 0.166 0.152 0.165 0.047 0.037 0.115 0.222 0.232 0.228 0.477 0.160 0.143 0.492 0.719 0.388 0.080 0.619 0.132 0.129 0.323 0.169 2.579 0.062 0.019 0.095 0.091 0.087 0.595 0.208 0.113 0.101 0.274 0.168 2667 chr9 36934716 36941941 + 0 NA intron (NR_104000, intron 6 of 9) intron (NR_104000, intron 6 of 9) -44800 NR_039687 100616456 NR_039687 ENSG00000265368 MIR4476 mir-4476 microRNA 4476 ncRNA 1.172 nan 3.009 0.072 0.089 1.041 0.553 0.042 0.017 0.442 0.112 0.067 0.027 0.088 0.009 1.532 0.811 1.060 0.139 0.191 0.069 0.048 0.088 0.134 0.618 0.096 0.147 0.427 0.061 0.124 0.076 0.120 0.112 0.033 0.041 0.078 0.066 0.047 0.283 0.106 0.043 0.208 0.298 0.086 0.053 0.157 0.192 0.317 0.192 0.324 0.862 1.391 3.135 0.960 0.145 0.189 0.641 1.061 0.282 0.666 0.435 0.278 0.291 0.510 7.710 8.172 0.580 1.972 0.910 0.756 0.046 0.558 0.011 0.102 0.014 0.171 0.038 0.170 0.071 0.124 0.059 3.459 0.177 0.102 0.067 0.054 0.032 0.042 0.051 0.125 0.214 0.126 0.031 0.166 0.442 0.089 0.091 1.060 0.084 0.103 0.034 0.294 0.014 0.071 0.006 0.088 0.200 0.064 0.111 0.512 0.018 0.039 0.032 0.007 110 chr1 53963592 53980879 + 0 NA 3' UTR (NM_147193, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_147193, exon 10 of 10) 47163 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.180 0.680 1.231 0.148 0.046 0.406 0.250 0.062 0.008 2.006 1.239 0.204 0.033 0.104 0.022 0.186 0.142 0.172 0.190 0.099 0.036 0.082 0.019 0.194 nan 0.079 0.258 1.171 0.085 0.065 0.050 0.075 0.140 0.164 0.035 0.752 0.028 0.044 0.198 0.019 0.028 0.152 0.114 0.069 0.056 0.109 0.554 0.840 0.584 0.840 2.621 2.409 0.502 0.221 0.464 0.505 2.353 2.621 1.264 1.783 0.859 0.784 0.624 1.088 0.679 0.492 0.730 nan 0.545 0.546 3.485 0.115 0.011 0.161 0.035 0.735 0.008 0.108 0.084 0.145 0.095 0.221 0.106 0.098 0.042 0.023 0.089 0.054 0.056 0.167 0.071 0.060 0.073 0.182 2.006 0.119 0.166 0.172 0.028 0.095 0.463 0.202 0.135 0.020 0.010 0.055 0.071 0.027 0.442 0.446 0.026 0.043 0.030 0.015 333 chr1 239991560 240003405 + 0 NA intron (NM_001347716, intron 7 of 7) (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 65690 NR_046582 100873984 Hs.199475 NR_046582 ENSG00000234601 CHRM3-AS1 - CHRM3 antisense RNA 1 ncRNA 0.819 1.219 1.482 0.239 0.030 0.572 0.366 0.105 0.021 0.181 0.109 0.123 0.087 0.016 0.160 0.230 0.152 0.204 0.254 0.052 0.087 0.079 0.042 0.101 0.255 0.012 5.661 0.037 0.114 0.292 0.084 0.031 0.080 0.211 0.009 0.041 0.111 0.259 0.070 0.057 0.095 0.375 0.248 0.615 0.599 0.272 0.336 nan 0.205 0.383 0.351 0.341 0.561 nan 0.336 0.251 0.080 0.060 0.167 0.084 0.124 0.156 0.280 nan 0.607 0.009 0.084 0.008 0.069 0.034 0.045 0.024 0.024 0.025 0.012 0.100 0.008 0.007 0.178 0.036 0.020 0.013 1.235 1.556 0.135 0.144 0.065 0.040 0.102 0.181 0.048 0.008 0.152 0.062 0.077 0.024 0.060 0.017 0.011 0.040 0.047 8.312 0.048 0.080 0.020 0.073 0.199 0.343 1995 chr3 181654590 181675977 + 0 NA Intergenic Intergenic -4869 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 1.029 1.609 1.023 0.136 0.127 0.695 0.375 0.081 0.044 0.298 0.113 0.121 0.063 0.134 0.035 0.274 0.220 0.184 0.121 0.185 0.029 0.092 0.019 0.130 0.629 0.083 0.076 0.697 0.123 4.682 2.060 0.127 nan 0.022 0.039 0.120 0.038 0.155 1.695 0.057 1.112 0.764 2.043 0.050 0.126 0.063 0.297 0.178 0.212 0.384 0.413 0.398 4.855 1.273 0.177 0.130 0.547 0.949 0.473 0.392 0.632 0.237 0.133 0.206 0.790 1.234 0.136 0.179 1.085 0.603 0.073 0.100 0.032 0.086 0.098 0.066 0.026 0.032 0.024 0.024 0.073 0.214 0.274 0.125 0.034 0.025 0.072 0.662 1.332 0.126 0.160 0.037 0.056 0.069 0.298 0.179 0.030 0.184 0.085 0.062 0.090 0.033 0.047 0.013 0.010 0.085 0.068 7.439 0.014 0.069 0.039 0.089 0.022 0.005 2356 chr6 126049464 126074767 + 0 NA Intergenic Intergenic -8617 NM_012259 23493 Hs.144287 NM_012259 ENSG00000135547 HEY2 CHF1|GRIDLOCK|GRL|HERP1|HESR2|HRT2|bHLHb32 hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif 2 protein-coding 1.425 1.422 1.265 0.936 0.080 0.342 0.164 0.060 0.022 0.637 1.775 0.152 0.035 0.124 0.042 0.217 0.122 0.360 0.452 0.269 0.037 0.083 0.021 0.065 0.730 0.398 0.089 2.097 0.040 0.224 0.167 0.113 0.256 0.023 0.114 0.132 0.056 0.209 0.332 0.030 0.060 0.304 0.337 0.202 0.271 0.124 0.348 0.197 0.313 0.641 0.681 0.583 3.684 1.285 0.476 0.536 0.523 0.794 0.909 0.948 7.520 8.162 0.100 0.146 6.402 6.842 1.021 1.666 0.773 0.472 0.288 0.050 0.019 0.167 0.475 0.182 1.085 0.052 0.020 0.029 0.045 1.909 0.025 0.182 0.224 0.203 0.030 0.412 0.344 0.166 0.154 0.674 0.108 0.024 0.637 0.175 0.194 0.360 0.140 0.283 0.658 0.487 0.597 0.011 0.008 0.031 0.048 0.050 0.043 1.373 0.075 0.048 0.025 0.016 2210 chr5 150283399 150285608 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172831) promoter-TSS (NM_001172831) 42 NM_001172832 91975 Hs.134885 NM_052860 ENSG00000145908 ZNF300 - zinc finger protein 300 protein-coding 1.157 nan 1.037 3.743 1.335 3.549 1.888 1.231 0.079 2.069 0.144 1.458 3.389 0.029 0.846 0.190 3.520 0.447 0.618 0.224 0.719 1.952 0.090 0.036 1.163 0.555 1.725 0.096 5.353 0.104 6.276 0.106 0.378 2.012 1.628 6.662 1.600 0.288 2.022 3.624 2.411 0.137 1.158 1.142 0.141 0.115 5.765 6.520 12.280 8.083 12.612 13.588 4.833 6.234 15.607 24.283 12.051 11.884 3.232 4.409 5.361 5.951 6.267 4.574 5.152 3.353 2.913 3.073 0.347 2.096 1.720 0.856 0.948 0.033 0.026 0.254 0.473 0.054 3.465 1.546 2.191 0.037 0.056 0.815 1.621 4.391 0.962 0.065 4.358 4.950 3.520 0.185 1.928 1.183 0.798 0.057 2.638 0.302 0.035 0.448 1.728 0.138 1.962 4.245 4.466 2658 chr9 22446065 22458610 + 0 NA 3' UTR (NM_022160, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_022160, exon 2 of 2) 5497 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 1.764 nan nan 0.433 0.686 0.168 0.115 0.006 0.545 0.531 0.749 0.174 0.272 0.794 0.035 0.585 0.313 0.143 0.261 1.540 0.089 0.394 0.118 1.442 0.458 0.330 0.563 0.244 0.659 0.529 0.083 0.644 0.450 0.015 0.269 1.532 0.127 0.368 0.195 0.993 0.343 0.566 0.183 0.098 0.544 1.164 0.689 0.766 1.876 0.504 0.062 0.062 3.431 4.152 0.116 0.145 1.207 1.004 0.164 0.247 3.656 3.468 0.425 0.952 3.694 1.758 0.013 0.572 0.273 0.133 0.016 0.310 0.022 0.208 0.055 0.993 1.071 0.396 0.563 0.206 0.152 0.595 0.556 0.008 0.684 1.109 0.542 0.309 0.531 0.820 0.022 0.143 0.117 0.016 0.302 0.605 0.643 0.148 0.057 0.169 0.268 0.063 0.351 0.480 0.045 646 chr12 8228971 8236862 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -1891 NR_024260 25977 Hs.555927 NM_015509 ENSG00000089818 NECAP1 EIEE21 NECAP endocytosis associated 1 protein-coding 2.791 nan nan 4.520 1.358 2.070 0.849 0.837 0.473 2.120 0.483 0.082 0.543 1.049 1.129 1.403 0.829 2.135 2.103 1.561 0.424 1.782 0.616 0.697 2.534 2.160 1.648 4.135 0.370 1.870 1.552 0.158 1.859 0.543 1.188 2.209 0.239 0.898 1.777 0.896 0.606 2.382 3.366 0.884 2.095 1.091 1.658 1.809 2.923 3.894 nan 5.692 9.122 3.452 6.940 7.413 1.831 2.346 2.134 3.190 4.305 4.008 2.284 4.096 2.951 3.005 2.942 nan 1.870 1.109 1.659 1.010 0.498 0.989 0.582 1.779 0.422 1.090 0.913 0.282 1.056 0.337 1.745 1.471 0.698 0.424 0.612 0.515 0.585 1.452 1.546 2.150 1.176 0.938 2.120 1.522 1.091 2.135 0.494 0.684 5.222 2.519 0.669 0.902 0.632 0.630 0.733 1.070 1.735 0.978 0.327 0.598 0.876 0.619 446 chr11 1843754 1860634 + 0 NA Intergenic Intergenic -3346 NM_001290334 90019 Hs.161031 NM_138567 ENSG00000149043 SYT8 - synaptotagmin 8 protein-coding 0.834 0.836 1.343 0.065 5.950 0.266 0.114 0.728 1.475 0.220 0.105 0.048 1.091 2.239 0.191 0.053 0.088 0.259 0.590 0.769 0.132 2.406 2.783 0.216 10.432 3.091 5.947 1.342 2.763 0.085 0.097 0.058 2.218 1.644 0.186 1.577 0.727 1.314 2.675 2.081 1.077 4.492 0.474 0.123 1.218 1.123 1.364 2.006 0.841 1.275 0.796 0.742 0.525 0.114 0.267 0.247 0.107 0.254 0.073 0.122 0.488 0.658 0.323 0.340 0.463 0.683 0.073 0.084 0.377 0.391 0.670 6.972 1.277 1.624 0.102 0.079 0.033 1.054 0.788 0.119 0.340 0.080 0.024 0.253 0.125 0.142 2.174 0.051 0.050 2.858 0.500 0.076 0.621 0.860 0.220 4.852 2.553 0.259 1.219 2.228 0.091 0.517 0.475 0.482 1.000 0.878 0.192 0.020 0.105 0.007 2.963 0.443 0.126 0.069 2181 chr5 131823541 131837060 + 0 NA Intergenic Intergenic -3835 NM_002198 3659 Hs.436061 NM_002198 ENSG00000125347 IRF1 IRF-1|MAR interferon regulatory factor 1 protein-coding 1.563 2.417 nan 1.028 2.635 1.773 0.795 4.110 2.298 0.350 3.160 0.283 1.438 3.387 4.410 0.712 0.275 1.472 0.686 1.613 1.032 2.316 1.760 4.139 5.116 2.359 2.703 3.348 1.776 1.526 2.747 0.090 1.632 1.334 1.783 2.827 0.728 2.230 0.826 4.118 0.732 2.718 1.410 4.694 2.154 1.480 0.893 1.809 2.587 4.886 1.650 1.480 2.649 0.786 3.809 3.687 0.882 1.432 2.584 5.504 1.000 0.891 0.779 1.093 1.458 1.313 0.467 0.785 1.124 0.655 1.268 2.899 1.766 3.407 1.107 1.986 0.083 2.971 2.943 1.531 2.237 0.289 0.339 4.915 3.018 1.353 2.550 0.647 0.519 4.799 4.309 3.501 2.231 2.999 0.350 3.009 3.191 1.472 1.631 1.969 0.163 3.397 1.498 2.971 1.619 1.749 1.854 1.074 1.033 0.200 2.277 0.957 3.012 1.903 2229 chr5 173958834 173964129 + 0 NA Intergenic LTR16C|LTR|ERVL -190094 NM_002449 4488 Hs.89404 NM_002449 ENSG00000120149 MSX2 CRS2|FPP|HOX8|MSH|PFM|PFM1 msh homeobox 2 protein-coding 0.851 0.756 0.761 0.046 1.810 0.541 0.333 1.242 0.093 1.949 0.112 0.090 0.145 0.161 0.322 0.059 0.062 0.113 0.079 0.585 2.211 2.079 7.947 1.939 0.764 0.255 1.954 0.237 0.323 0.081 0.146 3.905 2.454 1.093 0.914 0.758 1.132 1.512 1.890 1.149 1.664 4.229 1.208 2.574 0.634 0.308 0.253 5.552 14.059 0.414 0.368 0.239 0.056 0.043 0.063 0.479 nan 1.736 2.307 0.262 0.038 0.211 0.430 3.975 5.455 0.451 0.817 0.136 0.186 0.053 3.917 1.572 4.322 0.028 0.472 0.026 3.737 3.522 0.027 14.857 1.160 0.029 0.052 0.670 0.515 1.190 0.678 0.798 2.004 1.917 0.443 1.109 2.096 1.949 0.040 0.261 0.113 2.575 0.982 0.075 0.872 0.076 2.072 2.393 2.258 0.083 0.282 0.077 0.141 3.103 1.578 1.301 1.469 1220 chr17 46701486 46704994 + 0 NA exon (NM_024017, exon 1 of 2) exon (NM_024017, exon 1 of 2) 595 NM_024017 3219 Hs.463350 NM_024017 ENSG00000170689 HOXB9 HOX-2.5|HOX2|HOX2E homeobox B9 protein-coding 0.504 4.663 nan 4.382 5.301 1.351 0.914 0.941 0.088 0.040 0.117 0.093 0.272 1.089 0.018 3.288 1.299 1.158 0.325 0.886 1.165 1.431 0.423 1.476 9.730 5.608 0.445 4.349 3.390 2.745 0.112 1.526 0.769 3.145 2.508 0.179 0.376 1.061 1.916 4.317 3.499 0.577 1.032 2.398 0.360 0.413 0.393 0.543 4.717 nan 2.635 0.495 0.996 1.032 0.226 0.263 6.302 7.893 0.351 0.362 0.314 0.212 3.341 2.559 0.179 0.250 4.071 2.218 0.524 0.360 0.026 3.206 2.454 2.129 6.538 0.983 0.659 4.569 0.908 0.189 0.067 3.259 1.373 0.910 0.196 6.398 5.340 4.941 6.564 6.878 1.055 0.076 0.040 0.426 0.633 1.158 0.528 0.284 4.825 3.177 0.329 0.345 0.068 1.206 3.749 0.028 0.069 0.043 0.080 7.236 5.213 1582 chr2 96808491 96815144 + 0 NA promoter-TSS (NM_004418) promoter-TSS (NM_004418) -638 NM_004418 1844 Hs.1183 NM_004418 ENSG00000158050 DUSP2 PAC-1|PAC1 dual specificity phosphatase 2 protein-coding 1.954 0.741 3.030 0.882 1.228 0.871 0.240 0.700 0.018 0.388 1.385 0.267 0.171 0.406 0.095 1.553 0.603 1.157 0.713 0.767 0.465 0.918 0.144 0.190 2.406 0.602 0.254 1.071 0.197 0.237 0.229 0.060 0.300 0.231 0.821 0.264 1.124 1.633 1.321 0.408 0.376 1.860 1.711 1.424 1.247 0.188 4.711 5.523 1.578 2.818 1.219 1.166 3.453 1.170 3.718 3.445 1.501 2.115 2.064 3.136 2.509 3.478 1.455 2.592 1.486 1.202 0.475 0.682 2.256 1.289 6.132 0.739 0.042 3.792 0.074 0.308 0.499 0.208 0.055 1.081 2.561 0.287 0.118 0.290 0.858 0.323 0.206 1.362 1.002 0.165 0.477 1.155 0.607 1.403 0.388 0.686 0.997 1.157 0.718 0.247 1.395 11.999 1.554 0.010 0.145 0.797 0.503 0.018 0.889 1.228 0.344 0.043 0.035 0.015 1599 chr2 121493078 121499997 + 0 NA Intergenic Intergenic -58330 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 3.199 nan nan 0.104 1.534 0.175 0.167 2.281 0.871 2.982 1.634 0.257 0.027 0.046 0.120 0.067 0.154 0.081 0.200 0.231 0.680 0.720 0.090 0.326 0.554 0.245 0.083 3.095 0.022 0.487 0.653 0.055 3.535 0.563 4.089 0.498 0.245 0.427 1.551 0.079 1.102 3.777 4.760 1.354 0.209 0.445 0.579 0.666 2.566 3.757 1.208 1.112 0.154 0.122 1.135 1.059 1.165 1.619 1.970 2.007 1.462 1.393 0.413 0.641 0.195 0.094 0.601 1.723 0.380 0.394 2.319 0.184 0.131 0.015 0.151 0.185 2.486 3.391 1.702 0.812 0.055 0.506 0.165 0.165 0.180 0.132 1.089 0.659 1.821 4.766 0.174 0.150 0.212 2.982 0.061 0.094 0.081 0.190 0.226 0.768 1.860 0.030 1.255 0.024 0.160 1.023 0.184 0.088 0.164 0.791 6.655 5.533 2306 chr6 43137297 43143460 + 0 NA intron (NM_001292001, intron 1 of 6) intron (NM_001292001, intron 1 of 6) 250 NM_001292001 6722 Hs.520140 NM_003131 ENSG00000112658 SRF MCM1 serum response factor protein-coding 4.604 1.980 2.266 3.750 3.582 2.133 1.246 3.166 0.667 4.654 3.448 0.260 0.739 3.857 2.228 1.277 0.892 5.858 1.873 1.809 0.960 2.086 0.839 1.953 2.928 2.405 3.463 4.542 0.804 1.666 2.891 0.101 3.662 0.752 1.024 4.194 2.135 5.011 1.161 1.557 1.478 3.480 4.054 2.199 2.026 1.058 3.568 4.700 6.148 8.948 4.537 4.159 7.836 2.383 15.888 16.236 3.119 4.523 6.474 nan 3.304 3.522 1.725 4.877 3.070 2.493 3.446 5.779 2.420 1.149 0.957 3.015 0.526 1.869 1.311 3.213 1.878 2.380 2.402 1.446 1.151 1.157 1.848 3.720 3.297 1.551 1.283 1.256 0.567 5.083 1.942 4.755 1.812 1.450 4.654 10.848 3.330 5.858 0.636 1.301 1.966 6.075 2.394 1.397 0.797 2.429 0.919 0.555 1.083 1.627 1.315 1.531 1.598 1.018 1149 chr17 27272526 27281249 + 0 NA intron (NM_020889, intron 2 of 8) CpG 1621 NM_001033561 57649 Hs.444173 NM_020889 ENSG00000109118 PHF12 PF1 PHD finger protein 12 protein-coding nan nan nan 2.198 3.741 6.059 3.140 4.895 1.419 3.105 2.578 0.293 1.892 5.098 2.285 1.309 0.739 4.295 2.565 2.845 1.079 3.962 1.752 5.068 9.758 8.377 5.593 10.730 1.830 5.440 5.888 0.218 5.058 2.971 1.552 4.557 1.681 8.572 3.874 2.450 1.618 5.567 5.745 2.348 3.488 2.174 5.420 5.094 5.244 7.437 5.714 5.290 4.932 2.206 7.265 7.647 3.429 4.195 6.626 10.039 9.857 8.436 4.483 6.678 2.447 3.235 3.823 5.332 2.118 1.023 4.806 3.604 1.970 1.580 1.819 4.527 3.536 3.911 5.050 2.509 3.488 0.799 2.950 10.410 6.070 3.408 1.277 2.279 1.981 4.746 6.159 3.044 2.782 3.039 3.105 3.943 2.823 4.295 2.019 2.779 1.907 6.716 2.014 2.674 0.905 2.776 1.532 3.037 3.630 2.745 2.518 1.608 3.033 2.317 2652 chr9 14298110 14331639 + 0 NA promoter-TSS (NM_005596) promoter-TSS (NM_005596) -829 NM_001190737 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 5.901 4.464 1.526 1.973 1.076 1.256 0.933 2.518 2.117 0.234 0.248 1.049 1.819 3.687 2.383 3.727 1.931 2.291 0.646 1.475 0.170 0.421 3.054 1.737 3.815 14.785 0.581 0.517 1.943 0.092 2.063 0.298 0.070 0.044 0.577 2.680 0.744 1.637 0.604 1.521 2.590 0.949 1.176 0.823 0.750 0.672 3.838 6.703 5.985 4.854 5.147 1.999 1.291 1.337 40.415 42.092 3.055 4.316 0.840 0.840 0.718 1.423 5.639 4.232 3.465 3.817 5.041 2.623 6.944 1.357 0.852 1.642 0.497 0.900 1.245 0.499 0.545 0.060 3.031 1.247 0.931 0.965 1.228 0.502 0.874 0.672 0.513 0.870 2.331 1.456 2.060 1.168 2.518 1.405 3.824 3.727 0.584 0.759 0.396 1.134 1.384 1.084 0.324 0.887 1.035 0.212 0.260 0.755 1.068 0.351 0.926 0.552 2337 chr6 99248275 99252655 + 0 NA Intergenic Intergenic -32115 NM_005604 5454 Hs.182505 NM_005604 ENSG00000184486 POU3F2 BRN2|N-Oct3|OCT7|OTF-7|OTF7|POUF3|brn-2|oct-7 POU class 3 homeobox 2 protein-coding nan 0.798 nan 0.111 0.033 0.163 0.147 0.064 0.029 0.291 0.104 0.042 0.024 0.015 0.070 0.151 0.110 0.215 0.171 0.092 0.102 0.128 0.018 0.048 0.354 1.940 0.025 0.134 0.217 0.082 0.121 0.064 0.143 0.025 0.044 0.043 0.141 0.066 0.048 0.417 0.392 0.148 0.303 0.400 0.330 nan 0.089 0.334 0.152 0.230 nan 0.253 0.270 nan 0.156 0.090 0.166 0.067 0.098 0.183 0.273 0.435 0.521 0.012 0.016 0.127 0.068 0.124 0.031 0.017 0.049 0.053 0.063 0.014 0.017 1.955 4.347 0.023 0.056 0.032 0.016 0.291 0.065 0.041 0.110 0.043 0.124 0.010 0.036 0.076 2.271 0.067 0.028 0.043 0.012 2603 chr8 128655923 128659434 + 0 NA Intergenic Intergenic 88535 NR_117102 100270680 Hs.333720 NR_117101 ENSG00000249375 CASC11 CARLo-7|LINC00990|TCONS_00014535 cancer susceptibility candidate 11 (non-protein coding) ncRNA 22.474 11.806 20.608 0.459 0.190 1.114 0.374 0.090 0.036 0.145 0.215 0.045 0.060 0.072 0.179 0.166 0.102 0.977 12.799 0.035 0.137 0.037 0.308 0.321 0.099 nan 0.487 0.125 0.093 1.956 0.033 0.359 0.224 0.069 0.100 0.255 0.203 0.321 0.296 0.858 0.140 0.270 0.190 0.447 0.550 0.840 1.593 0.834 0.799 2.804 0.665 nan nan 43.817 45.785 5.708 6.518 95.099 80.157 0.491 1.080 2.879 2.683 52.647 68.564 0.869 0.585 0.063 0.080 0.026 12.279 0.029 0.397 0.078 0.062 0.064 0.030 1.226 0.873 0.204 0.052 0.045 0.171 0.154 0.245 0.171 0.742 0.122 0.156 1.174 0.145 0.142 0.210 0.102 0.034 0.214 7.950 0.113 0.224 2.067 0.063 0.041 0.553 85.790 0.021 0.027 0.035 0.014 2283 chr6 33264982 33268690 + 0 NA TTS (NM_172209).2 TTS (NM_172209).2 329 NM_004761 5863 Hs.509622 NM_004761 ENSG00000237441 RGL2 HKE1.5|KE1.5|RAB2L ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 2 protein-coding 5.909 4.256 nan 5.943 5.855 5.777 2.463 7.024 3.501 4.221 4.404 0.491 2.449 7.017 5.361 2.408 1.212 6.865 2.432 3.830 1.436 2.617 1.990 4.767 11.935 8.769 8.710 14.229 3.210 1.919 5.608 0.157 5.151 1.902 2.846 4.728 1.533 6.805 5.066 1.954 2.180 5.477 11.493 2.977 6.039 1.991 4.997 8.049 5.298 nan nan 6.596 7.114 2.824 13.718 13.967 3.243 4.302 10.398 14.190 7.987 7.458 2.767 5.791 4.711 5.355 4.573 8.142 2.840 1.170 3.161 5.257 2.975 2.178 3.562 3.332 5.950 2.987 3.835 1.630 2.658 1.126 3.131 9.938 9.325 3.453 2.143 1.669 1.179 8.933 4.039 10.138 4.274 5.256 4.221 8.917 5.444 6.865 2.252 4.598 1.279 10.074 3.479 3.145 3.261 3.276 2.762 1.311 2.692 2.833 3.302 3.702 2.839 1.456 2243 chr6 5199314 5219987 + 0 NA intron (NM_001164840, intron 2 of 2) intron (NM_001164840, intron 2 of 2) 51533 NM_001164840 57128 Hs.387755 NM_020408 ENSG00000214113 LYRM4 C6orf149|CGI-203|COXPD19|ISD11 LYR motif containing 4 protein-coding 1.446 0.969 1.205 0.719 0.056 0.337 0.224 0.252 0.037 0.262 0.646 0.122 0.009 0.151 0.064 0.282 0.206 0.516 0.178 0.182 0.042 0.043 0.031 0.148 0.360 0.160 0.136 0.518 0.043 0.155 0.079 0.101 0.171 0.023 0.066 0.077 0.045 0.109 0.598 0.063 0.078 0.067 1.348 0.112 0.116 0.071 0.462 0.545 1.687 1.045 0.597 0.530 0.758 0.241 0.394 0.411 0.825 1.219 0.831 0.882 1.347 1.234 0.325 0.602 0.183 0.265 1.940 4.968 0.744 0.634 0.059 0.107 0.005 0.117 0.033 0.265 0.058 0.110 0.045 0.057 0.181 0.018 0.092 0.161 0.044 0.038 0.037 0.027 0.035 0.226 0.102 0.150 0.050 0.119 0.262 0.118 0.106 0.516 0.021 0.036 0.128 0.056 0.055 0.033 0.006 0.115 0.141 0.144 0.153 1.273 0.033 0.105 0.008 0.007 2407 chr7 12745025 12781423 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 36313 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.496 nan 0.390 0.406 0.501 0.221 0.459 0.639 0.593 0.640 0.150 0.288 0.523 0.045 0.215 0.233 0.788 0.345 0.651 0.194 0.498 0.334 0.353 4.144 1.623 0.785 0.769 0.818 1.607 1.753 0.182 0.339 0.681 0.281 2.354 0.154 0.260 0.460 0.431 0.086 1.094 1.308 0.640 0.241 0.333 nan 0.439 0.280 0.406 0.528 0.667 1.162 0.332 0.613 0.601 0.393 0.636 1.102 1.181 0.425 0.207 0.149 0.253 0.286 0.514 0.382 1.030 0.553 0.450 0.035 0.717 0.132 1.625 0.066 0.063 4.376 1.381 0.749 0.056 1.380 0.063 0.213 0.468 0.071 0.052 0.150 0.713 1.463 1.009 1.064 0.366 0.071 0.499 0.593 0.419 0.699 0.788 0.570 0.169 0.069 0.079 0.307 0.584 0.584 0.797 0.533 1.343 0.060 0.176 0.405 0.340 0.024 0.009 2695 chr9 123629771 123669382 + 0 NA intron (NM_001286840, intron 1 of 14) AluSx|SINE|Alu 7598 NM_001286840 26147 Hs.460124 NM_015651 ENSG00000119403 PHF19 MTF2L1|PCL3|TDRD19B PHD finger protein 19 protein-coding nan nan 1.420 1.974 0.575 1.367 0.684 0.731 0.058 0.997 0.409 0.163 0.872 1.447 0.569 0.903 0.416 1.542 0.426 0.645 0.184 1.906 0.361 0.804 3.065 1.136 0.889 nan 1.235 0.441 0.672 0.093 0.956 0.478 0.584 0.810 0.369 1.179 0.761 0.480 0.234 0.897 1.751 0.507 0.530 0.525 0.711 0.870 0.887 1.158 3.699 3.319 1.031 0.491 1.439 1.487 0.723 nan 4.601 3.871 1.837 1.790 0.405 0.706 1.630 1.862 0.919 2.264 nan 0.837 3.621 1.426 0.195 0.704 0.527 1.649 0.379 0.932 0.972 0.758 0.895 0.519 0.341 1.709 1.106 0.391 0.740 0.524 0.347 1.179 1.425 2.357 0.545 0.760 0.997 1.678 1.908 1.542 0.262 0.223 0.313 1.414 0.998 1.384 0.621 1.030 0.416 0.264 0.263 0.797 0.679 0.331 1.550 1.095 1087 chr16 80061030 80082692 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 242715 NR_104661 101928248 Hs.659802 NR_104660 ENSG00000260876 LINC01229 - long intergenic non-protein coding RNA 1229 ncRNA nan 1.707 0.546 0.339 0.201 0.461 0.237 0.279 0.011 0.171 0.037 0.122 0.018 0.076 0.822 0.029 0.054 0.078 0.160 0.307 0.040 0.300 0.304 0.534 1.202 0.283 0.570 1.401 0.483 0.122 0.010 0.088 0.280 0.190 0.080 0.111 0.022 0.060 0.878 0.070 0.758 0.392 1.360 0.129 0.961 0.091 0.259 0.176 0.190 0.492 0.334 0.334 0.098 0.056 0.278 0.342 0.074 0.144 0.778 1.362 0.389 0.182 0.088 0.111 0.052 0.058 0.060 0.134 0.220 0.267 3.550 0.128 0.106 0.184 0.136 1.012 0.006 0.400 0.177 0.010 0.544 0.022 0.153 0.081 0.403 0.217 0.226 0.054 0.096 0.115 0.409 0.039 0.044 0.865 0.171 0.042 0.086 0.078 0.241 0.149 0.150 0.207 0.013 0.194 0.048 0.150 0.103 0.028 0.023 0.331 0.184 0.052 0.024 1288 chr17 80476470 80495443 + 0 NA intron (NM_004514, intron 1 of 8) AluJr|SINE|Alu 8362 NM_004514 3607 Hs.591140 NM_004514 ENSG00000141568 FOXK2 ILF|ILF-1|ILF1 forkhead box K2 protein-coding 1.754 1.711 1.481 1.201 0.890 1.392 0.666 1.571 1.393 1.427 1.149 0.444 0.628 2.393 0.364 1.022 0.594 1.458 0.682 0.852 0.398 1.118 0.283 1.812 nan 2.114 1.400 2.332 0.812 1.107 1.139 0.150 2.875 0.680 0.489 2.016 0.201 0.933 1.750 0.642 0.844 2.187 2.486 1.876 0.645 0.489 1.842 nan 1.416 2.350 nan 2.097 1.688 0.735 2.166 2.034 1.544 2.159 2.112 4.001 0.773 0.798 1.133 2.344 1.195 1.297 1.670 1.703 1.210 0.873 0.417 1.943 0.786 0.567 0.378 0.963 0.520 0.980 0.844 0.787 1.154 0.211 0.572 1.173 0.643 0.361 0.567 0.751 0.603 0.808 1.604 1.870 0.553 1.289 1.427 3.717 2.157 1.458 0.439 0.502 0.235 1.318 0.872 0.579 0.217 0.950 0.540 0.464 0.636 0.488 0.452 0.624 0.230 0.131 810 chr13 100504522 100530705 + 0 NA intron (NM_206808, intron 5 of 8) intron (NM_206808, intron 5 of 8) 91806 NR_120421 101927437 Hs.619936 NR_120421 LOC101927437 - uncharacterized LOC101927437 ncRNA 1.958 5.332 4.557 0.947 0.039 0.315 0.208 0.089 0.010 10.913 0.175 0.092 0.065 0.179 0.010 1.495 0.974 0.399 0.158 0.251 0.009 0.036 0.008 0.049 0.215 0.105 0.067 1.054 0.052 0.135 0.058 0.128 0.129 0.027 0.041 0.081 0.030 0.131 0.135 0.025 0.009 0.119 0.071 0.064 0.081 0.088 0.686 0.466 0.197 0.141 1.150 1.232 2.543 0.866 0.195 0.153 2.888 nan 1.066 1.327 0.923 0.813 0.228 0.506 3.390 4.656 0.458 nan 1.765 0.917 0.115 0.036 0.032 0.019 0.203 0.011 0.029 0.013 0.014 0.084 1.039 0.169 0.126 0.030 0.036 0.027 0.050 0.106 0.137 0.040 0.040 0.045 0.033 10.913 0.122 0.025 0.399 0.009 0.041 0.767 0.033 0.977 0.013 0.010 0.052 0.034 0.065 0.129 0.165 0.009 0.054 0.024 0.010 1238 chr17 60220600 60249254 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -92284 NM_005121 9969 Hs.282678 NM_005121 ENSG00000108510 MED13 ARC250|DRIP250|HSPC221|THRAP1|TRAP240 mediator complex subunit 13 protein-coding 0.856 nan 0.734 0.155 0.098 0.404 0.221 0.184 0.013 0.147 0.118 0.140 0.073 0.167 0.044 0.077 0.209 0.125 1.192 0.316 0.090 0.107 0.137 1.007 0.655 0.170 0.104 0.495 0.019 4.920 0.049 0.124 0.337 0.016 0.286 0.261 0.017 0.050 0.310 0.066 0.168 0.275 1.506 0.255 0.994 0.095 0.471 0.244 0.225 0.283 0.314 0.332 0.169 0.097 0.429 0.512 0.178 nan 0.670 0.665 0.686 0.370 0.197 0.317 0.175 0.174 0.378 0.753 0.663 0.546 0.081 0.221 0.020 0.424 0.031 0.074 0.023 0.303 0.202 0.108 2.599 0.033 0.164 0.113 0.059 0.055 0.070 0.711 1.100 0.457 2.195 0.109 0.099 0.196 0.147 0.123 0.029 0.125 0.473 0.078 0.053 0.232 0.060 0.057 0.037 0.080 0.250 4.621 0.069 0.164 0.068 0.302 0.348 0.325 33 chr1 8561838 8587151 + 0 NA intron (NM_012102, intron 8 of 23) intron (NM_012102, intron 8 of 23) -19521 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.451 nan 1.333 0.390 0.201 0.463 0.240 0.316 0.381 0.374 0.670 0.154 0.067 0.289 0.126 0.447 0.229 0.213 0.333 0.255 0.054 0.205 0.121 0.112 nan 0.314 0.221 0.619 0.087 1.046 0.252 0.120 0.445 0.084 0.087 0.073 0.025 0.111 0.445 0.121 0.041 0.285 0.383 0.212 0.274 0.193 0.390 0.576 0.502 1.012 1.167 1.302 0.779 0.363 0.861 0.833 1.349 nan nan 3.236 nan 1.938 0.496 0.662 0.176 0.186 2.262 5.825 1.040 0.681 0.124 0.219 0.072 0.266 0.076 0.440 0.068 0.182 0.118 0.113 0.106 0.048 0.193 0.084 0.054 0.049 0.168 0.139 0.144 0.222 0.177 0.242 0.065 0.156 0.374 0.355 0.173 0.213 0.062 0.257 0.075 0.149 0.105 0.072 0.021 0.116 0.110 0.549 0.217 1.303 0.120 0.158 0.039 0.018 1587 chr2 102076678 102093823 + 0 NA intron (NM_001145664, intron 1 of 11) intron (NM_001145664, intron 1 of 11) 5915 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.829 nan 0.567 0.034 0.214 0.225 0.112 1.387 0.003 0.187 1.684 0.256 0.233 0.238 0.047 0.037 0.092 0.079 0.386 0.180 0.144 0.099 0.068 0.138 0.431 0.140 0.111 1.166 0.068 0.175 0.107 0.085 0.301 2.058 0.092 0.936 0.147 0.523 0.314 0.240 0.128 0.393 0.513 0.078 0.129 0.335 0.257 0.234 0.210 0.351 0.942 1.104 0.137 0.085 0.464 0.509 0.164 0.306 0.492 0.664 0.544 0.387 0.331 0.346 0.047 0.041 0.245 0.330 0.165 0.255 0.048 1.776 0.022 2.518 0.035 0.052 0.016 0.314 0.113 0.185 0.323 0.017 0.230 0.333 0.169 0.096 0.059 0.183 0.156 9.705 0.182 0.245 0.088 0.240 0.187 0.075 0.054 0.079 0.021 0.158 0.090 0.588 0.030 0.649 0.015 0.086 0.331 0.074 0.058 0.075 2.507 0.061 0.947 0.822 1559 chr2 60075533 60080515 + 0 NA Intergenic LTR13|LTR|ERVK 532147 NR_132991 106660609 Hs.565545 NR_132991 ENSG00000223929 MIR4432HG - MIR4432 host gene ncRNA 0.559 0.469 nan 0.162 0.043 0.227 0.155 0.078 0.013 0.180 0.000 0.066 0.085 0.050 0.137 0.133 0.048 0.100 0.043 0.095 0.168 0.072 0.049 0.040 0.188 0.084 0.079 0.175 0.045 0.018 0.017 0.056 0.224 0.045 0.057 0.187 0.029 0.019 0.020 1.063 1.611 9.579 2.605 0.330 0.420 nan 0.096 0.171 0.230 0.192 0.316 0.305 0.232 0.303 0.177 0.284 0.252 0.109 0.040 0.172 0.280 0.693 0.539 0.043 0.014 0.019 0.075 0.039 0.144 0.014 0.006 0.088 0.018 0.058 0.100 0.024 0.062 0.132 0.098 0.014 0.047 0.027 0.180 0.058 0.019 0.048 0.054 0.099 0.057 0.059 0.040 0.027 0.008 0.016 0.022 0.023 0.021 0.026 0.016 0.019 0.035 0.020 7 chr1 2395645 2415617 + 0 NA intron (NM_001303012, intron 1 of 21) intron (NM_001303012, intron 1 of 21) -2123 NM_001303013 9651 Hs.170156 NM_014638 ENSG00000149527 PLCH2 PLC-L4|PLC-eta2|PLCL4|PLCeta2 phospholipase C eta 2 protein-coding 2.257 nan 2.531 0.207 0.065 0.319 0.178 0.090 0.009 0.364 0.065 0.032 0.019 0.053 0.032 0.117 0.108 0.054 1.289 0.085 0.006 0.061 0.016 0.100 nan 0.181 0.062 1.686 0.022 0.075 0.070 0.065 0.125 0.012 0.042 0.051 0.016 0.018 0.219 0.017 0.025 0.785 0.083 0.052 0.029 0.034 0.750 1.646 0.097 0.159 0.541 0.582 0.598 0.152 0.275 0.260 1.047 nan nan 0.545 nan 3.283 0.651 0.604 0.259 0.283 1.640 4.407 0.802 0.565 5.443 0.057 0.019 0.039 0.030 0.090 0.028 0.021 0.029 0.063 0.041 0.047 0.376 0.091 0.033 0.020 0.023 0.028 0.030 0.085 0.069 0.089 0.004 0.054 0.364 0.115 0.047 0.054 0.012 0.050 0.674 0.202 0.148 0.014 0.036 0.059 0.034 0.034 0.159 1.148 0.030 0.052 0.012 0.005 1793 chr21 30627099 30636022 + 0 NA intron (NR_027072, intron 1 of 1) intron (NR_027072, intron 1 of 1) -39556 NM_001186 571 Hs.154276 NM_001186 ENSG00000156273 BACH1 BACH-1|BTBD24 BTB domain and CNC homolog 1 protein-coding 0.996 0.821 4.273 1.079 0.169 0.569 0.271 0.848 0.097 0.073 0.243 0.036 0.361 0.498 0.361 0.473 0.287 0.272 0.667 0.108 0.250 0.451 0.684 0.143 1.172 0.306 0.393 0.687 0.459 0.084 0.072 0.101 4.369 0.172 0.230 1.102 0.336 0.975 0.710 1.616 0.308 1.326 0.214 0.211 0.577 0.059 0.346 0.379 0.222 0.460 2.104 2.144 0.186 0.101 0.199 0.294 1.276 2.032 0.324 0.261 1.180 0.544 0.143 0.258 1.605 2.312 0.514 1.326 nan 2.449 0.037 1.184 1.236 0.647 0.011 0.090 1.100 0.748 0.189 0.525 0.026 1.705 0.595 0.323 0.325 0.035 0.067 1.730 0.307 0.120 0.151 3.203 0.073 0.161 0.082 0.272 0.534 0.593 0.120 0.043 0.092 1.690 0.023 0.293 0.382 0.021 0.055 0.207 0.571 0.276 0.006 0.006 227 chr1 159784133 159801556 + 0 NA Intergenic Intergenic -3635 NM_001330741 56833 Hs.438683 NM_020125 ENSG00000158714 SLAMF8 BLAME|CD353|SBBI42 SLAM family member 8 protein-coding nan nan 3.492 0.344 0.070 7.360 3.809 0.134 0.039 0.360 0.102 0.055 0.196 0.223 0.054 0.817 0.326 1.783 0.424 0.203 0.036 0.086 0.049 0.056 0.729 0.216 0.197 0.457 0.353 0.358 0.013 0.101 0.177 0.075 0.052 0.077 0.083 0.102 0.284 0.208 0.014 0.238 0.439 0.092 0.066 0.125 0.433 0.514 0.475 0.490 2.058 nan 2.402 0.748 0.101 0.152 0.393 0.654 2.851 2.947 0.686 0.632 0.584 0.503 2.711 2.861 0.461 0.761 1.166 0.721 0.415 0.215 0.006 0.191 0.416 1.688 0.032 0.419 0.093 0.063 0.106 0.773 2.762 0.287 0.041 0.054 0.053 0.131 0.284 0.166 0.131 0.066 0.041 0.351 0.360 0.131 0.112 1.783 0.210 0.048 0.186 0.283 0.580 0.039 0.008 0.242 0.057 0.303 0.120 0.185 0.253 0.071 0.023 0.012 1701 chr20 630325 649838 + 0 NA Intergenic LTR67B|LTR|ERVL -6067 NM_080725 140809 Hs.516830 NM_080725 ENSG00000271303 SRXN1 C20orf139|Npn3|SRX|SRX1 sulfiredoxin 1 protein-coding 0.992 1.708 0.812 0.239 0.464 0.338 0.153 1.527 0.207 0.367 0.313 0.098 0.233 0.514 1.149 0.346 0.229 0.104 0.668 1.017 0.114 0.206 0.179 0.268 1.374 0.660 0.423 0.625 0.150 0.674 0.584 0.069 0.788 0.223 0.662 0.886 0.316 0.612 1.809 0.420 1.353 1.674 3.555 0.476 1.066 0.315 1.695 2.020 0.731 1.152 0.322 0.370 1.059 0.262 1.776 1.627 0.815 1.134 0.832 0.950 1.394 1.240 0.746 1.261 0.137 0.224 0.962 1.250 0.133 0.222 0.099 0.379 0.231 1.169 0.155 0.183 0.839 1.545 1.672 0.746 4.456 0.029 0.097 1.123 1.215 0.427 0.264 0.494 0.436 0.994 5.174 1.086 0.397 1.291 0.367 0.654 0.777 0.104 1.049 1.476 0.328 1.129 0.541 0.577 0.235 0.633 0.142 0.312 0.264 0.216 0.215 0.178 0.611 0.370 1860 chr22 43187218 43197041 + 0 NA TTS (NM_014570) TTS (NM_014570) 61279 NM_001142293 26286 Hs.685225 NM_014570 ENSG00000242247 ARFGAP3 ARFGAP1 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 3 protein-coding 1.154 nan 0.976 0.836 0.155 0.420 0.192 0.182 0.012 0.679 0.191 0.180 0.059 0.193 0.051 0.188 0.135 0.305 1.171 0.156 0.025 0.129 0.021 0.125 1.436 0.211 0.150 0.361 0.075 0.314 0.103 0.104 0.154 0.012 0.055 0.111 0.032 0.050 0.244 0.049 0.284 0.335 0.079 0.213 0.030 0.726 0.802 0.244 0.420 0.671 0.682 1.442 0.631 0.311 0.197 0.639 nan 2.976 2.788 nan 1.386 0.287 0.208 0.679 0.782 0.460 0.820 1.245 0.546 0.088 0.124 0.020 0.141 0.697 0.196 0.050 0.032 0.067 0.129 0.137 0.173 0.113 0.043 0.015 0.054 0.063 0.136 0.164 0.174 0.060 0.055 0.217 0.679 0.170 0.094 0.305 0.126 2.705 0.090 2.622 0.048 0.026 0.120 0.002 0.136 0.061 0.189 0.047 0.038 0.018 0.010 2443 chr7 50644616 50669885 + 0 NA TTS (NM_005311) TTS (NM_005311) -24096 NM_001082971 1644 Hs.359698 NM_000790 ENSG00000132437 DDC AADC dopa decarboxylase protein-coding nan 1.445 1.696 0.198 0.185 0.561 0.287 0.089 0.042 1.029 0.095 0.147 0.046 0.113 0.027 0.347 0.336 0.644 0.218 0.159 0.034 0.118 0.042 0.149 0.203 0.112 0.160 1.519 0.116 0.110 0.060 0.136 0.113 0.005 0.051 0.139 0.086 0.071 0.203 0.022 0.051 0.210 0.251 0.122 0.207 0.128 0.473 0.261 0.939 2.641 0.768 0.945 4.917 1.334 0.093 0.112 0.639 0.950 1.639 1.542 1.135 1.078 0.129 0.278 0.908 0.866 1.043 2.456 2.375 1.305 0.404 0.174 0.310 0.088 0.246 0.764 0.022 0.071 0.037 0.058 0.045 0.218 0.565 0.120 0.048 0.009 0.043 0.077 0.077 0.198 0.126 0.031 0.031 0.111 1.029 0.070 0.051 0.644 0.053 0.141 0.240 0.067 0.384 0.024 0.042 0.282 0.035 0.054 0.043 0.639 0.051 0.067 0.055 0.016 1937 chr3 122281631 122284436 + 0 NA promoter-TSS (NM_138287) promoter-TSS (NM_138287) 114 NM_001146102 83666 Hs.518200 NM_031458 ENSG00000138496 PARP9 ARTD9|BAL|BAL1|MGC:7868 poly(ADP-ribose) polymerase family member 9 protein-coding 4.007 nan 1.516 3.299 3.636 7.656 3.762 2.166 0.847 1.169 10.495 1.056 2.144 3.329 2.206 4.552 1.350 3.120 0.428 1.826 1.412 6.721 2.858 8.655 11.947 7.786 7.691 5.259 2.943 1.510 2.014 0.199 6.977 1.608 1.294 5.313 1.294 7.620 1.163 5.436 0.636 6.776 6.613 4.027 1.515 3.855 8.806 6.615 8.637 10.263 5.376 6.036 8.065 2.010 10.993 11.344 0.245 nan 4.541 11.240 5.740 4.823 6.900 8.092 0.572 0.665 0.310 0.496 3.723 2.457 2.986 5.606 3.267 3.325 0.738 3.059 0.397 3.525 4.939 2.464 2.698 0.069 0.481 3.828 4.151 1.834 6.289 1.660 1.248 1.739 4.323 4.137 1.675 4.130 1.169 3.181 6.944 3.120 1.828 1.708 0.863 4.036 2.158 4.350 2.837 3.732 2.581 2.010 2.772 0.043 3.168 3.155 1.841 0.889 2013 chr3 189712147 189743671 + 0 NA intron (NM_001134418, intron 1 of 14) intron (NM_001134418, intron 1 of 14) -110844 NR_126419 101929152 NR_126419 ENSG00000225764 P3H2-AS1 LEPREL1-AS1 P3H2 antisense RNA 1 ncRNA 1.044 0.967 0.620 0.120 0.518 0.289 0.137 0.235 0.309 0.122 0.605 0.168 0.464 0.862 3.009 0.079 0.127 0.031 0.113 0.322 0.373 0.948 0.581 0.370 0.524 0.230 0.205 0.380 0.844 0.153 0.081 0.083 nan 0.352 0.194 0.998 0.887 2.961 0.600 0.756 0.184 0.975 0.525 0.238 0.450 0.225 0.300 0.155 0.344 0.647 0.260 0.294 0.313 0.157 0.264 0.265 0.193 0.317 0.280 0.342 0.969 0.546 0.154 0.161 0.066 0.107 0.257 0.477 0.231 0.334 0.020 1.801 0.322 0.993 0.032 0.064 0.005 1.683 0.780 0.133 3.431 0.012 0.033 0.627 0.356 0.267 0.169 0.033 0.050 1.938 0.475 0.239 0.519 0.473 0.122 0.452 0.977 0.031 0.147 0.082 0.078 0.223 0.029 1.551 0.630 1.182 0.995 0.055 0.035 0.104 0.753 1.228 0.152 0.082 255 chr1 170652391 170682162 + 0 NA intron (NM_006902, intron 1 of 4) intron (NM_006902, intron 1 of 4) 33963 NM_022716 5396 Hs.283416 NM_006902 ENSG00000116132 PRRX1 AGOTC|PHOX1|PMX1|PRX-1|PRX1 paired related homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.121 0.308 0.156 0.092 0.180 0.019 0.361 3.504 0.317 0.216 0.346 0.031 0.102 0.118 0.036 0.250 0.261 0.012 0.262 0.021 0.117 0.285 0.105 0.138 0.290 0.687 0.164 0.051 0.103 0.202 0.312 0.049 0.323 0.156 0.169 0.193 0.555 0.005 0.242 0.157 0.094 0.094 0.183 0.302 0.184 0.435 0.630 nan 0.535 0.126 0.074 0.072 0.060 2.468 2.876 0.325 0.287 0.449 0.255 0.249 0.400 0.057 0.082 0.479 nan 0.167 0.355 0.037 0.439 0.061 2.375 0.017 0.252 0.205 0.682 0.244 0.007 0.083 0.019 0.024 0.155 0.061 0.052 0.044 0.031 0.147 0.493 0.038 0.229 0.024 0.049 0.361 0.141 0.522 0.036 0.045 0.033 0.013 0.082 0.041 0.178 0.121 0.323 0.075 0.122 0.086 0.224 0.191 0.080 0.033 0.014 264 chr1 180235767 180272281 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -10208 NR_037642 100527964 Hs.496545 NR_037642 ENSG00000230124 LHX4-AS1 - LHX4 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.413 0.174 0.115 0.324 0.168 0.142 0.022 0.267 0.273 0.127 0.062 0.168 0.050 0.159 0.183 0.320 0.152 0.263 0.061 0.078 0.046 0.076 0.279 0.121 0.095 0.379 0.044 0.158 0.122 0.123 0.243 0.016 0.073 0.100 0.022 0.060 0.292 0.080 0.058 0.187 0.246 0.078 0.135 0.145 0.577 0.534 0.598 0.706 0.541 nan 0.335 0.180 nan 0.492 0.834 1.094 0.484 0.472 0.747 0.473 0.582 0.702 0.128 0.148 1.129 nan 0.797 0.606 0.052 0.111 0.029 0.167 0.038 0.258 0.059 0.121 0.044 0.057 0.447 0.015 0.141 0.088 0.022 0.015 0.061 0.045 0.065 0.104 0.448 0.045 0.072 0.380 0.267 0.084 0.086 0.320 0.237 0.081 0.072 0.044 0.056 0.037 0.008 0.067 0.070 0.098 0.114 1.199 0.012 0.084 0.028 0.012 806 chr13 98888661 98895727 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 31416 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.434 1.153 0.850 1.106 0.027 1.191 0.635 0.055 0.524 0.063 0.184 0.080 0.270 0.009 0.464 0.175 1.253 0.193 0.198 0.035 0.029 0.030 0.081 0.704 0.180 0.119 0.847 0.021 0.106 0.046 0.075 0.056 0.016 0.032 0.066 0.016 0.088 0.256 0.016 0.023 0.119 0.084 0.070 0.122 0.058 0.969 1.257 0.219 0.389 2.761 2.404 7.565 2.274 0.124 0.164 0.266 0.330 6.146 5.765 0.570 0.375 1.154 1.894 1.963 1.865 0.566 0.533 0.435 0.342 7.662 0.090 0.013 0.027 0.014 5.108 0.058 0.079 0.040 0.010 0.023 0.539 0.977 0.281 0.034 0.011 0.032 0.032 0.052 0.154 0.035 0.102 0.022 0.065 0.524 0.222 0.013 1.253 0.052 0.059 0.262 0.050 0.101 0.048 0.018 0.031 0.114 1.248 0.164 0.021 0.040 0.028 0.029 2230 chr5 174142160 174179854 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 9432 NM_002449 4488 Hs.89404 NM_002449 ENSG00000120149 MSX2 CRS2|FPP|HOX8|MSH|PFM|PFM1 msh homeobox 2 protein-coding 0.573 0.474 0.521 0.040 0.121 0.246 0.123 0.174 0.046 0.495 0.065 0.060 0.010 0.031 0.053 0.021 0.042 0.041 0.097 0.141 0.013 0.156 0.053 0.696 0.168 0.188 0.099 1.510 0.012 0.230 0.081 0.100 1.248 0.065 1.180 0.195 0.087 0.135 0.490 0.104 0.184 0.300 1.207 0.264 0.184 0.224 0.146 0.067 3.942 nan 0.671 0.707 0.060 0.037 0.046 0.040 0.165 nan 0.333 0.480 0.243 0.087 0.167 0.299 1.138 1.390 0.151 0.292 0.083 0.143 0.028 0.117 0.379 0.238 0.018 0.185 0.018 0.595 0.371 0.024 0.854 0.270 0.010 0.071 0.183 0.139 0.063 2.199 2.043 0.190 0.313 0.117 0.055 0.460 0.495 0.047 0.014 0.041 0.358 0.296 0.005 0.295 0.030 0.016 0.041 0.092 0.021 0.141 0.034 0.066 0.202 0.038 0.200 0.168 1885 chr3 21429636 21436819 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -13991 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.555 0.500 0.502 0.258 1.833 0.111 0.067 0.084 0.036 0.603 0.159 0.060 0.009 0.066 0.109 0.013 0.130 0.087 0.191 0.462 0.073 1.130 0.021 0.101 0.049 0.115 0.050 0.016 0.083 0.111 0.017 0.049 0.103 0.045 1.083 0.129 0.011 0.145 0.071 0.087 0.041 0.073 0.181 0.113 4.314 12.082 0.186 0.121 0.071 0.008 0.094 0.073 0.297 0.336 0.376 0.302 nan 0.130 0.034 0.202 0.064 0.022 0.087 0.180 0.051 0.111 0.008 0.040 0.013 0.064 0.684 0.087 0.020 0.020 0.030 0.026 0.038 0.017 0.022 0.011 0.041 0.011 0.030 0.154 0.018 0.036 0.070 0.013 0.013 0.017 0.023 0.016 0.169 0.006 0.032 0.232 0.063 0.014 0.032 0.065 0.016 0.014 182 chr1 151680877 151694405 + 0 NA intron (NM_001172649, intron 1 of 11) intron (NM_001172649, intron 1 of 11) 1151 NM_001172648 11189 Hs.26047 NM_007185 ENSG00000159409 CELF3 BRUNOL1|CAGH4|ERDA4|ETR-1|TNRC4 CUGBP, Elav-like family member 3 protein-coding nan nan 1.499 0.485 0.117 0.642 0.383 0.150 0.005 4.075 0.213 0.107 0.028 0.124 0.042 0.716 0.416 1.155 1.157 0.174 0.018 0.071 0.068 0.121 5.844 0.936 0.101 4.421 0.097 0.048 0.101 0.123 0.129 0.044 0.061 0.070 0.046 0.102 0.219 0.072 0.047 0.278 0.216 0.194 0.078 0.104 1.007 1.441 0.196 0.309 4.046 nan 2.334 1.114 0.338 0.400 1.384 2.149 2.756 4.403 3.051 2.862 1.497 2.054 1.091 0.821 4.338 9.366 1.601 1.380 1.026 0.199 0.028 0.129 2.852 1.940 0.021 0.182 0.091 0.081 0.131 0.148 0.244 0.151 0.094 0.046 0.107 0.181 0.125 0.145 0.313 0.063 0.163 0.705 4.075 0.144 0.074 1.155 0.118 0.318 0.900 0.214 1.352 0.010 0.006 0.075 0.041 0.076 1.850 3.850 0.029 0.056 0.021 0.019 1817 chr21 45174090 45210993 + 0 NA Intergenic Intergenic 3715 NM_000100 1476 Hs.695 NM_000100 ENSG00000160213 CSTB CPI-B|CST6|EPM1|EPM1A|PME|STFB|ULD cystatin B protein-coding nan 1.060 2.475 0.636 0.824 0.697 0.363 1.156 0.285 1.003 0.568 0.192 1.153 2.257 0.966 0.168 0.147 0.883 0.942 0.907 0.265 0.744 1.069 0.749 2.761 1.348 1.398 1.859 0.582 0.391 0.518 0.074 1.255 0.459 0.995 1.590 0.443 1.281 1.310 2.170 0.556 2.016 2.076 2.997 3.334 0.457 0.967 1.106 1.488 1.813 1.296 1.146 nan 0.370 1.222 1.187 0.808 nan 1.446 1.904 1.298 1.194 0.635 0.916 0.996 1.180 0.896 1.275 1.102 0.872 0.411 3.171 0.714 0.608 0.167 0.534 0.624 1.570 1.576 0.653 1.990 0.195 0.340 1.342 0.614 0.349 0.673 0.713 0.560 1.983 1.255 0.941 0.324 1.138 1.003 2.130 1.131 0.883 1.148 0.653 0.236 0.841 0.619 0.656 0.175 0.781 0.318 0.193 0.181 0.284 0.311 1.284 0.292 0.169 2707 chr9 128639084 128683624 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 150876 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.003 1.430 0.062 1.421 0.702 0.144 0.039 0.388 0.371 0.102 0.064 0.191 0.021 1.049 0.766 0.693 1.459 0.161 0.050 0.084 0.014 0.114 0.624 0.243 0.114 nan 0.048 0.079 0.149 0.084 0.394 0.045 0.073 0.075 0.039 0.166 0.284 0.039 0.036 0.099 0.089 0.100 0.128 0.082 0.311 0.240 0.361 0.465 0.862 1.064 2.100 0.897 0.342 0.331 0.933 nan 1.692 2.354 2.581 1.862 0.164 0.230 2.362 3.012 1.241 2.101 nan 0.769 0.281 0.072 0.023 0.187 0.358 0.431 0.047 0.070 0.031 0.060 0.080 0.396 0.263 0.087 0.036 0.026 0.021 0.021 0.032 0.106 0.088 0.346 0.021 0.088 0.388 0.174 0.100 0.693 0.042 0.090 0.188 0.018 1.563 0.029 0.013 0.191 0.103 0.021 0.047 0.693 0.024 0.047 0.034 0.023 556 chr11 72336448 72393481 + 0 NA intron (NM_002599, intron 1 of 30) MIR3|SINE|MIR -11460 NM_001143839 5138 Hs.503163 NM_002599 ENSG00000186642 PDE2A CGS-PDE|PDE2A1|PED2A4|cGSPDE phosphodiesterase 2A protein-coding nan 0.572 0.663 0.255 0.122 0.513 0.250 0.179 0.020 0.479 0.080 0.053 0.038 0.115 0.047 0.127 0.069 0.141 0.727 0.128 0.176 0.129 0.104 0.135 nan 0.200 0.097 0.679 0.121 0.114 0.089 0.077 0.326 0.083 0.153 0.297 0.130 0.207 0.251 0.071 0.054 0.179 0.157 0.137 0.162 0.113 2.829 5.250 0.344 0.325 1.064 1.059 0.873 0.331 1.379 1.505 0.966 1.533 1.085 1.178 1.250 1.299 1.105 1.320 0.508 0.652 0.518 1.244 0.464 0.439 1.459 0.252 0.014 0.118 0.062 1.106 0.032 0.113 0.077 0.068 0.073 0.100 0.541 0.499 0.157 0.108 0.069 0.064 0.051 0.217 0.174 0.109 0.142 0.177 0.479 0.112 0.148 0.141 0.075 0.063 0.481 0.593 0.183 0.109 0.043 0.120 0.160 0.028 0.439 0.269 0.038 0.107 0.152 0.298 717 chr12 58221153 58247586 + 0 NA intron (NM_005730, intron 1 of 7) intron (NM_005730, intron 1 of 7) 6378 NM_005730 10106 Hs.524530 NM_005730 ENSG00000175215 CTDSP2 OS4|PSR2|SCP2 CTD small phosphatase 2 protein-coding nan 1.572 1.691 1.810 1.167 1.194 0.627 1.005 0.722 1.010 1.186 0.214 0.193 0.836 1.237 1.287 0.595 2.543 0.662 0.671 0.623 1.074 0.364 0.612 3.414 2.540 2.352 2.479 0.487 1.234 1.399 0.077 1.558 0.712 0.668 1.106 0.095 0.451 0.855 0.642 0.624 2.403 1.742 0.825 0.840 0.709 nan 2.623 1.417 2.005 2.827 nan 2.429 0.773 2.999 2.969 1.211 nan 3.276 nan 1.848 1.676 1.160 1.769 0.627 0.707 1.438 2.058 2.495 1.225 0.904 0.658 0.448 1.874 0.782 2.641 1.595 1.012 0.899 1.083 0.811 0.155 0.818 1.421 1.496 0.713 0.549 0.991 0.748 1.371 1.617 3.198 0.652 0.878 1.010 1.145 7.829 2.543 0.375 0.625 0.416 2.659 0.611 0.949 0.194 0.771 0.995 1.158 0.857 0.820 0.559 0.266 0.621 0.341 815 chr13 107857497 107871572 + 0 NA intron (NM_001080396, intron 1 of 2) intron (NM_001080396, intron 1 of 2) 319062 NR_031671 100302286 NR_031671 ENSG00000221650 MIR1267 MIRN1267|hsa-mir-1267 microRNA 1267 ncRNA 0.740 3.170 0.708 2.079 0.020 5.060 2.884 0.083 0.013 1.209 0.059 0.113 0.067 0.162 0.009 1.881 0.877 4.472 0.101 0.257 0.018 0.029 0.030 0.175 0.618 0.109 0.038 5.260 0.042 0.061 0.078 0.149 0.027 0.112 0.028 0.093 0.093 0.023 0.017 0.100 0.123 0.040 0.095 0.104 0.841 0.764 2.452 1.190 3.112 3.508 0.473 0.170 0.092 0.078 0.356 nan 4.099 5.533 0.459 0.179 0.137 0.199 2.263 1.917 0.204 nan 1.167 0.637 0.844 0.046 0.007 0.020 0.489 5.706 0.020 0.049 0.025 0.062 3.463 0.161 0.129 0.198 0.030 0.028 0.041 0.005 0.004 0.186 0.069 0.030 2.597 0.038 1.209 0.086 0.007 4.472 0.026 0.065 0.007 0.033 3.329 0.019 0.003 0.011 0.056 0.053 0.036 0.354 0.042 0.047 0.012 0.004 671 chr12 27424599 27446342 + 0 NA intron (NM_015000, intron 1 of 13) L1M5|LINE|L1 38392 NM_015000 23012 Hs.184523 NM_015000 ENSG00000211455 STK38L NDR2 serine/threonine kinase 38 like protein-coding nan nan nan 0.528 0.169 0.342 0.259 0.251 0.049 0.218 1.036 0.141 0.087 0.312 0.055 0.209 0.207 0.276 0.140 0.331 0.168 0.138 0.063 0.291 0.275 0.118 0.142 0.458 0.107 0.738 0.076 0.131 0.400 0.452 0.123 0.942 0.025 0.067 0.275 0.025 0.088 0.233 0.306 0.112 0.270 0.202 0.194 0.131 0.385 0.800 0.645 0.880 1.365 0.443 0.629 0.751 0.577 0.707 1.018 1.117 0.581 0.275 0.175 0.342 0.283 0.256 0.398 0.911 0.405 0.437 0.226 0.119 0.018 2.518 0.133 0.159 0.045 0.058 0.016 0.041 0.324 0.070 0.120 0.038 0.019 0.025 0.074 0.146 0.288 0.198 0.311 0.229 0.039 0.088 0.218 0.218 0.148 0.276 0.068 0.091 0.080 0.093 0.338 0.237 0.037 0.123 0.401 1.410 0.072 0.091 0.190 0.052 0.024 0.016 1511 chr2 2641645 2671458 + 0 NA Intergenic Intergenic -321466 NM_015025 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.460 0.612 1.149 0.470 0.037 0.833 0.448 0.047 0.002 0.437 0.035 0.059 0.019 0.032 0.027 0.590 0.256 2.266 0.672 0.112 0.004 0.046 0.007 0.331 0.213 0.312 0.072 2.747 0.039 0.147 0.040 0.066 0.113 0.004 0.046 0.028 0.011 0.033 0.269 0.022 0.029 0.082 0.111 0.096 0.052 0.063 0.433 0.689 0.247 0.231 2.490 2.609 1.339 0.432 0.358 0.366 0.427 0.785 2.909 2.628 1.598 1.680 0.287 0.349 0.284 0.197 0.152 0.225 1.329 0.864 2.477 0.281 0.003 0.050 0.023 1.298 0.019 0.005 0.010 0.007 0.071 0.039 0.059 0.155 0.173 0.108 0.041 0.047 0.057 0.112 0.104 0.026 1.357 0.700 0.437 0.043 0.071 2.266 0.070 0.055 0.572 0.027 2.363 0.016 0.610 0.013 0.033 0.047 0.047 0.025 0.133 0.172 0.056 0.076 2249 chr6 7040817 7068312 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -53266 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.404 1.179 1.556 0.789 0.680 0.591 0.273 0.771 0.070 0.373 0.125 0.112 0.892 1.695 0.090 0.286 0.177 2.189 0.318 0.910 0.095 1.306 0.884 0.191 6.847 2.642 2.384 0.729 1.090 0.296 0.114 0.123 0.954 0.413 0.321 0.437 0.316 0.395 0.554 1.643 0.264 0.710 2.623 0.171 1.322 0.449 0.540 0.614 0.354 0.690 0.606 0.619 1.924 0.506 1.155 1.244 0.230 0.445 2.395 2.333 0.916 0.810 0.233 0.398 0.387 0.363 0.839 1.780 0.821 0.672 0.152 2.057 0.434 0.438 0.328 0.153 0.045 1.994 1.781 0.066 0.458 0.059 0.883 0.308 0.173 0.187 0.711 0.088 0.119 0.822 0.471 0.448 0.523 2.374 0.373 2.136 2.305 2.189 1.400 0.597 0.301 0.296 0.465 0.444 0.879 0.647 0.122 0.104 0.104 0.497 0.564 1.078 0.057 0.052 167 chr1 145523402 145563259 + 0 NA 3' UTR (NM_001303040, exon 27 of 27) 3' UTR (NM_001303040, exon 27 of 27) -5879 NM_001280799 148741 Hs.710624 NM_144698 ENSG00000198483 ANKRD35 - ankyrin repeat domain 35 protein-coding 1.286 nan 1.575 1.257 0.352 0.681 0.357 0.432 0.375 2.374 0.410 0.173 0.333 0.512 0.579 1.236 0.680 2.334 0.346 0.893 0.211 0.145 0.363 0.304 7.567 1.592 1.759 5.733 0.756 0.317 0.110 0.106 0.293 1.239 0.191 0.468 0.229 0.424 0.440 0.367 0.109 0.674 0.400 0.230 0.662 0.502 0.554 0.657 0.681 0.831 2.969 3.398 3.012 0.995 0.410 0.458 0.737 1.171 2.066 1.904 0.421 0.219 0.688 0.793 2.156 2.117 0.346 0.610 1.652 0.871 0.787 1.402 0.082 1.079 0.392 2.463 0.100 0.594 0.325 0.154 0.414 0.862 0.671 0.560 0.453 0.223 0.436 0.301 0.344 1.583 0.706 0.850 0.480 2.493 2.374 0.551 1.273 2.334 0.857 0.494 0.076 0.600 0.390 0.411 0.408 0.591 0.335 0.207 0.188 0.100 0.560 0.381 0.549 0.493 2423 chr7 19134467 19157736 + 0 NA Intergenic CpG 11194 NM_000474 7291 Hs.66744 NM_000474 ENSG00000122691 TWIST1 ACS3|BPES2|BPES3|CRS|CRS1|CSO|SCS|TWIST|bHLHa38 twist family bHLH transcription factor 1 protein-coding nan 0.862 nan 0.241 0.365 0.178 0.108 1.182 0.040 0.599 5.129 0.451 0.090 0.245 0.220 0.290 0.309 0.080 0.520 0.201 0.357 0.117 0.018 0.816 0.441 0.214 0.098 1.786 0.156 0.363 1.816 0.159 0.391 0.369 0.046 0.648 0.309 1.782 0.336 0.019 0.180 0.517 0.235 0.280 0.190 0.089 nan 0.202 3.627 3.923 0.941 0.957 1.145 0.330 2.205 2.308 0.963 1.412 0.370 0.395 1.000 0.897 0.076 0.102 3.056 2.264 0.144 0.372 0.738 0.666 0.019 0.085 0.152 0.362 0.030 0.181 2.623 0.169 0.052 0.248 0.073 0.688 0.030 1.022 0.010 0.010 0.049 0.531 0.439 0.872 0.425 0.644 0.034 0.026 0.599 0.233 0.083 0.080 0.026 0.078 0.048 1.147 0.381 0.041 0.118 0.047 0.510 0.243 0.017 0.079 0.049 0.041 0.007 0.015 692 chr12 52396574 52488868 + 0 NA intron (NM_001202234, intron 2 of 7) intron (NM_001202234, intron 2 of 7) -2465 NM_173157 3164 Hs.524430 NM_002135 ENSG00000123358 NR4A1 GFRP1|HMR|N10|NAK-1|NGFIB|NP10|NUR77|TR3 nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 protein-coding nan 1.204 0.906 0.654 0.307 1.307 0.763 0.330 0.167 0.652 0.329 0.093 0.091 0.290 0.617 0.895 0.533 1.101 0.604 0.358 0.099 0.264 0.144 0.310 1.429 0.632 0.433 1.628 0.151 1.804 0.425 0.068 0.470 0.136 0.251 0.204 0.120 0.247 0.486 0.212 0.200 0.635 0.810 0.300 0.249 0.199 nan 3.534 1.439 1.821 2.442 nan 2.589 1.187 1.387 1.456 0.645 nan 1.878 nan 1.138 0.945 1.321 1.993 1.094 1.195 0.669 0.876 2.522 1.392 0.715 0.287 0.111 0.249 0.570 1.656 0.233 0.302 0.208 0.557 0.597 0.194 0.703 0.308 0.316 0.226 0.136 0.492 0.441 0.495 1.443 0.886 0.642 0.658 0.652 0.811 0.251 1.101 0.206 0.962 0.513 1.679 1.368 0.140 0.102 0.263 0.187 1.246 0.738 0.185 0.133 0.120 0.247 0.153 1605 chr2 122257414 122290818 + 0 NA intron (NM_001142274, intron 6 of 37) L2c|LINE|L2 -14340 NR_023343 100151683 Hs.689638 NR_023343 ENSG00000264229 RNU4ATAC MOPD1|RFMN|RNU4ATAC1|TALS|U4ATAC RNA, U4atac small nuclear (U12-dependent splicing) snRNA 1.410 nan nan 0.658 0.919 0.790 0.398 0.683 0.230 0.483 0.522 0.193 0.218 0.602 0.530 0.264 0.199 0.611 0.188 0.555 0.267 0.568 0.210 0.527 0.799 0.497 0.459 1.345 0.380 0.557 0.666 0.118 1.682 0.282 0.360 0.454 0.163 0.990 1.171 0.290 0.896 1.531 3.351 0.401 1.101 0.575 1.245 1.522 1.228 1.625 0.804 0.930 1.616 1.089 2.563 2.627 0.983 1.324 1.302 1.883 1.127 0.934 0.878 1.097 0.375 0.430 1.353 2.076 0.576 0.511 0.402 0.420 0.271 0.334 0.179 0.191 0.531 0.407 0.458 0.443 0.549 0.064 0.383 1.087 0.597 0.289 0.276 0.197 0.160 0.736 0.679 0.855 0.262 0.384 0.483 0.729 0.682 0.611 0.272 0.235 0.113 0.677 0.308 0.217 0.288 0.440 0.503 0.331 0.255 0.321 0.318 0.417 0.498 0.318 663 chr12 16680258 16693400 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 71484 NM_001243611 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.755 1.486 1.029 2.091 0.106 0.327 0.243 0.078 0.010 0.401 0.057 0.061 0.071 0.096 0.009 1.308 1.086 1.173 0.386 0.494 0.113 0.040 0.041 0.426 0.103 0.495 3.653 0.100 0.163 0.066 0.087 0.164 0.018 0.063 0.144 0.006 0.024 0.262 0.108 0.074 0.179 0.163 0.049 0.177 0.159 0.334 0.494 1.563 1.381 nan 1.877 9.785 3.242 0.315 0.379 0.246 0.332 3.448 3.800 0.394 0.247 0.212 0.419 0.950 0.648 0.421 0.591 1.431 0.726 4.322 0.173 0.014 0.227 0.069 0.146 0.043 0.184 0.022 0.088 0.260 0.319 0.085 0.009 0.006 0.104 0.107 0.213 0.211 0.072 0.084 0.018 0.140 0.401 0.076 0.097 1.173 0.119 0.077 0.044 0.075 0.054 0.096 0.016 0.049 0.034 0.341 0.105 0.074 0.018 0.080 0.031 0.017 2431 chr7 27128802 27229721 + 0 NA promoter-TSS (NR_038832) promoter-TSS (NR_038832) -722 NR_038832 100133311 Hs.610216 NR_038831 ENSG00000254369 HOXA-AS3 HOXA6as HOXA cluster antisense RNA 3 ncRNA 4.793 1.917 1.324 0.456 0.786 1.360 0.695 0.090 1.042 0.551 0.288 0.083 0.705 1.533 1.809 1.026 0.585 2.091 0.887 1.093 1.398 0.788 0.164 2.418 1.841 1.092 0.548 1.228 0.196 0.999 1.868 0.145 2.123 0.320 0.484 0.952 0.076 0.170 0.865 0.147 0.556 1.961 0.777 0.733 1.546 0.977 6.026 8.962 6.002 nan 4.306 3.646 1.667 0.548 1.449 1.486 2.188 3.086 3.702 4.252 1.658 1.732 2.965 6.158 2.509 1.927 0.327 nan 1.667 0.955 1.292 1.378 0.562 1.410 0.230 1.579 7.823 1.058 0.895 0.605 2.481 0.965 0.709 2.419 0.602 0.266 1.052 2.172 1.797 1.488 1.708 1.421 0.445 0.498 0.551 1.216 1.293 2.091 0.892 0.969 0.438 1.295 0.109 0.078 0.438 0.305 2.503 0.966 2.385 0.224 0.215 0.859 3.220 3.350 1907 chr3 57111367 57118942 + 0 NA Intergenic Intergenic -1818 NM_001128615 50650 Hs.476402 NM_019555 ENSG00000163947 ARHGEF3 GEF3|STA3|XPLN Rho guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.053 0.952 nan 0.374 1.177 0.258 0.169 0.990 0.124 0.386 0.428 0.106 1.190 2.358 0.116 0.021 0.100 0.253 0.374 0.762 0.343 6.191 5.363 0.562 1.858 0.979 0.678 1.869 0.620 0.496 0.557 0.064 1.454 0.325 0.454 0.829 0.631 1.330 1.090 1.944 0.330 1.507 1.520 3.291 0.586 0.443 0.555 1.165 1.952 0.574 0.550 1.906 0.416 1.089 1.026 0.560 0.827 0.859 1.605 nan 0.848 0.827 1.588 0.172 0.086 0.116 0.257 0.610 0.401 0.866 4.235 0.951 0.989 0.014 0.998 0.146 1.430 1.097 0.507 0.365 0.025 0.272 0.572 0.957 0.526 2.220 0.460 0.354 0.342 1.182 1.367 0.553 1.443 0.386 3.833 0.466 0.253 0.964 0.501 0.077 1.581 0.140 0.107 0.179 1.193 0.162 0.138 0.975 0.098 0.291 3.250 0.487 0.282 854 chr14 37331702 37353033 + 0 NA intron (NM_030631, intron 2 of 9) intron (NM_030631, intron 2 of 9) 79229 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.091 0.789 0.647 0.276 0.155 0.275 0.210 0.054 0.079 0.161 0.157 0.113 0.044 0.185 0.027 0.117 0.147 0.157 0.113 1.361 0.006 0.118 0.075 0.085 12.195 1.597 0.167 0.474 0.746 0.040 0.076 0.125 0.661 0.016 0.041 0.126 0.087 0.223 0.075 0.064 0.716 0.230 0.065 0.077 0.200 0.304 0.430 0.299 0.262 0.389 0.530 0.760 0.179 0.316 0.257 0.265 0.470 1.008 0.833 0.571 0.217 0.213 0.372 0.234 0.252 0.154 0.144 0.621 0.461 0.263 0.150 0.036 0.082 0.105 0.134 0.013 0.078 0.027 0.024 0.064 0.062 0.066 0.073 0.028 0.029 0.119 0.044 0.069 0.112 0.111 0.030 0.048 0.165 0.161 0.100 0.044 0.157 0.276 0.085 0.036 0.049 0.171 0.013 0.026 0.056 0.026 0.016 0.311 0.140 0.018 0.062 0.016 0.009 1945 chr3 127307596 127320289 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -3258 NM_004526 4171 Hs.477481 NM_004526 ENSG00000073111 MCM2 BM28|CCNL1|CDCL1|D3S3194|DFNA70|MITOTIN|cdc19 minichromosome maintenance complex component 2 protein-coding 4.831 nan 2.748 2.573 3.352 3.857 2.111 1.960 0.792 2.633 3.255 0.499 0.677 2.360 2.388 3.059 1.355 2.870 1.389 1.373 0.690 3.567 1.048 1.305 3.619 1.627 1.625 3.642 0.760 2.176 1.389 0.062 3.316 0.671 0.686 3.115 0.508 1.241 1.157 1.644 0.380 3.163 3.553 2.252 1.193 1.083 3.447 3.268 3.183 5.232 5.660 5.273 9.856 4.826 6.044 6.171 3.527 nan 3.530 5.544 8.004 8.806 5.523 7.412 1.816 2.347 4.952 5.734 2.715 1.501 3.396 2.354 0.700 1.101 0.614 3.035 0.811 1.962 2.082 1.547 2.244 0.384 1.647 6.084 2.982 1.493 1.036 1.658 1.347 2.108 1.745 2.789 2.079 2.470 2.633 3.368 2.150 2.870 1.047 1.922 0.949 3.532 1.223 1.653 1.125 1.130 0.998 1.945 1.891 2.051 0.785 1.125 0.735 0.446 969 chr15 72005109 72047358 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 4 of 11) AluSz6|SINE|Alu -42355 NR_120346 101929173 Hs.680593 NR_120346 THSD4-AS2 - THSD4 antisense RNA 2 ncRNA 0.621 0.756 0.928 0.105 0.451 0.275 0.129 0.408 0.019 0.176 0.215 0.092 0.350 0.648 1.612 0.063 0.132 0.356 0.183 0.292 0.586 0.603 0.510 1.024 1.326 0.630 0.354 0.427 0.431 5.016 0.041 0.086 0.228 0.505 0.185 0.290 0.193 0.620 0.186 0.427 0.061 0.279 0.246 0.146 0.227 0.420 0.306 0.209 0.308 0.686 0.454 0.439 0.471 0.155 0.222 0.232 0.155 0.302 0.850 0.774 0.670 0.471 0.204 0.258 0.065 0.075 0.218 0.442 0.553 0.435 0.032 0.697 0.045 0.612 0.038 0.141 0.007 0.418 0.224 0.038 0.834 0.003 0.040 0.602 0.086 0.054 0.596 0.140 0.167 0.488 1.273 0.102 0.786 0.734 0.176 0.900 0.819 0.356 0.247 0.565 0.063 0.148 0.091 0.667 0.898 0.625 1.413 3.655 0.031 0.064 0.339 0.487 0.489 0.436 1174 chr17 37718462 37736446 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 36721 NM_006160 4761 Hs.322431 NM_006160 ENSG00000171532 NEUROD2 NDRF|bHLHa1 neuronal differentiation 2 protein-coding nan 1.038 0.706 0.181 0.713 1.443 0.744 0.342 0.250 0.811 0.167 0.133 0.095 0.323 0.230 0.341 0.166 0.553 1.425 0.308 0.127 0.245 0.041 0.277 0.362 0.184 0.278 1.114 0.073 0.108 0.312 0.082 0.364 0.111 0.102 0.246 0.039 0.157 0.401 0.085 0.104 0.526 0.198 0.128 0.171 0.150 2.552 4.734 0.579 0.574 nan 1.201 0.863 0.417 0.839 0.945 1.255 2.135 1.364 2.804 nan 2.009 0.368 0.562 0.619 0.305 0.681 0.924 1.729 0.941 0.121 0.213 0.111 0.073 0.044 0.510 0.208 0.166 0.165 0.152 0.179 0.195 0.089 0.244 0.157 0.083 0.101 0.083 0.167 0.509 0.500 0.219 0.250 0.140 0.811 0.397 0.080 0.553 0.116 0.097 0.678 0.662 0.300 0.075 0.075 0.136 0.161 0.109 0.116 0.214 0.106 0.090 0.077 0.043 1946 chr3 128199824 128217340 + 0 NA intron (NR_125398, intron 1 of 2) CpG-18893 536 NR_125398 101927167 Hs.287582 NR_125398 GATA2-AS1 - GATA2 antisense RNA 1 ncRNA 2.973 nan 1.756 0.838 1.347 0.812 0.314 1.017 0.552 0.827 1.486 0.260 0.270 0.687 0.852 0.744 0.302 1.401 0.375 1.264 0.523 1.476 0.283 0.318 2.171 1.413 1.391 1.104 0.201 1.239 0.990 0.064 1.210 0.136 1.225 0.360 0.231 0.510 0.176 0.025 0.064 1.306 0.680 1.114 1.595 0.635 2.412 2.220 3.141 4.119 2.074 1.426 3.790 1.093 1.044 1.123 1.689 nan 1.172 2.038 1.499 1.083 3.971 8.553 1.163 1.072 0.336 0.476 1.022 0.678 1.139 0.871 0.760 0.338 0.784 0.609 0.071 1.180 1.555 1.906 1.295 0.218 1.874 1.822 1.389 0.747 0.449 0.991 0.719 0.216 0.862 1.175 0.913 2.013 0.827 0.663 0.349 1.401 1.032 2.076 1.069 3.125 1.242 0.771 0.175 1.064 0.903 0.830 3.080 0.057 0.013 0.539 0.725 0.563 510 chr11 57524452 57568875 + 0 NA intron (NM_001085467, intron 1 of 16) intron (NM_001085467, intron 1 of 16) 17429 NM_001085467 1500 Hs.166011 NM_001331 ENSG00000198561 CTNND1 CAS|CTNND|P120CAS|P120CTN|p120|p120(CAS)|p120(CTN) catenin delta 1 protein-coding 0.958 1.145 0.716 0.586 2.241 0.523 0.272 0.496 4.037 0.292 1.000 0.226 0.755 1.821 1.014 0.451 0.280 0.500 0.140 1.807 0.399 1.310 1.266 0.974 3.471 1.973 4.492 0.598 1.287 0.814 0.563 0.130 1.709 0.490 1.152 1.635 0.254 1.131 1.104 1.106 0.462 2.532 2.525 0.456 2.897 1.167 1.130 1.355 3.096 4.959 1.053 1.135 0.797 0.316 0.386 0.440 1.106 1.545 1.279 1.682 0.851 0.682 0.692 1.184 0.682 0.859 0.579 1.155 0.886 0.640 0.052 2.556 1.815 2.056 0.298 0.076 0.091 1.195 0.790 0.327 0.706 0.110 0.164 0.874 0.596 0.396 1.691 0.309 0.496 0.758 1.639 0.535 0.627 1.431 0.292 1.882 0.915 0.500 1.133 2.065 0.088 0.215 0.025 0.877 2.111 0.789 0.952 0.683 0.529 0.222 1.004 1.029 0.198 0.226 393 chr10 65025136 65029346 + 0 NA intron (NM_032776, intron 2 of 25) intron (NM_032776, intron 2 of 25) 1742 NM_001318153 221037 Hs.413416 NM_004241 ENSG00000171988 JMJD1C KDM3C|TRIP-8|TRIP8 jumonji domain containing 1C protein-coding 3.838 3.252 2.971 2.076 5.984 4.499 1.894 4.685 3.196 1.162 4.436 0.153 0.928 3.775 1.843 1.692 1.034 3.019 1.450 3.960 2.352 4.977 1.838 3.799 5.286 8.090 3.835 8.685 0.647 5.930 5.262 0.145 12.494 1.382 2.809 3.074 0.688 7.626 1.059 2.292 0.593 4.266 6.122 3.055 8.564 2.234 3.124 4.558 6.336 13.016 4.436 4.503 8.063 4.163 14.305 14.505 4.443 5.240 4.182 8.483 4.866 4.911 1.397 3.529 4.173 4.903 6.529 6.760 2.770 1.180 1.651 1.294 1.574 2.003 1.171 1.503 4.540 1.200 0.798 0.089 2.108 0.399 1.601 2.904 1.741 0.946 1.001 0.410 1.013 1.753 0.967 1.049 2.050 2.959 1.162 1.447 4.719 3.019 1.316 1.426 0.377 0.471 0.874 2.156 2.789 3.021 5.660 4.417 1.952 2.285 1.700 4.416 2.704 2.797 2276 chr6 31586801 31590731 + 0 NA intron (NM_080686, intron 1 of 30).4 CpG 316 NM_004638 7916 Hs.123239 NM_004638 ENSG00000204469 PRRC2A BAT2|D6S51|D6S51E|G2 proline rich coiled-coil 2A protein-coding nan 3.921 5.476 8.004 5.275 7.176 4.352 5.060 2.700 8.074 4.074 0.288 1.540 4.262 6.128 3.089 1.302 10.071 3.247 2.608 1.638 2.972 1.693 3.973 6.543 4.054 5.630 14.426 1.938 3.953 8.013 0.238 5.573 2.009 3.177 4.491 1.440 6.848 4.029 1.756 1.835 6.685 9.920 3.839 3.928 2.089 9.346 9.150 11.870 15.218 nan 10.680 10.215 5.469 22.973 24.206 5.807 7.533 12.339 17.558 9.724 9.389 5.724 8.411 8.709 9.866 8.589 9.846 5.506 2.091 5.813 5.488 1.706 2.402 2.796 3.816 3.672 2.989 3.524 1.430 4.192 1.355 3.430 8.129 5.264 2.420 1.008 1.887 1.882 5.730 3.567 7.758 4.044 2.361 8.074 7.074 6.639 10.071 1.583 2.397 2.445 8.170 3.123 3.001 1.280 3.001 1.823 2.313 5.080 2.800 2.677 2.555 3.253 1.934 1501 chr19 57032509 57073059 + 0 NA intron (NM_020828, intron 2 of 7) L2|LINE|L2 2467 NM_001308440 140612 Hs.14794 NM_020828 ENSG00000196867 ZFP28 mkr5 ZFP28 zinc finger protein protein-coding 0.790 0.607 0.674 0.267 0.060 0.513 0.265 0.188 0.061 0.246 0.100 0.123 0.111 0.261 0.022 0.111 0.119 0.377 0.256 0.203 0.012 0.216 0.037 0.177 0.084 0.071 0.228 0.582 0.155 0.047 0.265 0.140 0.223 0.070 0.090 0.116 0.072 0.195 0.192 0.062 0.057 0.091 0.261 0.179 0.240 0.141 0.431 0.420 0.115 0.150 0.495 0.610 0.561 0.187 0.202 0.206 0.250 0.360 0.438 0.426 0.492 0.319 0.168 0.277 0.241 0.265 0.241 0.446 0.406 0.354 0.167 0.102 0.087 0.116 0.018 0.068 0.065 0.079 0.059 0.020 0.082 0.054 0.058 0.288 0.092 0.052 0.094 0.008 0.145 0.205 0.215 0.060 0.021 0.246 0.353 0.139 0.377 0.012 0.014 0.063 0.129 0.126 0.042 0.032 0.180 0.037 0.011 0.070 0.079 0.107 0.081 4.541 3.606 658 chr12 12711380 12716835 + 0 NA intron (NM_030640, intron 1 of 6) intron (NM_030640, intron 1 of 6) 1341 NM_030640 80824 Hs.536535 NM_030640 ENSG00000111266 DUSP16 MKP-7|MKP7 dual specificity phosphatase 16 protein-coding 6.198 4.247 5.363 5.537 4.462 9.281 4.950 1.707 4.474 3.444 1.584 0.238 0.785 1.791 4.466 6.489 2.291 6.481 1.183 3.265 1.294 4.898 1.556 1.155 8.217 5.317 7.019 10.462 0.614 2.679 4.564 0.137 4.541 0.837 2.189 5.040 0.465 2.193 6.787 1.766 1.714 5.530 8.456 2.226 3.133 2.198 1.783 2.028 6.867 10.414 nan 6.128 8.411 6.914 12.746 13.616 6.379 8.215 6.343 12.895 1.718 1.379 2.474 4.415 6.327 6.253 3.161 3.086 3.923 2.174 2.373 2.156 2.293 4.404 1.204 5.074 2.087 2.885 3.504 0.998 3.242 1.045 2.446 7.219 2.589 1.361 2.677 3.291 3.251 2.234 8.980 6.454 1.417 4.015 3.444 3.759 3.153 6.481 1.550 5.494 0.413 9.754 1.711 2.690 0.878 2.070 2.098 3.126 1.200 0.736 0.421 1.598 2.238 1.482 274 chr1 197236692 197257631 + 0 NA intron (NR_047564, intron 1 of 11) MLT1I|LTR|ERVL-MaLR 9827 NR_047564 23418 Hs.126135 NM_012076 ENSG00000134376 CRB1 LCA8|RP12 crumbs 1, cell polarity complex component protein-coding 1.156 nan 1.362 0.412 0.110 1.444 0.708 0.127 0.381 0.199 0.153 0.045 0.065 0.039 1.415 0.847 0.276 0.457 0.328 0.018 0.120 0.055 0.075 0.074 0.124 0.080 0.892 0.047 0.128 0.088 0.130 0.151 0.017 0.047 0.116 0.050 0.245 0.094 0.015 0.153 0.162 0.104 0.107 0.135 0.428 0.431 0.348 0.513 1.715 1.678 0.190 0.098 0.362 0.406 1.812 nan 0.501 0.592 1.104 0.810 0.247 0.517 2.897 3.474 1.904 3.605 1.332 0.930 0.026 0.064 0.009 0.057 0.052 0.354 0.013 0.036 0.007 0.045 0.090 0.344 0.046 0.018 0.017 0.011 0.022 0.026 0.046 0.084 0.054 0.061 0.790 0.102 0.381 0.021 0.033 0.276 0.100 0.020 0.018 0.028 0.355 0.034 0.010 0.008 0.064 0.033 0.468 0.797 0.018 0.099 0.019 0.015 549 chr11 67182382 67197347 + 0 NA intron (NM_020811, intron 8 of 8) AluSz|SINE|Alu -6071 NM_003952 6199 Hs.534345 NM_003952 ENSG00000175634 RPS6KB2 KLS|P70-beta|P70-beta-1|P70-beta-2|S6K-beta2|S6K2|SRK|STK14B|p70(S6K)-beta|p70S6Kb ribosomal protein S6 kinase B2 protein-coding nan 1.497 1.597 1.615 0.933 1.409 0.732 1.196 0.186 1.274 0.490 0.210 0.491 0.867 0.606 0.522 0.281 1.429 0.807 0.997 0.410 0.697 0.369 0.499 2.637 1.302 1.314 2.833 0.508 1.044 1.149 0.092 1.715 0.260 0.436 1.148 0.450 0.841 1.010 0.823 0.295 1.534 1.772 0.640 1.081 0.794 2.677 3.095 1.469 2.104 3.061 2.790 4.407 1.646 2.337 2.644 1.253 1.776 2.858 3.655 1.306 1.519 1.369 1.874 1.432 1.584 1.290 1.379 1.512 0.855 1.115 1.021 0.373 2.507 0.535 0.855 0.195 0.708 0.526 0.668 0.746 0.218 0.473 1.232 0.601 0.412 0.437 0.513 0.535 0.628 1.578 1.357 2.049 1.302 1.274 1.336 1.379 1.429 0.644 0.943 0.463 5.513 1.253 0.269 0.252 1.318 0.486 0.491 0.442 0.334 0.479 0.354 0.162 0.058 877 chr14 65671592 65714139 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 -3800 NR_103769 100128233 Hs.497323 NR_103769 ENSG00000255002 LOC100128233 - uncharacterized LOC100128233 ncRNA nan nan 1.386 0.714 1.439 0.575 0.298 0.668 0.413 0.478 0.460 0.280 0.841 1.157 0.133 0.093 0.133 0.695 0.144 1.436 0.367 1.167 1.914 1.525 8.743 3.495 5.093 1.683 2.695 0.183 0.176 0.132 0.299 1.000 0.097 2.546 0.453 0.756 0.473 1.928 0.175 1.045 0.975 0.178 1.729 0.610 0.395 0.456 1.024 2.216 1.368 1.374 0.127 0.073 nan 0.416 0.339 0.567 0.937 nan 0.649 0.425 0.324 0.572 0.124 0.151 0.333 0.900 1.192 0.826 0.493 3.088 0.036 2.381 0.070 0.310 0.013 4.347 3.486 0.052 0.195 0.022 0.194 0.250 0.251 0.201 3.612 0.169 0.171 4.201 0.649 0.338 0.231 2.262 0.478 0.716 0.266 0.695 0.379 0.385 0.220 0.332 0.155 1.368 1.947 2.342 0.692 0.116 0.145 0.189 2.933 0.625 0.431 0.424 1508 chr2 2010605 2020699 + 0 NA intron (NM_001329845, intron 4 of 24) L1MB8|LINE|L1 -267333 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.669 0.642 0.670 0.053 0.050 0.395 0.238 0.061 0.006 0.421 0.090 0.129 0.042 0.025 0.201 0.196 0.224 0.214 0.168 0.037 0.081 0.072 0.278 0.078 0.055 0.716 0.015 0.180 0.033 0.146 0.126 0.012 0.008 0.037 0.023 0.060 0.259 0.008 0.075 0.168 0.070 0.057 0.010 0.732 1.282 0.193 0.360 0.579 0.646 2.941 0.458 0.120 0.169 2.025 3.002 0.849 0.764 4.860 6.697 0.396 0.496 0.281 0.366 1.351 3.053 0.400 0.424 0.235 0.029 0.054 0.029 0.172 0.007 0.007 0.014 0.063 0.019 0.340 0.155 0.018 0.016 0.022 0.101 0.025 0.144 0.081 0.035 0.015 0.019 0.421 0.071 0.037 0.224 0.012 0.041 2.340 0.052 0.060 0.007 0.008 0.111 0.044 0.057 0.473 0.480 0.179 0.046 0.023 0.020 1128 chr17 8052691 8068854 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5019 NM_002616 5187 Hs.445534 NM_002616 ENSG00000179094 PER1 PER|RIGUI|hPER period circadian clock 1 protein-coding 2.732 2.374 2.215 1.197 0.852 3.202 1.603 2.017 0.956 2.819 1.727 0.188 0.573 1.960 3.591 0.836 0.443 2.416 1.336 0.975 0.567 0.941 0.640 1.256 3.969 2.356 2.037 5.312 0.606 0.906 2.296 0.089 2.178 0.657 1.112 1.691 0.572 1.146 1.143 1.025 0.453 1.378 1.120 2.851 0.619 1.117 2.868 4.017 3.328 5.411 5.157 4.066 4.852 2.734 2.623 2.663 1.335 1.852 3.862 6.762 1.703 1.567 1.429 2.064 1.134 1.217 4.777 8.780 0.619 0.376 1.478 1.032 0.718 1.126 1.574 1.924 2.040 0.650 0.554 0.998 2.538 0.209 1.560 3.244 1.198 0.659 0.810 0.594 0.394 0.580 3.999 3.885 1.233 1.003 2.819 6.230 2.652 2.416 0.961 1.195 0.499 5.355 3.183 0.738 0.488 1.152 0.930 0.385 0.865 3.055 1.086 0.345 0.966 0.497 1771 chr20 60840625 60883587 + 0 NA intron (NM_001278649, intron 11 of 12) intron (NM_001278649, intron 11 of 12) -15846 NM_175573 11047 Hs.90107 NM_007002 ENSG00000130706 ADRM1 ARM-1|ARM1|GP110 adhesion regulating molecule 1 protein-coding 1.171 1.330 1.377 0.488 0.897 0.684 0.358 0.859 0.302 0.497 0.446 0.165 0.168 0.663 0.829 0.336 0.205 0.537 0.594 0.587 0.172 0.621 0.169 0.699 1.422 0.788 0.823 8.536 0.285 0.254 0.436 0.111 1.084 0.199 0.204 0.716 0.218 0.623 0.765 0.210 0.298 1.943 1.185 0.427 0.484 0.261 1.448 nan 0.722 0.868 1.004 0.948 1.048 0.471 2.464 2.478 0.679 1.170 1.989 2.461 0.762 0.707 0.599 0.943 0.242 0.227 0.779 0.883 0.807 0.511 1.189 0.498 0.541 0.272 0.244 3.711 0.319 0.241 0.327 0.466 0.751 0.084 0.348 1.249 0.842 0.400 0.215 0.222 0.153 0.338 0.762 0.578 5.272 0.462 0.497 0.759 0.276 0.537 0.373 0.408 0.188 1.665 0.571 0.286 0.284 0.361 0.218 0.179 0.210 0.215 0.279 0.197 0.298 0.163 946 chr15 61306893 61313919 + 0 NA intron (NM_134261, intron 1 of 10) MamRep434|DNA|TcMar-Tigger 211096 NM_134261 6095 Hs.560343 NM_002943 ENSG00000069667 RORA NR1F1|ROR1|ROR2|ROR3|RZR-ALPHA|RZRA RAR related orphan receptor A protein-coding 0.609 0.898 nan 0.049 0.041 0.327 0.250 0.066 0.251 0.084 0.090 0.054 0.155 0.083 0.082 0.151 0.117 0.048 0.015 0.101 0.234 0.125 0.222 0.369 0.021 0.091 0.046 0.071 0.169 0.109 0.078 0.058 0.067 0.046 0.022 0.093 0.115 0.039 0.068 0.104 1.181 1.534 7.422 1.926 0.325 0.288 nan 0.047 0.177 0.134 0.106 0.195 0.280 0.270 0.545 0.306 0.395 0.588 0.070 0.080 0.239 0.504 0.345 0.298 0.016 0.030 0.014 0.118 0.085 0.012 0.020 0.069 0.010 0.010 0.084 0.034 0.026 0.009 0.011 0.035 0.034 0.142 0.070 0.060 0.028 0.044 0.251 0.020 0.013 0.082 0.018 0.036 0.046 0.013 0.082 0.048 0.012 0.094 0.230 0.125 0.122 0.022 0.013 0.016 0.007 1724 chr20 24962482 24976271 + 0 NA intron (NM_020531, intron 1 of 8) intron (NM_020531, intron 1 of 8) 4049 NM_020531 57136 Hs.472330 NM_020531 ENSG00000101474 APMAP BSCv|C20orf3 adipocyte plasma membrane associated protein protein-coding 1.677 2.350 nan 1.112 0.234 0.886 0.533 0.798 0.153 0.860 0.842 0.036 0.259 0.753 0.841 0.441 0.234 1.021 0.970 0.903 0.198 0.212 0.261 0.390 1.266 0.884 1.265 4.236 0.711 0.171 0.432 0.073 0.752 0.481 0.170 1.020 0.527 1.543 0.627 0.403 0.369 1.129 1.779 0.524 0.958 0.411 1.836 2.039 1.149 1.894 1.997 1.897 2.298 0.738 1.184 1.323 1.560 2.027 3.737 3.863 2.511 2.065 1.000 1.714 2.511 4.205 0.976 1.627 2.157 0.999 1.453 0.604 0.408 0.727 0.621 0.465 0.252 0.407 0.288 0.382 0.704 0.938 0.115 0.542 0.541 0.265 0.190 0.294 0.220 0.602 0.974 0.640 0.444 0.444 0.860 1.079 1.053 1.021 0.353 0.627 0.555 0.692 1.287 0.639 0.152 0.750 0.202 0.159 0.481 0.465 0.693 0.185 0.326 0.217 1520 chr2 10146194 10157265 + 0 NA Intergenic Intergenic 31799 NR_135558 101929882 Hs.405158 NR_135558 LOC101929882 - uncharacterized LOC101929882 ncRNA 0.656 0.346 0.795 0.112 0.045 0.209 0.072 0.126 0.270 0.399 0.053 0.044 0.207 1.392 0.039 0.086 0.053 0.123 0.533 0.508 0.045 0.088 0.028 0.070 1.462 0.305 0.123 0.493 0.079 0.535 0.077 0.071 0.392 0.011 0.049 0.184 0.043 0.075 0.389 0.099 0.022 0.084 0.452 1.582 0.122 0.112 0.192 0.245 0.178 0.256 0.335 0.330 6.310 1.504 2.979 3.459 0.176 0.389 0.268 nan 0.605 0.504 0.209 0.164 0.281 0.850 0.361 nan 1.073 0.834 0.101 0.204 0.052 0.133 0.009 0.305 0.078 0.106 0.078 0.075 0.071 0.061 0.115 0.169 0.033 0.035 0.107 0.071 0.076 0.160 0.178 0.121 0.085 0.121 0.399 5.024 0.058 0.123 0.233 0.389 0.298 0.197 0.156 0.018 0.008 0.071 0.050 0.167 0.063 0.188 0.021 0.042 0.021 0.018 2644 chr9 3489693 3532568 + 0 NA intron (NM_134428, intron 1 of 17) intron (NM_134428, intron 1 of 17) 14871 NM_001282116 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 1.719 3.461 2.370 1.197 0.602 3.208 1.634 0.027 0.260 1.631 1.031 0.108 0.173 0.486 1.507 2.388 1.281 2.055 0.605 0.656 0.214 0.390 0.069 0.461 0.774 0.521 0.133 2.960 0.422 1.180 1.576 0.109 2.096 0.226 0.240 0.275 0.121 0.680 0.462 0.348 0.255 3.442 1.994 0.526 0.411 0.450 1.958 1.719 5.347 7.224 2.945 2.906 5.643 3.280 3.626 3.787 5.271 6.041 2.376 4.056 1.681 1.598 1.308 2.121 6.207 6.868 1.363 nan 2.672 1.692 1.573 0.514 0.174 0.133 0.184 1.297 0.362 0.195 0.260 0.408 1.559 1.326 1.249 0.365 0.591 0.227 0.406 0.476 0.486 0.347 0.942 0.618 0.471 0.378 1.631 0.742 0.323 2.055 0.331 0.383 0.371 0.291 0.883 0.346 0.110 0.198 0.297 0.862 1.060 0.202 0.388 0.090 0.517 0.378 2148 chr5 59470147 59508473 + 0 NA intron (NM_001165899, intron 1 of 16) AluYf4|SINE|Alu -294230 NR_024617 25859 Hs.146312 NM_001039499 ENSG00000152931 PART1 NCRNA00206 prostate androgen-regulated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan 0.668 0.089 0.078 0.225 0.143 0.176 0.005 0.289 0.210 0.089 0.034 0.113 0.038 0.045 0.103 0.078 0.096 0.189 0.010 0.130 0.017 0.158 0.124 0.095 0.083 0.224 0.042 0.031 0.054 0.122 0.085 0.065 0.077 0.056 0.012 0.034 0.148 0.051 0.074 0.093 0.278 0.159 0.113 0.100 0.177 0.108 0.456 0.522 0.195 0.238 nan 0.064 0.087 0.113 1.432 1.737 0.223 0.200 nan 0.211 0.079 0.127 0.055 0.117 0.132 0.223 0.254 0.300 0.045 0.260 0.015 0.593 0.021 0.092 0.007 0.663 0.202 0.015 9.305 0.012 0.055 0.133 0.020 0.030 0.036 0.033 0.095 0.157 0.642 0.033 0.249 0.134 0.289 0.046 0.038 0.078 0.257 0.039 0.008 0.020 0.059 0.012 0.012 0.039 0.046 0.015 0.016 0.090 0.022 0.030 0.018 0.008 250 chr1 167142414 167177657 + 0 NA intron (NR_110811, intron 2 of 3) intron (NR_110811, intron 2 of 3) 5007 NR_110811 101928484 Hs.568496 NR_110811 LINC01363 RBSG4 long intergenic non-protein coding RNA 1363 ncRNA 1.404 nan 2.913 0.156 0.105 0.265 0.168 0.128 0.005 0.671 0.122 0.141 0.439 0.315 0.034 0.166 0.163 0.068 0.269 0.186 0.021 0.079 0.248 0.079 0.197 0.054 0.101 0.359 0.447 0.134 0.055 0.112 0.169 0.242 0.060 0.358 0.181 0.451 0.314 0.071 0.021 0.212 0.211 0.073 0.283 0.299 0.530 0.361 0.453 0.454 0.453 nan 0.921 0.251 0.119 0.134 0.598 1.047 0.320 nan 1.621 1.542 0.316 0.475 0.736 1.103 1.730 5.417 0.631 0.535 0.030 1.346 0.022 0.298 0.028 0.226 0.032 0.206 0.077 0.046 0.100 0.142 0.051 0.176 0.065 0.058 0.065 0.034 0.051 0.428 0.060 0.066 0.288 0.094 0.671 0.116 0.042 0.068 0.060 0.048 0.187 0.097 0.046 0.541 0.038 1.154 0.079 0.065 0.098 3.774 0.093 0.419 0.760 0.780 303 chr1 214278712 214285286 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 120155 NM_002763 5629 Hs.741808 NM_002763 ENSG00000117707 PROX1 - prospero homeobox 1 protein-coding 1.328 1.056 1.065 0.106 0.098 0.571 0.399 0.035 0.010 0.433 0.181 0.170 0.032 0.028 0.323 0.182 0.385 0.296 0.048 0.019 0.048 0.031 0.125 0.339 0.127 0.065 nan 0.023 1.084 0.065 0.126 0.130 0.029 0.047 0.099 0.021 0.406 0.072 0.015 0.187 0.279 0.091 0.176 0.080 1.444 2.025 8.101 4.658 0.643 0.712 nan 0.428 0.592 0.559 0.685 nan 0.761 0.650 0.343 0.198 0.647 0.639 0.143 0.161 0.402 1.211 1.240 0.860 0.068 0.272 0.506 0.016 0.013 0.021 0.440 0.221 0.011 0.138 0.015 0.690 0.084 0.046 0.012 0.035 0.284 0.203 0.303 0.074 0.021 0.191 0.040 0.433 0.087 0.014 0.385 0.039 0.031 0.071 0.092 0.041 0.019 0.100 1.019 0.111 0.354 0.046 0.101 0.026 0.024 1361 chr18 74197939 74209857 + 0 NA intron (NR_136504, intron 1 of 1) CpG 290 NR_136504 101927989 Hs.665186 NR_136504 ENSG00000265778 LOC101927989 - uncharacterized LOC101927989 ncRNA nan nan 1.408 2.722 1.238 3.782 2.131 2.839 0.119 4.105 0.025 0.027 0.334 0.980 0.026 2.702 1.212 7.220 0.108 2.301 0.488 0.572 0.380 1.050 1.599 1.438 0.899 7.793 0.503 1.319 0.745 0.083 1.774 0.368 0.180 0.502 0.295 1.608 1.073 1.219 0.749 0.824 2.312 0.076 2.715 0.368 2.358 3.275 4.367 4.999 6.460 nan 7.781 4.023 4.319 4.142 0.100 0.230 6.357 nan 3.645 3.545 0.980 2.816 5.313 3.891 3.257 4.501 1.945 1.213 0.206 1.010 0.048 1.748 1.414 2.415 4.362 0.818 0.929 0.125 3.319 0.848 2.291 0.023 0.460 0.289 0.385 0.970 0.732 0.923 1.856 1.159 1.796 1.179 4.105 0.888 0.318 7.220 0.299 0.124 0.861 3.373 2.209 0.687 0.092 1.161 0.660 0.394 1.682 1.889 0.644 0.519 0.739 0.383 614 chr11 128316682 128404065 + 0 NA exon (NM_005238, exon 2 of 8) exon (NM_005238, exon 2 of 8) 31832 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.763 0.984 0.806 0.517 0.981 0.661 0.310 1.423 0.035 0.317 0.942 0.088 0.558 1.183 1.012 0.618 0.401 0.554 0.105 0.637 0.652 1.831 0.991 0.647 1.353 0.629 0.307 0.751 1.014 0.110 0.232 0.122 0.128 0.850 0.320 1.493 0.764 1.843 0.292 1.910 0.079 0.910 0.086 1.583 0.897 0.804 0.576 0.721 0.528 0.902 0.776 0.844 1.146 0.411 0.213 0.234 0.200 0.294 1.888 2.028 0.462 0.321 0.611 0.743 1.125 1.360 0.442 nan 1.308 0.855 0.257 1.977 0.955 1.861 0.105 0.043 0.009 1.773 1.162 0.188 0.936 0.247 0.090 4.676 1.346 0.593 1.390 0.047 0.061 2.641 0.643 1.211 0.126 0.709 0.317 0.872 2.494 0.554 0.395 0.356 0.007 0.387 0.405 1.514 1.640 1.268 1.653 0.045 0.144 0.401 1.317 1.185 0.454 0.362 1765 chr20 55944631 56078183 + 0 NA Intergenic Intergenic 44953 NM_001291780 55544 Hs.236361 NM_017495 ENSG00000132819 RBM38 HSRNASEB|RNPC1|SEB4B|SEB4D|dJ800J21.2 RNA binding motif protein 38 protein-coding 1.357 1.507 1.082 0.747 0.207 0.534 0.296 0.156 0.093 0.521 0.313 0.124 0.054 0.118 0.099 0.277 0.192 0.433 0.311 0.275 0.034 0.129 0.046 0.186 1.104 0.312 0.304 0.977 0.188 0.126 0.216 0.093 0.354 0.095 0.042 0.181 0.061 0.128 0.250 0.067 0.138 0.681 0.353 0.138 0.208 0.124 5.685 nan 1.822 1.596 0.918 0.908 1.400 0.431 7.994 8.175 0.297 0.522 1.375 1.999 0.607 0.467 4.301 6.682 0.191 0.171 0.361 0.488 1.137 0.876 0.661 0.167 0.171 0.183 0.071 0.500 0.088 0.077 0.049 0.121 0.213 0.030 0.244 0.296 0.195 0.142 0.067 0.082 0.073 0.165 0.225 0.167 0.151 0.360 0.521 0.152 0.057 0.433 0.130 0.150 0.261 0.423 0.477 0.020 0.030 0.139 0.061 0.054 5.265 0.087 0.148 0.075 0.066 0.039 130 chr1 61349841 61383755 + 0 NA Intergenic MER113B|DNA|hAT-Charlie 69650 NR_110617 100996570 Hs.46616 NR_110617 ENSG00000237928 NFIA-AS2 - NFIA antisense RNA 2 ncRNA 2.363 0.832 nan 0.220 0.203 0.475 0.281 0.072 0.009 0.729 0.337 0.115 0.017 0.109 0.034 0.139 0.122 0.318 0.496 0.100 0.022 0.041 0.019 0.057 0.177 0.071 0.076 1.140 0.013 0.085 0.023 0.099 0.135 0.007 0.040 0.066 0.005 0.035 0.188 0.028 0.012 0.097 0.157 0.065 0.097 0.040 0.509 0.385 0.275 0.355 0.782 0.821 0.135 0.069 0.308 0.352 nan nan 0.775 nan 2.611 2.913 0.188 0.260 0.710 0.472 0.436 1.124 1.186 0.896 0.244 0.088 0.017 0.062 0.032 0.139 0.008 0.029 0.015 0.022 0.069 0.160 0.240 0.138 0.032 0.014 0.049 0.028 0.057 0.306 0.034 0.026 0.030 0.033 0.729 0.067 0.049 0.318 0.040 0.080 1.353 0.039 0.162 0.024 0.012 0.026 0.064 0.027 0.032 0.208 0.029 0.078 0.024 0.014 53 chr1 22643264 22652286 + 0 NA Intergenic Intergenic 55043 NR_039613 100616433 NR_039613 ENSG00000266564 MIR4418 - microRNA 4418 ncRNA 1.326 0.996 nan 0.265 0.108 1.009 0.426 0.064 0.007 5.874 0.055 0.036 0.022 0.047 0.013 0.585 0.772 0.292 0.573 0.136 0.055 0.068 0.069 0.232 0.044 0.116 1.596 0.036 0.071 0.056 0.088 0.238 0.051 0.052 0.038 0.205 0.012 0.027 0.069 0.075 0.086 0.074 0.077 6.033 7.069 0.189 0.199 1.861 1.790 1.828 1.576 0.384 0.341 1.077 1.461 0.616 0.938 0.896 0.860 0.560 0.818 2.261 2.248 0.745 1.369 0.752 0.800 0.111 0.039 0.021 0.072 0.068 0.525 0.031 0.023 0.031 0.040 0.055 1.065 2.667 0.108 0.042 0.009 0.051 0.078 0.082 0.199 0.102 0.089 0.026 0.030 5.874 0.075 0.079 0.292 0.027 0.118 0.483 0.103 0.136 0.025 0.005 0.009 0.062 0.021 0.704 0.248 0.041 0.006 0.004 1373 chr19 1744848 1750213 + 0 NA Intergenic Intergenic -6132 NM_001080488 390874 Hs.654347 NM_001080488 ENSG00000205922 ONECUT3 OC3 one cut homeobox 3 protein-coding 0.313 0.561 0.558 0.131 6.602 0.510 0.297 0.230 0.256 0.028 0.120 1.313 1.702 0.047 0.000 0.016 0.040 0.093 0.610 0.554 2.169 2.931 0.169 5.815 2.876 0.316 0.585 1.772 0.135 0.176 0.061 2.800 0.817 0.101 0.673 0.043 0.234 5.887 5.591 1.143 6.257 6.915 0.377 4.347 0.977 0.153 0.110 0.171 0.432 0.350 0.507 0.236 0.046 0.153 0.177 0.051 0.227 0.078 nan 0.381 0.119 0.102 0.136 0.077 0.282 0.050 0.144 0.224 0.266 0.176 3.991 0.018 1.208 0.039 0.033 0.644 0.420 0.095 0.371 0.053 0.015 13.254 0.287 0.144 0.546 0.202 0.114 0.206 1.092 0.334 0.383 5.596 0.256 3.540 0.102 0.040 3.671 0.200 0.037 2.513 0.038 2.861 4.880 6.451 1.000 0.002 0.019 2.894 2.501 6.215 4.350 1465 chr19 47315643 47344461 + 0 NA Intergenic Intergenic 3909 NR_024258 100170220 Hs.541243 NR_024258 SNAR-E - small ILF3/NF90-associated RNA E snRNA 1.338 2.022 1.450 1.679 0.197 0.548 0.350 0.565 0.265 0.396 0.230 0.239 0.203 0.347 0.082 0.229 0.122 1.692 0.270 0.837 0.060 0.210 0.132 0.252 nan 0.661 1.646 1.151 0.188 0.738 0.257 0.158 0.543 0.115 0.377 0.276 0.116 0.224 0.479 0.083 0.243 0.320 1.144 0.279 0.842 0.177 0.296 0.364 0.323 0.504 0.977 1.043 1.681 0.701 0.815 0.977 0.692 1.032 4.279 4.234 0.798 0.646 0.406 0.643 0.243 0.393 0.599 1.421 1.064 0.744 0.348 0.520 0.541 0.493 0.355 0.496 0.301 0.200 0.111 0.490 0.233 0.064 0.184 0.994 0.211 0.119 0.119 0.490 0.515 0.372 0.822 0.152 0.371 0.503 0.396 0.544 0.174 1.692 0.126 1.673 0.273 0.433 0.523 0.047 0.026 0.390 0.112 0.389 0.286 0.185 0.056 0.249 1.170 1.325 1302 chr18 19584138 19589021 + 0 NA Intergenic Intergenic 162350 NR_102763 100128893 Hs.514745 NR_102763 ENSG00000266010 GATA6-AS1 BM742401|locus5689 GATA6 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.709 0.614 0.802 0.198 0.103 0.227 0.033 0.080 0.029 0.373 0.092 0.163 0.039 0.065 0.039 0.121 0.078 0.073 0.135 0.239 0.101 0.069 0.064 0.056 0.180 0.099 0.100 0.354 0.031 0.079 0.134 0.164 0.273 0.059 0.077 0.043 0.229 0.033 0.109 0.146 0.115 0.020 0.021 0.402 0.231 0.267 0.547 0.302 0.513 14.363 4.816 0.162 0.161 0.141 0.244 0.055 0.157 0.371 0.161 0.141 0.186 0.124 0.164 0.138 0.270 0.255 0.422 0.034 0.101 0.226 0.142 0.050 0.055 0.014 0.046 0.100 0.059 0.030 0.114 0.123 0.080 0.024 0.191 0.133 0.073 0.049 0.110 0.373 0.160 0.030 0.073 0.100 0.054 0.031 0.048 0.028 0.065 0.001 0.071 0.041 0.076 0.032 0.039 0.047 0.010 2239 chr6 1669351 1694988 + 0 NA intron (NM_001500, intron 9 of 10) AluJo|SINE|Alu 71488 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 1.009 0.957 1.463 0.846 0.216 0.565 0.366 0.045 0.777 0.329 1.044 0.164 0.037 0.215 0.037 0.365 0.178 0.319 0.503 0.140 0.097 0.210 0.119 0.143 3.225 1.328 2.072 0.219 0.436 0.092 0.063 0.114 0.996 0.055 0.056 0.096 0.123 0.396 0.269 0.158 0.075 0.022 0.175 0.152 0.300 0.211 0.473 0.342 2.062 4.421 0.521 0.485 0.330 0.177 0.455 0.427 0.675 1.062 0.513 0.805 0.470 0.332 0.207 0.301 0.223 0.245 0.258 0.383 1.056 0.597 0.055 0.541 0.052 0.196 0.109 0.106 0.038 0.362 0.173 0.032 0.072 0.018 0.136 0.140 0.021 0.012 0.137 0.088 0.112 0.192 0.092 0.080 0.037 0.112 0.329 0.342 0.072 0.319 0.143 0.279 0.170 0.184 0.435 0.444 0.012 0.290 0.195 0.093 0.078 0.077 0.098 0.103 0.016 0.010 1397 chr19 13129175 13173869 + 0 NA intron (NM_001271043, intron 2 of 10) intron (NM_001271043, intron 2 of 10) 16127 NM_001271043 4784 Hs.257970 NM_002501 ENSG00000008441 NFIX CTF|MRSHSS|NF-I/X|NF1-X|NF1A|SOTOS2 nuclear factor I X protein-coding 2.405 1.135 5.354 0.534 1.982 1.592 0.829 0.636 0.065 1.639 1.679 0.231 0.115 0.140 0.083 0.252 0.192 1.781 2.792 0.134 0.676 0.387 0.680 0.311 nan 0.328 0.187 0.590 0.324 1.196 0.397 0.066 0.424 0.686 0.066 0.429 0.575 1.439 0.462 0.084 0.266 0.271 0.455 0.287 0.140 0.100 2.550 3.984 1.603 3.971 2.181 2.398 1.453 0.464 0.464 0.535 2.025 2.922 1.465 1.384 1.301 0.905 1.065 1.880 0.920 1.245 0.567 0.814 2.138 1.113 5.093 1.122 0.532 1.326 0.069 1.104 0.161 0.182 0.076 0.505 0.271 0.380 0.414 1.595 0.660 0.386 0.055 0.149 0.174 3.638 0.387 1.064 0.050 0.119 1.639 0.213 0.063 1.781 0.066 0.325 0.875 0.345 0.446 2.881 0.692 1.120 1.517 0.574 0.908 0.147 1.648 0.414 1.014 0.633 941 chr15 60281213 60301541 + 0 NA Intergenic Intergenic -5044 NM_012182 27023 Hs.734475 NM_012182 ENSG00000171956 FOXB1 FKH5|HFKH-5 forkhead box B1 protein-coding 0.674 1.291 nan 1.676 0.239 0.494 0.292 0.068 0.153 1.938 0.089 0.110 0.112 0.339 0.186 0.185 0.114 0.082 0.146 0.193 0.231 0.280 0.140 0.130 2.302 1.323 2.041 9.329 0.007 0.284 0.080 0.079 0.586 0.058 0.098 0.327 0.038 0.122 0.160 0.156 0.201 0.334 0.672 0.348 0.677 0.288 0.244 0.127 0.172 0.304 0.653 0.604 nan 0.775 0.078 0.097 0.175 0.311 2.496 5.404 0.649 0.326 0.147 0.166 1.335 1.857 0.212 0.397 1.334 0.770 4.587 0.129 0.902 0.072 0.054 0.875 0.027 0.058 0.039 0.040 0.109 0.278 0.047 0.122 0.113 0.072 0.114 0.295 0.318 0.326 0.148 0.053 0.559 0.124 1.938 0.280 0.045 0.082 0.396 0.765 0.028 0.469 0.181 0.070 0.285 0.249 0.427 0.153 0.014 0.012 0.030 0.261 0.042 0.027 583 chr11 104836266 104841403 + 0 NA intron (NM_001225, intron 1 of 8) intron (NM_001225, intron 1 of 8) 491 NM_001225 837 Hs.138378 NM_001225 ENSG00000196954 CASP4 ICE(rel)II|ICEREL-II|ICH-2|Mih1|Mih1/TX|TX caspase 4 protein-coding 0.338 1.917 0.500 2.034 1.629 1.608 0.593 2.503 4.782 0.148 2.025 0.062 0.814 2.506 0.332 1.156 0.325 2.012 0.196 1.057 1.326 3.166 2.095 2.884 2.406 1.772 2.466 5.807 1.129 0.428 0.110 0.181 3.743 1.014 0.384 3.759 0.401 1.490 2.142 5.866 0.454 2.996 2.990 2.033 5.208 1.282 3.692 4.186 2.452 5.819 2.408 2.271 8.279 3.409 6.418 7.190 0.368 0.706 3.343 4.185 0.261 0.189 0.407 0.702 0.330 0.421 0.203 0.241 1.661 1.185 0.120 2.447 3.539 2.980 0.139 0.711 3.865 3.426 0.847 2.822 0.038 0.031 6.617 3.812 1.717 2.048 0.397 0.469 4.688 0.430 1.663 2.539 3.701 0.148 1.067 0.395 2.012 2.714 2.122 0.150 1.204 2.987 0.351 2.533 2.145 0.715 0.156 0.048 1.510 1.931 0.168 0.090 2392 chr7 1541672 1586702 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -6181 NM_002360 7975 Hs.520612 NM_002360 ENSG00000198517 MAFK NFE2U|P18 MAF bZIP transcription factor K protein-coding 1.359 1.564 2.589 0.555 2.987 1.491 0.719 1.831 0.533 0.946 0.675 0.254 0.442 1.042 3.993 0.587 0.380 2.021 0.698 1.051 0.679 2.366 0.562 1.471 nan 2.227 2.812 nan 0.695 0.318 1.345 0.173 1.025 0.620 0.620 2.172 0.499 0.915 1.030 0.696 0.335 1.972 1.325 1.948 1.068 0.726 1.023 1.214 0.736 nan 1.695 1.626 nan 0.407 1.120 1.117 0.475 0.795 nan 2.524 0.630 0.491 0.537 0.824 0.894 0.933 0.549 0.834 1.064 0.559 0.400 1.164 1.056 4.176 0.713 0.899 0.203 1.518 1.271 1.608 6.140 0.186 0.413 3.511 1.053 0.518 0.938 0.270 0.296 0.832 5.984 2.459 2.375 3.661 0.946 4.052 3.092 2.021 1.560 3.745 0.538 5.653 1.813 1.310 0.588 1.052 0.926 0.140 0.308 0.220 0.988 0.670 0.547 0.272 1879 chr3 12457870 12472817 + 0 NA intron (NM_138712, intron 7 of 7) intron (NM_138712, intron 7 of 7) -60588 NM_001321278 80746 Hs.335550 NM_025265 ENSG00000154743 TSEN2 PCH2B|SEN2|SEN2L tRNA splicing endonuclease subunit 2 protein-coding nan 0.680 0.467 0.117 0.150 0.155 0.108 0.370 0.045 0.077 0.203 0.092 0.050 0.078 0.033 0.109 0.070 0.093 0.134 0.228 0.083 0.085 0.025 0.257 0.745 0.129 0.071 0.228 0.108 0.272 0.022 0.091 0.213 0.039 0.050 0.236 0.015 0.046 0.176 0.022 0.038 0.162 0.114 0.123 0.519 0.348 0.186 0.097 0.146 0.266 0.280 0.343 0.365 0.164 0.172 0.234 0.368 0.542 0.245 0.258 0.371 0.138 0.155 0.173 0.069 0.077 0.274 0.473 0.399 0.380 0.011 0.219 0.013 3.953 0.027 0.071 0.009 0.171 0.092 0.034 0.553 0.019 0.058 0.099 0.145 0.083 0.026 0.062 0.106 0.140 0.328 0.066 0.037 0.107 0.077 0.081 0.053 0.093 0.073 0.360 0.013 0.050 0.082 0.095 0.090 0.260 0.135 0.147 0.053 0.108 0.437 0.107 0.192 0.438 1824 chr22 18688023 18688640 + 0 NA intron (NR_136570, intron 1 of 11) AluSc8|SINE|Alu 299 NR_136570 100996415 Hs.645542 NR_136570 LOC100996415 - uncharacterized LOC100996415 ncRNA 6.562 nan 6.858 1.364 1.399 0.639 0.775 6.458 1.336 1.228 3.140 4.983 0.314 0.339 1.752 0.510 1.106 3.650 7.980 3.963 0.401 5.992 0.167 6.018 nan 5.984 3.220 0.623 41.422 4.413 2.556 5.769 5.684 0.388 1.238 5.258 0.124 0.555 2.517 1.159 1.302 1.176 0.617 1.801 2.800 1.224 1.491 1.072 1.459 1.695 1.728 3.100 1.897 1.367 1.695 1.465 6.780 6.588 6.008 5.397 7.272 4.291 4.822 8.052 2.867 4.919 2.517 2.944 2.251 1.759 1.659 0.120 0.291 0.539 0.283 0.230 0.227 4.607 1.666 0.260 0.277 0.053 0.127 0.383 0.389 0.776 2.097 0.282 0.425 1.228 0.775 0.281 3.650 0.575 0.529 0.377 0.251 0.104 0.129 1.905 0.892 1.717 0.450 0.376 2.898 0.280 1869 chr3 5014241 5071118 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -21033 NR_037903 100507582 Hs.434505 NR_037903 ENSG00000235831 BHLHE40-AS1 - BHLHE40 antisense RNA 1 ncRNA 1.361 1.917 1.003 0.114 2.045 0.568 0.318 1.169 0.388 0.609 1.096 0.161 1.144 2.360 2.642 0.325 0.236 0.074 0.859 1.402 0.995 4.354 1.994 2.171 7.318 3.429 2.407 2.128 2.187 1.092 2.168 0.102 2.295 1.091 0.602 1.987 0.741 1.981 0.863 1.825 0.649 2.978 1.320 2.140 0.719 0.627 0.271 0.735 0.693 1.884 1.027 0.784 0.159 0.092 1.068 1.112 0.429 0.557 0.748 0.920 0.798 0.950 0.612 0.976 0.751 0.896 0.558 1.199 0.223 0.246 0.347 2.119 1.243 3.030 0.337 0.448 1.196 0.997 0.906 0.189 2.025 0.272 0.355 3.370 1.541 0.826 1.190 0.675 0.695 1.699 3.781 2.084 1.181 2.105 0.609 2.852 2.659 0.074 1.074 0.437 0.181 2.675 1.424 1.518 1.240 1.269 2.148 1.044 0.617 0.370 2.043 1.252 1.417 0.898 2342 chr6 106529696 106596929 + 0 NA Intergenic Intergenic 16575 NM_182907 639 Hs.436023 NM_001198 ENSG00000057657 PRDM1 BLIMP1|PRDI-BF1 PR/SET domain 1 protein-coding 0.800 nan nan 0.144 0.263 0.367 0.169 0.237 0.238 0.281 0.341 0.096 0.582 1.026 0.145 0.061 0.075 0.082 0.142 0.597 0.041 0.344 0.595 0.110 3.084 0.864 0.718 0.469 0.503 0.202 0.282 0.106 0.310 0.194 0.917 0.898 0.134 0.297 0.253 1.265 0.162 0.631 0.477 0.267 0.845 0.395 8.992 6.981 0.554 1.208 0.399 nan 0.194 0.108 0.262 0.246 0.229 0.384 0.523 0.680 nan 0.175 0.191 0.239 0.135 0.158 0.258 0.445 0.493 0.448 0.044 0.898 0.192 1.081 0.045 0.084 0.010 0.629 0.319 0.044 0.390 0.021 0.034 0.126 0.279 0.160 0.615 0.386 0.609 1.797 0.426 0.362 0.049 0.454 0.281 0.904 0.051 0.082 0.483 0.615 0.025 0.161 0.044 0.723 0.160 0.170 0.068 0.188 0.043 0.206 0.113 0.480 0.800 0.724 591 chr11 113724812 113747662 + 0 NA intron (NM_001346254, intron 1 of 24) L1MB5|LINE|L1 10055 NM_001346259 57646 Hs.503891 NM_020886 ENSG00000048028 USP28 - ubiquitin specific peptidase 28 protein-coding 0.960 1.102 0.859 1.116 0.220 0.661 0.358 0.624 1.235 0.679 0.210 0.063 0.102 0.507 0.436 0.348 0.313 0.791 0.269 0.472 0.146 0.287 0.124 0.408 0.876 0.342 0.524 1.621 0.172 5.443 0.823 0.146 1.599 0.175 0.726 0.461 0.138 0.595 0.690 0.408 0.517 1.814 1.609 0.429 0.602 0.237 2.529 nan 1.086 1.474 1.678 1.648 1.306 0.437 1.132 1.245 0.971 nan 1.782 2.295 1.094 0.964 1.831 3.646 0.735 0.605 0.927 1.882 0.851 0.621 0.998 0.289 0.251 0.420 0.118 0.624 0.162 0.541 0.398 0.353 0.311 0.163 0.332 0.883 0.597 0.310 0.277 0.865 0.880 0.807 0.556 0.610 0.195 0.512 0.679 0.428 0.830 0.791 0.171 0.478 0.141 0.468 0.331 0.187 0.125 0.392 0.151 4.226 1.840 0.283 0.314 0.240 0.857 0.968 2304 chr6 42407714 42428494 + 0 NA intron (NM_033502, intron 2 of 17) intron (NM_033502, intron 2 of 17) 1685 NM_001297573 55809 Hs.485392 NM_018415 ENSG00000124496 TRERF1 BCAR2|HSA277276|RAPA|TREP132|TReP-132|dJ139D8.5 transcriptional regulating factor 1 protein-coding 2.440 1.480 1.541 1.318 0.712 1.461 0.719 0.874 0.342 1.652 0.842 0.209 0.408 1.228 0.685 0.579 0.414 2.799 0.421 0.634 0.399 1.056 0.496 1.553 1.150 0.535 0.275 2.270 0.555 0.427 1.286 0.123 1.033 0.494 0.849 1.544 0.628 1.992 0.457 0.367 0.465 1.331 1.232 0.265 1.037 0.500 2.698 3.477 0.858 0.978 2.563 2.359 4.107 1.277 1.550 1.740 1.162 1.607 2.780 nan 2.145 2.429 0.936 2.619 2.021 1.442 1.299 2.032 1.164 0.763 1.091 2.184 0.320 1.093 0.395 1.781 0.955 1.624 2.026 0.477 0.857 0.790 0.763 0.559 0.495 0.356 0.331 0.363 0.304 3.602 1.086 1.737 0.728 0.616 1.652 0.976 2.683 2.799 0.182 0.490 0.398 2.348 0.618 1.736 0.428 0.850 0.396 0.277 1.634 0.969 0.677 0.359 0.507 0.272 832 chr14 23745915 23757620 + 0 NA intron (NM_020834, intron 1 of 1) intron (NM_020834, intron 1 of 1) 3542 NM_020834 57594 Hs.632332 NM_020834 ENSG00000215271 HOMEZ KIAA1443 homeobox and leucine zipper encoding protein-coding nan 1.977 3.010 1.490 1.131 1.126 0.599 0.589 0.595 0.471 1.010 0.300 0.647 1.335 0.762 0.366 0.253 0.994 0.658 0.731 0.169 1.078 0.441 0.699 4.072 2.461 1.665 2.675 0.474 0.822 1.335 0.107 1.297 0.383 0.533 1.002 0.410 1.531 1.656 0.671 0.383 2.296 2.438 0.392 0.824 0.472 0.467 0.661 1.114 1.573 1.849 1.354 1.317 0.269 1.524 1.604 1.173 1.643 1.529 nan 2.457 2.538 0.685 1.322 1.108 1.094 5.866 10.905 0.881 0.634 1.279 0.788 0.328 0.731 0.296 1.293 0.591 0.819 0.715 0.308 0.928 0.221 0.658 1.039 0.771 0.293 0.830 0.358 0.289 1.073 1.320 1.046 0.977 0.935 0.471 1.012 0.831 0.994 0.670 0.431 0.333 1.418 0.771 0.504 0.233 1.017 0.210 0.342 0.659 4.128 0.856 0.307 0.364 0.170 2341 chr6 106226868 106268354 + 0 NA Intergenic Intergenic -286584 NM_001198 639 Hs.436023 NM_001198 ENSG00000057657 PRDM1 BLIMP1|PRDI-BF1 PR/SET domain 1 protein-coding 1.267 nan nan 0.180 0.283 0.365 0.143 0.094 0.013 0.287 0.490 0.054 0.513 0.735 0.108 0.068 0.067 0.101 0.169 0.220 0.018 0.138 0.428 0.084 4.219 0.533 0.367 0.510 0.498 0.874 0.099 0.137 0.235 0.184 0.138 0.167 0.057 0.083 0.330 0.795 0.225 0.626 0.493 0.113 1.101 0.110 11.834 9.576 0.261 0.432 0.412 nan 0.258 0.135 0.216 0.256 0.775 1.028 0.568 0.661 nan 0.566 0.147 0.222 0.150 0.150 0.507 1.064 0.545 0.532 0.084 0.446 0.169 1.023 0.022 0.090 0.017 1.041 0.560 0.030 0.332 0.030 0.032 0.191 0.123 0.099 0.255 0.479 0.922 0.282 0.522 0.410 0.122 0.841 0.287 0.238 0.110 0.101 0.448 0.219 0.179 0.149 0.034 0.179 0.057 0.209 0.062 1.357 0.029 0.802 0.128 0.124 0.035 0.025 2135 chr5 50665802 50696682 + 0 NA intron (NM_002202, intron 2 of 5) intron (NM_002202, intron 2 of 5) -2076 NR_046243 642366 Hs.544139 NR_046243 LOC642366 - uncharacterized LOC642366 ncRNA nan nan 0.640 0.800 1.279 2.945 1.577 0.088 0.500 1.765 0.068 0.052 0.153 0.303 0.304 1.797 1.185 4.714 0.765 0.114 0.116 0.062 0.082 0.922 0.647 0.285 0.255 3.747 0.138 0.173 0.669 0.123 1.146 0.405 0.039 0.807 0.062 0.253 0.134 1.233 0.319 0.721 0.319 0.271 0.081 0.594 0.133 0.093 6.087 6.879 20.274 19.857 nan 0.704 0.057 0.041 0.163 0.239 0.434 0.673 nan 1.940 0.055 0.071 6.979 5.346 0.195 0.315 1.677 1.031 3.917 0.177 0.075 0.018 0.336 4.556 0.009 1.566 1.354 0.052 0.060 2.144 1.242 0.182 0.043 0.041 0.022 0.201 0.231 0.540 0.053 0.242 0.419 0.028 1.765 0.212 0.030 4.714 0.031 0.029 0.136 0.293 0.128 0.189 0.012 0.062 0.148 0.108 0.013 0.087 0.330 0.126 0.050 0.030 828 chr14 21731491 21749331 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2773 NM_031314 3183 Hs.508848 NM_004500 ENSG00000092199 HNRNPC C1|C2|HNRNP|HNRPC|SNRPC heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C (C1/C2) protein-coding nan 1.472 2.060 2.110 1.530 2.071 1.091 0.750 0.498 1.219 1.594 0.243 0.467 1.552 1.178 0.565 0.449 1.275 0.751 0.961 0.479 1.280 0.453 0.710 2.477 1.760 1.534 2.647 0.860 1.187 1.274 0.149 1.577 0.338 0.515 1.678 0.273 1.574 1.566 0.812 0.335 1.948 2.401 0.459 1.394 0.381 1.485 1.308 2.459 3.342 2.758 2.887 2.559 1.771 5.016 5.571 3.064 3.849 2.822 nan 8.542 7.540 1.778 2.647 2.317 2.550 4.513 5.333 1.464 0.921 1.655 1.405 0.264 1.146 0.492 1.320 0.689 1.102 0.876 0.319 1.479 0.368 1.082 1.156 0.748 0.402 0.831 0.380 0.359 1.356 0.972 0.767 0.738 1.047 1.219 1.131 1.546 1.275 0.637 0.413 1.622 1.124 0.641 0.551 0.285 1.253 0.562 0.644 0.616 2.268 0.783 0.585 0.591 0.391 276 chr1 197922451 197929834 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 39625 NM_020204 56956 Hs.442578 NM_020204 ENSG00000143355 LHX9 - LIM homeobox 9 protein-coding 1.186 nan 0.957 0.514 0.450 0.787 0.477 0.031 0.191 0.438 0.070 0.026 0.057 0.026 0.909 0.414 0.307 0.340 0.288 0.034 0.120 0.028 0.079 0.218 0.077 1.027 2.113 0.020 0.130 0.029 0.053 0.231 0.031 0.149 0.010 0.057 0.207 0.177 0.043 0.103 0.125 0.151 0.182 0.057 0.842 1.004 0.454 0.701 0.927 0.943 0.177 0.107 0.418 0.385 0.417 nan 2.205 1.580 0.448 0.192 0.404 0.484 1.489 1.381 0.521 0.925 2.074 1.400 0.023 0.058 0.039 0.126 0.065 0.219 0.037 1.017 0.527 0.030 0.139 0.193 0.097 0.125 0.008 0.011 0.333 0.021 0.017 0.190 0.221 0.058 4.298 0.099 0.191 0.068 0.025 0.307 0.033 0.044 0.048 0.055 0.055 0.006 0.022 0.062 0.108 0.159 0.120 0.117 0.008 0.007 102 chr1 45195016 45206618 + 0 NA Intergenic Intergenic -4673 NM_006845 11004 Hs.720061 NM_006845 ENSG00000142945 KIF2C CT139|KNSL6|MCAK kinesin family member 2C protein-coding nan 1.628 nan 1.743 2.224 1.302 0.682 3.559 1.852 1.314 1.501 0.690 0.981 2.309 2.035 1.069 0.762 0.577 0.796 2.271 0.500 2.636 0.889 0.676 4.546 1.676 1.251 4.763 1.277 4.834 4.276 0.218 2.589 0.673 0.984 2.176 0.727 4.026 2.223 1.362 0.429 1.187 5.569 1.093 3.760 0.817 2.996 2.812 2.694 4.247 2.920 3.007 2.978 1.981 6.633 7.069 2.262 nan nan 4.274 2.871 2.555 3.313 nan 1.143 1.611 3.099 4.528 1.600 0.893 1.626 2.261 0.967 2.359 0.646 1.092 0.957 1.274 1.231 1.439 2.019 0.195 1.344 5.873 1.607 0.775 2.224 0.508 0.417 3.194 1.705 3.202 1.603 1.904 1.314 2.873 2.925 0.577 0.604 4.695 0.624 2.414 1.239 2.013 0.980 1.463 1.144 3.443 1.309 1.260 1.167 2.060 1.424 1.066 1920 chr3 71613147 71636024 + 0 NA intron (NM_001012505, intron 2 of 6) intron (NM_001012505, intron 2 of 6) 8319 NM_001244808 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 1.672 0.909 2.165 1.322 2.260 0.878 0.409 1.900 0.750 0.582 0.464 0.070 0.473 1.307 1.254 1.350 0.634 1.183 0.412 0.722 1.175 1.448 0.312 0.352 4.532 3.205 1.653 3.179 0.885 0.262 0.205 0.075 5.642 0.816 0.329 2.353 0.650 2.754 0.494 1.781 0.243 1.781 1.465 1.652 0.700 1.102 0.574 0.709 3.228 nan 1.464 1.449 1.663 0.785 2.320 2.416 0.099 0.145 1.995 3.354 6.398 6.787 0.475 1.341 2.194 1.615 0.365 nan 1.409 0.817 0.176 1.164 1.403 1.076 1.193 1.321 1.225 0.924 1.090 0.067 0.040 0.578 1.120 2.179 1.269 0.622 0.666 1.679 1.499 1.220 0.940 0.397 1.012 1.385 0.582 1.009 4.496 1.183 0.738 0.890 0.217 0.551 1.616 0.513 0.037 1.819 2.430 0.191 0.626 0.168 1.913 0.235 0.025 0.034 2465 chr7 99693552 99700858 + 0 NA intron (NM_005916, intron 3 of 14) intron (NM_005916, intron 3 of 14) 1198 NM_182776 4176 Hs.438720 NM_005916 ENSG00000166508 MCM7 CDC47|MCM2|P1.1-MCM3|P1CDC47|P85MCM|PNAS146|PPP1R104 minichromosome maintenance complex component 7 protein-coding nan 2.085 nan 5.637 1.420 6.214 3.520 3.418 0.755 3.550 2.055 0.285 0.646 2.221 3.163 3.524 1.251 4.498 4.056 2.698 0.746 4.869 0.779 2.364 5.172 3.004 5.242 8.315 1.361 2.400 6.072 0.226 4.318 1.526 1.647 0.899 0.700 3.648 3.105 1.621 1.555 3.864 5.361 2.135 2.259 1.650 7.250 6.225 5.183 7.390 9.394 10.608 5.826 4.648 10.657 10.662 2.606 3.923 6.287 9.845 6.458 6.999 5.242 7.557 6.129 7.177 7.330 nan 4.363 2.088 3.726 2.205 1.164 1.673 2.092 4.677 2.424 0.880 0.982 2.266 2.903 1.722 3.022 5.053 2.605 1.179 2.447 2.353 1.428 2.962 2.939 5.465 1.228 2.172 3.550 3.857 3.075 4.498 2.565 2.587 1.174 5.409 1.789 1.732 3.692 2.313 1.074 1.559 2.302 2.029 1.134 0.776 3.072 2.269 1831 chr22 24107063 24121146 + 0 NA promoter-TSS (NM_005940) promoter-TSS (NM_005940) -902 NM_005940 4320 Hs.143751 NM_005940 ENSG00000099953 MMP11 SL-3|ST3|STMY3 matrix metallopeptidase 11 protein-coding 1.559 nan 1.521 1.239 0.808 1.005 0.539 0.941 0.092 0.806 0.433 0.284 0.702 1.146 0.488 0.846 0.292 2.401 1.812 0.702 0.062 0.828 0.314 0.392 nan 1.096 1.159 4.665 0.343 1.074 0.757 0.070 1.969 0.242 0.227 1.484 0.353 0.775 1.335 0.287 0.628 1.886 1.827 0.255 0.646 0.303 2.372 2.433 1.517 2.022 2.790 2.221 3.552 1.168 2.466 2.749 1.380 2.230 2.109 2.659 2.560 2.626 0.976 1.280 2.115 2.333 1.542 2.381 3.533 1.764 0.499 0.880 0.408 1.008 0.526 1.565 0.304 0.373 0.237 1.278 1.256 0.354 0.913 0.575 0.877 0.687 0.317 0.493 0.474 0.221 1.041 1.979 1.614 0.889 0.806 1.096 1.405 2.401 0.617 0.594 1.133 2.303 1.037 0.043 0.038 0.728 0.040 0.417 0.540 0.750 0.321 0.214 0.033 0.040 2639 chr9 2228243 2244466 + 0 NA Intergenic Intergenic 77898 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 1.137 2.227 1.693 1.048 0.296 1.254 0.675 0.072 0.252 0.979 0.325 0.150 0.058 0.201 0.047 1.371 0.661 1.877 0.582 0.439 0.097 0.101 0.020 0.559 0.293 0.164 0.061 4.950 0.255 0.442 0.081 0.069 0.253 0.124 0.132 0.045 0.117 0.258 0.345 0.067 0.360 1.332 1.260 0.069 0.160 0.328 0.406 0.348 0.701 1.190 3.334 3.154 3.977 2.156 0.550 0.699 1.677 2.255 2.201 3.194 1.611 2.012 0.724 1.123 1.462 0.996 0.864 nan 2.600 1.682 1.890 0.157 0.082 0.182 0.055 3.316 0.008 0.048 0.017 0.095 0.120 0.195 0.250 0.057 0.059 0.072 0.042 0.288 0.231 0.296 0.381 0.083 0.281 0.074 0.979 0.358 0.011 1.877 0.280 0.055 0.898 0.086 0.598 0.025 0.010 0.014 0.143 0.213 0.583 0.139 0.102 0.023 0.317 0.242 1218 chr17 46547280 46612452 + 0 NA Intergenic Intergenic 28406 NM_002144 3211 Hs.99992 NM_002144 ENSG00000120094 HOXB1 HCFP3|HOX2|HOX2I|Hox-2.9 homeobox B1 protein-coding 0.680 2.815 nan 1.176 0.292 1.676 0.888 0.658 0.065 0.091 0.096 0.099 0.562 0.758 0.056 1.544 0.713 1.343 0.131 0.951 0.315 0.117 1.200 0.233 nan 1.409 0.853 4.427 0.319 0.217 0.087 0.125 0.223 1.363 0.476 0.593 0.517 1.669 0.351 0.907 0.075 0.343 0.456 0.148 0.615 0.390 0.387 0.343 0.125 0.216 1.176 nan 1.853 1.031 0.489 0.537 0.177 0.346 1.974 nan 0.396 0.157 0.181 0.237 1.655 1.323 0.127 0.215 2.087 1.105 0.611 2.322 0.067 0.887 0.118 2.597 0.139 1.445 0.885 0.079 0.104 0.588 0.035 2.402 0.943 0.544 0.391 0.109 0.167 3.193 0.894 1.543 0.141 0.445 0.091 0.539 1.207 1.343 0.161 0.975 0.024 0.229 0.555 2.071 0.622 0.334 0.716 0.261 0.041 0.051 1.323 0.195 3.209 2.664 1404 chr19 14116093 14118471 + 0 NA promoter-TSS (NM_002918) promoter-TSS (NM_002918) -148 NM_002918 5989 Hs.655215 NM_002918 ENSG00000132005 RFX1 EFC|RFX regulatory factor X1 protein-coding 9.225 5.227 7.810 6.851 3.112 7.632 4.158 3.982 2.306 6.026 2.141 0.338 1.255 4.775 3.982 4.014 0.493 7.659 3.631 1.864 1.301 5.995 1.422 5.252 9.875 6.738 4.944 10.522 1.523 3.638 4.853 0.187 8.059 1.059 1.765 6.265 1.637 4.653 4.480 3.554 1.747 4.094 8.339 2.736 6.739 1.852 5.282 9.944 7.485 11.118 11.927 10.330 14.041 23.480 23.893 23.835 6.065 8.061 11.448 21.805 12.437 14.089 3.509 4.885 15.004 11.476 14.699 10.517 6.007 4.530 3.839 2.527 2.212 2.031 2.747 3.913 5.032 4.327 5.780 4.327 3.570 1.477 2.276 6.020 3.668 1.667 2.183 1.569 0.660 4.824 4.671 5.970 4.215 3.744 6.026 8.859 2.981 7.659 2.312 4.122 2.114 6.943 4.201 4.017 1.758 5.157 2.711 1.741 1.205 3.936 2.099 0.949 1.475 0.833 2398 chr7 4749869 4754564 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 1 of 8) intron (NM_001037165, intron 1 of 8) 30286 NM_001037165 221937 Hs.487393 NM_001037165 ENSG00000164916 FOXK1 FOXK1L forkhead box K1 protein-coding 1.374 2.136 0.917 1.072 0.077 0.621 0.478 1.077 0.302 1.112 0.623 0.317 0.161 0.959 0.121 0.200 0.230 0.944 0.183 0.817 0.132 2.078 1.168 0.455 5.760 1.854 4.394 nan 0.750 0.249 0.189 0.178 0.259 1.155 0.115 2.723 0.062 0.079 0.274 0.582 0.635 0.269 0.198 0.227 1.258 0.867 1.038 2.078 nan 1.115 0.945 nan 0.170 2.412 2.636 0.575 0.700 nan 6.198 0.314 0.126 0.575 0.626 0.107 0.128 0.236 0.560 0.709 0.382 1.736 1.917 0.020 0.337 0.741 0.718 0.029 1.562 1.398 0.078 0.583 0.062 0.099 0.137 0.153 0.067 1.176 0.165 0.207 0.254 1.340 0.253 0.594 0.752 1.112 3.013 3.797 0.944 0.184 0.237 0.042 0.135 5.604 0.116 0.027 1.631 0.164 0.024 0.684 0.106 0.437 0.454 0.086 0.044 1543 chr2 28577568 28593959 + 0 NA Intergenic Intergenic -30016 NM_005253 2355 Hs.220971 NM_005253 ENSG00000075426 FOSL2 FRA2 FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 1.243 0.581 0.747 0.283 0.280 0.399 0.292 3.492 0.038 0.413 0.514 0.108 0.857 0.602 0.149 0.181 0.116 0.190 0.358 0.264 0.091 0.175 0.444 0.205 4.550 0.637 0.181 1.040 0.463 0.196 0.157 0.082 0.756 1.138 1.693 6.698 0.429 0.465 0.414 0.490 0.438 0.559 1.029 0.538 1.156 0.447 0.398 0.347 0.323 0.578 0.534 0.488 1.073 0.343 0.755 0.769 0.766 1.287 0.464 nan 0.780 0.702 0.285 0.347 0.166 0.166 0.434 0.760 0.957 0.679 0.492 1.932 0.082 2.676 0.013 0.169 0.059 0.861 0.469 0.162 0.257 0.012 0.141 0.320 0.699 0.190 0.103 0.125 0.103 0.201 0.785 0.513 4.276 3.516 0.413 1.460 0.465 0.190 1.402 0.459 0.155 0.443 0.999 0.281 0.227 1.322 0.109 0.044 0.060 0.202 0.990 0.167 0.088 0.083 259 chr1 173792069 173795053 + 0 NA promoter-TSS (NM_001171182) promoter-TSS (NM_001171182) 216 NM_001127181 91687 Hs.531856 NM_033319 ENSG00000120334 CENPL C1orf155|CENP-L|dJ383J4.3 centromere protein L protein-coding 7.934 7.444 5.351 5.426 7.423 6.001 3.591 4.437 2.416 6.573 6.952 0.902 3.750 7.822 4.307 4.288 1.573 6.785 4.232 4.764 2.199 5.488 3.626 2.548 9.112 3.677 4.514 15.950 5.099 5.516 7.591 0.235 9.282 1.972 3.461 4.280 1.625 10.117 5.941 5.709 1.296 6.729 15.651 3.908 3.752 4.877 7.505 7.995 18.785 23.189 15.659 12.610 10.445 5.217 20.875 22.301 8.073 9.541 10.858 14.362 9.534 9.856 7.553 13.743 11.917 12.340 9.394 10.368 3.709 2.188 5.279 6.108 2.209 5.635 1.251 10.374 3.157 5.173 5.175 3.236 11.228 2.146 3.435 7.102 9.225 4.000 2.882 3.008 2.828 6.520 5.057 6.684 4.049 4.398 6.573 10.055 8.580 6.785 2.243 2.384 1.912 6.042 3.995 6.953 2.184 3.456 3.235 3.705 3.820 3.182 4.198 4.447 5.382 3.767 424 chr10 119300288 119306172 + 0 NA intron (NM_001165924, intron 1 of 1) CpG -1130 NR_144378 196047 Hs.312592 NR_002791 ENSG00000229847 EMX2OS EMX2-AS1|NCRNA00045 EMX2 opposite strand/antisense RNA ncRNA 0.630 nan 0.395 0.030 0.050 0.983 0.355 0.037 0.011 0.997 0.089 0.054 0.070 0.011 0.159 0.140 0.082 2.234 0.018 0.021 0.035 0.110 0.147 0.082 0.060 1.837 0.109 0.112 0.028 1.557 0.062 0.012 0.324 0.018 0.083 0.222 0.198 0.059 0.016 0.036 1.154 3.415 2.184 2.130 0.074 0.176 1.339 0.426 0.086 0.104 0.433 0.863 0.087 0.138 0.648 0.643 0.349 0.291 3.563 3.400 0.064 0.065 0.527 0.384 0.009 0.037 0.032 0.024 0.123 0.318 0.212 0.062 0.049 0.063 1.797 6.689 0.140 0.062 0.052 0.707 0.362 0.093 0.233 0.109 0.069 0.997 0.063 0.082 0.029 0.067 0.888 0.034 0.013 0.020 0.026 0.016 0.008 1625 chr2 171778064 171788384 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -1724 NM_001201428 26003 Hs.431317 NM_015530 ENSG00000115806 GORASP2 GOLPH6|GRASP55|GRS2|p59 golgi reassembly stacking protein 2 protein-coding 2.665 2.498 3.600 3.122 1.478 1.945 1.178 1.462 1.045 1.293 0.870 0.124 0.534 3.241 2.240 1.090 0.669 1.670 1.004 1.503 0.480 1.894 0.632 1.070 4.951 3.646 2.395 3.779 0.946 2.176 1.419 0.087 1.940 0.735 0.987 2.868 0.395 1.327 2.529 1.300 0.421 1.568 3.452 1.170 2.265 1.039 2.160 2.439 2.680 3.696 2.484 2.376 4.537 1.769 10.314 10.634 1.626 2.334 7.648 10.352 2.793 3.399 1.938 2.771 1.573 1.719 3.621 4.033 1.651 0.872 1.793 1.414 0.556 0.873 0.746 0.915 0.994 0.991 1.189 0.664 1.150 0.147 0.751 2.300 1.338 0.713 0.744 0.985 1.004 1.244 1.617 1.586 0.697 1.410 1.293 3.028 1.859 1.670 0.605 0.964 0.480 2.462 0.662 0.526 0.671 1.091 0.495 1.304 0.808 0.890 1.406 0.962 0.642 0.425 163 chr1 119582718 119596047 + 0 NA promoter-TSS (NR_126447) promoter-TSS (NR_126447) -646 NR_126447 104472716 Hs.689536 NR_126447 WARS2-IT1 - WARS2 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.838 1.083 0.121 0.108 0.248 0.126 0.099 0.019 0.126 0.251 0.181 0.014 0.103 0.015 0.059 0.049 0.072 0.183 0.239 0.045 0.043 0.089 0.154 0.067 0.047 0.336 0.044 0.217 0.049 0.170 0.308 0.027 0.061 0.132 0.018 0.088 0.112 0.016 0.127 0.495 1.752 0.094 0.209 0.094 0.387 0.444 0.314 0.401 0.292 nan 0.179 0.113 0.545 0.609 3.748 4.374 0.297 0.303 0.329 0.128 0.692 0.673 0.057 0.081 0.436 1.058 0.717 0.502 0.047 0.087 0.022 0.201 0.090 0.093 0.046 0.027 0.028 0.044 0.012 0.139 0.104 0.027 0.018 0.034 0.024 0.063 0.127 0.024 0.011 0.018 0.060 0.126 0.064 0.090 0.072 0.036 0.038 0.036 0.044 0.046 0.054 0.077 0.058 0.069 0.329 0.326 0.045 0.050 0.022 0.015 1106 chr17 1943346 1946357 + 0 NA promoter-TSS (NM_080822) promoter-TSS (NM_080822) -426 NM_080822 124641 Hs.513856 NM_080822 ENSG00000262664 OVCA2 - ovarian tumor suppressor candidate 2 protein-coding 6.637 2.495 3.590 1.690 2.272 3.534 2.399 2.128 1.394 3.293 1.263 0.004 0.884 2.294 3.945 0.782 0.413 3.504 0.969 1.244 0.756 1.852 0.773 1.200 5.150 3.634 3.593 6.774 0.727 1.544 5.956 0.181 3.726 0.978 1.266 3.258 0.599 2.101 2.374 1.188 0.768 3.159 3.985 1.528 2.239 1.907 4.612 7.774 4.815 6.352 6.901 6.925 6.017 3.098 4.099 4.087 3.436 5.344 4.615 7.047 10.256 12.777 1.268 2.511 2.722 2.461 14.269 17.508 2.275 1.190 3.233 1.559 1.074 1.777 2.120 2.169 1.013 0.774 1.092 1.378 2.329 0.662 1.150 3.588 2.505 0.879 1.534 0.810 0.803 1.825 3.892 4.135 1.291 1.322 3.293 2.420 3.622 3.504 1.515 1.269 1.970 6.631 5.601 0.842 0.529 2.651 0.961 0.656 0.483 10.432 1.388 0.541 1.687 1.151 1402 chr19 13991175 14000582 + 0 NA intron (NM_001345848, intron 6 of 7) intron (NM_001345848, intron 6 of 7) 7815 NM_001098622 342977 Hs.127982 NM_001098622 ENSG00000187556 NANOS3 NANOS1L|NOS3|ZC2HC12C nanos C2HC-type zinc finger 3 protein-coding 3.334 1.580 3.343 0.383 0.395 0.747 0.493 0.398 0.100 0.820 0.260 0.034 0.262 0.461 0.596 0.431 0.237 0.468 5.271 0.554 0.100 0.387 0.481 0.427 nan 0.674 0.490 0.794 0.184 0.767 0.260 0.071 1.033 0.125 0.205 0.619 0.210 0.432 0.944 0.354 0.898 0.894 2.010 0.303 0.605 0.231 1.681 3.018 3.047 3.041 1.267 1.345 2.209 0.492 1.667 1.874 0.773 1.542 1.354 2.400 2.010 1.508 0.854 0.839 3.415 3.530 0.930 1.133 3.093 1.727 1.779 0.864 0.292 0.761 0.228 0.297 0.261 1.089 0.926 0.493 1.363 0.880 0.464 0.531 0.153 0.180 0.298 0.363 0.371 0.585 1.116 0.628 0.568 0.663 0.820 0.650 0.232 0.468 0.528 0.490 1.004 1.158 0.545 0.453 0.120 0.652 0.284 0.586 0.825 0.281 0.372 0.270 0.072 0.026 1836 chr22 29456764 29513193 + 0 NA intron (NM_032045, intron 1 of 9) L2a|LINE|L2 15912 NM_001039570 83999 Hs.229335 NM_032045 ENSG00000183762 KREMEN1 KREMEN|KRM1 kringle containing transmembrane protein 1 protein-coding nan 0.734 0.885 0.262 0.125 0.488 0.213 0.144 0.114 0.347 0.241 0.100 0.060 0.216 0.042 0.070 0.107 0.617 0.334 0.276 0.064 0.160 0.041 0.135 nan 0.218 0.321 0.593 0.026 3.642 0.092 0.081 0.560 0.032 0.102 0.295 0.039 0.080 0.595 0.051 0.210 0.340 0.476 0.127 0.152 0.118 0.418 0.381 2.977 nan 0.583 0.584 0.618 0.221 0.472 0.488 1.247 nan 1.219 1.012 1.504 1.097 0.165 0.278 1.136 1.461 0.976 nan 1.505 1.097 0.178 0.087 0.053 0.164 0.085 0.204 0.034 0.071 0.039 0.059 0.072 0.451 0.081 0.118 0.057 0.055 0.042 0.952 1.072 0.135 0.247 0.159 0.071 0.164 0.347 0.247 0.060 0.617 0.080 0.216 0.809 0.238 0.174 0.016 0.011 0.151 0.096 3.222 0.053 1.073 0.054 0.040 0.013 0.016 2402 chr7 5587477 5611068 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -29040 NM_001101 60 Hs.520640 NM_001101 ENSG00000075624 ACTB BRWS1|PS1TP5BP1 actin beta protein-coding 2.601 1.505 2.224 1.037 3.383 0.821 0.405 3.396 1.486 1.221 1.170 0.408 0.698 1.147 3.887 0.476 0.331 1.422 1.331 1.359 0.756 2.474 0.989 1.404 nan 1.618 1.768 nan 0.998 0.997 3.264 0.190 1.845 0.943 0.990 2.162 0.606 1.395 1.510 1.288 0.663 2.816 2.223 2.072 2.111 0.547 1.669 1.517 1.473 nan 1.965 1.297 nan 0.819 3.484 3.594 1.070 1.640 nan 3.939 1.040 0.814 0.525 0.682 1.572 2.056 1.484 2.124 0.979 0.680 0.582 1.383 1.093 2.255 0.182 0.695 1.556 2.131 2.249 1.742 3.486 0.217 0.535 3.907 2.109 1.041 0.848 0.721 0.643 1.923 3.689 3.508 0.850 2.185 1.221 2.197 2.355 1.422 2.045 1.682 0.794 4.863 1.269 1.607 1.225 1.430 0.969 0.833 0.286 0.650 1.926 0.644 0.724 0.402 1531 chr2 19806063 19813994 + 0 NA Intergenic Intergenic -251656 NM_145260 130497 Hs.123933 NM_145260 ENSG00000143867 OSR1 ODD odd-skipped related transciption factor 1 protein-coding 0.659 0.501 0.687 0.455 0.287 0.258 0.055 1.351 0.032 0.518 0.338 0.103 0.951 0.711 0.141 0.197 0.176 0.091 0.161 0.407 0.297 0.161 0.039 0.273 0.271 0.040 0.100 0.389 0.110 0.121 0.042 0.164 0.162 0.803 0.087 0.323 0.122 0.295 0.339 0.344 0.090 0.072 0.187 0.911 2.323 0.683 0.473 0.230 0.206 0.313 0.309 0.245 8.856 3.748 0.241 0.218 0.136 0.286 2.028 nan 0.913 0.580 0.170 0.220 0.143 0.066 0.281 nan 0.547 0.464 0.042 1.541 0.024 4.339 0.583 0.145 1.493 0.939 0.010 0.367 0.036 0.051 0.568 0.175 0.128 0.212 0.019 0.076 11.868 0.616 0.045 0.336 0.208 0.518 0.402 0.109 0.091 0.571 0.116 0.221 0.103 0.038 0.607 0.106 0.919 0.580 0.088 0.037 0.079 0.212 0.097 11.152 13.283 2731 chr9 137326129 137355230 + 0 NA Intergenic Intergenic 42251 NM_001291921 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 0.836 0.887 0.109 0.071 0.302 0.154 0.655 0.019 0.601 1.208 0.211 0.117 0.204 0.043 0.065 0.055 0.575 0.271 0.149 0.140 0.159 0.037 0.616 0.464 0.175 0.183 1.097 0.093 0.092 0.057 0.059 0.414 0.073 0.110 0.534 1.350 2.816 0.496 0.064 0.098 0.329 0.383 0.440 0.120 0.164 0.277 0.332 0.167 0.385 0.606 0.666 nan 0.044 0.134 0.146 0.263 0.468 0.340 0.399 1.772 1.868 0.164 0.216 0.236 0.273 0.267 0.524 0.535 0.412 0.741 0.316 0.410 0.564 0.045 0.062 0.014 0.948 0.895 0.063 0.184 0.033 0.038 0.269 0.148 0.117 0.108 0.043 0.025 0.097 0.440 0.081 0.304 0.160 0.601 0.297 0.095 0.575 0.088 0.313 0.431 0.188 0.243 0.499 0.013 0.559 0.147 0.028 0.047 0.154 0.536 0.039 0.165 0.118 1841 chr22 34458420 34474726 + 0 NA Intergenic MER46C|DNA|TcMar-Tigger -150157 NM_133642 9215 Hs.474667 NM_004737 ENSG00000133424 LARGE1 LARGE|MDC1D|MDDGA6|MDDGB6 LARGE xylosyl- and glucuronyltransferase 1 protein-coding nan 0.572 1.008 0.049 0.044 0.207 0.089 0.065 0.008 0.127 0.051 0.050 0.012 0.052 0.016 0.019 0.061 0.066 0.231 0.129 0.046 0.116 nan 0.034 0.038 0.218 0.027 0.052 0.007 0.061 0.089 0.028 0.030 0.010 0.068 0.194 0.007 0.005 0.114 0.109 0.082 0.083 0.020 0.273 0.158 0.131 nan 0.217 0.256 0.077 0.040 0.051 0.058 0.151 nan 0.203 0.293 1.420 1.562 0.146 0.143 0.031 0.058 1.151 5.631 0.259 0.291 0.007 0.030 0.006 0.040 0.008 0.062 0.009 0.009 0.026 0.012 0.030 0.056 0.018 0.005 0.033 0.014 0.022 0.148 0.030 0.031 0.010 0.045 0.127 0.043 0.066 0.047 0.030 0.004 0.081 0.008 0.003 0.034 0.027 0.042 0.051 2.585 0.009 0.011 0.007 0.016 347 chr10 1280675 1287420 + 0 NA intron (NM_018702, intron 5 of 9) intron (NM_018702, intron 5 of 9) 78339 NR_015376 399706 Hs.721191 NM_001010910 ENSG00000229205 LINC00200 C10orf139|NCRNA00200 long intergenic non-protein coding RNA 200 ncRNA 0.550 0.367 0.965 1.474 0.131 1.396 0.596 0.034 1.915 0.186 0.118 0.015 0.026 0.398 0.290 6.843 0.115 0.158 0.018 0.120 0.016 0.143 0.269 0.084 0.105 2.450 0.111 0.420 0.109 0.162 0.091 0.069 0.059 0.051 0.454 0.142 0.239 0.174 0.103 0.140 0.444 0.680 0.151 0.227 1.547 2.150 3.005 1.251 2.493 3.409 0.183 0.252 2.289 2.062 0.162 0.088 0.331 0.264 0.124 0.082 0.150 0.225 0.298 0.228 0.212 0.042 0.121 2.346 1.099 0.054 0.010 0.028 0.325 0.142 0.029 0.095 0.205 0.107 0.057 0.067 0.104 0.037 0.192 0.278 0.095 0.046 0.255 1.915 0.052 6.843 0.220 1.322 0.613 4.920 0.030 0.082 0.033 0.034 0.278 0.055 0.022 0.154 0.034 0.008 2738 chr9 139775592 139782370 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1984 NM_021138 7186 Hs.522506 NM_021138 ENSG00000127191 TRAF2 MGC:45012|TRAP|TRAP3 TNF receptor associated factor 2 protein-coding nan 2.387 1.732 2.709 3.784 1.851 1.072 7.279 0.349 1.613 1.977 0.380 1.816 5.021 1.247 0.858 0.583 2.144 0.748 1.293 0.805 5.120 1.269 5.099 3.981 1.873 1.430 4.241 1.939 0.662 1.644 0.117 2.278 0.966 3.226 5.752 1.294 3.213 2.329 2.390 0.550 2.957 1.992 4.303 1.918 1.261 0.922 1.386 1.466 2.744 2.831 2.682 nan 0.662 0.793 0.978 0.935 1.444 2.236 3.855 2.213 2.653 0.993 1.554 1.860 1.775 1.223 1.912 1.584 0.973 0.913 1.755 0.998 1.601 1.027 1.378 0.573 3.104 3.640 2.475 3.202 0.757 0.682 18.666 4.831 2.267 1.481 1.371 0.501 3.141 6.097 4.340 4.613 4.328 1.613 4.958 2.020 2.144 1.166 6.424 0.522 6.611 2.724 1.806 1.568 2.278 1.099 0.564 0.423 0.730 1.445 1.215 0.817 0.515 1333 chr18 47415093 47439514 + 0 NA intron (NM_001080467, intron 21 of 39) MIRb|SINE|MIR 86910 NR_117096 103091864 Hs.646459 NR_117096 ENSG00000267322 SNHG22 SCARNA17|SCARNA17HG small nucleolar RNA host gene 22 ncRNA nan 1.192 1.067 1.032 0.092 0.277 0.164 0.071 0.007 0.688 0.042 0.059 0.102 0.299 0.026 0.475 0.249 0.164 0.198 0.247 0.147 0.073 0.225 0.070 0.319 0.165 0.170 1.489 0.150 0.105 0.031 0.099 0.095 0.228 0.037 0.045 0.044 0.154 0.139 0.023 0.074 0.101 0.051 0.144 0.039 0.501 0.553 0.199 0.318 0.696 0.886 1.126 0.288 0.190 0.185 0.257 0.384 0.751 0.878 0.375 0.193 0.236 0.287 1.899 2.760 0.186 nan 3.825 2.216 2.480 0.661 0.008 0.047 0.135 0.345 0.017 0.201 0.051 0.027 0.068 0.487 0.417 0.098 0.264 0.201 0.142 0.054 0.054 0.106 0.050 0.013 0.093 0.213 0.688 0.222 0.167 0.164 0.055 0.010 0.113 0.055 0.095 0.008 0.036 0.126 0.368 0.024 0.032 0.040 0.041 0.108 0.745 0.608 2586 chr8 102613377 102622015 + 0 NA intron (NM_001330593, intron 8 of 15) intron (NM_001330593, intron 8 of 15) 113028 NM_024915 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.325 nan nan 1.023 0.689 1.434 0.927 0.341 3.530 1.067 0.262 0.130 0.704 1.338 0.057 0.181 0.133 2.382 0.132 1.637 0.014 0.485 1.487 0.211 7.860 2.407 3.275 2.120 2.477 0.190 0.091 0.055 1.208 0.490 0.333 2.162 0.027 0.056 0.850 0.805 0.059 1.342 0.364 0.179 2.352 1.204 0.722 1.069 5.585 10.443 3.047 3.081 5.570 2.548 0.587 0.606 0.709 nan 1.921 nan nan 0.170 0.971 1.904 3.679 3.625 0.150 nan 1.804 1.058 0.401 3.684 2.433 0.699 0.150 0.445 0.016 0.918 0.417 0.034 0.563 0.996 0.222 0.107 0.091 0.082 1.079 0.201 0.241 0.186 0.829 0.066 1.892 4.828 1.067 1.532 0.882 2.382 1.273 3.450 0.074 0.877 0.008 2.448 0.647 0.078 0.186 0.470 0.128 1.887 0.856 0.045 0.023 434 chr10 132956156 132965609 + 0 NA intron (NM_174937, intron 6 of 11) intron (NM_174937, intron 6 of 11) 67401 NR_120623 101927489 NR_120623 ENSG00000230098 TCERG1L-AS1 - TCERG1L antisense RNA 1 ncRNA 0.503 1.107 0.797 0.430 0.048 8.535 4.832 0.099 0.006 0.531 0.095 0.041 0.136 0.232 0.271 1.952 0.153 0.051 0.013 0.057 0.011 0.082 0.083 0.059 0.037 0.614 0.015 0.068 0.034 0.072 0.118 0.033 0.049 0.022 0.069 0.023 0.033 0.160 0.026 0.044 0.040 0.033 0.256 0.129 0.028 0.120 0.430 0.512 0.949 0.315 0.088 0.064 0.035 0.127 1.545 1.686 0.155 0.125 0.194 0.259 0.283 0.294 0.045 0.086 1.709 0.723 0.301 0.045 0.019 0.010 0.373 0.038 0.057 0.110 0.050 0.117 0.025 0.016 0.008 0.063 0.034 0.022 0.034 0.531 0.081 0.029 1.952 0.061 0.155 0.033 0.043 0.007 0.008 0.012 0.049 0.032 0.013 0.008 0.027 0.005 865 chr14 57460922 57479977 + 0 NA Intergenic Intergenic 190548 NR_029385 100309464 Hs.637962 NR_029385 ENSG00000248550 OTX2-AS1 OTX2OS1 OTX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.931 nan 2.395 0.982 0.125 0.549 0.336 0.069 0.023 0.397 0.099 0.094 0.090 0.365 0.063 0.090 0.150 0.872 0.189 1.679 0.026 0.206 0.105 0.172 1.673 0.723 1.494 0.570 0.030 0.124 0.046 0.119 0.326 0.006 0.008 0.025 0.012 0.069 0.466 0.137 0.222 0.507 1.178 0.044 1.207 0.131 0.366 0.248 0.303 0.384 0.502 0.531 1.963 0.435 0.486 0.507 0.132 0.203 1.091 0.997 4.153 4.032 0.724 1.564 0.796 0.773 4.105 11.497 nan 0.567 0.041 0.484 0.051 0.024 0.083 0.095 0.022 0.215 0.136 0.011 0.423 0.114 0.674 0.068 0.013 0.024 0.323 0.070 0.139 0.099 0.120 0.044 0.066 1.177 0.397 0.337 0.024 0.872 0.449 0.132 0.132 0.067 0.096 0.007 0.663 0.041 0.012 0.254 1.474 2.068 0.016 0.045 0.036 0.003 1184 chr17 38458979 38509393 + 0 NA intron (NM_001145301, intron 1 of 8) intron (NM_001145301, intron 1 of 8) 9713 NM_001145301 5914 Hs.654583 NM_000964 ENSG00000131759 RARA NR1B1|RAR retinoic acid receptor alpha protein-coding nan 1.612 0.847 0.759 8.247 1.822 0.996 3.235 0.137 1.207 1.721 0.341 0.816 2.156 3.265 0.707 0.571 1.470 0.617 5.037 0.479 0.979 0.726 0.985 4.371 2.654 3.374 2.602 1.631 0.395 0.581 0.081 0.912 1.807 0.792 1.693 0.205 0.633 0.775 2.448 0.445 2.229 0.683 0.795 1.318 0.669 1.408 2.480 0.973 1.932 nan 2.272 1.087 0.456 1.800 1.886 1.279 1.777 2.762 3.273 nan 1.053 0.576 0.814 0.539 0.538 1.181 2.272 1.584 0.919 1.072 2.423 1.698 0.798 0.595 0.579 0.546 1.414 1.090 0.741 1.288 0.175 1.687 1.292 1.060 0.578 0.721 0.381 0.363 0.898 2.589 0.808 0.853 1.739 1.207 2.808 0.936 1.470 0.660 1.959 0.498 1.305 1.767 1.236 1.071 0.903 0.884 0.194 0.215 0.559 2.039 0.742 0.198 0.133 442 chr11 605401 617048 + 0 NA intron (NM_020901, intron 17 of 17) intron (NM_020901, intron 17 of 17) 4504 NM_004031 3665 Hs.166120 NM_001572 ENSG00000185507 IRF7 IMD39|IRF-7H|IRF7A|IRF7B|IRF7C|IRF7H interferon regulatory factor 7 protein-coding 0.816 2.007 2.293 0.527 0.673 0.912 0.364 1.145 0.271 0.455 0.868 0.153 0.384 1.391 0.492 0.371 0.217 0.739 0.385 0.568 0.351 0.932 0.542 0.989 2.646 1.312 2.376 1.636 0.351 0.340 0.325 0.059 0.981 0.415 0.246 0.620 0.093 0.539 0.384 0.514 0.062 1.488 0.694 0.629 0.240 0.715 1.063 1.433 1.242 2.362 1.946 1.619 0.732 0.297 0.450 0.344 0.249 0.486 1.159 1.972 0.254 0.128 0.619 0.795 0.537 0.733 0.323 0.394 0.292 0.257 0.429 1.438 0.033 0.269 0.643 1.027 0.095 0.419 0.434 0.434 0.212 0.106 0.054 0.960 0.794 0.424 0.741 0.367 0.271 0.703 0.804 0.863 0.223 0.454 0.455 3.131 1.082 0.739 0.190 0.199 0.041 1.067 0.271 0.640 0.188 0.400 0.715 0.217 0.220 0.140 0.645 0.323 0.287 0.246 2156 chr5 71076487 71087992 + 0 NA Intergenic Intergenic 67249 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 0.966 nan 1.171 0.180 0.378 1.865 0.961 0.162 0.021 0.695 0.204 0.070 0.148 0.199 0.022 0.203 0.120 0.270 0.468 0.278 0.022 0.095 0.174 0.241 0.501 0.160 0.090 1.482 0.131 0.102 0.087 0.112 0.165 0.133 0.046 0.153 0.123 0.184 0.121 0.085 0.041 0.221 0.209 0.273 0.142 0.218 0.424 0.451 0.227 0.313 0.676 0.674 10.259 3.615 0.180 0.173 0.600 nan 0.819 0.677 1.544 1.385 0.282 0.301 2.214 2.883 0.622 1.269 1.206 0.759 0.377 0.337 0.041 0.282 0.069 0.649 0.012 0.728 0.219 0.045 0.061 0.447 0.110 0.064 0.048 0.014 0.113 0.079 0.117 0.216 0.219 0.106 0.165 0.116 0.695 0.114 0.538 0.270 0.053 0.121 0.050 0.078 0.362 0.024 0.007 0.117 0.097 0.040 0.086 0.662 0.031 0.057 0.020 0.029 1577 chr2 85828683 85848011 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256727) promoter-TSS (NM_001256727) 832 NM_001013649 388969 Hs.516159 NM_001013649 ENSG00000168887 C2orf68 HCRCN81 chromosome 2 open reading frame 68 protein-coding nan 1.135 nan 1.318 1.106 1.524 0.905 1.685 1.565 1.128 0.724 0.291 0.582 1.738 1.280 0.638 0.466 1.499 0.737 1.148 0.352 0.956 0.288 0.814 2.561 1.906 3.965 2.957 0.564 1.407 1.597 0.124 1.513 0.620 0.732 1.573 0.257 0.897 1.749 0.694 0.432 1.233 2.301 1.043 2.823 0.715 1.740 1.814 2.713 4.060 2.675 2.369 2.649 1.107 3.371 3.453 1.382 1.897 2.663 4.456 2.087 2.170 1.199 1.856 0.833 0.901 2.462 3.177 1.931 1.123 0.832 1.225 0.721 1.731 0.477 0.713 0.602 0.917 0.767 0.879 0.978 0.159 0.442 1.194 1.311 0.783 0.476 0.917 0.697 0.898 1.749 1.936 1.162 1.080 1.128 2.106 1.626 1.499 0.704 1.094 0.413 2.312 0.982 0.525 0.158 0.940 0.289 0.636 0.445 0.530 0.778 0.451 0.492 0.290 1572 chr2 70331010 70371920 + 0 NA non-coding (NR_024444, exon 2 of 2) non-coding (NR_024444, exon 2 of 2) 983 NR_024444 100133985 Hs.135528 NR_024444 ENSG00000231327 LINC01816 - long intergenic non-protein coding RNA 1816 ncRNA nan nan 2.878 2.487 1.343 3.744 1.914 1.771 1.168 2.582 1.613 0.483 0.723 1.601 1.770 0.711 0.380 2.973 1.231 1.494 0.433 1.868 0.930 1.295 5.016 2.314 1.505 3.708 1.054 1.236 2.144 0.203 1.322 1.148 0.934 2.184 0.614 1.565 1.121 1.072 0.375 1.099 1.396 1.029 1.802 1.089 2.832 2.539 1.967 3.277 4.183 4.025 3.564 1.915 4.332 4.510 1.835 2.205 4.936 7.168 2.201 1.741 3.349 4.184 1.620 1.788 2.307 3.830 nan 0.784 2.371 2.061 1.309 1.985 0.638 2.729 1.760 1.775 1.642 1.246 3.556 0.279 0.999 1.111 0.941 0.503 1.045 0.411 0.373 2.624 3.753 1.775 2.053 2.126 2.582 2.751 1.755 2.973 1.053 2.231 1.250 2.298 1.411 1.081 0.519 1.257 0.930 0.841 3.161 0.705 1.204 0.866 2.242 2.413 689 chr12 51609791 51621194 + 0 NA Intergenic Intergenic -3953 NM_001330422 5463 Hs.555886 NM_002702 ENSG00000184271 POU6F1 BRN5|MPOU|TCFB1 POU class 6 homeobox 1 protein-coding nan 1.820 1.531 0.890 0.683 1.241 0.604 0.718 0.161 1.141 0.816 0.217 0.547 1.243 1.839 1.267 0.749 1.668 1.573 1.018 0.684 1.263 0.417 0.513 1.715 1.016 0.875 2.430 0.244 1.416 1.257 0.103 1.113 0.425 0.914 0.584 0.152 0.398 0.897 0.519 0.382 1.837 1.487 1.123 0.345 0.326 nan 6.815 1.873 2.223 3.399 nan 2.988 1.069 4.815 5.013 1.629 nan 2.162 nan 2.530 2.687 1.801 3.341 2.185 1.705 1.620 2.013 1.784 1.245 0.523 0.469 0.218 0.742 0.307 1.958 0.766 1.163 1.116 1.177 1.385 0.383 1.019 0.429 1.196 0.523 0.271 0.867 0.501 1.411 2.319 2.738 1.292 0.830 1.141 1.444 6.743 1.668 0.559 0.705 0.521 1.966 1.131 0.422 0.066 1.027 0.527 0.639 2.702 0.653 0.412 0.134 0.444 0.245 886 chr14 75695879 75710155 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -42464 NM_005252 2353 Hs.25647 NM_005252 ENSG00000170345 FOS AP-1|C-FOS|p55 Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 2.050 1.583 1.262 0.336 0.584 1.075 0.496 0.119 0.074 0.709 0.224 0.289 0.160 0.367 0.101 0.276 0.211 0.628 0.649 0.388 0.087 0.414 1.028 0.280 2.135 0.458 0.430 1.348 0.554 0.090 0.160 0.143 0.612 0.454 0.069 0.065 0.099 0.127 0.396 0.594 0.142 0.889 0.811 0.034 1.615 0.132 0.384 0.496 0.343 0.572 1.232 1.099 0.510 0.261 0.564 0.599 0.530 0.944 1.391 nan 1.215 1.032 0.316 0.321 0.518 0.454 0.567 1.141 2.670 nan 0.125 0.754 0.106 0.116 0.056 1.225 0.077 0.538 0.290 0.056 0.094 0.066 0.056 0.556 1.017 0.605 0.406 0.027 0.034 0.239 0.810 0.304 0.028 0.579 0.709 0.366 0.110 0.628 0.531 0.366 0.401 0.240 0.185 0.394 0.012 0.167 0.283 0.056 0.076 0.565 0.637 0.244 0.153 0.129 1116 chr17 7106915 7125779 + 0 NA intron (NR_135527, intron 3 of 20) AluSg4|SINE|Alu -4097 NM_001270447 37 Hs.437178 NM_000018 ENSG00000072778 ACADVL ACAD6|LCACD|VLCAD acyl-CoA dehydrogenase, very long chain protein-coding 2.369 1.560 1.494 0.731 0.492 2.246 1.327 1.275 0.365 2.543 0.431 0.060 0.382 1.334 1.920 0.403 0.218 1.669 0.558 0.598 0.300 0.492 0.135 0.754 1.798 0.805 1.026 2.779 0.325 0.584 7.248 0.327 0.937 0.451 0.425 0.594 0.394 0.873 0.759 0.474 0.239 1.164 0.752 0.768 0.658 0.782 2.208 3.025 0.763 1.348 4.765 4.458 2.542 1.594 0.852 0.855 1.252 1.878 2.336 3.946 2.043 1.765 0.695 1.033 0.791 0.675 4.274 10.533 0.981 0.617 1.619 0.615 0.466 0.916 0.439 0.929 0.760 0.232 0.179 0.801 1.173 0.188 0.446 1.250 0.629 0.410 0.483 0.242 0.213 0.644 2.590 2.392 0.668 0.493 2.543 1.707 1.385 1.669 0.545 0.819 1.130 3.728 1.581 0.270 0.538 1.032 0.478 0.371 0.445 4.862 0.852 0.202 0.525 0.312 1329 chr18 45720381 45764119 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 2 of 4) MER4D1|LTR|ERV1 -78570 NM_001039360 201501 Hs.515388 NM_001039360 ENSG00000184828 ZBTB7C APM-1|APM1|ZBTB36|ZNF857C zinc finger and BTB domain containing 7C protein-coding nan 2.008 0.803 1.439 0.060 0.484 0.238 0.263 0.017 1.416 0.076 0.056 0.009 0.022 0.016 0.433 0.134 1.745 0.213 0.234 0.079 0.051 0.010 0.090 1.301 0.187 0.110 3.831 0.020 0.108 0.030 0.068 0.053 0.054 0.040 0.064 0.004 0.031 0.147 0.035 0.042 0.073 0.053 0.091 0.228 0.026 0.440 0.476 0.368 0.514 3.931 4.321 3.274 1.433 0.136 0.169 0.195 0.322 4.294 3.184 0.620 0.514 0.196 0.265 0.828 1.199 0.199 nan 4.884 2.564 3.772 0.046 0.013 0.054 1.883 1.218 0.016 0.071 0.031 0.040 0.044 0.177 0.089 0.088 0.033 0.025 0.033 0.031 0.036 0.080 0.089 0.034 0.103 0.783 1.416 0.021 0.019 1.745 0.050 0.072 0.065 0.065 1.208 0.016 0.010 0.142 0.115 0.058 0.066 0.104 0.310 0.032 0.013 0.001 1725 chr20 25010775 25026625 + 0 NA intron (NM_032501, intron 2 of 13) intron (NM_032501, intron 2 of 13) -5358 NM_001252676 84532 Hs.529353 NM_032501 ENSG00000154930 ACSS1 ACAS2L|ACECS1|AceCS2L acyl-CoA synthetase short-chain family member 1 protein-coding 1.124 2.196 nan 0.138 0.076 0.191 0.108 0.089 0.168 0.219 0.415 0.141 0.036 0.127 0.071 0.099 0.067 0.168 0.529 0.193 0.047 0.081 0.013 0.056 0.539 0.121 0.448 1.080 0.047 0.123 0.069 0.098 0.232 0.029 0.048 0.159 0.040 0.115 0.212 0.041 0.156 0.296 0.564 0.048 0.280 0.040 3.871 6.659 3.026 4.838 0.449 0.497 0.758 0.228 0.308 0.346 0.253 0.475 1.779 1.708 1.295 1.179 1.579 1.817 0.195 0.209 0.274 0.377 0.488 0.491 0.562 0.143 0.024 0.123 0.038 0.067 0.026 0.179 0.069 0.083 0.091 0.042 0.040 0.087 0.060 0.015 0.096 0.030 0.056 0.154 0.221 0.041 0.159 0.152 0.219 0.118 0.093 0.168 0.077 0.184 0.195 0.098 0.090 0.056 0.011 0.110 0.028 0.203 0.676 0.141 0.068 0.054 0.029 0.007 2379 chr6 161824726 161846772 + 0 NA intron (NM_013987, intron 8 of 10) intron (NM_013987, intron 8 of 10) -56260 NR_134593 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.837 nan 1.017 0.061 0.196 0.195 0.044 0.778 0.003 0.824 0.561 0.249 0.129 0.134 0.123 0.099 0.083 0.119 0.189 0.213 0.124 0.037 0.010 0.084 0.267 0.121 0.069 0.180 0.073 0.199 0.082 0.101 0.284 0.214 0.101 0.177 0.777 2.709 0.254 0.330 0.084 0.800 0.191 0.625 0.118 0.156 0.439 0.365 1.101 2.786 0.360 0.367 1.604 0.397 0.200 0.254 0.123 0.196 0.124 0.167 nan 0.591 0.246 0.277 0.245 0.667 0.127 0.183 0.394 0.297 0.020 0.509 0.252 0.037 0.018 0.048 0.030 0.087 0.075 0.063 0.279 0.069 0.040 1.532 0.120 0.060 0.049 0.038 0.071 0.120 0.081 0.085 0.007 0.070 0.824 0.058 0.004 0.119 0.079 0.068 0.320 0.077 0.083 0.095 0.034 1.560 0.321 0.086 0.062 0.011 0.169 0.171 0.057 0.014 727 chr12 66205621 66359179 + 0 NA intron (NM_001300918, intron 3 of 4) AluY|SINE|Alu -6453 NM_001292024 100129940 Hs.685856 NM_001292023 ENSG00000197301 LOC100129940 - uncharacterized LOC100129940 protein-coding 0.670 0.575 0.567 0.117 1.006 0.186 0.083 0.896 0.224 0.093 0.299 0.085 0.338 0.682 1.008 0.071 0.111 0.045 0.091 0.298 0.146 0.770 0.585 0.449 1.353 0.563 0.581 0.258 0.403 0.082 6.555 0.187 1.485 0.633 0.363 0.449 0.045 0.198 0.475 0.560 0.418 1.823 1.129 0.143 0.583 0.632 0.284 0.225 1.011 2.785 0.359 nan 0.122 0.067 0.144 0.136 0.188 0.299 0.318 0.371 0.470 0.313 0.169 0.324 0.037 0.044 0.527 0.974 0.231 0.370 0.013 0.781 0.017 1.956 0.361 0.061 1.910 0.534 0.341 0.022 0.086 0.014 0.019 0.795 0.372 0.179 0.500 0.297 0.328 1.845 0.683 1.597 0.428 0.093 0.093 0.472 2.650 0.045 0.177 0.079 0.015 0.502 0.030 0.922 0.669 0.444 0.313 0.072 0.091 0.339 0.663 0.501 1.731 1.990 320 chr1 229475846 229479395 + 0 NA intron (NM_145257, intron 2 of 3) intron (NM_145257, intron 2 of 3) 1068 NM_145257 126731 Hs.585011 NM_145257 ENSG00000154429 CCSAP C1orf96|CSAP centriole, cilia and spindle associated protein protein-coding 6.193 5.080 6.310 5.508 1.849 5.575 2.794 2.191 0.456 4.572 1.604 0.315 0.434 1.994 0.883 3.299 2.118 6.473 3.594 2.285 0.209 2.121 0.790 0.821 3.034 1.215 2.875 8.810 0.164 2.320 3.422 0.138 5.812 0.562 0.942 1.673 0.404 2.284 5.616 1.284 1.496 3.391 6.423 1.350 1.624 1.919 8.308 7.806 13.519 15.558 14.160 10.171 6.448 2.223 8.239 8.135 4.560 5.452 5.221 9.748 3.039 4.020 2.283 4.265 4.563 2.833 5.184 7.285 3.155 1.606 2.973 1.659 1.206 1.294 0.421 2.234 1.096 1.853 2.095 1.906 1.549 1.148 3.617 3.623 2.339 1.274 0.451 1.801 1.143 2.233 4.040 3.055 2.479 2.513 4.572 2.239 1.371 6.473 0.958 1.360 1.456 3.889 2.513 1.234 0.300 0.870 0.189 0.935 1.709 1.424 0.689 0.999 1.261 0.774 939 chr15 59208974 59212720 + 0 NA intron (NR_135043, intron 1 of 18) intron (NR_135043, intron 1 of 18) 15028 NM_024755 79811 Hs.512932 NM_017968 ENSG00000137776 SLTM Met SAFB like transcription modulator protein-coding 0.699 0.916 0.813 0.126 0.173 0.517 0.130 0.150 0.193 0.336 0.289 0.050 0.226 0.051 0.211 0.156 0.127 0.171 0.287 2.974 0.071 0.029 0.128 0.286 0.065 0.168 0.311 0.155 0.446 0.086 0.075 0.571 0.058 0.120 0.073 0.022 0.066 0.230 0.086 0.043 0.314 0.404 0.338 0.155 0.084 0.416 0.248 0.523 0.484 0.369 0.498 0.259 0.098 0.211 0.251 0.591 0.768 0.339 0.476 0.496 0.403 0.283 0.596 0.089 0.175 0.324 0.865 0.282 0.306 0.015 0.191 0.058 0.294 0.026 0.213 0.037 0.124 0.037 0.778 0.171 0.050 0.252 0.049 3.583 1.353 0.063 0.041 0.063 0.214 0.532 0.327 0.173 0.193 0.096 0.119 0.127 0.129 0.083 1.155 0.090 0.416 0.128 9.972 0.092 0.174 0.196 0.041 0.075 0.046 0.053 2619 chr8 145001625 145032883 + 0 NA promoter-TSS (NM_201383) promoter-TSS (NM_201383) -562 NM_201383 5339 Hs.434248 NM_000445 ENSG00000178209 PLEC EBS1|EBSMD|EBSND|EBSO|EBSOG|EBSPA|HD1|LGMD2Q|PCN|PLEC1|PLEC1b|PLTN plectin protein-coding 2.754 1.191 nan 1.646 8.094 1.157 0.574 6.332 1.170 1.907 1.305 0.360 1.849 5.017 4.301 0.207 0.111 1.142 0.514 2.979 1.680 7.545 3.085 2.940 10.897 8.373 2.409 3.563 4.763 0.822 0.718 0.055 14.748 2.667 2.519 13.934 1.129 2.418 3.869 2.897 1.920 6.858 3.814 1.231 3.959 2.254 1.346 2.377 1.000 1.812 nan 2.268 nan 0.612 1.912 2.099 0.543 1.001 1.821 2.892 0.735 0.817 0.976 1.399 0.711 0.644 1.118 1.513 0.740 0.474 1.249 5.147 4.642 2.871 0.870 1.122 0.743 2.724 4.143 2.189 3.297 0.153 0.391 5.974 6.168 2.447 1.568 0.861 0.654 11.180 6.706 8.983 1.742 2.855 1.907 8.412 3.246 1.142 1.594 5.874 0.361 7.668 1.032 3.255 4.323 1.570 2.521 0.409 0.666 0.264 3.959 1.620 4.715 2.814 811 chr13 100552744 100569043 + 0 NA non-coding (NR_104592, exon 10 of 10) non-coding (NR_104592, exon 10 of 10) 48526 NR_120421 101927437 Hs.619936 NR_120421 LOC101927437 - uncharacterized LOC101927437 ncRNA 1.046 3.403 2.546 3.048 0.053 0.331 0.118 0.061 0.023 2.720 0.166 0.078 0.035 0.178 0.028 1.300 1.096 0.205 0.132 0.157 0.015 0.067 0.013 0.069 0.152 0.129 0.105 2.260 0.009 0.270 0.081 0.061 0.145 0.022 0.056 0.101 0.287 0.583 0.211 0.026 0.028 0.088 0.096 0.097 0.065 0.039 0.768 0.527 0.369 0.344 0.881 1.147 4.440 1.117 0.165 0.247 0.868 nan 1.487 1.383 0.586 0.306 0.225 0.321 3.558 4.185 0.239 nan 1.447 0.578 0.297 0.070 0.006 0.017 0.049 1.352 0.485 0.030 0.022 0.038 0.063 1.146 0.204 0.132 0.029 0.052 0.047 0.123 0.214 0.142 0.140 0.065 0.589 0.033 2.720 0.245 0.034 0.205 0.023 0.066 0.336 0.132 1.023 0.126 0.055 0.078 0.018 0.046 0.045 0.006 0.021 0.009 1670 chr2 219431824 219436054 + 0 NA promoter-TSS (NM_020935) promoter-TSS (NM_020935) 636 NM_001271634 9125 Hs.148767 NM_005444 ENSG00000144580 CNOT9 CAF40|CT129|RCD-1|RCD1|RQCD1 CCR4-NOT transcription complex subunit 9 protein-coding nan 4.592 nan 6.761 4.580 7.696 3.780 3.796 1.159 5.556 3.903 0.303 1.990 5.869 3.693 3.486 1.536 5.624 3.437 2.924 0.849 4.014 1.549 2.783 8.060 4.109 3.317 14.563 2.282 5.417 5.263 0.163 6.432 2.734 5.100 5.216 0.710 3.218 2.618 3.145 1.543 4.063 7.194 3.582 4.505 3.161 8.260 7.430 10.392 14.324 8.110 7.647 7.538 4.941 15.459 15.892 5.920 7.019 10.589 15.978 10.844 10.272 4.606 9.463 4.399 6.531 8.750 8.504 3.397 1.712 5.015 5.120 1.291 2.302 1.673 3.300 3.256 3.175 4.496 2.523 5.166 0.925 2.622 6.251 4.468 2.098 2.152 2.211 2.207 3.805 4.099 4.575 2.148 2.038 5.556 6.184 4.746 5.624 1.303 1.374 1.817 5.936 3.111 2.544 1.680 2.876 1.199 3.825 2.165 2.377 3.678 1.590 3.798 2.039 2010 chr3 189465227 189483959 + 0 NA intron (NM_001329964, intron 3 of 13) intron (NM_001329964, intron 3 of 13) -32856 NM_001114980 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.053 1.250 0.812 0.119 0.180 0.418 0.315 0.096 1.440 0.233 0.179 0.163 0.173 0.476 0.338 0.200 0.203 0.083 0.132 0.584 0.040 0.275 0.129 0.460 2.858 1.360 1.092 0.605 0.699 0.154 0.029 0.073 nan 0.006 0.077 0.208 0.054 0.107 0.752 0.226 0.480 0.711 0.967 0.078 1.705 0.243 0.275 0.127 0.221 0.594 0.320 0.391 4.428 1.291 0.317 0.261 0.189 0.310 0.399 0.466 0.585 0.263 0.094 0.141 0.605 0.536 0.286 0.648 0.647 0.469 0.051 0.452 0.404 0.094 0.027 0.056 0.022 0.316 0.065 0.012 0.087 0.125 0.106 1.725 0.035 0.023 0.391 0.123 0.163 0.123 0.197 0.061 0.088 0.863 0.233 0.633 0.111 0.083 0.147 0.496 0.031 0.284 0.027 0.047 0.161 0.283 0.090 0.068 0.021 0.151 0.076 0.182 0.022 0.016 465 chr11 13228088 13247020 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -61720 NM_001030273 406 Hs.65734 NM_001178 ENSG00000133794 ARNTL BMAL1|BMAL1c|JAP3|MOP3|PASD3|TIC|bHLHe5 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like protein-coding 0.631 nan 0.629 0.216 1.169 0.588 0.187 1.449 0.067 0.865 0.464 0.152 1.864 1.969 0.110 0.083 0.149 0.372 0.382 0.408 0.464 2.133 2.720 0.853 2.187 0.930 1.549 0.845 1.320 0.113 0.023 0.069 0.525 2.019 0.223 1.722 1.062 2.598 1.431 1.817 0.326 1.364 0.363 1.029 0.627 0.684 nan 0.857 1.036 1.315 0.636 0.737 0.765 0.196 0.446 0.486 0.407 nan 0.356 0.290 0.422 0.114 0.349 0.522 0.250 0.330 0.189 0.344 0.853 nan 0.390 5.554 0.233 2.590 0.047 0.155 0.022 3.246 2.977 0.241 1.644 0.037 0.076 4.152 0.987 0.494 1.283 0.038 0.039 2.834 0.251 0.899 0.220 0.405 0.865 2.735 5.071 0.372 0.284 0.205 0.266 0.063 2.418 0.679 2.319 1.155 0.098 0.106 0.039 2.033 0.477 1.475 1.638 249 chr1 167071477 167080421 + 0 NA intron (NM_001080426, intron 2 of 5) intron (NM_001080426, intron 2 of 5) 12622 NM_001080426 92235 Hs.632462 NM_001080426 ENSG00000198842 DUSP27 - dual specificity phosphatase 27 (putative) protein-coding 1.467 nan 4.351 0.119 0.288 0.248 0.179 0.321 0.007 3.526 0.162 0.073 0.950 0.926 0.035 0.384 0.232 0.093 0.432 0.264 0.055 0.075 0.106 0.098 2.812 0.406 0.094 1.244 1.428 0.200 0.048 0.072 0.211 0.092 0.026 0.352 0.158 0.101 0.356 0.195 0.083 0.296 0.219 0.080 0.998 0.327 0.595 0.511 0.382 0.667 0.563 nan 8.295 1.793 0.204 0.243 0.354 0.563 1.376 nan 0.327 0.237 1.109 1.780 5.014 6.996 0.947 2.119 0.501 0.447 0.072 1.360 0.011 0.416 0.086 0.486 1.019 0.495 0.041 0.789 2.056 0.232 0.164 0.101 0.051 0.258 0.197 0.258 0.266 0.273 0.048 0.229 0.307 3.526 0.450 0.021 0.093 0.191 0.074 0.467 0.058 0.137 0.424 0.042 0.964 0.137 0.155 1.717 0.619 0.657 0.104 0.937 0.661 1612 chr2 145106922 145144362 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR -35541 NM_001284234 79712 Hs.44780 NM_024659 ENSG00000121964 GTDC1 Hmat-Xa|mat-Xa glycosyltransferase like domain containing 1 protein-coding 1.145 nan 1.563 0.099 0.329 0.301 0.136 0.235 0.046 0.194 0.344 0.069 0.253 0.419 0.064 0.130 0.120 0.153 0.127 0.218 0.056 0.122 0.200 0.106 0.320 0.122 0.146 0.312 0.157 0.086 0.073 0.095 0.182 0.050 0.067 0.313 0.238 0.412 0.141 0.303 0.024 0.091 0.177 0.149 0.190 0.133 0.310 0.276 2.397 2.670 0.279 0.327 0.135 0.077 0.243 0.277 0.981 1.435 0.326 0.345 0.622 0.354 0.144 0.327 0.042 0.046 0.419 0.621 0.337 0.372 0.043 0.231 0.046 0.240 0.026 0.038 0.037 0.079 0.029 0.140 0.193 0.013 0.049 0.308 0.322 0.192 0.123 0.036 0.082 0.486 0.224 0.228 0.023 0.081 0.194 0.196 0.089 0.153 0.039 0.122 0.135 0.075 0.034 0.188 0.018 0.074 0.200 0.077 0.087 0.145 0.154 0.354 0.043 0.024 819 chr13 111789598 111807616 + 0 NA intron (NR_046516, intron 1 of 2) MER5A|DNA|hAT-Charlie 2305 NR_046516 100874226 Hs.577834 NR_046516 ARHGEF7-AS1 - ARHGEF7 antisense RNA 1 ncRNA 2.154 nan 3.113 2.113 0.287 1.062 0.516 0.719 0.151 1.794 0.460 0.110 0.338 1.233 0.179 0.661 0.312 3.847 0.770 0.677 0.261 0.347 0.188 0.318 1.047 0.910 0.316 1.722 0.166 0.320 0.431 0.074 0.732 0.232 0.197 0.632 0.258 0.691 0.733 0.238 0.230 1.104 0.782 0.373 0.745 0.341 2.289 2.174 1.318 1.984 3.842 3.981 2.800 1.311 1.101 1.237 0.190 0.339 3.132 4.013 1.274 1.253 1.383 2.104 1.741 2.009 1.269 1.047 0.515 0.327 0.712 0.382 0.112 0.194 0.321 1.432 0.146 0.368 0.437 0.336 0.420 0.696 2.331 1.554 0.697 0.303 0.152 0.200 0.180 0.417 0.528 0.504 0.536 0.433 1.794 2.096 0.434 3.847 0.327 0.538 0.306 0.719 1.267 0.193 0.152 0.371 0.346 0.172 0.352 0.274 0.315 0.206 0.360 0.274 1177 chr17 37924368 37959165 + 0 NA intron (NM_001284515, intron 5 of 7) intron (NM_001284515, intron 5 of 7) -7288 NM_001284516 22806 Hs.371680 NM_012481 ENSG00000161405 IKZF3 AIO|AIOLOS|ZNFN1A3 IKAROS family zinc finger 3 protein-coding nan 1.167 0.627 0.156 9.656 1.504 0.744 0.177 1.088 0.505 0.095 0.118 0.201 0.265 0.060 0.226 0.239 1.025 0.263 11.261 0.032 0.364 0.255 0.154 0.792 0.334 1.071 1.246 0.088 0.108 0.031 0.085 0.299 0.044 0.235 0.160 0.011 0.052 0.349 0.079 0.419 0.371 0.682 0.212 0.273 0.183 0.522 0.657 0.240 0.577 nan 0.886 0.374 0.178 0.673 0.710 0.193 0.341 1.541 1.170 nan 0.170 0.429 0.624 0.458 0.590 0.322 0.513 1.034 0.779 3.151 0.418 0.030 0.037 0.034 0.841 0.024 0.101 0.037 0.047 0.081 0.090 0.391 0.122 0.026 0.016 0.260 0.036 0.059 0.167 0.073 0.039 0.077 0.064 0.505 0.344 0.042 1.025 0.162 0.172 0.111 0.059 0.023 0.016 0.183 0.300 0.055 0.040 0.189 0.177 0.028 0.169 0.024 0.028 1189 chr17 40426596 40442081 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -5227 NM_003152 6776 Hs.437058 NM_003152 ENSG00000126561 STAT5A MGF|STAT5 signal transducer and activator of transcription 5A protein-coding 2.086 1.910 nan 1.354 0.980 1.512 0.798 1.533 0.044 1.230 0.564 0.197 0.283 1.158 0.363 1.981 1.006 3.389 0.661 0.717 0.440 0.889 0.375 0.709 nan 0.680 0.614 2.385 0.179 0.456 0.447 0.086 1.199 0.511 0.328 1.134 0.296 0.578 0.794 0.669 0.325 1.239 0.517 0.813 0.674 0.382 2.327 2.585 0.860 1.341 4.401 nan 3.314 1.157 2.950 3.065 0.946 1.396 3.296 nan 2.520 2.309 1.069 1.824 1.484 1.217 1.218 1.326 2.640 1.430 2.553 0.762 0.223 0.459 0.556 1.754 0.284 0.742 0.599 0.891 0.479 0.245 0.388 1.356 0.512 0.423 0.302 0.504 0.251 0.502 1.998 0.661 0.676 1.029 1.230 1.047 0.539 3.389 0.499 0.964 0.513 1.755 1.247 0.188 0.125 0.948 0.541 0.089 0.427 0.496 0.269 0.176 0.179 0.150 1127 chr17 8020583 8031230 + 0 NA intron (NM_001165967, intron 2 of 3) CpG-10133 1504 NM_032580 84667 Hs.434828 NM_032580 ENSG00000179111 HES7 SCDO4|bHLHb37 hes family bHLH transcription factor 7 protein-coding 2.065 1.118 1.912 0.864 0.730 1.594 0.834 0.937 0.162 0.598 0.456 0.078 0.477 1.283 1.072 0.442 0.277 0.687 0.627 1.299 0.837 0.918 0.377 1.124 1.899 2.011 1.373 4.520 0.933 0.863 1.814 0.076 2.014 0.232 0.572 1.066 0.600 1.411 0.922 0.594 0.643 1.196 1.225 4.229 0.596 0.932 1.533 2.963 0.985 1.095 2.123 1.755 3.521 0.752 1.513 1.515 1.018 1.347 1.198 1.722 1.482 1.577 0.634 0.890 0.460 0.580 2.175 5.944 0.424 0.137 0.624 0.831 0.287 0.500 1.269 1.233 1.496 0.237 0.240 0.444 1.257 0.081 0.404 3.482 0.768 0.410 0.803 0.604 0.515 0.484 4.598 4.693 1.332 0.653 0.598 2.199 5.862 0.687 0.448 0.546 0.373 7.595 1.053 0.420 0.884 0.768 1.140 0.076 0.519 1.706 0.536 0.393 1.592 1.050 1537 chr2 25561624 25566171 + 0 NA intron (NM_175630, intron 1 of 3) intron (NM_175630, intron 1 of 3) 887 NM_022552 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 4.699 1.774 5.361 4.859 0.882 4.637 2.851 2.021 0.527 4.946 0.661 0.070 0.126 1.344 0.890 6.060 2.408 4.645 3.659 1.033 0.899 1.538 0.091 0.499 4.807 3.218 2.150 13.889 0.064 1.625 4.104 0.088 2.061 0.232 0.398 3.032 0.194 0.250 1.997 0.081 0.841 1.426 4.101 1.124 0.892 0.253 1.578 5.645 2.409 2.149 8.422 7.213 5.014 1.765 9.873 7.958 1.393 2.192 6.950 nan 2.165 2.968 2.044 6.116 3.407 2.134 2.062 2.841 1.942 0.894 7.497 0.328 0.630 0.854 2.017 9.833 3.186 0.336 0.271 2.301 1.127 1.125 3.652 3.020 2.657 1.474 0.268 2.298 0.883 0.483 6.230 5.375 4.025 2.497 4.946 0.828 1.340 4.645 0.566 1.154 1.346 7.033 5.117 0.104 0.177 0.261 0.561 0.643 1.803 1.253 0.419 0.148 0.449 0.222 894 chr14 89672102 89700166 + 0 NA intron (NM_001085471, intron 4 of 6) intron (NM_001085471, intron 4 of 6) 197320 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 1.888 1.137 nan 0.518 0.046 0.831 0.409 0.079 0.022 0.511 0.255 0.178 0.014 0.049 0.036 0.857 0.341 2.300 0.225 0.311 0.018 0.061 0.011 0.149 0.664 0.152 0.788 1.486 0.177 0.202 0.042 0.120 0.137 0.029 0.098 0.043 0.005 0.076 0.292 0.024 0.089 0.252 0.556 0.047 0.103 0.174 0.302 0.279 0.264 0.527 1.061 1.231 0.903 0.565 0.407 0.453 2.182 2.811 2.385 3.777 0.767 0.557 0.141 0.322 1.055 0.858 0.207 0.382 nan 1.361 0.765 0.142 0.014 0.072 0.050 0.553 0.005 0.337 0.126 0.018 0.075 0.303 0.546 0.109 0.030 0.022 0.080 0.089 0.111 0.130 0.099 0.078 0.011 0.091 0.511 0.058 0.056 2.300 0.061 0.285 0.131 0.052 0.083 0.022 0.012 0.085 0.016 0.203 0.035 0.073 0.070 0.054 0.023 0.015 1748 chr20 47891763 47900592 + 0 NA promoter-TSS (NR_003695) promoter-TSS (NR_003695) -673 NR_003695 100113393 Hs.711216 NR_003695 ENSG00000222365 SNORD12B - small nucleolar RNA, C/D box 12B snoRNA nan nan 2.823 3.701 5.133 3.150 1.492 4.219 1.994 3.014 2.763 0.365 0.989 3.524 2.926 1.648 0.744 3.337 4.198 4.438 1.809 3.470 1.167 2.802 4.485 3.149 5.093 7.763 1.926 1.457 3.925 0.122 5.731 1.749 1.193 3.642 1.192 6.274 2.879 4.333 1.450 8.367 6.689 3.230 4.610 2.241 8.187 7.053 3.624 5.148 4.933 4.421 6.251 2.721 6.828 7.069 3.011 4.286 5.537 6.086 nan 6.664 3.155 5.370 1.211 1.558 11.084 7.946 3.256 1.420 1.872 2.649 2.699 2.925 1.670 2.485 2.467 1.662 1.656 2.247 6.246 0.367 3.155 7.505 4.920 2.365 2.041 0.899 0.716 3.564 3.693 3.931 1.797 3.888 3.014 2.585 2.950 3.337 2.923 2.792 1.038 6.519 1.772 3.694 1.619 3.345 2.774 1.061 1.723 3.143 3.998 2.476 3.392 2.397 2127 chr5 44725972 44732339 + 0 NA Intergenic Intergenic 79740 NR_109863 100506674 Hs.575213 NR_109862 BRCAT54 - breast cancer-associated transcript 54 ncRNA 0.801 1.099 1.180 0.152 0.113 0.223 0.126 0.061 4.452 0.191 0.160 0.179 0.090 0.448 0.020 0.170 0.165 0.114 0.168 0.267 0.058 0.226 0.166 0.090 0.893 0.359 0.305 0.262 0.023 0.130 0.120 0.121 0.263 0.035 0.130 0.025 0.096 0.407 0.102 0.151 0.281 0.742 0.066 0.107 0.114 0.418 0.185 0.184 0.560 0.273 0.294 0.166 0.076 0.146 0.163 0.320 0.496 0.308 0.514 1.164 0.710 0.136 0.251 0.060 0.150 1.010 1.514 0.245 0.371 0.076 0.268 0.015 0.086 0.048 0.123 0.107 0.193 0.023 0.093 0.061 0.145 0.009 0.068 0.480 0.012 0.243 0.206 0.141 0.033 0.088 0.052 0.191 0.581 0.087 0.114 0.020 0.057 0.047 0.164 0.032 0.053 0.013 0.111 0.205 0.110 0.031 0.881 0.045 0.045 0.019 858 chr14 50315399 50337018 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -6287 NM_001301732 9147 Hs.655964 NM_004713 ENSG00000165525 NEMF NY-CO-1|SDCCAG1 nuclear export mediator factor protein-coding nan nan 1.946 1.996 2.153 1.315 0.778 1.036 1.145 1.313 1.420 0.202 0.499 1.350 1.944 0.493 0.397 1.119 0.880 1.808 0.390 2.081 0.912 2.221 3.167 2.248 2.452 4.127 1.128 0.854 1.733 0.146 6.125 1.077 0.981 1.460 0.664 2.959 1.771 1.171 0.366 2.085 3.318 0.645 2.110 0.929 1.585 1.776 2.060 2.975 2.444 2.139 3.553 1.323 4.211 4.467 1.786 2.107 2.559 3.440 3.443 3.030 1.124 2.051 2.832 3.227 1.418 2.806 nan 1.125 1.030 1.188 0.594 1.591 0.404 1.252 0.546 2.302 1.788 0.318 1.412 0.490 0.643 1.313 1.052 0.594 0.876 0.360 0.341 1.694 1.548 1.444 1.007 1.231 1.313 1.835 2.635 1.119 0.786 0.956 0.329 1.806 0.982 1.010 0.355 1.965 0.427 0.421 0.686 0.659 1.273 0.888 0.786 0.538 1298 chr18 3491058 3528263 + 0 NA intron (NM_001003809, intron 7 of 9) intron (NM_001003809, intron 7 of 9) 43412 NR_110428 100505592 Hs.635114 NR_110428 ENSG00000266835 GAPLINC LINC01540 gastric adenocarcinoma associated, positive CD44 regulator, long intergenic non-coding RNA ncRNA 1.380 1.837 1.271 0.380 0.102 0.508 0.304 0.311 0.102 0.145 0.162 0.086 0.066 0.166 0.114 0.357 0.268 1.776 0.094 0.745 0.023 0.091 0.037 0.038 1.285 0.310 0.243 nan 0.194 0.466 2.074 0.185 0.796 0.019 0.132 0.257 0.053 0.117 0.387 0.035 0.389 0.165 0.483 0.095 0.153 0.128 1.112 0.724 1.703 2.148 2.103 2.062 nan 0.138 0.479 0.488 0.533 nan 1.734 2.407 nan 0.468 0.587 0.949 0.695 1.014 0.384 nan nan 1.287 3.392 0.103 0.061 0.267 0.179 0.359 0.351 0.225 0.099 0.097 0.103 0.146 0.897 0.238 0.074 0.027 0.066 0.168 0.209 0.190 0.446 0.195 0.085 0.227 0.145 0.116 0.087 1.776 0.056 0.238 0.164 2.318 0.684 0.089 0.016 0.134 0.060 0.454 0.641 0.202 0.047 0.060 0.022 0.014 140 chr1 72128922 72143910 + 0 NA intron (NM_173808, intron 4 of 6) L1MEg|LINE|L1 166279 NR_046218 100852409 Hs.681780 NR_046218 ENSG00000228853 NEGR1-IT1 - NEGR1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.767 0.933 0.211 0.077 0.478 0.219 0.068 0.017 0.153 0.060 0.084 0.013 0.121 0.021 1.120 0.653 3.316 0.173 0.141 0.042 0.054 0.014 0.078 0.065 0.091 0.095 0.588 0.039 0.064 0.029 0.132 0.269 0.045 0.112 0.005 0.036 0.093 0.015 0.005 0.078 0.100 0.093 0.074 0.035 0.325 0.226 0.225 0.291 0.765 nan 6.872 2.471 0.390 0.378 1.970 nan 0.455 0.488 0.418 0.164 0.219 0.198 1.042 0.782 0.430 0.920 1.043 0.754 0.108 0.014 0.013 0.067 0.080 0.349 0.005 0.050 0.265 0.048 0.061 0.004 0.010 0.015 0.011 0.025 0.054 0.033 0.024 0.005 0.027 0.153 0.052 0.019 3.316 0.016 0.039 0.007 0.008 0.075 0.041 0.008 0.032 0.037 0.015 0.059 0.139 0.020 0.056 0.015 0.003 2222 chr5 172275886 172300886 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 1 of 9) L2a|LINE|L2 27163 NM_001031711 57222 Hs.509163 NM_020462 ENSG00000113719 ERGIC1 ERGIC-32|ERGIC32|NET24 endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment 1 protein-coding 0.751 0.750 0.778 0.138 0.814 0.201 0.115 1.061 0.007 0.148 1.224 0.186 0.440 0.947 1.228 0.094 0.055 0.230 0.133 0.487 0.824 3.370 1.425 1.156 3.146 0.533 0.184 0.473 0.889 0.329 0.233 0.109 0.702 0.788 1.072 2.192 0.136 0.359 0.264 2.360 0.080 0.622 0.201 0.785 0.552 0.547 0.234 0.298 0.352 nan 0.392 0.358 0.789 0.235 0.245 0.252 0.885 nan 0.330 0.374 0.532 0.345 0.235 0.263 0.094 0.159 0.254 0.412 0.344 0.291 0.056 1.886 0.213 0.258 0.060 0.121 0.067 1.599 1.008 0.529 0.155 0.019 0.079 1.665 1.880 0.933 0.824 0.078 0.116 0.741 0.926 0.543 0.379 0.404 0.148 1.321 4.434 0.230 0.691 0.338 0.451 0.247 0.115 4.960 0.065 0.681 2.010 0.156 0.036 0.130 0.372 0.872 3.389 2.597 1900 chr3 49376171 49401478 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu 7209 NM_201397 2876 Hs.76686 NM_000581 ENSG00000233276 GPX1 GPXD|GSHPX1 glutathione peroxidase 1 protein-coding 1.509 nan nan 0.907 1.208 0.816 0.450 1.941 0.447 0.607 0.893 0.345 1.033 2.444 1.567 0.482 0.284 0.775 0.656 1.492 0.925 4.663 2.138 1.058 4.006 1.426 1.147 1.931 1.115 0.401 0.415 0.115 2.456 0.652 0.478 2.013 0.649 2.232 1.058 1.600 0.307 1.965 1.297 1.413 2.897 0.720 0.997 1.066 1.447 2.297 1.687 1.465 2.223 0.843 1.090 1.195 1.090 1.409 2.190 2.923 2.078 1.989 0.789 1.153 0.704 0.826 0.967 1.671 1.137 0.599 0.638 2.141 1.166 0.757 0.586 0.767 0.494 1.519 1.369 0.457 0.978 0.192 0.444 2.130 1.888 0.950 1.243 0.258 0.244 1.382 1.319 0.816 0.740 1.837 0.607 2.405 1.761 0.775 1.119 0.319 0.184 0.754 1.131 2.151 0.682 1.756 1.655 0.151 0.525 0.600 0.861 1.246 0.790 0.481 385 chr10 35046670 35051284 + 0 NA intron (NM_001184785, intron 1 of 24) intron (NM_001184785, intron 1 of 24) 55276 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.689 1.298 0.947 0.312 0.839 1.253 0.534 0.878 1.488 0.193 1.407 0.244 2.994 4.322 0.795 0.240 0.143 0.594 0.116 0.944 0.215 1.838 3.085 0.578 3.527 1.549 1.210 0.360 2.086 0.070 0.189 0.124 0.710 1.789 0.314 0.327 0.223 0.523 0.784 5.518 0.249 1.358 2.251 0.216 0.655 0.729 0.353 0.232 0.736 nan 0.660 0.689 0.921 0.174 0.522 0.631 0.418 0.602 1.913 1.930 0.210 0.127 0.121 0.269 0.329 0.894 0.305 0.623 0.664 0.494 0.012 4.205 0.587 3.667 0.021 0.153 1.006 0.416 0.047 1.453 0.045 0.419 0.504 0.438 2.037 0.106 0.195 0.717 0.322 1.039 2.003 0.193 4.625 33.922 0.594 1.890 1.341 0.103 0.248 0.238 0.561 0.509 1.302 0.218 0.051 0.021 0.053 0.928 5.141 0.037 0.077 954 chr15 66979968 67002022 + 0 NA Intergenic Intergenic -3679 NM_005585 4091 Hs.153863 NM_005585 ENSG00000137834 SMAD6 AOVD2|HsT17432|MADH6|MADH7 SMAD family member 6 protein-coding 1.323 1.040 nan 0.331 1.138 0.638 0.342 1.283 0.922 1.103 0.904 0.255 0.300 1.004 2.565 0.262 0.118 1.300 0.326 0.583 0.284 0.741 0.345 2.205 1.456 0.507 0.930 2.048 0.522 1.474 1.180 0.093 3.515 0.290 0.959 1.701 0.431 1.404 0.708 0.465 0.609 2.882 0.536 0.638 0.550 0.373 0.324 0.293 3.527 6.228 0.915 0.908 nan 0.110 0.220 0.297 0.940 1.475 0.358 0.589 2.208 2.174 0.296 0.501 1.215 0.994 1.039 1.579 0.590 0.487 0.340 0.695 0.712 1.075 0.120 0.347 2.163 0.654 0.565 1.308 1.493 0.497 1.158 1.448 0.230 0.179 0.253 1.030 0.615 0.841 3.853 1.258 1.492 2.549 1.103 1.104 0.440 1.300 0.761 1.018 0.577 2.073 0.370 0.532 0.200 0.499 0.337 0.703 0.224 0.677 0.563 0.060 0.232 0.150 1359 chr18 73915375 73933213 + 0 NA Intergenic Intergenic 89341 NR_040034 339298 Hs.151215 NR_040034 ENSG00000263547 LOC339298 - uncharacterized LOC339298 ncRNA nan nan 0.689 3.478 0.051 5.516 2.750 0.040 0.004 1.405 0.063 0.063 0.018 0.014 3.155 2.026 6.275 0.108 0.211 0.007 0.038 0.006 0.125 0.085 0.032 0.016 1.532 0.008 2.095 0.030 0.086 0.075 0.047 0.038 0.036 0.030 0.105 0.177 0.050 0.070 0.031 0.082 0.086 0.012 0.572 0.767 0.686 1.028 4.458 nan 15.410 6.388 0.308 0.361 0.083 0.147 5.629 nan 0.501 0.314 0.173 0.238 4.316 4.130 0.183 0.311 3.002 1.473 0.022 0.075 0.005 0.062 0.017 0.535 0.031 0.050 0.012 0.024 0.067 0.656 0.476 0.067 0.007 0.017 0.030 0.329 0.374 0.101 0.041 0.024 0.009 0.015 1.405 0.016 6.275 0.028 0.009 0.011 0.049 0.103 0.103 0.002 0.018 0.806 0.033 0.069 0.052 0.037 0.006 0.017 1479 chr19 49135658 49142642 + 0 NA exon (NM_001352, exon 2 of 4) exon (NM_001352, exon 2 of 4) 1657 NM_001352 1628 Hs.414480 NM_001352 ENSG00000105516 DBP DABP D-box binding PAR bZIP transcription factor protein-coding 3.724 3.711 4.124 3.660 4.382 12.331 6.359 5.700 1.609 3.893 3.410 0.751 1.228 3.433 3.810 2.128 0.946 4.329 3.409 4.332 0.895 3.071 1.194 0.977 8.315 4.845 5.242 8.512 1.406 3.031 6.207 0.176 3.540 0.843 1.737 2.248 0.907 3.453 2.913 1.558 1.330 3.212 6.316 3.036 4.275 1.306 4.076 5.528 3.685 6.292 5.569 5.158 5.565 2.450 9.531 10.248 5.232 5.782 6.392 9.395 6.056 5.951 4.422 5.705 2.765 2.645 2.206 7.118 3.984 1.637 4.560 1.925 3.483 3.056 2.757 10.573 4.997 1.316 1.321 2.014 1.821 0.916 1.963 5.487 1.277 0.888 0.625 0.774 0.662 1.241 6.174 4.089 4.486 2.755 3.893 5.392 2.705 4.329 1.699 4.069 2.096 4.509 2.509 0.822 0.752 1.438 1.093 1.035 3.858 3.573 1.794 0.659 1.745 1.776 2578 chr8 95903804 95913691 + 0 NA Intergenic CpG-25869 -1265 NM_057749 9134 Hs.521693 NM_004702 ENSG00000175305 CCNE2 CYCE2 cyclin E2 protein-coding nan 3.030 4.505 6.443 0.839 5.950 2.953 1.571 0.475 2.351 1.848 0.264 0.442 1.544 0.192 1.313 0.600 5.499 2.749 1.087 0.138 1.529 0.585 0.456 2.435 0.680 1.176 14.751 0.520 0.790 1.161 0.079 1.507 0.323 0.896 2.421 0.578 2.266 0.639 0.574 0.459 1.328 3.685 0.326 1.087 0.695 3.659 3.336 3.769 nan 8.751 8.199 4.463 2.988 3.379 3.673 3.570 4.671 11.022 14.948 4.977 5.203 1.861 3.685 5.641 6.650 3.550 3.096 3.114 1.635 5.321 1.132 0.397 0.643 1.060 5.324 0.659 0.938 0.885 0.701 0.629 1.676 2.982 1.886 1.770 1.130 0.641 1.407 1.043 1.720 0.790 1.867 1.077 0.820 2.351 2.292 1.355 5.499 0.446 0.897 0.436 0.963 2.439 0.363 0.753 0.579 0.165 0.463 1.294 1.189 0.458 0.318 0.652 0.365 801 chr13 74773701 74795015 + 0 NA Intergenic Intergenic -21223 NR_144451 100507612 Hs.447508 NR_144451 LINC00402 - long intergenic non-protein coding RNA 402 ncRNA nan 0.971 0.750 0.041 0.044 0.371 0.210 0.098 0.026 0.395 0.204 0.085 0.018 0.050 0.018 0.030 0.031 0.083 0.281 0.203 0.064 0.026 0.060 0.081 0.105 0.080 0.057 0.368 0.144 0.090 0.081 0.070 0.138 0.056 0.111 0.035 0.719 3.226 0.222 0.062 0.063 0.147 0.072 0.108 0.081 0.054 0.490 0.301 0.431 1.589 0.322 0.356 nan 0.116 0.130 0.093 0.142 0.189 0.098 0.108 nan 0.193 0.165 0.317 0.041 0.097 0.425 nan 0.216 0.177 0.034 0.198 0.009 0.590 0.038 0.156 0.013 0.013 0.014 0.003 0.088 0.019 0.243 0.143 0.040 0.022 0.011 0.029 0.056 0.814 0.046 0.074 0.023 0.028 0.395 0.033 0.013 0.083 0.034 0.031 0.092 0.030 0.019 0.045 0.006 0.054 0.146 0.038 0.055 0.100 0.060 0.018 0.070 0.036 985 chr15 90291666 90330267 + 0 NA Intergenic Intergenic -8623 NM_001039958 145873 Hs.37311 NM_001039958 ENSG00000188095 MESP2 SCDO2|bHLHc6 mesoderm posterior bHLH transcription factor 2 protein-coding nan nan nan 0.233 1.483 0.512 0.233 0.445 0.137 0.627 0.303 0.192 0.314 0.479 0.568 0.347 0.200 0.654 0.299 0.215 0.269 0.249 0.485 0.182 0.937 0.353 0.381 1.059 0.216 0.213 0.166 0.070 0.428 0.034 0.179 0.368 0.554 0.819 1.756 1.427 0.954 0.780 2.306 0.437 3.383 0.148 0.608 0.730 0.579 0.999 0.867 0.823 nan 0.425 0.878 0.808 0.540 0.826 0.510 0.740 nan 0.973 0.579 0.666 0.258 0.162 0.549 nan 0.444 0.355 0.154 1.087 0.546 0.476 0.086 0.428 0.135 0.451 0.262 0.484 0.293 0.020 0.604 0.843 0.197 0.151 0.230 0.158 0.123 0.671 1.175 0.620 0.304 0.968 0.627 0.272 0.184 0.654 0.661 1.871 0.222 0.849 0.355 0.230 0.205 0.399 0.343 0.078 0.128 0.192 0.219 1.072 0.107 0.052 971 chr15 72765182 72768726 + 0 NA promoter-TSS (NR_135678) promoter-TSS (NR_135678) 287 NM_005744 25820 Hs.268787 NM_005744 ENSG00000166233 ARIH1 ARI|HARI|HHARI|UBCH7BP ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding 6.714 6.681 6.435 5.003 6.155 9.934 4.278 5.875 5.242 7.028 5.450 0.544 1.661 5.581 6.704 4.300 1.760 8.631 3.884 3.427 3.439 5.505 1.969 4.731 8.657 7.898 4.287 15.879 1.988 4.297 4.956 0.118 10.030 1.772 4.075 4.322 1.527 6.276 5.285 3.188 1.652 7.613 5.278 4.238 5.765 2.786 8.373 9.924 12.197 15.851 12.111 11.549 9.816 7.705 18.808 20.227 6.778 8.343 9.242 16.533 15.452 17.729 6.008 10.295 6.362 5.442 11.443 8.391 4.281 2.388 3.428 2.708 2.331 4.533 2.948 6.062 4.615 3.041 3.892 3.968 6.365 0.561 2.823 5.492 4.961 1.740 1.919 3.500 2.196 6.675 8.602 5.476 5.022 5.812 7.028 8.088 4.075 8.631 3.283 3.472 1.628 5.722 5.230 3.736 1.826 3.668 3.999 3.338 2.505 1.781 2.395 1.850 3.266 1.979 754 chr12 119788606 119852048 + 0 NA intron (NM_178499, intron 1 of 13) L2b|LINE|L2 47810 NM_178499 160777 Hs.98188 NM_178499 ENSG00000183273 CCDC60 - coiled-coil domain containing 60 protein-coding nan nan 0.578 0.067 0.067 0.695 0.357 0.066 0.014 0.448 0.057 0.082 0.009 0.052 0.021 0.263 0.251 2.007 0.443 0.171 0.010 0.067 0.020 0.063 0.152 0.088 0.067 5.852 0.014 0.086 0.062 0.103 0.213 0.006 0.042 0.057 0.009 0.025 0.170 0.021 0.011 0.155 0.106 0.052 0.064 0.065 0.346 0.318 0.179 0.357 nan nan nan 0.807 0.094 0.106 1.166 1.428 nan nan 0.576 0.245 0.311 0.520 0.728 0.618 0.390 0.799 nan 1.273 1.563 0.065 0.018 0.048 0.039 1.491 0.018 0.018 0.034 0.022 0.067 0.170 0.261 0.083 0.023 0.012 0.067 0.020 0.023 0.191 0.090 0.047 0.022 0.046 0.448 0.097 0.028 2.007 0.012 0.101 0.075 0.033 0.206 0.016 0.008 0.031 0.035 0.116 0.213 0.193 0.028 0.051 0.019 0.015 479 chr11 32451174 32459677 + 0 NA intron (NM_024426, intron 1 of 9) CpG -1639 NR_023920 51352 Hs.567499 NM_015855 ENSG00000183242 WT1-AS WIT-1|WIT1|WT1-AS1|WT1AS WT1 antisense RNA ncRNA 0.386 0.505 nan 0.042 0.042 0.177 0.113 0.037 0.003 0.105 0.054 0.096 0.013 0.008 0.128 0.097 0.059 0.117 0.240 3.524 0.063 0.153 0.137 0.038 0.066 0.277 0.514 1.207 0.107 0.067 0.045 0.032 0.047 0.040 1.022 0.013 0.010 0.511 0.102 0.033 0.034 0.098 0.337 0.111 0.444 0.854 0.185 0.242 0.080 0.028 0.372 0.336 0.159 0.264 0.061 0.124 0.292 0.152 0.245 0.424 0.080 0.088 0.036 nan 0.166 0.213 0.039 0.058 0.054 0.024 0.043 0.030 0.008 0.435 0.071 0.019 4.724 0.030 0.055 0.019 0.175 0.168 0.180 1.024 1.703 0.016 0.105 0.057 0.489 0.059 0.049 0.148 3.925 0.012 0.016 0.121 5.906 0.107 0.046 0.065 0.096 0.006 847 chr14 32669212 32674294 + 0 NA TTS (NR_125730).3 TTS (NR_125730).3 502 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 8.123 2.703 3.697 7.685 1.642 4.499 2.274 1.828 5.833 4.360 6.555 0.351 1.450 2.770 2.856 1.756 1.222 4.053 4.110 2.573 0.877 3.511 1.391 1.879 17.020 17.708 3.388 10.181 2.188 1.851 2.349 0.197 4.128 1.186 1.509 3.956 0.524 2.579 2.095 1.868 0.755 2.565 2.792 0.521 1.206 0.844 2.435 4.095 2.116 3.583 9.703 10.060 6.099 4.219 6.823 7.333 4.589 5.621 6.158 10.093 15.990 16.368 3.755 4.961 6.072 5.277 6.954 6.874 4.308 3.280 1.988 1.826 0.657 2.971 1.631 2.700 4.170 1.579 1.550 0.656 2.110 0.487 4.462 3.227 1.887 0.844 1.285 0.651 0.614 1.512 3.972 3.069 3.041 1.203 4.360 2.955 3.854 4.053 1.014 1.048 1.398 3.464 3.565 0.975 0.956 2.606 0.901 1.056 0.777 2.401 1.544 0.485 0.725 0.494 1166 chr17 36097650 36107025 + 0 NA intron (NM_001304286, intron 1 of 6) CpG 2732 NM_001304286 6928 Hs.191144 NM_000458 ENSG00000275410 HNF1B FJHN|HNF-1-beta|HNF-1B|HNF1beta|HNF2|HPC11|LF-B3|LFB3|MODY5|TCF-2|TCF2|VHNF1 HNF1 homeobox B protein-coding nan 0.791 0.447 0.141 16.864 0.284 0.099 0.092 0.026 0.089 0.080 0.034 0.060 0.080 6.923 0.084 0.157 0.077 0.233 0.149 0.067 2.802 2.643 6.788 0.156 0.138 4.479 0.669 0.046 0.228 0.105 0.071 0.246 1.787 0.065 4.849 0.017 0.058 0.202 5.448 0.018 0.131 0.151 0.023 0.075 0.373 0.356 0.149 0.137 0.245 nan 0.370 0.123 0.098 13.583 12.874 0.120 0.169 0.270 0.352 nan 0.361 0.271 0.319 0.073 0.107 0.251 0.431 0.321 0.328 0.118 0.271 0.025 0.010 1.303 0.087 0.029 3.972 5.323 0.086 0.107 0.041 0.067 0.171 0.225 0.136 2.184 0.093 0.077 0.202 7.498 0.054 4.173 4.745 0.089 0.136 0.077 0.822 0.637 0.011 0.206 0.022 0.269 0.033 0.072 0.062 0.063 0.065 0.024 5.048 1.532 1.189 2166 chr5 82103369 82110745 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -28917 NR_039773 100616297 NR_039773 ENSG00000283359 MIR3977 - microRNA 3977 ncRNA 0.680 1.115 0.612 0.071 0.120 0.327 0.151 0.191 0.330 0.185 0.093 0.028 0.060 0.022 0.022 0.090 0.208 0.129 0.064 0.056 0.133 0.153 0.062 0.105 0.307 0.079 0.391 0.073 0.094 0.161 0.081 0.069 0.009 0.112 0.045 0.042 0.123 0.228 0.019 0.078 0.156 0.635 0.291 7.321 2.218 0.205 0.253 0.106 0.049 0.222 0.266 0.462 0.626 0.246 0.193 0.303 0.170 0.085 0.205 0.363 0.301 0.164 nan 0.269 0.306 0.015 0.048 0.087 0.055 0.132 0.020 0.019 0.114 0.052 0.010 0.079 0.016 0.021 0.021 0.075 0.131 0.013 0.022 0.048 0.064 0.037 0.330 0.039 0.063 0.090 0.050 0.055 0.056 0.028 0.017 0.022 0.030 1.623 0.015 0.067 0.134 0.013 0.021 1563 chr2 61686521 61699792 + 0 NA intron (NM_014709, intron 1 of 79) L1MA5A|LINE|L1 4693 NM_014709 9736 Hs.644708 NM_014709 ENSG00000115464 USP34 - ubiquitin specific peptidase 34 protein-coding 2.449 1.126 nan 1.418 1.426 1.908 0.918 2.227 0.569 1.792 1.037 0.243 0.757 2.847 3.067 1.160 0.779 1.819 0.935 1.355 0.533 1.714 0.446 1.681 4.165 3.189 1.704 3.576 0.727 1.913 2.255 0.204 4.435 0.908 1.206 1.890 1.152 4.157 2.419 0.796 0.582 1.512 4.278 1.477 1.656 0.886 1.838 2.219 2.610 3.717 2.935 2.808 nan 1.128 6.133 6.263 1.757 2.137 2.684 4.301 2.538 2.562 1.432 2.969 0.970 0.921 2.934 3.137 1.587 0.884 1.145 1.669 1.109 2.699 0.468 2.088 1.617 1.416 1.681 1.311 2.701 0.203 0.946 3.362 3.825 1.721 0.745 0.878 0.713 1.627 3.331 2.910 1.528 1.435 1.792 3.153 1.472 1.819 1.344 1.089 0.590 3.038 1.145 0.849 0.484 1.196 1.258 1.379 0.929 1.026 1.140 0.705 1.020 0.706 1003 chr16 1792683 1798447 + 0 NA intron (NM_001040439, intron 5 of 30) intron (NM_001040439, intron 5 of 30) 10579 NR_036138 100423012 NR_036138 ENSG00000265820 MIR3177 mir-3177 microRNA 3177 ncRNA 0.663 nan 0.598 0.091 0.137 0.157 0.138 3.922 1.808 0.264 0.079 0.055 1.377 3.483 1.187 0.057 0.021 0.283 0.340 1.504 0.047 0.142 0.523 0.184 0.322 0.303 2.238 0.167 0.132 0.028 0.297 2.627 0.305 0.306 0.464 1.080 0.318 0.019 0.056 0.277 0.128 0.170 3.723 0.127 0.286 0.286 0.241 0.738 0.264 0.342 nan 0.188 0.353 0.386 0.188 nan 0.210 0.188 0.295 0.225 0.178 0.206 0.069 0.170 0.376 0.302 0.289 0.135 0.029 0.312 2.412 0.113 0.052 0.275 0.144 2.575 3.122 0.366 0.112 0.032 0.063 10.043 3.365 1.025 0.080 0.041 0.064 0.208 0.570 0.062 0.028 0.081 0.264 8.500 0.127 0.021 0.044 1.132 0.005 0.284 0.018 0.047 0.007 0.737 2.977 0.059 0.052 0.039 3.397 0.033 1.738 1.394 1378 chr19 4050068 4068908 + 0 NA intron (NM_015898, intron 1 of 2) intron (NM_015898, intron 1 of 2) 6039 NM_001317990 51341 Hs.591384 NM_015898 ENSG00000178951 ZBTB7A FBI-1|FBI1|LRF|TIP21|ZBTB7|ZNF857A|pokemon zinc finger and BTB domain containing 7A protein-coding 1.944 1.266 4.705 1.164 5.203 1.357 0.783 3.486 0.632 1.388 0.876 0.154 0.796 2.701 1.766 1.134 0.536 2.212 0.970 1.023 0.953 1.885 0.715 1.751 4.295 3.014 1.728 2.754 0.900 1.756 1.737 0.081 2.954 0.731 0.890 4.948 0.442 1.451 1.681 1.165 0.381 4.004 3.351 2.647 2.557 1.150 1.629 2.427 1.456 2.102 2.051 1.772 1.049 0.453 3.176 3.029 1.136 1.725 3.389 nan 2.879 3.010 0.702 1.259 1.276 1.011 1.500 2.355 1.082 0.577 0.523 2.165 1.153 1.373 0.898 2.560 1.549 1.878 2.261 1.691 3.326 0.471 0.810 5.345 2.186 0.917 0.505 0.788 0.423 2.099 3.798 4.495 1.499 1.317 1.388 2.903 1.072 2.212 1.989 1.474 0.501 5.907 1.084 4.135 1.864 1.870 1.397 0.881 0.588 0.919 1.574 1.445 1.064 0.655 1054 chr16 51570277 51576112 + 0 NA Intergenic Intergenic -223236 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.302 0.160 0.580 0.200 2.255 0.040 2.450 0.064 0.111 0.032 0.065 0.427 0.306 0.181 0.255 0.096 0.361 0.116 1.484 2.767 1.094 0.037 0.336 0.100 0.733 0.038 0.089 1.076 2.719 1.112 0.193 0.013 0.053 0.283 0.055 0.095 0.664 0.457 0.095 0.057 0.967 0.389 0.340 0.415 0.229 0.327 0.465 0.167 0.120 0.214 0.263 0.104 nan nan nan nan 0.152 0.183 0.214 0.122 0.243 0.288 nan nan 0.448 0.027 0.868 0.017 2.484 0.956 0.008 1.268 0.979 0.012 3.175 0.046 0.066 3.757 0.103 0.013 0.105 0.255 0.312 0.142 2.972 0.048 5.164 2.532 2.450 0.037 0.047 0.255 0.333 0.112 0.016 2.955 0.963 0.662 0.174 0.965 0.020 0.964 0.102 1.541 0.048 1.372 2.011 1800 chr21 35050232 35060292 + 0 NA intron (NM_001001132, intron 1 of 29) intron (NM_001001132, intron 1 of 29) 40478 NM_003024 6453 Hs.90221 NM_003024 ENSG00000205726 ITSN1 ITSN|SH3D1A|SH3P17 intersectin 1 protein-coding 1.058 0.929 1.293 0.243 1.438 0.598 0.272 0.421 4.103 0.445 0.543 0.128 0.245 1.571 0.359 0.228 0.206 0.294 0.319 0.514 1.489 0.420 0.449 0.179 2.346 0.966 1.407 0.631 0.364 0.457 0.581 0.089 1.187 0.176 0.910 0.608 0.523 2.095 0.315 0.108 0.201 0.804 0.511 0.765 0.850 0.363 0.500 0.435 0.396 0.867 0.505 0.618 0.758 0.482 0.329 0.408 0.857 1.041 0.903 1.415 0.605 0.216 0.220 0.317 0.904 1.433 0.629 1.782 nan 0.841 0.055 0.779 1.590 1.082 0.250 0.576 0.041 0.740 0.311 0.441 0.930 0.179 0.109 0.350 0.569 0.513 0.551 0.564 0.742 0.291 0.235 0.540 0.110 0.301 0.445 2.173 0.676 0.294 0.377 0.398 0.096 0.127 0.081 1.081 0.021 0.823 4.686 0.469 0.097 0.258 0.105 1.154 0.727 0.491 2101 chr5 1864919 1888083 + 0 NA Intergenic CpG 6379 NM_016358 50805 Hs.196927 NM_016358 ENSG00000113430 IRX4 IRXA3 iroquois homeobox 4 protein-coding 0.289 0.435 0.608 0.168 0.047 0.327 0.153 0.108 0.013 0.936 0.116 0.096 0.161 0.287 0.052 0.094 0.107 0.318 0.161 0.202 0.011 0.111 0.004 0.169 0.555 0.357 0.126 0.586 0.030 0.157 0.042 0.078 4.081 0.005 0.033 0.292 0.116 0.416 0.871 0.023 0.892 1.327 0.125 0.095 0.071 0.535 0.242 0.134 1.412 nan 2.855 1.896 0.385 0.097 0.050 0.045 0.141 0.255 nan 0.113 nan 0.384 0.103 0.116 0.089 0.114 0.051 0.067 0.451 nan 4.060 0.272 0.017 0.056 0.043 0.315 0.042 0.039 0.068 0.035 0.100 0.021 0.041 0.099 0.081 0.071 0.063 0.181 0.110 0.233 0.110 0.053 0.099 0.169 0.936 0.159 0.016 0.318 0.027 0.771 0.374 0.161 0.092 0.019 0.047 0.044 0.010 0.015 0.013 0.016 0.007 0.033 0.016 0.018 619 chr11 129058616 129063160 + 0 NA intron (NM_001142685, intron 1 of 21) intron (NM_001142685, intron 1 of 21) 1205 NM_001142685 9743 Hs.440379 NM_014715 ENSG00000134909 ARHGAP32 GC-GAP|GRIT|PX-RICS|RICS|p200RhoGAP|p250GAP Rho GTPase activating protein 32 protein-coding 0.813 1.230 0.960 0.311 2.468 0.510 0.367 0.152 8.474 0.262 0.151 0.034 0.667 1.730 0.014 0.618 0.470 0.608 0.281 3.845 0.136 2.273 1.648 0.295 4.444 2.660 2.305 1.600 0.545 0.259 1.684 0.166 0.529 0.524 0.439 0.082 0.135 0.377 2.600 3.418 0.673 3.740 0.748 0.168 4.959 1.464 0.506 0.484 0.701 2.105 0.349 0.837 1.202 0.331 0.412 0.334 0.600 0.810 1.594 1.434 0.417 0.194 0.441 1.034 0.785 0.963 0.285 nan 0.194 0.303 0.106 1.088 3.784 0.282 0.089 0.329 0.754 0.381 0.144 3.364 0.082 0.018 1.778 0.119 0.188 2.508 0.088 0.212 0.219 0.903 0.218 1.037 2.356 0.262 1.340 0.122 0.608 1.313 3.501 0.042 0.039 0.044 0.129 2.621 0.280 0.121 0.202 0.271 0.055 0.017 2.671 0.038 1717 chr20 21915788 21926947 + 0 NA Intergenic LTR16C|LTR|ERVL -113361 NR_038394 100270679 Hs.385748 NR_038394 ENSG00000234435 LINC01432 - long intergenic non-protein coding RNA 1432 ncRNA 0.585 1.000 nan 0.093 0.019 0.232 0.126 0.070 0.011 0.023 0.141 0.116 0.017 0.038 0.011 0.147 0.134 0.097 0.226 0.114 0.048 0.029 0.050 0.085 0.092 0.171 0.269 0.039 0.029 0.020 0.051 0.090 0.246 0.064 0.079 0.064 0.189 0.029 0.014 0.135 0.160 0.070 0.052 0.140 0.507 0.403 0.099 0.189 0.218 0.282 0.171 0.134 0.201 0.183 0.235 0.304 0.236 0.336 0.390 0.140 0.226 0.428 1.994 2.774 0.149 0.192 0.607 0.411 0.035 0.048 0.006 0.090 0.018 0.048 0.012 0.056 0.065 0.007 0.062 0.436 0.066 0.011 0.014 0.028 0.035 0.043 0.071 0.036 0.038 0.282 0.006 0.023 0.013 0.016 0.097 0.011 0.051 0.015 4.262 0.012 0.026 0.014 0.030 0.021 0.036 0.033 0.085 0.015 2557 chr8 71313494 71317374 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321712) promoter-TSS (NM_001321712) 56 NM_001321712 10499 Hs.446678 NM_006540 ENSG00000140396 NCOA2 GRIP1|KAT13C|NCoA-2|SRC2|TIF2|bHLHe75 nuclear receptor coactivator 2 protein-coding 9.742 3.588 5.589 7.252 3.325 6.341 3.188 5.265 4.206 5.366 5.033 0.620 1.712 6.706 7.381 3.659 1.581 9.309 3.200 3.853 1.436 6.778 1.066 7.940 11.190 9.216 9.503 20.045 1.843 4.657 6.069 0.138 10.002 1.941 2.331 6.229 2.050 8.029 3.179 2.161 2.937 6.836 15.202 4.751 2.859 2.949 3.117 7.213 4.382 6.188 15.582 12.204 7.144 2.997 12.380 11.956 4.634 5.722 5.676 7.519 3.710 5.119 3.182 9.752 8.300 6.295 4.995 7.334 5.263 2.581 4.215 3.595 3.936 3.011 4.765 9.386 5.508 2.866 4.216 4.278 2.971 4.291 6.896 6.078 7.906 3.763 1.916 6.810 3.163 6.282 11.082 16.917 4.858 7.761 5.366 6.195 5.295 9.309 2.681 2.500 0.706 4.083 6.561 2.586 3.040 2.863 2.361 3.110 3.952 2.957 2.768 1.708 3.428 2.085 698 chr12 54365768 54433269 + 0 NA Intergenic CpG -3372 NM_022658 3224 Hs.664500 NM_022658 ENSG00000037965 HOXC8 HOX3|HOX3A homeobox C8 protein-coding nan 1.429 1.295 0.084 0.191 0.346 0.188 0.082 1.123 0.185 1.096 0.127 0.011 0.083 1.682 0.221 0.157 0.262 0.338 0.211 0.215 0.088 0.042 0.456 5.680 2.614 0.196 1.691 0.043 1.095 2.069 0.069 1.429 0.336 0.447 0.723 0.135 0.324 0.735 0.044 0.351 1.242 1.236 0.843 0.631 0.577 nan 13.344 5.778 8.132 0.516 nan 0.251 0.129 4.541 4.755 1.457 nan 1.107 nan 0.995 0.735 7.421 14.129 1.710 1.785 1.459 2.877 0.549 0.488 1.236 0.225 0.454 1.973 0.861 4.561 4.179 0.463 0.424 1.560 0.697 0.633 0.016 2.247 1.032 0.549 0.806 0.805 0.782 2.310 1.804 3.860 0.481 0.792 0.185 0.070 0.546 0.262 0.322 1.566 0.456 3.857 0.671 0.040 0.233 0.415 0.254 0.902 6.875 0.878 0.222 0.055 2.961 1.971 1634 chr2 177016001 177030191 + 0 NA Intergenic Intergenic -5709 NM_006898 3232 Hs.93574 NM_006898 ENSG00000128652 HOXD3 HOX1D|HOX4|HOX4A|Hox-4.1 homeobox D3 protein-coding 1.192 0.984 0.647 0.446 0.067 0.825 0.316 0.049 0.052 1.193 0.079 0.028 0.067 0.262 0.035 1.950 1.105 1.851 2.103 0.223 0.091 0.015 0.108 0.244 0.073 0.398 3.690 0.021 0.151 0.038 0.081 0.152 0.025 0.071 0.063 0.005 0.020 0.282 0.308 0.017 0.111 0.151 0.070 0.074 0.344 3.190 3.483 1.223 1.674 2.523 1.940 1.778 0.902 2.891 2.905 2.828 3.532 4.762 7.870 2.892 3.335 2.975 4.085 1.402 1.166 0.257 0.453 1.286 0.769 1.010 0.205 0.027 0.301 0.043 0.057 0.059 0.458 0.417 0.197 0.066 0.262 0.707 0.683 0.085 0.028 0.054 0.049 0.146 0.084 0.180 0.071 0.006 0.047 1.193 0.073 0.013 1.851 0.043 0.064 0.375 0.181 0.529 0.010 0.015 0.110 0.008 0.097 1.549 0.070 0.027 0.040 0.019 0.022 621 chr11 129181305 129196376 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -57041 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.844 1.910 3.289 1.363 0.365 0.742 0.319 0.114 0.296 0.215 0.029 0.053 0.452 1.113 0.029 1.088 0.553 1.335 0.190 1.472 0.016 0.538 1.206 0.122 6.996 1.937 1.672 2.706 1.134 7.913 0.100 0.093 0.222 0.031 0.090 0.055 0.031 0.073 0.501 0.694 0.435 1.730 0.299 0.107 0.825 0.291 0.908 1.003 0.383 0.571 0.716 0.770 3.259 0.939 0.598 0.695 0.566 0.910 6.951 6.907 1.461 1.584 1.627 2.054 1.997 1.626 0.261 nan 1.549 1.057 0.385 1.854 0.209 0.157 0.731 0.390 0.019 0.269 0.129 0.152 0.259 0.442 0.062 0.191 0.059 0.025 1.438 1.267 1.567 0.246 1.166 0.103 0.148 6.606 0.215 1.836 0.124 1.335 2.270 6.514 0.203 0.057 1.506 0.013 0.053 0.116 0.037 5.704 1.163 0.185 0.025 0.328 0.027 0.007 524 chr11 63374327 63385324 + 0 NA intron (NM_001128203, intron 2 of 4) Zaphod3|DNA|hAT-Tip100 2084 NM_007069 11145 Hs.502775 NM_007069 ENSG00000176485 PLA2G16 AdPLA|H-REV107-1|HRASLS3|HREV107|HREV107-1|HREV107-3|HRSL3 phospholipase A2 group XVI protein-coding nan 1.719 0.588 0.430 4.758 1.003 0.490 0.792 0.278 0.831 1.235 0.247 0.183 0.460 1.246 0.360 0.149 0.218 0.201 0.386 0.349 1.120 0.880 8.152 0.762 0.389 1.550 1.392 0.173 0.228 0.928 0.088 0.681 0.247 0.390 1.963 0.123 0.300 0.390 0.855 0.161 0.506 0.302 1.558 3.805 0.265 0.452 0.424 0.208 0.425 1.013 0.919 2.076 0.499 0.364 0.461 0.357 0.572 0.701 1.536 0.435 0.362 0.511 0.788 0.141 0.120 0.119 0.235 1.227 0.826 0.560 0.703 0.139 1.385 0.054 1.838 0.379 1.252 1.071 0.422 0.211 0.141 0.990 1.113 0.722 1.115 0.170 0.187 0.365 1.938 0.815 0.150 0.294 0.831 0.825 0.606 0.218 0.224 0.662 0.062 0.539 0.111 1.726 0.069 0.325 0.488 0.210 0.162 0.089 0.124 5.479 0.152 0.042 2176 chr5 92953228 92959710 + 0 NA promoter-TSS (NR_031754) promoter-TSS (NR_031754) 25 NR_031754 100313887 NR_031754 ENSG00000113391 MIR2277 mir-2277 microRNA 2277 ncRNA nan 7.666 2.053 1.086 1.304 2.821 1.228 0.337 0.726 4.015 1.128 0.173 0.321 1.209 0.551 1.107 0.585 0.912 0.607 0.210 1.299 0.745 0.999 2.010 0.798 0.905 4.120 0.450 0.242 7.344 0.188 0.474 0.366 0.115 1.442 0.302 1.326 0.239 0.607 0.062 0.467 0.285 0.335 0.967 0.450 0.778 1.225 1.541 2.047 2.773 1.746 3.534 2.172 0.150 0.247 2.404 2.823 2.107 5.159 2.157 2.712 0.320 0.439 7.581 7.321 1.518 nan 1.867 1.312 1.686 0.559 0.456 0.726 0.496 2.219 0.981 0.886 0.846 0.875 0.432 1.939 0.565 0.866 0.931 0.408 0.202 0.253 0.224 0.399 1.394 1.268 0.572 0.373 4.015 1.184 1.974 0.207 0.267 0.240 1.522 2.035 0.102 0.155 0.339 0.161 0.090 0.260 0.553 0.728 0.116 0.711 0.384 1848 chr22 38137306 38151944 + 0 NA intron (NM_007032, intron 1 of 13) L2c|LINE|L2 2384 NM_007032 11078 Hs.533030 NM_007032 ENSG00000100106 TRIOBP DFNB28|HRIHFB2122|TAP68|TARA|dJ37E16.4 TRIO and F-actin binding protein protein-coding 1.859 nan 2.473 0.552 2.590 1.063 0.646 3.382 0.317 1.116 1.233 0.276 1.871 4.543 3.074 0.310 0.122 1.091 2.211 2.273 0.888 5.793 1.320 2.678 7.041 4.079 2.828 2.497 3.002 0.530 1.823 0.088 3.029 1.753 1.523 4.904 0.323 0.652 1.100 1.269 0.434 3.986 2.738 1.449 4.279 1.327 0.986 1.315 1.722 2.924 0.806 0.925 0.897 0.292 1.357 1.383 0.964 nan 1.403 1.948 nan 1.059 0.646 0.803 0.529 0.596 0.763 0.925 1.030 0.613 0.683 3.980 2.167 1.913 0.386 0.705 0.673 1.048 1.048 0.689 2.701 0.131 0.499 5.353 2.178 1.078 1.625 0.687 0.406 1.874 3.969 2.502 1.297 2.866 1.116 5.733 4.643 1.091 1.480 3.723 0.617 2.385 0.891 2.900 1.224 2.289 1.500 0.442 0.145 0.446 1.931 0.958 0.275 0.247 2714 chr9 130597181 130603791 + 0 NA intron (NM_001114753, intron 2 of 14) MER115|DNA|hAT-Tip100 8960 NM_001278138 2022 Hs.76753 NM_000118 ENSG00000106991 ENG END|HHT1|ORW1 endoglin protein-coding nan 0.559 0.784 0.252 0.162 0.295 0.121 2.940 0.028 0.404 0.068 0.097 2.273 3.981 0.029 0.048 0.074 0.267 0.241 0.080 0.506 3.472 0.928 0.668 0.946 0.257 0.174 0.502 3.182 0.032 0.065 0.054 0.145 3.223 0.115 1.067 0.144 0.156 0.252 1.699 0.059 0.216 0.121 0.713 0.894 1.634 0.352 0.479 0.272 0.377 0.527 0.649 nan 0.131 0.545 0.454 0.155 0.416 0.288 0.748 0.767 0.490 0.255 0.270 0.166 0.221 0.364 0.370 0.534 0.335 0.083 2.948 0.028 0.085 0.015 0.068 0.043 1.286 0.917 0.079 0.146 0.084 0.024 0.153 0.273 0.106 1.835 0.036 0.089 0.907 0.222 0.247 0.024 0.171 0.404 0.859 1.439 0.267 0.113 0.030 0.133 0.051 2.482 1.261 2.358 0.909 0.087 0.044 0.113 0.012 0.185 0.035 0.008 2310 chr6 44663650 44684171 + 0 NA Intergenic Intergenic -154292 NR_134609 105375075 Hs.123393 NR_134609 LOC105375075 - uncharacterized LOC105375075 ncRNA 1.328 0.889 1.103 0.133 0.105 0.185 0.093 0.128 0.012 0.274 0.170 0.070 0.009 0.068 0.043 0.076 0.090 0.093 0.115 0.115 0.048 0.060 0.005 0.122 0.146 0.073 0.110 0.321 0.085 0.078 0.042 0.126 0.129 0.052 0.059 0.068 0.070 0.150 0.154 0.032 0.225 0.129 0.224 0.106 0.071 0.112 0.448 0.303 0.283 0.532 0.301 0.412 0.121 0.098 0.245 0.324 0.134 0.268 0.313 nan 0.595 0.398 0.216 0.322 0.102 0.103 1.517 5.141 0.458 0.533 0.149 0.107 0.009 0.278 0.030 0.134 0.027 0.024 0.032 0.023 0.091 0.023 0.089 0.067 0.047 0.022 0.034 0.012 0.035 0.210 0.067 0.056 0.034 0.039 0.274 0.098 0.027 0.093 0.012 0.037 0.082 0.039 0.030 0.006 0.034 0.049 0.040 0.091 2.092 0.038 0.115 0.020 0.008 2495 chr7 129353992 129369883 + 0 NA intron (NM_001040110, intron 9 of 10) intron (NM_001040110, intron 9 of 10) 48395 NR_029614 406958 NR_029614 ENSG00000207990 MIR182 MIRN182|miRNA182|mir-182 microRNA 182 ncRNA 1.068 0.664 0.953 1.272 0.112 1.178 0.525 0.260 0.020 0.274 0.249 0.081 0.110 0.112 0.044 0.404 0.252 1.687 0.434 0.389 0.049 0.137 0.175 0.137 0.071 0.213 0.610 0.027 0.495 0.116 0.145 0.312 0.037 0.085 0.075 0.064 0.132 0.360 0.048 0.127 0.119 0.687 0.145 0.168 0.098 0.760 0.749 0.348 0.419 0.872 1.146 4.837 1.563 0.487 0.382 0.450 0.610 1.648 1.283 0.423 0.230 0.493 0.831 0.897 1.477 0.397 0.935 1.545 1.000 0.115 0.094 0.037 0.266 0.108 0.447 0.035 0.232 0.110 0.070 0.470 0.096 0.649 0.177 0.053 0.030 0.111 0.155 0.235 0.164 0.258 0.094 0.035 0.187 0.274 0.108 0.099 1.687 0.054 0.083 0.595 0.070 0.659 0.038 0.016 0.126 0.122 0.190 0.205 0.202 0.053 0.041 0.025 0.022 598 chr11 119223028 119253237 + 0 NA intron (NM_001243759, intron 1 of 11) intron (NM_001243759, intron 1 of 11) -3240 NM_171997 9099 Hs.524085 NM_004205 ENSG00000036672 USP2 UBP41|USP9 ubiquitin specific peptidase 2 protein-coding 1.379 1.359 1.350 0.484 0.134 0.627 0.341 0.295 0.407 0.723 0.175 0.079 0.239 0.280 0.569 0.488 0.351 0.621 1.168 0.470 0.438 0.384 0.217 0.175 1.217 0.332 0.208 1.536 0.092 0.173 0.361 0.090 0.383 0.113 0.322 0.160 0.166 0.504 0.343 0.422 0.234 1.009 0.365 0.281 0.543 0.207 0.832 nan 0.862 1.234 1.100 1.147 2.488 1.011 0.619 0.736 1.474 nan 2.114 2.725 2.180 1.982 1.824 2.458 1.273 1.094 1.774 4.212 1.546 0.971 1.378 0.257 0.059 0.865 0.175 0.639 0.065 0.362 0.132 0.477 0.197 0.139 0.245 0.938 0.296 0.230 0.211 0.090 0.097 0.267 0.412 0.636 0.466 0.406 0.723 0.432 1.346 0.621 0.260 0.268 0.341 0.678 0.396 0.319 0.079 0.344 0.825 0.069 1.171 1.102 0.229 0.343 0.061 0.028 2486 chr7 114283499 114304076 + 0 NA TTS (NR_037439) TTS (NR_037439) 387 NR_037439 100500896 NR_037439 ENSG00000272230 MIR3666 - microRNA 3666 ncRNA nan 0.729 1.096 0.427 0.080 0.948 0.627 0.106 0.006 0.298 0.212 0.079 0.028 0.103 0.012 0.838 0.619 3.168 0.302 0.312 0.006 0.129 0.005 0.230 0.145 0.082 0.175 2.522 0.021 0.130 0.100 0.147 0.430 0.006 0.033 0.054 0.008 0.118 0.158 0.031 0.032 0.100 0.123 0.078 0.089 0.056 0.504 0.312 0.479 0.368 1.724 1.741 5.234 3.204 0.264 0.237 2.023 2.216 1.279 2.022 0.711 0.366 0.185 0.302 1.180 2.339 0.594 1.103 0.921 0.698 3.643 0.052 0.121 0.040 5.532 0.047 0.017 0.014 0.061 0.092 0.362 0.147 0.053 0.009 0.004 0.015 0.034 0.065 0.064 0.071 0.079 0.038 0.075 0.298 0.038 0.058 3.168 0.006 0.197 0.260 0.037 0.265 0.026 0.018 0.035 0.048 0.078 0.058 0.234 0.007 0.033 0.006 0.003 2322 chr6 50890344 50908966 + 0 NA Intergenic L1PA3|LINE|L1 113216 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.746 1.081 nan 0.095 0.023 0.469 0.172 0.050 0.033 0.452 0.237 0.073 0.061 0.056 0.017 0.051 0.093 0.403 0.140 0.162 0.013 0.063 0.007 0.147 0.236 0.060 0.217 0.540 0.031 0.080 0.064 0.100 0.048 0.031 0.045 0.190 1.302 7.369 0.096 0.024 0.018 0.117 0.169 0.060 0.041 0.042 0.470 0.248 0.371 0.722 0.401 0.426 0.127 0.046 0.220 0.269 0.185 0.250 0.229 0.213 0.297 0.066 0.106 0.232 0.567 0.613 0.158 0.239 0.129 0.239 0.033 0.128 0.045 0.037 0.085 0.030 0.004 0.033 0.012 0.023 0.076 0.076 0.070 0.010 0.004 0.028 0.013 0.013 0.102 0.022 0.039 0.111 0.018 0.452 0.061 0.010 0.403 0.019 0.036 0.005 0.034 0.016 0.007 0.002 0.030 0.107 0.043 0.064 0.079 0.028 0.071 0.015 0.016 780 chr13 33848369 33860723 + 0 NA intron (NR_046693, intron 2 of 2) intron (NR_046693, intron 2 of 2) 2855 NR_046693 100874241 Hs.662433 NR_046693 ENSG00000236581 STARD13-AS STARD13-AS2 STARD13 antisense RNA ncRNA 0.805 0.807 1.405 0.164 3.127 0.175 0.078 1.360 0.636 0.206 3.037 0.143 0.585 1.036 2.357 0.127 0.095 0.203 0.119 0.898 1.259 0.864 1.272 1.089 1.348 0.704 0.919 0.346 0.723 0.338 0.228 0.068 1.439 0.893 0.339 2.504 0.599 2.477 0.339 1.580 0.210 0.995 0.627 1.828 2.565 0.784 0.789 0.817 0.656 1.339 0.425 0.489 0.351 0.099 0.377 0.395 2.196 2.958 0.370 0.378 0.399 0.270 0.367 0.479 0.203 0.185 0.298 0.496 0.372 0.352 0.027 1.254 0.486 0.844 0.041 0.057 0.871 0.524 0.538 0.611 0.031 0.039 0.884 3.185 1.404 0.569 0.170 0.176 2.420 0.606 1.012 0.697 0.788 0.206 0.808 3.165 0.203 0.407 2.778 0.042 1.043 0.124 1.622 1.436 0.975 3.796 0.344 0.173 0.099 1.974 1.751 1.925 2.072 2438 chr7 36976869 37012142 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 16 of 21) MER5A|DNA|hAT-Charlie 30212 NM_001039459 9844 Hs.434989 NM_014800 ENSG00000155849 ELMO1 CED-12|CED12|ELMO-1 engulfment and cell motility 1 protein-coding 1.640 0.986 2.159 0.534 0.116 0.529 0.306 0.094 0.010 0.269 0.109 0.096 0.022 0.062 0.038 0.696 0.418 1.986 0.284 0.381 0.025 0.158 0.048 0.336 0.112 0.121 0.195 0.863 0.268 0.760 0.068 0.141 0.138 0.070 0.047 0.123 0.100 0.114 0.328 0.062 0.399 0.226 0.176 0.103 0.093 0.158 1.136 1.438 0.285 0.305 1.243 nan 1.728 0.429 0.840 0.982 0.470 nan nan nan 1.028 0.840 0.586 0.754 2.468 4.446 0.376 nan 1.653 0.862 0.026 0.072 0.016 0.105 0.741 0.408 0.012 0.069 0.033 0.010 0.105 0.862 0.419 0.126 0.040 0.015 0.061 0.341 0.536 0.193 0.141 0.041 0.906 0.060 0.269 0.041 0.089 1.986 0.209 0.055 0.234 0.086 0.784 0.017 0.017 0.081 0.114 0.407 0.547 0.414 0.146 0.032 0.031 0.011 2317 chr6 47152982 47157922 + 0 NA Intergenic Intergenic 122231 NM_014452 27242 Hs.443577 NM_014452 ENSG00000146072 TNFRSF21 BM-018|CD358|DR6 TNF receptor superfamily member 21 protein-coding 0.928 0.942 0.741 0.089 1.892 0.411 0.129 0.758 0.363 0.425 0.122 0.163 1.115 1.518 0.039 0.095 0.164 0.217 0.087 0.411 0.175 1.128 2.743 0.321 1.278 0.506 0.942 0.375 1.464 0.043 0.067 0.124 0.346 0.932 0.177 0.654 0.795 0.896 0.265 0.986 0.424 2.641 1.232 0.086 3.482 0.464 0.285 0.268 0.446 0.419 0.263 0.303 0.314 0.161 0.309 0.341 0.192 0.197 0.389 nan 0.290 0.149 0.163 0.165 0.520 0.756 0.249 0.433 0.738 0.489 0.044 3.736 0.271 1.372 0.061 0.077 0.029 1.190 0.412 0.075 0.076 0.098 0.065 0.392 0.121 0.079 1.383 0.060 0.050 3.100 0.196 0.203 0.213 0.499 0.425 1.704 0.992 0.217 0.591 0.971 0.061 0.125 0.041 0.996 3.016 0.815 0.406 0.118 0.020 0.074 0.356 6.493 0.063 0.052 240 chr1 164526305 164539296 + 0 NA intron (NM_001204963, intron 2 of 8) intron (NM_001204963, intron 2 of 8) 4203 NM_002585 5087 Hs.557097 NM_002585 ENSG00000185630 PBX1 - PBX homeobox 1 protein-coding 2.145 nan 2.744 3.319 0.442 2.751 1.204 2.240 1.866 2.284 1.544 0.133 0.305 0.808 0.043 1.442 1.182 1.679 1.138 1.098 1.019 0.478 0.008 1.038 0.357 0.210 0.630 7.820 0.125 0.214 0.176 0.125 3.087 1.026 1.475 0.375 0.163 0.982 0.583 0.093 0.135 2.274 3.746 0.234 1.846 0.570 1.283 2.336 2.368 3.941 5.781 nan 2.441 1.057 0.917 0.846 4.820 5.638 2.257 nan 1.910 1.709 1.091 2.206 2.580 1.991 2.687 3.851 1.826 0.877 1.092 0.289 0.368 0.600 1.540 3.606 0.672 0.474 0.351 0.017 2.741 0.602 1.075 0.205 0.204 0.144 0.249 0.743 1.351 0.254 0.990 0.061 1.138 1.125 2.284 0.439 0.007 1.679 2.184 0.603 0.060 0.166 0.829 0.660 0.084 1.057 2.776 0.062 0.953 1.724 0.164 0.495 0.035 0.016 1433 chr19 38779192 38798498 + 0 NA Intergenic LTR40c|LTR|ERVL -5956 NM_001317801 64073 Hs.631544 NM_022125 ENSG00000167644 C19orf33 H2RSP|IMUP|IMUP-1|IMUP-2 chromosome 19 open reading frame 33 protein-coding 1.006 0.871 2.226 0.515 3.497 0.249 0.117 1.679 1.459 0.339 0.133 0.116 1.702 3.230 2.080 0.129 0.114 0.162 0.152 3.509 0.648 3.801 1.484 10.619 3.223 1.656 1.550 0.795 1.888 0.155 0.163 0.175 1.760 1.603 0.581 2.643 0.238 0.231 1.497 1.633 0.589 1.978 0.707 0.729 1.852 1.296 0.271 0.337 0.261 0.601 0.429 0.485 0.831 0.342 0.623 0.725 0.496 0.708 0.371 0.507 nan 0.325 0.380 0.315 0.211 0.358 0.465 0.837 0.760 0.615 0.050 3.115 1.895 0.608 0.049 0.184 0.041 2.452 2.879 1.354 0.431 0.074 0.057 5.084 7.703 3.432 1.809 0.080 0.102 1.416 4.602 2.118 0.791 1.088 0.339 5.797 3.404 0.162 1.251 3.854 0.115 1.159 0.113 2.586 2.110 1.576 1.262 0.090 0.071 0.206 0.950 1.588 1.351 1.265 1666 chr2 217232551 217240155 + 0 NA 5' UTR (NM_020814, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_020814, exon 1 of 4) 397 NM_020814 57574 Hs.170388 NM_020814 ENSG00000144583 MARCH4 MARCH-IV|RNF174 membrane associated ring-CH-type finger 4 protein-coding nan 1.494 nan 0.689 3.076 0.810 0.618 1.329 1.458 0.059 0.055 1.253 1.284 1.100 0.928 0.747 2.767 0.266 0.207 0.815 2.451 2.249 0.094 0.124 0.053 0.110 4.788 1.232 0.042 0.143 0.124 0.074 0.994 2.002 1.342 1.055 3.343 0.121 1.938 0.010 0.063 0.087 1.277 0.228 0.494 0.509 0.586 0.056 0.075 2.995 2.838 2.610 0.899 0.175 0.130 1.888 2.589 1.797 nan 1.084 0.716 0.462 1.025 0.675 0.570 0.221 0.546 1.235 0.960 0.876 2.590 0.038 0.636 0.144 0.691 0.018 2.768 2.872 0.748 0.206 0.424 0.230 7.199 11.255 3.816 0.899 0.020 0.016 1.477 0.610 3.550 0.018 1.458 0.481 1.890 2.767 0.113 0.110 0.142 5.002 1.389 2.720 0.036 1.496 1.934 0.030 0.492 0.080 1.387 1.475 6.022 5.331 2209 chr5 149155924 149191313 + 0 NA intron (NM_001172699, intron 1 of 10) MER58A|DNA|hAT-Charlie 22115 NM_001172699 133522 Hs.483816 NM_133263 ENSG00000155846 PPARGC1B ERRL1|PERC|PGC-1(beta)|PGC1B PPARG coactivator 1 beta protein-coding nan 1.546 0.680 0.990 0.139 0.290 0.127 0.356 0.073 0.249 0.128 0.086 0.102 0.219 0.157 0.322 0.165 0.183 0.443 0.250 0.205 0.105 0.110 0.290 1.183 0.245 0.107 0.793 0.099 0.289 0.089 0.122 0.612 0.177 0.205 0.287 0.129 0.197 0.281 0.253 0.304 0.756 0.597 0.261 0.501 0.124 0.474 0.828 0.323 0.536 0.332 0.308 1.153 0.251 0.739 0.837 0.577 0.973 4.114 4.198 0.774 0.746 0.678 0.793 0.887 1.461 0.438 1.149 0.666 0.447 0.130 0.402 0.401 0.478 0.148 0.405 0.047 0.459 0.249 0.440 0.722 0.136 0.548 0.224 0.119 0.087 0.167 0.124 0.134 0.354 0.723 0.439 0.211 0.675 0.249 0.114 0.243 0.183 0.294 0.682 0.130 0.264 0.682 0.040 0.042 0.255 0.486 0.147 0.372 0.239 0.063 0.202 0.119 0.075 230 chr1 160976877 160994061 + 0 NA intron (NM_016946, intron 1 of 9) (CAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 5664 NM_016946 50848 Hs.517293 NM_016946 ENSG00000158769 F11R CD321|JAM|JAM1|JAMA|JCAM|KAT|PAM-1 F11 receptor protein-coding 1.245 nan 2.356 1.465 1.983 1.079 0.575 0.784 4.692 0.573 0.117 0.084 1.323 3.085 0.653 1.469 0.756 1.571 0.794 1.629 0.598 2.589 2.457 0.329 4.724 2.906 4.259 3.066 1.293 0.915 0.221 0.113 1.465 1.147 0.199 0.973 0.114 0.156 1.808 3.055 0.355 2.132 3.958 0.354 1.891 1.123 1.628 2.227 2.013 3.266 3.540 nan 2.797 0.665 1.184 1.181 0.361 0.648 3.215 nan 0.410 0.183 1.420 2.509 1.716 1.986 1.267 2.437 1.169 0.646 0.839 2.678 1.529 0.134 2.918 2.523 0.029 2.116 1.643 0.196 0.753 0.333 0.605 1.808 0.393 0.309 1.484 0.440 0.430 0.181 1.878 0.499 0.293 1.471 0.573 4.977 0.538 1.571 1.584 1.001 0.300 0.886 0.420 0.304 0.824 2.041 1.219 0.389 0.841 0.776 0.341 2.234 0.080 0.030 115 chr1 54698002 54831103 + 0 NA intron (NM_001009955, intron 4 of 16) intron (NM_001009955, intron 4 of 16) 62436 NR_103541 619518 Hs.591438 NM_001034847 ENSG00000198711 SSBP3-AS1 C1orf191|MST128|MSTP128 SSBP3 antisense RNA 1 ncRNA 2.169 1.044 3.510 0.429 0.105 1.217 0.634 0.383 0.026 0.881 0.316 0.104 0.172 0.397 0.042 0.419 0.237 0.467 0.272 0.192 0.050 0.077 0.064 0.099 nan 0.167 0.120 0.690 0.096 0.129 0.162 0.103 0.237 0.058 0.063 0.234 0.070 0.118 0.230 0.071 0.056 0.257 0.345 0.115 0.124 0.058 0.637 0.960 0.316 0.504 1.483 1.566 1.099 0.345 0.463 0.480 1.453 2.112 1.374 1.649 3.238 3.008 0.555 0.801 0.501 0.580 2.116 nan 1.560 0.965 0.383 0.530 0.041 0.215 0.300 0.221 0.064 0.228 0.118 0.161 0.184 0.151 0.409 0.391 0.153 0.104 0.129 0.069 0.084 0.173 0.184 0.129 0.020 0.073 0.881 0.359 0.096 0.467 0.049 0.234 0.704 0.172 0.299 0.136 0.015 0.190 0.099 0.082 0.265 2.882 0.076 0.094 0.058 0.034 377 chr10 32026057 32050534 + 0 NA Intergenic Intergenic 159559 NM_001270699 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 1.517 1.314 1.756 0.323 0.353 1.036 0.660 0.583 0.071 0.742 0.931 0.270 0.494 0.656 0.409 1.000 0.413 0.834 0.978 0.305 0.212 0.439 0.314 0.289 0.362 0.197 0.168 3.596 0.437 0.293 0.255 0.098 0.382 1.369 0.345 1.814 1.888 6.298 0.281 0.976 0.076 0.525 0.501 0.500 0.228 0.226 0.569 0.946 0.514 nan 1.914 1.760 2.222 0.723 1.326 1.275 2.329 3.204 0.596 1.110 1.131 1.213 0.312 0.478 1.499 1.313 0.741 0.971 1.839 0.956 1.842 1.505 0.105 0.508 0.045 0.457 0.193 1.948 1.404 0.537 0.323 0.460 0.830 0.967 0.955 0.661 0.247 0.106 0.159 2.132 0.808 1.286 0.426 0.491 0.742 0.570 0.336 0.834 0.206 0.172 0.594 0.531 1.427 0.853 0.349 1.338 0.433 0.159 0.235 0.357 0.570 0.292 0.638 0.539 2374 chr6 156598840 156604840 + 0 NA Intergenic Intergenic 333909 NR_031606 100302259 NR_031606 ENSG00000221456 MIR1202 MIRN1202|hsa-mir-1202 microRNA 1202 ncRNA nan 0.709 0.936 6.081 0.497 0.203 0.064 0.010 0.761 0.349 0.096 0.106 0.993 0.663 1.971 0.131 0.195 0.041 0.045 0.008 0.048 nan 0.066 0.169 1.843 0.143 0.018 0.136 0.133 0.020 0.052 0.017 0.046 0.117 0.036 0.013 0.110 0.116 0.058 0.093 0.035 2.806 4.192 0.248 0.318 4.382 nan 11.890 7.880 0.166 0.272 0.198 0.200 4.533 5.324 1.210 0.818 0.250 0.661 2.723 3.394 0.864 nan 0.915 0.569 1.900 0.047 0.030 0.065 2.147 0.012 0.062 0.943 0.265 0.077 0.030 0.013 0.013 0.065 0.061 0.086 0.027 0.060 0.017 0.761 0.108 0.027 1.971 0.020 0.081 0.098 0.029 0.905 0.039 0.019 0.096 0.988 0.591 0.039 0.010 0.051 2050 chr4 77350498 77392158 + 0 NA intron (NM_020859, intron 1 of 10) intron (NM_020859, intron 1 of 10) 15075 NM_020859 57619 Hs.683808 NM_020859 ENSG00000138771 SHROOM3 APXL3|MSTP013|SHRM|ShrmL shroom family member 3 protein-coding 0.655 0.609 0.488 0.159 0.161 0.587 0.273 0.089 0.548 0.485 0.730 0.139 0.045 0.103 0.026 0.056 0.098 0.508 0.103 0.225 0.018 0.082 0.041 0.099 0.221 0.074 0.182 0.281 0.049 3.722 4.488 0.176 0.139 0.017 0.053 0.067 0.073 0.318 0.638 0.052 0.352 0.127 0.186 0.068 0.102 0.080 0.273 0.167 0.292 0.561 0.474 0.480 0.617 0.195 0.409 0.387 0.217 0.392 0.449 0.411 0.312 0.154 0.118 0.164 0.109 0.123 0.158 0.319 0.310 0.309 0.036 0.087 0.162 0.053 0.039 0.144 0.005 0.067 0.031 0.414 0.118 0.020 0.069 0.133 0.474 0.210 0.090 0.538 0.929 0.253 0.074 0.065 0.147 0.056 0.485 0.146 0.054 0.508 0.053 0.060 0.019 0.070 0.034 0.029 0.015 0.055 0.050 3.849 0.035 0.039 0.024 0.088 0.076 0.057 602 chr11 126454686 126479681 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) intron (NM_032531, intron 1 of 16) -55490 NR_120532 101929427 Hs.600341 NR_120532 ENSG00000254607 LOC101929427 - uncharacterized LOC101929427 ncRNA 0.920 2.706 0.647 0.482 0.055 0.762 0.398 0.103 0.005 2.400 0.077 0.058 0.023 0.042 0.028 0.311 0.203 1.448 0.313 0.213 0.064 0.081 0.021 0.156 0.510 0.168 0.073 5.776 0.024 1.046 0.022 0.120 0.755 0.108 0.085 0.073 0.162 0.126 0.193 0.109 0.145 0.231 0.148 0.123 0.075 0.105 0.517 0.644 0.534 1.155 2.075 1.950 2.991 0.696 0.133 0.151 0.315 0.567 1.378 1.826 0.553 0.493 0.641 0.760 0.444 0.759 0.408 nan 1.366 0.856 4.864 0.119 0.012 0.059 0.012 1.305 0.017 0.211 0.092 0.094 0.058 0.107 0.315 0.193 0.057 0.024 0.067 0.245 0.316 0.183 0.072 0.054 0.120 0.124 2.400 0.049 0.126 1.448 0.074 0.113 0.136 0.070 0.069 0.231 0.022 0.066 0.079 0.868 0.157 0.361 0.094 0.061 0.012 0.004 922 chr15 31548453 31575133 + 0 NA Intergenic Intergenic -38739 NM_001243538 283710 Hs.591097 NM_001243538 LOC283710 - uncharacterized LOC283710 protein-coding 1.200 nan nan 0.805 0.062 0.906 0.505 0.170 0.019 0.471 0.134 0.102 0.007 0.063 0.038 1.452 0.752 1.860 1.246 0.115 0.009 0.038 0.099 0.234 2.258 0.261 0.086 3.118 0.033 0.265 0.036 0.070 0.409 0.009 0.048 0.117 0.027 0.044 0.284 0.119 0.094 0.383 0.173 0.089 0.043 0.070 1.885 2.758 0.525 1.000 3.140 4.021 1.249 0.378 0.240 0.258 0.392 0.603 1.473 1.549 5.184 5.456 0.799 0.951 2.337 1.997 0.824 1.903 0.551 0.379 1.340 0.218 0.015 0.135 0.485 0.648 0.057 0.316 0.166 0.030 0.089 1.047 0.679 0.031 0.072 0.038 0.151 0.073 0.109 0.176 1.009 0.064 0.062 0.795 0.471 0.053 0.065 1.860 0.397 0.162 0.963 0.122 1.303 0.016 0.068 0.054 0.025 0.189 0.549 0.845 0.085 0.039 0.022 0.009 2319 chr6 49877253 49883543 + 0 NA Intergenic Intergenic -35589 NM_001205220 167 Hs.109620 NM_001131 ENSG00000124812 CRISP1 AEGL1|ARP|CRISP-1|HEL-S-57|HSCRISP1D|HSCRISP1G|HUMARP cysteine rich secretory protein 1 protein-coding 0.775 1.236 1.937 0.668 0.069 1.601 0.878 0.098 1.380 0.181 0.127 0.031 0.136 0.021 0.153 0.104 0.800 0.901 0.153 0.039 0.066 0.155 0.109 0.038 0.113 2.532 0.046 0.034 0.066 0.120 0.294 0.067 0.121 0.117 0.013 0.109 0.060 0.018 0.012 0.164 0.139 0.076 0.012 2.728 1.822 7.099 2.791 0.490 0.647 0.219 0.124 2.042 2.177 0.268 0.354 2.853 nan 0.213 0.124 1.405 2.299 0.286 0.251 0.462 1.454 0.357 0.537 0.312 0.102 0.061 0.030 0.037 1.164 0.022 0.079 0.074 0.151 0.087 0.019 0.025 0.094 0.039 0.114 0.250 0.011 1.380 0.068 0.015 0.800 0.027 0.179 0.028 0.695 0.011 0.014 0.025 0.018 0.036 1.030 0.275 0.091 0.009 0.025 1311 chr18 35011435 35033716 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 2 of 12) intron (NM_001025087, intron 2 of 12) 23892 NR_132967 106635546 NR_132967 SNORA111 - small nucleolar RNA, H/ACA box 111 snoRNA nan 0.986 0.848 0.211 0.039 1.314 0.713 0.111 0.036 1.637 0.034 0.021 0.040 0.014 0.498 0.313 0.817 1.388 0.134 0.054 0.033 0.033 0.113 0.084 0.072 0.013 0.411 0.033 0.120 0.057 0.056 0.120 0.005 0.028 0.029 0.014 0.052 0.131 0.021 0.029 0.127 0.083 0.060 0.022 0.084 0.857 1.772 0.284 0.460 2.025 2.132 3.046 1.120 0.097 0.112 0.843 1.116 nan 1.257 0.912 0.983 0.257 0.364 1.902 1.375 0.462 0.684 3.551 2.303 0.649 0.066 0.017 0.103 0.179 0.242 0.012 0.013 0.018 0.030 0.047 0.655 0.309 0.104 0.054 0.011 0.021 0.116 0.113 0.086 0.062 0.026 0.014 1.791 1.637 0.025 0.013 0.817 0.286 0.030 0.481 0.065 0.136 0.076 0.013 0.117 0.040 0.052 0.125 0.182 0.122 0.034 0.007 0.013 2741 chr9 140185940 140211739 + 0 NA Intergenic Intergenic -2136 NM_001004354 441478 Hs.535075 NM_001004354 ENSG00000198435 NRARP - NOTCH-regulated ankyrin repeat protein protein-coding 1.607 1.398 1.171 3.730 1.207 0.921 0.461 0.701 0.198 1.346 0.270 0.250 0.250 0.572 0.177 0.445 0.164 1.577 0.580 0.559 0.249 1.324 0.215 0.840 3.325 1.379 0.139 0.916 0.532 0.850 1.092 0.078 1.064 0.149 0.537 0.234 0.195 0.514 1.135 0.238 0.644 1.171 2.419 0.303 1.068 0.177 1.034 1.870 0.762 nan 1.915 nan 2.153 0.577 0.669 0.650 0.255 0.419 3.566 5.974 1.410 1.517 0.753 0.932 1.613 1.791 0.780 0.894 0.717 0.516 0.865 0.474 0.134 0.348 0.781 0.345 0.278 0.471 0.327 0.919 0.896 0.335 0.489 0.793 0.321 0.238 0.231 0.749 0.548 0.210 1.420 1.732 1.407 2.480 1.346 1.936 0.439 1.577 0.290 1.673 0.903 3.031 2.987 0.089 0.152 0.628 0.303 0.512 0.429 0.134 0.077 0.120 0.304 0.211 2628 chr8 145580468 145583859 + 0 NA promoter-TSS (NM_012162) promoter-TSS (NM_012162) 20 NM_024555 26233 Hs.12271 NM_012162 ENSG00000182325 FBXL6 FBL6|FBL6A|PP14630 F-box and leucine rich repeat protein 6 protein-coding 3.835 2.152 5.934 5.379 5.510 4.168 2.080 5.475 0.367 2.663 1.717 0.334 1.196 4.697 3.139 0.508 0.321 5.070 3.121 2.114 1.314 5.386 1.548 1.353 6.180 4.695 3.289 10.019 1.468 1.846 2.072 0.107 8.081 0.973 1.240 14.469 1.604 4.627 4.746 2.754 1.319 6.381 4.362 1.841 4.580 1.656 2.417 2.993 3.102 5.303 nan 5.903 nan 1.303 5.035 4.783 2.451 3.645 3.051 4.261 2.606 2.872 1.869 4.431 2.282 2.018 2.619 3.275 2.354 1.126 2.061 3.106 2.002 1.495 3.605 4.693 2.206 1.867 1.898 2.981 2.435 0.650 0.842 4.217 5.167 2.299 0.907 2.935 1.845 3.458 4.777 6.737 3.239 2.576 2.663 4.158 2.844 5.070 1.114 2.783 1.108 10.730 4.955 1.148 2.056 0.889 0.757 0.611 0.845 1.409 1.433 0.865 1.840 0.626 1072 chr16 67269849 67283961 + 0 NA intron (NM_001318202, intron 1 of 23) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 4520 NM_013241 29109 Hs.95231 NM_013241 ENSG00000135723 FHOD1 FHOS formin homology 2 domain containing 1 protein-coding nan nan 1.633 1.463 1.423 0.686 0.422 2.920 0.502 0.683 0.842 0.365 1.866 4.576 5.658 0.291 0.163 0.595 0.798 2.404 0.956 3.640 1.227 0.837 5.885 3.782 4.908 0.994 2.216 0.682 0.778 0.062 1.115 2.127 1.157 2.950 0.770 1.353 2.205 2.259 0.932 2.627 1.871 1.186 3.252 1.277 1.130 1.801 0.700 1.094 1.102 0.850 1.664 0.412 1.895 1.757 0.576 nan 1.277 1.928 1.854 1.946 0.516 0.648 0.665 0.544 0.947 1.916 0.822 0.515 0.546 3.617 2.662 3.765 1.126 0.505 1.484 4.192 4.666 1.958 3.895 0.095 0.372 5.258 3.142 1.732 2.093 0.441 0.419 2.393 3.150 2.004 1.779 5.164 0.683 4.935 4.115 0.595 1.180 2.185 0.148 2.737 0.471 1.092 2.150 2.638 1.336 0.444 0.191 0.438 1.397 1.409 0.400 0.267 2470 chr7 101446739 101468179 + 0 NA Intergenic CpG -1725 NM_001913 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.703 1.452 0.386 0.481 0.557 0.428 0.921 3.056 0.598 0.558 0.134 0.692 1.919 2.069 0.359 0.286 0.936 0.724 0.961 0.855 2.189 0.408 0.601 1.848 0.993 2.080 0.931 0.388 0.763 0.972 0.170 4.862 0.397 0.672 0.763 0.411 0.863 2.067 1.295 0.601 3.251 2.582 1.441 0.561 0.395 0.788 0.874 0.910 1.503 0.878 0.891 1.052 0.441 1.384 1.222 0.683 1.084 0.782 1.155 1.050 0.900 0.895 1.777 0.816 0.861 0.652 nan 0.814 0.674 0.236 1.683 0.285 1.082 0.317 0.495 0.544 0.606 0.601 0.881 1.415 0.125 0.404 1.371 0.712 0.418 1.350 0.974 0.594 0.746 3.619 2.520 1.126 1.404 0.598 1.579 0.929 0.936 1.192 1.988 0.177 2.329 0.389 0.538 0.652 1.197 1.159 0.366 0.321 0.203 0.251 0.212 0.309 0.241 1787 chr21 16642824 16652836 + 0 NA Intergenic Intergenic -210704 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 0.867 0.687 nan 0.061 0.476 0.180 0.064 0.093 7.533 0.140 0.008 0.147 0.832 0.069 0.089 0.068 0.036 0.323 0.383 0.012 0.108 0.470 0.105 0.851 0.250 1.563 0.281 1.081 0.075 0.037 0.082 0.212 0.012 0.044 0.074 0.016 0.123 0.139 0.500 0.032 0.215 0.067 0.057 0.513 0.094 0.467 0.495 0.331 0.432 0.212 0.298 0.068 0.048 0.138 0.104 0.237 0.267 0.184 0.237 0.601 0.264 0.191 0.197 0.117 0.120 0.235 0.267 0.569 0.578 0.054 0.128 0.890 0.040 0.027 0.014 0.014 0.021 0.029 0.059 0.019 0.294 0.037 0.060 0.024 0.242 0.046 0.025 0.178 0.155 0.043 0.063 0.670 0.140 0.420 0.044 0.036 0.086 0.842 0.009 0.029 0.026 0.012 0.071 0.074 0.045 0.069 0.025 0.008 0.275 0.017 1394 chr19 13043309 13051299 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2110 NM_004343 811 Hs.515162 NM_004343 ENSG00000179218 CALR CRT|HEL-S-99n|RO|SSA|cC1qR calreticulin protein-coding 5.151 2.697 5.568 3.075 1.807 5.196 2.728 2.241 0.381 3.233 1.699 0.202 0.882 2.689 1.944 1.571 0.815 4.027 3.099 2.044 0.837 1.803 0.850 2.025 nan 2.180 2.003 4.362 0.822 3.103 2.070 0.098 3.868 0.629 0.587 4.423 0.783 3.306 2.451 2.325 0.503 3.329 4.306 1.394 3.312 1.043 3.068 3.399 3.053 5.275 6.585 6.752 8.822 4.043 5.268 5.335 3.705 5.023 6.256 10.146 9.131 9.418 2.013 4.032 4.764 5.649 8.713 8.836 4.604 2.022 9.184 2.223 0.754 1.860 1.870 2.823 1.590 1.813 1.299 1.573 1.705 1.158 1.055 3.098 2.086 1.061 0.639 1.040 0.911 2.107 2.110 2.892 2.933 1.592 3.233 2.525 1.815 4.027 1.061 1.895 1.316 3.266 2.431 1.588 0.757 3.436 0.713 1.149 0.985 4.074 1.244 0.425 0.593 0.379 612 chr11 128087399 128093963 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 301524 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.564 0.722 0.526 0.188 0.196 0.258 0.073 0.195 5.213 0.117 0.065 0.073 0.088 0.276 0.201 0.118 0.152 0.110 0.042 0.275 0.067 0.050 0.325 0.203 0.122 0.073 0.085 0.368 0.201 0.049 0.496 0.129 0.108 0.195 0.268 0.102 0.502 0.564 0.185 0.347 0.048 0.244 0.111 0.106 0.218 0.108 0.516 0.309 0.407 0.717 0.181 0.255 0.313 0.101 0.121 0.177 0.225 0.310 0.417 0.413 0.253 0.092 0.405 0.504 0.089 0.160 0.147 nan 0.537 0.469 0.034 0.414 0.775 0.195 0.031 0.041 0.021 0.203 0.132 1.302 0.033 0.037 0.380 0.093 0.224 0.124 0.024 0.038 0.305 0.186 0.347 0.048 0.152 0.117 0.065 2.023 0.110 0.074 0.240 0.014 0.115 0.484 0.039 0.125 0.155 0.017 0.100 0.038 0.093 0.350 0.237 0.108 936 chr15 52384224 52397198 + 0 NA Intergenic Intergenic 14261 NM_001306168 10017 Hs.283672 NM_020396 ENSG00000137875 BCL2L10 BCL-B|Boo|Diva|bcl2-L-10 BCL2 like 10 protein-coding 0.835 0.940 1.510 0.068 0.184 0.240 0.112 2.303 0.010 0.632 3.197 0.557 0.573 0.465 0.248 0.069 0.144 0.070 0.213 0.148 1.374 0.168 0.262 0.722 0.820 0.216 0.114 0.384 0.392 0.181 0.042 0.055 1.682 0.744 1.746 2.105 0.887 1.756 0.730 0.621 0.423 1.563 0.875 0.660 1.072 0.346 0.374 0.277 0.346 0.560 0.333 0.261 0.358 0.099 0.175 0.105 0.761 1.122 0.267 0.316 0.578 0.566 0.193 0.177 0.136 0.250 0.305 0.349 0.536 0.494 0.160 2.049 0.479 4.368 0.039 0.117 0.011 2.562 2.250 0.761 14.821 0.022 0.135 1.051 0.798 0.340 0.101 0.048 0.047 4.179 0.676 2.129 1.360 1.059 0.632 0.357 4.000 0.070 0.854 0.204 0.240 0.137 0.178 2.600 0.077 1.507 3.818 0.054 0.023 0.048 2.047 0.336 0.231 0.168 1391 chr19 11028093 11080387 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -14552 NM_024029 78992 Hs.164026 NM_024029 ENSG00000130733 YIPF2 FinGER2 Yip1 domain family member 2 protein-coding 1.777 1.561 2.039 1.069 0.682 0.981 0.561 0.558 0.774 0.861 0.523 0.224 0.548 1.303 0.219 0.587 0.362 1.485 0.644 0.662 0.268 1.106 0.402 0.447 nan 1.413 1.539 2.154 0.381 0.832 0.718 0.096 0.973 0.235 0.238 1.940 0.316 0.796 0.851 0.597 0.222 0.976 1.694 0.650 1.456 0.349 1.267 1.304 1.386 1.991 2.055 2.111 3.126 1.348 2.570 2.772 0.992 1.466 3.580 4.220 2.051 1.647 0.732 1.176 1.141 1.342 1.016 1.511 1.540 0.930 1.051 1.008 0.490 0.388 0.454 0.757 0.384 0.904 0.870 0.901 0.417 0.290 0.434 0.671 0.654 0.374 0.907 0.402 0.309 0.616 0.728 1.197 0.727 0.974 0.861 1.490 0.327 1.485 0.332 0.808 0.356 1.007 0.645 0.368 0.456 1.578 0.367 0.386 0.465 0.323 0.370 0.360 0.188 0.135 2251 chr6 10380240 10390169 + 0 NA Intergenic CpG -27347 NR_033910 100130275 Hs.661431 NR_033910 TFAP2A-AS1 - TFAP2A antisense RNA 1 ncRNA 0.921 nan 0.938 0.976 0.333 1.400 0.612 0.136 0.376 0.293 0.085 0.048 0.267 0.332 0.305 0.887 0.456 0.835 0.175 0.281 0.075 0.055 0.011 0.494 0.333 0.105 0.351 0.358 0.060 0.612 0.054 0.099 0.532 0.096 0.259 0.307 0.526 1.022 0.232 0.132 0.041 0.448 0.224 0.395 0.184 0.199 4.284 4.160 8.094 7.382 0.555 0.452 3.213 0.833 1.882 1.976 0.154 0.376 0.112 0.114 0.443 0.203 1.739 3.803 5.412 5.926 0.242 0.421 0.573 0.566 0.090 0.394 0.146 0.429 0.061 0.233 0.029 0.707 0.315 0.209 0.331 0.988 1.876 0.672 0.026 0.087 0.131 0.213 0.306 0.200 0.704 0.189 0.229 0.112 0.293 0.389 0.154 0.835 0.024 0.542 0.020 4.935 0.366 0.048 0.017 0.134 0.133 0.580 2.509 0.049 0.031 0.138 0.006 1277 chr17 78826629 78836388 + 0 NA intron (NM_001163034, intron 12 of 29) CpG -52076 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 0.946 2.210 1.129 0.972 1.705 0.890 0.372 4.212 0.115 2.299 0.802 0.231 1.087 1.687 2.803 0.334 0.251 0.464 0.352 0.424 1.147 2.177 0.916 0.704 1.799 0.481 0.469 4.633 2.598 0.186 0.121 0.143 1.579 1.902 0.219 3.388 1.348 2.769 0.700 1.894 0.291 1.858 1.208 3.612 0.464 0.868 0.583 0.916 0.817 1.711 1.086 1.114 0.849 0.247 0.353 0.456 nan 1.667 2.848 2.839 0.676 0.480 0.542 0.843 0.238 0.472 0.315 0.469 nan 0.838 1.836 5.334 0.528 2.275 0.915 1.103 0.033 2.407 2.270 0.681 1.290 0.009 0.138 6.785 1.181 0.473 1.083 0.104 0.136 7.494 0.735 2.495 0.916 2.436 2.299 1.682 1.393 0.464 0.263 1.415 0.161 2.245 6.115 4.224 2.050 1.415 2.644 0.082 0.220 0.140 4.415 1.949 1.474 1.261 1086 chr16 79023704 79049238 + 0 NA intron (NM_001291997, intron 7 of 7) intron (NM_001291997, intron 7 of 7) 598151 NM_005360 4094 Hs.134859 NM_005360 ENSG00000178573 MAF AYGRP|CCA4|CTRCT21|c-MAF MAF bZIP transcription factor protein-coding 0.594 0.724 nan 2.716 0.043 4.580 2.399 0.042 0.002 0.568 0.044 0.031 0.022 0.095 0.017 0.589 0.256 2.791 1.495 0.200 0.053 0.165 0.004 0.138 0.050 0.041 0.067 1.405 0.042 0.387 0.017 0.064 0.256 0.009 0.057 0.058 0.006 0.032 0.385 0.013 0.064 0.184 0.245 0.049 0.075 0.049 0.309 0.216 0.390 1.511 0.897 0.907 3.659 1.342 0.339 0.294 0.074 0.147 3.284 4.287 0.793 0.616 0.112 0.181 0.002 0.002 0.191 0.308 3.896 1.748 1.710 0.033 0.015 0.053 0.161 1.768 0.005 0.315 0.107 0.009 0.043 0.007 0.183 0.180 0.050 0.040 0.081 0.076 0.066 0.082 0.099 0.028 0.019 0.074 0.568 0.117 0.018 2.791 0.029 0.062 0.373 0.021 0.056 0.013 0.021 0.071 0.044 0.121 0.027 0.053 0.109 0.056 0.027 0.010 701 chr12 54663827 54679525 + 0 NA intron (NM_012117, intron 1 of 4) FAM|SINE|Alu 2239 NM_012117 23468 Hs.349283 NM_012117 ENSG00000094916 CBX5 HEL25|HP1|HP1A chromobox 5 protein-coding nan 2.209 2.848 3.105 2.983 3.465 1.830 2.239 1.504 2.052 1.735 0.147 0.616 1.813 1.492 2.079 1.289 2.855 1.159 1.461 0.978 2.247 1.220 1.521 3.510 2.293 1.550 5.863 1.062 3.588 1.978 0.116 4.813 1.206 1.943 1.416 0.512 3.833 2.362 1.813 0.623 3.328 4.961 1.107 2.499 1.264 nan 5.230 4.647 6.326 6.034 nan 6.593 5.373 9.804 10.614 2.909 nan 5.117 nan 6.684 5.992 4.133 5.529 4.424 5.270 6.463 6.254 3.735 1.749 1.322 2.097 0.874 5.087 0.935 2.990 1.173 2.069 1.694 0.924 2.930 0.819 1.183 3.172 2.524 1.164 1.241 1.118 1.498 3.968 1.711 2.146 1.608 2.068 2.052 1.399 2.814 2.855 1.626 1.639 0.818 1.921 1.213 1.952 1.132 2.050 2.581 1.806 1.817 1.801 1.241 1.128 2.040 1.734 214 chr1 156250748 156254606 + 0 NA promoter-TSS (NR_026678) promoter-TSS (NR_026678) 4 NM_001323615 23381 Hs.516837 NM_015327 ENSG00000198952 SMG5 EST1B|LPTS-RP1|LPTSRP1|SMG-5 SMG5, nonsense mediated mRNA decay factor protein-coding 5.708 nan 5.331 3.686 4.423 3.928 1.843 3.299 0.995 3.735 3.038 0.291 1.905 5.030 3.734 3.429 1.831 3.873 3.896 3.165 1.252 3.156 2.344 1.002 6.606 4.100 3.695 25.096 2.836 3.397 4.162 0.184 4.804 3.404 1.392 2.141 1.091 3.256 5.457 4.361 1.006 6.781 7.191 2.344 4.831 1.644 6.458 6.754 8.831 11.664 7.299 nan 8.398 3.546 6.151 6.312 4.884 6.862 10.320 13.909 5.430 5.543 6.388 10.951 3.721 5.447 8.059 8.450 3.650 1.776 2.320 3.414 1.527 2.532 3.281 3.797 1.799 2.932 2.268 2.136 4.909 0.742 1.685 4.633 3.483 1.637 1.622 1.857 1.640 1.380 4.030 3.253 1.756 3.234 3.735 5.010 4.073 3.873 3.281 2.055 1.082 7.986 3.502 2.021 0.916 2.917 1.199 1.951 2.956 2.031 1.607 1.942 1.642 1.089 564 chr11 74458623 74467912 + 0 NA intron (NM_001098638, intron 1 of 5) AluSc|SINE|Alu 3354 NM_001098638 254225 Hs.370145 NM_001098638 ENSG00000166439 RNF169 - ring finger protein 169 protein-coding nan 1.719 1.337 1.257 3.671 1.009 0.570 1.760 1.251 0.993 0.809 0.191 0.696 2.729 1.217 0.615 0.333 1.740 0.528 0.952 1.173 2.540 1.986 0.646 nan 2.186 2.718 2.502 0.912 1.727 1.228 0.137 1.655 0.875 0.725 3.434 0.476 1.494 1.596 3.037 0.604 2.635 1.830 2.764 2.479 1.615 2.146 2.584 2.853 3.377 2.872 2.268 2.561 1.410 8.551 8.777 1.820 2.453 2.834 4.495 1.667 1.535 1.666 2.675 1.046 0.999 1.555 1.619 1.241 0.809 0.935 2.289 0.772 0.950 0.344 0.825 0.463 1.669 1.731 1.005 0.560 0.123 0.928 3.260 2.383 1.417 1.944 0.998 0.586 2.667 1.516 1.690 1.739 1.966 0.993 1.948 4.913 1.740 0.824 1.076 0.115 2.728 1.332 1.888 2.010 1.342 2.312 0.951 0.524 0.386 1.225 3.412 0.434 0.263 2708 chr9 129288082 129297870 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -83746 NM_001174147 4010 Hs.129133 NM_002316 ENSG00000136944 LMX1B LMX1.2|NPS1 LIM homeobox transcription factor 1 beta protein-coding nan nan 0.809 0.099 0.044 0.281 0.181 0.127 0.006 0.472 0.039 0.065 0.039 0.151 0.013 0.048 0.132 0.133 0.181 0.205 0.051 0.056 0.101 0.287 0.132 0.043 nan 0.060 0.098 0.078 0.083 0.195 0.012 0.039 0.058 0.041 0.049 0.277 0.044 0.025 0.100 0.082 0.108 0.127 0.163 0.048 0.272 0.355 0.442 0.463 0.360 0.087 0.243 0.384 0.116 nan 0.326 0.322 0.641 0.276 0.335 0.471 0.125 0.170 0.232 0.319 nan 0.502 0.037 0.056 0.047 0.010 0.055 0.092 0.045 0.045 0.116 0.009 0.056 0.186 0.037 0.055 0.023 4.599 4.003 0.153 0.108 0.079 0.008 0.040 0.472 0.068 0.010 0.133 0.050 0.080 0.149 0.118 0.041 0.014 0.013 0.057 0.056 0.148 0.112 0.063 0.016 0.010 0.006 0.016 2562 chr8 73774781 73809621 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) L1HS|LINE|L1 -128896 NM_017489 7013 Hs.442707 NM_003218 ENSG00000147601 TERF1 PIN2|TRBF1|TRF|TRF1|hTRF1-AS|t-TRF1 telomeric repeat binding factor 1 protein-coding 2.087 1.137 4.790 2.135 0.060 0.585 0.267 0.074 0.101 0.411 0.103 0.074 0.043 0.101 0.012 0.989 0.471 2.082 0.470 0.177 0.025 0.144 0.006 0.079 0.163 0.115 0.110 1.231 0.050 0.253 0.050 0.082 0.484 0.007 0.068 0.097 0.007 0.077 0.160 0.022 0.235 0.417 1.274 0.075 0.150 0.110 0.459 0.523 0.312 0.386 3.988 4.165 3.634 1.191 0.744 0.748 1.122 1.802 2.412 2.548 2.761 2.330 0.251 0.409 2.785 3.106 0.933 3.247 3.975 1.931 0.329 0.072 0.019 0.056 0.173 0.535 0.016 0.026 0.021 0.015 0.048 0.814 0.313 0.105 0.040 0.029 0.104 1.679 2.691 0.141 0.051 0.067 0.059 0.051 0.411 0.087 0.040 2.082 0.070 0.064 0.125 0.017 2.754 0.010 0.019 0.025 0.067 0.516 0.097 0.691 0.024 0.130 0.048 0.026 1650 chr2 201848721 201854115 + 0 NA intron (NM_001321621, intron 10 of 10) intron (NM_001321621, intron 10 of 10) -22994 NM_006190 4999 Hs.444870 NM_006190 ENSG00000115942 ORC2 ORC2L origin recognition complex subunit 2 protein-coding 0.823 nan 0.728 0.096 0.147 0.384 0.118 0.088 0.011 0.047 0.153 0.120 0.278 0.047 0.071 0.156 0.022 0.144 0.137 0.023 0.104 0.020 0.062 0.127 0.060 0.099 0.338 0.079 0.040 0.039 0.269 0.042 0.154 0.015 0.189 0.110 0.020 0.046 0.156 0.148 0.078 0.214 0.120 0.451 0.321 8.797 4.041 0.191 0.322 0.248 0.099 0.700 0.664 0.479 0.667 0.302 0.423 0.355 0.121 0.352 0.469 0.087 0.038 0.319 0.679 0.280 0.344 0.061 0.052 0.017 0.051 0.025 0.033 0.025 0.040 0.098 0.084 0.017 0.161 0.051 0.011 0.029 0.028 0.044 0.045 0.130 0.151 0.078 0.014 0.025 0.047 0.105 0.056 0.022 0.046 0.045 0.077 0.057 0.075 0.023 0.059 0.062 0.105 0.073 0.164 0.049 0.140 0.043 0.010 2074 chr4 129433728 129451673 + 0 NA Intergenic Intergenic 93529 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 0.706 1.567 nan 0.172 1.105 0.225 0.170 1.140 0.504 0.215 1.308 0.099 0.604 0.919 1.441 0.034 0.069 0.080 0.321 1.587 0.366 0.966 1.557 0.322 1.902 0.835 1.140 0.529 1.350 0.372 0.085 0.078 0.366 1.318 0.249 1.072 1.204 3.829 0.436 1.138 0.080 0.374 0.234 0.178 0.720 0.262 0.202 0.153 0.336 0.784 0.222 0.262 0.175 0.058 0.131 0.114 0.326 0.437 0.516 0.410 0.307 0.162 0.124 0.224 0.110 0.460 0.197 0.457 0.359 0.381 0.341 3.360 0.772 3.514 0.045 0.238 0.037 2.547 1.619 0.327 3.150 0.037 0.162 1.328 1.068 0.580 0.952 0.055 0.089 8.437 1.361 0.531 1.176 1.656 0.215 0.944 1.603 0.080 0.758 1.424 0.054 0.220 0.300 3.109 1.110 1.376 0.995 0.135 0.067 0.058 0.901 1.919 0.600 0.522 2539 chr8 53109908 53143700 + 0 NA exon (NM_014682, exon 7 of 26) exon (NM_014682, exon 7 of 26) 19882 NR_134310 101929341 Hs.147170 NR_134310 ENSG00000253551 LOC101929341 - uncharacterized LOC101929341 ncRNA 1.556 nan 0.798 0.542 0.039 0.997 0.457 0.105 0.022 0.242 0.066 0.114 0.028 0.127 0.043 0.594 0.353 1.718 0.173 0.228 0.040 0.088 0.012 0.105 0.142 0.078 0.069 0.415 0.043 0.139 0.039 0.109 0.137 0.011 0.047 0.044 0.019 0.082 0.750 0.026 0.002 0.087 0.137 0.048 0.068 0.113 0.415 0.275 0.217 0.320 1.136 1.340 1.291 0.511 0.221 0.206 0.988 nan 0.718 0.681 0.655 0.405 0.204 0.288 0.877 0.974 0.334 0.710 1.794 0.982 0.021 0.036 0.006 0.027 0.110 0.288 0.016 0.010 0.015 0.015 0.100 0.226 0.152 0.060 0.021 0.018 0.025 0.016 0.064 0.136 0.051 0.047 0.014 0.046 0.242 0.067 0.112 1.718 0.033 0.015 0.203 0.023 0.174 0.014 0.007 0.019 0.066 0.047 0.055 0.160 0.024 0.061 0.020 0.004 2547 chr8 59736546 59783937 + 0 NA intron (NM_014729, intron 4 of 8) L1MEe|LINE|L1 -187837 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 1.456 nan 1.131 0.478 0.947 1.730 0.859 0.432 0.044 0.770 0.531 0.109 0.428 0.700 0.129 0.472 0.237 1.400 0.296 0.352 0.267 0.858 0.714 0.296 0.548 0.266 0.268 0.989 0.935 0.120 0.180 0.117 5.537 0.361 0.245 1.806 1.717 5.446 0.396 0.365 0.179 0.327 0.151 1.100 0.166 0.644 0.342 0.323 0.259 0.705 1.906 1.935 1.389 0.478 0.085 0.059 1.524 nan 1.015 1.050 0.466 0.219 0.118 0.150 0.922 1.259 0.205 0.397 1.957 1.058 0.572 0.799 0.244 1.660 0.117 2.269 0.017 1.918 1.395 0.035 0.361 0.163 0.323 0.551 0.281 0.226 0.686 0.066 0.149 1.706 0.259 0.344 0.318 0.088 0.770 0.471 0.034 1.400 0.228 0.038 0.006 0.092 0.403 1.696 0.489 0.340 0.620 0.134 0.023 0.233 0.797 2.008 0.022 0.012 731 chr12 85673609 85692262 + 0 NA intron (NM_006982, intron 3 of 3) intron (NM_006982, intron 3 of 3) 8899 NM_006982 8092 Hs.41683 NM_006982 ENSG00000180318 ALX1 CART1|FND3|HEL23 ALX homeobox 1 protein-coding 0.733 0.770 0.656 0.377 0.298 0.289 0.195 0.235 0.256 0.048 3.676 0.236 0.081 0.218 0.020 0.219 0.182 0.235 0.185 0.296 0.013 0.051 0.006 0.118 0.400 0.181 0.060 0.423 0.103 0.047 0.125 4.733 0.144 0.041 0.055 0.009 0.089 0.221 0.006 0.064 0.140 0.168 0.087 0.150 0.089 0.684 0.596 0.112 0.184 0.477 0.629 0.230 0.117 1.737 1.718 0.481 0.630 0.662 1.293 1.754 1.347 0.204 0.348 0.119 0.132 1.615 1.826 0.495 0.445 0.015 0.023 0.005 0.234 0.027 0.134 0.263 0.125 0.121 0.008 0.390 0.006 0.047 0.120 0.016 0.016 0.114 0.107 0.481 0.760 0.310 0.509 0.028 0.048 0.194 0.015 0.235 0.076 0.011 0.362 0.018 0.002 0.004 0.089 0.031 0.027 0.446 0.008 0.030 0.006 0.011 1967 chr3 153864494 153872269 + 0 NA intron (NM_015595, intron 5 of 14) L1ME3C|LINE|L1 29232 NM_015595 26084 Hs.240845 NM_015595 ENSG00000114790 ARHGEF26 CSGEF|HMFN1864|SGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 26 protein-coding nan 0.987 0.752 0.259 0.379 0.540 0.342 0.280 0.373 0.131 0.163 0.021 0.512 0.354 0.016 0.082 0.095 0.140 0.210 0.218 2.182 2.621 1.403 0.074 0.290 0.117 0.201 0.165 0.919 0.151 0.126 0.054 0.425 0.272 0.099 1.813 0.346 1.301 0.265 2.380 0.042 0.121 0.182 0.127 0.161 0.254 0.283 0.262 0.320 0.463 0.380 0.412 0.630 0.273 0.197 0.188 0.764 nan 0.308 0.362 0.603 0.326 0.224 0.296 0.119 0.122 0.498 0.924 0.529 0.436 0.072 0.566 0.012 0.467 0.051 0.080 0.633 0.253 0.059 0.056 0.012 0.082 0.285 0.046 0.030 0.416 0.080 0.112 0.025 0.115 0.128 0.030 0.093 0.131 0.211 1.371 0.140 0.031 0.074 0.052 0.013 2.372 0.027 0.817 6.401 0.044 0.048 0.144 0.841 1.071 0.504 0.246 657 chr12 12670577 12677597 + 0 NA 5' UTR (NM_030640, exon 2 of 7) 5' UTR (NM_030640, exon 2 of 7) 41361 NM_030640 80824 Hs.536535 NM_030640 ENSG00000111266 DUSP16 MKP-7|MKP7 dual specificity phosphatase 16 protein-coding 1.110 1.177 1.089 2.221 0.092 1.479 0.549 0.105 0.062 0.308 0.097 0.024 0.027 0.074 0.054 1.912 0.529 2.109 0.251 0.329 0.018 0.078 0.045 0.076 0.442 0.170 0.162 0.494 2.315 0.134 0.091 0.242 0.033 0.218 0.132 0.089 0.487 0.018 0.308 0.281 2.686 0.100 0.151 0.104 0.366 0.222 0.330 0.794 nan 1.236 11.051 5.558 0.756 0.671 0.856 1.218 1.339 0.922 0.338 0.161 0.256 0.275 1.130 2.054 0.388 0.717 2.921 1.202 0.071 0.125 0.028 0.276 0.111 0.317 0.020 0.119 0.071 0.031 0.414 0.152 0.067 0.088 0.026 0.011 0.143 0.270 0.604 0.270 0.567 0.143 0.033 0.347 0.308 0.011 0.053 2.109 0.566 0.403 0.014 0.116 0.159 0.069 0.024 0.011 0.063 2.409 0.070 0.282 0.121 0.008 0.022 2139 chr5 56656642 56667190 + 0 NA Intergenic Intergenic 116720 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.559 0.042 0.605 0.245 0.076 0.111 0.049 0.060 0.086 0.060 0.503 0.437 0.383 0.045 0.079 0.023 0.121 0.375 0.106 2.484 3.412 0.381 2.201 0.846 1.728 0.383 1.440 0.108 0.132 0.098 0.137 1.031 0.848 0.395 0.045 0.105 0.212 1.671 0.084 0.267 0.150 0.101 1.329 0.377 0.223 0.102 0.355 1.186 0.129 0.188 nan 0.074 0.188 0.168 0.479 0.656 0.136 0.158 nan 0.153 0.076 0.106 0.066 0.100 0.114 0.243 0.413 0.400 0.074 5.162 0.027 0.802 0.038 0.131 0.026 2.145 1.081 0.021 0.112 0.036 0.052 0.071 0.320 0.260 0.926 0.029 0.034 0.075 0.276 0.121 0.103 0.883 0.060 0.826 1.787 0.023 0.696 0.189 0.223 0.029 2.250 0.912 0.610 0.222 0.054 0.009 0.034 0.541 0.385 3.388 3.848 1865 chr22 46493274 46506240 + 0 NA intron (NR_027033, intron 4 of 5) intron (NR_027033, intron 4 of 5) -8872 NR_029478 406883 NR_029478 ENSG00000197182 MIRLET7A3 LET7A3|MIRNLET7A3|let-7a-3 microRNA let-7a-3 ncRNA 1.511 3.107 nan 1.182 0.957 2.968 1.357 0.674 0.043 0.793 0.606 0.111 0.147 0.489 0.694 1.322 0.682 0.890 1.418 1.614 0.401 0.258 0.082 0.786 0.677 0.236 0.306 1.737 0.068 0.168 0.475 0.085 1.123 0.073 0.161 0.236 0.031 0.088 0.467 0.076 0.090 1.584 0.369 1.767 0.199 0.362 2.258 3.463 0.715 1.929 7.157 6.605 0.637 0.196 0.849 0.722 1.023 1.623 1.026 1.344 1.574 1.238 0.550 0.765 1.286 1.281 0.114 0.148 2.570 1.390 1.090 0.322 0.302 0.136 0.054 0.314 0.086 0.118 0.084 0.252 0.311 0.440 0.911 0.337 0.210 0.169 0.108 0.168 0.098 0.350 2.180 0.309 0.049 0.192 0.793 0.442 0.158 0.890 0.434 1.517 0.506 0.413 1.559 0.214 0.026 0.396 0.354 0.097 0.244 0.019 0.462 0.073 0.184 0.125 1783 chr20 62839953 62857404 + 0 NA intron (NM_004535, intron 11 of 22) intron (NM_004535, intron 11 of 22) -38370 NM_018257 55251 Hs.744845 NM_018257 ENSG00000203880 PCMTD2 C20orf36 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 2 protein-coding 0.906 0.968 0.804 0.201 0.147 0.295 0.165 0.097 0.018 0.536 0.111 0.116 0.022 0.061 0.047 0.261 0.118 0.214 0.601 0.127 0.120 0.050 0.055 0.201 1.123 0.312 0.432 0.574 0.027 0.061 0.102 0.130 0.338 0.047 0.031 0.045 0.113 0.224 0.229 0.081 0.129 0.430 0.150 0.096 0.161 0.084 0.883 nan 0.168 0.227 0.621 0.746 0.530 0.311 0.629 0.639 0.375 0.624 0.366 0.498 0.441 0.308 0.586 0.772 0.057 0.104 0.426 0.733 1.377 0.824 4.779 0.061 0.022 0.041 0.092 2.653 0.072 0.091 0.037 0.047 0.067 0.028 0.124 0.243 0.083 0.051 0.062 0.152 0.183 0.103 0.145 0.083 0.077 0.068 0.536 0.090 0.011 0.214 0.112 0.047 0.050 0.229 0.279 0.255 0.015 0.081 0.265 0.059 0.131 0.108 0.044 0.070 0.069 0.035 768 chr12 125388635 125426483 + 0 NA Intergenic Intergenic 7466 NR_049820 100847004 NR_049820 ENSG00000265345 MIR5188 mir-5188 microRNA 5188 ncRNA 2.344 2.595 1.920 1.508 3.764 3.186 1.798 2.148 2.873 1.949 1.562 0.367 1.105 3.267 3.797 1.272 0.931 1.864 1.350 1.850 0.864 4.189 2.614 2.264 5.854 3.461 2.296 5.973 1.908 2.408 3.556 0.172 5.928 1.355 1.595 2.313 0.821 4.058 2.342 3.397 0.753 2.679 4.745 2.699 2.790 1.575 2.373 3.666 2.258 3.404 3.734 3.679 nan 2.618 4.320 4.565 2.249 2.947 4.367 7.035 2.981 2.887 1.904 3.551 2.229 2.715 2.232 3.843 2.682 1.499 2.387 3.654 1.928 2.161 0.997 2.466 1.832 3.110 3.326 1.110 5.343 0.382 0.754 4.480 3.232 1.285 2.633 0.770 0.849 2.866 4.999 3.629 2.299 3.021 1.949 3.298 6.472 1.864 2.187 1.562 0.460 4.235 1.906 2.481 2.570 1.964 1.978 1.542 1.744 1.049 1.979 2.671 1.833 1.625 1928 chr3 114424468 114429212 + 0 NA intron (NM_015642, intron 4 of 9) intron (NM_015642, intron 4 of 9) 35532 NR_039959 100616166 NR_039959 ENSG00000264623 MIR4796 mir-4796 microRNA 4796 ncRNA 1.139 nan 0.775 0.127 1.346 0.803 0.508 0.264 0.216 0.359 0.127 0.306 0.381 0.080 0.394 0.238 0.361 0.200 0.329 4.579 3.845 0.251 0.605 0.150 0.357 0.265 0.302 0.151 0.046 0.090 0.200 0.049 0.064 0.197 0.029 0.413 3.974 0.038 0.198 0.129 0.160 0.185 0.088 0.394 0.274 0.955 2.010 0.374 nan 1.775 1.201 0.455 0.451 nan 1.385 0.326 0.419 0.838 0.376 0.285 0.206 0.111 0.263 0.247 0.491 0.608 0.546 0.175 1.183 0.559 0.184 0.241 1.181 0.436 0.046 0.068 0.081 0.167 0.135 0.033 0.033 1.827 0.033 0.084 0.103 0.076 0.066 0.083 0.216 0.205 0.117 0.361 0.207 0.069 0.042 0.024 0.047 0.057 0.388 0.271 0.094 0.064 0.021 0.150 0.016 7.437 0.085 0.065 1092 chr16 86596394 86625373 + 0 NA Intergenic Intergenic -1232 NM_005250 2300 Hs.533830 NM_005250 ENSG00000176678 FOXL1 FKH6|FKHL11|FREAC7 forkhead box L1 protein-coding nan 0.392 0.376 0.124 0.903 0.181 0.083 0.158 0.006 0.119 0.079 0.073 0.013 0.075 4.656 0.022 0.052 0.078 0.143 0.209 0.104 0.131 0.095 5.150 0.177 0.114 0.085 0.253 0.045 0.185 0.079 0.085 0.536 0.393 0.080 0.806 0.463 0.761 0.614 1.082 0.220 0.711 0.570 0.308 0.160 0.224 0.205 0.109 0.113 0.131 1.095 1.014 0.116 0.048 0.190 0.139 0.076 0.171 0.126 0.114 0.344 0.113 0.071 0.071 0.035 0.051 0.074 0.138 0.170 0.314 0.021 2.016 0.059 5.741 0.083 0.034 0.010 1.404 0.834 0.025 0.784 0.010 0.016 0.398 0.967 0.413 0.205 0.046 0.021 0.668 0.690 0.276 1.812 0.473 0.119 0.112 6.568 0.078 0.380 0.258 0.241 0.247 0.080 1.193 0.052 0.354 0.146 0.167 0.017 0.025 0.576 0.196 1.163 1.048 503 chr11 47289533 47295551 + 0 NA intron (NR_120569, intron 2 of 2) intron (NR_120569, intron 2 of 2) 871 NM_001135943 8567 Hs.82548 NM_003682 ENSG00000110514 MADD DENN|IG20|RAB3GEP MAP kinase activating death domain protein-coding 2.665 3.654 2.610 5.270 1.957 3.846 1.785 3.849 2.209 2.677 1.559 0.120 0.629 2.206 1.379 3.118 1.298 4.803 4.101 2.491 0.905 1.938 1.545 2.373 6.340 3.332 3.825 7.785 1.092 2.619 2.315 0.130 3.429 1.516 2.514 2.196 0.957 2.369 2.912 1.034 0.486 4.327 2.143 1.372 2.814 0.926 6.544 8.663 3.584 4.550 10.508 9.274 8.368 2.884 4.624 4.728 3.110 3.947 2.616 3.915 3.130 3.677 3.459 6.378 3.818 4.372 2.899 nan 3.021 1.329 3.538 2.305 0.606 2.687 2.809 7.637 1.820 1.352 1.469 2.304 2.256 1.316 2.094 4.571 3.053 1.316 0.965 1.008 0.607 5.837 3.208 2.052 2.489 1.709 2.677 2.700 2.433 4.803 0.843 1.227 1.411 2.638 2.833 2.009 1.541 1.956 0.742 1.378 3.390 1.460 3.883 0.721 2.163 1.535 2255 chr6 14759141 14827104 + 0 NA Intergenic Intergenic -453084 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.370 nan 1.088 0.813 0.082 0.519 0.284 0.147 0.010 1.102 0.240 0.104 0.084 0.175 1.438 0.140 0.116 0.892 0.472 0.356 0.027 0.097 0.117 0.156 0.342 0.087 0.113 0.344 0.185 0.462 0.056 0.075 0.228 0.063 0.444 0.129 0.274 0.332 0.797 0.077 0.422 0.123 2.777 0.101 0.136 0.098 0.565 0.626 1.689 2.042 0.781 0.723 0.802 0.339 0.410 0.371 0.638 0.887 0.595 0.602 0.815 0.584 0.503 0.698 0.656 1.026 0.720 3.131 0.665 0.532 0.151 0.315 0.021 1.003 0.050 0.330 0.014 0.823 0.554 0.010 0.850 0.131 0.203 0.179 0.090 0.059 0.051 0.477 0.644 0.424 0.380 0.077 0.038 0.296 1.102 0.123 0.107 0.892 0.229 0.080 0.173 0.084 0.039 0.074 0.027 0.108 0.074 0.293 0.329 0.813 0.098 0.168 0.019 0.013 1756 chr20 50137181 50160203 + 0 NA intron (NM_001258292, intron 1 of 9) MIR|SINE|MIR 10566 NM_001258297 4773 Hs.744148 NM_012340 ENSG00000101096 NFATC2 NFAT1|NFATP nuclear factor of activated T-cells 2 protein-coding 0.823 1.184 0.544 0.139 1.204 1.532 0.778 0.575 0.107 0.251 0.254 0.105 0.578 0.773 0.080 2.937 1.466 2.622 0.130 0.199 0.081 1.162 1.013 0.286 0.809 0.478 0.479 1.902 0.484 0.088 0.192 0.092 0.253 0.251 0.043 0.153 0.222 0.374 0.286 1.204 0.108 0.339 0.189 0.110 0.589 0.169 0.638 nan 0.327 0.627 2.116 2.613 1.229 0.490 0.534 0.619 0.294 0.442 0.636 0.890 0.432 0.262 0.828 1.221 0.435 0.241 0.207 0.332 3.240 1.647 0.785 1.032 0.179 0.230 0.048 1.156 0.042 0.422 0.286 0.082 0.103 0.058 0.024 0.437 2.674 1.291 0.711 0.074 0.059 0.415 0.244 0.126 0.068 0.211 0.251 0.840 2.164 2.622 0.079 0.162 0.068 0.535 0.532 2.115 0.022 0.198 0.101 0.065 0.704 0.016 0.594 0.744 0.028 0.018 1636 chr2 178071211 178080809 + 0 NA Intergenic Intergenic -1412 NM_001330247 220988 Hs.516539 NM_194247 ENSG00000170144 HNRNPA3 2610510D13Rik|D10S102|FBRNP|HNRPA3 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 protein-coding 4.963 3.682 4.142 3.966 2.916 6.006 3.194 3.413 1.742 3.343 1.989 0.352 1.047 2.974 3.083 1.944 0.974 3.283 3.174 2.121 0.752 3.174 1.179 2.289 5.776 4.162 3.446 6.595 1.342 2.702 2.217 0.102 5.273 1.278 1.920 4.199 0.512 2.861 5.057 1.647 0.855 3.264 9.262 1.521 4.918 2.144 4.537 3.450 5.505 7.451 4.570 4.348 5.124 4.749 12.833 13.596 3.976 4.743 10.011 14.841 8.160 9.430 4.115 6.168 4.060 5.121 8.139 6.688 2.103 1.122 3.457 3.109 1.687 1.864 1.537 1.689 2.126 2.609 3.174 1.244 4.378 0.966 2.061 4.251 3.414 1.483 1.624 1.373 1.162 2.791 2.342 2.681 1.617 2.386 3.343 3.752 3.977 3.283 1.530 1.255 1.335 3.176 1.027 1.561 0.972 2.158 1.436 2.120 2.400 1.967 2.074 1.503 1.995 1.271 2491 chr7 121941449 121950900 + 0 NA non-coding (NR_036484, exon 3 of 7) non-coding (NR_036484, exon 3 of 7) -1609 NM_001024613 389549 Hs.553970 NM_001024613 ENSG00000128610 FEZF1 FEZ|HH22|ZNF312B FEZ family zinc finger 1 protein-coding 3.048 0.761 1.121 0.445 0.173 0.908 0.524 0.064 0.039 1.041 0.071 0.089 0.100 0.112 0.215 0.240 1.565 0.318 1.568 0.071 1.045 0.412 0.265 0.213 0.135 1.005 2.666 0.155 0.475 0.034 0.099 0.522 0.137 0.041 0.156 0.058 0.415 0.466 0.206 0.273 0.720 0.044 0.122 0.155 6.024 8.588 2.392 2.197 2.390 1.492 1.711 0.608 0.481 0.421 0.073 0.172 0.390 0.568 1.612 1.729 0.247 0.463 3.411 2.115 0.390 0.765 0.811 0.495 0.041 0.127 0.133 0.043 0.624 0.015 0.103 0.061 0.008 0.085 1.041 1.677 0.273 0.063 0.099 0.072 1.088 0.778 0.473 0.078 0.745 0.284 0.042 1.041 0.203 0.039 1.565 0.206 0.070 1.385 0.387 0.054 0.050 0.036 0.017 0.035 0.087 0.031 0.146 0.015 0.050 0.010 1483 chr19 49651407 49669296 + 0 NA promoter-TSS (NM_001195227) promoter-TSS (NM_001195227) -647 NM_001321282 54795 Hs.467101 NM_017636 ENSG00000130529 TRPM4 LTrpC4|PFHB1B|TRPM4B|hTRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 protein-coding 1.960 1.674 2.675 0.635 0.690 1.283 0.673 1.039 0.378 0.461 0.251 0.158 0.276 0.595 0.442 0.393 0.253 0.848 0.899 2.369 0.173 0.686 0.207 0.543 nan 1.426 1.463 3.054 0.529 0.389 1.218 0.114 1.034 0.284 0.485 0.463 0.421 0.980 1.181 0.549 0.303 1.760 1.236 1.351 1.011 0.513 0.899 1.406 0.862 1.453 1.681 1.648 1.148 0.514 2.609 2.678 0.806 1.279 1.046 1.356 2.537 2.573 0.862 1.271 0.649 0.674 1.823 2.155 1.062 0.813 1.036 0.310 1.047 0.514 0.956 3.083 0.618 0.272 0.150 0.407 0.570 0.145 0.191 0.864 0.586 0.352 0.300 0.310 0.299 0.301 1.688 1.325 1.511 0.755 0.461 0.753 0.651 0.848 0.948 2.438 0.606 1.810 0.550 0.061 0.418 0.362 0.186 0.251 0.799 0.712 0.459 0.143 0.309 0.185 338 chr1 245965591 245978002 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 10 of 11) intron (NM_001167740, intron 10 of 11) 608918 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 3.278 nan 0.613 0.157 2.409 1.156 0.100 0.014 0.628 0.239 0.207 0.091 0.231 0.010 0.603 0.477 0.868 0.248 0.293 0.050 1.385 0.505 0.097 0.284 0.085 0.917 2.235 0.012 0.146 0.069 0.107 0.444 0.171 0.048 0.614 0.140 0.405 0.187 1.405 0.013 0.168 0.369 0.134 0.062 0.404 1.759 2.128 3.027 2.113 0.996 1.009 7.855 1.962 2.243 2.188 0.513 0.820 2.125 3.127 1.926 2.225 1.821 2.638 0.432 0.399 0.613 1.290 0.735 0.738 1.580 0.756 0.022 0.111 0.169 1.960 0.078 1.376 0.883 0.024 0.180 0.046 0.123 0.155 0.074 0.038 0.297 0.138 0.193 0.136 0.075 0.052 0.045 0.131 0.628 0.124 0.074 0.868 0.109 0.042 0.650 0.066 0.115 0.137 0.004 0.094 0.099 0.064 4.111 0.460 0.049 0.270 0.043 0.012 576 chr11 93006376 93023189 + 0 NA Intergenic L1MA4A|LINE|L1 -49101 NM_181645 159989 Hs.436625 NM_181645 ENSG00000165325 DEUP1 CCDC67 deuterosome assembly protein 1 protein-coding 0.677 nan 0.591 0.270 0.021 0.266 0.096 0.050 0.037 0.167 0.071 0.048 0.022 0.105 0.011 0.397 0.212 0.334 0.153 0.351 0.036 0.109 2.381 0.411 0.067 2.318 0.120 0.057 0.067 0.105 0.033 0.077 0.095 0.009 0.041 0.151 0.019 0.038 0.138 0.105 0.054 0.063 0.111 0.673 0.434 0.222 nan 0.867 0.848 0.183 0.064 0.363 0.480 0.232 0.400 1.014 2.250 0.284 0.147 0.229 0.364 0.933 1.352 0.224 nan 0.717 0.481 4.221 0.042 0.012 0.038 0.147 0.391 0.001 0.012 0.004 0.017 0.045 0.407 0.123 0.137 0.014 0.014 0.032 0.032 0.050 0.157 0.005 0.017 0.009 0.075 0.167 0.042 0.038 0.334 0.094 0.034 0.012 0.028 0.265 0.020 0.033 0.053 0.048 0.141 0.118 0.014 0.056 0.017 0.012 761 chr12 122580622 122611297 + 0 NA intron (NM_014938, intron 1 of 16) intron (NM_014938, intron 1 of 16) -56307 NM_152759 254050 Hs.374856 NM_152759 ENSG00000158113 LRRC43 - leucine rich repeat containing 43 protein-coding 1.340 2.047 1.227 1.277 0.553 2.699 1.415 0.177 0.372 0.479 0.150 0.162 0.469 0.881 0.123 0.889 0.562 1.520 0.147 0.636 0.170 0.272 0.178 0.233 2.320 0.564 0.222 2.339 0.284 1.129 0.149 0.151 1.208 0.085 0.325 0.556 0.075 0.133 0.440 0.249 0.147 1.292 0.622 0.615 0.342 0.243 1.996 2.345 0.450 0.838 1.630 1.730 nan 0.819 0.916 0.992 1.158 1.465 3.105 4.076 0.719 0.618 3.994 4.523 1.695 2.228 0.295 0.562 2.588 1.275 2.317 1.127 0.106 0.270 0.973 2.551 0.072 0.735 0.398 0.172 0.499 0.428 0.350 0.165 0.252 0.161 0.232 0.104 0.091 0.170 1.542 0.444 0.126 0.471 0.479 0.752 0.276 1.520 0.291 0.850 0.300 0.267 0.312 0.113 0.061 0.753 0.533 0.397 5.151 0.206 0.116 0.293 0.158 0.125 1996 chr3 181896420 181900583 + 0 NA Intergenic Intergenic 228349 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 0.975 1.547 0.743 0.172 0.293 0.632 0.512 0.075 8.397 0.259 0.144 0.092 0.202 0.031 0.313 0.177 0.332 0.208 1.503 0.148 0.050 0.135 3.487 1.465 1.668 1.160 0.384 0.180 0.342 0.092 nan 0.083 0.090 0.083 1.108 0.309 0.316 1.419 1.468 0.131 0.145 0.404 0.356 0.355 0.671 1.144 0.522 0.420 3.619 1.336 0.089 0.133 0.922 1.535 0.890 0.964 0.692 0.351 0.172 0.401 0.258 0.279 0.165 0.298 0.617 0.593 0.121 0.205 0.024 0.047 0.086 0.050 0.086 0.053 0.023 0.596 0.066 0.044 0.018 0.093 0.077 0.219 0.186 0.257 0.069 0.023 0.047 0.259 0.414 0.332 0.166 0.036 0.084 0.016 0.040 0.038 0.082 0.221 0.149 0.162 0.094 0.041 0.025 738 chr12 103341697 103366172 + 0 NA 3' UTR (NM_004316, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_004316, exon 2 of 2) 2482 NM_004316 429 Hs.703025 NM_004316 ENSG00000139352 ASCL1 ASH1|HASH1|MASH1|bHLHa46 achaete-scute family bHLH transcription factor 1 protein-coding 1.546 3.783 nan 8.288 0.062 9.521 5.148 0.080 0.023 1.919 0.134 0.119 0.008 0.056 0.015 5.975 3.019 7.511 0.212 0.156 0.015 0.064 0.004 0.071 0.168 0.073 0.059 14.604 0.006 0.127 0.040 0.086 0.131 0.058 0.060 0.042 0.003 0.034 0.173 0.013 0.017 0.093 0.068 0.063 0.067 0.084 0.183 0.108 0.141 0.181 17.159 14.254 7.101 2.826 0.115 0.133 0.153 0.260 12.639 11.184 0.652 0.449 0.081 0.085 5.191 2.553 0.474 1.101 5.433 2.844 11.692 0.032 0.008 0.053 2.847 11.270 0.006 0.015 0.030 0.062 0.669 0.178 0.056 0.015 0.010 0.044 0.296 0.234 0.212 0.080 0.049 0.023 0.044 1.919 0.061 0.019 7.511 0.015 0.024 0.091 0.086 3.827 0.006 0.012 0.013 0.027 0.114 0.014 0.091 0.006 0.058 0.021 0.019 1775 chr20 62251750 62261255 + 0 NA intron (NM_012384, intron 1 of 9) intron (NM_012384, intron 1 of 9) 1952 NM_012384 26205 Hs.473286 NM_012384 ENSG00000101216 GMEB2 GMEB-2|P79PIF|PIF79 glucocorticoid modulatory element binding protein 2 protein-coding 3.676 3.266 3.057 2.689 4.488 2.202 1.507 3.664 0.914 3.738 2.018 0.366 0.459 2.387 5.089 1.748 0.807 4.114 2.001 1.835 0.951 3.480 0.853 2.121 6.776 3.509 3.827 3.821 0.938 1.336 2.466 0.160 4.914 1.463 0.948 3.131 1.635 4.197 2.897 1.244 0.956 5.830 4.019 1.796 2.675 1.732 4.651 nan 2.381 2.898 4.118 4.101 4.732 1.833 12.453 12.410 2.807 3.991 3.139 4.994 4.791 5.183 2.870 4.921 1.667 1.743 3.481 4.846 2.463 1.388 2.464 1.709 1.583 1.058 1.626 2.734 2.186 1.450 2.200 2.224 2.533 0.429 1.241 5.692 4.793 2.117 1.431 1.135 0.919 3.950 3.075 3.572 2.887 2.123 3.738 2.620 6.326 4.114 1.596 2.314 0.899 8.967 3.821 1.957 1.120 1.934 0.866 0.593 1.240 1.420 2.187 0.643 1.899 1.405 1415 chr19 18524062 18551907 + 0 NA intron (NM_001009998, intron 1 of 16) intron (NM_001009998, intron 1 of 16) 7838 NM_001009998 170463 Hs.515259 NM_032627 ENSG00000130511 SSBP4 - single stranded DNA binding protein 4 protein-coding 3.623 1.840 1.660 1.182 0.742 3.814 1.858 1.957 0.642 2.832 0.380 0.087 0.307 1.123 4.205 0.607 0.322 1.171 0.608 0.797 0.720 1.480 0.303 1.150 nan 1.356 0.924 2.274 0.504 0.397 2.604 0.093 0.909 0.598 0.262 0.882 0.522 1.418 0.426 0.329 0.343 2.345 0.710 0.941 1.138 0.640 1.300 2.224 1.080 1.821 2.184 2.091 3.029 1.347 1.677 1.807 0.917 1.436 2.819 4.307 2.838 2.638 0.810 1.462 2.084 1.703 3.306 4.191 2.197 1.181 1.612 0.638 0.526 0.750 0.890 1.116 2.179 0.605 0.446 2.929 2.181 0.478 0.248 1.568 0.635 0.433 0.295 0.259 0.219 0.383 2.313 7.563 0.608 0.552 2.832 1.554 1.319 1.171 0.114 0.473 0.892 6.296 1.362 0.236 0.319 1.350 1.082 0.103 0.833 1.345 0.561 0.126 0.242 0.108 484 chr11 34605938 34626314 + 0 NA Intergenic Intergenic -26462 NM_012153 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.599 1.087 nan 0.138 2.618 0.532 0.275 1.300 0.015 0.282 0.286 0.071 0.475 0.877 0.090 0.147 0.157 0.702 0.101 0.364 0.231 0.542 1.522 1.523 1.399 0.646 0.366 1.023 0.130 0.126 0.033 0.133 0.181 0.382 1.256 1.575 0.744 0.864 0.709 1.209 7.481 1.056 0.768 0.166 1.594 0.148 2.026 2.247 5.805 3.573 0.327 0.523 1.937 0.527 0.566 0.617 0.287 0.440 0.308 0.250 0.387 0.149 0.697 1.107 0.158 0.178 0.201 nan 0.666 0.509 0.083 1.000 0.108 2.239 0.044 0.113 0.020 0.999 0.566 0.040 2.178 0.019 0.054 0.787 0.523 0.336 0.219 0.027 0.042 0.570 4.276 0.046 0.535 0.520 0.282 0.375 0.037 0.702 0.990 0.280 0.016 0.445 0.061 1.158 0.091 0.791 0.714 0.034 0.404 0.036 0.420 0.408 0.478 0.331 2334 chr6 85466854 85487380 + 0 NA Intergenic Intergenic -3163 NM_001080508 9096 Hs.251830 NM_001080508 ENSG00000112837 TBX18 CAKUT2 T-box 18 protein-coding 0.569 0.589 nan 0.453 1.320 0.217 0.149 0.432 2.085 0.830 0.903 0.219 0.579 1.331 1.032 0.830 0.539 0.047 0.143 0.482 0.802 0.172 0.036 0.143 0.657 0.411 0.079 0.230 0.121 1.097 0.404 0.100 3.328 0.069 0.037 0.526 0.085 0.202 1.352 0.005 0.086 0.281 0.521 0.087 0.052 0.091 0.219 0.081 0.862 1.454 0.138 0.208 1.580 0.655 0.963 1.035 0.146 0.263 0.512 0.559 0.311 0.113 0.127 0.122 0.059 0.111 0.089 0.189 0.140 0.183 0.019 0.031 1.427 0.620 0.036 0.021 0.020 0.014 0.396 0.477 0.019 0.015 1.952 0.029 0.023 0.030 0.514 0.491 0.063 3.058 2.796 0.165 0.006 0.830 1.187 0.014 0.047 0.423 0.206 0.019 1.468 3.340 0.340 0.004 0.008 1.742 1.032 0.024 0.048 0.035 0.032 0.017 0.007 1036 chr16 22407249 22419454 + 0 NA intron (NR_136333, intron 2 of 3) intron (NR_136333, intron 2 of 3) 16261 NR_136333 105371130 Hs.639607 NR_136333 MFSD13B - major facilitator superfamily domain containing 13B pseudo 0.737 0.914 nan 0.251 5.447 0.344 0.172 1.591 0.980 0.136 1.275 0.290 0.281 0.880 0.043 0.089 0.075 0.128 0.207 0.299 0.254 2.599 0.969 0.554 0.991 0.592 0.722 0.318 0.514 0.183 0.106 0.084 0.287 0.068 0.194 0.460 0.431 0.909 0.264 3.144 0.047 0.863 0.111 0.179 0.940 0.264 0.291 0.302 0.504 0.501 0.217 0.236 nan 0.133 0.294 0.358 0.350 0.502 0.993 1.000 0.407 0.177 0.111 0.207 0.251 0.203 0.263 0.602 0.883 0.676 0.036 0.719 0.741 1.263 0.057 0.110 0.042 1.676 1.031 0.030 0.119 0.023 0.046 0.128 0.034 0.039 1.502 0.020 0.024 0.250 0.193 0.058 0.113 0.659 0.136 0.309 0.068 0.128 0.101 0.054 0.040 0.043 0.008 1.261 0.647 0.466 0.817 0.133 0.033 0.125 0.361 2.513 0.024 0.016 1078 chr16 69562228 69568353 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie 34481 NR_031719 100302119 NR_031719 ENSG00000223109 MIR1538 MIRN1538|hsa-mir-1538 microRNA 1538 ncRNA nan nan 0.692 0.141 2.152 0.295 0.137 1.928 0.193 0.959 1.139 0.391 0.960 2.007 7.538 0.025 0.095 0.079 0.235 1.106 1.139 1.169 0.827 2.571 0.960 0.738 0.595 0.242 2.187 0.175 6.542 0.290 5.341 1.291 1.623 1.892 1.013 2.947 2.395 1.106 1.047 3.026 2.013 0.971 2.293 0.324 0.232 0.210 0.260 0.738 0.223 0.311 0.514 0.218 0.361 0.325 0.505 nan 0.183 0.312 0.531 0.305 0.131 0.169 0.143 0.298 0.476 0.621 0.683 0.427 0.028 3.116 2.133 2.794 0.075 0.086 1.800 2.912 1.988 2.607 2.387 0.077 0.039 5.558 8.902 3.667 1.774 0.051 0.216 4.791 4.074 2.835 1.663 2.771 0.959 3.112 4.810 0.079 0.640 0.610 0.157 3.852 0.346 2.217 4.012 2.393 2.946 0.019 0.032 0.088 1.629 2.303 1.927 1.262 1243 chr17 66283303 66289609 + 0 NA intron (NM_001174166, intron 1 of 6) intron (NM_001174166, intron 1 of 6) 949 NM_004694 9120 Hs.42645 NM_004694 ENSG00000108932 SLC16A6 MCT6|MCT7 solute carrier family 16 member 6 protein-coding 4.989 nan 4.372 1.257 1.140 1.570 0.893 1.336 0.930 1.928 0.209 0.153 0.241 0.584 0.312 1.219 0.960 2.416 3.320 0.974 0.530 0.797 0.182 1.035 3.529 1.718 1.332 4.388 0.672 0.373 1.701 0.111 1.209 0.652 5.337 1.982 0.299 0.893 1.020 0.916 1.287 3.834 3.874 0.665 2.010 0.694 2.930 2.455 3.057 3.827 1.917 1.268 4.029 0.922 1.842 1.574 0.917 nan 0.934 1.463 5.873 9.117 1.573 3.486 6.051 5.229 4.481 5.432 1.821 1.171 0.236 0.799 0.572 0.292 0.401 0.720 1.145 0.376 0.160 1.333 6.472 1.301 1.931 4.716 2.190 1.190 0.283 1.355 1.130 0.964 2.531 2.722 3.049 0.633 1.928 1.745 2.427 2.416 0.641 3.503 0.865 3.089 0.161 0.398 0.706 0.950 0.650 0.037 1.202 1.804 0.228 0.074 1.826 1.464 2530 chr8 38028543 38036300 + 0 NA intron (NR_045493, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu -1685 NM_001204878 9530 Hs.194726 NM_004874 ENSG00000156735 BAG4 BAG-4|SODD BCL2 associated athanogene 4 protein-coding 2.509 2.220 nan 9.190 7.308 2.894 1.468 2.370 1.336 1.633 1.648 0.291 0.440 1.253 1.558 1.392 0.802 3.245 1.139 1.786 1.147 2.887 1.090 1.356 2.392 1.960 2.954 5.865 1.432 5.573 2.872 0.181 6.851 1.092 1.152 1.108 0.444 2.917 2.863 1.635 2.683 2.774 3.427 2.786 1.700 1.312 3.882 3.679 3.585 5.729 5.918 5.303 4.370 1.677 6.941 7.408 2.758 3.270 2.814 4.078 4.110 3.841 1.366 3.813 2.383 3.084 3.537 4.159 2.881 1.313 1.532 1.839 0.776 1.777 1.186 2.079 3.073 2.048 2.260 0.863 1.592 0.600 0.654 4.582 4.956 2.085 0.588 1.534 1.341 2.432 2.954 2.283 1.221 1.862 1.633 1.219 1.019 3.245 1.700 0.883 0.699 2.528 1.945 1.390 0.803 1.408 1.376 2.688 1.110 1.558 1.054 0.454 0.865 0.507 2065 chr4 109086636 109091553 + 0 NA 5' UTR (NM_016269, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_016269, exon 1 of 12) 413 NR_029374 641518 Hs.535760 NR_029373 ENSG00000232021 LEF1-AS1 LEF1NAT LEF1 antisense RNA 1 ncRNA 1.156 nan nan 3.293 0.423 0.490 0.368 0.096 0.125 2.598 0.061 0.032 0.260 0.764 0.411 0.574 0.991 0.242 0.314 0.065 0.172 1.220 0.671 0.097 4.753 0.030 4.552 0.067 0.067 1.890 0.193 0.846 0.303 0.033 0.126 0.662 0.022 0.524 1.211 2.554 0.042 0.287 0.446 0.930 1.179 0.866 nan 1.056 0.659 2.119 0.364 0.360 0.364 0.135 nan 4.199 4.576 0.372 0.230 0.320 0.350 5.879 4.491 0.075 nan 2.270 1.355 2.083 0.229 0.056 0.056 0.481 0.054 3.908 0.115 0.059 0.059 0.076 2.045 0.568 0.561 0.341 0.285 3.803 3.204 1.481 0.066 0.865 0.546 0.041 2.598 0.204 0.019 0.049 0.017 0.019 1.481 1.008 0.165 0.025 0.068 3.432 0.040 0.051 0.204 0.078 1.569 0.955 1265 chr17 76833574 76838581 + 0 NA intron (NM_001321291, intron 1 of 20) CpG 532 NM_001321291 57602 Hs.464243 NM_025090 ENSG00000055483 USP36 DUB1 ubiquitin specific peptidase 36 protein-coding 5.724 4.655 4.270 5.733 4.363 4.882 2.751 4.186 0.544 5.775 3.385 0.449 1.289 3.575 6.706 3.472 1.272 4.285 3.917 2.802 1.434 4.142 0.804 3.316 8.682 7.770 3.749 7.495 2.232 3.849 2.632 0.136 6.113 1.544 1.069 4.654 0.822 2.347 5.241 3.065 1.773 6.087 8.691 3.722 1.841 1.907 7.363 6.911 4.789 7.505 8.669 6.934 8.317 5.021 12.447 12.350 nan 5.132 7.225 10.564 8.687 10.740 2.830 5.246 6.247 6.517 5.328 4.666 nan 2.542 2.086 3.304 0.704 1.803 2.431 4.320 1.413 2.471 2.736 2.880 3.697 0.858 2.738 3.825 2.248 1.201 1.343 2.340 1.591 3.519 4.539 4.257 4.284 4.867 5.775 9.836 1.928 4.285 2.726 2.937 1.274 6.953 6.147 1.340 1.744 1.821 1.507 1.727 1.222 1.605 1.496 1.197 1.127 0.915 544 chr11 65767594 65771378 + 0 NA promoter-TSS (NM_001143985) promoter-TSS (NM_001143985) -64 NM_003860 8815 Hs.433759 NM_003860 ENSG00000175334 BANF1 BAF|BCRP1|D14S1460|NGPS barrier to autointegration factor 1 protein-coding nan 2.410 2.157 6.594 5.493 5.207 3.305 5.174 1.785 5.013 2.127 0.381 1.290 4.099 3.969 1.618 1.187 4.608 2.899 2.947 1.445 3.184 1.918 2.433 7.251 5.851 4.370 11.175 2.690 4.097 4.954 0.082 5.680 1.871 2.252 5.752 1.311 6.695 3.242 5.109 1.506 5.164 6.187 3.158 6.443 3.265 5.456 5.746 5.575 7.750 5.732 6.278 5.909 2.354 7.737 8.083 3.937 5.420 6.919 7.686 4.700 5.108 4.179 8.023 3.810 4.620 3.042 4.725 2.850 1.533 3.296 4.433 2.320 3.042 2.005 3.688 2.064 3.798 4.529 2.377 3.807 1.355 2.433 14.583 9.172 4.058 2.691 2.100 2.107 6.327 4.849 4.697 1.812 3.286 5.013 3.386 8.224 4.608 2.256 3.476 1.215 4.988 2.977 3.938 3.145 3.695 2.524 2.280 2.802 1.546 3.263 3.016 2.232 1.730 623 chr11 129256152 129265150 + 0 NA intron (NM_003658, intron 1 of 3) intron (NM_003658, intron 1 of 3) 14770 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.636 0.773 0.608 0.103 0.933 0.378 0.213 0.122 4.157 0.057 0.091 0.022 0.140 0.049 0.173 0.128 0.182 0.096 0.312 0.055 0.023 0.061 0.107 0.407 0.079 0.229 0.416 0.115 0.076 0.109 0.069 0.170 0.066 0.059 0.100 0.017 0.046 0.308 0.054 0.200 0.113 0.078 0.256 0.138 0.362 0.320 0.177 0.581 0.271 0.394 0.116 0.093 0.343 0.284 0.174 0.309 1.286 1.347 0.330 0.134 0.556 0.891 0.075 0.090 0.051 nan 0.395 0.326 0.260 0.151 1.529 0.064 0.035 0.079 0.046 0.016 0.113 0.043 0.021 0.153 0.013 0.026 0.131 0.008 0.028 0.155 0.054 0.204 0.035 0.201 0.057 0.071 0.113 0.182 0.068 0.476 0.011 0.117 0.133 0.015 0.025 0.123 0.098 0.065 0.254 0.014 0.042 0.058 0.013 0.017 1512 chr2 2686880 2705029 + 0 NA Intergenic Intergenic -360869 NM_015025 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.424 0.486 0.761 0.213 0.044 1.271 0.648 0.074 0.021 0.438 0.045 0.054 0.010 0.048 0.017 0.344 0.204 2.945 0.213 0.130 0.027 0.037 0.012 0.054 0.073 0.071 0.047 3.177 0.016 0.090 0.042 0.103 0.093 0.068 0.040 0.005 0.034 0.262 0.012 0.026 0.104 0.109 0.053 0.043 0.052 0.387 0.483 0.231 0.270 3.718 3.930 1.454 0.398 0.165 0.167 0.629 0.928 3.612 2.539 0.540 0.462 0.259 0.253 0.163 0.154 0.188 0.197 1.206 0.820 1.404 0.039 0.005 0.041 0.038 0.882 0.008 0.016 0.008 0.054 0.016 0.066 0.137 0.027 0.013 0.026 0.042 0.020 0.153 0.085 0.019 0.113 0.052 0.438 0.043 0.024 2.945 0.007 0.064 0.344 0.039 1.533 0.007 0.021 0.012 0.051 0.032 0.028 0.017 0.074 0.022 0.003 1196 chr17 41115415 41138195 + 0 NA intron (NM_001142653, intron 3 of 5) AluSx1|SINE|Alu 5215 NM_025267 100885850 Hs.317403 NM_025267 ENSG00000108825 PTGES3L-AARSD1 - PTGES3L-AARSD1 readthrough protein-coding 1.471 1.589 nan 1.364 1.142 1.250 0.760 1.215 0.264 0.843 0.461 0.291 0.449 1.413 0.938 0.996 0.555 1.132 0.905 1.173 0.266 0.806 0.283 0.883 nan 0.569 0.864 1.891 0.436 0.831 0.699 0.102 1.345 0.423 0.554 1.162 0.163 0.710 1.113 0.627 0.384 2.073 4.080 0.625 1.078 0.453 1.806 1.866 1.233 1.830 2.053 nan 2.811 1.060 4.075 4.582 0.687 1.056 2.089 nan 2.121 1.641 1.018 1.687 1.274 1.627 1.288 2.199 1.396 0.802 0.694 1.258 0.345 0.431 0.345 0.944 0.298 0.762 0.673 0.829 0.805 0.178 1.047 1.268 0.589 0.309 0.503 0.354 0.357 0.949 1.391 1.075 0.936 0.979 0.843 2.414 1.464 1.132 0.387 1.009 0.392 1.992 1.249 0.318 0.295 1.055 0.260 0.263 0.643 0.523 0.344 0.289 0.410 0.244 1114 chr17 4881587 4892286 + 0 NA intron (NM_015099, intron 3 of 22) AluSx1|SINE|Alu 3729 NM_001171167 23125 Hs.632242 NM_015099 ENSG00000108509 CAMTA2 - calmodulin binding transcription activator 2 protein-coding 1.831 1.189 1.513 0.534 0.660 1.209 0.688 1.090 0.174 0.621 0.557 0.161 0.354 0.612 1.212 0.513 0.311 1.758 0.942 0.905 0.359 0.396 0.208 0.583 2.036 1.640 1.147 1.563 0.245 0.638 0.903 0.120 1.431 0.408 0.448 0.615 0.444 0.728 0.538 0.967 0.318 1.415 1.938 0.793 1.064 0.317 5.925 7.484 5.469 3.012 2.942 2.808 2.566 0.776 6.844 7.274 1.269 1.754 1.710 2.023 1.425 1.398 1.892 2.992 0.637 0.489 1.462 2.802 0.899 0.580 1.528 0.374 0.428 0.831 0.814 1.106 0.167 0.331 0.474 0.504 0.659 0.115 0.726 2.169 0.778 0.495 0.438 0.278 0.206 0.442 1.911 1.337 0.451 0.591 0.621 0.555 1.665 1.758 0.584 0.597 0.738 2.059 1.561 0.311 0.126 0.706 0.451 0.162 0.970 0.707 0.442 0.169 0.791 0.415 2389 chr7 1262580 1269371 + 0 NA Intergenic Intergenic -6679 NM_001080461 340260 Hs.232272 NM_001080461 ENSG00000164853 UNCX UNCX4.1 UNC homeobox protein-coding 5.535 0.623 13.860 0.052 0.056 0.224 0.118 0.105 0.028 0.107 0.089 0.032 0.062 0.019 0.140 0.072 0.123 1.011 0.259 0.036 0.080 0.177 nan 0.094 0.189 nan 0.021 0.076 0.098 0.142 0.222 0.018 0.067 0.170 0.045 0.114 0.220 0.036 0.151 0.144 0.103 0.071 0.091 0.246 0.198 0.111 nan 0.467 0.269 nan 0.097 0.246 0.310 0.126 0.226 nan 0.281 2.215 2.661 0.158 0.146 0.148 0.202 0.139 0.538 0.293 0.207 0.030 0.062 0.269 0.015 0.052 0.041 0.092 0.033 0.022 0.134 0.017 0.047 0.192 0.035 0.002 0.034 0.066 0.017 0.105 0.144 0.085 0.035 0.049 0.107 0.031 0.041 0.123 0.048 1.102 0.357 0.075 0.002 0.070 0.066 0.007 0.091 0.011 0.084 0.017 0.023 2564 chr8 77315796 77321757 + 0 NA promoter-TSS (NR_105006) promoter-TSS (NR_105006) -113 NR_105006 101926978 Hs.615028 NR_105006 ENSG00000254300 LINC01111 - long intergenic non-protein coding RNA 1111 ncRNA 0.917 0.739 1.761 0.131 2.801 0.166 0.134 0.248 0.032 0.064 2.839 0.398 0.414 1.043 2.834 0.078 0.070 0.120 0.146 0.271 2.015 2.066 1.269 0.056 0.076 0.053 0.064 0.238 0.733 0.054 3.571 0.121 0.238 0.418 0.039 0.943 1.962 13.723 0.077 1.053 0.026 0.283 0.150 2.093 0.128 0.175 0.438 0.252 1.642 1.073 0.518 0.479 0.231 0.094 0.211 0.163 0.591 0.881 0.171 0.251 0.405 0.099 0.219 0.242 0.127 0.156 0.331 0.577 0.378 0.452 1.579 0.208 1.250 0.038 0.121 0.069 0.912 0.409 0.308 0.100 0.049 0.013 0.355 0.829 0.432 0.270 2.113 0.823 0.106 0.011 0.064 0.320 0.015 0.120 0.226 0.069 0.081 0.039 0.034 2.267 1.253 1.826 5.471 0.049 0.083 1.373 0.461 2.419 2.550 1.119 2382 chr6 162337423 162346490 + 0 NA intron (NM_013987, intron 5 of 10) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 449947 NR_134594 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.763 nan 0.787 0.108 0.713 0.421 0.141 0.069 0.020 1.326 0.106 0.146 0.035 0.250 0.956 0.330 0.514 0.529 0.295 0.014 0.285 0.376 0.843 0.435 0.062 0.390 0.112 0.366 0.025 0.156 1.175 0.103 0.084 0.051 0.046 0.418 0.600 0.027 0.642 0.254 0.170 0.032 0.296 0.554 0.405 0.639 0.984 1.059 1.156 4.507 1.531 0.310 0.284 0.208 0.269 0.875 0.976 nan 0.409 0.219 0.270 6.858 7.497 0.136 0.247 1.352 0.866 0.025 0.445 0.032 0.013 0.597 0.020 0.015 0.144 0.089 0.074 6.518 1.535 0.018 0.587 0.053 0.048 0.034 0.120 0.153 0.231 0.530 0.087 0.104 0.424 1.326 0.024 0.021 0.514 0.444 0.082 0.047 0.219 0.615 0.015 0.009 0.178 0.061 0.298 0.054 0.096 0.075 0.010 0.019 0.006 328 chr1 234790326 234796772 + 0 NA intron (NR_125944, intron 3 of 3) intron (NR_125944, intron 3 of 3) 11514 NR_125944 101927787 Hs.520658 NR_125944 ENSG00000228044 LOC101927787 - uncharacterized LOC101927787 ncRNA 1.586 1.534 2.092 1.499 1.284 1.063 0.349 1.373 0.029 0.674 0.439 0.060 2.753 2.056 0.469 0.539 0.328 1.115 0.432 0.403 0.461 1.444 3.842 1.957 2.110 0.404 0.342 2.435 3.091 0.415 0.017 0.103 3.594 1.668 0.377 1.437 0.797 0.969 2.968 4.901 2.008 8.115 4.223 0.791 7.851 0.580 0.669 0.793 0.647 1.258 0.740 1.135 nan 0.666 0.474 0.574 0.573 0.851 nan 1.150 0.644 0.581 0.222 0.255 0.564 0.654 0.414 0.779 nan 0.624 0.272 5.456 0.740 3.448 0.093 0.361 0.065 4.062 3.073 0.217 0.728 0.089 0.183 8.996 2.865 1.428 1.605 0.047 0.156 14.916 1.805 4.393 2.742 4.706 0.674 0.973 4.628 1.115 1.276 1.869 0.346 2.490 0.423 3.404 2.806 2.807 0.828 0.298 0.046 0.247 3.840 1.526 1.197 1.212 239 chr1 163939560 163954143 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -553870 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 0.899 nan 1.186 3.147 0.040 1.377 0.560 0.069 0.029 0.369 0.112 0.066 0.059 0.022 0.573 0.238 1.424 0.296 0.242 0.025 0.060 0.007 0.069 0.021 0.042 0.107 1.195 0.020 0.081 0.059 0.084 0.120 0.016 0.058 0.038 0.005 0.095 0.240 0.026 0.040 0.092 0.185 0.105 0.053 0.093 0.914 0.601 3.690 1.083 0.577 nan 5.303 1.831 0.226 0.200 0.584 0.806 2.319 nan 0.470 0.204 0.525 0.608 1.114 2.157 0.420 1.045 2.182 1.056 0.123 0.029 0.007 0.025 0.179 0.347 0.050 0.005 0.015 0.005 0.089 0.254 0.870 0.132 0.025 0.011 0.036 0.070 0.324 0.096 0.061 0.010 0.081 0.078 0.369 0.039 0.051 1.424 0.041 0.034 0.026 0.004 0.487 0.019 0.009 0.037 0.023 0.056 0.105 0.132 0.005 0.064 0.012 0.014 2635 chr9 1047110 1062478 + 0 NA intron (NM_181872, intron 3 of 3) intron (NM_181872, intron 3 of 3) 4174 NM_181872 10655 Hs.59506 NM_006557 ENSG00000173253 DMRT2 - doublesex and mab-3 related transcription factor 2 protein-coding 0.348 2.104 1.501 0.573 0.071 0.202 0.115 0.047 0.044 1.082 0.044 0.063 0.062 0.152 0.321 0.051 0.075 0.346 0.102 0.460 0.040 0.182 0.183 0.462 0.291 0.088 1.053 0.019 1.211 0.057 0.085 0.182 0.046 0.083 0.018 0.020 0.089 0.302 0.212 0.506 2.527 0.004 0.073 0.050 0.315 0.217 0.191 0.807 0.667 1.445 1.264 0.126 0.069 11.600 11.284 0.839 1.330 0.915 1.121 0.913 0.891 0.228 0.461 0.071 0.071 0.045 nan 0.581 0.658 0.011 0.033 0.006 0.024 0.040 0.458 0.036 0.117 0.099 0.039 0.025 0.018 0.016 0.042 0.039 0.026 0.035 0.770 0.560 0.859 0.101 0.044 0.211 0.030 1.082 0.115 0.024 0.346 0.048 0.021 0.042 0.023 0.041 0.040 0.238 0.113 0.022 0.569 0.155 0.024 0.252 0.043 0.052 0.080 122 chr1 55928844 55947068 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL 246642 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.366 0.771 1.043 0.131 0.086 0.294 0.062 0.149 0.027 0.365 0.263 0.160 0.463 0.277 0.139 0.060 0.124 0.112 0.209 0.141 0.048 0.101 0.383 0.075 nan 0.089 0.198 0.445 0.386 0.088 0.024 0.142 0.139 0.188 0.136 0.177 0.459 0.759 0.210 1.696 0.031 0.118 0.152 0.050 0.321 0.086 0.376 0.309 0.292 0.829 0.513 0.706 0.135 0.050 0.337 0.417 0.876 1.365 0.572 0.474 0.376 0.166 0.148 0.290 0.044 0.044 0.299 nan 0.674 0.550 0.089 3.916 0.037 0.309 0.038 0.097 0.873 0.354 0.048 0.118 0.026 0.082 0.465 0.073 0.077 0.250 0.038 0.053 0.253 0.871 0.097 0.725 0.944 0.365 0.121 0.688 0.112 0.395 0.315 0.182 0.182 0.061 0.322 0.062 0.455 0.036 0.038 0.060 0.237 0.205 0.118 0.019 0.020 269 chr1 183599759 183610695 + 0 NA promoter-TSS (NM_015149) promoter-TSS (NM_015149) 45 NM_001297670 23179 Hs.497148 NM_015149 ENSG00000143344 RGL1 RGL ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 1 protein-coding nan nan 2.041 1.207 1.395 1.325 0.573 2.223 0.778 1.884 2.547 0.321 0.770 1.897 0.777 1.572 1.233 0.963 0.510 1.254 0.857 1.202 0.521 0.711 1.531 1.037 1.462 3.386 0.815 0.792 0.964 0.139 1.544 0.454 0.436 1.036 0.419 1.073 1.170 1.320 0.417 0.935 2.093 1.274 1.026 0.943 3.152 4.292 4.933 4.792 2.704 nan 2.436 0.845 nan 5.461 4.466 5.554 1.314 1.673 3.423 2.964 2.740 5.617 2.933 3.299 1.496 nan 1.530 0.667 0.689 0.544 0.366 0.743 0.276 1.745 0.216 1.340 1.643 0.711 1.409 0.913 0.740 1.329 1.098 0.569 0.553 0.592 0.475 0.925 0.977 0.924 0.693 0.805 1.884 1.330 2.729 0.963 0.999 0.612 0.374 1.121 0.882 1.449 0.322 0.506 1.645 0.621 2.393 0.651 0.774 0.510 0.985 0.502 628 chr12 4139632 4141983 + 0 NA Intergenic CpG -158193 NM_001286521 57097 Hs.657268 NM_020367 ENSG00000111224 PARP11 ARTD11|C12orf6|MIB006 poly(ADP-ribose) polymerase family member 11 protein-coding 0.875 nan nan 0.076 0.711 0.098 0.032 2.148 0.108 0.030 0.294 0.271 0.100 0.104 0.163 0.269 4.263 6.896 0.793 0.299 0.145 0.137 1.222 0.194 0.064 0.091 0.459 0.162 2.687 0.083 0.159 1.317 1.495 6.895 1.089 1.152 2.812 2.009 0.961 1.605 0.163 0.175 0.028 0.046 1.880 5.263 nan 0.418 0.183 0.103 0.079 0.188 0.142 0.530 0.198 0.200 0.520 0.522 0.067 0.139 0.111 0.088 0.265 nan 0.093 0.254 0.023 0.596 0.041 0.118 0.042 0.039 0.059 1.591 1.316 1.920 0.496 0.079 0.068 0.073 1.796 1.083 4.062 0.067 0.245 1.774 0.358 0.134 1.836 0.108 0.030 0.425 0.104 1.024 2.781 0.126 5.021 0.040 0.605 0.108 2.240 7.933 0.206 0.893 0.030 4.071 3.100 878 chr14 65720294 65726145 + 0 NA Intergenic Intergenic -34154 NR_103769 100128233 Hs.497323 NR_103769 ENSG00000255002 LOC100128233 - uncharacterized LOC100128233 ncRNA nan nan 2.559 0.918 2.956 0.719 0.303 0.782 0.138 0.750 0.346 0.328 3.186 2.901 1.032 0.105 0.040 1.179 0.146 2.304 0.508 2.463 5.481 3.087 12.635 4.598 9.013 3.472 5.342 0.201 0.104 0.137 0.414 3.813 0.180 5.404 0.854 1.036 0.996 5.562 0.424 2.559 1.508 0.669 7.374 1.177 1.301 1.827 1.038 3.280 1.105 1.074 0.135 0.051 nan 1.329 0.162 0.322 5.182 nan 0.607 0.281 1.150 1.831 0.108 0.261 0.371 1.343 1.344 0.807 0.928 7.174 0.259 5.805 0.068 0.137 0.024 8.448 7.298 0.075 1.205 0.015 1.439 4.281 3.957 1.768 4.979 0.267 0.451 9.953 1.445 1.558 1.406 6.888 0.750 1.324 1.857 1.179 1.366 1.959 0.549 1.581 0.243 4.155 8.125 8.278 1.731 0.197 0.945 0.377 9.443 3.008 0.461 0.622 1223 chr17 48061761 48072573 + 0 NA TTS (NM_005220) TTS (NM_005220) 5421 NM_005220 1747 Hs.134194 NM_005220 ENSG00000064195 DLX3 AI4|TDO distal-less homeobox 3 protein-coding 1.174 0.838 nan 0.125 0.166 0.953 0.613 0.151 0.081 0.618 0.111 0.074 0.053 0.381 0.029 0.058 0.137 0.341 4.339 0.148 0.057 0.181 0.125 0.131 nan 0.630 0.406 1.010 0.199 0.307 0.101 0.114 0.533 0.334 0.128 0.144 0.150 0.189 0.525 0.040 0.478 1.261 0.485 0.142 0.741 0.358 0.886 1.086 0.660 1.350 1.299 nan 0.298 0.086 0.421 0.343 0.365 0.550 0.994 nan 1.981 2.024 0.426 0.668 0.765 0.757 0.827 1.793 2.097 0.997 0.554 0.385 0.424 0.051 0.019 0.393 0.025 0.268 0.152 0.226 0.073 0.282 0.059 0.248 0.078 0.043 0.085 0.355 0.416 0.211 0.317 0.184 0.091 0.666 0.618 0.386 0.056 0.341 0.067 0.814 1.116 1.402 0.193 0.013 0.012 0.197 0.104 0.144 0.073 0.550 0.071 0.096 0.043 0.014 2277 chr6 31701708 31715862 + 0 NA intron (NM_172165, intron 2 of 24).4 MIRb|SINE|MIR 1060 NM_025259 4439 Hs.647011 NM_002441 ENSG00000204410 MSH5 G7|MUTSH5|NG23 mutS homolog 5 protein-coding nan 3.626 nan 4.842 4.616 5.168 2.402 4.654 1.238 3.674 2.632 0.567 1.206 4.072 5.579 1.879 0.748 4.886 1.106 2.884 0.739 2.746 2.535 4.484 8.123 4.071 5.070 10.421 2.016 1.599 2.588 0.167 2.700 1.809 2.189 4.187 1.256 4.397 1.767 1.687 1.065 4.153 4.139 1.732 2.912 2.171 3.594 3.647 3.251 nan nan 4.010 5.731 2.753 6.049 6.741 2.618 3.656 11.378 15.838 0.816 0.531 1.422 2.053 4.019 4.219 2.461 5.389 2.439 1.349 2.878 5.879 1.165 2.804 3.813 2.330 2.281 2.905 3.348 0.636 3.748 1.269 0.683 6.075 4.338 1.862 2.093 0.928 0.982 6.557 2.606 5.529 2.936 1.791 3.674 5.556 5.013 4.886 1.010 1.510 0.529 5.942 2.462 3.979 2.710 2.562 1.257 1.623 1.215 1.611 2.558 3.794 2.895 1.639 363 chr10 8406256 8412643 + 0 NA Intergenic L1PA12|LINE|L1 -99181 NR_108058 100507143 Hs.258979 NR_108058 ENSG00000232170 LINC00708 GS1-756B1.2 long intergenic non-protein coding RNA 708 ncRNA 0.294 0.472 0.620 0.043 1.877 0.189 0.075 2.079 0.029 0.079 0.118 0.052 0.979 1.385 1.284 0.073 0.026 0.075 0.066 2.018 0.465 0.043 0.171 1.965 0.769 0.454 0.057 0.201 0.602 0.184 0.034 0.097 0.217 0.037 0.864 0.044 0.781 2.322 0.278 0.670 0.037 0.092 0.235 0.221 2.247 0.278 0.361 0.305 0.217 0.194 0.107 0.118 0.186 0.221 0.043 0.061 0.159 0.180 0.091 0.130 0.162 0.093 0.093 0.072 0.039 0.072 0.078 0.134 0.032 0.158 0.026 1.816 0.960 1.490 0.041 0.043 0.585 0.405 0.428 0.185 0.043 0.025 1.855 1.803 0.906 0.290 0.060 0.038 0.031 1.938 0.111 1.145 1.635 0.079 1.220 0.075 2.071 2.733 0.015 2.686 0.017 1.636 0.007 1.264 1.463 0.053 0.015 0.039 1.454 5.969 2.047 1.922 2353 chr6 122231410 122265596 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -472193 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 0.861 0.738 0.679 0.080 0.055 0.176 0.122 0.064 0.022 0.198 0.155 0.081 0.061 0.111 0.039 0.032 0.085 0.042 0.159 0.184 0.040 0.082 0.089 0.083 0.732 0.238 0.222 0.261 0.115 0.102 0.158 0.149 0.173 0.090 0.082 0.073 0.025 0.101 0.137 0.070 0.073 0.246 0.252 0.060 0.191 0.082 0.288 0.182 0.204 0.237 0.223 0.252 0.230 0.118 0.217 0.205 0.114 0.163 0.385 0.308 0.476 0.178 0.096 0.135 0.131 0.142 0.192 0.294 0.239 0.277 0.021 0.100 0.020 0.204 0.021 0.078 7.226 0.022 0.009 0.052 0.036 0.020 0.032 0.051 0.012 0.007 0.020 0.021 0.065 0.102 0.060 0.052 0.035 0.076 0.198 0.058 0.038 0.042 0.043 0.022 0.037 0.015 0.039 0.037 0.005 0.041 0.065 0.044 0.014 0.054 0.020 0.030 0.022 0.018 733 chr12 95489996 95515258 + 0 NA intron (NM_018351, intron 9 of 20) intron (NM_018351, intron 9 of 20) -35223 NM_001032287 7181 Hs.108301 NM_003297 ENSG00000120798 NR2C1 TR2 nuclear receptor subfamily 2 group C member 1 protein-coding 0.784 0.944 0.854 0.146 2.784 0.283 0.140 0.626 0.064 0.332 1.492 0.292 0.923 1.704 4.477 0.087 0.165 0.173 0.115 1.109 0.456 2.500 1.300 0.429 4.387 2.458 1.524 nan 0.848 0.318 0.086 0.121 0.373 0.860 0.130 1.306 0.052 0.174 0.350 2.116 0.085 0.562 0.323 0.273 0.744 0.792 0.359 0.238 0.299 0.675 0.569 0.707 0.425 0.155 0.255 0.274 0.644 nan 0.571 nan 0.428 0.215 0.192 0.335 0.168 0.216 0.302 0.624 0.574 0.494 0.093 2.200 0.197 1.434 0.173 0.093 0.016 1.864 1.675 0.768 0.208 0.060 0.056 1.006 1.064 0.491 1.884 0.277 0.298 1.096 0.951 1.072 0.234 0.645 0.332 1.678 2.613 0.173 0.275 2.902 0.054 1.041 0.081 1.256 0.962 0.320 1.296 0.178 0.051 0.068 0.257 1.954 1.092 1.041 2159 chr5 71196518 71205204 + 0 NA Intergenic Intergenic 185871 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 1.453 nan 1.227 0.102 0.073 6.179 3.379 0.209 3.688 0.252 0.038 0.176 0.170 0.029 0.616 0.316 0.128 0.732 0.127 0.057 0.162 0.340 0.147 1.292 0.242 0.170 1.550 0.134 0.062 0.025 0.068 0.112 0.059 0.078 0.158 0.018 0.056 0.202 0.053 0.054 0.463 0.349 0.135 0.119 0.252 0.267 0.572 0.511 0.559 0.422 0.455 10.475 3.860 0.128 0.158 0.828 nan 0.644 0.674 1.978 1.764 0.599 1.669 8.781 12.082 0.896 3.404 2.414 0.944 0.287 0.325 0.011 0.197 0.117 1.107 0.032 0.216 0.044 0.034 0.186 3.127 0.458 0.063 0.025 0.009 0.079 0.018 0.028 0.058 0.262 0.008 0.091 0.160 3.688 0.091 0.370 0.128 0.252 0.038 0.224 0.053 0.233 0.047 0.036 0.033 0.141 2.457 1.371 0.026 0.075 0.020 0.023 630 chr12 6468386 6504299 + 0 NA intron (NM_001270987, intron 1 of 9) intron (NM_001270987, intron 1 of 9) 181 NM_001159575 6337 Hs.591047 NM_001038 ENSG00000111319 SCNN1A BESC2|ENaCa|ENaCalpha|SCNEA|SCNN1 sodium channel epithelial 1 alpha subunit protein-coding 0.945 nan nan 6.639 2.398 2.670 1.437 1.950 1.084 0.907 0.500 0.108 1.086 2.810 0.496 1.630 0.849 4.372 0.618 4.895 0.745 4.722 1.874 1.750 8.438 4.262 3.712 3.613 1.253 2.636 0.106 0.122 3.211 1.236 1.413 2.681 0.309 0.986 2.250 2.304 1.847 4.319 5.242 1.569 3.742 1.689 0.649 1.018 0.500 1.047 nan 6.490 5.814 1.739 2.588 2.745 0.216 0.460 2.961 3.422 0.394 0.194 1.013 1.601 1.861 1.659 0.711 nan 0.917 0.459 2.078 2.912 1.414 2.196 1.491 2.621 0.077 2.901 3.214 0.678 2.579 0.765 3.385 2.625 1.277 0.625 2.764 1.525 1.241 3.491 7.157 3.731 1.219 2.735 0.907 2.671 3.003 4.372 1.413 3.174 0.657 1.799 0.299 3.361 2.138 1.627 1.235 1.757 1.044 0.223 0.700 1.671 2.313 1.943 997 chr15 102514046 102519952 + 0 NA TTS (NR_003659) TTS (NR_003659) 2297 NR_034090 100288486 Hs.644359 NR_034090 ENSG00000248472 DDX11L9 - DEAD/H-box helicase 11 like 9 pseudo 1.930 nan 1.727 0.506 0.109 0.550 0.300 0.311 0.340 5.405 0.297 0.081 0.356 0.807 0.080 1.575 0.906 0.912 0.533 1.107 0.084 0.184 0.036 0.337 2.966 1.124 1.273 nan 0.124 0.310 0.308 0.136 0.196 0.134 0.169 0.095 0.172 0.420 0.088 0.026 0.780 0.592 0.339 0.329 0.299 0.609 0.869 0.525 0.826 5.664 5.198 1.334 0.538 0.726 0.961 1.694 2.308 1.071 0.955 1.342 0.994 0.410 0.429 2.038 1.570 0.527 0.799 4.458 1.996 10.044 0.722 0.148 0.267 0.278 4.852 0.126 0.288 0.171 0.296 0.464 1.677 0.285 0.202 0.073 0.093 0.207 0.155 0.063 0.371 0.277 0.410 0.094 0.898 5.405 0.781 0.072 0.912 0.435 0.189 1.075 0.205 1.333 0.126 0.202 0.113 0.157 0.048 0.420 0.100 0.477 0.049 0.015 1449 chr19 42363029 42369172 + 0 NA intron (NM_001321485, intron 3 of 5) intron (NM_001321485, intron 3 of 5) 1584 NM_001321483 6223 Hs.438429 NM_001022 ENSG00000105372 RPS19 DBA|DBA1|S19 ribosomal protein S19 protein-coding 5.040 2.881 4.890 3.265 4.341 3.466 1.460 3.857 1.160 2.322 1.451 0.132 1.340 4.065 2.819 2.344 1.048 3.290 2.316 4.606 1.253 3.689 1.000 1.529 nan 3.731 4.997 4.785 1.167 2.700 4.571 0.169 3.532 1.711 1.878 4.542 0.733 3.123 4.803 2.245 0.890 4.654 5.348 1.411 4.027 1.729 4.375 3.812 4.727 6.256 6.134 6.506 7.174 3.673 12.580 13.323 3.501 5.694 8.580 10.564 7.819 8.784 6.564 10.823 4.302 5.325 7.953 6.708 3.603 2.122 2.985 2.373 1.782 3.046 1.759 4.182 1.581 2.121 2.633 3.234 3.570 0.571 0.813 4.936 3.473 1.463 1.273 1.193 0.753 1.936 8.242 6.624 3.254 1.940 2.322 3.436 1.446 3.290 2.749 2.448 0.916 4.497 2.000 1.380 1.660 0.981 1.593 1.439 2.468 2.075 1.154 1.266 2.306 1.557 608 chr11 127314353 127333415 + 0 NA Intergenic Intergenic 182919 NR_120580 101929497 Hs.737442 NR_120580 ENSG00000273409 LOC101929497 - uncharacterized LOC101929497 ncRNA 0.531 0.705 1.023 0.281 0.026 3.309 1.683 0.082 0.013 0.500 0.020 0.033 0.001 0.050 0.017 0.230 0.250 0.960 0.336 0.173 0.060 0.016 0.104 0.033 0.055 0.035 1.021 0.015 0.090 0.045 0.118 0.025 0.019 0.051 0.097 0.016 0.043 0.141 0.029 0.076 0.193 0.142 0.103 0.056 0.093 0.571 0.658 0.194 0.244 0.988 1.085 4.819 1.364 0.168 0.164 1.062 1.540 1.414 1.557 0.420 0.249 0.442 0.537 2.338 1.812 0.175 nan 1.444 0.849 0.079 0.041 0.029 0.015 0.168 0.022 0.011 0.023 0.040 0.737 0.282 0.152 0.036 0.008 0.082 0.012 0.025 0.137 0.030 0.030 0.004 0.057 0.500 0.026 0.032 0.960 0.025 0.037 0.059 0.012 0.027 0.004 0.011 0.021 0.029 0.018 0.104 0.129 0.028 0.059 0.018 0.013 1234 chr17 59429275 59445882 + 0 NA intron (NM_001330413, intron 23 of 25) AluSx|SINE|Alu 7487 NR_136397 101927855 Hs.662123 NR_136397 ENSG00000267131 LOC101927855 - uncharacterized LOC101927855 ncRNA 1.135 0.836 0.835 0.238 0.139 0.467 0.241 0.243 0.007 0.771 0.307 0.194 0.307 0.548 0.038 0.197 0.158 0.223 0.221 0.881 0.015 0.200 0.310 0.277 2.801 0.850 0.646 0.344 0.835 0.097 0.052 0.159 0.320 0.120 0.069 0.146 0.029 0.070 0.475 0.171 0.024 0.823 0.549 0.152 0.325 0.305 0.461 0.409 0.277 0.559 0.454 0.457 4.572 1.292 nan 0.469 0.324 0.539 nan nan 1.218 0.974 0.309 0.346 2.637 3.416 0.584 1.133 0.807 0.488 0.054 1.222 0.052 0.517 0.139 0.795 0.134 0.159 0.047 0.049 0.628 0.613 0.904 0.067 0.058 0.037 0.445 0.066 0.043 0.130 0.611 0.056 0.271 0.510 0.771 0.568 0.352 0.223 0.264 0.900 0.345 0.112 0.117 0.053 0.129 0.264 0.061 0.056 0.107 0.195 0.064 0.346 0.014 0.012 1649 chr2 200294432 200328812 + 0 NA intron (NR_134967, intron 2 of 4) intron (NR_134967, intron 2 of 4) 11197 NR_134967 23314 Hs.516617 NM_015265 ENSG00000119042 SATB2 GLSS SATB homeobox 2 protein-coding 0.834 nan 0.899 4.241 0.698 1.692 0.928 1.378 0.067 1.270 0.409 0.098 0.440 0.411 1.235 0.753 0.607 1.073 1.204 0.836 0.115 0.638 0.301 0.591 0.858 0.776 0.456 5.257 0.556 5.412 0.497 0.085 1.696 0.940 0.599 2.361 0.290 1.267 0.421 0.620 0.222 0.645 2.272 0.901 0.560 0.780 0.621 0.573 1.094 1.051 3.686 3.053 0.331 0.134 1.046 1.054 1.220 1.700 1.603 2.198 0.588 0.478 0.529 0.863 1.755 2.350 0.735 1.115 1.027 0.571 0.032 1.427 0.564 1.125 1.071 2.802 0.888 0.562 0.632 0.135 3.016 0.478 1.082 1.735 1.572 0.844 0.098 1.306 1.161 1.356 1.215 2.182 0.493 0.341 1.270 0.311 3.082 1.073 0.431 0.232 0.130 1.944 1.244 0.532 0.181 0.933 0.127 4.944 0.260 0.242 1.005 0.256 1.503 1.135 2226 chr5 172368350 172372676 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 9 of 9) intron (NM_001031711, intron 9 of 9) -15219 NM_001317981 51121 Hs.546390 NM_016093 ENSG00000037241 RPL26L1 RPL26P1 ribosomal protein L26 like 1 protein-coding 0.795 0.519 0.772 0.061 0.131 0.211 0.074 0.650 0.029 1.579 0.468 0.223 0.088 0.247 0.235 0.108 0.156 0.442 0.810 0.152 2.375 0.220 0.055 0.163 0.186 0.151 0.113 0.427 0.187 0.250 0.068 0.259 0.109 0.088 0.178 0.711 1.939 0.147 0.051 0.037 0.182 0.184 0.178 0.110 0.313 0.282 0.237 0.878 nan 0.549 0.677 0.369 0.113 0.302 0.255 0.495 nan 0.229 0.256 1.097 0.960 0.155 0.168 0.606 1.008 0.197 0.472 0.282 0.171 0.038 0.199 0.055 0.061 0.218 0.224 0.100 0.912 0.126 0.086 1.085 0.192 0.098 0.109 0.107 0.148 0.140 0.229 0.255 0.194 0.055 0.198 1.579 0.117 0.274 0.442 0.163 0.095 0.248 0.175 9.987 0.345 0.019 0.074 4.781 0.132 0.046 0.087 0.072 0.066 0.027 0.024 1314 chr18 42001441 42007384 + 0 NA intron (NR_110792, intron 2 of 4) intron (NR_110792, intron 2 of 4) 107250 NR_110792 101927921 Hs.464986 NR_110792 ENSG00000267337 LINC01478 - long intergenic non-protein coding RNA 1478 ncRNA nan 1.004 0.714 0.759 0.049 2.700 1.185 0.078 0.011 0.437 0.098 0.018 0.021 0.816 0.311 0.262 0.146 0.142 0.021 0.081 0.092 0.024 0.049 0.054 1.867 0.161 0.037 0.063 0.150 0.025 0.031 0.047 0.061 0.014 0.032 0.042 0.024 0.152 0.253 0.262 0.203 0.386 1.416 1.918 0.247 0.211 0.049 0.058 0.135 0.220 1.625 2.185 0.339 0.149 0.094 0.043 1.732 0.514 0.106 nan 5.991 2.998 0.160 0.048 0.033 0.016 0.234 0.015 0.048 0.012 0.046 0.386 0.015 0.046 0.010 0.026 0.033 0.011 0.437 0.012 0.262 0.041 0.028 0.030 0.068 0.023 0.016 0.027 0.019 0.057 0.033 0.085 0.031 0.010 2748 chrX 39941064 39970063 + 0 NA intron (NM_001123384, intron 1 of 13) CpG 1156 NM_017745 54880 Hs.659681 NM_017745 ENSG00000183337 BCOR ANOP2|MAA2|MCOPS2 BCL6 corepressor protein-coding 4.064 3.307 2.913 3.818 1.033 3.015 1.638 1.552 0.946 2.586 1.734 0.232 0.252 0.875 1.820 1.853 0.735 3.356 1.965 1.032 0.478 1.913 0.493 1.041 2.528 1.195 1.551 6.152 0.378 0.822 1.369 0.051 1.310 0.458 0.493 0.966 0.310 1.029 0.810 0.617 0.237 1.636 0.979 1.014 1.396 0.647 2.228 2.694 2.237 3.777 6.538 5.470 2.429 0.867 2.991 2.775 1.789 2.436 3.329 4.632 3.810 5.046 2.066 3.242 2.148 1.907 1.818 3.042 1.118 0.741 2.630 1.100 0.641 0.726 1.317 1.681 1.225 0.751 0.810 0.700 1.474 0.871 3.117 2.306 1.483 0.793 0.720 0.702 0.474 1.083 3.217 2.467 1.127 1.560 2.586 1.235 1.094 3.356 0.689 1.251 0.847 2.230 1.481 0.911 0.237 0.498 0.575 0.679 1.693 1.672 0.803 0.507 0.705 0.436 1798 chr21 34912025 34918441 + 0 NA promoter-TSS (NM_001291412) promoter-TSS (NM_001291412) -35 NM_001136006 2618 Hs.473648 NM_000819 ENSG00000159131 GART AIRS|GARS|GARTF|PAIS|PGFT|PRGS phosphoribosylglycinamide formyltransferase, phosphoribosylglycinamide synthetase, phosphoribosylaminoimidazole synthetase protein-coding 6.739 3.432 5.888 5.824 2.987 6.101 3.147 2.711 3.056 5.116 3.308 0.176 1.329 3.523 4.560 2.715 0.979 5.813 7.372 2.947 1.351 3.038 1.661 3.318 6.912 5.849 4.732 14.380 1.459 6.680 4.092 0.106 4.657 1.949 3.318 4.927 1.184 6.791 3.388 2.750 0.976 3.891 8.635 3.177 4.747 1.871 10.674 8.355 7.591 9.967 9.588 10.036 6.252 4.475 19.606 21.441 6.589 8.226 8.788 13.499 14.648 13.793 5.494 9.013 8.591 11.471 10.381 9.497 nan 2.906 4.561 2.514 1.939 2.788 1.379 5.964 3.410 2.415 3.124 2.013 3.489 1.676 3.259 5.036 4.107 1.653 1.728 1.744 2.064 5.674 2.682 4.306 3.586 2.054 5.116 4.912 5.010 5.813 2.279 1.997 1.832 3.521 2.801 2.272 1.604 2.498 2.473 4.127 2.844 2.694 2.257 2.302 2.657 2.107 1474 chr19 48693105 48708855 + 0 NA TTS (NM_199341) TTS (NM_199341) 27031 NM_199341 374920 Hs.664054 NM_199341 ENSG00000185453 C19orf68 - chromosome 19 open reading frame 68 protein-coding 1.833 1.466 1.212 0.994 0.624 1.669 0.813 0.558 0.067 1.353 0.437 0.082 0.201 0.501 0.228 0.636 0.370 0.522 0.485 0.676 0.165 0.584 0.173 0.381 nan 0.337 0.548 1.436 0.333 0.411 1.021 0.136 0.824 0.104 0.339 0.397 0.170 0.605 0.451 0.270 0.154 0.376 1.234 0.556 0.584 0.349 1.250 1.696 1.001 1.222 1.987 1.876 4.514 1.736 2.221 2.402 1.963 2.795 1.409 2.050 1.890 1.723 0.797 1.021 2.073 1.862 1.802 2.323 2.505 1.407 1.159 0.320 0.230 0.588 0.241 0.695 0.648 0.189 0.134 0.127 0.444 0.290 0.136 0.686 0.319 0.233 0.107 0.129 0.131 0.296 0.746 0.526 0.566 0.235 1.353 0.357 0.412 0.522 0.101 0.322 0.641 0.478 0.309 0.181 0.118 0.384 0.163 0.146 0.402 0.535 0.203 0.156 0.168 0.094 2535 chr8 48642852 48652623 + 0 NA intron (NR_104581, intron 16 of 16) intron (NR_104581, intron 16 of 16) 2989 NM_005195 1052 Hs.440829 NM_005195 ENSG00000221869 CEBPD C/EBP-delta|CELF|CRP3|NF-IL6-beta CCAAT/enhancer binding protein delta protein-coding 3.161 nan 2.280 4.351 1.366 2.902 1.625 5.184 1.855 1.752 2.329 0.264 0.943 3.404 3.633 1.445 0.652 5.256 0.351 1.119 1.331 5.322 1.055 2.370 5.997 4.563 3.416 5.371 1.169 0.788 2.753 0.120 4.945 0.929 1.685 1.248 1.569 5.864 3.615 3.144 0.548 4.043 5.471 2.367 1.146 1.309 0.523 0.520 3.913 6.921 8.220 7.065 2.834 0.857 3.780 3.674 1.026 1.528 4.157 7.854 1.052 1.090 0.464 0.813 3.734 2.313 0.584 0.675 2.226 1.427 3.156 1.574 1.370 1.402 0.833 1.819 0.470 3.237 4.766 2.060 1.700 0.864 2.860 2.885 4.590 1.826 1.632 3.693 2.272 1.677 5.129 4.509 4.021 2.498 1.752 2.672 3.341 5.256 1.828 1.042 0.099 3.934 3.464 0.860 2.076 2.296 1.907 1.072 0.142 0.264 0.934 1.089 0.690 0.642 125 chr1 59034615 59055507 + 0 NA Intergenic Intergenic -1895 NM_002353 4070 Hs.23582 NM_002353 ENSG00000184292 TACSTD2 EGP-1|EGP1|GA733-1|GA7331|GP50|M1S1|TROP2 tumor-associated calcium signal transducer 2 protein-coding 0.876 0.995 0.947 0.263 2.571 0.260 0.095 0.652 1.076 0.144 0.936 0.262 1.528 3.052 0.030 0.142 0.109 0.264 0.243 1.724 0.160 3.501 2.247 0.132 nan 2.183 3.860 0.576 1.462 0.229 0.031 0.092 1.542 0.814 1.035 2.665 0.561 1.739 1.384 2.794 0.698 2.948 1.255 0.185 3.186 0.643 0.385 0.226 0.309 0.831 0.465 0.523 0.766 0.262 0.319 0.300 0.349 0.605 0.655 0.980 0.527 0.277 0.175 0.251 0.090 0.092 0.301 nan 0.564 0.543 0.134 3.844 1.334 1.549 0.031 0.081 0.025 1.843 1.860 0.071 0.407 0.027 0.072 5.266 0.520 0.265 3.244 0.562 0.691 2.504 0.090 0.189 0.045 1.519 0.144 4.462 3.776 0.264 1.003 2.393 0.075 0.098 0.049 2.882 1.856 1.036 0.426 0.341 0.047 0.083 1.163 3.818 0.463 0.643 522 chr11 63294386 63305958 + 0 NA Intergenic MER68-int|LTR|ERVL -4101 NM_004585 5920 Hs.17466 NM_004585 ENSG00000133321 RARRES3 HRASLS4|HRSL4|PLA1/2-3|RIG1|TIG3 retinoic acid receptor responder 3 protein-coding nan 3.109 0.804 0.167 3.597 0.538 0.138 0.507 4.526 0.604 1.004 0.222 0.573 1.519 0.070 0.296 0.144 0.062 0.180 1.646 0.107 2.171 3.549 2.348 1.991 1.019 4.980 1.131 1.843 0.157 0.140 0.127 0.526 0.700 0.146 4.024 0.172 0.210 0.883 3.591 0.284 0.553 0.301 0.230 1.241 0.720 0.486 0.450 0.555 0.654 0.494 0.630 0.359 0.167 0.283 0.237 0.642 0.847 0.270 0.269 0.975 0.811 0.443 0.458 0.094 0.139 0.750 0.922 1.847 0.983 0.871 3.143 0.322 2.028 0.078 0.419 0.063 3.602 2.996 0.121 0.153 0.066 0.055 0.113 0.120 0.088 6.810 0.142 0.211 0.759 3.610 0.099 0.333 1.790 0.604 3.887 0.163 0.062 0.318 1.628 0.180 0.105 0.027 0.614 0.254 0.860 0.183 0.155 0.163 0.714 0.923 2.800 0.052 0.022 1632 chr2 176044362 176047566 + 0 NA intron (NM_001002258, intron 1 of 3) intron (NM_001002258, intron 1 of 3) 427 NM_001002258 518 Hs.429 NM_001689 ENSG00000154518 ATP5G3 P3 ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C3 (subunit 9) protein-coding 3.727 3.070 2.761 2.469 2.230 3.539 2.593 2.817 0.579 2.757 1.416 0.527 1.013 3.517 2.590 1.817 1.292 3.851 3.098 3.191 0.386 2.122 0.990 2.886 4.297 3.072 2.466 9.282 1.963 4.438 1.767 0.039 8.134 1.758 2.001 5.556 0.688 2.482 5.628 2.521 0.930 3.598 6.662 1.648 6.282 1.757 3.247 3.953 7.716 10.168 4.891 4.337 5.044 1.899 8.544 9.788 3.210 4.004 14.418 21.937 5.548 5.618 3.162 6.036 2.306 2.255 4.965 6.875 2.834 1.078 1.628 3.262 1.251 2.240 1.439 2.375 1.517 2.355 2.029 1.720 4.957 0.355 1.636 3.901 2.407 1.556 1.415 2.224 1.639 2.154 3.379 2.994 3.714 2.720 2.757 2.199 3.025 3.851 1.340 1.240 1.197 4.305 1.652 1.297 0.921 1.693 1.108 2.332 2.191 2.980 2.184 0.916 1.624 1.187 44 chr1 12647083 12681503 + 0 NA intron (NM_004753, intron 1 of 5) intron (NM_004753, intron 1 of 5) -7884 NM_001324370 9249 Hs.289347 NM_004753 ENSG00000162496 DHRS3 DD83.1|RDH17|Rsdr1|SDR1|SDR16C1|retSDR1 dehydrogenase/reductase 3 protein-coding 1.397 1.241 nan 0.926 2.330 0.878 0.498 0.820 0.413 0.403 0.680 0.187 0.821 1.356 0.858 0.082 0.114 0.216 0.312 1.622 1.621 1.317 0.619 1.486 2.672 1.519 1.950 1.128 0.939 0.921 0.170 0.107 0.525 0.748 0.184 1.042 0.380 0.683 0.810 1.669 0.218 2.757 1.496 1.208 2.272 0.770 1.073 2.051 0.829 2.470 2.634 2.450 0.433 0.098 0.501 nan 0.449 nan 1.023 1.158 nan 0.829 0.542 0.710 1.007 0.433 0.279 0.617 0.264 0.381 0.108 1.681 1.445 4.054 0.300 0.067 0.242 0.472 0.352 0.414 1.325 0.277 0.088 3.743 0.286 0.188 0.595 0.975 0.763 1.270 3.110 1.933 1.397 2.505 0.403 0.525 2.473 0.216 1.075 2.615 0.116 0.514 0.162 0.378 1.012 0.452 2.981 0.317 0.384 0.201 1.467 0.239 0.609 0.555 1423 chr19 31173034 31188485 + 0 NA Intergenic Intergenic 317459 NM_014717 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 1.962 0.947 1.627 0.098 0.074 0.326 0.177 0.150 0.020 1.168 0.122 0.074 0.109 0.008 0.051 0.059 0.387 0.862 0.153 0.008 0.097 0.014 0.319 0.070 0.073 0.102 0.517 0.009 0.180 0.069 0.088 0.138 0.015 0.050 0.078 0.067 0.173 0.211 0.029 0.052 0.093 0.143 0.087 0.025 0.061 0.651 0.837 0.367 0.446 0.176 0.257 0.216 0.082 0.080 0.090 0.405 0.810 0.121 0.153 nan 0.151 0.342 0.403 0.046 0.128 2.689 6.745 0.439 0.553 0.286 0.047 0.007 0.107 0.032 0.075 0.018 0.004 0.024 0.014 0.043 0.012 0.115 0.030 0.035 0.045 0.030 0.010 0.024 0.163 0.184 0.129 0.102 0.030 1.168 0.075 0.012 0.387 0.016 0.104 0.529 0.045 0.052 0.011 0.015 0.043 0.104 0.083 2.643 0.010 0.099 0.011 0.003 2412 chr7 13933848 13950921 + 0 NA intron (NM_004956, intron 12 of 13) intron (NM_004956, intron 12 of 13) 83755 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.494 nan 0.186 0.194 1.098 0.586 0.164 0.037 0.554 0.622 0.056 0.045 0.118 0.071 1.829 0.966 0.762 0.246 0.175 0.080 0.107 0.037 0.153 0.785 0.405 2.452 1.974 0.249 0.100 0.072 0.122 0.340 0.452 0.062 0.793 0.005 0.077 0.175 0.082 0.023 0.239 0.101 0.157 0.143 0.726 nan 0.686 2.048 2.232 0.722 0.885 1.093 0.441 0.330 0.364 0.923 1.247 0.727 0.560 0.278 0.114 0.330 0.243 2.316 3.457 0.224 0.274 0.719 0.469 0.081 0.167 0.272 0.194 0.139 0.346 0.024 0.744 0.262 0.061 2.171 0.568 0.116 0.187 0.035 0.023 0.041 0.019 0.035 0.188 0.059 0.092 0.296 0.028 0.554 0.046 0.095 0.762 0.036 0.019 0.062 0.034 0.179 0.095 0.022 0.129 0.209 0.067 0.052 0.109 0.481 0.084 0.051 0.051 2152 chr5 68664049 68666736 + 0 NA promoter-TSS (NM_133342) promoter-TSS (NM_133342) 17 NM_016283 102157402 Hs.653163 NM_016283 ENSG00000085231 AK6 AD-004|CGI-137|CINAP|CIP|hCINAP adenylate kinase 6 protein-coding 6.992 6.233 4.411 5.661 5.178 7.483 4.226 6.291 3.601 6.298 4.700 0.478 1.199 4.171 5.936 2.167 0.963 3.127 2.947 2.947 1.837 6.655 3.725 6.484 8.773 8.337 4.703 10.194 3.537 4.308 7.867 0.196 7.332 2.321 4.793 7.515 1.347 8.259 5.097 3.967 1.393 5.689 9.346 5.719 5.368 5.151 7.079 6.142 11.750 15.200 7.986 7.539 11.542 8.093 14.520 16.488 6.220 8.147 8.399 14.329 12.501 12.934 7.591 10.907 10.501 14.552 7.960 6.645 3.189 1.900 2.598 6.227 2.489 3.357 3.028 6.936 3.295 5.496 7.820 4.255 6.459 2.131 2.876 7.065 7.256 3.043 3.246 1.838 1.984 3.528 6.542 7.709 4.631 4.385 6.298 6.443 8.267 3.127 3.922 3.928 1.443 6.059 3.300 5.546 3.329 4.202 4.097 2.900 3.771 2.072 3.240 1.480 8.014 4.952 1687 chr2 239142788 239168676 + 0 NA intron (NM_022817, intron 22 of 22) intron (NM_022817, intron 22 of 22) -6967 NM_001282434 55502 Hs.42949 NM_018645 ENSG00000144485 HES6 C-HAIRY1|HES-6|bHLHb41|bHLHc23 hes family bHLH transcription factor 6 protein-coding 2.381 nan 11.859 2.792 0.263 3.255 1.640 0.227 0.026 1.148 0.142 0.049 0.124 0.548 0.066 1.279 0.726 4.199 0.588 0.356 0.105 0.567 0.106 0.166 1.535 0.392 0.358 3.202 0.082 0.467 0.222 0.127 0.246 0.050 0.104 0.227 0.087 0.292 0.191 0.084 0.094 0.197 0.437 0.260 0.309 0.153 3.023 2.625 0.648 0.924 6.523 5.879 3.562 1.403 2.284 2.341 1.047 1.755 3.683 nan 4.080 5.122 2.250 3.204 1.616 1.406 2.495 5.272 1.128 0.629 2.530 0.126 0.025 0.136 0.622 1.830 0.086 0.150 0.095 0.203 0.160 0.562 1.885 0.231 0.175 0.148 0.083 0.420 0.301 0.169 0.541 0.458 0.207 0.216 1.148 0.548 0.187 4.199 0.119 0.155 0.375 0.834 1.280 0.060 0.015 0.122 0.073 0.202 1.442 1.525 0.097 0.073 0.062 0.041 667 chr12 19839784 19846218 + 0 NA Intergenic MER50|LTR|ERV1 249486 NM_001267043 121536 Hs.126497 NM_153207 ENSG00000139154 AEBP2 - AE binding protein 2 protein-coding 0.662 0.704 1.010 0.332 0.397 0.264 0.099 0.133 0.096 0.174 0.026 0.114 0.253 0.067 0.293 0.152 0.130 0.488 0.183 0.019 0.126 0.049 0.071 0.191 0.102 0.077 0.426 0.023 0.050 0.055 0.086 0.421 0.074 0.060 0.086 0.012 0.022 0.198 0.153 0.024 0.237 0.200 0.103 0.015 0.194 0.155 0.132 0.247 0.402 nan 0.528 0.510 0.350 0.223 0.296 0.823 1.135 0.369 0.333 0.335 0.157 0.148 0.174 0.117 0.111 0.196 0.324 0.499 0.272 0.061 0.318 0.014 0.187 0.030 0.055 0.021 0.033 0.011 0.011 0.094 0.014 0.062 0.057 0.015 0.012 0.024 0.232 0.076 0.044 4.011 1.279 0.096 0.201 0.043 0.130 3.317 0.116 0.035 0.142 0.158 0.013 0.073 0.069 0.035 0.030 0.078 0.011 0.044 0.045 0.016 1188 chr17 40393010 40401767 + 0 NA intron (NM_012448, intron 1 of 18) AluSc|SINE|Alu 31036 NM_012448 6777 Hs.595276 NM_012448 ENSG00000173757 STAT5B STAT5 signal transducer and activator of transcription 5B protein-coding 1.281 1.296 nan 0.200 0.203 0.598 0.237 0.308 0.028 0.359 0.190 0.177 0.182 0.354 0.195 0.611 0.337 0.254 0.174 0.243 0.240 0.260 0.153 0.428 nan 0.065 0.149 0.487 0.034 0.122 0.091 0.086 0.257 0.045 0.080 0.255 0.064 0.111 0.382 0.137 0.037 0.183 0.167 0.320 0.270 0.108 0.347 0.436 0.262 0.359 0.381 nan 0.445 0.185 0.452 0.651 1.215 1.750 0.735 nan 7.342 7.487 0.196 0.348 0.202 0.322 2.325 4.646 1.250 0.755 0.168 0.374 0.044 0.155 0.011 0.485 0.775 0.339 0.044 0.187 0.077 0.036 0.159 0.060 0.045 0.315 0.054 0.109 0.198 0.180 0.065 0.072 0.190 0.359 0.544 0.082 0.254 0.041 0.066 0.944 0.191 0.987 0.008 0.024 0.466 0.277 0.049 0.079 3.104 0.044 0.076 0.362 0.199 2008 chr3 189313892 189326526 + 0 NA intron (NM_001329964, intron 1 of 13) intron (NM_001329964, intron 1 of 13) 5674 NM_001329964 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.075 1.081 0.626 0.126 0.184 0.545 0.419 0.082 0.020 0.203 0.221 0.141 0.060 0.117 0.045 0.161 0.184 0.139 0.360 0.245 0.088 0.183 0.092 0.177 1.001 0.128 0.127 0.405 0.161 0.123 0.026 0.054 nan 0.028 0.078 0.128 0.081 0.109 0.607 0.173 0.323 0.306 0.718 0.165 0.226 0.099 0.307 0.196 0.202 0.301 0.310 0.319 1.299 0.528 0.336 0.316 0.192 0.365 0.378 0.429 0.769 0.498 0.081 0.126 0.481 0.454 0.283 0.416 1.714 0.851 0.035 0.424 0.008 0.117 0.041 0.060 0.033 0.295 0.041 0.018 0.073 0.074 0.082 0.175 0.034 0.006 0.054 0.043 0.086 0.063 0.103 0.079 0.040 0.239 0.203 0.096 0.118 0.139 0.107 0.033 0.072 0.102 0.016 0.021 0.029 0.080 0.082 0.064 0.031 0.059 0.049 0.109 0.018 0.012 714 chr12 58143405 58151152 + 0 NA Intergenic Intergenic -1048 NM_000075 1019 Hs.95577 NM_000075 ENSG00000135446 CDK4 CMM3|PSK-J3 cyclin dependent kinase 4 protein-coding nan 2.441 2.094 3.514 2.833 4.062 2.127 2.012 0.392 3.589 1.788 0.207 0.586 1.561 0.671 2.356 0.980 4.404 1.637 1.209 0.527 1.797 0.815 1.446 3.850 2.417 2.421 6.249 0.908 1.463 1.062 0.062 2.756 0.578 0.900 1.497 0.153 0.806 1.632 0.921 0.842 3.021 4.614 1.003 1.489 1.269 nan 3.681 2.697 3.898 5.353 nan 5.527 2.468 4.507 5.037 3.123 nan 9.093 nan 4.243 4.378 1.948 3.468 3.718 4.415 4.222 6.002 4.103 1.941 1.008 1.182 0.369 3.341 1.864 4.865 2.056 1.251 1.120 1.292 1.642 0.899 1.108 1.584 2.076 1.226 6.672 1.536 1.062 3.276 2.722 3.076 2.637 1.233 3.589 2.039 13.587 4.404 0.978 0.656 1.199 2.535 2.184 1.141 0.885 1.040 1.085 0.475 1.321 1.313 0.679 0.440 1.383 0.891 1280 chr17 79667174 79681719 + 0 NA 3' UTR (NM_002949, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_002949, exon 5 of 5) 4046 NM_002949 6182 Hs.109059 NM_002949 ENSG00000262814 MRPL12 5c5-2|L12mt|MRP-L31/34|MRPL7|MRPL7/L12|RPML12 mitochondrial ribosomal protein L12 protein-coding 3.455 3.221 3.612 2.973 2.383 3.687 1.810 3.585 0.490 3.058 1.370 0.360 1.073 3.572 5.010 2.340 1.327 2.146 1.946 2.695 0.647 2.214 0.602 2.477 5.077 2.887 1.981 4.746 2.022 2.696 2.072 0.146 4.682 1.509 1.016 2.585 0.454 1.344 2.695 1.806 0.932 4.219 3.989 1.962 1.534 1.478 5.294 5.889 3.974 5.289 3.809 3.494 5.993 1.888 4.721 4.673 nan 3.649 3.791 5.431 5.063 6.223 2.490 4.862 4.024 3.788 3.580 4.255 nan 1.187 0.990 2.345 0.990 1.620 1.499 1.935 0.952 1.339 1.330 1.629 2.785 1.261 1.170 3.169 1.520 0.901 0.744 2.663 1.940 1.722 2.927 3.800 2.754 2.711 3.058 4.656 1.946 2.146 2.265 1.459 0.702 4.308 2.886 0.951 0.889 0.996 0.657 1.497 0.869 1.403 1.571 0.776 1.271 0.675 1564 chr2 66652543 66665696 + 0 NA non-coding (NR_046438, exon 2 of 4) non-coding (NR_046438, exon 2 of 4) 1483 NR_046438 730198 Hs.526753 NR_046438 MEIS1-AS3 - MEIS1 antisense RNA 3 ncRNA 3.209 1.090 nan 1.992 1.149 4.828 2.146 0.548 0.443 2.401 1.539 0.220 0.463 0.999 0.288 1.438 1.105 2.272 0.521 1.120 0.188 0.459 0.088 0.902 4.191 2.154 1.959 7.681 0.900 0.626 1.158 0.118 4.044 0.842 0.023 1.027 0.360 1.196 1.002 0.606 0.739 2.195 1.734 0.441 0.785 0.626 1.276 2.096 3.701 5.144 4.809 4.273 nan 1.678 2.062 1.937 1.606 2.193 4.661 5.926 1.865 2.010 0.498 1.864 3.386 2.447 2.593 3.570 1.043 0.549 2.511 0.491 0.713 2.632 0.510 2.866 0.190 1.101 0.799 0.224 0.357 0.992 1.099 0.540 0.770 0.558 0.355 1.092 0.872 0.799 0.978 0.940 1.738 1.260 2.401 0.707 1.512 2.272 1.175 1.111 0.543 1.612 2.316 0.222 0.111 0.445 0.169 0.456 0.594 1.641 0.522 0.036 0.293 0.138 313 chr1 226248030 226256464 + 0 NA intron (NM_002107, intron 2 of 3) intron (NM_002107, intron 2 of 3) 1819 NR_002315 440926 Hs.533624 NR_002315 H3F3AP4 p13 H3 histone, family 3A, pseudogene 4 pseudo 7.677 nan 8.158 8.028 3.355 7.683 4.142 4.125 2.856 4.634 3.343 0.344 0.742 2.232 1.817 4.667 1.718 6.809 5.172 2.928 0.338 3.049 1.483 1.558 6.251 3.690 3.960 10.016 1.247 3.114 4.808 0.193 5.733 0.936 1.647 1.956 0.781 4.344 3.664 2.429 1.608 4.565 5.889 2.051 3.103 2.630 8.765 8.226 11.614 15.019 13.221 nan 6.839 2.723 16.169 16.035 3.939 4.905 7.731 11.351 7.838 9.442 2.466 4.228 6.336 5.631 7.121 7.369 3.206 1.615 6.913 1.931 1.418 2.217 1.268 3.001 3.647 2.224 2.981 1.808 3.897 1.704 3.293 4.678 2.974 1.568 1.504 2.291 1.154 3.397 3.516 2.281 2.786 2.407 4.634 3.285 1.830 6.809 1.666 2.122 1.081 2.878 2.368 2.315 0.771 2.448 0.278 2.377 1.409 2.252 1.549 1.544 1.953 1.313 2017 chr3 193739438 193932936 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -17744 NM_005524 3280 Hs.250666 NM_005524 ENSG00000114315 HES1 HES-1|HHL|HRY|bHLHb39 hes family bHLH transcription factor 1 protein-coding nan 1.785 1.250 0.975 0.882 1.274 0.675 0.258 0.212 0.429 0.697 0.184 0.284 0.528 0.277 0.723 0.427 0.715 0.539 0.549 0.172 0.774 0.323 0.464 nan 1.337 0.708 nan 0.314 1.172 0.344 0.083 1.705 0.195 0.198 0.415 0.228 0.333 0.968 0.349 0.804 1.302 nan 0.221 1.415 0.292 0.848 1.037 0.896 2.328 0.795 0.762 2.813 1.261 0.935 0.949 0.413 0.722 1.586 1.630 1.190 0.954 0.626 0.811 0.890 0.922 0.531 0.814 1.070 0.679 1.307 0.755 0.336 0.397 0.367 0.244 0.164 0.783 0.629 0.176 0.268 0.215 0.352 0.591 0.416 0.179 0.290 0.367 0.355 0.378 0.616 0.628 0.783 1.177 0.429 1.068 0.396 0.715 0.282 0.436 0.265 0.989 0.486 0.090 0.242 0.401 0.356 1.180 0.477 0.248 0.285 0.403 0.164 0.126 2663 chr9 35687328 35692363 + 0 NA 5' UTR (NM_001301227, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_001301227, exon 1 of 9) 208 NM_001301227 7169 Hs.300772 NM_003289 ENSG00000198467 TPM2 AMCD1|DA1|DA2B|HEL-S-273|NEM4|TMSB tropomyosin 2 (beta) protein-coding 1.644 nan 1.513 0.941 2.590 1.214 0.709 4.514 0.445 1.798 3.267 0.511 1.209 2.057 1.631 0.397 0.380 1.503 0.464 1.062 1.035 1.522 0.686 1.101 4.012 1.618 2.614 2.761 1.948 0.689 3.954 0.070 1.089 1.520 0.383 1.149 1.371 4.646 0.844 2.444 0.357 2.976 0.949 1.456 1.359 1.472 1.786 2.964 2.158 2.321 1.776 1.730 2.983 1.020 0.875 0.834 1.070 1.873 1.216 1.547 1.179 1.393 1.262 1.860 0.785 0.597 0.987 2.318 1.412 0.943 0.429 4.659 2.576 2.810 2.561 0.297 0.688 4.530 4.684 4.348 1.367 0.189 0.221 6.536 5.216 2.879 1.359 0.384 0.347 6.226 6.354 8.082 0.502 2.546 1.798 1.792 2.884 1.503 0.467 0.742 0.167 15.458 0.561 1.037 0.234 3.695 1.065 0.229 0.628 0.967 4.093 0.972 2.608 1.361 2661 chr9 33286550 33298959 + 0 NA intron (NM_002504, intron 1 of 23) intron (NM_002504, intron 1 of 23) 2339 NM_147134 4799 Hs.413074 NM_002504 ENSG00000086102 NFX1 NFX2|TEG-42|Tex42 nuclear transcription factor, X-box binding 1 protein-coding 2.354 nan 2.282 1.918 1.016 1.595 0.915 1.879 0.672 1.894 1.594 0.242 0.244 1.041 1.337 1.478 0.872 1.799 1.103 1.480 0.180 0.998 0.340 0.863 4.733 2.569 2.132 3.172 0.332 1.129 1.153 0.120 1.637 0.382 0.543 1.702 0.520 1.949 2.795 0.986 0.314 2.078 1.944 0.833 0.720 0.776 1.685 1.285 3.238 4.475 3.583 3.676 4.815 2.634 5.173 5.473 2.600 3.321 3.156 4.117 3.166 3.146 1.603 2.227 2.221 2.920 1.825 1.967 3.751 1.998 1.717 1.732 0.757 1.208 1.166 0.759 0.682 1.591 1.877 1.675 1.663 0.296 1.072 1.223 1.332 0.629 0.965 0.743 0.568 1.686 2.453 1.301 0.844 2.061 1.894 2.054 1.662 1.799 0.869 1.990 0.369 1.828 0.771 0.727 0.589 1.157 0.295 0.741 0.513 0.569 0.908 0.459 0.947 0.674 1324 chr18 45215197 45230487 + 0 NA Intergenic Intergenic 234128 NM_005901 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 0.868 1.070 0.087 0.052 0.296 0.180 0.077 0.012 0.635 0.069 0.053 0.012 0.021 0.021 0.052 0.076 0.110 0.123 0.156 0.040 0.095 0.137 0.037 0.069 0.319 0.009 0.141 0.021 0.093 0.058 0.024 0.025 0.010 0.018 0.089 0.007 0.011 0.093 0.056 0.069 0.062 0.033 0.382 0.189 0.148 0.240 0.535 0.525 0.824 0.279 0.116 0.156 0.083 0.185 0.187 0.170 0.318 0.144 0.156 0.091 0.127 0.239 0.755 nan 0.496 0.748 0.018 0.042 0.066 0.065 0.052 0.009 0.022 0.014 0.029 0.080 0.037 0.036 0.060 0.067 0.036 0.020 0.061 0.032 0.072 0.037 0.009 0.005 0.044 0.635 0.009 0.030 0.110 0.008 0.011 0.007 0.019 0.013 0.022 0.005 0.026 0.029 0.719 0.013 3.545 0.010 0.031 0.015 0.007 397 chr10 71805372 71814734 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2304 NM_018649 55506 Hs.499953 NM_018649 ENSG00000099284 H2AFY2 macroH2A2 H2A histone family member Y2 protein-coding 3.529 nan 4.725 0.271 0.116 3.216 1.598 0.058 0.106 1.211 0.081 0.085 0.046 0.705 1.332 0.740 3.229 0.708 0.105 0.145 0.132 0.223 2.449 1.804 0.061 2.693 0.016 0.583 2.092 0.148 2.057 0.377 0.284 0.706 0.029 0.683 0.094 0.359 1.844 1.497 0.090 0.052 0.618 4.787 5.022 9.140 7.660 3.669 3.811 5.053 1.622 2.507 2.678 0.079 0.228 4.599 nan 1.728 1.611 2.469 4.959 1.829 1.108 0.094 nan 1.383 0.974 0.991 0.075 0.572 0.059 0.494 0.797 1.955 0.642 0.649 0.284 0.235 0.164 1.164 0.551 1.083 0.638 0.041 1.381 0.879 0.385 1.270 0.853 0.473 0.085 1.211 0.051 0.040 3.229 0.603 0.852 0.426 1.212 0.044 0.022 0.157 0.025 0.168 0.761 1.482 0.028 0.024 0.040 0.129 0.097 1096 chr16 86853325 86870621 + 0 NA Intergenic Intergenic 106276 NR_135183 102724344 Hs.585769 NR_135182 ENSG00000261175 LOC102724344 - uncharacterized LOC102724344 ncRNA nan 0.348 0.340 0.046 0.113 0.116 0.102 0.195 0.138 0.109 0.093 0.022 0.085 1.252 0.046 0.057 0.062 0.112 0.205 0.057 0.096 0.006 1.716 0.698 0.437 0.098 0.167 0.034 0.105 0.044 0.081 0.296 0.614 0.049 0.158 0.388 0.390 0.355 0.239 0.099 0.408 0.208 0.072 0.247 0.320 0.217 0.112 0.034 0.114 0.138 0.209 0.071 0.038 0.126 0.128 0.094 0.121 0.091 0.105 0.271 0.108 0.046 0.089 0.039 0.032 0.107 0.116 0.200 0.277 0.010 1.303 0.016 4.463 0.046 0.010 0.016 0.265 0.068 0.013 0.831 0.017 0.005 1.869 0.289 0.178 0.160 0.035 1.017 0.108 0.123 2.685 0.213 0.138 0.084 3.832 0.062 0.398 0.208 0.033 0.062 0.071 0.463 0.007 0.352 0.064 0.033 0.023 0.029 1.856 0.071 0.013 0.017 1657 chr2 208172987 208185117 + 0 NA Intergenic Intergenic -44904 NR_031633 100302130 NR_031633 ENSG00000221628 MIR1302-4 MIRN1302-4|hsa-mir-1302-4 microRNA 1302-4 ncRNA 1.159 nan 1.223 0.674 0.006 4.883 2.817 0.359 0.762 0.217 0.013 0.640 0.584 0.052 0.180 0.097 1.231 4.257 0.292 0.061 0.408 0.330 0.150 2.563 1.018 1.173 1.285 0.494 0.136 0.035 0.121 0.152 0.419 0.063 0.716 0.254 0.380 0.228 0.312 0.113 0.215 0.438 0.261 0.162 0.147 0.467 0.435 0.288 0.341 0.298 0.255 0.265 0.088 1.102 1.339 3.890 4.160 0.838 0.513 0.828 0.709 0.201 0.203 1.472 2.372 0.450 1.014 0.287 0.272 1.002 0.964 0.031 0.280 0.215 0.609 0.046 0.749 0.357 0.031 0.146 0.479 0.514 0.178 0.069 0.058 0.223 0.110 0.100 0.395 0.125 0.303 0.314 0.309 0.762 0.150 0.354 1.231 0.070 0.061 0.681 0.174 0.878 0.130 0.104 0.436 0.101 0.101 0.066 0.172 0.107 0.131 0.062 0.055 2185 chr5 133982792 133985977 + 0 NA promoter-TSS (NM_021982) promoter-TSS (NM_021982) -91 NM_001252231 10802 Hs.595540 NM_021982 ENSG00000113615 SEC24A - SEC24 homolog A, COPII coat complex component protein-coding 3.442 3.745 nan 2.038 7.461 2.647 1.105 6.006 3.616 1.448 6.289 0.103 1.723 4.949 5.287 1.127 0.466 4.767 2.312 2.409 1.633 4.150 2.458 8.031 7.467 6.618 7.401 4.008 2.165 6.593 3.304 0.134 5.786 1.566 3.298 7.809 1.489 8.060 4.017 7.320 1.033 4.592 6.997 5.820 5.792 1.899 2.869 2.712 7.498 10.488 4.376 4.591 5.071 2.633 24.441 25.979 3.912 5.078 4.218 7.720 8.130 6.629 3.331 5.444 5.487 7.452 4.447 4.619 2.503 1.446 2.336 5.402 2.489 4.029 1.282 4.213 0.787 5.727 7.062 2.543 4.295 0.662 1.639 5.377 5.504 2.109 3.081 1.319 1.335 5.339 4.108 6.071 4.611 5.092 1.448 5.329 5.895 4.767 3.115 2.979 0.341 4.635 2.578 4.752 4.215 5.016 2.964 5.903 1.719 1.092 4.466 2.877 3.164 2.159 2717 chr9 133530975 133548608 + 0 NA promoter-TSS (NM_021619) promoter-TSS (NM_021619) -190 NM_021619 59335 Hs.495311 NM_021619 ENSG00000130711 PRDM12 HSAN8|PFM9 PR/SET domain 12 protein-coding nan 0.533 0.726 0.286 0.033 0.252 0.181 0.109 0.007 0.349 0.091 0.091 0.065 0.107 0.031 0.090 0.060 0.299 0.177 0.103 0.021 0.092 0.047 0.098 0.462 0.215 0.060 0.640 0.074 0.091 0.088 0.062 0.225 0.020 0.052 0.079 0.091 0.140 0.331 0.062 0.054 0.143 0.129 0.044 0.115 0.082 0.182 0.123 0.207 0.244 14.275 12.127 nan 0.176 0.181 0.167 0.757 0.901 0.368 0.450 1.073 0.630 0.141 0.123 0.141 0.346 0.263 0.364 0.360 0.345 0.159 0.333 0.016 0.178 0.207 0.018 0.199 0.071 0.096 0.339 0.043 0.091 0.209 0.089 0.053 0.070 0.114 0.150 0.161 0.246 0.135 0.063 0.104 0.349 0.089 0.058 0.299 0.049 0.089 0.520 0.400 0.984 0.015 0.019 0.108 0.025 0.033 0.028 0.042 0.013 0.043 0.031 0.012 1191 chr17 40510019 40517233 + 0 NA intron (NM_139276, intron 1 of 23) MER5B|DNA|hAT-Charlie 26779 NM_213662 6774 Hs.463059 NM_003150 ENSG00000168610 STAT3 ADMIO|ADMIO1|APRF|HIES signal transducer and activator of transcription 3 protein-coding 1.246 2.269 nan 0.277 0.215 0.831 0.544 0.307 0.069 1.253 0.426 0.181 0.078 0.441 1.346 0.519 0.269 0.190 2.144 0.281 0.186 0.184 0.151 nan 0.134 0.207 1.974 0.082 0.237 0.075 0.111 0.201 0.063 0.136 0.699 0.091 0.205 0.299 0.093 0.033 0.177 0.158 0.221 0.148 0.174 0.356 0.466 0.437 0.880 0.461 nan 0.582 0.245 0.514 0.796 0.633 0.811 1.344 nan 0.602 0.441 0.195 0.320 1.965 3.277 0.184 0.416 1.582 0.878 0.875 0.206 0.136 0.071 0.140 0.307 0.057 0.522 0.220 0.220 0.261 0.490 0.229 0.242 0.083 0.054 0.183 0.021 0.099 0.208 0.654 0.106 4.078 0.553 1.253 0.433 0.101 0.190 0.101 1.833 0.069 0.358 0.993 0.056 0.029 0.336 0.513 0.224 0.068 0.034 0.052 0.131 0.056 0.014 459 chr11 12688752 12722817 + 0 NA intron (NM_021961, intron 2 of 12) intron (NM_021961, intron 2 of 12) 9815 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.427 nan 2.535 2.864 2.136 1.121 0.642 1.946 1.289 1.175 1.900 0.169 0.813 2.070 1.557 1.515 0.765 3.493 0.685 1.441 0.578 2.322 1.724 1.319 5.112 2.520 3.226 4.699 0.700 0.333 0.728 0.093 1.352 1.158 3.484 1.653 0.288 1.162 1.065 1.943 0.187 2.727 0.428 0.932 1.943 0.988 nan 1.830 1.187 2.149 3.938 3.844 1.767 0.643 2.078 2.023 3.003 nan 2.510 3.409 1.253 0.993 0.896 1.640 2.465 2.831 1.053 1.916 2.450 nan 3.268 2.437 0.594 1.678 0.882 1.283 0.644 1.840 1.541 1.022 3.699 0.622 0.686 1.894 1.550 0.764 1.301 0.504 0.490 2.335 2.803 1.031 1.060 1.768 1.175 2.430 2.869 3.493 1.547 1.454 0.182 1.225 0.615 1.367 0.815 1.108 1.052 0.300 0.869 0.298 1.387 1.509 0.814 0.790 823 chr13 114198013 114208539 + 0 NA intron (NM_017905, intron 12 of 12) intron (NM_017905, intron 12 of 12) -35727 NR_026580 7027 Hs.79353 NM_007111 ENSG00000198176 TFDP1 DILC|DP1|DRTF1|Dp-1 transcription factor Dp-1 protein-coding 0.802 nan 0.892 3.140 0.053 0.776 0.397 0.145 0.006 1.382 0.116 0.108 0.090 0.381 0.043 0.104 0.078 2.220 0.120 0.221 0.012 0.052 0.075 0.268 0.136 0.060 1.853 0.014 0.183 0.061 0.073 0.168 0.011 0.051 0.056 0.015 0.040 0.253 0.042 0.039 0.215 0.194 0.072 0.216 0.119 0.899 0.952 0.369 0.642 3.658 3.516 1.162 0.359 0.288 0.265 0.082 0.169 2.560 3.323 0.378 0.242 0.503 0.469 0.345 0.361 0.389 0.422 1.071 0.570 0.826 0.110 0.018 0.035 0.046 5.965 0.039 0.050 0.014 0.119 0.075 0.073 0.256 0.300 0.052 0.020 0.007 0.070 0.079 0.087 0.131 0.079 0.015 0.063 1.382 0.268 0.009 2.220 0.137 0.078 0.156 0.105 0.019 0.012 0.151 0.074 0.066 0.084 0.089 0.059 0.036 0.016 0.015 1495 chr19 52049023 52056209 + 0 NA Intergenic MER76|LTR|ERVL -17506 NM_198846 946 Hs.720304 NM_001245 ENSG00000105492 SIGLEC6 CD327|CD33L|CD33L1|CD33L2|CDW327|OBBP1 sialic acid binding Ig like lectin 6 protein-coding 0.444 0.457 0.478 0.061 0.078 0.281 0.044 0.034 0.009 0.107 0.095 0.022 0.044 0.009 0.044 0.034 0.017 0.108 0.139 0.017 0.048 0.074 0.076 0.041 0.078 0.152 0.154 0.020 0.045 0.030 0.158 0.088 0.049 3.447 0.051 0.022 0.057 0.129 0.046 0.029 0.105 0.069 0.029 0.064 0.117 0.200 0.127 0.112 0.106 0.150 0.338 0.244 0.083 0.164 0.196 0.166 0.356 0.078 0.153 0.230 0.120 0.320 0.322 0.081 0.103 0.078 0.147 0.335 0.602 0.030 0.097 0.013 6.295 0.014 0.037 0.029 0.001 0.010 0.015 0.022 0.118 0.026 0.011 0.022 0.051 0.209 0.057 0.020 0.022 0.037 0.107 0.059 0.077 0.017 0.011 0.040 0.014 0.075 0.006 0.011 0.045 0.064 0.027 0.035 0.935 0.040 0.500 0.276 771 chr13 20354206 20357988 + 0 NA intron (NR_044998, intron 1 of 7) intron (NR_044998, intron 1 of 7) 1062 NR_003272 55269 Hs.213198 NM_001042414 ENSG00000121390 PSPC1 PSP1 paraspeckle component 1 protein-coding 4.924 3.655 4.137 5.119 4.109 3.057 1.569 4.023 0.839 2.272 5.945 0.889 1.236 4.176 1.403 1.327 0.767 5.401 3.580 2.959 0.505 1.113 1.277 1.752 8.001 5.321 2.626 6.685 2.433 3.763 3.673 0.130 4.637 1.620 1.583 2.650 0.620 2.546 2.182 1.622 1.380 6.049 5.290 3.762 4.019 1.433 8.690 7.085 7.942 nan 15.778 14.696 5.036 2.586 7.633 7.635 4.508 5.934 4.307 8.305 9.217 8.784 5.937 11.578 2.439 2.937 14.717 11.709 4.278 2.321 1.821 3.394 1.114 1.180 1.221 3.613 1.174 0.588 0.835 0.981 2.614 0.604 4.336 2.215 4.389 2.000 1.542 2.221 1.589 2.632 3.300 3.692 1.542 2.271 2.272 4.610 2.745 5.401 1.183 2.369 0.329 4.289 2.339 1.016 0.922 2.510 0.886 3.118 4.195 4.617 3.474 1.977 1.842 1.322 1753 chr20 48827077 48885825 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -27572 NM_001278655 100506115 Hs.235484 NM_001278655 LINC01272 - long intergenic non-protein coding RNA 1272 protein-coding nan nan 0.701 0.242 2.447 0.473 0.290 0.820 0.035 0.170 0.412 0.131 0.268 0.320 0.189 0.112 0.095 0.332 0.257 0.319 0.228 0.101 0.163 0.197 1.568 0.269 0.422 1.129 0.396 0.248 0.152 0.099 1.011 0.077 0.050 0.514 0.347 0.275 0.660 0.381 0.346 1.334 2.522 0.326 6.732 0.073 1.412 1.861 0.771 1.889 0.432 0.427 nan 0.378 0.989 0.970 0.501 0.898 0.827 0.913 nan 0.346 0.728 0.907 0.154 0.173 0.308 0.426 0.823 0.791 0.101 0.875 1.578 0.548 0.059 0.141 0.056 0.375 0.202 0.115 0.608 0.007 0.067 3.406 0.213 0.183 0.101 0.130 0.168 0.747 1.356 0.122 0.086 1.400 0.170 0.182 0.091 0.332 0.385 1.009 0.187 0.720 0.256 0.154 0.587 0.321 0.356 0.237 0.266 0.063 0.492 0.290 0.039 0.034 401 chr10 85927180 85941165 + 0 NA intron (NM_207373, intron 1 of 2) intron (NM_207373, intron 1 of 2) 618 NM_207373 387695 Hs.298713 NM_207373 ENSG00000188373 C10orf99 AP-57|CSBF|UNQ1833 chromosome 10 open reading frame 99 protein-coding 0.924 1.045 1.022 0.108 0.151 0.242 0.069 0.061 0.018 0.156 0.079 0.030 0.013 0.151 0.018 0.079 0.101 0.086 0.107 0.121 0.009 0.112 0.031 0.129 0.486 0.122 0.085 1.955 0.021 0.071 0.046 0.107 0.508 0.033 0.066 0.060 0.017 0.044 0.775 0.008 0.889 4.399 2.699 0.133 0.070 0.015 0.339 0.467 0.270 0.461 0.301 0.345 0.727 0.182 0.126 0.157 0.989 1.425 0.631 1.129 1.338 1.845 0.175 0.171 0.135 0.096 0.819 1.696 0.583 0.489 0.188 0.157 0.027 0.039 0.021 1.024 0.010 0.082 0.062 0.078 0.057 0.021 0.102 0.143 0.026 0.034 0.154 0.052 0.043 0.074 0.179 0.071 0.023 0.075 0.156 0.218 0.052 0.086 0.064 0.084 0.096 0.068 0.044 0.029 0.012 0.065 0.063 0.025 0.071 0.451 0.022 0.080 0.037 0.007 2688 chr9 109645298 109661121 + 0 NA intron (NM_021224, intron 1 of 12) intron (NM_021224, intron 1 of 12) 27831 NM_021224 58499 Hs.370379 NM_021224 ENSG00000148143 ZNF462 Zfp462 zinc finger protein 462 protein-coding 0.925 0.854 0.922 0.321 0.408 0.353 0.152 0.541 2.186 0.227 0.486 0.081 0.864 1.310 0.880 0.079 0.157 0.334 0.187 0.313 0.192 1.131 0.639 0.440 1.946 0.920 0.930 0.513 0.940 0.252 0.068 0.069 1.182 0.388 0.205 1.152 0.434 1.189 0.639 0.810 0.668 0.840 0.604 0.343 0.487 0.302 0.207 0.096 0.467 1.600 0.372 0.411 0.164 0.147 0.096 0.115 0.331 0.485 0.593 nan 0.687 0.520 0.121 0.145 0.163 0.230 0.655 1.626 nan 0.574 0.057 1.908 0.835 0.531 0.133 0.095 0.006 1.017 0.483 0.395 0.425 0.055 0.070 1.500 1.033 0.576 0.842 0.094 0.123 0.810 0.198 0.678 0.274 0.344 0.227 1.361 0.221 0.334 0.139 0.425 0.086 0.359 0.105 0.917 0.267 1.019 0.633 0.124 0.037 0.651 0.387 0.657 0.724 0.820 186 chr1 151848042 151885266 + 0 NA intron (NM_053055, intron 2 of 5) intron (NM_053055, intron 2 of 5) 15707 NM_053055 117145 Hs.164070 NM_053055 ENSG00000159445 THEM4 CTMP thioesterase superfamily member 4 protein-coding nan nan 1.017 0.141 0.421 0.344 0.190 0.364 0.125 0.155 0.338 0.130 0.510 0.991 0.626 0.265 0.326 0.282 0.254 0.493 0.116 0.345 0.311 0.260 9.778 4.338 0.363 0.533 0.557 0.356 0.277 0.111 0.549 0.286 0.182 0.329 0.113 0.493 0.301 0.249 0.061 0.583 0.272 0.217 0.702 0.310 0.641 0.532 0.225 0.265 0.349 nan 0.566 0.201 0.607 0.613 0.377 0.605 0.603 0.764 0.666 0.481 0.729 0.875 0.244 0.283 0.892 1.607 0.739 0.417 0.111 0.835 0.107 0.411 0.210 0.129 0.044 0.438 0.259 0.150 0.541 0.041 0.147 0.362 0.275 0.218 0.122 0.410 0.452 0.266 0.372 0.308 1.263 2.044 0.155 0.610 0.454 0.282 0.586 0.898 0.060 0.549 0.444 0.191 0.137 0.598 0.198 0.204 0.200 0.302 0.075 0.403 0.063 0.032 1797 chr21 34660977 34698460 + 0 NA Intergenic LTR47B|LTR|ERVL -17496 NM_000629 3454 Hs.529400 NM_000629 ENSG00000142166 IFNAR1 AVP|IFN-alpha-REC|IFNAR|IFNBR|IFRC interferon alpha and beta receptor subunit 1 protein-coding 1.386 1.029 1.561 0.969 0.426 0.815 0.436 0.313 0.460 0.547 0.339 0.064 0.172 0.428 0.332 0.373 0.218 0.902 0.775 0.438 0.170 0.319 0.166 0.373 1.512 0.618 0.573 2.305 0.120 0.587 0.353 0.085 0.517 0.153 0.280 0.467 0.197 0.552 0.391 0.345 0.099 0.433 0.666 0.306 0.447 0.225 0.931 1.046 0.973 1.286 1.977 1.644 1.136 0.427 1.460 1.479 0.687 1.065 3.559 3.045 1.722 1.491 0.591 0.914 1.071 1.038 0.886 1.245 nan 1.206 0.559 0.177 0.140 0.216 0.240 0.925 0.174 0.275 0.251 0.286 0.230 0.221 0.346 0.542 0.305 0.129 0.204 0.388 0.303 0.504 0.472 0.448 0.415 0.405 0.547 0.415 0.480 0.902 0.202 0.323 0.332 0.412 0.895 0.179 0.092 0.191 0.360 0.450 0.316 0.474 0.208 0.190 0.201 0.096 1119 chr17 7163087 7170462 + 0 NA promoter-TSS (NM_001307) promoter-TSS (NM_001307) -262 NM_001185022 1366 Hs.513915 NM_001307 ENSG00000181885 CLDN7 CEPTRL2|CLDN-7|CPETRL2|Hs.84359|claudin-1 claudin 7 protein-coding 1.333 2.990 2.174 2.410 3.576 2.257 1.116 0.824 4.291 0.534 0.143 0.305 2.209 7.210 0.896 1.316 0.713 3.718 1.017 2.925 0.034 4.453 1.606 0.736 8.361 6.298 7.569 6.661 2.033 1.067 0.567 0.196 1.252 0.288 1.105 1.275 0.203 0.534 1.950 3.146 1.221 3.909 0.198 0.352 5.250 1.609 2.816 4.111 3.786 5.443 5.493 4.049 5.155 1.900 3.001 3.384 0.299 0.496 6.387 7.532 0.292 0.152 1.519 2.677 2.590 1.625 0.848 2.377 1.428 0.806 3.431 4.363 1.962 0.524 2.481 3.614 0.150 1.286 1.027 0.160 1.302 0.464 0.322 0.362 0.368 0.266 6.527 1.756 1.279 0.804 2.036 1.979 1.332 4.354 0.534 15.001 11.554 3.718 3.111 3.287 0.552 0.457 0.864 1.001 2.168 2.140 0.205 0.682 1.081 0.368 0.409 2.283 0.116 0.062 1914 chr3 69912347 69918850 + 0 NA intron (NM_198177, intron 1 of 9) intron (NM_198177, intron 1 of 9) 223 NM_198177 4286 Hs.166017 NM_000248 ENSG00000187098 MITF CMM8|MI|WS2|WS2A|bHLHe32 melanogenesis associated transcription factor protein-coding 0.531 nan 0.644 0.040 2.535 0.179 0.172 0.217 0.067 0.097 0.344 0.088 0.410 1.817 0.098 0.113 0.037 0.165 3.010 0.077 2.126 1.944 1.546 2.938 1.085 0.539 0.314 0.973 0.049 0.133 0.068 3.536 0.091 0.826 0.714 0.194 0.825 0.101 1.630 0.024 1.380 0.086 1.168 0.917 0.601 0.260 0.149 0.466 0.638 0.298 0.295 0.085 0.056 0.156 0.136 0.120 0.301 0.371 0.350 0.417 0.165 0.126 0.303 0.058 0.038 0.191 nan 0.319 0.479 1.326 0.472 0.228 0.046 0.028 0.655 0.378 0.614 1.845 0.135 0.065 0.145 0.144 1.097 0.024 0.056 0.015 0.752 0.051 1.291 2.480 0.097 0.164 1.392 0.037 0.916 1.024 0.061 0.074 0.052 1.262 0.821 0.940 0.171 0.106 0.092 0.171 0.130 3.657 0.044 2756 chrX 129242554 129255950 + 0 NA Intergenic Intergenic -4564 NM_001127197 2000 Hs.271940 NM_001421 ENSG00000102034 ELF4 ELFR|MEF E74 like ETS transcription factor 4 protein-coding 1.543 nan 1.302 0.982 1.859 1.352 0.732 1.900 0.188 1.501 0.861 0.240 0.524 0.996 0.699 0.233 0.194 0.748 0.443 0.703 0.657 1.742 1.318 0.848 2.031 0.888 0.564 1.099 0.599 0.375 0.768 0.041 2.965 0.352 0.661 1.414 0.506 1.169 1.837 1.093 0.717 1.765 3.459 1.990 2.121 0.388 0.795 1.094 1.506 2.091 1.262 1.028 1.237 0.585 0.914 0.987 1.149 1.626 2.375 3.191 0.912 0.964 0.605 1.013 0.966 0.904 0.382 0.607 0.671 0.402 1.455 2.270 0.646 1.821 0.733 0.794 0.192 0.938 0.948 0.827 1.029 0.206 0.528 5.274 0.672 0.371 2.187 0.385 0.244 2.791 1.903 2.581 0.183 1.032 1.501 1.715 0.325 0.748 0.464 0.426 0.188 1.685 0.623 1.661 0.494 1.159 1.186 0.178 0.453 0.111 1.007 4.271 0.322 0.207 1705 chr20 3174539 3207561 + 0 NA intron (NM_001267623, intron 1 of 5) intron (NM_001267623, intron 1 of 5) 1044 NM_181493 3704 Hs.415299 NM_033453 ENSG00000125877 ITPA C20orf37|HLC14-06-P|ITPase|My049|NTPase|dJ794I6.3 inosine triphosphatase protein-coding 1.543 3.116 1.409 1.394 0.733 1.003 0.587 1.148 0.254 0.982 0.462 0.148 0.264 0.735 0.422 1.193 0.560 2.622 0.957 2.113 0.143 0.287 0.505 0.279 3.904 2.132 1.394 3.916 0.515 0.547 0.659 0.110 1.311 0.286 0.274 1.354 0.323 0.782 1.184 1.029 0.409 2.074 0.977 0.418 0.717 0.836 2.507 2.764 1.336 1.868 3.426 3.261 4.585 1.227 2.484 2.731 1.520 2.100 5.147 5.314 1.886 1.784 1.152 1.715 1.654 1.847 1.005 1.773 1.680 0.685 1.301 0.858 0.347 0.615 1.683 1.610 0.530 1.123 1.064 0.751 1.328 0.373 0.529 0.787 1.451 0.699 0.624 0.317 0.260 0.576 1.595 0.984 0.408 1.129 0.982 0.476 0.724 2.622 0.708 1.139 0.590 0.942 1.432 1.067 0.504 1.098 0.203 0.265 0.402 0.485 0.319 0.518 0.412 0.222 1919 chr3 71543975 71562050 + 0 NA intron (NM_001012505, intron 2 of 6) intron (NM_001012505, intron 2 of 6) 38228 NR_031697 100302112 NR_031697 ENSG00000221264 MIR1284 MIRN1284|hsa-mir-1284|mir-1284 microRNA 1284 ncRNA 0.731 0.505 0.744 0.156 1.301 0.150 0.123 1.153 0.058 0.086 0.311 0.171 0.494 0.785 1.135 0.078 0.113 0.278 0.168 0.183 0.713 0.569 0.463 0.216 1.069 0.410 0.161 0.360 0.584 0.053 0.037 0.092 0.566 0.392 0.135 0.809 1.444 4.222 0.311 1.542 0.096 0.586 1.079 1.110 0.287 0.376 0.239 0.235 0.478 nan 0.376 0.491 0.261 0.104 0.573 0.621 0.089 0.191 0.880 0.954 1.027 0.721 0.189 0.264 0.082 0.101 0.176 nan 0.529 0.452 0.043 1.280 0.758 1.667 0.051 0.374 0.031 0.948 0.773 0.021 0.053 0.030 0.096 1.972 1.248 0.587 0.272 0.047 0.094 2.819 0.234 0.103 0.351 0.794 0.086 0.470 0.350 0.278 0.547 0.170 0.204 0.058 0.090 0.544 0.056 1.131 1.662 0.048 0.093 0.122 1.393 0.126 0.137 0.071 1938 chr3 122397773 122401686 + 0 NA promoter-TSS (NM_017554) promoter-TSS (NM_017554) 57 NM_017554 54625 Hs.518203 NM_017554 ENSG00000173193 PARP14 ARTD8|BAL2|PARP-14|pART8 poly(ADP-ribose) polymerase family member 14 protein-coding 2.545 nan 0.983 0.975 2.015 3.210 1.308 3.105 1.148 0.882 6.898 0.756 1.349 2.371 2.975 2.172 1.065 1.133 0.163 2.290 1.456 3.832 3.302 6.662 10.283 7.241 6.724 5.613 1.635 1.148 2.411 0.052 5.686 1.934 1.247 4.780 0.709 3.519 0.586 3.775 0.566 5.928 5.031 3.076 0.818 2.737 0.859 1.093 4.533 6.168 2.568 1.834 3.023 0.756 6.818 6.646 0.248 nan 3.723 5.500 1.964 1.546 2.010 3.333 0.128 0.403 0.322 0.682 1.730 0.854 2.367 4.256 2.549 2.462 1.058 4.383 0.545 3.383 3.318 2.280 2.538 0.244 3.981 4.566 1.814 5.083 0.844 0.738 2.566 5.720 3.715 1.562 3.059 0.882 3.304 6.810 1.133 1.580 1.046 0.121 2.793 1.890 2.432 2.131 2.400 0.954 1.334 0.842 0.031 1.660 4.994 0.809 0.349 915 chr14 105249183 105272860 + 0 NA intron (NM_001014432, intron 1 of 14) intron (NM_001014432, intron 1 of 14) 1059 NM_001014431 207 Hs.525622 NM_005163 ENSG00000142208 AKT1 AKT|CWS6|PKB|PKB-ALPHA|PRKBA|RAC|RAC-ALPHA AKT serine/threonine kinase 1 protein-coding 1.904 1.309 4.690 1.220 0.771 0.855 0.484 0.844 0.257 1.608 0.825 0.150 0.130 0.421 1.289 0.496 0.223 0.729 0.351 0.772 0.136 0.410 0.325 0.662 3.412 1.201 2.143 2.079 0.456 0.321 1.182 0.105 1.233 0.204 0.524 0.599 0.279 0.726 0.695 0.342 0.252 1.357 1.187 0.245 0.566 0.426 1.062 2.008 1.115 1.610 3.180 2.887 2.601 0.764 0.607 0.487 0.782 1.353 2.104 3.285 1.491 1.503 1.174 1.543 0.730 0.718 0.545 0.697 1.589 0.828 3.656 0.563 0.254 0.335 0.462 0.315 0.631 0.711 0.452 0.435 0.834 0.132 0.214 0.660 0.758 0.576 0.412 0.295 0.255 0.284 1.520 3.579 0.530 2.446 1.608 0.642 0.641 0.729 0.341 1.335 0.274 2.119 0.475 0.195 0.103 0.387 0.159 0.151 0.391 0.177 0.879 0.221 0.221 0.138 1586 chr2 102047823 102070562 + 0 NA intron (NM_001145664, intron 2 of 11) L1MD2|LINE|L1 31973 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.637 nan 0.670 0.069 0.101 0.191 0.077 0.927 0.011 0.241 0.326 0.092 0.611 0.478 0.047 0.063 0.075 0.042 0.120 0.195 0.114 0.165 0.423 0.100 0.264 0.050 0.128 0.353 0.508 0.108 0.010 0.083 0.193 2.471 0.051 1.111 0.225 0.520 0.255 0.671 0.180 0.125 0.299 0.065 0.190 0.492 0.213 0.134 0.211 0.379 0.379 0.472 0.115 0.060 0.307 0.266 0.149 0.273 0.250 0.309 0.302 0.150 0.107 0.201 0.048 0.064 0.175 0.268 0.162 0.251 0.022 2.546 0.008 2.104 0.039 0.066 0.006 0.262 0.077 0.029 0.094 0.017 0.049 0.173 0.093 0.067 0.357 0.031 0.075 6.645 0.122 0.512 0.014 0.173 0.241 0.107 0.265 0.042 0.037 0.153 0.046 0.061 0.036 0.286 0.193 0.716 0.202 0.035 0.043 0.060 3.999 0.100 0.213 0.260 1986 chr3 179321267 179323853 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199957) promoter-TSS (NM_001199957) -15 NM_001199958 4711 Hs.730674 NM_002492 ENSG00000136521 NDUFB5 CISGDH|SGDH NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 protein-coding 6.686 4.382 2.553 4.924 6.359 5.127 3.400 2.340 1.886 2.874 4.129 0.187 0.733 2.334 1.250 4.112 2.272 3.672 2.174 2.504 1.101 3.147 1.760 2.228 4.669 3.620 2.110 13.588 0.676 6.426 3.036 0.163 13.866 1.103 1.063 3.747 1.097 6.526 13.813 2.261 2.536 8.809 13.383 3.598 4.935 1.134 6.221 4.507 9.575 12.575 6.215 5.753 14.961 7.064 15.425 16.400 7.270 8.400 8.159 11.057 14.591 11.310 6.655 7.442 8.661 8.945 9.874 8.665 4.148 2.621 2.219 3.998 1.368 3.194 1.640 2.672 1.774 4.315 4.508 1.427 3.940 1.037 2.271 3.323 5.987 2.021 2.208 2.333 1.656 2.658 1.508 3.337 2.831 3.021 2.874 3.768 4.531 3.672 1.801 1.865 1.532 2.785 3.173 1.816 1.249 2.813 1.888 4.221 2.507 2.714 1.678 1.145 1.380 1.103 1456 chr19 45593526 45643583 + 0 NA intron (NM_019121, intron 1 of 12) intron (NM_019121, intron 1 of 12) 22123 NM_019121 284352 Hs.285363 NM_019121 ENSG00000104866 PPP1R37 LRRC68 protein phosphatase 1 regulatory subunit 37 protein-coding 2.285 1.831 3.305 1.499 1.103 4.571 2.289 1.040 0.285 1.529 0.367 0.090 0.349 0.960 0.389 1.219 0.871 4.290 0.537 1.321 0.292 0.599 0.166 0.389 nan 0.802 0.953 1.245 0.327 0.410 0.626 0.124 0.603 0.394 0.909 0.603 0.110 0.467 0.687 0.305 0.176 1.250 0.907 0.574 0.750 0.509 1.137 1.319 1.123 1.621 5.097 5.310 4.616 1.551 2.303 2.405 0.843 1.348 3.725 4.167 1.777 1.518 1.348 1.840 2.726 2.662 1.159 1.634 2.130 1.245 1.417 0.484 0.723 0.641 0.765 4.108 0.286 0.684 0.634 0.535 0.429 0.966 0.729 0.661 0.309 0.158 0.496 0.196 0.194 0.390 0.939 1.520 1.469 0.623 1.529 1.251 0.311 4.290 0.271 2.336 0.425 0.492 0.685 0.180 0.272 0.793 0.390 0.216 0.772 0.457 0.229 0.228 0.258 0.174 2606 chr8 129042750 129049814 + 0 NA intron (NR_003367, intron 5 of 8) intron (NR_003367, intron 5 of 8) -15116 NR_031612 100302175 NR_031612 ENSG00000221176 MIR1207 MIRN1207|hsa-mir-1207 microRNA 1207 ncRNA nan nan nan 0.219 0.486 0.661 0.456 0.697 0.017 0.036 0.592 0.114 1.162 1.989 0.527 0.067 0.116 0.084 0.151 51.476 0.217 0.966 0.806 0.309 4.561 2.569 1.033 nan 0.579 1.536 0.064 0.067 0.975 0.953 0.517 1.871 0.191 0.427 0.978 0.587 0.295 0.535 1.819 0.432 0.545 0.598 2.519 2.220 0.965 3.276 0.651 0.661 1.485 0.409 nan nan 0.759 1.000 1.919 2.272 0.274 0.248 0.191 0.308 0.232 0.539 0.254 0.609 0.264 0.420 0.603 1.835 0.054 43.791 0.451 0.127 0.099 1.299 0.500 0.198 4.533 0.002 0.056 0.480 0.316 0.202 0.259 0.295 0.461 0.593 1.648 0.589 0.391 1.030 0.036 5.969 2.114 0.084 0.086 0.593 0.028 1.835 0.561 0.318 0.416 4.641 0.329 1.409 0.056 0.202 0.290 0.270 0.065 0.036 404 chr10 99077877 99097824 + 0 NA Intergenic Intergenic 6608 NM_012083 23401 Hs.140720 NM_012083 ENSG00000181274 FRAT2 - FRAT2, WNT signaling pathway regulator protein-coding 2.014 2.208 2.536 1.494 0.537 1.717 0.755 1.916 0.410 0.879 0.574 0.128 0.162 1.005 0.462 0.558 0.243 3.279 0.433 1.233 0.205 1.237 0.583 1.235 2.268 1.242 0.696 4.101 0.242 0.789 0.990 0.086 1.503 0.378 1.009 1.264 0.399 1.122 0.976 0.814 0.565 2.618 2.247 0.583 1.093 1.180 1.462 2.056 2.864 3.314 2.502 2.650 3.205 2.089 2.058 2.180 0.670 0.948 nan 5.136 1.527 1.875 1.176 1.598 1.494 1.645 1.094 1.351 1.393 0.812 0.942 1.192 0.485 1.260 0.990 1.805 1.321 0.809 0.876 1.095 1.006 0.291 0.780 1.303 1.264 0.602 0.486 0.928 0.740 0.951 2.688 1.262 1.853 3.254 0.879 2.085 1.999 3.279 0.952 2.176 0.182 1.514 1.556 0.197 0.370 0.883 0.213 0.332 0.258 0.306 0.480 0.290 0.500 0.360 516 chr11 62301028 62330232 + 0 NA Intergenic Intergenic -1298 NM_001620 79026 Hs.502756 NM_001620 ENSG00000124942 AHNAK AHNAKRS|PM227 AHNAK nucleoprotein protein-coding nan 1.027 1.008 0.600 3.196 0.564 0.220 3.541 1.604 1.858 1.233 0.288 1.239 2.172 2.909 0.689 0.201 0.598 0.504 3.051 1.263 2.312 1.687 3.948 2.954 1.719 1.687 1.207 3.141 0.330 2.023 0.139 4.388 1.482 2.504 3.223 0.881 3.646 1.761 1.869 0.825 4.955 2.506 3.166 2.983 2.269 0.970 1.304 0.608 1.268 1.147 1.246 2.257 0.840 1.164 1.256 0.505 0.972 2.636 2.682 0.903 0.853 2.200 4.101 1.442 1.177 0.848 1.661 0.714 0.602 1.962 4.591 1.569 2.936 0.369 0.717 0.323 2.151 2.272 1.810 2.423 0.254 0.120 5.740 6.303 2.421 1.432 0.301 0.278 8.983 3.705 3.762 0.837 1.559 1.858 3.359 4.683 0.598 1.076 1.115 0.096 3.259 0.167 4.723 3.608 2.938 2.589 0.175 2.763 0.453 4.349 2.249 3.769 2.643 1813 chr21 44374535 44378940 + 0 NA Intergenic Intergenic -5613 NR_049889 100847013 NR_049889 ENSG00000264580 MIR5692B - microRNA 5692b ncRNA nan 1.719 1.924 0.570 0.474 0.470 0.036 0.143 7.497 0.146 0.035 0.317 0.888 1.366 0.015 0.035 0.056 1.056 0.208 1.019 0.387 1.373 1.125 0.435 5.847 1.546 2.085 1.579 0.596 0.121 0.074 0.063 0.396 0.135 0.398 0.105 0.142 0.218 0.746 0.810 0.588 0.986 1.342 0.426 1.311 0.186 0.882 0.598 1.658 5.230 0.396 0.410 nan 0.042 1.863 1.779 0.375 nan 3.668 5.367 0.453 0.264 0.524 0.952 0.230 0.321 0.257 0.473 0.718 0.535 0.948 1.788 0.953 0.251 0.031 0.334 0.147 0.520 0.404 0.022 0.090 0.168 0.150 0.107 1.570 0.124 0.220 0.262 0.185 0.097 0.089 1.461 0.146 1.500 0.084 1.056 1.246 2.081 0.089 0.342 0.069 0.200 1.106 0.437 0.507 0.026 0.196 0.110 0.068 0.983 0.013 0.011 2004 chr3 187660356 187674373 + 0 NA Intergenic Intergenic 26831 NR_135538 105374266 Hs.570518 NR_135537 LINC01991 - long intergenic non-protein coding RNA 1991 ncRNA 0.998 1.459 0.663 0.238 0.179 2.017 1.266 0.151 0.038 0.269 0.195 0.137 0.188 0.234 0.189 0.145 0.116 0.222 0.110 1.084 0.062 0.271 0.192 0.382 3.004 0.494 0.308 0.804 0.316 0.553 0.031 0.079 nan 0.017 0.079 0.137 0.095 0.098 0.921 0.242 0.387 1.113 1.293 0.100 4.482 0.185 0.325 0.226 0.221 0.336 0.639 0.578 0.276 0.222 0.421 0.456 0.492 0.804 1.346 1.397 0.625 0.270 0.202 0.222 0.164 0.225 0.145 0.236 0.195 0.358 0.354 0.233 0.098 0.376 0.078 0.903 0.010 3.587 2.053 0.058 0.619 0.027 0.193 0.143 0.068 0.028 0.126 0.111 0.228 0.261 1.040 0.088 0.511 2.048 0.269 0.197 0.060 0.222 0.599 0.257 0.042 0.038 0.095 0.024 0.033 0.118 0.064 0.312 0.056 0.094 0.081 0.107 0.016 0.007 2060 chr4 86654162 86669193 + 0 NA intron (NM_001025616, intron 3 of 9) intron (NM_001025616, intron 3 of 9) 18056 NR_039656 100616349 NR_039656 ENSG00000266421 MIR4451 mir-4451 microRNA 4451 ncRNA 0.781 0.483 0.782 0.280 0.087 0.655 0.342 0.171 0.029 0.527 0.602 0.145 0.368 0.473 0.162 0.135 0.122 0.517 0.133 0.162 0.168 0.724 0.337 0.076 1.165 0.348 0.189 0.364 0.595 0.078 0.036 0.075 0.311 0.501 0.121 0.728 0.021 0.074 0.522 0.740 0.170 0.315 5.361 0.112 0.062 0.222 0.370 0.233 0.348 0.636 0.365 0.410 0.094 0.044 0.335 0.280 0.927 nan 0.971 1.112 1.551 1.503 0.084 0.160 0.298 0.197 0.328 nan 0.884 0.560 0.089 0.543 0.006 0.444 0.013 0.170 0.074 0.188 0.082 0.114 0.115 0.025 0.058 0.171 0.044 0.016 0.271 0.052 0.024 1.004 0.179 0.075 0.031 0.031 0.527 0.250 0.055 0.517 0.073 0.050 0.110 0.055 0.384 0.483 0.170 0.727 0.429 0.019 0.020 0.271 0.036 0.399 0.015 0.017 1551 chr2 45150857 45174316 + 0 NA Intergenic CpG 6060 NR_103785 100506108 Hs.503113 NR_103785 ENSG00000236502 SIX3-AS1 SIX3OS SIX3 antisense RNA 1 ncRNA 2.355 nan 2.428 0.675 0.124 1.307 0.767 0.094 0.060 1.658 0.095 0.069 0.065 0.130 0.029 0.403 0.194 1.653 0.132 0.310 0.028 0.206 0.099 0.478 nan 0.716 0.111 2.895 0.137 0.132 3.017 0.122 0.205 0.146 0.074 0.589 0.030 0.062 0.234 0.019 0.062 0.124 0.167 0.053 1.754 0.136 0.298 0.222 1.574 2.005 nan 3.161 1.376 0.559 1.445 1.624 0.506 0.833 1.736 2.252 1.187 1.332 0.193 0.319 2.346 1.920 4.165 nan nan 0.682 0.470 0.189 0.024 0.303 0.043 0.747 0.100 0.381 0.186 0.507 0.138 1.216 0.206 0.424 0.442 0.302 0.045 0.246 0.273 0.184 1.751 0.464 0.108 0.065 1.658 0.133 0.016 1.653 0.047 0.592 0.224 1.542 0.475 0.032 0.004 0.242 0.055 0.024 0.034 3.804 0.023 0.032 0.032 0.015 702 chr12 54686687 54701724 + 0 NA intron (NM_001261461, intron 1 of 3) intron (NM_001261461, intron 1 of 3) 616 NM_001136023 4778 Hs.75643 NM_006163 ENSG00000123405 NFE2 NF-E2|p45 nuclear factor, erythroid 2 protein-coding nan 0.797 0.687 0.157 0.448 0.309 0.213 0.394 0.243 0.196 0.358 0.129 0.113 0.288 0.042 0.125 0.195 0.143 0.146 0.275 0.173 0.175 0.226 0.158 1.737 0.515 0.594 0.553 0.155 7.206 0.091 0.069 0.417 0.078 0.191 0.068 0.211 0.325 0.280 0.310 0.129 0.243 0.286 0.341 0.392 0.123 nan 2.220 0.439 0.740 0.570 nan 1.329 0.509 0.866 1.014 0.215 nan 0.519 nan 0.636 0.246 0.553 0.805 0.330 0.335 0.408 0.856 1.164 0.810 0.049 0.344 0.152 1.584 0.033 0.344 0.516 0.215 0.368 0.536 0.044 0.144 0.369 0.081 0.092 0.164 0.559 0.589 0.320 2.057 0.319 0.136 1.061 0.196 0.157 0.049 0.143 0.374 0.184 0.039 0.475 0.162 0.050 0.039 0.783 0.332 3.466 0.145 0.175 0.188 0.076 0.027 0.010 2297 chr6 41421113 41428474 + 0 NA Intergenic Intergenic -45389 NR_120347 103106903 Hs.563396 NR_120347 ENSG00000226917 LINC01276 - long intergenic non-protein coding RNA 1276 ncRNA 1.829 1.232 1.405 1.574 0.078 2.575 1.155 0.179 1.002 0.131 0.111 0.026 0.089 0.017 0.957 0.322 6.815 0.155 0.174 0.050 0.040 0.106 0.754 0.088 0.089 1.640 0.080 0.166 0.059 0.078 0.108 0.016 0.083 0.061 0.075 0.112 0.214 0.030 0.055 0.104 0.123 0.038 0.052 0.043 0.705 0.957 0.288 0.585 4.798 4.952 5.936 3.742 0.397 0.397 0.112 0.264 7.037 8.421 0.507 0.282 0.506 1.191 3.127 1.798 0.202 0.575 3.211 2.021 0.173 0.193 0.013 0.099 0.519 0.701 0.066 0.010 0.031 0.101 0.786 0.151 0.100 0.041 0.011 0.021 0.032 0.098 0.238 0.188 0.029 0.074 0.154 1.002 0.096 0.076 6.815 0.049 0.103 0.074 0.139 0.844 0.009 0.011 0.086 0.016 0.046 0.633 0.055 0.040 0.063 0.016 0.007 2163 chr5 75983041 75991238 + 0 NA intron (NM_001285462, intron 18 of 23) intron (NM_001285462, intron 18 of 23) -21089 NR_028375 100302746 NR_028375 NCRUPAR NCRNA00193|ncR-uPAR non-protein coding RNA, upstream of F2R/PAR1 ncRNA 0.806 nan 0.844 0.073 0.642 0.220 0.199 0.585 0.007 0.078 4.465 0.216 0.092 0.232 0.100 0.095 0.156 0.105 0.043 0.227 1.422 1.133 1.199 0.876 0.187 0.595 0.239 1.458 0.039 0.066 0.117 0.489 0.836 0.151 4.304 1.247 7.449 0.076 0.745 0.068 0.572 0.124 0.691 0.200 1.356 0.144 0.111 0.359 1.402 0.220 0.175 nan 0.117 0.150 0.101 0.270 nan 0.297 0.229 0.264 0.168 0.105 0.088 0.087 0.094 0.431 0.867 0.155 0.164 0.027 2.917 0.414 1.694 0.065 2.162 0.866 0.271 0.124 0.012 1.924 0.338 0.294 0.429 0.009 0.029 4.231 0.154 0.401 0.067 0.169 0.078 0.428 0.269 0.136 0.325 0.023 0.100 0.062 2.302 0.661 2.345 0.671 0.012 0.182 1.590 0.584 0.445 0.150 2214 chr5 157025644 157036443 + 0 NA Intergenic Intergenic -28212 NM_033274 8728 Hs.483944 NM_023038 ENSG00000135074 ADAM19 FKSG34|MADDAM|MLTNB ADAM metallopeptidase domain 19 protein-coding 0.703 nan 0.549 0.082 3.569 0.286 0.119 0.596 0.017 0.080 0.117 0.122 1.499 2.419 0.368 0.115 0.114 0.134 0.087 0.238 0.298 0.057 4.487 1.608 2.135 1.685 0.665 0.311 2.662 0.744 0.060 0.142 0.234 5.020 0.287 1.371 0.102 0.088 0.242 2.591 0.037 0.831 0.358 0.588 1.407 1.152 0.238 0.165 0.202 0.337 0.268 0.339 0.104 0.027 0.081 0.138 0.225 0.379 0.107 0.115 0.488 0.195 0.185 0.216 0.089 0.128 0.207 0.379 0.460 0.411 0.027 4.444 0.065 1.174 0.019 0.155 0.698 0.294 0.057 0.738 0.018 0.142 3.444 1.527 0.848 0.220 0.291 0.380 5.477 0.143 0.851 0.080 0.535 0.080 0.797 2.528 0.134 1.052 0.154 0.061 0.070 0.075 0.831 4.811 1.612 0.732 0.776 0.027 0.045 4.084 0.655 4.704 5.499 2346 chr6 109773934 109793705 + 0 NA TTS (NM_014797) TTS (NM_014797) 3352 NM_001286613 64780 Hs.33476 NM_022765 ENSG00000135596 MICAL1 MICAL|MICAL-1|NICAL microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 1 protein-coding 2.149 nan nan 3.211 0.258 0.745 0.405 0.290 0.016 0.662 0.406 0.114 0.085 0.203 0.159 0.225 0.216 1.042 0.565 0.353 0.169 0.155 0.080 0.248 1.123 0.603 0.251 3.066 0.126 0.206 0.730 0.137 0.306 0.161 0.088 0.276 0.084 0.174 0.308 0.238 0.091 0.652 0.280 0.359 0.306 0.148 0.710 1.151 0.781 1.169 2.959 nan 1.739 0.523 0.667 0.718 0.784 1.074 1.402 1.569 nan 1.981 0.265 0.663 0.249 0.194 0.547 0.981 1.209 0.563 3.349 0.215 0.048 0.342 0.723 4.329 0.108 0.225 0.169 0.169 0.228 0.058 0.587 0.328 0.320 0.236 0.105 0.213 0.266 0.202 0.457 1.202 0.060 0.173 0.662 0.180 0.247 1.042 0.044 0.118 0.621 0.314 1.043 0.686 0.034 0.179 0.219 0.046 0.210 0.257 0.231 0.220 0.131 0.049 2195 chr5 137798903 137802414 + 0 NA promoter-TSS (NM_001964) promoter-TSS (NM_001964) -523 NM_001964 1958 Hs.326035 NM_001964 ENSG00000120738 EGR1 AT225|G0S30|KROX-24|NGFI-A|TIS8|ZIF-268|ZNF225 early growth response 1 protein-coding 5.632 5.125 nan 3.602 3.739 5.116 2.006 3.536 3.053 2.256 4.771 0.690 0.973 3.320 4.602 1.288 0.675 3.845 2.058 2.747 0.858 2.670 0.932 5.015 13.482 9.547 6.992 17.942 1.412 4.062 5.635 0.217 7.119 1.420 1.432 3.349 0.454 2.480 2.642 3.337 1.445 4.814 5.492 2.004 3.568 1.445 2.638 4.111 8.913 13.236 9.738 8.265 7.937 4.860 21.979 23.135 3.553 3.716 9.089 9.353 6.065 7.246 2.865 4.776 7.671 8.474 4.486 5.754 2.429 1.343 2.389 2.591 2.017 2.246 2.041 5.786 3.109 2.805 2.445 3.980 3.982 0.846 2.268 2.938 4.001 1.891 1.225 2.806 1.724 1.921 5.661 6.365 2.378 4.498 2.256 10.120 3.723 3.845 2.573 2.743 1.386 7.748 3.866 1.931 1.062 2.281 1.749 2.093 2.475 1.676 3.197 1.141 2.788 1.604 561 chr11 73022688 73042339 + 0 NA intron (NM_014786, intron 1 of 20) MIRb|SINE|MIR 12850 NM_014786 9828 Hs.533719 NM_014786 ENSG00000110237 ARHGEF17 P164RHOGEF|RHOGEF17|TEM4|p164-RhoGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 17 protein-coding nan 0.625 0.764 0.077 0.150 0.382 0.229 0.824 0.098 0.192 2.391 0.493 0.145 0.411 0.282 0.081 0.079 0.285 2.993 0.296 0.978 0.076 0.064 0.139 nan 0.228 0.172 0.751 0.159 0.114 0.414 0.114 0.246 0.090 0.195 0.164 0.100 0.326 0.247 0.144 0.054 0.225 0.116 0.404 0.267 0.116 0.972 1.520 0.404 0.486 0.996 1.018 0.575 0.252 1.235 1.155 3.183 3.518 0.988 1.458 1.825 1.473 0.601 0.689 0.325 0.313 0.968 2.513 1.002 0.703 0.311 0.355 0.053 0.775 0.067 0.162 0.057 0.346 0.113 0.520 0.136 0.024 0.230 0.518 0.192 0.135 0.157 0.058 0.106 0.336 0.265 1.227 0.080 0.247 0.192 0.287 0.219 0.285 0.094 0.198 1.339 0.667 0.212 0.197 0.030 0.376 1.847 0.053 0.081 0.703 0.201 0.155 0.138 0.047 2112 chr5 15886467 15894649 + 0 NA intron (NM_001278317, intron 2 of 3) AluSp|SINE|Alu -44733 NR_030616 100126347 NR_030616 ENSG00000216077 MIR887 MIRN887|hsa-mir-887 microRNA 887 ncRNA nan nan 12.466 4.838 0.106 0.107 0.137 0.096 0.122 0.279 0.188 0.092 0.008 0.694 0.426 0.073 0.199 0.142 0.134 0.013 0.112 0.131 0.137 0.131 nan 0.026 0.079 0.101 0.153 0.018 0.147 0.049 0.147 0.278 0.027 0.051 0.230 0.076 0.130 0.094 0.122 0.545 0.479 0.210 0.296 0.441 0.571 7.084 1.733 0.055 0.082 nan 0.604 0.747 1.400 5.443 4.172 0.093 0.178 4.243 4.737 0.202 nan 1.279 0.953 0.018 0.287 0.024 0.056 0.073 0.055 0.034 0.027 0.018 0.080 0.736 2.258 0.110 0.048 0.019 0.057 0.047 0.118 0.013 0.010 0.068 0.049 0.073 0.122 0.130 0.045 0.073 0.015 0.050 0.023 0.027 0.123 0.017 0.015 0.059 0.040 0.028 0.012 0.362 0.037 0.071 0.035 2555 chr8 68402679 68421580 + 0 NA intron (NM_020361, intron 6 of 10) L1MD1|LINE|L1 156060 NR_136223 102724708 Hs.636330 NR_136223 LOC102724708 - uncharacterized LOC102724708 ncRNA 1.108 0.877 0.578 0.485 0.198 0.399 0.260 0.377 0.016 0.292 0.745 0.102 0.300 0.280 0.047 0.345 0.266 3.997 0.252 0.223 0.033 0.374 0.022 0.069 0.279 0.067 0.112 2.406 0.224 0.138 0.051 0.095 0.230 0.113 0.061 0.196 0.054 0.189 0.101 0.161 0.047 0.145 0.186 0.162 0.046 0.153 0.292 0.153 0.389 0.604 1.095 1.063 0.390 0.099 0.111 0.108 0.389 nan 0.130 0.138 nan 0.187 0.204 0.326 0.475 0.740 0.232 0.342 1.892 0.956 0.159 0.495 0.030 0.571 0.043 0.365 0.007 0.472 0.291 0.035 0.072 0.147 0.122 0.078 0.027 0.016 0.291 0.049 0.211 0.207 0.069 0.109 0.017 0.030 0.292 0.201 0.044 3.997 0.064 0.018 0.010 0.039 0.107 0.183 0.009 0.092 0.100 0.103 0.179 0.074 0.099 0.060 0.009 0.022 2221 chr5 172183826 172236278 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -11849 NM_004417 1843 Hs.171695 NM_004417 ENSG00000120129 DUSP1 CL100|HVH1|MKP-1|MKP1|PTPN10 dual specificity phosphatase 1 protein-coding 1.250 1.577 1.210 0.649 1.519 0.531 0.302 1.108 0.446 0.617 0.904 0.166 0.679 1.150 0.980 0.378 0.216 1.118 0.323 0.536 0.992 2.050 1.259 3.034 3.060 1.095 0.701 1.878 0.800 0.534 0.757 0.117 0.884 0.898 1.126 2.138 0.424 1.293 0.587 1.882 0.236 0.790 0.734 2.418 0.937 0.788 0.690 0.943 1.182 nan 1.353 1.134 1.365 0.824 1.101 1.146 0.976 nan 1.032 1.793 1.571 1.473 0.407 0.625 0.702 1.031 0.790 0.958 0.657 0.543 0.235 1.608 0.475 1.173 0.294 0.675 0.173 2.428 1.590 0.535 1.313 0.090 0.386 1.316 0.882 0.529 0.657 0.269 0.230 1.488 1.797 1.506 2.117 2.372 0.617 2.382 2.444 1.118 1.100 1.667 0.309 0.697 0.733 2.385 0.212 0.857 2.063 0.321 0.174 0.214 0.491 0.962 1.205 0.901 357 chr10 3663941 3668595 + 0 NA intron (NR_131187, intron 1 of 1) intron (NR_131187, intron 1 of 1) 161205 NM_001300 1316 Hs.4055 NM_001300 ENSG00000067082 KLF6 BCD1|CBA1|COPEB|CPBP|GBF|PAC1|ST12|ZF9 Kruppel like factor 6 protein-coding 0.491 0.704 0.600 0.114 0.135 0.256 0.103 0.186 0.040 0.139 2.426 0.342 0.121 0.119 2.788 0.066 0.088 0.217 0.099 0.296 0.160 0.059 0.023 0.152 0.097 0.166 0.208 0.046 5.705 0.215 0.207 0.241 0.040 2.918 10.645 0.210 0.071 0.141 0.144 0.166 3.034 0.059 0.647 0.513 1.719 3.258 0.164 0.285 1.374 0.352 0.079 0.058 0.097 0.168 0.260 0.303 0.189 0.053 0.152 0.413 0.072 0.116 0.128 0.160 0.645 0.508 0.128 2.462 0.139 0.096 0.030 0.060 1.639 0.128 0.021 1.584 0.907 0.554 0.105 0.086 0.087 0.061 0.068 2.466 0.139 0.084 0.080 0.217 0.156 3.613 5.459 0.022 1.805 0.027 0.069 0.311 0.073 0.169 0.027 0.896 3.748 0.049 1307 chr18 22209033 22241787 + 0 NA intron (NR_040033, intron 1 of 2) intron (NR_040033, intron 1 of 2) 17264 NR_040033 729950 Hs.585850 NR_040033 ENSG00000265485 LINC01915 - long intergenic non-protein coding RNA 1915 ncRNA 1.919 1.021 1.828 0.107 0.048 0.657 0.416 0.063 0.019 0.832 0.073 0.058 0.012 0.039 0.013 0.076 0.119 0.339 0.334 0.186 0.011 0.031 0.003 0.010 0.056 0.037 0.052 0.853 0.009 0.062 0.069 0.082 0.199 0.007 0.035 0.048 0.035 0.113 0.020 0.007 0.072 0.092 0.051 0.055 0.031 1.235 1.555 0.224 nan 3.506 3.875 0.254 0.169 0.113 0.131 0.841 1.084 0.430 0.398 2.877 3.115 0.193 0.227 0.617 0.674 2.006 7.247 1.268 1.165 1.402 0.045 0.009 0.081 0.061 0.179 0.017 0.011 0.013 0.023 0.062 0.160 0.288 0.069 0.022 0.019 0.016 0.026 0.026 0.101 0.032 0.046 0.012 0.043 0.832 0.022 0.017 0.339 0.045 0.035 0.404 0.032 0.204 0.002 0.014 0.022 0.054 0.042 0.051 4.598 0.012 0.073 0.009 0.008 1812 chr21 40307107 40382177 + 0 NA Intergenic LTR85a|LTR|Gypsy? 5058 NR_109962 101928435 Hs.385528 NR_109962 ENSG00000232837 LINC01700 - long intergenic non-protein coding RNA 1700 ncRNA nan 0.696 0.896 1.849 0.186 1.602 0.778 0.110 0.044 0.786 0.434 0.085 0.091 0.152 0.032 0.632 0.386 5.317 1.028 0.283 0.053 0.134 0.011 0.163 1.177 0.178 0.410 2.908 0.092 0.123 0.051 0.076 0.337 0.052 0.056 0.291 0.219 0.521 0.313 0.218 0.199 0.707 0.270 0.176 0.180 0.095 0.451 0.431 0.293 0.480 4.110 4.595 nan 0.786 0.289 0.284 0.136 nan 6.481 6.902 0.513 0.336 0.265 0.404 0.657 0.523 0.154 0.246 3.631 1.886 1.104 0.086 0.057 0.343 0.661 2.910 0.030 0.389 0.157 0.056 0.045 0.123 0.295 0.126 0.052 0.043 0.085 0.106 0.126 0.151 0.206 0.040 0.607 0.525 0.786 0.126 0.043 5.317 0.200 0.140 0.115 0.065 1.734 0.094 0.012 0.141 0.104 0.065 0.194 0.116 0.037 0.056 0.012 0.008 1941 chr3 125036529 125045329 + 0 NA intron (NM_021964, intron 3 of 8) AluY|SINE|Alu 53269 NM_021964 7707 Hs.592591 NM_021964 ENSG00000163848 ZNF148 BERF-1|BFCOL1|HT-BETA|ZBP-89|ZFP148|pHZ-52 zinc finger protein 148 protein-coding 1.125 nan 1.107 0.189 0.852 0.392 0.200 0.098 0.014 0.189 0.901 0.293 0.003 0.192 0.036 0.231 0.314 0.287 0.278 0.155 0.084 0.118 0.073 0.135 0.153 0.127 0.112 0.272 0.250 0.631 0.024 0.093 0.971 0.094 0.105 0.254 0.079 0.413 0.074 0.010 0.444 1.679 0.115 0.121 0.083 0.401 0.375 0.398 0.826 0.650 0.850 0.616 0.322 0.401 0.361 4.971 nan 0.287 0.370 1.386 0.929 0.215 0.378 0.163 0.182 0.648 1.473 0.356 0.340 0.442 0.235 0.076 0.106 0.018 0.141 0.064 0.150 0.075 0.075 0.080 0.054 0.640 0.031 0.014 0.009 0.034 0.018 0.096 0.079 0.037 0.185 0.107 0.172 0.189 0.090 0.085 0.287 0.027 0.066 0.034 0.072 0.023 0.062 0.174 0.169 0.253 0.467 0.079 0.180 0.043 0.132 0.033 0.041 1769 chr20 60775474 60803472 + 0 NA TTS (NM_007232) TTS (NM_007232) 5850 NM_007232 11255 Hs.251399 NM_007232 ENSG00000101180 HRH3 GPCR97|HH3R histamine receptor H3 protein-coding 0.877 1.093 0.627 0.571 0.104 2.154 1.163 0.150 0.016 1.012 0.072 0.098 0.021 0.077 0.036 1.089 0.739 0.738 1.150 0.121 0.009 0.094 0.004 0.201 0.294 0.149 0.138 5.631 0.016 0.073 0.082 0.071 0.168 0.034 0.075 0.031 0.059 0.180 0.016 0.064 0.238 0.163 0.075 0.113 0.059 1.550 nan 0.107 0.179 1.135 1.098 2.212 0.716 0.476 0.594 0.395 0.645 2.242 1.959 0.497 0.376 0.606 0.761 0.248 0.268 0.477 0.599 2.378 1.234 0.627 0.082 0.041 0.053 0.132 2.016 0.030 0.020 0.023 0.079 0.086 0.051 0.110 0.211 0.058 0.047 0.054 0.099 0.142 0.109 0.125 0.096 5.069 0.076 1.012 0.115 0.049 0.738 0.028 0.057 0.236 0.266 1.353 0.015 0.006 0.059 0.028 0.016 0.197 0.092 0.464 0.057 0.022 0.016 2475 chr7 103269886 103281370 + 0 NA intron (NM_173054, intron 19 of 63) intron (NM_173054, intron 19 of 63) -189004 NM_206885 375611 Hs.585146 NM_198999 ENSG00000170615 SLC26A5 DFNB61|PRES solute carrier family 26 member 5 protein-coding nan 0.670 0.656 0.115 1.062 0.212 0.106 0.138 0.011 0.127 0.097 0.111 0.400 0.487 0.027 0.163 0.124 0.115 0.336 0.342 0.111 3.560 0.944 0.306 0.158 0.217 0.942 0.201 0.533 0.028 0.079 0.184 0.427 0.083 0.039 0.558 0.028 0.072 0.275 1.512 0.056 1.744 0.161 1.150 0.178 0.354 0.408 0.215 0.357 0.619 0.311 0.264 0.899 0.391 0.221 0.197 0.445 0.608 0.249 0.251 0.437 0.149 0.126 0.244 0.113 0.180 0.375 nan 0.638 0.611 0.024 0.677 0.074 0.161 0.018 0.077 0.006 0.013 0.006 0.074 0.008 0.042 0.201 0.102 0.102 0.375 0.027 0.021 0.122 0.057 0.025 0.041 0.410 0.127 0.080 0.041 0.115 0.330 0.123 0.017 0.020 0.009 0.613 0.397 0.311 0.349 0.041 0.043 0.087 0.013 1.491 0.035 455 chr11 9479999 9485503 + 0 NA promoter-TSS (NR_036539) promoter-TSS (NR_036539) 239 NM_001282656 7702 Hs.523471 NM_003442 ENSG00000166478 ZNF143 SBF|STAF|pHZ-1 zinc finger protein 143 protein-coding 5.343 5.471 5.785 7.211 4.113 8.063 4.369 6.889 3.744 5.840 3.736 0.379 1.276 3.780 4.267 2.817 1.386 10.464 3.648 4.493 1.755 3.306 2.381 3.729 7.817 6.942 5.333 12.042 1.828 4.289 6.374 0.174 7.751 2.013 3.878 4.132 0.983 6.980 9.496 3.019 1.001 8.252 7.810 3.432 4.771 2.159 11.879 9.963 9.225 14.572 12.857 13.016 9.733 6.933 18.182 19.401 7.085 8.878 6.337 11.378 10.416 10.189 8.255 11.904 8.290 10.091 9.400 8.713 4.111 2.049 5.979 4.807 1.326 3.828 2.797 5.468 3.802 3.505 4.710 3.187 6.765 1.898 2.521 8.919 6.442 3.050 2.084 1.575 1.546 5.912 5.309 3.524 3.486 3.563 5.840 5.898 6.659 10.464 3.070 2.692 0.996 5.659 1.771 3.991 1.917 5.341 3.362 3.258 4.039 3.078 4.214 1.442 3.003 2.598 1875 chr3 11313710 11334402 + 0 NA intron (NM_001136031, intron 1 of 17) intron (NM_001136031, intron 1 of 17) 10046 NM_001144912 10533 Hs.38032 NM_006395 ENSG00000197548 ATG7 APG7-LIKE|APG7L|GSA7 autophagy related 7 protein-coding nan 0.911 1.817 0.291 0.507 0.273 0.116 2.893 0.064 0.199 0.874 0.148 1.244 2.283 1.813 0.210 0.120 0.148 0.394 0.438 1.311 1.766 1.056 0.615 0.933 0.348 0.440 0.578 1.342 0.305 0.243 0.070 0.549 1.226 0.330 2.629 0.474 1.321 0.460 2.060 0.067 0.696 0.399 0.911 2.295 0.426 0.398 0.508 0.931 2.085 0.666 0.812 0.987 0.382 1.083 1.159 0.737 0.963 0.791 1.237 0.948 0.814 0.392 0.608 0.501 0.797 0.553 0.905 1.106 0.586 0.101 2.169 0.566 2.318 0.122 0.181 0.033 1.555 1.311 0.188 1.715 0.197 0.146 4.081 4.216 1.682 0.474 0.060 0.095 3.904 0.833 2.107 0.159 1.326 0.199 0.816 2.384 0.148 0.415 0.192 0.294 3.337 0.179 3.009 0.867 2.052 3.835 0.115 0.113 0.199 1.766 0.774 0.152 0.136 1673 chr2 219856700 219869457 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 3352 NR_029867 494324 NR_029867 ENSG00000198973 MIR375 MIRN375|hsa-mir-375|miRNA375|mir-375 microRNA 375 ncRNA nan 2.648 nan 6.060 0.153 7.467 3.644 0.170 0.038 1.346 0.065 0.064 0.327 0.538 0.312 3.870 1.903 12.303 4.416 0.210 0.049 0.815 0.207 0.202 2.422 1.682 0.433 7.874 0.182 0.178 0.545 0.061 0.295 0.166 0.090 0.167 0.145 0.214 0.184 0.191 0.064 0.263 0.192 0.340 0.166 0.204 4.812 9.428 0.301 0.514 11.665 11.008 4.360 1.559 0.349 0.302 0.886 1.205 14.757 nan 3.961 4.135 2.304 4.864 1.937 1.270 1.461 6.595 2.463 1.161 5.708 0.484 0.067 0.167 4.848 4.406 0.044 0.348 0.176 0.253 1.495 0.575 0.675 0.175 0.114 0.116 0.194 0.240 0.124 0.141 0.542 0.405 0.198 0.255 1.346 0.521 0.317 12.303 0.154 0.169 1.795 1.549 4.995 0.005 0.062 0.193 0.061 0.108 4.506 1.286 0.185 0.134 0.018 0.036 2132 chr5 50254241 50271060 + 0 NA Intergenic Intergenic 3371 NR_104653 100287592 Hs.519298 NR_104653 ENSG00000251573 LINC02106 - long intergenic non-protein coding RNA 2106 ncRNA nan nan 0.759 0.447 0.158 4.016 2.143 0.051 0.022 5.111 0.106 0.067 0.034 0.244 0.019 2.651 1.317 4.047 0.260 0.101 0.052 0.077 0.075 0.173 0.421 0.221 0.149 13.927 0.052 0.242 0.543 0.149 0.275 0.014 0.054 0.076 0.024 0.139 0.089 0.052 0.034 0.146 0.121 0.203 0.080 0.136 0.142 0.102 10.509 9.054 11.404 10.821 nan 1.480 0.083 0.096 0.174 0.330 0.294 0.497 nan 4.917 0.080 0.104 12.288 11.685 0.201 0.299 3.204 1.836 7.393 0.169 0.017 0.076 0.071 0.579 0.081 0.030 0.031 0.052 3.977 1.103 0.060 0.079 0.056 0.050 0.092 0.111 0.267 0.091 0.168 0.080 0.036 5.111 0.103 0.044 4.047 0.058 0.044 0.184 0.241 0.097 0.008 0.002 0.052 0.085 0.055 0.028 0.132 0.014 0.056 0.038 0.015 297 chr1 212777795 212783932 + 0 NA intron (NM_001030287, intron 1 of 3) CpG -1107 NM_001674 467 Hs.460 NM_001674 ENSG00000162772 ATF3 - activating transcription factor 3 protein-coding 4.154 4.802 4.912 4.277 2.112 3.984 2.219 0.974 0.639 2.706 2.365 0.078 0.402 1.485 0.253 4.838 1.352 4.912 2.748 2.384 0.484 2.263 0.413 0.243 4.718 2.374 1.165 nan 0.712 1.783 2.050 0.137 2.728 0.267 0.568 0.645 0.545 0.945 1.040 1.368 0.998 1.325 6.292 1.289 0.283 0.563 1.446 1.903 7.987 14.383 4.114 3.217 nan 2.692 13.029 13.480 1.314 nan 2.668 6.308 1.552 2.148 0.879 1.426 2.363 2.719 1.765 4.740 1.603 1.308 1.616 0.935 0.668 1.554 0.812 3.015 0.631 0.631 0.309 1.023 0.840 0.281 1.683 2.157 1.279 0.978 0.374 1.557 1.337 0.719 2.268 1.649 3.360 0.544 2.706 5.241 0.575 4.912 1.276 2.168 0.699 4.710 1.786 0.798 0.643 0.442 0.687 0.540 0.342 1.232 0.125 0.294 1.192 0.555 963 chr15 71144397 71167758 + 0 NA intron (NM_001284357, intron 1 of 16) LTR88b|LTR|Gypsy? -9473 NM_197958 55323 Hs.416755 NM_018357 ENSG00000166173 LARP6 ACHN La ribonucleoprotein domain family member 6 protein-coding 1.051 1.283 0.597 0.203 0.491 0.776 0.329 0.822 0.080 0.757 1.770 0.111 0.170 0.180 0.205 0.179 0.139 0.641 1.064 0.297 1.182 0.099 0.412 0.407 1.076 0.786 0.225 1.922 0.594 0.261 0.495 0.095 0.668 0.793 0.148 0.710 0.109 0.297 0.385 0.079 0.234 0.772 0.392 1.003 0.264 0.402 0.315 0.191 0.745 1.559 0.723 0.819 0.891 0.455 0.397 0.400 0.244 0.425 0.554 0.784 0.965 0.870 0.496 0.584 0.066 0.117 0.397 0.714 0.552 0.413 0.045 0.701 0.110 3.613 0.039 0.142 0.220 0.466 0.183 0.278 0.385 0.019 0.139 0.493 0.270 0.230 0.165 0.219 0.214 1.892 0.911 1.489 0.243 0.259 0.757 0.315 0.178 0.641 0.105 0.162 0.109 0.545 0.136 1.650 0.547 0.822 2.563 0.129 0.055 0.059 0.711 0.105 0.363 0.225 2612 chr8 143314215 143319078 + 0 NA intron (NM_145003, intron 12 of 13) intron (NM_145003, intron 12 of 13) 36929 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.027 0.741 nan 0.162 3.296 0.214 0.197 0.582 0.013 0.816 0.016 0.066 0.740 0.477 1.383 0.032 0.035 1.131 0.468 0.088 0.509 3.239 2.205 0.520 9.028 2.068 1.146 0.671 1.910 0.149 0.044 0.043 0.466 2.795 0.172 6.590 0.250 0.370 0.381 1.601 0.233 1.397 0.062 0.377 2.655 0.362 0.503 0.865 0.069 0.105 nan 2.180 nan 0.137 0.124 0.240 0.263 0.621 0.927 1.661 1.127 1.039 0.518 0.581 0.235 0.319 0.268 0.310 0.375 0.417 1.547 3.147 0.057 1.442 0.710 1.288 0.058 1.440 0.772 0.134 0.011 0.038 0.400 5.608 10.371 4.128 0.296 3.889 0.117 5.089 0.136 0.390 0.816 0.752 3.755 1.131 0.025 0.688 0.277 3.322 0.480 1.622 1.929 1.526 0.914 0.097 0.082 0.324 2.475 0.642 4.395 3.407 2031 chr4 35462466 35472685 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 -778163 NR_122079 439933 Hs.591071 NR_122079 ENSG00000247193 LOC439933 - uncharacterized LOC439933 ncRNA 0.459 0.512 0.457 0.103 0.077 0.154 0.094 0.068 0.012 0.076 0.059 0.063 0.037 0.094 0.006 0.078 0.114 0.083 0.130 0.094 0.012 0.060 0.015 0.063 0.067 0.024 0.090 0.161 0.014 0.052 0.003 0.061 0.102 0.012 0.030 0.064 0.047 0.145 0.011 0.008 0.092 0.079 0.035 0.047 0.133 0.436 0.161 5.708 7.388 0.203 0.268 0.254 0.094 0.196 0.166 0.349 0.543 0.235 0.228 0.463 0.164 0.124 0.168 0.090 0.104 0.115 0.224 0.322 0.480 0.078 0.009 0.018 0.078 0.087 0.017 0.013 0.021 0.043 0.052 0.009 0.062 0.090 0.023 0.007 0.112 0.028 0.047 0.026 0.076 0.049 0.009 0.083 0.036 0.032 0.045 0.030 0.020 0.020 0.007 0.055 0.046 0.020 0.122 0.037 0.093 0.028 0.015 2272 chr6 31160828 31173910 + 0 NA intron (NR_026791, intron 1 of 1) intron (NR_026791, intron 1 of 1) 1832 NR_026791 253018 Hs.659818 NR_026791 ENSG00000206344 HCG27 bCX101P6.9|bPG299F13.9|bQB115I13.2 HLA complex group 27 (non-protein coding) ncRNA nan 3.337 nan 3.795 3.307 5.553 3.079 1.901 1.266 1.454 1.246 0.468 0.948 2.890 3.972 1.612 0.578 4.009 0.405 0.902 0.653 2.176 0.912 1.955 3.157 1.383 2.280 2.999 1.309 1.054 1.565 0.148 2.317 0.650 0.926 2.828 0.524 2.119 0.769 1.494 0.449 1.913 2.744 1.649 1.286 0.860 2.036 2.314 3.854 nan nan 1.897 7.018 4.778 2.813 3.001 0.506 0.726 6.261 8.763 0.410 0.226 1.033 1.648 2.736 3.351 0.171 0.388 2.206 1.406 1.349 3.661 0.525 1.227 1.784 2.848 0.679 1.618 1.669 0.400 1.714 0.552 0.230 3.130 2.131 0.774 1.590 0.395 0.464 3.191 1.159 3.557 1.534 1.100 1.454 5.393 3.057 4.009 0.543 1.087 0.292 3.148 1.104 1.505 2.638 1.353 0.963 1.051 1.233 0.132 1.575 1.612 0.565 0.386 1889 chr3 24225586 24243373 + 0 NA intron (NM_001252634, intron 5 of 11) intron (NM_001252634, intron 5 of 11) 41664 NR_121667 101927854 Hs.570625 NR_121667 LOC101927854 - uncharacterized LOC101927854 ncRNA 0.775 0.766 0.796 0.030 0.052 0.143 0.063 0.198 0.007 0.151 1.898 0.127 0.021 0.083 0.046 0.097 0.061 0.189 0.169 0.084 0.021 0.084 0.036 0.242 0.148 0.059 0.071 0.185 0.016 0.072 0.030 0.090 0.131 0.013 0.094 0.068 0.138 0.314 0.183 0.019 0.022 0.111 0.115 0.094 0.076 0.094 0.162 0.133 0.269 0.422 0.339 0.523 0.709 0.199 0.132 0.127 0.369 0.515 0.191 0.209 nan 0.688 0.107 0.190 0.168 0.173 1.650 5.503 0.395 0.419 0.078 0.068 0.070 0.238 0.033 0.151 0.008 0.016 0.016 0.132 0.084 0.021 0.177 0.036 0.041 0.022 0.065 0.022 0.021 0.112 0.060 0.040 0.018 0.094 0.151 0.036 0.021 0.189 0.104 0.037 0.027 0.085 0.029 0.084 0.005 0.063 0.087 0.013 0.039 1.163 0.047 0.106 0.016 0.017 2692 chr9 110915689 110931931 + 0 NA Intergenic Intergenic -671809 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 0.664 0.655 nan 0.254 0.049 0.654 0.307 0.115 0.035 0.234 0.226 0.010 0.140 0.175 0.027 0.087 0.090 0.195 0.169 0.208 0.069 0.114 0.071 0.145 nan 0.118 0.087 0.362 0.144 0.487 0.026 0.058 0.293 0.073 0.172 0.138 0.053 0.148 0.502 0.175 0.209 0.203 0.501 0.081 0.231 0.141 1.791 2.178 4.150 2.791 0.326 0.405 0.877 0.293 8.399 8.582 0.080 0.166 0.368 nan 0.430 0.190 3.114 3.641 0.261 0.270 0.103 0.188 nan 0.549 0.027 0.319 0.195 0.031 0.049 0.008 0.555 0.214 0.041 0.494 0.030 0.062 0.125 0.070 0.091 0.118 0.078 0.172 0.620 0.231 0.097 0.097 0.292 0.234 0.136 0.022 0.195 0.270 0.143 0.114 0.043 0.082 0.170 0.023 0.111 0.103 0.719 3.276 0.031 0.037 0.041 0.032 0.009 2646 chr9 13932604 13983382 + 0 NA Intergenic (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 30023 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 0.854 0.229 0.077 1.288 0.716 0.074 0.043 0.395 0.190 0.083 0.045 0.117 0.036 0.290 0.275 0.431 0.141 0.233 0.083 0.122 0.037 0.102 0.687 0.130 0.301 0.815 0.115 0.115 0.047 0.084 0.141 0.093 0.040 0.037 0.152 0.306 0.133 0.095 0.122 0.147 0.328 0.126 0.112 0.132 0.224 0.131 1.031 1.768 0.600 0.736 1.570 0.644 0.118 0.115 4.128 6.005 0.792 0.712 0.366 0.164 0.155 0.212 1.092 0.890 0.200 0.358 1.547 1.118 4.466 0.220 0.006 0.405 0.033 0.131 0.014 0.108 0.024 0.009 0.133 0.298 0.107 0.027 0.031 0.025 0.054 0.014 0.045 0.246 0.083 0.104 0.072 0.034 0.395 0.053 0.337 0.431 0.032 0.034 0.015 0.023 0.070 0.100 0.026 0.064 0.119 0.059 0.051 0.051 0.121 0.023 0.053 0.045 10 chr1 3081027 3091074 + 0 NA intron (NM_199454, intron 1 of 16) MIR|SINE|MIR 41511 NR_036215 100422968 NR_036215 ENSG00000283572 MIR4251 - microRNA 4251 ncRNA 1.606 nan 0.955 0.071 0.058 1.972 1.051 0.084 0.006 0.369 0.090 0.016 0.053 0.032 0.031 0.065 0.072 0.086 0.085 0.035 0.096 0.042 0.088 nan 0.112 0.032 0.509 0.064 0.113 0.073 0.180 0.023 0.027 0.003 0.048 0.240 0.032 0.141 0.110 0.042 0.022 0.102 0.155 0.092 0.119 0.179 0.294 0.317 0.059 0.054 0.170 0.218 1.295 nan nan 0.136 nan 0.123 0.180 0.191 0.033 0.071 0.079 0.095 0.154 0.168 9.298 0.084 0.018 0.194 0.859 0.063 0.027 0.133 0.086 0.029 0.041 0.019 0.007 0.046 0.024 0.008 0.015 0.015 0.012 0.059 0.089 0.007 0.026 0.369 0.057 0.000 0.072 0.024 0.137 0.745 0.123 0.333 0.013 0.017 0.048 0.119 0.148 0.025 0.022 0.037 0.006 0.020 980 chr15 80675098 80712749 + 0 NA Intergenic Intergenic -2769 NM_014862 9915 Hs.459070 NM_014862 ENSG00000172379 ARNT2 WEDAS|bHLHe1 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 protein-coding 0.908 nan 0.677 0.227 0.078 0.584 0.414 0.116 0.005 0.349 0.107 0.086 0.035 0.050 0.029 0.267 0.209 0.699 0.244 0.113 0.207 0.061 0.053 0.124 0.549 0.300 0.200 0.999 0.050 0.304 0.324 0.085 0.236 0.090 0.071 0.973 0.090 0.131 0.304 0.032 0.123 0.218 0.082 0.245 0.069 0.113 3.323 3.200 6.220 4.477 0.955 0.916 1.023 0.440 6.534 6.793 0.650 1.010 0.793 1.447 1.136 0.969 0.875 1.262 0.152 0.140 0.216 0.223 0.552 0.398 0.177 0.075 0.003 0.104 0.168 0.190 0.132 0.256 0.154 0.031 0.056 0.023 0.198 0.094 0.091 0.069 0.032 0.226 0.183 0.229 0.495 0.041 0.048 0.070 0.349 0.053 0.037 0.699 0.023 0.031 0.134 0.125 0.313 0.034 0.011 0.027 0.305 0.253 0.420 0.102 0.041 0.043 0.076 0.062 1596 chr2 114290794 114300580 + 0 NA intron (NR_121186, intron 1 of 2) AluSz6|SINE|Alu 4563 NR_121190 101929127 Hs.552787 NR_121188 ENSG00000277631 PGM5P3-AS1 FAM233B PGM5P3 antisense RNA 1 ncRNA 0.911 nan 1.025 0.385 0.503 0.491 0.181 0.080 0.458 0.093 0.101 0.135 1.090 0.045 0.176 0.212 0.122 0.184 0.262 0.089 1.914 0.583 0.181 0.244 0.221 0.405 nan 0.119 0.142 0.066 0.067 0.361 0.434 0.008 0.133 0.601 1.966 0.238 3.838 0.117 0.164 0.183 0.123 0.049 0.455 0.208 0.181 0.858 1.396 1.554 nan 0.577 0.174 0.412 0.388 0.195 0.322 0.287 0.421 0.496 0.439 0.259 0.466 0.058 0.134 0.930 1.788 0.778 0.535 0.045 1.591 0.078 0.057 0.176 0.067 0.050 0.523 0.437 0.496 0.055 0.010 0.024 0.671 0.254 0.230 0.567 0.153 0.110 0.195 0.186 0.341 0.073 0.355 0.458 0.638 0.114 0.122 0.049 0.112 0.168 0.339 0.042 2.220 0.004 0.161 0.200 0.048 0.094 2.182 0.170 3.316 0.012 0.016 550 chr11 67210095 67221559 + 0 NA Intergenic Intergenic -4059 NM_001300896 57010 Hs.143036 NM_145200 ENSG00000175544 CABP4 CRSD|CSNB2B calcium binding protein 4 protein-coding nan 1.670 2.178 2.244 1.252 1.583 0.866 0.906 0.390 0.894 0.612 0.199 0.215 0.948 0.797 0.668 0.394 2.455 0.667 1.082 0.302 0.661 0.292 0.650 3.020 1.779 1.492 2.591 0.179 0.681 1.050 0.140 1.508 0.165 0.543 1.234 0.197 0.570 0.690 0.761 0.268 1.416 1.487 0.682 1.373 0.635 1.637 2.486 1.243 1.581 2.174 2.242 4.176 1.437 1.862 2.034 0.982 1.478 4.283 4.436 1.045 0.720 1.153 1.259 0.832 0.814 0.642 0.870 1.607 0.901 0.783 0.878 0.394 1.793 1.658 0.971 1.030 0.619 0.536 0.808 0.575 0.141 0.579 2.462 1.409 0.573 0.475 0.567 0.476 0.856 1.346 1.249 1.735 1.602 0.894 1.219 1.104 2.455 0.555 1.238 0.619 3.732 2.701 0.532 0.228 0.973 0.407 0.493 0.397 0.420 0.386 0.600 0.282 0.227 2083 chr4 149361793 149367527 + 0 NA promoter-TSS (NM_001166104) promoter-TSS (NM_001166104) -988 NM_001166104 4306 Hs.163924 NM_000901 ENSG00000151623 NR3C2 MCR|MLR|MR|NR3C2VIT nuclear receptor subfamily 3 group C member 2 protein-coding 0.634 2.330 1.856 0.520 1.815 0.401 0.195 0.894 0.055 0.067 1.639 0.139 0.200 1.320 0.333 0.157 0.188 0.340 1.295 0.777 6.651 2.111 0.550 2.146 1.312 3.938 4.470 0.865 0.466 0.227 0.079 0.753 0.330 0.146 2.284 0.811 2.518 0.374 1.664 0.082 0.360 1.135 0.479 0.203 0.524 0.434 0.917 1.899 3.050 0.200 0.220 0.344 0.114 0.654 0.886 0.246 0.485 1.048 1.408 0.567 0.377 0.366 1.246 1.732 1.348 0.574 1.698 0.380 0.432 0.010 0.640 0.438 0.088 0.620 0.024 0.913 0.390 0.101 0.018 0.150 0.014 0.579 0.589 0.409 0.040 0.949 0.848 0.384 0.767 2.194 1.673 0.268 0.067 1.092 0.081 0.188 0.363 0.461 0.017 0.396 0.143 1.537 0.096 0.014 0.777 0.059 0.586 0.239 0.917 1.854 0.099 0.026 2697 chr9 124940842 124965232 + 0 NA intron (NM_198469, intron 4 of 4) intron (NM_198469, intron 4 of 4) 30850 NM_198469 254956 Hs.71428 NM_198469 ENSG00000185681 MORN5 C9orf113|C9orf18 MORN repeat containing 5 protein-coding nan nan 0.643 0.716 0.059 4.840 2.650 0.096 0.018 0.215 0.092 0.093 0.156 0.217 0.031 0.168 0.177 0.952 0.207 0.440 0.036 0.152 0.108 0.121 3.962 1.183 0.269 nan 0.327 0.136 0.058 0.100 0.571 0.058 0.065 0.335 0.158 0.573 0.437 0.067 0.202 1.822 0.222 0.126 0.091 0.081 0.300 0.583 0.227 0.345 1.510 1.526 0.933 0.450 0.446 0.442 0.109 nan 0.471 0.671 0.613 0.454 0.258 0.310 0.303 0.261 0.177 0.259 nan 1.149 2.671 0.258 0.011 0.123 0.024 1.110 0.034 0.077 0.051 0.061 0.094 0.027 0.107 0.144 0.057 0.055 0.089 0.910 0.892 0.225 0.170 0.087 0.330 0.176 0.215 0.274 0.180 0.952 0.190 0.045 0.064 0.073 0.403 0.095 0.134 0.151 0.064 0.311 0.049 0.030 0.087 0.078 0.052 0.074 2097 chr5 366608 432194 + 0 NA intron (NM_020731, intron 4 of 11) intron (NM_020731, intron 4 of 11) 43874 NR_126522 116349 Hs.446702 NM_138464 ENSG00000221990 EXOC3-AS1 C5orf55 EXOC3 antisense RNA 1 ncRNA 0.809 2.021 2.817 0.928 0.177 1.499 0.801 1.041 0.019 4.227 0.573 0.180 0.422 0.913 0.117 2.965 1.557 2.367 1.628 0.257 0.198 0.125 0.035 0.252 3.418 0.525 0.448 1.617 0.230 0.714 0.114 0.109 0.722 0.245 0.139 0.465 0.077 0.179 0.506 0.055 0.366 0.624 0.365 0.250 0.142 0.481 2.117 2.901 1.827 nan 6.681 6.824 4.589 2.139 0.691 0.692 0.377 0.685 nan 4.652 nan 1.432 0.866 1.091 0.856 0.641 0.088 0.121 3.859 nan 2.716 1.651 0.042 0.881 2.175 3.876 0.095 0.466 0.240 0.110 0.506 0.103 0.078 0.365 0.608 0.332 0.213 0.455 0.400 0.265 0.453 0.236 0.204 1.139 4.227 1.143 0.037 2.367 0.121 0.269 1.349 0.082 3.342 0.813 0.007 0.371 0.239 0.341 0.361 0.021 0.253 0.099 1.274 1.299 1081 chr16 75086891 75146054 + 0 NA intron (NM_032268, intron 1 of 4) AluJb|SINE|Alu 34198 NM_153486 197257 Hs.380929 NM_153486 ENSG00000166816 LDHD DLD lactate dehydrogenase D protein-coding 1.018 0.937 nan 1.109 0.285 0.601 0.335 0.505 0.098 0.473 0.287 0.082 0.289 0.736 0.324 0.157 0.121 0.671 0.314 1.221 0.096 0.269 0.230 0.438 2.332 0.520 0.875 0.957 0.484 0.118 0.104 0.088 0.624 0.400 0.355 0.513 0.199 0.552 0.597 0.308 0.235 1.052 1.028 0.167 1.342 0.307 0.349 0.453 0.256 0.469 0.814 0.825 0.808 0.289 0.610 0.643 0.645 1.025 3.826 4.197 0.909 0.777 0.176 0.271 0.121 0.109 0.317 0.699 1.769 1.020 0.716 0.904 0.752 0.776 1.179 0.735 0.049 0.841 0.493 0.125 0.388 0.018 0.061 0.257 0.177 0.155 0.262 0.106 0.143 0.451 0.608 0.773 0.062 1.271 0.473 0.872 0.468 0.671 0.453 1.355 0.127 0.153 1.225 0.285 0.387 0.308 0.192 0.072 0.057 0.215 0.309 0.329 0.041 0.030 1651 chr2 201932280 201938205 + 0 NA intron (NM_001321626, intron 1 of 12) AluSp|SINE|Alu 1109 NM_001321626 285172 Hs.24701 NM_173822 ENSG00000155744 FAM126B HYCC2 family with sequence similarity 126 member B protein-coding 2.917 nan 2.417 3.353 2.820 2.647 1.221 1.885 0.511 1.576 1.493 0.109 0.894 2.448 7.321 0.980 0.909 2.283 1.587 1.384 0.313 2.196 1.045 1.872 3.121 3.138 2.380 4.707 1.285 2.270 1.278 0.100 3.765 1.132 0.949 2.957 0.492 2.606 1.641 1.315 0.423 2.098 4.653 2.277 2.391 1.812 3.596 2.452 5.451 7.687 3.536 3.423 4.015 1.337 9.480 10.747 2.249 3.123 3.343 4.921 5.332 4.134 2.959 5.073 1.957 2.638 3.502 4.928 1.751 0.930 1.592 2.142 0.646 1.493 0.855 1.097 1.053 1.575 1.633 0.678 1.865 0.228 0.938 2.312 1.661 0.957 1.149 0.834 1.076 1.228 1.058 1.591 1.068 1.010 1.576 1.661 2.847 2.283 0.473 0.862 0.899 1.316 0.924 0.955 0.702 1.377 0.470 0.989 1.397 1.103 1.827 1.074 1.225 0.920 958 chr15 67187300 67196952 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 56727 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LOC102723481 - uncharacterized LOC102723481 ncRNA 0.846 0.669 nan 0.036 0.168 0.229 0.199 0.595 0.045 0.332 0.325 0.166 0.327 0.187 0.474 0.048 0.106 0.082 0.245 0.193 0.359 0.105 0.186 0.236 0.359 0.050 0.078 0.340 0.376 0.133 0.035 0.069 0.279 0.192 0.133 0.426 1.585 4.166 0.220 0.283 0.072 0.243 0.186 0.124 0.121 0.054 0.291 0.217 0.693 1.187 0.143 0.246 nan 0.094 0.243 0.191 0.243 0.430 0.228 0.371 0.720 0.488 0.138 0.224 0.381 0.666 0.461 0.813 0.777 0.566 0.018 0.457 0.248 0.483 0.102 0.135 0.058 0.459 0.189 0.542 1.211 0.023 0.033 0.668 0.231 0.185 0.097 0.097 0.072 0.344 0.646 0.902 0.179 0.312 0.332 0.184 0.317 0.082 0.214 0.223 0.079 0.316 0.011 1.720 0.203 0.556 0.874 0.061 0.041 0.207 0.338 0.126 0.030 0.011 1569 chr2 70120435 70128450 + 0 NA intron (NR_037862, intron 3 of 6) intron (NR_037862, intron 3 of 6) 3367 NM_006857 11017 Hs.54649 NM_006857 ENSG00000124380 SNRNP27 27K|RY1 small nuclear ribonucleoprotein U4/U6.U5 subunit 27 protein-coding nan nan 1.379 0.825 0.637 0.980 0.832 0.874 0.143 0.660 0.604 0.100 0.397 1.277 0.417 0.393 0.241 1.021 0.374 0.653 0.216 0.610 0.202 0.702 1.631 1.211 0.767 1.954 0.383 0.694 0.986 0.114 1.206 0.434 0.510 0.615 0.180 0.775 1.360 0.833 0.339 0.776 1.922 0.865 0.637 0.429 6.256 4.827 12.902 6.643 1.728 2.161 2.048 0.723 4.681 5.052 1.427 1.911 1.578 2.498 2.085 1.790 3.270 4.133 0.564 0.816 1.396 1.916 nan 0.530 0.355 0.826 0.380 0.813 0.199 0.640 0.259 0.985 0.745 0.354 0.616 0.071 0.314 0.873 0.865 0.509 0.241 0.242 0.455 0.772 1.349 1.256 0.652 0.591 0.660 0.888 0.941 1.021 0.367 0.605 0.171 0.978 0.428 0.508 0.136 0.480 0.374 0.444 0.616 0.248 0.420 0.310 0.366 0.261 1736 chr20 35916369 35926930 + 0 NA intron (NM_001003897, intron 1 of 2) MER1A|DNA|hAT-Charlie 3598 NM_022077 63905 Hs.6126 NM_022077 ENSG00000101363 MANBAL - mannosidase beta like protein-coding 2.591 3.939 2.048 4.006 2.116 2.003 0.980 2.531 0.412 2.343 1.086 0.411 1.366 2.471 1.827 1.077 0.620 3.200 1.133 1.409 1.015 1.580 1.018 1.361 nan 1.411 1.269 4.491 1.104 1.397 1.410 0.132 3.515 1.340 0.520 2.967 1.031 4.161 2.679 1.580 1.154 4.951 5.882 2.761 1.422 0.848 3.028 2.969 1.425 2.783 3.296 nan 7.518 2.583 3.734 4.044 2.110 3.086 4.691 6.247 2.898 2.952 1.497 2.068 1.777 2.169 2.159 nan 1.925 1.098 0.895 2.140 0.835 3.375 0.405 1.483 0.730 1.812 1.524 0.676 3.094 0.208 0.876 1.913 1.873 0.953 1.455 0.325 0.216 2.127 3.045 2.349 0.590 1.537 2.343 3.916 4.993 3.200 1.182 1.280 0.734 2.724 1.101 2.281 1.034 3.880 2.872 0.699 0.554 0.669 2.499 1.077 1.641 0.995 592 chr11 113944641 113971343 + 0 NA intron (NM_001018011, intron 2 of 6) intron (NM_001018011, intron 2 of 6) 26704 NM_001018011 7704 Hs.591945 NM_006006 ENSG00000109906 ZBTB16 PLZF|ZNF145 zinc finger and BTB domain containing 16 protein-coding 0.565 0.856 0.483 3.045 0.027 0.464 0.234 0.052 0.021 0.782 0.041 0.036 0.040 0.033 0.302 0.155 0.701 0.127 0.163 0.014 0.056 0.012 0.127 0.227 0.066 0.058 0.663 0.005 1.137 0.053 0.101 0.115 0.035 0.104 0.035 0.012 0.018 0.181 0.012 0.006 0.109 0.072 0.072 0.058 0.082 0.677 nan 0.112 0.162 0.880 0.813 0.663 0.180 0.112 0.114 0.286 nan 2.492 2.404 0.377 0.214 0.606 0.735 0.417 0.421 0.227 0.508 1.741 1.013 0.089 0.053 0.011 0.034 0.514 0.097 0.005 0.039 0.024 0.061 0.040 0.125 0.065 0.169 0.045 0.032 0.035 0.205 0.242 0.183 0.061 0.030 0.021 0.061 0.782 0.051 0.042 0.701 0.014 0.070 0.066 0.079 0.228 0.015 0.006 0.027 0.029 2.902 0.162 0.157 0.014 0.051 0.019 0.013 2542 chr8 53294095 53321035 + 0 NA intron (NM_014682, intron 2 of 25) intron (NM_014682, intron 2 of 25) 14874 NM_014682 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.237 nan 0.900 2.575 0.032 1.096 0.578 0.101 0.021 0.209 0.084 0.059 0.055 0.165 0.035 0.835 0.305 2.600 0.186 0.165 0.014 0.083 0.035 0.226 0.380 0.078 0.070 0.873 0.247 0.234 0.048 0.099 0.168 0.048 0.046 0.045 0.020 0.064 0.636 0.053 0.021 0.081 0.166 0.060 0.050 0.121 0.347 0.292 0.432 0.471 1.920 2.338 2.849 1.051 0.470 0.455 0.578 nan 1.624 1.123 0.457 0.282 0.224 0.329 0.343 0.410 0.222 0.343 3.115 1.671 0.023 0.077 0.007 0.041 2.682 0.353 0.243 0.013 0.021 0.011 0.058 0.035 0.035 0.037 0.024 0.023 0.035 0.040 0.098 0.151 0.172 0.050 0.038 0.066 0.209 0.079 0.344 2.600 0.068 0.041 0.094 0.028 1.524 0.003 0.034 0.033 0.056 0.160 0.091 0.078 0.034 0.053 0.013 0.011 2123 chr5 38591433 38616719 + 0 NA intron (NR_103554, intron 2 of 8) L2a|LINE|L2 -8569 NM_002310 3977 Hs.133421 NM_002310 ENSG00000113594 LIFR CD118|LIF-R|SJS2|STWS|SWS leukemia inhibitory factor receptor alpha protein-coding 0.627 1.427 nan 0.442 0.271 0.246 0.102 0.335 0.269 0.597 0.430 0.197 0.863 1.303 0.343 0.161 0.199 0.185 0.096 0.901 0.220 0.396 0.325 0.220 3.300 0.721 2.290 0.725 0.901 0.090 0.047 0.121 0.281 0.356 0.276 0.201 0.163 0.372 0.493 0.539 0.087 0.790 0.278 0.161 0.278 0.453 0.410 0.244 0.228 0.385 0.341 0.408 0.134 0.064 0.302 0.310 0.201 0.441 1.071 0.881 0.746 0.357 0.151 0.258 0.053 0.092 0.133 0.293 0.550 0.577 0.068 1.139 0.084 3.283 0.047 0.130 0.038 0.891 0.265 0.105 0.480 0.011 0.066 0.247 0.062 0.059 0.527 0.057 0.077 0.142 0.342 0.143 0.205 0.676 0.597 0.919 0.857 0.185 0.367 0.284 0.306 0.458 0.040 0.086 0.151 0.881 0.559 0.054 0.046 0.035 0.284 0.071 0.071 0.085 1978 chr3 169528530 169532624 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172779) promoter-TSS (NM_001172779) -3 NM_153353 151827 Hs.591289 NM_153353 ENSG00000171757 LRRC34 - leucine rich repeat containing 34 protein-coding 5.152 4.414 2.426 6.462 0.492 5.031 2.187 2.662 0.256 2.246 1.002 0.197 0.746 1.311 0.045 3.299 1.403 6.096 0.682 3.201 0.030 2.959 0.980 2.061 2.132 0.846 1.807 3.562 0.214 0.222 0.426 0.042 0.295 0.721 0.175 3.910 1.327 3.283 0.248 2.105 0.059 0.347 0.663 1.394 2.137 1.219 1.513 2.483 0.301 0.184 7.760 7.052 17.538 4.811 0.573 0.673 0.787 0.982 nan 10.645 nan 9.578 1.327 2.491 11.027 7.749 3.938 3.148 4.927 3.001 6.903 1.251 3.432 1.395 2.728 0.780 1.479 1.510 0.932 3.329 1.816 0.816 0.539 0.763 0.457 0.094 0.019 0.089 1.808 0.139 0.157 3.098 0.338 2.246 0.861 2.674 6.096 0.030 0.161 0.875 1.607 2.702 0.712 0.779 2.184 0.027 0.045 0.504 3.400 0.978 0.757 0.056 0.026 2364 chr6 134266551 134279819 + 0 NA promoter-TSS (NM_001253676) promoter-TSS (NM_001253676) -123 NM_001253676 9519 Hs.486507 NM_004865 ENSG00000028839 TBPL1 MGC:8389|MGC:9620|STUD|TLF|TLP|TRF2 TATA-box binding protein like 1 protein-coding 1.846 1.209 4.567 1.290 0.944 1.043 0.540 0.909 0.121 1.667 0.875 0.157 0.228 0.485 1.624 0.936 0.541 1.155 1.331 0.756 0.308 0.522 0.231 0.578 1.444 1.077 0.558 3.574 0.376 0.951 2.035 0.141 0.718 0.502 0.640 1.275 0.159 0.828 0.596 0.497 0.128 1.185 1.183 0.940 1.071 0.378 1.586 1.585 1.321 1.716 3.340 2.679 nan 1.628 1.417 1.531 2.053 2.854 0.901 0.937 4.679 4.689 1.135 1.535 5.206 5.513 1.306 nan 1.894 0.791 0.350 0.414 0.116 1.712 0.265 1.567 0.815 0.448 0.333 0.290 0.526 1.522 0.577 0.736 1.057 0.738 0.156 0.395 0.374 0.593 0.816 1.661 0.231 0.495 1.667 0.870 0.529 1.155 0.323 0.362 0.701 0.875 1.405 0.583 0.174 0.563 0.348 0.424 0.396 0.577 0.758 0.156 0.990 0.737 1640 chr2 182531956 182562726 + 0 NA Intergenic Intergenic -1949 NM_002500 4760 Hs.574626 NM_002500 ENSG00000162992 NEUROD1 BETA2|BHF-1|MODY6|NEUROD|bHLHa3 neuronal differentiation 1 protein-coding 4.182 1.010 1.768 0.319 0.077 0.488 0.286 0.070 0.008 0.354 0.106 0.068 0.056 0.092 0.016 0.198 0.212 0.451 0.239 0.173 0.020 0.062 0.025 0.109 0.124 0.060 0.068 0.682 0.038 0.111 0.025 0.071 0.106 0.073 0.052 0.097 0.015 0.052 0.224 0.021 0.005 0.071 0.149 0.077 0.119 0.119 0.304 0.248 0.159 0.136 0.320 0.445 1.817 0.822 0.251 0.266 nan 7.067 0.884 1.114 11.325 15.320 0.111 0.247 0.663 0.628 3.952 nan 0.415 0.334 0.483 0.071 0.009 0.057 0.113 0.047 0.005 0.022 0.012 0.010 0.087 0.176 0.314 0.102 0.024 0.013 0.037 0.032 0.047 0.072 0.085 0.137 0.015 0.026 0.354 0.065 0.015 0.451 0.012 0.032 0.850 0.070 0.063 0.018 0.003 0.023 0.033 0.062 0.052 2.490 0.030 0.067 0.026 0.011 173 chr1 151114537 151120575 + 0 NA intron (NM_030913, intron 1 of 18) intron (NM_030913, intron 1 of 18) 1584 NM_001178061 10500 Hs.516316 NM_030913 ENSG00000143434 SEMA6C SEMAY|m-SemaY|m-SemaY2 semaphorin 6C protein-coding nan nan 1.840 0.698 0.315 1.032 0.507 0.480 0.021 1.373 0.500 0.269 0.346 0.457 0.135 0.595 0.326 1.443 9.863 0.334 0.082 0.225 0.191 0.223 6.348 2.961 0.323 7.717 0.363 0.142 0.753 0.152 0.456 0.295 0.276 0.292 0.531 1.404 0.509 0.181 0.106 0.505 0.562 0.491 0.341 0.481 3.743 6.326 2.927 3.345 4.580 4.874 1.953 0.638 1.184 1.208 1.124 1.850 1.224 2.264 1.487 1.438 4.013 8.497 0.957 1.067 1.639 3.905 1.444 1.042 0.767 0.317 0.112 0.322 0.147 2.229 0.438 0.601 0.239 0.523 0.131 0.156 1.139 0.521 0.317 0.169 0.115 0.492 0.739 0.348 0.681 1.194 0.403 0.496 1.373 0.387 0.385 1.443 0.181 0.398 0.371 1.561 1.162 0.112 0.007 0.256 0.257 0.019 2.838 0.384 0.109 0.110 0.153 0.102 530 chr11 64083511 64093762 + 0 NA intron (NM_181652, intron 3 of 3) intron (NM_181652, intron 3 of 3) 3076 NM_181652 25824 Hs.502823 NM_012094 ENSG00000126432 PRDX5 ACR1|AOEB166|B166|HEL-S-55|PLP|PMP20|PRDX6|PRXV|SBBI10|prx-V peroxiredoxin 5 protein-coding nan 1.948 2.700 2.841 1.706 2.897 1.424 2.008 1.718 3.075 1.341 0.232 0.841 1.962 2.112 1.339 0.804 2.161 1.536 1.808 0.966 2.212 1.247 1.231 6.751 4.212 4.076 6.396 1.616 2.313 3.275 0.134 3.474 0.769 1.048 1.904 0.585 1.981 2.532 1.319 1.563 6.496 5.113 1.479 2.763 1.305 4.260 6.622 3.415 4.848 4.418 4.111 3.724 1.742 4.972 5.337 2.404 3.451 3.747 4.757 2.622 2.551 3.620 4.283 2.011 2.451 1.266 2.480 1.586 0.930 2.438 2.380 1.362 1.259 1.405 2.170 1.658 1.811 1.937 1.468 1.579 0.405 1.354 3.385 3.219 1.380 1.729 0.974 0.732 2.498 2.406 2.218 1.069 0.935 3.075 5.038 1.753 2.161 1.923 1.044 1.417 2.743 1.718 1.501 1.763 1.747 1.116 1.212 1.266 0.807 1.354 0.921 1.140 0.666 66 chr1 28572742 28588682 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -5251 NM_031459 83667 Hs.469543 NM_031459 ENSG00000130766 SESN2 HI95|SES2|SEST2 sestrin 2 protein-coding 2.011 1.327 nan 2.110 1.870 1.401 0.926 1.179 0.308 0.487 1.144 0.231 0.407 1.143 0.507 0.640 0.290 0.466 1.402 1.313 0.622 1.275 0.497 0.368 5.395 2.353 1.283 2.862 0.409 1.371 2.550 0.162 2.641 0.312 0.453 1.256 0.354 1.094 0.934 0.697 0.628 0.943 2.922 0.868 0.980 0.530 0.709 0.940 1.236 2.090 1.640 1.569 1.871 0.373 2.951 2.998 1.439 2.103 2.477 3.089 1.577 1.461 0.750 1.422 1.124 1.345 1.705 5.694 1.146 0.621 0.759 1.025 0.893 1.701 0.482 1.021 1.485 1.066 0.632 0.692 2.087 0.197 1.206 1.286 0.691 0.380 0.500 0.395 0.316 1.714 1.333 2.011 0.844 0.974 0.487 1.078 1.940 0.466 1.020 0.459 0.353 1.376 0.651 0.601 0.390 0.623 1.086 0.198 0.417 0.388 0.748 0.825 0.407 0.226 2709 chr9 129986109 130028059 + 0 NA Intergenic Intergenic -18857 NM_001286779 84253 Hs.29304 NM_032293 ENSG00000136895 GARNL3 bA356B19.1 GTPase activating Rap/RanGAP domain like 3 protein-coding nan nan 1.347 0.422 0.146 0.412 0.252 0.245 0.049 0.249 0.159 0.112 0.095 0.344 0.069 0.187 0.131 0.354 0.195 0.279 0.080 0.310 0.053 0.162 0.486 0.214 0.122 nan 0.091 0.161 0.204 0.095 0.416 0.040 0.163 0.176 0.094 0.328 0.374 0.060 0.084 0.338 0.256 0.173 0.255 0.164 0.345 0.340 0.465 0.612 0.726 0.765 nan 0.285 0.708 0.732 0.413 nan 0.683 0.964 1.244 0.863 0.213 0.304 0.287 0.281 1.136 2.520 nan 0.582 0.139 0.112 0.048 0.261 0.103 0.153 0.063 0.162 0.085 0.225 0.188 0.069 0.135 0.293 0.124 0.080 0.075 0.154 0.104 0.179 0.303 0.505 0.105 0.252 0.249 0.402 0.170 0.354 0.099 0.194 0.141 0.306 0.253 0.065 0.017 0.159 0.106 0.044 0.048 0.443 0.063 0.027 0.062 0.034 2675 chr9 69872592 69891766 + 0 NA Intergenic Intergenic -124395 NR_121570 101928381 Hs.708686 NR_121570 LOC101928381 - uncharacterized LOC101928381 ncRNA 0.437 0.962 0.469 0.059 2.924 0.168 0.109 0.069 0.036 0.121 0.058 0.076 0.772 1.956 0.010 0.098 0.145 0.038 0.142 0.397 0.006 3.779 0.887 3.545 0.431 0.284 0.096 0.352 0.824 0.100 0.044 0.073 0.176 0.551 0.313 0.141 0.037 0.121 0.159 2.485 0.030 0.261 0.131 0.088 0.070 0.397 0.227 0.090 0.177 0.434 0.478 0.707 0.161 0.062 0.201 0.209 0.199 0.246 0.127 0.121 0.290 0.131 0.121 0.214 0.145 0.195 0.113 0.189 0.394 0.542 0.032 2.691 0.030 0.097 0.037 0.032 0.404 0.978 1.070 0.015 0.075 0.064 0.033 0.284 0.253 0.200 2.189 0.167 0.284 0.197 0.055 0.443 0.033 0.073 0.121 0.940 0.043 0.038 0.459 0.043 0.020 0.018 0.054 0.714 0.044 1.130 0.047 0.060 0.046 0.052 0.609 2.836 2.069 2.354 470 chr11 18000502 18015419 + 0 NA intron (NM_012139, intron 8 of 10) intron (NM_012139, intron 8 of 10) 26749 NM_012139 26297 Hs.32470 NM_012139 ENSG00000129158 SERGEF DELGEF|Gnefr secretion regulating guanine nucleotide exchange factor protein-coding 0.701 nan 1.224 5.852 0.135 0.409 0.174 0.089 0.013 0.061 0.130 0.032 0.013 0.079 0.026 0.991 0.408 0.416 0.145 0.291 0.108 0.059 0.007 0.106 0.083 0.054 0.127 0.597 0.093 0.036 0.076 0.171 0.023 0.046 0.137 0.021 0.090 0.349 0.044 0.006 0.293 0.095 0.084 0.190 0.077 nan 1.011 0.339 0.386 1.962 2.277 3.139 1.402 0.225 0.322 0.531 nan 4.745 3.882 0.437 0.238 0.363 0.578 1.587 2.493 0.153 0.507 3.264 nan 0.769 0.076 0.032 0.116 1.054 0.180 0.028 0.032 0.019 0.015 0.072 0.249 0.021 0.071 0.061 0.024 0.021 0.022 0.006 0.134 0.075 0.041 0.043 0.057 0.061 0.071 0.087 0.416 0.008 0.028 0.019 0.046 1.084 0.100 0.107 0.346 0.124 0.030 0.066 0.074 0.107 0.114 0.031 0.013 2026 chr4 15450967 15460004 + 0 NA Intergenic Intergenic -16004 NM_001164720 57545 Hs.590928 NM_020785 ENSG00000048342 CC2D2A JBTS9|MKS6 coiled-coil and C2 domain containing 2A protein-coding nan nan nan 0.124 0.200 0.198 0.018 1.325 0.020 0.148 1.687 0.089 0.262 0.233 1.504 0.141 0.093 0.053 0.063 0.203 0.301 0.015 0.093 0.086 0.087 0.027 0.087 0.278 0.824 0.068 0.024 0.081 0.133 0.824 0.084 0.298 2.674 9.147 0.217 0.073 0.100 0.187 0.089 0.090 0.183 0.427 0.397 0.196 0.236 0.571 0.275 0.356 0.218 0.121 0.166 0.216 0.221 0.440 0.154 0.255 0.347 0.263 0.149 0.198 0.042 0.033 0.211 0.911 nan 0.481 0.002 0.552 0.031 0.578 0.043 0.049 0.030 0.030 0.163 0.114 0.056 2.427 0.375 0.225 0.034 0.079 0.093 4.293 0.117 0.126 0.131 0.089 0.148 0.135 0.052 0.053 0.228 0.055 0.021 0.546 0.022 2.566 0.010 0.097 0.828 0.051 0.011 0.150 1.159 0.083 1.976 2.165 1524 chr2 16230316 16240467 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 44842 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.704 0.436 2.473 0.437 0.174 0.191 0.031 0.054 0.049 0.101 0.044 0.049 0.073 0.050 0.061 0.098 0.023 33.840 0.167 0.025 0.034 0.011 0.096 0.337 0.080 0.084 0.411 0.029 0.095 0.034 0.082 0.288 0.037 0.055 0.008 0.027 0.193 0.011 0.008 0.120 0.251 0.027 0.038 0.119 0.320 0.455 0.230 0.351 0.290 0.237 0.601 0.158 0.144 0.187 0.105 0.170 0.300 nan 0.554 0.313 15.353 20.399 0.025 0.045 0.464 nan 0.184 0.279 1.296 0.067 0.010 0.046 0.010 0.190 0.014 0.043 0.021 0.059 0.009 0.039 0.136 0.053 0.023 0.052 0.023 0.024 0.108 0.244 0.035 0.390 0.182 0.101 0.078 0.023 0.024 0.149 0.040 0.161 0.031 0.227 0.091 15.962 0.110 0.008 0.037 0.011 0.015 2360 chr6 129917118 129931818 + 0 NA intron (NM_033515, intron 10 of 14) L1PB2|LINE|L1 106902 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.895 0.962 0.693 0.142 0.188 0.247 0.131 0.194 0.013 0.463 0.918 0.102 0.052 0.057 0.811 0.394 0.241 0.033 2.434 0.206 0.051 0.075 0.043 0.198 0.456 0.224 0.207 0.319 0.153 0.015 0.129 0.218 0.055 0.110 0.302 0.039 0.131 0.192 0.030 0.011 0.275 0.162 0.180 0.169 0.142 0.814 0.985 0.471 0.783 0.216 0.228 9.729 3.285 0.854 1.025 0.485 0.699 0.316 0.363 1.507 1.563 0.294 0.578 4.871 6.556 0.353 0.699 1.497 0.618 0.011 0.110 0.006 0.517 0.045 0.066 0.013 0.210 0.059 0.005 0.317 0.899 0.145 0.069 0.033 0.021 0.049 0.042 0.081 0.068 0.160 0.153 0.097 0.028 0.463 0.034 0.212 0.033 0.042 0.020 0.053 0.066 0.192 0.097 0.032 0.119 0.121 0.054 0.379 0.160 0.130 0.041 0.047 0.059 793 chr13 72356916 72378951 + 0 NA intron (NM_080760, intron 2 of 8) AluJo|SINE|Alu 73397 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.080 1.144 0.084 0.033 0.514 0.288 0.053 0.009 0.905 0.051 0.103 0.058 0.005 0.092 0.113 0.136 0.202 0.223 0.034 0.037 0.019 0.064 0.070 0.092 0.026 0.333 0.026 0.071 0.039 0.077 0.160 0.011 0.031 0.047 0.025 0.075 0.122 0.015 0.011 0.099 0.048 0.054 0.100 0.042 0.671 0.688 0.199 0.341 1.328 1.802 nan 0.151 0.110 0.122 0.686 0.838 0.252 0.256 nan 1.537 0.229 0.382 0.489 0.917 2.642 nan 0.188 0.188 0.028 0.032 0.004 0.046 0.022 0.144 0.038 0.009 0.013 0.003 0.076 0.225 0.237 0.042 0.008 0.018 0.014 0.007 0.055 0.091 0.015 0.019 0.039 0.017 0.905 0.003 0.025 0.136 0.033 0.045 0.392 0.021 0.023 0.015 0.015 0.007 0.052 0.041 0.081 1.335 0.024 0.035 0.013 0.004 1205 chr17 42275139 42278737 + 0 NA Intergenic CpG -1409 NM_001098833 56970 Hs.512651 NM_020218 ENSG00000087152 ATXN7L3 - ataxin 7 like 3 protein-coding 5.011 4.779 nan 6.790 9.571 10.094 5.807 9.897 3.940 5.061 4.401 0.766 2.055 8.834 6.568 4.491 1.633 6.939 3.940 5.273 2.443 8.886 2.268 5.701 16.349 12.170 9.021 16.919 1.678 4.736 6.164 0.091 7.287 2.902 2.345 7.968 0.729 4.500 7.625 3.866 3.530 12.138 13.320 2.161 6.422 2.768 5.170 6.548 5.281 7.210 8.542 nan 6.314 3.040 16.790 17.178 2.528 3.659 8.733 11.458 6.369 6.685 3.249 5.608 4.439 3.963 3.519 5.816 2.440 0.946 5.796 6.918 4.202 3.700 2.741 5.383 4.659 4.782 7.376 6.607 5.785 1.588 4.003 10.728 5.518 2.648 4.942 4.396 2.392 7.553 11.024 4.949 4.099 5.812 5.061 9.640 4.378 6.939 4.114 5.272 2.689 11.846 5.513 4.676 3.088 4.109 3.034 3.350 2.407 2.211 3.879 2.971 3.825 2.161 1287 chr17 80396552 80422064 + 0 NA promoter-TSS (NM_001033046) promoter-TSS (NM_001033046) -601 NR_036516 79415 Hs.163113 NM_001033046 ENSG00000178927 C17orf62 - chromosome 17 open reading frame 62 protein-coding 2.034 2.137 1.553 2.007 0.689 3.275 1.629 1.571 0.368 1.465 1.141 0.232 0.633 1.555 0.316 1.112 0.523 3.224 0.947 1.056 0.243 1.119 0.447 1.324 nan 1.686 1.494 3.725 0.727 0.578 1.093 0.126 1.657 0.449 0.325 1.029 0.375 1.295 0.847 1.082 0.309 1.466 1.155 0.878 0.488 0.564 2.785 nan 1.384 2.175 nan 3.478 3.250 1.350 2.443 2.522 1.299 1.867 3.083 6.381 0.806 0.946 1.097 1.752 1.418 1.541 1.464 1.828 1.615 0.987 1.308 1.370 0.289 0.444 0.780 2.282 0.326 0.826 0.697 0.731 0.722 0.272 0.575 0.994 0.580 0.309 0.415 0.601 0.404 0.912 1.337 1.069 0.651 1.371 1.465 1.908 0.894 3.224 0.489 0.618 0.363 1.413 1.753 0.449 0.287 0.571 0.253 0.241 0.376 0.577 0.649 0.370 0.296 0.173 1696 chr2 242283691 242296569 + 0 NA intron (NM_001008491, intron 13 of 13) intron (NM_001008491, intron 13 of 13) -5534 NM_001282983 9855 Hs.726316 NM_014808 ENSG00000006607 FARP2 FIR|FRG|PLEKHC3 FERM, ARH/RhoGEF and pleckstrin domain protein 2 protein-coding 1.272 nan 1.333 0.753 0.910 0.902 0.296 0.678 0.169 0.427 0.180 0.042 0.425 1.163 4.564 0.341 0.211 0.969 0.624 0.670 0.154 0.843 0.303 0.975 1.207 0.632 1.455 1.840 0.269 0.394 0.715 0.129 0.799 0.339 0.461 0.598 0.130 0.479 0.610 0.592 0.184 0.669 0.902 0.231 0.884 0.283 0.815 1.295 0.910 1.470 0.827 0.798 0.708 0.213 1.392 1.438 0.710 1.057 1.118 1.330 0.995 1.185 0.637 1.363 0.375 0.290 1.204 1.205 0.428 0.314 0.389 0.582 0.172 0.299 0.501 0.494 0.267 0.480 0.328 0.528 0.460 0.071 0.203 0.448 0.391 0.268 0.679 0.302 0.259 0.296 1.733 0.788 1.945 0.465 0.427 0.980 0.395 0.969 0.144 0.296 0.136 1.023 0.300 0.221 0.107 0.422 0.156 0.187 0.825 0.289 0.244 0.308 0.278 0.154 2403 chr7 10973492 10982240 + 0 NA intron (NM_002489, intron 2 of 3) intron (NM_002489, intron 2 of 3) 1947 NM_002489 4697 Hs.50098 NM_002489 ENSG00000189043 NDUFA4 CI-9k|CI-MLRQ|MLRQ NDUFA4, mitochondrial complex associated protein-coding nan 2.374 nan 3.480 1.836 2.847 1.706 2.257 1.041 2.596 2.608 0.123 0.497 1.003 1.051 0.951 0.453 3.370 3.119 1.951 0.623 2.182 0.784 1.811 3.795 2.983 2.538 5.159 0.883 2.298 3.088 0.224 3.473 1.158 0.930 3.046 0.543 2.801 2.584 1.149 0.668 3.152 2.473 1.996 1.287 1.025 nan 5.660 4.237 5.398 6.083 5.775 4.930 3.064 16.709 17.894 3.234 3.845 6.714 8.021 3.167 2.645 3.379 5.297 4.605 4.967 3.879 4.693 3.110 1.914 2.245 1.090 0.752 1.716 1.637 2.001 1.641 1.725 1.739 0.840 1.962 0.872 1.344 1.842 1.192 0.473 1.199 0.455 0.730 2.262 1.335 1.759 1.703 1.218 2.596 1.336 2.003 3.370 1.118 1.740 0.576 1.595 1.799 1.031 1.114 1.400 1.194 1.305 2.234 1.370 1.114 0.610 0.902 0.653 654 chr12 11987513 12016788 + 0 NA intron (NM_001987, intron 3 of 7) AluJb|SINE|Alu 199362 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.866 1.089 1.131 3.580 0.302 2.310 1.252 0.475 0.010 0.510 0.158 0.072 0.138 0.382 0.056 1.090 0.616 2.025 0.464 0.286 0.102 0.404 0.302 0.138 0.700 0.154 0.118 3.854 0.087 0.058 0.082 0.108 0.143 0.113 0.066 0.232 0.008 0.052 0.271 0.491 0.135 0.261 0.300 0.083 0.222 0.135 0.232 0.266 0.492 0.911 nan 2.175 2.453 0.879 0.507 0.587 0.461 0.719 5.542 6.233 0.469 0.293 0.318 0.607 0.171 0.188 0.335 0.633 1.476 0.711 1.277 0.338 0.026 0.339 0.770 0.731 0.009 0.480 0.214 0.026 0.064 0.059 0.027 0.157 0.076 0.061 0.154 0.043 0.062 0.274 0.153 0.151 0.428 0.288 0.510 0.135 0.089 2.025 0.084 0.056 0.046 0.129 0.592 0.072 0.039 0.103 0.128 0.067 0.158 0.194 0.079 0.253 0.028 0.017 2261 chr6 20431824 20448819 + 0 NA intron (NM_001243076, intron 1 of 6) intron (NM_001243076, intron 1 of 6) 36411 NM_001243076 1871 Hs.269408 NM_001949 ENSG00000112242 E2F3 E2F-3 E2F transcription factor 3 protein-coding 1.608 0.880 nan 0.386 0.119 0.454 0.245 0.166 0.018 0.264 0.343 0.156 0.078 0.224 0.109 0.378 0.222 0.400 0.160 0.169 0.044 0.064 0.044 0.174 0.121 0.123 0.099 nan 0.051 0.284 0.103 0.113 0.247 0.035 0.074 0.157 0.014 0.118 0.256 0.071 0.019 0.077 0.116 0.058 0.131 0.055 0.442 0.339 0.490 nan 0.486 0.714 nan 0.205 0.609 0.616 3.349 4.574 1.107 1.098 0.625 0.452 0.186 0.405 0.939 1.360 0.734 1.319 0.953 0.783 0.072 0.145 0.028 0.130 0.053 0.116 0.043 0.185 0.076 0.057 0.117 0.174 0.158 0.124 0.043 0.046 0.040 0.234 0.301 0.083 0.163 0.309 0.005 0.068 0.264 0.098 0.120 0.400 0.014 0.049 0.519 0.084 0.364 0.024 0.020 0.107 0.042 0.206 0.076 0.392 0.027 0.100 0.018 0.018 283 chr1 202774365 202781138 + 0 NA 5' UTR (NM_001314042, exon 1 of 28) 5' UTR (NM_001314042, exon 1 of 28) 847 NM_006618 10765 Hs.18891 NM_006618 ENSG00000117139 KDM5B CT31|JARID1B|PLU-1|PLU1|PPP1R98|PUT1|RBBP2H1A|RBP2-H1 lysine demethylase 5B protein-coding 4.929 3.745 3.978 3.233 3.373 4.791 2.714 3.788 1.422 4.774 1.839 0.259 0.978 2.815 2.605 3.715 1.371 4.727 1.724 1.932 0.457 1.458 1.371 1.045 4.252 3.391 4.477 10.399 1.344 1.200 3.660 0.203 4.415 0.855 1.007 2.963 1.309 4.764 4.559 3.005 1.469 4.007 6.518 1.782 3.271 2.267 2.283 3.516 7.453 9.481 7.715 6.953 7.945 2.757 nan nan 3.357 4.098 6.631 9.033 3.647 3.802 1.467 3.951 1.819 2.067 3.395 5.114 2.822 1.621 4.713 2.420 1.611 2.342 0.632 8.519 2.544 2.829 3.368 2.514 1.875 0.339 1.751 2.928 3.045 1.519 0.892 2.025 1.259 2.759 4.224 2.668 1.810 2.944 4.774 2.636 1.691 4.727 1.484 1.933 0.927 3.189 3.292 1.646 0.137 1.326 0.448 0.542 1.932 1.048 1.982 1.590 1.148 0.480 156 chr1 109395735 109409820 + 0 NA Intergenic Intergenic -1913 NR_049760 254268 Hs.729441 NM_152763 ENSG00000162641 AKNAD1 C1orf62 AKNA domain containing 1 protein-coding 1.720 nan nan 0.069 0.097 0.200 0.171 0.078 0.044 0.227 0.233 0.125 0.013 0.096 0.036 0.056 0.087 1.245 0.211 0.192 0.009 0.067 0.007 0.077 0.372 0.074 0.070 0.320 0.086 0.578 0.046 0.110 0.167 0.009 0.071 0.059 0.016 0.034 0.171 0.038 0.127 0.141 0.309 0.149 0.309 0.074 0.312 0.317 0.194 0.213 0.675 nan 0.457 0.215 0.326 0.338 1.425 1.920 nan nan 1.021 0.485 0.205 0.268 0.106 0.094 1.509 nan 0.320 0.365 0.039 0.105 0.007 0.111 0.085 0.120 0.010 0.140 0.046 0.042 0.064 0.013 4.017 0.240 0.036 0.022 0.054 0.214 0.428 0.178 0.053 0.098 0.022 0.171 0.227 0.104 0.366 1.245 0.113 0.024 0.318 0.128 0.073 0.024 0.027 0.051 0.087 0.449 0.183 2.718 0.074 0.047 0.090 0.052 59 chr1 24610446 24636449 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -22365 NM_198173 57822 Hs.657920 NM_021180 ENSG00000158055 GRHL3 SOM|TFCP2L4|VWS2 grainyhead like transcription factor 3 protein-coding 0.801 1.008 nan 0.102 0.186 0.308 0.182 1.337 0.019 0.569 1.211 0.278 0.538 0.471 0.417 0.143 0.173 0.074 0.204 0.541 0.177 0.347 0.398 0.110 1.385 0.294 0.398 1.529 0.270 0.107 0.104 0.099 1.922 0.188 0.197 0.368 0.097 0.103 1.778 0.730 1.045 0.825 4.126 0.174 1.132 0.192 0.349 0.274 0.461 1.890 0.490 0.649 0.135 0.077 0.289 0.294 0.284 0.469 0.429 0.596 0.495 0.223 0.206 0.301 0.064 0.186 0.307 0.665 0.241 0.353 0.134 1.347 0.366 1.160 0.051 0.137 0.027 0.888 0.536 0.111 4.852 0.007 0.033 2.608 0.236 0.125 0.218 0.076 0.112 0.169 2.271 0.534 0.523 1.490 0.569 0.478 1.422 0.074 0.523 1.147 0.232 1.871 0.035 0.091 0.055 0.301 0.356 0.085 0.076 0.127 0.270 0.273 0.027 0.011 2091 chr4 185568669 185572407 + 0 NA promoter-TSS (NM_001345901) promoter-TSS (NM_001345901) 91 NM_032991 836 Hs.141125 NM_004346 ENSG00000164305 CASP3 CPP32|CPP32B|SCA-1 caspase 3 protein-coding nan 4.263 nan 3.393 4.345 5.038 2.864 4.293 0.911 3.327 3.611 0.299 0.462 3.040 2.949 1.887 0.797 6.573 1.968 3.288 1.358 3.934 2.038 3.774 6.472 4.116 3.830 9.336 2.010 2.821 2.723 0.099 5.618 1.403 1.613 3.207 0.737 3.252 2.330 1.897 0.863 4.725 4.861 1.347 2.832 2.084 4.262 4.392 11.136 14.823 9.399 7.745 6.465 3.342 5.014 4.527 3.541 4.493 5.678 10.313 5.058 5.772 1.710 4.036 2.366 2.651 3.537 3.389 2.512 1.235 3.125 3.247 1.396 1.826 0.911 2.600 1.887 2.773 2.404 1.581 3.267 0.334 3.860 2.325 9.061 3.787 1.421 1.904 1.338 7.555 2.896 4.298 1.811 2.069 3.327 4.270 3.079 6.573 1.338 2.098 0.739 2.885 1.791 2.538 2.236 2.270 2.116 2.347 1.521 1.205 1.978 2.012 1.616 1.362 1971 chr3 157818973 157830202 + 0 NA promoter-TSS (NM_001163678) promoter-TSS (NM_001163678) -635 NM_001163678 6474 Hs.55967 NM_003030 ENSG00000168779 SHOX2 OG12|OG12X|SHOT short stature homeobox 2 protein-coding nan 2.760 4.100 2.109 2.534 1.383 0.770 1.082 0.471 1.589 3.790 0.344 0.390 0.693 0.488 1.438 0.809 2.133 2.822 1.298 0.397 1.288 0.321 0.771 1.425 0.910 1.121 2.418 0.434 1.449 0.713 0.061 2.042 0.503 0.294 1.994 0.595 2.263 1.790 0.622 0.658 1.496 2.285 0.363 0.917 0.511 1.132 1.383 0.438 0.497 3.929 3.134 4.449 2.036 2.578 2.671 4.987 nan 2.499 3.527 4.701 4.180 0.661 1.380 2.118 2.379 2.135 3.191 1.524 1.118 0.951 1.683 0.357 0.461 0.421 1.318 0.160 0.853 0.598 2.081 1.097 0.412 0.892 1.396 1.235 0.771 0.537 1.296 1.436 0.382 1.160 2.729 0.566 0.796 1.589 0.706 2.485 2.133 0.447 0.589 0.654 1.757 1.230 0.308 0.354 0.767 0.497 1.341 0.664 0.878 0.406 0.430 0.564 0.280 2358 chr6 129671170 129686873 + 0 NA intron (NM_000426, intron 32 of 64) intron (NM_000426, intron 32 of 64) 352349 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.742 0.798 0.706 0.146 0.046 0.165 0.103 0.044 0.004 0.368 0.086 0.072 0.108 0.024 0.072 0.105 0.106 0.184 0.196 0.016 0.057 0.013 0.068 0.121 0.062 0.073 0.229 0.019 0.034 0.042 0.123 0.262 0.053 0.060 0.021 0.022 0.107 0.070 0.051 0.271 0.118 0.119 0.202 0.148 0.433 0.448 0.555 0.471 0.188 0.263 7.351 1.250 0.343 0.296 0.344 0.395 0.467 0.627 0.720 0.226 0.224 0.329 0.070 0.110 0.213 0.427 0.443 0.495 0.014 0.030 0.019 0.100 0.019 1.021 0.026 0.031 0.004 0.014 0.054 0.006 0.026 0.041 0.029 0.020 0.059 0.015 0.039 0.095 0.031 0.086 0.191 0.035 0.368 0.036 0.041 0.106 0.148 0.032 0.030 0.067 0.026 0.035 0.011 0.025 0.057 0.058 0.095 0.079 0.024 0.054 0.026 0.010 1226 chr17 49177155 49187228 + 0 NA intron (NM_001130527, intron 1 of 29) AluY|SINE|Alu 16035 NM_001130528 9043 Hs.463439 NM_003971 ENSG00000008294 SPAG9 CT89|HLC-6|HLC4|HLC6|JIP-4|JIP4|JLP|PHET|PIG6 sperm associated antigen 9 protein-coding 1.020 0.841 nan 0.222 0.223 0.518 0.286 0.236 4.040 0.189 0.209 0.174 0.075 0.318 0.122 0.108 0.216 0.317 0.155 0.211 0.135 0.190 0.042 0.233 nan 0.150 0.232 0.407 0.043 0.210 0.218 0.115 0.477 0.213 0.122 0.300 0.039 0.131 0.285 0.076 0.041 0.243 0.328 0.119 0.421 0.155 0.377 0.454 0.342 0.556 0.436 nan 0.422 0.122 0.573 0.482 0.454 0.892 1.082 nan 0.748 0.391 0.333 0.504 0.171 0.132 0.588 1.267 0.384 0.483 0.077 0.434 0.048 0.187 0.049 0.168 0.068 0.588 0.302 0.227 0.149 0.047 0.261 0.219 0.053 0.061 0.085 0.061 0.072 0.356 0.394 0.394 0.063 0.137 0.189 0.231 0.287 0.317 0.036 0.180 0.088 0.155 0.030 0.094 0.033 0.233 0.348 0.037 0.080 0.174 0.030 0.106 0.029 0.020 2498 chr7 137661714 137694104 + 0 NA intron (NM_194071, intron 1 of 11) intron (NM_194071, intron 1 of 11) 8938 NM_194071 64764 Hs.490273 NM_194071 ENSG00000182158 CREB3L2 BBF2H7 cAMP responsive element binding protein 3 like 2 protein-coding nan nan nan 0.157 1.097 0.490 0.188 1.294 0.145 0.333 0.703 0.162 0.659 1.312 0.251 0.803 0.406 0.107 1.967 0.980 0.432 1.163 1.274 0.545 5.445 1.817 3.348 1.022 0.491 0.224 0.298 0.120 0.575 0.263 0.780 0.857 0.249 1.131 0.508 1.667 0.119 0.593 0.533 1.341 1.117 0.394 1.131 1.718 0.985 1.388 0.598 0.559 nan 0.970 2.135 2.106 1.015 nan 1.000 1.083 nan 1.310 0.391 0.549 1.011 0.724 0.573 1.185 1.530 nan 0.423 0.690 0.230 1.491 0.130 2.232 0.060 0.791 0.513 0.324 0.598 0.150 0.336 0.563 0.289 0.157 1.732 0.075 0.085 0.577 0.548 0.434 0.570 1.263 0.333 1.526 0.400 0.107 0.585 2.124 0.155 0.310 0.780 1.656 0.038 0.695 0.797 0.060 0.092 0.324 0.304 0.600 0.103 0.041 1256 chr17 73099038 73139666 + 0 NA intron (NM_024585, intron 2 of 2) AluSx3|SINE|Alu 8538 NM_001252377 30833 Hs.67201 NM_014595 ENSG00000125458 NT5C DNT|DNT1|HEL74|P5N2|PN-I|PN-II|UMPH2|cdN|dNT-1 5', 3'-nucleotidase, cytosolic protein-coding 1.570 1.547 1.316 1.297 1.196 1.271 0.620 1.877 0.146 0.779 0.606 0.286 0.609 1.333 0.946 0.436 0.291 0.834 0.477 1.479 0.320 1.134 0.956 1.687 4.829 2.529 0.982 2.156 1.388 0.924 0.843 0.141 3.930 0.925 0.474 0.880 0.310 0.879 1.665 1.167 1.203 2.633 5.619 0.899 1.058 0.563 1.268 1.672 1.040 1.749 1.311 1.296 2.011 0.672 0.731 0.696 nan 1.715 1.994 2.474 2.496 2.313 0.715 1.180 0.663 0.861 0.966 1.910 nan 0.525 0.438 2.547 0.397 1.101 0.732 0.701 0.280 1.810 1.709 0.560 3.168 0.123 0.395 1.822 1.101 0.520 0.574 0.620 0.455 1.465 4.226 1.246 0.658 1.298 0.779 1.844 1.418 0.834 1.016 0.922 0.428 1.263 1.465 0.961 0.596 0.956 0.511 0.517 0.309 0.617 1.003 0.721 0.405 0.232 1949 chr3 133074719 133083262 + 0 NA intron (NM_001282865, intron 2 of 3) L1ME1|LINE|L1 -39849 NM_003571 8419 Hs.659862 NM_003571 ENSG00000170819 BFSP2 CP47|CP49|CTRCT12|LIFL-L|PHAKOSIN beaded filament structural protein 2 protein-coding 1.061 nan nan 0.174 0.144 0.644 0.262 0.055 0.037 0.241 0.374 0.188 0.066 0.123 0.015 0.351 0.285 0.144 0.141 0.099 0.119 0.012 0.114 0.236 0.038 0.065 0.277 0.051 0.175 0.013 0.093 0.102 0.035 0.076 0.009 0.066 0.175 0.038 0.009 0.155 0.148 0.083 0.079 0.109 1.214 0.961 8.137 1.603 0.472 0.647 1.782 0.590 0.706 0.876 0.423 0.761 0.258 0.321 nan 1.522 0.192 0.311 0.141 0.166 0.709 2.524 0.717 0.585 0.051 0.104 0.023 0.032 0.024 0.197 0.008 0.008 0.009 0.051 0.023 0.074 0.097 0.014 0.028 0.035 0.100 0.112 0.093 0.048 0.034 0.009 0.039 0.241 0.033 0.076 0.144 0.029 0.067 0.048 0.024 0.024 0.010 0.056 0.052 0.135 0.034 0.876 0.007 0.066 0.040 0.012 2247 chr6 6878180 6888591 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -224445 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 0.938 0.839 1.489 0.411 0.103 0.339 0.265 0.189 0.018 0.234 0.102 0.096 0.418 0.290 0.049 0.136 0.102 0.934 0.409 0.136 0.083 0.131 0.131 0.155 2.686 0.332 0.129 0.429 0.223 0.128 0.083 0.110 0.419 0.022 0.079 0.161 0.023 0.046 0.410 1.081 0.062 0.282 0.809 0.147 0.444 0.071 1.264 2.249 0.452 0.433 0.467 0.531 0.885 0.470 0.623 0.534 0.274 0.388 1.701 1.437 0.489 0.222 0.690 0.820 0.177 0.239 0.394 0.616 0.507 0.540 0.086 0.293 0.203 0.096 0.039 0.630 0.998 0.644 0.009 1.322 0.018 0.200 0.115 0.058 0.030 0.264 0.080 0.059 0.140 0.680 0.066 0.133 5.029 0.234 0.317 0.084 0.934 1.272 0.720 0.038 0.133 4.478 0.033 0.033 0.174 0.076 0.493 0.153 0.014 0.139 0.039 1744 chr20 44598490 44603202 + 0 NA promoter-TSS (NM_022095) promoter-TSS (NM_022095) -13 NM_022095 63925 Hs.174193 NM_022095 ENSG00000198026 ZNF335 MCPH10|NIF-1|NIF1|NIF2 zinc finger protein 335 protein-coding nan nan 3.372 5.660 6.391 5.713 3.422 7.379 3.441 5.156 3.850 0.379 2.536 5.653 7.318 1.975 0.977 4.266 3.967 4.408 1.716 3.996 2.104 5.871 6.453 3.879 5.835 8.453 3.342 4.850 5.175 0.128 7.252 4.023 1.364 6.379 2.319 6.633 4.662 3.241 1.854 8.674 13.259 5.458 4.716 2.476 11.491 10.483 6.250 9.196 7.369 8.799 12.505 9.798 11.288 12.414 4.854 5.553 7.962 11.289 nan 9.023 8.886 10.200 3.983 5.057 7.935 6.360 2.038 1.204 2.159 3.107 3.365 1.896 3.149 4.142 5.227 2.426 3.548 3.208 6.039 0.789 3.339 12.818 4.541 2.106 3.443 2.412 1.998 6.766 5.181 6.531 3.656 4.068 5.156 8.223 7.410 4.266 3.061 4.324 1.532 10.523 2.057 4.773 2.868 5.550 1.882 3.758 2.266 2.782 7.075 1.420 3.656 2.949 1853 chr22 39914468 39932231 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 5511 NM_194326 91582 Hs.526933 NM_194326 ENSG00000187051 RPS19BP1 AROS|S19BP ribosomal protein S19 binding protein 1 protein-coding 3.488 nan 3.029 2.737 3.174 4.717 2.536 2.440 0.946 2.650 1.354 0.175 0.810 1.922 3.482 1.562 0.800 5.516 2.930 2.619 0.335 2.712 0.619 1.643 4.647 3.524 3.581 4.845 1.260 1.776 3.413 0.153 2.864 1.050 0.766 2.783 0.462 2.163 2.191 1.272 0.552 2.903 3.719 1.659 3.521 0.972 3.999 4.321 3.727 5.139 5.545 5.212 4.949 2.228 3.766 3.714 2.464 nan 5.396 6.632 nan 5.446 1.810 3.246 3.027 4.196 3.003 3.952 2.122 1.086 2.172 1.485 0.939 1.244 2.401 2.962 1.490 0.777 1.043 1.002 2.106 0.836 2.200 2.519 1.981 0.833 0.865 1.028 0.731 2.089 1.965 2.927 1.586 1.815 2.650 2.161 1.855 5.516 1.084 1.481 1.274 3.781 2.616 1.008 0.702 1.837 0.604 1.354 0.964 1.205 1.392 0.749 0.979 0.619 864 chr14 57342704 57380551 + 0 NA intron (NR_029385, intron 1 of 3) MER5A1|DNA|hAT-Charlie 81726 NR_029385 100309464 Hs.637962 NR_029385 ENSG00000248550 OTX2-AS1 OTX2OS1 OTX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan 2.407 0.252 0.042 0.716 0.351 0.053 0.056 0.378 0.100 0.063 0.020 0.067 0.020 0.075 0.128 0.339 0.316 0.248 0.020 0.077 0.008 0.151 0.160 0.103 0.128 0.367 0.027 0.712 0.046 0.117 0.279 0.012 0.030 0.051 0.016 0.036 0.201 0.026 0.026 0.172 0.266 0.039 0.176 0.052 0.408 0.285 1.564 0.897 0.414 0.455 0.502 0.148 0.447 0.512 0.140 0.219 0.333 0.376 0.942 0.509 0.220 0.365 0.250 0.375 2.905 9.162 nan 0.545 0.031 0.030 0.007 0.032 0.016 0.168 0.011 0.020 0.019 0.006 0.067 0.053 0.122 0.073 0.027 0.018 0.043 0.252 0.578 0.108 0.032 0.024 0.059 0.136 0.378 0.070 0.029 0.339 0.058 0.028 0.059 0.048 0.030 0.011 0.007 0.023 0.053 3.263 0.157 1.874 0.016 0.050 0.017 0.009 219 chr1 157013017 157018628 + 0 NA promoter-TSS (NM_198236) promoter-TSS (NM_198236) -660 NM_014784 9826 Hs.516954 NM_014784 ENSG00000132694 ARHGEF11 GTRAP48|PDZ-RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 11 protein-coding nan nan 2.724 1.867 1.912 2.033 1.226 2.510 0.562 2.963 1.615 0.120 0.271 2.162 2.061 1.462 0.871 3.456 1.486 1.569 0.530 0.668 0.506 0.653 2.471 1.390 1.308 5.255 0.181 2.871 3.077 0.136 2.314 1.179 1.010 1.514 0.475 1.443 2.343 0.657 0.486 1.955 3.400 1.514 2.133 1.508 6.305 5.955 9.708 7.392 6.785 nan 4.388 2.024 2.488 2.581 2.461 3.141 5.137 7.385 2.705 2.183 7.217 10.161 2.138 1.507 3.000 3.510 2.210 0.796 1.109 0.710 0.615 1.320 3.120 3.334 1.954 1.650 1.775 1.596 2.329 0.270 0.518 2.667 2.555 1.138 0.178 1.171 0.794 1.802 2.326 2.520 0.801 1.548 2.963 2.048 0.872 3.456 0.814 1.356 0.296 6.660 2.533 0.725 0.342 1.422 0.596 1.042 3.267 0.840 0.355 0.541 1.006 0.652 1016 chr16 4315457 4330622 + 0 NA promoter-TSS (NM_003223) promoter-TSS (NM_003223) -38 NM_003223 7023 Hs.513305 NM_003223 ENSG00000090447 TFAP4 AP-4|bHLHc41 transcription factor AP-4 protein-coding 2.607 nan 2.494 2.776 2.029 2.056 1.130 2.527 0.193 1.589 0.711 0.244 0.524 1.634 1.176 1.334 0.579 2.553 1.262 0.993 0.425 2.438 0.729 1.168 3.929 2.022 1.273 4.121 0.744 1.882 1.497 0.104 3.997 0.405 0.922 3.047 0.499 1.858 1.764 0.855 0.718 2.624 1.822 0.946 1.343 0.646 3.187 2.894 0.968 1.393 3.161 2.574 nan 1.604 3.270 3.275 1.423 nan 3.090 4.193 4.327 5.186 0.951 1.516 2.577 1.983 3.116 3.306 1.596 0.930 1.765 1.750 0.631 0.936 0.533 2.009 0.931 1.383 1.667 1.442 2.160 0.574 1.334 2.043 1.312 0.541 1.123 1.424 0.986 1.412 2.545 1.584 2.008 4.096 1.589 1.948 1.959 2.553 0.758 1.072 0.631 2.495 1.005 1.109 0.818 1.618 0.646 0.919 0.783 1.368 0.855 0.535 0.649 0.420 2480 chr7 106584249 106607437 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -89335 NM_002736 5577 Hs.433068 NM_002736 ENSG00000005249 PRKAR2B PRKAR2|RII-BETA protein kinase cAMP-dependent type II regulatory subunit beta protein-coding nan 0.576 0.649 0.114 0.047 0.296 0.117 0.095 0.005 0.520 0.110 0.069 0.008 0.100 0.027 0.081 0.150 0.133 0.235 0.203 0.005 0.141 0.014 0.173 0.157 0.045 0.115 0.301 0.038 0.088 0.066 0.134 0.155 0.005 0.046 0.052 0.021 0.056 0.249 0.028 0.021 0.249 0.170 0.089 0.041 0.121 0.539 0.303 0.257 0.337 0.416 0.442 3.452 1.184 0.216 0.198 0.373 0.547 0.143 0.224 0.325 0.184 0.233 0.300 0.080 0.076 0.173 nan 1.054 0.901 0.041 0.128 0.012 0.086 0.013 0.168 0.012 0.021 0.009 0.058 0.071 0.004 0.075 0.133 0.021 0.027 0.059 0.013 0.016 0.189 0.091 0.074 0.038 0.103 0.520 0.075 0.040 0.133 0.026 0.043 0.013 0.061 0.045 0.020 0.024 0.048 0.043 0.020 0.034 0.032 0.010 0.081 0.032 0.029 2300 chr6 42182677 42198809 + 0 NA Intergenic Intergenic -5110 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.795 1.581 1.627 0.832 2.712 0.626 0.349 0.950 0.408 1.200 0.643 0.129 1.491 3.592 1.863 0.175 0.290 1.344 0.411 2.424 0.131 1.862 1.871 3.261 4.061 2.453 2.424 1.095 2.319 0.391 0.519 0.114 2.764 1.222 1.158 2.552 0.355 1.156 0.575 1.352 0.731 1.935 1.611 1.238 2.463 1.040 1.205 0.973 2.529 2.543 0.856 1.083 2.158 0.857 2.000 2.071 0.866 1.399 1.620 nan 1.104 0.853 0.718 1.015 1.613 2.790 0.838 1.652 1.224 0.665 0.327 6.054 0.963 1.426 0.710 0.369 0.180 2.766 2.336 0.225 1.057 0.479 0.271 1.644 1.049 0.534 2.217 0.129 0.210 5.294 0.994 2.359 1.537 1.344 1.200 3.000 6.307 1.344 0.955 3.564 0.241 0.823 0.302 1.657 3.466 3.284 0.353 0.170 0.197 0.298 0.865 3.798 4.181 4.184 799 chr13 74227372 74296257 + 0 NA 3' UTR (NM_007249, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_007249, exon 8 of 8) 123433 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.314 0.778 0.218 0.409 0.538 0.241 0.119 0.030 0.774 0.130 0.052 0.036 0.099 0.017 0.091 0.074 0.160 0.141 0.473 0.018 0.085 0.049 0.123 5.813 1.834 0.660 1.136 0.093 0.234 0.053 0.089 1.389 0.027 0.037 0.064 0.034 0.139 0.660 0.098 0.267 1.180 3.034 0.074 0.175 0.145 0.561 0.435 0.471 1.010 0.370 0.458 nan 0.534 0.141 0.129 0.096 0.151 0.205 0.218 nan 0.172 0.255 0.437 0.256 0.233 0.341 nan 0.248 0.195 0.249 0.092 0.044 0.087 0.103 0.987 0.008 0.101 0.041 0.023 0.067 0.062 0.258 0.139 0.028 0.017 0.081 0.084 0.156 0.117 0.298 0.043 0.116 0.413 0.774 0.061 0.023 0.160 0.753 0.307 0.038 0.030 0.062 0.045 0.012 0.033 0.068 0.313 0.087 0.128 0.054 0.038 0.013 0.007 1170 chr17 37006394 37011194 + 0 NA TTS (NR_002576) TTS (NR_002576) 454 NR_002576 619505 Hs.738742 NR_002576 ENSG00000199293 SNORA21 ACA21 small nucleolar RNA, H/ACA box 21 snoRNA nan 2.797 2.573 2.033 7.861 5.399 2.471 4.553 0.803 2.413 1.788 0.334 1.489 3.552 3.374 2.213 0.749 3.293 2.037 2.818 1.006 2.282 1.652 1.902 2.696 2.119 2.052 5.674 1.248 3.074 2.668 0.186 5.229 2.043 1.506 3.772 0.379 2.939 4.140 2.883 1.232 4.012 5.473 1.422 4.060 0.877 4.232 3.959 5.777 8.545 nan 5.306 7.422 3.599 18.563 20.631 3.207 3.985 6.702 11.289 nan 8.827 2.429 4.013 6.393 7.343 6.178 6.682 3.862 1.834 1.671 3.720 1.990 1.274 0.792 1.419 1.312 2.335 2.113 1.812 4.355 0.413 1.438 5.127 2.730 1.409 1.815 1.322 1.313 3.625 3.017 2.019 1.620 2.340 2.413 4.172 2.708 3.293 1.595 2.035 1.133 3.435 1.462 1.542 0.956 2.821 1.412 1.947 1.081 1.736 1.127 1.315 1.663 1.326 925 chr15 31629012 31659691 + 0 NA intron (NM_001302461, intron 1 of 1) intron (NM_001302461, intron 1 of 1) 25293 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.155 nan nan 1.322 0.033 1.175 0.606 0.201 0.073 0.803 1.210 0.200 0.093 0.401 0.170 1.292 0.800 4.081 0.945 0.118 0.016 0.186 0.173 0.180 1.890 0.311 0.178 2.759 0.083 0.342 0.142 0.055 0.926 0.096 0.079 0.123 0.043 0.108 0.312 0.193 0.097 0.362 0.164 0.112 0.012 0.159 1.891 3.636 0.404 0.819 4.456 5.020 2.019 0.523 0.465 0.505 1.041 1.393 2.390 2.884 2.164 2.359 1.812 3.230 1.588 1.494 0.377 0.512 0.688 0.440 2.046 0.748 0.028 0.541 0.196 1.758 0.068 0.230 0.143 0.124 0.194 0.409 1.213 0.072 0.047 0.048 0.077 0.122 0.087 0.137 0.655 0.202 0.064 0.399 0.803 0.486 0.048 4.081 0.172 0.124 1.007 0.147 0.677 0.013 0.018 0.149 0.025 0.147 3.366 0.115 0.098 0.071 0.011 0.010 1896 chr3 39181687 39196348 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320559) promoter-TSS (NM_001320559) -96 NM_001320559 64651 Hs.370950 NM_033027 ENSG00000144655 CSRNP1 AXUD1|CSRNP-1|FAM130B|TAIP-3|URAX1 cysteine and serine rich nuclear protein 1 protein-coding 1.617 2.429 2.258 1.044 3.482 0.569 0.187 2.352 1.329 0.700 1.530 0.286 0.898 2.293 2.104 0.996 0.550 0.278 1.356 2.246 1.005 3.357 1.894 1.035 6.866 3.937 2.601 2.521 1.611 0.299 0.721 0.092 0.784 0.861 0.380 1.423 0.675 1.434 0.490 1.079 0.181 1.862 0.716 1.525 2.237 0.854 0.819 1.701 1.066 2.382 0.941 0.917 0.940 0.322 0.860 0.832 0.810 nan 2.913 2.645 2.948 2.715 0.507 0.613 1.346 1.513 1.548 4.107 1.929 0.988 1.761 1.874 1.753 3.671 0.758 0.253 0.460 0.654 0.521 0.720 1.069 0.481 0.528 2.629 3.013 1.241 1.428 0.153 0.198 2.917 2.047 1.990 1.057 1.284 0.700 4.479 0.954 0.278 0.623 1.405 0.285 2.162 1.007 3.136 1.314 1.516 1.843 0.071 0.150 1.403 2.693 1.063 1.340 0.768 390 chr10 60191099 60200690 + 0 NA Intergenic Intergenic 50991 NM_001270782 7019 Hs.594250 NM_003201 ENSG00000108064 TFAM MTDPS15|MTTF1|MTTFA|TCF6|TCF6L1|TCF6L2|TCF6L3 transcription factor A, mitochondrial protein-coding 0.487 nan 0.539 0.102 0.948 0.381 0.133 1.314 0.042 0.093 1.367 0.083 0.958 1.645 9.054 0.076 0.093 0.025 0.068 0.164 0.168 0.885 0.680 0.248 1.374 0.771 1.559 0.336 0.976 0.100 0.034 0.105 0.215 0.282 0.216 0.512 0.206 0.930 0.176 0.950 0.110 0.421 0.064 0.293 0.733 0.336 0.266 0.151 0.563 2.444 0.133 0.238 0.169 0.050 0.228 0.186 0.227 0.425 0.511 0.324 0.175 0.077 0.100 0.104 0.109 0.174 0.136 nan 0.213 0.380 0.006 1.386 0.409 1.577 0.031 0.028 0.014 0.216 0.091 0.077 0.067 0.040 0.025 2.074 0.397 0.220 0.474 0.041 0.039 1.304 0.255 0.112 0.302 0.961 0.093 1.179 0.116 0.025 0.946 0.052 0.303 0.032 0.049 0.542 0.908 0.498 0.108 0.031 0.052 1.353 0.510 1.558 1.516 2368 chr6 135583126 135595161 + 0 NA Intergenic Intergenic 28845 NR_030317 693126 NR_030317 ENSG00000207689 MIR548A2 MIRN548A2 microRNA 548a-2 ncRNA 0.866 1.224 2.855 1.292 0.126 2.979 1.685 0.065 0.067 0.478 0.050 0.094 0.016 0.080 0.021 0.468 0.358 4.541 0.166 0.286 0.010 0.051 0.026 0.106 1.071 0.200 0.190 0.801 0.024 6.261 0.090 0.113 0.152 0.010 0.057 0.108 0.006 0.034 0.307 0.218 0.026 0.322 0.089 0.103 0.351 0.138 1.028 0.855 2.243 3.378 4.908 5.114 6.813 1.937 1.513 1.689 0.205 0.363 2.560 1.542 0.588 0.237 0.500 0.557 0.690 0.590 0.270 nan 1.437 0.844 0.561 0.053 0.008 0.084 0.491 0.435 0.057 0.020 0.030 0.019 0.036 0.115 0.473 0.062 0.014 0.020 0.051 0.589 0.825 0.042 0.068 0.095 0.006 0.254 0.478 0.083 0.208 4.541 0.184 0.396 0.162 0.058 0.194 0.017 0.007 0.020 0.019 3.823 0.111 0.140 0.025 0.048 0.010 0.013 1042 chr16 30062844 30089369 + 0 NA promoter-TSS (NM_001243177) promoter-TSS (NM_001243177) 288 NM_001127617 226 Hs.513490 NM_000034 ENSG00000149925 ALDOA ALDA|GSD12|HEL-S-87p aldolase, fructose-bisphosphate A protein-coding 2.788 2.099 2.027 3.490 2.985 3.539 1.893 3.750 0.988 2.361 1.059 0.299 0.830 2.378 2.918 0.914 0.547 2.517 2.162 1.348 0.901 2.242 0.633 2.025 3.976 2.081 2.099 8.042 1.380 2.258 1.514 0.098 3.267 1.034 1.648 3.996 0.771 3.337 1.884 2.437 0.643 4.093 5.110 1.633 3.189 0.987 2.004 2.527 2.200 3.414 3.261 2.970 4.910 2.331 3.948 3.923 2.065 2.778 5.088 6.984 3.606 3.796 1.661 2.680 3.184 3.533 2.015 3.304 1.835 1.002 3.790 1.879 1.429 1.782 3.378 1.687 1.025 1.403 1.636 1.788 3.243 0.875 1.317 3.340 2.129 0.940 1.288 0.855 0.597 2.314 2.412 2.457 2.696 3.464 2.361 2.933 3.305 2.517 0.936 1.609 0.850 3.698 2.547 1.967 1.325 2.178 1.436 1.492 1.157 1.610 1.826 1.105 1.646 1.042 1515 chr2 5505075 5531375 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 313025 NR_110580 102723818 Hs.128107 NR_110580 LINC01248 - long intergenic non-protein coding RNA 1248 ncRNA 0.831 0.596 0.741 0.153 0.030 0.663 0.322 0.084 0.012 0.521 0.048 0.061 0.007 0.041 0.017 0.196 0.141 0.329 0.207 0.215 0.238 0.004 0.096 0.780 0.214 0.138 0.498 0.150 0.110 0.046 0.094 0.095 0.031 0.077 0.062 0.003 0.034 0.205 0.079 0.003 0.143 0.107 0.048 0.062 0.100 0.931 0.885 3.011 5.164 0.552 0.581 0.846 0.393 0.090 0.038 0.176 0.309 0.759 0.834 0.515 0.195 0.231 0.325 0.152 0.289 0.378 0.697 0.164 0.226 0.042 0.056 0.007 0.056 0.038 0.169 0.016 0.005 0.017 0.011 0.072 0.051 0.362 0.121 0.032 0.020 0.070 0.006 0.028 0.118 0.096 0.027 0.030 0.031 0.521 0.041 0.018 0.329 0.014 0.041 0.312 0.031 0.061 0.003 0.005 0.036 0.034 0.057 0.147 0.128 0.140 0.058 0.031 0.010 1686 chr2 238598151 238644777 + 0 NA intron (NM_001137551, intron 2 of 11) L4|LINE|RTE 20657 NM_001137553 9208 Hs.471779 NM_004735 ENSG00000124831 LRRFIP1 FLAP-1|FLAP1|FLIIAP1|GCF-2|GCF2|HUFI-1|TRIP LRR binding FLII interacting protein 1 protein-coding 1.116 nan 2.367 2.142 1.016 1.223 0.572 0.946 0.137 1.105 0.508 0.138 0.582 1.366 0.178 1.143 0.544 1.648 0.487 0.416 0.494 0.741 0.348 0.762 1.189 0.575 0.434 1.518 0.482 0.257 0.270 0.108 0.795 0.518 0.712 1.120 0.178 0.449 0.337 0.812 0.095 0.862 0.780 0.596 1.091 0.593 0.979 1.298 0.554 1.063 0.844 0.777 2.311 0.821 0.674 0.626 0.841 1.131 2.964 nan 0.644 0.428 0.743 1.150 1.497 2.297 0.633 1.317 1.221 0.674 0.567 1.705 0.209 0.835 0.549 0.592 0.106 1.109 0.822 0.417 1.077 0.378 0.357 1.385 0.535 0.303 0.354 0.196 0.130 0.380 0.953 0.834 0.533 0.852 1.105 1.720 1.781 1.648 0.323 0.421 0.085 1.387 1.024 0.521 0.253 0.841 0.976 0.087 0.350 0.180 1.073 0.395 0.763 0.546 38 chr1 8873587 8891075 + 0 NA Intergenic Intergenic -4632 NM_001042681 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 2.551 nan 3.279 7.838 1.240 1.935 1.121 1.208 0.830 1.662 1.422 0.304 0.458 1.223 0.972 1.118 0.666 1.336 1.072 0.810 0.220 0.943 0.284 1.032 nan 1.633 1.626 4.033 0.633 1.455 1.436 0.131 1.651 0.379 0.604 0.491 0.266 1.117 1.187 0.307 0.193 1.354 1.172 0.590 0.705 0.641 1.841 2.562 1.346 2.225 6.598 7.071 3.564 0.989 3.329 3.415 2.309 nan nan 11.305 nan 3.806 2.005 3.127 1.560 1.710 2.734 4.790 1.988 0.991 2.555 0.794 0.846 1.206 1.633 3.475 0.873 0.625 0.440 0.583 1.297 0.423 0.650 0.868 0.703 0.424 0.471 0.598 0.455 0.636 0.922 1.321 0.729 0.885 1.662 1.289 1.725 1.336 0.493 0.748 0.580 1.468 1.488 0.419 0.352 0.600 0.199 0.895 1.700 1.378 0.488 0.777 0.214 0.116 1955 chr3 138580147 138583992 + 0 NA Intergenic Intergenic 80793 NR_121649 103344930 Hs.195033 NR_121649 ENSG00000244578 LINC01391 - long intergenic non-protein coding RNA 1391 ncRNA 1.709 nan nan 1.404 5.098 2.411 1.486 0.563 0.033 0.763 0.757 0.421 2.266 3.352 0.130 1.547 0.580 0.623 0.170 2.903 0.837 8.208 4.693 5.621 8.770 2.457 3.054 0.840 3.011 0.501 0.074 0.064 2.404 2.455 0.298 6.105 0.530 1.966 0.872 5.466 0.467 3.976 0.952 0.798 2.407 1.791 0.405 0.391 0.600 1.310 0.414 0.683 2.904 0.594 0.480 0.592 1.538 2.413 0.347 0.255 nan 0.473 1.122 1.854 0.623 0.950 0.241 0.740 0.674 0.560 0.657 9.155 2.017 2.808 3.408 0.114 0.109 5.374 5.577 0.212 2.308 0.099 0.084 1.087 0.752 0.426 8.421 0.162 0.091 5.473 2.456 5.449 3.089 2.509 0.763 3.105 3.363 0.623 2.482 0.843 0.102 0.729 0.318 1.835 2.160 4.497 1.305 0.181 1.698 0.162 2.133 6.759 1.066 1.129 196 chr1 154697958 154725541 + 0 NA intron (NM_001204087, intron 3 of 8) L1ME3D|LINE|L1 -111293 NM_001025107 103 Hs.12341 NM_001111 ENSG00000160710 ADAR ADAR1|AGS6|DRADA|DSH|DSRAD|G1P1|IFI-4|IFI4|K88DSRBP|P136 adenosine deaminase, RNA specific protein-coding nan nan 2.178 0.261 0.076 1.062 0.697 0.109 0.009 2.123 0.092 0.076 0.096 0.130 0.096 0.393 0.197 0.299 0.470 0.190 0.067 0.081 0.077 0.091 1.068 0.289 0.162 3.561 0.106 0.128 0.065 0.097 0.233 0.391 0.091 0.099 0.029 0.047 0.553 0.265 1.119 0.491 1.859 0.086 0.115 0.151 0.630 0.899 0.391 0.723 1.996 nan 2.189 0.670 0.201 0.186 0.513 0.937 2.813 3.894 0.788 0.613 0.830 1.081 0.503 0.881 0.475 0.797 0.978 0.790 0.961 0.596 0.014 1.266 0.154 2.093 0.030 1.797 1.748 0.035 3.837 0.062 0.101 0.234 0.260 0.124 0.117 0.099 0.202 0.149 0.248 0.036 0.713 1.569 2.123 0.127 0.087 0.299 1.007 0.150 0.211 0.290 0.589 0.020 0.011 0.185 0.186 0.071 0.193 0.086 0.202 0.049 0.019 0.020 945 chr15 60859619 60885538 + 0 NA intron (NM_134260, intron 1 of 11) intron (NM_134260, intron 1 of 11) 12129 NM_134262 6095 Hs.560343 NM_002943 ENSG00000069667 RORA NR1F1|ROR1|ROR2|ROR3|RZR-ALPHA|RZRA RAR related orphan receptor A protein-coding 1.158 1.484 nan 0.652 0.134 1.164 0.582 0.082 0.104 0.681 0.102 0.137 0.022 0.065 0.066 0.547 0.314 0.552 0.368 0.230 0.067 0.131 0.020 0.131 0.723 0.318 0.537 1.539 0.024 5.603 0.050 0.094 0.326 0.059 0.148 0.435 0.016 0.064 0.270 0.046 0.099 0.232 0.776 0.100 0.220 0.168 0.561 0.770 2.019 2.275 1.418 1.237 nan 0.421 0.408 0.374 0.196 0.326 1.816 2.253 1.074 1.312 0.512 0.870 0.343 0.476 0.814 1.201 0.720 0.469 1.065 0.052 0.177 0.043 0.316 0.573 1.520 0.141 0.117 0.034 1.510 0.095 0.156 0.163 0.293 0.147 0.026 0.935 1.299 0.517 0.144 0.150 0.156 0.083 0.681 0.086 0.043 0.552 0.247 0.151 0.111 0.143 0.773 0.063 0.070 0.043 0.073 2.589 0.282 0.238 0.425 0.033 2.244 2.556 1169 chr17 36979281 36983577 + 0 NA promoter-TSS (NR_039880) promoter-TSS (NR_039880) 174 NM_017748 54883 Hs.406223 NM_017748 ENSG00000273559 CWC25 CCDC49 CWC25 spliceosome associated protein homolog protein-coding nan 3.894 3.298 2.533 7.306 7.262 4.066 3.564 1.765 3.815 2.496 0.262 1.331 2.252 6.666 2.286 1.001 4.065 2.928 2.114 0.980 2.086 0.787 1.662 2.634 1.552 2.308 7.979 0.990 2.670 2.203 0.138 3.316 1.621 1.275 3.478 0.711 3.046 4.027 2.564 1.665 3.615 5.814 1.304 3.031 0.510 6.149 4.987 7.644 11.588 nan 5.157 8.451 7.435 23.600 26.457 3.890 4.337 9.056 13.767 nan 6.793 2.937 3.390 7.611 8.186 12.499 11.406 3.267 2.516 2.436 2.440 2.089 1.330 0.871 2.058 1.641 2.449 2.730 3.133 4.044 0.648 1.671 4.808 2.408 1.088 1.533 1.433 1.098 4.049 3.533 2.475 1.322 2.115 3.815 6.998 2.190 4.065 1.425 2.335 1.789 4.364 2.238 1.641 1.155 2.599 1.472 1.901 1.153 2.678 1.027 1.252 1.756 0.803 206 chr1 155188041 155198802 + 0 NA intron (NR_002188, intron 1 of 12) AluJo|SINE|Alu 3904 NR_002188 2630 Hs.719930 NR_002188 ENSG00000160766 GBAP1 GBAP glucosylceramidase beta pseudogene 1 pseudo nan nan 2.509 2.151 1.609 2.486 1.009 2.130 0.721 2.783 2.476 0.749 1.432 2.969 2.632 1.346 1.018 2.242 1.932 2.569 0.863 2.637 1.446 0.718 4.149 1.410 1.711 8.179 1.230 1.222 2.054 0.160 1.892 1.440 0.884 1.653 1.038 4.550 0.873 2.375 0.249 2.143 2.821 1.784 2.016 1.669 2.944 2.496 3.524 5.487 4.285 nan 5.052 2.095 1.602 1.901 2.804 3.492 3.284 5.210 3.404 2.638 3.059 3.890 2.106 2.904 3.442 4.941 2.113 1.080 3.156 1.775 0.802 2.113 1.304 4.676 1.403 3.087 2.627 1.056 3.075 0.495 1.157 1.678 1.389 0.632 1.289 0.645 0.556 1.512 1.241 1.941 5.834 2.287 2.783 2.120 2.230 2.242 1.015 1.071 0.761 3.526 2.144 2.004 0.421 3.651 1.801 0.911 1.775 1.565 1.185 2.119 1.515 0.991 118 chr1 55514773 55534285 + 0 NA intron (NR_110451, intron 7 of 9) intron (NR_110451, intron 7 of 9) 18634 NR_110451 255738 Hs.18844 NM_174936 ENSG00000169174 PCSK9 FH3|HCHOLA3|LDLCQ1|NARC-1|NARC1|PC9 proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 protein-coding 1.602 1.930 4.229 0.138 0.085 0.282 0.123 0.152 0.022 0.249 0.160 0.082 0.049 0.179 0.071 0.153 0.159 0.092 0.676 0.136 0.146 0.095 0.027 0.073 nan 0.062 0.154 5.894 0.098 0.099 0.096 0.101 0.229 0.012 0.027 0.086 0.016 0.071 0.162 0.062 0.025 0.205 0.185 0.111 0.183 0.091 0.311 0.331 0.245 0.469 0.689 0.791 0.542 0.158 0.445 0.450 0.442 1.018 0.442 0.804 1.270 1.526 0.265 0.277 0.348 0.324 0.408 nan 1.013 0.690 1.040 0.120 0.108 0.147 0.036 0.173 0.028 0.075 0.048 0.068 0.082 0.103 0.106 0.195 0.034 0.016 0.076 0.026 0.013 0.114 0.210 0.063 0.037 0.161 0.249 0.181 0.067 0.092 0.050 0.073 0.339 0.151 0.241 0.042 0.013 0.045 0.228 0.018 0.055 0.267 0.020 0.106 0.025 0.015 959 chr15 67219547 67229170 + 0 NA intron (NR_135687, intron 2 of 2) intron (NR_135687, intron 2 of 2) 24495 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LOC102723481 - uncharacterized LOC102723481 ncRNA 1.023 0.978 nan 0.055 0.784 0.212 0.150 0.670 0.444 0.205 0.958 0.251 1.043 1.493 5.540 0.113 0.093 0.084 0.134 0.787 0.180 0.823 1.621 3.076 4.389 1.424 1.339 0.490 2.013 0.106 0.114 0.047 0.660 0.600 1.198 0.508 0.154 0.410 0.240 0.807 0.260 0.845 0.128 0.259 1.761 0.779 0.264 0.218 0.584 2.251 0.226 0.254 nan 0.169 0.166 0.131 0.279 0.524 0.240 0.379 0.982 0.889 0.363 0.368 0.218 0.311 0.194 0.400 0.416 0.385 0.023 2.262 1.376 1.109 0.415 0.074 0.043 0.923 0.535 0.718 1.952 0.019 0.099 0.260 0.193 0.106 0.814 0.057 0.063 0.376 3.985 0.226 3.762 3.632 0.205 1.023 1.611 0.084 2.532 4.262 0.063 0.573 0.212 1.338 1.682 0.305 0.255 0.072 0.072 0.144 0.579 0.599 0.036 0.031 1674 chr2 223517742 223522355 + 0 NA intron (NM_005687, intron 1 of 16) intron (NM_005687, intron 1 of 16) 1026 NR_130154 10056 Hs.471452 NM_005687 ENSG00000116120 FARSB FARSLB|FRSB|HSPC173|PheHB|PheRS phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit protein-coding nan 3.667 3.958 5.793 3.620 6.972 3.283 2.426 1.130 6.181 2.823 0.278 1.188 3.075 2.878 3.596 2.196 6.726 2.784 2.505 0.671 3.337 0.890 2.386 6.875 5.032 3.415 nan 1.934 3.662 3.491 0.252 3.900 1.465 2.290 3.278 0.633 3.655 2.688 2.840 0.874 4.287 6.186 1.699 6.775 1.784 10.239 7.649 8.647 11.101 8.376 8.940 6.905 5.763 16.925 18.038 5.271 6.520 9.506 15.874 10.809 10.293 8.489 9.296 5.328 7.393 7.515 nan 4.221 2.285 3.356 4.533 0.998 2.745 1.285 2.253 1.743 3.105 2.775 1.372 4.704 0.993 1.714 3.013 2.995 1.183 2.162 1.710 1.960 2.546 2.123 2.735 1.679 1.538 6.181 3.941 5.609 6.726 1.143 1.740 1.758 3.381 2.224 1.852 1.155 2.983 1.804 2.542 2.384 2.621 2.338 1.128 2.188 1.663 358 chr10 3802801 3808254 + 0 NA Intergenic Intergenic 21946 NM_001300 1316 Hs.4055 NM_001300 ENSG00000067082 KLF6 BCD1|CBA1|COPEB|CPBP|GBF|PAC1|ST12|ZF9 Kruppel like factor 6 protein-coding 0.368 0.633 0.499 0.083 1.988 0.271 0.089 0.675 0.182 0.396 0.149 1.311 1.544 0.372 0.057 0.161 0.176 0.066 0.962 0.691 1.330 1.865 2.671 0.970 0.295 0.414 0.385 1.184 0.109 1.584 0.045 0.336 0.707 1.325 0.222 1.298 2.108 0.262 2.483 0.221 1.313 0.078 1.490 1.692 0.572 0.566 0.561 0.477 0.851 0.261 0.387 0.804 0.374 0.163 0.164 0.151 0.195 0.263 0.263 0.132 0.036 0.144 0.294 0.061 0.078 0.136 0.295 0.400 0.418 0.021 1.858 0.577 1.449 0.018 0.081 1.255 0.884 0.623 0.068 0.018 0.029 3.629 2.777 1.451 0.295 0.013 0.057 1.497 0.334 0.751 0.117 0.706 0.182 1.651 0.308 0.176 0.674 0.659 1.015 0.092 2.558 4.683 2.187 1.914 0.054 0.055 0.090 3.043 4.378 4.694 3.279 331 chr1 239749802 239752771 + 0 NA intron (NM_001347716, intron 3 of 7) intron (NM_001347716, intron 3 of 7) -41087 NM_000740 1131 Hs.7138 NM_000740 ENSG00000133019 CHRM3 EGBRS|HM3|PBS cholinergic receptor muscarinic 3 protein-coding 0.801 1.485 1.602 0.393 0.025 0.371 0.320 0.157 1.045 0.073 0.020 0.052 0.230 0.202 0.123 0.237 0.023 0.017 0.030 0.130 0.053 0.049 0.327 0.049 0.396 0.111 0.116 0.508 0.076 0.032 0.026 0.092 0.189 0.074 0.026 0.189 0.269 0.164 0.194 5.553 3.695 19.595 4.697 0.264 0.322 nan 0.228 2.921 2.591 0.248 0.535 nan 0.203 0.304 0.150 1.044 2.403 0.058 0.033 0.210 0.325 nan 0.486 0.037 0.024 0.033 0.032 0.090 0.024 0.090 0.065 0.062 0.353 0.821 0.133 0.055 0.025 0.080 0.090 1.045 0.024 0.202 0.083 0.110 0.067 0.015 0.052 0.037 0.472 0.785 0.116 0.126 0.018 1065 chr16 57030520 57036395 + 0 NA intron (NM_001330552, intron 1 of 47) intron (NM_001330552, intron 1 of 47) 10060 NM_001330552 84166 Hs.528836 NM_032206 ENSG00000140853 NLRC5 CLR16.1|NOD27|NOD4 NLR family CARD domain containing 5 protein-coding nan nan nan 0.196 0.404 0.224 0.110 2.267 0.364 0.646 0.054 2.281 3.044 0.279 0.026 0.085 0.070 0.193 0.231 0.063 2.760 0.362 0.185 0.074 0.083 0.167 0.265 1.369 0.218 0.092 0.046 0.356 1.033 0.053 1.104 0.780 0.400 0.483 6.930 0.152 0.536 0.363 0.153 0.476 0.177 0.619 0.585 0.179 0.336 0.338 0.257 0.275 0.112 0.391 0.443 0.123 nan nan nan nan 0.288 0.122 0.157 0.049 0.060 0.067 nan nan 0.437 0.028 1.227 0.016 0.735 0.051 0.136 0.095 4.193 4.651 0.176 0.381 0.033 0.053 2.707 0.320 0.226 0.612 0.013 0.041 2.835 0.180 0.725 0.080 0.205 0.364 2.096 1.849 0.070 0.021 0.056 0.158 0.017 1.996 0.893 1.400 0.417 0.079 0.033 0.063 0.244 1.331 0.118 0.174 1659 chr2 208254232 208278459 + 0 NA Intergenic Intergenic -128271 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 1.048 nan 1.159 1.746 0.012 2.450 1.294 0.714 0.013 0.846 0.349 0.098 0.948 1.400 0.297 0.674 0.504 2.111 1.165 0.250 0.286 0.546 0.533 0.250 2.901 1.013 1.267 5.094 1.417 0.137 0.049 0.081 0.397 0.679 0.055 0.508 0.414 0.980 0.319 1.291 0.187 0.916 0.433 0.358 0.294 0.301 0.373 0.501 1.225 1.497 0.713 0.830 0.303 0.079 0.424 0.421 4.319 4.326 0.689 0.802 0.793 0.402 0.242 0.414 1.895 2.157 1.185 2.314 0.762 0.397 2.445 1.598 0.205 0.610 0.636 0.456 0.006 0.910 0.727 0.021 0.167 0.678 0.101 1.734 0.767 0.352 0.537 0.103 0.414 0.856 0.319 0.936 0.299 0.321 0.846 0.370 0.709 2.111 0.137 0.178 0.073 0.590 0.893 0.633 0.660 0.816 0.551 0.185 0.135 0.282 1.252 0.223 0.485 0.426 2746 chrX 24893673 24909648 + 0 NA intron (NM_016937, intron 34 of 36) intron (NM_016937, intron 34 of 36) 132405 NM_139058 170302 Hs.300304 NM_139058 ENSG00000004848 ARX CT121|EIEE1|ISSX|MRX29|MRX32|MRX33|MRX36|MRX38|MRX43|MRX54|MRX76|MRX87|MRXS1|PRTS aristaless related homeobox protein-coding 0.713 0.837 0.506 0.160 0.041 0.345 0.171 0.034 0.284 0.128 0.109 0.081 0.012 0.126 0.019 0.366 0.221 0.090 0.063 0.188 0.023 0.039 0.013 0.059 0.114 0.084 0.126 0.300 0.178 0.492 0.149 0.046 0.099 0.007 0.060 0.052 0.011 0.022 0.204 0.021 0.136 0.053 0.087 0.084 0.137 0.089 0.077 0.496 0.797 0.305 0.333 2.532 2.821 0.443 0.358 0.330 0.554 0.391 0.696 0.325 0.233 0.144 0.209 0.740 0.828 0.278 0.632 0.685 0.533 0.038 0.057 0.006 0.127 0.043 0.072 0.017 0.278 0.150 0.028 0.351 0.079 0.055 0.075 0.008 0.015 0.039 0.054 0.190 0.075 0.390 0.098 0.189 0.111 0.128 0.129 0.034 0.090 0.015 0.346 0.031 0.004 0.031 0.021 0.013 0.055 0.042 0.208 0.037 0.112 0.029 0.035 0.011 0.009 737 chr12 96610455 96615106 + 0 NA intron (NM_005230, intron 1 of 4) intron (NM_005230, intron 1 of 4) 24620 NM_005230 2004 Hs.46523 NM_005230 ENSG00000111145 ELK3 ERP|NET|SAP-2|SAP2 ELK3, ETS transcription factor protein-coding 2.077 2.444 2.497 0.855 5.982 0.573 0.206 1.478 0.950 0.218 0.667 0.460 1.791 3.472 0.163 0.101 0.196 0.734 0.139 2.794 1.411 5.760 4.485 0.843 7.923 4.247 3.642 nan 2.852 0.046 0.108 0.115 7.081 2.842 3.452 3.571 0.725 2.353 2.065 4.225 0.756 4.830 1.221 1.621 3.235 2.129 0.282 0.191 0.528 1.496 1.519 1.637 4.071 0.932 0.417 0.250 1.294 2.761 2.157 nan 2.483 2.700 0.290 0.512 0.910 1.258 1.396 1.892 1.184 0.932 0.999 6.503 1.911 2.342 0.021 0.356 0.119 5.114 5.839 1.451 0.418 0.082 0.101 6.697 2.987 1.273 6.051 0.083 0.123 8.966 3.833 3.368 0.034 0.897 0.218 5.736 9.167 0.734 1.892 0.606 0.480 2.514 0.940 6.194 3.643 2.357 4.197 0.073 0.360 0.504 1.721 3.272 6.530 7.439 767 chr12 125196512 125256983 + 0 NA Intergenic Intergenic 121772 NM_005505 949 Hs.731377 NM_005505 ENSG00000073060 SCARB1 CD36L1|CLA-1|CLA1|HDLQTL6|SR-BI|SRB1 scavenger receptor class B member 1 protein-coding 1.555 1.864 1.695 0.231 0.515 0.810 0.376 0.170 0.055 0.850 0.616 0.212 0.358 0.555 0.285 0.280 0.236 0.858 0.370 0.431 0.096 0.093 0.271 0.704 2.797 0.802 0.349 2.223 0.568 0.138 0.332 0.129 0.843 0.121 0.097 0.440 0.156 0.222 0.229 0.225 0.080 0.614 0.545 0.283 0.638 0.148 1.282 1.975 0.419 0.869 1.127 1.127 nan 0.485 0.391 0.440 2.627 3.063 1.113 1.639 3.749 3.062 0.612 0.769 0.562 0.791 1.199 3.144 1.550 0.955 1.207 0.707 0.536 0.567 0.082 1.461 0.055 1.172 0.752 0.125 0.949 0.212 0.117 0.416 0.162 0.111 0.291 0.094 0.111 0.493 0.982 0.400 0.203 0.572 0.850 0.923 0.114 0.858 0.512 0.437 0.901 0.727 0.327 0.126 0.110 0.314 0.118 0.071 0.524 0.816 0.566 0.082 0.141 0.081 2228 chr5 173906467 173951273 + 0 NA intron (NR_125806, intron 2 of 5) intron (NR_125806, intron 2 of 5) 165513 NR_125806 101928176 Hs.436014 NR_125806 ENSG00000249306 LINC01411 - long intergenic non-protein coding RNA 1411 ncRNA 0.568 0.573 0.578 0.064 0.172 0.822 0.476 0.144 0.012 1.407 0.093 0.057 0.004 0.033 0.024 0.042 0.089 0.102 0.115 0.149 0.008 0.086 0.014 0.557 0.221 0.107 0.074 1.374 0.013 0.239 0.038 0.103 1.890 0.026 0.318 0.105 0.091 0.090 0.275 0.085 0.054 0.208 0.372 0.185 0.252 0.114 0.243 0.143 5.491 nan 0.313 0.362 0.075 0.041 0.051 0.062 0.472 nan 0.414 0.423 0.177 0.074 0.222 0.304 2.034 2.349 0.088 0.215 0.180 0.185 0.034 0.238 0.030 0.478 0.027 0.138 0.006 0.538 0.281 0.016 0.469 0.677 0.016 0.058 0.056 0.035 0.106 0.527 0.679 0.242 0.147 0.041 0.250 0.216 1.407 0.036 0.010 0.102 0.923 0.079 0.015 0.050 0.059 0.029 0.113 0.117 0.030 0.429 0.088 0.039 0.335 0.069 0.449 0.410 2070 chr4 129204433 129211729 + 0 NA intron (NM_006320, intron 1 of 2) intron (NM_006320, intron 1 of 2) 1903 NM_006320 10424 Hs.507910 NM_006320 ENSG00000164040 PGRMC2 DG6|PMBP progesterone receptor membrane component 2 protein-coding 3.395 2.942 nan 4.582 2.584 2.494 1.827 2.944 0.731 1.465 1.756 0.168 0.635 2.131 1.381 1.457 0.791 2.467 0.759 2.640 0.747 2.444 1.345 2.490 2.937 1.599 2.316 6.316 1.518 1.510 1.622 0.124 4.024 0.941 1.009 2.203 1.484 10.020 1.568 1.151 0.567 2.633 2.568 2.041 1.714 0.769 1.701 1.959 2.641 4.425 4.407 3.349 3.352 1.341 4.273 3.931 2.152 2.972 3.820 6.581 3.487 4.013 1.752 3.535 3.361 2.405 3.650 6.001 1.915 1.082 1.914 2.013 1.792 1.379 0.799 1.583 0.969 1.285 1.615 0.705 1.604 0.914 2.188 1.807 1.461 0.696 1.061 1.164 0.949 2.204 2.589 1.902 2.771 1.868 1.465 2.610 1.663 2.467 1.144 1.660 0.425 1.209 1.355 1.925 0.669 2.150 1.484 0.806 1.968 1.797 0.908 1.185 0.560 0.300 2173 chr5 90957633 90967532 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -283392 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 1.631 0.643 0.141 0.037 0.573 0.301 0.102 0.440 0.082 0.114 0.019 0.074 0.020 0.080 0.097 0.096 0.246 0.013 0.042 0.042 0.119 0.551 0.089 0.088 0.298 0.045 0.065 0.088 0.123 0.160 0.024 0.066 0.085 0.033 0.079 0.033 0.017 0.135 0.056 0.081 0.087 0.148 0.318 0.159 8.378 0.857 0.950 0.887 0.409 0.140 0.446 0.480 0.330 0.440 0.628 0.509 0.502 0.233 0.088 0.121 0.724 0.564 0.465 nan 0.399 0.359 0.099 0.071 0.099 0.051 0.961 0.014 0.020 0.042 0.087 0.024 0.037 0.023 0.016 0.049 0.030 0.049 0.051 0.032 0.048 0.440 0.043 0.009 0.025 0.039 0.018 0.238 0.047 0.008 0.032 0.046 0.046 0.030 0.187 0.008 0.057 0.012 0.012 1020 chr16 11587682 11602860 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 36155 NR_110907 101927131 Hs.569654 NR_110907 ENSG00000262999 LOC101927131 - uncharacterized LOC101927131 ncRNA 1.635 0.961 nan 0.948 1.049 0.582 0.391 0.725 0.053 0.572 0.657 0.202 0.449 0.952 0.948 0.320 0.187 0.647 0.453 0.905 0.424 0.698 0.453 0.403 7.781 1.490 1.372 2.914 1.002 0.458 0.539 0.088 1.823 0.360 0.558 1.114 0.287 0.606 0.717 0.496 0.398 1.710 1.149 0.484 0.337 0.499 0.306 0.504 1.062 1.284 0.642 0.648 2.101 0.513 0.394 0.440 1.576 1.947 1.888 1.733 nan 0.824 0.581 0.934 3.021 3.344 0.171 0.358 1.414 0.842 2.095 1.284 1.766 1.047 0.277 0.183 0.246 0.743 0.463 0.266 1.727 1.462 0.083 0.918 0.203 0.082 0.358 0.716 0.769 0.409 2.382 1.539 1.752 1.989 0.572 0.507 1.497 0.647 0.832 0.994 0.839 1.001 0.856 0.170 0.177 0.510 0.667 0.563 0.651 0.081 0.621 0.343 1.003 1.048 805 chr13 98864886 98869884 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 6607 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.480 1.710 1.743 1.497 0.428 0.789 0.411 0.476 0.471 0.742 0.197 0.064 3.697 5.959 0.031 0.412 0.218 1.392 0.160 1.649 0.173 1.297 1.225 0.114 13.620 5.283 2.312 2.481 1.908 0.171 0.111 0.089 0.206 0.698 0.155 1.028 0.313 1.638 0.169 1.329 0.034 0.714 1.214 0.575 4.220 0.769 6.757 3.391 5.238 4.413 1.305 1.325 0.768 0.300 0.391 0.400 0.308 0.570 4.441 5.413 0.741 0.694 1.749 2.694 0.886 1.240 0.494 0.634 0.147 0.188 2.390 2.276 0.288 0.036 0.081 1.052 0.757 0.490 0.044 0.108 0.088 0.468 0.406 0.097 0.031 0.665 0.409 0.439 0.343 0.195 0.197 0.267 0.588 0.742 3.769 0.369 1.392 0.559 0.364 0.331 0.067 0.535 0.136 2.720 0.047 0.290 0.045 0.797 0.296 0.556 1.769 0.440 0.525 84 chr1 38476919 38483309 + 0 NA intron (NM_016037, intron 1 of 7) intron (NM_016037, intron 1 of 7) 1730 NM_016037 51118 Hs.472038 NM_016037 ENSG00000183520 UTP11 CGI-94|CGI94|UTP11L UTP11, small subunit processome component homolog (S. cerevisiae) protein-coding 23.140 nan 3.220 4.049 1.240 1.224 0.472 1.463 0.727 1.194 1.515 0.250 0.476 1.060 1.691 1.405 0.554 2.828 0.844 0.848 0.581 1.500 0.761 0.455 2.169 1.208 1.030 3.382 0.819 0.971 1.696 0.235 1.567 0.682 0.660 2.187 0.520 2.680 1.334 0.605 0.223 0.983 4.422 1.115 1.189 0.522 2.203 1.719 2.420 3.497 3.632 3.390 nan 1.031 4.960 4.983 2.810 3.734 9.872 11.795 nan 2.803 2.746 3.656 0.957 1.399 3.398 6.375 1.834 nan 1.149 1.959 0.376 2.000 0.670 0.778 0.694 1.420 1.337 0.843 1.460 0.193 0.758 1.819 1.029 0.488 0.310 0.400 0.359 1.283 1.197 1.515 0.793 0.896 1.194 1.502 2.324 2.828 0.443 1.249 0.575 1.818 0.894 0.711 0.558 0.951 0.626 0.698 1.149 1.962 0.600 0.471 0.712 0.560 437 chr10 135069689 135078143 + 0 NA Intergenic Intergenic -12527 NR_108079 101927671 Hs.741766 NR_108078 ENSG00000166917 MIR202HG - MIR202 host gene ncRNA 0.811 0.847 2.240 0.658 1.517 1.395 0.642 3.368 0.109 0.105 0.400 0.076 2.860 5.092 5.131 0.463 0.159 1.784 0.593 0.935 0.542 6.108 2.571 1.566 7.699 3.075 1.172 1.363 1.489 0.405 1.098 0.100 2.362 2.590 0.762 3.041 0.355 0.848 0.403 2.713 0.305 4.491 0.487 0.988 0.746 2.029 0.517 0.776 0.607 1.063 1.018 0.849 2.618 0.744 0.548 0.661 0.343 0.581 1.688 3.319 0.469 0.645 0.244 0.246 0.573 0.398 0.335 0.423 0.954 0.583 1.171 5.330 0.555 2.618 0.342 1.430 1.162 2.611 3.598 1.409 2.685 0.166 0.169 6.310 2.507 1.301 0.597 0.249 0.188 3.201 2.698 2.986 0.866 5.254 0.105 5.876 5.817 1.784 3.984 0.736 0.503 5.454 1.618 1.997 1.179 2.860 0.715 0.150 0.140 0.189 3.555 1.026 1.199 1.141 194 chr1 154528275 154548036 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -2102 NM_000748 1141 Hs.2306 NM_000748 ENSG00000160716 CHRNB2 EFNL3|nAChRB2 cholinergic receptor nicotinic beta 2 subunit protein-coding nan nan 2.015 1.217 0.873 1.525 0.793 0.740 0.323 2.088 0.738 0.122 0.250 1.070 1.106 1.214 0.711 1.375 1.586 0.758 0.320 0.728 0.335 0.338 1.532 0.936 0.945 5.850 0.415 0.639 0.895 0.117 1.056 0.521 0.293 0.661 0.123 0.808 1.146 0.814 0.186 1.438 1.629 0.793 0.599 0.550 2.747 2.888 1.673 2.067 3.469 nan 2.785 0.830 0.828 0.683 2.269 2.824 2.944 3.938 1.730 1.742 3.625 5.524 1.562 1.762 1.493 2.305 1.732 0.831 0.814 0.723 0.328 0.625 1.373 2.175 0.856 0.698 0.766 0.838 1.273 0.208 0.766 1.303 1.046 0.465 0.482 0.419 0.350 0.573 1.058 0.894 2.989 1.774 2.088 0.907 0.895 1.375 0.551 0.931 0.436 2.988 1.837 0.419 0.185 0.797 0.333 0.220 3.088 0.476 0.383 0.260 0.528 0.327 2749 chrX 40001128 40036982 + 0 NA intron (NM_001123384, intron 1 of 13) intron (NM_001123384, intron 1 of 13) 17527 NM_001123383 54880 Hs.659681 NM_017745 ENSG00000183337 BCOR ANOP2|MAA2|MCOPS2 BCL6 corepressor protein-coding 3.618 3.066 3.177 3.294 0.749 2.127 1.171 1.209 0.476 2.467 1.323 0.175 0.216 0.362 1.259 2.389 1.002 3.227 2.503 0.831 0.124 1.139 0.474 1.164 2.570 1.080 0.895 4.010 0.332 0.550 1.619 0.054 0.729 0.587 0.398 0.928 0.347 0.974 0.549 0.784 0.052 1.146 0.448 0.660 1.056 0.711 1.221 1.396 2.131 3.465 5.866 4.812 3.258 1.052 3.169 3.181 0.772 1.040 4.459 6.028 4.734 6.376 1.571 1.887 2.588 1.975 1.445 2.620 1.374 0.752 3.530 1.375 0.301 1.203 1.480 1.740 1.932 0.673 0.824 0.726 1.114 0.563 2.130 1.014 1.510 0.693 0.488 0.638 0.458 0.729 1.741 1.697 1.089 1.627 2.467 0.347 0.351 3.227 0.375 0.821 0.979 2.247 1.366 0.495 0.256 0.579 0.204 0.372 1.110 1.289 0.576 0.630 0.362 0.196 1768 chr20 57635563 57642225 + 0 NA Intergenic Intergenic -20993 NM_016045 51012 Hs.656865 NM_016045 ENSG00000101166 PRELID3B C20orf45|SLMO2|dJ543J19.5 PRELI domain containing 3B protein-coding 1.269 1.388 0.800 0.145 0.108 0.565 0.123 0.106 0.009 0.331 0.121 0.141 0.141 0.206 0.037 0.332 0.294 0.215 0.237 0.178 0.186 0.285 0.096 0.218 0.345 0.205 0.147 0.654 0.154 0.257 3.977 0.195 0.397 0.125 0.050 0.135 0.048 0.084 0.377 0.050 0.076 0.212 0.172 0.201 0.245 0.079 0.576 nan 0.126 0.129 0.471 0.557 6.404 1.296 0.197 0.132 0.772 1.115 0.134 0.202 2.430 2.327 0.203 0.199 6.008 7.967 0.364 0.626 3.568 1.325 0.110 0.105 0.028 0.027 0.112 0.176 0.728 0.031 0.022 0.705 8.612 1.879 0.024 0.807 0.073 0.094 0.127 0.048 0.054 0.164 0.244 0.491 0.119 0.200 0.331 0.309 0.056 0.215 0.385 0.807 0.250 3.172 4.005 0.061 0.006 0.119 0.481 0.087 0.050 0.036 0.045 0.086 0.026 0.038 220 chr1 157103118 157126220 + 0 NA Intergenic Intergenic -6286 NM_001145312 2117 Hs.105636 NM_005240 ENSG00000117036 ETV3 METS|PE-1|PE1|bA110J1.4 ETS variant 3 protein-coding nan nan 1.350 0.607 0.821 0.949 0.500 1.116 0.913 0.833 0.782 0.134 0.378 0.717 0.708 0.575 0.339 0.896 0.879 0.874 0.269 0.499 0.375 0.383 2.945 1.070 1.898 1.590 0.485 2.393 0.801 0.134 1.049 0.878 0.244 0.904 0.141 0.502 1.716 1.037 0.387 1.443 1.860 0.419 1.353 0.778 1.284 1.454 1.680 2.948 1.890 nan 1.312 0.444 0.524 0.520 0.912 1.347 1.336 1.667 1.116 1.104 1.402 2.011 0.650 0.592 1.048 2.167 1.058 0.727 0.294 0.712 0.202 0.657 0.916 0.645 0.330 1.176 0.687 0.520 0.990 0.115 0.224 1.371 0.754 0.418 0.256 0.742 0.826 0.380 1.223 0.567 0.283 0.758 0.833 1.185 0.755 0.896 0.688 0.806 0.311 2.405 0.755 0.208 0.080 0.451 0.269 2.098 0.522 0.487 0.309 0.176 1.718 1.571 1312 chr18 35062752 35108418 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 1 of 12) intron (NM_001025087, intron 1 of 12) -39118 NR_132967 106635546 NR_132967 SNORA111 - small nucleolar RNA, H/ACA box 111 snoRNA nan 0.911 0.612 0.461 0.027 1.035 0.494 0.053 0.024 2.038 0.043 0.056 0.025 0.018 0.591 0.349 1.026 0.247 0.133 0.024 0.033 0.007 0.067 0.066 0.055 0.012 0.826 0.006 0.296 0.055 0.063 0.066 0.005 0.032 0.024 0.005 0.029 0.157 0.017 0.021 0.109 0.040 0.065 0.023 0.114 0.627 0.854 0.660 0.483 1.278 1.252 4.976 1.257 0.140 0.122 0.366 0.521 nan 1.681 0.624 0.601 0.217 0.318 1.608 1.397 0.373 0.564 2.483 1.703 2.892 0.045 0.013 0.055 0.157 1.211 0.015 0.012 0.011 0.026 0.037 0.407 0.161 0.113 0.032 0.009 0.041 0.232 0.213 0.088 0.073 0.029 0.012 0.104 2.038 0.025 0.010 1.026 0.035 0.016 0.219 0.083 0.058 0.022 0.012 0.016 0.063 0.073 0.103 0.160 0.012 0.027 0.008 0.003 2395 chr7 1703302 1711285 + 0 NA Intergenic CpG -41505 NM_001128636 392617 Hs.42896 NM_001128636 ENSG00000225968 ELFN1 PPP1R28 extracellular leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 1 protein-coding 1.273 0.562 2.053 0.350 0.216 0.424 0.141 0.186 0.047 1.027 0.140 0.060 0.067 0.025 0.079 0.124 1.740 0.466 0.054 1.334 0.112 0.040 0.271 nan 0.320 0.152 nan 0.018 0.254 9.134 0.224 0.250 0.221 0.077 0.408 0.366 0.794 0.371 0.193 0.341 0.316 0.228 0.036 0.182 0.269 0.262 0.134 nan 4.095 3.188 nan 0.121 0.346 0.308 0.457 0.806 nan 3.548 0.879 0.899 0.131 0.084 0.094 0.165 0.550 1.722 0.180 0.166 0.550 0.071 0.335 0.312 0.189 0.133 0.930 0.167 0.063 0.488 0.056 0.012 0.079 0.713 0.347 0.205 0.077 0.158 0.153 0.429 1.346 7.219 0.089 0.056 1.027 0.097 0.443 1.740 0.031 0.134 0.342 9.565 0.265 0.025 0.010 0.035 1.601 0.072 0.037 0.122 0.038 0.012 0.108 0.116 2365 chr6 134286859 134318554 + 0 NA intron (NM_004865, intron 2 of 6) intron (NM_004865, intron 2 of 6) 28405 NM_004865 9519 Hs.486507 NM_004865 ENSG00000028839 TBPL1 MGC:8389|MGC:9620|STUD|TLF|TLP|TRF2 TATA-box binding protein like 1 protein-coding 1.047 0.903 1.401 0.345 0.588 0.316 0.126 0.283 0.012 0.420 0.611 0.087 0.161 0.277 0.476 0.094 0.093 0.281 0.213 0.231 0.066 0.163 0.265 0.263 0.961 0.430 0.742 0.528 0.454 0.418 0.185 0.123 0.214 0.595 0.283 0.710 0.050 0.178 0.240 0.199 0.067 0.565 0.837 0.172 0.543 0.409 1.275 1.028 3.829 2.956 0.841 0.899 nan 0.499 0.306 0.334 2.470 2.649 0.335 0.334 1.601 1.357 0.257 0.560 0.637 1.002 0.541 nan 0.513 0.413 0.035 0.386 0.072 2.011 0.057 0.232 0.030 0.418 0.144 0.024 0.649 0.081 0.108 0.093 0.061 0.052 0.145 0.089 0.198 0.067 0.323 0.208 0.045 0.239 0.420 0.363 0.245 0.281 0.108 0.790 0.086 0.018 0.115 0.225 0.048 0.451 0.176 0.511 0.181 0.315 0.272 0.102 0.066 0.049 1021 chr16 11653212 11658478 + 0 NA intron (NR_024320, intron 1 of 3) AluJo|SINE|Alu 24384 NM_004862 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 1.255 0.709 nan 0.363 0.252 0.419 0.246 0.311 8.842 0.509 0.189 0.185 0.072 0.523 0.538 0.029 0.092 0.583 0.149 0.232 0.094 0.092 0.081 0.079 1.107 0.380 0.108 1.491 0.028 0.569 0.186 0.086 1.729 0.022 0.073 0.192 0.045 0.103 0.526 0.064 0.138 2.322 0.427 0.131 0.208 0.138 0.190 0.306 0.143 0.452 0.571 0.495 0.696 0.378 0.583 0.426 0.617 1.025 0.563 0.930 nan 0.415 0.301 0.344 0.221 0.383 0.187 0.235 0.487 0.486 0.366 0.231 0.288 0.122 0.090 0.159 0.132 0.235 0.146 0.469 0.522 0.034 0.214 0.219 0.032 0.074 0.088 0.514 0.602 0.087 1.819 0.188 1.698 0.300 0.509 0.231 0.035 0.583 0.046 0.236 0.111 0.210 0.058 0.090 0.016 0.104 0.215 0.920 0.075 0.045 0.131 0.109 0.131 0.019 1263 chr17 75066339 75167197 + 0 NA intron (NM_001204408, intron 3 of 19) AluSx|SINE|Alu -20237 NM_001039573 6397 Hs.464184 NM_003003 ENSG00000129657 SEC14L1 PRELID4A|SEC14L SEC14 like lipid binding 1 protein-coding 1.363 1.713 1.228 1.216 0.573 1.330 0.744 0.977 0.137 0.855 1.069 0.287 0.600 1.423 0.437 1.575 0.958 1.300 0.313 0.661 0.588 0.509 0.527 0.864 2.100 0.882 0.602 1.875 1.002 0.483 0.421 0.138 0.727 0.591 0.264 1.251 0.521 1.802 0.752 0.707 0.465 0.937 3.469 0.886 0.544 0.466 2.419 2.150 1.156 1.147 1.258 1.335 3.494 1.087 8.165 8.429 nan 1.399 1.636 2.273 1.463 1.112 1.033 1.351 2.060 2.422 0.726 1.253 nan 0.956 0.349 1.841 0.407 1.148 0.194 0.680 0.175 0.632 0.461 0.501 0.583 0.678 0.290 1.121 0.668 0.340 0.406 0.292 0.308 1.671 0.637 1.224 0.307 0.670 0.855 1.783 1.454 1.300 0.355 0.391 0.204 0.644 0.773 1.227 0.638 1.257 1.329 0.231 0.927 0.288 0.959 0.743 1.404 1.354 934 chr15 43799821 43810954 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2680 NM_005657 7158 Hs.440968 NM_005657 ENSG00000067369 TP53BP1 53BP1|TDRD30|TP53|p202|p53BP1 tumor protein p53 binding protein 1 protein-coding 2.179 1.235 nan 0.807 0.116 1.448 0.782 1.653 0.167 4.292 1.417 0.217 0.137 0.162 0.636 0.822 0.566 1.603 1.686 0.321 0.044 0.318 0.057 0.432 0.684 0.317 0.205 3.093 0.224 0.450 0.467 0.090 0.594 0.211 0.203 0.965 0.285 0.796 0.284 0.098 0.224 0.560 0.710 0.306 0.124 0.308 1.229 1.888 0.660 0.844 2.512 2.175 3.877 0.876 0.556 0.676 1.694 nan 2.396 3.436 4.556 4.247 1.006 1.166 1.803 2.417 2.879 4.006 2.175 1.243 0.728 0.648 0.113 1.025 0.277 2.526 0.534 0.479 0.312 0.472 2.334 0.445 0.576 0.199 0.211 0.133 0.048 0.221 0.218 0.609 0.590 0.906 1.007 0.226 4.292 0.274 0.549 1.603 0.033 0.136 1.511 0.534 1.780 0.475 0.011 0.497 0.069 0.186 0.825 0.904 0.640 0.063 0.134 0.114 1989 chr3 181055625 181063493 + 0 NA intron (NR_075093, intron 2 of 4) AluY|SINE|Alu 100715 NR_125407 102724604 Hs.570524 NR_125407 ENSG00000241231 LOC102724604 - uncharacterized LOC102724604 ncRNA 0.814 0.905 0.630 0.156 0.145 0.219 0.102 0.070 0.024 0.491 0.106 0.206 0.025 0.108 0.261 0.186 0.030 0.970 0.173 0.047 0.127 0.112 0.111 0.042 0.042 0.422 0.231 0.054 0.069 nan 0.069 0.160 0.011 0.035 0.619 0.020 0.180 0.349 0.017 0.134 0.065 0.233 0.123 0.088 0.149 0.522 0.595 10.812 3.173 0.145 0.100 0.164 0.362 0.333 0.240 0.794 0.354 0.101 0.158 0.149 0.168 0.196 0.306 0.465 0.469 0.021 0.080 0.036 0.013 0.201 0.023 0.028 0.009 0.069 0.025 0.646 0.073 0.009 0.010 0.029 0.031 0.035 0.086 0.029 0.045 0.010 0.051 0.491 0.031 0.024 0.030 0.015 0.010 0.028 0.022 0.038 0.004 0.041 0.042 0.117 0.037 0.063 0.019 0.084 0.022 0.007 948 chr15 63367686 63373290 + 0 NA Intergenic Intergenic 29852 NM_001018008 7168 Hs.133892 NM_000366 ENSG00000140416 TPM1 C15orf13|CMD1Y|CMH3|HEL-S-265|HTM-alpha|LVNC9|TMSA tropomyosin 1 (alpha) protein-coding 1.095 1.206 nan 0.034 0.116 0.284 0.199 0.274 0.011 0.412 1.071 0.057 0.197 0.179 0.223 0.140 0.111 0.084 0.186 0.240 0.199 0.079 1.111 0.225 0.611 0.106 0.385 0.491 0.230 0.078 0.014 0.065 0.242 0.326 0.082 0.199 0.295 0.162 0.311 0.172 0.110 0.263 0.122 0.284 0.069 0.089 0.490 0.305 8.484 1.467 0.347 0.322 nan 0.195 1.011 1.085 0.395 0.913 0.189 0.317 0.804 0.583 0.552 1.097 0.183 0.202 0.525 1.540 0.348 0.312 0.065 0.213 0.035 0.254 0.088 0.095 0.099 1.401 0.599 0.111 0.107 0.051 0.056 0.182 0.043 0.082 0.027 0.113 3.235 1.950 0.170 0.225 0.412 0.624 0.198 0.084 0.022 0.100 0.191 0.129 0.339 0.258 0.022 0.269 0.296 0.102 0.248 0.218 0.055 0.302 0.474 0.670 2160 chr5 72604734 72625265 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -117211 NR_134291 340090 Hs.434311 NR_134291 LOC340090 - uncharacterized LOC340090 ncRNA 0.827 nan 0.688 0.175 0.346 0.393 0.133 0.496 0.043 0.364 0.139 0.063 0.966 1.381 0.031 0.062 0.095 0.121 0.157 0.223 0.332 1.017 2.984 0.158 6.892 2.144 0.809 0.414 1.311 0.120 0.063 0.125 0.133 0.514 0.956 0.456 0.631 1.231 0.331 1.135 0.059 0.637 0.168 0.465 0.450 0.462 0.211 0.162 0.219 0.390 0.219 0.281 nan 0.237 0.114 0.144 0.351 nan 0.265 0.240 0.393 0.259 0.094 0.197 0.120 0.144 0.225 0.402 0.312 0.278 0.277 3.755 0.070 1.290 0.029 0.182 0.014 4.342 3.007 0.054 0.111 0.009 0.027 2.106 0.583 0.452 0.287 0.042 0.059 3.240 0.103 0.849 0.046 0.068 0.364 1.855 0.560 0.121 1.171 0.056 0.057 0.198 0.074 1.336 0.611 0.624 0.880 0.090 0.019 0.084 1.596 0.639 3.363 3.305 572 chr11 78166495 78188647 + 0 NA intron (NM_024678, intron 10 of 13) AluSx3|SINE|Alu -36689 NR_120564 101928865 Hs.407574 NR_120564 ENSG00000251323 LOC101928865 - uncharacterized LOC101928865 ncRNA nan 0.722 0.931 0.912 0.111 0.386 0.195 0.133 0.011 0.208 0.113 0.107 0.076 0.034 0.742 0.325 0.486 0.174 0.236 0.045 0.076 0.015 0.098 nan 0.096 0.084 0.297 0.060 0.579 0.130 0.102 0.235 0.021 0.096 0.075 0.014 0.063 0.192 0.089 0.025 0.161 0.144 0.079 0.216 0.122 1.759 1.972 0.511 0.433 0.597 0.770 4.663 1.906 1.385 1.181 0.523 0.706 1.111 1.295 0.442 0.218 0.325 0.817 1.093 1.069 0.254 0.783 1.091 0.756 0.073 0.078 0.026 0.083 0.122 0.107 0.019 0.078 0.016 0.046 0.072 0.179 0.418 0.186 0.066 0.042 0.031 0.038 0.066 0.143 0.104 0.087 1.170 0.277 0.208 0.061 0.075 0.486 0.066 0.113 0.097 0.037 0.110 0.078 0.011 0.079 0.101 0.308 0.201 0.131 0.045 0.102 0.023 0.011 2450 chr7 57545895 57556181 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 41155 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 3.957 3.559 0.476 0.334 1.105 0.875 0.356 0.024 0.837 0.468 5.651 0.217 0.054 0.605 1.566 0.307 1.430 1.167 0.060 0.676 0.010 0.714 0.396 0.279 0.682 1.577 0.301 0.296 1.654 0.793 0.011 0.428 0.479 0.089 0.354 1.182 0.071 0.901 0.750 0.600 0.393 0.666 1.156 0.490 0.362 0.532 0.876 1.324 0.475 0.347 0.725 0.512 1.089 1.453 0.695 0.823 1.468 0.450 0.564 1.047 0.427 0.688 0.616 0.997 0.361 0.674 0.223 0.182 0.140 0.386 0.592 0.449 0.487 0.020 0.244 0.072 0.601 0.275 0.232 0.559 0.312 0.144 0.956 0.174 0.084 1.051 0.301 0.137 0.069 0.395 0.837 0.244 0.143 0.307 0.239 0.274 0.196 0.145 0.175 0.092 0.069 0.316 0.345 0.236 0.425 0.413 0.127 0.456 0.133 0.131 1398 chr19 13179260 13207389 + 0 NA intron (NM_002501, intron 8 of 9) intron (NM_002501, intron 8 of 9) 20650 NM_005583 4066 Hs.46446 NM_005583 ENSG00000104903 LYL1 bHLHa18 LYL1, basic helix-loop-helix family member protein-coding 2.396 0.714 4.315 0.256 0.179 0.815 0.460 0.242 0.020 1.430 0.300 0.120 0.075 0.113 0.091 0.272 0.158 0.475 1.477 0.162 0.035 0.200 0.022 0.325 nan 0.527 0.190 0.786 0.057 0.243 0.499 0.051 0.281 0.046 0.050 0.240 0.045 0.163 0.378 0.035 0.184 0.187 0.220 0.126 0.107 0.070 1.075 1.806 0.418 0.846 1.850 2.047 2.362 0.655 0.431 0.566 1.340 1.938 1.133 1.124 1.144 0.865 0.418 0.420 0.906 0.997 0.708 1.340 1.380 0.759 1.950 0.202 0.041 0.357 0.046 0.233 0.179 0.208 0.129 0.162 0.114 0.303 0.245 0.119 0.049 0.056 0.041 0.075 0.039 0.231 0.352 1.084 0.031 0.116 1.430 0.122 0.077 0.475 0.047 0.047 0.772 0.577 0.461 0.082 0.009 0.266 0.055 0.041 0.084 0.260 0.162 0.047 0.035 0.016 226 chr1 159747425 159753043 + 0 NA promoter-TSS (NM_001319658) promoter-TSS (NM_001319658) -502 NM_017823 54935 Hs.425801 NM_017823 ENSG00000158716 DUSP23 DUSP25|LDP-3|MOSP|VHZ dual specificity phosphatase 23 protein-coding nan nan 3.137 0.811 0.357 0.943 0.541 0.939 0.354 0.096 0.331 0.099 0.407 1.040 2.108 0.459 0.237 0.767 0.528 0.387 0.088 0.860 0.336 0.183 1.544 0.849 1.798 1.879 0.596 0.510 0.407 0.097 0.202 0.716 0.175 0.530 0.409 1.027 0.725 1.262 0.014 1.210 1.223 0.808 0.531 0.350 0.771 0.816 7.972 3.416 0.880 nan 1.599 0.418 0.936 0.758 0.524 1.170 1.957 2.958 0.710 0.541 1.140 1.983 1.436 1.577 0.552 0.813 0.639 0.545 0.385 0.365 0.408 0.833 0.446 1.996 0.025 1.266 1.150 0.935 0.164 0.372 0.269 1.493 0.439 0.265 0.316 0.083 0.022 0.285 0.724 0.352 0.762 0.758 0.096 1.084 0.825 0.767 0.870 0.638 0.070 2.424 0.054 0.362 0.164 0.368 0.591 0.206 0.821 0.132 0.259 0.303 0.113 0.045 527 chr11 63674273 63707513 + 0 NA Intergenic Intergenic -6577 NM_173587 283248 Hs.98788 NM_173587 ENSG00000167771 RCOR2 - REST corepressor 2 protein-coding nan 1.190 1.377 2.036 0.396 0.820 0.448 1.636 0.383 2.101 0.360 0.170 0.132 0.467 0.849 0.193 0.181 1.062 1.176 1.160 0.119 0.198 0.175 0.441 1.634 0.506 0.323 2.205 0.334 0.428 1.376 0.103 0.685 0.163 0.269 0.446 0.173 0.383 0.414 0.216 0.259 0.940 0.820 0.230 1.390 0.257 3.867 5.230 0.748 1.111 3.385 2.992 1.974 0.697 1.525 1.440 1.291 1.835 4.080 4.881 3.526 3.812 1.164 1.747 1.973 1.520 2.217 4.348 0.802 0.574 2.184 0.729 0.293 1.017 0.902 0.916 0.765 0.240 0.212 0.524 1.297 0.777 1.623 1.026 0.473 0.240 0.249 0.330 0.291 0.437 1.450 0.856 1.028 0.388 2.101 0.727 0.428 1.062 0.180 0.282 1.281 1.172 1.540 0.165 0.289 0.348 0.134 0.214 0.771 1.972 0.268 0.351 0.142 0.073 1430 chr19 36247187 36250859 + 0 NA promoter-TSS (NM_001039887) promoter-TSS (NM_001039887) -21 NM_001039887 148137 Hs.527982 NM_144692 ENSG00000167595 PROSER3 C19orf55 proline and serine rich 3 protein-coding 7.229 2.991 3.584 9.673 4.873 4.320 2.402 5.181 0.827 3.893 2.053 0.354 1.842 3.877 4.589 1.534 1.098 4.072 3.224 5.260 0.573 2.576 0.775 3.333 4.929 2.067 1.410 20.318 1.193 3.517 4.442 0.204 3.224 2.187 1.610 4.205 1.132 5.187 2.293 1.365 0.854 2.724 4.252 1.826 2.072 1.696 3.329 3.216 4.008 5.808 6.790 6.165 7.687 2.806 7.742 8.361 5.442 6.616 6.001 7.034 nan 7.187 3.805 5.730 4.470 4.544 4.576 7.438 3.626 2.146 3.465 1.504 1.596 4.761 1.281 4.842 1.776 1.747 2.192 3.472 5.408 1.169 2.014 5.213 3.773 2.008 0.690 1.058 0.694 2.743 8.292 12.672 3.626 1.570 3.893 3.544 2.356 4.072 1.101 1.736 1.395 4.662 3.384 2.994 1.135 2.981 1.666 1.755 2.740 3.106 2.067 0.987 1.885 1.097 1145 chr17 26644068 26653857 + 0 NA intron (NM_014573, intron 1 of 2) intron (NM_014573, intron 1 of 2) 2841 NM_014573 27346 Hs.199695 NM_014573 ENSG00000109084 TMEM97 MAC30 transmembrane protein 97 protein-coding nan nan nan 1.487 1.562 2.013 1.306 1.011 0.076 1.559 0.834 0.147 0.463 1.067 0.502 0.720 0.565 2.374 2.992 1.460 0.114 1.118 0.560 0.983 4.346 1.619 1.924 3.005 0.359 1.135 0.937 0.094 2.175 0.369 0.426 0.864 0.632 2.864 0.939 0.721 1.190 1.846 1.858 0.772 1.129 0.487 2.620 2.867 1.803 2.692 3.793 3.410 2.940 1.080 2.790 2.792 2.714 3.252 4.971 6.697 13.511 14.409 2.926 5.521 4.668 5.405 3.892 6.085 2.449 1.253 1.273 0.889 0.517 0.526 0.226 1.211 0.283 0.396 0.258 0.555 1.216 1.471 1.574 1.645 1.734 0.931 0.456 1.053 1.119 0.994 2.715 0.467 0.999 1.645 1.559 1.294 0.944 2.374 0.845 0.987 1.620 1.628 0.653 0.436 0.224 0.584 0.159 0.506 1.760 2.851 0.249 0.906 0.494 0.290 1870 chr3 10010920 10029843 + 0 NA intron (NM_018447, intron 2 of 8) AluSg|SINE|Alu -8196 NR_103821 442075 Hs.690469 NM_001013730 EMC3-AS1 - EMC3 antisense RNA 1 ncRNA 0.967 1.301 0.983 0.454 0.654 0.441 0.195 1.372 0.229 0.406 0.913 0.305 0.603 1.187 3.149 0.357 0.217 0.303 0.433 1.656 0.635 1.094 0.540 0.672 1.214 0.689 0.968 1.161 0.774 0.630 0.451 0.124 1.222 0.797 0.679 1.085 0.289 1.058 0.634 0.899 0.169 1.436 1.568 0.403 1.001 0.710 0.539 0.457 1.215 2.017 0.791 0.857 1.366 0.657 1.770 1.872 0.606 0.844 0.995 1.338 1.176 1.167 0.657 0.909 0.500 1.158 1.113 1.184 1.017 0.562 0.153 2.486 0.521 2.628 0.106 0.257 0.132 0.975 0.755 0.188 3.558 0.120 0.185 0.677 1.290 0.625 0.433 0.194 0.190 0.747 0.788 0.741 0.691 1.389 0.406 1.099 2.894 0.303 0.934 0.455 0.163 0.668 0.479 1.703 1.111 1.799 1.337 0.370 0.157 0.308 1.197 1.022 0.435 0.311 2549 chr8 61589706 61595439 + 0 NA intron (NM_017780, intron 1 of 37) CpG 1248 NM_017780 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 12.127 2.635 9.378 7.443 1.596 6.409 3.551 3.298 0.954 5.130 0.066 0.528 4.391 0.857 2.940 1.455 10.499 2.267 1.889 0.950 2.997 0.754 1.008 6.468 4.393 3.585 9.424 0.638 2.387 3.614 0.062 2.758 1.603 1.394 1.828 1.160 3.595 1.730 1.141 1.519 4.273 3.175 0.709 1.479 1.420 2.890 4.278 2.994 3.783 17.849 13.990 6.758 2.272 2.197 1.944 3.754 nan 5.425 8.392 nan 13.910 1.739 6.915 10.140 10.132 9.317 6.376 4.489 2.607 2.715 1.264 1.483 1.305 2.182 5.743 2.661 1.174 1.113 2.680 0.569 2.912 4.223 2.766 4.955 2.327 1.942 4.673 2.552 1.964 4.146 6.852 3.249 2.347 5.130 7.358 1.207 10.499 1.479 1.230 1.005 4.222 6.923 0.545 1.903 1.324 0.927 1.549 1.605 3.111 1.348 0.316 1.015 0.586 1448 chr19 42225040 42308621 + 0 NA intron (NM_002483, intron 4 of 5) MIRc|SINE|MIR 7402 NM_002483 4680 Hs.466814 NM_002483 ENSG00000086548 CEACAM6 CD66c|CEAL|NCA carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 6 protein-coding 0.844 2.515 0.729 1.722 0.094 4.741 2.452 0.103 0.311 0.100 0.057 0.081 0.436 0.604 0.039 0.392 0.198 2.125 0.146 4.065 0.015 1.172 0.406 0.209 nan 5.485 7.131 3.820 0.429 0.176 0.051 0.120 0.152 0.095 0.070 0.279 0.032 0.099 0.251 0.949 0.018 0.283 0.129 0.089 1.979 0.507 0.243 0.144 0.093 0.124 0.296 0.364 1.677 0.449 0.221 0.223 0.212 0.376 4.131 4.290 0.404 0.139 0.156 0.213 2.123 2.355 0.185 0.315 3.216 1.601 5.177 1.245 0.039 0.074 0.596 2.185 0.012 0.886 0.447 0.058 0.049 0.695 0.035 0.134 0.056 0.028 1.064 0.423 0.656 0.133 0.348 0.105 1.163 1.248 0.100 0.976 0.830 2.125 1.514 3.301 0.038 0.080 0.239 0.015 0.529 0.128 0.043 0.448 0.047 0.065 0.054 0.060 0.023 0.009 2466 chr7 100460476 100476173 + 0 NA exon (NM_003302, exon 6 of 9) exon (NM_003302, exon 6 of 9) 2666 NR_106935 102466755 NR_106935 ENSG00000087077 MIR6875 hsa-mir-6875 microRNA 6875 ncRNA nan 1.090 1.861 2.468 2.228 2.198 1.012 1.191 0.816 1.826 2.179 0.513 1.038 2.376 1.198 1.115 0.618 1.564 1.797 3.903 1.310 4.077 0.677 4.062 4.742 2.508 7.187 2.531 0.877 1.268 1.809 0.156 6.770 1.262 0.768 1.349 0.899 3.894 3.135 2.129 2.131 8.137 6.830 3.264 1.891 1.880 2.363 2.126 3.636 5.336 3.544 3.751 2.588 2.138 3.660 3.847 1.706 2.315 1.883 3.064 2.868 2.969 2.012 2.666 1.788 2.301 2.228 nan 2.109 1.283 2.594 3.024 0.929 2.303 1.133 1.586 0.680 1.185 1.564 0.737 3.663 0.412 1.068 4.283 3.029 1.391 1.494 0.699 0.468 1.268 2.396 3.830 1.634 1.953 1.826 3.208 2.092 1.564 1.970 0.764 1.234 2.032 0.844 2.315 2.102 3.860 1.743 0.753 0.894 0.817 2.999 0.834 2.846 2.011 62 chr1 25235013 25299831 + 0 NA intron (NM_001031680, intron 1 of 5) L1ME3D|LINE|L1 -10652 NM_004350 864 Hs.170019 NM_004350 ENSG00000020633 RUNX3 AML2|CBFA3|PEBP2aC runt related transcription factor 3 protein-coding 0.661 0.716 nan 0.139 0.428 0.364 0.193 0.145 0.027 0.318 0.188 0.052 0.041 0.090 0.057 0.154 0.128 0.031 0.241 0.092 0.078 0.064 0.096 0.487 3.801 0.661 0.266 1.091 0.140 0.120 0.240 0.107 0.213 0.135 0.139 0.132 0.113 0.110 0.331 0.059 0.061 0.203 0.393 0.098 0.085 0.088 0.319 0.255 0.525 0.764 0.909 0.896 0.684 0.184 0.333 0.380 0.198 0.426 0.420 0.689 0.473 0.368 0.390 0.448 0.055 0.061 0.171 0.262 0.367 0.401 0.411 0.336 0.037 0.270 0.063 0.188 0.109 0.197 0.084 0.219 0.385 0.012 0.082 1.066 0.147 0.087 0.143 0.130 0.097 0.126 0.261 0.420 0.041 0.274 0.318 0.132 0.040 0.031 0.107 0.139 0.199 0.608 0.091 0.043 0.009 0.167 0.106 0.067 0.135 0.057 0.348 0.046 0.019 0.015 833 chr14 23759801 23783983 + 0 NA 5' UTR (NM_001276318, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_001276318, exon 1 of 5) 165 NM_001276318 90673 Hs.601513 NM_001276318 ENSG00000235194 PPP1R3E - protein phosphatase 1 regulatory subunit 3E protein-coding nan 2.448 3.490 2.233 1.054 1.989 1.080 1.037 0.288 1.483 1.718 0.247 0.338 1.223 1.181 0.610 0.449 1.489 1.104 0.989 0.353 1.008 0.580 0.821 4.321 2.436 1.401 3.452 0.545 0.785 1.162 0.131 1.182 0.527 0.734 1.419 0.425 1.259 1.757 0.840 0.396 2.714 3.203 0.481 0.815 0.477 0.997 1.040 1.748 2.425 3.261 3.095 2.404 0.972 2.869 3.090 2.042 2.610 2.409 nan 3.521 3.387 1.169 1.627 1.901 1.871 7.132 11.297 1.438 0.739 2.091 0.795 0.208 0.661 0.579 2.092 0.946 0.809 0.908 0.454 1.034 0.303 1.031 1.200 0.753 0.443 0.753 0.356 0.385 1.276 1.488 1.137 1.402 0.941 1.483 1.064 1.402 1.489 0.480 0.415 0.572 2.033 1.224 0.701 0.270 0.950 0.521 0.285 0.446 4.378 0.944 0.188 0.545 0.294 2743 chrX 12963597 12982280 + 0 NA Intergenic Intergenic -11519 NR_030727 349408 Hs.685035 NR_030727 ENSG00000233338 TLR8-AS1 GS1-324M7.6 TLR8 antisense RNA 1 ncRNA 0.983 nan 1.302 1.121 1.003 0.611 0.292 0.857 0.339 0.162 2.046 0.164 0.765 1.471 0.333 0.134 0.107 0.443 0.224 0.976 0.192 1.140 0.797 0.494 1.610 0.705 1.487 1.302 0.966 1.145 1.295 0.086 0.387 0.549 0.324 1.553 0.872 2.141 0.794 0.844 0.214 0.737 0.511 0.483 1.286 0.348 0.135 0.171 0.692 2.167 0.420 0.422 1.854 0.736 0.361 0.427 0.557 0.792 1.634 1.089 1.180 1.027 0.501 0.440 0.990 1.271 0.587 2.227 0.447 0.397 0.105 1.082 0.456 4.109 0.129 0.102 0.022 1.369 1.132 0.227 1.047 0.234 0.168 0.962 0.999 0.514 1.148 0.129 0.131 1.722 0.998 1.107 0.310 1.137 0.162 2.143 0.422 0.443 0.655 0.620 0.209 0.499 0.581 1.383 0.720 1.276 0.322 0.592 0.127 0.463 0.827 0.512 0.207 0.108 1472 chr19 48406569 48420955 + 0 NA Intergenic L1P4|LINE|L1 -2546 NR_024220 100170225 Hs.717052 NR_024220 SNAR-C1 - small ILF3/NF90-associated RNA C1 snRNA 1.711 1.398 1.569 0.147 0.225 1.105 0.557 0.173 0.004 0.472 0.216 0.199 0.080 0.184 0.026 0.105 0.202 0.141 0.605 0.981 0.095 0.203 0.015 0.294 nan 0.219 0.201 0.373 0.226 0.399 12.263 0.792 0.566 0.017 0.175 0.231 0.087 0.330 0.559 0.053 0.263 0.255 0.692 0.316 0.140 0.223 0.544 0.340 0.238 0.332 0.531 0.614 0.914 0.387 0.626 0.528 0.510 0.899 0.606 0.661 1.120 0.306 0.313 0.464 0.189 0.383 0.789 1.741 0.680 0.869 0.058 0.108 0.126 0.210 0.418 0.174 0.067 0.057 0.065 0.133 0.491 0.101 0.121 0.372 0.214 0.163 0.191 0.075 0.093 0.392 0.577 0.315 0.164 0.096 0.472 0.147 0.077 0.141 0.093 0.247 0.088 0.671 0.333 0.030 0.031 0.202 0.132 0.103 0.108 0.352 0.037 0.118 0.072 0.032 1573 chr2 74728920 74743627 + 0 NA Intergenic L1MA10|LINE|L1 -1452 NM_032673 84759 Hs.316750 NM_032673 ENSG00000115289 PCGF1 2010002K04Rik|NSPC1|RNF3A-2|RNF68 polycomb group ring finger 1 protein-coding nan nan 2.237 1.562 1.586 1.625 0.894 1.813 0.577 1.324 1.763 0.295 1.112 2.409 2.469 0.799 0.395 1.505 1.053 1.566 0.749 2.969 1.087 2.100 5.999 3.710 1.366 2.646 1.389 1.091 1.497 0.114 1.557 1.341 0.873 3.042 1.488 3.974 1.814 1.287 0.508 3.029 1.471 1.695 1.242 1.458 1.217 1.485 2.916 4.436 2.769 2.728 4.287 1.606 2.771 3.043 1.088 1.431 1.947 2.163 3.348 2.768 1.274 1.811 0.826 1.086 5.076 9.226 nan 0.713 1.233 2.548 0.883 1.415 1.156 0.578 1.640 2.073 2.930 1.190 1.802 0.208 3.291 2.116 3.691 1.550 1.948 0.827 0.619 4.414 2.546 1.926 3.250 1.523 1.324 1.791 3.151 1.505 0.931 1.059 0.835 3.216 1.034 1.199 0.328 1.379 1.170 0.499 0.471 4.233 1.954 0.583 2.890 2.269 548 chr11 67111532 67160486 + 0 NA intron (NM_001166212, intron 1 of 2) intron (NM_001166212, intron 1 of 2) 5197 NM_013246 23529 Hs.502977 NM_013246 ENSG00000175505 CLCF1 BSF-3|BSF3|CISS2|CLC|NNT-1|NNT1|NR6 cardiotrophin-like cytokine factor 1 protein-coding nan 1.205 1.130 0.762 2.091 0.615 0.330 2.977 0.155 0.629 0.913 0.227 1.240 2.615 2.404 0.231 0.171 0.693 0.371 2.147 0.713 2.368 1.830 1.788 6.729 3.482 2.269 1.469 2.428 0.406 1.590 0.134 1.309 1.146 0.881 1.755 0.697 1.844 1.186 3.240 0.384 2.580 1.246 1.542 3.181 1.212 1.721 2.587 1.225 1.832 1.623 1.562 2.536 0.920 1.706 1.834 0.590 1.015 2.020 2.941 0.853 0.639 1.231 1.529 0.652 1.025 0.896 1.725 0.810 0.567 0.321 3.984 0.901 5.203 0.687 0.512 0.467 2.413 2.832 1.069 2.958 0.136 0.243 8.139 1.459 0.711 2.334 0.426 0.316 3.809 6.558 2.341 3.654 3.543 0.629 2.257 3.719 0.693 1.900 3.608 0.245 5.768 0.862 2.092 1.407 5.201 1.036 0.223 0.487 0.686 2.109 2.889 1.620 1.154 2020 chr4 1238822 1244983 + 0 NA intron (NM_001012614, intron 1 of 9) CpG 1006 NM_001328 1487 Hs.208597 NM_001328 ENSG00000159692 CTBP1 BARS C-terminal binding protein 1 protein-coding 4.807 2.539 nan 5.191 5.614 5.516 2.888 5.549 3.641 5.233 1.754 0.207 1.447 8.458 2.302 3.510 1.322 4.794 1.607 2.519 1.206 6.672 1.921 2.085 7.519 5.433 5.383 5.743 2.404 3.731 3.519 0.095 4.375 1.913 1.124 6.387 2.046 7.481 2.786 2.256 1.004 2.963 3.394 2.357 4.315 3.126 6.526 7.389 5.850 9.264 6.598 6.249 nan 2.817 10.640 10.269 2.515 3.443 4.190 7.641 5.312 6.022 4.787 7.935 3.250 3.223 3.748 2.678 nan 1.685 2.759 2.680 1.939 1.572 2.714 5.460 2.184 2.197 3.540 3.885 3.383 0.663 4.103 6.382 4.695 2.340 2.489 3.460 2.525 5.239 3.885 7.972 3.355 2.514 5.233 9.763 4.054 4.794 1.850 2.819 0.709 6.227 1.569 3.224 1.641 2.039 1.576 2.457 1.494 1.675 2.481 0.702 2.056 1.130 2575 chr8 92664754 92676908 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR 359077 NM_175636 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 0.945 2.261 0.188 0.024 0.362 0.200 0.051 0.015 0.125 0.120 0.079 0.061 0.031 0.026 0.066 0.166 2.660 0.192 0.065 0.096 0.048 0.080 0.114 0.277 0.012 0.088 0.009 0.087 0.093 0.010 0.076 0.068 0.063 0.123 0.036 0.013 0.111 0.181 0.064 0.072 0.051 0.201 0.305 0.268 nan 0.559 0.721 0.427 0.153 0.187 0.111 1.569 1.559 0.667 0.700 5.701 5.907 0.106 0.157 0.287 0.438 1.831 5.786 0.299 0.302 0.050 0.012 0.008 0.015 0.033 0.089 0.103 0.018 0.012 0.044 0.063 1.195 0.030 0.025 0.019 0.079 0.041 0.099 0.037 0.035 0.032 0.011 0.125 0.059 0.069 0.166 0.034 0.548 0.015 0.041 0.006 0.058 0.018 0.084 0.065 5.017 0.019 0.063 0.009 0.013 1110 chr17 4378057 4426440 + 0 NA 5' UTR (NM_001124758, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_001124758, exon 1 of 13) 110 NM_001124758 124976 Hs.22824 NM_001124758 ENSG00000183018 SPNS2 - sphingolipid transporter 2 protein-coding 1.190 0.473 0.778 0.086 1.333 0.305 0.210 0.069 0.299 0.421 0.065 0.057 0.592 1.212 0.086 0.179 0.088 0.475 0.236 0.149 0.161 0.523 0.369 0.526 3.793 1.311 1.730 0.608 0.145 0.108 0.061 0.065 0.321 0.058 0.055 0.499 0.095 0.108 0.465 2.227 0.134 0.479 0.690 0.086 3.767 0.155 0.567 0.870 0.324 0.788 0.612 0.572 1.187 0.363 0.365 0.376 0.259 0.506 0.874 0.939 0.742 0.608 0.315 0.299 0.179 0.228 0.622 0.899 0.952 0.533 1.081 0.906 1.454 0.134 0.335 0.205 0.026 0.324 0.166 0.053 0.109 0.025 0.042 0.221 0.231 0.137 0.874 0.089 0.067 0.124 0.357 0.104 0.755 0.936 0.421 1.179 0.939 0.475 0.399 3.857 0.329 0.320 0.303 0.116 0.636 0.401 0.256 0.084 0.045 0.146 0.022 1.134 0.176 0.111 2622 chr8 145114663 145120640 + 0 NA Intergenic Intergenic -2045 NM_017570 26873 Hs.305882 NM_017570 ENSG00000178814 OPLAH 5-Opase|OPLA|OPLAHD 5-oxoprolinase (ATP-hydrolysing) protein-coding 1.453 1.456 nan 1.741 0.312 1.219 0.632 1.686 0.104 1.283 0.640 0.215 0.334 0.823 0.222 0.238 0.065 2.164 0.663 0.611 0.311 0.571 0.194 0.220 3.608 1.239 0.465 1.088 0.198 2.536 1.221 0.065 8.855 0.039 0.294 3.053 0.289 0.506 0.982 0.164 0.657 1.447 2.152 0.268 0.616 0.262 0.785 0.986 0.190 0.405 nan 1.589 nan 0.398 1.567 1.458 0.508 0.780 1.374 1.882 0.721 0.697 1.384 1.202 0.515 0.395 1.310 2.209 0.898 0.525 0.205 0.680 0.685 1.005 0.824 1.441 0.046 0.547 0.382 0.687 1.604 0.032 0.121 0.308 0.826 0.646 0.124 0.836 0.529 0.157 2.250 2.076 2.244 2.026 1.283 0.751 0.649 2.164 0.699 0.941 1.004 3.209 5.144 0.034 0.036 0.584 0.520 0.463 0.368 0.827 0.088 0.126 0.568 0.338 2204 chr5 142913204 142937748 + 0 NA Intergenic L1MEd|LINE|L1 -110399 NM_001018075 2908 Hs.122926 NM_000176 ENSG00000113580 NR3C1 GCCR|GCR|GCRST|GR|GRL nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 protein-coding nan 0.865 0.608 0.083 0.282 0.237 0.124 0.730 0.027 0.047 0.273 0.098 0.186 0.221 0.246 0.083 0.111 0.190 0.156 0.253 0.363 0.348 0.361 0.230 0.772 0.231 0.416 0.360 0.094 0.126 0.035 0.129 0.380 0.239 0.090 0.365 0.713 2.487 0.140 0.501 0.027 0.195 0.471 0.438 0.166 0.090 0.194 0.079 0.203 0.322 0.308 0.345 0.506 0.187 0.227 0.218 0.529 0.788 0.537 0.544 0.406 0.191 0.104 0.171 0.128 0.172 0.240 0.504 0.255 0.292 0.020 0.590 0.295 0.747 0.049 0.109 0.006 0.640 0.220 0.095 0.172 0.027 0.068 0.263 0.150 0.102 0.106 0.019 0.074 0.734 0.613 0.067 0.074 1.157 0.047 0.072 0.172 0.190 0.420 0.852 0.063 0.272 0.108 1.571 0.008 0.619 1.018 0.051 0.057 0.055 0.278 0.836 0.059 0.033 1999 chr3 184077971 184090307 + 0 NA intron (NM_001278715, intron 3 of 3) AluY|SINE|Alu 3368 NM_001278714 5437 Hs.432574 NM_006232 ENSG00000163882 POLR2H RPABC3|RPB17|RPB8 RNA polymerase II subunit H protein-coding 3.884 3.356 2.170 2.465 4.237 4.458 2.307 1.438 0.657 1.461 1.785 0.356 0.570 1.997 1.642 2.244 1.258 1.801 1.286 1.444 0.883 2.589 0.793 1.950 2.450 2.060 1.807 8.417 0.723 2.666 1.693 0.104 nan 0.856 0.733 2.309 0.701 2.996 3.462 1.535 1.691 6.290 7.037 1.388 2.411 0.641 2.096 2.691 2.602 3.657 3.924 3.268 6.429 2.928 3.759 3.910 2.496 3.439 4.150 5.471 3.968 4.543 1.162 2.550 2.487 2.421 2.946 3.733 1.804 1.020 1.627 1.411 1.175 1.034 1.126 1.773 1.347 2.209 2.817 1.603 1.498 0.608 1.953 3.389 3.612 1.553 1.245 1.723 1.147 1.722 1.722 2.749 0.633 1.561 1.461 1.904 3.092 1.801 0.645 1.123 0.701 1.829 1.523 1.253 1.308 1.706 0.873 1.276 0.923 1.753 1.009 1.217 1.307 0.753 1772 chr20 61445365 61472321 + 0 NA intron (NM_001853, intron 16 of 31) intron (NM_001853, intron 16 of 31) 10429 NM_001853 1299 Hs.716639 NM_001853 ENSG00000092758 COL9A3 DJ885L7.4.1|EDM3|IDD|MED collagen type IX alpha 3 chain protein-coding 1.925 1.436 0.832 0.315 0.313 0.417 0.166 0.292 0.111 0.385 0.172 0.101 0.084 0.195 0.182 0.163 0.140 0.434 0.495 0.304 0.115 0.162 0.004 0.214 1.314 0.325 0.226 1.076 0.163 0.316 0.293 0.096 0.544 0.135 0.056 0.272 0.144 0.239 0.308 0.024 0.131 0.949 0.359 0.247 0.272 0.128 3.046 nan 0.907 1.224 0.890 0.819 0.865 0.261 0.827 0.953 0.388 0.679 0.347 0.347 0.780 0.702 1.009 1.433 0.131 0.167 0.336 0.521 0.808 0.632 0.561 0.267 0.166 0.503 0.037 0.400 0.123 0.141 0.082 0.243 0.642 0.021 0.143 0.451 0.130 0.119 0.043 0.171 0.153 0.078 0.812 0.410 0.672 0.786 0.385 0.344 0.117 0.434 0.418 1.136 0.793 1.933 0.402 0.055 0.079 0.331 0.178 0.157 0.652 0.114 0.096 0.056 0.073 0.064 418 chr10 115368206 115390752 + 0 NA intron (NM_198060, intron 25 of 41) intron (NM_198060, intron 25 of 41) 44350 NM_001322945 4892 Hs.268788 NM_006175 ENSG00000197893 NRAP N-RAP nebulin related anchoring protein protein-coding 0.420 nan 0.589 0.105 0.045 0.266 0.135 0.093 0.030 0.203 0.092 0.106 0.018 0.017 0.084 0.075 0.080 0.067 0.179 0.011 0.066 0.014 0.118 0.246 0.039 0.088 0.207 0.026 5.269 0.043 0.081 0.170 0.021 0.060 0.082 0.014 0.024 0.156 0.039 0.018 0.211 0.147 0.062 0.060 0.149 0.318 0.210 0.226 0.412 0.198 0.187 1.214 0.295 0.173 0.144 0.112 0.177 0.454 0.484 0.165 0.061 0.110 0.195 0.069 0.078 0.106 0.148 0.282 0.387 0.017 0.040 0.009 0.075 0.027 0.119 0.024 0.028 0.026 0.052 0.218 0.004 0.145 0.144 0.035 0.021 0.034 0.357 0.631 0.094 0.087 0.025 0.021 0.050 0.203 0.051 0.037 0.080 0.011 0.077 0.013 0.060 0.014 0.015 0.007 0.035 0.021 2.256 0.022 0.017 0.014 0.066 0.026 0.009 2324 chr6 51065001 51079715 + 0 NA Intergenic MLT1J1-int|LTR|ERVL-MaLR 285919 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.814 0.780 nan 0.153 0.074 0.253 0.109 0.065 0.021 0.276 0.097 0.142 0.094 0.041 0.053 0.080 0.228 0.133 0.131 0.017 0.051 0.007 0.118 0.223 0.038 0.116 0.276 0.168 0.051 0.035 0.125 0.114 0.016 0.057 0.101 1.003 4.305 0.152 0.015 0.016 0.166 0.135 0.099 0.078 0.057 0.410 0.292 0.426 0.834 0.315 0.386 0.080 0.103 0.208 0.264 0.157 0.264 0.237 0.188 0.320 0.111 0.125 0.177 0.149 0.218 0.220 0.345 0.140 0.223 0.030 0.178 0.020 0.096 0.062 0.072 0.010 0.009 0.015 0.005 0.043 0.026 0.077 0.037 0.013 0.016 0.047 0.024 0.166 0.033 0.067 0.150 0.023 0.276 0.082 0.035 0.228 0.041 0.039 0.006 0.032 0.028 0.018 0.009 0.027 0.023 0.047 0.053 0.047 0.079 0.084 0.008 0.003 933 chr15 40626760 40637914 + 0 NA intron (NM_207380, intron 1 of 10) intron (NM_207380, intron 1 of 10) 831 NM_207380 388115 Hs.32433 NM_207380 ENSG00000188549 C15orf52 - chromosome 15 open reading frame 52 protein-coding 1.597 0.904 nan 0.160 2.843 0.800 0.366 3.520 0.178 1.017 2.643 0.274 1.717 2.844 0.949 0.321 0.298 1.439 1.365 0.268 0.888 3.650 2.170 0.998 7.522 4.572 3.513 2.095 3.829 0.182 0.081 0.078 0.939 2.888 0.617 3.844 1.845 6.007 0.946 2.329 1.078 3.941 1.076 1.798 3.797 1.614 1.539 2.365 0.867 2.640 1.070 1.257 0.629 0.269 0.990 1.029 0.972 nan 2.472 2.389 1.707 1.319 1.155 1.808 0.279 0.267 0.665 1.134 0.882 0.580 1.715 5.187 2.019 3.831 1.076 0.649 0.068 1.472 1.564 0.417 3.182 0.043 0.249 5.657 5.204 1.862 0.524 0.196 0.109 11.034 1.277 2.816 0.064 2.138 1.017 3.819 1.436 1.439 1.295 2.091 1.044 2.925 1.283 6.857 5.198 3.568 1.606 0.082 0.952 0.324 9.213 2.386 7.089 5.733 783 chr13 41545085 41616813 + 0 NA intron (NM_172373, intron 1 of 8) intron (NM_172373, intron 1 of 8) 12559 NM_172373 1997 Hs.135646 NM_172373 ENSG00000120690 ELF1 - E74 like ETS transcription factor 1 protein-coding 0.885 1.181 0.950 0.494 0.530 0.298 0.152 0.312 0.582 0.081 0.187 0.108 0.209 0.655 0.066 0.254 0.147 0.654 0.113 1.143 0.086 0.248 0.257 0.168 3.972 2.293 0.602 0.808 0.277 0.085 0.080 0.087 1.178 0.176 0.091 0.239 0.013 0.096 0.302 0.273 0.177 1.168 1.486 0.106 0.459 0.296 0.612 0.449 0.598 1.210 0.371 0.551 1.326 0.435 1.095 1.095 0.525 0.699 0.540 0.682 0.444 0.253 0.483 0.787 0.356 0.427 0.442 0.774 0.348 0.404 0.158 0.539 0.106 0.180 0.155 0.066 0.008 0.309 0.138 0.052 0.469 0.036 0.152 0.061 0.091 0.057 0.308 0.041 0.085 0.155 0.227 0.084 0.123 0.462 0.081 0.443 0.248 0.654 0.261 0.361 0.016 0.031 0.106 0.066 0.209 0.104 0.183 0.053 0.451 0.161 0.175 0.441 0.022 0.015 2217 chr5 170581633 170587620 + 0 NA intron (NM_022897, intron 14 of 27) intron (NM_022897, intron 14 of 27) -151662 NM_021025 30012 Hs.249125 NM_021025 ENSG00000164438 TLX3 HOX11L2|RNX T-cell leukemia homeobox 3 protein-coding 0.978 0.825 1.325 0.029 1.104 0.182 0.053 0.161 0.010 0.109 0.212 0.082 0.141 0.042 0.679 0.303 0.368 7.469 0.380 0.270 0.102 0.147 0.066 0.151 0.070 0.345 0.025 0.161 0.073 0.207 0.148 0.020 0.085 0.080 0.046 0.159 0.172 0.072 0.187 0.067 0.198 0.020 0.259 1.165 0.873 0.161 nan 0.223 0.448 1.977 0.568 0.091 0.138 2.272 nan 0.631 0.554 0.504 0.294 0.199 0.387 1.508 0.804 0.156 0.266 1.050 0.633 0.066 0.050 0.032 0.015 0.065 0.208 0.012 0.013 0.062 0.206 0.173 0.046 0.030 0.039 0.076 0.013 0.069 0.035 0.013 0.088 0.109 0.023 0.092 0.368 0.042 0.048 0.048 0.091 0.095 0.075 0.100 0.266 0.061 0.075 0.474 0.042 0.025 1357 chr18 60980993 60991008 + 0 NA 5' UTR (NM_000633, exon 2 of 3) 5' UTR (NM_000633, exon 2 of 3) 613 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 1.719 1.789 5.385 5.576 0.527 3.510 1.618 0.801 0.031 2.756 0.437 0.032 0.038 0.074 0.112 1.211 0.609 4.103 0.823 0.913 0.208 0.216 0.095 0.292 0.845 0.362 0.149 13.329 0.044 0.320 0.498 0.088 0.385 0.188 0.266 0.453 0.172 0.820 0.613 0.175 0.607 0.304 0.901 0.140 0.729 0.104 2.747 3.351 6.746 5.834 8.712 7.065 7.579 2.888 16.553 16.359 0.606 nan 8.176 8.734 1.782 1.824 2.593 5.538 4.449 4.564 0.499 0.386 6.217 3.237 3.926 0.205 0.087 0.646 1.801 2.787 0.042 0.470 0.369 0.515 1.838 0.872 1.160 0.993 0.356 0.195 0.060 0.570 0.582 0.856 0.748 0.767 0.473 0.147 2.756 0.113 0.307 4.103 0.209 0.049 0.427 1.659 2.288 0.427 0.156 0.325 0.179 0.230 2.387 0.126 0.211 0.047 0.230 0.103 2333 chr6 85343340 85367474 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE -43769 NR_125877 102724201 Hs.667523 NR_125875 ENSG00000228290 TBX18-AS1 - TBX18 antisense RNA 1 ncRNA 0.817 0.736 nan 0.195 0.511 0.267 0.152 0.236 0.033 0.264 0.354 0.104 0.330 0.454 0.089 0.131 0.149 0.134 0.102 0.188 0.523 0.485 0.310 0.126 0.710 0.211 0.459 0.216 0.327 0.101 0.049 0.101 0.394 0.411 0.169 0.605 0.630 2.120 0.304 0.441 0.003 0.493 0.081 0.134 0.333 0.228 0.349 0.189 0.237 0.386 0.197 0.299 0.260 0.113 0.231 0.281 0.254 0.474 0.157 0.192 0.286 0.126 0.126 0.174 0.071 0.095 0.403 1.073 0.249 0.299 0.035 0.118 0.004 2.541 0.037 0.026 0.011 0.597 0.341 0.079 0.042 0.016 0.023 0.737 0.410 0.273 0.028 0.048 0.055 0.268 0.168 0.288 0.089 0.075 0.264 0.157 0.023 0.134 0.385 0.038 0.004 0.116 0.168 2.041 0.106 0.039 1.476 0.057 0.041 0.184 0.408 0.574 0.060 0.022 348 chr10 1450650 1530046 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) -78477 NR_033387 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168|bA466B20.1 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.483 0.444 0.725 0.539 0.039 4.121 2.138 0.041 0.009 0.492 0.138 0.105 0.014 0.050 0.031 1.249 0.574 5.488 0.071 0.258 0.002 0.042 0.004 0.098 0.066 0.042 0.061 0.537 0.009 0.073 0.031 0.076 0.202 0.012 0.052 0.033 0.014 0.038 0.263 0.015 0.230 0.550 0.337 0.049 0.017 0.055 0.803 1.330 0.117 0.150 1.999 2.122 0.267 0.134 0.739 0.773 0.105 0.191 3.573 3.818 0.166 0.082 0.933 1.852 0.029 0.045 0.084 0.110 0.044 0.053 0.813 0.040 0.007 0.045 0.116 4.051 0.007 0.005 0.012 0.025 0.048 0.007 0.050 0.048 0.027 0.011 0.018 0.018 0.012 0.118 0.052 0.039 0.087 1.768 0.492 0.052 0.017 5.488 0.262 0.064 0.192 0.085 0.184 0.006 0.005 0.024 0.023 0.048 2.278 0.017 0.014 0.085 0.025 0.009 1152 chr17 27907473 27931760 + 0 NA promoter-TSS (NM_152345) promoter-TSS (NM_152345) -911 NM_152345 124930 Hs.662164 NM_152345 ENSG00000198720 ANKRD13B - ankyrin repeat domain 13B protein-coding nan nan nan 0.502 1.106 2.856 1.437 1.609 0.061 2.249 0.571 0.124 0.563 1.126 0.475 0.467 0.306 1.488 0.847 1.573 0.449 1.308 0.332 0.859 2.666 1.614 0.850 3.812 0.662 0.938 2.650 0.153 2.140 0.430 0.201 1.079 0.186 0.696 0.906 0.611 0.809 2.728 1.873 0.596 1.007 0.223 2.863 3.983 1.340 2.098 2.190 1.899 2.812 0.876 2.231 2.224 1.828 2.670 2.933 4.045 3.912 4.504 1.775 3.688 1.699 1.276 2.119 nan 1.199 0.760 2.151 0.514 0.228 0.489 0.328 1.031 0.988 0.589 0.532 0.951 2.341 0.472 0.707 2.368 1.030 0.506 0.197 1.298 0.892 0.505 3.537 1.211 0.575 0.568 2.249 1.267 0.994 1.488 0.328 0.424 1.606 3.366 1.092 0.315 0.098 0.664 0.612 0.512 1.777 1.855 0.377 0.241 0.889 0.534 789 chr13 52351926 52397369 + 0 NA intron (NM_001031719, intron 1 of 7) intron (NM_001031719, intron 1 of 7) 3651 NM_001031719 79758 Hs.266728 NM_024705 ENSG00000102796 DHRS12 SDR40C1 dehydrogenase/reductase 12 protein-coding 1.579 nan nan 0.402 0.344 0.550 0.265 0.493 0.064 0.637 0.384 0.075 0.356 0.456 0.211 0.257 0.145 1.644 1.274 0.792 0.093 0.146 0.116 0.159 1.523 0.519 0.171 1.742 0.154 0.259 0.257 0.071 0.317 0.127 0.070 0.300 0.157 0.366 0.476 0.187 0.110 0.628 0.473 0.275 0.214 0.170 1.415 1.845 0.397 0.681 2.404 2.328 nan 0.611 0.867 0.912 0.767 1.036 1.083 1.509 2.454 2.683 0.755 1.099 0.869 0.849 2.047 nan 0.479 0.291 0.881 0.303 0.157 0.257 0.172 1.999 0.161 0.128 0.095 0.179 0.535 0.174 0.664 0.677 0.246 0.136 0.105 0.127 0.118 0.255 0.471 0.346 0.621 0.460 0.637 0.579 0.296 1.644 0.193 0.924 1.198 0.556 0.245 0.045 0.065 0.094 0.138 0.134 0.310 1.188 0.233 0.088 0.108 0.060 49 chr1 16531341 16583742 + 0 NA TTS (NM_030907) TTS (NM_030907) 6118 NM_030907 79363 Hs.546430 NM_030907 ENSG00000132881 RSG1 C1orf89 REM2 and RAB like small GTPase 1 protein-coding 1.887 1.495 nan 1.581 0.611 1.113 0.593 0.703 0.126 0.919 0.554 0.127 0.308 0.726 0.381 0.638 0.340 0.807 1.379 0.379 0.165 0.394 0.200 0.252 2.801 1.128 0.531 3.528 0.497 0.367 0.478 0.099 0.663 0.111 0.181 0.368 0.192 0.631 0.413 0.226 0.183 0.641 0.953 0.333 0.329 0.292 1.844 2.308 1.838 3.089 3.375 3.753 1.640 0.592 1.714 nan 0.776 nan 5.219 6.047 nan 1.072 1.309 1.916 0.355 0.395 0.961 1.642 1.371 0.759 1.183 0.512 0.164 0.547 0.356 1.489 0.177 0.255 0.210 0.347 0.346 0.071 0.626 0.584 0.216 0.125 0.150 0.198 0.169 0.271 0.485 0.770 0.264 0.338 0.919 0.801 0.697 0.807 0.233 0.234 0.364 1.075 0.659 0.225 0.123 0.244 0.241 0.138 0.623 0.338 0.207 0.235 0.085 0.059 2046 chr4 67947622 67952430 + 0 NA Intergenic Intergenic 337692 NR_110747 101927237 Hs.435644 NR_110747 ENSG00000250075 LOC101927237 - uncharacterized LOC101927237 ncRNA nan nan 0.518 0.297 0.075 0.293 0.267 0.046 0.481 0.063 0.133 0.040 0.109 0.039 0.170 0.144 0.129 0.191 0.311 0.114 0.065 0.113 0.031 0.100 0.051 0.571 0.030 0.156 0.044 0.087 0.150 0.032 0.020 0.100 0.046 0.085 0.163 0.091 0.175 0.031 0.022 1.821 1.295 11.856 7.751 0.261 0.266 0.209 0.113 1.166 1.171 0.808 1.055 0.536 0.591 0.337 0.107 0.363 1.401 0.077 0.063 0.205 0.344 0.377 0.339 0.023 0.029 0.020 0.088 0.111 0.028 0.031 0.047 0.046 0.050 0.057 0.011 0.066 0.075 0.053 0.085 0.030 0.050 0.481 0.086 0.129 0.051 0.051 0.024 0.041 0.009 0.032 0.357 0.253 0.025 0.119 0.010 2052 chr4 77554558 77561705 + 0 NA intron (NM_020859, intron 2 of 10) MER6A|DNA|TcMar-Tigger 61427 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 0.618 0.868 0.952 0.759 1.503 1.187 0.494 0.120 0.113 0.284 0.136 0.045 0.374 0.756 0.867 0.389 0.230 1.296 0.108 0.473 0.139 2.131 1.609 0.176 2.460 0.772 0.853 0.937 0.725 0.207 0.453 0.107 0.098 0.185 0.053 0.363 0.142 0.207 0.278 1.995 0.005 0.226 0.137 0.709 1.179 0.138 0.333 0.188 0.520 1.534 1.248 1.067 2.442 0.772 0.306 0.345 0.101 0.177 2.169 2.046 0.279 0.143 0.055 0.092 0.341 0.314 0.163 0.166 1.558 0.768 0.073 1.872 0.651 0.112 0.171 0.153 0.494 0.191 0.372 0.046 0.053 0.094 0.872 0.108 0.098 0.523 0.059 0.050 1.131 0.114 0.087 0.029 0.142 0.284 0.797 1.916 1.296 0.068 0.317 0.150 0.975 1.818 1.095 1.082 0.435 0.201 0.028 0.035 0.096 4.785 0.007 993 chr15 93438452 93474393 + 0 NA intron (NM_001042572, intron 2 of 12) MER5A|DNA|hAT-Charlie 8793 NR_036136 100422995 NR_036136 ENSG00000173575 MIR3175 mir-3175 microRNA 3175 ncRNA nan nan nan 1.320 2.117 1.921 0.971 1.726 1.181 1.051 1.809 0.183 0.896 2.060 1.908 1.207 0.801 1.427 0.943 1.117 1.223 2.417 1.064 1.438 2.906 2.357 1.550 3.266 1.040 2.007 1.536 0.121 3.653 0.539 1.232 1.269 0.406 2.370 1.545 1.996 0.350 2.070 2.510 1.298 2.624 0.860 2.184 2.194 3.122 5.394 2.533 2.470 nan 2.470 7.731 7.843 2.533 3.052 3.124 4.524 nan 4.001 2.145 3.054 1.811 2.480 2.548 nan 1.343 0.807 0.838 1.533 0.840 1.583 0.711 1.743 1.082 1.590 1.152 0.430 1.806 0.241 1.435 1.356 0.741 0.384 0.715 0.357 0.553 1.433 1.905 0.954 1.107 2.731 1.051 1.470 2.911 1.427 1.597 2.180 0.262 0.674 0.689 1.272 1.237 1.249 2.990 1.554 1.875 0.620 1.605 1.405 0.587 0.532 627 chr12 3065853 3070926 + 0 NA promoter-TSS (NM_003213) promoter-TSS (NM_003213) -89 NM_003213 7004 Hs.94865 NM_003213 ENSG00000197905 TEAD4 EFTR-2|RTEF1|TCF13L1|TEF-3|TEF3|TEFR-1|hRTEF-1B TEA domain transcription factor 4 protein-coding 2.591 nan nan 2.627 4.389 0.949 0.380 4.920 2.754 1.383 1.315 0.094 0.746 2.058 4.294 1.079 0.682 0.930 1.116 5.417 2.636 4.721 1.016 1.453 5.173 2.216 1.706 4.051 0.636 0.909 6.465 0.188 2.210 0.795 2.260 2.438 0.478 2.249 3.469 2.628 2.319 5.232 3.471 2.719 2.983 1.147 2.792 3.564 4.062 6.191 nan 1.856 4.771 1.316 3.297 2.591 3.328 5.170 1.988 3.577 2.574 2.877 1.860 3.084 1.650 1.026 3.246 nan 0.774 0.942 0.841 1.635 1.350 1.833 0.685 1.526 1.893 2.664 2.734 2.523 0.189 1.447 5.515 5.356 2.078 2.135 2.179 1.289 3.599 6.484 7.313 2.143 1.871 1.383 3.088 3.185 0.930 1.035 2.362 0.671 14.773 0.019 3.085 1.607 1.591 3.409 0.973 1.998 1.345 1.345 0.948 3.323 2.011 1090 chr16 84756966 84772577 + 0 NA intron (NM_001272075, intron 2 of 14) AluSc8|SINE|Alu 31216 NM_005153 9100 Hs.136778 NM_005153 ENSG00000103194 USP10 UBPO ubiquitin specific peptidase 10 protein-coding nan 1.246 1.169 0.991 1.425 0.585 0.278 3.743 0.346 0.359 0.815 0.144 0.765 2.325 5.875 0.394 0.307 0.857 0.515 3.599 0.944 0.863 0.384 1.649 2.082 1.233 1.005 2.012 1.134 0.477 0.536 0.078 2.962 0.986 1.917 2.034 0.372 2.212 1.328 0.846 0.787 2.185 7.512 1.005 3.816 0.767 0.675 0.698 0.897 1.611 0.757 0.690 1.000 0.360 0.887 0.943 1.663 2.040 3.628 5.227 0.982 0.640 0.359 0.562 0.404 1.156 0.539 1.253 1.550 0.832 0.445 1.491 0.612 3.114 0.588 0.405 0.373 2.381 1.775 0.816 3.806 0.085 0.098 3.524 4.495 1.920 0.644 0.174 0.279 1.790 1.337 1.668 1.194 2.568 0.359 2.094 5.758 0.857 1.212 1.583 0.230 1.644 2.216 1.135 3.300 1.540 2.583 0.412 0.134 0.150 0.944 1.979 1.623 1.634 1308 chr18 32922956 32928836 + 0 NA Intergenic Intergenic -1465 NM_001308123 7572 Hs.514802 NM_006965 ENSG00000172466 ZNF24 KOX17|RSG-A|ZNF191|ZSCAN3|Zfp191 zinc finger protein 24 protein-coding nan 3.548 2.798 5.553 1.494 3.520 1.817 1.497 1.188 5.115 0.985 0.167 0.291 0.559 0.844 1.460 0.434 4.318 0.807 1.808 0.548 0.603 0.251 0.946 2.253 1.724 1.147 8.272 0.645 1.132 1.548 0.050 1.208 0.484 0.584 0.521 0.427 1.383 0.935 0.760 0.303 1.350 1.190 1.550 1.226 0.178 4.382 4.390 3.608 5.011 5.739 5.708 7.563 5.082 3.845 3.873 1.360 2.123 nan 17.303 3.153 3.100 1.534 2.063 5.566 6.760 2.873 2.333 8.717 4.782 4.144 0.680 0.377 1.325 2.845 3.062 1.696 0.541 0.770 1.095 1.053 0.993 1.670 1.253 1.764 0.690 0.469 0.569 0.366 1.219 1.351 1.898 0.832 1.444 5.115 1.175 0.455 4.318 0.833 0.381 0.657 1.511 2.348 0.685 0.761 0.672 0.514 0.412 0.893 0.715 0.631 0.305 0.607 0.443 2117 chr5 33603212 33625605 + 0 NA exon (NM_001324512, exon 14 of 22) exon (NM_001324512, exon 14 of 22) 173526 NR_047677 6897 Hs.481860 NM_152295 ENSG00000113407 TARS ThrRS threonyl-tRNA synthetase protein-coding 0.536 0.994 nan 0.339 0.178 0.219 0.078 0.131 0.014 0.092 0.255 0.192 0.008 0.175 0.062 0.084 0.202 0.107 0.163 0.185 0.061 0.101 0.094 0.120 0.157 0.122 0.150 0.655 0.034 2.869 0.029 0.150 0.215 0.032 0.078 0.083 0.146 0.178 0.331 0.019 0.105 0.185 0.288 0.090 0.219 0.163 0.418 0.334 0.210 0.240 0.287 0.339 0.119 0.083 0.206 0.207 0.302 0.486 0.211 0.229 0.877 0.579 0.233 0.345 0.050 0.103 0.109 0.193 0.878 0.621 0.007 0.168 0.026 0.218 0.022 0.048 0.019 0.019 0.039 0.017 0.137 0.013 0.046 0.055 0.057 0.073 0.041 1.137 2.106 0.120 0.080 0.044 0.025 0.053 0.092 0.159 0.041 0.107 0.123 0.118 0.018 0.044 0.072 0.127 0.013 0.096 0.084 4.420 0.044 0.088 0.034 0.098 0.249 0.200 715 chr12 58163873 58168542 + 0 NA promoter-TSS (NM_015433) promoter-TSS (NM_015433) -176 NM_206914 25895 Hs.632720 NM_015433 ENSG00000123427 METTL21B FAM119B methyltransferase like 21B protein-coding nan 2.225 2.821 2.105 3.766 1.608 0.839 2.180 0.494 1.945 1.441 0.242 1.087 1.876 2.252 1.080 1.175 1.897 1.088 1.546 1.512 2.769 1.448 1.778 4.446 3.014 2.860 6.053 1.193 1.740 1.836 0.146 3.433 1.316 1.471 3.143 0.473 2.341 2.109 2.438 0.628 4.739 6.024 1.514 2.288 1.348 nan 3.931 2.751 4.765 3.108 nan 5.692 2.636 8.136 9.478 3.226 nan 7.995 nan 4.367 5.011 2.256 2.700 3.609 3.637 4.326 5.528 3.412 1.874 0.844 1.720 1.043 7.733 1.508 3.325 1.424 1.872 2.522 1.817 3.637 0.630 0.972 3.408 3.035 1.705 1.646 1.274 0.594 3.509 4.026 5.032 3.624 2.414 1.945 3.065 26.338 1.897 1.621 2.327 1.224 6.547 2.102 1.612 0.874 2.961 1.685 1.188 1.043 1.956 1.643 0.714 2.528 1.309 1934 chr3 119050130 119065687 + 0 NA intron (NM_020754, intron 1 of 11) intron (NM_020754, intron 1 of 11) -16301 NR_046748 100874246 Hs.607097 NR_046748 ENSG00000241155 ARHGAP31-AS1 - ARHGAP31 antisense RNA 1 ncRNA 0.855 nan 0.642 0.169 0.047 0.370 0.228 0.092 0.090 0.154 0.356 0.113 0.025 0.108 0.012 0.132 0.079 0.082 0.174 0.166 0.008 0.074 0.007 0.151 0.123 0.057 0.058 0.243 0.019 0.021 0.035 0.081 0.209 0.038 0.083 0.010 0.066 0.198 0.049 0.010 0.123 0.150 0.100 0.074 0.094 0.388 0.310 0.230 0.291 0.317 nan 0.189 0.120 0.331 0.268 nan 1.376 0.190 0.219 0.514 0.280 0.106 0.144 0.032 0.064 0.281 0.491 2.675 1.288 0.032 0.103 0.014 0.036 0.052 0.085 0.027 0.084 0.024 0.042 0.055 0.082 0.110 0.023 0.030 0.054 0.040 0.048 0.129 0.057 0.070 0.005 0.081 0.154 0.058 0.053 0.082 0.039 0.027 0.024 0.072 0.019 0.030 0.022 0.065 0.021 0.067 0.006 0.104 0.026 0.079 0.015 0.010 2503 chr7 148578618 148583069 + 0 NA promoter-TSS (NM_001203249) promoter-TSS (NM_001203249) -242 NM_001203249 2146 Hs.444082 NM_004456 ENSG00000106462 EZH2 ENX-1|ENX1|EZH1|EZH2b|KMT6|KMT6A|WVS|WVS2 enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit protein-coding 9.125 3.625 6.518 6.902 5.759 7.359 3.885 5.796 1.460 7.379 3.124 0.802 1.786 6.453 2.722 4.167 1.997 11.420 5.033 4.813 1.440 8.308 1.320 3.926 8.088 3.613 7.374 11.423 1.574 2.858 8.264 0.270 7.426 1.243 3.200 3.764 1.177 5.521 4.169 1.651 2.394 3.101 8.538 3.984 4.665 2.993 7.551 8.676 8.158 10.353 11.949 9.792 9.880 5.232 18.773 19.553 4.411 6.261 6.010 11.153 8.469 10.232 7.200 13.268 12.910 14.284 11.469 8.267 4.694 nan 5.175 3.610 1.435 2.421 1.777 7.131 3.174 3.358 4.538 3.857 4.498 3.551 3.774 7.711 3.866 1.878 2.818 3.032 1.887 5.571 5.540 6.149 3.638 4.027 7.379 9.605 6.281 11.420 1.620 3.406 1.913 10.469 5.488 3.955 2.430 4.455 1.947 2.040 3.096 2.133 2.528 1.185 3.325 2.450 2201 chr5 142592947 142612414 + 0 NA 3' UTR (NM_001135608, exon 23 of 23) 3' UTR (NM_001135608, exon 23 of 23) 30615 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.139 0.688 0.709 0.121 0.544 0.305 0.451 0.035 0.637 0.306 0.091 0.118 0.194 0.100 0.120 0.113 0.566 0.360 0.159 0.070 0.094 0.037 0.216 0.693 0.140 0.091 3.382 0.127 0.192 0.089 0.101 0.454 0.127 0.098 0.203 0.287 0.247 0.188 1.122 0.104 0.126 0.397 0.160 0.114 0.106 0.187 0.253 0.252 0.361 2.641 2.262 0.807 0.384 0.266 0.281 1.274 1.641 2.206 2.314 0.457 0.414 0.325 0.582 0.345 0.326 0.255 0.610 1.066 0.765 0.818 0.465 0.024 0.233 0.077 4.078 0.019 1.128 0.342 0.053 0.157 0.095 0.139 0.279 0.087 0.076 0.067 0.037 0.037 0.395 0.333 0.146 0.232 0.185 0.637 0.110 0.956 0.566 0.131 0.140 0.295 0.077 0.511 0.150 0.017 0.138 0.155 0.059 0.768 0.120 0.144 0.082 0.033 0.021 1916 chr3 71156656 71206578 + 0 NA intron (NM_032682, intron 6 of 20) intron (NM_032682, intron 6 of 20) -1525 NM_001244815 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 0.788 0.708 1.015 0.618 0.512 0.715 0.440 1.066 0.013 0.339 0.190 0.026 0.254 0.489 0.091 0.455 0.234 0.338 0.181 0.472 0.092 0.813 0.492 0.788 3.274 1.888 0.425 0.547 0.541 0.283 0.028 0.072 0.531 0.495 0.158 1.280 0.089 0.228 0.237 0.931 0.085 0.522 0.286 0.177 0.079 0.493 0.420 0.553 0.862 nan 0.450 0.487 1.706 0.748 0.144 0.152 0.081 0.166 1.057 1.805 0.570 0.303 0.306 0.618 0.617 0.884 0.177 nan 0.923 0.596 0.057 0.997 0.019 0.608 0.384 0.230 0.017 0.842 0.517 0.012 0.257 0.145 0.156 0.206 0.180 0.119 0.294 0.162 0.269 0.507 0.357 0.032 0.879 0.688 0.339 0.447 1.773 0.338 0.616 0.318 0.033 0.071 0.717 0.344 0.020 0.546 0.235 0.191 0.303 0.067 0.573 0.057 0.021 0.007 23 chr1 7305508 7345852 + 0 NA intron (NM_015215, intron 5 of 22) MER33|DNA|hAT-Charlie 480296 NR_038934 23261 Hs.397705 NM_015215 ENSG00000171735 CAMTA1 CANPMR calmodulin binding transcription activator 1 protein-coding 0.955 nan 1.135 3.883 0.704 0.983 0.410 0.139 0.029 1.659 0.141 0.118 0.014 0.026 0.080 0.294 0.203 0.616 0.264 0.417 0.061 0.091 0.018 0.172 nan 0.152 0.070 4.126 0.014 0.283 0.048 0.115 0.250 0.207 0.173 0.206 0.213 0.521 0.250 0.402 0.018 0.253 0.122 0.181 0.062 0.126 0.284 0.269 0.121 0.156 1.208 1.260 2.811 1.182 0.175 0.147 0.181 nan nan 6.405 nan 0.200 0.405 0.569 1.099 1.127 0.278 0.458 1.589 0.871 0.788 0.707 0.012 0.460 0.364 0.604 0.024 0.718 0.474 0.143 0.522 0.214 0.228 0.400 0.130 0.085 0.302 0.039 0.074 1.172 0.735 0.597 0.608 0.405 1.659 0.062 0.326 0.616 0.841 0.447 0.207 0.491 0.795 0.338 0.120 0.394 0.124 0.114 0.343 0.059 0.271 0.101 0.103 0.104 1722 chr20 23329023 23347600 + 0 NA intron (NR_109884, intron 1 of 2) intron (NR_109884, intron 1 of 2) 453 NR_109884 100505683 Hs.140295 NR_109884 ENSG00000232645 LINC01431 - long intergenic non-protein coding RNA 1431 ncRNA 3.514 3.691 nan 3.671 0.793 1.966 1.095 3.548 2.008 2.059 2.512 0.259 0.633 1.668 1.392 1.231 0.574 2.173 2.465 2.752 0.627 0.906 0.946 0.845 3.071 2.526 4.646 5.126 1.636 0.639 1.580 0.086 3.325 0.846 0.655 2.669 1.002 3.679 2.357 1.391 1.181 3.492 4.285 1.344 2.268 1.395 3.993 4.131 2.507 4.169 3.723 2.742 5.206 2.203 5.074 5.015 2.193 2.788 5.094 7.248 4.516 5.073 1.968 3.527 3.497 3.794 3.000 3.492 2.202 1.389 1.499 1.411 1.561 1.622 1.246 1.481 2.036 1.606 1.897 1.314 2.442 0.482 0.603 2.230 1.840 0.924 0.968 0.716 0.521 2.205 2.844 2.066 1.666 1.241 2.059 2.884 1.556 2.173 1.603 1.748 0.938 1.991 2.193 1.894 1.362 2.139 0.899 0.404 1.468 1.017 1.293 0.756 1.293 0.815 388 chr10 49792701 49823664 + 0 NA intron (NR_045675, intron 2 of 10) MIRb|SINE|MIR 4994 NM_001347737 58504 Hs.655672 NM_021226 ENSG00000128805 ARHGAP22 RhoGAP2|RhoGap22 Rho GTPase activating protein 22 protein-coding 0.678 nan 4.432 0.368 0.270 0.591 0.305 0.249 0.009 0.066 0.082 0.072 0.129 0.146 0.055 0.087 0.088 1.957 0.136 0.093 0.160 0.433 0.443 0.154 0.133 0.062 0.100 1.796 0.249 0.070 0.080 0.148 0.430 0.071 0.512 0.082 0.108 0.149 0.515 0.028 0.244 0.116 0.166 0.165 0.118 0.565 0.757 0.219 0.311 1.075 0.895 2.232 0.407 0.686 0.725 0.194 0.364 1.148 1.290 0.559 0.557 0.158 0.206 0.479 0.584 0.162 0.209 0.457 0.412 0.916 0.859 0.006 0.313 0.039 0.192 0.012 0.402 0.238 0.024 0.160 0.144 0.360 0.750 0.815 0.356 0.101 0.088 0.098 2.991 0.150 0.304 0.084 0.069 0.066 0.083 1.359 1.957 0.165 0.032 0.113 0.171 0.020 0.896 0.270 0.289 0.284 0.156 0.025 0.099 0.293 0.369 0.134 0.177 364 chr10 11044191 11079357 + 0 NA intron (NM_001326345, intron 1 of 13) intron (NM_001326345, intron 1 of 13) 1055 NM_001326345 10659 Hs.309288 NM_006561 ENSG00000048740 CELF2 BRUNOL3|CELF-2|CUG-BP2|CUGBP2|ETR-3|ETR3|NAPOR CUGBP, Elav-like family member 2 protein-coding nan 0.874 0.470 0.069 0.045 0.403 0.252 0.040 0.021 0.377 0.164 0.119 0.140 0.352 0.108 0.322 0.158 0.047 0.168 0.176 0.162 0.598 0.138 0.097 0.500 0.264 0.275 1.179 0.063 0.240 2.756 0.113 0.143 0.316 0.047 0.122 0.239 0.733 0.154 0.308 0.066 0.196 0.076 0.217 0.036 0.073 2.212 2.493 2.898 2.510 0.790 0.798 3.947 0.856 0.652 0.642 0.582 0.783 0.121 0.119 0.294 0.355 0.904 2.013 0.092 0.052 0.143 0.151 0.087 0.167 0.172 0.177 0.016 0.060 0.006 0.215 0.004 0.004 0.008 0.015 0.042 0.011 0.249 0.058 0.024 0.013 0.024 0.445 0.561 0.071 0.067 0.053 0.554 0.028 0.377 0.355 0.316 0.047 0.073 0.044 0.011 0.091 0.014 0.106 0.010 0.087 0.227 0.363 1.415 0.021 0.043 0.166 0.064 0.081 1425 chr19 33863148 33868148 + 0 NA intron (NM_001252296, intron 1 of 1) intron (NM_001252296, intron 1 of 1) 218 NM_001252296 1054 Hs.429666 NM_001806 ENSG00000153879 CEBPG GPE1BP|IG/EBP-1 CCAAT/enhancer binding protein gamma protein-coding 5.142 4.276 4.831 7.910 3.693 4.012 2.336 5.003 0.854 2.220 3.133 0.290 1.439 3.393 0.981 1.909 0.795 4.354 4.987 2.808 0.821 2.990 0.590 2.527 5.232 3.909 1.949 15.243 0.293 3.548 4.493 0.209 3.467 0.846 1.048 3.864 0.765 2.895 3.253 0.897 2.296 2.882 6.365 1.679 2.874 1.356 3.906 5.192 4.438 6.479 5.415 4.688 7.882 4.775 11.742 12.136 2.973 4.327 5.626 7.784 nan 6.516 12.215 15.038 5.360 7.386 3.681 4.079 3.223 1.626 4.329 1.769 1.110 3.091 0.873 5.172 1.886 1.515 1.718 2.475 1.613 0.823 2.093 3.196 3.505 1.824 0.810 1.080 0.581 4.812 5.724 7.714 3.056 1.179 2.220 4.802 1.868 4.354 1.001 2.575 0.911 2.688 2.193 0.692 0.715 0.837 0.704 0.996 2.763 1.035 1.021 1.346 0.967 0.494 950 chr15 63447401 63450716 + 0 NA intron (NM_015920, intron 1 of 3) intron (NM_015920, intron 1 of 3) 683 NM_015920 51065 Hs.108957 NM_015920 ENSG00000185088 RPS27L - ribosomal protein S27 like protein-coding 6.556 3.395 nan 2.099 3.209 2.401 1.476 5.176 3.748 3.215 4.610 0.269 0.744 2.888 4.169 1.607 1.376 3.797 1.389 2.281 4.147 4.052 2.312 4.058 6.746 4.071 2.789 9.656 1.729 2.636 4.439 0.145 6.690 1.211 2.791 5.173 1.333 7.635 3.028 1.516 1.051 4.002 4.338 4.957 3.079 2.668 1.426 2.451 9.998 13.319 6.009 4.817 nan 2.554 3.833 4.361 5.124 7.017 4.791 9.232 8.109 11.172 3.031 5.241 6.457 7.508 2.902 4.064 3.215 1.953 1.044 1.101 2.135 3.849 1.106 2.710 5.043 3.760 4.313 2.129 4.690 0.876 1.386 2.580 2.088 1.123 0.784 1.576 1.209 8.506 8.364 4.363 2.897 4.239 3.215 2.509 3.947 3.797 3.824 2.876 1.053 4.960 3.193 3.001 1.717 3.077 7.093 0.992 2.335 1.051 2.051 1.054 3.659 3.134 2680 chr9 94181163 94196724 + 0 NA Intergenic Intergenic -2035 NM_001290000 4783 Hs.79334 NM_005384 ENSG00000165030 NFIL3 E4BP4|IL3BP1|NF-IL3A|NFIL3A nuclear factor, interleukin 3 regulated protein-coding 1.556 nan 2.125 1.017 0.939 0.563 0.373 1.875 0.210 0.896 0.964 0.125 0.974 1.917 0.781 0.241 0.199 0.723 0.390 0.703 0.239 2.651 0.622 0.705 4.274 2.547 0.931 1.990 1.232 0.309 0.280 0.098 1.210 0.614 0.487 1.195 0.805 2.206 0.951 1.255 0.716 1.664 1.984 0.690 1.014 0.642 0.312 0.391 1.005 nan 1.621 1.250 1.547 0.461 0.673 0.694 0.301 0.392 1.302 2.081 1.536 1.767 0.414 0.596 0.535 0.576 0.412 0.519 0.688 0.703 0.697 2.210 0.812 1.196 0.071 0.822 0.071 1.674 0.865 0.948 0.393 0.140 0.328 2.818 0.533 0.449 0.478 0.600 0.365 1.471 1.397 1.543 1.169 1.363 0.896 2.180 1.395 0.723 0.512 0.587 0.162 1.097 0.577 0.982 0.393 1.149 0.545 0.087 0.140 0.229 0.499 0.652 0.177 0.111 1445 chr19 41100196 41122771 + 0 NA exon (NM_003573, exon 6 of 34) exon (NM_003573, exon 6 of 34) 4206 NM_001042545 8425 Hs.466766 NM_003573 ENSG00000090006 LTBP4 ARCL1C|LTBP-4|LTBP4L|LTBP4S latent transforming growth factor beta binding protein 4 protein-coding 1.279 0.946 0.969 0.569 1.067 1.362 0.729 3.444 0.324 1.074 0.479 0.135 1.232 2.566 1.289 0.352 0.208 0.466 0.880 2.141 0.483 1.067 0.546 0.856 nan 2.106 1.085 7.904 0.946 0.199 1.870 0.100 1.364 0.800 0.735 0.870 0.320 0.915 0.794 1.021 0.419 2.080 2.979 1.024 0.792 0.876 0.238 0.323 0.638 0.926 0.924 0.853 0.949 0.240 0.543 0.530 1.005 1.455 2.196 2.994 1.452 1.166 0.556 0.642 0.245 0.264 1.016 2.071 1.207 0.703 0.578 1.166 0.423 2.076 0.992 1.227 0.449 1.334 1.198 1.805 1.081 0.025 0.239 2.332 0.459 0.332 0.429 0.115 0.101 0.980 3.419 4.834 1.146 0.823 1.074 3.971 0.529 0.466 0.909 0.726 0.837 3.733 1.410 0.710 0.344 0.349 0.572 0.082 0.356 0.520 1.023 0.361 0.296 0.140 1678 chr2 233364180 233392028 + 0 NA Intergenic Intergenic -7069 NM_001195129 646960 Hs.570310 NM_001195129 ENSG00000237412 PRSS56 MCOP6 protease, serine 56 protein-coding 1.461 nan 1.256 0.141 0.072 0.543 0.264 0.067 0.002 1.194 0.024 0.035 0.047 0.090 0.044 0.134 0.112 0.112 0.259 0.211 0.027 0.074 0.015 0.126 0.439 0.170 0.084 0.705 0.031 0.184 0.117 0.090 0.149 0.017 0.087 0.073 0.054 0.069 0.187 0.035 0.035 0.118 0.154 0.106 0.066 0.109 0.392 0.348 0.269 0.342 0.641 0.450 0.426 0.122 0.687 0.699 0.107 0.277 0.443 nan 0.623 0.594 0.310 0.314 0.112 0.218 1.160 4.554 0.308 0.272 0.186 0.150 0.014 0.073 0.028 0.051 0.030 0.080 0.042 0.213 0.345 0.017 0.031 0.113 0.048 0.033 0.063 0.188 0.252 0.097 0.387 0.087 1.426 0.485 1.194 0.098 0.040 0.112 0.057 0.351 0.090 1.081 3.386 0.012 0.013 0.060 0.032 0.144 0.039 1.009 0.013 0.041 0.001 0.018 1845 chr22 37857568 37888146 + 0 NA intron (NM_001166343, intron 4 of 6) intron (NM_001166343, intron 4 of 6) 9568 NM_001166343 4242 Hs.517603 NM_002405 ENSG00000100060 MFNG - MFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.679 nan 0.588 0.070 0.149 0.347 0.157 0.154 0.002 0.548 0.124 0.120 0.130 0.195 0.061 0.087 0.068 0.271 0.861 0.157 0.036 0.151 0.090 0.180 1.020 0.179 0.135 0.775 0.140 0.084 0.117 0.110 0.146 0.092 0.030 0.167 0.103 0.067 0.166 0.067 0.031 0.139 0.164 0.116 0.162 0.061 3.230 4.117 0.221 0.279 1.211 0.778 0.469 0.132 0.617 0.671 0.203 nan 0.713 1.067 nan 1.719 1.195 1.509 0.170 0.252 0.285 0.454 0.295 0.335 0.770 0.306 0.043 0.107 0.098 1.117 0.041 0.181 0.080 0.053 0.064 0.053 1.575 0.147 0.063 0.028 0.075 0.031 0.036 0.098 0.228 0.158 0.049 0.105 0.548 0.245 0.153 0.271 0.042 0.075 1.661 0.174 0.623 0.075 0.017 0.166 0.054 0.023 0.649 0.036 0.054 0.071 0.057 0.018 1025 chr16 11870579 11896361 + 0 NA intron (NM_014153, intron 1 of 22) intron (NM_014153, intron 1 of 22) 7644 NM_014153 29066 Hs.371856 NM_014153 ENSG00000122299 ZC3H7A HSPC055|ZC3H7|ZC3HDC7 zinc finger CCCH-type containing 7A protein-coding 2.032 1.386 nan 2.064 3.037 2.683 1.498 1.288 8.324 1.181 1.058 0.227 0.337 0.953 1.786 1.010 0.462 4.247 2.203 0.639 0.588 1.059 0.231 1.182 4.425 1.406 1.042 5.349 0.364 2.285 0.760 0.100 1.450 0.397 0.949 2.114 0.321 1.286 0.952 1.074 0.222 0.973 1.152 0.986 0.635 0.481 1.429 2.167 1.243 2.442 3.532 3.424 5.274 1.528 3.186 3.346 1.726 2.631 3.245 3.191 nan 4.423 1.110 2.229 2.781 3.978 1.749 2.648 3.284 1.268 1.465 1.290 1.857 0.577 1.177 1.354 0.267 1.629 1.480 1.359 0.804 0.958 1.961 1.827 1.191 0.590 0.338 0.663 0.594 0.882 1.330 0.940 1.033 1.118 1.181 1.364 1.174 4.247 0.194 0.482 1.446 1.020 2.920 1.299 0.366 0.803 1.272 1.568 0.935 1.263 0.525 0.386 0.789 0.528 1992 chr3 181496141 181517829 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 77273 NM_003106 6657 Hs.518438 NM_003106 ENSG00000181449 SOX2 ANOP3|MCOPS3 SRY-box 2 protein-coding 1.077 0.998 0.659 0.153 0.167 0.645 0.370 0.114 0.063 0.261 0.101 0.246 0.052 0.214 0.181 0.218 0.205 0.152 0.166 0.310 0.160 0.132 0.020 0.213 0.612 0.142 0.134 0.394 0.075 3.824 2.280 0.150 nan 0.060 0.097 0.316 0.063 0.139 1.418 0.403 0.388 0.490 3.443 0.084 0.116 0.139 0.295 0.231 0.267 0.492 0.388 0.388 2.974 0.954 0.143 0.127 1.265 1.679 0.515 0.407 0.644 0.240 0.158 0.172 0.351 0.489 0.123 0.208 0.742 0.648 0.034 0.337 0.053 0.085 0.019 0.110 0.038 0.431 0.163 0.030 0.803 0.084 0.182 0.361 0.253 0.201 0.068 0.743 1.162 0.299 0.274 0.112 0.080 0.200 0.261 0.094 0.072 0.152 0.113 0.084 0.049 0.083 0.061 0.028 0.054 0.088 0.262 5.831 0.041 0.058 0.050 0.109 0.024 0.021 2478 chr7 103552322 103558335 + 0 NA intron (NM_173054, intron 2 of 63) intron (NM_173054, intron 2 of 63) 74635 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 0.617 0.762 0.161 0.250 0.166 0.160 0.077 0.021 0.122 0.095 0.081 0.052 0.010 0.419 0.165 0.278 0.261 0.193 0.021 0.068 0.210 0.089 0.067 0.140 0.375 0.024 0.053 0.037 0.124 0.222 0.037 0.046 0.028 0.102 0.186 0.036 0.040 0.251 0.074 0.325 0.064 0.051 0.628 0.312 7.229 2.853 0.228 0.363 0.491 0.244 0.603 0.521 0.473 0.537 0.339 0.295 0.481 0.203 0.197 0.251 0.259 0.330 0.380 nan 0.793 0.748 0.028 0.035 0.016 0.045 0.033 0.060 0.001 0.006 0.055 0.063 0.040 0.108 0.020 0.028 0.108 0.014 0.058 0.066 0.033 0.122 0.012 0.077 0.278 0.060 0.003 0.020 0.068 0.011 0.014 0.026 0.111 0.077 0.067 0.102 0.054 0.026 0.026 1842 chr22 35270352 35277855 + 0 NA intron (NR_138042, intron 3 of 4) intron (NR_138042, intron 3 of 4) 119802 NR_138042 101926957 Hs.722607 NR_138042 ISX-AS1 - ISX antisense RNA 1 ncRNA nan 0.365 0.493 0.059 0.073 0.243 0.129 0.105 0.025 0.160 0.080 0.043 0.025 0.042 0.009 0.021 0.066 0.065 0.097 0.178 0.081 0.097 nan 0.085 0.085 0.166 0.057 0.015 0.059 0.075 0.031 0.050 1.818 4.122 0.211 0.014 0.088 0.083 0.046 0.103 0.056 0.140 0.157 0.137 nan 0.167 0.162 0.119 0.008 0.036 0.094 0.081 nan 0.108 0.211 0.325 0.226 0.085 0.167 0.073 0.156 0.183 nan 0.259 0.263 0.008 0.009 0.012 0.074 0.071 0.017 0.010 0.010 0.055 0.029 0.085 0.086 0.008 0.010 0.030 0.010 0.017 0.053 0.043 0.021 0.017 0.160 0.028 0.065 0.033 0.025 0.008 0.027 0.006 0.157 0.029 0.076 0.040 0.115 0.030 0.012 0.015 1466 chr19 47351688 47383570 + 0 NA Intergenic Intergenic -13377 NM_004069 1175 Hs.119591 NM_004069 ENSG00000042753 AP2S1 AP17|CLAPS2|FBH3|FBHOk|HHC3 adaptor related protein complex 2 sigma 1 subunit protein-coding 2.214 1.625 2.073 1.480 1.783 1.494 0.799 2.409 0.360 0.960 1.311 0.376 0.268 1.008 2.137 0.678 0.403 1.292 0.846 1.906 0.736 1.058 0.406 1.286 nan 0.747 3.210 2.348 0.541 0.684 1.413 0.149 1.275 0.868 1.397 1.576 0.386 1.588 1.157 0.375 0.471 1.311 3.559 0.950 1.926 1.463 1.277 1.269 1.319 2.253 2.301 2.206 2.557 1.159 2.975 3.130 1.719 2.281 2.744 3.620 1.907 1.855 0.925 1.607 1.131 1.464 1.970 3.186 1.745 0.867 1.116 1.378 1.612 2.263 0.558 2.554 0.461 0.780 0.676 1.601 1.765 0.337 0.539 1.893 1.040 0.505 0.473 0.418 0.335 0.944 2.149 1.182 1.749 1.060 0.960 1.092 2.222 1.292 0.635 1.415 0.563 1.281 0.929 0.949 0.402 1.194 1.507 0.458 0.429 0.792 1.119 0.456 0.904 0.744 485 chr11 34633585 34691623 + 0 NA intron (NM_001206616, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 8593 NM_001206616 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.616 1.368 nan 0.492 2.909 1.108 0.580 1.153 0.247 0.510 0.200 0.077 0.575 1.134 0.123 0.464 0.270 3.412 0.144 2.011 0.096 0.549 0.901 1.090 3.937 1.538 1.769 3.097 0.463 0.251 0.049 0.114 0.257 0.265 2.018 1.141 0.385 0.508 0.508 1.005 4.819 1.993 0.888 0.092 3.391 0.244 1.798 2.658 8.154 9.791 0.587 0.843 3.193 1.089 0.657 0.635 0.247 0.390 0.659 0.616 0.241 0.120 1.339 2.648 0.318 0.347 0.140 nan 0.564 0.563 1.067 1.581 0.328 1.420 0.054 0.238 0.026 1.556 1.007 0.027 3.387 0.129 0.044 1.202 0.526 0.290 0.495 0.046 0.081 0.673 3.369 0.034 2.173 1.132 0.510 0.864 0.027 3.412 1.128 1.122 0.028 0.610 0.203 0.665 0.626 0.583 0.167 0.111 1.611 0.141 0.430 0.658 0.303 0.308 2340 chr6 106185556 106213081 + 0 NA Intergenic L1MA3|LINE|L1 -334877 NM_001198 639 Hs.436023 NM_001198 ENSG00000057657 PRDM1 BLIMP1|PRDI-BF1 PR/SET domain 1 protein-coding 0.870 nan nan 0.439 0.318 0.431 0.168 0.068 0.007 0.467 0.121 0.041 0.475 0.608 0.066 0.131 0.078 0.092 0.159 0.206 0.018 0.081 0.673 0.089 3.149 0.443 0.111 0.780 0.159 1.672 0.154 0.145 0.202 0.081 0.102 0.161 0.015 0.054 0.306 0.664 0.110 0.181 0.169 0.086 0.290 0.160 10.445 9.659 0.227 0.380 0.455 nan 0.799 0.335 0.170 0.287 0.278 0.403 1.416 1.152 nan 0.174 0.162 0.175 0.307 0.278 0.244 0.458 1.113 0.676 0.032 0.092 0.021 0.307 0.119 0.075 0.010 0.263 0.047 0.056 0.082 0.038 0.038 0.080 0.048 0.040 0.118 0.772 1.335 0.195 0.214 0.194 0.014 0.494 0.467 0.147 0.020 0.092 0.649 0.072 0.025 0.136 0.059 0.064 0.017 0.035 0.049 2.448 0.046 0.180 0.031 0.165 0.117 0.162 2143 chr5 56863392 56868521 + 0 NA promoter-TSS (NR_120607) promoter-TSS (NR_120607) -213 NR_120607 100996645 Hs.582496 NR_120607 LINCR-0003 - uncharacterized LincR-0003 ncRNA nan nan 0.655 0.035 0.083 0.158 0.125 0.089 0.051 0.162 0.157 0.045 0.012 0.007 0.094 0.023 0.175 0.191 0.024 0.080 0.104 0.103 0.118 0.032 0.066 0.245 0.004 0.042 0.227 0.110 0.047 0.043 0.145 0.016 0.050 0.035 0.064 0.016 0.128 0.169 0.082 0.112 0.082 0.562 0.644 10.078 9.376 0.187 0.178 nan 0.111 0.124 0.226 0.476 0.698 0.112 0.141 nan 0.190 0.092 0.116 0.065 0.074 0.202 0.305 0.737 0.520 0.011 0.187 0.235 0.085 0.081 0.014 0.034 0.093 0.074 0.078 0.090 0.070 0.046 0.030 0.030 0.098 0.127 0.070 0.030 0.064 0.051 0.096 0.055 0.023 0.119 0.038 0.041 0.020 0.068 0.019 0.056 0.055 0.019 0.024 0.030 0.075 0.034 0.010 778 chr13 27551314 27567471 + 0 NA Intergenic Intergenic -140278 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 0.642 0.586 0.897 0.273 0.084 0.145 0.089 0.452 2.942 0.133 0.173 0.149 0.235 0.220 0.048 0.117 0.105 0.360 0.316 0.236 0.130 0.182 0.248 0.208 0.281 0.119 0.139 0.425 0.124 0.040 0.067 0.061 0.146 1.321 0.301 3.514 0.507 1.330 0.143 0.542 0.050 0.294 0.235 0.252 0.155 0.941 0.821 0.947 0.369 nan 0.764 0.927 0.601 0.173 0.171 0.175 0.383 0.707 0.659 0.735 1.109 0.845 0.546 0.596 0.034 0.038 0.153 0.343 0.608 0.346 0.072 0.960 0.059 0.651 0.313 0.149 0.875 0.587 0.539 3.131 0.093 1.352 0.295 0.164 0.180 0.019 0.007 0.997 2.438 0.153 1.208 0.532 0.133 0.127 4.297 0.360 0.143 1.561 0.090 1.456 0.751 0.346 0.094 1.040 0.378 0.028 0.197 0.077 0.256 0.070 0.150 0.040 720 chr12 58326870 58338999 + 0 NA Intergenic L1PB4|LINE|L1 -2353 NM_001320409 91419 Hs.61188 NM_033276 ENSG00000166896 ATP23 KUB3|XRCC6BP1 ATP23 metallopeptidase and ATP synthase assembly factor homolog protein-coding nan 1.724 1.498 1.842 1.237 1.473 0.860 0.944 0.328 0.928 0.765 0.160 0.390 0.826 0.862 0.929 0.573 1.206 0.733 0.678 0.369 1.055 0.380 0.875 1.833 0.929 0.893 3.759 0.638 0.926 0.956 0.103 1.291 0.565 0.651 1.018 0.201 1.160 0.762 0.441 0.227 1.273 1.874 0.785 0.875 0.558 nan 2.934 1.311 1.875 2.645 nan 4.126 1.621 2.631 2.866 1.668 nan 2.877 nan 2.101 1.360 1.198 1.243 1.698 1.783 1.688 2.377 2.726 1.410 0.650 0.441 0.284 1.599 0.437 2.298 0.547 0.827 0.620 0.565 0.730 0.291 0.558 1.130 0.717 0.371 0.223 0.423 0.319 1.047 1.121 1.899 0.689 0.822 0.928 0.841 13.492 1.206 0.544 0.557 0.420 1.600 1.085 0.822 0.187 0.950 0.469 0.508 0.809 0.450 0.497 0.348 0.855 0.468 1270 chr17 78141196 78155129 + 0 NA intron (NR_047566, intron 1 of 21) AluSx|SINE|Alu -4145 NM_001257970 79092 Hs.675480 NM_024110 ENSG00000141527 CARD14 BIMP2|CARMA2|PRP|PSORS2|PSS1 caspase recruitment domain family member 14 protein-coding 1.055 0.821 0.964 0.151 0.160 0.315 0.187 0.220 0.013 0.219 0.111 0.147 0.313 0.371 0.173 0.079 0.125 0.309 0.193 0.745 0.044 0.127 0.234 0.278 2.000 0.319 0.259 0.599 0.157 0.177 0.085 0.097 0.332 0.016 0.091 0.113 0.018 0.040 0.290 0.219 0.064 0.288 0.963 0.488 0.242 0.089 0.808 0.699 0.262 0.453 0.624 0.507 1.062 0.448 0.577 0.605 nan 0.526 0.505 0.777 0.804 0.491 0.518 0.689 0.233 0.175 0.459 0.738 nan 0.462 0.060 0.373 0.054 0.134 0.037 0.090 0.050 0.194 0.104 0.095 0.388 0.028 0.068 0.165 0.044 0.056 0.114 0.145 0.152 0.169 0.477 0.098 0.413 4.832 0.219 0.332 0.039 0.309 2.731 0.435 0.161 0.193 0.248 0.049 0.012 0.062 0.114 0.092 0.115 0.115 0.027 0.067 0.012 0.015 2449 chr7 56172321 56184880 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -4277 NM_001320327 51142 Hs.389996 NM_016139 ENSG00000106153 CHCHD2 C7orf17|MNRR1|NS2TP|PARK22 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 2 protein-coding nan 2.068 1.462 1.096 1.414 1.083 0.511 0.757 0.641 0.681 0.582 0.255 0.212 0.554 0.555 0.737 0.442 1.038 0.949 0.702 0.197 1.264 0.319 0.730 1.397 1.370 4.984 1.979 0.315 0.843 0.985 0.177 0.885 0.199 0.498 2.283 0.286 1.248 1.043 0.417 0.236 1.751 2.016 1.034 3.129 0.398 1.540 1.553 1.472 2.513 1.594 1.513 2.346 0.944 2.801 3.020 1.249 1.391 5.907 7.263 1.648 1.658 0.860 1.266 1.601 1.824 1.292 1.406 1.148 0.763 0.701 0.717 0.525 0.569 0.500 0.347 0.430 0.688 0.575 0.252 0.309 0.311 0.412 0.996 0.538 0.310 0.928 0.298 0.347 0.853 0.635 0.764 0.709 0.769 0.681 0.783 1.175 1.038 0.448 0.481 0.241 0.831 0.766 0.410 0.358 1.332 0.531 0.569 0.337 0.372 0.447 0.480 0.417 0.354 460 chr11 12741692 12751546 + 0 NA intron (NM_021961, intron 2 of 12) intron (NM_021961, intron 2 of 12) 50650 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 0.895 nan 1.738 3.989 2.315 2.693 1.162 0.768 4.344 2.069 1.020 0.097 0.999 2.634 0.962 1.688 0.600 5.923 0.700 2.447 0.239 1.636 2.117 0.919 5.474 3.028 3.318 4.404 1.143 0.423 0.110 0.080 1.585 0.516 3.060 1.378 0.079 0.182 1.516 0.991 0.257 1.863 0.841 0.643 2.062 0.783 nan 0.988 0.907 2.904 4.895 4.618 5.816 2.413 0.653 0.784 1.777 nan 4.580 4.971 0.368 0.223 0.330 0.593 2.566 3.507 0.347 0.864 2.657 nan 5.494 2.692 0.752 1.351 0.942 3.512 0.042 1.136 0.566 0.216 1.255 0.744 0.801 0.488 0.306 0.198 1.277 0.727 0.941 0.316 2.091 0.323 0.141 1.204 2.069 3.258 0.701 5.923 1.336 1.962 0.247 0.450 0.505 0.720 2.027 0.719 0.656 1.095 0.160 0.138 0.629 1.671 0.023 0.036 1645 chr2 198377695 198382517 + 0 NA promoter-TSS (NM_199482) promoter-TSS (NM_199482) -189 NM_199482 25843 Hs.633165 NM_015387 ENSG00000115540 MOB4 2C4D|CGI-95|MOB1|MOB3|MOBKL3|PHOCN|PREI3 MOB family member 4, phocein protein-coding 4.061 nan 4.767 5.074 2.769 4.475 1.960 2.540 0.667 2.496 1.755 0.458 1.065 3.932 2.290 1.616 1.077 4.111 1.823 2.381 0.865 2.554 1.117 1.593 5.275 3.350 3.441 9.161 1.518 3.553 1.735 0.109 3.716 1.717 2.080 4.717 0.477 2.722 1.770 1.675 0.636 2.325 5.046 3.028 2.304 1.557 3.719 4.121 4.101 5.375 4.851 5.057 4.071 2.005 11.033 11.569 3.330 3.959 5.765 9.377 12.602 13.162 3.398 7.070 2.075 2.374 8.458 12.774 2.366 1.047 1.907 2.832 0.775 1.266 1.313 2.078 1.265 2.236 1.710 1.212 7.197 0.375 1.811 2.841 2.115 1.240 1.088 1.247 1.034 1.728 2.821 2.785 2.099 1.784 2.496 2.604 3.399 4.111 1.116 1.444 1.368 3.058 2.863 1.139 0.714 1.276 0.858 2.044 1.517 7.423 1.763 0.957 1.027 0.646 324 chr1 232117320 232125888 + 0 NA intron (NM_001012957, intron 10 of 12) intron (NM_001012957, intron 10 of 12) 60024 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.062 1.555 1.326 0.347 0.075 0.611 0.207 0.089 0.843 0.169 0.077 0.160 0.022 0.160 0.183 0.307 0.297 0.257 0.056 0.055 0.067 0.316 0.071 0.106 0.784 0.068 0.200 0.038 0.127 0.159 0.038 0.053 0.065 0.038 0.073 0.185 0.063 0.093 0.143 0.201 0.096 0.117 0.209 0.384 0.332 4.005 11.162 0.533 0.567 nan 1.287 0.248 0.352 0.366 0.708 nan 0.418 0.358 0.192 0.178 0.232 0.149 0.123 0.313 0.527 nan 0.602 0.091 0.100 0.008 1.303 0.025 0.072 0.041 0.025 0.009 0.138 0.045 0.175 0.119 0.028 0.027 0.043 0.055 0.071 0.174 0.076 0.017 1.161 0.502 0.843 0.074 0.043 0.307 0.071 0.167 0.057 0.041 0.213 0.016 0.007 0.046 0.040 0.081 0.219 0.130 0.081 0.099 0.013 0.012 1389 chr19 10340726 10353966 + 0 NA Intergenic Intergenic -5398 NM_004230 9294 Hs.655405 NM_004230 ENSG00000267534 S1PR2 AGR16|DFNB68|EDG-5|EDG5|Gpcr13|H218|LPB2|S1P2 sphingosine-1-phosphate receptor 2 protein-coding 1.523 2.268 1.775 0.888 0.512 4.190 2.214 0.460 0.163 0.523 0.390 0.291 0.387 0.568 0.191 0.871 0.475 2.131 0.592 0.339 0.224 0.488 0.369 0.257 nan 0.659 1.044 3.029 0.293 0.396 0.802 0.068 0.723 0.196 0.126 1.577 0.211 0.343 0.726 0.324 0.133 0.349 0.958 0.448 0.648 0.299 1.332 1.831 0.712 1.117 3.209 2.791 3.989 1.368 1.465 1.565 1.336 1.673 2.186 3.759 0.645 0.447 0.907 1.279 1.243 1.165 0.884 1.624 3.448 1.432 0.866 0.605 0.290 0.322 0.325 1.143 0.763 0.584 0.286 0.329 0.256 0.202 0.179 0.292 0.209 0.223 0.503 0.210 0.201 0.347 0.652 1.099 0.232 0.441 0.523 1.614 0.579 2.131 0.258 0.307 0.521 1.039 1.674 0.258 0.067 0.634 0.243 0.173 0.882 0.357 0.092 0.164 0.043 0.023 244 chr1 165187599 165212487 + 0 NA intron (NM_177398, intron 4 of 8) MIR3|SINE|MIR 125435 NM_001174069 4009 Hs.667312 NM_177398 ENSG00000162761 LMX1A LMX1|LMX1.1 LIM homeobox transcription factor 1 alpha protein-coding 2.602 nan 1.288 0.573 0.072 1.086 0.741 0.060 0.005 1.385 0.145 0.125 0.034 1.149 0.494 0.708 0.831 0.235 0.022 0.085 0.008 0.070 0.067 0.074 0.074 2.680 0.012 0.095 0.030 0.105 0.116 0.005 0.016 0.037 0.003 0.040 0.146 0.039 0.007 0.133 0.123 0.064 0.094 0.075 0.989 2.264 0.590 0.637 2.118 nan 0.554 0.213 0.127 0.125 0.635 0.880 1.543 nan 3.878 3.974 1.733 3.804 3.984 3.663 3.361 6.087 1.382 0.966 1.405 0.051 0.011 0.044 0.124 0.776 0.011 0.039 0.026 0.009 0.077 1.207 0.660 0.104 0.022 0.009 0.032 0.037 0.089 0.089 0.043 0.050 0.009 0.053 1.385 0.054 0.041 0.708 0.044 0.016 0.479 0.025 0.098 0.003 0.003 0.054 0.022 0.041 2.825 3.170 0.015 0.064 0.023 0.012 637 chr12 6944904 6963657 + 0 NA intron (NM_002075, intron 8 of 9) L1MC4|LINE|L1 4262 NM_002075 2784 Hs.631657 NM_002075 ENSG00000111664 GNB3 CSNB1H G protein subunit beta 3 protein-coding 2.390 nan nan 2.385 0.887 1.294 0.753 0.847 0.254 0.703 0.228 0.077 0.231 0.595 1.202 0.740 0.387 1.223 1.062 0.964 0.310 1.090 0.344 0.442 1.857 0.808 0.906 3.673 0.396 1.251 1.001 0.122 0.873 0.376 0.708 1.523 0.161 0.788 1.567 0.547 0.431 1.124 3.291 0.596 1.026 0.610 0.655 1.021 1.538 1.995 nan 3.303 3.513 1.401 3.214 3.382 1.272 2.052 1.527 1.796 2.765 2.188 0.775 0.985 1.133 1.418 2.262 9.424 0.619 0.369 1.073 0.688 0.398 0.751 0.343 1.760 0.243 0.676 0.618 0.379 0.971 0.274 1.230 1.106 0.502 0.339 0.418 0.614 0.497 1.772 1.083 1.933 0.454 0.599 0.703 0.738 0.847 1.223 0.320 0.414 2.694 2.946 0.331 1.146 0.519 0.477 0.510 0.585 0.517 3.301 0.313 0.323 0.657 0.368 2066 chr4 111529323 111546369 + 0 NA TTS (NM_001204397) TTS (NM_001204397) 6408 NM_000325 5308 Hs.643588 NM_000325 ENSG00000164093 PITX2 ARP1|Brx1|IDG2|IGDS|IGDS2|IHG2|IRID2|Otlx2|PTX2|RGS|RIEG|RIEG1|RS paired like homeodomain 2 protein-coding 0.452 0.603 0.453 0.062 0.076 0.158 0.085 0.974 0.028 0.231 0.538 0.061 2.418 5.608 0.074 0.045 0.052 0.041 0.244 1.182 0.051 0.370 0.516 1.114 0.781 0.259 0.232 1.262 0.263 0.439 0.165 0.073 0.221 0.151 0.031 0.081 0.018 0.125 0.634 0.103 0.019 0.089 1.669 0.036 0.186 0.103 0.620 0.951 4.896 5.497 0.094 0.162 0.048 0.064 0.319 0.281 0.140 0.184 0.915 1.152 0.250 0.134 0.228 0.622 0.827 0.493 0.229 0.431 0.196 0.202 0.013 0.437 0.011 0.387 0.311 0.185 0.033 0.041 0.029 0.068 0.107 0.156 0.064 0.135 0.128 0.060 0.265 0.042 0.014 0.352 0.143 0.443 0.570 0.211 0.231 3.727 0.109 0.041 0.115 0.026 0.012 0.786 0.594 0.008 0.017 0.023 0.052 0.277 0.163 0.109 0.009 0.129 0.010 2679 chr9 86588874 86611180 + 0 NA intron (NM_024945, intron 1 of 2) intron (NM_024945, intron 1 of 2) -4330 NM_031262 3190 Hs.522257 NM_002140 ENSG00000165119 HNRNPK AUKS|CSBP|HNRPK|TUNP heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K protein-coding 2.677 2.004 2.638 3.219 1.395 6.949 3.917 1.163 1.726 1.853 1.359 0.195 0.766 1.901 1.041 1.685 0.872 4.034 1.160 1.091 0.422 1.945 0.544 0.984 2.664 1.874 0.885 3.011 0.970 1.497 1.162 0.092 2.594 0.519 1.089 1.080 0.630 3.379 1.859 0.856 0.907 1.733 3.389 1.447 1.234 0.648 2.235 1.828 3.388 4.218 4.902 5.083 2.483 1.479 4.028 4.279 1.562 1.975 4.185 6.364 2.188 2.321 1.657 2.926 3.777 4.776 3.370 2.506 2.032 1.132 0.990 1.885 0.652 0.944 0.598 1.127 0.790 1.371 1.687 0.837 2.084 0.763 0.996 2.143 1.787 0.825 0.795 0.997 0.782 1.554 1.339 2.004 0.611 1.375 1.853 2.568 1.232 4.034 0.759 0.728 0.660 1.260 0.833 1.179 0.561 1.271 0.594 1.042 0.578 0.704 0.852 0.471 0.927 0.648 752 chr12 116694738 116716639 + 0 NA intron (NM_015335, intron 1 of 30) intron (NM_015335, intron 1 of 30) 9303 NM_015335 23389 Hs.603766 NM_015335 ENSG00000123066 MED13L MRFACD|PROSIT240|THRAP2|TRAP240L mediator complex subunit 13 like protein-coding nan nan 1.122 0.568 0.741 0.469 0.366 0.740 3.713 0.722 0.891 0.172 0.052 0.564 0.147 0.388 0.322 0.853 0.191 0.313 0.481 0.483 0.149 0.229 1.469 0.726 0.660 1.668 0.198 0.532 0.845 0.125 2.639 0.140 0.533 0.477 0.184 1.185 0.904 0.219 0.248 0.990 1.451 0.653 1.056 0.208 0.851 0.888 1.032 1.215 nan nan nan 0.391 2.758 2.558 2.572 3.241 nan nan 1.222 1.052 0.624 1.260 0.987 0.999 1.970 1.990 nan 0.507 0.335 0.476 0.435 0.563 0.391 1.001 0.373 0.309 0.307 0.549 0.245 0.193 0.229 0.702 0.661 0.377 0.231 0.429 0.288 1.087 2.046 0.911 1.284 1.067 0.722 0.645 0.413 0.853 0.396 0.500 0.159 1.276 0.477 0.340 0.123 0.586 0.885 0.263 0.339 0.644 0.206 0.121 0.605 0.619 1232 chr17 58466718 58471379 + 0 NA intron (NM_032582, intron 1 of 33) CpG 538 NM_032582 84669 Hs.132868 NM_032582 ENSG00000170832 USP32 NY-REN-60|USP10 ubiquitin specific peptidase 32 protein-coding 6.604 4.536 4.711 8.590 3.271 5.535 3.140 5.068 1.348 3.816 9.824 1.132 2.067 5.554 3.944 3.323 1.501 5.040 4.147 2.712 2.125 4.978 2.317 7.901 9.614 6.230 5.459 11.468 2.603 2.959 6.429 0.164 5.365 3.288 1.845 5.572 1.472 8.679 3.372 2.878 2.144 5.695 8.629 4.776 3.092 2.969 7.518 8.678 5.068 7.739 7.655 6.101 8.165 3.438 nan 10.175 5.147 5.743 nan 17.501 9.888 10.228 3.781 7.878 5.935 6.615 5.951 9.067 2.890 1.634 1.880 4.649 2.260 3.132 1.610 5.513 4.510 3.707 4.185 3.181 3.974 1.633 3.022 4.877 4.585 1.862 2.122 1.330 1.334 6.154 5.501 5.661 4.691 3.813 3.816 6.771 3.500 5.040 2.436 2.269 1.649 6.098 3.940 4.574 2.485 6.131 4.210 1.314 5.990 3.462 5.687 1.863 3.572 1.909 379 chr10 32248850 32255440 + 0 NA Intergenic L1M1|LINE|L1 -34341 NM_001270698 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 0.931 1.746 1.062 0.213 0.371 0.511 0.146 0.247 0.365 0.174 0.421 0.050 0.200 1.217 0.229 0.337 0.186 0.310 0.172 0.817 0.146 0.891 1.896 0.305 1.773 0.459 1.948 1.131 0.245 0.235 0.066 0.077 0.731 0.090 0.480 0.659 0.142 0.241 0.182 0.258 0.026 0.586 0.271 0.427 1.856 0.493 0.369 0.336 0.400 nan 0.764 0.759 2.868 0.684 0.224 0.288 0.796 1.329 0.842 0.874 0.821 0.687 0.120 0.225 0.612 0.465 0.248 0.487 0.716 0.475 1.462 0.445 0.309 0.207 0.134 0.042 0.673 0.253 0.090 0.272 0.129 0.242 2.661 0.110 0.166 3.231 0.036 0.131 0.151 0.769 0.130 3.335 6.608 0.174 1.721 0.128 0.310 2.030 1.216 0.164 0.381 0.108 0.072 0.286 1.063 0.205 0.070 0.074 0.244 0.353 4.347 0.163 0.168 1607 chr2 131588821 131611565 + 0 NA Intergenic Intergenic -74031 NM_015320 50649 Hs.469935 NM_015320 ENSG00000136002 ARHGEF4 ASEF|ASEF1|GEF4|STM6 Rho guanine nucleotide exchange factor 4 protein-coding nan 0.412 nan 0.034 0.157 0.422 0.141 0.202 0.027 0.521 0.059 0.078 0.241 0.449 0.039 0.040 0.081 0.142 0.076 0.180 0.082 0.470 0.200 0.155 1.490 0.376 0.133 0.898 0.220 0.277 0.100 0.078 0.538 0.109 0.124 0.180 0.017 0.024 0.586 0.064 0.204 0.601 0.447 0.156 0.170 0.155 1.127 1.873 0.563 0.757 0.491 0.460 1.353 0.289 0.455 0.490 0.219 0.368 1.345 nan 3.472 4.591 1.315 2.091 0.447 0.448 0.476 0.789 0.143 0.177 0.186 0.655 0.025 0.061 0.049 0.948 0.037 0.361 0.169 0.192 0.225 0.080 0.024 0.227 0.084 0.086 0.182 0.120 0.128 0.481 0.347 0.215 0.067 0.869 0.521 0.718 0.114 0.142 0.289 0.441 1.150 0.445 0.085 0.063 0.011 0.158 0.049 0.104 0.937 0.224 0.030 0.083 0.094 0.051 1386 chr19 7552999 7571056 + 0 NA promoter-TSS (NM_198534) promoter-TSS (NM_198534) -418 NM_198534 374877 Hs.631862 NM_198534 ENSG00000198723 C19orf45 - chromosome 19 open reading frame 45 protein-coding 1.044 0.934 1.446 1.073 0.278 1.104 0.511 0.278 0.144 0.303 0.149 0.089 0.289 0.560 0.282 0.425 0.257 1.229 0.595 0.346 0.069 0.620 0.227 0.192 0.833 0.423 0.274 1.723 0.108 0.485 0.626 0.092 0.609 0.150 0.105 0.319 0.249 0.564 0.385 0.103 0.169 1.173 1.528 0.437 0.970 0.213 1.341 1.378 0.710 1.199 1.798 1.647 2.400 0.725 1.013 1.008 0.222 0.415 2.033 nan 0.988 0.831 0.589 0.537 0.635 0.571 0.442 1.115 2.093 1.260 1.053 0.394 0.137 0.345 0.473 0.379 0.362 0.350 0.224 0.468 0.239 0.058 0.287 0.537 0.201 0.180 0.230 0.125 0.141 0.269 0.762 0.845 0.477 0.519 0.303 0.687 0.585 1.229 0.257 0.609 0.373 0.890 0.634 0.128 0.033 0.352 0.094 0.139 0.083 0.242 0.266 0.094 0.141 0.084 1536 chr2 25531754 25538348 + 0 NA intron (NM_022552, intron 2 of 22) intron (NM_022552, intron 2 of 22) 16539 NR_031570 100302246 NR_031570 ENSG00000221445 MIR1301 MIRN1301|hsa-mir-1301|mir-1301 microRNA 1301 ncRNA 2.862 1.600 3.662 3.088 0.055 2.295 1.044 0.192 0.028 1.774 0.132 0.048 0.057 0.241 0.092 4.348 1.756 1.461 2.784 0.379 0.075 0.146 0.016 0.075 1.632 0.391 0.162 7.733 0.110 0.593 0.265 0.073 0.262 0.072 0.092 0.195 0.024 0.084 0.381 0.033 0.084 0.214 0.323 0.126 0.176 0.043 2.224 4.620 0.693 0.887 5.847 5.307 5.579 1.374 3.718 3.988 1.898 2.677 8.705 nan 1.702 2.004 1.042 1.565 2.065 1.955 2.069 6.863 2.949 1.567 4.092 0.442 0.088 0.190 0.878 2.412 0.094 0.084 0.032 0.379 0.106 0.917 0.798 0.269 0.114 0.091 0.255 0.472 0.443 0.091 0.453 0.216 0.018 0.285 1.774 0.258 0.070 1.461 0.068 0.050 1.497 0.364 2.470 0.165 0.204 0.152 0.347 1.124 2.632 0.126 0.089 0.017 0.030 1639 chr2 182472520 182525345 + 0 NA intron (NM_001030311, intron 1 of 13) intron (NM_001030311, intron 1 of 13) 22902 NM_001160277 375298 Hs.732358 NM_201548 ENSG00000188452 CERKL RP26 ceramide kinase like protein-coding 2.685 1.083 1.476 0.122 0.112 0.991 0.468 0.084 0.015 0.273 0.084 0.092 0.047 0.137 0.021 0.178 0.169 0.210 0.216 0.256 0.019 0.096 0.032 0.140 0.291 0.086 0.095 0.363 0.042 0.091 0.029 0.077 0.236 0.027 0.061 0.135 0.003 0.048 0.164 0.048 0.012 0.127 0.128 0.062 0.153 0.140 0.322 0.199 0.181 0.224 0.238 0.295 0.958 0.232 0.352 0.333 nan 6.355 0.680 0.719 11.052 11.829 0.127 0.212 2.449 2.165 1.406 nan 0.614 0.431 0.219 0.091 0.013 0.078 0.059 0.041 0.008 0.038 0.021 0.012 0.062 0.871 0.183 0.110 0.046 0.044 0.044 0.018 0.034 0.129 0.106 0.154 0.031 0.048 0.273 0.080 0.030 0.210 0.032 0.041 0.777 0.109 0.039 0.027 0.009 0.021 0.045 0.030 0.051 1.527 0.033 0.067 0.029 0.014 1035 chr16 21777287 21804715 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 39494 NR_003370 730092 Hs.31290 NR_003370 RRN3P1 - RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor pseudogene 1 pseudo 0.940 0.802 nan 0.161 2.535 0.332 0.128 0.236 0.082 1.023 0.139 0.128 0.284 0.399 0.513 0.103 0.072 0.096 0.488 0.894 0.163 0.530 1.221 0.301 0.825 0.265 0.183 0.473 0.565 0.176 0.067 0.137 0.380 0.387 0.337 0.619 0.064 0.113 0.545 2.691 0.284 0.940 0.703 0.374 2.999 0.250 0.271 0.143 0.146 0.189 0.265 0.292 nan 0.132 0.253 0.257 0.151 0.304 0.555 0.697 0.363 0.152 0.190 0.163 0.145 0.479 0.550 1.788 0.469 0.639 0.053 2.075 0.056 0.855 0.121 0.062 0.010 1.089 0.713 0.086 3.840 0.044 0.049 0.477 4.330 2.349 1.141 0.054 0.079 2.535 0.478 0.100 3.121 1.819 1.023 0.489 1.185 0.096 0.884 0.244 0.139 0.087 0.039 0.514 0.342 0.821 0.272 0.080 0.018 0.217 0.820 1.239 0.424 0.402 2617 chr8 143680445 143705763 + 0 NA 3' UTR (NM_015193, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_015193, exon 3 of 3) 2729 NM_015193 23237 Hs.40888 NM_015193 ENSG00000198576 ARC Arg3.1 activity regulated cytoskeleton associated protein protein-coding 2.373 1.005 nan 0.152 0.150 1.421 0.827 0.132 0.010 1.780 0.081 0.082 0.097 0.174 0.030 0.254 0.193 0.491 1.673 0.099 0.039 0.084 0.030 0.203 1.238 0.314 0.098 2.226 0.069 0.127 0.072 0.043 0.309 0.125 0.050 0.316 0.080 0.126 0.331 0.069 0.095 0.255 0.168 0.083 0.092 0.116 0.834 1.288 0.095 0.205 nan 2.616 nan 0.163 0.262 0.215 0.410 0.746 0.730 0.982 1.561 1.787 0.558 0.677 0.607 0.411 0.432 0.686 1.702 0.937 1.420 0.347 0.038 0.080 0.256 0.901 0.049 0.061 0.023 0.120 0.124 0.079 0.047 0.174 0.139 0.113 0.027 0.043 0.019 0.145 0.257 0.167 0.040 0.074 1.780 0.307 0.135 0.491 0.029 0.049 0.928 0.991 1.257 0.013 0.064 0.084 0.057 0.041 0.214 0.064 0.006 0.046 0.036 0.016 452 chr11 6623388 6629515 + 0 NA intron (NM_001278442, intron 2 of 11) L2c|LINE|L2 1411 NM_001014795 3611 Hs.706355 NM_004517 ENSG00000166333 ILK HEL-S-28|ILK-1|ILK-2|P59|p59ILK integrin linked kinase protein-coding 1.679 2.117 1.744 1.585 2.522 1.673 0.759 3.881 0.567 2.095 2.857 0.316 0.900 2.469 3.978 1.355 0.685 3.322 1.352 1.767 1.342 1.517 1.585 1.968 3.425 2.495 2.572 4.487 0.932 1.366 1.557 0.079 2.280 1.225 1.783 2.085 1.016 3.808 3.146 1.496 0.582 3.454 1.937 2.551 1.633 0.970 3.210 4.107 3.658 4.896 3.800 4.001 2.860 1.054 5.627 5.686 2.984 3.473 2.136 2.975 2.132 1.952 2.462 4.923 1.953 2.150 1.099 3.343 2.798 1.176 1.231 4.061 0.404 2.198 1.037 1.788 0.723 2.118 1.937 1.801 1.324 0.369 0.557 5.692 6.532 3.168 0.873 0.558 0.431 4.625 2.267 2.392 2.098 1.272 2.095 2.689 4.571 3.322 1.151 1.096 0.269 2.644 0.852 2.416 0.859 2.124 2.033 0.673 1.145 1.050 2.921 0.782 2.241 1.733 579 chr11 100547356 100565021 + 0 NA non-coding (NR_133571, exon 2 of 2) non-coding (NR_133571, exon 2 of 2) -2219 NM_152432 143872 Hs.741465 NM_152432 ENSG00000165895 ARHGAP42 GRAF3 Rho GTPase activating protein 42 protein-coding 1.042 1.068 0.846 0.060 0.663 0.532 0.300 0.629 0.383 0.332 0.498 0.110 0.623 1.603 0.199 0.256 0.186 0.028 0.229 1.119 0.098 1.260 1.177 1.121 1.178 0.755 0.969 1.182 0.852 0.309 0.086 0.076 0.063 0.241 0.207 1.124 0.236 0.607 0.488 1.110 0.194 0.910 0.212 0.971 1.491 0.576 0.441 0.375 0.599 1.497 0.642 0.560 0.105 0.083 1.714 1.771 4.232 4.744 0.152 0.180 0.592 0.287 0.153 0.312 0.459 0.445 0.632 1.615 1.731 0.979 0.029 1.910 0.259 1.553 0.039 0.060 0.016 0.779 0.474 0.239 0.308 0.076 0.414 1.638 0.359 0.220 1.267 0.460 0.435 0.505 0.839 0.057 0.227 2.229 0.332 1.786 0.063 0.028 1.158 3.965 0.089 0.379 0.812 0.265 0.097 0.759 0.195 0.233 0.045 0.509 0.357 1.135 0.055 0.043 295 chr1 209977980 210002517 + 0 NA Intergenic MER53|DNA|hAT -10728 NM_006147 3664 Hs.591415 NM_006147 ENSG00000117595 IRF6 LPS|OFC6|PIT|PPS|PPS1|VWS|VWS1 interferon regulatory factor 6 protein-coding 1.596 2.108 2.322 0.684 0.951 0.889 0.444 0.539 0.301 0.544 0.355 0.170 0.231 0.765 0.179 0.680 0.395 0.720 1.129 1.314 0.096 0.604 1.131 0.133 2.267 1.404 1.083 3.270 0.572 0.362 0.248 0.089 3.522 0.110 0.135 0.463 0.081 0.297 2.469 1.113 0.857 3.684 2.268 0.384 0.621 0.395 0.838 0.862 1.486 2.484 1.821 2.147 3.471 1.033 nan nan 0.756 1.115 1.732 1.853 0.796 0.680 0.375 0.582 1.972 2.719 0.658 1.225 1.239 0.865 1.026 0.694 0.397 0.812 0.183 0.567 0.068 0.450 0.364 0.201 0.854 0.498 1.278 0.335 0.503 0.255 0.734 0.238 0.277 0.692 0.439 0.307 0.340 0.724 0.544 0.782 0.300 0.720 0.868 0.445 0.668 0.458 0.443 0.224 0.147 0.303 0.204 0.187 0.443 0.301 0.126 0.577 0.173 0.112 1894 chr3 35680689 35708150 + 0 NA intron (NM_016300, intron 1 of 19) intron (NM_016300, intron 1 of 19) 10570 NM_016300 10777 Hs.475902 NM_016300 ENSG00000172995 ARPP21 ARPP-21|R3HDM3|RCS|TARPP cAMP regulated phosphoprotein 21 protein-coding 0.800 1.478 0.764 0.143 0.065 0.161 0.123 0.094 0.014 0.153 0.098 0.035 0.035 0.091 0.018 0.080 0.100 0.048 0.299 0.136 0.014 0.062 0.008 0.384 0.062 0.075 0.044 0.947 0.027 0.086 0.027 0.085 0.122 0.147 0.017 0.098 0.009 0.043 0.098 0.012 0.006 0.086 0.083 0.070 0.084 0.053 0.371 0.332 0.181 0.257 0.726 0.612 0.136 0.071 0.283 0.301 4.065 nan 0.712 0.574 0.739 0.451 0.144 0.258 0.047 0.047 0.402 1.105 0.587 0.462 0.292 0.034 0.484 0.033 0.084 0.025 0.003 0.003 0.025 0.007 0.211 0.037 0.011 0.011 0.016 0.069 0.079 0.047 0.176 0.073 0.006 0.024 0.153 0.056 0.023 0.048 0.045 0.018 0.070 0.015 0.540 0.056 0.006 0.032 0.032 0.016 0.086 0.238 0.090 0.024 0.021 0.014 535 chr11 65132986 65159905 + 0 NA intron (NM_001300820, intron 3 of 4) intron (NM_001300820, intron 3 of 4) 3412 NM_001300820 283130 Hs.661604 NM_182556 ENSG00000162241 SLC25A45 - solute carrier family 25 member 45 protein-coding nan 1.595 1.195 1.442 0.813 1.391 0.763 1.123 0.700 1.108 0.837 0.220 0.578 1.091 1.596 0.699 0.322 1.439 0.914 1.206 0.350 0.954 0.816 1.202 6.550 2.550 1.559 3.427 0.725 0.528 1.411 0.142 2.055 0.864 0.952 1.509 0.527 1.300 0.449 0.933 0.598 1.961 2.504 0.832 1.316 1.083 1.475 2.273 1.650 3.384 3.170 2.986 2.638 0.984 2.172 2.508 1.555 2.278 2.629 3.141 1.838 1.638 1.263 1.502 1.298 1.640 0.486 1.039 1.582 0.839 1.500 1.333 0.564 1.429 0.894 1.416 0.330 1.711 1.495 1.065 1.109 0.279 0.434 3.051 1.180 0.571 1.005 0.339 0.391 1.797 3.354 1.983 1.185 1.143 1.108 1.640 1.130 1.439 1.057 2.261 0.415 1.896 0.830 0.826 0.774 1.134 0.456 0.372 0.625 0.193 1.208 0.630 0.526 0.361 1618 chr2 160567431 160570521 + 0 NA promoter-TSS (NR_110586) promoter-TSS (NR_110586) 8 NM_001282806 64844 Hs.529272 NM_022826 ENSG00000136536 MARCH7 AXO|AXOT|MARCH-VII|RNF177 membrane associated ring-CH-type finger 7 protein-coding 7.716 4.889 7.405 6.563 6.029 10.008 4.824 6.445 4.612 5.658 4.311 0.258 1.507 8.163 7.407 2.827 2.098 7.820 2.381 3.566 2.388 6.400 1.934 3.739 8.666 8.321 7.285 11.925 2.990 5.349 5.063 0.171 11.425 3.395 3.955 9.083 1.127 5.591 5.020 3.815 1.852 6.911 13.678 4.554 3.603 3.599 6.061 6.691 13.095 18.197 10.971 10.313 7.115 3.397 20.826 22.004 6.740 8.674 8.529 14.117 8.817 9.497 4.583 10.223 5.042 5.476 12.047 10.661 3.397 1.980 6.960 3.997 2.329 3.119 1.987 4.734 2.064 4.190 5.363 3.520 6.550 1.104 3.171 5.519 5.753 2.362 2.638 3.453 2.500 4.085 6.706 8.602 2.584 4.626 5.658 5.514 6.093 7.820 2.726 3.430 1.691 6.801 1.689 3.302 1.753 3.762 4.637 4.133 3.163 2.973 4.734 2.364 3.485 2.133 77 chr1 35653504 35663986 + 0 NA promoter-TSS (NR_136703) promoter-TSS (NR_136703) 1 NR_136702 6421 Hs.355934 NM_005066 ENSG00000116560 SFPQ POMP100|PPP1R140|PSF splicing factor proline and glutamine rich protein-coding 4.018 nan 3.688 4.546 2.714 3.466 1.936 2.369 1.076 2.780 1.768 0.387 0.542 1.601 1.424 3.052 1.388 7.030 1.394 1.332 0.579 2.092 0.501 0.917 3.314 2.376 2.232 4.764 0.755 1.479 3.011 0.179 2.800 0.641 0.831 1.579 0.442 2.045 2.414 0.666 0.472 2.329 4.944 1.563 2.003 0.881 3.519 3.394 3.954 5.652 7.818 7.752 nan 2.121 7.657 7.802 2.980 3.795 10.219 14.214 nan 5.809 3.535 6.768 3.041 2.964 5.668 4.143 1.778 nan 2.681 2.137 0.709 1.098 0.973 2.852 1.216 1.000 1.255 1.216 1.344 0.457 1.945 2.851 1.506 0.788 0.578 0.964 0.546 2.010 1.685 2.662 0.990 1.361 2.780 2.964 1.957 7.030 0.795 0.837 0.916 3.135 1.316 1.164 0.802 0.704 0.743 0.879 0.913 1.143 0.906 0.764 1.203 0.773 683 chr12 46116875 46129226 + 0 NA promoter-TSS (NM_152641) promoter-TSS (NM_152641) -442 NM_001347839 196528 Hs.317304 NM_152641 ENSG00000189079 ARID2 BAF200|p200 AT-rich interaction domain 2 protein-coding 5.145 nan 3.346 4.520 3.094 5.350 3.077 3.208 4.263 3.568 2.622 0.300 1.371 4.374 2.973 2.111 1.660 5.396 1.964 2.413 2.416 3.971 1.572 2.553 5.738 4.699 4.677 4.654 1.455 4.615 2.859 0.141 7.693 1.480 2.331 2.931 0.358 2.253 3.415 1.942 1.124 4.621 6.857 3.187 3.286 2.039 5.941 7.075 6.764 7.863 11.013 9.960 6.250 3.488 19.245 19.603 4.120 4.723 5.617 9.435 7.430 7.875 3.761 7.983 5.742 5.730 7.230 5.857 2.550 1.356 4.466 2.456 1.493 1.556 1.622 5.474 2.492 2.081 2.690 1.857 3.714 1.538 2.759 3.850 3.962 1.712 1.624 4.108 3.979 4.570 4.080 8.306 2.663 2.948 3.568 4.304 4.561 5.396 1.288 3.046 1.340 4.621 2.377 2.130 1.484 1.866 4.791 4.476 3.181 2.500 1.836 1.896 2.476 1.815 2260 chr6 20400316 20410256 + 0 NA intron (NM_001243076, intron 1 of 6) intron (NM_001243076, intron 1 of 6) 1376 NM_001243076 1871 Hs.269408 NM_001949 ENSG00000112242 E2F3 E2F-3 E2F transcription factor 3 protein-coding 6.320 2.433 nan 4.042 4.728 4.215 2.421 3.058 1.347 4.258 2.888 0.342 0.799 3.196 4.549 2.090 0.715 6.982 1.693 2.448 0.785 3.023 1.031 2.639 4.877 2.730 5.225 nan 1.366 2.052 3.125 0.094 3.628 0.715 1.605 3.225 0.787 4.199 3.278 1.187 0.985 2.190 4.563 1.024 2.616 1.295 6.311 4.846 5.783 nan 7.340 4.295 nan 2.385 11.982 12.573 4.945 6.598 5.766 8.882 5.870 7.170 2.065 3.922 5.873 5.099 9.785 7.965 2.222 1.531 2.904 2.129 0.921 1.905 1.251 3.083 3.387 2.121 3.563 0.991 3.030 1.168 2.562 5.599 4.413 1.781 1.582 1.886 1.209 1.907 2.399 5.043 1.340 1.919 4.258 5.971 3.541 6.982 1.279 1.453 1.299 5.775 2.199 1.757 2.064 2.442 1.166 2.169 1.304 3.793 1.486 1.750 0.904 0.609 541 chr11 65543460 65561270 + 0 NA Intergenic Intergenic 2119 NR_031600 100302196 NR_031600 ENSG00000071894 MIR1234 MIRN1234|hsa-mir-1234 microRNA 1234 ncRNA nan 1.423 1.160 1.123 1.645 0.584 0.315 0.417 0.662 0.575 0.240 0.100 0.819 1.727 1.498 0.294 0.207 1.234 1.114 0.433 0.243 1.935 0.776 0.328 4.592 2.074 1.560 1.974 0.487 0.486 0.688 0.110 1.863 0.179 0.578 0.803 0.173 0.383 1.707 1.496 0.405 2.439 0.710 0.530 2.169 0.450 1.321 1.751 1.592 2.415 1.503 1.389 1.370 0.426 0.996 1.101 0.552 0.952 2.558 2.559 0.780 0.577 2.277 4.173 0.550 0.554 0.354 0.568 0.977 0.784 1.823 1.782 1.149 0.285 0.580 0.481 0.218 0.422 0.409 0.724 0.453 0.085 0.103 1.975 0.820 0.443 0.991 0.487 0.304 0.552 1.195 1.155 0.664 3.382 0.575 2.281 0.572 1.234 1.204 2.379 0.663 1.929 1.306 0.274 0.156 0.394 0.238 0.136 2.525 0.091 0.256 0.996 0.323 0.212 1215 chr17 46047204 46102669 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 26614 NM_001278217 80279 Hs.20157 NM_025197 ENSG00000108465 CDK5RAP3 C53|HSF-27|IC53|LZAP|MST016|OK/SW-cl.114|PP1553 CDK5 regulatory subunit associated protein 3 protein-coding 3.384 1.958 nan 0.725 0.910 3.407 1.678 0.560 0.314 3.210 0.328 0.195 0.300 0.541 0.134 0.775 0.511 1.254 1.250 1.081 0.145 0.396 0.235 0.354 nan 0.518 0.364 3.021 0.347 0.939 0.296 0.105 1.238 0.648 0.275 0.576 0.209 0.627 0.690 0.477 0.425 1.327 1.823 0.379 0.722 0.268 1.394 1.751 0.589 1.087 1.854 nan 3.652 0.989 1.119 1.261 2.282 3.133 2.489 nan 4.628 3.735 0.809 1.195 4.420 4.970 2.971 9.200 2.175 1.143 1.507 0.832 0.176 1.154 0.109 1.497 0.182 0.762 0.666 0.241 1.329 2.182 3.057 0.754 0.435 0.302 0.263 0.475 0.642 1.556 0.966 0.690 0.486 0.524 3.210 0.732 0.424 1.254 0.399 0.296 1.455 0.727 0.603 0.394 0.173 0.491 0.229 0.682 0.561 4.171 0.294 0.153 0.222 0.186 1712 chr20 20338373 20397011 + 0 NA Intergenic Intergenic 18927 NM_002196 3642 Hs.89584 NM_002196 ENSG00000173404 INSM1 IA-1|IA1 INSM transcriptional repressor 1 protein-coding 3.247 1.939 nan 3.539 0.037 3.671 1.867 0.105 0.009 2.224 0.107 0.080 0.010 0.033 0.015 1.874 0.924 4.851 2.606 0.196 0.015 0.081 0.009 0.052 0.122 0.091 0.145 6.220 0.027 0.286 0.046 0.072 0.204 0.006 0.032 0.093 0.016 0.064 0.207 0.015 0.057 0.137 0.193 0.049 0.104 0.072 1.705 2.151 0.314 0.383 6.638 5.414 6.226 2.422 0.586 0.589 2.975 4.196 5.819 6.617 5.821 7.590 1.212 2.276 6.224 5.686 0.659 1.029 2.025 1.163 1.893 0.058 0.008 0.043 0.592 4.018 0.019 0.054 0.028 0.025 0.074 1.545 1.177 0.080 0.037 0.029 0.039 0.298 0.252 0.131 0.112 0.049 0.023 0.034 2.224 0.029 0.027 4.851 0.029 0.058 1.454 0.083 2.390 0.025 0.006 0.046 0.044 0.216 1.131 0.661 0.027 0.042 0.018 0.010 2344 chr6 108877956 108888099 + 0 NA exon (NM_201559, exon 2 of 4) exon (NM_201559, exon 2 of 4) 958 NM_001455 2309 Hs.220950 NM_001455 ENSG00000118689 FOXO3 AF6q21|FKHRL1|FKHRL1P2|FOXO2|FOXO3A forkhead box O3 protein-coding 5.463 nan nan 5.895 3.208 3.693 1.815 2.520 0.655 3.877 2.662 0.240 0.952 3.013 1.193 0.839 0.412 2.996 1.292 1.878 1.196 2.614 0.751 1.104 4.645 2.623 3.733 6.711 1.281 1.671 2.754 0.143 3.398 0.918 1.193 5.409 0.725 2.884 1.308 2.406 0.944 3.872 4.063 3.893 5.746 1.297 6.038 6.755 4.370 5.784 4.978 nan 3.942 3.218 10.301 9.907 2.135 2.836 2.392 4.661 nan 5.908 2.667 5.053 4.794 4.692 4.553 4.892 1.606 0.861 1.602 1.897 0.868 2.397 0.925 4.898 2.893 1.398 1.720 0.830 0.356 1.829 2.567 4.146 2.731 1.585 1.558 1.814 1.499 1.827 1.974 5.022 0.506 1.455 3.877 4.450 2.691 2.996 0.792 1.308 0.980 3.250 2.497 3.634 1.832 2.155 2.095 0.726 2.234 2.356 1.587 1.743 5.499 5.416 765 chr12 124980447 125078131 + 0 NA intron (NM_001077261, intron 1 of 47) intron (NM_001077261, intron 1 of 47) 22721 NM_006312 9612 Hs.137510 NM_006312 ENSG00000196498 NCOR2 CTG26|N-CoR2|SMAP270|SMRT|SMRTE|SMRTE-tau|TNRC14|TRAC|TRAC-1|TRAC1 nuclear receptor corepressor 2 protein-coding 1.631 1.740 1.464 0.729 1.214 1.104 0.537 0.385 0.441 1.697 0.789 0.142 0.476 1.082 0.254 0.720 0.481 2.286 0.439 0.619 0.307 0.538 0.275 0.496 4.464 1.937 1.133 2.998 0.713 0.313 0.727 0.096 2.135 0.432 0.207 0.689 0.105 0.313 0.552 0.330 0.244 1.392 0.823 0.349 0.611 0.445 1.324 2.084 1.211 2.232 2.250 2.402 nan 0.660 0.772 0.774 1.577 2.300 2.737 3.666 3.425 3.243 0.641 1.055 1.024 1.137 1.320 2.849 1.648 1.026 1.273 1.257 0.526 0.745 0.363 1.661 0.265 0.630 0.479 0.355 0.473 0.328 0.455 0.395 0.351 0.217 0.347 0.214 0.170 0.682 0.953 1.765 0.248 0.367 1.697 1.700 0.514 2.286 0.570 0.461 0.850 1.100 1.068 0.191 0.256 0.245 0.514 0.135 0.483 0.617 0.493 0.201 0.308 0.177 2552 chr8 67572624 67581342 + 0 NA exon (NM_025054, exon 1 of 3) exon (NM_025054, exon 1 of 3) 2469 NM_025054 80124 Hs.632066 NM_025054 ENSG00000175073 VCPIP1 DUBA3|VCIP135 valosin containing protein interacting protein 1 protein-coding 2.863 1.417 1.311 1.813 0.844 1.562 0.716 2.195 0.517 0.847 2.510 0.204 0.783 2.936 1.393 1.001 0.521 1.196 0.908 1.350 0.611 1.915 0.723 2.945 1.753 1.656 1.360 3.960 1.072 1.283 1.367 0.123 2.131 0.761 1.476 1.777 0.599 3.701 0.843 1.174 0.340 1.335 4.384 1.090 1.156 1.027 1.443 1.636 1.988 2.944 3.555 3.215 2.961 0.830 2.411 2.409 2.273 nan 1.878 3.422 nan 2.580 1.820 3.351 1.646 2.837 1.745 2.441 2.274 0.994 0.737 1.789 0.384 1.336 0.623 1.792 0.524 1.207 1.014 0.634 0.756 0.331 1.081 1.873 1.601 0.917 1.561 0.654 0.597 2.121 1.522 5.696 0.939 1.155 0.847 1.932 2.628 1.196 0.923 0.303 0.313 1.160 1.627 0.731 0.795 1.306 0.653 0.525 1.249 0.822 0.569 1.006 0.813 0.648 2521 chr8 29194263 29217399 + 0 NA 5' UTR (NM_057158, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_057158, exon 1 of 5) 491 NM_057158 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 2.516 nan 1.443 3.215 3.242 1.966 3.838 0.035 0.996 0.213 0.083 0.484 1.225 3.085 0.224 0.112 2.095 0.442 2.801 0.364 1.615 1.449 3.418 3.707 2.500 1.254 6.140 1.871 0.245 0.085 0.107 2.847 0.750 2.049 0.365 0.135 0.299 0.164 0.396 0.254 1.234 0.335 0.819 4.469 1.016 1.133 1.253 2.127 3.597 nan 3.226 nan 1.992 0.387 0.401 0.170 0.310 3.341 3.830 2.869 2.505 0.285 0.357 2.017 1.899 0.487 1.068 nan nan 1.864 2.016 0.210 3.026 2.175 0.123 0.066 3.738 4.548 0.042 4.386 0.218 0.114 3.496 2.027 1.047 0.382 1.283 1.086 0.557 4.546 0.135 4.071 4.023 0.996 1.450 0.048 2.095 4.559 2.812 0.310 2.789 2.965 0.648 0.447 1.218 0.556 0.265 0.056 0.251 3.674 0.179 0.050 0.024 897 chr14 89874947 89899304 + 0 NA TTS (NR_036500) TTS (NR_036500) 3427 NR_036500 400236 Hs.585207 NR_036500 ENSG00000258920 FOXN3-AS1 - FOXN3 antisense RNA 1 ncRNA 3.865 1.746 nan 0.766 0.263 1.227 0.601 0.252 0.952 0.842 3.122 0.324 0.117 0.382 0.267 0.684 0.345 1.238 2.022 0.558 0.061 0.730 0.686 0.452 1.108 0.659 1.060 3.377 0.227 0.830 1.622 0.121 0.842 0.606 0.343 0.517 0.252 0.698 0.847 0.045 0.287 1.170 1.495 0.154 0.063 0.440 0.829 1.078 1.656 2.439 2.703 2.133 1.880 0.729 2.042 1.932 1.806 2.879 3.255 4.719 2.111 2.139 0.989 2.542 3.577 3.563 0.687 0.834 nan 1.359 1.580 0.659 0.101 0.361 0.175 0.708 0.216 1.285 0.866 0.107 0.212 1.036 2.239 0.253 0.421 0.259 0.850 0.680 0.627 1.099 0.644 1.100 0.295 0.619 0.842 0.658 1.287 1.238 0.331 0.308 0.292 0.541 0.797 2.062 0.057 1.002 0.110 0.884 2.114 0.135 0.506 0.056 1.071 1.044 312 chr1 224072793 224079391 + 0 NA Intergenic Intergenic -42418 NM_005426 7159 Hs.523968 NM_005426 ENSG00000143514 TP53BP2 53BP2|ASPP2|BBP|P53BP2|PPP1R13A tumor protein p53 binding protein 2 protein-coding 1.231 nan 1.173 0.242 0.603 0.448 0.219 0.613 0.028 2.143 0.178 0.144 1.061 0.800 0.057 0.451 0.158 0.646 0.155 0.530 0.150 1.707 1.727 0.246 1.091 0.239 0.244 2.503 0.578 0.130 0.081 0.154 0.231 0.217 0.080 0.931 0.955 1.369 0.992 4.486 0.025 0.562 0.123 0.614 0.641 0.553 0.543 0.330 0.476 0.591 1.082 nan 2.983 0.876 0.792 0.723 0.225 0.469 1.281 1.431 0.302 0.117 0.141 0.162 1.270 1.517 0.755 2.397 1.024 0.581 0.219 1.613 0.145 0.670 0.045 0.363 0.021 1.408 0.833 0.045 0.664 0.344 0.420 2.379 2.727 1.207 0.939 0.084 0.056 1.650 0.170 0.926 0.192 0.465 2.143 1.186 0.713 0.646 0.259 0.234 0.058 1.305 0.343 0.575 0.300 0.717 0.404 0.158 0.090 0.534 0.180 1.571 0.122 0.118 1628 chr2 173104130 173128990 + 0 NA Intergenic Intergenic 148826 NR_126376 104326193 Hs.600690 NR_126376 ENSG00000236651 DLX2-AS1 TCONS_00003049 DLX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 1.035 0.893 1.148 0.448 0.798 0.315 0.200 0.362 0.038 0.911 0.189 0.097 1.604 1.862 0.595 0.135 0.174 1.070 0.259 0.277 0.533 1.276 1.204 0.178 1.359 0.279 0.427 0.436 2.257 0.397 0.028 0.102 6.271 2.236 0.227 1.307 0.419 1.043 2.269 1.021 0.826 1.576 3.338 0.305 1.217 0.562 0.440 0.678 0.483 0.687 0.375 0.489 2.493 0.779 0.427 0.475 0.314 0.552 0.803 0.888 0.410 0.268 0.345 0.382 0.182 0.449 0.553 1.424 0.670 0.482 0.217 3.544 0.360 0.888 0.307 0.086 0.028 1.341 0.734 0.077 0.273 0.031 0.074 5.122 4.963 1.938 1.585 0.054 0.093 1.584 0.131 2.217 0.216 0.369 0.911 1.227 0.801 1.070 0.303 0.300 0.055 1.451 0.119 2.373 0.747 1.285 1.436 0.130 0.087 0.538 2.182 0.876 0.461 0.478 2435 chr7 30632802 30638187 + 0 NA intron (NM_002047, intron 1 of 16) intron (NM_002047, intron 1 of 16) 985 NM_002047 2617 Hs.404321 NM_002047 ENSG00000106105 GARS CMT2D|DSMAV|GlyRS|HMN5|SMAD1 glycyl-tRNA synthetase protein-coding 7.797 4.532 6.108 5.292 6.833 4.550 2.229 3.286 1.412 4.011 5.639 0.238 1.017 3.367 1.543 4.001 1.880 8.008 6.601 4.879 1.472 8.095 2.004 3.788 13.350 11.539 7.740 9.516 1.410 7.037 9.784 0.301 7.355 1.827 3.007 8.266 1.415 7.066 4.329 2.838 2.415 5.996 7.220 6.727 5.971 2.038 10.111 10.664 5.068 6.997 9.324 nan 9.678 4.668 23.752 25.518 5.449 nan nan nan 5.714 6.975 5.053 8.321 8.672 9.442 5.753 9.421 3.477 1.989 3.658 2.740 2.941 3.194 2.585 4.572 5.433 3.450 2.939 1.564 3.560 1.181 4.679 3.397 2.587 1.566 2.368 1.827 1.353 5.153 3.385 4.057 3.230 3.111 4.011 3.661 5.693 8.008 3.015 1.623 1.404 3.650 3.618 2.512 1.616 3.645 2.416 2.151 3.043 2.292 2.392 1.707 2.687 1.531 1002 chr16 1724272 1743986 + 0 NA intron (NM_144570, intron 1 of 4) MER2|DNA|TcMar-Tigger 5851 NM_144570 90861 Hs.513261 NM_144570 ENSG00000206053 HN1L C16orf34|L11 hematological and neurological expressed 1 like protein-coding 1.239 nan 1.119 0.966 3.171 1.010 0.603 2.869 0.922 0.727 0.255 0.106 0.974 2.617 3.600 0.779 0.336 1.463 0.646 1.009 1.003 1.699 0.856 0.713 2.251 1.298 1.309 1.801 1.195 2.436 0.406 0.066 1.295 0.804 1.658 3.554 0.389 0.719 0.900 1.397 0.246 1.686 0.964 1.299 1.768 0.680 1.090 0.947 0.703 1.060 1.061 1.152 nan 0.721 2.060 1.985 0.733 nan 0.952 2.392 1.080 0.971 0.494 0.924 0.860 1.219 0.658 0.906 0.996 0.538 1.658 3.502 0.879 0.860 0.259 0.816 0.112 1.382 1.212 0.744 0.657 0.189 0.285 2.300 2.123 0.882 2.010 0.874 0.726 0.371 1.175 1.202 2.211 2.010 0.727 5.046 1.598 1.463 0.564 1.498 0.207 0.796 0.336 1.723 1.823 1.758 2.324 1.132 0.246 0.219 1.569 1.965 1.597 1.111 237 chr1 161194783 161198402 + 0 NA promoter-TSS (NR_049819) promoter-TSS (NR_049819) -384 NR_049819 100847090 NR_049819 ENSG00000158882 MIR5187 mir-5187 microRNA 5187 ncRNA 2.064 nan 2.016 1.084 0.973 1.019 0.333 0.688 0.052 2.758 1.055 0.057 0.822 1.997 13.198 1.474 0.589 1.883 2.782 1.264 0.445 0.978 0.933 0.392 4.759 2.176 3.265 3.215 1.291 1.208 0.691 0.128 1.649 2.512 0.336 1.151 0.418 1.250 2.024 1.904 0.340 3.580 2.434 0.296 0.845 1.266 1.914 1.824 3.579 3.836 2.644 nan 3.160 1.003 2.190 3.188 2.559 3.103 3.043 nan 4.026 3.068 3.374 4.357 2.245 1.757 3.745 5.283 2.082 1.089 0.962 2.317 0.432 1.931 7.416 2.021 0.805 1.239 1.061 0.797 4.275 0.423 0.630 2.427 3.096 1.450 0.614 1.015 1.446 0.889 1.126 1.536 2.693 1.835 2.758 0.839 4.526 1.883 1.589 0.724 0.660 7.891 1.638 0.618 0.081 2.179 0.705 0.731 1.292 1.368 1.160 0.735 0.780 0.475 2584 chr8 102433116 102487780 + 0 NA Intergenic Intergenic -44219 NM_001330593 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.368 nan nan 0.400 1.092 0.544 0.315 0.259 2.420 0.354 0.325 0.166 0.253 0.473 1.078 0.128 0.147 0.739 0.153 1.234 0.061 0.195 0.679 0.329 2.467 0.659 1.867 1.647 1.168 0.131 0.029 0.090 1.240 0.413 0.165 2.335 0.125 0.169 1.280 0.130 0.598 2.503 5.268 0.220 1.847 0.508 0.468 0.423 0.657 1.849 0.855 0.974 nan 0.376 0.472 0.521 1.145 nan 2.236 nan nan 0.174 0.355 0.628 0.996 1.096 0.207 nan 1.336 0.775 0.377 2.281 0.930 1.134 0.055 0.213 0.025 0.600 0.244 0.193 1.257 0.334 0.104 1.060 0.106 0.057 0.496 0.122 0.235 0.426 0.684 0.146 0.240 1.179 0.354 1.017 0.908 0.739 0.422 1.514 0.030 0.793 0.270 0.115 1.101 1.019 0.145 0.065 0.222 0.095 1.056 1.253 0.048 0.028 370 chr10 18895999 18906803 + 0 NA intron (NM_182543, intron 5 of 10) intron (NM_182543, intron 5 of 10) 39165 NM_182543 221078 Hs.396175 NM_182543 ENSG00000241058 NSUN6 4933414E04Rik|ARL5B-AS1|NOPD1 NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 6 protein-coding nan 1.006 0.816 0.721 0.306 0.457 0.222 2.604 0.040 0.119 0.903 0.373 0.856 1.227 0.605 0.232 0.173 0.397 0.099 1.434 0.286 0.704 0.614 0.717 2.040 1.037 0.624 0.731 0.892 0.683 0.059 0.083 0.443 1.126 0.265 0.724 1.000 3.005 0.450 0.675 0.067 1.507 1.133 0.409 0.495 0.810 0.430 0.450 0.288 0.487 0.240 0.304 6.388 2.900 0.244 0.183 1.012 1.451 1.704 1.537 0.248 0.186 0.136 0.164 0.217 0.365 0.348 0.879 0.618 0.366 0.067 1.222 0.824 2.752 0.461 0.057 0.026 1.361 0.708 0.048 1.603 0.026 0.073 0.323 0.480 0.216 0.769 0.174 0.168 0.137 1.673 0.085 0.525 1.322 0.119 0.773 1.441 0.397 1.330 1.047 0.073 0.048 1.240 1.043 2.218 1.329 0.724 0.818 0.018 0.140 1.026 1.795 0.042 0.042 2722 chr9 135842554 135860075 + 0 NA intron (NM_004188, intron 3 of 10) intron (NM_004188, intron 3 of 10) -2784 NM_001135031 8328 Hs.553160 NM_004188 ENSG00000165702 GFI1B BDPLT17|ZNF163B growth factor independent 1B transcriptional repressor protein-coding nan 0.568 0.546 0.232 0.108 0.305 0.228 0.072 0.014 0.213 0.123 0.211 0.065 0.138 0.013 0.115 0.160 0.144 0.159 0.115 0.021 0.124 0.018 0.434 0.212 0.079 0.069 0.463 0.041 0.073 0.075 0.067 0.176 0.033 0.043 0.085 0.035 0.099 0.315 0.019 0.028 0.113 0.164 0.091 0.067 0.084 3.072 5.291 6.633 3.027 0.516 0.589 nan 0.117 1.680 1.502 0.135 0.255 0.392 0.525 0.509 0.215 3.294 5.055 0.114 0.136 0.148 0.184 0.377 0.407 0.206 0.093 0.017 0.089 0.017 0.081 0.024 0.078 0.037 0.067 0.062 0.016 0.022 0.176 0.069 0.058 0.058 0.041 0.062 0.114 0.158 0.117 0.023 0.082 0.213 0.093 0.054 0.144 0.022 0.052 0.061 0.146 0.069 0.019 0.021 0.072 0.025 0.026 4.935 0.046 0.026 0.032 0.030 0.023 2371 chr6 138148159 138155094 + 0 NA intron (NR_049793, intron 3 of 3) intron (NR_049793, intron 3 of 3) -36699 NM_001270508 7128 Hs.211600 NM_006290 ENSG00000118503 TNFAIP3 A20|AISBL|OTUD7C|TNFA1P2 TNF alpha induced protein 3 protein-coding 0.762 0.676 0.785 0.081 0.115 0.216 0.139 0.885 0.045 0.299 0.117 0.069 2.452 5.132 0.119 0.067 0.073 0.103 0.163 0.276 0.429 4.257 3.051 0.099 1.494 0.380 0.596 0.261 0.843 0.154 0.093 0.107 0.607 1.331 0.056 2.392 0.190 0.235 1.859 5.400 0.228 0.955 0.163 0.435 1.835 0.867 0.218 0.163 0.391 0.854 0.330 0.290 nan 0.313 0.226 0.209 0.160 0.202 0.209 0.255 0.409 0.232 0.092 0.134 0.089 0.134 0.289 nan 0.283 0.306 0.088 2.681 0.319 1.765 0.029 0.077 0.100 2.114 1.841 0.021 0.793 0.046 1.640 0.295 0.189 3.463 0.022 0.052 0.390 0.059 0.104 0.011 0.435 0.299 2.008 0.053 0.103 0.571 0.131 0.084 0.343 0.069 3.995 0.195 0.845 1.455 0.049 0.014 0.124 0.579 4.005 0.091 0.029 2519 chr8 27748057 27756295 + 0 NA intron (NM_173833, intron 7 of 8) intron (NM_173833, intron 7 of 8) -8543 NR_036249 100422828 NR_036249 ENSG00000265847 MIR4287 - microRNA 4287 ncRNA nan 0.582 nan 0.022 0.096 0.256 0.116 0.055 0.420 0.119 0.175 0.046 0.097 0.211 0.112 0.059 0.029 0.078 0.174 0.135 0.008 0.136 0.071 0.246 0.039 0.043 0.101 0.148 0.066 0.040 0.057 0.204 0.057 3.194 0.168 0.048 0.059 0.125 0.041 0.060 0.268 0.231 0.101 1.411 0.064 0.561 0.538 0.249 0.444 nan 0.719 nan 0.072 0.167 0.260 0.099 0.213 0.279 0.409 0.498 0.315 0.240 0.190 0.280 0.438 0.247 0.350 nan nan 0.455 0.322 0.012 0.639 0.048 0.087 0.336 0.168 0.018 1.324 0.023 0.048 0.067 0.051 0.124 0.075 0.192 0.238 0.109 3.865 0.017 2.214 1.706 0.420 0.094 0.068 0.029 0.414 0.446 0.108 0.773 0.037 0.099 0.082 0.280 0.163 0.155 0.020 0.179 0.110 0.011 0.161 0.124 2610 chr8 141516439 141529656 + 0 NA intron (NR_040712, intron 1 of 2) AluSq|SINE|Alu 966 NR_040712 54108 Hs.279704 NM_017444 ENSG00000104472 CHRAC1 CHARC1|CHARC15|CHRAC-1|CHRAC-15|CHRAC15|YCL1 chromatin accessibility complex 1 protein-coding 4.549 2.054 nan 4.370 2.529 4.554 2.814 2.532 0.958 2.348 1.593 0.438 0.561 1.909 2.380 0.721 0.375 4.126 2.204 1.041 0.468 2.364 1.136 0.839 4.829 3.043 1.401 9.790 1.437 3.287 1.539 0.126 4.933 0.886 1.134 4.095 0.640 2.636 2.644 1.711 0.596 2.626 2.042 0.708 1.685 1.177 2.155 2.606 3.114 4.545 nan 6.877 nan 2.297 6.861 7.140 2.454 2.891 3.330 5.109 2.917 2.987 2.707 3.399 3.132 3.690 3.061 2.630 2.398 1.352 4.466 2.534 1.042 1.133 1.488 2.916 2.243 1.265 1.644 1.481 1.175 0.705 1.202 2.588 2.570 1.159 0.577 1.577 1.100 2.006 3.143 3.351 1.186 1.563 2.348 3.076 1.750 4.126 0.872 1.678 0.510 3.563 2.074 0.667 1.446 0.966 0.689 1.637 0.906 1.023 0.840 0.478 0.934 0.669 567 chr11 75074091 75100756 + 0 NA Intergenic Intergenic -23112 NM_001260506 6188 Hs.546286 NM_001005 ENSG00000149273 RPS3 S3 ribosomal protein S3 protein-coding nan 1.544 0.786 0.327 0.132 0.325 0.112 0.202 0.501 0.188 0.082 0.144 0.291 0.498 0.223 0.100 0.111 0.238 0.139 0.592 0.223 0.321 0.639 0.863 nan 0.801 1.195 0.813 0.676 0.152 0.142 0.123 0.181 0.163 0.362 0.563 0.062 0.216 0.276 0.752 0.073 0.273 0.184 0.146 1.302 0.437 0.602 0.496 0.302 0.509 0.604 0.707 1.032 0.290 0.692 0.829 0.555 0.906 1.079 1.222 0.720 0.505 0.508 0.647 0.300 0.508 0.529 1.293 0.404 0.431 0.553 1.333 0.334 0.190 0.338 0.342 0.073 0.699 0.375 0.125 0.472 0.072 0.107 0.704 0.317 0.189 0.961 0.103 0.128 0.298 1.047 0.092 0.556 2.660 0.188 0.726 4.070 0.238 0.201 3.716 0.070 0.425 0.274 0.280 0.040 0.513 0.346 0.084 0.348 0.354 0.100 0.459 0.043 0.036 416 chr10 114830654 114841202 + 0 NA intron (NM_001146285, intron 4 of 12) AluJr|SINE|Alu 30814 NR_132769 106635520 NR_132769 SNORA87 - small nucleolar RNA, H/ACA box 87 snoRNA 0.577 nan 0.789 0.147 0.532 0.465 0.319 1.856 0.053 0.049 0.900 0.262 0.772 1.495 4.734 0.030 0.047 0.124 0.100 0.740 0.394 0.522 0.960 1.875 2.165 0.863 0.598 0.240 0.468 0.274 0.082 0.049 0.901 0.427 0.549 1.718 0.235 0.668 0.256 1.099 0.167 1.432 0.426 0.764 0.729 0.685 0.346 0.369 0.317 0.511 0.150 0.204 0.394 0.156 0.099 0.126 0.404 0.468 0.535 0.566 0.213 0.159 0.387 0.716 0.028 0.034 0.256 0.636 0.286 0.323 0.032 2.750 0.813 2.329 0.056 0.085 0.066 1.443 1.101 0.986 1.774 0.009 0.069 2.836 0.881 0.552 0.989 0.184 0.206 1.761 2.905 1.358 1.309 1.686 0.049 2.106 2.595 0.124 1.484 1.393 0.673 0.078 1.262 0.728 1.237 0.870 0.235 0.199 0.176 0.627 0.675 0.409 0.386 914 chr14 105210843 105220649 + 0 NA Intergenic MER54A|LTR|ERVL -3724 NM_006427 10572 Hs.112058 NM_006427 ENSG00000184990 SIVA1 CD27BP|SIVA|Siva-1|Siva-2 SIVA1 apoptosis inducing factor protein-coding 4.506 1.765 2.704 4.585 0.952 1.909 0.929 1.031 0.352 1.853 1.041 0.412 0.194 0.732 1.104 1.221 1.098 2.222 0.968 0.852 0.152 0.906 0.622 1.071 4.241 1.367 1.830 4.131 0.957 0.538 1.361 0.101 2.202 0.264 1.122 0.838 0.385 1.832 1.248 0.539 0.490 2.502 3.020 0.267 1.088 0.525 1.952 1.653 2.033 2.974 4.577 4.857 3.953 1.900 1.376 1.424 1.756 2.568 3.301 5.388 3.480 3.476 1.275 2.044 2.317 2.425 1.531 1.357 4.742 2.166 2.229 0.750 0.303 0.349 1.381 1.925 0.779 0.809 1.038 0.425 0.852 0.388 0.991 1.231 0.804 0.545 0.819 0.386 0.249 0.663 1.533 2.210 0.289 2.238 1.853 1.025 0.926 2.222 0.744 0.994 0.867 1.467 3.046 0.744 0.469 0.766 0.113 0.279 0.314 0.392 1.174 0.317 0.367 0.201 380 chr10 34709298 34723510 + 0 NA intron (NM_001184791, intron 4 of 20) MER11B|LTR|ERVK 387849 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.590 0.851 0.969 0.061 0.350 0.555 0.359 0.237 0.039 0.169 3.283 0.408 0.334 0.926 6.342 0.176 0.118 0.484 0.066 0.194 0.084 0.142 0.052 0.252 1.193 0.468 0.129 1.011 0.235 0.105 0.087 0.074 0.419 0.033 0.112 0.072 0.022 0.140 0.396 0.098 0.182 0.670 2.287 0.103 0.133 0.074 0.365 0.294 0.599 nan 0.408 0.401 1.025 0.310 1.353 1.163 0.584 0.763 1.003 0.916 0.187 0.106 0.073 0.166 0.101 0.106 0.277 0.695 0.551 0.404 0.012 0.281 0.630 0.290 0.036 0.076 0.029 0.229 0.121 0.088 0.075 0.027 0.062 0.044 0.013 0.038 1.011 0.066 0.137 0.116 4.316 0.060 2.108 2.252 0.169 0.699 1.102 0.484 0.412 0.415 0.021 0.083 0.083 0.024 0.009 0.079 0.126 0.049 0.011 0.148 0.027 0.393 0.044 0.017 100 chr1 44437964 44449561 + 0 NA 3' UTR (NM_004047, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_004047, exon 8 of 8) -1112 NM_003780 8704 Hs.632403 NM_003780 ENSG00000117411 B4GALT2 B4Gal-T2|B4Gal-T3|beta4Gal-T2 beta-1,4-galactosyltransferase 2 protein-coding nan 2.227 nan 1.902 2.045 2.253 1.299 2.725 0.284 1.946 1.398 0.195 0.621 1.409 1.205 1.747 1.108 3.960 1.760 1.039 0.566 1.697 0.510 0.650 4.004 1.748 1.703 3.972 0.440 6.004 1.520 0.088 1.642 0.417 0.498 1.757 0.679 1.751 2.051 1.332 0.443 2.669 2.537 1.268 1.658 0.628 2.346 2.882 2.494 3.194 4.987 4.712 2.753 0.814 2.208 2.045 2.335 nan 11.394 14.233 2.654 2.921 3.118 nan 1.561 1.559 2.528 3.509 2.349 1.178 1.991 1.421 0.608 1.156 1.141 2.729 0.669 0.958 0.870 1.449 1.620 0.289 0.999 2.342 1.361 0.807 0.836 0.993 0.641 0.978 1.309 2.319 1.483 1.448 1.946 1.412 1.881 3.960 1.094 1.496 0.794 3.801 1.301 0.981 0.531 0.717 0.585 2.400 1.558 1.278 1.056 0.303 0.899 0.520 965 chr15 71850596 71856056 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 1 of 11) AluY|SINE|Alu 13785 NM_001286429 79875 Hs.387057 NM_024817 ENSG00000187720 THSD4 ADAMTSL-6|ADAMTSL6|FVSY9334|PRO34005 thrombospondin type 1 domain containing 4 protein-coding 0.526 0.765 0.644 0.047 0.053 0.184 0.147 0.159 0.011 0.024 0.206 0.089 0.138 0.638 0.128 0.071 0.179 0.064 0.172 0.147 1.721 0.737 0.611 0.200 0.541 0.134 0.816 0.322 0.723 0.321 0.039 0.078 0.314 0.302 0.157 0.215 0.031 0.176 0.239 0.441 0.232 2.134 0.139 0.130 0.105 0.840 0.309 0.147 0.369 1.144 0.241 0.255 0.209 0.143 0.137 0.158 0.177 0.273 0.281 0.286 0.443 0.172 0.103 0.330 0.042 0.095 0.267 0.500 0.372 0.405 0.023 0.344 0.053 0.405 0.037 0.114 0.661 0.239 0.027 0.069 0.014 0.102 0.099 0.723 0.028 0.045 0.116 0.189 0.052 0.043 0.352 0.024 0.382 0.007 0.064 0.104 0.516 0.072 0.021 0.037 0.091 0.023 0.145 5.597 0.348 0.018 0.046 0.495 0.105 0.116 0.019 300 chr1 213740508 213749430 + 0 NA Intergenic Intergenic -353123 NR_046189 100861504 Hs.742586 NR_046189 LINC00538 PROX1UT|Yiya long intergenic non-protein coding RNA 538 ncRNA 1.098 1.377 2.286 2.218 0.041 0.934 0.556 0.043 0.028 0.229 0.110 0.036 0.021 0.047 0.043 1.432 0.746 2.087 0.186 0.257 0.092 0.012 0.044 1.012 0.271 0.080 nan 3.344 0.025 0.127 0.111 0.051 0.052 0.034 0.177 0.049 0.018 0.169 0.122 0.078 0.678 0.197 0.420 0.312 0.458 0.634 1.888 2.595 nan 2.043 0.327 0.358 0.279 nan 3.201 2.481 0.318 0.191 0.160 0.169 0.867 0.763 0.190 0.391 1.815 1.094 0.025 0.096 0.062 0.685 0.238 0.015 0.040 0.025 0.099 0.259 0.089 0.062 0.007 0.008 0.059 0.835 1.667 0.184 0.064 0.024 0.035 0.060 0.229 0.040 0.041 2.087 0.137 0.046 0.026 0.260 0.008 0.010 0.009 0.025 7.013 0.033 0.139 0.026 0.053 0.013 0.017 1279 chr17 79619754 79635189 + 0 NA Intergenic Intergenic -3864 NM_002602 5148 Hs.654482 NM_002602 ENSG00000185527 PDE6G PDEG|RP57 phosphodiesterase 6G protein-coding 2.390 1.886 2.017 1.255 1.147 1.459 0.870 1.564 0.250 1.859 0.881 0.254 1.411 2.715 2.425 0.839 0.579 1.067 0.871 1.028 0.305 1.260 0.559 1.614 3.329 1.989 1.718 2.785 0.958 1.007 1.168 0.106 2.336 0.591 0.328 1.210 0.402 1.331 1.940 1.131 0.540 2.804 2.602 1.495 1.141 0.647 3.605 2.805 2.104 3.629 1.651 1.692 2.940 1.100 3.673 3.818 nan 2.102 1.634 2.935 3.401 3.190 1.639 2.354 1.164 1.691 2.559 5.601 nan 0.727 0.506 2.144 0.597 0.959 0.433 0.904 0.655 1.036 1.044 0.866 1.855 0.265 0.536 1.694 1.046 0.495 0.629 0.890 0.674 1.075 1.610 1.679 0.633 4.051 1.859 3.992 1.237 1.067 1.174 1.840 0.472 2.559 1.635 0.567 0.207 0.962 0.298 0.705 0.552 3.881 0.850 0.496 0.683 0.313 1439 chr19 39389278 39392077 + 0 NA promoter-TSS (NM_030593) promoter-TSS (NM_030593) 107 NM_002503 4793 Hs.9731 NM_002503 ENSG00000104825 NFKBIB IKBB|TRIP9 NFKB inhibitor beta protein-coding 4.068 3.107 3.636 4.704 3.669 2.019 1.205 2.764 0.306 1.416 3.250 0.724 2.531 1.750 1.453 0.561 1.631 3.696 2.622 0.885 1.505 0.839 9.048 2.636 1.804 3.179 14.077 0.522 1.451 3.132 0.192 2.385 1.363 1.277 4.034 0.865 2.337 2.587 2.105 1.120 2.593 4.519 2.076 2.063 1.070 1.984 2.106 4.528 7.197 3.483 3.127 6.151 2.721 10.087 10.420 4.663 5.318 3.183 5.863 nan 3.382 1.752 2.715 4.014 5.262 2.858 4.687 3.969 2.335 0.784 1.024 1.217 2.261 0.795 1.878 0.643 1.482 1.192 1.770 2.354 0.271 0.876 2.410 3.195 1.530 0.702 0.365 0.431 1.359 3.765 6.364 2.126 1.043 1.416 4.161 1.673 1.631 1.088 1.117 0.835 2.297 2.101 0.623 0.624 1.021 0.756 0.893 0.282 0.962 0.597 0.573 0.885 0.509 2079 chr4 146724792 146731426 + 0 NA intron (NM_001306215, intron 8 of 14) intron (NM_001306215, intron 8 of 14) 126753 NM_001080531 646603 Hs.452865 NM_001080531 ENSG00000237136 C4orf51 - chromosome 4 open reading frame 51 protein-coding 0.839 0.995 0.760 0.211 2.384 0.291 0.037 1.814 0.038 0.562 2.004 0.171 1.212 1.438 1.622 0.072 0.062 0.072 0.139 0.342 1.867 1.554 2.532 0.737 0.489 0.529 0.440 0.376 2.001 0.123 0.067 0.081 2.383 1.261 0.584 1.619 0.511 1.151 0.731 1.125 0.352 0.827 0.370 0.447 0.335 0.517 0.228 0.235 1.136 3.550 0.212 0.271 0.652 0.180 0.117 0.157 0.708 0.951 0.278 0.262 0.352 0.148 0.142 0.219 0.217 0.572 0.244 0.661 0.529 0.326 0.025 2.958 1.280 1.584 0.042 0.053 0.021 2.280 1.563 0.191 0.267 0.015 0.858 5.285 1.895 1.091 1.083 0.059 0.036 2.340 0.393 1.062 0.024 0.130 0.562 1.549 0.197 0.072 0.278 0.372 0.031 1.209 0.092 1.446 2.480 1.646 4.400 0.294 0.016 0.241 0.676 4.911 0.200 0.216 286 chr1 203416047 203436749 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -18485 NM_002725 5549 Hs.632481 NM_002725 ENSG00000188783 PRELP MST161|MSTP161|SLRR2A proline and arginine rich end leucine rich repeat protein protein-coding 1.483 1.074 1.438 0.195 0.087 0.566 0.326 0.324 0.027 0.892 0.148 0.155 0.055 0.057 0.036 0.697 0.324 0.541 1.903 0.241 0.144 0.125 0.031 0.070 0.233 0.132 0.084 1.084 0.028 0.279 0.042 0.109 0.289 0.046 0.040 0.134 1.107 2.442 0.292 0.351 0.079 0.142 0.128 0.112 0.103 0.090 0.566 0.740 0.407 0.711 0.695 0.799 3.702 1.255 nan nan 1.873 2.423 0.501 0.589 0.767 0.422 0.198 0.266 1.837 1.841 0.520 1.499 2.174 1.150 0.021 0.108 0.019 0.071 0.042 0.415 0.020 0.160 0.049 0.050 0.093 1.111 0.093 0.130 0.081 0.072 0.041 0.046 0.059 0.140 0.059 0.031 0.015 0.106 0.892 0.059 0.026 0.541 0.035 0.067 0.475 0.130 0.034 0.266 0.002 0.116 0.229 0.597 0.072 0.214 0.616 0.032 0.022 1395 chr19 13056421 13068825 + 0 NA intron (NM_001270363, intron 7 of 7) L2b|LINE|L2 5445 NM_052850 90480 Hs.515164 NM_052850 ENSG00000179271 GADD45GIP1 CKBBP2|CKbetaBP2|CRIF1|MRP-L59|PLINP|PLINP-1|PRG6|Plinp1 GADD45G interacting protein 1 protein-coding 4.148 1.955 7.228 2.173 1.364 2.757 1.320 1.716 0.957 1.748 1.134 0.339 0.643 1.929 1.840 1.428 0.921 2.587 2.523 0.859 0.589 1.658 0.643 1.794 nan 1.451 1.633 1.693 0.370 1.909 1.768 0.103 2.829 0.730 0.663 2.790 0.473 2.368 1.996 1.348 0.364 1.992 3.569 1.461 2.267 0.612 2.473 2.647 2.554 3.684 3.955 4.329 5.599 2.339 5.605 5.332 2.649 4.000 3.646 4.832 6.835 6.131 1.412 2.319 2.704 3.717 4.509 6.205 3.465 1.512 3.740 1.674 0.861 1.346 0.663 1.076 1.186 1.213 1.247 1.420 1.509 1.012 0.788 2.164 1.995 0.997 0.500 0.755 0.499 1.869 1.591 4.225 1.484 0.945 1.748 2.055 1.730 2.587 1.063 0.943 1.417 2.335 1.591 2.389 0.790 4.001 0.834 1.146 0.607 2.898 0.897 0.416 0.599 0.462 2405 chr7 11335572 11384082 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL 346328 NR_033435 9678 Hs.655688 NM_014660 ENSG00000106443 PHF14 - PHD finger protein 14 protein-coding nan 1.055 nan 0.174 0.079 0.252 0.148 0.135 0.094 0.211 0.142 0.077 0.004 0.066 0.035 0.026 0.032 0.232 0.251 0.182 0.008 0.102 0.020 0.161 0.169 0.092 0.155 0.470 0.039 0.079 0.050 0.150 0.181 0.012 0.042 0.135 0.011 0.059 0.210 0.020 0.007 0.156 0.102 0.097 0.117 0.078 nan 0.280 0.594 0.456 0.472 0.557 0.251 0.104 14.739 16.024 0.951 1.352 0.372 0.352 0.333 0.169 0.144 0.266 0.271 0.358 0.341 0.604 0.588 0.508 0.078 0.029 0.025 0.093 0.027 0.109 0.048 0.013 0.022 0.020 0.054 0.072 0.070 0.114 0.014 0.008 0.049 0.042 0.053 0.138 0.034 0.055 0.023 0.084 0.211 0.047 0.043 0.232 0.023 0.099 0.108 0.035 0.104 0.020 0.009 0.023 0.062 0.059 0.055 0.117 0.037 0.072 0.017 0.011 1075 chr16 67875020 67882626 + 0 NA TTS (NM_020457) TTS (NM_020457) -1812 NM_005796 10204 Hs.356630 NM_005796 ENSG00000102898 NUTF2 NTF-2|NTF2|PP15 nuclear transport factor 2 protein-coding nan nan 3.395 5.198 3.745 4.735 2.617 5.676 0.709 3.756 1.701 0.420 1.374 4.357 10.087 1.373 0.522 5.592 2.607 2.680 1.156 2.736 0.680 3.277 3.548 2.126 3.032 6.197 2.055 3.531 3.457 0.104 6.627 1.721 2.260 3.219 1.196 4.793 5.131 1.492 1.722 5.757 6.853 2.092 3.236 1.443 3.617 3.844 2.153 3.766 4.847 4.431 4.338 1.964 6.418 6.716 2.358 nan 4.337 7.832 5.021 5.236 1.605 3.281 1.705 1.962 3.679 5.029 2.694 1.311 2.231 2.079 2.590 3.055 2.616 2.918 2.805 2.902 3.856 3.674 5.523 0.452 1.696 7.304 6.295 3.450 1.624 1.593 0.828 3.220 5.080 5.727 2.535 3.936 3.756 4.751 4.289 5.592 0.672 3.127 1.147 5.756 3.169 1.738 1.921 2.492 1.845 2.104 1.001 1.727 2.094 1.081 2.062 1.143 2426 chr7 21207160 21213012 + 0 NA Intergenic Intergenic -257566 NM_001326543 6671 Hs.88013 NM_003112 ENSG00000105866 SP4 HF1B|SPR-1 Sp4 transcription factor protein-coding 0.956 0.833 0.900 0.586 0.136 0.325 0.082 0.106 0.253 0.114 0.055 0.034 0.127 0.032 0.398 0.279 0.456 0.304 0.056 0.021 0.127 0.004 0.185 0.314 0.138 0.100 0.959 0.621 0.081 0.126 0.067 0.020 0.095 0.100 0.046 0.591 0.019 0.068 0.209 0.328 0.119 0.200 0.071 0.478 0.243 0.264 nan 0.841 0.686 2.192 0.471 0.316 0.248 0.244 0.456 0.324 0.487 0.236 0.097 0.127 0.214 2.547 2.029 0.114 nan 0.800 0.581 0.061 0.072 0.047 0.050 0.576 0.057 0.018 0.051 0.064 0.762 0.151 0.095 0.010 0.013 0.026 1.917 3.606 0.211 0.056 0.033 0.011 0.046 0.253 0.107 0.063 0.456 0.003 0.071 0.051 0.050 0.012 0.007 0.054 0.097 2.365 0.022 0.026 0.097 0.039 800 chr13 74706415 74711375 + 0 NA promoter-TSS (NM_007249) promoter-TSS (NM_007249) -829 NM_007249 11278 Hs.373857 NM_007249 ENSG00000118922 KLF12 AP-2rep|AP2REP|HSPC122 Kruppel like factor 12 protein-coding nan 5.839 5.366 5.799 2.103 9.776 5.494 5.509 1.046 9.750 3.119 0.637 0.458 1.082 1.534 1.274 0.464 7.331 3.197 2.232 0.874 1.764 1.886 1.566 5.644 2.743 0.212 19.603 1.766 1.264 6.641 0.150 4.063 1.546 0.980 0.299 0.691 2.081 2.487 0.526 1.060 4.441 2.298 1.383 0.618 1.830 9.256 13.656 5.547 6.776 18.005 12.755 nan 4.136 4.824 4.484 0.767 0.996 3.750 6.668 nan 11.286 2.499 8.048 6.320 4.011 5.086 nan 1.058 0.837 5.813 2.514 0.096 2.295 1.623 9.696 1.429 1.618 1.845 1.443 1.262 1.905 10.831 8.345 2.641 1.481 0.032 3.189 1.856 5.794 4.267 3.300 1.639 0.066 9.750 1.367 0.505 7.331 0.173 0.249 2.137 3.674 1.864 2.979 0.871 1.344 1.281 1.968 4.757 2.396 5.216 0.438 1.861 0.975 2232 chr5 175959925 175974933 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -2083 NM_001171976 54825 Hs.4205 NM_017675 ENSG00000074276 CDHR2 PCDH24|PCLKC cadherin related family member 2 protein-coding 3.270 1.729 3.793 1.682 1.900 1.289 0.744 2.280 0.395 1.114 0.903 0.193 0.500 1.667 1.715 1.484 0.652 2.326 2.575 1.311 0.487 2.363 0.991 2.835 3.803 2.838 1.651 5.714 0.850 3.688 3.512 0.161 5.490 1.069 1.096 3.420 0.441 1.339 2.051 1.720 1.367 3.600 7.774 1.731 1.745 2.051 2.875 3.069 3.278 nan 3.478 2.841 3.479 1.387 3.685 3.542 2.350 nan 4.066 6.286 4.157 4.968 1.906 2.806 4.608 4.367 3.126 3.818 1.689 0.971 1.066 2.151 0.815 1.195 1.541 2.568 1.535 1.882 2.069 1.506 1.607 0.908 1.130 2.167 3.062 1.542 1.949 1.844 1.155 2.308 2.901 3.903 2.770 2.109 1.114 2.056 2.695 2.326 1.773 1.058 0.798 3.641 2.481 0.800 0.575 1.280 0.437 2.201 1.219 1.094 0.902 1.197 1.646 1.285 1365 chr18 77193812 77228600 + 0 NA intron (NM_172389, intron 5 of 9) CpG 50932 NM_172389 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T-cells 1 protein-coding nan nan 0.483 0.031 0.062 0.938 0.452 0.081 0.007 0.581 0.056 0.051 0.011 0.034 0.024 0.091 0.100 0.512 0.671 0.168 0.032 0.039 0.027 0.127 0.135 0.044 0.058 0.357 0.021 0.067 0.053 0.061 0.124 0.024 0.026 0.040 0.018 0.026 0.174 0.019 0.044 0.108 0.062 0.038 0.072 0.057 2.951 3.419 3.456 4.044 0.796 nan 0.691 0.273 0.563 0.568 0.068 0.165 0.157 nan 0.329 0.247 0.630 1.006 0.144 0.200 0.055 0.115 0.273 0.352 0.296 0.100 0.022 0.082 0.062 0.051 0.036 0.112 0.048 0.334 0.065 0.046 0.284 0.143 0.037 0.025 0.031 0.056 0.066 0.066 0.118 0.114 0.016 0.045 0.581 0.035 0.043 0.512 0.011 0.014 0.134 0.188 0.038 0.015 0.014 0.055 0.039 0.026 0.371 0.029 0.017 0.022 0.028 0.012 2432 chr7 27230101 27235783 + 0 NA Intergenic CpG 6783 NM_000522 3209 Hs.592172 NM_000522 ENSG00000106031 HOXA13 HOX1|HOX1J homeobox A13 protein-coding 1.499 1.127 1.263 0.165 0.214 0.185 0.124 0.068 0.022 0.220 0.244 0.084 0.148 0.033 0.020 0.101 0.168 0.297 0.539 0.022 0.474 6.583 0.971 0.200 0.276 0.550 0.052 0.093 0.179 0.138 0.253 0.084 0.135 0.194 0.316 0.339 0.379 0.020 0.029 0.360 0.118 0.122 0.067 0.146 0.788 0.692 0.569 nan 0.582 0.766 0.582 0.159 0.425 0.310 0.688 1.153 0.236 0.281 0.519 0.241 0.291 0.422 0.113 0.178 0.381 nan 0.557 0.400 0.166 0.064 0.034 0.960 0.017 0.115 0.073 0.936 0.353 0.104 0.153 0.034 0.055 0.117 0.021 0.014 0.053 0.029 0.065 0.193 0.086 0.074 0.190 0.282 0.220 0.189 0.147 0.168 0.086 0.123 0.052 0.155 0.113 0.013 0.044 0.069 0.019 0.021 0.067 0.262 0.108 0.033 1.047 0.795 1407 chr19 17344286 17372543 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2263 NM_005234 2063 Hs.466148 NM_005234 ENSG00000160113 NR2F6 EAR-2|EAR2|ERBAL2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 6 protein-coding 2.091 1.464 2.615 1.379 1.054 0.858 0.430 1.483 0.781 0.772 0.566 0.276 0.469 1.855 1.944 0.623 0.360 1.266 0.662 1.632 0.438 1.020 0.589 1.263 nan 2.061 2.220 1.224 0.569 1.246 1.371 0.097 1.218 0.205 0.451 1.394 0.264 0.502 0.847 0.789 0.440 1.574 1.986 0.651 3.207 0.684 0.912 1.684 0.838 1.316 1.856 1.683 2.793 0.690 1.641 1.475 0.775 1.264 3.759 4.550 1.406 1.216 0.508 0.860 1.027 0.792 3.574 9.993 1.597 1.056 1.188 1.070 1.248 0.783 0.957 0.663 1.037 1.297 1.231 1.317 1.414 0.228 0.360 1.028 1.468 0.785 1.604 0.445 0.347 0.567 3.071 2.247 1.120 1.124 0.772 1.531 1.158 1.266 0.916 1.760 0.261 2.533 0.931 0.552 0.109 1.190 0.415 0.486 0.410 3.082 0.088 0.328 0.224 0.122 496 chr11 46291861 46304516 + 0 NA Intergenic Intergenic -1001 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 2.053 1.092 0.737 0.319 0.605 0.291 1.847 0.020 0.465 0.467 0.092 0.524 0.599 0.070 0.137 0.143 0.302 0.333 2.655 0.176 0.124 0.224 1.457 10.332 4.643 2.506 1.240 0.300 0.116 0.607 0.132 0.479 0.253 0.215 2.718 1.670 3.676 0.362 0.869 0.045 0.277 0.159 0.356 0.319 0.511 0.610 0.934 0.282 0.388 0.867 0.780 1.246 0.313 0.384 0.346 0.457 0.946 1.225 0.921 0.530 0.309 0.708 0.682 0.599 0.896 0.332 nan 0.542 0.478 0.736 1.673 0.047 1.110 2.246 0.668 0.296 2.315 2.091 0.192 0.043 0.075 0.098 0.197 0.560 0.327 0.049 0.061 0.029 1.271 1.177 1.116 7.020 3.059 0.465 0.256 0.300 0.302 0.502 0.347 0.130 0.517 0.625 2.625 0.053 1.346 0.344 0.045 0.113 0.157 2.324 0.238 0.032 0.008 605 chr11 126867903 126875456 + 0 NA promoter-TSS (NM_001161707) promoter-TSS (NM_001161707) -913 NM_001301097 84623 Hs.376015 NM_032531 ENSG00000149571 KIRREL3 KIRRE|MRD4|NEPH2|PRO4502 kin of IRRE like 3 (Drosophila) protein-coding 0.674 2.931 0.863 1.156 0.046 2.293 1.101 0.083 0.030 3.664 0.019 0.021 0.055 0.186 0.578 0.284 1.569 0.376 0.106 0.377 0.118 0.055 0.087 0.057 0.064 0.038 12.128 0.006 0.212 0.086 0.100 0.160 0.251 0.031 0.048 0.245 0.131 0.173 0.122 0.175 0.256 0.582 0.038 0.049 0.744 0.585 0.416 0.472 3.655 3.656 4.904 1.054 0.116 0.110 0.157 0.291 1.645 2.106 1.213 1.355 0.918 1.426 4.218 2.614 0.322 nan 2.373 1.213 0.437 0.037 0.013 0.024 0.027 1.101 0.018 0.029 0.898 0.043 1.392 0.264 0.231 0.024 0.031 0.070 0.011 0.144 0.118 0.124 0.074 0.126 0.027 3.664 0.038 0.036 1.569 0.032 0.032 0.139 0.163 0.041 1.803 0.006 0.037 0.838 0.093 0.118 0.387 0.581 0.763 0.008 1779 chr20 62368459 62373813 + 0 NA promoter-TSS (NM_020062) promoter-TSS (NM_020062) -75 NM_020062 56731 Hs.435126 NM_020062 ENSG00000125520 SLC2A4RG GEF|HDBP-1|HDBP1|Si-1-2|Si-1-2-19 SLC2A4 regulator protein-coding 2.935 3.018 3.612 1.919 3.866 1.798 0.755 6.399 0.721 1.449 1.211 0.271 1.069 2.833 3.644 0.675 0.537 2.763 2.428 2.140 1.179 3.073 0.865 1.569 7.678 4.550 5.878 7.452 1.663 0.739 2.621 0.100 5.206 2.321 1.038 3.275 1.055 2.995 1.996 1.458 1.324 8.945 4.328 2.788 2.715 1.744 1.412 nan 1.595 2.272 2.866 2.071 2.063 0.876 5.958 5.793 2.203 3.211 2.663 3.581 1.585 1.849 1.216 2.564 0.846 0.584 1.595 2.643 0.932 0.499 3.231 1.442 3.405 0.639 1.003 5.512 1.062 0.820 1.147 1.635 3.782 0.215 1.613 6.559 2.694 1.461 1.299 0.831 0.572 3.207 5.610 5.013 2.501 2.355 1.449 2.236 3.234 2.763 2.468 1.170 1.168 9.793 2.503 1.858 1.339 1.636 1.109 0.323 1.300 0.487 2.779 0.402 0.753 0.412 2581 chr8 99075809 99098483 + 0 NA intron (NM_001170806, intron 1 of 1) L1MC3|LINE|L1 10396 NM_173549 203111 Hs.171455 NM_173549 ENSG00000177459 ERICH5 C8orf47 glutamate rich 5 protein-coding nan 0.915 1.279 2.474 0.060 0.966 0.464 0.170 0.014 0.197 0.158 0.171 0.107 0.281 0.105 0.381 0.408 0.876 0.161 0.281 0.049 0.109 0.148 0.103 0.295 0.149 0.094 1.423 0.069 0.141 0.147 0.104 0.260 0.031 0.107 0.256 0.076 0.176 0.278 0.091 0.044 0.158 0.454 0.098 0.468 0.115 0.220 0.178 0.297 nan 1.112 1.013 7.424 2.639 0.530 0.538 0.238 0.447 2.587 3.272 0.441 0.198 0.397 0.401 2.140 1.403 0.401 0.925 2.478 1.023 0.034 0.124 0.033 0.136 0.079 0.208 0.045 0.125 0.115 0.116 0.073 0.596 0.073 0.137 0.149 0.093 0.040 0.082 0.081 0.167 0.409 0.151 0.099 0.208 0.197 0.280 0.064 0.876 0.086 0.135 0.013 0.125 0.640 0.034 0.023 0.101 0.088 0.061 0.101 0.239 0.020 0.136 0.030 0.016 1568 chr2 68946373 68952369 + 0 NA Intergenic Intergenic -12542 NM_001007231 9938 Hs.531807 NM_014882 ENSG00000163219 ARHGAP25 HEL-S-308|KAIA0053 Rho GTPase activating protein 25 protein-coding 0.819 0.668 nan 0.073 0.096 0.186 0.166 0.066 0.337 0.077 0.251 0.229 0.074 0.077 0.125 0.152 0.210 0.198 0.041 0.066 0.052 0.452 0.752 0.191 0.069 0.714 0.578 0.018 0.071 0.176 0.106 0.059 0.076 0.164 0.026 0.044 0.297 0.201 0.114 0.618 0.154 0.057 0.100 0.170 0.251 0.116 0.643 0.434 0.390 0.477 nan 0.598 0.380 0.389 0.138 0.218 1.035 0.739 0.374 0.178 0.186 0.221 0.043 0.160 0.186 0.373 0.359 0.319 0.112 1.739 0.154 0.050 0.164 1.138 0.702 0.012 0.115 0.016 0.028 0.122 0.181 0.103 0.076 0.079 0.102 0.283 0.122 0.036 6.551 0.168 0.337 0.460 0.046 0.152 0.471 0.027 0.106 0.050 0.113 0.007 0.106 0.038 0.078 0.083 0.040 0.330 0.063 0.264 0.185 607 chr11 126973474 126978702 + 0 NA Intergenic Intergenic 39191 NR_120578 101929473 Hs.737523 NR_120578 ENSG00000255087 LOC101929473 - uncharacterized LOC101929473 ncRNA 1.057 4.185 2.174 4.658 0.111 9.608 4.803 0.017 7.088 0.005 0.031 0.021 0.037 0.536 0.289 8.867 1.792 0.083 0.047 0.067 0.040 0.111 0.076 0.075 0.082 11.739 0.029 0.065 0.085 0.085 0.229 0.023 0.042 0.089 0.060 0.052 0.197 0.021 0.016 0.270 0.024 0.013 0.112 0.110 1.776 2.300 0.157 0.390 13.047 12.102 9.861 2.432 0.158 0.116 0.184 0.353 10.526 10.076 3.319 3.350 2.420 4.241 6.284 4.672 0.378 nan 4.265 2.472 6.778 0.057 0.068 0.038 6.097 0.105 0.013 0.028 0.052 1.729 1.441 0.163 0.057 0.044 0.024 0.096 0.036 0.016 0.038 7.088 0.082 0.071 8.867 0.031 0.596 0.026 0.024 0.031 0.110 4.265 0.322 0.058 0.073 0.011 0.010 1807 chr21 37615653 37635971 + 0 NA intron (NM_005128, intron 22 of 36) AluSx|SINE|Alu -66675 NM_001320445 23515 Hs.421150 NM_015358 ENSG00000159256 MORC3 NXP2|ZCW5|ZCWCC3 MORC family CW-type zinc finger 3 protein-coding 1.092 0.702 1.486 0.095 0.205 0.299 0.222 0.089 0.125 0.240 0.214 0.140 0.177 0.275 0.062 0.131 0.110 0.206 0.268 0.185 0.043 0.273 0.104 0.158 0.334 0.131 0.194 0.620 0.101 0.189 0.118 0.082 0.279 0.151 0.075 0.300 0.125 0.293 0.244 0.156 0.043 0.211 0.351 0.103 0.137 0.082 1.937 1.951 2.045 1.274 0.447 0.499 0.313 0.135 7.996 8.476 0.419 0.710 0.471 0.498 1.571 1.100 0.839 1.708 0.163 0.216 0.612 1.249 nan 0.540 0.123 0.515 0.057 0.164 0.059 0.231 0.014 0.800 0.532 0.120 0.145 0.009 0.247 0.111 0.071 0.073 0.180 0.063 0.095 0.307 0.145 0.232 0.039 0.128 0.240 0.137 0.946 0.206 0.056 0.069 0.081 0.112 0.090 0.260 0.037 0.168 0.072 0.114 0.767 0.584 0.079 0.111 0.034 0.022 1699 chr20 303791 311334 + 0 NA 3' UTR (NM_006943, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_006943, exon 1 of 1) 1347 NM_006943 6666 Hs.43627 NM_006943 ENSG00000177732 SOX12 SOX22 SRY-box 12 protein-coding 5.514 4.555 3.596 5.243 2.248 3.746 1.923 7.071 1.258 3.922 1.201 0.170 1.027 2.686 2.711 1.616 0.842 3.267 3.344 2.111 0.607 1.502 1.142 0.642 3.411 2.589 0.662 11.850 1.128 2.113 4.080 0.107 4.085 1.111 0.837 3.728 1.220 5.221 1.418 1.836 1.330 4.586 2.760 2.045 2.066 1.325 5.540 7.193 2.500 3.568 4.747 3.087 7.529 2.262 8.770 9.319 3.464 5.047 7.749 9.968 7.963 10.450 2.264 5.156 4.953 3.032 6.625 7.121 1.640 0.660 2.921 0.849 1.570 1.814 2.178 7.624 6.530 1.744 2.358 4.044 3.900 1.247 2.128 5.395 3.483 1.674 1.148 1.848 1.044 2.271 7.382 6.008 2.043 2.810 3.922 4.131 3.245 3.267 0.747 1.782 1.642 6.324 4.545 1.997 0.529 3.119 0.515 0.745 3.121 3.018 2.313 1.416 2.184 1.079 42 chr1 11066855 11077456 + 0 NA promoter-TSS (NM_007375) promoter-TSS (NM_007375) -524 NM_007375 23435 Hs.300624 NM_007375 ENSG00000120948 TARDBP ALS10|TDP-43 TAR DNA binding protein protein-coding 2.459 1.713 nan 8.716 1.338 2.084 1.302 1.428 0.640 1.801 1.333 0.274 0.574 1.328 1.202 0.521 0.393 1.264 0.983 0.946 0.315 1.397 0.458 0.713 2.687 1.890 1.419 3.967 0.799 1.434 1.507 0.145 1.448 0.478 0.756 0.980 0.319 1.374 2.000 0.804 0.321 1.775 1.626 0.766 0.790 0.757 2.833 2.511 3.380 4.632 5.069 6.054 2.142 2.160 7.150 nan 1.948 nan 9.452 11.480 nan 3.357 2.602 2.778 1.293 1.860 4.044 2.766 2.046 0.927 1.824 0.858 0.638 0.808 1.082 1.160 0.797 0.839 1.056 1.148 1.014 0.251 0.360 1.349 0.984 0.457 0.557 0.503 0.284 1.426 0.920 1.778 0.425 0.846 1.801 1.834 1.300 1.264 0.715 0.882 0.531 1.806 0.872 0.975 0.719 0.853 0.566 0.801 0.344 0.771 0.615 0.489 0.619 0.467 759 chr12 122499944 122504577 + 0 NA intron (NR_135044, intron 1 of 3) MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 1064 NR_135044 100506691 Hs.536336 NR_135044 ENSG00000256546 LOC100506691 - uncharacterized LOC100506691 ncRNA 1.859 4.371 1.678 1.633 0.541 2.552 1.314 3.281 0.041 0.588 0.163 0.068 1.665 3.135 0.644 0.925 0.654 1.218 0.165 2.049 1.577 1.283 0.810 1.809 7.527 2.301 1.557 1.813 4.900 3.508 0.255 0.139 1.780 1.760 0.655 2.384 0.070 0.681 0.466 1.180 0.223 1.926 1.241 1.910 3.129 1.293 1.053 1.884 0.710 1.388 1.683 1.838 nan 0.860 0.651 0.606 1.635 2.247 9.619 10.931 6.962 7.517 1.898 2.992 6.322 7.213 0.932 2.139 5.993 3.055 3.868 3.971 0.124 3.469 3.232 2.605 0.030 2.285 1.801 1.713 3.740 2.093 0.308 0.395 0.534 0.287 2.381 0.068 0.132 0.777 3.724 2.548 0.836 1.912 0.588 2.149 2.038 1.218 0.625 1.131 0.354 0.539 4.236 0.248 0.298 3.604 2.412 1.433 2.614 2.142 1.385 0.553 0.044 0.022 2508 chr7 156791723 156816644 + 0 NA promoter-TSS (NM_005515) promoter-TSS (NM_005515) 632 NR_038835 645249 Hs.224879 NR_038835 ENSG00000243479 MNX1-AS1 CCAT5 MNX1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.777 0.878 nan 1.981 0.898 4.601 2.431 0.131 0.080 1.084 0.070 0.158 0.015 0.034 0.212 1.147 0.510 2.023 1.203 0.471 0.075 0.380 0.313 0.837 1.154 0.565 0.902 1.220 0.006 0.253 0.900 0.130 0.551 0.138 0.201 0.227 0.044 0.215 0.440 0.167 0.302 0.370 0.416 0.152 0.402 0.158 3.515 5.092 1.112 1.415 2.293 2.148 2.155 0.714 0.110 0.111 0.361 0.730 3.688 4.325 1.171 1.506 4.342 6.051 0.967 0.869 0.127 0.208 1.624 1.011 1.626 0.161 0.077 0.103 2.081 1.555 0.211 0.259 0.148 0.388 0.160 0.160 0.697 1.306 0.346 0.237 0.074 0.995 0.772 0.252 1.248 0.660 1.045 1.312 1.084 0.052 0.126 2.023 0.298 0.187 0.259 1.187 0.485 0.016 0.017 0.095 0.054 0.075 2.700 0.049 0.092 0.088 0.414 0.233 1228 chr17 49229760 49236614 + 0 NA intron (NM_001018136, intron 2 of 7) intron (NM_001018136, intron 2 of 7) 2267 NM_000269 4830 Hs.463456 NM_000269 ENSG00000239672 NME1 AWD|GAAD|NB|NBS|NDKA|NDPK-A|NDPKA|NM23|NM23-H1 NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 1 protein-coding 3.885 1.644 nan 1.814 2.983 1.861 1.066 2.239 1.736 1.394 1.193 0.117 0.926 1.955 1.029 1.227 0.893 1.828 1.616 1.407 0.560 1.473 0.547 1.386 nan 2.137 1.259 2.481 1.183 1.486 2.479 0.132 3.658 1.113 0.711 2.284 0.572 2.059 2.210 1.889 1.126 3.009 4.142 1.536 1.877 0.811 3.101 3.067 2.131 2.873 4.063 nan 3.885 1.403 7.046 7.411 2.621 3.806 5.154 nan 9.415 10.724 2.121 4.003 3.707 3.370 4.056 6.954 2.661 1.769 0.826 2.457 0.602 1.935 0.313 1.285 0.683 1.614 1.369 1.017 3.118 0.415 1.191 2.110 1.212 0.657 0.699 0.728 0.775 2.554 2.021 3.000 1.803 1.008 1.394 2.554 2.013 1.828 0.850 1.036 1.246 2.647 1.356 0.795 0.799 1.569 0.923 1.376 1.027 1.936 0.715 0.753 0.922 0.698 235 chr1 161122628 161130321 + 0 NA intron (NM_016406, intron 1 of 5) AluSx|SINE|Alu -2780 NM_001319847 27005 Hs.8015 NM_012475 ENSG00000143258 USP21 USP16|USP23 ubiquitin specific peptidase 21 protein-coding 5.352 nan 4.464 3.790 2.780 3.990 2.282 2.621 0.732 4.767 2.313 0.399 1.231 2.753 5.261 2.894 1.396 4.502 2.666 2.724 0.515 1.996 1.272 1.069 5.377 3.055 2.665 7.735 1.740 2.616 3.342 0.193 4.213 2.720 1.002 1.598 0.622 3.199 4.734 2.077 0.675 3.552 6.106 1.722 2.519 1.890 6.269 6.277 6.064 8.862 7.704 nan 8.123 5.502 7.501 7.636 4.879 5.942 7.164 nan 5.451 4.873 7.899 8.981 6.062 6.053 6.803 6.303 3.646 2.251 2.718 2.576 0.795 1.952 4.124 4.720 1.458 2.368 2.016 1.519 3.924 0.808 1.506 2.998 2.216 1.407 1.118 1.121 1.205 1.699 3.045 2.654 1.609 2.598 4.767 3.090 2.855 4.502 2.389 1.949 1.022 6.661 2.519 1.630 0.493 3.167 0.983 1.805 2.612 1.683 1.384 1.482 1.251 0.880 1073 chr16 67558201 67565076 + 0 NA intron (NR_104656, intron 1 of 1) AluY|SINE|Alu 1010 NR_104656 100505942 Hs.121233 NR_104656 LOC100505942 - uncharacterized LOC100505942 ncRNA nan nan 3.118 1.673 3.273 1.232 0.702 3.277 0.072 2.054 1.217 0.190 0.334 1.767 1.339 0.800 0.380 2.512 0.988 1.652 3.512 0.948 1.052 1.459 0.896 0.706 1.005 2.737 0.981 0.715 1.782 0.062 1.703 0.923 1.309 1.789 2.021 6.159 1.460 0.397 0.271 1.507 1.579 1.335 1.563 0.714 2.137 2.879 0.526 0.820 2.190 2.417 3.457 1.018 1.310 1.445 1.129 nan 1.826 2.844 1.818 1.936 0.901 1.393 0.984 1.115 2.116 2.978 0.580 0.726 0.553 0.782 2.181 2.144 1.719 0.591 0.607 1.758 1.700 1.331 2.551 0.111 0.320 3.402 2.155 1.510 0.568 0.580 0.629 0.744 3.252 3.393 2.412 2.304 2.054 1.802 2.983 2.512 0.801 1.184 0.351 2.074 2.262 2.837 0.946 1.707 6.296 0.134 0.463 0.704 1.515 1.358 4.012 2.214 2291 chr6 35435057 35476736 + 0 NA intron (NM_003214, intron 1 of 12) intron (NM_003214, intron 1 of 12) 8965 NM_003214 7005 Hs.485205 NM_003214 ENSG00000007866 TEAD3 DTEF-1|ETFR-1|TEAD-3|TEAD5|TEF-5|TEF5 TEA domain transcription factor 3 protein-coding nan 1.554 nan 1.421 1.562 0.764 0.388 1.187 1.217 1.494 0.898 0.262 0.465 1.794 0.452 0.282 0.168 2.490 0.434 0.808 0.386 1.189 0.349 0.652 4.642 2.429 1.461 1.699 0.864 0.303 0.816 0.104 1.615 0.338 0.419 0.758 0.406 1.104 0.999 0.739 0.742 2.098 2.408 0.977 1.725 0.504 2.152 2.723 1.583 nan nan 1.381 1.546 0.755 2.649 2.788 1.217 1.790 5.146 6.315 2.101 2.078 1.694 2.771 0.636 0.538 2.329 3.258 0.678 0.558 1.412 2.128 0.939 0.782 0.266 0.395 0.549 0.544 0.460 0.434 0.578 0.110 0.361 0.685 1.214 0.696 0.846 0.418 0.314 0.795 0.661 1.489 0.541 1.434 1.494 2.764 0.765 2.490 0.894 0.940 0.699 1.640 0.586 1.215 0.489 0.704 0.521 0.160 1.269 1.559 0.354 1.156 0.595 0.378 2591 chr8 109983660 109991947 + 0 NA Intergenic Intergenic -111850 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding 0.996 nan nan 0.124 0.078 0.266 0.232 0.084 0.008 0.266 0.097 0.078 0.102 0.046 0.057 0.059 0.030 0.147 0.167 0.057 0.063 0.060 0.190 0.069 0.066 0.821 0.053 0.065 0.052 0.089 0.087 0.028 0.037 0.111 0.019 0.083 0.302 0.039 0.136 0.215 0.017 0.107 0.114 0.248 0.253 0.160 0.334 0.411 0.430 10.281 3.275 0.665 0.549 0.410 nan 0.608 nan nan 0.358 0.089 0.206 0.326 0.328 0.595 nan 0.391 0.464 0.054 0.146 0.046 0.033 0.025 0.164 0.017 0.017 0.018 0.051 0.046 0.067 0.037 0.019 0.019 0.067 0.167 0.146 0.079 0.051 0.010 0.056 0.266 0.052 0.034 0.030 0.029 0.070 0.012 0.024 0.012 0.015 0.029 0.094 0.176 0.024 0.119 0.058 0.021 0.025 2187 chr5 134442117 134479322 + 0 NA intron (NM_001277348, intron 2 of 5) intron (NM_001277348, intron 2 of 5) -84982 NR_105050 101927953 Hs.436898 NR_105049 ENSG00000249082 C5orf66-AS1 CTC-276P9.1|Epist C5orf66 antisense RNA 1 ncRNA 0.957 1.190 nan 0.309 0.167 0.710 0.487 0.321 0.019 0.155 0.091 0.104 0.498 0.636 0.021 0.118 0.062 0.270 0.269 0.908 0.246 0.595 0.408 0.270 6.463 2.002 0.184 1.421 0.634 0.239 0.076 0.102 0.907 0.142 0.506 0.568 0.123 0.176 0.344 1.611 0.696 1.314 0.259 0.439 1.045 0.160 0.522 0.723 0.321 0.355 0.346 0.450 0.549 0.224 0.328 0.387 0.209 0.436 0.933 0.593 0.446 0.417 0.219 0.236 0.185 0.193 0.393 0.742 0.326 0.299 0.698 2.033 0.056 0.347 0.496 0.124 0.026 1.866 1.242 0.063 0.785 0.021 0.039 0.082 0.174 0.069 0.335 0.094 0.077 0.497 0.762 0.068 0.161 2.847 0.155 0.195 0.174 0.270 1.157 0.238 0.068 0.084 0.607 0.503 0.604 0.358 0.458 0.261 0.044 0.337 0.451 0.146 0.093 0.123 1931 chr3 114798441 114821467 + 0 NA intron (NM_015642, intron 1 of 9) intron (NM_015642, intron 1 of 9) -9316 NR_046877 100874131 NR_046877 ENSG00000242767 ZBTB20-AS4 - ZBTB20 antisense RNA 4 ncRNA 1.325 nan 1.287 0.318 0.075 1.945 1.086 0.106 0.021 0.353 0.580 0.151 0.016 0.079 0.038 0.857 0.618 1.339 0.184 0.207 0.038 0.104 0.032 0.267 0.140 0.056 0.058 0.419 0.043 0.088 0.160 0.102 0.398 0.098 0.042 0.076 0.014 0.087 0.113 0.057 0.014 0.102 0.194 0.058 0.055 0.143 0.583 0.788 1.456 2.169 1.316 nan 4.014 1.487 0.405 0.394 nan 7.302 0.628 0.760 1.337 0.647 0.392 0.482 1.104 1.134 0.577 1.224 1.445 0.846 0.824 0.130 0.004 0.168 0.244 0.111 0.030 0.141 0.054 0.157 0.047 0.190 0.031 0.052 0.013 0.027 0.040 0.067 0.131 0.116 0.166 0.068 0.123 0.072 0.353 0.037 0.050 1.339 0.030 0.046 0.053 0.054 0.374 0.050 0.036 0.048 0.053 0.085 0.193 0.445 0.023 0.127 0.023 0.013 694 chr12 53684354 53695063 + 0 NA exon (NM_002624, exon 2 of 6) exon (NM_002624, exon 2 of 6) 473 NM_002624 5204 Hs.655327 NM_002624 ENSG00000123349 PFDN5 MM-1|MM1|PFD5 prefoldin subunit 5 protein-coding nan 1.769 1.164 2.656 0.828 1.703 1.150 2.046 0.382 1.264 0.613 0.119 0.355 0.990 2.297 2.239 1.204 2.963 0.601 0.857 1.354 0.948 0.492 1.079 2.186 1.705 0.974 4.154 0.711 1.644 1.331 0.122 1.810 0.786 0.940 1.345 0.278 1.059 1.152 0.990 0.427 2.012 2.766 2.052 1.741 0.963 nan 3.218 1.605 2.832 4.112 nan 4.910 1.501 2.370 2.857 1.630 nan 5.289 nan 1.758 1.402 1.387 1.913 1.512 1.782 1.725 2.152 4.466 2.405 1.733 1.590 0.526 1.193 1.744 2.867 0.713 1.271 1.167 1.021 2.234 0.259 0.443 2.109 1.498 0.968 0.574 0.487 0.557 0.581 1.752 2.644 1.242 1.194 1.264 1.099 1.702 2.963 0.765 0.971 0.498 2.656 1.409 0.838 0.322 1.995 2.983 0.767 0.424 0.404 0.598 0.466 0.930 0.474 816 chr13 108866249 108880403 + 0 NA intron (NM_032859, intron 1 of 1) intron (NM_032859, intron 1 of 1) 2563 NM_032859 84945 Hs.183528 NM_032859 ENSG00000139826 ABHD13 BEM46L1|C13orf6|bA153I24.2 abhydrolase domain containing 13 protein-coding 1.690 1.908 1.629 1.498 0.452 1.458 0.935 1.227 0.265 2.045 0.737 0.136 0.670 2.040 0.150 0.662 0.359 2.284 0.693 1.350 0.456 0.466 0.374 0.524 2.205 1.641 0.583 3.625 0.321 0.552 0.795 0.095 1.156 0.325 0.306 0.983 0.316 1.253 1.082 0.644 0.211 1.718 1.203 0.812 1.418 0.464 3.603 3.744 1.939 2.640 3.684 3.254 5.690 4.268 2.081 2.044 0.552 nan 2.883 3.996 2.418 2.241 1.315 2.280 2.146 1.953 2.574 nan 0.692 0.461 1.294 0.740 0.175 0.561 0.390 2.302 0.363 0.735 0.508 0.476 0.879 0.330 1.405 2.354 1.125 0.574 0.217 0.349 0.205 0.592 0.753 0.825 0.722 0.462 2.045 2.336 0.964 2.284 0.434 0.746 0.267 0.900 1.977 0.364 0.195 0.592 0.527 0.276 0.502 1.076 0.580 0.482 0.323 0.195 1103 chr16 90084293 90090357 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288708) promoter-TSS (NM_001288708) -786 NM_001288709 79007 Hs.301394 NM_024043 ENSG00000003249 DBNDD1 - dysbindin domain containing 1 protein-coding nan nan nan 6.095 3.222 6.322 3.728 4.027 0.388 9.358 0.814 0.106 1.241 4.610 2.987 1.318 0.813 8.497 3.228 3.176 0.653 4.907 1.078 1.423 3.676 1.550 3.266 7.178 1.978 2.065 0.767 0.069 2.863 0.780 1.487 1.833 1.164 4.130 2.225 2.063 1.551 3.565 3.780 1.194 2.742 1.236 nan 4.370 3.721 5.527 5.817 5.174 6.615 1.960 nan 4.707 2.632 nan 2.956 5.576 nan 3.834 2.340 5.642 4.437 7.114 3.894 4.276 nan 1.774 2.576 2.547 1.161 2.395 3.862 3.266 2.152 2.722 2.140 2.027 3.936 1.838 1.393 4.723 3.327 2.588 1.638 1.127 0.921 1.109 3.959 7.016 3.091 3.705 9.358 5.935 5.536 8.497 1.817 1.948 1.508 4.750 4.486 0.311 0.248 1.651 0.846 0.975 2.219 0.939 1.474 1.528 0.969 0.590 2244 chr6 5554529 5570431 + 0 NA intron (NM_006567, intron 5 of 6) intron (NM_006567, intron 5 of 6) -104172 NR_125846 101927972 Hs.668417 NR_125846 ENSG00000269985 LOC101927972 - uncharacterized LOC101927972 ncRNA 1.380 0.979 1.277 0.160 0.050 0.234 0.151 0.065 0.074 0.124 0.324 0.131 0.180 0.308 0.020 0.068 0.083 0.368 0.148 0.313 0.016 0.077 0.157 0.115 0.826 0.213 0.292 0.102 0.193 0.087 0.099 0.133 0.155 0.052 0.081 0.143 0.005 0.047 0.258 0.083 0.005 0.070 0.159 0.114 0.109 0.100 0.328 0.300 0.682 0.714 0.354 0.374 0.268 0.079 0.334 0.279 0.551 0.741 0.257 0.222 1.062 0.826 0.128 0.198 0.097 0.119 2.179 6.356 0.664 0.470 0.038 0.350 0.073 0.140 0.032 0.055 0.061 0.221 0.043 0.023 0.047 0.042 0.060 0.077 0.019 0.024 0.065 0.014 0.039 0.169 0.041 0.146 0.010 0.143 0.124 0.153 0.128 0.368 0.031 0.141 0.048 0.066 0.134 0.021 0.008 0.096 0.084 0.023 0.050 1.351 0.038 0.172 0.004 0.006 296 chr1 212683685 212704465 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -24961 NR_125985 101929565 NR_125985 ENSG00000228067 LINC01740 - long intergenic non-protein coding RNA 1740 ncRNA 1.738 1.758 2.357 0.282 0.149 0.553 0.387 0.119 0.009 0.402 0.248 0.070 0.137 0.189 0.037 0.293 0.201 0.270 0.431 0.202 0.036 0.085 0.040 0.058 0.706 0.124 0.074 nan 0.119 0.108 0.062 0.132 0.231 0.017 0.058 0.116 0.157 0.330 0.183 0.136 0.020 0.141 0.172 0.301 0.241 0.145 0.430 0.333 0.622 1.272 0.607 0.648 nan 0.279 0.375 0.503 0.341 nan 0.423 0.464 2.110 2.335 0.135 0.166 0.410 0.749 1.574 5.140 0.564 0.588 0.302 0.210 0.258 0.425 0.043 0.043 0.020 0.096 0.024 0.198 0.112 0.028 0.118 0.173 0.174 0.131 0.074 0.030 0.059 0.156 0.310 0.126 0.072 0.148 0.402 0.318 0.025 0.270 0.101 0.095 0.444 0.131 0.123 0.111 0.028 0.227 0.070 0.033 0.033 1.768 0.080 0.109 0.080 0.024 265 chr1 182807310 182812469 + 0 NA intron (NR_033302, intron 1 of 28) MIRb|SINE|MIR 1450 NR_033302 1660 Hs.191518 NM_001357 ENSG00000135829 DHX9 DDX9|LKP|NDH2|NDHII|RHA DExH-box helicase 9 protein-coding nan 4.388 5.194 3.222 3.060 4.685 2.423 2.796 0.961 3.283 2.275 0.560 1.223 4.206 1.786 3.036 1.575 3.761 1.937 2.667 0.672 2.725 1.145 1.116 3.823 2.021 2.297 7.830 1.159 2.756 3.462 0.189 3.148 0.752 1.519 2.067 0.335 2.309 2.904 2.234 1.016 3.883 6.295 2.046 2.425 1.489 7.619 6.685 8.649 12.112 8.724 nan 7.730 3.774 nan 11.602 4.125 5.581 5.831 9.378 6.830 7.078 7.857 12.777 7.625 10.011 7.819 8.419 3.685 2.066 2.646 1.728 1.075 2.032 0.353 4.173 1.531 2.088 2.205 1.455 3.782 1.759 2.697 2.548 2.584 1.223 0.979 1.541 1.429 2.595 2.114 2.246 1.451 1.469 3.283 3.964 2.634 3.761 1.229 1.187 0.716 3.062 1.552 1.262 0.628 1.182 0.668 1.912 3.578 2.591 0.919 1.570 1.540 0.779 1062 chr16 54954857 54973551 + 0 NA promoter-TSS (NM_001252197) promoter-TSS (NM_001252197) -907 NM_001252197 10265 Hs.435730 NM_005853 ENSG00000176842 IRX5 HMMS|IRX-2a|IRXB2 iroquois homeobox 5 protein-coding nan nan nan 2.349 0.726 1.088 0.583 1.959 0.231 2.937 0.824 0.068 0.010 0.113 0.290 0.117 0.048 1.687 0.928 2.607 0.119 3.462 0.441 1.185 1.872 1.107 3.339 4.993 0.842 1.447 1.124 0.089 2.985 2.293 0.200 1.614 0.469 2.380 1.134 3.432 0.410 0.902 2.986 0.385 0.866 1.906 0.810 0.795 0.743 1.090 3.300 2.155 3.248 1.496 3.219 2.991 0.928 nan nan nan nan 0.633 0.207 0.232 0.782 0.941 0.374 nan nan 0.543 1.363 0.186 2.486 0.626 0.942 0.945 0.681 4.059 5.227 0.508 0.561 0.183 1.275 1.795 1.506 0.784 0.259 0.605 0.394 0.147 1.520 1.368 3.752 3.503 2.937 0.206 1.447 1.687 0.052 0.691 0.369 1.791 0.903 1.540 0.366 4.033 0.165 0.547 0.074 0.033 3.621 1.063 0.453 0.304 171 chr1 150846125 150853060 + 0 NA promoter-TSS (NM_178427) promoter-TSS (NM_178427) -348 NM_001668 405 Hs.632446 NM_001668 ENSG00000143437 ARNT HIF-1-beta|HIF-1beta|HIF1-beta|HIF1B|HIF1BETA|TANGO|bHLHe2 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator protein-coding nan nan 3.303 1.099 1.311 1.307 0.923 2.406 0.872 1.743 2.100 0.556 0.879 1.697 2.030 1.378 0.868 2.261 1.030 1.372 0.553 1.151 0.488 0.707 11.804 8.749 1.337 8.009 0.861 1.488 3.374 0.209 2.172 1.694 0.860 1.191 0.586 2.660 1.972 1.124 0.254 1.850 3.337 1.101 1.225 1.124 1.526 1.936 2.087 3.270 3.875 nan 3.382 1.218 3.368 3.244 2.372 2.864 2.635 3.107 2.420 2.222 1.951 3.971 2.293 1.981 2.448 4.259 1.412 0.923 1.019 1.359 0.878 1.679 0.805 3.379 1.497 1.742 1.479 1.766 2.200 0.496 0.809 2.015 1.836 1.046 0.367 1.778 1.767 1.380 2.291 2.451 4.562 3.545 1.743 1.897 1.325 2.261 1.008 1.768 0.660 3.217 2.000 0.971 0.107 2.054 0.787 0.786 1.870 1.068 0.587 0.342 0.975 0.682 1700 chr20 326487 366315 + 0 NA Intergenic Intergenic -14872 NM_021158 57761 Hs.516826 NM_021158 ENSG00000101255 TRIB3 C20orf97|NIPK|SINK|SKIP3|TRB3 tribbles pseudokinase 3 protein-coding 1.827 2.302 1.522 1.742 0.664 2.262 1.168 2.172 0.337 1.148 1.391 0.246 0.447 1.317 0.785 0.600 0.312 1.182 3.501 3.246 0.345 0.367 1.032 0.257 10.556 5.988 2.320 3.397 0.959 1.098 1.380 0.104 2.029 0.398 0.548 1.524 0.426 0.978 0.937 0.907 1.482 2.402 2.007 0.688 2.124 0.642 2.300 3.542 1.010 1.336 1.591 1.504 3.015 0.936 2.956 2.920 1.075 1.557 2.009 2.197 2.572 2.689 2.710 3.107 0.863 1.273 1.315 3.518 0.571 0.370 1.026 1.026 1.267 1.423 0.606 2.372 3.712 1.320 1.274 0.639 4.983 0.255 1.327 1.080 0.727 0.394 0.792 0.302 0.226 0.725 3.800 1.414 2.595 3.954 1.148 1.548 0.851 1.182 1.766 3.504 0.864 1.077 2.215 0.502 0.429 1.766 0.635 0.190 1.287 0.897 0.477 1.369 0.651 0.279 2609 chr8 141466130 141478177 + 0 NA Intergenic Intergenic -3475 NM_031466 83696 Hs.654911 NM_031466 ENSG00000167632 TRAPPC9 IBP|IKBKBBP|MRT13|NIBP|T1|TRS120 trafficking protein particle complex 9 protein-coding 4.292 3.014 nan 4.212 2.340 5.245 2.731 1.919 0.954 1.996 1.012 0.281 0.584 1.178 2.402 1.190 0.373 4.640 3.776 1.050 0.349 1.207 0.884 0.643 5.013 2.443 1.102 8.058 1.416 1.415 1.135 0.094 2.745 0.784 1.010 2.098 0.407 1.490 1.316 1.595 0.489 1.954 2.842 0.670 1.220 0.802 2.907 3.186 2.233 3.689 nan 7.770 nan 3.794 6.434 6.876 2.128 2.811 4.858 6.896 4.051 4.037 1.856 2.841 4.404 4.628 2.054 2.606 3.454 1.695 4.353 1.468 0.847 1.413 2.066 4.164 2.361 0.622 0.599 1.266 2.249 0.725 1.030 2.584 1.490 0.771 0.328 1.092 0.834 1.596 2.987 3.226 2.108 1.715 1.996 3.246 1.008 4.640 0.813 2.561 1.224 3.601 3.483 0.540 1.086 0.503 0.433 0.754 1.035 0.719 0.557 0.503 0.512 0.371 445 chr11 736107 750026 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -4366 NM_006755 6888 Hs.438678 NM_006755 ENSG00000177156 TALDO1 TAL|TAL-H|TALDOR|TALH transaldolase 1 protein-coding 1.294 1.758 1.862 0.714 1.468 1.092 0.482 2.308 2.342 0.837 0.630 0.302 0.600 1.689 0.805 0.753 0.416 2.028 0.733 3.171 0.222 1.232 0.729 1.412 2.618 1.538 1.576 2.096 0.368 1.723 0.530 0.066 0.921 0.357 1.657 1.595 0.301 0.946 3.436 0.816 0.546 3.376 3.092 0.872 2.527 0.562 4.834 5.752 1.698 2.665 2.272 2.509 2.117 0.747 2.753 2.755 1.006 1.550 1.585 2.820 1.245 1.084 1.712 2.789 0.729 0.965 0.667 1.068 1.034 0.654 0.382 2.122 0.452 1.299 0.232 1.115 0.335 1.435 1.955 0.694 2.397 0.226 0.320 1.509 1.835 0.863 0.430 0.790 0.673 2.476 1.996 0.823 0.933 1.471 0.837 1.944 1.316 2.028 1.013 2.334 0.183 1.143 0.658 0.462 0.764 0.596 0.223 0.663 0.612 0.321 0.629 0.624 0.244 0.120 2131 chr5 49961412 49966691 + 0 NA intron (NM_001331028, intron 2 of 25) intron (NM_001331028, intron 2 of 25) 671 NM_001331028 79668 Hs.369581 NM_024615 ENSG00000151883 PARP8 ARTD16|pART16 poly(ADP-ribose) polymerase family member 8 protein-coding 2.287 7.535 2.105 0.603 4.968 0.416 0.397 2.593 2.127 2.671 0.723 0.245 0.790 2.490 3.090 2.043 0.864 1.956 2.460 2.378 1.173 3.461 2.458 2.232 10.896 7.830 7.690 14.292 2.103 2.471 7.300 0.188 3.680 2.051 0.588 2.704 0.695 2.851 1.569 3.599 1.413 4.761 1.127 5.646 1.963 1.773 1.594 2.459 6.925 9.797 6.126 5.196 10.656 4.772 7.992 7.163 0.165 0.356 1.816 3.851 3.188 4.843 8.896 13.349 0.733 0.724 0.385 0.454 2.395 1.667 4.440 3.659 0.123 6.193 2.204 10.413 3.994 2.585 2.395 2.583 1.455 0.484 1.116 2.076 5.163 2.481 1.123 1.986 1.834 3.563 1.141 4.374 2.378 3.894 2.671 4.245 3.289 1.956 2.682 3.151 3.087 3.386 1.438 1.648 1.077 0.987 1.941 6.274 0.583 0.930 0.985 0.262 0.096 2687 chr9 109621440 109633749 + 0 NA intron (NM_021224, intron 1 of 12) intron (NM_021224, intron 1 of 12) 2216 NM_021224 58499 Hs.370379 NM_021224 ENSG00000148143 ZNF462 Zfp462 zinc finger protein 462 protein-coding 3.323 1.966 2.026 2.729 1.374 2.375 1.425 2.685 0.389 2.778 2.168 0.183 0.804 1.522 0.989 1.426 0.870 2.693 0.468 0.905 0.704 3.916 1.102 1.731 2.584 1.531 1.153 8.185 1.212 2.507 0.758 0.055 3.315 1.201 0.570 3.299 0.863 2.669 1.502 1.575 2.213 2.778 4.468 1.249 0.251 1.021 0.213 0.227 1.830 3.503 8.056 6.578 1.650 0.511 0.684 0.648 1.951 2.733 2.440 nan 6.790 7.969 0.964 2.104 2.856 2.333 2.878 3.936 nan 1.392 1.534 3.595 1.533 1.491 0.754 1.702 1.936 1.930 0.877 1.799 1.024 1.063 2.066 4.551 1.827 1.507 1.819 2.208 2.756 1.115 2.776 0.249 0.177 2.778 1.231 0.075 2.693 0.317 0.234 1.629 2.375 0.919 1.840 0.338 1.336 1.223 2.128 0.724 1.445 2.385 0.933 1.446 0.806 1339 chr18 52980024 52995103 + 0 NA intron (NM_001243228, intron 8 of 19) intron (NM_001243228, intron 8 of 19) 1527 NM_001243235 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 1.867 1.301 0.245 0.058 1.833 0.913 0.130 0.015 0.483 2.063 0.106 0.012 0.043 0.017 1.038 0.769 0.889 2.075 0.339 0.049 0.027 0.353 0.046 0.043 0.038 0.364 0.058 1.891 1.519 0.063 0.117 0.047 0.554 0.034 0.041 0.117 0.007 0.033 2.081 0.122 0.311 0.253 0.050 2.968 3.000 4.535 5.279 5.249 4.990 2.037 0.780 1.419 1.496 2.613 3.138 1.050 1.026 10.404 10.980 0.872 1.424 5.899 6.671 2.815 3.068 7.507 3.500 0.265 0.019 0.006 0.547 0.070 0.387 0.018 0.430 0.268 0.005 0.078 1.420 3.526 0.030 0.005 0.010 0.222 0.267 0.449 0.059 0.008 0.201 0.017 0.483 0.057 0.889 0.005 1.028 0.038 1.045 0.076 0.006 0.016 0.037 2.528 0.746 1.371 0.101 0.056 0.011 0.013 2338 chr6 99271161 99296397 + 0 NA exon (NM_005604, exon 1 of 1) exon (NM_005604, exon 1 of 1) 1199 NM_005604 5454 Hs.182505 NM_005604 ENSG00000184486 POU3F2 BRN2|N-Oct3|OCT7|OTF-7|OTF7|POUF3|brn-2|oct-7 POU class 3 homeobox 2 protein-coding nan 1.871 nan 3.286 0.053 4.402 2.339 0.037 0.046 1.278 0.121 0.057 0.045 0.120 0.013 1.115 0.776 1.708 0.608 0.211 0.072 0.126 0.046 0.088 0.720 0.354 0.281 6.805 0.069 8.058 0.137 0.098 0.114 0.206 0.108 0.202 0.047 2.965 0.126 0.022 0.013 0.202 0.160 0.783 0.069 0.199 1.395 2.072 0.994 1.199 2.114 1.400 nan 1.139 0.931 0.925 1.154 nan 1.484 2.690 nan 2.445 0.901 2.410 0.918 0.596 0.667 1.072 1.113 0.698 0.403 0.075 0.008 0.041 0.406 2.347 0.143 0.088 0.032 0.020 0.042 0.147 0.245 0.190 0.174 0.110 0.034 3.418 3.194 0.152 0.066 1.398 0.163 0.034 1.278 0.092 0.029 1.708 0.017 0.026 0.019 0.293 1.079 0.597 0.012 0.050 0.050 5.734 0.932 0.480 0.102 0.030 0.073 0.055 2012 chr3 189644591 189680775 + 0 NA Intergenic Intergenic 114972 NR_030642 100126340 NR_030642 ENSG00000216058 MIR944 MIRN944|hsa-mir-944|mir-944 microRNA 944 ncRNA 1.233 1.213 1.093 0.124 0.763 1.405 0.726 0.141 0.087 0.219 0.399 0.164 0.985 1.512 1.181 0.229 0.184 0.198 0.375 0.939 0.137 2.109 1.456 0.596 4.378 2.436 1.469 0.602 1.389 0.284 0.036 0.081 nan 0.232 0.068 0.621 0.607 0.826 5.028 2.192 3.529 1.612 11.109 0.133 1.254 0.296 0.329 0.177 0.618 1.638 0.306 0.427 3.987 1.230 0.414 0.422 0.185 0.334 0.765 1.089 0.824 0.403 0.140 0.234 1.891 2.846 0.357 0.657 0.812 0.681 0.029 2.012 0.754 0.679 0.031 0.074 0.023 1.940 0.736 0.041 1.761 0.653 0.443 2.666 0.122 0.124 2.183 0.112 0.227 0.747 0.482 0.396 0.221 1.565 0.219 1.604 0.942 0.198 0.782 0.551 0.049 1.050 0.034 0.360 0.586 1.478 0.312 0.221 0.035 0.120 0.196 0.928 0.024 0.020 582 chr11 101978739 101993324 + 0 NA intron (NM_001282100, intron 2 of 7) intron (NM_001282100, intron 2 of 7) 2860 NM_001195045 10413 Hs.503692 NM_006106 ENSG00000137693 YAP1 COB1|YAP|YAP2|YAP65|YKI Yes associated protein 1 protein-coding 0.543 0.759 1.222 0.123 2.015 0.145 0.132 3.536 4.834 0.351 1.341 0.177 0.833 2.706 4.224 0.096 0.141 0.115 0.172 3.202 1.180 3.413 1.332 2.142 5.272 4.020 4.983 4.576 1.445 1.515 5.226 0.150 2.619 1.761 2.919 4.662 0.594 2.704 2.336 2.193 0.934 4.714 3.245 1.812 5.662 2.206 0.273 0.188 1.316 3.110 0.515 0.478 0.116 0.086 0.799 0.824 0.190 0.274 0.277 0.302 0.294 0.047 0.276 0.516 0.096 0.075 0.115 0.139 0.218 0.369 0.015 2.727 2.014 2.122 0.062 0.080 3.185 3.265 3.552 1.431 2.190 0.027 6.901 3.639 1.483 2.765 1.619 1.179 4.404 2.716 2.597 1.872 5.349 0.351 2.631 4.472 0.115 1.788 2.197 0.007 3.038 0.035 2.190 1.449 2.880 2.369 1.592 0.082 0.084 2.766 1.722 3.151 3.297 1884 chr3 20964836 20972511 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -478545 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.558 0.633 0.539 0.046 1.106 0.342 0.239 0.133 0.083 0.203 0.105 0.025 0.028 0.102 0.151 0.016 0.174 0.111 0.048 0.079 0.039 0.095 0.133 0.042 0.018 0.194 0.057 0.056 0.015 0.049 0.199 0.016 0.020 0.060 0.021 0.070 0.084 0.014 0.061 0.041 0.064 0.030 0.040 0.743 0.549 6.080 7.081 0.111 0.233 0.092 0.039 0.238 0.166 0.655 0.816 0.369 0.378 nan 0.156 0.449 0.985 0.319 0.347 0.162 0.216 0.545 0.375 0.012 0.375 0.108 0.078 0.023 0.019 0.009 0.009 0.036 0.058 0.020 0.060 0.016 0.020 0.020 0.010 0.019 0.091 0.042 0.055 0.010 0.017 0.083 0.010 0.012 0.016 0.032 0.076 0.098 0.019 0.039 0.173 0.030 0.231 0.032 0.025 0.015 2120 chr5 34179124 34194846 + 0 NA Intergenic Intergenic -62352 NR_037951 100534612 Hs.171929 NR_037951 ENSG00000273294 C1QTNF3-AMACR - C1QTNF3-AMACR readthrough (NMD candidate) ncRNA 3.939 5.105 8.971 1.651 0.432 1.231 0.688 0.651 0.118 0.510 1.655 0.913 0.383 1.564 0.268 1.588 1.167 1.385 0.606 1.053 0.063 0.525 0.168 0.836 2.394 1.042 1.151 2.061 0.361 0.894 0.495 0.508 1.347 0.150 0.213 0.307 0.114 0.551 1.408 0.320 0.107 0.711 0.679 0.528 0.561 0.744 2.157 1.884 1.794 1.881 2.139 2.585 2.273 0.922 1.751 1.796 3.501 4.909 2.603 3.177 2.963 2.133 1.762 2.404 1.324 1.739 0.859 1.966 4.316 3.041 0.279 0.879 0.170 0.472 0.498 0.604 1.073 0.464 0.349 0.450 0.426 0.626 0.999 0.421 0.615 0.525 0.698 0.249 0.438 0.806 0.801 0.582 0.165 0.373 0.510 1.210 0.329 1.385 0.284 0.689 0.563 1.059 0.741 0.171 0.068 0.306 0.180 0.392 0.352 0.438 0.124 0.108 0.187 0.096 1858 chr22 42931442 42937212 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -15541 NR_104301 253190 Hs.728878 NM_014509 ENSG00000183569 SERHL2 dJ222E13.1 serine hydrolase-like 2 protein-coding 0.811 nan 0.830 1.624 0.382 0.468 0.225 0.360 0.032 0.136 0.050 0.143 0.237 0.451 0.033 0.753 0.171 0.554 0.148 0.239 0.107 0.367 0.275 0.870 4.400 0.881 0.742 0.504 0.380 0.056 0.094 0.169 0.373 0.061 0.683 0.160 0.062 0.084 0.159 0.377 0.042 0.420 0.151 0.377 0.951 0.091 0.428 0.488 0.327 0.567 0.297 0.338 4.902 1.305 0.175 0.201 0.280 nan 4.983 4.033 nan 0.196 0.307 0.354 1.345 1.276 0.196 0.642 1.033 0.774 0.263 1.410 0.146 1.552 0.760 0.168 0.457 0.286 0.038 1.527 0.129 0.114 0.209 0.177 0.255 0.059 0.042 0.806 2.116 0.195 1.954 5.947 0.136 0.790 0.257 0.554 0.805 10.696 0.131 9.020 0.129 0.446 0.711 0.369 0.039 0.069 0.108 0.698 0.229 0.020 0.035 557 chr11 72431747 72506235 + 0 NA intron (NM_006645, intron 4 of 6) intron (NM_006645, intron 4 of 6) -5557 NM_001040118 116985 Hs.503165 NM_015242 ENSG00000186635 ARAP1 CENTD2 ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 1 protein-coding nan 1.388 1.308 1.363 0.332 1.369 0.713 0.849 0.439 0.433 0.331 0.108 0.284 0.682 0.438 0.376 0.191 1.148 0.352 0.667 0.269 0.210 0.318 0.330 nan 2.037 0.976 2.031 0.444 0.296 0.443 0.114 1.718 0.248 0.202 0.599 0.249 0.583 0.473 0.675 0.210 0.935 0.634 0.502 1.534 0.353 1.263 2.253 0.776 1.079 1.878 1.942 2.211 0.982 2.312 2.459 0.750 1.185 3.455 3.864 1.035 1.005 1.221 1.751 1.150 1.212 0.590 1.364 1.164 0.704 1.548 1.034 0.108 0.382 1.175 1.665 0.091 0.663 0.448 0.424 0.294 0.298 0.399 1.618 0.898 0.453 0.593 0.229 0.214 0.599 0.960 0.677 0.630 2.415 0.433 0.947 0.811 1.148 0.689 1.797 0.224 1.276 0.748 0.284 0.157 0.348 0.544 0.143 0.600 0.294 0.516 0.239 0.240 0.180 718 chr12 58253691 58261352 + 0 NA Intergenic Intergenic -16774 NM_005730 10106 Hs.524530 NM_005730 ENSG00000175215 CTDSP2 OS4|PSR2|SCP2 CTD small phosphatase 2 protein-coding nan 1.300 0.732 0.804 1.523 0.365 0.147 1.081 0.973 0.269 1.459 0.234 0.587 1.456 2.747 0.267 0.077 1.016 0.467 1.057 0.663 2.570 0.797 0.660 3.941 1.761 2.395 0.697 0.594 0.223 1.411 0.089 1.915 0.753 0.591 1.308 0.237 0.962 1.351 1.134 0.590 2.288 0.720 0.825 1.348 0.775 nan 0.610 0.283 0.383 0.717 nan 3.197 0.934 0.617 0.660 1.328 nan 0.898 nan 0.632 0.315 0.530 0.601 0.629 0.463 0.302 0.382 1.290 0.941 0.043 1.197 0.651 2.529 0.080 0.164 0.887 1.556 1.480 1.749 1.268 0.087 0.620 2.358 1.772 0.800 0.888 0.072 0.094 2.818 2.370 3.270 1.307 2.115 0.269 1.699 13.167 1.016 1.069 1.315 0.189 3.322 0.160 1.133 0.449 1.221 0.992 0.119 0.194 0.097 0.572 0.564 1.015 0.756 2147 chr5 57097356 57143159 + 0 NA Intergenic Intergenic 74732 NR_109900 101928539 Hs.639385 NR_109900 ENSG00000249584 LOC101928539 - uncharacterized LOC101928539 ncRNA nan nan 0.964 0.056 0.993 0.171 0.098 0.339 0.049 0.282 0.890 0.131 0.277 0.569 0.060 0.058 0.058 0.018 0.155 0.272 1.455 0.512 1.653 0.774 0.323 0.130 0.266 0.697 1.123 0.037 2.689 0.182 1.970 0.286 0.431 0.840 1.302 4.895 0.371 0.687 0.275 0.407 0.169 0.721 0.833 0.444 0.148 0.098 0.869 3.196 0.148 0.176 nan 0.091 0.128 0.104 0.307 0.563 0.171 0.205 nan 0.198 0.078 0.098 0.200 0.242 0.268 0.644 0.364 0.356 0.047 1.158 0.636 0.657 0.019 0.083 0.003 0.817 0.437 0.168 0.896 0.042 0.043 1.733 1.591 0.783 0.309 0.022 0.053 4.675 0.407 0.199 0.122 0.136 0.282 0.332 0.127 0.018 0.482 0.269 0.053 0.180 0.062 3.201 0.183 0.514 4.188 0.040 0.021 0.124 0.578 0.774 3.366 3.421 1581 chr2 95957257 95977369 + 0 NA intron (NM_013434, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 4241 NM_013434 30818 Hs.437376 NM_013434 ENSG00000115041 KCNIP3 CSEN|DREAM|KCHIP3 potassium voltage-gated channel interacting protein 3 protein-coding 1.382 2.286 4.871 0.831 0.065 0.701 0.294 0.090 0.012 1.952 0.064 0.040 0.131 0.336 0.028 0.735 0.477 1.378 1.127 0.127 0.037 0.125 0.058 0.155 1.720 0.260 0.244 6.563 0.138 0.117 0.032 0.057 0.199 0.036 0.038 0.078 0.107 0.102 0.290 0.049 0.069 0.153 0.195 0.080 0.402 0.187 1.454 2.696 0.421 0.554 2.152 1.950 2.253 0.588 1.489 1.446 0.290 0.461 0.510 0.663 0.754 0.891 1.043 1.240 0.893 0.677 0.606 0.948 0.928 0.547 5.545 0.444 0.019 0.151 0.035 1.598 0.021 0.183 0.076 0.011 0.075 0.309 0.071 0.237 0.051 0.020 0.118 0.065 0.030 0.206 0.186 0.081 2.783 0.711 1.952 0.397 0.032 1.378 0.091 0.137 1.516 0.194 0.602 0.084 0.019 0.412 0.061 0.052 0.799 0.234 0.113 0.249 0.034 0.022 1507 chr2 1817924 1823454 + 0 NA intron (NM_001329845, intron 21 of 24) intron (NM_001329845, intron 21 of 24) -72370 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.402 0.451 0.568 0.079 0.091 0.345 0.087 0.043 0.039 0.209 0.350 0.029 0.019 0.115 0.514 0.292 0.225 0.155 0.071 0.090 0.061 0.151 0.287 0.104 0.077 0.497 0.053 0.213 0.040 0.048 0.116 0.105 0.014 0.108 2.214 6.039 0.237 0.019 0.030 0.167 0.323 0.164 0.036 0.206 0.236 0.297 0.674 1.599 1.052 0.910 3.630 0.743 0.208 0.206 0.565 0.935 0.392 0.630 0.358 0.381 0.216 0.249 0.311 0.317 0.215 0.446 0.408 0.348 0.231 0.612 0.100 0.019 0.588 0.051 0.062 0.041 0.026 0.029 0.051 0.072 0.161 0.316 0.184 0.069 0.029 0.065 0.072 0.140 0.052 0.114 0.423 0.209 0.051 0.039 0.225 0.088 1.000 0.349 0.258 0.469 0.208 0.046 0.112 0.080 0.063 0.036 0.022 0.797 0.068 0.562 0.414 1604 chr2 121939148 121947551 + 0 NA Intergenic Intergenic 99429 NM_014553 29842 Hs.156471 NM_014553 ENSG00000115112 TFCP2L1 CRTR1|LBP-9|LBP9 transcription factor CP2 like 1 protein-coding 0.889 nan nan 3.011 0.496 0.328 0.343 0.040 0.015 0.809 0.045 0.037 0.051 0.053 1.276 0.260 0.935 0.076 0.064 0.029 0.097 0.037 0.278 0.206 0.070 0.109 1.636 0.035 0.662 0.103 0.053 0.239 0.078 0.046 0.082 0.066 0.064 0.586 0.078 0.537 0.099 0.256 0.062 0.447 0.185 1.174 1.546 0.244 0.382 0.473 0.688 12.054 4.487 3.903 4.425 0.188 0.332 5.370 6.492 0.360 0.265 0.161 0.406 1.293 1.161 0.185 0.335 1.387 0.885 0.658 0.169 0.023 0.043 0.261 0.381 0.016 0.087 0.026 0.044 0.051 0.157 0.113 0.110 0.043 0.056 0.022 0.122 0.114 0.119 0.105 0.068 0.076 0.188 0.809 0.057 0.067 0.935 0.029 0.039 0.206 0.101 0.212 0.130 0.148 0.027 0.235 0.030 0.073 0.172 0.088 0.027 0.012 2726 chr9 136547129 136582769 + 0 NA intron (NM_001134707, intron 13 of 20) L1MB8|LINE|L1 38530 NM_001134707 1757 Hs.198003 NM_007101 ENSG00000123453 SARDH BPR-2|DMGDHL1|SAR|SARD|SDH sarcosine dehydrogenase protein-coding nan 0.543 1.273 0.439 0.448 0.710 0.374 0.662 0.068 0.356 0.084 0.045 0.011 0.104 0.010 0.246 0.169 0.957 0.590 0.083 0.174 0.082 0.015 0.347 0.492 0.138 0.110 0.910 0.024 0.129 0.052 0.067 0.125 0.017 0.036 0.125 0.852 2.045 0.222 0.003 0.038 0.145 0.103 0.049 0.078 0.058 0.222 0.386 0.126 0.184 5.765 5.520 nan 0.241 0.140 0.139 0.063 0.149 2.119 2.512 3.730 5.357 0.241 0.265 0.276 0.306 0.367 0.846 0.876 0.556 2.442 0.149 0.016 0.069 0.028 0.692 0.023 0.037 0.031 0.065 0.082 0.080 0.049 0.143 0.095 0.053 0.058 0.043 0.078 0.101 0.101 0.068 0.022 0.056 0.356 0.096 0.034 0.957 0.014 0.113 0.267 0.111 0.741 0.051 0.009 0.680 0.372 0.067 0.050 0.136 0.217 0.016 0.023 0.013 441 chr11 529049 540876 + 0 NA intron (NM_176795, intron 1 of 5) CpG 605 NM_176795 3265 Hs.37003 NM_005343 ENSG00000174775 HRAS C-BAS/HAS|C-H-RAS|C-HA-RAS1|CTLO|H-RASIDX|HAMSV|HRAS1|RASH1|p21ras HRas proto-oncogene, GTPase protein-coding 1.485 3.010 2.208 1.067 1.383 1.395 0.609 2.105 0.661 0.940 0.328 0.122 0.717 2.002 0.261 1.027 0.569 2.807 0.820 1.401 0.377 1.368 0.492 0.604 7.341 3.941 1.629 3.734 0.630 0.634 0.871 0.052 1.552 0.249 0.611 0.841 0.347 1.367 1.538 0.518 0.332 3.567 1.233 0.834 1.155 0.476 5.139 7.287 1.877 2.580 2.606 2.540 2.374 0.985 2.682 2.628 0.796 1.268 1.406 2.281 1.235 1.156 2.527 4.023 2.266 2.146 1.143 1.233 1.209 0.771 1.047 1.289 0.243 0.390 0.966 2.153 0.347 0.561 0.495 1.149 0.844 0.526 0.282 2.374 0.988 0.659 0.422 0.574 0.245 0.575 1.484 1.696 0.967 0.865 0.940 3.265 1.905 2.807 0.331 1.079 0.404 2.905 0.523 0.543 0.241 0.594 0.264 0.126 1.609 0.444 0.467 0.191 0.302 0.192 868 chr14 61185452 61192600 + 0 NA intron (NM_017420, intron 1 of 2) CpG 1826 NM_017420 51804 Hs.97849 NM_017420 ENSG00000100625 SIX4 AREC3 SIX homeobox 4 protein-coding nan nan 5.252 6.026 3.669 5.490 3.314 1.479 3.615 4.139 2.794 0.295 0.718 3.306 0.230 1.158 0.487 7.977 0.692 3.191 0.728 4.139 1.844 2.138 4.850 2.729 5.997 8.599 1.845 1.881 3.406 0.102 4.030 1.209 0.886 1.751 0.814 3.575 2.198 2.856 1.042 4.458 3.648 1.439 4.245 1.438 2.328 3.116 3.186 4.502 12.328 10.031 3.100 0.906 nan 8.643 1.827 2.395 5.034 nan 5.497 7.112 2.592 6.908 3.372 2.336 1.099 1.764 1.795 1.038 5.359 1.341 1.256 1.307 0.687 10.062 1.183 2.943 3.652 0.507 0.717 0.680 7.517 3.282 3.621 1.879 1.504 1.303 1.224 3.824 1.777 3.758 1.482 1.150 4.139 3.158 2.519 7.977 1.149 1.722 0.938 4.233 1.102 1.641 1.637 2.562 0.577 0.771 2.363 0.451 3.381 1.322 1.547 0.761 672 chr12 27482489 27499875 + 0 NA intron (NM_001248005, intron 1 of 13) intron (NM_001248005, intron 1 of 13) 5395 NM_001248002 56938 Hs.445447 NM_020183 ENSG00000029153 ARNTL2 BMAL2|CLIF|MOP9|PASD9|bHLHe6 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like 2 protein-coding nan nan nan 1.442 4.574 0.623 0.285 2.529 0.121 0.567 0.153 0.093 2.435 5.017 0.253 0.452 0.321 0.729 0.410 3.823 0.591 1.644 2.196 0.618 1.465 0.773 1.038 1.439 0.286 0.283 0.665 0.120 0.794 3.503 0.812 3.002 0.394 0.764 2.809 3.887 2.377 4.744 5.552 1.048 2.266 1.539 1.203 1.389 1.805 2.595 1.544 1.472 2.351 0.869 2.342 2.254 1.085 1.701 1.032 1.754 1.500 1.704 0.702 1.402 0.563 0.649 0.366 0.699 0.551 0.523 0.307 3.320 0.622 2.167 0.046 0.256 0.040 1.272 0.862 0.114 0.192 0.115 0.610 2.468 0.834 0.453 1.518 0.323 0.196 2.460 0.775 3.297 0.313 1.732 0.567 4.116 1.877 0.729 1.239 0.504 0.663 2.434 0.389 3.089 3.040 0.476 1.467 0.066 0.217 0.070 2.795 2.038 0.282 0.105 1140 chr17 18620277 18631328 + 0 NA intron (NM_001037330, intron 1 of 4) intron (NM_001037330, intron 1 of 4) 400 NM_001037330 147166 Hs.164324 NM_001037330 ENSG00000108448 TRIM16L TRIM70 tripartite motif containing 16-like protein-coding 1.362 1.334 1.028 0.668 1.177 0.467 0.117 3.617 0.849 0.393 0.684 0.118 1.785 2.190 4.004 0.115 0.082 0.303 0.542 5.065 1.076 1.423 1.512 0.860 3.646 1.833 5.107 0.581 4.112 1.320 0.206 0.240 6.694 1.065 2.938 2.812 2.185 4.073 3.971 2.952 2.110 2.591 14.307 1.730 7.663 1.613 0.512 0.459 1.589 nan 0.527 0.449 3.460 1.255 1.617 1.569 0.953 1.419 2.019 2.849 nan 0.319 0.148 0.192 0.578 1.308 0.558 1.178 0.499 0.489 0.141 4.101 2.034 3.943 0.071 0.128 0.113 3.051 3.969 0.053 11.282 0.095 0.108 9.233 2.377 1.187 1.211 1.287 1.834 5.873 7.952 1.219 1.150 4.334 0.393 2.160 2.361 0.303 5.282 3.600 0.508 1.179 4.931 0.680 3.325 2.442 2.443 3.386 0.045 0.322 5.993 2.030 1.989 1.253 983 chr15 80798427 80802797 + 0 NA intron (NM_014862, intron 6 of 18) intron (NM_014862, intron 6 of 18) 54673 NR_120363 101929586 Hs.569426 NR_120363 ENSG00000259175 LOC101929586 - uncharacterized LOC101929586 ncRNA 0.469 nan 0.448 0.062 0.082 0.390 0.236 0.070 0.088 0.567 0.267 0.119 0.106 0.071 0.112 0.082 0.128 0.096 2.194 0.034 0.073 0.125 0.425 0.056 0.095 0.229 0.033 0.130 0.045 0.085 0.164 0.035 0.401 0.847 2.297 0.225 0.084 0.126 0.064 0.183 0.096 0.116 0.166 0.466 0.340 0.310 0.572 0.176 0.194 0.479 0.165 0.304 0.283 0.299 0.673 0.245 0.332 0.443 0.216 0.073 0.178 0.023 0.104 0.240 0.254 0.441 0.325 0.107 0.163 0.189 0.032 0.073 0.032 0.049 0.022 0.085 0.056 0.018 0.072 0.091 0.055 0.372 0.112 0.034 0.019 0.062 0.088 0.064 0.042 0.082 0.083 0.041 0.045 0.078 0.010 0.072 4.451 0.104 0.055 0.088 0.026 0.023 275 chr1 197880490 197893697 + 0 NA exon (NM_020204, exon 1 of 5) exon (NM_020204, exon 1 of 5) 576 NM_020204 56956 Hs.442578 NM_020204 ENSG00000143355 LHX9 - LIM homeobox 9 protein-coding 2.288 nan 1.181 0.272 0.441 0.786 0.413 0.180 0.005 1.957 0.403 0.074 0.012 0.185 0.036 0.618 0.560 0.148 0.391 0.257 0.038 0.216 0.231 0.102 0.403 0.244 0.521 1.852 0.110 0.146 0.189 0.112 5.941 0.144 0.052 0.154 0.149 0.478 0.395 0.082 0.170 0.349 0.165 0.100 0.137 0.307 0.340 0.369 0.628 1.068 2.360 1.926 0.091 0.081 0.540 0.600 3.964 nan 0.624 0.724 0.914 0.911 0.217 0.293 2.777 2.102 0.401 0.747 1.379 0.845 0.034 0.334 0.072 0.473 0.015 0.189 0.078 0.596 0.295 0.145 0.455 0.932 0.921 0.160 0.091 0.094 0.093 0.137 0.185 0.303 0.617 0.349 1.401 0.161 1.957 0.063 0.035 0.148 0.074 0.106 0.207 0.277 0.355 0.041 0.007 0.055 0.067 0.017 0.079 0.178 0.282 0.107 0.061 0.019 2035 chr4 38662804 38679613 + 0 NA intron (NM_016531, intron 1 of 5) intron (NM_016531, intron 1 of 5) -4959 NR_026804 79667 Hs.29725 NM_024614 ENSG00000231160 KLF3-AS1 - KLF3 antisense RNA 1 ncRNA 2.526 2.768 2.860 4.393 3.610 6.671 3.952 2.311 2.425 1.845 1.576 0.185 1.387 3.852 3.151 2.250 1.052 3.663 0.532 3.216 1.024 2.729 0.659 2.536 9.082 5.275 3.599 5.565 1.492 2.685 3.014 0.121 8.368 0.794 1.838 3.955 0.461 3.090 2.258 1.922 0.940 3.195 3.114 1.204 4.292 1.588 2.870 4.148 1.652 3.181 3.228 2.758 2.378 1.275 3.102 2.951 2.510 3.467 6.340 5.091 1.926 2.761 1.332 2.884 1.913 2.017 0.209 0.249 2.589 1.544 0.921 2.454 1.349 0.961 2.427 3.352 0.889 1.192 1.235 1.146 2.147 0.617 0.747 4.610 2.449 1.138 1.177 1.576 1.360 2.506 3.750 3.390 2.704 1.936 1.845 4.176 3.101 3.663 2.175 3.511 0.409 2.136 1.123 1.982 0.943 0.988 1.384 2.612 0.989 0.169 0.922 0.907 1.131 1.065 197 chr1 154912738 154936884 + 0 NA intron (NM_020524, intron 2 of 10) intron (NM_020524, intron 2 of 10) 3828 NM_001317735 57326 Hs.505806 NM_020524 ENSG00000163346 PBXIP1 HPIP PBX homeobox interacting protein 1 protein-coding nan nan 2.494 0.954 1.049 1.436 0.731 1.430 0.551 2.120 0.816 0.173 0.495 1.352 2.057 0.811 0.433 1.498 1.350 0.868 0.272 0.900 0.384 0.473 2.117 1.289 1.167 4.469 0.665 0.969 1.324 0.089 1.670 0.887 0.397 0.609 0.329 1.075 1.279 0.808 0.315 1.557 2.156 0.708 0.797 0.762 4.180 6.067 3.806 4.247 3.610 nan 2.204 1.173 1.939 2.210 1.491 2.146 2.370 3.559 2.719 2.573 6.178 9.210 1.036 1.173 2.168 3.104 1.246 0.769 0.870 0.792 0.500 0.805 1.187 1.489 0.719 0.953 0.913 0.611 1.291 0.269 0.717 1.622 0.742 0.450 0.508 0.494 0.413 0.702 1.197 1.220 2.081 2.036 2.120 1.181 1.074 1.498 0.637 1.006 0.403 2.788 1.290 0.528 0.212 0.895 0.411 0.531 5.564 0.775 0.483 0.421 0.436 0.354 2208 chr5 149010640 149014335 + 0 NA 3' UTR (NM_001001669, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_001001669, exon 13 of 13) 51352 NM_001001669 389337 Hs.256206 NM_001001669 ENSG00000183111 ARHGEF37 - Rho guanine nucleotide exchange factor 37 protein-coding nan 1.981 0.678 0.316 0.778 0.244 0.130 0.218 0.102 0.167 0.062 0.132 1.274 1.532 0.102 0.093 0.023 0.097 0.102 0.263 0.503 0.175 2.535 0.218 1.101 0.322 0.186 0.990 0.396 0.400 0.089 0.086 3.312 0.354 0.186 0.454 0.189 0.150 3.088 4.889 1.624 2.365 2.062 0.458 0.289 0.195 1.442 1.512 13.869 9.828 0.209 0.224 5.289 0.593 1.998 2.321 0.244 0.415 2.328 3.146 0.460 0.155 1.049 1.354 0.744 0.958 0.235 0.241 1.305 0.644 1.521 0.130 0.781 0.054 0.362 2.304 1.589 0.222 0.320 0.453 0.086 0.199 0.376 0.248 0.328 0.168 0.199 0.135 0.169 0.224 0.062 0.199 0.167 1.260 2.542 0.097 0.331 0.046 0.202 0.443 0.110 0.011 0.256 0.807 0.704 0.508 0.067 0.079 0.384 0.140 0.100 1731 chr20 32234454 32249701 + 0 NA Intergenic Intergenic -8015 NM_080825 128864 Hs.324104 NM_080825 ENSG00000149609 C20orf144 dJ63M2.6 chromosome 20 open reading frame 144 protein-coding 1.460 3.338 5.258 3.173 0.384 5.312 2.711 0.347 0.065 0.252 1.034 0.254 0.084 0.313 0.101 1.008 0.441 6.877 0.561 0.293 0.008 0.158 0.055 0.356 nan 0.295 0.690 4.803 0.154 0.247 0.121 0.075 0.497 0.047 0.082 0.185 0.058 0.081 0.432 0.051 0.199 1.632 0.507 0.129 0.295 0.047 3.572 5.017 0.968 0.695 4.990 nan 3.560 0.921 2.266 2.452 1.128 1.777 8.340 7.799 2.135 1.919 1.650 2.224 0.760 0.968 0.658 nan 1.084 0.615 1.841 0.098 0.698 0.308 1.535 2.375 0.054 0.105 0.090 0.135 0.162 0.144 0.632 0.154 0.066 0.051 0.189 0.042 0.096 0.185 0.206 0.199 0.065 0.218 0.252 0.466 0.270 6.877 0.281 1.560 0.165 0.191 0.453 0.022 0.025 0.093 0.058 0.098 0.498 0.369 0.055 0.291 0.023 0.011 853 chr14 37322035 37329086 + 0 NA intron (NM_030631, intron 2 of 9) intron (NM_030631, intron 2 of 9) 96036 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.263 0.834 0.922 6.246 0.102 0.281 0.159 0.107 0.035 0.128 0.158 0.137 0.107 0.121 0.027 0.935 0.458 1.022 0.131 8.240 0.053 0.107 0.015 0.102 38.076 12.963 2.675 3.154 0.470 0.015 0.070 0.079 0.547 0.108 0.040 0.050 0.342 0.077 0.033 0.689 0.224 0.029 0.136 0.327 0.209 0.190 0.196 0.361 0.481 0.769 2.928 0.646 0.248 0.248 0.301 0.485 7.120 8.322 0.494 0.220 0.195 0.292 1.145 1.336 0.123 0.210 1.325 0.956 0.574 0.152 0.106 4.788 0.217 0.020 0.059 0.041 0.010 0.076 0.418 0.067 0.067 0.033 0.498 0.078 0.121 0.154 0.127 0.031 0.033 1.711 0.128 0.172 0.077 1.022 1.220 0.424 0.027 0.050 4.518 0.029 0.018 0.123 0.047 0.032 0.113 0.053 0.011 0.041 0.016 751 chr12 116551625 116573261 + 0 NA intron (NM_015335, intron 2 of 30) intron (NM_015335, intron 2 of 30) 24016 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.957 0.311 0.185 0.485 0.199 0.261 0.350 1.025 0.637 0.165 0.044 0.232 0.029 0.441 0.300 0.515 0.205 0.140 0.143 0.191 0.084 0.063 0.524 0.127 0.236 0.539 0.062 0.148 0.281 0.167 0.405 0.049 0.109 0.129 0.044 0.116 0.185 0.163 0.030 0.186 0.219 0.156 0.200 0.120 0.430 0.424 0.255 0.424 nan nan nan 0.200 0.520 0.529 2.202 2.881 nan nan 1.112 0.809 0.283 0.445 2.809 4.612 1.048 1.704 nan 0.852 1.406 0.158 0.048 0.234 0.060 2.043 0.064 0.123 0.057 0.064 0.060 0.998 0.124 0.060 0.050 0.044 0.070 0.032 0.070 0.180 0.250 0.086 0.047 0.324 1.025 0.102 0.130 0.515 0.068 0.065 0.081 0.097 0.361 0.133 0.014 0.107 0.238 0.059 0.219 0.442 0.025 0.065 0.051 0.034 1500 chr19 56158516 56170395 + 0 NA promoter-TSS (NM_007279) promoter-TSS (NM_007279) -961 NM_007279 11338 Hs.528007 NM_007279 ENSG00000063244 U2AF2 U2AF65 U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2 protein-coding 4.477 2.702 4.183 3.452 5.122 6.261 3.728 4.886 2.378 2.940 1.873 0.231 0.686 2.929 4.551 2.190 1.294 3.869 2.671 3.457 1.553 2.834 0.835 1.925 4.481 3.180 3.536 5.196 1.480 2.597 4.499 0.161 5.246 1.856 2.033 2.149 1.568 7.402 3.354 4.139 0.955 4.098 5.240 1.728 3.114 1.579 7.162 7.770 4.258 6.412 8.458 9.182 6.157 5.358 6.480 6.972 4.977 6.039 5.631 8.828 9.642 8.583 5.953 9.196 5.058 6.314 6.702 6.164 3.707 1.821 4.055 2.293 1.683 2.776 2.401 5.086 2.065 0.909 1.135 3.838 2.754 1.483 2.635 4.922 2.622 0.855 1.760 1.289 1.100 1.715 5.395 3.613 2.800 1.742 2.940 3.098 2.851 3.869 2.371 2.048 1.668 4.731 2.459 1.290 1.443 2.847 1.808 1.460 3.219 2.869 1.615 0.771 1.707 1.107 1746 chr20 45005631 45018545 + 0 NA exon (NM_001318253, exon 10 of 22) exon (NM_001318253, exon 10 of 22) -18991 NM_173073 51006 Hs.593344 NM_015945 ENSG00000080189 SLC35C2 BA394O2.1|C20orf5|CGI-15|OVCOV1 solute carrier family 35 member C2 protein-coding nan nan 0.975 0.257 0.145 0.319 0.132 0.132 0.034 0.062 0.292 0.088 0.250 0.384 0.058 0.169 0.087 0.084 0.688 0.156 0.000 0.155 0.025 0.159 0.095 0.057 0.104 0.439 0.067 0.058 0.079 0.104 0.311 0.009 0.047 0.049 0.024 0.049 0.201 0.025 0.049 0.405 0.201 0.130 0.141 0.088 3.644 4.987 0.794 0.439 0.506 0.595 nan 0.287 0.572 0.702 0.934 1.405 0.420 0.427 nan 1.960 0.701 1.314 0.064 0.082 0.447 1.182 0.969 0.439 0.022 0.169 0.075 0.108 0.023 0.112 0.054 0.053 0.023 0.023 0.073 0.022 0.847 0.130 0.037 0.065 0.018 0.038 0.179 0.098 0.077 0.018 0.062 0.062 0.238 0.142 0.084 0.010 0.045 0.202 0.088 0.032 0.021 0.025 0.080 0.095 0.036 0.501 0.124 0.087 0.055 0.027 0.016 2167 chr5 82111285 82119407 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -20628 NR_039773 100616297 NR_039773 ENSG00000283359 MIR3977 - microRNA 3977 ncRNA 0.785 1.145 0.628 0.021 0.080 1.046 0.592 0.148 0.350 0.261 0.020 0.023 0.091 0.046 0.080 0.134 0.088 0.213 0.183 0.015 0.100 0.038 0.129 0.180 0.059 0.138 0.252 0.073 0.485 0.093 0.201 0.157 0.029 0.056 0.103 0.010 0.051 0.081 0.027 0.019 0.113 0.175 0.070 0.083 0.076 0.721 0.421 9.450 3.469 0.462 0.421 0.077 0.007 0.141 0.161 0.450 0.551 0.206 0.196 0.578 0.300 0.127 0.213 0.964 1.129 0.267 nan 0.419 0.470 0.027 0.109 0.181 0.012 0.144 0.051 0.044 0.036 0.066 0.094 0.194 0.125 0.008 0.029 0.038 0.134 0.379 0.149 0.060 0.088 0.019 0.091 0.350 0.053 0.034 0.088 0.011 0.012 0.014 0.050 0.025 0.021 0.049 0.126 1.134 0.012 0.060 0.073 0.012 0.007 0.036 2136 chr5 51103780 51114760 + 0 NA Intergenic Intergenic -430104 NR_046243 642366 Hs.544139 NR_046243 LOC642366 - uncharacterized LOC642366 ncRNA nan nan 0.669 0.074 0.927 0.317 0.147 0.122 0.011 0.173 0.127 0.131 0.017 0.104 0.080 0.100 0.119 0.184 5.432 0.192 0.045 0.413 0.347 0.143 1.142 0.887 1.503 0.351 0.347 0.039 0.089 0.068 0.095 0.076 0.024 0.161 0.007 0.053 0.212 0.460 0.117 0.550 0.358 0.166 0.271 0.225 0.292 0.198 4.415 3.060 0.347 0.476 nan 0.317 0.088 0.115 0.186 0.289 0.165 0.165 nan 0.333 0.079 0.061 0.251 0.342 0.144 0.192 0.288 0.370 0.102 0.213 0.140 0.016 0.054 0.114 0.013 0.006 0.020 0.020 0.060 0.056 1.607 0.251 0.071 0.049 0.028 0.049 0.029 0.164 0.022 0.070 0.201 0.128 0.173 0.046 0.076 0.184 0.034 0.053 0.026 0.064 0.047 0.216 1.644 0.065 0.142 0.063 0.018 0.011 0.041 0.620 0.021 0.009 1980 chr3 172232832 172244339 + 0 NA intron (NM_001190943, intron 1 of 1) intron (NM_001190943, intron 1 of 1) 2680 NM_001190943 8743 Hs.478275 NM_003810 ENSG00000121858 TNFSF10 APO2L|Apo-2L|CD253|TL2|TNLG6A|TRAIL tumor necrosis factor superfamily member 10 protein-coding 1.090 1.657 0.856 0.291 1.222 1.042 0.473 0.148 0.065 0.277 1.713 0.434 0.247 0.275 0.787 0.572 0.363 0.563 0.136 0.234 0.118 0.663 0.625 0.837 0.711 0.169 1.414 0.403 0.228 0.688 0.058 0.103 1.325 0.155 0.267 1.464 1.061 2.757 1.592 1.482 1.148 3.138 6.974 0.163 0.352 0.361 0.352 0.257 0.395 0.443 0.613 0.635 1.523 0.527 0.253 0.307 0.475 0.790 0.810 0.656 0.569 0.222 0.277 0.361 0.219 0.353 0.305 0.389 0.470 0.615 0.058 0.852 0.173 0.650 0.078 0.115 0.024 2.782 1.920 1.331 0.108 0.059 0.082 0.168 0.141 0.068 0.207 0.357 0.444 0.373 0.340 0.124 0.692 1.817 0.277 0.154 0.048 0.563 0.244 0.534 0.034 0.056 0.109 1.027 0.095 0.531 0.213 1.305 0.095 0.173 0.256 3.183 0.010 0.004 2275 chr6 31544323 31551018 + 0 NA TTS (NM_009588) TTS (NM_009588) 2532 NM_009588 4050 Hs.376208 NM_002341 ENSG00000227507 LTB TNFC|TNFSF3|TNLG1C|p33 lymphotoxin beta protein-coding nan 0.814 nan 0.263 0.268 0.545 0.167 0.945 0.900 0.620 0.770 0.120 0.934 1.407 3.039 0.118 0.223 0.537 0.204 0.407 0.259 0.173 1.249 0.329 1.043 0.432 0.244 1.931 0.087 0.270 1.101 0.068 0.563 0.317 0.332 0.680 0.619 1.039 0.630 1.861 0.580 0.437 0.515 0.115 0.215 0.280 0.435 0.592 2.159 nan nan 1.044 0.809 0.385 1.385 1.328 0.477 0.791 0.353 0.575 0.571 0.566 1.005 1.319 0.828 0.894 0.430 0.711 0.492 0.511 0.212 0.858 0.091 0.385 0.249 0.079 0.147 0.370 0.194 0.262 0.229 0.301 0.035 6.460 6.795 2.741 0.057 0.153 0.163 0.428 0.849 2.459 0.590 0.419 0.620 0.160 0.621 0.537 0.092 0.531 0.094 5.317 0.318 0.162 0.019 0.295 0.298 0.895 0.192 0.111 0.175 0.806 0.103 0.038 2685 chr9 100635584 100655904 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 30207 NM_004473 2304 Hs.159234 NM_004473 ENSG00000178919 FOXE1 FKHL15|FOXE2|HFKH4|HFKL5|NMTC4|TITF2|TTF-2|TTF2 forkhead box E1 protein-coding 0.599 0.762 0.653 0.182 0.158 0.203 0.134 0.427 0.046 0.245 0.139 0.150 0.289 0.470 0.552 0.255 0.155 0.088 0.113 0.215 0.091 0.542 0.156 0.140 0.978 0.348 0.280 0.574 0.490 0.073 0.048 0.067 1.475 0.233 0.133 0.395 0.255 0.743 1.281 0.195 3.384 0.317 5.005 0.169 0.309 0.132 0.614 0.444 0.259 0.402 0.342 0.400 1.190 0.269 0.158 0.158 0.207 0.371 0.267 nan 0.535 0.227 0.125 0.124 1.007 0.809 0.131 0.209 nan 0.369 0.027 1.092 0.148 0.118 0.020 0.013 0.007 1.045 0.678 0.082 0.759 0.238 0.043 1.198 0.274 0.131 0.126 0.085 0.088 0.922 0.714 0.080 0.112 0.432 0.245 1.164 0.142 0.088 0.133 0.045 0.048 1.535 0.050 1.318 0.271 0.436 0.243 0.051 0.034 0.042 0.287 0.065 0.696 0.663 1295 chr18 3379313 3390100 + 0 NA Intergenic MER57B1|LTR|ERV1 -27219 NM_174886 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 0.966 1.092 1.420 0.164 0.188 0.242 0.074 0.215 0.064 0.140 0.224 0.193 0.088 0.241 0.156 0.086 0.144 0.338 0.166 0.693 0.072 0.119 0.039 0.177 0.361 0.097 0.144 nan 0.245 0.248 0.109 0.117 0.377 0.044 0.043 0.206 0.030 0.083 0.406 0.082 0.441 0.158 0.629 0.156 6.257 0.097 0.386 0.235 0.256 0.925 0.509 0.585 nan 0.120 0.297 0.293 0.307 nan 0.369 0.355 nan 0.166 0.134 0.180 0.274 0.630 0.730 nan nan 0.600 0.072 0.197 0.500 1.414 0.045 0.073 0.026 0.059 0.067 0.054 7.365 0.071 0.115 1.020 0.114 0.111 0.014 0.138 0.314 0.130 0.808 0.124 0.066 0.670 0.140 0.305 0.017 0.338 0.327 5.280 0.026 0.268 0.057 0.075 0.015 0.147 0.134 0.170 0.045 0.596 0.020 0.157 0.027 0.010 677 chr12 29532324 29535653 + 0 NA intron (NM_016570, intron 1 of 13) intron (NM_016570, intron 1 of 13) 155 NM_016570 51290 Hs.339453 NM_016570 ENSG00000087502 ERGIC2 CDA14|Erv41|PTX1|cd002 ERGIC and golgi 2 protein-coding nan nan nan 8.201 3.333 2.861 1.487 4.575 2.398 2.967 1.622 0.048 1.533 4.147 1.159 2.273 1.144 3.347 2.039 4.233 0.669 5.409 0.908 2.751 5.080 5.077 4.197 7.523 0.438 2.087 2.202 0.186 6.904 8.609 1.323 4.128 0.542 2.376 5.368 1.806 1.737 4.757 7.363 1.364 4.263 4.901 2.873 2.783 6.869 9.978 10.036 10.645 8.235 5.273 17.794 18.553 3.599 4.251 5.160 8.911 5.487 4.775 4.184 7.228 2.603 2.845 6.551 5.253 4.251 1.999 1.815 2.656 1.550 3.410 1.207 2.261 0.583 2.042 1.819 0.597 1.544 0.278 2.414 1.797 1.430 0.633 1.865 1.100 1.455 4.144 1.956 2.935 1.403 3.178 2.967 7.298 2.361 3.347 1.800 1.464 1.053 2.661 4.190 2.851 2.260 1.920 1.199 1.176 1.282 1.354 6.641 1.343 1.020 0.536 1111 chr17 4605425 4615322 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2741 NM_001278241 27043 Hs.744899 NM_014389 ENSG00000141456 PELP1 MNAR|P160 proline, glutamate and leucine rich protein 1 protein-coding 3.573 1.747 2.066 1.171 1.161 3.232 1.279 1.285 0.531 2.170 0.522 0.115 0.822 2.173 1.440 0.914 0.382 2.166 0.952 1.487 0.488 1.672 0.404 0.767 3.514 1.867 1.103 2.858 0.740 1.372 2.279 0.161 3.242 0.545 0.705 1.680 0.539 1.248 1.558 1.182 0.691 1.984 3.752 2.068 1.575 0.484 3.559 3.593 2.718 3.894 4.653 3.787 6.219 2.266 4.879 4.899 2.277 3.459 3.982 6.855 4.808 5.078 1.483 2.115 2.203 1.939 4.200 5.239 1.768 1.020 2.106 1.013 0.870 1.369 1.300 1.759 0.742 0.580 0.517 1.011 2.600 0.480 0.888 2.606 1.481 0.812 1.086 0.710 0.809 1.111 3.158 2.206 0.908 1.079 2.170 3.017 4.873 2.166 0.922 1.106 1.328 3.423 2.477 0.760 0.293 2.370 0.617 0.806 0.700 1.952 0.468 0.172 0.975 0.635 907 chr14 100787750 100817450 + 0 NA intron (NM_173701, intron 10 of 10) AluY|SINE|Alu 12921 NM_207117 283600 Hs.108268 NM_207117 ENSG00000140107 SLC25A47 C14orf68|HDMCP|HMFN1655 solute carrier family 25 member 47 protein-coding 1.776 1.164 0.917 1.608 0.136 0.550 0.285 0.152 0.046 0.807 0.259 0.162 0.089 0.212 0.115 0.567 0.426 0.312 0.204 0.216 0.033 0.399 0.149 0.238 0.752 0.190 0.295 0.657 0.085 0.125 0.091 0.084 0.348 0.155 0.072 0.462 0.141 0.174 0.376 0.132 0.062 0.351 0.274 0.217 0.036 0.172 0.411 0.527 0.289 0.691 1.922 1.834 2.665 0.708 0.200 0.235 0.335 0.627 2.952 3.209 1.250 1.046 0.318 0.337 1.321 0.870 0.599 1.329 2.793 1.425 0.599 0.256 0.023 0.115 0.184 2.850 0.121 0.728 0.547 0.105 0.130 0.259 0.271 0.304 0.092 0.092 0.267 0.037 0.081 0.387 0.264 0.459 0.120 0.368 0.807 0.220 0.093 0.312 0.086 0.103 0.545 0.184 0.967 0.078 0.078 0.341 0.041 0.050 0.036 0.505 0.101 0.143 0.033 0.044 2238 chr6 1623625 1642513 + 0 NA intron (NM_001500, intron 9 of 10) AluJr|SINE|Alu 22388 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 0.880 1.125 1.875 0.795 0.271 0.277 0.169 0.087 0.035 0.337 0.342 0.094 0.304 0.701 0.046 0.191 0.121 0.285 0.286 0.365 0.256 0.337 0.267 0.140 3.504 1.566 3.027 0.200 0.318 0.136 0.086 0.109 0.940 0.075 0.086 0.175 0.055 0.130 0.359 0.339 0.081 1.111 0.219 0.131 0.851 0.241 0.408 0.436 0.325 0.581 0.516 0.514 0.459 0.159 0.939 0.862 0.334 0.607 0.993 1.192 0.532 0.280 0.259 0.332 0.194 0.392 0.265 0.497 0.872 0.739 0.213 0.744 0.038 0.355 0.137 0.175 0.044 0.500 0.311 0.298 0.138 0.025 0.311 0.192 0.080 0.063 0.130 0.078 0.102 0.242 0.213 0.196 0.067 0.346 0.337 0.593 0.084 0.285 0.421 0.293 0.083 0.423 0.650 0.073 0.601 0.560 0.461 0.107 0.042 0.171 0.049 0.240 0.021 0.003 1868 chr22 50707456 50755518 + 0 NA intron (NM_012401, intron 2 of 36) intron (NM_012401, intron 2 of 36) 14514 NM_012401 23654 Hs.3989 NM_012401 ENSG00000196576 PLXNB2 MM1|Nbla00445|PLEXB2|dJ402G11.3 plexin B2 protein-coding 1.500 1.008 nan 0.512 3.462 1.127 0.588 2.174 1.074 1.722 0.524 0.144 0.844 2.334 0.826 0.303 0.210 1.173 0.661 2.944 0.595 3.706 1.050 1.118 8.527 5.281 6.427 1.520 1.259 0.211 1.449 0.094 1.247 0.592 0.356 1.761 0.301 0.713 0.716 1.377 0.335 3.344 1.365 1.233 2.717 0.853 0.791 1.308 0.896 2.204 1.377 1.333 0.696 0.281 0.698 0.781 0.889 1.361 2.065 2.578 0.900 0.777 0.459 0.662 0.875 0.927 0.419 0.543 0.884 0.478 0.818 1.334 1.409 0.332 0.647 0.281 0.273 0.804 0.887 0.809 0.718 0.305 0.241 2.235 1.072 0.442 1.166 0.134 0.096 0.506 1.890 1.125 0.602 1.361 1.722 2.036 0.518 1.173 0.961 2.910 0.274 1.453 1.514 1.077 0.002 0.577 0.972 0.084 0.252 0.113 0.930 0.523 0.453 0.290 590 chr11 113703150 113720774 + 0 NA intron (NM_001346260, intron 2 of 22) intron (NM_001346260, intron 2 of 22) 34330 NM_001346259 57646 Hs.503891 NM_020886 ENSG00000048028 USP28 - ubiquitin specific peptidase 28 protein-coding 0.588 0.770 0.531 0.170 0.041 0.192 0.254 0.123 0.010 0.167 0.077 0.072 0.156 0.022 0.071 0.123 0.088 0.133 0.290 0.035 0.042 0.018 0.079 0.082 0.060 0.072 0.335 0.025 1.168 0.086 0.111 0.303 0.117 0.057 0.013 0.098 0.216 0.031 0.022 0.240 0.336 0.101 0.219 0.089 5.626 nan 2.723 2.247 0.561 0.637 0.338 0.154 0.822 0.866 0.386 nan 0.371 0.388 0.323 0.178 3.881 6.568 0.096 0.180 0.230 0.587 0.503 0.424 0.091 0.100 0.011 0.099 0.028 0.095 0.024 0.051 0.074 0.101 0.084 0.027 0.084 0.195 0.048 0.018 0.078 0.049 0.056 0.187 0.100 0.085 0.018 0.129 0.167 0.089 0.051 0.088 0.035 0.054 0.016 0.026 0.035 0.025 0.007 0.110 0.049 0.453 5.155 0.048 0.070 0.065 0.026 0.010 1210 chr17 43970903 43986777 + 0 NA intron (NM_001123066, intron 1 of 14) intron (NM_001123066, intron 1 of 14) 5691 NR_024560 100130148 Hs.669307 NR_024560 ENSG00000279685 MAPT-IT1 - MAPT intronic transcript 1 ncRNA 1.939 1.611 nan 3.037 0.286 7.885 4.214 0.526 0.105 1.913 0.168 0.050 0.084 0.160 0.103 2.912 1.198 2.073 2.969 0.381 0.078 0.262 0.111 0.244 nan 0.679 0.272 2.156 0.083 0.279 0.808 0.113 0.302 0.144 0.096 0.244 0.071 0.273 0.333 0.110 0.148 0.311 0.983 0.259 0.109 0.157 1.573 1.620 0.285 0.401 7.360 nan 4.775 1.423 0.991 1.066 2.488 3.155 1.596 nan 4.672 3.999 1.180 1.798 4.301 3.452 0.737 1.453 3.717 1.845 2.383 0.134 0.042 0.249 0.038 0.510 0.130 0.210 0.132 0.126 0.272 1.069 2.613 0.145 0.069 0.059 0.034 0.198 0.168 0.315 0.610 0.388 0.516 0.135 1.913 0.067 0.229 2.073 0.168 0.396 1.318 0.869 1.128 0.013 0.029 0.084 0.077 0.058 0.514 0.131 0.072 0.095 0.073 0.032 664 chr12 16715157 16768483 + 0 NA intron (NR_045014, intron 2 of 3) intron (NR_045014, intron 2 of 3) 16493 NM_001243611 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.884 2.342 0.812 0.608 0.097 0.343 0.225 0.043 0.545 0.315 0.072 0.042 0.163 0.345 0.020 2.298 1.683 0.256 0.211 0.355 0.012 4.715 2.348 0.073 0.776 0.306 8.336 9.541 0.182 0.191 0.045 0.112 0.240 1.361 0.055 0.907 0.003 0.061 0.260 4.161 0.063 0.187 0.146 0.082 0.118 0.577 0.262 0.178 3.402 4.209 nan 1.118 4.884 1.797 0.319 0.334 0.176 0.320 1.960 2.835 0.525 0.353 0.197 0.251 1.137 0.681 0.522 0.890 1.674 0.929 1.471 0.452 0.007 0.126 0.030 0.075 0.010 0.420 0.178 0.007 0.053 0.288 0.147 0.054 0.015 0.019 0.685 0.073 0.109 0.232 0.073 0.139 0.059 0.065 0.315 0.387 4.442 0.256 0.049 0.062 0.009 0.083 0.051 3.863 0.020 0.146 0.027 0.101 0.039 0.200 0.009 4.099 0.019 0.006 1790 chr21 27103339 27110119 + 0 NA promoter-TSS (NM_001197297) promoter-TSS (NM_001197297) -529 NM_001197297 2551 Hs.473470 NM_002040 ENSG00000154727 GABPA E4TF1-60|E4TF1A|NFT2|NRF2|NRF2A|RCH04A07 GA binding protein transcription factor alpha subunit protein-coding 4.965 2.581 4.927 4.585 2.163 3.643 2.344 2.487 1.857 3.419 2.020 0.355 0.726 2.515 1.834 1.436 0.784 4.485 5.250 1.973 1.114 2.101 1.014 2.143 3.997 3.531 2.797 10.017 1.208 2.200 3.147 0.091 4.125 1.046 2.097 3.005 0.812 3.684 2.538 1.739 0.646 3.281 3.928 1.769 2.962 1.291 7.600 6.420 5.799 7.440 7.398 7.879 5.064 3.052 11.951 12.598 6.095 7.310 6.506 9.300 12.029 10.530 4.427 7.418 5.137 5.836 6.766 6.486 4.361 2.514 2.446 1.833 1.269 2.203 1.001 4.029 2.947 1.801 2.464 2.340 3.530 0.929 2.388 2.880 2.889 1.298 1.062 1.769 1.660 3.795 2.167 3.361 1.818 1.987 3.419 2.980 3.582 4.485 0.760 1.627 1.179 2.669 2.391 1.432 1.041 1.957 1.576 0.983 2.220 2.615 1.681 0.427 1.597 1.260 1878 chr3 12343418 12353688 + 0 NA intron (NM_138711, intron 1 of 7) AluY|SINE|Alu -5326 NM_001330615 5468 Hs.162646 NM_005037 ENSG00000132170 PPARG CIMT1|GLM1|NR1C3|PPARG1|PPARG2|PPARgamma peroxisome proliferator activated receptor gamma protein-coding nan 0.624 0.605 0.085 1.419 0.125 0.032 0.414 0.018 0.051 0.236 0.126 0.535 1.108 0.171 0.061 0.097 0.035 0.161 0.228 0.276 1.074 1.275 2.088 0.963 0.582 0.145 0.221 1.125 0.094 0.042 0.109 0.218 0.335 0.074 1.416 0.178 0.410 0.217 1.627 0.032 0.583 0.108 0.224 0.445 0.606 0.225 0.120 0.212 0.342 0.187 0.361 0.292 0.133 0.143 0.180 0.281 0.364 0.235 0.248 0.444 0.197 0.156 0.134 0.058 0.040 0.220 0.607 0.476 0.430 0.022 1.313 0.630 0.827 0.136 0.035 0.027 0.419 0.174 0.022 0.074 0.084 0.466 0.118 0.084 0.456 0.023 0.026 0.194 1.724 0.065 0.054 0.777 0.051 0.550 0.162 0.035 0.143 0.465 0.047 0.073 0.010 2.117 1.610 1.431 0.637 0.040 0.031 0.120 1.334 3.257 2.027 1.889 2388 chr7 801164 819970 + 0 NA intron (NM_017802, intron 9 of 12) intron (NM_017802, intron 9 of 12) -43254 NM_001164759 5575 Hs.520851 NM_002735 ENSG00000188191 PRKAR1B PRKAR1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit beta protein-coding 1.153 0.711 1.466 0.771 0.109 0.452 0.214 1.303 0.030 0.869 0.152 0.180 0.121 0.533 0.043 0.777 0.540 0.157 0.448 0.853 0.046 0.134 0.011 0.810 nan 0.095 0.217 nan 0.044 0.137 0.145 0.145 1.132 0.031 0.040 0.149 0.025 0.067 0.276 0.029 0.026 1.114 1.422 0.196 0.123 0.105 2.054 1.929 1.045 nan 4.241 3.771 nan 0.076 2.286 2.400 0.496 0.712 nan 0.778 0.194 0.202 0.198 0.234 1.585 1.564 0.280 0.498 1.658 0.907 3.956 0.090 0.020 0.298 0.038 1.699 0.022 0.098 0.054 0.082 0.100 0.360 1.240 0.302 0.064 0.021 0.082 0.381 0.388 0.181 0.182 0.154 0.042 0.082 0.869 0.602 0.068 0.157 0.059 0.022 0.664 0.277 0.179 0.029 0.024 0.089 0.083 0.055 0.032 0.218 0.089 0.089 0.031 0.019 2264 chr6 21173402 21209846 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) intron (NM_017774, intron 13 of 15) 320499 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.390 1.658 nan 1.478 0.125 2.249 1.226 0.134 0.021 3.110 0.341 0.110 0.016 0.177 0.045 0.806 0.745 1.974 0.542 0.278 0.040 0.080 0.038 0.154 0.833 0.177 0.267 nan 0.152 0.100 0.063 0.100 0.159 0.045 0.096 0.140 0.033 0.089 0.183 0.063 0.027 0.090 0.147 0.086 0.133 0.076 0.415 0.409 0.623 nan 1.567 1.978 nan 0.891 0.597 0.599 1.593 1.678 1.434 1.444 2.132 1.493 0.183 0.283 1.645 1.877 0.482 1.309 1.786 0.838 3.356 0.190 0.023 0.216 0.325 1.024 0.110 0.224 0.046 0.012 0.073 0.480 0.192 0.091 0.031 0.034 0.054 0.027 0.036 0.066 0.067 0.096 0.028 0.081 3.110 0.078 0.078 1.974 0.027 0.066 0.534 0.065 0.309 0.035 0.029 0.087 0.058 0.076 0.070 0.457 0.041 0.105 0.014 0.015 1690 chr2 240312737 240324460 + 0 NA intron (NM_006037, intron 1 of 26) intron (NM_006037, intron 1 of 26) 4045 NM_006037 9759 Hs.20516 NM_006037 ENSG00000068024 HDAC4 AHO3|BDMR|HA6116|HD4|HDAC-4|HDAC-A|HDACA histone deacetylase 4 protein-coding 2.686 nan 3.220 1.720 1.132 2.095 1.062 1.528 0.374 2.115 0.336 0.055 0.369 1.509 1.244 0.812 0.469 2.861 1.293 0.660 0.306 1.281 0.394 1.158 2.471 1.550 1.074 3.991 0.518 6.256 1.545 0.108 1.324 0.460 0.919 1.252 0.280 0.727 1.090 0.586 0.432 1.274 2.235 0.722 1.694 0.468 2.792 3.033 2.963 3.400 2.895 2.605 2.043 1.098 4.425 4.112 1.306 1.886 2.808 4.425 2.303 2.341 2.926 4.423 1.376 1.469 2.264 1.465 1.123 0.735 1.914 1.249 0.391 0.729 0.345 1.251 0.924 1.169 1.261 1.355 1.353 0.251 0.651 1.316 1.128 0.661 0.648 2.384 1.953 0.664 2.190 1.586 0.937 1.479 2.115 1.837 1.228 2.861 0.533 1.073 0.247 2.781 1.330 0.509 0.384 0.843 0.446 3.936 1.426 0.549 0.812 0.322 0.830 0.599 617 chr11 128772044 128780200 + 0 NA promoter-TSS (NM_145013) promoter-TSS (NM_145013) 4 NR_045767 219833 Hs.689860 NM_145013 ENSG00000174370 C11orf45 - chromosome 11 open reading frame 45 protein-coding 0.896 1.123 0.977 0.204 0.388 0.923 0.612 0.938 0.053 0.324 0.393 0.059 0.534 0.545 0.008 0.269 0.337 0.911 0.525 0.596 0.622 1.394 1.063 1.673 0.895 0.307 0.088 2.890 0.861 0.165 1.235 0.094 0.302 0.722 0.142 1.387 0.279 0.437 0.457 1.746 0.325 1.812 0.113 0.806 0.250 0.600 0.928 1.954 0.990 1.593 0.785 0.748 4.393 1.097 1.025 1.135 0.229 0.411 0.884 1.162 0.656 0.773 2.601 3.618 0.294 0.274 0.267 nan 0.801 0.547 0.784 1.541 0.668 1.204 0.012 0.174 0.017 0.930 0.631 0.849 0.417 0.094 0.700 0.990 0.946 0.527 0.724 0.581 0.491 9.335 0.749 0.721 0.212 0.596 0.324 0.252 0.046 0.911 0.150 0.327 0.263 1.187 0.143 3.199 0.648 1.148 0.630 0.083 4.244 0.136 2.509 0.081 0.042 0.009 79 chr1 36019127 36024630 + 0 NA intron (NM_024874, intron 1 of 20) intron (NM_024874, intron 1 of 20) 1159 NM_024874 79932 Hs.456507 NM_024874 ENSG00000142687 KIAA0319L AAVR KIAA0319 like protein-coding 4.233 nan 5.882 4.037 2.973 2.555 1.284 2.532 1.546 3.051 2.654 0.233 0.795 2.193 1.641 2.344 1.308 7.505 1.658 1.527 0.918 2.323 0.751 1.228 5.495 3.980 3.078 7.339 1.538 1.802 3.111 0.081 3.081 1.288 1.188 2.616 0.659 2.343 2.449 1.917 0.861 3.248 4.640 2.457 2.081 1.604 2.610 3.047 3.151 4.465 5.959 5.026 nan 1.905 5.768 5.937 3.417 5.325 7.526 10.176 nan 5.584 3.066 4.651 2.511 3.636 3.598 4.737 2.501 nan 3.107 3.131 1.160 2.179 1.847 2.005 2.087 1.548 1.643 2.156 1.781 0.815 1.536 3.865 2.170 1.389 0.925 0.907 0.771 2.412 1.598 3.615 2.205 1.390 3.051 2.083 3.886 7.505 1.053 1.506 1.206 4.031 1.973 1.565 1.557 1.824 0.971 1.173 1.272 1.506 1.880 0.856 2.088 1.280 1420 chr19 21376906 21421194 + 0 NA Intergenic Intergenic 74237 NR_138053 170959 Hs.156256 NM_133473 ENSG00000196705 ZNF431 - zinc finger protein 431 protein-coding nan 0.608 0.576 0.264 0.036 0.159 0.084 0.054 0.032 0.087 0.091 0.121 0.026 0.198 0.312 0.050 0.082 0.130 0.161 0.115 0.056 0.075 0.023 0.187 0.233 0.066 0.085 0.218 0.030 0.046 0.464 0.115 0.130 0.003 0.031 0.106 0.835 5.797 0.155 0.022 0.020 0.095 0.091 0.178 0.061 0.056 0.238 0.142 0.209 0.380 0.224 0.268 0.175 0.080 0.181 0.175 0.145 0.269 0.138 0.178 0.334 0.126 0.075 0.104 0.085 0.070 0.147 0.235 0.326 0.383 0.022 0.074 0.039 0.069 0.027 0.057 0.019 0.052 0.036 0.125 0.037 0.020 0.052 0.083 0.181 0.129 0.045 0.030 0.008 0.086 0.018 0.082 0.020 0.016 0.087 0.228 0.021 0.130 0.026 0.016 0.020 0.032 0.047 0.007 0.111 0.194 0.015 0.016 0.048 0.019 0.350 0.550 0.335 352 chr10 1992379 2021086 + 0 NA Intergenic Intergenic 49810 NR_040253 282980 Hs.576810 NR_040253 ENSG00000234962 LINC00700 - long intergenic non-protein coding RNA 700 ncRNA 0.396 0.545 0.584 0.021 0.043 0.252 0.150 0.024 0.030 0.244 0.104 0.101 0.007 0.025 1.503 0.055 0.077 0.148 0.068 0.132 0.009 0.062 0.007 0.121 0.026 0.040 0.044 0.166 0.020 0.063 0.011 0.086 2.670 0.022 0.069 0.032 0.011 0.060 0.264 0.015 0.008 0.257 0.077 0.041 0.047 0.051 0.321 0.158 0.108 0.215 0.262 0.297 0.159 0.149 0.079 0.050 0.127 0.241 0.232 0.242 0.295 0.315 0.115 0.134 0.026 0.019 0.365 0.997 0.326 0.256 0.017 0.134 0.016 0.045 0.028 0.142 0.005 0.010 0.005 0.018 2.337 0.010 0.022 1.032 0.019 0.011 0.013 0.014 0.013 0.114 0.045 0.067 0.429 0.910 0.244 0.050 0.039 0.148 0.024 0.078 0.067 0.559 0.018 0.004 0.151 0.027 0.020 0.024 0.131 0.090 0.082 0.020 0.012 2502 chr7 148523941 148558127 + 0 NA intron (NM_001203248, intron 3 of 19) intron (NM_001203248, intron 3 of 19) 39567 NM_001203249 2146 Hs.444082 NM_004456 ENSG00000106462 EZH2 ENX-1|ENX1|EZH1|EZH2b|KMT6|KMT6A|WVS|WVS2 enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit protein-coding 1.161 0.737 0.956 0.167 0.188 0.384 0.220 0.200 0.029 0.128 0.221 0.103 0.094 0.248 0.037 0.302 0.234 0.260 0.318 0.393 0.040 0.133 0.015 0.170 0.216 0.102 0.341 0.348 0.043 0.151 0.200 0.171 0.538 0.028 0.073 0.132 0.037 0.143 0.253 0.080 0.059 0.158 0.212 0.241 0.284 0.088 0.660 0.581 0.735 0.766 0.487 0.606 0.410 0.209 1.649 1.612 0.752 0.889 0.466 0.418 0.958 0.450 0.496 0.863 0.176 0.247 1.149 3.303 0.685 nan 0.088 0.089 0.017 0.246 0.058 0.140 0.020 0.144 0.056 0.069 0.175 0.044 0.146 0.138 0.032 0.032 0.104 0.042 0.035 0.149 0.169 0.188 0.042 0.147 0.128 0.142 0.142 0.260 0.032 0.085 0.060 0.073 0.065 0.040 0.011 0.143 0.117 0.061 0.331 0.752 0.046 0.050 0.030 0.018 126 chr1 59217550 59232637 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie 24692 NM_002228 3725 Hs.696684 NM_002228 ENSG00000177606 JUN AP-1|AP1|c-Jun Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 1.035 1.127 1.710 0.192 0.611 0.489 0.288 1.028 0.012 0.714 0.727 0.157 1.662 2.420 0.348 0.211 0.114 0.269 0.227 0.289 0.911 3.179 1.877 0.400 nan 0.523 1.776 0.693 2.272 0.135 0.014 0.133 0.269 2.458 0.155 4.129 0.581 1.713 0.327 2.516 0.091 0.393 2.523 0.439 0.329 0.607 0.351 0.213 0.285 0.416 0.621 0.861 1.187 0.314 0.288 0.288 1.100 1.777 0.634 0.578 0.393 0.146 0.107 0.220 0.226 0.422 0.226 nan 1.184 0.711 0.181 5.235 0.373 1.875 0.073 0.097 0.009 2.707 2.333 0.156 0.414 0.076 0.102 2.745 1.092 0.746 4.162 0.056 0.136 7.598 0.243 1.134 0.351 0.671 0.714 1.676 7.843 0.269 0.347 0.284 0.100 0.412 0.282 5.535 0.781 1.431 2.206 0.076 0.026 0.065 1.416 1.104 0.603 0.588 251 chr1 167186973 167206915 + 0 NA intron (NM_002697, intron 1 of 15) intron (NM_002697, intron 1 of 15) 6821 NR_037163 5451 Hs.283402 NM_002697 ENSG00000143190 POU2F1 OCT1|OTF1|oct-1B POU class 2 homeobox 1 protein-coding 3.182 nan 3.849 1.494 1.489 1.778 0.988 1.137 0.620 1.919 1.126 0.275 0.668 1.878 0.638 1.748 0.835 1.724 1.265 1.473 0.261 1.246 0.589 0.492 2.840 1.398 1.423 3.431 0.744 1.292 1.177 0.120 1.710 0.290 0.514 0.896 0.282 1.098 1.343 1.816 0.377 1.906 2.776 0.942 1.941 0.771 3.326 3.427 3.019 4.143 4.274 nan 2.962 1.668 3.106 3.287 2.228 2.924 2.751 nan 3.104 2.965 2.313 4.546 2.561 3.157 5.605 9.011 1.189 0.886 1.254 1.288 0.588 0.923 0.425 3.550 1.341 1.106 1.010 0.641 1.472 0.719 1.111 1.909 1.261 0.520 0.747 0.986 0.485 0.783 1.629 0.977 0.840 1.512 1.919 1.967 1.093 1.724 1.156 0.711 0.606 1.103 0.908 0.877 0.548 1.325 0.496 0.966 2.234 3.393 0.574 0.911 0.838 0.850 1034 chr16 18934881 18940352 + 0 NA 5' UTR (NM_015092, exon 1 of 63) 5' UTR (NM_015092, exon 1 of 63) 110 NM_015092 23049 Hs.460179 NM_015092 ENSG00000157106 SMG1 61E3.4|ATX|LIP SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase protein-coding 3.457 2.261 nan 5.153 5.145 3.627 1.732 5.517 2.275 2.421 2.453 0.235 1.282 4.416 2.804 1.318 0.799 2.766 2.274 3.364 1.154 4.698 1.000 4.062 6.317 4.447 2.842 8.097 1.960 5.006 2.742 0.098 5.979 0.796 1.881 6.079 1.093 5.638 3.542 1.262 0.933 4.827 5.521 3.397 3.768 1.843 3.176 3.205 2.566 3.492 3.376 3.174 9.352 3.087 10.136 10.786 1.875 2.726 10.514 17.689 nan 4.556 1.663 3.842 4.726 5.546 3.832 5.184 2.614 1.269 2.072 2.524 3.299 2.252 2.133 2.869 1.570 2.841 3.552 2.845 3.050 1.370 1.768 7.112 3.337 1.723 2.624 1.451 1.193 3.807 4.207 2.897 4.012 3.434 2.421 5.394 3.779 2.766 1.317 2.046 1.034 4.151 1.155 2.218 2.447 4.312 2.123 2.727 1.761 2.204 1.579 1.867 1.716 1.293 1594 chr2 114029917 114050011 + 0 NA Intergenic Intergenic -3466 NM_003466 7849 Hs.469728 NM_003466 ENSG00000125618 PAX8 - paired box 8 protein-coding 0.791 nan 0.926 0.087 2.792 0.224 0.127 1.561 0.006 0.162 0.696 0.096 0.831 1.527 0.745 0.047 0.080 0.131 0.195 0.332 0.691 3.167 1.610 1.364 1.416 0.574 2.051 nan 1.665 0.144 0.038 0.043 0.362 0.793 0.103 2.736 1.407 6.161 0.492 1.628 0.177 0.499 0.179 0.929 2.455 0.778 0.299 0.243 4.908 10.127 0.462 nan 0.539 0.175 0.466 0.512 0.161 0.303 0.327 0.450 0.393 0.185 0.465 0.510 0.040 0.052 0.256 0.391 0.152 0.238 0.106 2.473 0.599 0.813 0.060 0.065 0.034 2.375 2.183 0.055 0.096 0.005 0.036 3.775 0.775 0.349 1.757 0.036 0.047 2.855 1.380 0.473 1.059 0.306 0.162 1.532 0.890 0.131 0.178 0.020 0.044 0.126 0.020 2.126 1.833 2.089 1.677 0.081 0.230 0.098 2.564 5.625 1.926 1.459 369 chr10 14878027 14882089 + 0 NA promoter-TSS (NM_001029954) promoter-TSS (NM_001029954) -75 NM_001029954 441549 Hs.559067 NM_001029954 ENSG00000185267 CDNF ARMETL1 cerebral dopamine neurotrophic factor protein-coding nan 3.617 6.207 4.329 3.150 3.235 1.815 4.738 0.368 2.237 4.019 0.514 0.826 2.891 2.899 1.963 0.480 4.770 1.353 1.980 1.463 3.282 0.784 1.814 3.084 2.167 2.007 5.296 1.085 2.300 2.113 0.196 6.145 1.744 2.940 1.488 1.116 4.839 3.617 2.333 1.030 5.209 3.306 2.512 2.973 1.467 5.535 6.175 6.732 10.165 6.840 5.799 15.400 7.302 5.892 6.714 4.786 6.118 5.370 9.243 4.803 5.731 2.128 4.194 4.564 5.154 6.648 5.740 3.159 1.770 0.819 1.811 0.893 3.276 0.446 1.745 2.798 1.800 1.938 2.055 2.142 0.699 2.255 1.749 4.658 1.962 0.620 1.394 0.715 1.910 3.634 2.840 2.636 3.344 2.237 4.868 2.173 4.770 3.206 2.331 0.667 5.210 2.272 1.152 0.897 1.907 1.056 1.080 1.164 1.644 1.784 1.783 1.646 1.014 1533 chr2 24449343 24466822 + 0 NA intron (NM_006277, intron 29 of 39) L1MC1|LINE|L1 60170 NM_001040710 653140 Hs.741736 NM_001040710 ENSG00000186453 FAM228A C2orf84 family with sequence similarity 228 member A protein-coding 1.014 0.772 1.020 0.581 0.087 0.731 0.285 0.079 0.014 0.129 0.115 0.129 0.179 0.025 0.225 0.254 0.226 0.178 0.218 0.021 0.078 0.030 0.125 0.439 0.167 0.234 0.482 0.008 0.104 0.075 0.120 0.252 0.027 0.091 0.168 0.075 0.205 0.014 0.075 0.236 0.084 0.187 0.113 0.505 0.386 0.352 0.363 1.815 1.740 0.557 0.246 0.645 0.634 0.462 0.647 2.210 nan 0.522 0.174 0.257 0.363 0.335 0.218 0.442 0.880 4.123 1.564 0.043 0.063 0.022 0.065 0.035 0.208 0.055 0.020 0.016 0.026 0.062 0.055 0.086 0.110 0.024 0.018 0.030 0.013 0.028 0.119 0.079 0.089 0.036 0.049 0.129 0.097 0.100 0.226 0.064 0.048 0.067 0.041 0.087 0.033 0.034 0.040 0.050 0.073 0.109 0.207 0.035 0.065 0.033 0.017 1548 chr2 42784735 42798057 + 0 NA intron (NM_001282755, intron 2 of 17) intron (NM_001282755, intron 2 of 17) -3789 NM_001282756 57504 Hs.435413 NM_020744 ENSG00000057935 MTA3 - metastasis associated 1 family member 3 protein-coding 1.713 nan 1.629 1.062 0.943 1.184 0.682 0.668 0.289 0.625 0.414 0.199 0.312 1.219 0.884 0.636 0.424 1.631 0.510 0.771 0.177 0.572 0.303 0.219 nan 1.314 1.708 2.284 0.540 0.642 1.422 0.149 1.350 0.248 0.440 0.749 0.123 0.470 0.892 0.319 0.224 0.662 1.888 0.520 5.196 0.236 1.821 2.339 1.225 1.226 nan 2.006 1.617 0.660 3.869 3.918 0.841 1.198 3.815 4.027 1.159 1.091 1.951 3.111 0.366 0.272 0.845 nan nan 0.629 0.382 1.010 1.624 0.402 0.383 0.919 1.153 0.442 0.318 0.746 0.812 0.065 0.452 1.050 0.908 0.591 1.276 0.708 0.663 0.508 1.983 1.532 0.991 2.257 0.625 1.148 0.687 1.631 0.964 4.881 0.372 2.325 0.575 0.341 0.082 0.605 0.354 0.389 1.956 0.490 0.339 0.610 0.258 0.188 651 chr12 11857470 11887274 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 69584 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.792 1.060 1.729 2.131 1.644 0.936 0.454 0.434 0.067 0.314 0.164 0.017 0.353 0.703 0.091 0.416 0.285 0.974 0.247 1.307 0.176 0.928 0.527 0.141 4.379 1.406 1.531 3.807 0.290 0.151 0.080 0.127 0.202 0.186 0.087 0.530 0.034 0.099 0.465 1.108 0.200 1.424 0.845 0.159 0.740 0.329 0.340 0.312 0.525 1.083 nan 0.975 1.614 0.697 0.626 0.738 0.385 0.682 4.865 5.344 0.460 0.246 0.839 1.549 0.089 0.110 0.263 0.467 0.809 0.608 2.433 0.574 0.088 0.794 0.487 1.471 0.042 0.634 0.219 0.032 0.041 0.032 0.032 0.547 0.315 0.217 0.833 0.256 0.374 0.438 0.180 0.299 0.037 0.673 0.314 0.364 0.109 0.974 0.366 0.269 0.036 0.231 0.075 0.311 0.732 0.112 0.552 0.101 1.249 0.112 0.265 0.736 0.021 0.024 176 chr1 151296392 151302884 + 0 NA intron (NM_001198773, intron 1 of 12) intron (NM_001198773, intron 1 of 12) 553 NM_001198775 5298 Hs.632465 NM_002651 ENSG00000143393 PI4KB NPIK|PI4K-BETA|PI4K92|PI4KBETA|PI4KIIIBETA|PIK4CB phosphatidylinositol 4-kinase beta protein-coding nan nan 3.632 2.181 1.850 2.654 1.158 2.273 1.178 1.639 2.336 0.194 1.214 2.355 1.931 1.325 0.913 3.136 1.330 1.778 0.572 1.696 1.299 0.905 18.029 13.976 1.603 9.177 1.305 2.058 2.188 0.172 3.393 1.550 0.990 1.712 0.698 3.308 1.812 2.001 0.434 2.802 3.990 1.097 1.788 1.716 3.553 3.841 5.512 7.318 4.200 nan 4.096 2.571 5.724 6.199 1.677 2.418 4.069 6.077 3.241 2.846 5.113 6.307 2.462 2.606 3.920 4.005 1.791 0.887 1.613 2.655 0.799 2.030 1.598 3.794 1.044 2.087 2.088 1.466 3.025 0.473 0.818 2.596 2.416 1.022 0.945 2.559 2.218 1.971 2.270 2.474 6.256 4.704 1.639 2.263 2.586 3.136 1.642 2.430 0.720 3.874 2.761 1.828 1.134 2.443 1.032 1.077 1.764 1.513 1.174 1.311 1.863 1.133 947 chr15 61315243 61320532 + 0 NA intron (NM_134261, intron 1 of 10) intron (NM_134261, intron 1 of 10) 203615 NM_134261 6095 Hs.560343 NM_002943 ENSG00000069667 RORA NR1F1|ROR1|ROR2|ROR3|RZR-ALPHA|RZRA RAR related orphan receptor A protein-coding 0.602 0.691 nan 0.101 0.028 0.426 0.096 0.029 0.023 0.187 0.103 0.030 0.014 0.046 0.177 0.125 0.263 0.148 0.258 0.023 0.078 0.122 0.183 0.076 0.067 0.384 0.120 0.038 0.100 0.257 0.146 0.035 0.029 0.038 0.124 0.008 0.031 0.089 0.105 0.070 0.092 0.091 0.347 0.396 9.890 5.934 0.303 0.376 nan 0.114 0.170 0.137 0.117 0.246 0.325 0.250 0.484 0.306 0.254 0.269 0.087 0.066 0.258 0.396 0.409 0.427 0.010 0.013 0.102 0.018 0.060 0.026 0.053 0.041 0.014 0.051 0.018 0.029 0.026 0.015 0.029 0.072 0.085 0.173 0.046 0.093 0.015 0.075 0.187 0.040 0.263 0.023 0.046 0.109 0.022 0.020 0.036 0.084 0.082 0.038 0.039 0.015 0.019 0.011 0.029 256 chr1 172851812 172890024 + 0 NA Intergenic Intergenic 149185 NM_005092 8995 Hs.248197 NM_005092 ENSG00000120337 TNFSF18 AITRL|GITRL|TL6|TNLG2A|hGITRL tumor necrosis factor superfamily member 18 protein-coding nan nan nan 0.182 1.275 0.170 0.126 0.415 0.011 0.215 2.021 0.227 0.442 0.847 0.191 0.103 0.132 0.060 0.227 0.795 1.342 0.457 1.461 0.173 0.671 0.162 0.169 0.354 1.116 0.133 0.088 0.133 1.997 0.569 0.156 0.601 0.697 1.837 0.513 0.789 0.294 0.767 0.679 0.245 0.204 0.338 0.386 0.240 0.487 0.823 nan 0.348 0.149 0.077 0.258 0.268 0.234 0.357 0.411 0.325 0.379 0.137 0.250 0.458 0.073 0.128 0.183 nan 0.326 0.382 0.023 1.868 0.160 2.972 0.028 0.109 0.015 0.981 0.358 0.129 2.709 0.007 0.035 0.617 1.076 0.624 0.308 0.071 0.069 1.294 0.488 0.164 0.097 0.314 0.215 0.820 0.455 0.060 0.406 0.078 0.015 0.143 0.063 3.217 0.537 0.424 3.667 0.111 0.112 0.039 0.966 4.789 0.457 0.423 1823 chr22 18631223 18652159 + 0 NA intron (NM_017414, intron 2 of 10) intron (NM_017414, intron 2 of 10) 8933 NM_017414 11274 Hs.38260 NM_017414 ENSG00000184979 USP18 ISG43|UBP43 ubiquitin specific peptidase 18 protein-coding 0.931 nan 1.296 1.546 0.355 1.049 0.671 0.271 0.439 0.780 0.722 0.223 0.356 0.998 0.457 0.835 0.559 1.475 0.436 0.469 0.106 0.739 0.167 0.914 nan 0.719 1.152 3.005 0.377 0.342 0.337 0.072 1.172 0.108 0.326 0.574 0.169 1.041 0.630 0.344 0.158 0.535 0.884 0.284 0.243 0.328 1.915 2.155 0.992 1.244 1.814 1.638 3.101 0.997 2.071 2.170 0.209 0.330 2.946 3.615 1.032 1.208 0.889 1.189 2.285 2.906 0.122 0.208 4.467 2.362 0.671 0.175 0.261 0.308 0.528 1.348 0.151 0.353 0.334 0.311 0.323 0.752 0.256 0.312 0.484 0.280 0.259 0.175 0.161 0.295 0.393 0.489 0.362 0.556 0.780 0.850 0.535 1.475 0.222 0.371 0.450 0.318 0.980 0.165 0.151 0.417 0.149 0.220 0.747 0.076 0.345 0.357 0.072 0.049 2537 chr8 49814557 49818993 + 0 NA Intergenic Intergenic 17224 NM_003068 6591 Hs.360174 NM_003068 ENSG00000019549 SNAI2 SLUG|SLUGH|SLUGH1|SNAIL2|WS2D snail family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.152 nan 0.806 0.099 0.049 0.176 0.036 0.161 0.055 0.346 0.069 0.146 0.212 0.134 0.085 0.105 0.147 0.054 0.141 0.143 0.059 0.095 0.121 0.153 0.107 0.251 0.230 0.121 0.074 0.068 0.549 0.027 0.016 0.062 2.554 7.479 0.377 0.124 0.162 0.213 0.224 0.140 0.065 0.024 0.201 0.206 0.229 0.355 0.356 0.721 0.446 0.145 0.177 0.162 0.306 0.411 0.168 0.127 0.292 0.167 0.203 0.350 0.215 0.364 0.222 0.372 1.043 0.778 0.025 0.461 0.064 0.091 0.041 0.194 0.066 0.084 0.046 0.165 0.027 0.052 0.034 0.052 0.028 0.544 0.073 0.096 0.008 0.076 0.346 0.128 0.041 0.054 0.083 0.037 0.109 0.105 0.844 0.061 0.009 0.125 0.124 0.078 0.044 0.112 0.393 0.363 2.721 2.284 2267 chr6 28317064 28325899 + 0 NA intron (NM_001242894, intron 2 of 6) L2|LINE|L2 491 NM_145909 64288 Hs.656413 NM_030899 ENSG00000235109 ZSCAN31 ZNF20-Lp|ZNF310P|ZNF323 zinc finger and SCAN domain containing 31 protein-coding 1.301 2.234 nan 2.857 1.078 3.137 1.854 6.957 1.352 0.989 0.939 0.230 1.180 2.457 5.711 1.518 1.050 3.991 0.578 1.261 0.392 0.506 0.422 1.497 2.077 1.487 1.582 nan 1.066 2.384 0.970 0.115 5.710 0.642 3.811 2.809 0.646 3.265 1.883 0.664 0.489 1.290 7.762 1.929 1.799 0.896 2.523 2.588 2.511 nan 2.765 1.818 nan 0.796 2.885 3.304 1.222 1.643 4.064 6.159 1.616 1.316 1.234 1.827 2.742 3.550 1.170 1.988 3.426 1.736 2.144 2.837 0.877 3.758 0.753 0.514 0.422 2.002 1.834 0.224 8.424 0.453 0.270 0.854 1.124 0.699 0.219 1.040 1.347 1.079 1.272 2.601 1.422 1.859 0.989 2.577 7.690 3.991 1.841 0.479 0.220 1.650 6.156 0.921 0.285 1.386 0.908 1.724 0.700 0.700 1.721 2.389 0.235 0.075 920 chr15 30915210 30921318 + 0 NA promoter-TSS (NM_001039841) promoter-TSS (NM_001039841) -615 NM_001039841 89839 Hs.659621 NM_001039841 ENSG00000187951 ARHGAP11B B'-T|FAM7B1 Rho GTPase activating protein 11B protein-coding 4.254 nan nan 3.723 1.969 5.542 2.443 2.826 1.378 4.157 3.221 0.553 1.360 3.689 5.651 2.701 2.042 6.664 2.603 2.934 0.867 3.193 1.570 4.075 8.537 5.557 2.182 9.900 2.368 5.989 4.114 0.156 12.680 2.419 3.754 3.734 1.206 7.136 3.292 3.376 1.983 4.966 6.941 4.685 3.052 2.667 4.736 4.876 6.731 8.816 7.373 6.342 6.013 2.602 9.091 9.222 5.733 6.751 6.053 8.634 7.200 6.759 3.060 6.354 6.072 8.041 5.316 6.798 1.934 0.899 3.016 5.616 2.169 4.581 2.021 3.551 2.199 3.215 4.263 1.242 6.444 2.535 2.984 2.626 4.780 2.033 1.868 2.084 2.422 6.275 4.676 4.184 3.623 3.797 4.157 2.883 8.001 6.664 2.641 1.583 1.974 3.277 3.413 4.906 5.262 4.127 1.402 4.148 3.988 2.223 7.207 2.118 3.347 2.407 428 chr10 126722306 126735606 + 0 NA intron (NM_001321013, intron 1 of 9) AluSx1|SINE|Alu -7517 NR_036178 100423041 NR_036178 ENSG00000264572 MIR4296 - microRNA 4296 ncRNA nan 0.918 0.735 0.544 0.227 1.255 0.777 1.471 0.548 0.100 0.506 0.085 0.647 1.812 0.183 0.153 0.089 0.276 0.398 0.652 0.102 1.203 1.402 0.470 4.386 2.386 0.489 0.798 0.616 0.972 0.174 0.091 1.685 0.791 1.699 1.737 0.397 1.140 0.287 1.355 0.527 1.156 0.857 0.785 0.471 0.921 0.455 0.522 1.350 4.689 0.247 0.256 0.923 0.231 0.912 1.002 0.354 0.488 2.271 1.537 0.258 0.140 0.539 1.199 0.131 0.278 0.545 1.766 0.571 0.315 0.242 3.257 0.258 1.506 0.052 0.614 0.103 1.038 0.773 0.250 2.014 0.007 0.285 0.578 0.276 0.175 0.393 0.172 0.226 0.429 1.512 0.185 0.784 1.341 0.100 3.046 0.980 0.276 1.577 0.774 0.091 0.162 0.276 1.482 0.488 1.442 0.344 0.252 0.567 0.222 1.010 0.813 0.013 0.019 2305 chr6 43056852 43096465 + 0 NA intron (NM_001270398, intron 1 of 19) L1MC5|LINE|L1 32106 NM_001270398 5754 Hs.90572 NM_002821 ENSG00000112655 PTK7 CCK-4|CCK4 protein tyrosine kinase 7 (inactive) protein-coding 1.606 1.097 2.812 0.352 0.320 0.612 0.401 0.120 1.086 1.362 0.518 0.181 0.115 0.397 0.098 0.439 0.212 0.614 1.958 0.161 0.141 0.074 0.062 0.169 0.437 0.153 1.442 1.518 0.091 3.489 0.205 0.125 0.473 0.074 0.116 0.143 0.179 0.444 0.562 0.069 0.436 1.111 1.205 0.325 1.195 0.139 1.814 2.656 1.055 1.631 0.747 0.765 2.572 0.831 1.130 1.086 1.372 1.856 1.287 nan 0.866 0.620 1.345 1.594 3.525 3.590 0.695 1.407 1.236 0.768 1.695 0.496 0.543 0.138 0.163 1.298 0.206 0.258 0.113 0.119 0.072 1.154 1.281 0.419 0.213 0.186 0.132 0.801 1.032 1.367 0.117 0.190 0.049 0.311 1.362 0.245 0.063 0.614 0.074 0.697 0.182 0.357 0.125 0.087 0.020 0.417 0.247 2.735 1.611 0.353 0.044 0.455 0.047 0.015 887 chr14 75715538 75728216 + 0 NA Intergenic Intergenic -23604 NM_005252 2353 Hs.25647 NM_005252 ENSG00000170345 FOS AP-1|C-FOS|p55 Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 4.050 3.132 2.049 2.293 0.542 2.380 1.237 0.448 0.588 1.802 0.891 0.329 0.224 0.308 0.519 0.814 0.339 2.108 0.781 0.462 0.131 0.252 0.359 0.455 2.957 0.623 0.970 3.840 0.299 0.473 0.669 0.130 0.967 0.317 0.134 0.279 0.423 1.258 0.588 0.473 0.283 1.415 1.769 0.221 2.139 0.247 0.932 2.714 1.276 2.366 3.268 2.795 1.747 1.732 3.991 4.316 1.734 2.251 3.700 nan 3.330 3.621 1.084 2.363 5.221 4.297 2.689 2.461 4.475 nan 1.497 0.431 0.407 0.481 0.293 2.286 0.498 0.817 0.529 0.316 0.412 0.894 1.089 0.880 1.022 0.591 0.314 0.160 0.201 0.537 1.277 1.542 0.491 2.204 1.802 0.733 0.716 2.108 0.571 2.179 0.691 1.075 0.863 0.230 0.076 0.310 0.167 0.141 1.201 0.400 0.432 0.181 0.250 0.113 72 chr1 32797469 32808516 + 0 NA Intergenic Intergenic -1152 NR_052852 65108 Hs.75061 NM_023009 ENSG00000175130 MARCKSL1 F52|MACMARCKS|MLP|MLP1|MRP MARCKS like 1 protein-coding 3.033 nan 2.809 3.067 1.672 2.209 1.082 0.558 0.101 1.803 0.335 0.087 0.240 0.946 0.136 1.876 0.862 4.113 0.904 0.750 0.265 0.438 0.287 0.511 4.215 1.787 2.068 4.266 0.665 1.142 1.641 0.113 0.430 0.266 0.207 0.226 0.237 0.760 0.716 0.249 0.147 0.895 1.005 0.776 1.315 0.339 6.365 8.449 2.741 3.589 4.428 4.499 nan 1.032 4.240 4.262 1.832 2.684 1.852 2.571 nan 2.773 2.586 5.594 1.397 0.759 2.079 2.034 1.152 nan 1.697 0.662 1.131 0.456 0.668 1.952 0.817 0.699 0.569 0.743 0.246 0.243 1.330 0.350 0.427 0.275 0.805 0.913 0.504 0.253 1.282 1.412 0.335 0.794 1.803 0.832 0.476 4.113 0.232 0.963 0.395 1.469 1.117 0.049 0.151 0.271 0.141 0.424 1.550 0.681 0.379 0.443 0.214 0.153 500 chr11 46430840 46490660 + 0 NA intron (NM_001300731, intron 11 of 16) AluJr4|SINE|Alu -12607 NR_036118 100422825 NR_036118 ENSG00000283497 MIR3160-2 mir-3160-2 microRNA 3160-2 ncRNA nan 1.120 1.090 0.961 0.098 1.554 0.812 0.153 0.022 0.529 0.205 0.126 0.026 0.131 0.032 0.393 0.308 0.540 0.271 0.230 0.048 0.056 0.033 0.117 0.247 0.101 0.109 1.082 0.029 0.140 0.095 0.139 0.472 0.008 0.071 0.096 0.043 0.098 0.391 0.057 0.078 0.224 0.256 0.093 0.179 0.045 0.611 0.783 0.335 0.414 1.942 2.143 1.597 0.467 0.393 0.416 0.753 1.127 0.364 0.442 0.677 0.517 0.314 0.481 1.084 1.196 0.971 nan 1.513 0.824 0.900 0.158 0.026 0.109 0.155 0.206 0.041 0.074 0.046 0.060 0.093 0.313 0.370 0.155 0.062 0.045 0.047 0.027 0.055 0.157 0.137 0.068 0.063 0.083 0.529 0.087 0.073 0.540 0.037 0.043 0.094 0.057 0.138 0.058 0.014 0.089 0.096 0.070 0.079 1.126 0.050 0.060 0.027 0.017 1221 chr17 46721572 46725991 + 0 NA Intergenic CpG -13860 NR_029582 406972 NR_029582 ENSG00000210741 MIR196A1 MIRN196-1|MIRN196A1|mir-196a-1 microRNA 196a-1 ncRNA 0.521 5.121 nan 3.178 5.784 1.021 0.507 2.049 0.059 0.118 0.069 0.043 0.072 0.043 0.440 0.220 0.221 0.146 0.366 0.056 0.169 0.024 1.736 nan 0.403 0.113 2.098 0.033 0.339 2.501 0.194 0.410 0.295 3.326 0.042 0.019 0.107 0.231 0.148 9.295 0.226 0.078 0.088 0.637 0.209 0.196 0.428 0.331 8.849 nan 1.208 0.236 0.238 0.331 0.073 0.223 5.243 nan 0.730 0.311 0.211 0.261 1.985 1.545 0.083 0.150 1.866 1.019 2.944 0.178 0.043 3.819 0.088 0.885 2.036 1.261 1.751 3.896 6.052 0.345 4.210 4.555 1.974 0.055 4.547 3.294 0.807 5.660 4.691 2.611 0.057 0.059 0.115 0.105 0.221 0.144 0.132 0.021 0.912 3.186 1.028 0.009 0.054 0.050 0.651 0.018 4.160 2.632 1496 chr19 54481457 54547917 + 0 NA intron (NM_145814, intron 3 of 3) AluSx|SINE|Alu 19145 NM_145814 59285 Hs.631560 NM_031897 ENSG00000130433 CACNG6 - calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 6 protein-coding 0.548 0.665 0.503 0.055 6.766 0.230 0.130 1.491 0.134 0.082 0.083 0.116 0.260 0.469 2.069 0.064 0.082 0.090 0.126 0.190 0.801 0.444 0.224 0.899 0.349 0.110 0.180 0.183 0.145 0.088 0.472 0.104 0.325 0.137 0.459 0.314 0.341 0.537 0.261 0.028 0.095 0.220 0.630 0.297 1.887 0.240 0.178 0.129 0.165 0.200 0.216 0.236 0.189 0.081 0.172 0.156 0.196 0.313 0.130 0.142 0.311 0.118 0.517 0.679 0.068 0.113 0.129 0.221 0.342 0.352 0.148 0.613 0.074 2.263 0.041 0.044 0.089 0.324 0.268 0.072 0.961 0.026 0.029 1.296 1.698 0.714 0.189 0.022 0.031 0.512 4.473 1.112 0.057 0.474 0.082 0.363 0.963 0.090 0.040 0.146 0.022 1.324 0.046 0.105 0.311 0.725 1.626 0.052 0.193 0.043 0.409 0.087 1.600 1.117 1200 chr17 41515612 41536852 + 0 NA Intergenic Intergenic 4058 NR_031751 100313779 NR_031751 ENSG00000267151 MIR2117 - microRNA 2117 ncRNA 1.760 2.761 nan 0.248 0.148 0.604 0.279 0.355 0.059 0.463 0.216 0.157 0.170 0.373 0.059 0.198 0.182 0.120 0.866 0.315 0.067 0.151 0.148 0.172 nan 1.483 0.349 0.410 0.468 0.144 0.107 0.095 1.047 0.038 0.115 0.259 0.066 0.123 0.847 0.098 1.600 2.295 3.235 0.096 0.168 0.177 0.309 0.298 0.202 0.322 0.334 nan 0.276 0.121 0.454 0.483 1.021 1.386 0.217 nan 1.749 1.402 0.269 0.253 2.680 2.713 0.623 2.838 1.006 0.628 0.044 0.808 0.829 0.308 0.052 0.235 0.052 0.665 0.334 0.063 2.284 1.068 0.184 0.662 0.037 0.057 0.540 0.110 0.199 0.279 3.044 0.090 0.326 1.112 0.463 0.764 0.109 0.120 0.737 0.396 0.580 0.150 0.086 0.057 0.018 0.413 0.052 0.083 0.107 0.951 0.119 0.129 0.136 0.150 1757 chr20 50276125 50284630 + 0 NA intron (NM_006045, intron 13 of 27) intron (NM_006045, intron 13 of 27) -101007 NM_001258294 4773 Hs.744148 NM_012340 ENSG00000101096 NFATC2 NFAT1|NFATP nuclear factor of activated T-cells 2 protein-coding 0.832 0.992 0.735 0.124 0.135 0.437 0.245 0.147 0.015 0.331 0.586 0.171 0.267 0.237 0.726 0.188 0.195 0.198 0.159 0.263 0.058 0.861 0.532 5.738 7.686 5.574 4.600 0.318 0.524 0.050 0.229 0.128 0.330 0.179 0.074 0.186 0.028 0.182 0.273 0.204 0.056 0.618 0.441 0.343 0.499 0.354 1.092 nan 0.268 0.502 0.462 0.505 0.937 0.360 0.712 0.695 0.523 0.733 0.311 0.398 0.441 0.367 0.485 0.518 0.135 0.192 0.428 1.358 0.773 0.470 0.065 0.216 0.023 0.761 0.189 0.095 0.049 0.317 0.109 0.070 0.101 0.023 0.130 0.900 0.135 0.129 0.245 0.082 0.056 0.235 0.783 0.131 0.186 0.182 0.331 0.150 0.076 0.198 0.283 0.233 0.068 0.388 0.012 0.388 0.039 0.438 0.119 0.081 0.105 0.172 0.090 0.131 0.203 0.084 918 chr14 105876651 105889365 + 0 NA TTS (NR_125384) TTS (NR_125384) 3068 NR_125384 100507437 Hs.676548 NR_125384 ENSG00000251602 LOC100507437 - uncharacterized LOC100507437 ncRNA 4.282 1.620 3.202 2.114 1.164 1.949 0.918 1.016 0.287 3.138 1.069 0.257 0.224 0.730 1.943 1.220 0.517 3.193 0.779 1.077 0.175 0.707 0.308 0.846 3.863 2.207 2.035 2.871 0.540 0.805 1.593 0.117 2.054 0.417 0.949 0.855 0.673 1.212 1.249 0.421 0.321 2.505 1.891 0.390 0.750 0.661 1.957 2.542 1.578 2.200 5.373 5.231 5.910 1.751 1.831 1.713 1.750 2.540 2.939 4.588 4.876 5.243 1.442 2.532 1.703 1.770 1.330 1.724 0.690 0.351 2.202 0.875 0.465 0.643 0.575 1.493 1.273 1.464 1.401 0.781 1.532 0.422 1.207 1.194 1.528 0.905 0.526 0.661 0.486 0.488 2.377 4.165 0.535 1.834 3.138 0.541 1.803 3.193 0.605 1.392 0.834 2.634 0.974 0.592 0.083 0.726 0.175 0.482 0.621 0.790 1.311 0.235 0.634 0.272 1682 chr2 235263019 235282703 + 0 NA Intergenic Intergenic 132832 NM_005737 10123 Hs.111554 NM_005737 ENSG00000188042 ARL4C ARL7|LAK ADP ribosylation factor like GTPase 4C protein-coding 1.004 nan 1.153 0.370 0.150 0.581 0.374 0.102 1.240 0.798 0.083 0.066 0.983 1.275 0.315 0.399 0.359 0.543 0.301 0.638 0.019 0.090 0.203 0.263 2.542 0.491 1.877 4.098 1.413 4.321 0.115 0.109 0.671 0.661 2.307 0.652 0.111 0.193 0.354 0.205 1.166 1.226 1.401 0.101 3.153 0.386 0.363 0.224 0.220 0.424 0.442 0.524 2.677 0.496 0.240 0.277 0.966 1.376 2.584 nan 0.547 0.354 0.170 0.288 1.137 1.301 0.263 0.405 0.738 0.500 1.360 2.577 0.940 0.281 0.154 0.503 0.169 1.428 0.879 0.090 0.937 0.364 0.323 0.089 0.089 0.028 0.653 1.411 1.911 0.243 3.267 0.465 0.695 0.960 0.798 1.072 0.962 0.543 0.637 1.503 0.251 0.419 0.598 0.114 0.397 0.373 0.073 2.943 0.064 0.050 0.122 0.096 1.551 1.792 1413 chr19 18432194 18455353 + 0 NA Intergenic Intergenic -7624 NM_001308366 54858 Hs.131776 NM_017712 ENSG00000130517 PGPEP1 PAP-I|PGI|PGP|PGP-I|PGPI|Pcp pyroglutamyl-peptidase I protein-coding 2.170 1.403 1.893 1.188 0.875 1.571 0.954 0.773 0.314 0.996 0.540 0.277 0.350 1.027 1.109 0.582 0.343 0.991 0.845 0.617 0.342 0.930 0.567 1.582 nan 0.914 0.987 1.987 0.334 1.087 0.775 0.093 1.504 0.307 0.369 1.418 0.615 2.214 0.838 0.540 0.448 1.045 2.434 0.775 2.659 0.502 1.096 1.253 1.440 2.113 2.056 2.117 2.729 0.982 1.978 2.053 1.624 2.229 2.965 3.665 2.514 1.948 0.641 0.899 1.206 1.297 1.938 3.075 1.855 0.983 1.135 0.720 0.517 0.638 0.454 0.614 0.300 0.662 0.656 0.759 1.034 0.264 0.250 1.020 0.916 0.472 0.335 0.214 0.300 0.520 1.523 1.644 1.002 0.699 0.996 1.113 0.906 0.991 0.427 0.838 0.461 1.414 0.697 0.644 0.604 0.942 0.451 0.633 0.201 1.086 0.430 0.427 0.251 0.168 2107 chr5 3749246 3756420 + 0 NA Intergenic Intergenic 156665 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.367 0.735 0.758 0.099 0.030 0.128 0.067 0.097 0.026 0.123 0.067 0.181 0.026 0.044 0.017 0.147 0.056 0.217 0.141 0.017 0.199 0.173 0.273 0.171 0.137 0.349 0.020 0.194 0.031 0.119 0.135 0.022 0.143 0.033 0.079 0.287 0.091 0.274 0.102 0.097 0.102 0.100 3.292 1.638 7.847 nan 0.469 0.541 0.089 0.042 0.020 0.065 0.209 0.236 nan 0.216 nan 0.355 0.628 0.948 0.063 0.041 0.103 0.155 0.160 nan 0.024 0.119 0.013 0.090 0.022 0.049 0.020 0.010 0.051 0.010 0.105 0.013 0.141 0.033 0.030 0.065 0.044 0.034 0.083 0.054 0.020 0.124 0.123 0.080 0.013 0.056 0.093 0.081 0.024 0.028 0.036 0.012 0.068 0.015 0.063 0.389 0.017 0.051 0.024 0.014 1108 chr17 2285912 2342983 + 0 NA intron (NR_028335, intron 2 of 2) L3|LINE|CR1 4283 NR_028335 284009 Hs.632244 NM_001025459 LOC284009 - uncharacterized LOC284009 ncRNA 2.277 1.594 1.526 1.148 0.733 1.815 0.965 1.114 0.362 1.886 0.621 0.166 0.781 1.614 1.120 0.731 0.267 2.067 0.427 1.010 0.454 1.491 0.508 0.806 2.507 1.383 1.410 3.624 0.359 0.646 1.078 0.087 1.691 0.509 0.508 0.916 0.174 0.726 1.069 1.048 0.303 1.621 2.003 0.867 1.006 0.761 1.604 1.615 1.447 2.496 3.758 3.585 2.677 1.849 2.846 2.951 1.026 1.578 2.756 4.567 1.446 1.356 0.447 0.599 0.907 1.020 2.289 4.826 1.152 0.696 2.489 1.279 0.412 0.852 0.638 2.164 0.861 0.805 0.992 0.675 1.665 0.233 0.673 1.541 0.574 0.252 1.122 0.348 0.275 1.084 2.458 1.900 0.613 0.929 1.886 3.225 4.171 2.067 0.872 0.474 0.573 1.738 1.236 0.953 0.655 1.495 0.620 0.372 0.230 1.848 0.747 0.575 0.543 0.358 1275 chr17 78690175 78769284 + 0 NA intron (NM_001163034, intron 6 of 29) intron (NM_001163034, intron 6 of 29) 49703 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 1.217 1.119 1.226 1.176 0.240 0.975 0.481 1.106 0.016 1.624 0.656 0.144 0.463 0.800 0.846 0.473 0.370 1.266 0.311 0.485 0.113 0.555 0.416 0.785 1.162 0.320 0.209 2.141 0.912 0.150 0.103 0.112 0.527 0.754 0.335 1.034 0.188 0.321 0.339 0.594 0.074 0.480 0.368 0.457 0.220 0.567 0.647 0.867 0.357 0.608 2.764 2.336 1.454 0.410 0.542 0.559 nan 1.897 3.732 3.685 0.871 0.617 0.698 1.055 1.216 1.457 0.478 0.882 nan 0.815 0.794 1.881 0.061 1.196 0.237 2.747 0.040 1.043 0.682 0.217 0.614 0.227 0.257 1.316 0.255 0.126 0.290 0.158 0.220 1.820 0.582 0.596 0.209 0.786 1.624 0.609 0.559 1.266 0.149 0.461 0.258 0.282 2.086 0.891 0.372 0.564 0.317 0.064 0.730 0.176 1.222 0.487 0.301 0.321 2211 chr5 150992469 151031867 + 0 NA Intergenic Intergenic -44338 NR_109873 101927096 Hs.571023 NR_109873 ENSG00000249035 CTB-113P19.1 - uncharacterized LOC101927096 ncRNA 0.625 nan 0.634 0.076 0.072 0.192 0.163 0.068 0.088 0.172 0.108 0.073 0.371 0.373 0.090 0.047 0.076 0.073 0.121 0.150 0.057 0.238 0.591 0.217 2.875 0.512 0.495 2.641 0.612 0.152 0.075 0.094 4.057 0.037 0.058 0.110 0.168 0.394 2.956 0.346 2.331 2.122 4.964 0.114 0.322 0.074 0.215 0.110 0.184 0.314 0.262 0.254 0.291 0.111 0.093 0.152 0.224 0.343 0.271 0.318 0.394 0.242 0.153 0.178 0.080 0.099 0.151 0.336 0.367 0.362 0.134 0.949 0.329 0.082 0.020 0.100 0.014 0.148 0.066 0.047 0.079 0.007 0.086 0.139 0.056 0.069 0.735 0.053 0.052 0.161 0.068 0.081 0.012 0.061 0.172 0.300 0.073 0.073 0.230 0.023 0.045 0.066 0.031 0.034 0.012 0.141 0.054 0.067 0.018 0.056 0.072 0.086 0.044 0.021 1598 chr2 119579844 119613954 + 0 NA Intergenic Intergenic 8860 NM_001426 2019 Hs.271977 NM_001426 ENSG00000163064 EN1 - engrailed homeobox 1 protein-coding 0.481 nan 0.418 0.044 0.173 0.204 0.103 0.056 0.016 0.088 0.734 0.090 0.022 0.096 0.033 0.065 0.102 0.060 0.088 0.160 0.065 0.063 0.052 0.090 0.100 0.095 0.062 nan 0.039 0.216 0.102 0.054 1.022 0.084 0.044 1.031 0.047 0.132 3.234 0.032 0.247 0.183 0.489 0.090 0.093 0.186 0.239 0.118 0.366 0.478 0.217 nan 0.132 0.085 0.256 0.246 0.101 0.155 0.194 0.222 0.317 0.107 7.609 13.322 0.239 0.145 0.151 0.285 0.108 0.191 0.091 0.037 0.106 0.065 0.021 0.036 0.057 0.073 0.048 0.024 0.064 0.087 0.042 0.165 0.057 0.018 0.041 0.027 0.011 0.286 0.253 0.152 0.095 0.042 0.088 0.067 0.084 0.060 0.093 0.052 0.015 0.342 0.009 0.014 0.006 0.136 0.082 0.053 6.980 0.095 0.056 0.055 0.154 0.109 2282 chr6 33171556 33177676 + 0 NA promoter-TSS (NR_029633) promoter-TSS (NR_029633) -996 NR_029633 407002 NR_029633 ENSG00000199036 MIR219A1 MIR219-1|MIRN219-1|MRI219-1|hsa-mir-219a-1|mir-219|mir-219a-1 microRNA 219a-1 ncRNA nan 2.635 nan 2.518 4.362 2.670 1.021 5.801 0.792 9.503 2.120 0.316 1.642 3.890 6.379 1.558 0.659 5.443 2.033 2.054 1.052 1.962 1.222 2.311 5.494 3.870 3.373 5.491 3.416 1.520 3.248 0.132 3.354 1.268 1.216 2.483 1.354 4.624 2.627 1.242 1.223 5.015 5.016 1.897 1.811 2.011 3.071 5.006 3.993 nan nan 4.186 4.122 1.539 6.904 7.650 2.542 3.411 4.573 6.208 4.456 4.640 1.519 2.970 3.328 3.107 2.443 4.147 2.759 1.270 2.070 5.581 0.587 2.486 2.042 2.437 2.535 1.589 1.511 1.273 1.303 0.671 2.807 3.570 2.717 1.401 1.707 1.276 0.729 2.266 2.087 5.543 3.043 2.252 9.503 7.803 2.584 5.443 1.830 1.520 1.302 5.554 2.840 4.424 0.604 2.218 1.924 0.731 1.303 1.394 2.462 1.527 5.053 2.636 1014 chr16 3988084 4013346 + 0 NA promoter-TSS (NR_120311) promoter-TSS (NR_120311) -270 NR_120311 102724927 Hs.364739 NR_120311 ENSG00000262185 LOC102724927 - uncharacterized LOC102724927 ncRNA 0.882 nan 0.735 0.547 0.371 0.582 0.294 1.988 0.642 0.285 1.618 0.719 0.421 0.819 0.112 0.206 0.174 0.549 0.221 0.693 0.536 2.005 0.625 0.537 4.242 1.595 0.777 0.772 0.551 0.219 0.261 0.104 0.899 0.500 0.436 5.975 1.665 4.298 0.272 0.777 0.186 0.409 0.320 1.412 0.289 0.467 0.503 0.567 0.644 2.267 0.451 0.499 nan 0.470 0.501 0.544 0.374 nan 1.267 1.578 0.728 0.382 0.280 0.385 0.288 0.383 0.328 0.713 0.884 0.645 0.188 2.217 0.219 1.012 0.084 0.171 0.048 2.221 1.988 1.055 1.408 0.053 0.279 0.504 0.351 0.197 0.998 0.092 0.162 0.521 0.779 0.368 0.203 0.533 0.285 1.556 3.079 0.549 0.194 0.269 0.077 0.361 0.495 1.782 0.045 0.954 1.121 0.176 0.090 0.174 0.476 0.359 0.790 0.368 2760 chrX 153143169 153177203 + 0 NA Intergenic Intergenic -7799 NR_027419 554 Hs.567240 NM_000054 ENSG00000126895 AVPR2 ADHR|DI1|DIR|DIR3|NDI|V2R arginine vasopressin receptor 2 protein-coding 1.576 0.804 1.181 0.187 1.327 1.013 0.480 0.157 0.035 0.953 0.046 0.052 0.028 0.037 0.024 0.138 0.104 0.622 0.465 0.088 0.284 0.067 0.040 0.112 0.213 0.067 0.060 0.989 0.034 0.088 0.054 0.054 0.104 0.021 0.023 0.251 0.081 0.115 0.141 0.032 0.050 0.112 0.121 0.503 0.280 0.091 1.028 2.133 0.169 0.251 1.313 1.328 0.773 0.252 0.175 0.183 0.341 0.555 0.225 0.353 3.185 3.325 0.448 0.624 0.331 0.382 0.562 1.167 0.469 0.352 0.668 0.156 0.036 0.035 0.150 2.095 0.049 0.037 0.038 0.082 0.251 0.093 0.378 1.028 0.066 0.030 0.057 0.014 0.011 0.638 0.176 0.113 0.016 0.121 0.953 0.078 0.027 0.622 0.025 0.188 0.639 1.239 0.227 0.028 0.060 0.144 0.364 0.007 0.338 0.232 0.172 0.064 0.034 0.012 843 chr14 29119878 29132902 + 0 NA Intergenic Intergenic 108135 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.943 0.919 0.932 0.960 0.666 0.270 0.228 0.218 0.030 0.609 0.120 0.099 0.379 1.436 0.550 0.168 0.109 0.377 0.131 0.721 0.526 0.701 0.265 2.525 0.942 0.213 0.758 1.640 0.082 0.041 0.141 0.235 0.444 0.029 0.643 0.043 0.432 0.615 0.500 0.193 1.405 0.328 0.143 0.071 0.289 0.192 0.141 0.258 0.353 0.441 0.590 11.309 5.295 0.243 0.226 0.445 0.522 0.691 0.795 0.702 0.317 0.115 0.117 2.292 2.701 0.195 0.222 0.437 0.506 0.074 1.120 0.007 0.432 0.077 0.403 0.176 0.060 0.006 0.241 0.411 0.091 0.234 0.088 0.051 1.100 0.278 0.401 0.254 0.069 0.038 0.351 0.503 0.609 1.159 0.034 0.377 0.686 0.790 0.022 0.053 0.078 1.576 0.336 1.229 0.022 0.265 0.015 0.029 0.950 0.421 0.058 0.039 1856 chr22 41761774 41768503 + 0 NA intron (NM_001145398, intron 1 of 3) intron (NM_001145398, intron 1 of 3) 1801 NM_001145398 7008 Hs.181159 NM_003216 ENSG00000167074 TEF - TEF, PAR bZIP transcription factor protein-coding 3.207 nan 2.195 0.954 0.323 0.793 0.405 0.208 0.082 0.749 0.490 0.143 0.084 0.239 0.038 0.490 0.283 1.013 1.551 0.408 0.037 0.646 0.234 0.214 1.453 0.341 0.390 0.760 0.131 0.302 0.179 0.053 0.619 0.123 0.056 0.360 0.190 0.327 0.311 0.098 0.202 0.659 0.474 0.198 0.327 0.170 1.366 1.927 0.656 1.242 2.283 1.909 2.949 0.634 0.658 0.675 1.749 nan 4.857 6.464 10.179 13.976 0.572 0.646 0.586 0.827 1.358 3.264 0.878 0.722 0.935 0.605 0.029 0.261 0.116 3.880 0.020 0.212 0.109 0.078 0.104 0.126 0.684 0.177 0.018 0.012 0.034 0.094 0.145 0.104 0.212 0.169 0.375 0.203 0.749 0.317 0.138 1.013 0.018 0.124 1.717 0.182 0.662 0.028 0.088 0.258 0.248 0.103 0.117 1.509 0.146 0.167 0.009 0.007 2529 chr8 37739460 37775192 + 0 NA promoter-TSS (NM_025151) promoter-TSS (NM_025151) -311 NM_001002814 80223 Hs.191179 NM_025151 ENSG00000156675 RAB11FIP1 NOEL1A|RCP|rab11-FIP1 RAB11 family interacting protein 1 protein-coding 1.176 2.159 nan 2.869 4.640 0.639 0.331 0.291 2.364 1.132 0.189 0.118 0.377 0.708 0.078 0.496 0.259 0.981 0.357 1.086 0.409 1.832 1.664 0.282 2.392 0.989 2.502 1.059 0.791 0.940 0.954 0.129 0.730 0.155 0.128 0.479 0.149 0.253 0.562 1.714 0.626 0.390 1.173 0.466 1.600 0.280 0.846 1.099 1.173 3.122 0.965 0.995 2.027 1.072 0.628 0.696 0.335 0.595 1.860 2.668 0.559 0.449 0.396 0.571 0.797 1.169 0.564 1.099 1.459 1.099 0.165 1.303 0.219 0.257 0.472 0.935 0.245 1.158 0.779 0.118 0.106 0.152 0.097 0.379 0.276 0.281 1.167 0.271 0.234 0.221 0.799 0.340 0.124 0.602 1.132 1.873 0.770 0.981 0.752 0.930 0.090 0.315 0.229 0.674 0.255 0.359 0.698 1.226 0.144 0.170 0.141 0.673 0.069 0.033 1491 chr19 50421487 50429461 + 0 NA intron (NM_001193357, intron 1 of 1) MER90a|LTR|ERV1 -6485 NM_012068 22809 Hs.9754 NM_012068 ENSG00000169136 ATF5 ATFX|HMFN0395 activating transcription factor 5 protein-coding 1.389 0.746 1.027 0.321 0.235 12.283 6.679 0.345 1.622 0.224 0.128 0.165 0.296 0.158 0.321 0.080 2.090 5.707 0.280 0.093 0.146 0.027 0.152 0.521 0.249 0.133 0.884 0.019 1.234 1.507 0.091 0.452 0.088 0.145 0.207 0.050 0.190 0.383 0.096 0.158 0.266 1.115 0.256 0.288 0.222 1.743 2.754 0.499 0.805 4.378 4.101 0.746 0.291 3.340 3.510 0.987 1.320 0.594 0.751 0.817 0.877 4.658 5.424 0.385 0.577 0.407 1.405 0.997 0.465 2.323 0.196 0.052 0.298 0.101 2.973 1.162 0.069 0.045 0.474 0.163 0.131 2.956 0.211 0.098 0.050 0.039 0.185 0.151 0.553 0.521 0.464 0.180 0.173 1.622 0.169 0.035 2.090 0.016 0.051 1.738 0.333 0.172 0.019 0.021 0.282 0.142 0.072 2.322 0.245 0.047 0.072 0.101 0.064 1362 chr18 74228387 74246700 + 0 NA Intergenic Intergenic -3069 NR_015417 284276 Hs.390287 NR_015417 ENSG00000263812 LINC00908 - long intergenic non-protein coding RNA 908 ncRNA nan nan 0.657 1.017 0.075 3.343 1.807 0.427 0.010 2.325 0.054 0.087 0.021 0.069 0.007 1.097 0.600 7.766 0.101 0.239 0.020 0.037 0.029 0.123 0.173 0.048 0.089 1.160 0.063 0.117 0.036 0.081 0.200 0.032 0.033 0.051 0.056 0.255 0.024 0.042 0.109 0.081 0.049 0.321 0.068 0.614 0.774 0.279 0.389 6.947 nan 5.913 3.366 0.538 0.582 0.078 0.135 4.369 nan 1.664 1.644 0.521 0.660 1.428 0.813 0.759 1.135 4.203 2.456 0.043 0.108 0.010 0.115 0.280 0.252 1.452 0.122 0.083 0.044 0.711 0.049 0.796 0.064 0.010 0.025 0.016 0.071 0.052 0.148 0.129 0.035 0.039 0.072 2.325 0.074 0.020 7.766 0.046 0.041 0.063 0.128 0.556 0.004 0.007 0.047 0.036 0.046 0.367 0.282 0.046 0.032 0.016 0.003 1804 chr21 36506513 36526586 + 0 NA Intergenic Intergenic -94954 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 0.614 0.584 0.772 0.117 4.675 0.329 0.160 0.071 0.068 0.352 0.152 0.121 0.283 0.559 0.104 0.024 0.053 0.234 0.251 0.324 0.154 0.853 1.909 0.195 0.453 0.217 0.612 0.534 1.763 0.128 0.005 0.080 2.734 0.906 0.052 0.202 0.289 0.380 1.426 0.392 1.332 1.129 0.276 0.287 1.808 0.186 0.713 0.997 4.331 12.417 0.381 0.536 0.391 0.102 0.301 0.342 0.172 0.270 0.438 0.420 0.407 0.157 0.221 0.376 0.083 0.095 0.169 0.224 nan 0.658 0.073 2.295 0.375 1.218 0.026 0.181 0.014 0.390 0.224 0.067 0.053 0.009 0.024 0.657 0.201 0.144 0.489 0.023 0.056 0.299 0.126 0.878 0.047 0.470 0.352 0.387 0.391 0.234 0.415 0.317 0.024 0.072 0.025 1.483 1.891 0.531 0.477 0.045 0.084 0.024 1.120 3.318 1.194 1.057 2315 chr6 45614221 45636125 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 234859 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.349 0.786 0.628 0.131 0.102 0.143 0.132 1.528 0.028 0.415 0.271 0.133 0.615 0.598 0.334 0.107 0.109 0.066 0.085 0.175 0.469 0.174 1.195 0.291 0.585 0.106 0.162 0.454 1.456 0.156 0.035 0.117 0.149 0.837 0.143 0.813 2.044 4.330 0.468 0.284 0.389 0.693 0.427 0.663 0.452 0.634 0.597 0.743 0.549 1.749 0.252 0.273 0.098 0.064 0.380 0.374 0.087 0.218 0.455 nan 0.423 0.266 0.547 0.671 0.063 0.078 0.271 0.677 0.453 0.505 0.038 3.251 0.126 1.826 0.046 0.105 0.013 0.785 0.354 0.020 0.071 0.026 0.044 1.061 1.228 0.811 0.319 0.280 0.361 5.143 0.052 0.634 0.436 0.216 0.415 0.598 0.167 0.066 0.229 0.100 0.017 0.231 0.084 1.653 0.201 1.134 1.061 0.434 0.302 0.429 2.215 0.437 3.505 3.902 632 chr12 6637061 6652817 + 0 NA intron (NM_001256799, intron 1 of 7) intron (NM_001256799, intron 1 of 7) 554 NM_001256799 2597 Hs.544577 NM_002046 ENSG00000111640 GAPDH G3PD|GAPD|HEL-S-162eP glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase protein-coding 3.407 nan nan 5.559 3.016 3.742 1.891 2.712 2.244 3.194 0.566 0.091 0.926 3.000 5.166 1.313 1.121 2.868 2.176 4.125 1.061 3.511 1.392 1.962 6.645 3.864 2.995 7.215 1.413 2.923 2.955 0.166 2.656 1.833 2.211 4.277 0.432 2.250 3.160 2.508 1.678 6.035 5.173 1.476 3.635 1.904 1.823 2.020 3.710 5.297 nan 6.186 8.620 2.696 2.870 2.936 2.305 3.300 3.048 3.791 3.655 5.096 1.676 2.707 3.436 3.506 3.139 nan 1.083 0.708 3.064 2.644 2.268 2.943 1.662 2.963 1.273 2.709 3.352 1.565 5.291 0.868 3.292 4.582 2.337 1.091 2.217 1.720 1.243 10.148 5.088 6.392 1.948 2.073 3.194 3.038 3.004 2.868 1.645 1.856 3.274 11.161 1.198 3.589 3.352 1.994 1.955 2.176 1.274 1.486 1.984 1.049 2.536 1.530 2357 chr6 126109951 126143638 + 0 NA intron (NR_126386, intron 1 of 2) MIRb|SINE|MIR 13210 NR_126386 104355145 Hs.590370 NR_126386 ENSG00000232131 NCOA7-AS1 - NCOA7 antisense RNA 1 ncRNA 1.827 1.275 1.280 1.061 0.244 2.813 1.475 0.654 0.653 0.968 1.894 0.236 0.146 0.562 0.806 0.352 0.254 0.954 0.528 0.443 0.632 0.510 0.145 0.531 0.968 0.490 0.673 1.798 0.113 0.384 0.658 0.127 0.787 0.172 0.471 1.194 0.102 0.306 0.391 0.461 0.151 0.672 0.470 0.604 1.332 0.358 1.591 2.147 0.778 1.898 1.877 1.733 2.722 1.170 1.150 1.210 1.035 1.337 0.987 1.295 1.418 1.441 1.006 1.512 2.636 2.630 0.580 1.051 0.842 0.586 2.722 0.510 0.261 1.782 0.172 2.148 0.590 0.631 0.395 0.200 1.238 0.902 0.314 0.895 0.355 0.191 0.320 0.280 0.212 0.198 0.761 0.973 0.138 0.447 0.968 0.305 0.785 0.954 0.185 0.354 0.306 0.773 0.465 0.295 0.042 0.261 1.275 0.108 1.302 0.408 0.262 0.448 0.147 0.069 394 chr10 65223876 65226643 + 0 NA exon (NM_001322252, exon 1 of 25) exon (NM_001322252, exon 1 of 25) 270 NR_027182 84989 Hs.659950 NM_032903 ENSG00000272767 JMJD1C-AS1 - JMJD1C antisense RNA 1 ncRNA 4.025 nan 3.242 2.702 7.217 2.828 1.248 4.447 4.787 0.644 2.894 0.286 0.888 2.896 1.723 1.650 0.659 3.726 0.661 2.118 3.443 4.712 2.374 2.265 4.732 3.203 2.278 16.855 0.759 3.584 4.751 0.187 6.306 1.715 3.568 3.961 1.011 4.354 1.119 2.743 1.377 7.418 4.322 6.971 4.432 1.691 3.577 5.222 7.266 8.944 4.271 3.885 5.466 2.540 12.126 11.492 4.577 5.111 3.634 8.399 1.963 2.413 1.489 4.424 2.409 2.808 2.048 nan 2.450 1.030 3.839 3.792 3.828 2.570 1.265 2.726 2.960 2.481 2.955 1.202 0.478 0.549 1.952 7.458 4.017 1.874 0.883 1.189 0.652 2.312 4.833 3.797 1.232 2.286 0.644 4.274 5.609 3.726 1.012 1.174 0.593 1.783 2.253 1.200 1.278 2.962 5.301 2.127 1.604 0.357 2.568 2.859 0.749 0.146 1371 chr19 1565670 1580397 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -4976 NM_001174118 399664 Hs.436495 NM_203304 ENSG00000181588 MEX3D MEX-3D|MEX3|OK/SW-cl.4|RKHD1|RNF193|TINO mex-3 RNA binding family member D protein-coding 1.783 1.189 3.038 1.360 0.497 0.958 0.582 0.610 0.093 1.559 0.391 0.144 0.112 0.863 0.149 0.524 0.357 1.791 0.597 0.314 0.109 0.789 0.072 0.441 1.197 0.362 0.858 2.699 0.109 0.995 0.727 0.064 0.705 0.088 0.298 0.440 0.189 0.800 0.620 0.200 0.104 0.589 0.438 0.247 0.251 0.268 0.679 0.784 1.615 2.188 2.400 1.971 1.122 0.382 1.561 1.473 0.760 1.380 0.593 nan 1.205 0.959 0.312 0.453 1.513 1.232 1.530 1.102 1.453 0.855 5.063 0.304 0.131 0.155 0.101 1.899 0.479 0.527 0.638 0.434 0.335 0.218 0.156 0.358 0.164 0.149 0.145 0.728 0.287 0.306 0.542 0.865 0.109 0.334 1.559 1.737 0.252 1.791 0.150 0.594 0.602 1.560 1.296 0.264 0.081 0.455 0.091 0.415 0.060 0.291 0.206 0.161 0.497 0.332 2484 chr7 114046090 114073649 + 0 NA intron (NM_148898, intron 1 of 17) intron (NM_148898, intron 1 of 17) 4817 NM_014491 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding nan 0.862 2.680 0.164 0.116 1.326 0.728 0.097 0.016 0.506 0.292 0.082 0.027 0.077 0.025 1.133 0.807 3.061 0.303 0.634 0.036 0.091 0.027 0.299 0.181 0.097 0.328 3.425 0.048 0.089 0.157 0.142 3.133 0.009 0.045 0.094 0.003 0.111 0.412 0.024 0.214 0.374 0.174 0.090 0.137 0.120 3.033 2.508 1.735 1.548 0.354 0.523 3.538 3.739 0.275 0.280 3.218 3.781 0.736 1.097 1.666 1.319 0.337 0.563 3.625 4.289 1.237 1.852 0.848 0.649 0.068 0.042 0.010 0.127 0.055 3.095 0.287 0.015 0.010 0.066 0.061 0.929 0.610 0.047 0.007 0.006 0.031 0.040 0.097 0.083 0.130 0.132 0.129 0.170 0.506 0.023 0.034 3.061 0.049 0.438 0.141 0.055 0.493 0.034 0.020 0.034 0.068 0.065 0.061 0.625 0.011 0.058 0.008 0.013 2257 chr6 15242374 15250271 + 0 NA 5' UTR (NM_004973, exon 1 of 18) 5' UTR (NM_004973, exon 1 of 18) 116 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 5.048 nan 4.090 4.027 2.401 2.411 1.420 2.960 1.363 3.348 1.812 0.468 0.601 3.169 1.690 1.277 0.623 5.170 1.603 1.505 0.737 1.797 0.905 2.016 3.576 3.225 3.395 2.878 1.238 2.085 2.923 0.190 3.664 1.112 2.052 2.622 1.515 5.730 3.665 0.858 1.615 1.513 6.299 2.147 4.290 1.024 2.200 4.052 10.610 10.197 5.449 4.439 4.338 1.493 5.918 5.479 2.817 3.606 3.704 5.126 8.520 11.446 2.014 4.739 3.752 3.158 3.632 6.076 1.566 0.947 1.179 1.149 1.433 2.032 0.745 4.463 2.765 1.693 1.723 0.925 1.341 0.955 2.571 4.241 2.080 1.047 0.939 1.836 1.229 1.821 2.660 3.981 1.601 2.373 3.348 4.847 2.771 5.170 1.054 2.119 1.454 4.675 1.662 1.927 1.337 1.754 1.085 1.253 2.104 2.644 1.966 1.761 0.992 0.988 610 chr11 128041812 128053615 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 344492 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.753 1.041 0.711 0.329 0.780 2.793 1.524 0.638 0.063 0.544 0.388 0.111 0.610 0.583 1.004 0.378 0.159 1.720 0.097 0.260 0.713 0.522 2.091 0.157 0.406 0.181 0.068 0.587 0.933 0.145 0.312 0.134 0.068 0.911 0.115 0.807 1.004 1.865 0.214 2.975 0.108 0.522 0.067 0.297 0.212 0.229 0.778 0.932 0.595 0.626 1.185 1.078 2.996 0.914 0.299 0.273 0.178 0.287 1.148 1.123 0.418 0.241 0.672 0.929 0.301 0.322 0.189 nan 1.125 0.898 0.036 1.528 0.380 0.674 0.035 0.120 1.340 0.493 0.468 0.036 0.032 0.101 10.532 5.262 2.557 0.633 0.040 0.031 6.331 0.214 1.608 0.033 0.293 0.544 0.121 4.776 1.720 0.141 0.354 0.008 0.517 0.034 1.287 0.844 0.671 1.206 0.029 0.149 0.124 1.072 0.698 0.268 0.103 514 chr11 61579582 61585831 + 0 NA promoter-TSS (NM_001281501) promoter-TSS (NM_001281501) 6 NR_031729 100302263 NR_031729 ENSG00000149485 MIR1908 MIRN1908|hsa-mir-1908|mir-1908 microRNA 1908 ncRNA nan 4.291 2.691 7.083 3.259 8.498 3.517 5.010 1.032 5.100 3.466 0.439 1.274 4.493 5.022 3.054 1.077 7.046 2.634 2.821 1.585 3.219 1.968 1.840 6.862 2.240 3.236 11.040 2.734 5.578 6.135 0.191 1.042 1.519 2.530 3.332 1.005 2.901 2.345 1.724 1.779 5.288 4.122 4.273 4.872 2.979 7.635 8.399 4.752 7.554 17.704 14.981 8.404 5.263 8.680 8.883 2.962 3.828 7.741 10.785 5.864 6.549 3.601 7.337 7.957 6.571 3.759 6.278 3.786 2.226 7.439 2.910 1.459 2.488 3.331 6.405 3.479 2.139 2.715 3.181 4.341 2.184 3.392 7.210 4.457 2.135 2.104 4.072 2.548 7.253 6.150 4.459 2.360 2.417 5.100 6.794 4.274 7.046 1.406 0.996 2.255 4.613 3.434 2.018 4.136 3.542 2.656 3.201 4.312 2.760 1.998 2.300 3.378 2.296 2659 chr9 32663284 32675379 + 0 NA Intergenic Intergenic -33664 NM_153809 138474 Hs.591086 NM_153809 ENSG00000122728 TAF1L TAF(II)210|TAF2A2 TATA-box binding protein associated factor 1 like protein-coding 0.577 nan 0.636 0.073 0.075 0.208 0.145 0.844 0.005 0.084 0.045 0.067 0.236 0.239 0.332 0.064 0.111 0.098 0.160 0.272 0.010 0.260 1.386 0.082 3.710 0.854 0.595 0.249 0.364 0.159 0.040 0.062 0.109 0.885 0.458 0.504 0.175 0.389 0.230 0.470 0.013 0.085 0.358 0.100 0.265 0.749 0.211 0.186 0.215 0.226 0.208 0.318 0.163 0.120 0.142 0.122 0.206 0.329 0.112 0.141 0.394 0.357 0.185 0.228 0.057 0.121 0.163 0.273 0.571 0.630 0.020 2.093 0.039 0.076 0.025 0.030 0.023 4.605 4.044 0.030 0.077 0.032 0.020 0.122 0.273 0.153 0.945 0.035 0.071 0.133 0.067 0.058 1.360 3.472 0.084 0.230 0.785 0.098 1.737 0.608 0.032 0.015 0.008 0.325 0.073 1.442 0.072 0.019 0.025 0.113 0.985 0.204 0.014 0.017 2444 chr7 55431644 55435989 + 0 NA exon (NM_018697, exon 1 of 9) exon (NM_018697, exon 1 of 9) 675 NM_018697 55915 Hs.595384 NM_018697 ENSG00000132434 LANCL2 GPR69B|TASP LanC like 2 protein-coding nan 7.601 11.356 6.707 6.426 6.270 3.249 4.018 3.323 6.998 3.108 0.295 1.133 2.548 2.758 4.842 2.351 10.190 5.882 3.727 1.767 6.849 1.214 3.630 9.652 8.974 42.286 12.564 0.971 4.405 6.936 0.257 4.183 1.685 2.189 10.121 1.429 4.017 5.226 2.208 1.479 8.510 10.642 4.499 9.899 3.658 14.310 13.966 10.339 13.266 18.601 17.008 13.487 6.255 12.440 12.384 5.168 6.788 16.809 21.261 8.938 9.596 6.766 12.748 8.574 7.075 7.687 5.734 5.414 3.021 10.576 2.978 2.002 3.193 3.609 4.018 2.586 2.864 4.295 2.103 1.104 1.209 3.728 4.731 2.831 1.449 18.191 2.671 2.414 4.016 3.895 4.365 3.215 2.564 6.998 4.138 6.515 10.190 2.280 3.579 1.830 5.902 5.468 2.358 2.213 6.040 2.179 2.927 2.943 2.337 2.292 2.020 2.266 1.796 725 chr12 66015321 66093162 + 0 NA Intergenic Intergenic -18089 NR_120431 100507065 Hs.591038 NR_120431 LOC100507065 - uncharacterized LOC100507065 ncRNA 0.852 0.589 0.641 0.070 1.602 0.166 0.115 0.742 0.135 0.135 0.238 0.114 0.880 1.138 1.248 0.080 0.111 0.042 0.096 0.260 0.355 1.154 2.855 0.350 3.904 2.185 1.104 0.257 1.723 0.071 1.096 0.094 1.222 2.831 0.092 0.601 0.044 0.152 0.588 1.645 0.199 2.665 0.606 0.071 0.614 0.983 0.231 0.121 0.252 0.573 0.332 nan 0.117 0.073 0.120 0.142 0.390 0.504 0.327 0.332 0.424 0.178 0.110 0.193 0.036 0.047 0.435 1.151 0.201 0.376 0.016 3.106 0.023 5.061 0.066 0.056 0.255 0.658 0.250 0.014 0.244 0.011 0.019 1.401 0.573 0.366 0.923 0.044 0.061 3.400 0.146 1.542 0.067 0.300 0.135 0.510 2.325 0.042 0.209 0.182 0.016 0.560 0.030 3.214 1.405 0.442 0.883 0.035 0.031 0.341 0.968 3.273 0.953 1.173 513 chr11 61558464 61563764 + 0 NA intron (NM_004111, intron 1 of 1) (TTAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 1005 NM_004111 2237 Hs.409065 NM_004111 ENSG00000168496 FEN1 FEN-1|MF1|RAD2 flap structure-specific endonuclease 1 protein-coding nan 5.377 3.535 8.158 3.456 6.720 3.968 4.197 2.386 5.699 3.129 0.334 1.251 3.096 3.689 2.913 1.582 5.918 2.557 3.315 0.864 2.361 2.009 2.430 8.433 4.713 3.391 12.828 3.231 4.404 4.374 0.169 5.108 1.474 2.539 4.366 1.361 5.503 4.273 2.189 1.429 5.923 6.554 1.876 4.470 2.338 13.234 9.110 10.675 14.745 17.051 17.370 10.845 8.519 17.507 19.792 8.650 10.137 10.069 16.054 10.204 10.040 9.321 13.059 8.780 13.955 8.010 7.198 4.110 2.134 5.663 4.061 1.564 2.409 3.260 4.098 3.213 1.836 2.674 2.213 4.047 2.301 2.053 6.897 5.884 2.671 2.252 2.049 1.597 5.217 3.625 3.243 1.651 2.141 5.699 5.533 3.227 5.918 1.634 1.872 1.839 3.948 3.050 3.121 3.500 3.460 1.752 3.539 2.523 2.052 3.396 2.225 2.271 1.640 50 chr1 17864676 17933801 + 0 NA intron (NM_018125, intron 1 of 28) L2b|LINE|L2 -7810 NM_001319837 55160 Hs.443460 NM_018125 ENSG00000074964 ARHGEF10L GrinchGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 10 like protein-coding 1.413 0.892 nan 0.085 0.747 1.476 0.897 0.682 0.061 0.526 1.276 0.205 0.649 1.338 0.196 0.595 0.235 0.388 0.916 0.303 0.163 0.597 0.422 0.160 4.192 0.978 1.258 1.321 0.721 0.309 0.315 0.116 0.248 0.254 0.137 0.977 0.221 0.298 0.339 1.054 0.084 1.011 0.424 0.454 0.833 0.258 1.393 2.469 0.619 1.065 1.910 1.714 1.552 0.595 0.955 nan 0.690 nan 2.112 2.180 nan 0.857 0.826 1.289 0.332 0.307 0.465 1.209 0.639 0.543 1.020 1.026 0.514 0.615 1.099 1.753 0.084 1.232 0.935 0.314 0.128 0.081 0.272 0.234 0.251 0.162 0.576 0.088 0.090 0.369 0.668 0.224 1.426 1.138 0.526 1.213 0.043 0.388 0.431 0.436 0.484 0.399 0.704 0.372 0.297 0.454 0.237 0.129 0.980 0.152 0.076 0.515 0.094 0.077 2645 chr9 6407411 6415738 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1577 NM_152896 115426 Hs.493401 NM_152896 ENSG00000147854 UHRF2 NIRF|RNF107|TDRD23|URF2 ubiquitin like with PHD and ring finger domains 2 protein-coding 2.594 4.262 2.576 2.249 1.444 2.213 1.172 0.731 0.940 2.723 0.982 0.232 0.367 1.791 0.478 1.601 0.714 1.852 0.783 1.220 0.312 1.463 0.214 0.801 1.364 1.029 0.458 3.680 0.911 1.640 0.950 0.127 1.716 0.644 0.451 0.636 0.254 1.410 0.979 1.026 0.462 3.409 3.517 1.418 0.854 0.959 1.580 1.575 3.065 4.299 4.225 3.716 4.919 2.028 2.618 2.564 5.301 7.373 2.261 3.548 3.165 3.773 1.674 3.369 3.205 3.018 2.795 nan 2.767 2.152 1.365 1.578 0.577 0.314 0.205 1.543 0.596 0.905 0.790 0.833 0.710 0.592 1.414 1.164 1.113 0.577 0.877 1.078 0.858 1.214 2.191 2.641 1.298 0.511 2.723 1.674 2.034 1.852 0.623 0.351 0.376 1.076 1.415 1.022 0.252 0.531 0.269 0.842 0.773 0.426 0.680 0.237 0.567 0.396 1519 chr2 10077771 10095638 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -5088 NM_198182 29841 Hs.418493 NM_198182 ENSG00000134317 GRHL1 LBP32|MGR|NH32|TFCP2L2 grainyhead like transcription factor 1 protein-coding 1.341 0.836 1.358 0.341 0.565 0.479 0.341 0.226 1.237 0.379 0.184 0.054 0.256 0.919 0.045 0.368 0.250 0.542 0.250 0.776 0.062 0.769 0.396 0.108 7.960 4.403 4.564 2.473 0.335 0.126 0.361 0.126 0.549 0.086 0.156 0.380 0.138 0.227 0.685 1.568 0.149 0.326 2.428 0.266 2.691 0.377 0.387 0.529 0.604 1.112 0.939 1.014 1.060 0.270 0.377 0.349 0.600 0.916 0.810 nan 0.588 0.446 0.471 0.880 0.236 0.300 0.517 nan 0.832 0.641 0.165 0.566 0.236 0.129 0.079 0.531 0.057 0.202 0.092 0.245 0.124 0.021 0.164 0.526 0.128 0.131 0.648 0.458 0.337 0.240 0.612 0.654 0.325 1.665 0.379 2.038 0.626 0.542 0.940 1.239 0.108 0.631 0.431 0.099 0.061 0.221 0.031 0.032 0.095 0.152 0.099 0.604 0.110 0.023 1994 chr3 181551076 181640068 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -74580 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 0.969 1.343 0.787 0.330 0.154 1.188 0.619 0.108 0.348 0.192 0.128 0.152 0.219 0.366 0.033 0.429 0.350 0.309 0.203 0.556 0.026 0.132 0.054 0.163 2.058 0.436 0.582 0.657 0.296 2.797 2.575 0.138 nan 0.033 0.050 0.178 0.013 0.075 1.796 0.200 1.375 1.402 4.486 0.064 0.131 0.242 0.302 0.218 0.242 0.440 0.531 0.651 5.152 1.683 0.115 0.129 0.741 1.099 0.701 0.727 0.624 0.316 0.167 0.235 0.836 0.940 0.128 0.229 1.105 0.715 0.206 0.262 0.039 0.063 0.046 0.258 0.031 0.151 0.087 0.036 0.185 0.282 0.443 0.119 0.039 0.043 0.274 0.586 0.967 0.140 0.288 0.080 0.119 0.166 0.192 0.222 0.036 0.309 0.196 0.129 0.123 0.031 0.104 0.015 0.065 0.158 0.047 3.643 0.064 0.046 0.092 0.083 0.027 0.018 2633 chr8 145741721 145750620 + 0 NA exon (NM_001272036, exon 4 of 5) exon (NM_001272036, exon 4 of 5) 2821 NM_014665 9684 Hs.459391 NM_014665 ENSG00000160959 LRRC14 LRRC14A leucine rich repeat containing 14 protein-coding 4.290 2.302 nan 6.981 5.641 1.515 0.719 4.607 0.483 0.760 0.321 0.916 3.566 4.275 0.901 0.405 3.038 1.652 1.974 0.543 4.219 1.179 1.100 6.035 3.655 3.112 3.861 1.526 0.961 0.696 0.053 5.214 1.091 1.135 8.336 1.059 3.044 3.506 1.203 1.330 5.551 6.279 0.624 4.950 2.096 3.419 3.887 2.247 3.876 nan 3.957 nan 1.074 5.080 5.763 1.776 2.911 3.529 4.544 2.890 3.089 3.187 6.035 3.246 2.992 1.252 1.217 2.027 1.121 2.536 2.650 0.806 1.347 2.379 2.430 0.514 1.784 2.042 1.295 2.315 0.656 1.062 1.102 2.710 1.366 0.238 1.908 1.423 2.540 3.457 1.730 2.450 2.083 0.760 3.419 2.445 3.038 0.970 2.384 1.043 0.736 1.736 1.074 1.290 1.218 0.636 0.440 1.378 0.514 1.314 0.725 1.939 0.856 797 chr13 74092353 74103051 + 0 NA Intergenic Intergenic -40679 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.717 0.585 0.107 0.066 0.413 0.165 0.102 0.023 0.349 0.119 0.089 0.018 0.030 0.024 0.044 0.031 0.141 0.148 0.280 0.012 0.063 0.079 0.125 2.935 0.457 0.278 2.608 0.054 0.130 0.050 0.059 0.590 0.051 0.105 0.022 0.096 0.497 0.081 0.114 0.290 0.120 0.065 0.099 0.028 0.550 0.350 0.263 0.413 0.590 0.589 nan 0.175 0.087 0.133 0.058 0.078 0.269 0.374 nan 0.160 0.246 0.387 0.059 0.109 0.350 nan 0.180 0.175 0.488 0.087 0.035 0.077 4.918 0.009 0.263 0.031 0.033 0.047 0.127 0.103 0.023 0.007 0.065 0.043 0.068 0.197 0.236 0.046 0.051 0.159 0.349 0.027 0.018 0.141 0.138 0.116 0.009 0.038 0.057 0.019 0.007 0.022 0.031 0.149 0.055 0.023 0.034 0.017 0.011 0.010 2459 chr7 96624130 96662929 + 0 NA promoter-TSS (NR_015448) promoter-TSS (NR_015448) -152 NR_015448 285987 Hs.34969 NR_015448 DLX6-AS1 DLX6-AS|DLX6AS|Evf-2|NCRNA00212 DLX6 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.602 nan 0.835 0.233 10.472 5.384 0.256 0.147 2.098 0.104 0.093 0.147 0.384 0.047 5.544 2.961 1.891 0.359 0.598 0.019 0.090 0.005 0.200 0.451 0.230 0.281 3.047 0.030 0.887 0.647 0.129 0.874 0.213 0.045 0.568 0.120 0.454 0.985 0.017 0.523 1.005 2.482 0.095 0.070 0.164 0.377 0.237 7.638 9.533 1.861 1.798 10.887 4.277 0.298 0.354 1.092 1.532 0.988 1.239 0.547 0.510 0.343 0.709 12.821 9.898 0.679 nan 5.932 3.462 0.918 0.051 0.225 0.314 0.049 0.703 2.958 0.018 0.017 0.193 0.070 3.639 2.582 0.319 0.032 0.027 0.089 2.511 2.502 0.476 0.099 1.010 0.099 0.038 2.098 0.534 0.153 1.891 0.416 0.144 0.168 0.778 0.543 0.010 0.024 0.032 0.040 0.715 0.161 0.385 0.008 0.041 0.040 0.017 2197 chr5 139485661 139496222 + 0 NA Intergenic Intergenic -2767 NM_005859 5813 Hs.443121 NM_005859 ENSG00000185129 PURA MRD31|PUR-ALPHA|PUR1|PURALPHA purine rich element binding protein A protein-coding 2.851 2.799 nan 1.778 1.815 2.105 1.317 2.458 1.249 1.319 0.855 0.168 0.647 2.138 1.320 1.298 0.393 3.106 1.314 1.300 0.915 1.714 1.623 2.074 4.319 3.050 2.056 4.953 0.718 2.158 2.817 0.164 3.857 1.118 1.423 2.827 0.498 1.757 1.460 2.292 0.830 2.065 6.509 2.153 2.379 1.066 3.994 4.764 3.578 4.256 4.168 3.909 2.471 0.954 5.681 5.801 1.671 2.354 3.035 4.237 4.079 4.328 4.906 9.806 1.286 1.016 3.139 4.185 1.416 0.629 0.731 1.861 1.351 0.897 0.717 2.420 1.587 1.581 1.233 1.893 0.631 0.135 1.389 6.313 5.463 2.080 0.845 1.174 0.677 2.121 2.652 3.323 2.116 1.777 1.319 2.495 6.168 3.106 1.637 1.771 0.740 2.749 3.003 1.348 0.789 1.206 1.067 0.884 3.701 1.181 1.975 0.494 2.525 1.468 1136 chr17 16904339 16991269 + 0 NA intron (NM_201274, intron 1 of 23) MIRc|SINE|MIR 1730 NM_015134 23164 Hs.462341 NM_015134 ENSG00000133030 MPRIP M-RIP|MRIP|RHOIP3|RIP3|p116Rip myosin phosphatase Rho interacting protein protein-coding 1.140 0.960 1.227 0.253 0.829 0.431 0.256 0.716 1.435 0.289 0.265 0.079 0.581 1.292 1.301 0.294 0.158 0.322 0.156 0.703 0.321 1.032 0.926 0.225 6.508 3.171 3.410 0.905 1.055 0.233 0.061 0.036 0.740 0.973 0.313 0.387 0.448 0.651 0.368 1.266 0.166 1.275 0.388 0.404 1.936 0.395 1.259 1.762 0.828 nan 1.187 1.215 1.962 0.500 0.445 0.462 0.449 0.743 1.803 1.616 nan 0.767 0.548 0.801 0.378 0.412 0.843 1.839 0.716 0.486 0.179 2.319 0.920 1.299 0.128 0.398 0.085 0.666 0.560 0.142 0.364 0.103 0.135 1.869 0.944 0.515 1.701 0.130 0.118 0.736 3.225 0.322 0.346 1.421 0.289 2.011 1.849 0.322 1.523 2.091 0.136 0.285 0.933 0.914 0.556 0.976 0.606 0.068 0.239 0.567 1.233 0.581 0.487 0.389 1175 chr17 37754916 37794597 + 0 NA Intergenic Intergenic -8421 NM_032192 84152 Hs.286192 NM_032192 ENSG00000131771 PPP1R1B DARPP-32|DARPP32 protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 1B protein-coding nan 1.047 1.755 0.520 10.128 2.145 1.114 0.695 0.486 0.752 0.415 0.126 0.229 0.728 0.608 0.647 0.423 1.016 1.560 0.546 0.130 0.445 0.232 0.452 1.706 0.611 2.425 1.765 0.244 0.324 0.377 0.073 0.754 0.261 0.207 0.640 0.099 0.330 0.525 0.335 0.477 0.838 1.070 0.264 0.433 0.184 3.722 5.985 0.698 0.975 nan 2.400 1.633 0.610 2.507 2.650 1.032 1.559 2.594 3.392 nan 3.258 1.034 1.528 0.920 0.789 0.676 0.972 1.370 0.755 0.572 0.477 0.146 0.192 0.347 0.933 0.206 0.290 0.222 0.321 0.414 0.270 0.378 0.594 0.364 0.196 0.194 0.322 0.259 0.546 0.957 0.415 0.529 0.426 0.752 0.733 0.340 1.016 0.290 0.361 1.185 1.402 0.580 0.199 0.117 0.290 0.139 0.168 0.934 0.251 0.200 0.146 0.155 0.069 1236 chr17 60140505 60143867 + 0 NA intron (NM_005121, intron 1 of 29) intron (NM_005121, intron 1 of 29) 457 NM_005121 9969 Hs.282678 NM_005121 ENSG00000108510 MED13 ARC250|DRIP250|HSPC221|THRAP1|TRAP240 mediator complex subunit 13 protein-coding 5.974 nan 3.982 4.782 3.588 6.251 3.522 4.819 1.201 3.500 3.989 0.427 1.354 5.242 2.829 3.263 1.149 4.170 2.900 3.427 1.878 4.157 1.943 7.829 12.867 10.159 5.602 7.851 2.635 7.576 4.082 0.145 13.424 2.448 2.146 4.742 0.617 4.142 5.088 3.182 2.090 6.129 9.777 5.383 3.511 2.337 7.489 7.063 7.821 10.230 7.467 7.144 6.156 3.538 19.223 19.887 3.292 nan 7.649 12.206 10.197 9.005 4.699 10.792 4.392 5.715 8.771 6.845 2.049 1.158 1.256 3.936 1.398 2.412 1.840 3.308 2.061 2.378 3.956 2.784 3.256 0.844 3.066 3.152 2.786 1.142 1.783 2.153 1.749 4.044 6.477 5.165 2.750 3.198 3.500 6.315 2.427 4.170 2.151 2.830 0.931 5.375 2.156 2.554 1.703 3.424 2.787 3.951 1.853 1.845 2.839 2.457 2.911 1.462 1683 chr2 235330393 235362428 + 0 NA Intergenic Intergenic 59283 NM_005737 10123 Hs.111554 NM_005737 ENSG00000188042 ARL4C ARL7|LAK ADP ribosylation factor like GTPase 4C protein-coding 0.758 nan 0.791 0.268 1.113 0.487 0.260 0.159 0.149 0.418 0.066 0.060 0.391 0.420 0.055 0.427 0.282 0.373 0.207 0.231 0.267 0.162 0.370 0.174 0.658 0.133 0.181 1.733 0.456 6.726 0.071 0.099 0.421 0.197 1.238 0.699 0.342 0.747 0.215 0.286 0.626 0.671 0.469 0.266 0.576 0.183 0.367 0.204 0.361 0.963 0.833 0.649 0.769 0.219 0.282 0.237 0.380 0.581 0.411 nan 0.371 0.198 0.190 0.197 0.255 0.227 0.254 0.348 1.055 0.655 1.665 1.940 0.094 0.656 0.047 0.299 0.025 0.645 0.277 0.600 0.119 0.042 0.358 0.188 0.765 0.459 0.243 1.433 1.731 0.598 0.542 0.171 0.095 0.128 0.418 0.551 0.523 0.373 0.152 0.259 0.040 0.257 0.235 0.818 0.449 0.297 0.749 7.309 0.056 0.085 0.552 0.529 0.169 0.145 2413 chr7 14016132 14033062 + 0 NA intron (NM_004956, intron 5 of 13) intron (NM_004956, intron 5 of 13) 1542 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 2.544 nan 1.370 1.652 1.984 1.115 1.470 0.227 1.272 3.869 0.106 0.237 0.735 1.747 5.463 2.938 0.964 1.403 0.986 0.124 2.683 0.730 3.119 2.682 1.728 5.187 5.971 0.687 0.766 0.841 0.168 1.282 3.385 0.391 3.279 0.060 0.301 0.336 0.497 0.126 0.781 0.346 0.329 0.311 1.999 nan 0.574 0.376 0.436 3.011 2.684 3.295 1.127 2.002 1.992 5.571 6.313 2.783 4.382 1.130 0.985 0.121 0.133 3.387 3.611 0.286 0.415 1.492 0.852 0.750 1.295 0.762 2.280 0.950 0.985 2.032 2.565 2.145 0.381 4.401 0.780 0.711 2.023 0.630 0.322 0.286 0.846 1.063 2.205 0.745 1.283 1.711 0.150 1.272 1.208 3.339 0.964 1.034 0.174 0.149 1.390 2.492 2.427 1.356 1.089 0.093 0.821 0.023 0.051 2.567 0.761 0.486 0.620 645 chr12 8177920 8192934 + 0 NA promoter-TSS (NM_018416) promoter-TSS (NM_018416) 68 NM_018416 55810 Hs.120844 NM_018416 ENSG00000065970 FOXJ2 FHX forkhead box J2 protein-coding 2.048 nan nan 3.343 1.456 2.442 1.354 0.944 0.739 1.729 0.546 0.076 0.377 1.214 1.415 0.947 0.545 1.718 0.560 1.261 1.361 1.824 0.525 0.634 2.639 1.825 1.515 6.600 0.337 1.382 2.332 0.151 1.670 0.598 2.313 2.339 0.320 1.288 2.030 1.043 0.568 1.771 2.945 1.427 2.090 0.959 1.326 1.723 2.006 3.398 nan 4.440 4.512 1.511 3.358 3.353 1.799 2.230 1.595 1.995 2.419 2.054 1.238 2.248 1.467 1.754 1.534 nan 1.565 0.819 1.515 0.990 0.620 1.185 0.643 2.156 0.730 1.646 1.475 0.791 1.102 0.298 0.116 1.557 1.272 0.630 0.582 0.694 0.568 2.938 2.287 3.414 0.740 0.951 1.729 1.559 1.508 1.718 0.221 0.831 5.978 4.645 0.692 1.535 0.946 0.987 2.671 0.787 1.400 0.646 0.507 0.767 1.481 0.947 1326 chr18 45522985 45536715 + 0 NA Intergenic Intergenic -72333 NM_001003652 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 1.214 1.127 0.357 0.220 0.469 0.246 2.169 0.009 1.607 0.181 0.082 0.014 0.062 7.667 0.148 0.114 0.734 0.182 0.164 0.180 0.104 0.065 0.660 0.427 0.141 0.221 1.706 0.032 0.171 0.261 0.072 0.165 0.138 1.711 0.306 0.239 0.542 0.203 0.120 0.053 0.083 0.196 0.730 0.499 0.045 0.469 0.508 0.399 0.979 1.251 1.258 3.157 0.934 0.390 0.450 0.594 0.873 0.546 0.925 0.523 0.312 0.288 0.283 1.063 1.587 0.469 nan 1.642 1.299 0.455 0.108 1.003 0.210 0.176 0.343 0.066 0.277 0.179 0.299 6.117 0.178 0.058 5.293 0.854 0.386 0.072 0.204 0.145 0.690 3.462 0.326 1.457 4.101 1.607 0.042 0.088 0.734 2.581 1.664 0.134 2.590 1.402 1.264 0.055 1.191 0.340 0.169 0.043 0.292 0.205 0.068 1.523 1.245 2566 chr8 77686259 77707991 + 0 NA intron (NM_024721, intron 4 of 10) intron (NM_024721, intron 4 of 10) -101615 NR_024360 100192378 Hs.596420 NR_024360 ENSG00000253661 ZFHX4-AS1 - ZFHX4 antisense RNA 1 ncRNA 1.248 0.861 0.868 0.113 0.059 0.297 0.177 0.058 0.049 0.737 2.079 0.149 0.027 0.140 0.026 0.151 0.122 0.083 0.216 0.161 0.084 0.112 0.029 0.074 0.116 0.093 0.088 0.253 0.020 0.098 0.105 0.094 0.246 0.011 0.042 0.091 0.061 0.152 0.098 0.050 0.007 0.154 0.158 0.116 0.062 0.071 0.345 0.274 1.669 1.840 0.484 0.663 0.698 0.255 0.748 0.753 0.499 0.839 0.181 0.259 0.474 0.185 0.766 1.547 2.845 4.878 0.225 0.570 0.418 0.411 0.182 0.034 0.035 0.085 0.028 0.233 0.013 0.025 0.013 0.038 0.030 0.778 0.018 0.055 0.030 0.011 0.032 0.014 0.050 0.072 0.019 0.118 0.036 0.018 0.737 0.084 0.017 0.083 0.028 0.038 0.009 0.015 0.061 0.016 0.008 0.063 0.267 0.059 0.501 0.062 0.007 0.048 0.019 0.008 1382 chr19 5577411 5598232 + 0 NA intron (NM_014649, intron 19 of 20) CpG-12677 -19776 NR_027064 257000 Hs.515575 NM_153375 ENSG00000223573 TINCR LINC00036|NCRNA00036|PLAC2|onco-lncRNA-16 tissue differentiation-inducing non-protein coding RNA ncRNA 0.663 0.949 1.638 2.346 0.072 1.983 1.062 0.078 0.018 1.354 0.072 0.085 0.060 0.122 0.054 0.241 0.214 2.347 0.150 0.188 0.036 0.059 0.020 0.111 0.227 0.185 0.148 0.911 0.028 0.208 0.083 0.071 0.327 0.006 0.037 0.184 0.046 0.086 0.247 0.074 0.054 0.200 0.232 0.065 0.065 0.135 0.643 0.630 0.504 0.479 0.853 0.922 1.478 0.410 0.579 0.565 0.509 0.824 9.590 nan 0.545 0.385 0.243 0.324 0.414 0.346 0.157 0.302 1.404 0.796 3.142 0.141 0.144 0.055 0.682 0.353 0.060 0.054 0.063 0.089 0.069 0.082 0.083 0.113 0.029 0.041 0.048 0.067 0.050 0.192 0.129 0.160 0.072 0.196 1.354 0.161 0.045 2.347 0.077 0.259 0.084 0.185 0.561 0.062 0.008 0.121 0.038 0.078 0.043 0.067 0.033 0.059 0.027 0.022 1176 chr17 37829913 37836504 + 0 NA intron (NM_001291726, intron 2 of 6) intron (NM_001291726, intron 2 of 6) 8502 NM_002686 5409 Hs.1892 NM_002686 ENSG00000141744 PNMT PENT|PNMTase phenylethanolamine N-methyltransferase protein-coding nan 2.972 1.286 0.412 26.434 5.543 2.412 0.463 10.666 0.518 0.476 0.098 0.489 0.868 0.163 1.217 0.548 1.475 0.724 128.163 0.019 0.389 0.475 0.177 5.934 2.403 7.881 8.681 1.043 0.097 0.116 0.090 0.438 0.207 0.303 0.253 0.083 0.104 0.675 0.348 0.121 0.602 0.519 0.158 1.757 0.275 1.573 2.779 0.231 0.626 nan 0.975 0.820 0.541 1.341 1.482 0.265 0.651 4.439 4.788 nan 3.212 0.903 1.335 0.482 0.443 1.587 5.574 1.064 0.648 1.139 0.752 0.670 0.379 0.606 2.518 0.106 0.199 0.121 0.146 0.108 0.146 0.382 0.238 0.027 0.048 0.581 0.106 0.239 0.214 1.140 0.086 0.049 1.175 0.518 3.285 0.042 1.475 0.574 2.504 0.295 0.273 0.973 0.031 0.158 0.132 0.035 0.034 1.155 0.798 0.080 0.285 0.026 0.030 1452 chr19 42688541 42726333 + 0 NA intron (NR_073049, intron 3 of 4) L2c|LINE|L2 14507 NM_001270615 162989 Hs.515432 NM_133328 ENSG00000160570 DEDD2 FLAME-3|FLAME3 death effector domain containing 2 protein-coding 1.273 1.494 1.285 0.914 1.414 0.985 0.585 1.628 0.133 0.616 0.326 0.170 1.084 2.187 0.414 0.532 0.289 0.710 0.649 0.834 0.334 1.050 0.725 0.377 nan 1.592 0.978 1.668 0.805 0.747 0.484 0.106 1.226 1.043 0.386 1.539 0.300 0.709 1.354 1.487 0.227 1.100 1.761 1.086 1.092 0.578 0.636 0.777 0.846 1.409 1.450 1.558 2.482 0.910 1.875 1.994 0.728 1.350 1.798 2.404 0.974 0.680 0.771 1.519 0.724 1.082 0.888 1.736 1.251 0.778 0.810 1.618 0.484 1.049 0.635 0.943 0.196 1.034 0.953 0.782 0.392 0.141 0.293 1.089 0.710 0.329 0.727 0.210 0.173 0.669 1.506 3.064 0.612 0.809 0.616 1.718 0.337 0.710 1.084 1.127 0.342 0.698 0.448 0.797 0.798 0.274 0.489 0.365 0.358 0.407 0.613 0.766 0.282 0.169 2384 chr6 163108866 163129176 + 0 NA intron (NM_013987, intron 1 of 10) intron (NM_013987, intron 1 of 10) -29143 NM_001080378 135138 Hs.25791 NM_152410 ENSG00000112530 PACRG GLUP|HAK005771|PARK2CRG PARK2 coregulated protein-coding 0.761 nan 0.991 0.100 0.056 0.173 0.079 0.038 0.003 1.050 0.073 0.066 0.062 0.006 0.055 0.060 0.094 0.421 0.131 0.018 0.033 0.011 0.079 0.048 0.059 0.056 0.176 0.295 0.080 0.103 0.163 0.006 0.083 0.045 0.004 0.017 0.147 0.016 0.012 0.135 0.082 0.069 0.034 0.072 0.451 0.420 0.265 0.240 0.354 0.350 5.199 1.665 0.170 0.210 1.351 1.410 0.201 0.210 nan 0.412 0.116 0.191 3.521 2.786 0.445 0.861 0.338 0.319 0.017 0.020 0.009 0.027 0.035 0.016 0.027 0.007 0.011 0.004 0.029 1.009 0.035 0.068 0.015 0.012 0.016 0.023 0.107 0.045 0.036 0.045 0.026 1.050 0.035 0.009 0.094 0.012 0.045 0.014 0.014 0.045 0.017 0.002 0.008 0.017 0.234 0.030 0.304 0.015 0.042 0.020 0.012 1039 chr16 25056626 25067367 + 0 NA Intergenic Tigger3c|DNA|TcMar-Tigger -16212 NR_135196 283887 Hs.652665 NR_135196 ENSG00000262155 LOC283887 - uncharacterized LOC283887 ncRNA 0.878 1.189 nan 0.376 1.740 0.583 0.327 1.874 0.064 0.516 0.805 0.207 1.227 1.528 5.261 0.116 0.140 0.234 0.370 0.878 0.842 1.240 0.508 2.645 2.092 0.762 0.476 0.417 0.817 0.426 0.414 0.097 1.174 0.820 1.432 2.849 0.596 2.498 0.832 2.160 0.266 0.639 1.619 0.606 1.505 0.890 0.309 0.300 0.329 0.620 0.403 0.407 nan 0.362 0.322 0.404 0.191 0.375 1.402 1.364 0.740 0.307 0.333 0.339 0.917 1.741 1.146 2.182 0.742 0.595 0.156 3.048 0.922 2.338 0.401 0.199 0.091 2.519 2.161 0.663 6.269 0.062 0.124 3.792 1.128 0.501 1.107 0.036 0.112 3.314 2.877 1.508 2.926 1.923 0.516 1.094 5.746 0.234 0.822 0.554 0.107 3.048 0.454 2.033 0.935 1.665 1.702 0.311 0.037 0.703 1.113 1.036 0.869 0.829 1815 chr21 45004876 45040155 + 0 NA intron (NM_007031, intron 7 of 8) intron (NM_007031, intron 7 of 8) 7355 NR_106718 102464825 NR_106718 ENSG00000278433 MIR6070 hsa-mir-6070 microRNA 6070 ncRNA nan 0.786 1.751 0.155 1.829 0.322 0.223 1.043 0.724 0.323 1.045 0.305 0.580 1.191 1.626 0.093 0.112 0.224 0.465 0.988 0.501 0.514 1.283 0.216 1.348 0.724 1.608 1.928 1.547 0.115 0.120 0.090 0.660 0.516 1.939 2.467 1.437 4.131 0.846 0.720 0.547 1.019 0.278 1.385 0.783 0.336 0.467 0.496 0.838 2.902 0.507 0.590 nan 0.274 0.414 0.429 0.831 nan 0.674 0.724 0.653 0.382 0.269 0.297 0.335 0.432 0.333 0.622 1.117 0.831 0.529 3.061 0.630 1.161 0.071 0.249 0.047 0.692 0.428 1.158 1.568 0.057 0.061 3.110 0.366 0.258 0.337 0.058 0.079 3.209 0.842 0.028 0.620 1.918 0.323 1.564 1.026 0.224 0.971 0.468 0.159 0.939 0.228 1.163 0.388 0.880 1.108 0.064 0.031 0.169 1.771 1.132 0.550 0.319 2637 chr9 2014025 2018947 + 0 NA intron (NM_003070, intron 1 of 33) CpG 1267 NM_139045 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 3.352 9.046 4.898 2.496 0.853 3.129 1.568 0.885 0.316 3.831 2.414 0.390 0.597 2.605 0.090 1.546 1.022 3.768 2.297 3.148 0.780 1.703 0.236 2.450 2.806 1.690 1.780 16.575 1.125 3.209 0.199 0.050 3.348 0.450 1.062 1.069 0.904 4.822 1.975 1.951 1.316 3.336 10.061 2.639 1.449 1.802 2.012 3.469 5.274 7.743 6.189 4.081 4.833 1.656 11.674 10.716 3.462 5.196 1.711 3.437 5.032 8.451 2.118 6.344 2.025 2.578 0.819 nan 3.122 2.547 0.406 1.921 1.243 0.504 0.368 7.772 0.028 1.449 1.631 0.857 1.205 0.542 4.545 1.779 2.582 1.413 0.889 1.678 1.730 2.616 2.696 1.880 2.875 1.489 3.831 4.011 0.904 3.768 0.798 0.825 2.388 0.697 1.867 1.680 0.419 0.386 0.931 1.001 2.653 0.725 1.120 0.388 1.813 1.041 1005 chr16 2261267 2267008 + 0 NA intron (NM_001042371, intron 1 of 1) CpG 685 NM_001042371 283871 Hs.442634 NM_001042371 ENSG00000184207 PGP AUM|G3PP|PGPase phosphoglycolate phosphatase protein-coding 2.640 nan 2.259 4.274 3.435 1.776 0.814 4.121 1.029 2.798 1.142 0.335 0.965 3.222 3.501 1.035 0.698 1.394 1.964 1.650 0.632 2.822 0.902 2.474 5.302 2.895 1.910 3.747 1.502 3.079 3.265 0.179 3.338 0.772 3.504 3.936 0.736 4.573 2.479 1.198 0.769 3.698 3.280 1.521 3.716 1.031 3.449 3.366 1.085 1.992 2.773 1.908 7.081 3.421 5.764 6.086 1.772 nan 4.502 6.355 3.704 4.425 1.388 2.000 4.415 4.565 3.881 5.717 2.277 1.055 1.887 2.851 1.234 1.784 0.700 3.324 0.554 2.120 2.408 1.968 4.777 1.093 0.983 2.440 2.353 1.155 1.257 1.310 1.120 2.140 3.224 2.491 4.874 3.305 2.798 4.369 2.432 1.394 1.197 2.341 0.810 4.810 2.902 1.086 2.295 3.324 0.523 1.947 0.667 1.157 0.905 1.854 1.846 0.949 28 chr1 7700223 7717740 + 0 NA intron (NM_015215, intron 7 of 22) intron (NM_015215, intron 7 of 22) -122348 NM_004781 9341 Hs.66708 NM_004781 ENSG00000049245 VAMP3 CEB vesicle associated membrane protein 3 protein-coding 1.042 nan 0.832 1.452 0.102 0.548 0.366 0.066 0.003 0.529 0.077 0.119 0.011 0.085 0.029 0.455 0.175 0.574 0.583 0.140 0.085 0.055 0.018 0.070 nan 0.106 0.108 2.032 0.008 0.183 0.068 0.082 0.178 0.020 0.051 0.053 0.283 0.232 0.233 0.032 0.019 0.107 0.127 0.175 0.016 0.041 0.287 0.254 0.171 0.265 1.956 2.067 2.012 0.885 0.183 0.246 0.383 nan nan 6.095 nan 0.681 0.438 0.392 0.244 0.264 0.430 0.850 1.157 0.714 3.410 0.080 0.006 0.064 0.264 0.877 0.016 0.172 0.074 0.280 0.157 0.093 0.073 0.104 0.028 0.022 0.032 0.035 0.014 0.178 0.204 0.138 0.099 0.137 0.529 0.081 0.057 0.574 0.119 0.227 0.232 0.444 0.780 0.019 0.007 0.090 0.165 0.067 0.040 0.162 0.034 0.032 0.026 0.009 2089 chr4 185358015 185398945 + 0 NA intron (NM_002199, intron 1 of 8) intron (NM_002199, intron 1 of 8) 17246 NM_002199 3660 Hs.654566 NM_002199 ENSG00000168310 IRF2 IRF-2 interferon regulatory factor 2 protein-coding nan 1.358 nan 0.573 0.663 0.871 0.480 0.833 0.212 0.643 0.987 0.126 0.273 0.637 0.568 0.314 0.203 1.053 0.217 0.992 0.351 0.988 0.367 1.052 2.830 1.313 1.022 1.531 0.403 0.977 0.622 0.084 1.045 0.544 0.203 0.779 0.165 0.603 0.602 0.475 0.272 1.525 1.098 0.316 0.490 0.541 0.820 0.927 5.461 6.200 1.270 1.172 0.650 0.263 0.866 0.844 0.097 0.138 1.650 2.388 0.748 0.597 1.928 2.614 0.234 0.256 0.446 0.548 0.796 0.531 0.784 0.826 0.340 0.756 0.206 1.224 0.375 1.235 1.144 0.347 0.836 0.053 0.422 0.535 1.226 0.589 0.413 0.519 0.450 1.556 0.607 0.675 0.456 0.490 0.643 0.975 0.690 1.053 0.326 0.407 0.071 0.438 0.318 0.405 0.404 0.488 0.528 0.851 1.180 0.203 0.420 0.426 0.260 0.140 589 chr11 113642587 113654309 + 0 NA Intergenic LTR5A|LTR|ERVK -2070 NM_001101389 644672 Hs.705360 NM_001101389 ENSG00000228607 CLDN25 - claudin 25 protein-coding 1.108 1.197 1.173 0.747 0.510 0.875 0.564 0.745 0.395 0.612 0.300 0.137 0.244 0.684 0.354 0.807 0.349 0.592 0.374 0.708 0.148 0.485 0.303 0.471 0.792 0.428 0.314 2.176 0.237 0.766 0.633 0.091 1.200 0.312 0.567 0.648 0.168 0.794 1.064 0.587 0.432 1.381 1.181 0.437 0.954 0.683 6.039 nan 2.253 3.142 1.642 1.533 1.853 0.666 1.270 1.307 1.360 nan 1.435 1.676 1.180 1.173 1.757 2.859 0.609 0.769 0.698 1.172 1.835 1.222 0.505 0.623 0.261 0.441 0.155 0.303 0.142 0.478 0.511 0.314 0.343 0.089 0.249 1.170 0.718 0.458 0.280 0.311 0.248 0.755 0.417 0.609 0.290 0.446 0.612 0.473 0.921 0.592 0.302 0.409 0.314 0.436 0.347 0.451 0.212 0.491 0.333 0.482 1.152 0.210 0.551 0.362 0.314 0.161 2087 chr4 174252870 174258061 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130689) promoter-TSS (NM_001130689) 44 NM_001130688 3148 Hs.434953 NM_002129 ENSG00000164104 HMGB2 HMG2 high mobility group box 2 protein-coding nan nan 3.648 11.452 5.538 8.839 4.974 5.632 2.445 2.556 3.033 0.157 1.272 4.088 3.044 2.850 1.438 8.572 2.065 3.221 1.498 5.512 2.375 3.941 7.461 1.630 2.955 15.526 2.157 3.460 5.158 0.154 10.538 2.994 2.155 3.587 0.919 5.242 2.284 2.841 0.742 4.111 5.525 2.008 2.875 1.243 5.615 6.246 8.883 nan 12.146 10.275 7.987 4.535 8.558 8.193 4.296 5.548 7.107 9.937 10.266 13.556 2.330 5.945 7.464 7.843 7.499 7.843 2.494 1.315 4.879 4.063 2.138 1.778 1.473 4.848 2.517 2.406 3.334 1.256 3.101 2.340 7.293 2.765 4.785 1.786 2.117 2.436 1.526 7.728 3.293 2.514 2.739 3.441 2.556 5.592 4.742 8.572 1.671 2.086 1.269 2.821 1.595 4.808 3.242 2.796 2.644 2.608 2.421 2.855 3.347 3.089 2.429 1.919 1337 chr18 52753612 52771460 + 0 NA Intergenic Intergenic 29001 NR_110743 101927229 Hs.638474 NR_110743 ENSG00000267013 LINC01929 - long intergenic non-protein coding RNA 1929 ncRNA nan 0.849 0.666 0.065 0.265 0.234 0.045 0.416 0.087 1.250 0.117 0.082 0.138 0.231 0.159 0.044 0.045 0.082 0.121 1.072 0.146 0.316 0.390 0.350 1.353 0.353 0.812 0.258 0.443 0.138 0.097 0.054 0.085 0.092 1.541 0.036 0.112 0.136 0.162 1.262 0.013 0.296 0.045 0.204 0.448 0.175 0.461 0.228 0.224 0.339 0.503 0.655 0.274 0.202 0.486 0.574 0.338 0.492 1.374 1.396 0.345 0.128 0.147 0.233 0.291 0.283 0.215 0.377 nan 1.464 0.052 0.172 0.069 1.174 0.050 0.100 0.008 3.078 2.963 0.021 0.072 0.085 0.109 0.098 0.030 0.039 0.741 0.200 0.325 0.119 0.497 0.047 0.563 0.145 1.250 0.251 0.016 0.082 0.329 0.055 0.039 0.055 0.057 0.351 0.160 0.225 0.194 0.110 0.033 0.063 0.321 0.272 0.558 0.562 215 chr1 156297464 156315912 + 0 NA promoter-TSS (NM_144627) promoter-TSS (NM_144627) -417 NM_144627 128229 Hs.534539 NM_144627 ENSG00000163467 TSACC C1orf182|SIP|SSTK-IP TSSK6 activating cochaperone protein-coding nan nan 1.606 1.017 0.808 1.175 0.582 0.860 0.279 1.073 0.616 0.209 0.339 1.019 1.014 0.943 0.439 0.748 0.974 1.019 0.215 0.616 0.411 0.379 1.385 0.896 0.732 5.377 0.517 1.171 0.843 0.171 1.285 0.627 0.488 0.564 0.194 1.062 0.983 0.863 0.167 1.170 1.748 0.410 0.929 0.480 1.475 1.290 1.488 2.090 1.650 nan 2.230 0.774 1.316 1.394 1.438 1.912 2.292 2.474 1.948 1.824 1.468 2.421 1.065 1.351 1.842 5.098 1.211 0.568 0.487 0.955 0.312 0.861 0.832 1.147 0.572 0.771 0.758 0.470 1.476 0.301 0.345 1.160 0.859 0.443 0.434 0.368 0.417 0.538 0.812 1.114 0.401 0.592 1.073 0.759 1.014 0.748 0.793 0.493 0.357 2.065 0.573 0.454 0.190 1.427 0.289 0.566 0.783 1.329 0.309 0.421 0.478 0.317 687 chr12 51155806 51184480 + 0 NA intron (NM_005171, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 12354 NM_005171 466 Hs.648565 NM_005171 ENSG00000123268 ATF1 EWS-ATF1|FUS/ATF-1|TREB36 activating transcription factor 1 protein-coding nan 1.280 0.944 0.873 1.031 0.937 0.553 0.897 2.377 0.940 1.740 0.493 0.450 2.070 2.460 0.541 0.405 1.005 0.364 0.693 0.471 1.653 1.274 0.937 2.493 1.296 1.219 0.701 0.689 1.091 0.574 0.110 2.750 0.828 1.716 1.051 0.148 0.694 0.779 0.809 0.310 1.322 1.916 1.088 0.916 0.824 nan 1.126 1.226 1.917 2.363 nan 2.231 1.060 2.641 2.779 1.071 nan 1.353 nan 1.582 1.372 0.788 1.169 1.588 1.477 1.442 2.312 1.347 0.729 0.720 2.325 1.112 0.852 0.412 1.258 0.870 2.326 2.038 0.882 1.577 0.378 0.368 1.798 1.414 0.624 0.986 0.515 0.392 1.581 2.331 1.300 0.854 3.361 0.940 3.368 2.777 1.005 1.171 1.240 0.281 1.601 0.559 1.795 0.700 3.643 0.973 0.691 0.397 0.495 0.852 0.569 0.534 0.396 2098 chr5 1237144 1259435 + 0 NA Intergenic Intergenic 22819 NM_182632 348932 Hs.213284 NM_182632 ENSG00000164363 SLC6A18 Xtrp2 solute carrier family 6 member 18 protein-coding 0.469 0.773 1.116 0.243 0.045 0.413 0.267 0.065 0.014 0.322 0.124 0.108 0.060 0.212 0.051 0.310 0.137 0.683 0.305 0.167 0.006 0.075 0.014 0.139 0.622 0.151 0.175 0.634 0.039 0.101 0.097 0.095 0.199 0.005 0.065 0.254 0.018 0.073 0.295 0.024 0.044 0.337 0.124 0.068 0.086 0.121 3.275 4.412 0.090 nan 1.614 1.324 1.540 0.538 0.062 0.059 0.209 0.508 nan 0.969 nan 0.542 0.516 0.659 0.303 0.296 0.133 0.124 1.580 nan 0.366 0.070 0.013 0.081 0.636 1.903 0.075 0.064 0.036 0.092 0.097 0.029 0.079 0.132 0.057 0.021 0.069 0.045 0.027 0.192 0.102 0.048 0.022 0.179 0.322 0.246 0.012 0.683 0.082 0.070 0.157 0.063 0.198 0.021 0.026 0.064 0.020 0.041 0.244 0.033 0.007 0.047 0.019 0.018 2184 chr5 133886070 133892894 + 0 NA intron (NM_015288, intron 4 of 10) intron (NM_015288, intron 4 of 10) 27684 NM_015288 23338 Hs.732155 NM_015288 ENSG00000043143 JADE2 JADE-2|PHF15 jade family PHD finger 2 protein-coding 1.475 0.711 nan 0.077 1.650 0.372 0.095 2.299 0.299 0.464 1.164 0.093 0.980 1.315 3.508 0.184 0.073 0.170 0.043 0.431 2.495 0.205 0.232 2.329 0.378 0.166 0.093 1.553 0.192 0.674 0.396 0.080 1.243 0.382 1.457 3.467 0.788 1.270 0.183 0.765 0.178 0.879 0.403 2.829 0.227 0.320 1.458 1.955 1.232 0.803 0.360 0.303 0.599 0.125 0.758 0.884 1.875 2.615 0.895 0.834 1.456 1.495 0.786 1.026 0.417 0.654 0.482 0.862 0.585 0.388 0.259 3.283 0.083 2.933 0.115 0.273 0.163 0.398 0.243 3.192 1.837 0.056 0.058 3.771 7.451 2.809 0.259 0.173 0.160 0.499 2.042 4.262 0.081 0.204 0.464 0.325 2.259 0.170 0.209 0.574 0.283 2.508 0.314 4.969 0.215 0.787 5.586 0.840 0.437 0.218 1.571 1.565 6.353 4.326 150 chr1 94125211 94188524 + 0 NA intron (NM_001261408, intron 3 of 13) intron (NM_001261408, intron 3 of 13) -9473 NM_003567 8412 Hs.36958 NM_003567 ENSG00000137936 BCAR3 NSP2|SH2D3B breast cancer anti-estrogen resistance 3 protein-coding nan nan 1.355 0.171 2.400 0.473 0.181 1.883 0.394 0.558 0.962 0.213 1.368 2.057 1.112 0.104 0.085 0.238 0.317 0.915 0.892 1.990 1.395 0.210 3.432 1.313 0.478 0.915 1.786 0.130 0.139 0.104 0.400 0.969 2.018 2.602 0.740 1.636 0.538 1.578 0.337 1.193 1.858 1.254 3.513 0.425 0.447 0.626 0.460 1.035 0.779 nan 0.453 0.152 0.457 0.517 0.817 nan 1.429 1.469 nan 0.736 0.290 0.396 0.210 0.270 0.391 0.681 1.008 0.688 0.188 2.678 1.196 1.705 0.435 0.513 0.033 2.076 2.020 0.444 1.794 0.081 0.336 6.263 1.606 0.650 2.094 0.149 0.143 4.790 0.858 1.664 0.358 2.265 0.558 1.764 3.432 0.238 0.857 1.227 0.106 1.390 0.232 2.344 1.591 0.933 1.839 0.118 0.099 0.218 1.723 1.334 3.135 3.287 2298 chr6 41485318 41556863 + 0 NA intron (NM_001012426, intron 1 of 16) intron (NM_001012426, intron 1 of 16) -4731 NR_126415 101060264 Hs.571099 NR_126415 ENSG00000234753 FOXP4-AS1 - FOXP4 antisense RNA 1 ncRNA 1.424 1.094 1.882 1.783 0.202 1.050 0.542 0.613 0.082 0.913 0.332 0.098 0.329 0.777 0.085 0.355 0.200 1.677 0.740 0.314 0.104 0.257 0.156 0.223 3.157 1.141 1.295 1.499 0.566 0.330 0.297 0.107 0.291 0.309 0.225 0.846 0.195 0.562 0.212 0.240 0.140 0.388 0.428 0.179 0.324 0.279 1.040 1.779 0.525 0.746 1.372 1.453 1.914 0.748 0.717 0.749 0.481 0.783 4.706 nan 0.864 0.795 1.083 1.984 1.562 1.545 0.581 1.499 1.731 0.934 0.493 1.569 0.177 0.366 0.900 0.598 0.240 0.534 0.412 0.154 0.603 0.552 0.252 0.452 0.369 0.194 0.272 0.170 0.139 0.604 0.702 0.488 0.387 0.942 0.913 0.795 1.331 1.677 0.216 0.153 0.292 0.610 0.752 0.236 0.166 0.437 0.125 0.182 1.129 0.508 0.384 0.170 0.242 0.144 2336 chr6 99074298 99093417 + 0 NA Intergenic Intergenic -198723 NM_005604 5454 Hs.182505 NM_005604 ENSG00000184486 POU3F2 BRN2|N-Oct3|OCT7|OTF-7|OTF7|POUF3|brn-2|oct-7 POU class 3 homeobox 2 protein-coding nan 0.907 nan 0.246 0.067 0.246 0.132 0.028 0.267 0.274 0.059 0.034 0.069 0.072 0.012 0.049 0.083 0.181 0.168 0.251 0.016 0.040 0.022 0.057 0.706 0.105 0.682 0.572 0.069 7.726 0.074 0.111 0.142 0.055 0.053 0.021 0.065 0.107 0.063 0.098 0.257 0.160 0.073 0.120 0.512 0.410 1.967 2.691 0.396 0.467 nan 0.192 0.271 0.282 0.351 nan 0.211 0.268 nan 0.313 0.145 0.312 0.069 0.120 0.203 0.507 0.298 0.359 0.044 0.029 0.010 0.038 0.032 0.140 0.007 0.004 0.015 0.004 0.022 0.010 0.029 0.062 0.013 0.008 0.024 0.207 0.360 0.083 0.013 0.064 0.008 0.014 0.274 0.052 0.039 0.181 0.013 0.013 0.015 0.006 0.048 0.245 0.002 0.033 0.054 7.460 0.055 0.103 0.020 0.020 0.111 0.205 245 chr1 165250163 165260126 + 0 NA intron (NM_177398, intron 3 of 8) intron (NM_177398, intron 3 of 8) 70334 NM_001174069 4009 Hs.667312 NM_177398 ENSG00000162761 LMX1A LMX1|LMX1.1 LIM homeobox transcription factor 1 alpha protein-coding 2.387 nan 1.653 0.524 0.043 0.704 0.410 0.047 0.056 2.361 0.104 0.064 0.043 0.019 2.183 0.849 0.527 0.237 0.232 0.068 0.021 0.174 0.122 0.032 0.086 1.551 0.015 0.130 0.011 0.100 0.072 0.036 0.016 0.047 0.008 0.063 0.247 0.033 0.016 0.190 0.148 0.090 0.059 0.083 0.776 0.668 0.402 1.496 1.386 nan 0.840 0.208 0.136 0.143 0.565 1.041 1.406 nan 4.484 4.573 0.551 0.631 7.644 6.663 1.757 4.577 2.210 1.241 0.475 0.065 0.009 0.075 2.743 0.535 0.014 0.159 0.072 0.015 0.108 2.913 0.415 0.074 0.018 0.007 0.062 0.024 0.061 0.215 0.180 0.021 1.031 0.080 2.361 0.049 0.037 0.527 0.073 0.044 0.726 0.006 1.053 0.004 0.070 0.066 0.104 0.253 2.123 0.008 0.048 0.023 0.031 2604 chr8 128669618 128702735 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 60037 NR_117102 100270680 Hs.333720 NR_117101 ENSG00000249375 CASC11 CARLo-7|LINC00990|TCONS_00014535 cancer susceptibility candidate 11 (non-protein coding) ncRNA 11.651 6.075 11.287 0.189 0.571 0.478 0.293 0.175 0.016 0.073 0.125 0.078 0.257 0.327 0.591 0.028 0.042 0.086 0.199 18.591 0.064 0.173 0.239 0.283 0.578 0.187 0.245 nan 0.473 0.191 0.072 0.058 2.371 0.061 0.278 0.151 0.040 0.138 1.092 0.228 2.016 2.226 8.564 0.242 1.292 0.154 1.547 1.331 0.335 0.719 0.399 0.465 0.519 0.217 nan nan 7.946 12.535 1.182 1.109 33.717 21.104 0.249 0.366 0.132 0.139 11.392 18.601 0.468 0.454 0.112 0.279 0.668 13.516 0.094 0.100 0.012 0.162 0.055 0.027 0.438 0.072 0.062 0.471 0.096 0.066 0.349 0.087 0.106 0.248 0.900 0.073 0.607 4.980 0.073 0.357 0.200 0.086 0.314 1.387 0.530 0.141 0.091 0.029 0.028 3.095 0.212 0.079 0.051 8.841 0.118 0.066 0.144 0.020 2511 chr8 9408231 9439776 + 0 NA intron (NM_003747, intron 1 of 26) intron (NM_003747, intron 1 of 26) 10558 NM_003747 8658 Hs.370267 NM_003747 ENSG00000173273 TNKS ARTD5|PARP-5a|PARP5A|PARPL|TIN1|TINF1|TNKS1|pART5 tankyrase protein-coding 1.278 1.195 1.076 0.434 0.410 0.588 0.316 0.248 0.043 0.409 0.316 0.118 0.060 0.161 0.138 0.387 0.240 0.853 0.270 0.365 0.122 0.434 0.134 0.230 0.407 0.336 0.132 0.339 0.102 7.293 0.500 0.128 0.398 0.075 0.087 0.215 0.077 0.368 0.236 0.165 0.076 0.404 0.458 0.227 0.303 0.244 1.050 0.951 1.144 1.411 1.608 1.543 1.488 0.753 2.255 2.297 0.486 0.598 0.801 1.271 nan 0.948 0.470 0.675 0.615 0.806 1.061 1.590 0.938 0.670 0.381 0.241 0.085 0.287 0.177 0.301 0.106 0.086 0.133 0.124 0.325 0.103 0.186 0.354 0.259 0.149 0.122 0.177 0.146 0.391 0.318 0.296 0.190 0.169 0.409 0.289 0.144 0.853 0.175 0.121 0.136 0.306 0.327 0.181 0.090 0.206 0.159 7.251 0.244 0.408 0.147 0.138 0.084 0.037 2190 chr5 134729095 134740053 + 0 NA intron (NM_004893, intron 1 of 8) CpG 354 NM_138610 9555 Hs.420272 NM_004893 ENSG00000113648 H2AFY H2A.y|H2A/y|H2AF12M|MACROH2A1.1|mH2A1|macroH2A1.2 H2A histone family member Y protein-coding 2.835 2.383 nan 1.478 1.167 2.332 1.169 1.385 0.345 1.009 0.947 0.146 0.329 1.190 1.038 0.755 0.399 3.006 0.894 1.056 0.588 1.156 0.509 1.035 3.374 2.256 1.684 3.837 0.347 4.125 1.170 0.137 2.356 0.385 0.690 1.905 0.281 0.691 1.378 1.055 0.533 1.913 2.168 1.593 1.364 0.571 1.400 1.386 3.126 4.368 3.636 3.414 2.797 1.526 4.057 4.372 1.700 2.336 3.097 4.662 3.159 3.141 1.277 2.415 3.444 3.984 1.452 1.608 1.039 0.642 0.822 1.308 0.656 0.796 0.641 1.867 0.523 1.023 1.296 0.879 1.165 0.937 1.086 1.075 1.282 0.827 0.763 2.743 1.854 0.904 1.612 1.249 0.980 1.386 1.009 2.107 1.307 3.006 1.025 0.790 0.240 1.476 0.925 0.848 0.815 0.773 0.377 6.860 0.343 0.498 0.811 0.518 0.752 0.379 2546 chr8 59711343 59725236 + 0 NA 3' UTR (NM_014729, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_014729, exon 9 of 9) -145885 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 1.876 nan 2.345 0.910 0.625 1.337 0.796 0.575 0.022 1.089 0.963 0.024 0.178 0.290 0.568 0.608 0.335 4.213 0.434 0.308 0.089 0.147 0.395 0.484 0.610 0.225 0.362 1.605 0.760 0.085 0.257 0.158 1.426 1.107 0.274 1.154 1.601 5.000 0.228 0.064 0.074 0.155 0.175 0.545 0.106 0.435 0.523 0.568 0.511 1.490 6.517 7.580 1.606 0.642 0.066 0.108 1.918 nan 1.592 1.514 0.954 0.652 0.108 0.167 1.755 2.427 0.206 0.394 3.589 1.500 1.306 0.308 0.117 2.165 0.116 1.183 0.523 0.182 0.021 0.116 0.465 1.307 0.193 0.178 0.169 0.100 0.096 0.214 0.939 0.126 0.959 0.063 0.029 1.089 0.139 0.040 4.213 0.053 0.024 0.084 0.281 0.784 0.505 1.559 1.224 0.176 0.069 0.021 0.159 1.340 0.481 1.438 1.364 826 chr14 20921972 20924855 + 0 NA promoter-TSS (NM_017807) promoter-TSS (NM_017807) 123 NM_001641 328 Hs.73722 NM_001641 ENSG00000100823 APEX1 APE|APE1|APEN|APEX|APX|HAP1|REF1 apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease 1 protein-coding 17.307 5.864 7.678 11.501 5.306 7.856 3.724 3.594 2.119 5.662 7.804 0.371 1.574 3.364 6.625 2.300 0.973 6.484 4.574 4.021 1.503 6.282 2.881 3.582 13.118 9.201 8.522 14.510 4.163 4.203 7.179 0.215 7.860 0.892 1.591 6.791 1.681 10.770 7.412 4.206 1.283 9.289 9.561 3.279 4.146 1.553 8.299 7.056 12.088 16.950 17.335 15.169 11.676 7.829 25.809 26.821 10.182 12.631 15.161 20.470 18.587 17.895 7.696 10.236 11.631 13.447 9.685 8.601 7.034 4.362 8.191 4.901 0.966 4.271 3.201 8.474 4.808 4.126 4.894 1.314 6.786 2.085 5.283 5.429 3.348 1.451 4.436 2.069 1.586 5.196 3.845 3.227 4.180 3.847 5.662 5.985 6.349 6.484 3.368 2.596 4.006 7.097 4.559 2.915 2.539 6.684 2.991 2.484 2.967 2.501 3.812 2.033 3.303 2.589 2494 chr7 129249997 129255867 + 0 NA intron (NM_005011, intron 1 of 10) intron (NM_005011, intron 1 of 10) 1389 NM_001293164 4899 Hs.654363 NM_005011 ENSG00000106459 NRF1 ALPHA-PAL nuclear respiratory factor 1 protein-coding 5.456 1.849 3.321 2.920 2.987 3.697 1.817 2.773 0.676 4.832 2.538 0.209 0.905 3.332 2.155 2.770 1.275 7.281 2.446 3.186 1.118 4.299 0.823 2.591 4.096 3.377 5.568 4.881 0.748 1.899 4.574 0.154 5.218 0.946 1.642 1.695 0.510 2.438 3.635 1.227 1.473 2.851 6.302 4.468 3.085 1.230 6.330 5.356 8.139 9.079 7.428 7.292 6.639 2.948 11.069 10.548 3.646 4.607 3.903 7.228 6.458 6.628 5.613 9.558 4.817 4.497 6.084 5.130 3.565 2.266 2.676 1.651 1.025 1.846 1.232 3.397 1.748 2.480 2.747 2.264 2.996 0.714 2.367 3.478 2.255 1.298 1.934 2.023 1.498 2.151 3.632 4.153 1.884 2.339 4.832 4.264 3.077 7.281 1.023 3.086 1.137 6.530 1.985 2.010 0.947 1.772 1.079 1.095 1.377 0.890 1.130 0.546 1.403 0.951 1344 chr18 53441770 53453191 + 0 NA Intergenic CpG 139950 NR_110755 101927273 Hs.434335 NR_110755 ENSG00000260930 LINC01416 - long intergenic non-protein coding RNA 1416 ncRNA nan 0.755 0.803 0.306 0.077 0.299 0.295 0.116 0.016 0.887 1.160 0.070 0.017 0.037 0.039 0.669 0.545 0.900 0.283 0.336 0.033 0.028 0.074 1.103 0.021 0.028 0.037 0.674 0.025 1.668 3.195 0.116 0.549 0.010 0.047 0.016 0.131 0.084 0.560 0.058 0.332 0.826 1.190 0.134 0.187 0.055 0.689 0.461 0.877 0.604 1.069 0.913 3.757 2.010 1.262 1.446 2.310 2.584 0.618 0.766 0.972 0.861 0.531 0.777 3.133 2.939 0.298 0.474 6.467 3.764 0.117 0.081 0.008 0.268 0.036 0.343 0.028 0.152 0.045 0.018 0.090 0.641 0.237 0.048 0.011 0.007 0.391 0.574 0.156 0.057 0.435 0.041 0.035 0.887 0.069 0.008 0.900 0.029 0.143 0.270 0.500 0.047 0.027 0.027 0.059 1.935 0.219 0.171 0.042 0.016 0.020 0.009 2666 chr9 36861879 36873739 + 0 NA intron (NM_001280549, intron 6 of 7) intron (NM_001280549, intron 6 of 7) -3504 NR_039766 100616278 NR_039766 ENSG00000264922 MIR4540 - microRNA 4540 ncRNA 0.874 nan 1.121 0.611 1.991 0.871 0.059 0.005 0.312 0.070 0.014 0.048 0.063 0.715 0.314 1.021 0.194 0.063 0.045 0.009 0.120 1.155 0.126 0.112 2.639 0.049 0.175 0.018 0.067 0.208 0.056 0.031 0.063 0.041 0.087 0.338 0.018 0.030 0.111 0.197 0.070 0.024 0.062 0.654 1.039 0.178 0.268 1.679 2.000 2.546 0.624 0.165 0.200 0.473 0.974 1.105 1.148 0.631 0.665 0.820 1.276 2.272 1.924 0.266 0.444 3.724 1.973 1.360 0.222 0.008 0.062 0.521 0.331 0.012 0.123 0.037 0.074 0.037 0.838 0.179 0.101 0.047 0.006 0.095 0.073 0.020 0.112 0.156 0.084 0.073 0.113 0.312 0.071 1.021 0.081 0.187 0.213 0.540 0.006 0.011 0.053 0.028 0.049 0.492 0.136 0.032 0.010 0.019 0.018 332 chr1 239968099 239982819 + 0 NA intron (NM_000740, intron 3 of 4) AluJb|SINE|Alu 87713 NR_046582 100873984 Hs.199475 NR_046582 ENSG00000234601 CHRM3-AS1 - CHRM3 antisense RNA 1 ncRNA 0.825 1.490 1.308 0.226 0.054 0.426 0.200 0.373 0.025 0.546 0.087 0.165 0.013 0.150 0.642 0.182 0.207 0.130 0.170 0.535 0.109 0.070 0.325 0.185 0.109 0.055 0.254 0.297 4.121 0.044 0.078 0.796 0.097 0.170 0.054 0.089 0.247 0.299 0.365 0.078 0.288 1.019 0.125 0.824 0.153 0.427 0.311 0.683 1.161 0.288 0.357 nan 0.135 0.416 0.399 0.575 0.980 nan 0.263 0.223 0.050 0.140 0.152 0.070 0.059 0.244 0.418 nan 0.676 0.034 0.338 0.013 0.081 0.027 0.012 0.028 0.339 0.161 0.050 1.478 0.019 0.043 1.045 0.331 0.180 0.026 1.560 2.085 0.753 1.354 0.037 1.354 0.749 0.546 0.111 0.020 0.130 0.414 0.123 0.007 0.688 0.069 0.028 0.068 0.103 0.181 5.039 0.061 0.436 0.191 0.081 0.739 1.134 2329 chr6 51330251 51346330 + 0 NA Intergenic Intergenic -148378 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.781 1.072 nan 0.258 0.023 0.864 0.508 0.067 0.016 0.268 0.110 0.204 0.176 0.283 0.023 0.068 0.113 0.347 0.152 0.340 0.008 0.071 0.013 0.108 2.704 0.941 0.761 0.554 0.263 0.060 0.041 0.116 0.337 0.007 0.043 0.045 0.070 0.107 0.180 0.048 0.240 0.457 0.308 0.070 0.097 0.052 0.493 0.287 3.342 3.908 0.419 0.579 0.150 0.098 0.729 0.818 0.165 0.274 0.404 0.334 0.281 0.103 0.261 0.327 0.177 0.279 0.328 0.623 0.167 0.282 0.052 0.362 0.010 0.046 6.021 0.067 0.009 0.004 0.023 0.005 0.063 0.064 0.255 0.108 0.011 0.010 0.047 0.005 0.007 0.175 0.010 0.035 0.039 0.370 0.268 0.142 0.017 0.347 0.099 0.499 0.012 0.022 0.038 0.008 0.047 0.024 0.055 0.035 0.055 0.131 0.033 0.111 0.007 0.010 1099 chr16 88845999 88852705 + 0 NA intron (NM_001142864, intron 1 of 50) MER5B|DNA|hAT-Charlie 2276 NM_001142864 9780 Hs.377001 NM_001142864 ENSG00000103335 PIEZO1 DHS|FAM38A|LMPH3|Mib piezo type mechanosensitive ion channel component 1 protein-coding nan 1.282 2.123 0.287 6.290 0.674 0.600 6.244 0.499 1.664 1.946 0.297 1.387 5.165 4.063 0.175 0.082 0.145 0.505 1.949 1.810 3.279 1.071 2.301 1.991 1.118 2.194 0.732 1.653 1.658 2.601 0.096 4.640 1.213 2.049 4.090 1.339 3.311 3.988 1.387 1.235 4.339 4.355 3.452 3.574 1.243 1.492 2.077 2.007 3.838 0.717 0.417 0.547 0.149 3.665 3.519 0.149 0.437 0.362 0.530 2.100 2.562 1.288 2.325 0.214 0.225 1.645 2.158 0.394 0.424 1.136 2.584 1.136 3.102 1.008 0.518 1.234 2.961 3.329 2.974 1.881 0.058 0.044 8.018 10.878 4.845 1.291 1.118 0.648 2.310 4.509 7.773 1.392 2.418 1.664 5.748 3.085 0.145 0.753 3.014 0.507 4.258 0.090 3.724 2.551 2.245 2.743 0.530 0.546 0.742 2.598 2.299 1.365 0.590 1965 chr3 153687692 153700000 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -144946 NM_001251962 26084 Hs.240845 NM_015595 ENSG00000114790 ARHGEF26 CSGEF|HMFN1864|SGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 26 protein-coding nan 0.984 0.747 0.166 0.304 0.490 0.310 0.127 0.040 0.340 0.061 0.210 0.246 0.214 0.030 0.202 0.204 0.058 0.165 0.959 0.020 0.198 0.180 0.137 1.220 0.433 0.161 0.188 0.270 0.217 0.036 0.087 1.137 0.002 0.056 0.159 0.007 0.073 2.063 0.275 2.034 2.744 8.741 0.081 0.170 0.119 0.206 0.159 0.247 0.436 0.375 0.289 0.458 0.153 0.231 0.264 0.645 nan 0.188 0.193 0.849 0.522 0.193 0.275 2.945 3.961 0.719 1.057 0.316 0.370 0.013 0.902 0.112 0.040 0.036 0.034 0.215 0.100 0.049 0.270 0.844 0.071 0.105 0.054 0.031 0.062 0.196 0.208 0.096 0.172 0.107 0.058 0.401 0.340 0.064 0.059 0.058 0.448 0.074 0.016 0.052 0.016 0.022 0.017 0.031 0.036 0.113 0.056 0.198 0.025 0.118 0.019 0.017 745 chr12 108953098 108965698 + 0 NA intron (NM_213595, intron 3 of 4) intron (NM_213595, intron 3 of 4) 4159 NM_001320042 23479 Hs.615131 NM_014301 ENSG00000136003 ISCU 2310020H20Rik|HML|ISU2|NIFU|NIFUN|hnifU iron-sulfur cluster assembly enzyme protein-coding 2.980 2.159 nan 2.557 2.105 2.636 1.414 1.263 0.635 1.799 2.061 0.178 0.556 1.488 1.438 1.563 0.831 2.205 1.738 1.262 0.570 1.777 0.880 0.733 2.914 2.928 1.942 5.402 0.951 4.298 2.685 0.145 4.950 1.217 1.271 3.147 0.674 3.089 2.004 1.501 0.806 3.162 4.530 1.979 1.635 1.363 3.512 2.799 3.360 5.499 4.705 4.866 4.972 3.088 7.064 7.495 2.656 3.481 6.183 7.364 4.654 4.056 2.858 3.789 3.733 5.890 3.621 2.997 3.723 1.949 2.519 2.138 0.775 1.585 0.994 3.683 1.299 1.290 1.255 0.914 3.051 0.563 1.050 2.070 2.024 1.052 0.845 0.667 0.721 2.581 2.274 2.097 2.357 1.693 1.799 2.415 3.114 2.205 1.553 0.723 0.995 2.766 2.159 1.245 1.156 1.187 0.863 2.536 0.880 0.874 0.855 0.859 1.444 1.209 34 chr1 8608097 8633406 + 0 NA intron (NM_012102, intron 5 of 23) MIR|SINE|MIR -65778 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.295 nan 1.278 0.425 0.219 0.401 0.184 0.218 0.064 0.213 0.660 0.114 0.023 0.172 0.419 0.273 0.264 0.132 0.263 0.252 0.039 0.089 0.033 0.161 nan 0.262 0.300 0.528 0.080 2.311 0.413 0.176 0.239 0.019 0.121 0.070 0.043 0.155 0.313 0.056 0.032 0.179 0.290 0.144 0.232 0.125 0.387 0.417 0.379 0.896 0.830 1.052 1.258 0.493 0.730 0.730 1.456 nan nan 3.450 nan 0.703 0.330 0.450 0.090 0.191 1.782 4.277 1.072 0.692 0.101 0.093 0.042 0.651 0.249 0.172 0.044 0.152 0.042 0.111 0.086 0.023 0.234 0.087 0.033 0.046 0.030 0.282 0.370 0.225 0.164 0.157 0.387 0.145 0.213 0.091 0.252 0.132 0.039 0.154 0.080 0.182 0.092 0.083 0.025 0.128 0.079 2.439 0.058 0.874 0.063 0.085 0.023 0.026 2653 chr9 14336924 14355612 + 0 NA intron (NM_001190738, intron 1 of 8) CpG -32223 NM_001190737 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 2.491 0.962 0.143 0.567 0.306 0.080 0.014 0.511 1.018 0.163 0.031 0.125 0.054 1.392 0.976 1.259 2.645 0.204 0.073 0.110 0.052 0.112 1.122 0.376 0.456 2.163 0.141 0.195 0.179 0.080 0.217 0.031 0.044 0.020 0.253 0.533 0.157 0.170 0.255 0.183 0.200 0.113 0.088 0.195 0.228 0.115 1.137 1.853 1.460 1.264 2.188 0.752 0.194 0.189 47.709 48.713 0.698 0.683 0.341 0.271 0.288 0.421 0.535 0.375 0.184 0.454 8.146 4.948 2.067 0.137 0.050 0.568 0.048 0.081 0.029 0.073 0.027 0.009 0.237 0.133 0.166 0.079 0.038 0.025 0.061 0.042 0.123 0.123 0.318 0.137 0.384 0.147 0.511 0.091 0.472 1.259 0.098 0.093 0.041 0.268 0.223 0.076 0.007 0.106 0.093 0.031 0.063 0.053 0.061 0.025 0.018 0.011 2656 chr9 22330682 22346699 + 0 NA Intergenic Intergenic -108150 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 0.970 nan nan 0.220 0.068 0.157 0.110 0.025 0.008 0.184 0.544 0.101 0.066 0.020 0.138 0.122 0.082 0.148 0.673 0.039 0.022 0.098 0.101 0.045 0.008 0.266 0.147 0.107 0.013 0.105 0.268 0.051 0.065 0.331 0.179 0.014 0.004 0.095 0.004 0.100 0.066 0.105 0.168 0.104 0.192 0.342 0.281 0.347 0.636 0.216 0.064 0.050 3.991 4.934 0.109 0.133 1.183 0.710 0.159 0.239 1.271 2.255 0.256 0.573 1.313 0.842 0.018 0.120 0.024 0.063 0.062 0.005 0.014 0.047 0.457 0.085 0.023 0.015 0.028 0.038 0.030 0.030 0.019 0.076 0.046 0.015 0.025 0.184 0.080 0.017 0.082 0.015 0.004 0.056 0.092 0.008 0.015 0.069 0.102 0.031 0.146 0.114 0.042 0.004 2548 chr8 61563318 61568377 + 0 NA Intergenic Intergenic -25477 NM_017780 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 8.310 2.877 9.430 5.331 1.652 4.238 2.084 2.071 1.865 3.214 0.423 0.076 1.348 3.660 3.657 3.218 1.662 6.668 1.914 1.798 0.710 3.427 0.974 1.415 3.883 4.299 2.515 7.816 0.919 2.041 2.478 0.085 2.599 1.280 1.760 1.715 0.946 3.730 1.157 1.016 0.829 2.480 3.215 1.467 1.634 1.638 2.507 3.766 2.104 3.336 14.097 11.041 7.761 2.309 2.356 2.545 2.330 nan 3.631 5.737 nan 9.313 1.991 4.332 9.340 9.528 4.443 5.777 5.267 2.883 1.618 1.009 1.059 0.985 1.880 6.298 1.868 1.200 1.526 1.875 1.157 2.543 2.279 2.585 3.635 1.644 2.012 2.468 1.752 1.855 2.864 6.186 2.399 1.272 3.214 5.161 2.474 6.668 1.402 1.118 1.247 3.172 5.763 0.616 1.900 1.359 0.770 1.276 1.237 1.888 1.209 0.623 1.745 1.018 2082 chr4 148671108 148717189 + 0 NA intron (NM_024605, intron 1 of 22) intron (NM_024605, intron 1 of 22) -9598 NR_039962 100616246 NR_039962 ENSG00000264274 MIR4799 - microRNA 4799 ncRNA 0.763 0.898 0.781 0.211 0.175 0.442 0.219 0.178 0.084 0.114 0.332 0.122 0.893 1.692 0.072 0.143 0.146 0.079 0.105 0.240 0.327 0.564 0.571 0.369 3.093 1.320 0.498 0.381 0.739 0.058 0.059 0.075 0.379 0.121 0.058 0.635 0.022 0.114 0.177 0.539 0.079 0.544 0.132 0.098 0.463 0.219 0.178 0.104 0.440 0.933 0.123 0.166 0.068 0.051 0.141 0.155 0.545 0.734 0.391 0.509 0.539 0.327 0.092 0.144 0.225 0.269 0.359 0.894 0.378 0.338 0.014 1.652 0.506 0.789 0.022 0.246 0.024 0.242 0.077 0.109 0.080 0.060 0.017 0.318 0.211 0.127 0.759 0.029 0.045 0.136 0.230 0.144 0.085 0.454 0.114 0.544 0.204 0.079 0.170 0.936 0.122 0.068 0.029 0.239 0.217 0.315 0.795 0.038 0.041 0.177 0.043 0.872 0.016 0.014 2613 chr8 143368852 143384905 + 0 NA intron (NM_001291931, intron 8 of 10) intron (NM_001291931, intron 8 of 10) 97161 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.374 1.212 nan 0.928 0.071 0.795 0.449 0.092 0.019 0.440 0.042 0.020 0.030 0.150 0.062 0.283 0.219 1.684 0.759 0.133 0.041 0.083 0.092 0.070 0.417 0.110 0.074 3.811 0.054 0.148 0.047 0.061 0.291 0.059 0.027 0.328 0.029 0.052 0.312 0.026 0.045 0.158 0.100 0.080 0.084 0.051 0.529 0.818 0.109 0.202 nan 5.350 nan 0.245 0.391 0.431 0.625 0.829 0.828 1.332 1.040 1.001 0.454 0.617 0.367 0.268 0.274 0.374 1.713 0.969 5.404 0.215 0.030 0.052 0.041 2.538 0.043 0.082 0.045 0.055 0.048 0.048 0.114 0.225 0.302 0.206 0.031 0.034 0.076 0.197 0.122 0.249 0.034 0.021 0.440 0.155 0.080 1.684 0.064 0.464 0.194 0.172 0.044 0.012 0.084 0.024 0.036 0.067 0.133 0.014 0.037 0.241 0.257 620 chr11 129142176 129170527 + 0 NA Intergenic Intergenic -89530 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.953 1.075 2.527 2.071 0.273 1.321 0.645 0.399 0.065 0.470 0.105 0.017 0.127 0.377 0.065 1.035 0.774 1.523 0.248 0.874 0.341 0.313 0.134 0.175 1.060 0.332 0.215 3.777 0.356 5.404 1.210 0.118 0.169 0.084 0.239 0.342 0.131 0.305 0.456 0.293 0.197 0.842 0.306 0.238 0.539 0.209 1.782 1.767 0.806 0.777 1.677 1.671 2.894 0.852 0.885 0.844 0.842 1.163 6.701 7.453 1.087 1.166 2.573 4.912 1.921 1.690 0.757 nan 2.265 1.183 0.454 0.560 0.249 0.575 0.406 0.651 0.073 0.273 0.144 0.939 0.308 0.370 0.180 0.614 0.204 0.219 0.274 0.639 0.722 0.373 0.643 0.582 0.187 1.097 0.470 0.390 0.400 1.523 0.437 0.791 0.116 0.420 1.669 0.124 0.092 0.234 0.620 3.711 3.106 0.209 0.182 0.114 0.402 0.150 1410 chr19 18127569 18142521 + 0 NA Intergenic Intergenic 16068 NM_001286826 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 2.420 1.317 1.263 1.649 0.540 0.479 0.242 1.034 0.062 0.311 0.437 0.195 0.399 0.672 0.341 0.357 0.152 0.184 0.175 0.591 0.447 0.910 0.736 1.168 nan 0.365 0.311 0.587 0.298 0.136 0.152 0.090 1.049 0.401 0.229 2.387 0.638 2.050 0.342 0.722 0.200 0.320 1.540 0.413 1.038 0.447 0.291 0.169 0.566 1.231 0.562 0.612 0.728 0.229 0.241 0.192 1.704 2.781 2.890 3.807 3.727 2.917 0.234 0.161 0.853 1.123 1.338 2.515 2.115 1.123 0.145 0.611 0.358 0.808 0.428 0.164 0.102 0.775 0.494 0.139 0.695 0.211 0.053 1.287 0.697 0.345 0.873 0.042 0.049 0.228 0.847 1.024 0.375 0.497 0.311 0.596 0.349 0.184 0.237 0.249 1.453 0.422 1.757 0.295 0.256 1.101 0.894 0.053 0.026 0.767 0.428 0.626 0.073 0.057 2693 chr9 113672787 113690304 + 0 NA intron (NM_057159, intron 4 of 4) MLT1E1|LTR|ERVL-MaLR 118820 NM_001401 1902 Hs.126667 NM_001401 ENSG00000198121 LPAR1 EDG2|GPR26|Gpcr26|LPA1|Mrec1.3|VZG1|edg-2|rec.1.3|vzg-1 lysophosphatidic acid receptor 1 protein-coding 0.552 0.746 nan 0.205 0.169 0.176 0.092 0.595 0.014 0.074 0.489 0.092 0.145 0.552 0.404 0.080 0.141 0.089 0.111 1.232 0.134 0.791 0.513 0.509 nan 1.419 1.773 0.275 0.929 0.082 0.037 0.084 0.347 0.154 2.334 0.717 0.134 0.400 0.445 1.187 0.130 0.775 1.507 0.566 0.720 0.399 0.139 0.110 0.192 0.313 0.206 0.360 0.076 0.031 0.275 0.270 0.202 0.324 0.363 nan 0.533 0.210 0.068 0.155 0.101 0.081 0.166 0.189 nan 0.318 0.090 2.728 0.072 1.353 0.035 0.081 0.379 2.380 1.809 0.219 1.498 0.011 0.073 0.237 0.234 0.129 0.110 0.181 0.303 0.649 1.753 0.131 0.193 3.217 0.074 0.138 0.047 0.089 1.837 0.151 0.005 0.071 0.202 1.207 0.037 0.355 0.323 0.092 0.023 0.071 0.874 0.348 0.033 0.011 1434 chr19 38825595 38828592 + 0 NA intron (NM_001330496, intron 1 of 27) CpG 650 NM_021185 57828 Hs.324335 NM_021185 ENSG00000099338 CATSPERG C19orf15 cation channel sperm associated auxiliary subunit gamma protein-coding 3.056 2.522 3.336 5.654 2.842 2.712 2.108 1.223 2.674 0.971 1.765 0.426 0.633 3.040 2.394 1.095 0.508 2.309 1.797 2.418 0.785 1.945 0.903 8.483 3.815 1.944 2.471 21.047 0.491 1.462 3.472 0.164 1.550 0.701 0.604 2.250 0.393 1.168 2.131 0.880 0.762 0.984 2.815 1.096 1.381 0.801 1.349 2.508 3.163 3.979 4.770 3.446 7.460 3.077 6.989 8.815 1.895 2.996 5.438 6.775 nan 2.549 1.639 2.445 2.500 1.883 1.587 3.438 2.710 1.175 2.579 0.595 0.730 0.851 0.639 4.819 0.690 0.577 0.350 2.078 0.431 0.436 1.268 3.649 1.832 1.126 0.702 0.513 0.606 0.631 4.117 7.218 1.862 0.507 0.971 4.350 2.369 2.309 0.820 1.004 0.484 3.277 2.270 0.837 0.460 0.832 1.045 0.784 1.259 0.702 0.386 0.602 0.442 0.136 2713 chr9 130557339 130567687 + 0 NA Intergenic Intergenic -2624 NM_001288803 2356 Hs.335084 NM_004957 ENSG00000136877 FPGS - folylpolyglutamate synthase protein-coding nan 1.547 2.671 2.625 1.729 1.214 0.635 1.901 0.275 0.801 0.690 0.206 1.044 2.648 1.129 0.751 0.349 1.229 0.699 1.273 0.754 5.619 1.476 2.184 4.608 2.008 2.542 2.994 1.074 0.858 0.971 0.103 2.224 0.897 0.755 1.968 0.529 1.445 1.978 2.131 0.443 2.145 2.027 1.373 2.262 0.812 0.911 1.040 1.747 2.449 2.768 2.466 nan 0.678 3.435 3.595 0.837 1.259 3.124 4.504 2.988 2.871 0.614 1.086 1.458 1.353 1.290 1.942 2.185 1.329 1.103 1.922 0.867 1.149 0.377 0.537 0.375 2.266 2.593 0.904 1.199 0.267 0.506 1.815 1.613 0.722 1.393 0.620 0.575 1.134 1.561 1.580 0.725 2.923 0.801 2.570 1.036 1.229 0.767 2.109 0.471 1.561 1.336 1.769 1.977 2.072 1.183 0.377 0.211 0.463 0.909 1.069 0.778 0.466 2625 chr8 145156632 145160805 + 0 NA promoter-TSS (NM_032272) promoter-TSS (NM_032272) 420 NR_038270 81858 Hs.529755 NM_030974 ENSG00000179526 SHARPIN SIPL1 SHANK associated RH domain interactor protein-coding 6.986 2.725 nan 7.972 6.596 7.168 3.725 6.514 0.949 2.949 2.419 0.426 1.567 5.163 4.175 1.249 0.915 4.961 3.661 1.801 1.484 4.813 1.773 2.224 7.937 7.092 3.383 14.282 2.440 4.228 2.891 0.081 11.683 1.696 2.142 13.602 1.731 5.599 5.606 3.367 1.559 6.369 6.891 3.053 7.232 2.609 3.654 4.782 3.718 6.517 nan 8.770 nan 2.049 11.775 11.743 2.654 3.890 4.124 5.317 4.183 5.616 3.350 6.331 3.344 3.190 4.270 4.974 2.682 1.268 4.226 3.446 2.658 2.111 3.931 7.000 3.913 1.585 2.823 2.943 1.830 0.596 2.217 5.047 3.919 2.415 1.003 2.956 1.510 4.192 7.782 7.484 2.699 3.888 2.949 3.963 2.843 4.961 1.974 3.466 0.975 9.323 5.144 1.511 2.350 1.629 1.444 1.870 1.142 1.303 1.490 1.135 1.904 1.016 2471 chr7 101510717 101534164 + 0 NA intron (NM_181552, intron 1 of 23) intron (NM_181552, intron 1 of 23) 61558 NM_181552 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.706 1.086 0.232 0.289 0.605 0.362 0.455 2.034 0.387 0.726 0.195 0.462 1.115 2.556 0.253 0.293 0.531 0.309 0.827 0.380 1.244 0.477 0.457 3.064 1.056 1.647 1.062 0.379 0.780 0.232 0.157 1.490 0.215 0.855 0.408 0.374 0.892 0.616 0.632 0.278 0.907 1.009 1.104 0.791 0.382 0.590 0.632 0.643 1.887 0.507 0.457 0.824 0.279 0.365 0.361 0.758 1.076 0.872 1.063 0.484 0.305 0.744 1.365 0.213 0.659 0.379 nan 0.859 0.682 0.397 1.622 0.423 0.511 0.178 0.311 0.059 0.367 0.268 0.595 1.163 0.030 0.138 0.931 0.531 0.224 1.087 0.316 0.348 1.138 3.823 2.032 0.590 1.688 0.387 2.129 1.299 0.531 1.034 3.352 0.058 1.140 0.342 1.030 1.296 0.748 0.765 0.349 0.711 0.168 0.221 0.615 1.258 1.228 1547 chr2 33577648 33591081 + 0 NA intron (NM_001166266, intron 21 of 28) intron (NM_001166266, intron 21 of 28) -59219 NR_039628 100616136 NR_039628 ENSG00000283591 MIR4430 - microRNA 4430 ncRNA 0.790 nan nan 0.045 0.107 0.244 0.144 0.099 0.009 0.144 0.404 0.136 0.692 0.440 0.044 0.058 0.102 0.027 0.150 0.120 0.028 0.180 0.118 0.113 nan 0.205 0.121 0.243 0.603 0.072 0.060 0.167 0.206 2.503 0.063 0.306 0.083 0.163 0.222 0.100 0.037 0.106 0.110 0.083 0.115 0.124 0.341 0.157 0.261 0.376 0.296 0.344 0.190 0.102 0.343 nan 0.317 0.429 0.177 0.167 nan 0.220 0.162 0.190 0.041 0.060 0.189 0.283 0.171 0.253 0.025 0.106 0.007 0.179 0.052 0.093 0.016 0.017 0.036 0.080 0.007 0.055 0.130 0.022 0.023 0.029 0.026 0.018 0.332 0.109 0.058 0.059 0.086 0.144 0.140 0.173 0.027 0.015 0.112 0.021 0.059 0.057 0.050 0.047 0.065 0.050 0.052 0.022 0.039 0.074 0.042 0.017 0.011 937 chr15 56533139 56548992 + 0 NA Intergenic Intergenic -5582 NM_022841 64864 Hs.745089 NM_022841 ENSG00000181827 RFX7 RFXDC2 regulatory factor X7 protein-coding 1.779 1.464 2.544 0.747 1.310 1.832 1.121 0.950 0.156 1.415 0.821 0.122 0.204 0.518 0.504 0.931 0.739 1.233 0.505 0.951 0.644 0.925 0.479 0.721 2.606 0.995 1.101 2.549 0.278 1.515 0.919 0.082 3.248 0.284 0.510 0.585 0.385 1.879 0.797 0.634 0.612 2.185 1.857 0.912 0.578 0.452 0.805 1.236 0.878 1.336 1.651 1.691 1.877 0.681 2.072 2.001 2.329 2.756 1.336 1.994 5.762 6.224 0.943 1.977 4.056 3.962 1.682 2.698 1.072 0.640 0.315 0.603 0.681 0.948 0.394 0.651 0.524 0.412 0.446 0.645 1.342 1.595 0.433 0.837 0.912 0.340 0.310 0.415 0.434 1.013 2.008 1.702 0.369 0.658 1.415 0.409 1.362 1.233 0.564 0.518 0.442 1.100 0.993 0.971 0.141 0.473 1.025 0.685 1.105 0.838 0.575 0.537 0.409 0.224 1045 chr16 30568139 30587111 + 0 NA Intergenic Intergenic 6103 NM_001024683 146542 Hs.301463 NM_145271 ENSG00000229809 ZNF688 - zinc finger protein 688 protein-coding 2.971 1.998 1.963 4.239 2.498 2.728 1.251 2.177 0.524 2.101 0.662 0.268 0.788 1.204 1.233 0.559 0.413 2.611 1.486 1.035 0.457 1.202 0.438 1.692 2.529 1.636 1.150 6.578 0.550 1.584 1.122 0.109 2.225 0.274 0.632 2.553 0.870 2.168 1.091 1.237 0.502 2.248 4.546 1.235 1.865 0.606 2.552 2.487 1.423 2.311 3.120 2.929 4.771 1.909 4.246 4.457 1.889 2.514 4.906 6.792 3.794 3.659 1.882 2.493 2.849 2.923 2.279 3.476 1.771 1.077 1.848 1.142 0.691 0.987 3.476 1.607 0.627 1.172 1.458 0.791 1.413 0.657 1.192 1.490 0.882 0.478 0.775 0.465 0.392 1.145 2.141 2.499 1.509 2.437 2.101 0.989 1.502 2.611 0.419 0.915 1.099 2.284 1.319 0.729 0.411 1.560 0.686 0.913 0.712 1.012 0.713 0.593 0.626 0.421 1619 chr2 162270306 162282723 + 0 NA intron (NM_006593, intron 4 of 5) intron (NM_006593, intron 4 of 5) 3909 NM_006593 10716 Hs.210862 NM_006593 ENSG00000136535 TBR1 TBR-1|TES-56 T-box, brain 1 protein-coding 0.978 5.639 nan 0.628 0.257 0.531 0.297 0.119 0.105 0.282 0.120 0.013 0.117 0.275 0.046 0.205 0.205 0.414 0.209 0.257 0.050 0.567 0.083 0.179 0.665 0.267 0.197 1.098 0.047 0.276 0.174 0.063 0.457 0.104 0.196 0.244 0.353 1.018 0.121 0.061 0.053 0.189 0.109 0.141 0.062 0.218 0.455 0.307 0.532 0.739 0.822 0.848 1.204 0.526 0.607 0.586 0.340 0.583 0.270 0.285 0.847 0.855 0.310 0.418 0.215 0.187 0.644 1.090 0.812 0.482 0.040 0.294 0.023 0.127 0.073 0.086 0.011 0.234 0.181 0.102 0.082 0.027 0.336 0.238 0.131 0.113 0.043 0.247 0.271 0.155 0.367 0.546 0.242 0.092 0.282 0.168 0.082 0.414 0.127 0.086 0.062 0.502 0.432 0.055 0.010 0.051 0.071 0.064 0.085 1.716 0.067 0.068 0.081 0.012 730 chr12 81076464 81080515 + 0 NA Intergenic Intergenic -22919 NM_002469 4618 Hs.35937 NM_002469 ENSG00000111046 MYF6 CNM3|MRF4|bHLHc4|myf-6 myogenic factor 6 protein-coding 0.884 0.771 0.633 0.088 0.054 0.838 0.593 0.038 0.015 0.182 0.093 0.154 0.016 0.620 0.340 0.587 0.127 0.172 0.033 0.036 0.050 0.039 0.009 0.224 0.098 0.142 0.028 0.079 0.208 0.069 0.093 0.019 0.034 0.180 0.115 0.046 0.082 0.121 0.076 3.559 3.352 1.934 0.896 0.402 0.498 0.261 0.136 0.323 0.449 0.357 0.464 3.315 3.695 0.241 0.078 0.156 0.212 9.579 12.972 0.262 0.488 0.527 0.472 0.027 0.207 0.079 0.066 0.068 0.034 0.052 1.533 0.020 0.045 0.037 0.366 0.478 0.096 0.040 0.018 0.049 0.036 0.587 0.042 0.014 0.025 0.050 0.020 0.054 0.084 0.125 0.018 0.069 0.012 16 chr1 6278756 6282848 + 0 NA TTS (NM_012405) TTS (NM_012405) 14613 NM_207396 388591 Hs.716549 NM_173795 ENSG00000158286 RNF207 C1orf188 ring finger protein 207 protein-coding 1.187 nan 0.958 0.407 1.680 0.348 0.245 0.277 6.794 0.157 0.165 0.117 1.264 3.246 0.471 0.270 0.175 0.296 0.401 0.666 0.121 1.773 1.243 0.132 nan 0.389 0.515 0.755 0.712 0.131 0.257 0.142 0.651 0.088 0.113 0.067 0.038 0.068 0.741 1.675 0.096 1.532 0.258 0.241 2.301 0.409 0.476 0.680 0.345 0.804 1.727 2.863 0.339 0.242 2.091 1.948 0.485 nan 2.802 4.037 nan 0.372 0.390 0.395 0.051 0.111 0.763 1.647 3.089 1.581 6.886 1.965 1.812 0.359 1.187 3.872 0.034 0.356 0.187 0.036 0.170 0.047 0.055 0.198 0.113 0.170 0.620 0.039 0.119 0.100 0.151 0.395 0.157 1.289 0.157 3.632 0.149 0.296 0.987 3.294 0.235 0.379 0.075 0.099 1.017 0.146 0.163 0.057 0.048 0.466 0.075 2.985 0.056 0.012 921 chr15 31506185 31530273 + 0 NA intron (NM_001243538, intron 2 of 3) LTR12F|LTR|ERV1 4825 NM_001243538 283710 Hs.591097 NM_001243538 LOC283710 - uncharacterized LOC283710 protein-coding 1.132 nan nan 0.714 0.057 1.553 0.712 0.536 0.020 0.896 0.718 0.147 0.024 0.057 1.190 1.080 0.553 1.810 1.310 0.154 0.051 0.265 0.079 1.075 2.023 0.845 0.232 3.995 0.036 0.328 0.221 0.094 0.943 0.291 0.087 0.295 0.141 0.223 0.379 0.249 0.147 0.496 0.214 0.242 0.040 0.328 0.947 1.671 0.706 1.484 1.606 1.777 2.549 0.730 0.629 0.592 0.507 0.715 1.103 1.500 2.146 1.972 0.726 1.017 3.290 3.039 0.445 0.828 0.527 0.395 1.300 0.190 0.032 0.695 0.246 1.159 0.086 0.745 0.756 0.070 0.488 1.116 0.585 0.332 0.416 0.159 0.068 0.295 0.208 0.197 2.898 0.356 0.412 1.129 0.896 0.071 0.386 1.810 0.386 0.165 0.724 0.513 0.862 0.146 0.099 0.337 0.102 0.125 0.517 0.324 0.217 0.035 0.050 0.025 1069 chr16 67061910 67065083 + 0 NA intron (NM_001755, intron 1 of 5) CpG 446 NM_022845 865 Hs.460988 NM_001755 ENSG00000067955 CBFB PEBP2B core-binding factor beta subunit protein-coding nan nan 4.841 5.802 6.756 4.605 2.170 4.349 0.937 4.332 2.883 0.256 1.253 6.161 5.517 1.318 0.683 7.842 2.714 4.151 1.717 5.039 1.294 3.698 4.697 2.793 3.620 6.192 1.430 4.616 4.788 0.109 9.300 1.615 2.952 3.954 1.441 5.396 6.357 1.782 2.210 8.058 7.754 2.951 4.706 1.873 4.123 5.314 3.275 5.032 5.385 5.200 4.938 1.820 9.719 10.115 3.395 nan 5.374 8.808 6.306 6.317 3.032 6.082 3.745 3.816 5.018 5.033 3.341 1.878 2.467 3.139 3.430 4.513 2.139 4.397 4.521 3.964 4.680 5.222 5.780 0.834 2.218 7.076 11.241 5.050 2.184 2.363 1.509 5.279 6.285 7.421 3.848 6.110 4.332 6.595 5.448 7.842 2.467 2.621 0.948 6.741 3.264 2.072 3.544 3.374 1.615 2.213 1.104 1.898 2.962 1.733 2.894 1.630 2311 chr6 45342345 45346581 + 0 NA intron (NM_003599, intron 1 of 10) L3|LINE|CR1 1325 NM_181356 8464 Hs.368325 NM_003599 ENSG00000196284 SUPT3H SPT3|SPT3L SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component protein-coding 5.118 2.429 2.669 4.023 2.766 3.813 1.632 3.083 1.971 3.652 4.130 0.152 1.109 2.875 3.551 1.518 0.714 3.230 0.982 1.829 0.848 2.077 1.773 2.920 4.608 2.875 3.442 6.819 1.404 1.212 3.866 0.150 3.596 2.094 2.271 4.025 1.341 8.143 2.711 1.543 1.334 3.641 6.006 2.276 3.126 1.534 4.560 5.926 12.554 14.766 4.751 3.844 2.195 0.678 13.501 14.609 3.240 4.335 10.734 nan 7.899 8.587 2.919 6.324 3.124 1.468 8.636 9.083 3.686 1.922 4.051 3.642 1.188 2.726 1.831 2.336 2.677 2.165 2.976 0.970 2.687 0.158 2.093 3.257 3.514 1.670 1.214 1.140 0.767 5.439 2.479 4.112 3.427 1.835 3.652 3.484 4.809 3.230 1.629 1.964 1.204 4.627 2.701 2.581 1.816 2.112 1.648 0.860 3.519 3.905 2.056 3.125 2.775 1.559 1224 chr17 48103007 48147400 + 0 NA Intergenic Intergenic 7900 NR_038230 284080 Hs.274864 NR_038230 ENSG00000246640 LOC284080 - uncharacterized LOC284080 ncRNA 0.977 1.424 nan 0.136 5.410 1.591 0.765 4.803 0.219 0.395 1.423 0.345 2.496 5.139 2.763 0.442 0.195 0.717 1.301 0.924 1.517 5.591 3.357 3.038 nan 5.772 4.216 2.084 2.971 0.169 0.296 0.126 3.786 4.152 1.443 4.905 1.162 3.258 1.562 3.958 1.328 5.765 3.386 1.165 3.559 2.147 2.166 3.363 0.668 0.954 1.141 nan 1.500 0.429 0.416 0.430 0.231 0.417 1.878 nan 0.787 0.599 0.556 0.776 1.092 0.957 0.254 0.444 1.352 0.823 1.339 6.458 2.122 2.112 0.266 0.965 0.044 4.215 4.610 0.675 0.273 0.333 0.084 8.235 8.018 3.198 3.259 0.137 0.143 7.385 3.903 6.284 2.346 2.598 0.395 5.070 2.859 0.717 1.451 1.381 0.265 3.017 0.640 5.162 3.131 3.330 3.213 0.059 0.231 0.071 3.779 2.694 3.952 3.204 368 chr10 13194716 13212333 + 0 NA promoter-TSS (NM_018518) promoter-TSS (NM_018518) -30 NM_018518 55388 Hs.198363 NM_018518 ENSG00000065328 MCM10 CNA43|DNA43|PRO2249 minichromosome maintenance 10 replication initiation factor protein-coding nan 0.776 0.795 0.427 0.449 0.579 0.237 0.309 0.004 0.348 0.385 0.137 0.129 0.256 0.225 0.233 0.202 0.367 0.146 0.314 0.077 0.209 0.078 0.238 0.411 0.120 0.195 0.794 0.083 0.231 0.259 0.097 0.687 0.094 0.191 0.320 0.233 0.590 0.300 0.162 0.037 0.508 0.399 0.236 0.353 0.202 1.197 0.768 0.873 1.276 0.751 0.679 5.089 1.897 0.816 0.770 0.830 1.274 0.850 1.400 0.545 0.549 0.380 0.510 0.791 1.056 0.820 0.802 1.366 0.695 0.111 0.335 0.103 0.414 0.068 0.550 0.095 0.220 0.127 0.163 0.285 0.131 0.202 0.167 0.318 0.243 0.178 0.226 0.205 0.289 0.291 0.291 0.308 0.297 0.348 0.338 0.283 0.367 0.195 0.287 0.132 0.553 0.178 0.073 0.081 0.194 0.118 0.092 0.079 0.105 0.165 0.233 0.108 0.064 2556 chr8 71084149 71108025 + 0 NA intron (NM_001321703, intron 4 of 22) L2c|LINE|L2 -112525 NM_024504 63978 Hs.736037 NM_024504 ENSG00000147596 PRDM14 PFM11 PR/SET domain 14 protein-coding 1.771 0.936 0.992 0.742 0.063 0.402 0.216 0.230 0.018 0.464 0.526 0.088 0.063 0.151 0.108 0.781 0.454 0.418 0.208 0.237 0.046 0.080 0.013 0.400 0.208 0.095 0.159 0.443 0.049 0.169 0.073 0.096 0.395 0.015 0.070 0.125 0.039 0.218 0.191 0.069 0.081 0.291 1.185 0.129 0.146 0.135 0.344 0.596 0.286 0.514 1.004 1.146 1.864 0.582 0.440 0.411 1.816 2.171 0.699 1.518 0.411 0.185 0.239 0.328 2.241 3.074 0.618 1.138 3.983 2.165 0.155 0.179 0.100 0.435 0.092 0.428 0.006 0.214 0.045 0.043 0.585 0.589 0.278 0.108 0.043 0.036 0.093 0.081 0.076 0.151 0.243 0.165 0.034 0.251 0.464 0.140 0.101 0.418 0.112 0.062 0.053 0.024 1.052 0.043 0.025 0.082 0.099 0.078 0.116 0.203 0.045 0.064 0.015 0.024 994 chr15 96724284 96730152 + 0 NA intron (NR_125738, intron 3 of 4) intron (NR_125738, intron 3 of 4) -141939 NM_001145155 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 0.089 0.312 0.051 0.082 0.066 0.043 0.022 1.101 0.108 0.635 0.107 0.069 0.061 0.118 0.074 0.063 0.045 0.147 0.190 0.096 0.121 0.618 0.004 0.109 0.037 0.073 0.165 0.020 0.127 0.015 0.013 0.047 0.205 0.083 0.194 0.114 0.120 0.150 0.125 0.320 0.160 0.245 0.341 0.250 0.244 nan 0.114 0.317 0.298 0.137 0.212 0.142 0.111 nan 0.205 0.107 0.178 0.029 0.026 0.245 nan 0.365 0.290 0.145 0.050 0.182 0.069 0.023 0.257 0.024 0.063 0.103 0.124 0.063 0.010 0.013 0.052 0.013 0.025 0.243 3.974 0.073 4.800 4.356 0.022 0.072 0.016 0.061 0.503 3.422 0.016 0.110 0.034 0.023 0.014 0.153 0.029 0.033 0.104 0.087 0.112 0.010 0.008 611 chr11 128075229 128084585 + 0 NA Intergenic Intergenic 312298 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.648 0.857 0.647 0.151 2.667 0.246 0.119 3.295 2.743 0.287 0.856 0.070 2.051 4.119 8.606 0.113 0.069 0.047 0.160 0.914 1.138 4.160 5.454 1.736 1.202 1.419 0.934 0.978 3.749 0.069 0.777 0.135 0.333 2.411 0.358 2.193 1.378 5.217 1.084 6.566 0.569 1.402 0.112 0.645 2.305 1.203 0.510 0.293 0.933 2.307 0.234 0.264 0.348 0.128 0.177 0.167 0.188 0.320 0.499 0.447 0.310 0.124 0.274 0.381 0.071 0.226 0.152 nan 0.557 0.587 0.014 2.844 3.792 2.215 0.085 0.057 0.029 2.955 2.333 0.583 0.142 0.020 0.094 17.543 6.659 2.667 4.083 0.033 0.026 7.575 0.418 1.833 0.322 1.731 0.287 1.339 11.043 0.047 0.631 2.639 0.011 1.257 0.032 3.536 6.907 2.868 3.307 0.049 0.135 0.087 3.781 5.155 1.582 0.969 1786 chr21 16421810 16439363 + 0 NA intron (NM_003489, intron 1 of 3) intron (NM_003489, intron 1 of 3) 6540 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 2.867 1.104 nan 0.685 4.334 1.737 0.850 1.012 1.540 0.598 0.009 0.940 2.785 1.719 0.742 0.355 0.016 0.920 0.942 1.651 3.078 1.754 4.272 4.083 2.821 1.889 0.233 1.320 0.658 0.956 0.109 0.593 1.322 0.816 1.917 0.284 1.383 1.103 3.049 0.137 1.340 0.748 0.946 2.917 1.009 0.610 0.557 1.206 1.248 2.489 2.410 1.489 0.580 0.129 0.128 0.166 0.268 1.081 1.728 4.179 4.404 0.679 1.924 4.166 3.223 3.803 4.572 1.284 1.061 0.035 2.360 0.768 0.800 0.057 0.151 1.337 1.142 0.720 3.796 1.027 2.945 2.836 3.077 1.560 3.025 0.912 0.832 1.109 3.057 1.689 1.038 3.502 0.598 1.069 2.431 0.016 0.757 1.746 0.011 0.738 0.006 0.363 0.531 1.645 3.439 0.372 0.711 1.615 0.605 1.484 0.194 0.116 1849 chr22 38170416 38184716 + 0 NA Intergenic Intergenic -23548 NM_005318 3005 Hs.745024 NM_005318 ENSG00000189060 H1F0 H10|H1FV H1 histone family member 0 protein-coding 0.873 nan 1.698 0.740 0.406 0.329 0.168 0.250 0.117 0.314 0.220 0.067 1.869 3.295 0.091 0.164 0.064 0.334 0.777 1.497 0.009 2.383 1.285 0.313 7.305 2.140 0.760 0.992 1.623 0.150 0.106 0.136 0.570 1.175 0.109 1.415 0.072 0.091 0.545 0.647 0.323 1.090 1.965 0.274 1.152 0.291 0.492 0.657 0.334 0.575 0.499 0.464 0.603 0.208 0.641 0.581 0.213 nan 1.064 1.086 nan 0.534 0.649 0.590 0.414 0.685 0.310 0.933 0.618 0.399 0.267 3.418 0.515 0.479 0.405 0.514 0.058 0.632 0.401 0.068 0.083 0.094 0.121 0.791 0.176 0.135 0.640 0.098 0.168 0.163 0.337 0.263 0.324 1.329 0.314 2.776 1.462 0.334 0.992 2.288 0.217 0.251 0.234 0.548 0.360 0.712 0.039 0.057 0.408 0.164 0.205 0.324 0.072 0.108 849 chr14 36945327 36951173 + 0 NA intron (NR_138596, intron 2 of 4) intron (NR_138596, intron 2 of 4) 34740 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H surfactant associated 3 protein-coding 1.117 1.168 0.546 0.419 0.199 0.411 0.247 0.082 0.085 0.176 0.130 0.027 2.207 4.420 0.010 0.110 0.068 0.266 0.121 0.601 0.085 2.960 3.665 0.109 9.304 2.379 1.463 0.887 2.149 0.073 0.042 0.065 0.382 0.080 0.040 0.176 0.041 0.507 5.067 0.044 0.081 0.124 0.106 0.049 0.322 0.179 0.147 0.257 0.392 0.819 1.206 0.401 0.062 0.295 0.263 0.511 0.709 4.519 3.660 1.216 0.971 0.180 0.200 0.095 0.070 0.097 0.195 0.659 0.388 0.843 2.120 0.017 0.016 0.051 1.245 0.047 0.793 0.683 0.038 0.055 0.049 0.082 0.094 0.083 0.120 3.755 0.224 0.230 0.358 0.056 0.061 0.023 0.176 4.254 0.192 0.266 0.230 0.043 0.101 0.029 0.401 1.613 0.008 0.538 0.058 0.034 0.042 0.013 2.719 0.552 0.486 2320 chr6 50532217 50578088 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 -126105 NM_172238 83741 Hs.434107 NM_172238 ENSG00000008197 TFAP2D TFAP2BL1 transcription factor AP-2 delta protein-coding 0.836 0.794 nan 0.172 0.050 0.204 0.077 0.064 0.041 0.254 0.100 0.094 0.017 0.046 0.025 0.088 0.145 0.055 0.161 0.131 0.005 0.055 0.005 0.128 0.260 0.091 0.201 0.493 0.045 0.054 0.026 0.117 0.125 0.036 0.025 0.061 0.016 0.078 0.108 0.017 0.009 0.141 0.131 0.049 0.078 0.075 0.508 0.346 0.516 0.385 0.230 0.294 0.132 0.093 0.219 0.229 0.183 0.248 0.475 0.477 0.245 0.081 0.182 0.267 0.151 0.207 0.160 0.267 0.182 0.274 0.015 0.075 0.006 0.032 0.044 0.058 2.835 0.004 0.011 0.006 0.046 0.037 0.028 0.034 0.016 0.005 0.017 0.014 0.018 0.089 0.011 0.029 0.039 0.019 0.254 0.042 0.022 0.055 0.029 0.034 0.030 0.009 0.062 0.015 0.007 0.021 0.053 0.033 0.035 0.055 0.010 0.083 0.019 0.010 492 chr11 45115956 45124852 + 0 NA intron (NR_046338, intron 2 of 7) L2c|LINE|L2 4840 NR_046338 56981 Hs.178715 NM_020229 ENSG00000019485 PRDM11 PFM8 PR/SET domain 11 protein-coding nan 1.190 0.833 0.207 0.024 0.791 0.377 0.077 0.027 0.816 0.118 0.036 0.021 0.072 0.001 0.309 0.207 0.210 0.467 0.108 0.181 0.069 0.059 0.203 0.377 0.177 0.190 0.922 0.044 0.117 0.075 0.134 0.322 0.115 0.034 0.107 0.070 0.053 0.186 0.057 0.018 0.162 0.160 0.149 0.065 0.071 0.870 1.450 0.240 0.243 0.768 0.795 1.797 0.432 0.083 0.174 1.495 1.864 0.177 0.211 2.304 1.762 0.447 0.384 0.211 0.279 0.300 nan 1.776 0.936 0.443 0.473 0.022 0.020 0.052 0.289 0.015 0.097 0.014 0.025 0.054 0.054 0.027 0.270 0.043 0.059 0.074 0.053 0.014 0.259 0.122 0.031 0.044 0.163 0.816 0.087 0.167 0.210 0.069 0.138 2.427 0.155 0.099 0.023 0.197 0.262 0.217 0.039 0.078 0.055 0.184 0.021 0.039 0.017 2740 chr9 140170181 140176714 + 0 NA exon (NM_017723, exon 2 of 2) exon (NM_017723, exon 2 of 2) 1167 NM_017723 54863 Hs.495541 NM_017723 ENSG00000198113 TOR4A C9orf167 torsin family 4 member A protein-coding 0.633 0.494 0.742 0.513 2.778 0.445 0.147 2.414 0.009 0.429 0.228 0.122 1.534 4.525 2.979 0.048 0.061 0.249 1.307 2.282 0.834 4.320 0.840 4.849 7.700 4.829 0.205 0.333 1.628 0.214 0.133 0.043 0.181 1.283 2.399 1.300 0.267 0.749 0.402 1.621 0.025 3.928 0.084 0.032 1.973 1.405 1.120 1.910 0.221 nan 0.514 nan 0.583 0.120 0.186 0.137 0.143 0.321 0.441 0.568 0.483 0.297 0.582 0.621 0.135 0.342 0.380 0.603 0.707 0.460 0.118 1.974 0.014 1.457 0.227 0.061 0.021 1.841 2.329 0.211 2.982 0.030 0.083 6.089 6.112 2.695 0.036 0.015 0.078 0.031 4.394 7.621 1.647 3.211 0.429 3.561 2.957 0.249 2.005 0.076 0.630 0.203 0.170 2.496 1.177 2.629 1.452 0.019 0.106 0.144 2.124 0.739 2.927 1.806 208 chr1 155615751 155623696 + 0 NA Intergenic Intergenic 29323 NR_132762 106633810 NR_132762 SCARNA26A - small Cajal body-specific RNA 26A ncRNA nan nan 1.165 0.336 0.742 0.553 0.302 1.494 1.586 0.947 1.931 0.444 1.784 4.264 1.746 0.234 0.252 0.755 1.437 1.987 0.343 2.060 2.931 0.307 5.421 1.399 3.326 7.576 3.400 0.101 0.083 0.127 1.693 1.731 0.971 0.950 0.774 3.754 1.454 2.472 0.442 3.887 0.996 1.036 1.720 1.271 0.959 1.670 0.979 2.367 1.311 nan 1.944 0.485 0.242 0.254 2.444 3.035 0.791 0.955 0.946 0.482 0.777 1.193 0.425 0.508 0.460 0.911 1.021 0.747 2.245 5.643 1.312 1.353 0.163 1.096 0.035 3.211 3.010 0.318 4.529 0.036 0.240 0.953 1.466 0.868 2.652 0.049 0.075 1.398 1.152 1.008 0.476 1.508 0.947 9.392 5.941 0.755 0.862 2.034 0.381 0.840 0.395 1.528 0.807 2.993 0.494 0.129 0.249 0.223 1.343 2.558 1.558 0.980 2440 chr7 37070065 37073754 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 15 of 21) intron (NM_001206482, intron 15 of 21) 34508 NR_104120 100861514 Hs.627775 NR_104120 ENSG00000224101 ELMO1-AS1 - ELMO1 antisense RNA 1 ncRNA 1.764 2.811 1.393 1.077 4.482 1.032 0.480 1.871 0.386 5.021 0.390 0.163 1.326 1.575 2.334 0.854 0.577 4.601 0.211 3.121 0.403 5.969 3.423 2.663 4.586 1.379 5.641 2.441 3.007 0.290 0.119 0.111 2.217 3.648 0.632 2.401 2.120 5.625 1.450 3.143 1.637 2.891 3.558 1.142 1.560 2.048 0.621 0.345 1.443 4.051 0.397 nan 4.062 1.486 0.417 0.360 3.233 nan nan nan 0.485 0.218 0.128 0.295 1.429 2.729 0.346 nan 0.998 0.897 0.044 4.716 1.246 3.891 1.436 0.214 0.152 5.408 4.482 0.438 1.737 0.415 0.734 5.049 0.807 0.574 6.784 0.398 0.685 9.191 2.824 2.396 1.739 1.356 5.021 3.114 9.765 4.601 1.015 1.648 0.133 2.671 1.127 2.921 1.872 2.844 0.974 0.409 0.168 2.213 2.662 2.886 2.948 2140 chr5 56728559 56739322 + 0 NA Intergenic Intergenic 44696 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.612 0.017 1.860 0.822 0.640 0.079 0.104 0.236 1.288 0.121 0.334 0.422 0.082 0.029 0.124 0.200 0.298 0.895 1.006 3.300 1.442 0.505 0.113 0.614 0.251 0.888 0.268 0.142 0.186 0.171 0.593 0.222 2.010 0.579 1.051 0.103 2.840 0.023 0.594 0.161 0.110 1.841 1.067 0.207 0.120 0.804 5.046 0.117 0.172 nan 0.092 0.098 0.083 0.454 0.634 0.138 0.122 nan 0.476 0.054 0.079 0.418 0.900 0.262 0.590 0.411 0.389 0.104 2.121 0.035 4.549 0.027 0.108 0.013 1.461 0.660 0.034 0.157 0.053 0.723 1.146 0.660 0.269 0.229 0.509 0.606 1.042 0.151 0.307 0.692 0.613 0.236 0.126 1.644 0.149 0.085 0.199 0.108 0.019 0.703 1.255 1.296 2.721 0.239 0.009 0.080 0.869 0.439 0.128 0.085 2271 chr6 31146830 31156520 + 0 NA Intergenic Harlequin-int|LTR|ERV1 -5999 NR_026816 100130889 Hs.670091 NM_001134284 ENSG00000204528 PSORS1C3 NCRNA00196 psoriasis susceptibility 1 candidate 3 (non-protein coding) ncRNA nan 0.683 nan 0.136 4.910 0.227 0.140 0.216 0.038 0.311 0.100 0.165 0.069 0.154 4.719 0.062 0.160 0.230 0.148 0.128 0.115 0.077 0.022 3.533 0.263 0.117 0.445 0.293 0.031 0.070 0.323 0.100 1.683 0.012 0.055 1.706 0.235 0.605 0.277 0.150 0.679 4.389 0.477 0.711 0.111 0.085 0.310 0.289 0.289 nan nan 0.323 0.426 0.155 0.303 0.301 0.278 0.441 0.297 0.357 0.296 0.111 0.212 0.333 0.139 0.120 0.133 0.353 0.371 0.430 0.043 0.167 0.038 0.392 0.061 0.129 0.029 0.999 0.773 0.007 0.092 0.040 0.106 1.120 0.054 0.049 0.048 0.032 0.026 0.312 1.803 0.119 0.187 0.217 0.311 0.099 0.257 0.230 0.037 0.103 0.020 0.139 0.067 0.726 0.105 0.076 0.132 0.044 0.072 0.090 0.024 0.956 0.020 1523 chr2 16197038 16214832 + 0 NA intron (NR_126559, intron 1 of 3) AluSx3|SINE|Alu 15386 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.770 0.410 2.843 0.393 0.182 0.217 0.095 0.055 0.007 0.123 0.047 0.036 0.011 0.066 0.025 0.062 0.116 0.040 19.225 0.131 0.014 0.034 0.006 0.076 0.368 0.086 0.108 0.371 0.017 0.165 0.059 0.116 0.251 0.022 0.047 0.005 0.019 0.230 0.037 0.018 0.048 0.210 0.047 0.054 0.059 0.318 0.308 0.229 0.399 0.284 0.290 1.231 0.394 0.223 0.143 0.142 0.239 0.539 nan 0.500 0.302 6.739 9.501 0.060 0.042 0.691 nan 0.151 0.212 0.985 0.030 0.005 0.021 0.030 1.311 0.008 0.010 0.002 0.084 0.037 0.018 0.151 0.020 0.013 0.034 0.057 0.060 0.111 0.173 0.055 0.297 0.223 0.123 0.024 0.010 0.040 0.326 0.084 0.048 0.223 0.015 0.005 0.022 0.181 0.135 2.572 0.190 0.022 0.079 0.032 0.006 93 chr1 42792635 42811991 + 0 NA promoter-TSS (NM_001198850) promoter-TSS (NM_001198850) -765 NM_001198850 22887 Hs.26023 NM_014947 ENSG00000198815 FOXJ3 - forkhead box J3 protein-coding 19.941 3.672 nan 5.896 1.112 6.993 3.401 0.937 0.275 1.838 0.771 0.167 0.226 1.096 0.639 4.244 2.020 11.308 0.593 0.824 0.237 0.984 0.541 1.185 3.856 1.412 1.339 9.114 0.731 2.305 0.964 0.134 1.032 0.489 0.526 0.445 0.207 0.670 0.821 0.765 0.238 0.854 1.596 0.578 1.548 0.687 0.887 1.045 1.151 1.787 6.202 6.914 5.777 2.219 2.379 2.373 2.448 nan nan 11.039 2.725 2.472 1.762 nan 3.043 3.785 4.032 9.031 3.977 1.736 6.337 1.414 0.380 0.579 2.840 3.603 0.639 0.770 0.671 0.511 0.648 1.180 0.962 1.403 0.766 0.436 1.049 0.589 0.553 0.774 0.944 0.927 0.799 0.778 1.838 1.182 1.392 11.308 0.412 2.397 0.387 1.197 2.433 0.452 0.677 0.649 0.449 1.992 0.917 3.914 0.468 0.459 0.428 0.264 292 chr1 205546597 205552970 + 0 NA intron (NM_181644, intron 2 of 9) intron (NM_181644, intron 2 of 9) 11671 NM_181644 148808 Hs.567714 NM_181644 ENSG00000174514 MFSD4A MFSD4|UNQ3064 major facilitator superfamily domain containing 4A protein-coding 1.029 7.284 0.995 0.320 0.327 0.485 0.352 0.073 0.166 0.362 0.116 0.128 0.867 1.590 0.040 0.296 0.090 0.309 0.275 0.453 3.314 0.982 0.060 9.375 2.945 4.248 3.847 1.078 0.175 0.070 0.134 0.873 0.038 0.084 0.088 0.065 0.055 0.409 2.129 0.116 0.295 0.222 0.108 0.482 0.313 0.577 0.502 0.732 1.719 1.411 1.341 0.676 0.355 nan nan 0.289 0.598 0.550 0.777 0.434 0.365 0.302 0.333 0.572 0.653 0.674 1.106 0.951 0.706 1.020 1.266 0.035 0.116 0.205 0.512 0.119 0.080 0.011 0.110 0.060 0.087 0.101 0.038 2.603 0.170 0.241 0.109 0.169 0.034 0.173 0.240 0.362 2.987 0.029 0.309 0.095 0.233 0.045 0.124 0.089 0.021 0.230 0.036 0.035 0.029 0.045 0.214 0.024 0.397 0.018 0.047 2445 chr7 55494814 55509411 + 0 NA TTS (NM_018697) TTS (NM_018697) 68971 NM_018697 55915 Hs.595384 NM_018697 ENSG00000132434 LANCL2 GPR69B|TASP LanC like 2 protein-coding nan 1.882 1.412 0.820 0.103 0.467 0.320 0.131 0.038 0.313 0.165 0.121 0.026 0.100 0.013 0.973 0.386 1.780 0.648 0.225 0.032 0.166 0.014 0.203 0.369 0.099 1.074 1.794 0.030 0.168 0.129 0.131 0.115 0.008 0.066 0.184 0.088 0.119 0.280 0.032 0.060 0.318 0.284 0.114 0.362 0.029 0.574 0.680 0.344 0.404 4.300 3.537 2.100 0.570 0.146 0.232 0.383 0.627 3.648 5.076 0.445 0.252 0.273 0.344 0.160 0.139 0.402 0.736 3.540 1.848 1.221 0.120 0.020 0.146 0.316 0.309 0.036 0.088 0.050 0.070 0.041 0.033 0.130 0.152 0.043 0.005 0.450 0.061 0.091 0.251 0.149 0.081 0.032 0.060 0.313 0.101 0.120 1.780 0.008 0.029 0.061 0.203 2.162 0.038 0.011 0.201 0.015 0.125 0.048 0.175 0.073 0.059 0.037 0.010 291 chr1 204025628 204084113 + 0 NA intron (NM_005686, intron 1 of 13) AluY|SINE|Alu 12624 NM_005686 9580 Hs.201671 NM_005686 ENSG00000143842 SOX13 ICA12|Sox-13 SRY-box 13 protein-coding 1.385 2.170 1.405 2.473 0.599 3.172 1.652 0.522 0.067 1.423 0.637 0.225 0.211 0.500 0.075 0.682 0.321 2.711 0.255 0.838 0.155 0.303 0.395 0.344 4.166 1.945 0.442 2.791 0.463 2.456 0.173 0.105 1.293 0.162 0.608 0.588 0.154 0.256 0.689 0.312 0.306 1.889 1.393 0.459 1.511 0.703 2.796 3.878 4.288 4.054 2.532 2.669 2.826 0.774 nan nan 0.288 0.573 2.720 2.754 0.499 0.352 1.277 2.225 0.917 0.684 0.397 0.805 1.461 0.791 0.882 0.918 0.232 1.034 0.760 2.158 0.087 0.911 0.582 0.428 0.562 0.116 0.401 0.724 0.487 0.296 0.484 0.633 0.570 0.483 1.393 0.324 0.167 0.461 1.423 0.603 0.067 2.711 0.670 0.272 0.131 0.630 0.139 0.632 0.431 0.549 0.226 1.675 1.293 0.103 0.286 0.428 0.120 0.100 2429 chr7 26183440 26209314 + 0 NA intron (NM_004289, intron 1 of 3) intron (NM_004289, intron 1 of 3) 4530 NM_004289 9603 Hs.404741 NM_004289 ENSG00000050344 NFE2L3 NRF3 nuclear factor, erythroid 2 like 3 protein-coding 1.865 1.265 2.945 0.392 2.896 0.474 0.235 1.539 0.451 0.386 0.159 0.154 0.243 0.378 0.439 0.326 0.240 0.231 0.465 0.360 0.999 1.345 1.083 2.034 1.567 0.577 0.473 1.290 0.242 0.318 0.373 0.144 0.293 1.176 0.682 3.572 0.308 0.642 0.426 0.741 0.143 1.348 0.511 1.002 3.326 0.714 1.722 1.673 2.397 nan 0.581 0.560 1.962 0.616 1.009 1.135 0.538 1.009 1.117 1.492 0.999 1.150 1.137 1.448 0.303 0.252 1.458 nan 0.528 0.476 0.294 0.805 0.123 1.124 0.096 0.946 0.147 0.638 0.288 0.429 0.363 0.062 0.269 3.820 1.438 0.579 0.807 0.385 0.290 1.742 0.572 1.311 0.110 0.250 0.386 0.346 1.883 0.231 0.203 0.229 0.128 1.379 0.198 1.347 1.674 1.210 2.081 0.396 0.500 1.673 0.934 1.644 3.383 3.171 374 chr10 23477423 23491150 + 0 NA Intergenic CpG 2826 NM_178161 256297 Hs.351503 NM_178161 ENSG00000168267 PTF1A PACA|PAGEN2|PTF1-p48|bHLHa29 pancreas specific transcription factor, 1a protein-coding 0.348 0.461 0.468 0.065 0.027 5.504 3.131 0.103 0.013 0.103 0.125 0.153 0.014 0.007 0.023 0.080 0.095 0.061 0.098 0.117 0.018 0.054 0.008 0.119 0.102 0.076 0.031 0.258 0.011 0.701 0.064 0.060 0.093 0.034 0.046 0.061 0.035 0.190 0.008 0.011 0.103 0.122 0.035 0.056 0.065 0.195 0.092 0.093 0.172 1.253 0.972 0.150 0.093 0.104 0.069 0.095 0.169 0.101 0.140 0.159 0.097 0.040 0.067 0.025 0.040 0.084 0.120 0.138 0.152 0.161 0.015 0.007 0.050 0.028 0.503 0.020 0.010 0.059 0.048 0.014 0.011 0.047 0.031 0.020 0.022 0.130 0.080 0.080 0.095 0.026 0.029 0.029 0.103 0.077 0.061 0.035 0.018 0.144 0.044 0.010 0.023 0.033 0.142 0.007 0.027 0.006 0.061 0.021 0.015 114 chr1 54134753 54154441 + 0 NA intron (NM_147193, intron 1 of 9) intron (NM_147193, intron 1 of 9) 55280 NM_147193 148979 Hs.306691 NM_147193 ENSG00000174332 GLIS1 - GLIS family zinc finger 1 protein-coding 1.215 0.542 0.879 0.148 0.080 0.409 0.173 0.075 0.013 0.294 0.260 0.090 0.029 0.069 0.048 0.079 0.111 0.117 0.156 0.059 0.019 0.042 0.011 0.150 nan 0.053 0.094 0.379 0.030 0.076 0.110 0.109 0.146 0.012 0.062 0.071 0.112 0.211 0.202 0.022 0.041 0.144 0.151 0.099 0.068 0.088 0.352 0.461 0.315 0.619 0.787 0.847 0.716 0.276 0.329 0.422 3.841 4.488 0.423 0.596 1.852 2.758 0.272 0.327 0.126 0.137 0.531 nan 0.403 0.498 0.070 0.152 0.010 0.153 0.015 0.109 0.063 0.082 0.037 0.109 0.096 0.029 0.126 0.269 0.046 0.020 0.053 0.122 0.148 0.141 0.037 0.032 0.028 0.041 0.294 0.141 0.042 0.117 0.019 0.078 0.639 0.119 0.061 0.031 0.011 0.048 0.040 0.064 0.066 0.275 0.019 0.067 0.910 0.461 429 chr10 126770313 126775776 + 0 NA intron (NM_001321013, intron 1 of 9) intron (NM_001321013, intron 1 of 9) -51605 NR_036178 100423041 NR_036178 ENSG00000264572 MIR4296 - microRNA 4296 ncRNA nan 1.803 2.673 0.471 0.535 0.628 0.146 1.820 0.011 0.083 0.179 0.126 0.662 2.553 0.484 0.261 0.105 0.237 0.275 0.984 0.212 1.027 0.718 0.441 5.844 2.610 0.921 0.705 0.989 0.242 0.181 0.065 0.496 0.929 1.638 1.405 0.278 0.843 0.223 1.502 0.029 0.472 0.157 1.148 0.106 1.069 0.310 0.334 0.435 1.153 0.240 0.260 0.337 0.177 0.311 0.296 0.951 1.333 2.627 4.366 0.795 0.843 0.160 0.388 0.030 0.168 3.124 6.338 1.202 0.900 0.590 3.621 0.806 1.570 0.037 0.131 0.051 1.835 1.434 0.175 2.083 0.058 0.876 0.584 0.343 0.989 0.087 0.044 1.034 2.106 2.041 1.813 0.760 0.083 7.050 3.115 0.237 1.246 0.137 0.267 0.721 0.985 1.939 0.160 1.580 0.425 0.094 0.018 2.103 0.487 0.761 0.242 0.208 1306 chr18 22000401 22016815 + 0 NA intron (NM_018439, intron 2 of 10) intron (NM_018439, intron 2 of 10) 1999 NM_018439 55364 Hs.515317 NM_018439 ENSG00000154059 IMPACT RWDD5 impact RWD domain protein protein-coding 1.674 1.213 1.472 1.526 0.886 0.744 0.304 0.530 0.159 0.941 0.359 0.118 0.103 0.336 0.289 0.627 0.420 0.518 0.442 0.795 0.121 0.265 0.205 0.018 0.739 0.618 0.898 1.287 0.135 0.619 0.561 0.118 1.498 0.123 0.121 0.919 0.212 1.022 0.760 0.445 0.207 0.958 1.247 0.501 0.480 0.200 1.613 1.327 0.294 nan 1.042 1.053 5.493 2.054 0.991 0.938 1.280 1.593 1.037 1.302 2.056 1.907 0.513 0.603 2.325 2.346 1.294 1.650 3.131 1.818 0.567 0.349 0.210 0.916 0.395 0.395 0.675 0.261 0.318 0.593 0.809 0.398 0.434 0.346 1.375 0.670 0.140 0.399 0.321 0.463 0.586 0.889 0.381 0.542 0.941 0.409 0.407 0.518 0.411 0.630 0.431 0.743 0.569 0.405 0.200 0.323 0.162 0.463 0.181 0.702 0.292 0.183 0.095 0.087 1939 chr3 124575444 124608498 + 0 NA intron (NM_002213, intron 2 of 14) intron (NM_002213, intron 2 of 14) 14181 NM_002213 3693 Hs.13155 NM_002213 ENSG00000082781 ITGB5 - integrin subunit beta 5 protein-coding 1.191 nan 0.802 0.155 1.472 0.358 0.180 0.579 0.080 0.205 1.183 0.220 0.402 0.756 5.453 0.137 0.143 0.104 0.127 0.457 0.274 1.835 0.445 2.569 3.389 2.313 0.740 0.267 0.641 0.561 0.184 0.074 0.683 0.590 1.023 1.507 0.190 0.472 0.498 0.621 0.104 1.203 0.612 0.383 0.804 0.620 1.761 2.167 1.581 1.170 0.399 0.457 0.905 0.327 0.639 0.688 0.269 nan 0.272 0.343 0.638 0.483 0.216 0.330 0.039 0.052 0.436 0.664 0.350 0.438 0.042 2.508 0.387 2.427 0.282 0.127 0.122 1.261 0.912 0.313 0.616 0.006 0.081 1.172 0.663 0.392 0.405 0.305 0.177 2.058 3.743 1.742 1.315 1.444 0.205 0.720 3.363 0.104 0.406 1.477 0.048 1.372 0.089 1.188 0.718 0.561 0.435 0.251 0.039 0.155 0.578 0.584 2.896 3.066 1328 chr18 45642537 45670478 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 3 of 4) intron (NM_001318841, intron 3 of 4) 7173 NM_001039360 201501 Hs.515388 NM_001039360 ENSG00000184828 ZBTB7C APM-1|APM1|ZBTB36|ZNF857C zinc finger and BTB domain containing 7C protein-coding nan 2.599 1.056 1.507 0.051 1.116 0.515 0.334 0.498 1.035 0.045 0.080 0.011 0.036 0.124 0.091 3.968 0.274 1.095 0.288 0.051 0.011 0.109 1.935 0.690 0.478 3.802 0.005 0.138 0.031 0.070 0.121 0.021 0.038 0.104 0.014 0.044 0.255 0.031 0.144 0.101 0.125 0.069 0.138 0.275 0.386 0.396 2.029 1.940 2.659 2.920 2.281 0.702 0.198 0.258 0.276 0.505 1.875 1.966 1.253 1.514 0.263 0.295 1.459 1.442 0.417 nan 2.759 1.663 3.794 0.033 0.007 0.036 0.941 3.137 0.010 0.173 0.114 0.044 0.050 0.338 0.082 0.099 0.181 0.078 0.028 0.089 0.097 0.100 0.189 0.038 0.056 1.688 1.035 0.028 0.007 3.968 0.053 0.420 0.132 0.148 0.247 0.044 0.012 0.162 0.641 0.075 0.039 0.482 0.209 0.044 0.012 0.004 73 chr1 33113399 33121852 + 0 NA exon (NM_005610, exon 2 of 12) exon (NM_005610, exon 2 of 12) 666 NM_001135256 5928 Hs.16003 NM_005610 ENSG00000162521 RBBP4 NURF55|RBAP48|lin-53 RB binding protein 4, chromatin remodeling factor protein-coding 5.281 nan 4.508 8.737 3.426 4.982 2.943 2.924 1.321 3.818 1.795 0.315 1.010 2.294 2.332 3.453 1.650 8.631 2.588 1.669 0.981 2.326 1.037 1.158 5.509 3.132 2.039 8.961 1.505 2.447 3.864 0.167 3.401 0.838 1.634 2.267 0.659 2.851 2.486 1.818 0.524 2.187 3.601 1.682 2.281 1.179 5.984 4.610 5.735 7.505 9.911 9.728 nan 3.468 10.114 10.843 5.322 6.464 5.305 8.209 nan 6.363 5.281 6.829 3.071 4.375 7.535 6.376 3.112 nan 3.999 1.931 0.860 2.035 2.167 3.503 2.132 1.587 2.030 1.533 2.220 0.667 2.850 4.664 2.294 1.152 0.853 0.818 0.771 2.681 1.663 2.742 1.100 1.596 3.818 3.180 3.215 8.631 1.285 1.159 1.524 2.957 1.790 1.652 1.394 1.692 1.344 1.720 1.911 2.341 1.405 0.983 2.237 1.789 409 chr10 112025595 112038166 + 0 NA intron (NM_005962, intron 3 of 5) intron (NM_005962, intron 3 of 5) 32827 NM_005871 10285 Hs.632093 NM_005871 ENSG00000119953 SMNDC1 SMNR|SPF30|TDRD16C survival motor neuron domain containing 1 protein-coding 1.351 nan 1.134 0.077 0.051 0.480 0.192 0.235 0.010 0.147 0.464 0.063 0.045 0.067 0.020 0.025 0.078 0.154 0.177 0.172 0.030 0.097 0.017 0.105 0.139 0.077 0.061 0.311 0.035 0.094 0.082 0.094 0.298 0.074 0.104 0.032 0.083 0.141 0.017 0.016 0.208 0.212 0.066 0.114 0.083 0.363 0.329 0.614 1.085 0.150 0.181 0.465 0.162 0.184 0.127 3.886 4.199 0.437 0.501 2.013 1.307 0.182 0.221 0.759 0.583 0.753 2.172 0.311 0.294 0.331 0.113 0.023 0.158 0.024 0.314 0.066 0.049 0.006 0.065 0.071 0.243 0.138 0.081 0.034 0.031 0.007 0.067 0.099 0.131 0.045 0.062 0.054 0.147 0.056 0.106 0.154 0.052 0.033 0.694 0.023 0.073 0.016 0.010 0.094 0.089 0.082 0.100 0.680 0.048 0.067 0.037 0.004 1091 chr16 85960894 85982383 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 19685 NR_106832 102466732 NR_106832 ENSG00000274134 MIR6774 hsa-mir-6774 microRNA 6774 ncRNA nan 0.542 0.619 0.074 0.147 0.154 0.082 0.090 0.003 0.118 0.070 0.037 0.018 0.044 0.047 0.014 0.021 0.051 0.169 0.164 0.029 0.071 0.005 0.129 0.064 0.063 0.079 0.206 0.025 0.100 0.045 0.062 0.204 0.016 0.046 0.125 0.062 0.284 0.043 0.027 0.194 0.129 0.085 0.058 0.073 0.171 0.107 0.067 0.114 0.139 0.228 0.108 0.048 0.112 0.177 0.084 0.194 0.151 0.170 0.372 0.194 0.070 0.108 0.049 0.038 0.049 0.186 0.229 0.340 4.210 0.105 0.005 0.081 0.051 0.042 0.013 0.153 0.060 0.031 0.037 0.022 0.022 0.090 0.051 0.047 0.126 0.022 0.023 0.137 0.089 0.080 0.173 0.050 0.118 0.123 0.013 0.051 0.057 0.066 0.265 0.087 0.019 0.013 0.016 0.125 0.031 0.027 0.009 0.023 0.053 0.110 0.024 0.019 67 chr1 28665675 28698148 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -14182 NM_001048183 65979 Hs.225641 NM_023923 ENSG00000204138 PHACTR4 PPP1R124 phosphatase and actin regulator 4 protein-coding 1.422 1.419 nan 0.857 2.219 0.840 0.478 0.632 0.753 0.386 0.327 0.258 0.840 1.521 0.499 0.210 0.211 0.524 0.340 0.754 0.686 1.531 1.385 0.343 4.095 1.057 1.479 1.673 1.045 0.383 0.628 0.143 1.703 0.259 0.460 0.817 0.237 0.698 1.189 0.845 0.181 0.898 1.373 0.620 0.802 0.420 0.831 0.827 0.896 1.655 1.857 1.721 1.286 0.462 1.598 1.680 0.912 1.335 1.320 1.687 0.925 0.768 0.733 1.085 0.515 0.809 0.879 1.623 0.891 0.599 0.648 1.812 0.620 0.742 0.416 0.549 0.341 1.060 1.018 0.433 0.712 0.112 0.350 0.884 0.569 0.298 0.788 0.231 0.198 0.992 1.064 0.964 0.696 1.069 0.386 1.144 1.467 0.524 0.586 0.699 0.252 1.197 0.331 0.733 0.515 0.644 1.542 0.213 0.497 0.346 0.427 2.390 0.250 0.133 812 chr13 100601675 100655001 + 0 NA Intergenic Intergenic -4160 NM_033132 85416 Hs.508570 NM_033132 ENSG00000139800 ZIC5 - Zic family member 5 protein-coding 2.926 6.213 2.609 5.139 0.168 0.466 0.205 0.057 0.071 7.791 0.225 0.084 0.242 0.721 0.290 3.139 1.561 0.267 0.133 0.182 0.088 0.126 0.051 0.175 0.248 0.175 0.445 11.310 0.211 0.463 0.783 0.086 1.091 0.207 0.258 1.255 0.851 2.832 0.741 0.059 0.287 1.459 0.998 0.545 0.839 0.264 0.513 0.258 0.710 1.154 5.149 4.491 6.712 2.643 1.372 1.321 1.233 nan 1.666 2.842 1.283 1.893 0.155 0.192 10.758 9.165 0.156 nan 1.252 0.761 3.797 0.708 0.085 0.369 0.092 2.639 3.951 0.521 0.524 0.344 0.379 3.199 3.168 2.208 0.972 0.550 0.047 0.602 0.419 0.994 1.143 1.514 0.713 0.075 7.791 0.560 0.789 0.267 0.095 0.057 0.836 1.570 0.450 0.103 0.027 0.581 0.092 0.158 0.032 0.046 0.479 0.050 0.849 0.653 241 chr1 164556568 164632144 + 0 NA intron (NM_001204963, intron 2 of 8) intron (NM_001204963, intron 2 of 8) 65759 NM_002585 5087 Hs.557097 NM_002585 ENSG00000185630 PBX1 - PBX homeobox 1 protein-coding 1.446 nan 1.910 0.824 0.459 1.305 0.589 1.043 1.087 3.032 1.129 0.239 0.289 0.462 0.045 0.366 0.251 1.441 1.550 0.949 0.239 0.157 0.022 0.256 0.917 0.351 0.539 1.565 0.066 0.185 0.042 0.103 0.447 0.162 0.433 0.100 0.101 0.424 0.445 0.089 0.170 0.906 1.170 0.125 1.549 0.263 0.913 1.182 2.067 6.258 1.284 nan 1.770 1.192 0.484 0.499 3.156 3.754 1.671 nan 0.392 0.228 1.343 1.910 1.179 0.991 0.411 0.776 1.003 0.792 0.883 0.237 0.415 0.728 0.522 1.765 0.031 0.217 0.085 0.031 2.560 0.302 1.700 0.110 0.049 0.052 0.233 0.404 0.543 0.123 1.110 0.031 0.412 1.093 3.032 0.604 0.038 1.441 1.727 1.239 0.113 0.095 0.117 0.114 0.088 0.828 0.470 0.110 1.102 0.234 0.025 0.295 0.024 0.019 1958 chr3 141079198 141090395 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 1 of 7) L2|LINE|L2 41741 NM_001080412 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.177 nan nan 0.765 5.264 0.384 0.215 2.835 0.126 0.182 2.804 0.157 1.235 3.187 5.590 0.154 0.277 0.195 0.107 0.704 2.144 7.002 4.329 2.400 4.397 2.017 2.221 0.252 1.428 0.984 0.071 0.081 0.729 2.046 2.506 3.084 1.008 3.598 0.377 3.708 0.239 1.379 0.829 2.959 0.516 0.586 0.426 0.350 0.451 1.355 0.285 0.396 nan 0.596 0.390 0.396 0.319 nan 0.546 nan nan 0.479 0.191 0.297 0.090 0.145 0.493 1.537 0.771 0.537 0.062 5.169 1.053 2.604 0.797 0.105 0.074 2.467 2.465 0.324 7.718 0.038 0.050 8.776 3.029 1.114 2.735 0.265 0.327 4.946 4.787 3.551 1.685 5.174 0.182 2.616 7.619 0.195 2.078 2.855 0.035 0.507 0.654 6.287 1.236 3.524 4.989 1.491 0.062 0.351 3.188 4.140 5.787 6.814 1962 chr3 141818403 141848832 + 0 NA intron (NM_001178139, intron 1 of 12) HAL1b|LINE|L1 34769 NM_001178139 7029 Hs.379018 NM_006286 ENSG00000114126 TFDP2 DP2 transcription factor Dp-2 protein-coding 1.287 nan nan 0.200 0.140 0.515 0.258 0.102 0.045 0.102 0.251 0.185 0.025 0.086 0.031 0.318 0.313 0.192 0.162 0.262 0.033 0.147 0.052 0.135 0.227 0.098 0.177 0.265 0.062 0.102 0.068 0.108 0.517 0.009 0.038 0.149 0.031 0.100 0.162 0.024 0.021 0.177 0.274 0.062 0.101 0.089 0.315 0.264 0.305 0.450 0.378 0.518 nan 0.322 0.316 0.265 5.588 6.104 0.296 nan nan 0.887 0.240 0.355 0.074 0.106 0.931 1.583 0.891 0.645 0.082 0.211 0.032 0.113 0.032 0.076 0.005 0.052 0.033 0.117 0.062 0.025 0.136 0.094 0.053 0.046 0.028 0.026 0.044 0.082 0.086 0.114 0.013 0.271 0.102 0.084 0.112 0.192 0.024 0.120 0.172 0.078 0.017 0.056 0.022 0.143 0.078 0.072 0.088 0.297 0.057 0.140 0.017 0.018 2561 chr8 73722008 73743956 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 88702 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.967 1.464 1.617 2.826 0.027 2.319 1.180 0.096 0.087 0.732 0.132 0.139 0.026 0.044 0.020 1.321 0.503 6.516 0.210 0.113 0.006 0.118 0.005 0.080 0.538 0.153 0.090 2.336 0.113 0.136 0.020 0.089 0.167 0.032 0.031 0.058 0.072 0.101 0.054 0.011 0.159 0.263 0.038 0.043 0.094 0.580 0.814 0.341 0.435 6.107 6.199 6.044 3.502 0.673 0.597 0.754 1.223 3.453 5.264 0.850 0.727 0.429 0.728 4.076 4.595 1.009 3.101 4.689 2.172 2.331 0.103 0.004 0.055 1.844 3.171 0.013 0.003 0.013 0.007 0.030 1.169 0.228 0.055 0.038 0.014 0.049 0.307 0.343 0.133 0.037 0.052 0.047 0.055 0.732 0.043 0.059 6.516 0.039 0.052 0.098 0.011 1.393 0.011 0.011 0.032 0.035 0.156 0.437 0.985 0.010 0.049 0.022 0.012 489 chr11 44872270 44892598 + 0 NA intron (NM_130783, intron 2 of 8) intron (NM_130783, intron 2 of 8) 89325 NM_001318384 9537 Hs.554791 NM_006034 ENSG00000175274 TP53I11 PIG11 tumor protein p53 inducible protein 11 protein-coding nan 0.798 1.955 0.052 0.095 0.304 0.150 0.186 0.022 0.278 0.229 0.103 0.102 0.101 0.072 0.186 0.199 0.070 0.247 0.240 0.097 0.178 0.100 0.246 0.267 0.110 0.247 0.558 0.108 0.154 0.107 0.092 0.687 0.211 0.074 0.601 0.303 0.105 0.386 0.311 0.032 0.288 0.166 0.114 0.113 0.092 1.730 3.704 0.316 0.725 0.652 0.620 0.318 0.130 0.146 0.115 1.079 1.850 0.057 0.147 1.224 1.086 0.519 0.739 0.194 0.350 0.469 nan 1.014 0.718 0.603 0.490 0.104 0.393 0.049 0.034 0.007 1.055 0.591 0.507 0.089 0.066 0.035 1.233 0.273 0.206 0.159 0.050 0.042 0.138 0.164 0.081 1.258 0.234 0.278 0.116 0.564 0.070 0.066 0.121 0.517 0.266 0.045 0.193 0.041 0.559 0.241 0.136 0.117 0.201 0.180 0.051 0.085 0.035 585 chr11 111131952 111209578 + 0 NA promoter-TSS (NM_001302648) promoter-TSS (NM_001302648) -4 NM_001302648 399948 Hs.729225 NM_207429 COLCA1 C11orf92|CASC12|LOH11CR1F colorectal cancer associated 1 protein-coding 1.007 2.133 1.380 0.317 0.072 2.770 1.438 0.077 0.297 0.323 0.377 0.083 0.039 0.147 0.034 0.633 0.520 1.889 0.500 0.899 0.030 0.296 0.096 0.159 2.389 0.421 0.499 3.329 0.208 0.202 0.065 0.114 0.115 0.068 0.067 0.190 0.023 0.075 0.240 0.792 0.089 0.946 0.215 0.086 0.496 0.348 3.367 nan 9.254 11.892 2.040 2.351 1.320 0.339 1.392 1.397 2.599 nan 1.640 1.370 0.876 0.556 2.045 3.432 2.840 3.469 0.302 0.871 1.210 0.781 2.429 0.135 0.023 0.186 0.429 0.232 0.016 0.815 0.669 0.031 0.066 1.204 0.299 0.237 0.075 0.062 0.420 0.203 0.238 0.176 0.491 0.047 0.125 0.261 0.323 0.081 0.061 1.889 0.143 0.566 0.742 0.085 0.787 0.017 0.008 0.043 0.081 0.472 2.292 0.170 0.034 0.067 0.029 0.013 327 chr1 234719788 234770281 + 0 NA exon (NM_182972, exon 1 of 2) exon (NM_182972, exon 1 of 2) 237 NM_182972 359948 Hs.350268 NM_182972 ENSG00000168264 IRF2BP2 - interferon regulatory factor 2 binding protein 2 protein-coding 5.096 3.974 5.150 4.934 3.266 7.821 3.870 3.251 0.717 3.611 2.565 0.220 0.689 1.674 1.719 3.855 2.033 4.911 4.195 1.746 0.336 2.976 1.792 1.587 4.830 2.868 3.610 9.308 1.269 3.003 1.416 0.134 3.072 0.856 1.116 2.096 0.773 2.201 3.404 2.527 1.206 3.710 5.027 1.346 2.637 1.757 2.898 4.479 3.844 8.702 7.066 6.393 nan 1.476 4.525 4.479 2.658 3.556 nan 7.036 4.187 4.959 2.161 3.000 6.299 7.541 3.398 6.136 nan 1.305 2.452 1.802 0.860 2.358 1.061 2.242 2.077 2.146 2.262 0.684 2.555 2.232 2.188 2.663 0.998 0.529 1.664 1.247 1.199 6.204 2.891 1.571 3.153 3.575 3.611 2.103 2.779 4.911 1.041 1.453 0.997 2.127 1.644 1.477 1.260 1.798 0.672 2.531 1.676 2.772 1.462 1.485 2.120 1.858 1392 chr19 12880074 12918971 + 0 NA Intergenic Intergenic 1580 NR_049864 100847071 NR_049864 ENSG00000263800 MIR5684 - microRNA 5684 ncRNA 4.994 2.753 3.803 2.957 3.456 2.524 1.168 2.481 1.167 3.006 2.163 0.373 1.298 3.637 4.179 1.441 0.688 2.725 2.801 2.818 0.630 2.342 1.395 2.554 nan 5.705 4.625 2.185 1.571 0.954 3.281 0.129 4.807 0.747 0.404 4.081 0.949 2.359 2.665 2.165 0.707 4.379 4.066 1.200 4.630 0.918 2.417 2.979 2.728 4.145 4.737 4.525 6.959 3.363 4.338 4.541 2.271 3.265 4.084 6.073 4.575 4.192 1.033 1.593 4.431 4.343 3.497 6.013 2.987 1.467 4.005 2.644 2.414 1.303 1.404 1.964 2.530 1.637 1.747 1.989 2.721 1.518 1.216 3.696 1.405 0.721 1.351 0.803 0.588 1.798 2.920 4.182 1.711 2.787 3.006 4.268 1.772 2.725 1.720 3.444 1.355 4.143 2.629 1.489 1.224 3.278 0.778 0.649 0.856 2.114 1.139 1.083 0.500 0.275 1970 chr3 156390395 156411373 + 0 NA intron (NM_001184718, intron 2 of 5) intron (NM_001184718, intron 2 of 5) 6431 NM_001184718 25976 Hs.744050 NM_015508 ENSG00000163659 TIPARP ARTD14|PARP7|pART14 TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase protein-coding nan 1.742 1.754 1.208 2.067 1.629 0.917 0.688 0.254 0.659 1.665 0.231 0.325 1.075 0.998 1.809 1.139 1.112 0.449 0.399 0.491 2.038 0.769 0.981 1.619 0.989 1.017 1.700 0.474 0.902 0.580 0.106 2.621 0.657 0.513 1.624 0.633 1.422 1.648 1.062 0.671 1.697 1.641 0.702 1.315 0.645 0.969 1.763 1.927 2.882 1.547 1.627 7.746 4.615 3.490 3.223 2.794 nan 1.631 3.636 2.449 2.050 0.682 1.606 1.029 1.198 2.099 3.018 2.045 1.393 0.329 1.537 0.247 1.288 0.467 0.564 0.132 1.207 1.086 0.500 0.745 0.224 0.478 2.021 0.646 0.336 0.557 0.776 0.719 0.848 1.039 1.145 0.387 0.888 0.659 1.241 1.523 1.112 0.337 0.587 0.190 1.466 0.372 0.973 0.290 0.700 0.772 0.508 0.656 1.011 0.581 0.751 0.387 0.248 2391 chr7 1322856 1333964 + 0 NA Intergenic Intergenic 55756 NM_001080461 340260 Hs.232272 NM_001080461 ENSG00000164853 UNCX UNCX4.1 UNC homeobox protein-coding 2.554 0.619 6.185 0.103 0.135 0.397 0.140 0.125 0.011 0.340 0.061 0.044 0.017 0.029 0.057 0.117 0.097 0.245 9.736 0.239 0.067 0.098 0.019 0.345 nan 0.154 0.177 nan 0.013 0.193 0.477 0.110 0.325 0.042 0.026 0.143 0.163 0.253 0.217 0.020 0.110 0.206 0.144 0.196 0.044 0.122 0.292 0.208 0.090 nan 0.811 0.539 nan 0.083 0.399 0.351 0.202 0.326 nan 0.229 0.833 0.623 0.263 0.246 0.176 0.231 0.100 0.142 0.481 0.367 0.216 0.051 0.017 0.408 0.054 0.066 0.062 0.205 0.052 0.060 0.083 0.043 0.050 0.190 0.033 0.042 0.083 0.120 0.055 0.201 0.183 0.127 0.007 0.095 0.340 0.078 0.058 0.245 0.044 0.060 2.212 1.321 0.145 0.012 0.222 0.030 0.041 0.062 0.078 0.027 0.043 0.021 0.009 1080 chr16 72938957 73106533 + 0 NA intron (NM_006885, intron 1 of 9) intron (NM_006885, intron 1 of 9) 59529 NM_006885 463 Hs.598297 NM_006885 ENSG00000140836 ZFHX3 ATBF1|ATBT|ZNF927 zinc finger homeobox 3 protein-coding 0.840 1.451 nan 1.414 0.552 1.109 0.551 1.178 0.198 0.795 0.810 0.154 0.304 0.849 1.555 0.389 0.266 1.156 0.266 0.941 0.177 0.723 0.192 0.266 2.018 1.001 0.837 1.773 0.465 0.920 0.369 0.080 0.978 0.304 0.428 0.631 0.349 1.114 0.781 0.337 0.508 1.010 1.002 0.379 0.906 0.304 2.438 2.776 5.297 7.071 1.319 1.226 0.698 0.224 3.952 4.060 0.827 1.252 1.675 2.375 1.455 1.096 0.929 1.635 0.309 0.394 0.375 0.615 1.338 0.854 0.543 0.915 0.296 1.141 1.036 0.581 0.376 1.085 0.877 0.374 1.016 0.048 0.194 1.372 1.179 0.526 0.302 0.471 0.504 0.780 1.184 0.446 0.519 1.017 0.795 1.163 1.353 1.156 0.380 0.690 0.158 0.335 1.089 0.564 0.429 0.428 0.270 0.802 0.704 0.195 0.349 0.346 0.603 0.559 1281 chr17 79815488 79832689 + 0 NA Intergenic Intergenic 4762 NM_001185077 396 Hs.159161 NM_004309 ENSG00000141522 ARHGDIA GDIA1|HEL-S-47e|NPHS8|RHOGDI|RHOGDI-1 Rho GDP dissociation inhibitor alpha protein-coding 3.883 3.075 3.968 3.431 2.800 5.531 3.122 6.059 1.454 5.763 2.212 0.431 1.248 4.546 9.864 3.647 1.595 4.168 3.144 2.391 1.195 2.882 1.369 3.681 7.276 5.320 3.344 6.140 2.228 2.833 3.578 0.137 5.536 1.862 1.154 3.145 0.701 2.742 3.282 2.705 1.226 5.477 4.015 3.230 1.391 2.144 4.457 4.937 3.114 4.979 5.470 4.683 4.716 2.682 6.555 6.388 nan 4.245 4.492 7.056 5.762 6.564 2.674 5.041 3.866 4.295 3.927 4.578 nan 1.431 1.488 3.532 1.084 2.249 2.384 2.676 2.046 1.887 2.665 2.609 3.882 0.856 1.995 4.424 3.269 1.183 1.119 2.465 1.582 3.414 4.659 5.927 2.222 4.034 5.763 6.018 2.821 4.168 2.122 2.321 0.941 7.741 3.354 1.900 0.977 1.528 1.494 1.331 1.012 1.801 3.360 0.905 2.471 1.310 732 chr12 85861608 85886494 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR 200015 NM_006982 8092 Hs.41683 NM_006982 ENSG00000180318 ALX1 CART1|FND3|HEL23 ALX homeobox 1 protein-coding 0.771 0.914 0.752 0.253 0.462 0.409 0.207 0.173 0.267 0.119 0.352 0.143 0.054 0.094 0.035 0.475 0.257 0.324 0.138 0.392 0.085 0.158 0.348 0.080 1.387 0.704 0.573 0.653 0.250 0.090 0.052 0.111 0.434 0.080 0.040 0.139 0.075 0.212 0.116 0.068 0.524 0.239 0.093 0.190 0.256 0.355 0.248 0.294 0.382 0.417 0.461 5.007 1.593 0.292 0.334 1.111 1.302 0.642 0.712 0.524 0.221 0.137 0.235 1.603 1.891 0.433 0.619 1.227 0.777 0.018 0.319 0.004 0.330 0.173 0.068 0.139 0.106 0.052 0.009 0.237 0.418 0.047 0.052 0.049 0.029 0.173 0.035 0.063 0.191 0.255 0.065 0.140 0.202 0.119 0.332 0.101 0.324 0.334 0.054 0.012 0.047 0.196 0.095 0.266 0.029 0.196 0.037 0.075 0.204 0.114 0.225 0.014 0.008 1864 chr22 45131060 45165843 + 0 NA promoter-TSS (NM_001017526) promoter-TSS (NM_001017526) 13 NM_001017526 23779 Hs.102336 NM_181335 ENSG00000241484 ARHGAP8 BPGAP1|PP610 Rho GTPase activating protein 8 protein-coding 0.674 nan 0.804 0.187 1.075 0.415 0.294 0.058 0.404 0.273 0.062 0.093 0.179 0.710 0.056 0.153 0.097 0.372 0.433 0.721 0.050 0.423 0.324 0.393 2.129 0.949 1.545 0.505 0.232 3.790 0.239 0.112 0.316 0.034 0.044 0.058 0.025 0.059 0.332 0.230 0.123 0.823 0.852 0.123 0.922 0.138 0.544 0.463 0.523 0.646 0.497 0.456 0.711 0.245 2.219 2.396 0.143 nan 0.675 1.008 nan 0.358 0.297 0.291 0.268 0.302 0.189 0.379 0.545 0.479 0.067 0.644 0.566 0.114 0.032 0.177 0.034 0.065 0.033 0.050 0.050 0.035 0.064 0.090 0.033 0.029 0.229 1.349 1.205 0.112 0.174 0.078 0.052 0.579 0.273 1.037 0.225 0.372 0.366 0.825 0.123 0.328 0.070 0.016 0.083 0.121 0.092 3.716 0.066 0.036 0.013 0.346 0.012 0.020 2233 chr5 176725904 176732130 + 0 NA intron (NR_109790, intron 5 of 6) intron (NR_109790, intron 5 of 6) 1728 NM_001031677 53917 Hs.16258 NM_130781 ENSG00000169228 RAB24 - RAB24, member RAS oncogene family protein-coding 2.124 2.830 2.803 1.102 2.457 0.941 0.361 2.634 6.309 0.905 0.961 0.105 0.579 1.771 1.893 1.205 0.405 3.302 1.238 1.298 0.733 2.380 1.570 2.321 4.312 3.065 1.792 5.431 1.107 2.068 1.848 0.118 4.138 1.201 1.152 2.394 0.504 1.581 1.871 2.963 0.837 2.608 6.868 2.223 1.602 2.132 1.261 1.315 2.731 nan 2.724 2.361 2.384 0.640 2.462 2.261 1.733 nan 2.659 3.703 2.410 2.641 0.778 1.795 1.996 2.873 1.499 1.883 1.759 0.982 0.496 1.940 1.574 1.418 0.744 1.626 0.428 1.510 1.353 1.657 2.071 0.351 1.084 2.901 4.408 2.241 1.081 1.241 0.584 3.317 2.418 3.723 1.549 1.321 0.905 4.146 2.401 3.302 1.101 1.554 0.264 3.182 1.191 1.056 1.267 1.026 1.357 1.448 0.302 0.663 1.811 1.047 1.403 0.865 1603 chr2 121790675 121799321 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 240131 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.412 nan nan 0.106 0.086 0.200 0.166 0.127 0.027 0.241 0.080 0.074 0.022 0.037 0.051 0.059 0.152 0.186 0.459 0.175 0.100 0.072 0.025 0.081 0.499 0.102 0.233 2.096 0.087 0.038 0.065 0.322 0.042 0.054 0.128 0.010 0.080 0.333 0.051 0.014 0.198 0.181 0.056 0.123 0.145 0.491 0.428 0.202 0.405 0.459 0.693 0.964 0.259 0.587 0.587 0.469 1.008 4.319 4.929 1.245 1.652 0.278 0.374 0.984 0.713 0.208 0.339 1.121 0.773 9.311 0.097 0.023 0.070 1.522 0.032 0.126 0.058 0.026 0.080 0.383 0.192 0.192 0.028 0.018 0.089 0.053 0.041 0.139 0.188 0.050 0.064 0.063 0.241 0.083 0.010 0.186 0.042 0.047 0.621 0.137 0.106 0.024 0.010 0.073 0.064 0.014 0.205 0.128 0.026 0.054 0.020 0.018 622 chr11 129235316 129251022 + 0 NA Intergenic CpG -2712 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.525 1.102 0.655 0.279 2.037 0.511 0.214 0.070 5.023 0.188 0.039 0.041 0.277 0.466 0.040 0.080 0.194 0.312 0.117 0.318 0.047 0.174 0.759 0.108 1.370 0.478 0.809 0.598 0.694 0.197 0.236 0.125 0.647 0.496 0.084 0.174 0.020 0.198 0.272 0.243 0.248 0.903 0.203 0.077 0.963 0.311 0.411 0.442 0.379 0.976 0.393 0.434 0.149 0.123 0.383 0.417 0.096 0.278 1.290 1.729 0.426 0.193 0.631 1.020 0.092 0.148 0.104 nan 0.510 0.416 0.784 0.941 0.825 0.070 0.019 0.101 0.009 0.093 0.023 0.200 0.021 0.025 0.271 0.276 0.159 0.118 0.119 0.186 0.303 0.093 0.933 0.889 1.292 0.188 0.617 0.213 0.312 0.312 1.139 0.025 0.592 0.265 0.013 0.008 0.518 0.086 0.082 0.131 0.055 0.039 0.097 0.055 0.026 1881 chr3 14987498 14992430 + 0 NA promoter-TSS (NR_046255) promoter-TSS (NR_046255) -16 NR_046251 100505641 Hs.517821 NR_046251 ENSG00000225733 FGD5-AS1 - FGD5 antisense RNA 1 ncRNA nan 4.312 4.412 4.388 3.487 3.848 2.045 4.208 1.836 3.186 3.370 0.588 0.615 3.456 3.988 1.812 1.065 4.296 2.934 1.895 1.531 4.953 1.436 2.861 6.397 4.774 2.718 9.696 1.069 2.214 4.062 0.120 4.590 1.139 1.287 3.059 0.991 4.807 2.311 1.102 0.701 3.683 4.401 2.594 2.522 1.436 5.780 4.374 8.002 10.311 8.728 8.495 6.143 3.842 15.125 15.749 2.963 3.380 9.381 14.631 8.697 8.232 6.670 7.610 4.366 5.455 5.176 4.322 2.763 1.195 4.470 2.069 1.895 2.582 2.647 3.898 2.612 1.822 2.392 1.639 2.758 1.388 3.172 5.729 6.080 2.843 1.838 2.436 1.867 3.628 6.140 5.117 1.798 2.034 3.186 4.915 3.196 4.296 1.294 1.813 0.850 5.310 3.333 4.666 1.474 2.839 2.073 1.740 2.292 2.035 3.543 1.365 2.429 1.654 970 chr15 72511931 72532942 + 0 NA promoter-TSS (NM_001206799) promoter-TSS (NM_001206799) -373 NM_001206799 5315 Hs.534770 NM_002654 ENSG00000067225 PKM CTHBP|HEL-S-30|OIP3|PK3|PKM2|TCB|THBP1 pyruvate kinase, muscle protein-coding 1.967 1.727 2.047 0.885 4.272 2.353 1.260 4.520 2.310 1.708 3.092 0.469 1.373 3.677 4.864 0.941 0.827 1.785 0.948 1.700 1.863 3.668 2.368 3.661 4.762 2.734 1.922 3.889 3.264 2.461 1.270 0.078 6.043 2.183 2.629 3.396 1.095 5.506 2.684 2.738 1.527 6.629 3.287 1.884 4.544 1.670 1.281 1.700 1.938 3.869 3.061 2.536 1.743 0.529 1.322 1.330 1.680 2.385 2.190 2.651 3.109 5.258 1.037 1.923 1.042 1.232 2.723 3.168 0.796 0.552 0.742 3.319 1.887 4.178 0.522 1.460 0.989 3.312 4.081 1.816 5.462 0.276 0.778 6.013 2.990 1.228 1.541 1.260 1.197 10.858 4.883 3.900 2.841 4.333 1.708 2.545 3.810 1.785 3.309 1.341 0.678 2.702 1.149 4.312 2.408 2.963 3.941 1.632 0.617 1.209 4.243 1.728 3.407 3.218 2381 chr6 162147503 162159763 + 0 NA intron (NM_013987, intron 6 of 10) intron (NM_013987, intron 6 of 10) 261624 NR_134594 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.782 nan 0.656 0.575 0.053 0.331 0.183 0.038 0.015 0.386 0.127 0.104 0.015 0.031 0.205 0.122 0.390 0.117 0.112 0.033 0.077 0.075 0.066 0.057 0.255 0.827 0.036 0.130 0.203 0.009 0.063 0.008 0.006 0.017 0.174 0.009 0.021 0.111 0.085 0.074 0.032 0.051 0.443 0.316 0.181 0.218 0.585 0.635 5.934 2.253 0.200 0.179 0.077 0.137 1.328 0.444 nan 0.182 0.129 0.215 1.660 1.684 0.111 0.222 0.370 0.331 0.013 0.035 0.008 0.017 0.065 0.051 0.006 0.024 0.012 0.047 0.274 0.007 0.067 0.034 0.019 0.037 0.081 0.149 0.057 0.040 0.029 0.022 0.386 0.012 0.007 0.390 0.030 0.020 0.033 0.050 0.017 0.007 0.013 0.027 0.223 0.018 0.022 0.023 0.019 0.008 2375 chr6 156656600 156671895 + 0 NA Intergenic Intergenic 396316 NR_031606 100302259 NR_031606 ENSG00000221456 MIR1202 MIRN1202|hsa-mir-1202 microRNA 1202 ncRNA nan 0.542 0.757 3.569 0.071 0.588 0.252 0.041 0.008 0.346 0.083 0.031 0.012 0.028 0.028 0.287 0.281 2.097 0.208 0.093 0.008 0.054 0.027 0.064 nan 0.079 0.078 2.572 0.009 0.084 0.049 0.110 0.131 0.017 0.060 0.062 0.062 0.167 0.156 0.021 0.005 0.111 0.057 0.033 0.050 0.075 0.412 0.356 0.179 0.225 1.772 nan 6.051 1.561 0.243 0.259 0.077 0.160 1.865 2.324 1.776 1.796 0.167 0.219 1.398 0.971 0.157 nan 0.856 0.522 1.515 0.065 0.042 0.092 0.580 0.013 0.014 0.045 0.231 0.083 0.084 0.024 0.015 0.040 0.057 0.072 0.176 0.037 0.037 0.020 0.004 0.346 0.079 0.012 2.097 0.028 0.086 0.195 0.030 0.611 0.018 0.011 0.010 0.022 0.097 0.045 0.069 0.015 0.024 0.023 0.007 24 chr1 7350571 7365354 + 0 NA intron (NM_015215, intron 5 of 22) L1MEc|LINE|L1 -473367 NM_004781 9341 Hs.66708 NM_004781 ENSG00000049245 VAMP3 CEB vesicle associated membrane protein 3 protein-coding 0.975 nan 0.722 0.586 1.905 0.511 0.325 0.801 0.025 0.880 0.897 0.107 0.077 0.025 0.118 0.201 0.179 0.877 0.304 0.207 0.494 0.157 0.007 0.349 nan 0.044 0.033 5.835 0.060 0.333 0.058 0.110 0.383 0.831 0.793 0.765 1.416 6.046 0.383 0.449 0.033 0.243 0.087 0.816 0.033 0.268 0.296 0.367 0.184 0.310 2.736 2.581 0.728 0.258 0.200 0.215 0.225 nan nan 1.790 nan 0.341 0.382 0.462 0.211 0.402 0.316 0.674 0.889 0.654 1.016 1.228 0.470 2.284 0.129 1.330 0.300 1.753 1.627 1.090 4.472 0.070 0.249 1.907 0.558 0.332 0.196 0.031 0.017 6.649 1.630 1.538 0.496 0.550 0.880 0.058 0.075 0.877 1.007 0.236 0.098 1.360 0.363 2.220 0.080 1.443 0.941 0.179 0.134 0.121 1.206 0.179 1.980 1.793 1416 chr19 19169034 19176501 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2003 NM_001321544 284439 Hs.303669 NM_178526 ENSG00000181035 SLC25A42 - solute carrier family 25 member 42 protein-coding 1.768 1.095 1.593 4.912 0.406 0.992 0.473 0.410 0.166 0.551 0.421 0.144 0.254 0.640 0.341 0.421 0.222 1.201 0.871 0.243 0.216 0.537 0.155 0.746 nan 0.520 0.512 2.132 0.060 0.086 0.463 0.072 0.784 0.204 0.091 0.448 0.413 1.214 0.454 0.190 0.270 0.492 0.750 0.286 0.496 0.335 0.857 1.391 0.951 1.237 1.929 1.948 1.776 0.524 0.819 0.869 1.106 1.473 8.773 14.570 2.612 2.887 0.535 0.702 0.577 0.607 1.561 3.132 5.471 2.268 0.933 0.132 0.141 0.332 1.997 1.501 0.166 0.416 0.231 0.453 0.226 0.090 0.276 0.777 0.397 0.252 0.125 0.145 0.160 0.282 0.595 1.333 0.696 0.245 0.551 0.651 1.313 1.201 0.164 0.299 0.196 0.606 3.948 0.427 0.017 0.769 0.134 0.047 0.145 0.795 0.318 0.392 0.154 0.076 2759 chrX 137064152 137089259 + 0 NA Intergenic Intergenic 428359 NM_003413 7547 Hs.111227 NM_003413 ENSG00000156925 ZIC3 HTX|HTX1|VACTERLX|ZNF203 Zic family member 3 protein-coding 0.439 0.659 0.823 0.046 0.029 0.269 0.121 0.056 0.002 0.465 0.053 0.045 0.015 0.030 0.005 0.122 0.114 0.024 0.060 0.156 0.046 0.008 0.068 0.034 0.025 0.042 0.158 0.012 0.089 0.017 0.037 0.073 0.009 0.028 0.030 0.003 0.023 0.085 0.005 0.003 0.053 0.083 0.064 0.077 0.016 0.309 0.400 0.406 0.312 0.155 0.158 3.183 1.031 0.211 0.187 0.106 0.153 0.103 0.112 0.277 0.107 0.212 0.394 0.170 0.137 0.118 0.163 0.577 0.384 0.007 0.024 0.004 0.040 0.073 0.005 0.003 0.009 0.003 0.035 0.053 0.070 0.049 0.010 0.003 0.043 0.006 0.024 0.064 0.023 0.034 0.013 0.021 0.465 0.020 0.011 0.024 0.019 0.036 0.018 0.093 0.008 0.003 0.006 0.009 0.046 0.189 0.035 0.009 0.049 0.014 0.006 2256 chr6 15087090 15092240 + 0 NA Intergenic Intergenic -156541 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.956 nan 2.867 0.441 0.098 0.660 0.341 0.068 0.109 0.435 0.160 0.156 0.184 0.082 0.107 0.091 0.142 0.812 3.647 0.066 0.079 0.061 0.139 1.733 0.481 0.536 0.274 0.141 0.145 0.022 0.083 0.277 0.028 0.061 0.107 0.098 0.197 0.506 0.022 0.080 0.108 1.791 0.094 1.571 0.506 0.268 0.287 0.693 0.879 0.917 1.364 0.393 0.363 0.355 0.699 1.027 8.047 7.129 0.719 0.539 0.174 0.568 2.722 2.292 0.599 1.996 1.523 1.004 3.752 0.138 0.204 0.179 0.077 4.088 0.027 0.243 0.086 0.014 0.053 0.517 6.029 0.140 0.105 0.061 0.059 0.046 0.092 0.077 0.111 0.051 0.061 0.985 0.435 0.259 0.126 0.812 0.030 1.674 0.076 0.079 0.059 0.013 0.017 0.067 0.086 0.022 0.172 0.311 0.015 0.066 0.011 0.029 2049 chr4 77114663 77141308 + 0 NA intron (NM_005506, intron 1 of 11) intron (NM_005506, intron 1 of 11) 7067 NM_005506 950 Hs.349656 NM_005506 ENSG00000138760 SCARB2 AMRF|CD36L2|EPM4|HLGP85|LGP85|LIMP-2|LIMPII|SR-BII scavenger receptor class B member 2 protein-coding 2.342 1.529 2.328 2.627 0.656 2.248 1.157 1.320 0.117 1.059 0.831 0.100 0.492 1.168 0.363 0.796 0.366 1.733 2.267 0.993 0.218 0.919 0.687 0.547 4.988 2.212 1.424 2.466 0.615 0.462 0.476 0.079 0.639 0.390 0.196 0.643 0.169 0.483 0.682 1.068 0.205 0.813 1.180 0.762 0.773 0.403 1.941 3.000 1.083 1.970 2.482 2.160 2.798 0.995 1.651 1.565 2.000 2.447 5.716 6.689 3.646 3.539 1.048 1.827 1.917 1.982 2.979 6.892 1.921 1.127 2.237 1.254 0.198 1.054 1.045 3.544 0.141 0.945 0.599 0.445 0.444 0.493 2.477 0.784 0.348 0.214 0.785 0.500 0.511 1.267 0.567 0.577 0.784 0.817 1.059 1.287 0.640 1.733 0.444 0.491 0.252 0.575 1.955 0.366 0.339 0.549 0.373 0.276 1.455 2.486 0.312 0.640 0.073 0.046 1658 chr2 208191319 208205329 + 0 NA Intergenic MER81|DNA|hAT-Blackjack -64176 NR_031633 100302130 NR_031633 ENSG00000221628 MIR1302-4 MIRN1302-4|hsa-mir-1302-4 microRNA 1302-4 ncRNA 0.999 nan 1.139 0.492 0.010 2.976 1.440 1.205 0.013 1.086 0.874 0.126 2.448 4.038 0.345 0.166 0.092 0.305 1.686 1.169 0.256 3.668 1.833 0.231 8.436 5.731 5.145 4.222 2.921 0.159 0.249 0.080 1.626 1.500 0.038 2.955 0.982 3.085 1.516 3.149 0.805 2.707 3.818 1.441 0.538 0.941 0.435 0.314 0.330 0.482 0.244 0.279 0.363 0.124 0.598 0.689 2.191 2.412 0.523 0.479 0.485 0.258 0.170 0.241 3.310 5.026 0.429 0.966 0.318 0.222 0.994 3.764 0.286 1.225 0.108 0.611 0.010 3.168 2.616 0.047 0.234 0.710 0.095 3.066 2.185 1.069 2.779 0.033 0.052 4.114 0.447 1.607 0.518 0.531 1.086 1.520 2.772 0.305 0.443 0.206 0.228 1.411 0.776 1.142 0.808 1.747 0.984 0.057 0.085 0.135 2.004 0.695 0.448 0.272 104 chr1 45801707 45808636 + 0 NA promoter-TSS (NM_025077) promoter-TSS (NM_025077) -171 NM_025077 114034 Hs.525091 NM_025077 ENSG00000132773 TOE1 hCaf1z target of EGR1, member 1 (nuclear) protein-coding nan 2.657 nan 3.398 1.987 3.487 2.054 2.649 1.872 2.825 2.293 0.281 0.520 1.697 2.343 2.091 1.126 1.261 2.177 1.289 0.590 2.365 1.067 1.292 3.779 1.826 1.609 6.478 1.374 11.741 2.708 0.183 2.382 0.992 1.261 2.490 0.512 1.722 1.786 1.007 0.547 2.491 4.197 1.635 2.915 0.885 3.119 3.227 4.326 6.167 8.663 7.874 4.638 1.866 8.510 8.593 3.558 nan nan 9.195 5.536 5.784 4.640 nan 2.297 2.141 4.794 8.905 2.717 1.433 3.225 2.506 1.870 1.752 1.342 2.320 1.671 1.437 1.395 1.317 1.963 0.518 1.975 3.581 2.218 0.666 1.857 0.834 0.785 3.033 1.482 2.319 1.011 1.124 2.825 2.044 3.165 1.261 0.777 3.431 0.978 3.563 1.537 1.810 1.248 1.509 0.950 8.245 1.788 3.393 1.436 1.051 1.887 1.264 2057 chr4 83291991 83302405 + 0 NA Intergenic LTR90B|LTR|LTR -2049 NM_002138 3184 Hs.480073 NM_002138 ENSG00000138668 HNRNPD AUF1|AUF1A|HNRPD|P37|hnRNPD0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D protein-coding 3.755 2.081 2.451 2.553 3.207 5.090 2.343 2.631 1.317 3.234 1.855 0.108 0.873 2.776 2.085 1.745 0.756 3.208 1.382 2.632 0.768 3.504 1.378 0.614 4.682 2.790 2.237 5.999 1.727 1.973 2.001 0.115 2.815 1.054 1.012 2.276 0.420 2.108 2.547 1.916 0.898 2.827 4.752 1.171 1.658 0.964 4.442 3.922 6.081 8.288 5.837 5.318 5.976 2.866 10.539 10.968 2.516 nan 5.166 7.775 6.009 8.032 2.129 4.234 4.039 4.474 5.843 nan 1.589 0.921 3.143 2.779 1.036 1.347 0.698 3.878 1.299 1.269 1.590 1.759 2.587 0.741 2.311 4.833 1.940 1.007 1.060 0.791 1.013 4.561 1.462 1.826 1.642 1.513 3.234 4.194 1.937 3.208 1.108 1.051 0.640 2.303 1.732 1.682 1.683 1.167 1.026 1.594 0.998 1.581 1.188 1.440 1.006 0.605 1558 chr2 48420961 48444303 + 0 NA Intergenic Intergenic -109163 NM_002158 3344 Hs.468478 NM_002158 ENSG00000170802 FOXN2 HTLF forkhead box N2 protein-coding 1.426 nan 1.596 0.150 0.093 0.342 0.124 0.127 0.005 0.231 0.137 0.041 0.049 0.141 0.041 0.155 0.189 0.148 0.290 0.178 0.037 0.139 0.050 0.071 nan 0.103 0.086 0.400 0.025 0.467 0.042 0.129 0.234 0.010 0.068 0.183 0.031 0.056 0.235 0.071 0.055 0.108 0.213 0.104 0.194 0.058 0.850 1.498 0.947 0.721 nan 0.679 2.009 0.608 0.381 0.474 1.611 1.783 0.339 0.445 2.085 1.774 0.217 0.281 0.458 0.415 1.508 nan nan 0.558 0.045 0.128 0.012 0.047 0.021 0.118 0.006 0.070 0.025 0.060 0.093 0.113 0.140 0.126 0.015 0.037 0.063 0.107 0.143 0.167 0.223 0.072 0.054 0.089 0.231 0.115 0.056 0.148 0.036 0.046 0.494 0.127 0.018 0.029 0.005 0.068 0.072 0.227 0.051 1.080 0.045 0.087 0.007 0.017 1237 chr17 60186165 60202474 + 0 NA Intergenic Intergenic -51676 NM_005121 9969 Hs.282678 NM_005121 ENSG00000108510 MED13 ARC250|DRIP250|HSPC221|THRAP1|TRAP240 mediator complex subunit 13 protein-coding 0.884 nan 0.688 0.147 0.097 0.680 0.325 0.099 0.019 0.194 0.137 0.169 0.023 0.150 0.019 0.087 0.157 0.086 0.355 0.313 0.038 0.100 0.032 0.876 0.553 0.198 0.142 0.318 0.072 4.210 0.060 0.165 0.313 0.044 0.107 0.130 0.025 0.051 0.236 0.033 0.054 0.174 0.445 0.117 0.139 0.153 0.362 0.349 0.194 0.227 0.434 0.432 0.171 0.070 0.518 0.548 0.164 nan 0.450 0.471 0.643 0.265 0.277 0.311 0.172 0.154 0.271 0.581 0.536 0.447 0.987 0.183 0.073 0.027 0.131 0.042 0.081 0.049 0.144 0.223 0.018 0.117 0.067 0.041 0.057 0.056 0.169 0.302 0.198 1.092 0.100 0.058 0.143 0.194 0.071 0.095 0.086 0.064 0.130 0.053 0.134 0.050 0.033 0.018 0.087 0.130 3.139 0.086 0.120 0.019 0.058 0.049 0.031 1635 chr2 177035486 177044060 + 0 NA non-coding (NR_110464, exon 4 of 4) non-coding (NR_110464, exon 4 of 4) 3084 NR_110458 401022 Hs.98661 NR_033979 ENSG00000224189 HAGLR HOXD-AS1|Mdgt HOXD antisense growth-associated long non-coding RNA ncRNA 1.967 1.452 0.874 1.348 0.125 2.145 1.016 0.082 0.108 3.770 0.053 0.131 0.088 0.242 0.052 1.517 0.742 5.465 4.957 0.484 0.014 0.353 0.460 0.175 3.121 1.789 1.055 3.929 0.086 0.463 0.199 0.076 0.630 0.029 0.071 0.177 0.027 0.024 0.809 0.096 0.261 0.059 1.060 0.008 0.089 0.653 4.755 5.969 0.588 1.101 1.244 1.218 2.637 1.098 3.509 3.619 0.806 1.317 2.426 3.139 7.159 10.427 3.331 6.497 2.160 1.453 0.315 0.575 1.376 0.571 3.572 0.139 0.011 0.114 0.012 1.120 0.049 0.501 0.571 0.180 0.038 0.356 1.943 0.043 0.042 0.009 0.202 0.400 0.366 0.081 0.099 0.187 0.488 0.024 3.770 0.074 0.022 5.465 0.029 0.029 0.445 0.355 0.014 0.040 0.005 0.032 0.013 0.081 3.372 0.044 0.234 0.044 0.007 0.024 2361 chr6 129952057 130014089 + 0 NA intron (NM_033515, intron 1 of 14) intron (NM_033515, intron 1 of 14) 48297 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.892 1.049 0.727 0.102 1.630 0.146 0.070 0.842 0.039 0.406 1.088 0.130 0.208 0.471 3.605 0.123 0.094 0.059 0.430 0.734 0.382 0.397 0.426 0.864 1.380 0.557 0.354 0.274 0.321 0.195 0.059 0.107 0.861 0.535 0.717 1.173 0.254 0.619 0.270 0.731 0.075 0.930 0.226 0.307 0.653 0.272 0.551 0.550 0.577 1.889 0.198 0.276 2.972 1.179 0.295 0.271 0.477 0.717 0.263 0.331 1.175 0.837 0.150 0.242 1.053 1.512 0.359 0.633 0.510 0.383 0.022 0.701 0.193 3.032 0.029 0.099 0.013 0.948 0.514 0.019 2.128 0.198 0.073 0.428 0.667 0.394 0.498 0.108 0.195 0.495 0.934 0.593 0.513 0.223 0.406 0.283 0.917 0.059 0.310 0.040 0.055 0.115 0.270 0.923 0.503 0.806 1.058 0.115 0.061 0.188 0.970 0.694 1.821 2.258 2175 chr5 92899710 92952426 + 0 NA intron (NM_005654, intron 2 of 2) intron (NM_005654, intron 2 of 2) 7025 NM_005654 7025 Hs.519445 NM_005654 ENSG00000175745 NR2F1 BBOAS|BBSOAS|COUP-TFI|EAR-3|EAR3|ERBAL3|NR2F2|SVP44|TCFCOUP1|TFCOUP1 nuclear receptor subfamily 2 group F member 1 protein-coding nan 9.108 2.728 0.217 1.329 0.541 0.294 0.276 1.229 5.684 0.818 0.109 0.124 0.554 0.827 0.247 0.210 0.002 0.269 0.252 0.543 1.235 0.654 1.318 1.746 1.043 1.558 1.519 0.862 0.184 6.618 0.176 0.925 0.332 0.107 1.178 0.152 0.571 0.327 0.492 0.056 0.816 0.126 0.895 0.756 0.549 0.272 0.179 1.128 1.032 0.817 0.613 3.090 1.252 0.203 0.209 1.214 1.617 0.588 0.591 0.554 0.340 0.115 0.173 12.244 8.347 0.205 nan 1.908 1.117 0.414 0.916 0.348 0.855 0.262 0.752 2.072 0.780 0.589 0.851 0.540 3.379 0.509 0.303 0.209 0.160 0.259 0.271 0.198 0.208 1.022 1.211 0.397 0.172 5.684 0.323 2.426 0.002 0.365 0.078 0.099 1.252 1.268 0.586 0.589 0.485 1.009 0.063 0.016 0.199 0.940 0.559 0.979 0.998 1513 chr2 2847142 2856266 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 278094 NR_110228 101927554 Hs.638446 NR_110228 ENSG00000234423 LINC01250 - long intergenic non-protein coding RNA 1250 ncRNA 1.863 1.928 2.630 2.246 0.063 4.172 1.972 0.016 0.013 2.879 0.092 0.017 0.011 0.007 2.299 1.337 6.984 2.356 0.081 0.067 0.032 0.085 0.026 0.056 12.683 0.016 1.321 0.047 0.085 0.209 0.013 0.050 0.081 0.038 0.211 0.024 0.062 0.149 0.099 0.106 0.129 0.034 2.212 4.753 4.493 1.840 13.316 11.993 4.972 1.339 2.706 2.937 3.150 3.533 10.326 8.504 3.581 4.672 0.990 1.949 1.890 1.125 0.346 0.606 3.225 1.876 10.889 0.023 0.021 0.068 0.021 4.996 0.016 0.032 0.016 0.036 0.336 0.224 0.151 0.035 0.009 0.025 0.067 0.106 0.066 0.089 0.015 0.026 0.022 2.879 0.039 0.020 6.984 0.014 0.055 3.713 0.039 6.772 0.009 0.012 0.664 0.605 0.082 0.008 0.010 0.025 0.017 1264 chr17 76773535 76788866 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2776 NM_004762 9267 Hs.191215 NM_004762 ENSG00000108669 CYTH1 B2-1|CYTOHESIN-1|D17S811E|PSCD1|SEC7 cytohesin 1 protein-coding 2.639 1.825 2.643 1.142 0.615 1.510 0.696 1.190 1.330 0.849 1.550 0.650 0.347 1.376 3.022 0.604 0.464 1.807 0.467 0.801 0.218 0.624 0.460 0.972 3.587 1.745 1.258 3.531 0.468 1.381 0.919 0.099 3.817 0.370 0.360 1.066 0.203 0.879 2.468 0.483 0.928 2.696 5.698 0.881 0.315 0.454 1.395 1.641 1.432 1.846 1.838 1.547 1.718 0.534 1.624 1.542 nan 2.203 1.650 2.631 5.069 4.042 0.610 1.068 0.652 0.794 2.368 6.694 nan 0.854 0.621 1.421 0.481 0.637 0.274 1.186 0.308 1.202 1.086 0.901 1.354 0.118 0.459 0.928 0.532 0.362 0.301 1.002 0.884 0.881 1.774 1.263 0.901 1.267 0.849 2.224 1.151 1.807 0.518 0.670 0.265 1.623 1.072 0.668 0.112 0.381 0.304 0.586 0.238 2.841 0.439 0.284 0.205 0.196 2490 chr7 115542221 115552315 + 0 NA Intergenic Intergenic 61099 NM_001244583 22797 Hs.125962 NM_012252 ENSG00000105967 TFEC TCFEC|TFE-C|TFEC-L|TFECL|bHLHe34|hTFEC-L transcription factor EC protein-coding nan 0.558 0.774 0.135 0.150 0.246 0.111 0.171 0.019 0.164 0.180 0.175 0.044 0.037 0.111 0.285 0.260 0.284 0.508 0.025 0.107 0.025 0.244 0.169 0.127 0.243 0.342 0.112 0.042 0.053 0.118 0.217 0.035 0.076 0.082 0.024 0.150 0.221 0.022 0.024 0.097 0.147 0.122 0.106 0.106 0.423 0.287 0.243 0.344 0.145 0.227 0.141 0.110 0.350 0.333 0.666 0.781 0.407 0.342 0.426 0.146 0.173 0.269 3.979 5.976 0.338 0.486 0.459 0.583 0.045 0.014 0.330 0.039 0.139 0.342 0.037 0.043 1.152 0.055 0.044 0.012 0.016 0.023 0.008 0.025 0.204 0.082 0.042 0.296 0.027 0.164 0.063 0.028 0.260 0.012 0.134 0.049 0.027 0.101 0.027 0.056 0.054 0.066 0.022 0.069 0.102 0.023 0.084 0.023 0.025 747 chr12 110839766 110842629 + 0 NA intron (NM_016238, intron 1 of 10) CpG 338 NM_001137664 51434 Hs.719935 NM_016238 ENSG00000196510 ANAPC7 APC7 anaphase promoting complex subunit 7 protein-coding 7.119 nan 3.522 8.601 8.452 6.369 4.021 2.785 4.564 7.782 5.241 0.454 2.447 4.310 5.554 3.119 2.044 7.310 2.921 3.909 1.340 6.435 3.722 2.203 10.546 8.861 4.444 11.916 3.369 6.217 5.997 0.330 13.000 2.305 3.467 4.651 1.154 7.431 6.442 4.534 1.988 8.121 10.164 3.591 4.410 3.233 12.681 8.674 11.103 15.798 nan nan 12.269 10.683 23.691 25.981 7.931 9.026 nan 19.036 15.036 12.272 12.109 13.369 9.310 12.810 10.016 8.142 7.415 4.871 6.615 6.054 2.208 3.940 2.866 7.870 3.193 3.799 4.072 2.846 7.497 1.656 3.655 5.079 5.077 2.499 2.828 2.371 2.762 5.863 6.005 6.589 4.503 4.825 7.782 4.564 8.980 7.310 4.254 3.382 3.089 7.473 3.203 3.371 3.612 3.958 2.479 5.547 4.495 3.413 2.087 3.780 2.993 2.453 159 chr1 109808751 109827198 + 0 NA 3' UTR (NM_001408, exon 34 of 34) 3' UTR (NM_001408, exon 34 of 34) 7816 NM_032636 84722 Hs.405925 NM_032636 ENSG00000134222 PSRC1 DDA3|FP3214 proline and serine rich coiled-coil 1 protein-coding 2.132 nan nan 1.179 2.101 0.945 0.557 0.657 0.625 0.953 0.670 0.203 0.534 1.067 1.833 0.364 0.194 1.123 0.561 1.456 0.275 2.528 1.068 0.442 4.944 2.159 2.020 2.875 1.847 0.696 0.918 0.087 1.150 0.690 0.533 0.897 0.435 1.458 0.450 0.758 0.178 1.920 1.558 0.737 3.413 0.873 0.998 1.278 1.809 3.521 2.110 nan 1.969 0.673 1.307 1.480 1.475 2.010 nan nan 0.939 0.931 1.326 2.066 0.829 1.052 1.041 nan 1.257 0.669 0.658 1.245 0.830 0.761 0.549 0.912 0.285 1.282 1.061 0.887 1.263 0.232 0.617 2.823 0.785 0.443 1.497 0.342 0.407 1.087 2.006 0.846 0.976 4.601 0.953 1.666 1.305 1.123 0.660 1.820 0.314 2.709 0.589 1.827 0.390 1.059 0.418 0.418 0.874 0.664 1.642 1.036 0.643 0.353 2563 chr8 76314880 76334812 + 0 NA intron (NM_001330561, intron 1 of 11) intron (NM_001330561, intron 1 of 11) 4941 NM_001330561 3174 Hs.241529 NM_004133 ENSG00000164749 HNF4G NR2A2|NR2A3 hepatocyte nuclear factor 4 gamma protein-coding 1.952 0.781 0.960 0.225 0.966 1.875 0.933 0.221 0.480 0.390 0.820 0.080 0.295 0.437 0.548 0.738 0.433 0.217 0.184 0.667 0.130 1.483 1.089 1.166 1.325 0.452 0.089 0.621 0.374 0.563 0.416 0.098 0.658 0.380 0.061 0.750 0.088 0.683 0.224 0.772 0.105 1.297 0.685 0.795 0.111 0.649 0.667 0.444 2.784 3.583 1.085 1.000 0.672 0.236 1.649 1.560 1.128 1.345 1.066 1.625 0.718 0.570 1.812 2.598 3.849 2.890 0.346 0.484 1.473 1.297 0.020 0.895 0.019 0.677 0.753 0.286 4.584 1.080 1.188 0.506 0.313 0.808 0.044 0.227 0.667 0.329 3.272 0.602 0.382 1.265 1.250 1.005 0.623 0.194 0.390 0.502 0.028 0.217 0.393 0.186 0.019 0.241 0.531 0.214 0.036 0.079 0.072 0.402 1.733 0.093 0.065 0.893 0.038 0.023 1633 chr2 176970389 177006199 + 0 NA exon (NM_014213, exon 1 of 2) exon (NM_014213, exon 1 of 2) 881 NM_014213 3235 Hs.236646 NM_014213 ENSG00000128709 HOXD9 HOX4|HOX4C|Hox-4.3|Hox-5.2 homeobox D9 protein-coding 2.179 2.241 1.533 2.427 0.108 3.779 1.988 0.090 0.102 1.152 0.335 0.108 0.066 0.254 0.134 1.489 0.949 8.434 2.018 0.232 0.041 0.114 0.023 0.278 1.228 0.686 0.208 5.409 0.135 1.389 0.935 0.089 1.587 0.213 0.066 0.534 0.089 0.128 0.729 0.073 0.229 0.304 1.140 0.070 0.077 0.374 0.738 1.088 1.990 2.481 6.248 5.801 2.254 0.908 0.836 0.892 1.038 1.475 3.142 3.732 1.523 1.696 2.759 4.952 1.686 1.477 0.444 0.948 1.798 0.929 6.000 0.165 0.191 0.126 0.713 0.973 3.188 0.328 0.298 0.665 0.099 0.552 0.294 0.698 0.113 0.057 0.054 0.207 0.200 0.507 0.848 0.941 0.085 0.056 1.152 0.111 0.119 8.434 0.092 0.074 0.198 1.602 2.434 0.059 0.006 0.051 0.046 0.650 2.182 0.104 0.066 0.042 0.101 0.085 47 chr1 16274400 16280438 + 0 NA intron (NM_003443, intron 2 of 15) intron (NM_003443, intron 2 of 15) 25208 NM_001324138 7709 Hs.433764 NM_003443 ENSG00000116809 ZBTB17 MIZ-1|ZNF151|ZNF60|pHZ-67 zinc finger and BTB domain containing 17 protein-coding 1.048 0.555 nan 0.213 1.164 0.234 0.133 4.513 0.031 0.149 1.982 0.330 2.542 3.285 0.589 0.177 0.138 0.065 0.335 0.536 2.891 1.325 2.033 0.405 1.090 0.508 0.910 0.427 1.340 0.370 0.356 0.117 2.176 1.807 1.069 4.342 0.685 1.893 2.322 2.135 0.718 2.271 0.590 2.460 0.461 1.190 0.319 0.469 0.412 1.379 0.535 0.648 0.389 0.121 0.551 nan 0.719 nan 0.543 0.562 nan 0.219 0.294 0.538 0.061 0.076 0.434 0.680 0.350 0.154 0.161 2.841 0.052 4.319 0.083 0.059 0.093 2.471 2.047 0.340 0.231 0.016 0.053 1.955 2.594 0.956 0.177 0.052 0.110 5.031 0.440 1.380 0.039 0.899 0.149 2.300 0.202 0.065 1.390 0.111 0.031 0.423 0.067 6.539 1.709 2.354 6.210 0.197 0.050 0.287 5.037 1.295 2.377 1.382 1427 chr19 35756990 35761305 + 0 NA promoter-TSS (NM_003367) promoter-TSS (NM_003367) -734 NM_001321150 7392 Hs.454534 NM_003367 ENSG00000105698 USF2 FIP|bHLHb12 upstream transcription factor 2, c-fos interacting protein-coding 6.940 3.017 6.736 8.408 4.915 4.725 2.982 7.205 3.148 5.889 2.414 0.338 1.146 5.672 5.759 2.767 1.197 6.994 3.431 3.964 1.435 4.757 0.709 4.286 10.198 6.195 5.467 13.907 0.608 3.072 5.573 0.092 5.537 1.562 2.362 6.552 1.192 3.212 4.753 1.111 1.844 5.056 7.902 2.944 4.171 2.679 3.399 5.680 5.063 6.954 9.077 8.937 5.135 2.334 12.323 11.427 2.902 4.833 6.369 9.892 nan 10.805 5.599 11.287 4.592 3.428 5.582 5.480 2.810 1.235 5.196 1.801 3.168 2.925 2.667 5.709 2.312 3.463 5.955 5.498 2.738 1.346 2.567 6.010 5.518 2.906 2.402 2.246 1.445 3.371 13.142 15.400 6.072 3.550 5.889 4.456 3.196 6.994 2.112 4.124 2.122 7.537 2.677 1.587 1.315 2.278 2.147 1.408 2.604 2.657 2.006 1.355 1.455 0.829 1942 chr3 125067573 125079141 + 0 NA intron (NM_021964, intron 1 of 8) intron (NM_021964, intron 1 of 8) 20841 NM_021964 7707 Hs.592591 NM_021964 ENSG00000163848 ZNF148 BERF-1|BFCOL1|HT-BETA|ZBP-89|ZFP148|pHZ-52 zinc finger protein 148 protein-coding 1.180 nan 0.702 1.041 0.348 0.418 0.209 0.148 0.064 0.110 0.552 0.097 0.115 0.406 0.163 0.829 0.626 0.457 0.296 0.240 0.075 0.281 0.073 0.230 1.015 0.440 0.381 0.250 0.290 5.350 0.104 0.091 0.474 0.155 0.178 0.121 0.028 0.136 0.394 0.348 0.085 0.316 8.541 0.187 0.108 0.239 0.553 0.393 0.576 0.807 0.461 0.446 1.047 0.281 0.654 0.475 0.813 nan 0.643 0.835 0.838 0.553 0.588 0.994 0.276 0.377 0.660 1.168 1.191 0.768 0.139 0.430 0.017 0.239 0.053 0.084 0.096 0.262 0.125 0.070 0.358 0.065 0.268 0.167 0.073 0.074 0.020 0.096 0.232 0.359 0.373 0.224 0.061 0.203 0.110 0.234 0.144 0.457 0.253 0.108 0.042 0.051 0.105 0.035 0.032 0.183 0.202 3.346 0.277 0.095 0.145 0.204 0.020 0.022 1484 chr19 49893534 49914549 + 0 NA intron (NM_144688, intron 9 of 19) intron (NM_144688, intron 9 of 19) 12566 NM_144688 147872 Hs.662085 NM_144688 ENSG00000161609 CCDC155 KASH5 coiled-coil domain containing 155 protein-coding 1.734 1.219 3.513 0.663 0.106 0.848 0.489 0.124 0.153 1.083 0.077 0.138 0.126 0.256 0.066 0.269 0.112 0.193 0.711 0.188 0.041 0.088 0.051 0.093 nan 0.337 0.175 0.785 0.083 0.148 0.182 0.118 0.239 0.006 0.078 0.078 0.109 0.154 0.310 0.078 0.070 0.260 0.225 0.077 0.147 0.084 0.326 0.287 0.326 0.378 1.848 1.802 3.045 0.645 0.735 0.797 0.462 0.756 2.405 2.424 3.128 2.670 0.375 0.424 1.508 1.231 1.177 2.889 3.123 1.629 3.284 0.146 0.023 0.171 0.054 2.281 0.048 0.075 0.035 0.119 0.097 0.408 0.312 0.188 0.029 0.034 0.040 0.043 0.041 0.134 0.275 0.381 0.038 0.092 1.083 0.252 0.048 0.193 0.058 0.137 0.841 0.277 0.655 0.006 0.030 0.132 0.069 0.049 0.084 0.686 0.043 0.022 0.019 0.005 1017 chr16 4333085 4378910 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -8765 NM_001318918 84662 Hs.592087 NM_032575 ENSG00000126603 GLIS2 NKL|NPHP7 GLIS family zinc finger 2 protein-coding 1.137 nan 1.765 0.962 2.493 0.977 0.565 2.261 0.165 0.843 0.632 0.349 0.633 1.332 1.679 0.278 0.239 1.348 0.362 0.638 0.513 1.640 0.779 1.142 3.443 1.622 0.839 2.190 0.567 0.501 1.657 0.093 1.169 0.293 0.698 2.547 0.364 0.930 0.401 0.813 0.320 1.361 0.527 0.852 0.543 0.432 0.920 1.701 0.306 0.545 1.818 1.692 nan 0.632 1.679 1.591 0.477 nan 1.310 1.971 0.939 0.741 0.502 0.926 0.353 0.366 0.732 1.242 1.012 0.597 1.395 2.238 0.734 0.936 0.353 0.886 0.332 1.759 1.631 1.311 1.155 0.082 0.278 1.448 1.158 0.565 0.721 0.352 0.274 1.422 2.996 1.995 1.134 2.639 0.843 2.222 2.087 1.348 0.270 0.508 0.106 1.894 0.366 1.391 0.234 0.737 0.833 0.214 0.423 0.311 0.799 0.560 0.599 0.387 270 chr1 183619256 183625900 + 0 NA promoter-TSS (NM_203454) promoter-TSS (NM_203454) -130 NM_203454 403314 Hs.97335 NM_203454 ENSG00000173627 APOBEC4 C1orf169 apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic polypeptide like 4 protein-coding nan nan 2.213 0.187 0.134 1.647 1.010 0.213 0.066 0.232 0.531 0.097 0.079 0.209 0.058 2.475 1.206 0.144 0.194 0.256 0.019 0.117 0.079 0.114 0.421 0.184 0.212 0.592 0.155 0.037 0.115 0.125 0.264 0.196 0.070 0.125 0.047 0.138 0.332 0.217 0.013 0.158 0.222 0.098 0.123 0.142 7.122 14.203 8.747 6.723 0.953 nan 3.230 1.653 nan 6.928 3.429 4.862 2.134 3.131 2.727 3.037 6.966 11.203 5.307 3.748 0.980 nan 1.778 1.562 0.084 0.158 0.058 0.302 0.030 0.343 0.208 0.109 0.091 0.182 1.263 0.036 0.097 0.055 0.082 0.070 0.117 0.147 0.256 0.096 0.050 0.066 0.127 0.232 0.127 0.084 0.144 0.088 0.098 0.467 0.062 0.214 0.112 0.026 0.059 0.132 0.090 8.439 0.816 0.058 0.128 0.009 0.015 1057 chr16 52131075 52154332 + 0 NA Intergenic Intergenic 23510 NR_104655 102467079 Hs.98466 NR_104655 ENSG00000261749 LOC102467079 - uncharacterized LOC102467079 ncRNA nan nan nan 0.254 0.390 0.238 0.124 0.069 0.058 0.339 0.090 0.070 0.044 0.019 0.069 0.079 0.169 0.204 0.350 0.021 0.242 0.009 0.176 0.411 0.089 0.230 0.277 0.129 2.870 0.018 0.105 0.195 0.060 0.039 0.044 0.033 0.136 0.332 0.003 0.156 0.093 0.084 0.087 0.076 0.358 0.198 0.125 0.241 0.200 0.285 0.168 0.079 0.251 0.240 0.307 nan nan nan nan 0.143 0.133 0.150 0.049 0.088 0.117 nan nan 0.454 0.240 0.129 0.041 0.016 0.025 0.065 0.018 0.012 0.031 0.003 0.070 0.008 0.044 0.075 0.026 0.034 0.207 0.161 0.275 0.073 0.053 0.015 0.088 0.114 0.339 0.036 0.036 0.169 0.078 0.025 0.015 0.020 0.095 0.038 0.016 0.050 0.043 4.928 0.026 0.042 0.029 0.065 0.015 0.005 2042 chr4 54871989 54885626 + 0 NA intron (NM_012110, intron 5 of 5) intron (NM_012110, intron 5 of 5) -25358 NR_027153 402176 Hs.452943 NM_001011538 RPL21P44 RPL21_17_477 ribosomal protein L21 pseudogene 44 pseudo nan 0.607 0.484 0.242 0.097 0.413 0.224 0.155 0.399 0.797 0.188 0.023 0.056 0.063 0.046 1.347 0.803 0.333 0.142 0.109 0.027 0.084 0.015 0.111 0.086 0.060 0.119 0.208 0.022 0.016 0.073 0.051 0.207 0.026 0.061 0.054 0.023 0.091 0.150 0.072 0.018 0.129 0.150 0.062 0.176 0.170 0.457 0.445 0.717 1.047 0.219 0.359 8.579 4.194 0.368 0.272 0.495 0.757 1.746 1.745 0.413 0.154 0.335 0.436 0.911 0.586 0.177 0.402 1.886 1.123 0.020 0.021 0.014 0.109 0.044 0.244 0.010 0.025 0.021 0.031 0.116 0.116 0.047 0.010 0.012 0.069 0.023 0.018 0.118 0.030 0.026 0.039 0.058 0.797 0.027 0.102 0.333 0.045 0.042 0.007 0.026 0.278 0.068 0.018 0.052 0.096 0.033 0.052 0.036 0.076 0.021 0.007 538 chr11 65374790 65384200 + 0 NA intron (NM_002419, intron 1 of 9) intron (NM_002419, intron 1 of 9) 2225 NM_002419 4296 Hs.502872 NM_002419 ENSG00000173327 MAP3K11 MEKK11|MLK-3|MLK3|PTK1|SPRK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 11 protein-coding nan 2.004 1.515 2.732 2.468 3.044 1.696 2.882 0.842 2.409 1.825 0.291 0.762 2.601 2.697 1.193 0.872 2.856 1.556 2.326 0.854 1.776 0.997 1.437 5.196 4.084 2.731 5.951 1.407 2.075 3.057 0.194 3.294 1.086 1.838 3.120 0.612 2.320 2.474 2.345 0.772 4.116 2.718 1.297 3.210 1.559 3.286 4.374 3.736 6.068 5.039 4.621 3.822 1.453 5.473 5.247 2.513 3.743 3.845 5.496 2.123 2.338 1.877 3.693 2.203 2.242 1.227 2.269 1.644 0.707 2.268 2.074 1.165 1.482 1.884 2.560 1.740 1.752 1.775 2.234 2.124 0.397 1.702 7.844 3.534 1.879 1.883 1.106 0.813 2.242 3.465 3.644 1.024 2.510 2.409 4.216 3.418 2.856 1.321 2.326 0.964 3.727 1.693 1.580 1.246 1.513 1.123 1.244 1.287 0.697 1.577 1.088 1.156 0.764 1602 chr2 121681334 121722826 + 0 NA intron (NM_005270, intron 2 of 12) intron (NM_005270, intron 2 of 12) 147213 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 0.870 nan nan 0.042 0.244 0.172 0.077 0.661 0.227 0.581 0.172 0.050 0.027 0.041 0.498 0.061 0.087 0.049 0.118 0.234 0.197 0.180 0.296 0.208 0.406 0.091 0.099 0.455 0.032 0.139 0.070 0.079 0.569 0.269 0.654 0.378 0.205 0.262 1.554 0.226 1.487 0.558 4.925 0.264 0.084 0.186 0.384 0.406 0.333 0.471 0.365 0.377 0.190 0.097 0.502 0.540 0.438 0.717 1.034 0.908 0.480 0.407 0.276 0.358 0.072 0.130 0.457 0.722 0.418 0.372 1.713 1.024 0.048 0.158 0.031 0.110 0.020 0.795 0.470 0.284 0.970 0.016 0.061 0.371 0.109 0.064 0.188 0.116 0.134 0.817 2.019 0.075 0.095 0.478 0.581 0.048 0.212 0.049 0.483 0.247 0.162 0.192 0.057 0.750 0.030 0.162 0.436 0.075 0.089 0.192 0.132 0.062 1.921 1.375 521 chr11 62642415 62655074 + 0 NA promoter-TSS (NR_037193) promoter-TSS (NR_037193) 400 NM_001013251 6520 Hs.502769 NM_002394 ENSG00000168003 SLC3A2 4F2|4F2HC|4T2HC|CD98|CD98HC|MDU1|NACAE solute carrier family 3 member 2 protein-coding nan 2.299 2.548 2.968 3.506 4.048 2.215 2.442 2.066 2.538 2.155 0.239 0.462 1.511 1.662 1.280 0.543 2.442 2.226 2.715 1.027 1.618 1.173 1.284 5.112 3.592 2.956 7.361 1.259 4.905 2.954 0.221 4.900 0.837 1.958 2.913 0.597 2.304 2.482 1.091 1.707 4.434 9.936 2.863 3.188 1.597 2.857 3.172 3.272 5.324 3.884 3.342 3.847 2.391 4.908 5.072 2.135 2.894 3.592 4.659 1.889 1.892 3.220 5.324 3.525 4.722 1.479 4.122 1.250 0.594 3.164 2.376 1.023 1.526 0.680 3.087 1.729 1.131 1.210 1.211 2.116 0.749 3.217 3.371 2.867 1.398 1.766 1.509 1.281 3.823 2.681 2.762 1.464 1.473 2.538 1.975 1.498 2.442 1.122 0.914 0.535 1.654 0.844 1.875 1.663 1.589 2.100 2.578 1.462 1.056 1.433 1.648 1.847 1.326 2007 chr3 189287896 189296457 + 0 NA Intergenic Intergenic -22359 NM_001329964 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.084 1.106 0.716 0.216 0.627 0.504 0.331 0.089 0.072 0.226 0.332 0.224 0.630 1.164 0.373 0.073 0.247 0.204 0.323 1.074 0.014 1.343 0.788 0.151 5.795 3.350 2.403 0.561 1.091 0.275 0.063 0.101 nan 0.041 0.080 0.235 0.065 0.100 2.556 0.941 2.604 0.792 3.844 0.057 0.885 0.300 0.245 0.157 0.337 0.579 0.217 0.317 0.918 0.214 0.326 0.307 0.222 0.372 0.468 0.385 0.806 0.423 0.116 0.162 0.160 0.427 0.369 0.553 0.783 0.754 0.214 1.533 0.145 0.309 0.024 0.146 0.033 1.207 0.387 0.008 0.093 0.034 0.216 0.161 0.028 0.027 1.038 0.036 0.158 0.198 0.190 0.158 0.029 1.186 0.226 0.809 0.141 0.204 0.586 0.077 0.079 0.111 0.024 0.008 0.034 0.185 0.091 0.159 0.023 0.073 0.045 0.471 0.027 1332 chr18 47369834 47386357 + 0 NA TTS (NR_117096) TTS (NR_117096) 37702 NR_117096 103091864 Hs.646459 NR_117096 ENSG00000267322 SNHG22 SCARNA17|SCARNA17HG small nucleolar RNA host gene 22 ncRNA nan 1.438 1.311 0.702 0.822 0.512 0.222 0.160 0.004 2.060 0.095 0.079 0.382 0.500 0.061 0.161 0.061 0.326 0.249 1.125 0.232 0.267 0.630 0.926 1.165 0.485 0.236 1.440 0.389 0.168 0.040 0.055 0.194 0.430 0.145 0.095 0.024 0.056 0.258 1.026 0.089 0.321 0.120 0.136 0.595 0.158 0.441 0.419 0.655 1.598 1.258 1.287 5.838 1.686 0.268 0.243 0.309 0.609 1.356 1.311 0.847 0.867 0.316 0.445 1.412 2.261 0.211 nan 2.629 2.189 1.925 1.501 0.129 0.613 0.616 0.255 0.042 0.294 0.149 0.134 0.492 0.306 0.179 0.262 0.229 0.294 0.400 0.121 0.177 0.127 0.738 0.277 0.655 1.546 2.060 0.510 0.504 0.326 0.565 0.190 0.597 0.200 0.258 0.601 0.371 0.316 0.342 0.118 0.144 0.112 0.175 0.432 0.272 0.225 162 chr1 116378825 116386139 + 0 NA intron (NM_001111061, intron 1 of 1) intron (NM_001111061, intron 1 of 1) 851 NM_001111061 4808 Hs.46296 NM_005599 ENSG00000177551 NHLH2 HEN2|NSCL2|bHLHa34 nescient helix-loop-helix 2 protein-coding nan 1.185 5.554 0.175 0.119 0.183 0.065 0.109 0.025 0.210 0.082 0.087 0.088 0.034 0.063 0.145 0.115 4.530 0.348 0.034 0.096 0.014 0.055 0.745 0.252 0.165 2.225 0.088 0.060 0.135 0.250 0.144 0.053 0.114 0.022 0.067 0.442 0.033 0.399 0.135 0.069 0.082 0.057 0.455 0.404 0.355 0.573 6.260 nan 0.078 0.041 1.189 1.288 1.434 2.093 1.621 2.611 11.549 16.122 5.664 7.620 4.112 3.171 0.111 0.239 2.690 1.436 0.045 0.038 0.052 0.013 1.661 0.108 0.075 0.057 0.030 0.088 0.862 4.867 0.129 0.025 0.021 0.021 0.172 0.116 0.179 0.156 0.039 0.288 0.134 0.210 0.165 0.050 0.115 0.100 0.057 1.568 1.875 0.041 0.011 0.122 3.684 0.017 0.021 0.052 0.024 1923 chr3 108783633 108793283 + 0 NA intron (NM_014429, intron 9 of 27) intron (NM_014429, intron 9 of 27) -31845 NR_144461 100506506 Hs.278908 NR_144461 MORC1-AS1 - MORC1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.644 0.092 0.052 0.383 0.132 0.056 0.026 0.131 0.106 0.133 0.020 0.077 0.007 0.083 0.092 0.297 0.096 0.111 0.031 0.064 0.096 0.097 0.067 0.059 0.194 0.015 0.075 0.022 0.127 0.236 0.012 0.047 0.029 0.008 0.042 0.076 0.022 0.009 0.174 0.122 0.058 0.090 0.096 3.872 4.013 7.717 2.021 0.311 0.334 0.266 0.105 0.494 0.450 0.176 0.204 0.210 0.229 1.452 0.613 1.029 1.543 0.065 0.037 0.265 0.348 0.515 0.524 0.023 0.088 0.060 0.021 0.083 0.029 0.033 0.022 0.023 0.033 0.020 0.017 0.049 0.031 0.040 0.047 0.033 0.038 0.097 0.064 0.037 0.033 0.041 0.131 0.023 0.029 0.297 0.034 0.010 0.024 0.021 0.021 0.017 0.008 0.035 0.036 0.697 0.038 0.008 0.116 0.024 0.005 880 chr14 69862413 69871028 + 0 NA intron (NM_018375, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 1335 NM_001252148 55334 Hs.432690 NM_018375 ENSG00000029364 SLC39A9 ZIP-9|ZIP9 solute carrier family 39 member 9 protein-coding 6.463 2.498 3.189 4.435 2.989 3.423 1.976 1.340 1.037 3.768 2.653 0.412 0.527 1.022 2.321 1.202 0.965 2.734 1.782 1.702 0.719 2.314 1.040 1.709 4.444 3.219 3.306 6.589 1.411 1.815 2.598 0.209 2.563 1.186 0.877 1.571 0.539 3.164 2.565 1.369 0.554 3.008 5.575 0.668 3.259 1.266 4.008 3.565 4.993 6.628 6.853 6.366 4.805 3.045 11.335 11.882 4.023 4.927 6.003 nan 9.903 9.393 4.220 6.569 4.726 6.406 4.739 3.730 3.582 nan 3.991 1.659 0.705 1.546 0.936 2.461 0.913 2.430 2.668 0.632 2.589 0.691 2.428 2.376 2.294 1.219 1.210 0.834 0.631 1.830 2.079 3.460 1.775 2.407 3.768 1.205 2.593 2.734 1.401 0.942 1.193 2.350 1.497 1.574 0.992 2.678 0.997 1.242 1.448 0.905 2.789 0.736 1.150 0.729 433 chr10 132936952 132944104 + 0 NA intron (NM_174937, intron 7 of 11) intron (NM_174937, intron 7 of 11) 47047 NR_120623 101927489 NR_120623 ENSG00000230098 TCERG1L-AS1 - TCERG1L antisense RNA 1 ncRNA 0.433 1.442 0.510 1.943 0.010 5.350 2.851 0.098 0.310 0.041 0.002 0.058 0.017 0.132 0.187 9.686 0.111 0.063 0.035 0.029 0.015 0.103 0.370 0.067 0.049 0.951 0.138 0.016 0.092 0.186 0.052 0.003 0.065 0.034 0.106 0.017 0.030 0.022 0.029 0.216 0.066 0.058 0.107 2.376 3.265 5.882 2.362 0.052 0.067 0.056 0.088 7.653 7.128 0.166 0.075 0.376 0.610 0.573 0.311 0.069 0.076 1.901 1.032 1.098 0.050 0.014 0.052 0.028 0.880 0.010 0.010 0.020 0.053 0.162 0.022 0.127 0.021 0.022 0.128 0.057 0.010 0.046 0.310 0.069 9.686 0.017 0.093 0.083 0.016 0.113 0.006 0.044 0.015 0.016 0.111 0.053 0.008 2164 chr5 76924334 76942350 + 0 NA intron (NM_032109, intron 1 of 2) CpG-20821 1180 NM_032109 23440 Hs.202247 NM_032109 ENSG00000171540 OTP - orthopedia homeobox protein-coding 1.386 nan 0.561 0.623 0.448 0.716 0.365 0.077 0.193 0.483 0.165 0.126 0.074 0.341 0.065 0.147 0.137 0.511 0.211 0.438 0.007 0.060 0.128 0.391 0.309 0.170 0.070 0.861 0.024 0.142 0.836 0.132 0.191 0.085 0.110 0.186 0.013 0.046 0.269 0.018 0.124 0.376 0.452 0.070 0.075 0.251 0.326 0.310 0.250 0.253 2.171 1.504 nan 0.603 0.379 0.427 0.278 nan 1.583 2.295 1.852 1.314 0.317 0.607 0.724 0.485 0.219 0.504 0.299 0.274 0.710 0.075 0.128 0.067 0.012 11.379 0.038 0.180 0.152 0.242 0.111 0.126 0.282 0.123 0.094 0.048 0.034 0.165 0.102 0.288 0.639 1.118 0.044 0.034 0.483 0.591 0.265 0.511 0.251 0.111 0.076 0.981 0.491 0.008 0.011 0.029 0.012 0.057 0.107 0.089 0.012 0.010 0.099 0.051 1399 chr19 13226151 13230467 + 0 NA promoter-TSS (NM_052876) promoter-TSS (NM_052876) -746 NM_001136035 55621 Hs.515169 NM_017722 ENSG00000104907 TRMT1 TRM1 tRNA methyltransferase 1 protein-coding 4.851 1.935 3.978 2.542 2.595 2.342 1.604 3.021 1.109 2.636 1.511 0.074 0.982 3.554 3.806 1.099 0.807 3.882 1.609 2.131 1.033 4.178 1.170 2.903 5.768 3.448 2.640 1.933 1.356 2.710 2.998 0.086 4.802 1.295 1.114 5.950 0.972 3.586 7.148 2.554 5.101 3.867 6.311 2.083 5.199 1.016 3.194 2.806 4.092 5.653 3.477 3.356 11.572 3.402 7.663 7.993 2.797 4.952 5.473 8.022 7.108 7.514 1.450 2.048 4.465 5.801 6.269 6.494 3.026 1.828 1.332 3.488 1.820 2.702 1.213 1.565 2.906 2.628 3.927 3.537 4.091 0.882 0.700 4.457 3.164 1.864 1.608 1.495 1.399 3.745 3.620 6.138 3.495 2.111 2.636 3.967 4.196 3.882 2.073 1.759 1.022 7.056 2.085 2.291 1.854 6.872 1.271 1.624 0.398 2.122 1.649 0.982 1.081 0.517 1912 chr3 69118907 69144304 + 0 NA Intergenic FLAM_A|SINE|Alu -2081 NM_003968 9039 Hs.154320 NM_003968 ENSG00000144744 UBA3 NAE2|UBE1C|hUBA3 ubiquitin like modifier activating enzyme 3 protein-coding 1.351 nan 1.890 0.751 1.674 0.436 0.194 1.282 1.192 0.349 0.776 0.107 1.062 2.834 1.064 0.252 0.149 0.574 0.482 0.954 0.244 3.720 1.663 1.683 1.957 1.524 1.433 1.721 1.450 0.352 0.465 0.080 2.288 1.095 0.524 1.892 0.452 1.736 0.805 2.549 0.229 1.912 1.197 1.514 1.559 1.094 0.595 0.761 1.014 1.535 1.013 1.047 1.043 0.388 0.532 0.527 0.883 1.245 0.737 1.009 1.176 0.929 0.549 1.043 0.309 0.334 2.012 nan 0.722 0.417 0.219 1.898 0.943 1.028 0.161 0.343 0.273 1.223 1.237 0.367 2.552 0.063 0.350 1.678 0.947 0.500 1.235 0.317 0.315 0.948 1.234 1.262 1.272 1.013 0.349 1.628 7.491 0.574 0.784 0.532 0.191 0.615 0.487 1.700 0.971 1.986 0.411 0.204 0.347 0.977 0.986 2.105 0.197 0.133 986 chr15 90355012 90373528 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -6198 NM_001150 290 Hs.1239 NM_001150 ENSG00000166825 ANPEP APN|CD13|GP150|LAP1|P150|PEPN alanyl aminopeptidase, membrane protein-coding nan nan nan 0.090 0.498 0.247 0.087 2.061 0.027 0.180 0.276 0.160 0.429 0.281 1.052 0.119 0.120 0.097 0.123 0.161 0.221 0.084 0.432 0.258 0.352 0.100 0.100 0.397 0.500 0.121 0.059 0.065 0.212 0.218 0.115 1.755 0.593 0.733 0.508 1.134 0.093 0.204 0.258 0.219 3.458 0.107 0.260 0.252 0.199 0.317 0.250 0.260 nan 0.158 0.395 0.410 0.179 0.350 0.178 0.243 nan 0.279 0.236 0.278 0.068 0.121 0.184 nan 0.257 0.285 0.015 1.613 0.993 1.647 0.048 0.054 0.041 0.818 0.520 0.250 0.175 0.010 0.064 5.569 0.478 0.315 0.116 0.093 0.085 6.787 1.086 1.080 0.034 0.403 0.180 0.225 0.197 0.097 0.077 0.777 0.047 0.716 0.071 0.747 0.873 1.415 0.193 0.063 0.032 0.067 0.808 0.852 0.365 0.386 786 chr13 50150773 50174324 + 0 NA Intergenic Intergenic -2829 NM_018191 55213 Hs.508021 NM_018191 ENSG00000136144 RCBTB1 CLLD7|CLLL7|GLP|RDEOA RCC1 and BTB domain containing protein 1 protein-coding 1.336 nan nan 0.627 0.332 0.354 0.143 0.360 0.090 0.349 0.413 0.144 0.145 0.460 0.078 0.245 0.163 0.686 0.304 0.592 0.174 0.196 0.241 0.253 1.713 0.861 0.332 0.562 0.137 0.188 0.341 0.076 0.670 0.111 0.106 0.443 0.057 0.255 0.426 0.180 0.144 1.158 0.611 0.411 0.348 0.426 2.166 1.835 0.750 0.725 1.434 1.399 nan 0.596 0.818 0.778 0.483 0.700 1.077 1.438 0.850 0.639 1.869 2.986 0.336 0.289 2.074 nan 0.389 0.280 0.281 0.458 0.061 0.196 0.222 0.516 0.159 0.276 0.246 0.122 0.221 0.044 0.170 0.626 0.325 0.209 0.378 0.161 0.154 0.322 0.418 0.369 0.289 0.331 0.349 0.462 0.436 0.686 0.245 0.326 0.166 0.487 0.156 0.077 0.219 0.141 0.269 0.108 1.564 0.905 0.203 0.200 0.127 0.078 740 chr12 104522864 104533097 + 0 NA intron (NM_006166, intron 2 of 7) intron (NM_006166, intron 2 of 7) 4060 NM_006166 4801 Hs.84928 NM_006166 ENSG00000120837 NFYB CBF-A|CBF-B|HAP3|NF-YB nuclear transcription factor Y subunit beta protein-coding 2.634 2.168 nan 2.836 1.632 3.366 1.639 1.680 0.577 2.400 1.541 0.315 0.278 1.375 0.959 1.210 0.781 3.497 0.615 0.661 0.713 1.495 0.493 0.348 2.393 1.273 1.305 3.399 0.429 1.233 1.708 0.173 2.734 0.277 0.627 0.987 0.457 2.050 1.331 0.267 0.438 1.891 1.428 1.229 1.233 1.102 2.601 2.304 3.080 4.523 4.755 4.508 5.261 1.949 4.278 4.065 2.534 3.513 3.137 4.855 3.694 3.832 1.123 2.788 2.497 1.926 3.816 3.220 4.957 2.053 1.688 0.853 0.674 0.809 0.456 1.990 0.768 0.878 1.132 2.246 1.225 0.521 0.846 1.297 1.467 0.772 0.500 0.848 0.546 1.367 2.039 1.796 0.928 1.496 2.400 1.812 1.478 3.497 0.558 1.154 0.389 2.970 1.220 1.272 0.464 0.776 1.288 0.673 0.741 0.976 0.528 0.339 1.097 0.581 1117 chr17 7135058 7147566 + 0 NA intron (NM_024297, intron 1 of 4) CpG 937 NM_001284518 79142 Hs.644724 NM_024297 ENSG00000040633 PHF23 hJUNE-1b PHD finger protein 23 protein-coding 4.759 2.146 3.124 3.240 1.843 4.258 2.545 2.855 1.481 3.517 1.909 0.250 1.579 4.622 3.725 1.165 0.526 4.287 1.926 2.285 1.139 2.351 0.704 2.543 6.114 4.207 5.054 7.606 0.702 2.252 11.101 0.379 5.527 1.300 1.903 2.882 1.283 4.445 3.151 1.818 1.084 3.803 2.322 3.054 3.055 2.943 5.297 6.065 4.795 6.400 8.158 7.305 6.047 2.477 8.037 8.547 3.570 4.901 6.920 9.708 3.441 3.409 1.671 3.047 2.858 3.505 7.350 8.799 2.167 0.963 3.450 2.467 1.498 1.952 2.408 2.628 3.104 1.481 1.611 1.323 4.137 0.671 1.742 5.717 2.933 1.495 3.153 1.819 1.382 3.288 4.624 4.348 1.826 2.027 3.517 4.123 5.069 4.287 2.005 1.675 1.774 5.855 3.349 1.653 1.227 4.656 1.589 1.232 1.446 3.082 2.294 0.893 2.916 1.604 1008 chr16 3027122 3048848 + 0 NA Intergenic Intergenic -1070 NR_033861 283875 Hs.620489 NR_033861 LINC00514 LA16c-380H5.1 long intergenic non-protein coding RNA 514 ncRNA 1.864 nan 2.753 1.231 1.206 1.005 0.569 1.016 0.140 0.800 0.279 0.182 0.219 0.789 0.798 0.531 0.275 0.633 2.227 0.695 0.165 0.824 0.174 0.676 7.496 2.998 0.765 3.600 0.423 0.596 0.680 0.085 1.724 0.212 0.419 1.186 0.280 0.604 1.049 0.457 0.511 1.426 1.161 0.314 0.784 0.245 1.402 1.807 0.631 0.807 1.586 1.591 nan 0.981 1.767 1.836 0.996 nan 1.027 1.508 2.610 2.552 0.615 0.827 2.460 2.701 1.322 2.981 1.297 0.694 1.837 1.021 0.824 0.369 0.209 1.818 0.185 0.451 0.380 0.655 0.848 0.894 0.320 0.875 0.524 0.258 0.442 0.509 0.296 0.338 1.014 0.836 0.651 2.093 0.800 1.175 0.758 0.633 0.360 1.148 0.848 1.684 0.539 0.321 0.282 0.511 0.247 0.311 0.146 1.165 0.350 0.245 0.353 0.222 103 chr1 45239883 45244029 + 0 NA promoter-TSS (NR_000024) promoter-TSS (NR_000024) -208 NR_000024 94161 NR_000024 ENSG00000200913 SNORD46 RNU40|RNU46|U40|U46 small nucleolar RNA, C/D box 46 snoRNA nan 2.836 nan 4.146 4.456 4.379 1.958 5.250 1.511 4.112 2.766 0.540 2.197 3.648 4.176 3.603 1.794 2.617 2.619 3.250 1.702 4.286 1.738 1.480 7.605 4.344 2.717 7.318 2.917 13.620 4.932 0.097 5.273 1.538 2.466 5.452 0.985 4.993 5.172 3.822 0.949 5.850 11.412 2.597 6.098 1.535 5.473 4.991 6.933 10.693 10.428 9.621 6.088 2.936 13.772 14.399 4.962 nan nan 14.686 8.203 10.077 7.585 nan 3.629 3.560 9.655 8.416 3.959 2.769 2.398 5.156 1.908 3.784 2.126 2.052 2.480 2.285 3.069 2.676 6.397 0.278 1.727 6.432 4.498 2.482 3.360 1.338 1.874 4.695 3.377 5.096 1.898 3.291 4.112 5.156 5.766 2.617 2.909 4.790 1.451 7.778 2.331 2.502 1.134 2.719 2.363 7.783 2.276 2.876 2.097 1.528 3.414 2.161 201 chr1 155033725 155067762 + 0 NA promoter-TSS (NM_004952) promoter-TSS (NM_004952) -605 NM_004952 1944 Hs.516656 NM_004952 ENSG00000143590 EFNA3 EFL2|EPLG3|Ehk1-L|LERK3 ephrin A3 protein-coding nan nan 2.627 0.752 0.507 1.176 0.735 0.624 0.196 1.741 0.186 0.109 0.413 0.962 1.378 0.436 0.294 0.937 3.718 0.724 0.146 0.529 0.304 0.238 1.370 0.562 0.959 5.809 0.472 0.408 0.961 0.100 0.949 0.507 0.201 0.305 0.211 0.539 0.803 0.468 0.243 1.107 1.403 0.486 0.523 0.361 3.381 5.046 2.024 2.762 3.364 nan 1.352 0.462 0.809 0.835 1.078 1.503 1.992 2.938 1.313 1.110 3.048 4.494 1.214 0.913 1.032 2.132 1.498 0.750 0.674 0.400 0.277 0.377 0.522 2.495 0.362 0.273 0.209 0.447 0.731 0.214 1.643 0.757 0.216 0.164 0.222 0.629 0.551 0.297 0.863 0.797 2.546 1.786 1.741 0.933 0.940 0.937 0.542 1.427 1.215 3.856 0.913 0.102 0.057 0.525 0.199 0.158 3.365 0.255 0.241 0.157 0.232 0.112 871 chr14 62125486 62138669 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -30042 NM_181054 3091 Hs.597216 NM_001530 ENSG00000100644 HIF1A HIF-1-alpha|HIF-1A|HIF-1alpha|HIF1|HIF1-ALPHA|MOP1|PASD8|bHLHe78 hypoxia inducible factor 1 alpha subunit protein-coding nan nan 0.761 0.280 0.988 0.244 0.195 1.272 0.047 0.248 0.570 0.221 0.916 1.410 0.400 0.048 0.169 0.161 0.174 0.431 0.395 0.882 1.890 0.279 3.390 1.017 1.816 0.366 2.114 0.097 0.050 0.094 0.374 1.909 0.127 2.020 0.439 0.718 0.743 2.251 0.245 1.987 0.983 0.349 1.501 0.812 0.420 0.293 0.805 0.882 0.387 0.427 0.396 0.141 nan 0.450 0.265 0.500 0.722 nan 0.862 0.372 0.181 0.357 0.123 0.240 0.197 0.345 0.592 0.468 0.104 3.879 0.255 1.930 0.068 0.202 0.021 3.964 2.686 0.078 0.949 0.028 0.096 0.203 0.310 0.154 0.502 0.047 0.111 2.302 0.377 0.216 0.419 1.680 0.248 1.758 3.620 0.161 1.309 0.179 0.074 0.164 0.108 1.137 2.660 0.867 0.629 0.070 0.088 0.067 5.284 0.881 0.017 0.015 1401 chr19 13943337 13977625 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -13008 NR_029495 407010 NR_029495 ENSG00000207980 MIR23A MIRN23A|hsa-mir-23a|miRNA23A|mir-23a microRNA 23a ncRNA 3.331 2.368 2.396 1.049 5.389 2.082 1.233 3.328 2.586 3.356 2.696 0.592 1.536 3.477 7.809 1.328 0.389 2.939 1.296 1.896 1.336 3.969 1.751 4.462 nan 3.364 1.997 2.482 1.833 1.226 5.567 0.185 6.224 1.598 1.548 6.030 1.305 4.896 3.754 2.355 2.566 3.862 6.519 3.217 3.967 1.321 1.033 2.152 1.984 4.124 2.385 2.230 3.886 2.680 1.825 1.825 1.825 2.407 3.135 5.479 1.516 1.150 0.455 0.601 3.775 3.727 1.622 2.222 1.817 1.326 1.128 3.694 2.433 2.997 0.796 0.437 2.726 4.144 5.265 3.772 4.799 0.762 0.374 7.679 5.445 2.089 2.486 0.455 0.431 10.265 4.954 8.599 2.902 3.287 3.356 6.662 3.414 2.939 1.614 4.570 0.721 8.258 2.788 8.183 2.630 4.929 2.682 0.817 0.297 0.494 3.251 1.707 2.896 1.932 719 chr12 58269232 58299842 + 0 NA Intergenic Intergenic -43790 NM_005730 10106 Hs.524530 NM_005730 ENSG00000175215 CTDSP2 OS4|PSR2|SCP2 CTD small phosphatase 2 protein-coding nan 1.885 1.053 1.386 0.598 1.891 0.901 0.409 0.047 0.627 1.510 0.310 0.576 0.864 0.242 2.841 1.299 3.640 1.789 1.034 0.158 2.650 0.864 0.319 7.215 3.941 2.954 1.938 1.342 0.200 0.334 0.095 1.445 0.807 0.332 1.028 0.105 0.317 1.049 1.770 0.557 3.808 0.987 0.314 0.416 0.682 nan 1.809 0.763 1.825 3.611 nan 2.846 1.244 0.572 0.608 1.196 nan 4.492 nan 1.712 1.454 0.662 1.198 1.312 1.130 0.518 0.966 5.201 2.414 0.723 1.331 0.097 3.285 1.020 3.151 1.127 2.347 1.993 0.279 0.199 0.209 0.316 0.233 0.230 0.178 0.340 0.287 0.263 0.918 0.856 2.568 0.699 0.759 0.627 0.811 3.268 3.640 0.468 0.175 0.549 0.988 0.988 0.414 0.328 1.194 0.183 0.169 0.713 0.263 0.630 0.342 0.149 0.139 1529 chr2 17969571 17982722 + 0 NA Intergenic Intergenic -21640 NM_001105569 343930 Hs.705359 NM_001105569 ENSG00000151379 MSGN1 MSOG|pMsgn1 mesogenin 1 protein-coding 1.150 0.620 0.781 0.087 0.060 0.222 0.136 0.041 0.005 0.437 0.103 0.098 0.048 0.028 0.430 0.174 0.105 0.232 0.153 0.028 0.107 0.008 0.072 0.190 0.079 0.054 0.480 0.044 0.138 0.069 0.120 0.146 0.009 0.055 0.035 0.006 0.052 0.281 0.059 0.043 0.144 0.256 0.067 0.087 0.087 0.397 0.388 0.227 0.490 0.512 0.468 0.710 0.217 0.265 0.332 0.389 0.726 0.499 nan 1.021 0.709 0.228 0.521 0.051 0.100 0.382 nan 3.152 1.817 0.669 0.134 0.015 0.057 0.024 0.162 0.010 0.021 0.017 0.029 0.058 0.028 0.267 0.147 0.041 0.029 0.064 0.069 0.056 0.122 0.176 0.054 0.024 0.050 0.437 0.084 0.035 0.105 0.009 0.071 0.346 0.067 0.031 0.010 0.006 0.055 0.026 0.062 0.231 0.297 0.056 0.071 0.033 0.022 902 chr14 96732096 96742446 + 0 NA Intergenic Intergenic 14724 NM_000710 623 Hs.525572 NM_000710 ENSG00000100739 BDKRB1 B1BKR|B1R|BDKRB2|BKB1R|BKR1|BRADYB1 bradykinin receptor B1 protein-coding 1.853 0.921 nan 0.336 0.111 0.397 0.141 0.935 0.026 0.446 2.186 0.244 0.018 0.061 0.043 0.124 0.093 0.798 0.162 0.126 0.347 0.071 0.378 0.279 2.237 0.625 0.919 2.845 0.028 0.052 0.074 0.115 4.308 0.604 0.029 0.288 0.996 1.428 1.326 0.947 0.584 1.244 0.539 0.034 0.604 0.089 0.347 0.226 0.278 0.907 1.633 1.600 0.864 0.252 0.583 0.606 0.726 0.952 1.432 1.371 2.467 2.297 0.241 0.334 1.357 1.306 0.150 0.255 nan 0.776 0.322 0.192 0.009 0.089 0.242 0.345 0.013 1.815 0.954 0.028 0.130 0.189 0.071 0.133 0.670 0.264 0.155 0.030 0.024 0.713 0.974 0.277 0.236 1.638 0.446 0.021 0.036 0.798 0.283 1.181 0.393 0.067 3.215 0.197 0.016 0.756 0.821 0.033 0.067 0.095 2.427 0.063 0.028 0.020 827 chr14 21559851 21580182 + 0 NA intron (NM_001146683, intron 3 of 7) intron (NM_001146683, intron 3 of 7) -2843 NM_001101672 51222 Hs.250493 NM_016423 ENSG00000165804 ZNF219 ZFP219 zinc finger protein 219 protein-coding nan 1.782 2.988 2.194 0.921 2.206 1.316 0.940 0.293 2.649 1.557 0.213 0.233 0.760 3.708 0.464 0.305 2.572 1.225 1.013 0.469 0.859 0.499 0.635 3.523 1.492 1.436 4.648 0.395 0.773 2.381 0.140 4.834 0.383 0.547 1.620 0.366 1.076 1.582 0.499 0.483 2.643 2.066 0.410 0.775 0.465 1.965 2.025 2.825 3.898 3.801 3.654 2.889 1.625 3.423 3.691 3.284 4.251 2.867 nan 5.098 4.419 1.803 2.616 1.842 1.572 3.014 4.149 1.238 0.820 2.852 0.783 0.248 1.077 0.719 2.303 2.017 0.805 0.916 0.811 8.905 0.498 1.341 1.451 0.897 0.556 0.996 0.441 0.357 1.318 3.768 1.258 2.258 1.842 2.649 0.793 1.542 2.572 1.322 0.587 2.113 2.504 1.801 0.550 0.459 1.074 0.624 0.593 0.832 1.845 0.781 0.331 0.592 0.431 266 chr1 183422316 183453288 + 0 NA intron (NR_040063, intron 3 of 4) intron (NR_040063, intron 3 of 4) 3315 NR_040063 284649 Hs.127384 NR_040063 ENSG00000232860 SMG7-AS1 DKFZP564C196 SMG7 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.913 0.985 1.445 1.087 0.663 1.178 0.381 1.536 1.197 0.233 0.887 1.712 0.549 0.972 0.459 0.854 0.618 1.395 0.256 1.635 1.522 0.393 2.379 1.336 2.085 2.678 1.294 0.818 0.799 0.125 1.291 0.396 0.289 0.792 0.193 0.849 1.296 2.217 0.405 1.752 1.754 0.658 2.049 1.194 1.928 2.183 2.823 3.864 2.837 nan 1.931 1.078 nan 3.664 1.620 2.275 2.229 2.977 1.925 1.804 1.998 3.075 1.994 2.305 2.515 nan 1.265 0.936 0.561 2.038 0.503 0.712 0.361 1.926 0.688 1.901 1.482 0.616 1.562 0.463 0.605 1.062 0.950 0.384 1.404 0.706 0.791 0.862 1.009 0.571 0.586 1.772 1.536 1.929 1.689 0.854 1.625 0.950 0.511 0.685 0.563 1.003 0.365 0.730 0.391 0.789 1.107 0.740 0.639 0.787 0.566 0.318 2039 chr4 41814706 41849528 + 0 NA Intergenic ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL 52511 NR_104143 101927074 Hs.611425 NR_104143 ENSG00000245870 LINC00682 - long intergenic non-protein coding RNA 682 ncRNA 1.174 nan nan 0.094 0.051 0.156 0.111 0.097 0.002 0.084 0.092 0.093 0.093 0.177 0.009 0.127 0.142 0.052 0.254 0.181 0.014 0.058 0.030 0.068 0.156 0.052 0.068 0.207 0.029 0.058 0.013 0.083 0.239 0.027 0.048 0.074 0.009 0.057 0.193 0.044 0.011 0.098 0.074 0.042 0.054 0.164 0.313 0.159 0.164 0.194 0.200 0.216 0.119 0.081 0.118 0.103 0.128 0.275 0.224 0.199 1.364 1.178 0.121 0.146 0.044 0.040 1.430 5.014 0.590 0.777 0.018 0.122 0.003 0.034 0.035 0.150 0.008 0.016 0.012 0.022 0.054 0.022 0.648 0.122 0.040 0.027 0.053 0.023 0.035 0.178 0.049 0.053 0.029 0.086 0.084 0.126 0.032 0.052 0.053 0.119 0.043 0.020 0.035 0.036 0.012 0.032 0.032 0.017 0.040 2.612 0.022 0.052 0.017 0.013 1353 chr18 60733873 60745098 + 0 NA Intergenic Intergenic 247128 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.712 1.362 1.863 1.383 0.225 0.266 0.185 0.069 0.249 0.115 0.054 0.187 0.066 0.113 0.028 0.147 1.446 0.148 0.534 0.066 0.010 0.168 0.834 0.250 0.149 2.445 0.039 0.086 0.068 0.135 0.114 0.010 0.046 0.091 0.014 0.101 0.181 0.030 0.116 0.076 0.328 0.119 0.833 0.102 1.126 0.829 6.706 4.109 1.826 1.246 1.994 0.563 26.624 27.451 0.175 nan 3.197 3.325 0.479 0.235 0.908 1.186 0.311 0.497 0.143 0.238 1.815 1.356 0.222 0.120 0.077 0.056 0.108 0.104 0.012 0.037 0.007 0.059 0.225 0.051 0.284 0.074 0.032 0.049 0.041 0.127 0.247 0.162 0.102 0.070 0.120 0.308 0.115 0.039 0.021 1.446 0.032 0.073 0.072 0.199 0.048 0.127 0.034 0.020 0.113 0.564 0.033 0.027 0.034 0.021 0.018 1742 chr20 43949325 43978792 + 0 NA intron (NM_002999, intron 2 of 4) intron (NM_002999, intron 2 of 4) 13006 NM_002999 6385 Hs.632267 NM_002999 ENSG00000124145 SDC4 SYND4 syndecan 4 protein-coding nan nan 2.338 1.352 3.724 0.573 0.275 2.320 1.120 0.453 1.223 0.163 1.149 2.699 2.752 0.357 0.184 1.589 0.383 3.169 0.614 2.078 1.507 0.857 3.884 2.432 3.585 3.224 1.576 0.120 0.505 0.137 1.243 1.360 0.366 1.876 0.758 1.703 1.278 1.527 0.255 3.164 2.647 2.761 1.749 0.945 0.658 0.910 0.981 1.778 0.661 0.751 nan 0.512 0.810 0.825 0.298 0.473 2.257 2.836 nan 0.662 0.951 1.507 0.816 1.016 1.574 5.466 0.530 0.368 0.072 1.887 3.407 1.153 0.284 0.209 0.157 1.543 1.175 1.474 0.585 0.289 0.067 4.367 1.148 0.556 1.884 0.104 0.165 0.506 1.252 2.342 1.995 1.971 0.453 5.081 1.839 1.589 1.426 2.714 0.056 2.918 0.152 3.157 1.803 2.001 1.216 0.120 0.953 1.712 1.690 2.059 0.973 0.576 2585 chr8 102497280 102527982 + 0 NA intron (NM_001330593, intron 1 of 15) intron (NM_001330593, intron 1 of 15) 7963 NM_024915 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.484 nan nan 2.120 1.962 0.792 0.390 0.175 1.976 0.262 0.349 0.089 0.661 1.951 0.087 0.404 0.250 3.290 0.221 1.640 0.020 1.311 0.891 0.258 5.652 3.536 2.156 5.442 1.308 0.145 0.025 0.074 4.228 0.257 0.198 0.426 0.057 0.099 2.700 1.081 0.751 4.112 10.036 0.118 3.268 0.498 2.156 2.485 3.517 5.703 2.825 2.448 nan 0.728 5.603 5.975 1.031 nan 7.896 nan nan 0.216 2.439 3.895 0.467 0.567 0.327 nan 1.186 0.806 2.119 2.227 2.037 0.997 0.056 0.145 0.032 0.617 0.232 0.119 1.657 0.075 0.761 0.110 0.057 0.055 1.102 1.193 1.111 0.361 0.477 0.074 0.255 2.417 0.262 2.260 0.163 3.290 1.200 1.932 0.038 0.446 0.515 0.015 1.741 0.364 0.032 0.075 1.278 0.225 0.157 1.290 0.019 0.012 1624 chr2 171564243 171576274 + 0 NA non-coding (NR_027433, exon 1 of 1) non-coding (NR_027433, exon 1 of 1) 819 NR_027433 440925 Hs.668461 NM_001013712 ENSG00000222033 LINC01124 - long intergenic non-protein coding RNA 1124 ncRNA 1.255 1.303 1.531 0.561 0.453 0.394 0.294 0.221 0.057 0.511 0.342 0.121 0.031 0.590 0.011 0.222 0.257 0.224 0.281 0.178 0.144 0.773 0.245 0.150 0.979 0.278 0.797 2.136 0.243 6.080 0.045 0.083 0.344 0.245 0.348 0.955 0.172 0.585 0.209 0.208 0.080 0.211 0.224 0.837 0.298 0.295 0.224 0.205 0.864 1.041 0.756 0.671 0.397 0.049 0.442 0.412 0.263 0.574 2.100 2.603 1.163 1.047 0.125 0.247 0.107 0.164 0.237 0.380 0.376 0.324 0.827 0.272 0.015 0.084 0.661 0.111 7.815 0.424 0.330 0.375 0.117 0.047 0.578 0.620 0.196 0.182 0.108 2.689 1.952 0.291 0.332 0.688 0.578 0.530 0.511 0.414 0.152 0.224 0.224 0.454 0.097 1.538 0.042 0.473 0.105 0.151 0.092 6.272 0.057 0.061 0.115 0.198 1.326 0.900 1219 chr17 46613512 46699693 + 0 NA promoter-TSS (NM_024015) promoter-TSS (NM_024015) 707 NR_029608 406902 NR_029608 ENSG00000257178 MIR10A MIRN10A|hsa-mir-10a|miRNA10A|mir-10a microRNA 10a ncRNA 1.338 8.520 nan 5.712 4.615 4.501 2.422 1.221 0.439 0.108 0.109 0.058 0.330 0.773 0.371 5.330 2.430 4.823 0.158 1.512 0.385 0.410 0.408 1.274 nan 1.641 1.127 12.952 0.059 0.478 2.174 0.115 0.748 0.417 1.235 0.496 0.218 0.635 0.569 0.820 0.193 0.395 1.357 0.391 0.918 0.971 0.376 0.593 0.399 0.566 2.596 nan 2.191 0.795 1.249 1.346 1.434 2.169 3.001 nan 0.994 0.592 0.189 0.239 4.017 3.080 0.112 0.211 4.442 2.270 1.491 0.382 0.508 1.288 1.534 8.379 4.242 0.670 0.553 0.778 1.113 1.463 0.035 5.154 2.282 1.193 0.458 0.662 0.612 1.697 3.005 5.687 0.229 0.153 0.108 0.491 1.850 4.823 0.094 1.145 0.039 1.462 1.442 0.485 0.074 0.126 0.621 0.433 0.046 0.049 0.663 0.048 9.612 7.478 1695 chr2 242252195 242258153 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321035) promoter-TSS (NM_001321035) 83 NM_005336 3069 Hs.471851 NM_005336 ENSG00000115677 HDLBP HBP|PRO2900|VGL high density lipoprotein binding protein protein-coding 5.838 nan 4.337 4.414 3.945 4.782 2.768 4.659 1.896 3.885 1.896 0.277 1.850 5.136 5.724 2.171 0.963 5.258 2.643 3.363 1.642 4.387 1.382 3.214 8.769 7.242 4.751 9.333 1.889 4.124 4.762 0.153 4.781 2.298 3.168 4.716 0.793 3.821 2.630 3.435 1.106 4.475 6.427 2.947 6.049 2.494 7.761 6.896 6.541 9.300 5.788 5.663 5.622 3.593 17.546 19.480 4.312 5.701 6.619 10.874 9.056 8.538 7.002 10.779 3.843 4.485 9.579 7.561 2.138 1.155 4.565 4.514 1.656 3.070 1.981 3.284 3.594 3.465 4.798 2.824 5.298 0.574 1.720 4.684 5.517 2.302 2.640 2.370 1.661 3.986 5.169 4.873 2.824 3.887 3.885 5.049 4.652 5.258 2.073 2.344 0.766 6.263 2.407 2.754 1.183 3.140 2.308 2.785 2.895 2.557 3.686 1.267 3.092 1.959 2534 chr8 48591144 48597503 + 0 NA intron (NR_104581, intron 8 of 16) intron (NR_104581, intron 8 of 16) 56403 NM_005195 1052 Hs.440829 NM_005195 ENSG00000221869 CEBPD C/EBP-delta|CELF|CRP3|NF-IL6-beta CCAAT/enhancer binding protein delta protein-coding 1.121 nan 0.794 0.237 0.060 0.155 0.050 0.394 1.214 0.201 0.241 0.050 0.149 0.584 0.136 0.097 0.065 0.250 0.132 0.181 0.069 1.534 0.657 0.095 0.933 0.134 2.080 0.294 0.091 0.084 0.120 0.130 0.362 0.137 0.181 0.073 0.087 0.161 0.219 1.445 0.037 0.177 0.407 0.102 0.163 0.115 0.435 0.153 0.377 1.063 0.568 0.678 0.412 0.103 0.295 0.321 0.429 0.748 0.723 0.758 0.428 0.250 0.174 0.231 2.223 2.067 0.298 0.914 0.807 0.771 1.382 0.127 0.036 0.107 0.029 0.470 0.341 0.159 0.085 0.066 0.241 0.175 0.042 0.070 0.049 1.324 2.215 4.054 0.117 0.483 0.213 0.142 0.127 0.201 0.967 0.074 0.250 0.130 0.044 0.046 0.324 0.149 0.005 0.026 0.111 0.352 0.507 0.032 0.197 0.024 0.075 1.062 1.525 97 chr1 43902045 43908565 + 0 NA exon (NM_015284, exon 49 of 71) exon (NM_015284, exon 49 of 71) -8905 NR_106793 102465440 NR_106793 ENSG00000274975 MIR6735 hsa-mir-6735 microRNA 6735 ncRNA nan 0.569 nan 1.540 0.200 1.776 0.938 0.198 0.073 0.221 0.127 0.111 0.024 0.186 0.125 1.593 0.399 1.746 0.965 0.119 0.076 0.041 0.032 0.050 0.565 0.131 0.125 0.972 0.459 0.131 0.126 0.281 0.036 0.083 0.057 0.049 0.077 0.298 0.034 0.037 0.202 0.198 0.098 0.094 0.073 0.453 0.555 0.325 0.860 5.932 5.117 0.254 0.101 0.271 0.292 0.379 nan 15.115 11.473 0.453 0.417 0.937 nan 0.052 0.085 0.369 1.256 2.213 1.251 1.207 0.109 0.213 1.381 2.632 0.065 0.053 0.043 0.297 0.109 0.057 0.212 0.237 0.114 0.060 0.044 0.036 0.038 0.213 0.112 0.183 0.013 0.092 0.221 0.135 0.043 1.746 0.010 0.038 0.136 0.522 1.404 0.094 0.025 0.121 0.223 0.089 0.227 0.378 0.060 0.058 0.026 0.042 2378 chr6 158651945 158669467 + 0 NA Intergenic SVA_F|Other|Other 71327 NM_207118 404672 Hs.356224 NM_207118 ENSG00000272047 GTF2H5 C6orf175|TFB5|TFIIH|TGF2H5|TTD|TTD-A|TTD3|TTDA|bA120J8.2 general transcription factor IIH subunit 5 protein-coding nan 1.268 2.054 1.615 0.833 0.583 0.323 0.796 0.367 1.514 0.619 0.128 0.248 1.014 0.467 0.510 0.252 1.598 0.514 0.875 0.249 0.662 0.099 0.432 nan 2.255 1.300 2.680 0.209 0.680 0.985 0.103 0.701 0.311 0.392 1.140 0.156 0.505 0.931 0.441 0.257 1.624 0.893 0.574 0.485 0.457 2.897 3.330 1.906 2.391 1.792 nan 2.586 0.932 3.535 3.379 0.744 1.057 2.345 3.152 2.267 1.800 1.189 2.267 1.718 2.270 2.774 4.955 0.719 0.389 1.159 0.834 0.440 0.688 0.289 1.445 0.467 0.453 0.562 0.396 0.508 0.598 0.499 0.681 0.952 0.573 0.394 0.909 0.528 0.389 0.887 1.815 0.212 0.559 1.514 1.499 0.698 1.598 0.322 0.567 0.326 0.932 0.994 0.371 0.146 0.355 0.230 0.509 0.814 1.506 0.353 0.184 0.368 0.251 1704 chr20 3138547 3155422 + 0 NA exon (NM_001282533, exon 4 of 6) exon (NM_001282533, exon 4 of 6) -6428 NM_199415 22888 Hs.654646 NM_014948 ENSG00000185019 UBOX5 RNF37|UBCE7IP5|UIP5|hUIP5 U-box domain containing 5 protein-coding 2.210 3.210 4.267 2.684 0.578 1.225 0.602 1.141 0.583 0.934 0.412 0.147 0.269 0.630 0.368 0.623 0.290 2.978 2.245 1.295 0.254 0.339 0.452 0.237 2.267 1.126 0.956 4.508 0.396 0.414 0.650 0.079 1.654 0.209 0.311 1.334 0.415 1.121 1.341 0.790 0.318 1.613 1.271 0.580 0.902 0.352 2.595 2.886 1.416 2.129 3.636 3.218 4.137 1.314 3.858 4.268 2.711 3.456 13.024 12.156 3.027 3.213 2.168 2.685 1.870 1.673 1.692 2.503 1.901 0.872 4.069 0.574 0.376 0.789 3.078 5.242 0.518 0.606 0.428 0.603 0.917 0.268 0.317 1.440 1.295 0.723 0.342 0.234 0.231 0.569 1.659 1.360 1.062 1.369 0.934 0.693 0.761 2.978 0.588 0.849 1.077 1.215 2.698 0.362 0.140 0.705 0.231 0.183 0.825 0.560 0.239 0.240 0.505 0.310 668 chr12 19998565 20021221 + 0 NA Intergenic Intergenic -157726 NR_040098 100506393 Hs.658356 NR_040098 ENSG00000256287 LOC100506393 - uncharacterized LOC100506393 ncRNA 0.755 0.732 0.762 0.638 0.139 0.377 0.113 0.267 0.470 0.079 0.355 0.107 0.223 0.677 0.142 0.124 0.168 0.064 0.216 0.371 0.131 1.344 0.459 0.074 1.190 0.307 3.864 0.769 0.431 0.094 0.105 0.129 0.472 0.115 0.160 0.778 0.107 0.307 0.258 0.192 0.028 0.117 0.174 0.161 0.085 0.254 0.439 0.200 0.315 0.531 nan 0.390 1.031 0.365 0.329 0.279 0.430 0.586 0.780 0.880 0.393 0.148 0.114 0.166 0.112 0.101 0.219 0.431 0.329 0.333 0.039 0.496 0.017 1.087 0.056 0.084 0.049 0.415 0.170 0.023 1.041 0.009 0.032 0.102 0.048 0.042 0.054 0.068 0.166 0.443 0.219 0.118 0.160 0.216 0.079 0.396 0.008 0.064 0.183 0.051 0.004 0.257 0.018 0.138 0.028 0.170 0.369 0.081 0.022 0.132 0.111 0.133 0.013 0.018 750 chr12 115337799 115366112 + 0 NA Intergenic Intergenic -229986 NM_005996 6926 Hs.744016 NM_005996 ENSG00000135111 TBX3 TBX3-ISO|UMS|XHL T-box 3 protein-coding nan nan 0.449 0.198 0.038 0.368 0.234 0.108 0.011 0.457 0.069 0.103 0.049 0.145 0.034 0.082 0.276 0.087 0.152 0.052 0.049 0.034 0.077 0.031 0.056 0.057 0.766 0.041 0.178 0.065 0.102 0.194 0.441 0.719 0.405 0.144 0.116 0.169 0.246 0.017 0.193 0.356 0.222 0.184 0.308 0.749 0.910 0.165 0.198 nan nan nan 0.052 7.544 8.110 0.129 0.271 nan nan 0.230 0.064 1.004 1.119 0.145 0.176 0.393 0.760 nan 0.267 3.019 0.462 0.007 0.039 0.039 0.468 0.437 0.261 0.013 0.106 0.024 0.017 0.062 0.019 0.011 0.170 0.113 0.164 0.389 0.175 0.023 0.078 0.397 0.457 0.035 0.477 0.276 0.074 0.213 0.010 0.039 0.115 0.076 0.018 0.434 0.106 0.130 0.730 0.314 0.019 0.067 0.082 0.051 688 chr12 51413097 51427534 + 0 NA promoter-TSS (NM_001174127) promoter-TSS (NM_001174127) -116 NM_001174127 4891 Hs.505545 NM_000617 ENSG00000110911 SLC11A2 AHMIO1|DCT1|DMT1|NRAMP2 solute carrier family 11 member 2 protein-coding nan 1.812 1.004 1.679 1.024 1.427 0.618 0.888 2.841 1.156 1.579 0.261 0.618 2.016 1.810 0.654 0.537 1.975 0.360 1.084 0.420 1.117 0.948 1.044 3.414 2.064 1.949 1.059 0.557 3.007 0.874 0.101 1.666 0.638 0.968 1.114 0.137 0.448 1.018 1.671 0.434 1.570 2.825 1.116 2.537 0.484 nan 1.855 2.632 3.990 3.124 nan 5.292 1.747 2.846 2.940 0.893 nan 1.776 nan 1.744 1.560 0.943 1.702 2.777 3.411 1.163 1.596 1.457 0.873 0.389 1.104 0.901 0.678 0.355 1.343 0.806 1.190 0.847 0.840 1.247 0.737 0.596 1.691 1.225 0.671 0.741 0.856 0.603 1.483 1.545 1.982 1.022 2.402 1.156 2.979 0.968 1.975 0.661 1.163 0.424 1.197 0.535 0.550 0.311 1.305 0.855 1.638 0.853 0.427 0.447 1.016 0.459 0.216 1749 chr20 48525978 48555984 + 0 NA intron (NR_134564, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 8622 NR_134564 105372653 Hs.589895 NR_134564 LOC105372653 - uncharacterized LOC105372653 ncRNA nan nan 1.855 1.378 1.863 1.404 0.637 1.552 0.539 0.948 1.416 0.317 0.310 0.827 1.207 0.726 0.470 1.318 0.792 1.114 0.267 1.017 0.379 0.860 2.000 1.146 2.153 2.609 0.560 0.570 0.983 0.134 1.728 0.802 0.278 1.749 0.391 1.012 1.178 0.687 0.584 2.081 2.834 1.426 1.948 0.697 2.197 2.430 1.366 2.322 1.960 1.903 nan 2.045 2.268 2.407 1.355 1.877 2.013 3.357 nan 2.478 1.430 2.067 1.170 1.326 2.719 4.231 1.868 1.412 0.517 0.901 0.785 0.843 0.942 1.206 0.716 0.710 0.629 0.717 1.376 0.134 0.512 1.744 0.774 0.483 0.608 0.285 0.212 1.439 1.465 1.238 0.919 0.991 0.948 1.305 0.534 1.318 0.678 1.050 0.572 2.577 0.919 0.585 0.318 0.722 0.322 0.274 0.503 1.157 0.709 0.361 0.424 0.298 774 chr13 23452514 23458939 + 0 NA intron (NR_138043, intron 2 of 2) MER50|LTR|ERV1 16594 NR_033774 646201 Hs.729338 NR_033774 BASP1P1 - brain abundant, membrane attached signal protein 1 pseudogene 1 pseudo 0.544 0.732 0.520 0.123 0.079 0.077 0.050 0.052 0.009 0.019 0.164 0.025 0.104 0.029 0.098 0.105 0.093 0.202 0.377 0.106 0.017 0.070 0.435 0.049 0.193 0.047 0.116 0.067 0.062 0.200 0.048 0.087 0.013 0.011 0.144 0.034 0.024 0.459 0.085 0.056 0.119 0.081 1.359 1.061 14.525 10.833 0.342 0.314 0.072 0.084 0.194 0.071 0.170 0.245 0.281 0.265 0.469 0.186 4.011 8.600 0.046 0.040 0.174 0.253 0.632 0.622 0.067 0.073 0.016 0.070 0.036 0.044 0.045 0.016 0.015 0.123 0.057 0.038 0.024 0.024 0.037 0.116 0.106 0.076 0.021 0.037 0.030 0.019 0.012 0.011 0.093 0.038 0.097 0.009 0.047 0.011 0.006 0.075 0.028 0.042 6.839 0.067 0.011 0.058 0.024 0.008 1126 chr17 7779526 7798290 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330111) promoter-TSS (NM_001330111) -202 NM_001330111 84316 Hs.565094 NM_032356 ENSG00000183011 NAA38 LSMD1|PFAAP2 N(alpha)-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit protein-coding 3.121 1.704 3.326 2.109 1.413 4.170 2.109 1.882 2.201 3.162 1.543 0.239 0.819 2.304 1.592 1.993 1.030 5.866 1.613 2.134 0.548 1.568 0.488 1.703 4.811 3.583 4.720 6.728 1.363 0.416 1.819 0.099 4.060 0.540 1.164 1.135 0.869 3.226 1.848 0.622 0.902 2.866 1.890 1.569 1.709 1.930 5.069 6.777 2.919 4.698 9.188 8.564 2.890 1.046 2.676 2.663 2.091 2.936 6.947 6.639 3.102 2.883 1.825 3.608 2.179 2.002 3.082 5.696 2.033 0.889 4.944 1.220 2.128 1.400 2.220 3.226 1.241 0.630 0.636 0.835 4.334 1.039 1.247 4.565 1.506 0.806 2.491 1.254 0.912 2.084 4.174 3.040 1.124 1.865 3.162 2.577 2.933 5.866 1.741 2.964 1.630 3.336 3.946 0.441 0.948 2.027 0.792 0.319 2.901 2.275 1.803 0.690 1.805 1.411 2128 chr5 44859479 44882055 + 0 NA Intergenic Intergenic 61740 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.579 1.047 1.862 0.201 1.271 0.272 0.215 0.193 0.027 0.430 0.233 0.148 1.229 2.375 0.157 0.137 0.168 0.122 0.169 0.384 0.099 1.130 0.707 0.309 1.462 0.815 0.662 0.340 1.140 0.099 0.081 0.124 0.267 2.313 0.080 0.415 0.042 0.132 0.425 0.707 0.078 1.014 0.476 0.255 0.302 0.428 0.148 0.100 0.215 0.330 0.253 0.363 0.263 0.103 0.178 0.186 0.671 1.045 0.272 0.316 0.767 0.318 0.171 0.273 0.089 0.158 0.140 0.261 0.474 0.472 0.026 1.078 0.131 0.564 0.125 0.051 7.063 0.830 0.493 0.032 0.070 0.034 0.035 0.303 0.433 0.242 0.575 0.049 0.080 2.050 0.123 0.476 0.621 0.356 0.430 1.038 0.459 0.122 0.189 0.066 0.069 0.476 0.059 0.219 0.650 0.759 0.331 0.087 0.061 0.054 0.524 0.317 1.278 1.576 910 chr14 103556055 103612481 + 0 NA Intergenic MER50|LTR|ERV1 4978 NR_138038 105370683 Hs.252904 NR_138038 LINC00677 C14orf74 long intergenic non-protein coding RNA 677 ncRNA 1.417 0.933 1.322 0.494 0.317 1.250 0.660 1.724 0.047 0.623 1.149 0.255 0.617 1.406 0.177 0.169 0.155 1.956 0.772 0.240 0.250 0.853 0.723 0.519 5.542 2.914 0.751 1.197 1.502 0.788 0.200 0.074 0.429 0.483 0.868 0.392 0.572 0.909 0.561 1.230 0.417 1.654 1.447 0.800 4.931 0.571 1.422 2.246 0.927 1.357 2.224 2.322 0.651 0.203 0.910 0.894 0.166 0.354 2.177 2.408 1.714 1.631 1.201 1.717 0.205 0.194 0.343 0.644 1.272 0.806 0.768 1.199 0.807 0.618 0.225 0.731 0.095 1.816 1.585 0.195 3.067 0.035 0.083 1.644 0.613 0.367 0.592 0.515 0.361 0.176 4.031 0.541 0.172 2.939 0.623 0.836 0.349 1.956 0.593 0.770 0.177 0.403 0.436 0.807 0.848 1.397 0.369 1.032 0.939 0.085 0.874 0.426 0.053 0.029 2701 chr9 126893277 126897239 + 0 NA Intergenic Intergenic 121369 NM_004789 9355 Hs.696425 NM_004789 ENSG00000106689 LHX2 LH2|hLhx2 LIM homeobox 2 protein-coding nan nan 0.498 0.340 0.037 0.291 0.081 0.039 0.004 0.065 0.161 0.082 0.048 0.186 0.033 0.111 0.150 0.054 0.108 2.500 0.086 0.140 0.283 0.061 0.126 nan 0.108 0.054 0.041 0.060 0.063 0.253 0.517 0.450 0.277 0.062 0.076 0.261 0.764 0.131 0.026 0.593 0.634 0.187 0.257 0.577 0.481 0.578 0.202 0.340 0.277 0.248 nan 0.642 0.660 0.571 0.257 0.180 0.262 0.181 0.089 0.303 0.372 nan 0.717 0.092 0.313 0.024 0.318 0.048 0.047 0.036 0.420 0.221 0.973 0.218 0.020 0.558 0.076 0.118 0.097 0.064 0.092 0.276 0.247 0.502 0.060 0.200 0.065 0.199 0.091 0.150 0.094 0.135 0.049 0.306 0.049 0.103 0.343 6.275 0.074 0.125 0.038 0.063 0.804 0.282 693 chr12 53608394 53628967 + 0 NA intron (NM_001243730, intron 2 of 8) intron (NM_001243730, intron 2 of 8) -4483 NM_001042728 5916 Hs.1497 NM_000966 ENSG00000172819 RARG NR1B3|RARC retinoic acid receptor gamma protein-coding nan 0.971 0.825 0.278 1.656 0.400 0.258 2.794 0.748 0.552 1.282 0.181 1.193 2.793 1.677 0.262 0.258 0.554 0.353 1.004 0.951 2.127 1.348 0.873 4.659 2.297 1.676 1.966 2.100 0.450 2.551 0.095 4.025 1.063 1.668 1.318 0.287 0.809 1.494 1.260 0.987 4.632 4.693 2.018 2.606 1.160 nan 1.750 1.139 2.057 1.319 nan 1.047 0.321 0.571 0.676 0.502 nan 1.608 nan 0.619 0.343 0.587 0.951 0.479 0.349 0.361 1.010 0.676 0.605 0.327 3.476 1.893 1.015 0.392 0.260 1.401 1.671 1.636 1.812 1.419 0.088 0.101 1.735 0.978 0.565 1.448 0.459 0.430 3.579 3.152 3.157 2.040 3.907 0.552 2.472 2.721 0.554 1.480 2.332 0.231 3.088 0.382 0.745 1.611 2.140 1.166 0.218 0.693 0.262 2.213 1.530 0.565 0.295 1341 chr18 53051129 53094668 + 0 NA intron (NM_001330604, intron 5 of 19) intron (NM_001330604, intron 5 of 19) -1672 NM_001306208 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.907 1.085 0.182 0.053 0.551 0.276 0.160 0.050 1.545 0.860 0.089 0.009 0.033 0.013 0.684 0.463 0.766 1.231 0.219 0.020 0.023 0.002 0.131 0.028 0.037 0.068 0.952 0.013 4.431 1.711 0.112 0.211 0.016 0.151 0.032 0.150 0.178 0.301 0.020 0.095 0.178 1.014 0.493 0.168 0.026 0.530 0.421 2.995 3.812 2.000 1.730 4.460 1.938 0.632 0.707 2.192 2.473 0.536 0.526 1.895 1.510 0.770 1.125 3.739 3.853 0.320 0.576 nan 2.454 0.428 0.020 0.009 0.462 0.048 0.785 0.019 0.054 0.025 0.076 0.383 1.079 0.617 0.053 0.008 0.007 0.014 0.832 1.398 0.113 0.060 0.092 0.031 0.020 1.545 0.023 0.017 0.766 0.008 0.015 0.682 0.046 1.689 0.039 0.003 0.013 0.067 6.750 0.891 0.111 0.038 0.039 0.008 0.003 2684 chr9 100612796 100628163 + 0 NA Intergenic Intergenic 4942 NM_004473 2304 Hs.159234 NM_004473 ENSG00000178919 FOXE1 FKHL15|FOXE2|HFKH4|HFKL5|NMTC4|TITF2|TTF-2|TTF2 forkhead box E1 protein-coding 0.874 1.028 0.784 0.798 0.976 0.757 0.407 0.874 0.698 1.049 0.242 0.084 0.075 0.515 0.047 0.296 0.229 0.141 0.221 0.527 0.048 2.782 0.329 0.108 0.497 0.200 0.427 1.034 0.397 0.251 0.303 0.081 2.569 0.238 0.321 0.447 0.423 1.039 2.485 0.025 3.540 2.197 10.891 0.457 0.793 0.314 1.132 1.450 0.249 0.464 1.475 1.280 1.256 0.407 0.289 0.286 0.489 0.728 0.986 nan 1.365 1.402 0.609 1.041 1.193 1.073 0.193 0.253 nan 0.467 0.227 0.282 0.231 0.060 0.019 0.346 0.018 0.208 0.080 0.503 0.144 0.156 0.243 1.213 0.142 0.051 0.165 0.178 0.087 0.105 1.287 0.913 0.005 0.110 1.049 0.896 0.072 0.141 0.080 0.070 0.223 3.930 0.047 0.071 0.079 0.114 0.036 0.097 0.180 0.024 0.010 0.204 0.017 0.010 1534 chr2 24618493 24628531 + 0 NA Intergenic Intergenic -40115 NM_006277 50618 Hs.432562 NM_006277 ENSG00000198399 ITSN2 PRO2015|SH3D1B|SH3P18|SWA|SWAP intersectin 2 protein-coding 0.871 0.858 0.723 2.367 0.079 0.455 0.223 0.129 1.733 0.097 0.147 0.115 0.386 0.032 0.954 0.554 0.843 0.129 0.275 0.042 0.123 0.031 0.149 0.349 0.160 0.087 3.523 0.128 0.141 0.152 0.168 0.038 0.138 0.015 0.076 0.320 0.032 0.032 0.132 0.214 0.077 0.115 0.080 0.924 0.777 0.487 0.590 0.906 1.134 6.751 3.349 0.897 1.053 0.314 0.500 4.772 nan 0.626 0.376 0.836 0.988 0.711 0.876 0.233 0.462 3.607 1.747 0.097 0.073 0.120 0.099 0.570 0.055 0.035 0.021 0.024 0.113 0.086 0.134 0.146 0.036 0.008 0.069 0.071 0.049 0.168 0.195 0.064 0.023 0.073 1.733 0.192 0.076 0.843 0.058 0.048 0.052 0.665 0.007 0.008 0.080 0.033 0.023 0.729 0.099 0.060 0.058 0.006 0.015 2570 chr8 81657782 81667464 + 0 NA intron (NM_001033723, intron 2 of 8) MER33|DNA|hAT-Charlie 124393 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.249 nan nan 1.305 0.135 0.871 0.579 0.170 3.728 0.200 1.635 0.265 0.274 0.896 0.500 0.291 0.328 3.516 0.155 1.891 0.038 0.679 0.087 0.069 6.302 1.964 4.120 4.456 1.221 1.590 0.058 0.050 0.426 0.121 0.878 0.208 0.024 0.455 0.539 0.675 0.513 2.784 1.613 0.143 3.466 0.599 0.412 0.348 1.199 3.183 1.361 1.367 0.231 0.068 0.332 0.347 1.340 1.794 nan 2.087 0.408 0.195 0.262 0.614 0.237 0.281 0.379 0.525 1.304 1.175 0.863 0.372 1.437 0.824 0.083 0.138 0.014 0.469 0.238 0.023 0.085 0.070 0.065 0.066 0.056 0.032 0.483 1.072 1.533 0.247 0.572 0.191 0.342 2.622 0.200 0.859 0.048 3.516 0.853 1.855 0.039 0.066 0.032 0.018 0.502 0.138 0.035 2.777 0.071 0.026 0.055 0.058 0.042 0.021 893 chr14 89644213 89660103 + 0 NA intron (NM_005197, intron 4 of 5) intron (NM_005197, intron 4 of 5) 231296 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 2.552 1.132 nan 1.437 0.082 0.795 0.465 0.089 0.020 1.077 0.345 0.152 0.036 0.154 0.044 1.090 0.480 2.752 1.842 0.128 0.009 0.094 0.060 0.153 0.526 0.127 0.638 1.137 0.154 0.262 0.094 0.101 0.171 0.015 0.039 0.081 0.007 0.055 0.375 0.020 0.066 0.183 0.447 0.053 0.109 0.073 0.874 1.419 0.246 0.495 1.711 1.903 2.251 2.716 0.471 0.526 2.863 3.766 1.513 2.531 1.858 1.970 0.194 0.394 3.454 3.192 0.462 0.662 nan 1.513 0.325 0.302 0.042 0.070 0.025 0.209 0.017 0.163 0.059 0.009 0.058 1.179 2.326 0.105 0.026 0.020 0.101 0.050 0.030 0.113 0.078 0.089 0.020 0.101 1.077 0.081 0.119 2.752 0.093 0.176 0.082 0.047 0.095 0.051 0.021 0.111 0.033 0.215 0.087 0.171 0.134 0.053 0.020 0.013 2309 chr6 44621300 44650957 + 0 NA Intergenic Intergenic -116510 NR_134609 105375075 Hs.123393 NR_134609 LOC105375075 - uncharacterized LOC105375075 ncRNA 1.225 0.888 1.030 0.086 0.767 0.296 0.148 0.211 0.108 0.644 1.052 0.089 0.090 0.211 0.051 0.094 0.116 0.096 0.138 0.139 0.054 0.064 0.043 0.196 0.775 0.174 0.237 0.406 0.799 0.097 0.090 0.110 0.476 0.326 0.028 0.117 0.764 1.766 0.751 0.025 3.729 0.668 0.880 0.178 0.149 0.133 0.433 0.419 1.381 6.150 0.345 0.411 0.170 0.082 0.362 0.351 0.148 0.275 0.458 nan 0.463 0.283 0.313 0.469 0.119 0.145 1.191 3.251 0.628 0.475 0.430 0.483 0.473 0.956 0.024 0.107 0.042 0.040 0.029 0.040 0.036 0.029 0.089 0.089 0.096 0.058 0.168 0.071 0.082 0.229 0.063 0.077 0.146 0.104 0.644 0.202 0.022 0.096 0.070 0.073 0.030 0.130 0.171 0.066 0.024 0.186 0.105 0.054 0.080 1.354 0.252 0.087 1.445 0.515 1915 chr3 71074869 71122884 + 0 NA intron (NM_001244812, intron 4 of 15) intron (NM_001244812, intron 4 of 15) 15198 NM_001244813 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 0.861 0.618 1.463 0.821 1.022 0.719 0.358 0.726 0.265 0.300 0.307 0.033 0.490 1.024 0.039 0.607 0.333 0.575 0.257 0.503 0.338 0.495 0.246 0.411 4.131 2.638 0.498 0.968 0.447 1.606 0.036 0.067 0.626 0.470 0.100 1.247 0.122 0.445 0.180 1.032 0.100 0.920 0.201 0.342 0.071 0.598 0.305 0.230 1.772 nan 0.636 0.671 0.874 0.466 0.164 0.178 0.411 0.640 0.906 1.666 1.129 0.917 0.185 0.418 0.750 1.476 0.211 nan 0.844 0.540 0.036 0.789 0.091 0.432 0.186 0.337 0.035 0.388 0.300 0.005 0.280 0.169 0.223 0.286 0.248 0.157 0.153 0.437 0.631 0.352 0.192 0.080 0.461 0.321 0.300 0.579 0.759 0.575 0.430 0.499 0.079 0.098 0.613 0.373 0.088 0.668 0.750 1.271 0.107 0.108 0.691 0.077 0.095 0.056 2737 chr9 139733934 139746409 + 0 NA exon (NM_001080482, exon 1 of 1) exon (NM_001080482, exon 1 of 1) 1304 NM_001080482 389813 Hs.495485 NM_001080482 ENSG00000232434 C9orf172 - chromosome 9 open reading frame 172 protein-coding nan 2.312 3.070 3.945 1.430 2.171 1.072 4.288 0.303 2.299 1.280 0.361 0.835 2.631 1.181 1.151 0.646 1.629 1.856 1.252 0.615 4.408 1.100 4.262 5.780 3.905 1.365 7.366 1.857 1.088 1.873 0.068 2.158 1.017 1.426 1.677 1.235 4.229 1.567 0.864 0.375 2.161 2.466 2.744 1.695 0.892 0.946 2.383 1.670 2.355 3.999 3.909 nan 0.841 1.390 1.332 1.164 1.863 4.672 5.112 2.310 3.051 0.839 1.085 2.142 1.805 1.352 2.674 1.627 0.786 2.727 1.230 1.264 1.121 1.355 2.698 0.920 1.286 1.801 1.664 2.965 0.632 1.296 3.962 1.285 0.706 1.268 1.072 0.554 1.219 4.065 4.616 1.515 1.882 2.299 2.079 1.453 1.629 1.050 2.685 1.048 5.968 3.111 0.815 0.610 2.295 0.740 0.424 0.658 0.960 1.805 0.624 1.322 0.647 804 chr13 95357494 95367327 + 0 NA 3' UTR (NM_007084, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_007084, exon 1 of 1) -1670 NR_120417 101927248 Hs.626095 NR_120417 LOC101927248 - uncharacterized LOC101927248 ncRNA 0.818 3.693 1.740 4.542 0.057 1.531 0.655 0.040 0.038 2.401 0.121 0.057 1.426 3.940 0.489 0.301 0.269 2.227 0.140 1.936 0.013 0.049 0.033 0.084 3.223 1.932 0.229 14.834 0.372 7.014 1.013 0.105 0.309 0.180 0.024 0.114 0.072 0.518 1.155 0.808 3.281 1.890 0.029 0.039 1.239 0.360 0.169 0.227 0.341 4.750 2.874 1.735 0.927 0.104 0.107 0.063 0.113 0.426 1.425 0.480 0.354 0.282 0.263 0.451 0.437 0.350 0.673 0.884 0.500 0.039 1.582 0.009 0.038 0.011 0.460 0.028 0.182 0.081 0.045 0.061 0.010 0.460 0.253 0.133 0.135 0.266 2.424 1.639 0.111 1.159 0.334 1.181 0.788 2.401 3.106 1.823 2.227 0.758 0.512 0.059 0.643 0.362 0.007 0.215 0.080 5.497 0.050 0.051 0.031 0.028 0.029 0.010 83 chr1 38464201 38472400 + 0 NA intron (NM_004468, intron 1 of 5) AluSx|SINE|Alu 2887 NM_004468 2275 Hs.57687 NM_004468 ENSG00000183386 FHL3 SLIM2 four and a half LIM domains 3 protein-coding 24.121 nan 1.614 1.035 2.613 0.448 0.216 4.522 0.145 1.012 2.116 0.254 1.202 2.527 2.319 0.248 0.274 1.356 0.408 0.700 0.680 2.010 1.691 0.814 5.038 2.023 0.990 1.321 1.619 0.280 1.681 0.148 0.772 0.844 0.825 4.864 0.729 1.394 0.552 2.207 0.273 2.077 0.832 1.175 1.038 0.811 0.865 1.877 0.942 1.791 1.777 1.873 nan 0.321 1.120 1.155 0.990 1.802 3.799 4.619 nan 0.574 1.636 2.590 0.246 0.342 0.815 1.569 0.635 nan 0.232 5.758 0.278 3.851 0.381 0.108 0.714 1.680 1.657 1.254 0.410 0.035 0.173 4.560 4.441 1.993 1.472 0.239 0.342 0.587 1.509 2.829 0.153 2.132 1.012 2.084 4.069 1.356 0.961 0.343 0.071 2.282 0.651 1.993 1.111 2.109 1.070 0.042 0.595 0.268 2.788 1.885 1.461 0.723 2558 chr8 71574697 71583418 + 0 NA intron (NM_016027, intron 1 of 6) L2b|LINE|L2 2390 NM_016027 51110 Hs.118554 NM_016027 ENSG00000147592 LACTB2 CGI-83 lactamase beta 2 protein-coding 2.155 1.579 2.076 1.766 0.813 0.717 0.441 0.930 2.388 0.511 1.022 0.277 0.636 2.680 0.975 0.594 0.349 0.727 0.518 0.819 0.625 5.434 1.397 3.525 2.372 1.441 5.542 2.018 0.721 0.510 0.654 0.091 1.412 0.271 0.559 2.062 0.541 3.278 0.886 3.202 0.528 1.784 2.007 1.577 0.574 1.104 0.748 0.899 1.877 2.600 2.172 1.825 2.530 1.215 2.652 2.726 2.038 2.462 1.018 1.490 1.450 1.136 0.883 1.246 1.290 1.618 1.515 1.839 2.651 1.464 1.105 0.848 0.493 0.673 0.452 0.908 0.508 2.909 2.871 0.567 0.417 0.261 0.653 0.746 1.036 0.712 1.983 0.490 0.405 1.290 1.585 2.689 0.950 1.312 0.511 2.096 0.841 0.727 0.629 0.303 0.179 0.434 0.665 0.967 0.517 1.080 1.326 0.469 0.407 0.411 0.349 1.538 0.866 0.590 1385 chr19 7450956 7465743 + 0 NA Intergenic FLAM_C|SINE|Alu -1650 NM_015318 23370 Hs.465761 NM_015318 ENSG00000104880 ARHGEF18 P114-RhoGEF Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 18 protein-coding 1.385 0.995 1.832 0.669 1.659 0.988 0.478 0.538 2.633 0.528 0.364 0.131 0.749 2.426 2.194 0.258 0.219 0.730 0.403 1.271 0.569 1.104 1.376 0.559 3.252 1.758 1.539 2.058 0.978 0.753 0.527 0.102 1.187 0.536 0.297 2.592 0.431 1.639 1.070 1.629 0.169 1.669 1.374 1.265 1.721 0.805 0.700 0.936 1.182 2.011 1.500 1.543 0.901 0.309 0.916 0.950 0.880 1.208 1.447 nan 1.419 1.041 0.488 0.627 0.481 0.569 0.453 1.099 1.011 0.675 0.237 2.959 0.460 0.440 0.318 0.336 0.234 0.904 0.601 1.120 0.159 0.109 0.316 3.448 2.955 1.289 1.502 0.272 0.307 0.514 1.117 1.262 0.616 1.614 0.528 3.848 2.324 0.730 0.835 1.873 0.195 1.322 0.556 3.246 0.554 1.694 1.069 0.212 0.155 0.216 1.631 0.750 1.231 0.576 2672 chr9 37983200 37989257 + 0 NA intron (NM_003028, intron 2 of 5) intron (NM_003028, intron 2 of 5) -81878 NR_024873 92014 Hs.634120 NM_033412 ENSG00000122696 SLC25A51 CG7943|MCART1 solute carrier family 25 member 51 protein-coding 1.075 nan 2.374 0.645 0.047 1.298 0.561 0.206 0.641 0.606 0.080 0.218 0.268 0.151 1.319 0.596 0.823 1.515 0.133 0.204 0.034 0.018 0.211 0.615 0.294 0.024 1.397 0.169 1.611 0.126 0.063 0.817 0.058 0.201 0.245 0.076 0.114 0.382 0.018 0.014 0.295 0.685 0.207 0.117 0.085 0.394 0.682 0.521 0.890 0.624 0.544 2.631 0.700 0.301 0.307 1.398 2.145 1.119 1.637 2.414 1.850 0.705 1.390 2.575 3.474 0.421 0.537 7.817 3.849 0.812 0.852 0.324 0.063 0.168 0.038 0.268 0.143 0.183 0.035 0.968 0.637 0.158 0.088 0.064 0.091 0.192 0.182 0.107 0.438 0.734 0.013 0.392 0.641 0.231 0.061 0.823 0.061 0.097 0.402 0.711 4.461 0.073 0.116 0.460 0.844 1.175 0.186 0.306 0.077 0.076 0.062 1818 chr21 45230116 45236575 + 0 NA promoter-TSS (NR_026961) promoter-TSS (NR_026961) -897 NR_026961 284837 Hs.592159 NM_194310 ENSG00000215458 AATBC - apoptosis associated transcript in bladder cancer ncRNA nan 2.750 3.035 0.558 0.135 0.701 0.496 0.081 0.029 0.653 0.105 0.168 0.117 0.341 0.040 0.171 0.114 0.771 3.617 0.564 0.211 0.458 0.293 0.168 3.267 1.034 0.714 11.274 0.318 0.109 0.066 0.032 0.692 0.461 0.199 0.101 0.125 0.191 0.531 0.269 0.310 2.594 0.454 0.237 0.163 0.307 0.678 0.997 0.508 0.721 1.681 1.338 nan 0.222 0.456 0.381 0.765 nan 1.922 3.600 1.235 1.345 1.015 0.893 2.618 2.112 0.438 1.091 2.557 1.232 7.040 0.327 0.075 0.185 0.126 1.278 0.086 0.364 0.233 0.181 0.243 0.506 0.232 0.268 0.046 0.114 0.163 0.400 0.355 0.154 0.289 0.177 0.024 0.206 0.653 0.245 0.130 0.771 0.209 0.104 2.386 0.316 0.316 0.038 0.039 0.120 0.120 0.053 0.214 0.250 0.047 0.248 0.080 0.023 2094 chr5 249105 256081 + 0 NA intron (NM_001294332, intron 12 of 13) intron (NM_001294332, intron 12 of 13) 19046 NR_104613 102467073 Hs.368328 NR_104613 HRAT5 - heart tissue-associated transcript 5 ncRNA 0.672 1.883 1.439 0.435 1.707 0.415 0.157 0.171 0.027 0.330 1.503 0.390 1.218 4.638 0.080 0.628 0.452 0.535 0.192 1.227 0.018 6.257 1.436 0.996 8.685 1.982 0.755 0.664 0.564 0.130 0.079 0.133 0.807 0.556 0.115 0.361 0.079 0.151 0.464 2.815 0.069 3.312 0.328 0.153 0.309 1.634 0.794 1.254 0.405 nan 0.874 1.028 0.369 0.169 0.230 0.218 0.461 0.828 nan 0.968 nan 0.399 0.466 0.406 0.134 0.064 0.115 0.348 0.687 nan 0.231 4.815 2.395 0.145 0.157 0.331 0.061 3.802 4.460 0.115 0.109 0.082 0.035 3.987 9.437 2.944 3.499 0.069 0.138 0.560 0.286 0.787 2.739 11.130 0.330 3.613 0.198 0.535 1.229 4.179 0.071 0.209 0.103 2.303 0.018 0.271 0.064 0.049 0.481 0.088 0.251 1.205 0.025 0.039 962 chr15 71077945 71105370 + 0 NA Intergenic Intergenic -35807 NM_018003 55075 Hs.108049 NM_018003 ENSG00000137831 UACA NUCLING uveal autoantigen with coiled-coil domains and ankyrin repeats protein-coding 0.697 0.755 0.729 0.080 0.125 0.219 0.123 0.866 0.022 0.224 0.744 0.250 0.408 0.371 0.279 0.126 0.144 0.183 0.146 0.400 0.700 0.174 0.725 1.164 0.686 0.181 0.083 0.328 0.981 0.101 0.225 0.092 0.198 1.005 0.180 0.359 0.172 0.475 0.252 0.317 0.135 0.447 0.088 0.409 0.260 0.661 0.315 0.194 0.301 0.495 0.261 0.296 0.419 0.162 0.154 0.174 0.165 0.261 0.254 0.287 0.569 0.310 0.239 0.252 0.041 0.064 0.208 0.397 0.303 0.296 0.026 0.981 0.310 3.660 0.095 0.101 0.031 0.615 0.412 0.229 0.129 0.020 0.035 1.036 0.838 0.529 0.521 0.065 0.067 1.974 0.971 1.380 0.069 0.307 0.224 0.355 0.530 0.183 0.179 0.072 0.057 0.290 0.026 4.357 0.462 0.975 1.647 0.057 0.047 0.099 1.140 0.355 3.963 3.618 755 chr12 119870677 119887335 + 0 NA intron (NM_178499, intron 2 of 13) intron (NM_178499, intron 2 of 13) 106489 NM_178499 160777 Hs.98188 NM_178499 ENSG00000183273 CCDC60 - coiled-coil domain containing 60 protein-coding nan nan 0.500 0.068 0.094 0.718 0.304 0.050 0.015 0.780 0.068 0.077 0.023 0.076 0.019 0.281 0.124 0.293 0.125 0.095 0.011 0.081 0.006 0.076 0.080 0.058 0.084 0.900 0.044 0.071 0.051 0.097 0.168 0.035 0.063 0.061 0.037 0.179 0.013 0.010 0.138 0.111 0.101 0.052 0.088 0.240 0.187 0.175 0.130 nan nan nan 0.668 0.124 0.097 0.509 0.720 nan nan 0.549 0.300 0.152 0.132 0.165 0.277 0.228 0.272 nan 1.799 0.030 0.088 0.023 0.049 0.630 0.150 0.012 0.031 0.013 0.051 0.029 0.052 0.088 0.032 0.019 0.060 0.024 0.015 0.241 0.117 0.034 0.177 0.027 0.780 0.039 0.022 0.293 0.008 0.117 0.161 0.071 1.414 0.016 0.008 0.033 0.080 0.041 0.006 0.081 0.055 0.073 0.041 0.046 1085 chr16 75974158 75985425 + 0 NA Intergenic Intergenic 298156 NR_144545 54386 Hs.301419 NM_018975 ENSG00000166848 TERF2IP DRIP5|RAP1 TERF2 interacting protein protein-coding 0.517 0.498 nan 0.110 0.050 0.440 0.227 0.107 0.918 0.054 0.129 0.017 0.160 0.058 0.152 0.155 0.131 0.165 0.376 0.018 0.141 0.107 0.036 0.037 0.217 0.026 0.209 0.038 0.069 0.198 0.011 0.021 0.033 0.067 0.224 0.010 0.021 0.176 0.158 0.055 0.068 0.139 1.046 0.848 0.069 0.085 0.386 0.491 8.107 4.113 0.453 0.436 0.125 0.174 0.389 0.378 0.536 0.349 0.332 0.672 0.070 0.044 0.104 0.162 0.877 0.751 0.020 0.025 0.009 0.074 0.169 0.112 0.012 0.026 0.006 0.177 0.009 0.064 0.114 0.021 0.021 0.007 0.168 0.268 0.097 0.081 0.032 0.105 0.066 0.918 0.068 0.025 0.131 0.033 0.044 0.165 0.011 0.009 0.006 0.022 0.028 0.053 0.225 0.341 0.055 0.014 0.017 0.024 0.023 1714 chr20 21485893 21518698 + 0 NA Intergenic CpG -7631 NM_002509 4821 Hs.516922 NM_002509 ENSG00000125820 NKX2-2 NKX2.2|NKX2B NK2 homeobox 2 protein-coding 1.253 0.849 nan 0.177 0.033 3.936 2.099 0.080 0.008 0.160 0.113 0.074 0.011 0.026 0.216 0.913 0.453 1.948 0.296 0.151 0.034 0.056 0.016 0.060 0.125 0.088 0.084 1.017 0.040 0.101 0.062 0.066 0.185 0.051 0.032 0.108 0.064 0.153 0.213 0.013 0.073 0.130 0.301 0.045 0.047 0.054 0.702 0.951 0.496 0.668 7.188 7.137 3.944 1.288 0.284 0.233 0.669 1.020 0.292 0.774 2.668 2.575 0.183 0.267 1.461 1.834 0.189 0.274 2.559 1.094 0.049 0.026 0.017 0.011 0.076 0.073 0.025 0.151 0.101 0.092 0.124 0.350 0.266 0.101 0.026 0.024 0.030 0.144 0.130 0.141 0.186 0.235 0.089 0.040 0.160 0.026 0.023 1.948 0.034 0.076 0.857 0.520 2.227 0.023 0.008 0.032 0.049 0.023 0.027 0.079 0.025 0.043 0.072 0.046 1837 chr22 30571355 30660660 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity 26833 NM_001257135 3976 Hs.2250 NM_002309 ENSG00000128342 LIF CDF|DIA|HILDA|MLPLI leukemia inhibitory factor protein-coding nan 0.927 0.592 0.195 7.612 0.495 0.249 1.378 0.279 0.376 1.351 0.184 1.334 2.544 3.818 0.101 0.092 0.219 0.423 0.987 0.786 1.780 1.580 2.388 nan 4.509 0.896 0.444 1.902 0.290 0.218 0.080 0.649 1.237 0.342 3.626 0.668 1.137 0.734 1.512 0.398 1.574 1.133 0.819 2.925 0.972 0.341 0.384 0.698 nan 0.345 0.377 0.620 0.217 0.429 0.496 0.393 nan 1.117 1.320 0.487 0.340 0.212 0.222 0.127 0.290 0.459 nan 1.809 1.155 0.068 2.125 0.600 1.682 1.948 0.095 0.041 0.718 0.526 0.386 5.078 0.034 0.028 5.590 1.539 0.632 1.060 0.082 0.109 1.132 4.107 1.964 1.578 1.460 0.376 3.129 2.663 0.219 0.791 1.207 0.140 7.321 4.043 1.147 2.252 2.492 1.805 0.189 0.029 0.240 1.505 1.421 3.688 3.246 143 chr1 78466349 78476738 + 0 NA intron (NM_001317103, intron 1 of 1) intron (NM_001317103, intron 1 of 1) 1031 NM_001317103 11080 Hs.13852 NM_007034 ENSG00000162616 DNAJB4 DNAJW|DjB4|HLJ1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B4 protein-coding nan 1.242 2.013 1.565 0.728 0.308 0.078 3.557 0.955 0.784 1.939 0.171 0.613 1.685 1.776 0.317 0.186 0.173 1.053 1.853 0.703 0.104 0.492 0.963 1.048 0.686 0.328 0.646 0.782 1.045 0.123 2.874 0.250 2.025 1.149 0.559 2.289 1.256 0.080 0.271 1.109 8.883 1.236 2.868 0.383 2.142 2.056 1.893 3.371 0.374 nan 0.371 0.180 1.379 1.424 1.483 nan 2.723 3.847 1.744 1.145 2.019 2.625 0.489 1.077 2.374 3.137 0.422 0.326 0.027 0.683 0.367 1.553 0.020 0.179 0.574 0.606 0.251 0.213 3.412 0.009 0.109 0.736 0.353 0.258 0.354 0.223 0.726 1.668 0.539 0.428 0.517 1.068 0.784 1.152 1.913 0.173 0.912 0.937 0.151 0.162 0.735 0.594 0.215 0.776 2.136 0.810 1.124 0.906 0.496 0.136 1.026 1.211 1403 chr19 14089297 14099421 + 0 NA exon (NM_002918, exon 3 of 21) exon (NM_002918, exon 3 of 21) 22775 NM_002918 5989 Hs.655215 NM_002918 ENSG00000132005 RFX1 EFC|RFX regulatory factor X1 protein-coding 1.577 1.989 1.300 2.475 0.093 2.319 1.084 0.605 0.183 1.295 0.147 0.047 1.103 2.004 0.050 1.238 0.555 3.409 2.246 0.209 0.269 4.348 1.082 0.179 nan 3.367 1.880 0.967 0.505 0.137 0.097 0.074 0.237 0.686 0.106 0.977 0.037 0.074 0.209 2.433 0.089 0.252 0.235 0.124 0.142 0.379 2.395 3.850 0.429 0.693 5.817 5.759 5.174 1.843 1.276 1.402 0.381 0.765 6.908 6.609 2.372 2.281 1.130 1.314 2.719 2.082 0.676 1.058 2.433 1.520 4.094 1.724 0.038 0.072 1.454 2.794 0.015 1.913 2.323 0.196 0.116 0.592 1.232 0.171 0.447 0.309 2.285 0.069 0.060 0.202 0.193 0.255 0.008 0.067 1.295 2.521 0.073 3.409 0.049 0.139 2.058 0.206 0.542 1.413 0.444 0.528 0.277 0.094 0.660 0.335 0.202 0.362 0.028 2323 chr6 50987116 50999246 + 0 NA Intergenic Intergenic 206742 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.715 0.870 nan 0.214 0.088 0.490 0.333 0.045 0.213 0.196 0.171 0.066 0.031 0.061 0.059 0.076 0.102 0.396 0.140 0.342 0.092 0.086 0.079 0.215 0.414 0.145 0.315 0.476 0.760 0.062 0.045 0.121 0.150 0.068 0.050 0.579 1.845 10.241 0.139 0.027 0.008 0.201 0.166 0.173 0.049 0.199 0.464 0.345 0.365 0.582 0.669 0.710 0.119 0.080 0.395 0.426 0.127 0.264 0.489 0.413 0.229 0.071 0.170 0.338 0.300 0.312 0.250 0.318 0.270 0.250 0.013 1.433 0.008 0.288 0.050 0.236 0.012 0.036 0.040 0.055 0.053 0.107 0.030 0.019 0.025 0.039 0.020 1.375 0.033 0.333 0.124 0.021 0.196 0.081 0.030 0.396 0.020 0.048 0.031 0.075 0.207 0.017 0.143 0.385 0.076 0.082 0.133 1.367 0.181 0.076 0.076 1051 chr16 33191857 33207406 + 0 NA Intergenic Intergenic -5952 NM_001099687 729355 Hs.592038 NM_001099687 ENSG00000261509 TP53TG3B TP53TG3E|TP53TG3F TP53 target 3B protein-coding 0.369 0.425 0.334 0.123 0.041 2.891 1.433 0.324 0.100 0.156 0.116 0.052 0.035 0.028 0.195 0.124 0.701 0.278 0.197 0.016 0.075 0.014 0.175 0.045 0.067 0.060 2.597 0.019 0.329 0.639 0.095 0.691 0.023 0.054 0.030 0.010 0.044 0.394 0.014 0.161 0.115 0.968 0.136 0.083 0.080 0.239 0.142 0.127 0.199 0.829 0.726 1.001 0.246 0.265 0.219 0.415 0.527 4.407 4.861 0.359 0.152 0.123 0.179 0.043 0.081 0.076 0.118 0.210 0.249 4.359 0.023 0.055 0.057 0.164 0.052 0.768 0.075 0.106 0.033 0.092 0.043 0.046 0.426 0.075 0.065 0.083 0.005 0.023 0.785 0.325 0.657 0.051 0.030 0.156 0.036 0.028 0.701 0.023 0.123 0.100 0.041 1.538 0.009 0.005 0.020 0.029 0.132 0.038 0.064 0.043 0.270 0.300 2268 chr6 30836168 30859606 + 0 NA Intergenic Intergenic -2503 NM_001297652 780 Hs.631988 NM_001954 ENSG00000204580 DDR1 CAK|CD167|DDR|EDDR1|HGK2|MCK10|NEP|NTRK4|PTK3|PTK3A|RTK6|TRKE discoidin domain receptor tyrosine kinase 1 protein-coding nan 2.286 nan 0.979 2.052 1.520 0.759 1.215 1.053 4.363 1.000 0.248 0.573 1.516 0.882 0.382 0.204 2.183 0.726 1.574 0.491 0.974 0.753 1.590 2.876 1.895 2.049 3.898 0.907 0.671 1.155 0.112 6.688 0.308 0.522 0.709 0.458 0.803 2.929 0.605 2.458 9.821 7.723 0.976 1.751 0.555 1.947 2.517 4.793 nan nan 2.315 5.109 1.680 1.026 1.077 1.005 1.691 2.172 2.735 1.032 1.317 0.788 1.574 1.658 1.540 0.579 0.851 1.412 0.846 3.418 1.546 0.950 1.050 0.481 2.213 0.130 0.941 0.838 0.472 2.826 0.491 1.433 1.995 0.338 0.263 0.532 0.230 0.341 0.576 1.900 1.739 1.385 1.136 4.363 1.477 0.281 2.183 1.048 1.528 0.662 2.293 1.223 0.307 0.862 0.704 0.632 0.496 1.134 0.248 0.763 1.043 0.359 0.230 1497 chr19 56090956 56099053 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -2793 NM_152600 163033 Hs.112529 NM_152600 ENSG00000218891 ZNF579 - zinc finger protein 579 protein-coding 3.219 2.073 3.748 2.293 2.719 7.126 3.695 2.818 0.690 2.876 0.795 0.039 0.608 1.541 1.382 1.257 0.731 4.330 2.046 1.749 0.900 1.441 0.597 1.468 2.741 1.756 1.792 4.741 0.646 1.097 5.750 0.170 2.104 0.645 0.890 1.025 0.538 1.945 1.422 1.539 0.396 1.651 2.257 1.015 1.676 0.505 3.524 4.992 1.620 2.083 5.335 5.328 8.078 2.016 0.890 0.877 2.122 2.839 3.815 5.006 4.981 3.813 1.885 3.260 2.839 2.431 3.422 5.749 2.963 1.415 1.631 0.934 0.860 1.288 1.214 3.556 0.788 0.496 0.600 2.063 0.757 0.694 1.351 1.822 1.071 0.627 0.652 0.424 0.239 0.580 4.038 1.544 0.884 0.681 2.876 1.202 0.559 4.330 0.730 1.517 1.230 1.898 1.979 0.363 0.489 0.843 1.042 0.403 1.672 2.123 1.233 0.280 0.576 0.229 518 chr11 62357870 62372962 + 0 NA intron (NM_001330292, intron 6 of 17) MER91C|DNA|hAT-Tip100 3348 NM_001330292 9219 Hs.173043 NM_004739 ENSG00000149480 MTA2 MTA1L1|PID metastasis associated 1 family member 2 protein-coding nan 2.182 2.088 3.931 2.255 3.362 1.690 3.051 1.026 3.168 1.265 0.181 0.867 2.393 2.565 1.510 0.621 2.747 1.759 2.405 0.583 1.796 1.078 1.264 5.174 3.603 1.543 5.349 1.518 2.484 2.922 0.140 4.688 0.627 1.628 1.982 0.760 2.822 1.851 1.105 0.687 5.057 3.157 2.155 2.383 1.758 6.912 6.762 4.211 5.573 6.176 5.769 4.532 1.818 5.183 5.620 2.978 4.231 4.965 7.521 3.727 4.080 3.332 5.753 3.308 3.591 3.219 4.136 2.504 1.112 2.420 2.015 0.707 1.311 1.531 2.744 1.341 1.113 1.023 1.493 2.011 0.699 1.631 2.696 2.406 1.371 0.756 1.595 1.106 1.987 2.641 2.205 1.153 0.967 3.168 1.964 1.262 2.747 0.975 0.960 1.288 3.043 1.674 1.164 0.846 1.850 1.032 1.589 2.150 1.178 1.645 0.888 1.235 0.705 497 chr11 46309917 46337712 + 0 NA intron (NM_052854, intron 2 of 11) intron (NM_052854, intron 2 of 11) 24625 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 0.830 0.746 0.323 0.503 0.371 0.254 2.284 0.013 0.375 0.321 0.186 0.879 0.730 0.056 0.170 0.184 0.176 0.256 0.334 0.454 0.140 0.867 0.208 2.720 1.129 0.575 0.912 0.543 0.169 0.223 0.077 0.570 1.050 0.150 1.941 2.161 6.420 0.421 0.554 0.090 0.307 0.390 0.627 0.743 0.367 0.696 0.817 0.353 0.580 0.705 0.727 0.983 0.292 0.340 0.297 0.321 0.686 0.158 0.254 0.519 0.298 0.630 0.654 0.215 0.317 0.301 nan 0.627 0.532 0.134 3.086 0.079 0.893 0.050 0.239 0.080 1.381 1.162 0.251 0.200 0.028 0.123 0.730 0.328 0.196 0.335 0.070 0.070 2.961 0.500 0.565 0.459 0.376 0.375 0.510 0.257 0.176 0.161 0.068 0.112 0.415 0.065 3.657 0.026 2.047 0.636 0.050 0.109 0.094 2.385 0.500 0.073 0.029 1211 chr17 44437208 44454120 + 0 NA Intergenic Intergenic -4515 NR_033799 728806 Hs.735097 NR_033799 NSFP1 NSFP N-ethylmaleimide-sensitive factor pseudogene 1 pseudo 3.443 2.704 nan 1.492 2.456 4.452 2.303 1.411 0.993 0.975 0.522 0.216 0.460 0.919 0.646 1.910 1.057 3.256 0.870 1.747 0.249 0.652 0.565 0.545 nan 2.373 1.343 3.883 0.666 3.776 1.081 0.069 1.890 0.348 1.063 0.808 0.266 1.309 1.118 1.061 1.122 3.244 6.318 0.960 3.872 1.483 1.762 1.577 2.624 3.315 1.442 nan 2.894 0.911 12.648 13.011 1.841 2.215 2.323 nan 3.636 3.509 1.573 2.526 4.025 5.405 3.049 4.386 3.150 1.602 0.872 2.295 2.087 1.853 0.396 2.921 0.460 1.431 1.347 0.911 1.980 1.336 0.769 2.144 0.702 0.337 0.538 0.899 0.860 1.030 1.260 2.550 1.064 2.354 0.975 1.144 1.184 3.256 1.882 1.536 0.471 1.990 2.021 0.609 0.698 0.499 0.348 1.442 1.064 1.250 0.764 0.315 0.759 0.412 2732 chr9 138969725 139014923 + 0 NA Intergenic Intergenic -5193 NM_144653 138151 Hs.112895 NM_144653 ENSG00000148411 NACC2 BEND9|BTBD14|BTBD14A|BTBD31|NAC-2|RBB NACC family member 2 protein-coding nan 2.742 3.219 1.939 0.567 2.387 1.330 1.458 0.212 1.861 0.985 0.252 0.281 1.318 0.817 0.692 0.465 2.906 1.050 0.615 0.406 2.201 0.293 1.873 5.588 2.188 0.763 4.349 0.502 0.771 0.727 0.081 1.121 0.316 0.650 0.980 0.338 0.761 1.186 0.335 0.188 1.425 0.792 0.677 0.741 0.364 1.024 1.663 1.330 2.934 4.946 4.194 nan 0.659 0.421 0.405 0.789 1.121 4.980 5.897 2.451 2.800 1.007 1.743 1.924 1.832 0.518 0.604 1.128 0.660 6.409 0.559 0.735 0.491 0.799 2.298 0.432 0.822 0.924 1.100 1.822 0.677 0.507 1.645 0.935 0.541 0.411 0.500 0.366 0.427 2.351 2.474 0.674 0.879 1.861 1.121 0.981 2.906 0.470 0.956 0.627 1.970 1.993 0.368 0.315 0.856 0.461 0.240 0.872 0.180 0.503 0.136 0.586 0.297 2155 chr5 69203905 69211585 + 0 NA Intergenic Intergenic -113327 NM_021967 8293 Hs.726820 NM_021967 ENSG00000172058 SERF1A 4F5|FAM2A|H4F5|SERF1|SMAM1 small EDRK-rich factor 1A protein-coding 2.465 6.009 2.572 0.447 0.195 0.552 0.337 0.242 0.016 0.473 0.355 0.255 0.099 0.282 0.078 0.163 0.147 0.257 0.169 0.585 0.081 0.149 0.021 0.218 0.613 0.157 0.254 0.477 0.115 0.580 0.226 0.174 0.356 0.047 0.084 0.132 0.030 0.081 0.406 0.059 0.073 0.280 0.225 0.234 0.311 0.165 0.398 0.402 1.127 1.355 0.820 0.995 1.524 0.649 0.883 0.761 1.388 2.311 0.815 1.013 1.166 0.765 0.248 0.605 0.456 0.599 0.719 1.000 1.047 0.615 0.065 0.395 0.025 0.096 0.105 0.401 0.419 0.304 0.292 0.246 0.326 0.248 0.318 0.224 0.219 0.217 0.180 0.122 0.140 0.104 0.837 0.316 0.097 0.183 0.473 0.250 0.070 0.257 0.224 0.315 0.052 0.309 0.079 0.063 0.060 0.174 0.123 0.171 0.039 0.151 0.069 0.024 0.067 0.065 169 chr1 150476395 150492677 + 0 NA intron (NM_004425, intron 7 of 9) intron (NM_004425, intron 7 of 9) -3697 NR_051960 100874054 Hs.576460 NR_051960 ENSG00000228126 FALEC FAL1|LINC00568|ncRNA-a1 focally amplified long non-coding RNA in epithelial cancer ncRNA nan nan 1.470 0.367 0.474 0.712 0.384 0.645 0.080 0.660 0.528 0.296 0.466 0.690 0.487 0.961 0.688 1.043 0.477 0.572 0.122 0.435 0.400 0.226 15.723 5.973 0.761 2.519 0.414 0.532 0.638 0.115 0.628 0.624 0.324 0.389 0.290 0.922 0.835 0.468 0.138 0.784 0.793 0.650 0.303 0.480 0.843 1.089 1.152 1.529 1.805 nan 1.571 0.416 0.857 0.832 0.960 1.491 1.551 1.859 0.816 0.704 1.275 2.186 1.065 1.202 1.132 1.916 1.417 0.685 0.284 0.814 0.117 0.850 0.525 0.840 0.400 0.854 0.448 0.455 0.772 0.286 0.380 0.588 0.592 0.365 0.104 0.562 0.579 0.411 0.870 0.981 7.203 1.441 0.660 0.584 0.527 1.043 0.434 0.415 0.190 1.332 2.587 0.466 0.046 0.765 0.171 0.269 1.325 0.429 0.186 0.211 0.538 0.335 411 chr10 112214377 112221847 + 0 NA Intergenic Intergenic -39513 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 1.462 nan 4.046 0.566 0.222 0.308 0.129 0.697 0.059 0.241 0.230 0.064 0.133 0.460 0.641 0.146 0.098 0.031 0.506 0.255 0.515 0.309 0.813 0.103 2.539 0.807 0.721 1.128 0.358 0.115 0.043 0.048 0.396 0.286 0.438 0.346 0.021 0.046 0.210 0.377 0.203 0.330 1.125 0.337 3.411 0.166 0.295 0.417 0.215 0.474 0.112 0.141 0.477 0.155 0.154 0.148 0.652 1.198 0.222 0.205 0.635 0.706 0.235 0.231 0.402 0.817 0.371 0.495 0.910 0.754 0.060 2.258 0.245 0.622 0.902 0.119 0.019 0.911 0.550 0.267 0.350 0.038 0.075 1.384 0.241 0.219 0.216 0.188 0.242 0.162 2.261 0.402 4.556 2.146 0.241 0.445 0.393 0.031 0.395 0.332 0.374 0.214 2.054 0.205 0.215 1.752 0.689 0.061 0.052 0.134 0.275 0.836 0.046 0.016 2399 chr7 4775907 4790100 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 2 of 8) AluSz|SINE|Alu -32259 NM_014855 9907 Hs.558440 NM_014855 ENSG00000242802 AP5Z1 KIAA0415|SPG48|zeta adaptor related protein complex 5 zeta 1 subunit protein-coding 1.550 1.341 1.424 1.576 0.661 0.461 0.247 2.208 0.488 1.157 1.261 0.401 0.492 1.300 2.783 0.442 0.327 1.710 0.185 1.268 0.532 2.674 1.163 1.671 nan 2.337 3.262 nan 0.802 1.108 2.418 0.180 0.802 1.250 1.123 1.950 0.235 0.544 0.628 1.026 0.250 0.998 1.598 1.268 0.357 0.726 0.713 0.813 0.905 nan 1.922 2.072 nan 0.536 1.452 1.384 0.691 1.188 nan 5.030 0.205 0.108 0.499 0.946 0.597 1.129 0.332 0.589 0.756 0.541 1.246 1.651 0.619 2.519 0.184 0.171 0.216 2.040 1.941 0.651 3.006 0.094 0.125 2.313 1.385 0.564 1.104 0.442 0.448 3.568 5.683 2.384 0.205 1.532 1.157 3.977 3.917 1.710 1.354 0.269 0.391 0.413 3.293 1.228 0.709 2.604 1.427 0.707 0.417 0.165 1.584 0.791 1.420 1.017 1542 chr2 28490070 28520796 + 0 NA intron (NR_137440, intron 10 of 13) intron (NR_137440, intron 10 of 13) 27893 NR_038319 100505716 Hs.679092 NR_038319 ENSG00000223522 LOC100505716 - uncharacterized LOC100505716 ncRNA 0.876 0.746 0.694 0.575 0.465 1.190 0.590 1.718 0.532 0.729 0.638 0.167 2.119 2.175 0.598 0.157 0.123 0.363 0.135 1.150 0.347 1.256 0.965 0.678 1.476 0.479 0.428 0.698 1.278 0.327 0.103 0.120 1.247 1.620 1.015 3.285 1.173 2.588 1.122 1.285 0.778 1.293 2.048 0.614 1.653 0.579 0.342 0.265 0.733 2.123 0.372 0.506 1.092 0.345 0.546 0.472 0.414 0.722 1.164 nan 0.486 0.282 0.162 0.275 0.095 0.180 0.267 0.462 1.008 0.811 0.127 2.964 0.420 2.128 0.060 0.165 0.041 1.214 1.028 0.345 2.505 0.031 0.109 3.325 1.050 0.534 0.792 0.122 0.240 2.466 1.131 1.275 1.056 0.957 0.729 1.447 2.655 0.363 0.792 0.431 0.067 0.940 0.288 1.928 1.066 1.235 0.834 0.169 0.048 0.130 1.127 1.044 1.391 1.431 1711 chr20 20174469 20224425 + 0 NA intron (NM_015585, intron 17 of 26) intron (NM_015585, intron 17 of 26) -149318 NM_002196 3642 Hs.89584 NM_002196 ENSG00000173404 INSM1 IA-1|IA1 INSM transcriptional repressor 1 protein-coding 2.164 1.656 nan 2.277 0.028 2.806 1.496 0.137 0.019 0.857 0.118 0.068 0.004 0.034 0.020 1.510 0.824 2.651 2.261 0.150 0.020 0.055 0.013 0.055 0.104 0.063 0.127 2.430 0.032 1.242 0.035 0.069 0.204 0.012 0.029 0.104 0.016 0.058 0.281 0.024 0.100 0.197 0.338 0.077 0.094 0.071 0.771 1.160 0.247 0.764 3.437 2.957 7.530 2.675 0.245 0.292 1.899 2.556 5.215 4.910 3.932 3.662 0.390 0.648 4.618 5.815 0.652 1.707 2.796 1.451 1.259 0.029 0.011 0.197 0.582 3.391 0.014 0.028 0.026 0.009 0.173 1.240 1.268 0.073 0.024 0.030 0.042 0.386 0.603 0.150 0.075 0.021 0.014 0.023 0.857 0.031 0.019 2.651 0.059 0.112 1.287 0.045 2.700 0.020 0.012 0.035 0.034 1.201 0.272 2.766 0.030 0.055 0.024 0.014 2102 chr5 2684440 2714584 + 0 NA Intergenic Intergenic 52257 NM_001134222 153572 Hs.282089 NM_033267 ENSG00000170561 IRX2 IRXA2 iroquois homeobox 2 protein-coding 0.342 0.669 0.777 0.118 0.036 0.435 0.266 0.072 0.004 0.239 0.163 0.096 0.031 0.125 0.025 0.073 0.131 2.602 0.163 0.187 0.016 0.119 0.125 3.200 0.976 0.163 0.471 0.019 0.135 0.029 0.099 0.188 0.012 0.060 0.165 0.018 0.073 0.403 0.547 0.053 0.261 0.115 0.063 0.124 0.131 0.313 0.141 0.305 nan 0.882 0.978 0.092 0.060 0.045 0.035 0.156 0.304 nan 0.154 nan 0.319 0.150 0.197 0.053 0.093 0.056 0.124 0.177 nan 0.791 0.166 0.009 0.085 0.415 0.262 0.009 0.009 0.036 0.012 0.056 0.028 0.082 0.107 0.050 0.036 0.048 0.033 0.024 0.232 0.065 0.023 0.034 0.405 0.239 0.108 0.022 2.602 0.036 0.137 0.071 0.016 0.032 0.007 0.008 0.032 0.030 0.046 0.039 0.008 0.290 0.044 0.080 0.053 2579 chr8 95955082 95973654 + 0 NA Intergenic Intergenic -2753 NM_001135733 94241 Hs.492261 NM_033285 ENSG00000164938 TP53INP1 SIP|TP53DINP1|TP53INP1A|TP53INP1B|Teap|p53DINP1 tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 protein-coding nan 1.361 3.032 1.276 0.164 1.386 0.922 0.442 0.188 0.759 1.212 0.228 0.124 0.512 0.037 0.263 0.280 2.257 0.369 0.531 0.260 0.513 0.324 0.172 1.796 0.482 0.983 4.842 0.141 0.236 0.239 0.118 1.099 0.082 0.172 1.049 0.200 0.887 0.341 0.233 0.279 0.614 0.702 0.076 0.294 0.264 1.268 1.284 1.625 nan 2.865 2.876 2.605 0.782 1.183 1.069 2.051 2.776 4.113 6.611 0.900 0.670 1.053 2.262 2.175 2.460 0.811 1.795 0.731 0.495 1.567 0.191 0.154 0.237 0.564 0.259 0.045 0.319 0.233 0.345 0.286 0.856 1.289 0.132 0.283 0.209 0.252 0.526 0.366 0.178 1.039 0.882 0.360 0.332 0.759 0.858 0.204 2.257 0.464 0.437 0.470 0.394 0.966 0.099 0.052 0.140 0.409 0.111 1.110 0.266 0.098 0.076 0.540 0.395 478 chr11 32439410 32445063 + 0 NA intron (NM_024426, intron 3 of 9) (TAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 10127 NM_001198552 7490 Hs.591980 NM_000378 ENSG00000184937 WT1 AWT1|EWS-WT1|GUD|NPHS4|WAGR|WIT-2|WT33 Wilms tumor 1 protein-coding 0.467 0.752 nan 0.078 0.050 0.267 0.056 0.152 0.017 0.250 0.081 0.056 0.064 0.023 0.084 0.074 0.059 0.120 0.205 1.882 0.024 0.037 0.087 0.066 0.071 0.062 0.335 0.057 0.076 0.169 0.142 0.186 0.122 0.764 0.980 5.037 0.323 0.014 0.085 0.188 0.124 0.801 0.221 0.422 0.150 0.396 0.595 0.256 0.266 0.118 0.053 0.240 0.306 0.307 0.333 0.046 0.156 0.309 0.080 0.477 0.660 0.077 0.100 0.112 nan 0.243 0.359 0.068 0.062 0.068 0.260 0.054 0.063 0.036 0.013 0.065 0.033 0.034 0.056 12.044 0.332 0.193 0.014 0.014 0.043 0.307 0.065 0.153 0.028 0.047 0.250 0.050 0.049 0.059 0.060 0.086 2.428 0.035 0.265 0.007 2.291 5.207 0.041 0.334 7.334 0.056 0.041 384 chr10 34972275 35037961 + 0 NA intron (NM_001184785, intron 1 of 24) intron (NM_001184785, intron 1 of 24) 99135 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.704 0.791 0.855 0.105 0.379 0.948 0.528 0.803 0.197 0.241 1.349 0.335 0.371 0.650 1.843 0.110 0.111 0.561 0.119 0.502 0.172 0.295 0.458 0.636 0.811 0.207 0.401 0.346 0.231 0.111 0.125 0.078 0.524 0.731 0.396 0.300 0.137 0.507 0.486 0.515 0.213 0.608 1.612 0.124 0.298 0.316 0.302 0.281 0.831 nan 0.703 0.747 0.782 0.234 0.527 0.523 0.437 0.758 0.766 0.948 0.321 0.233 0.156 0.245 0.170 0.239 0.341 0.693 0.606 0.419 0.024 1.518 0.166 2.314 0.026 0.175 0.038 1.276 0.792 0.093 0.421 0.048 0.089 0.149 0.152 0.132 0.641 0.051 0.074 0.232 0.731 0.144 0.466 0.638 0.241 0.711 8.776 0.561 0.585 0.409 0.139 0.151 0.096 0.440 0.122 0.547 0.299 0.040 0.059 0.111 0.536 0.758 0.177 0.113 398 chr10 71904382 71907872 + 0 NA exon (NM_001040273, exon 1 of 2) exon (NM_001040273, exon 1 of 2) 369 NR_073594 219743 Hs.533655 NM_173555 ENSG00000156521 TYSND1 NET41 trypsin domain containing 1 protein-coding 4.066 nan 3.843 1.013 3.868 2.557 1.281 5.787 1.314 1.792 1.112 0.224 0.925 2.570 3.540 0.858 0.539 2.942 1.127 1.702 1.096 3.016 1.234 2.031 3.663 2.992 2.952 4.607 0.671 3.590 1.873 0.063 8.311 1.622 2.173 2.640 0.943 3.135 3.514 1.899 1.414 11.940 7.176 3.409 3.783 2.193 5.619 5.412 4.110 7.416 3.718 2.987 8.394 3.278 4.907 4.165 1.461 2.871 5.541 nan 2.899 3.553 1.881 3.202 1.954 1.867 3.526 nan 1.670 1.258 0.820 2.087 1.121 2.138 0.776 1.453 0.950 1.801 2.371 2.744 3.735 0.302 1.250 4.970 2.803 1.760 1.033 2.292 1.161 2.069 4.363 3.475 2.150 2.887 1.792 4.169 5.138 2.942 3.244 1.730 0.779 6.562 1.518 1.088 1.253 2.501 1.182 1.789 0.623 1.167 1.375 0.679 2.062 1.224 836 chr14 23979245 23987485 + 0 NA intron (NR_046051, intron 3 of 4) intron (NR_046051, intron 3 of 4) 1346 NR_046052 79178 Hs.655179 NM_024328 ENSG00000259431 THTPA THTP|THTPASE thiamine triphosphatase protein-coding 4.744 1.386 3.146 0.633 0.070 0.901 0.543 0.075 0.008 0.195 0.118 0.135 0.129 0.054 0.401 0.351 1.682 1.236 0.129 0.030 0.083 0.025 0.134 0.273 0.112 0.105 1.288 0.039 0.036 0.096 0.145 0.015 0.018 0.090 0.028 0.040 0.249 0.014 0.059 0.125 0.112 0.083 0.076 0.648 1.238 0.112 0.170 7.065 6.563 0.974 0.341 0.308 0.279 2.200 2.985 0.588 nan 9.533 9.053 0.311 0.520 1.628 0.895 0.161 0.217 2.451 1.127 6.838 0.124 0.012 0.067 0.021 0.075 0.067 0.066 0.009 0.027 0.053 0.568 0.134 0.056 0.030 0.056 0.085 0.028 0.133 0.099 0.053 0.038 0.042 0.195 0.061 0.034 1.682 0.015 0.090 1.560 0.092 1.058 0.016 0.089 0.055 0.014 0.060 0.031 0.027 0.034 0.014 0.006 2016 chr3 192943667 192961508 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -6330 NM_020386 57110 Hs.36761 NM_020386 ENSG00000127252 HRASLS A-C1|H-REV107|HRASLS1|HRSL1|HSD28 HRAS like suppressor protein-coding nan 1.436 1.648 0.771 0.519 0.674 0.261 0.099 0.084 0.573 0.147 0.127 0.053 0.141 0.088 0.441 0.348 0.124 1.145 0.224 0.083 0.514 0.053 0.218 nan 0.430 0.322 nan 0.121 0.336 0.043 0.069 0.421 0.212 0.047 0.136 0.209 0.753 0.449 0.049 0.184 0.885 nan 0.281 0.110 0.059 0.714 0.784 0.948 0.970 2.120 2.050 0.470 0.237 1.836 1.856 0.904 1.244 1.090 1.502 4.878 5.925 0.503 0.816 0.228 0.203 2.764 6.401 1.026 0.840 0.196 0.263 0.026 0.108 0.134 1.071 0.023 0.039 0.008 0.195 0.102 0.112 3.732 0.192 0.220 0.148 0.030 0.286 0.150 0.352 0.119 0.757 0.217 0.037 0.573 0.100 0.526 0.124 0.109 0.135 0.890 0.466 0.171 0.008 0.017 0.040 0.098 0.097 0.384 2.126 0.124 0.113 0.178 0.108 955 chr15 67035911 67073413 + 0 NA intron (NR_027654, intron 4 of 4) intron (NR_027654, intron 4 of 4) 59988 NR_027654 4091 Hs.153863 NM_005585 ENSG00000137834 SMAD6 AOVD2|HsT17432|MADH6|MADH7 SMAD family member 6 protein-coding 0.702 0.639 nan 0.100 1.221 0.302 0.145 1.059 1.061 0.384 2.139 0.327 0.639 1.258 2.805 0.088 0.080 0.310 0.196 0.233 0.223 0.415 0.620 2.211 1.291 0.313 1.110 0.845 1.014 1.260 0.136 0.081 1.680 0.357 1.187 3.192 0.274 0.750 0.313 0.692 0.383 1.274 0.174 0.384 0.437 0.250 0.320 0.352 2.342 6.944 0.397 0.450 nan 0.092 0.259 0.247 0.754 1.132 0.188 0.267 0.544 0.368 0.300 0.415 0.205 0.465 0.307 0.572 0.418 0.427 0.199 1.719 0.895 1.893 0.037 0.100 0.168 1.073 0.726 0.668 0.224 0.026 0.254 0.822 0.142 0.122 0.622 0.285 0.294 0.566 2.977 0.451 1.946 2.486 0.384 1.739 0.248 0.310 0.744 0.557 0.125 0.268 0.052 0.969 0.198 0.765 0.398 0.931 0.090 0.140 0.585 0.139 0.169 0.128 942 chr15 60363245 60386567 + 0 NA Intergenic Intergenic 78485 NM_012182 27023 Hs.734475 NM_012182 ENSG00000171956 FOXB1 FKH5|HFKH-5 forkhead box B1 protein-coding 0.686 0.769 nan 0.264 0.182 0.292 0.145 0.106 0.032 0.203 0.110 0.055 0.144 0.289 0.390 0.081 0.121 0.067 0.116 0.093 0.384 0.201 0.408 0.113 2.095 0.549 2.680 0.728 0.012 0.128 0.047 0.074 0.246 0.114 0.036 0.329 0.393 1.138 0.227 0.439 0.138 0.678 0.422 0.155 1.034 0.281 0.235 0.138 0.188 0.235 0.244 0.323 nan 0.601 0.058 0.057 0.198 0.364 0.560 0.725 0.461 0.192 0.190 0.231 0.670 0.775 0.215 0.306 0.349 0.331 0.036 0.322 0.517 0.074 0.025 0.057 0.006 0.134 0.068 0.032 0.144 0.131 0.047 0.641 0.240 0.148 0.178 0.037 0.052 0.354 0.109 0.028 0.434 0.550 0.203 0.229 0.205 0.067 0.918 0.258 0.142 0.035 0.583 0.256 0.834 0.982 0.050 0.047 0.085 0.160 0.174 0.467 0.578 1735 chr20 35847851 35905684 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 8544 NM_001184731 2691 Hs.37023 NM_021081 ENSG00000118702 GHRH GHRF|GRF|INN growth hormone releasing hormone protein-coding 1.146 1.852 1.080 1.647 0.169 3.689 1.886 0.174 0.021 2.585 0.225 0.153 0.056 0.194 0.064 0.226 0.159 0.765 0.344 0.276 0.055 0.115 0.044 0.143 nan 0.092 0.167 2.565 0.033 0.518 0.111 0.103 0.306 0.045 0.065 0.176 0.045 0.124 0.312 0.068 0.064 0.276 0.389 0.160 0.120 0.151 0.828 1.194 0.296 0.434 3.169 nan 4.632 1.119 0.658 0.629 0.514 0.823 0.461 0.560 0.789 0.542 0.435 0.505 0.755 0.551 0.491 nan 0.746 0.469 1.071 0.123 0.032 0.240 0.060 0.767 0.067 0.100 0.056 0.083 0.140 0.222 1.395 0.167 0.060 0.046 0.067 0.090 0.092 0.291 0.300 0.126 0.039 0.076 2.585 0.122 0.125 0.765 0.038 0.093 0.313 0.225 0.244 0.067 0.018 0.104 0.102 0.270 0.073 0.226 0.084 0.090 0.028 0.019 1376 chr19 3171083 3178948 + 0 NA Intergenic Intergenic -3721 NM_003775 8698 Hs.662006 NM_003775 ENSG00000125910 S1PR4 EDG6|LPC1|S1P4|SLP4 sphingosine-1-phosphate receptor 4 protein-coding 0.463 0.505 1.192 0.158 1.377 0.386 0.142 1.014 3.331 0.244 0.200 1.616 2.971 0.288 0.120 0.062 0.138 0.148 0.864 0.771 3.449 1.692 0.358 4.844 1.517 1.802 0.795 1.293 0.082 0.041 0.027 1.776 1.008 0.650 3.539 0.494 0.832 1.439 3.877 0.787 2.457 3.339 1.077 0.820 0.872 0.274 0.366 0.184 0.422 0.607 0.484 0.441 0.085 0.260 0.281 0.186 0.484 0.117 nan 0.445 0.295 0.306 0.265 0.128 0.210 0.127 0.197 0.340 0.317 0.198 2.994 0.486 0.457 0.037 0.125 4.486 6.600 0.310 0.592 0.012 0.069 1.066 0.409 0.286 2.429 0.080 0.046 0.596 1.428 0.818 0.362 2.336 0.244 5.972 2.098 0.138 2.526 1.008 0.087 0.367 0.132 6.525 0.631 3.381 1.302 0.087 0.176 0.015 1.894 0.791 0.044 0.046 1888 chr3 23985847 23989843 + 0 NA intron (NM_001145425, intron 1 of 7) CpG 233 NM_001145425 9975 Hs.37288 NM_005126 ENSG00000174738 NR1D2 BD73|EAR-1R|RVR nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 protein-coding 4.343 4.663 5.175 3.548 2.999 2.351 1.522 5.458 1.934 1.282 4.402 0.642 0.852 3.236 1.914 1.881 0.695 2.247 1.580 2.341 1.123 6.134 1.299 1.448 4.828 2.729 2.043 6.286 0.576 3.912 1.733 0.055 3.711 1.108 1.623 2.972 0.846 3.028 2.335 1.157 1.734 3.955 8.287 1.856 1.901 1.378 2.544 3.203 7.230 10.048 7.332 6.134 5.908 3.382 7.075 6.645 2.126 2.679 4.424 8.566 nan 8.141 2.993 4.930 4.057 3.816 4.786 4.645 1.913 1.012 1.836 2.751 2.447 3.290 1.230 3.133 0.970 1.332 1.391 1.945 5.043 0.810 2.570 2.281 3.588 2.145 1.193 2.725 2.171 4.589 5.049 3.582 1.949 2.557 1.282 8.703 4.087 2.247 1.739 1.806 0.535 3.226 2.711 5.130 1.942 2.659 2.522 2.691 1.203 1.327 1.753 1.878 5.354 4.492 2030 chr4 26319726 26333574 + 0 NA intron (NM_015874, intron 1 of 10) intron (NM_015874, intron 1 of 10) 4221 NM_203284 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 2.583 1.318 nan 2.931 2.258 2.356 1.509 1.456 0.636 1.565 0.870 0.151 1.589 4.682 1.267 1.947 0.958 2.748 0.741 1.326 0.447 1.962 0.991 0.725 2.301 1.379 1.109 4.689 1.139 0.865 1.082 0.091 1.244 0.980 0.544 2.809 0.454 3.952 0.644 1.147 0.399 0.943 1.150 0.903 1.056 1.946 2.238 2.773 2.932 3.509 3.756 3.086 3.668 1.136 4.526 4.588 1.397 2.055 3.523 6.016 4.089 5.408 0.886 2.322 1.810 1.988 2.373 2.248 nan 1.612 1.116 2.875 0.551 0.703 0.486 3.120 0.711 0.785 0.792 0.670 0.666 0.554 1.227 3.126 1.954 0.956 1.466 0.732 0.778 2.117 0.935 2.405 0.841 0.674 1.565 4.246 3.208 2.748 0.667 0.681 0.239 1.908 1.165 2.140 0.535 1.312 0.762 0.533 0.623 0.726 1.042 1.814 1.119 0.689 2286 chr6 34503004 34540356 + 0 NA intron (NM_012391, intron 1 of 5) intron (NM_012391, intron 1 of 5) 2430 NM_012391 25803 Hs.485158 NM_012391 ENSG00000124664 SPDEF PDEF|bA375E1.3 SAM pointed domain containing ETS transcription factor protein-coding nan 1.504 nan 0.573 0.315 0.408 0.202 0.289 0.013 0.343 0.164 0.130 0.274 0.281 0.066 0.498 0.261 0.349 1.278 0.446 0.046 0.153 0.386 0.162 3.335 0.706 0.764 1.063 0.353 0.112 0.131 0.093 0.177 0.234 0.092 0.448 0.119 0.133 0.228 0.444 0.083 0.377 0.196 0.109 0.609 0.232 0.542 0.664 0.271 nan nan 0.770 0.891 0.314 0.525 0.536 0.775 1.277 2.021 2.072 1.182 1.198 0.317 0.344 1.489 1.231 0.931 1.291 1.825 0.973 0.240 2.994 0.026 0.106 0.134 0.233 0.026 1.348 0.815 0.055 0.161 0.601 0.098 0.310 0.320 0.181 0.260 0.140 0.162 0.180 1.680 0.162 0.613 1.875 0.343 0.343 0.763 0.349 0.320 1.519 0.586 0.221 1.051 0.209 0.043 0.411 0.069 0.073 0.029 0.335 0.709 0.182 0.028 0.018 2369 chr6 138043671 138074835 + 0 NA intron (NR_121618, intron 1 of 2) intron (NR_121618, intron 1 of 2) 921 NR_121618 100507406 Hs.556703 NR_121618 ENSG00000234956 LOC100507406 - uncharacterized LOC100507406 ncRNA 0.778 0.743 0.923 0.131 0.054 0.308 0.158 0.541 0.018 0.269 0.286 0.078 0.314 0.218 0.160 0.148 0.059 0.066 0.256 0.208 0.143 0.213 0.208 0.090 0.469 0.123 0.155 0.343 0.051 0.127 0.049 0.102 0.186 0.022 0.066 0.206 0.135 0.117 0.370 0.362 0.166 0.364 0.178 0.159 0.699 0.103 0.311 0.195 0.831 1.098 0.403 0.413 nan 0.740 0.227 0.275 0.115 0.182 0.391 0.335 0.530 0.245 0.146 0.219 0.437 0.316 0.121 nan 0.586 0.479 0.050 0.308 0.114 0.218 0.068 0.122 0.013 0.541 0.215 0.039 8.005 0.049 0.112 1.110 0.101 0.092 0.083 0.025 0.058 0.138 0.295 0.083 0.015 0.301 0.269 0.045 0.018 0.066 0.102 0.191 0.041 0.870 0.289 0.091 0.018 0.253 0.472 0.294 0.050 0.043 0.081 0.355 0.018 0.015 2647 chr9 13987860 13996085 + 0 NA Intergenic Intergenic 64002 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 1.831 0.715 0.070 1.609 0.877 0.247 0.030 1.904 0.155 0.039 0.023 0.078 0.015 0.325 0.240 1.242 0.210 0.207 0.015 0.038 0.084 1.118 0.097 0.128 5.720 0.090 0.130 0.053 0.080 0.080 0.019 0.045 0.057 0.067 0.181 0.027 0.193 0.254 0.209 0.011 0.049 0.080 0.151 0.170 0.260 0.325 4.960 4.547 2.719 0.662 0.119 0.102 8.882 11.243 1.296 1.437 0.389 0.160 0.217 0.258 2.750 2.175 0.180 0.291 1.214 1.117 6.377 0.043 0.023 1.249 0.049 0.350 0.046 0.067 0.053 0.009 0.084 0.835 0.120 0.034 0.037 0.019 0.037 0.066 0.103 0.177 0.030 0.043 0.044 0.040 1.904 0.061 0.045 1.242 0.030 0.030 0.140 0.028 0.061 0.008 0.029 0.041 0.085 0.048 0.030 0.220 0.052 0.056 0.031 1595 chr2 114081150 114094917 + 0 NA Intergenic Charlie1|DNA|hAT-Charlie -51535 NM_003466 7849 Hs.469728 NM_003466 ENSG00000125618 PAX8 - paired box 8 protein-coding 1.417 nan 1.746 0.187 0.730 0.553 0.279 2.261 0.018 0.537 0.318 0.094 0.800 1.327 0.304 0.180 0.178 0.165 0.141 1.043 1.577 4.055 1.272 0.665 4.123 1.742 1.836 nan 2.157 0.179 0.308 0.047 1.757 0.986 0.075 3.843 0.700 3.092 1.208 2.117 0.662 1.807 0.754 0.294 0.828 1.181 0.438 0.359 0.619 1.157 1.965 nan 1.153 0.275 0.488 0.530 0.744 1.151 0.761 0.900 1.113 1.115 0.276 0.337 0.082 0.102 1.205 2.610 0.300 0.337 0.111 3.278 0.424 0.380 0.022 0.252 0.172 4.271 4.021 0.251 0.736 0.007 0.023 1.351 0.228 0.204 1.123 0.152 0.150 1.578 1.654 0.385 0.482 1.114 0.537 1.071 0.814 0.165 0.329 0.066 0.433 0.901 0.086 1.880 0.323 1.849 3.333 0.096 0.122 0.972 2.821 2.409 0.362 0.270 190 chr1 153914547 153922940 + 0 NA intron (NM_014856, intron 1 of 27) CpG 411 NM_014856 9909 Hs.744878 NM_014856 ENSG00000198837 DENND4B KIAA0476 DENN domain containing 4B protein-coding nan nan 2.191 1.190 1.650 1.409 0.657 1.843 0.649 2.016 2.010 0.229 0.567 1.975 2.335 1.334 0.683 1.680 1.348 1.282 0.428 1.657 0.491 0.736 14.880 12.801 1.817 4.800 0.785 1.103 1.732 0.092 2.218 1.040 0.381 1.362 0.300 1.171 1.892 1.027 0.419 3.120 2.481 1.214 1.044 0.905 1.792 2.839 2.406 4.098 2.778 nan 1.955 0.757 2.629 2.421 1.527 2.337 1.969 2.722 1.779 1.884 2.837 4.818 1.311 1.428 1.505 1.887 1.046 0.579 1.116 1.060 0.750 1.110 1.564 3.038 1.272 1.214 1.581 1.540 2.285 0.285 0.964 2.453 1.623 0.873 0.642 0.985 0.530 0.979 2.435 2.250 5.195 4.549 2.016 2.181 1.754 1.680 0.888 2.540 0.381 6.681 2.538 0.759 0.259 1.302 0.705 0.647 0.919 0.618 0.651 0.360 0.501 0.351 1750 chr20 48643409 48651758 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 10583 NR_051976 100887755 Hs.195705 NR_051976 TRERNA1 LINC00651|treRNA translation regulatory long non-coding RNA 1 ncRNA nan nan 0.699 0.595 1.240 0.240 0.038 4.090 0.073 0.139 0.840 0.347 1.371 1.024 0.477 0.171 0.050 0.211 0.198 0.243 0.297 0.655 0.652 0.439 0.480 0.163 0.442 0.427 1.120 0.219 0.118 0.062 0.294 1.396 0.124 2.845 2.176 2.422 0.274 2.050 0.096 0.441 0.404 1.034 1.455 0.400 0.911 0.975 0.292 0.323 0.493 0.604 nan 0.428 0.759 0.744 1.168 1.929 0.911 1.031 nan 0.441 0.468 0.531 0.118 0.121 0.628 1.037 0.771 0.870 0.033 3.248 2.767 4.301 0.061 0.093 0.119 1.826 1.417 0.411 5.084 0.046 0.161 3.345 0.361 0.233 0.557 0.037 0.072 3.153 3.053 0.349 0.814 3.138 0.139 1.031 0.164 0.211 0.701 0.481 0.186 0.739 0.314 1.301 0.734 2.487 0.791 0.041 0.059 0.211 0.953 0.396 0.069 0.012 1808 chr21 40053629 40074184 + 0 NA Intergenic Intergenic -30202 NM_004449 2078 Hs.473819 NM_004449 ENSG00000157554 ERG erg-3|p55 ERG, ETS transcription factor protein-coding nan 0.553 0.912 1.163 0.038 0.363 0.258 0.066 0.021 0.138 0.065 0.135 0.010 0.061 0.031 0.435 0.254 1.774 0.352 0.126 0.006 0.059 0.010 0.117 0.335 0.058 0.072 0.523 0.007 0.078 0.032 0.093 0.109 0.012 0.056 0.064 0.015 0.044 0.167 0.037 0.016 0.116 0.087 0.048 0.066 0.041 0.348 0.205 0.151 0.245 0.930 1.482 nan 1.088 0.138 0.100 0.126 nan 1.402 1.911 0.444 0.160 0.167 0.172 0.348 0.502 0.139 0.184 3.531 1.800 0.022 0.031 0.004 0.054 0.074 0.108 0.034 0.047 0.014 0.018 0.037 0.070 0.027 0.078 0.015 0.008 0.052 0.030 0.029 0.136 0.040 0.067 0.062 0.078 0.138 0.024 0.047 1.774 0.018 0.060 0.090 0.051 0.663 0.013 0.010 0.019 0.032 0.028 0.038 0.072 0.019 0.059 0.011 0.003 822 chr13 112707052 112734824 + 0 NA promoter-TSS (NM_005986) promoter-TSS (NM_005986) -975 NM_005986 6656 Hs.202526 NM_005986 ENSG00000182968 SOX1 - SRY-box 1 protein-coding 0.519 nan 0.657 1.908 0.021 8.194 4.432 0.030 0.013 8.728 0.038 0.058 0.038 0.016 1.724 0.802 11.949 0.100 0.116 0.009 0.043 0.008 0.081 1.169 0.679 0.040 18.578 0.010 0.266 0.035 0.045 0.124 0.016 0.064 0.006 0.024 0.158 0.008 0.041 0.139 0.036 0.045 0.058 0.052 1.479 2.219 0.268 0.434 19.843 16.045 3.486 1.230 0.029 0.036 0.019 0.049 4.043 4.931 0.347 0.267 0.971 1.326 0.947 0.563 0.074 0.107 1.099 0.577 6.787 0.018 0.010 0.023 0.018 5.037 0.025 0.012 0.023 0.005 0.082 0.107 0.486 0.139 0.030 0.008 0.017 0.017 0.009 0.079 0.035 0.021 0.014 0.015 8.728 0.059 0.020 11.949 0.009 0.036 0.010 0.429 0.007 0.005 0.002 0.020 0.040 0.112 0.488 0.040 0.019 0.030 0.017 0.007 601 chr11 125233719 125253401 + 0 NA intron (NM_022062, intron 5 of 12) intron (NM_022062, intron 5 of 12) -121550 NM_001301851 403312 Hs.450611 NM_203452 LOC403312 - putative uncharacterized protein MGC39545 protein-coding 1.043 1.177 0.760 0.076 0.029 0.147 0.130 0.044 0.006 1.689 0.052 0.008 0.022 0.020 0.032 0.129 0.036 0.268 0.114 0.025 0.051 0.011 0.123 0.067 0.057 0.051 0.315 0.030 0.076 0.072 0.097 0.164 0.054 0.054 0.070 0.004 0.035 0.161 0.028 0.025 0.125 0.072 0.076 0.093 0.090 0.844 1.334 0.329 0.339 0.332 0.323 0.115 0.089 0.460 0.482 0.204 0.355 0.118 0.151 1.207 1.141 0.729 1.096 0.400 0.325 2.098 5.404 0.359 0.290 0.203 0.070 0.010 0.014 0.021 0.036 0.028 0.018 0.060 0.038 0.116 0.291 0.272 0.074 0.043 0.039 0.027 0.037 0.194 0.058 0.025 0.028 0.034 1.689 0.044 0.028 0.036 0.019 0.030 0.169 0.074 0.015 0.017 0.006 0.036 0.045 0.023 0.251 1.833 0.050 0.047 0.016 0.008 1739 chr20 42643618 42651098 + 0 NA intron (NM_001098798, intron 3 of 7) intron (NM_001098798, intron 3 of 7) 72822 NM_001098798 84969 Hs.26608 NM_032883 ENSG00000124191 TOX2 C20orf100|GCX-1|GCX1|dJ1108D11.2|dJ495O3.1 TOX high mobility group box family member 2 protein-coding nan nan 0.641 2.072 0.143 2.759 1.052 0.489 0.033 0.537 0.911 0.151 0.406 0.355 0.126 0.136 0.130 2.200 0.880 0.272 0.066 0.308 0.099 0.995 0.416 0.110 0.178 3.854 0.567 0.129 0.029 0.118 0.331 1.498 0.133 1.067 0.052 0.117 0.112 0.306 0.045 0.772 0.235 0.139 0.512 0.302 0.620 0.618 0.143 0.306 1.831 1.819 nan 0.080 0.513 0.444 0.220 0.322 3.397 4.007 nan 0.348 0.414 0.427 0.145 0.115 0.157 0.168 0.322 0.266 4.022 1.506 0.165 1.944 0.645 2.162 0.018 0.642 0.264 0.029 0.106 0.038 0.065 0.464 0.360 0.335 0.118 0.011 0.049 0.875 0.199 0.455 0.248 0.444 0.537 0.208 6.090 2.200 0.261 0.098 0.013 0.217 1.775 0.326 0.521 1.386 0.194 0.105 0.065 2.320 0.051 0.094 0.060 231 chr1 161007584 161017068 + 0 NA intron (NM_207005, intron 4 of 10) intron (NM_207005, intron 4 of 10) 2401 NM_001276373 7391 Hs.414880 NM_007122 ENSG00000158773 USF1 FCHL|FCHL1|HYPLIP1|MLTF|MLTFI|UEF|bHLHb11 upstream transcription factor 1 protein-coding 2.997 nan 4.105 2.310 2.601 2.119 0.997 1.665 1.536 2.775 1.360 0.169 0.961 2.199 3.779 1.884 0.975 3.452 2.144 2.017 0.672 2.132 1.402 1.058 5.061 3.154 2.918 7.152 1.954 1.998 1.998 0.134 2.902 2.079 0.655 1.280 0.484 2.304 3.860 2.464 0.459 2.864 5.232 1.192 2.163 1.831 3.541 3.927 5.117 7.550 6.076 nan 5.030 2.542 3.656 3.854 2.869 3.578 4.041 nan 2.722 2.778 3.658 5.056 2.136 2.580 3.133 3.790 2.579 1.351 2.810 2.306 0.764 1.235 2.857 3.845 0.745 2.067 2.090 0.866 2.161 0.442 1.080 1.924 1.468 0.814 1.370 1.212 0.998 1.361 1.622 2.191 1.231 1.521 2.775 2.269 1.650 3.452 1.405 0.988 0.789 4.399 1.555 1.001 0.540 1.787 1.117 1.341 1.428 0.822 0.919 1.463 0.814 0.681 1610 chr2 144152688 144162550 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 270720 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.897 nan 1.029 0.107 0.138 0.326 0.224 0.055 0.372 0.378 0.712 0.148 0.135 0.409 0.026 0.126 0.101 0.572 0.118 0.170 0.050 0.167 0.064 0.188 0.242 0.130 0.130 1.140 0.222 0.087 0.033 0.081 0.345 0.108 0.063 0.171 0.016 0.097 0.076 0.044 0.024 0.114 0.193 0.120 0.140 0.148 0.238 0.158 0.405 0.775 0.570 0.741 0.757 0.185 0.339 0.315 5.428 5.226 0.729 0.956 1.448 1.097 0.105 0.221 0.050 0.036 0.359 0.748 0.414 0.349 0.384 0.080 0.020 0.253 0.044 0.175 0.073 0.023 0.359 0.048 0.410 0.112 0.006 0.008 0.031 0.048 0.063 0.062 0.066 0.059 0.024 0.033 0.378 0.080 0.037 0.572 0.075 0.025 0.184 0.554 0.124 0.055 0.008 0.051 0.090 0.046 0.148 0.080 0.031 0.067 0.012 0.023 779 chr13 27578404 27592224 + 0 NA Intergenic Intergenic -114356 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 1.017 0.886 1.401 0.814 0.083 0.205 0.147 0.188 0.018 0.381 0.109 0.128 0.203 0.245 0.028 0.149 0.209 1.387 0.447 0.256 0.009 0.074 0.122 0.142 0.464 0.110 0.087 1.061 0.202 0.162 0.039 0.062 0.149 0.162 0.171 0.833 0.068 0.137 0.134 0.228 0.012 0.215 0.103 0.193 0.174 0.369 1.540 2.910 0.235 nan 3.322 2.653 2.767 0.731 0.191 0.187 0.970 1.331 2.599 3.061 5.211 6.069 0.627 1.105 0.194 0.099 0.401 0.663 1.050 0.653 0.486 0.505 0.014 0.133 0.305 0.845 0.014 0.227 0.109 0.158 0.250 0.034 0.249 0.093 0.144 0.117 0.084 0.057 0.088 0.224 0.577 0.023 0.195 0.143 0.381 0.088 0.418 1.387 0.071 0.240 0.302 0.164 0.919 0.069 0.018 0.479 0.040 0.017 0.523 0.204 0.137 0.074 0.021 0.011 551 chr11 67230166 67251367 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4018 NM_025124 80194 Hs.288761 NM_025124 ENSG00000172663 TMEM134 - transmembrane protein 134 protein-coding nan 1.562 1.983 1.791 1.591 1.354 0.666 1.482 0.577 1.244 0.382 0.145 0.636 1.858 1.849 0.494 0.312 1.791 0.798 1.495 0.386 1.366 0.975 0.841 5.627 2.769 2.108 2.661 1.095 0.867 1.035 0.132 2.067 0.539 0.572 1.401 0.508 1.736 1.503 1.450 0.455 2.580 2.468 1.189 2.488 0.908 2.120 2.745 1.563 2.244 3.117 3.019 3.908 1.657 2.301 2.289 1.257 1.657 2.909 3.530 1.276 1.161 1.176 1.600 0.929 0.985 1.005 1.654 1.345 0.745 0.833 1.677 0.581 2.524 1.191 1.243 0.312 0.989 0.759 0.696 0.822 0.188 0.718 3.172 1.065 0.639 1.198 0.545 0.387 0.998 2.244 1.469 2.111 2.307 1.244 2.146 2.033 1.791 1.195 1.844 0.586 6.060 1.888 0.673 0.720 3.008 0.756 0.419 0.523 0.531 0.526 1.333 0.266 0.184 343 chr1 246459874 246491336 + 0 NA intron (NM_001167740, intron 5 of 11) intron (NM_001167740, intron 5 of 11) 105109 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.369 nan 0.281 0.096 0.455 0.213 0.247 0.022 0.341 0.193 0.119 0.201 0.295 0.042 0.154 0.212 0.320 0.932 0.343 0.083 0.104 0.100 0.073 0.173 0.101 0.128 0.421 0.056 0.139 0.231 0.134 0.392 0.053 0.082 0.155 0.033 0.107 0.907 0.065 0.118 0.422 4.025 0.124 0.126 0.136 0.448 0.367 0.774 0.981 0.558 0.802 0.678 0.259 0.613 0.686 0.993 1.108 0.295 0.319 0.639 0.464 0.186 0.271 0.138 0.268 1.477 3.361 0.512 0.478 0.065 0.646 0.003 0.979 0.038 0.103 0.031 0.647 0.386 0.057 11.070 0.028 0.088 0.096 0.051 0.027 0.132 0.094 0.172 0.509 0.214 0.011 0.163 0.708 0.341 0.102 0.144 0.320 0.946 0.095 0.074 0.031 0.107 0.060 0.009 0.287 0.257 0.199 0.138 0.695 0.043 0.105 0.053 0.016 504 chr11 47346774 47355772 + 0 NA 3' UTR (NM_130472, exon 33 of 33) 3' UTR (NM_130472, exon 33 of 33) 22980 NM_000256 4607 Hs.524906 NM_000256 ENSG00000134571 MYBPC3 CMD1MM|CMH4|FHC|LVNC10|MYBP-C myosin binding protein C, cardiac protein-coding nan 0.805 1.493 2.684 0.088 0.365 0.143 0.247 0.028 0.435 0.125 0.035 0.106 0.077 0.139 0.119 0.651 5.136 0.205 0.028 0.068 0.023 0.177 0.563 0.126 0.125 1.374 0.016 0.321 0.193 0.066 0.616 0.120 0.135 0.061 0.045 0.331 0.036 0.035 0.146 0.190 0.038 0.203 0.047 0.627 0.786 0.480 0.777 3.530 3.102 0.743 0.246 0.772 0.731 0.390 0.682 0.088 0.146 0.601 0.688 0.592 0.550 0.186 0.380 0.415 nan 1.056 0.679 0.902 0.206 0.052 0.117 0.045 1.265 0.015 0.038 0.049 0.139 0.130 0.073 1.246 0.177 0.080 0.026 0.034 0.227 0.134 0.214 0.217 0.157 0.018 0.070 0.435 0.141 0.122 0.651 0.828 0.326 0.090 1.859 0.049 0.005 0.132 0.037 0.217 0.055 0.123 0.097 0.066 0.026 0.011 981 chr15 80752773 80757746 + 0 NA intron (NM_014862, intron 3 of 18) intron (NM_014862, intron 3 of 18) 58567 NM_014862 9915 Hs.459070 NM_014862 ENSG00000172379 ARNT2 WEDAS|bHLHe1 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 protein-coding 0.672 nan 0.519 0.246 0.137 0.334 0.321 0.214 0.012 0.138 0.182 0.032 0.106 0.063 0.031 0.098 0.200 0.175 0.085 2.695 0.042 0.187 0.148 1.624 0.115 0.311 0.424 0.089 0.150 0.022 0.079 0.143 0.143 0.074 0.168 1.318 4.030 0.294 0.133 0.031 0.213 0.050 0.126 0.116 0.063 0.543 0.427 0.346 0.570 0.288 0.314 1.042 0.446 0.421 0.538 0.389 0.759 0.759 1.113 0.391 0.245 0.258 0.459 0.067 0.041 0.274 0.262 0.649 0.418 0.245 0.115 0.019 0.979 0.063 0.267 0.084 0.180 0.103 0.085 0.087 0.058 0.031 0.150 0.067 0.016 0.030 0.064 0.050 0.342 0.163 0.044 0.047 0.096 0.138 0.043 0.230 0.200 0.149 0.102 0.080 0.076 0.203 0.121 0.294 6.239 0.115 0.031 0.050 0.623 0.056 0.010 697 chr12 54068548 54073564 + 0 NA promoter-TSS (NM_005176) promoter-TSS (NM_005176) -544 NM_001002031 517 Hs.524464 NM_005176 ENSG00000135390 ATP5G2 ATP5A ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C2 (subunit 9) protein-coding nan 2.044 2.121 1.928 1.228 8.092 4.735 2.506 1.684 1.891 0.930 0.162 0.301 1.514 2.293 1.027 0.775 4.131 0.807 2.247 0.889 1.873 1.350 1.673 4.549 2.165 1.037 5.592 0.701 3.010 1.276 0.146 3.567 0.988 1.229 1.883 0.633 2.159 1.464 1.725 0.644 3.333 4.072 1.268 1.360 0.973 nan 3.405 3.524 4.892 6.702 nan 10.739 4.587 7.514 8.542 4.378 nan 5.497 nan 10.841 10.430 2.903 3.800 5.024 5.124 7.783 10.718 3.410 1.844 0.692 1.909 0.914 4.484 1.604 5.085 1.188 1.435 1.709 1.357 3.241 0.839 0.743 1.312 2.850 1.135 0.823 1.012 0.942 1.755 3.278 2.325 1.779 2.171 1.891 0.830 3.003 4.131 1.701 1.964 2.181 3.063 5.832 1.473 0.712 1.547 1.225 1.646 1.096 5.361 1.138 0.510 1.148 0.791 857 chr14 38047226 38074154 + 0 NA exon (NM_004496, exon 2 of 2) exon (NM_004496, exon 2 of 2) 3635 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 6.555 6.395 4.678 6.830 4.808 3.374 1.886 2.716 10.208 1.006 0.106 0.108 1.495 5.164 2.579 2.663 1.396 3.525 0.269 14.069 0.018 2.598 2.661 3.469 25.463 20.755 8.042 15.367 2.226 1.219 0.941 0.117 9.040 1.306 2.160 8.948 0.020 0.132 0.486 3.701 0.159 9.454 0.679 0.117 4.128 3.895 0.315 0.335 3.944 5.507 6.943 6.027 6.251 2.527 1.442 1.571 1.971 2.427 5.221 7.882 1.676 1.705 1.587 3.465 8.770 7.310 1.254 1.544 2.942 1.855 5.369 2.800 0.153 1.903 2.715 8.011 2.480 3.783 4.918 0.054 5.013 2.532 2.439 0.565 0.958 0.406 3.702 1.252 1.102 0.151 3.302 0.741 3.369 6.156 1.006 5.284 8.496 3.525 2.657 4.502 0.520 0.733 2.767 0.997 1.793 0.114 0.052 0.813 1.617 0.467 0.096 2.514 0.030 0.015 1010 chr16 3066675 3075236 + 0 NA intron (NM_016639, intron 1 of 3) CpG 642 NM_016639 51330 Hs.355899 NM_016639 ENSG00000006327 TNFRSF12A CD266|FN14|TWEAKR TNF receptor superfamily member 12A protein-coding 1.879 nan 1.751 1.526 9.724 2.085 1.221 8.435 2.650 2.769 1.682 0.438 2.017 4.976 6.779 0.698 0.420 1.330 1.977 3.219 2.171 7.894 1.604 5.170 8.043 8.365 4.573 8.112 3.905 1.064 7.592 0.155 7.194 3.267 3.025 9.673 1.757 8.732 4.670 2.812 1.466 7.397 4.693 3.307 4.775 2.333 1.426 1.915 1.496 2.857 2.106 1.831 nan 1.110 2.223 2.388 2.063 nan 1.637 2.451 1.642 1.512 0.741 0.832 1.826 2.341 1.099 2.026 1.343 0.698 1.665 5.550 2.941 3.572 0.586 3.529 1.764 4.722 8.530 4.376 4.091 0.377 0.921 10.158 7.120 2.143 5.828 0.602 0.773 9.197 5.274 4.503 4.127 2.869 2.769 6.758 4.441 1.330 1.869 3.247 1.025 7.282 0.888 7.318 5.083 6.810 4.420 0.308 0.312 0.375 5.587 4.563 6.868 5.441 707 chr12 57067510 57085010 + 0 NA intron (NM_006601, intron 1 of 7) AluJo|SINE|Alu 5521 NR_104219 10728 Hs.50425 NM_006601 ENSG00000110958 PTGES3 P23|TEBP|cPGES prostaglandin E synthase 3 protein-coding nan 2.282 1.860 2.558 3.677 3.673 1.799 1.987 2.280 2.338 0.878 0.239 0.639 2.508 2.197 1.733 0.957 2.126 0.845 1.338 0.931 2.844 0.927 2.207 3.346 1.985 1.771 3.873 1.128 1.876 1.257 0.128 3.788 1.132 1.786 2.008 0.624 4.074 2.292 1.340 0.727 2.842 4.550 3.231 2.347 1.274 nan 3.379 4.681 4.847 4.218 nan 4.406 2.189 7.681 8.222 2.237 nan 3.987 nan 3.509 3.662 2.041 4.318 3.572 4.060 4.867 5.353 2.429 1.416 1.246 1.654 1.143 1.065 0.961 2.630 0.792 1.926 2.043 1.003 3.326 0.901 1.703 3.001 2.902 1.195 1.116 1.042 0.970 4.065 3.237 3.335 1.602 2.306 2.338 2.344 2.814 2.126 1.343 1.348 0.683 3.680 1.379 1.430 1.151 2.655 1.542 1.248 1.131 2.384 1.218 1.261 1.560 1.088 1966 chr3 153838249 153843603 + 0 NA intron (NM_015595, intron 2 of 14) intron (NM_015595, intron 2 of 14) 1777 NM_015595 26084 Hs.240845 NM_015595 ENSG00000114790 ARHGEF26 CSGEF|HMFN1864|SGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 26 protein-coding nan 1.679 1.697 1.213 2.749 4.137 2.118 0.651 0.567 1.412 0.114 0.060 0.584 1.405 0.023 0.529 0.403 0.803 0.352 1.099 2.844 5.400 1.300 0.228 1.180 0.520 1.794 3.954 1.116 0.777 0.674 0.065 1.445 0.596 0.454 2.474 0.770 2.541 1.562 3.876 0.897 0.896 2.399 0.538 0.379 0.739 0.243 0.391 2.015 3.311 3.005 1.926 4.778 1.664 1.246 1.226 2.595 3.295 1.420 2.007 2.530 2.140 0.707 0.938 2.267 2.269 2.261 2.894 1.230 0.981 0.531 1.307 0.160 0.773 0.170 0.200 0.052 1.091 1.009 0.662 0.589 1.019 2.831 0.584 0.462 0.497 0.789 1.065 0.858 0.499 1.353 2.427 0.581 1.622 1.412 0.825 2.419 0.803 0.450 0.772 0.144 1.540 0.366 1.835 0.016 1.163 5.025 0.194 0.464 0.551 0.441 1.022 0.237 0.104 1665 chr2 216971851 216983715 + 0 NA exon (NM_021141, exon 2 of 21) exon (NM_021141, exon 2 of 21) 3763 NM_021141 7520 Hs.388739 NM_021141 ENSG00000079246 XRCC5 KARP-1|KARP1|KU80|KUB2|Ku86|NFIV X-ray repair cross complementing 5 protein-coding nan 2.120 nan 2.825 1.632 3.559 1.689 1.551 0.472 2.686 1.712 0.095 0.640 2.013 2.774 1.336 0.668 2.988 1.367 1.295 0.198 1.149 0.518 1.091 3.057 1.990 1.285 5.654 0.768 2.343 2.195 0.103 1.765 0.637 1.029 1.593 0.304 1.958 1.106 0.966 0.379 1.152 3.066 1.013 2.676 0.764 5.181 4.041 4.784 6.777 4.813 5.412 4.515 2.861 8.494 9.866 3.891 4.810 6.626 nan 5.953 5.029 2.903 3.453 2.157 3.199 5.636 7.169 2.530 1.163 1.672 1.523 0.616 0.874 0.942 1.056 1.003 1.300 1.217 0.606 1.932 0.313 1.145 1.072 1.327 0.567 0.637 0.677 0.824 0.825 1.338 1.224 0.625 0.716 2.686 1.082 1.650 2.988 0.525 0.683 0.879 1.232 1.055 0.652 0.275 0.902 0.365 1.955 1.012 1.855 1.125 0.718 0.893 0.684 261 chr1 175829808 175842624 + 0 NA Intergenic Intergenic -10263 NR_125964 101928751 NR_125964 ENSG00000224718 LINC01657 - long intergenic non-protein coding RNA 1657 ncRNA nan nan nan 0.055 0.048 0.227 0.176 0.061 0.014 0.268 0.111 0.042 0.015 0.108 0.015 0.106 0.143 0.075 0.232 0.100 0.056 0.008 0.055 0.084 0.075 0.076 0.355 0.034 0.159 0.051 0.053 0.102 0.018 0.041 0.044 0.006 0.011 0.177 0.026 0.006 0.117 0.105 0.077 0.067 0.041 5.438 6.500 7.775 7.004 nan 0.853 0.479 0.235 0.544 0.624 0.248 0.404 0.322 0.422 0.375 0.221 5.876 11.294 0.071 0.095 0.346 nan 0.713 0.672 0.025 0.044 0.022 0.065 0.015 0.194 0.011 0.022 0.038 0.035 0.102 0.045 0.099 0.144 0.038 0.018 0.043 0.091 0.097 0.105 0.044 0.068 0.018 0.042 0.268 0.078 0.050 0.075 0.019 0.032 0.112 0.023 0.063 0.005 0.007 0.043 0.026 0.098 7.302 0.124 0.012 0.096 0.018 0.028 1782 chr20 62762889 62809524 + 0 NA Intergenic Intergenic -9621 NM_004535 4661 Hs.279562 NM_004535 ENSG00000196132 MYT1 C20orf36|MTF1|MYTI|NZF2|PLPB1|ZC2H2C1|ZC2HC4A myelin transcription factor 1 protein-coding 2.158 3.643 2.120 1.045 0.100 3.034 1.575 0.082 0.012 0.850 0.078 0.115 0.115 0.168 0.035 0.992 0.492 4.952 2.292 0.155 0.019 0.093 0.045 0.147 6.691 1.538 0.140 1.684 0.024 0.060 0.097 0.115 0.144 0.010 0.047 0.086 0.028 0.057 0.227 0.026 0.064 0.217 0.109 0.087 0.118 0.094 4.346 nan 0.107 0.139 4.360 4.437 2.868 1.210 0.477 0.566 0.720 1.068 2.743 3.813 2.430 2.394 1.518 1.850 0.900 0.673 2.037 3.647 1.887 1.207 5.298 0.041 0.025 0.036 0.393 4.401 0.048 0.027 0.031 0.066 0.071 0.202 0.680 0.212 0.048 0.027 0.063 0.024 0.013 0.132 0.102 0.044 0.033 0.079 0.850 0.118 0.034 4.952 0.081 0.101 0.522 0.187 1.076 0.017 0.026 0.051 0.043 0.027 1.023 1.455 0.037 0.051 0.057 0.047 2698 chr9 125662105 125668769 + 0 NA intron (NM_001100588, intron 1 of 20) intron (NM_001100588, intron 1 of 20) 2125 NM_018835 54542 Hs.533499 NM_018835 ENSG00000056586 RC3H2 MNAB|RNF164 ring finger and CCCH-type domains 2 protein-coding nan nan 2.209 3.141 1.821 1.859 0.915 1.529 0.540 2.263 1.669 0.337 0.484 3.009 0.869 1.445 0.851 2.353 1.162 1.069 0.502 2.792 0.481 2.769 3.087 2.944 1.558 nan 0.961 1.473 1.283 0.100 4.437 0.825 1.601 1.756 0.605 2.948 2.212 0.992 0.590 2.970 4.174 1.808 1.602 1.281 3.674 3.112 4.312 6.533 4.926 5.059 3.339 1.546 7.524 8.438 2.019 nan 4.252 7.145 9.660 8.217 2.521 3.804 2.355 3.359 3.907 2.899 nan 1.144 1.496 1.297 1.017 1.565 0.360 1.028 0.855 1.815 1.666 1.317 2.038 0.410 1.912 2.309 1.900 1.122 0.726 1.237 1.160 1.183 1.832 2.966 0.663 1.564 2.263 3.405 2.115 2.353 0.660 0.892 0.680 1.596 1.493 1.586 0.552 1.958 0.819 0.744 1.061 0.760 1.134 0.358 1.348 0.956 2439 chr7 37039064 37051866 + 0 NA intron (NR_104120, intron 2 of 2) intron (NR_104120, intron 2 of 2) 8064 NR_104120 100861514 Hs.627775 NR_104120 ENSG00000224101 ELMO1-AS1 - ELMO1 antisense RNA 1 ncRNA 2.467 0.902 2.487 0.158 0.057 0.230 0.200 0.086 0.015 0.437 0.113 0.161 0.021 0.010 0.147 0.247 0.810 0.614 0.234 0.019 0.074 0.180 0.164 0.113 0.200 0.390 0.011 0.359 0.034 0.153 0.132 0.018 0.061 0.132 0.068 0.065 0.210 0.051 0.171 0.341 0.182 0.174 0.106 0.033 6.361 5.850 3.556 2.111 0.560 nan 0.705 0.289 3.534 3.437 3.152 nan nan nan 1.843 1.812 2.345 3.856 0.420 0.299 0.273 nan 0.795 0.652 0.022 0.056 0.007 0.064 0.088 0.172 0.022 0.102 0.034 0.011 0.094 0.044 0.354 0.089 0.014 0.059 0.061 0.102 0.179 0.138 0.084 0.086 0.041 0.437 0.072 0.142 0.810 0.060 0.084 0.880 0.105 0.294 0.005 0.024 0.025 0.051 0.063 2.409 0.193 0.042 0.074 0.013 0.020 2252 chr6 10393598 10431944 + 0 NA promoter-TSS (NM_001032280) promoter-TSS (NM_001032280) -164 NM_001032280 7020 Hs.519880 NM_003220 ENSG00000137203 TFAP2A AP-2|AP-2alpha|AP2TF|BOFS|TFAP2 transcription factor AP-2 alpha protein-coding 1.411 nan 2.234 2.064 3.057 1.542 0.885 1.564 3.028 3.022 0.534 0.134 0.545 1.703 2.547 1.227 0.793 3.999 2.776 0.774 0.927 1.365 0.820 2.401 6.239 3.510 3.417 3.274 0.767 2.535 0.717 0.101 5.430 0.330 1.393 2.807 0.674 1.639 1.512 0.604 0.561 2.079 3.578 2.306 1.752 1.653 2.791 3.269 2.435 3.686 2.354 1.930 3.556 1.257 2.109 2.073 1.071 1.471 0.255 0.253 1.003 0.712 0.758 1.513 4.391 4.045 0.776 1.311 1.857 1.023 1.187 1.462 1.830 1.051 0.185 0.572 0.141 1.513 1.482 0.770 2.299 1.372 2.568 10.908 1.714 0.820 1.511 1.059 0.944 1.616 1.546 2.314 0.711 1.215 3.022 2.331 1.522 3.999 0.648 2.419 0.041 3.968 0.732 0.635 1.047 2.611 2.078 2.382 0.733 0.362 1.209 1.632 0.132 0.052 2506 chr7 150943864 150950400 + 0 NA intron (NM_001003802, intron 2 of 13) intron (NM_001003802, intron 2 of 13) -1383 NM_001003801 6604 Hs.647067 NM_003078 ENSG00000082014 SMARCD3 BAF60C|CRACD3|Rsc6p SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 3 protein-coding 1.510 1.052 nan 0.471 0.449 0.594 0.157 3.341 0.171 1.759 1.316 0.125 0.320 0.709 0.713 0.385 0.187 1.066 0.891 2.081 0.341 1.211 0.384 1.070 1.839 0.971 2.107 1.645 0.179 0.180 8.241 0.171 1.760 0.848 1.015 0.339 0.943 2.104 0.980 0.218 1.148 1.670 0.159 3.900 0.249 1.097 3.558 4.645 3.271 4.608 2.707 2.424 1.178 0.287 0.786 0.902 0.795 1.308 2.031 2.649 2.169 2.096 1.623 1.994 0.185 0.233 0.556 0.846 1.382 0.934 0.466 0.447 0.295 2.639 0.227 1.004 2.689 1.190 1.182 2.637 6.245 0.031 0.182 0.448 0.509 0.442 0.087 0.332 0.408 1.925 3.735 2.830 5.033 1.058 1.759 0.408 2.418 1.066 0.730 0.745 0.876 8.751 1.664 0.394 0.026 0.534 0.461 0.071 0.591 0.057 0.977 0.101 1.313 0.959 321 chr1 231661474 231665542 + 0 NA promoter-TSS (NM_005999) promoter-TSS (NM_005999) -891 NR_028395 100303453 Hs.13318 NR_028393 ENSG00000270106 TSNAX-DISC1 - TSNAX-DISC1 readthrough (NMD candidate) ncRNA 4.717 3.641 4.000 7.351 2.401 5.791 2.730 2.181 0.671 4.160 3.090 0.239 0.507 1.726 1.933 3.262 1.684 3.166 2.682 2.259 0.426 2.200 1.351 1.186 3.901 2.869 2.713 6.622 1.115 2.800 2.529 0.130 4.232 0.562 2.681 1.771 0.992 3.401 2.749 2.878 0.958 2.920 5.386 2.425 2.654 2.344 6.032 6.047 10.801 13.228 8.200 9.048 9.369 7.060 10.509 12.391 3.740 5.017 nan 10.162 5.603 4.983 3.797 3.947 4.522 4.430 5.779 5.764 nan 1.893 2.540 2.332 0.680 2.241 0.905 1.377 1.641 2.365 2.180 1.485 3.746 0.681 1.894 3.329 2.242 1.377 1.392 1.276 0.958 2.844 3.115 2.115 2.801 2.748 4.160 1.959 1.487 3.166 1.742 1.780 0.658 2.295 1.617 1.768 0.785 2.925 0.711 2.091 1.047 1.816 1.190 1.119 2.251 1.902 792 chr13 72175844 72199581 + 0 NA intron (NM_080759, intron 4 of 11) L2b|LINE|L2 253618 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.230 0.863 0.171 0.034 2.508 1.047 0.071 0.005 1.924 0.057 0.068 0.008 0.018 0.013 0.487 0.271 0.704 0.502 0.222 0.022 0.046 0.018 0.055 0.084 0.099 0.021 0.613 0.049 0.099 0.018 0.064 0.144 0.015 0.036 0.047 0.027 0.299 0.190 0.032 0.010 0.152 0.070 0.054 0.061 0.082 0.712 0.645 0.203 0.391 1.591 1.819 nan 1.213 0.144 0.155 1.116 1.082 0.414 0.453 nan 2.155 0.271 0.501 1.280 2.433 0.890 nan 0.252 0.187 0.108 0.039 0.004 0.054 0.209 0.438 0.159 0.012 0.012 0.009 0.033 0.393 1.708 0.058 0.005 0.010 0.010 0.033 0.128 0.030 0.014 0.021 0.037 0.014 1.924 0.021 0.023 0.704 0.005 0.031 0.390 0.007 0.051 0.012 0.009 0.010 0.096 0.082 0.144 0.444 0.022 0.020 0.004 1079 chr16 69597206 69604886 + 0 NA intron (NM_173215, intron 1 of 13) intron (NM_173215, intron 1 of 13) 1177 NM_001113178 10725 Hs.371987 NM_006599 ENSG00000102908 NFAT5 NF-AT5|NFATL1|NFATZ|OREBP|TONEBP nuclear factor of activated T-cells 5 protein-coding nan nan 1.775 2.127 3.725 1.423 0.772 5.480 1.404 1.570 2.344 0.261 1.279 3.924 6.143 0.734 0.248 1.527 1.638 2.624 1.643 3.994 1.143 8.687 2.188 1.866 3.014 3.145 1.640 2.617 5.472 0.187 9.185 1.524 3.687 3.619 0.940 3.766 4.569 1.366 1.053 5.277 4.141 3.328 4.758 1.384 1.798 2.330 2.521 4.759 2.398 2.164 2.149 0.708 5.226 5.128 1.275 nan 2.519 3.879 3.464 3.027 1.373 2.748 0.765 0.724 0.626 1.254 1.485 0.878 0.679 1.972 2.800 2.607 1.647 0.860 2.994 3.694 3.991 3.056 1.861 0.186 1.466 7.376 8.695 3.889 2.380 0.769 0.570 3.384 5.497 4.329 2.527 3.203 1.570 5.507 4.022 1.527 1.353 1.519 0.702 4.485 2.434 2.198 2.890 2.590 2.374 1.655 0.926 0.274 1.829 2.261 2.227 1.685 1248 chr17 69398192 69404818 + 0 NA Intergenic Intergenic -203185 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility candidate 17 (non-protein coding) ncRNA 0.779 nan 0.555 0.159 0.349 1.408 0.668 0.990 0.009 0.252 0.183 0.097 1.430 1.314 0.133 0.212 0.473 1.023 0.162 0.581 0.617 0.249 1.230 0.595 0.621 0.319 0.288 1.090 2.123 0.098 0.032 0.062 0.320 0.017 0.012 0.056 0.141 0.263 0.361 1.151 0.049 0.386 0.185 0.117 2.109 0.344 0.523 0.405 0.487 0.936 0.544 0.801 2.855 0.863 0.326 0.392 0.653 nan 0.873 1.012 0.504 0.400 0.216 0.440 0.553 0.604 0.065 0.198 1.095 0.480 0.026 2.492 0.188 0.412 0.030 0.404 0.125 0.044 0.022 0.114 0.094 0.119 0.415 0.063 0.096 0.315 0.059 0.019 0.211 0.128 0.065 0.940 1.892 0.252 0.216 0.125 1.023 0.600 0.772 0.090 0.088 0.107 0.061 2.202 0.902 1.478 0.035 0.340 0.056 1.567 3.713 0.017 0.069 2422 chr7 19058475 19071240 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 92438 NM_000474 7291 Hs.66744 NM_000474 ENSG00000122691 TWIST1 ACS3|BPES2|BPES3|CRS|CRS1|CSO|SCS|TWIST|bHLHa38 twist family bHLH transcription factor 1 protein-coding nan 0.988 nan 0.042 0.182 0.173 0.116 0.136 0.031 0.091 0.539 0.125 0.163 0.181 0.118 0.122 0.116 0.019 0.261 0.201 0.369 0.186 0.189 0.140 0.146 0.145 0.100 0.247 0.378 0.109 0.093 0.153 0.107 0.045 0.048 0.146 0.928 5.355 0.226 0.171 0.018 0.239 0.087 0.330 0.151 0.080 nan 0.160 0.237 0.409 0.338 0.294 0.227 0.151 0.328 0.273 0.368 0.642 0.255 0.222 0.416 0.175 0.063 0.156 0.115 0.127 0.191 0.337 0.356 0.462 0.013 0.277 0.037 0.166 0.031 0.070 0.058 0.266 0.071 0.056 0.070 0.053 0.044 0.088 0.075 0.074 0.084 0.025 0.028 0.814 0.042 0.078 0.031 0.062 0.091 0.060 0.058 0.019 0.019 0.077 0.030 0.032 0.040 0.197 0.056 0.123 0.786 0.046 0.023 0.060 0.209 0.230 0.099 0.048 1590 chr2 111874458 111881893 + 0 NA promoter-TSS (NM_207002) promoter-TSS (NM_207002) -316 NM_138622 10018 Hs.469658 NM_006538 ENSG00000153094 BCL2L11 BAM|BIM|BOD BCL2 like 11 protein-coding 4.492 nan 4.313 5.009 2.257 2.206 1.485 2.314 0.124 2.218 1.591 0.130 1.990 5.233 0.746 1.591 1.106 4.476 1.289 1.622 0.366 4.284 1.007 1.773 4.181 2.091 2.780 nan 1.513 2.386 1.263 0.058 3.290 0.568 0.994 1.404 0.766 2.278 2.524 1.452 1.488 3.193 4.476 2.399 2.579 1.176 4.019 4.815 4.932 7.333 6.806 nan 7.104 2.540 8.062 7.895 1.094 1.981 6.369 9.860 2.854 4.249 2.559 5.082 1.841 1.748 2.469 2.185 1.592 1.003 3.106 2.010 1.088 1.214 0.658 3.125 0.593 1.286 0.933 1.099 1.016 0.563 2.131 1.996 1.243 0.892 1.153 2.406 1.578 1.478 2.540 3.581 1.230 2.022 2.218 6.365 2.177 4.476 1.106 1.506 0.928 3.344 2.004 0.538 0.587 1.444 0.268 0.698 1.723 0.715 0.919 0.661 0.620 0.519 2401 chr7 5565133 5579411 + 0 NA Intergenic Intergenic -2040 NM_001101 60 Hs.520640 NM_001101 ENSG00000075624 ACTB BRWS1|PS1TP5BP1 actin beta protein-coding 4.433 2.360 3.522 2.205 6.730 2.916 1.459 4.281 2.082 2.810 1.462 0.314 0.578 2.261 3.914 1.234 0.900 4.566 2.350 1.814 0.928 3.506 1.205 2.001 nan 3.638 4.547 nan 0.819 1.571 4.138 0.205 3.274 1.225 1.355 5.424 0.908 2.389 2.761 1.630 0.893 3.749 2.545 1.993 4.753 1.150 2.023 3.735 1.875 nan 4.577 5.403 nan 1.062 7.371 7.919 1.883 2.995 nan 3.070 2.357 2.204 2.038 4.633 2.100 1.676 1.562 3.268 1.074 0.712 3.087 1.358 1.331 1.835 0.968 1.979 1.891 2.541 3.805 1.663 2.362 0.892 1.986 5.475 3.523 1.476 1.984 1.138 0.706 3.153 4.373 2.513 1.420 2.479 2.810 3.483 3.874 4.566 1.682 2.562 1.103 7.300 2.393 1.910 1.184 2.417 1.269 1.145 0.761 1.594 2.377 1.331 1.775 1.174 1652 chr2 201976739 202023951 + 0 NA intron (NM_001127183, intron 3 of 9) intron (NM_001127183, intron 3 of 9) 2657 NM_001202518 8837 Hs.390736 NM_003879 ENSG00000003402 CFLAR CASH|CASP8AP1|CLARP|Casper|FLAME|FLAME-1|FLAME1|FLIP|I-FLICE|MRIT|c-FLIP|c-FLIPL|c-FLIPR|c-FLIPS CASP8 and FADD like apoptosis regulator protein-coding 2.043 nan 2.296 0.731 2.991 0.778 0.410 1.818 1.109 0.538 0.999 0.221 1.654 3.502 12.594 0.332 0.228 0.697 1.081 0.649 0.829 4.594 2.601 2.335 3.437 2.195 3.471 2.027 1.366 0.521 0.850 0.100 1.210 1.659 0.835 4.764 0.676 1.859 0.625 3.569 0.199 1.224 1.270 1.675 1.622 1.149 0.817 0.994 2.525 5.596 0.880 0.837 0.854 0.309 2.295 2.373 1.300 1.793 1.224 1.566 0.498 0.252 0.864 1.223 0.564 0.541 1.039 2.435 0.656 0.474 0.831 4.354 0.737 1.990 0.269 0.446 0.774 4.774 5.491 1.417 2.417 0.109 0.975 6.093 3.347 1.372 3.480 0.380 0.345 1.723 2.492 1.939 0.932 0.920 0.538 3.184 5.858 0.697 0.731 0.703 0.130 1.805 0.318 2.472 0.284 1.595 2.082 0.475 0.373 1.011 1.856 3.412 2.681 2.359 1516 chr2 5825078 5839018 + 0 NA promoter-TSS (NR_110580) promoter-TSS (NR_110580) -751 NM_003108 6664 Hs.432638 NM_003108 ENSG00000176887 SOX11 MRD27 SRY-box 11 protein-coding 4.252 1.835 0.762 0.060 0.010 5.404 2.662 0.039 0.009 3.193 0.048 0.127 0.001 0.060 0.005 2.644 1.674 2.027 2.012 0.176 0.009 1.722 0.183 0.066 2.105 1.162 1.687 14.521 0.032 1.053 0.055 0.089 0.070 0.016 0.700 0.006 0.040 0.192 0.012 0.018 0.047 0.097 0.102 0.060 0.941 3.905 5.334 0.287 0.683 9.781 7.305 6.340 2.594 0.036 0.039 0.930 1.508 4.899 8.866 5.349 7.062 0.618 0.943 0.583 0.298 3.932 3.794 0.106 0.126 3.408 0.026 0.007 0.225 0.689 6.053 0.030 0.016 0.006 0.092 0.198 4.892 0.086 0.039 0.005 0.044 0.006 0.017 0.147 0.070 0.041 0.046 0.038 3.193 0.026 0.007 2.027 0.026 0.029 1.488 1.246 3.124 0.010 0.003 0.029 0.008 0.430 0.234 2.228 0.033 0.068 0.008 0.004 2462 chr7 98963100 98979832 + 0 NA promoter-TSS (NM_005720) promoter-TSS (NM_005720) -832 NM_005720 10095 Hs.489284 NM_005720 ENSG00000130429 ARPC1B ARC41|p40-ARC|p41-ARC actin related protein 2/3 complex subunit 1B protein-coding nan 0.793 nan 0.797 1.046 0.768 0.325 1.942 4.839 0.527 0.518 0.355 0.860 2.757 1.197 0.458 0.329 0.659 0.553 2.267 0.681 6.340 1.058 1.123 4.024 2.152 3.049 1.663 0.462 0.510 1.743 0.214 1.574 0.381 0.590 0.821 0.239 0.732 1.084 1.571 0.267 1.904 1.487 2.199 0.700 0.411 0.595 0.953 0.597 1.184 0.961 0.858 1.217 0.337 0.836 0.852 0.470 0.755 0.896 1.379 0.577 0.382 0.530 0.728 0.275 0.275 0.592 nan 0.955 0.546 0.703 3.089 0.898 0.660 0.305 1.235 0.522 0.740 0.747 1.146 1.688 0.040 0.218 4.212 0.959 0.446 2.105 0.421 0.217 0.996 2.063 3.676 0.392 1.195 0.527 3.085 1.149 0.659 0.862 1.459 0.117 3.228 0.401 1.025 0.530 0.969 1.242 0.200 0.230 0.273 0.567 0.486 0.568 0.282 2053 chr4 77593611 77602524 + 0 NA intron (NM_020859, intron 2 of 10) AluY|SINE|Alu 101363 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 0.573 0.760 0.783 0.245 0.621 0.314 0.090 0.120 3.767 0.144 0.117 0.036 0.192 0.586 0.036 0.054 0.092 0.406 0.063 0.284 0.056 1.309 0.776 0.076 2.581 0.722 3.041 0.821 0.871 0.120 0.208 0.077 0.090 0.197 0.069 0.659 0.070 0.123 0.198 1.060 0.027 0.149 0.195 0.149 0.130 0.211 0.300 0.147 0.290 0.494 0.427 0.507 0.475 0.224 0.226 0.274 0.136 0.231 1.462 1.224 0.222 0.116 0.108 0.164 0.034 0.052 0.117 0.179 0.722 0.423 0.089 1.361 0.333 0.051 0.046 0.423 0.747 0.461 0.149 0.024 0.032 0.072 0.134 0.040 0.018 0.290 0.048 0.108 0.240 0.135 0.055 0.026 0.275 0.144 0.497 0.310 0.406 0.123 0.771 0.092 0.034 0.167 0.047 0.246 0.097 0.091 0.012 0.056 0.040 0.529 0.006 924 chr15 31616457 31622507 + 0 NA exon (NM_001302461, exon 1 of 2) exon (NM_001302461, exon 1 of 2) 424 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 4.245 nan nan 4.474 1.503 5.907 3.201 2.483 1.148 3.816 2.970 0.316 0.282 1.642 4.277 3.520 1.439 9.541 5.227 0.404 0.634 2.166 0.979 5.492 5.582 5.402 2.632 11.037 0.348 2.527 2.871 0.095 8.641 0.744 1.136 1.885 0.508 1.207 3.697 0.667 1.557 5.984 4.398 1.891 0.016 1.148 5.314 7.595 3.626 5.840 8.191 5.925 5.350 1.327 8.020 7.260 1.717 2.350 5.078 8.762 5.553 7.766 2.276 4.888 6.962 5.356 1.774 2.216 0.914 0.514 3.413 1.126 0.551 1.530 1.373 6.146 1.926 1.998 3.080 1.275 1.807 2.890 4.648 1.521 1.396 0.621 0.941 3.933 2.010 0.963 10.135 3.518 1.918 3.380 3.816 2.735 2.584 9.541 1.608 2.210 2.256 5.345 4.338 0.717 1.006 1.068 0.626 1.519 2.440 0.771 1.734 0.582 0.876 0.388 2301 chr6 42258304 42272446 + 0 NA intron (NM_033502, intron 4 of 17) L1MEd|LINE|L1 -79742 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.131 0.835 0.923 0.130 0.455 0.297 0.135 0.176 0.009 0.351 0.277 0.182 0.824 1.917 0.495 0.111 0.087 0.254 0.106 0.225 0.018 0.235 1.599 0.424 0.948 0.155 0.178 0.344 1.024 0.102 0.107 0.115 0.286 0.167 0.103 0.595 0.147 0.214 0.165 1.089 0.084 0.893 0.208 0.145 0.956 0.338 0.470 0.423 0.317 0.600 0.352 0.481 0.666 0.356 0.388 0.417 0.567 0.732 0.620 nan 0.513 0.433 0.227 0.308 0.208 0.275 0.461 0.876 0.670 0.561 0.047 4.236 0.346 0.602 0.063 0.152 0.078 1.731 0.885 0.052 0.084 0.067 0.040 0.130 0.111 0.138 0.557 0.011 0.035 0.847 0.298 0.710 0.686 1.054 0.351 1.378 2.111 0.254 0.361 1.031 0.037 0.174 0.043 0.283 1.108 0.593 0.063 0.041 0.049 0.355 0.161 1.239 0.033 0.022 760 chr12 122515677 122530045 + 0 NA intron (NM_014938, intron 1 of 16) MIRc|SINE|MIR 6227 NM_014938 22877 Hs.437153 NM_014938 ENSG00000175727 MLXIP MIR|MONDOA|bHLHe36 MLX interacting protein protein-coding 1.933 1.665 1.236 1.151 2.098 1.655 0.884 0.921 0.095 0.752 0.430 0.131 0.550 1.404 0.260 0.735 0.490 1.505 0.342 0.619 0.549 1.253 0.746 0.571 2.243 1.236 0.693 2.204 0.807 2.200 0.799 0.152 1.974 0.394 0.532 0.949 0.275 0.991 0.809 0.872 0.270 1.509 1.553 1.120 1.353 0.771 1.530 2.022 0.952 1.387 1.982 1.885 nan 0.758 2.462 2.304 1.434 2.096 3.067 4.096 1.659 1.697 3.709 6.741 1.321 1.500 0.785 1.031 1.909 1.070 1.047 1.572 0.597 1.093 0.758 2.052 0.231 0.970 0.571 0.768 0.803 0.273 0.706 0.486 0.653 0.547 0.608 0.406 0.401 0.599 1.810 1.196 0.557 0.920 0.752 1.249 0.709 1.505 0.461 0.754 0.220 1.466 0.619 0.459 1.061 0.599 0.892 1.039 6.032 0.319 0.495 0.605 0.180 0.127 863 chr14 57188317 57289452 + 0 NA Intergenic Intergenic 33497 NM_172337 5015 Hs.288655 NM_021728 ENSG00000165588 OTX2 CPHD6|MCOPS5 orthodenticle homeobox 2 protein-coding nan nan 3.068 0.339 0.068 0.591 0.321 0.056 0.018 0.473 0.090 0.093 0.006 0.075 0.041 0.126 0.147 0.308 0.196 0.198 0.020 0.072 0.017 0.159 0.223 0.082 0.106 0.285 0.030 0.089 0.049 0.112 0.329 0.012 0.035 0.068 0.010 0.058 0.248 0.026 0.034 0.149 0.192 0.050 0.103 0.072 0.287 0.232 2.400 2.100 0.462 0.542 0.837 0.320 0.421 0.436 0.137 0.208 0.689 0.608 7.227 6.767 0.229 0.332 0.906 1.283 7.893 15.311 nan 0.630 0.035 0.039 0.012 0.040 0.069 0.164 0.012 0.012 0.029 0.013 0.061 0.367 0.134 0.089 0.024 0.021 0.057 0.037 0.055 0.133 0.052 0.030 0.123 0.080 0.473 0.069 0.028 0.308 0.039 0.031 0.158 0.090 0.041 0.013 0.007 0.028 0.023 0.082 0.114 6.323 0.028 0.055 0.023 0.011 2481 chr7 110867282 110874929 + 0 NA intron (NM_001244606, intron 4 of 6) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 140043 NM_001099660 54674 Hs.3781 NM_018334 ENSG00000173114 LRRN3 FIGLER5|NLRR-3|NLRR3 leucine rich repeat neuronal 3 protein-coding nan 0.648 0.887 0.114 0.418 0.275 0.231 0.143 0.016 0.083 0.368 0.085 0.075 0.249 0.132 0.137 0.162 0.094 0.184 0.273 0.097 0.390 0.193 0.507 0.171 0.125 0.291 0.154 0.228 0.084 0.112 0.146 0.339 0.096 0.058 0.183 0.030 0.182 0.170 0.291 0.020 0.172 0.169 0.162 0.207 0.145 0.361 0.278 2.100 5.296 0.375 0.469 0.326 0.149 0.320 0.325 0.429 0.684 0.253 0.201 0.407 0.158 0.166 0.234 0.149 0.216 0.373 0.924 0.499 0.557 0.052 0.213 0.038 0.251 0.040 0.118 0.028 0.047 0.314 0.098 0.024 0.083 0.081 0.040 0.041 0.595 0.010 0.016 0.131 0.117 0.055 0.093 0.158 0.083 0.112 0.290 0.094 0.064 0.108 0.065 0.085 0.027 0.454 0.099 0.124 0.363 0.015 0.041 0.098 0.078 4.038 0.060 0.020 531 chr11 64098867 64128738 + 0 NA intron (NM_032251, intron 14 of 26) AluSx|SINE|Alu -4426 NR_106977 102466815 NR_106977 ENSG00000278359 MIR7155 hsa-mir-7155 microRNA 7155 ncRNA nan 1.169 1.633 1.237 1.171 0.775 0.327 1.024 0.246 0.907 0.292 0.106 0.887 1.040 1.312 0.677 0.298 0.488 0.601 0.692 0.527 0.999 0.770 0.510 2.796 1.075 0.814 1.933 1.261 0.434 0.894 0.106 0.981 0.569 0.336 1.133 0.422 0.610 1.012 0.799 0.486 2.596 2.528 0.851 1.237 0.632 2.195 3.338 0.721 1.148 1.875 1.606 2.443 0.592 1.143 1.093 1.430 2.147 1.385 2.186 1.683 1.540 0.989 1.134 1.067 1.072 0.820 1.691 1.588 0.897 1.342 1.794 0.691 1.080 0.268 0.479 0.311 1.276 1.008 0.643 1.013 0.183 0.720 2.690 1.504 0.774 0.572 0.201 0.215 1.653 1.645 1.598 0.653 0.656 0.907 0.951 1.750 0.488 0.998 0.625 0.649 1.597 1.009 1.183 1.889 0.900 0.753 0.189 0.395 0.380 0.782 0.452 0.511 0.338 2027 chr4 15470251 15498866 + 0 NA TTS (NM_001164720) TTS (NM_001164720) 13069 NM_020785 57545 Hs.590928 NM_020785 ENSG00000048342 CC2D2A JBTS9|MKS6 coiled-coil and C2 domain containing 2A protein-coding nan nan nan 0.256 0.389 0.131 0.073 0.237 0.022 0.405 1.670 0.190 0.079 0.253 0.191 0.203 0.184 0.205 0.137 0.447 0.039 0.077 0.151 0.242 0.193 0.090 0.201 0.509 0.419 0.131 0.049 0.075 0.326 0.244 0.038 0.207 0.297 0.967 0.240 0.210 0.114 0.307 0.293 0.071 0.094 0.157 0.427 0.259 0.613 0.561 0.486 0.511 1.004 0.442 0.546 0.499 1.101 1.474 0.371 0.435 1.594 1.351 0.360 0.419 0.214 0.262 1.170 4.604 nan 0.633 0.096 0.567 0.120 0.200 0.036 0.139 0.102 0.208 0.177 0.175 0.339 0.029 0.116 0.239 0.248 0.139 0.217 0.181 0.123 0.606 0.276 0.358 0.742 0.193 0.405 0.171 0.204 0.205 0.175 0.072 0.038 0.340 0.110 0.145 0.018 0.175 0.128 0.093 0.108 1.755 0.264 0.129 0.197 0.146 2469 chr7 101370164 101378230 + 0 NA Intergenic Intergenic -84987 NM_001913 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.618 0.946 0.219 0.107 0.323 0.101 1.032 0.038 0.239 0.908 0.711 0.925 1.064 0.015 0.173 0.186 0.067 0.311 0.928 1.146 4.901 1.919 0.523 2.924 0.773 2.094 0.240 0.874 0.218 0.121 0.114 4.573 0.678 1.878 2.576 0.963 1.824 0.963 1.459 0.129 1.439 0.247 1.265 0.728 1.499 0.325 0.203 0.238 0.669 0.265 0.243 1.700 0.387 0.227 0.189 0.126 0.564 1.149 1.293 1.124 0.900 0.456 0.327 0.661 0.586 0.884 nan 0.880 0.738 0.027 3.071 0.177 2.188 0.063 0.186 0.017 1.640 1.129 0.028 2.587 0.023 0.039 1.890 0.270 0.146 3.113 0.986 1.080 1.630 0.807 0.080 0.029 1.829 0.239 2.444 0.080 0.067 1.855 1.302 0.229 0.187 0.164 2.774 1.087 2.756 2.287 0.072 0.050 0.360 0.198 0.363 1.936 1.535 172 chr1 150889247 150900929 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR -3727 NM_012432 9869 Hs.643565 NM_012432 ENSG00000143379 SETDB1 ESET|H3-K9-HMTase4|KG1T|KMT1E|TDRD21 SET domain bifurcated 1 protein-coding nan nan 1.477 0.894 0.687 0.915 0.481 1.153 0.972 1.614 0.820 0.343 0.764 1.741 0.809 0.629 0.580 0.965 0.776 1.222 0.277 0.539 0.387 0.461 12.863 9.719 0.791 4.781 0.927 1.227 2.358 0.215 1.200 0.748 0.350 0.566 0.477 1.700 0.948 0.851 0.205 1.070 1.714 0.707 1.006 0.436 1.560 1.484 1.515 2.339 2.086 nan 1.661 0.695 3.756 4.062 1.615 2.073 3.908 5.219 1.790 1.216 1.917 2.880 1.712 2.109 1.432 2.557 1.572 0.661 0.948 1.814 0.449 1.211 0.914 1.065 0.856 0.971 0.901 0.525 1.577 0.400 0.480 1.514 1.089 0.520 0.328 0.669 0.673 1.028 0.794 1.734 1.980 1.960 1.614 1.543 1.090 0.965 0.397 1.299 0.245 2.561 1.973 0.371 0.221 1.302 0.527 1.005 1.765 0.550 0.469 0.446 0.572 0.362 1745 chr20 44621049 44625384 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -14331 NM_004994 4318 Hs.297413 NM_004994 ENSG00000100985 MMP9 CLG4B|GELB|MANDP2|MMP-9 matrix metallopeptidase 9 protein-coding nan nan 0.493 0.281 2.181 0.557 0.407 0.689 7.585 0.304 0.131 0.169 1.217 1.782 0.696 0.142 0.095 0.138 0.237 1.810 0.114 1.387 1.040 0.149 5.229 1.496 5.812 0.688 2.159 0.123 0.088 0.118 0.768 0.246 0.071 0.408 0.085 0.246 0.412 0.905 0.256 3.985 3.206 0.287 2.224 0.377 0.495 0.552 0.148 0.253 0.628 0.514 nan 0.249 0.122 0.198 0.248 0.406 0.590 0.962 nan 0.159 0.418 0.463 0.071 0.127 0.392 0.841 0.283 0.403 0.051 1.466 3.116 0.106 0.048 0.103 0.081 0.745 0.348 0.050 0.509 0.153 5.091 0.014 0.036 2.972 0.112 0.027 0.252 0.932 0.278 0.209 2.096 0.304 3.960 0.614 0.138 1.325 3.057 0.066 0.771 0.047 0.109 0.728 1.384 0.128 0.081 0.069 0.057 1.313 0.539 0.027 0.012 2594 chr8 116112908 116128662 + 0 NA Intergenic Intergenic 559454 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 1.247 0.213 0.061 0.275 0.082 0.127 0.020 0.073 0.170 0.103 0.109 0.099 0.020 0.088 0.119 0.714 0.329 0.203 0.047 0.073 0.033 0.090 0.570 0.118 0.166 0.433 0.916 0.148 0.055 0.094 0.209 0.052 0.058 0.112 0.005 0.057 0.308 0.035 0.005 0.147 0.228 0.067 0.092 0.132 0.419 0.522 0.264 0.384 0.639 0.791 nan 0.064 0.660 nan 1.951 nan 0.921 1.102 6.183 5.976 0.211 0.503 1.480 1.123 0.244 0.449 0.789 0.726 0.018 0.120 0.084 0.189 0.057 0.085 0.193 0.022 0.023 0.019 0.071 0.525 0.142 0.076 0.023 0.035 0.038 0.074 0.101 0.152 0.078 0.045 0.036 0.094 0.073 0.147 0.714 0.062 0.079 0.019 0.033 0.277 0.004 0.011 0.050 0.099 0.079 0.457 0.079 0.034 0.036 0.015 0.003 2111 chr5 10348815 10359339 + 0 NA intron (NM_001270661, intron 1 of 22) CpG 326 NM_005885 10299 Hs.432862 NM_005885 ENSG00000145495 MARCH6 DOA10|MARCH-VI|RNF176|TEB4 membrane associated ring-CH-type finger 6 protein-coding nan nan nan 9.138 2.257 4.844 2.136 1.784 0.954 1.484 3.061 0.459 1.480 5.657 2.311 4.085 2.325 6.473 2.441 2.502 0.682 3.207 1.133 1.772 6.530 5.144 4.456 nan 1.223 0.946 2.767 0.125 4.464 1.021 0.951 7.683 1.308 4.886 3.649 1.060 0.879 4.453 4.602 1.244 2.469 1.318 4.281 4.450 4.648 5.637 9.780 9.323 6.068 2.897 4.971 5.187 nan 7.349 5.943 9.655 7.770 8.415 2.472 4.253 7.239 8.198 3.353 nan 3.956 2.391 2.717 2.753 1.416 1.939 1.247 4.483 2.340 1.481 2.018 1.189 1.955 1.507 1.234 3.083 3.749 1.860 1.233 2.035 1.780 1.188 1.932 2.130 2.165 1.847 1.484 7.644 2.374 6.473 1.441 2.342 1.161 2.643 2.487 1.604 0.844 2.230 0.656 0.633 1.474 1.119 0.823 0.655 0.941 0.617 1366 chr19 373123 389846 + 0 NA Intergenic Intergenic -5471 NM_199202 51298 Hs.250002 NM_016585 ENSG00000105549 THEG CT56|THEG1 theg spermatid protein protein-coding 0.724 0.960 3.809 0.210 0.094 0.757 0.306 0.042 0.838 0.242 0.045 0.067 0.136 0.160 0.042 0.200 0.073 0.802 1.140 0.217 0.044 0.240 0.164 0.113 0.971 0.334 0.297 0.965 0.151 0.230 0.032 0.091 0.296 0.035 0.068 0.150 0.056 0.094 0.342 0.046 0.048 0.147 0.177 0.146 0.104 0.087 0.409 0.597 0.179 0.298 2.945 2.699 0.836 0.133 0.218 0.282 0.222 0.500 4.096 nan 0.872 0.786 0.352 0.410 0.531 0.791 0.897 1.562 1.775 1.077 1.353 0.855 0.006 0.070 0.071 1.123 0.058 0.349 0.200 0.093 0.090 0.040 0.099 0.166 0.040 0.046 0.501 0.071 0.051 0.206 0.220 0.077 0.052 0.079 0.242 0.818 0.033 0.802 0.087 0.010 0.569 0.272 0.085 0.041 0.018 0.240 0.028 0.089 0.302 0.200 0.095 0.051 0.031 0.024 223 chr1 159022260 159029093 + 0 NA TTS (NM_005531) TTS (NM_005531) 20971 NM_004833 9447 Hs.733411 NM_004833 ENSG00000163568 AIM2 PYHIN4 absent in melanoma 2 protein-coding nan nan 0.800 0.026 0.106 0.222 0.047 0.194 0.018 0.075 0.212 0.105 0.093 0.046 0.091 0.084 0.017 0.196 0.172 0.054 0.092 0.015 0.084 0.071 0.106 0.147 0.316 0.278 0.070 0.016 0.134 0.820 0.018 0.056 0.136 0.011 0.107 0.340 0.212 0.115 1.459 0.217 0.213 0.042 0.122 0.390 0.283 4.457 13.232 0.281 nan 0.094 0.036 0.041 0.064 0.597 0.912 0.202 0.180 0.276 0.057 0.229 0.309 0.063 0.079 0.218 0.334 0.461 0.487 0.055 0.193 0.028 0.177 0.132 0.091 0.291 0.095 0.021 0.148 0.014 0.035 0.082 0.044 0.057 0.057 0.036 0.264 0.024 0.010 0.071 0.563 0.075 0.053 0.041 0.017 0.091 0.108 0.086 0.089 0.050 0.007 0.220 0.178 0.051 0.096 0.077 0.115 0.100 0.023 2124 chr5 40832939 40843582 + 0 NA Intergenic Intergenic -2873 NM_000997 6167 Hs.447582 NM_000997 ENSG00000145592 RPL37 L37 ribosomal protein L37 protein-coding 1.994 2.552 3.820 2.239 2.259 1.357 0.913 1.968 0.629 1.373 4.481 0.609 3.089 6.127 1.916 1.563 0.754 1.447 0.624 3.280 0.569 3.838 2.213 2.484 7.731 5.182 4.290 0.781 1.934 1.570 1.463 0.191 4.550 1.750 1.091 2.510 0.849 4.938 3.562 2.252 0.940 5.646 4.940 1.144 6.643 1.855 2.964 2.470 3.346 4.615 2.768 3.181 2.347 1.153 3.880 4.073 3.487 4.323 6.294 7.409 6.756 7.177 2.291 3.249 1.842 2.017 3.228 3.200 2.318 1.464 0.589 4.105 1.582 3.163 0.331 0.216 1.649 2.590 2.230 0.693 6.232 0.215 0.458 1.872 3.008 1.633 1.944 0.954 0.962 1.345 2.235 1.882 4.110 4.674 1.373 5.272 2.255 1.447 2.873 1.702 0.727 4.369 2.500 2.172 1.095 4.282 1.091 1.026 0.519 1.095 1.644 1.532 1.391 1.125 721 chr12 58738640 58753403 + 0 NA Intergenic Intergenic -239463 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 0.793 0.668 1.405 0.082 0.362 0.229 0.074 0.020 0.377 0.424 0.121 0.111 0.093 0.043 0.694 0.484 0.294 0.097 0.186 0.065 0.078 0.147 0.432 0.066 0.087 0.387 0.292 0.304 0.022 0.089 0.249 0.120 0.067 0.211 0.210 0.719 0.228 0.081 0.302 0.343 0.191 0.141 0.176 0.092 nan 0.301 0.279 0.310 0.303 nan 6.746 2.222 0.307 0.347 0.349 nan 0.648 nan 0.420 0.168 0.108 0.295 0.294 0.224 0.248 0.441 2.509 1.349 0.019 0.183 0.038 0.374 0.040 0.060 0.019 0.343 0.053 0.015 0.073 0.078 0.059 0.078 0.012 0.016 0.062 0.014 0.066 0.280 0.099 0.067 0.084 0.133 0.377 0.057 1.996 0.294 0.016 0.203 0.105 0.059 0.048 0.055 0.040 0.139 0.106 0.233 0.053 0.208 0.063 0.052 0.070 0.028 1897 chr3 42692409 42696862 + 0 NA promoter-TSS (NM_145166) promoter-TSS (NM_145166) -541 NM_145166 92999 Hs.409561 NM_145166 ENSG00000114853 ZBTB47 ZNF651 zinc finger and BTB domain containing 47 protein-coding 1.648 nan 5.009 0.316 1.663 0.689 0.287 3.022 0.334 1.402 1.099 0.182 1.777 3.243 1.867 0.704 0.184 1.279 1.760 1.053 2.890 3.670 2.263 0.929 3.007 0.948 0.780 2.116 1.412 0.429 2.203 0.100 0.930 1.280 0.852 1.341 1.769 4.512 0.933 2.447 0.455 4.318 0.070 3.194 1.752 0.698 1.031 1.864 2.643 4.202 3.209 3.033 2.829 0.784 2.080 1.630 1.636 2.338 1.537 2.368 2.027 3.016 1.369 2.483 1.598 0.937 1.570 1.990 1.023 0.691 1.813 3.305 1.536 2.296 0.114 1.121 0.726 1.437 1.425 1.569 1.106 0.451 0.618 1.622 6.149 3.458 0.359 0.944 0.606 5.364 3.157 5.638 1.243 1.278 1.402 2.435 1.806 1.279 1.319 0.281 0.064 1.921 1.093 4.604 0.698 3.361 4.660 0.160 0.629 0.679 1.173 0.908 4.741 3.848 1043 chr16 30102066 30108480 + 0 NA intron (NM_031477, intron 3 of 3) MIRc|SINE|MIR -2068 NM_004608 6911 Hs.198301 NM_004608 ENSG00000149922 TBX6 SCDO5 T-box 6 protein-coding 2.649 1.985 3.672 4.155 3.641 2.886 1.579 3.109 1.961 2.037 0.806 0.101 1.192 3.514 1.262 1.511 0.590 4.741 1.644 1.790 0.232 2.995 0.865 0.909 9.267 4.005 2.976 5.926 1.579 2.783 1.326 0.050 2.341 0.408 1.115 2.548 0.734 1.285 1.209 3.092 0.440 3.178 3.909 1.603 4.057 0.781 2.904 4.294 2.311 3.303 2.830 2.388 3.855 1.318 4.978 4.765 1.366 2.468 7.248 9.084 2.413 2.290 2.282 3.348 3.690 3.218 2.662 4.797 1.906 1.084 1.124 2.296 1.505 1.160 6.985 1.622 0.130 1.160 1.081 1.768 1.473 0.963 0.667 1.396 0.631 0.488 1.592 1.144 0.950 0.617 2.497 2.115 1.857 4.755 2.037 4.049 2.193 4.741 1.627 3.515 1.131 2.475 3.593 0.674 2.020 1.212 0.337 1.299 1.760 2.427 0.368 0.705 0.153 0.110 1255 chr17 73069643 73096488 + 0 NA promoter-TSS (NM_001271765) promoter-TSS (NM_001271765) -757 NM_001271765 9121 Hs.592095 NM_004695 ENSG00000170190 SLC16A5 MCT5|MCT6 solute carrier family 16 member 5 protein-coding 1.186 1.150 1.014 0.349 2.846 0.388 0.189 2.574 0.808 0.259 0.508 0.246 0.573 1.025 0.958 0.125 0.083 0.268 0.254 1.656 0.562 2.800 2.137 2.248 4.574 1.974 1.658 0.633 1.469 0.169 0.187 0.108 3.595 0.589 0.829 0.951 0.642 1.184 0.515 2.244 0.652 3.225 7.620 1.198 2.828 0.551 0.762 0.836 0.285 0.676 0.507 0.715 1.091 0.454 0.446 0.474 nan 0.806 0.635 0.959 1.093 0.806 0.530 0.592 0.196 0.223 0.615 1.219 nan 0.479 0.084 3.423 1.158 1.530 0.601 0.152 0.042 2.358 2.173 0.895 4.941 0.016 0.079 4.007 0.857 0.423 1.303 0.265 0.297 0.874 6.320 0.866 0.750 3.693 0.259 3.208 0.998 0.268 0.710 2.400 0.105 2.019 0.227 1.541 0.407 1.603 1.103 0.102 0.066 0.471 0.704 2.567 2.499 1.696 2660 chr9 32692771 32707521 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 -64479 NM_153809 138474 Hs.591086 NM_153809 ENSG00000122728 TAF1L TAF(II)210|TAF2A2 TATA-box binding protein associated factor 1 like protein-coding 0.571 nan 0.666 0.102 0.126 0.249 0.143 0.191 0.013 0.130 0.087 0.120 0.630 0.258 0.056 0.114 0.101 0.063 0.205 0.572 0.160 0.257 2.294 0.126 7.069 1.809 1.715 0.398 0.644 0.152 0.037 0.064 0.120 0.968 0.151 1.704 0.637 1.446 0.316 0.968 0.028 0.205 0.323 0.143 0.235 0.914 0.221 0.232 0.176 0.296 0.347 0.367 0.190 0.118 0.144 0.097 0.227 0.345 0.126 0.141 0.460 0.326 0.173 0.213 0.096 0.100 0.259 0.570 0.710 0.894 0.018 2.614 0.246 0.188 0.014 0.048 0.009 5.657 4.850 0.030 0.055 0.020 0.032 0.118 0.365 0.249 2.843 0.032 0.057 0.109 0.077 0.033 1.018 2.306 0.130 0.609 0.291 0.063 0.756 0.203 0.006 0.008 0.076 1.044 0.390 2.406 0.344 0.048 0.047 0.260 0.459 0.843 0.007 0.024 669 chr12 26250010 26282030 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 11983 NM_030762 79365 Hs.177841 NM_030762 ENSG00000123095 BHLHE41 BHLHB3|DEC2|SHARP1|hDEC2 basic helix-loop-helix family member e41 protein-coding nan nan nan 2.908 0.982 0.195 0.080 1.504 0.144 0.064 0.831 0.056 0.462 0.573 0.262 0.259 0.162 0.056 0.359 0.819 0.309 0.970 0.197 1.470 0.774 0.353 0.545 0.978 0.507 0.140 0.173 0.120 0.707 2.318 0.121 0.652 0.180 0.344 1.160 0.238 0.322 0.599 0.516 0.364 3.570 0.771 0.732 1.335 0.758 1.465 0.361 0.389 0.662 0.183 5.703 6.122 1.067 1.348 1.092 1.544 0.889 0.657 4.021 5.613 0.095 0.197 0.723 1.087 0.406 0.305 0.052 0.555 0.265 2.486 0.282 0.418 0.165 0.481 0.388 0.113 0.873 0.050 0.102 0.679 0.288 0.188 0.154 0.210 0.147 2.272 0.505 1.529 0.849 0.218 0.064 0.959 1.032 0.056 0.167 0.522 0.233 3.923 0.533 1.268 1.062 0.364 0.366 0.065 5.094 0.414 3.609 0.484 0.214 0.097 282 chr1 202125203 202140627 + 0 NA Intergenic Intergenic -2199 NM_002832 5778 Hs.402773 NM_002832 ENSG00000143851 PTPN7 BPTP-4|HEPTP|LC-PTP|LPTP|PTPNI protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 7 protein-coding 1.418 0.993 2.716 0.148 0.075 0.392 0.259 0.180 0.008 0.305 0.174 0.104 0.025 0.086 0.058 0.174 0.174 0.202 0.611 0.131 0.048 0.071 0.028 0.067 0.915 0.114 0.128 0.444 0.009 0.125 0.105 0.077 0.352 0.007 0.034 0.108 0.031 0.053 0.264 0.028 0.031 0.141 0.213 0.086 0.106 0.119 3.291 5.375 1.441 1.284 0.972 0.978 0.764 0.197 nan nan 0.768 1.455 0.589 0.916 1.309 1.497 1.648 2.417 0.218 0.302 0.630 1.056 0.657 0.457 0.380 0.156 0.019 0.169 0.019 0.342 0.037 0.161 0.071 0.161 0.186 0.048 0.140 0.114 0.062 0.040 0.064 0.072 0.063 0.175 0.351 0.060 0.051 0.139 0.305 0.125 0.078 0.202 0.040 0.060 0.282 0.200 0.235 0.007 0.011 0.072 0.029 0.120 2.007 0.535 0.030 0.055 0.045 0.007 420 chr10 115711079 115723532 + 0 NA Intergenic L1MB2|LINE|L1 -86501 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.676 nan 0.623 0.838 0.375 3.815 2.008 0.241 2.436 0.332 0.162 0.051 0.656 0.983 0.005 2.286 0.649 0.317 0.138 1.998 1.667 1.151 1.110 5.282 2.343 1.449 2.198 1.233 0.828 0.052 0.064 0.388 0.664 0.329 0.943 0.260 0.271 0.251 1.235 0.220 2.011 0.382 0.173 0.093 0.972 0.416 0.332 0.937 2.634 0.105 0.133 8.337 6.126 0.257 0.271 0.223 0.388 9.143 12.838 0.161 0.047 2.354 3.516 3.868 3.548 0.198 0.244 2.621 1.573 1.035 2.521 0.277 0.379 1.622 2.180 0.056 1.471 1.162 0.226 0.104 0.525 0.135 0.207 0.069 0.106 2.031 0.452 0.489 0.134 0.421 0.180 0.012 0.784 0.332 2.675 2.665 0.317 0.493 0.626 0.016 0.110 0.882 0.794 0.314 0.625 0.018 0.832 2.589 0.200 0.091 0.684 0.055 0.016 1852 chr22 39847867 39871901 + 0 NA intron (NM_002409, intron 1 of 1) AluJr|SINE|Alu 6559 NM_002409 4248 Hs.276808 NM_002409 ENSG00000128268 MGAT3 GNT-III|GNT3 mannosyl (beta-1,4-)-glycoprotein beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.342 nan 0.618 0.333 0.742 0.624 0.258 0.328 0.732 0.788 0.075 0.095 0.039 0.124 0.055 0.130 0.068 0.930 1.217 0.226 0.149 0.074 0.066 0.144 0.728 0.155 0.101 0.708 0.037 0.142 0.939 0.110 0.222 0.020 0.038 0.235 0.088 0.120 0.200 0.027 0.097 0.149 0.192 0.060 0.337 0.057 2.065 2.921 0.350 0.401 1.312 1.227 0.609 0.287 0.197 0.226 0.608 nan 0.768 1.204 nan 0.910 0.653 1.240 0.261 0.194 0.803 1.615 0.663 0.432 1.766 0.071 0.441 0.246 0.058 0.885 0.190 0.020 0.047 0.125 0.054 0.035 0.204 0.201 0.053 0.033 0.067 0.130 0.186 0.124 0.657 0.275 0.020 0.070 0.788 0.253 0.045 0.930 0.072 0.148 0.662 0.631 0.161 0.042 0.009 0.125 0.222 0.095 0.715 0.211 0.060 0.041 0.024 0.006 639 chr12 7008314 7025048 + 0 NA intron (NM_201650, intron 5 of 7) MIRc|SINE|MIR 2784 NM_201650 10233 Hs.155586 NM_006992 ENSG00000010626 LRRC23 LRPB7 leucine rich repeat containing 23 protein-coding 2.075 nan nan 1.850 0.546 2.043 1.112 0.738 0.077 2.150 0.192 0.067 0.489 1.024 0.140 0.732 0.515 2.053 0.859 0.746 0.141 0.691 0.334 0.533 1.752 0.487 0.519 3.901 0.497 0.396 0.748 0.171 0.459 0.268 0.332 0.562 0.150 0.392 0.512 0.385 0.287 0.767 1.217 0.489 0.442 0.443 0.800 1.308 1.945 2.843 nan 4.219 5.023 2.815 1.774 1.828 1.694 2.377 1.384 2.695 0.967 0.846 0.957 1.740 1.999 1.707 1.906 nan 1.313 0.755 1.298 0.322 0.178 0.502 0.340 1.437 0.174 0.539 0.416 0.304 0.302 0.346 1.544 0.363 0.213 0.230 0.147 0.216 0.274 1.051 1.234 1.316 0.288 0.438 2.150 1.293 0.686 2.053 0.095 0.308 3.166 1.466 0.643 0.310 0.164 0.699 0.112 0.207 0.566 1.136 0.369 0.214 0.198 0.066 989 chr15 90940842 90967140 + 0 NA intron (NM_003870, intron 2 of 37) L1PA5|LINE|L1 22518 NM_003870 8826 Hs.430551 NM_003870 ENSG00000140575 IQGAP1 HUMORFA01|SAR1|p195 IQ motif containing GTPase activating protein 1 protein-coding nan nan nan 0.429 1.081 0.770 0.359 0.996 2.090 0.302 1.098 0.166 0.905 1.842 2.600 0.303 0.219 0.388 0.193 0.515 1.107 1.313 1.190 0.880 7.107 4.396 1.869 2.434 1.665 0.106 0.268 0.102 1.314 0.623 1.392 1.492 0.515 2.657 1.405 0.976 0.366 1.463 0.881 0.548 1.588 0.705 0.417 0.417 1.158 2.842 0.403 0.428 nan 0.464 0.895 0.809 1.168 1.731 1.360 1.976 nan 0.716 0.508 0.894 0.178 0.265 0.512 nan 0.632 0.464 0.158 1.782 1.133 2.211 0.334 0.200 0.052 1.288 0.761 1.516 1.205 0.022 0.087 0.736 0.411 0.244 0.785 0.072 0.180 1.748 0.784 0.953 0.757 1.736 0.302 1.840 3.940 0.388 1.159 1.287 0.108 0.430 0.491 1.052 0.838 1.220 3.144 0.066 0.245 0.235 1.325 0.553 0.344 0.287 1505 chr19 59082969 59088320 + 0 NA promoter-TSS (NM_003422) promoter-TSS (NM_003422) -702 NM_001267033 7593 Hs.399810 NM_003422 ENSG00000099326 MZF1 MZF-1|MZF1B|ZFP98|ZNF42|ZSCAN6 myeloid zinc finger 1 protein-coding 5.251 3.368 4.421 5.385 4.465 9.713 5.116 5.081 0.614 4.821 2.537 0.464 1.034 2.939 3.674 2.222 0.820 4.370 3.715 3.956 1.550 2.969 0.927 2.253 5.918 3.695 3.598 10.193 1.806 2.214 5.421 0.284 5.152 1.438 1.817 2.054 0.624 3.251 2.376 0.798 0.902 2.956 5.400 2.172 0.018 1.746 7.007 8.718 3.257 5.790 9.166 8.283 13.462 9.256 6.310 6.971 6.208 8.256 9.844 13.157 8.292 8.676 2.278 3.708 7.023 6.198 7.307 8.615 5.582 3.420 4.561 1.569 1.848 3.797 2.281 6.665 2.928 1.125 1.160 2.263 2.700 1.296 3.109 6.968 2.882 1.184 1.610 1.039 0.621 2.692 4.710 3.459 3.005 1.510 4.821 4.270 2.367 4.370 1.813 2.662 2.110 4.342 2.707 1.634 1.607 3.622 2.807 1.229 1.637 2.411 1.981 0.595 2.589 1.642 2372 chr6 138187129 138195653 + 0 NA intron (NM_001270508, intron 1 of 8) intron (NM_001270508, intron 1 of 8) -2021 NR_049793 100130476 Hs.598050 NR_049793 ENSG00000237499 LOC100130476 - uncharacterized LOC100130476 ncRNA 1.396 1.217 1.345 0.628 0.803 0.569 0.407 2.574 0.686 0.872 1.829 0.056 0.907 3.005 1.489 0.201 0.173 0.211 0.532 0.561 0.951 2.671 1.743 0.607 1.169 0.603 0.607 4.317 0.361 0.564 1.397 0.125 1.115 0.681 0.223 5.120 0.276 0.514 1.504 2.964 0.471 2.837 0.556 1.718 2.762 0.776 0.498 0.325 2.487 4.587 1.959 1.262 nan 1.553 1.729 1.805 0.325 0.504 0.579 1.500 1.521 1.564 0.581 0.581 0.746 1.139 0.506 nan 0.644 0.445 0.302 1.141 0.170 1.055 0.177 0.409 0.325 1.893 1.894 0.191 3.832 0.057 0.201 6.263 1.562 0.987 1.804 0.469 0.291 1.446 1.242 2.055 0.147 0.553 0.872 1.364 0.418 0.211 0.665 1.069 0.388 2.137 0.441 1.040 0.138 0.375 1.382 3.948 0.116 0.247 0.753 2.622 0.162 0.112 1348 chr18 55251586 55263097 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -3372 NM_000140 2235 Hs.365365 NM_000140 ENSG00000066926 FECH EPP|FCE ferrochelatase protein-coding nan 1.170 1.626 0.929 0.437 0.708 0.445 0.921 0.220 1.879 0.284 0.042 0.051 0.221 0.854 0.352 0.149 1.279 0.442 1.141 0.161 0.196 0.229 0.466 0.663 0.273 0.235 1.628 0.152 0.518 0.669 0.051 0.447 0.134 0.280 0.316 0.184 0.405 0.719 0.294 0.407 0.312 1.670 0.468 1.424 0.181 1.185 1.498 1.444 2.709 2.230 2.530 6.532 1.413 6.315 6.489 0.683 0.949 1.352 2.267 1.254 1.142 0.776 1.193 1.388 2.258 0.841 0.977 nan 1.812 0.276 0.646 0.140 1.167 0.242 0.418 0.289 0.367 0.446 0.563 1.597 0.175 0.748 0.911 0.193 0.217 0.087 0.745 0.628 0.356 0.969 0.829 0.350 0.716 1.879 0.279 0.394 1.279 0.639 0.237 0.178 0.928 0.486 0.212 0.222 0.233 0.137 0.320 0.243 0.227 0.119 0.106 0.118 0.062 2248 chr6 6926520 6948230 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -170455 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.059 1.207 0.858 0.600 0.079 0.459 0.245 0.082 0.017 0.353 0.101 0.090 0.026 0.100 0.032 0.260 0.225 5.755 0.807 0.147 0.023 0.071 0.015 0.119 0.621 0.097 0.125 0.448 0.074 0.108 0.040 0.095 0.228 0.006 0.066 0.047 0.014 0.022 0.277 0.170 0.050 0.083 0.289 0.092 0.125 0.072 1.626 1.931 0.241 0.392 1.935 1.933 1.152 0.697 0.416 0.485 0.249 0.428 0.947 0.744 1.024 0.740 0.261 0.456 0.198 0.247 0.850 1.179 1.264 0.806 0.523 0.111 0.048 0.055 0.138 0.614 0.026 0.508 0.314 0.024 0.299 0.021 1.619 0.174 0.050 0.014 0.077 0.039 0.056 0.217 0.191 0.095 0.153 0.854 0.353 0.139 0.120 5.755 0.219 0.213 0.050 0.075 0.743 0.012 0.013 0.144 0.057 0.058 0.109 0.529 0.038 0.083 0.024 0.005 577 chr11 93469908 93479656 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286067) promoter-TSS (NM_001286067) 22 NM_001286068 28970 Hs.8360 NM_014039 ENSG00000182919 C11orf54 PTD012|PTOD012 chromosome 11 open reading frame 54 protein-coding 1.900 nan 1.448 2.523 2.086 2.560 1.250 2.444 1.228 1.724 0.542 0.115 0.642 2.289 1.931 1.389 0.742 2.382 1.261 2.578 1.158 1.755 1.205 3.032 2.798 2.839 2.126 5.028 1.335 3.355 2.740 0.179 1.784 1.174 2.176 2.625 0.591 3.589 2.839 3.272 0.834 3.904 3.461 1.387 6.461 1.464 9.887 9.347 3.765 nan 4.767 4.909 5.042 2.667 13.369 13.842 3.524 4.253 4.945 6.575 5.145 5.523 4.598 7.251 3.607 4.246 5.352 nan 2.575 1.399 1.802 1.990 0.862 1.609 2.436 2.019 0.912 1.654 1.687 1.114 2.497 0.607 1.248 5.948 3.395 1.581 1.933 0.951 1.107 3.004 2.267 1.859 1.624 2.389 1.724 2.058 5.043 2.382 1.718 1.868 0.576 1.786 1.417 1.828 0.857 2.611 1.758 2.312 2.164 2.014 1.379 2.827 1.660 1.192 1137 chr17 17659674 17696852 + 0 NA intron (NM_030665, intron 2 of 5) MIR|SINE|MIR 4580 NR_024007 140771 Hs.352643 NM_144774 ENSG00000226746 SMCR5 NCRNA00034 Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 5 (non-protein coding) ncRNA 2.024 1.100 1.946 1.227 0.241 2.640 1.486 0.312 0.423 1.623 0.345 0.047 0.163 0.687 0.113 0.739 0.395 2.348 0.947 0.387 0.107 0.142 0.076 0.131 2.355 0.853 0.915 2.509 0.448 0.297 0.368 0.040 0.408 0.153 0.065 0.234 0.096 0.252 0.381 0.229 0.039 0.635 0.591 0.150 0.156 0.440 2.041 3.513 0.408 nan 4.340 4.263 1.356 0.471 0.540 0.467 1.054 1.472 4.667 5.636 nan 6.076 0.626 0.912 0.767 0.818 2.405 3.874 1.589 0.799 1.220 0.471 0.097 0.276 0.898 1.880 0.388 0.139 0.083 0.317 0.304 0.317 1.133 0.302 0.133 0.094 0.217 0.194 0.178 0.174 0.726 1.367 0.331 0.132 1.623 0.502 0.243 2.348 0.107 0.143 0.654 1.024 2.227 0.033 0.087 0.280 0.160 0.127 0.405 2.946 0.448 0.132 0.054 0.041 1227 chr17 49189371 49210971 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1945 NM_003971 9043 Hs.463439 NM_003971 ENSG00000008294 SPAG9 CT89|HLC-6|HLC4|HLC6|JIP-4|JIP4|JLP|PHET|PIG6 sperm associated antigen 9 protein-coding 2.236 1.516 nan 1.385 1.648 1.731 0.778 1.552 2.192 0.683 1.444 0.350 0.760 1.816 0.951 0.843 0.303 0.892 0.771 1.092 0.413 1.306 0.897 1.564 nan 1.554 1.411 1.619 0.593 0.645 0.678 0.118 1.681 0.661 0.517 2.522 0.257 1.225 1.420 1.031 0.394 1.924 2.583 1.310 1.221 0.625 1.413 1.389 1.165 1.621 1.735 nan 2.147 0.875 3.292 3.460 1.119 1.425 2.068 nan 2.238 1.907 1.110 1.664 0.924 1.325 1.484 1.934 1.041 0.562 0.462 2.437 0.443 1.116 0.461 0.853 0.244 1.593 1.234 0.583 1.448 0.185 0.741 1.956 0.747 0.385 1.015 0.456 0.338 2.508 2.100 2.143 1.866 1.120 0.683 3.107 1.346 0.892 0.436 0.920 0.414 1.529 0.561 0.819 0.933 1.093 0.674 0.383 0.622 0.549 0.423 1.219 0.699 0.626 1417 chr19 19474931 19499653 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -9350 NM_017660 54815 Hs.118964 NM_017660 ENSG00000167491 GATAD2A p66alpha GATA zinc finger domain containing 2A protein-coding 1.933 1.976 2.034 1.123 1.031 0.745 0.453 0.887 0.940 0.580 0.637 0.474 0.772 2.066 0.343 0.326 0.240 1.552 0.457 1.258 0.145 1.753 0.998 1.035 nan 1.687 1.747 2.036 0.550 0.203 0.597 0.098 1.769 0.226 0.484 1.480 0.607 1.802 1.191 1.026 0.741 1.582 2.330 0.434 1.772 0.361 0.925 1.174 1.118 1.806 1.394 1.223 3.089 1.421 1.813 1.863 0.971 1.415 2.504 3.737 1.178 1.067 0.484 0.825 1.402 1.729 1.135 1.910 1.445 0.867 0.765 0.936 1.080 0.599 0.366 0.692 0.129 1.889 1.304 0.556 1.085 0.269 0.255 0.750 1.446 0.752 1.041 0.225 0.304 0.328 1.324 0.846 0.644 2.061 0.580 3.010 0.801 1.552 1.062 1.586 0.170 0.875 0.886 1.703 0.251 1.638 0.218 0.135 0.299 0.321 0.564 0.634 0.142 0.084 216 chr1 156425113 156443311 + 0 NA 3' UTR (NM_001271629, exon 11 of 11) 3' UTR (NM_001271629, exon 11 of 11) 26179 NM_001271629 4209 Hs.314327 NM_005920 ENSG00000116604 MEF2D - myocyte enhancer factor 2D protein-coding nan nan 3.469 1.788 0.609 1.543 0.830 0.765 1.029 1.108 0.821 0.290 0.270 1.127 1.787 1.556 0.915 1.661 1.007 1.419 0.190 0.928 0.562 0.307 3.740 1.388 1.986 8.775 0.679 0.706 0.916 0.155 0.965 0.738 0.225 0.668 0.350 1.200 0.731 0.689 0.124 0.977 1.551 0.671 0.946 0.574 1.576 1.652 1.610 2.256 2.665 nan 2.875 1.255 1.926 1.996 1.252 1.763 5.257 6.224 1.156 1.235 1.418 2.204 1.999 1.827 1.000 1.947 1.348 0.764 0.865 0.943 0.199 0.556 2.706 1.855 0.426 0.721 0.747 0.713 1.118 0.548 0.375 1.423 0.451 0.283 0.714 0.286 0.259 0.676 1.387 1.112 0.668 2.847 1.108 1.824 0.887 1.661 0.867 2.247 0.570 2.736 1.390 0.305 0.238 1.212 0.263 0.378 1.169 0.499 0.352 0.401 0.671 0.558 852 chr14 37209691 37278936 + 0 NA intron (NM_030631, intron 3 of 9) intron (NM_030631, intron 3 of 9) 117540 NM_006194 5083 Hs.132576 NM_006194 ENSG00000198807 PAX9 STHAG3 paired box 9 protein-coding 1.290 0.897 1.077 1.092 0.190 1.337 0.676 0.070 0.942 0.358 0.155 0.121 0.276 0.630 0.032 0.305 0.242 0.748 0.124 2.894 0.029 0.400 0.222 0.223 9.205 2.117 0.636 4.817 0.642 0.057 0.048 0.122 0.932 0.031 0.067 0.123 0.008 0.054 0.357 0.115 0.219 0.888 0.931 0.041 0.141 0.149 0.233 0.164 0.196 0.301 1.806 1.893 1.644 0.499 0.268 0.292 0.505 0.757 2.380 2.291 0.626 0.257 0.309 0.378 2.735 2.885 0.154 0.244 0.707 0.539 6.929 0.215 0.036 0.120 0.190 1.904 0.036 0.123 0.028 0.010 0.157 0.921 0.124 0.069 0.027 0.014 0.404 0.026 0.038 0.144 0.088 0.042 0.031 0.204 0.358 0.513 0.076 0.748 0.301 0.273 0.109 0.062 0.405 0.087 0.083 0.094 0.061 0.038 0.300 0.139 0.018 0.069 0.023 0.017 643 chr12 7124351 7127169 + 0 NA promoter-TSS (NM_005768) promoter-TSS (NM_005768) 82 NM_005768 10162 Hs.655248 NM_005768 ENSG00000111684 LPCAT3 C3F|LPCAT|LPLAT 5|LPSAT|MBOAT5|OACT5|nessy lysophosphatidylcholine acyltransferase 3 protein-coding 3.838 nan 4.068 7.753 3.072 2.495 1.287 2.100 0.509 1.412 0.826 0.057 0.336 1.983 2.545 1.664 1.560 2.658 2.839 2.271 1.025 2.013 0.864 1.762 4.270 3.164 2.181 9.059 0.782 2.580 4.127 0.084 3.849 0.675 1.718 3.286 0.475 2.190 3.782 1.560 1.760 4.928 6.597 1.477 3.165 1.578 1.344 2.361 2.398 3.952 nan 6.409 7.516 3.050 10.347 10.592 2.926 3.437 3.273 6.630 3.923 4.061 1.940 3.736 3.011 1.643 3.864 5.571 1.335 0.673 2.979 1.075 1.410 2.843 1.063 2.281 1.275 1.446 1.764 1.272 2.740 0.943 3.358 1.747 2.267 1.251 0.736 1.326 1.375 2.305 4.962 5.730 1.512 1.325 1.412 1.237 2.127 2.658 1.304 1.150 9.218 7.230 1.511 1.706 2.425 1.593 1.304 0.818 1.736 1.614 0.930 0.884 0.866 0.421 1951 chr3 133156102 133173162 + 0 NA intron (NR_135277, intron 2 of 3) MER2|DNA|TcMar-Tigger 9988 NR_135278 85003 Hs.659202 NR_135276 ENSG00000249993 BFSP2-AS1 - BFSP2 antisense RNA 1 ncRNA 0.938 nan nan 0.251 0.185 2.943 1.497 0.148 0.312 0.277 0.324 0.236 0.111 0.173 0.068 0.359 0.238 0.324 0.243 0.285 0.036 0.139 0.087 0.974 0.914 0.184 0.163 0.432 0.214 1.285 0.038 0.067 0.284 0.133 0.219 0.174 0.139 0.108 0.213 0.224 0.099 0.256 0.860 0.102 0.133 0.171 0.344 0.305 0.881 1.630 0.499 0.503 6.841 0.859 0.519 0.549 0.702 1.025 0.678 0.457 nan 0.318 0.153 0.308 0.791 1.338 0.280 0.583 1.436 0.657 0.214 0.637 0.388 0.145 0.034 0.177 0.248 0.093 0.131 0.601 0.084 0.167 0.156 0.046 0.052 0.077 0.196 0.306 0.235 0.307 0.089 1.168 0.515 0.277 0.092 0.114 0.324 0.158 0.398 0.131 0.096 0.317 0.050 0.211 0.120 0.098 1.092 0.040 0.053 0.086 0.134 0.027 0.015 1120 chr17 7379117 7391434 + 0 NA intron (NM_001102614, intron 1 of 1) intron (NM_001102614, intron 1 of 1) 554 NM_001102614 643664 Hs.632234 NM_001102614 ENSG00000259224 SLC35G6 AMAC1L3|TMEM21B solute carrier family 35 member G6 protein-coding 3.982 2.228 2.601 1.645 1.806 2.908 1.795 2.405 2.610 2.444 1.749 0.354 0.926 2.978 3.169 1.267 0.573 4.089 0.988 2.089 0.905 1.298 0.684 1.744 6.152 3.115 3.516 4.929 0.722 1.966 10.503 0.489 5.738 1.497 2.138 1.911 1.134 4.100 3.031 0.902 0.893 3.730 2.102 3.019 1.957 2.993 5.341 6.272 4.175 6.025 7.570 6.899 5.094 3.245 5.397 5.656 3.407 4.098 6.112 7.712 2.804 2.754 3.317 4.452 2.158 2.269 5.387 8.960 1.537 0.932 3.341 1.852 1.899 1.817 1.402 2.198 3.094 1.391 1.467 1.171 3.324 0.341 0.956 4.198 2.441 1.062 1.554 1.121 0.799 2.455 4.914 4.348 1.434 1.537 2.444 3.748 4.782 4.089 2.342 1.551 0.820 4.243 3.825 1.206 0.797 3.102 1.584 1.143 1.716 4.260 1.907 0.721 1.969 1.314 1475 chr19 48771975 48778514 + 0 NA intron (NM_001331098, intron 2 of 5) CpG 742 NM_001331098 163071 Hs.511883 NM_153608 ENSG00000178150 ZNF114 - zinc finger protein 114 protein-coding 3.381 1.331 1.314 0.859 0.132 0.680 0.381 2.198 0.277 1.293 0.825 0.541 1.619 6.105 1.700 0.332 0.148 0.091 0.165 2.013 0.133 1.486 1.245 0.370 nan 1.223 0.743 1.043 1.793 0.409 5.491 0.330 0.870 0.467 3.307 2.263 0.991 4.883 1.599 1.098 0.496 0.634 4.632 3.324 7.486 0.979 0.259 0.172 0.370 0.778 0.746 0.605 4.852 1.247 0.315 0.274 3.130 4.552 0.473 0.623 3.897 3.376 0.873 1.179 3.237 3.196 0.840 1.229 0.578 0.592 3.441 4.827 2.864 1.610 0.473 0.109 1.489 0.859 0.707 0.437 2.503 0.556 0.025 0.754 2.970 1.168 0.834 0.810 0.682 0.413 2.902 2.523 2.766 1.338 1.293 5.825 4.775 0.091 1.836 0.583 1.217 1.903 0.146 0.031 1.189 3.847 0.322 0.494 0.498 0.305 0.196 2.784 0.229 0.031 1794 chr21 30670485 30689447 + 0 NA intron (NR_027655, intron 1 of 7) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 2441 NR_027655 571 Hs.154276 NM_001186 ENSG00000156273 BACH1 BACH-1|BTBD24 BTB domain and CNC homolog 1 protein-coding 2.154 1.080 3.761 0.844 0.637 0.715 0.338 1.231 2.163 0.770 1.121 0.094 0.188 0.651 0.471 0.491 0.201 0.731 0.801 0.414 0.522 0.432 0.307 0.626 1.219 0.743 0.733 2.339 0.183 0.465 0.402 0.109 1.132 0.260 0.738 0.801 0.231 0.893 0.682 0.311 0.207 0.815 1.046 0.894 0.784 0.165 1.593 1.483 1.528 1.869 1.519 1.176 1.264 0.419 1.890 2.025 1.315 2.073 1.123 2.120 1.287 0.909 0.791 1.447 1.354 1.789 1.891 2.458 nan 0.911 0.330 0.551 0.216 1.002 0.147 0.341 0.745 0.665 0.593 0.447 0.956 0.230 0.259 0.568 0.785 0.368 0.330 0.657 0.510 1.673 0.857 1.200 0.387 0.737 0.770 0.733 0.620 0.731 0.582 0.565 0.127 0.622 0.428 0.626 0.109 0.275 0.991 0.394 0.605 0.559 0.174 0.343 0.216 0.170 1187 chr17 39966485 39970775 + 0 NA promoter-TSS (NM_006455) promoter-TSS (NM_006455) -179 NM_006455 10609 Hs.446459 NM_006455 ENSG00000141696 P3H4 LEPREL4|NO55|NOL55|SC65 prolyl 3-hydroxylase family member 4 (non-enzymatic) protein-coding nan 2.686 2.653 1.230 2.243 1.525 0.971 7.385 0.331 3.385 2.408 0.412 0.616 1.940 11.144 1.892 1.273 3.037 1.075 4.285 1.126 4.848 2.049 4.109 3.400 2.560 2.065 3.227 2.335 5.878 4.479 0.148 1.927 1.840 2.170 5.154 0.554 2.475 1.607 3.774 3.082 9.281 2.893 3.899 4.230 1.663 3.832 4.214 2.550 3.888 nan 3.071 6.542 1.972 1.909 1.822 0.828 1.534 8.836 10.140 5.917 6.471 2.184 3.954 3.129 1.663 3.319 5.592 2.225 1.382 2.521 4.095 1.136 3.205 2.131 2.219 5.492 0.671 0.520 4.704 7.905 0.598 2.904 1.223 0.544 0.544 1.935 3.475 2.875 1.001 8.373 5.503 5.595 4.851 3.385 1.551 5.169 3.037 0.913 1.337 0.619 11.435 3.819 2.039 0.636 2.774 1.559 3.050 1.704 2.336 1.175 1.253 3.221 1.540 2193 chr5 134896535 134924487 + 0 NA intron (NM_004887, intron 2 of 3) intron (NM_004887, intron 2 of 3) 4458 NM_004887 9547 Hs.483444 NM_004887 ENSG00000145824 CXCL14 BMAC|BRAK|KEC|KS1|MIP-2g|MIP2G|NJAC|SCYB14 C-X-C motif chemokine ligand 14 protein-coding 0.771 0.898 nan 0.101 0.049 0.381 0.264 0.092 0.020 0.183 0.075 0.063 0.013 0.053 0.027 0.079 0.059 0.094 0.125 0.197 0.044 0.063 0.004 0.176 0.220 0.105 0.053 0.439 0.016 7.617 0.042 0.091 0.574 0.013 0.070 0.099 0.087 0.123 0.356 0.047 0.292 0.213 0.196 0.153 0.035 0.100 0.301 0.225 0.241 0.318 0.322 0.401 1.057 0.260 0.228 0.280 0.148 0.368 0.223 0.227 0.386 0.227 0.167 0.256 0.218 0.181 0.214 0.418 0.328 0.320 0.022 0.074 0.010 0.079 0.026 0.137 0.020 0.057 0.052 0.037 0.078 0.017 0.040 0.106 0.049 0.036 0.055 1.506 1.551 0.115 0.096 0.041 0.140 0.064 0.183 0.049 0.069 0.094 0.057 0.053 0.087 0.097 0.033 0.010 0.015 0.034 0.068 4.239 0.021 0.075 0.030 0.037 0.113 0.065 2636 chr9 1791878 1799111 + 0 NA Intergenic Intergenic -219725 NM_001289397 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.882 1.669 0.735 0.073 0.030 0.349 0.111 0.008 0.009 0.316 0.124 0.068 0.044 0.088 0.080 0.116 0.111 0.207 0.029 0.117 0.047 0.033 0.029 0.273 0.180 0.015 0.109 0.056 0.032 0.039 0.011 0.086 0.115 0.117 0.228 0.307 0.019 0.114 2.120 1.135 10.846 0.914 0.268 0.538 0.186 0.091 6.178 6.101 2.694 3.826 0.154 0.176 3.712 3.327 0.264 1.594 0.067 0.056 0.043 nan 0.705 0.895 0.036 0.078 0.013 0.012 3.595 0.010 0.010 0.030 0.025 0.025 0.033 0.031 0.044 0.033 0.055 0.045 0.010 0.011 0.036 0.316 0.030 0.025 0.116 0.034 0.023 0.174 0.028 0.046 0.063 0.408 0.018 0.008 0.016 0.014 2092 chr4 188520330 188530427 + 0 NA intron (NR_110436, intron 2 of 2) HAL1-3A_ME|LINE|L1 68417 NR_110436 100506272 Hs.508163 NR_110436 ENSG00000250590 LOC100506272 - uncharacterized LOC100506272 ncRNA nan 0.575 nan 0.140 0.087 0.099 0.080 0.157 0.043 0.356 0.045 0.056 0.170 0.168 0.019 0.109 0.074 0.301 0.042 0.149 0.012 0.068 0.043 0.143 0.404 0.088 0.098 0.326 0.043 0.064 0.107 0.087 0.371 0.100 0.099 0.046 0.322 1.391 0.166 0.474 0.046 0.145 0.112 0.125 0.047 0.062 0.297 0.221 1.000 1.153 0.259 0.347 0.068 0.048 0.174 0.191 0.072 0.155 0.569 0.557 0.384 0.117 0.165 0.132 0.385 0.478 0.160 0.438 0.178 0.199 0.018 0.245 0.048 0.030 0.035 0.041 0.408 0.219 0.127 0.103 0.063 0.129 4.127 1.989 0.023 0.049 0.018 0.227 0.113 0.353 0.023 0.033 0.356 0.078 0.046 0.301 0.029 0.161 0.309 0.368 1.416 0.009 0.022 0.055 0.034 0.010 0.099 0.083 0.075 1.452 1.691 676 chr12 29385919 29400433 + 0 NA intron (NM_001271784, intron 1 of 10) LTR85c|LTR|Gypsy? 16620 NM_018099 55711 Hs.684482 NM_018099 ENSG00000064763 FAR2 HEL-S-81|MLSTD1|SDR10E2 fatty acyl-CoA reductase 2 protein-coding nan nan nan 0.270 0.520 0.200 0.121 0.338 0.020 0.985 0.227 0.056 0.483 1.034 0.035 0.086 0.123 0.058 0.119 0.351 0.017 0.743 0.257 0.424 0.579 0.215 0.132 0.296 0.220 0.074 0.097 0.130 0.192 1.988 0.126 0.466 0.005 0.071 0.320 0.301 0.066 0.563 0.178 0.125 0.578 0.596 0.227 0.166 0.189 0.252 0.428 0.471 0.170 0.093 0.477 0.454 3.617 3.689 0.169 0.192 0.777 0.645 0.194 0.206 0.038 0.035 0.657 2.727 0.247 0.342 0.066 0.425 0.040 0.301 0.035 0.098 0.009 0.063 0.030 0.031 0.059 0.082 0.164 0.033 0.022 0.317 0.005 0.020 0.307 0.045 0.142 0.033 0.032 0.985 0.648 0.165 0.058 0.102 0.040 0.209 0.112 0.048 0.051 0.425 0.092 0.083 0.008 0.051 0.433 0.147 0.132 0.028 0.004 1251 chr17 69894495 69899948 + 0 NA Intergenic Intergenic 124899 NR_110876 102723505 Hs.547482 NR_110876 ENSG00000228639 LINC02095 - long intergenic non-protein coding RNA 2095 ncRNA 0.816 nan 0.620 0.207 0.262 0.237 0.177 0.015 0.023 0.161 0.206 0.111 3.022 4.573 0.585 0.157 0.307 0.171 0.171 0.176 0.409 1.374 3.002 0.382 0.284 0.177 0.117 0.344 3.947 0.098 0.039 0.142 0.637 0.817 0.043 0.102 0.015 0.150 0.302 1.322 0.430 0.125 0.966 1.601 0.457 2.080 2.403 0.669 0.226 0.205 0.490 0.324 0.155 0.279 0.213 0.847 nan 0.290 0.382 0.492 0.270 0.391 0.664 0.185 0.544 0.135 0.167 0.480 0.460 0.010 5.217 0.666 0.036 0.032 0.025 0.040 0.041 0.094 0.088 2.470 0.132 0.186 0.433 0.014 7.439 0.030 0.858 0.044 0.700 0.161 0.788 0.017 0.171 1.459 0.736 0.252 0.019 1.571 3.511 2.071 1.408 0.062 0.055 0.069 2.763 6.878 1.700 1.603 277 chr1 199880768 199885514 + 0 NA Intergenic Intergenic -113589 NM_003822 2494 Hs.33446 NM_003822 ENSG00000116833 NR5A2 B1F|B1F2|CPF|FTF|FTZ-F1|FTZ-F1beta|LRH-1|LRH1|hB1F-2 nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 protein-coding 0.620 nan 0.948 0.220 0.077 0.312 0.169 0.051 0.239 0.140 0.171 0.085 0.090 0.053 0.068 0.219 0.151 0.259 0.268 0.023 0.124 0.066 0.083 0.138 0.139 0.074 0.284 0.061 0.045 0.023 0.104 0.231 0.081 0.048 0.016 0.030 0.255 0.069 0.068 0.180 0.278 0.074 0.119 0.130 0.397 0.452 11.436 3.283 0.357 0.570 0.141 0.065 1.027 1.094 0.280 nan 0.425 0.375 0.240 0.104 0.151 0.278 0.106 0.138 0.222 0.296 0.271 0.354 0.047 0.162 0.175 0.052 0.029 0.029 0.124 0.020 0.069 0.135 0.052 0.017 0.080 0.032 0.036 0.191 0.240 0.074 0.066 0.072 0.239 0.089 0.019 0.151 0.076 0.052 0.081 0.156 0.063 0.009 0.072 0.075 0.102 0.085 0.058 0.100 0.002 2456 chr7 91458410 91483201 + 0 NA Intergenic Intergenic 39229 NM_001301135 7978 Hs.532216 NM_006980 ENSG00000127989 MTERF1 MTERF mitochondrial transcription termination factor 1 protein-coding nan 0.630 nan 0.091 0.205 0.246 0.071 0.148 0.040 0.147 0.119 0.078 0.069 0.248 0.028 0.114 0.141 0.137 0.222 0.257 0.090 0.221 0.110 0.176 0.162 0.100 0.169 0.311 0.112 4.850 0.489 0.169 0.802 0.033 0.042 0.101 0.045 0.127 0.634 0.211 2.679 4.067 7.332 0.234 0.132 0.101 0.421 0.274 0.280 0.416 0.333 0.418 0.467 0.152 0.249 0.301 0.327 0.546 0.245 0.209 0.396 0.156 0.216 0.280 0.096 0.126 0.306 nan 0.703 0.854 0.034 0.189 0.124 0.104 0.032 0.107 0.050 0.025 0.015 0.069 0.063 0.023 0.076 0.156 0.051 0.028 0.105 2.443 3.948 0.148 0.079 0.121 0.022 0.053 0.147 0.158 0.075 0.137 0.134 0.109 0.011 0.071 0.066 0.088 0.076 0.076 0.251 7.083 0.056 0.040 0.015 0.191 0.042 0.031 1192 chr17 40530817 40546563 + 0 NA intron (NM_139276, intron 1 of 23) FLAM_A|SINE|Alu 1715 NM_213662 6774 Hs.463059 NM_003150 ENSG00000168610 STAT3 ADMIO|ADMIO1|APRF|HIES signal transducer and activator of transcription 3 protein-coding 1.638 2.127 nan 0.986 1.138 1.389 0.541 1.100 0.442 0.651 1.047 0.266 0.601 1.653 3.392 0.767 0.451 0.630 0.564 0.854 0.371 0.913 0.387 1.168 nan 0.766 1.515 1.893 0.279 1.037 0.983 0.109 1.203 0.831 0.303 1.651 0.216 0.828 0.915 1.708 0.501 1.937 0.954 1.040 0.753 0.513 1.167 1.520 1.810 2.581 1.632 nan 1.698 0.657 3.865 3.815 0.744 1.174 1.877 nan 1.282 1.131 0.632 0.875 1.569 1.900 0.658 1.432 1.626 0.912 0.477 1.062 0.695 0.475 0.350 0.568 0.255 1.617 1.292 0.822 0.600 0.352 0.929 2.031 0.738 0.370 0.511 0.447 0.498 1.025 1.779 0.763 1.167 1.158 0.651 1.630 0.588 0.630 0.864 1.458 0.234 1.793 1.115 0.460 0.329 0.767 0.433 0.737 0.311 0.385 0.401 0.364 0.311 0.149 879 chr14 69817289 69829838 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 41458 NM_004450 2079 Hs.509791 NM_004450 ENSG00000100632 ERH DROER enhancer of rudimentary homolog (Drosophila) protein-coding 1.387 0.615 0.727 0.144 0.058 0.298 0.158 0.087 0.103 0.280 0.197 0.064 0.046 0.068 0.028 0.049 0.080 0.167 0.193 0.178 0.128 0.076 0.017 0.210 0.431 0.070 0.207 0.457 0.038 0.043 0.043 0.102 0.198 0.037 0.031 0.089 0.158 0.164 0.328 0.078 0.045 0.367 0.211 0.046 0.092 0.083 0.490 0.411 0.293 0.444 0.501 0.519 0.317 0.207 0.536 0.528 0.431 0.765 2.293 nan 0.832 0.738 0.375 0.406 0.099 0.159 0.182 0.276 0.829 nan 11.295 0.109 0.015 0.118 0.040 1.968 0.011 0.083 0.068 0.058 0.082 0.015 0.151 0.124 0.048 0.031 0.135 0.037 0.037 0.127 0.117 0.173 0.031 0.178 0.280 0.029 0.074 0.167 0.048 0.355 0.116 0.121 0.161 0.022 0.026 0.163 0.247 0.083 0.055 0.059 0.084 0.038 0.009 0.004 2640 chr9 2254048 2270782 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 103959 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.897 1.660 0.989 0.438 0.065 0.668 0.307 0.023 0.037 1.596 0.077 0.049 0.102 0.156 0.011 1.224 0.448 1.540 0.250 0.205 0.037 0.065 0.013 0.204 0.089 0.044 0.013 1.676 0.166 0.237 0.032 0.113 0.125 0.085 0.164 0.050 0.019 0.141 0.254 0.033 0.110 0.302 0.781 0.050 0.086 0.134 0.258 0.183 0.216 0.398 0.919 1.116 3.711 1.507 0.233 0.246 1.042 1.736 1.555 1.003 0.437 0.302 0.215 0.272 0.487 0.580 0.248 nan 4.438 2.340 1.544 0.106 0.012 0.094 0.060 1.697 0.008 0.083 0.052 0.025 0.048 0.086 0.047 0.016 0.018 0.014 0.046 0.241 0.261 0.126 0.088 0.051 0.137 0.059 1.596 0.081 0.022 1.540 0.065 0.035 0.168 0.011 0.127 0.028 0.007 0.014 0.100 0.528 0.053 0.052 0.045 0.011 1.728 1.821 2700 chr9 126864412 126876430 + 0 NA Intergenic Intergenic 96532 NM_004789 9355 Hs.696425 NM_004789 ENSG00000106689 LHX2 LH2|hLhx2 LIM homeobox 2 protein-coding nan nan 0.590 1.295 0.042 0.326 0.160 0.046 0.021 0.169 0.087 0.013 0.016 0.095 0.026 0.166 0.090 0.479 0.140 0.154 0.031 0.095 0.096 0.123 0.208 0.079 0.095 nan 0.062 0.027 0.058 0.114 0.003 0.050 0.098 0.006 0.063 0.221 0.140 0.047 0.087 0.174 0.034 0.032 0.078 0.212 0.316 0.082 0.129 1.149 1.118 0.613 0.196 0.178 0.216 0.284 nan 7.294 5.342 1.143 0.800 0.151 0.212 0.158 0.205 0.269 0.291 nan 0.898 0.955 0.113 0.040 0.086 0.025 0.140 0.023 0.049 0.048 0.068 0.067 0.040 0.040 0.122 0.097 0.071 0.102 0.091 0.020 0.154 0.047 0.060 0.020 0.017 0.169 0.081 0.154 0.479 0.010 0.030 0.227 0.076 1.037 0.034 0.276 0.013 0.088 0.028 0.033 0.031 0.019 0.040 0.019 0.021 1095 chr16 86750490 86757605 + 0 NA TTS (NR_135181) TTS (NR_135181) 1518 NR_135181 101928614 Hs.399823 NR_135181 ENSG00000260026 LOC101928614 - uncharacterized LOC101928614 ncRNA nan 0.362 0.341 0.025 0.264 0.111 0.067 0.044 0.143 0.050 0.053 0.060 0.065 0.045 0.070 0.084 0.152 0.224 0.052 0.057 0.128 0.134 0.067 0.070 0.155 0.071 0.108 0.078 0.065 0.173 0.083 0.053 0.078 0.057 0.077 0.288 0.077 0.090 0.367 0.142 0.031 0.269 0.015 0.192 0.053 0.052 0.032 0.169 0.163 0.056 0.052 0.087 0.124 0.073 0.121 0.096 0.130 0.235 0.085 0.057 0.083 0.029 0.028 0.123 0.097 0.157 0.264 0.015 0.156 0.027 0.286 0.068 0.012 0.020 0.174 0.010 0.020 0.054 0.011 0.840 0.586 0.132 0.086 0.022 0.126 0.170 0.186 6.959 0.112 0.143 0.050 0.368 0.084 0.293 0.081 0.042 0.041 0.014 0.038 0.006 0.022 0.047 0.065 0.014 0.034 0.213 0.026 0.008 1183 chr17 38435381 38447125 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2893 NM_001254 990 Hs.405958 NM_001254 ENSG00000094804 CDC6 CDC18L|HsCDC18|HsCDC6|MGORS5 cell division cycle 6 protein-coding nan 1.660 1.275 0.651 15.013 1.414 0.632 1.831 0.528 0.690 0.872 0.259 0.902 1.750 0.849 0.664 0.444 0.798 0.672 51.143 0.791 1.730 1.077 2.193 1.653 0.638 1.625 2.245 0.682 0.658 0.473 0.088 1.873 0.529 0.976 1.349 0.261 1.524 1.146 1.090 0.459 1.799 1.548 1.035 1.916 0.657 1.771 1.263 1.806 2.808 nan 2.042 2.284 1.139 2.966 3.047 1.216 1.549 2.052 3.387 nan 2.016 0.948 1.613 0.757 1.294 3.130 2.904 1.112 0.590 0.601 2.163 0.764 0.506 0.119 0.325 0.283 1.192 0.900 0.465 0.780 0.113 0.491 1.284 0.691 0.379 1.699 0.357 0.365 0.879 0.600 0.532 1.879 1.110 0.690 3.479 0.878 0.798 0.853 1.014 0.231 0.947 0.381 1.836 1.799 1.154 1.971 0.352 0.235 0.677 0.517 2.760 2.060 1.260 1444 chr19 41075331 41083877 + 0 NA intron (NM_020971, intron 35 of 35) AluSp|SINE|Alu -3153 NM_138392 92799 Hs.26506 NM_138392 ENSG00000160410 SHKBP1 PP203|Sb1 SH3KBP1 binding protein 1 protein-coding 2.139 1.292 1.813 0.915 1.408 1.340 0.547 1.975 0.268 0.616 0.489 0.170 0.727 1.706 0.966 0.475 0.242 0.716 0.677 1.182 0.304 1.262 0.359 0.440 nan 1.290 0.883 8.769 0.496 0.938 1.983 0.147 1.025 0.526 0.328 1.865 0.543 1.399 1.007 0.718 0.275 0.867 1.935 0.866 0.754 0.403 0.847 0.917 1.291 1.781 1.871 1.289 2.224 0.788 1.588 1.766 1.443 1.912 1.987 2.924 1.869 1.157 0.622 0.798 0.632 0.525 1.452 2.800 1.455 0.820 1.009 0.867 0.648 1.021 0.341 1.341 0.323 1.124 0.803 1.977 0.711 0.089 0.390 1.920 0.782 0.473 0.224 0.283 0.329 0.881 3.189 4.498 0.720 0.602 0.616 1.708 0.516 0.716 0.301 0.791 0.478 2.342 0.914 0.968 0.221 0.222 0.416 0.377 0.278 0.908 0.596 0.410 0.526 0.429 2747 chrX 30319655 30327412 + 0 NA intron (NM_000475, intron 1 of 1) intron (NM_000475, intron 1 of 1) 3962 NM_000475 190 Hs.268490 NM_000475 ENSG00000169297 NR0B1 AHC|AHCH|AHX|DAX-1|DAX1|DSS|GTD|HHG|NROB1|SRXY2 nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 protein-coding 0.416 2.406 0.319 0.812 0.018 0.090 0.063 1.390 0.271 0.291 0.063 0.073 0.095 0.817 0.286 0.191 0.203 0.325 3.241 0.036 0.041 0.133 0.112 0.031 0.046 2.404 0.529 0.158 0.014 0.046 0.208 0.195 2.905 0.335 0.141 0.082 0.494 0.084 0.352 1.177 2.366 0.172 0.037 0.101 0.050 0.045 0.322 0.821 0.568 0.495 2.635 1.103 0.293 0.281 0.051 0.096 0.357 0.681 0.760 0.903 0.092 0.051 0.162 0.079 0.058 0.119 0.679 0.439 0.007 0.253 0.042 2.660 1.474 0.036 1.233 0.869 0.028 9.722 0.041 0.119 0.055 0.040 0.073 0.098 0.095 0.934 3.515 0.740 1.978 3.427 0.271 0.092 0.203 0.788 0.147 0.376 0.445 0.017 0.487 0.149 0.039 0.031 0.079 0.156 0.015 0.007 1883 chr3 20121738 20141929 + 0 NA intron (NM_003884, intron 2 of 17) L1MA8|LINE|L1 -47224 NR_036086 100422901 NR_036086 ENSG00000266745 MIR3135A MIR3135|hsa-mir-3135a microRNA 3135a ncRNA 0.625 0.907 0.857 0.101 0.079 0.109 0.080 0.097 0.028 0.044 0.350 0.128 0.019 0.101 0.046 0.106 0.097 0.087 0.185 0.148 0.025 0.036 0.010 0.113 0.075 0.048 0.070 0.262 0.063 0.095 0.032 0.093 0.339 0.047 0.022 0.160 0.047 0.139 0.038 0.029 0.188 0.154 0.082 0.071 0.139 2.453 2.430 2.113 0.710 0.224 0.335 0.539 0.170 7.848 8.181 0.250 0.466 0.347 0.354 nan 0.309 1.255 2.226 0.106 0.095 0.291 0.755 0.562 0.438 0.082 0.129 0.014 0.078 0.045 0.071 0.028 0.048 0.015 0.019 0.100 0.019 0.048 0.087 0.030 0.031 0.023 0.019 0.036 0.040 0.068 0.096 0.205 0.053 0.044 0.057 0.121 0.087 0.061 0.025 0.012 0.035 0.141 0.060 0.012 0.067 0.061 0.029 1.251 0.139 0.045 0.061 0.017 0.011 1846 chr22 37893582 37946680 + 0 NA Intergenic Intergenic -4921 NM_014550 29775 Hs.57973 NM_014550 ENSG00000100065 CARD10 BIMP1|CARMA3 caspase recruitment domain family member 10 protein-coding 1.200 nan 0.663 0.127 2.321 0.370 0.178 0.968 0.043 0.410 0.446 0.241 1.151 1.896 0.412 0.091 0.093 0.183 0.292 0.342 0.310 1.625 1.020 1.007 3.412 0.812 0.677 0.566 1.022 0.103 0.307 0.106 1.092 0.659 0.094 1.834 0.251 0.391 0.620 1.085 0.374 1.804 1.034 0.653 1.613 0.351 1.201 1.614 1.207 2.665 0.405 0.417 0.609 0.172 0.308 0.318 0.214 nan 0.482 0.558 nan 0.734 0.525 0.628 0.216 0.290 0.234 0.479 0.469 0.374 0.126 1.725 0.933 0.424 0.462 0.275 0.043 0.571 0.385 0.181 0.224 0.038 0.272 2.256 0.714 0.357 0.841 0.057 0.075 0.431 1.829 0.944 0.786 0.807 0.410 3.171 1.374 0.183 0.384 1.121 0.295 0.931 0.537 1.203 0.647 1.279 0.440 0.046 0.345 0.060 0.844 0.740 0.211 0.117 2215 chr5 169526806 169535200 + 0 NA Intergenic Intergenic -1914 NM_012188 2299 Hs.87236 NM_012188 ENSG00000168269 FOXI1 FKH10|FKHL10|FREAC-6|FREAC6|HFH-3|HFH3 forkhead box I1 protein-coding nan 0.673 0.706 0.021 0.069 0.251 0.114 0.122 0.022 0.046 0.160 0.057 0.005 0.013 0.511 0.076 0.048 0.043 0.257 0.177 0.044 0.112 0.013 0.361 0.143 0.104 0.135 0.472 0.229 0.026 0.067 0.250 0.071 0.054 0.265 0.430 0.280 0.194 0.162 0.384 0.079 0.127 0.124 0.886 0.148 0.311 0.355 5.229 3.658 0.508 0.358 0.159 0.050 1.551 1.598 0.101 0.231 0.393 0.682 0.411 0.275 0.206 0.292 0.341 0.361 0.080 0.168 1.991 0.955 0.020 0.270 0.213 0.253 0.048 0.108 0.405 0.061 0.307 0.090 0.068 0.057 2.343 0.130 0.112 0.027 0.028 0.014 0.186 0.284 0.270 0.346 0.048 0.046 0.051 0.478 0.043 0.043 0.688 0.070 1.034 0.024 0.048 0.020 0.340 0.053 0.081 0.118 0.014 0.081 0.023 0.055 0.051 2671 chr9 37937217 37970792 + 0 NA intron (NM_003028, intron 4 of 5) intron (NM_003028, intron 4 of 5) -49654 NR_024873 92014 Hs.634120 NM_033412 ENSG00000122696 SLC25A51 CG7943|MCART1 solute carrier family 25 member 51 protein-coding 0.616 nan 1.355 0.690 0.879 1.246 0.535 1.029 0.261 0.783 0.683 0.143 1.274 2.085 0.941 0.332 0.150 0.863 0.400 0.420 0.967 0.938 0.494 0.460 3.621 1.303 0.699 0.719 1.269 1.739 0.048 0.068 0.616 1.028 0.229 0.695 0.294 0.538 0.700 1.066 0.169 1.007 1.656 0.516 0.603 0.790 1.067 1.306 2.330 3.732 0.526 0.501 0.984 0.424 0.486 0.551 0.646 1.087 0.793 1.422 0.414 0.285 1.122 1.697 0.296 0.454 0.217 0.394 2.325 1.349 0.216 2.624 0.598 1.018 0.340 0.121 0.033 1.074 0.609 0.394 0.156 0.068 0.201 2.316 0.742 0.381 1.006 0.119 0.120 0.680 0.974 1.428 0.621 2.009 0.783 1.809 0.488 0.863 0.594 0.415 0.068 2.304 0.495 0.940 0.278 0.802 2.175 0.795 0.709 0.111 2.169 0.404 1.079 0.715 133 chr1 62900370 62906796 + 0 NA intron (NM_003368, intron 1 of 8) CpG 1200 NM_003368 7398 Hs.35086 NM_003368 ENSG00000162607 USP1 UBP ubiquitin specific peptidase 1 protein-coding 8.271 4.799 nan 6.379 5.383 8.532 4.632 4.062 2.127 4.905 4.085 0.275 1.988 5.570 3.747 3.097 1.425 7.887 4.134 2.681 1.561 4.695 1.559 1.889 7.210 4.111 3.130 12.145 2.024 3.471 5.549 0.258 6.848 1.573 2.785 3.480 0.975 4.339 3.116 2.617 1.301 4.422 8.165 2.579 4.209 2.103 7.184 6.608 8.319 11.498 16.983 16.497 9.514 7.382 17.197 18.185 nan 9.041 10.607 15.893 10.682 12.306 5.026 9.946 5.140 5.383 10.830 8.519 3.717 2.158 5.805 3.788 1.989 2.522 2.733 5.367 3.471 2.735 3.284 2.864 5.360 0.923 4.540 7.345 3.934 1.624 3.709 2.222 1.392 4.535 2.901 3.921 1.827 2.281 4.905 6.982 5.041 7.887 1.638 3.951 2.203 5.234 2.647 3.672 2.444 2.739 2.337 2.380 2.368 3.638 2.467 1.937 3.438 2.663 123 chr1 55993035 56009521 + 0 NA Intergenic L1PREC2|LINE|L1 309964 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.841 0.892 1.125 0.108 0.083 0.421 0.146 0.132 0.011 0.380 0.448 0.128 0.069 0.128 0.046 0.094 0.093 0.210 0.154 0.103 0.038 0.066 0.071 0.061 nan 0.063 0.116 0.394 0.045 0.065 0.033 0.091 0.132 0.014 0.079 0.112 0.118 0.244 0.186 0.093 0.025 0.179 0.128 0.166 0.223 0.082 0.416 0.325 1.877 6.634 0.646 0.812 0.174 0.102 0.420 0.505 0.749 1.070 0.627 0.553 0.434 0.258 0.283 0.301 0.049 0.061 0.516 nan 0.648 0.543 0.071 0.525 0.012 0.091 0.030 0.124 0.022 0.278 0.053 0.022 0.046 0.082 0.129 0.062 0.048 0.080 0.015 0.023 0.188 0.188 0.069 0.033 0.109 0.380 0.082 0.163 0.210 0.022 0.110 0.176 0.049 0.036 0.109 0.010 0.106 0.068 0.028 0.180 0.581 0.118 0.063 0.017 0.016 304 chr1 216853613 216902448 + 0 NA intron (NM_001243511, intron 2 of 7) intron (NM_001243511, intron 2 of 7) 18784 NM_001243519 2104 Hs.444225 NM_001438 ENSG00000196482 ESRRG ERR3|ERRgamma|NR3B3 estrogen related receptor gamma protein-coding 1.385 1.364 6.557 0.675 0.098 2.157 1.248 0.071 0.020 0.435 0.128 0.082 0.051 0.076 0.021 1.342 0.790 0.725 1.448 0.242 0.010 0.056 0.011 0.074 0.041 0.043 0.064 nan 0.024 0.285 0.058 0.112 0.401 0.016 0.058 0.053 0.008 0.049 0.174 0.022 0.008 0.116 0.176 0.077 0.095 0.087 0.425 0.337 0.449 0.654 1.047 1.156 nan 0.357 0.601 0.665 1.651 nan 0.357 0.422 3.182 2.940 0.110 0.198 3.710 4.072 4.700 6.720 0.985 0.775 0.019 0.029 0.002 0.054 0.037 0.096 0.020 0.008 0.024 0.015 0.086 0.729 1.430 0.047 0.011 0.016 0.018 0.213 0.506 0.106 0.043 0.051 0.093 0.034 0.435 0.044 0.013 0.725 0.033 0.052 0.296 0.032 0.293 0.021 0.003 0.028 0.021 0.447 0.057 2.319 0.018 0.068 0.018 0.007 2600 chr8 121455170 121459595 + 0 NA promoter-TSS (NM_022045) promoter-TSS (NM_022045) -256 NM_022045 27085 Hs.657656 NM_022045 ENSG00000172167 MTBP MDM2BP MDM2 binding protein protein-coding nan nan nan 4.072 1.610 4.430 2.204 3.200 0.738 2.563 2.273 0.259 0.860 2.627 1.483 0.906 0.427 4.323 1.697 1.514 0.616 2.711 1.362 1.015 4.937 3.374 2.590 nan 1.980 4.397 1.708 0.097 3.866 0.771 1.409 4.882 0.787 4.746 3.148 2.125 0.972 3.017 8.174 1.817 3.100 1.596 4.609 4.810 6.134 7.887 9.768 10.021 8.367 4.904 20.748 23.121 4.334 4.995 3.976 5.450 7.898 7.522 5.489 9.956 4.921 4.706 6.156 6.238 2.728 1.859 2.517 3.330 1.656 1.994 1.900 2.233 1.626 1.746 1.697 0.647 2.122 0.910 1.026 3.143 3.173 1.769 0.886 1.337 1.907 2.849 1.925 2.802 1.416 2.556 2.563 3.373 2.426 4.323 0.718 1.968 0.525 1.697 2.082 1.136 1.382 1.823 1.261 2.309 2.128 1.766 1.150 1.068 1.301 1.166 2515 chr8 23074757 23088475 + 0 NA intron (NM_003844, intron 1 of 9) AluSc8|SINE|Alu 1064 NM_003844 8797 Hs.213467 NM_003844 ENSG00000104689 TNFRSF10A APO2|CD261|DR4|TRAILR-1|TRAILR1 TNF receptor superfamily member 10a protein-coding nan 1.480 nan 0.301 1.614 0.388 0.178 1.433 0.049 0.303 0.320 0.246 0.639 1.822 1.610 0.087 0.131 0.154 0.183 1.246 0.280 1.318 1.542 1.545 4.426 2.560 1.265 0.268 2.077 1.050 0.930 0.126 2.099 0.724 1.204 1.818 0.095 0.194 0.592 1.868 0.408 2.206 1.845 2.109 1.301 1.089 0.606 0.865 0.829 1.247 nan 0.710 nan 0.342 0.976 0.938 0.079 0.165 2.105 2.587 0.435 0.490 0.487 0.744 0.262 0.172 0.114 0.230 nan nan 0.564 3.207 0.244 1.566 0.254 0.143 0.283 2.699 2.624 0.299 1.702 0.021 0.123 2.926 2.347 1.073 1.581 1.069 0.818 0.751 2.645 2.482 0.820 2.199 0.303 1.580 1.797 0.154 1.045 0.338 0.049 1.788 0.225 0.791 1.441 0.999 0.370 0.673 0.281 0.055 1.557 1.184 0.385 0.158 2417 chr7 17157370 17175053 + 0 NA Intergenic Intergenic -172065 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.147 nan 0.124 0.620 0.271 0.095 0.237 0.084 0.144 0.315 0.109 0.054 0.120 3.831 0.099 0.135 0.074 0.202 0.374 0.077 0.136 0.084 0.340 1.907 0.479 0.668 0.353 0.083 0.138 0.074 0.201 0.137 0.021 0.098 0.138 0.040 0.089 0.269 0.167 0.108 0.425 0.211 0.159 0.372 0.135 nan 0.304 0.224 0.403 0.333 0.370 0.374 0.165 0.337 0.408 0.167 0.308 0.269 0.274 0.247 0.100 0.118 0.195 0.094 0.162 0.171 0.361 0.293 0.465 0.050 0.089 0.097 0.312 0.098 0.040 0.024 0.248 0.062 0.017 0.679 0.043 0.032 0.094 0.020 0.036 0.065 0.027 0.062 0.231 0.617 0.048 0.424 0.424 0.144 0.156 0.093 0.074 0.180 0.173 0.102 0.040 0.061 0.014 0.130 0.139 0.066 0.039 0.064 0.189 0.128 0.020 0.023 1631 chr2 176030181 176036036 + 0 NA promoter-TSS (NR_045772) promoter-TSS (NR_045772) -174 NM_001880 1386 Hs.592510 NM_001880 ENSG00000115966 ATF2 CRE-BP1|CREB-2|CREB2|HB16|TREB7 activating transcription factor 2 protein-coding 4.405 2.648 2.805 2.952 1.984 3.838 2.132 2.996 0.531 2.334 2.349 0.193 1.196 2.783 3.632 1.197 0.851 2.546 2.515 1.622 0.782 1.588 0.558 1.965 3.099 2.817 1.813 9.572 1.373 2.904 2.347 0.112 5.004 1.272 1.899 3.683 0.687 2.902 2.545 1.417 0.518 1.494 4.114 1.285 3.178 1.564 2.368 3.404 4.250 5.048 4.789 4.218 3.870 1.908 8.918 9.015 3.421 3.969 9.601 18.325 5.628 5.627 2.016 4.183 2.100 2.121 6.141 5.876 1.563 0.806 2.855 1.664 0.685 1.211 1.175 2.003 1.750 1.599 2.103 1.730 2.091 0.409 1.666 4.280 2.561 1.275 0.624 1.230 0.895 2.046 2.697 2.119 0.903 1.362 2.334 2.145 2.656 2.546 0.512 0.551 0.761 3.440 0.771 1.603 0.594 1.594 1.582 1.743 1.538 2.131 2.571 0.709 1.633 0.792 1828 chr22 20848512 20852500 + 0 NA promoter-TSS (NR_033825) promoter-TSS (NR_033825) -336 NM_032775 84861 Hs.517419 NM_032775 ENSG00000099910 KLHL22 KELCHL kelch like family member 22 protein-coding 4.821 nan 4.002 2.530 5.310 4.578 2.776 9.358 10.300 5.430 3.621 0.404 0.954 5.150 4.202 1.722 0.608 6.388 2.188 2.797 0.900 6.105 1.796 2.059 7.836 4.663 5.174 7.876 1.028 1.665 4.294 0.137 2.334 0.744 2.151 5.439 1.121 3.457 3.942 1.450 1.031 3.550 4.713 2.269 1.995 1.342 3.633 4.400 8.637 11.482 7.376 6.246 6.145 2.140 9.105 9.443 5.954 8.402 5.555 9.057 4.956 5.314 1.678 2.702 3.528 3.119 3.680 4.631 6.516 2.705 2.659 0.821 1.702 1.501 1.071 3.084 1.987 1.538 1.902 5.199 3.010 0.955 1.178 5.402 4.064 2.014 1.252 1.623 1.006 2.919 3.143 5.042 3.660 2.083 5.430 6.584 2.765 6.388 1.287 2.738 0.953 5.164 3.549 1.836 1.115 1.974 1.669 0.992 0.843 1.474 1.219 0.636 1.473 0.853 2605 chr8 128734377 128989254 + 0 NA intron (NR_003367, intron 1 of 8) intron (NR_003367, intron 1 of 8) 53607 NR_031609 100302185 NR_031609 ENSG00000249859 MIR1204 hsa-mir-1204 microRNA 1204 ncRNA nan nan nan 0.361 1.479 0.645 0.320 1.707 0.270 0.080 0.907 0.190 0.634 1.504 2.361 0.349 0.219 0.085 0.244 28.829 0.915 1.157 0.832 0.501 4.300 2.090 0.822 nan 0.940 1.258 0.510 0.099 1.799 1.486 1.288 3.835 0.616 1.974 0.875 0.883 0.400 1.053 2.453 0.897 1.521 0.653 4.983 5.570 0.888 1.648 0.573 0.550 1.043 0.379 nan nan 6.420 8.292 2.212 2.310 30.086 22.735 0.351 0.608 0.238 0.321 4.638 7.670 0.283 0.359 0.268 2.758 1.000 36.933 0.215 0.079 0.315 1.566 1.231 0.944 9.790 0.079 0.097 3.330 2.631 1.090 1.231 0.517 0.548 2.331 2.181 2.514 6.728 2.600 0.080 2.135 8.163 0.085 0.795 1.236 3.102 5.079 0.560 1.002 0.949 11.535 1.902 0.655 0.206 3.930 0.871 0.594 1.496 1.102 2294 chr6 36389927 36413599 + 0 NA intron (NM_152990, intron 2 of 4) L1MC4|LINE|L1 -8781 NR_104480 222658 Hs.188757 NM_173562 ENSG00000112078 KCTD20 C6orf69|dJ108K11.3 potassium channel tetramerization domain containing 20 protein-coding nan 1.668 nan 1.736 0.982 1.392 0.691 1.286 0.896 1.252 1.066 0.320 0.365 1.411 3.999 0.704 0.313 1.975 0.560 1.006 0.856 0.720 0.580 1.047 1.985 1.081 1.585 2.538 0.550 0.705 1.217 0.140 1.381 0.342 1.108 1.480 0.612 1.706 0.647 0.510 0.587 1.049 2.972 0.993 1.509 0.502 1.491 1.752 1.683 nan nan 1.816 2.407 0.864 2.714 2.881 1.631 1.919 4.021 5.122 1.465 1.188 1.033 1.877 1.538 1.652 1.415 2.566 1.429 0.946 0.893 1.529 0.726 0.963 0.495 0.887 0.743 0.903 0.901 1.344 2.102 0.318 0.698 1.867 1.506 0.721 0.375 0.337 0.317 1.211 1.489 1.883 1.311 1.731 1.252 1.876 1.858 1.975 0.600 1.134 0.365 5.074 1.277 0.441 0.525 0.954 1.871 0.399 0.704 0.458 0.515 1.373 0.487 0.366 56 chr1 23340403 23348418 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1531 NM_015013 23028 Hs.591518 NM_015013 ENSG00000004487 KDM1A AOF2|BHC110|CPRF|KDM1|LSD1 lysine demethylase 1A protein-coding 5.435 2.038 nan 4.223 2.162 2.523 1.400 1.901 0.462 2.527 1.061 0.241 0.307 1.998 0.916 1.975 0.809 1.541 1.392 0.923 0.414 1.238 0.511 0.741 2.762 1.716 1.403 4.917 0.627 1.504 1.775 0.188 2.250 0.444 0.663 1.390 0.505 1.904 1.948 0.874 0.337 1.717 2.295 1.279 3.828 0.635 3.634 3.940 2.507 3.721 6.087 5.150 4.011 1.512 8.136 7.625 4.106 5.846 4.116 8.846 6.514 8.986 3.012 5.503 2.203 1.957 6.934 5.421 2.339 1.585 2.429 1.173 0.643 1.433 0.621 2.438 0.951 0.829 0.848 0.886 0.850 0.358 1.460 1.483 0.840 0.591 0.410 1.202 1.243 0.950 1.117 1.778 0.805 1.026 2.527 2.295 1.924 1.541 0.687 0.828 0.836 1.929 1.123 0.821 0.425 0.794 0.347 1.566 1.740 1.554 0.541 0.579 0.359 0.158 1369 chr19 770365 812123 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -6148 NM_031991 5725 Hs.172550 NM_002819 ENSG00000011304 PTBP1 HNRNP-I|HNRNPI|HNRPI|PTB|PTB-1|PTB-T|PTB2|PTB3|PTB4|pPTB polypyrimidine tract binding protein 1 protein-coding 1.429 1.031 1.909 0.822 0.643 1.073 0.602 1.075 0.591 1.088 0.576 0.295 0.239 0.807 2.214 0.454 0.324 1.053 2.137 0.691 0.368 1.040 0.296 0.861 1.520 0.742 0.970 1.673 0.176 1.068 1.387 0.117 3.267 0.249 1.796 1.267 0.194 0.753 1.261 0.794 0.386 1.762 1.304 1.143 1.211 0.481 0.748 0.799 1.849 3.267 1.571 1.575 0.783 0.350 1.562 1.501 0.760 1.228 0.824 nan 1.764 1.649 0.542 0.971 0.863 1.051 0.802 0.973 0.982 0.617 0.726 0.786 0.446 0.711 0.452 0.912 0.524 1.357 1.427 1.394 2.017 0.288 2.012 2.157 1.635 0.849 0.402 0.411 0.299 1.146 3.248 1.344 0.869 0.928 1.088 1.249 1.147 1.053 0.397 0.342 0.347 2.459 0.712 1.425 0.281 0.977 0.508 0.482 0.308 0.262 0.994 0.186 0.704 0.512 54 chr1 22831596 22855547 + 0 NA intron (NM_001330398, intron 10 of 15) intron (NM_001330398, intron 10 of 15) -46424 NM_020526 2046 Hs.283613 NM_020526 ENSG00000070886 EPHA8 EEK|EK3|HEK3 EPH receptor A8 protein-coding 1.034 0.826 nan 0.710 0.060 0.382 0.131 0.103 0.049 0.354 0.097 0.091 0.039 0.048 0.032 0.325 0.247 0.030 0.416 0.112 0.032 0.063 0.009 0.069 0.127 0.063 0.174 1.067 0.031 0.071 0.095 0.120 0.170 0.005 0.041 0.053 0.003 0.066 0.189 0.018 0.003 0.114 0.123 0.085 0.105 0.070 0.322 0.440 0.266 0.387 1.106 1.106 0.423 0.175 0.354 0.383 0.671 0.899 1.946 2.232 0.520 0.353 0.251 0.326 0.281 0.293 0.456 1.042 1.246 0.675 1.564 0.061 0.016 0.066 0.063 4.003 0.029 0.055 0.030 0.049 0.053 0.131 0.084 0.115 0.035 0.019 0.045 0.019 0.025 0.112 0.092 0.072 0.003 0.061 0.354 0.050 0.065 0.030 0.010 0.041 0.252 0.075 0.110 0.014 0.029 0.049 0.028 0.053 0.050 0.268 0.035 0.059 0.014 0.013 1151 chr17 27884344 27896645 + 0 NA intron (NM_198147, intron 1 of 1) AluJb|SINE|Alu 3548 NM_198147 116236 Hs.106510 NM_198147 ENSG00000168792 ABHD15 - abhydrolase domain containing 15 protein-coding nan nan nan 0.509 1.077 1.995 1.234 2.535 0.110 0.672 0.514 0.211 0.620 1.794 0.572 0.294 0.178 1.243 0.514 1.700 0.501 1.264 0.506 1.281 2.360 1.771 1.793 1.840 0.580 1.248 2.593 0.194 1.925 0.931 0.489 1.163 0.333 0.794 1.435 1.162 0.861 2.607 2.019 0.852 1.555 0.397 0.837 1.440 1.214 1.652 1.385 0.933 2.272 0.786 1.586 1.746 1.190 1.912 1.716 2.076 6.046 6.034 1.163 2.497 0.970 0.782 2.257 nan 0.576 0.567 0.937 0.732 0.558 0.255 0.495 0.252 0.511 1.007 1.051 0.976 1.416 0.318 0.716 2.670 0.761 0.444 0.119 1.177 0.762 1.115 3.867 1.336 1.137 1.402 0.672 1.590 0.540 1.243 0.783 1.174 0.512 3.049 0.840 0.764 0.393 0.594 0.503 0.586 0.845 4.141 0.775 0.732 0.685 0.363 306 chr1 220686436 220706834 + 0 NA Intergenic Intergenic -4890 NM_001286126 4139 Hs.497806 NM_018650 ENSG00000116141 MARK1 MARK|Par-1c|Par1c microtubule affinity regulating kinase 1 protein-coding 2.650 nan 2.811 4.507 0.179 3.312 1.849 0.303 0.546 1.463 0.187 0.050 0.131 0.467 0.034 1.174 0.603 5.107 0.911 0.763 0.012 0.137 0.026 0.162 2.620 1.471 1.141 6.750 0.252 0.328 0.122 1.162 0.058 0.060 0.091 0.034 0.074 1.808 0.064 1.187 3.066 3.967 0.051 0.255 0.393 1.191 1.697 1.302 2.020 5.393 nan 0.246 0.143 3.246 3.339 0.854 1.154 4.268 4.424 2.752 2.412 0.487 1.135 1.032 0.685 2.081 2.317 2.584 1.248 3.034 0.035 0.061 0.073 0.429 0.764 0.394 0.090 0.020 0.036 0.119 0.196 1.061 0.388 0.426 0.248 0.210 0.422 0.291 0.374 0.168 0.449 0.522 0.644 1.463 0.437 0.048 5.107 0.360 0.491 0.607 0.566 1.552 0.066 0.008 0.039 0.016 0.170 0.238 0.683 0.018 0.065 0.054 0.025 1204 chr17 41853980 41857092 + 0 NA intron (NM_004090, intron 1 of 2) intron (NM_004090, intron 1 of 2) 832 NM_004090 1845 Hs.181046 NM_004090 ENSG00000108861 DUSP3 VHR dual specificity phosphatase 3 protein-coding 4.193 4.836 nan 4.299 4.198 3.091 1.735 4.596 2.464 2.462 3.807 0.671 1.154 5.409 6.112 1.667 0.709 1.699 2.309 2.255 1.516 3.015 0.814 3.172 5.753 5.828 3.436 8.970 0.705 1.576 3.265 0.170 3.330 1.521 1.922 3.554 0.453 2.004 3.810 2.376 1.733 4.484 6.038 5.509 1.914 1.132 2.750 3.864 5.415 9.260 4.397 nan 5.505 3.048 10.535 10.541 3.086 3.686 3.902 nan 3.462 4.525 1.188 1.610 2.518 1.961 3.530 4.062 2.461 1.739 2.333 2.161 2.258 1.629 1.000 4.479 2.838 1.536 2.233 4.438 2.610 0.151 0.797 5.332 3.238 1.178 1.586 1.659 1.162 3.088 6.604 3.479 2.901 2.970 2.462 11.113 2.596 1.699 1.586 3.627 1.443 6.717 3.108 2.483 1.304 2.165 2.755 1.180 0.543 0.796 1.912 1.067 2.826 2.096 70 chr1 28989356 28996831 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -2147 NM_024482 10691 Hs.632373 NM_006582 ENSG00000162419 GMEB1 P96PIF|PIF96 glucocorticoid modulatory element binding protein 1 protein-coding 4.171 2.545 nan 4.444 2.693 4.017 2.141 2.745 1.637 3.319 1.542 0.581 0.639 2.042 3.387 1.445 0.814 2.240 1.461 1.636 0.530 1.792 0.747 0.930 5.224 2.381 2.151 5.701 0.899 1.633 3.329 0.180 2.799 0.519 1.170 1.665 0.546 1.963 2.827 1.550 0.538 2.521 2.833 0.990 1.589 0.641 3.258 3.887 3.389 5.207 7.783 7.849 3.762 1.801 7.425 7.667 6.756 7.784 3.820 5.497 5.643 5.211 2.407 4.040 1.861 2.111 3.842 7.114 2.539 1.331 3.803 1.511 0.947 1.729 1.523 2.564 2.455 1.656 1.982 2.081 2.300 0.448 1.403 3.257 2.283 0.921 0.699 0.967 0.831 2.015 1.993 3.312 1.186 1.541 3.319 2.400 2.327 2.240 0.785 1.437 0.919 4.066 1.545 1.517 0.814 1.226 0.861 0.990 1.313 2.433 1.251 0.684 0.670 0.474 839 chr14 24546766 24565374 + 0 NA Intergenic Intergenic -2238 NM_006177 4901 Hs.652297 NM_006177 ENSG00000129535 NRL D14S46E|NRL-MAF|RP27 neural retina leucine zipper protein-coding nan 1.871 2.196 2.088 0.793 1.572 0.923 0.472 0.107 0.954 1.729 0.301 0.275 0.702 1.938 0.607 0.319 1.543 1.671 1.030 0.146 0.849 0.358 0.436 6.293 2.596 1.175 3.020 0.377 1.281 2.088 0.130 1.091 0.350 0.597 0.841 0.470 0.980 0.919 0.562 0.540 1.301 2.353 0.375 0.452 0.325 1.098 1.691 1.085 1.770 2.235 2.164 3.241 1.032 2.329 2.379 2.478 3.237 3.176 nan 8.474 7.663 1.284 2.076 1.620 1.390 1.429 5.224 1.473 0.804 3.493 0.630 0.225 0.689 0.533 2.033 1.661 0.555 0.288 0.322 1.015 0.544 1.693 0.659 0.528 0.315 0.321 0.514 0.493 0.613 1.790 0.914 0.840 1.022 0.954 0.491 1.357 1.543 0.811 0.330 0.477 2.554 1.081 0.313 0.107 0.403 0.256 0.499 1.118 3.604 0.412 0.127 0.288 0.084 2520 chr8 28724239 28764568 + 0 NA intron (NM_001145159, intron 1 of 15) MIRb|SINE|MIR 3029 NM_001172562 55756 Hs.162397 NM_018250 ENSG00000104299 INTS9 CPSF2L|INT9|RC74 integrator complex subunit 9 protein-coding nan 1.143 nan 0.366 0.418 0.635 0.382 0.274 0.119 0.426 0.508 0.107 0.098 0.207 0.150 0.367 0.201 0.532 0.266 0.496 0.154 0.267 0.126 0.266 0.660 0.401 0.216 2.055 0.163 0.225 0.557 0.111 0.514 0.069 0.234 0.209 0.076 0.403 0.188 0.272 0.068 0.408 0.436 0.247 0.377 0.188 1.220 1.103 1.092 1.195 nan 1.617 nan 0.459 1.263 1.311 0.622 0.802 0.790 1.015 1.077 1.073 0.387 0.766 0.779 0.914 2.253 4.924 nan nan 0.310 0.312 0.109 0.556 0.282 0.398 0.138 0.230 0.251 0.132 0.188 0.210 0.130 0.377 0.321 0.174 0.168 0.142 0.154 0.293 0.627 0.329 0.221 0.247 0.426 0.314 0.186 0.532 0.234 0.178 0.109 0.337 0.374 0.160 0.088 0.296 0.221 0.159 0.302 1.410 0.182 0.072 0.101 0.080 166 chr1 145494363 145509166 + 0 NA TTS (NM_153713) TTS (NM_153713) -5793 NM_005105 9939 Hs.591455 NM_005105 ENSG00000265241 RBM8A BOV-1A|BOV-1B|BOV-1C|C1DELq21.1|DEL1q21.1|MDS014|RBM8|RBM8B|TAR|Y14|ZNRP|ZRNP1 RNA binding motif protein 8A protein-coding 2.625 nan 2.206 1.535 0.914 1.640 0.845 1.074 0.510 2.236 1.153 0.283 0.564 1.295 1.165 1.097 0.734 1.519 1.252 1.036 0.284 0.745 0.946 0.500 20.929 12.415 3.460 4.874 1.066 1.166 1.284 0.158 1.712 1.326 0.512 0.859 0.265 1.372 1.176 0.975 0.223 1.416 2.371 0.607 1.206 1.194 2.949 2.034 2.928 4.188 3.398 3.571 2.877 1.630 4.182 4.571 1.972 2.687 2.367 3.627 2.229 1.958 3.175 3.751 1.267 1.676 2.797 3.660 1.615 0.917 1.379 2.642 0.310 0.833 1.153 1.888 0.670 1.376 1.129 0.473 1.592 0.287 0.745 0.994 1.169 0.669 1.059 0.852 1.011 0.744 1.034 0.952 0.362 2.003 2.236 1.714 1.857 1.519 0.843 1.289 0.438 1.473 1.379 0.646 0.336 1.338 0.585 0.704 1.402 1.218 0.552 0.473 0.693 0.515 2225 chr5 172356353 172359922 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 7 of 9) intron (NM_001031711, intron 7 of 9) -27595 NM_001317981 51121 Hs.546390 NM_016093 ENSG00000037241 RPL26L1 RPL26P1 ribosomal protein L26 like 1 protein-coding 0.761 0.683 0.713 0.051 1.403 0.138 0.089 0.918 0.012 0.286 0.199 0.134 0.256 0.160 2.319 0.087 0.139 0.086 0.062 0.416 4.057 0.541 0.673 0.480 0.671 0.159 0.099 0.515 0.041 0.030 0.456 0.115 0.387 0.491 0.475 1.589 0.321 0.733 0.365 0.339 0.067 0.337 0.208 0.876 0.377 0.350 0.106 0.195 0.376 nan 0.435 0.292 0.409 0.181 0.220 0.326 0.468 nan 0.240 0.359 0.435 0.348 0.114 0.166 0.110 0.156 0.137 0.334 0.260 0.265 0.031 0.539 0.349 0.336 0.139 0.127 0.078 0.346 0.081 1.033 0.454 0.027 0.127 3.376 5.382 2.238 0.325 0.064 0.069 5.651 0.868 2.049 1.850 0.306 0.286 0.237 4.798 0.086 0.355 0.496 0.241 0.496 0.922 2.063 0.095 0.862 10.218 0.065 0.056 0.104 0.382 0.347 5.555 7.272 88 chr1 40704777 40712181 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -5094 NM_001008740 127391 Hs.406265 NM_001008740 ENSG00000188800 TMCO2 dJ39G22.2 transmembrane and coiled-coil domains 2 protein-coding 7.973 0.769 nan 0.854 0.165 0.260 0.189 0.612 0.092 11.935 0.231 0.128 0.587 0.958 0.084 0.114 0.279 0.209 0.193 0.412 0.552 1.422 1.269 0.438 0.715 0.325 0.413 0.376 1.380 0.633 0.089 0.108 0.287 0.618 0.165 1.479 0.481 1.455 0.459 0.710 0.087 0.242 0.310 0.442 0.495 0.463 0.242 0.159 0.252 0.420 0.512 0.638 0.365 0.099 0.402 0.336 0.369 nan nan 0.977 0.450 0.253 0.298 nan 0.163 0.205 0.426 0.984 1.147 1.109 0.045 6.307 0.039 0.789 0.202 0.095 0.093 1.441 0.927 0.079 0.106 0.058 1.013 0.275 0.160 0.190 2.619 0.052 0.065 1.162 0.066 0.549 0.032 0.294 11.935 0.629 0.311 0.209 0.082 0.225 0.040 0.118 0.151 2.921 0.091 0.726 1.216 0.173 0.059 0.194 1.142 1.010 0.140 0.047 1578 chr2 85874735 85891964 + 0 NA Intergenic MamGypLTR2c|LTR|Gypsy 12515 NM_000542 6439 Hs.512690 NM_000542 ENSG00000168878 SFTPB PSP-B|SFTB3|SFTP3|SMDP1|SP-B surfactant protein B protein-coding nan 0.539 nan 0.172 0.088 0.199 0.162 0.358 0.036 0.122 0.179 0.121 0.144 0.205 1.195 0.092 0.091 0.125 0.165 0.156 0.173 1.070 0.753 0.188 0.482 0.182 1.170 0.373 0.094 0.254 0.050 0.139 0.174 0.411 0.097 4.407 0.032 0.058 0.460 0.985 0.056 0.175 0.156 0.361 0.271 0.331 0.270 0.313 0.387 0.539 0.463 0.580 0.466 0.198 0.426 0.383 0.376 0.560 0.982 0.903 0.372 0.261 0.239 0.323 0.075 0.077 0.346 0.571 0.600 0.460 0.123 1.079 0.066 0.380 0.040 0.114 0.048 0.731 0.469 0.085 0.172 0.037 0.106 0.157 0.035 0.036 0.405 0.136 0.183 0.221 0.871 0.197 0.051 0.283 0.122 0.148 0.345 0.125 0.049 0.152 0.034 0.195 0.065 2.153 0.010 0.308 0.329 0.100 0.040 0.128 0.083 0.316 0.107 0.079 1009 chr16 3054048 3064673 + 0 NA Intergenic Intergenic -3097 NM_020982 9080 Hs.296949 NM_020982 ENSG00000213937 CLDN9 - claudin 9 protein-coding 0.951 nan 1.166 0.824 11.343 4.070 2.452 0.340 2.072 1.300 0.064 0.106 1.323 2.964 0.082 0.843 0.518 4.119 1.514 1.922 0.128 2.237 1.224 0.490 7.880 3.942 3.988 2.527 2.013 0.262 0.866 0.083 0.554 0.200 0.251 1.055 0.329 0.777 0.531 0.484 0.363 1.637 0.249 0.315 4.165 0.525 0.920 1.749 0.245 0.438 5.227 5.582 nan 0.484 0.419 0.424 0.431 nan 1.827 2.883 0.770 0.504 0.417 0.709 1.258 0.846 0.433 0.898 1.634 1.003 3.735 3.312 2.681 0.217 0.263 6.722 0.299 0.469 0.197 0.638 0.093 0.285 2.509 0.928 0.256 0.206 2.088 0.270 0.079 0.280 0.391 0.597 0.565 1.374 1.300 4.724 0.452 4.119 0.504 3.191 0.941 1.069 0.383 0.337 1.303 0.603 0.238 0.043 0.354 0.128 0.107 2.241 0.060 0.033 30 chr1 8065036 8090849 + 0 NA intron (NM_018948, intron 1 of 3) intron (NM_018948, intron 1 of 3) 8451 NM_018948 54206 Hs.605445 NM_018948 ENSG00000116285 ERRFI1 GENE-33|MIG-6|MIG6|RALT ERBB receptor feedback inhibitor 1 protein-coding 1.451 nan 1.420 2.080 2.775 1.139 0.610 3.524 3.100 0.378 1.890 0.232 0.805 2.772 2.868 0.408 0.213 0.600 0.522 1.917 0.413 3.160 1.134 1.073 nan 3.957 2.822 4.318 1.172 0.299 0.965 0.126 2.630 1.341 1.167 1.132 0.338 1.170 1.066 1.787 0.287 2.144 1.450 1.238 2.483 1.137 0.772 1.188 1.304 2.610 2.056 2.247 1.233 0.377 0.763 0.832 1.148 nan nan 5.627 nan 0.566 0.633 1.474 0.836 1.020 0.450 0.694 1.584 0.820 0.701 1.818 1.334 1.994 1.361 1.147 0.124 2.298 2.245 0.373 1.518 0.189 0.261 2.730 0.836 0.500 1.153 0.211 0.216 1.646 2.023 2.668 1.426 2.838 0.378 2.411 4.624 0.600 0.961 1.704 0.550 3.039 0.404 1.984 1.786 1.278 0.746 0.092 0.574 0.107 1.244 1.935 0.272 0.178 403 chr10 94448435 94460509 + 0 NA exon (NM_002729, exon 4 of 4) exon (NM_002729, exon 4 of 4) 4791 NM_002729 3087 Hs.118651 NM_002729 ENSG00000152804 HHEX HEX|HMPH|HOX11L-PEN|PRH|PRHX hematopoietically expressed homeobox protein-coding 1.126 1.186 0.984 0.555 4.452 0.724 0.558 2.737 0.031 0.266 0.494 0.148 0.392 0.887 0.202 0.246 0.335 0.479 0.147 0.653 0.082 0.342 0.302 1.256 1.425 0.802 0.071 0.899 0.114 0.223 0.655 0.075 1.234 0.370 0.737 0.930 0.183 0.457 0.515 0.488 0.274 3.249 5.405 1.032 0.582 0.640 0.547 0.679 0.330 0.534 0.855 0.794 1.117 0.264 0.594 0.628 0.420 0.711 nan 2.355 0.800 0.661 0.315 0.615 0.783 0.596 0.782 1.018 0.586 0.502 2.708 0.746 0.079 1.876 0.183 2.497 0.436 1.090 0.970 0.923 0.679 0.175 0.191 1.399 0.862 0.496 0.088 0.341 0.201 0.223 3.675 1.240 1.501 0.522 0.266 0.951 1.379 0.479 0.488 0.109 0.113 1.013 0.158 0.421 0.035 0.066 0.093 0.123 0.122 0.215 0.032 0.164 0.065 0.029 466 chr11 13348452 13360976 + 0 NA intron (NM_001297719, intron 3 of 19) AluSx|SINE|Alu 55440 NM_001297722 406 Hs.65734 NM_001178 ENSG00000133794 ARNTL BMAL1|BMAL1c|JAP3|MOP3|PASD3|TIC|bHLHe5 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like protein-coding 0.806 nan 0.847 2.391 0.816 1.483 0.869 1.836 0.030 1.478 1.112 0.115 0.863 0.905 0.494 0.603 0.320 1.142 0.442 1.193 0.267 0.637 0.766 0.640 6.944 2.954 1.398 3.323 1.427 0.128 0.074 0.083 0.787 1.010 0.712 0.832 0.293 0.570 0.948 0.791 0.358 1.333 0.783 0.746 0.846 0.399 nan 0.696 0.758 1.207 2.498 2.592 1.038 0.263 0.608 0.685 0.717 nan 2.007 2.183 0.496 0.320 0.420 0.601 1.802 2.335 0.213 0.448 1.464 nan 4.585 2.701 0.130 2.805 0.087 1.703 0.011 1.981 1.945 0.286 2.653 0.496 0.158 2.204 0.394 0.200 0.639 0.073 0.118 1.386 1.923 0.389 1.055 1.237 1.478 1.469 3.501 1.142 0.924 0.191 0.046 0.265 0.212 0.640 0.236 0.821 0.426 0.110 0.142 0.049 1.086 0.232 0.625 0.776 134 chr1 68138361 68168143 + 0 NA intron (NM_001199741, intron 2 of 2) intron (NM_001199741, intron 2 of 2) 2392 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 3.175 1.656 nan 0.778 1.115 0.905 0.528 1.517 0.067 1.172 1.490 0.248 0.453 1.005 0.351 0.717 0.399 0.696 0.941 0.658 0.848 1.360 0.618 0.632 3.051 1.473 0.948 2.204 0.776 0.316 0.307 0.111 1.575 0.475 0.352 1.714 0.647 1.385 0.926 0.707 0.282 1.216 1.273 1.170 1.332 0.392 0.651 0.901 3.550 4.828 1.517 1.232 2.747 1.304 0.800 0.739 nan nan 2.352 nan 1.647 1.825 0.775 1.385 2.123 3.380 1.591 5.388 1.402 0.838 0.680 0.924 0.440 1.432 0.847 1.136 0.150 0.579 0.531 0.462 0.953 0.730 0.856 2.504 0.984 0.466 0.741 0.502 0.528 1.257 0.891 1.159 0.927 0.546 1.172 1.512 0.854 0.696 0.498 0.498 0.830 1.666 0.959 1.522 0.811 0.631 1.688 0.181 0.589 1.360 0.572 1.440 0.961 0.813 2151 chr5 68529445 68536821 + 0 NA intron (NM_001324070, intron 2 of 8) L2a|LINE|L2 2511 NM_001324075 1022 Hs.184298 NM_001799 ENSG00000134058 CDK7 CAK|CAK1|CDKN7|HCAK|MO15|STK1|p39MO15 cyclin dependent kinase 7 protein-coding 1.169 1.720 0.891 0.583 1.719 0.901 0.544 1.689 0.376 0.505 0.952 0.242 0.525 1.703 1.092 0.233 0.147 0.326 0.384 0.595 0.386 1.575 1.939 0.826 1.236 1.027 0.880 2.009 0.474 0.847 0.897 0.207 1.816 0.590 0.701 1.629 0.342 1.513 0.904 1.055 0.272 1.152 2.053 1.459 1.815 0.988 0.740 0.687 1.416 2.366 0.877 1.112 2.214 0.982 1.599 1.742 1.343 1.505 1.150 2.162 1.277 0.968 0.356 0.836 0.939 1.565 1.217 1.226 0.847 0.447 0.211 2.044 0.415 0.990 0.284 0.861 0.224 1.940 1.552 1.389 0.781 0.245 0.128 1.312 1.552 0.872 0.664 0.242 0.198 0.529 0.889 2.098 0.491 1.031 0.505 1.696 5.705 0.326 0.512 0.571 0.106 0.974 0.494 1.664 0.537 1.383 1.364 0.188 0.228 0.233 0.567 1.445 1.557 1.446 618 chr11 129009215 129018621 + 0 NA intron (NM_001142685, intron 2 of 21) intron (NM_001142685, intron 2 of 21) 48175 NM_001142685 9743 Hs.440379 NM_014715 ENSG00000134909 ARHGAP32 GC-GAP|GRIT|PX-RICS|RICS|p200RhoGAP|p250GAP Rho GTPase activating protein 32 protein-coding 0.699 0.884 0.551 0.132 2.479 0.381 0.166 1.133 0.072 0.269 0.152 0.051 0.525 0.841 0.715 0.199 0.117 0.140 0.137 0.676 1.322 1.044 0.471 0.489 1.242 1.106 0.245 0.261 1.407 0.387 3.517 0.145 0.680 0.966 0.386 1.160 0.585 1.859 0.415 0.428 0.079 1.903 0.150 0.287 0.958 0.676 0.722 0.719 0.610 1.021 0.318 0.344 0.361 0.148 0.309 0.396 1.214 1.784 0.667 0.659 0.382 0.219 5.395 5.707 0.187 0.404 0.194 nan 0.155 0.170 0.042 0.792 1.693 2.448 0.084 0.067 0.191 0.394 0.161 0.279 3.448 0.051 0.026 2.801 0.141 0.207 0.277 0.008 0.051 1.401 0.357 0.533 0.274 0.828 0.269 0.499 1.888 0.140 1.166 0.430 0.021 0.049 0.065 0.598 3.180 1.666 4.103 0.314 12.355 0.093 0.510 0.742 1.531 2.005 848 chr14 36906155 36936660 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 61583 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H surfactant associated 3 protein-coding 1.164 3.826 0.650 0.511 0.074 2.032 1.172 0.046 0.081 0.353 0.161 0.111 0.111 0.226 0.053 0.237 0.133 0.776 0.153 0.676 0.012 0.086 0.142 0.099 2.918 0.501 0.249 2.013 0.173 0.133 0.065 0.108 0.395 0.019 0.050 0.091 0.026 0.059 0.294 0.265 0.037 0.158 0.267 0.042 0.066 0.106 0.145 0.104 0.194 0.219 1.172 1.276 0.213 0.084 0.234 0.228 0.861 1.072 1.540 1.508 0.679 0.314 0.129 0.172 0.231 0.235 0.131 0.160 0.835 0.598 3.847 0.400 0.016 0.067 0.074 3.757 0.052 0.260 0.085 0.002 0.108 0.081 0.039 0.097 0.024 0.015 0.095 0.084 0.126 0.116 0.120 0.021 0.029 0.108 0.353 0.189 0.239 0.776 0.116 0.057 0.088 0.076 0.103 0.050 0.024 0.092 0.029 0.086 0.033 0.076 0.015 0.109 0.017 0.015 1829 chr22 20857942 20891123 + 0 NA intron (NM_001293237, intron 1 of 16) intron (NM_001293237, intron 1 of 16) 12197 NM_001293237 51586 Hs.517421 NM_015889 ENSG00000099917 MED15 ARC105|CAG7A|CTG7A|PCQAP|TIG-1|TIG1|TNRC7 mediator complex subunit 15 protein-coding 1.157 nan 0.873 0.478 2.612 0.536 0.262 4.002 7.123 0.457 0.702 0.154 1.471 3.314 1.465 0.281 0.224 0.529 0.387 0.817 0.702 3.445 1.628 0.852 nan 2.267 2.558 0.760 1.473 0.534 0.216 0.066 1.719 0.959 1.224 2.690 0.608 1.990 1.541 1.218 0.333 1.488 1.070 1.195 0.920 0.834 0.753 1.093 0.907 1.663 0.808 0.838 1.090 0.516 1.271 1.300 1.053 1.540 1.499 1.845 1.002 0.838 0.377 0.577 0.573 0.872 0.535 0.695 2.402 1.478 0.259 0.832 1.239 0.586 0.202 0.321 0.070 0.928 0.856 0.933 0.509 0.129 0.123 4.073 1.310 0.637 1.172 0.156 0.152 2.653 0.896 1.470 0.286 1.038 0.457 3.642 1.766 0.529 0.465 1.381 0.250 0.787 1.552 1.829 0.727 1.794 1.385 0.246 0.077 0.116 1.761 0.635 0.951 0.924 1904 chr3 52309972 52323197 + 0 NA Intergenic MER84|LTR|ERV1 -3925 NM_025222 80335 Hs.194110 NM_025222 ENSG00000164091 WDR82 MST107|MSTP107|PRO2730|PRO34047|SWD2|TMEM113|WDR82A WD repeat domain 82 protein-coding 3.276 3.294 nan 1.768 2.732 1.671 1.007 2.855 0.698 1.344 1.922 0.657 0.717 2.013 4.175 1.126 0.573 2.519 1.652 1.590 1.245 2.749 1.166 3.258 3.836 2.537 1.360 5.767 1.003 2.217 2.260 0.129 4.251 0.668 0.922 1.946 0.758 3.054 1.878 1.285 0.614 2.672 2.963 2.055 2.404 0.878 2.280 2.257 4.304 6.633 4.215 3.917 5.076 2.562 4.641 4.992 2.075 2.860 3.559 5.419 nan 4.174 2.447 3.336 3.153 3.916 2.696 2.869 2.234 1.129 2.372 1.698 1.410 1.828 2.744 1.454 1.195 0.973 1.152 1.601 1.825 0.614 1.294 2.719 4.049 1.887 1.118 0.917 0.814 2.046 3.779 4.127 2.079 1.406 1.344 2.703 1.898 2.519 0.851 1.132 0.519 3.047 2.009 1.050 0.660 2.188 1.866 1.253 1.032 0.982 1.458 0.819 1.677 1.066 1629 chr2 174822620 174839596 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172712) promoter-TSS (NM_001172712) -678 NM_003111 6670 Hs.531587 NM_003111 ENSG00000172845 SP3 SPR2 Sp3 transcription factor protein-coding 3.651 2.936 3.331 2.837 2.480 3.942 2.141 2.728 2.586 2.887 1.974 0.324 1.064 3.300 2.989 1.590 0.801 4.188 1.077 2.608 0.759 5.303 1.616 2.234 7.395 4.466 4.513 6.261 1.432 2.023 2.335 0.087 4.170 1.215 1.291 3.690 0.506 2.709 3.655 2.873 0.470 3.162 4.178 1.503 4.392 1.703 2.847 2.893 3.138 4.636 4.174 4.092 2.707 1.420 6.469 6.548 2.228 2.917 8.316 11.602 4.181 4.190 2.100 3.836 1.972 1.785 3.515 3.662 1.136 0.711 3.253 2.381 1.148 0.882 1.136 1.629 2.308 2.522 3.369 1.525 2.243 0.631 1.565 4.025 2.508 0.892 3.844 1.494 0.962 1.861 3.376 2.028 1.030 2.333 2.887 3.571 2.387 4.188 0.855 1.414 1.179 3.853 0.832 1.958 0.799 1.608 1.518 1.573 1.302 1.380 1.837 2.599 1.790 1.686 1761 chr20 52176964 52424172 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 75675 NR_134576 105372672 Hs.259350 NR_134576 ENSG00000235415 LOC105372672 - uncharacterized LOC105372672 ncRNA 1.373 1.619 1.136 0.297 1.531 0.469 0.272 1.302 0.816 0.777 1.578 0.417 0.670 1.259 0.963 0.073 0.088 0.104 0.522 1.363 0.248 1.195 0.777 0.811 3.267 1.706 2.679 0.441 0.710 1.092 6.169 0.292 0.943 1.137 0.345 1.571 0.980 2.361 0.947 1.217 0.761 1.622 2.281 1.097 2.458 0.606 0.945 nan 1.113 3.280 0.838 0.846 0.208 0.089 0.460 0.464 0.831 1.107 0.688 0.927 1.201 0.918 0.561 0.939 0.052 0.061 0.863 1.746 0.243 0.338 0.500 1.258 1.781 0.805 0.074 0.618 1.085 1.555 1.308 0.676 1.657 0.025 0.476 2.702 1.230 0.615 0.919 0.300 0.451 3.296 1.689 1.693 0.561 1.143 0.777 1.120 1.108 0.104 0.597 1.479 0.299 4.429 0.091 1.452 0.264 1.039 0.577 1.214 0.548 0.394 1.094 1.120 1.003 0.879 2755 chrX 128263142 128281309 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 385257 NM_001282874 6594 Hs.152292 NM_003069 ENSG00000102038 SMARCA1 ISWI|NURF140|SNF2L|SNF2L1|SNF2LB|SNF2LT|SWI|SWI2|hSNF2L SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 1 protein-coding 1.040 nan 1.240 0.179 0.080 3.344 1.728 0.047 0.211 0.035 0.026 0.011 0.093 0.018 0.707 0.487 0.217 0.153 0.270 0.014 0.027 0.029 0.123 0.046 0.013 0.059 0.174 0.040 0.053 0.018 0.037 0.095 0.013 0.024 0.051 0.008 0.019 0.160 0.024 0.004 0.162 0.075 0.104 0.069 0.035 0.184 0.133 0.273 0.312 0.129 0.210 0.765 0.259 0.109 0.122 0.191 0.338 0.299 0.514 0.560 0.344 0.065 0.103 1.819 1.667 0.653 1.633 1.146 0.637 0.003 0.031 0.011 0.020 0.176 0.040 0.015 0.008 0.017 2.341 0.728 0.562 0.076 0.020 0.017 0.038 0.004 0.013 0.093 0.367 0.016 0.381 0.215 0.211 0.024 0.010 0.217 0.020 0.045 0.054 0.003 0.156 0.007 0.009 0.018 0.012 0.051 0.005 1.056 0.078 0.006 0.003 2196 chr5 139013256 139091760 + 0 NA intron (NM_001317203, intron 2 of 3) intron (NM_001317203, intron 2 of 3) -2517 NM_001317211 51523 Hs.189119 NM_016463 ENSG00000171604 CXXC5 CF5|HSPC195|RINF|WID CXXC finger protein 5 protein-coding 2.112 1.041 nan 0.520 1.838 0.685 0.339 2.466 0.042 1.008 0.864 0.195 0.509 1.057 0.046 0.283 0.152 0.846 0.603 0.634 0.446 0.202 0.223 1.166 4.678 2.015 1.206 1.667 0.781 0.608 0.593 0.101 0.847 0.578 0.548 1.766 0.503 1.296 0.231 0.579 0.141 1.381 0.429 1.855 1.256 0.626 2.333 3.417 2.158 2.131 1.045 0.916 0.915 0.308 5.147 5.223 1.333 1.954 1.933 2.201 1.796 1.849 1.971 3.386 0.760 0.754 0.853 1.596 0.577 0.442 0.871 1.151 1.394 1.256 1.201 1.017 0.210 1.419 1.249 0.293 0.939 0.161 0.214 1.920 0.801 0.397 0.304 0.237 0.211 1.739 1.106 0.216 0.211 1.362 1.008 1.295 0.112 0.846 0.630 1.709 0.764 0.406 1.451 0.710 0.249 0.558 0.669 0.267 2.548 0.274 0.649 0.324 0.862 0.693 1918 chr3 71471457 71498106 + 0 NA intron (NM_001012505, intron 3 of 6) (GGGA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 106459 NR_031697 100302112 NR_031697 ENSG00000221264 MIR1284 MIRN1284|hsa-mir-1284|mir-1284 microRNA 1284 ncRNA 0.583 0.537 0.697 0.334 0.149 0.156 0.060 0.159 0.009 0.206 0.079 0.018 0.136 0.175 0.073 0.200 0.106 0.126 0.198 0.214 0.103 0.127 0.162 0.164 3.988 1.080 0.311 1.288 0.411 0.076 0.049 0.057 3.287 0.235 0.043 0.774 0.059 0.111 0.300 0.254 0.329 1.263 1.935 0.143 0.090 0.255 0.249 0.193 0.497 nan 0.277 0.316 0.325 0.136 0.237 0.253 0.076 0.139 0.547 0.648 1.128 0.865 0.135 0.181 0.124 0.151 0.175 nan 0.450 0.401 0.052 0.908 0.312 0.225 0.034 0.429 0.036 0.393 0.238 0.014 0.034 0.021 0.057 0.148 0.084 0.058 0.119 0.455 0.610 0.203 0.137 0.040 0.033 0.248 0.206 0.137 0.353 0.126 0.142 0.071 0.088 0.046 0.238 0.071 0.025 0.174 0.264 0.069 0.071 0.125 0.645 0.044 0.035 0.030 1323 chr18 45100593 45134118 + 0 NA Intergenic MSTB|LTR|ERVL-MaLR 210488 NR_039753 100616264 NR_039753 ENSG00000266582 MIR4527 - microRNA 4527 ncRNA nan 0.834 0.874 0.063 0.049 2.646 1.431 0.065 0.015 4.984 0.058 0.048 0.006 0.019 0.032 0.070 0.066 0.472 0.123 0.178 0.007 0.047 0.016 0.085 0.273 0.113 0.826 0.667 0.013 0.101 0.046 0.056 0.050 0.025 0.011 0.061 0.012 0.022 0.111 0.018 0.017 0.064 0.053 0.046 0.035 0.034 0.349 0.237 0.301 0.387 1.241 1.341 1.856 0.661 0.124 0.126 0.112 0.215 0.178 0.275 0.416 0.318 0.112 0.142 1.070 1.075 0.292 nan 0.933 0.827 0.043 0.034 0.006 0.061 0.042 0.173 0.029 0.033 0.009 0.016 0.046 0.375 0.028 0.077 0.033 0.019 0.028 0.035 0.061 0.090 0.049 0.036 0.017 0.042 4.984 0.032 0.019 0.472 0.026 0.022 0.009 0.035 0.015 0.006 0.004 0.024 0.030 0.858 0.030 0.296 0.009 0.045 0.015 0.009 1455 chr19 45576962 45584952 + 0 NA Intergenic Intergenic -1111 NM_145288 162979 Hs.192237 NM_145288 ENSG00000170684 ZNF296 ZFP296|ZNF342 zinc finger protein 296 protein-coding 2.983 1.868 2.583 1.883 3.119 1.735 0.899 2.793 0.296 1.412 0.892 0.106 0.997 2.346 1.292 1.140 0.719 1.619 0.958 2.214 0.434 1.847 0.769 0.574 nan 1.798 1.954 1.310 0.824 1.445 2.361 0.139 2.123 1.181 1.571 1.413 0.623 1.765 2.278 1.667 0.580 3.135 2.831 1.332 1.886 1.106 2.186 2.906 2.455 3.804 2.283 2.668 5.284 1.883 5.630 5.992 3.017 3.986 4.236 4.576 2.819 3.020 1.835 2.926 2.296 2.134 2.259 4.397 2.424 1.173 0.816 1.550 1.870 1.994 0.747 2.663 0.451 1.369 1.229 2.377 1.800 0.452 0.376 2.930 1.390 0.917 0.433 0.862 0.714 0.860 3.605 7.695 1.749 1.239 1.412 2.206 1.554 1.619 1.318 1.874 0.811 2.863 1.120 0.594 0.562 1.965 0.461 0.689 1.105 1.539 1.047 0.572 0.686 0.438 2662 chr9 33318040 33332045 + 0 NA intron (NM_002504, intron 9 of 23) L1M4b|LINE|L1 34627 NM_147134 4799 Hs.413074 NM_002504 ENSG00000086102 NFX1 NFX2|TEG-42|Tex42 nuclear transcription factor, X-box binding 1 protein-coding 0.767 nan 0.783 0.097 0.534 0.235 0.125 2.924 0.129 0.188 1.498 0.415 0.704 1.147 0.342 0.238 0.240 0.112 0.123 0.592 0.363 1.154 0.286 0.491 0.316 0.166 1.076 0.299 0.084 0.191 0.116 0.069 0.518 0.310 0.120 1.218 1.090 5.500 1.143 1.851 0.093 1.514 0.266 0.895 1.683 0.577 0.233 0.187 0.519 1.171 0.423 0.429 0.890 0.303 0.149 0.240 0.439 0.751 0.271 0.216 0.334 0.184 0.191 0.295 0.133 0.148 0.306 0.724 1.455 0.849 0.028 1.454 1.438 2.105 0.086 0.071 0.010 4.143 4.186 0.222 2.019 0.034 0.085 0.289 0.269 0.111 0.182 0.095 0.069 2.701 1.536 0.162 0.452 2.796 0.188 0.742 0.406 0.112 0.751 1.972 0.035 0.120 0.036 1.467 1.111 1.402 1.223 0.023 0.042 0.132 0.801 1.176 0.078 0.051 1492 chr19 50429899 50434334 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193646) promoter-TSS (NM_001193646) 157 NM_012068 22809 Hs.9754 NM_012068 ENSG00000169136 ATF5 ATFX|HMFN0395 activating transcription factor 5 protein-coding 7.995 3.655 6.328 6.097 6.035 16.424 9.602 6.182 1.697 5.962 2.631 0.685 1.389 4.881 8.942 3.492 1.478 6.823 6.423 4.997 1.703 4.869 1.258 3.356 6.521 4.413 5.198 8.760 2.517 4.146 8.611 0.285 4.018 1.785 3.344 3.878 1.339 5.067 3.845 2.245 1.223 4.375 7.863 2.410 5.511 2.381 8.091 8.367 6.774 8.896 14.457 12.978 10.653 6.283 20.352 21.398 7.057 8.821 9.900 14.460 11.868 12.940 9.251 13.670 10.421 11.638 8.372 8.998 6.124 3.439 7.270 3.187 2.525 3.805 2.779 9.261 2.281 1.830 1.943 4.730 3.508 2.578 5.573 8.186 4.297 1.699 2.190 2.369 1.206 2.947 6.704 5.553 4.371 2.088 5.962 6.076 1.946 6.823 2.147 3.325 2.705 6.481 3.381 2.813 2.260 2.938 2.321 1.998 4.186 4.019 2.312 1.234 3.788 2.122 2729 chr9 137230761 137283011 + 0 NA intron (NM_002957, intron 1 of 9) intron (NM_002957, intron 1 of 9) -14255 NM_001291920 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 0.695 1.059 0.078 0.296 0.360 0.191 1.099 0.114 0.639 0.877 0.157 0.555 1.406 0.090 0.051 0.067 0.252 0.733 0.204 0.481 0.190 0.016 1.490 2.392 0.801 0.244 1.460 0.684 0.111 0.138 0.050 4.251 0.254 0.635 0.705 0.108 0.206 1.762 0.094 1.095 3.024 2.600 0.193 1.912 0.323 0.531 0.988 0.291 0.647 0.599 0.602 nan 0.040 0.257 0.343 0.657 0.987 0.235 0.249 2.399 2.588 0.573 0.519 0.408 0.479 0.248 0.229 0.430 0.424 0.866 1.190 1.099 0.323 0.036 0.040 0.050 1.071 0.881 0.140 1.911 0.092 0.023 1.076 0.871 0.451 0.422 0.080 0.118 0.115 1.308 0.100 0.021 0.412 0.639 1.515 0.095 0.252 0.684 1.153 0.902 0.198 0.450 0.766 0.089 0.559 0.653 0.035 0.119 0.038 0.062 0.067 0.302 0.147 703 chr12 54729820 54763208 + 0 NA promoter-TSS (NR_120486) promoter-TSS (NR_120486) -961 NR_120486 102724050 Hs.670941 NR_120486 ENSG00000258137 LOC102724050 - uncharacterized LOC102724050 ncRNA nan 1.369 1.195 0.847 0.569 0.954 0.520 0.763 0.091 3.900 0.638 0.193 0.127 0.442 0.388 1.310 0.695 1.583 0.821 0.480 0.122 0.459 0.223 0.310 1.536 0.676 0.361 2.854 0.241 0.921 0.483 0.093 0.579 0.208 0.245 0.271 0.207 0.746 0.404 0.190 0.179 0.527 0.611 0.578 0.294 0.412 nan 2.957 0.865 1.420 4.178 nan 3.081 1.474 1.087 1.295 1.072 nan 2.615 nan 1.462 1.010 0.690 1.152 2.848 2.597 1.787 4.670 2.963 1.623 1.271 0.702 0.161 0.627 0.951 3.372 0.091 0.486 0.448 0.657 0.927 1.310 0.256 0.713 0.315 0.210 0.488 0.201 0.268 0.971 0.579 1.026 0.583 0.523 3.900 0.360 0.514 1.583 0.121 0.156 0.445 0.607 0.850 0.374 0.158 0.583 0.291 0.365 0.685 1.331 0.393 0.261 0.285 0.163 1134 chr17 16115782 16122305 + 0 NA promoter-TSS (NM_006311) promoter-TSS (NM_006311) -169 NM_006311 9611 Hs.462323 NM_006311 ENSG00000141027 NCOR1 N-CoR|N-CoR1|PPP1R109|TRAC1|hN-CoR nuclear receptor corepressor 1 protein-coding 4.843 2.346 3.214 2.367 2.069 3.232 1.415 3.531 1.370 2.687 1.235 0.246 1.146 3.424 3.610 1.055 0.812 4.284 1.135 2.788 0.873 2.652 0.663 1.760 5.754 4.214 3.862 3.972 1.947 1.213 1.579 0.057 4.645 1.100 1.561 4.514 1.621 5.245 3.904 2.157 1.173 3.252 6.410 3.710 2.834 1.801 5.644 5.518 5.456 nan 5.907 5.488 6.794 2.421 5.841 6.217 2.006 2.676 5.649 7.672 nan 8.120 2.039 4.021 2.542 2.464 6.439 6.608 1.686 0.746 1.492 1.905 1.405 2.231 1.286 1.940 1.489 1.125 1.131 1.380 3.805 0.526 1.992 6.165 4.298 2.239 2.283 1.569 1.009 3.149 5.291 5.393 1.603 2.523 2.687 3.908 7.532 4.284 2.180 1.908 1.402 6.528 7.508 1.226 1.827 5.402 0.993 0.424 1.109 2.406 1.818 0.840 2.843 1.494 1100 chr16 88867782 88880431 + 0 NA intron (NM_030928, intron 9 of 9) intron (NM_030928, intron 9 of 9) 3920 NM_030928 81620 Hs.122908 NM_030928 ENSG00000167513 CDT1 DUP|RIS2 chromatin licensing and DNA replication factor 1 protein-coding nan 1.899 3.465 3.689 2.413 4.074 2.140 4.618 0.373 4.145 0.757 0.268 1.175 3.942 5.925 0.944 0.548 3.841 1.847 2.129 0.754 3.684 0.635 2.210 3.213 1.478 1.866 4.814 1.318 1.894 2.904 0.115 4.232 1.093 1.631 2.271 0.931 3.845 3.639 1.351 1.033 4.247 5.110 1.115 2.786 1.394 2.519 2.783 2.019 3.012 2.677 2.394 3.143 1.335 4.512 4.156 1.260 1.750 3.053 4.541 3.468 4.206 1.415 2.373 2.047 1.915 2.564 3.049 2.083 1.087 1.559 1.983 1.024 2.330 1.794 2.007 1.656 2.193 2.781 2.252 2.764 0.541 1.104 4.507 4.964 2.535 1.247 1.338 0.807 1.588 2.817 5.699 2.189 2.347 4.145 4.323 3.670 3.841 0.928 1.335 0.740 5.597 2.495 1.115 1.329 2.367 0.846 0.918 0.977 1.034 1.401 0.814 1.603 0.813 1377 chr19 3356113 3372554 + 0 NA intron (NM_205843, intron 1 of 10) MIR|SINE|MIR -2232 NM_005597 4782 Hs.170131 NM_005597 ENSG00000141905 NFIC CTF|CTF5|NF-I|NFI nuclear factor I C protein-coding 1.742 2.042 3.392 1.529 0.870 2.273 1.295 2.785 0.449 1.729 2.191 0.341 0.576 1.634 3.931 1.303 0.615 2.976 1.170 0.570 1.102 1.965 0.212 0.948 3.034 0.971 0.965 3.129 0.336 2.347 3.763 0.110 2.398 0.885 0.657 3.486 0.190 0.830 0.906 1.732 0.410 2.210 2.839 1.704 0.733 1.068 1.423 2.298 1.483 1.546 4.096 3.545 1.213 0.435 2.992 2.880 5.555 7.661 2.226 nan 5.557 5.753 0.952 1.525 1.694 1.434 0.655 0.964 1.446 0.912 1.793 1.693 0.652 1.632 0.602 1.569 2.109 1.860 2.317 3.782 3.999 0.603 0.180 4.570 2.225 1.059 0.114 1.036 0.707 1.700 3.490 4.506 2.067 1.341 1.729 1.451 1.912 2.976 0.918 1.092 0.751 8.290 1.831 2.123 0.523 1.841 1.467 1.347 0.766 0.420 1.272 0.411 1.464 0.880 2488 chr7 115300995 115325259 + 0 NA Intergenic Intergenic 295240 NM_001244583 22797 Hs.125962 NM_012252 ENSG00000105967 TFEC TCFEC|TFE-C|TFEC-L|TFECL|bHLHe34|hTFEC-L transcription factor EC protein-coding nan 0.705 0.997 0.127 0.315 0.257 0.145 0.098 0.015 0.642 0.279 0.139 0.047 0.096 0.048 0.284 0.349 0.246 0.170 0.264 0.046 0.092 0.022 0.850 0.225 0.080 0.266 0.268 0.127 0.115 0.077 0.174 0.241 0.025 0.050 0.107 0.013 0.117 0.215 0.035 0.020 0.082 0.175 0.132 0.102 0.141 0.405 0.294 0.300 0.706 0.195 0.240 0.129 0.101 0.251 0.246 0.402 0.555 0.426 0.395 0.542 0.223 0.225 0.338 11.894 14.013 0.327 0.857 0.653 0.675 0.060 0.067 0.224 0.033 0.423 0.034 0.020 0.012 0.009 0.080 3.465 0.047 0.076 0.008 0.016 0.019 0.019 0.060 0.078 0.074 0.065 0.056 0.135 0.642 0.062 0.042 0.246 0.066 0.266 0.032 0.048 0.397 0.089 0.023 0.030 0.110 0.028 0.069 0.102 0.006 0.039 0.019 1461 chr19 46217899 46235267 + 0 NA intron (NM_001329633, intron 1 of 1) AluJo|SINE|Alu 171 NM_001329634 23403 Hs.128702 NM_001080469 ENSG00000177051 FBXO46 20D7-FC4|FBXO34L|Fbx46 F-box protein 46 protein-coding 1.846 1.178 1.814 1.178 1.635 1.441 0.627 2.551 0.328 1.013 0.810 0.259 1.254 3.231 1.405 0.732 0.447 1.225 0.913 1.245 0.364 0.803 0.493 0.702 nan 1.171 1.245 2.270 0.983 0.923 1.595 0.143 1.392 0.482 0.936 1.318 0.533 1.223 1.297 0.827 0.377 0.967 2.471 0.992 2.397 0.527 0.960 1.595 1.597 2.430 2.186 2.772 3.153 1.123 6.477 7.060 2.327 3.220 3.324 3.893 1.888 1.383 1.197 2.040 1.135 1.109 1.965 5.000 1.885 0.786 0.878 2.660 0.824 1.734 0.437 1.401 0.564 0.677 0.632 1.018 0.964 0.380 0.301 4.981 1.046 0.571 0.442 0.378 0.327 0.663 3.067 4.625 1.016 1.124 1.013 3.715 1.088 1.225 0.639 1.013 0.853 1.390 0.767 0.574 0.342 1.267 0.515 0.512 0.365 1.343 0.561 0.861 0.346 0.253 185 chr1 151800938 151822578 + 0 NA intron (NM_001136003, intron 1 of 1) intron (NM_001136003, intron 1 of 1) 813 NR_024237 100132111 Hs.697059 NR_024237 LOC100132111 - uncharacterized LOC100132111 ncRNA nan nan 2.388 0.860 0.967 1.267 0.741 0.118 0.023 0.554 0.233 0.105 1.017 1.192 0.178 0.716 0.394 0.780 1.393 0.589 0.040 2.184 1.355 0.125 28.971 15.141 0.642 1.175 1.845 0.664 0.095 0.093 0.387 1.517 0.172 0.289 0.156 0.246 0.375 0.531 0.145 0.883 0.204 0.245 0.756 0.395 1.527 1.958 1.126 1.904 1.773 nan 1.698 0.612 0.610 0.804 0.745 1.029 2.572 3.042 0.440 0.395 3.180 3.871 1.326 1.491 0.651 1.742 1.407 0.922 2.508 2.305 0.159 0.298 0.646 1.049 0.019 1.286 0.904 0.139 0.471 0.254 0.047 0.157 0.131 0.094 0.117 0.983 0.969 0.106 0.518 0.135 10.489 11.922 0.554 2.413 0.115 0.780 2.396 7.255 0.275 0.504 1.099 0.138 0.429 0.754 0.093 0.398 1.571 0.420 0.089 0.133 1.038 0.844 2487 chr7 115102111 115139010 + 0 NA Intergenic Intergenic -249151 NR_126407 104355291 NR_126407 ENSG00000233607 LINC01392 - long intergenic non-protein coding RNA 1392 ncRNA nan 0.629 0.899 0.112 0.084 0.272 0.126 0.144 0.013 0.742 0.182 0.104 0.026 0.091 0.019 0.195 0.208 0.517 0.236 0.255 0.023 0.116 0.017 0.148 0.180 0.110 0.288 0.245 0.088 0.067 0.059 0.175 0.218 0.026 0.043 0.103 0.032 0.169 0.148 0.012 0.009 0.064 0.175 0.113 0.083 0.085 0.431 0.231 0.167 0.280 0.161 0.219 0.116 0.088 0.228 0.242 0.402 0.585 0.302 0.364 0.415 0.218 0.160 0.262 7.471 8.437 0.292 0.594 0.517 0.498 0.041 0.056 0.010 0.446 0.038 0.093 0.034 0.015 0.008 0.006 0.092 2.431 0.069 0.055 0.007 0.004 0.023 0.066 0.088 0.101 0.046 0.040 0.032 0.075 0.742 0.054 0.027 0.517 0.026 0.045 0.050 0.030 0.036 0.029 0.028 0.017 0.051 0.038 0.053 0.081 0.020 0.051 0.014 0.004 1719 chr20 22537862 22568146 + 0 NA intron (NR_001558, intron 1 of 3) intron (NR_001558, intron 1 of 3) 6276 NR_001558 140828 Hs.9842 NR_001558 ENSG00000259974 LINC00261 ALIEN|C20orf56|DEANR1|HCCDR1|NCRNA00261|onco-lncRNA-17 long intergenic non-protein coding RNA 261 ncRNA 0.799 1.138 nan 5.045 0.059 7.262 4.102 0.164 0.026 0.541 0.092 0.084 0.038 0.175 0.013 5.951 2.815 3.383 0.221 0.162 0.053 1.235 0.125 0.065 1.636 0.862 1.976 2.555 0.395 4.008 0.043 0.060 0.087 0.530 0.033 0.433 0.024 0.048 0.241 0.629 0.109 0.588 0.297 0.044 0.060 1.535 0.387 0.186 0.080 0.107 2.184 1.943 7.610 3.292 0.090 0.095 0.110 0.204 2.684 3.313 0.298 0.096 0.165 0.233 9.588 7.346 0.188 0.355 4.773 2.597 0.012 1.164 0.003 0.083 2.886 0.212 0.014 0.503 0.427 0.007 0.053 3.349 0.019 0.094 0.066 0.075 0.069 1.667 1.452 0.091 1.882 0.038 0.903 0.048 0.541 0.230 0.022 3.383 0.041 0.082 0.013 0.163 1.574 0.830 0.288 0.395 0.063 4.904 0.042 0.053 2.802 0.050 0.021 0.019 2716 chr9 133402891 133427442 + 0 NA Intergenic Charlie15a|DNA|hAT-Charlie 39715 NR_027440 100272217 Hs.601255 NR_027440 LOC100272217 - uncharacterized LOC100272217 ncRNA nan 0.783 0.687 0.653 0.062 0.822 0.450 0.136 0.030 1.392 0.261 0.211 0.374 0.383 0.015 0.166 0.117 3.712 0.134 0.161 0.030 0.251 0.056 0.126 1.482 0.170 0.097 0.999 0.207 0.118 0.036 0.099 0.345 0.091 0.081 0.146 0.099 0.196 0.417 0.134 0.266 0.237 0.322 0.091 0.175 0.089 0.160 0.146 0.131 0.208 8.866 8.504 nan 0.172 0.134 0.143 1.027 1.043 1.903 2.783 1.851 1.859 0.193 0.173 0.314 0.406 0.333 0.688 0.770 0.634 3.772 0.460 0.062 0.113 0.012 2.342 0.045 0.677 0.317 0.051 0.110 0.090 0.042 0.184 0.059 0.083 0.162 0.101 0.094 0.194 0.140 0.102 0.048 0.343 1.392 0.256 0.090 3.712 0.090 0.054 0.165 0.102 0.132 0.061 0.022 0.242 0.063 0.042 0.020 0.150 0.053 0.054 0.021 0.023 4 chr1 1108157 1115650 + 0 NA intron (NM_001130045, intron 3 of 15) intron (NM_001130045, intron 3 of 15) 2617 NM_001130045 254173 Hs.454835 NM_153254 ENSG00000162571 TTLL10 TTLL5 tubulin tyrosine ligase like 10 protein-coding 0.735 nan 1.255 2.888 0.116 1.716 0.884 0.021 0.016 0.257 0.101 0.106 0.075 0.169 0.009 0.769 0.443 2.409 0.142 0.114 0.038 0.110 0.029 0.098 nan 0.125 0.057 2.126 0.039 0.141 0.100 0.086 0.244 0.029 0.062 0.043 0.037 0.256 0.054 0.101 0.083 0.083 0.038 0.042 0.708 1.341 0.209 0.408 13.153 10.356 0.876 0.248 1.780 1.746 0.135 nan nan 17.265 nan 0.130 0.458 0.519 0.077 0.101 0.123 0.167 1.269 0.863 7.545 0.152 0.012 0.013 2.458 4.121 0.056 0.074 0.047 0.096 0.050 0.013 1.058 0.086 0.008 0.021 0.062 0.051 0.080 0.147 0.087 0.104 0.011 0.027 0.257 0.154 0.054 2.409 0.048 0.037 0.171 0.390 0.008 0.021 0.037 0.015 0.032 0.105 0.016 0.076 1985 chr3 179279733 179282222 + 0 NA intron (NM_178042, intron 1 of 13) CpG 309 NM_178042 86 Hs.435326 NM_004301 ENSG00000136518 ACTL6A ACTL6|ARPN-BETA|Arp4|BAF53A|INO80K actin like 6A protein-coding 6.582 3.641 4.792 5.836 8.475 5.179 3.467 2.264 1.937 2.521 3.065 0.752 0.989 2.465 1.443 2.715 1.359 4.382 1.545 1.753 1.193 3.701 1.275 2.691 3.955 2.103 2.043 13.137 1.570 4.120 2.535 0.136 9.451 0.946 0.846 3.235 1.707 7.177 13.724 2.305 3.250 6.756 11.121 1.799 3.219 1.423 5.572 5.958 5.109 6.275 8.890 6.177 9.741 4.038 8.741 9.856 5.678 7.206 6.937 10.204 12.062 14.563 2.691 5.153 6.110 5.904 8.438 6.286 3.141 1.379 2.278 2.400 1.381 1.846 0.843 2.671 0.781 3.407 3.170 2.694 1.719 1.220 3.214 5.326 4.471 2.206 1.107 3.269 2.528 2.922 2.408 3.885 1.420 2.162 2.521 3.990 3.504 4.382 2.054 1.030 1.986 4.549 1.933 1.729 1.937 2.395 1.388 2.343 1.460 2.782 1.621 1.214 1.480 0.883 2669 chr9 37021923 37038474 + 0 NA intron (NM_001280547, intron 1 of 8) CpG 4278 NM_001280549 5079 Hs.654464 NM_016734 ENSG00000196092 PAX5 ALL3|BSAP paired box 5 protein-coding 1.809 nan 1.021 1.282 0.043 1.839 0.852 0.047 0.026 0.545 0.063 0.106 0.058 0.045 0.023 1.347 0.801 2.434 0.424 0.231 0.007 0.293 0.135 0.118 0.216 0.126 0.137 2.318 0.020 0.200 0.151 0.065 0.341 0.092 0.061 0.107 0.075 0.270 0.448 0.046 0.029 0.181 0.200 0.102 0.029 0.194 2.891 3.644 0.577 0.847 2.529 2.302 6.624 1.972 1.972 1.884 1.499 2.073 2.618 3.366 1.797 1.812 3.983 6.281 1.102 1.119 0.726 1.010 2.874 2.173 2.557 0.116 0.011 0.115 0.182 0.728 0.034 0.054 0.026 0.098 0.056 0.126 0.756 0.083 0.058 0.047 0.078 0.117 0.125 0.114 0.212 0.392 0.138 0.062 0.545 0.083 0.033 2.434 0.030 0.095 0.162 2.367 0.484 0.004 0.003 0.038 0.033 0.055 2.481 0.151 0.018 0.045 0.031 0.023 1691 chr2 240360975 240368853 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 41472 NR_135577 101928111 Hs.534680 NR_135575 ENSG00000222020 LOC101928111 - uncharacterized LOC101928111 ncRNA 0.920 nan 0.603 0.178 0.082 0.315 0.183 0.091 0.031 1.908 0.049 0.025 0.108 0.079 0.061 0.507 0.234 0.236 0.220 0.095 0.014 0.196 2.933 0.675 0.108 2.924 0.038 6.640 0.017 0.090 0.417 0.046 0.163 0.047 0.020 0.061 0.356 0.379 0.297 0.145 0.468 0.089 0.111 0.145 0.788 0.736 1.529 0.746 2.693 2.526 2.061 0.640 0.187 0.209 0.094 0.193 0.064 0.169 0.480 0.184 0.457 0.643 0.404 0.653 0.149 0.167 0.479 0.551 1.026 0.296 0.061 0.024 0.005 0.168 0.035 0.167 0.073 0.028 0.052 0.096 0.010 0.023 0.291 0.129 0.126 2.099 1.709 0.089 0.145 0.033 1.503 1.221 1.908 0.027 0.012 0.507 0.233 0.129 0.148 0.297 0.017 0.005 0.269 0.354 4.425 0.192 0.015 0.316 0.121 0.044 0.025 2003 chr3 187452789 187469982 + 0 NA intron (NM_001706, intron 1 of 9) intron (NM_001706, intron 1 of 9) 2128 NM_001706 604 Hs.478588 NM_001706 ENSG00000113916 BCL6 BCL5|BCL6A|LAZ3|ZBTB27|ZNF51 B-cell CLL/lymphoma 6 protein-coding 2.059 4.043 2.003 2.366 2.988 3.028 1.217 1.818 1.283 1.071 3.665 0.302 0.916 2.739 2.782 0.606 0.396 1.793 0.192 2.001 0.972 3.300 1.276 2.800 5.607 2.961 3.338 10.395 1.598 2.668 2.156 0.120 nan 1.487 1.070 2.623 1.672 5.160 3.572 2.931 1.606 4.885 8.743 1.777 5.543 1.562 0.597 0.557 3.207 6.615 5.575 4.467 0.586 0.314 3.475 3.799 2.161 3.050 4.880 7.750 2.591 2.122 0.850 1.255 0.306 0.405 0.281 0.412 1.783 1.151 4.714 2.222 1.149 2.530 1.464 1.054 0.492 4.660 4.377 0.443 2.793 0.045 0.734 2.059 1.570 1.087 1.416 1.699 2.151 3.058 1.729 2.510 1.737 2.316 1.071 2.572 3.351 1.793 0.844 1.474 0.185 0.799 1.230 0.954 1.603 2.057 1.590 1.532 0.155 0.137 1.435 2.961 0.710 0.471